ES2282599T3 - Metodo para detectar arnm del virus del papiloma humano. - Google Patents
Metodo para detectar arnm del virus del papiloma humano. Download PDFInfo
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Abstract
Un método in vitro para el cribado de sujetos humanos con el fin de determinar su riesgo de desarrollar carcinoma cervical, método que comprende la selección del sujeto por la expresión de transcritos de ARNm del gen E6 de cada uno, y únicamente, de los tipos de HPV 16, 18, 31, 33 y 45 utilizando una técnica de amplificación y clasificando al sujeto en una de dos categorías de riesgo de desarrollar carcinoma cervical sobre la base de la expresión del ARNm de E6 de al menos uno de dichos tipos de HPV, en el que los individuos positivos para la expresión de dicho ARNm de E6 de al menos uno de dichos tipos de HPV son calificados como portadores de HPV integrado y son por tanto clasificados como de alto riesgo de desarrollar carcinoma cervical, mientras que los individuos negativos para la expresión de todos los ARNm de E6 son calificados como no portadores de HPV integrado y son por tanto clasificados como sin riesgo detectable de desarrollar carcinoma cervical.
Description
Método para detectar ARNm del virus del papiloma
humano.
La presente invención se refiere a métodos in
vitro para el cribado de sujetos humanos con el fin de
determinar su riesgo de desarrollar carcinoma cervical.
El carcinoma cervical es una de las enfermedades
malignas más comunes en todo el mundo y es una de las causas
principales de morbilidad y mortalidad entre las mujeres (Parkin,
D.M., Pisani, P., Ferlay, J. (1993) Int. J. Cancer, 54:
594-606; Pisani, P., Parkin, D.M., Ferlay, J. (1993)
Int. J. Cancer, 55: 891-903). En 1996 se
pronosticaron 15.700 nuevos casos de cáncer cervical invasivo en
Estados Unidos, y la Organización Mundial de la Salud ha calculado
que la incidencia mundial anual es de 450.000 (1990). La tasa de
incidencia anual difiere en las diferentes partes del mundo,
variando de 7,6 por 100.000 en el Asia occidental a 46,8 por 100.000
en África del Sur (Parkin y col., 1993, ibid.).
El concepto actual del carcinoma cervical es que
el mismo es una enfermedad de múltiples etapas, desarrollándose a
menudo a lo largo de un periodo de 10-25 años. El
carcinoma del cérvix invasivo de células escamosas está
representado por penetración a través de la lámina basal e invasión
del estroma o la lámina propia epitelial. El curso clínico del
carcinoma cervical presenta una variación considerable. El
pronostico ha sido relacionado con la etapa clínica, la implicación
de nódulos linfáticos, la masa tumoral primaria, el tipo
histológico, la profundidad de la invasión y la permeación
linfática (Delgado, G. y col., (1990) Gynecol. Oncol., 38:
352-357). Algunas pacientes con características
tumorales menos favorales tienen un desenlace relativamente bueno,
mientras que otras sufren un desenlace fatal de una enfermedad
inicialmente limitada. Esto muestra una clara necesidad de
marcadores adicionales para caracterizar adicionalmente carcinomas
cervicales recién diagnosticados, con el fin de administrar una
terapia adaptada al riesgo (Ikenberg, H. y col., Int. J. Cancer, 59:
322-6, 1994).
La epidemiología del cáncer cervical ha mostrado
una fuerte asociación con patrones religiosos, maritales y
sexuales. Casi 100 estudios caso-control han
examinado la relación entre el HPV y la neoplasia cervical y casi
todos han encontrado asociaciones positivas (monografías de la IARC,
1995). La asociación es potente, consistente y específica para un
número limitado de tipos víricos (Muñoz, N., Bosch, F.X. (1992) HPV
and cervical neoplasia: review of case-control and
cohort studies. IARC Sci. Publ., 251-261). Entre los
estudios más informativos, se han observado fuertes asociaciones
con el ADN de HPV 16 con una consistencia notable para cáncer
invasivo y lesiones CIN de grado alto, descartando la posibilidad
de que esta asociación pueda ser explicada por el azar, sesgo o
confusión (monografías de la IARC, 1995). Pruebas indirectas
sugerían que el ADN de HPV detectado en las células cancerosas es
un buen marcador del papel de la infección por HPV en las etapas
tempranas de la carcinogénesis. Se ha descrito una relación
dosis-respuesta entre un incremento de la carga
vírica y el riesgo de carcinoma cervical (Muñoz y Bosch, 1992,
ibid.). En algunas series más grandes hasta un 100% de los
tumores eran positivos para HPV, pero la existencia de carcinomas
cervicales negativos para el virus está todavía en debate (Meijer,
C.J. y col. (1992) Detection of human papillomavirus in cervical
scrapes by the polymerase chain reaction in relation to cytology:
possible implications for cervical cancer screening. IARC Sci.
Publ., 271-281; Das, B.C. y col., (1993) Cancer, 72:
147-153).
Los tipos de HPV más frecuentes encontrados en
carcinomas cervicales de células escamosas son HPV 16 (41%-86%) y
18 (2%-22%). Además, se han encontrado también HPV 31, 33, 35, 39,
45, 51, 52, 54, 56, 58, 59, 61, 66 y 68 (monografías de la IARC,
1995). En la Conferencia Internacional HPV2000 de Barcelona, se
definieron HPV 16, 18, 31 y 45 como de alto riesgo, mientras que
HPV 33, 35, 39, 51, 52, 56, 58, 59, 68 fueron definidos como de
riesgo intermedio (Keerti, V., Shah. P71). Los 13 HPVs de alto
riesgo más los de riesgo intermedio son a menudo referidos todos
juntos como tipos de HPV asociados a cáncer.
Varios estudios han explorado el papel potencial
del análisis de HPV en el cribado de cáncer cervical (ver Cuzick y
col., A systematic review of the role of human papillomavirus
testing withing a cervical screening programme. Health Tecnol.
Assess., 3: 14, 1999).
Reid y col. (Reid, R. y col. (1991) Am. J.
Obstet. Gynecol., 164: 1461-1469) fueron los
primeros en demostrar un papel para el análisis de HPV en un
contexto de cribado. Este estudio se llevó a cabo en mujeres de alto
riesgo procedentes de clínicas de enfermedades transmitidas
sexualmente y de ginecólogos especialistas, y utilizó una
hibridación de transferencia Southern (de baja rigurosidad) sensible
para la detección del HPV. Participaron un total de 1012 mujeres y
la cervicografía se consideró también como un posible auxiliar para
la citología. Se encontraron en total 23 lesiones CIN II/III, pero
solamente 12 fueron detectadas por citología (sensibilidad 52%,
especificidad 92%). El análisis de HPV encontró 16 lesiones de grado
alto.
Bauer y col. (Bauer, H.M. y col. (1991) JAMA,
265: 472-477) describen un estudio temprano basado
en PCR utilizando cebadores MY09/11 (Manos, M. y col. (1990)
Lancet, 335: 734) en mujeres jóvenes que acudieron para que les
fueran realizados frotis rutinarios (estudiantes universitarias).
Encontraron una tasa positiva del 46% en 467 mujeres, que era mucho
más elevada que para el ensayo de transferencia de manchas
(11%).
En un estudio utilizando PCR con cebadores GP5/6
(van der Brule, A.J. y col. (1990) J. Clin. Microbiol., 28:
2739-2743) van der Brule y col. (van der Brule, A.J.
y col. (1991) Int. J. Cancer, 48: 404-408) mostraron
una correlación muy potente entre la positividad para HPV y la
neoplasia cervical según se determinó por citología. En mujeres
mayores (35-55 años de edad) con citología negativa
la tasa de positividad para HPV era únicamente del 3,5%, y ésta se
redujo al 1,5% si se consideraban únicamente los tipos 16, 18, 31 y
33, mientras que las mujeres con carcinoma histológico in
situ eran todas positivas para HPV y el 90% tenía uno de los
cuatro tipos anteriores. Las mujeres con anormalidades citológicas
menos graves tenían menores tasas de positividad para HPV de manera
gradual, mostrándose una clara tendencia.
Roda Housman y col. (Roda Housman, A.M. y col.
(1994) Int. J. Cancer, 56: 802-806) extendieron
todas estas observaciones examinando a 1373 mujeres más con frotis
anormales. Este estudio confirmó también una tasa de positividad
creciente con la gravedad creciente de los resultados de los frotis.
Observaron también que el nivel de heterogeneidad del HPV disminuía
desde 22 tipos para los frotis de grado bajo hasta diez tipos de
"alto riesgo" para los frotis de grado alto. Este artículo no
incluía mujeres citológicamente negativas, ni tampoco ninguna
enfermedad citológica confirmada histológicamente.
Cuzick y col. (Cuzick, J. y col. (1992) Lancet,
340: 112-113; Cuzick, J. y col. (1994) Br. J.
Cancer, 69: 167-171) fueron los primeros en
describir que el análisis del HPV proporcionaba una información útil
para la clasificación de anormalidades citológicas detectadas
durante un cribado aleatorio. En un estudio de 133 mujeres,
remitidas para colposcopia, encontraron un valor predictivo positivo
del 42%, que era similar al de la discariosis moderada. Los
resultados fueron más sorprendentes para HPV 16, donde se encontró
que 39 de 42 mujeres positivas para HPV 16 tenían un CIN de grado
alto en la biopsia. Este estudio resaltaba la importancia de la
determinación de la carga vírica y consideraba únicamente como
positivos los niveles elevados de los tipos de alto riesgo.
Cox y col. (Cox, J.T. y col. (1995) Am. J.
Obstet. Gynecol., 172: 946-954) demostraron un papel
del análisis de HPV utilizando el sistema de Captura Híbrida
(Hybrid Capture™) (DIGENE Corporation, Gaithersburg, MD, EE.UU.)
para la clasificación de mujeres con frotis dudosos. Este ensayo fue
realizado en 217 mujeres procedentes de un servicio de remisión
universitario y se encontró una sensibilidad del 93% para CIN II/III
en comparación con un 73% para citología repetida. Se encontró que
una carga vírica elevada mejoraba además el funcionamiento del
ensayo reduciendo los falsos positivos. Cuando se tomó como valor de
corte 5 RLU, se encontró un PPV del 24% aproximadamente sin pérdida
de la sensibilidad.
Cuzick y col. (Cuzick, J. y col. (1995) Lancet,
345: 1533-1536) evaluaron el análisis de HPV en el
contexto de un cribado primario en 1985 mujeres que acudieron a un
cribado rutinario en una clínica de planificación familiar. La
sensibilidad utilizando PCR específica de tipo para los cuatro tipos
comunes de HPV (75%) era superior a la de la citología (46%), y el
PPV para un ensayo de HPV positivo (42%) era similar al obtenido
para una discariosis moderada (43%).
WO 91/08312 describe métodos para determinar el
pronóstico de individuos infectados con HPV que comprenden la
medida del nivel de actividad HPV mediante la detección de
transcritos de todos o de una porción de los genes E6 y/o E7 de HPV
en una muestra y la comparación de las medidas de la actividad HPV
con una relación previamente establecida entre la actividad y el
riesgo de progresión hacia una displasia cervical grave o hacia
carcinoma cervical.
WO 99/29890 describe métodos para determinar la
infección por HPV basados en la medida y en el análisis de los
niveles de expresión génica. En particular, WO 99/29890 describe
métodos que están basados en la medida de los niveles de expresión
de dos o más genes del HPV (por ejemplo E6, E7, L1 y E2 del HPV) y
la comparación posterior de la tasa de expresión de combinaciones
de estos genes para proporcionar una indicación de la etapa de la
enfermedad basada en HPV en una paciente.
EP-A-0 662 518
(AMOCO Corp.; 12.07.1995) describe un método para detectar
transcritos de ARNm de E6/E7 que son "indicadores o predictores
del riesgo de progresión hacia displasia grave o carcinoma
cervical" (página 2, líneas 23-32). El método de
pronóstico está basado "en la asociación entre la actividad
transcripcional del HPV y el riesgo de desarrollo de displasia
cervical grave o carcinoma cervical" (página 2, línea 58). Este
documento explica que "la expresión de los genes E6 y/o E7 de HPV
16 y 18 es importante para la transformación celular y puede ser
importante para el desarrollo de CIS" (página 4, línea 40) y que
"los transcritos de E6* pueden estar relacionados con el
potencial oncogénico de los tipos de HPV" (página 5, línea 4).
Además, describe que patrones de expresión específicos
"proporcionan la base mediante la cual se utiliza el presente
método para determinar el riesgo de progresión de anormalidades
cervicales" (página 5, líneas 11-14).
EP-A-0 373 352
(BEHRINGWERKE AG; 20.06.1990) describe un método para la detección
de ARNm de E6/E7 del HPV (Ejemplos 1-4) como
indicación del potencial maligno del HPV (página 2, líneas
16-21) y proporciona una explicación sobre la
asociación entre HPV y carcinoma cervical, el impacto de la
integración en el genoma de E6/E7 sobre la transformación maligna y
la intensa transcripción de E6/E7 en células transformadas (página
2). El método está dirigido a la detección de transcritos de E6/E7
con fin pronóstico (página 5, línea 7 y línea 34). Además, describe
cebadores para amplificar el ARNm de E6/E7 (Ejemplos 4a y 4b).
WO 94 26934 A (Brown Janice, T.; Baxter
Diagnostics Inc. (EE.UU.); 24.11.1994) describe un ensayo específico
para determinar infecciones por HPV asociadas con displasia
cervical y transformación celular a malignidad mediante la
detección de transcritos de ARNm de E6/E7 de tipos de HPV de alto
riesgo (página 2, líneas 23-31). El documento
explica que "la expresión de E6/E7 es un diagnóstico de cáncer
cervical o de estados premalignos".
Smits, H.L. y col. ("Application of the NASBA
nucleic acid amplification method for the detection of human
papillomavirus type 16 E6-E7 transcripts",
Journal of Virological Methods, Amsterdam, Países Bajos, vol. 54,
nº 1, 1995, páginas 75-81) describe un método para
detectar la expresión de transcritos de ARNm de E6 de HPV en frotis
cervicales mediante amplificación isotérmica por NASBA (ver el
Resumen y las páginas 76-80). En ella se explica
que "la detección rápida de ARN de HPV 16 podría ser
potencialmente valiosa en estudios epidemiológicos o como
herramienta de diagnóstico", que "la detección específica de
ARN (E6/E7) permitiría la detección de infecciones víricas
transcripcionalmente activas" y que "la expresión de E6 y E7
parece ser requerida para inducir y mantener el estado
maligno" (página 76). El documento describe también pares de
cebadores para amplificar el ARNm de E6/E7 del HPV 16.
Los presentes inventores han determinado que es
posible llevar a cabo una determinación clínicamente útil de la
enfermedad asociada al HPV basada únicamente en una simple
determinación positiva/negativa de la expresión de transcritos de
ARNm de L1 y E6 del HPV, sin requerir medidas cuantitativas precisas
de los niveles de expresión ni la determinación de diferencias en
los niveles de expresión de los dos transcritos. Este método es
técnicamente sencillo y, en una realización preferida, es
susceptible de automatización en un formato de rendimiento medio a
elevado. Además, sobre la base de los resultados obtenidos, los
inventores han definido un nuevo esquema de clasificación de
pacientes sobre la base del riesgo de desarrollar carcinoma cervical
que está relacionado con cambios moleculares relevantes para la
enfermedad en el patrón de la expresión de genes del HPV y que es
independiente de la clasificación CIN.
Este método comprende un método in vitro
de cribado de sujetos humanos para determinar su riesgo de
desarrollar carcinoma cervical, que comprende la selección por la
expresión de transcritos de ARNm del gen L1 y del gen E6 del virus
del papiloma humano, en el que los sujetos positivos para la
expresión de ARNm de L1 y/o de E6 de longitud completa son
clasificados como con riesgo de desarrollar carcinoma cervical.
Un resultado positivo en el cribado con el
método está indicado por la expresión positiva de ARNm de L1 y/o
ARNm de E6 en células del cérvix. La expresión positiva de cada uno
de estos ARNms o de ambos ARNms es considerada como una indicación
de que el sujeto tiene "riesgo" de desarrollar carcinoma
cervical. Las mujeres que expresan ARNm de E6 tienen un riesgo
elevado de desarrollar cambios celulares, ya que los E6 y E7
oncogénicos se unen a proteínas reguladoras del ciclo celular y
actúan como activadores de la proliferación celular. La expresión
clara de ARNm de E6 proporciona una indicación directa de cambios
celulares en el cérvix. La expresión de ARNm de L1, con o sin la
expresión de ARNm de E6, es también indicativa de la presencia de un
HPV activo.
En el contexto más amplio del cribado cervical,
las mujeres identificadas como positivas para la expresión de ARNm
de L1 y/o E6, pueden ser seleccionadas para una investigación
posterior, utilizando por ejemplo citología. Por tanto, en un
nivel, el método puede proporcionar un medio técnicamente sencillo
de precribado de una población de mujeres con el fin de identificar
a aquellos sujetos positivos para HPV que pueden ser seleccionados
para una investigación posterior.
En una realización específica, el método puede
ser utilizado para clasificar sujetos en cuatro clases diferentes
de riesgo de desarrollar carcinoma cervical sobre la base de la
valoración positiva/negativa de la expresión del ARNm de L1 y
E6.
En un aspecto adicional, el método comprende un
método in vitro para el cribado de sujetos humanos con el
fin de determinar su riesgo de desarrollar carcinoma cervical, que
comprende la selección del sujeto por la expresión de transcritos
de ARNm del gen L1 del HPV y de transcritos de ARNm del gen E6 del
HPV, y la clasificación del sujeto en una de cuatro categorías de
riesgo de desarrollar carcinoma cervical sobre la base de la
expresión de ARNm de L1 y/o E6 de acuerdo con la clasificación
siguiente:
Categoría de riesgo 1: sujetos negativos para la
expresión de ARNm de L1 pero positivos para la expresión de ARNm de
E6 de al menos uno de los tipos de HPV 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45,
52, 56, 58, 59, 66 ó 68. Aquellos individuos positivos para la
expresión de ARNm de E6 de al menos uno de los tipos de HPV 16, 18,
31 ó 33 son clasificados como de riesgo más elevado, en comparación
por ejemplo con los individuos negativos para estos tipos pero
positivos para la expresión de ARNm de E6 de al menos uno de los
tipos de HPV 35, 39, 45, 52, 56, 58, 59, 66 ó 68.
Categoría de riesgo 2: sujetos positivos para la
expresión de ARNm de L1 y positivos para la expresión de ARNm de E6
de al menos uno de los tipos de HPV 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52,
56, 58, 59, 66 ó 68. Aquellos individuos positivos para la
expresión de ARNm de E6 de al menos uno de los tipos de HPV 16, 18,
31 ó 33 son clasificados como de riesgo más elevado, en comparación
por ejemplo con los individuos negativos para estos tipos pero
positivos para la expresión de ARNm de E6 de al menos uno de los
tipos de HPV 35, 39, 45, 52, 56, 58, 59, 66 ó 68.
Categoría de riesgo 3: sujetos positivos para la
expresión de ARNm de L1 pero negativos para la expresión de ARNm de
E6 de los tipos de HPV asociados con cáncer (por ejemplo negativos
para la expresión de ARNm de E6 de los tipos de HPV 16, 18, 31, 33,
35, 39, 45, 52, 56, 58, 59, 66 y 68).
Categoría de riesgo 4: sujetos negativos para la
expresión de ARNm de L1 y negativos para la expresión de ARNm de
E6.
