DE1246922T1

DE1246922T1 - Für proteine des phosphoenolpyruvat:zucker phosphotransferase systems kodierende gene aus corynebacterium glutamicum

Info

Publication number: DE1246922T1
Application number: DE1246922T
Authority: DE
Inventors: Gregor Haberhauer; Burkhard Kroeger; Markus Pompejus; Hartwig Schroeder; Oskar Zelder
Original assignee: BASF SE
Current assignee: BASF SE
Priority date: 1999-07-01
Filing date: 2000-06-27
Publication date: 2003-03-20
Also published as: EP1702980A1

Claims

V' WO 01/02583 < ■.,;:, '-<$£-/?' ■·"' ^! ·' ·■' '■'' PCT/IBOO/00973 .,

Patentansprüche: V ■ . . · ,,,

' 1. -Ein isoliertes Nucl einsäur emolekül, von Corynebacterium glutamicum, das fürein¹. ' ':

PhösphoenolpynivatiZuckerphosphotransferasesystem-Protein kodiert, oder ein Teil davon, vorausgesetzt, ■ dass das Nucleinsäuremoiekul, nicht aus, einem der in Tabelle 1 aufgeführten, mit F gekennzeichneten Gene , ' besteht ' ..·' . ■ ' ■ ^:; ..■>■/■/., ·■■■ ' > . ■ ,■■'■■'.■',''■■,'-

,2. Das isolierte Nucleinsäuremolekül nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes .,-'■■''

PhosphöenolpyruvatiZuckerphosphotransferasesystem-Protein ausgewählt wird aus der Gruppe bestehend aus Proteinen, die am Transport von Glucose, Saccharose, Mannose, Fructose, Mannitol,, Raffmose, ■■. ' :" , Ribulose, Ribose, Lactose, Maltose, Sorbose, Sorbitol, Xylose und Galaktose beteiligt sind.

3; Ein isoliertes Corynebacterium-glutamicum-Nucleinsäviremölekül, welches ausgewählt wird aus der Gruppe bestehend aus denjenigen Sequenzen, die als ungeradzahlige SEQ ID NOs der Sequenzliste aufgeführt sind, "> oder, ein Teil davon,,vorausgesetzt, dass das Nucleinsäuremolekül nicht aus einem der in Tabelle 1

aufgeführten, mit F gekennzeichneten Gene besteht. ., ■' . ■. ... . ■ , . -. ■■, '.

4. Ein isoliertes Nucleinsäuremolekül, welches für eine Polypeptidsequenz kodiert, die ausgewählt wird aus der Gruppe bestehend aus denjenigen Sequenzen ,die als gaadzahlige SEQ ID NOs der, Sequenzliste . ■aufgeführt sind, vorausgesetzt, dass das Nucleinsäuremolekül nicht.aus einem der in Tabelle 1 aufgeführten,. 'mit F gekennzeichneten Gene besteht. , * ' ' . . ·.. .

■''.■'.■ I ■ ■■'■.■''.· '■ - " ' · > .

.5. Ein isoliertes Nucleinsäuremolekül, welches für eine natürlich vorkommende allelische Variante eines Polypeptids kodiert, das ausgewählt wird aus der Gruppe von Aminpsäuresequenzen bestehend aus ' ' denjenigen Sequenzen, die als geradzahlige SEQ ID NOs,der Sequenzliste aufgeführt sind, vorausgesetzt, dass das Nucleinsäuremolekül nicht aus einem der in Tabelle 1 aufgeführten, mit F gekennzeichneten Gene.. ■. besteht. _: · ... ' ■ ,·■■'/■. ■ ' · . '■ ■. ■. " ·' ■' . ,.

6. Ein isoliertes Nucleinsäuremolekül, welches eine Nucleotidsequenz enthält, die mindestens zu 50% homolog ist'rnit einer Nucleotidsequenz, welche ausgewählt wird aus der Gruppe bestehend aus denjenigen' Sequenzen, die als ungerädzahlige SEQIDNOs da Sequenzliste; aufgeführt smd; oder ein Teil davon,; ■ ■ vorausgesetzt, dass das Nucleinsäuremolekül nicht aus einem der'in Tabelle 1 aufgeführten, mit F ■■■ , .'■■ ', gekennzeichneten Gene besteht. ,. ■ . ■ . ... , ', > .-, .' ,

.7. Ein isoliertes Nucleinsäuremolekül, welches ein Fragment von mindestens 15 Nucleotiden einer ·.

