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CN112996568A - 用于调节mir-10b活性的微小rna化合物和方法 - Google Patents

用于调节mir-10b活性的微小rna化合物和方法 Download PDF

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CN112996568A
CN112996568A CN201980074354.1A CN201980074354A CN112996568A CN 112996568 A CN112996568 A CN 112996568A CN 201980074354 A CN201980074354 A CN 201980074354A CN 112996568 A CN112996568 A CN 112996568A
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CN
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nucleosides
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compound
subscript
modified oligonucleotide
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CN201980074354.1A
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C·R·阿勒顿
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Legulus Therapeutics Co ltd
Original Assignee
Legulus Therapeutics Co ltd
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Publication date
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Abstract

本文描述用于抑制miR‑10b活性的组合物和方法。所述组合物可向患有癌症诸如胶质瘤的受试者施用。

Description

用于调节MIR-10B活性的微小RNA化合物和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2018年11月13日提交的美国临时申请第62/760,546号的优先权益，所述申请出于任何目的以全文引用的方式并入本文。
技术领域
本文提供用于调节miR-10b活性的方法和组合物。
背景技术
微小RNA(microRNA)也称为“成熟微小RNA”，为在植物和动物的基因组中编码的小型(长约18-24个核苷酸)非编码RNA分子。在某些情况下，高度保守的内源性表达的微小RNA通过结合至特定mRNA的3'-非翻译区(3'-UTR)来调控基因的表达。已在植物和动物中鉴别出超过1000种不同的微小RNA。某些成熟微小RNA似乎来源于长度通常为数百个核苷酸的长内源性初级微小RNA转录物(也称为初级微小RNA、初级mir、初级miR或初级微小RNA前体)(Lee等人,EMBO J.,2002,21(17),4663-4670)。
对微小RNA的功能性分析揭示，这些小型非编码RNA促进动物的不同生理过程，包括发育时序、器官发生、分化、成型(patterning)、胚胎发生、生长控制和程序性细胞死亡。微小RNA参与的特定过程的实例包括干细胞分化、神经生成、血管生成、造血作用和胞吐作用(由Alvarez-Garcia和Miska,Development,2005,132,4653-4662评述)。
微小RNA也通过靶向肿瘤抑制因子而与致癌作用相关(参见Gabriely等人,CancerRes.2011,71(10):3563–3572)。例如，miR-10b为与多种癌症中的不良预后相关的强力致癌微小RNA(参见Teplyuk N等人,EMBO Molecular Medicine,2016,8(3),268-287)。基于癌症类型和遗传情况，miR-10b可通过直接靶向多种基因来促进肿瘤细胞的增殖、生存和迁移。具体而言，已经报告miR-10b调控乳腺癌和鳞状细胞癌细胞的侵入和转移。
miR-10b的独特性质为其在胶质瘤(即，从胶质细胞生长的原发性脑癌)中被高度表达，但是不存在于正常神经胶质细胞中。在经培养的胶质瘤细胞中，miR-10b调控细胞周期和靶基因中的选择性剪接(参见Teplyuk 2016)。
胶质母细胞瘤也可被称为IV级星形细胞瘤，为最高级别的恶性胶质瘤和成年人中最常见的恶性原发性脑瘤。由于缺乏有效治疗，胶质母细胞瘤患者具有约14个月的中值生存期。约90％的胶质母细胞瘤病例展现miR-10b的高表达，从而支持其在肿瘤发展中的潜在作用。miR-10b在胶质瘤中的高表达的概况和其在正常神经胶质细胞中不存在表明靶向miR-10b的疗法可有效治疗胶质瘤。
发明内容
实施方案1.一种包含修饰寡核苷酸的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAKAUKUKCKGGKUEUECEUEAECEAEGEGEGEUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，并且没有下标的核苷为β-D-脱氧核糖核苷酸；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且其中每个键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
实施方案2.如实施方案1所述的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAKAUKUKCKGGK mUE mUE mCE mUEAE mCEAEGEGEGE mUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，并且没有下标的核苷为β-D-脱氧核糖核苷酸；其中“mU”为5-甲基尿嘧啶并且“U”为非甲基化尿嘧啶；其中“mC”为5-甲基胞嘧啶并且“C”为非甲基化胞嘧啶；并且其中每个键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
实施方案3.一种包含修饰寡核苷酸的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAEAEUKUECEGKGEUEUKCEUEAKCEAEGEGEGEUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，并且没有下标的核苷为β-D-脱氧核糖核苷酸；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且其中每个键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
实施方案4.如实施方案3所述的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAEAEUK mUE mCEGKGE mUEUK mCE mUEAK mCEAEGEGEGE mUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，并且后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷；其中“mU”为5-甲基尿嘧啶并且“U”为非甲基化尿嘧啶；其中“mC”为5-甲基胞嘧啶；并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
实施方案5.一种包含由9个连接核苷组成的修饰寡核苷酸的化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含结构：
5'-UKAKCMAFGFGFGMUKAK-3'
其中后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，后接下标“M”的核苷为2'-O-甲基核苷，并且后接下标“F”的核苷为2'-氟核苷；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
实施方案6.如实施方案7所述的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由9个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-UKAKCMAFGFGFGMUKAK-3'
其中后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，后接下标“M”的核苷为2'-O-甲基核苷，并且后接下标“F”的核苷为2'-氟核苷；其中“U”为非甲基化尿嘧啶；其中“C”为非甲基化胞嘧啶；其中上标“O”指示磷酸二酯键联并且每个其他核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
实施方案7.如实施方案1至6中任一项所述的化合物，其中所述化合物由所述修饰寡核苷酸或其药学上可接受的盐组成。
实施方案8.如实施方案1至7中任一项所述的化合物，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
实施方案9.一种药物组合物，其包含如实施方案1至8中任一项所述的化合物和药学上可接受的稀释剂。
实施方案10.如实施方案9所述的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂为水溶液。
实施方案11.如实施方案10所述的药物组合物，其中所述水溶液为盐水溶液。
实施方案12.一种药物组合物，其包含如实施方案1至8中任一项所述的化合物，所述组合物为冻干组合物。
实施方案13.一种药物组合物，其基本上由在盐水溶液中的如实施方案1至8中任一项所述的化合物组成。
实施方案14.一种治疗胶质瘤的方法，其包括向患有胶质瘤的受试者施用如实施方案1至6中任一项所述的化合物，或如实施方案9至11或13中任一项所述的药物组合物。
实施方案15.如实施方案14所述的方法，其中所述胶质瘤为弥漫性星形细胞瘤、间变性星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤、间变性少突胶质细胞瘤、弥漫性中线胶质瘤或胶质母细胞瘤。
实施方案16.如实施方案14或15所述的方法，其中所述化合物或药物组合物经肿瘤内施用。
实施方案17.如实施方案15所述的方法，其中所述弥漫性星形细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变。
实施方案18.如实施方案15所述的方法，其中所述间变性星形细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变。
实施方案19.如实施方案15所述的方法，其中所述少突胶质细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变以及染色体臂1p和19q的缺失。
实施方案20.如实施方案15所述的方法，其中所述间变性少突胶质细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变以及染色体臂1p和19q的缺失。
实施方案21.如实施方案15所述的方法，其中所述弥漫性中线胶质瘤包含组蛋白H3(H3)K27M突变。
实施方案22.如实施方案15所述的方法，其中所述胶质母细胞瘤不包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变。
实施方案23.如实施方案15所述的方法，其中所述胶质母细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变。
实施方案24.如实施方案14至23中任一项所述的方法，其中所述胶质瘤为复发性胶质瘤。
实施方案25.如实施方案17、18、19、20、22或23中任一项所述的方法，其中所述异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变为IDH1或IDH2基因突变。
实施方案26.如实施方案14至25中任一项所述的方法，其中在施用所述化合物或药物组合物之后，肿瘤大小减小和/或肿瘤数减少。
实施方案27.如实施方案14至26中任一项所述的方法，其中所述化合物或药物组合物的所述施用增加所述受试者的无进展生存期。
实施方案28.如实施方案14至27中任一项所述的方法，其中所述化合物或药物组合物的所述施用增加所述受试者的总体生存时间。
实施方案29.如实施方案14至28中任一项所述的方法，其中所述化合物的所述施用改善所述受试者的生活质量。
实施方案30.如实施方案14至29中任一项所述的方法，其包括施用至少一种另外的抗癌疗法。
