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CN111836830A - Cd70组合疗法 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及用于治疗恶性肿瘤，特别是髓系恶性肿瘤例如急性髓性白血病(AML)的组合疗法。所述组合疗法可以包括结合至CD70的抗体分子和至少一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子。优选的白血病干细胞靶标是TIM‑3、IL1R3/IL1RAP和CD47。

Description

CD70组合疗法
技术领域
本发明涉及用于治疗恶性肿瘤，特别是髓系恶性肿瘤例如急性髓性白血病(AML)的组合疗法。所述组合疗法可以包括结合至CD70的抗体分子和至少一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子。优选的白血病干细胞靶标是TIM-3、IL1R3/IL1RAP和CD47。替代性地或另外，所述组合疗法可以包括结合至CD70的抗体分子和抑制SIRPα信号传导的药剂。所述组合疗法可进一步包括另外的抗癌剂，例如用于治疗AML的药剂，例如阿扎胞苷(azacitidine)或地西他滨(decitabine)。
背景技术
近年来，新的癌症治疗方法的开发集中在与癌症进展有关的分子靶标，特别是蛋白质。涉及肿瘤生长、侵袭和转移的分子靶标的清单在不断扩大，并且包括由肿瘤细胞过表达的蛋白质以及与支持肿瘤生长的系统(例如脉管系统和免疫系统)相关的靶标。被设计用于与这些分子靶标相互作用的治疗剂或抗癌剂的数量也在持续增加，并且现在已批准将大量靶向癌症药物用于临床，并且更多的正在开发中。
免疫疗法是一种特别有趣的癌症治疗方法。这种形式的疗法旨在利用机体自身免疫系统的力量来控制肿瘤的生长。免疫系统非常复杂，包括多种不同的细胞类型，并且在健康个体中，这些不同的细胞群需要严格控制。在癌症发展期间，肿瘤通常会进化出逃避宿主免疫系统检测和消除的方法，例如通过下调自然杀伤(NK)细胞激活剂、降低肿瘤细胞对MHCI类蛋白的表达、T细胞无应答性和/或上调免疫抑制性调节性T细胞(或Treg)。免疫疗法旨在逆转免疫抑制性肿瘤环境，从而帮助机体建立有效的抗肿瘤应答。
由于CD70在许多类型的血液系统恶性肿瘤和实体癌中的组成性表达，因此CD70已被确定为特别感兴趣的分子靶标(Junker等人(2005)J Urol.173:2150-3；Sloan等人(2004)Am J Pathol.164:315-23；Held-Feindt和Mentlein(2002)Int J Cancer 98:352-6；Hishima等人(2000)Am J Surg Pathol.24:742-6；Lens等人(1999)Br J Haematol.106:491-503；Boursalian等人(2009)Adv Exp Med Biol.647:108-119；Wajant H.(2016)Expert Opin Ther Targets 20(8):959-973)。CD70是属于肿瘤坏死因子(TNF)超家族的II型跨膜糖蛋白，其通过与其同源细胞表面受体CD27结合来介导其作用。CD70和CD27均由免疫系统的多种细胞类型表达，并且CD70-CD27信号传导途径已牵涉到免疫应答的若干不同方面的调节。这反映在以下事实上：CD70过表达发生在各种自身免疫疾病中，包括类风湿关节炎和牛皮癣关节炎以及狼疮(Boursalian等人(2009)Adv Exp Med Biol.647:108-119；Han等人(2005)Lupus 14(8):598-606；Lee等人(2007)J Immunol.179(4):2609-2615；Oelke等人(2004)Arthritis Rheum.50(6):1850-1860)。
CD70表达已与包括B细胞淋巴瘤、肾细胞癌和乳腺癌的若干癌症的不良预后相关(Bertrand等人(2013)Genes Chromosomes Cancer 52(8):764-774；Jilaveanu等人(2012)Hum Pathol.43(9):1394-1399；Petrau等人(2014)J Cancer 5(9):761-764)。在转移组织中也发现CD70表达的比例很高，表明该分子在癌症发展中起关键作用(Jacobs等人(2015)Oncotarget 6(15):13462-13475)。CD70及其受体CD27在造血谱系肿瘤细胞上的组成性表达与CD70-CD27信号传导轴(signalling axis)在直接调节肿瘤细胞增殖和存活中的作用有关(Goto等人(2012)Leuk Lymphoma 53(8):1494-1500；Lens等人(1999)Br JHaematol.106(2)；491-503；Nilsson等人(2005)Exp Hematol.33(12):1500-1507；vanDoorn等人(2004)Cancer Res.64(16):5578-5586)。
肿瘤、特别是未共表达CD27的实体肿瘤上CD70表达的上调也以多种方式促进了肿瘤微环境中的免疫抑制。例如，已证明CD70与调节性T细胞上的CD27结合可增加Treg的频率，减少肿瘤特异性T细胞应答并促进小鼠的肿瘤生长(Claus等人(2012)Cancer Res.72(14):3664-3676)。如肾细胞癌、神经胶质瘤和胶质母细胞瘤细胞中所示，CD70-CD27信号传导还可通过肿瘤诱导的T淋巴细胞凋亡来减弱免疫应答(Chahlavi等人(2005)CancerRes.65(12):5428-5438；Diegmann等人(2006)Neoplasia 8(11):933-938)；Wischusen等人(2002)Cancer Res 62(9):2592-2599)。最后，CD70的表达也与T细胞衰竭有关，从而使淋巴细胞具有更分化的表型并且不能杀死肿瘤细胞(Wang等人(2012)Cancer Res 72(23):6119-6129；Yang等人(2014)Leukemia 28(9):1872-1884)。
鉴于CD70在癌症发展中的重要性，CD70是抗癌疗法的引人注意的靶标，并且靶向这种细胞表面蛋白的抗体正在临床开发中(Jacob等人(2015)Pharmacol Ther.155:1-10；Silence等人(2014)mAbs 6(2):523-532)。
发明内容
本发明涉及包含与CD70结合的抗体分子的组合疗法。在本发明的组合疗法中，将结合至CD70的抗体分子与针对不同靶标的至少一种另外的药剂组合，以实现更有效的癌症治疗。可以与CD70抗体分子组合的药剂包括结合至白血病干细胞靶标的抗体分子和/或抑制SIRPα信号传导的药剂。
已经发现抗CD70抗体可有效治疗髓系恶性肿瘤，尤其是急性髓性白血病(AML)和骨髓增生异常综合征(MDS)。本发明是基于结合CD70的抗体分子与靶向恶性髓样细胞、特别是白血病干细胞的另外的药剂的组合使用。
在第一方面，本发明提供一种组合，其包含结合至CD70的抗体分子和至少一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子。
在某些实施方案中，白血病干细胞靶标选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP；LILRB2；CLL-1；CD123；CD33；SAIL；GPR56；CD44；E-选凝素；CXCR4；CD25；CD32；PR1；WT1；ADGRE2；CCR1；TNFRSF1B和CD96。在优选的实施方案中，白血病干细胞靶标选自TIM-3、半乳糖凝集素-9、CD47、IL1RAP和LILRB2。
在某些实施方案中，结合至CD70的抗体分子选自：(i)包含可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)的抗体分子，所述可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)包含重链CDR(HCDR3、HCDR2和HCDR1)和轻链CDR(LCDR3、LCDR2和LCDR1)：包含SEQ ID NO:3或由其组成的HCDR3；包含SEQ ID NO:2或由其组成的HCDR2；包含SEQ ID NO:1或由其组成的HCDR1；包含SEQ ID NO:7或由其组成的LCDR3；包含SEQ ID NO:6或由其组成的LCDR2；和包含SEQ ID NO:5或由其组成的LCDR1；(ii)包含VH结构域和VL结构域的抗体分子，所述VH结构域包含与SEQ ID NO:4至少70％，至少80％，至少90％，至少95％相同的氨基酸序列，所述VL结构域包含与SEQ ID NO:8至少70％，至少80％，至少90％，至少95％相同的氨基酸序列；或(iii)ARGX-110。
在某些实施方案中，除了结合CD70的抗体分子之外，所述组合还包含结合至第一白血病干细胞靶标的抗体分子和结合至第二白血病干细胞靶标的抗体分子，其中所述第一白血病干细胞靶标和所述第二白血病干细胞靶标是不同的。所述第一白血病干细胞靶标和/或所述第二白血病干细胞靶标可以选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP；LILRB2；CLL-1；CD123；CD33；SAIL；GPR56；CD44；E-选凝素；CXCR4；CD25；CD32；PR1；WT1；ADGRE2；CCR1；TNFRSF1B和CD96，优选地是由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP和LILRB2。在优选实施方案中，所述第一白血病干细胞靶标是TIM-3，并且所述第二白血病干细胞靶标是CD47。在其他优选实施方案中，所述第一白血病干细胞靶标是TIM-3，并且所述第二白血病干细胞靶标是IL1RAP。
对于包含结合TIM-3的抗体分子或结合IL1RAP的抗体分子的本发明组合，在某些实施方案中，这种抗体分子导致减少的NF-κB信号传导；减少的Wnt/β-连环蛋白信号传导；降低的AML细胞的干性；或其组合。替代性地或另外，结合TIM-3的抗体分子可以抑制TIM-3与一种或多种TIM-3相互作用蛋白的相互作用，任选地是选自以下的TIM-3相互作用蛋白：CEACAM-1；HMGB-1；磷脂酰丝氨酸；半乳糖凝集素-9；LILRB2；和其组合。
在某些实施方案中，结合至LSC靶标的一种或多种抗体分子是源于骆驼科动物的。例如，抗体分子可以选自通过这样的一种方法获得的一种或多种免疫文库，所述方法包括用白血病干细胞靶标对骆驼科动物，优选美洲驼进行免疫的步骤。通过用LSC靶蛋白或其多肽片段对骆驼种的动物进行免疫，或用表达LSC靶蛋白或其多肽片段的mRNA或cDNA分子对骆驼种的动物进行免疫，可以从骆驼科动物得到抗体分子。
对于包含结合CD47的抗体分子的本发明组合，在某些实施方案中，抗体分子抑制白血病干细胞上的CD47与吞噬细胞上的SIRPα之间的相互作用。结合CD47的抗体分子可替代地或另外地增加肿瘤细胞的吞噬作用。
在某些实施方案中，组合的抗体分子独立地选自由以下组成的组：IgG抗体；抗体轻链可变结构域(VL)；抗体重链可变结构域(VH)；单链抗体(scFv)；F(ab’)2片段；Fab片段；Fd片段；Fv片段；单臂(单价)抗体；双价抗体、三价抗体、四价抗体或通过此类抗原结合片段的组合、组装或缀合形成的任何抗原结合分子。
关于组合的制剂，在某些实施方案中，组合的抗体分子以单一抗体形式组合，例如作为多特异性抗体，优选双特异性抗体。替代地，抗体分子可以是分开的，但是在单个组合物中共同配制。对于共同配制为单个组合物的抗体分子，不同抗体分子的比率可以为1:1。替代地，抗体分子可以以不同的相对量存在。例如，对于其中组合包含结合至CD70的第一抗体分子和结合至LSC靶标的第二抗体分子的本发明的实施方案，第一抗体分子与第二抗体分子的比率可以是1:2、1:3、1:4、1:5、2:1、3:1、4:1、5:1等。在替代实施方案中，抗体分子是分开提供的。
组合的抗体分子可具有一种或多种效应子功能。在某些实施方案中，所述抗体分子中的至少一种完全或部分阻断其靶标的功能；和/或具有ADCC活动；和/或包含去岩藻糖基化的抗体结构域；和/或具有CDC活性；和/或具有ADCP活性。
本发明的组合可以包含一种或多种另外的治疗剂，例如一种或多种另外的抗癌剂。在某些实施方案中，所述组合包含抑制SIRPα信号传导的药剂。抑制SIRPα信号传导的药剂可以是结合至SIRPα并抑制CD47和SIRPα之间相互作用的抗体分子，或者替代地可以是SIRPα-抗体分子融合蛋白，例如SIRPα-Fc融合体。在某些实施方案中，SIRPα-抗体分子融合蛋白包含所述组合的抗体分子中的至少一种。在特定实施方案中，SIRPα-抗体分子融合蛋白包含结合CD70的所述组合的抗体分子。
在另一个方面，本发明提供了一种组合，其包含结合至CD70的抗体分子和抑制SIRPα信号传导的药剂。
抑制SIRPα信号传导的药剂可以选自：(i)结合CD47并抑制CD47和SIRPα之间相互作用的抗体分子；(ii)结合SIRPα并抑制CD47和SIRPα之间相互作用的抗体分子；(iii)SIRPα-抗体分子融合蛋白，任选地SIRPα-Fc融合蛋白。在特定实施方案中，将结合至CD70的抗体分子和抑制SIRPα信号传导的药剂组合成单个分子，例如SIRPα-抗体分子融合蛋白，其中所述抗体分子包含结合CD70的抗体分子或由其组成。在特定实施方案中，本发明的第二方面的组合包含至少一个与结合至CD70的抗体分子共价连接的SIRPαV样结构域。SIRPαV样结构域与结合至CD70的抗体分子之间的连接可以通过接头介导。
在本发明的所有方面，在某些实施方案中，所述组合包含至少一种另外的抗癌剂，例如至少一种用于治疗髓系恶性肿瘤的药剂。在某些实施方案中，本文中的组合包含用于治疗AML的另外的药剂。在优选的实施方案中，所述组合包含低甲基化剂(hypomethylatingagent)，优选阿扎胞苷。替代地或另外，所述组合可以包含PD-1抑制剂和/或PD-L1抑制剂。
在另一方面，本发明提供了根据本发明的第一方面和第二方面的组合，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤。本发明还提供了一种用于治疗人类受试者的恶性肿瘤的方法，所述方法包括向受试者施用根据本发明的第一方面或第二方面的任何组合。
本发明还提供了一种结合至CD70的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与结合至白血病干细胞靶标的抗体分子组合施用。本发明还提供了一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与结合至CD70的抗体分子组合施用。
本发明还提供了一种结合至CD70的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与抑制SIRPα信号传导的药剂组合施用。本发明还提供了一种抑制SIRPα信号传导的药剂，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述药剂与结合CD70的抗体分子组合施用。
关于欲使用本发明的组合治疗的恶性肿瘤，所述恶性肿瘤可以是(i)包括生产表达CD70、CD27或两者的癌症祖细胞或干细胞的恶性肿瘤；(ii)包括生产表达LSC靶标的癌症祖细胞或干细胞的恶性肿瘤，所述组合的所述抗体分子中的至少一种结合至所述LSC靶标；(iii)髓系恶性肿瘤；(iv)新诊断的髓系恶性肿瘤；(v)复发性或难治性髓系恶性肿瘤；(vi)选自以下的髓系恶性肿瘤：急性髓性白血病(AML)、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生性肿瘤(MPN)、慢性髓性白血病(CML)和髓单核细胞性白血病(CMML)。在特别优选的实施方案中，本发明的组合用于治疗急性髓性白血病(AML)。
在某些实施方案中，所述方法还包括监视患者的胚细胞计数。患者的外周血和/或骨髓计数可以减少，例如减少到小于25％，例如减少到5％，例如减少到小于5％，例如减少到不可检测的水平。在某些实施方案中，与治疗前相比，骨髓胚细胞计数减少至5％至25％，并且骨髓胚细胞百分比减少超过50％。
在某些实施方案中，所述方法诱导部分应答。在某些实施方案中，所述方法诱导完全应答，任选地伴随血小板恢复和/或嗜中性粒细胞恢复。所述方法可诱导红细胞或血小板或两者的输血非依赖性持续8周或更长时间、10周或更长时间、12周或更长时间。在某些实施方案中，所述方法降低了30天周期或60天周期后的死亡率。
在某些实施方案中，所述方法增加了存活。例如，相对于用于治疗正在用所述组合治疗的特定髓系恶性肿瘤的一种或多种护理剂的标准，所述方法可以增加存活。所述方法可以诱导最小的残留疾病状态为阴性。
在某些实施方案中，所述方法进一步包括对受试者进行骨髓移植的步骤。替代地或另外，所述方法可以进一步包括施用一种或多种另外的抗癌剂的步骤。所述一种或多种另外的抗癌剂可以选自适合于治疗髓系恶性肿瘤，优选AML的任何药剂。优选的药剂可以选自维特克拉(Venetoclax)；Vyxeos；Idhifa(恩西地平(Enasidenib))；和Rydapt(米哚妥林(midostaurin))。
附图说明
图1显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗TIM-3抗体(1A11和2B10)在介导针对AML细胞系(BDCM)的抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)中的组合功效。
图2显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗IL1RAP抗体(1F10、1C1、7E4G1E8和89412)在介导针对AML细胞系(MV4-11、THP1和U937)的抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)中的组合功效。
图3显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗CD47抗体(B6H12、CC2C6和BRIC126)在介导针对AML细胞系(MV4-11、THP1、GDM1和U937)的抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)中的组合功效。
图4显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗TIM-3抗体(1A11和2B10)在介导补体介导性细胞毒性(CDC)中的组合功效。
图5显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗IL1RAP抗体(1F10和1C1)在介导补体介导性细胞毒性(CDC)中的组合功效。A.使用MV4-11 AML细胞测量的CDC；B.使用NOMO-1AML细胞测量的CDC。
图6显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗CD47抗体(BRIC126)在介导补体介导性细胞毒性(CDC)中的组合功效。A.使用MV4-11 AML细胞测量的CDC；B.使用NOMO-1AML细胞测量的CDC。
图7显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗TIM-3抗体(2B10)在介导针对AML细胞系(BDCM)的抗体依赖性细胞毒性(ADCP)中的组合功效。
图8显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗IL1RAP抗体(1F10)在介导针对AML细胞系(NOMO-1)的抗体依赖性细胞毒性(ADCC)中的组合功效。
图9显示抗CD70抗体(ARGX-110)和抗CD47抗体(CC2C6)在介导针对AML细胞系(NOMO-1)的抗体依赖性细胞毒性(ADCC)中的组合功效。
具体实施方式
A.定义
除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语具有与本发明的技术领域中的本领域技术人员通常所理解的含义相同的含义。
“组合疗法”-如本文所用，术语“组合疗法”是指其中对受试者(例如人类受试者)给予两种或更多种治疗剂的治疗。本文所述的“组合”是用于组合疗法。通常施用两种或更多种治疗剂以治疗单一疾病，在本文中为恶性肿瘤。在某些实施方案中，本发明的组合疗法利用结合至不同靶标的抗体分子，所述靶标尤其是CD70和白血病干细胞靶标，例如TIM-3、CD47或IL1RAP。如本文其他地方所述，组合疗法中包括的抗体分子可以包含在单一抗体(例如，多特异性抗体)中，可以共同配制，或者可以分开提供，例如作为分开的组合物，用于施用于有需要的受试者或患者。在某些实施方案中，本发明的组合疗法利用结合至CD70的抗体分子与至少一种抑制SIRPα信号传导的药剂的组合。可以将结合至CD70的抗体分子与抑制SIRPα信号传导的药剂组合成单个SIRPα-抗体分子融合蛋白。替代地，结合至CD70的抗体分子和抑制SIRPα信号传导的药剂可以分开提供，例如作为分开的组合物，以施用于有需要的受试者或患者。
“抗体分子”-如本文所用，术语“抗体分子”旨在涵盖全长抗体及其抗原结合片段，包括变体，例如经修饰的抗体、人源化抗体、种系化抗体(germlined antibody)及其抗原结合片段。术语“抗体”通常是指具有两条重链和两条轻链的组合的免疫球蛋白多肽，其中所述多肽对目的抗原(本文中为CD70或白血病干细胞靶标，例如TIM-3、CD47、IL1RAP)具有显著的特异性免疫反应活性。对于IgG类抗体，抗体包含两条相同的分子量大约为23,000道尔顿的多肽轻链和两条相同的分子量为53,000-70,000的重链。四条链通过二硫键以“Y”构型连接，其中轻链将重链从“Y”的口部开始并延伸通过可变区包在中间。抗体的轻链被分类为κ或λ(κ,λ)。每个重链类别都可以与κ或λ轻链结合。通常，当由杂交瘤、B细胞或基因工程宿主细胞产生免疫球蛋白时，轻链和重链彼此共价键合，并且两条重链的“尾”部分通过共价二硫键或非共价键彼此键合。在重链中，氨基酸序列从Y构型的叉状末端处的N端延伸到每条链底部的C端。
本领域技术人员将理解，重链被分类为γ、μ、α、δ或ε(γ，μ，α，δ，ε)，其中有一些子类(例如γ1-γ4)。这条链的性质决定了抗体的“类别”分别为IgG、IgM、IgA、IgD或IgE。例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1等免疫球蛋白子类(同种型)已被很好地表征，并且已知赋予功能专一性。如本文所用，术语“抗体分子”涵盖来自抗体的任何类别或子类的全长抗体或其抗原结合片段。
关于通用术语“抗体分子”内涵盖的抗原结合片段，这些片段是全长抗体或抗体链的部件或部分，其包含比完整或完全抗体要少的氨基酸残基，同时保留抗原结合活性。如本文所用，术语“抗体分子”旨在涵盖选自以下的抗原结合片段：抗体轻链可变结构域(VL)；抗体重链可变结构域(VH)；单链抗体(scFv)；F(ab’)2片段；Fab片段；Fd片段；Fv片段；单臂(单价)抗体；双价抗体、三价抗体、四价抗体或通过此类抗原结合片段的组合、组装或缀合形成的任何抗原结合分子。如本文所用，术语“抗体分子”还旨在涵盖选自由以下组成的组的抗体片段：单抗体(unibody)；结构域抗体(domain antibody)；和纳米抗体。片段可例如通过完整或完全抗体或抗体链的化学或酶处理或通过重组方式获得。
