CZ2003722A3 - Novel compounds - Google Patents

Description

Oblast techniky

Předkládaný vynález se týká nově identifikovaných polypeptidů a polynukleotidů kódujících tyto polypeptidy, jejich použití v diagnostice a při identifikaci sloučenin, které mohou být agonísty čí antagonisty potenciálně použitelnými v terapii, a produkce takových polypeptidů a polynukleotidů. Polypeptidy a polynukleotidy podle předkládaného vynálezu se rovněž týkají proteinů se signálními sekvencemi, které umožňují jejich sekreci mimo buňky (extracelulárně), nebo jsou tyto proteiny vázané na membránu (zde rovněž často společně nazývaných jako vylučované (sekretované) proteiny nebo polypeptidy).

Dosavadní stav techniky

Objevování léků zaznamenává v současné době zásadní revoluci, neboť zahrnuje „funkční genomiku (functional genomics), která je vysoce výkonnou genomovou a na genech založenou biologií. Tento přístup, jako prostředek pro identifikaci genů a genových produktů jako terapeutických cílů, rychle nahrazuje dřívější přístupy založené na „pozičním klonování (positional cloning). Fenotyp, který je biologickou funkcí nebo genetickou chorobou, je identifikován a zpětně je prozkoumáván odpovědný gen, na základě jeho polohy v genetické mapě.

Funkční genomika se značně opírá o vysoce výkonné technologie sekvenování DNA a různé nástroje bioinformatiky při identifikaci genových sekvencí, které mohou být zajímavé, na základě řady nyní dostupných molekulárních biologických databází. Existuje nepřetržitá potřeba • · identifikace a charakterizace dalších genů a jejich odpovídajících polypeptidů/proteinů, jakožto cílů pro nalézání léčiv.

Proteiny a polypeptidy, které se přirozenou cestou vylučují do krve, lymfy a jiných tělních tekutin, nebo jsou sekretovány do buněčných membrán, jsou předmětem primárního zájmu farmaceutického výzkumu a vývoje. Důvodem pro tento zájem je relativně snadné cílení proteinových terapeutik na místo jejich působení (tělní tekutiny nebo buněčné membrány). Přirozenou cestou pro sekreci proteinů do extracelulárního prostoru je u eukaryontů endoplasmatické retikulum a u prokaryontů vnitřní membrána (Palade,

Science, 189,. 347, (1975) ; Milstein, Brownlee, Harrison and

Mathews, Nátuře New Biol., 239, 117, (1972); Blobel and

Dobberstein, J. Cell. Biol., 67, 835, (1975)). Na druhé straně, není známa žádná přirozená cesta pro export proteinu z vnějšího prostředí buněk do cytosolu (s výjimkou pinocytózy a mechanismu vniknutí toxinu hadího jedu do buněk). Z tohoto důvodu je cílení proteinové terapie do buněk mimořádně obtížné.

Vylučované a na membránu vázané proteiny zahrnují, avšak bez omezení, všechny peptidové hormony a jejich receptory včetně, bez omezení, inzulínu, růstových hormonů, chemokinů, cytokinů, neuropeptidů, integrinů, kallikreinů, laminu, melaninů, natriuretických hormonů, neuropsinu, neurotropinů, hormonů hypofýzy, pleiotropinů, prostaglandinů, sekretograninů, selektinů, tromboglobulinů, thymosinů), genových produktů karcinomu prsu a tlustého střeva, leptinu, proteinu genu obezity a jeho receptorů, sérumalbuminu, superoxid dismutázy, spliceosomové proteinů, 7TM (transmembránových) proteinů rovněž nazývaných jako receptory připojené na G-protein, imunoglobulinů, několika rodin serinových proteáz (včetně, avšak bez omezení, • ··*· ·

proteinů z kaskády koagulace krve, trávicích enzymů), deoxyribonukleázy I a podobně.

Terapeutika založená na vylučovaných nebo na membránu vázaných proteinech schválená FDA (Agentura pro potraviny a léky USA) nebo zahraničními agenturami zahrnují, bez omezení, inzulín, glukagon, růstový hormon, chorionový gonadotropin, hormon stimulující folikuly, luteinizační hormon, kalcitonin, adrenokortikotropní hormon (ACTH), vasopresin, interleukiny, interferony, imunoglobuliny, laktoferin, (různé výrobky uváděné na trh různými společnostmi), tkáňový plasminogenový aktivátor (Alteplase od Genentech), hyaluronidázu (Wydase od Wyeth-Ayerst), dornázu alfa (Pulmozyme od Genentech), Chymodiactin (chymopapain od Knoll), alglucerázu (Ceredase od Genentech), streptokinázu (Kabikinase od Pharmacia) (Streptase od Astra), atd. Toto naznačuje, že sekretované a na membránu vázané proteiny představují dobře vyzkoušené a zavedené terapeutické cíle. Je zřejmé, že existuje potřeba identifikace a charakterizace dalších sekretovaných a na membránu vázaných proteinů, které mohou hrát roli v prevenci, zlepšení nebo korekci dysfunkcí nebo onemocnění, zahrnujících, avšak bez omezení, diabetes, karcinom prsu, prostaty a tlustého střeva a jiné maligní tumory, hypertenzi a hypotenzi, obezitu, bulimii, anorexii, růstové abnormality, astma, manickou depresi, demenci, delirium, mentální retardaci, Huntingtonovu nemoc, Touretteovův syndrom, schizofrenii, růstové, mentální nebo sexuální vývojové poruchy a disfukci systému kaskády koagulace včetně těch stavů, které vedou k mrtvici.

Proteiny podle předkládaného vynálezu, které obsahují signální sekvence, jsou rovněž použitelné pro další vysvětlení mechanismu proteinového transportu, který dosud ·· ····

• · · · · · • · • · · · ·

A není zcela objasněný, a tak mohou být použity jako výzkumné prostředky.

Podstata vynálezu

Předkládaný vynález se konkrétně týká polypeptidu a polynukleotidů genů, uvedených v Tabulce I, včetně rekombinantních materiálů a metod jejich produkce. Takové polypeptidy a polynukleotidy jsou předmětem zájmu při způsobech léčení určitých onemocnění, zahrnujících, bez omezení, nemoci uvedené v Tabulkách III a V, zde rovněž nazývané jako „nemoci podle vynálezu. Podle dalšího aspektu se vynález týká metod identifikace agonistů a antagonistů (například inhibitorů) s využitím materiálů poskytovaných tímto vynálezem, a způsobů léčení stavů souvisejících s narušením rovnováhy polypeptidů a/nebo polynukleotidů v genech uvedených v Tabulce I identifikovanými sloučeninami. V jednom svém dalším aspektu se tento vynález týká diagnostických stanovení pro určení chorob souvisejících s nesprávnou aktivitou či hladinami genů uvedených v Tabulce I. Další aspekt vynálezu se týká polynukleotidů obsahujícího jakoukoliv z nukleotidových sekvencí uvedených v Seznamu sekvencí a polypeptidu obsahujícího polypeptid kódovaný touto nukleotidovou sekvencí. Podle dalšího aspektu se vynález týká polypeptidu obsahujícího jakoukoliv z polypeptidových sekvencí uvedených v Seznamu sekvencí a rekombinantních materiálů a způsobů jejich produkce. Jiný aspekt vynálezu se týká způsobů použití takových polypeptidů a polynukleotidů. Tato použití zahrnují léčbu nemocí,, abnormalit a poruch (zde jednoduše popisovaných jako nemoci) způsobených abnormální expresí, produkcí, funkcí a'nebo metabolismem genů podle vynálezu, přičemž takové nemoci jsou snadno zřejmé • · · · ·· ·· odborníkům v oboru na základě homologie s ostatními proteiny, popsanými pro každou příslušnou sekvenci. Podle ještě dalšího aspektu se vynález, týká způsobů identifikace agonistů a antagonistů s použitím materiálů poskytnutých tímto vynálezem, a léčby stavů spojených s narušenou rovnováhou těmito identifikovanými sloučeninami. Další aspekt vynálezu se týká diagnostických stanovení pro detekci nemocí souvisejících s nesprávnou aktivitou nebo nesprávnými hladinami s.ekretovaných proteinů podle tohoto vynálezu.

Popis vynálezu

Ve svém prvním aspektu se předkládaný vynález týká polypeptidů, jejichž geny jsou uvedeny v Tabulce I. Takové polypeptidy zahrnují:

(a) izolovaný polypeptid .kódovaný polynukleotidem obsahujícím sekvenci uvedenou v Seznamu sekvencí, kde vzhledem k polynukleotidům či polypeptidům v Seznamu sekvencí se též užívá odkaz na Seznam sekvencí v tomto Seznamu sekvencí;

(b) izolovaný polypeptid obsahující polypeptidovou sekvenci mající alespoň 95%, 96%, 97%, 98% nebo 99% identitu s polypeptidovou sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí;

(c) izolovaný polypeptid obsahující polypeptidovou sekvenci uvedenou v Seznamu sekvencí;

(d) izolovaný polypeptid mající alespoň 95%, 96%, 97%, 98% nebo 99% identitu s polypeptidovou sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí;

(e) polypeptidovou sekvenci uvedenou v Seznamu sekvencí;

• · (f) izolovaný polypeptid mající nebo obsahující polypeptidovou sekvenci, která má Index identity 0,95, 0,96, 0,97, 0,98 nebo 0,99 ve srovnání s některou polypeptidovu sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí;

(g) fragmenty a varianty polypeptidů vyjmenovaných v bodech (a) až (f).

Polypeptidy podle předkládaného vynálezu se považují za členy souboru skupin genů (genových rodin) uvedených v Tabulce II. Jsou proto předmětem terapeutického a diagnostického zájmu z důvodů, uvedených v Tabulkách III a >

V. Biologické vlastnosti polypeptidů a polynukleotidů genů uvedených v Tabulce I jsou zde nazývány jako „biologická aktivita polypeptidů a polynukleotidů genů uvedených v Tabulce I. Výhodně vykazuje polypeptid podle předkládaného vynálezu alespoň jednu biologickou aktivitu souboru genů uvedených v Tabulce I

Polypeptidy podle předkládaného vynálezu rovněž zahrnují varianty výše uvedených, polypeptidů, včetně alelických forem a sestřihových (splice) variant. Takové polypeptidy se od popisovaných polypeptidů liší inzercemi, delecemi a substitucemi, které mohou být konzervativní nebo nekonzervativní, nebo jakoukoliv jejich kombinací.

Konkrétně, výhodnými variantami jsou ty, ve kterých je několik, například od 50 do 30, od 30 do 20, od 20 do 10, od 10 do 5, od 5 do 3, od 3 do 2 od 2, do 1 nebo 1 aminokyselina inzerovaných, substituovaných či deletovaných v jakékoliv kombinaci.

Výhodné fragmenty polypeptidů podle předkládaného vynálezu zahrnují izolovaný polypeptid obsahující aminokyselinovou sekvenci mající alespoň 30, 50 nebo 100 po sobě následujících (kontinuálních) aminokyselin z aminokyselinové sekvence uvedené v Seznamu sekvencí,, nebo •1 ···· • » · • · · • ♦ · · • · · ·

izolovaný polypeptid obsahující aminokyselivou sekvenci mající alespoň 30, 50 nebo 100 aminokyselin zkrácený nebo s delecí z aminokyselinové sekvence uvedené v Seznamu sekvencí. Výhodnými fragmenty jsou biologicky aktivní fragmenty, které zprostředkovávají biologickou aktivitu polypeptidů nebo polynukleotidů genů uvedených v Tabulce I, včetně těch, které mají podobnou aktivitu nebo zlepšenou aktivitu, nebo mají sníženou nežádoucí aktivitu. Rovněž jsou výhodné ty fragmenty, které jsou antigenní nebo imunogenní u živočichů, zejména u člověka.

Fragmenty polypeptidů podle vynálezu mohou být použity pro produkci odpovídajících polypeptidů o plné délce peptidovou syntézou;· z tohoto důvodu mohou varianty být použity jako meziprodukty pro produkci polypeptidů podle tohoto vynálezu o plné délce. Polypeptid podle předkládaného vynálezu může být ve formě „zralého (mature) proteinu, nebo může být částí většího proteinu, jako prekursor fúzního proteinu. Často je výhodné začlenit přídavnou aminokyselinovou sekvenci, která obsahuje sekreční nebo vedoucí sekvence, prosekvence, sekvence, které napomáhají purifikaci, například vícečetné histidinové zbytky, nebo přídavnou sekvenci pro zajištění stability v průběhu rekombinantní produkce.

Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být připraveny jakýmkoliv vhodným způsobem, například izolací z přirozeně se vyskytujících zdrojů, z geneticky upravené hostitelské buňky obsahující expresní systém (viz níže) nebo chemickou syntézou s použitím například automatizovaných syntetizátorů peptidu, nebo kombinací těchto způsobů. Prostředky pro přípravu takových polypeptidů jsou v oboru dobře známy.

• t * · · « ·· * « · · • · · » ···· * • · ···· ·

Podle dalšího aspektu se předkládaný vynález týká polynukleotidů genů uvedených v Tabulce I. Takové polynukléotidy zahrnují: . · (a) izolovaný polynukleotid obsahující polynukleotidovou sekvenci mající alespoň 95%, 96%, 97%, 98%, nebo 99% identitu s některou polynukleotidovou sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí;

(b) izolovaný polynukleotid obsahující polynukleotid uvedený v Seznamu·sekvencí;

(c) izolovaný polynukleotid mající alespoň 95%, 96%, >

97%, 98%, nebo 99% identitu s polynukleotidem uvedeným v Seznamu sekvencí;

(d) izolovaný polynukleotid uvedený v Seznamu sekvencí;

(e) izolovaný polynukleotid obsahující polynukleotidovou sekvenci kódující polypeptidovou sekvenci mající alespoň 95%, 96%, 97%, 98%, nebo 99% identitu s polypeptidovou sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí;

(f) izolovaný polynukleotid obsahující polynukleotidovou sekvenci kódující některý polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí;

(g) izolovaný polynukleotid mající polynukleotidovou sekvenci kódující polypeptidovou sekvenci.mající alespoň 95%, 96%, 97%, 98%,. nebo 99% identitu s některou polypeptidovou sekvencí.uvedenou v Seznamu sekvencí;..

(h) izolovaný polynukleotid kódující polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí;

(í) izolovaný polynukleotid mající nebo obsahující polynukleotidovou sekvenci, která má Indexem identity 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, nebo 0,99 ve « » ·· ···· ·· · * · · · • · · ** . · · · . :

· a λ . Λ Λ Λ 00 00

0··0 · ··* * srovnání s polynukleptidovou sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí;

(j) izolovaný polynukleotid mající nebo obsahující polynukleotidovou sekvenci kódující polypeptidovou sekvenci, která má Index identity.0,95, 0,96, 0,97, 0,98 nebo 0,99 ve srovnání s některou polypeptidovou sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí; a polynukleotidy, které jsou fragmenty a variantami výše uvedených polynukleotidů, nebo které jsou komplementární k výše uvedeným polynukleotidům v průběhu celé své délky.

Výhodné fragmenty polynukleotidů podle předkládaného vynálezu zahrnují izolovaný polynukleotid obsahující nukleotidovou sekvenci mající alespoň 15, 30, 50 nebo 100 po sobě následujících nukleotidů ze sekvence uvedené v Seznamu sekvencí, nebo zahrnují izolovaný polynukleotid obsahující sekvenci mající alespoň 15, 30, 50 nebo 100 po sobě následujících nukleotidů zkrácených či s delecí ze sekvence uvedené v Seznamu sekvencí.

Výhodné varianty polynukleotidů podle předkládaného vynálezu zahrnují sestřihové varianty, alelické varianty a polymorfismus, včetně polynukleotidů majících jeden či více jednotlivých nukleotidových polymorfismů (single nucleotide polymorphisms, SNPs).

Polynukleotidy podle předkládaného vynálezu rovněž zahrnují polynukleotidy kódující polypeptidové varianty, které obsahují aminokyselinovou sekvenci uvedenou v Seznamu sekvencí a ve které je několik, .například od 50 do 30, od 30 do 20, od 20 do 10, od 10 do 5, od 5 do3, od 3 do 2, od 2 do 1 , nebo 1 aminokyselinový zbytek substituovaný, deletovaný nebo přidaný v jakékoliv kombinaci.

• · · · · ·

Podle dalšího aspektu poskytuje předkládaný vynález polynukleotidy, které jsou RNA transkripty sekvencí DNA podle předkládaného vynálezu. V souladu s tím je poskytnut polynukleotid ribonukleové kyseliny, který:

(a) obsahuje RNA transkript sekvence DNA kódující některý polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí;

(b) je RNA transkriptem sekvence DNA kódující polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí;

(c) obsahuje RNA transkript sekvence DNA uvedené v Seznamu sekvencí;

(d) je RNA transkriptem sekvence DNA uvedené v Seznamu sekvencí; a

RNA polynukleotidy, které jsou k nim komplementární.

Polynukleotidové sekvence uvedené v Seznamu sekvencí vykazují homologii s polynukleotidovými sekvencemi uvedenými v Tabulce II. Polynukleotidovou sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí je cDNA sekvence, která kóduje polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí. Polynukleotidové sekvence kódující polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí může být identická se sekvencí kódující polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí, nebo může být jiná, než je sekvence uvedená v Seznamu sekvencí, která následkem redundance (degenerace) genetického kódu též kóduje polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí. Polypeptid o sekvenci uvedené v Seznamu sekvencí příbuzný s jinými proteiny ze skupin (rodin) genů uvedených v Tabulce II mající homologii a/nebo strukturální podobnost s polypeptidy uvedenými v Tabulce II. U výhodných polypeptidů a polynukleotidů podle předkládaného vynálezu se předpokládá, že mají, mezi jinými, podobné biologické funkce/vlastnosti, jako mají jejich homologní peptidy a polynukleotidy. Kromě toho, výhodné polypeptidy a polynukleotidy podle předkládaného vynálezu mají alespoň jednu aktivitu genů uvedených v Tabulce I.

• ·

Polynukleotidy podle předkládaného vynálezu mohou být získány s použitím standardních metod klonování a screeningových technik z knihovny cDNA, odvozené od mRNA ze tkání, jak je uvádí Tabulka IV (viz například Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Barbor, N.Y. (1989). Polynukleotidy podle předkládaného vynálezu mohou být rovněž získány z přirozených zdrojů, jako jsou genomové knihovny DNA, nebo mohou být syntetizovány s použitím dobře známých a komerčně dostupných technik.

Jestliže se polynukleotidy podle předkládaného vynálezu použijí pro rekombinantní přípravu polypeptidu podle předkládaného vynálezu, může polynukleotid obsahovat kódující sekvenci pro zralý polypeptid samu o sobě, nebo obsahuje kódující sekvenci pro zralý polypeptid ve čtecím rámci s jinými kódujícími sekvencemi, jako jsou ty, které kódují vedoucí nebo sekreční sekvenci, pre-, nebo pro-, nebo prepro-proteinovou sekvenci, nebo jinou část fúzního peptidu. Tak například, může být kódována sekvence markéru, která usnadňuje purifikaci fúzního proteinu. V konkrétních provedeních vynálezu podle tohoto aspektu je markerovou sekvencí hexa-histidinový peptid tak, jak je poskytován ve vektoru pQE (Qiagen, lne) a popisuje ji Gentz et al., Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 86:821-824 (1989), nebo ji je značka HA tag. Polynukleotid může též obsahovat nekódující 5'a 3'sekvence, jako jsou transkribované (přepsané), netranslatované (nepřeložené) sekvence, signály sestřihu a polyadenylační signály, ribosomová vazebná místa a sekvence, které stabilizují mRNA.

Polynukleotidy, které jsou identické, nebo mají dostatečnou identitu s polynukleotidovou sekvencí uvedenou v Seznamu sekvencí, mohou být použity jako hybridizační sondy, (proby) pro cDNA a genomovou DNA, nebo jako primery • · pro amplifíkační reakci nukleových kyselin (například PCR). Takové sondy a primery lze použít pro izolaci cDNA o plné délce a pro izolaci genomových klonů kódujících polypeptidy podle předkládaného vynálezu, jakož i pro izolaci cDNA a genomových klonů pro jiné geny (včetně genů kódujících paralogy z lidských zdrojů či ortology a paralogy z jiných živočišných druhů), které mají vysokou sekvenční podobnost, obvykle alespoň 95% identitu, se sekvencemi uvedenými v Seznamu sekvencí. Preferované sondy a primery obecně obsahují alespoň 15 nukleotidů, přednostně alespoň 30 nukleotidů a mohou mít alespoň 50, pokud nemají alespoň 100 nukleotidů. Zvláště preferované sondy mají mezi 30 až 50 nukleotidy. Konkrétní výhodné primery mají mezi 20 až 25 nukleotidy.

Polynukleotid kódující polypeptid podle předkládaného vynálezu, včetně homologů.z ostatních druhů, lze obdržet způsobem zahrnujícím kroky screeningu knihovny za přísných podmínek hybridizace se značenou sondou mající sekvenci uvedenou v Seznamu sekvencí, nebo s jejím fragmentem, výhodně o alespoň 15 nukleotidech; a izolace cDNA o plné délce a genomických klonů obsahujících polynukleotidovou sekvenci uvedenou v Seznamu sekvencí. Tyto hybridizační způsoby jsou odborníkům v oboru dobře známy. Preferované hybridizační podmínky zahrnují inkubaci přes noc při teplotě 42 °C v roztoku obsahujícím 50 % formamidu, 5xSSC (150 mM chloridu sodného, 15 mM trinatrium-citrátu), 50 mM fosforečnanu sodného (pH 7,6), 5x Denhardtův roztok, 10 % dextran-sulfátu a 20 mikrogram/ml denaturované DNA spermatu lososa upravené za podmínek smyku; s následným promytím filtrů 0,lxSSC při přibližně 65 °C. Tento vynález tedy též zahrnuje izolované polynukleotidy, přednostně s nukleotidovou sekvencí o alespoň 100 nukleotidech, získané screeningem knihovny za přísných podmínek

0 0 • · · ·

hybridizace se značenou sondou mající sekvenci uvedenou v Seznamu sekvencí, nebo jejím fragmentem, výhodně o alespoň 15 nukleotidech.

Odborník v oboru si uvědomí, že v mnoha případech bude izolovaná sekvence cDNA neúplná v tom smyslu, že oblast kódující polypeptid se nerozprostírá až ke konci 5'. To je následkem reverzní transkriptázy, enzymu s inherentně nízkou „procesivitou (míra schopnosti enzymu zůstat připojený k templátu během polymerizační reakce), který není schopen dokončit kopii DNA z templátu mRNA v průběhu syntézy prvního vlákna cDNA.

Je k dispozici několik způsobů, které jsou odborníkům v oboru dobře známé, pro získání cDNA plné délky nebo k prodloužení krátkých cDNA, například způsoby založené na metodě rychlé amplifikace konců cDNA (Rypid Amplification of cDNA ends, RACE) (viz například Frohman et al., Proč. Nat. Acad. Sci. USA 85, 8998-9002 (1988)). Nedávné modifikace způsobu, jehož příkladem je Marathon (obchodní značka) technologie (od Clontech Laboratories lne.), například významně zjednodušily vyhledávání delších cDNA.

Ve způsobu Marathon (obchodní značka) se cDNA připravují z mRNA extrahované ze zvolené tkáně a „adaptorové sekvence připojené ke každému konci. Provádí se amplifikace nukleové kyseliny (PCR) pro amplifikaci „chybějícího 5konce cDNA s použitím kombinace genově specifických a adaptorově specifických oligonukleotidových primerů. Poté je PCR reakce opakována s použitím „uhnízděných (nested) primerů, tj. primerů určených k anelaci v rámci amplifikovaného produktu (obvykle adaptorově specifický primer, který aneluje další 3' v adaptorové sekvenci a genově specifický primer, který aneluje další 5' ve známé genové sekvenci). Produkty této reakce lze analyzovat sekvenováním DNA a tvořit cDNA o plné délce buď připojením produktu přímo

999 · ♦ · · · · ·

9 9 9 9 9 9 9

9999 9 9 9999 9

9 9 9 9 9 9 9

..... .......* ·· k existující cDNA s obdržením úplné sekvence, nebo provedením oddělené full-length PCR s použitím nové sekvenční informace pro konstrukci primeru.

Rekombinantní polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být připraveny způsoby dobře známými v oboru z hostitelských buněk, upravených způsoby genetického inženýrství, obsahujících expresní systémy. V souladu s tím se jeden z dalších aspektů tohoto vynálezu týká expresních systémů obsahujících polynukleotid nebo polynukleotidy podle předkládaného vynálezu, hostitelských buněk, které byly vyvinuty způsoby genetického inženýrství těmito expresními systémy, a produkce polypeptidů podle vynálezu rekombinantními způsoby. Lze též použít bezbuněčné translační systémy pro získání těchto proteinů s použitím RNA odvozených od konstruktů DNA podle předkládaného vynálezu.

Pro rekombinantní přípravu mohou být hostitelské buňky zpracovány způsobem genetického inženýrství pro inkorporaci expresních systémů nebo jejich částí pro polynukleotidy podle tohoto vynálezu. Polynukleotidy mohou být zavedeny do hostitelských buněk způsoby popsanými v mnoha standardních laboratorních manuálech, jako je Davis et al., Basic Methods in Molecular Biology (1986) a Sambrook et al.

(tamtéž). Preferované způsoby zavádění polynukleotidů do hostitelských buněk zahrnují například kalcium-fosfátovou transfekci, transfekci zprostředkovanou DEAE-dextranem, transvekci, mikroinjekci, kationtovou transfekci zprostředkovanou lipidem, elektroporaci, transdukci, „scrape loading, balistické zavedení nebo infekci.

Reprezentativní příklady příslušných hostitelů zahrnují bakteriální buňky, jako jsou buňky Streptococci, Staphylococci, E.coli , Streptomyces a Bacillus subtilis; buňky hub, jako jsou buňky kvasinek a buňky Aspergillus;

• 4 hmyzí buňky, jako jsou buňky Drosophila S2 a Spodoptera Sf9; živočišné buňky, jako jsou CHO, COS, HeLa, C137, 3T3, BHK, HEK 293 a buňky Bowesova melanomu; a rostlinné buňky.

Je možné použít značné množství expresních systémů, například chromosomální, episomální systémy a systémy odvozené od virů, například vektory odvozené od bakteriálních plasmidů, od bakteriofága, od transposonů, od kvasinkových episomů, od inzerčních elementů, od kvasinkových chromosomálních elementů, od virů, jako jsou bakuloviry, papovaviry, jako je SV40, vakciniaviry, adenoviry, viry planých neštovic, viry pseudorabies a retroviry, a vektory odvozené od jejich kombinací, stejně tak jako ty, které jsou odvozeny od plasmidových a bakteriofágových genetických elementů, jako jsou kosmidy a fágemidy. Expresní systémy mohou obsahovat řídící oblasti, které regulují i zahajují expresi. Obecně, je možné použít kterýkoliv systém či vektor, který je schopný udržovat, šířit či exprimovat některý polynukleotid pro produkci polypeptidů v hostiteli. Příslušná polynukleotidová sekvence se může vložit do expresního systému kterýmkoliv ze širokého sortimentu dobře známých a rutinních způsobů, jako jsou například způsoby vyjmenované v Sambrook ět al.(tamtéž). Příslušné sekreční signály mohou být inkorporovány do požadovaného polypeptidů pro umožnění sekrece translatovaného proteinu do lumina endoplasmatického retikula, periplasmatického prostoru nebo extracelulárního prostředí. Tyto signály mohou být endogenní nebo to mohou být heterologní signály.

Pokud se má polypeptid exprimovat pro použití ve screeningových zkouškách, obecně se preferuje, aby se polypeptid tvořil na povrchu buňky. V tomto případě lze buňky sbírat před použitím ve screeningové zkoušce.

Jestliže se polypeptid vylučuje do média, může se získávat • · médium pro obdržení a purifikaci polypeptidů. Pokud se tvoří intracelulárně, je třeba buňky nejprve lyžovat před získáním polypeptidů.

Polypeptidy podle předkládaného vynálezu lze získávat a purifikovat z rekombinantních buněčných kultur dobře známými způsoby včetně precipitace síranem amonným či ethanolem, kyselé extrakce, aniontové či kationtové výměnné chromatografie, chromatografie na fosfocelulóze, afinitní chromatografie, chromatografie na hydroxyapatitu a lektinové chromatografie. Přednostněji se pro purifikaci používá vysokovýkonná kapalinová chromatografie. Dobře známé způsoby rozvinutí proteinů je možné použít pro regeneraci aktivní konformace, pokud se polypeptid denaturuje v průběhu intracelulární syntézy, izolace a/nebo purifikace.

Polynukleotidy podle tohoto vynálezu mohou být použity jako diagnostické reakční prostředky při detekci mutací asociovaného genu. Detekce mutované formy genu je charakterizována polynukleotidy uvedenými v Seznamu sekvencí v cDNA nebo genomové sekvenci a souvisí s dysfunkcí. Poskytne diagnostický prostředek, který může přispět k diagnóze choroby nebo ji definovat, nebo může přispět k určení vnímavosti na chorobu, která je výsledkem nedostatečné exprese, nadměrné exprese či pozměněné prostorové nebo časové exprese genu. Jedinci nesoucí mutaci v genu mohou být detekováni na úrovni DNA řadou způsobů dobře známých v oboru.

Nukleové kyseliny pro diagnostiku lze obdržet z buněk subjektu, například z krve, moči, slin, materiálu tkáňové biopsie nebo autopsie. Je možné použít genomovou DNA přímo pro detekci, nebo ji lze amplifikovat enzymaticky s použitím PCR, přednostně RT-PCR nebo jinými amplifikačními technikami před analýzou. Podobným způsobem • · je možné použít RNA nebo cDNA. Delece a inzerce lze detekovat změnou velikosti amplifikovaného produktu ve srovnání s normálním genotypem. Bodové mutace lze identifikovat hybridizací amplifikované DNA ke značeným nukleotidovým sekvencím genů uvedených v Tabulce I.

Dokonale vzájemně spárované sekvence lze rozlišit od nedokonale spárovaných duplexů digescí RNázou nebo na základě rozdílů v teplotách tání. Rozdíl sekvencí DNA může být rovněž detekován střídáním elektroforetické pohyblivosti fragmentů DNA v gelech, s nebo bez denaturačních agens, nebo přímým sekvenováním DNA (viz například Myers et al., Science 230:1242 (1985)). Sekvenční změny na konkrétních místech lze též objevit nukleázovými protekčními zkouškami, jako je RNázová a S1 protekce, nebo chemickým štěpením (viz Cotton et al., Proč. Nati. Acad. Sci. USA 85:4397-4401 (1985)).

Může být zkonstruován čip oligonukleotidových sond obsahující polynukleotidové sekvence nebo jejich fragmenty pro geny uvedené v Tabulce I pro provádění účinného screeningu, například genetických mutací. Takovými čipy jsou výhodně čipy nebo mřížky o vysoké hustotě. Způsoby s použitím čipů jsou dobře známé a mají obecnou použitelnost a mohou být použity pro řešení řady otázek v molekulární genetice včetně genové exprese, genetického spojování, genetické variability, viz například M.Chee et al., Science, 274,610-613 (1996) a jiné odkazy, které se v této práci citují.

Detekci abnormálně snížených či zvýšených hladin polypeptidu či exprese mRNA lze také použít pro diagnostiku či stanovení vnímavosti subjektu k onemocnění podle tohoto vynálezu. Sníženou či zvýšenou expresi lze měřit na úrovni RNA s použitím způsobů dobře známých v oboru pro kvantitativní hodnocení polynukleotidů, jako je například • · · · · · amplifikace nukleových kyselin, například PCR, RT-PCR, RNázová protekce, Northern blotting a další hybridizační způsoby. Způsoby zkoušek, které lze použít pro stanovení hladin proteinu, jako je polypeptid podle tohoto vynálezu, ve vzorku odvozeném od hostitele, jsou odborníkům v oboru dobře známé. Tyto zkouškové metody zahrnují /

radioimunoeseje, kompetitivní vazebné eseje, Western blotting a zkoušku ELISA.

Proto se další aspekt předkládaného vynálezu týká diagnostického kitu (soupravy) obsahujícího:

(a) polynukleotid podle vynálezu, výhodně nukleotidovou sekvenci uvedenou v Seznamu sekvencí, nebo fragment či RNA transkript této sekvence;

(b) nukleotidovou sekvenci komplementární k sekvenci podle (a);

(c) polypeptid podle tohoto vynálezu, přednostně polypeptid uvedený v Seznamu sekvencí nebo jeho fragment; nebo (d) protilátku proti polypeptidu podle tohoto vynálezu, přednostně proti polypeptidu uvedeném v Seznamu sekvencí.

Je třeba si uvědomit, že jakýkoliv takový kit, (a), (b), (c) nebo (d) může obsahovat podstatnou složku. Takový kit bude použitelný pro diagnostiku choroby nebo vnímavosti na chorobu, kromě jiných chorob zejména chorob v rámci tohoto vynálezu . Polynukleotidové sekvence podle předkládaného vynálezu jsou použitelné pro chromosomové lokalizační studie. Sekvence uvedené v Seznamu sekvencí jsou zvláště cílené na dané místo jednotlivého lidského chromosomu a mohou s tímto místem hybridizovat. Mapování příslušných sekvencí do chromosomu podle předkládaného vynálezu je důležitým prvním krokem při uvádění do korelace těchto sekvencí • · · ·· · • · · «· ·· · · * ··· · · ·*· *····* · » ♦· · ♦ • · · · ···· ···· * ··· ··* ” ·· s onemocněním souvisejícím s genem. Když se sekvence zmapuje do přesného místa na chromosomu, lze korelovat fyzickou polohu sekvence na chromosomu s údaji genetické mapy. Tyto údaje jsou například v McKusick, Mendelian Inheritance in Man (lze obdržet on-line prostřednictvím Johns Hopkins University Welch Medical Library). Vztah mezi geny a chorobami mapovanými do stejné chromosomální oblasti se potom identifikuje analýzou vazby genů (společná dědičnost fyzicky sousedících genů). Přesné lokalizace genomové sekvence (genového fragmentu apod.) na lidském chromosomu mohou být stanoveny s použitím Radiation Hybrid (RH) Mapping (Walter M., Spillett D., Thomas P.,

Weissenbach J.,. and Goodfellow P.: A method for constructing radiation hybrid maps of whole genomes, Nátuře Genetics 7, 22-28 .(1994). Řada panelů RH je k dispozici od Research Genetics (Huntsville, AL, USA), například panel RH GeneBridge4 (Hum. Mol. Genet., 1996, 5(3):339-46, A radiation hybrid map of the human genome. Gyapay G.,

Schmitt K., Fizames C., Jones H., Vega-Czarny N., Spillett D., Muselet D., PrudHomme J.F., Dib C., Auffray C.,

Morissette J., Weissenbach J., Goodfellow PN. Pro stanovení lokalizace genu na chromosomu s použitím tohoto panelu se provádí 93 PCR s použitím primerů navržených pro gen, který je předmětem zájmu, na DNA RH. Každá z těchto DNA obsahuje náhodné humánní genomové fragmenty udržované v křeččím prostředí (humánní/křeččí hybridní buněčné linie). Tyto PCR vedou ke .skóre 93 indikujícím přítomnost či nepřítomnost produktu PCR daného genu. Tato skóre se srovnávají se skóre vytvořenými s použitím produktů PCR z genomových sekvencí známé lokalizace. Srovnání se provádí na http://www.genome.wi.mit.edu/.

Polynukleotidové sekvence podle předkládaného vynálezu jsou rovněž platnými nástroji pro tkáňové expresní studie.

·· 4444

4 4

4 4 44 44 4 4 4

444 · 4 444

4444 * 4 4444 4 « 4 4 4444

...............

Takové studie umožňují stanovení typů exprese polynukleotidů podle tohoto vynálezu, které mohou poskytnout indikaci ohledně expresních typů kódovaných polypeptidů ve tkáních detekcí mRNA, které je kódují. Tyto používané způsoby jsou dobře známé v oboru a zahrnují hybridizační způsoby in šitu pro klony uspořádané na mřížce, jako jsou cDNA mikročipové hybridizace (Schena et al., Science, 270, 467-470 (1995) a Shalon et al., Genoms Res., 6, 639-645 (1996) a nukleotidové amplifikační techniky, jako je PCR. Jeden výhodný způsob používá technologii TAQMAN (obchodní značka) od Perkin Elmer. Kromě toho mohou komparativní studie normálního expresní vzorku mRNA s mRNA kódovanými alternativní formou téhož genu (například mající pozměnění polypeptidového kódovacího potenciálu či regulační mutaci) poskytnout cenný pohled na úlohu polypeptidů podle vynálezu, nebo na jejich nepřiměřenou expresi při onemocnění. Taková nepřiměřená exprese může být svou povahou časová, prostorová či prostě kvantitativní.

Další aspekt tohoto vynálezu se týká protilátek. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu nebo jejich fragmenty nebo buňky, které je exprimuji, jsou použitelné jako imunogeny pro tvorbu protilátek, které jsou imunospecifické vůči peptidům podle tohoto vynálezu. Pojem „immunospecifické znamená, že tyto protilátky mají podstatně vyšší afinitu k polypeptidům podle vynálezu ve srovnání s jejich afinitou k jiným příbuzným polypeptidům používaným v oboru dříve.

Protilátky tvořené proti polypeptidům podle tohoto vynálezu je možné získat podáním polypeptidů nebo fragmentů nesoucích epitop nebo buněk zvířeti, přednostně jinému živočichu než člověku, s použitím rutinních způsobů. Pro přípravu monokionálních protilátek lze použít jakýkoliv

9 · · · · • · · ·· ·· 9 9 0 • · · 0 · 0 · 0 • 0009 0 0 · · 0 0 9 • · 9 · 9999

2| 0009 · 009 900 ·0 09 způsob poskytující protilátky tvořené kontinuálním pěstováním buněčné linie. Příklady zahrnují techniku hybridomu (Kohler G. and Milstein C., Nátuře 256: 495-497 (1975)), techniku tríomu, techniku lidského b-buněčného hybridomu (Kozbor et al. , Immunology Today 4:72(1983)) a techniku EBV-hybridomu (Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, 77-96, Alan R.Liss, lne., (1985)).

Techniky produkce jednořetězcových protilátek, jako jsou ty, které popisuje US patent č. 4 946 778, lze rovněž upravit k získání jednořetězcových protilátek proti polypeptidům podle předkládaného vynálezu. Je možné rovněž použít transgenní myš či jiné organismy včetně savců pro expresi humanizovaných protilátek.

Výše popsané protilátky lze použít pro izolaci či identifikaci klonů exprimujících polypeptid nebo pro purifikaci polypeptidů afinitní chromatografíi. Protilátky proti polypeptidům podle předkládaného vynálezu je možné též použít mimo jiné pro léčení onemocnění podle tohoto vynálezu.

Polypeptidy a polynukleotidy podle předkládaného vynálezu lze též použít jako vakcíny. V souladu s tím se další aspekt tohoto vynálezu týká způsobu indukce imunitní odpovědi u savce, který zahrnuje naočkování savce pol.ypeptidem podle tohoto vynálezu adekvátně pro tvorbu protilátký a/nebo T buněčné imunitní odpovědi, včetně například T buněk produkujících cytokin nebo cytotoxických T buněk pro ochranu tohoto živočicha proti onemocnění, bez ohledu na to, zda je onemocnění u tohoto jedince již rozvinuto nebo nikoliv. Imunitní odpověď u savce se též může indukovat způsobem zahrnujícím dodání polypeptidu podle vynálezu prostřednictvím vektorem řízené exprese polynukleotidu a kódováním polypeptidu in vivo pro vyvolání takové imunitní odpovědi, která vede k tvorbě ·· · • · 9

9 9

9999 9

9

99 9 ·· ···· • · · · · * · • · · · · • · · · · · ♦ · · · · · ··· ··· 99 ·· protilátky pro ochranu tohoto zvířete proti chorobám podle tohoto vynálezu. Jedním způsobem podání vektoru je jeho urychlení do požadovaných buněk, ve formě obalu na částici nebo jinak. Takový vektor nukleových kyselin může obsahovat DNA, RNA, modifikovanou nukleovou kyselinu nebo DNA/RNA hybrid. Pro použití vakcíny se normálně poskytuje polypeptid nebo vektor nukleové kyseliny jako vakcinační prostředek (kompozice). Prostředek může dále obsahovat vhodný nosič. Jelikož se polypeptid může degradovat v žaludku, podává se přednostně parenterálně (například subkutánně, intramuskulárně, intravenózně nebo intradermální injekcí). Přípravky vhodné pro parenterální podávání zahrnují vodné a nevodné sterilní injekční roztoky., které mohou obsahovat antioxidanty, pufry, bakteriostatické látky a rozpuštěné složky, jež zajišťují, aby prostředek byl izotonický vzhledem ke krvi příjemce; a vodné a nevodné sterilní suspenze, které mohou obsahovat suspenzační prostředky nebo zahušťovací prostředky.

Přípravky mohou být v jednotkové dávkové formě nebo v nádobkách s více dávkami, například jako zatavené ampule a lahvičky, a mohou být uchovávány v lyofilizovaném stavu, který pouze vyžaduje přidání sterilního kapalného nosiče bezprostředně.před použitím. Vakcinační prostředek může též obsahovat adjuvantní systémy pro zvyšování imunogenity přípravku, jako jsou systémy olej ve vodě a další systémy známé v oboru. Dávkování bude záviset na specifické aktivitě očkovací látky a může být snadno stanoveno rutinními pokusy.

Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mají jednu nebo více biologických funkcí, které jsou relevantní při jednom či více chorobných stavech, zejména při chorobách uvažovaných v rámci tohoto vynálezu, jmenovaných výše.

Proto je vhodné identifikovat sloučeniny stimulující nebo • · • · · • ··· · • · · · ···· 23 ·*·· · ..........

inhibující funkci či hladinu polypeptidu. V souladu s tím poskytuje ve svém dalším aspektu tento vynález způsob screeningu sloučenin pro identifikaci takových sloučenin, které stimulují či inhibují funkci nebo hladinu polypeptidu. Tyto způsoby identifikují agonisty nebo antagonisty, které lze použít pro terapeutické a profylaktícké účely pro choroby uvažované v tomto vynálezu, jak se popisují výše. Sloučeniny mohou být identifikovány z řady zdrojů, například z buněk, bezbuněčných preparátů, chemických knihoven, sbírek chemických sloučenin a směsí přirozených produktů. Takto identifikovanými agonisty a antagonisty mohou být přirozené či modifikované substráty, ligandy, receptory, enzymy atd., v daném případě polypeptidu; jejich strukturální či funkční mimetika (viz Coligan et al., Current Protocols in Immunology l(2):Chapter 5 (1991)), nebo malé molekuly. Tyto malé molekuly mají výhodně molekulovou hmotnost menší než 2000 daltonů, výhodněji mezi 300 a 1000 daltonů a nejvýhodněji mezi 400 a 700 daltony. Preferuje se, aby tyto malé molekuly byly organickými molekulami.

Způsob screeningu může jednoduše měřit vazbu kandidátské sloučeniny k polypeptidu nebo k buňkám či membránám nesoucím tento polypeptid, nebo k jeho fúznímu proteinu s použitím značky přímo či nepřímo připojené ke kandidátské sloučenině. Alternativně může způsob screeningu zahrnovat měření nebo detekci (kvalitativně či kvantitativně) kompetitivní vazby kandidátské sloučeniny s polypeptidem proti značenému kompetitoru (například agonistovi či antagonistovi .Dále mohou tyto způsoby screeningu testovat, zda kandidátská sloučenina poskytuje signál generovaný aktivací či inhibicí polypeptidu s použitím detekčních systémů příslušných pro buňky nesoucí polypeptid. Inhibitory aktivace se obecně stanovují za

9999 • 9 9

99 9 9 9

9 9 9 9

9 9 9 9 9

9 9 9 9 9

999 999 99 99 přítomnosti známého agonisty a pozoruje se účinek agonisty na aktivací za přítomnosti kandidátské sloučeniny. Dále mohou způsoby screeningu jednoduše zahrnovat kroky míšení kandidátské sloučeniny s roztokem obsahujícím polypeptid podle předkládaného vynálezu za vzniku směsi, měření aktivity genů uvedených v Tabulce I ve směsi a srovnání aktivity směsi genů uvedených v Tabulce I s kontrolní směsí, která neobsahuje kandidátskou sloučeninu.

Polypeptidy podle předkládaného vynálezu lze použít v nízkokapacitních screeningových způsobech i při vysokokapacitních způsobech provedení screeningu (HTS).

Tyto HTS provedení zahrnují nejen dobře zavedené použití 96-jamkových, nedávno též 384-jamkových mikrotitračních misek, ale též nové způsoby, jako je způsob „nanowell, který popisuje Schullek et al., Anal. Biochem., 246, 20-29 (1997.) .

Fúzní proteiny, jako jsou ty, které jsou připraveny z části Fc a polypeptidu genů uvedených v Tabulce I, jak se zde popisují, jsou též použitelné pro vysokokapacitní screeningové zkoušky při identifikaci agonistů polypeptidu podle tohoto vynálezu (viz Bennett D. et al., J. Mol. Recognition, 8:52-58 (1995); a Johanson K. et al., J. Biol. Chem., 270(16):945.9-9471 (1995)).

Polynukleotidy, polypeptidy a protilátky proti polypeptidu podle tohoto vynálezu se. mohou použít pro přizpůsobené screeningové způsoby detekce účinku přidávaných sloučenin na tvorbu mRNA a polypeptidu v buňkách. Například lze sestavit zkoušku ELISA pro měření hladin polypeptidů vylučovaných nebo připojených k buňkám s použitím monoklonálníčh a polyklonálních protilátek standardními způsoby známými v oboru. Tento způsob lze použít pro objevení látek, které mohou inhibovat nebo ·4·4 zvyšovat produkci polypeptidu (též nazývaných agonisté či antagonisté) z vhodně upravených buněk či tkání.

Polypeptid podle tohoto vynálezu lze použít pro identifikaci receptoru navázaných na membránu nebo rozpustných receptoru, pokud se vyskytují, standardními způsoby vazby receptorů známými v oboru. Ty zahrnují, bez omezení, zkoušky vazby ligandu a křížové vazby ligandu, při kterých je polypeptid značen radionuklidem (například ¹²⁵I), chemicky modifikovaný (například biotinylovaný) nebo fúzovaný s peptidovou sekvencí vhodnou pro detekci či purifikaci a inkubovaný se zdrojem receptoru (buňky, buněčné membrány, buněčné supernatanty, tkáňové extrakty, tělní tekutiny). Další způsoby zahrnují biofyzikální způsoby, jako je povrchová plasmonová resonance a spektroskopie. Tyto screeningové způsoby lze též použít pro identifikaci agonistů antogonistů polypeptidů, které soutěží s polypeptidem o vazbu na jeho receptory, pokud se vyskytují. Standardní způsoby pro provedení těchto zkoušek jsou v oboru dobře známy.

Příklady antagonistů polypeptidů podle předkládaného vynálezu zahrnují protilátky nebo v některých případech oligonukleotidy či proteiny, které jsou blízce příbuzné k ligandům, substrátům, receptorům, enzymům atd., v daném případě se jedná o polypeptid, například fragment ligandů, substráty, receptory, enzymy atd., nebo o malou molekulu, které se vážou k polypeptidu podle tohoto vynálezu, avšak bez vyvolání odpovědi, takže se zabraňuje aktivitě polypeptidu.

Screeningové metody mohou též zahrnovat použití transgenní technologie a genů uvedených v Tabulce I. Obor konstrukce transgenních živočichů je dobře zavedený. Například geny uvedené v Tabulce I lze zavádět mikroinjekcí ·· ···« ········ r ···· · · · · · · · • · · · ··♦· _r ···* * ··· ··» *· ·· z 6 do samčího projádra oplodněných oocytů, retrovirálním přenosem do pre- nebo post-implantačních embryí nebo injekcí geneticky modifikovaných (například elektroporací) embryonálních kmenových buněk do hostitelských blastocyst. Zvláště použitelnými transgenními živočichy jsou tak zvaní „knock-in živočichové, u kterých se živočišný gen nahradí lidským ekvivalentem v rámci genomu daného živočicha..

„Knock-in transgenní živočichové jsou použitelní v průběhu objevování léků pro cílenou validaci, kdy sloučenina je specifická pro lidský cíl. Další použitelní živočichové jsou tak zvaní „knock-out živočichové, ve kterých je exprese živočišného ortologu polypeptidu podle předkládaného vynálezu a sekvence kódovaná endogenní DNA V buňce částečně či úplně anulovaná. Vyřazení genu. může být cílené na specifické buňky či tkáně, může nastávat pouze v určitých buňkách či tkáních jako následek omezení technologie, nebo sě může vyskytovat ve všech nebo v podstatě ve všech buňkách živočicha. Technologie transgenních živočichů rovněž nabízí celkový živočišný expresně-klonovací systém, ve kterém jsou zavedené geny exprimovány s obdržením velkých množství polypeptidu podle .tohoto vynálezu.

Screeningové kity (soupravy) pro použití ve výše popsaných způsobech tvoří další aspekt tohoto vynálezu.

Tyto screeningové soupravy zahrnují:

(a) polypeptid podle tohoto vynálezu;

(b) rekombinantní buňku exprimující polypeptid podle tohoto vynálezu;

(c) buněčnou membránu exprimující polypeptid podle tohoto vynálezu;, nebo , (d) protilátku proti polypeptidu podle tohoto vynálezu, kde tímto polypeptidem je v preferovaných případech takový polypeptid, který, je uveden v. Seznamu sekvencí.

·· ··· • · · · · · ·

2-y ···· · ··· ··· ·· ··

Je třeba si uvědomit, že ve kterékoliv takové soupravě může (a), (b), (c) nebo (d) představovat podstatnou složku.

Vysvětleni použitých pojmů

Poskytují se další definice pro usnadnění pochopení určitých pojmů, které se výše často užívají.

Pojem „protilátky, jak se zde používá, zahrnuje polyklonální a monoklonální protilátky, chimérické, jednořetězcové a humanizované protilátky, stejně tak jako fragmenty Fab včetně produktů expresní Fab knihovny nebo jiné imunoglobulinové expresní knihovny.

Pojem „izolovaný znamená pozměněný „rukou člověka oproti přirozenému stavu, tj., pokud se vyskytuje v přírodě, byl změněn či odstraněn ze svého původního prostředí nebo změněn i odstraněn. Například polynukleotid či polypeptid, který se přirozeně vyskytuje v živém organismu, není „izolovaný, avšak tentýž polynukleotid či polypeptid oddělený od koexistujících materiálů ve svém přirozeném stavu je „izolovaný ve smyslu použití tohoto pojmu. Dále polynukleotid či polypeptid, který je zaváděn do organismu transformací, genetickou manipulací nebo kteroukoliv jinou rekombinantní metodou, je „izolovaný dokonce, i když je dosud přítomný v uvažovaném organismu, jenž může být živý nebo neživý.

Pojem „sekretovaná proteinová aktivita nebo sekretovaná polypeptidová aktivita nebo „biologická aktivita sekretovaného proteinu nebo sekretovaného polypeptidu se týká metabolické či fyziologické funkce tohoto sekretovaného (vylučovaného) proteinu včetně podobných aktivit či zlepšených aktivit, nebo aktivit se sníženými nežádoucími vedlejšími účinky.

• ·

Také jsou zahrnuty antigenní a imunogenní aktivity tohoto vylučovaného proteinu.

Pojem „sekretovaný proteinový gen (secreted protein gene) se týká polynukleotidu obsahujícího kteroukoliv z připojených nukleotidových sekvencí nebo jejich alelických variant a/nebo jejich komplementů.

Pojem „polynukleotid se obecně týká jakéhokoliv polyribonukleotidu (RNA) nebo polydeoxyribonukleotidu (DNA)_r který může být nemodifikovanou či modifikovanou RNA nebo DNA. „Polynukleotidy zahrnují, bez omezení, jednovláknové a dvouvláknové DNA, DNA, která je směsí jednovláknových a dvouvláknových oblastí, hybridní molekuly obsahující DNA a RNA, které mohou být jednovláknové nebo obvykleji dvouvláknové, nebo směsí jednovláknových a dvouvláknových oblastí. Navíc se „polynukleotid týká trojvláknových oblastí obsahujících RNA nebo DNA nebo obě, RNA i DNA. Pojem „polynukleotid též zahrnuje DNA nebo RNA, obsahující jednu či více modifikovaných baží, a DNA nebo RNA s hlavními řetězci modifikovanými pro stabilitu nebo z jiných důvodů. „Modifikované baze zahrnují například tritylované baze a neobvyklé baze, jako je inosin. Lze připravit řadu modifikací DNA a RNA. Proto „polynukleotid zahrnuje chemicky, enzymaticky či metabolicky modifikované formy polynukleotidů, jak se obvykle nacházejí v přírodě, stejně tak jako chemické formy DNA a RNA charakteristické pro viry a buňky. Polynukleotid též zahrnuje relativně krátké polynukleotidy, často nazývané oligonukleotidy.

Pojem „polypeptid se týká jakéhokoliv polypeptidu obsahujícího dvě či více aminokyselin vzájemně spojených peptidovými vazbami nebo modifikovanými peptidovými vazbami, tj. peptidových isosterů. „Polypeptid se týká krátkých řetězců, obvykle nazývaných peptidy, oligopeptidů či oligomerů, a dlouhých řetězců, obvykle nazývaných proteiny. „Polypeptidy zahrnují aminokyselinové sekvence modifikované buď přirozeně, například posttransláční úpravou, nebo způsoby chemické modifikace dobře známými v oboru. Tyto modifikace jsou dobře popsané v základních textech a jsou podrobně· popsané v monografiích, stejně jako v rozsáhlé výzkumné literatuře. Modifikace mohou nastávat kdekoliv v polypeptidu včetně základního (backbone) řetězce, postranních aminokyselinových řetězců a amino- či karboxykonců. Je třeba si uvědomit, že stejný typ modifikace může nastávat ve stejných či různých stupních na různých místech daného polypeptidu. Daný peptid může též obsahovat řadu typů modifikací. Polypeptidy mohou být rozvětvené následkem ubikvitinace a mohou být cyklické s rozvětvením nebo bez rozvětvení. Cyklické, rozvětvené nebo rozvětvené cyklické polypeptidy mohou být výsledkem posttranslačních přirozených procesů, mohou být připraveny syntetickými způsoby. Modifikace zahrnují acetylaci, acylaci, ADP-ribosylaci, amidaci, biotinylaci, kovalentní připojení flavinu, kovalentní připojení hemového zbytku, kovalentní připojení nukleotidu nebo nukleotidového derivátu, kovalentní připojení lipidu nebo lipidového derivátu, kovaletni připojení fosfotidylinositolu, křížové (příčné) spojování, cyklizaci, tvorbu disulfidických vazeb, demethylaci, tvorbu ko.valentních křížových vazeb, tvorbu cystinu, tvorbu pyroglutamátu, formylaci, gama karboxylaci, glykosylaci, tvorbu zakotvení GPI, hydroxylaci, jodaci, methylaci, myristoylaci, oxidaci, proteolytické zpracování, fosforylaci, prenylaci, racemizaci, selenoylaci, sulfataci, přidání aminokyselin zprostředkované transferovou RNA, jako je arginylace, a ubikvitinace (viz například Proteins Structure and Molecular Properties, 2nd Ed., T.E.Creighton, W.H.Freeman and Company, New York (1993); Wold F., Posttranslational Protein Modifications: Perspectives and

9 9 9 99

9 9 · 9 9 9 9

999999 9 9999 9 • · 9 9 9 9 9 9

Prospects, 1-12, in Post-translational Covalent Modification of Proteins, B.C.Johnson, Ed., Academie Press,

New York (1983); Seifter et al., „Analysis for protein modifications and nonprotein cofactors, Meth. Enzymol.,

182, 626-646, (1990) a Rattan et al., „Protein Synthesis:

Post-translational Modifications and Aging Ann. NY Acad.

