ES2541325T3 - Péptido de epítopo RAB6KIFL/KIF20A y vacunas que contienen el mismo - Google Patents
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Abstract
Un oligopéptido aislado de menos de 15 aminoácidos, en donde el oligopéptido se selecciona a partir del grupo que consiste en: (a) un oligopéptido que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada entre el grupo que consiste en SEQ ID NOs: 3, 4 y 5; y (b) un oligopéptido que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada entre el grupo que consiste en SEQ ID NOs: 3, 4 y 5, en la que 1 o 2 aminoácidos están sustituidos, delecionados, insertados y/o añadidos, y en donde el oligopéptido tiene capacidad de inducir linfocitos T citotóxicos (CTL).
Description
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Cuando se utilizan en el contexto de la inmunoterapia, los péptidos de la presente invención se deben presentar en la superficie de una célula o exosoma, preferiblemente como un complejo con un antígeno del HLA. Por lo tanto, es preferible seleccionar péptidos que no solo inducen CTLs, sino que también poseen alta afinidad de unión hacia el antígeno del HLA. Para ello, los péptidos pueden estar modificados por sustitución, inserción, deleción y/o adición de los residuos de aminoácidos para producir un péptido modificado que tiene una mejor afinidad de unión. Además de los péptidos que se muestran de forma natural, puesto que la regularidad de las secuencias de los péptidos presentados mediante la unión a antígenos del HLA ya se conoce (J Immunol 1994, 152: 3913; Immunogenetics 1995, 41: 178; J Immunol 1994, 155: 4307), modificaciones basadas en tal regularidad pueden introducirse en los péptidos inmunógenos de la invención. Por ejemplo, los péptidos que poseen una afinidad de unión elevada hacia HLA-A2 (A*0201) tienen sustituido su segundo aminoácido desde el extremo N-terminal con leucina o metionina y los péptidos tienen su extremo C-terminal sustituido con valina o leucina. Por lo tanto, los péptidos que tienen las secuencias de aminoácidos de SEQ ID NOs: 3, 4 o 5 en donde el segundo aminoácido desde el extremo N-terminal está sustituido con leucina o metionina y/o en donde el extremo C-terminal está sustituido con valina o leucina, están incluidos en la presente invención. Las sustituciones se pueden introducir no solo en los aminoácidos terminales, sino también en la posición de reconocimiento potencial del TCR de los péptidos. Varios estudios han mostrado que las sustituciones de aminoácidos en un péptido pueden ser iguales o mejores que el original, por ejemplo CAP1, p53 (264-272), Her-2/neu (369-377) o gp 100 (209-217) (Zaremba et al. Cancer Res. 57, 4570-4577, 1997, T. K. Hoffmann et al. J Immunol. (2002) 1 de Feb; 168(3):1338-47, S. O. Dionne et al. Cancer Immunol Immunother. (2003) 52: 199-206 y S. O. Dionne et al. Cancer Immunology, Immunotherapy (2004) 53, 307-314).
La presente invención también contempla la adición de aminoácidos a las secuencias descritas en esta memoria. Por ejemplo, uno o dos aminoácidos también se pueden añadir al extremo N y/o C-terminal de los presentes péptidos. También se incluyen en la presente invención tales péptidos modificados que tienen afinidad de unión hacia el antígeno del HLA y una capacidad de inducción de CTLs conservada.
Sin embargo, cuando la secuencia del péptido es idéntica a una porción de la secuencia de aminoácidos de una proteína endógena o exógena que tiene una función diferente, se pueden inducir efectos secundarios tales como trastornos autoinmunes y/o síntomas alérgicos frente a sustancias específicas. Por lo tanto, es preferible realizar primero búsquedas de homología utilizando bases de datos disponibles para evitar situaciones en las que la secuencia del péptido coincide con la secuencia de aminoácidos de otra proteína. Cuando es evidente por las búsquedas de homología que no existe ningún péptido con solo 1 o 2 diferencias de aminoácidos, en comparación con el péptido objeto, el péptido objeto se puede modificar con el fin de aumentar su afinidad de unión con antígenos del HLA, y/o aumentar su capacidad de inducción de CTLs, sin ningún peligro de tales efectos secundarios.
Aunque se espera que los péptidos que tienen una afinidad de unión alta hacia los antígenos del HLA como se ha descrito anteriormente, sean altamente eficaces, los péptidos candidatos que se seleccionan de acuerdo con la presencia de una afinidad de unión elevada como indicador, se examinan adicionalmente para estudiar la presencia de una capacidad de inducción de CTLs. En este documento, la expresión "capacidad de inducción de CTLs" indica la capacidad del péptido para inducir linfocitos citotóxicos (CTLs) cuando se presenta en las células presentadoras de antígeno. Además, la "capacidad de inducción de CTLs" incluye la capacidad del péptido para inducir la activación de CTLs, proliferación de CTLs, favorecer la lisis de CTLs de las células diana y aumentar la producción de IFNgamma en los CTLs.
Una confirmación de la capacidad de inducción de CTLs se lleva a cabo induciendo células presentadoras de antígeno que transportan antígenos del MHC humano (por ejemplo, linfocitos B, macrófagos y células dendríticas (CDs)), o más específicamente CDs obtenidas a partir de leucocitos mononucleares de sangre periférica humana, y después de la estimulación con los péptidos, mezclando con células positivas para CD8 y luego midiendo el IFNgamma producido y liberado por los CTLs contra las células diana. Como sistema de reacción, se pueden utilizar animales transgénicos que han sido producidos para expresar un antígeno del HLA humano (por ejemplo, los descritos en BenMohamed L, Krishnan R, Longmate J, Auge C, Low L, Primus J, Diamond DJ, Hum Immunol Ago 2000, 61(8): 764-79, artículos relacionados, libros, Linkout Induction of CTL response by a minimal epitope vaccine in HLA A*0201/DR1 transgenic mice: dependence on HLA class II restricted T(H) response). Por ejemplo, las células diana se pueden radiomarcar con 51Cr y similares, y la actividad citotóxica se puede calcular a partir de la radiactividad liberada desde las células diana. Alternativamente, la capacidad de inducción de CTLs se puede evaluar mediante la medición de IFN-gamma producido y liberado por CTLs en presencia de células presentadoras de antígeno (APCs) que son portadoras de péptidos inmovilizados, y visualizar la zona de inhibición en el medio utilizando anticuerpos monoclonales anti-IFN-gamma.
Como resultado del examen de la capacidad de inducción de CTLs de los péptidos descritos anteriormente, se descubrió que aquellos péptidos que tienen alta afinidad de unión hacia un antígeno del HLA, no tenían necesariamente una capacidad elevada de inducción de CTLs. Sin embargo, entre los péptidos identificados y evaluados, los nonapéptidos o decapéptidos seleccionados a partir de péptidos que tenían una secuencia de aminoácidos indicada en SEQ ID NOs: 3, 4 y 5, mostraron una capacidad particularmente elevada de inducción de CTLs así como una afinidad de unión elevada hacia un antígeno del HLA. Por lo tanto, estos péptidos se ejemplifican como realizaciones preferidas de la presente invención.
