DE10321901A1 - Affinitätsanreicherung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen - Google Patents
Affinitätsanreicherung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen Download PDFInfo
- Publication number
- DE10321901A1 DE10321901A1 DE10321901A DE10321901A DE10321901A1 DE 10321901 A1 DE10321901 A1 DE 10321901A1 DE 10321901 A DE10321901 A DE 10321901A DE 10321901 A DE10321901 A DE 10321901A DE 10321901 A1 DE10321901 A1 DE 10321901A1
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- proteins
- substance
- phosphorylated peptides
- phosphorylated
- peptides
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 title claims abstract description 70
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 70
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 title claims abstract description 62
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 title claims abstract description 60
- 239000000463 material Substances 0.000 claims abstract description 53
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims abstract description 44
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims abstract description 18
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims abstract description 17
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims abstract description 10
- UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N Benzene Chemical compound C1=CC=CC=C1 UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 49
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 44
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 31
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 claims description 28
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 18
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 claims description 14
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 12
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 10
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 6
- 125000001475 halogen functional group Chemical group 0.000 claims description 6
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 6
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 claims description 6
- PCLIMKBDDGJMGD-UHFFFAOYSA-N N-bromosuccinimide Chemical compound BrN1C(=O)CCC1=O PCLIMKBDDGJMGD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 claims description 5
- RQTXEJYGOHZSIW-UHFFFAOYSA-N methyl 2,3-dimethylbenzoate Chemical compound COC(=O)C1=CC=CC(C)=C1C RQTXEJYGOHZSIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- KXZQYLBVMZGIKC-UHFFFAOYSA-N 1-pyridin-2-yl-n-(pyridin-2-ylmethyl)methanamine Chemical compound C=1C=CC=NC=1CNCC1=CC=CC=N1 KXZQYLBVMZGIKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-M Bicarbonate Chemical compound OC([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 4
- -1 O-alkyl Chemical group 0.000 claims description 4
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 claims description 4
- 239000011521 glass Substances 0.000 claims description 4
- VBTQNRFWXBXZQR-UHFFFAOYSA-N n-bromoacetamide Chemical compound CC(=O)NBr VBTQNRFWXBXZQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 4
- 108091005990 tyrosine-phosphorylated proteins Proteins 0.000 claims description 4
- BPQQTUXANYXVAA-UHFFFAOYSA-N Orthosilicate Chemical compound [O-][Si]([O-])([O-])[O-] BPQQTUXANYXVAA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229910052770 Uranium Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 claims description 3
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 claims description 3
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 claims description 3
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 claims description 3
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 239000010931 gold Substances 0.000 claims description 3
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 238000011068 loading method Methods 0.000 claims description 3
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 239000002184 metal Substances 0.000 claims description 3
- 125000002950 monocyclic group Chemical group 0.000 claims description 3
- 229920000620 organic polymer Polymers 0.000 claims description 3
- 239000003513 alkali Substances 0.000 claims description 2
- 150000008044 alkali metal hydroxides Chemical class 0.000 claims description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 claims description 2
- 150000001718 carbodiimides Chemical class 0.000 claims description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims description 2
- 150000004714 phosphonium salts Chemical class 0.000 claims description 2
- 125000001453 quaternary ammonium group Chemical group 0.000 claims description 2
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims 2
- UMVOQQDNEYOJOK-UHFFFAOYSA-N 3,5-dimethylbenzoic acid Chemical compound CC1=CC(C)=CC(C(O)=O)=C1 UMVOQQDNEYOJOK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 claims 1
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 claims 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 claims 1
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 claims 1
- DNYWZCXLKNTFFI-UHFFFAOYSA-N uranium Chemical compound [U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U][U] DNYWZCXLKNTFFI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 31
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 21
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 20
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 12
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 12
- 239000003656 tris buffered saline Substances 0.000 description 12
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 10
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 9
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 8
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 8
- JPXMTWWFLBLUCD-UHFFFAOYSA-N nitro blue tetrazolium(2+) Chemical compound COC1=CC(C=2C=C(OC)C(=CC=2)[N+]=2N(N=C(N=2)C=2C=CC=CC=2)C=2C=CC(=CC=2)[N+]([O-])=O)=CC=C1[N+]1=NC(C=2C=CC=CC=2)=NN1C1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 JPXMTWWFLBLUCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108091005981 phosphorylated proteins Proteins 0.000 description 8
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 8
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 8
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 8
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 8
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 8
- IHIXIJGXTJIKRB-UHFFFAOYSA-N trisodium vanadate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-][V]([O-])([O-])=O IHIXIJGXTJIKRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- QRXMUCSWCMTJGU-UHFFFAOYSA-N 5-bromo-4-chloro-3-indolyl phosphate Chemical compound C1=C(Br)C(Cl)=C2C(OP(O)(=O)O)=CNC2=C1 QRXMUCSWCMTJGU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 7
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 7
- 150000004702 methyl esters Chemical class 0.000 description 7
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 7
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 7
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 7
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 6
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 6
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 6
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 6
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 5
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 5
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 5
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 5
- 238000011160 research Methods 0.000 description 5
- UMCMPZBLKLEWAF-BCTGSCMUSA-N 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]propane-1-sulfonate Chemical compound C([C@H]1C[C@H]2O)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(=O)NCCC[N+](C)(C)CCCS([O-])(=O)=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 UMCMPZBLKLEWAF-BCTGSCMUSA-N 0.000 description 4
- 239000012876 carrier material Substances 0.000 description 4
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 4
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 4
- 239000012149 elution buffer Substances 0.000 description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 4
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 4
- OXHOPZLBSSTTBU-UHFFFAOYSA-N 1,3-bis(bromomethyl)benzene Chemical compound BrCC1=CC=CC(CBr)=C1 OXHOPZLBSSTTBU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- DIORNGPTUKJRHG-UHFFFAOYSA-N 1-aminobutane-1,4-diol Chemical compound NC(O)CCCO DIORNGPTUKJRHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- SHKUUQIDMUMQQK-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(oxiran-2-ylmethoxy)butoxymethyl]oxirane Chemical compound C1OC1COCCCCOCC1CO1 SHKUUQIDMUMQQK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010089430 Phosphoproteins Proteins 0.000 description 3
- 102000007982 Phosphoproteins Human genes 0.000 description 3
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 3
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 3
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 3
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000001597 immobilized metal affinity chromatography Methods 0.000 description 3
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 3
- DCWXELXMIBXGTH-UHFFFAOYSA-N phosphotyrosine Chemical compound OC(=O)C(N)CC1=CC=C(OP(O)(O)=O)C=C1 DCWXELXMIBXGTH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 3
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 3
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 3
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 3
- BDNKZNFMNDZQMI-UHFFFAOYSA-N 1,3-diisopropylcarbodiimide Chemical compound CC(C)N=C=NC(C)C BDNKZNFMNDZQMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101100063942 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) dot-1 gene Proteins 0.000 description 2
- BZQFBWGGLXLEPQ-UHFFFAOYSA-N O-phosphoryl-L-serine Natural products OC(=O)C(N)COP(O)(O)=O BZQFBWGGLXLEPQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 2
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 2
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001261 affinity purification Methods 0.000 description 2
- 150000005106 anthrazines Chemical class 0.000 description 2
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000004649 carbonic acid derivatives Chemical class 0.000 description 2
- 230000005754 cellular signaling Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 230000030609 dephosphorylation Effects 0.000 description 2
- 238000006209 dephosphorylation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000003795 desorption Methods 0.000 description 2
- 229950006137 dexfosfoserine Drugs 0.000 description 2
- 238000000132 electrospray ionisation Methods 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 230000010196 hermaphroditism Effects 0.000 description 2
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 2
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- PEVXENGLERTHJE-UHFFFAOYSA-N methyl 3,5-dimethylbenzoate Chemical compound COC(=O)C1=CC(C)=CC(C)=C1 PEVXENGLERTHJE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CMPQUABWPXYYSH-UHFFFAOYSA-N phenyl phosphate Chemical compound OP(O)(=O)OC1=CC=CC=C1 CMPQUABWPXYYSH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BZQFBWGGLXLEPQ-REOHCLBHSA-N phosphoserine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)COP(O)(O)=O BZQFBWGGLXLEPQ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- USRGIUJOYOXOQJ-GBXIJSLDSA-N phosphothreonine Chemical compound OP(=O)(O)O[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O USRGIUJOYOXOQJ-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 2
