CN111492066A

CN111492066A - 使用转录本进行抗体方向的方法及由其衍生的组合物

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Publication number: CN111492066A
Application number: CN201880082663.9A
Authority: CN
Inventors: Y·刘; P·郑; H-Y·周; P·张; L·杨
Original assignee: Childrens National Medical Center Inc
Current assignee: Childrens National Medical Center Inc
Priority date: 2017-10-20
Filing date: 2018-10-19
Publication date: 2020-08-04
Also published as: WO2019079762A1

Abstract

本公开涉及一种鉴定和产生基于抗体的癌症疗法的方法。在一些实施例中，涉及从样品的转录组或基因组DNA序列中鉴定编码抗体或抗体片段的核酸序列的方法。本公开的另一实施例是一种计算机实现的检测样品的转录组中编码抗体或抗体片段的核酸序列的存在的方法。本公开还提供包括抗体或抗体片段的组合物，其中所述抗体或抗体片段与癌症组织反应。本公开还涉及治疗经诊断患有或疑似患有过度增殖性疾病的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用本文公开的药物组合物中的任何一种或组合。

Description

使用转录本进行抗体方向的方法及由其衍生的组合物

相关申请的交叉引用

本申请要求于2017年10月20日提交的第62/575,369号的美国临时专利申请的优选权益，其公开内容以引用的方式结合在文中。

背景技术

产生用于癌症治疗的特异性抗体是一项主要工作，涉及抗原鉴定、免疫、杂交瘤生产以及大多数情况下的抗体人源化的漫长过程。在本领域中仍然需要鉴定和产生用于癌症治疗的抗体的方法。

发明内容

本发明涉及一种鉴定和生产基于抗体的癌症疗法的方法。在一些实施例中，从样品的转录组或基因组DNA序列中鉴定编码抗体或抗体片段的核酸序列的方法包括以下步骤：

a.筛选所述样品的所述转录组或基因组DNA序列中编码一个或多个抗体片段的富集的核酸序列，其中编码一个或多个抗体片段的所述核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；

b.计算所述样品的克隆性评分；

c.根据序列比对将所述核酸序列分为所述第一组核酸序列和所述第二组核酸序列。

可选地，在所述分类步骤之后，该方法还可包括以下步骤：(d)从所述第一组核酸序列中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列。应了解，可重复所述鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列并编辑多个CDR序列的步骤一次或多次。

在本文公开的方法的其他方面中，示例性方法可包括以下步骤：

e.筛选一系列对照受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列，其中所述编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；

f.计算所述样品的克隆性评分；

g.从样品或一系列样品鉴定最富集的CDR3序列；以及

h.从所述一系列对照受试者获得编码抗体片段的一组丰富表达的核酸序列，并将来自所述一系列对照受试者的所述第一组的所述核酸序列与来自所述受试者的所述第一组核酸序列进行比较。

步骤(e)至(h)在步骤(a)至(c)之前、同时或之后进行。优选地，所述从受试者的转录组中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列的步骤基于来自步骤(h)的所述将多组丰富表达的核酸序列进行比较的步骤。

来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码抗体片段中的一个或组合。合适的抗体片段包括：抗体的Fc部分、抗体的单链可变片段(ScFv)、抗体的Fv部分、抗体的Fab片段、抗体的F(ab')2片段、抗体的Fd片段、抗体的IgG样片段、抗体的可变链和/或抗体的恒定区。在来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列的其他方面中，该核酸序列编码所述抗体的可变重链和/或可变轻链部分。

在其他实施例中，所述筛选步骤包括筛选编码一个或多个B细胞受体(BCR)序列的抗体片段的核酸序列，并且所述计算抗体的克隆性评分的步骤至少部分地由以下等式确定：

其中Ci是重排i的克隆分数，N是重排的总数。示例性筛选方法包括在所述转录组数据上执行FASTQ、MIXCR和/或VDJtools函数。

有利的是，在筛选所述受试者的所述转录组中编码一种或多种抗体片段的核酸序列之前，比对氨基酸序列包括执行克隆序列的比对。比对克隆序列的函数的一个非限制性示例包括执行免疫SEQ函数。

用于公开的方法中的样品是来自患有过度增殖性细胞疾病的受试者的组织样品。可考虑到的样品包括，但不限于来自以下癌症的癌症组织：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

本发明的另一个实施例是一种计算机实现的用于检测样品的转录组中编码抗体或抗体片段的核酸序列的存在的方法，所述方法包括：在系统中包括至少一个处理器和存储器。

a.通过所述至少一个处理器筛选所述受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列，其中所述编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；

b.通过所述至少一个处理器计算克隆性评分；

c.通过所述至少一个处理器根据所述克隆性评分将所述核酸序列分为所述第一组核酸序列和所述第二组核酸序列。

所述至少一个处理器还可被配置为(d)在执行所述分类步骤之后从所述第一组核酸序列中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列。所述处理器可重复所述鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列并编辑多个CDR序列的步骤一次或多次。

本文公开的方法还可包括以下步骤：

f.计算与所述第一组和第二组核酸序列中的每组核酸序列中的一个或多个所述核酸序列对应的克隆性评分；

g.根据所述克隆性评分将所述核酸序列分为所述第一组核酸序列和所述第二组核酸序列；以及

步骤(e)至(h)在步骤(a)至(c)之前、同时或之后进行。所述从受试者的转录组中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列的步骤基于来自步骤(h)的所述将多组丰富表达的核酸序列进行比较的步骤。

在其他实施例中，来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码选自以下内容的抗体片段中的一个或组合：抗体的Fc部分、抗体的单链可变片段(ScFv)、抗体的Fv部分、抗体的Fab片段、抗体的F(ab')2片段、抗体的Fd片段、抗体的IgG样片段、抗体的可变链和抗体的恒定区。

在其他实施例中，来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码所述抗体的可变重链和/或可变轻链部分中的一个或组合。

在其他实施例中，所述筛选步骤包括筛选编码一个或多个B细胞受体(BCR)序列的抗体片段的核酸序列，并且所述计算所述样品的克隆性评分的步骤至少部分地由以下等式确定：

其中Ci是重排i的克隆分数，N是重排的总数；并且其中如果所述评分为0.1或更高，则执行所述将核酸分类进所述第一组核酸序列中。

在其他实施例中，所述筛选一系列样品的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括在所述转录组数据上执行FASTQ、MIXCR和VDJtools函数。筛选所述受试者的所述转录组中编码一种或多种抗体片段的核酸序列包括执行克隆序列的比对。克隆序列的比对包括执行免疫SEQ函数。

可考虑到的样品包括来自患有过度增殖性细胞疾病的受试者的组织样品，比如：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

在另一个实施例中，所述编码抗体或抗体片段的第一组核酸编码能够结合来自所述样品和/或受试者的一个或多个细胞的抗体。

本发明还说明了一种从样品中编辑编码抗体或抗体片段的一组核酸序列的方法，所述方法包括：

(a)通过权利要求1至25中任一项所述的方法从所述受试者的转录组中获得编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的至少一个核酸序列；以及

(b)重复步骤(a)，直到从样品中聚集编码抗体或抗体片段的多个核酸序列。

在其他实施例中，一种设计能够结合来自样品的细胞表位的抗体或抗体片段的方法包括：

(a)通过权利要求1至25中任一项所述的方法从所述受试者的转录组中获得编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的至少一个核酸序列；

(b)重复步骤(a)，直到从样品中聚集编码抗体或抗体片段的多个核酸序列；

(c)在载体中克隆一个或多个核酸或通过固态化学合成法合成所述抗体；以及如果将所述一个或多个核酸序列克隆进载体中，则(d)将所述载体转化为宿主细胞，并(e)留出足够的时间使所述宿主细胞重组产生所述编码的抗体或抗体片段。