Además de las modificaciones descritas anteriormente, los péptidos de la presente invención también se pueden
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funcionalmente idénticos, codifican cualquier proteína dada. Por ejemplo, los codones GCA, GCC, GCG y GCU codifican todos ellos el aminoácido alanina. Por lo tanto, en cada posición en la que una alanina está especificada por un codón, el codón se puede modificar a cualquiera de los codones correspondientes descritos, sin alterar el polipéptido codificado. Tales variaciones de ácidos nucleicos son "variaciones silenciosas", que son una especie de variaciones modificadas de manera conservadora. Cada secuencia de ácido nucleico en este documento que codifica un péptido también describe cada posible variación silenciosa del ácido nucleico. Un experto reconocerá que cada codón en un ácido nucleico (excepto AUG, que es generalmente el único codón para metionina, y TGG, que es generalmente el único codón para triptófano) se puede modificar para producir una molécula funcionalmente idéntica. Por consiguiente, cada variación silenciosa de un ácido nucleico que codifica un péptido, está descrita implícitamente en cada secuencia descrita.
El polinucleótido de la presente invención puede estar compuesto por ADN, ARN y derivados de los mismos. Un ADN está compuesto de forma adecuada por bases tales como A, T, C, y G y T se sustituyen por U en un ARN.
El polinucleótido de la presente invención puede codificar múltiples péptidos de la presente invención con o sin secuencias de aminoácidos intercaladas en el medio. Por ejemplo, la secuencia de aminoácidos intercalada puede proporcionar un sitio de escisión (por ejemplo, una secuencia enzimática de reconocimiento) del polinucleótido o de los péptidos traducidos. Además, el polinucleótido puede incluir cualesquiera secuencias adicionales a la secuencia codificadora que codifica el péptido de la presente invención. Por ejemplo, el polinucleótido puede ser un polinucleótido recombinante que incluye secuencias reguladoras requeridas para la expresión del péptido o puede ser un vector de expresión (plásmido) con genes marcadores y similares. En general, tales polinucleótidos recombinantes se pueden preparar mediante la manipulación de polinucleótidos a través de técnicas recombinantes convencionales usando, por ejemplo, polimerasas y endonucleasas.
Tanto las técnicas de síntesis recombinantes como químicas se pueden utilizar para producir los polinucleótidos de la presente invención. Por ejemplo, un polinucleótido se puede producir mediante la inserción en un vector apropiado, que se puede expresar cuando se transfecta en una célula competente. Alternativamente, un polinucleótido se puede amplificar utilizando técnicas de PCR o la expresión en hospedadores adecuados (véase, por ejemplo, Sambrook et al, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Nueva York, 1989). Alternativamente, un polinucleótido se puede sintetizar usando las técnicas de fase sólida, como se describen en Beaucage SL & Iyer RP, Tetrahedron 1992, 48: 2223-311; Matthes et al, EMBO J 1984, 3: 801-5. Los vectores que contienen el polinucleótido de la presente descripción y células hospedadoras que albergan los vectores, también están incluidos en la presente descripción.
V. Exosomas
La presente invención proporciona además vesículas intracelulares denominadas exosomas, que presentan complejos formados entre los péptidos de esta invención y antígenos del HLA en su superficie. Los exosomas se pueden preparar, por ejemplo, utilizando los métodos detallados en los documentos de publicaciones de Solicitud de Patente Japonesa Kohyo nº Hei 11-510507 y WO99/03499, y se pueden preparar utilizando APCs obtenidas a partir de pacientes que están sometidos a tratamiento y/o prevención. Los exosomas de esta invención se pueden inocular como vacunas, de una manera similar a los péptidos de esta invención.
El tipo de antígenos del HLA comprendidos en los complejos debe coincidir con el del sujeto que requiere un tratamiento y/o prevención. El uso del tipo HLA-A2 que está altamente expresado entre los japoneses y la raza caucásica es favorable para la obtención de resultados efectivos, y se pueden utilizar subtipos tales como HLA-A2 (A*0201) y HLA-A2 (A*0206). Típicamente, el tipo de antígeno del HLA del paciente que requiere tratamiento, es investigado clínicamente por adelantado, lo que permite la selección apropiada de péptidos que tienen niveles elevados de afinidad de unión hacia este antígeno, o que tienen la capacidad de inducir CTLs mediante presentación de antígenos. Además, con el fin de obtener péptidos que muestran una afinidad de unión elevada y capacidad de inducción de CTLs, se puede realizar la sustitución o adición de 1, 2 o varios aminoácidos basándose en la secuencia de aminoácidos del péptido parcial RAB6KIFL de origen natural.
Cuando se utiliza el antígeno HLA-A2 (A*0201) para el exosoma de la presente invención, se puede emplear un péptido que tiene la secuencia seleccionada entre SEQ ID NO: 3, 4 y 5.
VI. Células presentadoras de antígeno (APCs)
La presente invención también proporciona APCs aisladas que presentan complejos formados entre los antígenos del HLA y los péptidos de esta invención, sobre su superficie. Las APCs que se obtienen poniendo en contacto los péptidos de esta invención, o introduciendo los polinucleótidos que codifican los péptidos de esta invención de una forma expresable, se pueden obtener a partir de pacientes que son sometidos a tratamiento y/o prevención, y se pueden administrar como vacunas por sí mismas o en combinación con otros fármacos, incluyendo los péptidos de esta invención, exosomas o linfocitos T citotóxicos.
Las APCs no se limitan a un tipo particular de células e incluyen células dendríticas (CDs), células de Langerhans, macrófagos, linfocitos B y linfocitos T activados, que se conocen por presentar antígenos proteicos en su superficie celular con el fin de ser reconocidos por los linfocitos. Puesto que la CD es una APC representativa que tiene la
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mayor acción inductora de CTLs entre las APCs, las CDs se emplean como APCs de la presente invención.
Por ejemplo, una APC se puede obtener mediante la inducción de las CDs a partir de monocitos de sangre periférica y luego poner en contacto (estimular) con los péptidos de esta invención in vitro, ex vivo o in vivo. Cuando los péptidos de esta invención se administran a los sujetos, las APCs que presentan los péptidos de esta invención son inducidas en el cuerpo del sujeto. La expresión "inducción de APC" incluye poner en contacto (estimular) una célula con los péptidos de esta invención, o los nucleótidos que codifican los péptidos de esta invención para presentar complejos formados entre los antígenos del HLA y los péptidos de esta invención en la superficie de la célula. Alternativamente, después de la introducción de los péptidos de esta invención en las APCs para permitir que las APCs presenten los péptidos, las APCs se pueden administrar al sujeto como una vacuna. Por ejemplo, la administración ex vivo puede incluir las etapas de:
a: recoger las APCs a partir de un primer sujeto:
b: poner en contacto las APCs de la etapa a, con el péptido; y
c: administrar las APCs cargadas con el péptido a un segundo sujeto. El primer sujeto y el segundo sujeto pueden ser el mismo individuo, o pueden ser individuos diferentes. Alternativamente, de acuerdo con la presente descripción, se proporciona el empleo de los péptidos de esta invención para la preparación de una composición farmacéutica que induce las células presentadoras de antígeno. Además, la presente descripción proporciona un método o un procedimiento para la preparación de una composición farmacéutica para la inducción de células presentadoras de antígeno, en donde el método incluye la etapa de mezclar por adición
o de formular el péptido de la presente invención con un vehículo farmacéuticamente aceptable. Alternativamente, la presente descripción proporciona un método o un procedimiento para la preparación de una composición farmacéutica para el tratamiento de cánceres que incluyen cáncer de vejiga, cáncer de mama, carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, cáncer de pulmón no microcítico (CPNM), cáncer de páncreas, cáncer de próstata, carcinoma renal y cáncer de pulmón de células pequeñas (CPCP), en donde el método incluye la etapa de mezclar por adición o formular el péptido de la presente invención con un vehículo farmacéuticamente aceptable. Además, la presente invención también proporciona los péptidos de la presente invención para la inducción de células presentadoras de antígeno. Las APCs obtenidas en la etapa b se pueden administrar al sujeto como una vacuna. Alternativamente, la presente invención proporciona los péptidos para el tratamiento de cánceres que incluyen cáncer de vejiga, cáncer de mama, carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, cáncer de pulmón no microcítico (CPNM), cáncer de páncreas, cáncer de próstata, carcinoma renal y cáncer de pulmón de células pequeñas (CPCP).