实施方案31.如实施方案30所述的方法，其中所述至少一种另外的疗法选自手术切除、放射疗法、肿瘤治疗电场和一种或多种化学治疗剂。
实施方案32.如实施方案31所述的方法，其中所述化学治疗剂选自卡莫司汀(carmustine)、替莫唑胺(temozolomide)和贝伐珠单抗(bevacizumab)。
实施方案33.如实施方案31所述的方法，其中所述化学治疗剂为替莫唑胺。
实施方案34.如实施方案30所述的方法，其中所述至少一种另外的抗癌疗法包括手术切除、放射疗法和替莫唑胺。
附图说明
图1示出施用单独RG5579、单独替莫唑胺(TMZ)或RG5579与TMZ的组合的多形性胶质母细胞瘤(GBM)模型小鼠的生存百分比。
具体实施方式
除非另外定义，否则本文中所用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的技术人员通常所了解相同的意义。除非提供明确定义，否则关联本文所述的分析化学、合成有机化学以及医学和药物化学使用的命名法与本文所述的分析化学、合成有机化学以及医学和药物化学的程序和技术为本领域中熟知且通常使用的。在本文中的术语存在多个定义的情况下，以本部分中的定义为准。可使用化学合成、化学分析、药物制备、配制和递送以及治疗受试者的标准技术。某些此类技术和程序可见于例如以下文献中：“CarbohydrateModifications in Antisense Research”,Sanghvi和Cook编,American ChemicalSociety,Washington D.C.,1994；和“Remington's Pharmaceutical Sciences”,MackPublishing Co.,Easton,Pa.,第18版,1990；且其出于任何目的以引用的方式并入本文中。除非另外指出，否则本文中的整篇公开中提及的所有专利、专利申请、公开申请与公布、GENBANK序列、网站和其他公开材料在允许时均以全文引用的方式并入本文中。在提及URL或其他类似标识符或地址的情况下，应了解此类标识符可改变并且互联网上的特定信息可改变，但可通过搜索互联网找到等效信息。对其的提及证明所述信息的可用性和公开传播。
在公开和描述本发明的组合物和方法之前，应了解本文所用的术语仅出于描述特定实施方案的目的而无意具有限制性。须指出，除非上下文另外明确规定，否则如本说明书的随附权利要求中所用的单数形式“一(a/an)”和“所述(the)”包括多个参考物。
定义
“胶质瘤”意指从胶质细胞生长的原发性脑癌。在某些实施方案中，胶质瘤包括但不限于：由星形胶质细胞产生的癌症，诸如，例如，星形细胞瘤；由少突胶质细胞引起的癌症，诸如，例如，少突胶质细胞瘤；和混合来源的癌症，诸如少突星形细胞瘤。术语“胶质瘤”也包括胶质母细胞瘤(或多形性胶质母细胞瘤(GBM))，其为恶性胶质瘤。
“转移”意指癌症从其首先产生为原发性肿瘤的位置扩散至体内其他位置的过程。原发性肿瘤的转移性进展反映多个阶段，包括从相邻原发性肿瘤细胞解离、在循环中生存和在继发位置生长。
“总体生存时间”意指受试者在诊断出疾病或治疗疾病之后生存的时期。在某些实施方案中，疾病为癌症。在一些实施方案中，总体生存时间为诊断后的生存期。在一些实施方案中，总体生存时间为治疗开始后的生存期。
“无进展生存期”意指患有疾病的受试者在疾病没有变得更差的情况下生存的时期。在某些实施方案中，无进展生存期通过对疾病进行分期或评分来评估。在某些实施方案中，患有肝癌的受试者的无进展生存期通过评估肿瘤大小、肿瘤数和/或转移来评估。
“停止进一步进展”意指阻止医学病状向晚期状态移动。
“减缓进一步进展”意指降低医学病状向晚期状态移动的速率。
“提高预期寿命”意指通过治疗受试者的疾病的一种或多种症状来使受试者寿命延长。
“生活质量”意指受试者身体、心理和社会功能受疾病和/或疾病治疗损害的程度。
“抗miR”意指具有与微小RNA互补的核碱基序列的寡核苷酸。在某些实施方案中，抗miR为修饰寡核苷酸。
“抗miR-10b”意指具有与miR-10b互补的核碱基序列的修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，抗miR-10b与miR-10b完全互补(即，100％互补)。在某些实施方案中，抗miR-10b与miR-10b至少80％、至少85％、至少90％或至少95％互补。
“miR-10b”意指具有核碱基序列UACCCUGUAGAACCGAAUUUGUG(SEQ ID NO:1)的成熟miRNA。
“miR-10b种子序列”意指存在于miR-10b中的核碱基序列5'-ACCCUG-3'。
“有需要的受试者”意指被鉴别为需要疗法或治疗的受试者。
“怀疑患有……的受试者”意指展现疾病的一种或多种临床指标的受试者。
“与miR-10b相关的疾病”意指由miR-10b的活性调节的疾病或病状。
“施用”意指向受试者提供药剂或组合物，且包括(但不限于)由医学专业人员施用和自施用。
“肠胃外施用”意指通过注射或输注的施用。
肠胃外施用包括(但不限于)皮下施用、静脉内施用和肌肉内施用。
“皮下施用”意指仅在皮肤以下施用。
“静脉内施用”意指施用至静脉内。
“伴随施用”是指两种或更多种剂以其两者的药理学作用在患者体内同时表达的任何方式共同施用。伴随性施用不需要两种剂于单一药物组合物中、以相同剂型或通过相同施用途径施用。两种剂的作用本身无需同时显现。所述作用仅需重叠一定时期而无需共同延长。
“持续时间”意指活性或事件持续的时期。在某些实施方案中，治疗持续时间为药物的剂量的时期
“疗法”意指疾病治疗方法。在某些实施方案中，疗法包括(但不限于)化学疗法、放射疗法或施用药剂。
“治疗”意指用于治愈或改善疾病的一个或多个特定程序的应用。在某些实施方案中，特定程序为施用一种或多种药剂。
“改善”意指减轻病状或疾病的至少一种指标的严重性。在某些实施方案中，改善包括延迟或减缓病状或疾病的一种或多种指标的进展。指标的严重性可通过本领域技术人员已知的主观或客观量度来确定。
“处于发展……的风险中”意指受试者易于发展病状或疾病的状态。在某些实施方案中，处于发展病状或疾病的风险中的受试者展现所述病状或疾病的一种或多种症状，但并不展现足以诊断为患有所述病状或疾病的数目的症状。在某些实施方案中，处于发展病状或疾病的风险中的受试者展现所述病状或疾病的一种或多种症状，但程度轻于诊断为患有所述病状或疾病所需的程度。
“预防……发作”意指预防处于发展疾病或病状的风险中的受试者发展所述病状或疾病。在某些实施方案中，处于发展疾病或病状的风险中的受试者接受与已患所述疾病或病状的受试者所接受的治疗类似的治疗。
“延迟……发作”意指延迟处于发展疾病或病状的风险中的受试者发展所述病状或疾病。在某些实施方案中，处于发展疾病或病状的风险中的受试者接受与已患所述疾病或病状的受试者所接受的治疗类似的治疗。
“剂量”意指单次施用中所提供的药剂的指定量。在某些实施方案中，可以两次或更多次推注、片剂或注射施用剂量。例如，在某些实施方案中，在需要皮下施用时，所要剂量需要单次注射不易提供的体积。在此类实施方案中，可使用两次或更多次注射来达到所要剂量。在某些实施方案中，可以两次或更多次注射施用剂量以使受试者的注射部位反应减至最小。在某些实施方案中，剂量以缓慢输注形式施用。
“剂量单位”意指提供药剂时所采用的形式。在某些实施方案中，剂量单位为容纳冻干寡核苷酸的小瓶。在某些实施方案中，剂量单位为容纳经复原寡核苷酸的小瓶。
“治疗有效量”是指药剂向动物提供治疗益处的量。
“药物组合物”意指包括药剂的适于施用给受试者的物质的混合物。例如，药物组合物可包含无菌水溶液。
“药剂”意指在向受试者施用时提供治疗作用的物质。
“活性药物成分”意指药物组合物中提供所要作用的物质。
“药学上可接受的盐”意指本文所提供的化合物的生理学上的药学上可接受的盐，即，保留化合物的所要生物活性并且在施用受试者时不具有非所要毒理作用的盐。本文所提供的化合物的非限制性示范性药学上可接受的盐包括钠和钾盐形式。除非另外特别指示，否则如本文所用的术语“化合物”、“寡核苷酸”和“修饰寡核苷酸”包括其药学上可接受的盐。
“盐水溶液”意指氯化钠于水中的溶液。
“器官功能改善”意指器官功能朝向正常限度变化。在某些实施方案中，通过测量受试者血液或尿液中存在的分子来评估器官功能。例如，在某些实施方案中，肝功能改善通过血液肝转氨酶含量降低来测量。在某些实施方案中，肾功能改善通过血液尿素氮减少、蛋白尿减少、白蛋白尿减少等来测量。
“可接受的安全性概况”意指临床上可接受的限度内的副作用模式。
“副作用”意指除所要作用以外的归因于治疗的生理反应。在某些实施方案中，副作用包括(但不限于)注射部位反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝毒性、肾毒性、中枢神经系统异常和肌病。所述副作用可直接或间接检测。例如，血清中的转氨酶含量增加可指示肝毒性或肝功能异常。例如，胆红素增加可指示肝毒性或肝功能异常。
如本文中所用的术语“血液”涵盖全血和血液部分，诸如血清和血浆。
“靶核酸”意指寡聚化合物被设计以杂交的核酸。
“靶向”意指设计和选择将与靶核酸杂交的核碱基序列的过程。
“靶向于”意指具有允许与靶核酸杂交的核碱基序列。
“靶接合”意指寡核苷酸同与其互补的微小RNA以改变所述微小RNA的活性、表达或含量的方式相互作用。在某些实施方案中，靶接合意指抗miR同与其互补的微小RNA相互作用，使得所述微小RNA的活性受到抑制。
“调节”意指功能、量或活性的扰动。在某些实施方案中，调节意指功能、量或活性增加。在某些实施方案中，调节意指功能、量或活性降低。
“表达”意指基因的被编码信息借以转化为细胞中存在和运转的结构的任何功能和步骤。
“核碱基序列”意指寡聚化合物或核酸中连续核碱基的次序，通常按5'至3'取向列出，且与任何糖、键联和/或核碱基修饰无关。
“连续核碱基”意指核酸中彼此紧邻的核碱基。
“核碱基互补性”意指两个核碱基经由氢键结非共价配对的能力。
“互补”意指一种核酸能够与另一核酸或寡核苷酸杂交。在某些实施方案中，互补是指寡核苷酸能够与靶核酸杂交。
“完全互补”意指寡核苷酸的每个核碱基均能够与靶核酸中每个对应位置处的核碱基配对。在某些实施方案中，寡核苷酸与微小RNA完全互补(也称为100％互补)，即寡核苷酸的每个核碱基与微小RNA中对应位置处的核碱基互补。修饰寡核苷酸可与微小RNA完全互补，且具有许多小于微小RNA长度的连接核苷。例如，寡核苷酸的每个核碱基与微小RNA中对应位置处的核碱基互补的具有16个连接核苷的寡核苷酸与微小RNA完全互补。
“互补性百分比”意指寡核苷酸中与靶核酸的等长部分互补的核碱基的百分比。互补性百分比通过将寡核苷酸中与靶核酸中对应位置处的核碱基互补的核碱基的数目除以寡核苷酸中核碱基的总数来计算。
“同一性百分比”意指第一核酸中与第二核酸中对应位置处的核碱基相同的核碱基的数目除以第一核酸中核碱基的总数。在某些实施方案中，第一核酸为微小RNA且第二核酸为微小RNA。在某些实施方案中，第一核酸为寡核苷酸且第二核酸为寡核苷酸。
“杂交”意指通过核碱基互补性发生的互补核酸的退火。
“失配”意指第一核酸中的核碱基不能与第二核酸中对应位置处的核碱基进行沃森-克里克(Watson-Crick)配对。
在核碱基序列的情况下，“相同”意指具有相同核碱基序列，与糖、键联和/或核碱基修饰无关且与所存在的任何嘧啶的甲基化状态无关。
“微小RNA”意指长度在18与25个核碱基之间的内源性非编码RNA，其为由酶Dicer裂解微小RNA前体的产物。成熟微小RNA的实例可见于称为miRBase的微小RNA数据库中(microrna.sanger.ac.uk/)。在某些实施方案中，微小RNA缩写为“miR”。
“微小RNA调控的转录物”意指受微小RNA调控的转录物。
“种子匹配序列”意指与种子序列互补并且长度与种子序列相同的核碱基序列。
“寡聚化合物”意指包含多个键联单体亚单元的化合物。寡聚化合物包括寡核苷酸。
“寡核苷酸”意指包含多个连接核苷的化合物，每个核苷可彼此独立地被修饰或未修饰。
“天然存在的核苷间键联”意指核苷之间的3'至5'磷酸二酯键联。
“天然糖”意指DNA(2'-H)或RNA(2'-OH)中存在的糖。
“核苷间键联”意指相邻核苷之间的共价键联。
“连接核苷”意指由共价键连接的核苷。
“核碱基”意指能够与另一核碱基非共价配对的杂环部分。
“核苷”意指键联至糖部分的核碱基。
“核苷酸”意指具有共价键联至核苷的糖部分的磷酸酯基团的核苷。
“包含由多个连接核苷组成的修饰寡核苷酸的化合物”意指包括具有指定数目的连接核苷的修饰寡核苷酸的化合物。因此，所述化合物可包括另外取代基或缀合物。除非另外指示，否则所述修饰寡核苷酸未与互补股杂交并且所述化合物不包括除修饰寡核苷酸的那些核苷以外的任何另外核苷。
“修饰寡核苷酸”意指相对于天然存在的末端、糖、核碱基和/或核苷间键联具有一个或多个修饰的单股寡核苷酸。修饰寡核苷酸可包含未修饰核苷。
“修饰核苷”意指与天然存在的核苷相比具有任何变化的核苷。修饰核苷可具有修饰糖和未修饰核碱基。修饰核苷可具有修饰糖和修饰核碱基。修饰核苷可具有天然糖和修饰核碱基。在某些实施方案中，修饰核苷为双环核苷。在某些实施方案中，修饰核苷为非双环核苷。
“修饰核苷间键联”意指与天然存在的核苷间键联相比存在任何变化。
“硫代磷酸酯核苷间键联”意指核苷之间一个非桥连原子为硫原子的键联。
“修饰糖部分”意指与天然糖相比的取代和/或任何变化。
