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CN111936631A - 用于生物产生乙二醇的微生物和方法 - Google Patents

用于生物产生乙二醇的微生物和方法 Download PDF

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CN111936631A CN201880080546.9A CN201880080546A CN111936631A CN 111936631 A CN111936631 A CN 111936631A CN 201880080546 A CN201880080546 A CN 201880080546A CN 111936631 A CN111936631 A CN 111936631A
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Abstract

本发明提供了用于生物产生乙二醇和乙二醇前体的经基因工程化的微生物和方法。具体地，本发明的微生物通过5,10‑亚甲基四氢叶酸盐、草酰乙酸盐、柠檬酸盐、苹果酸盐和甘氨酸中的一种或多种产生乙二醇或乙二醇前体。本发明进一步提供了包括乙二醇或如聚对苯二甲酸乙二醇酯等乙二醇聚合物的组合物。

Description

用于生物产生乙二醇的微生物和方法
技术领域
本发明涉及经基因工程化的微生物和通过微生物发酵，特别是通过气态底物的微生物发酵产生乙二醇和乙二醇前体的方法。
背景技术
乙二醇，也称为单乙二醇(MEG)，其目前的市场价值超过330亿美元，并且是各种工业、医疗和消费产品的重要组成部分。乙二醇目前是使用需要大量的能量和水、产生许多不希望的副产物并且依赖于石化原料的化学催化工艺产生的。对可持续材料的需求带来了一些技术进步，如从源自甘蔗的乙醇催化产生乙二醇。
乙二醇前体也具有商业价值。例如，乙醇酸盐用于皮肤护理、个人护理、染色、鞣制和作为清洁剂。乙醛酸是香草醛、农药、抗生素、尿囊素和络合剂的中间体。
然而，没有已知的微生物能够生物地产生乙二醇，并且还没有建立完全生物的乙二醇产生途径。文献中已经描述了从糖到乙二醇的一些生物途径。例如，Alkim等人，《微生物细胞工厂(Microb Cell Fact)》14:127,2015证明了在大肠杆菌中从(D)-木糖产生乙二醇，但指出需要有氧条件才能获得高产量。类似地，Pereira等人，《代谢工程(Metab Eng)》，34:第80-87页,2016实现了在大肠杆菌中从戊糖产生乙二醇。在酿酒酵母中也进行了一些关于戊糖产生乙二醇的研究，但结果不一致。参见，例如Uranukul等人，《代谢工程》，51:第20-31页,2018。
气体发酵提供了一条将各种容易获得的低成本C1原料(例如工业废气、合成气或重整甲烷)转化为化学品和燃料的途径。由于气体发酵代谢与糖发酵代谢显著不同，使用上述途径是不实际的，因为这些途径需要通过糖异生从气体中产生糖前体(一种能量负过程)。迄今为止，还没有从气态底物产生乙二醇的途径。
在一项探索性的实践中，Islam等人，《代谢工程》，41:173-181,2017预测了数百种使用化学信息学工具从热囊分枝杆菌(M.thermoacetia)中的合成气产生乙二醇的假设途径。然而，即使本领域的技术人员也不可能将这些途径结合到气体发酵生物中，因为许多途径由于热力学或其它限制因素而不可行。例如，Islam等人包含了近2,000个氧或氧自由基依赖反应，这在严格的厌氧系统中是不可行的。Islam等人唯一确定的具有已知反应的假设途径需要糖异生或乙醇作为中间体。因此，仍然需要能够从气态底物产生高产量的乙二醇和乙二醇前体的经过验证的、能量上有利的重组生产系统。
发明内容
正是在上述背景下，本发明提供了相对于现有技术的某些优点和进步。
尽管本文公开的这一发明不限于特定的优点或功能，但是本发明提供了能够由气态底物产生乙二醇或乙二醇前体的经基因工程化的微生物。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物通过一种或多种选自由5,10-亚甲基四氢叶酸盐、草酰乙酸盐、柠檬酸盐、苹果酸盐和甘氨酸组成的组的中间体产生乙二醇或所述乙二醇前体。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物包含以下一种或多种：能够将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的异源性酶、能够将甘氨酸转化为乙醛酸盐的异源性酶、能够将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的异源性酶和能够将乙醇酸盐转化为乙醇醛的异源性酶。
在本文公开的微生物的一些方面，能够将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的所述异源性酶是柠檬酸[Si]-合酶[2.3.3.1]、ATP柠檬酸合酶[2.3.3.8]或柠檬酸(Re)-合酶[2.3.3.3]；所述能够将甘氨酸转化为乙醛酸盐的异源性酶是丙氨酸-乙醛酸转氨酶[2.6.1.44]、丝氨酸-乙醛酸转氨酶[2.6.1.45]、丝氨酸-丙酮酸转氨酶[2.6.1.51]、甘氨酸-草酰乙酸转氨酶[2.6.1.35]、甘氨酸转氨酶[2.6.1.4]、甘氨酸脱氢酶[1.4.1.10]、丙氨酸脱氢酶[1.4.1.1]或甘氨酸脱氢酶[1.4.2.1]；所述能够将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的异源性酶是异柠檬酸裂解酶[4.1.3.1]；和/或所述能够将乙醇酸盐转化为乙醇醛的异源性酶是乙醇醛脱氢酶[1.2.1.21]、乳醛脱氢酶[1.2.1.22]、琥珀酸-半醛脱氢酶[1.2.1.24]、2,5-二氧戊酸脱氢酶[1.2.1.26]、醛脱氢酶[1.2.1.3/4/5]、甜菜碱-醛脱氢酶[1.2.1.8]或醛铁氧还蛋白氧化还原酶[1.2.7.5]。
在本文公开的微生物的一些方面，所述异源性酶衍生自选自由以下组成的组的属：芽孢杆菌属(Bacillus)、梭菌属(Clostridium)、埃希氏菌属(Escherichia)、葡糖杆菌属(Gluconobacter)、生丝微菌属(Hyphomicrobium)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、栖沉积物菌属(Sedimenticola)、芽孢八叠球菌属(Sporosarcina)、链霉菌属(Streptomyces)、热硫杆状菌属(Thermithiobacillus)、热袍菌属(Thermotoga)和玉蜀黍属(Zea)。
在本文公开的微生物的一些方面，所述异源性酶中的一种或多种酶经密码子优化以在所述微生物中表达。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物进一步包括以下一种或多种：能够将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐的酶；能够将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶；能将丙酮酸盐转化为苹果酸盐的酶；能够将丙酮酸盐转化为磷酸烯醇丙酮酸盐的酶；能够将草酰乙酸盐转化为柠檬酰辅酶A的酶；能够将柠檬酰辅酶A转化为柠檬酸盐的酶；能够将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐的酶；能够将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶；能够将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为2-磷酸-D-甘油酸盐的酶；能够将2-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酸-D-甘油酸盐的酶；能够将3-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酰氧基丙酮酸盐的酶；能够将3-磷酰氧基丙酮酸盐转化为3-磷酸-L-丝氨酸的酶；能够将3-磷酸-L-丝氨酸转化为丝氨酸的酶；能将丝氨酸转化为甘氨酸的酶；能够将5,10-亚甲基四氢叶酸盐转化为甘氨酸的酶；能将丝氨酸转化为羟基丙酮酸盐的酶；能够将D-甘油酸盐转化为羟基丙酮酸盐的酶；能将苹果酸盐转化为乙醛酸盐的酶；能够将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐的酶；能够将羟基丙酮酸盐转化为乙醇醛的酶；和/或能够将乙醇醛转化为乙二醇的酶。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物过表达能够将草酰乙酸转化为柠檬酸盐的所述异源性酶、能够将甘氨酸转化为乙醛酸盐的所述异源性酶和/或能够将乙醇酸盐转化为乙醇醛的所述异源性酶。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物过表达所述能够将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶、所述能够将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐的酶、所述能够将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶、所述能将丝氨酸转化为甘氨酸的酶、所述能够将5,10-亚甲基四氢叶酸盐转化为甘氨酸的酶、所述能够将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐的酶；和/或能够将乙醇醛转化为乙二醇的酶。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物在一种或多种选自由以下组成的组的酶中包括破坏性突变：异柠檬酸脱氢酶、甘油酸脱氢酶、乙醇酸脱氢酶、甘油酸脱氢酶、乙醇酸脱氢酶、醛铁氧还蛋白氧化还原酶和醛脱氢酶。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物是选自由以下组成的组的属的成员：醋杆菌属(Acetobacterium)、嗜碱菌属(Alkalibaculum)、布劳特氏菌属(Blautia)、丁酸杆菌属(Butyribacterium)、梭菌属、真杆菌属(Eubacterium)、穆尔氏菌属(Moorella)、产醋杆菌属(Oxobacter)、鼠孢菌属(Sporomusa)和热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacter)。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物衍生自选自由以下组成的组的亲本微生物：伍氏醋酸杆菌(Acetobacterium woodii)、巴氏嗜喊菌(Alkalibaculum bacchii)、产生布劳特氏菌(Blautia producta)、食甲基丁酸杆菌(Butyribacteriummethylotrophicum)、醋酸梭菌(Clostridium aceticum)、产乙醇梭菌(Clostridiumautoethanogenum)、食一氧化碳梭菌(Clostridium carboxidivorans)、克氏梭菌(Clostridium coskatii)、德氏梭菌(Clostridium drakei)、蚁酸醋酸梭菌(Clostridiumformicoaceticum)、永达尔梭菌(Clostridium ljungdahlii)、马氏梭菌(Clostridiummagnum)、拉氏梭菌(Clostridium ragsdalei)、粪味梭菌(Clostridium scatologenes)、粘液真杆菌(Eubacterium limosum)、热自养穆尔氏菌(Moorella thermautotrophica)、热醋穆尔氏菌(Moorella thermoacetica)、普氏产醋杆菌(Oxobacter pfennigii)、卵形鼠孢菌(Sporomusa ovata)、森林土壤醋酸鼠孢菌(Sporomusa silvacetica)、球形鼠孢菌(Sporomusa sphaeroides)和凯伍热厌氧杆菌(Thermoanaerobacter kiuvi)。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物衍生自选自由以下组成的组的亲本细菌：产乙醇梭菌、永达尔梭菌或拉氏梭菌。
在本文公开的微生物的一些方面，所述微生物包括天然或异源性的Wood-Ljungdahl途径。
在本文公开的微生物的某些方面，微生物产生乙醛酸盐或乙醇酸盐作为乙二醇前体。
本发明进一步提供了一种产生乙二醇或乙二醇前体的方法，所述方法包括在营养培养基中和在底物存在的情况下培养本文公开的微生物，由此所述微生物产生乙二醇或乙二醇前体。
在本文公开的方法的一些方面，所述底物包括CO、CO2和H2中的一种或多种。
在本文公开的方法的一些方面，所述底物的至少一部分是工业废气、工业尾气或合成气。
在本文公开的方法的一些方面，所述微生物产生乙醛酸盐或乙醇酸盐作为乙二醇前体。
在本文公开的方法的一些方面，所述方法进一步包括从所述营养培养基中分离所述乙二醇或所述乙二醇前体。
在本文公开的方法的一些方面，所述微生物进一步产生乙醇、2,3-丁二醇和琥珀酸盐中的一种或多种。
本发明进一步提供了包括通过本文所述方法产生的乙二醇的组合物。在一些方面，所述组合物是防冻剂、防腐剂、脱水剂或钻井液。
本发明进一步提供了包括通过本文所述方法产生的乙二醇的聚合物。在一些方面，所述聚合物是均聚物或共聚物。在一些方面，所述聚合物是聚乙二醇或聚对苯二甲酸乙二醇酯。
本发明进一步提供了包括本文所述聚合物的组合物。在一些方面，所述组合物是纤维、树脂、薄膜或塑料。
从下面结合所附权利要求的详细描述中，将更全面地理解本发明的这些特征和优点以及其它特征和优点。注意，权利要求的范围由其中的叙述来限定，而不是由本说明书中阐述的特征和优点的具体讨论来限定。
附图说明
当结合以下附图阅读时，可最好地理解以下对本发明的具体实施例的详细描述，其中相似的结构用相似的附图标记指示，并且其中：
图1是示出从包括CO、CO2和/或H2的气态底物产生乙二醇、乙醇酸盐和乙醛酸盐的途径的示意图。
图2A-2E是实例1-4中使用的质粒的图谱。图2A是实例1中所述的表达穿梭载体pIPL12的图谱。图2B是质粒pMEG042的图谱，如实例1所述，质粒pMEG042包括枯草芽孢杆菌(B.subtilis)柠檬酸合酶、大肠杆菌异柠檬酸裂解酶和氧化葡萄糖酸杆菌(G.oxydans)乙醇酸脱氢酶。图2C是质粒pMEG058的图谱，如实例2中所述，质粒pMEG058包括硫牛磺酸栖沉积物菌(S.thiotaurini)丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶和荧光假单胞菌(P.fluorescens)醛脱氢酶。图2D是质粒pMEG059的图谱，如实例3所述，质粒pMEG059包括硫牛磺酸栖沉积物菌丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶和氧化葡萄糖酸杆菌醛脱氢酶。图2E是质粒pMEG061的图谱，如实例4中所述，质粒pMEG061包括尿酸梭菌(C.acidurici)V类氨基转移酶和荧光假单胞菌醛脱氢酶。
图3A示出了表达pMEG042(克隆1-3)的产乙醇梭菌或包括空载体(阴性对照)的产乙醇梭菌的生物质水平(g干细胞重量/L)。图3B示出了与阴性对照(空载体)相比在自养生长并携带表达载体pMEG042的产乙醇梭菌中随时间推移产生的乙二醇。图3C示出了在自养生长并携带表达载体pMEG042的产乙醇梭菌中随时间推移产生的乙醇酸盐。参见实例1。
图4A示出了表达pMEG058(克隆1-2)的产乙醇梭菌或包括空载体(阴性对照)的产乙醇梭菌的生物质水平(g干细胞重量/L)。图4B显示了与阴性对照(空载体)相比在自养生长并携带表达载体pMEG058的产乙醇梭菌中随时间推移产生的乙二醇。参见实例2。
图5A示出了表达pMEG059(克隆1-3)的产乙醇梭菌或包括空载体(阴性对照)的产乙醇梭菌的生物质水平(g干细胞重量/L)。图5B显示了与阴性对照(空载体)相比在自养生长并携带表达载体pMEG059的产乙醇梭菌中随时间推移产生的乙二醇。参见实例3。
图6A示出了表达pMEG061(克隆1)的产乙醇梭菌或包括空载体(阴性对照)的产乙醇梭菌的生物质水平(g干细胞重量/L)。图6B显示了与阴性对照(空载体)相比在自养生长并携带表达载体pMEG061的产乙醇梭菌中随时间推移产生的乙二醇。参见实例4。
具体实施方式
本发明提供了用于生物产生乙二醇的微生物。“微生物”是一种微生物，尤其是细菌、古菌、病毒或真菌。在一个优选的实施例中，本发明的微生物是细菌。
当用于提及微生物时，术语“非天然存在的”是指微生物具有至少一种未在提及物种的天然存在的菌株(包含所述提及物种的野生型菌株)中发现的遗传修饰。非天然存在的微生物通常在实验室或研究机构中培养。本发明的微生物是非天然存在的。
术语“基因修饰”、“基因改变”或“基因工程化”广义上指人类对微生物基因组或核酸的操作。同样，术语“经基因修饰的”、“经基因改变的”或“经基因工程化的”是指含有这种基因修饰、基因改变或基因工程化的微生物。这些术语可用于区分实验室产生的微生物和自然存在的微生物。遗传修饰的方法包含例如异源性基因表达、基因或启动子插入或缺失、核酸突变、改变的基因表达或失活、酶工程化、定向进化、基于知识的设计、随机诱变方法、基因改组和密码子优化。本发明的微生物是经基因工程化的。
“重组”表示核酸、蛋白质或微生物是基因修饰、基因工程化或基因重组的产物。一般而言，术语“重组”是指含有衍生自多种来源(如两种或多种不同的微生物菌株或物种)的遗传物质或由其编码的核酸、蛋白质或微生物。本发明的微生物通常是重组的。
“野生型”指区别于突变体形式或变体形式的自然出现的有机体、菌株、基因或特征的典型形式。
“内源性”是指在本发明的微生物衍生自的野生型或亲本微生物中存在或表达的核酸或蛋白质。举例来说，内源性基因是天然存在于本发明的微生物衍生自的野生型或亲本微生物中的基因。在一个实施例中，内源性基因的表达可以由外源性调控元件(如外源性启动子)控制。
“外源性”是指起源于本发明的微生物之外的核酸或蛋白质。例如，可以人工或重组产生外源性基因或酶，并将其引入本发明的微生物中或在本发明的微生物中表达。也可以从异源性微生物中分离外源基因或酶，并将其引入本发明的微生物中或在本发明的微生物中表达。外源性核酸可以适于整合到本发明微生物的基因组中，或者在本发明微生物中保持染色体外状态，例如在质粒中。
“异源性”是指衍生自不同菌株或物种并被引入本发明的微生物中或在本发明的微生物中表达的核酸或蛋白质。例如，异源性基因或酶可以衍生自不同的菌株或物种，并被引入本发明的微生物中或在本发明的微生物中表达。异源性基因或酶可以以其在不同菌株或物种中出现的形式被引入本发明的微生物或在本发明的微生物中表达。或者，可以以某种方式修饰异源性基因或酶(例如通过密码子对其进行优化以在本发明微生物中表达，或通过对其进行工程化以改变功能(例如以逆转酶活性方向或改变底物特异性))。
具体地，在本文所述微生物中表达的异源性核酸或蛋白质可以衍生自芽孢杆菌属、梭菌属、埃希氏菌属、葡糖杆菌属、生丝微菌属、赖氨酸芽孢杆菌属、类芽孢杆菌属、假单胞菌属、栖沉积物菌属、芽孢八叠球菌属、链霉菌属、热硫杆状菌属、热袍菌属、玉蜀黍属、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、沙门氏菌属(Salmonella)、类分枝杆菌属(Mycobacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)、李斯特氏菌属(Listeria)、不动杆菌属(Acinetobacter)、志贺氏菌属(Shigella)、奈瑟氏菌属(Neisseria)、博德特氏菌属(Bordetella)、链球菌属(Streptococcus)、肠杆菌属(Enterobacter)、弧菌属(Vibrio)、军团菌属(Legionella)、黄单胞菌属(Xanthomonas)、沙雷氏菌属(Serratia)、克罗诺杆菌属(Cronobacter)、铜杆菌属(Cupriavidus)、螺杆菌属(Helicobacter)、耶尔森菌属(Yersinia)、角质细菌属(Cutibacterium)、弗朗西斯菌属(Francisella)、果胶杆菌属(Pectobacterium)、弧杆菌属(Arcobacter)、乳杆菌属(Lactobacillus)、希瓦氏菌属(Shewanella)、欧文氏菌属(Erwinia)、硫磺单胞菌属(Sulfurospirillum)、消化球菌科(Peptococcaceae)、嗜热球菌属(Thermococcus)、酵母菌属(Saccharomyces)、火球菌属(Pyrococcus)、甘氨酸(Glycine)、人属(Homo)、罗氏菌属(Ralstonia)、短杆菌属(Brevibacterium)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、地芽孢杆菌属(Geobacillus)、牛属(bos)、原鸡属(gallus)、厌氧球菌属(Anaerococcus)、非洲爪蟾属(Xenopus)、须蜥蜴属(Amblyrhynchus)、黑鼠属(rattus)、家鼠属(mus)、猪属(sus)、红球菌(Rhodococcus)、根瘤菌属(Rhizobium)、巨球菌属(Megasphaera)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、消化球菌属(Peptococcus)、农杆菌属(Agrobacterium)、弯曲杆菌属(Campylobacter)、醋酸杆菌属、嗜碱菌属、布劳特氏菌属、丁酸杆菌属、真杆菌属、穆尔氏菌属、产醋杆菌属、鼠孢菌属、热厌氧杆菌属、裂殖酵母属(Schizosaccharomyces)、类芽孢杆菌属、假芽孢杆菌属(Fictibacillus)、赖氨酸芽孢杆菌属、鸟氨酸芽孢杆菌属(Ornithinibacillus)、喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus)、库特氏菌属(Kurthia)、慢生芽孢杆菌属(Lentibacillus)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、土壤芽孢杆菌属(Solibacillus)、枝芽孢菌属(Virgibacillus)、脂环酸芽孢杆菌(Alicyclobacillus)、芽孢八叠球菌属、嗜盐微生物属(Salimicrobium)、芽孢八叠球菌属、动性球菌属(Planococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、嗜热好氧杆菌属(Thermaerobacter)、硫化杆菌属(Sulfobacillus)或共生小杆菌属(Symbiobacterium)。
术语“多核苷酸”、“核苷酸”、“核苷酸序列”、“核酸”和“寡核苷酸”可互换使用。这些术语指任何长度的核苷酸的聚合形式，包含脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其类似物。多核苷酸可以具有任何三维结构，并且可以执行任何已知或未知的功能。以下是多核苷酸的非限制性实例：基因或基因片段的编码或非编码区、由连锁分析定义的基因座(基因座)、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)、微-RNA(miRNA)、核酶、cDNA、重组多核苷酸、分支多核苷酸、质粒、载体、任何序列的分离DNA、任何序列的分离RNA、核酸探针和引物。多核苷酸可以包括一个或多个修饰的核苷酸，如甲基化核苷酸或核苷酸类似物。如果存在，则对核苷酸结构的修饰可以在组装聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可以被非核苷酸组分间断。多核苷酸可以在聚合后进一步进行修饰，如通过与标记组分缀合来修饰。
如本文所用的，“表达”是指多核苷酸从DNA模板转录的过程(如转录为mRNA或其它RNA转录物)和/或经转录mRNA随后被转译成肽、多肽或蛋白质的过程。转录物和编码的多肽可以统称为“基因产物”。
术语“多肽”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用，是指任何长度的氨基酸聚合物。聚合物可以是线性或支化的，其可以包括经修饰氨基酸，并且可以被非氨基酸间断。该术语还包括已修饰的氨基酸聚合物；所述修饰例如通过二硫键形成、糖基化、脂质化、乙酰化、磷酸化或任何其它操作，如与标记成分的缀合。如本文所用的，术语“氨基酸”包含天然和/或非天然或合成的氨基酸，包含甘氨酸和D或L光学异构体两者，以及氨基酸类似物和肽模拟物。
“酶活性”，或简称“活性”，泛指酶活性，包含但不限于酶的活性、酶的量或酶催化反应的可用性。因此，“增加”酶活性包含增加酶的活性、增加酶的量或增加酶催化反应的可用性。类似地，“降低”酶活性包括降低酶的活性、降低酶的量或降低酶催化反应的可用性。
“突变的”是指与本发明微生物衍生自的野生型或亲本微生物相比在本发明微生物中已修饰的核酸或蛋白质。在一个实施例中，突变可以是编码酶的基因中的缺失、插入或取代。在另一个实施例中，突变可以是酶中一个或多个氨基酸的缺失、插入或取代。
“亲本微生物”是用于产生本发明的微生物的微生物。亲本微生物可以是天然存在的微生物(即野生型微生物)或先前已被修饰的微生物(即突变体或重组微生物)。本发明的微生物可以被修饰以表达或过表达一种或多种在亲本微生物中未表达或过表达的酶。类似地，本发明的微生物可以被修饰以包含亲本微生物不包含的一个或多个基因。本发明的微生物也可以被修饰以不表达或表达较低量的在亲本微生物中表达的一种或多种酶。
本发明的微生物可以衍生自基本上任何亲本微生物。在一个实施例中，本发明的微生物可以衍生自选自由以下组成的组的亲本微生物：丙酮丁醇梭菌(Clostridiumacetobutylicum)、贝氏梭菌(Clostridium beijerinckii)、大肠杆菌(Escherichia coli)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。在其它实施例中，所述微生物衍生自选自由以下组成的组的亲本微生物：伍氏醋酸杆菌、巴氏嗜喊菌、产生布劳特氏菌、食甲基丁酸杆菌、醋酸梭菌、产乙醇梭菌、食一氧化碳梭菌、克氏梭菌、德氏梭菌、蚁酸醋酸梭菌、永达尔梭菌、马氏梭菌、拉氏梭菌、粪味梭菌、粘液真杆菌、热自养穆尔氏菌、热醋穆尔氏菌、普氏产醋杆菌、卵形鼠孢菌、森林土壤醋酸鼠孢菌、球形鼠孢菌和凯伍热厌氧杆菌。在一个优选实施例中，所述亲本微生物是产乙醇梭菌、永达尔梭菌或拉氏梭菌。在一个特别优选的实施例中，亲本微生物是产乙醇梭菌LZ1561，其于2010年6月7日根据《布达佩斯条约(BudapestTreaty)》的条款保藏在德国布伦瑞克省D-38124 Inhoffenstraβ 7B的Deutsche Sammlungvon Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH(DSMZ)，保藏号为DSM23693。国际专利申请第PCT/NZ2011/000144号(其被公开为WO 2012/015317)中对该菌株进行了描述。
术语“衍生自”表示核酸、蛋白质或微生物从不同的(如亲本或野生型)核酸、蛋白质或微生物修饰或改造，从而产生新的核酸、蛋白质或微生物。这种修饰或改造通常包含核酸或基因的插入、缺失、突变或替换。通常，本发明的微生物衍生自亲本微生物。在一个实施例中，本发明微生物衍生自产乙醇梭菌、永达尔梭菌或拉氏梭菌。在优选实施例中，本发明的微生物衍生自产乙醇梭菌LZ1561(其保藏在DSMZ保藏号DSM23693下)中表达。
本发明的微生物可以根据功能特性进一步分类。例如，本发明的微生物可以是或可以衍生自C1固定微生物、厌氧菌、产乙酸菌(acetogen)、产乙醇菌(ethanologen)、产羧酸菌和/或甲烷氧化菌。
表1提供了微生物的代表性列表，并标识了其功能特性。
Figure BDA0002536886700000121
Figure BDA0002536886700000131
1 伍氏醋酸杆菌可以从果糖中产生乙醇，但不能从气体中产生乙醇。
2 尚未研究马氏梭菌是否可以依靠CO生长。
3 已报道，热醋穆尔氏菌中的一种菌株—穆尔氏菌属HUC22-1能够从气体中产生乙醇。
4 尚未研究卵形鼠孢菌是否可以依靠CO生长。
5 尚未研究森林土壤醋酸鼠孢菌是否可以依靠CO生长。
6 尚未研究球形鼠孢菌是否可以依靠CO生长。
“Wood-Ljungdahl”是指如例如Ragsdale，《生化与生物物理学报(BiochimBiophys Acta)》,1784:1873-1898,2008所述的Wood-Ljungdahl固碳途径。“Wood-Ljungdahl微生物”可预见地指含有Wood-Ljungdahl途径的微生物。通常，本发明的微生物含有天然的Wood-Ljungdahl途径。在本文中，Wood-Ljungdahl途径可以是原生的未经修饰的Wood-Ljungdahl途径，或者也可以是经过一定程度的基因修饰(例如，过表达、异源性表达、敲除等)的Wood-Ljungdahl途径，只要所述Wood-Ljungdahl途径仍然能够将CO、CO2和/或H2转换为乙酰辅酶A。
“C1”指一个碳分子，例如CO、CO2、CH4或CH3OH。“C1含氧化合物”是指也包括至少一个氧原子的单碳分子，例如CO、CO2或CH3OH。“C1碳源”是指作为本发明微生物的部分或唯一碳源的一个碳分子。例如，C1碳源可以包括以下一种或多种：CO、CO2、CH4、CH3OH或CH2O2。优选地，C1碳源包括CO和CO2中的一种或两种。“C1固定微生物”是指能够从C1-碳源产生一种或多种产物的微生物。通常，本发明的微生物是C1固定细菌。在一个优选的实施例中，本发明的微生物衍生自表1中标识的C1固定微生物。
“厌氧菌”是一种生长不需要氧的微生物。如果氧含量超过某一阈值，厌氧菌可能会产生负面反应，甚至死亡。然而，一些厌氧菌能够耐受低水平的氧(例如，0.000001-5％的氧)(有时被称为“微氧条件”)。通常，本发明的微生物是厌氧菌。在一个优选的实施例中，本发明的微生物衍生自表1中标识的厌氧菌。
“产乙酸菌”是专性厌氧菌，其使用Wood-Ljungdahl途径作为其能量保存和合成乙酰辅酶A和乙酰辅酶A衍生产物(如乙酸盐)的主要机制(Ragsdale，《生化与生物物理学报(Biochim Biophys Acta)》,1784:1873-1898,2008)。具体来说，产乙酸菌使用Wood-Ljungdahl途径作为(1)从CO2还原合成乙酰辅酶A的机制，(2)最终电子接收、能量保存过程，(3)在细胞碳的合成中固定(同化)CO2的机制(Drake,“产乙酸原核生物(AcetogenicProkaryotes)”，见：《原核生物(The Prokaryotes)》第3版,第354页,纽约,纽约州,2006)。所有天然存在的产乙酸菌都是C1固定型、厌氧型、自养型和非甲烷营养型。通常，本发明的微生物是产乙酸菌。在一个优选的实施例中，本发明的微生物衍生自表1中标识的产乙酸菌。
“产乙醇菌”是一种产生或能够产生乙醇的微生物。通常，本发明的微生物是产乙醇菌。在一个优选的实施例中，本发明的微生物衍生自表1中标识的产乙酸菌。
“自养菌”是一种能够在没有有机碳的情况下生长的微生物。相反，自养菌使用无机碳源，如CO和/或CO2。通常，本发明的微生物是自养菌。在一个优选的实施例中，本发明的微生物衍生自表1中标识的自养菌。
“产羧酸菌”是一种能够利用CO作为唯一碳源和能源的微生物。通常，本发明的微生物是产羧酸菌。在一个优选的实施例中，本发明的微生物衍生自表1中标识的产羧酸菌。
“甲烷氧化菌”是一种能够利用甲烷作为唯一碳源和能源的微生物。在某些实施例中，本发明的微生物是甲烷氧化菌或衍生自甲烷氧化菌。在其它实施例中，本发明的微生物不是甲烷氧化菌或不衍生自甲烷氧化菌。
在优选实施例中，本发明的微生物衍生自梭菌(Clostridia)的簇，所述簇包括物种产乙醇梭菌、永达尔梭菌和拉氏梭菌。这些物种最初由Abrini,《微生物学文献集(ArchMicrobiol)》,161:345-351,1994(产乙醇梭菌)；Tanner,《国际系统细菌学杂志(Int JSystem Bacteriol)》,43:232-236,1993(永达尔梭菌)；以及Huhnke,WO 2008/028055(拉氏梭菌)报导和表征。
这三个物种有许多相似之处。具体地说，这些物种都是梭菌属的C1-固定、厌氧性、产乙酸性、产乙醇性和羧基营养性成员。这些物种具有相似的基因型和表型以及相似的能量保存和发酵代谢模式。此外，这些物种簇集于16S rRNA DNA超过99％相同的梭菌rRNA同源组I中，具有约22-30mol％的DNA G+C含量，是革兰氏阳性的，具有相似形态和大小(对数生长期细胞介于0.5-0.7×3-5μm之间)，是嗜温性的(在30-37℃下生长最佳)，具有约4-7.5的相似pH范围(最佳pH为约5.5-6)，缺乏细胞色素，并且通过Rnf复合体保存能量。另外，在这些物种中已证明羧酸还原为其对应的醇(Perez,《生物技术与生物工程(BiotechnolBioeng)》,110:1066-1077,2012)。重要的是，这些物种还均示出依靠含CO气体的强自养性生长，产生乙醇和乙酸盐(或醋酸)作为主要发酵产物，并且在一定条件下产生少量的2,3-丁二醇和乳酸。
然而，这三种物种也有许多不同之处。这些物种分离自不同的来源：来自兔子肠道的产乙醇梭菌、来自养鸡场废物的永达尔梭菌，以及来自淡水沉积物的拉氏梭菌。这些物种对各种糖(例如，鼠李糖、阿拉伯糖)、酸(例如，葡糖酸盐、柠檬酸盐)、氨基酸(例如，精氨酸、组氨酸)以及其它底物(例如，甜菜碱、丁醇)的利用不同。此外，这些物种对某些维生素(例如，硫胺素、生物素)的营养缺陷型不同。这些物种在Wood-Ljungdahl途径基因和蛋白质的核酸和氨基酸序列上存在差异，不过已经发现所有物种中的这些基因和蛋白质的一般结构和数量相同(
Figure BDA0002536886700000151
《生物技术最新观点(Curr Opin Biotechnol)》,22:320-325,2011)。
因此，总的来说，产乙醇梭菌、永达尔梭菌或拉氏梭菌的多种特性并不对这些物种具有特异性，但是梭菌属的C1-固定、厌氧性、产乙酸性、产乙醇性和羧基营养性成员的这一簇的一般特性却对这些物种具有特异性。然而，由于这些物种实际上是不同的，所以这些物种中的一种的基因修饰或操纵在这些物种的另一种中可能不具有相同的作用。举例来说，可观察到生长、性能或产物产生的不同。
本发明的微生物也可以衍生自产乙醇梭菌、永达尔梭菌或拉氏梭菌的分离株或突变体。产乙醇梭菌的分离株和突变体包含JA1-1(DSM10061)(Abrini,《微生物学文献集》,161:345-351,1994)、LBS1560(DSM19630)(WO 2009/064200)和LZ1561(DSM23693)(WO2012/015317)。永达尔梭菌的分离物和突变体包含ATCC 49587(Tanner，《国际系统细菌学杂志(Int J Syst Bacteriol)》,43:第232-236页,1993)、PETCT(DSM13528，ATCC 55383)、ERI-2(ATCC 55380)(US 5,593,886)、C-01(ATCC 55988)(US 6,368,819)、O-52(ATCC55989)(US 6,368,819)和OTA-1(Tirado-Acevedo，《使用永达尔梭菌由合成气体产生生物乙醇(Production of bioethanol from synthesis gas using Clostridiumljungdahlii)》,博士论文,北卡罗莱纳州立大学(North Carolina State University),2010)。拉氏梭菌的分离株和突变体包含PI 1(ATCC BAA-622、ATCC PTA-7826)(WO 2008/028055)。
然而，如上所述，本发明的微生物也可以衍生自基本上任何亲本微生物，如选自由以下组成的组的亲本微生物：丙酮丁醇梭菌、贝氏梭菌、大肠杆菌和酿酒酵母。
本发明提供了能够产生乙二醇、乙醛酸盐和乙醇酸盐的微生物以及产生乙二醇、乙醛酸盐和乙醇酸盐的方法，所述方法包括在底物存在下培养本发明的微生物，由此所述微生物产生乙二醇。
本发明的微生物可以包括将乙酰辅酶A(如通过Wood-Ljungdahl途径产生的乙酰辅酶A)转化为丙酮酸盐(图1的反应1)的酶。这种酶可以是丙酮酸合酶(PFOR)[1.2.7.1]或ATP:丙酮酸正磷酸磷酸转移酶[1.2.7.1]。在一些实施例中，将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐(图1的反应2)的酶。这种酶可能是丙酮酸盐:二氧化碳连接酶[形成ADP][6.4.1.1]。在一些实施例中，将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶是内源性酶。在一些实施例中，将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶被过表达。
本发明的微生物可以包括将草酰乙酸盐转化为柠檬醛辅酶A(图1的反应3)的酶。这种酶可以是柠檬醛辅酶A裂解酶[4.1.3.34]。在一些实施例中，将草酰乙酸盐转化为柠檬醛辅酶A的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将柠檬醛辅酶A转化为柠檬酸盐(图1的反应4)的酶。这种酶可以是柠檬酸辅酶A转移酶[2.8.3.10]。在一些实施例中，将柠檬醛辅酶A转化为柠檬酸盐的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐(图1的反应5)的酶。这种酶可以是柠檬酸[Si]-合酶[2.3.3.1]、ATP柠檬酸合酶[2.3.3.8]或柠檬酸(Re)-合酶[2.3.3.3]。在一些实施例中，将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的酶是内源性酶。在其它实施例中，将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的酶是异源性酶。例如，在一些实施例中，本发明的微生物包括来自枯草芽孢杆菌(B.subtilis)的柠檬酸合酶1[EC 2.3.3.16]，使得所述微生物包括SEQ ID NO:1中所示的编码SEQ ID NO:2中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自科氏梭菌(C.kluyveri)的柠檬酸(Re)-合酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:3中所示的编码SEQ ID NO:4中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自梭菌属的柠檬酸(Si)-合酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:5中所示的编码SEQ ID NO:6中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自枯草芽孢杆菌的柠檬酸合酶2，使得所述微生物包括SEQ IDNO:7中所示的编码SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的酶过表达。
本发明的微生物可以包括将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐(图1的反应6)的酶。这种酶可能是乌头酸水合酶[4.2.1.3]。在一些实施例中，将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐的酶是内源性酶。在一些实施例中，将柠檬酸盐转化为乌头酸盐和将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐的酶被过表达。
本发明的微生物可以包括将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐(图1的反应7)的酶。这种酶可以是异柠檬酸裂解酶[4.1.3.1]。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自玉米(Z.mays)的异柠檬酸裂解酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:9中所示的编码SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自大肠杆菌的异柠檬酸裂解酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:11中所示的编码SEQ ID NO:12中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，
本发明的微生物可以包括将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐的酶(图1的反应8)。这种酶可以是甘油酸脱氢酶[1.1.1.29]、乙醛酸还原酶[1.1.1.26/79]或乙醇酸脱氢酶[1.1.99.14]。在一些实施例中，将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐的酶是内源性酶。在一些实施例中，将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐的酶过表达。
本发明的微生物可以包括将乙醇酸盐转化为乙醇醛(图1的反应9)的酶。这种酶可以是乙醇醛脱氢酶[1.2.1.21]、醛脱氢酶[1.2.1.22]、琥珀酸半醛脱氢酶[1.2.1.24]、2,5-二氧戊酸脱氢酶[1.2.1.26]、醛脱氢酶[1.2.1.3/4/5]、甜菜碱醛脱氢酶[1.2.1.8]或醛铁氧还蛋白氧化还原酶[1.2.7.5]。在一些实施例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶是内源性酶。在其它实施例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶是异源性酶。例如，在一些实施例中，本发明的微生物包括来自大肠杆菌的γ-氨基丁醛脱氢酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:49中所示的编码SEQ ID NO:50中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自大肠杆菌的醛脱氢酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:51中所示的编码SEQ ID NO:52中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自大肠杆菌的NADP依赖性的琥珀酸半醛脱氢酶I，使得所述微生物包括SEQ ID NO:53中所示的编码SEQ ID NO:54中所述的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自氧化葡萄糖酸杆菌(G.oxydans)的醛脱氢酶/乙醇酸脱氢酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:55中所示的编码SEQ ID NO:56中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自荧光假单胞菌的醛脱氢酶A，使得所述微生物包括SEQ ID NO:57或SEQ ID NO:59中所示的分别编码SEQ ID NO:58或SEQ ID NO:60中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶的其它非限制性实例可在GenBank保藏号WP_003202098、WP_003182567、ACT39044、ACT39074、WP_041112005和ACT40170中找到。在一些实施例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶过表达。
本发明的微生物可以包括将乙醇醛转化为乙二醇(图1的反应10)的酶。这种酶可以是醛还原酶[1.1.1.77]、醇脱氢酶[1.1.1.1]、醇脱氢酶(NADP+)[1.1.1.2]、甘油脱氢酶[1.1.1.72]、甘油-3-磷酸脱氢酶[1.1.1.8]或醛还原酶[1.1.1.21]。在一些实施例中，将乙醇醛转化为乙二醇的酶是内源性酶。在一些实施例中，将乙醇醛转化为乙二醇的内源性酶过表达。在其它实施例中，将乙醇醛转化为乙二醇的酶是异源性酶。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自糖产丁醇丙酮梭菌(C.saccharoperbutylacetonicum)的醛还原酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:61中所示的编码SEQ ID NO:62中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自永达尔梭菌的醛还原酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:63中所示的编码SEQ ID NO:64中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自大肠杆菌的醛还原酶，使得所述微生物包括SEQ IDNO:65中所示的编码SEQ ID NO:66中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自贝氏梭菌的醛还原酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:67中所示的编码SEQ ID NO:68中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，将乙醇醛转化为乙二醇的异源性酶过表达。
本发明的微生物可以包括将丙酮酸盐转化为苹果酸盐(图1的反应11)的酶。这种酶可以是苹果酸脱氢酶[1.1.1.37]、苹果酸脱氢酶(草酰乙酸脱羧)[1.1.1.38]、苹果酸脱氢酶(脱羧)[1.1.1.39]、苹果酸脱氢酶(草酰乙酸脱羧)(NADP+)[1.1.1.40]、苹果酸脱氢酶(NADP+)[1.1.1.82]、D-苹果酸脱氢酶(脱羧)[1.1.1.83]、苹果酸二甲酯脱氢酶[1.1.1.84]、3-异丙基苹果酸脱氢酶[1.1.1.85]、苹果酸脱氢酶[NAD(P)+][1.1.1.299]或苹果酸脱氢酶(醌)[1.1.5.4]。在一些实施例中，将丙酮酸盐转化为苹果酸盐的酶是内源性酶。在其它实施例中，将丙酮酸盐转化为苹果酸盐的酶是异源性酶。例如，在一些实施例中，本发明的微生物包括来自产乙醇梭菌的苹果酸脱氢酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:23中所示的编码SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自产乙醇梭菌的NAD依赖性苹果酸酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:25中所示的编码SEQ ID NO:26中所述的氨基酸序列的核苷酸序列。
本发明的微生物可以包括将苹果酸盐转化为乙醛酸盐(图1的反应12)的酶。这种酶可以是苹果酸合酶[2.3.3.9]或异柠檬酸裂解酶[4.1.3.1]。在一些实施例中，将苹果酸盐转化为乙醛酸盐的酶是异源性酶。例如，在一些实施例中，本发明的微生物包括来自芽孢八叠球菌属的苹果酸合酶G，使得所述微生物包括SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:33中所示的分别编码SEQ ID NO:28或SEQ ID NO:34中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自芽孢杆菌属的苹果酸合酶G，使得所述微生物包括SEQ ID NO:29或SEQ ID NO:35中所示的分别编码SEQ ID NO:30或SEQ ID NO:36中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自天蓝色链霉菌(S.coelicolor)的苹果酸合酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:31中所示的编码SEQ ID NO:32中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自婴儿芽孢杆菌(B.infantis)的苹果酸合酶G，使得所述微生物包括SEQ ID NO:37中所示的编码SEQ IDNO:38中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自匙形梭菌(C.cochlearium)的苹果酸合酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:39中所示的编码SEQID NO:40中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自巨大芽孢杆菌(B.megaterium)的苹果酸合酶G，使得所述微生物包括SEQ ID NO:41中所示的编码SEQ ID NO:42中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自类芽孢杆菌属的苹果酸合酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:43中所示的编码SEQ ID NO:44中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自赖氨酸芽孢杆菌属的苹果酸合酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:45中所示的编码SEQ ID NO:46中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自蜡样芽孢杆菌(B.cereus)的苹果酸合酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:47中所示的编码SEQ ID NO:48中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。
本发明的微生物可以包括将丙酮酸盐转化为磷酸烯醇式丙酮酸盐(图1的反应13)的酶。这种酶可以是丙酮酸激酶[2.7.1.40]、丙酮酸磷酸二激酶[2.7.9.1]或丙酮酸水二激酶[2.7.9.2]。在一些实施例中，将丙酮酸盐转化为磷酸烯醇式丙酮酸盐的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为2-磷酸-D-甘油酸盐(图1的反应14)的酶。这种酶可以是磷酸丙酮酸水合酶[4.2.1.11]。在一些实施例中，将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为2-磷酸-D-甘油酸盐的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将2-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酸-D-甘油酸盐(图1的反应15)的酶。这种酶可以是磷酸甘油酸变位酶[5.4.2.11/12]。在一些实施例中，将2-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酸-D-甘油酸盐的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将3-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酰氧基丙酮酸盐(图1的反应16)的酶。这种酶可以是磷酸甘油酸脱氢酶[1.1.1.95]。在一些实施例中，将3-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酰氧基丙酮酸盐的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将3-磷酰氧基丙酮酸盐转化为3-磷酸-L-丝氨酸(图1的反应17)的酶。这种酶可以是磷酸丝氨酸转氨酶[2.6.1.52]。在一些实施例中，将3-磷酰氧基丙酮酸盐转化为3-磷酸-L-丝氨酸的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将3-磷酸-L-丝氨酸转化为丝氨酸(图1的反应18)的酶。这种酶可以是磷酸丝氨酸磷酸酶[3.1.3.3]。在一些实施例中，将3-磷酸-L-丝氨酸转化为丝氨酸的酶是内源性酶。
