ES2351328B1

ES2351328B1 - Método de obtención de datos útiles para la predicción de respuesta patológica a un tratamiento de un paciente con cáncer.

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Publication number: ES2351328B1
Application number: ES200930438A
Authority: ES
Inventors: Para La Investigacion Biomedica Del Hospital Universitario La Paz Fundacion; David Hardisson Hernaez; Marta Mendiola Sabio; Andres Redondo Sanchez; Jorge Barriuso Feijoo
Original assignee: Individual
Current assignee: Individual
Priority date: 2009-07-10
Filing date: 2009-07-10
Publication date: 2011-11-28
Anticipated expiration: 2029-07-10
Also published as: ES2351328A1

Abstract

Método para la predicción de respuesta patológica a un tratamiento de un paciente con cáncer.#La presente invención se encuentra dentro del campo de la biología molecular y la medicina. Específicamente se refiere a un método para la predicción de respuesta a un tratamiento que comprende un derivado del platino y un taxano de un paciente con cáncer, mediante el análisis del perfil de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 y VHL.#Preferiblemente, este método permite predecir la respuesta a un tratamiento que comprende carboplatino y paclitaxel de una paciente con cáncer de ovario.

Description

Método para la predicción de respuesta patológica a un tratamiento de un paciente con cáncer.

La presente invención se encuentra dentro del campo de la biología molecularyla medicina. Especíﬁcamente se reﬁereaunmétodoparalapredicciónderespuestaaun tratamientoquecomprendeunderivadodelplatinoyuntaxano deun paciente con cáncer, medianteel análisisdelperﬁldeexpresióndelos genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL. Preferiblemente, estemétodo permite predecirla respuestaa un tratamiento que comprende carboplatinoypaclitaxel de una paciente con cáncer de ovario.

Estado de la técnica anterior

El cáncer epitelial de ovario, aunque relativamente poco frecuente (alrededor de 2000 nuevos casos anuales en España) es el tumor más letal del tracto genital femenino (alrededor de 1100 muertes/año en España) (Centro Nacional de Epidemiología, Instituto de Salud Carlos III, noviembre 2002), debido no sólo a su agresividad intrínseca, sino tambiénaladiﬁcultaddel diagnóstico precoz,loquehacequecasilasdos terceraspartesdelasmujeres diagnosticadas esténya enfasesavanzadasdela enfermedad. Las tasasde supervivenciaa largo plazo son para las pacientescon estadios I y II cercanas al 80%, mientras que las pacientes con enfermedad avanzada tienen unos porcentajes de supervivencia del10al 30%(Heintz et al, 2003. IntJGynaecol Obstet.83 Suppl 1:135-66).

Enla actualidadel tratamientode elección del carcinomadeovario,exceptuando aquellos en estadioI, consiste en cirugía seguida de un protocolo de quimioterapia basado en la combinación de paclitaxelyderivados del platino. El carcinoma de trompayel carcinoma peritoneal primario tienen unas características biológicas, histológicasy un comportamiento clínico similar al carcinoma de ovario, por lo que el tratamiento recomendado para estos tumores es el mismo (Barda 2004 AmJObstet Gynecol; 190(4): 1039-45).Varios estudios retrospectivos han demostrado que la cantidadde tumor residual trasla primera cirugíaesunfactor convalor pronóstico (Cannistra,2004.NEnglJ Med. 9;351(24):2519-29). En el trabajo realizado por el Gynecologic Oncology Group (GOG) se demostró que un tumor residual menorde1cmde diámetro implica una mayor supervivencia. Desde ese momentoelfactor pronóstico modiﬁcable másfavorable es la presencia de menos de1 cm de tumor residual tras la intervención. La mediana de supervivencia globalparalas pacientescon una intervenciónquirúrgica subóptimaesde37 meses.Porel contrario, las pacientes con cirugía óptima presentan una medianade supervivencia librede progresión cercanaa los22 mesesy una supervivencia globalde52 meses (Cannistra, 2004.NEnglJMed. 9;351(24):2519-29).

La mayoríadelas pacientes con cáncerdeovario requierenquimioterapiapara erradicarla posible enfermedad residual. Aunque más del 50% de las pacientes con estadios III o IV consigue una remisión completa tras la cirugía yquimioterapia,la mayoríade ellas sufrirá una recaídadela enfermedad durante los dos años siguientes. Además,la mayoríade estas pacientes desarrolla quimiorresistenciaymuerecomo consecuenciadesu enfermedad,porloquees necesario identiﬁcar a aquellas pacientes que no responderán al tratamiento.

Son muchos los trabajos que podemos encontrar en la literatura que analizan la expresión de un único marcador comofactor pronósticoo predictivoderespuesta. Pero en los últimos años hemos asistidoal desarrollode las técnicas de cribagénica de alto rendimiento. Dichas técnicas aplicadas al análisis de tumores han dado como resultadoprometedoresavances enel conocimiento del comportamiento biológicoyclínicode los tumores. Unode los primeros trabajos en esta línea esde un grupo holandés(Van’tVeer et al,2002. Nature. 31;415(6871 ):530-6), en el que se identiﬁcó mediante microarrays un perﬁl de expresión génico con capacidad pronostica en pacientes de cáncer de mama. El uso de este predictor está aprobado por la FDA(Food and Drug Administration)para pacientes afectadas de cáncerde mama diagnosticadas en estadio precoz, con receptores hormonales positivosyganglios no afectados.

Existe otro predictor denominado Oncotype Dx.La diferencia principal conel anterior esque determinalaexpresióngénica mediantela utilizacióndetarjetas microﬂuídicasysobre muestrasﬁjadasenformoleincluidasenparaﬁna. Con los resultados de expresión obtenidos de 21 genes se construye un índice de riesgo estimado de recidiva del tumor (Cronin et al, 2004. AmJPathol. 164(1):35-42;Paik et al 2004.NEnglJMed. 30;351(27):2817-26). El uso de este ensayo se recomienda en la revisión de la Sociedad Americana de Oncología Médica (ASCO) sobre marcadores tumorales en cáncer de mama (Harris et al., 2007.JClin Oncol. 20;25(33):5287-312) para pacientes diagnosticados en estadio precoz, con receptores hormonales positivosysinganglios afectados. Este testbusca incorporar esta prueba molecular a la clínica diaria para evaluar si los genes que están frecuentemente asociados con el riesgo de recidiva entrelasmujeresconcáncerdemamaenetapas inicialespuedenserutilizadosparaasignaralaspacientesel tratamiento más adecuadoyefectivo.

En el caso concreto del cáncer de ovario también podemos encontrar trabajos que analizan perﬁles de expresión mediante técnicas de alto rendimiento. La mayoría de estos trabajospretenden identiﬁcar marcadores diagnósticos comparando muestrasdecáncerfrenteamuestrasdetejidonormal,oestudiosenlíneascelulares establecidas(revisado en Crijns et al, 2006. IntJ Gynecol Cancer. 16 Suppl 1:152-65; Olivier et al, 2006. EurJ Cancer. 42(17):2930-8). Son menos los trabajos sobre predicción de respuesta al tratamiento, si bien empiezan a aparecer trabajos con datos preliminares en estudios realizados con arrays, en pequeñas series tumorales(Helleman et al,2006 IntJCancer. 15;118 (8):1963-71; Spentzos et al, 2005.JClin Oncol. 1;23(31):7911-8; Dressman et al, 2007.JClin Oncol. 10;25(5):51725), sin embargo, los perﬁles génicos descritos hasta la fecha para predecir la respuesta a un determinado tratamiento del cáncer de ovario requieren aún de ensayos de validación.

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La angiogénesis, inicialmente descritaporJudahFolkmanen1969,eselproceso medianteelcualseformannuevos vasos sanguíneos a partir del lecho vascular preexistente. La neovascularización puede ser inducida en cualquier parte del organismo por diferentes estímulos como son hipoxia, isquemia, trauma físico (heridas, fracturas) o inﬂamación, tanto en situación ﬁsiológica como patológica. La carcinogénesis es un proceso angiodependiente, siendo necesaria la formaciónde nuevosvasos parael crecimiento incontrolado,lainvasiónyla metástasis, asociadosal desarrollo tumoral.

La angiogénesis tiene un papel relevante en el caso concreto del cáncer de ovario, debido a su propia biología. La angiogénesis, controlada por un balance entrefactores proyantiangiogénicos, particularmente las proteínas dela familia del VEGF, juega un papel fundamental en la ﬁsiología del ovario no tumoral. Por otro lado, también hay que tener en cuenta que el cáncer de ovario es un tumor muy vascularizado.

Existeun númeroelevadode estudios sobrela implicacióndefactores angiogénicosenla carcinogénesisovárica (Rasila et al., 2005.IntJGynecolCancer.15(5):710-26). Modelosen ratones indicanquelaexpresióndel VEGFse asocia a la formación de ascitis. Como ocurre en otros tumores, la expresión del VEGF es proporcional al crecimiento tumoralycorrelaciona conla microdensidad vascular Podemos encontrarvarios trabajos en los cuales seha puesto de maniﬁesto que la expresión del VEGF en muestras de cáncer de ovario, tanto de los subtipos relacionados con angiogénesis como los relacionados con linfangiogénesis, se correlaciona con el pronóstico y agresividad de esta enfermedad,y es proporcionalala microdensidadvascular (Nakanishi et al,. 1997. IntJGynecolPathol.16(3):25662;Yoneda et al., 1998.JNatl Cancer Inst.18;90(6):447-54; Sood et al., 2005. Gynecol Oncol. 97(3):916-23).