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 238000004885 tandem mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- VZGDMQKNWNREIO-UHFFFAOYSA-N tetrachloromethane Chemical compound ClC(Cl)(Cl)Cl VZGDMQKNWNREIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 125000001493 tyrosinyl group Chemical group [H]OC1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 2
- JFALSRSLKYAFGM-UHFFFAOYSA-N uranium(0) Chemical compound [U] JFALSRSLKYAFGM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 2
- 239000012224 working solution Substances 0.000 description 2
- MTRKIJFSEQRYBA-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(bromomethyl)-3-methylbenzene Chemical group CC1=CC=CC(CBr)=C1CBr MTRKIJFSEQRYBA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KGKAYWMGPDWLQZ-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(bromomethyl)benzene Chemical compound BrCC1=CC=CC=C1CBr KGKAYWMGPDWLQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IRHVXGBSFVOVCG-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(chloromethyl)-3-methylbenzene Chemical compound CC1=CC=CC(CCl)=C1CCl IRHVXGBSFVOVCG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YVHSDVHKIKPIRR-UHFFFAOYSA-N 1,4-bis(bromomethyl)-2-methylbenzene Chemical group CC1=CC(CBr)=CC=C1CBr YVHSDVHKIKPIRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WKALLSVICJPZTM-UHFFFAOYSA-N 3-[decyl(dimethyl)azaniumyl]propane-1-sulfonate Chemical compound CCCCCCCCCC[N+](C)(C)CCCS([O-])(=O)=O WKALLSVICJPZTM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000001674 Agaricus brunnescens Nutrition 0.000 description 1
- 239000004342 Benzoyl peroxide Substances 0.000 description 1
- OMPJBNCRMGITSC-UHFFFAOYSA-N Benzoylperoxide Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(=O)OOC(=O)C1=CC=CC=C1 OMPJBNCRMGITSC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 Chemical compound C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N 0.000 description 1
- 0 CC*1(CC(*NC)=C)**(*)=C(*NC)C1 Chemical compound CC*1(CC(*NC)=C)**(*)=C(*NC)C1 0.000 description 1
- 239000004593 Epoxy Substances 0.000 description 1
- XMEKHKCRNHDFOW-UHFFFAOYSA-N O.O.[Na].[Na] Chemical compound O.O.[Na].[Na] XMEKHKCRNHDFOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010001441 Phosphopeptides Proteins 0.000 description 1
- 229940124158 Protease/peptidase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 229910006024 SO2Cl2 Inorganic materials 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 description 1
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 150000001555 benzenes Chemical class 0.000 description 1
- 235000019400 benzoyl peroxide Nutrition 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 239000012267 brine Substances 0.000 description 1
- XJMXIWNOKIEIMX-UHFFFAOYSA-N bromo chloro 1h-indol-2-yl phosphate Chemical compound C1=CC=C2NC(OP(=O)(OBr)OCl)=CC2=C1 XJMXIWNOKIEIMX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005997 bromomethyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 125000003917 carbamoyl group Chemical group [H]N([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 125000000950 dibromo group Chemical group Br* 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011067 equilibration Methods 0.000 description 1
- 125000004185 ester group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000002189 fluorescence spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000009413 insulation Methods 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical group 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 210000005228 liver tissue Anatomy 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000000148 multi-dimensional chromatography Methods 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 1
- DCWXELXMIBXGTH-QMMMGPOBSA-N phosphonotyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(OP(O)(O)=O)C=C1 DCWXELXMIBXGTH-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000163 radioactive labelling Methods 0.000 description 1
- 238000001953 recrystallisation Methods 0.000 description 1
- 230000008844 regulatory mechanism Effects 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M sodium;chloride;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Cl-] HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- YBBRCQOCSYXUOC-UHFFFAOYSA-N sulfuryl dichloride Chemical compound ClS(Cl)(=O)=O YBBRCQOCSYXUOC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001419 two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- MVFCZHDZYFNQFW-UHFFFAOYSA-N zinc;1-pyridin-2-yl-n-(pyridin-2-ylmethyl)methanamine Chemical group [Zn+2].C=1C=CC=NC=1CNCC1=CC=CC=N1 MVFCZHDZYFNQFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J20/00—Solid sorbent compositions or filter aid compositions; Sorbents for chromatography; Processes for preparing, regenerating or reactivating thereof
- B01J20/30—Processes for preparing, regenerating, or reactivating
- B01J20/32—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating
- B01J20/3214—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating characterised by the method for obtaining this coating or impregnating
- B01J20/3217—Resulting in a chemical bond between the coating or impregnating layer and the carrier, support or substrate, e.g. a covalent bond
- B01J20/3219—Resulting in a chemical bond between the coating or impregnating layer and the carrier, support or substrate, e.g. a covalent bond involving a particular spacer or linking group, e.g. for attaching an active group
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J20/00—Solid sorbent compositions or filter aid compositions; Sorbents for chromatography; Processes for preparing, regenerating or reactivating thereof
- B01J20/281—Sorbents specially adapted for preparative, analytical or investigative chromatography
- B01J20/286—Phases chemically bonded to a substrate, e.g. to silica or to polymers
- B01J20/289—Phases chemically bonded to a substrate, e.g. to silica or to polymers bonded via a spacer
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J20/00—Solid sorbent compositions or filter aid compositions; Sorbents for chromatography; Processes for preparing, regenerating or reactivating thereof
- B01J20/30—Processes for preparing, regenerating, or reactivating
- B01J20/32—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating
- B01J20/3231—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating characterised by the coating or impregnating layer
- B01J20/3242—Layers with a functional group, e.g. an affinity material, a ligand, a reactant or a complexing group
- B01J20/3244—Non-macromolecular compounds
- B01J20/3246—Non-macromolecular compounds having a well defined chemical structure
- B01J20/3248—Non-macromolecular compounds having a well defined chemical structure the functional group or the linking, spacer or anchoring group as a whole comprising at least one type of heteroatom selected from a nitrogen, oxygen or sulfur, these atoms not being part of the carrier as such
- B01J20/3255—Non-macromolecular compounds having a well defined chemical structure the functional group or the linking, spacer or anchoring group as a whole comprising at least one type of heteroatom selected from a nitrogen, oxygen or sulfur, these atoms not being part of the carrier as such comprising a cyclic structure containing at least one of the heteroatoms nitrogen, oxygen or sulfur, e.g. heterocyclic or heteroaromatic structures
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J20/00—Solid sorbent compositions or filter aid compositions; Sorbents for chromatography; Processes for preparing, regenerating or reactivating thereof
- B01J20/30—Processes for preparing, regenerating, or reactivating
- B01J20/32—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating
- B01J20/3231—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating characterised by the coating or impregnating layer
- B01J20/3242—Layers with a functional group, e.g. an affinity material, a ligand, a reactant or a complexing group
- B01J20/3244—Non-macromolecular compounds
- B01J20/3265—Non-macromolecular compounds with an organic functional group containing a metal, e.g. a metal affinity ligand
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K1/00—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
- C07K1/14—Extraction; Separation; Purification
- C07K1/16—Extraction; Separation; Purification by chromatography
- C07K1/22—Affinity chromatography or related techniques based upon selective absorption processes
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01D—SEPARATION
- B01D15/00—Separating processes involving the treatment of liquids with solid sorbents; Apparatus therefor
- B01D15/08—Selective adsorption, e.g. chromatography
- B01D15/26—Selective adsorption, e.g. chromatography characterised by the separation mechanism
- B01D15/38—Selective adsorption, e.g. chromatography characterised by the separation mechanism involving specific interaction not covered by one or more of groups B01D15/265 and B01D15/30 - B01D15/36, e.g. affinity, ligand exchange or chiral chromatography
- B01D15/3804—Affinity chromatography
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2220/00—Aspects relating to sorbent materials
- B01J2220/50—Aspects relating to the use of sorbent or filter aid materials
- B01J2220/54—Sorbents specially adapted for analytical or investigative chromatography
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Solid-Sorbent Or Filter-Aiding Compositions (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Pyridine Compounds (AREA)
Abstract
Es wird eine Substanz bereitgestellt, die einen festen Träger umfaßt, der über einen Linker mit einem Spacer verbunden ist, der mindestens zwei bestimmte Gruppen trägt. Diese Substanz ist als Affinitätsmaterial zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen geeignet. Insbesondere können hiermit tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine angereichert und/oder isoliert werden.
Description
- Die Erfindung betrifft ein neues Material, welches zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen geeignet ist. Neben dem Material bzw. der Substanz betrifft die Erfindung ein Anreicherungs- und/oder Isolierungsverfahren von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen und ein Verfahren zur Herstellung der Substanz.
- Die Phosphorylierung und Dephosphorylierung von Proteinen in der Zelle ist entscheidend für die Funktion von vielen biologischen Systemen. Durch die Phosphorylierung und Dephosphorylierung von Proteinen werden oftmals Signale im Organismus weitergegeben und insbesondere zahlreiche enzymatische Aktivitäten gesteuert. Phosphorylierungen sind daher ein entscheidender Faktor für die Signaltransduktionsketten in lebenden Zellen.
- Die Erforschung von phosphorylierten Proteinen ist somit von besonderem Interesse. Im Rahmen der Proteomforschung wurde in diesem Zusammenhang der Ausdruck „Phosphoproteom" geprägt, mit welchem die Untersuchung von im wesentlichen allen phosphorylierten Proteinen einer Zelle umschrieben wird. In den letzten Jahren hat sich gerade die Phosphoproteom-Forschung weiterentwickelt, da verschiedene Anreicherungsprotokolle für Phosphoproteine oder Phosphopeptide optimiert wurden, Fraktionierungsmethoden verbessert wurden und insbesondere die multidimensionale Chromatographie weiterentwickelt wurde, um so die Phosphoproteine, welche im allgemeinen nur in sehr geringer Konzentration vorhanden sind, einer Analyse überhaupt erst einmal zugänglich machen zu können.