Nucleinsäure umfasst, die eine Nucleotidsequenz enthält, welche ausgewählt wird aus der Gruppe bestehend aus denjenigen Sequenzen, die als ungaadzahlige SEQ ID NOs der Sequenzliste aufgeführt sind, vorausgesetzt^ dass das Nucleinsäuremolekül nicht aus einem da in Tabelle 1 aufgeführten, mit F gekennzeichneten Gene besteht;' , ' '· .■-... .'' ',■ - ■ ] .' '- " '

WO 01/02583, -f>- I- PCT/IBOO/00973

DE/EP 1 248S22T1

8. Ein isoliertes Nucieinsäuremoiekül, das unter stringenten Bedingungen mit dem Nucleinsäuremolekül'nach

' einem da Ansprüche 1-7 hybridisiert. ■ , ,' . , ., ■■','■·'■.■

9. Ein isoliertes¹ Nucleinsäuremolekül; welches das Nucleinsäüremolekül nach einem der Ansprüche 1-8 oder . . "

" einenTeil davon und eine Nucleotidsequenz, die für ein heterologes Polypeptid kodiert, enthält. Y ' . . - ' ·;■

10. Ein Vektor, der das: Nucieinsäuremoiekül nacheinem der Ansprüche *1 -9 enthält. ^>:. . ·." · ... ,

.11. Der Vektor nach Anspruch 10, da ein Expressionsvektor ist.. '" ^: . ; . . ,

,1-2. EineWirtszeile, die mit dem Expressionsvektor nach Anspruch 11 transfektiert ist. ' ,, ' " \

13. Die Wirtszelle nachAnspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass besagte Zelle ein Mikroorganismus ist. ^;i :

, ' 14. - Die Wirtszelle nach Anspruch 13, dadurch gekennzeichnet, dass besagte Zelle zur Gattung Corynebacterium '· oder Brevibacterium gehört. , , - ,

,15. Die Wirtszelle nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass die Expression des besagten ; :... .-, ■■'.;

■ . . Nucleinsauremoleküls zur Modulation der-Produktion einer Feinchemikalie aus besagter Zelle fuhrt.

16.. Die Wirtszelle nach Anspruch 15,'dadurch gekennzeichnet, dass besagte.Feinchemikalie ausgewählt, wird aus der Gruppe bestehend aus: organischen Säuren, proteinogenen Aminosäuren, nicht proteinogenen .&ldquor;." ' .·. Aminosäuren, Purin- und Pyrimidinoasen, Nucleosiden, Nucleotiden, Lipideri, gesättigten,und ungesättigten . .' . · '.. Fettsäuren, Diolen, Kohlenhydraten, aromatischenVerbindungen, Vitaminen, Cofaktoren, Polyketiden und ..,,,;.

Enzymen. '.■.'..■ ■ ' ^;. ■ ■ · ' ". '■ ■ . ' ··■■.·',■■'

17. Eirie.Methode zur Produktion eines Polypeptide, welche die in einem"geeigneten, Kulturmedium ·'.'·■. stattfindende,·zur Produktion des Polypeptide dienende Kultivierung der Wirtszellenach Anspruch, 12 ' ' &ldquor;.;■

18. Ein isoliertes PhosphöenolpyruvatÄuckerphosphotransferasesystem-Polypeptid von Corynebacterium -

. . glutamicum, oder ein Teil davon. ' - , '. ; .'■·' , , , ·'■ ',. · ,:".,

f 19. Das Protein, nach Anspruch 18, dadurch gekennzeichnet, "dass besagtes , , ,

.■ " PhosphoenolpyruvatrZuckerphosphotransferasesystem-Prötein ausgewählt wird aus derGruppe bestehend '

,; aus Proteinen, die am Transport von.Glucose, Saccharose, Mannose, Fructose, Mannitol, Raffinose, , '■

..-■.&igr; Ribülpse, Ribose, Lactose, Maltose, Sorbose und Galaktose-beteiligt sind. , , -

20. Ein isoliertes Polypeptid, welches eine Aminosäuresequenz enthält, die ausgewählt wird aiis der Gruppe. ',

bestehend aus denjenigen Sequenzen, die als geradzahlige SEQ ID NOs der Sequenzliste aufgeführt sind,

WO 01/02583 ··■:'- -94-J PCT/IB00/00973

DE/EP 1246 322 Tt

vorausgesetzt, dass die Aminosäuresequenz nicht durch&igr; eines der in Tabelle, 1 aufgeführten, mit F gekennzeichneten Gene kodiert wird. , . ,■ ■,·'·■·

21. Ein isoliertes Polypeptide welches eine natürlich vorkommende allelische Variante eines Polypeptide ' ·■ umfasst, das eine Aminosäuresequenz enthält, 'welche ausgewählt wird aus derGruppe besteh end aus . .