在其他实施例中，一种包括抗体或抗体片段的组合物，所述组合物包括通过执行上述方法中任一方法而获得的至少一个CDR序列。

在其他实施例中，一种抗体库，所述抗体库包括通过执行上述方法中任一方法而获得的至少一个氨基酸序列。

在其他实施例中，一种在计算机可读存储介质上编码的非暂时性计算机程序产品，所述非暂时性计算机程序产品包括指令，所述指令用于：

a.筛选所述受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列，其中编码一个或多个抗体片段的所述核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；

b.计算与所述第一组和第二组核酸序列中的每组核酸序列中的一个或多个所述核酸序列对应的克隆性评分；

c.根据所述克隆性评分将所述核酸序列分为所述第一组核酸序列和所述第二组核酸序列。

可选地，根据权利要求30所述的非暂时性计算机程序产品还包括用于以下步骤的指令：(d)在执行所述分类步骤之后，从所述第一组核酸序列中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列。优选地，包括用于重复鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列并编辑多个CDR序列的步骤的指令。

本发明人还考虑到用于以下步骤的指令：

来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码选自以下内容的抗体片段中的一个或组合：抗体的Fc部分、抗体的单链可变片段(ScFv)、抗体的Fv部分、抗体的Fab片段、抗体的F(ab')2片段、抗体的Fd片段、抗体的IgG样片段、抗体的可变链和抗体的恒定区。

来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码所述抗体的可变重链和/或可变轻链部分中的一个或组合。

所述筛选步骤包括筛选编码一个或多个B细胞受体(BCR)序列的抗体片段的核酸序列，并且所述计算所述抗体的克隆性评分的步骤至少部分地由以下等式确定：

其中Ci是重排i的克隆分数，N是重排的总数。

所述筛选一系列对照受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括在所述转录组数据上执行FASTQ、MIXCR和VDJtools函数。

所述筛选受试者的转录组中编码一种或多种抗体片段的核酸序列包括执行克隆序列的比对。所述克隆序列的比对包括执行免疫SEQ函数。

所述样品是来自患有过度增殖性细胞疾病的受试者的组织样品，比如选自以下癌症的癌症组织：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

在其他实施例中，通过比较抗体与癌症和正常组织的结合，所述验证抗体特异性的方法使用了本领域已知的免疫荧光方法。

在其他实施例中，抗体的组合物对癌症组织具有广泛的反应性，但对正常组织却很少。在优选实施例中，所述癌症特异性抗体的组合物具有在序列ID1-9中鉴定的氨基酸序列。

在其他实施例中，抗体的组合物对根据免疫序列数据合成了抗体序列的组织具有狭义特异性。

在其他实施例中，权利要求45所述的单独癌症特异性抗体的组合物具有在序列ID10-18中鉴定的氨基酸序列。

在其他实施例中，免疫序列衍生的高丰度抗体序列包括CDR1、CDR2和CDR3以及体细胞突变的序列。例如，免疫序列衍生的高丰度抗体序列包括序列ID19中的序列中的一个。

在其他实施例中，通过权利要求42至48所述的序列构建的抗体在癌症诊断中的用途，包括通过免疫荧光的免疫组织化学对组织染色。该用于考虑用于癌症治疗。公开的用途包括：为获得最佳的抗体依赖性细胞毒性或抗体依赖性细胞吞噬作用而修饰的抗体和/或抗体-药物偶联物。所述抗体用作双特异性抗体的组分。所述抗体用作嵌合抗原受体T细胞(CART)的关键组分。在详细说明中描述了本发明的其他方面。

在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2206所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2208所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2210所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2216所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2218所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2220所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2226所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ IDNO:2228所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2230所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2236所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2238所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQID NO:2240所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2246所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQID NO:2248所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2250所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2256所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2258所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2260所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2266所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2268所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2270所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2276所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2278所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2280所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2286所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2288所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2290所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2296所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2298所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2300所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2306所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2308所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2310所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2316所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2318所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2320所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2326所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2328所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2330所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2336所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2338所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2340所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2346所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2348所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2350所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ IDNO:2356所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2358所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2360所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2366所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2368所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2370所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2376所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2378所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2380所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2386所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2388所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2390所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2396所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2398所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2400所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ IDNO:2406所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2408所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2410所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2416所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQID NO:2418所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2420所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2426所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2428所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2430所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2436所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2438所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2440所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2446所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ IDNO:2448所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2450所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2456所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2458所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQID NO:2460所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2466所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQID NO:2468所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2470所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2476所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2478所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2480所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2486所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2488所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2490所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2496所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2498所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2500所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2506所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2508所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2510所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2516所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2518所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2520所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2526所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2528所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2530所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2536所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2538所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2540所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2546所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2548所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2550所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2556所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2558所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2560所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2566所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2568所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2570所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ IDNO:2576所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2578所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2580所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2586所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2588所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2590所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2596所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2598所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2600所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2606所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2608所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2610所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2616所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2618所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2620所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ IDNO:2626所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2628所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2630所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2636所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQID NO:2638所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2640所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2646所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2648所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2650所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2656所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2658所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2660所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2666所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ IDNO:2668所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2670所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2676所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2678所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQID NO:2680所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2686所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQID NO:2688所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2690所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2696所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2698所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2700所示的氨基酸序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2706所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2708所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ ID NO:2710所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2716所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2718所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2720所示的氨基酸序列。

在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2204所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2204具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2214所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2214具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQID NO:2224所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2224具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2234所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2234具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2244所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2244具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2254所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2254具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2264所示的氨基酸序列或与SEQ ID 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ID NO:2524所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2524具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2534所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2534具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQID NO:2544所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2544具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2554所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2554具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2564所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2564具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2574所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2574具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2584所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2584具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2594所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2594具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2604所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2604具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQID NO:2614所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2614具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2624所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2624具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2634所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2634具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2644所示的氨基酸序列或与SEQID NO:2644具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2654所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2654具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2664所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2664具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2674所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2674具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2684所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2684具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2694所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2694具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2704所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2704具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2714所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2714具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

在另一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2202所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2202具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQID NO:2212所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2212具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2222所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2222具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2232所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2232具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2242所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2242具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2252所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2252具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2262所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2262具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2272所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2272具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2282所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2282具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2292所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2292具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2302所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2302具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQID NO:2312所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2312具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2322所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2322具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2332所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2332具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2342所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2342具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2352所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2352具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2362所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2362具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2372所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2372具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2382所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2382具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2392所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2392具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2402所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2402具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2412所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2412具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ IDNO:2422所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2422具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2432所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2432具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2442所示的氨基酸序列或与SEQID NO:2442具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2452所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2452具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2462所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2462具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2472所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2472具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2482所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2482具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2492所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2492具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2502所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2502具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2512所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2512具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2522所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2522具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQID NO:2532所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2532具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2542所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2542具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2552所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2552具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2562所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2562具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2572所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2572具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2582所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2582具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2592所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2592具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2602所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2602具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2612所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2612具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2622所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2622具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQID NO:2632所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2632具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2642所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2642具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2652所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2652具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2662所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2662具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2672所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2672具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2682所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2682具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2692所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2692具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。在一个具体实施例中，本发明涉及一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2702所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2702具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链包括如SEQ ID NO:2712所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2712具有至少70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2202所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2212所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ IDNO:2222所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2232所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2242所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ IDNO:2252所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2262所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2272所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2282所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2292所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2302所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2312所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2322所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2332所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2342所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ IDNO:2352所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2362所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2372所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2382所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2392所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2402所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2412所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2422所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2432所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2442所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ IDNO:2452所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2462所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2472所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2482所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2492所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2502所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2512所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2522所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2532所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2542所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ IDNO:2552所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2562所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2572所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2582所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2592所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2602所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2612所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2622所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2632所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2642所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ IDNO:2652所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2662所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2672所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2682所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2692所示的氨基酸序列。在某些实施例中，所述重链包括如SEQ ID NO:2702所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2712所示的氨基酸序列。

在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2202。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2212。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2222。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2232。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2242。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2252。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2262。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2272。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ IDNO:2282。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2292。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2302。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2312。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2322。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2332。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2342。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2352。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2362。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ IDNO:2372。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2382。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2392。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2402。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2412。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2422。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2432。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2442。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2452。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ IDNO:2462。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQID NO:2482。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2492。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2502。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2512。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2522。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2532。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2542。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2552。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2562。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ IDNO:2572。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2582。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2592。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括2602。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2612。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2622。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2632。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2642。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2652。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2662。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2672。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2682。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2692。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2702。在一些实施例中，所述组合物或药物组合物不含氨基酸序列，所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:2712。