本发明的微生物可以包括将丝氨酸转化为甘氨酸(图1的反应19)的酶。这种酶可以是甘氨酸羟甲基转移酶[2.1.2.1]。在一些实施例中，将丝氨酸转化为甘氨酸的酶是内源性酶。在一些实施例中，将丝氨酸转化为甘氨酸的酶过表达。
本发明的微生物可以包括将甘氨酸转化为乙醛酸盐(图1的反应20)的酶。这种酶可以是丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶/转氨酶[2.6.1.44]、丝氨酸-乙醛酸氨基转移酶/转氨酶[2.6.1.45]、丝氨酸-丙酮酸氨基转移酶/转氨酶[2.6.1.51]、甘氨酸-草酰乙酸氨基转移酶/转氨酶[2.6.1.35]、甘氨酸转氨酶[2.6.1.4]、甘氨酸脱氢酶[1.4.1.10]、丙氨酸脱氢酶[1.4.1.1]或甘氨酸脱氢酶[1.4.2.1]。在一些实施例中，将甘氨酸转化为乙醛酸盐的酶是内源性酶。在其它实施例中，将甘氨酸转化为乙醛酸盐的酶是异源性酶。例如，在一些实施例中，本发明的微生物包括来自嗜甲基生丝微菌(H.methylovorum)的丝氨酸-乙醛酸氨基转移酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:13中所示的编码SEQ ID NO:14中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自硫牛磺酸栖沉积物菌的丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:15中所示的编码SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自温浴硫杆菌(T.tepidarius)的苹果酸合酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:17中所示的编码SEQ IDNO:18中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自尿酸梭菌(C.acidurici)的V类氨基转移酶，使得所述微生物包括SEQ ID NO:19中所示的编码SEQ ID NO:20中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，本发明的微生物包括来自海栖热袍菌(T.maritima)的丝氨酸-丙酮酸氨基转移酶，使得所述微生物包括SEQ IDNO:21中所示的编码SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，将甘氨酸转化为乙醛酸盐的酶过表达。
本发明的微生物可以包括将丝氨酸转化为羟基丙酮酸盐(图1的反应21)的酶。这种酶可以是丝氨酸-丙酮酸转氨酶[2.6.1.51]、丝氨酸-乙醛酸转氨酶[2.6.1.45]、丙氨酸脱氢酶[1.4.1.1]、L-氨基酸脱氢酶[1.4.1.5]、丝氨酸2-脱氢酶[1.4.1.7]、丙氨酸转氨酶[2.6.1.2]、谷氨酰胺-丙酮酸转氨酶[2.6.1.15]、D-氨基酸转氨酶[2.6.1.21]、丙氨酸-乙醛酸转氨酶[2.6.1.44]或丝氨酸丙酮酸转氨酶[2.6.1.51]。在一些实施例中，将丝氨酸转化为羟基丙酮酸盐的酶是内源性酶。在其它实施例中，将丝氨酸转化为羟基丙酮酸盐的酶是异源性酶。能够将丝氨酸转化为羟基丙酮酸盐的酶的非限制性实例可以在GenBank保藏号WP_009989311和NP_511062.1中找到。在一些实施例中，将丝氨酸转化为羟基丙酮酸盐的酶过表达。
本发明的微生物可以包括将羟基丙酮酸盐转化为乙醇醛(图1的反应22)的酶。这种酶可以是羟基丙酮酸脱羧酶[4.1.1.40]或丙酮酸脱羧酶[4.1.1.1]。这种酶也可以是任何其它脱羧酶[4.1.1.-]。在一些实施例中，将羟基丙酮酸盐转化为乙醇醛的酶是异源性酶。能够将羟基丙酮酸盐转化为乙醇醛的酶的非限制性实例可以在GenBank保藏号CCG28866、SVF98953、PA0096、CAA54522、KRU13460和KLA26356中找到。
本发明的微生物可以包括将D-甘油酸盐转化为羟基丙酮酸盐(图1的反应23)的酶。这种酶可以是乙醛酸还原酶[EC 1.1.1.26]、甘油酸脱氢酶[EC 1.1.1.29]或羟丙酮酸还原酶[EC 1.1.1.81]。在一些实施例中，将D-甘油酸盐转化为羟基丙酮酸盐的酶是异源性酶。能够将D-甘油酸盐转化为羟基丙酮酸盐的酶的非限制性实例可以在GenBank保藏号SUK16841、RPK22618、KPA02240、AGW90762、CAC11987、Q9CA90和Q9UBQ7中找到。
本发明的微生物可以包括将5,10-亚甲基四氢叶酸盐转化为甘氨酸(图1的反应24)的酶的复合物。5,10-亚甲基四氢叶酸盐是Wood-Ljungdahl途径还原分支中的辅因子，并在乙酰辅酶A的产生中作为支架。这种复合物可以是包括甘氨酸脱氢酶[1.4.4.2]、二氢脂酰脱氢酶[1.8.1.4]和氨基甲基转移酶(甘氨酸合酶)[2.1.2.10]的甘氨酸切割系统。在一些实施例中，将5,10-亚甲基四氢叶酸盐转化为甘氨酸的复合物的酶是内源性酶。在一些实施例中，甘氨酸切割系统的酶过表达。
本发明的微生物可以包括将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐(图1的反应25)的酶。这种酶可以是磷酸烯醇丙酮酸羧激酶(ATP)[4.1.1.49]或(GTP)[4.1.1.32]。在一些实施例中，将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶是内源性酶。在其它实施例中，将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶是异源性酶。在一些实施例中，将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶过表达。
在一些实施例中，包括将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐(图1的反应1)的酶、将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐(图1的反应2)的酶、将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的酶(图1的反应5)、将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐(图1的反应6)的酶、将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐(图1的反应7)的酶、将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐(图1的反应8)的酶、将乙醇酸盐转化为乙醇醛(图1的反应9)的酶、以及将乙醇醛转化为乙二醇(图1的反应10)的酶的微生物产生乙二醇。在非限制性实例中，将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的酶可以是来自枯草芽孢杆菌(SEQ ID NO:1-2)的柠檬酸合酶。在一个非限制性实例中，将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的酶可以是来自大肠杆菌(SEQ ID NO:11-12)的异柠檬酸裂解酶。在一个非限制性实例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶可以是来自氧化葡萄糖酸杆菌(SEQ IDNO:55-56)的乙醇酸脱氢酶或来自荧光假单胞菌(SEQ ID NO:57-58)的醛脱氢酶。催化如图1所示的反应2、5、6、8、9和10的酶中的一种或多种可能过表达。参见例如实例1和图3B。
在一些实施例中，包括将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐(图1的反应1)的酶、将丙酮酸盐转化为磷酸烯醇式丙酮酸盐(图1的反应13)的酶、将磷酸烯醇式丙酮酸盐转化为2-磷酸-D-甘油酸盐(图1的反应14)的酶、将2-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酸-D-甘油酸盐(图1的反应15)的酶、将3-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酰氧基丙酮酸盐(图1的反应16)的酶、将3-磷酰氧基丙酮酸盐转化为3-磷酸-L-丝氨酸(图1的反应17)的酶、将3-磷酸-L-丝氨酸转化为丝氨酸(图1的反应18)的酶、将丝氨酸转化为甘氨酸(图1的反应19)的酶、将甘氨酸转化为乙醛酸盐(图1的反应20)的酶、将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐(图1的反应8)的酶、将乙醇酸盐转化为乙醇醛(图1的反应9)的酶以及将乙醇醛转化为乙二醇(图1的反应10)的酶的微生物产生乙二醇。在一个非限制性实例中，将甘氨酸转化为乙醛酸盐的酶可以是来自硫牛磺酸栖沉积物菌(SEQ ID NO:15-16)的丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶或来自尿酸梭菌(SEQ IDNO:19-20)的V类氨基转移酶。在一个非限制性实例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶可以是来自氧化葡萄糖酸杆菌(SEQ ID NO:55-56)的乙醇酸脱氢酶或来自荧光假单胞菌(SEQID NO:57-58)的醛脱氢酶。催化如图1所示的步骤19、20、8、9和10的反应的酶中的一种或多种可以过表达。参见例如实例2-4和图4B、5B和6B。
在一些实施例中，包括将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐(图1的反应1)的酶、将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐(图1的反应2)的酶、将草酰乙酸盐转化为柠檬酰辅酶A(图1的反应3)的酶、将柠檬酰辅酶A转化为柠檬酸盐的酶(图1的反应4)、将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐(图1的反应6)的酶、将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐(图1的反应7)的酶、将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐(图1的反应8)的酶、将乙醇酸盐转化为乙醇醛(图1的反应9)的酶、以及将乙醇醛转化为乙二醇(图1的反应10)的酶的微生物产生乙二醇。在一个非限制性实例中，将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的酶可以是来自大肠杆菌(SEQ ID NO:11-12)的异柠檬酸裂解酶。在一个非限制性实例中，将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的酶可以是来自大肠杆菌(SEQ ID NO:11-12)的异柠檬酸裂解酶。在一个非限制性实例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶可以是来自氧化葡萄糖酸杆菌(SEQ ID NO:55-56)的乙醇酸脱氢酶或来自荧光假单胞菌(SEQ ID NO:57-58)的醛脱氢酶。催化如图1所示的反应2、6、8、9和10的酶中的一种或多种可以过表达。
在一些实施例中，包括将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐(图1的反应1)的酶、将丙酮酸盐转化为苹果酸盐(图1的反应11)的酶、将苹果酸盐转化为乙醛酸盐(图1的反应12)的酶、将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐(图1的反应8)的酶、将乙醇酸盐转化为乙醇醛(图1的反应9)的酶和将乙醇醛转化为乙二醇的酶(图1的反应10)的微生物产生乙二醇。在一个非限制性实例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶可以是来自氧化葡萄糖酸杆菌(SEQ ID NO:55-56)的乙醇酸脱氢酶或来自荧光假单胞菌(SEQ ID NO:57-58)的醛脱氢酶。催化如图1所示的步骤8、9和10的反应的酶中的一种或多种可以过表达。
在一些实施例中，包括将5,10-亚甲基四氢叶酸盐转化为甘氨酸(图1的反应24)的酶的复合物、将甘氨酸转化为乙醛酸盐(图1的反应20)的酶、将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐(图1的反应8)的酶、将乙醇酸盐转化为乙醇醛(图1的反应9)的酶和将乙醇醛转化为乙二醇的酶(图1的反应10)的酶的微生物产生乙二醇。在一个非限制性实例中，将甘氨酸转化为乙醛酸盐的酶可以是来自硫牛磺酸栖沉积物菌(SEQ ID NO:15-16)的丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶或来自尿酸梭菌(SEQ ID NO:19-20)的V类氨基转移酶。在一个非限制性实例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶可以是来自氧化葡萄糖酸杆菌(SEQ ID NO:55-56)的乙醇酸脱氢酶或来自荧光假单胞菌(SEQ ID NO:57-58)的醛脱氢酶。催化步骤8、9、10、20和24的反应的酶中的一种或多种可以过表达。
在一些实施例中，包括将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐(图1的反应1)的酶、将丙酮酸盐转化为磷酸烯醇式丙酮酸盐的酶(图1的反应13)、将磷酸烯醇式丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶(图1的反应25)、将草酰乙酸盐转化为柠檬酰辅酶A(图1的反应3)的酶、将柠檬酰辅酶A转化为柠檬酸盐的酶(图1的反应4)、将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐(图1的反应6)的酶、将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐(图1的反应7)的酶、将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐(图1的反应8)的酶、将乙醇酸盐转化为乙醇醛(图1的反应9)的酶、以及将乙醇醛转化为乙二醇(图1的反应10)的酶的微生物产生乙二醇。在一个非限制性实例中，将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的酶可以是来自大肠杆菌(SEQ ID NO:11-12)的异柠檬酸裂解酶。在一个非限制性实例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶可以是来自氧化葡萄糖酸杆菌(SEQ ID NO:55-56)的乙醇酸脱氢酶或来自荧光假单胞菌(SEQ ID NO:57-58)的醛脱氢酶。催化如图1所示的反应2、6、8、9、10和25的酶中的一种或多种可以过表达。
在一些实施例中，包括将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐(图1的反应1)的酶、将丙酮酸盐转化为磷酸烯醇式丙酮酸盐(图1的反应13)的酶、将磷酸烯醇式丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐(图1的反应25)的酶、将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的酶(图1的反应5)、将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐(图1的反应6)的酶、将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐(图1的反应7)的酶、将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐(图1的反应8)的酶、将乙醇酸盐转化为乙醇醛(图1的反应9)的酶、以及将乙醇醛转化为乙二醇(图1的反应10)的酶的微生物产生乙二醇。在非限制性实例中，将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的酶可以是来自枯草芽孢杆菌(SEQ ID NO:1-2)的柠檬酸合酶。在一个非限制性实例中，将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的酶可以是来自大肠杆菌(SEQ ID NO:11-12)的异柠檬酸裂解酶。在一个非限制性实例中，将乙醇酸盐转化为乙醇醛的酶可以是来自氧化葡萄糖酸杆菌(SEQ ID NO:55-56)的乙醇酸脱氢酶或来自荧光假单胞菌(SEQ ID NO:57-58)的醛脱氢酶。催化如图1所示的反应5、6、8、9、10和25的酶中的一种或多种可以过表达。
在一些实施例中，包括将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐(图1的反应1)的酶、将丙酮酸盐转化为磷酸烯醇式丙酮酸盐(图1的反应13)的酶、将磷酸烯醇式丙酮酸盐转化为2-磷酸-D-甘油酸盐(图1的反应14)的酶、将2-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酸-D-甘油酸盐(图1的反应15)的酶、将3-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酰氧基丙酮酸盐(图1的反应16)的酶、将3-磷酰氧基丙酮酸盐转化为3-磷酸-L-丝氨酸(图1的反应17)的酶、将3-磷酸-L-丝氨酸转化为丝氨酸(图1的反应18)的酶、将丝氨酸转化为羟基丙酮酸盐(图1的反应21)的酶、将羟基丙酮酸盐转化为乙醇醛(图1的反应22)的酶、以及将乙醇醛转化为乙二醇(图1的反应10)的酶的微生物产生乙二醇。催化乙醇醛转化为乙二醇的酶可以过表达。
在一些实施例中，包括将D-甘油酸盐转化为羟基丙酮酸盐(图1的反应23)的酶、将羟基丙酮酸盐转化为乙醇醛(图1的反应22)的酶和将乙醇醛转化为乙二醇(图1的反应10)的酶的微生物产生乙二醇。催化乙醇醛转化为乙二醇的酶可以过表达。
本发明的酶可以被密码子优化以在本发明的微生物中表达。“密码子优化”是指用于在特定菌株或物种中优化或改进核酸转译的核酸(如基因)突变。密码子优化可以带来更快的转译速度或更高的转译准确性。在一个优选的实施例中，本发明的基因经密码子优化以在本发明的微生物中表达。尽管密码子优化指的是潜在的遗传序列，但密码子优化通常会使得转译得到改进，从而提高酶的表达。因此，本发明的酶也可以被描述为经密码子优化的。
本发明的酶中的一种或多种可以过表达。“过表达”是指与本发明微生物衍生自的野生型或亲本微生物相比本发明微生物中核酸或蛋白质的表达增加。过表达可以通过本领结构域已知的任何方式实现，包含改变基因拷贝数、基因转录速率、基因转译速率或酶降解速率。如上所述，催化图1的反应2、5、6、8、9、10、19、20、24或25的酶中的一种或多种可以过表达。
本发明的酶可以包括破坏性突变。“破坏性突变”是指减少或消除(即“破坏”)基因或酶的表达或活性的突变。破坏性突变可以部分灭活、完全灭活或删除基因或酶。破坏性突变可以是敲除(KO)突变。破坏性突变可以是减少、防止或阻断酶产生的产物的生物合成的任何突变。所述破坏性突变可以包含例如编码酶的基因中的突变、参与编码酶的基因表达的基因调节元件中的突变、引入产生降低或抑制酶活性的蛋白质的核酸、或引入抑制蛋白质或酶表达的核酸(例如，反义RNA、siRNA、CRISPR)。可以使用本领域已知的任何方法引入破坏性突变。
在一些实施例中，本发明的微生物在异柠檬酸脱氢酶[1.1.1.41]中包括破坏性突变。异柠檬酸脱氢酶将异柠檬酸盐转化为2-氧代戊二酸盐。异柠檬酸脱氢酶的破坏(如通过删除异柠檬酸脱氢酶)使得异柠檬酸盐水平增加。
在一些实施例中，本发明的微生物在甘油酸脱氢酶[1.1.1.29]中包括破坏性突变。甘油酸脱氢酶将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐。甘油酸脱氢酶的破坏(如通过删除异柠檬酸脱氢酶)使得乙醛酸盐水平增加。
在一些实施例中，本发明的微生物在乙醇酸脱氢酶[1.1.99.14]中包括破坏性突变。乙醇酸脱氢酶将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐。乙醇酸脱氢酶的破坏(如通过删除乙醇酸脱氢酶)使得乙醛酸盐水平增加。
在一些实施例中，本发明的微生物在醛铁氧还蛋白氧化还原酶[1.2.7.5]中包括破坏性突变。醛铁氧还蛋白氧化还原酶将乙醇酸盐转化为乙醇醛。醛铁氧还蛋白氧化还原酶的破坏(如通过删除醛铁氧还蛋白氧化还原酶)使得乙醇酸盐水平增加。
在一些实施例中，本发明的微生物在醛脱氢酶[1.2.1.3/1.2.3.4/1.2.3.5]中包括破坏性突变。乙醛脱氢酶将乙醇酸盐转化为乙醇醛。醛脱氢酶的破坏(如通过删除醛脱氢酶)使得乙醇酸盐水平增加。
与本发明微生物衍生自的亲本微生物相比，破坏性突变的引入使得本发明的微生物不产生目标产物或基本上不产生目标产物或产生量减少的目标产物。例如，本发明的微生物可以不产生目标产物，或者可以产生比亲本微生物少至少约1％、3％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或95％的目标产物。例如，本发明的微生物可以产生小于约0.001、0.01、0.10、0.30、0.50或1.0g/L的目标产物。
尽管本文提供了酶的示例性序列和来源，但本发明决不局限于这些序列和来源，本发明还包括变体。术语“变体”包含序列不同于参考核酸和蛋白质序列的核酸和蛋白质，如现有技术中公开的或本文举例说明的参考核酸和蛋白质序列。本发明可以使用执行与参考核酸或蛋白质基本相同的功能的变体核酸或蛋白质实践。例如，变体蛋白质可以执行与参考蛋白质基本相同的功能或催化与参考蛋白质基本相同的反应。变体基因可以编码与参考基因相同或基本相同的蛋白质。变体启动子可以具有与参考启动子基本相同的促进一种或多种基因表达的能力。
此类核酸或蛋白质在本文中可称为“功能等效变体”。举例来说，核酸的功能等效变体可以包含等位基因变体、基因片段、突变基因、多态性等。来自其它微生物的同源基因也是功能等效变体的实例。这些基因包含如丙酮丁醇梭菌、贝氏梭菌或永达尔梭菌等物种的同源基因，其详细信息可在如Genbank或NCBI等网站上公开获得。功能等效变体还包含序列由于特定微生物的密码子优化而变化的核酸。核酸的功能等效变体与参考的核酸优选具有至少大约70％、大约80％、大约85％、大约90％、大约95％、大约98％或更高的核酸序列同一性(同源性百分比)。蛋白质的功能等效变体与参考的蛋白质优选具有至少大约70％、大约80％、大约85％、大约90％、大约95％、大约98％或更高的氨基酸同一性(同源性百分比)。可以使用本领域已知的任何方法评估变体核酸或蛋白质的功能等效性。
可以使用本领域已知的任何方法将核酸递送至本发明的微生物。例如，核酸可以以裸露的核酸形式递送，或者可以与一种或多种试剂(如脂质体)一起配制。适当时，核酸可以是DNA、RNA、cDNA或其组合。在某些实施例中可以使用限制性抑制剂。另外的载体可以包含质粒、病毒、噬菌体、粘粒和人工染色体。在优选的实施例中，使用质粒将核酸递送至本发明的微生物。举例来说，转化(包含转导或转染)可以通过电穿孔、超声波处理、聚乙二醇介导的转化、化学或天然感受态、原生质体转化、前噬菌体诱导或缀合来实现。在具有活性限制酶系统的某些实施例中，可能有必要在将核酸引入微生物中之前使核酸甲基化。
此外，可以将核酸设计成包括调控元件(如启动子)以增加或以其它方式控制特定核酸的表达。启动子可以是组成型启动子或诱导型启动子。理想地，启动子是Wood-Ljungdahl途径启动子、铁氧还蛋白启动子、丙酮酸铁氧还蛋白氧化还原酶启动子、Rnf复合操纵子启动子、ATP合酶操纵子启动子或磷酸转乙酰酶/乙酸激酶操纵子启动子。
“底物”是指本发明微生物的碳和/或能量的来源。通常，底物是气态的并且包括C1碳源，例如CO、CO2和/或CH4。优选地，底物包括CO或CO+CO2的C1碳源。底物可以进一步包括其它非碳组分，如H2、N2或电子。然而，在其它实施例中，底物可以是碳水化合物(如糖、淀粉、纤维、木质素、纤维素或半纤维素或其组合)。例如，碳水化合物可以是果糖、半乳糖、葡萄糖、乳糖、麦芽糖、蔗糖、木糖或其的一些组合。在一些实施例中，底物不包括(D)-木糖(Alkim，《微生物细胞工》,14:127,2015)。在一些实施例中，底物不包括戊糖(如木糖)(Pereira，《代谢工程》,34:第80-87页,2016)。在一些实施例中，底物可以包括气态底物和碳水化合物底物(混合营养发酵)。
所述气态底物通常包括至少一定量的CO，如约1、2、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90或100mol％的CO。气态底物可以包括一定范围的CO，如约20-80、30-70或40-60mol％的CO。优选地，气态底物包括约40-70mol％的CO(例如，钢厂或高炉气)、约20-30mol％的CO(例如，碱性氧气炉气)或约15-45mol％的CO(例如，合成气)。在一些实施例中，气态底物可以包含相对较低量的CO，如约1-10或1-20mol％的CO。本发明的微生物通常将气态底物中的至少一部分CO转化为产物。在一些实施例中，底物不包括或基本上不包括(<1mol％)CO。
气态底物可以包括一定量的H2。举例来说，气态底物可以包括约1、2、5、10、15、20或30mol％的H2。在一些实施例中，气态底物可以包括相对较高量的H2，如约60、70、80或90mol％的H2。在其它实施例中，气态底物不包括或基本上不包括(<1mol％)H2。
气态底物可以包括一定量的CO2。举例来说，气态底物可包含约1-80或1-30mol％的CO2。在一些实施例中，气态底物可以包括小于约20、15、10或5mol％的CO2。在另一个实施例中，气态底物不包括或基本上不包括(<1mol％)CO2。
气态底物也可以以替代形式提供。例如，气态底物可以溶解在液体中或吸附在固体载体上。
气态底物和/或C1碳源可以是作为工业过程的副产物或从一些其它来源获得的废气，例如来自汽车废气或生物质气化。在某些实施例中，所述工业过程选自由以下组成的组：黑色金属产品制造(如钢厂制造)、有色金属产品制造、石油精炼、煤气化、电力生产、炭黑生产、氨生产、甲醇生产和焦炭生产。在这些实施例中，气态底物和/或C1碳源可在其被排放到大气中之前使用任何适宜方法从工业工艺中采集。
气态底物和/或C1碳源可以是合成气，如通过煤炭或精炼残余物的气化、生物质或木质纤维素材料的气化或天然气的重整获得的合成气。在另一个实施例中，合成气可以通过城市固体废弃物或工业固体废弃物的气化获得。
气态底物的组成可能对反应的效率和/或成本有显著影响。例如，氧气(O2)的存在可能会降低厌氧发酵过程的效率。取决于底物的组成，可能需要处理、擦洗或过滤所述底物以除去任何不期望的杂质(如毒素、不期望的组分或灰尘颗粒)和/或增加期望组分的浓度。
在某些实施例中，在不存在碳水化合物底物(如糖、淀粉、木质素、纤维素或半纤维素)的情况下执行发酵。
在一些实施例中，CO和H2到乙二醇(MEG)的总能量学优于从葡萄糖到乙二醇的总能量学，如下所示，其中CO和H2的吉布斯自由能(Gibbs free energy)ΔrG'm值越负，表明对乙二醇的驱动力越大。对作为底物的葡萄糖与CO的比较的总反应δG的计算是使用平衡仪(http://equilibrator.weizmann.ac.il/)进行的，平衡仪是用于评估生物系统中途径或途径中的单个步骤的总体可行性的标准方法(Flamholz、E.Noor、A.Bar-Even、R.Milo(2012)，“平衡仪—生化热力学计算器(eQuilibrator-the biochemical thermodynamicscalculator)”，《核酸研究(Nucleic Acids Res)》，40:D770-5；Noor、A.Bar-Even、A.Flamholz、Y.Lubling、D.Davidi、R.Milo(2012)，“结合准确性和覆盖范围的反应的热力学集成开放框架(An integrated open framework for thermodynamics of reactionsthat combines accuracy and coverage)”，《生物信息学(Bioinformatics)》28:2037-2044；Noor、H.S.Haraldsdóttir、R.Milo、R.M.T.Fleming(2013)，“使用分量贡献对吉布斯能量进行一致估计”，《PLoS计算生物学(PLoS Comput Biol)》,9(7):e1003098；Noor、A.Bar-Even、A.Flamholz、E.Reznik、W.Liebermeister、R.Milo(2014)，“路径热力学凸显中枢代谢的动力学障碍(Pathway Thermodynamics Highlights Kinetic Obstacles inCentral Metabolism)”，《PLoS计算生物学(PLoS Comput Biol)》,10(2):e1003483)。计算如下：
Figure BDA0002536886700000331
Figure BDA0002536886700000332
生理条件：
Figure BDA0002536886700000333
Figure BDA0002536886700000334
除了乙二醇、乙醛酸盐和/或乙醇酸盐之外，可以培养本发明的微生物以产生一种或多种副-产物。例如，本发明的微生物可以产生或可以经工程化产生乙醇(WO 2007/117157)、乙酸盐(WO 2007/117157)、丁醇(WO 2008/115080和WO 2012/053905)、丁酸盐(WO2008/115080)、2,3-丁二醇(WO 2009/151342和WO 2016/094334)、乳酸盐(WO 2011/112103)、丁烯(WO 2012/024522)、丁二烯(WO 2012/024522)、甲基乙基酮(2-丁酮)(WO2012/024522和WO 2013/185123)、乙烯(WO 2012/026833)、丙酮(WO 2012/115527)、异丙醇(WO 2012/115527)、脂质(WO 2013/036147)、3-羟基丙酸盐(3-HP)(WO 2013/180581)、异戊二烯(WO 2013/180584)、脂肪酸(WO 2013/191567)、2-丁醇(WO 2013/185123)、1,2-丙二醇(WO 2014/036152)、1-丙醇(WO 2014/0369152)、分支酸盐衍生产物(WO 2016/191625)、3-羟基丁酸盐(WO 2017/066498)和1,3-丁二醇(WO 2017/0066498)。一些实施例中，除了乙二醇，本发明的微生物还产生乙醇、2,3-丁二醇和/或琥珀酸盐。在某些实施例中，微生物生物质本身可以被认为是一种产物。
“天然产物”是由未经过基因修饰的微生物产生的产物。举例来说，乙醇、乙酸盐和2,3-丁二醇是产乙醇梭菌、永达尔梭菌和拉氏梭菌的天然产物。“非天然产物”是由经基因修饰的微生物产生的产物，而不是由经基因修饰的微生物衍生自的未经过基因修饰的微生物产生的产物。众所周知，乙二醇不是由任何天然存在的微生物产生的，因此它是所有微生物的非天然产物。
“选择率”是指所需产物的产量与由微生物产生的全部发酵产物的产量的比率。本发明微生物可以被工程化来以特定选择率或最低选择率产生产物。在一个实施例中，目标产物(如乙二醇)占由本发明微生物产生的所有发酵产物的至少约5％、10％、15％、20％、30％、50％或75％。在一个实施例中，目标产物占由本发明微生物产生的全部发酵产物的至少10％，使得本发明微生物的目标产物选择率为至少10％。在另一个实施例中，目标产物占由本发明微生物产生的全部发酵产物的至少30％，使得本发明微生物的目标产物选择率为至少30％。
通常，培养在生物反应器中进行。术语“生物反应器”包含由一个或多个容器、塔或管道布置组成的培养/发酵装置，如连续搅拌槽反应器(CSTR)、固定化细胞反应器(ICR)、滴流床反应器(TBR)、鼓泡塔、气升式发酵罐、静态混合器或适合气-液接触的其它容器或其它装置。在一些实施例中，生物反应器可包括第一生长反应器和第二培养/发酵反应器。可以向这些反应器中的一个或两个提供底物。如本文所用的，术语“培养”和“发酵”可互换使用。这些术语涵盖培养/发酵过程的生长期和产物生物合成期。
培养通常在含有足以允许微生物生长的营养物、维生素和/或矿物质的水性培养基中维持。优选地，水性培养基是厌氧微生物生长培养基，如基本厌氧微生物生长培养基。合适的培养基是所属领域中众所周知的。
培养/发酵应该理想地在产生目标产物的适当条件下进行。通常，培养/发酵在厌氧条件下进行。要考虑的反应条件包括压力(或分压)、温度、气体流速、液体流速、培养基pH、培养基氧化还原电势、搅拌速率(如果使用连续搅拌槽反应器)、接种物水平、确保液相中的气体不会变成限制因素的最大气体底物浓度和避免产物抑制的最大产物浓度。具体来说，可以控制底物的引入速率来确保液相中的气体的浓度不会变成限制因素，因为在气体限制条件下培养会消耗产物。
在高压下操作生物反应器允许增加气体从气相到液相的传质速率。因此，在高于大气压力的压力下进行培养/发酵通常是优选的。此外，由于给定的气体转化率在某种程度上随底物保留时间而变并且保留时间指示生物反应器的所需体积，所以使用加压系统可以大大减小所需生物反应器的体积，并且因此降低培养/发酵设备的资金成本。这又意味着当在升高的压力而不是大气压力下维持生物反应器时，能够缩短保留时间，保留时间被定义为是生物反应器中的液体体积除以输入气体流速。最佳反应条件将部分取决于所用的特定微生物。然而，一般来说，在高于大气压力的压力下进行发酵是优选的。此外，由于给定的气体转化速率在某种程度上随底物保留时间而变，并且获得所需保留时间又指示生物反应器的所需体积，所以使用加压系统可以大大减小所需生物反应器的体积，并且因此降低发酵设备的资金成本。
在某些实施例中，发酵在没有光的情况下或在不足以满足光合微生物的能量需求的光量存在下进行。在某些实施例中，本发明的微生物是非光合微生物。
本发明的方法可以进一步包括从发酵液中分离乙二醇。可以使用本领域已知的任何方法或方法组合从发酵液中分离或纯化乙二醇，包含例如蒸馏、模拟移动床过程、膜处理、蒸发、渗透蒸发、气提、相分离、离子交换或萃取发酵(包含例如液-液萃取)。在一个实施例中，乙二醇可以使用反渗透和/或渗透蒸发从发酵液中浓缩(US 5,552,023)。可以通过蒸馏除去水，然后可以使用蒸馏或真空蒸馏回收底部产物(含有高比例的乙二醇)，以产生高纯度的乙二醇流。或者，在通过反渗透和/或渗透蒸发浓缩或不浓缩的情况下，乙二醇可以通过与醛的反应蒸馏(Atul，《化学工程学(Chem Eng Sci)》,59:第2881-2890页,2004)或使用烃的共沸蒸馏(US 2,218,234)进一步纯化。在另一种方法中，乙二醇可以从水性溶液中捕集在活性炭或聚合物吸收剂(使用或不使用反渗透和/或渗透蒸发)上，并使用低沸点有机溶剂回收(Chinn，《通过可再生吸附到活性炭上从稀水溶液中回收乙二醇、糖和相关的多OH化合物(Recovery of Glycols,Sugars,and Related Multiple-OH Compounds fromDilute-Aqueous Solution by Regenerable Adsorption onto Activated Carbons)》，加利福尼亚大学伯克利分校，1999)。然后可以通过蒸馏从有机溶剂中回收乙二醇。在某些实施例中，通过从生物反应器中连续去除发酵液的一部分、从发酵液中分离微生物细胞(宜通过过滤)、并从发酵液中回收乙二醇从发酵液中回收乙二醇。还可以从发酵液中分离或纯化出副产物(如醇或酸)。可例如通过蒸馏回收酒精。可例如通过吸附于活性炭回收酸类。在某些实施例中，可将分离的微生物细胞返回生物反应器。去除目标产物后剩余的无细胞渗透物也优选全部或部分返回生物反应器。可将另外的营养物(如维生素B)添加到无细胞渗透物中来补给培养基，随后使其返回到生物反应器。
已证明有多种从含水介质中回收二醇的方法。已使用模拟移动床(SMB)技术从乙醇和相关含氧化合物的含水混合物中回收2,3-丁二醇(美国专利8,658.845)。反应性分离也被证明能有效回收二醇。在一些实施例中，通过含二醇物流与醛的反应、二醇的分馏和再生、最终分馏以回收浓缩的二醇物流来进行乙二醇的回收。参见例如美国专利7,951,980。
本发明提供了包括由微生物产生并且根据本文所述方法产生的乙二醇的组合物。例如，包括乙二醇的组合物可以是防冻剂、防腐剂、脱水剂或钻井液。
本发明还提供了包括由微生物产生并且根据本文所述方法产生的乙二醇的聚合物。这种聚合物可以是例如均聚物，如聚乙二醇或共聚物(如聚对苯二甲酸乙二醇酯)。这些聚合物的合成方法在本领域中是众所周知的。参见例如Herzberger等人，《化学评论(ChemRev.)》,116(4):第2170-2243页(2016)和Xiao等人，《工业与工程化学研究(Ind Eng ChemRes.)》,54(22):第5862-5869页(2015)。
本发明进一步提供了包括聚合物的组合物，所述聚合物包括由微生物产生并且根据本文所述方法产生的乙二醇。例如，所述组合物可以是纤维、树脂、薄膜或塑料。
实例
下列实例进一步说明了本发明，但是，当然，不应该解释为以任何方式限制本发明的范围。
实例1：构建包括枯草芽孢杆菌柠檬酸合酶、大肠杆菌异柠檬酸裂解酶和氧化葡萄糖酸杆菌乙醇酸脱氢酶的异源性表达载体以在产乙醇梭菌中从CO和/或CO2和H2产生乙二醇
编码来自枯草芽孢杆菌(citZ；SEQ ID NO:1-2)的柠檬酸合酶、来自大肠杆菌(icl；SEQ ID NO:11-12)的异柠檬酸裂解酶和来自氧化葡萄糖酸杆菌(aldA1；SEQ ID NO:55-56)的乙醇酸脱氢酶的基因是密码子适应的，并且是合成的以在产乙醇梭菌中表达。使用标准的BsaI金门(golden gate)克隆试剂盒(新英格兰生物实验室(New EnglandBiolabs)，伊普斯威奇，马萨诸塞州)将适应的基因克隆到表达穿梭载体pIPL12中。pIPL12包括大肠杆菌和产乙醇梭菌的复制起点，使其能够复制并且被维持在两个物种中；pIPL12在大多数梭菌中也起作用。pIPL12还包括向红霉素/克拉霉素赋予用于阳性选择的抗性的23S rRNA(腺嘌呤(2058)-N(6))-甲基转移酶Erm(B)、用于自大肠杆菌的结合转移的TraJ和用于异源性基因的表达的启动子。见图2A。将citZ、icl和aldA1克隆到pIPL12中产生的表达载体在本文中称为pMEG042(图2B)。
表2：用于构建pMEG042表达载体的寡核苷酸
Figure BDA0002536886700000381
通过缀合将pMEG042构建体转化到产乙醇梭菌中。表达载体首先通过标准的热激转化被引入缀合供体菌株大肠杆菌HB101+R702(CA434)(Williams等人，1990)(供体)。将供体细胞在37℃的SOC培养基中恢复1h，然后铺板到包括100μg/mL壮观霉素和500μg/mL红霉素的LB培养基平板上，并在37℃孵育过夜。第二天，将包含100μg/mL大观霉素和500μg/mL红霉素的5mL LB等分试样与几个供体菌落接种，并在37℃孵育，振荡约4小时或直到培养物明显致密但尚未进入固定相。通过在4000rpm和20-25℃下离心2分钟收获1.5mL供体培养物，弃去上清液。将供体细胞轻轻重悬于500μL无菌PBS缓冲液中，在4000rpm下离心2分钟，弃去PBS上清液。
将沉淀物引入厌氧室，并在产乙醇梭菌培养物(受体)的后期指数阶段轻轻重悬于200μL中。产乙醇梭菌DSM10061和DSM23693(DSM10061的衍生物)从DSMZ(德国微生物和细胞培养物保藏中心(The German Collection of Microorganisms and Cell Cultures),Inhoffenstraβe 7 B,38124布伦瑞克(Braunschweig)，德国(Germany))获得。使用标准厌氧技术(Hungate 1969；Wolfe 1971)使菌株在37℃下在pH 5.6的PETC培养基(参见美国专利第9,738,875号)中生长。
将缀合混合物(供体和受体细胞的混合物)点样到PETC-MES+果糖琼脂平板上，使其干燥。当斑点不再明显湿润时，将平板引入压力罐中，用合成气(50％CO、10％N2、30％CO2、10％H2)加压至25-30psi，并在37℃下孵育约24小时。然后通过使用10μL接种环温和刮除将接合混合物从平板上移除。将除去的混合物悬浮在200-300μL PETC培养基中。将缀合混合物的100μL等份试样铺板到补充了5μg/mL克拉霉素的PETC培养基琼脂平板上，以选择携带质粒的转化体。
将携带pMEG042质粒的三个不同的产乙醇梭菌菌落接种到2mL含有5μg/mL克拉霉素的PETC-MES培养基中，并在37℃下用50％CO、10％N2、30％CO2、10％H2和100rpm的轨道振荡自养生长三天。将培养物用血清瓶中的5μg/mL克拉霉素稀释至OD600为0.05(在10mLPETC-MES培养基中)，在37℃下用50％CO、10％N2、30％CO2、10％H2和100rpm轨道振荡自养生长长达20天，每天取样以测量生物质和代谢物(图3A和3B)。使用气相色谱质谱(GC-MS)测量乙二醇的产量，使用高效液相色谱(HPLC)测量其它代谢物，如下所述。
乙二醇浓度用配备有安捷伦(Agilent)VF-WAXms柱(15m×0.25μm×0.25μm)和RSH自动进样器的赛默飞世尔(Thermo Scientific)ISQ LT GCMS测量。通过用200μL甲醇稀释200μL发酵液制备样品。将样品涡旋，然后在14,000rpm下离心3分钟；将200μL上清液转移到带有称垫的玻璃瓶中。将样品转移至自动进样器中，使用1.0μL进样、5:1的分流比和240℃的入口温度进行分析。色谱使用80℃的烤箱程序进行，保持0.5分钟，以10℃/分钟的斜升升至150℃，以25℃/分钟的斜升升至220℃，最后保持3分钟。柱流速为4.0毫升/分钟，保持0.5分钟，然后使用氦气作为载气以100毫升/分钟的速度降到1.5毫升/分钟。MS离子源保持在260℃，传输线设置为240℃。使用线性外部标准校准进行定量，使用33.0m/z作为定量峰，使用31.0+62.0m/z作为确认峰。
乙醇、乙酸盐、2,3-丁二醇、乙醛酸盐和乙醇酸盐的浓度通过HPLC使用折光率(RI)检测在35℃下在安捷伦1260 Infinity LC上测定。样品是通过在80℃下加热5分钟，然后在14,000rpm下离心3分钟制备的；将上清液转移到玻璃瓶中进行分析。在等度条件下使用5mM硫酸流动相在0.7毫升/分钟和35℃下将10μL注射液注入到Phenomenex RezexTM ROA-有机酸氢+(8％)柱(300mm×7.8mm×8μm)中进行分离。
在大约3天的自养生长后，观察到了乙二醇前体乙醇酸盐，10天后，观察到了乙二醇的产生(图3B)。
实例2：构建包括硫牛磺酸栖沉积物菌丙氨酸-乙醛酸转氨酶和荧光假单胞菌醛脱氢酶的异源性表达载体以在产乙醇梭菌中从CO和/或CO2和H2产生乙二醇
编码来自硫牛磺酸栖沉积物菌(pucG；SEQ ID NO:15-16)的丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶和来自荧光假单胞菌Q8r1-96(aldA1；SEQ ID NO:57-58)的醛脱氢酶的基因是密码子适应的，并且是合成的以在产乙醇梭菌中表达。将密码子适应的基因克隆到pIPL12中(图2A)，并将得到的表达载体pMEG058引入到产乙醇梭菌中，如实例1中所述。参见图2C。
表3：用于构建pMEG058表达载体的寡核苷酸
Figure BDA0002536886700000401
将携带pMEG058质粒的两个不同的产乙醇梭菌菌落接种到2mL含有5μg/mL克拉霉素的PETC-MES培养基中，并使其自养生长，如实例1所述。见图4A。在大约3天的自养生长后，观察到了乙醇酸盐，8天后观察到了乙二醇的产生(图4B)。
实例3：构建包括硫牛磺酸栖沉积物菌丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶和氧化葡萄糖酸杆菌乙醛酸脱氢酶的异源性表达载体以在产乙醇梭菌中从CO和/或CO2和H2产生乙二醇
编码来自硫牛磺酸栖沉积物菌(pucG；SEQ ID NO:15-16)的丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶和来自氧化葡萄糖酸杆菌(aldA1；SEQ ID NO:55-56)的乙醇酸脱氢酶的基因是密码子适应的，并且是合成的以在产乙醇梭菌中表达。将密码子适应的基因克隆到pIPL12中(图2A)，并将得到的表达载体pMEG059引入到产乙醇梭菌中，如实例1中所述。参见图2D。
表4：用于构建pMEG059表达载体的寡核苷酸。
Figure BDA0002536886700000411
将携带pMEG059质粒的两个不同的产乙醇梭菌菌落接种到2mL含有5μg/mL克拉霉素的PETC-MES培养基中并使其自养生长，如实例1所述。参见图5A。在大约3天的自养生长后，观察到了乙醇酸盐，10天后，观察到了乙二醇的产生(图5B)。
实例4：构建包括丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶和醛脱氢酶的异源性表达载体以在产乙醇梭菌中从CO和/或CO2和H2产生乙二醇
编码来自尿酸梭菌(SgA；SEQ ID NO:19,20)的V类氨基转移酶和来自荧光假单胞菌Q8r1-96(aldA1；SEQ ID NO:57-58)的醛脱氢酶的基因是密码子适应的，并且是合成的以在产乙醇梭菌中表达。将密码子适应的基因克隆到pIPL12中(图2A)，并且将所得载体pMEG061引入到产乙醇梭菌中，如实例1中所述。见图2E。
表5：用于构建pMEG061表达载体的寡核苷酸
Figure BDA0002536886700000412
Figure BDA0002536886700000421
将携带pMEG061质粒的三个不同的产乙醇梭菌菌落接种到2mL含5μg/mL克拉霉素的PETC-MES培养基中，并使其自养生长，如实例1所述。参见图6A。自养生长约3天后，观察到了乙醇酸盐，并且在16天后，观察到了乙二醇的产生(图6B)。
实例5：对获得乙二醇的不同途径的最大产率的建模
利用了产乙醇梭菌的基因组级代谢模型(如Marcellin，《绿色化学(GreenChem)》,18:第3020-3028页,2016中描述的模型)来预测获得乙二醇的不同途径的最大产量。将异源性代谢反应添加到野生型产乙醇梭菌模型结构中，以表示非天然化合物生产途径的结合。尽管本文所述的用于实验工作的模型是基于产乙醇梭菌，但由于代谢相似，因此可以合理地预期结果也适用于其它Wood-Ljungdahl微生物。
使用基于限制的计算建模技术通量平衡分析(FBA)和代谢调节的线性最小化(LMOMA)(Maia，《GECCO'17遗传和进化计算会议论文集(Proceedings of the Genetic andEvolutionary Computation Conference Companion on–GECCO'17)》,纽约,纽约州,ACM出版社(ACM Press),第1661-1668页,2017)利用cobrapy版本0.8.2(Ebrahim.，COBRApy：“基于限制的Python重构和分析(COnstraints-Based Reconstruction and Analysis forPython)”，《BMC系统生物学(BMC Syst Biol)》,7:74,2013)模拟乙二醇生产，并且使用optlang版本1.2.3(Jensen，Optlang：“用于数学优化的代数建模语言(AlgebraicModeling Language for Mathematical Optimization)”，《开源软件杂志(The Journalof Open Source Software)》,2,doi:10.21105/joss.00139,2017)作为求解器接口，使用Gurobi Optimizer版本7.0.2作为优化求解器。
模拟显示，通过本文实例1-4中所述的途径获得的预测产率为0.37mol乙二醇/molCO。这是Islam等人(《代谢工程》,41:第173-181页,2017)描述的需要糖异生的假设途径的预测产量的两倍以上，发现最高的预测产量为约0.44g乙二醇/g CO，等于约0.18mol乙二醇/mol CO。
本文引用的所有参考文献(包含出版物、专利申请和专利)均通过引用的方式并入本文，其程度如同每篇参考文献被单独并且具体地指出通过引用的方式并入并且在本文中被整体阐述。本说明书中对任何现有技术的提及不是该被理解为承认该现有技术形成任何国家的研究领结构域中的公知常识的一部分。
除非本文中另有所指或明显与上下文相矛盾，否则在描述本发明的上下文中(特别是在以下权利要求的上下文中)使用的术语“一个/一种(a/an)”和“所述(the)”以及类似的指代词应被解释为涵盖单数和复数两者。除非另外指出，否则术语“包括”、“具有”、“包含”和“含有”应解释为开放式术语(即，意味着“包含但不限于”)。术语“基本上由……组成”将组合物、工艺或方法的范围限制在特定的材料或步骤，或者限制在那些对组合物、工艺或方法的基本和新颖特性没有实质性影响的材料或步骤。替代方案(例如，“或”)的使用应该理解为意指替代方案中的一个、两个或其任何组合。如本文中所使用的，术语“约”是指所指定范围、值或结构的±20％，除非另外指明。
除非在此另外指示，否则在此叙述的数值范围仅仅旨在充当单独地提及每个落入该范围内的单独数值的简写方法，并且将每个单独值并入说明书中，就如同单独在本文中对其进行叙述一样。例如，本文中提供的任何浓度范围、百分比范围、比值范围、整数范围、尺寸范围或厚度范围应被理解为包含所陈述范围内的任何整数的值并且在适当的情况下包含其分数(如整数的十分之一和百分之一)，除非另外指明。
在此描述的所有方法能以任何适合的顺序进行，除非在此另外指示或明显地与上下文矛盾。在此提供的任何和所有实例或示例性语言(例如，“如”)的使用仅旨在更好地描述本发明并且不对本发明的范围构成限制，除非另外指示。说明书中的任何语言都不应当解释为指示任何未要求保护的要素为实践本发明所必需的。
本文描述了本发明的优选实施例。那些优选实施例的变型在本领域普通技术人员阅读了以上说明之后将变得清楚。诸位发明人预期技术人员在适当时采用这些变化，并且诸位发明人意图使本发明以与本文具体描述的方式不同的方式来进行实践。因此，在适用法律允许的情况下，本发明包含对所附权利要求书所叙述的标的物的所有修改和等效物。此外，除非本文另有说明或者与上下文明显矛盾，否则本发明涵盖上述要素在其所有可能变化中的任何组合。
序列表
<110> 朗泽科技有限公司（LanzaTech, Inc.）
<120> 用于生物产生乙二醇的微生物和方法
<130> LT133WO1
<150> US 62/607,446
<151> 2017-12-19
<150> US 62/683,454
<151> 2018-06-11
<160> 82
<170> PatentIn版本3.5
<210> 1
<211> 1101
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 1
atggtacatt atggattaaa gggaataact tgtgtagaaa cttctatatc tcatatagat 60
ggagaaaagg gaaggcttat atacagagga catcatgcta aggacatagc actaaatcat 120
agctttgaag aggctgctta tttaatctta tttggaaagc tcccaagtac agaagagctt 180
caagtcttca aagacaaatt ggcagcagaa agaaatttac cagaacatat agaaagactt 240
attcaatcct taccaaataa tatggatgat atgtcagttt taagaactgt tgtaagtgca 300
cttggtgaaa atacctatac atttcatcct aaaacagaag aggctataag acttatagca 360
ataactcctt ccataattgc ttatagaaaa agatggacaa gaggtgaaca agcaatagca 420
ccatcatcac aatatggaca tgttgaaaat tattattaca tgcttacagg agaacagcct 480
agtgaggcta agaaaaaagc acttgaaacc tatatgatat tagctacaga acatggcatg 540
aatgcttcta ctttttctgc aagagtaact ttaagcactg aatcagattt agtatcagca 600
gtaacagcag cattaggtac tatgaaggga ccactacatg gcggcgctcc ctctgcagtt 660
