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ES2270874T3 - Inhibidores de fab i. - Google Patents

Inhibidores de fab i. Download PDF

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ES2270874T3
ES2270874T3 ES00968801T ES00968801T ES2270874T3 ES 2270874 T3 ES2270874 T3 ES 2270874T3 ES 00968801 T ES00968801 T ES 00968801T ES 00968801 T ES00968801 T ES 00968801T ES 2270874 T3 ES2270874 T3 ES 2270874T3
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ES
Spain
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methyl
benzamide
ylmethyl
formula
baselineskip
Prior art date
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Expired - Lifetime
Application number
ES00968801T
Other languages
English (en)
Inventor
William H. Miller
Kenneth A. Newlander
Mark A. Seefeld
Irene N. Uzinskas
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Affinium Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Affinium Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
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Publication date
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Abstract

Un compuesto de acuerdo con la fórmula (I) o (II): donde: R1 es H o C1-4 alquil; R2 es C1-4 alquil; R3 es: o Q es un enlace sencillo, -O-, -S-, -NH-, -CH2-, o -CH2CH2-; R4 es C1-6 alquil, OC1-6 alquil, OH, CF3 o piperidinil; es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por R5 es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por R6 es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por R6; R5 es OR'' o NR''C(O)R''; R6 es OR'' o N(R'')2;

Description

Inhibidores de Fab I.
Campo de la invención
Esta invención se relaciona con compuestos farmacéuticamente activos que inhiben a Fab I y son útiles para el tratamiento de infecciones bacterianas.
Antecedentes de la invención
Mientras que el camino general de biosíntesis de ácidos grasos saturados es similar en todos los organismos, los sistemas de ácido graso sintasa (FAS) varían considerablemente con respecto a su organización estructural. Los vertebrados y las levaduras poseen una FAS en la cual todas las actividades enzimáticas están codificadas en una o dos cadenas de polipéptidos, respectivamente, y la proteína portadora de acilo (ACP) es una parte integral del complejo. En contraste en la FAS bacteriana, cada una de las reacciones es catalizada por una enzima monofuncional distintiva y la ACP es una proteína discreta. Por lo tanto, hay un considerable potencial para la inhibición selectiva del sistema bacteriano mediante agentes antibacterianos.
La Fab I (previamente designada como EnvM) funciona como una enoil-ACP reductasa (Bergler, et al, (1994), J. Biol. Chem. 269, 5493-5496) en la etapa final de las cuatro reacciones involucradas en cada ciclo de la biosíntesis bacteriana de ácidos grasos. En esta ruta, la primera etapa es catalizada por la \beta-cetoacil-ACP sintasa, la cual condensa la malonil-ACP con acetil-CoA (FabH, sintasa III). En rondas subsecuentes, la malonil-ACP se condensa con la cadena creciente de acil-ACP (FabB y FabF, sintasas I y II, respectivamente). La segunda etapa en el ciclo de elongación es la reducción de cicloéster por la \beta-cetoacil-ACP reductasa (FabG) dependiente de NADPH. La deshidratación subsecuente por la \beta-hidroxiacil-ACP dehidrasa (bien sea FabA o FabZ) lleva a la trans-2-enoil-ACP, la cual su vez se convierte en acil-ACP por efecto de la enoil-ACP reductasa (Fab I) dependiente de NADH.
Rondas adicionales de este ciclo, que añaden dos átomos de carbono por ciclo, eventualmente llevan a la palmitoil-ACP (16C), en la cual el ciclo es detenido en gran medida debido a la inhibición por retroalimentación de la Fab I by palmitoil-ACP (Heath, et al, (1996), J. Biol. Chem. 271, 1833-1836). Así, la Fab I es una enzima biosintética principal y es un punto de regulación clave en la ruta biosintética general de la biosíntesis bacteriana de ácidos grasos. Por lo tanto, Fab I es un blanco ideal para la intervención antibacteriana.
Algunos estudios han demostrado que los antibióticos de diazaborina inhiben la biosíntesis de ácidos grasos, fosfolípidos y lipopolisacáridos (LPS) y que el blanco antibacteriano de estos compuestos es Fab I. Por ejemplo, el derivado 2b18 de Grassberger, et al (1984) J. Med Chem 27 947-953 se ha reportado como un inhibidor no competitivo de la Fab I (Bergler, et al, (1994), J. Biol. Chem. 269, 5493-5496). También, los plásmidos que contienen el gen de Fab I S. typhimurium resistente a la diazaborina confiere resistencia a la diazaborina a E. coli (Turnowsky, et al, (1989). J. Bacteriol., 171, 6555-6565). Además, la inhibición de Fab I bien por la diazaborina o por la elevación de la temperatura en un mutante de Fab I sensible a la temperatura es letal. Estos resultados demuestran que Fab I es esencial para la supervivencia del organismo (Bergler, et al, (1994), J. Biol. Chem. 269, 5493-5496).
Estudios recientes han demostrado que Fab I es también el objetivo del agente antibacteriano de amplio espectro triclosan (McMurry, et al. (1998) Nature 394, 531-532). Una estructura cristalina de Fab I de E Coli Fab I formando complejo con NAD y triclosan muestra que el triclosan actúa como un inhibidor muy potente, que opera dirigido al sitio, de la Fab I imitando su sustrato natural (Levy, et al, (1999) Nature 398, 383-384). Ward, et al ((1999) Biochem. 38, 12514-12525) han demostrado que no hay evidencia para la formación de un complejo covalente entre Fab I y triclosan, lo que sería análogo a las diazaborinas; el triclosan difiere de estos compuestos en que es un inhibidor reversible de la Fab I. Los datos estructurales para el complejo de Fab I con NAD y triclosan provee importante información acerca del Fab i como objetivo terapéutico.
De manera importante, se ha descubierto ahora que ciertos compuestos son inhibidores de Fab I y tienen actividad antibacteriana y, por lo tanto, pueden ser útiles para el tratamiento de infecciones bacterianas en mamíferos, particularmente en el hombre.
Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, vol. 8 (1998) pp. 2045-2050 describe la síntesis y actividad antibacteriana de derivados de la nematofina. US 3,828,068 describe la provisión de [(indazolil sustituido)-N1-metil]carbamatos para controlar el crecimiento de bacterias y hongos. Chem. Ber., vol. 103 (1970) pp.496-509 describe los Reordenamientos de Beckmann y Schmidt de ciertas indolcetonas. Arch. Immuno. Ther. Exp., vol. 24 (1976) pp. 851-862 describe la síntesis y propiedades farmacológicas de derivados de piridoilo de 3-metilaminoindol, 2-metiltriptamina e isotriptamina. La base de datos CAOLD, AN CA51:10524d describe la síntesis de ciertos benzoilaminometilindoles.
Resumen de la invención
Esta invención comprende compuestos de la fórmula (I), como se describen de aquí en adelante, los cuales inhiben Fab I y son útiles en el tratamiento de infecciones bacterianas.
Esta invención es también de la fórmula que comprende un compuesto de acuerdo con la fórmula (I) y un vehículo farmacéuticamente aceptable.
Esta invención es también a método para tratar infecciones bacterianas por inhibición de Fab I. En un aspecto particular, los compuestos de esta invención son útiles como agentes antibacterianos.
Descripción detallada
Esta invención comprende compuestos de la fórmula (I) y (II):
1
donde:
R^{1} es H o C_{1-4} alquil;
R^{2} es C_{1-4} alquil;
R_{3} es
2
Q es un enlace sencillo, -O-, -S-, -NH-, -CH_{2}-, o -CH_{2}CH_{2}-;
R^{4} es C_{1-6} alquil, OC_{1-6} alquil, OH, CF_{3} o piperidinil;
3
es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por R^{5};
4
es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por R^{6};
5 
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es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por R^{6};
R^{5} es OR' o NR'C(O)R';
R^{6} es OR' o N(R')_{2};
X es H,C_{1-4} alquil, OR', SR', CN, N(R')_{2}, CH_{2}N(R')_{2}, NO_{2}, CF_{3}, CO_{2}R', CON(R')_{2}, COR', NR'C(O)R', F, Cl, Br, I o
-S(O)rCF_{3};
R' es H,C_{1-6} alquil o -C_{0-6} alquil-Ar; y
r es 0, 1 o 2;
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
También se incluyen en esta invención sales y complejos de adición farmacéuticamente aceptables de los compuestos de esta invención. En casos donde los compuestos de esta invención puedan tener uno o más centros quirales, a menos que se especifique, esta invención incluye cada co racémico único, así como cada compuesto no racémico único.
En casos en los cuales los compuestos tengan dobles enlaces carbono-carbono insaturados, tanto los isómeros cis (Z) y trans (E) están dentro del alcance de esta invención. En casos donde los compuestos puedan existir en formas tautoméricas, tales como tautómeros de cetoenol, tales y como
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6 
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y
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7 
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cada forma tautomérica se contempla como incluida dentro de esta invención, si existe en equilibrio o está asegurada en una de sus formas por sustitución apropiada con R'. El significado de cualquier sustituyente en cualquier aparición es independiente de su significado, o del significado de otro sustituyente en cualquier aparición.
También incluidas en esta invención están las prodrogas de los compuestos de esta invención. Las prodrogas se consideran como cualesquiera portadores enlazados covalentemente que liberan el fármaco original activo de acuerdo con la fórmula (I) en vivo.
Los compuestos de la fórmula (I) inhiben Fab I. La inhibición de esta enzima es útil en el tratamiento de infecciones bacterianas. También, los compuestos de esta invención pueden ser útiles como agentes antifúngicos. Adicionalmente, los compuestos pueden ser útiles en combinación con antibióticos conocidos.
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Con respecto a fórmula (I) y (II), esta invención preferiblemente incluye compuestos de la fórmula (Ia) y (IIa):
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8 
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en la cual R^{3} es como se define para los compuestos de fórmula (I) y (II).
De forma adecuada, con respecto a fórmula (I) y (II), R^{3} es:
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9 
\vskip1.000000\baselineskip
Preferiblemente,
10
es 2-, 3- o 4-piridil, 2- o 3-furanil, 2- o 3-tiofenil, tiazolil, fenil o fenil sustituido por OC_{1-4} alquil o NHC(O) C_{1-4} alquil. Lo más preferiblemente,
11
es 3- o 4-piridil, 3-furanil, 3-tiofenil, fenil o fenil sustituido por OCH_{3} o NHC(O)CH_{3}. También, preferiblemente,
12 
\newpage
es 2-, 3- o 4-piridil, fenil o fenil sustituido por OH o NH_{2}. Lo más preferiblemente,
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13 
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es fenil o 2-piridil.
De forma adecuada, con respecto a fórmula (I) y (II), R_{3} es:
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14 
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en la cual Q es un enlace sencillo, -O- o -CH_{2}CH_{2}-. Preferiblemente, Q es un enlace sencillo.
De forma adecuada, con respecto a fórmula (I), R^{3} es
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Preferiblemente,
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16 
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es fenil no sustituido o sustituido por OH, NH_{2} o N(CH_{3})_{2} y R_{4} es C_{1-4} alquil, OC_{1-4} alquil, OH, CF_{3} o piperidinil.
Representativos de los novedosos compuestos de esta invención son los compuestos de los ejemplos que se presentan más adelante.
Las abreviaturas y símbolos que se emplean comúnmente en las técnicas peptídicas y químicas se utilizan aquí para describir los compuestos de esta invención. en general, las abreviaturas de aminoácidos siguen la IUPAC-IUB Joint Commission on biochemical Nomenclature como se describe en Eur. J. Biochem., 158, 9 (1984).
