ES2585110T3

ES2585110T3 - Derivados de pirimidina como inhibidores de proteína cinasa

Info

Publication number: ES2585110T3
Application number: ES13156251.4T
Authority: ES
Inventors: Jonathan James Hollick; Start Donald Jones; Claire June Flynn; Michael George Thomas
Original assignee: Cyclacel Ltd
Current assignee: Cyclacel Ltd
Priority date: 2007-09-28
Filing date: 2008-09-29
Publication date: 2016-10-03
Anticipated expiration: 2028-09-29
Also published as: CA2700979C; RU2010116759A; US20140066436A1; EP2205603A1; JP5410432B2; HK1187895A1; JP5863196B2; WO2009040556A1; CN101878216A; RU2478100C2; CA2700979A1; US20110046093A1; EP2205603B1; RU2623221C2; EP2610256A1; JP2014076994A; US20150344486A1; PL2610256T3; ES2457394T3; JP2010540509A

Abstract

Un compuesto que se selecciona entre los siguientes:**Fórmula**

Description

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diana, timidilato sintasa, aumentado así sus efectos citotóxicos.

Se usan numerosas combinaciones en los tratamientos actuales de cáncer y leucemia. Puede encontrarse una revisión más extensa de las prácticas médicas en “Oncologic Therapies” editado por E.E. Vokes y H. M. Golomb, 5 publicado por Springer.

Pueden sugerirse combinaciones beneficiosas estudiando la actividad inhibidora del crecimiento de los compuestos de prueba con agentes que se sabe o se sospecha que son valiosos en el tratamiento de un cáncer particular inicialmente o líneas celulares derivadas de ese cáncer. Este procedimiento también puede usarse para determinar

10 el orden de administración de los agentes, es decir, antes, simultáneamente o tras la administración. Tal programación puede ser una característica de todos los agentes que actúan en el ciclo identificados en el presente documento.

PROCESO

15 Los compuestos de la presente invención se pueden preparar mediante un procedimiento que comprende las etapas de:

(i) convertir un compuesto de fórmula (II) en un compuesto de fórmula (IV) o bien directamente o bien 20 medianteaislamientodeuncompuestodefórmula(III);y

(ii) convertir dicho compuesto de fórmula (IV) en un compuesto defórmula (I)

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25 Preferiblemente, la etapa (i) comprende calentar dicho compuesto de fórmula (II) con NH4Cl y Fe en EtOH/H2O.

La presente invención se ilustra adicionalmentemediantelossiguientes ejemplos no limitativos.

Los ejemplos marcados con un asterisco (*) se incluyen solamente como referencia. 30

Ejemplos

Procedimiento experimental general

35 Se adquirieron productos químicos y disolventes de fuentes comerciales y se usaron tal como se recibieron a menos que se indique lo contrario. Se usó MgSO4 anhidro como agente de secado convencional para disoluciones orgánicas a menos que se indique lo contrario. Se registraron los espectros de RMN usando un instrumento Varian INOVA-500. Se notifican los desplazamientos químicos en partes por millón en relación con un patrón de tetrametilsilano interno. Las constantes de acoplamiento (J) se citan hasta el 0,1 Hz más próximo. Se usan las

40 siguientes abreviaturas: s, singlete; d, doblete; t, triplete; c, cuartete; q, quintuplete; m, multiplete y a, ancho. Los espectros de masas se obtuvieron usando un espectrómetro de masas de cuadrupolo individual ZQ2000 de Waters con ionización por electropulverización (ESI). Se realizó RP-HPLC analítica y preparativa usando cualquiera de las columnas Vydac 218TP54 (250 x 4,6 mm) y Vydac 218TP1022 (250 x 22 mm) usando una elución en gradiente lineal de sistemas de agua/acetonitrilo (que contienen el 0,1 % de ácido trifluoroacético) a velocidades de flujo de

45 1ml/min.(analítica)y9ml/min.(preparativa).Losgradientesanalíticosusadosfueronlossiguientes:

Método: % de acetonitrilo % de acetonitrilo % de acetonitrilo

Tiempo = 0 min.: Tiempo = 20 min. Tiempo = 25 min.

Vydac 1: 0 60 100

Vydac 2: 10 70 100

Vydac 3: 20 80 100

Alternativamente, columnas Xbridge (100 x 4,6 mm) y Xbridge (100 x 19mm) usando un gradiente lineal de sistemas de agua/acetonitrilo (que contienen el 0,1 % de hidróxido de amonio) a velocidades de flujo de 1 ml/min. (analítica) y 50 20 ml/min. (preparativa). Los gradientes analíticos usados fueron los siguientes:

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Rt = 18,0 min. (0_60_20 min.); EM positivo: 343,20.