Según un aspecto de la presente descripción, las APCs de la presente descripción tienen un alto nivel de capacidad de inducción de CTLs. En la expresión "alto nivel de capacidad de inducción de CTLs", el alto nivel es en relación con el nivel en la APC puesta en contacto con ningún péptido o con péptidos que no pueden inducir CTLs. Tales APCs que tienen un alto nivel de capacidad de inducción de CTLs se pueden preparar mediante un método que incluye la etapa de transferir genes que contienen polinucleótidos que codifican los péptidos de esta invención, a APCs in vitro. Los genes introducidos pueden estar en forma de ADN o ARN. Ejemplos de métodos para la introducción incluyen, sin limitaciones particulares, diversos métodos utilizados convencionalmente en este campo, se pueden utilizar tales como la lipofección, la electroporación y el método de fosfato de calcio. Más específicamente, se puede llevar a cabo tal y como se describe en Cancer Res 1996, 56: 5672-7; J Immunol 1998, 161: 5607-13; J Exp Med 1996, 184: 465-72; documento de traducción japonesa de publicación internacional nº 2000-509281. Mediante la transferencia del gen en las APCs, el gen se somete a transcripción, traducción y similares en la célula, y luego la proteína obtenida es procesada por el MHC de clase I o clase II, y se continúa a través de una ruta de presentación para presentar los péptidos.
En una realización preferida, las APCs de la presente invención presentan en su superficie un complejo de un antígeno del HLA y un oligopéptido que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada entre SEQ ID NO: 3, 4 y 5. Preferiblemente, las APCs de la presente invención son portadoras del antígeno HLA-A2, en particular HLA-A2 (A*0201) en su superficie. Alternativamente, un oligopéptido que va a formar un complejo con un antígeno del HLA, puede ser un oligopéptido que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada entre SEQ ID NO: 3, 4 y 5, en donde uno o dos aminoácidos están sustituidos, insertados, delecionados y/o añadidos, por ejemplo, el segundo aminoácido desde el extremo N-terminal puede estar sustituido con leucina o metionina, y/o el aminoácido Cterminal puede estar sustituido con valina o leucina.
VII. Linfocitos T citotóxicos (CTLs)
Un linfocito T citotóxico inducido contra cualquiera de los péptidos de la presente invención refuerza la respuesta inmune dirigida contra endotelios asociados a tumores in vivo y, por lo tanto, se puede utilizar como vacuna, de una manera similar a los péptidos per se. De este manera, la presente invención también proporciona linfocitos T citotóxicos aislados que se inducen o activan específicamente a través de cualquiera de los presentes péptidos.
Tales linfocitos T citotóxicos se pueden obtener (1) administrándolos a un sujeto, y después recogiendo los linfocitos T citotóxicos del sujeto, o (2) poniendo en contacto (estimulando) las APCs obtenidas a partir del sujeto y las células
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positivas para CD8, o leucocitos mononucleares de sangre periférica in vitro, con los péptidos de la presente invención y luego aislando los linfocitos T citotóxicos.
Los linfocitos T citotóxicos, que han sido inducidos por la estimulación de las APCs que presentan los péptidos de esta invención, se pueden obtener a partir de pacientes que están sometidos a tratamiento y/o prevención, y se pueden administrar de forma aislada o en combinación con otros fármacos, incluyendo los péptidos de esta invención o exosomas, con el fin de efectos de regulación. Los linfocitos T citotóxicos obtenidos actúan específicamente contra células diana que presentan los péptidos de esta invención o, por ejemplo, los mismos péptidos utilizados para la inducción. En otras palabras, los linfocitos T citotóxicos pueden reconocer (es decir, unirse a) un complejo formado entre un antígeno del HLA y el péptido de la presente invención sobre la superficie de una célula diana, con el receptor de linfocitos T, y luego atacar a la célula diana para inducir la destrucción de la célula diana. Las células diana pueden ser células que expresan endógenamente RAB6KIFL, o células que han sido transfectadas con el gen RAB6KIFL; y células que presentan un péptido de esta invención en la superficie celular debido a la estimulación con el péptido, también pueden servir como dianas del ataque activado con CTLs. En la realización preferida, las células diana son portadoras del antígeno HLA-A2, en particular HLA-A2 (A*020) en su superficie.
VIII. Receptor de linfocitos T (TCR)
La presente descripción también proporciona una composición compuesta por una secuencia de ácido nucleico que codifica polipéptidos que son capaces de formar una subunidad de un receptor de linfocitos T (TCR), y métodos para utilizar la misma. Las cadenas alfa y beta del TCR tienen la capacidad de formar un TCR que confiere a los linfocitos T una especificidad contra células tumorales que expresan RAB6KIFL. Mediante el uso de métodos conocidos en la técnica, la secuencia de ácido nucleico de las cadenas alfa y beta del TCR expresado en el CTL inducido con uno o varios péptidos de esta invención, se puede aislar y usar para construir vectores adecuados que pueden mediar en una transferencia génica muy eficaz en linfocitos humanos primarios (documento WO2007/032255 y Morgan RA, et al., J Immunol, 171, 3287 (2003)). Por ejemplo, estos vectores son vectores retrovíricos. Ventajosamente, la descripción proporciona una composición lista para usar que permite una modificación rápida de los propios linfocitos T del paciente (o los de otro mamífero) para producir rápida y fácilmente linfocitos T modificados que tienen propiedades excelentes para destruir células cancerígenas. Además, la presente descripción proporciona CTLs que se preparan mediante transducción con los ácidos nucleicos que codifican los polipéptidos de las subunidades de TCR que se unen al péptido RAB6KIFL, p. ej., SEQ ID NOs: 3, 4 y 5 en el contexto de HLA-A2 (A*0201). Los CTLs transducidos son capaces de producir una migración dirigida de las células cancerígenas in vivo, y se pueden multiplicar por métodos bien conocidos de cultivo in vitro (por ejemplo, Kawakami et al., J Immunol., 142, 3452-3461 (1989)). Los linfocitos T de la descripción se pueden utilizar para formar una composición inmunógena útil en el tratamiento o la prevención del cáncer en un paciente que requiere una terapia o protección (documento WO2006/031221).
IX. Agentes o composiciones farmacéuticas
Los términos "prevención" y "profilaxis" se utilizan indistintamente en este documento para hacer referencia a cualquier actividad que reduce la carga de la mortalidad o la morbilidad de la enfermedad. La prevención y la profilaxis pueden tener lugar "a niveles de prevención primaria, secundaria y terciaria". Si bien la prevención y la profilaxis primarias evitan el desarrollo de una enfermedad, los niveles secundario y terciario de prevención y profilaxis abarcan las actividades destinadas a la prevención y la profilaxis de la progresión de una enfermedad y la aparición de síntomas, así como la reducción del impacto negativo de una enfermedad ya establecida, restaurando la función y reduciendo las complicaciones relacionadas con la enfermedad. Alternativamente, la prevención y la profilaxis pueden incluir una amplia gama de terapias profilácticas dirigidas a aliviar la gravedad del trastorno particular, por ejemplo, reducir la proliferación y la metástasis de tumores.