- Bisher eingesetzte Methoden zur Anreicherung und Identifizierung von phosphorylierten Proteinen beinhalten meist ein radioaktives Markieren mit 32P-markiertem ATP und nachfolgender SDS-Polyacrylamidgelelektrophorese oder Dünnschichtchromatographie. Auch eine Edman-Sequenzierung kann zur Identifizierung der phosphorylierten Proteine durchgeführt werden.
- Ein allgemeines Problem bei der Untersuchung von Proteinen, die an Signalübertragungskaskaden beteiligt sind, wie insbesondere die phosphorylieren Proteine, ist, daß diese Proteine im allgemeinen nur in sehr geringer Menge exprimiert werden und die Stöchiometrie der Phosphorylierung im allgemeinen relativ niedrig ist. Traditionelle Methoden zur Untersuchung und insbesondere zur Identifizierung dieser Proteine sind daher oftmals nicht geeignet, da die hierfür erforderlichen Proteinmengen nur mit sehr großen Schwierigkeiten bereitgestellt werden können.
- Wegen ihrer besonderen Empfindlichkeit, Vielseitigkeit und Geschwindigkeit hat sich die Massenspektrometrie als sehr geeignete Methode zur Untersuchung von Phosphorylierungen erwiesen. In verschiedenen Studien hat sich jedoch gezeigt, daß das Ionensignal, welches durch phosphorylierte Peptide verursacht ist, in signifikanter Weise durch die Gegenwart von nicht-phosphorylierten Peptiden unterdrückt wird. Daher ist es erforderlich, die phosphorylierten Proteine oder Peptide gegenüber den nicht-phosphorylierten Proteinen oder Peptiden weiter anzureichern, um so eine bessere Detektierbarkeit der phosphorylierten Stellen zu ermöglichen.
- Eine herkömmliche Methode zur Anreicherung von Phosphoproteinen verwendet phosphospezifische Antikörper für eine Affinitätsreinigung der phosphorylierten Proteine oder Peptide. Insbesondere die Verwendung von Antiphosphotyrosin-Antikörpern hat sich hier als erfolgreich erwiesen, wohingegen der Einsatz von Antikörpern gegen Phosphoserin- oder Phosphothreonin-enthaltende Proteine noch nicht so oft beschrieben wurde. Eine Alternative zur Anreicherung durch Antikörper ist die Verwendung von immobilisierter Metallaffinitäts-Chromatographie (IMAC). Dieses Verfahren basiert auf der Affinität der negativ geladenen Phosphatgruppen der anzureichernden Proteine für positiv geladene Metallionen, wie beispielsweise Fe3+ oder Ga3+, welche auf einem chromatographischen Träger immobilisiert sind. IMAC wurde bereits in Kombination mit „electro spray ionization" (ESI)-Tandem-Massenspektrometrie (Stensballe et al., Proteomics 1 (2001), 207–222) oder „matrix-assisted laser desorption/ionization" (MALDI)-Massenspektrometrie (MS) und alkalischer Phosphatase-Behandlung für die Bestimmung der Phosphorylierungsstellen eingesetzt (Raska et al., Anal. Chem. 74 (2002), 3429–3433).
- Der Vorteil dieser herkömmlichen Methoden ist, daß hierdurch das gesamte Phosphoproteom einer Zelle isoliert werden kann. Allerdings stellen sich insbesondere bei der Untersuchung von Phosphotyrosin-enthaltenden Proteinen oder Peptiden besondere Probleme, da der Gehalt von Phosphotyrosin in Proteinen in beispielsweise Vertebraten-Zellen nur etwa 0,05% im Vergleich mit dem Gehalt von Phosphoserin (etwa 90%) und Phosphothreonin (etwa 10%) ausmacht.
- Ojida et al. (J. Am. Chem. Soc. 124 (2002), 6256–6258) beschreiben zur Untersuchung von tyrosinphosphorylierten Proteinen einen fluoreszierenden Chemosensor, der mit einer phosphorylierten Peptidoberfläche interagiert. Die Autoren konnten zeigen, daß Anthrazin-Derivate mit zwei Zink(II)-Dipicolylaminresten selektiv phosphorylierte Peptide binden und so eine Änderung des Fluoreszenzspektrums bewirken. Mit einem solchen fluoreszierenden Chemosensor können phosphorylierte Peptide in wäßriger Lösung nachgewiesen werden. Eine besondere Spezifität zeigen die hier beschriebenen Anthrazinderivate für Phosphotyrosin-enthaltende Peptide.
- Da Tyrosinphosphorylierungen in der lebenden Zelle insbesondere bei der Signaltransduktion und bei anderen Regulationsmechanismen eine besondere Rolle spielen, stellt sich die Erfindung die Aufgabe, ein gegenüber herkömmlichen Methoden verbessertes Verfahren bereitzustellen, mit welchem an Tyrosin phosphorylierte Peptide und/oder Proteine angereichert und/oder isoliert werden können.
- Diese Aufgabe wird durch eine Substanz, wie sich im Anspruch 1 be- schrieben ist, gelöst. Anspruch 8 beschreibt ein Anreicherungs- bzw. Isolierungsverfahren, welches eine entsprechende Substanz einsetzt. Die Ansprüche 11, 13 und 15 befassen sich mit der Verwendung dieser Substanz bzw. mit einem entsprechenden Affinitätsmaterial. Mit dem Anspruch 16 wird ein Verfahren zur Herstellung der erfindungsgemäßen Substanz beansprucht. Die abhängigen Ansprüche betreffen verschiedene bevorzugte Ausführungsformen dieser Aspekte der Erfindung. Durch Bezugnahme wird hiermit der Wortlaut sämtlicher Ansprüche zum Inhalt der Beschreibung gemacht.
- Erfindungsgemäß wird eine Substanz bereitgestellt, die als Affinitätsmaterial zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen geeignet ist. Diese Substanz umfaßt einen festen Träger, der über einen Linker mit einem Spacer verbunden ist. Dieser Spacer trägt mindestens zwei Gruppen, welche durch die folgende allgemeine Formel beschrieben sind:
- In dieser Formel bedeuten
X, Y: CR', N, S und/oder O;
Z: CR''2 und/oder (CR'')2;
R', R'': H, Alkyl, Halogenyl und/oder O-Alkyl; und
M: Mn2+, Fe3+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Al3+ und/oder Ga3+. - Zur Veranschaulichung ist die erfindungsgemäße Substanz in
1 graphisch dargestellt. Hierbei stehen die verschiedenen Buchstaben für die bereits beschriebenen Bedeutungen. - Diese Substanz und hierbei insbesondere der Spacer mit diesen mindestens zwei Gruppen weist eine hohe Affinität zu phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen auf. Diese Substanz bindet entsprechende Peptide und/oder Proteine mit großer Affinität und ermöglicht daher eine An reicherung und/oder Isolierung dieser Peptide und/oder Proteine aus einer Probe. Durch die Immobilisierung dieser hochaffinen Komponente kann die Substanz als Affinitätsmaterial eingesetzt werden, welches beispielsweise wie ein übliches säulenchromatographisches Material verwendet wird. Daher kann diese Substanz mit Protokollen, wie sie sich dem Fachmann ohne weiteres erschließen, für die Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen aus einer Probe verwendet werden.
- Die erfindungsgemäße Substanz ist insbesondere dazu geeignet, phosphorylierte Peptide und/oder Proteine anzureichern bzw. zu isolieren, die an einem oder mehreren Tyrosinresten phosphoryliert sind. In einer bevorzugten Ausführungsform der erfindungsgemäßen Substanz handelt es sich bei der Gruppe um ein Derivat von 2,2'-Dipicolylamin. Eine entsprechende erfindungsgemäße Substanz weist eine besonders hohe Affinität zu tyrosinphosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen auf.
- In einer bevorzugten Ausführungsform der erfindungsgemäßen Substanz umfaßt der Spacer einen oder mehrere aromatische Ringe. Hierbei handelt es sich insbesondere um mono-, bi- und/oder tricyclische aromatische Ringe. Vorteilhafterweise handelt es sich bei dem Spacer um einen Dimethylbenzolsäuremethylester, der noch weitere Reste aufweisen kann. In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist die Ausgangsverbindung für den Spacer durch folgende Formel gekennzeichnet:
- Hierbei bedeuten
R1, R2: H, Alkyl, Halogenyl, O-Alkyl und/oder mono- oder bicyclische aromatische Ringe. - In ganz besonders bevorzugten Ausführungsformen ist der Spacer 2,5-, 3,4- und/oder 3,5-Dimethylbenzolsäuremethylester bzw. ein entsprechendes Derivat.
- Bevorzugterweise ist der Linker zwischen dem Spacer und dem festen Träger mindestens eine Amid-, Ester-, Carbamoyl-, Ether- und/oder Thioetherbindung. Die konkrete Ausgestaltung des Linkers bzw. der Linker-Verbindung hängt selbstverständlich von der Wahl des Trägermaterials und der Zusammensetzung des Spacers ab.