En los últimos años se han desarrollado nuevas terapias cuyo objeto es la inhibición de la formación de nuevos vasos en el entorno tumoral, así como el mantenimiento de la vasculatura preexistente. Sin duda el mayor avance en el campodela terapia antiangiogénica ocurrió cuandolaFDA(Food and Drug Administration)aprobó la utilización del primer agente antiangiogénico, bevacizumab, para el tratamiento del cáncer humano. Este anticuerpo humanizado se une especíﬁcamente al VEGF, impidiendo por tanto la unión de éste a sus receptores. Al neutralizar la actividad biológica del VEGF se reducelavascularización tumoralypor tanto se inhibeel crecimiento del mismo.Al serel primer antiangiogénico aprobado para su uso, esdelque mas datos se disponen.Actualmente están en marchavarios ensayos en los que se evalúa la eﬁcacia de la adición de bevacizumab a la quimioterapia estándar en pacientes con cáncerdeovario.Enel casode tumor recidivante,los resultados ﬁnalesdedos estudioshandemostradoque aunqueel tratamientopareceeﬁcaz,contasasderespuestaentreel15yel21%,dicho tratamientollevaasociadaunaelevadatasa deperforacionesgastrointestinales como efecto secundario. Además del papel como potenciadordela quimioterapia, tanto bevacizumab como otros agentes antiangiogénicos, podrían tener también un papel como agente único o como parte de un régimen de combinación que noincluya quimioterapéuticos clásicos,ycuyos ensayos clínicos también están en curso (Kaye, 2007.JClin Oncol. 20;25(33):5150-2).

Aunque los resultados con antiangiogénicos son alentadores, el tema de la toxicidad sigue siendo un escollo de granimportanciay no parecepor tantoquea corto plazoel tratamiento estándarvayaa modiﬁcarse.Espor tantode gran importanciael desarrollode herramientasque ayudena decidiral clínico cuando administrar este tratamientocon alta probabilidad de éxito.

Descripción de la invención

El tratamiento estándarde elección en carcinomadeovarioavanzado consiste enla combinaciónde paclitaxely underivadodel platino trasla cirugía citorreductora. Este tratamientotiene algunas limitaciones asociadas comoson la toxicidadaguday alargoplazo.Peromás importanteaúneselhechodeque,aunquelamayoríadelaspacientes responderán de manera inicial al tratamiento, sólo el 50% de las mismas tendrán una supervivencia superior a 5 años tras la ﬁnalización de la quimioterapia. Existe por tanto la necesidad de encontrar un método de análisis que permita predecirla respuestaal tratamiento,y preferiblementeal tratamiento estándarde elección(paclitaxelmás carboplatino) en el carcinoma de ovario. De esta forma, se podrá identiﬁcar, por un lado, a las pacientes que se beneﬁciarándel tratamiento estándar.Yporotrolado,ymás importante,a aquellas pacientescon tumores resistentes, sometidas innecesariamente a una toxicidad asociada al tratamiento sin ningún beneﬁcio, y en las que además se retrasade manerafatallaadministraciónde otros tratamientos alternativos posiblemente más efectivos.

Enel ejemplo1de este documentode patentese muestra comolos autoresdela presenteinvenciónhan identiﬁcado un conjuntode genes relacionados conla angiogénesisque predicenlaprobabilidaddelarespuestaaun tratamiento quimioterapéutico consistenteen paclitaxelmás carboplatinoparael carcinomadeovarioen muestrasﬁjadasen formol e incluidas en paraﬁna. Este perﬁl de expresión génica desarrollado por los inventores, permite predecir la respuesta patológicaaun tratamientoque comprendeunderivadodel platinoy un taxano. Algunostiposde cáncerenlosque actualmente se está empleando estetratamiento quimioterapéutico que comprende un derivado del platinoyun taxano son,por ejemplo,perosin limitarse, cáncerdeovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio,pulmóno tumoresde origen desconocido.

Por tanto, un primer aspecto de la invención se reﬁere al uso de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL para predecirla respuestapatológicaaun tratamientoque comprendeunderivadodel platinoy un taxanodeun paciente con cáncer.

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Una realización preferida de este primer aspecto de la invención, se reﬁere al uso de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 yVHL para predecirla respuesta patológicaa un tratamiento que comprende un derivado del platinoyun taxano de un paciente con cáncer, donde el derivado del platino se selecciona de la lista que comprende: carboplatino, oxaliplatinoo cisplatino.En una realización más preferida,el derivado del platinoes carboplatino.

Una realización preferida de este primer aspecto de la invención, se reﬁere al uso de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 yVHL para predecirla respuesta patológicaa un tratamiento que comprende un derivado del platinoyun taxano de un paciente con cáncer, donde el taxano se selecciona de la lista que comprende: paclitaxel o docetaxel. En una realización más preferida, el taxano es paclitaxel.

Una realización más preferida de este primer aspecto de la invención, se reﬁere al uso de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 yVHL para predecirla respuesta patológicaa un tratamiento que comprende carboplatinoypaclitaxelde un paciente con cáncer.

Una realización aún más preferida de este primer aspecto de la invención, se reﬁere al uso de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 yVHL para predecirla respuesta patológicaa un tratamiento que consiste en carboplatinoypaclitaxel de un paciente con cáncer.

En una realización preferida de este primer aspecto de la invención, el cáncer es de la lista que comprende: ovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio, pulmón o tumor de origen desconocido. En una realización más preferida el cáncer es de ovario. En una realización aún más preferida, el cáncer de ovario es un carcinoma de ovario, preferiblemente,en estadioIC,II,IIIoIVy,más preferiblemente,en estadioIIIoIV.

Un segundo aspecto de la invención se reﬁere a un método de obtención de datos útiles para predecir la respuesta patológica a un tratamiento que comprende un derivado del platinoy un taxanode un paciente con cáncer, que comprende:

a.: obtener una muestra biológica aislada que comprende célulasde un paciente,y

b.: detectarla cantidadde productodeexpresióndelos genes AURKB, FIGF,IL6, MMP1yVHL,en la muestra biológica del paso (a).

Este método permite, por tanto, obtener datos útiles para determinar la probabilidad de respuesta de un paciente a un tratamiento quimioterapéutico estándar, que comprende un derivado del platinoyun taxano,ypor ejemplo, ayudar al clínico enla tomade decisión referenteala administraciónde otro tratamiento alternativo en aquellos pacientes para los cuales se haya obtenido una baja probabilidad de respuesta al tratamiento.

Una realización preferida de este segundo aspecto de la invención, se reﬁere a un método de obtención de datos útiles para predecirla respuesta patológicaa un tratamiento que comprende un derivado del platinoyun taxanode un paciente con cáncer, donde el derivado del platino se selecciona de la lista que comprende: carboplatino, oxaliplatino

o cisplatino. En una realización más preferida, el derivado del platino es carboplatino.

Una realización preferida de este segundo aspecto de la invención, se reﬁere a un método de obtención de datos útiles para predecirla respuesta patológicaa un tratamiento que comprende un derivado del platinoyun taxanode un paciente con cáncer,dondeel taxanose seleccionadela listaque comprende: paclitaxelodocetaxel.En una realización más preferida,el taxano espaclitaxel.

Una realizaciónmáspreferidadeestesegundoaspectodelainvención,se reﬁereaunmétodode obtencióndedatos útiles para predecirla respuestapatológicaaun tratamientoque comprende carboplatinoypaclitaxeldeun paciente con cáncer.

Una realización más preferida de este segundo aspecto de la invención, se reﬁere a un método de obtención de datos útiles para predecir la respuesta patológica a un tratamiento que consiste en carboplatinoy paclitaxel de un paciente con cáncer.

En una realización preferida de este segundo aspecto de la invención, el cáncer es de la lista que comprende: ovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio, pulmón o tumor de origen desconocido. En una realización más preferida el cáncer es de ovario. En una realización aún más preferida, el cáncer de ovario es un carcinoma de ovario, preferiblemente,en estadioIC,II,IIIoIVy,más preferiblemente,en estadioIIIoIV.

Un tercer aspecto de la invención se reﬁere a un método para predecir la respuesta patológica a un tratamiento que comprendeunderivadodelplatinoy un taxanodeun pacientecon cáncerque comprende:

a.: obtener una muestra biológica aislada que comprende células de un paciente,

b.: detectarla cantidadde productodeexpresióndelos genes AURKB, FIGF,IL6, MMP1yVHL,en la muestra biológica del paso (a),y

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c. asignar al paciente una probabilidad de respuesta patológica al tratamiento, donde dicha respuesta depende de la cantidad de producto de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 y VHL en la muestra obtenida en (a), en relación a la cantidad de expresión detectada para dichos genes en una población de pacientes de referencia de respuesta patológica conocida.

Este método permite, por tanto, determinar la probabilidad de respuesta de un paciente a un tratamiento quimioterapéutico que comprende un derivado del platinoy un taxano,ypor ejemplo, ayudaral clínico enla tomade decisión referenteala administracióndeun tratamiento alternativoen aquellos pacientes con unabaja probabilidadde respuesta a este tratamiento quimioterapéutico.

Los pasos (b) y/o (c) de los métodos descritos anteriormente pueden ser total o parcialmente automatizados, por ejemplo,por mediodeun equipo robótico sensor parala deteccióndela cantidadde productodelaexpresióndelos genes en el paso (b) o la comparación computerizada en el paso (c). Además de los pasos especiﬁcados anteriormente puede comprender otros pasos adicionales,por ejemplo relacionados conel pre-tratamientodela muestraolaevaluación de los resultados obtenidos mediante estos métodos. Por ejemplo, el método para predecir la respuesta patológica a un tratamiento que comprende un derivado del platinoy un taxanode un paciente con cáncer,puede incluir unpaso adicional consistente en la generación de un informe sobre los resultados del perﬁl génico del paciente, que incluya la probabilidadde respuestaaltratamientode dicho paciente diagnosticadode cáncer.

En una realización preferidade este tercer aspectodelainvenciónsereﬁereala cantidaddel productodeexpresión de cada gen se normaliza de manera relativa a la cantidad del producto de la expresión de una serie de genes de referencia. Por ejemplo, los genes de referencia pueden ser, pero sin limitarse, 18S,ACTB, B2M, GAPDH,GUSB, HMBS, HPRT1, IPO8, PGK1, PPIA, RPLP0, TBP, TFRC yUBC. En una realización preferida de este tercer aspecto de la invención, la cantidad del producto de expresión de cada gen se normaliza de manera relativa a la cantidad del productodelaexpresiónde,al menos,ungende referenciaquese seleccionadela listaque comprende: 18S, ACTB, B2M, GAPDH, GUSB, HMBS, HPRT1, IPO8, PGK1, PPIA, RPLP0, TBP, TFRCyUBC. En una realización más preferida de este tercer aspecto de la invención, la cantidad del producto de expresión de cada gen se normaliza de manera relativa a la cantidad del producto de la expresión de los genes de referencia 18S,ACTB, B2M, GAPDH, GUSB, HMBS, HPRT1, IPO8, PGK1, PPIA, RPLP0, TBP, TFRC yUBC.En otra realizaciónpreferidade este aspecto de la invención, la cantidad del producto de expresión de cada gen se puede normalizar de manera relativa a la media de la cantidad del producto de expresión de los genes elegidos o sus productos de expresión.