C_{1-4} alquil como se aplica aquí significa un grupo alquilo opcionalmente sustituido de 1 a 4 átomos de carbono, e incluye metil, etil, n-propil, isopropil, n-butil, isobutil y t-butil. C_{1-6} alquil adicionalmente incluye pentil, n-pentil, isopentil, neopentil y hexil y los isómeros alifáticos simples de los mismos. C_{0-4} alquil y C_{0-6} alquil adicionalmente indican que no es necesario que esté presente un grupo alquilo (por ejemplo, que está presente un enlace covalente).
Cualquier C_{1-4} alquil o C_{1-6} alquil puede sustituirse opcionalmente con el grupo Rx, que puede estar sobre cualquier átomo de carbono o que resulta en una estructura estable y es obtenible mediante técnicas sintéticas convencionales. Grupos adecuados para Rx son C_{1-4} alquil, OR', SR', CN, N(R')_{2}, CH2N(R')_{2}, -NO_{2}, -CF_{3}, -CO_{2}R' -CON(R')_{2}, -COR', -NRC(O)R', F, Cl, Br, I, o -S(O)rCF_{3}, donde
R' y r son como se define para los compuestos de la fórmula (I).
Halógeno o halo significa F, Cl, Br, y I.
Ar, o aril, según se aplican aquí, significan fenil o naftil, o fenil o naftil sustituido por uno a tres sustituyentes, tal como los que se definen más arriba para alquil, o sustituido por metilenedioxi.
Het, o heterociclo, indica un anillo monocíclico de cinco o seis miembros opcionalmente sustituido, o un anillo bicíclico de nuevo o diez miembros que contiene de uno a tres heteroátomos escogidos del grupo de nitrógeno, oxígeno y azufre, que son estables y obtenibles por síntesis química convencional. Heterociclos ilustrativos son benzofuril, benzimidazolil, benzopiranil, benzotienil, furil, imidazolil, indolinil, morpholinil, piperidinil, piperazinil, pirrolil, pirrolidinil, tetrahidropiridinil, piridinil, tiazolil, tienil, quinolinil, isoquinolinil, y tetra- y perhidro- quinolinil e isoquinolinil. Cualquier combinación accesible de hasta tres sustituyentes sobre el anillo Het, tal como los que se definen más arriba para alquil, que sean obtenibles por síntesis química y sean estables están dentro del alcance de esta
invención.
Ciertos grupos radicales están abreviados aquí. t-Bu se refiere al radical butil terciario, Boc se refiere al radical t-butiloxicarbonil, Fmoc se refiere al radical fluorenilmetoxicarbonil, Ph se refiere al radical fenil, Cbz se refiere al radical benciloxicarbonil, Bn se refiere al radical bencil, Me se refiere a metil, Et se refiere a etil, Ac se refiere a acetil, Alk se refiere a C_{1-4} alquil, Nph se refiere a 1- o 2-naftil y cHex se refiere a ciclfexil. Tet se refiere a 5-tetrazolil.
Ciertos reactivos se abrevian aquí. DCC se refiere a diciclfexilcarbodiimida, DMAP se refiere a dimetilaminopiridina, EDC se refiere a 1-(3-dimetilaminopropil)-3-etilcarbodiimida, hidrocloruro, HOBt se refiere a 1-hidroxibenzotriazol, THF se refiere a tetrahidrofurano, DIEA se refiere a diisopropiletilamina, DEAD se refiere a dietil azodicarboxilato, PPh3 se refiere a trifenilfosfina, DIAD se refiere a diisopropil azodicarboxilato, DME se refiere a dimetoxietano, DMF se refiere a dimetilformamida, NBS se refiere a N-bromosuccinimida, Pd/C se refiere a catalizador de paladio sobre carbono, PPA se refiere a ácido polifosfórico, DPPA se refiere a difenilfosforil azida, BOP se refiere a benzotriazol-1-iloxi-tris(dimetil-amino)fosfonio hexafluorofosfato, HF se refiere a ácido fluorhídrico, TEA se refiere a trietilamina, TFA se refiere a ácido trifluoroacético, PCC se refiere a clorocromato de piridinio.
En general, los compuestos de la fórmula (I) y (II) se preparan:
(i)
haciendo reaccionar un compuesto de la fórmula (III) con un compuesto de la fórmula (IV):
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17 
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donde R_{1}, R_{2}, R_{3} y X son como se define en la fórmula (I), con cualquier grupo funcional reactivo protegido, en la presencia de EDC y HOBT; o
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(ii)
haciendo reaccionar un compuesto de la fórmula (V) con un compuesto de la fórmula (IV):
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18 
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donde R^{1}, R^{2}, R^{3} y X son como se define en la fórmula (I), con cualquier grupo funcional reactivo protegido, en la presencia de EDC y HOBT;
y retirando después de ello cualquier grupo protector, y formando opcionalmente una sal farmacéuticamente aceptable.
En particular, los compuestos de la fórmula (I) y (II) se preparan mediante los métodos generales descritos en los esquemas que se muestran más adelante.
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Esquema I
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19 
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(a) 1-metil-2-(metilaminometil)indol, EDC, HOBt \cdot H_{2}O, Et_{3}N, DMF; (b) ácido furan-3-borónico, Pd(PPh_{3})_{4}, Cs_{2}CO_{3}, DME, H_{2}O.
Un 2-haloarilácido carboxílico adecuado, por ejemplo ácido 2-bromobenzóico (I-1), es convertido a una forma activada usando, por ejemplo, EDC y HOBt, o SOCl_{2}, y la forma activada se hace reaccionar subsecuentemente con una amina apropiada, por ejemplo, 1-metil-2-(metilaminometil)indol, en un solvente adecuado tal como DMF, CH_{2}Cl_{2}, o CH_{3}CN, para producir I-2. Dependiendo de si se requiere neutralización ácida, puede usarse una base añadida, tal como trietilamina (Et3N), diisopropiletilamina ((i-Pr)_{2}NEt), o piridina. Se conocen muchos métodos adicionales para convertir un ácido carboxílico en una amida, y pueden ser encontrados en libros de referencia estándar, tales como "Compendium de Organic Synthetic Methods", Vol. I -VI (published by Wiley-Interscience), o Bodansky, "The Practice de Peptide Synthesis" (published by Springer-Verlag). La haloarilcarboxamida I-2 resultante se hace reaccionar con derivado de ácido borónico apropiado, tal como el ácido furan-3-borónico, para producir I-3 en una reacción tipo Suzuki (Synth. Commun. 1981, 11, 513; para una revisión, véase Main, A. R.; Yang, Y. Acta Chem. Scand. 1993, 47, 221). Esta reacción en general es mediada por tetrakiS(trifenilfosfina)paladio(0), aunque puede usarse una amplia variedad de catalizadores de paladio, incluyendo acetato de paladio, acetato de paladio en la presencia de tri(ortotolil)fosfina, cloruro de biS(trifenilfosfina)paladio (II), cloruro de 1,4-biS(difenilfosfinobutano)paladio (II), cloruro de biS(acetonitrilo)paladio(II), biS(dibencilideneacetona)paladio(0), y paladio sobre carbono en la presencia de trifenilfosfina. La reacción requiere de una base como consumidor de ácido, y en general se usa solución acuosa de carbonato de sodio (Na_{2}CO_{3}). Sin embargo, pueden usarse otras bases, tales como carbonato hidrógeno de sodio, carbonato de potasio, carbonato de cesio, fluoruro de cesio y trietilamina. Típicamente, se prefieren solventes neutros miscibles en agua, incluyendo DME, THF, y DMF.
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Esquema II
20
(a) para-anisaldehído, NaH, tr-BuOH, DMF; (b) H2, Pd/C, NaOH, H_{2}O; (c) 1-metil-2-(metilaminometil)indol, EDC, HOBt \cdot H_{2}O, (i-Pr)_{2}NEt, DMF.
De acuerdo con el procedimiento general de Brenner et al. (J. Het. Chem. 1982, 19, 897-900), un éster 2-metilnicotínico adecuado, por ejemplo etil 2-metilnicotinato (II-1), se hace reaccionar con un aldehído aromático, tal como para-anisaldehído, para producir II-2. La reacción es mediada por una base fuerte, típicamente te-butóxido de sodio, y se efectúa en un solvente polar, en general DMF. La reducción del grupo olefina de I-2 se logra convenientemente por hidrogenación según lo describe van der Stelt, et al. (Arzneim. - Forsch. 1968, 18, 756 - 758). La reacción se efectúa bajo condiciones básicas en presencia de un catalizador de paladio, en general paladio sobre carbón activado. Los hidróxidos de metales alcalinos, tales como hidróxido de sodio o hidróxido de potasio, son las bases preferidas y la reacción se efectúa típicamente en H_{2}O, aunque un solvente hidroxílico acuoso, tal como MeOH, EtOH, o i-PrOH acuosos, puede ser usado también. El ácido resultante, II-3, es convertido a II-4 por los métodos descritos en el Esquema I.
Esquema III
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(a) fenol, NaOMe, MeOH, luego Cu, DMA; (b) H2, Pd/C, MeOH; (c) 1-metil-2-(metilaminometil)indol, EDC, HOBt \cdot H_{2}O, Et_{3}N, DMF.
Un derivado adecuado de ácido 2-halobenzóico, por ejemplo ácido 2-cloro-4-nitrobenzóico (III-1), reacciona con alcohol apropiado, por ejemplo fenol, para producir un éter derivado tal como III-2. La reacción es mediada por cobre en polvo y es típicamente efectuada en un solvente aprótico, polar, de alto punto de ebullición, tal como N,N-dimetilacetamida (DMA). El derivado de alcohol es convertido frecuentemente en el alcóxido correspondiente por desprotonación con una base adecuada. Bases típicas incluyen hidruro de sodio (NaH) en THF, DMF, o DMA (o mezclas de los mismos), o metóxido de sodio (NaOMe) en metanol. El grupo nitro del III-2 puede ser reducido convenientemente por hidrogenación sobre un catalizador de paladio metálico, paladio sobre carbono activado (Pd/C). Solventes adecuados para esta reacción incluyen MeOH, EtOH, EtOAc, AcOH, o mezclas de los mismos. Otros métodos para la reducción de los grupos nitro a la amina correspondiente son conocidos por los experimentados en la técnica, y pueden encontrase en volúmenes de referencia estándares, tal como Compendium de Organic Synthetic Methods (Wiley-Interscience). El derivado resultante III-3 es convertido en III-4 como se describe en Esquema I.
Esquema IV
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(a) 3-(acetilamino)fenol, Cu_{2}O, DMA; (b) NaOH, dioxano, H_{2}O, luego HCl; (c) 1-metil-2-(metilaminometil)indol, EDC, HOBt H_{2}O, Et_{3}N, DMF.
Alternativamente, un derivado adecuado de ácido 2-halobenzóico, por ejemplo 2-iodobenzoato de metilo (IV-1), reacciona con un alcohol apropiado, por ejemplo 3-(acetilamino)fenol, en presencia de una sal de cobre (I), preferiblemente óxido de cobre (I) (Cu_{2}O), para producir el derivado éter IV-2. Se prefiere un solvente aprótico, polar, tal como N,N-dimetilacetamida (DMA). El metil éster de IV-2 es hidrolizado usando una base acuosa, por ejemplo, LiOH o NaOH en dioxano acuoso, THF, metanol o etanol, y la sal de carboxilato intermedia es acidificada con un ácido adecuado, por ejemplo TFA o HCl, para producir el ácido carboxílico IV-3, el cual es convertido en IV-4 como se describe en el Esquema I.