- In einer ganz besonders bevorzugten Ausführungsform der erfindungsgemäßen Substanz ist der Spacer inklusiv der mindestens zwei Gruppen 2,5-, 3,4- und/oder 3,5-Bis[(2,2'-Dipicolylamino)methyl]benzolsäure bzw. der entsprechende Benzolsäuremethylester.
- Bevorzugterweise handelt es sich bei dem festen Träger um Glas, Silicat, Gold und/oder mindestens ein organisches Polymer. Allgemein sind hierfür im Prinzip alle üblichen Trägermaterialien einsetzbar, die für chromatographische Anwendungen geeignet sind. Vorteilhaft sind bei spielsweise Chromatographiematerialien in Kügelchenform, wie sie üblicherweise für die Säulenchromatographie eingesetzt werden. Bevorzugte Beispiele hierfür sind Fraktogel oder Sepharose, insbesondere Sepharose 4B. Die Wahl des Trägermaterials ist jedoch nicht auf solche Materialien beschränkt, die für Säulenchromatographie einsetzbar sind. Vielmehr umfaßt die Erfindung auch Materialien, wie sie für andere Affinitätsanreicherungsmethoden geeignet sind. Beispielsweise kann es sich bei dem Träger um ein solches Material handeln, welches für eine Dünnschichtchromatographie geeignet ist.
- Weiterhin umfaßt die Erfindung ein Verfahren zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen aus einer Probe. Unter Probe ist hier im allgemeinen eine Probe aus biologischem Material zu verstehen. Beispielsweise kann es sich hierbei um ein Zellextrakt, ein Gewebeextrakt oder ähnliches handeln. Insbesondere können hierfür sämtliche Proteine von Zellen aus einer Zellkultur aufgearbeitet werden. Eine entsprechende Probe kann andererseits auch beispielsweise aus der Aufarbeitung von Biopsiematerial und/oder aus bestimmtem Organgewebe stammen. Andererseits können auch Proben pflanzlichen Ursprungs, bakterielle Proben oder Proben aus Pilzen in dem erfindungsgemäßen Verfahren eingesetzt werden. Die Proben können hierbei entweder ohne weitergehende Aufreinigung eingesetzt werden, so daß beispielsweise nur der von Zelltrümmern befreite Zellextrakt verwendet wird. Andererseits kann die Probe auch weiter aufgereinigt sein. Besonders bevorzugt ist jedoch die Verwendung von Proben ohne weitere Aufreinigung, da in diesen Proben auf diese Weise sämtliche phosphorylierten Peptide und/oder Proteine von Interesse angereichert und/oder näher untersucht werden können, wie es insbesondere im Bereich der Proteomforschung von Interesse ist.
- Gemäß dem erfindungsgemäßen Verfahren wird zunächst die Probe mit einer Substanz, wie sie bereits beschrieben wurde, in Kontakt gebracht, so daß sich Wechselwirkungen zwischen der Substanz und den phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen aus der Probe ausbilden können. In einem weiteren Schritt wird nicht-gebundenes Material, also insbesondere nicht-phosphorylierte Peptide und/oder Proteine, von der Substanz entfernt. Dies kann insbesondere durch Waschen mit geeigneten Pufferlösungen erfolgen. Im weiteren werden die phosphorylierten Peptide und/oder Proteine, also die mit der Substanz wechselwirkenden Peptide und/oder Proteine, eluiert, d. h. also von der Substanz getrennt. Auch dies erfolgt vorteilhafterweise wieder durch Wahl von geeigneten Pufferbedingungen und/oder durch Änderung der Temperatur oder ähnliches. Dieser Elutionsschritt muß nicht zwingend durchgeführt werden. Insbesondere in Abhängigkeit von der gewählten Analysemethode oder allgemein der Zielsetzung, die mit dem erfindungsgemäßen Verfahren angestrebt wird, kann es vorteilhaft sein, daß die phosphorylierten Peptide und/oder Proteine nicht von dem Affinitätsmaterial abgetrennt werden. Ein geeignetes Protokoll zur Durchführung des Verfahrens und insbesondere die Wahl geeigneter Pufferbedingungen wird sich dem Fachmann auf diesem Gebiet ohne weiteres erschließen.
- In der oder den eluierten Fraktionen nach Durchführung dieses Verfahrens befinden sich die nun angereicherten bzw. isolierten phosphorylierten Peptide und/oder Proteine aus der Probe. Diese Peptide und/oder Proteine können im weiteren noch weiter je nach Bedarf bearbeitet oder noch weiter gereinigt werden. Dies kann beispielsweise durch eine wiederholte Durchführung des erfindungsgemäßen Verfahrens oder auch durch andere Reinigungsmethoden erreicht werden.
- Besonders bevorzugt ist es, die phosphorylierten und vorzugsweise eluierten Peptide und/oder Proteine im weiteren zu analysieren und gegebenenfalls zu identifizieren. Dies kann mit herkömmlichen Methoden, insbesondere mit ein- und/oder zweidimensionaler Polyacrylamidgelelektrophorese und/oder massenspektrometrischen Methoden erfolgen.
- Mit besonderem Vorteil erfolgt eine Analyse der angereicherten bzw. isolierten phosphorylierten Peptide und/oder Proteine mit massenspektrometrischen Methoden. Hierbei ist insbesondere eine „electro spray ionization" (ESI)-Tandem-Massenspektrometrie oder die sogenannte „matrix-assisted laser desorption/ionization" (MALDI)-Massenspektrometrie bevorzugt. Insbesondere diese Methoden haben sich bereits für die Untersuchung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen als besonders geeignet herausgestellt. Selbstverständlich werden auch andere Analysenmethoden von der Erfindung umfaßt, wie sie sich dem Fachmann erschließen.
- Das erfindungsgemäße Verfahren ist bevorzugterweise dadurch gekennzeichnet, daß die anzureichernden phosphorylierten Peptide und/oder Proteine an einem oder mehreren Tyrosinresten ein- oder mehrfach phosphoryliert sind. Die Spezifität der erfindungsgemäßen Substanz für tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine bzw. für an anderer Stelle phosphorylierte Peptide und/oder Proteine wird vor allem durch die Wahl der mindestens zwei Gruppen geprägt, die sich am Spacer gemäß
1 befinden. Im Gegensatz zu threonin- und/oder serinphosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen sind vor allem tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine an Signaltransduktions- und Regulationsvorgängen in der Zelle beteiligt. Sie sind daher von besonderem biologischem Interesse. Das Problem herkömmlicher Untersuchungsmethoden für tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine liegt vor allem darin, daß die tyrosinphosphorylierten Peptide und/oder Proteine im Vergleich mit an anderer Stelle phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen in nur ausgesprochen geringer Konzentration in der Zelle vorliegen. Durch das erfindungsgemäße Verfahren ist es nun möglich, insbesondere diese besonders seltenen phosphorylierten Peptide und/oder Proteine spezifisch anzureichern bzw. zu isolieren und somit einer Untersuchung zugänglich zu machen. Außerdem ermöglicht das erfindungsgemäße Verfahren, durch die spezifische Anreicherung bzw. - Isolierung von allen tyrosinphosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen einer Zelle, einen Gesamtüberblick über diese sehr wichtigen Schaltstellen der Zelle zu liefern, wie es insbesondere das Ziel der Phosphoproteomforschung ist.
- Weiterhin umfaßt die Erfindung die Verwendung der erfindungsgemäßen Substanz, wie sie bereits beschrieben wurde, als Affinitätsmaterial zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen. Insbesondere handelt es sich bei dem anzureichernden bzw. zu isolierenden Peptiden und/oder Proteinen um tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine. Bezüglich weiterer Merkmale dieser erfindungsgemäßen Verwendung wird auch die obige Beschreibung verwiesen.
- Weiterhin umfaßt die Erfindung ein Affinitätsmaterial zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen. Auch diesbezüglich wird auf die obige Beschreibung verwiesen. Insbesondere ist dieses Affinitätsmaterial dadurch gekennzeichnet, daß das Affinitätsmaterial ein säulenchromatographisches Material ist. Dies hat den Vorteil, daß hiermit das Verfahren zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen mit allgemein üblichen Protokollen aus der Proteinreinigung durchgeführt werden kann, wobei die Anpassung herkömmlicher Protokolle an dieses bestimmte Affinitätsmaterial für einen Fachmann ohne weiteres zu bewältigen ist. Neben säulenchromatographischen Materialien kann das Affinitätsmaterial selbstverständlich auch so ausgestaltet sein, daß es für andere Affinitätsreinigungen geeignet ist. So kann das Affinitätsmaterial beispielsweise so ausgestaltet sein, daß es für eine Dünnschichtchromatographie oder ähnliches geeignet ist.