在一个实施例中，所述抗体或其抗原结合片段选自由Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、结构域抗体和单链抗体组成的群组。在另一个实施例中，所述抗体或其抗原结合片段分类为同型，所述同型选自由IgG、IgM、IgD、IgA和IgE组成的群组。

在另一个方面中，一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段与前述方面或实施例中任一项所述的抗体或其抗原结合部分竞争。

在一个实施例中，所述抗体或其抗原结合部分受到人源化。

在一个实施例中，所述抗体或其抗原结合片段包括本文方面或实施例中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，和药学上可接受的载体。在一个实施例中，所述药物组合物受到冻干。

在一个实施例中，本发明的特征在于一种分离的核酸，所述分离的核酸编码本文所述方面和实施例中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。在一个实施例中，一种载体包括所述核酸。在另一个实施例中，一种宿主细胞包括所述载体。在另一个实施例中，所述宿主细胞是原核细胞或真核细胞。在另一个实施例中，所述真核细胞是原生质细胞、动物细胞、植物细胞、真菌细胞、酵母细胞、哺乳动物细胞、禽细胞或昆虫细胞。在另一个实施例中，所述哺乳动物细胞是CHO细胞或COS细胞。

附图说明

图1(A-G)示出了用于基于来自TCGA数据库的RNAseq数据来估算和过滤免疫球蛋白序列的计算框架。图1A是从TCGA队列和肺癌冷冻组织中重排序列进行检测和选择的示意图，用于策划的扩展和实验验证。图1B是示出不同肿瘤样品中比对的免疫球蛋白读数的数量(左)和克隆型计数(右)的视图。图1C是示出不同肿瘤类型中的CDR3序列克隆性的视图。图1D是示出TCGA LUAD队列中所有样品中比对的免疫球蛋白转录本与总RNAseq读数之比的分布图。样品(TCGA-L9-A444-01A)具有最高的免疫球蛋白转录本并标记为红色，且选择作进一步研究。图1E是示出来自最丰富的样品(TCGA-L9-A444-01A)的所有免疫球蛋白排列克隆型的克隆分数值的分布图。箭头指示的红点表示基于高丰度和高比对得分而选择用于概念验证研究的克隆型。图1F是示出了带有注释信息和基因用法的选定序列的表格，用于进一步扩展分析和实验验证。图1G是示出通过瞬时转染表达基于来自3条重链和6条轻链的随机配对的重组抗体的表达图。

图2(A和B)示出了免疫荧光实验的结果，该结果表明从LUAD患者的CDR3序列重建的重组抗体与无关的LUSC和LUAD组织发生交叉反应。图2A示出了基于CDR3的抗体对无关的LUSC和LUAD组织的反应性。LUSC(样品427)由H1L7、H2L5、H2L6、H2L7、H2L8和H2L9识别，而LUAD(样品429)由H1L5、H1L7、H1L9、H2L5、H2L6、H2L7、H2L8、H2L9和H3L9识别。图2B示出了与2/2LUAD组织和3/3LUSC组织结合的H2L5和H2L7。其中包括对小鼠IgG2a k的同型控制。

图3(A到D)示出了免疫荧光实验的结果，该结果表明H2L7结合多种恶性组织，但显示出与正常组织的有限结合。图3A示出了H2L7与正常的组织之间具有有限的结合性。尽管观察到针对正常腮腺、正常胰腺组织、正常睾丸组织、正常淋巴结组织和正常脾脏组织的一些非细胞表面结合，但H2L7对大多数正常组织没有反应。图3B示出了H2L7对多种恶性组织显示出广泛的交叉反应性，包括结肠腺癌、食道腺癌、胃腺癌、卵巢腺癌、软组织巨细胞瘤、肝肝细胞癌、乳腺浸润性导管癌、皮肤鳞状细胞癌、睾丸精原细胞瘤、LUAD和LUSC。图3C示出了选择性图像，该图像描述了H2L7与肺鳞状细胞癌结合，但与正常的邻近组织(NAT)没有结合。图3D是示出H2L7与16/16肺鳞状细胞癌和4/16NAT结合的视图。D中的P值通过费舍尔精确检验来计算。

图4(A到C)示出了衍生自LUAD(样品463)的靶基因组序列的重组抗体，而LUSC(样品427)显示了有限的交叉反应性。图4A是示出了带有注释信息和基因用法的选定序列的表格，用于进一步扩展分析和实验验证。图4B是示出通过瞬时转染表达来自LUAD和LUSC样品的重链和轻链的重组抗体的视图。图4C示出了免疫荧光研究的结果，其中衍生自LUAD样品463的H5L12识别了2/2LUAD组织，而衍生自LUSC样品427的H6L13则显示出与其来源的LUSC组织的非常特异性的结合。

图5示出了通过随机配对3条重链和6条轻链与LUSC和LUAD组织结合而产生的13种重组抗体的抗体库。其中包括对小鼠IgG2a k的同型控制来作为对照。

具体实施方式

产生用于癌症治疗的特异性抗体是一项主要工作，涉及抗原鉴定、免疫、杂交瘤生产以及大多数情况下的抗体人源化的漫长过程。不同于常规方法，本发明公开内容描述了通过从转录组和基因组序列从头组装而直接从人癌组织中快速大规模鉴定癌症特异性抗体。本文所述的平台大大减少了开发人类抗癌抗体时存在的障碍，并为使用患者衍生的肿瘤反应性单克隆抗体进行癌症治疗奠定了基础。

根据本文提供的详细描述，本公开内容的其他应用领域将变得显而易见。应了解，尽管详细描述和具体示例指示了本公开的优选实施例，但是它们仅旨在用于说明的目的，并不旨在限制本公开的范围。

I.定义

除非本文另有定义，否则与本公开内容结合使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。术语的含义和范围应该清楚，但是在任何潜在歧义的情况下，本文提供的定义优先于任何词典或外部定义。此外，除非上下文另有要求，否则单数术语应包括复数，复数术语应包括单数。在本发明申请中，除非另有说明，否则“或”的使用表示“和/或”。此外，术语“包括”以及其他形式(比如“包括”和“被包括”)的使用是非限制性的。同样，诸如“元素”或“组分”之类的术语包括包括一个单元的元素和组分以及包括一个以上亚单元的元素和组分，除非另有特别说明。

通常，本文描述的与细胞和组织培养、分子生物学、免疫学、微生物学、遗传学以及蛋白质和核酸化学以及杂交相关的命名法和技术是本领域众所周知的和常用的。除非另外指出，否则本发明公开的方法和技术通常根据本领域公知的常规方法来执行，并且如本说明书通篇所引用和讨论的各种一般性和更具体的参考文献中所述。酶促反应和纯化技术根据制造商的说明书进行，如本领域通常完成的或如本文所述的。本文描述的与分析化学、合成有机化学以及药物和药物化学结合使用的命名法以及实验室程序和技术是本领域众所周知的和常用的。标准技术用于化学合成、化学分析、药物制备、配制、递送和患者治疗。

贯穿全文，范围用作描述范围内每个值的简写。范围内的任何值都可以选择为范围的终点值。另外，本文引用的参考文献通过引用整体并入本文。在本公开中的定义与所引用的参考文献中的定义发生冲突的情况下，以本发明公开为准。

为了使本公开更容易理解，下面定义了选择术语。

冠词“一”和“一个”在本文中用于指代该冠词的语法对象中的一个或多个(即，至少一个)。举例来说，“一个元素”是指一个元素或一个以上元素，例如多个元素。

术语“包括”在本文中用来表示短语“包括但不限于”或“包括但不限于”并与它们互换使用。

除非上下文另外明确指出，否则术语“或”在本文中用于表示术语“和/或”并与其互换使用。例如，具有修饰的氨基酸的氨基酸序列应理解为包括具有修饰的侧链的氨基酸、具有修饰的主链的氨基酸以及具有修饰的侧链和修饰的主链的氨基酸的选择。

本文使用的术语“约”是指在本领域的典型公差范围内。例如，“约”可以理解为与平均值的大约2个标准差。根据某些实施例，“约”意味着±10％、±9％、±8％、±7％、±6％、±5％、±4％、±3％、±2％、±1％、±0.9％、±0.8％、±0.7％、±0.6％、±0.5％、0.4％、0.3％、±0.2％、+0.1％或+0.05％。根据某些实施例，“约”意味着±5％。当在一系列数字或范围之前存在“约”时，应理解“约”可以修饰该系列或范围中的每个数字。