Éster metílico del ácido 3-[(2-cloro-5-nitro-pirimidin-4-il)-ciclohexil-amino]-butírico

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5

EM positivo: 357,2.

Éster metílico del ácido 3-[(2-cloro-5-nitro-pirimidin-4-il)-ciclopentil-amino]-2-metil-propiónico

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1H-RMN (CDCl3): 1,22 (3H, d, J 12 Hz, CH3), 1,57 (2H, m, CH2), 1,76 (2H, m, CH2), 1,93 (2H, m, CH2), 1,98 (2H, m, CH2), 3,18 (1H, s, CH), 3,61 (3H, m, CH + CH2), 3,68 (3H, s, OCH3), 8,74 (1H, s, Pyr-H)

Éster metílico del ácido 3-[(2-cloro-5-nitro-pirimidin-4-il)-ciclohexil-amino]-propiónico

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20 Rt = 17,6 min. (Vydac 1); EM positivo: 343,1.

Éster metílico del ácido 3-[(2-cloro-5-nitro-pirimidin-4-il)-ciclopentil-amino]-4-metil-pentanoico

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25 1H-RMN (CDCl3): 0,94 (6H, t, J 7 Hz), 1,45 -1,82 (7H, m, 3 x CH2 + CH), 2,17 (1H, m, CH), 2,69 (2H, m, 2 x CH), 3,35 (2H, m, H2), 2,58 (1H, m, CH), 3,73(3H, s, OCH3), 8,64 (1H, s, Pyr-H)

Éster metílico del ácido 3-[(2-cloro-5-nitro-pirimidin-4-il)-(1-etil-propil)-amino]-propiónico

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EM (positivo) 331,1, 333,1

Éster metílico del ácido 3-[(2-cloro-5-nitro-pirimidin-4-il)-(tetrahidro-piran-4-il)-amino]-propiónico

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EM (positivo) 345,1, 347,0; tR = 12,62min. (Vydac 1).

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Éster etílico del ácido 1-{[(5-amino-2-cloro-pirimidin-4-il)-ciclopentil-amino]-metil}-ciclopropanocarboxílico

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EM (positivo) 339,2, 341,2; tR = 4,15min. (XBridge 1).

Éster etílico del ácido 3-[(5-amino-2-cloro-pirimidin-4-il)-ciclopentil-amino]-2,2-dimetil-propiónico

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10 EM (positivo) 341,2, 343,2; tR = 4,25min. (XBridge 1).

Entonces se ciclaron los compuestos anteriores usando el siguientemétodo.

15 Secalentóelcompuestorelevante(5mmol)enDMF(10ml)hasta140°Cdurante2horas.Seevaporóeldisolvente a vacío, se añadió acetato de etilo (10ml), y se filtró el sólido resultante y se secó a vacío para dar los compuestos enumerados a continuación.

Nota: Esta reacción también puede llevarse a cabo con DMSO/NaH 20

9-Bencil-2-cloro-5,7,8,9-tetrahidro-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-6-ona

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1H-RMN (DMSO): 2,72 (2H, m, CH2), 3,67 (2H, m, CH2), 4,86 (2H, s, CH2), 7,26-7,37 (5H, m, Ar-H), 7,88 (1H, s, Pyr-H), 9,77 (1H, s, NH)

2-Cloro-9-fenil-5,7,8,9-tetrahidro-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-6-ona

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EM (positivo) 275,2, 277,2; tR = 2,80min. (XBridge 1).

2-Cloro-9-ciclopentil-5,7,8,9-tetrahidro-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-7,1’-ciclopropan]-6-ona

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EM (positivo) 293,2, 295,2; tR = 3,48min. (XBridge 1).

2-Cloro-9-ciclopentil-7,7-dimetil-5,7,8,9-tetrahidro-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-6-ona

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EM (positivo) 295,1, 297,2; tR = 3,58min. (XBridge 1).