Sci, 663, 48-62, (1992)).

„Fragment polypeptidové sekvence se týká polypeptidové sekvence, která je kratší než referenční sekvence, avšak uchovává si v podstatě stejnou biologickou funkci či aktivitu jako referenční polypeptid. „Fragment polynukleotidové sekvence se týká polynukleotidové sekvence, která je kratší než referenční sekvence uvedená v Seznamu sekvencí.

„Varianta se týká polynukleotidu či polypeptidu, který se liší od referenčního polynukleotidu či polypeptidu, avšak zachovává si jeho zásadní vlastnosti.

Obvyklá varianta polynukleotidu se liší od referenčního polynukleotidu v nukleotidové sekvenci. Změny v nukleotidové sekvenci varianty mohou ale nemusí pozměňovat aminokyselinovou sekvenci polypeptidu kódovanou referenčním polynukleotidem. Nukleotidové změny mohou vést k aminokyselinovým substitucím, adicím, delecím, fúzím a zkrácením v polypeptidu kódovaném referenční sekvencí, jak se diskutuje níže. Obvyklá varianta polypeptidu se liší od referenčního polypeptidu aminokyselinovou sekvencí. Obecně jsou změny omezené takovým způsobem, aby byly sekvence referenčního polypeptidu a varianty celkově těsně podobné a v mnoha oblastech identické. Varianta a referenční polypeptid se mohou lišit ve své.aminokyselinové sekvenci jednou nebo více substitucemi, inzercemi, delecemi v jakékoliv kombinaci. Substituované či inzerované aminokyselinové zbytky mohou ale nemusí být kódované • · · · · · · ······ ♦ · · · · • · · * · · *

3! .............

genetickým kódem. Typické konzervativní substituce zahrnují Gly, Ala, Val, Ile, Leu, Asp, Glu, Asn, Gin, Ser, Thr, Lys, Arg; a Phe a Tyr. Varianta polynukleotidu nebo polypeptidu může být. přirozeně vznikající jako alela, nebo může být variantou, o které není známo, že by se přirozeně vyskytovala. Nepřirozené varianty polynukleotidů a polypeptidůlze připravit způsoby mutageneze či přímé syntézy. Jako varianty se též zahrnují polypeptidy s jednou nebo více posttranslačními modifikacemi, například glykosylací, fosforylací, methylací, ADP ribosylací a podobně. Provedení zahrnují methylaci N-terminální >

aminokyseliny, fosforylace serinů a threoninů a modifikace C-terminálních glycinů.

Pojem „alela” se týká dvou či více alternativních forem genu, vyskytujících se v daném lokusu genomu.

Pojem „polymorfismus” se týká variace nukleotidové sekvence (a kódované polypeptidové sekvence, pokud je to relevantní) v dané poloze v genomu uvnitř populace.

Pojem „polymorfismus jednoho nukleotidu” (single nucleotide polymorphism, SNP) se týká výskytu nukleotidové variability v poloze jednoho nukleotidu v genomu uvnitř populace. SNP může nastávat v rámci genu nebo v rámci intergenových oblastí genomu. SNP lze stanovovat použitím alelově specifické amplifikace (Allele Specific

Amplification, ASA). Pro tento způsob jsou vyžadovány alespoň tři primery. Používá se společný primer jako reverzní komplement ke stanovovanému polymorf ismu.. Tento společný primer může mít mezi 50 a 1500 bps z polymorfního základu. Zbývající dva (nebo více) primery jsou navzájem identické s výjimkou, že koncová 3'baze se mění tak, aby se přizpůsobila párování s jednou (nebo více ) alelami, které vytvářejí polymorfismus. Poté se provádějí dvě (nebo více) • · * · • · · ·· · · · · · • · · · · ··« ······ · · ·· · · • « · · · ·» ·

..... ..........

reakce PCR na vzorku DNA, z nichž každá využívá společný primer a jeden z alelově specifických primerů.

Pojem „sestřihová varianta” (splice variant), jak se zde používá, se týká molekul cDNA získaných z molekul RNA počátečně transkribovaných z téže genomové sekvence DNA, které se však podrobily alternativnímu sestřihu RNA.

Alternativní sestřih RNA nastává, když se primární transkript podrobuje sestřihu, obecně pro odstranění intronů, což vede k produkci více než jedné molekuly mRNA, z nichž každá může kódovat různé aminokyselinové sekvence.

Pojem sestřihová varianta se též týká proteinů kódovaných >

výše popsanými molekulami cDNA.

Pojem „identita” odráží vztah mezi dvěma či více polypeptidovými sekvencemi nebo dvěma či více polynukleotidovými sekvencemi stanovený porovnáním těchto sekvencí. Obecně se identita týká přesné shody nukleotidu s nukleotidem nebo aminokyseliny s aminokyselinou dvou polyhukleotídových či dvou polypeptidových sekvencí podél délky porovnávaných sekvencí.

Pojem' „% identity - Pro sekvence, které si přesně neodpovídají, lze stanovit „% identity”. Obecně se obě srovnávané sekvence přiřadí (alignment).pro obdržení maximální korelace mezi sekvencemi. To může zahrnovat vloženi „mezer” (gaps) buďto do jedné, nebo do obou sekvencí, ke zvýšení stupně alignmentu. Procento identity lze stanovovat v průběhu celé délky každé ze srovnávaných sekvencí (takzvaný globální alignment), což je zvláště vhodné pro sekvence stejné nebo velice podobné délky, nebo podél kratších definovaných délek (takzvaný místní alignment), což je vhodnější pro sekvence odlišných délek.

„Podobnost” (similarity) je další sofistikovanější mírou vztahu mezi dvěma polypeptidovými sekvencemi. Obecně „podobnost” znamená srovnání mezi aminokyselinami dvou

0

000000 0 0 00 0 0

0 0 0 0000

33' * ··· **· *· ** polypeptidových řetězců zbytek po zbytku, přičemž se berou v úvahu nejen přesné souhlasy mezi páry zbytků v jedné každé ze srovnávaných sekvencí (jako při identitě), avšak také, pokud zde není přesný souhlas, to, zda je, na evolučním základě, jeden zbytek pravděpodobným substituentem jiného zbytku. Tato pravděpodobnost má připojené „skóre, ze kterého lze potom stanovit „% podobnosti.

Způsoby porovnání identity a podobnosti dvou nebo více sekvencí jsou v oboru dobře známy. Proto lze například použít programy dostupné ve Wisconsin Sequence Analysis Package, verze 9.1 (Devereux J. et al., Nucleic Acids Res.,

12, 387-395 (1984), od Genetics Computer Group, Madison, Wisconsin, USA), například programy BESTFIT a GAP pro stanovení % identity mezi dvěma polynukleotidy a % identity a % podobnosti mezi dvěma polypeptidovými sekvencemi.

BESTFIT používá algoritmus „místní homologie (local homology) Smithe a Watermana (J. Mol. Biol., 147, 195-197, (1981), Advances in Applied Mathematics, 2, 482-489, (1981)) a nachází nejlepší jednotlivou oblast podobnosti mezi dvěma sekvencemi. BESTFIT je vhodnější pro porovnání dvou polynukleotidových nebo dvou polypeptidových sekvencí, které mají odlišnou délku, neboť program předpokládá, že kratší sekvence představuje část delší sekvence. GAP při srovnání přiřazuje dvě sekvence s nalezením „maximální podobnosti podle algoritmu Neddlemana a Wunsche (J. Mol.

Biol·., 48, 443-453 (1970). GAP je vhodnější pro srovnání sekvencí, které mají zhruba stejnou délku a alignment se očekává podél celé délky. Obecně jsou parametry „Gap Weight a „Length Weight, používané v každém programu, 50 a 3 pro nukleotidóvé sekvence a 12 a 4 pro polypeptidové sekvence. Přednostně se určí % identit a podobností, pokud se dvě srovnávané sekvence optimálně přiřadí.

• · • · · ·

• · · • · · • · · · ·

4 ·*’· ’

Rovněž jsou v oboru známy další programy pro stanovení identity a podobnosti mezi sekvencemi, například skupina programů BLAST (Altschul S.F. et al., J. Mol. Biol., 215, 403-410 (1990), Altschul S.F. et al., Nucleic Acids Res., 25:389-3402 (1997)), od National Center for Biotechnology Information (NCBI), Bethesda, Maryland, USA a dostupné na domácí stránce NCBI www.nebi.nim.nih.gov) a FASTA (Pearson W.R., Methods in Enzymology, 183, 63-99 (1990); Pearson W.R. and Lipman D.J., Proč. Nat. Acad. Sci. USA, 85, 24442448 (1988) dostupné jako část Wisconsin Sequence Analysis Package).

Přednostně se při srovnání polypeptidových sekvencí používá aminokyselinová substituční matrice BLOSUM62 (Henikoff S. and Henikoff J.G., Proč. Nat. Acad. Sci. USA, 89, 10915-10919, (1992) včetně případů, kdy se nukleotidové sekvence před srovnáním nejprve překládají na aminokyselinové sekvence.

Program BESTFIT se přednostně používá pro určení procenta identity dotazované polynukleotidové nebo polypeptidové sekvence vzhledem k referenční polynukleotidoé nebo polypeptidové sekvenci, kde dotazovaná a refereční sekvence jsou optimálně přiřazeny a parametry programu jsou nastaveny na trvající (standardní) hodnotu, jak se popisuje výše.

„Index identity je mírou příbuznosti sekvencí, který se může použít pro srovnání kandidátské sekvence (polynukleotidové či polypeptidové) a referenční sekvence. Tak například kandidátská polynukleotidové sekvence mající například Index identity 0,95 oproti referenční polynukleotidové sekvenci je s referenční sekvencí identická kromě toho, že kandidátská nukleotidová sekvence může v průměru obsahovat až 5 rozdílů na každých 100 nukleotidů referenční sekvence. Tyto rozdíly jsou zvoleny ^Γ' • · · · · • · »· ·· · ze skupiny zahrnující alespoň jednu nukleotidovou deleci, substituci, včetně tranzice a transverze či inzerce. Tyto rozdíly mohou nastávat v koncových polohách 5'a

3'referenční polynukleotidové sekvence, nebo kdekoliv mezi těmito koncovými polohami rozptýlené buď jednotlivě mezi nukleotidy v referenční sekvenci, nebo v jedné či více kontinuálních skupinách uvnitř referenční sekvence. Jinými slovy, pro získání polynukleotidové sekvence mající Incex identity 0,95 ve srovnání s referenční sekvencí lze 5 z každých 100 nukleotidů v referenční sekvenci deletovat, substituovat či inzerovat, nebo provést jakoukoliv kombinaci těchto případů, jak se popisuje výše. Totéž platí s příslušnou obměnou pro ostatní hodnoty Indexu identity, například 0,96, 0,97, 0,98, 0,99.

Podobně pro polypeptid je kandidátská polypeptidová sekvence mající například Index identity 0,95 ve srování s referenční polypeptidovou sekvencí identická s referenční sekvencí kromě toho, že polypeptidová sekvence může obsahovat v průměru až 5 rozdílů na každých 100 aminokyselin referenční sekvence. Tyto rozdíly se volí ze skupiny obsahující alespoň jednu deleci, substituci, včetně konzervativních i nekonzervativních substitucí, nebo inzerci aminokyseliny. Tyto rozdíly mohou nastávat v aminokoncových či karboxykoncových polohách sekvence referenčního polypeptidu, nebo kdekoliv mezi těmito polohami rozptýleně buď mezi aminokyselinami v referenční sekvenci, nebo v jedné či více kontinuálních skupinách uvnitř, referenční sekvence. Jinými slovy, pro získání polypeptidová sekvence o Indexu identity 0,95 ve srovnání sé sekvencí referenčního polypeptidu může být v průměru až 5 aminokyselin na 100 aminokyselin v referenční sekvenci deletováno, substituováno nebo inzerováno, nebo může být provedena jakákoliv kombinace těchto případů, jak se • · · · 4 «

4 « • · ·

I · · • · • · · • · · ·« popisuje výše. Totéž platí s příslušnými obměnami pro jakékoliv hodnoty Indexu identity, například 0,96, 0,97, 0,98, 0, 99.

Vztah mezi počtem nukleotidových či aminokyselinových rozdílů a Indexem identity se může vyjádřit následující rovnicí:

n_a < x_a - (x_a · I), ve které n_a je počet rozdílů nukleotidů nebo aminokyselin, x_a je celkový počet nukleotidů nebo aminokyselin v sekvenci uvedené v Seznamu sekvencí,

I je Index identity, • je symbol násobení, a ve které se jakýkoliv součin x_a a I, který není celým číslem, se zaokrouhluje dolů na nejbližší celé číslo před jeho odečtením od x_a.

„Homolog je generický pojem používaný v oboru pro označení polynukleové či polypeptidové sekvence s vysokým stupněm sekvenční příbuznosti s referenční sekvencí. Tato příbuznost může být kvantifikována stanovením stupně identity a/nebo podobnosti mezi dvěma sekvencemi, jak se definuje výše. Do rámce tohoto generického pojmu patří pojmy „ortolog a „paralog. „Ortolog se týká polynukleotidů nebo polypeptidu, který je funkčním ekvivalentem polynukleotidů nebo polypeptidu v jiném druhu. „Paralog se týká polynukleotidů či polypeptidu, který je funkčně podobný v rámci stejného druhu.

„Fúzní protein se týká proteinu kódovaného dvěma často nepříbuznými fúzovanými geny či jejich fragmenty.

V jednom příkladu popisuje EP-A-0464 533 fúzní proteiny zahrnující různé části konstantní oblasti imunoglobulinových molekul spolu s jiným lidským proteinem ·

• · ·

37- ·”· * **’ nebo jeho částí. V mnoha případech je výhodné použít imunoglobulinové Fc oblasti jako části fúzního proteinu pro použití v terapii a diagnostice vedoucí například, ke zlepšeným farmakokinetickým vlastnostem (viz například EPA-0232 262). Na druhé straně by bylo pro některá použití vhodné mít možnost vypustit část Fc po exprimování fúzního proteinu, detekci a purifikaci.

Veškeré publikace a odkazy včetně, avšak bez omezení, patentů a patentových přihlášek citovaných v tomto popise se zde zahrnují formou odkazu jako celek tak, jako kdyby každá jednotlivá publikace či odkaz byly specificky a jednotlivě zde uvedeny formou odkazů v plném znění. Jakákoliv patentová přihláška, ke které si tato přihláška nárokuje prioritu, se zde rovněž zahrnuje formou odkazu v plném znění způsobem popsaným výše pro publikace a odkazy.

.5 O

Příklady provedení

Tabulka I

Název genu	Identifikace genu GSK	Nukleová kyselina Identifikační číslo sekvence (SEQ ID NO)	Odpovídající protein Identifikační číslo sekvence (SEQ ID NO)
sbg960509cbrecpt	960509	SEQ ID NO:1	SEQ ID NO:45
sbg61412 ScomplfH	614126	SEQ ID NO:2 SEQ ID NO:3	SEQ ID NO:46 SEQ ID NO:47
sbgl20703RNáza	120703	SEQ ID NO:4	SEQ ID NO:48
sbg98530TS	98530	SEQ ID NO:5 SEQ ID NO: 6	SEQ ID NO:49 SEQ ID NO:50
sbg563917RDP	63917	SEQ ID NO:7 SEQ ID NO:8	SEQ ID NO:51 SEQ ID NO.52
sbg618069LRR	618069	SEQ ID NO:9 SEQ ID NO:Í0	SEQ ID NO:53 SEQ ID NO:54
sbg934114relaxin	934114	SEQ ID NO:11	SEQ ID NO:55
sbg99174LOX-like	99174	SEQ ID NO:12	SEQ ID NO:56
sbg995002PIGR	995002	SEQ ID NO:13	SEQ ID NO:57
sbgl033026Clq	1033026	SEQ ID NO:14 SEQ ID NO:15	SEQ ID NO:58 SEQ ID NO:59
sbgl00367RNáza	1003675	SEQ ID NO:16	SEQ ID NO:60
sbgl015258PLM	1015258	SEQ ID NO:17	SEQ ID NO:61
sbgl003328IG	1003328	SEQ ID NO:18 SEQ ID NO:19	SEQ ID NO:62 SEQ ID NO:63
sbgl020829SGLT	1020229	SEQ ID NO:20	SEQ ID NO:64
sbg!005450UDPGT	1005450	SEQ ID NO:21 SEQ ID NO:22	SEQ ID NO:65 SEQ ID NO:66

• · ····

Tabulka I-pokrač.
sbgl002620TIa	1002620	SEQ ID NO:23 SEQ ID NO:24	SEQ ID NO:67 SEQ ID NO:68
sbgl002620TIb	1002620	SEQ ID NO:25	SEQ ID NO:69
sbgl02200MCTa	102200	SEQ ID NO:26 SEQ ID NO:27	SEQ ID NO:70 SEQ ID NO:71
sbgl02200MCTb	102200	SEQ ID NO:28	SEQ ID NO:72
sbgl020380LYG	1020380	SEQ ID NO:29 SEQ ID NO:30	SEQ ID NO:73 SEQ ID NO:74
sbg!007026SGLT	1007026	SEQ ID NO:31	SEQ ID NO:75
sbglO12732GLUT	1012732	SEQ ID NO:32 SEQ ID NO:33	SEQ ID NO:76 SEQ ID NO:77
sbglO12732GLUTb	1012732	SEQ ID NO:34	SEQ ID NO:78
sbglO18172CSP	1018172	SEQ ID NO:35 SEQ ID NO:36	SEQ ID NO:79 SEQ ID NO:80
sbgl004570ERGIC	1004570	SEQ ID NO:37 SEQ ID NO:38	SEQ ID NO:81 SEQ ID NO:82
sbglO16995lGBrecpt	1016995	SEQ ID NO:39 SEQ ID NO:40	SEQ ID NO:83 SEQ ID NO:84
sbgll51bSREC	1151	SEQ ID NO:41 SEQ ID NO:42	SEQ ID NO:85 SEQ ID NO:86
sbg!399854ANK	1399854	SEQ ID NO:43 SEQ ID NO:44	SEQ ID NO:87 SEQ ID NO:88

• · » · © · ♦ ··· ·· *·

Tabulka II

Název genu	Genová rodina	Nejbližší polynukleotid podle homologie	Nejbližší polypeptid podle homologie	Buněčná lokalizace (podle homologie)
sbg960509	Karbohyd-	GB:AC007395	c-typ lektinového re-	Vázaný na
cbrecpt	rát-	Přímo podán	ceptoru	membránu
	vazebný	(25.4.1999)	myších Kupfferových
	receptor	Genome	buněk
		Sequencing Center,	gi:7949066 Podán
		Washington University	(25.10.1996) do
		School of Medicine,	DDBJ/EMBL/GenBank
		4444 Forest Park	databases
		Parkway, St.Louis, MO
		63108, USA
sbg614126	Komplemen-	SC:AL353809	Lidský H-faktor-like 1	Sekretovaný
complfH	tový fak-	Podán (20.1.2001)	gi:11321587
	tor H	Sanger Centre,	Estaller,C.,
		Hinxton,	Koistinen,V.,
		ISA, UK.	Dierich,M.P., and
			Weiss,E.H.J., Immunol.,
			146, 3190-3196 (1991)
sbgl20703	RNáza	GB:AL157687	Lidský od keratinocytu	Sekretovaný
RNáza		Přímo podán	odvozený RNáza-like
		(24.5.2000)	protein, geneseqp:
		Genoscope do	Y44192 Podán
		EMBL/GenBank/DDBJ	INNOGENETICS NV
		databases by	Číslo a datum
			zveřejnění:

• · · · · ·

			EP-943679-A 1 22.9.1999
sbg98530TS	Trortťbos-	GB:AC027307	Myší RIKEN cDNA	Sekretovaný
	pondin	Podán (30.3.2000)	2010109H09 gen,
	typ i	Production	gi:13385092
		Sequencing Facility,	The RIKEN Genome
		DOE Joint Genome	Exploration Research
		Institute, 2800 Mit-	Group Phase II Team
		chell, Drive,	and FANTOM
		Walnut Creek,	Consortium. Nátuře,
		CA 94598, USA	409, 685-690 (2001)
sbg563917	Renální	GB:AC009077	Lidská putativní	Sekretovaný
RDP	dipeptidá-	Přímo podán	metalópeptidáza
	za	(3.8.1999)	(rodina Ml9)
		Production Sequencing	gi:11641273 Chen,J.M.,
		Facility, DOE Joint	Fortunato,M. and
		Genome Institute,	Barrett, A.J.
		2800	Podán (2.11.2000)
		Mitchell Drive,	Chen J.M., MRC
		Walnut	Molecular Enzymology
		Creek, CA 94598, USA	Laboratory, The
			Babraham Institute,
			CB2 4AT, UK
sbg618069	Leucinem-	GB:AL589765	Macaca fascicularis	Vázaný na
LRR	bohatá	Podán (16.3.2001)	protein mozku, gi:	membránu
	repetice	Sanger Centre,	9651088 Podán
		Hinxton, Cambridge-	(28.7.2000) do
		shire,	DDBJ/EMBL/GenBank
		CB10 ISA, UK.	databases. Katsuyuki
			Hashimoto, National
			Institute of Infectious

• · · * * * »·· · · · · · * ···· · · » · · · · • · » · · * · _ ·.»· « ··· ··· ·· ··

			Diseases, Division of Genetic Resources; 23- 1, Toyama 1-chome, Shinjuku-ku, Tokyo 162-8640, Japan
sbg934114	Inzulín	JGI:CTT978SKB_5506	Myší inzulin-like	Sekretovaný
Relaxin		Nalezen v Joint	peptid (relaxin/insu-
		Genome	lin-like protein),
		Institute	gi:7387805
		DoE/LLNL/LBNL/LANL.	Conklin D., Lofton-Day
			C.E., Haldeman B.A.,
			Ching A., Whitmore
			T.B., Lok S, Jaspers
			S., Genomics, 60:50-56
			(1999)
sbg99174L	C-typ	GB:AL137062	Myší putativní protein	Vázaný na
OX-like	lektinu	Přímo podán	gi: 12855891 The	membránu
		(9.8.2000) Sanger	RIKEN Genome
		Centre, Hinxton,	Exploration Research
		Cambridgeshire, CB 10	Group Phase II Team
		1 SA, UK	and FANTOM
			Consortium. Nátuře,
			409, 685-690 (2001)
sbg995002	Polymerní	GB:AC027192	Lidský TANGO 354	Vázaný na
PIGR	imunoglo-	Přímo podán	protein, geneseqp:	membránu
	bulinový	(28.3.2000)	B66271 Podán
	receptor	Whitehead	(MILL-)
	(PIGR)	Institute/MIT Center	MILLENNIUM
		for	PHARM INC
		Genome Research, 320	Číslo a datum
		Charles Street	zveřejnění

♦· ····

		Cambridge, MA 02141, USA.	W0200100673-A1, 4.1.2001
sbgl03302	Clq	GB:AL359736	Lidský adipocytový-	Sekretovaný
6Clq		Přímo podán	specifický sekreční
		(22.8.2000),	protein
		Sanger	Maeda,K., Okubo,K.,
		Centre, Hinxton,	Shimomura,L.,
		Cambridgeshire, CB10	Funahashi,T.,
		ISA, UK.	Matsuzawa,Y., and
			Matsubara,K.,
			Biochem. Biophys. Res.
			Conunun., 221 (2), 286-
			289 (1996)
sbgl00367	RNáza	EMBL:CNSO1RIH	Chinchilla brevicaudata	Sekretovaný
5RNáza		Nalezen v European	pankreatická
		Molecular Biology	ribonukleáza,
		Laboratory.	gi:133205 Van Den
			Berg A., Van Den
			Hende-Timmer L.,
			Beintema J.J.,
			Biochim. Biophys. Acta,
			453:400-9 (1976)
sbgl01525	„Phosphole	GB:AL022345	Lidský	Vázaný na
PLM	mman	Přímo podán	„phospholemman-like	membránu
	(PLM)	(10.12.1999)	protein.
		Sanger Centre,	geneseqp:W51104
		Hinxton,	Podán (HUMA-)
		Cambridgeshire,	HUMAN GENOME
		CB10 ISA, UK.	SCI INC

• · · · · ·

			Číslo a datum zveřejnění W09839448-A2, 11.9.1998
sbgl00332	Imunoglo-	EMBL:HSBA536C5	Molekula lidského	Vázaný na
8IG	bulin	Nalezen v European	imunitního systému	membránu
		Molecular Biology	geneseqp:B15536
		Laboratory.	Podán (INCY-)
			INCYTE PHARM INC
			Číslo a datum
			zveřejnění
			W0200060080-A2,
			12.10.2000
sbgl02082	Na+/glukó-	GB:AJ009617	Oryctolagus cuniculus	Vázaný na
9SGLT	za	Přímo podán	Na/glukóza	membránu
	kotrans-	(17.7.1998)	kotransportery,
	porter	MPIMG,	gi:520469 Pajor,A.M.,
		Abt.Lehrach, Max	Biochim.
		Plaňek	Biophys. Acta, 1194
		Institut fuer Moleku-	(2),
		lare Genetik, 73,	349-51 (1994)
		Ihnenstrasse
		Berlin, 14195, Germa-
		ny
sbgl00545	UDP-	GB:AC016612	Lidský PRO1780	Vázaný na
OUDPGT	glukurono-	Podán (4.12.1999)	protein, geneseqp:	membránu
	syltrans-	Production	B24025
	feráza	Sequencing Facility,	Podán
	za(UDPGT)	DOE	GENENTECH INC
		Joint Genome Institu-	Číslo a datum
		te,	zveřejnění

• » · · · ·

		2800 Mitchell Drive,	W0200053750-A1, 14.9.2000
Walnut Creek, 94598, USA	CA
sbgl00262	Trypsinový	GB:AC025280		Lidský hypotetický	Sekretovaný
OTIa	inhibitor	Podán (8.3.2000)	protein
	cysteinem-	Production		DKFZp434B044, gi:
	bohatého	Sequencing Facility,	13899332 Wiemann,S.,
	sekrečního	DOE		Weil,B., et al., Genome
	proteinu	Joint Genome	Institu-	Res., 11 (3), 422-435
	(CRISP)	te,		(2001)
		2800 Mitchell	Drive,
		Walnut Creek,	CA
		94598, USA
sbgl00262	Trypsinový	GB:AC025280		Krysí protein pozdní	Sekretovaný
OTIb	inhibitor	Podán (8.3.2000)	plicní gestace 1
	cysteinem-	Production		gi:4324682
	bohatého	Sequencing Facility,	Kaplan,P., Ledoux,P.,
	sekrečního	DOE		Kassamali,F.Q.,
	proteinu	Joint Genome	Institu	Gagnon,S., Post,M.,
	(CRISP)	te,		Koehler,D., Deimling,J.
		2800 Mitchell	Drive,	and Sweezey,N.B.,
		Walnut Creek,	CA	Am. J. Physiol., 276
		94598, USA		(6), L1027-L1036
		USA		(1999)
sbgl02200	Monokarb-	GB:AC015918		Myší nepojmenovaný	Vázaný na
MCTa	oxylát	Přímo podán		proteinový produkt;	membránu
	kotrans-	(17.11.1999)		gi:7670446 Podán
	porter	Whitehead		(12.4.2000) do
	(MCT1)	Institute/MIT		DDBJ/EMBL/GenBank

• · · · « · • · « 44 44 · 4 ·

4 4 * · 4··

444« 4 · 4444 « · ♦ · 4444 *·*· * *.........

		Center for Genome Research, 320 Charles Street, Cambridge, MA 02141, USA.	databases, Katsuyuki Hashimoto, National Institute of Infectious Diseases, Division of Genetic Resources; 23- 1, Toyama 1-chome, Shinjuku-ku, Tokyo 162-8640, Japan
sbgl02200	Monokarb-	GB.-AC015918	„Human solute carrier	Vázaný na
MCTb	oxylát	Přímo podán	16 (transportéry	membránu
	kotrans-	(17.11.1999)	monokarboxylových kyše-
	porter	Whitehead Institu-	lín)
	(MCT1)	te/MIT	člen 8
		Center for Genome	gi:13655082
		Research, 320 Charles	Podán (17.4.2001)
		Street, Cambridge, MA	National
		02141, USA.	Center for
			Biotechnology
			Information, NIH,
			Bethesda, MD 20894,
			USA
sbgl02038	„Goose-	GB:AC023965	Lysozyme G (1,4-beta-	Sekretovaný
OLYG	type	Přímo podán	N-acetylmuramidáza)
	lysozyme	(20.2.2000)	(Goose-type lysozyme).
	G	Whitehead	gi:126634 Schoentgen,
		Institute/MIT Center	F., Jolles,J. and Jol-
		for	les,
		Genome Research, 320	P. Eur. J. Biochem.,
		Charles Street,	123 (3),
		Cambridge, MA 02141,	489-497 (1982)
		USA

·« ····

sbgl00702	Sodium-	GB:AC046167	Lidský transportérový	Vázaný na
6SGLT	glukóza	Přímo podán	protein TPPT-13,	membránu
	kotrans-	(13.4.2000)	geneseqp: B60093
	porter	Whitehead	Podán INCYTE
		Institute/MIT Center	GENOMICS INC
		for	Číslo a datum
		Genome Research, 320	zveřejnění
		Charles Street,	W0200078953-A2,
		Cambridge, MA 02141.	28.12.2000
sbgl01273	Glukóza	GB:AP000350	Lidský glukóza	Vázaný na
2GLUT	transpor-	Přímo podán	transporterGLUTlO,	membránu
	ter	(10.6.1999)	gi;13540598
		do	Podán (10.2.2000)
		DDBJ/EMBL/GenBank	Joost H.G.,
		databases. Nobuyoshi	Institute of
		Shimizu, Keio univer-	Pharmacology and
		šity,	Toxicology, Medical
		school of medicine,	Faculty, Technical
		Molecular Biology; 35	University of Aachen,
		Shinanomachi, Shinju-	Wendlingweg 2,
		ku, Tokyo 160-0016,	Aachen, D-52057,
		Japan.	GERMANY
sbgl01273	Glukóza-	GB:AP000350	Lidský glukóza-	Vázaný na
2GLUTb	transpor-	Přímo podán	transportér GLUT10,	membránu
	ter	(10.6.1999)	gi:13540598
		do	Podán (10.2.2000)
		DDBJ/EMBL/GenBank	Joost H.G.,
		databases. Nobuyoshi	Institute of
		Shimizu, Keio univer-	Pharmacology and
		šity,	Toxicology, Medical

• 9

9

9 9

9 9 • 99 9 9

9

9999 9

9999 «9 ·

9 9

9 9 9

9 9 9

		school of medicine, Molecular Biology: 35 Shinanomachi, Shinju- kuku, Tokyo 160-0016, Japan.	Faculty, Technical University of Aachen, Wendlingweg 2, Aachen, D-52057, GERMANY
sbgl01817	Chondroi-	EMBL:AL354819,	Lytechinus variegatus	Sekretovaný
2CSP	tin-sufát	a SC:AL590007,	protein embryonální
	proteogly-	Podán (30.4.2001)	blastocelární
	kan	a 4.5.2001)	extracelulární matrix
		Sanger Centre, Hin-	gi:9837426
		ton,	Podán (14.7.2000)
		Cambridgeshire, CB 10	Biological
		ISA, UK.	Sciences, Carnegie
		EMBL.-AC017111,	Mellon University,
		Podán (9.12.1999)	4400 Fifth Ave,
		Genome	Pittsburgh, PA 15213,
		Sequencing Center,	USA
		Washington University
		School of Medicine,
		4444, Forest Park
		Parkway, St.
		Louis, MO 63108, USA
sbgl00457	Protein	GB:AC020705	Lidský ERGL protein,	Vázaný na
OERGIC	interme-	Podán (8.1.2000)	gi:11141891	membránu
	diárního	Genome Sequencing	Podán
	kompart-	Center, Washington	(6.9.2000)Laboratory
	mentu	University School of	of Molecular
	ER-Golgi	Medicine, 4444 Forest	Biology, NCI,
		Park Parkway, St	NIH, 37, Convent
		Louis,	Dr.,Bldg. 37, Rm
		MO 63108, USA	4B2O, Bethesda, MD

• ·· ···· *· · > · • · · ♦ • · · · · • · · · · ·»* 99 99

9999 9

bgl01699	Imunoglo-	GB:AL353721	20892, USA „Human	Vázaný na
SIGBrecpt	bulinový	Podán (7.7.2001)	„immunoglobulin	membránu
	receptor	Sanger Centre, Hin-	superfamily receptor
		xon,	translocation
		Cambridgeshire, CB10	associated 1,-
		ISA, UK.	gi:14550416
			Hatzivassiliou,G.,
			Miller,L.J., Takiza-
			wa, J.
			et al., Immunity , 14
			(3), 277-289 (2001)
sbgll51bS	EGF-like	GB:AC005500	„Human nurse cell	Vázaný na
REC	LDL re-	Chen,F.D.L., Do,T.,	receptor B6TNC#10b,	membránu
	ceptorový	Dumanski,J.P. and	geneseqp: B60395
	protein	Roe,B.A. Přímo podán	Podán (SHIO )
		(31.5.2001)	SHIONOGI & CO LTD
		Department Of Chemis-	Číslo a datum
		try and Biochemistry,	zveřejnění
		The University Of	JP2000308492-A,
		Oklahoma,	7.11.2000
		620 Parrington Oval,
		Room 208, Norman, OK
		73019, USA
sbgl39985	Ankyrinová	GB: AC020658	Lidský KIAA1223	Cytosol
4ANK	repetiční	Přímo podán	protein, gi:6330617
	rodina	8.1.2000)	Nagase T., Ishikawa K. ,
		Multimegabase Sequen-	Kikuno R., Hirosawa M.,
		cíng Centre	Nomura N.,
		University of	and Ohara O.,

0000

0· 0

0 0 0 0 0 0

0000 0 0 0

0000 0 0

0 0 0

0 0 0 0 0 0 0 ·

0 0 0 0

000 00 00

98195, USA

Tabulka III

Název genu	Použití	Související s onemocněním
sbg96050 9 cbrecpt	Jedním provedením tohoto vynálezu je použití sbg960509cbrecpt k léčbě a diagnostice rakoviny. Blízkým homologem sbg960509cbrecpt je langerin. Langerin je Ca2+-dependentní lektin typu II, endocytární receptor exprimovaný Langerhansovými buňkami (LC). Transfekce langerinové cDNA do fibroblastů vytváří kompaktní síť membránových struktur s typickými znaky Birbeckových zrnek (Birbeck granules, BG). Předpokládá se, že indukce BG je důsledkem funkce langerinu v zachycení antigenu, umožňující vstup do těchto organel a poskytnutí přístupu k procesu neklasického zpracování antigenu (Valladeau J., Ravel 0., Dezutter-Dambuyant C., Moore K., Kleijmeer M., Liu Y, Duvert-Frances V., Vincent C., Schmitt D., Davoust J., Caux C., Lebecque S., Saeland S., Immunity, 12(1):71-81(Jan. 2000). Byla zjištěna překvapující nesourodost mezi různě sestřihanými transkripty pro druhý polypeptid asialoglykoproteinového receptoru H2 v normálních a transformovaných lidských jaterních buňkách. (Paietta E., Stocker R.J., Racevskis J., Hematology, 15(3):395-402 (Mar 1992). Bylo prokázáno, že lidský lektin typu C	Autoimunit- ní poruchy a rakovina

• · · · · • ·

	z povrchu makrofágních buněk rozpoznává Tn Ag, stejně jako dobře známý lidský s karcinomem asociovaný epitop (Suzuki N., Yamamoto K, Toyoshima S. Osawa T., Irimura T., J. Immunol·., 156(1):128-35 (Jan 1 1996).
sbg61412 6 complfH	Jedním provedením vynálezu je použití sbg614126complfH k diagnostice nebo léčbě rakoviny, AlzheimerovlíJ, choroby a/nebo prevenci rakoviny. Velice blízkým homologem sbg614126complfH je lidský komplementární faktor H. Lidský komplementární,faktor H byl detekován pomocí protilátky AM34 v cerebrospinální tekutině od pacientů s Alzheimerovou cl^robou. Nedávno bylo zjištěno, že AM34 je schopna pozitivně barvit senilní plaky a že faktor H je asociován se senilními plaky v lidském mozku. (Honda S., Itoh F., Yoshimoto M., Ohno S., Hinoda Y., Imai K., J. Gerontol. A. Biol. Sci. Med. Sci., 55(5):M265-9, (May 2000). Rovněž bylo naznačeno, že neobyčejná rezistence lidských glioblastomových buněk H2 ke komplementem zprostředkovanému zabíjení je zapříčiněna produkcí a vazbou faktoru H a faktor H -like proteinu 1 (Junnikkala S., Jokiranta T.S., Friese M.A., Jarva H., Zipfel P.F., Meri S.J., Immunol., 164(11):6075-81, (Jun 1 2000). Kromě toho bylo prokázáno, že faktor H se váže ke kostnímu sialoproteinu a osteopontinu a je schopen vyhnout se protitumorovému buněčnému ataku zprostředkovanému komplementem. Konečně mutace genu komplementového faktoru H je spojena s autosomálně recesivním atypickým	Alzheimerova choroba, rakovina, nádorové metastáze a autosomální recesivní atypický hemolytický uremický syndrom

	hemolytickým uremickýcm syndromem (Aing L, Katz Y., Schlesinger M, Carmi R., Shalev H., Haider N., Beck G., Sheffield V.C., Landau D., Am.J.Hum Genet., 65(6)1538-45 (Dec 1999).
sbgl2070	Jedním z provedení vynálezu je použití	Rakovina a
3 RNáza	sbgl20703 RNázy jako prostředku pro protirakovinnou terapii a léčbu poruch spojených s apoptózou. Bylo zjištěno, že genetickým inženýrstvím upravená pankreatická RNáza má cytolytickou aktivitu na myší a lidské nádorové buňky, avšak postrádá jakoukoliv zjevnou toxicitu vůči myším a lidským nádorovým buňkám. Tato varianta lidské pankreatické RNázy selektivně senzibilizovala buňky odvozené od lidského nádoru štítné žlázy k apoptotické smrti. Vzhledem ke své selektivitě k nádorovým buňkám a vzhledem ke svému lidskému původu je tento protein považován za slibný prostředek k protirakovinné léčbě.(Picoli R., Di Gaetano S., De Lorenzo C., Grauso M., Monaco C., Spalleti-Cernia D., Laccetti P., Cinatl J., Matoušek J., D'Alessio G., Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 96:7768-73 (1999). Kromě toho RNáza sama o sobě může být použita léčbě RNA virové	infekce
	infekce a antagonista této Rnázy může být vhodný k léčbě nemocí spojených s apotózou.
sbg98530	Jedním provedením vynálezu je použití	Rakovina,
TS	sbg98530TS v procesu hojení ran, vývoje	poruchy
	nervového systému a v působení na buněčnou migraci, přežívání nebo angiogenezi. Blízkými homology sbg98530TS jsou trombospodiny. Trombospodiny jsou rodina proteinů hojně se	hojení ran

• ·

	vyskytující v embryonální extracelulární matrix, přičemž expresní vzorky a vlastnosti in vitro řady trombospodinů svědčí o jejich potenciální rolích v řízení buněčné a růstové kónické migrace, zejména během vývoje nervového systému. (Adams J.C., Ticker RP, Dev. Dyn., 218:280-99 (2000). Buněčné interakce s extracelulární matrix jsou významné pro patologické změny, které se objevují během buněčné transformace a tumorogeneze. Bylo prokázáno, že trombospodin- I moduluje fenotyp tumoru působením na buněčnou migraci, přežívání, nebo angiogenezí (Liaw L., Crawford H.C, Braz J. Med. Biol. Res., 32:805-12 (1999). Kromě toho trombospodin-I je rovněž přechodnou složkou extracelulární matrix ve vývoji a reparaci tkání. (Adams J.C., Int. J. Biochem. Cell Biol., 29:861-5 (1997).
sbg56391 7 RDP	Jedním provedením vynálezu je použití sbg563917RDP k léčbě nebo diagnostice chronického selhání ledvin a stárnoucích očních čoček a šedého zákalu. Blízkými homology sbg563917RDP jsou renální dipeptidázy a dipeptidázy očních čoček. Bylo publikováno, že aktivita renální dipeptidázové skupiny byla signifikantně nižší u skupiny s chronickým selháním ledvin (Fukumura Y, Kera Y, Oshitani S. , Ushijima Y, Kobayashi I., Lis Z., Watanabe T. , Yamada R., Kikuchi H., Kawazu S. a Yabuuchi M, Ann. Clin. Biochem., 36 (Pt):221-5 (Mar.1999). Naopak, zvýšená dipeptidázová aktivita v očních čočkách byla zjištěna	Renální nemoci, stárnutí, šedý zákal, rakovina a Alzheimero- va choroba

• ·

	v souvislosti se stárnutím a šedým zákalem (Sulochana K.N., Ramakrishnan S. a Punitham R., Br. J. Ophthalmol., 83(7):885 (Jul 1999).
sbg61806	Jedním provedením vynálezu je použití	Tango-
9LRR	sbg618069LRR k léčbě a diagnostice neurálního	asociované
	vývoje a poruch nervového systému u dospělých.	choroby,
	Blízkými holology sbg618069LRR jsou leucinem	poruchy
	bohaté opakující se sekvence. Bylo prokázáno,	spoj ené
	že leucinem bohaté opakující se sekvence,	s ochranou a
	spineless aristapedia interagují s proteiny	udržováním
	tango bHLH-PAS pro řízení antenálního a	gastroin-
	tarsálního vývoje u Drosophila (Emmons R.B.,	testinální
	Duncan D. Esters P.A., Kiefels P., Mosher	mukózy a s
	J.T., Sonnenfiels M., Ward M.P., Duncan I. and	reparací
	Crews S.T., Development, 126(17):3937-45 (Sep	akutních a
	1999). U myší byly neuronové leucinem bohaté	chronických
	opakující se sekvence NLRR-1 a NLRR-2 primárně	lézí mukózy,
	exprimovány v centrálním nervovém systému a	Parkinsono-
	mohou hrát signifikantní avšak odlišné role	va nemoc,
	v neurálním vývoji a v nervovém systému	Alzheimero-
	dospělých (Taguchi A., Wanaka A., Moři T.,	va choroba,
	Matsumo K., Imai Y, Tagaki T. a Tohyama M.,	ALS,
	Brain Res. Mol. Brain Res., 35(1-2):31-40 (Jan	neuropatie,
	1996). Kromě toho byl amplifikován nový člen	rakovina,
	ze superrodiny leucinem bohatých opakujících	poruchy
	se sekvencí GAC1, který je zvýšeně exprimován	hojení ran a
	v maligních gliomech (Almeida A., Zhu X.X., Vogt N., Tyagi R., Muleris M., Dutrillaux A.M., Dutrillaux B., Ross D., Malfoy B. and Hanash S., Oncogene, 16(23):2997-3002 (Jun 11 1998) .	tkání
sbg93411	Jedním z provedení vynálezu je použití	Rakovina,
4relaxin	sbg934114relaxinu k léčbě a diagnostice	revmatické

• · · ·

	kolagenní přeměny, rakoviny prsu a poruch kontraktility dělohy. Blízkým homologem sbg934114relaxinu je relaxin. Relaxin má různé biologické aktivity včetně indukce kolagenní přeměny a následujícího změknutí tkání porodního kanálu během porodu, inhibice kontraktilní aktivity dělohy a stimulace růstu a diferenciace prsní žlázy.(Bani D., Gen Pharmacol., 28:13-22 (1997). Relaxin patří k inzulínové superrodině a je primárně produkován žlutým tělískem jak u těhotných, tak u netěhotných žen. U může je relaxin syntetizován v prostatě a je uvolňován do semenné tekutiny (Goldsmith L.T., Weiss G., Steinetz B.G., Endocrinol. Metab. Clin. North Am., 24:171-86 (1995). Dále bylo prokázáno, že relaxin reguluje růst a diferenciaci buněk tumoru prsu v kulturách, podporuje dilataci krevních cév u různých orgánů včetně dělohy, prsní žlázy, plic a srdce, má chronotropní účinek na srdce, inhibuje uvolňování histaminu mastocyty, snižuje agregaci destiček a jejich uvolňování megakaryocyty a ovlivňuje sekreci hormonů hypofýzou (Bani D., Gen Pharmacol., 28:13-22 (1997). Kromě toho některé publikace prokazují, že relaxin je účinný ve snižování účasti pokožky v systémové skleróze (Furst D.E., Curr. Opin. Rheumatol., 10:123-8 (1998).	choroby, srdeční choroby, systémová skleróza (skleroder- mální) a předčasný porod
sbg99174 LOX-like	Jedním z provedení vynálezu je použití sbg99174LOX-like k léčbě a diagnostice endotelové funkce a aterosklerózy. Blízkým homologem sbg99174LOX-like je receptor 1 oxidovaného nízkohustotního lipoproteínu	Kardiovas- kulární poruchy (např. ateroskle-

^,:·· * • ·

	Sbg99174LOX-like, stejně jako receptor 1	róza,
	oxidovaného nízkohustotního lipoproteinu,	hypertenze,
	obsahuje C-typ lektinové domény (CTL) (Colonna M., Samaridis J., Angman L., Eur. J. Immunol., 30:697-704 (2000). Důkazy potvrzují, že receptor 1 oxidovaný nízkohustotní lipoprotein (OxLDL) hraje významnou úlohu ve změnách endotelové funkce. Lektin-like OxLDL receptor 1 (LOX-1) je hlavním endotelovým receptorem. Funkční změny endotelových buněk se uplatňují v nejčasnějších stádiích patogeneze aterosklerózy (Aoyama T., Sawamura.T., Furutani Y., Matsuoka R., Yoshida M.C., Fujiwara H., Masaki T., Biochem. J., 339(Pt 1):177-84 (1999).	mrtvice)
sbg99500	Jedním provedením vynálezu je použití	Infekce a
2PIGR	sbg995002PIGR pro aktivní transport IgA a IgM	zánět, jako
	do apikálního povrchu epitelů. Blízkým	je zánětlivé
	homologem sbg995002PIGR je polymerní	střevní
	imunoglobulinový receptor. Polymerní	onemocnění,
	imunoglobulinový receptor váže polymerní IgA a	gluten-
	IgM na basolaterálním povrchu epitelových	senzitivní
	buněk. Myš s vyřazením PIGR (PIGR knockout)	enteropatie
	zcela postrádá aktivní vnější přenos IgA a	a infekce
	IgM, avšak zůstává normální a fertilní	močového
	(Johansen F.E., Pekna M., Norderhaug I.N., Haneberg B., Hietala M.A., Krajci P., Betsholtz C., Brandtzaeg P., J. Exp. Med., 190:915-22 (1999). Kromě toho bylo zveřejněno, že PIGR může být upregulován faktorem nádorové nekrózy-alfa (tumor necrosis factor, TNF) (Takenouchi-Ohkubo N., Takahashi T., Tsuchiya M., Mestecky J., Moldoveanu Z., Moro I.,	traktu

• 4 4 • 4 4

4 4

4444 4

4

4 4 4 4

	Immunogenetics, 51:289-95 (2000).
sbgl0330	Jedním provedením vynálezu je použití	Poruchy
26Clq	sbgl033026Clq k regulaci funkcí centrálního	centrální
	nervového systému. Blízkým homologem	nervového
	sbgl033026Clq je Clq-příbuzný faktor. Clq je podjednotka enzymového komplexu Cl, který aktivuje sérový komplementový systém. Bylo prokázáno, že transkript Clq-příbuzného faktoru (CFR) je exprimován na nejvyšších úrovních v mozku, zejména v mozkovém kmenu. Podobně transkripty myšího mozkového CRF jsou nejčetnější v oblastech nervového systému zúčastněného v motorických funkcích (Berube N.G., Swanson X.H., Bertram M.J., Kittle J.D., Didenko V., Baskin D.S., Smith J.R. and Pereira-Smith O.M., Brain Res. Mol. Brain Res., 63:233-240 (1999). Kromě toho ACPR30 je strukturálně podobný ke komplementovému faktoru Clq a vytváří rozsáhlé oligomery, které podstupují řadu posttranslačních modifikací. Proteiny ACRP30 mohou být faktorem, který se účastní v komplexním rovnovážném systému energie homeostázy, jenž zahrnuje příjem potravy, katabolismus karbohydrátů (uhlovodanů) a katabolismus lipidů /Scherer P.E., Williams S., Fogliano M., Baldini G., Lodish H.F., J. Biol. Chem., 270:26746-9 (1995).	systému
sbgl0036	Jedním provedením vynálezu je použití	Virové
75RNáza	sbgl003675RNázy jako slibného prostředku	infekce a
	k protirakovinné terapii a léčbě poruch spojených s apoptózou. Blízkým homologem sbgl003675RNázy je RNáza. Bylo prokázáno, že	nádory

tt · · · · • · • · ·«

	genetickým inženýrstvím připravená pankreatická RNáza má cytotoxickou účinnost na myší a lidské nádorové buňky, avšak postrádá jakoukoliv toxicitu vůči lidským a myším normálním buňkám. Tato varianta lidské pankreatické RNázy selektivně senzibilizuje buňky odvozené z lidského nádoru štítné žlázy k apoptotické smrti. Vzhledem k této selektivitě k nádorovým buňkám a vzhledem ke svému lidskému původu, je tento protein považován za slibný prostředek k protirakovinné léčbě (Piccoli R., Di Gaetano S., De Lorenzo C., Grauso M., Monaco C., Spalletti-Cernia D., Laccetti P., Cinatl J., Matoušek J., D'Alessio G., Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 96:7768-73 (1999). Kromě toho RNáza sama o sobě může být použita k léčbě RNA virové infekce a antogonista této RNázy může být vhodný k léčbě nemocí spojených s apoptózou.
sbgl0152	Jedním provedením vynálezu je použití	Myotonická
58PLM	sbglO15258PLM k regulaci poruch kosterního a srdečního svalstva. Blízkým homologem sbglO15258PLM je „phospholemman. Phospholemman (PML) je hojný v kosterních svalech a v srdci a je hlavním fosforylovaným substrátem v odpovědi na inzulínovou a adrenergní stimulaci. Všechny phospolemmanové protein jsou malé a mají jednu transmembránovou doménu (Chen L.S., Lo C.F., Numann R., Cuddy M., Genomics, 41:435-4 (1997). Phosphollemann může být fosforylován protein kinázou A a C k indukování	svalová dystrofie

« · φ · · ·

	hyperpolarizačního-aktivovaného chloridového toku, a proto může hrát roli v kontrakci svalů. Nedávno bylo prokázáno, že phospholemman je substrátem pro protein kinázu myotonické dystrofie, a proto je spojen s touto nemocí, autosomálně dominantně dědičnou chorobou s markantním účinkem na kosterní svalstvo a srdeční svaly (Mounsey J.P., John J.E 3rd, Helmke S.M., Bush E.W., Gilbert J., Roses A.D., Perryman M.B., Jones L.R., Moorman J.R., J. Biol. Chem., 275:23362- 7 (2000).
sbgl0033	Jedním provedením vynálezu je použití	Rakovina,
28IG	sbgl003328IG k výrobě imunosupresiv k supresi	infekce,
	imunitních odpovědí. Blízkým homologem	autoimunit-
	sbgl003328IG je V7, lidský leukocytový	ní choroby,
	povrchový protein (Stockinger H., Gadd S.J.,	hematopoe-
	Eher R., Majdic 0., Schreiber W, Kasinrerk W.,	tické
	Strašs B., Schnabl E., Knapp W., J. Immunol.,	choroby,
	145:3889-97 (1990). Sbgl003328IG je	poruchy
	imunoglubulin(Ig)-like membránový protein,	hojení ran a
	obsahující tři potenciální Ig domény, který má velmi silnou celkovou podobnost s V7.	záněty
sbgl0208	Jedním provedením vynálezu je použití	Rakovina,
29SGLT	sbgl020829SGLT pro regulaci Na(+)-	infekce,
	dependentního trnsportu glukózy. Blízkým	autoimunit-
	homologem sbgl020829SGLT je Na+/glukóza	ní choroby,
	kotransporter. Byl klonován a sekvenován	hematopoe-
	lidský intestinální Na+/glukóza kotransporter	tické
	(SGLTl). Byla zjištěna těsná homologie mezi	choroby,
	lidskými a králičími Na+/glukóza	poruchy
	kotransportery a byla nalezena signifikantní	hojení ran,
	homologie mezi těmito kotransportery a	záněty a

«* ····

	Na+/prolin kotransporterem z Escherichia colí	malabsorbce
	(potP) , což naznačuje, že savčí Na+/glukóza	glukó-
	kotransporter a prokaryontní Na+/prolin kotransporter sdílejí společný původní gen (Hedinger M.A., Turk E., Wright E.M., Proč. Nati. Acad. Sci USA, 86(15):5748-52 (Aug 1989). Kromě toho studie se vzorky z intestinální biopsie od pacientů s glukóza/galaktóza malabsorbcí (GGM) odhalily specifický defekt v Na(+)-dependentní absorbci glukózy v kartáčovém lemu. Byla nalezena jedna missense mutace (měnící smysl kodónu) v SGLT1 amplifikovaném z genomové DNA získané ze dvou členů rodiny postižené GGM. Tento mutovaný SGLT1 společně segregoval s GGM fenotypem a vedl ke kompletní ztrátě Na(+)-dependentního transportu glukózy v oocytech žáby Xenopus, injikovaných touto komplementární RNA (Turk E., Zabel B., Mundlos S., Dyer J., Wright E.M., Nátuře,350(6316):354-6 (Mar 28 1991).	zy/galaktózy
sbgl0054	Jedním provedením vynálezu je použití	Rakovina,
50UDPGT	sbgl005450UDPGT k regulaci katabolismu	infekce,
	estrogenu a androgenu v periferních	autoimunit-
	steroidních cílových tkáních. Blízkým	ní choroby,
	homologem sbgl005450UDPGT je UDP-	poruchy
	glukuronosyltransferázový (UDPGT) gen. Byly	hojení ran,
	nalezeny mutace v promotoru a kódujících	záněty,
	oblastech UDP-glukuronosyltransferázového	Gilbertův
	(UDPGT) genu u sedmi pacientů s Crigler-	syndrom,
	Najjarovým syndromem typu II, způsobeném	Crigler-
	snížením jaterní bilirubinové UDPGT aktivity	Naj j arův
	(Yamamoto K, Soeda Y, Kamisako T., Hosaka H.,	syndrom (CN)
	Fukano M., Sáto H., Fujiyama Y.,	typ II a

0000 ♦ · · · 0 • 0000 «00 • 0 · ·

000« 0 ·00 00«

	Adachi Y, Satoh Y, Bamba T., J. Hum. Genet.,	malfunkce
	43(2):111-4 (1998). Rovněž byl popsán případ	katabolismu
	Gilbertova syndromu způsobeného homozygotní	steroidních
	missense mutací v genu pro bilirubinovou UDPGT (Maruo Y., Sáto H., Yamano T., Doida Y, Shimada M., J. Pediatr., 132(6):1045-7 (Jun 1998) . Kromě toho byla klonována opičí UDPGT UGT1A9 a mRNA byla exprimována v extrahepatických na extrogen citlivých tkáních, což naznačuje potenciální úlohu v metabolismu estrogenu (Albert C., Vallee M., Beaudry G., Belanger A., Hum D.W., Endocrinology, 140(7):3292-302 (Jul. 1999). Lidský UDPGT UGT2B23 transkript byl rovněž exprimován v extrahepatických tkáních včetně prostaty, prsní žlázy, epididymis, varlat a vaječníku. Aktivita UGT2B23 byla testována se 62 potenciálními endogenními substráty a bylo prokázáno, že je aktivní vůči 6 steroidům a žlučové kyselině, hyodeoxycholové kyselině, což svědčí o tom, že UGT2B23 může hrát významnou úlohu v katabolismu estrogenu a androgenu v periferních steroidních tkáních (Barbier 0., Levesque E., Belanger A.,Hum D.W., Endocrinology, 140(12):5538-48 (Dec. 1999) .	hormonů
sbgl002 β	Jedním provedením vynálezu je použití	Rakovina,
20TIa	sbgl002620TIa k regulaci lidských nádorových	infekce,
	buněk. Blízkým homologem sbgl002620TIa je	autoimunitní
	lidský hypotetický protein DKFZp434B044. Tento	choroby,
	gen je rovněž podobný k trypsinovému	hematopoetic
	inhibitoru, který obsahuje ve své N-koncové	ké poruchy,
	oblasti rodinu extracelulárních domén	poruchy

• · ··· ·

	Sc7.(Genome Res., 11(3), 422-435	hojení ran,
	(2001)).Sekvence trypsinového inhibitoru P25TI	zánět,
	má podobnost s rodinou proteinů CRISP,	poruchy
	zahrnují cí alergeny hmyzího jedu, savčí	srážení
	proteiny specifické pro varlata a proteiny	krve,
	spojené s patogenezí rostlin. mRNA kódující	poruchy
	P25TI a jiné proteiny GliPR a RTVP-1 spojené	buněčné
	s gliomovou patogenezí, u nichž bylo rovněž	adheze,
	prokázáno, že jsou strukturálně podobné	pakreati-
	s rodinou proteinů CRISP, byla často	tida, šok,
	exprimována v lidských nádorových tkáních,	multiorgá-
	avšak nebyla detekována v buněčných liniích	nové selhání
	normálních lidských tkání (Yamakawa T., Miyata	a gastroin-
	S., Ogawa N., Koshikawa N., Yasumitsu H.,	testinální
	Kanamori T., Miyazaki K., Biochim. Biophys. Acta 1395(2):202-8 (Jan 21.1998); Murphy E.V., Zhang Y., Zhu W., Biggs J., Gene ,159(1):131-5 (Jun 14 1995); Rich T., Chen P., Furman F., Huynh N., Israel MA, Gene, 180(1-2):125-30 (Nov 21 1996) .	ulcerace
sbgl0026	Jedním provedením vynálezu je použití
20TIb	sbgl002620TIb jako markéru pro některé nádory nervového systému a k regulaci exprese lidského neuroblastomu a glioblastomu. Blízkým homologem sbgl002620Tib je protein pozdní plicní gestace 1 (late-gestation lung 1 protein, LGLl). Protein pozdní plicní gestace 1 (LGLl) vykazuje 81% homologii s P25TI, který je trypsinový inhibitor purifíkovaný z kultivačního média lidských glioblastových buněk (Kaplan F., Ledoux P., Kassamali F.Q., Gagnon S., post M., Koehler D., Deimling J., Sweezey N.B., Am. J. Physiol., 276(6 Pt

• · · · · ·

l):L1027-36 (Jun 1999); Koshikawa N., Nakamura T., Tsuchíya N., Isaji Μ. , Yasumitsu H., Umeda M. , Miyazaki K., J. Biochem (Tokyo), 119(2):334-9 (Feb 1996). Byla izolována cDNA kódující P25TI a sekvence měla podobnost s rodinou proteinů CRISP, zahrnující alergeny hmyzího jedu, savčí proteiny specifické pro varlata a proteiny spojených s patogenezí rostlin. P25TI mRNA byla často exprimována v lidském neuroblastomu a glioblastomu, avšak nebyla detekována v buněčných liniích normálních tkání (Yamakawa T.,mlyata S., Ogawa N. , Koshikawa N., Yasumitsu H., Kanamori T., Miyazaki K., Biochim. Biophys. Acta, 1395(2):202-8 (Jan 21 1998). Bylo také prokázáno, že další dva proteiny spojené s patogenezí glíomu GliPR a RTVP-1 jsou strukturně podobné s rodinou proteinů CRISP. Gen GLIPR byl vysoce exprimován v lidském mozku s nádorem, který byl multiforma glioblastom/astrocytom, nikoliv však ve tkáni normálního fetálního či dospělého mozku, ani v jiných tumorech nervového systému (Murphy E.V., Zhang Y., Zhu W., Biggs J., Gene, 159(1)131-5 (Jun 14 1995). Četné druhy mRNA pro RTVP-1 byly vysoce exprimovány v souboru buněčných linií odvozených z tumorů nervového systému, pocházejících z glií, a v protikladu k tomu exprese těchto RNA byla nízká nebo chybějící v buněčných liniích odvozených od negliové nádorové tkáně nervového systému. (Rich T., Chen P., Furman F., Huynh N,, Israel MA, Gene 180(1-2):125-30 (Nov 21 1996).