El tratamiento y/o la profilaxis del cáncer y/o la prevención de una recurrencia postoperatoria del mismo incluyen cualquiera de las siguientes etapas, tales como la extirpación quirúrgica de células cancerígenas, la inhibición del crecimiento de células cancerígenas, la involución o la regresión de un tumor, la inducción de la remisión y supresión de la aparición de un cáncer, la regresión de un tumor y la reducción o la inhibición de una metástasis. Tratar con eficacia y/o la profilaxis de un cáncer disminuye la mortalidad y mejora el pronóstico de individuos que tienen cáncer, disminuye los niveles de marcadores tumorales en sangre y alivia los síntomas detectables que acompañan al cáncer. Por ejemplo, la reducción o la mejoría de los síntomas constituye un tratamiento eficaz y/o la profilaxis incluye 10%, 20%, 30% o más de reducción, o una enfermedad estable. Puesto que la expresión de RAB6KIFL está regulada al alza en varios tipos de cáncer, en comparación con un tejido normal, los péptidos de esta invención o los polinucleótidos que codifican tales péptidos se pueden utilizar para el tratamiento y/o para la profilaxis del cáncer, y/o para la prevención de la recurrencia postoperatoria del mismo. Por lo tanto, la presente invención proporciona un agente o una composición farmacéutica para el tratamiento y/o para la prevención del cáncer, y/o la prevención de la recurrencia postoperatoria del mismo, que incluye uno o varios de los péptidos de esta invención, o los polinucleótidos que codifican los péptidos como un ingrediente activo. Alternativamente, los presentes péptidos pueden ser expresados en la superficie de cualquiera de los exosomas o células anteriores, tales como APCs, para el uso como agentes o composiciones farmacéuticas. Además, los linfocitos T citotóxicos mencionados anteriormente que se dirigen a cualquiera de los péptidos de la presente invención también se pueden usar como el ingrediente activo de los presentes agentes o composiciones farmacéuticas. En el contexto de la presente invención, la expresión "dirigidos a un péptido" se refiere a reconocer (es decir, la unión a) un complejo formado entre un antígeno del HLA y un
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péptido en la superficie de una célula diana con el receptor del linfocito T, y luego atacar la célula diana para inducir la destrucción de la célula diana.
En otro aspecto, la presente descripción también proporciona el uso de un ingrediente activo seleccionado entre:
(a) un péptido de la presente invención,
5 (b) un ácido nucleico que codifica un péptido de este tipo, tal y como se describe en este documento, en una forma expresable,
- (c)
- una APC de la presente invención, y
- (d)
- linfocitos T citotóxicos de la presente invención
en la preparación de una composición o un agente farmacéutico para el tratamiento del cáncer. 10 Alternativamente, la presente invención proporciona además un ingrediente activo seleccionado entre:
- (a)
- un péptido de la presente invención,
- (b)
- un ácido nucleico que codifica un péptido de este tipo, tal y como se describe en el presente documento, en una forma expresable,
- (c)
- una APC de la presente invención, y
15 (d) linfocitos T citotóxicos de la presente invención para
uso en el tratamiento del cáncer.
Alternativamente, la presente descripción proporciona además un método o un procedimiento para la preparación de una composición o un agente farmacéutico para tratar el cáncer, en donde el método o el procedimiento incluye la etapa de formular un vehículo farmacéutica o fisiológicamente aceptable con un ingrediente activo seleccionado
20 entre:
- (a)
- un péptido de la presente invención,
- (b)
- un ácido nucleico que codifica un péptido de este tipo, tal y como se describe en el presente documento, en una forma expresable,
- (c)
- una APC de la presente invención, y
25 (d) linfocitos T citotóxicos de la presente invención como
ingredientes activos.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona además un método o un procedimiento para la preparación de una composición o un agente farmacéutico para tratar el cáncer, en donde el método o el procedimiento incluye la etapa de mezclar por adición un ingrediente activo con un vehículo farmacéutica o fisiológicamente aceptable, en
30 donde el ingrediente activo se selecciona entre:
- (a)
- un péptido de la presente invención,
- (b)
- un ácido nucleico que codifica un péptido de este tipo, tal y como se describe en el presente documento, en una forma expresable,
- (c)
- una APC de la presente invención, y
35 (d) linfocitos T citotóxicos de la presente invención.
Alternativamente, la composición o el agente farmacéutico de la presente invención se puede utilizar tanto para una profilaxis del cáncer como una prevención de la recurrencia postoperatoria del mismo como para ambas.
Los presentes agentes o composiciones farmacéuticas se pueden emplear como una vacuna. En el contexto de la presente invención, la expresión "vacuna" (también referida como composición inmunógena) se refiere a una sus
40 tancia que tiene la función de inducir inmunidad antitumoral después de su inoculación en animales.
Los agentes o composiciones farmacéuticas de la presente invención se pueden utilizar para tratar y/o prevenir cánceres, y/o prevenir la recurrencia postoperatoria de los mismos en sujetos o pacientes que incluyen el ser humano y cualquier otro mamífero, incluyendo, pero no limitados a, ratón, rata, cobaya, conejo, gato, perro, oveja, cabra, cerdo, vaca, caballo, mono, babuino y chimpancé, particularmente un animal de importancia comercial o un animal
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Según la presente invención, se ha encontrado que oligopéptidos que tienen una secuencia de aminoácidos seleccionada entre SEQ ID NOs: 3, 4 y 5 son péptidos de epítopos restringidos por HLA-A2 (A*0201), que pueden inducir una respuesta inmune potente y específica. Por lo tanto, los presentes agentes o composiciones farmacéuticas que incluyen cualquiera de estos oligopéptidos con las secuencias de aminoácidos de SEQ ID NOs: 3, 4 o 5, son particularmente adecuados para la administración a sujetos cuyo antígeno del HLA es HLA-A2 (A*0201). Lo mismo se aplica a los agentes o composiciones farmacéuticas que incluyen polinucleótidos que codifican cualquiera de estos oligopéptidos. Los cánceres que se van a tratar con los agentes o composiciones farmacéuticas de la presente invención no están limitados e incluyen todos los tipos de cánceres en los que está implicado RAB6KIFL, incluyendo, por ejemplo, cáncer de vejiga, cáncer de mama, carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, cáncer de pulmón de células no pequeñas (NCPCP), cáncer de páncreas, cáncer de próstata, carcinoma renal y cáncer de pulmón de células pequeñas (CPCP). En particular, los agentes o composiciones farmacéuticas de la presente invención se aplican preferiblemente al cáncer de páncreas.
Los presentes agentes o composiciones farmacéuticas pueden contener, además de los mencionados ingredientes activos, otros péptidos que tienen la capacidad de inducir CTLs contra las células cancerígenas, otros polinucleótidos que codifican los otros péptidos, otras células que presentan los otros péptidos, o similares. En este documento, los otros péptidos que tienen la capacidad de inducir CTLs contra las células cancerígenas se ejemplifican por antígenos específicos del cáncer (por ejemplo, AATs identificados), pero no se limitan a los mismos. Si es necesario, los agentes o composiciones farmacéuticas de la presente invención pueden incluir opcionalmente otras sustancias terapéuticas como ingrediente activo, siempre y cuando la sustancia no inhiba el efecto antitumoral del ingrediente activo, por ejemplo, cualquiera de los presentes péptidos. Por ejemplo, las formulaciones pueden incluir agentes o composiciones anti-inflamatorias, analgésicos, agentes quimioterapéuticos y similares. Además de incluir otras sustancias terapéuticas en el propio medicamento, los medicamentos de la presente invención también se pueden administrar secuencial o simultáneamente con uno o varios agentes o composiciones farmacológicas. Las cantidades de medicamento y de agente o composición farmacológica dependen, por ejemplo, de qué tipo de agente(s) o composición(es) farmacológica(s) se utiliza/n, la enfermedad que se va a tratar y la pauta y las rutas de administración.