- Darüber hinaus umfaßt die Erfindung eine Chromatographiesäule, die ein entsprechendes Affinitätsmaterial aufweist. Hierbei kann die Chro matographiesäule derart ausgestaltet sein, daß sie bereits mit dem erfindungsgemäßen Affinitätsmaterial beladen ist. Andererseits kann es auch vorteilhaft sein, daß die Chromatographiesäule und das Affinitätsmaterial zunächst getrennt vorliegen und daß die Säule bei Bedarf in der entsprechenden Dimension gepackt wird. Auch bezüglich dieser Chromatographiesäule wird auf die obige Beschreibung verwiesen.
- Schließlich umfaßt die Erfindung ein Verfahren zur Herstellung einer Substanz, die als Affinitätsmaterial zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen geeignet ist. Diese Substanz wurde oben bereits eingehend beschrieben. Das erfindungsgemäße Verfahren zur Herstellung dieser Substanz umfaßt die folgenden Verfahrensschritten, wobei diese Schritte zur Veranschaulichung in den
2 und3 schematisiert sind: - a) Zunächst wird mindestens eine Verbindung, die mindestens zwei Methylreste und mindestens einen Methylesterrest enthält, mit N-Bromosuccinimid (NBS), N-Bromoacetamid (NBA) und/oder SO2Cl2 zu der entsprechenden Bromomethyl- und/oder Chloromethylverbindung umgesetzt. Die Verbindung ist vorzugsweise die Verbindung V1, die durch folgende Formel gekennzeichnet ist: wobei R1, R2: H, Alkyl, Halogenyl, O-Alkyl und/oder mono- oder bicyclische aromatische Ringe bedeuten. Ein besonders bevorzugter Vertreter dieser Verbindung V1 ist Dimethylbenzolsäuremethylester. In diesem Fall ist das Reaktionsprodukt Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester und/oder Bis(chloromethyl)benzolsäuremethylester. Durch diese Verbindung bzw. gemäß der Formel entsprechende Verbindungen wird der Spacer der erfindungsgemäßen Substanz gebildet.
- b) Das Reaktionsprodukt aus Verfahrensschritt a) wird mit Alkalicarbonaten, Bicarbonaten und/oder tertiären organischen Aminen sowie mindestens einer Verbindung V2 gemäß folgender Formel: wobei X, Y: CR', N, S und/oder O; Z: CR''2 und/oder (CR'')2; R', R'': H, Alkyl, Halogenyl und/oder O-Alkyl; M: Mn2+, Fe3+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Al3+ und/oder Ga3+ bedeuten, umgesetzt. Wenn im Verfahrensschritt a) beispielsweise Dimethylbenzolsäuremethylester eingesetzt wurde, ist das Reaktionsprodukt dieses Verfahrensschrittes Bis[(V2)methyl]benzol säuremethylester. Ein besonders bevorzugter Vertreter von V2 ist beispielsweise 2,2'-Dipicolylamin.
- c) Das Reaktionsprodukt aus Schritt b) wird nun mit Alkalihydroxiden, Carbonaten, Bicarbonaten und/oder quartiären Ammoniumhydroxiden zu der entsprechenden Säure umgesetzt. Wenn anfangs beispielsweise Dimethylbenzolsäuremethylester eingesetzt wurde, entsteht hierbei Bis[(V2)methyl]benzolsäure. Bei einer anderen Verbindung V1 entsteht selbstverständlich ein anderes Reaktionsprodukt.
- d) Als ein weiterer Schritt wird gegebenenfalls ein festes Trägermaterial aktiviert, an welchem im folgenden das Reaktionsprodukt aus Verfahrensschritt c) immobilisiert werden soll. Ob eine Aktivierung des Trägers erforderlich ist, hängt von dem jeweils gewählten Material ab. Zu welchem Zeitpunkt die Aktivierung des Trägers bzw. eine Bereitstellung des Trägers erfolgt, ist selbstverständlich nicht an die hier aufgeführte Reihenfolge gebunden.
- e) Das Reaktionsprodukt aus Verfahrensschritt c) wird mit mindestens einem Carbodiimid, Uranium und/oder Phosphoniumsalz mit dem Träger, der gegebenenfalls aktiviert ist, umgesetzt, so daß das Reaktionsprodukt aus Verfahrensschritt c), also beispielsweise Bis[(V2)methyl]benzolsäure auf dem Träger immobilisiert wird. Diese Verbindung von Träger und Reaktionsprodukt erfolgt über einen Linker, der beispielsweise eine Amid-, Ester-, Carbomoyl-, Ether- und/oder Thioetherbindung sein kann.
- f) Abschließend wird das immobilisierte Produkt aus Verfahrensschritt e) mit Metall beladen, indem der Ansatz mit einer wäßrigen Lösung aus Mn2+, Fe3+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Al3+ und/oder Ga3+ bzw. den entsprechenden Salzen behandelt wird. Besonders be vorzugt sind hierbei Zn2+ oder Co2+. Die Beladung mit dem Metall gemäß Verfahrensschritt f) kann gegebenenfalls auch zu einem anderen Zeitpunkt der Reaktionsabfolge durchgeführt werden.
- Weitere Merkmale der Erfindung ergeben sich aus den Unteransprüchen in Kombination mit den Figuren und Beispielen. Die verschiedenen Merkmale können dabei jeweils für sich oder in Kombination miteinander verwirklicht sein.
- In den Figuren zeigt
-
1 schematische Darstellung der erfindungsgemäßen Substanz; -
2 schematische Darstellung der Reaktionsfolge a) bis c); -
3 schematische Reaktionsfolge der Verfahrensschritte e) bis f); -
4 Dotblot der Proteine, die von Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Kügelchen eluiert wurden. Dot 1: Probe 1; Dot 2: Probe 2; Dot 3: Probe 3; Dot 4: Probe 4; Dot 5: Probe 5; Dot 6: Probe 6; Dot 7: Probe 7; Dot 8: Probe 8; Dot 9: Probe 9; Dot 10: Probe 10; -
5 Westernblot der Proteine, die von Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Kügelchen eluiert wurden. Spur 1: Gesamtzellextrakt; Spur 2: Probe 1 (Elution 1); Spur 3: Probe 3 (Elution 1); Spur 4: Probe 5 (Elution 1). - Beispiele
- A. Herstellung des Affinitätsmaterials
- 1. Synthese von 2,5-, 3,4- und 3,5-Di(bromomethyl)benzolsäuremethylester
- 19,6 g 2,5-, 3,4- oder 3,5-Dimethylbenzolsäuremethylester, 47 g NBS und 0,5 g Benzoyl-Peroxid wurden in 120 ml Carbon-Tetrachlorid gelöst und die Reaktion für 12 h im Rückfluß durchgeführt. Nach dem Abkühlen wurde das Reaktionsgemisch filtriert, und das Lösungsmittel wurde durch Evaporation im Vakuum entfernt. Die erhaltenen Dibromo-Derivate wurden durch Rekristallisierung aus n-Hexan gereinigt, so daß sich für 2,5-Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester eine Ausbeute von 21,2 g bei einem Schmelzpunkt von 71°C, für 3,4-Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester eine Ausbeute von 22,2 g bei einem Schmelzpunkt von 74°C und für 3,5-Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester eine Ausbeute von 25,3 g bei einem Schmelzpunkt von 78°C ergab.
- 2. Synthese von 2,5-, 3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyllbenzolsäuremethylester
- Zu einer Lösung von 2,5-, 3,4- oder 3,5-Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester (2,24 g, 8 mmol), 2,2'-Dipicolylamin (3,5 g, 17,2 mmol) und K2CO3 (4,42 g, 3,2 mmol) in 20 ml wasserfreiem DMF (Dimethylfluorid) wurde tropfenweise eine Lösung von KI (1,3 g, 8 mmol) in DMF (8 ml) über 1 h bei 80 °C tropfenweise zugegeben. Nach dem Rühren für 60 min. bei 60 °C wurde das Reaktionsgemisch mit 1 N HCl verdünnt und zweimal mit Ethylacetat gewaschen. Die wäßrige Schicht wurde mit 4 N NaOH alkalisiert und mit Diethylether zweimal extrahiert. Die kombinierten organischen Schichten wurden mit Wasser und Lauge gewaschen, gefolgt von einer Trocknung über Na2SO4. Nach dem Entfernen des Lösungsmittels im Vakuum wurde der Rest aus Ethanol rekristallisiert und ergab für 2,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäuremethylester eine Ausbeute von 3,3 g bei einem Schmelzpunkt von 98°C, für 3,4- Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäuremethylester eine Ausbeute von 3,5 g bei einem Schmelzpunkt von 102°C und für 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäuremethylester eine Ausbeute von 4,2 g bei einem Schmelzpunkt von 111°C.
- 3. Synthese von 2,5-, 3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure
- 3,0 g von 2,5-, 3,4- oder 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzol säuremethylester in 50 ml 80% MeOH wurden mit 1,10 g Ba(OH)2 gemischt und im Rückfluß unter Nitrogen für 2 h behandelt. Weitere 0,6 g Ba(OH)2 wurden zugegeben und der Rückfluß für weitere 2 h durchgeführt. Nach dem Abkühlen des Reaktionsgemisches wurden bezüglich Ba(OH)2 äquimolare Mengen von 50% H2SO4 zugegeben. Das erhalte ne Präzipitat wurde durch Zentrifugation abgetrennt, und die verbleibende Lösung wurde bis zur Trockenheit evaporiert. Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]-benzolsäuren wurden als öliger Rest erhalten, der ohne weitere Reinigung weiterverwendet wurde.