Reactivos de acoplamiento de amidas según se usan aquí denotan reactivos que pueden ser usados para formar enlaces peptídicos. Métodos de acoplamiento típicos emplean carbodiimidas, anhídridos y ésteres activados y acil haluros. Reactivos tales como EDC, DCC, DPPA, PPA, reactivo BOP, HOBt, N-hidroxisuccinimida y cloruro de oxalilo son típicos.
Las sales de adición ácidas de los compuestos se preparan de una manera estándar en un solvente adecuado a partir del compuesto madre y un exceso de un ácido, tal como clorhídrico, bromhídrico, fluorhídrico, sulfúrico, fosfórico, acético, trifluoroacético, maléico, succínico o metano sulfónico. Algunos de los compuestos forman sales inertes o zwitteriones las cuales pueden ser aceptables. Las sales catiónicas se preparan tratando el compuesto de partida con un exceso de un reactivo alcalino, tal como un hidróxido, carbonato o alcóxido, que contiene el catión apropiado; o con una amina orgánica apropiada. Cationes tales como Li+, Na+, K+, Ca++, Mg++ y NH4+ son ejemplos específicos de cationes presentes en sales farmacéuticamente aceptables.
Esta invención también provee que la fórmula que comprende un compuesto de acuerdo con la fórmula
(I) o (II) y un vehículo farmacéuticamente aceptable. De acuerdo con ello, los compuestos de la fórmula (I) o (II) pueden ser usados en la manufactura de un medicamento. Composiciones farmacéuticas de los compuestos de la fórmula (I) o (II) como se describe aquí más arriba pueden ser formulados como soluciones o polvos liofilizados para administración parenteral. Los polvos pueden ser reconstituidos por adición de un diluyente adecuado u otros vehículos farmacéuticamente aceptables antes de su uso. La formulación líquida puede ser una solución acuosa isotónica, regulada. Ejemplos de diluyentes adecuados son solución salina isotónica normal, dextrosa en agua estándar al 5% o solución de acetato de amonio o de sodio regulada. Tal formulación es especialmente adecuada para administración parenteral, pero puede ser usada también para administración oral o contenida en inhaladores o nebulizadores de dosis medidas para inhalación. Puede ser deseable añadir excipientes tales como polivinilpirrolidona, gelatina, hidroxicelulosa, acacia, polietilenglicol, manitol, cloruro de sodio o citrato de sodio.
Alternativamente, estos compuestos pueden ser encapsulados, tableteados o preparados en una emulsión o jarabe para administración oral. Pueden añadirse vehículos sólidos o líquidos farmacéuticamente aceptables para mejorar o estabilizar la composición, o para facilitar la preparación de la composición. Los vehículos sólidos incluyen almidón, lactosa, sulfato de calcio dihidratado, terra alba, estearato de magnesio o ácido esteárico, talco, pectina, acacia, agar o gelatina. Los vehículos líquidos incluyen jarabe, aceite de cacahuete, aceite de oliva, solución salina y agua. El vehículo también puede incluir un material de liberación sostenida tal como gliceril monostearato o gliceril distearato, solo o con una cera. La cantidad de vehículo sólido varía, pero, preferiblemente, estará entre aproximadamente 20 mg a aproximadamente 1 g por unidad de dosis. Las preparaciones farmacéuticas se hacen siguiendo las técnicas convencionales de la farmacia que involucran molienda, granulación y compresión cuando sea necesario, para formas en tableta; o molienda, mezcla y llenado para formas en cápsulas de gelatina dura. Cuando se usa un vehículo líquido, la preparación estará en la forma de un jarabe, elíxir, emulsión o una suspensión acuosa o no acuosa. Tal formulación líquida puede ser administrada directamente p.o., o ser rellenada en formas de cápsula de gelatina suave.
Para administración rectal, los compuestos de esta invención también pueden ser combinados con excipientes, tales como mantequilla de cacao, glicerina, gelatina o polietilenglicoles, y moldeados en forma de supositorio.
Para administración tópica, los compuestos de esta invención pueden ser combinados con diluyentes para tomar la forma de ungüentos, geles, pastas, cremas, polvos o aspersiones. Las composiciones que son ungüentos, geles, pastas o cremas contienen diluyentes contienen diluyentes, por ejemplo, grasas animales y vegetales, ceras, parafinas, almidón, tragacanto, derivados de celulosa, polietilenglicoles, siliconas, bentonitas, ácido silícico, talco y óxido de zinc, o mezclas de estas sustancias. Las composiciones que son polvos o aspersiones contienen diluyentes, por ejemplo, lactosa, talco, ácido silícico, hidróxido de aluminio, silicato de calcio y polvo de poliamida, o mezclas de estas sustancias. Adicionalmente, para administración tópica oftalmológica, los vehículos típicos son agua y solventes miscibles con agua, tales como alcanoles inferiores o aceites vegetales, y polímeros no tóxicos solubles en agua, por ejemplo, derivados de la celulosa, tales como metilcelulosa.
Los compuestos descritos aquí son inhibidores de Fab I, y son útiles para el tratamiento infecciones bacterianas. Por ejemplo, estos compuestos son útiles para el tratamiento de infecciones bacterianas, tal como, por ejemplo, infecciones del tracto respiratorio superior (e.g. otitis media, traqueitis bacteriana, epiglotitis aguda, tiroiditis), tracto respiratorio inferior (e.g., empiema, abscesos pulmonares), cardiacas (e.g., endocarditis infecciosa), gastrointestinal (e.g. diarrea secretoria, abscesos del bazo, abscesos retroperitoneales), CNS (e.g. abscesos cerebrales), del ojo (e.g. blefaritis, conjuntivitis, queratitis, endoftalmitis, celulitis preseptal y orbital celulitis, darcriocistitis), del riñón y tracto urinario (e.g. epididimitis, intrarenal y abscesos perinefríticos,síndrome de choque tóxico), de la piel (e.g. impetigo, foliculitis, abscesos cutáneos, celulitis, infección de heridas, miositis bacteriana) y de huesos y articulaciones (e.g. artritis séptica, osteomielitis). También, los compuestos de esta invención pueden ser útiles como agentes antifúngicos. Adicionalmente, los compuestos pueden ser útiles en combinación con antibióticos conocidos.
Los compuestos de esta invención se administran al paciente, de una forma tal que la concentración del fármaco es suficiente para tratar infecciones bacterianas. La composición farmacéutica que contiene el compuesto se administra en una dosis oral de entre aproximadamente 10 mg a aproximadamente 1000 mg, tomada una o varias veces al día, de una forma consistente con la condición del pacientes. Preferiblemente, la dosis oral sería aproximadamente 50 mg a aproximadamente 500 mg, aunque la dosis puede ser variada dependiendo de la edad, peso corporal y síntomas del paciente. Para terapia aguda, se prefiere la administración. Una infusión intravenosa del compuesto de la fórmula (I) o (II) en 5% dextrosa en agua o solución salina normal, o una formulación similar con vehículos adecuados, es la más efectiva, aunque una inyección de bolo intramuscular también es útil. El nivel y método preciso mediante los cuales los compuestos son administrados, se determina fácilmente por una persona experimentada en la
técnica.
Los compuestos pueden ser probados en uno de varios ensayos biológicos para determinar la concentración de compuesto que es requerida para tener un efecto farmacológico dado.
Clonación de S. aureus FabI
El gen fabI fue clonado a partir del ADN cromosómico de S. aureus cepa WCUH29 usando la reacción en cadena de la polimerasa. La amplificación fue ejecutada usando Taq ADN polimerasa (BRL) y los siguientes iniciadores: 5'-CGCCTCGAGATGTTAAATCTTGAAAACAAAACATATGTC-3' y 5'-CGCGGATCCAATCAAGTCAGGTTGAA
ATATCCA-3' (sitios XhoI BamHI subrayados). El fragmento resultante fue digerido entonces con XhoI y BamHI y ligado sobre el factor de expresión digerido pET-16b (Novagen)de XhoI- y BamHI-, produciendo pET-His 10-fabI. La secuencia de genes de fabI fue confirmada por secuenciamiento en ciclo automático usando un instrumento Applied Biosystems modelo 377. La versión no marcada de pET-fabI se construyó digiriendo pET-His10-fabI con NcoI y NdeI para retirar a 97 bp el fragmento que codificaba la marca His 10, el factor Xa del sitio de escisión y los primeros 8 aminoácidos del FabI, y reemplazándolo con un enlazante que codifica os primeros 8 aminoácidos del FabI más un residuo de glicina entre el iniciador metionina y la lisina en la posición 2. Este plásmido fue llamado pET-f abl. El enlazante fue hecho uniendo los siguientes dos nuceótidos: 5'-CATGGGCTTAAATCTTGAAAACAAAACA-3' y 5'-TATGTTTTGTTTTCAAGATTTAAGCC-3'. La secuencia del enlazante pET-f abI fue confirmada por didesoxisecuenciamiento. Sólo se usó Fab I nativo para la evaluación del compuesto. Para la sobreproducción de FAb I nativo, el plásmido pET-f abI fue transformado en células BL21(DE3) (Novagen), para formar la cepa BL21(DE3):pET-f abI.
Purificación de S. aureus FabI
S. aureus FabI fue expresado como una proteína soluble al 10% de la proteína total de la célula, recuperándose 400g de células a partir de 15 L de fermentación en medio tristona fosfato. Las células fueron sometidas a lisis y la mezcla se centrifugó. El sobrenadante resultante se filtró y se purificó usando tres columnas de cromatografía consecutivas: de intercambio iónico (Sourse 15Q), de afinidad de tinción (Blue sepharose), y columnas de cromatografía de exclusión por tamaño (Superose 12). Después de cada columna, las fracciones que contenían el Fab I fueron reunidas, concentradas y revisadas en cuanto a su pureza y actividad biológica.
Clonación de E. coli FabI
Un fragmento de PCR de tamaño correcto para E. coli FabI fue amplificado por PCR a partir de ADN cromosómico de E. coli, se subclonó en el vector de clonación TOPO TA, y se verificó por análisis de colonia de PCR + endonucleasa de restricción. El presunto fragmento E. coli FabI PCR fue subclonado en el vector de expresión pBluePet. El clon FabI fue transformado en E. coli cepa BL21 (DE3). Estudios de expresión a pequeña escala demostraron una banda de proteína sobre-expresada de peso molecular correcto (-28 Kda) para E. coli FabI claramente visible después de la tinción de Coomassie de geles SDS PAGE. El secuenciamiento de ADN de las construcciones de expresión de E. coli FabI ilustró que no aparecían errores. El secuenciamiento de aminoácidos N' terminales ha confirmado que la banda de proteína sobre-expresada es E. coli FabI.
Purificación de E. coli FabI
E. coli FabI fue expresado como proteína soluble hasta 15% de la proteína total, siendo recuperadas 120 células de 3 L de fermentación en frascos de agitación en caldo modificado terrífico. Las células fueron sometidas a lisis y la muestra se centrifugó. El sobrenadante resultante se filtró y purificó usando tres columnas de cromatografía consecutivas: intercambio iónico (Sourse 15Q), afinidad de tinción (blue sepharose), y exclusión por tamaño (superose 12). Después de cada columna, se reunieron las fracciones que contenían FabI, se concentraron y se verificó su pureza y su actividad biológica.