En una realización preferida, la expresión
positiva está indicada por la presencia de más de 50 copias del
transcrito por ml (o volumen total de la muestra) y la expresión
negativa está indicada por la presencia de menos de 1 copia del
transcrito por ml (o volumen total de la muestra).
La clasificación anterior está basada en
acontecimientos moleculares que son relevantes para el riesgo de
desarrollar carcinoma cervical y es independiente del estatus CIN de
los sujetos. Por tanto, este método de clasificación puede
proporcionar una alternativa a la utilización de citología en el
cribado rutinario de mujeres para identificar aquéllas con riesgo
potencial de desarrollar carcinoma cervical. El método puede ser
también utilizado como auxiliar de la citología, por ejemplo como un
ensayo de confirmación para confirmar la determinación del riesgo
realizada sobre la base de la citología.
Las mujeres positivas para la expresión del ARNm
de E6 de alto riesgo de uno de los tipos de HPV 16, 18, 31 ó 33,
pero negativas para la expresión de L1, están dentro del nivel de
riesgo más elevado de desarrollar cambios celulares y anormalidades
celulares graves. Esto es debido al hecho de que un resultado
negativo para la expresión de ARNm de L1 es indicativo directamente
de un HPV integrado, y por tanto de una mayor probabilidad de una
expresión elevada y constante de E6 y E7. La integración de un virus
en el genoma humano tiene también un impacto directo sobre la
estabilidad de las células. La integración del HPV reduce también la
posibilidad de regresión de los cambios celulares.
Las mujeres positivas para la expresión de ARNm
de E6 de uno de los tipos de HPV 16, 18, 31 ó 33 y positivas para
la expresión de ARNm de L1, tienen una expresión de HPV de "alto
riesgo" y todavía es posible que el HPV se haya integrado. Sin
embargo, el riesgo de estas mujeres no es clasificado como tan
elevado como el de las mujeres que son negativas para L1 y
positivas para E6, ya que existe una probabilidad razonable de que
no tengan HPV integrado.
Las mujeres negativas para la expresión de ARNm
de E6 de los tipos de HPV 16, 18, 31 ó 33 pero positivas para la
expresión de ARNm de E6 de otro tipo de HPV, por ejemplo 35, 39, 45,
52, 56, 58, 59, 66 y 68, son todavía consideradas como de
"riesgo" y pueden ser por tanto situadas en las categorías de
riesgo 1 ó 2 (según se definieron anteriormente) dependiendo de si
son positivas o negativas para la expresión de ARNm de L1.
Las mujeres positivas para ARNm de L1 pero
negativas para ARNm de E6 son clasificadas como de riesgo moderado.
Puede haber tipos de HPV de alto riesgo en la muestra y la expresión
de L1 es indicativa de actividad lítica. Puede haber también tipos
de HPV integrados pero únicamente con virus que son poco frecuentes.
Sin embargo, la detección de actividad lítica puede mostrar que la
célula podrá desarrollar pronto ciertos cambios.
En el contexto más amplio del cribado cervical,
el método puede ser utilizado para clasificar mujeres de acuerdo
con el riesgo de desarrollar carcinoma cervical y proporcionar por
tanto una base para tomar decisiones concernientes al tratamiento
y/o al cribado posterior. A manera de ejemplo: mujeres dentro de la
categoría de riesgo 1, particularmente las que presentan expresión
positiva de ARNm de E6 de al menos uno de los tipos de HPV 16, 18,
31 ó 33, podrían ser identificadas como requeridoras de una
"acción inmediata", significando conización o colposcopia,
incluyendo una biopsia e histología.
Las mujeres dentro de la categoría de riesgo 2,
según se definió anteriormente, podrían ser clasificadas como
requeridoras de atención inmediata, significando colposcopia sola o
colposcopia incluyendo una biopsia e histología.
Las mujeres dentro de la categoría de riesgo 3,
según se definió anteriormente, podrían ser clasificadas como
requeridoras de un nuevo análisis inmediato, significando que deben
ser convocadas de nuevo para un análisis adicional con el fin de
determinar la expresión de HPV ya sea inmediatamente o después de un
intervalo relativamente corto, por ejemplo seis meses.
Las mujeres dentro de la categoría de riesgo 4,
según se definió anteriormente, podrían ser devueltas al programa
de cribado, con el fin de ser analizadas de nuevo para determinar la
expresión de HPV en una fecha posterior.
En una realización adicional, el método
proporciona un método in vitro para el cribado de sujetos
humanos por la presencia de HPV integrado o de un genoma de HPV
episómico modificado, método que comprende la selección del sujeto
por la expresión de transcritos de ARNm del gen L1 y del gen E6 del
virus del papiloma humano, en el cual los sujetos negativos para la
expresión de ARNm de L1 pero positivos para la expresión de ARNm de
E6 son clasificados como portadores de HPV integrado.
El término "HPV integrado" se refiere a un
genoma de HPV que está integrado en el genoma humano.
El término "genoma de HPV episómico
modificado" significa un genoma de HPV que está retenido en una
célula del sujeto humano como un episoma, esto es que no está
integrado en el genoma humano, y que lleva una modificación en
comparación con el genoma de HPV de tipo salvaje equivalente,
modificación que da lugar a la expresión constitutiva o persistente
de transcritos de los genes E6 y/o E7. La "modificación" será
típicamente una deleción, una multimerización o concatemerización
del episoma, una reordenación del episoma, etc., que afecte a la
regulación de la expresión de E6/E7.
Según se mencionó anteriormente, la presencia de
HPV integrado o de un genoma de HPV episómico modificado está
indicada por un resultado negativo para la expresión de ARNm de L1,
junto con un resultado positivo para la expresión de ARNm de E6 en
células del cérvix. Por tanto, la capacidad para predecir la
presencia de HPV integrado o de un genoma de HPV episómico
modificado en este ensayo, depende críticamente de la capacidad
para valorar un resultado negativo para la expresión de ARNm de L1.
Esto requiere una técnica de detección que tenga una sensibilidad
máxima y que produzca además mínimos resultados negativos falsos. En
una realización preferida, esto se consigue utilizando una técnica
de amplificación y de detección en tiempo real sensible para
seleccionar por la presencia o ausencia de ARNm de L1. La técnica
más preferida es la amplificación por NASBA en tiempo real
utilizando sondas moleculares fluorescentes ("beacons"), según
está descrito por Leone y col., Nucleic Acids Research, 1998, Vol.
26, 2150-2155. Debido a la sensibilidad de esta
técnica, se minimiza la aparición de resultados falsos negativos y
puede valorarse un resultado de "expresión negativa de L1" con
una mayor confianza.
De acuerdo con la invención, un método de
cribado de sujetos humanos por la presencia de HPV integrado o de
un genoma de HPV episómico modificado puede estar basado en el
cribado por la expresión de ARNm de E6 solo. Por tanto, la
invención se refiere a un método in vitro para el cribado de
sujetos humanos por la presencia de HPV integrado, método que
comprende la selección del sujeto por la expresión de transcritos de
ARNm del gen E6 del virus del papiloma humano, en particular de
cada uno, y únicamente, de los tipos de HPV 16, 18, 31, 33 y 45
utilizando una técnica de amplificación, en el que los sujetos
positivos para la expresión de ARNm de E6 de al menos de uno de
dichos tipos de HPV son clasificados como portadores de HPV
integrado.
Además, los individuos son clasificados como
pertenecientes a una de dos categorías de riesgo de desarrollar
carcinoma cervical sobre la base de una determinación "si/no"
de la expresión del ARNm de E6 solo. Por tanto, en particular, la
invención proporciona un método in vitro para el cribado de
sujetos humanos con el fin de determinar su riesgo de desarrollar
carcinoma cervical, método que comprende la selección del sujeto por
la expresión de transcritos de ARNm del gen E6 de cada uno, y
únicamente, de los tipos de HPV 16, 18, 31, 33 y 45 utilizando una
técnica de amplificación, y la clasificación del sujeto en una de
dos categorías de riesgo de desarrollar carcinoma cervical sobre la
base de la expresión del ARNm de E6 de al menos de dichos tipos de
HPV, en el cual los individuos positivos para la expresión de dicho
ARNm de E6 son clasificados como portadores de HPV integrado y son
por tanto clasificados como de "alto riesgo" de desarrollar
carcinoma cervical, mientras que los individuos negativos para la
expresión de dicho ARNm de E6 son calificados como no portadores de
HPV integrado y son por tanto clasificados como "sin riesgo
detectable" de desarrollar carcinoma cervical.
Los sujetos son clasificados en una de dos
categorías de riesgo de desarrollar carcinoma cervical sobre la
base de una determinación "si/no" de la expresión de dicho ARNm
de E6 en células del cérvix. Los individuos positivos para la
expresión de ARNm de E6 de al menos uno de los tipos de HPV 16, 18,
31, 33 y 45 son clasificados como portadores de HPV integrado o de
un genoma de HPV episómico modificado y son por tanto clasificados
como de "alto riesgo" de desarrollar carcinoma cervical,
mientras que los individuos negativos para la expresión de dicho
ARNm de E6 son calificados como no portadores de HPV integrado ni de
un genoma de HPV episómico modificado y son por tanto clasificados
como "sin riesgo detectable" de desarrollar carcinoma
cervical.
En el contexto del cribado cervical, la
clasificación de los sujetos en los dos grupos con "alto
riesgo" o "sin riesgo detectable" de desarrollar carcinoma
cervical proporciona una base para tomar decisiones concernientes
al tratamiento y/o a un cribado posterior. Por ejemplo, los sujetos
en la categoría de alto riesgo pueden ser clasificados como
requeridores de un análisis adicional inmediato, por ejemplo
mediante colposcopia histológica, mientras que los que están en la
categoría de riesgo no detectable pueden ser remitidos de nuevo al
programa de cribado a intervalos de tres o cinco años. Estos
métodos son particularmente útiles para determinar el riesgo de
desarrollar carcinoma en sujetos que se sabe que están infectados
con HPV, por ejemplo los que dan positivo para ADN de HPV, o en
sujetos que han manifestado previamente una anormalidad cervical por
citología o frotis Pap. Los sujetos colocados en la categoría de
"sin riesgo detectable" sobre la base de la expresión de ARNm
de E6, pueden tener presente ADN de HPV, pero el resultado negativo
de la expresión de E6 indica que el HPV no está relacionado con
actividad oncogénica en el momento del análisis.
La presencia de HPV integrado, según indica un
resultado positivo para la expresión de ARNm de E6, es en sí misma
indicativa de que el sujeto tiene cambios celulares anormales en el
cérvix. Por tanto, se proporciona un método que es un método in
vitro para identificar sujetos humanos que tengan cambios
celulares anormales en el cérvix, método que comprende la selección
del sujeto por la expresión de transcritos de ARNm del gen E6 de un
HPV de los enumerados anteriormente, en el que los individuos
positivos para la expresión de ARNm de E6 son identificados como
portadores de cambios celulares anormales en el cérvix.
El término "cambios celulares anormales en el
cérvix", incluye cambios celulares que son característicos de
una enfermedad más grave que las lesiones cervicales de grado bajo o
que las lesiones intraepiteliales escamosas de grado bajo; incluye
cambios celulares que son característicos de enfermedades de igual o
mayor gravedad que la CIN de alto grado (definida como una
expansión neoplásica de células transformadas), CIN (neoplasia
intraepitelial cervical) III o neoplasia intraepitelial escamosa de
alto grado (HSIL), incluyendo lesiones con un perfil de ADN
multiploide y lesiones CIN "malignas" con valores incrementados
del índice medio de ADN, un elevado porcentaje de aneuploidia de
ADN y tasas que exceden 2,5c (Hanselaar y col., 1992, Anal. Cell.
Pathol., 4: 315-324; Rihet y col., 1996, J. Clin.
Pathol., 49: 892-896; y McDermott y col., 1997, Br.
J. Obstet. Gynaecol., 104: 623-625).
La Neoplasia Intraepitelial Cervical (abreviada
"CIN"), denominada también Displasia Cervical, es una condición
cervical causada por el Virus del Papiloma Humano. La CIN es
clasificada como I, II o III dependiendo de su gravedad. Se
considera una anormalidad precancerosa, pero no un cáncer real. La
forma más leve, CIN I, remite normalmente por sí misma, aunque
raramente puede progresar a cáncer. Las formas más graves, CIN II y
CIN III, muy a menudo permanecen igual o empeoran con el tiempo.
Pueden convertirse en cáncer, pero casi nunca lo hacen si son
tratadas adecuadamente.
EL HPV ha sido identificado como un agente
causante del desarrollo de cambios celulares en el cérvix, que
pueden dar lugar al desarrollo de cáncer cervical. Estos cambios
celulares están asociados con la expresión constitutiva o
persistente de las proteínas E6/E7 del genoma vírico de HPV. Por
tanto, es posible concluir que aquellos sujetos en los que puede
ser detectada la expresión de ARNm de E6, particularmente aquellos
sujetos que presentan una expresión de E6 persistente cuando se
determina a lo largo de un periodo de tiempo, manifiestan ya
cambios celulares en el cérvix. Estos cambios celulares pueden tener
lugar solamente en unas pocas células del cérvix y pueden no ser
detectables mediante citología convencional. No obstante, con la
utilización de métodos sensibles, específicos y precisos para la
detección de ARNm de E6, es posible identificar a aquellos sujetos
que presentan ya cambios celulares en el cérvix en un estado mucho
más temprano del que sería posible utilizando el cribado citológico
convencional. Esto permitirá una intervención más temprana con
tratamientos encaminados a prevenir el desarrollo de carcinoma
cervical.
Como resultado de la integración de HPV en el
genoma o como resultado de la "modificación" en un genoma de
HPV episómico modificado, se pierde el control normal de la
transcripción de los oncogenes E6/E7 víricos (Durst y col., 1985,
J. Gen. Virol., 66 (Pt 7): 1515-1522; Pater y Pater,
1985, Virology, 145: 313-318; Schwarz y col., 1985,
Nature, 314: 111-114; Park y col., 1997,
ibid.). En contraste, en lesiones premalignas y en epitelio
normal infectado con HPV, los virus del papiloma predominan en
formas episómicas "sin modificar" y por tanto la transcripción
del oncogén puede estar ausente o estar regulada por disminución
eficazmente (Johnson y col., 1990, J. Gen. Virol., 71 (Pt 7):
1473-1479; Falcinelli y col., 1993, J. Med. Virol.,
40: 261-265). Se ha observado que la integración de
ADN del virus del papiloma humano de tipo 16 en el genoma humano da
lugar a una actividad celular/genoma más inestable, y a una
estabilidad incrementada de los ARNms de E6 y E7 (Jeon y Lambert,
1995, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92: 1654-1658).
Por tanto, la integración del HPV, encontrada típicamente en
cánceres cervicales pero encontrada solamente de manera poco
frecuente en lesiones CIN (Carmody y col., 1996, Mol. Cell. Probes,
10: 107-116), parece ser un acontecimiento
importante en la carcinogénesis cervical.
El presente método detecta la expresión de ARNm
vírico de E6/E7 en el cérvix en lugar de ADN. La expresión vírica
de E6/E7 en células cervicales es una determinación del riesgo de
desarrollar cáncer mucho más precisa que demostrar simplemente que
el virus HPV está presente. Además, la detección de transcritos de
oncogenes del HPV puede ser un indicador más sensible de la
implicación directa de oncogenes víricos en la carcinogénesis (Rose
y col., 1994, Gynecol. Oncol., 52: 212-217; Rose y
col., 1995, Gynecol. Oncol., 56: 239-244). La
detección de transcritos de E6/E7 por amplificación y detección es
una herramienta de diagnóstico útil para las evaluaciones del
riesgo relacionado con el desarrollo de CIN y su progresión a cáncer
cervical, especialmente en las pacientes infectadas por tipos de
HPV de alto riesgo con ASCUS y CIN I (Sotlar y col., 1998, Gynecol.
Oncol., 69: 114-121; Selinka y col., 1998, Lab.
Invest., 78: 9-18).
La expresión de transcritos de E6/E7 de HPV
16/18 está correlacionada uniformemente con el estatus físico de
los ADNs del HPV (Park y col., 1997, Gynecol. Oncol., Vol.
65(1), 121-9). En la mayoría de las células
de carcinoma cervical, los genes E6 y E7 de virus del papiloma
humano específicos son transcritos a partir de secuencias víricas
integradas en los cromosomas de las células huésped (von Kleben
Doeberitz y col., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.
88(4), 1411-5). La carga y la integración
víricas han sido evaluadas en una serie grande de lesiones CIN
(Pietsaro y col., 2002, J. Clin. Microbiol., Vol. 40(3),
886-91). Solamente una muestra contenía
exclusivamente ADN de HPV 16 episómico, y esta lesión regresó
espontáneamente. Se identificaron previamente 17 de 37 muestras de
carcinoma cervical invasivo como contenedoras del genoma de HPV 16
completamente integrado mediante la utilización de una PCR que
cubría el gen E1/E2 completo, y esto fue confirmado mediante rliPCR
en 16 casos. Un caso, sin embargo, mostró un bajo nivel de ácido
desoxirribonucleico episómico además de la forma integrada
predominante. De las 20 muestras de carcinoma restantes que
presentaban formas episómicas en los análisis previos, se
encontraron 14 que contenían formas integradas utilizando rliPCR, y
4 contenían formas episómicas multiméricas (modificadas). Por
tanto, en total, 31 de 37 de los carcinomas (84%) presentaban el
genoma de HPV 16 integrado, mientras que no pudo detectarse la
ausencia de integración (Kalantari y col., 2001, Diagn. Mol.
Pathol., Vol. 10(1), 46-54).
No ha habido virtualmente ninguna observación de
que existan células de carcinoma cervical sin ADN de HPV integrado
o sin ADN de HPV episómico modificado (Kalantari y col., 2001;
Pietsaro y col., 2002, ibid.). Se ha demostrado además que
E6 y E7 pueden ser transcritos únicamente a partir de ADN de HPV
integrado o episómico modificado (von Kleben Doeberitz y col.,
1991, ibid.). Por tanto, los inventores suponen que la
detección de la expresión de E6/E7 proporciona una indicación
directa de HPV integrado o HPV episómico modificado y de una
elevada actividad oncogénica, y concluyen que en un contexto clínico
la detección de la expresión de E6 (E6/E7) sola es suficiente para
identificar sujetos con "riesgo elevado" de desarrollar
carcinoma cervical. En otras palabras, si puede detectarse la
expresión de ARNm de E6/E7 en una muestra cervical, esto es
indicativo directamente de anormalidades celulares en el cérvix y
existe un riesgo muy elevado de desarrollar carcinoma cervical
debido a la actividad persistente de los oncogenes del HPV. Por
tanto, la detección de ARNm de E6/E7 en un sujeto humano indica que
el sujeto tiene un riesgo muy elevado de desarrollar carcinoma
cervical y debería ser sometido a un cribado adicional inmediato,
por ejemplo mediante colposcopia.
Si no se detecta la expresión de ARNm de E6/E7
de HPV, el sujeto puede aún tener una infección por HPV. Sin
embargo, debido a la ausencia de integración y de actividad
oncogénica, puede remitir espontáneamente (según ha sido observado
por Pietsaro y col., 2002, ibid.).
En un contexto clínico, la realización de
métodos que se basan en el cribado por la expresión de ARNm de E6
solo, depende de manera crítica de la capacidad para calificar con
confianza un resultado negativo para la expresión de ARNm de E6.