- 4. Aktivierung des Trägermaterials
- 4.1 Aktivierung von Sepharose 4B mit 1,4-Butandioldiglycidylether
- 50 ml sauggetrocknetes Sepharose 4B-Material wurde in eine 250 ml konische Flasche überführt, die 50 ml 0,6 M NaOH und 50 ml 1,4-Butandioldiglycidylether enthielt. Die Suspension wurde für 12 h bei Raum temperatur geschüttelt. Das Sepharose 4B-Material wurde mit 2 l deionisiertem Wasser gewaschen und sofort für den nächsten Reaktionsschritt eingesetzt.
- 4.2 Synthese von Amino-1,4-Butandiolether-Sepharose 4B
- 10 ml der sauggetrockneten, mit 1,4-Butandioldiglycidylether aktivierten Sepharose 4B wurde in eine 250 ml konische Flasche überführt, die 50 ml 2,0 M NH4OH-Lösung enthielt. Die Suspension wurde bei Raumtemperatur für 12 h geschüttelt. Die Sepharose 4B wurde mit 1 l deionisiertem Wasser gewaschen und sofort für den nächsten Reaktionsschritt verwendet.
- 4.3 Synthese von Amino-Fraktogel
- 10 g Epoxy-Fraktogel-Material wurde in eine 250 ml konische Flasche überführt, die 50 ml 2,0 M NH4OH-Lösung enthielt. Die Suspension wur de bei Raumtemperatur für 12 h geschüttelt. Das Fraktogel-Material wurde mit 1 l deionisiertem Wasser gewaschen und sofort für den nächsten Reaktionsschritt verwendet.
- 5. Immobilisierung
- 5.1 Synthese von 2,5-, 3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose 4B
- 10 ml Amino-1,4-Butandiolether-Sepharose wurde schrittweise in einem Buchnertrichter mit 50 ml 20%, 40%, 60%, 80% und 100% DMF gewaschen. Die Amino-1,4-Butandiolether-Sepharosekügelchen wurden in 15 ml DMF resuspendiert, wobei das DMF jeweils 250 mg von 2,5-, 3,4- bzw. 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure enthielt. Zu dieser Suspension wurden 20 mg Imidazol, 100 μl Pyridin und 500 μl Di-Isopropylcarbodiimid zugegeben. Die Suspension wurde bei Raumtemperatur für 24 h geschüttelt und weitere 200 μl Di-Isopropylcarbodiimid zugegeben. Nach 12 h wurden die Kügelchen durch Filtration gewonnen und in der folgenden Reihenfolge mit jeweils 50 ml gewaschen: 100%, 80%, 60%, 40%, 20% DMF und 500 ml Wasser. Die Kügelchen wurden dann in 20 ml 5% NaHCO3 resuspendiert und 100 μl Essigsäureanhydrid hinzugegeben. Die Suspension wurde bei 37°C für 60 min geschüttelt und anschließend mit 50 ml Wasser, 50 ml 10% Essigsäure und 500 ml Wasser gewaschen. Schließlich wurden die Kügelchen in 30% EtOH gewaschen und im Kühlschrank aufbewahrt.
- 5.2 Synthese von 2,5-, 3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Fraktogel
- Die Synthese erfolgte entsprechend wie unter 5.1, bis auf das Amino-Fraktogel anstatt Sepharose 4B benutzt wurde.
- 6. Beladen von 2,5- 3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose 4B bzw. -Fraktogel mit Zn2+ oder Co2+
- Mit 2,5-, 3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose 4B bzw. -Fraktogel gepackte Säulen wurden mit 5 Volumen Wasser gewaschen. Dann erfolgte eine Behandlung mit 3 Volumen 0,2 M-Lösung von ZnSO4 oder CoCl2 in Wasser und anschließend wieder 5 Volumen Wasser. Eine folgende Äquilibrierung erfolgte mit entsprechendem Puffer, der für die entsprechende Proteinproben-Vorbereitung benutzt wurde.
- B. Anreicherung von tyrosinphosphorylierten Proteinen aus Rattenleber
- 1. Isolierung von Proteinen mit Tyrosinphosphorylierungen aus Rattenleber
- In diesem Beispiel wurden die folgenden Affinitätsmaterialien benutzt:
- Material Typ 1: 2,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose 4B (25BiPy-Sepharose 4B)
- Material Typ 2: 3,4-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose 4B (34BiPy-Sepharose 4B)
- Material Typ 3: 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose 4B (35BiPy-Sepharose 4B)
- Material Typ 4: 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Fraktogel (35BiPy-Fraktogel)
- 2. Probenvorbereitung und Isolierung der pTyr-Proteine
- 2.1 Puffer:
-
- 1. Lysis-Puffer: 50 mM NaMOPS, 25 mM NaCl, pH 7,2, 0,5% Zwittergent 3–10, 0,5% CHAPS, 5 mM NaF, 1 mM Natrium-Orthovanadat, 0,2 mM Natrium-Pervanadat, kompletter Mini Protease Inhibitor-Cocktail (ohne EDTA) 1 tabl./10 ml Puffer.
- 2. Wasch-Puffer: 50 mM NaMOPS, 25 mM NaCl, pH 7,2, 0,1% Zwittergent 3–10, 0,1% CHAPS, 5 mM NaF, 1 mM Natrium-Orthovanadat, 0,2 mM Natrium-Pervanadat.
- 3. Elutions-Puffer 1: 50 mM NaMOPS, 100 mM NaCl, 50 mM Phenylphosphat (127 mg Phenylphosphat, Dinatriumsalz-Dihydrat pro 10 ml Puffer), pH 7,2, 0,1% Zwittergent 3–10, 0,1% CHAPS, 5 mM NaF, 1 mM Natrium-Orthovanadat, 0,2 mM Natrium-Pervanadat.
- 4. Elutions-Puffer 2: 50 mM NaMOPS, 100 mM NaCl, pH 7,2, 0,1% Zwittergent 3–10, 0,1% CHAPS, 5 mM NaF, 1 mM Natrium-Orthovanadat, 0,2 mM Natrium-Pervanadat, 50 mM, Na4EDTA.
- 2.2 Durchführung
-
- 1. 1 g Rattenlebergewebe wurde mit 15 ml Lyse-Puffer homogenisiert. Die Suspension wurde in einem Sorvall SS34 Rotor für 30 min. bei 18.000 rpm zentrifugiert. Der Überstand wurde verwendet und das Pellet verworfen. Der Überstand wurde in 1,5 ml-Proben geteilt.
- 2. Die Proben (1,5 ml) wurden durch aktivierte und äquilibrierte Säulen laufengelassen, die mit 0,5 ml Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Kügelchen gepackt waren.
- 3. Die Säulen wurden mit 3,0 ml Wasch-Puffer gewaschen und die erste Elution mit Elutions-Puffer 1 (600 μl) und danach mit Elutions-Puffer 2 (600 μl) eluiert.
- 3. Dotblot-Analyse der Proteine, die von den Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Kügelchen eluiert worden waren
- 3.1 Puffer:
-
- 1. TBS (Tris-gepufferte Saline): 10 mM Tris-HCl pH 7,4, 170 mM NaCl, 3,4 mM KCl.
- 2. TBS/Tween: 0,1% Tween 20 in TBS
- 3. BCIP/NBT (Bromochloroindolylphosphate/Nitroblau Tetrazolium): NBT- und BCIP-Stammlösungen wurden über mehrere Wochen im Kühlschrank aufbewahrt. Die Stammlösungen wurden durch Auflösung von 0,5 g NBT in 10 ml 70%iger Dimethylformamid präpariert. Die BCIP-Stammlösung wurde durch Auflösung von 0,33 g BCIP-Dinatriumsalz in 10 ml DMF in einem Glasgefäß präpariert.
- 4. APB (alkalischer Phosphatase-Puffer): 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 100 mM Tris-HCl pH 9,5
- 5. APB/Tween: 0,1% Tween 20 in APB
- 3.2 Durchführung
-
- 1. Die Positionen der Spots auf der Nitrozellulosemembran wurden mit einem weichen wasserfesten Stift markiert. Die Nitrozellulose membran wurde in Wasser befeuchtet und auf einem sauberen Papier fast vollständig getrocknet.
- 2. Die Proben wurden auf die markierten Stellen aufgegeben, wobei 1 μg Protein pro Spot aufgegeben wurde.