• · sbgl0220

OMCTa

Jedním provedením vynálezu je použití sbgl02200MCTa k regulaci rakovinných buněk, včetně hemetopoetických linií, Burkittova lymfomu a buněk pevných nádorů. Blízkým homologem sbgl02200MCTa je MCT1 z čínského křečka a myši. Myší H+ monokarboxylátkotransporter (MCTl) byl klonován a sekvenován z buněk Ehrlich-Lettre tumoru, sekvence MCTl je z 93 % a 87 % homologní k MCTl z čínského křečka a člověka v uvedeném pořadí. Ošetření N-glykanázou-F a translační pokusy in vitro prokázaly, že pro funkci MCTl nebyla vyžadována glykosylace (Carpenter L., Poole R.C., Halestrap A.P., Biochim. Biophys. Acta 1279(2):157-63 (Mar 13 1996). Bylo zjištěno, že kuřecí monokarboxylát-kotransporter MCT3, klonovaný z cDNA knihovny pigmentového epitelu retiny (retinal pigment epithelium, RPE), je exprimován pouze v buňkách RPE. Krysí thyroidní epiteliální buněčná linie FRTL transfektovaná pCl-neo/MCT3, vykazovala zvýšený příjem pyruvátu, což svědčí o tom, že MCT3 může regulovat hladiny laktátu v interfotoreceptorovém prostoru (Yoon H., Fanelli A., Grollman E.F., Philp N.J.,

Biochem. Biophys. Res. Commun., 234(1):90-4 (May 8 1997) . U člověka bylo prokázáno, že MCT2 je primárním transportérem pyruvátu. Bylo zjištěno, že mRNA pro MCTl a MCT2 jsou koexprimovány v různých lidských rakovinných buněčných liniích, včetně hematopoetických linií HL60, K562, MOLT-4, Burkittova lymfomu Ráji a buněk pevných nádorů, jako je SW480,

Rakovina, infekce, autoimunitní choroby, hematopoetické poruchy, poruchy hojení ran a záněty • · · · · ·

	A549 a G361. Tato zjištění naznačují, že lidské MCT1 a MCT2 mohou mít odlišné biologické úlohy (Lin R.Y., Věra J.C., Chaganti R.S., Golde D.W., J. Biol. Chem, 273(44):28959-65 (Oct 30 1998).
sbgl0220 OMCTb	Jedním provedením vynálezu je použití sbgl02200MCTa k regulaci rakovinných buněk, včetně hemetopoetických linií, Burkittova lymfomu a buněk pevných nádorů. Blízkým homologem sbgl02200MCTa je MCT1 z čínského křečka a myši. Myší H+ monokarboxylát- kotransporter (MCTl) byl klonován a sekvenován z buněk Ehrlich-Lettre tumoru, sekvence MCTl je z 93 % a 87 % homologní k MCTl z čínského křečka a člověka v uvedeném pořadí. Ošetření N-glykanázou-F a translační pokusy in vitro prokázaly, že pro funkci MCTl nebyla vyžadována glykosylace (Carpenter L., Poole R.C., Halestrap A.P., Biochim. Biophys. Acta 1279(2):157-63 (Mar 13 1996). Bylo zjištěno, že kuřecí monokarboxylát-kotransporter MCT3, klonovaný z cDNA knihovny pigmentového epitelu retiny (retinal pigment epithelium, RPE), je exprimován pouze v buňkách RPE. Krysí thyroidní epiteliální buněčná linie FRTL transfektovaná pCl-neo/MCT3, vykazovala zvýšený příjem pyruvátu, což svědčí o tom, že MCT3 může regulovat hladiny laktátu v interfotoreceptorovém prostoru (Yoon H., Fanelli A., Grollman E.F., Philp N.J., Biochem. Biophys. Res. Commun., 234(1):90-4 (May 8 1997). U člověka bylo prokázáno, že MCT2 je primárním transportérem pyruvátu. Bylo	Rakovina, infekce, autoimunit- ní poruchy, hematopoe- tické poruchy, poruchy hojení ran a záněty

• · • · · · ··· ·· · · ·· · ··· · · · · · ······ · · · · · · • · · · ···· ···» · ······ ·· ··

	zjištěno, že mRNA pro MCT1 a MCT2 jsou koexprimovány v různých lidských rakovinných buněčných liniích, včetně hematopoetických linií HL60, K562, MOLT-4, Burkittova lymfomu Ráji a buněk pevných nádorů, jako je SW480, A549 a G361. Tato zjištění naznačují, že
	lidské MCT1 a MCT2 mohou mít odlišné biologické úlohy (Lin R.Y., Věra J.C., Chaganti R.S., Golde D.W., J. Biol. Chem, 273(44):28959-65 (Oct 30 1998).
sbgl0203	Jedním provedením vynálezu je použití	Rakovina,
8'OLYG	sbgl020380LYG v imunitním systému a ke zvýšení	infekce,
	aktivity imunoagens a může sloužit jako	autoimunit-
	biomarkery periodontálního onemocnění.	ní poruchy,
	Blízkými homology sbgl020380LYG jsou lysozymy.	hematopoe-.
	Lysozymy jsou bakteriolytické obranné látky,	tické
	které byly přizpůsobeny tak, aby měly štěpící	poruchy,
	funkci (Qasba P.K., Kumar S., Crit. Rev.	poruchy
	Biochem., Mol. Biol., 32:255-306 (1997).	hojení ran a
	Lysozymy v tkáních a tělních tekutinách jsou zúčastněny v imunitním systému a zvyšují aktivitu imunoagens. Lysozymy mohou sloužit jako biomarkery periodontálního onemocnění, které je zánětlivého původu (Eley B.M. and Cox S.W., Br. Dent. J., 184:323-8 (1998).	záněty
sbgl0070	Jedním provedením vynálezu je použití	Glukóza/ga-
26SGLT	sbgl007026SGLT, lidského sodium-glukóza	laktóza
	kotransporteru, k regulaci glukóza/galaktóza	malabsorbce
	malabsorbce (GGM), familiární renální	(GGM),
	glykosurie a diabetických poruch ledvin.	familiární
	Blízkými homology sbgl007026SGLT jsou jiné	renální
	sodium-glukózové kotransportery získané	glykosurie a
	z člověka a králíků. Lidské sodium-glukózové	diabetické

• · · · ···· · ··· ···

	kotransportery jsou zodpovědné za aktivní	poruchy
	nahromadění glukózy v buňkách (Hedinger M.A., Turk E., Wright E.M., Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 86:5748-52 (1989). Renální sodium- glukózový kotransporter může mít vztah k patofyziologii poruch ledvin, jako jsou familiární renální glykosurie a diabetické poruchy ledvin (Kanai Y., Lee W.S., You G., Brown D., Hediger M.A., J. Clin. Invest. 93:397-404 (1994). Kromě toho studie, prováděné u pacientů s glukóza/galaktóza malabsorbci, odhalily specifický defekt v absorbci glukózy závislé na sodíku v kartáčovém lemu, a následná diarea a dehydratace, způsobené glukóza/galaktóza malabsorbci, jsou zpravidla letální, pokud nejsou tyto cukry z diety odstraněny (Turk E., Zabel B., Mundlos S., Dyer J. Wright E.M., Nátuře, 350:354-6 (1991).	ledvin
sbgl0127	Jedním provedením vynálezu je použití	Nádory,
3GLUT	sbglO1273GLUT k udržení buněčné homeostáze a	diabetické
	metabolismu. Blízkými homology sbglO1273GLUT	nefropatie a
	jsou transmembránové glukózové transportéry	inzulín-
	(gluts). Příjem glukózy je dosahován pomocí	indukovaná
	transmembránových glukózových transportérů	hypoglyké-
	(gluts) a přenos glukózy přes plasmatickou membránu je významý pro udržování buněčné homeostáze a metabolismu. Glukóza je přijímána buňkami a pak je fosforylována na glukózo-6- fosfát, přičemž využití glukózy rakovinnými buňkami je výrazně zvýšeno oproti normálním tkáním. Nádorová tkáň je často spojena s abnormální expresí a/nebo s overexpresí	mie

• · ^:

	glukózových transportérů, zejména glut 1 (Smith T.A., Br. J.Biomed. Sci., 56:285-92 (1999). Zvýšená utilizace glukózy v glomerulárních buňkách způsobuje zvýšenou expresi a aktivitu aldóza-reduktázy, proteinu kinázy C a TGF-beta, které jsou u diabetické nefropatie zúčastněny v nadměrné akumulací v extracelulární matrix (Z. Katedry i Zakladu Patofizjologii, Akademii Medycznej w Poznaniu., Przegl. Lek. 56:793-9 (1999). Změny v endoteliálním transportu glukózy a nadbytek GLUTl v bariérách mozku a retiny mohou výrazně působit na zásobování těchto tkání glukózou a mají hlavní účast ve vývoji dvou hlavních diabetických komplikací, inzulin-indukované hypoglykémie a diabetické retinopatie (Kumagai A.K., Diabetes Metab., Res. Rev., 15:261- 76(1999).
sbgl0127 3GLUTb	Jedním provedením vynálezu je použití sbglO1273GLUT k udržení buněčné homeostáze a metabolismu. Blízkými homology sbglO1273GLUT jsou transmembránové glukózové transportéry (gluts). Příjem glukózy je dosahován pomocí transmembránových glukózových transportérů (gluts) a přenos glukózy přes plasmatickou membránu je významý pro udržování buněčné homeostáze a metabolismu. Glukóza je přijímána buňkami a pak je fosforylována naglukózo-6- fosfát, přičemž využití glukózy rakovinnými buňkami je výrazně zvýšeno oproti normálním tkáním. Nádorová tkáň je často spojena s abnormální expresí a/nebo s overexpresí glukózových transportérů, zejména glut 1	Nádory, diabetické nefropatie a inzulin- indukovaná hypoglyké- mie

»· ···· (Smith T.A., Br. J.Biomed. Sci., 56:285-92 (1999). Zvýšená utilizace glukózy v glomerulárních buňkách způsobuje zvýšenou expresi a aktivitu aldóza-reduktázy, proteinu kinázy C a TGF-beta, které jsou u diabetické nefropatie zúčastněny v nadměrné akumulací v extracelulární matrix (Z. Katedry i Zakladu Patofizjologii, Akademii Medycznej w Poznaniu., Przegl. Lek. 56:793-9 (1999). Změny v endoteliálním transportu glukózy a nadbytek GLUT1 v bariérách mozku a retiny mohou výrazně působit na zásobování těchto tkání glukózou a mají hlavní účast ve vývoji dvou hlavních diabetických komplikací, inzulin-indukované hypoglykémie a diabetické retinopatie (Kumagai A.K., Diabetes Metab., Res. Rev., 15:26176(1999).

sbgl0181

72CSP

Jedním provedením vynálezu je použití	Melanom,
sbglO18172CSP k regulaci melanomu,	infekce,
autoimunitních poruch, hematopoetických	autoimunit-
poruch, poruch hojení ran a zánětů. Blízkým	poruchy,
homologem sbglO18172CSP je s melanomem	hematopoe-
asociovaný chondroitin sulfát-proteoglykanový	tické
(melanoma-associated chondroitin sulfáte	poruchy,
proteoglycan, MCSP) základní (core) protein	poruchy
NG2. MCSP základní protein NG 2 může u buněk	hojení ran a
melanomu působit jako koreceptor pro šíření a tvorbu kontaktních ložisek ve spojení s alfa 4 beta 1 integrinem (Iida J., Meijne A.M., Spiro R.C., Roos E., Furcht L.T., McCarthy J.B., Cancer Res., 55(10):2177-85 (Mar 15 1995). Klonování MCSP, rozpoznaném monoklonální protilátkou mAb 9.2.27, prokázalo, že základní	záněty

9

	protein obsahuje otevřený čtecí rámec s 2322 aminokyselinami, zahrnující rozsáhlou extracelulární doménu, hydrofóbní transamembránovou oblast a relativně krátký cytoplasmatický konec. MCSP RNA byla detekovaná v liniích buněk lidského melanomu a ve vzorcích biopsie, připravených z kožních melanomových matastáz, avšak nebyla nalezena v jiných lidských rakovinných buňkách nebo v různých lidských fetálních a dospělých tkáních (Pluschke G., Vaněk M., Evans A., Dittmar T., Schmid P., Itin P., Filardo E.J., Reisfeld R.A., Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 93(18) :9710-5 (Sep 3 1996) .
sbgl0045	Jedním provedením vynálezu je použití	Rakovina,
70ERGIC	sbgl004570ERGIC jako sondy pro studium pohybu	infekce,
	proteinů v sekreční cestě, který je kritický	autoimunit-
	pro objasnění a léčbu řady dědičných a	poruchy,
	získaných nemocí, jako jsou cystická fibróza,	hematopoe-
	Alzheimerova nemoc, virové infekce, regulace	tické
	melanomu, autoimunitní poruchy, hematopoetické	poruchy,
	poruchy, poruchy hojení ran a záněty.Biízkým	poruchy
	homologem sbgl004570ERGIC je ERGIC-53 a	hojení ran,
	protein intermediárního kompartmentu ER-Golgi	záněty a
	(ERGIC protein). Množství ERGIC proteinu bylo	Alzheimerova
	více než dvakrát zvýšeno v buňkách adenomu HT- colonu, který byl rezistentní k protirakovinnému léčivu KRN5500. Toto zjištění společně s jinými informacemi vedlo k závěru, že buněčná sekreční cesta je primární determinantou citlivosti k KRN550 (Kamishohara M., Kennex S., Domergue R., Vistica D.T., Sausville E.A., Exp. Cell Res.,	nemoc

	256(2):468-79 (May 1 2000). Bylo prokázáno, že mutace v ERGIC-53 způsobují kombinovanou deficienci koagulačních faktorů V a VIII. a proto se předpokládá, že ERGIC-53 může fungovat jako molekulární chaperon pro transport specifického souboru sekretovaných proteinů, zahrnujícího koagulační faktory V a VII, z ER (endoplasmatického retikula) do Golgi (Golgiho aparátu) (Nichols W.C., Selingsohn U., Zivelin A., Terr V.H., Hertel C. E., Wheatley M.A., Moussalli M.J., Hauri H.P., Ciavarella N., Kaufman R.J., Ginsburg D. , Cell, 93(1):61-70 (Apr 3 1998). Kromě toho se uvádí, že ERGIC-53 je atraktivní sondou pro studium řady aspektů proteinového pohybu v sekreční cestě, která je kritická pro objasnění a léčbu řady dědičných a získaných nemocí, jako jsou cystická fibróza, Alzheimerova choroba a virové infekce (Hauri H.P., Kappeler F., Andersson H., Appenzeller G., J. Cell Sci., 13(Pt4):587-96 (Feb 2000).
sbgl0169	Jedním provedením vynálezu je použití	Autoimunitní
95IGBrec	sbglO16995IGBrecpt v odstranění cirkulujících	poruchy,
pt	autoprotilátek a imunitních komplexů. Blízkým homologem sbglO16995IGBrecpt je Fc receptor pro imunoglobulin získaný z morčete (Tominaga M., Sakata A., Ohmura T., Yamashita T., Koyama J., Onoue K, , Biochem. Biophys. Res. Commun., 168(2):683-9 (Apr 30 1990). Nedávno byl popsán polymorfismus IgG Fc-receptoru u pacientů s Guillain-Barre syndromem, který naznačuje úlohu IgG Fc-receptoru v odstraňování cirkulujících autoprotilátek a imunitních	alergie, Guillain- Barre syndrom

	komplexů (Vedeler C.A., Raknes G., Myhr K.M., Nyland H., Neurology, 55(5):705-7 (Sep 12 2000) .
sbgll51b	Jedním provedením vynálezu je použití	Ateroskle-
SREC	sbgll51bSREC scavenger (zachycovacího) receptoru k regulaci patogeneze aterosklerózy a tvorby pěnových buněk v aterosklerotických lézích. Blízkým homologem sbgll51bSREC je scavenger receptor třídy A typu I a typu II, Většina scavenger receptorů interagovala s řadou strukturně odlišných ligandů, jako je oxidovaný nízkohustotní lipoprotein (Ox-LDL) a acetyl LDL Řada studií prokázala, že Ox-LSL je zúčastněn v patogenezi aterosklerózy (Steinbrecher U.P., Biochim. Biophys. Acta, 1436(3):279-98 (Jan 4 1999). U makrofágů rozptýlených ve stěnách aorty bez aterosklerotických lézí byly slabě ale trvale detekovány scavengerové receptory třídy A typu I a typu II (SRA). V kontrastu s tím makrofágy v aterosklerotických lézích kolem ložiskové oblasti vykazovaly silnou imunoreaktivitu se SRA, což naznačuje účast SRA v tvorbě pěnových buněk v aterosklerotických lézích (Nakata A., Nakagawa Y., Nishida M., Nozaki S., Miyagawa J., Nakagawa T., Tamura R., Matsumoto K., Kameda-Takemura K., Yamashita S. and Matsuzawa A., Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol., 19(5):1333-9 (May 1999).	róza
sbgl3998	Jedním provedením vynálezu je použití	Rakovina,
54ANK	sbgl399854ANK v interakcích protein-protein,	infekce,
	který může způsobovat inhibici proteinu	autoimunit-
	cyklin-dependentní kinázy. Předkládaný vynález	ní poruchy,

9999

	obsahuje obě smrtící domény (death domain) a	hematopoe-
	ankyrinovou repetiční oblast. Smrtící doména	tické
	se účastní v signalizaci buněčné smrti	poruchy,
	(Cleveland J. and Ihle J.N., Cell, 81:479-482	poruchy
	(1995). Ankyrinové repetiční sekvence (ANK)	hojení ran,
	jsou tandémové opakující se moduly přibližně 33 aminokyselin. Je známo, že mnohé ankyrinové repetiční oblasti se účastní interakcí protein-protein (Světlana Gorina and Nikola P. Pavletich, Science, 274:1001-1005 (1996).	záněty

·♦ »···

Tabulka IV

Kvantitativní, tkáňově specifická exprese mRNA, detekovaná použitím způsobu SybrMan

Kvantitativní, tkáňově specifické, expresní vzorky mRNA genů byly měřeny s použitím SYBR-Green Quantitative PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA; viz Schmittgen T.D. et al., Analytical Biochemistry, 285:194-204,(2000)) a lidských cDNA, připravených z různých lidských tkání.

Genově specifické primery PCR byly navrženy s použitím první sekvence nukleové kyseliny uvedené pro každý gen v Seznamu sekvencí. Prahový cyklus (threshold cycle) (C_t) je definován jako číslo frakcionačního cyklu, ve kterém reportérové fluorescence generovaná štěpením sondy dosahuje prahu, definovaného jako desetinásobek pozadí. V případech, kdy detekční systémový software předpovídal více než jeden produkt PCR, byl pro specifickou amplifikaci PCR použit Taqman, jak je označeno pod specifickými geny.

V každé tabulce pro první podsoubor charakteristik genu jsou uvedeny výsledky dvou opakovaných měření mRNA identifikovaného genu (gene of Identification, GOI) z různých lidských tkání (sloupec 3 a 4). Průměr počtu GOI mRNA kopií ze dvou opakování byl vypočten pro každou tkáňovou RNA (sloupec 5). Bylo stanoveno průměrné množství 18S rRNA z každé tkáňové RNA (sloupec 6) a použito pro normalizaci. Aby každá tkáň měla stejné množství 50 ng 18S rRNA, byl vypočten normalizační faktor (sloupec 7) dělením 50 ng množstvím 18S rRNA naměřené z každé tkáně (sloupec 6). Počet kopií mRNA na 50 ng z celkové RNA byl získán násobením každého GOI normalizačního faktoru a průměru kopií RNA (sloupec 8).

Změny konformace, uvedené v tabulce pro druhý podsoubor charakteristik každého genu, byly vypočteny pouze ♦♦ ···♦ pro nemocné tkáně mající normální protějšek. Ve sloupci změn konformace pro všechny vzorky, které nemají protějšky, jsou prázdná místa. V souladu s tím nejsou vedle údajů pro kterýkoliv z normálních vzorků uvedeny výpočty změn konformace. U spřažených rakovinných párů vzorků od pacienta (tlusté střevo, plíce, prsa) se každý rakovinný vzorek srovnává se svým specifickým normálním protějškem. Pokud od pacienta neexistují spřažené páry normální/nemocný, byl porovnán každý nemocný vzorek zpět s průměrem ze všech normálních vzorků téhož typu tkáně. Tak například, normální mozek od téhož pacienta, jenž poskytl mozek s Alzheímerovou chorobou, není relavantní. Při změně konformace se používají tři normální vzorky mozku a 4 vzorky Alzheimerova mozku. Tři normální vzorky jsou zprůměrovány a každý z Alzheimerových vzorků je zpětně porovnáván s tímto průměrem.

·· * • · · 9 • · · ♦ · · · · · * · »·♦· · · ·# ···· ··· • « • · • · • · · · ·· «·

Použité zkratky

ALZ Alzheimerova choroba

CT CLONTECH (1020 East Meadow Circle Palo Alto, CA 943034230, USA)

KC vzorek připravený řešitelem GSK

COPD chronická obstrukční plicní choroba endo endotelový

VEGF vaskulární endotelový růstový faktor bFGF bazický fibroblastový růstový faktor

BM kostní dřeň osteo osteoblast

OA osteoartritida

RA revmatická artritida

PBL lymfocyty v periferní krvi

PBMNC mononukleární buňky v periferní krvi

HIV virus lidské imunodeficience

HSV virus Herpes simplex

HPV lidský papiloma virus

4« 4444

Název genu sbg960509brecpt

Nejnižší celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Nejvyšší normální exprese u celého mozku, fetálních jater a dělohy. Nejvyšší exprese u 2 z nemocných vzorku rakoviny plic, jednoho ze vzorků rakoviny prsu a jednoho vzorku normálního prsu. Downregulace u 1 ze 4 nádorů tlustého střeva se týká účasti v rakovině tlustého střeva. Downregulace u 2 ze 4 AD mozkových vzorků, stejně jako vysoká exprese u všech mozkových vzorků svědčí o účasti v Alzheimerově chorobě. Downregulace u 3 ze 3 COPD plicních vzorků a downregulace u 4 ze 4 astmatických plicních vzorků se týká tohoto genu v COPD a astmatu. Upregulace u 2 ze 3 vzorků srdce vyjadřuje roli v neobstrukčním a obstrukčním DCM. Vzorky, které je obtížné interpretovat, mají C_t > 35. Ztlumen na nízkou expresi v imunitních buňkách. Tlumená exprese v 0Ά a RA synoviu.

Vzorek sbg960509cbrecpt	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40,40	0	0	0.00	3.06	16.34	0.00
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0	0	0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	33,26, 32,07	24,63	48,4	36,52	7,24	6,91	252,18
Fetální mozek Clontech	40,40	0	0	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clontech	40,40	0	0	0,00	2,17	23,04	0,00
Cervix	40,40	0	0	0,00	2,42	20,66	0,00
Tlusté střevo (Colon)	40,40	0	0	0,00	2,71	18,45	0,00
Endometrium	40,40	0,81	0	0,41	0,73	68,21	27,63
Jícen (Esophagus)	40,40	0	0	0,00	1,37	36,50	0,00
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	40,40	0	0	0,00	238	19,38	0,00

• · *«♦··· ♦ · ·♦ · · · • · · · · • · · · · · • · · · · ·

999 999 99 99

Lačník (Jejunum)	35,56, 34,42	6,66	12,71	9,69	6,60	7,58	73,37
Ledvina	40,40	0	0	0,00	2,12	23,58	0,00
Játra	40,40	0	0	0,00	1,50	33,33	0,00
Fetální játra Clontech	33,46, 34,83	14,95	27,51	21,23	10,40	4,81	102,07
Plíce	40,40,	0	0	0,00	2,57	19,46	0,00
Mléčná žláza Clontech	40,40	21,94	10,06	16,00	13,00	3,85	61,54
Myometrium	40,40	0	0	0,00	2,34	21,37	0,00
Předstěra (Omentum)	40,40	0	0	0,00	3,94	12,69	0,00
Vaječník	40,40	0	0	0,00	4,34	11,52	0,00
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	40,40	0	0	0,00	5,48	9,12	0,00
Placenta Clontech	40,40	0,39	0	0,20	5,26	9,51	1,85
Prostata	40,40	0	0	0,00	3,00	16,67	0,00
Konečník (Rectum)	40,40	0	0	0,00	1,23	40,65	0,00
Slinná žláza Clontech	34,79,40	10,31	0	5,16	7,31	6,84	35,26
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	40,40	0	0	0,00	1,21	41,32	0,00
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,00	0,98	51,07	0,00
Slezina	40,40	0	0	0,00	4,92	10,16	0,00
Žaludek	35,8,38,29	5,82	1,41	3,62	2,73	18,32	66,21
Varlata Clontech	40,40	0	0	0,00	0,57	87,87	0,00
Brzlík Clontech	35,13,35,08	8,48	8,75	8,62	9,89	5,06	43,55
Štítná žláza	40,40	0	0	0,00	2,77	18,05	0,00
Průdušnice Clontech	35,26, ND	7,9	ND	7,90	9,71	5,15	40,68
Močový měchýř	40, ND	0	ND	0,00	5,47	9,14	0,00
Děloha	35,09, 33,87	8,67	17,4	13,04	5,34	9,36	122,05
genomový	26,62	1067,33
b-aktin	27,44	670,43
Ι,ΟΟΕ+05	19,22	100000
1.00E+05	19,38	100000
l,00E+04	22,78	10000
1,OOE+04	20,52	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,45	1000
l,00E+03	27,03	1000
l,00E+02	30,99	100
1.00E+02	31,26	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

0000

0 0

0 0

0 0 · • 0 00

00·

Vzorek sbg960509cbrecpt	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	29,42		332,32	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	30,95	66,31	132,62	colon tumor	-2,51
colon normál. GW98-178	22080	31,32	53,01	106,02	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	30,57	83,1	166,20	colon tumor	1,57
colon normál GW98-561	23514	31,44	49,16	98,32	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	31,81	39,47	78,94	colon tumor	-1,25
colonnormál.-GW98-894	24691	29,44	164,69	329,38	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	34,42	8,18	16,36	colon tumor	-20,13
plíce normální GW98-3	20742	28,04	383,11	766,22	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	34,22	9,19	18,38	plíce tumor	-41,69
plíce normální GW97-179	20677	30,93	66,74	133,48	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	27,11	667,61	1335,22	plíce tumor	10,00
plíce normální GW98-165	21922	28,31	323,99	647,98	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	30,92	67,22	134,44	plíce tumor	-4,82
plíce normální GW98-282	22584	31,76	40,67	81,34	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	29,61	148,67	297,34	plíce tumor	3,66
prs normální GW00-392	28750	27,64	487,44	487,44	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	27,47	539,99	1079,98	prs tumor	2,22
prs normální GW00-413	28798	33,36	15,44	15,44	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	30,88	68,84	137,68	prs tumor	8,92
prs normální GW00235:238	27592-95	34,74	6,73	6,73	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	33,73	12,41	12,41	prs tumor	1,84
prs normální GW98-621	23656	27,7	469,27	938,54	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	33,1	18,13	36,26	prs tumor	-25,88
mozek normál. BB99-542	25507	31,46	48,61	97,22	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	34,17	9,52	19,04	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	35,69	3,79	7,58	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	40	0	0,00	mozek stádium 5 ALZ	-41,28
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	34,96	5,91	11,82	mozek stádium 5 ALZ	-3,49
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	33,13	17,82	35,64	mozek stádium 5 ALZ	-1,16
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	40	0	0,00	mozek stádium 5 ALZ	-41,28
CT plíce KC	normální	29,53	155,88	311,76	CT plíce
plíce 26 KC	normální				plíce 26
plíce 27 KC	normální	39,2	0,46	0,46	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-104,07
plíce 28 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 28	-104,07
plíce 23 KC	COPD	34,81	6,44	6,44	plíce 23	-16,16
plíce 25 KC	normální	40	0	0,00	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	38,99	0,52	0,52	astmatické plíce	-200,14
astmatické plíce ODO3433	29323	33,69	12,65	25,30	astmatické plíce	-4,11

·» ···· ♦ · · • · · • ♦ · • · * · ·· ··

astmatické plíce ODO3397	29322	33,53	13,98	27,96	astmatické plíce	-3,72
astmatické plíce ODO4928	29325	34,27	8,96	17,92	astmatické plíce	-5,81
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		40	0	0,00	endo bFGF	0,00
srdce Clontech	normální	35,53	4,19	8,38	srdce
srdce (T-1) ischemické	29417	34	10,5	21,00	srdce T-1	2,51
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	31,16	58,24	116,48	srdceT-14	13,90
srdce (T-3399) DCM	29426	28,35	317,67	635,34	srdce T-3399	75,82
adenoid GW99-269	26162	31,52	46,93	93,86	adenoid
tonsila GW98-280	22582	30,82	71,35	142,70	tonsila
T buňky PC00314	28453	34,36	8,47	16,94	T buňky
PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		40	0	0,00	monocyt
B buňky PC00665	28455	40	0	0,00	B buňky
dendritické buňky 28441		31,52	47,02	94,04	dendritické buňky
neutrofily	28440	36,13	2,91	2,91	neutrofily
eosinofily	28446	40	0	0,00	eosinofily
BM nestimulovaná		40	0	0,00	BM nestimul.
BM stimulovaná		40	0	0,00	BM stimulovaná	0,00
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc.	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		40	0	0,00	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	32,08	33,47	33,47	OA Synovium
OA Synovium NP10/01	29461	31,43	49,5	99,00	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	30,42	91,04	182,08	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	32,11	32,84	65,68	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	31,07	61,51	123,02	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	36,21	2,78	5,56	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	31,49	47,85	47,85	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	30,11	109,44	218,88	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	32,6	24,52	49,04	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	32,09	33,26	66,52	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	33,1	18,07	36,14	Chrupavka (pool)	-1,84
PBL neinfikovaný	28441	27,68	474,91	949,82	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	31,76	40,5	81,00	PBL HIVIIIB	-11,73
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	40	0	0,00	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	34,15	9,61	19,22	MRC5 HSV kmen F	19,22
W12 buňky	29179	40	0	0,00	W12 buňky
Keratinocyty	29180	38,16	0,85	1,70	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,02	707,5
genomový		26,1	1232,73
Ι,ΟΟΕ+05		18,64	100000
l,00E+05		18,95	100000
l,00E+04		22,4	10000
1.00E+04		22,17	10000
Ι,ΟΟΕ+03		26,34	1000
Ι,ΟΟΕ+03		25,94	1000
Ι,ΟΟΕ+02		31,03	100

·· ····

l,00E+02		32,83	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		33,21	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		32,93	10
l,00E-00		40	0
l,00E-00		40	0
NTC		40	0

Název genu sbg960509brecpt

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-2,51
colon tumor	1,57
colon tumor	-1,25
colon tumor	-20,13
plíce tumor	-41,69
plíce tumor	10,00
plíce tumor	-4,82
plíce tumor	3,66
prs tumor	2,22
prs tumor	8,92
prs tumor	1,84
prs tumor	-25,88
mozek stádium 5 ALZ	-41,28
mozek stádium 5 ALZ	-3,49
mozek stádium 5 ALZ	-1,16
mozek stádium 5 ALZ	-41,28
plíce 24	-104,07
plíce 28	-104,07
plíce 23	-16,16
astmatické plíce	-200,14
astmatické plíce	-4,11
astmatické plíce	-3,72
astmatické plíce	-5,81
endo VEGF	0,00
endo bFGF	0,00
srdce T-1	2,51
srdce T-14	13,90
srdce T-3399	75,82
BM stimulovaná	0,00
osteo nediferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	-1,84
PBL HIV IIIB	-11,73
MRC5 HSV kmen F	19,22

Název genu sbg614126complfH ·· ·♦·«

Tlumená až nízká celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Nejvyšší normální exprese v játrech a fetálních játrech. Nižší (avšak ještě signifikantní) exprese je pozorována u celého mozku, vaječníků a dělohy. Nejvyšší exprese u nemocných vzorků je u 2 vzorků nádoru prsu, jednoho z normálních vzorků mozku, jednoho normálního plicního vzorku, jednoho vzorku OA synovia a u HSVinfikovaných buněk MRC5. Upregulace u 1 ze 4 nádorů tlustého střeva svědčí o úloze v rakovině tlustého střeva. Downregulace u 2 ze 4 plicních nádorů a upregulace u 1 ze 4 nádorů prsu svědčí o úloze v rakovině plic a prsu. Downregulace u 3 ze 3 COPD vzorků plic, stejně jako downregulace u 4 ze 4 astmatických plic se týká účasti v chronickém obstrukčním plicním onemocnění a astmatu. Upregulace u 1 ze 3 vzorků srdce svědčí o úloze v DCM. Upregulace u HSV se týká účasti v herpes simplex viru jako potenciální hostitelský faktor. Tlumená až nízká exprese v imunitních buňkách, kostním RA a OA synoviu a chondrocytech.

Vzorek sbg614126compIfH	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopii (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40,40	0	0	0,00	3,06	16,34	0,00
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0	0	0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	32,34, 31,88	46,5	61,71	54,11	7,24	6,91	373,65
Fetální mozek Clontech	40,40	0	0	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clontech	40,40	0	0	0,00	2,17	23,04	0,00
Cervix	40,35,04	0	8,88	4,44	2,42	20,66	91,74
Tlusté střevo (Colon)	40,40	0	0	0,00	2,71	18,45	0,00
Endometrium	40,40	0	0	0,00	0,73	68,21	0,00

·· · · • · · ·· • « · · • ···· 4 · • 4 ·

9944 · ♦ ·* ·· »«·· ·· 4 4 4

4 4 4 • · · · · • · · · ·

494 44 44

Jícen (Esophagus)	40,40	0	0	0,00	1,37	36,50	0,00
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40, 39,79	0	0,48	0,24	0,32	155,28	37,27
Kyčelník (Ileum)	40, 36,32	0	4,04	2,02	2,58	19,38	39,15
Lačník (Jejunum)	33,25,34,19	26,6	14,98	20,79	6,60	7,58	157,50
Ledvina	40,40	0	0	0,00	2,12	23,58	0,00
Játra	28,77,28,81	417,4	407,38	412,39	1,50	33,33	13746,33
Fetální játra Clontech	29,63, 29,5	246,38	266,67	256,53	10,40	4,81	1233,29
Plíce	40,40	0	0	0,00	2,57	19,46	0,00
Mléčná žláza Clontech	34,19,40	14,9	0	7,45	13,00	3,85	28,65
Myometrium	35,76,40	5,7	0	2,85	2,34	21,37	60,90
Předstěra (Omentum)	36,04, 33,62	4,81	21,16	12,99	3,94	12,69	164,78
Vaječník	34,29, 32,95	14,02	31,93	22,98	4,34	11,52	264,69
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	38,98, 35,35	0,79	7,32	4,06	1,57	31,85	129,14
Příušní žláza	34,58, 33,83	11,74	18,68	15,21	5,48	9,12	138,78
Placenta Clontech	35,73, 35,66	5,82	6,06	5,94	5,26	9,51	56,46
Prostata	40,40	0	0	0,00	3,00	16,67	0,00
Konečník (Rectum)	40,40	0,38	0	0,19	1,23	40,65	7,72
Slinná žláza Clontech	40,40	0,3	0	0,15	7,31	6,84	1,03
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0,28	0,14	1,26	39,68	5,56
Kůže	40,40	0	0,33	0,17	L21	41,32	6,82
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,00	0,98	51,07	0,00
Slezina	40,40	0	0	0,00	4,92	10,16	0,00
Žaludek	40,36	0	4,92	2,46	2,73	18,32	45,05
Varlata Clontech	40,40	0	0	0,00	0,57	87,87	0,00
Brzlík Clontech	40, 37,06	0	2,56	1,28	9,89	5,06	6,47
Štítná žláza	40,40	0	0,31	0,16	2,77	18,05	2,80
Průdušnice Clontech	40,40	0,28	0	0,14	9,71	5,15	0,72
Močový měchýř	40,34,13	0	15,53	7,77	5,47	9,14	70,98
Děloha	33,21,32,79	27,27	35,32	31,30	5,34	9,36	293,02
genomový	26,93	1288,98
b-aktin	27,55	878,74
Ι,ΟΟΕ+05	20,07	100000
Ι,ΟΟΕ+05	20,14	100000
Ι,ΟΟΕ+04	23,43	10000
Ι,ΟΟΕ+04	23,34	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,84	1000
L00E+03	27,02	1000
1,00Ε+02	31,72	100
Ι,ΟΟΕ+02	31,32	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	33,78	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	35,79	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

• · · • · · • ···· ·· ·· • · • · • · ··· ··· ·· ···· • · · • · · • · · • · · · ·· ··

Vzorek sbg614126complfH	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	34,6	13,63	27,26	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	35,71	7,35	14,70	colon tumor	-1,85
colon normál. GW98-178	22080	40	0	0,00	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	39,81	0,75	1,50	colon tumor	1,50
colon normál GW98-561	23514	38,61	1,45	2,90	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	34,84	11,95	23,90	colon tumor	8,24
colon normál. GW98-894	24691	39,05	1,14	2,28	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	40	0	0,00	colon tumor	-2,28
plíce normální GW98-3	20742	35,78	7,04	14,08	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	40	0	0,00	plíce tumor	-14,08
plíce normální GW97-179	20677	33,99	19,21	38,42	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	40	0,49	0,98	plíce tumor	-39,20
plíce normální GW98-165	21922	39,63	0,82	1,64	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	38,89	1,24	2,48	plíce tumor	1,51
plíce normální GW98-282	22584	40	0	0,00	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	40	0	0,00	plíce tumor	0,00
prs normální GW00-392	28750	32,71	39,28	39,28	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	31,65	70,89	141,78	prs tumor	3,61
prs normální GW00-413	28798	35,83	6,88	6,88	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	33,17	30,3	60,60	prs tumor	8,81
prs normální GWOO235:238	27592-95	36,73	4,16	4,16	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	35,98	6,33	6,33	prs tumor	1,52
prs normální GW98-621	23656	37,38	2,89	5,78	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	34,95	11,23	22,46	prs tumor	3,89
mozek normál. BB99-542	25507	32,26	50,34	100,68	mozek normální,
mozek normál. BB99-406	25509	40	0,57	1,14	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	34,68	13,04	26,08	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	40	0	0,00	mozek stádium 5 ALZ	-42,63
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	35,87	6,73	13,46	mozek stádium 5 ALZ	-3,17
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	39,2	1,05	2,10	mozek stádium 5 ALZ	-20,30
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	40	0	0,00	mozek stádium 5 ALZ	-42,63
CT plíce KC	normální	39,4	0,93	1,86	CT plíce
plíce 26 KC	normální				plíce 26
plíce 27 KC	normální	40	0	0,00	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-0,62
plíce 28 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 28	-0,62
plíce 23 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 23	-0,62
plíce 25 KC	normální	40	0	0,00	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	36,52	4,68	4,68	astmatické plíce	7,55

• ·

astmatické plíce ODO3433	29323	40	0	0,00	astmatické plíce	-0,62
astmatické plíce ODO3397	29322	40	0	0,00	astmatické plíce	-0,62
astmatické plíce ODO4928	29325	38,18	1,85	3,70	astmatické plíce	5,97
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		40	0	0,00	endo bFGF	0,00
srdce Clontech	normální	40	0	0,00	srdce
srdce (T-1) ischemické	29417	40	0	0,00	srdce T-1	0,00
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	40	0	0,00	srdceT-14	0,00
srdce (T-3399) DCM	29426	36,03	6,13	12,26	srdce T-3399	12,26
adenoid GW99-269	26162	34,08	18,19	36,38	adenoid
tonsila GW98-280	22582	37,46	2,77	5,54	tonsila
T buňky PC00314	28453	40	0	0,00	T buňky
PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		40	0	0,00	monocyt
B buňky PC00665	28455	34,56	13,99	27,98	B buňky
dendritické buňky 28441		40	0	0,00	dendritické buňky
neutrofily	28440	33,76	21,85	21,85	neutrofily
eosinofily	28446	40	0	0,00	eosinofily
BM nestimulovaná		40	0	0,00	BM nestimul,
BM stimulovaná		40	0	0,00	BM stimulovaná	0,00
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc,	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc,
chondrocyty		34,25	16,55	41,38	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	40	0	0,00	OA Synovium
OA Synovium NP10/01	29461	40	0	0,00	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	33,1	31,54	63,08	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	40	0	0,00	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	40	0	0,00	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	40	0	0,00	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	40	0	0,00	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	40	0	0,00	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	40	0	0,00	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	40	0	0,00	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	40	0	0,00	Chrupavka (pool)	0,00
PBL neinfikovaný	28441	36,12	5,84	11,68	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	36,1	5,9	11,80	PBL HIVIIIB	1,01
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	40	0	0,00	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	31,83	64,08	128,16	MRC5 HSV kmen F	128,16
W12 buňky	29179	40	0	0,00	W12 buňky
Keratinocyty	29180	40	0	0,00	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,26	820,77
genomový		26,18	1496,25
l,00E+05		19,13	100000
Ι,ΟΟΕ+05		19,38	100000
Ι,ΟΟΕ+04		22,56	10000
1,00Ε+04		22,67	10000
l,O0E+O3		26,01	1000

• · · · · ·

1,OOE+03		26,44	1000
1,OOE+02		30,93	100
Ι,ΟΟΕ+02		30,1	100
1,OOE+O1		38,59	10
Ι,ΟΟΕ+01		33,26	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbg614126complfH

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-1,85
colon tumor	1,50
colon tumor	8,24
colon tumor	-2,28
plíce tumor	-14,08
plíce tumor	-39,20
plíce tumor	1,51
plíce tumor	0,00
prs tumor	3,61
prs tumor	8,81
prs tumor	1,52
prs tumor	3,89
mozek stádium 5 ALZ	-42,63
mozek stádium 5 ALZ	-3,17
mozek stádium 5 ALZ	-20,30
mozek stádium 5 ALZ	-42,63
plíce 24	-0,62
plíce 28	-0,62
plíce 23	-0,62
astmatické plíce	7,55
astmatické plíce	-0,62
astmatické plíce	-0,62
astmatické plíce	5,97
endo VEGF	0,00
endo bFGF	0,00
srdce T-l	0,00
srdce T-l4	0,00
srdce T-3399	12,26
BM stimulovaná	0,00
osteo nediferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	0,00
PBL HIV IIIB	1,01
MRC5 HSV kmen F	128,16

..... *.......

Název genu sbgl20703RNáza

Tlumená až nízká celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Nej vyšší normální exprese ve vzorcích celého mozku a slinných žláz. Tlumená exprese ve fetálních játrech a brzlíku. Nejvyšší chorobná exprese u 2 z normálních plicních vzorků, jednoho ze vzorků rakoviny plic, poolu normální chrupavky a HSV-infikovaných buněk MRC5. Upregulace u 1 ze 4 nádorů tlustého střeva svědčí o úloze v rakovině tlustého střeva. Downregulace u 2 ze 4 nádorů prsu se týká možné účasti v rakovině plic.

Upregulace u 2 ze 4 nádorů prsu se týká účasti v rakovinách prsu. Downregulace u 3 ze 3 COPD plicních vzorků se týká účasti v COPD. Upregulace u 3 ze 3 vzorků srdce se týká tohoto genu v takových onemocněních srdce, jako je DCM a ischémie. Vysoká exprese v OA a RA synoviu a v OA vzorcích kostí svědčí o možné úloze v osteoartitidě a revmatické artritidě. Upregulace u HSV se týká účasti tohoto genu v herpes simplex viru jako potenciální hostitelský faktor. Tlumená až nízká exprese v imunitních buňkách.

Vzorek sbgl20703RNáza	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40, 36,24	0	2,54	1,27	3,06	16,34	20,75
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	36,58, 40	2,07	0	1,04	0,96	52,36	54,19
Nadledvinka Clontech	40,40	0,22	0	0,11	0,61	81,97	9,02
Celý mozek Clontech	28,62, 28,6	245,21	247,41	246,31	7,24	6,91	1701,04
Fetální mozek Clontech	40,40	0,3	0	0,15	0,48	103,95	15,59
Mozeček Clontech	40,40	0,29	0	0,15	2,17 '	23,04	3,34
Cervix	35,3,40	4,45	0	2,23	2,42	20,66	45,97
Tlusté střevo (Colon)	40,40	0,26	0	0,13	2,71	18,45	2,40
Endometrium	40, 38,38	0	0,7	0,35	0,73	68,21	23,87

Jícen (Esophagus)	36,11,37,01	2,74	1,6	2,17	1,37	36,50	79,20
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	39,31,36,07	0,4	2,8	1,60	2,58	19,38	31,01
Lačník (Jejunum)	34,13,39,51	8,98	0,36	4,67	6,60	7,58	35,38
Ledvina	40,40	0,48	0	0,24	2,12	23,58	5,66
Játra	34,4,36,04	7,64	2,86	5,25	1,50	33,33	175,00
Fetální játra Clontech	31,46,31,39	44,65	46,4	45,53	10,40	4,81	218,87
Plíce	34,21,35,61	8,59	3,71	6,15	2,57	19,46	119,65
Mléčná žláza Clontech	34,9,35,65	5,67	3,6	4,64	13,00	3,85	17,83
Myometrium	40,38,99	0	0,49	0,25	2,34	21,37	5,24
Předstěra (Omentum)	38,39, 34,35	0,7	7,89	4,30	3,94	12,69	54,51
Vaječník	35,33,21	5,34	15,64	10,49	4,34	11,52	120,85
Slinivka	40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	32,22, 33,49	28,28	13,18	20,73	5,48	9,12	189,14
Placenta Clontech	37, 39,59	1,6	0,34	0,97	5,26	9,51	9,22
Prostata	35,03, 35,75	5,23	3,4	4,32	3,00	16,67	71,92
Konečník (Rectum)	38,25,40	0,76	0,21	0,49	1,23	40,65	19,72
Slinná žláza Clontech	30,01,29,73	106,25	125,78	116,02	7,31	6,84	793,54
Kosterní sval Clontech	40,39,16	0,41	0,44	0,43	1,26	39,68	16,87
Kůže	37,21,35,01	1,42	5,31	3,37	1,21	41,32	139,05
Tenké střevo Clontech	40,4	0	0,19	0,10	0,98	51,07	4,85
Slezina	35,4, 35,9	4,2	3,11	3,66	4,92	10,16	37,14
Žaludek	36,12,40	2,73	0,21	1,47	2,73	18,32	26,92
Varlata Clontech	40,40	0	0	0,00	0,57	87,87	0,00
Brzlík Clontech	31,88,31,42	34,61	45,62	40,12	9,89	5,06	202,81
Štítná žláza	40, 35,22	0	4,67	2,34	2,77	18,05	42,15
Průdušnice Clontech	35,38, 37,52	4,26	1,17	2,72	9,71	5,15	13,98
Močový měchýř	38,77,40	0,56	0,31	0,44	5,47	9,14	3,98
Děloha	33,66, 37,55	11,93	1,16	6,55	5,34	9,36	61,28
genomový	25,78	1342,66
b-aktin	27,27	551,42
Ι,ΟΟΕ+05	19,03	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,08	100000
Ι,ΟΟΕ+04	22,28	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,27	10000
Ι,ΟΟΕ+03	25,85	1000
Ι,ΟΟΕ+03	25,6	1000
Ι,ΟΟΕ+02	30,44	100
Ι,ΟΟΕ+02	29,33	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	34,4	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	34,48	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ
NTC	40	-1
NTC	40	0

• ·

Vzorek sbgl20703RNáza	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	29,03	142,85	285,70	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	28,31	226,87	453,74	colon tumor	1,59
colon normál. GW98-178	22080	33,08	10,78	21,56	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	29,33	118,09	236,18	colon tumor	10,95
colon normál GW98-561	23514	30,02	76,09	152,18	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	30,42	58,89	117,78	colon tumor	-1,29
colon normál. GW98-894	24691	29,07	139,29	278,58	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	30,3	63,5	127,00	colon tumor	-2,19
plíce normální GW98-3	20742	26,86	574,4	1148,80	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	30,07	73,89	147,78	plíce tumor	-7,77
plíce normální GW97-179	20677	29,74	90,79	181,58	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	27,63	351,24	702,48	plíce tumor	3,87
plíce normální GW98-165	21922	26,63	663,94	1327,88	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	29,38	114,52	229,04	plíce tumor	-5,80
plíce normální GW98-282	22584	30	77,02	154,04	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	29,64	97,04	194,08	plíce tumor	1,26
prs normální GW00-392	28750	29,08	138,57	138,57	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	28,77	169,53	339,06	prs tumor	2,45
prs normální GW00-413	28798	32,72	13,55	13,55	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	31,01	40,4	80,80	prs tumor	5,96
prs normální GW00235:238	27592-95	34,39	4,68	4,68	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	31,4	31,48	31,48	prs tumor	6,73
prs normální GW98-621	23656	28,54	195,6	391,20	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	30,37	60,84	121,68	prs tumor	3,21
mozek normál. BB99-542	25507	32,94	11,79	23,58	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	32,22	18,66	37,32	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	32,3	17,71	35,42	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	32,82	12,76	25,52	mozek stádium 5 ALZ	-1,26
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	30,31	63,18	126,36	mozek stádium 5 ALZ	3,94
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	31,42	31,08	62,16	mozek stádium 5 ALZ	1,94
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	33,35	9,08	18,16	mozek stádium 5 ALZ	-1,77
CT plíce KC	normální	30,41	59,49	118,98	CT plíce
plíce 26 KC	normální				plíce 26
plíce 27 KC	normální	37,69	0,57	0,57	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-40,17
plíce 28 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 28	-40,17
plíce 23 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 23	-40,17
plíce 25 KC	normální	36,86	0,97	0,97	plíce 25
astmatické plíce ODO3.112	29321	33,08	10,79	10,79	astmatické plíce	-3,72

• · • ·· ·

astmatické plíce 0DO3433	29323	29,94	80,31	160,62	astmatické plíce	4,00
astmatické plíce ODO3397	29322	29,79	87,94	175,88	astmatické plíce	4,38
astmatické plíce ODO4928	29325	30,08	73,39	146,78	astmatické plíce	3,65
endo buňky KC	kontrolní	40	0,13 ,	0,13	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	-0,13
endo bFGF KC		40	0,12	0,12	endo bFGF	-1,08
srdce Clontech	normální	34,66	3,95	7,90	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	30,43	58,48	116,96	srdce T-l	14,81
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	30,3	63,76	127,52	srdceT-14	16,14
srdce (T-3399) DCM	29426	31,14	37,27	74,54	srdce T-3399	9,44
adenoid GW99-269	26162	33,15	10,31	20,62	adenoid
tonsila GW98-280	22582	30,26	65,22	130,44	tonsila
T buňky PC00314	28453	33,29	9,45	18,90	T buňky
PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		40	0	0,00	monocyt
B buňky PC00665	28455	32,25	18,35	36,70	B buňky
dendritické buňky 28441		30,52	55,34	110,68	dendritické buňky
neutrofily	28440	31,61	27,61	27,61	neutrofily
eosinofily	28446	33,2	10,01	20,02	eosinofily
BM nestimulovaná		40	0	0,00	BM nestimul.
BM stimulovaná		40	0	0,00	BM stimulovaná	0,00
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc.	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		29,65	96,25	240,63	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	28,59	190,09	190,09	OA Synovium
OASynoviumNP 10/01	29461	29,06	140,66	281,32	OA Synovium
OA Synovium NP57/0O	28464	28,38	216,61	433,22	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	29,43	111	222,00	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	28,35	220,48	440,96	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	28,7	176,79	353,58	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	30,6	52,6	52,60	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	29,64	97,1	194,20	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	30,85	44,71	89,42	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	28,07	264,86	529,72	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	30,47	56,97	113,94	Chrupavka (pool)	-4,65
PBL neinfikovaný	28441	33,41	8,73	17,46	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	32,1	20,17	40,34	PBL HIVIIIB	2,31
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	31,09	38,5	77,00	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	28,24	237,46	474,92	MRC5 HSV kmen F	6,17
W12 buňky	29179	28,83	162,45	324,90	W12 buňky
Keratinocyty	29180	29,21	127,89	255,78	Keratinocyty
B-aktin kontrola		26,99	528,52
genomový		25,66	1229,15
l,0OE+O5		18,76	100000
Ι,ΟΟΕ+05		19,03	100000
l,00E+04		22,01	10000
Ι,ΟΟΕ+04		22,05	10000
Ι,ΟΟΕ+03		26,01	1000

• · « · 4 4 4 · • · · « • · · · · · 4

4 4 4 4 4 4

4444 4 444 444 44 44

l,00E+03		25,68	1000
l,00E+02		30,57	100
l,00E+02		30,32	100
1,OOE+O1		32,24	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
l,00E-00		40	0
l,00E-00		40	0
NTC		40	0

Název genu sbgl20703RNáza

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,59
colon tumor	10,95
colon tumor	-1,29
colon tumor	-2,19
plíce tumor	-7,77
plíce tumor	3,87
plíce tumor	-5,80
plíce tumor	1,26
prs tumor	2,45
prs tumor	5,96
prs tumor	6,73
prs tumor	-3,21
mozek stádium 5 ALZ	-1,26
mozek stádium 5 ALZ	3,94
mozek stádium 5 ALZ	1,94
mozek stádium 5 ALZ	-1,77
plíce 24	-40,17
plíce 28	-40,17
plíce 23	-40,17
astmatické plíce	-3,72
astmatické plíce	4,00
astmatické plíce	4,38
astmatické plíce	3,65
endo VEGF	-0,13
endo bFGF	-1,08
srdce T-l	14,81
srdce T-l4	16,14
srdce T-3399	9,44
BM stimulovaná	0,00
osteo nediferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	-4,65
PBL HIV IIIB	2,31
MRC5 HSV kmen F	6,17

Název genu sbg98530TS ··· · · «· 9 · *

999 9 9 999

999999 9 9 9 9 · 9 • · 9 9 9 · 9 9 • 999 9 99· 99· 99 99

Tlumená celková exprese u normálních a nemocných vzorků. Nejvyšší normální exprese u vzorků celého mozku, endometria a varlat. Tlumená exprese u normálního srdce, kosterního svalu a jícnu. Vykazuje expresi ve většině vzorků GI (gastrointestinálního) traktu, stejně jako u vzorků ženských reprodukčních orgánů. Nejvyšší chorobná exprese u jednoho ze vzorků nádoru tlustého střeva, všech 3 vzorků srdce a chondrocytů. Údaje převážně ukazují svalově specifický vzorek exprese. Upregulace u 4 ze 4 vzorků nádoru tlustého střeva a upregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny prsu se týká úlohy v rakovinách tlustého střeva a prsu. Downregulace u 3 ze 3 vzorků COPD se týká úlohy v chronickém obstrukčním onemocnění plic. Downregulace u HSV se týká úlohy v herpes simplex viru jako potenciální hostitelský faktor. Tlumená až nízká celková exprese v imunitních buňkách. Vysoká exprese v chondrocytech a OA a RA synoviu svědčí o možné úloze v osteoartritidě a revmatické artritidě.