Ensayo de inhibición de la enzima S. aureus FabI (NADH)
Los ensayos se llevaron a cabo en placas de microtitulación de media área, de 96 pozos. Los compuestos se evaluaron en mezclas de ensayo de 50-uL que contenían 100 mM NaADA, pH 6.5 (ADA = ácido N-[2-acetamido]-2-iminodiacético), 4% glicerol, 0.25 mM crotonoil CoA, 1 mM NADH, y una dilución apropiada de S. aureus FabI. Los inhibidores fueron variados típicamente en el rango de 0.01-10 uM. El consumo de NADH fue monitorizado durante 20 minutos a 30ºC mediante el seguimiento del cambio en la absorbancia a 340 nm. Las velocidades iniciales se estimaron a partir de un ajuste exponencial del progreso no lineal de las curvas representado por la pendiente de la tangente a t = 0 min. Los IC50 se estimaron a partir de un ajuste de las velocidades iniciales de un modelo estándar de 4 parámetros y se reportan típicamente como la media S.D. de las determinaciones en duplicado. El triclosan, un agente comercial antibacteriano e inhibidor del Fab I, se incluye actualmente en todos los ensayos como control positivo. Los compuestos de esta invención tienen IC50 desde aproximadamente 1.50 micromolar a aproximadamente 0.15 micromolar.
Ensayo de inhibición de enzima S. aureus FabI (NADPH)
Los ensayos se llevaron a cabo en placas de microtitulación de media área de 96 pozos. Losa compuestos fueron evaluados en mezclas de ensayo de 150 ul que contenían 100 mM NaADA, pH 6.5 (ADA = ácido N-[2-acetamido]-2-iminodiacético), 4% glicerol, 0.25 mM crotonoil CoA, 50 uM NADPH, y una dilución apropiada de S. aureus FabI. Típicamente, los inhibidores fueron variados con el tiempo en el rango de 0.01-10 uM. El consumo de NADPH fue monitorizado durante 20 minutos a 30ºC mediante el seguimiento del cambio en la absorbancia a 340 nm. Las velocidades iniciales se estimaron a partir de un ajuste exponencial del progreso no lineal de las curvas representado por la pendiente de la tangente a t = 0 min. Los IC50 se estimaron a partir de un ajuste de las velocidades iniciales de un modelo estándar de 4 parámetros y se reportan típicamente como la media S.D. de las determinaciones en duplicado. El triclosan, un agente comercial antibacteriano e inhibidor del Fab I, se incluye actualmente en todos los ensayos como control positivo.
Ensayo de inhibición de enzima E. coli FabI
Los ensayos se llevaron a cabo en placas de microtitulación de media área de 96 pozos. Losa compuestos fueron evaluados en mezclas de ensayo de 150 ul que contenían 100 mM NaADA, pH 6.5 (ADA = ácido N-[2-acetamido]-2-iminodiacético), 4% glicerol, 0.25 mM crotonoil CoA, 50 uM NADPH, y una dilución apropiada de E. coli. FabI. Típicamente, los inhibidores fueron variados con el tiempo en el rango de 0.01-10 uM. El consumo de NADPH fue monitorizado durante 20 minutos a 30ºC mediante el seguimiento del cambio en la absorbancia a 340 nm. Las velocidades iniciales se estimaron a partir de un ajuste exponencial del progreso no lineal de las curvas representado por la pendiente de la tangente a t = 0 min. Los IC50 se estimaron a partir de un ajuste de las velocidades iniciales de un modelo estándar de 4 parámetros y se reportan típicamente como la media S.D. de las determinaciones en duplicado. El triclosan, un agente comercial antibacteriano e inhibidor del Fab I, se incluye actualmente en todos los ensayos como control positivo. Los compuestos de esta invención tienen IC50 desde aproximadamente 20.0 micromolar a aproximadamente 2.0 micromolar.
Preparación y purificación de crotonoil-ACP
Las reacciones contenían 5 mg/mL E. coli apo-ACP, 0.8 mM crotonoil-CoA (Fluka), 10 mM MgCl2, y 30 uM S. pneumoniae ACP sintasa en 50 mM NaHEPES, pH 7.5. La mezcla fue mezclada cuidadosamente con un agitador magnético a 23°C por 2 h, y la reacción fue terminada mediante la adición de 15 mM EDTA. La mezcla de reacción se filtró a través de un filtro de 0.2 micrones (Millipore) y se aplicó a una columna MonoQ (Pharmacia) equilibrada con 20 mM Tris-Cl, pH 7.5. La columna se lavó con regulador hasta que se retiró todo el material no adherente (según observación por detección con UV), y el crotonil fue eluido con un gradiente lineal de 0 a 400 mM NaCl.
Ensayo de inhibición de enzima S. aureus FabI usando crotonoil-ACP
Los ensayos se llevaron a cabo en placas de microtitulación de media área de 96 pozos. Losa compuestos fueron evaluados en mezclas de ensayo de 150 ul que contenían 100 mM NaADA, pH 6.5 (ADA = ácido N-[2-acetamido]-2-iminodiacético), 4% glicerol, 0.25 mM crotonoil CoA, 50 uM NADPH, y una dilución apropiada de S. aureus Fab I (aproximadamente 20 nM). Típicamente, los inhibidores fueron variados con el tiempo en el rango de 0.01-10 uM. El consumo de NADPH fue monitorizado durante 20 minutos a 30ºC mediante el seguimiento del cambio en la absorbancia a 340 nm. Las velocidades iniciales se estimaron a partir de un ajuste exponencial del progreso no lineal de las curvas representado por la pendiente de la tangente a t = 0 min. Los IC50 se estimaron a partir de un ajuste de las velocidades iniciales de un modelo estándar de 4 parámetros (Ecuación 1) y se reportan típicamente como la media S.D. de las determinaciones en duplicado. El Ki aparente es calculado a partir de la Ecuación 2 asumiendo que la inhibición es competitiva con crotonoil-ACP.
Ecuación 1v = Rango/(1+[I]/IC50) s + señal de fondo
Ecuación 2Ki(app) = IC50/(I+[S]/Ks) {}\hskip2.1cm
Ensayo de actividad antimicrobiana
La actividad antimicrobiana global fue determinada mediante microdilución en caldo usando el procedimiento recomendado por el National Committee for Clinical Laboratory Standards (NCCLS) recommended procedure, Document M7-A4, "Methods for Dilution Susceptibility Tests for Bacteria that Grow Aerobically". El compuesto fue probado en diluciones de dos veces seriadas que variaban desde 0.06 hasta 64 mcg/mL. Los organismos de prueba fueron seleccionados de las siguientes cepas de laboratorio: Staphilococcus aureus Oxford, Staphilococcus aureus WCUH29, Streptococcus pneumoniae ERY2, Streptococcus pneumoniae 1629, Streptococcus pneumoniae N 1387, Enterococcus faecalis 1, Enterococcus faecalis 7, Haemophilus influenzae Q1, Haemophilus influenzae NEMCl, Moraxella Catarrhalis 1502, Escherichia coli 7623 AcrABEFD+, Escherichia coli 120 AcrAB-, Escherichia coli MG1655, Escherichia coli MG1658. La concentración inhibidora mínima (MIC) fue determinada como la concentración más baja de compuesto que inhibía el crecimiento visible. Se usó un lector de espejo para ayudar en la determinación del punto final MIC.
Una persona experimentada en la técnica considerará cualquier compuesto con un MIC de menos de 256 Pg/mL como un nuevo compuesto activo potencial. Preferiblemente, los compuestos usados en los ensayos antimicrobianos de la presente invención tienen un valor de MIC de menos de 128 Pg/mL. Lo más preferiblemente, dichos compuestos tienen un valor de MIC de menos de 64 Pg/mL.
Los ejemplos que siguen no pretenden de ninguna manera limitar el alcance de esta invención, sino que se proveen para ilustrar como obtener y utilizar los compuestos de esta invención. Muchas otras modalidades serán fácilmente evidentes para los experimentados en la técnica.
Ejemplos General
Los espectros de resonancia magnética nuclear protónica (^{1}H RMN) fueron registrados bien a 250, 300, 360, o 400 MHz, y se reportaron las desviaciones químicas en partes por millón (\delta) campo hacia abajo del estándar interno de tetrametilsilano (TMS). Las abreviaturas para los datos de RMN son como sigue: s = singlete, d = doblete, t = triplete, q = cuartete, m = multiplete, dd = doblete de dobletes, dt = doblete de tripletes, app = aparente, br = ancho. J indica la constante de acoplamiento de RMN medida en Hertz. CDCl_{3} es deuteriocloroformo, DMSO-d6 es hexadeuteriodimetilsulfóxido, y CD_{3}OD es tetradeuteriometanol. Los espectros de masas fueron obtenidos usando técnicas de ionización por electroaspersión (ES). Los análisis elementales fueron ejecutados por Quantitative Technologies Inc., Whitehouse, NJ. Los puntos de fusión fueron obtenidos en un aparato de punto de fusión Thomas-Hosobre y no fueron corregidos. Todas las temperaturas se reportan en grados Celsius. Se usaron placas de capa delgada Analtech Silica Gel GF y E. Merck Silica Gel 60 F-254 para la cromatografía de capa delgada. La cromatografía instantánea fue llevada a cabo sobre silica gel E. Merck Kieselgel 60 (230-400 malla). La HPLC analítica fue ejecutada con un sistema cromatográfico Beckman. La HPLC preparativa fue realizada usando sistemas cromatográficos Gilson. ODS se refiere a un soporte cromatográfico de sílica gel derivada con octadecilsililo. YMC ODS-AQ® es un soporte cromatográfico ODS y es una marca registrada de YMC Co. Ltd., Kyoto, Japan. PRP-1® es un soporte cromatográfico polimérico (estireno-divinilbenceno) y es una marca registrada de Hamilton Co., Reno, Nevada. Celite® es un agente de filtración compuesto de sílica diatomácea lavada con ácido y es una marca registrada de Manville Corp., Denver, Colorado.
Preparación 1
Preparación de 1-metil-2-(metilaminometil)indol a) Etil 1-metilindol-2-carboxilato
NaH (dispersión 60% en aceite mineral, 8.02 g, 200.49 mmol) se lavó con hexano, luego se suspendió en DMF (530 mL). Se añadió indol-2-carboxilato (25.29 g, 133.66 mmol) sólido en porciones a lo largo de 5 - 10 min, permitiendo que remita la evolución de gas entre las adiciones. Cuando la adición fue completa, la mezcla amarilla fue agitada por 15 minutos, y luego se añadió yoduro de metilo (42 mL, 668.3 mmol) de una vez. La reacción fue exotérmica y la temperatura inicial se elevó a 40 - 45°C. Después de 1 h, la reacción fue cortada con NH_{4}Cl 10% (100 mL) y se concentró en el evaporador rotatorio (alto vacío). El residuo fue sometido a partición entre Et_{2}O (500 mL) y H_{2}O (100 mL), y las capas fueron separadas, La capa de Et_{2}O se lavó con H_{2}O (100 mL), se secó (MgSO_{4}), y se concentró para dejar el compuesto del título (27.10 g, cuantitativo) como un ligero sólido amarillo. Éste se usó sin purificación adicional: TLC (10% EtOAc/hexanos) Rf = 0.39.