在多个或一系列数字(例如，“至少两个”)之前的术语“至少”应理解为包括与术语“至少”相邻的数字，以及根据上下文可知道所有随后的逻辑上可以包括的数字或整数。当在一系列数字或范围之前存在“至少”时，应理解“至少”可以修饰该系列或范围中的每个数字。

本文使用的“多达10”中的“多达”可理解为多达并包括10，即0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。

本文提供的范围应理解为包括所有单个整数值和该范围内的所有子范围。

如本文所用的术语“多肽”是指氨基酸的任何聚合物链。术语“肽”和“蛋白质”与术语多肽可互换使用，并且还指氨基酸的聚合物链。术语“多肽”涵盖天然或人工蛋白质、蛋白质片段和蛋白质序列的多肽类似物。多肽可以是单体的或聚合的。

术语“分离的蛋白质”或“分离的多肽”是一种由于来源或来源与天然状态下与伴随其的天然成分无关的蛋白质或多肽，其基本上不含相同物种的其他蛋白质、由不同物种的细胞表达或自然界中不存在。因此，化学合成或在不同于其天然来源细胞的细胞系统中合成的多肽将与其天然相关成分“分离”。使用本领域众所周知的蛋白质纯化技术，也可通过分离使蛋白质基本不含天然相关成分。分离的多肽的一个示例是分离的抗体或其抗原结合部分。

如本文所用的术语“回收”是指通过分离(例如使用本领域众所周知的蛋白质纯化技术)使化学物质例如多肽基本上不含天然缔合组分的过程。

本文所用的术语“特异性结合”或“特异性结合”是指抗体、蛋白质或肽与第二种化学物质的相互作用，意味着相互作用取决于化学物种上特定结构(例如抗原决定簇或表位)的存在；例如，抗体识别并结合特定的蛋白质结构，而不是一般的蛋白质。如果抗体对表位“A”具有特异性，则在包含标记“A”和抗体的反应中存在包含表位A(或游离、未标记的A)的分子将减少与抗体结合的标记A的量。

如本文所用的术语“抗体”广泛地是指由四个多肽链、两个重(H)链和两个轻(L)链或任何功能性片段、突变体、变体或衍生物(保留了Ig分子的基本表位结合特征)组成的任何免疫球蛋白(Ig)分子。这样的突变体、变体或衍生抗体形式是本领域已知的。其非限制性实施例将在下面进行讨论。

在全长抗体中，每条重链由重链可变区(本文缩写为HCVR或VH)和重链恒定区组成。该重链恒定区由三个结构域CH1、CH2和CH3组成。每条轻链由轻链可变区(本文缩写为LCVR或VL)和轻链恒定区组成。该轻链恒定区由一个结构域CL组成。该VH和VL区可进一步细分为高变区，称为互补决定区(CDR)，其间散布着更为保守的区域，称之为框架区(FR)。每个VH和VL由三个CDR和四个FR组成，这些从氨基端到羧基端按以下顺序排列：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。免疫球蛋白分子可以是任何类型(例如IgG、IgE、IgM、IgD、IgA和IgY)、任何类别(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)或任何亚类。

本文使用的抗体的术语“抗原结合部分”或“抗原结合片段”(或简称为“抗体部分”或“抗体片段”)是指保留特异性结合抗原的能力的抗体的一个或多个片段。已表明抗体的抗原结合功能可通过全长抗体的片段来执行。此类抗体的实施例也可以是双特异性、双重特异性或多特异性形式；即与两种或多种不同抗原特异性结合。抗体的术语“抗原结合部分”或“抗原结合片段”中涵盖的结合片段的示例包括：(i)Fab片段，其由VL、VH、CL和CH1结构域组成的单价片段；(ii)F(ab')₂片段，是包含两个通过铰链区的二硫键连接的Fab片段的二价片段；(iii)由VH和CH1结构域组成的Fd片段；(iv)由抗体单臂的VL和VH结构域组成的Fv片段；(v)dAb片段(Ward等人，(1989)Nature 341:544-546和Winter等人，PCTpublication WO 90/05144A1，这些均并入本文作为参考)，其包括单个可变域；以及(vi)分离的互补决定区(CDR)。此外，尽管Fv片段的两个结构域VL和VH由单独的基因编码，但可以使用重组方法来通过合成接头将它们连接起来，从而使它们可以制成单个蛋白质链，在该单个蛋白质链中VL和VH区配对形成单价分子(已知作为单链Fv(scFv)，例如，参见Bird等人，(1988)Science 242:423-426；以及Huston等人，(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-5883)。这样的单链抗体也意图包含在抗体的术语“抗原结合部分”或“抗原结合片段”之内。也包括其他形式的单链抗体，例如双抗体。双抗体是二价双特异性抗体，其中VH和VL结构域在一条多肽链上表达，但使用的链接器太短，无法在同一链上的两个域之间进行配对，从而迫使这些结构域与另一条链的互补结构域配对，并产生两个抗原结合位点(例如，参见Holliger,P.等人,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448；Poljak,R.J.等人，(1994)Structure 2:1121-1123)。此类抗体结合部分在本领域已知(Kontermann和Dubel eds.，Antibody Engineering(2001)Springer-Verlag.New York.790pp.(ISBN 3-540-41354-5)。

如本文所用，术语“抗体构建体”是指包括一个或多个与接头多肽或免疫球蛋白恒定域连接的本发明的抗原结合部分的多肽。接头多肽包括通过肽键连接的两个或多个氨基酸残基，并用于连接一个或多个抗原结合部分。此类接头多肽在本领域中已知(例如，参见，Holliger,P.等人，(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448；Poljak,R.J.等人，(1994)Structure 2:1121-1123)。免疫球蛋白恒定域是指重链或轻链恒定域。人IgG重链和轻链恒定结构域氨基酸序列是本领域已知的并在下面表示。

如本文所用，“分离的抗体”旨在指基本上不含具有不同抗原特异性的其他抗体的抗体。分离的抗体可能与来自其他物种的其他抗原具有交叉反应性。另外，分离的抗体可基本上不含其他细胞物质和/或化学物质。

术语“嵌合抗体”是指包括一种物种的重链和轻链可变区序列和另一种物种的恒定区序列的抗体，比如，具有与人恒定区连接的鼠重链和轻链的可变区抗体。

术语“CDR嫁接的抗体”是指包括来自一个物种的重链和轻链可变区序列，但是其中VH和/或VL的一个或多个CDR区的序列被另一物种的CDR序列取代的抗体，比如，具有鼠重链和轻链可变区的抗体，其中一个或多个鼠CDR(例如CDR3)已被人CDR序列取代。

术语“Kabat编号”、“Kabat定义和”Kabat标记”在本文可互换使用。这些在本领域中已知晓的术语是指对氨基酸残基进行编号的系统，该氨基酸残基比抗体或其抗原结合部分的重链和轻链可变区中的其他氨基酸残基更易变(即，高变)(Kabat等人，(1971)Ann.NYAcad,Sci.190:382-391和Kabat,E.A.等人(1991)Sequences of Proteins ofImmunological Interest,Fifth Edition，美国卫生与公共服务部，NIH出版号91-3242)。对于重链可变区，高变区的范围为CDR1的氨基酸位置31至35、CDR2的氨基酸位置50至65和CDR3的氨基酸位置95至102。对于轻链可变区，高变区的范围为CDR1的氨基酸位置24至34、CDR2的氨基酸位置50至56和CDR3的氨基酸位置89至97。

如本文所用的术语“受体”和“受体抗体”是指提供或编码一个或多个框架区的至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％或100％的氨基酸序列的抗体或核酸序列。在一些实施例中，术语“受体”是指提供或编码恒定区的抗体氨基酸或核酸序列。在另一些实施例中，术语“受体”是指提供或编码一个或多个框架区和一个或多个恒定区的抗体氨基酸或核酸序列。在一个具体实施例中，术语“受体”是指提供或编码一个或多个框架区的至少80％的氨基酸序列的人抗体氨基酸或核酸序列，优选至少85％、至少90％、至少95％、至少98％或100％。根据本实施例，受体可包含在人抗体的一个或多个特定位置不(不)出现的至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个或至少10个氨基酸残基。受体框架区和/或受体恒定区可以例如是从种系抗体基因、成熟的抗体基因、功能性抗体(例如，本领域众所周知的抗体、正在开发的抗体或可商购的抗体)衍生或获得的。