Enel ejemplo1de este documentode patente, se describe un modelogeneradoa partirde los datos obtenidos del análisis de la expresión génica de muestras procedentes de una población de pacientes de referencia de respuesta patológica conocida.En basea las pacientes con respuestaal tratamientoysin ella, seha asignadoun peso especíﬁco a cada uno de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL, en basealo cual se construyeel predictor, cuyo resultado ﬁnal es un valor de probabilidad de respuesta al tratamiento en dicho modelo. De esta manera, mediante el método denominado Stepwise-AIC-Best Subsets approach, se ha obtenido una combinación de genes cuya expresión está relacionadaconunvalorde probabilidadde respuesta patológicaal tratamiento.Estevalorpuedeanalizarsede manera continua,o bien estableciendo puntosde cortede acuerdoal análisis establecido, taly como puedeverse enla tabla5 del ejemplo1dela patente.

En una realización preferida de este tercer aspecto de la invención, la probabilidad de respuesta patológica se asigna mediante la fórmula:

dondeZ = término independiente+PEgenxValordeexpresión normalizadogen;siendoel término independiente unvalor comprendido entre 20,1430y17,8430yel peso especíﬁcode cadagen(PEgen)unvalor comprendido entre 22,1130y19,8130 para PEAURKB, entre 181,2450y178,9450 paraPEFIGHT, entre 15,9810y13,6810 para PEIL6, entre -34,3090y-36,6090paraPEMMP1,yentre -32,4440y-34,7440paraPEVHL. Estosvaloresque tomanlos coeﬁcientes se corresponden con el 75% del intervalo de conﬁanza.

En una realización más preferida de este tercer aspecto de la invención, la probabilidad de respuesta patológica se asigna mediante la fórmula anteriormente descrita, donde el término independiente es un valor comprendido entre 20,6430 y 17,3430 y el peso especíﬁco de cada gen (PEgen)un valor comprendido entre 22,6130 y 19,3130 para PEAURKB, entre 181,7450y178,4450 paraPEFIGF, entre 16,4810y13,1810 paraPEIL6, entre -33,8090y-37,1090 para PEMMP1,yentre -31,9440y-35,2440paraPEVHL. Estosvaloresque tomanlos coeﬁcientesse corresponden conel90% del intervalo de conﬁanza.

Enuna realizaciónaúnmás preferidade este tercer aspectodelainvención,la probabilidadde respuesta patológica se asigna mediante la fórmula anteriormente descrita, donde el término independiente es un valor comprendido entre 20,9530 y 17,0330 y el peso especíﬁco de cada gen (PEgen)un valor comprendido entre 22,9230 y 19,0030 para PEAURKB, entre 182,0550y178,1350 paraPEFIGF, entre 16,7910y12,871o paraPEIL6, entre -33,4990y-37,4190 para

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PEMMP1,yentre -31,6340y-35,5540paraPEVHL. Estosvaloresque tomanlos coeﬁcientesse correspondenconel95% del intervalo de conﬁanza.

En una realización aún más preferida de este tercer aspecto de la invención, la probabilidad de respuesta patológica se asigna mediante la fórmula anteriormente descrita, donde el término independiente es un valor comprendido entre 21,5630 y 16,4230 y el peso especíﬁco de cada gen (PEgen)un valor comprendido entre 23,5330 y 18,3930 para PEAURKB, entre 182,6650y177,5250 paraPEFIGF, entre 17,4010y12,261o paraPEIL6, entre -32,8890y-38,0290 para PEMMP1,yentre-31,0240y-36,1640paraPEVHL-Estosvaloresquetomanlos coeﬁcientesse correspondenconel99% del intervalo de conﬁanza.

La expresión “valor de expresión normalizadogen” se reﬁere a la cantidad del producto de expresión de cada gen normalizada de manera relativa a la cantidaddel producto de la expresión de una serie de genes de referencia, según se ha descrito anteriormente en otra parte de este documento.

Una realización preferida de este tercer aspecto de la invención, se reﬁere a un método para predecir la respuesta patológicaaun tratamientoquecomprendeunderivadodelplatinoy un taxanodeunpacienteconcáncer,dondeel derivadodel platinose seleccionadela listaque comprende: carboplatino, oxaliplatinoocisplatino.En una realización más preferida, el derivado delplatino es carboplatino.

Una realización preferida de este tercer aspecto de la invención, se reﬁere a un método para predecir la respuesta patológicaaun tratamientoquecomprendeunderivadodelplatinoy un taxanodeunpacienteconcáncer,dondeel taxano se seleccionadelalista que comprende: paclitaxelo docetaxel.En una realización más preferida,el taxano es paclitaxel.

Una realización más preferida de este tercer aspecto de la invención, se reﬁere a un método para predecir la respuesta patológicaauntratamientoque comprende carboplatinoypaclitaxeldeun paciente con cáncer.

Una realización más preferida de este tercer aspecto de la invención, se reﬁere a un método para predecir la respuesta patológicaauntratamientoque consisteen carboplatinoypaclitaxeldeun paciente con cáncer.

En una realización preferida de este tercer aspecto de la invención, el cáncer es de la lista que comprende: ovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio, pulmón o tumor de origen desconocido. En una realización más preferida el cáncer es de ovario. En una realización aún más preferida, el cáncer de ovario es un carcinoma de ovario, preferiblemente,en estadioIC,II,IIIoIVy,más preferiblemente,en estadioIIIoIV.

Un cuarto aspecto de la presente invención se reﬁere a un método para identiﬁcar si un compuesto es útil para el tratamiento del cáncer, que comprende:

a.: obtener células derivadas de un cáncer,

b.: detectarla cantidadde productodeexpresióndelos genes AURKB,FIGF,IL6, MMP1yVHL en las células del paso (a),

c.: administrar el compuesto a las células de (a),

d.: detectar la cantidad de producto de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 y VHL, tras la administración del compuesto según (c),y

e.: comparar la cantidad de producto de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL, antesy después de la administración del compuesto.

La deteccióndeexpresióndiferencial indicaqueel compuesto tiene actividadsobre unoomás genesdel perﬁly por tanto, dicho compuesto podría ser un potencial agente quimioterapéutico,yserían candidatoa ser seleccionado para análisis posteriores.

En una realización preferida de este cuarto aspecto de la invención, las células son derivadas de un cáncer de la lista que comprende: ovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio, pulmón o tumor de origen desconocido. En una realización más preferida el cáncer es de ovario. En una realización aún más preferida, el cáncer de ovario es un carcinomadeovario, preferiblemente,en estadioIC,II,IIIoIVy,más preferiblemente,en estadioIIIoIV.

El término “predecir”o “predicción”,taly comoseutilizaenla presente descripción,se reﬁereala probabilidad de que un paciente respondafavorableo desfavorablementea un tratamientoo conjuntode tratamientos,y alaextensión de dichas respuestas, o de que el paciente sobreviva, tras la eliminación quirúrgica de un tumor primario y/o la administración de un tratamiento por un periodo de tiempo sin que se produzca recidiva del cáncer.

El tratamiento principal del cáncer habitualmente suele ser la cirugía citorreductora o eliminación quirúrgica del tumor. Algunos pacientes antesdela cirugía reciben tratamientoneoadyuvante conel objetivode reducirel tamañodel tumor,para posibilitarofacilitarla cirugía. Despuésdela cirugía, muchos pacientes reciben tratamientoadyuvantecon

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el objetivo de prevenir la recaída del cáncer en el sitio primario del tumor o en otro lugar. El tratamiento adyuvante o neoadyuvante puede consistir, por ejemplo, pero sin limitarse, en radioterapia, hormonoterapia, quimioterapia o terapia biológica.

Laevaluacióndela respuesta patológica se realiza tras completarel tratamiento neoadyuvante.Para ello, se lleva a cabo un estudio anatomopatológico de la pieza tumoral extirpada y/o de las zonas inicialmente inﬁltradas por el mismo. Una respuesta patológica completa se deﬁne como la ausencia de enfermedad tumoral microscópica residual. La evaluación de la respuesta al tratamiento neoadyuvante mediante el estudio anatomopatológico ofrece una mayor precisión que la evaluación clínica (radiológica y/o por biomarcadores), ya que es relativamente frecuente que las respuestas completas clínicas no sean respuestas completas patológicas. Esto es debido a la persistencia de células tumorales (no detectables mediante pruebas radiológicas o por biomarcadores) que serán las responsables de una recaída posterior.

La presente invención se reﬁere al uso de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 y VHL, y a métodos basados enel análisisdel productodelaexpresiónde dichosgenesqueson útilespara predecirla respuesta patológicaaun tratamientoquecomprendeunderivadodelplatinoyun taxanodeunpacienteconcáncer.

El tratamiento que comprende un derivado del platinoy untaxano puede ser un tratamiento adyuvanteo neoadyuvante. Ademásdelaadministraciónde un derivado del platinoy un taxano,el tratamiento puede comprender otros tipos de terapia como, por ejemplo, cirugía, radioterapia, otro tipo de quimioterapia o terapia biológica. Preferiblemente,el tratamiento comprendela administracióndeunderivadodel platinoyuntaxano como tratamientoadyuvante tras la realización de una cirugía citorreductora.

La radioterapia consiste en el uso de una corriente de partículas u ondas de alta energía, como por ejemplo, rayos X, rayosgamma, electroneso protones, para destruir las células tumoraleso cancerosas.