Esto requiere de nuevo una técnica de detección que tenga una
sensibilidad máxima, a la vez que produzca resultados falsos
negativos mínimos. En una realización preferida, esto se consigue
mediante la utilización de una técnica de amplificación y detección
en tiempo real sensible para seleccionar por la presencia o
ausencia de ARNm de E6. La técnica más preferida es la amplificación
mediante NASBA en tiempo real utilizando sondas moleculares
fluorescentes, según está descrito por Leone y col., Nucleic Acids
Research, 1998, Vol. 26, 2150-2155. Debido a la
sensibilidad de esta técnica, la aparición de resultados falsos
negativos está minimizada y un resultado de "expresión negativa de
E6" puede ser calificado con mayor confianza. Esto es
extremadamente importante si los ensayos van a ser utilizados en el
contexto de un programa de cribado clínico.
En los métodos de la invención basados en la
detección de ARNm de E6 solo, es necesario detectar únicamente HPV
16, 18, 31, 33 y 45. Se ha detectado ADN de los tipos de HPV 16, 18,
31 y 33 en más de un 87% de muestras de carcinoma cervical (Karlsen
y col., 1996, J. Clin. Microbiol., 34: 2095-2100).
Otros estudios han demostrado que E6 y E7 son conservados casi
invariablemente en los cánceres cervicales, ya que es probable que
su expresión sea necesaria para la conversión en, y el
mantenimiento de, el estado maligno (Choo y col., 1987, J. Med.
Virol., 21: 101-107; Durst y col., 1995, Cancer
Genet. Cytogenet., 85: 105-112). En contraste con
los sistemas de detección de HPV que están basados en la detección
del genoma no dañado o de la secuencia del gen L1, la detección del
ARNm de HPV expresado a partir del área E6/E7 puede detectar más de
un 90% de las pacientes relacionadas directamente con un riesgo de
desarrollar carcinoma cervical.
En la clínica, se prefieren los métodos basados
en la detección del ARNm de E6 para utilización en el
post-cribado, esto es en un análisis posterior de
individuos que tengan un diagnóstico previo de ASCUS, CIN I o
condiloma. El método puede ser utilizado para seleccionar a
aquellos sujetos con un riesgo elevado de desarrollar carcinoma
cervical de entre el grupo de individuos con un diagnóstico previo
de ASCUS, CIN I o condiloma. ASCUS, condiloma y CIN I pueden ser se
definidos como más o menos el mismo diagnóstico, debido a una
reproducibilidad muy baja entre diferentes citólogos y diferentes
departamentos de citología. Östör (Int. J. Gyn. Path., 12:
186-192, 1993) encontró que solamente alrededor del
1% de los casos de CIN I puede progresar a carcinoma cervical. Por
tanto, existe la necesidad genuina de un método eficaz para
identificar el subgrupo de individuos con ASCUS, condiloma o CIN I
con un riesgo sustancial de desarrollar carcinoma cervical. Uno de
los tipos de HPV 16, 18, 31 ó 33 fue detectado en el 87% de los
casos de carcinoma cervical estudiados por Karlsen y col., 1996.
Mediante la inclusión del HPV 45, se ha encontrado que casi el 90%
de las muestras de carcinoma cervical están relacionadas con estos
cinco tipos de HPV. Por tanto, calculado a partir de los datos
proporcionados por Östör (Int. J. Gyn. Path., 12:
186-192, 1993) más de un 99,9% son casos detectados
con ASCUS, CIN I o condiloma pasados por alto por nuestro kit
HPV-Proofer.
En los métodos de la invención, se considera que
la "expresión positiva" de un ARNm indica una expresión por
encima del fondo. No existe un requisito absoluto de determinación
cuantitativa precisa del nivel de expresión de ARNm o de una
determinación precisa de los niveles relativos de expresión del ARNm
de L1 y E6.
En ciertas realizaciones, los métodos de la
invención pueden comprender una determinación cuantitativa de los
niveles de expresión de ARNm. En una realización preferida, con el
fin de proporcionar una distinción clara entre "expresión
positiva" y "expresión negativa", una determinación de la
"expresión positiva" puede requerir la presencia de más de 50
copias del ARNm relevante (por ml de muestra o por volumen total de
muestra), mientras que una determinación de la "expresión
negativa" puede requerir la presencia de menos de 1 copia del
ARNm relevante (por ml de muestra o por volumen total de
muestra).
Los métodos de la invención implican la
selección por ARNm de E6 utilizando una técnica que sea capaz de
detectar específicamente ARNm de E6 de tipos de HPV asociados al
cáncer, más preferiblemente de tipos de HPV asociados al cáncer de
"alto riesgo". Los métodos implican la selección por ARNm de E6
utilizando una técnica que sea capaz de detectar ARNm de E6 de los
tipos de HPV 16, 18, 31, 33 y 45. El método detectará
específicamente la expresión de ARNm de E6 de los cinco tipos. Sin
embargo, las mujeres positivas para la expresión de E6 de otros
tipos distintos de 16, 18, 31, 33 y 45, por ejemplo de 35, 39, 45,
52, 56, 58, 59, 66 y 68 pueden tener aún "riesgo" de
desarrollar carcinoma cervical. Puede llevarse a cabo la selección
por la expresión de ARNm de E6 de uno o más de estos tipos de HPV,
muy preferiblemente además de la selección por ARNm de E6 de los
tipos de HPV 16, 18, 31, 33 y 45. Ciertos tipos de HPV presentan una
notable distribución geográfica/poblacional.
Para evitar dudas, a no ser que se indique de
otro modo, el término "ARNm de E6", según se utiliza en la
presente, incluye todos los transcritos de ARNm existentes de
manera natural que contienen todo o parte del marco de lectura
abierto de E6, incluyendo las variantes por ayuste que tienen lugar
de forma natural, e incluye por tanto transcritos que contienen
adicionalmente todo o parte del marco de lectura abierto de E7 (y
además marcos de lectura abiertos adicionales). Los términos
"ARNm de E6/E7", "transcritos de E6/E7", etc., son
utilizados indistintamente con los términos "ARNm de E6",
"transcritos de E6" e incluyen también los transcritos de ARNm
existentes de manera natural que contienen todo o parte del marco de
lectura abierto de E6, incluyendo las variantes por ayuste
existentes de forma natural, y transcritos que contienen todo o
parte del marco de lectura abierto de E7. El término "expresión
de oncogenes", a no ser que se indique de otro modo, se refiere
también a transcritos de ARNm existentes de forma natural que
contienen todo o parte del marco de lectura abierto de E6,
incluyendo variantes por ayuste que tienen lugar de forma natural, y
transcritos que contienen todo o parte del marco de lectura abierto
de E7.
Se han descrito hasta ahora cuatro especies de
ARNm de E6/E7 en células infectadas con HPV 16, a saber un
transcrito de E6 no ayustado y tres transcritos ayustados
denominados E6*I, E6*II y E6*III (Smotkin, D. y col., J. Virol.,
Marzo 1989, 63(3): 1441-7; Smotkin, D.,
Wettstein, F.O., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Julio 1986,
83(13): 4680-4; Doorbar, J. y col., Virology,
Septiembre 1990, 178(1): 254-62; Cornelissen,
M.T. y col., J. Gen. Virology, Mayo 1990, 71 (Pt 5):
1243-6; Johnson, M.A. y col., J. Gen. Virol., Julio
1990, 71 (Pt 7): 1473-9;
Schneider-Maunoury, S. y col., J. Virol., Octubre
1987, 61(10): 3295-8; Sherman, L. y col.,
Int. J. Cancer, Febrero 1992, 50(3):
356-64). Los cuatro transcritos son todos
transcritos a partir de un único promotor (p97) situado justo
corriente arriba del segundo ATG del ORF de E6.
En una realización, los métodos pueden
comprender la selección por transcritos de E6 que contienen todo o
parte del marco de lectura abierto de E7. Esto puede ser realizado,
por ejemplo, utilizando cebadores o sondas específicos para la
región codificadora de E7.
En una realización adicional, los métodos pueden
comprender la selección por la presencia de transcritos de E6 de
"longitud completa". En el caso de HPV 16, el término
"transcritos de E6 de longitud completa" se refiere a
transcritos que contienen toda la región desde el nucleótido (nt) 97
al nt 880 del ORF de E6, los nt 97 y 880 inclusive. Las posiciones
de los nucleótidos están numeradas de acuerdo con la nomenclatura
estándar del HPV (ver Human Papillomavirus Compendium OnLine,
disponible en internet o en forma impresa en la base de datos de
HV, Mail Stop K710, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM
87545, EE.UU.). La detección específica de transcritos de longitud
completa puede ser realizada, por ejemplo, utilizando cebadores o
sondas que sean específicos para la región que está presente
únicamente en los transcritos de E6 de longitud completa, y no en
las variantes por ayuste. Tipos diferentes de HPV presentan patrones
diferentes de expresión del ARNm de E6/E7. Los mapas de transcritos
para varios tipos de HPV, incluyendo los tipos de HPV 16 y 31, que
pueden ser utilizados para facilitar el diseño de sondas o
cebadores para la detección de transcritos de E6/E7, están
disponibles públicamente a través del Human Papillomavirus
Compendium (igual que anteriormente).
En la presente se describen cebadores
oligonucleotídicos de E6 que son adecuados para ser utilizados en la
amplificación de regiones del ARNm de E6 de varios tipos de HPV
mediante NASBA o PCR.
Los métodos que implican la selección por la
expresión de ARNm de L1 pueden comprender la selección por la
expresión del ARNm de L1 utilizando una técnica que sea capaz de
detectar ARNm de L1 de sustancialmente todos los tipos conocidos de
HPV o de al menos los tipos de HPV asociados al cáncer principales
(por ejemplo, preferiblemente todos los tipos de HPV 16, 18, 31 y
33). En la presente se describen cebadores y sondas de L1 que son
capaces de detectar ARNm de L1 de los tipos de HPV 6, 11, 16, 18,
31, 33, 35 y 51 en muestras cervicales.
Puede decirse que la detección de los
transcritos de L1 detecta la "virulencia" del HPV, significando
la presencia de actividad lítica del HPV. Puede decirse que la
detección de los transcritos de E6/E7 detecta la "patogénesis"
del HPV, ya que la expresión de estos ARNms es indicativa de
acontecimientos moleculares asociados con el riesgo de desarrollar
carcinoma.
En un estudio con 4589 mujeres fue posible
detectar todos los casos excepto uno de lesiones CIN III o cáncer
utilizando un método basado en el cribado por la expresión de ARNm
de E6 y L1 (ver los Ejemplos acompañantes).
Los métodos anteriormente descritos pueden
comprender el cribado por la expresión de transcritos de ARNm del
gen p16^{ink4a} humano, además del cribado por la expresión de
transcritos de L1 y/o E6 de HPV.
Un resultado positivo para la expresión del ARNm
de p16^{ink4a} es considerado como una indicación adicional de
riesgo de desarrollar carcinoma cervical.
El p16^{ink4a}, y los miembros de la familia
relacionados, puede funcionar regulando la fosforilación y la
actividad supresora del crecimiento del producto del gen del
restinoblastoma (RB). Como apoyo de esto, se ha encontrado que
existe una relación inversa entre la expresión de la proteína
p16^{ink4a} y la presencia de RB normal en líneas de células
cancerosas seleccionadas; la proteína p16^{ink4a} es detectable
cuando RB es mutante, se ha eliminado o inactivado, y está
notablemente reducida o ausente en líneas celulares que contienen
un RB normal. Kheif y col. (Kheif, S.N. y col., Proc. Natl. Acad.
Sci. USA, 93: 4350-4354, 1996), encontraron que la
proteína p16^{ink4a} se expresa en células de carcinoma cervical
humano que contienen un RB mutante o un RB de tipo salvaje que está
inactivado funcionalmente por E7. Demostraron también que la
inactivación de RB se correlaciona con una regulación por incremento
de p16^{ink4a}, confirmando un bucle de retroalimentación que
implica a p16^{ink4a} y RB. Milde-Langosch y col.
(Milde-Langosch, K. y col. (2001) Virchows Arch.,
439: 55-61) encontraron que existían correlaciones
significativas entre una potente expresión de p16 y la infección
por HPV 16/18 y entre una potente expresión de p16 y la expresión de
los oncogenes E6/E7 de HPV 16/18. Klaes y col. (Klaes, R. y col.
(2001) Int. J. Cancer, 92: 276-284) observaron una
potente sobreexpresión del producto del gen p16^{ink4a} en 150 de
152 lesiones cervicales displásicas de grado alto (CIN II a cáncer
invasivo), mientras que epitelio cervical normal o lesiones
inflamatorias o metaplásicas no se teñían con el anticuerpo
monoclonal E6H4 específico para p16^{ink4a}. Todas las lesiones
clasificadas como CIN I asociadas con los tipos
LR-HPV no presentaban ninguna reactividad o
únicamente una reactividad focal o esporádica, mientras que todas
las lesiones clasificadas como CIN I, excepto dos de las mismas,
asociadas con los tipos HR-HPV presentaban una
tinción potente y difusa para p16^{ink4a}.
Los métodos de selección descritos pueden ser
llevados a cabo en una preparación de ácido nucleico aislado de una
muestra clínica o de una biopsia conteniendo células cervicales
tomadas del sujeto bajo ensayo. Las muestras adecuadas que pueden
ser utilizadas como fuente de ácido nucleico incluyen (pero no
exclusivamente) muestras cervicales recogidas con un bastoncillo,
biopsias cervicales, rascados cervicales, biopsias/verrugas
cutáneas, también tejidos incluidos en parafina y células fijadas
con formalina o metanol.
La preparación de ácido nucleico para ser
sometida a selección utilizando el método descrito debe incluir
ARNm, sin embargo no necesita ser una preparación de ARNm poli A+
purificado, y preparaciones de ARN total o preparaciones brutas de
ácido nucleico total conteniendo ARN y ADN genómico, o incluso
lisados celulares brutos, son también adecuadas como material de
partida para una reacción de NASBA. Esencialmente, cualquier
técnica conocida en el oficio para el aislamiento de una preparación
de ácido nucleico que incluya ARNm puede ser utilizada para aislar
ácido nucleico de una muestra de ensayo. Una técnica preferida es el
método de aislamiento de "Boom" descrito en
US-A-5.234.809 y
EP-B-0389.063. Esyte método, que
puede ser utilizado para aislar una preparación de ácido nucleico
conteniendo ARN y ADN, está basado en las propiedades de las
partículas de dióxido de silicio para unirse a ácidos nucleicos en
presencia del agente caotrópico tiocianato de guanidina (GuSCN).
Los métodos de la invención están basados en la
determinación de transcripción activa del genoma del HPV en células
cervicales. Los métodos no están limitados con respecto a la técnica
de amplificación precisa utilizada para detectar la expresión del
ARNm. Se conocen en el oficio muchas técnicas para la detección de
secuencias específicas de ARNm y pueden ser utilizadas de acuerdo
con la invención.
La expresión del ARNm es detectada por medio de
una técnica de amplificación, muy preferiblemente una amplificación
isotérmica tal como NASBA, la amplificación mediada por
transcripción, la amplificación mediada por una señal de la
tecnología del ARN, la amplificación en fase de solución isotérmica,
etc. Todos estos métodos son bien conocidos en la técnica. Más
preferiblemente la expresión de ARNm es detectada mediante una
amplificación isotérmica en combinación con la detección del
producto de amplificación en tiempo real. La combinación más
preferida es la amplificación mediante NASBA, acoplada con la
detección en tiempo real del producto de amplificación utilizando
la tecnología de sondas moleculares fluorescentes ("beacons"),
según está descrito por Leone y col., Nucleic Acids Research, 1998,
Vol. 26, 2150-2155.
Los métodos para la detección de HPV en una
muestra de ensayo utilizando la técnica NASBA comprenderán
generalmente las etapas siguientes:
(a) la preparación de un medio de reacción
conteniendo pares de cebadores adecuados, una ADN polimerasa
dirigida por ARN, una ribonucleasa que hidrolice la hebra de ARN de
un híbrido ARN-ADN sin hidrolizar ARN o ADN de
hebra sencilla o de doble hebra, una ARN polimerasa que reconozca
dicho promotor y trifosfatos de ribonucleósidos y
desoxirribonucleósidos;
(b) la incubación del medio de reacción con una
preparación de ácido nucleico aislado de una muestra de ensayo
sospechosa de contener HPV, bajo condiciones de reacción que
permitan una reacción de amplificación mediante NASBA; y
(c) la detección y/o la medida cuantitativa de
cualquier producto específico del HPV de la reacción de
amplificación por NASBA.
La detección del(los) producto(s)
específico(s) de la reacción del NASBA (esto es copias
sentido y/o antisentido del ARN diana) puede ser llevada a cabo de
varias maneras diferentes. En un procedimiento, el(los)
producto(s) del NASBA puede(n) ser
detectado(s) con la utilización de una sonda de hibridación
específica del HPV capaz de hibridar específicamente con el
producto del NASBA. La sonda de hibridación puede estar ligada a una
marca reveladora, por ejemplo un compuesto fluorescente,
luminiscente, radiactivo o quimioluminiscente o a una marca
enzimática o a cualquier otro tipo de marca conocida por las
personas con experiencia habitual en la técnica. La naturaleza
exacta de la marca no es crítica, pero debe ser capaz de producir
una señal detectable por un medio externo, ya sea por sí misma o
junto con una o más sustancias adicionales (por ejemplo el sustrato
de un enzima).
Un método de detección preferido es el
denominado "NASBA en tiempo real" que permite la monitorización
continua de la formación del producto de la reacción del NASBA a lo
largo del curso de la reacción. En una realización preferida, esto
puede ser conseguido utilizando una sonda "molecular
fluorescente" ("beacon") que contenga una secuencia
específica del HPV capaz de hibridarse con el producto del NASBA,
una secuencia oligonucleotídica que forme un dúplice troncal y un
par de restos fluorescentes/amortiguadores, según se conoce en la
técnica y se describe en la presente. Si la sonda fluorescente
molecular es añadida a la mezcla de reacción antes de la
amplificación, puede ser posible monitorizar la formación del
producto del NASBA en tiempo real (Leone y col., Nucleic Acids
Research, 1998, Vol. 26, 2150-2155). Hay kits de
reactivos e instrumentación disponibles comercialmente para llevar
a cabo la detección mediante NASBA en tiempo real (por ejemplo
NucliSens™ EasyQ System, de Organon Teknika).
En un procedimiento adicional, la tecnología de
sondas fluorescentes moleculares ("beacons") puede ser
incorporada al oligonucleótido cebador 2, permitiendo la
monitorización en tiempo real de la reacción del NASBA sin la
necesidad de una sonda de hibridación separada.
En un procedimiento adicional más, los productos
de la reacción del NASBA pueden ser monitorizados utilizando una
sonda de detección genérica marcada que hibride con una secuencia de
nucleótidos del extremo 5' del oligonucleótido cebador 2. Esto es
equivalente al sistema de detección "NucliSens™" suministrado
por Organon Teknika. En este sistema, la especificidad para los
productos del NASBA derivados del ARNm del HPV diana puede ser
conferida por la utilización de sondas de captura específicas para
el HPV que contengan oligonucleótidos sonda, según se describe en
la presente, unidos a un soporte sólido tal como una microesfera
magnética. Muy preferiblemente, la sonda de detección genérica
marcada es la sonda de detección ECL™ suministrada por Organon
Teknika. Los amplicones del NASBA son hibridados a las sondas de
captura específicas para el HPV y a la sonda ECL genérica (a través
de una secuencia complementaria en el cebador 2). Después de la
hibridación, los complejos esfera/amplicón/sonda ECL pueden ser
capturados en el electrodo magnético de un lector de ECL automático
(por ejemplo el lector NucliSens™ suministrado por Organon
Teknika). Posteriormente, un pulso de voltaje desencadena la
reacción de ECL™.