acaaagatgt tagaagacat aggagaaaag gaacatgcag aggcttatct aaaagaaaaa 720
cttgaaaagg gagagagact catgggtttt ggacatagag tatacaagac taaagatcct 780
agagcagaag cattaagaca aaaggcagaa gaagtggcag gaaatgatag agatcttgat 840
cttgcattgc acgttgaagc agaggctata agattacttg aaatatataa accaggaaga 900
aaactttata ctaatgttga attttatgca gctgctgtta tgagggctat agactttgac 960
gatgaattat ttactcctac tttttccgct tctcgtatgg ttggatggtg tgcgcatgtg 1020
cttgaacagg cagagaataa catgattttt agaccatctg cacaatatac aggtgctatc 1080
ccagaagaag tactttctta a 1101
<210> 2
<211> 366
<212> PRT
<213> 枯草芽抱杆菌（Bacillus subtilis）
<400> 2
Met Val His Tyr Gly Leu Lys Gly Ile Thr Cys Val Glu Thr Ser Ile
1 5 10 15
Ser His Ile Asp Gly Glu Lys Gly Arg Leu Ile Tyr Arg Gly His His
20 25 30
Ala Lys Asp Ile Ala Leu Asn His Ser Phe Glu Glu Ala Ala Tyr Leu
35 40 45
Ile Leu Phe Gly Lys Leu Pro Ser Thr Glu Glu Leu Gln Val Phe Lys
50 55 60
Asp Lys Leu Ala Ala Glu Arg Asn Leu Pro Glu His Ile Glu Arg Leu
65 70 75 80
Ile Gln Ser Leu Pro Asn Asn Met Asp Asp Met Ser Val Leu Arg Thr
85 90 95
Val Val Ser Ala Leu Gly Glu Asn Thr Tyr Thr Phe His Pro Lys Thr
100 105 110
Glu Glu Ala Ile Arg Leu Ile Ala Ile Thr Pro Ser Ile Ile Ala Tyr
115 120 125
Arg Lys Arg Trp Thr Arg Gly Glu Gln Ala Ile Ala Pro Ser Ser Gln
130 135 140
Tyr Gly His Val Glu Asn Tyr Tyr Tyr Met Leu Thr Gly Glu Gln Pro
145 150 155 160
Ser Glu Ala Lys Lys Lys Ala Leu Glu Thr Tyr Met Ile Leu Ala Thr
165 170 175
Glu His Gly Met Asn Ala Ser Thr Phe Ser Ala Arg Val Thr Leu Ser
180 185 190
Thr Glu Ser Asp Leu Val Ser Ala Val Thr Ala Ala Leu Gly Thr Met
195 200 205
Lys Gly Pro Leu His Gly Gly Ala Pro Ser Ala Val Thr Lys Met Leu
210 215 220
Glu Asp Ile Gly Glu Lys Glu His Ala Glu Ala Tyr Leu Lys Glu Lys
225 230 235 240
Leu Glu Lys Gly Glu Arg Leu Met Gly Phe Gly His Arg Val Tyr Lys
245 250 255
Thr Lys Asp Pro Arg Ala Glu Ala Leu Arg Gln Lys Ala Glu Glu Val
260 265 270
Ala Gly Asn Asp Arg Asp Leu Asp Leu Ala Leu His Val Glu Ala Glu
275 280 285
Ala Ile Arg Leu Leu Glu Ile Tyr Lys Pro Gly Arg Lys Leu Tyr Thr
290 295 300
Asn Val Glu Phe Tyr Ala Ala Ala Val Met Arg Ala Ile Asp Phe Asp
305 310 315 320
Asp Glu Leu Phe Thr Pro Thr Phe Ser Ala Ser Arg Met Val Gly Trp
325 330 335
Cys Ala His Val Leu Glu Gln Ala Glu Asn Asn Met Ile Phe Arg Pro
340 345 350
Ser Ala Gln Tyr Thr Gly Ala Ile Pro Glu Glu Val Leu Ser
355 360 365
<210> 3
<211> 1362
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 3
atgaaaaaat gttcttacga ctataaatta aataatgtaa atgatcctaa cttctataaa 60
gatatattcc cttatgaaga agtacctaaa atagtattta ataatattca attaccaatg 120
gatctgcctg ataacatata cataactgat actaccttcc gtgatggaca acaatcaatg 180
cctccttata caagtagaga aatagtaagg atttttgatt atttgcatga attagacaac 240
aattcaggaa taataaaaca aacagaattt tttttatata ccaaaaaaga tagaaaagca 300
gctgaagttt gtatggaaag aggatacgag ttccctgaag ttacttcttg gattagggca 360
gataaagagg acttaaaatt agttaaggat atgggcataa aggaaacagg tatgttaatg 420
agttgttcag actatcacat atttaagaaa ttaaaaatga caagaaaaga gacaatggat 480
atgtatcttg atttagctag agaggctcta aataatggta ttagacctag atgtcattta 540
gaagatatta caagagcaga tttttatgga tttgtagtac cttttgtaaa tgaacttatg 600
aaaatgagca aagaggcaaa catcccaata aaaataaggg cttgtgatac tcttggatta 660
ggggtacctt ataatggagt tgaaatacca agatctgtac agggaataat tcatggtttg 720
agaaacatat gtgaagttcc ttctgaatct attgaatggc atggacataa tgatttctat 780
ggagtagtaa ctaactcctc cacggcatgg ctatatggag caagcagcat aaacacttcc 840
ttcttgggaa taggagaaag aacaggaaac tgtccacttg aagcaatgat atttgaatat 900
gctcaaataa aaggaaatac taaaaatatg aaacttcatg taataacgga gcttgctcaa 960
tattttgaaa aggaaataaa atattctgta cctgttagaa ctccttttgt tggaactgat 1020
tttaatgtaa caagggctgg catacatgca gatggtatcc taaaagatga agaaatatat 1080
aatatttttg atacagataa gatactggga aggcctgtag tagtagctgt ttcccagtat 1140
tcaggaaggg ctggaatagc agcatgggtg aacacttatt ataggcttaa agatgaagat 1200
aaagttaata aaaatgacag cagaatagat caaattaaaa tgtgggtaga tgagcaatac 1260
cgcgctggta ggacatcagt aattggaaac aatgaactag aacttttagt ttcaaaagta 1320
atgccagaag taatagaaaa aacagaagaa agggcttctt aa 1362
<210> 4
<211> 453
<212> PRT
<213> 科氏梭菌（Clostridium kluyveri）
<400> 4
Met Lys Lys Cys Ser Tyr Asp Tyr Lys Leu Asn Asn Val Asn Asp Pro
1 5 10 15
Asn Phe Tyr Lys Asp Ile Phe Pro Tyr Glu Glu Val Pro Lys Ile Val
20 25 30
Phe Asn Asn Ile Gln Leu Pro Met Asp Leu Pro Asp Asn Ile Tyr Ile
35 40 45
Thr Asp Thr Thr Phe Arg Asp Gly Gln Gln Ser Met Pro Pro Tyr Thr
50 55 60
Ser Arg Glu Ile Val Arg Ile Phe Asp Tyr Leu His Glu Leu Asp Asn
65 70 75 80
Asn Ser Gly Ile Ile Lys Gln Thr Glu Phe Phe Leu Tyr Thr Lys Lys
85 90 95
Asp Arg Lys Ala Ala Glu Val Cys Met Glu Arg Gly Tyr Glu Phe Pro
100 105 110
Glu Val Thr Ser Trp Ile Arg Ala Asp Lys Glu Asp Leu Lys Leu Val
115 120 125
Lys Asp Met Gly Ile Lys Glu Thr Gly Met Leu Met Ser Cys Ser Asp
130 135 140
Tyr His Ile Phe Lys Lys Leu Lys Met Thr Arg Lys Glu Thr Met Asp
145 150 155 160
Met Tyr Leu Asp Leu Ala Arg Glu Ala Leu Asn Asn Gly Ile Arg Pro
165 170 175
Arg Cys His Leu Glu Asp Ile Thr Arg Ala Asp Phe Tyr Gly Phe Val
180 185 190
Val Pro Phe Val Asn Glu Leu Met Lys Met Ser Lys Glu Ala Asn Ile
195 200 205
Pro Ile Lys Ile Arg Ala Cys Asp Thr Leu Gly Leu Gly Val Pro Tyr
210 215 220
Asn Gly Val Glu Ile Pro Arg Ser Val Gln Gly Ile Ile His Gly Leu
225 230 235 240
Arg Asn Ile Cys Glu Val Pro Ser Glu Ser Ile Glu Trp His Gly His
245 250 255
Asn Asp Phe Tyr Gly Val Val Thr Asn Ser Ser Thr Ala Trp Leu Tyr
260 265 270
Gly Ala Ser Ser Ile Asn Thr Ser Phe Leu Gly Ile Gly Glu Arg Thr
275 280 285
Gly Asn Cys Pro Leu Glu Ala Met Ile Phe Glu Tyr Ala Gln Ile Lys
290 295 300
Gly Asn Thr Lys Asn Met Lys Leu His Val Ile Thr Glu Leu Ala Gln
305 310 315 320
Tyr Phe Glu Lys Glu Ile Lys Tyr Ser Val Pro Val Arg Thr Pro Phe
325 330 335
Val Gly Thr Asp Phe Asn Val Thr Arg Ala Gly Ile His Ala Asp Gly
340 345 350
Ile Leu Lys Asp Glu Glu Ile Tyr Asn Ile Phe Asp Thr Asp Lys Ile
355 360 365
Leu Gly Arg Pro Val Val Val Ala Val Ser Gln Tyr Ser Gly Arg Ala
370 375 380
Gly Ile Ala Ala Trp Val Asn Thr Tyr Tyr Arg Leu Lys Asp Glu Asp
385 390 395 400
Lys Val Asn Lys Asn Asp Ser Arg Ile Asp Gln Ile Lys Met Trp Val
405 410 415
Asp Glu Gln Tyr Arg Ala Gly Arg Thr Ser Val Ile Gly Asn Asn Glu
420 425 430
Leu Glu Leu Leu Val Ser Lys Val Met Pro Glu Val Ile Glu Lys Thr
435 440 445
Glu Glu Arg Ala Ser
450
<210> 5
<211> 1359
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 5
atgtcaataa acaacatagg tccttttact aaatcccact tagatatgtg tattaaaaac 60
aattcaattg atgatgcctt gtatgaaaag tatggagtaa agagatcact tagagatctt 120
aatggtattg gaataaatgc tgggataaca aatgtcagtt tgtcaaagtc ttttactaca 180
gatgaaaatg gtaacagagt accttgtgca ggagagttat attatagagg atacgagatt 240
catgatctta taaagggatt ttttttggac aatagatttg gatttgagga atgtacttat 300
ttgttacttt ttggcgtact tcctgacgaa aaagaacttc aaaatttcaa acaagtctta 360
aatatctctt acgatttacc tcatcatttt atacaagatg ttataatgaa atctcctaca 420
gcagacataa tagctaatat gactaaatcc acgcttgcac taggttccta tgataaaaag 480
atgggagata actcacttga aaatgtcctt caacaatgta ttcaattaat atctatgttt 540
ccaaggcttg ctgtatactc ctatcagggt tatagacatt atgaattagg taaatcttgc 600
tatatacaca aacctcttcc agaattaagt tttgcagaaa atatattatc aactcttaga 660
tcaaatagaa aatatacaag attggaagca agagtacttg atcttgccct agttttacac 720
atggaacatg gcggcggctc aaattctact tttactacaa gggtagttac ttcatcagga 780
agtgatacgt atgcaactat ggcagcagca ttatgttcat taaaaggacc tttaaatggc 840
ggcggcgatt atcaagtaat gggtatgatg aagaatataa gagataatgt aagtgatata 900
actgacgaag aagaagttgg tgaatatatt agaaaaattg taaaccgtga agcgtatgat 960
aaaacaggaa tagtatacgg aatgggtcat ccattctata gcatatctga cccaagggct 1020
ttagagttca agaaatatgt aaaattactt gcagcagaaa aaggaatgga tgaagaatat 1080
gcattatatg aaatgataga aaggattgca ccagaaatta tcgcagaaga aaggaagata 1140
tataaaggag tatgtattaa tatagattat tattctggtt tgctttataa aatgttaaag 1200
atcccagcag agatgtttac tccattattt gctattgcca gagttgtagg atggtcggca 1260
catagaatgg aagaacttgt aaattcttac aaaatcataa gacctgctta tacatctata 1320
gcagagataa aggaatacgt acctataaat gaaagataa 1359
<210> 6
<211> 452
<212> PRT
<213> 梭菌属（Clostridium sp.）L2-50
<400> 6
Met Ser Ile Asn Asn Ile Gly Pro Phe Thr Lys Ser His Leu Asp Met
1 5 10 15
Cys Ile Lys Asn Asn Ser Ile Asp Asp Ala Leu Tyr Glu Lys Tyr Gly
20 25 30
Val Lys Arg Ser Leu Arg Asp Leu Asn Gly Ile Gly Ile Asn Ala Gly
35 40 45
Ile Thr Asn Val Ser Leu Ser Lys Ser Phe Thr Thr Asp Glu Asn Gly
50 55 60
Asn Arg Val Pro Cys Ala Gly Glu Leu Tyr Tyr Arg Gly Tyr Glu Ile
65 70 75 80
His Asp Leu Ile Lys Gly Phe Phe Leu Asp Asn Arg Phe Gly Phe Glu
85 90 95
Glu Cys Thr Tyr Leu Leu Leu Phe Gly Val Leu Pro Asp Glu Lys Glu
100 105 110
Leu Gln Asn Phe Lys Gln Val Leu Asn Ile Ser Tyr Asp Leu Pro His
115 120 125
His Phe Ile Gln Asp Val Ile Met Lys Ser Pro Thr Ala Asp Ile Ile
130 135 140
Ala Asn Met Thr Lys Ser Thr Leu Ala Leu Gly Ser Tyr Asp Lys Lys
145 150 155 160
Met Gly Asp Asn Ser Leu Glu Asn Val Leu Gln Gln Cys Ile Gln Leu
165 170 175
Ile Ser Met Phe Pro Arg Leu Ala Val Tyr Ser Tyr Gln Gly Tyr Arg
180 185 190
His Tyr Glu Leu Gly Lys Ser Cys Tyr Ile His Lys Pro Leu Pro Glu
195 200 205
Leu Ser Phe Ala Glu Asn Ile Leu Ser Thr Leu Arg Ser Asn Arg Lys
210 215 220
Tyr Thr Arg Leu Glu Ala Arg Val Leu Asp Leu Ala Leu Val Leu His
225 230 235 240
Met Glu His Gly Gly Gly Ser Asn Ser Thr Phe Thr Thr Arg Val Val
245 250 255
Thr Ser Ser Gly Ser Asp Thr Tyr Ala Thr Met Ala Ala Ala Leu Cys
260 265 270
Ser Leu Lys Gly Pro Leu Asn Gly Gly Gly Asp Tyr Gln Val Met Gly
275 280 285
Met Met Lys Asn Ile Arg Asp Asn Val Ser Asp Ile Thr Asp Glu Glu
290 295 300
Glu Val Gly Glu Tyr Ile Arg Lys Ile Val Asn Arg Glu Ala Tyr Asp
305 310 315 320
Lys Thr Gly Ile Val Tyr Gly Met Gly His Pro Phe Tyr Ser Ile Ser
325 330 335
Asp Pro Arg Ala Leu Glu Phe Lys Lys Tyr Val Lys Leu Leu Ala Ala
340 345 350
Glu Lys Gly Met Asp Glu Glu Tyr Ala Leu Tyr Glu Met Ile Glu Arg
355 360 365
Ile Ala Pro Glu Ile Ile Ala Glu Glu Arg Lys Ile Tyr Lys Gly Val
370 375 380
Cys Ile Asn Ile Asp Tyr Tyr Ser Gly Leu Leu Tyr Lys Met Leu Lys
385 390 395 400
Ile Pro Ala Glu Met Phe Thr Pro Leu Phe Ala Ile Ala Arg Val Val
405 410 415
Gly Trp Ser Ala His Arg Met Glu Glu Leu Val Asn Ser Tyr Lys Ile
420 425 430
Ile Arg Pro Ala Tyr Thr Ser Ile Ala Glu Ile Lys Glu Tyr Val Pro
435 440 445
Ile Asn Glu Arg
450
<210> 7
<211> 1119
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 7
atgacagcaa caaggggcct tgaaggggta gtagcgacta ctagtagtgt aagttcaatt 60
atagatgata ctttgactta tgttggatat gatatagatg atcttacgga aaatgcaagc 120
tttgaagaaa taatatattt attgtggcat ttgagattac caaacaaaaa ggaattagaa 180
gaattaaaac aacaattagc caaagaggca gctgttcctc aggaaataat agaacatttc 240
aaatcctata gcttagaaaa tgttcatcct atggctgcac ttagaactgc tatatccctc 300
ttaggtcttt tggattctga ggcagatact atgaatccag aggctaacta tagaaaagca 360
ataagattac aggctaaagt cccaggatta gttgcagcat tttcaagaat acgaaaagga 420
ttagaaccag tagagccaag agaagattac ggaatagcag agaatttttt gtatactttg 480
aatggcgaag agcctagtcc aatagaagtt gaagcattta ataaagcact tatacttcat 540
gctgaccatg aacttaacgc atctacattt acagctagag tttgtgtagc cactctttct 600
gatatttatt ccggcattac tgctgcaatt ggggctctta agggacctct acatggcggc 660
gccaacgagg gtgtaatgaa gatgttaaca gagattggag aggttgaaaa tgctgaacct 720
tatataagag ccaaacttga aaaaaaggaa aaaataatgg gatttggtca tagagtatac 780
aaacatggag atcctagagc aaaacatctt aaagaaatgt caaagagact tacaaattta 840
acaggtgaat caaaatggta tgaaatgagt attcgtattg aagatatagt tacgtcagag 900
aagaaacttc cccctaatgt agatttttac agtgcatctg tttatcattc gcttggaatc 960
gatcacgatt tatttacgcc tatatttgct gtaagtagaa tgagcggatg gttagctcat 1020
attctcgaac agtacgacaa taacagactt ataagaccac gtgctgatta tacaggtcct 1080
gacaaacaaa aatttgtacc tatagaagaa agagcataa 1119
<210> 8
<211> 372
<212> PRT
<213> 枯草芽抱杆菌（Bacillus subtilis）
<400> 8
Met Thr Ala Thr Arg Gly Leu Glu Gly Val Val Ala Thr Thr Ser Ser
1 5 10 15
Val Ser Ser Ile Ile Asp Asp Thr Leu Thr Tyr Val Gly Tyr Asp Ile
20 25 30
Asp Asp Leu Thr Glu Asn Ala Ser Phe Glu Glu Ile Ile Tyr Leu Leu
35 40 45
Trp His Leu Arg Leu Pro Asn Lys Lys Glu Leu Glu Glu Leu Lys Gln
50 55 60
Gln Leu Ala Lys Glu Ala Ala Val Pro Gln Glu Ile Ile Glu His Phe
65 70 75 80
Lys Ser Tyr Ser Leu Glu Asn Val His Pro Met Ala Ala Leu Arg Thr
85 90 95
Ala Ile Ser Leu Leu Gly Leu Leu Asp Ser Glu Ala Asp Thr Met Asn
100 105 110
Pro Glu Ala Asn Tyr Arg Lys Ala Ile Arg Leu Gln Ala Lys Val Pro
115 120 125
Gly Leu Val Ala Ala Phe Ser Arg Ile Arg Lys Gly Leu Glu Pro Val
130 135 140
Glu Pro Arg Glu Asp Tyr Gly Ile Ala Glu Asn Phe Leu Tyr Thr Leu
145 150 155 160
Asn Gly Glu Glu Pro Ser Pro Ile Glu Val Glu Ala Phe Asn Lys Ala
165 170 175
Leu Ile Leu His Ala Asp His Glu Leu Asn Ala Ser Thr Phe Thr Ala
180 185 190
Arg Val Cys Val Ala Thr Leu Ser Asp Ile Tyr Ser Gly Ile Thr Ala
195 200 205
Ala Ile Gly Ala Leu Lys Gly Pro Leu His Gly Gly Ala Asn Glu Gly
210 215 220
Val Met Lys Met Leu Thr Glu Ile Gly Glu Val Glu Asn Ala Glu Pro
225 230 235 240
Tyr Ile Arg Ala Lys Leu Glu Lys Lys Glu Lys Ile Met Gly Phe Gly
245 250 255
His Arg Val Tyr Lys His Gly Asp Pro Arg Ala Lys His Leu Lys Glu
260 265 270
Met Ser Lys Arg Leu Thr Asn Leu Thr Gly Glu Ser Lys Trp Tyr Glu
275 280 285
Met Ser Ile Arg Ile Glu Asp Ile Val Thr Ser Glu Lys Lys Leu Pro
290 295 300
Pro Asn Val Asp Phe Tyr Ser Ala Ser Val Tyr His Ser Leu Gly Ile
305 310 315 320
Asp His Asp Leu Phe Thr Pro Ile Phe Ala Val Ser Arg Met Ser Gly
325 330 335
Trp Leu Ala His Ile Leu Glu Gln Tyr Asp Asn Asn Arg Leu Ile Arg
340 345 350
Pro Arg Ala Asp Tyr Thr Gly Pro Asp Lys Gln Lys Phe Val Pro Ile
355 360 365
Glu Glu Arg Ala
370
<210> 9
<211> 1785
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 9
atgcaaatta tggaagaaga aggaagattt gaagcagaag tggcagaagt agaaagttgg 60
tggggaacag agcgttttag gcttactaaa aggccttata cggcaaggga cgttgtactt 120
ttaagaggaa ccttgagaca gtcttatgcc agtggcgaga tggctaagaa attatggaga 180
actttaaaag cgcatcaggc tggcggcact gcttcaagaa cttttggtgc tttagatcca 240
gttcaagtta caatgatggc taagcaccta gatactattt atgtaagcgg atggcagtgt 300
tcatctacac acacatcaac aaatgaacct ggcccagatc ttgcagacta tccttatgat 360
actgtgccaa ataaggtaga acatcttttt tttgctcaat tatatcatga ccgcaagcaa 420
agagaggcaa gaatgagtct tccgcgagca gaaagagccc gtgctcctta tgtagatttt 480
ttaaaaccta taatagcaga tggagatact ggatttggcg gcgccacagc tacagttaaa 540
ctttgtaaac tttttgtaga gagaggtgct gcgggagttc accttgagga tcaatcatct 600
gttacaaaaa aatgtggaca catggctgga aaagttttag tggcagtttc agagcatgtt 660
aataggcttg tagctgctag acttcaattt gacgttatgg gcgtggagac agttttagtg 720
gcaaggacag atgcagtagc agctacactt atacaaacta atgtagatgc cagggatcac 780
caattcatag taggagccac aaatccagga ttgagaggtc agtctcttgc agctgtatta 840
tctgctggta tgtcagctgg taagagcgga agagaattgc aagcaatcga agatgaatgg 900
ctagcagcag cacaattaaa gacttttagc gaatgtgtac gagatgctat tgcaggacta 960
ggcgtggcag caaaggaaaa gcaaagaaga ctccaagaat gggacagggc aacaggcggc 1020
tatgatagat gtgtaagcaa tgatcaagca agagatatcg cagcatccct tggagtaact 1080
tctgtattct gggattggga tttgcctaga actagagaag gtttttacag attcagaggc 1140
tcagtagctg ccgcagtagt tagaggcaga gcatttgctc cacatgcaga tgtattatgg 1200
atggaaacat cttcaccaaa tgtggcagaa tgtactgcat tttcagaagg agttaaggca 1260
gcatgtccag aagcaatgct cgcgtataat ttgtcaccat cctttaactg ggacgcaagt 1320
ggcatgacag atgcagaaat ggcagcattt attccatctg tagctagatt gggatatgta 1380
tggcaattta taactcttgc tggttttcat gctgatgcct tggttacaga tacttttgct 1440
agggattttg ctagaagagg tatgttagct tatgttgaaa gaatacagag agaagaaaga 1500
ataaatggtg tagaaactct tgaacatcaa aaatggtcag gagcaaattt ttacgaccgt 1560
gtgttgaaag cagtacaagg cggcataagc agtactgcag ctatgggaaa aggtaaagta 1620
cctcacttcc cagcattctt tttttgctta gaaaaaaata agccatcatt cgttcacagt 1680
tttgatgtag tactttttac aggtgttaca gaggaacaat tcaaagatcc aaggcctgcc 1740
actggttcaa gtggacttca ggttatggcc aaatcacgta tttaa 1785
<210> 10
<211> 594
<212> PRT
<213> 玉米（Zea mays）
<400> 10
Met Gln Ile Met Glu Glu Glu Gly Arg Phe Glu Ala Glu Val Ala Glu
1 5 10 15
Val Glu Ser Trp Trp Gly Thr Glu Arg Phe Arg Leu Thr Lys Arg Pro
20 25 30
Tyr Thr Ala Arg Asp Val Val Leu Leu Arg Gly Thr Leu Arg Gln Ser
35 40 45
Tyr Ala Ser Gly Glu Met Ala Lys Lys Leu Trp Arg Thr Leu Lys Ala
50 55 60
His Gln Ala Gly Gly Thr Ala Ser Arg Thr Phe Gly Ala Leu Asp Pro
65 70 75 80
Val Gln Val Thr Met Met Ala Lys His Leu Asp Thr Ile Tyr Val Ser
85 90 95
Gly Trp Gln Cys Ser Ser Thr His Thr Ser Thr Asn Glu Pro Gly Pro
100 105 110
Asp Leu Ala Asp Tyr Pro Tyr Asp Thr Val Pro Asn Lys Val Glu His
115 120 125
Leu Phe Phe Ala Gln Leu Tyr His Asp Arg Lys Gln Arg Glu Ala Arg
130 135 140
Met Ser Leu Pro Arg Ala Glu Arg Ala Arg Ala Pro Tyr Val Asp Phe
145 150 155 160
Leu Lys Pro Ile Ile Ala Asp Gly Asp Thr Gly Phe Gly Gly Ala Thr
165 170 175
Ala Thr Val Lys Leu Cys Lys Leu Phe Val Glu Arg Gly Ala Ala Gly
180 185 190
Val His Leu Glu Asp Gln Ser Ser Val Thr Lys Lys Cys Gly His Met
195 200 205
Ala Gly Lys Val Leu Val Ala Val Ser Glu His Val Asn Arg Leu Val
210 215 220
Ala Ala Arg Leu Gln Phe Asp Val Met Gly Val Glu Thr Val Leu Val
225 230 235 240
Ala Arg Thr Asp Ala Val Ala Ala Thr Leu Ile Gln Thr Asn Val Asp
245 250 255
Ala Arg Asp His Gln Phe Ile Val Gly Ala Thr Asn Pro Gly Leu Arg
260 265 270
Gly Gln Ser Leu Ala Ala Val Leu Ser Ala Gly Met Ser Ala Gly Lys
275 280 285
Ser Gly Arg Glu Leu Gln Ala Ile Glu Asp Glu Trp Leu Ala Ala Ala
290 295 300
Gln Leu Lys Thr Phe Ser Glu Cys Val Arg Asp Ala Ile Ala Gly Leu
305 310 315 320
Gly Val Ala Ala Lys Glu Lys Gln Arg Arg Leu Gln Glu Trp Asp Arg
325 330 335
Ala Thr Gly Gly Tyr Asp Arg Cys Val Ser Asn Asp Gln Ala Arg Asp
340 345 350
Ile Ala Ala Ser Leu Gly Val Thr Ser Val Phe Trp Asp Trp Asp Leu
355 360 365
Pro Arg Thr Arg Glu Gly Phe Tyr Arg Phe Arg Gly Ser Val Ala Ala
370 375 380
Ala Val Val Arg Gly Arg Ala Phe Ala Pro His Ala Asp Val Leu Trp
385 390 395 400
Met Glu Thr Ser Ser Pro Asn Val Ala Glu Cys Thr Ala Phe Ser Glu
405 410 415
Gly Val Lys Ala Ala Cys Pro Glu Ala Met Leu Ala Tyr Asn Leu Ser
420 425 430
Pro Ser Phe Asn Trp Asp Ala Ser Gly Met Thr Asp Ala Glu Met Ala
435 440 445
Ala Phe Ile Pro Ser Val Ala Arg Leu Gly Tyr Val Trp Gln Phe Ile
450 455 460
Thr Leu Ala Gly Phe His Ala Asp Ala Leu Val Thr Asp Thr Phe Ala
465 470 475 480
Arg Asp Phe Ala Arg Arg Gly Met Leu Ala Tyr Val Glu Arg Ile Gln
485 490 495
Arg Glu Glu Arg Ile Asn Gly Val Glu Thr Leu Glu His Gln Lys Trp
500 505 510
Ser Gly Ala Asn Phe Tyr Asp Arg Val Leu Lys Ala Val Gln Gly Gly
515 520 525
Ile Ser Ser Thr Ala Ala Met Gly Lys Gly Lys Val Pro His Phe Pro
530 535 540
Ala Phe Phe Phe Cys Leu Glu Lys Asn Lys Pro Ser Phe Val His Ser
545 550 555 560
Phe Asp Val Val Leu Phe Thr Gly Val Thr Glu Glu Gln Phe Lys Asp
565 570 575
Pro Arg Pro Ala Thr Gly Ser Ser Gly Leu Gln Val Met Ala Lys Ser
580 585 590
Arg Ile
<210> 11
<211> 1305
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 11
atgaaaacaa gaactcaaca aatagaagaa ttacaaaaag aatggacgca accaagatgg 60
gaaggtatta cgaggcctta ttctgcagaa gatgtagtaa aattaagagg ttctgtaaat 120
ccagaatgta ctcttgccca gcttggagca gctaaaatgt ggagactttt gcacggtgaa 180
tcaaagaagg gttatataaa ctctcttggc gctttaacag gcggccaggc acttcaacag 240
gctaaggcag gaatagaagc agtttatctt tctggatggc aagtagcagc agatgcaaat 300
ttagcagcat caatgtatcc tgatcagagc ttatacccag caaattcagt cccagctgta 360
gtagagagaa taaataatac ctttagaagg gcagatcaaa ttcaatggtc tgctggtatt 420
gaaccaggtg atccaagata cgtggattat tttttgccaa ttgtagcaga tgctgaggct 480
ggttttggcg gcgtattaaa tgcatttgaa ttaatgaaag caatgataga ggctggtgct 540
gcagctgtcc attttgaaga tcagttagct tcagttaaga aatgtggaca catgggcggc 600
aaggtattag ttccaaccca agaagcaata caaaaattag tggcagctag acttgcagct 660
gatgtaacag gtgtgcctac attactagtt gcaagaacag atgcagatgc tgcagatctt 720
attactagtg actgtgatcc ttatgattca gaatttatta caggagaaag aaccagtgag 780
ggatttttta gaactcatgc aggaatagaa caggctatat caagaggatt agcttatgct 840
ccttatgcag atcttgtttg gtgtgaaaca tctacaccag atctcgaact tgcccgtaga 900
tttgcccagg caatacatgc taagtatcca ggaaaattat tagcgtacaa ttgttctcct 960
tcatttaatt ggcagaagaa cttagatgac aaaacaatag caagttttca gcaacaatta 1020
tcagatatgg gatacaaatt tcagttcata acattagctg gaatacatag tatgtggttt 1080
aatatgtttg atcttgcaaa tgcttatgca caaggagaag gcatgaagca ttatgtagaa 1140
aaagtacaac agccagaatt tgcagctgcc aaggatggat atactttcgt ttctcatcaa 1200
caagaggttg gaactggata ttttgataag gttacaacaa ttatacaggg cggcacatcg 1260
tctgttactg cactaacagg ttcaactgaa gaatctcaat tttaa 1305
<210> 12
<211> 434
<212> PRT
<213> 大肠杆菌（Escherichia coli）
<400> 12
Met Lys Thr Arg Thr Gln Gln Ile Glu Glu Leu Gln Lys Glu Trp Thr
1 5 10 15
Gln Pro Arg Trp Glu Gly Ile Thr Arg Pro Tyr Ser Ala Glu Asp Val
20 25 30
Val Lys Leu Arg Gly Ser Val Asn Pro Glu Cys Thr Leu Ala Gln Leu
35 40 45
Gly Ala Ala Lys Met Trp Arg Leu Leu His Gly Glu Ser Lys Lys Gly
50 55 60
Tyr Ile Asn Ser Leu Gly Ala Leu Thr Gly Gly Gln Ala Leu Gln Gln
65 70 75 80
Ala Lys Ala Gly Ile Glu Ala Val Tyr Leu Ser Gly Trp Gln Val Ala
85 90 95
Ala Asp Ala Asn Leu Ala Ala Ser Met Tyr Pro Asp Gln Ser Leu Tyr
100 105 110
Pro Ala Asn Ser Val Pro Ala Val Val Glu Arg Ile Asn Asn Thr Phe
115 120 125
Arg Arg Ala Asp Gln Ile Gln Trp Ser Ala Gly Ile Glu Pro Gly Asp
130 135 140
Pro Arg Tyr Val Asp Tyr Phe Leu Pro Ile Val Ala Asp Ala Glu Ala
145 150 155 160
Gly Phe Gly Gly Val Leu Asn Ala Phe Glu Leu Met Lys Ala Met Ile
165 170 175
Glu Ala Gly Ala Ala Ala Val His Phe Glu Asp Gln Leu Ala Ser Val
180 185 190
Lys Lys Cys Gly His Met Gly Gly Lys Val Leu Val Pro Thr Gln Glu
195 200 205
Ala Ile Gln Lys Leu Val Ala Ala Arg Leu Ala Ala Asp Val Thr Gly
210 215 220
Val Pro Thr Leu Leu Val Ala Arg Thr Asp Ala Asp Ala Ala Asp Leu
225 230 235 240
Ile Thr Ser Asp Cys Asp Pro Tyr Asp Ser Glu Phe Ile Thr Gly Glu
245 250 255
Arg Thr Ser Glu Gly Phe Phe Arg Thr His Ala Gly Ile Glu Gln Ala
260 265 270
Ile Ser Arg Gly Leu Ala Tyr Ala Pro Tyr Ala Asp Leu Val Trp Cys
275 280 285
Glu Thr Ser Thr Pro Asp Leu Glu Leu Ala Arg Arg Phe Ala Gln Ala
290 295 300
Ile His Ala Lys Tyr Pro Gly Lys Leu Leu Ala Tyr Asn Cys Ser Pro
305 310 315 320
Ser Phe Asn Trp Gln Lys Asn Leu Asp Asp Lys Thr Ile Ala Ser Phe
325 330 335
Gln Gln Gln Leu Ser Asp Met Gly Tyr Lys Phe Gln Phe Ile Thr Leu
340 345 350
Ala Gly Ile His Ser Met Trp Phe Asn Met Phe Asp Leu Ala Asn Ala
355 360 365
Tyr Ala Gln Gly Glu Gly Met Lys His Tyr Val Glu Lys Val Gln Gln
370 375 380
Pro Glu Phe Ala Ala Ala Lys Asp Gly Tyr Thr Phe Val Ser His Gln
385 390 395 400
Gln Glu Val Gly Thr Gly Tyr Phe Asp Lys Val Thr Thr Ile Ile Gln
405 410 415
Gly Gly Thr Ser Ser Val Thr Ala Leu Thr Gly Ser Thr Glu Glu Ser
420 425 430
Gln Phe
<210> 13
<211> 1218
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 13
atgacagtta ctccacattt atttataccg ggcccaacaa acataccaga tgcagtacgt 60
atggcaatga atatacctat ggaagacatg cgttcaccag agttcccaaa atttacatta 120
cctttatttg aggatttaaa aaaagcattt aagatgaaag atggaagagt ttttatattt 180
ccatcttcag gaacaggcgc atgggaatca gctgtagaaa acactcttgc cactggagat 240
aaggttttaa tgtcaagatt tggacaattt tctttgctat gggtagatat gtgtgaaaga 300
ttgggattaa aagttgaagt atgtgatgaa gaatggggaa caggagtgcc agtagaaaaa 360
tatgctgata tacttgctaa agataaaaat catgaaataa aggctgtttt tgtaactcac 420
aatgaaacag caacaggtgt ttcttcagat gtggctggtg taagaaaagc acttgacgca 480
gcaaagcatc cagcactttt gatggtggat ggagtatcat cagttggttc tcttgatatg 540
agaatgggtg aatggggagt tgattgctgt gtatctggaa gccaaaaggg ttttatgctt 600
cctacaggtt tgggcatttt agctgtgtca cagaaggcat tagatattaa taaatcaaag 660
aatggcagaa tgaatagatg ctttttttcc tttgaggata tgataaaaac taatgatcag 720
ggtttttttc cttatacccc cgccactcaa ttattgagag gattaagaac ttctctcgat 780
cttttgttcg cagaaggact agataatgta tttgcaagac atactagatt agctagtgga 840
gttagggctg ccgtagatgc atggggatta aaattgtgtg caaaagaacc taaatggtat 900
tccgatactg tatcagcaat tttagttcca gaaggtattg attccaatgc tataacaaaa 960
acagcttatt atagatataa tacaagtttt ggtcttggat taaataaggt tgcaggaaaa 1020