Se debe entender que además de los ingredientes particularmente mencionados en el presente documento, los agentes o composiciones farmacéuticas de esta invención pueden incluir otros agentes o composiciones convencionales en la técnica, teniendo en cuenta el tipo de formulación en cuestión.
En un aspecto de la presente descripción, los presentes agentes o composiciones farmacéuticas se pueden incluir en artículos de fabricación y kits que contienen materiales útiles para el tratamiento de los estados patológicos de la enfermedad que se va a tratar, por ejemplo, cáncer. El artículo de fabricación puede incluir un envase con cualquiera de los presentes agentes o composiciones farmacéuticas con una etiqueta. Los envases adecuados incluyen botellas, viales y tubos de ensayo. Los envases se pueden producir a partir de una variedad de materiales, tales como vidrio o plástico. La etiqueta en el envase debe indicar el agente o las composiciones que se emplean para el tratamiento o la prevención de uno o varios estados de la enfermedad. La etiqueta también puede indicar instrucciones para la administración y así sucesivamente.
Además del envase descrito anteriormente, un kit que incluye un agente o composiciones farmacéuticas de la presente invención, puede incluir además opcionalmente un segundo envase que aloja un diluyente farmacéuticamente aceptable. Puede incluir además otros materiales deseables desde un punto de vista comercial y del usuario, incluyendo otros tampones, diluyentes, filtros, agujas, jeringas y prospectos con instrucciones de uso.
Las composiciones farmacéuticas se pueden presentar, si se desea, en un paquete o dispositivo dispensador que puede contener una o varias formas de dosificación unitaria que contienen el ingrediente activo. El paquete puede incluir, por ejemplo, una lámina de metal o plástico, tal como un envase blíster. El paquete o dispositivo dispensador puede ir acompañado de instrucciones para la administración.
(1) Agentes o composiciones farmacéuticas que contienen los péptidos como ingrediente activo
Los péptidos de esta invención se pueden administrar directamente como un agente o composiciones farmacéuticas,
o si es necesario, formulados por métodos de formulación convencionales. En este último caso, además de los péptidos de esta invención, vehículos, excipientes y similares que se utilizan normalmente para fármacos, se pueden incluir cuando sea adecuado, sin limitaciones particulares. Ejemplos de tales vehículos son agua esterilizada, solución salina fisiológica, tampón fosfato, líquido de cultivo y similares. Además, los agentes o composiciones farmacéuticas pueden contener, si es necesario, estabilizantes, suspensiones, conservantes, agentes tensioactivos y similares. Los agentes o composiciones farmacéuticas de esta invención se pueden utilizar para fines anticancerosos.
Los péptidos de esta invención se pueden preparar como una combinación, compuesta por dos o más de los péptidos de la invención, para inducir CTL in vivo. La combinación peptídica puede estar en forma de una mezcla o se puede conjugar entre sí utilizando técnicas convencionales. Por ejemplo, los péptidos pueden estar enlazados químicamente o estar expresados como una secuencia polipeptídica de fusión única. Los péptidos en la combinación pueden ser iguales o diferentes. Mediante la administración de los péptidos de esta invención, los péptidos son presentados con una densidad elevada por los antígenos del HLA en las APCs, a continuación, los CTLs que reaccionan específicamente frente al complejo formado entre el péptido presentado y el antígeno del HLA, se inducen. Al
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ternativamente, las APCs que presentan cualquiera de los péptidos de esta invención sobre su superficie celular, se obtienen retirando las APCs (por ejemplo, CDs) de los sujetos, que están estimulados por los péptidos de esta invención, los CTLs se inducen en los sujetos mediante la administración de nuevo de estas APCs (por ejemplo, CDs) a los sujetos, y como resultado, se puede incrementar la agresividad hacia las células cancerígenas, tales como cáncer de vejiga, cáncer de mama, carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, cáncer de pulmón no microcítico (CPNM), cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal y cáncer de pulmón de células pequeñas (CPCP).
Los agentes o composiciones farmacéuticas para el tratamiento y/o la prevención del cáncer, que incluyen un péptido de esta invención como ingrediente activo, también pueden incluir un adyuvante conocido para establecer eficazmente una inmunidad celular. Alternativamente, se pueden administrar con otros ingredientes activos, y se pueden administrar mediante una formulación en gránulos. Un adyuvante se refiere a un compuesto que potencia la respuesta inmune contra la proteína cuando se administra junto (o sucesivamente) con la proteína que tiene actividad inmunológica. Los adyuvantes contemplados en esta memoria incluyen los descritos en la bibliografía (Clin Microbiol Rev 1994, 7: 277-89). Ejemplos de adyuvantes adecuados incluyen, pero no se limitan a, fosfato de aluminio, hidróxido de aluminio, alumbre, toxina del cólera, toxina de salmonella y similares, pero no se limitan a los mismos.
Además, formulaciones de liposomas, formulaciones granulares en las que el péptido está unido a perlas con un diámetro de pocos micrómetros y formulaciones en las que un lípido está unido al péptido, se pueden utilizar de modo conveniente.
En algunos aspectos, los agentes o composiciones farmacéuticas de la invención pueden incluir además un componente que estimula los CTLs. Los lípidos han sido identificados como agentes o composiciones capaces de estimular CTLs in vivo contra antígenos víricos. Por ejemplo, residuos de ácido palmítico se pueden fijar a los grupos épsilonamino y alfa-amino de un residuo de lisina y luego enlazarlos a un péptido de la invención. El péptido lipidado se puede administrar a continuación, ya sea directamente en una micela o partícula, incorporada en un liposoma, o emulsionado en un adyuvante. Como otro ejemplo de estimulación con lípidos de las respuestas de CTLs, lipoproteínas de E. coli, tales como tripalmitoil-S-glicerilcisteinliseril-serina (P3CSS) se pueden utilizar para estimular CTLs cuando se fijan covalentemente a un péptido apropiado (véase, por ejemplo, Deres et al., Nature 1989, 342: 561-4).
El método de administración puede ser oral, intradérmico, subcutáneo, inyección intravenosa o similares, y la administración sistémica o la administración local próxima a los sitios designados. La administración se puede realizar mediante una administración única o reforzada mediante múltiples administraciones. La dosis de los péptidos de esta invención se puede ajustar apropiadamente de acuerdo con la enfermedad que se va a tratar, la edad del paciente, el peso, la forma de administración y similares, y es normalmente de 0,001 mg a 1000 mg, por ejemplo, de 0,001 mg a 1000 mg, por ejemplo, de 0,1 mg a 10 mg, y se puede administrar una vez desde unos pocos días a unos pocos meses. Un experto en la técnica puede seleccionar adecuadamente una dosis adecuada.