La quimioterapia consiste en el uso de compuestos o combinaciones de compuestos con el objetivo de destruir células cancerosas. Enfunciónde su efecto biológico, otros compuestos administrados enla quimioterapia parael cáncer que pueden ser administrados además del derivado del platinoydel taxano, son, por ejemplo, pero sin limitarse, agentes alquilantes, antimetabolitos, agentes antimicrotubulares, inhibidores de las topoisomerasasa o antibióticos antitumorales. Algunos agentes alquilantes son, por ejemplo, pero sin limitarse, mecloretamina, ciclofosfamida, clorambucil, melfalán, ifosfamida, tiotepa, hexametilmelamina,busulfán, altretamina, procarbazina, dacarbazina, temozolomida, carmustina, lomustina o estreptozocina. Algunos antimetabolitos, son por ejemplo, pero sin limitarse, metotrexato, 5-ﬂuoruracilo, ﬂoxuridina, citarabina, capecitabina, gemcitabina, 6-mercaptopurina, 6-tioguanina, cladribina, ﬂudarabina, nelarabinaopentostatina. Algunos agentes antimicrotubulares, como por ejemplo, pero sin limitarse, estramustina, vincristina, vinblastina o vinorelbina. Algunos inhibidores de la topoisomerasas son, por ejemplo, etopósido, fosfato de etoposido, tenipósido, amsacrina, irinotecán o topotecán. Algunos antibióticos antitumorales, son por ejemplo, pero sin limitarse, doxorubicina, daunorubicina, epirubicina, mitoxantrona, idarubicina, dactinomicina, mitomicinao bleomicina. Otrasdrogas quimioterapéuticasson,por ejemplo,perosin limitarse, hidroxiurea, mitotano, asparaginasa, bexaroteno, isotretinoína.

Laexpresión “terapia biológica”, “bioterapia”o “inmunoterapia” taly como se utiliza enla presente descripción, se reﬁereaun tratamiento empleadopara detener, controlarosuprimirlos procesosquepermitenque crezcael cáncer; hacerquelas célulascancerosas sean reconocidasydestruidasporel sistema inmune conmásfacilidad; reforzarel poder destructordelas célulasdel sistema inmune, comolas célulasT,las células asesinas naturalesolos macrófagos; alterarelpatrónde crecimientodelascélulascancerosaspara fomentarquesecomportencomocélulassanas;bloquear

orevertirel procesoque haceque una célula normalo célula precancerosase conviertaen célula cancerosa; mejorarla capacidaddelcuerpode repararoreemplazarlas células normales dañadasodestruidaspor otras formasde tratamiento delcáncer, comola quimioterapiaola radiación;oimpedirquelas células cancerosassediseminenaotras partesdel cuerpo. La expresión “terapia biológica” incluye, por ejemplo, pero sin limitarse los interferones (como, por ejemplo, pero sin limitarse, el interferon alfa), las interleucinas (como, por ejemplo, pero sin limitarse, IL-2, IL-6 o IL-12), los factores estimulantesde colonias(como,porejemplo,perosin limitarsepG-CSF,GM-CSF,IL-11oeritropoyetina),los anticuerpos monoclonales (como, por ejemplo, pero sin limitarse, cetuximab, inﬂiximab, panitumumab, bevacizumab, rituximab o trastuzumab), las vacunas, la terapia génica o los agentes inmunomoduladores no especíﬁcos (como, por ejemplo, pero sin limitarse, el bacilo de Calmette-Guérin o el levamisol).

El término “muestra biológica aislada que comprende células del paciente”, taly como se utiliza en la descripciónse reﬁere,peronose limita,a tejidosy/o ﬂuidos biológicosdeun sujeto, obtenidos mediante cualquier método conocido por un experto en la materia que sirva para tal ﬁn. La muestra biológica puede ser un tejido, por ejemplo, pero sin limitarse, una biopsia o un aspirado por aguja ﬁna, o puede ser un ﬂuido biológico, por ejemplo, pero sin limitarse, unamuestrade ﬂuido, como sangre, plasma, suero, linfa, ﬂuido ascíticou orina. Preferiblemente,las células son células tumorales,ymás preferiblementeprocedendel tumor citorreducidoenla cirugía,previaoposterior,ala administración de un tratamiento adyuvante o neoadyuvante del cáncer. La muestra biológica puede ser, por ejemplo, pero sin limitarse, fresca,congelada, ﬁjadao ﬁjadayembebida en paraﬁna.

Los términos “tumor”o “tumoral”, taly como se utiliza enla presente descripción, se reﬁerea células transformadas que presentan un crecimiento incontrolado. Dependiendo de su posible evolución puede tratarse de un tumor benigno, que permanece en su lugar de inicio y no produce metástasis; o tumor maligno, invasivo o que produce

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metástasis.El término “cáncer”o “canceroso”taly comose utilizaenla presente descripción,se reﬁerea cualquier tumor maligno.

Ejemplos de cáncer incluyen, pero sin limitarse, cáncer de ovario, cáncer de trompa, cáncer de peritoneo, cáncer deútero, cáncerde cérvix, cáncerdevagina, cáncerde vulva, cáncerde mama, cáncerde colon, cáncerde próstata, cáncer de piel, cáncer hepatocelular, cáncer de pulmón, cáncer de esófago, cáncer gástrico, cáncer de páncreas, cáncer del tracto genitourinario, cáncer tiroideo, cáncer renal, melanoma, cáncer de cerebro, sarcoma, linfoma o leucemia.

La presente invención se reﬁere al uso de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL,y a métodos basados en el análisis del producto de la expresión de dichos genes que son útiles para predecir la respuesta patológica a un tratamiento que comprende un derivado del platinoy un taxanode un paciente con cáncer. Algunos tiposde cáncer enlos que actualmente se está empleando este tratamiento quimioterapéutico son, por ejemplo, pero sin limitarse, el cáncer de ovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio, pulmón o tumor de origen desconocido, por tanto, preferiblemente, el cáncer es de la lista que comprende: cáncer de ovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio, pulmón o tumor de origen desconocido. Más preferiblemente, el cáncer es cáncer de ovario.

El cáncerdeovario esla proliferación acelerada, desordenadayno controladade células pertenecientesa distintos tejidos del ovario. Dependiendo del origen de las células, los tumores de ovario pueden ser, por ejemplo, pero sin limitarse, tumores del epitelio, tumoresde células germinalesytumoresde los cordones sexuales-estroma.El tipode tumor malignomás frecuentederivadel epiteliode superﬁciey esel carcinomadeovario.Los carcinomasdeovario puedenser,porejemplo,perosin limitarse,detipo seroso, mucinoso, endometrioide,de célulasclaraso transicionales. Preferiblemente,la presenteinvención se reﬁere, pero no se limita,a un carcinomadeovario.

El carcinomadeovariopuede clasiﬁcarseenlos siguientes estadios: estadioI(quese subdivideen estadioIA,IBy IC), estadioII (que se subdivide en estadio IIIA, IIByIIC), estadioIII(que se subdivide en estadio IIIA, IIIByIIIC) yestadio IV.

Por lo general, en los estadios IAy IB el tratamiento estándar consiste en la realización de una cirugía con el máximo esfuerzo citorreductor.EnlosestadiosIC,II,IIIyIV,el tratamiento estándar consisteenla realizacióndeuna cirugía con el máximo esfuerzo citorreductor seguida de un tratamiento de quimioterapia intravenosa con un derivado delplatino, habitualmente carboplatinoy un taxano, habitualmente paclitaxel. Preferiblemente,la presenteinvención se reﬁere,peronose limita,aun carcinomadeovarioen estadioIC,II,IIIoIVy,más preferiblemente,aun carcinoma de ovario en estadio III o IV.

Para la evaluación de la respuesta patológica a la quimioterapia de una paciente con cáncer de ovario, es necesario realizar una nueva intervención quirúrgica tras el tratamiento neoadyuvante, en la que se analizarán todas las lesiones sospechosas y/o, en su ausencia, las zonas inicialmente inﬁltradas por el tumor. Una respuesta patológica completa

o positiva se deﬁne como la ausencia de enfermedad tumoral microscópica residual, taly como se describe enlos ejemplos de la presente descripción.

El término “productodeexpresióndelos genes...”,talycomose utilizaenla presente descripción,hace referencia a los productos de transcripción y/o de traducción (ARN y/o proteína) de dichos genes, o a cualquier forma resultante del procesamiento de dichos productos de transcripción o traducción.

El gen AURKBóaurorakinase Btambién se denominaaurora-1; aurora-B; serine/threonine kinase 12yse abrevia también como AIK2, AIM-1, AIM1, ARK2, AurB, IPL1, STK12, STK5. Se localiza en el cromosoma 17 (17p13.1). Su número de referencia en la base de datos UniGene delNational Center for Biotechnology Information (NCBI) es Hs. 442658. En el contexto de la presente invención, el término “producto de la expresión del gen AURKB” se reﬁere a cualquier productodelaexpresióndelaSEQIDNO:1 o cualquierade susvariantes.SEQIDNO:1correspondea la secuencia prototípica de ADN genómico de AURKB. Preferiblemente, el término “producto de la expresión del gen AURKB”se reﬁerealARNm codiﬁcadoporlaSEQIDNO:2o cualquieradesusvariantes,oala proteína codiﬁcada por dicho ARNm o cualquiera de sus variantes.

El gen FIGF ó c-fos induced growth factor (vascular endothelial growth factor D) también se denomina OTT-HUMP00000022960; vascular endothelial growth factor Dse abrevia también como VEGF-DyVEGFD.Se localiza en el cromosomaX(Xp22.31). Su número de referencia en la base de datos UniGene del NCBI es Hs.11392. En el contexto de la presente invención, el término “producto de la expresión del gen FIGF” se reﬁere a cualquier producto delaexpresióndelaSEQIDNO:3 o cualquierade susvariantes.SEQIDNO:3correspondeala secuenciaprototípica de ADN genómico de FIGF. Preferiblemente, el término “producto de la expresión del gen FIGF” se reﬁere al ARNm codiﬁcadoporlaSEQIDNO:4 o cualquierade susvariantes,oala proteína codiﬁcadapor dicho ARNmo cualquiera de sus variantes.

El gen IL6 óinterleukin 6también se denominainterferon, beta 2yse abrevia también como BSF2, HGF, HSF, IFNB2óIL-6.Se localizaenel cromosoma7(7p21).Su númerode referenciaenlabasededatos UniGene del NCBI es Hs. 654458). En el contexto de la presente invención, el término “producto de la expresión del gen IL6” se reﬁere a cualquier productodelaexpresióndelaSEQIDNO:5o cualquierade susvariantes.SEQIDNO:5correspondeala secuencia prototípica de ADN genómicode IL6. Preferiblemente, el término “producto de la expresión del gen IL6” se reﬁerealARNm codiﬁcadoporlaSEQIDNO:6o cualquieradesusvariantes,oalaproteína codiﬁcadapordicho ARNm o cualquiera de sus variantes.