“未修饰核碱基”意指RNA或DNA的天然存在的杂环碱基：嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)；以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)(包括5-甲基胞嘧啶)和尿嘧啶(U)。
“5-甲基胞嘧啶”意指包含连接于5位置的甲基的胞嘧啶。
“非甲基化胞嘧啶”意指不具有连接于5位置的甲基的胞嘧啶。
“5-甲基尿嘧啶”意指包含连接于5位置的甲基的尿嘧啶。5-甲基尿嘧啶也可被称为胸腺嘧啶。
“非甲基化尿嘧啶”意指不具有连接于5位置的甲基的尿嘧啶。
“修饰核碱基”意指不为未修饰核碱基的任何核碱基。
“糖部分”意指天然存在的呋喃糖基或修饰糖部分。
“修饰糖部分”意指取代糖部分或糖替代物。
“2'-O-甲基糖”或“2'-OMe糖”意指在2'位置处具有O-甲基修饰的糖。
“2'-O-甲氧基乙基糖”或“2'-MOE糖”意指在2'位置处具有O-甲氧基乙基修饰的糖。
“2'-氟”或“2'-F”意指在2'位置处具有氟修饰的糖。
“双环糖部分”意指包含4至7元环的修饰糖部分(包括(但不限于)呋喃糖基)，其包含连接所述4至7元环的两个原子的桥键以形成第二环，从而产生双环结构。在某些实施方案中，4至7元环为糖环。在某些实施方案中，4至7元环为呋喃糖基。在某些此类实施方案中，桥键连接呋喃糖基的2'-碳与4'-碳。非限制性示范性双环糖部分包括LNA、ENA、cEt、S-cEt和R-cEt。
“锁核酸(LNA)糖部分”意指包含4'与2'呋喃糖环原子之间的(CH2)-O桥的取代糖部分。
“ENA糖部分”意指包含4'与2'呋喃糖环原子之间的(CH2)2-O桥的取代糖部分。
“限制性乙基(cEt)糖部分”意指包含4'与2'呋喃糖环原子之间的CH(CH3)-O桥的取代糖部分。在某些实施方案中，CH(CH3)-O桥限制为S型取向。在某些实施方案中，CH(CH3)-O限制为R型取向。
“S-cEt糖部分”意指在4'与2'呋喃糖环原子之间包含S型限制性CH(CH3)-O桥的取代糖部分。
“R-cEt糖部分”意指在4'与2'呋喃糖环原子之间包含R型限制性CH(CH3)-O桥的取代糖部分。
“2'-O-甲基核苷”意指具有2'-O-甲基糖修饰的2'位上修饰核苷。
“2'-O-甲氧基乙基核苷”意指具有2'-O-甲氧基乙基糖修饰的2'位上修饰核苷。2'-O-甲氧基乙基核苷可包含修饰或未修饰核碱基。
“2'-氟核苷”意指具有2'-氟糖修饰的2'位上修饰核苷。2'-氟核苷可包含修饰或未修饰核碱基。
“双环核苷”意指具有双环糖部分的2'位上修饰核苷。双环核苷可具有修饰或未修饰核碱基。
“cEt核苷”意指包含cEt糖部分的核苷。cEt核苷可包含修饰或未修饰核碱基。
“S-cEt核苷”意指包含S-cEt糖部分的核苷。
“R-cEt核苷”意指包含R-cEt糖部分的核苷。
“β-D-脱氧核糖核苷”意指天然存在的DNA核苷。
“β-D-核糖核苷”意指天然存在的RNA核苷。“LNA核苷”意指包含LNA糖部分的核苷。
“ENA核苷”意指包含ENA糖部分的核苷。
“受试者”意指选择用于治疗或疗法的人或非人动物。
概述
估计每年超过160万美国人被确诊患有癌症。即使筛选和治疗得到改善，癌症仍为美国继心脏病之后的第二主要死因。
微小RNA可通过靶向调控细胞周期和细胞凋亡的肿瘤抑制因子来促进致癌作用。例如，miR-10b为可调控来自多种不同癌症的细胞的侵入、迁移和转移的致癌微小RNA。具体而言，miR-10b在所有胶质母细胞瘤亚型中高度表达，但是不存在于正常神经胶质细胞中。miR-10b调控胶质瘤细胞中的细胞周期和选择性剪接，并且miR-10b的抑制与这些细胞的增殖和生存削弱有关。
胶质瘤，并且尤其是胶质母细胞瘤，继续具有相当大的未满足的医学需求。胶质母细胞瘤的当前治疗与显著毒性的非常高复发率有关。即使加强了治疗，胶质母细胞瘤患者的中值生存期仍为大约14个月。因此，虽然所有癌症均存在未满足的需求，但是胶质瘤尤其是具有相当大的负担并且需要改善治疗的癌症。因此，以抑制miR-10b为目标的治疗对于治疗胶质瘤而言是非常受关注的。
因此，这些化合物可用于调节由miR-10b的活性促进的细胞过程。此外，此类化合物可用于治疗、预防和/或延迟与miR-10b相关的疾病的发作。此类疾病的特征可在于相对于非疾病样品异常高的miR-10b表达。此类疾病包括但是不限于癌症，包括胶质瘤。
为了鉴别出足够有效、便利和安全向具有癌症诸如胶质瘤的受试者施用的抗miR-10b化合物，设计了大约215种靶向于miR-10b的修饰寡核苷酸，其具有不同长度和化学组成。化合物的长度范围为9至23个连接核苷，且化合物的化学修饰的数目、类型和位置有所不同。因为药理学、药代动力学行为和安全性不能简单地基于化合物的化学结构来预测，所以在一系列被设计以消除具有不利特性的化合物的测定中在体外和体内评估化合物的特征，包括效力、功效、药代动力学行为、安全性和代谢稳定性。如本文所述，首先在若干体外测定(例如效力、毒理学、代谢稳定性)中测试大约215种化合物，以鉴别适用于在更复杂的体内测定(例如药代动力学概况、功效、毒理学)中进一步测试的较小组的化合物。此筛选过程鉴别用于治疗癌症包括胶质瘤的候选药剂。
靶向于miR-10b的某些修饰寡核苷酸
本文提供包含靶向于miR-10b的修饰寡核苷酸的化合物。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAKAUKUKCKGGKUEUECEUEAECEAEGEGEGEUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，并且没有下标的核苷为β-D-脱氧核糖核苷酸；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且其中每个键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAKAUKUKCKGGK mUE mUE mCE mUEAE mCEAEGEGEGE mUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，并且没有下标的核苷为β-D-脱氧核糖核苷酸；其中“mU”为5-甲基尿嘧啶并且“U”为非甲基化尿嘧啶；其中“mC”为5-甲基胞嘧啶并且“C”为非甲基化胞嘧啶；并且其中每个键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成，其中修饰寡核苷酸包含结构：
5'-CKAKAEAEUKUE mCEGKGEUEUK mCEUEAK mCEAEGEGEGEUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，并且后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAEAEUK mUE mCEGKGE mUEUK mCE mUEAK mCEAEGEGEGE mUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，并且后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷；其中“mU”为5-甲基尿嘧啶并且“U”为非甲基化尿嘧啶；其中“mC”为5-甲基胞嘧啶；并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸由9个连接核苷组成，其中修饰寡核苷酸包含结构：
5'-UKAKCMAFGFGFGMUKAK-3'
其中后接下标“M”的核苷为2'-O-甲基核苷，后接下标“F”的核苷为2'-氟核苷，并且后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸由9个连接核苷组成并且修饰寡核苷酸的结构为：
5'-UKAKCMAFGFGFGMUKAK-3'
其中后接下标“M”的核苷为2'-O-甲基核苷，后接下标“F”的核苷为2'-氟核苷，并且后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷；其中每个U为非甲基化尿嘧啶；其中每个C为非甲基化胞嘧啶；并且每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
本文提供修饰寡核苷酸的药学上可接受的盐。在某些实施方案中，药学上可接受的盐为钠盐。
在一些实施方案中，与每分子存在的硫代磷酸酯和/或磷酸二酯键联相比(即，一些硫代磷酸酯和/或磷酸二酯键联为质子化的)，修饰寡核苷酸的药学上可接受的盐包含较少阳离子抗衡离子(诸如Na+)。在一些实施方案中，修饰寡核苷酸的药学上可接受的盐包含每个修饰寡核苷酸分子少于17个阳离子抗衡离子(诸如Na+)。即，在一些实施方案中，修饰寡核苷酸的药学上可接受的盐可包含每个修饰寡核苷酸分子平均1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个阳离子抗衡离子，其余硫代磷酸酯和/或磷酸二酯基团为质子化的。
进一步提供包含本文所述的任何修饰寡核苷酸的化合物。
本发明的某些用途
本文提供用于抑制细胞中的miR-10b的活性的方法，其包括使细胞与本文所提供的化合物接触，所述化合物包含与miR-10b互补的核碱基序列。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，细胞为胶质瘤细胞。
在某些实施方案中，使癌细胞与本文所提供的化合物接触诱导癌细胞中的细胞凋亡。在某些实施方案中，使癌细胞与本文所提供的化合物接触减少细胞增殖。
本文提供用于抑制miR-10b的活性的方法，其包括向受试者施用本文所提供的药物组合物。在某些实施方案中，受试者患有与miR-10b相关的疾病。在某些实施方案中，与miR-10b相关的疾病为胶质瘤。
本文提供用于治疗受试者中的胶质瘤的方法，其包括向患有胶质瘤的受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-10b互补的核碱基序列。
胶质瘤为从胶质细胞产生的脑癌。胶质细胞包括星形胶质细胞、少突胶质细胞、小胶质细胞和室管膜细胞，其除了保持血脑屏障以外还一起发挥作用以向神经细胞提供能量和营养素。胶质瘤基于遗传和/或组织学特征来分类。遗传特征包括但不限于染色体丢失、染色体易位、染色体扩增和基因突变。例如，胶质瘤的特征可在于染色体臂1p和19q的缺失和/或异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因的突变。组织病理学特征包括起始细胞型、谱系相关蛋白的表达、超结构表征和分化水平。例如，胶质瘤可被鉴别为弥漫性(广泛蔓延)或间变性(分化不良)。在某些情况下，胶质瘤可不分类至具体界定的遗传群组中，例如，在不可获得充足遗传信息的情况下。在这些情况下，将胶质瘤命名为“未列名(NOS)”。
胶质瘤可基于胶质肿瘤细胞分裂的快速程度以及细胞浸润相邻组织的可能性来进一步分级。将胶质瘤指派为I级、II级、III级或IV级，其范围为最小侵袭性至最大侵袭性。
在某些实施方案中，胶质瘤基于世界卫生组织(WHO)针对中枢神经系统肿瘤的分类系统和分级系统来分类(Louis等人,Acta Neuropath,2016,131:803-820)。
在某些实施方案中，胶质瘤从星形胶质细胞产生，并且分类为星形细胞瘤。在某些实施方案中，胶质瘤从少突胶质细胞产生，并且分类为少突胶质细胞瘤。在某些实施方案中，胶质瘤为混合来源，从星形胶质细胞和少突胶质细胞产生，并且分类为少突星形细胞瘤。在某些实施方案中，胶质瘤从室管膜细胞产生，并且分类为室管膜瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为弥漫性星形细胞瘤。在某些实施方案中，弥漫性星形细胞瘤包含IDH基因突变。在某些实施方案中，弥漫性星形细胞瘤为包含IDH基因突变的肥胖型星形细胞瘤(gemistocytic astrocytoma)。在某些实施方案中，弥漫性星形细胞瘤分类为未列名。弥漫性星形细胞瘤通常分类为II级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为间变性星形细胞瘤。在某些实施方案中，间变性星形细胞瘤包含IDH基因突变。在某些实施方案中，间变性星形细胞瘤分类为未列名。间变性星形细胞瘤通常分类为III级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为胶质母细胞瘤。在某些实施方案中，胶质母细胞瘤不包含IDH基因突变。在某些实施方案中，胶质母细胞瘤为巨细胞胶质母细胞瘤。在某些实施方案中，胶质母细胞瘤为神经胶质肉瘤。在某些实施方案中，胶质母细胞瘤为上皮样胶质母细胞瘤。在某些实施方案中，胶质母细胞瘤分类为未列名。在某些实施方案中，胶质母细胞瘤包含IDH基因突变。胶质母细胞瘤通常分类为IV级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为弥漫性中线胶质瘤。在某些实施方案中，弥漫性中线胶质瘤包含组蛋白H3(H3)K27M突变。弥漫性中线胶质瘤通常分类为IV级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为少突胶质细胞瘤。在某些实施方案中，少突胶质细胞瘤包含IDH基因突变以及染色体臂1p和染色体臂19q的缺失。在某些实施方案中，少突胶质细胞瘤分类为未列名。通常，少突胶质细胞瘤分类为II级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为间变性少突胶质细胞瘤。在某些实施方案中，间变性少突胶质细胞瘤包含IDH基因突变以及染色体臂1p和染色体臂19q的缺失。在某些实施方案中，间变性少突胶质细胞瘤分类为未列名。通常，间变性少突胶质细胞瘤分类为III级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为少突星形细胞瘤。在某些实施方案中，少突星形细胞瘤分类为未列名。