(2) Agentes o composiciones farmacéuticas que contienen polinucleótidos como ingrediente activo
Los agentes o composiciones farmacéuticas de la invención también pueden contener ácidos nucleicos que codifican los péptidos descritos en este documento en una forma expresable. En este documento, la expresión "en una forma expresable" significa que el polinucleótido, cuando se introduce en una célula, se expresa in vivo como un polipéptido que induce inmunidad antitumoral. En un ejemplo de realización, la secuencia de ácidos nucleicos del polinucleótido de interés incluye elementos reguladores necesarios para la expresión del polinucleótido. El(los) polinucleótido(s) se puede(n) equipar de modo que se consiga una inserción estable en el genoma de la célula diana (véase, por ejemplo, Thomas KR y Capecchi MR, Cell 1987, 51: 503-12 para una descripción de vectores de casete de recombinación homóloga). Véase, por ejemplo, Wolff et al, Science 1990, 247: 1465-8; documentos de Patentes de EE.UU. nº 5.580.859; 5.589.466; 5.804.566; 5.739.118; 5.736.524; 5.679.647; y WO 98/04720. Ejemplos de tecnologías de entrega basadas en el ADN incluyen "ADN desnudo", entrega facilitada (bupivacaína, polímeros, mediada por péptido), complejos de lípidos catiónicos, y mediada por partículas ("pistola de genes") o entrega mediada por presión (véase, por ejemplo, el documento de Patente de EE.UU. nº 5.922.687).
Los péptidos de la presente invención también se pueden expresar a través de vectores víricos o bacterianos. Ejemplos de vectores de expresión incluyen hospedadores víricos atenuados, tales como virus vaccinia o viruela aviar. Esta metodología implica el uso del virus vaccinia, por ejemplo, como un vector para expresar secuencias de nucleótidos que codifican el péptido. Después de la introducción en un hospedador, el virus vaccinia recombinante expresa el péptido inmunógeno, y de ese modo provoca una respuesta inmune. Los vectores de vaccinia y los métodos útiles en los protocolos de inmunización se describen, por ejemplo, en el documento de Patente de Estados Unidos nº
4.722.848. Ejemplos de otro vector incluyen BCG (Bacilo Calmette Guerin). Los vectores de BCG se describen en Stover et al, Nature 1991, 351: 456-60. Una amplia variedad de otros vectores útiles para la administración terapéutica o la inmunización, por ejemplo, vectores de adenovirus y de virus adenoasociados, vectores retrovíricos, vectores de Salmonella typhi, vectores no tóxicos de la toxina del ántrax y similares, será evidente. Véase, por ejemplo, Shata et al, Mol Med Today 2000, 6: 66-71; Shedlock et al, J Leukoc Biol 2000, 68: 793-806; Hipp et al, In Vivo 2000,
14: 571-85.
La entrega de un polinucleótido a un sujeto puede ser directa, en cuyo caso el sujeto está expuesto directamente a
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un vector que transporta el polinucleótido, o indirecta, en cuyo caso, las células se transforman primero con el polinucleótido de interés in vitro, a continuación, las células se trasplantan al sujeto. Estas dos metodologías son conocidas, respectivamente, como terapias génicas in vivo y ex vivo.
Para revisiones generales de los métodos de terapia génica, véase Goldspiel et al, Clinical Pharmacy 1993, 12: 488505; Wu and Wu, Biotherapy 1991, 3: 87-95; Tolstoshev, Ann Rev Pharmacol Toxicol 1993, 33: 573-96; Mulligan, Science 1993, 260: 926-32; Morgan & Anderson, Ann Rev Biochem 1993, 62: 191-217; Trends in Biotechnology 1993, 11(5): 155-215). Los métodos comúnmente conocidos en la técnica de la tecnología del ADN recombinante, que también se pueden utilizar en la presente invención se describen en compiladores Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY, 1993; y Krieger, Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, Stockton Press, NY, 1990.
El método de administración puede ser oral, intradérmico, subcutáneo, inyección intravenosa o similares, y la administración sistémica o administración local se emplea en la proximidad de los sitios designados. La administración se puede realizar mediante administración única o reforzada mediante múltiples administraciones. La dosis del polinucleótido en el vehículo adecuado o las células transformadas con el polinucleótido que codifica los péptidos de esta invención se puede ajustar apropiadamente de acuerdo con la enfermedad que se va a tratar, la edad del paciente, el peso, la forma de administración y similares, y es ordinariamente de 0,001 mg a 1000 mg, por ejemplo, de 0,001 mg a 1000 mg, por ejemplo, de 0,1 mg a 10 mg, y se puede administrar de una vez cada pocos días a una vez cada pocos meses. Un experto en la técnica puede seleccionar adecuadamente la dosis adecuada.
X. Métodos que emplean los péptidos, exosomas, APCs y CTLs
Los péptidos de la presente invención y los polinucleótidos que codifican tales péptidos se pueden utilizar para la inducción de APCs y CTLs. Los exosomas y las APCs de la presente invención también se pueden utilizar para la inducción de CTLs. Los péptidos, polinucleótidos, exosomas y APCs se pueden utilizar en combinación con cualquier otro compuesto siempre que los compuestos no inhiban su capacidad de inducción de CTLs. Por lo tanto, cualquiera de los agentes o composiciones farmacéuticas de la presente invención mencionados anteriormente, se puede utilizar para inducir CTLs, y además, los que incluyen los péptidos y polinucleótidos se pueden utilizar también para inducir APCs tal y como se describe a continuación.
(1) Método para inducir las células presentadoras de antígeno (APCs)
La presente invención proporciona métodos de inducción de APCs utilizando los péptidos de esta invención o polinucleótidos que codifican los péptidos. La inducción de APCs se puede realizar como se ha descrito anteriormente en la sección "VI. Células presentadoras de antígeno". Esta invención también proporciona un método para inducir APCs que tienen un nivel elevado de capacidad de inducción de CTLs, cuya capacidad de inducción ha sido también mencionada en el apartado "VI. Células presentadoras de antígeno", supra.
Preferiblemente, los métodos para inducir APCs incluyen al menos una etapa seleccionada entre:
a: poner en contacto las APCs con los péptidos de la presente invención, e
b: introducir los polipéptidos de la presente invención en una forma expresable en las APCs.
Tales métodos para inducir APCs se realizan preferiblemente in vitro o ex vivo. Cuando los métodos se realizan in vitro o ex vivo, las APCs que se van a inducir se pueden obtener a partir de un sujeto que se va a tratar o de otros cuyos antígenos del HLA son iguales que los del sujeto. En una realización preferida, las APCs inducidas por los presentes métodos son portadoras del antígeno HLA-A2, en particular HLA-A2 (A*0201) en su superficie.
(2) Método para inducir CTLs
Además, la presente invención proporciona métodos para inducir CTLs utilizando los péptidos de esta invención, polinucleótidos que codifican los péptidos o exosomas o APCs que presentan los péptidos.
La presente invención también proporciona métodos para inducir CTLs utilizando un polinucleótido que codifica un polipéptido que es capaz de formar una subunidad del receptor de linfocitos T (TCR) que reconoce (es decir, se une a) un complejo de los péptidos de la presente invención y antígenos del HLA en una superficie celular. Preferiblemente, los métodos para inducir CTLs incluyen al menos una etapa seleccionada entre:
a: poner en contacto un linfocito T positivo para CD8 con una célula presentadora de antígeno y/o un exosoma que presenta en su superficie un complejo de un antígeno del HLA y un péptido de la presente invención, y
b: introducir un polinucleótido que codifica un polipéptido que es capaz de formar una subunidad del TCR que reconoce un complejo de un péptido de la presente invención y un antígeno del HLA en un linfocito T positivo para CD8.