b) N,I-Dimetilindol-2-carboxamida
Una suspensión de etil 1-metilindol-2-carboxilato (27.10 g, 133.34 mmol) en CH_{3}NH_{2} 40% acuoso (300 mL) y MeOH (30 mL) se agitó a temperatura ambiente. Un sólido tendió a subir gradualmente por las paredes del matraz, y fue arrastrado periódicamente con MeOH. El matraz fue tapado firmemente para mantener el material dentro del matraz. A medida que la reacción procedía, el sólido se disolvía, pero eventualmente el producto comenzó a precipitar. La reacción fue agitada a temperatura ambiente por 5 días, luego se concentró para retirar aproximadamente 200 mL del solvente. El residuo restante se diluyó con H_{2}O (300 mL), y el sólido fue recogido por filtración con succión y se lavó con H_{2}O. El secado a 50 - 60°C en alto vacío dejó el compuesto del título (23.45 g, 93%) sólido levemente amarillo: ^{1}H RMN (300 MHz, CDCl3) \delta 7.63 (d, J = 8.0 Hz, 1 H), 7.27 - 7.43 (m, 2 H), 7.10 - 7.20 (m, 1 H), 6.80 (s, 1 H), 6.10 - 6.30 (m, 1 H), 4.06 (s, 3 H), 3.01 (d, J = 4.9 Hz, 3 H).
c) 1-Metil-2-(metilaminometil)indol
Un matraz de 3L de fondo Redondo con 3 bocas equipado con agitación por la parte superior fue cargado con N,1-dimetilindol-2-carboxamida (23.45 g, 124.58 mmol) y THF anhidro (170 mL). La solución fue agitada mientras una solución de LiAlH_{4} en THF (1.0 M, 250 mL, 250 mmol) se añadía a través de una jeringa. Se liberó un gas durante la adición de los primeros 50 mL de la solución de LiAlH_{4}. Cuando la adición fue completa, la solución amarilla clara resultante se calentó con reflujo suave. Después de 23 h, la reacción fue enfriada con hielo y cortada mediante la adición secuencial gota a gota de H_{2}O (9.5 mL), NaOH 15% (9.5 mL), y H_{2}O (28.5 mL). La mezcla fue agitada por 15 min, luego se filtró a través de celite®, y el paño de filtración fue lavado exhaustivamente con THF. El filtrado se concentró y el residuo fue sometido a cromatografía instantánea sobre sílica gel (10% MeOH/CHCl_{3} que contenía 0.5% de conc. NH_{4}OH). El compuesto del título (20.17 g, 93%) se obtuvo como un ligero aceite amarillo: ^{1}H RMN (300 MHz, CDCl_{3}) \delta7.56 
\hbox{(d, J =
7.8 Hz,  1 H), 7.02 - 7.35 (m, 3 H), 6.38 (s, 1 H), 3.88 (s, 2 H),
3.75 (s, 3 H), 2.49 (s, 3 H).}
Preparación 2
Preparación de ácido 2-[2-(4-metoxifenil)etil]nicotínico a) ácido 2-[2-(4-Metoxifenil)etenil]nicotínico
Una mezcla de NaH (60% dispersión en aceite mineral, 7.4 g, 0.185 mol), ter-butanol (11.12 g, 0.15 mol), y DMF anhidra (100 mL) fue calentada cuidadosamente a 80ºC hasta que cesó la liberación de gas, luego se enfrió hasta 0ºC bajo argón. Una solución de etil 2-metilnicotinato (7.7 mL, 0.050 mol) en DMF anhidra (17 mL) se añadió gota a gota durante 3 min, y la mezcla rojiza-naranja se agitó a 0ºC por 1 h. Una solución de para-anisaldehído (7.3 mL, 0.060 mL) en DMF anhidra (17 mL) se añadió gota a gota durante 3 min, y la reacción se dejó calentar a temperatura ambiente. La mezcla se agitó durante la noche, luego fue vertida sobre agua con hielo (200 mL), y la solución se acidificó a pH 6 con ácido acético glacial. El volumen fue ajustado a 1 L con H_{2}O, el matraz fue raspado con una varilla de vidrio, y la mezcla se dejó reposar a temperatura ambiente durante varias horas, luego en el refrigerador durante la noche. El sólido fue recogido por filtración con succión y se lavó con H_{2}O. la recristalización desde EtOH absoluto dio el compuesto del título (5.31 g, 42%, dos recolecciones) como agujas amarillas: ^{1}H RMN (250 MHz, DMSO-d6) \delta8.70 (dd, J = 4.6, 1.7 Hz, 1 H), 8.18 (dd, J = 7.9,1.7 Hz, 1H), 7.95 (d, J = 15.8 Hz, 1H), 7.83 (d, J = 15.8 Hz, 1H), 7.57 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 7.34 (dd, J = 7.9, 4.6 Hz, I H), 6.99 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 3.79 (s, 3 H); MS (ES) m/e 256 (M + H)+.
b) ácido 2-[2-(4-Metoxifenil)etil]nicotínico
Pd/C al 10% (2.21 g, 2.08 mmol) se añadió a una solución de ácido 2-[2-(4-metoxifenil)etenil]nicotínico (5.31 g, 20.80 mmol) y NaOH 1.0 N (23 mL, 23 mmol) en H_{2}O (81 mL), y la mezcla fue agitada a temperatura ambiente bajo H_{2} (50 psi) en un aparato de Parr. Después de 4.5 h, la mezcla se filtró a través de celite®, y el filtrado se acidificó a pH 5 con ácido acético glacial. El sólido fue recogido por filtración con succión, se lavó con H_{2}O, y se secó en alto vacío a 45ºC para producir el compuesto del título (4.50 g, 84%) como un sólido blancuzco: ^{1}H RMN (400 MHz, DMSO-d6) \delta8.65 (dd, J = 4.7,1.7 Hz, I H), 8.15 (dd, J = 7.8, 1.7 Hz, 1H), 7.35 (dd, J = 7.8, 4.7 Hz, 1 H), 7.13 (d, J = 8.5 Hz, 2 H), 6.84 (d, J = 8.5 Hz, 2 H), 3.71 (s, 3H), 3.25 - 3.40 (m, 2 H), 2.82 - 2.93 (m, 2 H).
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Preparación 3
Preparación de 2-bromo-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida a) 2-Bromo-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida - Método I
Una solución de cloruro de2-bromobenzoilo (1.85 g, 8.45 mmol) en CH_{2}Cl_{2} (10 mL) se añadió gota a gota a una solución de 1-metil-2-(metilaminometil)indol (1.47 g, 8.45 mmol) y Et3N (3.6 mL, 25.8 mmol) en CH_{2}Cl_{2} (50 mL) a 0°C. La reacción fue agitada a 0ºC por 15 min, luego se dejó calentar hasta temperatura ambiente. Después de 2 h, la mezcla se concentró in vacuo, y el residuo se diluyó con H_{2}O. La mezcla se extrajo con Et_{2}O, y las capas de Et_{2}O combinadas se secaron (MgSO_{4}) y se concentraron in vacuo. El residuo aceitoso se trituró con Et_{2}O/éter de petróleo para producir el compuesto del título (2.6 g, 87%) como un sólido blanco: MS (ES) m/e 357 (M + H)+.
b) 2-Bromo-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida - Método II
EDC (660 mg, 3.44 mmol) se añadió a una solución de ácido 2-bromobenzóico (693 mg, 3.45 mmol), 1-metil-2-(metilaminometil)indol (600 mg, 3.45 mmol), y HOBt \cdot H_{2}O (466 mg, 3.45 mmol) en DMF a temperatura ambiente. La reacción se agitó durante la noche, luego se concentró in vacuo. El residuo se diluyó con NaHCO_{3} 5% y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. Los extractos orgánicos combinados se lavaron con salmuera y se secó sobre MgSO_{4}. La cromatografía instantánea sobre sílica gel (2% MeOH/CH_{2}Cl_{2}) dio el compuesto del título (750 mg, 63%): MS (ES) m/e 357 (M + H)+.
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Preparación 4
Preparación de 1-metil-3-(metilaminometin-1H-indazol a) Metil 1-metil-1H-indazol-3-carboxilato
Indazol-3-ácido carboxílico (5.0 g, 30 mmol), K_{2}CO_{3} (12.4 g, 90 mmol), y MeI (9.3 mL, 150 mmol) fueron combinados en DMF seco (100 mL) y se calentaron a 50ºC. Después de 18 h la mezcla se enfrió hasta temperatura ambiente y se concentró in vacuo. El residuo puesto en EtOAc y se filtró, y el filtrado se concentró bajo presión reducida. El residuo fue sometido a cromatografía instantánea sobre sílica gel (25% EtOAc/hexanos) para dar el compuesto del título (3.88 g, 68%) como un sólido amarillo: _{1}H RMN (300 MHz, CDCl_{3}) \delta8.24 (m, 1 H), 7.47 (m, 2 H), 7.34 (m, 1H), 4.19 (s, 3 H), 4.05 (s, 3 H).
b) N,1-Dimetil-1H-indazol-3-carboxamida
Una suspensión de metil 1-metil-1H-indazol-3-carboxilato (3.88 g, 20.4 mmol) en CH_{3}NH_{2} acuoso al 40% (100 mL) y MeOH (5 mL) se agitó a temperatura ambiente por 4 h, tiempo durante el cual se formó una solución homogénea. La solución se concentró hasta aproximadamente 1/3 de su volumen, y el sólido precipitado fue recogido por filtración, se lavó con H_{2}O, y se secó in vacuo para dar el compuesto del título (3.42 g, 89%) como un sólido amarillo pálido: ^{1}H RMN (300 MHz, CDCl_{3}) \delta8.24 (m, 1 H), 7.47 (m, 2 H), 7.34 (m, 1 H), 6.95 (br s, 1 H), 4.19 (s, 3 H), 3.05 (d, J = 12.0 Hz, 3 H).
c) 1-Metil-3-(metilaminometil)-1H-indazol
Una solución de LiAlH_{4} en THF (1.0 M, 36 mL, 36 mmol) se añadió con lentitud a una solución de N,1-dimetil-1H-indazol-3-carboxamida (3.42 g, 18 mmol) en THF seco (90 mL) a temperatura ambiente. Después de 2 h la mezcla fue calentada hasta un reflujo suave. Después de 4 h la mezcla se enfrió hasta temperatura ambiente y fue detenida por adición gota a gota de de 2.0 M NaOH hasta que se formó un sólido blanco. La mezcla se secó (MgSO_{4}) y se filtró, y el filtrado se concentró bajo presión reducida para dar el compuesto del título (3.28 g, 100%) como un aceite: MS (ES) m/e 176 (M + H)+.
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Preparación 5
Preparación de ácido 4-amino-2-fenoxibenzóico clorhidrato a) Ácido 2-Fenoxi-4-nitrobenzóico
A una solución agitada de ácido 2-cloro-4-nitrobenzóico (3 g, 14.9 mmol) y fenol (3 g, 31.9 mmol) en MeOH (20 mL) se añadió una solución de NaOMe en MeOH (25% en peso, 9 mL, 39.4 mmol). Después de 15 minutos la solución se concentró hasta sequedad y el residuo fue tomado en dimetilacetamida (50 mL). Se añadió cobre en polvo (100 mg) y la mezcla se calentó a reflujo con agitación (180ºC baño de aceite). Después de 1 h la reacción se enfrió hasta temperatura ambiente, se acidificó con HCl 1.0 N (40 mL), y se extrajo con EtOAc. Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secó (MgSO_{4}), y se concentró bajo vacío. El residuo restante se trituró con 1:1 Et_{2}O/éter de petróleo y se secó bajo vacío para producir el compuesto del título (4.65 g). este se usó sin purificación adicional.
b) Ácido 4-Amino-2-fenoxibenzóico clorhidrato
Ácido 2-fenoxi-4-nitrobenzóico (4.65 g) fue tomado en MeOH (150 mL) y se hidrogenó a 50 psi H_{2} sobre Pd/C 10% (1 g, 0.9 mmol) en un aparato de Parr. Después de 4 h, la mezcla se enfrió hasta temperatura ambiente y se filtró a través de un lecho de celite®. El filtrado se acidificó con HCl 1.0 N (20 mL), se concentró hasta sequedad, y se re-concentró desde MeOH (2x). El residuo se trituró con EtOAc/Et_{2}O y se secó bajo vacío para dar el compuesto del título (4.17 g, 100%) como un sólido color crema: MS (ES) m/e 230.2 (M ^{+} H)^{+}. Este residuo se usó sin purificación adicional (89% pureza por HPLC).