La detección de ARNm del HPV tiene también
relevancia clínica en cánceres distintos del carcinoma cervical
incluyendo, por ejemplo, el carcinoma de cabeza y cuello, el
carcinoma oral y de lengua, el carcinoma cutáneo y el carcinoma
anal y vaginal. La detección del ARNm de HPV puede ser también muy
útil en el diagnóstico de micrometástasis en los nódulos linfáticos
de la parte inferior del organismo.
Los kits para utilización en la detección de
transcritos de los genes L1 y E6 del HPV contienen al menos un par
de cebadores adecuado para ser utilizado en la amplificación de una
región de los transcritos de L1 de al menos los tipos de HPV 16,
18, 31 y 33, y preferiblemente también del HPV 45, y uno o más pares
de cebadores que permitan la amplificación de una región de los
transcritos de E6 de los tipos de HPV 16, 18, 31 y 33, y
preferiblemente también de HPV 45.
Un "par de cebadores" significa un par de
cebadores que pueden ser utilizados en combinación para amplificar
una región específica del ARNm de L1 o E6 utilizando cualquier
técnica conocida de amplificación de ácidos nucleicos. En las
realizaciones preferidas, los pares de cebadores incluidos en el kit
serán adecuados para su utilización en la técnica de amplificación
mediante NASBA o en técnicas de amplificación isotérmicas
similares.
Los cebadores individuales que constituyen cada
par de cebadores incluido en el kit pueden ser suministrados
separadamente (por ejemplo un recipiente separado para cada cebador)
o, más preferiblemente, pueden ser suministrados mezclados en un
único recipiente. Combinaciones de dos o más pares de cebadores
pueden ser suministradas ya mezcladas en un único recipiente del
kit. Puede ser conveniente suministrar dos o más pares de cebadores
en un único recipiente cuando las dos o más reacciones de
amplificación van a ser "multiplexadas", lo que significa
realizadas simultáneamente en un único recipiente de reacción.
El(los) par(es) de cebadores
adecuado(s) para ser utilizado(s) en la amplificación
de una región de transcritos de E6 debería(n) facilitar la
amplificación de una región del ARNm de E6 de los principales tipos
de HPV asociados con cáncer 16, 18, 31, 33 y también de HPV 45.
Existen varias formas diferentes mediante las cuales puede
conseguirse esto.
El kit puede contener pares de cebadores
separados específicos para cada uno de los tipos de HPV 16, 18, 31,
33 y 45. Estos pares de cebadores pueden ser suministrados en el kit
en recipientes separados, o pueden ser suministrados como mezclas
de dos o más pares de cebadores en un único recipiente, por ejemplo
para permitir la "simultaneidad" de las reacciones de
amplificación.
El kit puede contener un solo par de cebadores
capaces de amplificar una región del gen E6 de los tipos de HPV 16,
18, 31, 33 y también del HPV 45, que permita de este modo la
amplificación de los cinco tipos en una sola reacción de
amplificación. Esto podría conseguirse, por ejemplo, con la
utilización de un par de cebadores degenerados o por la selección
de una región del ARNm de E6 que esté muy conservada entre los tipos
de HPV.
El par de cebadores para E6 puede corresponder a
cualquier región del ARNm de E6, y puede permitir la amplificación
de todo o de parte del marco de lectura abierto de E6 y/o del marco
de lectura abierto de E7.
El(los) par(es) de cebadores
adecuado(s) para ser utilizado(s) en la amplificación
de una región de los transcritos de L1 debería(n) ser
capaz(ces) de amplificar una región del ARNm de L1 de al
menos los tipos de HPV asociados con cáncer principales 16, 18, 31
y 33, y preferible también de HPV 45, y preferiblemente será(n)
adecuado(s) para ser utilizado(s) en la amplificación
de una región de los ARNms de L1 de sustancialmente todos los tipos
conocidos de HPV. Con la utilización de tales cebadores es posible
analizar la transcripción activa del ARNm de L1 de múltiples tipos
de HPV en una única reacción de amplificación.
Es posible diseñar cebadores capaces de detectar
transcritos de L1 de múltiples tipos de HPV mediante la selección de
regiones del transcrito de L1 que estén muy conservadas.
\newpage
En un procedimiento adicional, puede conseguirse
la especificidad para múltiples tipos de HPV mediante la
utilización de cebadores oligonucleotídicos degenerados o de mezclas
complejas de polinucleótidos que presenten pequeñas variaciones de
la secuencia, correspondientes preferiblemente a sitios de variación
de la secuencia entre genotipos de HPV. La razón fundamental para
la utilización de tales cebadores degenerados o mezclas es que la
mezcla puede contener al menos un par de cebadores capaz de detectar
cada tipo de HPV.
En un procedimiento adicional más, la
especificidad para múltiples tipos de HPV puede ser conseguida
mediante la incorporación en los cebadores de uno o más nucleótidos
de inosina, preferiblemente en los lugares de variación de las
secuencias entre los genotipos de HPV.
Los pares de cebadores para E6 y L1 pueden ser
suministrados en recipientes separados dentro del kit, o
el(los) par(es) de cebador(es) para L1
puede(n) ser suministrado(s) como una mezcla con uno o
más pares de cebadores para E6 en un único recipiente.
Los kits pueden contener además una o más sondas
adecuadas para ser utilizadas en la detección de los productos de
las reacciones de amplificación llevadas a cabo utilizando los pares
de cebadores incluidos en el kit. La(s)
sonda(s)
puede(n) ser suministrada(s) como un reactivo separado en el kit. Alternativamente, la(s) sonda(s) puede(n) ser suministrada(s) como una mezcla con uno o más pares de cebadores.
puede(n) ser suministrada(s) como un reactivo separado en el kit. Alternativamente, la(s) sonda(s) puede(n) ser suministrada(s) como una mezcla con uno o más pares de cebadores.
Los cebadores y las sondas incluidos en el kit
son preferiblemente moléculas de ADN de hebra sencilla. Pueden
utilizarse también polinucleótidos sintéticos no naturales que
conserven la capacidad de apareamiento de bases con una molécula de
ácido nucleico complementaria, incluyendo oligonucleótidos
sintéticos que incorporen bases modificadas y oligonucleótidos
sintéticos en los que los enlaces entre los nucleósidos individuales
incluyan enlaces distintos de los enlaces fosfodiéster. Los
cebadores y las sondas pueden ser producidos de acuerdo con
técnicas bien conocidas en el oficio, tal como mediante síntesis
química utilizando aparatos y protocolos estándar para la síntesis
de oligonucleótidos.
Los cebadores y las sondas serán típicamente
polinucleótidos de hebra sencilla aislados de no más de 100 bases
de longitud, más típicamente de menos de 55 bases de longitud. Para
evitar dudas, se manifiesta en la presente que los términos
"cebador" y "sonda" excluyen genomas de HPV de longitud
completa existentes de forma natural.
Pueden incluirse en el kit varios tipos
generales de cebadores y sondas oligonucleotídicos que incorporen
secuencias específicas del HPV. Típicamente, tales cebadores y
sondas pueden contener secuencias adicionales que no sean del HPV,
por ejemplo secuencias que sean requeridas para una reacción de
amplificación o que faciliten la detección de los productos de la
reacción de amplificación.
El primer tipo de cebadores son los
oligonucleótidos cebadores 1 (referidos también en la presente como
cebadores P1 del NASBA), que son oligonucleótidos de generalmente
50 bases de longitud aproximadamente, que contienen una media de 20
bases aproximadamente en el extremo 3' y que son complementarios a
una región del ARNm diana. Los oligonucleótidos adecuados para ser
utilizados como cebadores P1 del NASBA son denominados "P1/PCR"
en la Tabla 1. Los oligonucleótidos cebadores P1 tienen la
estructura general X_{1}-SEQ, en la cual SEQ
representa una secuencia específica para HPV y X_{1} es una
secuencia que contiene un promotor que es reconocido por una ARN
polimerasa específica. Se prefiere la utilización en los
oligonucleótidos de la invención de promotores de bacteriófagos,
por ejemplo los promotores de T7, T3 y SP6, ya que proporcionan las
ventajas de un elevado nivel de transcripción que depende
únicamente de la unión de la ARN polimerasa apropiada. En una
realización preferida, la secuencia "X_{1}" puede comprender
la secuencia AATTCTAATACGACTCACTATAGGG o la secuencia
AATTCTAATACGACTCACTA
TAGGGAGAAGG. Estas secuencias contienen un promotor de T7, que incluye el sitio de inicio de la transcripción para la ARN polimerasa de T7. Las secuencias específicas para HPV en los cebadores denominados en la Tabla 1 como "P1/PCR" pueden ser también adaptadas para utilización en cebadores estándar de PCR. Cuando estas secuencias son utilizadas como la base de los cebadores P1 del NASBA, tienen la estructura general X_{1}-SEQ, según se definió anteriormente. La secuencia del promotor X_{1} es esencial en un cebador P1 del NASBA. Sin embargo, cuando se utilizan las mismas secuencias como la base de cebadores de PCR estándar, no es necesario incluir X_{1}.
TAGGGAGAAGG. Estas secuencias contienen un promotor de T7, que incluye el sitio de inicio de la transcripción para la ARN polimerasa de T7. Las secuencias específicas para HPV en los cebadores denominados en la Tabla 1 como "P1/PCR" pueden ser también adaptadas para utilización en cebadores estándar de PCR. Cuando estas secuencias son utilizadas como la base de los cebadores P1 del NASBA, tienen la estructura general X_{1}-SEQ, según se definió anteriormente. La secuencia del promotor X_{1} es esencial en un cebador P1 del NASBA. Sin embargo, cuando se utilizan las mismas secuencias como la base de cebadores de PCR estándar, no es necesario incluir X_{1}.
Un segundo tipo de cebadores son los
oligonucleótidos cebadores 2 del NASBA (referidos también en la
presente como cebadores P2 del NASBA) que contienen generalmente
una secuencia de 20 bases aproximadamente sustancialmente idéntica
a una región del ARNm diana. Las secuencias oligonucleotídicas
denominadas en la Tabla 1 como "P2/PCR" son adecuadas para ser
utilizadas en cebadores P2 del NASBA y en cebadores estándar para
PCR.
Los oligonucleótidos destinados a ser utilizados
como cebadores P2 del NASBA pueden contener además, en una
realización particular pero no limitante, una secuencia de
nucleótidos en el extremo 5' que no esté relacionada con el ARNm
diana pero que sea capaz de hibridar con una sonda de detección
genérica. La sonda de detección estará preferiblemente marcada con,
por ejemplo, una marca fluorescentes, luminiscente o enzimática. En
una realización, la sonda de detección está marcada con una marca
que permite la detección utilizando la tecnología ECL™, aunque se
apreciará que la invención no está limitada de ninguna manera a este
método de detección particular. En una realización preferida, el
extremo 5' de los oligonucleótidos cebadores 2 puede contener la
secuencia GATGCAAGGTCGCATAT
GAG. Esta secuencia es capaz de hibridar con una sonda genérica ECL™ disponible comercialmente en Organon Teknika que tiene la estructura siguiente:
GAG. Esta secuencia es capaz de hibridar con una sonda genérica ECL™ disponible comercialmente en Organon Teknika que tiene la estructura siguiente:
\global\parskip0.870000\baselineskip
Ru(bpy)_{3}^{2+}-GAT
GCA AGG TCG CAT ATG
AG-3'
En una realización diferente, el oligonucleótido
cebador 2 puede incorporar la tecnología de "sondas moleculares
fluorescentes" ("beacons"), que es conocida en la técnica y
está descrita en, por ejemplo, WO 95/13399 por Tyagi y Kramer,
Nature Biotechnology, 14: 303-308, 1996, para
permitir la monitorización en tiempo real de la reacción del
NASBA.
Pueden estar también incluidos en el kit
oligonucleótidos sonda específicos de la diana. Los oligonucleótidos
sonda contienen generalmente una secuencia de 20-25
bases aproximadamente sustancialmente idéntica a una región del
ARNm diana, o al complemento de la misma. Ejemplos de secuencias
oligonucleotídicas específicas para el HPV que son adecuadas para
ser utilizadas como sondas están designadas como "PO" en la
Tabla 1. Los oligonucleótidos sonda pueden ser utilizados como
sondas de hibridación específicas de la diana para la detección de
los productos de una reacción de NASBA o PCR. A este respecto, los
oligonucleótidos sonda pueden ser acoplados a un soporte sólido,
tal como esferas paramagnéticas, para formar una sonda de captura
(ver más adelante). En una realización preferida, el extremo 5' del
oligonucleótido sonda puede estar marcado con biotina. La adición de
una marca de biotina facilita la unión de la sonda a un soporte
sólido a través de un enlace biotina/estreptavidina o
biotina/avidina.
Las sondas específicas de la diana que permiten
la detección en tiempo real de los productos de amplificación
pueden incorporar la tecnología de las "sondas moleculares
fluorescentes" ("beacons") que es conocida en la técnica y
está descrita, por ejemplo, por Tyagi y Kramer, Nature
Biotechnology, 14: 303-308, 1996 y en WO 95/13399.
Ejemplos de secuencias oligonucleotídicas específicas para el HPV
adecuadas para ser utilizadas como sondas moleculares fluorescentes
son denominadas "MB" en la Tabla 1.
El término "sondas moleculares
fluorescentes" ("beacons"), según es utilizado en la
presente, quiere indicar moléculas que tienen la estructura:
X_{2}-brazo_{1}-diana-brazo_{2}-X_{3}
en la cual "diana" representa
una secuencia de nucleótidos específica de la diana, "X_{2}"
y "X_{3}" representan un resto fluorescente y un resto
amortiguador capaz de amortiguar sustancialmente o completamente la
fluorescencia procedente del resto fluorescente cuando los dos son
mantenidos juntos en una estrecha proximidad y "brazo_{1}" y
"brazo_{2}" representan secuencias complementarias capaces de
formar un dúplice
troncal.
Las combinaciones preferidas de las secuencias
"brazo_{1}" y "brazo_{2}" son según sigue, aunque
éstas tienen la intención de ser ilustrativas más que de limitantes
de la invención:
cgcatg-SEQ-catgcg
ccagct-SEQ-agctgg
cacgc-SEQ-gcgtg
cgatcg-SEQ-cgatcg
ccgtcg-SEQ-cgacgg
cggacc-SEQ-ggtccg
ccgaagg-SEQ-ccttcgg
cacgtcg-SEQ-cgacgtg
cgcagc-SEQ-gctgcg
ccaagc-SEQ-gcttgg
ccaagcg-SEQ-cgcttgg
cccagc-SEQ-gctggg
ccaaagc-SEQ-gctttgg
cctgc-SEQ-gcagg
ccaccc-SEQ-gggtgg
ccaagcc-SEQ-ggcttgg
ccagcg-SEQ-cgctgg
cgcatg-SEQ-catgcg
\global\parskip1.000000\baselineskip
La utilización de la tecnología de sondas
moleculares fluorescentes ("beacons") permite la monitorización
en tiempo real de las reacciones de amplificación, por ejemplo la
amplificación mediante NASBA (ver Leone y col., Nucleic Acids
Research, 1998, Vol. 26, pp. 2150-2155). Las sondas
moleculares fluorescentes ("beacons") incluyen generalmente
secuencias complementarias que flanquean a la secuencia específica
para el HPV, representadas en la presente por la notación
brazo_{1} y brazo_{2}, que son capaces de hibridar entre sí para
formar una estructura de dúplice troncal. Las secuencias exactas
del brazo_{1} y el brazo_{2} no son material de la invención,
excepto por el requisito de que estas secuencias deben ser capaces
de formar un dúplice troncal cuando la sonda no está unida a una
secuencia del HPV diana.
Las sondas moleculares fluorescentes
("beacons") incluyen también un resto fluorescente y un resto
amortiguador, estando representados en la presente los restos
fluorescente y amortiguador por la notación X_{2} y X_{3}. Como
apreciará el lector experto, los restos fluorescente y amortiguador
son seleccionados de tal manera que el resto amortiguador sea capaz
de amortiguar sustancialmente o completamente la fluorescencia
procedente del resto fluorescente cuando los dos restos estén muy
próximos, por ejemplo cuando la sonda esté en la conformación
"cerrada" de horquilla en ausencia de la secuencia diana.
Después de la unión a la secuencia diana, los restos fluorescente y
amortiguador se mantienen separados, de tal manera que la
fluorescencia procedente del resto fluorescente ya no resulta
amortiguada.
Muchos ejemplos de pares de restos
amortiguador/fluorescente adecuados que pueden ser utilizados de
acuerdo con la invención son conocidos en la técnica (ver WO
95/13399, Tyagi y Kramer, ibid.). Puede utilizarse un amplio
rango de fluoróforos de muchos colores diferentes, incluyendo por
ejemplo el ácido
5-(2'-aminoetil)aminonaftaleno-1-sulfónico
(EDANS), fluoresceína, FAM y Rojo Texas (ver Tyagi, Bratu y Kramer,
1998, Nature Biotechnology, 16, 49-53). La
utilización de sondas marcadas con diferentes fluoróforos coloreados
permite la detección "simultánea" de dos o más sondas
diferentes en un único recipiente de reacción. Un amortiguador
preferido es el ácido
4-(4'-dimetilaminofenilazo)benzoico
(DABCYL), un cromóforo no fluorescente, que sirve como amortiguador
"universal" para un amplio rango de fluoróforos. Los restos
fluorescente y amortiguador pueden estar unidos covalentemente a la
sonda en cualquier orientación, ya sea con el fluorescente en o
cerca del extremo 5' y el amortiguador en o cerca del extremo 3', o
viceversa. Los protocolos para la síntesis de sondas moleculares
fluorescentes ("beacons") son conocidos en la técnica. Un
protocolo detallado para la síntesis está proporcionado en una
publicación titulada "Molecular Beacons: Hybridization Probes for
Detection of Nucleic Acids in Homogenous Solutions" de Sanjay
Tyagi y col., Department of Molecular Genetics, Public Health
Research Institute, 455 First Avenue New York, NY 10016, EE.UU., que
está disponible "on line" a través de la página web del PHRI
(en www.phri.nyu.edu o en
www.molecular-beacons.org).
Pueden utilizarse combinaciones adecuadas de los
cebadores P1 del NASBA y P2 del NASBA para dirigir una reacción de
amplificación mediante NASBA. Para dirigir una reacción de
amplificación mediante NASBA, los oligonucleótidos cebador 1 y
cebador 2 deben ser capaces de estimular la síntesis de un ADN de
doble hebra a partir de una región diana del ARNm. Para que esto
ocurra, los oligonucleótidos cebador 1 y cebador 2 deben contener
secuencias específicas de la diana que sean complementarias a
regiones de la hebra sentido y antisentido del ARNm diana,
respectivamente.
En la primera fase del ciclo de amplificación
mediante NASBA, la denominada fase "no cíclica", el
oligonucleótido cebador 1 se hibrida a una secuencia complementaria
en el ARNm diana y su extremo 3' es extendido por la acción de una
ADN polimerasa dependiente de ARN (por ejemplo una transcriptasa
inversa) para dar lugar a la síntesis de una primera hebra de ADNc.