gtattcagaa taggccattt aggtatgtta gatgaagtaa tgataggcgg cgctttattt 1080
gcagcagaga tggcacttaa agataatgga gtaaatctaa aattaggatc tggaacaggt 1140
gcagctgctg aatattttag taaaaatgct acaaagtctg ctactgcttt aactccaaaa 1200
caagcaaaag cggcataa 1218
<210> 14
<211> 405
<212> PRT
<213> 嗜甲基生丝微菌（Hyphomicrobium methylovorum）
<400> 14
Met Thr Val Thr Pro His Leu Phe Ile Pro Gly Pro Thr Asn Ile Pro
1 5 10 15
Asp Ala Val Arg Met Ala Met Asn Ile Pro Met Glu Asp Met Arg Ser
20 25 30
Pro Glu Phe Pro Lys Phe Thr Leu Pro Leu Phe Glu Asp Leu Lys Lys
35 40 45
Ala Phe Lys Met Lys Asp Gly Arg Val Phe Ile Phe Pro Ser Ser Gly
50 55 60
Thr Gly Ala Trp Glu Ser Ala Val Glu Asn Thr Leu Ala Thr Gly Asp
65 70 75 80
Lys Val Leu Met Ser Arg Phe Gly Gln Phe Ser Leu Leu Trp Val Asp
85 90 95
Met Cys Glu Arg Leu Gly Leu Lys Val Glu Val Cys Asp Glu Glu Trp
100 105 110
Gly Thr Gly Val Pro Val Glu Lys Tyr Ala Asp Ile Leu Ala Lys Asp
115 120 125
Lys Asn His Glu Ile Lys Ala Val Phe Val Thr His Asn Glu Thr Ala
130 135 140
Thr Gly Val Ser Ser Asp Val Ala Gly Val Arg Lys Ala Leu Asp Ala
145 150 155 160
Ala Lys His Pro Ala Leu Leu Met Val Asp Gly Val Ser Ser Val Gly
165 170 175
Ser Leu Asp Met Arg Met Gly Glu Trp Gly Val Asp Cys Cys Val Ser
180 185 190
Gly Ser Gln Lys Gly Phe Met Leu Pro Thr Gly Leu Gly Ile Leu Ala
195 200 205
Val Ser Gln Lys Ala Leu Asp Ile Asn Lys Ser Lys Asn Gly Arg Met
210 215 220
Asn Arg Cys Phe Phe Ser Phe Glu Asp Met Ile Lys Thr Asn Asp Gln
225 230 235 240
Gly Phe Phe Pro Tyr Thr Pro Ala Thr Gln Leu Leu Arg Gly Leu Arg
245 250 255
Thr Ser Leu Asp Leu Leu Phe Ala Glu Gly Leu Asp Asn Val Phe Ala
260 265 270
Arg His Thr Arg Leu Ala Ser Gly Val Arg Ala Ala Val Asp Ala Trp
275 280 285
Gly Leu Lys Leu Cys Ala Lys Glu Pro Lys Trp Tyr Ser Asp Thr Val
290 295 300
Ser Ala Ile Leu Val Pro Glu Gly Ile Asp Ser Asn Ala Ile Thr Lys
305 310 315 320
Thr Ala Tyr Tyr Arg Tyr Asn Thr Ser Phe Gly Leu Gly Leu Asn Lys
325 330 335
Val Ala Gly Lys Val Phe Arg Ile Gly His Leu Gly Met Leu Asp Glu
340 345 350
Val Met Ile Gly Gly Ala Leu Phe Ala Ala Glu Met Ala Leu Lys Asp
355 360 365
Asn Gly Val Asn Leu Lys Leu Gly Ser Gly Thr Gly Ala Ala Ala Glu
370 375 380
Tyr Phe Ser Lys Asn Ala Thr Lys Ser Ala Thr Ala Leu Thr Pro Lys
385 390 395 400
Gln Ala Lys Ala Ala
405
<210> 15
<211> 1185
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 15
atgcaattta ggccttttaa tccaccagtt agaactctta tgggaccagg accaagcgat 60
gtacacccaa gaatattaga ggctatgagc cgtcctacaa taggacattt ggatcctgct 120
tttatacaga tgatggaaga agtaaaaact ttacttcagt atgcatttca aactaaaaat 180
gaacttacta tgccagtaag tgccccaggc tctgcaggca tggaaacatg ctttgccaac 240
ttagtagaac caggtgatca ggttatagtt tgccagaatg gtgtatttgg cggcagaatg 300
aaagaaaatg tagaaagatg tggcggcata cctataatgg ttgaagatac ttggggagag 360
gctgttgatc cagataaatt ggagactgca ttaaaggcta atccagaggc ttgtatagtg 420
gcatttgttc atgctgaaac tagtactggt gcacaaagtg atgctgaaac attggtaaaa 480
ttagctcatc agtatgattg tcttactata gttgatgctg ttacatcact tggcggcact 540
ccaataaagg tagatgaatg ggaaatagat gctatttata gtggaactca gaaatgcctt 600
tcatgtactc caggactttc accagtaagt ttcaatgaaa gggctcttga aaaaattagg 660
aacagaaaac aaaaagttca gtcgtggttt atggatttaa atctagttat gggatattgg 720
ggcggcggcg caaagcgtgc ttatcatcat acagcaccaa ttaatgcttt atatggactt 780
catgaggcac ttttgatgct tcaggaagag ggattagaga acgcatgggc aaggcaccaa 840
aaaaatcatc ttgctttacg ggctggactg gaagcaatgg gcctcacttt tatagtaaat 900
gaaggagata gactgcctca gttaaatgct gtatctatac cagagggagt tgatgatggt 960
gctgttagat caaggcttct aaacgaatat aacttagaaa ttggtgctgg gttaggtgct 1020
ttagctggga aggtatggag aataggctta atgggtcatg caagtagagc agaaaatatt 1080
ctcttatgca taagttcatt agaggctata ttaagtgaga tgggtgctga catatctcaa 1140
ggtgtggcta ttccagcaat gcagaaggca cttgcgcaag cataa 1185
<210> 16
<211> 394
<212> PRT
<213> 硫牛磺酸栖沉积物菌（Sedimenticola thiotaurini）
<400> 16
Met Gln Phe Arg Pro Phe Asn Pro Pro Val Arg Thr Leu Met Gly Pro
1 5 10 15
Gly Pro Ser Asp Val His Pro Arg Ile Leu Glu Ala Met Ser Arg Pro
20 25 30
Thr Ile Gly His Leu Asp Pro Ala Phe Ile Gln Met Met Glu Glu Val
35 40 45
Lys Thr Leu Leu Gln Tyr Ala Phe Gln Thr Lys Asn Glu Leu Thr Met
50 55 60
Pro Val Ser Ala Pro Gly Ser Ala Gly Met Glu Thr Cys Phe Ala Asn
65 70 75 80
Leu Val Glu Pro Gly Asp Gln Val Ile Val Cys Gln Asn Gly Val Phe
85 90 95
Gly Gly Arg Met Lys Glu Asn Val Glu Arg Cys Gly Gly Ile Pro Ile
100 105 110
Met Val Glu Asp Thr Trp Gly Glu Ala Val Asp Pro Asp Lys Leu Glu
115 120 125
Thr Ala Leu Lys Ala Asn Pro Glu Ala Cys Ile Val Ala Phe Val His
130 135 140
Ala Glu Thr Ser Thr Gly Ala Gln Ser Asp Ala Glu Thr Leu Val Lys
145 150 155 160
Leu Ala His Gln Tyr Asp Cys Leu Thr Ile Val Asp Ala Val Thr Ser
165 170 175
Leu Gly Gly Thr Pro Ile Lys Val Asp Glu Trp Glu Ile Asp Ala Ile
180 185 190
Tyr Ser Gly Thr Gln Lys Cys Leu Ser Cys Thr Pro Gly Leu Ser Pro
195 200 205
Val Ser Phe Asn Glu Arg Ala Leu Glu Lys Ile Arg Asn Arg Lys Gln
210 215 220
Lys Val Gln Ser Trp Phe Met Asp Leu Asn Leu Val Met Gly Tyr Trp
225 230 235 240
Gly Gly Gly Ala Lys Arg Ala Tyr His His Thr Ala Pro Ile Asn Ala
245 250 255
Leu Tyr Gly Leu His Glu Ala Leu Leu Met Leu Gln Glu Glu Gly Leu
260 265 270
Glu Asn Ala Trp Ala Arg His Gln Lys Asn His Leu Ala Leu Arg Ala
275 280 285
Gly Leu Glu Ala Met Gly Leu Thr Phe Ile Val Asn Glu Gly Asp Arg
290 295 300
Leu Pro Gln Leu Asn Ala Val Ser Ile Pro Glu Gly Val Asp Asp Gly
305 310 315 320
Ala Val Arg Ser Arg Leu Leu Asn Glu Tyr Asn Leu Glu Ile Gly Ala
325 330 335
Gly Leu Gly Ala Leu Ala Gly Lys Val Trp Arg Ile Gly Leu Met Gly
340 345 350
His Ala Ser Arg Ala Glu Asn Ile Leu Leu Cys Ile Ser Ser Leu Glu
355 360 365
Ala Ile Leu Ser Glu Met Gly Ala Asp Ile Ser Gln Gly Val Ala Ile
370 375 380
Pro Ala Met Gln Lys Ala Leu Ala Gln Ala
385 390
<210> 17
<211> 1185
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 17
atgcggactc attcatttca cccaccagtt agaactctta tgggaccagg accttctgat 60
gtaaatccaa gagtacttga ggcaatgtca cgacctacaa ttggacactt agatcctgta 120
tttgtagata tgatggaaga attaaagagt ttgcttcaat atgcatttca aacaggaaat 180
caattaacta tgcctgtaag tggacctggc tcagctggaa tggaaacatg ttttgttaat 240
ctagttgaac ctggagataa agtaatagtt tgtcaaaatg gagtatttgg cggcaggatg 300
aaagaaaatg tagaaagatg tggcggcaca gcagtcatgg tggaagatgc atggggttcc 360
gcagttgacc cacaaaaact taaagatgca cttcaggcac atcctgatgc taaattagtt 420
gcttttgttc atgctgaaac tagtacagga gcacaaagcg atgcaaaggc tttagtagaa 480
attgctcata gacatgactg cttagtaatt gtggatacag ttacctcatt aggcggcact 540
cctgtaaaag tagatgaatg gggaatagat gcagtttatt caggaaccca aaaatgctta 600
tcatgtaccc caggtctttc accagtatct ttctctgaaa gggctatgga aagaataaaa 660
cataggaaaa ctaaagtaca gtcttggttt atggatttaa atcttgttat gggctattgg 720
ggatcaggag caaaaagggc ttatcatcat actgctccta taaatgcatt gtacggtctt 780
cacgaagcat tagttatact tcaagaagag gggttagaaa atgcatgggc aagacatgct 840
catgctcata gagcactatt agctggtatt gaagcaatgg gattaaaatt tgtagtaaag 900
gaagatgaac ggttaccgca attaaatgct gtaggtattc cagaaggcgt agatgatgca 960
gctgtgcgtg cccagctcct tcaagattat aaccacgaaa taggtgctgg tcttggacct 1020
atggcaggaa aaatctggag aataggtctt atgggctatg gtgctaatcc taaaaatgta 1080
cttttctgct taggagcatt agaggatgta ctttcgcgca tgagggctcc tatagaaaga 1140
ggtgctgctc ttccagcagc tcatgctgca cttggcgctg cataa 1185
<210> 18
<211> 394
<212> PRT
<213> 温浴热硫杆状菌（Thermithiobacillus tepidarius）
<400> 18
Met Arg Thr His Ser Phe His Pro Pro Val Arg Thr Leu Met Gly Pro
1 5 10 15
Gly Pro Ser Asp Val Asn Pro Arg Val Leu Glu Ala Met Ser Arg Pro
20 25 30
Thr Ile Gly His Leu Asp Pro Val Phe Val Asp Met Met Glu Glu Leu
35 40 45
Lys Ser Leu Leu Gln Tyr Ala Phe Gln Thr Gly Asn Gln Leu Thr Met
50 55 60
Pro Val Ser Gly Pro Gly Ser Ala Gly Met Glu Thr Cys Phe Val Asn
65 70 75 80
Leu Val Glu Pro Gly Asp Lys Val Ile Val Cys Gln Asn Gly Val Phe
85 90 95
Gly Gly Arg Met Lys Glu Asn Val Glu Arg Cys Gly Gly Thr Ala Val
100 105 110
Met Val Glu Asp Ala Trp Gly Ser Ala Val Asp Pro Gln Lys Leu Lys
115 120 125
Asp Ala Leu Gln Ala His Pro Asp Ala Lys Leu Val Ala Phe Val His
130 135 140
Ala Glu Thr Ser Thr Gly Ala Gln Ser Asp Ala Lys Ala Leu Val Glu
145 150 155 160
Ile Ala His Arg His Asp Cys Leu Val Ile Val Asp Thr Val Thr Ser
165 170 175
Leu Gly Gly Thr Pro Val Lys Val Asp Glu Trp Gly Ile Asp Ala Val
180 185 190
Tyr Ser Gly Thr Gln Lys Cys Leu Ser Cys Thr Pro Gly Leu Ser Pro
195 200 205
Val Ser Phe Ser Glu Arg Ala Met Glu Arg Ile Lys His Arg Lys Thr
210 215 220
Lys Val Gln Ser Trp Phe Met Asp Leu Asn Leu Val Met Gly Tyr Trp
225 230 235 240
Gly Ser Gly Ala Lys Arg Ala Tyr His His Thr Ala Pro Ile Asn Ala
245 250 255
Leu Tyr Gly Leu His Glu Ala Leu Val Ile Leu Gln Glu Glu Gly Leu
260 265 270
Glu Asn Ala Trp Ala Arg His Ala His Ala His Arg Ala Leu Leu Ala
275 280 285
Gly Ile Glu Ala Met Gly Leu Lys Phe Val Val Lys Glu Asp Glu Arg
290 295 300
Leu Pro Gln Leu Asn Ala Val Gly Ile Pro Glu Gly Val Asp Asp Ala
305 310 315 320
Ala Val Arg Ala Gln Leu Leu Gln Asp Tyr Asn His Glu Ile Gly Ala
325 330 335
Gly Leu Gly Pro Met Ala Gly Lys Ile Trp Arg Ile Gly Leu Met Gly
340 345 350
Tyr Gly Ala Asn Pro Lys Asn Val Leu Phe Cys Leu Gly Ala Leu Glu
355 360 365
Asp Val Leu Ser Arg Met Arg Ala Pro Ile Glu Arg Gly Ala Ala Leu
370 375 380
Pro Ala Ala His Ala Ala Leu Gly Ala Ala
385 390
<210> 19
<211> 1125
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 19
atgagaactc catttattat gaccccagga ccaacacaag ttcatgaaga agtaagaaag 60
gctatgtcca gagaagcaac taatcctgat ttagatgaaa atttctacga gttctataaa 120
aatacctgta ataagataaa aagattatta aatacagaaa atcaggtatt aattcttgat 180
ggcgaaggta ttttaggttt ggaagcagct tgtgcaagct taactgaaca aggagataga 240
gtactttgta tagataatgg tatttttgga aagggttttg gtgatttttc taaaatgtat 300
ggcggcgaag ttgtatactt cgagtctgat tatagaaagg gtatagatgt agaaaaactt 360
gaagagttcc ttaaaagaga ttctaacttc aaatacgcga cactagtaca ctgtgaaaca 420
ccagcgggta taactaatcc tatagataag atatgtactt tattaaataa atatggtgtg 480
ctttcagtag tagatagtgt aagttcagta ggcggcgatg aaataaatgt agatgagtgg 540
aaaatagata tagctttagg cggctctcaa aagtgtatat cagcgccatc aggattaact 600
ttcctttcaa tttcagaaaa agcaatggat actatgataa atagaaaaac tcctatagca 660
gcattttatt gtaatcttac aatttggaaa ggttggtatg aagaaaagtg gttcccttat 720
actcagccaa ttaatgcaat atatgcactt gattgtgctt tagatagact tttagaaaca 780
gattatataa atagacataa aacaatagct aatgctacaa gagaagccct tgtaaaaagt 840
ggacttgaat tgtatccttt agattcctat tcaaatactg taactacttt tcttgtacca 900
gaaggaataa attttgaaga tgtatttgaa gatatgatga aagatcacaa cataatgata 960
ggcggcgctt ttgattattt aaaaggaaaa gttattagaa taggacacat gggcgaaaac 1020
tgctatgaag aaaaaatata tataacttta aaggcacttg atacagtttt aaaaaaatat 1080
ggagcaaaac taaacggaga gatttacaag cactttgtag attag 1125
<210> 20
<211> 374
<212> PRT
<213> 尿酸梭菌（Clostridium acidi-urici）
<400> 20
Met Arg Thr Pro Phe Ile Met Thr Pro Gly Pro Thr Gln Val His Glu
1 5 10 15
Glu Val Arg Lys Ala Met Ser Arg Glu Ala Thr Asn Pro Asp Leu Asp
20 25 30
Glu Asn Phe Tyr Glu Phe Tyr Lys Asn Thr Cys Asn Lys Ile Lys Arg
35 40 45
Leu Leu Asn Thr Glu Asn Gln Val Leu Ile Leu Asp Gly Glu Gly Ile
50 55 60
Leu Gly Leu Glu Ala Ala Cys Ala Ser Leu Thr Glu Gln Gly Asp Arg
65 70 75 80
Val Leu Cys Ile Asp Asn Gly Ile Phe Gly Lys Gly Phe Gly Asp Phe
85 90 95
Ser Lys Met Tyr Gly Gly Glu Val Val Tyr Phe Glu Ser Asp Tyr Arg
100 105 110
Lys Gly Ile Asp Val Glu Lys Leu Glu Glu Phe Leu Lys Arg Asp Ser
115 120 125
Asn Phe Lys Tyr Ala Thr Leu Val His Cys Glu Thr Pro Ala Gly Ile
130 135 140
Thr Asn Pro Ile Asp Lys Ile Cys Thr Leu Leu Asn Lys Tyr Gly Val
145 150 155 160
Leu Ser Val Val Asp Ser Val Ser Ser Val Gly Gly Asp Glu Ile Asn
165 170 175
Val Asp Glu Trp Lys Ile Asp Ile Ala Leu Gly Gly Ser Gln Lys Cys
180 185 190
Ile Ser Ala Pro Ser Gly Leu Thr Phe Leu Ser Ile Ser Glu Lys Ala
195 200 205
Met Asp Thr Met Ile Asn Arg Lys Thr Pro Ile Ala Ala Phe Tyr Cys
210 215 220
Asn Leu Thr Ile Trp Lys Gly Trp Tyr Glu Glu Lys Trp Phe Pro Tyr
225 230 235 240
Thr Gln Pro Ile Asn Ala Ile Tyr Ala Leu Asp Cys Ala Leu Asp Arg
245 250 255
Leu Leu Glu Thr Asp Tyr Ile Asn Arg His Lys Thr Ile Ala Asn Ala
260 265 270
Thr Arg Glu Ala Leu Val Lys Ser Gly Leu Glu Leu Tyr Pro Leu Asp
275 280 285
Ser Tyr Ser Asn Thr Val Thr Thr Phe Leu Val Pro Glu Gly Ile Asn
290 295 300
Phe Glu Asp Val Phe Glu Asp Met Met Lys Asp His Asn Ile Met Ile
305 310 315 320
Gly Gly Ala Phe Asp Tyr Leu Lys Gly Lys Val Ile Arg Ile Gly His
325 330 335
Met Gly Glu Asn Cys Tyr Glu Glu Lys Ile Tyr Ile Thr Leu Lys Ala
340 345 350
Leu Asp Thr Val Leu Lys Lys Tyr Gly Ala Lys Leu Asn Gly Glu Ile
355 360 365
Tyr Lys His Phe Val Asp
370
<210> 21
<211> 1155
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 21
atgggaaaat ttttaaaaaa gcactatata atggcgccag gacctacacc agtaccaaat 60
gatatattaa ctgaaggggc taaagaaact atacaccatc gcacgcccca atttgtatct 120
ataatggaag agacactgga atcagccaaa tatatcttcc aaactaagca caatgtttat 180
gcatttgcat ctacaggtac aggtgctatg gaagcagcag ttgctaactt ggtaagtcca 240
ggtgacaagg ttatagtagt agttgcagga aaatttgggg agagatggag agaactttgt 300
caggcttatg gtgctgatat agtagagatt gccttggagt ggggagatgc tgttactcct 360
gaacaaattg aagaagcctt aaataaaaat cctgatgcta aagtagtatt tacaacttat 420
tctgaaacat caactggaac agttatagat cttgaaggaa tagctagagt tactaaagaa 480
aaagatgtgg ttctggttac agatgcagtt tcggcattag gtgctgagcc attaaaaatg 540
gatgaatggg gagtagactt agtggttaca ggttctcaaa agggacttat gcttccacca 600
ggacttgcat taataagctt aaatgataaa gcatggggat tagtagaaaa atccagatca 660
ccaagatatt actttgatct tagagcatac agaaaaagct atccagataa cccatacaca 720
ccagcagtaa atatgatata tatgctgaga aaggctcttc agatgataaa ggaagaaggt 780
attgaaaatg tatgggaaag gcatagaata ctgggtgatg ctaccagagc agcagttaaa 840
gcattagggt tagaattact gtcaaagcgt ccgggaaatg tagttacagc tgtaaaagtt 900
ccagaaggta ttgatggtaa acaaatacct aaaataatga gagataaata tggagttacc 960
attgcaggcg gccaggctaa attaaaaggt aaaattttcc gtattgccca tttaggatat 1020
atgagtccat ttgatactat cactgctata tctgcattag aacttacatt aaaggaactt 1080
ggatatgaat ttgaattagg agttggagta aaggctgcag aggcagtatt tgctaaagaa 1140
tttataggag aataa 1155
<210> 22
<211> 384
<212> PRT
<213> 海栖热袍菌（Thermotoga maritima）
<400> 22
Met Gly Lys Phe Leu Lys Lys His Tyr Ile Met Ala Pro Gly Pro Thr
1 5 10 15
Pro Val Pro Asn Asp Ile Leu Thr Glu Gly Ala Lys Glu Thr Ile His
20 25 30
His Arg Thr Pro Gln Phe Val Ser Ile Met Glu Glu Thr Leu Glu Ser
35 40 45
Ala Lys Tyr Ile Phe Gln Thr Lys His Asn Val Tyr Ala Phe Ala Ser
50 55 60
Thr Gly Thr Gly Ala Met Glu Ala Ala Val Ala Asn Leu Val Ser Pro
65 70 75 80
Gly Asp Lys Val Ile Val Val Val Ala Gly Lys Phe Gly Glu Arg Trp
85 90 95
Arg Glu Leu Cys Gln Ala Tyr Gly Ala Asp Ile Val Glu Ile Ala Leu
100 105 110
Glu Trp Gly Asp Ala Val Thr Pro Glu Gln Ile Glu Glu Ala Leu Asn
115 120 125
Lys Asn Pro Asp Ala Lys Val Val Phe Thr Thr Tyr Ser Glu Thr Ser
130 135 140
Thr Gly Thr Val Ile Asp Leu Glu Gly Ile Ala Arg Val Thr Lys Glu
145 150 155 160
Lys Asp Val Val Leu Val Thr Asp Ala Val Ser Ala Leu Gly Ala Glu
165 170 175
Pro Leu Lys Met Asp Glu Trp Gly Val Asp Leu Val Val Thr Gly Ser
180 185 190
Gln Lys Gly Leu Met Leu Pro Pro Gly Leu Ala Leu Ile Ser Leu Asn
195 200 205
Asp Lys Ala Trp Gly Leu Val Glu Lys Ser Arg Ser Pro Arg Tyr Tyr
210 215 220
Phe Asp Leu Arg Ala Tyr Arg Lys Ser Tyr Pro Asp Asn Pro Tyr Thr
225 230 235 240
Pro Ala Val Asn Met Ile Tyr Met Leu Arg Lys Ala Leu Gln Met Ile
245 250 255
Lys Glu Glu Gly Ile Glu Asn Val Trp Glu Arg His Arg Ile Leu Gly
260 265 270
Asp Ala Thr Arg Ala Ala Val Lys Ala Leu Gly Leu Glu Leu Leu Ser
275 280 285
Lys Arg Pro Gly Asn Val Val Thr Ala Val Lys Val Pro Glu Gly Ile
290 295 300
Asp Gly Lys Gln Ile Pro Lys Ile Met Arg Asp Lys Tyr Gly Val Thr
305 310 315 320
Ile Ala Gly Gly Gln Ala Lys Leu Lys Gly Lys Ile Phe Arg Ile Ala
325 330 335
His Leu Gly Tyr Met Ser Pro Phe Asp Thr Ile Thr Ala Ile Ser Ala
340 345 350
Leu Glu Leu Thr Leu Lys Glu Leu Gly Tyr Glu Phe Glu Leu Gly Val
355 360 365
Gly Val Lys Ala Ala Glu Ala Val Phe Ala Lys Glu Phe Ile Gly Glu
370 375 380
<210> 23
<211> 1230
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 23
atgaatttaa gagaaactgc actgaaattt cataaagata acgaaggtaa aatagcacta 60
aaatgcaaag ttccagtaaa aaataaagaa gatttgacac ttgcctatac accaggagtt 120
gctgaacctt gtctagaaat aaataagaat cctgaatgca tatatgatta tacatctaaa 180
ggtaactggg tagcagtagt aacaaatgga accgcagtat taggcttagg aaatattggt 240
gctggggctg gtcttccagt tatggaaggt aaatctgtcc ttttcaaaac ttttgctggt 300
gtagatgcat ttccaatctg cttggaatca aaagatataa atgaaatagt agctgcagta 360
aaattaatgg aacctacatt tggcggcata aatttagagg atataaaggc accagaatgt 420
tttgaaatag aatcaaaact taaagaggtc tgtaatatac cagtattcca tgatgatcag 480
catggtactg cagttgtatc ttctgcatgt cttataaatg cactaaaaat agtaaataag 540
aaatttgagg acctaaaaat agtagtaaat ggtgcgggtg ctgctggaac agctattact 600
aaattactta taaaaatggg tacaaaaaat gtaatacttt gtgacactaa gggcgctatt 660
tataagagaa ggcctatagg catgaataag ttcaaagatg aaatggctga aataacaaat 720
ccaaatcttc aaaaaggcac actagcagat gtattaaaag gtgctgatgt cttccttgga 780
gtttctgctg caaattgtgt tacagaagaa atggtaaaat caatgaataa ggattcaata 840
ataatggcaa tggctaatcc aaacccagaa atattaccag atttagctat aaaggctggt 900
gctaaagtag tatgtactgg acggagtgac tttcctaacc aagtaaacaa tgttttagct 960
tttcccggta tatttagagg agcgttggat gtaagagcat cagaaataaa tgatgaaatg 1020
aaaattgctg ctgcttatgc tatagcagaa ttagtttcag aagaagaatt aaaacctgat 1080
tatattatac caaatgcatt tgatttgaga atagctccta aagtagcagc ttatgtagca 1140
aaagcagcaa tagatacagg agtggcaaga aagaaagatg ttacaccaga aatggttgaa 1200
aagcacacaa aaactttgct tggcatttaa 1230
<210> 24
<211> 409
<212> PRT
<213> 产乙醇梭菌（Clostridium autoethanogenum）
<400> 24
Met Asn Leu Arg Glu Thr Ala Leu Lys Phe His Lys Asp Asn Glu Gly
1 5 10 15
Lys Ile Ala Leu Lys Cys Lys Val Pro Val Lys Asn Lys Glu Asp Leu
20 25 30
Thr Leu Ala Tyr Thr Pro Gly Val Ala Glu Pro Cys Leu Glu Ile Asn
35 40 45
Lys Asn Pro Glu Cys Ile Tyr Asp Tyr Thr Ser Lys Gly Asn Trp Val
50 55 60
Ala Val Val Thr Asn Gly Thr Ala Val Leu Gly Leu Gly Asn Ile Gly
65 70 75 80
Ala Gly Ala Gly Leu Pro Val Met Glu Gly Lys Ser Val Leu Phe Lys
85 90 95
Thr Phe Ala Gly Val Asp Ala Phe Pro Ile Cys Leu Glu Ser Lys Asp
100 105 110
Ile Asn Glu Ile Val Ala Ala Val Lys Leu Met Glu Pro Thr Phe Gly
115 120 125
Gly Ile Asn Leu Glu Asp Ile Lys Ala Pro Glu Cys Phe Glu Ile Glu
130 135 140
Ser Lys Leu Lys Glu Val Cys Asn Ile Pro Val Phe His Asp Asp Gln
145 150 155 160
His Gly Thr Ala Val Val Ser Ser Ala Cys Leu Ile Asn Ala Leu Lys
165 170 175
Ile Val Asn Lys Lys Phe Glu Asp Leu Lys Ile Val Val Asn Gly Ala
180 185 190
Gly Ala Ala Gly Thr Ala Ile Thr Lys Leu Leu Ile Lys Met Gly Thr
195 200 205
Lys Asn Val Ile Leu Cys Asp Thr Lys Gly Ala Ile Tyr Lys Arg Arg
210 215 220
Pro Ile Gly Met Asn Lys Phe Lys Asp Glu Met Ala Glu Ile Thr Asn
225 230 235 240
Pro Asn Leu Gln Lys Gly Thr Leu Ala Asp Val Leu Lys Gly Ala Asp
245 250 255
Val Phe Leu Gly Val Ser Ala Ala Asn Cys Val Thr Glu Glu Met Val
260 265 270
Lys Ser Met Asn Lys Asp Ser Ile Ile Met Ala Met Ala Asn Pro Asn
275 280 285
Pro Glu Ile Leu Pro Asp Leu Ala Ile Lys Ala Gly Ala Lys Val Val
290 295 300
Cys Thr Gly Arg Ser Asp Phe Pro Asn Gln Val Asn Asn Val Leu Ala
305 310 315 320
Phe Pro Gly Ile Phe Arg Gly Ala Leu Asp Val Arg Ala Ser Glu Ile
325 330 335
Asn Asp Glu Met Lys Ile Ala Ala Ala Tyr Ala Ile Ala Glu Leu Val
340 345 350
Ser Glu Glu Glu Leu Lys Pro Asp Tyr Ile Ile Pro Asn Ala Phe Asp
355 360 365
Leu Arg Ile Ala Pro Lys Val Ala Ala Tyr Val Ala Lys Ala Ala Ile
370 375 380
Asp Thr Gly Val Ala Arg Lys Lys Asp Val Thr Pro Glu Met Val Glu
385 390 395 400
Lys His Thr Lys Thr Leu Leu Gly Ile
405
<210> 25
<211> 1173
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 25
atgaatgtaa aagaaaaatc acttaagctg catagagaaa aacatggaac aatagaaata 60
gtaggaacaa tgcctttaag aaatggtgat gatcttgcag tagcttatac tcctggagta 120
gctggtcctt gcttagaaat agctaaggat gaagaaaagg cttatgaata tactataaaa 180
ggaaaaacag ttgctgtagt tactaatggt acagctgttc ttggacttgg aaatatagga 240
cctgctgcag gacttcctgt tgtagaagga aaggctttac ttttgaaaag atttgcaaat 300
gtaaatgcta tacctatatg tgtagattct acagatccag atgatatcgt taatacaata 360
aaaaatatag ctccaggatt tggcggcata catctggaag atataaaggc tccagaatgt 420
ttctacatag aagataaact taaggaagaa ttagatatac ctatatacca tgatgatcaa 480
catggtactg ccatcgctgt tttagctgga ttgtataatg cattaaaaat agttaacaaa 540
gatatatcag atataaaagt tgtaataaat ggtgctggtg ctagtggtat agctacagca 600
aaacttctca tatctgcagg agtaaaaaat attgtccttt gtgacattaa tggaatagtt 660
tatgaaggtg acaattgctt aaatgagcct cagaaacaaa tagcaaaagt aactaacaga 720
ggactggcaa agggaacatt aaaagatgct atgaaaaatg cagatgtatt cattggagtt 780
tctgctggta atgtggtaac tggagaaatg gttgaaggta tgaataaaga ttctataata 840
tttgctttag ctaatcctac accagaaatt atgcctgaag aagcaaaaaa ggctggtgct 900
aaagttatag caacaggaag atctgatttt ccaaaccaaa ttaacaatgt tcttgtattc 960
cctggtatct tcaaaggtgc tctttcagta agggctaagg aaatatgtga cgaaatgaaa 1020
atagcagctg caaagggact agcaaatcta gtaaagaagg acgagcttaa tgaagaatat 1080
ataataccat cagttttcaa tagaaatgta tgtgatgcag tttccaaggc tgttatggat 1140
gtagcacaaa aaaataataa atttactgca taa 1173
<210> 26
<211> 390
<212> PRT
<213> 产乙醇梭菌（Clostridium autoethanogenum）
<400> 26
Met Asn Val Lys Glu Lys Ser Leu Lys Leu His Arg Glu Lys His Gly
1 5 10 15
Thr Ile Glu Ile Val Gly Thr Met Pro Leu Arg Asn Gly Asp Asp Leu
20 25 30
Ala Val Ala Tyr Thr Pro Gly Val Ala Gly Pro Cys Leu Glu Ile Ala
35 40 45
Lys Asp Glu Glu Lys Ala Tyr Glu Tyr Thr Ile Lys Gly Lys Thr Val
50 55 60
Ala Val Val Thr Asn Gly Thr Ala Val Leu Gly Leu Gly Asn Ile Gly
65 70 75 80
Pro Ala Ala Gly Leu Pro Val Val Glu Gly Lys Ala Leu Leu Leu Lys
85 90 95
Arg Phe Ala Asn Val Asn Ala Ile Pro Ile Cys Val Asp Ser Thr Asp
100 105 110
Pro Asp Asp Ile Val Asn Thr Ile Lys Asn Ile Ala Pro Gly Phe Gly
115 120 125
Gly Ile His Leu Glu Asp Ile Lys Ala Pro Glu Cys Phe Tyr Ile Glu
130 135 140
Asp Lys Leu Lys Glu Glu Leu Asp Ile Pro Ile Tyr His Asp Asp Gln
145 150 155 160
His Gly Thr Ala Ile Ala Val Leu Ala Gly Leu Tyr Asn Ala Leu Lys
165 170 175
Ile Val Asn Lys Asp Ile Ser Asp Ile Lys Val Val Ile Asn Gly Ala
180 185 190
Gly Ala Ser Gly Ile Ala Thr Ala Lys Leu Leu Ile Ser Ala Gly Val
195 200 205
Lys Asn Ile Val Leu Cys Asp Ile Asn Gly Ile Val Tyr Glu Gly Asp
210 215 220
Asn Cys Leu Asn Glu Pro Gln Lys Gln Ile Ala Lys Val Thr Asn Arg
225 230 235 240
Gly Leu Ala Lys Gly Thr Leu Lys Asp Ala Met Lys Asn Ala Asp Val
245 250 255
Phe Ile Gly Val Ser Ala Gly Asn Val Val Thr Gly Glu Met Val Glu
260 265 270
Gly Met Asn Lys Asp Ser Ile Ile Phe Ala Leu Ala Asn Pro Thr Pro
275 280 285
Glu Ile Met Pro Glu Glu Ala Lys Lys Ala Gly Ala Lys Val Ile Ala
290 295 300
Thr Gly Arg Ser Asp Phe Pro Asn Gln Ile Asn Asn Val Leu Val Phe
305 310 315 320
Pro Gly Ile Phe Lys Gly Ala Leu Ser Val Arg Ala Lys Glu Ile Cys
325 330 335
Asp Glu Met Lys Ile Ala Ala Ala Lys Gly Leu Ala Asn Leu Val Lys
340 345 350
Lys Asp Glu Leu Asn Glu Glu Tyr Ile Ile Pro Ser Val Phe Asn Arg
355 360 365
Asn Val Cys Asp Ala Val Ser Lys Ala Val Met Asp Val Ala Gln Lys
370 375 380
Asn Asn Lys Phe Thr Ala
385 390
<210> 27
<211> 2187
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 27
atgactaact atgaaaaggt aggtaaatta caagtagcaa cggaattata taactttgta 60
aaggaagaag ttttaccagg acttgaaata caaaatgagc aattctggac aaattttgat 120
tcgcttattc atgaacttgc cccagaaaat aaggcacttt tggaaaaaag ggacgagctt 180
cagaagacca tatcagaatg gcatcaaaat aataaaggag aaatagattt tgctaaatac 240
aaagagttct tacaagaaat aggatatctt gaaccagttc cagaagattt caaagttact 300
acagctaatg tagacaatga agtggctaat caggctggtt ctcaattagt tgtacctata 360
gataatgcaa gatatgctct aaacgctgct aatgcccgct ggggatcact ttatgatgca 420
ttatatggta gtgacgttat aagcgatgag gctggagcag aggctggtgt ccagtataat 480
cctataagag gtcaaaaggt aatagatttt gcaaaaaatt tattagatca agcagctcct 540
cttgcagaag gttctcatgc tgatgtaacc gcctacaaaa ttgttgaagg aaaacttcag 600
gttactttgg aatctggtaa tactgcttta cttcaagatg aatccaaatt tgtaggatat 660