“特异性”和“多特异性抗体”-用于本文所述的组合疗法的抗体分子结合至特定靶抗原。优选的是抗体分子“特异性结合”至其靶抗原，其中术语“特异性结合”是指任何抗体分子优先与给定靶标例如CD70、TIM-3、CD47、IL1RAP、LILRB2免疫反应的能力。本发明的组合和方法的抗体分子可以是单特异性的，并且含有一个或多个特异性结合特定靶标的结合位点。本发明的组合和方法的抗体分子可以掺入到“多特异性抗体”形式中，例如双特异性抗体，其中所述多特异性抗体结合两种或更多种靶抗原。例如，在一个实施方案中，本发明的组合包含双特异性抗体，所述双特异性抗体包含特异性结合至CD70的第一抗体分子和特异性结合至TIM-3的第二抗体分子。在替代实施方案中，本发明的组合包含双特异性抗体，所述双特异性抗体包含特异性结合至CD70的第一抗体分子和特异性结合至CD47的第二抗体分子。在另一个替代实施方案中，本发明的组合包含双特异性抗体，所述双特异性抗体包含特异性结合至CD70的第一抗体分子和特异性结合至IL1RAP的第二抗体分子。为了实现多种特异性，通常将“多特异性抗体”改造成包括具有不同VH-VL对的重链和轻链多肽的不同组合或配对。可以改造多特异性抗体，特别是双特异性抗体，以采用天然抗体的整体构型，例如具有与Fc区缀合的不同特异性的Fab臂的Y形抗体。替代地，可以改造多特异性抗体，例如双特异性抗体，以采用非天然构型，例如其中具有不同特异性的可变结构域或可变结构域对位于Fc区的相对端。
双特异性或多特异性抗体可以具有天然的IgG结构，其具有两个对第一靶标具有结合特异性的Y形Fab臂，和一个或多个位于Fc结构域的C端的对第二靶标具有结合特异性的另外的抗原结合结构域。替代地，双特异性或多特异性抗体可以具有天然的IgG结构，其具有两个对第一靶标具有结合特异性的Y形Fab臂，和一个或多个位于Fc结构域的C端的对第二靶标具有结合特异性的scFv片段。双特异性或多特异性抗体可以是不对称的IgG抗体，使得一个Fab区被不同的抗原结合结构域例如VHH结构域替代。在这些不对称抗体中，Fab区或片段可以结合至CD70，并且VHH结构域可以结合LSC至靶标，或反之亦然。
“修饰的抗体”-如本文所用，术语“修饰的抗体”包括合成形式的抗体，其被改变使得它们不是天然存在的，例如，包含至少两个重链部分但不包含两个完整重链的抗体(例如，结构域缺失的抗体或小抗体)；多特异性形式的抗体(例如双特异性、三特异性等)，其被改变以结合至两种或更多种不同的抗原或结合至单一抗原上的不同表位；与scFv分子接合的重链分子，等等。scFv分子是本领域已知的，并且描述于例如美国专利5,892,019中。另外，术语“修饰的抗体”包括多价形式的抗体(例如，结合至相同抗原的三个或更多个拷贝的三价、四价抗体等)。在另一个实施方案中，本发明的修饰的抗体是一种融合蛋白，其包含至少一个缺少CH2结构域的重链部分并且包含多肽的结合结构域，所述结合结构域包含受体配体对的一个成员的结合部分。
“人源化取代”-如本文所用，术语“人源化取代”是指氨基酸取代，其中存在于抗体的VH或VL结构域的特定位置处的氨基酸残基被存在于参考人类VH或VL结构域中的同等位置处的氨基酸残基取代。参考人类VH或VL结构域可以是由人类种系编码的VH或VL结构域。可以在本文定义的抗体的构架区和/或CDR中进行人源化取代。
“人源化变体”-如本文所用，术语“人源化变体”或“人源化抗体”是指与参考抗体相比含有一个或多个“人源化取代”的变体抗体，其中参考抗体的一部分(例如，含有至少一个CDR的VH结构域和/或VL结构域或其部分)具有源自非人类物种的氨基酸，并且“人源化取代”发生在源自非人类物种的氨基酸序列内。
“种系化变体(germlined variant)”-术语“种系化变体”或“种系化抗体”在本文中专门用于指“人源化变体”，其中“人源化取代”导致抗体的VH或VL结构域中的一个或多个特定位置处存在的一个或多个氨基酸残基被通过人类种系编码的参考人类VH或VL结构域的同等位置处出现的氨基酸残基所替代。通常，对于任何给定的“种系化变体”，被取代为种系化变体的替代氨基酸残基是完全地或主要地从单个人类种系编码的VH或VL结构域获得的。术语“人源化变体”和“种系化变体”通常可以互换使用。将一个或多个“人源化取代”引入源于骆驼科动物(例如，源于美洲驼)的VH或VL结构域中导致产生源于骆驼科动物(美洲驼)的VH或VL结构域的“人源化变体”。如果被取代的氨基酸残基主要或完全来源于单个人类种系编码的VH或VL结构域序列，则结果可能是源于骆驼科动物(美洲驼)的VH或VL结构域的“人类种系化变体”。
“CD70”-如本文所用，术语“CD70”或“CD70蛋白”或“CD70抗原”可互换使用，并且是指作为TNFRSF7/CD27的配体的TNF配体家族的成员。CD70也称为CD27L或TNFSF7。术语“人CD70蛋白”或“人CD70抗原”或“人CD70”可互换使用，专门指人同源物，包括在人体内和/或在培养的人细胞系的表面上天然表达的天然人CD70蛋白，以及其重组形式和片段。人CD70的具体实例包括具有NCBI参考序列登录号NP_001243所示的氨基酸序列的多肽，或其细胞外结构域。
“白血病干细胞靶标”–如本文所用，术语“白血病干细胞靶标”是指由白血病干细胞表达的抗原。白血病干细胞或“LSC”是白血病细胞的低频亚群，其具有不同于整体白血病细胞的干细胞特性，包括自我更新能力，参见Wang等人(2017)Molecular Cancer 16:2，其通过引用并入本文。LSC通常以急性髓性白血病-AML中原代胚细胞的比例在1/10,000到1/1百万的范围内的频率发生(Pollyea和Jordan(2017)Blood 129:1627-1635，其通过引用并入本文)。如果将LSC移植到免疫缺陷的接受者中，就能够引发白血病疾病，并且由于这些白血病干细胞似乎会驱动癌症的生长，因此它们代表了新颖治疗剂的诱人靶标。LSC产生一系列分子，包括细胞表面抗原，这些分子充当LSC的标志物。在某些情况下，这些标志物可以使LSC与总体白血病细胞区分开，参见例如Hanekamp等人(2017)Int.J Hematol.105:549-557，其通过引用并入。如本文所用，术语“白血病干细胞靶标”是指LSC标志物，特别是其细胞表面群体。
“TIM-3”–如本文所用，术语“TIM-3”或“TIMD-3”是指“含有T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域的3”蛋白。TIM-3也称为甲型肝炎病毒细胞受体2(HAVCR2)。TIM-3是具有跨膜结构的免疫球蛋白超家族的成员，所述跨膜结构包含由膜远端的N末端免疫球蛋白结构域和膜近端的粘蛋白结构域组成的细胞外结构域，所述膜近端的粘蛋白结构域含有用于O连接的糖基化的潜在位点。TIM-3蛋白的不同多态性变体是已知的，参见例如301和272个氨基酸的人TIM-3变体：http://www.uniprot.org/uniprot/Q8TDQ0；和http://www.uniprot.org/uniprot/E5RHN3。如本文所用，术语“TIM-3”旨在涵盖由来自TIM-3/HAVCR2基因组基因座的转录物编码的所有TIM-3多态性变体，其产生细胞表面表达的TIM-3。
“半乳糖凝集素-9”–如本文所用，术语“半乳糖凝集素-9”是指充当TIM-3配体或结合配偶体(binding partner)的细胞外膜相关蛋白。半乳糖凝集素-9是一种可溶性蛋白，含有两个串联连接的碳水化合物识别结构域，所述碳水化合物识别结构域特异性地识别TIM-3免疫球蛋白结构域中的N连接糖链的结构。半乳糖凝集素-9的人类同源物由355个氨基酸残基组成，如GenBank登录号BAB83625所示。
“CD47”–如本文所用，术语“CD47”是指细胞表面抗原CD47，它是在多种正常细胞和肿瘤细胞上普遍表达的跨膜蛋白。CD47是免疫球蛋白超家族受体SIRPα的配体。CD47也被称为“抗原表面决定簇蛋白OA3”、“整联蛋白相关蛋白(IAP)”和“蛋白MER6”。由CD47基因组基因座编码的CD47的人类同源物的长度为323个氨基酸(http://www.uniprot.org/uniprot/Q08722)。如本文所用的术语CD47旨在涵盖CD47蛋白的所有多态性变体。
“SIRPα”–如本文所用，术语“SIRPα”是指“信号调节蛋白α”，其也称为SHP底物1(SHPS-1)、具有基于酪氨酸的激活基序的脑Ig样分子(Bit)、CD172抗原样家族成员A、抑制受体SHPS-1、巨噬细胞融合受体、MyD-1抗原、SIRPα1、SIRPα2、SIRPα3、p84和CD172a。SIRPα是免疫球蛋白超家族的成员，并且是在吞噬细胞(包括巨噬细胞和树突状细胞)上表达的跨膜蛋白。它是CD47的受体。由SIRPA基因组基因座编码的SIRPα的人类同源物的长度为504个氨基酸(http://www.uniprot.org/uniprot/P78324)。如本文所用的术语SIRPα旨在涵盖SIRPα蛋白的所有多态性变体。
“SIRPα抗体分子融合蛋白”–如本文所用，术语“SIRPα抗体分子融合蛋白”旨在表示包含SIRPα蛋白或其片段和抗体分子的融合蛋白。抗体分子可以是本文其他地方定义的全长抗体分子，例如全长IgG抗体。替代地，抗体分子可以是本文其他地方定义的抗体的抗原结合片段。SIRPα蛋白或其片段可以在抗体分子上任何合适的位置融合至抗体分子。例如，SIRPα蛋白或其片段可以融合至抗体分子的重链或轻链的N末端或C末端。在某些实施方案中，SIRPα抗体分子融合蛋白将不包括全长SIRPα蛋白，而是将包括其片段，特别是能够结合至CD47的片段。例如，SIRPα抗体分子融合蛋白可包括SIRPα免疫球蛋白V样结构域的一个或多个拷贝，其中所述免疫球蛋白V样结构域由504个氨基酸的全长人类SIRPα蛋白的氨基酸位置32-137限定。
“IL1RAP”–如本文所用，术语“IL1RAP”或“IL-1RAP”或“IL1RAcP”或“IL-1RAcP”是指“白细胞介素1受体辅助蛋白”。IL1RAP也被称为“白细胞介素1受体3”或“IL-1R3”或“IL1R3”。IL1RAP是I型白细胞介素1受体(IL1R1)的共受体，并且是细胞因子IL-1介导的信号传导所必需的。它还充当IL1R4和IL1R3的共受体，以分别介导通过IL-33和IL-36的信号传导。例如，IL-1通过激活包括NF-κB途径在内的不同细胞内信号传导途径，在细胞表面IL-1受体复合物(IL-1+IL1R1+IL1RAP)的下游介导其作用。由IL1RAP基因组基因座编码的IL1RAP的人类同源物的长度为570个氨基酸(http://www.uniprot.org/uniprot/Q9NPH3)。
“LILRB2”–如本文所用，术语“LILRB2”是指“白细胞免疫球蛋白样受体亚家族B成员2”。LILRB2也被称为“白细胞免疫球蛋白样受体2”或“LIR-2”、“CD85抗原样家族成员D”或“CD85d”、“免疫球蛋白样转录物4”或“ILT-4”，以及“单核细胞/巨噬细胞免疫球蛋白样受体10”或“MIR-10”。LILRB2参与免疫应答的下调和耐受性的发展。由LILRB2基因组基因座编码的LILRB2的人类同源物的长度为598个氨基酸(http://www.uniprot.org/uniprot/Q8N423)。
“髓系恶性肿瘤”–如本文所用，术语“髓系恶性肿瘤”是指造血干细胞或祖细胞的任何克隆性疾病。髓系恶性肿瘤或髓系恶性疾病包括慢性和急性病症。慢性病症包括骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生性肿瘤(MPN)和慢性髓单核细胞性白血病(CMML)，并且急性病症包括急性髓性白血病(AML)。
“急性髓性白血病”–如本文所用，“急性髓性白血病”或“AML”是指涉及髓系细胞的造血肿瘤。AML的特征在于分化能力降低的髓系前体的克隆增殖。AML患者在骨髓中显示出胚细胞的积累。如本文所用，“胚细胞(blast cell)”或简称为“胚细胞(blast)”是指表现出被扰乱的分化潜力的克隆髓系祖细胞。胚细胞通常也积累在AML患者的外周血中。通常，如果患者在骨髓或外周血中显示20％或更多的胚细胞，则可诊断为AML。
“抗癌药”–如本文所用，抗癌药是指能够直接或间接预防、抑制或治疗癌症生长的任何药剂。这些药剂包括化学治疗剂、免疫治疗剂、抗血管生成剂、放射性核素等，其许多实例是本领域技术人员已知的。
B.与抗CD70和抗LSC靶标抗体的组合疗法
本发明涉及组合疗法，及其用于治疗恶性肿瘤，特别是髓系恶性肿瘤，优选地是急性髓性白血病(AML)的用途。本文所述的组合或组合疗法是基于组合使用结合CD70的抗体分子与其他药剂。
在第一方面，本发明的组合或组合疗法包含结合至不同靶标的抗体分子或由其组成。所述组合包含结合至CD70的抗体分子和至少一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子。
根据本发明的所有组合均包含结合至CD70的抗体分子。如本文其他地方所述，CD70是蛋白质的肿瘤坏死家族(TNF)超家族的成员，并且是II型跨膜糖蛋白。它是TNF受体CD27的配体。CD70在抗原激活的T细胞和B细胞以及成熟的树突状细胞上瞬时表达，并且CD70-CD27信号传导途径在调节免疫应答中起重要作用。
已经在许多类型的血液系统恶性肿瘤和实体癌中观察到CD70的组成性表达，使该蛋白成为用于开发抗癌疗法的诱人靶标。CD70已被确定为开发针对髓系恶性肿瘤，尤其是急性髓性白血病(AML)的治疗的特别有趣的靶标，参见例如Perna等人(2017)Cancer Cell32:506-519和Riether等人(2017)J Exp Med.214(2):359-380，两者皆通过引用并入本文。
CD70被认为以多种方式促进癌症发展，包括促进肿瘤细胞增殖和存活的直接作用。CD70表达上调也被认为通过激活T调节细胞并抑制肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的活性在肿瘤微环境中的免疫抑制中起作用。基于这种肿瘤免疫抑制活性，CD70可以归类为免疫检查点靶标。在AML中，已在AML胚细胞上检测到CD70及其受体CD27的表达，并且通过CD70-CD27途径的信号传导已与AML胚细胞群体的干细胞行为相关(Riether等人(2017)同上)。
在本发明的第一方面，结合CD70的抗体分子与至少一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子组合。所述组合可以包含结合CD70的抗体分子以及结合至至少两个不同的白血病干细胞靶标、至少三个不同的白血病干细胞靶标、至少四个不同的白血病干细胞靶标或至少五个不同的白血病干细胞靶标的抗体分子或由其组成。
白血病干细胞或“LSC”是具有干细胞样特性(例如自我更新能力)的独特的白血病细胞群体。在特定的实施方案中，组合的抗体分子结合的LSC靶标独立地选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP；LILRB2；CLL-1；CD123；CD33；SAIL；GPR56；CD44；E-选凝素；CXCR4；CD25；CD32；PR1；WT1；ADGRE2；CCR1；TNFRSF1B和CD96(Al-Mawali.(2013)JStem Cell Res Ther.3(4):1-8；Daria等人(2016)Leukemia 30:1734-1741；Rashildi&Walter(2016)Expert Review of Hematology 9(4):335-350；Cho等人(2017)Korean JIntern Med.32(2):248-257))。
在某些实施方案中，所述组合包含结合CD70的抗体分子和结合至选自TIM-3或半乳糖凝集素-9的LSC靶标的抗体分子或由其组成。在优选的实施方案中，LSC靶标是TIM-3。
TIM-3是在产生IFN-γ的T细胞、FoxP3+Treg细胞和先天免疫细胞(巨噬细胞和树突状细胞)上表达的受体。与CD70类似，TIM-3也被归类为癌症中的免疫检查点靶标，因为TIM-3与其配体的相互作用在抑制Th1应答中起着重要作用(Das等人(2017)ImmunolRev.276(1):97-111)。在癌症的发展中，已发现高水平的TIM-3表达与T细胞应答的抑制和T细胞功能障碍有关，这表明TIM-3在抑制人体抗肿瘤免疫应答中起着重要作用(Japp等人(2015)Cancer Immunol Immunother.64:1487-1494)。为了支持这一点，已经发现在临床前肿瘤模型中抑制TIM-3信号传导可恢复抗肿瘤免疫力(Sakuishi等人(2010)J ExpMed.207:2187-2194)。TIM-3也被确定为直接在白血病干细胞，特别是AML干细胞的表面上表达的有希望的治疗靶标(Jan等人(2011)Proc Natl Acad Sci.108:5009-5014；Kikushige等人(2010)Cell Stem Cell.7:708-717；Kikushige&Miyamoto(2013)Int JHematol.98:627-633；Goncalves Silva等人(2015)Oncotarget 6:33823-33833；Kikushige等人(2015)Cell Stem Cell 17:341-352)。
不希望被理论所束缚，由于包含结合至CD70的抗体分子和结合至TIM-3的抗体分子的本发明的组合疗法在白血病干细胞水平上具有组合作用，因此所述组合疗法被认为对恶性肿瘤，特别是髓系恶性肿瘤的治疗特别有效。大量证据表明，LSC对白血病的发生和维持至关重要。因此，认为通过CD70抗体和特异性结合例如TIM-3的第二LSC靶标的抗体对该细胞群体的靶向是靶向肿瘤细胞的关键群体的有效方式。本文所述的CD70和LSC靶标，特别是TIM-3，也充当抗肿瘤应答的重要调节剂，即它们代表可以被靶向从而刺激人体的抗肿瘤应答的免疫检查点蛋白。因此，本文所述的组合疗法能够在肿瘤细胞，特别是髓性白血病细胞的水平上介导直接的治疗效果，并且还能够通过刺激抗肿瘤免疫应答而介导间接效果。
在某些实施方案中，所述组合包含结合至CD70的抗体分子和结合至LSC靶标CD47的抗体分子或由其组成。
CD47是一种跨膜蛋白，显示相对普遍的表达模式。CD47与其在吞噬细胞上表达的受体SIRPα结合，并且这种结合相互作用传递了“不要吃我”的信号，所述信号抑制表达CD47的细胞的吞噬作用。与CD70和TIM-3两者相似，CD47被归类为癌症中重要的免疫检查点靶标，因为已将肿瘤细胞上的CD47与其在吞噬细胞上的受体SIRPα之间的相互作用鉴定为肿瘤细胞逃避由肿瘤环境中存在的巨噬细胞、嗜中性粒细胞和树突状细胞介导的吞噬作用的手段。已发现CD47在包括AML细胞在内的各种不同肿瘤细胞类型中高度表达(Ponce等人(2017)Oncotarget 8(7):11284-11301)，并且发现使用SIRPα-Fc融合体破坏CD47-SIRPα信号传导可在异种移植模型中消除AML干细胞(Theocharides等人(2012)J.Exp.Med.209(10):1883-1899)。
不希望被理论所束缚，由于包含结合CD70的抗体分子和结合CD47的抗体分子的本发明的组合疗法在白血病干细胞和先天免疫系统的水平上具有组合作用，因此所述组合疗法被认为对恶性肿瘤，特别是髓系恶性肿瘤的治疗特别有效。结合至CD70的抗体分子可以用作调理化抗体(opsonizing antibody)，并且结合至CD47的抗体分子可以通过阻断CD47与SIRPα之间的相互作用来增强表达CD70的肿瘤细胞的吞噬作用。
在某些实施方案中，所述组合包含结合至CD70的抗体分子和结合至LSC靶标IL1RAP的抗体分子或由其组成。
IL1RAP是在肝脏、皮肤、胎盘、胸腺和肺中表达的免疫球蛋白超家族受体。它充当IL1R1的共受体，以介导通过细胞因子IL-1的信号传导，并充当IL1R4和IL1R3的共受体，以介导分别通过IL-33和IL-36的信号传导。已在候选慢性髓性白血病干细胞和急性髓性白血病患者的单核细胞中检测到IL1RAP的过表达。此外，据报道靶向IL1RAP的抗体在CML和AML的异种移植模型中具有有益的治疗效果(Agerstam等人(2015)Proc Natl Acad Sci USA112(34):10786-91；Agerstam等人(2016)Blood 128(23):2683-2693)。
不希望被理论所束缚，由于包含结合至CD70的抗体分子和结合至IL1RAP的抗体分子的本发明的组合疗法在白血病干细胞水平上具有组合作用，因此所述组合疗法被认为对恶性肿瘤，特别是髓系恶性肿瘤的治疗特别有效。已发现靶向IL1RAP的抗体对杀死CML和AML干细胞特别有效(Jaras等人(2010)Proc Natl Acad Sci USA 107(37):16280-16285；Askmyr等人(2013)Blood 121(18):3709-3713)。此外，已知IL-1受体复合物可通过NF-κB信号传导途径进行信号传导，并且该途径已被确定为治疗AML的诱人靶标(参见Bosman等人(2016)Crit Rev Oncol Hematol.98:35-44)。因此，基于LSC中NF-κB信号传导途径的双重靶向/抑制，结合至CD70的抗体分子和结合至IL1RAP的抗体分子的组合可能是特别有效的。
在某些实施方案中，所述组合包含结合至CD70的抗体分子和结合至LSC靶标LILRB2的抗体分子或由其组成。
LILRB2是在多种免疫细胞类型(包括造血干细胞、单核细胞、巨噬细胞和树突状细胞)上表达的免疫球蛋白超家族受体。LILRB2与癌症发展有关，并且据报道在包括AML和CML细胞在内的各种癌细胞中都有表达(Kang等人(2015)Nat Cell Biol.17:665-677；Colovai等人(2007)Cytometry B Clin Cytom.72:354-62)。
不希望被理论所束缚，由于包含结合至CD70的抗体分子和结合至LILRB2的抗体分子的本发明的组合疗法在白血病干细胞水平上具有组合作用，因此所述组合疗法被认为对恶性肿瘤，特别是髓系恶性肿瘤的治疗特别有效。由于LILRB2也已被确定为与TIM-3相互作用的蛋白，因此LILRB2抗体的作用也可通过TIM-3信号传导途径来介导。
在某些实施方案中，所述组合包含结合CD70的抗体分子、结合至第一白血病干细胞靶标的抗体分子和结合至第二白血病干细胞靶标的抗体分子或由其组成，其中所述第一白血病干细胞靶标和所述第二白血病干细胞靶标是不同的。所述第一白血病干细胞靶标和所述第二白血病干细胞靶标可以选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP；LILRB2；CLL-1；CD123；CD33；SAIL；GPR56；CD44；E-选凝素；CXCR4；CD25；CD32；PR1；WT1；ADGRE2；CCR1；TNFRSF1B和CD96。在优选实施方案中，所述第一白血病干细胞靶标和所述第二白血病干细胞靶标独立地选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP和LILRB2。
在优选实施方案中，所述组合包含结合CD70的抗体分子、结合TIM-3的抗体分子和结合CD47的抗体分子或由其组成。在其他优选实施方案中，所述组合包含结合CD70的抗体分子、结合TIM-3的抗体分子和结合IL1RAP的抗体分子或由其组成。在其他优选实施方案中，所述组合包含结合CD70的抗体分子、结合TIM-3的抗体分子、结合CD47的抗体分子和结合IL1RAP的抗体分子或由其组成。