如本文所用的术语“CDR”是指抗体可变序列内的互补决定区。重链和轻链的每个可变区中都有三个CDR，分别称为CDR1、CDR2和CDR3。如本文所用的术语“CDR组”是指存在于能够结合抗原的单个可变区中的三个CDR的组。这些CDR的确切边界已根据不同的系统进行了不同的定义。Kabat说明的该系统(Kabat等人，Sequences of Proteins ofImmunological Interest(National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1987)和(1991))不仅提供适用于抗体任何可变区的明确的残基编号系统，而且提供定义三个CDR的精确残基边界。这些CDR可称为Kabat CDRs。Chothia和其同事(Chothia等人，J.Mol.Biol.196:901-917(1987)和Chothia等人，Nature 342:877-883(1989))发现，尽管在氨基酸序列的水平上具有很大的多样性，但是Kabat CDR中的某些亚部分采用几乎相同的肽主链构象。这些子部分命名为L1、L2和L3或H1、H2和H3，其中“L”和“H”分别表示轻链和重链区域。这些区域可称为Chothia CDR，其具有与Kabat CDR重叠的边界。Padlan已描述了定义与Kabat CDR重叠的CDR的其他边界(FASEB J.9:133-139(1995))和MacCallum(J MolBiol 262(5):732-45(1996))。尽管可根据预测或实验发现可进行缩短或延长，即特定的残基或残基组，甚至整个CDR不会显着影响抗原结合，但还有其他CDR边界定义可能并不严格遵循上述系统之一，但仍会与Kabat CDR重叠。尽管优选的实施例使用Kabat或Chothia定义的CDR，但是本文使用的方法可以利用根据这些系统中的任何一个定义的CDR。

如本文所用的术语“规范”残基是指CDR或框架中定义特定规范CDR结构的残基，如Chothia等人在J.Mol.Biol.196:901-907(1987)；Chothia等人在J.Mol.Biol.227:799(1992)中所定义的那样，这些均并入本文作为参考。根据Chothia等人，尽管氨基酸序列水平差异很大，但许多抗体CDR的关键部分仍具有几乎相同的肽骨架确认。每个规范结构主要为形成环的氨基酸残基的连续片段指定一组肽主链扭转角。

如本文所用的术语“供体”和“供体抗体”是指提供一个或多个CDR的抗体。在一个优选实施例中，供体抗体是来自与获得或衍生框架区的抗体不同物种的抗体。在人源化抗体的背景中，术语“供体抗体”是指提供一个或多个CDR的非人抗体。

如本文所用的术语“框架”或“框架序列”是指可变区减去CDR的剩余序列。由于CDR序列的确切定义可通过不同的系统进行确定，因此框架序列的含义应相应地进行不同的解释。六个CDR(轻链的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3和重链的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3)也将轻链和重链上的框架区分为每条链上的四个子区域(FR1、FR2、FR3和FR4)，其中CDR1位于FR1和FR2之间，CDR2位于FR2和FR3之间，而CDR3位于FR3和FR4之间。在没有将特定的子区域指定为FR1、FR2、FR3或FR4的情况下，框架区域(如其他所指)代表单个天然存在的免疫球蛋白链的可变区内的组合的FR。如本文所用的FR代表四个子区域之一，且FR代表构成框架区的四个子区域中的两个或多个。

如本文所用的术语“片段”定义为生物分子的一级结构的物理连续部分。在一些实施例中，生物分子是抗体或与抗体识别的抗原结合的多肽序列。对于抗体或多肽，片段可由蛋白质氨基酸序列的连续部分定义，且可以是至少3至5个氨基酸、至少6至10个氨基酸、至少11至15个氨基酸、至少16至24个氨基酸、至少25至30个氨基酸、至少30至45个氨基酸以及多达蛋白质的全长减去几个氨基酸的长度。对于多核苷酸，片段由多核苷酸核酸序列的连续部分定义，且可以是至少9至15个核苷酸、至少15至30个核苷酸、至少31至45个核苷酸、至少46至74个核苷酸、至少75至90个核苷酸以及至少90至130个核苷酸。在一些实施例中，生物分子的片段是免疫原性片段。

在一些实施例中，术语“功能片段”是指多肽或氨基酸序列中具有足以保留至少部分与该片段所基于的野生型多肽或氨基酸序列相似或基本相似的生物学功能的足够长度的任何部分。如果该片段是抗体或抗体样分子的功能片段，则该片段可以是免疫原性的，因此具有对一种或多种抗原的结合亲和力。在一些实施例中，与细胞外基质相关的多肽的功能性片段是一种多肽，该多肽与表1公开的任何多肽具有80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性，并具有足够长的长度以保持对与表1至表17(包括表2至表16)的氨基酸序列结合的一种或多种配体的至少部分结合亲和力。在一些实施例中，该片段是表1中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约10、约20、约30、约40、约50、约60、约70、约80、约90或约100个连续氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约50个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约100个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约150个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约200个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约250个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约300个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约350个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约400个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约450个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约500个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约550个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约600个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约650个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约700个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何多肽的片段，并具有至少约750个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约800个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约850个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约900个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约950个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约1000个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，并具有至少约1050个氨基酸的长度。在一些实施例中，该片段是表1至17中公开的任何氨基酸序列的片段，且其长度不超过本段所述氨基酸的上述替代数目。在一些实施例中，本发明的组合物或药物组合物包括表A中公开的任何一种或多种保守取代。

人重链和轻链受体序列是本领域已知的。在本发明的一个实施例中，人重链和轻链受体序列选自下表中描述的序列。

重链受体序列

轻链受体序列

如本文所用的术语“生殖系抗体基因”或“基因片段”是指由未经历成熟过程的非淋巴样细胞编码的免疫球蛋白序列，该成熟过程导致基因重排和突变以表达特定免疫球蛋白。(参见，例如，Shapiro等人，Crit.Rev.Immunol.22(3):183-200(2002)；Marchalonis等人，Adv Exp Med Biol.484:13-30(2001))。

如本文所用的术语“过度增殖性疾病”是指以细胞或在其生长周期中表现出功能障碍的细胞过度增殖为特征的那些疾病和失调。在一些实施例中，过度增殖性疾病是发育不良或癌症。术语“过度增殖性疾病”是指指一种疾病，该疾病的特征在于任何生物体中的异常增殖、异常生长、异常衰老、异常静止或异常去除细胞，且该疾病包括增生、瘤形成、癌症、纤维增生性疾病(比如，涉及结缔组织以及其他以纤维化为特征的疾病，包括风湿性关节炎、胰岛素依赖型糖尿病、肾小球肾炎、肝硬化和硬皮病)、平滑肌增生疾病(例如动脉粥样硬化和再狭窄)、慢性炎症和上皮细胞增生性疾病(例如，银屑病；角化病；粉刺；致粉刺性病变；疣状病变，例如扁平疣、足底疣、尖锐湿疣和其他以上皮细胞增殖为特征的疣状病变；毛囊炎和假性毛囊炎；角棘皮瘤老茧；达里尔氏病；鱼鳞病；扁平苔藓；传染性软体动物；黄褐斑；霉病；以及瘢痕或肥厚性疤痕)。在一些实施例中，过度增殖性疾病是源自胃肠道或泌尿系统的癌症。在一些实施例中，过度增殖性疾病是肾上腺、膀胱、骨骼、骨髓、大脑、脊柱、乳房、子宫颈、胆囊、神经节、胃肠道、胃、结肠、心脏、肾脏、肝脏、肺、肌肉、卵巢、胰腺、甲状旁腺、阴茎、前列腺、唾液腺、皮肤、脾脏、睾丸、胸腺、甲状腺或子宫的癌症。在一些实施例中，术语“过度增殖性疾病”是选自以下的癌症：肺癌、骨癌、CMML、胰腺癌、皮肤癌、头颈癌、皮肤或眼内黑色素瘤、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门区域癌、胃癌、结肠癌、乳腺癌、睾丸癌、妇科肿瘤(例如，子宫肉瘤、输卵管癌、子宫内膜癌、子宫颈癌、阴道癌或外阴癌)、霍奇金病、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌(例如，甲状腺、甲状旁腺或肾上腺癌)、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、前列腺癌、慢性或急性白血病、儿童实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾癌或输尿管癌(例如，肾细胞癌、肾盂癌)、或中枢神经系统肿瘤(例如原发性中枢神经系统淋巴瘤、脊髓轴肿瘤、脑干神经胶质瘤或垂体腺瘤)。在一些实施例中，过度增殖性疾病是多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌或皮肤癌。