aatggaagtg aggatgcacc gacggcagta ctccttgtaa acaacgggct tcatattgaa 720
atagcaatag ataaaaataa tcctatagga aaatctgaca aggctggtgt taaggacctt 780
gttttagagg ctgcactttc gactttaatg gactgtgagg attcaattgc tgcagtagat 840
gcagaggata aagtaggcgt atatagaaat tggcttggac ttatgaaagg agatttagaa 900
agcactttta agagaggatc aaaaactgtt acaagaaagc tgaacgctga cagaacctat 960
acaggtgatg gtaaacaatt aactctcagg ggacgtagtc ttatgtttgt gagaaatgtg 1020
ggacatttaa tgactaacaa tgctatattg gatgaaaacg gaaatgaagt tccagaaggt 1080
atcttagatg gagtattaac aagtcttata gcaactcata atttcaaaga aaatgcagag 1140
ttcaaaaaca gccttcacaa gagtatatat attgttaaac caaaaatgca ttcaccagca 1200
gaagcagctt ttgctaataa gttatttgat agaatagaag atttacttgg agtagaaaga 1260
aatactatta aaattggtgt tatggatgaa gaaagaagaa tgtcattaaa tttaaagtct 1320
gcaataaatg aagttaaaga aagaatagct tttattaata caggattcct tgatagaact 1380
ggagatgaaa tacacacttc tatggaagca ggacctgtaa ttagaaaggc tgacatgaag 1440
acttcagaat ggctttcttc ttatgaatca gctaatgtag ctgtaggaat aggagcagga 1500
ttaccaggac atgcacagat tggaaaggga atgtgggcaa tgccagacct tatggcagca 1560
atgcttgaac aaaaaatagc acatcctaag gctggggctt caacagcatg ggttccttct 1620
ccaactgcag ctatattgca tgcccttcac tatcatgagg taaacgttaa agaagttcag 1680
gctggtattg atagttctat agattataga gatggaatat tagatatacc tcttgctcca 1740
aatgcagact ggagcgctga ggaagttcag tctgaattag acaacaatgc acaaggaata 1800
cttggatatg ttgtgcgctg gattgatcaa ggtgtaggat gcagcactgt accagatatt 1860
aatgatgttg gtcttatgga agatagggct actctccgta tttcaagtca gcatatagct 1920
aattggctta gacatggtgt gtgtactaaa gaacaggtag aggaaacttt agagagaatg 1980
gctaaagttg tagaccaaca aaatgcagat gatgaacttt atcaaccaat ggcaccaaac 2040
tacgacgatt caattgcatt ccaggctgca tcagacttaa ttttcaaagg agcagagcaa 2100
cctagtgggt atactgagcc aatcctacat gcaagaagaa tagaagcaaa ggctaaggct 2160
aaacaaaaag caacagtaca gaattag 2187
<210> 28
<211> 728
<212> PRT
<213> 芽孢八叠球菌属（Sporosarcina sp.）P30
<400> 28
Met Thr Asn Tyr Glu Lys Val Gly Lys Leu Gln Val Ala Thr Glu Leu
1 5 10 15
Tyr Asn Phe Val Lys Glu Glu Val Leu Pro Gly Leu Glu Ile Gln Asn
20 25 30
Glu Gln Phe Trp Thr Asn Phe Asp Ser Leu Ile His Glu Leu Ala Pro
35 40 45
Glu Asn Lys Ala Leu Leu Glu Lys Arg Asp Glu Leu Gln Lys Thr Ile
50 55 60
Ser Glu Trp His Gln Asn Asn Lys Gly Glu Ile Asp Phe Ala Lys Tyr
65 70 75 80
Lys Glu Phe Leu Gln Glu Ile Gly Tyr Leu Glu Pro Val Pro Glu Asp
85 90 95
Phe Lys Val Thr Thr Ala Asn Val Asp Asn Glu Val Ala Asn Gln Ala
100 105 110
Gly Ser Gln Leu Val Val Pro Ile Asp Asn Ala Arg Tyr Ala Leu Asn
115 120 125
Ala Ala Asn Ala Arg Trp Gly Ser Leu Tyr Asp Ala Leu Tyr Gly Ser
130 135 140
Asp Val Ile Ser Asp Glu Ala Gly Ala Glu Ala Gly Val Gln Tyr Asn
145 150 155 160
Pro Ile Arg Gly Gln Lys Val Ile Asp Phe Ala Lys Asn Leu Leu Asp
165 170 175
Gln Ala Ala Pro Leu Ala Glu Gly Ser His Ala Asp Val Thr Ala Tyr
180 185 190
Lys Ile Val Glu Gly Lys Leu Gln Val Thr Leu Glu Ser Gly Asn Thr
195 200 205
Ala Leu Leu Gln Asp Glu Ser Lys Phe Val Gly Tyr Asn Gly Ser Glu
210 215 220
Asp Ala Pro Thr Ala Val Leu Leu Val Asn Asn Gly Leu His Ile Glu
225 230 235 240
Ile Ala Ile Asp Lys Asn Asn Pro Ile Gly Lys Ser Asp Lys Ala Gly
245 250 255
Val Lys Asp Leu Val Leu Glu Ala Ala Leu Ser Thr Leu Met Asp Cys
260 265 270
Glu Asp Ser Ile Ala Ala Val Asp Ala Glu Asp Lys Val Gly Val Tyr
275 280 285
Arg Asn Trp Leu Gly Leu Met Lys Gly Asp Leu Glu Ser Thr Phe Lys
290 295 300
Arg Gly Ser Lys Thr Val Thr Arg Lys Leu Asn Ala Asp Arg Thr Tyr
305 310 315 320
Thr Gly Asp Gly Lys Gln Leu Thr Leu Arg Gly Arg Ser Leu Met Phe
325 330 335
Val Arg Asn Val Gly His Leu Met Thr Asn Asn Ala Ile Leu Asp Glu
340 345 350
Asn Gly Asn Glu Val Pro Glu Gly Ile Leu Asp Gly Val Leu Thr Ser
355 360 365
Leu Ile Ala Thr His Asn Phe Lys Glu Asn Ala Glu Phe Lys Asn Ser
370 375 380
Leu His Lys Ser Ile Tyr Ile Val Lys Pro Lys Met His Ser Pro Ala
385 390 395 400
Glu Ala Ala Phe Ala Asn Lys Leu Phe Asp Arg Ile Glu Asp Leu Leu
405 410 415
Gly Val Glu Arg Asn Thr Ile Lys Ile Gly Val Met Asp Glu Glu Arg
420 425 430
Arg Met Ser Leu Asn Leu Lys Ser Ala Ile Asn Glu Val Lys Glu Arg
435 440 445
Ile Ala Phe Ile Asn Thr Gly Phe Leu Asp Arg Thr Gly Asp Glu Ile
450 455 460
His Thr Ser Met Glu Ala Gly Pro Val Ile Arg Lys Ala Asp Met Lys
465 470 475 480
Thr Ser Glu Trp Leu Ser Ser Tyr Glu Ser Ala Asn Val Ala Val Gly
485 490 495
Ile Gly Ala Gly Leu Pro Gly His Ala Gln Ile Gly Lys Gly Met Trp
500 505 510
Ala Met Pro Asp Leu Met Ala Ala Met Leu Glu Gln Lys Ile Ala His
515 520 525
Pro Lys Ala Gly Ala Ser Thr Ala Trp Val Pro Ser Pro Thr Ala Ala
530 535 540
Ile Leu His Ala Leu His Tyr His Glu Val Asn Val Lys Glu Val Gln
545 550 555 560
Ala Gly Ile Asp Ser Ser Ile Asp Tyr Arg Asp Gly Ile Leu Asp Ile
565 570 575
Pro Leu Ala Pro Asn Ala Asp Trp Ser Ala Glu Glu Val Gln Ser Glu
580 585 590
Leu Asp Asn Asn Ala Gln Gly Ile Leu Gly Tyr Val Val Arg Trp Ile
595 600 605
Asp Gln Gly Val Gly Cys Ser Thr Val Pro Asp Ile Asn Asp Val Gly
610 615 620
Leu Met Glu Asp Arg Ala Thr Leu Arg Ile Ser Ser Gln His Ile Ala
625 630 635 640
Asn Trp Leu Arg His Gly Val Cys Thr Lys Glu Gln Val Glu Glu Thr
645 650 655
Leu Glu Arg Met Ala Lys Val Val Asp Gln Gln Asn Ala Asp Asp Glu
660 665 670
Leu Tyr Gln Pro Met Ala Pro Asn Tyr Asp Asp Ser Ile Ala Phe Gln
675 680 685
Ala Ala Ser Asp Leu Ile Phe Lys Gly Ala Glu Gln Pro Ser Gly Tyr
690 695 700
Thr Glu Pro Ile Leu His Ala Arg Arg Ile Glu Ala Lys Ala Lys Ala
705 710 715 720
Lys Gln Lys Ala Thr Val Gln Asn
725
<210> 29
<211> 2181
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 29
atggaaaatt atgtaaaagt aggctcatta caagtagcaa gtgaacttta tgaatttatt 60
aactcagagg ctctacctgg aagtgatttg gaaccagaga aattttggag tggatttgaa 120
aaattagttc atgatcttac tcctaaaaat aagcaacttc ttgcccgtag agatgaaata 180
caaagtaaaa taaatacttg gcacagagag aacaatcaat cctttaactt cgaaacttat 240
aagagtttcc tagaagaaat aggatattta gaaacagaag tagaggattt tgatataaaa 300
acagaaggtg tagatgatga aatagctgta caggctggtc cacagcttgt agtacctgta 360
aacaatgcaa gatatgcaat aaatgctgca aatgctagat ggggttcact atatgatgct 420
ttatatggta cagatgctat aagtgaagaa ggcggcgcca cacgtgcagg cggctataat 480
cctgttagag gagaaaaggt aatagatttt gcaagagaat ttttagatca agcagtccct 540
cttaatggtt tttcccacaa agaagcaaca agttatttag tagtagatgg aaaacttaca 600
gttaagctga aaaatggaga atctacagga ttaaagaatg aggaaaaatt tgcaggatat 660
cagggtgcac cggaacaacc ttctgcagtt cttttaaaga acaatggcct tcactttgaa 720
attcaaatag atagatctca tccaatagga caaactgatg aagcgggagt taaagatttg 780
ttacttgaat ctgctgtaac tactataatg gactgtgaag attctgttac tgcagtagat 840
gcagaagaca aagttttagt ttatagaaat tggcttggat taatgaaagg ggatttggaa 900
gcatctttct caaagggtaa taaatcaatg atgagaaaat taaatgcaga cagaaaatac 960
tcctctccaa ctggcggcga attaagtttg aagggaagaa gtttgttatt tgtaagaaat 1020
gttggccatc ttatgtctat aaatgcaata cttgatcaag acggtgaaga aatacaggaa 1080
ggtattttag acactgttat gacatcgctt atagctaaac atacattact tggaaacggt 1140
tcataccaaa atacttcaaa gggttctgtt tatatagtta aacctaagat gcatggttct 1200
gaagaagtag catttgcaaa tgaattattt gatagagtag aagatttact tgaattacag 1260
agaaatacat tgaaaatagg agtaatggat gaagaaagaa ggacatctct aaacttaaaa 1320
gcatgtatta gacaagttaa agatcgtatt gtatttataa atacaggatt ccttgacagg 1380
acaggtgatg agattcatac aagtatggaa gcaggacctg tagtaagaaa aaatgaaatg 1440
aaatcttcaa aatggcttca agcctatgaa caaagtaatg ttattgctgg attatcatca 1500
ggatttcaag gacaggcaca aataggaaaa ggaatgtggg ctatgccaga tttaatgaaa 1560
gagatgatgg aacagaagat aggacatcta aaaactggtg ctaatactgc ctgggttcca 1620
agccctacag cggctacatt gcatgcactt cattatcatc aagttgacat tacaaaagtt 1680
caagatgaac gtgccaacga taaaagagat ttaagagatg atattttaga atttccagta 1740
gtaactaatc cacagtggac gcccgaagaa atacagaatg aattagataa taatgcacaa 1800
tccatacttg gatacgttgt tagatgggtt gaacagggag ttggttgttc aaaagtacct 1860
gacataaaca atgttggatt aatggaagac agggctacat taagaataag cagtcagcat 1920
gtagctaatt ggcttcatca tggaatatgt aagaaggaac aagttattga aacacttcaa 1980
aggatggcaa aggttgtaga tgaacaaaat gctggaaatt tggcttatag gcctatggca 2040
gcaaattatg atgactcagt agcatttcag gctgcctgtg atttaatttt acaaggatat 2100
gatcagccat ctggatacac agagcctata ctacacagaa ggcgtataga ggctaaggct 2160
aaatttgcaa ttaaacaata a 2181
<210> 30
<211> 726
<212> PRT
<213> 芽孢杆菌属（Bacillus sp.）cl95
<400> 30
Met Glu Asn Tyr Val Lys Val Gly Ser Leu Gln Val Ala Ser Glu Leu
1 5 10 15
Tyr Glu Phe Ile Asn Ser Glu Ala Leu Pro Gly Ser Asp Leu Glu Pro
20 25 30
Glu Lys Phe Trp Ser Gly Phe Glu Lys Leu Val His Asp Leu Thr Pro
35 40 45
Lys Asn Lys Gln Leu Leu Ala Arg Arg Asp Glu Ile Gln Ser Lys Ile
50 55 60
Asn Thr Trp His Arg Glu Asn Asn Gln Ser Phe Asn Phe Glu Thr Tyr
65 70 75 80
Lys Ser Phe Leu Glu Glu Ile Gly Tyr Leu Glu Thr Glu Val Glu Asp
85 90 95
Phe Asp Ile Lys Thr Glu Gly Val Asp Asp Glu Ile Ala Val Gln Ala
100 105 110
Gly Pro Gln Leu Val Val Pro Val Asn Asn Ala Arg Tyr Ala Ile Asn
115 120 125
Ala Ala Asn Ala Arg Trp Gly Ser Leu Tyr Asp Ala Leu Tyr Gly Thr
130 135 140
Asp Ala Ile Ser Glu Glu Gly Gly Ala Thr Arg Ala Gly Gly Tyr Asn
145 150 155 160
Pro Val Arg Gly Glu Lys Val Ile Asp Phe Ala Arg Glu Phe Leu Asp
165 170 175
Gln Ala Val Pro Leu Asn Gly Phe Ser His Lys Glu Ala Thr Ser Tyr
180 185 190
Leu Val Val Asp Gly Lys Leu Thr Val Lys Leu Lys Asn Gly Glu Ser
195 200 205
Thr Gly Leu Lys Asn Glu Glu Lys Phe Ala Gly Tyr Gln Gly Ala Pro
210 215 220
Glu Gln Pro Ser Ala Val Leu Leu Lys Asn Asn Gly Leu His Phe Glu
225 230 235 240
Ile Gln Ile Asp Arg Ser His Pro Ile Gly Gln Thr Asp Glu Ala Gly
245 250 255
Val Lys Asp Leu Leu Leu Glu Ser Ala Val Thr Thr Ile Met Asp Cys
260 265 270
Glu Asp Ser Val Thr Ala Val Asp Ala Glu Asp Lys Val Leu Val Tyr
275 280 285
Arg Asn Trp Leu Gly Leu Met Lys Gly Asp Leu Glu Ala Ser Phe Ser
290 295 300
Lys Gly Asn Lys Ser Met Met Arg Lys Leu Asn Ala Asp Arg Lys Tyr
305 310 315 320
Ser Ser Pro Thr Gly Gly Glu Leu Ser Leu Lys Gly Arg Ser Leu Leu
325 330 335
Phe Val Arg Asn Val Gly His Leu Met Ser Ile Asn Ala Ile Leu Asp
340 345 350
Gln Asp Gly Glu Glu Ile Gln Glu Gly Ile Leu Asp Thr Val Met Thr
355 360 365
Ser Leu Ile Ala Lys His Thr Leu Leu Gly Asn Gly Ser Tyr Gln Asn
370 375 380
Thr Ser Lys Gly Ser Val Tyr Ile Val Lys Pro Lys Met His Gly Ser
385 390 395 400
Glu Glu Val Ala Phe Ala Asn Glu Leu Phe Asp Arg Val Glu Asp Leu
405 410 415
Leu Glu Leu Gln Arg Asn Thr Leu Lys Ile Gly Val Met Asp Glu Glu
420 425 430
Arg Arg Thr Ser Leu Asn Leu Lys Ala Cys Ile Arg Gln Val Lys Asp
435 440 445
Arg Ile Val Phe Ile Asn Thr Gly Phe Leu Asp Arg Thr Gly Asp Glu
450 455 460
Ile His Thr Ser Met Glu Ala Gly Pro Val Val Arg Lys Asn Glu Met
465 470 475 480
Lys Ser Ser Lys Trp Leu Gln Ala Tyr Glu Gln Ser Asn Val Ile Ala
485 490 495
Gly Leu Ser Ser Gly Phe Gln Gly Gln Ala Gln Ile Gly Lys Gly Met
500 505 510
Trp Ala Met Pro Asp Leu Met Lys Glu Met Met Glu Gln Lys Ile Gly
515 520 525
His Leu Lys Thr Gly Ala Asn Thr Ala Trp Val Pro Ser Pro Thr Ala
530 535 540
Ala Thr Leu His Ala Leu His Tyr His Gln Val Asp Ile Thr Lys Val
545 550 555 560
Gln Asp Glu Arg Ala Asn Asp Lys Arg Asp Leu Arg Asp Asp Ile Leu
565 570 575
Glu Phe Pro Val Val Thr Asn Pro Gln Trp Thr Pro Glu Glu Ile Gln
580 585 590
Asn Glu Leu Asp Asn Asn Ala Gln Ser Ile Leu Gly Tyr Val Val Arg
595 600 605
Trp Val Glu Gln Gly Val Gly Cys Ser Lys Val Pro Asp Ile Asn Asn
610 615 620
Val Gly Leu Met Glu Asp Arg Ala Thr Leu Arg Ile Ser Ser Gln His
625 630 635 640
Val Ala Asn Trp Leu His His Gly Ile Cys Lys Lys Glu Gln Val Ile
645 650 655
Glu Thr Leu Gln Arg Met Ala Lys Val Val Asp Glu Gln Asn Ala Gly
660 665 670
Asn Leu Ala Tyr Arg Pro Met Ala Ala Asn Tyr Asp Asp Ser Val Ala
675 680 685
Phe Gln Ala Ala Cys Asp Leu Ile Leu Gln Gly Tyr Asp Gln Pro Ser
690 695 700
Gly Tyr Thr Glu Pro Ile Leu His Arg Arg Arg Ile Glu Ala Lys Ala
705 710 715 720
Lys Phe Ala Ile Lys Gln
725
<210> 31
<211> 1623
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 31
atgtcagcac cagcaccatc aactttagct atagtagatg cagaaccatt accaagacaa 60
gaggaagtgc ttacagatgc tgcacttgct tttgttgctg aattgcacag aagatttaca 120
ccacgtagag atgaattatt agcaagaagg gcagaaagaa gagcggaaat agctagaact 180
tctacactgg atttcttgcc agaaacagca gctatacgtg ctgatgacag ctggaaggta 240
gcccctgctc cagctgctct caacgacaga agagtagaaa taacaggacc tacagataga 300
aagatgacta taaacgctct aaatagtggt gctaaagttt ggctagcaga ttttgaagat 360
gcttcagctc caacttggga aaatgttgtt ttgggacaat taaatcttgc atcagcttat 420
actagatcca ttgactttac agatgagaga actggaaaga gttatgcact tcgtccggat 480
gctgaattag caacggtagt tatgaggcct agaggttggc atcttgatga aagacatctt 540
caggtagacg gtaggcctgt acctggtgca ttagtggact ttgggcttta tttttttcat 600
aatgcacaaa gattgcttga tctaggtaag ggaccatact tctatttacc taaaactgaa 660
tctcatcttg aagcaagact atggaatgaa gtatttgtat ttgcacagga ttatgtaggt 720
ataccacagg gaactgtcag agcaactgta cttatagaaa ctattacagc agcctatgaa 780
atggaagaaa tactttacga gcttagggac catgcaagtg gcttaaatgc aggaagatgg 840
gattatctat tttccatagt taaaaatttt agggacggcg gcgctaaatt tgttttacct 900
gatagaaatg cagttactat gactgctcca tttatgcgtg cttatacaga attattagta 960
cgtacctgtc acaagagagg agcacatgct ataggcggca tggcagcatt tatacctagt 1020
agaagggatg cagaggtaaa taaagtagca tttgaaaaag taagagcaga taaggaccgt 1080
gaggctggtg atggttttga tggcagctgg gttgctcatc cggatcttgt acctatagca 1140
atggagagtt ttgataaggt acttggagat aaaccaaacc aaaaggacag gcttagagaa 1200
gatgtagatg taaaagcagc tgatttaatt gccgtagatt cacttgaggc taaacctacc 1260
tatgcaggat tagttaatgc agttcaagta ggtattagat atattgaagc atggcttaga 1320
ggattaggtg ctgtagctat atttaactta atggaagatg ctgctactgc agaaatatca 1380
aggagtcaga tttggcaatg gattaatgct gaggtagttc ttgataatgg tgaacaggta 1440
acagctgatt tagcccgtaa agtagctgca gaagaattgg caggaataag agcagaaata 1500
ggtgaagagg catttgcagc gggcaactgg caacaggctc atgatttgtt acttactgta 1560
tctttagatg aagattatgc agattttttg actttaccag cttatgaaca acttaaagga 1620
taa 1623
<210> 32
<211> 540
<212> PRT
<213> 天蓝色链霉菌（Streptomyces coelicolor）
<400> 32
Met Ser Ala Pro Ala Pro Ser Thr Leu Ala Ile Val Asp Ala Glu Pro
1 5 10 15
Leu Pro Arg Gln Glu Glu Val Leu Thr Asp Ala Ala Leu Ala Phe Val
20 25 30
Ala Glu Leu His Arg Arg Phe Thr Pro Arg Arg Asp Glu Leu Leu Ala
35 40 45
Arg Arg Ala Glu Arg Arg Ala Glu Ile Ala Arg Thr Ser Thr Leu Asp
50 55 60
Phe Leu Pro Glu Thr Ala Ala Ile Arg Ala Asp Asp Ser Trp Lys Val
65 70 75 80
Ala Pro Ala Pro Ala Ala Leu Asn Asp Arg Arg Val Glu Ile Thr Gly
85 90 95
Pro Thr Asp Arg Lys Met Thr Ile Asn Ala Leu Asn Ser Gly Ala Lys
100 105 110
Val Trp Leu Ala Asp Phe Glu Asp Ala Ser Ala Pro Thr Trp Glu Asn
115 120 125
Val Val Leu Gly Gln Leu Asn Leu Ala Ser Ala Tyr Thr Arg Ser Ile
130 135 140
Asp Phe Thr Asp Glu Arg Thr Gly Lys Ser Tyr Ala Leu Arg Pro Asp
145 150 155 160
Ala Glu Leu Ala Thr Val Val Met Arg Pro Arg Gly Trp His Leu Asp
165 170 175
Glu Arg His Leu Gln Val Asp Gly Arg Pro Val Pro Gly Ala Leu Val
180 185 190
Asp Phe Gly Leu Tyr Phe Phe His Asn Ala Gln Arg Leu Leu Asp Leu
195 200 205
Gly Lys Gly Pro Tyr Phe Tyr Leu Pro Lys Thr Glu Ser His Leu Glu
210 215 220
Ala Arg Leu Trp Asn Glu Val Phe Val Phe Ala Gln Asp Tyr Val Gly
225 230 235 240
Ile Pro Gln Gly Thr Val Arg Ala Thr Val Leu Ile Glu Thr Ile Thr
245 250 255
Ala Ala Tyr Glu Met Glu Glu Ile Leu Tyr Glu Leu Arg Asp His Ala
260 265 270
Ser Gly Leu Asn Ala Gly Arg Trp Asp Tyr Leu Phe Ser Ile Val Lys
275 280 285
Asn Phe Arg Asp Gly Gly Ala Lys Phe Val Leu Pro Asp Arg Asn Ala
290 295 300
Val Thr Met Thr Ala Pro Phe Met Arg Ala Tyr Thr Glu Leu Leu Val
305 310 315 320
Arg Thr Cys His Lys Arg Gly Ala His Ala Ile Gly Gly Met Ala Ala
325 330 335
Phe Ile Pro Ser Arg Arg Asp Ala Glu Val Asn Lys Val Ala Phe Glu
340 345 350
Lys Val Arg Ala Asp Lys Asp Arg Glu Ala Gly Asp Gly Phe Asp Gly
355 360 365
Ser Trp Val Ala His Pro Asp Leu Val Pro Ile Ala Met Glu Ser Phe
370 375 380
Asp Lys Val Leu Gly Asp Lys Pro Asn Gln Lys Asp Arg Leu Arg Glu
385 390 395 400
Asp Val Asp Val Lys Ala Ala Asp Leu Ile Ala Val Asp Ser Leu Glu
405 410 415
Ala Lys Pro Thr Tyr Ala Gly Leu Val Asn Ala Val Gln Val Gly Ile
420 425 430
Arg Tyr Ile Glu Ala Trp Leu Arg Gly Leu Gly Ala Val Ala Ile Phe
435 440 445
Asn Leu Met Glu Asp Ala Ala Thr Ala Glu Ile Ser Arg Ser Gln Ile
450 455 460
Trp Gln Trp Ile Asn Ala Glu Val Val Leu Asp Asn Gly Glu Gln Val
465 470 475 480
Thr Ala Asp Leu Ala Arg Lys Val Ala Ala Glu Glu Leu Ala Gly Ile
485 490 495
Arg Ala Glu Ile Gly Glu Glu Ala Phe Ala Ala Gly Asn Trp Gln Gln
500 505 510
Ala His Asp Leu Leu Leu Thr Val Ser Leu Asp Glu Asp Tyr Ala Asp
515 520 525
Phe Leu Thr Leu Pro Ala Tyr Glu Gln Leu Lys Gly
530 535 540
<210> 33
<211> 2190
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 33
atgaccaatt atgaaaaagt aggtaagtta caggtagcaa ctgaattagt aaattttgta 60
aatgaggaag tattacctgg cttagaaata cagaaagatc aattctggac caatttcgat 120
tcactgatcc atgaattagc tccagaaaat aaagcacttt tagaaaaaag atcagaactt 180
cagaatgcaa tttctgaatg gcatcagcaa aataaaggac aaatagatgc tgcaaaatat 240
aaggaatttc tggaagaaat aggatattta gagccagttg ctgaagattt tcaggtaact 300
acaagcaatg tagataatga aattgctaat caggctggtt ctcaattagt tgtaccaatt 360
gataatgcaa gatatgcttt aaatgcagct aatgctagat ggggttcact atatgatgca 420
ttatatggaa cagatgttat atctgatgaa gatggagcac aggcaggagc agagtataat 480
cctaaaagag gacaaaaagt tattgctttt gctaagaatt tacttgatca ggctgctcct 540
ttagctgagg gatctcatgc agatgcagct gcttataaaa ttgcagatgg aacattacag 600
gttactttag aaaatggaaa aacaactgca cttcaggatg aaagcaagct ggcaggatat 660
aacggaagtg aagatgcccc agaagcagtg ttactagtaa ataatggact tcatattgaa 720
attgcaatag atagaaatca tcctataggt aaagatgata aggctggtgt aaaagaccta 780
gtgcttgaag cagctttatc tacattaatg gattgtgaag atagtatagc agcagtagat 840
gcagaagaca aagtaggtgt ttatagaaat tggttagggc ttatgaaagg agatttagag 900
gcttcattta agagaggaaa taagacagta actagaagaa tgaatgcaga tagaaaatat 960
aaaactgcag atggtaaaga atttacattg cacggaaggt cattgatgtt tgtaagaaat 1020
gtaggacatc ttatgacaaa taatgcaatc ctagatgaaa acggaaatga agttccagaa 1080
ggtatacttg atggagttat aacatcttta attgcaactc ataacttcaa atcagataca 1140
gaatttaaga attcaagaca cggatcaatt tatatagtta agcctaaaat gcatagtcca 1200
gcagaggctg cttttgcaaa taaattattc gatagaatag aggatttatt agggttagag 1260
agaaatacta taaaaatagg attgatggac gaggaacgta gaatgtcctt aaatcttaaa 1320
tctgctataa atgaagttaa agaacgtatt gcttttatta atactggatt ccttgataga 1380
acaggagatg aaatacacac tagcatggaa gcaggacctg taataagaaa agcagacatg 1440
aaggcttcaa actggttaag ttcctatgaa gcaagcaatg ttgcagtagg tataaaagca 1500
ggattaccgg gacatgcaca aataggtaaa ggaatgtggg caatgccaga tatgatggca 1560
gcaatgttag aacagaaggt agctcatcca aaagcaggag catccactgc atgggtacca 1620
tcaccaactg cagctaccct tcatgcacta cattatcatg aagtaaatgt aaaagatgtt 1680
caggctggaa tagattcctc tgtagattat agggatggaa tattagagat acctttggca 1740
ccgtcggtag attggacacc agaagaagtt caatctgaat tagataataa tgcccaagga 1800
atattaggat atgtagtaag atggatagat caaggtgtag gatgttctaa ggtaccagat 1860
ataaatgatg tgggccttat ggaagacagg gcaacattac gaatatctag tcagcatata 1920
gcaaattggc ttagacacgg aatatgtaca aaagaacaag ttcaagaaac attagaaaga 1980
atggctaaag ttgtagatgg tcaaaatgca gatgacgaat tgtaccaacc tatggcacca 2040
aattatgatg attctatagc attccaggct gcttgtgact taatattcaa aggagcagaa 2100
cagccaagtg gatatactga accaattcta catgctagaa gaatagaggc taaggctaaa 2160
gccaagcaaa aagcaactgt acagaattag 2190
<210> 34
<211> 729
<212> PRT
<213> 芽孢八叠球菌属（Sporosarcina sp.）P35
<400> 34
Met Thr Asn Tyr Glu Lys Val Gly Lys Leu Gln Val Ala Thr Glu Leu
1 5 10 15
Val Asn Phe Val Asn Glu Glu Val Leu Pro Gly Leu Glu Ile Gln Lys
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Asp Gln Phe Trp Thr Asn Phe Asp Ser Leu Ile His Glu Leu Ala Pro
35 40 45
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50 55 60
Ser Glu Trp His Gln Gln Asn Lys Gly Gln Ile Asp Ala Ala Lys Tyr
65 70 75 80
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85 90 95
Phe Gln Val Thr Thr Ser Asn Val Asp Asn Glu Ile Ala Asn Gln Ala
100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
Asp Val Ile Ser Asp Glu Asp Gly Ala Gln Ala Gly Ala Glu Tyr Asn
145 150 155 160
Pro Lys Arg Gly Gln Lys Val Ile Ala Phe Ala Lys Asn Leu Leu Asp
165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
Ile Ala Ile Asp Arg Asn His Pro Ile Gly Lys Asp Asp Lys Ala Gly
245 250 255
Val Lys Asp Leu Val Leu Glu Ala Ala Leu Ser Thr Leu Met Asp Cys
260 265 270
Glu Asp Ser Ile Ala Ala Val Asp Ala Glu Asp Lys Val Gly Val Tyr
275 280 285
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Arg Gly Asn Lys Thr Val Thr Arg Arg Met Asn Ala Asp Arg Lys Tyr
305 310 315 320
Lys Thr Ala Asp Gly Lys Glu Phe Thr Leu His Gly Arg Ser Leu Met
325 330 335
Phe Val Arg Asn Val Gly His Leu Met Thr Asn Asn Ala Ile Leu Asp
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355 360 365
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Arg Arg Met Ser Leu Asn Leu Lys Ser Ala Ile Asn Glu Val Lys Glu
435 440 445
Arg Ile Ala Phe Ile Asn Thr Gly Phe Leu Asp Arg Thr Gly Asp Glu
450 455 460
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500 505 510
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610 615 620
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<210> 35
<211> 2181
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 35
atggtagcgt ataaacaaat aggaaaactt caggtagctc cagttttata taattttata 60
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cagttaattc atgaattgac tcctgaaaat aaggctctac ttgctaaaag agatgaatta 180
caagcaaaac taaacagatg gtacagagaa aatagggact cattcgattt tgaagcatac 240
aaggcttttt taacatctat tggatatctt gaagcagatg ttgcagattt tcaaatatca 300
actgctaatg tagatgatga aattgcttta caggctggtc ctcaattagt tgtaccagta 360
aataatgcaa gatatgctat aaatgctgca aatgcaagat ggggttcttt gtatgatgcc 420
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cctattcgag gtgagaaggt aataactttt gctaaaagct ttttaaatca cactattccc 540
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ttgcttcaag atggaactac tacagagtta aaagaaccat caaaatgggt tggctatcaa 660
ggggatggtt caaatccatc agcactttta tttaagaata atggacttca ctttgaaata 720
cagatagata gacaggatgc cataggtaaa tcagatgatg ctggtgtaaa agatgtattg 780
ttagagtcag ctgtaacaac tattatggat tgtgaagata gtgtagctgc cgtagatgca 840
gaagataaag ttgaagtata caggaactgg ttgggattaa tgaaaggtga tctgaaggca 900
agatttaaga aaggtgcaaa aactatgaca agaacattga atgatgacag acagtataaa 960
actgcaaatg gagatactgt aacattatca ggtagatcct taatgtttgt tagaaatgta 1020
ggacatttga tgtcaaattc tgctatttta gatgcaaatg gagatgaaat acaggaagga 1080
atacttgatt caataataac ttcacttata gctaaacata ctttattagg aacaggaaaa 1140
taccaaaaca gccaaaaggg aagtgtttat attgtaaaac ctaaaatgca tggttcagaa 1200
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catactttaa aaataggtgt catggatgaa gaaagaagaa cttcattaaa tttaaaagca 1320
tgcatagaga aagtaaagaa tagggtagct tttataaaca ctggtttttt ggatagaact 1380
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atgttaaaac aaaaagtagg acatcttcag gctggagcca atacagcatg ggtaccttca 1620
ccaacagcag ccactttaca tgccttgcac tatcatgaag tatccgtagt tgatgtacag 1680
aatcaacttg ctaacaattc tacaaatttg agggatgata ttttacaggt acctcttgca 1740
aaagagccaa attggacaaa agaggaagtt caacaggaat tggacaacaa tgcgcaaggc 1800
attttaggat acgtggtaag atgggtagac caaggtatag gttgttctaa agtgcctgac 1860
ataaatgatg ttggacttat ggaagatagg gcaactctaa gaatatcatc acaacatgta 1920
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cactacgagg aatctatagc attccaggca gcctgtgatt tagtattcaa aggctatgat 2100
cagccaaatg gatatacaga gcctatattg catgcaagaa gaatagaggc taaggcaaaa 2160
caagcaatag aacagaaata a 2181
<210> 36
<211> 726
<212> PRT
<213> 芽孢杆菌属VT 712
<400> 36
Met Val Ala Tyr Lys Gln Ile Gly Lys Leu Gln Val Ala Pro Val Leu
1 5 10 15
Tyr Asn Phe Ile Asn Glu Glu Ala Leu Pro Glu Thr Gly Leu Gln Glu
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Glu Ala Phe Trp Ala Gly Phe Glu Gln Leu Ile His Glu Leu Thr Pro
35 40 45
Glu Asn Lys Ala Leu Leu Ala Lys Arg Asp Glu Leu Gln Ala Lys Leu