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Sólido de color púrpura (67 %). 1H-RMN (DMSO-d6):  1,26 (d, J = Hz, 3H, CH3), 1,43 -1,93 (m, 8H, ciclopent-H), 2,52 (s, 3H, CH3), 2,99 -3,02 (m, 2H, CH2), 3,96 (s, 3H, CH3), 4,13 -4,16 (m, 1H, CH), 4,65 -4,69 (m, 1H, CH), 7,60 5 -7,61 (m, 2H), 8,06 (d, J = 9 Hz, 1H, phe-H), 8,17 (s, 1H), 9,35 (sa, 1H); EM positivo: 426,2. Rt = 11,59 min. (pureza del 96 %, (Vydac 1))

Compuesto [5]: ácido 4-(9-ciclohexil-8-metil-6-oxo-6,7,8,9-tetrahidro-5H-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-ilamino)-3metoxi-benzoico

10

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Sólidodecolormarrón(12%); 1H-RMN(DMSO-d6):  1,27(d, J= 6,5 Hz, 3H, CH3), 1,58 -1,87 (m, 10H, ciclohex-H), 2,85 -2,88 (m, 2H, CH2), 3,94 (s, 3H, CH3), 4,21 -4,23 (m, 1H, CH), 4,77 (sa, 1H, CH), 7,03 (s, 1H), 7,13 (s, 1H),

15 7,23 (s, 1H), 7,57 -7,58 (m, 2H), 7,086 (s, 1H), 8,07 -8,08 (m, 1H), 9,89 (sa, 1H, NH); ME positivo: 426,2. Rt = 11,58 min. (pureza del 90 %, (Vydac 1))

Compuesto [6]: ácido 4-(9-ciclopentil-6-oxo-6,7,8,9-tetrahidro-5H-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-ilamino)-3-metoxibenzoico

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Sólidodecolorpúrpura(13%); 1H-RMN(DMSO-d6):  1,55 -1,86 (m, 8H, ciclopent-H), 2,70 -2,73 (m, 2H, CH2), 3,70 -3,72 (m, 2H, CH2), 5,02 -5,09 (m, 1H, CH), 7,57 -7,59 (m, 2H), 7,77 (s, 1H, pirimid-H), 8,06 (d, J = 8,5 Hz, 1H, 25 phe-H), 9,54 (sa, 1H, OH), 9,75 (s, 1H, NH); EM positivo: 398,2. Rt = 10,55 min. (pureza del 96 %, (Vydac 1))

Compuesto [7]: ácido 4-(9-ciclopentil-8-metil-6-oxo-6,7,8,9-tetrahidro-5H-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-ilamino)benzoico

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Sólido blanquecino (10 %); 1H-RMN (DMSO-d6):  1,27 (d, J= 6,5 Hz, 3H, CH3), 1,46-1,90 (m, 8H, ciclopent-H), 2,83 -2,86 (m, 2H, CH2), 4,07 -4,09 (m, 1H, CH), 5,04-5,09 (m, 1H, CH), 7,20 (dd, J= 3,5 y 8,5 Hz, 2H, phe-H), 7,79 (d, J= 2,0 Hz, 1H, pirimid-H), 7,86 (d, J = 8,5 Hz, 2H, phe-H), 9,78 (sa, 1H, NH); EM positivo: 382,2. Rt = 10,46 min.

35 (purezadel90%,(Vydac1))

Compuesto [8]: ácido 4-(9-ciclopentil-5,8-dimetil-6-oxo-6,7,8,9-tetrahidro-5H-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-ilamino)benzoico

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Sólido blanquecino (25 %); 1H-RMN (DMSO-d6):  1,19 (d, J = 6,0 Hz, 3H, CH3), 1,32-2,10 (m, 8H, ciclopent-H), 2,73 -2,76 (m, 2H, CH2), 3,22 (s, 3H, CH3), 4,04 (m, 1H, CH, 4,70 -4,75 (m, 1H, CH, 7,78 -7,85 (m, 4H, phe-H), 8,12 (s, 1H, pirimid-H), 9,68 (sa, 1H, NH); EM positivo: 394,0. Rt = 11,05 min. (pureza del 96 %, (Vydac 1))

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1H-RMN (CD3OD): 1,60 (2H, m, CH), 1,69 (2H, d, J 11 Hz, CH), 1,93 (2H, d, J 12 Hz, CH), 1,97 (2H, dd, J 12 Hz), 12 Hz, CH), 2,18 (3H, s, N-CH3), 2,61 (2H, m, CH2), 2,80 (2H, d, J 10,5 Hz, CH), 3,48 (2H, dd, J 11 Hz, CH), 3,62

5 (2H, m, CH2), 3,75 (1H, m, CH), 3,95 (3H, s, OCH3), 4,04 (2H, d, J 8 Hz, CH), 4,85 (1H, s, CH), 7,49 (2H, m, Ar-H), 7,66 (1H, s, NH), 7,81 (1H, s, Pyr-H), 8,11 (1H, d, J 7,5 Hz, Ar-H), 8,33 (1H, d, J 8 Hz, Ar-H), 9,45 (1H, s, NH); EM (positivo): 510,1; tR = 5,34min. (XBridge 2).