Vzorek sbg98530TS	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40, 36,35	0	4,22	2,11	3,06	16,34	34,48
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	35,78,40	5,89	0	2,95	0,96	52,36	154,19
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	26,63,26,42	1253,02	1414,2	1333,61	7,24	6,91	9210,01
Fetální mozek Clontech	40, 37,33	0	2,38	1,19	0,48	103,95	123,70
Mozeček Clontech	35,9, 40	5,5	0	2,75	2,17	23,04	63,36
Cervix	33,47, 34,27	22,86	14,26	18,56	2,42	20,66	383,47
Tlusté střevo (Colon)	34,49, 34,05	12,58	16,28	14,43	2,71	18,45	266,24
Endometrium	33,28, 32,94	25,41	31,15	28,28	0,73	68,21	1929,06
Jícen (Esophagus)	33,61, 32,9	21,02	31,85	26,44	1,37	36,50	964,78
Srdce Clontech	33,32,33,03	24,91	29,42	27,17	1,32	37,88	1028,98

·· · • 0

Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	35,89, 33,37	5,53	24,14	14,84	2,58	19,38	287,50
Lačník (Jejunum)	31,55,31,42	70,2	75,71	72,96	6,60	7,58	552,69
Ledvina	40, 35,5	0	6,96	3,48	2,12	23,58	82,08
Játra	34,29, 33,63	14,07	20,78	17,43	1,50	33,33	580,83
Fetální játra Clontech	32,16, 32,92	49,02	31,52	40,27	10,40	4,81	193,61
Plíce	40, 35,78	0		2,95	2,57	19,46	57,30
Mléčná žláza Clontech	31,42, 32,08	75,62	51,54	63,58	13,00	3,85	244,54
Myometrium	32,93, 32,03	31,21	52,84	42,03	2,34	21,37	897,97
Předstěra (Omentum)	35,21,40	8,23	0	4,12	3,94	12,69	52,22
Vaječník	35,36,35,51	7,53	6,89	7,21	4,34	11,52	83,06
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40, 37,54	0	2,11	1,06	1,57	31,85	33,60
Příušní žláza	31,67,31,01	65,33	96,46	80,90	5,48	9,12	738,09
Placenta Clontech	33,13,32,05	27,88	52,3	40,09	5,26	9,51	381,08
Prostata	35,03,40	9,13	5,22	7,18	3,00	16,67	119,58
Konečník (Rectum)	40,35,19	0	8,32	4,16	1,23	40,65	169,11
Slinná žláza Clontech	32,41, 34,06	42,32	16,15	29,24	7,31	6,84	199,97
Kosterní sval Clontech	33,93, 33,76	17,41	19,28	18,35	1,26	39,68	727,98
Kůže	40,40	0	0	0,00	1,21	41,32	0,00
Tenké střevo Clontech	34,11	11,73	15,7	13,72	0,98	51,07	700,46
Slezina	36,08, 40	4,94	0,37	2,66	4,92	10,16	26,98
Žaludek	40,40	0	0	0,00	2,73	18,32	0,00
Varlata Clontech	35,54, 33,26	6,79	25,83	16,31	0,57	87,87	1433,22
Brzlík Clontech	33,66, 34,12	20,35	15,62	17,99	9,89	5,06	90,93
Štítná žláza	40, 35,46	0	7,12	3,56	2,77	18,05	64,26
Průdušnice Clontech	32,08,31,84	51,54	59,21	55,38	9,71	5,15	285,14
Močový měchýř	34,75, 36,99	10,8	2,91	6,86	5,47	9,14	62,66
Děloha	31,79,32,2	60,97	47,95	54,46	5,34	9,36	509,93
genomový	26,8	1133,17
b-aktin	27,6	706,62
1.00E+05	19,53	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,54	100000
Ι,ΟΟΕ+04	22,8	10000
Ι,ΟΟΕ+04	23,02	10000
1,00Ε+03	26,14	1000
Ι,ΟΟΕ+03	26,59	1000
Ι,ΟΟΕ+02	31,41	100
1,00Ε+Ο2	30,97	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
1;00Ε+01	35,24	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

·· ♦··· ·· · • · · ·· ·· · · · ··· · · · · · » »··· » · · · · · · • · · · ···· ···· · ··· ··· ·· ··

Vzorek sbg98530TS	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál, GW98-167	21941	26,26	1792,89	3585,78	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	26,2	1856,22	3712,44	colon tumor	1,04
colon normál, GW98-178	22080	27,25	986,8	1973,60	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	26,7	1369,12	2738,24	colon tumor	1,39
colon normál GW98-561	23514	27,55	821,35	1642,70	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	24,64	4748,96	9497,92	colon tumor	5,78
colon normál, GW98-894	24691	27,27	971,87	1943,74	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	25,35	3093,47	6186,94	colon tumor	3,18
plíce normální GW98-3	20742	27,02	1133,68	2267,36	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	27,26	981,94	1963,88	plíce tumor	-1,15
plíce normální GW97-179	20677	29,14	315,07	630,14	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	28,15	571,76	1143,52	plíce tumor	1,81
plíce normální GW98-165	21922	27,86	682,2	1364,40	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	27,45	871,19	1742,38	plíce tumor	1,28
plíce normální GW98-282	22584	28,12	581,74	1163,48	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	29,32	283,71	567,42	plíce tumor	-2,05
prs normální GW00-392	28750	27,85	687,38	687,38	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	26,61	1444,19	2888,38	prs tumor	4,20
prs normální GW00-413	28798	28,43	483,03	483,03	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	25,49	2836,66	5673,32	prs tumor	11,75
prs normální GW00235:238	27592-95	32,26	48,29	48,29	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	29,07	328,46	328,46	prs tumor	6,80
prs normální GW98-621	23656	26,82	1279,07	2558,14	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	26,8	1289,27	2578,54	prs tumor	1,01
mozek normál. BB99-542	25507	29,03	337,63	675,26	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	29,19	305,6	611,20	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	30,44	144,55	289,10	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	28,47	471,8	943,60	mozek stádium 5 ALZ	1,80
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	27,3	955,52	1911,04	mozek stádium 5 ALZ	3,64
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	27,42	891,77	1783,54	mozek stádium 5 ALZ	3,40
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	29,31	285,16	570,32	mozek stádium 5 ALZ	1,09
CT plíce KC	normální	27,96	643,88	1287,76	CT plíce
plíce 26 KC	normální	35,82	5,66	5,66	plíce 26
plíce 27 KC	normální	40	0	0,00	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-325,52
plíce 28 KC	COPD	35,3	7,73	7,73	plíce 28	-42,11
plíce 23 KC	COPD	36,67	3,39	3,39	plíce 23	-96,02
plíce 25 KC	normální	35,11	8,67	8,67	pilce 25
astmatické pilce ODO3112	29321	31,01	102,08	102,08	astmatické plíce	-3,19
astmatické plíce ODO3433	29323	29,76	216,81	433,62	astmatické plíce	1,33

·· ···

• 44 4 • 4 4

4444 · ·

• · · · · 4

astmatické plíce ODO3397	29322	29,83	208,08	416,16	astmatické plíce	1,28
astmatické plíce ODO4928	29325	30,37	150,17	300,34	astmatické plíce	-1,08
endo buňky KC	kontrolní	37,54	2	2,00	endo buňky
endo VEGF KC		35,77	5,83	5,83	endo VEGF	2,92
endo bFGF KC		40	0	0,00	endo bFGF	-2,00
srdce Clontech	normální	26,09	1982,44	3964,88	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	24	6956,27	13912,5 4	srdce T-l	3,51
srdce (T-l4) neobstrukční DCM	29422	24,55	5010,03	10020,0 6	srdceT-14	2,53
srdce (T-3399) DCM	29426	24,05	6766,57	13533,1 4	srdce T-3399	3,41
adenoid GW99-269	26162	30,56	134,11	268,22	adenoid
tonsila GW98-280	22582	27,94	651,01	1302,02	tonsila
T buňky PC00314	28453	29,8	212,45	424,90	T buňky
PBMNC		33,01	30,69	30,69	PBMNC
monocyt		33,42	23,9	47,80	monocyt
B buňky PC00665	28455	33,52	22,59	45,18	B buňky
dendritické buňky 28441		29,07	329,58	659,16	dendritické buňky
neutrofíly	28440	30,39	149	149,00	neutrofíly
eosinofily	28446	35,41	7,25	14,50	eosinofily
BM nestimulovaná		34,24	14,65	14,65	BM nestimul.
BM stimulovaná		36,61	3,51	3,51	BM stimulovaná	-4,17
osteo diferencovaný		30,55	135,33	135,33	osteo diferenc.	3,02
osteo nediferencovaný		32,38	44,88	44,88	osteo nediferenc.
chondrocyty		25,35	3089,54	7723,85	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	28,75	398,53	398,53	OA Synovium
OA Synovium NP10/01	29461	27,04	1119,77	2239,54	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	28,85	375,92	751,84	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	28,14	574,66	1149,32	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	27,58	806,11	1612,22	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	28,04	611,1	1222,20	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	30,25	161,3	161,30	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	31,24	89,29	178,58	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	30,98	104,34	208,68	OA kost
Chrupavka (pool)	nonmální	29,86	204,47	408,94	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	29,37	275,09	550,18	Chrupavka (pool)	1,35
PBL neinfíkovaný	28441	26,45	1598,39	3196,78	PBL neinfíkovaný
PBLHIVIIIB	28442	27,57	814,58	1629,16	PBL HIVIIIB	-1,96
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	25,13	3539,95	7079,90	MRC5 neinfikovaný(100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	30,49	139,89	279,78	MRC5 HSV kmen F	-25,31
W12 buňky	29179	26,72	1359,04	2718,08	W12 buňky
Keratinocyty	29180	26,41	1633,77	3267,54	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,87	678,8
genomový		26,9	1214,71
Ι,ΟΟΕ+05		19,86	100000
Ι,ΟΟΕ+05		19,82	100000
Ι,ΟΟΕ+04		23,15	10000
1,00Ε+04		23,21	10000
Ι,ΟΟΕ+03		26,62	1000

• · 9 ·· ·

9 9 · • 9999 9 · • · ♦ ···· · 999 9

1,OOE+O3		26,79	1000
1.00E+02		31,2	100
l,00E+02		32,2	100
Ι,ΟΟΕ+ΌΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		34,53	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbg98530TS

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,04
colon tumor	1,39
colon tumor	5,78
colon tumor	3,18
plíce tumor	-1,15
plíce tumor	1,81
plíce tumor	1,28
plíce tumor	-2,05
prs tumor	4,20
prs tumor	11,75
prs tumor	6,80
prs tumor	1,01
mozek stádium 5 ALZ	1,80
mozek stádium 5 ALZ	3,64
mozek stádium 5 ALZ	3,40
mozek stádium 5 ALZ	1,09
plíce 24	-325,52
plíce 28	-42,11
plíce 23	-96,02
astmatické plíce	-3,19
astmatické plíce	1,33
astmatické plíce	1,28
astmatické plíce	-1,08
endo VEGF	2,92
endo bFGF	-2,00
srdce T-l	3,51
srdce T-14	2,53
srdce T-3399	3,41
BM stimulovaná	-4,17
osteo nediferencovaný	3,02
chrupavka (pool)	1,35
PBL HIV IIIB	-1,96
MRC5 HSV kmen F	-25,31 1

·» · « · ·· ···· • · · ·· ·· · · · • · · · · · · · • ···· · · · · · · · • · · · · · · ·

7 ..............*

Název genu sbg563917RDP

Tlumená až na nízká celková exprese u normálních a nemocných vzorků. Nejvyšší normální exprese u varlat, průdušnice a celého mozku. Vykazuje dobrou expresi ve většině vzorků GI traktu. Nejvyšší chorobná exprese u T buněk, B buněk, neutrofilů a eosinofilů. Upregulace u 1 ze 4 nádorů prsu se týká úlohy v rakovině prsu. Downregulace u 3 ze 3 COPF plic svědčí o úloze v chronickém obstrukčním plicním onemocnění. Downregulace ve vzorku ischemického srdce se týká účasti tohoto genu v ischemické chorobě srdeční. Downregulace u endotelových buněk ošetřených VEGF a bFGF svědčí o úloze v angiogenezi. Upregulace v HSV se týká účasti v herpes simplex viru jako potenciální hostitelský faktor.

Vzorek sbg563917RDP	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopii (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	35,34,40	3,66	0	1,83	3,06	16,34	29,90
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0		0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	30,09, 30,01	91,85	96,8	94,33	7,24	6,91	651,42
Fetální mozek Clontech	40,40	0	0	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clontech	35,19,40	4,03	0	2,02	2,17	23,04	46,43
Cervix	36,08,40	2,33	0	1,17	2,42	20,66	24,07
Tlusté střevo (Colon)	36,07,35,1	2,35	4,24	3,30	2,71	18,45	60,79
Endometrium	35,01,40	4,49	0	2,25	0,73	68,21	153,14
Jícen (Esophagus)	34,94,40	4,68	0	2,34	1,37	36,50	85,40
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	35,24,40	3,89	0	1,95	2,58	19,38	37,69
Lačník (Jejunum)	35,37,33,35	3,6	12,44	8,02	6,60	7,58	60,76
Ledvina	40, 34,97	0	4,6	2,30	2,12	23,58	54,25
Játra	33,51, 34,6	11,25	5,78	8,52	1,50	33,33	283,83

9999

9 9 9 9

I ····

Fetální játra Clontech	33,19,35,54	13,75	3,25	8,50	10,40	4,81	40,87
Plíce	34,32	6,84	2,28	4,56	2,57	19,46	88,72
Mléčná žláza Clontech	40, 35,14	0	4,15	2,08	13,00	3,85	7,98
Myometrium	40,40	0	0,09	0,05	2,34	21,37	0,96
Předstěra (Omentum)	36,17,33,01	2,2	15,32	8,76	3,94	12,69	111,17
Vaječník	40,40	0	0	0,00	4,34	11,52	0,00
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	35,43,39,81	3,46	0,24	1,85	5,48	9,12	16,88
Placenta Clontech	33,7, 35,45	10,02	3,42	6,72	5,26	9,51	63,88
Prostata	40,40	0	0	0,00	3,00	16,67	0,00
Konečník (Rectum)	40,40	0	0	0,00	1,23	40,65	0,00
Slinná žláza Clontech	34,89, 40	4,83	0	2,42	7,31	6,84	16,52
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	40,40	0	0	0,00	1,21	41,32	0,00
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,00	0,98	51,07	0,00
Slezina	35,01, 33,36	4,48	12,38	8,43	4,92	10,16	85,67
Žaludek	33,38, 34,18	12,18	7,48	9,83	2,73	18,32	180,04
Varlata Clontech	34,25, 32,86	7,17	16,84	12,01	0,57	87,87	1054,92
Brzlík Clontech	32,14,33,25	26,17	13,24	19,71	9,89	5,06	99,62
Štítná žláza	40,40	0	0,09	0,05	2,77	18,05	0,81
Průdušnice Clontech	31,41,31	41,04	52,65	46,85	9,71	5,15	241,22
Močový měchýř	40, 35,05	0	4,38	2,19	5,47	9,14	20,02
Děloha	33,77, 33,41	9,62	12	10,81	5,34	9,36	101,22
genomový	26,54	813,56
b-aktin	27,39	481,34
1.00E+05	18,71	100000
Ι,ΟΟΕ+05	18,92	100000
Ι,ΟΟΕ+04	22,44	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,11	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,05	1000
Ι,ΟΟΕ+03	26,11	1000
Ι,ΟΟΕ+02	30,4	100
Ι,ΟΟΕ+02	30,17	100
1;00Ε+01	33,87	10
1,00Ε+01	33,26	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbg563917RDP	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	30,39	148,35	296,70	colon normální

• · · « 4··· ·

colon tumor GW98-166	21940	30,93	110,14	220,28	colon tumor	-1,35
colon normál. GW98-178	22080	32,93	36,71	73,42	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	34,8	13,09	26,18	colon tumor	-2,80
colon normál GW98-561	23514	31,41	84,68	169,36	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	32,09	58,33	116,66	colon tumor	-1,45
colon normál. GW98-894	24691	30,02	182,15	364,30	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	31,12	99,26	198,52	colon tumor	-1,84
plíce normální GW98-3	20742	28,4	443,99	887,98	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	33,59	25,44	50,88	plíce tumor	-17,45
plíce normální GW97-179	20677	28,63	391,85	783,70	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	29,16	292,08	584,16	plíce tumor	-1,34
plíce normální GW98-165	21922	29,13	296,8	593,60	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	30,22	163,43	326,86	plíce tumor	-1,82
plíce normální GW98-282	22584	31,71	71,72	143,44	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	31,74	70,77	141,54	plíce tumor	-1,01
prs normální GW00-392	28750	31,49	81,02	81,02	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	33,58	25,62	51,24	prs tumor	-1,58
prs normální GW00-413	28798	35,07	11,31	11,31	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	31,99	61,52	123,04	prs tumor	10,88
prs normální GWOO235:238	27592-95	35,63	8,3	8,30	prs normální
prs tumor GWOO231:234	27588-91	34,33	16,97	16,97	prs tumor	2,04
prs normální GW98-621	23656	32,07	58,95	117,90	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	32,71	41,33	82,66	prs tumor	-1,43
mozek normál. BB99-542	25507	30,16	168,86	337,72	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	31,12	99,35	198,70	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	31,14	98,44	196,88	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	33,16	32,39	64,78	mozek stádium 5 ALZ	-3,77
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	29,32	267,28	534,56	mozek stádium 5 ALZ	2,19
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	30,36	150,72	301,44	mozek stádium 5 ALZ	1,23
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	30,1	174,01	348,02	mozek stádium 5 ALZ	1,42
CT plíce KC	normální	31,06	102,88	205,76	CT plíce
plíce 26 KC	normální	32,15	56,21	56,21	plíce 26
plíce 27 KC	normální	35,96	6,92	6,92	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-70,34
plíce 28 KC	COPD	36,21	6,05	6,05	plíce 28	-11,63
plíce 23 KC	COPD	34,83	12,87	12,87	plíce 23	-5,47
plíce 25 KC	normální	34,89	12,45	12,45	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	32,57	44,76	44,76	astmatické plíce	-1,57
astmatické plíce ODO3433	29323	32,4	49,04	98,08	astmatické plíce	1,39
astmatické plíce ODO3397	29322	31,79	68,64	137,28	astmatické plíce	1,95
astmatické plíce ODO4928	29325	31,34	88,11	176,22	astmatické plíce	2,51
endo buňky KC	kontrolní	35,77	7,68	7,68	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	-7,68
endo bFGF KC		40	0	0,00	endo bFGF	7,68

·· · ♦ • · · • « · ·

9 9

999 99

100 ·· · • · · • · · • ···· · • * ···· · ·· ···«

srdce Clontech	normální	31,09	100,75	201,50	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	34,75	13,46	26,92	srdce T-l	7,49
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	33,69	24,17	48,34	srdceT-14	4,17
srdce (T-3399) DCM	29426	33,48	27,16	54,32	srdce T-3399	-3,71
adenoid GW99-269	26162	30,49	140,7	281,40	adenoid
tonsila GW98-280	22582	30,07	177,32	354,64	tonsila
T buňky PC00314	28453	27,79	622,1	1244,20	T buňky
PBMNC		36,19	6,11	6,11	PBMNC
monocyt		33,24	30,91	61,82	monocyt
B buňky PC00665	28455	26,37	1355,2	2710,40	B buňky
dendritické buňky 28441		28,69	378,62	757,24	dendritické buňky
neutrofily	28440	23,28	7420,47	7420,47	neutrofily
eosinofily	28446	25,33	2408,94	4817,88	eosinofily
BM nestimulovaná		32,24	53,57	53,57	BM nestimul.
BM stimulovaná		31,92	64,05	64,05	BM stimulovaná	1,20
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc.	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		37,59	2,82	7,05	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	31,77	69,48	69,48	OA Synovium
0A Synovium NP10/01	29461	31,16	96,93	193,86	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	30,84	115,69	231,38	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	30,96	108,37	216,74	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	29,2	285,91	571,82	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	29,87	198,12	396,24	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	29,67	220,64	220,64	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	30,54	136,41	272,82	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	29,38	259,07	518,14	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	31,34	87,88	175,76	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	32,9	37,23	74,46	Chrupavka (pool)	-2,36
PBL neinfíkovaný	28441	30,55	135,85	271,70	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	31,02	104,8	209,60	PBL HIVIIIB	-1,30
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	35,11	11,06	22,12	MRC5 neinfikovaný(100%)
MR.C5 HSV kmen F	29178	29,63	226,14	452,28	MRC5 HSV kmen F	20,45
W12 buňky	29179	37,87	2,42	4,84	W12 buňky
Keratinocyty	29180	36,14	6,26	12,52	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,14	887,42
genomový		26,16	1520,17
Ι,ΟΟΕ+05		19,22	100000
Ι,ΟΟΕ+05		19,2	100000
Ι,ΟΟΕ+04		22,49	10000
Ι,ΟΟΕ+04		22,62	10000
Ι,ΟΟΕ+03		26,23	1000
Ι,ΟΟΕ+03		26,05	1000
Ι,ΟΟΕ+02		30,26	100
Ι,ΟΟΕ+02		31,03	100
Ι,ΟΟΕ+01		38,68	10
Ι,ΟΟΕ+01		33,47	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

• ·

101 • · · « ····

Název genu sbg563917RDP

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-1,35
colon tumor	-2,80
colon tumor	-1,45
colon tumor	-1,84
plíce tumor	-17,45
plíce tumor	-1,34
plíce tumor	-1,82
plíce tumor	-1,01
prs tumor	-1,58
prs tumor	10,88
prs tumor	2,04
prs tumor	-1,43
mozek stádium 5 ALZ	-3,77
mozek stádium 5 ALZ	2,19
mozek stádium 5 ALZ	1,23
mozek stádium 5 ALZ	1,42
plíce 24	-70,34
plíce 28	-11,63
plíce 23	-5,47
astmatické plíce	-1,57
astmatické plíce	1,39
astmatické plíce	1,95
astmatické plíce	2,51
endo VEGF	-7,68
endo bFGF	-7,68
srdce T-l	-7,49
srdce T-14	-4,17
srdce T-3399	-3,71
BM stimulovaná	1,20
osteo diferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	-2,36
PBL HIV IIIB	-1,30
MRC5 HSV kmen F	20,45

Název genu sbg618069LKR

Nízká celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Nejvyšší normální exprese v celém mozku, fetálním mozku, mozečku a thymu. Nejvyšší chorobná exprese v jednom ze vzorků nádoru tlustého střeva, v jednom ze vzorků plicního nádoru a v neinfikovaných buňkách PBL.

Downregulace u 2 ze 4 nádorů tlustého střeva svědčí o úloze •4 4444 • 4 4 44 44

4 4 · ·

444444 · · ·

4 · ·

102 ···· · 444 444 v rakovině tlustého střeva. Upregulace u 1 ze 4 nádorů plic a upregulace u 2 ze 4 nádorů prsu svědč! o úloze v rakovinách plic a prsu. Downregulace u 3 ze 3 plicnich vzorků COPD se týká účasti tohoto genu v COPD. Upregulace ve stimulované kostní dřeni. Downregulace u HIV infikovaných buněčných linii, stejně jako tlumená exprese v imunitních buňkách svědč! o úloze v HIV. Upregulace v HSV se týká účasti v herpes simplex viru jako potenciální hostitelský faktor.

Vzorek sbg618069LRR	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	35,24, 34,33	4,38	7,65	6,02	3,06	16,34	98,28
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0	0,08	0,04	0,96	52,36	2,09
Nadledvinka Clontech	39,9, 38,74	0,13	0,51	0,32	0,61	81,97	26,23
Celý mozek Clontech	27,02,26,51	673,36	916,93	795,15	7,24	6,91	5491,33
Fetální mozek Clontech	40, 40	0,13	6,01	3,07	0,48	103,95	319,13
Mozeček Clontech	32,15,32,13	28,98	29,44	29,21	2,17	23,04	673,04
Cervix	40,40	0	0	0,00	2,42	20,66	0,00
Tlusté střevo (Colon)	36,53, 39,88	1,98	0,25	1,12	2,71	18,45	20,57
Endometrium	37,98,40	0,82	0,19	0,51	0,73	68,21	34,45
Jícen (Esophagus)	38,86,40	0,48	0,15	0,32	1,37	36,50	11,50
Srdce Clontech	34,17, 34,72	8,41	6,03	7,22	1,32	37,88	273,48
Hypothalamus	40,40	0	0,07	0,04	0,32	155,28	5,43
Kyčelník (Ileum)	40,40	0,17	0,11	0,14	2,58	19,38	2,71
Lačník (Jejunum)	33,07,34,34	16,52	7,58	12,05	6,60	7,58	91,29
Ledvina	36,05,40	2,67	0,21	1,44	2,12	23,58	33,96
Játra	38,72, 40	0,52	0,61	0,57	1,50	33,33	18,83
Fetální játra Clontech	33,28, 36,35	14,52	2,22	8,37	10,40	4,81	40,24
Plíce	40,40	0,13	0,08	0,11	2,57	19,46	2,04
Mléčná žláza Clontech	40,34,19	0	8,33	4,17	13,00	3,85	16,02
Myometrium	40,40	0,28	0	0,14	2,34	21,37	2,99
Předstěra (Omentum)	35,01,35,36	5,04	4,07	4,56	3,94	12,69	57,80
Vaječník	34,24,40	8,07	0,26	4,17	4,34.	11,52	47,98
Slinivka	40,40	0,11	0,13	0,12	0,81	61,80	7,42

• · ·

103

Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	34,01, 34,28	9,31	7,9	8,61	5,48	9,12	78,51
Placenta Clontech	40,40	0	0,07	0,04	5,26	9,51	0,33
Prostata	40,39,13	0,15	0,4	0,28	3,00	16,67	4,58
Konečník (Rectum)	40, 39,55	0,21	0,31	0,26	1,23	40,65	10,57
Slinná žláza Clontech	32,35, 33,08	25,74	16,45	21,10	7,31	6,84	144,29
Kosterní sval Clontech	34,78, 40	5,81	0,27	3,04	1,26	39,68	120,63
Kůže	40,40	0	0	0,00	1,21	41,32	0,00
Tenké střevo Clontech	40,40	0,16	0	0,08	0,98	51,07	4,09
Slezina	35,59, 40	3,53	0,59	2,06	4,92	10,16	20,93
Žaludek	36,73,40	1,76	0,11	0,94	2,73	18,32	17,12
Varlata Clontech	37,91,40	0,86	ο,ι	0,48	0,57	87,87	42,18
Brzlík Clontech	30,22,29,94	94,88	112,23	103,56	9,89	5,06	523,53
Štítná žláza	35,15,40	4,62	0	2,31	2,77	18,05	41,70
Průdušnice Clontech	33,49, 34,21	12,75	8,22	10,49	9,71	5,15	53,99
Močový měchýř	40,40	0,09	0,08	0,09	5,47	9,14	0,78
Děloha	35,26, 33,03	4,31	16,97	10,64	5,34	9,36	99,63
genomový	26,04	1229,54
b-aktin	27,25	584,19
1,OOE+05	19,09	100000
1.00E+05	19,04	100000
Ι,ΟΟΕ+04	22,35	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,35	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,07	1000
Ι,ΟΟΕ+03	26,26	1000
Ι,ΟΟΕ+02	30,64	100
Ι,ΟΟΕ+02	30,38	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	34,04	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	33,52	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbg618069LRR	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	29,52	176,51	353,02	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	33,45	18,5	37,00	colon tumor	-9,54
colon normál. GW98-178	22080	31,82	47,14	94,28	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	29,68	160,67	321,34	colon tumor	3,41
colon normál GW98-561	23514	30,33	110,78	221,56	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	33,11	22,39	44,78	colon tumor	-4,95
colon normál. GW98-894	24691	28,1	396,95	793,90	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	26,93	779,99	1559,98	colon tumor	1,96
plíce normální GW98-3	20742	30,41	105,78	211,56	plíce normální

• · · · ·

104

plíce tumor GW98-2	20741	26,28	1128,28	2256,56	plíce tumor	10,67
plíce normální GW97-179	20677	29,28	201,91	403,82	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	28,35	345,36	690,72	plíce tumor	1,71
plíce normální GW98-165	21922	28,42	331,95	663,90	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	30,98	76,05	152,10	plíce tumor	-4,36
plíce normální GW98-282	22584	34,15	12,36	24,72	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	32,08	40,6	81,20	plíce tumor	3,28
prs normální GW00-392	28750	29,67	161,68	161,68	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	28,98	239,65	479,30	prs tumor	2,96
prs normální GW00-413	28798	31,78	48,04	48,04	prs normální
prs tumor GWOO-412	28797	29,69	159,55	319,10	prs tumor	6,64
prs normální GW00235:238	27592-95	34,18	12,14	12,14	prs normální
prs tumor GWOO231:234	27588-91	29,2	211,28	211,28	prs tumor	17,40
prs normální GW98-621	23656	29,72	157,4	314,80	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	31,12	70,17	140,34	prs tumor	-2,24
mozek normál. BB99-542	25507	30,81	83,89	167,78	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	31,02	74,28	148,56	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	31,39	60,08	120,16	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	32,54	31,07	62,14	mozek stádium 5 ALZ	-2,34
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	30,65	92,1	184,20	mozek stádium 5 ALZ	1,27
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	31,68	50,92	101,84	mozek stádium 5 ALZ	-1,43
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	31,39	60,36	120,72	mozek stádium 5 ALZ	-1,21
CT plíce KC	normální	30,47	101,87	203,74	CT plíce
plíce 26 KC	normální				plíce 26
plíce 27 KC	normální	39,27	0,65	0,65	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-68,13
plíce 28 KC	COPD	37,38	1,93	1,93	plíce 28	-35,30
plíce 23 KC	COPD	34,28	11,47	11,47	plíce 23	-5,94
plíce 25 KC	normální	40	0	0,00	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	33,17	21,73	21,73	astmatické plíce	-3,14
astmatické plíce ODO3433	29323	32,35	34,64	69,28	astmatické plíce	1,02
astmatické plíce ODO3397	29322	30,83	83,1	166,20	astmatické plíce	2,44
astmatické plíce ODO4928	29325	30,94	77,99	155,98	astmatické plíce	2,29
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		40	0	0,00	endo bFGF	0,00
srdce Clontech	normální	30,52	99,45	198,90	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	28,78	270,18	540,36	srdce T-l	2,72
srdce (T-l4) neobstrukční DCM	29422	29,62	166,76	333,52	srdceT-14	1,68
srdce (T-3399) DCM	29426	30,05	129,76	259,52	srdce T-3399	1,30
adenoid GW99-269	26162	29,05	230,93	461,86	adenoid
tonsila GW98-280	22582	29,77	152,22	304,44	tonsila
T buňky PC00314	28453	31,6	53,48	106,96	T buňky

105

PBMNC		39,8	0,48	0,48	PBMNC
monocyt		40	0	0,00	monocyt
B buňky PC00665	28455	31,56	54,77	109,54	B buňky
dendritické buňky 28441		34,09	12,8	25,60	dendritické buňky
neutrofily	28440	34,03	13,21	13,21	neutrofily
eosinofily	28446	40	0	0,00	eosinofily
BM nestimulovaná		40	0	0,00	BM nestimul.
BM stimulovaná		35,71	5,04	5,04	BM stimulovaná	5,04
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc.	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		33,5	17,89	44,73	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	32,24	37,02	37,02	OA Synovium
OA Synovium NP10/01	29461	27,95	434,95	869,90	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	30,9	79,82	159,64	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	31,79	47,9	95,80	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	33,06	23,05	46,10	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	32,76	27,41	54,82	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	32,02	42,02	42,02	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	31,32	62,63	125,26	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	33,13	22,24	44,48	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	30,76	86,51	173,02	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	33,13	22,15	44,30	Chrupavka (pool)	-3,91
PBL neinfíkovaný	28441	26,78	847,01	1694,02	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	28,21	374,26	748,52	PBL HIVIIIB	-2,26
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	40	0	0,00	MRC5 neinfikovaný(100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	31,26	64,96	129,92	MRC5 HSV kmen F	129,92
W12 buňky	29179	40	0	0,00	W12 buňky
Keratinocyty	29180	39,77	0,49	0,98	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,18	675,17
genomový		25,96	1358,6
l,00E+05		18,58	100000
1.00E+05		18,53	100000
l,00E+04		22,04	10000
l,00E+04		22,1	10000
l,00E+03		25,85	1000
1.00E+03		26,11	1000
l,00E+02		34,02	100
l,00E+02		30,53	100
1.00E+01		32,98	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		38,21	1
NTC		40	0

Název genu sbg618069LRR

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-9,54

• · · · · ·

106

colon tumor	3,41
colon tumor	-4,95
colon tumor	1,96
plíce tumor	10,67
plíce tumor	1,71
plíce tumor	-4,36
plíce tumor	3,28
prs tumor	2,96
prs tumor	6,64
prs tumor	17,40
prs tumor	-2,24
mozek stádium 5 ALZ	-2,34
mozek stádium 5 ALZ	1,27
mozek stádium 5 ALZ	-1,43
mozek stádium 5 ALZ	-1,21
plíce 24	-68,13
plíce 28	-35,30
plíce 23	-5,94
astmatické plíce	-3,14
astmatické plíce	1,02
astmatické plíce	2,44
astmatické plíce	2,29
endo VEGF	0,00
endo bFGF	0,00
srdce T-1	2,72
srdce T-14	1,68
srdce T-3399	1,30
BM stimulovaná	5,04
osteo diferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	-3,91
PBL HIV IIIB	-2,26
MRC5 HSV kmenF	129,92

Název genu sbg934114relaxin

Nízká celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Nejvyšší normální exprese ve varlatech, játrech a celém mozku. Nejvyšší chorobná exprese u 3 z normálních plicních vzorků, jednoho z normálních nádorových vzorků, HSV-infikovaných buněk MRC5, adenoidu a T buněk. Nejvyšší chorobná exprese u 2 z normálních plicních vzorků a u neinfikovaných vzorků PBL. Downregulace u 1 ze 4 nádorů tlustého střeva a downregulace u 2 ze 4 plicních nádorů se týká účastí v rakovinách tlustého střeva a plic. Downregulace u 3 ze 3 plicních vzorků COPD a upregulace u 3 • · · · • ·· ·· ·· · · · • · · · · · · · • ···· · · · * * · · • · · · · · · ·

107 ...............

ze 4 astmatických plicních vzorků se týká účasti tohoto genu v COPD a astmatu. Upregulace u 2 ze 3 vzorků srdce vyjadřuje role v neobstrukčním a obstrukčním DCM.

Downregulace v poolu OA chrupavky a nízká exprese v RA a OA synoviu, OA kosti a chondrocytech svědčí o úloze v osteoartritidě a revmatické artritidě. Downregulace u HIV infikovaných primárních buněčných linií svědčí o úloze v HIV. Upregulace v HSV se týká účasti v herpes simplex viru jako potenciální hostitelský faktor.

Vzorek sbg934114relaxin	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	37,4,40	5,41	0	2,71	3,06	16,34	44,20
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0,73	0	0,37	0,96	52,36	19,11
Nadledvinka Clontech	40,40	0,73	0,69	0,71	0,61	81,97	58,20
Celý mozek Clontech	33,52, 34,72	47,76	24,26	36,01	7,24	6,91	248,69
Fetální mozek Clontech	39,51,40	1,65	0,86	1,26	0,48	103,95	130,46
Mozeček Clontech	40, 39,84	0,99	1,37	1,18	2,17	23,04	27,19
Cervix	40,40	1,05	0	0,53	2,42	20,66	10,85
Tlusté střevo (Colon)	40, 37,31	0	5,7	2,85	2,71	18,45	52,58
Endometrium	40,40	0	0	0,00	0,73	68,21	0,00
Jícen (Esophagus)	40,40	0	0	0,00	1,37	36,50	0,00
Srdce Clontech	38,11,40	3,63	1,31	2,47	1,32	37,88	93,56
Hypothalamus	40,40	0	1,06	0,53	0,32	155,28	82,30
Kyčelník (Ileum)	40, 36,79	0	7,62	3,81	2,58	19,38	73,84
Lačník (Jejunum)	35,14,35,9	19,25	12,54	15,90	6,60	7,58	120,42
Ledvina	40,40	0	0	0,00	2,12	23,58	0,00
Játra	37,25,35,17	5,88	18,92	12,40	1,50	33,33	413,33
Fetální játra Clontech	40, 37,38	0,73	5,47	3,10	10,40	4,81	14,90
Plíce	37,07,40	6,52	0	3,26	2,57	19,46	63,42
Mléčná žláza Clontech	40,40	0	0	0,00	13,00	3,85	0,00
Myometrium	37,95,40	3,98	0	1,99	2,34	21,37	42,52
Předstěra (Omentum)	36,24, 37,04	10,39	6,63	8,51	3,94	12,69	107,99
Vaječník	35,29, 36,26	17,66	10,28	13,97	4,34	11,52	160,94
Slinivka	39,48,40	1,69	0	0,85	0,81	61,80	52,22

• · 9

108

9 9 9 9

99

Hlava slinivky	36,17, 39,82	10,79	1,39	6,09	1,57	31,85	193,95
Příušní žláza	40, 38,66	0	2,67	1,34	5,48	9,12	12,18
Placenta Clontech	40, 36,57	0	8,63	4,32	5,26	9,51	41,02
Prostata	36,91,40	7,14	0	3,57	3,00	16,67	59,50
Konečník (Rectum)	40, 37,34	0	5,61	2,81	1,23	40,65	114,02
Slinná žláza Clontech	40,40	0	0	0,00	7,31	6,84	0,00
Kosterní sval Clontech	40, 39,45	0	1,71	0,86	1,26	39,68	33,93
Kůže	39,2,40	1,98	0	0,99	1,21	41,32	40,91
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,00	0,98	51,07	0,00
Slezina	36,40	11,84	0	5,92	4,92	10,16	60,16
Žaludek	35,48, 39,19	15,9	1,98	8,94	2,73	18,32	163,74
Varlata Clontech	40, 36,09	0	11,27	5,64	0,57	87,87	495,17
Brzlík Clontech	34,34, 36,66	30,03	8,2	19,12	9,89	5,06	96,64
Štítná žláza	40,40	0	0	0,00	2,77	18,05	0,00
Průdušnice Clontech	40, 37,8	0	4,33	2,17	9,71	5,15	11,15
Močový měchýř	40,40	0	0	0,00	5,47	9,14	0,00
Děloha	37,11,35,16	6,36	18,96	12,66	5,34	9,36	118,54
genomový	27,61	1307,98
b-aktin	27,15	1697,68
l,00E+05	19,88	100000
l,00E+05	20,05	100000
l,00E+04	24,01	10000
l,00E+O4	23,92	10000
l,00E+03	27,98	1000
l,00E+03	27,6	1000
l,00E+02	32,89	100
1,OOE+02	32,2	100
l,00E+01	36,1	10
l,00E+01
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ
l,00E-00
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbg934114relaxin	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál, GW98-167	21941	36,1	22,33	44,66	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	36,47	18,37	36,74	colon tumor	-1,22
colon normál, GW98-178	22080	35,7	27,58	55,16	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	38,05	7,98	15,96	colon tumor	-3,46
colon normál GW98-561	23514	33,57	84,85	169,70	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	37,66	9,8	19,60	colon tumor	-8,66
colon normál, GW98-894	24691	36,39	19,09	38,18	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	36,43	18,74	37,48	colon tumor	-1,02
plíce normální GW98-3	20742	32,48	150,6	301,20	plíce normální

/

109 ·· · · · ·

plíce tumor GW98-2	20741	36,65	16,64	33,28	plíce tumor	-9,05
plíce normální GW97-179	20677	33,22	102,07	204,14	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	32,31	164,63	329,26	plíce tumor	1,61
plíce normální GW98-165	21922	32,08	185,96	371,92	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	35,14	37,09	74,18	plíce tumor	-5,01
plíce normální GW98-282	22584	36,41	18,93	37,86	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	35,24	35,13	70,26	plíce tumor	1,86
prs normální GW00-392	28750	34,04	66,25	66,25	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	37,9	8,61	17,22	prs tumor	-3,85
prs normální GW00-413	28798	36,36	19,44	19,44	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	36,79	15,49	30,98	prs tumor	1,59
prs normální GW00235:238	27592-95	36,91	14,52	14,52	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	35,43	31,71	31,71	prs tumor	2,18
prs normální GW98-621	23656	36,26	20,51	41,02	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	35,76	26,68	53,36	prs tumor	1,30
mozek normál, BB99-542	25507	37,99	8,21	16,42	mozek normální,
mozek normál, BB99-406	25509	40	1,41	2,82	mozek normální
mozek normál, BB99-904	25546	40	0	0,00	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	38,65	5,82	11,64	mozek stádium 5 ALZ	1,81
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	37	13,9	27,80	mozek stádium 5 ALZ	4,33
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	37,4	11,24	22,48	mozek stádium 5 ALZ	3,51
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	38	8,19	16,38	mozek stádium 5 ALZ	2,55
CT plíce KC	normální	35,32	33,59	67,18	CT piíce
plíce 26 KC	normální	37,02	13,72	13,72	plíce 26
plíce 27 KC	normální	40	0	0,00	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	39,97	2,78	2,78	plíce 24	-7,81
plíce 28 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 28	-21,71
plíce 23 KC	COPD	39,06	4,67	4,67	plíce 23	-4,65
plíce 25 KC	normální	38,61	5,92	5,92	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	36,02	23,31	23,31	astmatické plíce	1,07
astmatické plíce ODO3433	29323	34,12	63,36	126,72	astmatické plíce	5,84
astmatické plíce ODO3397	29322	33,99	68,06	136,12	astmatické plíce	6,27
astmatické plíce ODO4928	29325	33,77	76,08	152,16	astmatické plíce	7,01
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		38,16	7,54	7,54	endo bFGF	7,54
srdce Clontech	normální	40	0	0,00	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	40	1,36	2,72	srdce T-l	2,72
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	36,31	20,01	40,02	srdceT-14	40,02
srdce (T-3399) DCM	29426	37,17	12,7	25,40	srdce T-3399	25,40
adenoid GW99-269	26162	33,33	96,07	192,14	adenoid
tonsila GW98-280	22582	34,86	42,85	85,70	tonsila
T buňky PC00314	28453	33,48	88,65	177,30	T buňky

·» <*··«

110 • · 9 9

PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		40	0	0,00	monocyt
B buňky PC00665	28455	32,44	153,68	307,36	B buňky
dendritické buňky 28441		35,78	26,47	52,94	dendritické buňky
neutrofily	28440	36,18	21,43	21,43	neutrofily
eosinofily	28446	39,2	4,34	8,68	eosinofily
BM nestimulovaná		39,56	3,6	3,60	BM nestimul,
BM stimulovaná		40	1,34	1,34	BM stimulovaná	-2,69
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc,	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc,
chondrocyty		36,64	16,79	41,98	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	34,75	45,45	45,45	OA Synovium
OA Synovium NP 10/01	29461	36,02	23,28	46,56	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	34,24	59,37	118,74	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	37,88	8,71	17,42	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	36,02	23,22	46,44	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	34,9	41,9	83,80	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	33,59	83,75	83,75	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	37,31	11,8	23,60	OA kost
O A kost Vzorek 2	J. Emory	37,47	10,81	21,62	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	34,61	49,07	98,14	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	40	0	0,00	Chrupavka (pool)	-98,14
PBL neinfikovaný	28441	33,86	72,8	145,60	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	37,08	13,28	26,56	PBL HIVIIIB	-5,48
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	39,01	4,81	9,62	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	31,5	252,68	505,36	MRC5 HSV kmen F	52,53
W12 buňky	29179	39,84	3,1	6,20	W12 buňky
Keratinocyty	29180	39,07	4,64	9,28	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,9	1683,49
genomový		28,13	1492,71
Ι,ΟΟΕ+05		20,5	100000
Ι,ΟΟΕ+05		20,61	100000
Ι,ΟΟΕ+04		24,56	10000
Ι,ΟΟΕ+04		24,17	10000
Ι,ΟΟΕ+03		28,14	1000
Ι,ΟΟΕ+03		28,32	1000
Ι,ΟΟΕ+02		34,26	100
Ι,ΟΟΕ+02		32,76	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		38,07	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		37,53	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	1
NTC		38,42	-1

Název genu sbg934114relaxin

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-1,22

·· «···

111 • · · V • · · • ···· · • · ···· · · ·· 9 9 9

9 9 9

9 9 9 9

9 9 9 9

999 99 99

colon tumor	-3,46
colon tumor	-8,66
colon tumor	-1,02
plíce tumor	-9,05
plíce tumor	1,61
plíce tumor	-5,01
plíce tumor	1,86
prs tumor	-3,85
prs tumor	1,59
prs tumor	2,18
prs tumor	1,30
mozek stádium 5 ALZ	1,81
mozek stádium 5 ALZ	4,33
mozek stádium 5 ALZ	3,51
mozek stádium 5 ALZ	2,55
plíce 24	-7,81
plíce 28	-21,71
plíce 23	-4,65
astmatické plíce	1,07
astmatické plíce	5,84
astmatické plíce	6,27
astmatické plíce	7,01
endo VEGF	0,00
endo bFGF	7,54
srdce T-1	2,72
srdce T-14	40,02
srdce T-3399	25,40
BM stimulovaná	-2,69
osteo diferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	-98,14
PBL HIV IIIB	-5,48
MRC5 HSV kmen F	52,53

Název genu sbg99174LOX-like

Tlumená celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Nejvyšší normální exprese v celém mozku, játrech, kůži, slezině, varlatech. Vykazuje relativně dobrou expresi ve vzorcích ženských reprodukčních orgánů, stejně jako ve vzorcích GI traktu. Nejvyšší chorobná exprese u jednoho z normálních plicních vzorků, jednoho z astmatických plicních vzorků, neutrofilů, eosinofilů, 2 z RA synovia a jednoho vzorku z OA kostních vzorků. Downregulace u 1 ze 4 vzorků plicních nádorů svědčí o možné úloze v rakovině plic. Upregulace u 2 ze 4 nádorů prsu se týká úlohy • · · · · ·

• · · • · · • ···· ·

112 ’ v rakovině prsu. Downregulace u 1 ze 4 vzorků AD mozku s vysokou expresí pozorovanou v mozku svědčí o úloze v Alzheimerově nemoci. Downregulace u 2 ze 3 COPD plicních vzorků se týká úlohy v chronickém.obstrukčním onemocnění plic. Upregulace u. 1 ze 4 astmatických plicních vzorků se týká úlohy v astmatu. Downregulace u 0Ά chrupavky a vysoká exprese v OA a RA synoviu svědčí o možné úloze v osteoartritidě a revmatické artritidě. Potvrzení vysoké exprese v T buňkách poskytuje další důkaz pro úlohu v RA/OA. Tlumená exprese v jiných imunitních buňkách.