. denjenigen Sequenzen, die als geradzahlige SEQ &Pgr;> NOs der Sequenzliste aufgeführt sind, oder ein Teil ■ davon, vorausgesetzt, dass die Ammos'äuresequenz nicht durch eines der in¹ Tabelle,! aufgeführten,,mit F - '■ gekennzeichneten Gene kodiert wird¹. ·, ' ' , ' ■ ■ " ■

. 22. Das isolierte Polypeptid nach einem der Ansprüche 18-21, das außerdem heterologe Aminosäuresequenzen , ■-enthält. ■ . ■ ■ ' : ..:· . ' -.' ■.·--. ' &ngr; ■■'.'·. ' · ■ ' ' . '" ■

• ■ , f , ' " ■

23. '■ Ein isoliertes Polypeptid, welches kodiert wird durch ein Nucleinsäuremolekül,, das eine Nucleotidsequenz

. enthält.welche mindestens zu 50% homolog ist mit einer Nucleinsäure, die ausgewählt wird aus der Gruppe bestehend aus denjenigen Sequenzen, die als ungeradzahlige SEQ ID NOs der S'eqüenzliste aufgeführt sind,' vorausgesetzt,, dass das Nucleinsäuremolekül nicht aus einem der in Tabelle !'aufgeführten, mit F ; ■ ,, gekennzeichneten Nucleinsäuremolekülen besteht. . " , , . , ₍

24. 'Ein isoliertes Polypeptid, welches eine Aminosäuresequenz: enthält, die^mindestens zu 50% homolog ist mit , ; einer Aminosäuresequenz, welche ausgewählt wird aus da Gruppe bestehend aus denjenigen Sequenzen, .,

■ die als geradzahligeSEQ E) NOs der Sequenzliste aufgeführt sind, vorausgesetzt, dass, die Aminosäure' ', . , . nicht durch eines der; in Tabelle 1 aufgeführten, mit F gekennzeichneten Gene kodiert wird. .' ' ■ ·, - ·,

,25. Eine Methode zur Produktion einer Feinchemikalie, welche die Kultivierung einer Zelle beinhaltet, die . ' _:, einen Vektor nach Anspruch 12, enthält, sodass die Feinchemikalie produziert wird., ' ...

'26. Die Methode nach Anspruch 25, dadurch gekennzeichnet, dass besagte Methode außerdem den Schritt der Gewinnung der Feinchemikalie aus besagterKultur beinhaltet. , ,&ldquor; '

27. Die Methode nach.Anspruch 25,dadurch gekennzeichnet, dassbesagte Methode außerdem den Schritt der ■ . ¹ Transfektion besagter Zelle mildern Vektor nach Anspruch 11 beinhaltet, der in einer Zelle, welche

■ ..' besagten Vektor enthält, resultiert; r , , '·. '. ;.

28. Die Methode nach Anspruch 25, dadurch gekennzeichnet,dass besagte Zelle zur Gatlw.g Corynebacterium oder Brevibacterium gehört. ' , ' ·

29. Die Methode nach Anspruch 25, dadurch-gekennzeichnet, dass besagte Zelle ausgewählt wird aus der

Gruppe bestehend aus: Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium herculis, Corynebacterium,,lilium; ■ . Corynebacterium acetoacidophilum, Corynebacterium acetoglutamicum, Corynebacterium acetophilum, Corynebacterium ammoniagenes, Corynebacteriumfujiökense, Corynebacterium nitrilophilus, \

Brevibacterium ammöniagenes, Brevibacterium butahicum, Brevibacterium divariCatum, Brevibacterium

WO 01/02583 '■'.■ -ßß-il· ' '■■■' PCT/IBÖ0/Q0973

. \ DE/^EP,? .246 822Tt

■ßmum, Brevibacterium healii, Brevibacterium ketoglutamicum, Brevibacterium ketosoreductum, - Brevibacterium lactofermentum, Brevibacterium linens, Brevibacterium paraffino Iy ticwn und den Stämmen,, ■ die in Tabelle 3 aufgeführt sind. ·'.,■; . ,-■ , . " ' ■■; · ' "