Compuesto [26]: 3-metoxi-4-[5-metil-6-oxo-9-(tetrahidro-piran-4-il)-6,7,8,9-tetrahidro-5H-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin10 2-ilamino]-N-(1-metil-piperidin-4-il)-benzamida

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1H-RMN (CD3OD): 1,73 (2H, ddd, J 3 Hz, 12 Hz, 18 Hz, CH), 1,84 (2H, d, J 11 Hz, CH), 1,98 (4H, m, alquilo CH),

15 2,19 (2H, dd, J 10,5 Hz, 10,5 Hz, CH), 2,33 (3H, s, N-CH3), 2,71 (2H, m, CH2), 2,97 (2H, d, J 12 Hz, CH), 3,65 (2H, dd, J 11 Hz, CH), 3,75 (2H, m, CH2), 3,92 (1H, m, CH), 4,02 (3H, s, OCH3), 4,12 (1H, dd, J 4 Hz, 11 Hz, CH), 4,78 (1H, m, CH), 7,53 (2H, m, Ar-H), 8,04 (1H, s, Pyr-H), 8,45 (1H, d, J 9 Hz, Ar-H); EM (positivo): 524,3; tR = 5,71 min. (XBridge 2).

20 Compuesto [27]: 4-[5-etil-9-(1-etil-propil)-6-oxo-6,7,8,9-tetrahidro-5H-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-ilamino]-3-metoxiN-(1-metil-piperidin-4-il)-benzamida

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25 1H-RMN (DMSO): 0,86 (6H, t, J 7,5 Hz, CH3), 0,94 (3H, d, J 7 Hz, CH3), 1,63 (6H, m, alquilo CH + CH2), 1,78 (2H, d, J 11 Hz, CH), 1,94 (2H, dd, J 11,5 Hz), CH), 2,18 (3H, s, N-CH3), 2,57 (2H, m, CH2), 2,80 (2H, m, CH2), 3,47 (2H, m, CH2), 3,77 (3H, m, CH + CH2), 3,96 (3H, s, OCH3), 4,59 (1H, m, CH), 7,50 (2H, m, Ar-H), 7,24 (1H, s, NH), 8,01 (2H, m, Ar-H + Pyr-H), 8,39 (1H, d, J 9 Hz, Ar-H); EM (positivo): 524,3; tR = 7,56min. (XBridge 2).

30 Compuesto [29]: 4-(9-bencil-5-metil-6-oxo-6,7,8,9-tetrahidro-5H-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-ilamino)-3-metoxi-N-(1metil-piperidin-4-il)-benzamida

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35 1H-RMN (DMSO): 1,58 (2H, ddd, J 4 Hz, 12,5 Hz), 24,5 Hz, CH), 1,73 (2H, d, J11,5 Hz, CH), 1,93 (2H, dd, J 15 Hz), CH), 2,17 (3H, s, N-CH3), 2,69 (2H, m, CH2), 2,78 (2H, d, J 11,5 Hz), CH), 3,22 (3H, s, N-CH3), 3,63 (2H, m, CH2), 3,72 (1H, m, CH), 3,91 (3H, s, OCH3), 4,87 (2H, s, CH2), 7,23 -7,32 (4H, m, Ar-H), 7,35 -7,43 (2H, m, Ar-H), 7,44 (1H, d, J 2 Hz, Ar-H), 7,72 (1H, s, Pyr-H), 8,04 (1H, d, J 7,5Hz, Ar-H), 8,12 (1H, d, J 8,5 Hz), 8,16 (1H, s, NH); EM (positivo): 530,4; tR = 4,55min. (XBridge 2).

40 Compuesto [30]: 3-metoxi-4-(5-metil-6-oxo-9-fenil-6,7,8,9-tetrahidro-5H-pirimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-ilamino)-N-(1metil-piperidin-4-il)-benzamida

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sodio (1,5 eq.), ácido acético (1 eq.), amina (1,1 eq.), THF, 20 h a ta; 2. H2, Pd al 10 %/C, 60 °C, metanol, hidrogenación de flujo; 3. Yoduro de sodio (4 eq.), clorotrimetilsilano (4 eq.), acetonitrilo, 0 °C -ta, 18h.