在某些实施方案中，胶质瘤为间变性少突星形细胞瘤。在某些实施方案中，间变性少突星形细胞瘤分类为未列名。
在某些实施方案中，胶质瘤为毛细胞型星形细胞瘤(pilocytic astrocytoma)。在某些实施方案中，毛细胞型星形细胞瘤为毛细胞粘液型星形细胞瘤(pilomyxoidastrocytoma)。在某些实施方案中，胶质瘤为室管膜下巨细胞星形细胞瘤。在某些实施方案中，胶质瘤为多形性黄色星形细胞瘤(pleomorphic xanthoastrocytoma)。在某些实施方案中，胶质瘤为间变性多形性黄色星形细胞瘤。毛细胞型星形细胞瘤通常分类为I级胶质瘤。室管膜下巨细胞星形细胞瘤通常分类为I级胶质瘤。间变性多形性黄色星形细胞瘤通常分类为II级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为室管膜下瘤。室管膜下瘤通常分类为I级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为间变性室管膜瘤。间变性室管膜瘤通常分类为III级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为室管膜瘤。在某些实施方案中，胶质瘤为粘液乳头状室管膜瘤(myxopapillary ependymoma)。在某些实施方案中，室管膜瘤为乳头状室管膜瘤。在某些实施方案中，室管膜瘤为透明细胞室管膜瘤。在某些实施方案中，室管膜瘤为伸长细胞型室管膜瘤(tanycytic ependymoma)。在某些实施方案中，室管膜瘤包含RELA融合(涉及开放阅读框C11orf95和RelA基因的融合)。室管膜瘤通常分类为II级胶质瘤。粘液乳头状室管膜瘤通常分类为I级胶质瘤。包含RELA融合的室管膜瘤通常分类为II级或III级胶质瘤。
在某些实施方案中，胶质瘤为第三脑室的脉络丛胶质瘤。在某些实施方案中，胶质瘤为血管中心型胶质瘤。在某些实施方案中，胶质瘤为星形母细胞瘤。血管中心型胶质瘤通常分类为I级胶质瘤。第三脑室的脉络丛胶质瘤通常分类为II级胶质瘤。
在某些实施方案中，IDH基因突变为IDH1基因突变。在某些实施方案中，IDH基因突变为IDH2基因突变。
在某些实施方案中，胶质瘤包含选自TERT、CIC、FUBP1、NOTCH1、TP53、ATRX、EGFR、CDKN2A、MDM4、PTEN和NF1基因中的一者或多者的基因中的突变。
本文提供用于治疗、预防、改善和/或延迟转移的发作的组合物和方法。转移可由胶质瘤细胞从脑部迁移至身体内的任何继发位置而产生。在某些实施方案中，胶质瘤转移至其他中枢神经系统组织，例如，脊髓。在某些实施方案中，胶质瘤转移至在中枢神经系统之外的组织，例如，骨骼、淋巴结、肺部、腺体和其他软组织。
微小RNA结合至信使RNA并阻遏信使RNA表达。在某些情况下，抑制微小RNA的活性导致一种或多种信使RNA的去阻遏，即信使RNA表达在RNA和/或蛋白的层级下增加。本文提供用于调节一种或多种miR-10b调控的转录物的表达的方法，其包括使细胞与本发明化合物接触，其中化合物包含具有与miR-10b互补的序列的修饰寡核苷酸。
在某些实施方案中，miR-10b调控的转录物为Bim、TFAP2C、CDKN1A(p21)或CDKN2A(p16)，并且抑制miR-10b导致Bim、TFAP2C、CDKN1A(p21)和/或CDKN2A(p16)mRNA的含量增加。
除胶质瘤以外，miR-10b还与许多癌症类型有关联。因此，在某些实施方案中，本文所提供的化合物用于治疗、预防、改善和/或延迟除胶质瘤以外的癌症的发作。在某些实施方案中，癌症为肝癌、乳腺癌、膀胱癌、前列腺癌、骨癌、结肠癌、肺癌、脑癌、血液系统癌症、胰腺癌、头颈部癌、舌癌、胃癌、皮肤癌、甲状腺癌、神经母细胞瘤、食道癌、间皮瘤、神经母细胞瘤、肾癌、睾丸癌、直肠癌、子宫颈癌或卵巢癌。在某些实施方案中，肝癌为肝细胞癌。在某些实施方案中，肝癌归因于起源于身体另一部分的癌症的转移，例如癌症归因于骨癌、结肠癌或乳腺癌的转移。在某些实施方案中，血液系统癌症为急性髓细胞性白血病、急性淋巴细胞性白血病、急性单核细胞性白血病、多发性骨髓瘤、慢性淋巴细胞性白血病、慢性骨髓性白血病、霍奇金氏淋巴瘤(hodgkin's lymphoma)或非霍奇金氏淋巴瘤(non-hodgkin'slymphoma)。在某些实施方案中，皮肤癌为黑素瘤。在某些实施方案中，肾癌为肾细胞癌。在某些实施方案中，乳腺癌为原位乳腺管细胞癌、侵袭性乳腺管细胞癌、三阴性乳腺癌、髓样癌、管状癌和粘液癌。在某些实施方案中，癌症对化学疗法具有抗性。
在某些实施方案中，施用本文所提供的化合物或方法在受试者中产生一种或多种临床上合意的结果。所述改善可用于确定受试者对治疗产生反应的程度。
在某些实施方案中，临床上合意的结果为在患有癌症的受试者中肿瘤数减少和/或肿瘤大小减小。在某些实施方案中，临床上合意的结果为在患有癌症的受试者中癌细胞数减少。其他临床上合意的结果包括受试者的总体生存时间延长和/或受试者的无进展生存时间延长。在某些实施方案中，施用本文所提供的化合物防止肿瘤大小和/或肿瘤数增加。在某些实施方案中，施用本文所提供的化合物预防转移性进展。在某些实施方案中，施用本文所提供的化合物减缓或阻止转移性进展。在某些实施方案中，施用本文所提供的化合物预防肿瘤复发。在某些实施方案中，施用本文所提供的化合物延迟肿瘤复发。在某些实施方案中，施用本文所提供的化合物预防肿瘤转移复发。
在本文所提供的任何治疗方法中，化合物可通过肿瘤内注射来施用。在本文所提供的任何治疗方法中，化合物可通过脑室内注射来施用。
本文所述的任何化合物可用于疗法中，例如，用于本文所述的任何治疗方法。本文所提供的任何化合物可用于治疗癌症。本文所提供的任何化合物可用于治疗胶质瘤。
本文所述的任何修饰寡核苷酸可用于疗法中，例如用于本文所述的任何治疗方法。本文所提供的任何修饰寡核苷酸可用于治疗癌症。本文所提供的任何修饰寡核苷酸可用于治疗胶质瘤。
本文所提供的任何化合物可用于制备药物。本文所提供的任何化合物可用于制备供在本文所述的任何治疗方法中使用的药物。本文所提供的任何化合物可用于制备供治疗胶质瘤的药物。本文所提供的任何化合物可用于制备供治疗癌症的药物。本文所提供的任何化合物可用于制备供治疗胶质瘤的药物。
本文所提供的任何修饰寡核苷酸可用于制备药物。本文所提供的任何修饰寡核苷酸可用于制备供在本文所述的任何治疗方法中使用的药物。本文所提供的任何修饰寡核苷酸可用于制备供治疗癌症的药物。本文所提供的任何修饰寡核苷酸可用于制备供治疗胶质瘤的药物。
本文所提供的任何药物组合物可用于疗法中，例如，用于本文所述的任何治疗方法。本文所提供的任何药物组合物可用于治疗癌症。本文所提供的任何药物组合物可用于治疗胶质瘤。
某些另外的疗法
癌症治疗通常包含组合疗法。因此，在某些实施方案中，本发明提供用于治疗胶质瘤的方法，其包括：向受试者施用包含修饰寡核苷酸的化合物，其中修饰寡核苷酸与miR-10b互补；和施用至少一种作为抗癌疗法的另外疗法。在某些实施方案中，抗癌疗法为放射疗法。在某些实施方案中，抗癌疗法为手术切除肿瘤。在某些实施方案中，抗癌疗法为一种或多种化学治疗剂。在某些实施方案中，抗癌疗法为低强度、中频交流电场(肿瘤治疗电场，或TTF)。在某些实施方案中，抗癌疗法为生物疗法。在某些实施方案中，抗癌疗法为基于胶质瘤中的一种或多种遗传异常来选择的靶向疗法。
在某些实施方案中，抗癌疗法包括手术切除、放射疗法、化学治疗剂、TTF和靶向疗法中的两种或更多种的组合。
在某些实施方案中，用与miR-10b互补的修饰寡核苷酸、手术切除、放射疗法和化学治疗剂治疗患有胶质瘤的受试者。在某些实施方案中，用与miR-10b互补的修饰寡核苷酸、手术切除、放射疗法、TTF和化学治疗剂治疗患有胶质瘤的受试者。在某些实施方案中，化学治疗剂为替莫唑胺。在某些实施方案中，化学治疗剂为卡莫司汀。
在某些实施方案中，用与miR-10b互补的修饰寡核苷酸和手术切除治疗患有胶质瘤的受试者。在某些实施方案中，用与miR-10b互补的修饰寡核苷酸、放射疗法和手术切除治疗患有胶质瘤的受试者。在某些实施方案中，用与miR-10b互补的修饰寡核苷酸、放射疗法、手术切除和TTF治疗患有胶质瘤的受试者。
在一些实施方案中，同时施用一种或多种抗癌疗法。在一些实施方案中，依序施用一种或多种抗癌疗法。
在某些实施方案中，放射疗法为质子束疗法。在某些实施方案中，放射疗法为立体定位放射手术。在某些实施方案中，放射疗法为强度调节放射疗法。在某些实施方案中，放射疗法为3-D保形放射。
在某些实施方案中，使用NovoTTF-100A装置(Novocure Ltd,Haifa,Israel)施用TTF。在某些实施方案中，TTF具有200Hz的频率和1-2V/cm的强度。
在某些实施方案中，化学治疗剂为烷化剂。在某些实施方案中，化学治疗剂为抗叶酸。在某些实施方案中，化学治疗剂为生长因子受体抑制剂。在某些实施方案中，化学治疗剂为血管生成抑制剂。在某些实施方案中，化学治疗剂为激酶抑制剂。在某些实施方案中，化学治疗剂为抗微管剂(也称为生物碱)。在某些实施方案中，化学治疗剂为烷化剂。在某些实施方案中，化学治疗剂为抗代谢物。
在某些实施方案中，化学治疗剂选自1,3-双(2-氯乙基)-1-亚硝基脲、白消安(busulfan)、卡铂、卡莫司汀、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、达卡巴嗪(dacarbazine)、柔红霉素(daunorubicin)、阿霉素(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、依托泊苷(etoposide)、伊达比星(idarubicin)、异环磷酰胺(ifosfamide)、伊立替康(irinotecan)、洛莫司汀(lomustine)、氮芥(mechlorethamine)、美法仑(melphalan)、丝裂霉素C(mitomycin C)、米托蒽醌(mitoxantrone)、奥沙利铂(oxaliplatin)和拓扑替康(topotecan)。
在某些实施方案中，化学治疗剂选自甲氨蝶呤(methotrexate)、氨基蝶呤(aminopterin)、胸苷酸合成酶、丝氨酸羟甲基转移酶、叶酰聚谷氨酰基合成酶、g-谷氨酰水解酶、甘氨酰胺-核苷酸转甲酰基酶(glycinamide-ribonucleotide transformylase)、甲酰四氢叶酸(leucovorin)、氨基-咪唑-甲酰胺-核苷酸转甲酰基酶、5-氟尿嘧啶和叶酸转运蛋白。
在某些实施方案中，化学治疗剂选自厄洛替尼(erlotinib)和吉非替尼(gefitinib)。
在某些实施方案中，化学治疗剂选自贝伐珠单抗、沙立度胺(thalidomide)、羧胺三唑(carboxyamidotriazole)、TNP-470、CM101、IFN-α、血小板因子-4、苏拉明(suramin)、SU5416、血小板反应蛋白、VEGFR拮抗剂、软骨源性血管生成抑制因子、基质金属蛋白酶抑制剂、血管抑素(angiostatin)、内皮抑素(endostatin)、2-甲氧基雌二醇(2-methoxyestradiol)、替可加兰(tecogalan)、四硫钼酸盐(tetrathiomolybdate)、催乳素(prolactin)和利诺米特(linomide)。
在某些实施方案中，化学治疗剂选自BIBW 2992、西妥昔单抗(cetuximab)、伊马替尼(imatinib)、曲妥珠单抗(trastuzumab)、吉非替尼、雷珠单抗(ranibizumab)、哌加他尼(pegaptanib)、索拉非尼(sorafenib)、达沙替尼(dasatinib)、舒尼替尼(sunitinib)、厄洛替尼、尼罗替尼(nilotinib)、拉帕替尼(lapatinib)、帕尼单抗(panitumumab)、凡德他尼(vandetanib)、E7080、帕唑帕尼(pazopanib)、木利替尼(mubritinib)和福他替尼(fostamatinib)。
在某些实施方案中，化学治疗剂选自多烯紫杉醇(docetaxel)和长春花碱(vinblastine)。
在某些实施方案中，化学治疗剂选自甲氨蝶呤和吉西他宾(gemcitabine)。
另外合适的抗癌疗法包括靶向除miR-10b以外的致癌微小RNA(包括但不限于miR-19、miR-21和miR-221)的修饰寡核苷酸。
在某些实施方案中，另外的疗法被选择用于治疗或改善本发明的一种或多种药物组合物的副作用。此类副作用包括(不限于)恶心、注射部位反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝中毒、肾中毒、中枢神经系统异常和肌病。例如，血清中的转氨酶含量增加可指示肝毒性或肝功能异常。例如，胆红素增加可指示肝毒性或肝功能异常。