- 3. In einer zu bedeckenden Plastikschale wurde ausreichend Quenching-Puffer (5% BSA (bovines Serumalbumin) in TBS/Tween) gegeben, so daß der Boden der Schale vollständig bedeckt war. Der Nitrozellulose-Blot wurde vorsichtig auf die Oberfläche des Quenching-Puffers gegeben, so daß der Filter einheitlich befeuchtet wurde. Dann wurde der Filter in den Quenching-Puffer untergetaucht. Die Inkubation erfolgte unter Bewegung oder Schütteln für wenigstens 2 h. Die Lösung wurde entfernt und eine Lösung mit dem ersten Antikörper (1 : 1.000 Verdünnung pTyr102-Antikörper, Cell Signaling Technology, # 9416) in 4% BSA in TBS/Tween-Puffer zugegeben. Die Inkubation erfolgte für 16 h bei 4°C unter kontinuierlicher Bewegung auf einem Schüttler.
- 4. Die Antikörperlösung wurde weggegossen. Ohne den Blot trocknen zu lassen, wurde der Blot viermal mit 50 ml TBS/Tween jeweils für 5 min. gewaschen. Diese Waschlösung wurde wiederum abgegossen und die Lösung mit dem zweiten Antikörper auf den Blot gegeben.
- 5. Die Inkubation mit dem zweiten Antikörper (1 : 5.000-Verdünnung AP-konjugierter Antimaus-IgG-gesamtes Molekül, Sigma 93160 im Quenching-Puffer) wurde für 3 h bei 4°C mit Bewegung durchgeführt.
- 6. Diese Antikörperlösung wurde abgegossen und der Blot viermal mit jeweils 50 ml TBS/Tween jeweils für 5 min. gewaschen.
- 7. Der Nitrozelluloseblot wurde in BCIP/NBT-Arbeitslösung plaziert, wobei diese Lösung durch Zugabe von 66 ml NBT-Stammlösung zu 10 ml APB/Tween mit gründlichem Mischen und Zugabe von 33 ml BCIP-Stammlösung hergestellt wurde.
- 8. Nach der Entwicklung der Farbe wurde die Reaktion durch Waschen mit Wasser und 1% Essigsäure gestoppt.
-
4 zeigt die Ergebnisse des Dotblot-Screenings. Hierbei zeigt Dot 1 Probe 1, Dot 2 Probe 2, Dot 3 Probe 3 usw. - 4. Westernblot-Analyse der Proteine, die von Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Material eluiert wurden
- 4.1 Die Polyacrylamidgelelektophorese (PAGE) wurde gemäß Laemmli durchgeführt. Es wurden jeweils 20 μg Protein pro Spur des 11% PAGE aufgetragen.
- 4.2 Puffer
- Es wurden die gleichen Puffer wie beim Dotblot-Screening verwendet.
- 4.3 Durchführung
-
- 1. Das Elektroblotting wurde mit einer Nitrozellulosenmebran gemäß den Angaben des Herstellers mit einem Halbtrocken-Elektroblot-Apparat der Firma BioRad durchgeführt.
- 2. In einer zu bedeckenden Plastikschale wurde ausreichend Quenching-Puffer (5% BSA in TBS/Tween) gegeben, so daß der Boden der Schale vollständig bedeckt war. Der Nitrozelluloseblot wurde vorsichtig auf die Oberfläche des Quenching-Puffers gegeben, so daß der Filter einheitlich befeuchtet wurde. Dann wurde der Filter in den Quenching-Puffer untergetaucht. Die Inkubation erfolgte unter Bewegung oder Schütteln für wenigstens 2 h. Die Lösung wurde entfernt und eine Lösung mit dem ersten Antikörper (1 : 1.000 Verdünnung pTyr102-Antikörper, Cell Signaling Technology, # 9416) in 4% BSA in TBS/Tween-Puffer zugegeben. Die Inkubation erfolgte für 16 h bei 4% unter kontinuierlicher Bewegung auf einem Schüttler.
- 3. Die Antikörperlösung wurde weggegossen. Ohne den Blot trocknen zu lassen, wurde der Blot viermal mit 50 ml TBS/Tween jeweils für 5 min. gewaschen. Diese Waschlösung wurde wiederum abgegossen und die Lösung mit dem zweiten Antikörper auf den Blot gegeben.
- 4. Die Inkubation mit dem zweiten Antikörper (1 : 5.000-Verdünnung AP-konjugierter Antimaus-IgG-gesamtes Molekül, Sigma 93160 im Quenching-Puffer) wurde für 3 h bei 4°C mit Bewegung durchgeführt.
- 5. Diese Antikörperlösung wurde abgegossen und der Blot viermal mit jeweils 50 ml TBS/Tween jeweils für 5 min. gewaschen.
- 6. Der Nitrozelluloseblot wurde in BCIP/NBT-Arbeitslösung plaziert, wobei diese Lösung durch Zugabe von 66 ml NBT-Stammlösung zu 10 ml APB/Tween mit gründlichem Mischen und Zugabe von 33 ml BCIP-Stammlösung hergestellt wurde.
- Die Ergebnisse der Westernblotanalyse sind in
5 dargestellt. Hierbei zeigt die Spur 1 den gesamten Zellextrakt, die Spur 2 die Probe 1 (Elution 1), die Spur 3 Probe 3 (Elution 1) und die Spur 4 Probe 5 (Elution 1).
Claims (19)
- Substanz, umfassend einen festen Träger, der über einen Linker mit einem Spacer verbunden ist, welcher mindestens zwei Gruppen gemäß der folgenden Formel trägt wobei X, Y: CR', N, S und/oder O; Z: CR''2 und/oder (CR'')2; R', R'': H, Alkyl, Halogenyl und/oder O-Alkyl; M: Mn2+, Fe3+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Al3+ und/oder Ga3+ bedeuten.
- Substanz nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die Gruppe ausgehend von 2,2'-Dipicolylamino gebildet ist.
- Substanz nach Anspruch 1 oder Anspruch 2, dadurch gekennzeichnet, daß der Spacer ein oder mehrere aromatische Ringe, insbesondere mono-, bi- und/oder tricyclische aromatische Ringe umfaßt.
- Substanz nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß der Spacer ausgehend von 2,5-, 3,4- und/oder 3,5-Dimethylbenzolsäuremethylester gebildet ist.
- Substanz nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß der Linker mindestens eine Amid-, Ester-Carbamoyl-, Ether- und/oder Thioether-Bindung umfaßt.
- Substanz nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß der Spacer mit den mindestens zwei Gruppen ausgehend von 2,5-, 3,4- und/oder 3,5-Bis[(2,2'-dipicolyamino)methyl]benzolsäure gebildet ist.
- Substanz nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß der feste Träger Glas, Silicat, Gold und/oder mindestens ein organisches Polymer, insbesondere Sepharose und/oder Fraktogel, ist.
- Verfahren zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen aus einer Probe, umfassend die Verfahrensschritte: – Inkontaktbringen der Probe mit einer Substanz gemäß einem der vorhergehenden Ansprüche zur Ausbildung von Wechselwirkungen zwischen der Substanz und phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen in der Probe, – Entfernen von nicht wechselwirkendem Material, – Gegebenenfalls Eluieren der phosphorylierten Peptide und/oder Proteine, – Gegebenenfalls Analysieren der phosphorylierten Peptide und/oder Proteine.
- Verfahren nach Anspruch 8, dadurch gekennzeichnet, daß die Analyse mit massenspektrometrischen Methoden erfolgt.
- Verfahren nach Anspruch 8 oder Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, daß die phosphorylierten Peptide und/oder Proteine tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine sind.
- Verwendung einer Substanz gemäß einem der Ansprüche 1 bis 7 als Affinitätsmaterial zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen.
- Verwendung nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, daß die phosphorylierten Peptide und/oder Proteine tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine sind.
- Affinitätsmaterial zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen, insbesondere von tyrosinphosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen, umfassend mindestens eine Substanz gemäß einem der Ansprüche 1 bis 7.
- Affinitätsmaterial nach Anspruch 13, dadurch gekennzeichnet, daß das Affinitätsmaterial ein säulenchromatographisches Material ist.
- Chromatographiesäule, umfassend ein Affinitätsmaterial gemäß Anspruch 13 oder Anspruch 14.
- Verfahren zur Herstellung einer Substanz gemäß einem der Ansprüche 1 bis 7, umfassend die Verfahrensschritte: a) Umsetzen mindestens einer Verbindung V1 der folgenden Formel wobei R1, R2: H, Alkyl, Halogenyl, O-Alkyl, mono- oder bicyclische aromatische Ringe bedeuten, mit N-Bromosuccinimid (NBS), N-Bromoacetamid (NBA) und/oder SO2Cl2; b) Umsetzen des Reaktionsproduktes aus Schritt a) mit mindestens einem Alkalicarbonat, Bicarbonat und/oder tertiärem organischen Amin mit mindestens einer Verbindung V2 gemäß der folgenden Formel wobei X, Y: CR', N, S und/oder O; Z: CR''2 und/oder (CR'')2; R', R'': H, Alkyl, Halogenyl und/oder O-Alkyl bedeuten; c) Umsetzen des Reaktionsproduktes aus Schritt b) mit mindestens einem Alkalihydroxyd, Carbonat, Bicarbonat und/oder quartiärem Ammoniumhydroxid; d) gegebenenfalls Aktivierung eines festen Trägers; e) Umsetzen des Reaktionsprodukts aus Schritt c) mit mindesens einem Carbodiimid, Uranium und/oder Phosphoniumsalz mit dem festen Träger, der gegebenenfalls aktiviert ist, zu einem auf dem Träger über Amid-, Ester-, Carbomoyl-, Ether- und/oder Thioetherbindungen immobilisierten Reaktionsprodukt; f) Beladen des Reaktionsproduktes aus Schritt e) mit mindestens einem Metall durch Behandeln mit einer wäßrigen Lösung aus Mn2+, Fe3+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Al3+ und/oder Ga3.