Cuando los péptidos de esta invención se administran a un sujeto, el CTL es inducido en el cuerpo del sujeto, y la
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La investigación clínica utilizando PBMCs procedentes de los donantes fue aprobada por la Junta de Revisión Institucional de la Universidad de Kumamoto, Kumamoto, Japón. Las muestras de sangre y los tejidos cancerígenos y no cancerígenos adyacentes, fueron obtenidos durante los procedimientos de diagnóstico de rutina después de obtener de los pacientes consentimientos formales de haber sido informados por escrito en el Hospital de la Universidad de Kumamoto. Las muestras de sangre también se obtuvieron a partir de donantes sanos después de recibir su consentimiento por escrito de haber sido informados. Todas las muestras eran anónimas, se numeraron al azar y se almacenaron a -80ºC hasta su uso. Todos los pacientes y donantes sanos eran de nacionalidad japonesa.
Análisis mediante transcripción inversa-PCR y transferencia Northern
El análisis mediante transcripción inversa-PCR (RT-PCR) de los tejidos normales y cancerígenos y de las líneas celulares se realizó para evaluar la expresión de RAB6KIFL a nivel de ARNm. Las secuencias de los cebadores fueron como sigue: RAB6KIFL, directo 5'-CTACAAGCACCCAAGGACTCT -3' (SEQ ID NO: 6) e inverso 5'-AGATGGAGAAGCGAATGTTT -3' (SEQ ID NO: 7) y beta-actina, directo 5'-CATCCACGAAACTACCTTCAACT-3' (SEQ ID NO: 8) e inverso 5'-TCTCCTTAGAGAGAAGTGGGGTG-3' (SEQ ID NO: 9), y las reacciones de RT-PCR empleadas consistían en una desnaturalización inicial a 94ºC durante 5 minutos y 32-35 ciclos de amplificación a una temperatura de reasociación de 58ºC. Después de la normalización mediante ARNm de beta-actina como control, la expresión del ARNm de RAB6KIFL se comparó en tejidos y líneas celulares.
Transferencia Western y examen inmunohistoquímico.
La transferencia Western y la tinción inmunohistoquímica de la proteína RAB6KIFL se realizaron como se ha descrito previamente (Nakatsura T, et al Biochem Biophys Res Commun 2001; 281: 936-44. Yoshitake Y, et al. Clin Cancer Res 2004; 10: 6437-48). Para los análisis de transferencia Western de tejidos normales humanos, se usó una transferencia de tejido de humano adulto normal, preparadao previamente (Biochain, Hayward, CA). Los anticuerpos primarios utilizados, el anticuerpo policlonal anti-RAB6KIFL y el anticuerpo monoclonal anti-b-actina, fueron adquiridos en Bethyl Laboratories, Inc. (Montgomery, TX, EE.UU.) y Sigma (Steinheim, Alemania), respectivamente. La tinción inmunohistoquímica de las células CD4 o CD8 en muestras tisulares de Tgm HLA-A2.1 (HHD) inmunizado con el péptido RAB6KIFL-A2-10-284, se realizó como se ha descrito previamente (Matsuyoshi H, et al 2004; 172: 776-86).
Transferencia génica lentivírica
Una transferencia génica mediada por vectores lentivíricos se realizó como se ha descrito anteriormente (Imai K, et al Clin Cancer Res 2008; 14: 6487-95, Tahara-Hanaoka S, et al Exp Hematol 2002; 30: 11-7). En resumen, 17 micro g de vectores autoinactivantes CSII-CMV-RfA y CSIIEF-RfA (Miyoshi H, et al J Virol 1998; 72: 8150-7) que son portadores de ADNc de RAB6KIFL y 10 micro-g de pCMV-VSV-G-RSV-Rev y pCAG-HIVgp se transfectaron en células 293T, se cultivaron en una placa de cultivo de 10 cm utilizando reactivo Lipofectamina 2000 (Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA, EE.UU.). Después de 60 h de transfección, el medio se recuperó y las partículas víricas se sedimentaron por ultracentrifugación (50.000 x g, 2 h). El sedimento se suspendió en 50 micro-L de medio RPMI 1640 y 10 micro-L de la suspensión vírica se añadieron a 5 x 104 células SKHep1, por pocillo en una placa de fondo plano de 96 pocillos. La expresión del gen RAB6KIFL transfectado se confirmó mediante un análisis de transferencia Western.
Inducción de CTLs de ratón que reaccionan con RAB6KIFL y ensayo por inmunoabsorción ligada a enzimas con IFN-gamma
Péptidos humanos obtenidos a partir de RAB6KIFL (pureza> 95%), que eran portadores de motivos que se unían a moléculas codificadas con HLA-A2 (A*0201), fueron seleccionados utilizando el programa informático BIMAS (BioInformatics and Molecular Analysis Section, Center for information Technology, NIH, Bethesda, MD) y se sintetizaron 36 péptidos (American Peptide Company, CA, EE.UU.). El péptido de HIV restringido por HLA-A2 (SLYNTYATL) (SEQ ID NO: 10) se utilizó como un péptido irrelevante. La inmunización de los ratones con péptidos se realizó como se ha descrito previamente (Nakatsura T, et al Biochem Biophys Res Commun 2003; 306: 16-25). La frecuencia de células productoras de IFN-gamma/1 x 105 células de bazo CD4-después de la estimulación con BM-DC singénicas (1 x 104/pocillo) estimuladas con o sin cada péptido, se analizó mediante un ensayo de inmunoabsorción ligada a enzimas (ELISPOT), tal y como se ha descrito previamente (Komori H, et al Clin Cancer Res 2006; 12: 2689-97).
Inducción de CTLs humanos que reaccionan con RAB6KIFL
Péptidos humanos obtenidos a partir de RAB6KIFL (pureza> 95%), que eran portadores de motivos que se unían a moléculas codificadas con HLA-A2 (A*0201), fueron seleccionados utilizando el programa informático BIMAS (BioInformatics and Molecular Analysis Section, Center for information Technology, NIH, Bethesda, MD) y se sintetizaron 36 péptidos (American Peptide Company, CA, EE.UU.) (Tablas 1A y B). CDs obtenidas a partir de monocitos se utilizaron como células presentadoras de antígeno para inducir respuestas de CTLs contra péptidos presentados en el contexto de HLA. Las CDs se generaron en cultivo in vitro como se ha descrito previamente (Yoshitake Y, et al Clin Cancer Res 2004; 10: 6437-48, Harao M, et al Int J Cancer 2008; en prensa, Imai K, et al Clin Cancer Res 2008; en prensa). En pocas palabras, las PBMCs aisladas a partir de un voluntario normal, positivo para HLA-A2, utilizando solución Ficoll-Plaque (GE Healthcare UK, Ltd., Buckinghamshire, Reino Unido) fueron clasificadas en población CD8+ y población CD14+ con microperlas (Miltenyi Biotec, Bergisch Gladbach, Alemania). Para generar las CDs, la
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tico y otros cánceres positivos para HLA-A2, utilizando un análisis RT-PCR (Fig. 2B).
Posteriormente, se analizó la expresión del gen RAB6KIFL utilizando un análisis de RT-PCR en los tejidos de cáncer de páncreas y sus homólogos normales adyacentes, que se extirparon quirúrgicamente. Se detectó la expresión del gen RAB6KIFL en 5 de 8 tejidos de cáncer de páncreas, pero se detectó una expresión baja en sus homólogos nor
5 males (Fig. 2C). Además, se detectó su expresión en los focos metastásicos de la piel y el peritoneo.
La expresión de la proteína RAB6KIFL en tejidos cancerígenos y algunos normales también se examinó mediante transferencia Western (Figs. 3A, B). La proteína RAB6KIFL no se pudo detectar en ocho tejidos normales y en los testículos dio una banda muy débil que tenía una movilidad similar a la observada en un lisado de células PANC1 (Fig. 3A). Por otro lado, se detectó la proteína RAB6KIFL en tejidos de cáncer de páncreas de dos pacientes exami
10 nados, pero no en los tejidos normales adyacentes (Fig. 3B).