Vzorek sbg99174LOXlike	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	39,67, 34,48	0,53	11,91	6,22	3,06	16,34	101,63
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40, 39,75	0,39	0,51	0,45	0,96	52,36	23,56
Nadledvinka Clontech	38,61, 37,69	1	1,75	1,38	0,61	81,97	112,70
Celý mozek Clontech	30,59,31,07	122,95	92,57	107,76	7,24	6,91	744,20
Fetální mozek Clontech	40,40	0	0,29	0,15	0,48	103,95	15,07
Mozeček Clontech	40,40	0,4	0,4	0,40	2,17	23,04	9,22
Cervix	35,77, 40	5,52	0,62	3,07	2,42	20,66	63,43
Tlusté střevo (Colon)	40,39,41	0,34	0,62	0,48	2,71	18,45	8,86
Endometrium	40, 38,65	0	0,98	0,49	0,73	68,21	33,42
Jícen (Esophagus)	40,40	0,35	0,41	0,38	1,37	36,50	13,87
Srdce Clontech	39,33,40	0,65	0	0,33	1,32	37,88	12,31
Hypothalamus	40, 39,54	0	0,58	0,29	0,32	155,28	45,03
Kyčelník (Ileum)	35,42, 35,76	6,79	5,55	6,17	2,58	19,38	119,57
Lačník (Jejunum)	34,13,33,4	14,77	22,9	18,84	6,60	7,58	142,69
Ledvina	40, 37,22	0,68	2,32	1,50	2,12	23,58	35,38
Játra	33,5,33,86	21,47	17,3	19,39	1,50	33,33	646,17
Fetální játra Clontech	32,78, 33,23	33,08	25,33	29,21	10,40	4,81	140,41
Plíce	33,96, 34,44	16,33	12,25	14,29	2,57	19,46	278,02
Mléčná žláza Clontech	35,05, 36,02	8,51	4,76	6,64	13,00	3,85	25,52
Myometrium	35,08, 35,49	8,34	6,52	7,43	2,34	21,37	158,76

• · · ·

113

Předstěra (Omentum)	37,6,35,05	1,83	8,49	5,16	3,94	12,69	65,48
Vaječník	35,57, 32,76	6,21	33,46	19,84	4,34	11,52	228,51
Slinivka	40,40	0	0,42	0,21	0,81	61,80	12,98
Hlava slinivky	40, 38,65	0,56	0,98	0,77	1,57	31,85	24,52
Příušní žláza	35,28,40	7,4	0,64	4,02	5,48	9,12	36,68
Placenta Clontech	40,39,17	0,32	0,72	0,52	5,26	9,51	4,94
Prostata	40, 35,34	0	7,15	3,58	3,00	16,67	59,58
Konečník (Rectum)	37,29, 39,02	2,22	0,78	1,50	1,23	40,65	60,98
Slinná žláza Clontech	40,38,15	0,27	1,32	0,80	7,31	6,84	5,44
Kosterní sval Clontech	40, 38,56	0,56	1,03	0,80	1,26	39,68	31,55
Kůže	35,1,34,19	8,22	14,22	11,22	1,21	41,32	463,64
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0,85	0,43	0,98	51,07	21,71
Slezina	32,2, 32,08	46,76	50,49	48,63	4,92	10,16	494,16
Žaludek	34,28, 34,07	13,5	15,3	14,40	2,73	18,32	263,74
Varlata Clontech	34,05, 32,7	15,46	34,82	25,14	0,57	87,87	2209,14
Brzlík Clontech	33,85, 32,4	17,44	41,71	29,58	9,89	5,06	149,52
Štítná žláza	34,22, 34,29	13,93	13,37	13,65	2,77	18, V	246,39
Průdušnice Clontech	32,51,32,4	38,89	41,53	40,21	9,71	5,15	207,05
Močový měchýř	35,47,40	6,6	0	3,30	5,47	9,14	30,16
Děloha	33,8,33,6	18,01	20,22	19,12	5,34	9,36	178,98
genomový	26,31	1603,29
b-aktin	27,35	860,96
Ι,ΟΟΕ+05	19,71	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,88	100000
l,00E+04	22,98	10000
Ι,ΟΟΕ+04	23,01	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,44	1000
Ι,ΟΟΕ+03	26,54	1000
1,00Ε+02	31,28	100
Ι,ΟΟΕ+02	31,29	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	35,79	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	34,36	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	38,32	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	1
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbg99174LOXlike	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	29,81	184,31	368,62	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	29,25	254,48	508,96	colon tumor	1,38
colon normál. GW98-178	22080	32,06	50,31	100,62	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	31,77	59,28	118,56	colon tumor	1,18
colon normál GW98-561	23514	33,21	25,83	51,66	colon normální

• · · · · ·

114 • · · · · • · · · • · · · · · · • · · • ··· · ···

colon tumor GW98-560	23513	31,74	60,51	121,02	colon tumor	2,34
colon normál. GW98-894	24691	30,17	149,84	299,68	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	29,41	232,23	464,46	colon tumor	1,55
plíce normální GW98-3	20742	25,76	1914,72	3829,44	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	30,12	154,63	309,26	plíce tumor	-12,38
plíce normální GW97-179	20677	29,59	209,5	419,00	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	27,2	835,04	1670,08	plíce tumor	3,99
plíce normální GW98-165	21922	28,22	462,22	924,44	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	29,27	251,87	503,74	plíce tumor	-1,84
plíce normální GW98-282	22584	30,18	149,17	298,34	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	28,47	399,41	798,82	plíce tumor	2,68
prs normální GW00-392	28750	30,24	143,58	143,58	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	30,16	151,08	302,16	prs tumor	2,10
prs normální GW00-413	28798	31,51	68,87	68,87	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	28,91	310,66	621,32	prs tumor	9,02
prs normální GW00235:238	27592-95	40	0	0,00	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	33,55	21,28	21,28	prs tumor	21,28
prs normální GW98-621	23656	31,57	66,56	133,12	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	31,15	84,8	169,60	prs tumor	1,27
mozek normál. BB99-542	25507	29,55	214,38	428,76	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	29,15	270,89	541,78	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	30,48	124,98	249,96	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	33,57	20,99	41,98	mozek stádium 5 ALZ .	-9,69
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	29,89	176,42	352,84	mozek stádium 5 ALZ	-1,15
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	31,65	63,83	127,66	mozek stádium 5 ALZ	-3,19
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	31,04	90,73	181,46	mozek stádium 5 ALZ	-2,24
CT plíce KC	normální	29,94	170,8	341,60	CT plíce
plíce 26 KC	normální	30,63	115,04	115,04	plíce 26
plíce 27 KC	normální	32,22	45,83	45,83	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	34,16	14,91	14,91	plíce 24	-9,21
plíce 28 KC	COPD	33,51	21,7	21,70	plíce 28	-6,33
plíce 23 KC	COPD	32,51	38,67	38,67	plíce 23	-3,55
plíce 25 KC	normální	32,18	46,79	46,79	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	31,84	56,95	56,95	astmatické plíce	-2,41
astmatické plíce ODO3433	29323	31,12	86,42	172,84	astmatické plíce	1,26
astmatické plíce ODO3397	29322	27,13	867,31	1734,62	astmatické plíce	12,63
astmatické plíce ODO4928	29325	30,25	142,92	285,84	astmatické plíce	2,08
endo buňky KC	kontrolní	31,23	81,05	81,05	endo buňky
endo VEGF KC		31,87	56,15	56,15	endo VEGF	-1,44
endo bFGF KC		32,64	35,97	35,97	endo bFGF	-2,25
srdce Clontech	normální	35,46	7,06	14,12	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	35,73	6,03	12,06	srdce T-l	-1,17
srdce (T-l4) neobstrukční DCM	29422	34,34	13,49	26,98	srdceT-14	1,91

• · · · · ·

115

srdce (T-3399) DCM	29426	33,65	20,01	40,02	srdce T-3399	2,83
adenoid GW99-269	26162	31,2	82,69	165,38	adenoid
tonsila GW98-280	22582	30,8	103,96	207,92	tonsila
T buňky PC00314	28453	28,16	480,4	960,80	Tbuňky
PBMNC		30,25	143,11	143,11	PBMNC
monocyt		30,05	160,68	321,36	monocyt
B buňky PC00665	28455	30,75	107,02	214,04	B buňky
dendritické buňky 28441		30,32	137,17	274,34	dendritické buňky
neutrofíly	28440	26,32	1390,87	1390,87	neutrofíly
eosinofily	28446	25,07	2854,44	5708,88	eosinofily
BM nestimulovaná		30,72	109,05	109,05	BM nestimul.
BM stimulovaná		28,61	369,2	369,20	BM stimulovaná	3,39
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc.	-0,28
osteo nediferencovaný		40	0,28	0,28	osteo nediferenc.
chondrocyty		34,3	13,76	34,40	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	27,56	676,63	676,63	OA Synovium
0A Synovium NP10/01	29461	31,41	73,19	146,38	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	28,02	518,05	1036,10	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	27,03	921,88	1843,76	RA Synovium
RA Synovium NP71 /00	28467	27,04	914,02	1828,04	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	29,06	285,08	570,16	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	26,78	1065,84	1065,84	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	30,27	141,07	282,14	OA kost
O A kost Vzorek 2	J. Emory	27,04	917,04	1834,08	OA kost
Chrupavka (pool)	Normál	28,23	461,21	922,42	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	33,16	26,65	53,30	Chrupavka (pool)	-17,31
PBL neinfikovaný	28441	28,72	346,97	693,94	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	28,54	384,02	768,04	PBL HIVIIIB	1,11
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	31,64	64,07	128,14	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	31,53	68,31	136,62	MRC5 HSV kmen F	1,07
W12 buňky	29179	34,44	12,72	25,44	W12 buňky
Keratinocyty	29180	36,02	5,1	10,20	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,2	835,98
genomový		26,76	1073,72
Ι,ΟΟΕ+05		19,13	100000
l,00E+05		19,61	100000
Ι,ΟΟΕ+04		22,79	10000
Ι,ΟΟΕ+04		22,5	10000
Ι,ΟΟΕ+03		26,36	1000
Ι,ΟΟΕ+03		26,23	1000
Ι,ΟΟΕ+02		31,25	100
Ι,ΟΟΕ+02		30,82	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		35,02	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		35,15	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbg99174LOX-like • · · · • ·

116

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,38
colon tumor	1,18
colon tumor	2,34
colon tumor	1,55
plíce tumor	-12,38
plíce tumor	3,99
plíce tumor	-1,84
plíce tumor	2,68
prs tumor	2,10
prs tumor	9,02
prs tumor	21,28
prs tumor	1,27
mozek stádium 5 ALZ	-9,69
mozek stádium 5 ALZ	-L15
mozek stádium 5 ALZ	-3,19
mozek stádium 5 ALZ	-2,24
plíce 24	-9,21
plíce 28	-6,33
plíce 23	-3,55
astmatické plíce	-2,41
astmatické plíce	1,26
astmatické plíce	12,63
astmatické plíce	2,08
endo VEGF	-1,44
endo bFGF	-2,25
srdce T-l	-1,17
srdce T-14	1,91
srdce T-3399	2,83
BM stimulovaná	3,39
osteo diferencovaný	-0,28
chrupavka (pool)	-17,31
PBL HIV IIIB	1,11
MRC5 HSV kmen F	1,07

Název genu sbg995002PIGR (Taqman)

Extrémně nízká celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Nejvyšší normální exprese v tlustém střevě a příušní slinné žláze. Nejvyšší chorobná exprese u jednoho z plicních nádorů a jednoho z nádorů tlustého střeva. Upregulace u 1 ze 4 nádorů tlustého střeva a 1 ze 4 plicních nádorů se týká úloh v rakovině tlustého střeva a plic. Downregulace u 3 ze 4 vzorků AD mozku, stejně jako • · • · · ·

117 vysoká exprese v celém mozku svědčí o úloze v Alzheimerově chorobě. Downregulace u ischemických a neobstrukčních DCM vzorků srdce svědčí o úloze tohoto genu v kardiovaskulárních onemocněních. Upregulace u stimulovaného vzorku kostní dřeně. Upregulace u HSV se týká úlohy v herpes simplex viru jako potenciální hostitelský faktor. Vysoká exprese v neutrofilech a eosinofilech.

Vzorek sbg995002PIGR	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40,40	0	0	0,00	3,06	16,34	0,00
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0	0	0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	36,78,40	11,16	0	5,58	7,24	6,91	38,54
Fetální mozek Clontech	40,40	0	0	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clontech	40,40	0	0	0,00	2,17	23,04	0,00
Cervix	40,40	0	0	0,00	2,42	20,66	0,00
Tlusté střevo (Colon)	37,16,37,12	8,81	9,05	8,93	2,71	18,45	164,76
Endometrium	40,40	0	0	0,00	0,73	68,21	0,00
Jícen (Esophagus)	40,40	0	0	0,00	1,37	36,50	0,00
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	40,40	0	0	0,00	2,58	19,38	0,00
Lačník (Jejunum)	40,40	0	0	0,00	6,60	7,58	0,00
Ledvina	40,40	0	0	0,00	2,12	23,58	0,00
Játra	40, 39,16	0	2,58	1,29	1,50	33,33	43,00
Fetální játra Clontech	40,40	0	0	0,00	10,40	4,81	0,00
Plíce	40,40	0	0	0,00	2,57	19,46	0,00
Mléčná žláza Clontech	40, 39,18	0	2,55	1,28	13,00	3,85	4,90
Myometrium	40,40	0	0	0,00	2,34	21,37	0,00
Předstěra (Omentum)	40, 38,04	0	5,15	2,58	3,94	12,69	32,68
Vaječník	39,29,40	2,37	0	1,19	4,34	11,52	13,65
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	36,7, 37,94	11,72	5,46	8,59	5,48	9,12	78,38

• · · ·

118

Placenta Clontech	40,40	0	0	0,00	5,26	9,51	0,00
Prostata	40,40	0	0	0,00	3,00	16,67	0,00
Konečník (Rectum)	40,40	0	0	0,00	1,23	40,65	0,00
Slinná žláza Clontech	37,23,39,21	8,45	2,5	5,48	7,31	6,84	37,45
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	40,40	0	0	0,00	1,21	41,32	0,00
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,00	0,98	51,07	0,00
Slezina	40, 38,76	1,25	3,3	2,28	4,92	10,16	23,12
Žaludek	40, 39,25	1,25	2,43	1,84	2,73	18,32	33,70
Varlata Clontech	40,40	0	0	0,00	0,57	87,87	0,00
Brzlík Clontech	37,82, 40	5,88	0	2,94	9,89	5,06	14,86
Štítná žláza	40,40	0	0	0,00	2,77	18,05	0,00
Průdušnice Clontech	40,40	0	0	0,00	9,71	5,15	0,00
Močový měchýř	40,40	0	0	0,00	5,47	9,14	0,00
Děloha	38,34, 40	4,27	0	2,14	5,34	9,36	19,99
genomový	29,66	888,99
b-aktin	30,72	462,87
1.00E+05	22,2	100000
Ι,ΟΟΕ+05	22,14	100000
Ι,ΟΟΕ+04	25,72	10000
Ι,ΟΟΕ+04	25,66	10000
1,00Ε+03	29,16	1000
Ι,ΟΟΕ+03	29,07	1000
Ι,ΟΟΕ+02	32,37	100
1,00Ε+Ο2	34,12	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	37,12	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	37,11	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	38,03	-1

Vzorek sbg995002PIGR	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	33,43	149,84	299,68	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	32,49	274,64	549,28	colon tumor	1,83
colon normál. GW98-178	22080	40	0	0,00	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	31,11	675,8	1351,60	colon tumor	1351,60
colon normál GW98-561	23514	37,74	9,09	18,18	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	35,81	31,94	63,88	colon tumor	3,51
colon normál. GW98-894	24691	33,17	177,11	354,22	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	31,61	488,49	976,98	colon tumor	2,76
plíce normální GW98-3	20742	35,48	39,55	79,10	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	28,32	4121,56	8243,12	plíce tumor	104,21
plíce normální GW97-179	20677	36,47	20,69	41,38	plíce normální

• ·

119 • * · • · · • · ·· ·

plíce tumor GW97-178	20676	37,24	12,59	25,18	plíce tumor	-1,64
plíce normální GW98-165	21922	37,32	11,96	23,92	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	36,07	26,9	53,80	plíce tumor	2,25
plíce normální GW98-282	22584	38,49	5,58	11,16	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	37,89	8,24	16,48	plíce tumor	1,48
prs normální GW00-392	28750	39,03	3,93	3,93	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	38,01	7,65	15,30	prs tumor	3,89
prs normální GW00-413	28798	40	0	0,00	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	38,67	4,98	9,96	prs tumor	9,96
prs normální GW00235:238	27592-95	40	0	0,00	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	40	0	0,00	prs tumor	0,00
prs normální GW98-621	23656	36,12	26,13	52,26	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	40	0	0,00	prs tumor	-52,26
mozek normál. BB99-542	25507	37,14	13,43	26,86	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	40	0	0,00	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	40	0	0,00	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	40	0	0,00	mozek stádium 5 ALZ	-8,95
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	40	0,51	1,02	mozek stádium 5 ALZ	-8,78
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	40	0,88	1,76	mozek stádium 5 ALZ	-5,09
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	40	1,9	3,80	mozek stádium 5 ALZ	-2,36
CT plíce KC	normální	36,59	19,23	38,46	CT plíce
plíce 26 KC	normální	40	0	0,00	plíce 26
plíce 27 KC	normální	40	0	0,00	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-9,62
plíce 28 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 28	-9,62
plíce 23 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 23	-9,62
plíce 25 KC	normální	40	0	0,00	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	40	0	0,00	astmatické plíce	-9,62
astmatické plíce ODO3433	29323	38,36	6,1	12,20	astmatické plíce	1,27
astmatické plíce ODO3397	29322	37,29	12,16	24,32	astmatické plíce	2,53
astmatické plíce ODO4928	29325	38,01	7,64	15,28	astmatické plíce	1,59
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		40	0	0,00	endo bFGF	0,00
srdce Clontech	normální	37,85	8,49	16,98	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	40	0	0,00	srdce T-l	-16,98
srdce (T-l4) neobstrukční DCM	29422	40	0	0,00	srdceT-14	-16,98
srdce (T-3399) DCM	29426	39,5	2,9	5,80	srdce T-3399	-2,93
adenoid GW99-269	26162	40	0	0,00	adenoid
tonsila GW98-280	22582	36,35	22,46	44,92	tonsila
T buňky PC00314	28453	36,17	25,23	50,46	T buňky
PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		40	0,45	0,90	monocyt

• · · · · ·

120

B buňky PC00665	28455	40	0,6	1,20	Β buňky
dendritické buňky 28441		38,07	7,37	14,74	dendritické buňky
neutrofily	28440	32,73	236,09	236,09	neutrofily
eosinofíly	28446	33,68	126,65	253,30	eosinofíly
BM nestimulovaná		40	0	0,00	BM nestranil.
BM stimulovaná		36,52	20,1	20,10	BM stimulovaná	20,10
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc.	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		39,61	2,7	6,75	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	39,91	1,59	1,59	OA Synovium
OA Synovium NP10/01	29461	38,98	4,07	8,14	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	36,29	23,27	46,54	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	35,81	31,94	63,88	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	34,79	61,79	123,58	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	35,08	51,15	102,30	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	40	1,12	1,12	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	36,8	16,77	33,54	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	34,72	64,74	129,48	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	37,46	10,93	21,86	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	40	0	0,00	Chrupavka (pool)	-21,86
PBL neinfikovaný	28441	35,05	52,27	104,54	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	37,31	12,04	24,08	PBL HIVIIIB	-4,34
MR.C5 neinfikovaný (100%)	29158	40	0	0,00	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	38,19	6,8	13,60	MRC5 HSV kmen F	13,60
W12 buňky	29179	40	0	0,00	W12 buňky
Keratinocyty	29180	40	0	0,00	Keratinocyty
B-aktin kontrola	B-actin control	29,77	1604,25
genomový	genomic	30,5	1001,61
1.00E+05	Ι,ΟΟΕ+05	22,95	100000
l,00E+05	Ι,ΟΟΕ+05	22,91	100000
Ι,ΟΟΕ+04	l,00E+04	26,49	10000
Ι,ΟΟΕ+04	1.00E+04	26,66	10000
l,00E+03	Ι,ΟΟΕ+03	30,62	1000
Ι,ΟΟΕ+03	1.00E+03	30,43	1000
Ι,ΟΟΕ+02	1,00Ε-+02	36,12	100
Ι,ΟΟΕ+02	Ι,ΟΟΕ+02	34,73	100
Ι,ΟΟΕ+01	Ι,ΟΟΕ+01	38,58	10
Ι,ΟΟΕ+01	Ι,ΟΟΕ+01	38,82	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	37,86	1
NTC	NTC	40	0

Název genu sbg995002PIGR

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,83
colon tumor	1351,60

121 • · · · • · · · ·

9 9 · • ···· · · • · ·

9999 9 ··*

9999

colon tumor	3,51
colon tumor	2,76
plíce tumor	104,21
plíce tumor	-1,64
plíce tumor	2,25
plíce tumor	1,48
prs tumor	3,89
prs tumor	9,96
prs tumor	0,00
prs tumor	-52,26
mozek stádium 5 ALZ	-8,95
mozek stádium 5 ALZ	-8,78
mozek stádium 5 ALZ	-5,09
mozek stádium 5 ALZ	-2,36
plíce 24	-9,62
plíce 28	-9,62
plíce 23	-9,62
astmatické plíce	-9,62
astmatické plíce	1,27
astmatické plíce	2,53
astmatické plíce	1,59
endo VEGF	0,00
endo bFGF	0,00
srdce T-1	-16,98
srdce T-14	-16,98
srdce T-3399	-2,93
BM stimulovaná	20,10
osteo diferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	-21,86
PBL HIV IIIB	-4,34
MRC5 HSV kmen F	13,60

Název genu sbgl033026Clq

Nízká až tlumená celková exprese v normálních a nomocných vzorcích. Nejvyšší normální exprese v subkutánních adipocytech, subkutánní adipózní tkáni, celém mozku a srdci. Nej vyšší chorobná exprese u 3 vzorků srdce. Downregulace u 1 ze 4 vzorků rakoviny plic a upregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny prsu naznačuje úlohu tohoto genu v rakovinách plic a prsu. Upregulace u 2 ze 4 vzorků AD mozku svědčí o úloze v Alzheimerově chorobě. Upregulace u 3 ze 3 vzorků srdce se týká úlohy v kardiovaskulárních onemocněních, jako je neobstrukční a

122 • 00 0· · • · · · « ·00« 0 «

0 ·

000· · 0·0 · obstrukční DCM, stejně jako ischémie. Nízká exprese ve všech imunitních buňkách. Nízká až tlumená exprese v OA synoviu a vzorcích kostí, stejně jako ve vzorcích RA synovia.

Vzorek sbgl03302ÓClq	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	32,32,31,18	11,99	24,91	18,45	3,06	16,34	301,47
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	34,95, 33,78	2,2	4,69	3,45	0,96	52,36	180,37
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	28,5,28,04	140,11	187,98	164,05	7,24	6,91	1132,91
Fetální mozek Clontech	40, 40	0	0	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clontech	40,40	0	0	0,00	2,17	23,04	0,00
Cervix	40,40	0	0	0,00	2,42	20,66	0,00
Tlusté střevo (Colon)	34,82, 38,44	2,39	0,23	1,31	2,71	18,45	24,17
Endometrium	40, 35,09	0	2,01	1,01	0,73	68,21	68,55
Jícen (Esophagus)	40,40	0	0	0,00	1,37	36,50	0,00
Srdce Clontech	32,53,34,31	10,45	3,32	6,89	1,32	37,88	260,80
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	40, 34,55	0	2,85	1,43	2,58	19,38	27,62
Lačník (Jejunum)	33,04, 34,86	7,51	2,33	4,92	6,60	7,58	37,27
Ledvina	40,40	0	0	0,00	2,12	23,58	0,00
Játra	35,81,33,92	1,26	4,28	2,77	1,50	33,33	92,33
Fetální játra Clontech	32,05,40	14,25	0	7,13	10,40	4,81	34,25
Plíce	40,33,51	0	5,58	2,79	2,57	19,46	54,28
Mléčná žláza Clontech	31,05,30,69	27,02	34,2	30,61	13,00	3,85	117,73
Myometrium	33,29,35,1	6,42	2	4,21	2,34	21,37	89,96
Předstěra (Omentum)	34,44, 40	3,07	0	1,54	3,94	12,69	19,48
Vaječník	32,59, 35,04	10,03	2,07	6,05	4,34	11,52	69,70
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	34,63, 33,09	2,71	7,29	5,00	5,48	9,12	45,62
Placenta Clontech	32,77,33,01	8,94	7,7	8,32	5,26	9,51	79,09
Prostata	40,40	0	0	0,00	3,00	16,67	0,00
Konečník (Rectum)	40, 34,44	0	3,06	1,53	1,23	40,65	62,20

·· ····

123 • * · • · · ···· · φ··· · ··♦

Slinná žláza Clontech	32,96,40	7,94	0	3,97	7,31	6,84	27,15
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	40, 33,46	0,6	5,75	3,18	1,21	41,32	131,20
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,00	0,98	51,07	0,00
Slezina	35,65,35	1,4	2,13	1,77	4,92	10,16	17,94
Žaludek	40, 34,73	0	2,54	1,27	2,73	18,32	23,26
Varlata Clontech	40, 35,12	0	1,98	0,99	0,57	87,87	86,99
Brzlík Clontech	32,44,31,57	11,11	19,37	15,24	9,89	5,06	77,05
Štítná žláza	40,40	0	0	0,00	2,77	18,05	0,00
Průdušnice Clontech	34,58,33,56	2,79	5,4	4,10	9,71	5,15	21,09
Močový měchýř	33,45,33,34	5,8	6,21	6,01	5,47	9,14	54,89
Děloha	33,19,32,41	6,82	11,32	9,07	5,34	9,36	84,93
genomový	25,47	981,57
b-aktin	26,87	398,61
Ι,ΟΟΕ+05	18,24	100000
Ι,ΟΟΕ+05	18,35	100000
Ι,ΟΟΕ+04	21,53	10000
1,00Ε+04	21,62	10000
Ι,ΟΟΕ+03	25,17	1000
Ι,ΟΟΕ+03	25,03	1000
Ι,ΟΟΕ+02	30,53	100
Ι,ΟΟΕ+02	30,49	100
1,00Ε+01	30,85	10
Ι,00Ε+01	40	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgl033026Clq	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	27,03	397,15	794,30	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	29,53	91,39	182,78	colon tumor	-4,35
colon normál. GW98-178	22080	30,3	57,81	115,62	colon normální
colon tumor G W98-177	22060	29,31	103,84	207,68	colon tumor	1,80
colon normál GW98-561	23514	28,79	140,64	281,28	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	30,18	62,18	124,36	colon tumor	-2,26
colon normál. GW98-894	24691	28,31	187,28	374,56	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	28,75	143,93	287,86	colon tumor	-1,30
plíce normální GW98-3	20742	28,18	201,78	403,56	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	32,35	17,41	34,82	plíce tumor	-11,59
plíce normální GW97-179	20677	29,94	71,52	143,04	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	28,76	143,36	286,72	plíce tumor	2,00
plíce normální GW98-165	21922	28,69	149,49	298,98	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	31,28	32,63	65,26	plíce tumor	-4,58
plíce normální GW98-282	22584	31,42	30,07	60,14	plíce normální

·· φφφφ φφ φ · φ φ φ

124 • φ φφφφ *

plíce tumor GW98-281	22583	30,33	56,83	113,66	plíce tumor	1,89
prs normální GW00-392	28750	28,72	146,7	146,70	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	27,02	398,56	797,12	prs tumor	5,43
prs normální GW00-413	28798	30,95	39,63	39,63	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	30,58	49,03	98,06	prs tumor	2,47
prs normální GW00235:238	27592-95	32,53	15,6	15,60	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	29,58	88,49	88,49	prs tumor	5,67
prs normální GW98-621	23656	27,5	300,39	600,78	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	29,28	105,43	210,86	prs tumor	-2,85
mozek normál. BB99-542	25507	30,67	46,59	93,18	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	29,54	90,66	181,32	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	31,13	35,58	71,16	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	31,4	30,36	60,72	mozek stádium 5 ALZ	-1,90
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	28,39	177,94	355,88	mozek stádium 5 ALZ	3,09
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	28,92	130,19	260,38	mozek stádium 5 ALZ	2,26
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	28,2	198,98	397,96	mozek stádium 5 ALZ	3,45
CT plíce KC	normální	31,24	33,37	66,74	CT plíce
plíce 26 KC	normální	33,59	8,37	8,37	plíce 26
plíce 27 KC	normální	37,8	0,7	0,70	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	34,56	4,73	4,73	plíce 24	-4,39
plíce 28 KC	COPD	35,39	2,91	2,91	plíce 28	-7,13
plíce 23 KC	COPD	34,74	4,26	4,26	plíce 23	-4,87
plíce 25 KC	normální	33,85	7,19	7,19	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	35,04	3,57	3,57	astmatické plíce	-5,81
astmatické plíce ODO3433	29323	32,44	16,48	32,96	astmatické plíce	1,59
astmatické plíce ODO3397	29322	29,4	98,44	196,88	astmatické plíce	9,49
astmatické plíce ODO4928	29325	31,1	36,23	72,46	astmatické plíce	3,49
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		35,4	2,89	2,89	endo bFGF	2,89
srdce Clontech	normální	29,05	120,78	241,56	srdce
srdce (T-1) ischemické	29417	26,23	633,79	1267,58	srdce T-1	5,25
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	25,74	847,85	1695,70	srdceT-14	7,02
srdce (T-3399) DCM	29426	25,03	1289,37	2578,74	srdce T-3399	10,68
adenoid GW99-269	26162	35,24	3,17	6,34	adenoid
tonsila GW98-280	22582	31	38,35	76,70	tonsila
T buňky PC00314	28453	31,75	24,69	49,38	T buňky
PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		40	0	0,00	monocyt
B buňky PC00665	28455	31,35	31,31	62,62	B buňky
dendritické buňky 28441		32,81	13,25	26,50	dendritické buňky
neutrofily	28440	31,76	24,51	24,51-	neutrofily
eosinofily	28446	33,08	11,29	22,58	eosinofily

·· ·♦··

125 ·· · • · · t * · • ♦ ··· ·

99 9

9 9

9 9

9 9 ·

9 9 9

BM nestimulovaná		36,9	1,19	1,19	BM nestimul.
BM stimulovaná		38,86	0,38	0,38	BM stimulovaná	-3,13
osteo diferencovaný		37,77	0,72	0,72	osteo diferenc.	0,72
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		33,14	10,88	27,20	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	30,61	48,28	48,28	OA Synovium
0A Synovium NP10/01	29461	27,5	300,97	601,94	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	29,28	105,55	211,10	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	30,18	62,3	124,60	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	29,22	109,5	219,00	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	30,06	66,71	133,42	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	32,6	14,99	14,99	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	30,48	52,25	104,50	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	32,31	17,76	35,52	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	30,45	53,05	106,10	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	30,81	43,01	86,02	Chrupavka (pool)	-1,23
PBL neinfíkovaný	28441	30,19	61,92	123,84	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	31,19	34,35	68,70	PBL HIVIIIB	-1,80
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	30,19	62,02	124,04	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	31,13	35,48	70,96	MRC5 HSV kmen F	-1,75
W12 buňky	29179	32	21,32	42,64	W12 buňky
Keratinocyty	29180	33,3	9,92	19,84	Keratinocyty
B-aktin kontrola		26,66	492,23
genomový		24,83	1443,91
l,00E+05		18,12	100000
l,00E+05		18,12	100000
l,00E+04		21,28	10000
1.00E+04		21,31	10000
Ι,ΟΟΕ+03		24,92	1000
Ι,ΟΟΕ+03		24,9	1000
1,00Ε+02		29,22	100
Ι,ΟΟΕ+02		29,26	100
1,00Ε+01		33,13	10
I,00E+01		34,32	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbgl033026Clq

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-4,35
colon tumor	1,80
colon tumor	-2,26
colon tumor	-1,30
plíce tumor	-11,59
plíce tumor	2,00
plíce tumor	-4,58

·· φφφφ

126

ΦΦΦ · φφφ ·· φφφ · φ φφφφ φ · φ φ · φφφφ · · ·· φ · · φφφ φ φ ♦ φ · · · φφ φφ

plíce tumor	1,89
prs tumor	5,43
prs tumor	2,47
prs tumor	5,67
prs tumor	-2,85
mozek stádium 5 ALZ	-1,90
mozek stádium 5 ALZ	3,09
mozek stádium 5 ALZ	2,26
mozek stádium 5 ALZ	3,45
plíce 24	-4,39
plíce 28	-7,13
plíce 23	-4,87
astmatické plíce	-5,81
astmatické plíce	1,59
astmatické plíce	9,49
astmatické plíce	3,49
endo VEGF	0,00
endo bFGF	2,89
srdce T-1	5,25
srdce T-14	7,02
srdce T-3399	10,68
BM stimulovaná	-3,13
osteo diferencovaný	0,72
chrupavka (pool)	-1,23
PBL HIV IIIB	-1,80
MRC5HSV kmenF	-1,75

Název genu sbgl003675RNáza

Neúspěšný pokus.

Název genu sbglO15258PLM

Nízká celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Nejvyšší normální exprese v endometriu, hypothalamu, játrech, tenkém střevě a ve varlatech. Nejvyšší chorobná exprese v jednom z párů prsní normální/prsní tumorový vzorek, v jednom z normálních vzorků mozku, ve dvou vzorcích mozku postiženém Alzheimerovou chorobou, B buňkách a HSV-infikovaných buňkách MRC5. Downregulace u 1 ze 4 vzorků plicního nádoru je postačující pro přiznání úlohy v rakovině plic. Upregulace u 2 ze 4 nádorů prsu naznačuje úlohu v rakovině ·· ·

127 • · • · · • ···· ·· ·· · • ·· • · · • · · • · · · ·· ·· prsu. Downregulace u 2 ze 3 COPD vzorků a v 1 ze 4 vzorků plicního astmatu se týká úlohy v chronickém obstrukčním plicním onemocnění a astmatu. Upregulace ve vzorku obstrukčního DCM srdce svědčí o potenciální úloze v kardiovaskulárním onemocnění. Downregulace ve vzorku stimulované kostní dřeně. Downregulace v poolu OA chrupavky se týká tohoto genu v osteoartritidě. Upregulace v HSVinfikovaných buňkách MRC5 svědčí o tom, že tento gen může být hostitelských faktorem v HSV. Nízká exprese ve všech imunitních buňkách s výjimkou B buněk, které vykazují tlumenou expresi.

Vzorek sbglO15258PLM	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	39,96, 39,32	0,39	0,73	0,56	3,06	16,34	9,15
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	39,61,37,77	0,62	1,84	1,23	0,96	52,36	64,40
Nadledvinka Clontech	36,89, 37,65	3,12	1,98	2,55	0,61	81,97	209,02
Celý mozek Clontech	32,77, 33,06	36,18	30,37	33,28	7,24	6,91	229,80
Fetální mozek Clontech	38,01, 37,52	1,6	2,14	1,87	0,48	103,95	194,39
Mozeček Clontech	38,34, 37,8	1,31	1,81	1,56	2,17	23,04	35,94
Cervix	36,9,37,17	3,1	2,64	2,87	2,42	20,66	59,30
Tlusté střevo (Colon)	35,93, 37,95	5,51	1,66	3,59	2,71	18,45	66,14
Endometrium	34,62,37,51	12,02	2,15	7,09	0,73	68,21	483,29
Jícen (Esophagus)	35,76, 37,39	6,1	2,31	4,21	1,37	36,50	153,47
Srdce Clontech	36,78, 38,53	3,33	1,17	2,25	1,32	37,88	85,23
Hypothalamus	37,12,36,52	2,71	3,87	3,29	0,32	155,28	510,87
Kyčelník (Ileum)	36,15,36,19	4,84	4,72	4,78	2,58	19,38	92,64
Lačník (Jejunum)	34,6, 33,48	12,14	23,65	17,90	6,60	7,58	135,57
Ledvina	37,16,37,9	2,65	1,7	2,18	2,12	23,58	51,30
Játra	34,6, 36,06	12,13	5,11	8,62	1,50	33,33	287,33
Fetální játra Clontech	34,32, 36,91	14,35	3,07	8,71	10,40	4,81	41,88
Plíce	36,94,35,31	3,02	7,98	5,50	2,57	19,46	107,00
Mléčná žláza Clontech	38,03, 36,89	1,58	3,11	2,35	13,00	3,85	9,02
Myometrium	38,44, 38	1,24	1,6	1,42	2,34	21,37	30,34

• · · ·

128 ··

Předstěra (Omentum)	35,41,35,38	7,51	7,64	7,58	3,94	12,69	96,13
Vaječník	34,32, 34,36	14,4	14,07	14,24	4,34	11,52	164,00
Slinivka	36,44, 36,82	4,07	3,25	3,66	0,81	61,80	226,21
Hlava slinivky	37,54, 36,96	2,11	2,98	2,55	1,57	31,85	81,05
Příušní žláza	37,1,35,46	2,75	7,29	5,02	5,48	9,12	45,80
Placenta Clontech	36,07, 35,36	5,08	7,74	6,41	5,26	9,51	60,93
Prostata	37,4, 37,82	2,3	1,79	2,05	3,00	16,67	34,08
Konečník (Rectum)	36,65, 37,39	3,59	2,32	2,96	1,23	40,65	120,12
Slinná žláza Clontech	38,55,39,31	1,16	0,74	0,95	7,31	6,84	6,50
Kosterní sval Clontech	37,59, 36,87	2,06	3,15	2,61	1,26	39,68	103,37
Kůže	38,36,36,33	1,3	4,34	2,82	1,21	41,32	116,53
Tenké střevo Clontech	36,05, 36,76	5,14	3,37	4,26	0,98	51,07	217,31
Slezina	37,62, 35,34	2,02	7,83	4,93	4,92	10,16	50,05
Žaludek	35,8,35,15	5,95	8,76	7,36	2,73	18,32	134,71
Varlata Clontech	35,14,37,08	8,82	2,77	5,80	0,57	87,87	509,23
Brzlík Clontech	35,89, 35,06	5,65	9,22	7,44	9,89	5,06	37,59
Štítná žláza	37,59, 37,2	2,06	2,59	2,33	2,77	18,05	41,97
Průdušnice Clontech	37,52, 37,95	2,14	1,66	1,90	9,71	5,15	9,78
Močový měchýř	37,47, 35,44	2,2	7,38	4,79	5,47	9,14	43,78
Děloha	34,17,34,12	15,66	16,17	15,92	5,34	9,36	149,02
genomový	27,03	1097,52
b-aktin	27,23	974,77
1.00E+05	19,25	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,2	100000
Ι,ΟΟΕ+04	22,99	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,94	10000
Ι,ΟΟΕ+03	27,09	1000
Ι,ΟΟΕ+03	27,28	1000
Ι,ΟΟΕ+02	31,49	100
Ι,ΟΟΕ+02	31,46	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	37,86	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	35,45,	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	37,08	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	37,4	1
NTC	36,45	-1
NTC	36,15	-1

Vzorek sbglO15258PLM	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	35,4	9,91	19,82	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	35,13	11,61	23,22	colon tumor	1,17
colon normál. GW98-178	22080	34,84	13,83	27,66	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	35	12,59	25,18	colon tumor	-1,10
colon normál GW98-561	23514	35,48	9,4	18,80	colon normální

129 •

9 9

9 9

9999

9

99 9 ·«···· • t · · · • · 9 · « 9 9 9 t • 9 · · · • W 99 99

colon tumor GW98-560	23513	36,2	6,14	12,28	colon tumor	-1,53
colon normál. GW98-894	24691	34,53	16,62	33,24	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	34,29	19,25	38,50	colon tumor	1,16
plíce normální GW98-3	20742	34,53	16,69	33,38	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	37,87	2,25	4,50	plíce tumor	-7,42
plíce normální GW97-179	20677	34,59	16,02	32,04	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	34,45	17,43	34,86	plíce tumor	1,09
plíce normální GW98-165	21922	33,89	24,39	48,78	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	35,48	9,43	18,86	plíce tumor	-2,59
plíce normální GW98-282	22584	36,67	4,62	9,24	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	37,87	2,26	4,52	plíce tumor	-2,04
prs normální GW00-392	28750	34,17	20,64	20,64	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	33,54	30,09	60,18	prs tumor	2,92
prs normální GW00-413	28798	39,05	1,11	LU	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	35,01	12,46	24,92	prs tumor	22,45
prs normální GW00235:238	27592-95	40	0,55	0,55	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	35,07	12,02	12,02	prs tumor	21,85
prs normální GW98-621	23656	33	41,58	83,16	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	33,05	40,47	80,94	prs tumor	-1,03
mozek normál. BB99-542	25507	32,73	48,93	97,86	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	33,97	23,34	46,68	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	37,88	2,24	4,48	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	35,92	7,25	14,50	mozek stádium 5 ALZ	-3,43
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	31,57	97,99	195,98	mozek stádium 5 ALZ	3,95
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	36,08	6,57	13,14	mozek stádium 5 ALZ	-3,78
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	32,66	50,98	101,96	mozek stádium 5 ALZ	2,05
CT plíce KC	normální	37,37	3,04	6,08	CT plíce
plíce 26 KC	normální				plíce 26
plíce 27 KC	normální	38,52	1,52	1,52	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-3,07
plíce 28 KC	COPD	37,4	2,99	2,99	plíce 28	-1,03
plíce 23 KC	COPD	39,56	0,82	0,82	plíce 23	-3,74
plíce 25 KC	normální	38,43	1,61	1,61	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	39,45	0,88	0,88	astmatické plíce	-3,49
astmatické plíce ODO3433	29323	36,48	5,19	10,38	astmatické plíce	3,38
astmatické plíce ODO3397	29322	35,56	8,99	17,98	astmatické plíce	5,86
astmatické plíce ODO4928	29325	37,06	3,66	7,32	astmatické plíce	2,38
endo buňky KC	kontrolní	39,29	0,96	0,96	endo buňky
endo VEGF KC		37,65	2,57	2,57	endo VEGF	2,68
endo bFGF KC		40	0,48	0,48	endo bFGF	-2,00
srdce Clontech	normální	40	0,68	1,36	srdce
srdce (T-1) ischemické	29417	39,29	0,96	1,92	srdce T-1	1,41
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	38,21	1,84	3,68	srdceT-14	2,71

• ·

130 • · ··«· · ··· · ·· ··*· • · 9 · • · • · · « « ·· *·

srdce (T-3399) DCM	29426	35,49	9,35	18,70	srdce T-3399	13,75
adenoid GW99-269	26162	39,63	0,78	1,56	adenoid
tonsila GW98-280	22582	34,5	16,92	33,84	tonsila
T buňky PC00314	28453	34,57	16,25	32,50	Tbuňky
PBMNC		37,32	3,13	3,13	PBMNC
monocyt		37,74	2,44	4,88	monocyt
B buňky PC00665	28455	33,32	34,36	68,72	B buňky
dendritické buňky 28441		37,29	3,19	6,38	dendritické buňky
neutrofily	28440	36,01	6,85	6,85	neutrofily
eosinofily	28446	35,38	9,98	19,96	eosinofily
BM nestimulovaná		37,44	2,91	2,91	BM nestimul.
BM stimulovaná		40	0,53	0,53	BM stimulovaná	-5,49
osteo diferencovaný		38,15	1,91	1,91	osteo diferenc.	-1,38
osteo nediferencovaný		37,6	2,64	2,64	osteo nediferenc.
chondrocyty		36,1	6,51	16,28	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	35,58	8,86	8,86	OA Synovium
0A Synovium NP 10/01	29461	35,46	9,54	19,08	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	34,05	22,23	44,46	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	37,92	2,19	4,38	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	35,39	9,92	19,84	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	35,03	12,37	24,74	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	39,98	0,67	0,67	OA kost biobanka
O A kost Vzorek 1	J. Emory	36,06	6,68	13,36	OA kost
O A kost Vzorek 2	J. Emory	39,89	0,67	1,34	OA kost
Chrupavka (pool)	Normál	35,57	8,92	17,84	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	39,5	0,85	1,70	Chrupavka (pool)	-10,49
PBL neinfíkovaný	28441	36,65	4,67	9,34	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	36,94	3,92	7,84	PBL HIVIIIB	-1,19
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	37,54	2,74	5,48	MRC5 neinfikovaný(100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	33,19	37,18	74,36	MRC5 HSV kmen F	13,57
W12 buňky	29179	37,23	3,3	6,60	W12 buňky
Keratinocyty	29180	37,18	3,4	6,80	Keratinocyty
B-aktin kontrola	27,26	1296,8 7
genomový	27,2	1345,3 4
Ι,ΟΟΕ+05	19,44	100000
1.00E+05	19,81	100000
Ι,ΟΟΕ+04	23,63	10000
Ι,ΟΟΕ+04	23,41	10000
Ι,ΟΟΕ+03	27,77	1000
Ι,ΟΟΕ+03	27,89	1000
Ι,ΟΟΕ+02	32,32	100
Ι,ΟΟΕ+02	32,3	100
l,00E+01	36,77	10
l,00E+01	36,39	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	38,06	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	37,56	1
NTC	38,18	-1

Název genu sbglO15258PML

131 ·· · • · · • · · • ···· · • · <··· · ··· • · *

··· ·· ···· • · • · ♦ e · • · ··

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,17
colon tumor	-1,10
colon tumor	-1,53
colon tumor	1,16
plíce tumor	-7,42
plíce tumor	1,09
plíce tumor	-2,59
plíce tumor	-2,04
prs tumor	2,92
prs tumor	22,45
prs tumor	21,85
prs tumor	-1,03
mozek stádium 5 ALZ	-3,43
mozek stádium 5 ALZ	3,95
mozek stádium 5 ALZ	-3,78
mozek stádium 5 ALZ	2,05
plíce 24	-3,07
plíce 28	-1,03
plíce 23	-3,74
astmatické plíce	-3,49
astmatické plíce	3,38
astmatické plíce	5,86
astmatické plíce	2,38
endo VEGF	2,68
endo bFGF	-2,00
srdce T-1	1,41
srdce T-14	2,71
srdce T-3399	13,75
BM stimulovaná	-5,49
osteo diferencovaný	-1,38
chrupavka (pool)	-10,49
PBL HIV IIIB	-1,19
MRC5 HSV kmen F	13,57

Název genu sbgl003328IG (Taqman)

Tlumená celková exprese. Nejvyšší normální exprese v celém mozku, fetálním mozku a mozečku s mírně nižšími hladinami exprese v tlustém střevě a mléčné žláze. Nejvyšší chorobná exprese v tumorových párech tlustého střeva a plic, stejně jako v normálním mozku a mozku postiženém Alzheimerovou chorobou. Signifikantní upregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny prsu s mírnou upregulací u 1 ze 4 vzorků • · · • · · · ··· · · · · · ······ · · ·· · · · · ······

132 ...............

rakoviny prsu se týká úlohy tohoto genu v rakovině prsu. Downregulace u 3 ze 3 COPD vzorků může svědčit o úloze v chronickém obstrukčním plicním onemocnění. Downregulace u 1 ze 4 vzorku astmatu svědčí o potenciální úloze tohoto genu v astmatu. Downregulace v HSV-infikovaných buňkách MRC5 svědčí o tom, že tento gen může mít roli v HSV. Vysoká exprese u 3 ze 3 OA vzorků synovia, 3 ze 3 vzorků RA synovia, 2 ze 2 vzorků OA kostí a potvrzení vysoké exprese v T buňkách a B buňkách se týká účasti tohoto genu v osteoartritidě a revmatické artritidě.

Vzorek sbgl003328IG	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	32,35,32,1	109,15	127,12	118,14	3,06	16,34	1930,31
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	37,92, 40	3,84	0	1,92	0,96	52,36	100,52
Nadledvinka Clontech	38,07, 35,73	3,5	14,32	8,91	0,61	81,97	730,33
Celý mozek Clontech	22,72, 23,09	35640,5	28576,52	32108,51	7,24	6,91	221743,85
Fetální mozek Clontech	33,39, 34,06	58,43	39,04	48,74	0,48	103,95	5066,01
Mozeček Clontech	31,32,31,02	202,49	242,95	222,72	2,17	23,04	5131,80
Cervix	36,36, 35,6	9,78	15,49	12,64	2,42	20,66	261,05
Tlusté střevo (Colon)	30,74,32,11	286,9	125,78	206,34	2,71	18,45	3807,01
Endometrium	34,58, 36,01	28,47	12,11	20,29	0,73	68,21	1384,04
Jícen (Esophagus)	37,54, 36,05	4,82	11,78	8,30	1,37	36,50	302,92
Srdce Clontech	36,23, 36,85	10,56	7,3	8,93	1,32	37,88	338,26
Hypothalamus	40, 36,96	0	6,81	3,41	0,32	155,28	528,73
Kyčelník (Ileum)	34,79, 34,48	25,09	30,4	27,75	2,58	19,38	537,69
Lačník (Jejunum)	30,14,31,02	412,72	242,47	327,60	6,60	7,58	2481,78
Ledvina	33,94, 34,61	41,89	28,12	35,01	2,12	23,58	825,59
Játra	36,11,35,38	11,41	17,61	14,51	1,50	33,33	483,67
Fetální játra Clontech	30,24, 30,27	388,12	381,28	384,70	10,40	4,81	1849,52
Plíce	35,59,35,09	15,59	20,98	18,29	2,57	19,46	355,74
Mléčná žláza Clontech	29,21,28,52	718,74	1090,18	904,46	13,00	3,85	3478,69
Myometrium	33,7,34,11	48,42	37,85	43,14	2,34	21,37	921,69
Předstěra (Omentum)	33,83, 33,57	44,75	52,27	48,51	3,94	12,69	615,61

• ·

133

Vaječník	32,47, 32,34	101,42	109,96	105,69	4,34	11,52	1217,63
Slinivka	38,16,40	3,31	0	1,66	0,81	61,80	102,29
Hlava slinivky	40, 36,68	0	8,07	4,04	1,57	31,85	128,50
Příušní žláza	31,68,31,03	162,92	241,11	202,02	5,48	9,12	1843,20
Placenta Clontech	30,48, 30,82	335,37	274,53	304,95	5,26	9,51	2898,76
Prostata	33,39,32,15	58,39	122,82	90,61	3,00	16,67	1510,08
Konečník (Rectum)	35,95, 35,32	12,5	18,32	15,41	1,23	40,65	626,42
Slinná žláza Clontech	31,25,30,65	211,88	303,2	257,54	7,31	6,84	1761,56
Kosterní sval Clontech	36,61, 37,62	8,44	4,6	6,52	1,26	39,68	258,73
Kůže	36,37, 36,08	9,71	11,56	10,64	1,21	41,32	439,46
Tenké střevo Clontech	36,74,34,51	7,79	29,79	18,79	0,98	51,07	959,65
Slezina	34,78, 35,63	25,25	15,18	20,22	4,92	10,16	205,44
Žaludek	40,35,13	0,88	20,56	10,72	2,73	18,32	196,34
Varlata Clontech	35,01,39,68	22,07	1,33	11,70	0,57	87,87	1028,12
Brzlík Clontech	29,15,29,2	749,23	724,61	736,92	9,89	5,06	3725,58
Štítná žláza	32,02,32,14	133,23	123,77	128,50	2,77	18,05	2319,49
Průdušnice Clontech	31,28,30,17	207,67	405,04	306,36	9,71	5,15	1577,52
Močový měchýř	33,07, 32,91	70,6	78,07	74,34	5,47	9,14	679,48
Děloha	33,01,33,15	73,56	67,48	70,52	5,34	9,36	660,30
genomový	29,15	746,77
b-aktin	30,2	397,52
l,00E+05	21,06	100000
1.00E+05	20,94	100000
l,00E+04	25,06	10000
l,00E+04	24,54	10000
Ι,ΟΟΕ+03	28,32	1000
1.00E+03	28,77	1000
Ι,ΟΟΕ+02	33	100
1,OOE+02	32,74	100
l,00E+01	35,9	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgl003328IG	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	24,26	15509,01	31018,02	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	24,5	13727,44	27454,88	colon tumor	-1,13
colon normál. GW98-178	22080	28,01	2276,97	4553,94	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	27,11	3618,2	7236,40	colon tumor	1,59
colon normál GW98-561	23514	24,47	13993,67	27987,34	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	25,32	9040,47	18080,94	colon tumor	-1,55,
colon normál. GW98-894	24691	24,17	16251,61	32503,22	colon normální

134

colon tumor GW98-893	24690	25,15	9872,46	19744,92	colon tumor	-1,65
plíce normální GW98-3	20742	24,4	14498,52	28997,04	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	24,66	12640,32	25280,64	plíce tumor	-1,15
plíce normální GW97-179	20677	24,12	16680,84	33361,68	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	24,69	12468,91	24937,82	plíce tumor	-1,34
plíce normální GW98-165	21922	25,09	10168,18	20336,36	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	25,49	8296,37	16592,74	plíce tumor	-1,23
plíce normální GW98-282	22584	26,85	4131,52	8263,04	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	26,59	4702	9404,00	plíce tumor	1,14
prs normální GW00-392	28750	25,9	6719,98	6719,98	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	25,04	10402,11	20804,22	prs tumor	3,10
prs normální GW00-413	28798	32,51	226,94	226,94	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	26,37	5261,73	10523,46	prs tumor	46,37
prs normální GW00235:238	27592-95	34,58	78,63	78,63	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	28,45	1812,86	1812,86	prs tumor	23,06
prs normální GW98-621	23656	25,26	9289,36	18578,72	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	25,66	7579,13	15158,26	prs tumor	-1,23
mozek normál. BB99-542	25507	22,52	37845,47	75690,94	mozek normální,
mozek normál. BB99-406	25509	23,07	28574,8	57149,60	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	23,85	19214,49	38428,98	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	25,98	6442,51	12885,02	mozek stádium 5 ALZ	-4,43
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	23,19	26936,06	53872,12	mozek stádium 5 ALZ	-1,06
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	23,42	23948,83	47897,66	mozek stádium 5 ALZ	-1,19
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	24,15	16419,33	32838,66	mozek stádium 5 ALZ	-1,74
CT plíce KC	normální	25,63	7714,35	15428,70	CT plíce
plíce 26 KC	normální	32,34	247,99	247,99	plíce 26
plíce 27 KC	normální	33,71	122,77	122,77	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	32,47	231,47	231,47	plíce 24	-17,21
plíce 28 KC	COPD	32,63	213,14	213,14	plíce 28	-18,70
plíce 23 KC	COPD	31,2	444,95	444,95	plíce 23	-8,96
plíce 25 KC	normální	33,46	139,4	139,40	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	31,6	360,95	360,95	astmatické plíce	-11,04
astmatické plíce ODO3433	29323	28,66	1634,71	3269,42	astmatické plíce	-1,22
astmatické plíce ODO3397	29322	26,36	5294,26	10588,52	astmatické plíce	2,66
astmatické plíce ODO4928	29325	28,23	2033,93	4067,86	astmatické plíce	1,02
endo buňky KC	kontrolní	30,68	580,47	580,47	endo buňky
endo VEGF KC		31,08	471,26	471,26	endo VEGF	-1,23
endo bFGF KC		32,25	259,04	259,04	endo bFGF	-2,24
srdce Clontech	normální	27,28	3312,82	6625,64	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	27,48	2979,22	5958,44	srdce T-l	-1,11
srdce (T-l4) neobstrukční DCM	29422	27,74	2613,8	5227,60	srdceT-14	-1,27
srdce (T-3399) DCM	29426	26,66	4541,38	9082,76	srdce T-3399	1,37
adenoid GW99-269	26162	27,83	2493,31	4986,62	adenoid

• · • ·

135

tonsila GW98-280	22582	25,68	7506,04	15012,08	tonsila
T buňky PC00314	28453	27,18	3487,61	6975,22	T buňky
PBMNC		32,6	216,73	216,73	PBMNC
monocyt		32,27	256,89	513,78	monocyt
B buňky PC00665	28455	27,83	2492,12	4984,24	B buňky
dendritické buňky 28441		26,67	4528,97	9057,94	dendritické buňky
neutrofily	28440	28,4	1862,35	1862,35	neutrofily
eosinofily	28446	31,69	344,59	689,18	eosinofily
BM nestimulovaná		32,04	289,03	289,03	BM nestimul,
BM stimulovaná		30,59	607,18	607,18	BM stimulovaná	2,10
osteo diferencovaný		28,43	1831,57	1831,57	osteo diferenc,	3,42
osteo nediferencovaný		30,83	536	536,00	osteo nediferenc,
chondrocyty		26,74	4368,46	10921,15	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	27,91	2391,03	2391,03	OA Synovium
OA Synovium NP 10/01	29461	27,4	3109,93	6219,86	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	27,05	3729,47	7458,94	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	25,53	8116,96	16233,92	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	26,06	6167,42	12334,84	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	25,35	8888,66	17777,32	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	30,23	729,87	729,87	OA kost biobanka
O A kost Vzorek 1	J. Emory	27,65	2743,38	5486,76	OA kost
O A kost Vzorek 2	J. Emory	28,02	2258,96	4517,92	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	25,82	7006,64	14013,28	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	27,22	3408,61	6817,22	Chrupavka (pool)	-2,06
PBL neinfíkovaný	28441	24,24	15680,49	31360,98	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	25,43	8521,98	17043,96	PBL HIVIIIB	-1.84
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	25,58	7922,19	15844,38	MRC5 neinfíkovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	32,02	291,12	582,24	MRC5 HSV kmen F	-27.21
W12 buňky	29179	26,03	6269,24	12538,48	W12 buňky
Keratinocyty	29180	25,43	8538,15	17076,30	Keratinocyty
B-aktin kontrola		29,74	938,61
genomový		28,79	1522,16
1.00E+05		20,84	100000
l,00E+05		21,4	100000
Ι,ΟΟΕ+04		24,5	10000
Ι,ΟΟΕ+04		25,2	10000
Ι,ΟΟΕ+03		28,45	1000
Ι,ΟΟΕ+03		29,25	1000
Ι,ΟΟΕ+02		35,34	100
1.00Ε+02		33,61	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		38,95	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbgl003328IG • ·

136

9 9

9 9 <

·· ··

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-1,13
colon tumor	1,59
colon tumor	-1,55
colon tumor	-1,65
plíce tumor	-1,15
plíce tumor	-1,34
plíce tumor	-1,23
plíce tumor	1,14
prs tumor	3,10
prs tumor	46,37
prs tumor	23,06
prs tumor	-1,23
mozek stádium 5 ALZ	-4,43
mozek stádium 5 ALZ	-1,06
mozek stádium 5 ALZ	-1,19
mozek stádium 5 ALZ	-1,74
plíce 24	-17,21
plíce 28	-18,70
plíce 23	-8,96
astmatické plíce	-11,04
astmatické plíce	-1,22
astmatické plíce	2,66
astmatické plíce	1,02
endo VEGF	-1,23
endo bFGF	-2,24
srdce T-1	-1,11
srdce T-14	-1,27
srdce T-3399	1,37
BM stimulovaná	2,10
osteo diferencovaný	3,42
chrupavka (pool)	-2,06
PBL HIVIIIB	-1,84
MRC5 HSV kmen F	-27,21

Název genu sbgl020829SGLT

Nízká celková exprese u normálních a nemocných vzorků. Nejvyšší normální exprese v celém mozku, ledvině a thymu. Nejvyšší chorobná exprese v adenoidu, mandli, T buňkách, B buňkách a eosinofilech. Vysoce specifický pro buněčnou imunitu. Downregulace u 1 ze 4 vzorků plicní rakoviny a upregulace u 1 ze 4 vzorků rakoviny prsu naznačuje úlohu v rakovinách plic a prsu. Upregulace u 3 ze 4 vzorků AD mozku svědčí o úloze v Alzheimerově nemoci. Downregulace u • · · ·

137 • · 9 · · · ·· ze 3 COPD vzorků se týká úlohy v chronickém obstrukčním plicním onemocnění. Downregulace ve stimulovaných vzorcích kostní dřeně. Upregulace ve vzorcích diferencovaných osteoblastů. Upregulace v HSV-infikovaných buňkách MRC5 svědčí o tom, že tento gen může být hostitelským faktorem u HSV. Tlumená až vysoká exprese u OA a RA vzorků naznačuje potenciální roli v osteoarfritidě a revmatické artritidě.