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Asn Arg Trp Tyr Arg Glu Asn Arg Asp Ser Phe Asp Phe Glu Ala Tyr
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Gly Pro Gln Leu Val Val Pro Val Asn Asn Ala Arg Tyr Ala Ile Asn
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195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
Gln Ile Asp Arg Gln Asp Ala Ile Gly Lys Ser Asp Asp Ala Gly Val
245 250 255
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275 280 285
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Thr Ala Asn Gly Asp Thr Val Thr Leu Ser Gly Arg Ser Leu Met Phe
325 330 335
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435 440 445
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485 490 495
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515 520 525
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530 535 540
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565 570 575
Val Pro Leu Ala Lys Glu Pro Asn Trp Thr Lys Glu Glu Val Gln Gln
580 585 590
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595 600 605
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Ala Asn Trp Leu His His Gly Ile Cys Thr Lys Glu Gln Val Leu Ala
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Ala Asn Tyr Gln Pro Met Ala Pro His Tyr Glu Glu Ser Ile Ala Phe
675 680 685
Gln Ala Ala Cys Asp Leu Val Phe Lys Gly Tyr Asp Gln Pro Asn Gly
690 695 700
Tyr Thr Glu Pro Ile Leu His Ala Arg Arg Ile Glu Ala Lys Ala Lys
705 710 715 720
Gln Ala Ile Glu Gln Lys
725
<210> 37
<211> 2181
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 37
atggcaaact atagaaaaat aggaaattta caggtagacg aggcacttca tcaatttctt 60
caaaaagagg ctttaccagg tacaggactt gaagaaaagg ctttttggaa tggatttgag 120
aaacttatag aagtattaac tccagaaaat aaaagacttc ttgcaaagag agaagagctt 180
caaagagaac ttgatagata tcactcagag aaaagagatg atttttcatt tgaagcatac 240
aagcaatttt tacttgattt aggatatctt ttacctgaac ctggagagtt caaaataagg 300
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ttattggaag cagcagtaac tgttataatg gattgtgaag attctgtagc tgctgtagat 840
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gcagatttta gcaagggcgg caaaataata tcaagaaaat taaatggtgt acgtcattat 960
agagatcctg aaggaaatct tttttcattg cctggaagat cattactttt cgtaagaaat 1020
gtaggtcatc ttatgactaa cccagctgtt ttggataaag aaggaaatga agtttatgaa 1080
ggtattctag atgcagtatt cacatcttta gctggaatgc acagcttatt aaatactgaa 1140
gagcccgcaa actcaagaaa aggatctata tatatagtta agccaaaaat gcacgggcca 1200
gaagaagttg cttatgcagg agaactattt gataaaactg aagatctttt aggacttgac 1260
agaaacactc ttaaaattgg attaatggat gaagaaagga gaacttcatt aaatttaaag 1320
tcttgtataa aagaagtaaa agatcgtatt gtatttataa atacaggttt tttagataga 1380
acaggtgatg aaatacattc atctatggaa gcaggaccta tggtgagaaa gggagaaatg 1440
aaaaaatcaa actggcttca ggcttatgaa acttcaaatg tttccacggg tctttcagca 1500
ggattttctg gtaaggcaca gatcggaaag ggtatgtggg caatgccaga taaaatgaaa 1560
gaaatgctgg aacagaaagg tgcccagttg aaaactggtg ctaatacagc atgggttcca 1620
tctccatctg cagcagtact tcatgcccta cattatcatc aaataaatgt taaaggtata 1680
caagagaaag aatgccaaaa tccgtctctt tatcgtgacg aaatgctgtc aataccagtt 1740
gaaacctgtg gttcttggtc aagtgaagaa attcaagttg aaatagaaaa taatgcacaa 1800
ggtatattgg gatacgtagt tagatgggta gaacagggta taggatgctc taaagtccct 1860
gatattcatg atgtaggcct catggaagat agagcaactt taagaataag tagtcagcat 1920
cttgctaatt ggatacatca caagatagtt tcaagagaac aggtaatgaa tgctttaaaa 1980
aagatggcta aaattgtaga tgcacaaaat gaaaatgaac cgggctataa aagaatgagc 2040
gatgacttct ctacatctgt tgcattccag gctgcctgtg aattaatatt tgaaggcaga 2100
aatcaaccta atggatatac ggaacctatt ctccacaaga gaagattaga ggctaaatcc 2160
aaaatggcag taagacaata a 2181
<210> 38
<211> 726
<212> PRT
<213> 婴儿芽孢杆菌（Bacillus infantis）NRRL B-14911
<400> 38
Met Ala Asn Tyr Arg Lys Ile Gly Asn Leu Gln Val Asp Glu Ala Leu
1 5 10 15
His Gln Phe Leu Gln Lys Glu Ala Leu Pro Gly Thr Gly Leu Glu Glu
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Lys Gln Phe Leu Leu Asp Leu Gly Tyr Leu Leu Pro Glu Pro Gly Glu
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Phe Lys Ile Arg Thr Glu Asn Val Asp Asp Glu Ile Ala Leu Gln Ala
100 105 110
Gly Pro Gln Leu Val Val Pro Val Asn Asn Ser Arg Tyr Ser Ile Asn
115 120 125
Ala Ala Asn Ala Arg Trp Gly Ser Leu Tyr Asp Ala Leu Tyr Gly Thr
130 135 140
Asp Ala Ile Ser Glu Glu Gly Gly Ala Glu Arg Ser Ile Glu Tyr Asn
145 150 155 160
Arg Val Arg Gly Asn Lys Val Ile Glu Phe Ala Lys Gly Phe Leu Asp
165 170 175
Gln Ala Ala Ala Leu Asp Gly Ala Ser His Lys Glu Ala Val Arg Tyr
180 185 190
Ser Ala Lys Glu Gly Ser Leu Val Ile Thr Leu Lys Asp Gly Ser Ser
195 200 205
Ser Lys Leu Lys Asp Gln Glu Ala Phe Ala Gly Tyr Arg Gly Asp Lys
210 215 220
Asp His Pro Glu Ala Val Leu Leu Lys His His Gly Leu His Phe Glu
225 230 235 240
Ile Gln Ile Asp Arg Ala Ser Asp Ile Gly Lys Ser Asp Pro Ala Gly
245 250 255
Ile Lys Asp Ile Leu Leu Glu Ala Ala Val Thr Val Ile Met Asp Cys
260 265 270
Glu Asp Ser Val Ala Ala Val Asp Ala Glu Asp Lys Val Leu Val Tyr
275 280 285
Arg Asn Trp Leu Gly Leu Met Lys Gly Glu Leu Ser Ala Asp Phe Ser
290 295 300
Lys Gly Gly Lys Ile Ile Ser Arg Lys Leu Asn Gly Val Arg His Tyr
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Arg Asp Pro Glu Gly Asn Leu Phe Ser Leu Pro Gly Arg Ser Leu Leu
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Phe Val Arg Asn Val Gly His Leu Met Thr Asn Pro Ala Val Leu Asp
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Lys Glu Gly Asn Glu Val Tyr Glu Gly Ile Leu Asp Ala Val Phe Thr
355 360 365
Ser Leu Ala Gly Met His Ser Leu Leu Asn Thr Glu Glu Pro Ala Asn
370 375 380
Ser Arg Lys Gly Ser Ile Tyr Ile Val Lys Pro Lys Met His Gly Pro
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435 440 445
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485 490 495
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530 535 540
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545 550 555 560
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565 570 575
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<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 39
atgtatttag tagataaaga agtaattcat gaaacatttg gcaaaggttc agtagtaaat 60
tataatgata attatattaa gattgacttt gaatcaggcg caaagaaatt tgtatttcct 120
gacgtatttg ggaaatatat gactcttgta gatcaggaag cagtaaactt agttaatatg 180
aaaatacaga aaagagaaga agaaaagaaa aaagaggaac ttaagttaat taaagaaaaa 240
gatcttgaaa gagaaagaca gcatatactg gagcaaaaaa aaactatgca atccaggaaa 300
attcatccaa aacaacaggt agtattctgg tgtgaaaccg gagaggaaga taaaatattt 360
actgagggta ggatatttat aggtaaggta aagagtggag aaaataaggg tcagccgaag 420
agattagcaa gaatgacctg gaaatcaggc tgcttactaa caaggcgtga accaggtatg 480
cctgaaaaag acagaaggat attaggagta tttatggctg aagaaggttt caatggtcaa 540
acctgtaagg atggctatat tccagcccat cctgaatata aacttagact tagtgaacaa 600
gaatcagata aaatgttatt ttggaattat tatataaata agaacttccc tactagaatg 660
acttggaatt caggcagaca gagatatttt aacaatattt ggatggcaca aatacttcaa 720
gatattgtaa gcttaaaaaa taaacctgaa gaaagggaaa atgcacagag attctttgaa 780
cacttctgta aagttaacca tataaatgaa gataaacttc ctaaggcaaa tggtgccttg 840
atgcaaattc aataa 855
<210> 40
<211> 284
<212> PRT
<213> 匙形梭菌（Clostridium cochlearium）
<400> 40
Met Tyr Leu Val Asp Lys Glu Val Ile His Glu Thr Phe Gly Lys Gly
1 5 10 15
Ser Val Val Asn Tyr Asn Asp Asn Tyr Ile Lys Ile Asp Phe Glu Ser
20 25 30
Gly Ala Lys Lys Phe Val Phe Pro Asp Val Phe Gly Lys Tyr Met Thr
35 40 45
Leu Val Asp Gln Glu Ala Val Asn Leu Val Asn Met Lys Ile Gln Lys
50 55 60
Arg Glu Glu Glu Lys Lys Lys Glu Glu Leu Lys Leu Ile Lys Glu Lys
65 70 75 80
Asp Leu Glu Arg Glu Arg Gln His Ile Leu Glu Gln Lys Lys Thr Met
85 90 95
Gln Ser Arg Lys Ile His Pro Lys Gln Gln Val Val Phe Trp Cys Glu
100 105 110
Thr Gly Glu Glu Asp Lys Ile Phe Thr Glu Gly Arg Ile Phe Ile Gly
115 120 125
Lys Val Lys Ser Gly Glu Asn Lys Gly Gln Pro Lys Arg Leu Ala Arg
130 135 140
Met Thr Trp Lys Ser Gly Cys Leu Leu Thr Arg Arg Glu Pro Gly Met
145 150 155 160
Pro Glu Lys Asp Arg Arg Ile Leu Gly Val Phe Met Ala Glu Glu Gly
165 170 175
Phe Asn Gly Gln Thr Cys Lys Asp Gly Tyr Ile Pro Ala His Pro Glu
180 185 190
Tyr Lys Leu Arg Leu Ser Glu Gln Glu Ser Asp Lys Met Leu Phe Trp
195 200 205
Asn Tyr Tyr Ile Asn Lys Asn Phe Pro Thr Arg Met Thr Trp Asn Ser
210 215 220
Gly Arg Gln Arg Tyr Phe Asn Asn Ile Trp Met Ala Gln Ile Leu Gln
225 230 235 240
Asp Ile Val Ser Leu Lys Asn Lys Pro Glu Glu Arg Glu Asn Ala Gln
245 250 255
Arg Phe Phe Glu His Phe Cys Lys Val Asn His Ile Asn Glu Asp Lys
260 265 270
Leu Pro Lys Ala Asn Gly Ala Leu Met Gln Ile Gln
275 280
<210> 41
<211> 2178
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 41
atgactaact ataaacaagt aggcaattta aaagtagcac cagtactata tcaattcata 60
aatgaagaag cattaccggg cagtggactt tccacggaaa acttttggtc tgattttgag 120
gctttagtaa ctgagcttac tcctgttaat aaaagactcc ttgaaaaaag ggatcagctt 180
caggcacaaa taaatgcatg gcatcaagaa aatccagatg gtgatttctc tgaatacaag 240
agtttcctaa ctcgtattgg atatcttgag gataaaacag aggatttttt aattggaacg 300
gaaggtgttg acagtgaaat tgcttatcag gctggtcctc aattagtggt tccggtgaat 360
aacgcaaggt atgcaataaa tgctgctaat gcaagatggg gaagtttgta tgatgcttta 420
tatggcactg atgctatttc agaagaaaat ggtgcgtcaa gaactagttc ctacaatcct 480
attaggggag aaaaagttat agcttttgca aaaaatttcc ttgatgaagt tgtaccttta 540
gtccagagct ctcatgcaga ggttgttcaa tacagtttgg aaaatgaaaa attagtagca 600
caattaaatg atggtagctt aacagaactt caagaagaag aaaaattcgt tggatatcag 660
ggagaagaag aatcaccaga tgccttgtta ttcaaaaaca atggacttca ttttgaagtt 720
caaatagata gaacagattc cataggaaaa acagacgatg caggagttaa agatatactt 780
atggaagcag cacttacaac tataatggat tgcgaagatt ctgtagctgc tgttgatgca 840
gaagacaagg ttgacgtgta tagaaactgg ttaggtctta tgaaaggaga tttaactagt 900
acatttaaga agggatctca aaatatgaca agaagattaa atccggatag aacttatata 960
agtccagata agaaaaagat attattgtcg ggaagatcac ttatgtttgt aagaaatgtt 1020
ggacatctta tgactaattc tgctgtatta gatagaaatg gtaacgaaat atacgagggt 1080
attttggatt ctgttattac atctttaatt gcaaaacata ccttattaaa gaatggtact 1140
tatcaaaatt ctaagaaatc aagtatatac attgttaaac caaaaatgca tggatcaaaa 1200
gaagttgctt ttgccaacac attatttaac tctatagaag atatgttagg gttagagcgt 1260
catactataa aaattggagt tatggatgag gaaagaagaa caactttaaa tcttaaagcc 1320
tgtataaagg aagtaaagga cagagtagct tttataaata ctggttttct tgacagaact 1380
ggagatgaaa tacacacatc aatggaagcc ggagcagtta taagaaaaaa cgatatgaag 1440
gcttcaaaat ggcttcaagg atatgaacaa tcaaatgtaa atgtaggatt agctagtgga 1500
tttcaaggaa gggcacaaat aggtaaggga atgtgggcta tgccggatat gatggcagaa 1560
atgcttaaac aaaaagtagg tcatcttaaa gcaggagcca atacggcatg ggttcctagt 1620
cctacagcag caacccttca tgccctacat tatcatcaaa ttgatgttag agatgtacaa 1680
aacgagttac ttacacaatc cacagatctt caggatgata tattacaaat tccagttgct 1740
gaaaagccta attggtctaa agatgaaata cagcaagaat tagataataa tgcacaagga 1800
atacttggat atgtagttag atgggtagat cagggtgtag gttgttcaaa agttccagat 1860
ataaataatg taggacttat ggaagatcgg gctacactgc gcatctcaag tcagcatgta 1920
gcaaattggt tgcatcatgg tatttgtact aaagaacaag ttactgaaac attaaaaaga 1980
atggcgaaag ttgtagatca gcaaaatgaa aatgatccat tatatcagcc tatgagttca 2040
aattacagtg catcaatagc atttcaggct gcgtgcgatc ttgtattcca gggatacgac 2100
caacctaatg gatacacaga accaatattg catagaagaa ggattgaagc aaaggctaaa 2160
gcagcaataa aacaataa 2178
<210> 42
<211> 725
<212> PRT
<213> 巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）
<400> 42
Met Thr Asn Tyr Lys Gln Val Gly Asn Leu Lys Val Ala Pro Val Leu
1 5 10 15
Tyr Gln Phe Ile Asn Glu Glu Ala Leu Pro Gly Ser Gly Leu Ser Thr
20 25 30
Glu Asn Phe Trp Ser Asp Phe Glu Ala Leu Val Thr Glu Leu Thr Pro
35 40 45
Val Asn Lys Arg Leu Leu Glu Lys Arg Asp Gln Leu Gln Ala Gln Ile
50 55 60
Asn Ala Trp His Gln Glu Asn Pro Asp Gly Asp Phe Ser Glu Tyr Lys
65 70 75 80
Ser Phe Leu Thr Arg Ile Gly Tyr Leu Glu Asp Lys Thr Glu Asp Phe
85 90 95
Leu Ile Gly Thr Glu Gly Val Asp Ser Glu Ile Ala Tyr Gln Ala Gly
100 105 110
Pro Gln Leu Val Val Pro Val Asn Asn Ala Arg Tyr Ala Ile Asn Ala
115 120 125
Ala Asn Ala Arg Trp Gly Ser Leu Tyr Asp Ala Leu Tyr Gly Thr Asp
130 135 140
Ala Ile Ser Glu Glu Asn Gly Ala Ser Arg Thr Ser Ser Tyr Asn Pro
145 150 155 160
Ile Arg Gly Glu Lys Val Ile Ala Phe Ala Lys Asn Phe Leu Asp Glu
165 170 175
Val Val Pro Leu Val Gln Ser Ser His Ala Glu Val Val Gln Tyr Ser
180 185 190
Leu Glu Asn Glu Lys Leu Val Ala Gln Leu Asn Asp Gly Ser Leu Thr
195 200 205
Glu Leu Gln Glu Glu Glu Lys Phe Val Gly Tyr Gln Gly Glu Glu Glu
210 215 220
Ser Pro Asp Ala Leu Leu Phe Lys Asn Asn Gly Leu His Phe Glu Val
225 230 235 240
Gln Ile Asp Arg Thr Asp Ser Ile Gly Lys Thr Asp Asp Ala Gly Val
245 250 255
Lys Asp Ile Leu Met Glu Ala Ala Leu Thr Thr Ile Met Asp Cys Glu
260 265 270
Asp Ser Val Ala Ala Val Asp Ala Glu Asp Lys Val Asp Val Tyr Arg
275 280 285
Asn Trp Leu Gly Leu Met Lys Gly Asp Leu Thr Ser Thr Phe Lys Lys
290 295 300
Gly Ser Gln Asn Met Thr Arg Arg Leu Asn Pro Asp Arg Thr Tyr Ile
305 310 315 320
Ser Pro Asp Lys Lys Lys Ile Leu Leu Ser Gly Arg Ser Leu Met Phe
325 330 335
Val Arg Asn Val Gly His Leu Met Thr Asn Ser Ala Val Leu Asp Arg
340 345 350
Asn Gly Asn Glu Ile Tyr Glu Gly Ile Leu Asp Ser Val Ile Thr Ser
355 360 365
Leu Ile Ala Lys His Thr Leu Leu Lys Asn Gly Thr Tyr Gln Asn Ser
370 375 380
Lys Lys Ser Ser Ile Tyr Ile Val Lys Pro Lys Met His Gly Ser Lys
385 390 395 400
Glu Val Ala Phe Ala Asn Thr Leu Phe Asn Ser Ile Glu Asp Met Leu
405 410 415
Gly Leu Glu Arg His Thr Ile Lys Ile Gly Val Met Asp Glu Glu Arg
420 425 430
Arg Thr Thr Leu Asn Leu Lys Ala Cys Ile Lys Glu Val Lys Asp Arg
435 440 445
Val Ala Phe Ile Asn Thr Gly Phe Leu Asp Arg Thr Gly Asp Glu Ile
450 455 460
His Thr Ser Met Glu Ala Gly Ala Val Ile Arg Lys Asn Asp Met Lys
465 470 475 480
Ala Ser Lys Trp Leu Gln Gly Tyr Glu Gln Ser Asn Val Asn Val Gly
485 490 495
Leu Ala Ser Gly Phe Gln Gly Arg Ala Gln Ile Gly Lys Gly Met Trp
500 505 510
Ala Met Pro Asp Met Met Ala Glu Met Leu Lys Gln Lys Val Gly His
515 520 525
Leu Lys Ala Gly Ala Asn Thr Ala Trp Val Pro Ser Pro Thr Ala Ala
530 535 540
Thr Leu His Ala Leu His Tyr His Gln Ile Asp Val Arg Asp Val Gln
545 550 555 560
Asn Glu Leu Leu Thr Gln Ser Thr Asp Leu Gln Asp Asp Ile Leu Gln
565 570 575
Ile Pro Val Ala Glu Lys Pro Asn Trp Ser Lys Asp Glu Ile Gln Gln
580 585 590
Glu Leu Asp Asn Asn Ala Gln Gly Ile Leu Gly Tyr Val Val Arg Trp
595 600 605
Val Asp Gln Gly Val Gly Cys Ser Lys Val Pro Asp Ile Asn Asn Val
610 615 620
Gly Leu Met Glu Asp Arg Ala Thr Leu Arg Ile Ser Ser Gln His Val
625 630 635 640
Ala Asn Trp Leu His His Gly Ile Cys Thr Lys Glu Gln Val Thr Glu
645 650 655
Thr Leu Lys Arg Met Ala Lys Val Val Asp Gln Gln Asn Glu Asn Asp
660 665 670
Pro Leu Tyr Gln Pro Met Ser Ser Asn Tyr Ser Ala Ser Ile Ala Phe
675 680 685
Gln Ala Ala Cys Asp Leu Val Phe Gln Gly Tyr Asp Gln Pro Asn Gly
690 695 700
Tyr Thr Glu Pro Ile Leu His Arg Arg Arg Ile Glu Ala Lys Ala Lys
705 710 715 720
Ala Ala Ile Lys Gln
725
<210> 43
<211> 1581
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 43
atgtcaagac cagcagcagg acttgcagta ttaggaccac cactttcgtc agcagcacaa 60
gaattattag gtaaacgcgc attagcattc gttcaattac tagaacagca atttggacat 120
agaagaagag aattacttca ggctagacag cacagacaac agagatttga cggcggcgaa 180
aagcctgatt ttagatctga tactcttgca gttaggacgg gagaatggag tgtagctcca 240
gctccagcag aattacgcga caggagagtt gaaattactg gtcctgctgg agatagaaag 300
atggttataa atgctttaaa ttccggagca agagtattca tgtgtgatct tgaagacgct 360
aattcaccaa cttgggctaa cactatgaat ggtcagttaa atataagaga tgctgaggca 420
ggaactatag cttatgaatc accagaagga aaggcttata gacttgctcc agatcatgca 480
gtaattaaaa taagaccaag aggatggcat cttgaagaat ctcatgtagc atgggaagga 540
caaagtgttt ctgcagcttt atttgacttt ggaatggctg catttcataa tgcaagagaa 600
aaagcaagaa gaggatctgg cttgtacttc tatttaccta agttagaatc tatggaagaa 660
gcagaactat gggaagacgt attcacattt gcagaaagag agcttggtct tgaaagaggt 720
atgtttaggg ctacagtttt aatagaaacc ctaccagctg cctttgaaat ggaagaaata 780
ctttttgttc ttagagatca tgccgacgga ttgaattgtg gaagatggga ttacatattt 840
agttatatta aaaagttaag agcacaccca gaggctatat taccagatag aagtttggtt 900
actatggata gcccttttat ggcagcttat gctagacttg cagtacagac ttgtcataga 960
agaggcgcat tctgcatagg cggcatggct gcacagattc caatcaagaa tgattctgct 1020
gccaacgaac aagcactgga taaggtaaga cttgacaaat taagagaggt tagattaggg 1080
catgatggta cttgggttgc tcatcctgga cttgtagcag ttgctgaaaa agtatttaat 1140
gaacacatgc caggagataa tcaacttttc ttccatcctg atggttctgt tggtgctgaa 1200
caattgcttg aggctcctag aggaccaatt actgaggctg gagttagatt aaatttgtca 1260
gtttcacttc aatacattga ggcatggttg agaggtacag gtgcagttcc aataaacagc 1320
cttatggaag atgcagcaac tgctgaaatt tcaagagcac agttatggca gtggatacgg 1380
catccacaag gcatattaga agatggaaga aaaatgagtg cagatttata cagaaaatta 1440
ttagaagaag agcttggaaa attaccagca gcagcatcag gtgcttatgg acgggcagaa 1500
gaacttctta cagcaatgac tcttgccgat acttttgctg agttccttac tgtagacgct 1560
tatagatatc ttcaagatta g 1581
<210> 44
<211> 526
<212> PRT
<213> 类芽孢杆菌属（Paenibacillus sp.）RU4X
<400> 44
Met Ser Arg Pro Ala Ala Gly Leu Ala Val Leu Gly Pro Pro Leu Ser
1 5 10 15
Ser Ala Ala Gln Glu Leu Leu Gly Lys Arg Ala Leu Ala Phe Val Gln
20 25 30
Leu Leu Glu Gln Gln Phe Gly His Arg Arg Arg Glu Leu Leu Gln Ala
35 40 45
Arg Gln His Arg Gln Gln Arg Phe Asp Gly Gly Glu Lys Pro Asp Phe
50 55 60
Arg Ser Asp Thr Leu Ala Val Arg Thr Gly Glu Trp Ser Val Ala Pro
65 70 75 80
Ala Pro Ala Glu Leu Arg Asp Arg Arg Val Glu Ile Thr Gly Pro Ala
85 90 95
Gly Asp Arg Lys Met Val Ile Asn Ala Leu Asn Ser Gly Ala Arg Val
100 105 110
Phe Met Cys Asp Leu Glu Asp Ala Asn Ser Pro Thr Trp Ala Asn Thr
115 120 125
Met Asn Gly Gln Leu Asn Ile Arg Asp Ala Glu Ala Gly Thr Ile Ala
130 135 140
Tyr Glu Ser Pro Glu Gly Lys Ala Tyr Arg Leu Ala Pro Asp His Ala
145 150 155 160
Val Ile Lys Ile Arg Pro Arg Gly Trp His Leu Glu Glu Ser His Val
165 170 175
Ala Trp Glu Gly Gln Ser Val Ser Ala Ala Leu Phe Asp Phe Gly Met
180 185 190
Ala Ala Phe His Asn Ala Arg Glu Lys Ala Arg Arg Gly Ser Gly Leu
195 200 205
Tyr Phe Tyr Leu Pro Lys Leu Glu Ser Met Glu Glu Ala Glu Leu Trp
210 215 220
Glu Asp Val Phe Thr Phe Ala Glu Arg Glu Leu Gly Leu Glu Arg Gly
225 230 235 240
Met Phe Arg Ala Thr Val Leu Ile Glu Thr Leu Pro Ala Ala Phe Glu
245 250 255
Met Glu Glu Ile Leu Phe Val Leu Arg Asp His Ala Asp Gly Leu Asn
260 265 270
Cys Gly Arg Trp Asp Tyr Ile Phe Ser Tyr Ile Lys Lys Leu Arg Ala
275 280 285
His Pro Glu Ala Ile Leu Pro Asp Arg Ser Leu Val Thr Met Asp Ser
290 295 300
Pro Phe Met Ala Ala Tyr Ala Arg Leu Ala Val Gln Thr Cys His Arg
305 310 315 320
Arg Gly Ala Phe Cys Ile Gly Gly Met Ala Ala Gln Ile Pro Ile Lys
325 330 335
Asn Asp Ser Ala Ala Asn Glu Gln Ala Leu Asp Lys Val Arg Leu Asp
340 345 350
Lys Leu Arg Glu Val Arg Leu Gly His Asp Gly Thr Trp Val Ala His
355 360 365
Pro Gly Leu Val Ala Val Ala Glu Lys Val Phe Asn Glu His Met Pro
370 375 380
Gly Asp Asn Gln Leu Phe Phe His Pro Asp Gly Ser Val Gly Ala Glu
385 390 395 400
Gln Leu Leu Glu Ala Pro Arg Gly Pro Ile Thr Glu Ala Gly Val Arg
405 410 415
Leu Asn Leu Ser Val Ser Leu Gln Tyr Ile Glu Ala Trp Leu Arg Gly
420 425 430
Thr Gly Ala Val Pro Ile Asn Ser Leu Met Glu Asp Ala Ala Thr Ala
435 440 445
Glu Ile Ser Arg Ala Gln Leu Trp Gln Trp Ile Arg His Pro Gln Gly
450 455 460
Ile Leu Glu Asp Gly Arg Lys Met Ser Ala Asp Leu Tyr Arg Lys Leu
465 470 475 480
Leu Glu Glu Glu Leu Gly Lys Leu Pro Ala Ala Ala Ser Gly Ala Tyr
485 490 495
Gly Arg Ala Glu Glu Leu Leu Thr Ala Met Thr Leu Ala Asp Thr Phe
500 505 510
Ala Glu Phe Leu Thr Val Asp Ala Tyr Arg Tyr Leu Gln Asp
515 520 525
<210> 45
<211> 1599
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 45
atgaaacaag caacaacagg aaaacttaaa atagttggag aacaaaatga gcatacaaac 60
gaaatactta ccccagaggc tttagaattt gttttagcac ttcatgaaaa atttgatgca 120
agaagaaagg aattattaaa tgcaagacaa aagagacaga agagattaga tgctggtgaa 180
aagctagatt tccttccaga gacaaaacat attagagaag gtgactggtc tatagctcct 240
cttccacaag atcttcagga tagacgtgtg gaaataactg gaccagtaga tagaaagatg 300
gtaataaatg ccttaaattc aggcgcaaag atgtttatgg catgttttga agatgcttca 360
agcccaactt gggaaaatat gataggcggc caaataaata tgagagatgc tataaataag 420
acaattgaat ttactcaggc ttcaaacggt aagacataca agctcaatgc ggaaactgct 480
gtattattag ttaggcctag aggattacat cttttagaaa agcacgtttt agttcatgac 540
gaacctatat caggctcatt ttttgacttt ggattatatt tatttcataa tgccaaaaat 600
gcactagcta aaggaacagg tccttatttt tatttaccaa aacttgaatc acatctcgaa 660
gcaagacttt ggaatgatgt atttgtattt gcccaggatt atataggcat accacaagga 720
actataaagg ctactgtact cattgaaact atccttgctg catttgaaat ggatgaaatc 780
ctatatgaat tgagagaaca ttcagctgga cttaactgtg gaagatggga ttatatattc 840
agctatataa aaagacttag aaatcaggca gatgtaatac ttcctgatag gggacaagtt 900
actatgacag tgccttttat gaaggcttat acatcacttt gtattcaaac ctgtcacaaa 960
aggaatgctc ctgctatggg cggcatggct gcacaaatac ctataaaaaa cgatgatgaa 1020
gcgaatgctg tggcatttgc aaaggttgct gaggataaaa ggagagaggc tacagaagga 1080
catgatggta catgggttgc ccatccagga atggttgcaa ctgcaatgga acaatttgat 1140
gctattatga ctactcctaa tcaaatacat aaaaagagag aagatgtaca agttactgca 1200
gatgacctag ttgcagttcc agaaggtact ataactcttg aaggacttag agtaaattgt 1260
tcggttggag tacagtatat tgcaagttgg cttaggggaa atggggctgc ccctataaat 1320
aatcttatgg aagatgcagc aacagcagaa atttcaagaa ctcaagtatg gcaatgggtg 1380
agacacccaa aaggaatatt agatgatggc agaggaataa ctttagcttt tgttcttgaa 1440
atattggaag aagaattagt taaaattaaa gaggctgttg gtgaacaggc ttataattct 1500
ggaagatttg aagaggctgc tgaattattc aaatccctca tagaacaaga tgaatttgca 1560
gagttcctta cactaccagg atacgaaaaa ttggcataa 1599
<210> 46
<211> 532
<212> PRT
<213> 赖氨酸芽胞杆菌属（Lysinibacillus sp.）A1
<400> 46
Met Lys Gln Ala Thr Thr Gly Lys Leu Lys Ile Val Gly Glu Gln Asn
1 5 10 15
Glu His Thr Asn Glu Ile Leu Thr Pro Glu Ala Leu Glu Phe Val Leu
20 25 30
Ala Leu His Glu Lys Phe Asp Ala Arg Arg Lys Glu Leu Leu Asn Ala
35 40 45
Arg Gln Lys Arg Gln Lys Arg Leu Asp Ala Gly Glu Lys Leu Asp Phe
50 55 60
Leu Pro Glu Thr Lys His Ile Arg Glu Gly Asp Trp Ser Ile Ala Pro
65 70 75 80
Leu Pro Gln Asp Leu Gln Asp Arg Arg Val Glu Ile Thr Gly Pro Val
85 90 95
Asp Arg Lys Met Val Ile Asn Ala Leu Asn Ser Gly Ala Lys Met Phe
100 105 110
Met Ala Cys Phe Glu Asp Ala Ser Ser Pro Thr Trp Glu Asn Met Ile
115 120 125
Gly Gly Gln Ile Asn Met Arg Asp Ala Ile Asn Lys Thr Ile Glu Phe
130 135 140
Thr Gln Ala Ser Asn Gly Lys Thr Tyr Lys Leu Asn Ala Glu Thr Ala
145 150 155 160
Val Leu Leu Val Arg Pro Arg Gly Leu His Leu Leu Glu Lys His Val
165 170 175
Leu Val His Asp Glu Pro Ile Ser Gly Ser Phe Phe Asp Phe Gly Leu
180 185 190
Tyr Leu Phe His Asn Ala Lys Asn Ala Leu Ala Lys Gly Thr Gly Pro
195 200 205
Tyr Phe Tyr Leu Pro Lys Leu Glu Ser His Leu Glu Ala Arg Leu Trp
210 215 220
Asn Asp Val Phe Val Phe Ala Gln Asp Tyr Ile Gly Ile Pro Gln Gly
225 230 235 240
Thr Ile Lys Ala Thr Val Leu Ile Glu Thr Ile Leu Ala Ala Phe Glu
245 250 255
Met Asp Glu Ile Leu Tyr Glu Leu Arg Glu His Ser Ala Gly Leu Asn
260 265 270
Cys Gly Arg Trp Asp Tyr Ile Phe Ser Tyr Ile Lys Arg Leu Arg Asn
275 280 285
Gln Ala Asp Val Ile Leu Pro Asp Arg Gly Gln Val Thr Met Thr Val
290 295 300
Pro Phe Met Lys Ala Tyr Thr Ser Leu Cys Ile Gln Thr Cys His Lys
305 310 315 320
Arg Asn Ala Pro Ala Met Gly Gly Met Ala Ala Gln Ile Pro Ile Lys
325 330 335
Asn Asp Asp Glu Ala Asn Ala Val Ala Phe Ala Lys Val Ala Glu Asp
340 345 350
Lys Arg Arg Glu Ala Thr Glu Gly His Asp Gly Thr Trp Val Ala His
355 360 365
Pro Gly Met Val Ala Thr Ala Met Glu Gln Phe Asp Ala Ile Met Thr
370 375 380
Thr Pro Asn Gln Ile His Lys Lys Arg Glu Asp Val Gln Val Thr Ala
385 390 395 400
Asp Asp Leu Val Ala Val Pro Glu Gly Thr Ile Thr Leu Glu Gly Leu
405 410 415
Arg Val Asn Cys Ser Val Gly Val Gln Tyr Ile Ala Ser Trp Leu Arg
420 425 430
Gly Asn Gly Ala Ala Pro Ile Asn Asn Leu Met Glu Asp Ala Ala Thr
435 440 445
Ala Glu Ile Ser Arg Thr Gln Val Trp Gln Trp Val Arg His Pro Lys
450 455 460