Preparación 6
Preparación de ácido 2-(3-acetamidofenoxi)benzóico a) Metil 2-(3-acetamidofenoxi)benzoato
A una solución agitada de metil 2-iodobenzoato (10 g, 38.2 mmol) en dimetilacetamida (50 mL) se añadió 3-acetamidofenol (5 g, 33 mmol) y óxido de cobre (I) (2.5 g, 17 mmol), y la mezcla se calentó a reflujo bajo argón (180ºC baño de aceite). Después de 24 h la reacción se enfrió hasta temperatura ambiente y la mayor parte del solvente fue eliminada por destilación. El residuo restante fue purificado por cromatografía instantánea sobre sílica gel (50% EtOAc/hexano) para dar compuesto del título crudo (4.95 g, 55%): MS (ES) m/e 286.2 (M^{+} H)^{+}. El compuesto del título preparado de esta forma contenía aproximadamente 45% de acetamidofenol N,O-diarilado como contaminante: MS (ES) m/e 420.4 (M + H)+. La mezcla se usó sin purificación adicional.
b) Ácido 2-(3-Acetamidofenoxi)benzóico
A una solución agitada de metil 2-(3-acetamidofenoxi)benzoato (4.7 g mezcla cruda) en dioxano (100 mL) se añadió 1.0 N NaOH (24 mL). Después de agitar a temperatura ambiente por 72 h la reacción se acidificó con HCl 1.0 N (24 mL) y se extrajo con EtOAc. Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron (Mg SO_{4}), y se concentraron. El residuo fue purificado por cromatografía instantánea sobre sílica gel (95:4:1 CHCl_{3}/MeOH/AcOH) para dar el compuesto del título crudo (2.2 g, 34%) como un sólido color crema: MS (ES) m/e 272.2 (M + H)+. El compuesto del título preparado de esta forma contenía aproximadamente 46% del diácido resultante del material di-éster de partida contaminante: MS (ES) m/e 392.2 (M + H)+. La mezcla se usó sin purificación adicional.
Preparación 7
Preparación de 2-(aminometil)-1-metilindol a) 1-Metilindol-2-carboxamida
A una solución de 1-metilindol-2-ácido carboxílico (5.0 g, 28.5 mmol) en THF (100 mL) a 0ºC se añadió N-metilmorfolina (3.5 mL, 31.8 mmol) seguida por isobutil cloroformato (4.0 mL, 30.8 mmol) gota a gota a lo largo de 5 minutos. Se formó rápidamente una pasta espesa. La mezcla fue agitada por 30 min, luego sea añadió NH_{4}OH (4.0 mL, 58 mmol) en una porción con agitación vigorosa, y se retiró el baño de enfriamiento. La reacción fue agitada a temperatura ambiente por 4 h y luego se concentró hasta sequedad. El residuo se trituró con Na_{2}CO_{3} 1.0 N (50 mL), se filtró, se lavó con un pequeño volumen de agua fría, y se secó bajo vacío para dar el compuesto del título (2.46 g, 50%) como un sólido blanco: Silica gel TLC (5% MeOH/CHCl_{3}) Rf 0.50.
b) 2-(Aminometil)-1-metilindol
De acuerdo con el procedimiento de Preparación 1 (c), excepto que se sustituye 1-metilindol-2-carboxamida (5.0 g, 30 mmol) por N,1-dimetilindol-2-carboxamida, el compuesto del título (4.15 g, 86%) se preparó como un aceite que solidificó en el congelador: MS (ES) m/e 161.2 (M + H)+.
Preparación 8
Preparación de 5-amino-2-bromo-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida a) Ácido 5-Amino-2-bromobenzóico clorhidrato
A una solución agitada de ácido 2-bromo-5-nitrobenzóico (2.5 g, 10 mmol) en AcOH (75 mL) se añadió zinc en polvo (4.6 g, 70 mmol) por porciones. La reacción fue exotérmica. La mezcla fue agitada a temperatura ambiente por 16 h luego se filtró a través de un lecho de celite®, y el lecho de filtración fue lavado con un pequeño volumen de AcOH. El filtrado se concentró bajo vacío y el residuo fue disuelto en HCl 1.0 N (20 mL). La solución se concentró hasta sequedad, y el residuo se trituró con Et_{2}O y se secó bajo vacío para dar el compuesto del título (0.67 g, 27%) como un sólido blancuzco: MS (ES) m/e 216.2 (M + H)+.
b) 5-Amino-2-bromo-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento de Preparación 3 (b), excepto que se sustituye el ácido 5-amino-2-bromobenzóico clorhidrato (0.67 g, 2.7 mmol) con ácido 2-bromobenzóico, el compuesto del título (0.62 g, 63%) se obtuvo como un sólido blanco después de cromatografía instantánea sobre sílica gel (70-80% EtOAc/hexanos): MS (ES) m/e 372.0 (M + H)+.
Los siguientes ejemplos ilustran métodos para preparar los compuestos biológicamente activos de esta invención a partir de compuestos intermedios tal como los descritos en las preparaciones anteriores.
Ejemplo 1
Preparación de 2-[2-(4-metoxifenil)etil]-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]nicotinamida a) 2-[2-(4-Metoxifenil)etil]-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]nicotinamida
EDC (0.60 g, 3.16 mmol) se añadió a una solución de ácido 2-[2-(4-metoxifenil)etil]nicotínico (0.81 g, 3.16 mmol), 1-metil-2-(metilaminometil)indol (0.50 g, 2.87 mmol), HOBt H_{2}O (0.43 g, 3.16 mmol), y diisopropiletilamina (0.55 mL, 3.16 mmol) en DMF (15 mL) a temperatura ambiente. La reacción fue agitada durante la noche, luego se diluyó con H_{2}O y se extrajo con EtOAc. El secado (Na_{2}SO_{4}), concentración, y cromatografía instantánea sobre sílica gel (5% MeOH/CHCl_{3}) dieron el compuesto del título (1.07 g, 90%) como un aceite amarillo viscoso: ^{1}H RMN (300 MHz, DMSO-d6) \delta8.63 (m, 1 H), 7.22 - 7.61 (m, 8 H), 6.97 (d, J = 8.1 Hz, I H), 6.63 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 6.52 (s, I H), 3.80 (s, 3 H), 3.78 (m, 2 H), 3.72 (s, 2 H), 3.16 (m, 2 H), 3.03 (s, 3 H), 2.57 (s, 3 H); MS (ES) m/e 414 (M + H)+. Anal. Calculado para C_{26}H_{27}N_{3}O_{2}: C, 75.52; H, 6.58 : N, 10.16. Encontrado C, 75.84; H, 6.68; N, 9.76.
Ejemplo 2
Preparación de N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-fenilbenzamida a) N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-fenilbenzamida
EDC (0.22 g, 1.14 mmol) se añadió a una solución de 2-bifenilácido carboxílico (0.22 g, 1.14 mmol), 1-metil-2-(metilaminometil)indol (0.20 g, 1.15 mmol), y HOBt \cdot H_{2}O (0.15 g, 1.11 mmol) en DMF (20 mL) a temperatura ambiente. La reacción se agitó durante la noche, luego se concentró in vacuo. El residuo se diluyó con 5% NaHCO_{3} y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. Los extractos orgánicos combinados se lavaron con salmuera y se secaron sobre MgSO_{4}. La cromatografía instantánea sobre sílica gel (3% MeOH/CH_{2}Cl_{2}) seguida por CCD preparativa (3% MeOH/CH_{2}Cl_{2}) dio el compuesto del título (0.10 g, 25%) como un ligero sólido amarillo: ^{1}H RMN (360 MHz, CDCl_{3}) indicó una mezcla aproximadamente 5:1 de rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta7.03 7.58 (m, 13 H), 6.19 (s, 1 H), 4.50 -5.00 (m, 2 H), 3.57 (s, 3 H), 2.40 (s, 3 H); para el rotámero menor: \delta7.03 - 7.58 (m, 13 H), 6.14 (s, 1 H), 4.50 -5.00 (m, 2 H), 3.38 (s, 3 H), 2.76 (s, 3 H); MS (ES) m/e 356 (M + H)+. Anal. Calculado para C_{24}H_{22}N_{2}O \cdot 0.80 H_{2}O: C, 78.15; H, 6.45; N, 7.59. Encontrado: C, 77.96; H, 6.29; N, 7.35.
Ejemplo 3
Preparación de N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(piridin-4-il)benzamida a) N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(piridin-4-il)benzamida
Una solución de 2-bromo-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida (0.30 g, 0.84 mmol), ácido piridin-4-borónico (0.20 g, 1.63 mmol), tetrakis(trifenilfosfina)paladio(0) (29 mg, 0.025 mmol), y Cs_{2}CO_{3} (1.10 g, 3.38 mmol) en 10:1 DME/H_{2}O (25 mL) fue desgasificada y luego calentada bajo N_{2} durante la noche. La mezcla resultante se concentró in vacuo, y el residuo tomado en solución al 10% de NaOH s. La mezcla se extrajo con CH_{2}Cl_{2}, y los extractos orgánicos combinados se lavaron con salmuera y se secaron (MgSO_{4}). La cromatografía instantánea sobre sílica gel (3% MeOH/CH_{2}Cl_{2}) seguida por CCD preparativa (3% MeOH/CH_{2}Cl_{2}) dio el compuesto del título (98 mg, 33%) como un sólido blanco: ^{1}H RMN (300 MHz, CDCl_{3}) indicó una mezcla de aproximadamente 5:1 de rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta8.50 - 8.65 (m, 2 H), 7.00 - 7.60 (m, 10 H), 6.27 (s, I H), 4.50 - 5.00 (m, 2 H), 3.62 (s, 3 H), 2.49 (s, 3 H); para el rotámero menor \delta 8.65 - 8.75 (m, 2 H), 7.00 - 7.60 (m, 10 H), 6.12 (s, 1H), 4.50 - 5.00 (m, 2 H), 3.41 (s, 3 H), 2.86 (s, 3 H); MS (ES) m/e 356 (M + H)+. Anal. Calculado para C_{23}H_{21}N_{3O} \cdot 0.10 H_{2}O: C, 77.33; H, 5.98; N, 11.76. Encontrado: C, 77.07; H, 5:98; N, 11.56.
Ejemplo 4
Preparación de N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-piridin-3-il)benzamida a) N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(piridin-3-il)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 3 (a), excepto que se sustituye el ácido piridin-3-borónico (173 mg, 1.41 mmol) con el ácido piridin-4-borónico, el compuesto del título (56 mg, 22%) se obtuvo como una espuma ligera amarilla después de cromatografía instantánea sobre sílica gel (3% MeOH/CH_{2}Cl_{2}) seguida por CCD preparativa (3% MeOH/CH_{2}Cl_{2}): ^{1}H RMN (360 MHz, CDCl_{3}) indicó una mezcla aproximadamente 5:1 de rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta 8.68 (br s, 1H), 8.50 (br s, 1H), 7.71 - 7.77 (m, 1H), 7.63 - 7.72 (m, 1 H), 7.31 - 7.57 (m, 4 H), 7.04 - 7.31 (m, 4 H), 6.23 (s, 1 H), 4.60 - 4.85 (m, 2H), 3.63 (s, 3 H), 2.48 (s, 3 H); para el rotámero menor: \delta8.74 (br s, 1 H), 8.68 (br s, 1 H), 7.85 - 7.89 (m, 1H), 7.31 - 7.57 (m, 5 H), 7.04 - 7.31 (m, 4 H), 6.17 (s, 1 H), 4.30 - 4.45 (m, 2 H), 3.40 (s, 3 H), 2.82 (s, 3 H); MS (ES) m/e 356 (M + H)+.