30.' Die Methode nach Anspruch 25, dadurch gekennzeichnet, dass die Expression des Nucleinsäuremoleküls' ' aus besagtem Vektor zur'Modulation der Produktion besagter Feinchemikalie führt. ■ ; .. >"■ ·..;.;·

31. Die Methode nach Anspruch 25, dadiirch gekennzeichnet, dass besagte Feinchemikalie ausgewählt wird aus . " ' ·,. der Gruppe bestehendaus: organischen Säuren, proteinogenen.Aminosäuren, nicht proteinogenen Aminosäuren, Purin- und Pyrimidinbasen, Nucleosiden, Nucleotiden, Lipiden, gesättigten und ungesättigten·', ■·, · Fettsäuren',, Diolen, Kohlenhydraten, aromatischen Verbindungen, Vitaminen, Cofaktoren/Polyketiden und ,·;' ' ' .

■ , Enzymen.. ', ■ '■■■, ' ■ ' ₍ ^v. ., ·.''-■■' .'■■.■. /". ' "■ '■ : ' ' .;

32., Die Methode nach Anspruch 25, dadurch gekennzeichnet, dass besagte Feinchemikalie eine Aminosäure ist. ' , ",

33. ,Die Methode nach Anspruch 32, dadurch gekennzeichnet, dass besagte Aminosäure ausgewählt wird aus der ■ _: Gruppe bestehend aus: Lysin¹, Glutaniat,.Glutamin, Alanin, Aspartat, Glycin, Serin, Threonin, Methionin, ·

Cystein, Valin; Leucin, Isoleucin, Arginin, Prolin, Histidin, Tyrosin, Phenylalanin und Tryptophan.' " . ,* '

,34. Eine Methode zur Produktion einer Feinchemikalie, welche die Kultivierung einer Zelle beinhaltet, deren;',

genomische DNA durch Einfügung eines Nucleinsäuremoleküls nach einem der Ansprüche 1-9 verändert ,, " 'wurde. ' . ; ■ · , " ·''■'."-.' ' ' ', "^: ' ,.

35! Eine Methode zum Nachweis der Gegenwart oder Aktivität von Corynebdcteriumdiphtheriaemaaem· , . , ; Individuum.welche den Nachweis der Gegenwart einer oder mehrerer SEQ ID NOs von 1 bis einschließlich. . 34 der Sequenzliste imIndividuum beinhaltet, vorausgesetzt,¹ dass es sich bei den Sequenzen nicht um eine, ■ ' , der in Tabelle 1 aufgeführten, mit F gekennzeichneten Sequenzen handelt und die Sequenzen nicht durch, . ^:' &ldquor; eine der in Tabelle. 1 aufgeführten, mit F,gekennzeichneten Sequenzen'kodiert werben, sodäss^; damit die ' Gegenwart oder Aktivität von Corynebacterium diphtheriae im Individuum- nachgewiesen wird. . ■ ; , ■

' , i '&ldquor;■'',· ■'"■■'' ■ , ' ,j ,1

Eine Wirtszelle, welche ein ^cleinsäuremolekül. enthält, das ausgewählt wird aus der, Gruppe^:bestehend¹ ' , aus den Nucleinsäuremolekülen, die als ungeradzahlige SEQ ID NOs der Sequenzliste aufgeführt sind, dadurch gekennzeichnet.dass das Nucleinsäuremolekül denaturiert ist. " " ' ' ', ;

37. Eine. Wirtszelle, welche ein Nucleinsäuremolekül enthält, das ausgewählt wird aus der Gruppe bestehend '. _:. ■ aus Nucleinsäuremolekülen, welche als ungeradzahlige SEQ IDNOs der Sequenzliste aufgeführt sind, dadurch gekennzeichnet, dass _;das Nucleinsäuremolekül eine oder mehrere Modifikationen der Sequenz enthält, die als eine der ungeradzahligen SEQ ID NOs der Sequenzliste aufgeführt ist.

38: Eine Wirtszelle, welche ein Nucleinsäuremolekül enthält, das ausgewählt,wird aus der Gruppe bestehend ,; ■.'

■ aus Nucleinsäuremolekülen, die als ungeradzahlige SEQID¹NOs der Sequenzliste aufgeführt sindi dadurch ,^;

WO 01/02583

-%- S ''·'.■■ ' PCT/IBÖ0/Ö0973 , '

■ DE/EP 1 246322 TI

gekennzeichnet, dass die regulatorische Region des Nucleinsäuremoleküls hinsichtlich der regulatorischen . Region der Wüdtypform des Moleküls modifiziert ist. ^:. · ■ ■ .·