如本文所用的术语“过度增殖相关蛋白”是指与过度增殖性疾病相关的蛋白。在一些实施例中，过度增殖相关蛋白是在细胞上表达的具有异常功能的生长周期的抗原。在一些实施例中，具有功能失调的生长周期的细胞是癌性的。在一些实施例中，过度增殖相关蛋白是一种在过度增殖细胞上表达的抗原，其含量高于正常细胞。在一些实施例中，过度增殖相关蛋白是一种在过度增殖细胞上表达但在正常细胞上不存在的抗原。在一些实施例中，过度增殖细胞是来自癌症患者样品的细胞。在一些实施例中，过度增殖细胞是来自癌性组织或固态肿瘤的细胞。在一些实施例中，癌症是

如本文所用的术语“关键”残基是指可变区内的某些残基，其对抗体特别是人源化抗体的结合特异性和/或亲和力具有更大的影响。关键残基包括但不限于以下一项或多项：与CDR相邻的残基、潜在的糖基化位点(可以是N-或O-糖基化位点)、稀有残基、能够与抗原相互作用的残基、能够与CDR相互作用的残基、规范残基、重链可变区和轻链可变区之间的接触残基、游标区中的残基、以及可变重链CDR1的Chothia定义与第一重链构架的Kabat定义重叠的区域中的残基。

如本文所用的术语“宿主细胞”旨在指已将外源DNA引入其中的细胞。应理解，这些术语不仅旨在指特定的对象细胞，而且还指此类细胞的后代。由于突变或环境影响，某些修饰可能在后代中发生，所以这种后代实际上可能与亲本细胞不同，但仍包括在本文所用的术语“宿主细胞”的范围内。优选地，宿主细胞包括选自任何活体门的原核和真核细胞。真核细胞包括原生细胞、真菌、植物和动物细胞。其他实施例包括细胞，但不限于原核细胞系大肠杆菌、哺乳动物细胞系CHO、HEK 293和COS、昆虫细胞系Sf9、以及真菌细胞酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。

标准技术可用于重组DNA、寡核苷酸合成以及组织培养和转化(例如，电穿孔、脂转染)。酶促反应和纯化技术可根据制造商的说明书进行，或如本领域通常完成的或如本文所述的。前述技术和程序通常可根据本领域公知的常规方法来执行，并且如本说明书通篇所引用和讨论的各种一般性和更具体的参考文献中所述。参见，例如，Sambrook等人，Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2d ed.,Cold Spring Harbor LaboratoryPress,Cold Spring Harbor,N.Y.(1989))，其整体并入本文作为参考。

如本文所用的术语“人源化抗体”是抗体或其变体、衍生物、类似物或其片段，这些抗体或其变体、衍生物、类似物或其片段免疫特异性结合感兴趣的抗原，并包括基本上具有人抗体的氨基酸序列的框架(FR)区和具有基本上非人抗体的氨基酸序列的互补决定区(CDR)。如本文所用，在CDR的上下文中，术语“基本上”是指其氨基酸序列与非人源抗体CDR具有至少80％、优选具有至少85％、至少90％、至少95％、至少98％或至少99％等同性的CDR。人源化抗体包括至少一个且通常是两个可变域(Fab、Fab'、F(ab')2、FabC，Fv)的基本上的全部，其中全部或基本上所有CDR区都对应于非人免疫球蛋白(即供体抗体)的那些，所有或基本上所有的框架区是人免疫球蛋白共有序列的那些。优选地，人源化抗体还包括免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分，通常是人免疫球蛋白的恒定区。在一些实施例中，人源化抗体既包含轻链又包含重链的可变结构域。该抗体还可包括重链的CH1、铰链、CH2、CH3和CH4区域。在一些实施例中，人源化抗体仅包含人源化轻链。在一些实施例中，人源化抗体仅包含人源化重链。在具体实施例中，人源化抗体仅包含轻链的人源化可变域和/或人源化重链。

人源化抗体可选自任何种类的免疫球蛋白以及任何同型，该免疫球蛋白包括IgM、IgG、IgD、IgA和IgE，该同型包括但不限于IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。人源化抗体可包括来自一种以上类型或同种型的序列，并可使用本领域众所周知的技术选择特定的恒定域以优化所需的效应子功能。

人源化抗体的框架区和CDR区不必精确对应于亲本序列，例如，可通过取代、插入和/或缺失至少一个氨基酸残基来诱变供体抗体CDR或共有框架，从而该位点的CDR或框架残基既不与供体抗体也不相同。在一个优选实施例中，但是，此类突变不会广泛存在。通常，至少80％、优选至少85％、更优选至少90％、最优选至少95％的人源化抗体残基将对应于亲本FR和CDR序列的残基。如本文所用的术语“共有框架”是指共有免疫球蛋白序列中的框架区域。如本文所用的术语“共有免疫球蛋白序列”是指由相关免疫球蛋白序列家族中最频繁出现的氨基酸(或核苷酸)形成的序列(例如，参见Winnaker,From Genes to Clones(Verlagsgesellschaft,Weinheim,Germany 1987))。在免疫球蛋白家族中，共有序列中的每个位置都被家族中该位置最频繁出现的氨基酸占据。如果两个氨基酸均等地出现，则任何一个都可包括在共有序列中。

如本文所用的“游标”区是指框架残基的子集，其可调节CDR结构并微调与抗原的适合度，如Foote and Winter，1992,J.Mol.Biol.224:487-499中所定义的那样，这些均并入本文作为参考。游标区残基形成CDR下方的一层，并可能影响CDR的结构和抗体的亲和力。

术语“表位”包括能够特异性结合抗体或其抗原结合部分的任何多肽决定簇。在某些实施例中，表位决定簇包括分子的化学活性表面基团(比如，氨基酸、糖侧链、磷酰基或磺酰基)，并在某些实施例中可具有特定的三维结构特征和/或特定的电荷特征。在各个实施例中，表位可以是抗原一级结构的线性或顺序表位，即氨基酸的线性序列。替代地，在其他实施例中，当抗原呈现其二级结构时，表位可以是具有特定三维形状的构象表位。例如，构象表位可包括抗原的非线性即非序列氨基酸。

在一个特定实施例中，表位是由抗体或其抗原结合部分结合的抗原区域。在某些实施例中，当抗体或其抗原结合部分优先识别蛋白质和/或大分子的复杂混合物中的靶抗原时，该抗体或其抗原结合部分则被认为与抗原特异性结合。

如本文所用的术语“人抗体”旨在包括具有源自人种系免疫球蛋白序列的可变区和恒定区的抗体。本发明的人抗体可包括未由人种系免疫球蛋白序列编码的氨基酸残基(例如，体外随机或定点诱变或体内体细胞突变引入的突变)，例如，在CDR中，特定地在CDR3中。然而，如本文所用的术语“人抗体”不意图包括其中衍生自另一哺乳动物物种例如小鼠的种系的CDR序列已嫁接到人框架序列上的抗体。