La hebra de ARN del híbrido ARN:ADN resultante es posteriormente
digerida, por ejemplo mediante la acción de ARNasa H, para dejar un
ADN de hebra sencilla. El oligonucleótido cebador 2 se hibrida a
una secuencia complementaria hacia el extremo 3' de este ADN de
hebra sencilla y su extremo 3' es extendido (por la acción de la
transcriptasa inversa), formando un ADN de doble hebra. La ARN
polimerasa es luego capa de transcribir múltiples copias de ARN a
partir de la secuencia promotora ahora transcripcionalmente activa
dentro del ADN de doble hebra. Este transcrito de ARN, que es
antisentido respecto al ARNm diana original, puede actuar como
molde para una ronda posterior de reacciones de NASBA, con el
cebador 2 hibridándose al ARN y cebando la síntesis de la primera
hebra de ADNc y el cebador 1 estimulando la síntesis de la segunda
hebra de ADNc. Los principios generales de la reacción del NASBA son
bien conocidos en la técnica (ver Compton, J., Nature, 350:
91-92).
Los oligonucleótidos sonda específicos de la
diana descritos en la presente pueden ser también unidos a un
soporte sólido, tal como microesferas magnéticas, y ser utilizados
como "sondas de captura" para inmovilizar el producto de la
reacción de amplificación mediante NASBA (un ARN de hebra sencilla).
Las sondas "moleculares fluorescentes" ("beacons")
específicas de la diana descritas en la presente pueden ser
utilizadas para la monitorización en tiempo real de la reacción del
NASBA.
Los kits pueden incluir también un control
positivo que contenga ARNm de E6 y/o L1 de un tipo de HPV conocido.
Controles adecuados incluyen, por ejemplo, extractos de ácido
nucleico preparados a partir de líneas celulares infectadas con
tipos conocidos de HPV (por ejemplo HeLa, CaSki).
Los kits pueden contener además cebadores de
amplificación para control interno, por ejemplo cebadores
específicos para ARN de U1A humano.
Los kits que contienen los cebadores (y
opcionalmente sondas) adecuados para ser utilizados en la
amplificación mediante NASBA pueden contener además una mezcla de
enzimas requeridos para la reacción del NASBA, por ejemplo una
mezcla enzimática conteniendo una ADN polimerasa dirigida por ARN
(por ejemplo una transcriptasa inversa), una ribonucleasa que
hidrolice la hebra de ARN de un híbrido ARN-ADN sin
hidrolizar ARN o ADN de hebra sencilla o de doble hebra (por
ejemplo ARNasa H) y una ARN polimerasa. La ARN polimerasa debe ser
una que reconozca la secuencia promotora presente en la región 5'
terminal de los cebadores P1 del NASBA suministrados en el kit de
reactivos. El kit puede contener también un suministro de tampón
para NASBA que contenga los ribonucleósidos y
desoxirribonucleósidos requeridos para la síntesis de ARN y ADN. La
composición de un tampón estándar para la reacción del NASBA será
bien conocida por los expertos en la técnica (ver también Leone y
col., ibid.).
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\newpage
Los cebadores preferidos adecuados para ser
utilizados en la detección del ARNm de L1 y E6 del HPV mediante
NASBA están enumerados en las tablas siguientes. Sin embargo, éstos
son meramente ilustrativos y no se desea que el ámbito de la
invención deba estar limitado a estas moléculas específicas.
En las tablas siguientes, los cebadores P2 del
NASBA (p2) incluyen la secuencia GATGCAAGGTCGCATATGAG en el extremo
5'; los cebadores P1 del NASBA (p1) incluyen la secuencia
AATTCTAATACGACTCACTATAGGGA
GAAGG en el extremo 5'. Los oligonucleótidos adecuados para ser utilizados como sondas están identificados por "po". Los cebadores P2 contienen generalmente secuencias del HPV procedentes de la hebra positiva, mientras que los cebadores p1 contienen generalmente secuencias del HPV procedentes de la hebra negativa. nt se refiere a la posición de los nucleótidos en la secuencia genómica del HPV relevante.
GAAGG en el extremo 5'. Los oligonucleótidos adecuados para ser utilizados como sondas están identificados por "po". Los cebadores P2 contienen generalmente secuencias del HPV procedentes de la hebra positiva, mientras que los cebadores p1 contienen generalmente secuencias del HPV procedentes de la hebra negativa. nt se refiere a la posición de los nucleótidos en la secuencia genómica del HPV relevante.
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Los pares de cebadores P1 y P2 que tienen el
mismo prefijo (por ejemplo HAe6701p1 y HAe6701p2) están destinados
a ser utilizados en combinación. Sin embargo, pueden utilizarse
también otras combinaciones, según se resume a continuación, para
los tipos de HPV 16, 18, 31, 33 y 45.
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Pares de cebadores adecuados para la
amplificación del ARNm de E6 del HPV 16 son según sigue:
HAe6701p2 o HAe6702p2 (ambos 116 nt) con
HAe6701p1 o HAe6702p1 (ambos 368 nt).
HAe6701p2 o HAe6702p2 (ambos 116 nt) con HPV16p1
(258 nt).
H16e6702Ap2 (142 nt), H16e6702Bp2 (182 nt),
H16e6702Cp2 (185 nt) o H16e6702Dp2 (188 nt) con HAe6701p1 o
HAe6702p1 (ambos 368 nt).
HAe6701p2 o HAe6702p2 (ambos 116 nt) con
HAe6702Ap1 (208 nt), HAe6702Bp1 (191 nt), HAe6702Cp1 (186 nt) o
HAe6702Dp1 (185 nt). Estas combinaciones son adecuadas para la
amplificación de todas las variantes por ayuste de E6.
HAe6703p2 o HAe6704p2 (ambos 656 nt) con
HAe6703p1 o HAe6704p1 (ambos 741 nt). Estas combinaciones son
adecuadas para la amplificación de todos los transcritos que
contienen la región codificadora de E7 (al menos hasta el nt
741).
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Se prefieren los pares de cebadores siguientes
para la amplificación del ARNm de E6 del HPV 18:
H18e6701p2 (702 nt)o H18e6702p2 (698 nt)
con H18e6701p1 o H18e6702p1 (ambos 869 nt).
H18e6703p2 (651 nt) con H18e6703p1 (817 nt).
H18e6704p2 (179 nt) con H18e6704p1 (379 nt).
\vskip1.000000\baselineskip
Se prefieren los pares de cebadores siguientes
para la amplificación del ARNm de E6 del HPV 31:
H31e6701p2 o H31e6702p2 (ambos 164 nt) con
H31e6701p1 o H31e6702p1 (ambos 423 nt).
H31e6703p2 (617 nt), H31e6704p2 (619 nt) o
H31e6705p2 (617 nt) con H31e6703p1 (766 nt), H31e6704p1 (766 nt) o
H31e6705p1 (809 nt).
\vskip1.000000\baselineskip
Se prefieren los pares de cebadores siguientes
para la amplificación del ARNm de E6 del HPV 33:
H33e6701p2 (618 nt) o H33e6703p2 (620 nt) con
H33e6701p1 (763 nt) o H33e6703p1 (807 nt).
H33e6702p2 (431 nt) con H33e6702p1 (618 nt).
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Se prefiere el par de cebadores siguiente para
la amplificación de HPV 45:
HPV45p2 (430 nt) con HPV45p1 (527 nt).
\newpage
Los pares de cebadores para PCR preferidos para
los tipos de HPV 16, 18, 31 y 33 son análogos a los pares de
cebadores para el NASBA.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
Las secuencias específicas del HPV en las SEC ID
N^{os}: 149 y 150 (cebadores Onc2A2/Onc2A1-PCR y
Onc2A1/
Onc2A2-PCR) son idénticas a fragmentos de la secuencia genómica del HPV de tipo 16 desde la posición 6596 a la 6615 (SEC ID Nº: 149; Onc2A2/Onc2A1-PCR) y desde la posición 6729 a la 6747 (SEC ID Nº:150; Onc2A1/Onc2A2-PCR).
Onc2A2-PCR) son idénticas a fragmentos de la secuencia genómica del HPV de tipo 16 desde la posición 6596 a la 6615 (SEC ID Nº: 149; Onc2A2/Onc2A1-PCR) y desde la posición 6729 a la 6747 (SEC ID Nº:150; Onc2A1/Onc2A2-PCR).
Las secuencias específicas del HPV SEC ID
N^{os}: 152 y 153 (Onc2B2/Onc2B1-PCR y
Onc2B1/Onc2B2-PCR) son variantes de las secuencias
anteriores, respectivamente, que incluyen varias bases degeneradas.
Las representaciones de las secuencias de moléculas de
oligonucleótidos degenerados proporcionados en la presente utilizan
el código estándar IUB para los sitios de bases mixtos: N= G, A, T,
C; V= G, A, C; B= G, T, C; H= A, T, C; D= G, A, T; K= G, T; S= G, C;
W= A, T; M= A, C; Y= C, T; R= A, G.
Es también posible utilizar variantes de las
secuencias específicas del HPV SEC ID Nº: 152
(Onc2B2/Onc2B1-PCR) y SEC ID Nº: 153
(Onc2B1/Onc2B2-PCR) en las que cualquiera de dos de
los nucleótidos "SRH" hacia el extremo 3' de la secuencia estén
sustituidos por inosina (I), según sigue:
5' AATGGCATTTGTTGGIIHAA 3'
5' AATGGCATTTGTTGGSIIAA 3'
5' AATGGCATTTGTTGGIRIAA 3'
Las secuencias específicas del HPV SEC ID
N^{os}: 156-163 (presentes en los cebadores
Onc2C2, Onc2D2, Onc2E2, Onc2F2, Onc2G2, Onc2H2, Onc2I2, Onc2J2,
Onc2C1-PCR, Onc2D1-PCR,
Onc2E1-PCR, Onc2F1-PCR,
Onc2G1-PCR, Onc2H1-PCR,
Onc2I1-PCR y Onc2J1-PCR) son
variantes basadas en la secuencia específica del HPV SEC ID Nº: 152
(Onc2B2/Onc2B1-PCR), mientras que las secuencias
específicas del HPV SEC ID N^{os}: 164-169
(presentes en los cebadores Onc2K1, Onc2L1, Onc2M1, Onc2N1, Onc2O1,
Onc2P1, Onc2K2-PCR, Onc2L2-PCR,
Onc2M2-PCR, Onc2N2-PCR,
Onc2O2-PCR y Onc2P2-PCR) son
variantes basadas en la secuencia específica del HPV SEC ID Nº: 153
(Onc2B1/Onc2B2-PCR). Estas variantes incluyen bases
degeneradas y también residuos de inosina (I). Esta variación de
secuencias permite que los oligonucleótidos que incorporan las
secuencias variantes se unan a múltiples tipos de HPV. Las bases
inosina no interfieren con la hibridación y por tanto pueden ser
incluidas en los lugares de variación entre los tipos de HPV con el
fin de construir un cebador "consenso" capaz de unirse a
múltiples tipos de HPV.
Uno o más de los cebadores Onc2A2, Onc2B2,
Onc2C2, Onc2D2, Onc2E2, Onc2F2, Onc2G2, Onc2H2, Onc2I2 y Onc2J2,
pueden ser utilizados en combinación con uno o más de los cebadores
Onc2A1, Onc2B1, Onc2K1, Onc2L1, Onc2M1, Onc2N1, Onc2O1 y Onc2P1,
para la amplificación mediante NASBA del ARNm de L1 del HPV.
Uno o más de los cebadores
Onc2A1-PCR, Onc2B1-PCR,
Onc2C1-PCR, Onc2D1-PCR,
Onc2E1-PCR, Onc2F1-PCR,
Onc2G1-PCR, Onc2H1-PCR,
Onc2I1-PCR y Onc2J1-PCR, pueden ser
utilizados en combinación con uno o más de los cebadores
Onc2A2-PCR, Onc2B2-PCR,
Onc2K2-PCR, Onc2L2-PCR,
Onc2M2-PCR, Onc2N2-PCR,
Onc2O2-PCR y Onc2P2-PCR para la
amplificación mediante PCR del ARNm de L1 del HPV.
La invención será comprendida adicionalmente por
referencia a los siguientes ejemplos experimentales y figuras en las
cuales:
la Figura 1A muestra los resultados de un ensayo
de NASBA en tiempo real de una única reacción utilizando una sonda
molecular fluorescente FAM para HPV 16 en un muestra de una
paciente, mientras que la Figura 1B muestra un ensayo de NASBA en
tiempo real múltiple (simultáneo) utilizando la sonda molecular
fluorescente FAM de la Figura 1A y una sonda molecular fluorescente
marcada con Rojo Texas para U1A,
la Figura 2A muestra un NASBA en tiempo real de
una sola reacción con la sonda molecular fluorescente FAM para HPV
18 en la muestra de una paciente, mientras que la Figura 2B muestra
una versión múltiple (simultánea) con una sonda molecular
fluorescente marcada con Rojo Texas para HPV 18 y una sonda
molecular fluorescente marcada con FAM para HPV 33,
la Figura 3A muestra un NASBA en tiempo real de
una sola reacción con una sonda molecular fluorescente marcada con
FAM para HPV 31, mientras que la Figura 3B muestra la versión
múltiple (simultánea) incluyendo una sonda molecular fluorescente
marcada con Rojo Texas para HPV 45,
la Figura 4A muestra un NASBA en tiempo real de
una sola reacción con una sonda molecular fluorescente marcada con
FAM para HPV 33, mientras que la Figura 4B es una versión múltiple
(simultánea) que incluye una sonda molecular fluorescente para HPV
18 marcada con Rojo Texas,
la Figura 5A muestra un NASBA en tiempo real de
una sola reacción con una sonda molecular fluorescente marcada con
FAM para HPV 45, mientras que la Figura 5B muestra la versión
múltiple (simultánea) que incluye una sonda molecular fluorescente
marcada con Rojo Texas para HPV 45 y una sonda molecular
fluorescente para HPV 31 marcada con FAM, y
la Figura 6 muestra HPV detectado por PreTect
HPV-Proofer y PCR en comparación con citología o
histología.
Frotis Pap y muestras de HPV fueron recogidas de
5970 mujeres en el programa de cribado cervical en Oslo, Noruega.
Las muestras destinadas a la extracción de ARN/ADN fueron tratadas
según sigue:
Se recogieron muestras cervicales de cada una de
las mujeres asistentes al programa de cribado cervical utilizando
un citocepillo (Rovers Medical Devices, Países Bajos). El
citocepillo fue sumergido posteriormente en 9 ml de tampón de lisis
(tiocianato de guanidina 5 M). Como el ARN está mejor protegido en
el tiocianato de guanidina 5 M a -70ºC, se utilizó únicamente 1 ml
del volumen total de muestra para cada ciclo de extracción. Las
muestras en tampón de lisis fueron almacenadas a -20ºC durante no
más de una semana, posteriormente a -70ºC hasta el aislamiento de
ADN/ARN.
El ARN y el ADN fueron aislados automáticamente
de 5300 mujeres en el primer ciclo de extracción, utilizando 1 ml
de la muestra total de 9 ml en tampón de lisis. El ARN y el ADN
fueron extraídos de acuerdo con el método de aislamiento
"Boom" de Organon Teknika (Organon Teknika B.V., Boselind 15,
P.O. Box 84, 5280 AB Baxtel, Países Bajos; actualmente Biomérieux,
69280 Marcy l'Etoile, Francia) utilizando el extractor Nuclisens™
siguiendo el protocolo para extracción automatizada.
ADN y ARN de las líneas celulares HeLa (HPV 18),
SiHa (HPV 16) y CaSki (HPV 16) fueron utilizadas como controles
positivos para las reacciones de PCR y NASBA. Estas células fueron
utilizadas también como material de muestra en el estudio de
sensibilidad (Ejemplo 2). Las células SiHa tienen
1-2 copias de HPV 16 integradas por célula,
mientras que las células CaSki tienen entre 60-600
copias de HPV 16, integradas y en estado episómico. Las células HeLa
tienen 10-50 copias de HPV 18 por célula
aproximadamente.
ADN aislado de rascados cervicales fue sometido
a PCR utilizando los cebadores consenso GP5+/6+
(EP-B-0 517 704). La PCR se llevó a
cabo en un volumen de reacción de 50 \mul que contenía
Tris-HCl 75 mM (pH 8,8 a 25ºC),
(NH_{4})_{2}
SO_{4} 20 mM, Tween 20™ 0,01%, 200 mM de cada dNTP, MgCl_{2} 1,5 mM, 1 U de ADN polimerasa Taq recombinante (MBI Fermentas), 3 \mul de muestra de ADN y 50 pmoles de cada uno de los cebadores GP5+ y GP6+. Una etapa de desnaturalización de 2 minutos a 94ºC fue seguida por 40 ciclos de amplificación con un procesador de PCR (Primus 96, HPL Block, MWG, Alemania). Cada ciclo incluía una etapa de desnaturalización de 1 minuto, una etapa de hibridación de los cebadores a 40ºC durante 2 minutos y una etapa de alargamiento de la cadena a 72ºC durante 1,5 minutos. La última etapa de alargamiento fue prolongada en 4 minutos para asegurar una extensión completa del ADN amplificado.
SO_{4} 20 mM, Tween 20™ 0,01%, 200 mM de cada dNTP, MgCl_{2} 1,5 mM, 1 U de ADN polimerasa Taq recombinante (MBI Fermentas), 3 \mul de muestra de ADN y 50 pmoles de cada uno de los cebadores GP5+ y GP6+. Una etapa de desnaturalización de 2 minutos a 94ºC fue seguida por 40 ciclos de amplificación con un procesador de PCR (Primus 96, HPL Block, MWG, Alemania). Cada ciclo incluía una etapa de desnaturalización de 1 minuto, una etapa de hibridación de los cebadores a 40ºC durante 2 minutos y una etapa de alargamiento de la cadena a 72ºC durante 1,5 minutos. La última etapa de alargamiento fue prolongada en 4 minutos para asegurar una extensión completa del ADN amplificado.
Las muestras positivas con GP5+/6+ fueron
sometidas a protocolos de PCR para el HPV de tipo 16, 31 y 33 según
sigue:
HPV 16, 31 y 33: La PCR se llevó a cabo en 50
\mul que contenían Tris-HCl 75 mM (pH 8,8 a 25ºC),
200 mM de cada dNTP, MgCl_{2} 1,5 mM, 2,5 U de ADN polimerasa Taq
recombinante (MBI Fermentas), 3 \mul de muestra de ADN y 25
pmoles de cada cebador. Una etapa de desnaturalización de 2 minutos
a 94ºC fue seguida por 35 ciclos de amplificación con un procesador
de PCR (Primus 96, HPL Block, MWG, Alemania). Cada ciclo incluía
una etapa de desnaturalización de 30 segundos, una etapa de
hibridación de los cebadores a 57ºC durante 30 segundos y una etapa
de alargamiento de la cadena a 72ºC durante 1 minuto. La última
etapa de alargamiento fue prolongada en 10 minutos para asegurar
una extensión completa del ADN amplificado. El protocolo para HPV
33 tenía una etapa de hibridación de los cebadores a 52ºC. Protocolo
para el HPV 18: Se diseñaron cebadores para identificar HPV de tipo
18. La PCR se llevó a cabo en 50 \mul que contenían
Tris-HCl 75 mM (pH 8,8 a 25ºC),
(NH_{4})_{2}SO_{4} 20 mM, Tween 20 0,01%, 200 mM de
cada dNTP, MgCl_{2} 2,0 mM, 2,5 U de ADN polimerasa Taq
recombinante (MBI Fermentas), 3 \mul de muestra de ADN y 25 pmoles
de cada cebador. Una etapa de desnaturalización de 2 minutos a 94ºC
fue seguida por 35 ciclos de amplificación en un procesador de PCR
(Primus 96, HPL Block, MWG, Alemania). Cada ciclo incluía una etapa
de desnaturalización de 30 segundos, una etapa de hibridación de
los cebadores a 57ºC durante 30 segundos y una etapa de alargamiento
de la cadena a 72ºC durante 1 minuto. La última etapa de
alargamiento fue prolongada en 10 minutos para asegurar una
extensión completa del ADN amplificado.