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El gen MMP1 ómatrix metallopeptidase 1también se denominaﬁbroblast collagenase; interstitial collagenase; matrix metalloprotease1; matrixmetalloproteinase1; matrix metalloproteinase1(interstitial collagenase) yse abrevia también como CLGyCLGN. Se localiza en el cromosoma 11 (11q22.3). Su número de referencia en la base de datos UniGene del NCBIes UniGeneHs. 83169.Enel contextodela presenteinvención,el término “productodela expresión del gen MMP1”se reﬁerea cualquier productodelaexpresióndelaSEQIDNO:7 o cualquierade sus variantes.SEQIDNO:7 correspondeala secuencia prototípicadeADN genómicode MMP1. Preferiblemente, el término “producto de la expresión del gen MMP1”se reﬁerealARNm codiﬁcadoporlaSEQIDNO:8 o cualquiera de sus variantes, o a la proteína codiﬁcada por dicho ARNm o por cualquiera de sus variantes.

El gen VHL ó von Hippel-Lindau tumor suppressor también se denomina elongin binding protein y se abrevia también como HRCA1, RCA1yVHL1.Se localiza enel cromosoma3(3p25.3).Su númerode referencia enlabase de datos UniGene del NCBI es UniGene Hs. 517792. En el contexto de la presente invención, el término “producto de la expresión del gen VHL”se reﬁerea cualquier productodelaexpresióndelaSEQIDNO:9 o cualquierade susvariantes.SEQIDNO:9correspondeala secuencia prototípicadeADN genómicode VHL. Preferiblemente, el término “producto de la expresión del gen VHL” se reﬁere al ARNm codiﬁcado por la SEQ ID NO: 10 o cualquiera de sus variantes, o a la proteína codiﬁcada por dicho ARNm o por cualquiera de sus variantes.

En el sentido utilizado en esta descripción, se entiende que un ácido nucleico es una “variante” de otro cuando la secuenciade nucleótidosdelprimerotieneungradode identidad respectoala secuenciade nucleótidosdelsegundode, al menos, un 30%, ventajosamente de, al menos un 50%, preferiblemente de, al menos, un 70%, más preferiblemente de,al menos,un80%,ymáspreferiblementede,al menos,un90%.

El término “identidad”,talycomose utilizaenla presente descripción,hace referenciaala proporciónde nucleótidos idénticos entre dos secuencias de nucleótidos, respectivamente, que se comparan. El tanto por ciento de identidad existente entre dos secuencias puede ser identiﬁcado fácilmente por un experto en la materia, por ejemplo, con la ayuda de un programa informático apropiado para comparar secuencias.

Lostérminos “perﬁldeexpresión génica”o “perﬁldeexpresióndelos genes”,talycomoseutilizanenla presente descripción,sereﬁerenala cuantiﬁcacióndelARNmy/odeproteínaproducidaporlosgenesdeinterésenunamuestra biológica.

Ladeteccióndela cantidadde productodelaexpresiónde los genes enla muestra obtenida, taly comose utiliza enla descripción, hace referenciaala medidadela cantidadola concentración, preferiblementede manera semi-cuantitativa o cuantitativa. La medida puede ser llevada a cabo de manera directa o indirecta. La medida directa se reﬁere a la medida de la cantidad o la concentración del producto de la expresión del gen basada en una señal que se obtiene directamentedelproductodelaexpresióndelgenyqueestá correlacionada directamenteconelnúmerode moléculas del producto de la expresión del gen presente en la muestra. Dicha señal -a la que también podemos referirnos como señalde intensidad -puede obtenerse,porejemplo,midiendounvalorde intensidaddeunapropiedadquímicaofísica del producto de expresión del gen. La medida indirecta incluye la medida obtenida de un componente secundario(por ejemplo, un componente distinto del producto de la expresión génica) o un sistema de medida biológica (por ejemplo la medida de respuestas celulares, ligandos, “etiquetas” o productos de reacción enzimática).

El término “cantidad”,taly comose utilizaenla descripción,se reﬁereperonose limita,ala cantidad absoluta

: o relativa del producto de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL, así como a cualquier otro valor

: o parámetro relacionado con los mismos o que pueda derivarse de éstas. Dichos valores o parámetros comprenden valoresde intensidaddela señal obtenidosa partirde cualquieradelas propiedades físicaso químicas del productode la expresión de los genes obtenidos mediante medida directa, por ejemplo, valores de intensidad de espectroscopia de masasoresonancia magnética nuclear. Adicionalmente, dichosvaloresoparámetros incluyen todos aquellos obtenidos mediante medida indirecta, por ejemplo, cualquiera de los sistemas de medida descritos en otra parte del presente documento.

Así pues, la “detección de la cantidad” de producto de la expresión de los genes puede ser llevada a cabo por cualquier método de determinación de la cantidad del producto de la expresión de los genes conocido en el estado de la técnica.

En una realización preferida, la detección del producto de la expresión de los genes se realiza determinando el nivel de ARNm derivado de su transcripción, donde el análisis del nivel de ARNm de AURKB, FIGF, IL6, MMP1 yVHL sepuede realizar,a título ilustrativoysinque limiteel alcancedelainvención,mediante ampliﬁcaciónpor reacción en cadena de la polimerasa (PCR), retrotranscripción en combinación con la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR), retrotranscripción en combinación con la reacción en cadena de la ligasa (RT-LCR), o cualquier otro método de ampliﬁcación de ácidos nucleicos; chips de DNAelaborados con oligonucleótidos depositados por cualquier mecanismo; microarrays de DNA elaborados con oligonucleótidos sintetizados in situ mediante fotolitografía

o por cualquier otro mecanismo; hibridación in situ utilizando sondas especíﬁcas marcadas con cualquier método de mareaje; mediante gelesde electroforesis; mediante transferenciaa membranae hibridación con una sonda especíﬁca; mediante resonancia magnética nuclear o cualquier otra técnica de diagnóstico por imagen utilizando nanopartículas paramagnéticas o cualquier otro tipo de nanopartículas detectables funcionalizadas con anticuerpos o por cualquier otro medio.

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El ARNm puede ser analizado, por ejemplo, pero sin limitarse, en muestras de tejido fresco, tejido congelado, tejidoﬁjadootejidoﬁjadoyembebidoenparaﬁna.Elusode muestrasdetejidoﬁjadoyembebidoenparaﬁnapresenta importantes ventajas con respecto a las muestras de tejido fresco o congelado: son estables a temperatura ambiente, fácilesde almacenary existe un amplio archivode muestras clínicas disponibles junto consu información clínicay el seguimiento de la enfermedad. Por tanto, en una realización preferida el analizado se extrae de muestras de tejido ﬁjadoyembebido en paraﬁna.

ElARN obtenidode muestrasdetejidoﬁjadasyembebidasenparaﬁnasuele encontrarsemuydegradado. Mientras que los estudios mediante microarrays son muy sensibles a la degradación del ARN, el uso de la RT-PCR, y en particular, deRT-PCR cuantitativa (qRT-PCR) ha demostrado ser una técnica que ofrece mejores resultados antela degradación del ARN. Además, el análisis de expresión mediante microarrays es una técnica compleja que requiere de equipos soﬁsticados que no están disponibles en muchos laboratorios. Por tanto, en una realización preferida, la detección del ARNm de los genes se realiza mediante la técnica deRT-PCR;y en una realización, más preferida, la detección se realiza mediante la técnica de qRT-PCR.

En una realización preferida, la detección del producto de la expresión de los genes se realiza determinando el nivel de proteína derivado de su transcripciónytraducción, donde el análisis del nivel de proteínasAURKB, FIGF, IL6, MMP1 y VHL se puede realizar, a título ilustrativo y sin que limite el alcance de la invención, mediante la incubación con un anticuerpo especíﬁco en un inmunoensayo. El término “inmunoensayo”, tal y como se utiliza en la presente descripción se reﬁere a cualquier técnica analítica que se basa en la reacción de la conjugación de una anticuerpo con la muestra obtenida. Ejemplos de inmunoensayos conocidos en el estado de la técnica son, por ejemplo, pero sin limitarse: inmunoblot, ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA), radioinmunoensayo (RIA), inmunohistoquímica o microarrays de proteína.

El término “anticuerpo” tal como se emplea en la presente descripción, se reﬁere a moléculas de inmunoglobulinasyporciones inmunológicamente activasde moléculasde inmunoglobulinas, es decir, moléculas que contienen un sitiode ﬁjaciónde antígeno que se une especíﬁcamente (inmunorreacciona) con cualquierade las proteínasAURKB, FIGF, IL6, MMP1y VHL. Ejemplos de porciones de moléculas de inmunoglobulinas inmunológicamente activas, incluyen fragmentosF(ab)yF(ab’)2 que pueden ser generados tratando el anticuerpo con una enzima tal como la pepsina. Los anticuerpos pueden ser policlonales (incluyen típicamente anticuerpos distintos dirigidos contra determinantes o epítopos distintos) o monoclonales (dirigidos contra un único determinante en el antígeno). El anticuerpo monoclonal puede ser alteradobioquímicamente, por manipulación genética,o puede ser sintético, careciendo,posiblemente, el anticuerpo en su totalidad o en partes, de porciones que no son necesarias para el reconocimiento de cualquierade las proteínasAURKB, FIGF, IL6, MMP1y VHLy estando sustituidas por otras que comunican al anticuerpo propiedades ventajosas adicionales. El anticuerpo puede ser también recombinante, quimérico, humanizado, sintético o una combinación de cualquiera de los anteriores. Un “anticuerpo o polipéptido recombinante” (rAC) es un anticuerpo que ha sido producido en una célula hospedadora que ha sido transformada o transfectada con el ácido nucleico codiﬁcante del polipéptido, o produce el polipéptido como resultado de la recombinación homologa.

Los anticuerpos empleados para llevar a cabo los métodos de la presente invención pueden ser anticuerpos policlonaleso monoclonales capacesde reconocer a cualquierade las proteínasAURKB, FIGF, IL6,MMP1yVHL. Los anticuerpos que reconocen a las proteínasAURKB, FIGF, IL6,MMP1yVHL pueden ser empleados parallevar a cabo los métodos de la presente invención mediante, por ejemplo, pero sin limitarse, inmunoblot, ELISA, RIA, inmunhistoquímica o microarray de proteínas.