Etapa 1:

5 Se añadió N-benciloxicarbonil-4-aminociclohexanona, un compuesto conocido en la técnica [documento WO 2007/002181 A2] (normalmenteescala de1mmol), auntubo dereacciónquecontenía THF(5ml), lapiperazina homopiperazina o morfolina sustituida apropiada, junto con ácido acético y triacetoxiborohidruro de sodio. Se agitó la reacción a temperatura ambiente durante 20 horas. Se extinguió la reacción con disolución de NaHCO3 (2 ml) antes

10 de acidificar hasta pH 2 con disolución de HCl 1 N. Se lavó la mezcla con EtOAc antes de separar la fase acuosa y basificar hasta pH 10 con disolución de NaOH 2 N. Se extrajo el producto en EtOAc, que se lavó con NaCl sat., se secó (MgSO4) y se evaporó a presión reducida para proporcionar el 4-(amina-sustituido)ciclohexilcarbamato de bencilo requerido.

15 Etapa 2:

Se disolvieron cada 4-(amina-sustituido)ciclohexilcarbamato de bencilo en metanol hasta una concentración de 0,05 M. Se realizó la hidrogenación usando un reactor de flujo H-Cube™ (ThalesNano Inc.) a una velocidad de flujo de 1 ml/min. sobre catalizador de Pd al 10 %/C calentado hasta 60 °C en modo de hidrógeno completo. La

20 concentración a presión reducida proporcionó el producto de 4-(amina-sustituido)ciclohexanamina deseado como aceites. Pudieron obtenerse las sales de clorhidrato sólidas agitando con HCl etéreo.

Cuando se requirió desproteger selectivamente los carbamatos de bencilo en presencia de un grupo N-bencilo (productos intermedios 16 y 18), se empleó la etapa 3 en lugar dela etapa 2.

25 Etapa 3:

Se disolvió yoduro de sodio (1,5 mmol, 4 eq.) en acetonitrilo anhidro (5 ml) y se agitó mientras se añadía clorotrimetilsilano (1,5 mmol, 4 eq.). Tras 5 minutos se añadió lentamente esta mezcla a una disolución de la 4

30 (amina-sustituido)ciclohexanamina disuelta en acetonitrilo anhidro (2 ml), se enfrió en un baño de hielo-agua. Tras 1 hora se retiró el baño de enfriamiento y se agitó la MR a temperatura ambiente durante 18 horas. Se concentró la MR a presión reducida y se volvió a disolver en disolución al 1 % de agua en metanol. Se absorbió la mezcla sobre una columna SCX II, se lavó con metanol y se eluyó con amoniaco en metanol. Se concentró a vacío para proporcionar la 4-(amina-sustituido)ciclohexanamina deseada.

35

Producto intermedio: Estructura ES (positivo) [M+H]+ Analítico_1 Rt (min.)

13: 212,3 2,05

14: 252,3 2,42

15: nd -

16: nd -

17: nd -

18: 274,3 3,27

19: 185,2 1,47

nd = sin datos (no se detectó ionización en condiciones normales)

Compuesto [379]: 4-(9’-ciclopentil-5’-metil-6’-oxo-5’,6’,8’,9’-tetrahidroespiro[ciclopropano-1,7’-pirimido[4,5

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TABLA

Comp.: Estructura AurA CI50 PLK1 CI50 nombre

1H-RMN (DMSO):

2,82 (2H, m,

CH2), 3,27 (3H, s,

CH3), 4,0 (2H, m,

2-(2,2-Dioxo-2,3-: CH2), 4,12 (2H, s,

dihidro-1H-: CH2), 4,30 (2H, s,

2lambda*6*-: CH2), 6,91 (1H, d,

benzo[c]tiofen-5-: J 8,5 Hz, CH),

***: itamino)9-(2-fluoro 7,16 (2H, m,

fenil)-5-metil: 2CH), 7,36 (2H,

5,7,8,9-tetrahidro: m, 2CH), 7,43

pirimido[4,5: (1H, m, CH), 7,56

b][1,4]diazepin-6: (1H, m, CH), 8,28

ona: (1H, s, CH), 9,50

(1H, s, NH);

MS(+ve): 454,3; tR

= 2,67 min

73: (XBridge 4)

imagen62: *** 2-(2,2-Dioxo-2,3dihidro-1H2lambda*6*benzo[c]tiofen-5ilamino)5-metil-9fenil-5,7,8,9tetrahidropirimido[4,5b][1,4]diazepin-6- 1H-RMN (DMSO): 2,78 (2H, m, CH2), 3,27 (3H, s, CH3), 4,03 (2H, m, CH2), 4,09 (2H, s, CH2), 4,30 (2H, s, CH2), 6,93 (1H, d, J 8,5 Hz, CH), 7,19 (1H, d, J 8,5 Hz, CH), 7,29 (4H, m, 4CH), 7,46 (2H, m, 2CH), 8,3 (1H, s,

75: ona CH), 9,49 (1H, s, NH); MS(+ve): 436,3; tR = 2,66 min (XBridge 4),

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Claims

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