Se utilizó un conjunto de cebadores dirigidos
contra el gen de la \beta-globina humana como
control de la calidad del ADN (Procedimiento de trabajo, University
Hospital Vrije Universiteit, Amsterdam, Países Bajos). La PCR se
llevó a cabo en 50 \mul que contenían Tris-HCl 75
mM (pH 8,8 a 25ºC), 200 mM de cada dNTP, MgCl_{2} 1,5 mM, 1 U de
ADN polimerasa Taq recombinante (MBI Fermentas), 3 \mul de muestra
de ADN y 25 pmoles de cada cebador. Una etapa de desnaturalización
de 2 minutos a 94ºC fue seguida por 35 ciclos de amplificación en
un procesador de PCR (Primus 96, HPL Block, MWG, Alemania). Cada
ciclo incluía una etapa de desnaturalización a 94ºC durante 1
minuto, una etapa de hibridación de los cebadores a 55ºC durante 1 ½
minutos y una etapa de alargamiento de la cadena a 72ºC durante 2
minutos. La última etapa de alargamiento fue prolongada en 4
minutos para asegurar una extensión completa del ADN amplificado. Se
utilizó HeLa como control positivo para HPV 18, mientras que se
utilizaron SiHa o CaSki como control positivo para HPV 16. Se
utilizó agua como control negativo.
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\vskip1.000000\baselineskip
(Tabla pasa a página
siguiente)
\newpage
Cebadores utilizados para la PCR
del
HPV
\vskip1.000000\baselineskip
La visualización de los productos de la PCR se
realizó en un chip de ADN 500 (Agilent Technologies, EE.UU.) según
su manual. El chip de ADN utiliza electroforesis en gel a
microescala con un límite de detección óptimo de
0,5-50 ng/ml. Los resultados fueron interpretados
utilizando el programa de ordenador Bioanalyzer 2100 (Agilent
Technologies, EE.UU.).
La tabla siguiente confirma los cebadores
utilizados para la PCR del HPV en muestras de pacientes e indica
cebadores de PCR adicionales útiles para HPV 35, 39, 45, 51, 52, 58
y HPV 6/11.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(Tabla pasa a página
siguiente)
\newpage
Cebadores de PCR para la
detección de
HPV
Precauciones para evitar contaminación:
1. Llevar a cabo la liberación, el aislamiento y
la amplificación/detección de los ácidos nucleicos en áreas del
laboratorio separadas.
2. Almacenar y preparar los reactivos para la
liberación, el aislamiento y la amplificación/detección de los
ácidos nucleicos en las áreas del laboratorio en las que vayan a
realizarse la liberación, el aislamiento y la
amplificación/detección de los ácidos nucleicos,
respectivamente.
3. Mantener todos los tubos y viales cerrados
cuando no se estén utilizando.
4. Las pipetas y cualquier otro equipamiento que
hayan sido utilizados en un área del laboratorio no deben ser
utilizados en las demás áreas.
5. Utilizar una pipeta o una punta de pipeta
nueva para cada pipeteo.
6. Utilizar pipetas con puntas resistentes a
aerosoles para los fluidos que es posible que contengan ácido
nucleico. El pipeteo de las soluciones debe ser realizado siempre
fuera o dentro de un tubo aislado que se abra y cierre
exclusivamente para esta acción. Todos los demás tubos y viales
deben mantenerse cerrados y separados del que se está manejando.
7. Utilizar guantes desechables cuando se
trabaje con material clínico que es posible que contenga ARN diana
o material amplificado. Si es posible, cambiar los guantes después
de cada etapa de pipeteo en el procedimiento de ensayo,
especialmente después de entrar en contacto con material
posiblemente contaminado.
8. Recoger el material desechable utilizado en
un recipiente. Cerrar y retirar el recipiente después de cada
ensayo.
9. Sumergir las gradillas de los tubos
utilizadas durante el aislamiento o la amplificación/detección del
ácido nucleico en un detergente (por ejemplo Extran MA01 alcalino de
Merck) durante al menos una hora después de cada ensayo.
El procedimiento siguiente se llevó a cabo
utilizando los reactivos del kit Nuclisens™ Basic Kit, suministrado
por Organon Teknika.
\vskip1.000000\baselineskip
Procedimiento para n=10 muestras:
Añadir 55 \mul de diluyente enzimático (del
Nuclisens™ Basic Kit; contiene sorbitol en solución acuosa) a cada
una de tres esferas enzimáticas liofilizadas (del Nuclisens™ Basic
Kit; contiene AMV-RT, ARNasa H, ARN polimerasa de
T7 y BSA). Dejar esta solución enzimática al menos durante 20
minutos a temperatura ambiente. Juntar las soluciones enzimáticas
en un tubo, mezclar bien golpeando el tubo con los dedos, agitar en
vórtex brevemente y utilizar en 1 hora. Las concentraciones finales
en la mezcla enzimática son sorbitol 375 mM, 2,5 \mug de BSA,
0,08 U de ARNasa H, 32 U de ARN polimerasa de T7 y 6,4 U de
transcriptasa inversa de AMV.
Para 10 muestras: añadir 80 \mul del diluyente
para las esferas reactivas (procedente del Nuclisens™ Basic Kit;
contiene Tris/HCl (pH 8,5), 45% de DMSO) a la esfera reactiva
liofilizada (procedente del Nuclisens™ Basic Kit; contiene
nucleótidos, ditiotreitol y MgCl_{2}) e inmediatamente agitar bien
en vórtex. Hacer esto con 3 esferas reactivas y mezclar las
soluciones en un tubo.
Añadir 3 \mul de agua para NASBA (procedente
del Nuclisens™ Basic Kit) a la solución de esferas reactivas
reconstituidas y mezclar bien.
Añadir 56 \mul de solución madre de KCl
(procedente del Nuclisens™ Basic Kit) y mezclar bien. La utilización
de esta mezcla KCl/agua tendrá como resultado reacciones de NASBA
con una concentración final de KCl de 70 mM. Las concentraciones
finales en la solución reactivo/KCl son 1 mM de cada dNTP, 2 mM de
ATP, UTP y CTP, GTP 1,5 mM y ITP 0,5 mM, ditiotreitol 0,5 mM, KCl 70
mM, MgCl_{2} 12 mM, Tris-HCl 40 mM (pH 8,5).
Para cada reacción de la diana transferir 91
\mul de la solución de esferas reactivas/KCl (preparada en la
etapa 2) a un tubo nuevo. Añadir 25 \mul de la solución de
cebadores/sonda molecular fluorescente (para dar una concentración
final de \sim0,1-0,5 \muM de cada uno de los
cebadores sentido y antisentido y \sim15-70
pmoles de la sonda molecular fluorescente por reacción). Mezclar
bien en vórtex. No centrifugar.
En el caso de que se vayan a realizar menos de
10 amplificaciones del ARN diana, referirse a la tabla siguiente
para obtener las cantidades apropiadas de la solución de esferas
reactivas, de la solución de KCl/agua y de los cebadores a
utilizar. Las soluciones de los cebadores deben ser utilizadas
dentro de los 30 minutos siguientes a su preparación.
\vskip1.000000\baselineskip
Para cada reacción de ARN diana:
En una placa de microvaloración de 96 pocillos
pipetear 10 \mul de la solución de cebadores/sonda (preparada en
la etapa 3) en cada uno de 10 pocillos. Añadir 5 \mul de extracto
de ácido nucleico a cada pocillo. Incubar la placa de
microvaloración durante 4 minutos a 65 \pm 1ºC. Enfriar a 41 \pm
0,5ºC durante 4 minutos. Añadir posteriormente a cada pocillo 5
\mul de solución enzimática. Colocar inmediatamente la placa de
microvaloración en un instrumento de detección de fluorescencia
(por ejemplo NucliSens™ EasyQ Analyzer) y comenzar la
amplificación.
La Tabla 7 muestra la distribución de casos
positivos para HPV (expresión de L1 y/o E6) mediante NASBA en
tiempo real y de casos positivos para HPV mediante PCR relacionados
con los resultados de la citología. La amplificación mediante PCR
se llevó a cabo según está descrito por Karlsen y col., J. Clin.
Microbiol., 34: 2095-2100, 1996. Los números para
la histología esperada están basados en los resultados medios de un
estudio similar en lesiones CIN III (Clavel y col., Br. J. Cancer,
84: 1616-1623, 2001). Los resultados de varios casos
ejemplares están enumerados en la Tabla 8.
\vskip1.000000\baselineskip
Las líneas celulares de cáncer cervical CaSki,
SiHa y HeLa fueron diluidas en tampón de lisis antes de la
extracción automatizada de ácidos nucleicos utilizando el método de
extracción Boom de Organon Teknika/bioMerieux (paralelos 1 y 3), o
después de la extracción de los ácidos nucleicos (paralelo 2). El
NASBA en tiempo real fue realizado utilizando sondas moleculares
fluorescentes ("beacons") marcadas con Rojo Texas (16, L1 y 18)
o FAM (U1A, 33 y 31) siguiendo el protocolo anteriormente
descrito.
\vskip1.000000\baselineskip
\newpage
Por tanto, es posible detectar ARNm de E6 de HPV
en menos de 1 célula utilizando NASBA en tiempo real.
El NASBA en tiempo real fue ensayado como un
ensayo múltiple simultáneo y como reacciones individuales. Los
resultados del siguiente estudio de sensibilidad están basados en
procesos simultáneos de las líneas celulares CaSki, SiHa y Hela, y
en tres procesos simultáneos en oligos de ADN sintéticos para HPV de
tipo 16, 18, 31 y 33. La definición del límite de detección es que
las dos muestras del paralelo sean positivas. El número entre
paréntesis (x) indica que la cantidad especificada de células ha
sido también detectada en algunos procesos. Se define sensibilidad
como la cantidad de células necesaria para la detección de HPV en
dos procesos simultáneos. Los tipos de HPV son determinados a
partir de la PCR y la especificidad está basada en el NASBA en
comparación con la PCR.
PCR: La PCR consenso para HPV utilizando Gp5+/6+
detectó únicamente hasta 10^{4} células SiHa y Hela, y hasta
10^{3} células CaSki. Sin embargo, los conjuntos de cebadores de
PCR específicos de tipo fueron más sensibles, detectando 10^{3}
(10^{2}) células SiHa y 0,1 células CaSki para el conjunto de
cebadores de PCR específicos de HPV de tipo 16, mientras que el
conjunto de cebadores de PCR específicos para HPV de tipo 18 detectó
10^{2} células HeLa.
NASBA en tiempo real: El NASBA en tiempo real
con cebadores específicos para U1A, detectó 10 (1) células SiHa y
CaSki y 1 célula HeLa en la mezcla de reacción. Para los cebadores
específicos de HPV 16, el límite de detección inferior fue de (10)
(10^{2}, 1) células SiHa y 10 (1) células CaSki y para los
cebadores específicos de HPV 18 el límite de detección fue de 1
(0,1) célula HeLa. Los cebadores universales de L1 detectaron 10
células CaSki. Las células HeLa y las células SiHa no fueron
detectadas con los cebadores universales de L1.
El NASBA múltiple simultáneo en tiempo real con
los cebadores específicos de U1A, tuvo un límite de detección
inferior de 10^{2} (10) células SiHa y 10 (1) células CaSki cuando
se combinaron con los cebadores específicos de HPV 16, que tuvieron
un límite de detección inferior de 10 (1) células SiHa y 10 (1)
células CaSki. Los cebadores específicos de L1 en combinación con
los cebadores específicos de HPV 33 detectaron 10^{3} (10^{2})
células CaSki. No había ninguna muestra de HPV 33 competidora en la
reacción. Para los cebadores específicos de HPV 18, el límite de
detección inferior fue de 1 (0,1) célula HeLa cuando se combinaron
con los cebadores específicos de HPV 31. No había ninguna muestra
de HPV 31 competidora en la reacción. La sensibilidad de los
cebadores específicos de HPV 31 y HPV 33 no fue analizada, debido a
la falta de líneas celulares que albergaran estos tipos de HPV.
Fueron ensayados frente a muestras que contenían HPV 31 y HPV 33,
pero no se conocía la cantidad de células ni el número de copias de
HPV 31 y HPV 33 en estas células y muy probablemente variaba en las
diferentes muestras.
El NASBA en tiempo real se llevó a cabo en
muestras procedentes de mujeres admitidas en el Østfold Central
Hospital para el tratamiento de CIN en el periodo de
1999-2001 (ver el Ejemplo 3). Se utilizaron sondas
moleculares fluorescentes marcadas con FAM o Rojo Texas junto con
los protocolos de extracción de ácidos nucleicos y de NASBA
descritos anteriormente. Los resultados están mostrados en las
Figuras 1A y 1B (HPV 16 - muestra de la paciente 205), en las
Figuras 2A y 2B (HPV 18 - muestra de la paciente 146), en las
Figuras 3A y 3B (HPV 31 - muestra de la paciente 236), en las
Figuras 4A y 4B (HPV 33 - muestra de la paciente 218) y en las
Figuras 5A y 5B (HPV 45 - muestra de la paciente 343). En cada
caso, la Figura "A" es una única reacción mientras que la
Figura "B" es el ensayo múltiple simultáneo.
Se ensayaron combinaciones de cebadores de NASBA
en tiempo real frente a 490 muestras cervicales procedentes del
estudio de Oslo positivas con PCR para HPV 6/11, 16, 18, 31, 33, 35,
39, 45, 51, 52, 58 o para HPV X con el fin de comprobar la
reactividad cruzada entre los tipos de HPV utilizando NASBA. Todas
las muestras habían sido tipificadas mediante PCR consenso y
mediante PCR específica de tipo para los tipos respectivos de HPV,
excepto para HPV de tipo 39 (2), 52 (1) y 58 (2). Estas muestras son
añadidas para el análisis frente a PreTect
HPV-Proofer. HPV X son positivas para la PCR
consenso con Gp5+/6+ pero negativas para HPV 6/11, 16, 18, 31, 33,
35, 45 y 51 mediante PCR específica de tipo. Los resultados están
mostrados en la Tabla 14. No se demostró reactividad cruzada. La
confirmación de la secuencia de un número seleccionado de casos de
la Tabla 14 está mostrada en la Tabla 14a.
PCR: Se analizaron un total de 773 muestras
cervicales con PCR y con PreTect HPV-Proofer (NASBA
múltiple simultáneo en tiempo real), y un total de 24,6% (190/773)
muestras fueron positivas con los cebadores de PCR consenso
Gp5+/6+. El 74,1% (83/112) fueron tipificadas como HPV 16, el 13%
(15/112) HPV 18, el 17% (19/112) HPV 31 y el 12% (13/112) HPV 33
incluyendo infecciones por múltiples HPV. Un total de 103 muestras
tenían infecciones por un único HPV o por múltiples HPV, y el 91,3%
(94/103) tenían únicamente infección por un sólo HPV. Las
infecciones por dos HPV tenían lugar en el 8,7% (9/103) de las
muestras. Todas las muestras fueron analizadas primeramente con los
cebadores de PCR consenso Gp5+/6+. Las muestras negativas en la PCR
para HPV procedentes de la PCR consenso con Gp5+/6+ fueron
analizadas posteriormente con los cebadores control de
\beta-globina para la verificación de ADN
intacto. Las muestras positivas en la PCR para HPV no fueron
sometidas a este control de ADN. Las muestras negativas para HPV en
este estudio fueron todas positivas con los cebadores de PCR de
\beta-globina control. Únicamente las muestras de
ADN positivas en la PCR con Gp5+/6+ fueron sometidas a una PCR
específica de tipo. Los tipos de HPV de interés fueron HPV 16, 18,
31 y 33.
NASBA múltiple simultáneo en tiempo real: Para
las reacciones de NASBA en tiempo real, se utilizaron los cebadores
y sondas para el producto del gen U1A como control de funcionamiento
para ARN intacto. Las muestras negativas para U1A fueron
rechazadas. Un total de 14,2% (110/773) de las muestras fueron
positivas con al menos uno de los cebadores de NASBA específicos
para un tipo de HPV incluyendo las muestras que presentaban
infecciones por múltiples HPV. De estas muestras, el 54,5% (60/110)
fueron positivas con los cebadores de NASBA para HPV 16, el 13,6%
(15/110) con los cebadores para HPV 18, el 21,8% (24/110) con los
cebadores para HPV 31 y el 13,6% (15/110) con los cebadores para
HPV 33. Un total de 45 muestras fueron positivas con los cebadores
consenso para L1 y normalmente junto con la expresión de los
oncogenes E6/E7 del HPV 16 82,2% (13/45). El L1 consenso fue
detectado en el 2,2% (1/45) junto con HPV 18, 31 y 33,
respectivamente. L1 fue también detectado solo en el 8,9% (4/45) de
los casos, y todos fueron positivos en la PCR con los cebadores
Gp5+/6+. Un total de 108 muestras tenían infecciones por un único
HPV o por múltiples HPV, y el 98,1% (106/108) tenían únicamente
infecciones por un solo HPV. La doble expresión de ARNm tuvo lugar
en el 1,9% (2/108) de las muestras.
NASBA múltiple simultáneo en tiempo real
comparado con la PCR: Un total de 87 muestras mostró la presencia
de ADN o ARN de HPV 16 con PCR para HPV 16 o con PreTect
HPV-Proofer. Se determinó que el 64,4% (56/87) eran
positivas para HPV 16 con PCR y con NASBA en tiempo real. El 39,1%
(34/87) eran sólo positivas con PCR y el 3,4% (3/87) eran sólo
positivas con NASBA en tiempo real. Para HPV 18, un total de 20
muestras mostraron la presencia de ADN o ARN de HPV 18 con PCR o
con NASBA en tiempo real. De estas 20 muestras, el 50% (10/20)
fueron positivas con ambos ensayos y el 35% (7/20) fueron positivas
únicamente con PCR y el 15% (3/20) fueron sólo positivas con NASBA
en tiempo real. Un total de 27 muestras mostraron la presencia de
ADN o ARN de HPV 31 con PCR o NASBA en tiempo real. De estas 27
muestras, el 59,3% (16/27) fueron positivas con ambos ensayos y el
11,1% (3/27) fueron positivas únicamente con el ensayo de PCR y el
18,5% (5/27) fueron únicamente positivas con el ensayo de NASBA en
tiempo real. Para HPV 33, un total de 18 muestras mostraron la
presencia de ADN o ARN de HPV con PCR o con PreTect
HPV-Proofer, y el 55,6% (10/18) de las muestras
dieron positivo con ambos ensayos. El 16,7% (13/18) fueron
únicamente positivas con PCR y el 22,2% (4/18) fueron únicamente
positivas con el NASBA en tiempo real.
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La sensibilidad del NASBA en tiempo real fue en
general mejor que la sensibilidad de la PCR. La sensibilidad
general del NASBA en tiempo real para todos los marcadores estaba
entre 1 y 10^{2} células, la cual es considerablemente mejor que
para la reacción de PCR con un rango de sensibilidad de 10^{2} a
10^{4}. Según se esperaba, la sensibilidad de los cebadores y
sondas específicos era mejor que la sensibilidad de los cebadores y
sondas universales. El NASBA en tiempo real era tan sensible o más
sensible que el NASBA múltiple simultáneo en tiempo real.
Se utilizaron cebadores de NASBA en tiempo real
y la sonda molecular fluorescente dirigida hacia U1A (un gen
constitutivo humano) como control de funcionamiento del material de
muestra en la reacción de NASBA en tiempo real con el fin de
asegurar que el ARN del material de la muestra estaba intacto. Una
señal positiva procedente de esta reacción era necesaria para la
validación de la reacción de NASBA en tiempo real.