En una realización preferida, el inmunoensayo es un inmunoblot o Western blot.Para llevar a cabo un inmunoblot

o Western blot, se obtiene unextractode proteínasa partirde una muestra biológica aisladade un sujetoy se separan las proteínas en un medio de soporte capaz de retenerlas mediante electroforesis. Una vez separadas las proteínas se transﬁeren a un soporte diferente donde pueden ser detectadas mediante el uso de anticuerpos especíﬁcos que reconocena las proteínasAURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL.

En otra realización preferida, el inmunoensayo es una inmunhistoquímica (IHQ). Las técnicas de inmunohistoquímica permitenla identiﬁcación, sobre muestras tisulares o citológicasdedeterminantes antigénicos característicos. El análisis mediante inmunohistoquímica se realiza sobre cortesdetejido,ya sea congeladoo incluido en paraﬁna, procedentede una muestra biológica aisladade un sujeto. Estos cortes se hibridan con un anticuerpo monoclonalo policlonalque reconocealas proteínasAURKB,FIGF,IL6,MMP1yVHL.

Entre las técnicas inmunohistoquímicas que pueden emplearse para obtener losperﬁlesdeexpresión se encuentra el microarray tisular. El microarray tisular (TMA) es considerado hoy en día una potente herramienta para el análisis masivo del perﬁl molecular del cáncer de múltiples muestras de tejido simultáneamente, proporcionando la posibilidadde estudiar nuevos marcadores,o losyaexistentesde manera masiva.A suvez,el TMA preserva las muestras originalesde tejido que con los métodos tradicionales disminuyen en cuantíay sedeterioran porel uso frecuente.

Otro aspectodelainvenciónsereﬁereaunkitque comprendelos mediosadecuadosparallevaracabolos métodos de la invención. En una realización preferida, comprende los medios para determinar los productos de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL, en una muestra biológica aislada.

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Dicho kit puede comprender cebadores, sondas, anticuerpos polio monoclonales,ytodos aquellos reactivos necesarios para utilizar las técnicas descritas anteriormente en este documento y/o conocidos en el estado de la técnica. El kit además puede incluir, sin ningún tipo de limitación, el uso de tampones, enzimas, enzimas polimerasas, cofactores para obtener una actividad óptima de éstas, agentes para prevenir la contaminación, etc. Por otro lado el kit puede incluir todos los soportesyrecipientes necesarios para su puesta en marchayoptimización. El kitpuede contener además otras moléculas, genes, proteínaso sondasde interés,que sirvan comocontroles positivosy negativos. Preferiblemente, el Kit comprende además las instrucciones para llevar a cabo el primer método de la invención.

Alo largodela descripciónylas reivindicacionesla palabra “comprende”y susvariantes no pretendenexcluir otrascaracterísticas técnicas, aditivos, componenteso pasos.Para losexpertos enla materia, otros objetos,ventajas ycaracterísticas de la invención se desprenderán en parte de la descripciónyen parte de la práctica de la invención. Los siguientes ejemplosydibujosse proporcionana modode ilustración,y nose pretendeque sean limitativosdela presente invención.

Descripción de las ﬁguras

Figura 1. Muestra las curvasROC (acrónimo de “Receiver Operating Characteristic”,o CaracterísticaOperativa del Receptor) del modeloylavalidación LOOCV para respuesta patológica.

Figura2. Gráﬁcoilustrativo (boxplot)enelquese comparanlos cambiosenelperﬁl entre pacientes sensiblesyno al tratamiento, tanto del modelo como tras el proceso de validación mediante LOOCV.

Ejemplos

El siguiente ejemplo especíﬁco que se proporciona en este documento de patente sirve para ilustrar la naturaleza de la presenteinvención. Estos ejemplos se incluyen solamente con ﬁnes ilustrativosy no hande ser interpretados como limitaciones a la invención que aquí se reivindica. Por tanto, los ejemplos descritos más adelante ilustran la invención sin limitar el campo de aplicación de la misma.

Ejemplo1

Identiﬁcación del perﬁl asociado a respuesta

SeleccióndelaPoblaciónde muestra

El estudioseha realizado sobre34 pacientes diagnosticadasde carcinomadeovario,previamenteno tratadasy operadasenelHospitalUniversitarioLaPazentrelosaños1986y2003.Todaslasmuestrassondelos tumoresprimariosyclasiﬁcadasde acuerdoalos criteriosdela Federación Internacionalde GinecologíayObstetricia(International Federation of Gynecology and Obstetrics (FIGO)). Las muestras, ﬁjadas en formol e incluidas en paraﬁna, fueron seleccionadas en basea unaseriede criterios clínicosyanatomopatológicos:

-: Diagnóstico de carcinoma de ovario en estadios III o IV

-: Tratamiento homogéneo consistente en cirugía citorreductorayquimioterapia adyuvante consistente en un régimende combinaciónde carboplatinoypaclitaxel.

-: Pieza enbuen estadode conservación.

-: Más del 70% de celularidad tumoral en la muestra.

Detodas las pacientes incluidas enel estudio se recogieron los datos clínicos necesarios, entre los que se incluían los datosde respuestaal tratamiento.La respuesta patológicaseevaluó mediante unasegunda intervención realizadaa la paciente, posteriorala quimioterapia,enlaque analizaron biopsiasdelas lesionessospechosasyensu ausencialas zonas inicialmente inﬁltradas por el tumor. Una respuesta patológica completa o positiva se deﬁne como la ausencia de enfermedad tumoral microscópica residual (Chiara et al, 1995. EurJCancer.31A(3): 296-301; Bolis et al, 1996. Cancer. 77(1): 128-31).

Extracción del ARNm, síntesis del ADNcyampliﬁcación mediante RT-PCR

El ARNm seextrajode cada unade las muestras, utilizando seccionesde7 µmysiguiendo el protocolo del kit de extracción Masterpure RNA Puriﬁcation Kit (EPICENTRE Biotechnologies, Madison, Wl, USA). El ARNm se extrajodecadaunadelasmuestras seleccionadasyse comprobóla concentraciónyelestadodedegradacióndedicho material antes de proseguir con el estudio. Se utilizó1 µg de cada una de las muestras para la síntesis del ADNc, realizada según el protocolo estándar del kitHigh Capacity cDNA ReverseTranscription kit (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA).

Este material se utilizó parala reacciónde ampliﬁcación, llevadaa cabomediantela plataformade tarjeta microﬂuídicade Applied BiosystemsTaqManLow Density Arrays(TLDA),enun secuenciadorABI PRISM 7900HT

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Sequence Detection System (Applied Biosystems), según las recomendaciones del distribuidor, con una conﬁguración que permite la detección de la expresión de 96 genes (Tabla 1) por duplicado en dos muestras de manera simultánea en la misma tarjeta.

TABLA1

Genes cuyaexpresiónha sidomedida parala identiﬁcación del perﬁlderespuesta mediante sondasTaqman incluidas enlaTarjeta microﬂuídica.En negrita se incluyen losgenesdereferenciaque se utilizaron parael estudio

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Pre-análisis

Los datos brutos de los niveles de expresión de los genes, obtenidos mediante el software SDS 2.2 (Applied Biosystems)se normalizaron usandoel programaGeNorm.Este programapermitiólaselecciónde5deellos(deun totalde14genesde referencia)comoelconjuntoidealparala normalizacióndeloscasos,enbaseala estabilidadalo largo de la muestra. El proceso de normalización se realizó siguiendo las instrucciones del Software (Vandesompele et al, 2002. Genome Biol.2002 Jun 18;3(7):RESEARCH0034),ycalculando unfactorde normalización basado enla media geométrica de los genes de referencia seleccionados.

Los genes usados como base para normalizar no se consideraron como genes candidatos a incluirse en el score de riesgo.

Selección del modelo para deﬁnirel scorede riesgoysigniﬁcación global del mismo

Para encontrarel índiceriesgopara respuesta tomando comovariableslosnivelesdeexpresiónde82 genes,seusó un modelo de regresión logística multivariante que viene dado por la ecuación:

Donde en nuestro caso ˆ˜p esla probabilidad estimadaderespuestaal tratamientodel modeloy βi son los parámetros estimados para cada covariante Xi que recogelaexpresiónde los82 genes, con i=1,..p.Enlo que sigue llamaremosZ a la parte lineal de esta ecuación, es decir, Z= ip =0βiXi.

La selección de las variables candidatas a entrar a formar parte del índice de riesgo, se seleccionaron mediante un algoritmo de varias etapas:

En la primera etapa, se seleccionó el número aproximado de variables que deberían entrar, mediante un modelo de regresión logísticapor pasos (stepwise) con criterios ampliosde entrada(P para entrar = 0,995)ysalida (P=0,999). Encadapasodelmodelose observóelvalorde criteriode informacióndeAkaike(AIC).La funciónque representael númerode pasos frenteala funciónAIC,poseeun mínimo antesdellegaral modelo saturado.Como primer modelo seleccionado se tomó el constituido por las variables incluidas hasta ese valor mínimo del AIC. En el caso de la respuesta patológica,elmínimose alcanzóalpaso5porloqueel modelo estabaformadopor5variables.

La segunda etapa consistió en seleccionar otros modelos candidatos adicionales, usando “la mejor subserie” como criterio estadístico de selección de variables entre los que tenían el mismo número de variables que el número seleccionado en la primera etapa o una variable más o una variable menos. En todos ellos, se valoró de nuevo el estadístico AIC, corregido segúnel númerode casosydevariables.

Por último, entre los que tenían unvalor parecido, se tomó aquel modeloquea juiciode losinvestigadores poseía una mayor plausibilidad biológica,que resultó sereldelvalor mínimoAIC.EnlaTabla2 se muestranlos datosde signiﬁcación global del modelo.