Vzorek sbgl020829SGLT	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	37,07, 40	7,33	0	3,67	3,06	16,34	59,89
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0	0	0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	32,13, 32,38	138,5	119,48	128,99	7,24	6,91	890,81
Fetální mozek Clontech	40,40	0	0	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clontech	40,40	0	0	0,00	2,17	23,04	0,00
Cervix	36,13,40	12,82	0	6,41	2,42	20,66	132,44
Tlusté střevo (Colon)	36,93, 36,84	7,97	8,41	8,19	2,71	18,45	151,11
Endometrium	37,45, 37,41	5,84	5,98	5,91	0,73	68,21	403,14
Jícen (Esophagus)	40,40	0	0	0,00	1,37	36,50	0,00
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	36,53,35,17	10,09	22,67	16,38	2,58	19,38	317,44
Lačník (Jejunum)	40, 35,73	0	16,2	8,10	6,60	7,58	61,36
Ledvina	31,93,31,01	155,27	269,39	212,33	2,12	23,58	5007,78
Játra	36,1,35,88	13,05	14,82	13,94	1,50	33,33 '	464,50
Fetální játra Clontech	35,06, 34,36	24,26	36,78	30,52	10,40	4,81	146,73
Plíce	37,24,40	6,63	0	3,32	2,57	19,46	64,49
Mléčná žláza Clontech	34,25, 34,21	39,27	40,17	39,72	13,00	3,85	152,77
Myometrium	38,48,35,31	3,16	20,87	12,02	2,34	21,37	256,73
Předstěra (Omentum)	40, 38,91	0	2,45	1,23	3,94	12,69	15,55
Vaječník	37,87, 37,06	4,56	7,37	5,97	4,34	11,52	68,72
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	36,06, 37,07	13,32	7,31	10,32	5,48	9,12	94,11

• · · ·

138

Placenta Clontech	35,98, 38,73	13,96	2,72	8,34	5,26	9,51	79,28
Prostata	40,40	0	0	0,00	3,00	16,67	0,00
Konečník (Rectum)	40,4	0	0	0,00	1,23	40,65	0,00
Slinná žláza Clontech	37,05, 37,06	7,4	7,36	7,38	7,31	6,84	50,48
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	40,40	0	0	0,00	1,21	41,32	0,00
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,00	0,98	51,07	0,00
Slezina	35,62, 35,72	17,34	16,35	16,85	4,92	10,16	171,19
Žaludek	40,40	0	1,61	0,81	2,73	18,32	14,74
Varlata Clontech	40,40	0	0	0,00	0,57	87,87	0,00
Brzlík Clontech	31,3,31,09	226,24	257,15	241,70	9,89	5,06	1221,92
Štítná žláza	40,40	0	0	0,00	2,77	18,05	0,00
Průdušnice Clontech	36,6, 36,64	9,68	9,44	9,56	9,71	5,15	49,23
Močový měchýř	40,40	0	0	0,00	5,47	9,14	0,00
Děloha	34,64, 36,65	31,06	9,41	20,24	5,34	9,36	189,47
genomový	29,07	853,08
b-aktin	27,08	2793,5
l,00E+05	20,85	100000
l,0OE+O5	21,11	100000
l,00E+04	24,81	10000
Ι,ΟΟΕ+04	24,95	10000
l,00E+03	28,39	1000
l,00E+03	28,9	1000
l,00E+02	34,1	100
Ι,ΟΟΕ+02	32,86	100
1,OOE+Ol	35,52	10
l,00E+01	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgl020829SGLT	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	31,06	206,55	413,10	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	31,18	193,59	387,18	colon tumor	-1,07
colon normál. GW98-178	22080	30,74	244,37	488,74	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	30,37	299,28	598,56	colon tumor	1,22
colon normál GW98-561	23514	29,31	527,04	1054,08	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	31,86	134,48	268,96	colon tumor	-3,92
colon normál. GW98-894	24691	31,84	135,33	270,66	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	31,9	131,57	263,14	colon tumor	-1,03
plíce normální GW98-3	20742	28,81	689,14	1378,28	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	31,91	130,71	261,42	plíce tumor	-5,27
plíce normální GW97-179	20677	30,04	356,26	712,52	plíce normální

• · • ·

139 « ·

plíce tumor GW97-178	20676	29,05	605,73	1211,46	plíce tumor	1,70
plíce normální GW98-165	21922	28,42	852,41	1704,82	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	30,51	277,13	554,26	plíce tumor	-3,08
plíce normální GW98-282	22584	31,23	188,34	376,68	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	30,46	285	570,00	plíce tumor	1,51
prs normální GW00-392	28750	31,14	197,15	197,15	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	32,15	114,65	229,30	prs tumor	1,16
prs normální GW00-413	28798	34,87	26,64	26,64	prs normální
prs tumor GWOO-412	28797	31,83	136,42	272,84	prs tumor	10,24
prs normální GW00235:238	27592-95	36,34	12,09	12,09	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	33,48	56,11	56,11	prs tumor	4,64
prs normální GW98-621	23656	32,39	100,78	201,56	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	31,4	171,82	343,64	prs tumor	1,70
mozek normál. BB99-542	25507	34,49	32,75	65,50	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	34,01	42,2	84,40	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	36,17	13,3	26,60	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	31,16	195,23	390,46	mozek stádium 5 ALZ	6,64
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503'	31,56	157,33	314,66	mozek stádium 5 ALZ	5,35
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	32,62	89,2	178,40	mozek stádium 5 ALZ	3,03
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	33,26	63,43	126,86	mozek stádium 5 ALZ	2,16
CT plíce KC	normální	30,82	234,88	469,76	CT plíce
plíce 26 KC	normální	30,21	325,42	325,42	plíce 26
plíce 27 KC	normální	36,89	9	9,00	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	36,17	13,24	13,24	plíce 24	-15,84
plíce 28 KC	COPD	38,38	4,06	4,06	plíce 28	-51,66
plíce 23 KC	COPD	35,53	18,67	18,67	plíce 23	-11,23
plíce 25 KC	normální	34,37	34,83	34,83	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	33,65	51,41	51,41	astmatické plíce	-4,08
astmatické plíce ODO3433	29323	30,62	260,95	521,90	astmatické plíce	2,49
astmatické plíce ODO3397	29322	31,31	180,14	360,28	astmatické plíce	1,72
astmatické plíce ODO4928	29325	31,14	197,09	394,18	astmatické plíce	1,88
endo buňky KC	kontrolní	32,56	92,23	92,23	endo buňky
endo VEGF KC		33,29	62,39	62,39	endo VEGF	-1,48
endo bFGF KC		32,55	92,65	92,65	endo bFGF	1,00
srdce Clontech	normální	33,17	66,25	132,50	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	33,07	70,16	140,32	srdce T-l	1,06
srdce (T-l4) neobstrukční DCM	29422	34,64	30,13	60,26	srdceT-14	-2,20
srdce (T-3399) DCM	29426	32,53	93,63	187,26	srdce T-3399	1,41
adenoid GW99-269	26162	28,92	650,55	1301,10	adenoid
tonsila GW98-280	22582	27,11	1719,42	3438,84	tonsila
T buňky PC00314	28453	28,05	1037,04	2074,08	T buňky
PBMNC		36,57	10,71	10,71	PBMNC
monocyt		33,22	64,68	129,36	monocyt

• · · • · · · • ·

140 • ·

B buňky PC00665	28455	27,07	1757,79	3515,58	B buňky
dendritické buňky 28441		33,77	48,05	96,10	dendritické buňky
neutrofily	28440	30,71	248,56	248,56	neutrofily
eosinofily	28446	27,3	1549,7	3099,40	eosinofily
BM nestimulovaná		30,06	352,26	352,26	BM nestimul.
BM stimulovaná		34,14	39,39	39,39	BM stimulovaná	-8,94
osteo diferencovaný		36,29	12,42	12,42	osteo diferenc.	12,42
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		32,11	117,39	293,48	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	30,17	331,7	331,70	OA Synovium
OA Synovium NP10/01	29461	32,05	120,98	241,96	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	30,13	339,03	678,06	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	31,28	182,96	365,92	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	29,81	402,34	804,68	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	30,22	324,14	648,28	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	28,45	837,78	837,78	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	30,21	325,03	650,06	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	29,8	406	812,00	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	31,09	203,28	406,56	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	32,18	112,77	225,54	Chrupavka (pool)	-1,80
PBL neinfíkovaný	28441	29,17	567,22	1134,44	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	30,73	246,69	493,38	PBL HIVIIIB	-2,30
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	35,54	18,61	37,22	MRC5 neinfikovaný(100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	30,54	272,3	544,60	MRC5 HSV kmen F	14,63
W12 buňky	29179	32,28	107,25	214,50	W12 buňky
Keratinocyty	29180	34,27	36,84	73,68	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,03	1793,92
genomový		27,77	1204,8
l,00E+05		19,84	100000
l,00E+05		19,86	100000
Ι,ΟΟΕ+04		23,46	10000
Ι,ΟΟΕ+04		23,8	10000
1,00Ε+03		27,45	1000
Ι,ΟΟΕ+03		27,94	1000
Ι,ΟΟΕ+02		33,86	100
Ι,ΟΟΕ+02		31,41	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		36,88	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbgl020829SGLT

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-1,07
colon tumor	1,22
colon tumor	-3,92

9 • · · ·

141

9

9 9

colon tumor	-1,03
plíce tumor	-5,27
plíce tumor	1,70
plíce tumor	-3,08
plíce tumor	1,51
prs tumor	1,16
prs tumor	10,24
prs tumor	4,64
prs tumor	1,70
mozek stádium 5 ALZ	6,64
mozek stádium 5 ALZ	5,35
mozek stádium 5 ALZ	3,03
mozek stádium 5 ALZ	2,16
plíce 24	-15,84
plíce 28	-51,66
plíce 23	-11,23
astmatické plíce	-4,08
astmatické plíce	2,49
astmatické plíce	1,72
astmatické plíce	1,88
endo VEGF	-1,48
endo bFGF	1,00
srdce T-1	1,06
srdce T-14	-2,20
srdce T-3399	1,41
BM stimulovaná	-8,94
osteo diferencovaný	12,42
chrupavka (pool)	-1,80
PBL HIV IIIB	-2,30
MRC5 HSV kmen F	14,63

Název genu sbgl005450UDPGT

Nízká až tlumená celková exprese. Nejvyšší normální exprese v.endometriu, jícnu a slezině s nižšími hladinami exprese v mozečku, hypothalamu, konečníku a děloze.

Nejvyšší chorobná exprese v jednom ze vzorků OA synovia. Downregulace u 1 ze 4 vzorků plicní rakoviny je postačující pro přiznání úlohy v rakovině tlustého střeva. Upregulace u 1 ze 4 vzorků plicní rakoviny naznačuje potenciální roli tohoto genu v rakovině plic. Downregulace u 2 ze 4 vzorků AD mozku svědčí o účasti v Alzheimerově chorobě. Downregulace u 3 ze 3 COPD plicních vzorků a 4 ze 4 vzorků astmatických plic svědčí o účasti v chronickém obstrukčním • · · · · ·

142 • · ♦ • · · • · · • · · · • · · * onemocnění plic a astmatu. Upregulace v HSV-infikovaných buňkách MRC5 svědčí o tom, že tento gen může být hostitelským faktorem u HSV. Tlumená exprese v B buňkách a dendritických buňkách.

Vzorek sbgl005450UDPGT	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40,40	0,15	0,17	0,16	3,06	16,34	2,61
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0	0	0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0,14	0,07	0,61	81,97	5,74
Celý mozek Clontech	33,74, 40	12,07	0	6,04	7,24	6,91	41,68
Fetální mozek Clontech	40,40	0	0	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clontech	32,07, 33,2	32,85	16,64	24,75	2,17	23,04	570,16
Cervix	40,40	0	0	0,00	2,42	20,66	0,00
Tlusté střevo (Colon)	40,35,16	0	5,12	2,56	2,71	18,45	47,23
Endometrium	32,73,31,85	22,19	37,5	29,85	0,73	68,21	2035,81
Jícen (Esophagus)	32,67, 29,39	22,91	165,34	94,13	1,37	36,50	3435,22
Srdce Clontech	37,12,35,03	1,58	5,55	3,57	1,32	37,88	135,04
Hypothalamus	34,08, 40	9,84	0	4,92	0,32	155,28	763,98
Kyčelník (Ileum)	34,35	8,33		8,33	2,58	19,38	161,43
Lačník (Jejunum)	40,40	0	0	0,00	6,60	7,58	0,00
Ledvina	38,89,40	0,54	0	0,27	2,12	23,58	6,37
Játra	36,32,40	2,55	0	1,28	1,50	33,33	42,50
Fetální játra Clontech	36,96	1,74		1,74	10,40	4,81	8,37
Plíce	40,40	0	0	0,00	2,57	19,46	0,00
Mléčná žláza Clontech	40,40	0	0	0,00	13,00	3,85	0,00
Myometrium	40, 38,22	0	0,82	0,41	2,34	21,37	8,76
Předstěra (Omentum)	36,17,40	2,8	0	1,40	3,94	12,69	17,77
Vaječník	40,40	0	0	0,00	4,34	11,52	0,00
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40, 38,35	0	0,75	0,38	L57	31,85	11,94
Příušní žláza	40,40	0	0	0,00	5,48	9,12	0,00
Placenta Clontech	39,06,35,49	0,49	4,22	2,36	5,26	9,51	22,39
Prostata	38,81,40	0,57	0	0,29	3,00	16,67	4,75
Konečník (Rectum)	35,22, 33,25	4,94	16,2	10,57	1,23	40,65	429,67
Slinná žláza Clontech	32,56, 34,56	24,55	7,36	15,96	7,31	6,84	109,13

• · · · · · • ·

143 • » • · • · · • · • ·♦

Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	34,26, 40	8,8	0	4,40	1,21	41,32	181,82
Tenké střevo Clontech	40	0	6,23	3,12	0,98	51,07	159,09
Slezina	40, 27,36	0	560,92	280,46	4,92	10,16	2850,20
Žaludek	33,49,39,12	13,98	0,47	7,23	2,73	18,32	132,33
Varlata Clontech	40,40	0	0	0,00	0,57	87,87	0,00
Brzlík Clontech	40, 35,33	0	4,64	2,32	9,89	5,06	11,73
Štítná žláza	37,18,35,52	1,53	4,13	2,83	2,77	18,05	51,08
Průdušnice Clontech	40,40	0	0	0,00	9,71	5,15	0,00
Močový měchýř	40,40	0	0,16	0,08	5,47	9,14	0,73
Děloha	30,11	106,94	0	53,47	5,34	9,36	500,66
genomový	35,81	3,47
b-aktin	26,86	757,01
l,00E+05	18,99	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,13	100000
Ι,ΟΟΕ+04	22,43	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,31	10000
Ι,ΟΟΕ+03	25,74	1000
Ι,ΟΟΕ+03	25,99	1000
1,00Ε+02	31,47	100
1,00Ε+02	29,82	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	26,02	-1
NTC	40	0

Vzorek sbgl005450UDPGT	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	40	0,17	0,34	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	39,88	0,29	0,58	colon tumor	1,71
colon normál. GW98-178	22080	40	0	0,00	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	40	0	0,00	colon tumor	0,00
colon normál GW98-561	23514	40	0	0,00	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	40	0	0,00	colon tumor	0,00
colon normál. GW98-894	24691	33,84	10,47	20,94	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	40	0	0,00	colon tumor	-20,94
plíce normální GW98-3	20742	40	0	0,00	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	40	0	0,00	plíce tumor	0,00
plíce normální GW97-179	20677	31,67	37,94	75,88	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	33,08	16,47	32,94	plíce tumor	-2,30
plíce normální GW98-165	21922	40	0	0,00	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	40	0	0,00	plíce tumor	0,00
plíce normální GW98-282	22584	40	0	0,00	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	35,03	5,16	10,32	plíce tumor	10,32

φ φ φ φφφφ ·· φφφφ φφ φ φ φ φ φφφ φφφφ φ φ φφφφ φφφ φ φ φφ

144

prs normální GW00-392	28750	32,64	21,38	21,38	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	31,67	37,98	75,96	prs tumor	3,55
prs normální GW00-413	28798	32,54	22,63	22,63	prs normální
prs tumor GWOO-412	28797	29,23	161,71	323,42	prs tumor	14,29
prs normální GW00235:238	27592-95	37,05	1,55	1,55	prs normální
prs tumor GWOO231:234	27588-91	35,03	5,17	5,17	prs tumor	3,34
prs normální GW98-621	23656	34,12	8,87	17,74	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	40	0	0,00	prs tumor	-17,74
mozek normál. BB99-542	25507	34,28	8,05	16,10	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	40	0	0,00	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	40	0	0,00	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	38,8	0,55	1,10	mozek stádium 5 ALZ	-4,88
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	40	0	0,00	mozek stádium 5 ALZ	-5,37
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	36,16	2,64	5,28	mozek stádium 5 ALZ	-1,02
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	40	0	0,00	mozek stádium 5 ALZ	-5,37
CT plíce KC	normální	36,61	2,02	4,04	CT plíce
plíce 26 KC	normální				plíce 26
plíce 27 KC	normální	40	0	0,00	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 24	-1,35
plíce 28 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 28	-1,35
plíce 23 KC	COPD	40	0	0,00	plíce 23	-1,35
plíce 25 KC	normální	40	0	0,00	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	38,19	0,79	0,79	astmatické plíce	-1,70
astmatické plíce ODO3433	29323	36,09	2,76	5,52	astmatické plíce	4,10
astmatické plíce ODO3397	29322	40	0	0,00	astmatické plíce	-1,35
astmatické plíce ODO4928	29325	40	0	0,00	astmatické plíce	-1,35
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		40	0	0,00	endo bFGF	0,00
srdce Clontech	normální	40	0	0,00	srdce
srdce (T-1) ischemické	29417	38,36	0,71	1,42	srdce T-1	1,42
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	40	0	0,00	srdceT-14	0,00
srdce (T-3399) DCM	29426	40	0	0,00	srdce T-3399	0,00
adenoid GW99-269	26162	38,96	0,5	1,00	adenoid
tonsila GW98-280	22582	35,44	4,04	8,08	tonsila
T buňky PC00314	28453	38,83	0,54	1,08	T buňky
PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		35,1	4,94	9,88	monocyt
B buňky PC00665	28455	33,32	14,31	28,62	B buňky
dendritické buňky 28441		32,53	22,85	45,70	dendritické buňky
neutrofily	28440	34,43	7,39	7,39	neutrofily
eosinofily	28446	40	0	0,00	eosinofily
BM nestimulovaná		40	0	0,00	BM nestimul.

145 ·« • · «··· ·

9 9 9

99

BM stimulovaná		34,12	8,87	8,87	BM stimulovaná	8,87
osteo diferencovaný		40	0	0,00	osteo diferenc.	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		34,51	7,05	17,63	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	40	0	0,00	OA Synovium
OA Synovium NP 10/01	29461	27,21	538,51	1077,02	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	33,5	12,85	25,70	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	39,09	0,46	0,92	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	40	0	0,00	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	40	0	0,00	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	40	0	0,00	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J, Emory	35,23	4,59	9,18	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	37,1	1,51	3,02	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	35,45	4,01	8,02	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	40	0	0,00	Chrupavka (pool)	-8,02
PBL neinfikovaný	28441	40	0	0,00	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	40	0	0,00	PBL HIVIIIB	0,00
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	40	0,17	0,34	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	30,15	93,76	187,52	MRC5 HSV kmen F	551,53
W12 buňky	29179	40	0	0,00	W12 buňky
Keratinocyty	29180	35,72	3,44	6,88	Keratinocyty
B-aktin kontrola		26,57	788,4
genomový		25,69	1326,94
Ι,ΟΟΕ+05		18,72	100000
l,0OE+O5		18,74	100000
Ι,ΟΟΕ+04		22,11	10000
l,00E+04		22,15	10000
Ι,ΟΟΕ+03		25,57	1000
l,00E+03		25,54	1000
l,00E+02		31,37	100
Ι,ΟΟΕ+02		29,65	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbg!005450UDPGT

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,71
colon tumor	0,00
colon tumor	0,00
colon, tumor	-20,94
plíce tumor	0,00
plíce tumor	-2,30
plíce tumor	0,00
plíce tumor	10,32

·« ···· • · · • · · • ···· • · ·· ·· ·

146

prs tumor	3,55
prs tumor	14,29
prs tumor	3,34
prs tumor	-17,74
mozek stádium 5 ALZ	-4,88
mozek stádium 5 ALZ	-5,37
mozek stádium 5 ALZ	-1,02
mozek stádium 5 ALZ	-5,37
plíce 24	-1,35
plíce 28	-1,35
plíce 23	-1,35
astmatické plíce	-1,70
astmatické plíce	4,10
astmatické plíce	-1,35
astmatické plíce	-1,35
endo VEGF	0,00
endo bFGF	0,00
srdce T-l	1,42
srdce T-14	0,00
srdce T-3399	0,00
BM stimulovaná	8,87
osteo nediferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	-8,02
PBL HIV IIIB	0,00
MRC5 HSV kmen F	551.53

Název genu sbgl002620TIa

Tlumená celková exprese. Nejvyšší normální exprese u celého mozku, endometria, myometria, placenty a konečníku. Nejvyšší chorobná exprese v jednom z párů vzorků normální/rakovinné tlusté střevo, v normálních vzorcích plic, jednom ze vzorků astmatických plic, neutrofilech, eosinofilech a jednom ze vzorků RA synovia. Exprimován o vysokých hladinách ve všech vzorcích reprezentujících GI trakt, což naznačuje potenciální úlohu tohoto genu v IBS, IBD a Crohnově nemoci. Downregulace u 1 ze 3 COPD plicních vzorků svědčí o úloze v chronickém obstrukčním onemocnění plic. Upregulace u 1 ze 4 vzorků astmatických plic se týká účasti v astmatu. Vysoká exprese v OA synoviu a vzorcích kostí, stejně jako ve vzorcích RA synovia. Rovněž vysoká exprese v chondrocytech. Variabilní exprese v imunitních ·· · · ····

147

buňkách s nejvyšší expresí v neutrofilech a eosinofilech a nejnižší expresí v dendritických buňkách. Potvrzení vysoké exprese v B a T buňkách, stejně jako ve vzorcích OA naznačuje úlohu tohoto genu v osteoartritidě a revmatické artritidě.

Vzorek sbgl002620TIa	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	35,04,34,4	201,66	274,43	238,05	3,06	16,34	3889,62
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	38,03, 38,45	48,67	39,85	44,26	0,96	52,36	2317,28
Nadledvinka Clontech	38,71,38,14	35,25	46,23	40,74	0,61	81,97	3339,34
Celý mozek Clontech	29,27, 29,32	3152,23	3071,49	3111,86	7,24	6,91	21490,75
Fetální mozek Clontech	40, 37,57	0	60,7	30,35	0,48	103,95	3154,89
Mozeček Clontech	39,37,39,14	25,78	28,75	27,27	2,17	23,04	628,23
Cervix	34,05, 34,32	323,57	285,02	304,30	2,42	20,66	6287,09
Tlusté střevo (Colon)	32,64, 32,98	633,12	537,54	585,33	2,71	18,45	10799,45
Endometrium	34,44, 33,84	269,09	357,16	313,13	0,73	68,21	21359,14
Jícen (Esophagus)	35,48, 35,21	163,52	186,15	174,84	1,37	36,50	6380,84
Srdce Clontech	38,67,39,08	35,94	29,52	32,73	1,32	37,88	1239,77
Hypothalamus	40, 40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	33,07, 32,9	516,19	559,94	538,07	2,58	19,38	10427,62
Lačník (Jejunum)	30,58, 30,66	1688,39	1625,61	1657,00	6,60	7,58	12553,03
Ledvina	34,9, 33,68	216,07	385,19	300,63	2,12	23,58	7090,33
Játra	37,17,36,49	73,4	101,31	87,36	1,50	33,33	2911,83
Fetální játra Clontech	33,99, 34,79	332,15	227,82	279,99	10,40	4,81	1346,08
Plíce	34,67,34,06	240,47	321,54	281,01	2,57	19,46	5467,02
Mléčná žláza Clontech	29,3,29,19	3098,36	3272,39	3185,38	13,00	3,85	12251,44
Myometrium	32,45,31,79	692,54	946,75	819,65	2,34	21,37	17513,78
Předstěra (Omentum)	32,88, 33,43	563,23	434,44	498,84	3,94	12,69	6330,39
Vaječník	33,02, 32,92	528,43	553,26	540,85	4,34	11,52	6230,93
Slinivka	37,31,39,81	68,49	20,84	44,67	0,81	61,80	2760,51
Hlava slinivky	38,5,39,16	38,99	28,45	33,72	1,57	31,85	1073,89
Příušní žláza	34,48, 34,22	263,15	298,49	280,82	5,48	9,12	2562,23
Placenta Clontech	31,16,30,91	1280,82	1442,99	1361,91	5,26	9,51	12945,87
Prostata	33,5,33,11	420,13	506,76	463,45	3,00	16,67	7724,08
Konečník (Rectum)	34,48, 33,88	263,61	350,22	306,92	1,23	40,65	12476,22

·· ··*·

148 * « ···* ·

Slinná žláza Clontech	34,48, 34,32	263,4	284,18	273,79	7,31	6,84	1872,71
Kosterní sval Clontech	40, 39,37	0	25,73	12,87	1,26	39,68	510,52
Kůže	35,52,35,13	160,58	193,62	177,10	1,21	41,32	7318,18
Tenké střevo Clontech	36,79, 36,59	87,74	96,5	92,12	0,98	51,07	4704,80
Slezina	34,45,34,51	267,45	260	263,73	4,92	10,16	2680,13
Žaludek	35,16, 33,89	191,03	348,48	269,76	2,73	18,32	4940,57
Varlata Clontech	38,19,37,07	45,22	76,91	61,07	0,57	87,87	5365,99
Brzlík Clontech	33,74, 33,57	374,59	406,79	390,69	9,89	5,06	1975,18
Štítná žláza	34,18,33,46	304,38	427,57	365,98	2,77	18,05	6606,05
Průdušnice Clontech	32,67,31,27	623,94	1213,65	918,80	9,71	5,15	4731,18
Močový měchýř	32,07,31,34	830,04	1176,15	1003,10	5,47	9,14	9169,06
Děloha	31,75,31,37	968,5	1157,09	1062,80	5,34	9,36	9951,26
genomový	31,33	1181,44
b-aktin	28,56	4411,32
l,00E+05	22,12	100000
l,00E+05	22,12	100000
l,00E+04	26,72	10000
1,OOE+04	26,91	10000
l,00E+03	31,28	1000
1,OOE+03	31,5	1000
l,00E+02	36,35	100
l,00E+02	37,09	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	10
l,00E+01	40	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgl002620TIa	Registrační Číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	24,54	22693,01	45386,02	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	24,18	26862,61	53725,22	colon tumor	1,18
colon normál. GW98-178	22080	27,08	6895,34	13790,68	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	28,41	3692,19	7384,38	colon tumor	-1,87
colon normál GW98-561	23514	26,58	8698,68	17397,36	colon normální
colon tumor GW98-560	Λ3513	27,85	4799,22	9598,44	colon tumor	-1,81
colon normál. GW98-894	24691	25,9	11972,57	23945,14	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	28,04	4396,4	8792,80	colon tumor	-2,72
plíce normální GW98-3	20742	24,25	26016,9	52033,80	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	27,64	5300,37	10600,74	plíce tumor	-4,91
plíce normální GW97-179	20677	25,1	17476,66	34953,32	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	25,53	14274,54	28549,08	plíce tumor	-1,22
plíce normální GW98-165	21922	24,62	21917,37	43834,74	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	25,64	13526,49	27052,98	plíce tumor	-1,62
plíce normální GW98-282	22584	27,08	6884,03	13768,06	plíce normální

149 ·· · » 9 *♦ • »· ·· ·· · « · * · · · · · · · ♦ »··· · 9 i · » · · • « * · · · · * ·«·· * ··· ··· ·· ·· ····

plíce tumor GW98-281	22583	25,37	15385,8	30771,60	plíce tumor	2,23
prs normální GW00-392	28750	26,07	11065,25	11065,25	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	26,87	7611,48	15222,96	prs tumor	1,38
prs normální GW00-413	28798	28,65	3294,68	3294,68	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	28,52	3496,94	6993,88	prs tumor	2,12
prs normální GW00235:238	27592-95	29,47	2243,69	2243,69	prs normální
prs tumor GWOO231:234	27588-91	25,83	12385,23	12385,23	prs tumor	5,52
prs normální GW98-621	23656	26,05	11188,07	22376,14	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	26,03	11303,95	22607,90	prs tumor	1,01
mozek normál. BB99-542	25507	27,68	5198,79	10397,58	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	29,81	1909,01	3818,02	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	31,84	735,25	1470,50	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	28,43	3650,66	7301,32	mozek stádium 5 ALZ	1,40
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	29,01	2785,56	5571,12	mozek stádium 5 ALZ	1,07
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	29,65	2059,62	4119,24	mozek stádium 5 ALZ	-1,27
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	30,01	1742,3	3484,60	mozek stádium 5 ALZ	-1,50
CT plíce KC	normální	25,49	14553,17	29106,34	CT plíce
plíce 26 KC	normální	31,8	749,93	749,93	plíce 26
plíce 27 KC	normální	33,35	362,66	362,66	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	30,67	1275,68	1275,68	plíce 24	-6,03
plíce 28 KC	COPD	29,25	2490,39	2490,39	plíce 28	-3,09
plíce 23 KC	COPD	30,11	1661,24	1661,24	plíce 23	-4,63
plíce 25 KC	normální	32,45	553,75	553,75	plíce 25
astmatické plíce 0DO3112	29321	27,3	6215,19	6215,19	astmatické plíce	-1,24
astmatické plíce ODO3433	29323	26,66	8407,3	16814,60	astmatické plíce	2,19
astmatické plíce ODO3397	29322	24,06	28466,73	56933,46	astmatické plíce	7,40
astmatické plíce 0DO4928	29325	26,22	10313,71	20627,42	astmatické plíce	2,68
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		40	0	0,00	endo bFGF	0,00
srdce Clontech	normální	27,58	5449,78	10899,56	srdce
srdce (T-1) ischemické	29417	28,42	3670,86	7341,72	srdce T-1	-1,48
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	27,18	6570,11	13140,22	srdceT-14	1,21
srdce (T-3399) DCM	29426	26,23	10277,2	20554,40	srdce T-3399	1,89
adenoid GW99-269	26162	31,98	688,86	1377,72	adenoid
tonsila GW98-280	22582	29,31	2421,67	4843,34	tonsila
T buňky PC00314	28453	29,53	2178,21	4356,42	T buňky
PBMNC		33,23	383,88	383,88	PBMNC
monocyt		31,07	1057,9	2115,80	monocyt
B buňky PC00665	28455	35,97	106,01	212,02	B buňky
dendritické buňky 28441		33,56	328,62	657,24	dendritické buňky
neutrofily	28440	22,32	64510,36	64510,36	neutrofily
eosinofily	28446	24,18	26910,17	53820,34	eosinofily

150 ·· · · • 9 9 ·· • · · · • ···· · · • · · ···· · ··· • ·· ···· ·· · · 9

9 9 9

9 9 9 9

9 9 9 9

999 99 ·9

BM nestimulovaná		30,35	1480,07	1480,07	BM nestimul.
BM stimulovaná		31,71	782,56	782,56	BM stimulovaná	-1,89
osteo diferencovaný		31,42	895,71	895,71	osteo diferenc.	2,03
osteo nediferencovaný		32,93	440,66	440,66	osteo nediferenc.
chondrocyty		28,98	2820,8	7052,00	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	25,37	15383,84	15383,84	OA Synovium
0A Synovium NP 10/01	29461	27,12	6763,44	13526,88	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	26,48	9130,81	18261,62	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	27,78	4967,23	9934,46	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	24,72	20923,66	41847,32	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	26,15	10658,82	21317,64	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	28,68	3248,19	3248,19	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	27,19	6545,82	13091,64	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	27,24	6384,92	12769,84	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	26,28	10016,65	20033,30	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	26,67	8342,92	16685,84	Chrupavka (pool)	-1,20
PBL neinfikovaný	28441	31,05	1069,84	2139,68	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	31,7	788,06	1576,12	PBL HIVIIIB	-1,36
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	26,37	9631,13	19262,26	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	28,38	3747,38	7494,76	MRC5 HSV kmen F	-2,57
W12 buňky	29179	35,15	155,25	310,50	W12 buňky
Keratinocyty	29180	34,93	172,87	345,74	Keratinocyty
B-aktin kontrola		28,06	4342,74
genomový		30,54	1356,79
1.00E+05		21,39	100000
Ι,ΟΟΕ+05		21,64	100000
Ι,ΟΟΕ+04		26,21	10000
Ι,ΟΟΕ+04		26,24	10000
Ι,ΟΟΕ+03		30,9	1000
1.00Ε+03		30,97	1000
Ι,ΟΟΕ+02		36,34	100
Ι,ΟΟΕ+02		36,22	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbg!002620TIa

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,18
colon tumor	-1,87
colon tumor	-1,81
colon tumor	-2,72
plíce tumor	-4,91
plíce tumor	-1,22
plíce tumor	-1,62

• ·

151

plíce tumor	2,23
prs tumor	1,38
prs tumor	2,12
prs tumor	5,52
prs tumor	1,01
mozek stádium 5 ALZ	1,40
mozek stádium 5 ALZ	1,07
mozek stádium 5 ALZ	-1,27
mozek stádium 5 ALZ	-1,50
plíce 24	-6,03
plíce 28	-3,09
plíce 23	-4,63
astmatické plíce	-1,24
astmatické plíce	2,19
astmatické plíce	7,40
astmatické plíce	2,68
endo VEGF	0,00
endo bFGF	0,00
srdce T-l	-1,48
srdce T-14	1,21
srdce T-3399	1,89
BM stimulovaná	-1,89
osteo diferencovaný	2,03
chrupavka (pool)	-1,20
PBL HIV IIIB	-1,36
MRC5 HSV kmen F	-2,57

Název genu sbgl002620TIb

Tlumená až vysoká úroveň exp^se. Nejvyšší normální exprese v celém mozku, endometriu, lačníku, placentě, thymu a močovém měchýři. Nej vyšší chorobná exprese v jednom z párů vzorků normální/rakovinné tlusté střevo, jednom vzorku normálních plic, jednom ze vzorků astmatických plic, neutrofilech a eosinofilech. Silná exprese ve všech vzorcích GI traktu naznačuje, že tento gen má úlohu v IBS, IBD a Crohnově nemoci. Downregulace u 1 ze 4 vzorků rakoviny plic je postačující pro přiznání úlohy v rakovině plic. Downregulace u 3 ze 3 COPD plicních vzorků svědčí o úloze v chronickém obstrukčním onemocnění plic. Upregulace u 1 ze 4 astmatických plicních vzorků se týká úlohy v astmatu. Upregulace u 2 ze 3 vzorků srdce svědčí o tom, • · · · • · · • · · · ·

152

že tento gen může hrát roli v neobstrukční a obstrukční dilatované kardiální myopatii. Vysoká exrese u RA a OA vzorků synovia, stejně jako vysoká exprese v chondrocytech a T buňkách se týká role tohoto genu v osteoartritidě a revmatické artritidě.

Vzorek sbgl002620TIb	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	31,35,31,44	58,54	55,11	56,83	3,06	16,34	928,51
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	35,12,34,21	5	9,05	7,03	0,96	52,36	367,80
Nadledvinka Clontech	40, 34,29	0	8,61	4,31	0,61	81,97	352,87
Celý mozek Clontech	26,02, 26,06	1897,9	1849,19	1873,55	7,24	6,91	12938,85
Fetální mozek Clontech	40, 36,43	0	2,13	1,07	0,48	103,95	110,71
Mozeček Clontech	40, 36,05	0	2,74	1,37	2,17	23,04	31,57
Cervix	32,23, 33,04	33,11	19,47	26,29	2,42	20,66	543,18
Tlusté střevo (Colon)	30,44, 30,45	105,93	105,29	105,61	2,71	18,45	1948,52
Endometrium	30,86, 30,56	80,75	97,92	89,34	0,73	68,21	6093,79
Jícen (Esophagus)	33,03, 32,34	19,62	30,66	25,14	1,37	36,50	917,52
Srdce Clontech	40, 35,05	0	5,26	2,63	1,32	37,88	99,62
Hypothalamus	40,36,17	0	2,53	1,27	0,32	155,28	196,43
Kyčelník (Ileum)	31,25,30,31	62,52	115,58	89,05	2,58	19,38	1725,78
Lačník (Jejunum)	27,75, 27,93	612,01	543,46	577,74	6,60	7,58	4376,78
Ledvina	32,59,31,86	26,03	42,14	34,09	2,12	23,58	803,89
Játra	34,66, 34,5	6,77	7,52	7,15	1,50	33,33	238,17
Fetální játra Clontech	29,08, 28,58	256,83	356,67	306,75	10,40	4,81	1474,76
Plíce	30,74, 30,68	87,44	90,91	89,18	2,57	19,46	1734,92
Mléčná žláza Clontech	27,49, 26,81	725,02	1132,42	928,72	13,00	3,85	3572,00
Myometrium	31,2,30,29	64,54	117,26	90,90	2,34	21,37	1942,31
Předstěra (Omentum)	31,19,30,12	65,05	130,86	97,96	3,94	12,69	1243,08
Vaječník	30,24, 30,54	120,95	99,3	110,13	4,34	11,52	1268,72
Slinivka	36,01, 36,55	2,81	1,97	2,39	0,81	61,80	147,71
Hlava slinivky	33,95, 35,73	10,72	3,36	7,04	1,57	31,85	224,20
Příušní žláza	32,16,33,16	34,51	18,05	26,28	5,48	9,12	239,78
Placenta Clontech	28,42, 28,02	395,01	512,77	453,89	5,26	9,51	4314,54
Prostata	30,61,31,28	95,23	61,5	78,37	3,00	16,67	1306,08
Konečník (Rectum)	30,5, 30,93	101,73	76,9	89,32	1,23	40,65	3630,69

• · • · • · · ·

153

Slinná žláza Clontech	31,17,31,07	65,95	70,23	68,09	7,31	6,84	465,73
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	34,37,33,12	8,18	18,53	13,36	1,21	41,32	551,86
Tenké střevo Clontech	36,71, 34,96	1,78	5,55	3,67	0,98	51,07	187,18
Slezina	30,54,31,29	99,47	60,88	80,18	4,92	10,16	814,79
Žaludek	32,4,31,53	29,49	52	40,75	2,73	18,32	746,25
Varlata Clontech	34,4, 35,19	8,03	4,79	6,41	0,57	87,87	563,27
Brzlik Clontech	27,18,27,12	888,84	924,29	906,57	9,89	5,06	4583,24
Štítná žláza	32,17,30,89	34,36	79,27	56,82	2,77	18,05	1025,54
Průdušnice Clontech	30,01, 29,25	140,31	230,28	185,30	9,71	5,15	954,15
Močový měchýř	28,33, 27,87	420,47	565,71	493,09	5,47	9,14	4507,22
Děloha	29,09,28,81	255,27	308	281,64	5,34	9,36	2637,03
genomový	27,16	900,78
b-aktin	27,4	769,87
Ι,ΟΟΕ+05	19,87	100000
l,00E+05	19,95	100000
l,00E+04	23,4	10000
l,00E+04	23,39	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,94	1000
Ι,ΟΟΕ+03	26,95	1000
1,00Ε+02	31,02	100
Ι,ΟΟΕ+02	30,96	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	33,46	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgl002620TIb	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	22,85	18631,2	37262,40	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	22,51	23090,96	46181,92	colon tumor	1,24
colon normál. GW98-178	22080	25,49	3620,45	7240,90	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	26,88	1527,3	3054,60	colon tumor	-2,37
colon normál GW98-561	23514	25,37	3901,36	7802,72	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	26,08	2512,21	5024,42	colon tumor	-1,55
colon normál. GW98-894	24691	23,78	10441,49	20882,98	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	25,54	3515,48	7030,96	colon tumor	-2,97
plíce normální GW98-3	20742	22,6	21810,56	43621,12	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	26,19	2349,32	4698,64	plíce tumor	-9,28
plíce normální GW97-179	20677	23,38	13423,28	26846,56	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	24,51	6653,03	13306,06	plíce tumor	-2,02
plíce normální GW98-165	21922	23,68	11120,91	22241,82	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	24,37	7242,32	14484,64	plíce tumor	-1,54
plíce normální GW98-282	22584	25,05	4745,83	9491,66	plíce normální

154

plíce tumor GW98-281	22583	23,57	11943,28	23886,56	plíce tumor	2,52
prs normální GW00-392	28750	24,84	5415,88	5415,88	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	24,98	4973,9	9947,80	prs tumor	1,84
prs normální GW00-413	28798	24,69	5954,77	5954,77	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	26,38	2081,99	4163,98	prs tumor	-1,43
prs normální GW00235:238	27592-95	25,04	4792,18	4792,18	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	23,63	11520,86	11520,86	prs tumor	2,40
prs normální GW98-621	23656	23,22	14836,24	29672,48	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	24,24	7879	15758,00	prs tumor	-1,88
mozek normál. BB99-542	25507	25,16	4447,15	8894,30	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	27,05	1377,71	2755,42	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	29,35	330,53	661,06	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	27,64	956,16	1912,32	mozek stádium 5 ALZ	-2,15
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	27,02	1400,04	2800,08	mozek stádium 5 ALZ	-1,47
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	27,4	1105,21	2210,42	mozek stádium 5 ALZ	-1,86
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	27,1	1336,02	2672,04	mozek stádium 5 ALZ	-1,54
CT plíce KC	normální	23,52	12295,29	24590,58	CT plíce
plíce 26 KC	normální	31,42	91,19	91,19	plíce 26
plíce 27 KC	normální	3234	51,71	51,71	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	31,27	100,29	100,29	plíce 24	-61,80
plíce 28 KC	COPD	28,64	511,37	511,37	plíce 28	-12,12
plíce 23 KC	COPD	30,52	159,17	159,17	plíce 23	-38,94
plíce 25 KC	normální	32,15	57,91	57,91	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	23,19	15086,65	15086,65	astmatické plíce	2,43
astmatické plíce ODO3433	29323	24,76	5706,9	11413,80	astmatické plíce	1,84
astmatické plíce ODO3397	29322	21,71	37760,01	75520,02	astmatické plíce	12,18
astmatické plíce ODO4928	29325	24,16	8255,16	16510,32	astmatické plíce	2,66
endo buňky KC	kontrolní	37,31	2,36	2,36	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	-2,36
endo bFGF KC		35,67	6,54	6,54	endo bFGF	2,77
srdce Clontech	normální	26,32	2170,24	4340,48	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	25,87	2863,04	5726,08	srdce T-l	1,32
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	24,62	6200,03	12400,06	srdceT-14	2,86
srdce (T-3399) DCM	29426	24,06	8775,18	17550,36	srdce T-3399	4,04
adenoid GW99-269	26162	29,2	362,88	725,76	adenoid
tonsila GW98-280	22582	27,24	1222,33	2444,66	tonsila
T buňky PC00314	28453	28,09	723,06	1446,12	T buňky
PBMNC		30,67	145,75	145,75	PBMNC
monocyt		28,42	587,16	1174,32	monocyt
B buňky PC00665	28455	34,17	16,57	33,14	B buňky
dendritické buňky 28441		31,78	72,95	145,90	dendritické buňky
neutrofily	28440	21,46	44297,23	44297,23	neutrofily
eosinofily	28446	22,79	19332,21	38664,42	eosinofily

• · • · · ·

155

BM nestimulovaná		29,22	358,53	358,53	BM nestimul.
BM stimulovaná		31,27	100,39	100,39	BM stimulovaná	-3,57
osteo diferencovaný		30,14	202,25	202,25	osteo diferenc.	4,97
osteo nediferencovaný		32,72	40,67	40,67	osteo nediferenc.
chondrocyty		27,3	1178,3	2945,75	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	23,33	13860,23	13860,23	OA Synovium
OA Synovium NP10/01	29461	25,3	4080,49	8160,98	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	25,23	4253,8	8507,60	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	25,46	3686,62	7373,24	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	23,31	14036,44	28072,88	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	24,28	7658,52	15317,04	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	26,48	1958,1	1958,10	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	25,28	4131,76	8263,52	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	25,23	4242,9	8485,80	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	24,05	8829,67	17659,34	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	24,28	7685,44	15370,88	Chrupavka (pool)	-1,15
PBL neinfíkovaný	28441	29,33	334,71	669,42	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	29,59	283,96	567,92	PBL HIVIIIB	-1,18
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	23,92	9595,12	19190,24	MRC5 neinfíkovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	25,2	4341,36	8682,72	MRC5 HSV kmen F	-2,21
W12 buňky	29179	30,43	168,9	337,80	W12 buňky
Keratinocyty	29180	29,66	272,9	545,80	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,64	956,41
genomový		27,35	1143,39
l,00E+05		20,14	100000
1.00E+05		20,26	100000
l,00E+04		23,6	10000
1.00E+04		24,02	10000
l,00E+03		27,49	1000
l,00E+03		27,5	1000
l,00E+02		31,66	100
l,00E+02		31,01	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genusbgl002620TIb

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,24
colon tumor	-2,37
colon tumor	-1,55
colon tumor	-2,97
plíce tumor	-9,28
plíce tumor	-2,02
plíce tumor	-1,54

• ·

156

plíce tumor	2,52
prs tumor	1,84
prs tumor	-1,43
prs tumor	2,40
prs tumor	-1,88
mozek stádium 5 ALZ	-2,15
mozek stádium 5 ALZ	-1,47
mozek stádium 5 ALZ	-1,86
mozek stádium 5 ALZ	-1,54
plíce 24	-61,80
plíce 28	-12,12
plíce 23	-38,94
astmatické plíce	2,43
astmatické plíce	1,84
astmatické plíce	12,18
astmatické plíce	2,66
endo VEGF	-2,36
endo bFGF	2,77
srdce T-l	1,32
srdce T-14	2,86
srdce T-3399	4,04
BM stimulovaná	-3,57
osteo diferencovaný	4,97
chrupavka (pool)	-1,15
PBL HIV IIIB	-1,18
MRC5 HSV kmen F	-2,21

Název genu sbg!02200MCTa

Tlumená až nízká celková exprese. Nej vyšší normální exprese v subkutánní adipózní tkáni, celém mozku, fetálním mozku, mozečku a fetálních játrech. Nejvyšší chorobná exprese u 2 ze 4 vzorků rakoviny plic, jednoho z normálních vzorků plic, jednoho z normálních vzorků prsu a plicního CT vzorku. Downregulace u 1 ze 4 vzorků rakoviny prsu se týká účasti tohoto genu v rakovině prsu. Downregulace u 3 ze 3 COPD plicních vzorků svědčí o úloze v chronickém obstrukčním onemocnění plic. Tlumená exprese v OA a RA synoviu, stejně jako v PBL, adenoidu, mandli, T buňkách , B buňkách a v chondrocytech naznačuje roli v osteoartritidě a revmatické artritidě.

• · · · · ·

157

Vzorek sbgl02200MCTa	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	36,01, 34,76	3,83	8,04	5,94	3,06	16,34	96,98
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	34,85, 33,96	7,63	12,94	10,29	0,96	52,36	538,48
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	26,05,26,18	1434,25	1331,2	1382,73	7,24	6,91	9549,21
Fetální mozek Clontech	40, 34,46	0	9,63	4,82	0,48	103,95	500,52
Mozeček Clontech	31,7,32,73	49,65	26,9	38,28	2,17	23,04	881,91
Cervix	40,40	0	0	0,00	2,42	20,66	0,00
Tlusté střevo (Colon)	38,55, 38,57	0,84	0,83	0,84	2,71	18,45	15,41
Endometrium	40,40	0	0	0,00	0,73	68,21	0,00
Jícen (Esophagus)	35,23,40	6,09	0	3,05	1,37	36,50	111,13
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	39,8, 40	0,4	0	0,20	0,32	155,28	31,06
Kyčelník (Ileum)	34,16,40	11,53	0	5,77	2,58	19,38	111,72
Lačník (Jejunum)	32,82,33,18	25,46	20,6	23,03	6,60	7,58	174,47
Ledvina	34,23,34,1	11,02	11,9	11,46	2,12	23,58	270,28
Játra	35,35, 37,28	5,65	1,79	3,72	1,50	33,33	124,00
Fetální játra Clontech	29,45,28,98	189,89	250,96	220,43	10,40	4,81	1059,74
Plíce	34,99, 33,43	7,04	17,81	12,43	2,57	19,46	241,73
Mléčná žláza Clontech	31,76,31,05	48,02	73,18	60,60	13,00	3,85	233,08
Myometrium	34,46, 35,22	9,64	6,12	7,88	2,34	21,37	168,38
Předstěra (Omentum)	37,94, 34,13	1,21	11,71	6,46	3,94	12,69	81,98
Vaječník	34,03, 33,43	12,44	17,77	15,11	4,34	11,52	174,02
Slinivka	40,40	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	32,56,31,81,	29,88	46,65	38,27	5,48	9,12	349,13
Placenta Clontech	40,40	0	0	0,00	5,26	9,51	0,00
Prostata	40, 36,21	0	3,39	1,70	3,00	16,67	28,25
Konečník (Rectum)	40, 39,37	0	0,52	0,26	1,23	40,65	10,57
Slinná žláza Clontech	30,6,31,77	95,89	47,76	71,83	7,31	6,84	491,28
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0.00
Kůže	34,47, 35,32	9,58	5,75	7,67	1,21	41,32	316.74
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,00	0,98	51,07	0.00
Slezina	34,1,36,49	11,93	2,87	7,40	4,92	10,16	75.20
Žaludek	35,17,36,07	6,3	3,68	4,99	2,73	18,32	91.39
Varlata Clontech	37,98, 40	1,19	0	0,60	0,57	87,87	52.28
Brzlík Clontech	31,28,30,4	63,69	108,05	85,87	9,89	5,06	434.13
Štítná žláza	33,08, 32,96	21,88	23,47	22,68	2,77	18,05	409.30

·· · • · · • · · · · • · • * · · ·

158

Průdušnice Clontech	32,54,31,34	30,14	61,71	45,93	9,71	5,15	236.48
Močový měchýř	33,91,40	13,32	0	6,66	5,47	9,14	60.88
Děloha	33,71,32,43	15,04	32,13	23,59	5,34	9,36	220.83
genomový	26,3	1237,42
b-aktin	27,49	610,72
l,00E+05	19,18	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,45	100000
l,00E+04	22,6	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,53	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,17	1000
Ι,ΟΟΕ+03	26,19	1000
Ι,ΟΟΕ+02	30,61	100
1,00Ε+02	30,53	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	34,91	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgl02200MCTa	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	28,58	519,72	1039,44	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	30,18	202,86	405,72	colon tumor	-2.56
colon normál. GW98-178	22080	31,39	100,15	200,30	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	29,62	282,42	564,84	colon tumor	2.82
colon normál GW98-561	23514	30,36	183,13	366,26	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	30,45	173,87	347,74	colon tumor	-1.05
colon normál. GW98-894	24691	30,23	196,98	393,96	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	30,35	183,76	367,52	colon tumor	-1.07
plíce normální GW98-3	20742	26,68	1575,72	3151,44	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	28,8	456,47	912,94	plíce tumor	-3.45
plíce normální GW97-179	20677	27,94	754,47	1508,94	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	26,27	2002,28	4004,56	plíce tumor	2.65
plíce normální GW98-165	21922	26,87	1411,09	2822,18	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	29,38	325,51	651,02	plíce tumor	-4.34
plíce normální GW98-282	22584	30	225,32	450,64	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	28,64	502,02	1004,04	plíce tumor	2.23
prs normální GW00-392	28750	28,32	602,59	602,59	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	28,05	709,37	1418,74	prs tumor	2.35
prs normální GW00-413	28798	29,56	292,43	292,43	prs normální
prs tumor GWOO-412	28797	30,05	218,89	437,78	prs tumor	1.50
prs normální GW00235:238	27592-95	30,96	128,91	128,91	prs normální
prs tumor GW00231:234 '	27588-91	30,57	161,3	161,30	prs tumor	1.25

• · · · · ·

159

prs normální GW98-621	23656	27,04	1275,81	2551,62	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	31,35	102,26	204,52	prs tumor	-12.48
mozek normál. BB99-542	25507	28,44	564,32	1128,64	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	29,01	402,37	804,74	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	29,67	274,03	548,06	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	29,6	284,82	569,64	mozek stádium 5 ALZ	-1.45
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	27,92	765,16	1530,32	mozek stádium 5 ALZ	1,85
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	28,74	472,27	944,54	mozek stádium 5 ALZ	1.14
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	29,3	340,25	680,50	mozek stádium 5 ALZ	-1.22
CT plíce KC	normální	26,69	1569,87	3139,74	CT plíce
plíce 26 KC	normální	31,07	120,9	120,90	plíce 26
plíce 27 KC	normální	31,17	113,69	113,69	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	31,8	78,78	78,78	plíce 24	-10.98
plíce 28 KC	COPD	32,79	44,02	44,02	plíce 28	-19.65
plíce 23 KC	COPD	31,35	102,33	102,33	plíce 23	-8.45
plíce 25 KC	normální	31,66	85,57	85,57	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	28,76	467,45	467,45	astmatické plíce	-1.85
astmatické plíce ODO3433	29323	27,73	851,21	1702,42	astmatické plíce	1.97
astmatické plíce ODO3397	29322	27,81	812,68	1625,36	astmatické plíce	1.88
astmatické plíce ODO4928	29325	29,42	317,12	634,24	astmatické plíce	-1.36
endo buňky KC	kontrolní	33,06	37,57	37,57	endo buňky
endo VEGF KC		33,9	22,97	22,97	endo VEGF	-1.64
endo bFGF KC		33,13	36,03	36,03	endo bFGF	-1.04
srdce Clontech	normální	31,1	118,18	236,36	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	31,16	114,67	229,34	srdce T-l	-1.03
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	30,52	166,47	332,94	srdceT-14	1.41
srdce (T-3399) DCM	29426	30,14	208,3	416,60	srdce T-3399	1.76
adenoid GW99-269	26162	29,07	388,9	777,80	adenoid
tonsila GW98-280	22582	28,29	614,82	1229,64	tonsila
T buňky PC00314	28453	29,78	256,1	512,20	T buňky
PBMNC		33,73	25,44	25,44	PBMNC
monocyt		33,52	28,71	57,42	monocyt
B buňky PC00665	28455	28,66	495,36	990,72	B buňky
dendritické buňky 28441		30,81	140,17	280,34	dendritické buňky
neutrofily	28440	30,17	204,92	204,92	neutrofily
eosinofily	28446	34,19,	19,39	38,78	eosinofily
BM nestimulovaná		35,9	7,11	7,11	BM nestimul.
BM stimulovaná		35,77	7,7	7,70	BM stimulovaná	1.08
osteo diferencovaný		34,98	12,18	12,18	osteo diferenc.	2.55
osteo nediferencovaný		36,59	4,77	4,77	osteo nediferenc.
chondrocyty		32,91	41,03	102,58	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	29,16	370,33	370,33	OA Synovium
OA Synovium NP 10/01	29461	30,69	151,13	302,26	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	29,51	301,55	603,10	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	30,36	183,35	366,70	RA Synovium

« 9

160 • · • · · ···· ···· * « ·

RA Synovium NP71/00	28467	29,27	346,61	693,22	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	29,13	376,88	753,76	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	30,47	171,6	171,60	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	30,05	219,19	438,38	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	31,13	116,62	233,24	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	30,65	154,56	309,12	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	32,01	69,39	138,78	Chrupavka (pool)	-2.23
PBL neinfíkovaný	28441	27,91	769,91	1539,82	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	28,14	672,12	1344,24	PBL HIVIIIB	-1.15
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	31,66	85,38	170,76	MRC5 neinfíkovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	30,08	214,88	429,76	MRC5 HSV kmen F	2.52
W12 buňky	29179	33,33	32,15	64,30	W12 buňky
Keratinocyty	29180	30,64	155,16	310,32	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,55	946,64
genomový		26,82	1451,22
l,00E+05		19,71	100000
Ι,ΟΟΕ+05		19,95	100000
Ι,ΟΟΕ+04		23,43	10000
Ι,ΟΟΕ+04		23,38	10000
Ι,ΟΟΕ+03		26,88	1000
Ι,ΟΟΕ+03		26,8	1000
Ι,ΟΟΕ+02		31,99	100
Ι,ΟΟΕ+02		32,15	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		34,99	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbg!02200MCTa

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-2,56
colon tumor	2,82
colon tumor	-1,05
colon tumor	-1,07
plíce tumor	-3,45
plíce tumor	2,65
plíce tumor	-4,34
plíce tumor	2,23
prs tumor	2,35
prs tumor	1,50
prs tumor	1,25
prs tumor	-12,48
mozek stádium 5 ALZ	-1,45
mozek stádium 5 ALZ	1,85
mozek stádium 5 ALZ	1,14
mozek stádium 5 ALZ	-1,22

• · 9999

161 *· · • · • 9

9

9 · • e

plíce 24	-10,98
plíce 28	-19,65
plíce 23	-8,45
astmatické plíce	-1,85
astmatické plíce	1,97
astmatické plíce	1,88
astmatické plíce	-1,36
endo VEGF	-1,64
endo bFGF	-1,04
srdce T-l	-1,03
srdce T-14	1,41
srdce T-3399	1,76
BM stimulovaná	1,08
osteo diferencovaný	2,55
chrupavka (pool)	-2,23
PBL HIV IIIB	-1,15
MRC5 HSV kmen F	2,52

Název genu sbg 102200MCTb

Vysoká až tlumená celková exprese. Nejvyšší normální exprese u celého mozku, jater, fetálních jater a thymu. Nejvyšší chorobná exprese u jednoho z párů vzorků normální/rakovinné tlusté střevo, jednoho z párů vzorků normálních/rakovinných plic, jednoho z astmatických plicních vzorků, v dendritických buňkách a v neinfikovaných a HIV infikovaných buňkách PBL. Upregulace u 2 ze4 vzorků rakoviny prsu je postačující pro přiznání úlohy v rakovině prsu. Upregulace u 1 ze 4 vzorků AD mozku naznačuje potenciální roli v Alzheimerově nemoci. Downregulace u 3 ze 3 COPD plicních vzorků svědčí o úloze v chronickém obstrukčním onemocnění plic. Upregulace u 1 u 4 astmatických plicních vzorků naznačuje potenciální roli tohoto genu v rakovině plic. Vysoká exprese u všech imunitních buněk. Rovněž vysoká až tlumená exprese ve vzorcích OA a RA synovia, vzorcích OA kostí a v chondrocytech svědčí o úloze v osteoartritidě a revmatické artritidě.