Para confirmar la hiperexpresión asociada a tumores de la proteína RAB6KIFL, se examinaron a continuación muchas muestras de tejido de cáncer de páncreas embebido en parafina, mediante análisis inmunohistoquímicos. Una tinción fuerte de RAB6KIFL se observó principalmente en el citoplasma de las células cancerígenas en cáncer de páncreas, mientras que se observó una tinción muy débil en células acinares y en el epitelio ductal normal de sus
15 tejidos pancreáticos normales adyacentes (Fig. 4A). Además, se observó una tinción fuerte similar en focos metastásicos del peritoneo (Fig. 4A). No se detectó una tinción en las muestras tisulares de pancreatitis con formación de tumor (Fig. 4A). RAB6KIFL no estaba teñido en el cerebro, pulmón, hígado, riñón, estómago, intestino delgado, colon, bazo, músculo esquelético, piel, timo y testículos normales (Fig. 4B).
Predicción de los péptidos que se unen a HLA-A2 (A*0201) obtenidos a partir de RAB6KIFL
20 La Tabla 1A y B muestran péptidos que se unen a HLA-A2 (A*0201) de la proteína RAB6KIFL ordenados según la puntuación de la afinidad de unión elevada prevista. En total, se seleccionaron 36 péptidos con actividad potencial de unión a HLA-A2.
[Tabla 1A]
Tabla 1A Péptidos de 9-meros que se unen a HLA-A2 (A*0201) obtenidos a partir de RAB6KIFL
- Denominación
- Posición de partida Subsecuencia Puntuación SEQ ID
- 204
- LLSNEVIWL 459
- RAB6KIFL-A2-9-12
- 12 LLSDDDVW 199 SEQ ID NO: 3
- 715
- KMLEPPPSA 191
- 750
- KLGESLQSA 164
- 300
- SIWISFFEI 131
- 38
- NLLSDCSVV 106
- 688
- QLQEVKAKL 88
- 695
- KLQQCKAEL 75
- RAB6KIFL-A2-9-809
- 809 CIAEQYHTV 59 SEQ ID NO: 4
- 11
- GLLSDDDVV 52
- 436
- TLGRCIAAL 49
- 179
- ILPRSLALI 41
- 183
- SLALIFNSL 41
- 625
- KLNILKESL 37
- 781
- ILIKQDQTL 36
- 231
- GLQEEELST 31
- 494
- TLHVAKFSA 29
- 556
- SMYGKEELL 24
- 788
- TLAELQNNM 20
- 209
- VIWLDSKQI 20
- La posición de partida indica el número de aminoácidos desde el extremo N-terminal de RAB6KIFL. La puntuación de la unión se obtiene a partir de Materiales y Métodos.
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[Tabla 1B]
Tabla 1B Péptidos de 10-meros que se unen HLA-A2 (A*0201) obtenidos a partir de RAB6KIFL
- Denominación
- Posición de partida Subsecuencia Puntuación SEQ ID
- 654
- LLQEARQQSV 485
- 788
- TLAELQNNMV 285
- 742
- RLLRTELQKL 182
- 39
- LLSDCSVVST 119
- 11
- GLLSDDDVVV 106
- 400
- KISELSLCDL 97
- 573
- LLLKERQEKL 66
- 97
- VLQAPKDSFA 46
- RAB6KIFL-A2-10-284
- 284 AQPDTAPLPV 29 SEQ ID NO: 5
- 132
- GQASFFNLTV 27
- 625
- KLNILKESLT 26
- 382
- SIFSIRILHL 25
- 203
- PLLSNEVIWL 22
- 455
- NLVPFRDSKL 21
- 506
- QLVHAPPMQL 21
- 98
- LQAPKDSFAL 21
- 66
- KVYLRVRPLL 21
- La posición de partida indica el número de aminoácidos desde el extremo N-terminal de RAB6KIFL. La puntuación de la unión se obtiene a partir de Materiales y Métodos.
Identificación de epítopos de CTLs de ratón obtenidos a partir de RAB6KIFL y restringidos por HLA-A2.2 usando ratones transgénicos HLA-A2.1 (ΗHD)
Para identificar los epítopos de CTLs obtenidos a partir de RABβKIFL y restringidos por HLA-A2, se seleccionaron 36 péptidos candidatos diferentes. Cada uno consistía en 9 o 10 aminoácidos que tenían puntuaciones elevadas predictivas de unión a HLA-A2 (A*0201), el producto alélico del HLA más común en todo el mundo, basándose en el algoritmo predictivo de unión al péptido HLA proporcionado por el NIH BIMAS (Tablas 1A, B). Para determinar cuáles podrían inducir CTLs reactivos con péptidos, células del bazo CD4-aisladas a partir de Tgm HLA-A2.1 (HHD), inmunizados i.p. dos veces con BM-DCs, sometidas a impulsos con los doce conjuntos de la mezcla de tres tipos de péptidos seleccionados a partir de estos 36 péptidos, se estimularon de nuevo in vitro con BM-DCs sometidas a impulsos con cada péptido. Los resultados mostraron que las células de bazo CD4-, estimuladas con el péptido RAB6KIFL-A2-9-12, RAB6KIFL-A2-9-809 y RAB6KIFL-A2-10-284, producían una cantidad significativa de IFNgamma de una forma específica del péptido en un ensayo ELISPOT (Fig. 5A). Estas células de bazo CD4-(2 x 104) mostraron 149,0 más/menos 22,2 recuentos de puntos/pocillo como respuesta a las BM-DCs sometidas a impulsos con el péptido RAB6KIFL A2-9-12, mientras que mostraron 32,6 más/menos 9,9 recuentos de puntos/pocillo en presencia de las BM-DCs sin carga de péptido (P <0,01). Del mismo modo, las células de bazo CD4-estimuladas con BM-DCs sometidas a impulsos con el péptido RAB6KIFL-A2-9-809 mostraron 117,2 más/menos 23,4 recuentos de puntos/pocillo, mientras que mostraron 51,4 más/menos 7,8 recuentos de puntos/pocillo en presencia de BM-DCs sin carga de péptido (P <0,01). Por otra parte, las células de bazo CD4-estimuladas con BM-DCs sometidas a impulsos con el péptido RAB6KIFL-A2-10-284 también mostraron 141,2 más/menos 5,5 recuentos de puntos/pocillo, mientras que mostraron 19,2 más/menos 5,2 recuentos de puntos/pocillo en presencia de BM-DCs sin carga de péptido (P <0,01). Se observó una respuesta específica del péptido, no significativa con los otros péptidos. Estos resultados sugieren que los péptidos RAB6KIFL-A2-9-12, RAB6KIFL-A2-9-809 y RAB6KIFL-A2-10-284 podrían ser péptidos de epítopos de CTLs restringidos por HLA-A2 en Tgm HLA-A2.1 (HHD), y se esperaba que esos péptidos fueran epítopos de CTLs humanos.
No se induce ningún fenómeno autoinmune con la inmunización con el péptido del epítopo, RAB6KIFL-A2-9-809, en Tgm HLA-A2.1 (HHD)
Es muy importante investigar si la inmunización con el péptido RAB6KIFL induce una reacción autoinmune o no. Por lo tanto, se realizó un análisis inmunohistoquímico de varios órganos vitales con AcMo anti-CD4 y anti-CD8 en Tgm HLA-A2 (HHD) después de vacunar dos veces con el péptido RAB6KIFL-A2-9-809, cuyas secuencias de aminoáci
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