Gly Ile Leu Asp Asp Gly Arg Gly Ile Thr Leu Ala Phe Val Leu Glu
465 470 475 480
Ile Leu Glu Glu Glu Leu Val Lys Ile Lys Glu Ala Val Gly Glu Gln
485 490 495
Ala Tyr Asn Ser Gly Arg Phe Glu Glu Ala Ala Glu Leu Phe Lys Ser
500 505 510
Leu Ile Glu Gln Asp Glu Phe Ala Glu Phe Leu Thr Leu Pro Gly Tyr
515 520 525
Glu Lys Leu Ala
530
<210> 47
<211> 1590
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 47
atgtcaacaa gaacatcaag agttacatta cctggagaaa tgttaccagc ttataacgaa 60
atacttaccc cagaagtttt atcattcctt aaagaattac atgaaaattt taatgaaaga 120
cgaacggaat tacttcaaaa aagggttgaa aaacaaaaaa ggattgatgc gggtgaattt 180
ccaaaatttt tagaagaaac aaagcacatc agagaggctg attggacaat cgccaatctt 240
cctaaagacc ttgaagacag aagagtagaa ataacaggtc ctgtagatcg taaaatggtt 300
attaatgcat tgaattcagg agcacactta tttatggctg attttgaaga ttccaattca 360
ccaacttggg aaaatactat agaaggacaa ataaatttaa gagatgcagt aaaagggaca 420
ataagtcata aaaatgataa gggaaaagaa tataggttaa atgacaaaac agcagtttta 480
atagttaggc ctagaggatg gcacttagaa gaaaagcaca tgcaggttga tggaaagaat 540
atgtcgggat ctcttgtaga ttttggatta tatttttttc ataatgcaaa ggctctatta 600
gaaaaaggtt caggaccata cttctattta cctaaaatgg aatcttatct tgaagcaaga 660
ctttggaacg atgtatttgt atttgctcaa aagtatatag gtataccaaa tggaactatc 720
aaggcaactg tattattgga aactatccat gcatcatttg aaatggatga aattctttat 780
gaattaaaag atcattcagc aggattaaat tgtggacgct gggattatat tttttctttc 840
ctaaaaggat ttagaaacca caatgaattt cttttaccag atagggctca agtaactatg 900
actgctcctt ttatgagggc ttattctctc aaggtaatcc aaacttgtca tagaagaaat 960
gcaccagcta taggcggcat ggctgcacaa attcctataa aaaataatcc agaggctaat 1020
gaagcagcat ttgaaaaagt aagagcagat aaagaaagag aagcattaga tggtcatgac 1080
ggtacttggg tagcacatcc tggcttagtt cccgttgcta tggaagtatt taatcatatc 1140
atgaaaactc ctaatcagat atttcgcaaa agagaagaga taagagttac ggaaaaggat 1200
ttacttgaag ttcctgtagg tacaatcact gaagaagggt taagaactaa catatctgtt 1260
ggaatacagt acatagcatc atggttatca ggaagagggg ctgcccctat atataatctc 1320
atggaagatg cagctactgc agaaatttcc agggctcaaa tttggcaatg gataagacat 1380
gaaggcggca aactaaacga tggtagaaat attacattgg aattaatgga agaatggaaa 1440
gaagaagaat tggtaaagat agaacgggaa ataggaaaag aggcattcaa aaaaggcaga 1500
tttcaagagg ctactacatt atttacaaat ttgataagaa atgatgaatt tgtcccattc 1560
cttactttac ctggatacga gatattataa 1590
<210> 48
<211> 529
<212> PRT
<213> 蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）
<400> 48
Met Ser Thr Arg Thr Ser Arg Val Thr Leu Pro Gly Glu Met Leu Pro
1 5 10 15
Ala Tyr Asn Glu Ile Leu Thr Pro Glu Val Leu Ser Phe Leu Lys Glu
20 25 30
Leu His Glu Asn Phe Asn Glu Arg Arg Thr Glu Leu Leu Gln Lys Arg
35 40 45
Val Glu Lys Gln Lys Arg Ile Asp Ala Gly Glu Phe Pro Lys Phe Leu
50 55 60
Glu Glu Thr Lys His Ile Arg Glu Ala Asp Trp Thr Ile Ala Asn Leu
65 70 75 80
Pro Lys Asp Leu Glu Asp Arg Arg Val Glu Ile Thr Gly Pro Val Asp
85 90 95
Arg Lys Met Val Ile Asn Ala Leu Asn Ser Gly Ala His Leu Phe Met
100 105 110
Ala Asp Phe Glu Asp Ser Asn Ser Pro Thr Trp Glu Asn Thr Ile Glu
115 120 125
Gly Gln Ile Asn Leu Arg Asp Ala Val Lys Gly Thr Ile Ser His Lys
130 135 140
Asn Asp Lys Gly Lys Glu Tyr Arg Leu Asn Asp Lys Thr Ala Val Leu
145 150 155 160
Ile Val Arg Pro Arg Gly Trp His Leu Glu Glu Lys His Met Gln Val
165 170 175
Asp Gly Lys Asn Met Ser Gly Ser Leu Val Asp Phe Gly Leu Tyr Phe
180 185 190
Phe His Asn Ala Lys Ala Leu Leu Glu Lys Gly Ser Gly Pro Tyr Phe
195 200 205
Tyr Leu Pro Lys Met Glu Ser Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Trp Asn Asp
210 215 220
Val Phe Val Phe Ala Gln Lys Tyr Ile Gly Ile Pro Asn Gly Thr Ile
225 230 235 240
Lys Ala Thr Val Leu Leu Glu Thr Ile His Ala Ser Phe Glu Met Asp
245 250 255
Glu Ile Leu Tyr Glu Leu Lys Asp His Ser Ala Gly Leu Asn Cys Gly
260 265 270
Arg Trp Asp Tyr Ile Phe Ser Phe Leu Lys Gly Phe Arg Asn His Asn
275 280 285
Glu Phe Leu Leu Pro Asp Arg Ala Gln Val Thr Met Thr Ala Pro Phe
290 295 300
Met Arg Ala Tyr Ser Leu Lys Val Ile Gln Thr Cys His Arg Arg Asn
305 310 315 320
Ala Pro Ala Ile Gly Gly Met Ala Ala Gln Ile Pro Ile Lys Asn Asn
325 330 335
Pro Glu Ala Asn Glu Ala Ala Phe Glu Lys Val Arg Ala Asp Lys Glu
340 345 350
Arg Glu Ala Leu Asp Gly His Asp Gly Thr Trp Val Ala His Pro Gly
355 360 365
Leu Val Pro Val Ala Met Glu Val Phe Asn His Ile Met Lys Thr Pro
370 375 380
Asn Gln Ile Phe Arg Lys Arg Glu Glu Ile Arg Val Thr Glu Lys Asp
385 390 395 400
Leu Leu Glu Val Pro Val Gly Thr Ile Thr Glu Glu Gly Leu Arg Thr
405 410 415
Asn Ile Ser Val Gly Ile Gln Tyr Ile Ala Ser Trp Leu Ser Gly Arg
420 425 430
Gly Ala Ala Pro Ile Tyr Asn Leu Met Glu Asp Ala Ala Thr Ala Glu
435 440 445
Ile Ser Arg Ala Gln Ile Trp Gln Trp Ile Arg His Glu Gly Gly Lys
450 455 460
Leu Asn Asp Gly Arg Asn Ile Thr Leu Glu Leu Met Glu Glu Trp Lys
465 470 475 480
Glu Glu Glu Leu Val Lys Ile Glu Arg Glu Ile Gly Lys Glu Ala Phe
485 490 495
Lys Lys Gly Arg Phe Gln Glu Ala Thr Thr Leu Phe Thr Asn Leu Ile
500 505 510
Arg Asn Asp Glu Phe Val Pro Phe Leu Thr Leu Pro Gly Tyr Glu Ile
515 520 525
Leu
<210> 49
<211> 1425
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 49
atgcagcaca aattattaat taacggagaa cttgtaagtg gagaaggaga aaaacaacca 60
gtatataacc cagcaactgg agatgtatta ttagaaatag cagaggcatc agcagaacag 120
gtagatgctg cagttagggc agcagacgca gcatttgcag agtggggaca aactactcct 180
aaagtgcgtg cagaatgtct tctaaaactt gcagacgtta tagaggaaaa tggacaagta 240
tttgctgaat tggagtcgag aaactgcggt aaacctttac attcagcatt taatgatgaa 300
ataccagcaa tagtagatgt attcagattt tttgctggtg cagctaggtg tcttaacgga 360
ctagcagctg gagagtatct tgaaggacat acatcaatga taagaagaga tccattaggt 420
gtagttgcca gtatagctcc ttggaactat cctttgatga tggcagcatg gaaacttgcc 480
cccgcccttg cagcaggaaa ttgtgttgta ttgaaaccaa gtgaaataac ccctcttaca 540
gcattaaaat tagctgaatt agcaaaggac atcttcccag ctggtgttat aaatatacta 600
tttggaagag gcaaaacagt tggtgatcct ttgacaggac atcctaaggt aaggatggtt 660
agccttacag gctcaatagc aacaggcgaa catattatat cacacacggc atcttctata 720
aaacgcacgc acatggaatt gggcggcaaa gccccggtta ttgtatttga tgatgcagat 780
atagaggcag tagtagaagg agttagaact tttggatatt ataatgctgg ccaagattgt 840
actgctgctt gtaggattta tgctcaaaaa ggtatttatg atacacttgt tgaaaagcta 900
ggtgctgcag ttgcaaccct taagtctggt gcaccagatg atgaatctac agaattggga 960
cctttatctt ctttagcaca ccttgaaaga gttagcaaag cagttgaaga ggctaaggct 1020
actggacata taaaggtaat aacaggcggc gaaaagagaa agggaaatgg atattattat 1080
gctcctacgc ttttagctgg tgcccttcag gatgatgcta tagtacagaa agaagtattt 1140
ggaccagtag taagtgtaac tccttttgat aatgaagaac aggtagttaa ctgggccaat 1200
gatagccagt acggattagc gtcttctgta tggacaaagg atgtaggcag agcacatagg 1260
gtatcagcaa gacttcaata tggatgtact tgggtaaata ctcactttat gttagtaagt 1320
gagatgccac atggcggcca aaagttgtca ggatatggaa aagatatgag cttatacggt 1380
ttggaagact atacagtagt aagacacgta atggtaaaac attag 1425
<210> 50
<211> 474
<212> PRT
<213> 大肠杆菌（Escherichia coli）
<400> 50
Met Gln His Lys Leu Leu Ile Asn Gly Glu Leu Val Ser Gly Glu Gly
1 5 10 15
Glu Lys Gln Pro Val Tyr Asn Pro Ala Thr Gly Asp Val Leu Leu Glu
20 25 30
Ile Ala Glu Ala Ser Ala Glu Gln Val Asp Ala Ala Val Arg Ala Ala
35 40 45
Asp Ala Ala Phe Ala Glu Trp Gly Gln Thr Thr Pro Lys Val Arg Ala
50 55 60
Glu Cys Leu Leu Lys Leu Ala Asp Val Ile Glu Glu Asn Gly Gln Val
65 70 75 80
Phe Ala Glu Leu Glu Ser Arg Asn Cys Gly Lys Pro Leu His Ser Ala
85 90 95
Phe Asn Asp Glu Ile Pro Ala Ile Val Asp Val Phe Arg Phe Phe Ala
100 105 110
Gly Ala Ala Arg Cys Leu Asn Gly Leu Ala Ala Gly Glu Tyr Leu Glu
115 120 125
Gly His Thr Ser Met Ile Arg Arg Asp Pro Leu Gly Val Val Ala Ser
130 135 140
Ile Ala Pro Trp Asn Tyr Pro Leu Met Met Ala Ala Trp Lys Leu Ala
145 150 155 160
Pro Ala Leu Ala Ala Gly Asn Cys Val Val Leu Lys Pro Ser Glu Ile
165 170 175
Thr Pro Leu Thr Ala Leu Lys Leu Ala Glu Leu Ala Lys Asp Ile Phe
180 185 190
Pro Ala Gly Val Ile Asn Ile Leu Phe Gly Arg Gly Lys Thr Val Gly
195 200 205
Asp Pro Leu Thr Gly His Pro Lys Val Arg Met Val Ser Leu Thr Gly
210 215 220
Ser Ile Ala Thr Gly Glu His Ile Ile Ser His Thr Ala Ser Ser Ile
225 230 235 240
Lys Arg Thr His Met Glu Leu Gly Gly Lys Ala Pro Val Ile Val Phe
245 250 255
Asp Asp Ala Asp Ile Glu Ala Val Val Glu Gly Val Arg Thr Phe Gly
260 265 270
Tyr Tyr Asn Ala Gly Gln Asp Cys Thr Ala Ala Cys Arg Ile Tyr Ala
275 280 285
Gln Lys Gly Ile Tyr Asp Thr Leu Val Glu Lys Leu Gly Ala Ala Val
290 295 300
Ala Thr Leu Lys Ser Gly Ala Pro Asp Asp Glu Ser Thr Glu Leu Gly
305 310 315 320
Pro Leu Ser Ser Leu Ala His Leu Glu Arg Val Ser Lys Ala Val Glu
325 330 335
Glu Ala Lys Ala Thr Gly His Ile Lys Val Ile Thr Gly Gly Glu Lys
340 345 350
Arg Lys Gly Asn Gly Tyr Tyr Tyr Ala Pro Thr Leu Leu Ala Gly Ala
355 360 365
Leu Gln Asp Asp Ala Ile Val Gln Lys Glu Val Phe Gly Pro Val Val
370 375 380
Ser Val Thr Pro Phe Asp Asn Glu Glu Gln Val Val Asn Trp Ala Asn
385 390 395 400
Asp Ser Gln Tyr Gly Leu Ala Ser Ser Val Trp Thr Lys Asp Val Gly
405 410 415
Arg Ala His Arg Val Ser Ala Arg Leu Gln Tyr Gly Cys Thr Trp Val
420 425 430
Asn Thr His Phe Met Leu Val Ser Glu Met Pro His Gly Gly Gln Lys
435 440 445
Leu Ser Gly Tyr Gly Lys Asp Met Ser Leu Tyr Gly Leu Glu Asp Tyr
450 455 460
Thr Val Val Arg His Val Met Val Lys His
465 470
<210> 51
<211> 1440
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 51
atgtcagttc cggttcagca cccaatgtat attgatggac aatttgtaac ttggcgagga 60
gatgcatgga tagatgttgt gaatccagcg actgaggcag ttatctctag gattcctgat 120
ggtcaggcag aggatgccag aaaagcaata gatgctgcag aaagggctca accagaatgg 180
gaagcgttac ctgctattga aagggcttcc tggttacgaa aaatttcagc aggaataaga 240
gaaagagcat cagaaatatc agcactaata gttgaagaag gcggcaaaat tcaacaactt 300
gcagaggttg aagtagcatt tacagcggat tatattgatt acatggctga atgggcaaga 360
agatacgaag gagagattat tcaatctgat agaccaggag aaaatatctt attattcaaa 420
agagcattag gtgttacaac aggcattctt ccttggaatt ttccattctt cctaattgca 480
agaaagatgg ccccagcact acttacagga aatactattg taataaaacc ttcagaattt 540
actcctaata atgctatagc ttttgctaaa attgtagatg aaataggact tccaagaggt 600
gtatttaatc tagtactagg acgtggtgaa actgtaggac aagaattagc tggaaatccg 660
aaggtagcaa tggtttctat gactggatca gtttccgctg gtgaaaaaat aatggcgact 720
gcagctaaaa acattacaaa agtatgcttg gagcttggcg gcaaagcacc agcaattgta 780
atggatgatg cagatttaga acttgcagta aaggctattg tagattcaag agtaataaac 840
agtggtcagg tatgcaattg tgctgaacgt atttatgtac aaaaaggtat atatgatcaa 900
tttgtaaatc gattgggtga agcaatgcaa gcagtacaat ttggaaaccc agctgaacgg 960
aacgatatag cgatgggacc tttaataaat gcagcagcac ttgaaagagt tgaacaaaaa 1020
gtagctaggg ctgtggaaga aggagcaaga gttgcattgg gcggcaaggc agttgaaggt 1080
aaaggatatt attatcctcc tacactttta ctagatgttc ttcaagaaat gagtataatg 1140
catgaagaaa cttttggacc tgtattacca gttgtagctt ttgatacttt agaagaggct 1200
atatcaatgg caaatgattc tgactatggc ttaactagca gcatatacac tcaaaatcta 1260
aacgtagcta tgaaggctat taaagggtta aaatttggtg agacttatat aaatagagaa 1320
aactttgagg ctatgcaagg ttttcatgct ggatggagaa aaagtggtat tggcggcgct 1380
gacggaaagc atggacttca tgaatattta cagactcagg ttgtttatct tcaatcttaa 1440
<210> 52
<211> 479
<212> PRT
<213> 大肠杆菌（Escherichia coli）
<400> 52
Met Ser Val Pro Val Gln His Pro Met Tyr Ile Asp Gly Gln Phe Val
1 5 10 15
Thr Trp Arg Gly Asp Ala Trp Ile Asp Val Val Asn Pro Ala Thr Glu
20 25 30
Ala Val Ile Ser Arg Ile Pro Asp Gly Gln Ala Glu Asp Ala Arg Lys
35 40 45
Ala Ile Asp Ala Ala Glu Arg Ala Gln Pro Glu Trp Glu Ala Leu Pro
50 55 60
Ala Ile Glu Arg Ala Ser Trp Leu Arg Lys Ile Ser Ala Gly Ile Arg
65 70 75 80
Glu Arg Ala Ser Glu Ile Ser Ala Leu Ile Val Glu Glu Gly Gly Lys
85 90 95
Ile Gln Gln Leu Ala Glu Val Glu Val Ala Phe Thr Ala Asp Tyr Ile
100 105 110
Asp Tyr Met Ala Glu Trp Ala Arg Arg Tyr Glu Gly Glu Ile Ile Gln
115 120 125
Ser Asp Arg Pro Gly Glu Asn Ile Leu Leu Phe Lys Arg Ala Leu Gly
130 135 140
Val Thr Thr Gly Ile Leu Pro Trp Asn Phe Pro Phe Phe Leu Ile Ala
145 150 155 160
Arg Lys Met Ala Pro Ala Leu Leu Thr Gly Asn Thr Ile Val Ile Lys
165 170 175
Pro Ser Glu Phe Thr Pro Asn Asn Ala Ile Ala Phe Ala Lys Ile Val
180 185 190
Asp Glu Ile Gly Leu Pro Arg Gly Val Phe Asn Leu Val Leu Gly Arg
195 200 205
Gly Glu Thr Val Gly Gln Glu Leu Ala Gly Asn Pro Lys Val Ala Met
210 215 220
Val Ser Met Thr Gly Ser Val Ser Ala Gly Glu Lys Ile Met Ala Thr
225 230 235 240
Ala Ala Lys Asn Ile Thr Lys Val Cys Leu Glu Leu Gly Gly Lys Ala
245 250 255
Pro Ala Ile Val Met Asp Asp Ala Asp Leu Glu Leu Ala Val Lys Ala
260 265 270
Ile Val Asp Ser Arg Val Ile Asn Ser Gly Gln Val Cys Asn Cys Ala
275 280 285
Glu Arg Ile Tyr Val Gln Lys Gly Ile Tyr Asp Gln Phe Val Asn Arg
290 295 300
Leu Gly Glu Ala Met Gln Ala Val Gln Phe Gly Asn Pro Ala Glu Arg
305 310 315 320
Asn Asp Ile Ala Met Gly Pro Leu Ile Asn Ala Ala Ala Leu Glu Arg
325 330 335
Val Glu Gln Lys Val Ala Arg Ala Val Glu Glu Gly Ala Arg Val Ala
340 345 350
Leu Gly Gly Lys Ala Val Glu Gly Lys Gly Tyr Tyr Tyr Pro Pro Thr
355 360 365
Leu Leu Leu Asp Val Leu Gln Glu Met Ser Ile Met His Glu Glu Thr
370 375 380
Phe Gly Pro Val Leu Pro Val Val Ala Phe Asp Thr Leu Glu Glu Ala
385 390 395 400
Ile Ser Met Ala Asn Asp Ser Asp Tyr Gly Leu Thr Ser Ser Ile Tyr
405 410 415
Thr Gln Asn Leu Asn Val Ala Met Lys Ala Ile Lys Gly Leu Lys Phe
420 425 430
Gly Glu Thr Tyr Ile Asn Arg Glu Asn Phe Glu Ala Met Gln Gly Phe
435 440 445
His Ala Gly Trp Arg Lys Ser Gly Ile Gly Gly Ala Asp Gly Lys His
450 455 460
Gly Leu His Glu Tyr Leu Gln Thr Gln Val Val Tyr Leu Gln Ser
465 470 475
<210> 53
<211> 1449
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 53
atgaaattaa atgattcaaa actttttaga caacaagcct taataaatgg agaatggtta 60
gatgcaaata acggagaagt aatagatgtt actaatccag caaatggtga taaacttggt 120
tctgttccaa agatgggagc agatgaaacc agggctgcta tagatgcagc aaatagagca 180
cttccagcat ggagagcact tacagcaaaa gaacgggcaa atatacttag aaattggttt 240
aatcttttaa tggaacatca ggatgatcta gcaaggctta tgacgcttga acagggaaaa 300
cctcttgctg aggctaaagg agagatcagt tatgcagcgt catttataga atggtttgct 360
gaagaaggaa aaaggattta tggagatact ataccaggac atcaggcaga caaaagactt 420
atagttatta aacaacctat aggtgtaact gctgctataa ctccttggaa cttcccagca 480
gctatgataa ctagaaaagc aggaccagct cttgctgctg gttgcactat ggttttaaaa 540
cctgcttccc agactccttt tagtgccctt gcacttgctg aattagctat tcgtgctggt 600
attccagcgg gtgtattcaa tgtagttact ggatctgctg gtgcggttgg aaatgagctt 660
acatcaaatc cgcttgtaag aaaactttca tttacaggaa gtacagaaat aggtaggcaa 720
ttaatggaac aatgtgctaa agatattaag aaagtttcac tggagttagg cggcaatgcc 780
ccttttattg tatttgatga tgcagactta gataaagcag ttgaaggtgc tttaagttct 840
aaatttagga atgctggaca aacttgtgta tgtgcgaata gattatacgt ccaagacgga 900
gtttacgata gatttgcaga aaaacttcaa caggctgtat ctaaattaca cattggagat 960
gggttagaga aaggcgttac aattggccca ttgatagatg aaaaagcagt agctaaagtt 1020
gaggaacaca ttgctgatgc acttgaaaaa ggtgctagag ttgtttgcgg cggcaaggct 1080
gatgaaagag gcggcaactt tttccagcct actatacttg tagacgttcc agctaatgca 1140
aaggtatcaa aagaggaaac ctttggtcca cttgctcctt tatttagatt taaggatgag 1200
gcagatgtta tagcacaggc aaatgatacc gaatttggac ttgcagctta tttctatgct 1260
agggatttat ccagggtttt tagagttggt gaggctttag agtacggcat tgttggaata 1320
aatactggaa taatatcaaa tgaagttgca ccatttggcg gcataaaggc tagtggatta 1380
gggagagaag gctcaaaata tggaatagaa gactatttgg aaataaaata tatgtgcatt 1440
ggcttataa 1449
<210> 54
<211> 482
<212> PRT
<213> 大肠杆菌（Escherichia coli）
<400> 54
Met Lys Leu Asn Asp Ser Lys Leu Phe Arg Gln Gln Ala Leu Ile Asn
1 5 10 15
Gly Glu Trp Leu Asp Ala Asn Asn Gly Glu Val Ile Asp Val Thr Asn
20 25 30
Pro Ala Asn Gly Asp Lys Leu Gly Ser Val Pro Lys Met Gly Ala Asp
35 40 45
Glu Thr Arg Ala Ala Ile Asp Ala Ala Asn Arg Ala Leu Pro Ala Trp
50 55 60
Arg Ala Leu Thr Ala Lys Glu Arg Ala Asn Ile Leu Arg Asn Trp Phe
65 70 75 80
Asn Leu Leu Met Glu His Gln Asp Asp Leu Ala Arg Leu Met Thr Leu
85 90 95
Glu Gln Gly Lys Pro Leu Ala Glu Ala Lys Gly Glu Ile Ser Tyr Ala
100 105 110
Ala Ser Phe Ile Glu Trp Phe Ala Glu Glu Gly Lys Arg Ile Tyr Gly
115 120 125
Asp Thr Ile Pro Gly His Gln Ala Asp Lys Arg Leu Ile Val Ile Lys
130 135 140
Gln Pro Ile Gly Val Thr Ala Ala Ile Thr Pro Trp Asn Phe Pro Ala
145 150 155 160
Ala Met Ile Thr Arg Lys Ala Gly Pro Ala Leu Ala Ala Gly Cys Thr
165 170 175
Met Val Leu Lys Pro Ala Ser Gln Thr Pro Phe Ser Ala Leu Ala Leu
180 185 190
Ala Glu Leu Ala Ile Arg Ala Gly Ile Pro Ala Gly Val Phe Asn Val
195 200 205
Val Thr Gly Ser Ala Gly Ala Val Gly Asn Glu Leu Thr Ser Asn Pro
210 215 220
Leu Val Arg Lys Leu Ser Phe Thr Gly Ser Thr Glu Ile Gly Arg Gln
225 230 235 240
Leu Met Glu Gln Cys Ala Lys Asp Ile Lys Lys Val Ser Leu Glu Leu
245 250 255
Gly Gly Asn Ala Pro Phe Ile Val Phe Asp Asp Ala Asp Leu Asp Lys
260 265 270
Ala Val Glu Gly Ala Leu Ser Ser Lys Phe Arg Asn Ala Gly Gln Thr
275 280 285
Cys Val Cys Ala Asn Arg Leu Tyr Val Gln Asp Gly Val Tyr Asp Arg
290 295 300
Phe Ala Glu Lys Leu Gln Gln Ala Val Ser Lys Leu His Ile Gly Asp
305 310 315 320
Gly Leu Glu Lys Gly Val Thr Ile Gly Pro Leu Ile Asp Glu Lys Ala
325 330 335
Val Ala Lys Val Glu Glu His Ile Ala Asp Ala Leu Glu Lys Gly Ala
340 345 350
Arg Val Val Cys Gly Gly Lys Ala Asp Glu Arg Gly Gly Asn Phe Phe
355 360 365
Gln Pro Thr Ile Leu Val Asp Val Pro Ala Asn Ala Lys Val Ser Lys
370 375 380
Glu Glu Thr Phe Gly Pro Leu Ala Pro Leu Phe Arg Phe Lys Asp Glu
385 390 395 400
Ala Asp Val Ile Ala Gln Ala Asn Asp Thr Glu Phe Gly Leu Ala Ala
405 410 415
Tyr Phe Tyr Ala Arg Asp Leu Ser Arg Val Phe Arg Val Gly Glu Ala
420 425 430
Leu Glu Tyr Gly Ile Val Gly Ile Asn Thr Gly Ile Ile Ser Asn Glu
435 440 445
Val Ala Pro Phe Gly Gly Ile Lys Ala Ser Gly Leu Gly Arg Glu Gly
450 455 460
Ser Lys Tyr Gly Ile Glu Asp Tyr Leu Glu Ile Lys Tyr Met Cys Ile
465 470 475 480
Gly Leu
<210> 55
<211> 1443
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 55
atgactgaaa aaaataattt attcataaat ggatcttggg ttgctcctaa aggcggcgaa 60
tggattaaag ttgaaaaccc agctacaaag gcagtagtgg cagaagtagc aaagggcggc 120
caggctgacg tagatgctgc tgtatcagca gctaagtcag catttattgg atggtcaaga 180
aggatggcaa ctgagagagc agattatata catgcattaa aagatcttgt gaaaagggat 240
aaagaaaaat tagcagctat tataactagt gaaatgggga aaccattgaa agaggctaga 300
atagaagtag attttgcaat tggattactt agatttgcag cagaaaatgt tttaagactt 360
cagggagaaa taataccagg atcttctcca gaagaaaaga tattaattga tagggtacct 420
ttgggagtaa taggtgctat aacagcatgg aattttcctc ttgcactttg tgcaagaaag 480
attggacctg ctgtggcagc gggaaatact atagttgtaa aaccacatga attaacgcca 540
ttagcttgtc tacatcttgc taaattagtt gaagaggcaa agatcccaca tggagttata 600
aatgttgtaa caggtgatgg caaagatgta ggagtacctc tagtagcaca taaagatatt 660
aaattaataa ctatgacagg ttccacgcct gctggaaaaa aaattatggc agcagctagt 720
gagacactta aagaagttag gttagaactt ggcggcaaag caccatttat ggttatggaa 780
gatgctgata ttgacagggc agcagatgct gccgttacag caagatttaa taatgcggga 840
caggtatgta cttgtaatga aagaacctac attcatgaag cagtttacga caaatttgtt 900
caaaaagtta gagaaaaaat agaagcatta aaagtaggac tgccaacaga tccatctaca 960
gatatgggac ctaaagtatc tgaggacgaa cttaataaag ttcatgagat ggttgaacat 1020
gctgtaagac aaggagcaag attagctata ggcggcaaaa ggttaactgg cggcgtttat 1080
gataagggat acttctatgc accaacactg ttgacagatg taactcaaga tatggacata 1140
gttcacaatg aggtatttgg tcctgtaatg tcattgatta gagttaaaga ttttgatcag 1200
gctatagcat gggcaaatga ttgtagatac gggctaagtg cttatctttt cactaatgat 1260
ctttcaagga tacttaggat gacaagagat cttgaatttg gagaagtata cgtgaaccgt 1320
ccgggcggcg aagcgccaca aggatttcat catggataca aagaatctgg acttggcggc 1380
gaggacggac agcacggaat ggaagcatac gtacagacaa aaacaatata tctaaatgca 1440
taa 1443
<210> 56
<211> 480
<212> PRT
<213> 氧化葡萄糖酸杆菌（Gluconobacter oxydans）
<400> 56
Met Thr Glu Lys Asn Asn Leu Phe Ile Asn Gly Ser Trp Val Ala Pro
1 5 10 15
Lys Gly Gly Glu Trp Ile Lys Val Glu Asn Pro Ala Thr Lys Ala Val
20 25 30
Val Ala Glu Val Ala Lys Gly Gly Gln Ala Asp Val Asp Ala Ala Val
35 40 45
Ser Ala Ala Lys Ser Ala Phe Ile Gly Trp Ser Arg Arg Met Ala Thr
50 55 60
Glu Arg Ala Asp Tyr Ile His Ala Leu Lys Asp Leu Val Lys Arg Asp
65 70 75 80
Lys Glu Lys Leu Ala Ala Ile Ile Thr Ser Glu Met Gly Lys Pro Leu
85 90 95
Lys Glu Ala Arg Ile Glu Val Asp Phe Ala Ile Gly Leu Leu Arg Phe
100 105 110
Ala Ala Glu Asn Val Leu Arg Leu Gln Gly Glu Ile Ile Pro Gly Ser
115 120 125
Ser Pro Glu Glu Lys Ile Leu Ile Asp Arg Val Pro Leu Gly Val Ile
130 135 140
Gly Ala Ile Thr Ala Trp Asn Phe Pro Leu Ala Leu Cys Ala Arg Lys
145 150 155 160
Ile Gly Pro Ala Val Ala Ala Gly Asn Thr Ile Val Val Lys Pro His
165 170 175
Glu Leu Thr Pro Leu Ala Cys Leu His Leu Ala Lys Leu Val Glu Glu
180 185 190
Ala Lys Ile Pro His Gly Val Ile Asn Val Val Thr Gly Asp Gly Lys
195 200 205
Asp Val Gly Val Pro Leu Val Ala His Lys Asp Ile Lys Leu Ile Thr
210 215 220
Met Thr Gly Ser Thr Pro Ala Gly Lys Lys Ile Met Ala Ala Ala Ser
225 230 235 240
Glu Thr Leu Lys Glu Val Arg Leu Glu Leu Gly Gly Lys Ala Pro Phe
245 250 255
Met Val Met Glu Asp Ala Asp Ile Asp Arg Ala Ala Asp Ala Ala Val
260 265 270
Thr Ala Arg Phe Asn Asn Ala Gly Gln Val Cys Thr Cys Asn Glu Arg
275 280 285
Thr Tyr Ile His Glu Ala Val Tyr Asp Lys Phe Val Gln Lys Val Arg
290 295 300
Glu Lys Ile Glu Ala Leu Lys Val Gly Leu Pro Thr Asp Pro Ser Thr
305 310 315 320
Asp Met Gly Pro Lys Val Ser Glu Asp Glu Leu Asn Lys Val His Glu
325 330 335
Met Val Glu His Ala Val Arg Gln Gly Ala Arg Leu Ala Ile Gly Gly
340 345 350
Lys Arg Leu Thr Gly Gly Val Tyr Asp Lys Gly Tyr Phe Tyr Ala Pro
355 360 365
Thr Leu Leu Thr Asp Val Thr Gln Asp Met Asp Ile Val His Asn Glu
370 375 380
Val Phe Gly Pro Val Met Ser Leu Ile Arg Val Lys Asp Phe Asp Gln
385 390 395 400
Ala Ile Ala Trp Ala Asn Asp Cys Arg Tyr Gly Leu Ser Ala Tyr Leu
405 410 415
Phe Thr Asn Asp Leu Ser Arg Ile Leu Arg Met Thr Arg Asp Leu Glu
420 425 430
Phe Gly Glu Val Tyr Val Asn Arg Pro Gly Gly Glu Ala Pro Gln Gly
435 440 445
Phe His His Gly Tyr Lys Glu Ser Gly Leu Gly Gly Glu Asp Gly Gln
450 455 460
His Gly Met Glu Ala Tyr Val Gln Thr Lys Thr Ile Tyr Leu Asn Ala
465 470 475 480
<210> 57
<211> 1434
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 57
atgtcttcag tgcctgtatt ccagaacttt ataaatggac aatttacgca tagtgaagcc 60
catcttgatg tttataatcc cgccacagga gcacttttat caagggtacc agcaagtact 120
tgtgcagatg tagatcaggc tcttgctggt gcaagagcag ctcaaaaagc atggtcagca 180
aaaccagcaa tagaaagggc aggatacctt agacgtattg cttcaaaact tagagaaaat 240
gttgctcatc ttgcaagaac tataactcta gaacaaggaa aaatatcagc attagcagaa 300
gttgaagtaa acttcacagc tgactacctt gattatatgg cagaatgggc tagaagaata 360
gaaggcgaaa taataacttc agatcgccca ggggaaaaca tattcctttt tcgtaaacct 420
ttaggagtag tggcaggaat acttccttgg aatttccctt tcttcttaat cgcaagaaaa 480
atggcaccag cattgcttac aggcaataca attgttataa aaccaagtga agagacacca 540
aataattgtt ttgaatttgc tagacttgta gctgagactg atttacctcc aggagttttt 600
aatgttgtat gtggagatgg aagagtagga gcagcattaa gtgggcataa aggagtagat 660
atgataagct ttacaggctc agttgacaca ggatcacgaa taatgactgc agcagcgact 720
aatattacaa aattaaattt ggaacttggc ggcaaggcac cagctatagt tttggcagat 780
gcagatcttg cattggcagt aaaagcaata agagattcaa gaataataaa tactggacaa 840
gtatgtaatt gtgctgaaag agtatatgtt gagagaaaag tagctgatca atttatagaa 900
agaataagtg ctgcaatgtc agctacaaga tacggagatc cattagctga accggatgta 960
gagatgggac cattaataaa caggcaagga cttgattctg tagaaagaaa agtacgtatt 1020
gctcttcaac agggtgcttc tcttattagt ggcggccgag tagcagatag acctgatgga 1080
ttccattttg agccaactgt attagcagga tgtaatgctt caatggatat tatgagagaa 1140
gaaatatttg ggccagtttt accaatccaa atagtagatg atttagatga agcaatcgct 1200
ttagctaacg actgcgatta tggattaact tcatctgtat atacaaggga ccttggacgt 1260
gctatgcatg ctataagagg attagatttt ggtgaaactt atgttaatag ggaaaatttt 1320
gaggctatgc agggattcca tgctggtgta agaaagtcag gagtaggcgg cgcagatggc 1380
aagcatggat tatatgaata tactcatact catgcagtat atctccagtc ttaa 1434
<210> 58
<211> 477
<212> PRT
<213> 荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）
<400> 58
Met Ser Ser Val Pro Val Phe Gln Asn Phe Ile Asn Gly Gln Phe Thr
1 5 10 15
His Ser Glu Ala His Leu Asp Val Tyr Asn Pro Ala Thr Gly Ala Leu
20 25 30
Leu Ser Arg Val Pro Ala Ser Thr Cys Ala Asp Val Asp Gln Ala Leu