本发明组合的抗体分子，即结合CD70的抗体分子和结合一个或多个LSC靶标的抗体分子，可以选自对它们各自的靶标展现免疫反应性的任何合适的抗体分子。如上所述，术语“抗体分子”在本文中用于表示除其抗原结合片段之外还包括全长抗体。
本文所述组合的抗体旨在用于人类治疗用途，因此通常为IgA、IgD、IgE、IgG、IgM类型，通常为IgG类型，在这种情况下，它们可属于四个亚类IgG1、IgG2a和b、IgG3或IgG4中的任一个。在优选的实施方案中，本文所述组合的抗体是IgG抗体，优选IgG1抗体。
抗体可以是单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)，条件是它们对其靶标展现适当的免疫学特异性。单克隆抗体是优选的，因为它们是高特异性的，针对单抗原位点。
本文所述组合的抗原结合片段通常将包含全长抗体的一部分，通常是其抗原结合结构域或可变结构域。抗体片段的实例包括Fab、Fab'、F(ab')2、双特异性Fab'，和Fv片段、线性抗体、单链抗体分子，单链可变片段(scFv)和由抗体片段形成的多特异性抗体(参见Holliger和Hudson(2005)Nature Biotechnol.23:1126-36，其通过引用并入本文)。
本文所述组合的抗体分子可展现高度的人类同源性。具有高度的人类同源性的此类抗体分子可包括包含天然非人抗体的VH和VL结构域的抗体，其与人种系序列展现足够高的序列同一性％。在某些实施方案中，抗体分子是非人抗体的人源化或种系化变体，例如包含被工程化以便被人源化的骆驼科动物常规抗体的VH和VL结构域的抗体，或原始抗体的种系化变体。
在非限制性实施方案中，所述组合的抗体分子可包含CH1结构域和/或CL结构域(分别来自重链和轻链)，其氨基酸序列完全或基本上是人的。对于旨在用于人类治疗用途的抗体分子，抗体的整个恒定区或其至少一部分通常完全或基本上具有人的氨基酸序列。因此，就其氨基酸序列而言，CH1结构域、铰链区、CH2结构域、CH3结构域和CL结构域(和CH4结构域，如果存在的话)中的一个或多个或其任何组合可以完全或基本上是人的。
有利地，CH1结构域、铰链区、CH2结构域、CH3结构域和CL结构域(和CH4结构域，如果存在的话)可以全部完全或基本上具有人的氨基酸序列。在人源化或嵌合抗体或抗体片段的恒定区的情况下，术语“基本上人的”是指与人类恒定区的至少90％，或至少92％，或至少95％，或至少97％，或至少99％的氨基酸序列同一性。在本文中，术语“人氨基酸序列”是指由人免疫球蛋白基因编码的氨基酸序列，其包括种系、重排和体细胞突变的基因。本发明还考虑了包含“人”序列的恒定结构域的多肽，所述多肽已相对于人序列通过一个或多个氨基酸添加、缺失或取代而改变，除了那些明确要求存在“完全人”铰链区的实施方案。
所述组合的抗体分子可在重链和/或轻链的恒定区内，特别是在Fc区内具有一个或多个氨基酸取代、插入或缺失。氨基酸取代可导致经取代的氨基酸被不同的天然存在的氨基酸或非天然或修饰的氨基酸替换。还允许其他结构修饰，例如糖基化模式的改变(例如，通过添加或缺失N或O连接的糖基化位点)。
可以在所述组合的抗体分子与Fc受体的结合特性方面修饰所述抗体分子，例如以调节效应子功能。例如，可以将一个或多个半胱氨酸残基引入Fc区，从而允许在该区域中形成链间二硫键。由此产生的同型二聚体抗体可以具有改良的内化能力和/或增加的补体介导的细胞杀伤和抗体依赖性细胞毒性(ADCC)。参见Caron等人(1992)J.Exp.Med.176:1191-1195和Shopes,B(1992)J.Immunol.148:2918-2922，其通过引用并入本文。
还可以修饰抗体分子以形成免疫缀合物，所述免疫缀合物包含与例如化学治疗剂、毒素(例如细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素，或其片段)或放射性同位素(即放射性缀合物)的细胞毒性剂缀合的抗体。Fc区也可以被工程化以延长半衰期，如Chan和Carter(2010)Nature Reviews:Immunology 10:301-316所述，其通过引用并入本文。
在又一个实施方案中，通过修饰一个或多个氨基酸对Fc区进行修饰，以增加抗体分子介导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)的能力和/或增加抗体对Fcγ受体的亲和力。
在特定的实施方案中，可以对Fc区进行工程化，使得没有效应子功能。在某些实施方案中，本发明的抗体分子可以具有衍生自具有降低的效应子功能的天然存在的IgG同种型(例如IgG4)的Fc区。可以进一步修饰衍生自IgG4的Fc区以增加治疗用途，例如通过引入使体内IgG4分子之间的臂交换最小化的修饰。可以修饰衍生自IgG4的Fc区以包括S228P取代。
在某些实施方案中，关于糖基化对所述组合的抗体分子进行修饰。例如，可以制得无糖基化的抗体(aglycoslated antibody)(即抗体没有糖基化)。可以改变糖基化以例如增加抗体对靶抗原的亲和力。此类碳水化合物的修饰可以通过例如改变抗体序列内的一个或多个糖基化位点实现。例如，可以进行一个或多个氨基酸取代，其导致消除一个或多个可变区框架糖基化位点，从而消除该位点处的糖基化。这种无糖基化(aglycosylation)可以增加抗体对抗原的亲和力。
在某些实施方案中，改变所述组合的抗体分子以使其被低岩藻糖基化，即具有减少量的岩藻糖基残基，或被完全或部分去岩藻糖基化(如Natsume等人(2009)Drug DesignDevelopment and Therapy 3:7-16所述)或具有增加的平分GlcNac结构。已经证明此类改变的糖基化模式增加抗体的ADCC活性，相对于包含“天然”人Fc结构域的等效抗体，通常产生十倍的ADCC增强。此类碳水化合物修饰可以通过例如在具有改变的糖基化酶机制的宿主细胞中表达抗体来完成(如Yamane-Ohnuki和Satoh(2009)mAbs1(3):230-236所述)。具有增强的ADCC功能的非岩藻糖基化抗体的实例是使用BioWa Inc.的PotelligentTM技术生产的那些。
本文所述组合的抗体分子可具有抗体效应子功能，例如抗体依赖性的细胞介导的细胞毒性(ADCC)、补体依赖性细胞毒性(CDC)和抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)中的一种或多种。
可以在Fc区内修饰所述组合的抗体分子以增加对新生儿受体FcRn的结合亲和力。增加的结合亲和力可以在酸性pH(例如从约pH 5.5至约pH 6.0)下测量到。增加的结合亲和力也可以在中性pH(例如，从约pH 6.9至约pH 7.4)下测量到。“增加的结合亲和力”是指相对于未修饰的Fc区增加的对FcRn的结合亲和力。通常，未修饰的Fc区将具有人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4的野生型氨基酸序列。在此类实施方案中，相对于野生型IgG1、IgG2、IgG3或IgG4对FcRn的结合亲和力，将测量到具有修饰的Fc区的抗体分子的FcRn结合亲和力增加。
在优选的实施方案中，Fc区内的一个或多个氨基酸残基可以被不同的氨基酸取代，从而增加与FcRn的结合。已经报道了若干Fc取代，它们增加了FcRn结合，从而改善了抗体的药代动力学。此类取代报道于例如Zalevsky等人(2010)Nat.Biotechnol.28(2):157-9；Hinton等人(2006)J Immunol.176:346-356；Yeung等人(2009)J Immunol.182:7663-7671；Presta LG.(2008)Curr.Op.Immunol.20:460-470；和Vaccaro等人(2005)Nat.Biotechnol.23(10):1283-88中，其内容全部并入本文。
在优选的实施方案中，本文所述组合的抗体分子中的一个或多个包含修饰的人IgG Fc结构域，其包含氨基酸取代H433K和N434F或由其组成，其中Fc结构域编号与EU编号一致。在另一个优选的实施方案中，本文所述组合的抗体分子中的一个或多个包含修饰的人IgG Fc结构域，其包含氨基酸取代M252Y、S254T、T256E、H433K和N434F或由其组成，其中Fc结构域编号与EU编号一致。
CD70抗体
可以掺入本文所述的任何组合中的结合至CD70的抗体分子包括但不限于：抑制CD70与CD27的相互作用的CD70抗体；与CD27竞争CD70结合的CD70抗体；抑制CD70诱导的CD27信号传导的CD70抗体；抑制Treg激活和/或增殖的CD70抗体；耗尽表达CD70的细胞的CD70抗体；诱导表达CD70的细胞的裂解的CD70抗体；具有ADCC、CDC功能和/或诱导ADCP的CD70抗体。
示例性的CD70抗体是在WO2012/123586(通过引用并入本文)中描述的ARGX-110、SGN-70(WO2006/113909，和McEarChern等人(2008)Clin Cancer Res.14(23):7763，两者均通过引用并入本文)和WO2006/044643和WO2007/038637(各自通过引用并入本文)中描述的那些CD70抗体。
WO2006/044643描述了含有抗体效应子结构域的CD70抗体，所述抗体效应子结构域可以介导ADCC、ADCP、CDC或ADC中的一种或多种，并且在不存在与细胞抑制剂或细胞毒性剂的缀合的情况下对表达CD70的癌症发挥细胞抑制或细胞毒性作用，或者对表达CD70的免疫系统障碍发挥免疫抑制作用。其中例示的抗体是基于两种单克隆抗体的抗原结合区，表示为1F6和2F2。
WO2007/038637描述了结合至CD70的完全人类单克隆抗体。这些抗体的特征在于以1×10-7M或更小的KD结合至人CD70。抗体还结合至表达CD70的肾细胞癌肿瘤细胞系(例如786-O)并被其内在化。
ARGX-110是一种IgG1抗CD70抗体，其已显示可抑制CD70与其受体CD27的相互作用(Silence等人(2014)MAbs.3月-4月；6(2):523-32，其通过引用并入本文)。特别地，ARGX-110已显示可抑制CD70诱导的CD27信号传导。CD27信号传导的水平可以通过例如如Riether等人(同上)所述那样测量血清可溶性CD27，或如Silence等人(同上)所述那样测量IL-8表达来确定。不受理论的束缚，认为抑制CD27信号传导减少了Treg细胞的激活和/或增殖，从而减少了对抗肿瘤效应T细胞的抑制。还证明了AGRX-110会耗尽表达CD70的肿瘤细胞。特别是，ARGX-110已显示可通过抗体依赖性的细胞介导的细胞毒性(ADCC)和补体依赖性细胞毒性(CDC)来裂解表达CD70的肿瘤细胞，并且还可增加表达CD70的细胞的抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)(Silence等人，同上)。
下表显示了ARGX-110的CDR、VH和VL氨基酸序列。
表1
Figure BDA0002673921070000281
Figure BDA0002673921070000291
在某些实施方案中，结合至CD70的抗体分子包含可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)，其中所述VH和VL结构域包含CDR序列或由其组成：
包含SEQ ID NO:3或由其组成的HCDR3；
包含SEQ ID NO:2或由其组成的HCDR2；
包含SEQ ID NO:1或由其组成的HCDR1；
包含SEQ ID NO:7或由其组成的LCDR3；
包含SEQ ID NO:6或由其组成的LCDR2；和
包含SEQ ID NO:5或由其组成的LCDR1。
在某些实施方案中，结合至CD70的抗体分子包含可变重链结构域(VH结构域)和可变轻链结构域(VL结构域)，所述可变重链结构域包含与SEQ ID NO:4至少70％，至少80％，至少90％或至少95％相同的序列或由其组成，所述可变轻链结构域包含与SEQ ID NO:8至少70％，至少80％，至少90％或至少95％相同的序列或由其组成。在某些实施方案中，结合至CD70的抗体分子包含可变重链结构域(VH结构域)和可变轻链结构域(VL结构域)，所述可变重链结构域包含SEQ ID NO:4或由其组成，所述可变轻链结构域包含SEQ ID NO:8或由其组成。
可掺入本文所述组合中的CD70抗体分子包含抗体药物缀合物(ADC)。ADC是与例如澳瑞他汀(auristatin)和美登素(maytansine)或其他细胞毒性剂的活性剂连接的抗体。某些ADC维持抗体阻断和/或效应子功能(例如ADCC、CDC、ADCP)，同时还将缀合的活性剂递送至表达靶标(例如CD70)的细胞。抗CD70 ADC的实例包括vorsetuzumab mafodotin(也称为SGN-75，Seattle Genetics)、SGN-70A(Seattle Genetics)和MDX-1203/BMS936561(Bristol-Myers Squibb)，它们各自可以根据本发明使用。合适的抗CD70 ADC也描述于WO2008074004和WO2004073656中，其各自通过引用并入本文。
可以掺入本文所述组合中的CD70抗体分子还包括SIRPα-抗体分子融合蛋白或“licMAB”(局部抑制性检查点单克隆抗体)，例如在Ponce等人(2017)同上中所描述的。这些SIRPα-抗体分子融合蛋白或licMAB包含与SIRPα蛋白的结构域，特别是细胞外免疫球蛋白V样结构域融合的抗体或抗体分子(在这种情况下为CD70抗体或抗体分子)。
LSC靶抗体
TIM-3和半乳糖凝集素-9抗体
可以掺入本文所述组合中的结合至LSC靶标的抗体分子包括通过TIM-3介导其作用的抗体分子。可通过直接结合至TIM-3或通过结合至与TIM-3信号传导相关的LSC靶标来介导这些作用。在某些实施方案中，本文所述组合的LSC靶抗体分子抑制TIM-3与一种或多种TIM-3相互作用蛋白的相互作用。TIM-3相互作用蛋白可以选自：CEACAM-1；HMGB-1；磷脂酰丝氨酸；半乳糖凝集素-9；LILRB2；和其组合。在一个实施方案中，所述组合的LSC靶抗体分子抑制TIM-3与其配体半乳糖凝集素-9的相互作用。在一个实施方案中，所述组合的LSC靶抗体分子抑制TIM-3与其配体LILRB2的相互作用。
在某些实施方案中，所述组合的LSC靶抗体分子结合至半乳糖凝集素-9。在某些实施方案中，所述组合的LSC靶抗体分子结合至TIM-3。对于其中LSC靶标是TIM-3的实施方案，抗体分子可实现以下一种或多种作用：减少的NF-κB信号传导；减少的Wnt/β-连环蛋白信号传导；降低的AML细胞的干性；或其组合。对于结合至TIM3的抗体分子，抗体分子可以抑制TIM-3与一种或多种TIM-3相互作用蛋白的相互作用。TIM-3相互作用蛋白可以选自：CEACAM-1；HMGB-1；磷脂酰丝氨酸；半乳糖凝集素-9；和其组合。在一个实施方案中，结合至TIM-3的抗体分子抑制TIM-3与其配体半乳糖凝集素-9的相互作用。
在某些实施方案中，所述组合的LSC靶抗体分子抑制TIM-3与LILRB2的相互作用。在这些实施方案中，抗体分子优选结合TIM-3并抑制TIM-3与LILRB2的结合。
结合至TIM-3并且可以掺入本文所述组合中的抗体分子包括但不限于以下任何一者中描述的TIM-3抗体：US8,647,623；US8,552,156；US9,605,070；US8,841,418；US9,631,026；US9,556,270；WO2016/111947，其各自通过引用并入本文。结合至TIM-3并且可以掺入本文所述组合中的抗体分子还包括但不限于：克隆F38-2E2；MBG453(Novartis)；ATIK2a(Kyowa Kirin)。
结合至半乳糖凝集素-9并且可以掺入本文所述组合中的抗体分子包括但不限于克隆9M1-3。
CD47抗体
在某些实施方案中，本发明的组合包含结合CD47的抗体分子。用于本文所述组合中的CD47抗体分子是抑制CD47与SIRPα之间的相互作用的抗体分子。如本文其他地方所述，由LSC表达的配体CD47与由吞噬细胞表达的受体SIRPα之间的相互作用在SIRPα受体的下游传递了“不要吃我”的信号。因此，本文所述组合的CD47抗体分子可增加肿瘤细胞，特别是LSC的吞噬作用。
可获得多种CD47抗体，包括处于临床开发不同阶段的CD47抗体。本领域技术人员将理解，可以将适合于人类治疗用途的任何CD47抗体掺入本文所述的组合中。示例性的CD47抗体包括但不限于Hu5F9-G4；CC-90002；ALX148和克隆B6H12.2。
IL1RAP抗体
在某些实施方案中，本发明的组合包含结合IL1RAP的抗体分子。用于本文所述组合中的IL1RAP抗体分子优选地是结合至IL1RAP并且抑制通过细胞表面上的IL-1受体复合物的信号传导的抗体分子。
已经描述了IL1RAP抗体，参见Agerstam等人(2015)同上，以及WO2012/098407和WO2014/100772。本领域技术人员将理解，可以将适合于人类治疗用途的任何IL1RAP抗体掺入本文所述的组合中。
源于骆驼科动物的LSC靶抗体
特异性地结合至LSC靶标的抗体分子，特别是特异性地结合至TIM-3、半乳糖凝集素-9、CD47、IL1RAP和/或LILRB2的抗体分子可以是源于骆驼科动物的。
例如，抗体分子可以选自通过这样的一种方法获得的免疫文库，所述方法包括用目的LSC靶标对骆驼科动物进行免疫的步骤。骆驼科动物可以用LSC靶蛋白或其多肽片段或用表达LSC靶蛋白或其多肽片段的mRNA分子或cDNA分子进行免疫。在骆驼科物种中产生抗体并从骆驼科动物免疫文库中选择针对优选靶标的抗体的方法描述于例如国际专利申请第WO2010/001251号，其通过引用并入本文。
在某些实施方案中，抗体分子可以是源于骆驼科动物的，因为它们包含从骆驼科的物种的VH结构域或VL结构域获得的至少一个高变环或互补决定区。特别地，抗体分子可以包含通过用例如TIM-3、半乳糖凝集素-9、CD47或IL1RAP对远交骆驼科动物(例如美洲驼)进行主动免疫而获得的VH和/或VL结构域或其CDR。
在此上下文中，术语“从……获得”表示结构关系，就该意义而言，抗体分子的HV或CDR包含最初由骆驼科免疫球蛋白基因编码的氨基酸序列(或其次要变体)。然而，就用于制备抗体分子的生产过程而言，这不一定暗示特定的关系。
源于骆驼科动物的抗体分子可以源于任何骆驼科物种，尤其包括美洲驼、单峰驼、羊驼(alpaca)、骆马(vicuna)、原驼(guanaco)或骆驼。
包含源于骆驼科动物的VH和VL结构域或其CDR的抗体分子通常是重组表达的多肽，并且可以是嵌合多肽。术语“嵌合多肽”是指人工(非天然存在)的多肽，其是通过并置两个或更多个原本不相邻存在的肽片段而产生的。该定义中包括通过并置由两种或更多种物种(例如，骆驼科动物和人)编码的肽片段而产生的“物种”嵌合多肽。
在某些实施方案中，整个VH结构域和/或整个VL结构域可自骆驼科的物种获得。在特定实施方案中，源于骆驼科动物的VH结构域可包含选自SEQ ID No:9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、121和123的氨基酸序列，而源于骆驼科动物的VL结构域可包含选自SEQ ID No:10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、122和124的氨基酸序列。然后可以对源于骆驼科动物的VH结构域和/或源于骆驼科动物的VL结构域进行蛋白工程，其中将一个或多个氨基酸取代、插入或缺失引入骆驼科动物氨基酸序列中。这些工程改变优选包括相对于骆驼科动物序列的氨基酸取代。这些改变包括“人源化”或“种系化”，其中骆驼科动物编码的VH或VL结构域中的一个或多个氨基酸残基被来自同源的人编码的VH或VL结构域的等同残基替代。在某些实施方案中，源于骆驼科动物的VH结构域可与SEQ ID No:9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、121和123所示的氨基酸序列展现至少90％、95％、97％、98％或99％的同一性。替代性地或另外，源于骆驼科动物的VL结构域可与SEQ ID No:10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、122和124所示的氨基酸序列展现至少90％、95％、97％、98％或99％的同一性。
通过用LSC靶抗原(例如)对骆驼科动物(例如美洲驼)进行主动免疫而获得的分离的骆驼科动物VH和VL结构域可以用作对用于本文所述组合中的抗体分子进行工程化的基础。从完整的骆驼科动物VH和VL结构域开始，可以工程化一个或多个偏离起始骆驼科动物序列的氨基酸取代、插入或缺失。在某些实施方案中，这些取代、插入或缺失可以存在于VH结构域和/或VL结构域的框架区中。
在其他实施方案中，提供了“嵌合”抗体分子，其包含源于骆驼科动物的VH和VL结构域(或其工程变体)和一个或多个来自非骆驼科动物抗体的恒定结构域，例如人编码的恒定结构域(或其工程变体)。在这些实施方案中，优选的是，VH结构域和VL结构域均从骆驼科动物的相同物种获得，例如，VH和VL两者均可以来自大羊驼(Lama glama)，或者VH和VL两者均可以来自小羊驼(Lama pacos)(在引入工程化的氨基酸序列变异之前)。在这些实施方案中，VH和VL结构域两者都可以源于单个动物，特别是已经用目的抗原主动免疫的单个动物。
作为骆驼科VH和/或VL结构域的一级氨基酸序列中的工程改变的替代方法，可以从骆驼科动物VH/VL结构域中分离出源于单个骆驼科动物的高变环或CDR或其组合，并通过CDR移植将其转移至替代(即非骆驼科)框架，例如人VH/VL框架。
在某些实施方案中，结合至TIM-3的抗体分子选自这样的抗体分子，所述抗体分子包含选自以下的可变重链CDR3(HCDR3)、可变重链CDR2(HCDR2)和可变重链CDR1(HCDR1)、可变轻链CDR3(LCDR3)、可变轻链CDR2(LCDR2)和可变轻链CDR1(LCDR1)的组合：
(i)包含SEQ ID NO:41的HCDR3；包含SEQ ID NO:40的HCDR2；包含SEQ ID NO:39的HCDR1；包含SEQ ID NO:80的LCDR3；包含SEQ ID NO:79的LCDR2；和包含SEQ ID NO:78的LCDR1；
(ii)包含SEQ ID NO:43的HCDR3；包含SEQ ID NO:42的HCDR2；包含SEQ ID NO:39的HCDR1；包含SEQ ID NO:83的LCDR3；包含SEQ ID NO:82的LCDR2；和包含SEQ ID NO:81的LCDR1；
(iii)包含SEQ ID NO:46的HCDR3；包含SEQ ID NO:45的HCDR2；包含SEQ ID NO:44的HCDR1；包含SEQ ID NO:86的LCDR3；包含SEQ ID NO:85的LCDR2；和包含SEQ ID NO:84的LCDR1；
(iv)包含SEQ ID NO:49的HCDR3；包含SEQ ID NO:48的HCDR2；包含SEQ ID NO:47的HCDR1；包含SEQ ID NO:88的LCDR3；包含SEQ ID NO:82的LCDR2；和包含SEQ ID NO:87的LCDR1；
(v)包含SEQ ID NO:52的HCDR3；包含SEQ ID NO:51的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:91的LCDR3；包含SEQ ID NO:90的LCDR2；和包含SEQ ID NO:89的LCDR1；