另外药剂的进一步实例包括(但不限于)：免疫球蛋白，包括(但不限于)止吐剂；镇痛剂(例如，对乙酰氨基酚(acetaminophen))；水杨酸盐；抗生素；抗病毒剂；抗真菌剂；肾上腺素调节剂；激素(例如，同化类固醇、雄激素、雌激素、降钙素、黄体激素、生长抑素和甲状腺激素)；免疫调节剂；肌肉松弛剂；抗组胺；骨质疏松剂(例如，双膦酸盐、降钙素和雌激素)；前列腺素、抗赘生剂；心理治疗剂；镇静剂；毒葛或毒漆树产物；抗体；和疫苗。
某些核碱基序列
具有本文所述的核苷模式的修饰寡核苷酸具有与miR-10b(SEQ ID NO:1)互补的核碱基序列。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的每个核碱基能够与miR-10b的核碱基序列中的每个对应位置处的核碱基经历碱基配对。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的核碱基序列可具有一个或多个相对于miR-10b的核碱基序列或前体序列的失配碱基对，并且仍能够与其靶序列杂交。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸由与miR-10b的长度相等的数目的连接核苷组成。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的连接核苷的数目少于miR-10b的长度。具有少于miR-10b的长度的数目的连接核苷的修饰寡核苷酸(其中修饰寡核苷酸的每个核碱基与miR-10b的对应位置处的每个核碱基互补)被视为具有与miR-10b序列的区域完全互补(也被称为100％互补)的核碱基序列的修饰寡核苷酸。例如，由19个连接核苷组成的修饰寡核苷酸(其中每个核碱基与长度为22个核碱基的miR-10b的对应位置互补)与miR-10b的19-核碱基区域完全互补。此修饰寡核苷酸具有与miR-10b的19-核碱基部分的100％互补性，并且被视为与miR-10b为100％互补。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含与miR-10b种子序列互补的核碱基序列，即修饰寡核苷酸包含种子匹配序列。在某些实施方案中，种子序列为六聚体种子序列。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸具有相对于miR-10b的核碱基序列具有一个失配的核碱基序列。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸具有相对于miR-10b的核碱基序列具有两个失配的核碱基序列。在某些此类实施方案中，修饰寡核苷酸具有相对于miR-10b的核碱基序列具有不多于两个失配的核碱基序列。在某些此类实施方案中，失配的核碱基为连续的。在某些此类实施方案中，失配的核碱基为不连续的。
本文所述的核碱基序列(包括(但不限于)见于实施例和序列表中的那些)独立于对核酸所进行的任何修饰。因此，由SEQ ID NO定义的核酸可独立地包含对一个或多个糖部分、一个或多个核苷间键联和/或一个或多个核碱基所进行的一个或多个修饰。
虽然随附于本申请的序列表根据需要将每个核碱基序列鉴别为“RNA”或“DNA”，但实际上，那些序列可用本文指定的化学修饰的组合修饰。本领域技术人员将易于了解，在序列表中，诸如“RNA”或“DNA”的用以描述修饰寡核苷酸的名称多少有些随意。例如，本文所提供的包含有包含2'-O-甲氧基乙基糖部分的胸腺嘧啶碱基的核苷的修饰寡核苷酸可描述为序列表中的DNA残基，尽管核苷为修饰的并且不为天然DNA核苷。
因此，在序列表中提供的核酸序列意图涵盖含有天然或修饰RNA和/或DNA的任何组合的核酸，包括但不限于具有修饰核碱基的此类核酸。通过进一步实例且不加限制，具有序列表中的核碱基序列“ATCGATCG”的修饰寡核苷酸涵盖：具有此核碱基序列的任何寡核苷酸，不论是修饰还是未修饰，包括但不限于包含RNA碱基的此类化合物，诸如具有序列“AUCGAUCG”的化合物和具有一些DNA碱基的一些RNA碱基诸如“AUCGATCG”的化合物；和具有其他修饰碱基的寡核苷酸，诸如“ATmeCGAUCG”，其中meC指示5-甲基胞嘧啶。类似地，具有序列表中的核碱基序列“AUCGAUCG”的修饰寡核苷酸涵盖：具有此核碱基序列的任何寡核苷酸，不论是修饰还是未修饰，包括但不限于包含RNA碱基的此类化合物，诸如具有序列“AUCGAUCG”的化合物和具有一些DNA碱基和一些RNA碱基诸如“AUCGATCG”的化合物和具有DNA碱基诸如“ATCGATCG”的化合物；和具有其他修饰碱基的寡核苷酸，诸如“ATmeCGAUCG”，其中meC指示5-甲基胞嘧啶。在一些实施方案中，5-甲基尿嘧啶(meU)用于指代通常被称为胸腺嘧啶(T)的核碱基。
某些修饰
在某些实施方案中，本文所提供的寡核苷酸可包含一个或多个核碱基、糖和/或核苷间连接的修饰，且因此为修饰寡核苷酸。修饰核碱基、糖和/或核苷间键联可因诸如细胞吸收增强、对其他寡核苷酸或核酸靶标的亲和力提高以及在核酸酶存在下的稳定性提高的合意特性而优先于未修饰形式加以选择。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个修饰核苷。
在某些实施方案中，修饰核苷为糖修饰核苷。在某些此类实施方案中，糖修饰核苷可进一步包含天然或修饰的杂环碱基部分，且/或经由天然或修饰核苷间键联连接至另一核苷，且/或可包括独立于糖修饰的其他修饰。在某些实施方案中，糖修饰核苷为2'位上修饰核苷，其中糖环在天然核糖或2'-脱氧-核糖的2'碳上修饰。
在某些实施方案中，2'位上修饰核苷具有双环糖部分。在某些此类实施方案中，双环糖部分为呈α构型的D型糖。在某些此类实施方案中，双环糖部分为呈β构型的D型糖。在某些此类实施方案中，双环糖部分为呈α构型的L型糖。在某些此类实施方案中，双环糖部分为呈β构型的L型糖。
包含此类双环糖部分的核苷称为双环核苷或BNA。在某些实施方案中，双环核苷包括但不限于(A)α-L-亚甲氧基(4'-CH2-O-2')BNA；(B)β-D-亚甲氧基(4'-CH2-O-2')BNA；(C)亚乙氧基(4'-(CH2)2-O-2')BNA；(D)氨基氧基(4'-CH2-O-N(R)-2')BNA；(E)氧基氨基(4'-CH2-N(R)-O-2')BNA；(F)甲基(亚甲氧基)(4'-CH(CH3)-O-2')BNA(也被称为限制性乙基或cEt)；(G)亚甲基-硫基(4'-CH2-S-2')BNA；(H)亚甲基-氨基(4'-CH2-N(R)-2')BNA；(I)甲基碳环(4'-CH2-CH(CH3)-2')BNA；(J)c-MOE(4'-CH(CH2-OMe)-O-2')BNA；和(K)亚丙基碳环(4'-(CH2)3-2')BNA，如以下描述。
Figure BDA0003061071160000341
其中Bx为核碱基部分并且R独立地为H、保护基或C1-C12烷基。
在某些实施方案中，2'位上修饰核苷包含2'-取代基，其选自F、OCF3、O-CH3(也被称为“2'-OMe”)、OCH2CH2OCH3(也被称为“2'-O-甲氧基乙基”或“2'-MOE”)、2'-O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(CH3)2、-O(CH2)2O(CH2)2N-(CH3)2和O-CH2-C(＝O)-N(H)CH3。
在某些实施方案中，2'位上修饰核苷包含选自F、O-CH3和OCH2CH2OCH3的2'-取代基。
在某些实施方案中，糖修饰核苷为4'-硫基修饰核苷。在某些实施方案中，糖修饰核苷为4'-硫基-2'位上修饰核苷。4'-硫基修饰核苷具有其中4'-O被置换为4'-S的β-D-核糖核苷。4'-硫基-2'位上修饰核苷为2'-OH被置换为2'-取代基的4'-硫基修饰核苷。合适的2'-取代基包括2'-OCH3、2'-OCH2CH2OCH3和2'-F。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个核苷间修饰。在某些此类实施方案中，修饰寡核苷酸的每个核苷间键联为修饰核苷间键联。在某些实施方案中，修饰核苷间键联包含磷原子。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含至少一个硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个修饰核碱基。
在某些实施方案中，修饰核碱基选自5-羟甲基胞嘧啶、7-脱氮鸟嘌呤和7-脱氮腺嘌呤。在某些实施方案中，修饰核碱基选自7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮鸟苷、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。在某些实施方案中，修饰核碱基选自5位上取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤，包括2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。
在某些实施方案中，修饰核碱基包含多环杂环。在某些实施方案中，修饰核碱基包含三环杂环。在某些实施方案中，修饰核碱基包含苯恶嗪衍生物。在某些实施方案中，苯恶嗪可被进一步修饰以形成本领域中称为G形夹(G-clamp)的核碱基。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与一个或多个增强所得反义寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞吸收的部分缀合。在某些此类实施方案中，所述部分为胆固醇部分。在某些实施方案中，所述部分为脂质部分。用于结合的另外部分包括碳水化合物、肽、抗体或抗体片段、磷脂、生物素、吩嗪、叶酸盐、菲啶、蒽醌、吖啶、荧光素、若丹明(rhodamine)、香豆素和染料。在某些实施方案中，碳水化合物部分为N-乙酰基-D-半乳胺糖(GalNac)。在某些实施方案中，缀合基团直接连接于寡核苷酸。在某些实施方案中，缀合基团通过连接部分来连接至修饰寡核苷酸，所述连接部分选自氨基、叠氮基、羟基、羧酸、硫醇、不饱和度(例如，双键或三键)、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、4-(N-马来酰亚胺甲基)环己烷-1-甲酸琥珀酰亚胺酯(SMCC)、6-氨基己酸(AHEX或AHA)、取代C1-C10烷基、取代或未取代C2-C10烯基和取代或未取代C2-C10炔基。在某些此类实施方案中，取代基选自羟基、氨基、烷氧基、叠氮基、羧基、苄基、苯基、硝基、硫醇、硫烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些此类实施方案中，化合物包含修饰寡核苷酸，所述寡核苷酸具有一个或多个稳定基团连接于修饰寡核苷酸的一端或两端以增强诸如核酸酶稳定性的特性。在稳定基团中包括帽结构。这些末端修饰保护修饰寡核苷酸免遭核酸外切酶降解，且可有助于递送和/或定位于细胞内。帽可存在于5'末端(5'帽)或3'末端(3'帽)处，或可存在于两端上。帽结构包括例如反向脱氧无碱基帽。
某些药物组合物
本文提供包含本文所提供的化合物和药学上可接受的稀释剂的药物组合物。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂为水溶液。在某些实施方案中，水溶液为盐水溶液。如本文所用，药学上可接受的稀释剂应了解为无菌稀释剂。合适的施用途径包括(但不限于)肿瘤内、颅内、鞘内、静脉内和皮下施用。在某些实施方案中，颅内施用包含颅内植入装置，所述装置包含化学治疗剂和控制本文所提供的药物组合物的释放的可生物降解共聚物。在某些实施方案中，可植入装置包含卡莫司汀。在某些实施方案中，可植入装置为
Figure BDA0003061071160000361
晶圆。
在某些实施方案中，药物组合物以剂量单位形式施用。例如，在某些实施方案中，剂量单位呈片剂、胶囊剂、可植入装置或弹丸注射形式。
在某些实施方案中，药剂为修饰寡核苷酸，其已经在合适的稀释剂中制备，在制备期间用酸或碱调节至pH 7.0至9.0，且接着在无菌条件下冻干。冻干的修饰寡核苷酸随后用合适的稀释剂(例如水溶液，诸如水或生理学上相容的缓冲液，诸如盐水溶液、汉克斯氏溶液或林格氏溶液)复原。复原的产物以皮下注射形式或以静脉内输注形式施用。冻干的药品可包装于用溴丁基橡胶盖塞住且用铝顶封密封的2mL I型透明玻璃小瓶(经硫酸铵处理)中。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物可另外含有本领域中已确定的用量的常规见于药物组合物中的其他辅助组分。因此，例如，组合物可含有另外的相容性药物活性物质，诸如例如止痒剂、收敛剂、局部麻醉剂或消炎剂。