Ejemplo 5
Preparación de N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)-metil]-2-(tiofen-3-il)benzamida a) N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(tiofen-3-il)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 3 (a), excepto que se sustituye el ácido tiofeno-3-borónico (179 mg, 1.40 mmol) por el ácido piridin-4-borónico, el compuesto del título (100 mg, 40%) se obtuvo siguiendo una cromatografía instantánea sobre sílica gel (20% EtOAc/hexanos): ^{1}H RMN (360 MHz, CDCl_{3}) indicó una mezcla de aproximadamente 4:1 rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta 7.00 - 7.56 (m, 11 H), 6.28 (s, I H), 4.95 - 5.15 (m, 1 H), 4.48 - 4.68 (m, 1H), 3.69 (s, 3 H), 2.41 (s, 3 H); para el rotámero menor: \delta7.00 - 7.56 (m, 11 H), 6.15 (s, 1 H), 4.38 (d, J = 15.5 Hz, 1 H), 3.65 (d, J = 15.5 Hz, 1H), 3.60 (s, 3 H), 2.84 (s, 3 H); MS (ES) m/e 361 (M + H)+. Anal. Calculado para C_{22}H_{20}N_{2}OS \cdot 0.10 H_{2}O: C, 72.94; H, 5.62; N, 7.73. Encontrado: C, 72.70; H, 5.58; N, 7.46.
Ejemplo 6
Preparación de N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(furan-3-il)benzamida a) N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(furan-3-il)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 3 (a), excepto que se sustituye el ácido furan-3-borónico (156 mg, 1.39 mmol) por el ácido piridin-4-borónico, el compuesto del título (100 mg, 41%) se obtuvo después por TLC preparativa (20% EtOAc/hexanos) seguido por cromatografía instantánea sobre sílica gel (20% EtOAc/hexanos): ^{1}H RMN (360 MHz, CDCl_{3}) indicó una mezcla de aproximadamente 3.5:1 de rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta7.61 - 7.65 (m, 1 H), 7.03 - 7.58 (m, 9 H), 6.55 - 6.58 (m, 1H), 6.37 (s, I H), 5.07 - 5.27 (m, 1 H), 4.58 - 4.68 (m, I H), 3.74 (s, 3 H), 2.50 (s, 3 H); para el rotámero menor: \delta 7.68 - 7.71 (m, 1 H), 7.03 - 7.58 (m, 9 H), 6.63 - 6.66 (m, 1 H), 6.24 (s, 1H), 4.42 (d, J = 15.7 Hz, 1 H), 3.97 (d, J = 15.7 Hz, 1 H), 3.39 (s, 3 H), 2.94 (s, 3 H); MS (ES) m/e 345 (M + H)+. Anal. Calculado para C_{22}H_{20}N_{2}O_{2} \cdot 0.10 H_{2}O:C, 76.32; H, 5.88; N, 8.09. Encontrado: C, 76.11; H, 5.94; N, 7.79.
Ejemplo 7
Preparación de N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-fenoxibenzamida a) N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-fenoxibenzamida
EDC (230 mg, 1.2 mmol) se añadió a una solución de ácido 2-fenoxibenzóico (214.2 mg, 1.0 mmol), 1-metil-2-(metilaminometil)indol (209.1 mg, 1.2 mmol), HOBt H_{2}O (162.2 mg, 1.2 mmol), y trietilamina (0.35 mL, 2.5 mmol) en DMF (5 mL) a temperatura ambiente. Después de 16.5 h, la reacción se concentró, y el residuo se concentró desde xilenos/CHCl_{3} para retirar el DMF residual. La cromatografía instantánea sobre sílica gel (40% EtOAc/hexanos) dio el compuesto del título (393.5 mg, cuantitativo) como un aceite muy viscoso, casi incoloro: ^{1}H RMN (360 MHz, CDCl_{3}) indicó aproximadamente una mezcla de 5:1 de rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta7.56 (d, J = 7.9 Hz, 1 H), 6.98 - 7.50 (m, 9 H), 6.95 (d, J = 7.6 Hz, 2 H), 6.87 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.49 (s, 1 H), 4.40 - 5.40 (m, 2 H), 3.62 (s, 3 H), 2.84 (s, 3 H); para el rotámero menor: \delta6.80 - 7.50 (m, 13 H), 6.47 (s, I H), 4.40 - 5.40 (m, 2 H), 3.56 (s, 3 H), 2.98 (s, 3 H); MS (ES) m/e 371 (M + H)+.
\newpage
Ejemplo 8
Preparación de N,2-dimetil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida a) N,2-Dimetil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida
EDC (0.22 g, 1.15 mmol) se añadió a una solución de ácido orto-toluico (0.15 g, 1.10 mmol), 1-metil-2-(metilami-
nometil) indol (0.20 g, 1.15 mmol), y HOBt \cdot H_{2}O (0.15 g, 1.11 mmol) en DMF a temperatura ambiente. La reacción fue agitada durante la noche, luego se concentró in vacuo. El residuo se diluyó con 5% NaHCO_{3} y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. Los extractos orgánicos combinados se lavaron con salmuera y se secaron sobre MgSO_{4}. La cromatografía instantánea sobre sílica gel (20% EtOAc/hexanos) dio una goma incolora, que se trituró con Et_{2}O para producir el compuesto del título (0.12 g, 37%) como un sólido blanco: ^{1}H RMN (300 MHz, CDCl_{3})indicó una mezcla de aproximadamente 5:1 de rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta7.60 (d, J = 7.7 Hz, 1H), 7.05 - 7.40 (m, 7 H), 6.52 (s, I H), 5.01 (s, 2 H), 3.85 (s, 3 H), 2.71 (s, 3H), 2.30 (s, 3 H); para el rotámero menor: \delta7.60 (d, J = 7.7 Hz, 1H), 7.05 - 7.40 (m, 7 H), 6.44 (s, I H), 4.52 (s, 2 H), 3.50 (s, 3 H), 3.14 (s, 3H), 2.37 (s, 3 H); MS (ES) m/e 293 (M + H)+. Anal. Calculado para C_{19}H_{20}N_{2O} \cdot 0.35 H_{2}O: C, 76.40; H, 6.99; N, 9.38. Encontrado: C, 76.10; H, 6.83; N, 9.33.
Ejemplo 9
Preparación de 2-[3-(acetilamino)fenil]-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida a) 2-[3-(Acetilamino)fenil]-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 3 (a), excepto que se sustituye el ácido 3-(acetilamino)fenilborónico (250 mg, 1.40 mmol) por el ácido piridin-4-borónico, el compuesto del título (190 mg, 66%) se obtuvo después cromatografía instantánea sobre sílica gel (3% MeOH/CH_{2}Cl_{2}): ^{1}H RMN (300 MHz, CDCl_{3}) indicó una mezcla de aproximadamente 4:1 de rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta7.00 - 7.80 (m, 12 H), 6.20 (s, 1 H), 4.65 - 4.90 (m, 2 H), 3.54 (s, 3 H), 2.52 (s, 3 H), 2.04 (s, 3H); para el rotámero menor: \delta7.00 - 7.80 (m, 12 H), 6.12 (s, I H), 4.40 (d, J = 15 Hz, 1 H), 3.75 (d, J = 15 Hz, 1 H), 3.38 (s, 3 H), 2.84 (s, 3 H), 2.16 (s, 3 H); MS (ES) m/e 412 (M + H)+. Anal. Calculado para C_{26}H_{25}N_{3}O_{2} \cdot 0.20 H_{2}O: C, 74.87; H, 6.42; N, 9.77. Encontrado: C, 74.65; H, 6.36; N, 9.50.
Ejemplo 10
Preparación de N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-2-fenoxinicotinamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 7, excepto que se sustituye el ácido 2-fenoxinicotínico (215.2 mg, 1.0 mmol) por el ácido 2-fenoxibenzóico, el compuesto del título (311.3 mg, 84%) se preparó como un polvo blanco: ^{1}H RMN (300 MHz, CDCl_{3}) indicó una mezcla de aproximadamente 5:1 de rotámeros de la amida; para el rotámero principal: \delta8.19 (dd, J = 5.0, 1.9 Hz, 1H), 7.77 (dd, J = 7.3, 1.9 Hz, I H), 7.57 (d, J = 7.8 Hz, 1H), 7.00 - 7.45 (m, 9 H), 6.54 (s, 1 H), 4.50 - 5.60 (m, 2 H), 3.74 (s, 3 H), 2.89 (s, 3 H); MS (ES) m/e 372 (M + H)+.
Ejemplo 11
Preparación de N-metil-N-(1-metil-1H-indazol-3-ilmetil)-2-fenilbenzamida
Una solución de 2-bifenilácido carboxílico (198 mg, 1 mmol), 1-metil-3-(metilaminometil)-1H-indazol (210 mg, 1.2 mmol), EDC (230 mg, 1.2 mmol), HOBt H_{2}O (162 mg, 1.2 mmol), y trietilamina (0.28 mL, 2.0 mmol) en DMF (5 mL) se agitó a temperatura ambiente. Después de 18 h, la reacción se concentró hasta sequedad, y el residuo fue purificado por cromatografía instantánea sobre sílica gel (45% EtOAc/hexanos). El compuesto del título (221 mg, 62%) se obtuvo como un sólido blanco: MS (ES) m/e 356 (M + H)+.
Ejemplo 12
Preparación de N-metil-N-(1-metil-1H-indazol-3-ilmetil)-2-fenoxibenzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 11, excepto que se sustituye el ácido 2-fenoxibenzóico (214 mg, 1 mmol) por el 2-bifenilácido carboxílico, el compuesto del título se preparó como un sólido pegajoso: MS (ES) m/e 372 (M + H)+.
Ejemplo 13
Preparación de 2-metoxi-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento de Preparación 3 (a), excepto que se sustituye el cloruro de 2-metoxibenzoilo (0.25 g, 1.44 mmol por el cloruro de 2-bromobenzoilo, el compuesto del título (0.17 g, 39%) se preparó como un sólido blanco: MS (ES) m/e 309 (M + H)+.
Ejemplo 14
Preparación de 2.4-dihidroxi-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 1, excepto que se sustituye el ácido 2,4-dihidroxibenzóico (0.18 g, 1.15 mmol) por el 2-bifenilácido carboxílico, el compuesto del título (0.074 g, 21%) se preparó como un sólido blanco: MS (ES) m/e 311 (M + H)+.
Ejemplo 15
Preparación de 2-dimetilamino-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 1, excepto que se sustituye el ácido 2-dimetilaminobenzóico (0.2 g, 1.15 mmol) por el 2-bifenilácido carboxílico, el compuesto del título (0.10 g, 28%) se preparó como un sólido blanco: MS (ES) m/e 322 (M+ H)+.
Ejemplo 16
Preparación de N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-2(piperidin-1-il)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 1, excepto que se sustituye el ácido 2-piperidinobenzóico (0.23 g, 1.15 mmol) por el 2-bifenilácido carboxílico, el compuesto del título (0.10 g, 24%) se preparó como un sólido blanco: MS (ES) m/e 362 (M+ H)+.