(vi)包含SEQ ID NO:55的HCDR3；包含SEQ ID NO:54的HCDR2；包含SEQ ID NO:53的HCDR1；包含SEQ ID NO:94的LCDR3；包含SEQ ID NO:93的LCDR2；和包含SEQ ID NO:92的LCDR1；
(vii)包含SEQ ID NO:58的HCDR3；包含SEQ ID NO:57的HCDR2；包含SEQ ID NO:56的HCDR1；包含SEQ ID NO:97的LCDR3；包含SEQ ID NO:96的LCDR2；和包含SEQ ID NO:95的LCDR1；
(viii)包含SEQ ID NO:60的HCDR3；包含SEQ ID NO:59的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:100的LCDR3；包含SEQ ID NO:99的LCDR2；和包含SEQ ID NO:98的LCDR1；
(ix)包含SEQ ID NO:63的HCDR3；包含SEQ ID NO:62的HCDR2；包含SEQ ID NO:61的HCDR1；包含SEQ ID NO:103的LCDR3；包含SEQ ID NO:102的LCDR2；和包含SEQ ID NO:101的LCDR1；
(x)包含SEQ ID NO:65的HCDR3；包含SEQ ID NO:64的HCDR2；包含SEQ ID NO:39的HCDR1；包含SEQ ID NO:106的LCDR3；包含SEQ ID NO:105的LCDR2；和包含SEQ ID NO:104的LCDR1；
(xi)包含SEQ ID NO:67的HCDR3；包含SEQ ID NO:66的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:109的LCDR3；包含SEQ ID NO:108的LCDR2；和包含SEQ ID NO:107的LCDR1；
(xii)包含SEQ ID NO:69的HCDR3；包含SEQ ID NO:68的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:112的LCDR3；包含SEQ ID NO:111的LCDR2；和包含SEQ ID NO:110的LCDR1；
(xiii)包含SEQ ID NO:72的HCDR3；包含SEQ ID NO:71的HCDR2；包含SEQ ID NO:70的HCDR1；包含SEQ ID NO:115的LCDR3；包含SEQ ID NO:114的LCDR2；和包含SEQ ID NO:113的LCDR1；
(xiv)包含SEQ ID NO:74的HCDR3；包含SEQ ID NO:73的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:117的LCDR3；包含SEQ ID NO:111的LCDR2；和包含SEQ ID NO:116的LCDR1；和
(xv)包含SEQ ID NO:77的HCDR3；包含SEQ ID NO:76的HCDR2；包含SEQ ID NO:75的HCDR1；包含SEQ ID NO:120的LCDR3；包含SEQ ID NO:119的LCDR2；和包含SEQ ID NO:118的LCDR1。
在某些实施方案中，结合至TIM-3的抗体分子选自这样的抗体分子，所述抗体分子包含选自以下的可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)或由其组成：
(i)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(ii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(iii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(iv)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(v)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:18的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(vi)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:20的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(vii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:22的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(viii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(ix)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(x)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:28的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xi)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:29的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:30的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:31的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:32的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xiii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:33的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:34的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xiv)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:35的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:36的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xv)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:38的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成。
在某些实施方案中，结合至IL1RAP的抗体分子选自这样的抗体分子，所述抗体分子包含选自以下的可变重链CDR3(HCDR3)、可变重链CDR2(HCDR2)和可变重链CDR1(HCDR1)、可变轻链CDR3(LCDR3)、可变轻链CDR2(LCDR2)和可变轻链CDR1(LCDR1)的组合：
(i)包含SEQ ID NO:127的HCDR3；包含SEQ ID NO:126的HCDR2；包含SEQ ID NO:125的HCDR1；包含SEQ ID NO:133的LCDR3；包含SEQ ID NO:132的LCDR2；和包含SEQ ID NO:131的LCDR1；和
(ii)包含SEQ ID NO:130的HCDR3；包含SEQ ID NO:129的HCDR2；包含SEQ ID NO:128的HCDR1；包含SEQ ID NO:136的LCDR3；包含SEQ ID NO:135的LCDR2；和包含SEQ ID NO:134的LCDR1。
在某些实施方案中，结合至IL1RAP的抗体分子选自这样的抗体分子，所述抗体分子包含选自以下的可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)或由其组成：
(i)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:121的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:122的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；和
(ii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:123的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:124的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成。
对于其中抗体或抗原结合片段的结构域由与参考序列的特定百分比序列同一性定义的实施方案，VH和/或VL结构域可以保留与参考序列中存在的CDR序列相同的CDR序列，从而仅在框架区内存在变异。
包含源于骆驼科动物的VH和VL结构域或其CDR的抗体分子可以采用多种不同的抗体形式，其中VH结构域和VL结构域同时存在。在所要求保护的组合的上下文中使用的“抗体分子”的定义内的抗体和抗原结合片段在本文其他地方加以描述。
组合的配制
可以以允许将组合疗法施用于有需要的受试者或患者，优选人类受试者或患者的任何方式来组合或配制组合的不同抗体分子。可以将组合配制用于单剂量给药或多剂量给药。
对于其中抗体分子是抗原结合片段的实施方案，可以将抗体分子组合为多特异性抗体，例如双特异性抗体。例如，如果组合包含结合CD70的Fab片段和结合至LSC靶标的Fab片段，则可以将两个Fab片段掺入具有两个与IgG Fc部分缀合的Fab区域的单个双特异性抗体分子中。在某些实施方案中，所述组合包含多特异性抗体或由其组成，所述多特异性抗体优选地是双特异性抗体，其包含结合CD70的抗体分子和结合TIM-3的抗体分子。在某些实施方案中，所述组合包含多特异性抗体或由其组成，所述多特异性抗体优选地是双特异性抗体，其包含结合CD70的抗体分子和结合CD47的抗体分子。在某些实施方案中，所述组合包含多特异性抗体或由其组成，所述多特异性抗体优选地是双特异性抗体，其包含结合CD70的抗体分子和结合IL1RAP的抗体分子。
根据本发明的双特异性或多特异性抗体可以根据本文其他地方所述的任何合适的双特异性/多特异性抗体形式来配置。例如，可以将所述组合的抗体分子掺入双特异性或多特异性抗体形式中，使得抗体以“反式”结合至不同的靶标，例如其中Y形抗体的每个Fab臂均具有不同的结合特异性的情况。在替代性实施方案中，抗体分子可以掺入双特异性或多特异性抗体形式中，使得靶标结合在“顺式”位置。例如，Fab区或其可变结构域可以位于IgG Fc部分的相对端。在某些实施方案中，抗体分子可以以不对称双特异性IgG抗体形式掺入，其中第一抗体分子是形成“Y”形抗体的一个臂的Fab片段，并且第二抗体分子是VHH结构域。
在某些实施方案中，所述组合的抗体分子是共同配制，即配制成单一药物组合物的分开的分子。对于其中抗体分子是共同配制的实施方案，所述组合或组合物适合于同时施用两种组分。可以将组合物配制用于单剂量给药或多剂量给药。对于其中抗体分子是共同配制的实施方案，抗体分子可以以等量配制，例如根据1:1比例，用于包含结合至不同靶标的第一抗体分子和第二抗体分子的组合。替代性地，可以将抗体分子配制成使得不同抗体分子的比例是1:1。不例如，对于其中组合包含结合至不同靶标的第一抗体分子和第二抗体分子或由其组成的实施方案，第一抗体分子和第二抗体分子的比例可以为2:1，任选地为3:1，任选地为4:1。替代性地，可以按照1:2，任选地1:3，任选地1:4的比例配制抗体分子。
在某些实施方案中，所述组合的抗体分子被分开配制，例如作为单独的组合物。对于其中分开配制抗体分子的实施方案，存在同时或分开施用不同组分或组合物的可能性。如果分开施用抗体分子或包含它们的分开的组合物，则可以以任一顺序依次施用抗体分子或组合物。例如，可以首先施用结合至CD70的抗体分子，然后施用结合至白血病干细胞靶标的抗体分子，反之亦然。抗体分子或组合物的施用之间的间隔可以是任何合适的时间间隔。不同组合物的施用可以进行一次(对于单剂量给药)或重复进行(对于多剂量给药)。
对于其中抗体分子是共同配制的实施方案和/或对于其中抗体分子作为分开的组合物提供的实施方案，可以使用任何合适的药物载体或赋形剂配制抗体分子。配制用于人类治疗用途的抗体的技术在本领域中是众所周知的，并且例如在Wang等人(2007)Journalof Pharmaceutical Sciences,96:1-26中进行了综述，其内容全文并入本文。对于其中抗体分子分开配制的实施方案，对于不同的组合物，药物载体或赋形剂可以是不同的，或者是相同的。
可用于配制组合物的药学上可接受的赋形剂包括但不限于离子交换剂、氧化铝、硬脂酸铝、卵磷脂、血清蛋白(例如人血清白蛋白)、缓冲物质(例如磷酸盐)、甘氨酸、山梨酸、山梨酸钾、饱和植物脂肪酸的偏甘油酯混合物、水、盐或电解质(例如硫酸鱼精蛋白)、磷酸氢二钠、磷酸氢钾、氯化钠、锌盐、胶体二氧化硅、三硅酸镁、聚乙烯吡咯烷酮、基于纤维素的物质(例如羧甲基纤维素钠)、聚乙二醇、聚丙烯酸酯、蜡、聚乙烯-聚氧丙烯-嵌段聚合物、聚乙二醇和羊毛脂。
在某些实施方案中，将组合物配制用于通过任何合适的给药途径施用于受试者，所述给药途径包括但不限于肌内、静脉内、皮内、腹膜内注射、皮下、硬膜外、鼻、口服、直肠、局部、吸入、颊(例如，舌下)和经皮给药。对于其中抗体分子分开配制的实施方案，可以配制每种组合物以通过不同途径施用。
对于除CD70抗体分子和LSC靶抗体分子以外还包含药剂或由药剂组成的本发明组合，可以将一种或多种另外的药剂配制为与第一抗体分子和第二抗体分子相比可以通过相同途径或通过不同途径施用。例如，在其中组合包含结合至CD70的抗体分子、结合至LSC靶标的抗体分子和阿扎胞苷的实施方案中，抗体分子可以静脉内施用，而阿扎胞苷则可以通过注射皮下施用。
C.使用抗CD70抗体和SIRPα抑制剂的组合疗法
在第二方面，本发明的组合或组合疗法包含结合至CD70的抗体分子和抑制SIRPα信号传导的药剂或由其组成。上面描述了结合至CD70并且适用于本发明的组合中的抗体分子，并且在本发明的第一方面的上下文中提出的所有实施方案同样适用于该第二方面。
在本发明的第二方面的组合或组合疗法中，结合至CD70的抗体分子与抑制SIRPα信号传导的药剂组合。如本文其他地方所解释的，SIRPα是在吞噬细胞表面上表达的受体，所述吞噬细胞尤其包括巨噬细胞、嗜中性粒细胞和树突状细胞。SIRPα是配体CD47的受体，并且该配体在多种不同细胞类型的表面上表达。CD47与SIRPα的结合触发了吞噬细胞内的SIRPα下游的细胞内信号传导途径，所述信号传导途径用于下调吞噬活性。其结果是，CD47-SIRPα信号传导轴通过阻止免疫系统的吞噬细胞清除这些细胞而促进了表达CD47的细胞的存活。
如本文所用，术语“抑制SIRPα信号传导的药剂”旨在表示干扰CD47-SIRPα信号传导轴从而抑制由该途径产生的“不要吃我”信号的任何药剂。在某些实施方案中，抑制SIRPα信号传导的药剂是结合CD47并抑制CD47与SIRPα之间的相互作用的抗体分子。在其他实施方案中，抑制SIRPα信号传导的药剂是结合SIRPα并抑制CD47与SIRPα之间的相互作用的抗体分子。分别结合至CD47和SIRPα的抗体是本领域已知的，并且可以包括在本文所述的组合中。适用于本文所述的组合中的示例性SIRPα抗体包括但不限于：克隆KWAR23；克隆B4B6；和克隆OX-119。
在某些实施方案中，抑制SIRPα信号传导的药剂是SIRPα抗体分子融合蛋白。如本文其他地方所定义，SIRPα抗体分子融合蛋白包含SIRPα或其片段以及抗体或其片段。在某些实施方案中，SIRPα抗体分子融合蛋白包含SIRPα的免疫球蛋白V样结构域的至少一个拷贝，任选地SIRPα的该免疫球蛋白V样结构域的多个拷贝。
在某些实施方案中，抑制SIRPα信号传导的药剂包含与抗体例如IgG1抗体的Fc区共价连接的SIRPα或免疫球蛋白V样结构域。在一个实施方案中，抑制SIRPα信号传导的药剂是TTI-621(Trillium Therapeutics Inc)。
在某些实施方案中，抑制SIRPα信号传导的药剂包含与全长IgG抗体例如全长IgG1抗体共价连接的SIRPα或免疫球蛋白V样结构域。
在根据本发明的该第二方面的组合的优选实施方案中，所述组合包含结合至CD70的抗体分子或由其组成，其中抗体分子与SIRPα连接或与SIRPα的免疫球蛋白V样结构域的至少一个拷贝连接。连接优选是共价的。CD70抗体分子可以与SIRPα的免疫球蛋白V样结构域的多个拷贝连接，例如两个、三个、四个或更多个拷贝。CD70抗体分子可以直接地或经由接头例如聚甘氨酸-丝氨酸接头间接地与SIRPα结构域连接。
对于其中CD70抗体分子与SIRPα的免疫球蛋白V样结构域的至少一个拷贝连接(优选共价连接)的实施方案，CD70抗体分子优选包含可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)，其中VH和VL结构域包含CDR序列：
包含SEQ ID NO:3或由其组成的HCDR3；
包含SEQ ID NO:2或由其组成的HCDR2；
包含SEQ ID NO:1或由其组成的HCDR1；
包含SEQ ID NO:7或由其组成的LCDR3；
包含SEQ ID NO:6或由其组成的LCDR2；和
包含SEQ ID NO:5或由其组成的LCDR1。
在某些实施方案中，结合至CD70并与SIRPα的免疫球蛋白V样结构域的至少一个拷贝连接的抗体分子包含可变重链结构域(VH结构域)和可变轻链结构域(VL结构域)，所述可变重链结构域包含与SEQ ID NO:4至少70％，至少80％，至少90％或至少95％相同的序列或由其组成，所述可变轻链结构域包含与SEQ ID NO:8至少70％，至少80％，至少90％或至少95％相同的序列或由其组成。在某些实施方案中，结合至CD70并与SIRPα的免疫球蛋白V样结构域的至少一个拷贝连接的抗体分子包含可变重链结构域(VH结构域)和可变轻链结构域(VL结构域)，所述可变重链结构域包含SEQ ID NO:4或由其组成，所述可变轻链结构域包含SEQ ID NO:8或由其组成。
D.另外的药剂
根据本发明的第一方面和第二方面的组合除了包含上述抗体分子和药剂之外，还可以包含一种或多种另外的抗癌剂。例如，所述组合可以包含至少一种用于治疗髓系恶性肿瘤，特别是用于AML的另外的药剂。
在某些实施方案中，本文所述的组合包含核苷代谢抑制剂(或NMI)。例如，所述组合可以包含低甲基化剂，例如阿扎胞苷(在本文中也称为氮杂胞苷、AZA或aza)或地西他滨。阿扎胞苷是胞苷的类似物，地西他滨是其脱氧衍生物。AZA和地西他滨是DNA甲基转移酶(DNMT)的抑制剂，已知其可通过启动子低甲基化(hypomethylation)来上调基因表达。这种低甲基化破坏细胞功能，从而导致细胞毒性作用。
在特定实施方案中，本文所述的组合包含结合至CD70的抗体分子、结合至TIM-3的抗体分子和阿扎胞苷或由其组成。在特定实施方案中，本文所述的组合包含结合至CD70的抗体分子、结合TIM-3的抗体分子和地西他滨或由其组成。在特定实施方案中，本文所述的组合包含结合至CD70的抗体分子、结合至CD47的抗体分子和阿扎胞苷或由其组成。在特定实施方案中，本文所述的组合包含结合至CD70的抗体分子、结合CD47的抗体分子和地西他滨或由其组成。在特定实施方案中，本文所述的组合包含结合至CD70的抗体分子、结合至IL1RAP的抗体分子和阿扎胞苷或由其组成。在特定实施方案中，本文所述的组合包含结合至CD70的抗体分子、结合IL1RAP的抗体分子和地西他滨或由其组成。
不希望受到理论的束缚，认为掺有CD70抗体分子、结合LSC靶标的抗体分子和低甲基化剂(例如阿扎胞苷或地西他滨)的组合对于治疗恶性肿瘤、特别是髓系恶性肿瘤特别有效，这是归因于活性剂的组合作用。如本文其他地方所述，已经将CD70、TIM-3、CD47和IL1RAP全部鉴定为在白血病干细胞上得到上调的靶标。还发现，用核苷代谢抑制剂阿扎胞苷治疗的患者的AML胚细胞和淋巴细胞的表面上的CD70表达得到上调(参见Richardson&Patel(2014)Nat Rev Rheumatol.10:72-74；Riether等人(2015)Science Transl Med.7:1-12；Zhou等人(2011)Lupus 20:1365-1371，其通过引用并入本文)。由此可见，添加到本文所述的组合(例如作为三联组合策略)中的阿扎胞苷可用于上调靶标LSC上的CD70表达，从而增强CD70-LSC靶标双组合疗法的功效。
在某些实施方案中，本文所述的组合包含PD-1(也称为“程序性细胞死亡蛋白1”或“CD279”)的抑制剂。替代性地或另外，本文所述的组合可包含PD-L1或PD-L2(PD-1的配体)的抑制剂。
PD-1及其配体(尤其是PD-L1)已被作为免疫检查点调节剂进行了相对较好的表征，并且在癌症微环境中PD-1-PD-L1信号传导途径的失调被认为是肿瘤抑制免疫应答的重要手段。受体PD-1通常在多种免疫细胞上表达，所述免疫细胞包括单核细胞、T细胞、B细胞、树突状细胞和肿瘤浸润淋巴细胞，并且已发现配体PD-L1在许多不同类型的免疫细胞上得到上调(参见Ohaegbulam等人(2015)Trends Mol Med.21(1):24-33，其通过引用并入本文)。肿瘤细胞上的PD-L1与免疫细胞(尤其是T细胞)上的PD-1之间的相互作用通过CD8+细胞毒性T细胞水平上的影响以及通过Treg细胞的产生而产生了免疫抑制性肿瘤微环境(参见Alsaab等人(2017)Front Pharmacol.Aug 23(8):561，其通过引用并入本文)。
不希望受到理论的束缚，认为包含CD70抗体分子、TIM-3抗体分子和PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂或由其组成的组合对于治疗恶性肿瘤、特别是髓系恶性肿瘤特别有效，这是归因于活性剂的组合作用。如上所述，CD70和TIM-3是免疫检查点靶标，因此与这些靶标特异性结合的抗体分子与一种或多种抑制第三种免疫检查点靶标的药剂的组合对于治疗恶性肿瘤可能特别有效。在实体瘤模型中，还显示联合靶向TIM-3和PD-1是一种特别有效的治疗方法(Sakushi等人2010.J Exp Med.207(10):2187-2194)。由此可见，添加到本文所述的组合(例如作为三联组合策略)中的PD-1和/或PD-L1抑制剂可进一步增强CD70-TIM3双组合疗法的功效。
能够抑制PD-1或PD-L1的药剂可以是对PD-1、PD-L1或PD1-PD-L1信号转导轴具有特异性的任何合适的抗癌剂或抑制剂。如例如在Alsaab等人，同上(通过引用并入)中报道的，已经开发出了许多能够抑制PD-1、PD-L1或PD1-PD-L1信号转导轴活性的药剂，并且这些药剂中的任何一种都可以掺入本发明的组合中。在某些实施方案中，PD-1抑制剂和/或PD-L1抑制剂可以是抗体分子，例如单克隆抗体。
用于包含在本文所述的组合中的PD-1抑制剂可以选自包括但不限于纳武单抗(nivolumab)、派姆单抗(pembrolizumab)、匹地利珠单抗(pidilizumab)、REGN2810、AMP-224、MEDI0680；和PDR001的组。用于包含在本文所述的组合中的PD-L1抑制剂可以选自包括但不限于阿特珠单抗(atezolizumab)和阿维鲁单抗(avelumab)的组。