在一些实施方案中，本文所提供的药物组合物可含有适用于物理配制本发明组合物的各种剂型的另外材料，诸如染料、调味剂、防腐剂、抗氧化剂、遮光剂、增稠剂和稳定剂；此类另外的材料也包括(但不限于)赋形剂，诸如乙醇、聚乙二醇、明胶、乳糖、淀粉酶、硬脂酸镁、滑石、硅酸、粘性石蜡、羟甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。在各种实施方案中，此类材料在添加时应不会不当地干扰本发明组合物的组分的生物活性。制剂可进行灭菌且必要时可与不会与制剂的寡核苷酸不利地相互作用的助剂混合，所述助剂为例如润滑剂、防腐剂、稳定剂、湿润剂、乳化剂、影响渗透压的盐、缓冲剂、着色剂、调味剂和/或芳香物质及其类似物。某些注射用药物组合物为油性或水性媒介物中的悬浮液、溶液或乳液，且可含有配制剂，诸如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂。适用于注射用药物组合物的某些溶剂包括但不限于亲脂性溶剂和脂肪油诸如芝麻油、合成脂肪酸酯诸如油酸乙酯或甘油三酯，和脂质体。水性注射悬浮液可含有增加悬浮液的粘度的物质，诸如羧甲基纤维素钠、山梨糖醇或聚葡萄糖。任选地，此类悬浮液也可含有合适的稳定剂或增加药剂的溶解度以允许制备高度浓缩溶液的试剂。
脂质部分已用于各种方法中的核酸治疗剂中。在一种方法中，将核酸引入预成型的脂质体或由阳离子脂质与中性脂质的混合物制成的脂质复合体(lipoplex)中。在另一方法中，在无中性脂质存在的情况下形成DNA与单阳离子脂质或聚阳离子脂质的复合体。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加药剂向特定细胞或组织的分布。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加药剂向脂肪组织的分布。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加药剂向肌肉组织的分布。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含与核酸复合的多元胺化合物或脂质部分。在某些实施方案中，此类制剂包含一种或多种各自独立地具有由式(Z)定义的结构的化合物或其药学上可接受的盐，
Figure BDA0003061071160000381
其中每个Xa和Xb在每次出现时独立地为C1-6亚烷基；n为0、1、2、3、4或5；每个R独立地为H，其中制剂中的式(Z)化合物的至少约80％分子中的至少n+2个R部分不为H；m为1、2、3或4；Y为O、NR2或S；R1为烷基、烯基或炔基；其中的每一者任选地被一个或多个取代基取代；并且R2为H、烷基、烯基或炔基；其中的每一者任选地被一个或多个取代基取代；限制条件为若n＝0，则至少n+3个R部分不为H。此类制剂描述于PCT公布WO/2008/042973中，其关于脂质制剂的公开以全文引用方式并入本文。某些另外的制剂描述于Akinc等人,NatureBiotechnology 26,561-569(2008年5月1日)中，其关于脂质制剂的公开以全文引用的方式并入本文。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物使用已知技术制备，所述技术包括(但不限于)混合、溶解、制粒、制糖衣药丸、水磨、乳化、包封、包埋或压片工艺。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物为固体(例如散剂、片剂和/或胶囊)。在某些此类实施方案中，包含一种或多种寡核苷酸的固体药物组合物使用本领域中已知的成分制备，此类成分包括(但不限于)淀粉、糖、稀释剂、制粒剂、润滑剂、粘合剂和崩解剂。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物被调配成储槽式制剂。某些此类储槽式制剂的作用时间通常比非储槽式制剂长。在某些实施方案中，此类制剂通过植入(例如皮下或肌肉内)或通过肌肉内注射施用。在某些实施方案中，储槽式制剂使用合适的聚合材料或疏水性材料(例如于可接受的油中的乳液)或离子交换树脂制备，或制备成微溶性衍生物，例如制备成微溶性盐。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含递送系统。递送系统的实例包括但不限于脂质体和乳液。某些递送系统可用于制备某些药物组合物，包括包含疏水化合物的药物组合物。在某些实施方案中，使用某些有机溶剂，诸如二甲亚砜。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含一种或多种被设计以将本发明的一种或多种药剂递送至特定组织或细胞类型的组织特异性递送分子。例如，在某些实施方案中，药物组合物包括用组织特异性抗体包被的脂质体。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含持续释放系统。所述持续释放系统的非限制性实例为固体疏水性聚合物的半通透性基质。在某些实施方案中，持续释放系统可取决于其化学性质在数小时、数天、数周或数月的时期内释放药剂。
某些注射用药物组合物以单位剂型存在于例如安瓿或多剂量容器中。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含治疗有效量的修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，治疗有效量足以预防、减轻或缓解疾病的症状或延长所治疗受试者的生存期。
在某些实施方案中，本文所提供的一种或多种修饰寡核苷酸被调配成前药。在某些实施方案中，体内施用后，前药在化学上转化为寡核苷酸的生物学上、药学上或治疗上更具活性的形式。在某些实施方案中，前药因其比相应活性形式更易施用而适用。例如，在某些情况下，前药的生物可用率(例如通过经口施用)可比相应活性形式高。在某些情况下，前药相比于相应活性形式可具有改善的溶解度。在某些实施方案中，前药的水溶性低于相应活性形式。在某些情况下，此类前药具有较佳的跨细胞膜递送，其中水溶性不利于迁移。在某些实施方案中，前药为酯。在某些此类实施方案中，酯在施用后代谢水解为羧酸。在某些情况下，含羧酸化合物为相应活性形式。在某些实施方案中，前药包含结合于酸基的短肽(聚氨基酸)。在某些此类实施方案中，肽在施用后裂解以形成相应活性形式。
在某些实施方案中，通过对药物活性化合物进行修饰而产生前药，以使得活性化合物在体内施用后再生。前药可设计成改变药物的代谢稳定性或转运特征、遮蔽副作用或毒性、改善药物的风味或改变药物的其他特征或特性。借助于对体内药效动力学过程和药物代谢的了解，本领域技术人员在已知药物活性化合物后即可设计所述化合物的前药(参见例如Nogrady(1985)Medicinal Chemistry A Biochemical Approach,OxfordUniversity Press,New York,第388-392页)。
另外的施用途径包括(但不限于)经口、直肠、经粘膜、经肠、肠内、局部、栓剂、经由吸入、鞘内、心内、心室内、腹膜内、鼻内、眼内、肿瘤内、肌肉内和髓内施用。在某些实施方案中，施用鞘内药剂以达成局部暴露而非全身暴露。例如，药物组合物可直接注射于期望作用的区域中。
某些药盒
本发明还提供药盒。在一些实施方案中，药盒包含一种或多种包含本文所公开的修饰寡核苷酸的化合物。在一些实施方案中，药盒可用于向受试者施用化合物。
在某些实施方案中，药盒包含准备施用的药物组合物。在某些实施方案中，药物组合物存在于小瓶内。在某些实施方案中，药物组合物存在于可植入装置中。多个小瓶或可植入装置(诸如10个)可存在于例如分配包装中。在一些实施方案中，小瓶制造成便于注射器出入。药盒也可含有用于使用化合物的说明书。
在一些实施方案中，药盒包含存在于预填充的注射器(诸如具有例如带针套的27号1/2英寸针的单次剂量注射器)而非小瓶中的药物组合物。多个预填充的注射器(诸如10个)可存在于例如分配包装中。药盒也可含有用于施用包含本文公开的修饰寡核苷酸的化合物的说明书。
在一些实施方案中，药盒包含作为冻干药品的本文所提供的修饰寡核苷酸的药学上可接受的稀释剂。在准备向受试者施用时，冻干药品在药学上可接受的稀释剂中复原。
在一些实施方案中，除包含本文公开的修饰寡核苷酸的化合物之外，药盒也可包含以下中的一者或多者：注射器、酒精棉签、棉球和/或纱布垫。
某些实验模型
在某些实施方案中，本发明提供在实验模型中使用和/或测试本发明的修饰寡核苷酸的方法。本领域技术人员能够选择和修改此类实验模型的方案以评估本发明的药剂。
一般而言，首先在培养细胞中测试修饰寡核苷酸。合适的细胞类型包括与需要在体内递送修饰寡核苷酸的细胞类型相关的那些细胞类型。例如，适用于本文所述方法的研究的细胞类型包括初级细胞或培养细胞。
在某些实施方案中，评估了培养细胞中修饰寡核苷酸干扰miR-10b活性的程度。在某些实施方案中，可通过测量微小RNA的含量来评估对微小RNA活性的抑制。或者，可测量所预测或确定的由微小RNA调控的转录物的含量。微小RNA活性的抑制可导致miR-10b调控的转录物和/或由miR-10b调控的转录物编码的蛋白增加。此外，在某些实施方案中，可测量某些表型结果。
本领域技术人员可利用多种动物模型来研究人疾病模型中的miR-10b。例如，可在癌症模型，诸如正位异种移植物模型、毒素诱导癌症模型或遗传诱导癌症模型中研究miR-10b的抑制剂。在此类癌症模型中，可执行研究来评估miR-10b抑制剂对于肿瘤大小、肿瘤数、总体生存和/或无进展生存的作用。合适的动物模型包括(但不限于)胶质瘤源性异种移植物模型和胶质瘤源性正位模型。异种移植物和正位模型可使用培养的胶质瘤细胞，或使用从手术样品分离的胶质瘤细胞来建立。
某些定量测定
在某些实施方案中，微小RNA含量在体外或在体内细胞或组织中定量。在某些实施方案中，微小RNA含量的变化通过微阵列分析来测量。在某些实施方案中，微小RNA含量的变化通过多种商购PCR测定中的一者，诸如
Figure BDA0003061071160000421
微小RNA测定(Applied Biosystems)来测量。
用抗miR或微小RNA模拟物调节微小RNA活性可通过mRNA的微阵列图谱来评估。搜索由抗miR或微小RNA模拟物调节(增加或减少)的mRNA序列中的微小RNA种子序列，以比较对作为微小RNA的靶标的mRNA的调节作用与对不为微小RNA的靶标的mRNA的调节作用。以此方式，可评估抗miR与其靶微小RNA的相互作用或微小RNA模拟物与其靶标的相互作用。在抗miR的情况下，筛选表达量增加的mRNA中包含与抗miR所互补的微小RNA匹配的种子的mRNA序列。
用抗miR化合物调节微小RNA活性可通过测量微小RNA的信使RNA靶标的含量或通过测量信使RNA自身或由其转录的蛋白质的含量来评估。微小RNA的反义抑制通常导致信使RNA和/或微小RNA的信使RNA靶标的蛋白质的含量增加，即，抗miR治疗导致一个或多个靶信使RNA得以去阻遏。
实施例
提供以下实施例以便更充分地说明本发明的一些实施方案。然而，其决不应被视为限制本发明的宽范围。本领域中的普通技术人员将容易地采用本发明的基本原理来设计各种化合物而不背离本发明的精神。
实施例1：miR-10b在胶质瘤中的作用
先前在胶质瘤的小鼠模型中使用研究工具抗miR-10b修饰寡核苷酸(MO)的研究证明，miR-10b的抑制显著减少肿瘤生长。虽然在此模型中测试的化合物展示有效性，但是未提供与化合物的安全性或其用于患有胶质瘤的人受试者的适合性相关的数据。通常，归因于缺少作为药剂的安全性的测试，研究工具化合物不可能适用于患有胶质瘤的人受试者。鉴于此，执行筛选来鉴别对于向患有胶质瘤的人受试者施用来说足够有效、便于施用并且安全的抗miR-10b化合物。
设计了具有不同长度和化学组成的大约215种抗miR-10b化合物。化合物的长度范围为9至23个连接核苷，且化合物的化学修饰的数目、类型和位置有所不同。因为效力的安全性不能基于化合物的化学结构来预测，所以在一系列被设计以消除具有不利特性的化合物的测定中在体外和体内评估化合物的特征，包括效力、功效、药代动力学行为、安全性和代谢稳定性。在某些测定中，工具抗miR-10b化合物用作与其他抗miR-10b化合物进行比较的基准。首先在若干体外测定(例如，效力、毒理学)中测试大约215种化合物中的每一种，以鉴别适用于在更复杂的体内测定(例如药代动力学概况、功效、毒理学)中进一步测试的较小组的化合物。
也在这些测定中的每一者中测试研究工具化合物RG348124，5'-CACAAATTCGGTTCTACAGGGTA-3'(SEQ ID NO:3)，其中每个核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖部分，每个C为5-甲基胞嘧啶，并且每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
作为筛选级联中的第一步，使用生物化学荧光结合测定(FBA)，测试化合物的潜在毒性。通过将荧光染料与每种化合物一起培育，并且立即测量荧光来执行FBA。高荧光化合物具有在体内产生毒性的潜力并且不包含在进一步测试中。
使用荧光素酶报告基因测定来评估体外效力。设计miR-10b的荧光素酶报告基因质粒，其在荧光素酶基因的3'-UTR中具有完全互补miR-10b结合位点。产生表达此荧光素酶构建体的稳定的海拉细胞系。将细胞转染以引入miR-10b，其阻遏来自报告基因构建体的荧光素酶的表达。随后用活性抗miR-10b化合物转染细胞可抑制miR-10b的活性，并且增加荧光素酶mRNA表达，从而导致荧光信号增加。用1nM、10nM和100nM浓度的抗miR-10b化合物处理细胞。若较长长度的化合物的EC50(产生半最大反应的浓度)小于或等于5nM，则所述化合物被鉴别为具有适当的活性。因为较短化合物(诸如9聚体)在用于较长化合物的相同测定条件下通常不是最大活性的，所以基于相对于适当的对照化合物的最大抑制选择较短化合物。以此方式，在进一步的测试中包括在长度和化学组成方面均不同的化合物。