Ejemplo 17
Preparación de N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-2-(trifluorometil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento de Preparación 1 (a), excepto que se sustituye el cloruro de 2-(trifluorometil)benzoil (0.24 g, 1.15 mmol) por el 2-bromobenzoil cloruro, el compuesto del título (0.10 g, 25%) se preparó como un sólido blanco: MS (ES) m/e 347 (M + H)+.
Ejemplo 18
Preparación de 4-amino-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-2-fenoxibenzamida
Al clorhidrato de 4-amino-ácido 2-fenoxibenzóico (1.0 g, 3.4 mmol) en 1:1 DMF/CH_{2}Cl_{2} (75 mL) se añadió 1-metil-2-(metilaminometil)indol (0.61 g, 3.5 mmol), HOBt H_{2}O (0.47 g, 3.5 mmol), Et_{3}N (1.0 mL, 7.1 mmol), luego EDC (0.67 g, 3.5 mmol). La reacción fue agitada a temperatura ambiente por 16 h, luego se concentró bajo vacío. El residuo fue tomado en EtOAc (200 mL) y la solución se lavó con agua, se secó (Na_{2}SO_{4}), y se concentró. La cromatografía instantánea sobre sílica gel (2% MeOH/CHCl_{3}, luego se sometió de nuevo a cromatografía usando 70% EtOAc/hexanos) dio el compuesto del título (0.62 g, 42%) como un sólido blanco: MS (ES) m/e 386.2
(M + H)+.
Ejemplo 19
Preparación de 2-[3-(acetilamino)fenoxi]-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 18, excepto que se sustituye el ácido 2-(3-acetamidofenoxi)benzóico (1.0 g, mezcla cruda) por el clorhidrato de 4-amino-ácido 2-fenoxibenzóico, el compuesto del título (0.36 g) se preparó como un sólido blancuzco: MS (ES) m/e 428.2 (M + H)+. El producto bis-acoplado (0.62 g) del diácido contaminante de partida fue aislado también: MS (ES) m/e 703.32 (M + H)+.
Ejemplo 20
Preparación de 2-[3-(acetilamino)fenil]-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-3-ilmetil)benzamida a) 2-Bromo-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento de Preparación 3 (b), excepto que se sustituye 2-(aminometil)-1-metilindol (1.0 g, 6.2 mmol) por 1-metil-2-(metilaminometil)indol, (1.10 g, 64%) se obtuvo el compuesto del título: ^{1}H RMN (400 MHz, DMSO-d6) \delta8.97 (t, 1 H), 7.65 (d, J = 7.9 Hz, 1 H), 7.49 (d, J = 7.8 Hz, 1 H), 7.41-7.46 (m, 3 H), 7.36 (m, 1H), 7.12 (t, 1 H), 7.00 (t, 1 H), 6.44 (s, 1 H), 4.65 (d, J = 5.6 Hz, 2 H), 3.77 (s, 3 H); MS (ES) m/e 343.0 (M + H)+.
b) 2-[3-(Acetilamino)fenil]-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-3-ilmetil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 9, excepto que se sustituye 2-bromo-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida (1 g, 2.9 mmol) por 2-bromo-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida, el compuesto del título (1.12 g, 100%) se obtuvo después de cromatografía instantánea sobre sílica gel (70-90% EtOAc/hexanos): MS (ES) mle 398.2 (M +H)+.
Ejemplo 21
Preparación de 2-[3-(acetilamino)fenil]-5-amino-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-3-ilmetil)benzamida
De acuerdo con el procedimiento del ejemplo 9, excepto que se sustituye 5-amino-2-bromo-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida (0.62 g, 1.7 mmol) por 2-bromo-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida, el compuesto del título (0.47 g, 65%) se obtuvo después de cromatografía instantánea sobre sílica gel (EtOAc): MS (ES) m/e 427.2 (M + H)+.
Ejemplo 22
Composición de unidad de dosificación parenteral
Una preparación que contiene 20 mg del compuesto del ejemplo 1 como un polvo seco estéril se prepara como sigue: 20 mg del compuesto se disuelven en 15 mL de agua destilada. La solución se filtró bajo condiciones estériles sobre una ampolla multi-dosis de 25 mL y se liofilizó. El polvo es reconstituido mediante adición de 20 mL de 5% dextrosa en agua (D5W) para inyección intravenosa o intramuscular. La dosificación es determinada por tanto por el volumen de inyección. La dilución subsecuente puede hacerse por adición de un volumen medido de esta unidad de dosificación a otro volumen de D5W para inyección, o puede añadirse una dosis medida a otro mecanismo para dispensación del fármaco, como en una botella o bolsa para infusión IV por goteo u otro sistema de inyección-infusión.
Ejemplo 23
Composición de unidad de dosificación oral
Se prepara una cápsula para administración oral mezclando y moliendo 50 mg del compuesto del ejemplo 1 con 75 mg de lactosa y 5 mg de estearato de magnesio. El polvo resultante es examinado y rellenado dentro de una cápsula de gelatina dura.
Ejemplo 24
Composición de unidad de dosificación oral
Se prepara una tableta para administración oral mezclando y granulando 20 mg de sacarosa, 150 mg de sulfato de calcio dihidratado y 50 mg del compuesto del ejemplo 1 con una solución de gelatina al 10%. Los gránulos húmedos de examinan, se secan, se mezclan con 10 mg de almidón, 5 mg de talco y 3 mg de ácido esteárico; y se comprimen en forma de una tableta.
La anterior descripción divulga por completo como ejecutar y utilizar la presente invención. Sin embargo, la presente invención no está limitada a las modalidades particulares descritas en lo anterior, sino que incluye todas las modificaciones de las mismas dentro del alcance de las reivindicaciones siguientes. Las diferentes referencias a revistas, patentes y otras publicaciones que se citan aquí comprenden el estado de la técnica y se incorporan aquí como referencia aunque se hayan expuesto por completo.

Claims (17)

1. Un compuesto de acuerdo con la fórmula (I) o (II):
23
donde:
R^{1}_{ }es H o C_{1-4} alquil;
R^{2} es C_{1-4} alquil;
R^{3} es:
24
Q es un enlace sencillo, -O-, -S-, -NH-, -CH_{2}-, o -CH_{2}CH_{2}-;
R^{4} es C_{1-6} alquil, OC_{1-6} alquil, OH, CF_{3} o piperidinil;
25
es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por R^{5}
26
es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por R^{6}
27 
\vskip1.000000\baselineskip
es un anillo heteroaromático de cinco o seis miembros o a anillo aromático de seis miembros no sustituido o sustituido por
R^{6};
R^{5} es OR' o NR'C(O)R';
R^{6} es OR' o N(R')_{2};
X es H,C_{1-4} alquil, OR'. SR'. CN, N(R')_{2}. CH_{2}N(R')_{2}, NO_{2}, CF_{3}, CO_{2}R', CON(R')_{2}, COR'. NR'C(O)R', F, Cl, Br,
I o -S(O)rCF_{3};
R' es H,C_{1-6} alquil o -C_{0-6} alquil-Ar; y
r es 0,1 o 2;
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos,
2. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 1 de la fórmula (Ia):
\vskip1.000000\baselineskip
28 
\vskip1.000000\baselineskip
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
3. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 1 o la reivindicación 2 en la cual R^{3} es:
\vskip1.000000\baselineskip
29 
\vskip1.000000\baselineskip
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
4. Un compuesto de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 en el cual
\vskip1.000000\baselineskip
30 
\vskip1.000000\baselineskip
es 2-, 3- o 4-piridil, 2- o 3-furanil, 2- o 3-tiofenil, tiazolil, fenil o fenil sustituido por OC_{1-4} alquil o NUC (O)C_{1-4} alquil, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
5. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 4 en el cual
\vskip1.000000\baselineskip
31 
\vskip1.000000\baselineskip
es 3- o 4-piridil, 3-furanil, 3-tiofenil, fenil o fenil sustituido por OCH_{3} o NHC(O)CH_{3}, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
6. Un compuesto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5 en el cual
32
es 2-, 3- o 4-piridil, fenil o fenil sustituido por OH o NH_{2}, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
7. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 6 en el cual
33
es fenil o 2-piridil, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
8. Un compuesto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos, en el cual Q es un enlace sencillo, -O- o -CH_{2}CH_{2}-.
9. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 1 o la reivindicación 2 en la cual R^{3} es:
\vskip1.000000\baselineskip
34 
\vskip1.000000\baselineskip
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
10. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 9 en el cual
35
es fenil no sustituido o sustituido por OH, NH_{2} o N(CH_{3})_{2} y R^{4} es C_{1-4} alquil, OC_{1-4} alquil, OH, CF_{3}, o piperidinil, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
11. Un compuesto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10 de la fórmula (IIa):
36
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
12. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 1 que es:
2-[2-(4-Metoxifenil)etil]-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]nicotinamida;
N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-fenilbenzamida;
N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil)-2-(piridin-4-il)benzamida;
N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(piridin-3-il)benzamida;
N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(tiofen-3-il)benzamida;
N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-(furan-3-il)benzamida;
N-Metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]-2-fenoxibenzamida;
N,2-Dimetil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida;
2-[3-(Acetilamino)fenil]-N-metil-N-[(1-metil-1H-indol-2-il)metil]benzamida;
2-Metoxi-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida;
2,4-Dihidroxi-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida;
2-Dimetilamino-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)benzamida;
N-Metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-2-(piperidin-1-il)benzamida;
N-Metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-2-(trifluorometil)benzamida;
4-Amino-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-2-fenoxibenzamida;
N-Metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-2-fenoxinicotinamida;
N-Metil-N-(1-metil-1H-indazol-3-ilmetil)-2-fenilbenzamida;
N-Metil-N-(1-metil-1H-indazol-3-ilmetil)-2-fenoxibenzamida;
2-[3-(Acetilamino)fenoxi]-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-2-ilmetil)-benzamida;
2-[3-(Acetilamino)fenil]-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-3-ilmetil)-benzamida; o
2-[3-(Acetilamino)fenil]-5-amino-N-metil-N-(1-metil-1H-indol-3-ilmetil)benzamida;
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
13. Una composición farmacéutica que comprende un compuesto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.
14. Un compuesto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12 para uso como medicamento.
15. El uso de un compuesto de la fórmula (I) o (II) como se define en una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos, en la manufactura de un medicamento para el tratamiento de infecciones bacterianas.
16. El uso de un compuesto de la fórmula (I) o (II) como se define en una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos, en la manufactura de un medicamento por el tratamiento de enfermedades en las cuales está indicada la inhibición de Fab I d.
17. Un proceso para preparar compuestos de la fórmula (I) o (II) como se define en una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, proceso que comprende:
(i) hacer reaccionar un compuesto de la fórmula (III) con un compuesto de la fórmula (IV):
37
donde R^{1}, R^{2}, R^{3} y X son como se define en la fórmula (I), con cualquier grupo funcional reactivo protegido, en la presencia de clorhidrato de 1-(3-dimetilaminopropil)-3-etilcarbodiimida, y 1-hidroxibenzotriazol; o
(ii) hacer reaccionar un compuesto de la fórmula (V) con un compuesto de la fórmula (IV):
38
donde R^{1}, R^{2}, R^{3} y X son como se define en la fórmula (1), con cualquier grupo funcional reactivo protegido, en la presencia de clorhidrato de 1-(3-dimetilaminopropil)-3-etilcarbodiimida, y 1-hidroxibenzotriazol;
y retirar después de ello cualquier grupo protector, y formando opcionalmente una sal farmacéuticamente aceptable.
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