在某些实施方案中，本发明的组合包含四种活性剂或由其组成：(i)特异性结合CD70的第一抗体分子；(ii)特异性结合TIM-3的第二抗体分子；(iii)低甲基化剂；和(iv)能够抑制PD-1或PD-L1的药剂。低甲基化剂优选是阿扎胞苷。将理解的是，四种活性剂中的每一种都可以选自本文针对每种活性剂所述的任何具体实施方案。
本文所述的组合可进一步包含一种或多种另外的抗癌剂。在某些实施方案中，所述一种或多种另外的抗癌剂是其他免疫检查点靶标的抑制剂。
对于根据本发明的第一方面的实施方案，所述组合可以另外包含抑制SIRPα信号传导的药剂。上文在本发明第二方面的组合的上下文中描述了能够抑制SIRPα信号传导的药剂。这些试剂中的任何一种都可以作为根据本发明的第一方面描述的组合的另外的成分被包括在内。对于其中抑制SIRPα信号传导的药剂是SIRPα抗体分子融合蛋白的实施方案，与SIRPα蛋白或其结构域连接的抗体分子优选是组合的抗体分子，即结合CD70的抗体分子或结合LSC靶标的抗体分子。在某些实施方案中，抑制SIRPα信号传导的药剂是SIRPα蛋白的免疫球蛋白V样结构域，并且该结构域的至少一个拷贝与组合的CD70抗体分子融合。
在某些实施方案中，本发明的第一方面和第二方面的组合包含一种或多种用于治疗髓系恶性肿瘤的抗癌剂，例如一种或多种适合用于治疗AML的药剂。可以掺入本文所述的组合中的药剂包括但不限于：Venetoclax；Vyxeos；Idhifa(或恩西地平-一种IDH抑制剂)；和Rydapt(米哚妥林-一种FLT3抑制剂)。在某些实施方案中，所述组合另外包含Venetoclax。在某些实施方案中，所述组合另外包含Vyxeos。
本文所述的任何组合可以包装成试剂盒，并且任选地包括使用说明书。
E.治疗方法
如本文所述的组合疗法用于治疗人类受试者的恶性肿瘤的方法中。
本发明提供了一种结合至CD70的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与结合至白血病干细胞靶标的第二抗体分子组合施用。本发明还提供了一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与结合至CD70的第二抗体分子组合施用。本发明还提供了一种结合至CD70的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与抑制SIRPα信号传导的药剂组合施用。本发明进一步提供了一种抑制SIRPα信号传导的药剂，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述药剂与结合CD70的抗体分子组合施用。
本发明进一步提供了根据本发明的第一方面和第二方面的组合，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤。在另一方面，本发明提供了一种用于治疗人类受试者的恶性肿瘤的方法，所述方法包括向受试者施用根据本发明的第一方面或第二方面的组合。上文关于本发明的第一方面和第二方面的组合描述的所有实施方案同样可适用于本文描述的方法。
术语“恶性肿瘤”涵盖其中异常细胞以不受控制的方式增殖并侵入周围组织的疾病。进入人体血液和淋巴系统的恶性细胞能够行进至体内远端部位，并在次要部位播种。
在某些实施方案中，本文所述的方法用于治疗恶性肿瘤，所述恶性肿瘤包括表达CD70、CD27或两者的癌症祖细胞或干细胞的生产。如本文其他地方所述，已经在包括肾细胞癌、转移性乳腺癌、脑肿瘤、白血病、淋巴瘤和鼻咽癌的不同类型的癌症中检测到CD70表达上调。还已经在包括急性淋巴母细胞淋巴瘤和T细胞淋巴瘤的造血谱系恶性肿瘤中检测到CD70和CD27的共表达。在某些实施方案中，本文所述的方法用于治疗与CD70表达、CD27表达或两者相关的任何上述恶性肿瘤。
在某些实施方案中，本文所述的方法用于治疗恶性肿瘤，所述恶性肿瘤包括表达所述组合的抗体分子结合的一个或多个LSC靶标的癌症祖细胞或干细胞的生产。例如，包含结合TIM-3的抗体分子的组合可以用于治疗表达TIM-3的恶性肿瘤。包含结合CD47的抗体分子的组合可以用于治疗表达CD47的恶性肿瘤。包含结合IL1RAP的抗体分子的组合可以用于治疗表达IL1RAP的恶性肿瘤。
在特定实施方案中，本文描述的方法用于治疗髓系恶性肿瘤，其中髓系恶性肿瘤是指造血干细胞或祖细胞的任何克隆性疾病。根据本发明方法治疗的髓系恶性肿瘤可以是新诊断的髓系恶性肿瘤或复发/难治性髓系恶性肿瘤。
如本文其他地方所述，由于CD70、TIM-3、CD47-SIRPα轴和IL1RAP已被确定为髓系恶性肿瘤，尤其是急性髓性白血病中的关键治疗靶标，因此本发明的组合被认为对髓系恶性肿瘤的治疗特别有效，参见Kikushige等人(2015)同上,Riether等人(2017)同上,Theocharides等人(2012)同上,Ponce等人(2017)同上,Agerstam等人(2015)同上。
在某些实施方案中，髓系恶性肿瘤选自：急性髓性白血病(AML)；骨髓增生异常综合征(MDS)；骨髓增生性肿瘤(MPN)；慢性髓性白血病(CML)；和慢性髓单核细胞性白血病(CMML)。在优选的实施方案中，髓系恶性肿瘤是急性髓性白血病(AML)。
髓系恶性肿瘤可以根据WHO 2008分类法结合2016年对该分类法的更新进行分类和诊断，尤其参见Arber等人(2016)Blood 127(20):2391-2405，其通过引用并入本文。
急性髓性白血病(AML)是指涉及髓样细胞的造血肿瘤。AML的特征在于分化能力降低的髓系前体的克隆增殖。AML患者在骨髓中显示出胚细胞的积累。胚细胞通常也积累在AML患者的外周血中。通常，如果患者在骨髓或外周血中显示20％或更多的胚细胞，则可诊断为AML。
根据WHO分类法，AML通常涵盖以下子类型：具有复发性遗传异常的AML；具有骨髓增生异常相关的变化的AML；与治疗有关的骨髓瘤；髓样肉瘤；与唐氏综合征有关的骨髓增生；母细胞浆样树突状细胞瘤；以及其他未分类的AML(例如，急性巨核细胞白血病，急性嗜碱性白血病)。
AML也可以根据法国-美国-英国(French-American-British，FAB)分类法进行分类，涵盖以下子类型：M0(急性成髓细胞白血病，最小分化)；M1(急性成髓细胞白血病，无成熟)；M2(急性成髓细胞白血病，伴有粒细胞成熟)；M3(早幼粒细胞，或急性早幼粒细胞白血病(APL))；M4(急性骨髓单核球性白血病)；M4eo(骨髓单核球性白血病伴骨髓嗜酸粒细胞增多症)；M5(急性单核胚细胞性白血病(M5a)或急性单核细胞性白血病(M5b))；M6(急性红细胞白血病，包括红白血病(M6a)和非常罕见的纯红细胞白血病(M6b))；或M7(急性原巨核细胞白血病)。
如本文所用，除非另有说明，否则“AML”是指由WHO和/或FAB分类法所涵盖的任何病症。某些AML亚型被认为具有更有利的预后，一些是中间预后，一些则是不良预后。本领域技术人员知道哪些亚型将属于哪种风险类别。
骨髓增生异常综合征(MDS)的特征在于发育异常、细胞减少和/或骨髓细胞数量和/或骨髓分化异常改变，例如胚细胞浸润增加。根据WHO分类法，MDS通常涵盖以下子类型：MDS伴单系发育不良(先前称为"难治性血细胞减少症伴单系发育不良”，其包括难治性贫血、难治性中性粒细胞减少症和难治性血小板缺少症)；MDS伴环状铁粒幼红细胞，其包括伴有单系发育不良和多系发育不良的亚群(先前称为"难治性贫血伴环状铁粒幼红细胞”)；MDS伴多系发育不良(先前称为"难治性血细胞减少症伴多系发育不良")；MDS伴胚细胞过量(MDS-EB，先前称为"难治性贫血伴胚细胞过多")，其可以基于胚细胞百分率进一步细分为MDS-EB-1和MDS-EB-2；MDS伴分离的del(5q)；和未分类的MDS。
MDS也可以根据法国-美国-英国(FAB)分类法进行分类，涵盖以下子类型：M9980/3(难治性贫血(RA))；M9982/3(难治性贫血伴环状铁粒幼红细胞(RARS))；M9983/3(难治性贫血伴胚细胞过多(RAEB))；M9984/3(难治性贫血伴胚细胞增多转化型(RAEB-T))；和M9945/3(慢性骨髓单核球性白血病(CMML))。
如本文所用，除非另有说明，否则“MDS”是指由WHO和/或FAB分类法所涵盖的任何病症。对于AML和MDS两者而言，WHO分类法在本文中是优选的。
骨髓增殖性肿瘤(MPN)类似于MDS，但是根据WHO分类法，MPN一般涵盖以下亚型：慢性髓性白血病(CML)；慢性中性粒细胞性白血病(CNL)；真性红细胞增多症(PV)；原发性骨髓纤维化(PMF)；原发性血小板增多症(ET)；未另外说明的慢性嗜酸性粒细胞白血病；和无法分类的MPN。
根据WHO分类法，慢性骨髓单核球性白血病(CMML)和非典型性慢性髓性白血病(aCML)落在MDS/MPN病症的类别内，因为它们代表具有在MDS与MPN之间重叠的临床、实验室和形态学特征的髓系肿瘤。
在某些实施方案中，本文所述的方法包括监测患者的胚细胞计数，即胚细胞的数量。如本文所用，“胚细胞(blast cell)”或“胚细胞(blast)”是指成骨髓细胞或骨髓胚细胞，其是骨髓内的髓系祖细胞。在健康个体中，外周血循环中未发现胚细胞，并且骨髓中的胚细胞应少于5％。在患有髓系恶性肿瘤，尤其是AML和MDS的受试者中，异常胚细胞的产生增加，且分化潜能被破坏，并且可以通过监测患者外周血循环或骨髓或两者中的胚细胞计数来检测这些异常胚细胞的过量产生。
骨髓或外周血中胚细胞的比例可以通过本领域已知的方法来评估，例如对从受试者的骨髓活检或外周血涂片获得的细胞进行流式细胞术或细胞形态学评估。确定胚细胞相对于样品中的总细胞的比例。例如，使用相对于总细胞数的CD45暗，SSC低细胞数，流式细胞术可用于确定胚细胞的比例。进一步举例说明，细胞形态学评估可用于确定相对于所检查的视野中的细胞总数的形态学鉴定的胚细胞的数量。
在某些实施方案中，提供了将骨髓中胚细胞的比例降低至小于25％，小于20％，例如小于10％的方法。在某些实施方案中，提供了将骨髓中胚细胞的比例降低至小于5％的方法。在某些实施方案中，提供了将骨髓中胚细胞的比例降低至约5％至约25％的方法，其中与执行该方法之前(或治疗前)的骨髓胚细胞百分比相比，骨髓胚细胞百分比也降低超过50％。
在某些实施方案中，提供了将外周血中胚细胞的比例降低至小于25％，小于20％，例如小于10％的方法。在某些实施方案中，提供了将外周血中胚细胞的比例降低至小于5％的方法。在某些实施方案中，提供了将外周血中胚细胞的比例降低至约5％至约25％的方法，其中与执行该方法之前(或治疗前)的外周血胚细胞百分比相比，外周血胚细胞百分比也降低超过50％。
为了临床确定胚细胞百分比，通常优选细胞形态(也称为细胞形态学)评估。
在特定实施方案中，本文所述的方法诱导完全应答。在AML治疗的情况下，完全应答或“完全缓解”定义为：骨髓胚细胞<5％；不存在循环胚细胞和具有Auer小体的胚细胞；不存在髓外疾病；ANC>1.0x 109/L(1000μL)；血小板计数>100x 109/L(100,000μL)，参见
Figure BDA0002673921070000551
等人(2017)Blood129(4):424-447。
所述方法可以实现伴随血小板恢复的完全应答，即血小板计数>100x109/L(100,000/μL)的应答。所述方法可以实现伴随嗜中性粒细胞恢复的完全应答，即嗜中性粒细胞计数>1.0x 109/L(1000/μL)的应答。替代性地或另外，所述方法可诱导红细胞或血小板或两者的输血非依赖性持续8周或更长时间、10周或更长时间、12周或更长时间。
在特定实施方案中，本文所述的方法诱导最小残留疾病(或MRD)状态为阴性。
在某些实施方案中，本文描述的方法诱导完全应答而没有最小残留疾病(CRMRD-)，参见
Figure BDA0002673921070000552
等人,同上。
所述方法可以实现部分应答或诱导部分缓解。在AML治疗的情况下，部分应答或部分缓解包括将骨髓胚细胞百分比降低5％至25％，并将治疗前的骨髓胚细胞百分比降低至少50％，参见
Figure BDA0002673921070000553
等人,同上。
本文所述的方法可以增加存活。如本文所用，术语“存活”可以指总体存活、1年存活、2年存活、5年存活、无事件存活、无进展存活。与针对待治疗的特定疾病或病症的金标准治疗相比，本文所述的方法可以增加存活。金标准治疗也可能被确定为最佳实践、护理标准、标准医疗护理或标准疗法。对于任何给定的疾病，根据不同的临床实践(例如在不同的国家)，可能会有一种或多种金标准治疗。已经可用于髓系恶性肿瘤的治疗多种多样，并且包括化学疗法、放射疗法、干细胞移植和某些靶向疗法。此外，美国和欧洲的临床指南都对髓系恶性肿瘤例如AML的标准治疗进行了规范，参见O’Donnell等人(2017)Journal of theNational Comprehensive Cancer Network 15(7):926-957和
Figure BDA0002673921070000561
等人(2017)Blood_129(4):424-447，两者均通过引用并入。
相对于经历任何针对髓系恶性肿瘤的标准治疗的患者，本发明的方法可以增加或改善存活。
根据本文所述方法治疗的患者或受试者，特别是患有AML的患者或受试者，可能患有新诊断的疾病、复发性疾病或原发性难治性疾病。对新诊断的AML患者进行治疗的标准方法是“标准7+3强化化疗”方法，其特点是高剂量阿糖胞苷7天，再给予蒽环类药物(例如柔红霉素或伊达比星)3天。给予强化化疗的目的是诱导AML完全缓解，通常是为了使患者在成功化疗后进行干细胞移植。
标准的强化化疗与明显的毒性和副作用有关，这意味着它不适合于不能耐受这些作用的患者。这些患者被称为“不符合标准强化化疗的条件”。患者可能不符合标准强化化疗的条件，因为例如他们表现出一种或多种合并症，表明他们不能耐受毒性，或者表征其疾病的预后因素表明标准强化化疗的不良结果。由临床医生根据个体患者的病史和临床指南(例如，国家综合癌症网络(NCCN)指南，其通过引用并入本文)，确定个体患者是否符合标准强化化疗的条件。通常将60岁以上的AML患者评定为不符合标准强化化疗的条件，还要考虑其他因素，包括正在治疗的AML的细胞遗传学和/或分子异常。
不符合标准强化化疗的条件的患者可以改为接受强度降低的化疗，例如低剂量阿糖胞苷(LDAC)。不符合标准强化化疗的条件且LDAC不适合的患者可以接受最佳支持治疗(BSC)，包括羟基脲(HU)和输血支持。
根据本文所述方法治疗的患者或受试者可以是分类为“不适合标准强化化疗的条件”的患者或受试者。本发明的组合包括可被预测具有较少副作用的靶向疗法。这样，由于以上确定的任何原因，被认为不适合标准强化化疗的条件的患者可以用根据本发明的组合治疗。
本文所述的方法可以包括使患者或受试者进行骨髓移植的另一步骤。本文所述的方法还可用于使具有髓系恶性肿瘤的患者或受试者准备好用于骨髓移植。如上所述，可以进行本发明的方法以减少骨髓或外周血中胚细胞的绝对数量或相对数量。在某些实施方案中，进行所述方法以降低移植前骨髓和/或外周血中的胚细胞计数。所述方法可用于将胚细胞计数降低至小于5％，以使患者或受试者准备好进行骨髓移植。
本文所述的方法可包括施用另外的治疗剂，例如另外的抗癌剂。在某些实施方案中，所述方法包括施用一种或多种用于治疗髓系恶性肿瘤的药剂，例如适合用于治疗AML的药剂。此类药剂包括但不限于：维特克拉(Venetoclax)；Vyxeos；Idhifa(或恩西地平-一种IDH抑制剂)；和Rydapt(米哚妥林-一种FLT3抑制剂)。
通过引用并入
在前面的描述中和在以下的所有实施例中引用了各种出版物，其各自通过全文引用并入本文中。
实施例
本发明将参考以下非限制性实施例来进一步理解。
实施例1
通过用重组人TIM-3Fc嵌合体(R&D Systems；Human TIM-3Ser22–Arg200；2365-TM；批号HKG081212A)以80μg(第1次和第2次注射)和40μg(第3-6次注射)的剂量对美洲驼进行免疫并产生用于筛选的Fab文库来产生特异性结合TIM-3的抗体，
如例如在WO2010/001251中所述，其通过引用并入本文。
从文库中选择的Fab克隆的CDR、VH和VL序列显示在以下表2、3和4中。
Figure BDA0002673921070000591
Figure BDA0002673921070000601
Figure BDA0002673921070000611
Figure BDA0002673921070000621
Figure BDA0002673921070000631
Figure BDA0002673921070000641
Figure BDA0002673921070000651
Figure BDA0002673921070000661
上表中显示的Fab通过Biacore分析和ELISA就其TIM-3结合进行了表征。结果展示于以下表5中。
表5通过Biacore或ELISA测量的Fab克隆与TIM-3的结合。
Fab克隆 解离速率KD(1/s) EC50(ng/ml)
2G6 3.72E-05 13.3
2D11 极高 n/a
2A6 1.51E-04 10.36
2B9 4.87E-05 8.505
1A11 2.48E-05 10.05
2C6 1.04E-05 8.212
2B6 3.64E-05 8.518
2D6 1.66E-04 7.169
2E2 极高 121.1
2A9 高 11.39
2A2 4.41E-05 8.047
2B10 1.85E-05 14.01
2E9 6.64E-05 14.86
2E7 7.62E-05 13.29
2F8 8.53E-05 18.07
实施例2
通过用重组人IL-1RAP/IL-1R3 Fc嵌合蛋白(R&D Systems:Ser21Glu359/C端经HIS标记；目录号676-CP)对美洲驼进行免疫并产生用于筛选的Fab文库来产生特异性结合IL1RAP的抗体，如在例如WO2010/001251中所描述的，其通过引用并入本文。
从文库中选择的Fab克隆的CDR、VH和VL序列显示在以下表6、7和8中。
Figure BDA0002673921070000681
表8结合至IL1RAP的Fab的重链CDR序列
Figure BDA0002673921070000691
实施例3通过ADCP活性测量的抗TIM-3和抗CD70抗体的组合功效
通过测量抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)介导的AML衍生细胞系BDCM的杀伤作用，评估了抗TIM-3和抗CD70抗体的组合功效。用不同浓度的靶向CD70的抗体ARGX-110单独地或与10μg/ml的抗TIM-3抗体克隆1A11和2B10(人IgG1)组合地处理具有经PKH26标记的细胞膜的BDCM细胞，参见实施例1。通过PMA处理，可将能够进行吞噬作用的巨噬细胞与单核细胞THP-1细胞系区分开。将激活的巨噬细胞加入经抗体预处理的BDCM细胞中，并与癌细胞在37℃共同孵育1小时。洗涤后，用抗CD11b-FITC抗体对巨噬细胞染色，并进行流式细胞仪分析，以估计具有吞噬癌细胞的巨噬细胞数量(PKH26+/CD11b+双阳性巨噬细胞)。
如图1所示，用ARGX-110和抗TIM3抗体预处理表达CD70和TIM-3的BDCM细胞导致巨噬细胞对癌细胞的吞噬作用显著增加。与仅用ARGX-110处理细胞相比，可以看到这种增加。以剂量依赖的方式显示了抗TIM3和抗CD70抗体在ADCP介导的AML细胞杀伤中的组合功效。
实施例4通过ADCP活性测量的抗IL1RAP和抗CD70抗体的组合功效
通过测量抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)介导的AML细胞系(MV4-11、U937和THP-1)的杀伤作用，评估了抗IL1RAP和抗CD70抗体的组合功效。用不同浓度的ARGX-110单独地或与10μg/ml或1μg/ml的抗IL1RAP抗体(小鼠IgG1克隆89412；IgG2a克隆7E4G1E8 mAb；和人单克隆IgG1抗体-克隆1C1和1F10，参见实施例2)组合地处理经PKH126染色的AML细胞系(MV4-11、U937、THP-1)。如以上实施例3中所述进行测定。结果展示于图2中。减去未进行任何处理时测得的吞噬作用背景值。
如图2所示，用ARGX-110和抗IL1RAP抗体预处理表达CD70和IL1RAP的AML细胞系导致巨噬细胞对癌细胞的吞噬作用显著增加。与仅用ARGX-110处理癌细胞的情况相比，可以看到这些增加。共同治疗的组合效果以剂量依赖性方式显示。此外，当用1或10μg/ml ARGX-110加1C1或1F10抗体的组合处理MV4-11细胞时，观察到协同功效。
实施例5通过ADCP活性测量的抗CD47和抗CD70抗体的组合功效
以与上文在实施例3和4中所述类似的方式评估抗CD47和抗CD70抗体的组合功效。用不同浓度的ARGX-110单独地或与10μg/ml或1μg/ml的抗CD47抗体(小鼠IgG1克隆B6H12和克隆CC2C6，和小鼠IgG2b克隆BRIC126)组合地处理经PKH126染色的AML细胞系(MV4-11、THP-1、GDM-1、U937和MC-1010)。如上所述进行ADCP测定。
如图3A所示，在几种AML细胞系的情况下，用ARGX-110和抗CD47抗体预处理表达CD70和CD47的AML细胞导致巨噬细胞对癌细胞的吞噬作用增加。用ARGX-110和阻断性B6H12抗体(其阻断CD47与SIRPα之间的相互作用，从而促进吞噬作用)共同处理的效果在使用MC-1010细胞的情况下也以剂量依赖性方式显示(图3B)。
实施例6通过CDC活性测量的抗TIM-3和抗CD70抗体的组合功效
通过测量补体依赖性细胞毒性(CDC)评估了抗TIM-3和抗CD70抗体的组合功效。用不同浓度的ARGX-110单独地或与10μg/ml的抗TIM-3抗体(1A11和2B10克隆–参见实施例1)组合地处理BDCM细胞。将预处理的细胞与10％仔兔补体(COM)在室温下孵育1小时。加入一体积的含碘化丙啶(PI)的PBS，并将样品在黑暗中孵育15分钟以染色死细胞。通过流式细胞术(FACS Canto II)测定细胞数量和碘化丙啶阳性细胞。结果展示于图4中。
用ARGX-110和抗TIM3抗体共同处理BDCM细胞导致了补体依赖性细胞死亡的增加。在ARGX-110浓度在0.37和0.125μg/ml之间时，观察到了ARGX-110和抗TIM-3抗体组合的协同效果，而单独的ARGX-110能够从1.11μg/ml浓度诱导细胞死亡。共同处理的这些协同效果以剂量依赖性方式显示。当它们在测定中单独使用时，两种抗TIM-3抗体均不能引起补体依赖性裂解。
实施例7通过CDC活性测量的抗IL1RAP和抗CD70抗体的组合功效
通过测量补体依赖性细胞毒性(CDC)评估了抗IL1RAP和抗CD70抗体的组合功效。用不同浓度的ARGX-110单独地或与10μg/ml的抗IL1RAP抗体(1C1和1F10克隆)组合地处理AML细胞系(MV4-11和NOMO-1)，并如实施例6中所述进行CDC测定。结果展示于图5中。
用ARGX-110和抗IL1RAP抗体共同处理增加了两种细胞系的补体依赖性细胞死亡(图5，黑条)。MV4-11细胞系对单独使用ARGX-110和抗IL1RAP的治疗具有抗性。然而，在共同处理的情况下观察到协同效果，导致MV4-11细胞以剂量依赖性方式裂解。与仅用ARGX-110处理相比，ARGX-110敏感细胞系NOMO-1在用ARGX-110和抗IL1RAP抗体共同处理后显示剂量依赖性效果。在NOMO-1细胞的情况下，以10μg/ml的浓度使用抗IL1RAP抗体的单药疗法诱导了有限的补体依赖性细胞毒性。
实施例8通过CDC活性测量的抗CD47和抗CD70抗体的组合功效