(Tabla pasa a página siguiente)

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TABLA2

Modelo de predicción de respuesta patológica

El modelo está constituidopor los genes indicados enlaTabla3. TABLA3

Genes que integran el modelo de respuesta patológica

De tal modo que la probabilidad asociada a la respuesta patológica se calcula de acuerdo al peso especíﬁco de la expresión de los genes seleccionados de la siguiente manera:

Enprimerlugarse calculael términoZanteriormente deﬁnido,apartirdelos coeﬁcientes estimadosenel modelo de regresiónylaexpresiónde los genes del modelo segúnla ecuación (1), esto es:

Z= Término independiente+ (PEgenxValordeexpresión normalizadogen)En funciónde este término se calcula la probabilidad de respuesta al tratamiento, según la fórmula:

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De tal modo que el valor cuantitativo de probabilidad es proporcional al valor de las variables incluidas en el predictor.

Capacidad discriminante delmodeloyValidación del scorede riesgo

Sevaloróla capacidad discriminante del modelo elegido medianteel índice “área bajola curvaROC” (Figura1y tabla 4). Se estimo este índice sobre la probabilidad de respuesta dada por el modelo para cada paciente.

Dado que el criterio de selección usado fue el estadístico AIC, no se consideró necesario realizar una validación del proceso de construcción del modelo puesto que existe bibliografía que así lo indica, en comparación con métodos de validación cruzada o de bootstrapping (You et al, 2008. Clin Biochem. 41(10-11):785-95).

Sevalidóla capacidad discriminantede cadamodelo usandoelmétododevalidación cruzada LOOCV(Leave One Out CrossValidation)para las curvasROC (Simónet al, 2006. PharmacogenomicsJ. 6(3):166-73;Varma et al, 2006. BMC Bioinformatics. 23;7:91) como se muestra enla Figura1y enlaTabla4.

TABLA4

Validación cruzada LOOCVpararespuesta patológica

Enla ﬁgura2se representa medianteun diagramadecajasla diferenciaexistenteen cuantoalosvaloresdel escore en las pacientes respondedorasy no respondedoras al tratamiento, diferenciándose perfectamente los dos grupos de respuesta en base al predictor.Aunque lo que se propone en este estudio es el análisis del escore de forma continua, paraproducir menorsesgo,existela posibilidaddeasignar cortespara clasiﬁcaren poblacionesderiesgo.Estos cortes se pueden dar en función de la capacidad discriminante del modelo, que como se indica más arriba ha sido analizada mediante curvasROC,y en basea losvaloresde sensibilidadyespeciﬁcidad generadosdedicho análisisy quese incluyen en la tabla 5.

(Tabla pasa a página siguiente)

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TABLA5

Sensibilidadyespeciﬁcidaddelas curvasROCgeneradasparaelpredictorderespuesta patológica,ytras pasarla

validación LOOCV

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Valoración delscore de riesgo frente a variables clínicas

El modelo se asocia signiﬁcativamente a la respuesta patológica (p= 0,022, HR (IC 95%) 0,368 (0,156-0,868). No seevaluóelefectodelmismoenpresenciaoajustadoporotrosfactores clínicospuestoqueningunodeellosseasocia a la respuesta patológica mediante un modelo de regresión logística multivariante.

Para el análisis se han utilizado los siguientes programas estadísticos: SAS versión 9.1.3, SPSS9 Rversión 2.2 con el paquete de software versión 2.0-12.

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Claims

REIVINDICACIONES

1. Uso de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL para predecir la respuesta patológica a un tratamiento que comprendeunderivadodelplatinoy un taxanodeun pacientecon cáncer.
2.Usodelosgenessegúnlareivindicación1,dondeelderivadodelplatinose seleccionadelalistaque comprende: carboplatino, oxaliplatino o cisplatino.
3. Uso de los genes según la reivindicación 2, donde el derivado del platino es carboplatino.
4.Usodelos genessegún cualquieradelasreivindicaciones1 a3, dondeel taxanose seleccionadela listaque comprende: paclitaxel o docetaxel.
5. Uso de los genes según la reivindicación 4, donde el taxano es paclitaxel.
6.Usodelos genessegún cualquieradelasreivindicaciones1 a5, dondeel cánceresdelalistaque comprende: ovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio, pulmón o tumor de origen desconocido.
7. Uso de los genes según la reivindicación 6, donde el cáncer es de ovario.
8. Método para predecir la respuesta patológica a un tratamiento que comprende un derivado del platinoy un taxano de un paciente con cáncer, que comprende:

a.

obtener una muestra biológica aislada que comprende célulasde un paciente,y

b.

detectarla cantidadde productodeexpresióndelos genes AURKB, FIGF,IL6, MMP1yVHL,en la muestra biológica del paso (a).
9. Método según la reivindicación 8, que además comprende:

c. asignar al paciente una probabilidad de respuesta patológica al tratamiento, donde dicha respuesta patológica depende de la cantidad de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL en la muestra obtenida en (a), en relación a la cantidad de expresión detectada para dichos genes en una población de pacientes de referencia de respuesta patológica conocida.
10. Métodosegúnlareivindicación9,dondelaprobabilidadde respuesta patológicaseasignamediantela fórmula:

dondeZ = término independiente+ PEgenxValordeexpresión normalizadogen;siendoel término independiente unvalor comprendido entre 20,9530y17,0330yelpeso especíﬁcodecadagen(PEgen)unvalor comprendido entre 22,9230y19,0030 para PEAURKB, entre 182,0550y178,1350 para PEFIGF, entre 16,7910y12,8710 para PEIL6, entre 33,4990y-37,4190 paraPEMMP1,yentre -31,6340y-35,5540 paraPEVHL.
11.

Métodosegúnlareivindicación10, dondeel término independienteesunvalor comprendido entre 20,1430y 17,8430yelpeso especíﬁcodecadagen(PEgen)unvalor comprendido entre 22,1130y19,8130paraPEAURKB, entre 181,2450y178,9450 paraPEFIGF, entre 15,9810y13,6810 paraPEIL6, entre -34,3090y-36,6090 paraPEMMP1,yentre -32,4440y-34,7440 paraPEVHL.
12.

Métodosegún cualquieradelasreivindicaciones8 a11, dondeelderivadodel platinose seleccionadela lista que comprende: carboplatino, oxaliplatino o cisplatino.
13. Uso de los genes según la reivindicación 12, donde el derivado del platino es carboplatino.
14.Usodelos genessegún cualquieradelasreivindicaciones8 a13, dondeel taxanose seleccionadelalistaque comprende: paclitaxel o docetaxel.
15. Uso de los genes según la reivindicación 14, donde el taxano es paclitaxel.

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16. Métodosegún cualquieradelasreivindicaciones8 a15,dondela muestra biológica aisladadelpaso(a) comprende células tumorales.
17.Métodosegún cualquieradelasreivindicaciones8 a16, dondela muestra biológica aisladadelpaso(a)está ﬁjadayembebida en paraﬁna.
18. Método para identiﬁcar si un compuesto es útil para el tratamiento del cáncer, que comprende:

a.

obtener células derivadas de un cáncer,

b.

detectarla cantidadde productodeexpresióndelos genes AURKB,FIGF,IL6, MMP1yVHL en las células del paso (a),

c.

administrar el compuesto a las células de (a),

d.

detectar la cantidad deproducto de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1 y VHL, tras la administración del compuesto según (c),y

e.

comparar la cantidad de producto de expresión de los genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL, antesy después de la administración del compuesto.
19.Métodosegún cualquieradelasreivindicaciones8 a18 dondeel productodeexpresióndelos genesse determina medianteRT-PCR.
20. Métodosegún cualquieradelasreivindicaciones8 a19, dondeel cánceresdela listaque comprende:ovario, trompa, peritoneo, cérvix, endometrio, pulmón o tumor de origen desconocido.
21. Método según la reivindicación 20, donde el cáncer es de ovario.
22.Kitparallevaracaboel métodosegún cualquieradelasreivindicaciones8 a21que comprendelos ensayos indicados enlaTabla1dela descripción para detectarla cantidadde productodelaexpresióndeexpresióndelos genes AURKB, FIGF, IL6, MMP1yVHL en una muestra biológica aislada de un paciente con cáncer.

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LISTADE SECUENCIAS

<110> FUNDACIÓNPARALA INVESTIGACIÓN BIOMÉDICA DEL HOSPITAL UNIVERSITARIOLAPAZ. Mendiola Sabio, Marta Redondo Sánchez, Andrés Hardisson Hernáez, David Barriuso Feijoo, Jorge

<120> Método para la predicción de respuesta patológica a un tratamiento de un paciente con cáncer

<130> 1660.3

<160> 10

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 7044

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

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<210> 2

<211> 1253

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 2

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<210> 3

<211> 40059

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 3

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<210> 4

<211> 2128

<212> DNA

<213> Homo sapiens

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<400> 4

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<210> 5

<211> 7319

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 5

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<210> 6

<211> 1125

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 6

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<210> 7

<211> 9444

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 7

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<210> 8

<211> 2081

<212> DNA

<213> Homo sapiens

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<210> 9

<211> 11626

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 9

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<210> 10

<211> 2968

<212> DNA

<213> Homo sapiens

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OFICINA ESPAÑOLA DE PATENTES Y MARCAS

N.º solicitud:200930438

ESPAÑA

Fecha de presentación de la solicitud: 10.07.2009

Fecha de prioridad:

INFORME SOBRE EL ESTADO DE LA TECNICA

51 Int. Cl. : Ver Hoja Adicional

DOCUMENTOS RELEVANTES

Categoría

Documentos citados Reivindicaciones afectadas

A

MENDIOLA et al. “Angiogenesis-related gene expression profile with independent prognostic value in advanced ovarian carcinoma”. PLos ONE 3(12): e4051. doi:10.1371/journal.pone.0004051. 29.12.2008. Recuperado de Internet [03.12.2010]: <URL: http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0004051> páginas 1-7, todo el documento. 1-9,12-22

A

BARRIUSO, J. et al. 5026 Poster Prognostic value of angiogenesis related genes in advanced ovarian cancer (AOC). Eur. J. Cancer Sppl. 2007, 5(4): 318, todo el documento. 1-9,12-18,20,21

A

US 20050064455 A1 (BAKER et al.) 24.04.2005, resumen; reivindicaciones 1,2,4,6,7,12,13,19,21,23-25,28,31,46-58. 1,4,6-9,14,16-22