La sensibilidad del NASBA en tiempo real
universal con L1 (la principal proteína de la cápsida de HPV) era
mucho mejor que para la PCR con Gp5+/6+ universal, dirigida también
contra L1, con una sensibilidad de 10 células en comparación con
10^{3} (10^{2}) células CaSki. Estos dos conjuntos de cebadores
(PCR y NASBA) tenían sus dianas en la misma región del gen L1
conservado de diferentes tipos de HPV. Las diferencias en
sensibilidad pueden ser debidas al hecho de que hay normalmente una
copia de cada gen por célula, mientras que el número de copias de
ARNm puede ser de varios cientos. Los cebadores de L1 del NASBA en
tiempo real no detectaron células SiHa ni HeLa como lo hicieron los
cebadores de PCR Gp5+/6+, indicando la ausencia de expresión de L1
en estas líneas celulares. Los cebadores de PCR Gp5+/6+ detectaron
10^{4} células SiHa o HeLa. Considerando la cantidad de copias de
HPV en cada célula, tiene sentido el que se detectaran células
CaSki en 1/10 de la cantidad de células SiHa y HeLa, ya que las
células CaSki tienen 60-600 copias de HPV por
célula, integradas y episómicas, mientras que las células SiHa
tienen 1-2 copias de HPV integradas por célula y
las células HeLa tienen 10-50 copias de HPV
integradas por célula. El conjunto de cebadores para L1 detectó
únicamente células CaSki, con las formas integradas y episómicas de
HPV, y no células SiHa ni HeLa, únicamente con formas integradas de
HPV. Esto podría indicar que el gen L1 es el único expresado en los
estados episómicos de la infección por HPV, y por tanto L1 puede
ser un marcador valioso de la integración y la persistencia de la
infección por HPV.
Los cebadores de NASBA específicos para un tipo
de HPV están dirigidos contra el transcrito de E6/E7 de longitud
completa, que se expresa en gran cantidad en las células cancerosas
debido a la ausencia del producto del gen E2. Los 16 cebadores
específicos de tipo del NASBA en tiempo real detectaron 10 (1)
células SiHa y 10 (1) células CaSki, en comparación con los
cebadores de PCR para HPV 16 que detectaron 10^{3} (10^{2})
células SiHa. La explicación de esto podría ser la diferente
cantidad de copias de HPV en cada línea celular. Las células CaSki
tienen formas integradas y formas episómicas de HPV, mientras que
SiHa tiene únicamente formas integradas del HPV. Esto puede ser
debido a la elevada expresión de ARNm de los genes E6/E7. Para la
detección de células CaSki, el límite de detección para los
cebadores del NASBA para HPV 16 era de 10 (1) células CaSki en
comparación con 0,1 células CaSki para los cebadores de PCR de HPV
16. Esto es peculiar, pero una explicación puede ser que las
células CaSki contienen de 60-600 copias de ADN de
HPV 16, por lo que es posible detectar 0,1 células CaSki con
6-60 copias de ADN de HPV 16. La menor sensibilidad
del NASBA en tiempo real en comparación con la PCR, puede indicar
que la expresión de E6/E7 en las células CaSki es moderada/baja. La
degradación del ARNm inestable puede ser también una explicación. La
cantidad de copias de HPV en las células CaSki puede ser del orden
de 60-600 veces mayor que en las células SiHa, lo
cual está mostrado por la detección más sensible de células
CaSki.
Los cebadores de PCR específicos de tipo para
HPV 18 detectaron 10^{2} células HeLa. Esta es una magnitud 100
veces mejor que la de los cebadores Gp5+/6+ consenso para HPV e
indica que los cebadores específicos son en general más sensibles
que los cebadores consenso. La sensibilidad de los cebadores de
NASBA específicos de tipo para HPV 18 fue de 1 (0,1) células HeLa,
indicando una elevada expresión de E6/E7 en las células HeLa.
La sensibilidad de los cebadores de NASBA para
U1A fue de 10 células SiHa o CaSki. La diana para el conjunto de
cebadores de U1A es un gen constitutivo humano que se expresa en
todas las células humanas.
La sensibilidad de la PCR y del NASBA varía para
los diferentes conjuntos de cebadores y materiales de muestra, y en
general los cebadores específicos de tipo son más sensibles que los
cebadores consenso debido al desacoplamiento de pares de bases en
los conjuntos de cebadores consenso. La temperatura de hibridación
para los cebadores en la reacción de PCR puede ser optimizada,
dando condiciones de reacción óptimas para los cebadores. En
contraste con la temperatura de hibridación en la PCR, la
temperatura de hibridación para los cebadores del NASBA debe ser
fijada a 41ºC. Esta falta de flexibilidad de la temperatura puede
hacer que los cebadores del NASBA sean menos sensibles y menos
específicos que los cebadores de PCR.
La PCR amplifica ADN de doble hebra y la diana
está normalmente presente como una copia por célula, y esto la hace
vulnerable al número de células en el material de muestra. La diana
para la reacción de NASBA es ARN, y el ARNm puede estar presente
como múltiples copias por célula, dependiendo de la expresión de los
genes. Eligiendo un gen que se exprese mucho, el número de copias
de ARNm puede ser de varios cientos por célula y por tanto más fácil
de detectar.
El ADN de doble hebra es relativamente estable
en la célula y el material permanece intacto durante mucho tiempo.
En contraste con el ADN de doble hebra, el ARNm no es en general muy
estable y la degradación del ARNm es rápida, dependiendo de la
célula. No se detecta actividad ADNasa o ARNasa en el tampón de
lisis, por lo que el ADN de doble hebra y el ARN de hebra sencilla
deben ser estables. La actividad autocatalítica puede degradar el
ADN y el ARN. El ADN/ARN de la muestra de cérvix debe permanecer
intacto cuando se almacena en el tampón de lisis durante 24 horas a
15-30ºC, durante 7 días a 2-8ºC o a
-70ºC para un almacenamiento de larga duración.
Una limitación de la reacción de NASBA en tiempo
real es la concentración de las sondas moleculares fluorescentes
("beacons"). La cantidad de los productos superará a la
concentración de las sondas moleculares fluorescentes y por tanto
no será detectada debido a que una elevada concentración de las
sondas moleculares fluorescente hará que la mezcla de reacción sea
más compleja e inhibirá la reacción de amplificación. Los
nucleótidos pueden ser también una limitación para la cantidad
final del producto de amplificación, tanto en la reacción de PCR
como en la reacción del NASBA. La concentración final del producto
amplificado puede inhibir por sí misma la amplificación posterior
debido a la cantidad de producto y a la complejidad de la mezcla de
reacción. Durante una reacción de NASBA en presencia de sondas
moleculares fluorescentes, la sonda podría competir con la
amplificación hibridándose al molde, haciendo que el mismo no esté
disponible para la síntesis de ARN posterior. De esta forma, el ARN
es eliminado como sustrato para las etapas de transcripción inversa
y para la síntesis posterior de ARN mediante la ARN polimerasa de
T7. Esta competición no es significativa con pequeñas cantidades de
sonda molecular fluorescente, y con una elevada cantidad de sonda
molecular fluorescente esta inhibición puede ser superada por un
número mayor de copias del ARN inicial.
La relación lineal entre la cantidad de ARN
inicial y el tiempo hasta obtener una señal positiva fue analizada
en diluciones seriadas de 10 veces de diferentes líneas celulares
con HPV. Existía una clara indicación de que una señal positiva era
dependiente de la cantidad de ARN inicial y del tiempo. La reacción
múltiple simultánea necesitaba más tiempo que la reacción única
para mostrar una señal positiva. Esto podría ser debido a una
competición en la mezcla más compleja en el recipiente de la
reacción múltiple y también al hecho de que la reacción múltiple
tiene una concentración diferente y menor de cebador y sonda. La
relación entre la cantidad de ARN diana y el tiempo hasta obtener
una señal positiva revela la posibilidad de una reacción de
amplificación cuantitativa múltiple simultánea en tiempo real con
estándares internos de ARN en cada recipiente de reacción.
NASBA en tiempo real: individual frente a
múltiple. El NASBA en tiempo real era en general más sensible que
el NASBA múltiple simultáneo en tiempo real. Esto era según se
esperaba debido a la competición entre los cebadores y sondas en la
reacción múltiple simultánea. La concentración final de cebadores y
de sondas moleculares fluorescentes fue optimizada en la reacción
múltiple de tal manera que para al menos uno de los conjuntos de
cebadores y sondas la concentración era menor que en la reacción
individual. A partir de esto se deduce que con una concentración
menor de cebadores, menos sensible sería la reacción, o al menos
menos rápida. Se tardará más tiempo en alcanzar la etapa
exponencial de la reacción de amplificación y por tanto más tiempo
en detectar los productos. La concentración de los cebadores no será
una limitación para la concentración final del producto en la
reacción de NASBA, ya que el ADN de doble hebra creado a partir de
los cebadores continuará sirviendo como molde para la ARN
polimerasa una y otra vez de nuevo en un bucle. La sensibilidad del
NASBA múltiple simultáneo en tiempo real era la misma para HPV 16 y
HPV 18 en comparación con el NASBA individual en tiempo real, pero
la sensibilidad para L1 disminuyó drásticamente desde un límite de
detección de 10 (1) en la reacción individual hasta 10^{3}
(10^{2}) células CaSki en la reacción múltiple. Para los
cebadores de NASBA para U1A, la sensibilidad disminuyó desde 10 (1)
a 10^{2} (10) células SiHa, mientras que el límite de detección
permanecía igual para las células CaSki. Esta disminución del límite
de detección puede ser debida a una competición más compleja de los
cebadores y sondas moleculares fluorescentes en la reacción
múltiple. La concentración final de cebadores y sondas moleculares
fluorescentes puede no ser la mejor y los diferentes cebadores y
sondas moleculares fluorescentes en la reacción múltiple pueden
interferir entre sí. Los cebadores de NASBA para U1A detectaron 1
célula HeLa. Podría esperarse el mismo nivel de detección en todas
las líneas celulares, pero la sensibilidad de las células HeLa era
1/10 del nivel de detección de las células SiHa y CaSki. Estas
líneas celulares son células cancerosas y podrían tener diferente
impacto en las células de tal manera que la expresión de U1A fuera
diferente. Las diferencias pueden ser también debidas a la
diferente cantidad de células en cada reacción, debido a errores de
contaje durante la recogida de las células.
El NASBA en tiempo real no mostró reactividad
cruzada entre HPV 16, 18, 31 y 33 o con HPV 6/11, 35, 39, 45, 51,
52, 58 o HPV X.
La especificidad de la reacción de PCR puede ser
mejor que la especificidad de la reacción de NASBA en tiempo real
debido a que la reacción de NASBA es una reacción isotérmica a 41ºC,
sin posibilidad de cambiar la temperatura de hibridación de los
cebadores. Los cebadores son diseñados básicamente de la misma forma
que los cebadores de PCR. En una reacción de PCR se tiene la
posibilidad de cambiar la temperatura de hibridación, en contraste
con la reacción de NASBA, y por tanto elegir una temperatura de
hibridación que sea óptima para los dos cebadores. Esto hace que la
hibridación de los cebadores sea más específica. Los resultados de
la PCR fueron visualizados mediante electroforesis en gel. Pero las
sondas moleculares fluorescentes en la reacción de NASBA en tiempo
real son un parámetro adicional en comparación con la PCR, y por
tanto pueden conferir a la reacción de NASBA total una mejor
especificidad. Es también más fácil encontrar dos regiones
diferentes en la secuencia del ADN para la hibridación de los
cebadores, ya que existe una flexibilidad en la longitud del
producto de la PCR mucho mayor que para el producto del NASBA, que
debe ser menor de 250 pb. Para la especificidad de la reacción del
NASBA es importante elegir un área única que no esté conservada
entre los diferentes tipos de HPV. Un par de desacoplamientos de
pares de bases puede dar todavía una amplificación o hibridación de
la diana.
La detección de células CaSki (con estado
integrado y episómico) con los cebadores de NASBA para L1
universales y no de células SiHa o Hela (ambas con el estado
integrado) puede dar una indicación de que el HPV integrado no
presenta expresión de L1, mientras que el HPV en estado episómico
puede tener expresión de L1.
En resumen, se ha desarrollado un ensayo de
identificación para HPV de tipo 16, 18, 31 y 33 que puede
identificar de manera precisa la expresión de los oncogenes E6/E7
de estos tipos de HPV. El ensayo puede identificar también la
expresión de la proteína principal de la cápsida, L1.
Biopsias procedentes de 190 mujeres admitidas en
el Hospital Central de Østfold para tratamiento de CIN en el
periodo de 1999-2001. La edad media de las 190
mujeres incluidas en el estudio fue de 37,4 años (rango
22-74 años). Las biopsias fueron congeladas a -80ºC
inmediatamente después de su recogida.
Se utilizaron los informes citológicos de rutina
para registrar los hallazgos citológicos. No se intentó volver a
evaluar los portas. Cada uno de ellos indicaba una condición CIN
II-III, esto es una displasia de grado elevado o
HSIL, que era la base para la admisión en el hospital, la
colposcopia y la biopsia.
Se tomó una biopsia, denominada en la presente
biopsia 1, después de un informe citológico de alto grado.
Si confirmaba una lesión de alto grado (CIN II o III), la paciente
era admitida de nuevo en el hospital, esta vez para una conización
guiada colposcópicamente. Antes de la conización, pero después de
aplicar anestesia local, se tomó una segunda biopsia (biopsia
2) de un área de una porción en la que era muy probable que se
localizara una displasia, según se estimó a partir de los hallazgos
macroscópicos. Esta biopsia (2 x 2 mm) fue congelada dentro de los 2
minutos siguientes en un congelador de -80ºC.
\newpage
La biopsia 2 fue dividida en dos cuando
fue congelada y la mitad se utilizó para la extracción de ADN/ARN.
La otra mitad fue fijada en formaldehído tamponado al 10% y
procesada para el examen histopatológico. Algunas lesiones no
estaban orientadas correctamente en el bloque de parafina y tuvieron
que ser reorientadas o seccionadas serialmente para mostrar el
epitelio superficial relevante. En consecuencia, no pudo
garantizarse que se hubiera utilizado exactamente el mismo tejido
para la extracción y para la evaluación histopatológica. El
espécimen cónico, finalmente, fue evaluado por el patólogo local
que en todos los casos pudo confirmar la presencia de displasia. No
era siempre el mismo grado que en la biopsia original y, en muchos
casos, no era el mismo que en la biopsia 2.
Los ácidos nucleicos fueron aislados utilizando
el Nuclisens Extractor automatizado según se describió previamente
(Boom y col., 1990). Cada biopsia fue cortada en dos fragmentos, uno
destinado al examen histológico y la otra mitad para el análisis de
ARN. El material destinado al análisis de ARN fue dividido en
fragmentos más pequeños mientras se mantenía en nieve carbónica
(-80ºC) y se puso en 1 ml de tampón de lisis (igual que
anteriormente) seguido por 20 segundos de homogenización utilizando
trituradores desechables. Cien mililitros de la muestra fueron
diluidos posteriormente 10 veces en tampón de lisis y luego 100 ml
fueron extraídos para determinar ADN/ARN. El ADN/ARN extraído fue
diluido con \sim40 ml de tampón de elución (Organon Teknika) y
almacenado a -70ºC.
Todas las sondas moleculares fluorescentes
("beacons") utilizadas en este estudio emplean el fluoróforo
FAM (6-carboxifluoresceína) en el extremo 5' de la
estructura. Éste fue unido a una secuencia variable del bucle
troncal acoplada al amortiguador universal ácido
4-(4'-diametilaminofenilazo)benzoico (DABCYL)
en el extremo 3'. Las sondas fueron suministradas por Eurogentec,
Bélgica. La concentración final de sondas moleculares fluorescentes
utilizada en la reacción fue de 2,5 mM. Para el NASBA en tiempo real
utilizamos el kit Nuclisens Basic Kit (Organon Teknika, Países
Bajos), destinado al desarrollo de ensayos de amplificación de ARN
definidos por el usuario. La amplificación mediante NASBA se llevó
a cabo en un volumen de 20 \mul. Los conjuntos de cebadores y las
sondas estaban dirigidos contra el ARNm de E6/E7 de longitud
completa de los HPV de alto riesgo 16, 18, 31 y 33. Como control de
funcionamiento, para evitar resultados negativos falsos debido a la
degradación del ácido nucleico, utilizamos un conjunto de cebadores
y una sonda dirigidos contra la proteína A específica de la
ribonucleoproteína nuclear pequeña (snRNP) U1 humana (ARNm de U1A)
(Nelissen y col., 1991). Todas las muestras fueron procesadas por
duplicado en máquinas separadas (lectores de microplacas para medir
la fluorescencia y la absorbancia, Bio-tek
FL-600 FA de MWG). El ARNm aislado de células
CaSki/SiHa o HeLa sirvió como control positivo para los transcritos
de HPV 16 y HPV 18, respectivamente. Los controles negativos,
incluidos para cada reacción 7, consistían en una reacción que
contenía todos los reactivos excepto ARNm.
Se utilizaron para la PCR los mismos extractos y
las mismas cantidades que las utilizadas en la reacción de NASBA.
Se utilizaron los cebadores Gp5+/Gp6+ consenso para L1 con el fin de
detectar todas las muestras que contenían ADN de HPV. La
amplificación por PCR se llevó a cabo según se describió
anteriormente. La primera desnaturalización del ADN se realizó
durante 2 minutos a 94ºC, posteriormente se realizaron 40 ciclos de
PCR: desnaturalización durante 1 minuto a 94ºC, hibridación durante
2 minutos a 40ºC, extensión durante 1,5 minutos a 72ºC, seguido por
una extensión final durante 4 minutos a 72ºC. La tipificación del
HPV se realizó utilizando cebadores de PCR específicos de tipo
frente a HPV 16, 18, 31 y 33 (6/11, 35, 45, 51, 52, 58), según se
describió anteriormente.
Originalmente se sometieron a biopsia 190
pacientes después de haber sido diagnosticadas de CIN I, CIN II o
CIN III mediante citología. Una lesión de alto grado fue confirmada
por examen histológico, 150 muestras diagnosticadas como CIN III
(78,9%). La biopsia 2, tomada antes de la conización, fue
utilizada para el análisis de ARN. Sin embargo, el examen
histológico de esta biopsia diagnosticó solamente 53 muestras de las
150 originales como CIN III [a 54 no se les dio ningún diagnóstico,
24 fueron diagnosticadas como CIN II, 18 como CIN I y 4 como
HPV/condiloma]. El número de muestras con CIN II aumentó de 16
(8,4%) a 30 (15,8%) [por la Histología I, 24 fueron diagnosticadas
como CIN III, 4 como CIN II, 1 como carcinoma y 1 como CIN I. A 12
casos de CIN II de la Histología I se les dio un diagnóstico
inferior en la Histología II]. El grado de CIN I aumentó de 6
muestras (3,2%) a 32 muestras (16,8%). Los 2 carcinomas de células
escamosas fueron diagnosticados en la Histología II como CIN III,
el adenocarcinoma como CIN II. En 71 muestras (38,4%), no se
detectaron lesiones de grado alto.