如本文所用的术语“重组人抗体”旨在包括通过重组方式制备、表达、产生或分离的所有人抗体，比如使用转染到宿主细胞中的重组表达载体表达的抗体(在下面的第II C节中进一步描述)、从重组的组合人抗体库中分离的抗体(Hoogenboom H.R.,(1997)TIBTech.15:62-70；Azzazy H.,and Highsmith W.E.,(2002)Clin.Biochem.35:425-445；Gavilondo J.V.和Larrick J.W.(2002)BioTechniques 29:128-145；Hoogenboom H.和Chames P.(2000)Immunology Today 21:371-378)、从人类免疫球蛋白基因转基因的动物(例如小鼠)中分离的抗体(例如，参见Taylor,L.D.等人(1992)Nucl.Acids Res.20:6287-6295；Kellermann S-A.和Green L.L.(2002)Current Opinion in Biotechnology 13:593-597；Little M.等人(2000)Immunology Today 21:364-370)或通过涉及将人免疫球蛋白基因序列剪接至其他DNA序列的任何其他方式制备、表达、产生或分离的抗体。该重组人抗体具有衍生自人种系免疫球蛋白序列的可变区和恒定区。然而，在某些实施例中，此类重组人抗体进行体外诱变(或，如果使用针对人Ig序列转基因的动物，则进行体内体细胞诱变)，因而重组抗体的VH和VL区的氨基酸序列是这样的序列，尽管这些序列衍生自人种系VH和VL序列并与之相关，但在体内人抗体种系库中可能不自然存在。

如本文所用的术语“晶体”和“结晶的”是指以晶体形式存在的抗体或其抗原结合部分。晶体是物质固态的一种形式，它不同于诸如非晶态固态或液晶态的其他形式。晶体由原子、离子、分子(例如蛋白质，如抗体)或分子组装体(例如，抗原/抗体复合物)的规则的、重复的三维阵列组成。这些三维数组是根据本领域众所周知的特定数学关系排列的。在晶体中重复的基本单位或结构单元称为不对称单元。在符合给定的、明确定义的晶体对称性的排列中重复不对称单元提供了晶体的“晶胞”。通过在所有三个维度上进行规则平移来重复晶胞，即可得到晶体。参见Giege,R.和Ducruix,A.Barrett的Crystallization ofNucleic Acids and Proteins,a Practical Approach,2nd ea.,pp.20 1-16,OxfordUniversity Press,New York,New York,(1999).”

本文所用的术语“多核苷酸”是指两个或多个核苷酸的聚合形式，即核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸或任一类型核苷酸的修饰形式。该术语包括DNA的单链和双链形式，但是优选是双链DNA。

本文所用的术语“分离的多核苷酸”是指由于其起源而产生的“分离的多核苷酸”的多核苷酸(例如，基因组、cDNA或合成来源或其某种组合)：其与在自然界中发现“分离的多核苷酸”的多核苷酸的全部或部分不相关；其与天然未连接的多核苷酸有效连接；其或本质上不作为较大序列的一部分出现。

如本文所用的术语“载体”旨在指能够转运已与其连接的另一核酸的核酸分子。载体的一种类型是“质粒”，其是指环状双链DNA环，其中可连接另外的DNA区段。载体的另一种类型是病毒载体，其中可将另外的DNA区段连接到病毒基因组中。某些载体能够在引入它们的宿主细胞中自主复制(例如，具有细菌复制起点的细菌载体和游离型哺乳动物载体)。在导入宿主细胞后，可将其他载体(例如，非流行的哺乳动物载体)整合到宿主细胞的基因组中，从而与宿主基因组一起复制。此外，某些载体能够指导与其有效连接的基因的表达。此类载体在本文中称为“重组表达载体”(或简称为“表达载体”)。通常，在重组DNA技术中有用的表达载体通常是质粒形式。在本发明中，由于质粒是最常用的载体形势，所以“质粒”和“载体”可互换使用。然而，本发明旨在包括具有等效功能的其他形式的表达载体，例如病毒载体(例如复制缺陷型逆转录病毒、腺病毒和腺伴随病毒)。

术语“有效连接”是指并列，其中所描述的组分处于允许它们以其预期方式起作用的关系。以以下的方式连接与编码序列“有效连接”的控制序列，即通过在与控制序列相容的条件下实现编码序列的表达的方式。“有效连接”的序列包括与目的基因连续的表达控制序列和以反式或远距离作用来控制目的基因的表达控制序列。如本文所用的术语“表达控制序列”是指实现与它们连接的编码序列的表达和加工所必需的多核苷酸序列。表达控制序列包括：适当的转录起始、终止、启动子和增强子序列；有效的RNA处理信号，例如剪接和聚腺苷酸化信号；稳定细胞质mRNA的序列；增强翻译效率的序列(即Kozak共有序列)；增强蛋白质稳定性的序列；以及在需要时，增强蛋白质分泌的序列。这种控制序列的性质取决于宿主生物；在原核生物中，这种控制序列通常包括启动子、核糖体结合位点和转录终止序列；在真核生物中，通常，这种控制序列包括启动子和转录终止序列。术语“控制序列”旨在包括其存在对于表达和加工必不可少的组分，且还可包括其存在是有利的其他组分，例如前导序列和融合伴侣序列。可使用本领域已知的表达载体和宿主细胞来表达和纯化本公开的蛋白质构建体，其中包括表达盒、载体、重组宿主细胞和用于从单个开放阅读框重组表达重组蛋白和前蛋白的蛋白水解方法(例如，WO 2007/014162，该专利已整体并入本文作为参考)。

如本文所定义，“转化”是指外源DNA进入宿主细胞的任何过程。转化可使用本领域众所周知的各种方法在天然或人工条件下发生。转化可依赖于将外来核酸序列插入原核或真核宿主细胞中的任何已知方法。该方法基于被转化的宿主细胞来选择，并可包括但不限于病毒感染、电穿孔、脂转染和粒子轰击。这些“转化的”细胞包括稳定转化的细胞，其中插入的DNA能够作为自主复制质粒或作为宿主染色体的一部分来进行复制。它们还包括在有限的时间内瞬时表达插入的DNA或RNA的细胞。

如本文所用的术语“重组宿主细胞(或简称“宿主细胞”)”旨在指已将外源DNA引入其中的细胞。应理解，这些术语不仅旨在指特定的对象细胞，而且还指此类细胞的后代。由于突变或环境影响，某些修饰可能在后代中发生，所以这种后代实际上可能与亲本细胞不同，但仍包括在本文所用的术语“宿主细胞”的范围内。优选地，宿主细胞包括选自任何生命王国的原核和真核细胞。优选地，真核细胞包括原生细胞、真菌、植物和动物细胞。最优选地，宿主细胞包括但不限于原核细胞系大肠杆菌、哺乳动物细胞系CHO、HEK 293和COS、昆虫细胞系Sf9、以及真菌细胞酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。

术语“抑制”及其各种语法形式用于表示限制、阻断或限制某种生物学事件或作用的范围或程度。

术语“有效量”在本文中用于包括当施用于患者以治疗对象感染时(例如，通过减少、改善或维持现有疾病或疾病的一种或多种症状或其相关合并症)足以实现疾病治疗的试剂(例如多特异性抗体)的量。“有效量”可能因药物、给药方式、疾病及其严重程度以及病史、年龄、体重、家族史、遗传构成、病理过程的阶段、先前或伴随治疗的类型(如果有)以及待治疗患者的其他个体特征而异。有效量包括导致疾病或状况的指标在临床上适当改变或稳定的量。“有效量”是指本文所述的化合物、材料或组合物的有效达到特定生物学结果的量，例如但不限于本文公开、描述或例示的生物学结果。这样的结果可包括但不限于通过本领域合适的任何手段确定的与本文提及的任何疾病状态相关的症状的有效减轻。组合物的有效量可能取决于许多变量，其中包括但不限于物种、品种、大小、身高、体重、年龄、受试者的整体健康状况、制剂类型、方式或方式或给药方式、所治疗特定疾病的类型和/或严重程度或调节类似物与其受体缔合所诱导的分子途径的活性的需要性。合适的有效量可由本领域技术人员使用常规优化技术，以对从业者的熟练和知情判断以及对本领域技术人员显而易见的其他因素来常规确定。与由衍生抗体或突变体或变体的野生型或天然存在的多肽诱导的生物活性相比，本文所述的抗体或突变体或变体的有效剂量可提供部分或全部生物学活性。与将天然存在且经过充分加工的翻译蛋白施用于同一受试者时所观察到的正常影响相比，当置于溶液中时，本文所述的抗体或突变体或变体的治疗有效剂量可提供持续的生化或生物学影响和/或增加的抗降解性。