A

WELSH, J.B. et al. Analysis of gene expression profiles in normal and neoplastic ovarian tissue samples identifies candidate molecular markers of epithelial ovarian cancer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001, 98 (3), 1176-1181, pág. 1180, 1ª col., 2º párrafo y 2ª col., último párrafo. 1,6-9,16,19-21

Categoría de los documentos citados X: de particular relevancia Y: de particular relevancia combinado con otro/s de la misma categoría A: refleja el estado de la técnica O: referido a divulgación no escrita P: publicado entre la fecha de prioridad y la de presentación de la solicitud E: documento anterior, pero publicado después de la fecha de presentación de la solicitud

El presente informe ha sido realizado • para todas las reivindicaciones □ para las reivindicaciones nº:

Fecha de realización del informe 12.01.2011

Examinador M. García Grávalos Página 1/5

INFORME DEL ESTADO DE LA TÉCNICA

Nº de solicitud:200930438

CLASIFICACIÓN OBJETO DE LA SOLICITUD

C12Q1/68 (01.01.2006) C07D305/14 (01.01.2006) G01N33/574 (01.01.2006) A61K31/337 (01.01.2006) A61K33/24 (01.01.2006) A61P35/00 (01.01.2006)

Documentación mínima buscada (sistema de clasificación seguido de los símbolos de clasificación)

C12Q, C07D, G01N, A61K, A61P

Bases de datos electrónicas consultadas durante la búsqueda (nombre de la base de datos y, si es posible, términos de búsqueda utilizados)

INVENES, EPODOC, WPI, BIOSIS, MEDLINE, EMBASE, NPL, XPESP, GOOGLE SCHOLAR.

Informe del Estado de la Técnica Página 2/5

OPINIÓN ESCRITA

Nº de solicitud:200930438

Fecha de Realización de la Opinión Escrita: 12.01.2011

Declaración

Novedad (Art. 6.1 LP 11/1986)

Reivindicaciones Reivindicaciones 1-22 SI NO

Actividad inventiva (Art. 8.1 LP11/1986)

Reivindicaciones Reivindicaciones 1-22 SI NO

Se considera que la solicitud cumple con el requisito de aplicación industrial. Este requisito fue evaluado durante la fase de examen formal y técnico de la solicitud (Artículo 31.2 Ley 11/1986).

Base de la Opinión.-

La presente opinión se ha realizado sobre la base de la solicitud de patente tal y como se publica.

Informe del Estado de la Técnica Página 3/5

OPINIÓN ESCRITA

Nº de solicitud:200930438

1. Documentos considerados.-

A continuación se relacionan los documentos pertenecientes al estado de la técnica tomados en consideración para la realización de esta opinión.

Documento

Número Publicación o Identificación Fecha Publicación

D01

MENDIOLA, M., et al. Plos ONE. 2008. Vol. 3(12), e4051, (doi:10.1016/S1359-6349(07)71198-9); páginas 1-7. 29.12.2008

D02

BARRIUSO, J. et al. Eur. J. Cancer Sppl. 2007, 5(4): 318 2007

D03

US 220050064455 A1 24.04.2005

D04

WELSH, J.B. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001, 98 (3), 1176-1181. 2001
2. Declaración motivada según los artículos 29.6 y 29.7 del Reglamento de ejecución de la Ley 11/1986, de 20 de marzo, de Patentes sobre la novedad y la actividad inventiva; citas y explicaciones en apoyo de esta declaración

La presente solicitud divulga la identificación de un conjunto de genes relacionados con la angiogénesis, en particular AURKB, FIGF, IL6, MMP1 y VHL, y su uso para predecir la probabilidad de la respuesta a un tratamiento quimioterapéutico consistente en paclitaxel y carboplatino para el carcinoma de ovario en muestras fijadas en formol e incluidas en parafina. Se refiere también a un método de obtención de datos útiles para predecir la respuesta de un paciente a dicho tratamiento quimioterapéutico permitiendo determinar una probabilidad de respuesta. Asimismo, divulga métodos para llevar a cabo dicho pronóstico que comprenden el empleo de RT-PCR para la determinación de los niveles de expresión de los genes anteriores en muestras obtenidas de enfermos, y la comparación de los valores obtenidos con valores de referencia. Se refiere además, a métodos de búsqueda de agentes antitumorales y a kits basados en los cinco genes anteriores para poner en práctica los métodos de la invención (reivindicaciones 1-22).

El documento D01 cuyos autores coinciden con los inventores de la presente solicitud, se refiere a el uso de un panel de genes relacionados con la angiogénesis, entre los que se encuentra IL6, para el pronóstico del cáncer de ovario en estadios avanzados en pacientes tratadas con una terapia combinada de derivados de platino y taxanos (ver todo el documento).

El documento D02 se refiere a un estudio para evaluar el papel de los genes relacionados con la angiogénesis en el pronóstico del cáncer de ovario después de un tratamiento quimioterapéutico con paclitaxel y carboplatino. El RNA se obtuvo de muestras de ovario con cáncer avanzado fijadas y embebidas en parafina y el nivel de expresión de los genes relacionados con la angiogénesis se determinó mediante el empleo de la técnica RT-PCR cuantitativa (ver todo el documento).

El documento D03 divulga el uso de un conjunto de genes para predecir la respuesta a tratamientos quimioterapéuticos de pacientes con cáncer. Asimismo, D03 divulga métodos para llevar a cabo dicha predicción que comprenden la determinación de los niveles de expresión de determinados grupos de genes mediante RT-PCR y la comparación de dichos niveles con valores de referencia. Adicionalmente, el documento se refiere a kits para efectuar el pronóstico de respuesta al tratamiento que se basan en la determinación de los niveles de transcritos de los genes, o de sus productos de expresión (ver resumen; reivindicaciones 1, 2, 4, 6, 7, 12, 13, 19, 21, 23-25, 28, 31, 46-58).

El documento D04 estudia un conjunto de genes humanos para identificar aquellos cuya expresión esté relacionada con el cáncer de ovario y que se pueden considerar indicadores moleculares del cáncer de ovario (ver pág. 1180, 1ª col., 2º párrafo y 2ª col., último párrafo).

1. NOVEDAD Y ACTIVIDAD INVENTIVA (Art. 6.1 y 8.1 LP 11/1986)

1.1. REIVINDICACIONES 1-22

El documento D01 se considera el más cercano al estado de la técnica ya que anticipa el uso de un conjunto de genes relacionados con la angiogénesis para el pronóstico de la respuesta clínica de pacientes con cáncer de ovario en estadios avanzados a un tratamiento con un taxano y un derivado de platino. Dicho pronóstico se efectúa en base a la comparación de los niveles de expresión de los citados genes con valores de referencia. Al igual que en la presente invención, la determinación de los niveles de expresión se lleva cabo en muestras biológicas fijadas y embebidas en parafina, las cuales se obtienen de pacientes tratadas con carboplatino y paclitaxel. Asimismo, la determinación de los niveles de expresión de los genes se lleva a cabo por medio de RT-PCR.

Informe del Estado de la Técnica Página 4/5

OPINIÓN ESCRITA

Nº de solicitud:200930438

La presente solicitud difiere de D01 en el empleo conjunto por parte de los inventores de los cinco genes: AURKB, FIGF, IL6, MMP1 y VHL, para el pronóstico de la respuesta clínica al tratamiento. Además, la metodología particular de cálculo de la probabilidad de respuesta clínica al tratamiento divulgada en la presente invención no se encuentra recogida en D01 y tampoco lo está el uso de los mencionados genes para la identificación de agentes antitumorales.

El documento D02 anticipa asimismo el empleo de un modelo predictivo para el tratamiento de cáncer de ovario basado en los genes relacionados con la angiogénesis utilizando muestras biológicas fijadas y embebidas en parafina para la determinación de los niveles de expresión de los genes la cual se lleva a cabo por medio de RT-PCR.

Por su parte, D03 anticipa el uso de un grupo de genes, relacionados con la angiogénesis, en un método de predicción de respuesta clínica a un tratamiento quimioterapéutico. De forma análoga a la presente solicitud, los inventores de D03 realizan el pronóstico de la repuesta de una paciente a un tratamiento que comprende un derivado de taxano, en particular paclitaxel, en base a la determinación de los niveles de expresión de los mencionados genes mediante RT-PCR y a la comparación con valores de referencia. Adicionalmente, la invención recogida en D03 tiene por objeto, al igual que la presente solicitud, kits basados en los mencionados genes para poner en práctica el método de predicción de respuesta. Por tanto, D03 no anticipa el uso de los cinco genes de la invención para el pronóstico de respuesta a un tratamiento. Además, dicho tratamiento no comprende la administración simultánea un derivado de platino y un taxano.

Por otra parte, D03 tampoco recoge el uso de los genes marcadores en métodos para la identificación de agentes antitumorales. Por último, la predicción de la respuesta clínica no se realiza en base a un dato de probabilidad análogo al de la presente invención.

Así pues, los documentos del estado de la técnica tomados en cuenta no anticipan el objeto de la presente solicitud y, en consecuencia, se considera que las reivindicaciones 1-22 cumplen con el requisito de novedad (Art. 6.1 LP 11/1986).
2. ACTIVIDAD INVENTIVA (Art. 8.1 LP 11/1986)
2.1. REIVINDICACIONES 1-23.

Como se ha indicado en el apartado de esta opinión relativo a la novedad, el uso de genes relacionados con la angiogénesis como biomarcadores para el pronóstico del cáncer, y en particular de la respuesta clínica de pacientes a tratamientos quimioterapéuticos con taxanos y derivados de platino, se encuentra recogido en el estado de la técnica. Sin embargo ninguno de los documentos citados anticipan el uso de todos los marcadores de la presente invención y menos aún, tomados en conjunto los cinco genes juntos.

Se considera por tanto que ninguno de los documentos anteriores, solos ni en combinación, divulgan ni dirigen al experto en la materia hacia el uso conjunto de los cinco genes relacionados con la angiogénesis como biomarcadores para el pronóstico de la respuesta clínica de pacientes a tratamientos quimioterapéuticos con taxanos y derivados tal y como se reivindica en la presente solicitud.

Por lo tanto, la invención definida en las reivindicaciones 1-22 de la solicitud es nueva y posee actividad inventiva (Art. 8.1 LP 11/1986).

Informe del Estado de la Técnica Página 5/5