35 40 45
Ala Gly Ala Arg Ala Ala Gln Lys Ala Trp Ser Ala Lys Pro Ala Ile
50 55 60
Glu Arg Ala Gly Tyr Leu Arg Arg Ile Ala Ser Lys Leu Arg Glu Asn
65 70 75 80
Val Ala His Leu Ala Arg Thr Ile Thr Leu Glu Gln Gly Lys Ile Ser
85 90 95
Ala Leu Ala Glu Val Glu Val Asn Phe Thr Ala Asp Tyr Leu Asp Tyr
100 105 110
Met Ala Glu Trp Ala Arg Arg Ile Glu Gly Glu Ile Ile Thr Ser Asp
115 120 125
Arg Pro Gly Glu Asn Ile Phe Leu Phe Arg Lys Pro Leu Gly Val Val
130 135 140
Ala Gly Ile Leu Pro Trp Asn Phe Pro Phe Phe Leu Ile Ala Arg Lys
145 150 155 160
Met Ala Pro Ala Leu Leu Thr Gly Asn Thr Ile Val Ile Lys Pro Ser
165 170 175
Glu Glu Thr Pro Asn Asn Cys Phe Glu Phe Ala Arg Leu Val Ala Glu
180 185 190
Thr Asp Leu Pro Pro Gly Val Phe Asn Val Val Cys Gly Asp Gly Arg
195 200 205
Val Gly Ala Ala Leu Ser Gly His Lys Gly Val Asp Met Ile Ser Phe
210 215 220
Thr Gly Ser Val Asp Thr Gly Ser Arg Ile Met Thr Ala Ala Ala Thr
225 230 235 240
Asn Ile Thr Lys Leu Asn Leu Glu Leu Gly Gly Lys Ala Pro Ala Ile
245 250 255
Val Leu Ala Asp Ala Asp Leu Ala Leu Ala Val Lys Ala Ile Arg Asp
260 265 270
Ser Arg Ile Ile Asn Thr Gly Gln Val Cys Asn Cys Ala Glu Arg Val
275 280 285
Tyr Val Glu Arg Lys Val Ala Asp Gln Phe Ile Glu Arg Ile Ser Ala
290 295 300
Ala Met Ser Ala Thr Arg Tyr Gly Asp Pro Leu Ala Glu Pro Asp Val
305 310 315 320
Glu Met Gly Pro Leu Ile Asn Arg Gln Gly Leu Asp Ser Val Glu Arg
325 330 335
Lys Val Arg Ile Ala Leu Gln Gln Gly Ala Ser Leu Ile Ser Gly Gly
340 345 350
Arg Val Ala Asp Arg Pro Asp Gly Phe His Phe Glu Pro Thr Val Leu
355 360 365
Ala Gly Cys Asn Ala Ser Met Asp Ile Met Arg Glu Glu Ile Phe Gly
370 375 380
Pro Val Leu Pro Ile Gln Ile Val Asp Asp Leu Asp Glu Ala Ile Ala
385 390 395 400
Leu Ala Asn Asp Cys Asp Tyr Gly Leu Thr Ser Ser Val Tyr Thr Arg
405 410 415
Asp Leu Gly Arg Ala Met His Ala Ile Arg Gly Leu Asp Phe Gly Glu
420 425 430
Thr Tyr Val Asn Arg Glu Asn Phe Glu Ala Met Gln Gly Phe His Ala
435 440 445
Gly Val Arg Lys Ser Gly Val Gly Gly Ala Asp Gly Lys His Gly Leu
450 455 460
Tyr Glu Tyr Thr His Thr His Ala Val Tyr Leu Gln Ser
465 470 475
<210> 59
<211> 1434
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 59
atgtctcatg ctatatatca gaactatata gctaatgcat ttgtagcatc agatgaacac 60
ttagaggtac acaatccagc gaatggacaa ttgcttgctc atgtacctca gggttcttct 120
gctgaagttg aaagggctat agctgctgca agacaagccc aaaaagcatg ggctgctaga 180
ccagcaatag aaagggctgg atatttaaga aaaatagcat caaaaataag agaacacgga 240
gaaagattag cccgtataat aacagcagaa cagggaaaag ttttagaact ggcaagagtt 300
gaagtaaatt ttacagctga ttatttagac tacatggctg agtgggcaag aagattggaa 360
ggagaggtct tgagttcaga tagaccagga gaatctatat ttttgttaag aaaacctctt 420
ggagttgtcg ctggaatact tccttggaat tttcctttct tccttatagc tagaaaaatg 480
gctccagcac tgcttacagg aaatactata gttataaagc cttctgaaga gactcctata 540
aattgttttg aatttgcaag actggtagca gagacagatc ttccagcggg agtatttaat 600
gttgtatgtg gaactggagc gactgtagga aatgctttaa ctagtcatcc tggaatagat 660
ttgataagct ttacaggctc agttggaaca ggaagtagaa taatggcagc agcagcacca 720
aatataacaa aattgaatct tgaacttggc ggcaaggcac cagccattgt actagctgat 780
gctgatcttg atcttgcagt tagagcaata actgcatcaa gggtaatcaa tacaggtcag 840
gtatgtaact gtgctgaaag agtatacgtg gagagaaagg ttgcagatgc atttattgaa 900
aggattgctg cagcaatggc aggaactaga tatggtgatc cattagcaga aaatgggttg 960
gatatgggtc cacttataaa tagggctgcg ttggacaaag ttgcacaaat ggtaagaact 1020
gcaagtggtc agggtgccca ggttataaca ggcggcgcag ttgccgactt aggacaagga 1080
ttccactacc aacctacagt attagctggc tgctctgcag atatggaaat tatgagaaag 1140
gaaatatttg gtcctgtact tcctatacaa atagtagatg acttagatga ggctattgca 1200
ttatcaaatg attccgaata tggattaaca agctccatat ataccgccag cttaagtgca 1260
gctatgcagg ctacaagaag ccttgatttt ggagaaacct acataaatcg tgaaaacttt 1320
gaagcaatgc aaggttttca tgctggtaca agaaagtctg gcataggcgg cgctgacgga 1380
aagcacgggt tatatgaata tacgcatacc catgtagttt atatccaagc ataa 1434
<210> 60
<211> 477
<212> PRT
<213> 荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）
<400> 60
Met Ser His Ala Ile Tyr Gln Asn Tyr Ile Ala Asn Ala Phe Val Ala
1 5 10 15
Ser Asp Glu His Leu Glu Val His Asn Pro Ala Asn Gly Gln Leu Leu
20 25 30
Ala His Val Pro Gln Gly Ser Ser Ala Glu Val Glu Arg Ala Ile Ala
35 40 45
Ala Ala Arg Gln Ala Gln Lys Ala Trp Ala Ala Arg Pro Ala Ile Glu
50 55 60
Arg Ala Gly Tyr Leu Arg Lys Ile Ala Ser Lys Ile Arg Glu His Gly
65 70 75 80
Glu Arg Leu Ala Arg Ile Ile Thr Ala Glu Gln Gly Lys Val Leu Glu
85 90 95
Leu Ala Arg Val Glu Val Asn Phe Thr Ala Asp Tyr Leu Asp Tyr Met
100 105 110
Ala Glu Trp Ala Arg Arg Leu Glu Gly Glu Val Leu Ser Ser Asp Arg
115 120 125
Pro Gly Glu Ser Ile Phe Leu Leu Arg Lys Pro Leu Gly Val Val Ala
130 135 140
Gly Ile Leu Pro Trp Asn Phe Pro Phe Phe Leu Ile Ala Arg Lys Met
145 150 155 160
Ala Pro Ala Leu Leu Thr Gly Asn Thr Ile Val Ile Lys Pro Ser Glu
165 170 175
Glu Thr Pro Ile Asn Cys Phe Glu Phe Ala Arg Leu Val Ala Glu Thr
180 185 190
Asp Leu Pro Ala Gly Val Phe Asn Val Val Cys Gly Thr Gly Ala Thr
195 200 205
Val Gly Asn Ala Leu Thr Ser His Pro Gly Ile Asp Leu Ile Ser Phe
210 215 220
Thr Gly Ser Val Gly Thr Gly Ser Arg Ile Met Ala Ala Ala Ala Pro
225 230 235 240
Asn Ile Thr Lys Leu Asn Leu Glu Leu Gly Gly Lys Ala Pro Ala Ile
245 250 255
Val Leu Ala Asp Ala Asp Leu Asp Leu Ala Val Arg Ala Ile Thr Ala
260 265 270
Ser Arg Val Ile Asn Thr Gly Gln Val Cys Asn Cys Ala Glu Arg Val
275 280 285
Tyr Val Glu Arg Lys Val Ala Asp Ala Phe Ile Glu Arg Ile Ala Ala
290 295 300
Ala Met Ala Gly Thr Arg Tyr Gly Asp Pro Leu Ala Glu Asn Gly Leu
305 310 315 320
Asp Met Gly Pro Leu Ile Asn Arg Ala Ala Leu Asp Lys Val Ala Gln
325 330 335
Met Val Arg Thr Ala Ser Gly Gln Gly Ala Gln Val Ile Thr Gly Gly
340 345 350
Ala Val Ala Asp Leu Gly Gln Gly Phe His Tyr Gln Pro Thr Val Leu
355 360 365
Ala Gly Cys Ser Ala Asp Met Glu Ile Met Arg Lys Glu Ile Phe Gly
370 375 380
Pro Val Leu Pro Ile Gln Ile Val Asp Asp Leu Asp Glu Ala Ile Ala
385 390 395 400
Leu Ser Asn Asp Ser Glu Tyr Gly Leu Thr Ser Ser Ile Tyr Thr Ala
405 410 415
Ser Leu Ser Ala Ala Met Gln Ala Thr Arg Ser Leu Asp Phe Gly Glu
420 425 430
Thr Tyr Ile Asn Arg Glu Asn Phe Glu Ala Met Gln Gly Phe His Ala
435 440 445
Gly Thr Arg Lys Ser Gly Ile Gly Gly Ala Asp Gly Lys His Gly Leu
450 455 460
Tyr Glu Tyr Thr His Thr His Val Val Tyr Ile Gln Ala
465 470 475
<210> 61
<211> 1155
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 61
atggccaaca gaatgatctt aaatgaaaca agttatattg gagcaggagc aatagaaaat 60
atagtggcag aggctaaggt tagaggttat aaaaaggctc ttgcagttac tgatagggac 120
cttattaaat ttaatgtagc aaccaaagtt acagatcttt taaaggcaaa caatcttgct 180
tttgaaatat ttgatgaagt aaaagcaaat cccactatta atgttgtttt agctggtatt 240
gaaaaattta aggcagcagg agcagattac ttattagcta taggcggcgg ctcgagtatc 300
gatacggcaa aagcaatagg tattatagta aagaaccctg aatttagtga tgttagatct 360
cttgaaggag ttgccgatac aaaaaataaa tgtgttgata ttatagctgt acctactact 420
gctggcacag cagctgaggt aactataaac tatgtaataa cagatgaaga aaaaaagaga 480
aaatttgtct gtgttgatcc tcatgatata cctgtaatag ccgtagtaga ttcagaaatg 540
atgtcaagta tgccaaaagg actaacagca gcaacaggaa tggatgcact tacgcatgct 600
atagaaggat atataacaaa aggagcctgg gaacttacag atgcactaca tcttaaggct 660
atagaaataa ttggaagatc ccttagatca gcagttaata atgaaccaaa aggaagagaa 720
gatatggctt taggacaata cgtggcagga atgggattta gcaatgttgg tttgggaata 780
gtccatggta tggctcatcc tcttggagca ttctatgata ctcctcatgg tatagcaaat 840
gcagtactcc ttccttatgt tatggagtat aatgcagagg caacaggata caaatataga 900
gaaattgccc gtgcaatggg tgttcaaggt gtagactcaa tgagccagga tgaatacaga 960
aaagcggcta ttgatgctgt aaagaaatta agtgaagatg ttggtattcc taaggtatta 1020
aatgagattg gagtaaagga agaagattta caggctcttt ctgaatcagc atttgcagat 1080
gcttgtactc caggaaatcc tagagatact tctgttgaag aaatacttgc catatataag 1140
aaggcattca aataa 1155
<210> 62
<211> 384
<212> PRT
<213> 糖产丁醇丙酮梭菌（Clostridium saccharoperbutylacetonicum）
<400> 62
Met Ala Asn Arg Met Ile Leu Asn Glu Thr Ser Tyr Ile Gly Ala Gly
1 5 10 15
Ala Ile Glu Asn Ile Val Ala Glu Ala Lys Val Arg Gly Tyr Lys Lys
20 25 30
Ala Leu Ala Val Thr Asp Arg Asp Leu Ile Lys Phe Asn Val Ala Thr
35 40 45
Lys Val Thr Asp Leu Leu Lys Ala Asn Asn Leu Ala Phe Glu Ile Phe
50 55 60
Asp Glu Val Lys Ala Asn Pro Thr Ile Asn Val Val Leu Ala Gly Ile
65 70 75 80
Glu Lys Phe Lys Ala Ala Gly Ala Asp Tyr Leu Leu Ala Ile Gly Gly
85 90 95
Gly Ser Ser Ile Asp Thr Ala Lys Ala Ile Gly Ile Ile Val Lys Asn
100 105 110
Pro Glu Phe Ser Asp Val Arg Ser Leu Glu Gly Val Ala Asp Thr Lys
115 120 125
Asn Lys Cys Val Asp Ile Ile Ala Val Pro Thr Thr Ala Gly Thr Ala
130 135 140
Ala Glu Val Thr Ile Asn Tyr Val Ile Thr Asp Glu Glu Lys Lys Arg
145 150 155 160
Lys Phe Val Cys Val Asp Pro His Asp Ile Pro Val Ile Ala Val Val
165 170 175
Asp Ser Glu Met Met Ser Ser Met Pro Lys Gly Leu Thr Ala Ala Thr
180 185 190
Gly Met Asp Ala Leu Thr His Ala Ile Glu Gly Tyr Ile Thr Lys Gly
195 200 205
Ala Trp Glu Leu Thr Asp Ala Leu His Leu Lys Ala Ile Glu Ile Ile
210 215 220
Gly Arg Ser Leu Arg Ser Ala Val Asn Asn Glu Pro Lys Gly Arg Glu
225 230 235 240
Asp Met Ala Leu Gly Gln Tyr Val Ala Gly Met Gly Phe Ser Asn Val
245 250 255
Gly Leu Gly Ile Val His Gly Met Ala His Pro Leu Gly Ala Phe Tyr
260 265 270
Asp Thr Pro His Gly Ile Ala Asn Ala Val Leu Leu Pro Tyr Val Met
275 280 285
Glu Tyr Asn Ala Glu Ala Thr Gly Tyr Lys Tyr Arg Glu Ile Ala Arg
290 295 300
Ala Met Gly Val Gln Gly Val Asp Ser Met Ser Gln Asp Glu Tyr Arg
305 310 315 320
Lys Ala Ala Ile Asp Ala Val Lys Lys Leu Ser Glu Asp Val Gly Ile
325 330 335
Pro Lys Val Leu Asn Glu Ile Gly Val Lys Glu Glu Asp Leu Gln Ala
340 345 350
Leu Ser Glu Ser Ala Phe Ala Asp Ala Cys Thr Pro Gly Asn Pro Arg
355 360 365
Asp Thr Ser Val Glu Glu Ile Leu Ala Ile Tyr Lys Lys Ala Phe Lys
370 375 380
<210> 63
<211> 504
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 63
atggtatcaa gtggagtttt ttctcttcat ctcaaactta taaacagaat attatcagct 60
ttagccgtat gtaaacaaat ttcccagata tttgatttag ctatagtggc tttagctgta 120
tgtgatggcg gcataatggc tggatctcat agaataaatg gaatggaaca tcctgtaagt 180
gatttatatg atgcagttca tggtaaggga ttggctgctt taactcctat aatagttgaa 240
aaatcctgga aaagtgatat agaaaaatat gatgatataa gcaaattgat tggatgttca 300
tcagcaaaaa attgtgcaga tgctatacgg tcattccttg aaaagataaa tctaaacgta 360
acccttggtg aattaggtgt taaagaaaaa gatgtagaat ggatgtcaga aaattgcatg 420
aaagtgtcaa aaccttccat aattaatcac ccaagggaat ttactctaga agaaattaag 480
aacatttatt atgaagaatt ataa 504
<210> 64
<211> 167
<212> PRT
<213> 永达尔梭菌（Clostridium ljungdahlii）
<400> 64
Met Val Ser Ser Gly Val Phe Ser Leu His Leu Lys Leu Ile Asn Arg
1 5 10 15
Ile Leu Ser Ala Leu Ala Val Cys Lys Gln Ile Ser Gln Ile Phe Asp
20 25 30
Leu Ala Ile Val Ala Leu Ala Val Cys Asp Gly Gly Ile Met Ala Gly
35 40 45
Ser His Arg Ile Asn Gly Met Glu His Pro Val Ser Asp Leu Tyr Asp
50 55 60
Ala Val His Gly Lys Gly Leu Ala Ala Leu Thr Pro Ile Ile Val Glu
65 70 75 80
Lys Ser Trp Lys Ser Asp Ile Glu Lys Tyr Asp Asp Ile Ser Lys Leu
85 90 95
Ile Gly Cys Ser Ser Ala Lys Asn Cys Ala Asp Ala Ile Arg Ser Phe
100 105 110
Leu Glu Lys Ile Asn Leu Asn Val Thr Leu Gly Glu Leu Gly Val Lys
115 120 125
Glu Lys Asp Val Glu Trp Met Ser Glu Asn Cys Met Lys Val Ser Lys
130 135 140
Pro Ser Ile Ile Asn His Pro Arg Glu Phe Thr Leu Glu Glu Ile Lys
145 150 155 160
Asn Ile Tyr Tyr Glu Glu Leu
165
<210> 65
<211> 1149
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 65
atggcaaata gaatgatatt aaatgaaaca gcatggtttg gaagaggggc tgtaggtgca 60
ctaacagatg aagtaaagag aagaggatat cagaaggctt taatagtaac tgataagacg 120
cttgtacaat gtggtgtagt tgctaaagta acagataaaa tggatgctgc aggacttgca 180
tgggctattt atgatggtgt agtccctaat cctactataa ctgtagtaaa agagggcctt 240
ggagtatttc aaaattcagg tgcagattat ttgatagcta taggcggcgg ctctcctcaa 300
gatacttgta aagccattgg aataattagc aacaatcctg aatttgccga cgttagatca 360
cttgaaggat tatctcctac aaataaacca agcgtaccta tacttgcaat acctactaca 420
gcgggtactg cagctgaagt tacaataaac tatgtaatta cagacgaaga aaagagaaga 480
aaatttgtat gtgtagaccc tcatgacata cctcaagtag catttattga tgcagacatg 540
atggatggaa tgccccctgc tttaaaagca gcaactggtg tagatgcatt gacccatgct 600
atagaaggat atattactcg cggggcatgg gctttaaccg atgcactgca tataaaggct 660
atagaaataa tagctggggc attgagaggt tctgtagctg gtgacaaaga tgctggtgaa 720
gagatggcgt taggtcagta tgtagcggga atgggatttt caaatgtagg gttaggatta 780
gttcacggga tggctcatcc tttaggtgca ttctataata caccacatgg agtagctaat 840
gctatactac taccacatgt tatgagatat aatgcagatt ttaccggaga aaaatataga 900
gatatagcac gagttatggg tgtaaaagta gaaggaatga gcttagaaga ggctagaaat 960
gcagcagtag aagcagtatt tgctttaaat agagatgtag gaataccacc acatttaaga 1020
gatgttggtg taagaaaaga ggatattcca gcactggcac aggcagcatt ggatgatgta 1080
tgtacaggcg gcaatccaag agaggctaca cttgaagata tagtagagct ttatcatact 1140
gcatggtaa 1149
<210> 66
<211> 382
<212> PRT
<213> 大肠杆菌（Escherichia coli）
<400> 66
Met Ala Asn Arg Met Ile Leu Asn Glu Thr Ala Trp Phe Gly Arg Gly
1 5 10 15
Ala Val Gly Ala Leu Thr Asp Glu Val Lys Arg Arg Gly Tyr Gln Lys
20 25 30
Ala Leu Ile Val Thr Asp Lys Thr Leu Val Gln Cys Gly Val Val Ala
35 40 45
Lys Val Thr Asp Lys Met Asp Ala Ala Gly Leu Ala Trp Ala Ile Tyr
50 55 60
Asp Gly Val Val Pro Asn Pro Thr Ile Thr Val Val Lys Glu Gly Leu
65 70 75 80
Gly Val Phe Gln Asn Ser Gly Ala Asp Tyr Leu Ile Ala Ile Gly Gly
85 90 95
Gly Ser Pro Gln Asp Thr Cys Lys Ala Ile Gly Ile Ile Ser Asn Asn
100 105 110
Pro Glu Phe Ala Asp Val Arg Ser Leu Glu Gly Leu Ser Pro Thr Asn
115 120 125
Lys Pro Ser Val Pro Ile Leu Ala Ile Pro Thr Thr Ala Gly Thr Ala
130 135 140
Ala Glu Val Thr Ile Asn Tyr Val Ile Thr Asp Glu Glu Lys Arg Arg
145 150 155 160
Lys Phe Val Cys Val Asp Pro His Asp Ile Pro Gln Val Ala Phe Ile
165 170 175
Asp Ala Asp Met Met Asp Gly Met Pro Pro Ala Leu Lys Ala Ala Thr
180 185 190
Gly Val Asp Ala Leu Thr His Ala Ile Glu Gly Tyr Ile Thr Arg Gly
195 200 205
Ala Trp Ala Leu Thr Asp Ala Leu His Ile Lys Ala Ile Glu Ile Ile
210 215 220
Ala Gly Ala Leu Arg Gly Ser Val Ala Gly Asp Lys Asp Ala Gly Glu
225 230 235 240
Glu Met Ala Leu Gly Gln Tyr Val Ala Gly Met Gly Phe Ser Asn Val
245 250 255
Gly Leu Gly Leu Val His Gly Met Ala His Pro Leu Gly Ala Phe Tyr
260 265 270
Asn Thr Pro His Gly Val Ala Asn Ala Ile Leu Leu Pro His Val Met
275 280 285
Arg Tyr Asn Ala Asp Phe Thr Gly Glu Lys Tyr Arg Asp Ile Ala Arg
290 295 300
Val Met Gly Val Lys Val Glu Gly Met Ser Leu Glu Glu Ala Arg Asn
305 310 315 320
Ala Ala Val Glu Ala Val Phe Ala Leu Asn Arg Asp Val Gly Ile Pro
325 330 335
Pro His Leu Arg Asp Val Gly Val Arg Lys Glu Asp Ile Pro Ala Leu
340 345 350
Ala Gln Ala Ala Leu Asp Asp Val Cys Thr Gly Gly Asn Pro Arg Glu
355 360 365
Ala Thr Leu Glu Asp Ile Val Glu Leu Tyr His Thr Ala Trp
370 375 380
<210> 67
<211> 1155
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子适应的核苷酸序列
<400> 67
atgacaaata gaatgatatt aaatgaaact agttatatag gtgctggagc aatagaaaac 60
atagtaacag aggcaaaaac acgaggttat aaaaaggcac ttgttgtaac agataaagaa 120
ttaattaaat ttaatgttgc cagcaaagta accaatttgt taaataaaaa tgatctaata 180
tttgagattt ttgatgaagt aaaagcaaat ccaactataa atgtagtatt agctggtata 240
gaaagattta aggcttcagg agcagattat cttatagcta taggcggcgg ctcttcaata 300
gatactgcta aagcaattgg tataataata aataatccag aatttagtga tgttagatca 360
cttgaaggtg ctgtagaaac aaaaaataaa tgtgtagata taatagcagt tccaactaca 420
gcaggcactg ctgctgaagt aactataaat tatgttataa cagatgaaga aagaaagaga 480
aaatttgtat gtgttgatcc tcatgatatt ccagttattg cagtagtaga tagtgagatg 540
atgtcaagca tgcctaaggg attaacagct gcaactggaa tggatgcttt aactcatgct 600
atagaaggat atattacaaa aggagcatgg gaactaacag atactctaca tttaaaggct 660
attgaaataa taggaagaag cttaaggtca gctgtaaata atgaacctaa aggaagagaa 720
gatatggcat taggacaata tatagcagga atgggttttt ccaatgttgg attgggaata 780
gttcattcta tggcgcaccc attgggtgct ttttatgata ctcttcacgg aatagcaaat 840
gctgtacttt taccttatgt aatggagtat aatgcagagg ctactgatga aaagtacagg 900
gaaatagcga gagtaatggg tgtagaaggt gtagataaca tgtctcaaaa agaatacaga 960
aaggctgcaa ttgatgctgt taaaaagctc tccgaagatg taggtatacc aaaggtactt 1020
aatgaaatcg gagtaaaaga agaggatctt caatctttag cagaatcagc ctttgtagat 1080
gcatgcacgc ctggtaaccc aagggatact tcagttgtag aaatactgga aatatataaa 1140
aaggcattca aataa 1155
<210> 68
<211> 384
<212> PRT
<213> 贝氏梭菌（Clostridium beijerinckii）
<400> 68
Met Thr Asn Arg Met Ile Leu Asn Glu Thr Ser Tyr Ile Gly Ala Gly
1 5 10 15
Ala Ile Glu Asn Ile Val Thr Glu Ala Lys Thr Arg Gly Tyr Lys Lys
20 25 30
Ala Leu Val Val Thr Asp Lys Glu Leu Ile Lys Phe Asn Val Ala Ser
35 40 45
Lys Val Thr Asn Leu Leu Asn Lys Asn Asp Leu Ile Phe Glu Ile Phe
50 55 60
Asp Glu Val Lys Ala Asn Pro Thr Ile Asn Val Val Leu Ala Gly Ile
65 70 75 80
Glu Arg Phe Lys Ala Ser Gly Ala Asp Tyr Leu Ile Ala Ile Gly Gly
85 90 95
Gly Ser Ser Ile Asp Thr Ala Lys Ala Ile Gly Ile Ile Ile Asn Asn
100 105 110
Pro Glu Phe Ser Asp Val Arg Ser Leu Glu Gly Ala Val Glu Thr Lys
115 120 125
Asn Lys Cys Val Asp Ile Ile Ala Val Pro Thr Thr Ala Gly Thr Ala
130 135 140
Ala Glu Val Thr Ile Asn Tyr Val Ile Thr Asp Glu Glu Arg Lys Arg
145 150 155 160
Lys Phe Val Cys Val Asp Pro His Asp Ile Pro Val Ile Ala Val Val
165 170 175
Asp Ser Glu Met Met Ser Ser Met Pro Lys Gly Leu Thr Ala Ala Thr
180 185 190
Gly Met Asp Ala Leu Thr His Ala Ile Glu Gly Tyr Ile Thr Lys Gly
195 200 205
Ala Trp Glu Leu Thr Asp Thr Leu His Leu Lys Ala Ile Glu Ile Ile
210 215 220
Gly Arg Ser Leu Arg Ser Ala Val Asn Asn Glu Pro Lys Gly Arg Glu
225 230 235 240
Asp Met Ala Leu Gly Gln Tyr Ile Ala Gly Met Gly Phe Ser Asn Val
245 250 255
Gly Leu Gly Ile Val His Ser Met Ala His Pro Leu Gly Ala Phe Tyr
260 265 270
Asp Thr Leu His Gly Ile Ala Asn Ala Val Leu Leu Pro Tyr Val Met
275 280 285
Glu Tyr Asn Ala Glu Ala Thr Asp Glu Lys Tyr Arg Glu Ile Ala Arg
290 295 300
Val Met Gly Val Glu Gly Val Asp Asn Met Ser Gln Lys Glu Tyr Arg
305 310 315 320
Lys Ala Ala Ile Asp Ala Val Lys Lys Leu Ser Glu Asp Val Gly Ile
325 330 335
Pro Lys Val Leu Asn Glu Ile Gly Val Lys Glu Glu Asp Leu Gln Ser
340 345 350
Leu Ala Glu Ser Ala Phe Val Asp Ala Cys Thr Pro Gly Asn Pro Arg
355 360 365
Asp Thr Ser Val Val Glu Ile Leu Glu Ile Tyr Lys Lys Ala Phe Lys
370 375 380
<210> 69
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 69
cacaccaggt ctcaaaccat ggagatctcg aggcctg 37
<210> 70
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 70
cacaccaggt ctcacatatg ataagaagac tcttggc 37
<210> 71
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 71
cacaccaggt ctcacatatg acagcaacaa ggggcc 36
<210> 72
<211> 69
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 72
cacaccaggt ctcaattgta acacctcctt aattagttat gctctttctt ctataggtac 60
aaatttttg 69
<210> 73
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 73
cacaccaggt ctcacaatga aaacaagaac tcaacaaata g 41
<210> 74
<211> 62
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 74
cacaccaggt ctcagtgttc ctcctatgtg ttcttaaaat tgagattctt cagttgaacc 60
tg 62
<210> 75
<211> 62
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 75
cacaccaggt ctcagtgttc ctcctatgtg ttcttaaaat tgagattctt cagttgaacc 60
tg 62
<210> 76
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 76
cacaccaggt ctcaggttat gcatttagat atattgtttt tgtctgtacg 50
<210> 77
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 77
cacaccaggt ctcacatatg caatttaggc cttttaatcc acca 44
<210> 78
<211> 53
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 78
cacaccaggt ctcagtgttc ctcctatgtg ttcttatgct tgcgcaagtg cct 53
<210> 79
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 79
cacaccaggt ctcaacacat atgtcttcag tgcctgtatt ccag 44
<210> 80
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 80
cacaccaggt ctcaggttaa gactggagat atactgcatg ag 42
<210> 81
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 81
cacaccaggt ctcacatatg agaactccat ttattatgac 40
<210> 82
<211> 52
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核甘酸（Synthetic oligo）
<400> 82
cacaccaggt ctcagtgttc ctcctatgtg ttcctaatct acaaagtgct tg 52

Claims (20)

1.一种能够由气态底物产生乙二醇或乙二醇前体的经基因工程化的微生物。
2.根据权利要求1所述的微生物，其中所述微生物通过一种或多种选自由5,10-亚甲基四氢叶酸盐、草酰乙酸盐、柠檬酸盐、苹果酸盐和甘氨酸组成的组的中间体产生乙二醇或所述乙二醇前体。
3.根据权利要求1所述的微生物，其中所述微生物包括以下一种或多种：
a.能够将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的异源性酶；
b.能够将甘氨酸转化为乙醛酸盐的异源性酶；
c.能够将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的异源性酶；以及
d.能够将乙醇酸盐转化为乙醇醛的异源性酶。
4.根据权利要求3所述的微生物，其中：
a.所述能够将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的异源性酶是柠檬酸[Si]-合酶[2.3.3.1]、ATP柠檬酸合酶[2.3.3.8]；或柠檬酸(Re)-合酶[2.3.3.3]；
b.所述能够将甘氨酸转化为乙醛酸盐的异源性酶是丙氨酸-乙醛酸转氨酶[2.6.1.44]、丝氨酸-乙醛酸转氨酶[2.6.1.45]、丝氨酸-丙酮酸转氨酶[2.6.1.51]、甘氨酸-草酰乙酸转氨酶[2.6.1.35]、甘氨酸转氨酶[2.6.1.4]、甘氨酸脱氢酶[1.4.1.10]、丙氨酸脱氢酶[1.4.1.1]或甘氨酸脱氢酶[1.4.2.1]；
c.所述能够将异柠檬酸盐转化为乙醛酸盐的异源性酶是异柠檬酸裂解酶[4.1.3.1]；和/或
d.所述能够将乙醇酸盐转化为乙醇醛的异源性酶是乙醇醛脱氢酶[1.2.1.21]、乳醛脱氢酶[1.2.1.22]、琥珀酸-半醛脱氢酶[1.2.1.24]、2,5-二氧戊酸脱氢酶[1.2.1.26]、醛脱氢酶[1.2.1.3/4/5]、甜菜碱-醛脱氢酶[1.2.1.8]或醛铁氧还蛋白氧化还原酶[1.2.7.5]。
5.根据权利要求3所述的微生物，其中所述异源性酶中的一种或多种酶衍生自选自由以下组成的组的属：芽孢杆菌属(Bacillus)、梭菌属(Clostridium)、埃希氏菌属(Escherichia)、葡糖杆菌属(Gluconobacter)、生丝微菌属(Hyphomicrobium)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、栖沉积物菌属(Sedimenticola)、芽孢八叠球菌属(Sporosarcina)、链霉菌属(Streptomyces)、热硫杆状菌属(Thermithiobacillus)、热袍菌属(Thermotoga)和玉蜀黍属(Zea)。
6.根据权利要求3所述的微生物，其中所述异源性酶中的一种或多种酶经密码子优化以在所述微生物中表达。
7.根据权利要求3所述的微生物，其中所述微生物进一步包括以下一种或多种：能够将乙酰辅酶A转化为丙酮酸盐的酶；能够将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶；能将丙酮酸盐转化为苹果酸盐的酶；能够将丙酮酸盐转化为磷酸烯醇丙酮酸盐的酶；能够将草酰乙酸盐转化为柠檬酰辅酶A的酶；能够将柠檬酰辅酶A转化为柠檬酸盐的酶；能够将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐的酶；能够将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶；能够将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为2-磷酸-D-甘油酸盐的酶；能够将2-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酸-D-甘油酸盐的酶；能够将3-磷酸-D-甘油酸盐转化为3-磷酰氧基丙酮酸盐的酶；能够将3-磷酰氧基丙酮酸盐转化为3-磷酸-L-丝氨酸的酶；能够将3-磷酸-L-丝氨酸转化为丝氨酸的酶；能将丝氨酸转化为甘氨酸的酶；能够将5,10-亚甲基四氢叶酸盐转化为甘氨酸的酶；能将丝氨酸转化为羟基丙酮酸盐的酶；能够将D-甘油酸盐转化为羟基丙酮酸盐的酶；能将苹果酸盐转化为乙醛酸盐的酶；能够将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐的酶；能够将羟基丙酮酸盐转化为乙醇醛的酶；和能够将乙醇醛转化为乙二醇的酶。
8.根据权利要求3所述的微生物，其中所述微生物过表达：
a.所述能够将草酰乙酸盐转化为柠檬酸盐的异源性酶；
b.所述能够将甘氨酸转化为乙醛酸盐的异源性酶；和/或
c.所述能够将乙醇酸盐转化为乙醇醛的异源性酶。
9.根据权利要求7所述的微生物，其中所述微生物过表达：
a.所述能够将丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶；
b.所述能够将柠檬酸盐转化为乌头酸盐并将乌头酸盐转化为异柠檬酸盐的酶；
c.所述能够将磷酸烯醇丙酮酸盐转化为草酰乙酸盐的酶；
d.所述能将丝氨酸转化为甘氨酸的酶；
e.所述能够将5,10-亚甲基四氢叶酸盐转化为甘氨酸的酶；
f.所述能够将乙醛酸盐转化为乙醇酸盐的酶；和/或
g.所述能够将乙醇醛转化为乙二醇的酶。
10.根据权利要求1所述的微生物，其中所述微生物在以下一种或多种酶中包括破坏性突变：异柠檬酸脱氢酶、甘油酸脱氢酶、乙醇酸脱氢酶、甘油酸脱氢酶、乙醇酸脱氢酶、醛铁氧还蛋白氧化还原酶和醛脱氢酶。
11.根据权利要求1所述的微生物，其中所述微生物是选自由以下组成的组的属的成员：醋酸杆菌属(Acetobacterium)、嗜碱菌属(Alkalibaculum)、布劳特氏菌属(Blautia)、丁酸杆菌属(Butyribacterium)、梭菌属、真杆菌属(Eubacterium)、穆尔氏菌属(Moorella)、产醋杆菌属(Oxobacter)、鼠孢菌属(Sporomusa)和热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacter)。
12.根据权利要求1所述的微生物，其中所述微生物衍生自选自由以下组成的组的亲本微生物：伍氏醋酸杆菌(Acetobacterium woodii)、巴氏嗜喊菌(Alkalibaculum bacchii)、产生布劳特氏菌(Blautia producta)、食甲基丁酸杆菌(Butyribacteriummethylotrophicum)、醋酸梭菌(Clostridium aceticum)、产乙醇梭菌(Clostridiumautoethanogenum)、食一氧化碳梭菌(Clostridium carboxidivorans)、克氏梭菌(Clostridium coskatii)、德氏梭菌(Clostridium drakei)、蚁酸醋酸梭菌(Clostridiumformicoaceticum)、永达尔梭菌(Clostridium ljungdahlii)、马氏梭菌(Clostridiummagnum)、拉氏梭菌(Clostridium ragsdalei)、粪味梭菌(Clostridium scatologenes)、粘液真杆菌(Eubacterium limosum)、热自养穆尔氏菌(Moorella thermautotrophica)、热醋穆尔氏菌(Moorella thermoacetica)、普氏产醋杆菌(Oxobacter pfennigii)、卵形鼠孢菌(Sporomusa ovata)、森林土壤醋酸鼠孢菌(Sporomusa silvacetica)、球形鼠孢菌(Sporomusa sphaeroides)和凯伍热厌氧杆菌(Thermoanaerobacter kiuvi)。
13.根据权利要求12所述的微生物，其中所述微生物衍生自选自由以下组成的组的亲本细菌：产乙醇梭菌、永达尔梭菌或拉氏梭菌。
14.根据权利要求1所述的微生物，其中所述微生物包括天然或异源性Wood-Ljungdahl途径。
15.根据权利要求1所述的微生物，其中所述乙二醇前体是乙醛酸盐或乙醇酸盐。
16.一种产生乙二醇或乙二醇前体的方法，所述方法包括在气态底物存在的情况下在营养培养基中培养根据权利要求1所述的微生物，由此所述微生物产生乙二醇或所述乙二醇前体。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述气态底物包括CO、CO2和H2中的一种或多种。
18.根据权利要求16所述的方法，其中所述乙二醇前体是乙醛酸盐或乙醇酸盐。
19.根据权利要求16所述的方法，其进一步包括从所述营养培养基中分离乙二醇或所述乙二醇前体。
20.根据权利要求16所述的方法，其中所述微生物进一步产生乙醇、2,3-丁二醇和琥珀酸盐中的一种或多种。
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