通过测量补体依赖性细胞毒性(CDC)评估了抗CD47和抗CD70抗体的组合功效。用不同浓度的ARGX-110和具有CDC功能的抗CD47抗体BRIC126(小鼠IgG2b)单独或组合处理MV4-11和NOMO-1细胞系。如上所述进行CDC测定。结果展示于图6中。
用ARGX-110和BRIC126共同处理AML细胞系增加了两种细胞系中的补体依赖性细胞死亡，而抗CD47阻断性小鼠IgG1抗体则不能诱导补体应答(B6H12克隆)(数据未显示)。以剂量依赖性方式观察到了ARGX-110和BRIC126共同处理的效果，最佳BRIC126浓度在0.041与0.123μg/ml之间。MV4-11细胞系对ARGX-110的应答较弱，因此需要高达10μg/ml的浓度才能获得组合效果。在对ARGX-110敏感的细胞系NOMO-1中，在浓度为单独的ARGX-110的十分之一时补体使细胞裂解。此外，加入约0.1μg/ml的BRIC126通过补体进一步增强了细胞裂解。使用更高浓度的BRIC126的单药疗法也能够诱导补体依赖性细胞毒性。
实施例9通过ADCC活性测量的抗TIM-3、抗IL1RAP或抗CD47抗体和抗CD70抗体的组 合功效
抗CD70抗体ARGX-110与抗TIM-3抗体、抗IL1RAP抗体或抗CD47抗体组合的功效通过抗体依赖性细胞毒性(ADCC)来测量。研究了以下抗体组合的ADCC活性：
1.ARGX-110(抗CD70)和2B10(抗TIM-3)
2.ARGX-110(抗CD70)和1F10(抗IL1RAP)
3.ARGX-110(抗CD70)和CC2C6(抗CD47)
对于所有测试的组合，根据以下方案测量ADCC。用重组IL-2(200IU/mL)将健康的外周血单核细胞(PBMC)处理15小时。细胞系BDCM和NOMO-1被用作CD70阳性靶细胞，也分别表达CD47和TIM-3或IL1RAP1。在具有10％FCS的RPMI 1640培养基(96孔板)中，在抗体存在下将靶细胞(3E4细胞)与PBMC(3E5细胞)共培养。靶标/效应物比(E/T)为1/1。施加ARGX-110稀释系列(0-10μg/mL)单独或与10和1μg/mL的浓度的抗体2B10(抗TIM-3)、1F10(抗IL1RAP)或CC2C6(抗CD47)组合。除CC2C6(小鼠IgG1)外的所有抗体均为人IgG1同型。孵育48小时后，通过流式细胞仪分析细胞，并基于剩余的靶细胞(CD33+CD3-CD16-)的数量测量裂解％。结果显示在图7(抗CD70+抗TIM-3)、图8(抗CD70+抗IL1RAP)和图9(抗CD70+抗CD47)中。
如图7所示，抗CD70抗体和抗TIM-3抗体都单独显示出很强的ADCC活性，并且在1μg/mL或更高的浓度下达到50-70％的最大细胞裂解率。在更低的ARGX-110浓度(<0.1μg/ml)下观察到组合活性。
如图8所示，当与1μg/ml的抗IL1RAP抗体1F10组合时，在整个ARGX-110剂量范围内均实现了组合ADCC活性。在测试的最高ARGX-110浓度(10μg/ml)下，这种组合达到70％的最大细胞裂解率。抗IL1RAP抗体1F10在10μg/ml下单独显示出很强的ADCC活性，导致60-70％的细胞裂解率。
如图9所示，当与1或10μg/ml的抗CD47抗体CC2C6组合时，在整个ARGX-110剂量范围内均实现了组合ADCC活性。这种组合在0.1μg/mL或更高浓度的ARGX-110下达到80％的最大细胞裂解率。
序列表
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<400> 2
Asp Ile Asn Asn Glu Gly Gly Thr Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
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<213> 人工
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<223> 合成肽
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Val Tyr
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Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Ala Ser Val Thr Thr Arg
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<223> 合成肽
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Ser Asn Gln Lys Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln
35 40 45
Pro Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Tyr Ala Ser Thr Gln Glu Ser Gly Ile
50 55 60
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Thr Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Val Gln Pro Glu Asp Ala Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln
85 90 95
Ala Tyr Ser Ala Pro Tyr Asn Phe Gly Ser Gly Thr Arg Leu Glu Ile
100 105 110
Lys
<210> 35
<211> 114
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 35
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Gly Ser Tyr
20 25 30
Asp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Pro Glu Trp Val
35 40 45
Ser Thr Ile Ser Ala Gly Gly Gly Arg Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Asp Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Pro Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Val Val Ile Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Gln Val Thr Val
100 105 110
Ser Ser
<210> 36
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 36
Asp Val Val Leu Thr Gln Thr Pro Gly Ser Leu Ser Val Val Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gln Ser Leu Val His Thr
20 25 30
Asp Gly Lys Thr Tyr Val Tyr Trp Leu Leu Gln Lys Pro Gly Gln Arg
35 40 45
Pro His Leu Leu Ile Tyr Gln Val Ser Asn His Glu Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Gly Val Lys Ala Glu Asp Ala Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Ala
85 90 95
Thr Tyr Tyr Pro Ser Phe Gly Ser Gly Thr Arg Leu Glu Ile Lys
100 105 110
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<211> 125
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 37
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ser Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Pro Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Asn Thr Ser Gly Gly Thr Thr Ser Tyr Ala Ala Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Val Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Ser
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Glu Pro Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Val Lys His Ile Arg Trp Ser Gly Ser Asn Tyr Tyr Tyr Tyr Gly Met
100 105 110
Asp Tyr Trp Gly Lys Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
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<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 38
Gln Ala Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Phe Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Asn Arg Asn Ile Gly Asn Asn
20 25 30
Tyr Val Asn Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Ser Asp Asn Leu Arg Thr Ser Gly Val Pro Ala Arg Phe Ser
50 55 60
Ala Ser Lys Ser Gly Thr Thr Ser Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu Gln
65 70 75 80
Ala Glu Asp Glu Ala Val Tyr Tyr Cys Ser Ser Trp Asp Asp Ser Leu
85 90 95
Ser Gly Ala Val Phe Gly Gly Gly Thr His Leu Thr Val Leu
100 105 110
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 39
Ser Tyr Ala Met Ser
1 5
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 40
His Ile Asn Ser Gly Gly Gly Asn Thr Lys Tyr Ala Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
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<220>
<223> 合成肽
<400> 41
Asp Val Ser Gly Gly Tyr Tyr Gly Thr Tyr Ala Leu Asp Ala
1 5 10
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<211> 17
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 42
Asp Ile Asn Ser Gly Gly Gly Ser Thr Val Tyr Thr Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 43
Gly Gly Ser Tyr Tyr Ser Tyr Arg Leu Phe Asp Tyr
1 5 10
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<211> 5
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 44
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<220>
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Thr Ile Asn Thr Asn Gly Ala Ile Thr Leu Tyr Ala Asp Asn Val Lys
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Asp
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<213> 人工
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<223> 合成肽
<400> 46
Val Lys Leu Ser Gly Tyr Pro His Pro Tyr Tyr Ala Met Asp Tyr
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<220>
<223> 合成肽
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<220>
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<220>
<223> 合成肽
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Thr Lys Gly Val Gly Gly Thr Trp Ala Leu Asp Ala
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<220>
<223> 合成肽
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Ser Tyr Asp Met Ser
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Thr Ile Asn Ser Gly Gly Gly Ser Thr Asn Tyr Ala Asp Ser Met Lys
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Gly
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<400> 52
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<223> 合成肽
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<223> 合成肽
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Thr Ile Asn Ser Gly Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Asp Ser Val Lys
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Gly
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<400> 60
Arg Ser Leu Tyr Tyr Thr Arg Val Pro Met Tyr Asp Tyr
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<223> 合成肽
<400> 61
Met Tyr Tyr Ile Asp
1 5
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<211> 17
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<220>
<223> 合成肽
<400> 62
Arg Ile Asp Pro Glu Asp Gly Gly Thr Lys Tyr Ala Gln Lys Phe Gln
1 5 10 15
Gly
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<211> 16
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 63
Ile Pro Asn Gly Gly Ser Tyr Tyr Tyr Thr Pro Tyr Asp Tyr Asp Tyr
1 5 10 15
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<211> 17
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 64
Ser Ile Ser Ala Gly Gly Gly Thr Ser Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 65
Lys Arg Gln Asn Phe Trp Ser Glu Gly Tyr Asp Ser
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<211> 16
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 66
Arg Ile Thr Ser Gly Gly Gly Ser Thr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly
1 5 10 15
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<211> 12
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 67
Gly Gln Tyr Ser Asp Gly Tyr Tyr Pro Tyr Asp Tyr
1 5 10
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<211> 17
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 68
Thr Ile Ser Ala Gly Gly Gly Arg Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 69
Ile Val Leu Asp Ser
1 5
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<211> 5
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 70
Asp Tyr Thr Met Ser
1 5
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<211> 5
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 71
Asp Tyr Thr Met Ser
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 72
Gly Ile Ser Gly Asn Gly Gly Arg Thr Asp Tyr Val Glu Pro Ile Glu
1 5 10 15
Gly
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 73
Thr Ser Pro Gln Ser Leu Asp Tyr
1 5
<210> 74
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 74
Val Val Ile Asp Tyr
1 5
<210> 75
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 75
Ser Tyr Ser Met Ser
1 5
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<211> 17
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 76
Gly Ile Asn Thr Ser Gly Gly Thr Thr Ser Tyr Ala Ala Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
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<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 77
His Ile Arg Trp Ser Gly Ser Asn Tyr Tyr Tyr Tyr Gly Met Asp Tyr
1 5 10 15
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<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 78
Gly Gly Asp Asn Ile Gly Ser Lys Ser Ala Gln
1 5 10
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<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 79
Ala Asp Ser Arg Arg Pro Ser
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 80
Gln Val Trp Asp Ser Ser Ala Ala Val
1 5
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<211> 17