ARN oncogénico de HPV fue detectado en 69 (36%)
de las 190 pacientes. De las 53 muestras (28%) diagnosticadas como
CIN III en la Histología II, encontramos 40 casos (76%) que
presentaban la expresión oncogénica de HPV 16, 18, 31 ó 33. Además,
encontramos expresión oncogénica en 9 de 30 casos (30%) de CIN II,
en 4 de 32 casos (13%) de CIN I, en 14 de 71 casos (20%) que no
presentaban anormalidades celulares y en 2 de 4 muestras (50%)
diagnosticadas como HPV/condiloma.
Se encontró ARN de HPV 16 en 42 de las 190
pacientes, se encontró HPV 18 en 7 (3,7%), HPV 31 en 15 (7,9%) y HPV
33 en 8 (4,2%). Una paciente tenía una infección mixta con HPV 16 y
HPV 18, y una con HPV 16 y HPV 31.
\newpage
Utilizando los cebadores consenso Gp5+/Gp6+
dirigidos contra el gen L1, que codifica la proteína principal de
la cápsida, la PCR detectó HPV en 81 de las 190 biopsias cervicales
(43%). De los 119 casos a los que se dio un diagnóstico en el
segundo examen histológico (115 diagnosticados como CIN, 4 como
HPV/condiloma), se encontraron 63 que contenían ADN de HPV. A los
18 casos adicionales detectados no se les dio ningún diagnóstico
histológico. De los 81 casos, 20 no fueron detectados por NASBA; a 7
de éstos se les dio el diagnóstico de CIN III, 2 fueron
diagnosticados como CIN II, 4 diagnosticados como CIN I y a 7 no se
les dio ningún diagnóstico.
La PCR específica de tipo detectó 85 casos que
contenían HPV; 66 que tenían HPV 16, 10 HPV 18, 14 HPV 31 y 7 HPV
33. Doce casos tenían infección múltiple: 3 con HPV 16+18, 4 con HPV
16+33, 5 con HPV 16+31. Hubo 20 sin diagnóstico.
Se determinaron por citología muestras normales
y con ASCUS (incluyendo frotis dudosos). Todas las muestras fueron
analizadas con PCR consenso y PreTect HPV-Proofer,
pero únicamente las muestras positivas para el consenso fueron
tipificadas por PCR. Las muestras con CIN III y cáncer fueron
determinadas por histología y todas las muestras fueron analizadas
con los tres métodos. Los resultados están mostrados en la Figura 6.
La concordancia entre el NASBA múltiple simultáneo en tiempo real y
la PCR en comparación con la citología o la histología está mostrada
en la Tabla 15 siguiente.
Solamente se han tipificado las muestras
positivas por la PCR con Gp5+/6+.
^{a} Incluyendo muestras positivas y negativas
en PCR y NASBA múltiple simultáneo en tiempo real. ^{b} Incluyendo
solamente las muestras positivas en PCR y/o en NASBA múltiple
simultáneo en tiempo real. ^{c} ASCUS excluyendo los frotis
dudosos.
Se proporciona un kit para la detección de
transcritos de ARNm del(los) gen(es) E6 de HPV,
conteniendo el kit uno o más de, dos o más de, y preferiblemente
todos, los pares de cebadores siguientes y las sondas de
identificación acompañantes.
\newpage
Como alternativa a las sondas mostradas
anteriormente, el kit puede incluir opcionalmente una o más de las
sondas moleculares fluorescentes ("beacons") siguientes:
Preferiblemente, el kit incluye también los
siguientes pares de cebadores y sondas:
La sonda de HPV 45 anterior puede ser sustituida
por una sonda molecular fluorescente para HPV según sigue:
Además, el kit puede incluir uno o más de los
pares de cebadores y sondas de identificación acompañantes
siguientes, dependiendo del área geográfica de utilización del
kit.
Las sondas anteriormente mostradas pueden ser
sustituidas en el kit por las sondas moleculares fluorescentes
("beacons") siguientes:
\global\parskip0.000000\baselineskip
<110> NORCHIP A/S
\vskip0.400000\baselineskip
<120> MÉTODO PARA LA DETECCIÓN DE ARNm DEL
VIRUS DEL PAPILOMA HUMANO
\vskip0.400000\baselineskip
<130> SCB/NLW/58858/001
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 345
\vskip0.400000\baselineskip
<170> PatentIn Versión 3.1
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 1
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipccacaggagc gacccagaaa gtta
\hfill24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 2
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipacggtttgtt gtattgctgt tc
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipccacaggagc gacccagaaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 4
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipggtttgttgt attgctgttc
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 5
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipattcccatct ctatatacta
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 6
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcacgtcgca gtaactgt
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 7
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipttgcttgcag tacacaca
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 8
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptgcagtacac acattcta
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 9
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgcagtacaca cattctaa
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 10
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipacagttatgc acagagct
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 11
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipatattagaat gtgtgtac
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
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<212> ADN
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<223> Cebador de HPV
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<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
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<220>
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<212> ADN
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<212> ADN
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<220>
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<220>
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<212> ADN
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<211> 20
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda de HPV
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<400> 38
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\hskip-.1em\dddseqskiptgcaagacag tattggaact
\hfill20
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<210> 39
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
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<400> 39
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\hfill20
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\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
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<223> Cebador de HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<211> 24
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda de HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 41
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipatagggacga cacaccacac ggag
\hfill24
\vskip1.000000\baselineskip
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<210> 42
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 42
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipggaaataccc tacgatgaac ta
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 43
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 43
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\hskip-.1em\dddseqskipctggacacaa cggtctttga ca
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<213> Secuencia artificial
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\hskip-.1em\dddseqskipgtgcctacgc tttttatcta
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<223> Cebador de HPV
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<400> 76
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\hskip-.1em\dddseqskipgtgcctacgc tttttatcta
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<223> Cebador de HPV
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\hskip-.1em\dddseqskipggggtctcca acactctgaa ca
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<212> ADN
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<212> ADN
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<211> 19
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<212> ADN
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
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<400> 100
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptattactcgg actcggtgt
\hfill19
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<211> 21
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 101
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcttgggtttc tcttcgtgtt a
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 102
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 102
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipggaccacaaa acgggaggac
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
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<210> 103
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 103
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgaaatagatg aacccgacca
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 104
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 104
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgcacaccacg gacacacaaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 105
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 105
\vskip1.000000\baselineskip
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\hskip-.1em\dddseqskiptagccagacg ggatgaacca cagc
\hfill24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 106
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<211> 21
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
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<400> 106
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\hskip-.1em\dddseqskipaaccattgaa cccagcagaa a
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 107
\vskip0.400000\baselineskip
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<211> 22
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<212> ADN
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<220>
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\hskip-.1em\dddseqskipcatcctcatc ctcatcctct ga
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<211> 22
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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\hfill22
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<211> 22
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<211> 23
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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\hfill23
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<211> 24
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Sonda de HPV
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<213> Secuencia artificial
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<223> Sonda de HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 138
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipagtaccaacg ctgcaagacg tt
\hfill22
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<210> 139
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<211> 22
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<212> ADN
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<223> Cebador de HPV
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<400> 139
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\hskip-.1em\dddseqskipttggacagct cagaggatga gg
\hfill22
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<210> 140
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Cebador de HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 140
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\hskip-.1em\dddseqskipgattttcctt atgcagtgtg
\hfill20
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<210> 141
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Cebador de HPV
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<400> 141
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\hfill20
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Sonda de HPV
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<212> ADN
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<223> Sonda de HPV
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\hskip-.1em\dddseqskipcaactgayct myactgttat ga
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<211> 22
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Sonda de HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 144
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcaactgayct myactgttat ga
\hfill22
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<211> 24
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Sonda de HPV
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\hfill24
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<211> 24
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Sonda de HPV
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<400> 146
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgaamcaactg acctaywctg ctat
\hfill24
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<210> 147
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<211> 18
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Sonda de HPV
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\hskip-.1em\dddseqskipaagacattat tcagactc
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<212> ADN
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<223> Sonda de HPV
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\hskip-.1em\dddseqskipaagacattat tcagactc
\hfill18
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<210> 149
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<212> ADN
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<223> Cebador de HPV
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\hfill20
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
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<211> 22
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda de HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 151
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\vskip0.400000\baselineskip
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Cebador de HPV
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\hskip-.1em\dddseqskipaatggcattt gttggsrhaa
\hfill20
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<210> 153
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<211> 19
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 153
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcatattcct cmmcatgdc
\hfill19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 154
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 154
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipttgttactgt tgttgatacy ac
\hfill22
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 155
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 155
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipttgttactgt tgttgatacc ac
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 156
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (17)..(17)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (18)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 156
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaatggcattt gttggsnnaa
\hfill20
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 157
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (16)..(16)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (17)..(17)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 157
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaatggcattt gttggnnhaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 158
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (16)..(16)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (18)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 158
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaatggcattt gttggnrnaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 159
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<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 159
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipactggcattt gttggggtaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 160
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 160
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaatggcattt gttggggaaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 161
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 161
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaatggcattt gttggcataa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 162
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 162
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaatggcattt gttggggcaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 163
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 163
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaatggcattt gttggcacaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 164
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (13)..(13)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (18)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 164
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcatattcct cmncatgnc
\hfill19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 165
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<211> 19
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (18)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
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<400> 165
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\hskip-.1em\dddseqskiptcatattcct caacatgnc
\hfill19
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<210> 166
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<211> 19
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (12)..(12)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (13)..(13)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 166
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcatattcct cnncatgtc
\hfill19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 167
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (12)..(12)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (13)..(13)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 167
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcatattcct cnncatggc
\hfill19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 168
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (12)..(12)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (13)..(13)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 168
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcatattcct cnncatgac
\hfill19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 169
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (12)..(12)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (13)..(13)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 169
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcatattcct cnncatgcc
\hfill19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 170
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Secuencia para ser incorporada en
los cebadores del NASBA a fin de facilitar la hibridación con la
sonda de detección universal ECL
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 170
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 171
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 25
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Secuencia promotora para ser
incorporada en los oligonucleótidos cebadores P1 del NASBA
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 171
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta taggg
\hfill25
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 172
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 31
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Secuencia promotora para ser
incorporada en los oligonucleótidos cebadores P1 del NASBA
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 172
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag g
\hfill31
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 173
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 44
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 173
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag ccacaggagc gacccagaaa gtta
\hfill44
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 174
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 53
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 174
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gacggtttgt tgtattgctg ttc
\hfill53
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 175
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 175
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag ccacaggagc gacccagaaa
\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 176
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 51
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 176
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gggtttgttg tattgctgtt c
\hfill51
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 177
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 51
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 177
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gattcccatc tctatatact a
\hfill51
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 178
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 49
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 178
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gtcacgtcgc agtaactgt
\hfill49
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 179
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 49
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 179
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gttgcttgca gtacacaca
\hfill49
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 180
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 49
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 180
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gtgcagtaca cacattcta
\hfill49
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 181
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 49
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 181
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag ggcagtacac acattctaa
\hfill49
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 182
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 38
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 182
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag acagttatgc acagagct
\hfill38
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 183
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 38
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 183
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag atattagaat gtgtgtac
\hfill38
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 184
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 38
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 184
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag ttagaatgtg tgtactgc
\hfill38
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 185
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 38
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 185
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag gaatgtgtgt actgcaag
\hfill38
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 186
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 186
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcgcatgtatg actttgcttt tcgggacatg cg
\hfill32
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 187
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 187
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipccagcttatg actttgcttt tcgggaagct gg
\hfill32
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 188
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 30
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 188
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcacgctatga ctttgctttt cgggagcgtg
\hfill30
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 189
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 189
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcgatcgtatg actttgcttt tcgggacgat cg
\hfill32
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 190
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 43
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 190
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag cagaggagga ggatgaaata gta
\hfill43
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 191
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 56
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 191
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag ggcacaaccg aagcgtagag tcacac
\hfill56
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 192
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 42
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 192
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag cagaggagga ggatgaaata ga
\hfill42
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 193
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 53
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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<223> Sonda molecular fluorescente para
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Sonda molecular fluorescente para
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<220>
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<212> ADN
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<220>
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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<212> ADN
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
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<400> 208
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag ggaaataccc tacgatgaac ta
\hfill42
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<210> 209
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 53
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
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<400> 209
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gctggacaca acggtctttg aca
\hfill53
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<212> ADN
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<220>
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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\hfill57
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 214
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\vskip0.400000\baselineskip
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\hfill40
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<211> 38
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 215
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\hfill38
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 216
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcacgtcggga caagcagaac cggacacatc caacgacgtg
\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
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<211> 38
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 217
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcgcagcggac aagcagaacc ggacacatcc aagctgcg
\hfill38
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 218
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<211> 38
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<211> 38
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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\hfill38
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<211> 52
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
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\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gcacgattcc aaatgagccc at
\hfill52
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<211> 42
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag tatcctgaac caactgacct at
\hfill42
\vskip1.000000\baselineskip
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<210> 222
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<211> 50
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<212> ADN
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<220>
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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\hfill50
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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<211> 51
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<223> Cebador de NASBA para HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<211> 44
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Sonda molecular fluorescente para
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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HPV
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<211> 38
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Sonda molecular fluorescente para
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<223> Sonda molecular fluorescente para
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
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<400> 299
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
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<211> 50
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 301
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\vskip0.400000\baselineskip
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<210> 302
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (37)..(37)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (38)..(38)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 302
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag aatggcattt gttggsnnaa
\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 303
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (36)..(36)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (37)..(37)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 303
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag aatggcattt gttggnnhaa
\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 304
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<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (36)..(36)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (38)..(38)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 304
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
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\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 305
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<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 305
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
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\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
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<210> 306
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 306
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
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\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 307
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 307
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag aatggcattt gttggcataa
\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
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<210> 308
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
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<400> 308
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\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag aatggcattt gttggggcaa
\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 309
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 309
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\hskip-.1em\dddseqskipgatgcaaggt cgcatatgag aatggcattt gttggcacaa
\hfill40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 310
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 50
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (44)..(44)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (49)..(49)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 310
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gtcatattcc tcmncattgnc
\hfill50
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 311
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 50
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (49)..(49)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 311
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gtcatattcc tcaacatgnc
\hfill50
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 312
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 50
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (43)..(43)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (44)..(44)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 312
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gtcatattcc tcnncatgtc
\hfill50
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 313
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 50
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (43)..(43)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (44)..(44)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 313
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gtcatattcc tcnncatggc
\hfill50
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 314
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 50
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (43)..(43)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (44)..(44)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 314
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gtcatattcc tcnncatgac
\hfill50
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 315
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 50
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador de NASBA para HPV
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (43)..(43)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> características varias
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (44)..(44)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "n" representa inosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 315
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattctaata cgactcacta tagggagaag gtcatattcc tcnncatgcc
\hfill50
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 316
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 316
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptacactgctg gacaacat
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 317
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 317
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcatcttctg agctgtct
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\vskip0.400000\baselineskip
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<211> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 318
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcaaaagcca ctgtgtcctg a
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 319
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 319
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcgtgttcttg atgatctgca a
\hfill21
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<210> 320
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<211> 20
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 320
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipttccggttga ccttctatgt
\hfill20
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<210> 321
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 321
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipggtcgtctgc tgagctttct
\hfill20
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<211> 23
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 322
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipctacagtaag cattgtgcta tgc
\hfill23
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 323
\vskip0.400000\baselineskip
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 323
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\vskip0.400000\baselineskip
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 324
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<211> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 324
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaacgccatga gaggacacaa g
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
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<210> 325
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<211> 21
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 325
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipacacataaac gaactgtggt g
\hfill21
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 326
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<211> 20
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 326
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcccgaggcaa ctgacctata
\hfill20
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<210> 327
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<211> 20
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 327
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\vskip0.400000\baselineskip
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 328
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgcagacgacc actacagcaa a
\hfill21
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 329
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 329
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\hskip-.1em\dddseqskipacaccgagtc cgagtaata
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<211> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 330
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgaaaccattg aacccagcag aaaa
\hfill24
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<210> 331
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 331
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipttgctatact tgtgtttccc tacg
\hfill24
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 332
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 332
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipggaggaggat gaagtagata
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 333
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 333
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgcccattaac atctgctgta
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 334
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 334
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgtgcctacgc tttttatcta
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 335
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 335
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipggggtctcca acactctgaa ca
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 336
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 336
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcaggcgttg gagacatc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 337
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
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<400> 337
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\hskip-.1em\dddseqskipagcaatcgta agcacact
\hfill18
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<210> 338
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<211> 23
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\newpage
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<400> 338
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\hskip-.1em\dddseqskiptttgttactg tggtagatac tac
\hfill23
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<210> 339
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<211> 25
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Cebador
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<400> 339
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\hskip-.1em\dddseqskipgaaaaataaa ctgtaaatca tattc
\hfill25
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<210> 340
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Cebador
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<400> 340
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\hskip-.1em\dddseqskipacacaactgt gttcactagc
\hfill20
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<210> 341
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Cebador
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<400> 341
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\hskip-.1em\dddseqskipgaaacccaag agtcttctct
\hfill20
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<210> 342
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<211> 32
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<400> 342
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\hskip-.1em\dddseqskipcgatcggtac cgagggcagt gtaatacgat cg
\hfill32
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<210> 343
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<211> 32
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<400> 343
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\hskip-.1em\dddseqskipcgatcggtgc ctacgctttt tatctacgat cg
\hfill32
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<210> 344
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<211> 34
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<400> 344
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\hskip-.1em\dddseqskipccgtcgttgc agcgatctga ggtatatgcg acgg
\hfill34
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<210> 345
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<211> 36
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Sonda molecular fluorescente para
HPV
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<400> 345
\vskip1.000000\baselineskip
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\hskip-.1em\dddseqskipcgatcgtggc agtggaaagc agtggagaca cgatcg
\hfill36
Claims (6)
1. Un método in vitro para el cribado de
sujetos humanos con el fin de determinar su riesgo de desarrollar
carcinoma cervical, método que comprende la selección del sujeto por
la expresión de transcritos de ARNm del gen E6 de cada uno, y
únicamente, de los tipos de HPV 16, 18, 31, 33 y 45 utilizando una
técnica de amplificación y clasificando al sujeto en una de dos
categorías de riesgo de desarrollar carcinoma cervical sobre la base
de la expresión del ARNm de E6 de al menos uno de dichos tipos de
HPV, en el que los individuos positivos para la expresión de dicho
ARNm de E6 de al menos uno de dichos tipos de HPV son calificados
como portadores de HPV integrado y son por tanto clasificados como
de alto riesgo de desarrollar carcinoma cervical, mientras que los
individuos negativos para la expresión de todos los ARNm de E6 son
calificados como no portadores de HPV integrado y son por tanto
clasificados como sin riesgo detectable de desarrollar carcinoma
cervical.
2. Un método de acuerdo con la reivindicación 1,
caracterizado porque la selección por dicha expresión del
ARNm de E6 es llevada a cabo utilizando una amplificación isotérmica
en combinación con la detección en tiempo real del producto de
amplificación.
3. Un método de acuerdo con la reivindicación 2,
en el que la amplificación isotérmica es NASBA, una amplificación
mediada por la transcripción, una amplificación de ARN mediada por
una señal o una amplificación isotérmica en fase de solución.
4. Un método de acuerdo con la reivindicación 2,
en el que la selección por dicha expresión del ARNm de E6 es llevada
a cabo utilizando NASBA en tiempo real.
5. Un método de acuerdo con cualquiera de las
reivindicaciones precedentes, en el que los sujetos humanos son
sujetos previamente identificados como infectados con ADN del virus
del papiloma humano en células del cérvix.
6. Un método de acuerdo con cualquiera de las
reivindicaciones precedentes, en el que los sujetos humanos son
sujetos con un diagnóstico previo de ASCUS, lesiones CIN I o
condiloma.
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