基于来自荧光素酶测定和FBA的数据，并且考虑到化学多样性，选择某些化合物以供在肝切片测定中进一步测试。被设计来鉴别具有导致毒性的潜力的化合物的肝切片测定通过将个别化合物与从大鼠肝分离的核心肝样品的组织切片一起培育来执行。培育24小时之后，从肝切片提取RNA，并且测量包括IFIT的若干促炎性基因的表达水平。进行相对于PBS处理的倍数变化的log2转换(Log2-FC)。促炎性基因表达的诱导指示体内促炎性作用(即，毒性)的潜力，并因此将这些化合物从进一步测试中排除。
通过将每种抗miR-10b化合物在小鼠肝或脑裂解物中培育来评估代谢稳定性。24小时后，计算剩余的完整化合物的百分比。在24小时培育后不稳定的化合物在体内可能不稳定。
因为寡核苷酸通常经由皮下注射来施用，所以较低粘度的化合物为优选的。总体上，对于意图通过皮下注射来施用的制剂而言，在150mg/ml的浓度下小于40cP的粘度被视为可接受的。对于通过其他方法诸如通过静脉内注射可植入装置来施用的化合物而言，较高粘度可以是可接受的。
基于这些测定，选择某些化合物用于在针对半胱天冬酶活性、细胞活力、代谢稳定性、粘度和急性情形下的毒性的测定中进行进一步测试。表1所示的这些化合物为用于治疗胶质瘤的候选治疗剂。
表1：抗miR-10b化合物
Figure BDA0003061071160000451
在表1中的化合物中，后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“M”的核苷为2'-O-甲基核苷，后接下标“F”的核苷为2'-氟核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，“U”为非甲基化尿嘧啶，“mC”为5-甲基尿嘧啶，“mC”为5-甲基胞嘧啶，“C”为非甲基化胞嘧啶，“A”为腺嘌呤，“G”为鸟嘌呤；上标“O”指示磷酸二酯键联并且每个其他核苷间键联为硫代磷酸酯键联。
实施例2：进一步测定中的抗miR-10b化合物测试
在评估用于治疗癌症的候选治疗剂中，相关细胞测定包括细胞活力和细胞凋亡诱导测定。对于这些测定，使用胶质母细胞瘤源性细胞系。
对于细胞活力测定，将大约8,000个细胞涂铺在96孔板的每个孔中。第二天，使用RNAiMAXTM作为转染试剂，以2、4、8、16、31、63、125、250和500nM的剂量的抗miR-10b化合物转染细胞。72小时之后，使用
Figure BDA0003061071160000461
发光细胞活力测定确定细胞活力。计算每种化合物的IC50。使用LN229、U87、MCF7和HCN2细胞执行测定。
将半胱天冬酶活性用作诱导细胞凋亡的指标。将大约8,000个细胞涂铺在96孔板的每个孔中。第二天，使用RNAiMAXTM，用抗miR-10b化合物转染细胞。48小时之后，使用Caspase-Glo 3/7测定系统(Promega)确定半胱天冬酶3/7活性。计算每种化合物的EC50。LN229细胞用于此测定。
基于这些功能测定，基于效力选择三种化合物。在较长长度的化合物中，RG5579和RG5461根据活力测定中的IC50排序最高；在较短长度的化合物中，RG5658根据活力测定中的IC50排序最高。来自荧光素酶、活力和半胱天冬酶测定的结果展示于表2中。研究工具化合物被包括在内作为各个测定中的活性的基准。
表2:前导抗miR-10b化合物的体外活性
测定 RG384124 RG5579 RG5461 RG5658
荧光素酶(平均倍数变化)1nM 2.8 12.6 12.4 1.8
荧光素酶(平均倍数变化)10nM 29.5 39.1 49.8 3.7
荧光素酶(平均倍数变化)100nM 55.6 27.8 35.1 4.7
LN229活力测定IC<sub>50</sub> 43nM 12.2nM 13.2nM 90.1nM
U87活力测定IC<sub>50</sub> 31.3nM 24.8nM 10.1nM 45.6nM
LN229半胱天冬酶3活化测定IC<sub>50</sub> 85.1nM 13.1nM 21.1nM 589.7nM
MCF7活力测定IC<sub>50</sub> 80.5nM 65.5nM 96.8nM 928.6nM
HCN2活力测定IC<sub>50</sub> 44.4nM 85.9 nM 134nM N.D.
还在正常Sv129小鼠中使用体内测定评估在功能测定中具有最大活性的化合物的潜在全身毒性。施用300mg/kg的单一皮下剂量的抗miR-10b。包括PBS和与miR-17无关的两种抗miR作为对照处理，已知一种抗miR为促炎性的(阳性对照)，且一种不为促炎性的(阴性对照)。四天后，处死小鼠。分离出肾和肝组织以进行RNA提取。测量已知在炎性反应期间被诱导的两种基因IFIT和OASL2的含量并且相对于小鼠GAPDH进行归一化。进行相对于PBS处理的倍数变化的log2转换(Log2-FC)。
基于实施例1中所述的测定、活力和半胱天冬酶测定和全身毒性测定，三种化合物RG5579、RG5461和RG5658被鉴别为具有关于在体外测定中的效力和缺少潜在毒性的合适概况。
实施例3：与替莫唑胺组合的体外功效
为了评估miR-10b抑制对替莫唑胺(TMZ)活性的影响，用抗miR-10b化合物和TMZ处理LN229细胞。选择RG5579和RG5461以供在此测定中进行测试。
将大约8,000个细胞涂铺在96孔板的每个孔中。第二天，除在0至200uM范围内的浓度的TMZ以外，在0、5、10或20nM RG5579或RG5461的浓度下用抗miR-10b化合物处理细胞。72小时之后，使用
Figure BDA0003061071160000471
发光细胞活力测定确定细胞活力。计算抗miR-10b浓度的每种浓度下TMZ的IC50并且展示于表3中。
表3:在抗miR-10b存在下TMZ的IC50
Figure BDA0003061071160000481
如表3所示，RG5579和RG5461各自在LN229活力测定中使TMZ的IC50减小，并且因此显著增强体外TMZ的效力。
实施例3：GBM模型中的体内测试
为了确定靶向miRNA的修饰寡核苷酸对肿瘤生长的作用，在胶质瘤的小鼠模型中评估抗miR-10b化合物的对肿瘤大小、肿瘤生长和生存的作用。
皮下异种移植物模型：
将在培养物中生长的人胶质母细胞瘤源性细胞胰蛋白酶化、进行计数并且重悬于培养基:生长因子减量型Matrigel的1:1混合物中。将在100ul体积中的大约106个细胞皮下注射至裸鼠的侧腹中。皮下肿瘤植入之后十天，使用卡尺测量肿瘤大小，并且将小鼠随机化至处理组。在植入后开始抗miR-10b化合物的肿瘤内(例如，5ug/30mm3肿瘤)、皮下(例如，100mg/kg)或静脉内(例如，80mg/kg)给药。每周测量肿瘤大小三至五天。在研究结束时测量最终肿瘤大小的重量。
正位模型：
将在培养物中生长的人胶质母细胞瘤源性细胞胰蛋白酶化、进行计数并且重悬于PBS中。细胞表达荧光标记物和荧光素酶插入物，从而使得能够经由体内成像系统来监测肿瘤生长的尺寸。将在5ul体积中的大约5×105个细胞注射至裸鼠的脑中。颅内肿瘤植入之后，使用IVIS Spectrum体内成像系统(PerkinElmer)来测量肿瘤负荷，并且将小鼠随机化至处理组。在植入后开始抗miR-10b化合物的肿瘤内(例如，0.1-500ug/肿瘤)、皮下(例如，100mg/kg)或静脉内(例如，80mg/kg)给药。使用成像系统每周测量肿瘤负荷。在研究结束时测量最终肿瘤大小的重量。
在皮下和正位胶质瘤模型中测试三种候选治疗剂RG5579、RG5461和RG5658。还测试在体外活力测定中的第三有效化合物RG5580。所述研究被设计来在皮下正位模型中评估皮下施用相比于肿瘤内施用；单独和与TMZ组合的抗miR-10b化合物的功效；和单次注射抗miR-10b化合物相比于多次注射的功效。还测试研究工具化合物RG384124。
正位胶质母细胞瘤模型中的RG5579和RG5580
在用LN229细胞建立的GBM的正位模型中测试RG5658和RG5461。
将在培养物中生长的人胶质母细胞瘤源性LN229细胞胰蛋白酶化、进行计数并且重悬于PBS中。所述细胞表达荧光标记物，从而使得能够在处理期间监测肿瘤生长的尺寸。在第0天，将在5ul体积中的大约5×105个细胞注射至裸鼠的脑中。将小鼠随机化至以下处理组，每组8只小鼠：(1)PBS；(2)RG5579；(3)RG5580；和(4)阴性对照。在第29天，给予小鼠肿瘤内注射PBS或50ug抗miR-10b化合物或阴性对照。在第48天，给予小鼠PBS或30ug抗miR-10b或阴性对照。监测生存，并且确定总体中值生存期。
如表4所示，相对于PBS处理，用RG5579处理改善总体中值生存期14％。
表4:抗miR-10b改善GBM模型中的中值生存期
Figure BDA0003061071160000501
正位胶质母细胞瘤模型中的RG5461和RG5658
在用LN229细胞建立的GBM的正位模型中测试RG5658和RG5461。处理包含单独或与TMZ组合的抗miR-10b化合物。
皮下和正位模型中的初步测试显示肿瘤内施用的单一剂量的RG5668或RG5461一致地延迟肿瘤生长，但是不显著改善总体生存期。
执行进一步测试来评估与TMZ组合的RG5658和RG5461处理的作用。将在培养物中生长的人胶质母细胞瘤源性LN229细胞胰蛋白酶化、进行计数并且重悬于PBS中。所述细胞表达荧光标记物，从而使得能够在处理期间监测肿瘤生长的尺寸。在第0天，将在5ul体积中的大约5×105个细胞注射至裸鼠的脑中。将小鼠随机化至以下处理组，每组8只小鼠：(1)PBS；(2)RG5461；(3)RG5658；(4)RG5461+TMZ；(5)RG5658+TMZ；和(6)PBS+TMZ。在第21天，以20ug的RG5658或50ug的RG5461的剂量，肿瘤内施用单一剂量的抗miR-10b化合物。在第35天至第41天中的每一者每天施用TMZ。监测生存，并且确定总体中值生存期。如表5所示，相对于单独TMZ或单独抗miR-10b化合物，抗miR-10b化合物与TMZ的组合改善中值生存期。
表5:抗miR-10b+TMZ改善GBM模型中的中值生存期
Figure BDA0003061071160000502
Figure BDA0003061071160000511
正位胶质母细胞瘤模型中的RG5579
在用LN229细胞建立的GBM的正位模型中测试RG5579。
将在培养物中生长的人胶质母细胞瘤源性LN229细胞胰蛋白酶化、进行计数并且重悬于PBS中。所述细胞表达荧光标记物，从而使得能够在处理期间监测肿瘤生长的尺寸。在第0天，将在5ul体积中的大约5×105个细胞注射至裸鼠的脑中。将小鼠随机化至以下处理组，每组8只小鼠：(1)PBS；(2)RG5579；(3)PBS+TMZ；和(4)RG5579+TMZ。在第21天，给予小鼠肿瘤内注射PBS或40ug的RG5579。在第35天至第41天，每天施用TMZ。监测生存，并且确定总体中值生存期。
生存百分比曲线示于图1中，并且总体生存的增加百分比示于表6中。这些结果证明相对于PBS处理，作为单一试剂处理的RG5579增加小鼠的中值生存期。用RG5579和TMZ两者的处理可导致中值生存期的甚至更大增加。
表6:GBM小鼠模型中的中值总体生存期
Figure BDA0003061071160000512
体内研究的结果概述于表7中并且说明用抗miR-10b化合物和TMZ两者处理之后的总体生存期的实质性改善。RG5461和RG5658与TMZ处理组合改善了总体中值生存期。RG5579处理作为单一试剂和与TMZ治疗组合均增加了总体中值生存期。
表7:GBM模型中的抗miR-10b功效
Figure BDA0003061071160000521
在初步安全性测定中，发现表7中的三种化合物中的每一种在全身或肿瘤内施用之后均良好耐受。
实施例4：miR-10b下游基因的去阻遏
为了评估用抗miR-10b处理的中靶药效动力学作用，通过下一代测序来鉴别作为miR-10b的直接靶标的18种基因，并且测量在抗miR-10b处理之后这些基因中的每一者的表达。18种基因为：ATXN2、ATXN7、BCL6、BDNF、CRLF3、DAZAP1、DVL3、FXR2、GATAD2A、GCLM、GTF2H1、INO80D、MIEF1、NCOA6、NFE2L1、PDE4A、SMAD2和TET2。
用在2至500nM范围内的浓度的RG5579处理LN229细胞。24小时之后，将RNA分离并且测量所靶向的18种基因的mRNA含量并取平均值以提供药效动力学特征评分(pharmacodynamic signature score；PD特征评分)，其表示为相对于模拟转染的Log2倍数变化(Log2FC)。用RG5579处理导致LN229细胞中的PD特征的剂量依赖性去阻遏。类似地，在正位LN229 GBM肿瘤模型中，用40或80ug剂量的RG5579处理导致PD特征的去阻遏。
使用10种基因的PD特征(不与上述18-基因PD特征重叠)，用RG5461和RG5658进行类似研究。用任一化合物处理均导致LN229细胞中的10-基因PD特征的剂量依赖性去阻遏。
这些数据证明用抗miR-10b处理使miR-10b的直接靶标去阻遏。
除本文所述的那些修改之外，本发明的各种修改也将为本领域技术人员根据以上描述显而易知。所述修改也意图落入所附权利要求的范围内。本申请中引用的每个参考文献(包括(但不限于)期刊文章、美国和非美国专利、专利申请公布、国际专利申请公布、