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 81
Lys Ser Ser Gln Ser Val Leu Asp Ser Ser Asn Gln Lys Asn Tyr Leu
1 5 10 15
Ala
<210> 82
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 82
Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser
1 5
<210> 83
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 83
Gln Gln Gly Tyr Ser Val Pro Val Thr
1 5
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 84
Thr Leu Gly Ser Gly Asn Ser Ile Gly Ala His Thr Ile Ser
1 5 10
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<211> 13
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 85
Tyr Tyr Ser Asp Ser Ser Asn His Gln Ala Ser Gly Val
1 5 10
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<211> 9
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 86
Ala Ala Gly Asp Gly Ser Gly Thr Val
1 5
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<211> 17
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 87
Lys Ser Ser Gln Ser Val Leu Ser Ser Ser Asn Gln Lys Asn Tyr Leu
1 5 10 15
Ser
<210> 88
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 88
Gln Gln Gly Tyr Gly Ala Pro Leu Thr
1 5
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 89
Gly Leu Arg Ser Gly Ser Val Thr Thr Ser Asn Tyr Pro Gly
1 5 10
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<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 90
Gly Ala Ser Ser Arg His Ser
1 5
<210> 91
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 91
Ala Leu Asn Lys Gly Thr Tyr Thr Asp Val
1 5 10
<210> 92
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 92
Lys Ala Ser Gln Ser Leu Thr His Thr Asp Gly Thr Thr Ala Leu Tyr
1 5 10 15
<210> 93
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 93
Glu Val Ser Val Arg Ala Ser
1 5
<210> 94
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 94
Ala Gln Val Ala Tyr Tyr Pro Thr
1 5
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 95
Ala Gly Thr Ser Ser Asp Ile Gly Gly Tyr Asn Ser Val Ser
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<211> 7
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<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 96
Glu Val Asn Lys Arg Ala Ser
1 5
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<211> 10
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 97
Ala Ser Tyr Arg Ser Ala Asn Asn Val Val
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 98
Gly Leu Ser Ser Gly Ser Val Thr Thr Asn Asn Tyr Pro Gly
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<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 99
Ser Thr Ser Ser Arg His Ser
1 5
<210> 100
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 100
Ala Leu Asp Ile Gly Ser Tyr Thr Ala Val
1 5 10
<210> 101
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 101
Gly Leu Thr Ser Gly Ser Val Thr Ser Ser Asn Tyr Pro Gly
1 5 10
<210> 102
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 102
Asn Thr Asn Ser Arg His Pro
1 5
<210> 103
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 103
Ala Leu His Lys Gly Ser Tyr Thr Ala Val
1 5 10
<210> 104
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 104
Val Gly Ser Ser Ser Asp Val Gly Tyr Gly Asp Tyr Val Ser
1 5 10
<210> 105
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 105
Asp Val Glu Lys Arg Ala Ser
1 5
<210> 106
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 106
Ala Ser Tyr Arg Ser Asp Ser Asn Phe Val
1 5 10
<210> 107
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 107
Gln Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Tyr Leu Ala
1 5 10
<210> 108
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 108
Gly Ala Ser Arg Leu Glu Pro
1 5
<210> 109
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 109
Leu Gln Asp Tyr Ser Trp Pro Tyr Ser
1 5
<210> 110
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 110
Lys Ala Ser Gln Ser Leu Ile His Ile Asp Gly Lys Thr Tyr Leu Tyr
1 5 10 15
<210> 111
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 111
Gln Val Ser Asn His Glu Ser
1 5
<210> 112
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<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 112
Ala Gln Ala Thr Tyr Tyr Pro Ser
1 5
<210> 113
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 113
Lys Ser Ser Gln Ser Val Val Ser Gly Ser Asn Gln Lys Ser Tyr Leu
1 5 10 15
Asn
<210> 114
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 114
Tyr Ala Ser Thr Gln Glu Ser
1 5
<210> 115
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 115
Gln Gln Ala Tyr Ser Ala Pro Tyr Asn
1 5
<210> 116
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 116
Lys Ala Ser Gln Ser Leu Val His Thr Asp Gly Lys Thr Tyr Val Tyr
1 5 10 15
<210> 117
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 117
Ala Gln Ala Thr Tyr Tyr Pro Ser
1 5
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<211> 13
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 118
Thr Gly Ser Asn Arg Asn Ile Gly Asn Asn Tyr Val Asn
1 5 10
<210> 119
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 119
Ser Asp Asn Leu Arg Thr Ser
1 5
<210> 120
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 120
Ser Ser Trp Asp Asp Ser Leu Ser Gly Ala Val
1 5 10
<210> 121
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 121
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ile Phe Ile Asn Tyr
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Val Asn Ser Gly Gly Ala Ser Thr Asp Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ala Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Val Lys Gly Trp Phe Tyr Gly Ile His Tyr Trp Gly Lys Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 122
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 122
Gln Ala Val Leu Thr Gln Leu Pro Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Lys Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Gly Gly
20 25 30
Tyr Ser Val Gln Trp Phe Gln His Leu Pro Gly Thr Pro Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Tyr Gly Asn Ser Asn Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Ser Ser Ala Ser Leu Thr Ile Thr Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Glu Ser Tyr Asp Asp Trp
85 90 95
Leu Lys Gly Arg Gly Phe Gly Gly Gly Ser Lys Leu Thr Val Leu
100 105 110
<210> 123
<211> 124
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 123
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Gln
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Thr Thr Asn
20 25 30
Tyr Tyr Ser Trp Ile Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu
35 40 45
Trp Met Gly Ala Ser Val Tyr Ser Gly Ser Thr Phe Tyr Ser Pro Ser
50 55 60
Leu Lys Asn Thr Ser Ile Ser Lys Asp Thr Ala Gln Asn Gln Phe Thr
65 70 75 80
Leu Gln Leu Arg Ser Val Thr Pro Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ala Ser Ser Ala His Trp Gly Ser Ser Phe Ile Ser Ile Asp
100 105 110
Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Gln Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 124
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 124
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Lys
1 5 10 15
Thr Val Thr Ile Ser Cys Ala Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Tyr Gly
20 25 30
Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln Leu Pro Gly Met Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Leu Ile Tyr Asp Val Asp Ile Arg Ala Ser Gly Ile Ala Asp Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ser Tyr Arg Thr Asn
85 90 95
Asn Asn Ala Val Phe Gly Gly Gly Thr His Leu Thr Val Leu
100 105 110
<210> 125
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 125
Asn Tyr Gly Met His
1 5
<210> 126
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 126
Ala Val Asn Ser Gly Gly Ala Ser Thr Asp Tyr Ala Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 127
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 127
Gly Trp Phe Tyr Gly Ile His Tyr
1 5
<210> 128
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 128
Thr Asn Tyr Tyr Ser Trp Ile
1 5
<210> 129
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 129
Ala Ser Val Tyr Ser Gly Ser Thr Phe Tyr Ser Pro Ser Leu Lys Asn
1 5 10 15
<210> 130
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 130
Ala Ser Ser Ala His Trp Gly Ser Ser Phe Ile Ser Ile Asp Tyr
1 5 10 15
<210> 131
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 131
Thr Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Gly Gly Tyr Ser Val Gln
1 5 10
<210> 132
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 132
Gly Asn Ser Asn Arg Ala Ser
1 5
<210> 133
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 133
Glu Ser Tyr Asp Asp Trp Leu Lys Gly Arg Gly
1 5 10
<210> 134
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 134
Ala Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Tyr Gly Asn Tyr Val Ser
1 5 10
<210> 135
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 135
Asp Val Asp Ile Arg Ala Ser
1 5
<210> 136
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 136
Ala Ser Tyr Arg Thr Asn Asn Asn Ala Val
1 5 10

Claims (93)

1.一种组合，其包含结合至CD70的抗体分子和至少一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子。
2.根据权利要求1所述的组合，其中所述白血病干细胞靶标选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP；LILRB2；CLL-1；CD123；CD33；SAIL；GPR56；CD44；E-选凝素；CXCR4；CD25；CD32；PR1；WT1；ADGRE2；CCR1；TNFRSF1B和CD96。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的组合，其中所述结合至CD70的抗体分子包含可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)，其中所述VH和VL结构域包含CDR序列：
包含SEQ ID NO:3或由其组成的HCDR3；
包含SEQ ID NO:2或由其组成的HCDR2；
包含SEQ ID NO:1或由其组成的HCDR1；
包含SEQ ID NO:7或由其组成的LCDR3；
包含SEQ ID NO:6或由其组成的LCDR2；和
包含SEQ ID NO:5或由其组成的LCDR1。
4.根据权利要求3所述的组合，其中所述结合至CD70的抗体分子包含VH结构域和VL结构域，所述VH结构域包含与SEQ ID NO:4至少70％相同的氨基酸序列，所述VL结构域包含与SEQ ID NO:8至少70％相同的氨基酸序列。
5.根据权利要求4所述的组合，其中所述结合至CD70的抗体分子是ARGX-110。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的组合，其中所述白血病干细胞靶标选自由TIM-3和半乳糖凝集素-9组成的组。
7.根据权利要求6所述的组合，其中所述白血病干细胞靶标是TIM-3。
8.根据权利要求1至5中任一项所述的组合，其中所述白血病干细胞靶标是CD47。
9.根据权利要求1至5中任一项所述的组合，其中所述白血病干细胞靶标是IL1RAP。
10.根据权利要求1至5中任一项所述的组合，其中所述白血病干细胞靶标是LILRB2。
11.根据权利要求1至5中任一项所述的组合，其中所述组合包含结合至第一白血病干细胞靶标的抗体分子和结合至第二白血病干细胞靶标的抗体分子，其中所述第一白血病干细胞靶标和所述第二白血病干细胞靶标是不同的。
12.根据权利要求11所述的组合，其中所述第一白血病干细胞靶标和/或所述第二白血病干细胞靶标选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP；LILRB2；CLL-1；CD123；CD33；SAIL；GPR56；CD44；E-选凝素；CXCR4；CD25；CD32；PR1；WT1；ADGRE2；CCR1；TNFRSF1B和CD96。
13.根据权利要求11所述的组合，其中所述第一白血病干细胞靶标选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP和LILRB2。