162 • · · · • · • · · » ···· ·

Vzorek sbgl02200MCTb	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	CO 00 < ΤΗ y O s? v) & O	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	35,66, 34,05	3,76	10,2	6,98	3,06	16,34	114,05
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,36	0,17	3,07	1,62	0,96	52,36	84,82
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	26,32, 26,41	1192,66	1124,69	1158,6.8	7,24	6,91	8001,90
Fetální mozek Clontech	40, 35,84	0	3,38	1,69	0,48	103,95	175,68
Mozeček Clontech	34,51, 34,28	7,68	8,8	8,24	2,17	23,04	189,86
Cervix	40, 34,34	3,17	8,5	5,84	2,42	20,66	120,56
Tlusté střevo (Colon)	33,67, 35,6	12,86	3,91	8,39	2,71	18,45	154,70
Endometrium	35,32, 34,43	4,66	8,05	6,36	0,73	68,21	433,49
Jícen (Esophagus)	34,27,35,14	8,86	5,19	7,03	1,37	36,50	256,39
Srdce Clontech	40, 35,05	0	5,5	2,75	1,32	37,88	104,17
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	35,29, 33,68	4,74	12,8	8,77	2,58	19,38	169,96
Lačník (Jejunum)	31,23,30,98	57,65	67,22	62,44	6,60	7,58	472,99
Ledvina	34,67, 34,21	6,95	9,2	8,08	2,12	23,58	190,45
Játra	30,76, 30,65	77,12	82,56	79,84	1,50	33,33	2661,33
Fetální játra Clontech	26,8,27,1	885,14	734,31	809,73	10,40	4,81	3892,91
Plíce	40,40	0	0,17	0,09	2,57	19,46	1,65
Mléčná žláza Clontech	31,28,31,37	56,1	52,95	54,53	13,00	3,85	209,71
Myometrium	34,16,36,28	9,48	2,57	6,03	2,34	21,37	128,74
Předstěra (Omentum)	34,18,33,42	9,38	15	12,19	3,94	12,69	154,70
Vaječník	34,21,34,18	9,24	9,39	9,32	4,34	11,52	107,32
Slinivka	40,40	0	0,14	0,07	0,81	61,80	4,33
Hlava slinivky	40, 35,02	0	5,59	2,80	1,57	31,85	89,01
Příušní žláza	31,23,31,9	57,68	38,33	48,01	5,48	9,12	438,00
Placenta Clontech	31,77,33,13	41,33	17,94	29,64	5,26	9,51	281,70
Prostata	39,72, 35,03	0,31	5,56	2,94	3,00	16,67	48,92
Konečník (Rectum)	35,36, 34,34	4,53	8,5	6,52	1,23	40,65	264,84
Slinná žláza Clontech	30,52, 30,54	89,5	88,43	88,97	7,31	6,84	608,52
Kosterní sval Clontech	40,40	0	0	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	40,40	0	0	0,00	L21	41,32	0,00
Tenké střevo Clontech	40, 39,27	0	0,41	0,21	0,98	51,07	10,47
Slezina	34,21,33,54	9,2	13,91	11,56	4,92	10,16	117,43
Žaludek	35,05, 33,62	5,51	13,22	9,37	2,73	18,32	171,52
Varlata Clontech	40,40	0	0	0,00	0,57	87,87	0,00
Brzlík Clontech	28,56, 28,44	299,45	322,02	310,74	9,89	5,06	1570,96
Štítná žláza	31,65,32,3	44,76	29,81	37,29	2,77	18,05	673,01

• · φ ·

163

ΦΦΦ φ φ φφφ · φ φφφφφ φ φ φ φ φφφφ φ φφφ

Průdušnice Clontech	32,3,31,9	29,9	38,28	34,09	9,71	5,15	175,54
Močový měchýř	34,34, 35,02	8,49	5,59	7,04	5,47	9,14	64,35
Děloha	33,07, 34,56	18,62	7,45	13,04	5,34	9,36	122,05
genomový	25,84	1597,08
b-aktin	27,32	643,56
Ι,ΟΟΕ+05	19,22	100000
I,00E+05	19,33	100000
1.00E+04	22,48	10000
l,00E+04	22,95	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,19	1000
l,00E+03	26,37	1000
Ι,ΟΟΕ+02	31,23	100
l,00E+02	30,48	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	32,76	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	35,02	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgl02200MCTb	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	26,48	1723,59	3447,18	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	26,06	2195,04	4390,08	colon tumor	1,27
colon normál. GW98-178	22080	29,03	389,88	779,76	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	27,39	1015,65	2031,30	colon tumor	2,61
colon normál GW98-561	23514	26,74	1478,76	2957,52	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	26,37	1831,8	3663,60	colon tumor	1,24
colon normál. GW98-894	24691	25,58	2918,02	5836,04	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	25	4089,75	8179,50	colon tumor	1,40
plíce normální GW98-3	20742	24,59	5183,31	10366,62	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	24,94	4232,23	8464,46	plíce tumor	-1,22
plíce normální GW97-179	20677	25,73	2672,73	5345,46	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	25,36	3307,37	6614,74	plíce tumor	1,24
plíce normální GW98-165	21922	26,13	2109,28	4218,56	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	25,54	2973,82	5947,64	plíce tumor	1,41
plíce normální GW98-282	22584	27,08	1212,64	2425,28	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	27,45	979,82	1959,64	plíce tumor	-1,24
prs normální GW00-392	28750	26,68	1536,57	1536,57	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	26,58	1626,58	3253,16	prs tumor	2,12
prs normální GW00-413	28798	31,71	81,9	81,90	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	26,57	1632	3264,00	prs tumor	39,85
prs normální GW00235:238	27592-95	32,52	51,1	51,10	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	29,67	268,7	268,70	prs tumor	5,26

• · · ·

164

prs normální GW9 8-621	23656	26,48	1727,44	3454,88	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	25,65	2793,6	5587,20	prs tumor	1,62
mozek normál. BB99-542	25507	28,62	494	988,00	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	29,45	304,68	609,36	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	30,08	211,25	422,50	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	28,75	458,64	917,28	mozek stádium 5 ALZ	1,36
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	26,86	1383,71	2767,42	mozek stádium 5 ALZ	4,11
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	28,02	702,59	1405,18	mozek stádium 5 ALZ	2,09
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	29,57	284,31	568,62	mozek stádium 5 ALZ	-1,18
CT plíce KC	normální	26,58	1624,29	3248,58	CT plíce
plíce 26 KC	normální	34,19	19,27	19,27	plíce 26
plíce 27 KC	normální	32,45	53,23	53,23	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	33	38,6	38,60	plíce 24	-21,75
plíce 28 KC	COPD	32,24	59,95	59,95	plíce 28	-14,01
plíce 23 KC	COPD	32,87	41,63	41,63	plíce 23	-20,17
plíce 25 KC	normální	33,04	37,52	37,52	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	30,13	205,46	205,46	astmatické plíce	-4,09
astmatické plíce ODO3433	29323	27,82	788,82	1577,64	astmatické plíce	1,88
astmatické plíce ODO3397	29322	25,17	3695,43	7390,86	astmatické plíce	8,80
astmatické plíce ODO4928	29325	27,6	894,3	1788,60	astmatické plíce	2,13
endo buňky KC	kontrolní	28,2	633,43	633,43	endo buňky
endoVEGFKC		28,86	429,51	429,51	endo VEGF	-1,47
endo bFGF KC		28,97	403,08	403,08	endo bFGF	-1,57
srdce Clontech	normální	28,83	437,62	875,24	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	28,42	557,54	1115,08	srdce T-l	1,27
srdce (T-l4) neobstrukční DCM	29422	27,72	835,11	1670,22	srdceT-14	1,91
srdce (T-3399) DCM	29426	28,63	493,01	986,02	srdce T-3399	1,13
adenoid GW99-269	26162	27	1269,75	2539,50	adenoid
tonsila GW98-280	22582	26,33	1876,29	3752,58	tonsila
T buňky PC00314	28453	29,15	363,35	726,70	Tbuňky
PBMNC		33,05	37,41	37,41	PBMNC
monocyt		31,49	92,84	185,68	monocyt
B buňky PC00665	28455	26,5	1700,87	3401,74	B buňky
dendritické buňky 28441		24,2	6511,17	13022,34	dendritické buňky
neutrofily	28440	27,01	1262,74	1262,74	neutrofily
eosinofíly	28446	29,23	347,08	694,16	eosinofíly
BM nestimulovaná		30,85	135,01	135,01	BM nestimul.
BM stimulovaná		28,68	478,5	478,50	BM stimulovaná	3,54
osteo diferencovaný		31,03	121,2,	121,20	osteo diferenc.	3,93
osteo nediferencovaný		33,38	30,85	30,85	osteo nediferenc.
chondrocyty		26,63	1579,73	3949,33	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	29,11	371,98	371,98	OA Synovium
OA SynoviumNP 10/01	29461	29,45	304,55	609,10	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	27,83	784,87	1569,74	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	27,31	1063,77	2127,54	RA Synovium

· • ·

165

RA Synovium NP71/00	28467	27,08	1217,21	2434,42	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	26,6	1606,41	3212,82	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	28,65	485,63	485,63	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	28,78	451,74	903,48	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	28,27	607,15	1214,30	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	29,42	310,76	621,52	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	30,09	209,7	419,40	Chrupavka (pool)	-1,48
PBL neinfikovaný	28441	23,85	7997,03	15994,06	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	24,85	4447,34	8894,68	PBL HIVIIIB	-1,80
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	27,02	1258,46	2516,92	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	29,6	278,84	557,68	MRC5 HSV kmen F	-4,51
W12 buňky	29179	27,21	1122,77	2245,54	W12 buňky
Keratinocyty	29180	25,64	2815,12	5630,24	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,78	807,72
genomový		27,04	1246,22
Ι,ΟΟΕ+05		19,69	100000
Ι,ΟΟΕ+05		20,01	100000
Ι,ΟΟΕ+04		23,15	10000
Ι,ΟΟΕ+04		23,2	10000
Ι,ΟΟΕ+03		27,02	1000
Ι,ΟΟΕ+03		26,76	1000
Ι,ΟΟΕ+02		31,45	100
Ι,ΟΟΕ+02		32,39	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		35,72	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		34,74	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0

Název genu sbgl02200MCTb

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,27
colon tumor	2,61
colon tumor	1,24
colon tumor	1,40
plíce tumor	-1,22
plíce tumor	1,24
plíce tumor	1,41
plíce tumor	-1,24
prs tumor	2,12
prs tumor	39,85
prs tumor	5,26
prs tumor	1,62
mozek stádium 5 ALZ	1,36
mozek stádium 5 ALZ	4,11
mozek stádium 5 ALZ	2,09
mozek stádium 5 ALZ	-1,18

166

plíce 24	-21,75
plíce 28	-14,01
plíce 23	-20,17
astmatické plíce	-4,09
astmatické plíce	1,88
astmatické plíce	8,80
astmatické plíce	2,13
endo VEGF	-1,47
endo bFGF	-1,57
srdce T-l	1,27
srdce T-14	1,91
srdce T-3399	1,13
BM stimulovaná	3,54
osteo diferencovaný	3,93
chrupavka (pool)	-1,48
PBL HIV IIIB	-1,80
MRC5 HSV kmen F	-4,51

Název genu sbgl020380LYG

Neúspěšný pokus

Název genu sbgl007026SGLT

Dobrá až tlumená celková exprese. Nejvyšší normální exprese je pozorována v celém mozku, mozečku, hypothalamu, lačníku, fetálních játrech, konečníku a děloze. Tento gen vykazuje systémově specifickou expesi ve vzorcích reprezentujících centrální nervový systém, ženské reprodukční orgány a GI trakt. Exprese pozorovaná v chorobných vzorcích potvrzuje expresi pozorovanou v normálních vzorcích s nejvyššími hladinami exprese zjištěnými v normálních vzorcích mozku a ve vzorcích mozku s Alzheimerovou nemocí. Upregulace u 1 ze 4 vzorků rakoviny tlustého střeva a u 2 ze 4 vzorků rakoviny prsu, stejně jako dowregulace u 1 ze 4 vzorků rakoviny plic znamená potenciální úlohu tohoto genu v rakovině tlustého střeva a prsu. Downregulace u 2 ze 4 vzorků mozku postižených Alzheimerovou chorobou se týká úlohy v Alzheimerově chorobě. Downregulace u 3 ze 3 COPD vzorků a • · · ·

0 0 · 0 000

000000 · 0 00 0

0 0 0 0 0 0

167 ..............* upregulace u 2 ze 4 vzorků astmatických plic svědčí o potenciální roli tohoto genu v chronické obstrukční plicní poruše. Upregulace u linie endotelových buněk ošetřených VEGF se týká možné úlohy tohoto genu v angiogenezi.

Downregulován ve vzorcích stimulované kostní dřeně. Vysoká exprese ve vzorcích RA a OA synovia, OA vzorcích kostí a v chondrocytech s potvrzenou vysokou expresí v T buňkách, B buňkách, neutrofilech a eosinofilech se týká úlohy tohoto genu v osteoartritidě a revmatické artritidě.

Vzorek sbgl007026SGLT	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40,40	0	0	0,00	3,06	16,34	0,00
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0	0,1	0,05	0,96	52,36	2,62
Nadledvinka Clontech	40, 38,76	0	0,31	0,16	0,61	81,97	12,70
Celý mozek Clontech	23,01,22,63	3438,45	4301,69	3870,07	7,24	6,91	26727,00
Fetální mozek Clontech	35,91,39,16	1,66	0,24	0,95	0,48	103,95	98,75
Mozeček Clontech	34,55, 32,7	3,71	11,08	7,40	2,17	23,04	170,39
Cervix	34,21,34,61	4,54	3,58	4,06	2,42	20,66	83,88
Tlusté střevo (Colon)	33,44, 33,7	7,16	6,14	6,65	2,71	18,45	122,69
Endometrium	34,88,40	3,05	0,1	1,58	0,73	68,21	107,44
Jícen (Esophagus)	40,40	0	0,1	0,05	1,37	36,50	1,82
Srdce Clontech	39,63, 39,53	0,18	0,19	0,19	1,32	37,88	7,01
Hypothalamus	40, 35,34	0	2,33	1,17	0,32	155,28	180,90
Kyčelník (Ileum)	40,40	0	0	0,00	2,58	19,38	0,00
Lačník (Jejunum)	30,1,30,34	51,59	44,92	48,26	6,60	7,58	365,57
Ledvina	33,49,40	6,96	0	3,48	2,12	23,58	82,08
Játra	40, 33,7	0	6,15	3,08	1,50	33,33	102,50
Fetální játra Clontech	29,58,29,41	70,26	77,58	73,92	10,40	4,81	355,38
Plíce	35,61,37,83	1,98	0,53	1,26	2,57	19,46	24,42
Mléčná žláza Clontech	33,05, 34,04	9,02	5,03	7,03	13,00	3,85	27,02
Myometrium	33,63,34,13	6,38	4,77	5,58	2,34	21,37	119,12
Předstěra (Omentum)	40,40	0	0	0,00	3,94	12,69	0,00'
Vaječník	35,38,37,6	2,27	0,61	1,44	4,34	11,52	16,59
Slinivka	40,37,1	0	0,82	0,41	0,81	61,80	25,34

168

Hlava slinivky	35,45, 36,72	2,18	1,03	1,61	1,57	31,85	51,11
Příušní žláza	36,88, 40	0,94	0	0,47	5,48	9,12	4,29
Placenta Clontech	33,84, 38,46	5,66	0,37	3,02	5,26	9,51	28,66
Prostata	38,76,37,12	0,31	0,81	0,56	3,00	16,67	9,33
Konečník (Rectum)	36,18,33,82	1,42	5,7	3,56	1,23	40,65	144,72
Slinná žláza Clontech	38,36, 39,93	0,39	0,12	0,26	7,31	6,84	1,74
Kosterní sval Clontech	35,69, 36,23	1,9	1,38	1,64	1,26	39,68	65,08
Kůže	39,51,40	0,2	0,09	0,15	1,21	41,32	5,99
Tenké střevo Clontech	40, 36,04	0,1	1,53	0,82	0,98	51,07	41,62
Slezina	33,51,38,51	6,87	0,36	3,62	4,92	10,16	36,74
Žaludek	34,14,34,19	4,73	4,59	4,66	2,73	18,32	85,35
Varlata Clontech	35,81,40	1,76	0,11	0,94	0,57	87,87	82,16
Brzlík Clontech	33,26, 32,49	7,96	12,55	10,26	9,89	5,06	51,85
Štítná žláza	40, 39,9	0,08	0,16	0,12	2,77	18,05	2,17
Průdušnice Clontech	34,25, 33,8	4,42	5,77	5,10	9,71	5,15	26,24
Močový měchýř	39,95, 36,54	0,1	1,14	0,62	5,47	9,14	5,67
Děloha	33,31,23	9,3	26,52	17,91	5,34	9,36	167,70
genomový	24,72	1251,19
b-aktin	25,89	625,04
Ι,ΟΟΕ+05	17,54	100000
Ι,ΟΟΕ+05	17,65	100000
Ι,ΟΟΕ+04	21,03	10000
Ι,ΟΟΕ+04	20,92	10000
Ι,ΟΟΕ+03	24,87	1000
Ι,ΟΟΕ+03	24,96	1000
Ι,ΟΟΕ+02	29,1	100
Ι,ΟΟΕ+02	29,04	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	32,05	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	33,51	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	36,41	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	37,41	1
NTC	40	0
NTC	40	-1

Vzorek sbgl007026SGLT	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	29,22	127,1	254,20	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	31,07	44,11	88,22	colon tumor	-2,88
colon normál. GW98-178	22080	38,41	0,65	1,30	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	31,17	41,5	83,00	colon tumor	63,85
colon normál GW98-561	23514	31,21	40,69	81,38	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	33,06	14,04	28,08	colon tumor	-2,90
colon normál. GW98-894	24691	29,63	100,41	200,82	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	32,22	22,7	45,40	colon tumor	-4,42
plíce normální GW98-3	20742	29,8	91,46	182,92	plíce normální

169

plíce tumor GW98-2	20741	34,26	7,02	14,04	plíce tumor	-13,03
plíce normální GW97-179	20677	29,59	103,13	206,26	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	29,84	89,09	178,18	plíce tumor	-1,16
plíce normální GW98-165	21922	29,6	102,46	204,92	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	30,8	51,53	103,06	plíce tumor	-1,99
plíce normální GW98-282	22584	32,53	18,97	37,94	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	32,29	21,8	43,60	plíce tumor	1,15
prs normální GW00-392	28750	28,77	164,85	164,85	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	30,64	56,21	112,42	prs tumor	-1,47
prs normální GW00-413	28798	34,49	6,17	6,17	prs normální
prs tumor GWOO-412	28797	30,37	65,97	131,94	prs tumor	21,38
prs normální GW00235:238	27592-95	32,87	15,66	15,66	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	29,8	91,07	91,07	prs tumor	5,82
prs normální GW98-621	23656	28,95	149,19	298,38	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	29,62	101,25	202,50	prs tumor	-1,47
mozek normál. BB99-542	25507	24,5	1917,28	3834,56	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	21,35	11736,92	23473,84	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	25,25	1248,68	2497,36	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	27,29	386,81	773,62	mozek stádium 5 ALZ	-12,84
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	23,61	3196,37	6392,74	mozek stádium 5 ALZ	-1,55
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	25,56	1045,09	2090,18	mozek stádium 5 ALZ	-4,75
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	24,45	1976,24	3952,48	mozek stádium 5 ALZ	-2,51
CT plíce	normální	31,07	44,03	88,06	CT plíce
plíce 26	normální	24,93	1496,87		plíce 26
plíce 27	normální	34,06	7,92	7,92	plíce 27
plíce 24	COPD	34,58	5,87	5,87	plíce 24	-5,45
plíce 28	COPD	40	0	0,00	plíce 28	-31,99
plíce 23	COPD	40	0	0,00	plíce 23	-31,99
plíce 25	normální	40	0	0,00	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	33,19	13,04	13,04	astmatické plíce	-2,45
astmatické plíce ODO3433	29323	30,61	57,38	114,76	astmatické plíce	3,59
astmatické plíce ODO3397	29322	29,2	129,16	258,32	astmatické plíce	8,07
astmatické plíce ODO4928	29325	30,32	67,67	135,34	astmatické plíce	4,23
endo buňky KC	kontrolní	35,09	4,37	4,37	endo buňky
endo VEGF KC		32,22	22,7	22,70	endo VEGF	5,19
endo bFGF KC		33,23	12,7	12,70	endo bFGF	2,91
srdce Clontech	normální	33,53	10,71	21,42	srdce
srdce (T-1) ischemické	29417	33,43	11,37	22,74	srdce T-1	1,06
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	34,45	6,32	12,64	srdceT-14	-1,69
srdce (T-3399) DCM	29426	31,98	26,02	52,04	srdce T-3399	2,43
adenoid GW99-269	26162	29,56	104,93	209,86	adenoid
tonsila GW98-280	22582	29	144,55	289,10	tonsila
T buňky PC00314	28453	32,03	25,34	50,68	Tbuňky

·· · ····

170

PBMNC		37,71	0,97	0,97	PBMNC
monocyt		37,49	Li	2,20	monocyt
B buňky PC00665	28455	27,18	410,49	820,98	B buňky
dendritické buňky 28441	28441	33,7	9,73	19,46	dendritické buňky
neutrofily	28440	32,48	19,6	19,60	neutrofily
eosinofily	28446	32,44	20,08	40,16	eosinofily
BM nestimulovaná		33,8	9,17	9,17	BM nestimul.
BM stimulovaná	ošetřený	38,89	0,49	0,49 .	BM stimulovaná	-18,71
osteo diferencovaný	ošetřený	37,26	1,26	1,26	osteo diferenc.	1,26
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		32,07	24,82	62,05	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	30,31	68,26	68,26	OA Synovium
OA Synovium NP10/01	29461	30,74	53,26	106,52	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	31,3	38,48	76,96	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	31,08	43,89	87,78	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	31,35	37,58	75,16	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	30,74	53,21	106,42	RA Synovium
OA kost (bíobanka)	29217	30,47	61,99	61,99	OA bone (biobank)
O A kost Vzorek 1	J. Emory	29,92	85,09	170,18	OA bone
OA kost Vzorek 2	J. Emory	30,91	48,27	96,54	OA bone
Chrupavka (pool)	normální	31,34	37,68	75,36	Nml Cartilage (pool)
Chrupavka (pool)	OA	31,72	30,35	60,70	OA Cartilage (pool)	-1,24
PBL neinfikovaný	28441	30,8	51,54	103,08	PBL unifected
PBL HIVIIIB	28442	32,03	25,38	50,76	PBL HIV HIB	-2,03
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	32,29	21,85	43,70	MRC5 uninfected (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	31,21	40,73	81,46	MRC5 HSV strain F	1,86
W12 buňky	29179	33,12	13,52	27,04	W12 cells
Keratinocyty	29180	32,35	21,06	42,12	Keratinocytes
B-aktin kontrola		25,63	1002,01
genomový		25,19	1290,48
l,00E+05		17,86	100000
1.00E+05		17,85	100000
Ι,ΟΟΕ+04		21,44	10000
Ι,ΟΟΕ+04		21,51	10000
Ι,ΟΟΕ+03		25,33	1000
Ι,ΟΟΕ+03		25,26	1000
Ι,ΟΟΕ+02		29,62	100
Ι,ΟΟΕ+02		30,55	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		32,93	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		33,46	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		38,18	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		38,28	-1
*vzorek „plicní 26 normální,, byl vynechán vzhledem k tomu, že se nepodařila opakovaná amplifikace z tohoto vzorku

Φ· ····

171 • · · 9· «· · ♦ · • · · Φ Φ · · · »·«*·* Φ Φ ΦΦ · Φ • · Φ · · · · · *··· · ΦΦΦ ΦΦΦ ·· ··

Název genu sbgl007026SGLT

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-2,88
colon tumor	63,85
colon tumor	-2,90
colon tumor	-4,42
plíce tumor	-13,03
plíce tumor	-1,16
plíce tumor	-1,99
plíce tumor	1,15
prs tumor	-1,47
prs tumor	21,38
prs tumor	5,82
prs tumor	-1,47
mozek stádium 5 ALZ	-12,84
mozek stádium 5 ALZ	-1,55
mozek stádium 5 ALZ	-4,75
mozek stádium 5 ALZ	-2,51
plíce 24	-5,45
plíce 28	-31,99
plíce 23	-31,99
astmatické plíce	-2,45
astmatické plíce	3,59
astmatické plíce	8,07
astmatické plíce	4,23
endo VEGF	5,19
endo bFGF	2,91
srdce T-l	1,06
srdce T-14	-1,69
srdce T-3399	2,43
BM stimulovaná	-18,71
osteo diferencovaný	1,26
chrupavka (pool)	-1,24
PBL HIV IIIB	-2,03
MRC5 HSV kmen F	1,86

Název genu sbglO12732GLUT

Vysoká až tlumená celková exprese. Tento gen je exprimován zcela všudypřítomně ve všech normálních analyzovaných vzorcích s nejvyššími hladinami exprese pozorovanými v celém mozku, fetálním mozku, cerebelu, ledvinách, fetálních játrech a placentě. Tento gen je také exprimován zcela všudypřítomně v nemocných vzorcích.

• · · · • · · ·· ·· · · · • · · ♦ · · · · • ···· · · · 9 · · * • « · · · · · ·

172 ··” ’ ........ ·’

Downregulace u 3 ze 3 COPD vzorků svědčí o potenciální roli tohoto genu v chronické obstrukční plicní poruše.

Upregulace u 3 ze 3 vzorků nemocného srdce se týká úlohy v kardiovaskulárních onemocněních, jako je neobstrukční a obstrukční DCM a ischémie. Downregulace v HSV-infikovaných buňkách MRC5 svědčí o tom, že tento gen může hrát roli v HSV. Upregulace v diferencovaných osteoblastech. Vysoká exprese ve vzorcích RA a OA synovia, vzorcích OA kostí a v chondrocytech s potvrzením vysoké exprese v T buňkách, B buňkách, dendritických buňkách, neutrofilech a eosinofilech se týká úlohy tohoto genu v osteoartritidě a revmatické artritidě.

Vzorek sbglO12732GLUT	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopii (vzorek 1)	Střed GOI kopii (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	30,84, 30,49	46,76	57,63	52,20	3,06	16,34	852,86
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	34,89,35,19	4,31	3,62	3,97	0,96	52,36	207,59
Nadledvinka Clontech	33,79, 32,74	8,27	15,31	11,79	0,61	81,97	966,39
Celý mozek Clontech	22,02,21,91	8374,61	8944,05	8659,33	7,24	6,91	59802,00
Fetální mozek Clontech	32,03, 32,85	23,23	14,34	18,79	0,48	103,95	1952,70
Mozeček Clontech	28,2,28,26	221,12	213,07	217,10	2,17	23,04	5002,19
Cervix	32,91, 34,54	13,81	5,31	9,56	2,42	20,66	197,52
Tlusté střevo (Colon)	30,88, 32,48	45,58	17,87	31,73	2,71	18,45	585,33
Endometrium	36,13,32,5	2,08	17,6	9,84	0,73	68,21	671,21
Jícen (Esophagus)	32,19,33,5	21,15	9,77	15,46	1,37	36,50	564,23
Srdce Clontech	31,93,31,73	24,67	27,76	26,22	1,32	37,88	992,99
Hypothalamus	40, 32,77	0	15,04	7,52	0,32	155,28	1167,70
Kyčelník (Ileum)	30,94, 30,52	44,17	56,37	50,27	2,58	19,38	974,22
Lačník (Jejunum)	30,04, 29,34	75,03	113,25	94,14	6,60	7,58	713,18
Ledvina	29,72,29,18	90,58	124,19	107,39	2,12	23,58	2532,67
Játra	34,81,32,2	4,52	21,05	12,79	1,50	33,33	426,17
Fetální játra Clontech	26,6, 26,85	567,46	488,36	527,91	10,40	4,81	2538,03
Plíce	31,61,30,52	29,69	56,54	43,12	2,57	19,46	838,81
Mléčná žláza Clontech	28,06, 27,59	239,58	316,2	277,89	13,00	3,85	1068,81

173 • * ·· 9999 • · ···* ·

Myometrium	30,44, 29,88	59,31	82,52	70,92	2,34	21,37	1515,28
Předstěra (Omentum)	31,7,30,82	28,2	47,35	37,78	3,94	12,69	479,38
Vaječník	30,92,31,56	44,74	30,55	37,65	4,34	11,52	433,70
Slinivka	33,08, 32,66	12,54	16,03	14,29	0,81	61,80	882,88
Hlava slinivky	33,98,34,1	7,36	6,89	7,13	1,57	31,85	226,91
Příušní žláza	29,5, 30,55	102,86	55,41	79,14	5,48	9,12	722,03
Placenta Clontech	25,63,25,87	1002,18	869,55	935,87	5,26	9,51	8896,06
Prostata	30,23,31,17	67,04	38,48	52,76	3,00	16,67	879,33
Konečník (Rectum)	31,29,31,15	35,89	38,94	37,42	1,23	40,65	1520,93
Slinná žláza Clontech	28,82,28,83	153,9	152,53	153,22	7,31	6,84	1047,98
Kosterní sval Clontech	33,23, 32,66	11,48	16,02	13,75	1,26	39,68	545,63
Kůže	32,62, 32,57	16,46	16,96	16,71	1,21	41,32	690,50
Tenké střevo Clontech	34,63, 32,82	5,03	14,62	9,83	0,98	51,07	501,79
Slezina	31,45, 32,71	32,66	15,56	24,11	4,92	10,16	245,02
Žaludek	32,38, 32,43	18,93	18,41	18,67	2,73	18,32	341,94
Varlata Clontech	32,32, 32,27	19,58	20,17	19,88	0,57	87,87	1746,49
Brzlík Clontech	27,24,26,75	388,32	518,55	453,44	9,89	5,06	2292,39
Štítná žláza	30,48,29,44	57,86	106,5	82,18	2,77	18,05	1483,39
Průdušnice Clontech	29,96, 30,29	78,48	64,81	71,65	9,71	5,15	368,92
Močový měchýř	30,59,30,1	54,25	72,45	63,35	5,47	9,14	579,07
Děloha	30,62,29,73	53,18	89,72	71,45	5,34	9,36	669,01
genomový	25,15	1330,24
b-aktin	26,01	800,58
Ι,ΟΟΕ+05	18,01	100000
Ι,ΟΟΕ+05	18,19	100000
Ι,ΟΟΕ+04	21,35	10000
Ι,ΟΟΕ+04	21,3	10000
Ι,ΟΟΕ+03	25,59	1000
Ι,ΟΟΕ+03	25,51	1000
Ι,ΟΟΕ+02	29,95	100
Ι,ΟΟΕ+02	29,37	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	34,05	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	33,22	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	37,19	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgí012732GLUT	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	25,38	1695,47	3390,94	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	25,51	1576,91	3153,82	colon tumor	-1,08
colon normál. GW98-178	22080	26,8	765,5	1531,00	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	25,86	1297,34	2594,68	colon tumor	1,69

174

9

9 9

9 9

9999 9 ·· 9999

99 9

colon normál GW98-561	23514	26,12	1120,64	2241,28	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	26,12	1121,89	2243,78	colon tumor	1,00
colon normál. GW98-894	24691	24,85	2283,56	4567,12	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	24,37	2989,5	5979,00	colon tumor	1,31
plíce normální GW98-3	20742	24,37	2984,11	5968,22	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	25,38	1691,06	3382,12	plíce tumor	-1,76
plíce normální GW97-179	20677	25,07	2020,52	4041,04	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	24,61	2607,03	5214,06	plíce tumor	1,29
plíce normální GW98-165	21922	24,92	2195,85	4391,70	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	25,36	1712,62	3425,24	plíce tumor	-1,28
plíce normální GW98-282	22584	26,24	3049,97	2099,94	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	25,94	1241,8	2483,60	plíce tumor	1,18
prs normální GW00-392	28750	25,26	1813,7	1813,70	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	24,87	2259,54	4519,08	prs tumor	2,49
prs normální GW00-413	28798	25,4	1672,46	1672,46	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	25,21	1864,18	3728,36	prs tumor	2,23
prs normální GW00235:238	27592-95	25,68	1435,2	1435,20	prs normální
prs tumor GWOO231:234	27588-91	24,08	3510,78	3510,78	prs tumor	2,45
prs normální GW98-621	23656	24,16	3363,26	6726,52	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	24,19	3300,23	6600,46	prs tumor	-1,02
mozek normál. BB99-542	25507	22,64	7880,57	15761,14	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	23,32	5357,05	10714,10	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	23,66	4436,27	8872,54	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	24,7	2474,23	4948,46	mozek stádium 5 ALZ	-2,38
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	23,22	5674,88	11349,76	mozek stádium 5 ALZ	-1,04
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	23,5	4868,6	9737,20	mozek stádium 5 ALZ	-1,21
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	23,17	5843,2	11686,40	mozek stádium 5 ALZ	-1,01
CT plíce	normální	25,61	1486,99	2973,98	CT plíce
plíce 26	normální	26,55	879,91		plíce 26
plíce 27	normální	29,44	174,3	174,30	plíce 27
plíce 24	COPD	29,99	128,5	128,5	plíce 24	-8,67
plíce 28	COPD	29,56	163,34	163,34	plíce 28	-6,82
plíce 23	COPD	29,59	160,67	160,67	plíce 23	-6,94
plíce 25	normální	29,24	194,83	194,83	plíce 25
astmatické plíce OD03112	29321	27,22	604,38	604,38	astmatické plíce	-1,84
astmatické plíce ODO3433	29323	26,46	923,43	1846,86	astmatické plíce	1,66
astmatické plíce ODO3397	29322	26,16	1094,36	2188,72	astmatické plíce	1,96
astmatické plíce ODO4928	29325	25,51	1576,72	3153,44	astmatické plíce	2,83
endo buňky KC	kontrolní	29,09	211,78	211,78	endo buňky
endo VEGF KC		30,07	122,67	122,67	endo VEGF	-1,73
endo bFGF KC		29,93	132,63	132,63	endo bFGF	-1,60
srdce Clontech	normální	27,35	561,26	1122,52	srdce
srdce (T-1) ischemické	29417	23,82	4053,65	8107,30	srdce T-1	7,22

·· ····

175 • · • · · » ····

srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	23,96	3746,25	7492,50	srdceT-14	6,67
srdce (T-3399) DCM	29426	23,35	5282,35	10564,70	srdce T-3399	9,41
adenoid GW99-269	26162	25,71	1405,41	2810,82	adenoid
tonsila GW98-280	22582	23,97	3725,77	7451,54	tonsila
T buňky PC00314	28453	25,03	2062,68	4125,36	T buňky
PBMNC		30,16	116,69	116,69	PBMNC
monocyt		30,15	117,05	234,10	monocyt
B buňky PC00665	28455	23,22	5673,63	11347,26	B buňky
dendritické buňky 28441	28441	25,74	1385,65	2771,30	dendritické buňky
neutrofily	28440	27,14	631,86	631,86	neutrofily
eosinofily	28446	28,27	335,66	671,32	eosinofily
BM nestimulovaná		30,08	122,25	122,25	BM nestimul.
BM stimulovaná	ošetřený	29,57	162,71	162,71	BM stimulovaná	1,33
osteo diferencovaný	ošetřený	29,07	214,84	214,84	osteo diferenc.	2,91
osteo nediferencovaný		30,98	73,85	73,85	osteo nediferenc.
chondrocyty		25,41	1667,28	4168,20	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	24,65	2554,39	2554,39	OA Synovium
OA Synovium NP 10/01	29461	25,72	1399	2798,00	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	25,24	1828,2	3656,40	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	25,69	1422,61	2845,22	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	25,25	1818,15	3636,30	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	25,22	1857,13	3714,26	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	26,19	1074,74	1074,74	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	26,71	805,65	1611,30	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	26,96	700,88	1401,76	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	26,38	968,45	1936,90	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	28,07	376,23	752,46	Chrupavka (pool)	-2,57
PBL neinfikovaný	28441	25,09	1997,75	3995,50	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	25,36	1710,81	3421,62	PBL HIVIIIB	-1,17
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	25,28	1788,71	3577,42	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	30,17	116,17	232,34	MRC5 HSV kmen F	-15,40
W12 buňky	29179	27,6	489,01	978,02	W12 buňky
Keratinocyty	29180	26,4	959,61	1919,22	Keratinocyty
B-aktin kontrola		25,62	1482,86
genomový		25,42	1657,68
1.00E+05		18,49	100000
Ι,ΟΟΕ+05		18,49	100000
Ι,ΟΟΕ+04		21,94	10000
Ι,ΟΟΕ+04		21,98	10000
Ι,ΟΟΕ+03		25,34	1000
Ι,ΟΟΕ+03		25,39	1000
Ι,ΟΟΕ+02		30,59	100
Ι,ΟΟΕ+02		30,9	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		32,51	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		39,12	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		39,07	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		36,71	1
NTC		39,63	-1
*vzorek „plicní 26 normální,, byl vynechán

·* ····

176 • · • · • · • · ·

vzhledem k tomu, že se nepodařila opakovaná amplifikace z tohoto vzorku

Název genu sbglO12732GLUT

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-1,08
colon tumor	1,69
colon tumor	1,00
colon tumor	1,31
plíce tumor	-1,76
plíce tumor	1,29
plíce tumor	-1,28
plíce tumor	1,18
prs tumor	2,49
prs tumor	2,23
prs tumor	2,45
prs tumor	-1,02
mozek stádium 5 ALZ	-2,38
mozek stádium 5 ALZ	-1,04
mozek stádium 5 ALZ	-1,21
mozek stádium 5 ALZ	-1,01
plíce 24	-8,67
plíce 28	-6,82
plíce 23	-6,94
astmatické plíce	-1,84
astmatické plíce	1,66
astmatické plíce	1,96
astmatické plíce	2,83
endo VEGF	-1,73
endo bFGF	-1,60
srdce T-l	7,22
srdceT-14	6,67
srdce T-3399	9,41
BM stimulovaná	1,33
osteo diferencovaný	2,91
chrupavka (pool)	-2,57
PBL HIV IIIB	-1,17
MRC5 HSV kmen F	-15,40

Název genu sbglO12732GLUTb

Výsledky shodné, jako v případě sbglO12732GLUT.

···· • · · ·· ·· · · 9

9 9 · 9 9 9 9

9999 9 · 9999 9

9 9 9 9 9 9 9

177 ...............

Název genu sbglO18172CSP

Tlumená až nízká celková exprese. Nejvyšší normální exprese je pozorována v celém mozku, ledvinách, thyroidu a děloze. Tento gen je exprimován ve všech vzorcích reprezentujících ženské reprodukční orgány. Nejvyšší chorobná exprese je pozorována v mnoha vzorcích normálních/rakovinných plic a ve vzorcích astmatických plic. Downregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny plic a upregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny prsu svědčí o úloze v rakovinách plic a prsu. Downregulace u 3 ze 3 COPD vzorků svědčí o potenciální roli tohoto genu v chronické obstrukční plicní poruše. Upregulace u 2 ze 4 vzorků astmatických plic se týká úlohy v kardiovaskulárních onemocněních, jako je obstrukční DCM. Downregulace v poolu OA chrupavky s potvrzením nízké exprese v imunitních buňkách (zejména T a B buňkách) se týká role tohoto genu v osteoartritidě a revmatické artritidě. Upregulace v HSVinfikovaných buňkách MRC5 svědčí o tom, že tento gen může být hostitelským faktorem v HSV.

Vzorek sbglO18172CSP	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopii (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	35,54, 34,87	7,65	11,21	9,43	3,06	16,34	154,08
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0,4	0	0,20	0,96	52,36	10,47
Nadledvinka Clontech	40,40	0	0	0,00	0,61	81,97	0,00
Celý mozek Clontech	25,71, 25,78	1950,98	1867,58	1909,28	7,24	6,91	13185,64
Fetální mozek Clontech	40,40	0	0	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clontech	36,32,35,16	4,95	9,48	7,22	2,17	23,04	166,24
Cervix	36,76,36,16	3,85	5,42	4,64	2,42	20,66	95,76
Tlusté střevo (Colon)	36,52,36,41	4,41	4,7	4,56	2,71	18,45	84,04
Endometrium	36,4, 35,92	4,73	6,19	5,46	0,73	68,21	372,44

• · ·· · · ·

9 9 ·

9· 11

178 • · 11

Jícen (Esophagus)	40,40	0	0	0,00	1,37	36,50	0,00
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	40,40	0	0	0,00	2,58	19,38	0,00
Lačník (Jejunum)	36,53, 33,22	4,38	28,28	16,33	6,60	7,58	123,71
Ledvina	32,81,32,45	35,74	43,67	39,71	2,12	23,58	936,44
Játra	35,92, 36,2	6,19	5,29	5,74	1,50	33,33	191,33
Fetální játra Clontech	31,57,30,46	71,69	134,34	103,02	10,40	4,81	495,26
Plíce	33,35, 36,86	26,32	3,65	14,99	2,57	19,46	291,54
Mléčná žláza Clontech	32,99, 32,17	32,23	51,27	41,75	13,00	3,85	160,58
Myometrium	34,99,40	10,44	0	5,22	2,34	21,37	111,54
Předstěra (Omentum)	35,61,40	7,37	0	3,69	3,94	12,69	46,76
Vaječník	35,83, 35,54	6,53	7,67	7,10	4,34	11,52	81,80
Slinivka	35,86,40	6,39	0	3,20	0,81	61,80	197,47
Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	34,26, 34,03	15,73	17,96	16,85	5,48	9,12	153,70
Placenta Clontech	32,64,33,16	39,34	29,26	34,30	5,26	9,51	326,05
Prostata	35,71,40	6,95	0	3,48	3,00	16,67	57,92
Konečník (Rectum)	33,84,34,42	19,99	14,41	17,20	1,23	40,65	699,19
Slinná žláza Clontech	40,40	0	0	0,00	7,31	6,84	0,00
Kosterní sval Clontech	34,2, 40	16,33	0	8,17	1,26	39,68	324,01
Kůže	35,02, 40	10,31	0,48	5,40	1,21	41,32	222,93
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0	0,29	0,98	51,07	14,81
Slezina	40,35,31	0	8,71	4,36	4,92	10,16	44,26
Žaludek	40, 35,4	0	8,3	4,15	2,73	18,32	76,01
Varlata Clontech	40,37,31	0	2,82	1,41	0,57	87,87	123,90
Brzlik Clontech	30,9,31,1	104,45	93,52	98,99	9,89	5,06	500,43
Štítná žláza	31,62,31,57	69,89	71,93	70,91	2,77	18,05	1279,96
Průdušnice Clontech	34,19, 34,08	16,41	17,49	16,95	9,71	5,15	87,28
Močový měchýř	40, 34,4	0	14,55	7,28	5,47	9,14	66,50
Děloha	30,63, 30,6	122,13	123,57	122,85	5,34	9,36	1150,28
genomový	26,58	1190,6
b-aktin	27,38	758,43
l,00E+05	19,07	100000
l,00E+05	19,35	100000
Ι,ΟΟΕ+04	22,57	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,59	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,24	1000
Ι,ΟΟΕ+03	26,31	1000
1,00Ε+02	30,18	100
Ι,ΟΟΕ+02	31,64	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	35,9	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	0
NTC	40	0

• Φ φ·ρ»

179 • · • · · » ···*

Vzorek sbglO18172CSP	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	27,29	1064,89	2129,78	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	26,18	2023,11	4046,22	colon tumor	1,90
colon normál. GW98-178	22080	30,45	168,68	337,36	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	29,33	324,49	648,98	colon tumor	1,92
colon normál GW98-561	23514	30,36	177,62	355,24	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	32,27	58,7	117,40	colon tumor	-3,03
colon normál. GW98-894	24691	30,71	145,57	291,14	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	32,3	57,43	114,86	colon tumor	-2,53
plíce normální GW98-3	20742	24,82	4478,67	8957,34	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	33,61	26,86	53,72	plíce tumor	-166,74
plíce normální GW97-179	20677	26,31	1874,25	3748,50	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	24,52	5311,72	10623,44	plíce tumor	2,83
plíce normální GW98-165	21922	24,99	4042,28	8084,56	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	27,19	1127,26	2254,52	plíce tumor	-3,59
plíce normální GW98-282	22584	25,51	2990,53	5981,06	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	26,67	1522,51	3045,02	plíce tumor	-1,96
prs normální GW00-392	28750	32,25	59,17	59,17	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	30,48	165,82	331,64	prs tumor	5,60
prs normální GW00-413	28798	34,58	15,31	15,31	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	30,05	213,4	426,80	prs tumor	27,88
prs normální GWOO235:238	27592-95	34,41	16,85	16,85	prs normální
prs tumor GWOO231:234	27588-91	33,52	28,31	28,31	prs tumor	1,68
prs normální GW98-621	23656	28,22	618,19	1236,38	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	32,02	67,94	135,88	prs tumor	-9,10
mozek normál. BB99-542	,25507	29,11	367,88	735,76	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	28,05	682,39	1364,78	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	29,06	379,07	758,14	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	30,06	211,81	423,62	mozek stádium 5 ALZ	-2,25
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	26,97	1280,13	2560,26	mozek stádium 5 ALZ	2,69
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	29,85	239,03	478,06	mozek stádium 5 ALZ	-1,99
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	28,13	652,56	1305,12	mozek stádium 5 ALZ	1,37
CT plíce	normální	26,97	1280,81	2561,62	CT plíce
plíce 26	normální	32,21	60,75		plíce 26
plíce 27	normální	34	21,39	21,39	plíce 27
plíce 24	COPD	32,11	64,11	64,11	plíce 24	-1,3,87
plíce 28	COPD	33,01	38,18	38,18	plíce 28	-23,29
plíce 23	COPD	32,84	42,15	42,15	plíce 23	-21,10
plíce 25	normální	31,63	84,78	84,78	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	29,4	310,75	310,75	astmatické plíce	-2,86

• 0 ···· • ·

180

astmatické plíce ODO3433	29323	27,02	1242,79	2485,58	astmatické plíce	2,80
astmatické plíce ODO3397	29322	25,97	2289,74	4579,48	astmatické plíce	5,15
astmatické plíce ODO4928	29325	26,84	1380,5	2761,00	astmatické plíce	3,10
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		40	1,01	1,01	endo bFGF	1,01
srdce Clontech	normální	33,02	37,93	75,86	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	34,34	17,51	35,02	srdce T-l	-2,17
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	34,85	13,07	26,14	srdceT-14	-2,90
srdce (T-3399) DCM	29426	29,74	254,69	509,38	srdce T-3399	6,71
adenoid GW99-269	26162	35,07	11,5	23,00	adenoid
tonsila GW98-280	22582	40	0	0,00	tonsila
T buňky PC00314	28453	36,12	6,22	12,44	T buňky
PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		40	0	0,00	monocyt
B buňky PC00665	28455	40	0	0,00	B buňky
dendritické buňky 28441	28441	40	0	0,00	dendritické buňky
neutrofíly	28440	35,43	9,3	9,30	neutrofíly
eosinofily	28446	40	1,32	2,64	eosinofily
BM nestimulovaná		40	0	0,00	BM nestimul.
BM stimulovaná	ošetřený	40	0	0,00	BM stimulovaná	0,00
osteo diferencovaný	ošetřený	40	0	0,00	osteo diferenc.	0,00
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		33,23	33,49	83,73	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	34,9	12,68	12,68	OA Synovium
OA Synovium NP 10/01	29461	28,55	510,63	1021,26	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	34	21,41	42,82	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	40	0	0,00	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	36,2	5,96	11,92	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	36,38	5,34	10,68	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	35,58	8,52	8,52	OA kost biobanka
O A kost Vzorek 1	J,Emory	33,54	27,91	55,82	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	34,92	12,54	25,08	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	33,88	22,98	45,96	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	40	0	0,00	Chrupavka (pool)	-45,96
PBL neinfikovaný	28441	30,74	142,65	285,30	PBL neinfikovaný
PBL HIVIIIB	28442	32,47	52,13	104,26	PBL HIVIIIB	-2,74
MRC5 neinfikovaný (100%)	29158	40	0	0,00	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	30,06	211,88	423,76	MRC5 HSV kmen F	423,76
W12 buňky	29179	39,65	0,8	1,60	W12 buňky
Keratinocyty	29180	33,76	24,58	49,16	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,17	1140,82
genomový		26,81	1405,46
Ι,ΟΟΕ+05		19,68	100000
Ι,ΟΟΕ+05		19,63	100000
Ι,ΟΟΕ+04		23,15	10000
Ι,ΟΟΕ+04		23,27	10000
Ι,ΟΟΕ+03		27,1	1000

·· ····

181 ·· » ·

9 · 99

9 9 · • ···· 9 ♦ • · ·

9999 9 999

9 9 9

9 9 ·

9 9 9 · • · · · 9

999 99 99

1,OOE+O3		27,33	1000
l,00E+02		31,34	100
Ι,ΟΟΕ+02		32,04	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		35,09	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
NTC		40	0
*vzorek „plicní 26 normální,, byl vynechán vzhledem k tomu, že se nepodařila opakovaná amplifikace z tohoto vzorku

Název genu sbg!018172CSP

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	1,90
colon tumor	1,92
colon tumor	-3,03
colon tumor	-2,53
plíce tumor	-166,74
plíce tumor	2,83
plíce tumor	-3,59
plíce tumor	-1,96
prs tumor	5,60
prs tumor	27,88
prs tumor	1,68
prs tumor	-9,10
mozek stádium 5 ALZ	-2,25
mozek stádium 5 ALZ	2,69
mozek stádium 5 ALZ	-1,99
mozek stádium 5 ALZ	1,37
plíce 24	-13,87
plíce 28	-23,29
plíce 23	-21,10
astmatické plíce	-2,86
astmatické plíce	2,80
astmatické plíce	5,15
astmatické plíce	3,10
endo VEGF	0,00
endo bFGF	1,01
srdce T-l	-2,17
srdce T-l4	-2,90
srdce T-3399	6,71
BM stimulovaná	0,00
osteo diferencovaný	0,00
chrupavka (pool)	-45,96
PBL HIV IIIB	-2,74

• ·

182 • · · · ·

MRC5

HSV kmen F

423,76

Název genu sbglOO4570ERGIC

Tlumená až nízká celková exprese. Tento gen je exprimován zcela všudypřítomně ve všech analyzovaných normálních vzorcích s nejvyššími hladinami exprese pozorovanými v celém mozku, hypothalamu, slinivce a v hlavě slinivky. Tento vzorek exprese svědčí o tom, že tento gen může hrát roli v diabetes nebo jiných metabolických onemocněních. Nejvyšší chorobná exprese je pozorována v tlustém střevě, prsu a párech normálních/rakovinných plicních vzorků, stejně jako ve vzorcích mozku s Alzheimerovým onemocněním a v T buňkách, B buňkách, dendritických buňkách a eosinofilech. Upregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny prsu svědčí o úloze tohoto genu v rakovině prsu. Upregulace u 2 ze 4 vzorků mozku s Alzheimerovou chorobou se týká úlohy v Alzheimerově chorobě. Downregulace u 3 ze 3 COPD vzorků a u 4 ze 4 vzorků astmatických plic svědčí o potenciální roli tohoto genu v chronické obstrukční plicní poruše a astmatu. Upregulován ve vzorcích stimulované kostní dřeně.