- Verfahren nach Anspruch 16, dadurch gekennzeichnet, daß die Verbindung V1 Dimethylbenzolsäuremethylester ist.
- Verfahren nach Anspruch 16 oder Anspruch 17, dadurch gekennzeichnet, daß die Verbindung V2 2,2'-Dipicolylamin ist.
- Verfahren nach einem der Ansprüche 16 bis 18, dadurch gekennzeichnet, daß der feste Träger Glas, Silicat, Gold und/oder mindestens ein organisches Polymer, insbesondere Sepharose und/oder Fraktogel ist.
Priority Applications (7)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE10321901A DE10321901A1 (de) | 2003-05-06 | 2003-05-06 | Affinitätsanreicherung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen |
| JP2006505274A JP2008500943A (ja) | 2003-05-06 | 2004-04-27 | リン酸化ペプチドおよび/またはタンパク質のアフィニティに基づく濃縮 |
| EP04729634A EP1622717A2 (de) | 2003-05-06 | 2004-04-27 | Affinitätsanreicherung von phosphorylierten peptiden und/oder proteinen |
| AU2004235906A AU2004235906A1 (en) | 2003-05-06 | 2004-04-27 | Affinity-based enrichment of phosphorylated peptides and/or proteins |
| PCT/EP2004/004405 WO2004099233A2 (de) | 2003-05-06 | 2004-04-27 | Affinitätsanreicherung von phosphorylierten peptiden und/oder proteinen |
| CA002524522A CA2524522A1 (en) | 2003-05-06 | 2004-04-27 | Affinity-based enrichment of phosphorylated peptides and/or proteins |
| US10/555,703 US20070134648A1 (en) | 2003-05-06 | 2004-04-27 | Affinity-based enrichment of phosphorylated peptides and/or proteins |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE10321901A DE10321901A1 (de) | 2003-05-06 | 2003-05-06 | Affinitätsanreicherung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| DE10321901A1 true DE10321901A1 (de) | 2004-12-02 |
Family
ID=33394627
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| DE10321901A Withdrawn DE10321901A1 (de) | 2003-05-06 | 2003-05-06 | Affinitätsanreicherung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen |
Country Status (7)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20070134648A1 (de) |
| EP (1) | EP1622717A2 (de) |
| JP (1) | JP2008500943A (de) |
| AU (1) | AU2004235906A1 (de) |
| CA (1) | CA2524522A1 (de) |
| DE (1) | DE10321901A1 (de) |
| WO (1) | WO2004099233A2 (de) |
Families Citing this family (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2659632A1 (en) * | 2006-08-01 | 2008-02-07 | Applera Corporation | Detection of analytes and nucleic acids |
| WO2014120794A1 (en) * | 2013-01-29 | 2014-08-07 | Massachusetts Institute Of Technology | Magnetic separation using nanoparticles |
| CN103447090B (zh) * | 2013-07-23 | 2015-05-06 | 宁波大学 | 一种对甲基苯甲酸铀酰配合物光催化剂 |
| JP6544571B2 (ja) * | 2015-08-04 | 2019-07-17 | 国立大学法人山形大学 | エタノールアミンリン酸センサ及びその製造方法 |
| CN113607868B (zh) * | 2021-06-15 | 2022-03-15 | 广东省农业科学院农业生物基因研究中心 | 一种用于磷酸化蛋白质组学的在线自动化分析装置和分析方法 |
| CN116239613B (zh) * | 2023-03-15 | 2025-07-29 | 沈阳工业大学 | 一种催化剂及其制备方法与催化合成可降解聚碳酸酯的应用 |
| CN117736257B (zh) * | 2023-12-18 | 2024-07-19 | 嘉华药锐科技(北京)有限公司 | 一种酪氨酸磷酸化多肽富集方法及其应用 |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP1018009B1 (de) * | 1997-09-19 | 2003-04-23 | Cis Bio International | Homogene nachweisverfahren zur bestimmung der phosphorylierungsaktivitäten von biologischem material |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| SE466534B (sv) * | 1988-12-30 | 1992-03-02 | Exploaterings Ab Tbf | Adsorptionsmedel foer metalljoner, proteiner och andra oorganiska och organiska substanser |
-
2003
- 2003-05-06 DE DE10321901A patent/DE10321901A1/de not_active Withdrawn
-
2004
- 2004-04-27 JP JP2006505274A patent/JP2008500943A/ja not_active Abandoned
- 2004-04-27 EP EP04729634A patent/EP1622717A2/de not_active Withdrawn
- 2004-04-27 CA CA002524522A patent/CA2524522A1/en not_active Abandoned
- 2004-04-27 WO PCT/EP2004/004405 patent/WO2004099233A2/de not_active Ceased
- 2004-04-27 US US10/555,703 patent/US20070134648A1/en not_active Abandoned
- 2004-04-27 AU AU2004235906A patent/AU2004235906A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP1018009B1 (de) * | 1997-09-19 | 2003-04-23 | Cis Bio International | Homogene nachweisverfahren zur bestimmung der phosphorylierungsaktivitäten von biologischem material |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CA2524522A1 (en) | 2004-11-18 |
| US20070134648A1 (en) | 2007-06-14 |
| WO2004099233A2 (de) | 2004-11-18 |
| WO2004099233A3 (de) | 2005-01-27 |
| AU2004235906A1 (en) | 2004-11-18 |
| EP1622717A2 (de) | 2006-02-08 |
| JP2008500943A (ja) | 2008-01-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| DE60117849T2 (de) | Säureempfindliches isotop-codiertes extrahiermittel (alice) in massenspectrometrieanalyse | |
| DE69030449T2 (de) | Verfahren und kit zur reinigung von nukleinsäure | |
| EP0185390B1 (de) | Tripeptidyl-argininaldehyde, Verfahren zu ihrer Herstellung und diese enthaltende Arzneimittel sowie N-(Monoalkyl)- und N,N-Di-(alkyl)-Xxx-L-prolin-Dipeptide | |
| DE3685626T2 (de) | Sequenzierung von peptiden. | |
| DE19746874A1 (de) | Verfahren zur Isolierung und Reinigung von Nukleinsäuren an hydrophoben Oberflächen - insbesondere unter Verwendung hydrophober Membranen | |
| WO2001019980A1 (de) | Verfahren zum anbinden von nukleinsäuren an eine festphase | |
| DE60320207T2 (de) | N- oder C-terminale Peptid-Auswahlmethode für Proteomics | |
| DE10321901A1 (de) | Affinitätsanreicherung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen | |
| DE69918557T2 (de) | Methoden zum aufsuchen von modulatoren der calcineurinaktivität | |
| DE19739218A1 (de) | Aufreinigung von Substanzen aus einer biologischen Probe | |
| EP1649036A1 (de) | Verfahren zur herstellung zyklischer molek le | |
| EP1242816B1 (de) | Chromatographiematerial und verfahren unter verwendung desselben | |
| DE69105811T2 (de) | Verfahren zur Extraktion von bestimmten Nukleinsäurefragmenten. | |
| DE69130530T2 (de) | Methode zur bildung eines aminosäurehydantoinderivats unter verwendung eines n-substituierten ketenimins als aktivator | |
| EP1534848A1 (de) | Verfahren zur extraktion von proteinen | |
| DE2830442A1 (de) | Verfahren zur herstellung von polypeptiden | |
| DE2706490A1 (de) | Neue carbonsaeureester | |
| EP1960521A1 (de) | Verfahren und testkit zur trennung, aufreinigung und wiedergewinnung von lang- und kurzkettigen nukleinsäuren | |
| EP1745063B1 (de) | Verfahren zur herstellung von chemischen mikroarrays | |
| DE10151158B4 (de) | Verbindungen zur Markierung von Zellmembranproteinen | |
| WO2009083252A2 (de) | Verfahren zur anreicherung von phosphopeptiden | |
| DE4042156C2 (de) | Verfahren zur Reinigung von Mitomycin C | |
| EP1361438A1 (de) | Festphasenassistierte spektroskopische und spektrometrische Analyse komplexer Peptidgemische | |
| EP1504267B1 (de) | Festphasenassisitierte spektroskopische und spektrometrische analyse komplexer biopolymergemische | |
| EP0778347B1 (de) | ATP- und Nukleinsäure-bindendes Protein mit Helikase- und ATPase Eigenschaften |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| OM8 | Search report available as to paragraph 43 lit. 1 sentence 1 patent law | ||
| 8139 | Disposal/non-payment of the annual fee |