14.根据权利要求11或权利要求13所述的组合，其中所述第二白血病干细胞靶标选自由以下组成的组：TIM-3；半乳糖凝集素-9；CD47；IL1RAP和LILRB2。
15.根据权利要求11所述的组合，其中所述第一白血病干细胞靶标是TIM-3，并且所述第二白血病干细胞靶标是CD47。
16.根据权利要求11所述的组合，其中所述第一白血病干细胞靶标是TIM-3，并且所述第二白血病干细胞靶标是IL1RAP。
17.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合IL1RAP的抗体分子，其中所述抗体分子导致减少的NF-κB信号传导；减少的Wnt信号传导/β-连环蛋白信号传导；降低的AML细胞的干性；或其组合。
18.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合TIM-3的抗体分子，其中所述抗体分子导致减少的NF-κB信号传导；减少的Wnt信号传导/β-连环蛋白信号传导；降低的AML细胞的干性；或其组合。
19.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合TIM-3的抗体分子，其中所述抗体分子抑制TIM-3与一种或多种TIM-3相互作用蛋白的相互作用。
20.根据权利要求19所述的组合，其中所述TIM-3相互作用蛋白选自：CEACAM-1；HMGB-1；磷脂酰丝氨酸；半乳糖凝集素-9；LILRB2；或其组合。
21.根据权利要求20所述的组合，其中所述结合TIM-3的抗体分子抑制TIM-3与半乳糖凝集素-9的相互作用。
22.根据权利要求20所述的组合，其中所述结合TIM-3的抗体分子抑制TIM-3与LILRB2的相互作用。
23.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中结合至白血病干细胞靶标的一种或多种抗体分子选自通过以下方法获得的一个或多个免疫文库，所述方法包括用所述白血病干细胞靶标对骆驼科动物进行免疫的步骤。
24.根据权利要求23所述的组合，其中所述骆驼科动物是美洲驼。
25.根据权利要求23或24所述的组合，其中所述骆驼科动物用LSC靶蛋白或其多肽片段或用表达LSC靶蛋白或其多肽片段的mRNA分子或cDNA分子进行免疫。
26.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合TIM-3的抗体分子，其中所述抗体分子选自由包含选自以下的可变重链CDR3(HCDR3)、可变重链CDR2(HCDR2)和可变重链CDR1(HCDR1)、可变轻链CDR3(LCDR3)、可变轻链CDR2(LCDR2)和可变轻链CDR1(LCDR1)的组合的抗体分子组成的组：
(i)包含SEQ ID NO:41的HCDR3；包含SEQ ID NO:40的HCDR2；包含SEQ ID NO:39的HCDR1；包含SEQ ID NO:80的LCDR3；包含SEQ ID NO:79的LCDR2；和包含SEQ ID NO:78的LCDR1；
(ii)包含SEQ ID NO:43的HCDR3；包含SEQ ID NO:42的HCDR2；包含SEQ ID NO:39的HCDR1；包含SEQ ID NO:83的LCDR3；包含SEQ ID NO:82的LCDR2；和包含SEQ ID NO:81的LCDR1；
(iii)包含SEQ ID NO:46的HCDR3；包含SEQ ID NO:45的HCDR2；包含SEQ ID NO:44的HCDR1；包含SEQ ID NO:86的LCDR3；包含SEQ ID NO:85的LCDR2；和包含SEQ ID NO:84的LCDR1；
(iv)包含SEQ ID NO:49的HCDR3；包含SEQ ID NO:48的HCDR2；包含SEQ ID NO:47的HCDR1；包含SEQ ID NO:88的LCDR3；包含SEQ ID NO:82的LCDR2；和包含SEQ ID NO:87的LCDR1；
(v)包含SEQ ID NO:52的HCDR3；包含SEQ ID NO:51的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:91的LCDR3；包含SEQ ID NO:90的LCDR2；和包含SEQ ID NO:89的LCDR1；
(vi)包含SEQ ID NO:55的HCDR3；包含SEQ ID NO:54的HCDR2；包含SEQ ID NO:53的HCDR1；包含SEQ ID NO:94的LCDR3；包含SEQ ID NO:93的LCDR2；和包含SEQ ID NO:92的LCDR1；
(vii)包含SEQ ID NO:58的HCDR3；包含SEQ ID NO:57的HCDR2；包含SEQ ID NO:56的HCDR1；包含SEQ ID NO:97的LCDR3；包含SEQ ID NO:96的LCDR2；和包含SEQ ID NO:95的LCDR1；
(viii)包含SEQ ID NO:60的HCDR3；包含SEQ ID NO:59的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:100的LCDR3；包含SEQ ID NO:99的LCDR2；和包含SEQ ID NO:98的LCDR1；
(ix)包含SEQ ID NO:63的HCDR3；包含SEQ ID NO:62的HCDR2；包含SEQ ID NO:61的HCDR1；包含SEQ ID NO:103的LCDR3；包含SEQ ID NO:102的LCDR2；和包含SEQ ID NO:101的LCDR1；
(x)包含SEQ ID NO:65的HCDR3；包含SEQ ID NO:64的HCDR2；包含SEQ ID NO:39的HCDR1；包含SEQ ID NO:106的LCDR3；包含SEQ ID NO:105的LCDR2；和包含SEQ ID NO:104的LCDR1；
(xi)包含SEQ ID NO:67的HCDR3；包含SEQ ID NO:66的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:109的LCDR3；包含SEQ ID NO:108的LCDR2；和包含SEQ ID NO:107的LCDR1；
(xii)包含SEQ ID NO:69的HCDR3；包含SEQ ID NO:68的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:112的LCDR3；包含SEQ ID NO:111的LCDR2；和包含SEQ ID NO:110的LCDR1；
(xiii)包含SEQ ID NO:72的HCDR3；包含SEQ ID NO:71的HCDR2；包含SEQ ID NO:70的HCDR1；包含SEQ ID NO:115的LCDR3；包含SEQ ID NO:114的LCDR2；和包含SEQ ID NO:113的LCDR1；
(xiv)包含SEQ ID NO:74的HCDR3；包含SEQ ID NO:73的HCDR2；包含SEQ ID NO:50的HCDR1；包含SEQ ID NO:117的LCDR3；包含SEQ ID NO:111的LCDR2；和包含SEQ ID NO:116的LCDR1；和
(xv)包含SEQ ID NO:77的HCDR3；包含SEQ ID NO:76的HCDR2；包含SEQ ID NO:75的HCDR1；包含SEQ ID NO:120的LCDR3；包含SEQ ID NO:119的LCDR2；和包含SEQ ID NO:118的LCDR1。
27.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合TIM-3的抗体分子，其中所述抗体分子选自包含可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)或由其组成的抗体分子，所述可变重链结构域(VH)和所述可变轻链结构域(VL)选自以下：
(i)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(ii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(iii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(iv)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(v)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:18的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(vi)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:20的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(vii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:22的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(viii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(ix)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(x)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:28的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xi)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:29的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:30的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:31的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:32的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xiii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:33的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:34的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xiv)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:35的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:36的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；
(xv)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:38的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成。
28.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合IL1RAP的抗体分子，其中所述抗体分子选自由包含选自以下的可变重链CDR3(HCDR3)、可变重链CDR2(HCDR2)和可变重链CDR1(HCDR1)、可变轻链CDR3(LCDR3)、可变轻链CDR2(LCDR2)和可变轻链CDR1(LCDR1)的组合的抗体分子组成的组：
(i)包含SEQ ID NO:127的HCDR3；包含SEQ ID NO:126的HCDR2；包含SEQ ID NO:125的HCDR1；包含SEQ ID NO:133的LCDR3；包含SEQ ID NO:132的LCDR2；和包含SEQ ID NO:131的LCDR1；和
(ii)包含SEQ ID NO:130的HCDR3；包含SEQ ID NO:129的HCDR2；包含SEQ ID NO:128的HCDR1；包含SEQ ID NO:136的LCDR3；包含SEQ ID NO:135的LCDR2；和包含SEQ ID NO:134的LCDR1。
29.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合IL1RAP的抗体分子，其中所述抗体分子选自包含可变重链结构域(VH)和可变轻链结构域(VL)或由其组成的抗体分子，所述可变重链结构域(VH)和所述可变轻链结构域(VL)选自以下：
(i)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:121的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:122的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成；和
(ii)VH结构域，所述VH结构域包含SEQ ID NO:123的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成，和VL结构域，所述VL结构域包含SEQ ID NO:124的氨基酸序列或与其具有至少80％、90％、95％、98％、99％同一性的氨基酸序列或由其组成。
30.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合CD47的抗体分子，其中所述抗体分子抑制CD47与SIRPα之间的相互作用。
31.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合CD47的抗体分子，其中所述抗体分子增加肿瘤细胞的吞噬作用。
32.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其包含结合CD47的抗体分子，其中所述抗体分子选自：Hu5F9-G4；CC-90002；和ALX148。
33.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述组合的所述抗体分子独立地选自由以下组成的组：IgG抗体；抗体轻链可变结构域(VL)；抗体重链可变结构域(VH)；单链抗体(scFv)；F(ab’)2片段；Fab片段；Fd片段；Fv片段；单臂(单价)抗体；双价抗体、三价抗体、四价抗体或通过此类抗原结合片段的组合、组装或缀合形成的任何抗原结合分子。
34.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述组合的所述抗体分子组合在多特异性抗体中。
35.根据权利要求34所述的组合，其中所述组合包含结合至CD70的第一抗体分子和结合至白血病干细胞靶标的第二抗体分子，所述第一抗体分子和第二抗体分子组合在双特异性抗体中。
36.根据权利要求1至33中任一项所述的组合，其中所述组合的所述抗体分子是共同配制的。
37.根据权利要求36所述的组合，其中所述组合包含结合至CD70的第一抗体分子和结合至白血病干细胞靶标的第二抗体分子，并且其中所述第一抗体分子和所述第二抗体分子按照1:1或1:2或2:1的比率配制。
38.根据权利要求1至33中任一项所述的组合，其中所述抗体分子是分开提供的。
39.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述抗体分子中的至少一种完全或部分阻断其靶标的功能。
40.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述抗体分子中的至少一种具有ADCC活性。
41.根据权利要求40所述的组合，其中所述抗体分子中的至少一种包含去岩藻糖基化的抗体结构域。
42.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述抗体分子中的至少一种具有CDC活性。
43.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述抗体分子中的至少一种具有ADCP活性。
44.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述组合另外包含抑制SIRPα信号传导的药剂。
45.根据权利要求44所述的组合，其中所述抑制SIRPα信号传导的药剂是结合至SIRPα并抑制CD47与SIRPα之间的相互作用的抗体分子。
46.根据权利要求45所述的组合，其中所述抑制SIRPα信号传导的药剂是SIRPα-抗体分子融合蛋白。
47.根据权利要求46所述的组合，其中所述SIRPα-抗体分子是SIRPα-Fc融合体。
48.根据权利要求46或权利要求47所述的组合，其中所述SIRPα-抗体分子融合蛋白包含所述组合的所述抗体分子中的至少一种。
49.根据权利要求48所述的组合，其中所述SIRPα-抗体分子融合蛋白包含结合CD70的所述组合的所述抗体分子。
50.一种组合，其包含结合至CD70的抗体分子和抑制SIRPα信号传导的药剂。
51.根据权利要求50所述的组合，其中所述抑制SIRPα信号传导的药剂是结合CD47并抑制CD47与SIRPα之间的相互作用的抗体分子。
52.根据权利要求50所述的组合，其中所述抑制SIRPα信号传导的药剂是结合SIRPα并抑制CD47与SIRPα之间的相互作用的抗体分子。
53.根据权利要求50所述的组合，其中所述抑制SIRPα信号传导的药剂是SIRPα-抗体分子融合蛋白。
54.根据权利要求53所述的组合，其中所述SIRPα-抗体分子融合蛋白是SIRPα-Fc融合体。
55.根据权利要求53所述的组合，其中所述SIRPα-抗体分子融合蛋白包含与结合至CD70的所述抗体分子共价连接的至少一个SIRPαV样结构域。
56.根据权利要求55所述的组合，其中所述至少一个SIRPαV样结构域通过接头共价连接至所述抗体分子。
57.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述组合包含至少一种另外的抗癌剂，优选地是用于治疗髓系恶性肿瘤的药剂。
58.根据权利要求57所述的组合，其中所述抗癌剂是用于治疗AML的药剂。
59.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述组合另外包含低甲基化剂。
60.根据权利要求59所述的组合，其中所述低甲基化剂是阿扎胞苷。
61.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其中所述组合另外包含PD-1抑制剂和/或PD-L1抑制剂，任选地其中所述抑制剂是抗体。
62.根据权利要求61所述的组合，其中所述PD-1和/或PD-L1抑制剂选自：纳武单抗；派姆单抗；匹地利珠单抗，REGN2810；AMP-224；MEDI0680；PDR001；阿特朱单抗；或阿维鲁单抗。
63.根据前述权利要求中任一项所述的组合，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤。
64.一种结合至CD70的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与结合至白血病干细胞靶标的抗体分子组合施用。
65.一种结合至白血病干细胞靶标的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与结合至CD70的抗体分子组合施用。
66.根据权利要求64或权利要求65所使用的抗体分子，其中所述白血病干细胞靶标是TIM-3。
67.根据权利要求64或权利要求65所使用的抗体分子，其中所述白血病干细胞靶标是CD47。
68.根据权利要求64或权利要求65所使用的抗体分子，其中所述白血病干细胞靶标是IL1RAP。
69.根据权利要求64或权利要求65所使用的抗体分子，其中所述白血病干细胞靶标是LILRB2。
70.一种结合至CD70的抗体分子，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述抗体分子与抑制SIRPα信号传导的药剂组合施用。
71.一种抑制SIRPα信号传导的药剂，其用于治疗人类受试者的恶性肿瘤，其中所述药剂与结合CD70的抗体分子组合施用。
72.一种用于治疗人类受试者的恶性肿瘤的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至62中任一项所定义的组合。
73.根据权利要求72所述的方法，其中所述恶性肿瘤是包括产生表达CD70、CD27或两者的癌症祖细胞或干细胞的恶性肿瘤。
74.根据权利要求72或权利要求73所述的方法，其中所述恶性肿瘤是包括产生表达LSC靶标的癌症祖细胞或干细胞的恶性肿瘤，所述组合的所述抗体分子中的至少一种结合至所述LSC靶标。
75.根据权利要求72至74中任一项所述的方法，其中所述恶性肿瘤是髓系恶性肿瘤。
76.根据权利要求75所述的方法，其中所述髓系恶性肿瘤选自新诊断的髓系恶性肿瘤或复发/难治性髓系恶性肿瘤。
77.根据权利要求75或权利要求76所述的方法，其中所述髓系恶性肿瘤选自：急性髓性白血病(AML)；骨髓增生异常综合征(MDS)；骨髓增生性肿瘤(MPN)；慢性髓性白血病(CML)；和髓单核细胞性白血病(CMML)。
78.根据权利要求77所述的方法，其中所述髓系恶性肿瘤是急性髓性白血病(AML)。
79.根据权利要求77或权利要求78所述的方法，其还包括监视所述患者的胚细胞计数。
80.根据权利要求79所述的方法，其中所述患者的骨髓胚细胞计数减少到小于5％。
81.根据权利要求79所述的方法，其中与治疗前相比，所述患者的骨髓胚细胞计数减少至5％至25％，并且骨髓胚细胞百分比减少超过50％。
82.根据权利要求72至79中任一项所述的方法，其诱导部分应答或完全应答。
83.根据权利要求82所述的方法，其诱导伴随血小板恢复的完全应答。
84.根据权利要求82或83所述的方法，其诱导伴随嗜中性粒细胞恢复的完全应答。
85.根据权利要求72至84中任一项所述的方法，其诱导红细胞或血小板或两者的输血非依赖性持续8周或更长时间。
86.根据权利要求72至85中任一项所述的方法，其增加存活。
87.根据权利要求72至86中任一项所述的方法，与用于治疗髓系恶性肿瘤的护理剂标准相比，所述方法增加存活。
88.根据权利要求72至87中任一项所述的方法，其诱导为阴性的最小残留疾病状态。
89.根据权利要求72至88中任一项所述的方法，其还包括对所述受试者进行骨髓移植。
90.根据权利要求72至89中任一项所述的方法，其还包括施用一种或多种另外的抗癌剂。
91.根据权利要求90所述的方法，其中所述一种或多种另外的抗癌剂选自适合于治疗髓系恶性肿瘤的药剂。
92.根据权利要求90所述的方法，其中所述一种或多种另外的抗癌剂选自适合于治疗AML的药剂。
93.根据权利要求92所述的方法，其中所述一种或多种另外的抗癌剂选自：维特克拉；Vyxeos；Idhifa(恩西地平)；和Rydapt(米哚妥林)。
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