Vzorek sbgl004570ERGIC	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40,40	0	0	0,00	3,06	16,34	0,00
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	39,46, 35,22	0,08	1,37	0,73	0,96	52,36	37,96
Nadledvinka Clontech	36,91,36,21	0,43	0,7	0,57	0,61	81,97	46,31
Celý mozek Clontech	26,46,30,31	547,02	39,49	293,26	7,24	6,91	2025,24
Fetální mozek Clontech	36,04, 36,66	0,78	0,51	0,65	0,48	103,95	67,05
Mozeček Clontech	35,46, 34,63	1,16	2,06	1,61	2,17	23,04	37,10

• ·

183

Cervix	35,63,36,28	1,04	0,67	0,86	2,42	20,66	17,67
Tlusté střevo (Colon)	35,38, 34,57	1,23	2,13	1,68	2,71	18,45	31,00
Endometrium	40, 35,24	0,06	1,35	0,71	0,73	68,21	48,09
Jícen (Esophagus)	35,02,36,31	1,57	0,65	1,11	1,37	36,50	40,51
Srdce Clontech	37,16,35,48	0,36	1,15	0,76	1,32	37,88	28,60
Hypothalamus	35,15,36,01	1,44	0,8	1,12	0,32	155,28	173,91
Kyčelník (Ileum)	35,04, 35,5	1,55	1,13	1,34	2,58	19,38	25,97
Lačník (Jejunum)	35,14,34,88	1,45	1,73	1,59	6,60	7,58	12,05
Ledvina	35,81,37,16	0,91	0,36	0,64	2,12	23,58	14,98
Játra	36,19,34,39	0,71	2,42	1,57	1,50	33,33	52,17
Fetální játra Clontech	32,94,33,1	6,51	5,85	6,18	10,40	4,81	29,71
Plíce	34,54,35,16	2,18	1,43	1,81	2,57	19,46	35,12
Mléčná žláza Clontech	34,45, 34,76	2,33	1,88	2,11	13,00	3,85	8,10
Myometrium	34,08, 34,61	2,98	2,09	2,54	2,34	21,37	54,17
Předstěra (Omentum)	35,22,36,18	1,37	0,71	1,04	3,94	12,69	13,20
Vaječník	34,52, 34,83	2,21	1,78	2,00	4,34	11,52	22,98
Slinivka	34,45, 33,99	2,32	3,18	2,75	0,81	61,80	169,96
Hlava slinivky	33,24, 33,63	5,32	4,06	4,69	1,57	31,85	149,36
Příušni žláza	33,22, 33,08	5,38	5,9	5,64	5,48	9,12	51,46
Placenta Clontech	36,02, 35,39	0,79	1,22	1,01	5,26	9,51	9,55
Prostata	35,98, 35,07	0,81	1,51	1,16	3,00	16,67	19,33
Konečník (Rectum)	36,71,37,13	0,49	0,37	0,43	1,23	40,65	17,48
Slinná žláza Clontech	33,51,34,22	4,41	2,71	3,56	7,31	6,84	24,35
Kosterní sval Clontech	35,53, 34,52	1,11	2,21	1,66	1,26	39,68	65,87
Kůže	36,02, 36,07	0,79	0,77	0,78	1,21	41,32	32,23
Tenké střevo Clontech	35,02,37,21	1,57	0,35	0,96	0,98	51,07	49,03
Slezina	35,64, 35,27	1,03	1,33	1,18	4,92	10,16	11,99
Žaludek	35,08, 35,41	1,51	1,2	1,36	2,73	18,32	24,82
Varlata Clontech	35,48,38,1	1,15	0,19	0,67	0,57	87,87	58,88
Brzlík Clontech	32,15,31,72	11,16	14,98	13,07	9,89	5,06	66,08
Štítná žláza	35,61,35,09	1,05	1,49	1,27	2,77	18,05	22,92
Průdušnice Clontech	35,04, 34,75	1,55	1,89	1,72	9,71	5,15	8,86
Močový měchýř	36,11,36,24	0,74	0,68	0,71	5,47	9,14	6,49
Děloha	35,59, 35,68	1,06	1	1,03	5,34	9,36	9,64
genomový	24,29	2416,83
b-aktin	26,09	706,6
l,00E+05	20,09	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,53	100000
Ι,ΟΟΕ+04	21,72	10000
Ι,ΟΟΕ+04	21,68	10000
Ι,ΟΟΕ+03	24,13	1000
Ι,ΟΟΕ+03	24,18	1000
Ι,ΟΟΕ+02	29,13	100
Ι,ΟΟΕ+02	30,16	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	31,7	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	33,16,	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	36,93	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	34,75	1

• · · · · ·

184

NTC	36	-1
NTC	35,85	-1

Vzorek sbgl004570ERGIC	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	30,51	38,25	76,50	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	31,28	23,13	46,26	colon tumor	-1,65
colon normál. GW98-178	22080	31,79	16,57	33,14	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	31,3	22,86	45,72	colon tumor	1,38
colon normál GW98-561	23514	30,71	33,5	67,00	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	31,18	24,73	49,46	colon tumor	-1,35
colon normál. GW98-894	24691	30,16	48,2	96,40	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	29,96	55	110,00	colon tumor	1,14
plíce normální GW98-3	20742	30,1	50,19	100,38	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	32,86	8,15	16,30	plíce tumor	-6,16
plíce normální GW97-179	20677	31,65	18,14	36,28	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	31,05	26,89	53,78	plíce tumor	1,48
plíce normální GW98-165	21922	30,44	40,16	80,32	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	30,72	33,36	66,72	plíce tumor	-1,20
plíce normální GW98-282	22584	31,83	16,13	32,26	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	32,09	13,61	27,22	plíce tumor	-1,19
prs normální GW00-392	28750	32,76	8,73	8,73	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	30,68	34,38	68,76	prs tumor	7,88
prs normální GW00-413	28798	37,11	0,5	0,50	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	30,8	31,72	63,44	prs tumor	126,88
prs normální GW00235:238	27592-95	38,8	0,17	0,17	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	37,36	0,43	0,43	prs tumor	2,53
prs normální GW98-621	23656	31,67	17,86	35,72	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	32,59	9,8	19,60	prs tumor	-1,82
mozek normál. BB99-542	25507	33,66	4,83	9,66	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	33,24	6,37	12,74	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	33,2	6,54	13,08	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	33,1	6,97	13,94	mozek stádium 5 ALZ	1,18
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	30,93	29,17	58,34	mozek stádium 5 ALZ	4,93
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	31,44	20,73	41,46	mozek stádium 5 ALZ	3,51
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	32,93	7,83	15,66	mozek stádium 5 ALZ	1,32
CT plíce	normální	32,62	9,6	19,20	CT plíce
plíce 26	normální				plíce 26
plíce 27	normální	40	0	0,00	plíce 27
plíce 24	COPD	39,15	0,13	0,13	plíce 24	-49,46
plíce 28	COPD	40	0,08	0,08	plíce 28	-80,38

• ·

185

plíce 23	COPD	38,59	0,19	0,19	plíce 23	-33,84
plíce 25	normální	40	0,09	0,09	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	40	0	0,00	astmatické plíce	-6,43
astmatické plíce ODO3433	29323	38,47	0,2	0,40	astmatické plíce	-16,08
astmatické plíce ODO3397	29322	38,01	0,28	0,56	astmatické plíce	-11,48
astmatické plíce ODO4928	29325	38,13	0,26	0,52	astmatické plíce	-12,37
endo buňky KC	kontrolní	36,24	0,89	0,89	endo buňky
endo VEGF KC		39,8	0,09	0,09	endo VEGF	-9,89
endo bFGF KC		37,19	0,47	0,47	endo bFGF	-1,89
srdce Clontech	normální	35,52	1,43	2,86	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	33,79	4,43	8,86	srdce T-l	3,10
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	34,81	2,27	4,54	srdceT-14	1,59
srdce (T-3399) DCM	29426	34,11	3,59	7,18	srdce T-3399	2,51
adenoid GW99-269	26162	34,97	2,05	4,10	adenoid
tonsila GW98-280	22582	33,05	7,23	14,46	tonsila
T buňky PC00314	28453	31,09	26,2	52,40	T buňky
PBMNC		38,01	0,28	0,28	PBMNC
monocyt		36,29	0,86	1,72	monocyt
B buňky PC00665	28455	32,13	13,23	26,46	B buňky
dendritické buňky 28441	28441	31,94	14,96	29,92	dendritické buňky
neutrofily	28440	34,08	3,66	3,66	neutrofily
eosinofily	28446	32,23	12,37	24,74	eosinofily
BM nestimulovaná		39,73	0,09	0,09	BM nestimul.
BM stimulovaná	ošetřený	37,03	0,53	0,53	BM stimulovaná	5,89
osteo diferencovaný	ošetřený	36,8	0,61	0,61	osteo diferenc.	0,61
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		31,85	15,9	39,75	chondrocyty
OA Synovium IP12/01	29462	38,61	0,19	0,19	OA Synovium
OA Synovium NP 1Q/01	29461	33,11	6,96	13,92	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	33,81	4,39	8,78	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	33,11	6,96	13,92	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	32,03	14,14	28,28	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	32,47	10,55	21,10	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	35,25	1,7	1,70	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	34,54	2,72	5,44	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	36,28	0,87	1,74	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	35,24	1,71	3,42	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	34,45	2,87	5,74	Chrupavka (pool)	1,68
PBL neinfíkovaný	28441	32,53	10,19	20,38	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	31,77	16,79	33,58	PBL HIVIIIB	1,65
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	33,12	6,87	13,74	MRC5 neinfikovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	33,76	4,54	9,08	MRC5 HSV kmen F	-1,51
W12 buňky	29179	33,1	6,96	13,92	W12 buňky
Keratinocyty	29180	32,67	9,29	18,58	Keratinocyty
B-aktin kontrola		26,03	726,55
genomový		24,63	1825,58
Ι,ΟΟΕ+05		19,96	100000

• · · ·

186

l,00E+05		19,27	100000
Ι,ΟΟΕ+04		21,83	10000
l,00E+04		21,45	10000
l,00E+03		23,86	1000
Ι,ΟΟΕ+03		23,84	1000
l,00E+02		28,42	100
Ι,ΟΟΕ+02		29,35	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		33,3	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		35,09	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		35,16	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		36,05	1
NTC		38,24	-1
*vžorek „plicní 26 normální,, byl vynechán vzhledem k tomu, že se nepodařila opakovaná amplifikace z tohoto vzorku

Název genu sbg!004570ERGIC

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-1,65
colon tumor	1,38
colon tumor	-1,35
colon tumor	1,14
plíce tumor	-6,16
plíce tumor	1,48
plíce tumor	-1,20
plíce tumor	-1,19
prs tumor	7,88
prs tumor	126,88
prs tumor	2,53
prs tumor	-1,82
mozek stádium 5 ALZ	1,18
mozek stádium 5 ALZ	4,93
mozek stádium 5 ALZ	3,51
mozek stádium 5 ALZ	1,32
plíce 24	-49,46
plíce 28	-80,38
plíce 23	-33,84
astmatické plíce	-6,43
astmatické plíce	-16,08
astmatické plíce	-11,48
astmatické plíce	-12,37
endo VEGF	-9,89
endo bFGF	-1,89
srdce T-1	3,10
srdce T-14	1,59
srdce T-3399	2,51

• ·

187 • « · ·· ··

BM stimulovaná	5,89
osteo diferencovaný	0,61
chrupavka (pool)	1,68
PBL HIV IIIB	1,65
MRC5 HSV kmen F	-L51

Název genu sbglO16995lGBrecpt

Tlumená až nízká celková exprese. Nejvyšší normální exprese je pozorována v celém mozku, plicích a s mírně nižšími hladinami exprese v endometríu, kyčelníku, konečníku a kůži. Vysoká hladina exprese v kůži může svědčit o možné roli tohoto genu v psoriáze a lupusu.

Vzorky exprese ve vzorcích chorob na misce naznačují, že tento gen je vysoce specifický pro adenoid a mandle. Downregulace u 2 ze 4 vzorků plicní rakoviny a upregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny prsu svědčí o úloze v rakovinách plic a prsu. Downregulace u 3 ze 3 COPD vzorků svědčí o potenciální roli tohoto genu v chronické obstrukční plicní poruše. Upregulován ve vzorku stimulované kostní dřeně. Downregulován v diferencovaných osteoblastech. Upregulován v HIV-infikovaných buňkách PBL , což svědčí o tom, že tento gen může být hostitelským faktorem u HIV.

Vzorek sbgl 016995IGBrecpt	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40,40	0,61	0,61	0,61	3,06	16,34	9,97
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	0,59	0,56	0,58	0,96	52,36	30,10
Nadledvinka Clontech	39,89, 39,79	0,54	0,57	0,56	0,61	81,97	45,49
Celý mozek Clontech	30,69, 30,76	108,67	104,35	106,51	7,24	6,91	735,57
Fetální mozek Clontech	39,41,40	0,71	0,62	0,67	0,48	103,95	69,13
Mozeček Clontech	39,33, 37,82	0,74	1,78	1,26	2,17	23,04	29,03

188 • · · · ·

Cervix	36,12,36,58	4,73	3,62	4,18	2,42	20,66	86,26
Tlusté střevo (Colon)	35,23,38,35	7,9	1,31	4,61	2,71	18,45	84,96
Endometrium	35,51,40	6,73	0	3,37	0,73	68,21	229,54
Jícen (Esophagus)	37,22,38,18	2,5	1,45	1,98	1,37	36,50	72,08
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	34,65,34,11	11,04	15,09	13,07	2,58	19,38	253,20
Lačník (Jejunum)	34,84, 34,04	9,91	15,72	12,82	6,60	7,58	97,08
Ledvina	38,2,39,11	1,43	0,84	1,14	2,12	23,58	26,77
Játra	34,47, 38,59	12,26	1,14	6,70	1,50	33,33	223,33
Fetální játra Clontech	33,51,33,07	21,26	27,43	24,35	10,40	4,81	117,04
Plíce	27,32,37,11	755,31	2,68	379,00	2,57	19,46	7373,44
Mléčná žláza Clontech	36,31,36,4	4,24	4,03	4,14	13,00	3,85	15,90
Myometrium	40,38,7	0,7	1,07	0,89	2,34	21,37	18,91
Předstěra (Omentum)	35,44,36,14	6,98	4,68	5,83	3,94	12,69	73,98
Vaječník	38,76,35,49	1,03	6,82	3,93	4,34	11,52	45,22
Slinivka	40, 38,56	0,48	1,16	0,82	0,81	61,80	50,68
Hlava slinivky	40,40	0	0	0,00	1,57	31,85	0,00
Příušní žláza	36,8, 35,45	3,2	6,98	5,09	5,48	9,12	46,44
Placenta Clontech	35,63,35,11	6,27	8,47	7,37	5,26,	9,51	70,06
Prostata	37,4, 37,5	2,26	2,14	2,20	3,00	16,67	36,67
Konečník (Rectum)	35,45, 35,25	6,94	7,81	7,38	1,23	40,65	299,80
Slinná žláza Clontech	37,3, 37,06	2,4	2,75	2,58	7,31	6,84	17,61
Kosterní sval Clontech	40, 39,34	0	0,74	0,37	1,26	39,68	14,68
Kůže	38,84, 34,56	0,98	11,63	6,31	1,21	41,32	260,54
Tenké střevo Clontech	40,40	0	0,63	0,32	0,98	51,07	16,09
Slezina	34,37,34,89	13	9,6	11,30	4,92	10,16	114,84
Žaludek	39,73, 35,52	0,59	6,67	3,63	2,73	18,32	66,48
Varlata Clontech	38,91,40	0,94	0	0,47	0,57	87,87	41,30
Brzlík Clontech	31,96, 32,96	52,16	29,2	40,68	9,89	5,06	205,66
Štítná žláza	35,53,40	6,66	0	3,33	2,77	18,05	60,11
Průdušnice Clontech	37,99, 37,69	1,61	1,91	1,76	9,71	5,15	9,06
Močový měchýř	39,69, 39,02	0,6	0,89	0,75	5,47	9,14	6,81
Děloha	34,41,33,56	12,67	20,75	16,71	5,34	9,36	156,46
genomový	26,31	1359,1
b-aktin	27,2	812,88
Ι,ΟΟΕ+05	19,24	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,38	100000
Ι,ΟΟΕ+04	22,67	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,67	10000
Ι,ΟΟΕ+03	26,31	1000
Ι,ΟΟΕ+03	26,28	1000
Ι,ΟΟΕ+02	30,17	100
Ι,ΟΟΕ+02	31,02	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	36,17	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	34,46	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	1

• ·

189

NTC	40	-1
NTC	40	-1

Vzorek sbgl016995IGBrecpt	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	29,45	174,86	349,72	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	32,1	33,44	66,88	colon tumor	-5,23
colon normál. GW98-178	22080	31,77	41,07	82,14	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	32,66	23,5	47,00	colon tumor	-1,75
colon normál GW98-561	23514	29,15	211,24	422,48	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	31,25	56,95	113,90	colon tumor	-3,71
colon normál. GW98-894	24691	30,68	81,3	162,60	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	31,33	54,12	108,24	colon tumor	-1,50
plíce normální GW98-3	20742	31,86	38,92	77,84	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	34,55	7,25	14,50	plíce tumor	-5,37
plíce normální GW97-179	20677	28,38	342,07	684,14	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	32,1	33,52	67,04	plíce tumor	-10,20
plíce normální GW98-165	21922	32,2	31,46	62,92	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	30,5	90,8	181,60	plíce tumor	2,89
plíce normální GW98-282	22584	29,82	138,8	277,60	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	32,72	22,64	45,28	plíce tumor	-6,13
prs normální GW00-392	28750	31,5	48,65	48,65	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	31,9	37,84	75,68	prs tumor	1,56
prs normální GWOO-413	28798	34,37	8,07	8,07	prs normální
prs tumor GWOO-412	28797	29,97	126,73	253,46	prs tumor	31,41
prs normální GW00235:238	27592-95	35,08	5,2	5,20	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	32,3	29,54	29,54	prs tumor	5,68
prs normální GW98-621	23656	31,11	61,96	123,92	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	31,27	56,22	112,44	prs tumor	-1,10
mozek normál. BB99-542	25507	33,3	15,82	31,64	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	33,02	18,83	37,66	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	33,93	10,62	21,24	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	32,36	28,38	56,76	mozek stádium 5 ALZ	1,88
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	31,79	40,66	81,32	mozek stádium 5 ALZ	2,69
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	32,04	34,76	69,52	mozek stádium 5 ALZ	2,30
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	31,79	40,51	81,02	mozek stádium 5 ALZ	2,68
CT plíce	normální	33,32	15,63	31,26	CT plíce
plíce 26	normální	29,8	140,4		plíce 26
plíce 27	normální	38,71	0,54	0,54	plíce 27
plíce 24	COPD	39,31	0,37	0,37	plíce 24	-29,00
plíce 28	COPD	37,09	1,48	1,48	plíce 28	-7,25

» « 4 > · · « ·· ··

190

plíce 23	COPD	38,02	0,83	0,83	plíce 23	-12,93
plíce 25	normální	39,22	0,39	0,39	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	37,96	0,86	0,86	astmatické plíce	-12,48
astmatické plíce ODO3433	29323	31,15	60,54	121,08	astmatické plíce	11,28
astmatické plíce ODO3397	29322	33,74	12,01	24,02	astmatické plíce	2,24
astmatické plíce ODO4928	29325	31,59	46,09	92,18	astmatické plíce	8,59
endo buňky KC	kontrolní	36,98	1,58	1,58	endo buňky
endo VEGF KC		39,28	0,38	0,38	endo VEGF	-4,16
endo bFGF KC		37,3	1,3	1,30	endo bFGF	-1,22
srdce Clontech	normální	35,73	3,45	6,90	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	34,7	6,58	13,16	srdce T-l	1,91
srdce (T-l4) neobstrukční DCM	29422	37,5	1,15	2,30	srdceT-14	-3,00
srdce (T-3399) DCM	29426	35,15	4,96	9,92	srdce T-3399	1,44
adenoid GW99-269	26162	25,98	1528,07	3056,14	adenoid
tonsila GW98-280	22582	24,6	3626,43	7252,86	tonsila
T buňky PC00314	28453	34,49	7,5	15,00	T buňky
PBMNC		37,58	1,09	1,09	PBMNC
monocyt		37,4	1,22	2,44	monocyt
B buňky PC00665	28455	31,68	43,59	87,18	B buňky
dendritické buňky 28441	28441	35,05	5,28	10,56	dendritické buňky
neutrofily	28440	35,68	3,57	3,57	neutrofily
eosinofily	28446	35,07	5,23	10,46	eosinofily
BM nestimulovaná		38,19	0,75	0,75	BM nestimul.
BM stimulovaná	ošetřený	34,27	8,61	8,61	BM stimulovaná	11,48
osteo diferencovaný	ošetřený	40	0,09	0,09	osteo diferenc.	-5,78
osteo nediferencovaný		40	0,52	0,52	osteo nediferenc.
chondrocyty		32,86	20,79	51,98	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	31,85	38,99	38,99	OA Synovium
OA Synovium NP 10/01	29461	34,76	6,33	12,66	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	31,39	51,96	103,92	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	31,1	62,3	124,60	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	31,95	36,76	73,52	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	32,43	27,14	54,28	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	35,84	3,22	3,22	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	35,43	4,18	8,36	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	34,86	5,95	11,90	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	34,79	6,21	12,42	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	36,55	2,07	4,14	Chrupavka (pool)	-3,00
PBL neinfíkovaný	28441	30,02	122,76	245,52	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	28,17	388,59	777,18	PBL HIVIIIB	3,17
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	34,6	7,01	14,02	MRC5 neinfíkovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	33,27	16,13	32,26	MRC5 HSV kmen F	2,30
W12 buňky	29179	34,43	7,8	15,60	W12 buňky
Keratinocyty	29180	35,04	5,31	10,62	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27	808,77
genomový		26,18	1353,11
Ι,ΟΟΕ+05		19,37	100000

• · · ·

191 • · • · ·

I ···· ·

1,OOE+O5		19,59	100000
l,00E+04		22,75	10000
l,00E+04		22,8	10000
1,OOE+O3		26,43	1000
l,00E+03		26,17	1000
Ι,ΟΟΕ+02		30,09	100
l,00E+02		30,21	100
l,00E+01		35,27	10
1,OOE+O1		35,55	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		39,31	1
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		34,53	1
NTC		40	-1
♦vzorek „plicní 26 normální,, byl vynechán vzhledem k tomu, že se nepodařila opakovaná amplifikace z tohoto vzorku

Název genu sbg!016995IGBrecpt

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	-5,23
colon tumor	-1,75
colon tumor	-3,71
colon tumor	-1,50
plíce tumor	-5,37
plíce tumor	-10,20
plíce tumor	2,89
plíce tumor	-6,13
prs tumor	1,56
prs tumor	31,41
prs tumor	5,68
prs tumor	-1,10
mozek stádium 5 ALZ	1,88
mozek stádium 5 ALZ	2,69
mozek stádium 5 ALZ	2,30
mozek stádium 5 ALZ	2,68
plíce 24	-29,00
plíce 28	-7,25
plíce 23	-12,93
astmatické plíce	-12,48
astmatické plíce	11,28
astmatické plíce	2,24
astmatické plíce	8,59
endo VEGF	-4,16
endo bFGF	-1,22
srdce T-l	1,91
srdce T-l4	-3,00
srdce T-3399	1,44

192

0 0 0 0 • 0 0 0 0000

0 • 000 ·

BM stimulovaná	11,48
osteo diferencovaný	-5,78
chrupavka (pool)	-3,00
PBL HIV IIIB	3,17
MRC5 HSV kmen F	2,30

Název genu sbgllólbSREC

Nejvyšší celková exprese v normálních a nemocných vzorcích. Zcela všudypřítomně exprimován, avšak s nejvyšší normální expresí v adipocytech, adipózní tkáni, celém mozku, fetálním mozku a endometriu. Nejvyšší chorobná expese v jednom ze vzorků rakoviny tlustého střeva, jednom ze vzorků normálních plic, chondrocytech a v neinfikovaných buňkách MRC5. Neexistují jakékoliv signifikantní změny u mozků od pacientů s Alzheimerovou chorobou. Downregulace u 1 ze 4 plicních nádorů svědčí o možné úloze v rakovině plic. Upregulace v 1 ze 4 astmatických plic se týká role v astmatu. Downregulace v HSV se týká úlohy v herpes simplex viru jako potenciální hostitelský faktor. Vysoká exprese v imunitních buňkách. Vysoká exprese ve vzorcích chrupavky a kostí od pacientů s OA, stejně jako vysoká exprese v chondrocytech naznačuje možnou úlohu v osteoartritidě a revmatické artritidě. Kromě toho, potvrzení exprese v imunitních buňkách (zejména B a T buňkách) poskytuje dodatečný důkaz pro roli v RA/OA.

Vzorek sbgll51bSREC	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	28,31,28,35	477,04	466,02	471,53	3,06	16,34	7704,74
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	30,79, 30,22	122,3	166,95	144,63	0,96	52,36	7571,99

193

9999 • 9 · • ···· • · ···· 9

Nadledvinka Clontech	33,96, 33,47	21,39	27,97	24,68	0,61	81,97	2022,95
Celý mozek Clontech	24,07, 23,98	4889,28	5123,8	5006,54	7,24	6,91	34575,55
Fetální mozek Clontech	31,1,32,29	103,16	53,55	78,36-	0,48	103,95	8145,01
Mozeček Clontech	31,03,31,99	107,02	63,18	85,10	2,17	23,04	1960,83
Cervix	31,22,30,06	96,6	182,64	139,62	2,42	20,66	2884,71
Tlusté střevo (Colon)	30,68, 30,53	129,52	140,99	135,26	2,71	18,45	2495,48
Endometrium	30,59, 30,44	136,06	147,8	141,93	0,73	68,21	9681,45
Jícen (Esophagus)	33,11,32,17	34,08	57,32	45,70	1,37	36,50	1667,88 ,
Srdce Clontech	33,19,32,41	32,68	50,11	41,40	1,32	37,88	1567,99
Hypothalamus	34,34, 40	17,4	0	8,70	0,32	155,28	1350,93
Kyčelník (Ileum)	31,29,30,13	92,84	174,99	133,92	2,58	19,38	2595,25
Lačník (Jejunum)	29,7,29,48	221,9	251,05	236,48	6,60	7,58	1791,48
Ledvina	31,03,30,17	107,15	171,45	139,30	2,12	23,58	3285,38
Játra	32,89, 33,16	38,61	33,17	35,89	1,50	33,33	1196,33
Fetální játra Clontech	28,05,28,15	550,64	518,95	534,80	10,40	4,81	2571,13
Plíce	29,39, 28,63	263,85	398,99	331,42	2,57	19,46	6447,86
Mléčná žláza Clontech	27,56,27,39	717,67	789,94	753,81	13,00	3,85	2899,25
Myometrium	29,08, 28,93	312,86	339,46	326,16	2,34	21,37	6969,23
Předstěra (Omentum)	30,72, 29,32	126,7	273,04	199,87	3,94	12,69	2536,42
Vaječník	28,89,28,68	346,91	388,02	367,47	4,34	11,52	4233,47
Slinivka	35,24, 35,75	10,59	8,02	9,31	0,81	61,80	575,09
Hlava slinivky	35,25, 33,21	10,57	32,34	21,46	1,57	31,85	683,28
Příušní žláza	28,46,27,84	438,62	615,36	526,99	5,48	9,12	4808,30
Placenta Clontech	28,67,28,66	391,9	393,15	392,53	5,26	9,51	3731,23
Prostata	30,55,31,46	139,05	84,64	111,85	3,00	16,67	1864,08
Konečník (Rectum)	31,28,31,43	93,33	85,92	89,63	1,23	40,65	3643,29
Slinná žláza Clontech	31,13,30,57	101,46	138,16	119,81	7,31	6,84	819,49
Kosterní sval Clontech	34,05, 35,24	2038	10,59	15,49	1,26	39,68	614,48
Kůže	31,53,31,2	81,49	97,36	89,43	L21	41,32	3695,25
Tenké střevo Clontech	34,81,33,82	13,41	23,18	18,30	0,98	51,07	934,37
Slezina	31,01,30,44	108,41	147,9	128,16	4,92	10,16	1302,39
Žaludek	32,01,31,1	62,6	102,97	82,79	2,73	18,32	1516,21
Varlata Clontech	31,74, 32,29	72,49	53,45	62,97	0,57	87,87	5533,39
Brzlík Clontech	28,84,28,53	356,64	421,44	389,04	9,89	5,06	1966,84
Štítná žláza	30,12,30,04	176,76	184,5	180,63	2,77	18,05	3260,47
Průdušnice Clontech	28,48,28,38	434,3	459,42	446,86	9,71	5,15	2301,03
Močový měchýř	29,63, 29,55	230,25	241,15	235,70	5,47	9,14	2154,48
Děloha	28,69,28,37	387,47	461,07	424,27	5,34	9,36	3972,57
genomový	26,24	1487,44
b-aktin	27,28	839,2
l,00E+05	18,96	100000
Ι,ΟΟΕ+05	19,34	100000
l,00E+04	22,64	10000
Ι,ΟΟΕ+04	22,84	10000
l,00E+03	26,22	1000
1.00E+03	26,04	1000
Ι,ΟΟΕ+02	31,04	100
Ι,ΟΟΕ+02	30,1	100

• · · ♦· · • · · ·· · • · · · • ···· · · • · · ···· · ··· ·

194

Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	33,33	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	39,08	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	1
NTC	40	0
NTC	40	0

Vzorek sbgll51bSREC	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	24,55	5357,25	10714,50	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	22,61	19769,94	39539,88	colon tumor	3,69
colon normál. GW98-178	22080	26,71	1252,3	2504,60	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	26,13	1854,49	3708,98	colon tumor	1,48
colon normál GW98-561	23514	26,82	1165,06	2330,12	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	25,75	2390,26	4780,52	colon tumor	2,05
colon normál. GW98-894	24691	26,06	1948,57	3897,14	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	26,59	1362,55	2725,10	colon tumor	-1,43
plíce normální GW98-3	20742	22,77	17753	35506,00	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	26,17	1803,8	3607,60	plíce tumor	-9,84
plíce normální GW97-179	20677	25,24	3370,88	6741,76	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	24,14	7057,92	14115,84	plíce tumor	2,09
plíce normální GW98-165	21922	23,87	8442,49	16884,98	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	24,08	7339,83	14679,66	plíce tumor	-1,15
plíce normální GW98-282	22584,	25,51	2804,42	5608,84	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	24,2	6787,31	13574,62	plíce tumor	2,42
prs normální GW00-392	28750	25,7	2480,5	2480,50	prs normální
prs tumor GWOO-391	28746	25,77	2364,2	4728,40	prs tumor	1,91
prs normální GWOO-413	28798	26,06	1948,1	1948,10	prs normální
prs tumor GW00-412	28797	27,21	894,11	1788,22	prs tumor	-1,09
prs normální GW00235:238	27592-95	26,64	1317,83	1317,83	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	23,91	8225,11	8225,11	prs tumor	6,24
prs normální GW98-621	23656	24,46	5693,73	11387,46	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	23,91	8218,73	16437,46	prs tumor	1,44
mozek normál. BB99-542	25507	26,39	1553,13	3106,26	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	26,63	1325,63	2651,26,	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	27,05	1001,6	2003,20	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	26,97	1052,15	2104,30	mozek stádium 5 ALZ	-1,23
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	25,28	3289,99	6579,98	mozek stádium 5 ALZ ,	2,54
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	26,24	1725,06	3450,12	mozek stádium 5 ALZ	1,33
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	26,12	1864,26	3728,52	mozek stádium 5 ALZ	1,44
CT plíce KC	normální	24,74	4711,99	9423,98	CT plíce

• · · · · ·

195 • · · ·· ·· · · · • · · · · ··· « ···· · · · · · · · • · · · · · · · ···· « ··· ··· ·· ··

plíce 26 KC	normální	27,78	611,36	611,36	plíce 26
plíce 27 KC	normální	28,27	439,19	439,19	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	26,92	1091,11	1091,11	plíce 24	-2,56
plíce 28 KC	COPD	26,93	1085,65	1085,65	plíce 28	-2,57
plíce 23 KC	COPD	27,19	909,68	909,68	plíce 23	-3,07
plíce 25 KC	normální	27,62	678,79	678,79	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	25,33	3173,52	3173,52	astmatické plíce	1,14
astmatické plíce ODO3433	29323	25,36	3106,89	6213,78	astmatické plíce	2,23
astmatické pilce ODO3397	29322	23,81	8809,42	17618,84	astmatické plíce	6,32
astmatické plíce ODO4928	29325	24,76	4649,98	9299,96	astmatické plíce	3,34
endo buňky KC	kontrolní	26	2021,13	2021,13	endo buňky
endo VEGF KC		25,78	2343,21	2343,21	endo VEGF	1,16
endo bFGF KC		26,7	1264,03	1264,03	endo bFGF	-1,60
srdce Clontech	normální	26,62	1330,64	2661,28	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	27,07	984,33	1968,66	srdce T-l	-1,35
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	26,11	1877,75	3755,50	srdceT-14	1,41
srdce (T-3399) DCM	29426	26,34	1608,79	3217,58	srdce T-3399	1,21
adenoid GW99-269	26162	27,64	670,25	1340,50	adenoid
tonsila GW98-280	22582	27,61	684,15	1368,30	tonsila
T buňky PC00314	28453	25,95	2098,64	4197,28	T buňky
PBMNC		31,16	63,19	63,19	PBMNC
monocyt		31,32	56,63	113,26	monocyt
B buňky PC00665	28455	26,34	1609,52	3219,04	B buňky
dendritické buňky 28441		28,25	444,68	889,36	dendritické buňky
neutrofily	28440	26,11	1874,13	1874,13	neutrofily
eosinofily	28446	26,39	1553,82	3107,64	eosinofily
BM nestimulovaná		31,45	51,76	51,76	BM nestimul.
BM stimulovaná		31,28	58,37	58,37	BM stimulovaná	1,13
osteo diferencovaný		24,62	5118,74	5118,74	osteo diferenc.	1,70
osteo nediferencovaný		25,41	3015,6	3015,60	osteo nediferenc.
chondrocyty		22,12	27351,89	68379,73	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	24,5	5551,61	5551,61	OA Synovium
OA Synovium NP 10/01	29461	25,1	3711,29	7422,58	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	24,5	5537,1	11074,20	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	26,45	1492,95	2985,90	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	24,44	5783,96	11567,92	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	25,94	2112,54	4225,08	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	26,16	1811,72	1811,72	OA kost biobanka
OA kost Vzorek 1	J. Emory	24,54	5399,31	10798,62	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	26,07	1931,94	3863,88	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	25,09	3730,42	7460,84	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	25,79	2328,66	4657,32	Chrupavka (pool)	-1,60
PBL neinfíkovaný	28441	26,95	1068,16	2136,32	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	28,41	401,86	803,72	PBL HIVIIIB	-2,66
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	22,28	24694,87	49389,74	MRC5 neinfíkovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	29,07	256,64	513,28	MRC5 HSV kmen F	-96,22
W12 buňky	29179	28,37	410,68	821,36	W12 buňky

196 • 9 · · • · · • ···· · • · ·«· · · 9

Keratinocyty	29180	29,12	249,25	498,50	Keratinocyty
B-aktin kontrola		27,53	721,15
genomový		26,92	1091,74
Ι,ΟΟΕ+05		19,96	100000
l,00E+05		20,19	100000
Ι,ΟΟΕ+04		23,43	10000
l,00E+04		23,34	10000
Ι,ΟΟΕ+03		26,64	1000
Ι,ΟΟΕ+03		26,8	1000
Ι,ΟΟΕ+02		31,34	100
Ι,ΟΟΕ+02		31,48	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		34,9	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		34,19	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		35,53	1
NTC		40	0

Název genu sbgllólbSREC

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	3,69
colon tumor	1,48
colon tumor	2,05
colon tumor	-1,43
plíce tumor	-9,84
plíce tumor	2,09
plíce tumor	-1,15
plíce tumor	2,42
prs tumor	1,91
prs tumor	-1,09
prs tumor	6,24
prs tumor	1,44
mozek stádium 5 ALZ	-1,23
mozek stádium 5 ALZ	2,54
mozek stádium 5 ALZ	1,33
mozek stádium 5 ALZ	1,44
plíce 24	-2,56
plíce 28	-2,57
plíce 23	-3,07
astmatické plíce	1,14
astmatické plíce	2,23
astmatické plíce	6,32
astmatické plíce	3,34
endo VEGF	1,16
endo bFGF	-1,60
srdce T-1	-1,35
srdce T-14	1,41
srdce T-3399	1,21
BM stimulovaná	1,13

» ·

197

osteo diferencovaný	1,70
chrupavka (pool)	-1,60
PBL HIV IIIB	-2,66
MRC5 HSV kmen F	-96,22

Název genu sbgl399854ANK

Nízká celková exprese. Nejvyšší normální exprese je pozorována v celém mozku, fetálním mozku a játrech. Dobré hladiny exprese jsou pozorovány ve všech vzorcích reprezentujících ženský reprodukční systém. Nejvyšší chorobná exprese je pozorována v normálních vzorcích mozku a ve vzorcích mozku postižených Alzheimerovou chorobou, stejně jako v dendritických buňkách. Upregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny tlustého střeva a u 2 ze 4 vzorků rakoviny prsu, stejně jako downregulace u 2 ze 4 vzorků rakoviny plic se týká úlohy tohoto genu v rakovinách tlustého střeva, prsu a plic. Downregulace u 3 ze 3 COPD vzorků a u 2 ze 4 astmatických plicních vzorků svědčí o potenciální roli tohoto genu v chronické obstrukční plicní poruše a astmatu. Downregulace ve vzorku OA chrupavky, stejně jako potvrzení nízké exprese v normálních chondrocytech a mnoha imunitních buňkách svědčí o úloze v osteosrtitidě. Upregulace v HSV-infikovaných buňkách MRC5 svědčí o tom, že tento gen může být hostitelským faktorem v HSV.

Vzorek sbgl399854ANK	Ct (vzorek 1 a 2)	Střed GOI kopií (vzorek 1)	Střed GOI kopií (vzorek 2)	Průměr GOI kopií	18S rRNA (ng)	50 ng/18S rRNA (ng)	kopie mRNA deteko- vané /50ng celkové RNA
Subkutánní adipocyty Zenbio	40,40	0	0	0,00	3,06	16,34	0,00
Subkutánní adipózní tkáň Zenbio	40,40	1,83	1,77	1,80	0,96	52,36	94,24
Nadledvinka Clontech	40,40	1,75	0	0,88	0,61	81,97	71,72

• * ···9

198 ·

···» ·

Celý mozek Clontech	28,57,2835	944,29	1058,09	1001,19	7,24	6,91	6914,30
Fetální mozek Clontech	36,57, 34,65	14,38	39,28	26,83	0,48	103,95	2788,98
Mozeček Clontech	37,21,36,71	10,3	13,37	11,84	2,17	23,04	272,70
Cervix	36,3,40	16,52	0	8,26	2,42	20,66	170,66
Tlusté střevo (Colon)	36,17,35,71	17,73	22,5	20,12	2,71	18,45	371,13
Endometrium	40, 36,1	0	18,41	9,21	0,73	68,21	627,90
Jícen (Esophagus)	40,40	0	1,58	0,79	1,37	36,50	28,83
Srdce Clontech	40,40	0	0	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	40,40	0	0	0,00	0,32	155,28	0,00
Kyčelník (Ileum)	40,40	0	0	0,00	2,58	19,38	0,00
Lačník (Jejunum)	34,07,34,37	53,18	45,33	49,26	6,60	7,58	373,14
Ledvina	37,55,40	8,58	0	4,29	2,12	23,58	101,18
Játra	36,53, 35,62	14,69	23,59	19,14	1,50	33,33	638,00
Fetální játra Clontech	34,56,34,61	41,04	40,04	40,54	10,40	4,81	194,90
Plíce	40,40	0	0	0,00	2,57	19,46	0,00
Mléčná žláza Clontech	39,07, 39,45	3,89	3,18	3,54	13,00	3,85	13,60
Myometrium	39,5,35,37	3,1	26,93	15,02	2,34	21,37	320,83
Předstěra (Omentum)	40,36,18	0	17,61	8,81	3,94	12,69	111,74
Vaječník	35,87, 34,34	20,75	46,22	33,49	4,34	11,52	385,77
Slinivka	40,4	0	0	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava slinivky	40,39,79	0	2,66	1,33	1,57	31,85	42,36
Příušní žláza	35,2, 38,6	29,46	4,97	17,22	5,48	9,12	157,07
Placenta Clontech	40,38,14	0	6,32	3,16	5,26	9,51	30,04
Prostata	40,40	0	0	0,00	3,00	16,67	0,00
Konečník (Rectum)	40, 39,2	0	3,63	1,82	1,23	40,65	73,78
Slinná žláza Clontech	40,39,19	2,19	3,64	2,92	7,31	6,84	19,94
Kosterní sval Clontech	40, 39,37	0	3,32	1,66	1,26	39,68	65,87
Kůže	40,40	0	2,09	1,05	1,21	41,32,	43,18
Tenké střevo Clontech	40,40	1,44,	0	0,72	0,98	51,07	36,77
Slezina	35,36,40	27,05	1,84	14,45	4,92	10,16	146,80
Žaludek	40, 37,03	1,93	11,29	6,61	2,73	18,32	121,06
Varlata Clontech	40, 37,99	0	6,82	3,41	0,57	87,87	299,65
Brzlík Clontech	38,47,35,55	5,32	24,52	14,92	9,89	5,06	75,43
Štítná žláza	40,40	0	2,15	1,08	2,77	18,05	19,40
Průdušnice Clontech	35,37, 36,67	26,97	13,66	20,32	9,71	5,15	104,61
Močový měchýř	39,07,40	3,89	1,42	2,66	5,47	9,14	24,27
Děloha	36,01,33,41	19,29	75,06	47,18	5,34	9,36	441,71
genomový	29,57	558,84
b-aktin	27,57	1592,66
Ι,ΟΟΕ+05	19,91	100000
Ι,ΟΟΕ+05	20,08	100000
Ι,ΟΟΕ+04	23,79	10000
Ι,ΟΟΕ+04	24,06	10000
Ι,ΟΟΕ+03	27,72	1000
Ι,ΟΟΕ+03	28,29	1000
Ι,ΟΟΕ+02	31,95	100
Ι,ΟΟΕ+02	33,62	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	39,75	10

199 ·· ··»» • t • ••4

Ι,ΟΟΕ+ΟΙ	35,41	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ	40	0
NTC	40	-1
NTC	40	-1

Vzorek sbgl399854ANK	Registrační číslo (GSK identifiká- tor)	Ct	Střed GOI kopií	kopie mRNA dete- kované /50ng celkové RNA	Vzorek	Změna konfor- mace v nemocné populaci
colon normál. GW98-167	21941	35,32	22,34	44,68	colon normální
colon tumor GW98-166	21940	34,14	47,5	95,00	colon tumor	2,13
colon normál. GW98-178	22080	36,16	13,07	26,14	colon normální
colon tumor GW98-177	22060	35,58	18,93	37,86	colon tumor	1,45
colon normál GW98-561	23514	36,58	10,03	20,06	colon normální
colon tumor GW98-560	23513	32,61	126,48	252,96	colon tumor	12,61
colon normál. GW98-894	24691	35,61	18,62	37,24	colon normální
colon tumor GW98-893	24690	33,24	84,75	169,50	colon tumor	4,55
plíce normální GW98-3	20742	34,77	31,8	63,60	plíce normální
plíce tumor GW98-2	20741	33,63	66,03	132,06	plíce tumor	2,08
plíce normální GW97-179	20677	34,76	32,04	64,08	plíce normální
plíce tumor GW97-178	20676	34,44	39,23	78,46	plíce tumor	1,22
plíce normální GW98-165	21922	35,18	24,44	48,88	plíce normální
plíce tumor GW98-164	21921	37,99	4,06	8,12	plíce tumor	-6,02
plíce normální GW98-282	22584	33,64	65,37	130,74	plíce normální
plíce tumor GW98-281	22583	37,3	6,34	12,68	plíce tumor	-10,31
prs normální GWOO-392	28750	36,29	12,08	12,08	prs normální
prs tumor GW00-391	28746	36,14	13,29	26,58	prs tumor	2,20
prs normální GW00-413	28798	37,08	7,29	7,29	prs normální
prs tumor GWOO-412	28797	33,26	83,58	167,16	prs tumor	22,93
prs normální GW00235:238	27592-95	38,93	2,24	2,24	prs normální
prs tumor GW00231:234	27588-91	36,57	10,08	10,08	prs tumor	4,50
prs normální GW98-621	23656	34,9	29,32	58,64	prs normální
prs tumor GW98-620	23655	36,11	13,51	27,02	prs tumor	-2,17
mozek normál. BB99-542	25507	29,6	866,9	1733,80	mozek normální.
mozek normál. BB99-406	25509	31,93	194,87	389,74	mozek normální
mozek normál. BB99-904	25546	30,38	526,58	1053,16	mozek normální
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502	32,7	119,57	239,14	mozek stádium 5 ALZ	-4,43-
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503	30,08	634,97	1269,94	mozek stádium 5 ALZ	1,20
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504	29,7	809,22	1618,44	mozek stádium 5 ALZ	1,53
mozek stádium 5 ALZ BB99-927	25542	29,93	700,82	1401,64	mozek stádium 5 ALZ	1,32
CT plíce	normální	35,1	25,82	51,64	CT plíce
plíce 26	normální	36,74	9,07		plíce 26

·· »···

200 • · • · *

I ···· >· ··· ···

plíce 27	normální	40	0	0,00	plíce 27
plíce 24	COPD	40	2,5	2,50	plíce 24	-7,11
plíce 28	COPD	40	0	0,00	plíce 28	-17,77
plíce 23	COPD	40	0	0,00	plíce 23	-17,77
plíce 25	normální	39,39	1,67	1,67	plíce 25
astmatické plíce ODO3112	29321	40	0	0,00	astmatické plíce	-17,77
astmatické plíce ODO3433	29323	37	7,68	15,36	astmatické plíce	-1,16
astmatické plíce ODO3397	29322	36,08	13,8	27,60	astmatické plíce	1,55
astmatické plíce ODO4928	29325	40	0	0,00	astmatické plíce	-17,77
endo buňky KC	kontrolní	40	0	0,00	endo buňky
endo VEGF KC		40	0	0,00	endo VEGF	0,00
endo bFGF KC		35,68	17,77	17,77	endo bFGF	17,77
srdce Clontech	normální	35,03	26,95	53,90	srdce
srdce (T-l) ischemické	29417	36,36	11,53	23,06	srdce T-l	-2,34
srdce (T-14) neobstrukční DCM	29422	34,57	36,11	72,22	srdceT-14	1,34
srdce (T-3399) DCM	29426	36,25	12,37	24,74	srdce T-3399	-2,18
adenoid GW99-269	26162	38,51	2,92	5,84	adenoid
tonsila GW98-280	22582	35,05	26,54	53,08	tonsila
T buňky PC00314	28453	35,5	19,98	39,96	T buňky
PBMNC		40	0	0,00	PBMNC
monocyt		40	0	0,00	monocyt
B buňky PC00665	28455	33,78	59,82	119,64	B buňky
dendritické buňky 28441	28441	29,33	1026,14	2052,28	dendritické buňky
neutrofily	28440	31,3	292,56	292,56	neutrofily
eosinofíly	28446	35,97	14,79	29,58	eosinofíly
BM nestimulovaná		35,56	19,16	19,16	BM nestimul.
BM stimulovaná	ošetřený	34,79	31,48	31,48	BM stimulovaná	1,64
osteo diferencovaný	ošetřený	40	2,59	2,59	osteo diferenc.	2,59
osteo nediferencovaný		40	0	0,00	osteo nediferenc.
chondrocyty		37,11	7,15	17,88	chondrocyty
OA Synovium IP 12/01	29462	35,95	14,93	14,93	OA Synovium
0A Synovium NP10/01	29461	35,74	17,17	34,34	OA Synovium
OA Synovium NP57/00	28464	39,09	2,02	4,04	OA Synovium
RA Synovium NP03/01	28466	38,03	3,97	7,94	RA Synovium
RA Synovium NP71/00	28467	35,08	26,03	52,06	RA Synovium
RA Synovium NP45/00	28475	37,11	7,13	14,26	RA Synovium
OA kost (biobanka)	29217	33,76	60,54	60,54	OA kost biobanka
O A kost Vzorek 1	J. Emory	33,35	78,68	157,36	OA kost
OA kost Vzorek 2	J. Emory	34,15	47,2	94,40	OA kost
Chrupavka (pool)	normální	35,05	26,63	53,26	Chrupavka (pool)
Chrupavka (pool)	OA	37,42	5,87	11,74	Chrupavka (pool)	-4,54
PBL neinfíkovaný	28441 .	33,95	53,63	107,26	PBL neinfíkovaný
PBL HIVIIIB	28442	33,3	81,2	162,40	PBL HIVIIIB	1,51
MRC5 neinfíkovaný (100%)	29158	39,41	1,64	3,28	MRC5 neinfíkovaný (100%)
MRC5 HSV kmen F	29178	35,73	17,22	34,44	MRC5 HSV kmen F	10,50
W12 buňky	29179	35,08	26,08	52,16	W12 buňky
Keratinocyty	29180	36,69	9,33	18,66	Keratinocyty

• 0 · 0

201

B-aktin kontrola		28,13	2213,67
genomový		29,03	1240,79
Ι,ΟΟΕ+05		22,03	100000
Ι,ΟΟΕ+05		22,36	100000
Ι,ΟΟΕ+04		25,68	10000
Ι,ΟΟΕ+04		25,78	10000
Ι,ΟΟΕ+03		29,01	1000
Ι,ΟΟΕ+03		28,67	1000
Ι,ΟΟΕ+02		33,46	100
Ι,ΟΟΕ+02		40	100
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		38,75	10
Ι,ΟΟΕ+ΟΙ		40	10
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		40	0
Ι,ΟΟΕ-ΟΟ		38,6	1
NTC		40	0
*vzorek „plicní 26 normální,, byl vynechán vzhledem k tomu, že se nepodařila opakovaná amplifikace z tohoto vzorku

Název genu sbg!399854ANK

Nemocné tkáně	Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální
colon tumor	2,13
colon tumor	1,45
colon tumor	12,61
colon tumor	4,55
plíce tumor	2,08
plíce tumor	1,22
plíce tumor	-6,02
plíce tumor	-10,31
prs tumor	2,20
prs tumor	22,93
prs tumor	4,50
prs tumor	-2,17
mozek stádium 5 ALZ	-4,43
mozek stádium 5 ALZ	1,20
mozek stádium 5 ALZ	1,53
mozek stádium 5 ALZ	1,32
plíce 24	-7,11
plíce 28	-17,77
plíce 23	-17,77
astmatické plíce	-17,77
astmatické plíce	-1,16
astmatické plíce	1,55
astmatické plíce	-17,77
endo VEGF	0,00
endo bFGF	17,77

• · • · · · ·· ··

202

srdce T-l	-2,34
srdce T-14	1,34
srdce T-3399	-2,18
BM stimulovaná	1,64
osteo diferencovaný	2,59
chrupavka (pool)	-4,54
PBL HIV IIIB	1,51
MRC5 HSV kmen F	10,50

Tabulka V.

Další nemoci na základě exprese mRNA ve specifických tkáních

Tkáňová exprese	Další nemoci
Mozek	Neurologické a psychiatrické nemoci zahrnující Alzheimerovu chorobu, parasupranukleární obrnu, Huntingtonovu chorobu, myotonickou dystrofii, anorexii, deprese, schizofrenie, bolesti hlavy, ztráty paměti, úzkostné poruchy, poruchy spánku, mnohočetnou sklerózu
Srdce	Kardiovaskulární nemoci zahrnující městnavé . srdeční selhání, dilatované kardiomyopatie, srdeční arytmie, Hodgsonovu chorobu, infarkt myokardu, srdeční arytmie
Plíce	Respirační nemoci zahrnující astma, chronické obstrukční plicní onemocnění, cystickou fibrózu, akutní bronchitidu, syndrom respiračních tísně dospělých
Játra	Dyslipidémie, hypercholesterolémie, hypertriglyceridémie, cirhóza, hepatická encefalopatie, tuková hepatocirhóza, virová a nevirová hepatitida, diabetes mellitus typu II, zhoršená tolerance glukózy
Ledvina	Renální onemocnění zahrnující akutní a chronické

203

	selhání ledvin, akutní tubulární nekrózu, cystinurii, Falconiho syndrom, glomerulonefritidu, renální buněčný karcinom, renovaskulární hypertenzi
Kosterní sval	Eulenburgova choroba, hypoglykémie, obezita, tendinitida, periodická ochrnutí, maligní hyperthermie, paramyotonia congenita, myotonia congenita
Střevo	Gastrointestinální onemocnění zahrnující myotonia congenita, neprůchodnost střev, střevní obstrukce, tropické poruchy vstřebávání, pseudomembranózní enterokolitidu
Slezina/ lymfa	Lymfagiektázie, hypersplenismus, angiomy, ankylózní spondylitida, Hodgkinova choroba, makroglobulinémie, maligní lymfomy, revmatická artritida
Placenta	Choriokarcinom, hydatiformní mola, placenta praevia
Varlata	Testikulární karcinom, mužské reprodukční choroby včetně nízké hladiny testosteronu a mužské neplodnosti.
Slinivka	Diabetická ketoacidóza, diabetes typu 1 a 2, obezita, zhoršená tolerance glukózy

• · · ·

Claims (7)

1. Patentové nároky

   1.Izolovaný polypeptid vybraný ze skupiny sestávající z

   (a) izolovaného polypeptidu kódovaného polynukleotidem obsahujícím sekvenci uvedenou v Tabulce I;

   (b) izolovaného polypeptidu obsahujícího polypeptidovou sekvenci uvedenou v Tabulce I; a (c) polypeptidové sekvence genu uvedeného v Tabulce I.
2. 2.Izolovaný polynukleotid vybraný ze skupiny sestávající z (a) izolovaného polynukleotidu obsahujícího polynukleotidovou sekvenci uvedenou v Tabulce 1;

   (b) izolovaného polynukleotidu genu uvedeného v Tabulce I;

   (c) izolovaného polynukleotidu obsahujícího polynukleotidovou sekvenci kódující peptid uvedený v Tabulce I;

   (d) izolovaného polynukleotidu kódujícího polypeptid uvedený v Tabulce I;

   (e) polynukleotidu, který je RNA ekvivalentem polynukleotidu (a) až (d) ; ' nebo polynukleotidové sekvence komplementární k tomuto izolovanému polynukleotidu.
3. 3. Expresní vektor obsahující polynukleotid schopný produkce polypeptidu podle nároku 1, jestliže je tento vektor přítomen v kompatibilní hostitelské buňce.
4. 4. Způsob přípravy rekombinantní hostitelské buňky, vyznačující se tím, že zahrnuje krok zavedení expresního vektoru obsahujícího polynukleotid schopný produkce polypeptidu podle nároku 1 do buňky tak, že hostitelská buňka za • · · · • ·

   205 ...........

   vhodných kultivačních podmínek produkuje uvedený polypeptid.
5. 5. Rekombinantní hostitelská buňka připravená způsobem podle nároku 4.
6. 6. Membrána rekombinantní hostitelské buňky podle nároku 5 exprimující uvedený polypeptid.
7. 7. Způsob přípravy polypeptidu vyznačující se tím, že se kultivuje hostitelská buňka podle nároku 5 za podmínek dostatečných pro tvorbu uvedeného polypeptidu a získává se uvedený polypeptid z kultury.