Figure BDA0003061071160000531
保藏编号及其类似物)明确以全文引用的方式并入本文中。
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<221> misc_feature
<222> (18)..(18)
<223> RNA
<400> 5
aattcgguuc uacagggua 19
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (3)..(3)
<223> RNA
<220>
<221> misc_feature
<222> (11)..(11)
<223> RNA
<220>
<221> misc_feature
<222> (18)..(18)
<223> RNA
<400> 6
aautcggttc uacagggua 19
<210> 7
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (3)..(3)
<223> RNA
<220>
<221> misc_feature
<222> (9)..(9)
<223> RNA
<400> 7
aautcggtuc tacagggta 19
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (11)..(11)
<223> RNA
<220>
<221> misc_feature
<222> (20)..(20)
<223> RNA
<400> 8
caaattcggt uctacagggu a 21
<210> 9
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (6)..(6)
<223> RNA
<400> 9
caaatucggt tctacagggt a 21
<210> 10
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> RNA
<400> 10
caaautcggt tctacagggt a 21
<210> 11
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> RNA
<220>
<221> misc_feature
<222> (11)..(11)
<223> RNA
<400> 11
caaautcggt uctacagggt a 21
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(6)
<223> RNA
<400> 12
caaauucggt tctacagggt a 21
<210> 13
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(8)
<223> RNA
<400> 13
cacaaatucg gttctacagg gta 23
<210> 14
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (7)..(7)
<223> RNA
<400> 14
cacaaautcg gttctacagg gta 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (7)..(7)
<223> RNA
<220>
<221> misc_feature
<222> (13)..(13)
<223> RNA
<400> 15
cacaaautcg gtuctacagg gta 23
<210> 16
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (7)..(8)
<223> RNA
<400> 16
cacaaauucg gttctacagg gta 23
<210> 17
<211> 22
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 17
cuacagggua aacuacaggg ua 22
<210> 18
<211> 20
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<400> 18
uacaggguaa auacagggua 20
<210> 19
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(2)
<223> RNA
<220>
<221> misc_feature
<222> (7)..(7)
<223> RNA
<400> 19
uucggtucta cagggta 17

Claims (34)

1.一种包含修饰寡核苷酸的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAKAUKUKCKGGKUEUECEUEAECEAEGEGEGEUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，并且没有下标的核苷为β-D-脱氧核糖核苷酸；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且其中每个键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
2.如权利要求1所述的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAKAUKUKCKGGK mUE mUE mCE mUEAE mCEAEGEGEGE mUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，并且没有下标的核苷为β-D-脱氧核糖核苷酸；其中“mU”为5-甲基尿嘧啶并且“U”为非甲基化尿嘧啶；其中“mC”为5-甲基胞嘧啶并且“C”为非甲基化胞嘧啶；并且其中每个键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
3.一种包含修饰寡核苷酸的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAEAEUKUECEGKGEUEUKCEUEAKCEAEGEGEGEUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，并且没有下标的核苷为β-D-脱氧核糖核苷酸；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且其中每个键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
4.如权利要求3所述的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由21个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-CKAKAEAEUK mUE mCEGKGE mUEUK mCE mUEAK mCEAEGEGEGE mUEAE-3'(SEQ ID NO:2)
其中后接下标“E”的核苷为2'-O-甲氧基乙基核苷，并且后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷；其中“mU”为5-甲基尿嘧啶并且“U”为非甲基化尿嘧啶；其中“mC”为5-甲基胞嘧啶；并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
5.一种包含由9个连接核苷组成的修饰寡核苷酸的化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含结构：
5'-UKAKCMAFGFGFGMUKAK-3'
其中后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，后接下标“M”的核苷为2'-O-甲基核苷，并且后接下标“F”的核苷为2'-氟核苷；其中每个U独立地选自非甲基化尿嘧啶和5-甲基尿嘧啶；其中每个C独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
6.如权利要求7所述的化合物，其中所述修饰寡核苷酸由9个连接核苷组成并且所述修饰寡核苷酸的结构为：
5'-UKAKCMAFGFGFGMUKAK-3'
其中后接下标“K”的核苷为S-cEt核苷，后接下标“M”的核苷为2'-O-甲基核苷，并且后接下标“F”的核苷为2'-氟核苷；其中“U”为非甲基化尿嘧啶；其中“C”为非甲基化胞嘧啶；其中上标“O”指示磷酸二酯键联并且每个其他核苷间键联为硫代磷酸酯键联；或其药学上可接受的盐。
7.如权利要求1至6中任一项所述的化合物，其中所述化合物由所述修饰寡核苷酸或其药学上可接受的盐组成。
8.如权利要求1至7中任一项所述的化合物，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
9.一种药物组合物，其包含如权利要求1至8中任一项所述的化合物和药学上可接受的稀释剂。
10.如权利要求9所述的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂为水溶液。
11.如权利要求10所述的药物组合物，其中所述水溶液为盐水溶液。
12.一种药物组合物，其包含如权利要求1至8中任一项所述的化合物，所述组合物为冻干组合物。
13.一种药物组合物，其基本上由在盐水溶液中的如权利要求1至8中任一项所述的化合物组成。
14.一种治疗胶质瘤的方法，其包括向患有胶质瘤的受试者施用如权利要求1至6中任一项所述的化合物，或如权利要求9至11或13中任一项所述的药物组合物。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述胶质瘤为弥漫性星形细胞瘤、间变性星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤、间变性少突胶质细胞瘤、弥漫性中线胶质瘤或胶质母细胞瘤。
16.如权利要求14或15所述的方法，其中所述化合物或药物组合物经肿瘤内施用。
17.如权利要求15所述的方法，其中所述弥漫性星形细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变。
18.如权利要求15所述的方法，其中所述间变性星形细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变。
19.如权利要求15所述的方法，其中所述少突胶质细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变以及染色体臂1p和19q的缺失。
20.如权利要求15所述的方法，其中所述间变性少突胶质细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变以及染色体臂1p和19q的缺失。
21.如权利要求15所述的方法，其中所述弥漫性中线胶质瘤包含组蛋白H3(H3)K27M突变。
22.如权利要求15所述的方法，其中所述胶质母细胞瘤不包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变。
23.如权利要求15所述的方法，其中所述胶质母细胞瘤包含异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变。
24.如权利要求14至23中任一项所述的方法，其中所述胶质瘤为复发性胶质瘤。
25.如权利要求17、18、19、20、22或23中任一项所述的方法，其中所述异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变为IDH1或IDH2基因突变。
26.如权利要求14至25中任一项所述的方法，其中在施用所述化合物或药物组合物之后，肿瘤大小减小和/或肿瘤数减少。
27.如权利要求14至26中任一项所述的方法，其中所述化合物或药物组合物的所述施用增加所述受试者的无进展生存期。
28.如权利要求14至27中任一项所述的方法，其中所述化合物或药物组合物的所述施用增加所述受试者的总体生存时间。
29.如权利要求14至28中任一项所述的方法，其中所述化合物的所述施用改善所述受试者的生活质量。
30.如权利要求14至29中任一项所述的方法，其包括施用至少一种另外的抗癌疗法。
31.如权利要求30所述的方法，其中所述至少一种另外的疗法选自手术切除、放射疗法、肿瘤治疗电场和一种或多种化学治疗剂。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述化学治疗剂选自卡莫司汀、替莫唑胺和贝伐珠单抗。
33.如权利要求31所述的方法，其中所述化学治疗剂为替莫唑胺。
34.如权利要求30所述的方法，其中所述至少一种另外的抗癌疗法包括手术切除、放射疗法和替莫唑胺。
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