“免疫缀合物”是缀合至一个或多个异源分子的抗体或多特异性抗体，该异源分子包括但不限于细胞毒性剂。

如本文所用的术语“细胞毒性剂”是指抑制或阻止细胞功能和/或引起细胞死亡或破坏的物质。细胞毒性剂包括但不限于：放射性同位素；生长抑制剂；酶及其片段，例如溶核酶；抗生素；毒素，例如细菌、真菌、植物或动物来源的小分子毒素或酶活性毒素，其中包括其片段和/或变体。

如本文使用的术语“施用”意味着给予或施加。如本文所用的术语“施用”包括体内施用。

术语“接头”是指将一种肽与另一种肽的化学部分，例如将一种抗体与另一种抗体连接的化学部分。接头也可用于将抗体连接至标记或固体底物。接头可包括氨基酸。接头可以是直链或支链、饱和或不饱和碳链。它们还可在链内包括一个或多个杂原子。

术语“富集”是指数量增加或具有增加数量的核酸序列(例如RNA序列)的转录组部分的鉴定过程。在一些实施例中，该术语是相对于样品的转录组中Ig样序列或CDR3序列(与其同源的序列)的数目。在一些实施例中，该术语用于修饰样品的转录组或基因组脱氧核糖核酸(DNA)中Ig样序列或CDR3序列(与其同源的序列)的数量，并对应于基因组DNA或编码Ig样序列或CDR3序列的转录仪中的核酸序列的丰度。

术语“药物组合物”是指一种制剂，该制剂的形式为允许其中包含的活性成分的生物活性有效，并不含对组合物给药对象具有不可接受的毒性的其他组分。本发明的药物组合物可通过本领域已知的多种方法施用。本领域技术人员应了解，施用途径和/或方式将根据所需结果而变化。为了通过某些施用途径来施用根据本发明的抗体，可能有必要用防止其失活的材料包被抗体或与抗体共同施用该抗体。例如，抗体可在合适的载体例如脂质体或稀释剂中施用于受试者。药学上可接受的稀释剂包括盐水和缓冲水溶液。

“药学上可接受的载体”是指药物制剂中除活性成分以外对受试者无毒的成分。药学上可接受的载体包括生理上相容的任何和所有溶剂、分散介质、包衣、抗菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。在一个优选实施例中，载体适于静脉内、肌肉内、皮下、肠胃外、脊柱或表皮施用(例如通过注射或输注)。

根据本发明的药物组合物还可包含佐剂，例如防腐剂、湿润剂、乳化剂和分散剂。可通过上述灭菌程序以及通过包含各种抗菌和抗真菌剂(例如对羟基苯甲酸酯，氯丁醇，苯酚，山梨酸等)来确保防止微生物的存在。还可能需要在组合物中包括等渗剂，例如糖、氯化钠等。另外，可通过包含延迟吸收的试剂如单硬脂酸铝和明胶来延长可注射药物形式的吸收。

在整个说明书中使用术语“受试者”来描述动物，所述动物包括一种或多种包含本文公开的一种或多种抗体的组合物。在一些实施例中，所述动物是人。为了诊断特定于诸如人类的特定对象的状况，术语“患者”可互换使用。在本发明的说明的一些情况下，术语“患者”将指患有特定疾病或紊乱的人类患者。在一些实施例中，该受试者可以是被怀疑患有癌症或被鉴定为患有癌症风险的人。在一些实施例中，该受试者被怀疑患有癌症或已经被诊断出患有癌症。在一些实施例中，该受试者可以是被怀疑患有癌症或被鉴定为患有癌症风险或过度增殖性疾病的人。在一些实施例中，该受试者可以是哺乳动物。在一些实施例中，该受试者可以是非人动物。术语“哺乳动物”包括人类和非人类，并包括但不限于人类、非人类灵长类、犬科动物、猫科动物、鼠类、牛、马和猪类；在本文中，用于指动物，比如哺乳动物，包括灵长类动物(例如人、非人类灵长类动物(例如猴子和黑猩猩))、非灵长类动物(例如牛、猪、骆驼、美洲驼、马、山羊、兔子、绵羊、仓鼠、豚鼠、猫、狗、大鼠、小鼠、马和鲸鱼)或鸟(例如鸭或鹅)。在一个实施例中，该受试者是人，比如经过治疗或评估过度增殖性疾病的人或患有HIV感染的将从本发明所述的多特异性抗体中受益的人。在一些实施例中，该受试者是有此需要的受试者，这意味着该受试者需要所施用的治疗。

术语“盐”是指与无机和/或有机酸形成的酸性盐，以及与无机和/或有机碱形成的碱性盐。这些酸和碱的实例是本领域普通技术人员众所周知的。这类酸加成盐通常是药学上可接受的，尽管非药学上可接受的酸的盐可用于制备和纯化所讨论的化合物。盐包括由盐酸、氢溴酸、硫酸、磷酸、柠檬酸、酒石酸、乳酸、丙酮酸、乙酸、琥珀酸、富马酸、马来酸、甲磺酸和苯磺酸形成的盐。在一些实施例中，包括抗体或抗体样分子的组合物的盐可通过使游离碱或其盐、对映异构体或外消旋物与一或多个当量的适当酸反应而形成。在一些实施例中，本发明的药学上可接受的盐是指包括至少一个碱性基团或至少一个碱性基团的衍生物或氨基酸序列。在一些实施例中，本发明公开的组合物的药学上可接受的盐包括形成酸加成盐的游离氨基、游离胍基、吡嗪基或吡啶基。在一些实施例中，本发明的药学上可接受的盐指修饰的氨基酸，该修饰的氨基酸是主题化合物与(例如)无机酸(比如盐酸，硫酸或磷酸)与合适的有机羧酸或磺酸的酸加成盐，例如脂肪族一元或二元羧酸(比如三氟乙酸、乙酸、丙酸、乙醇酸、琥珀酸、马来酸、富马酸、羟基马来酸、苹果酸、酒石酸、柠檬酸或草酸)或氨基酸(比如精氨酸或赖氨酸、芳香族羧酸(比如苯甲酸、2-苯氧基-苯甲酸、2-乙酰氧基苯甲酸、水杨酸、4-氨基水杨酸，芳族脂肪族羧酸(比如扁桃酸或肉桂酸、杂芳族羧酸(比如烟酸或异烟酸、脂族磺酸(比如甲烷-、乙烷-或2-羟基乙烷磺酸或芳族磺酸)))))，例如苯-、对甲苯-或萘-2-磺酸。当存在几个碱性基团时，可形成单酸或多元酸加成盐。反应可在盐不溶的溶剂或介质中或盐可溶的溶剂中进行(例如，水、二恶烷、乙醇、四氢呋喃或乙醚或溶剂混合物)，这些溶剂或介质可真空或冷冻干燥除去。该反应也可以是易位过程，或可以在离子交换树脂上进行。在一些实施例中，盐可以是患者生理上耐受的盐。可发现本发明的盐为无水形式或为水合结晶形式(即，用一个或多个水分子完成或结晶)。在一些实施例中，该组合物或药物组合物包含抗体、抗体样分子或其盐的结晶形式或冻干形式。

术语“治疗”包括消除、基本上抑制、减慢或逆转疾病、病症或失调的进展，实质上是减轻病症的临床或美学症状、实质上防止疾病、病症或失调的临床或美学症状的出现，并防止有害或令人讨厌的症状。如本文所用，术语“治疗”进一步指完成以下一项或多项过程：(a)降低疾病的严重程度；(b)限制所治疗疾病特征性症状的发展；(c)限制正在治疗的疾病特征性症状的恶化；(d)限制先前患有该疾病的患者中该疾病的复发；(e)限制以前有症状的患者的症状复发。

如本文所用的术语“效力”是指中和能力，即抗体或其片段的IC₅₀或IC₈₀。

人源化和灵长类化是指在三特异性融合抗体或形成三特异性融合抗体的三种抗体是非人抗体的情况下可将抗体“人源化”以降低对人受体的免疫原性。人源化非人抗体的方法已在本领域中描述。例如，参见Jones等人，Nature 321:522-525(1986)；Riechmann等人，Nature 332:323-327(1988)；Verhoeyen等人，Science 239:1534-1536(1988)以及美国专利号No.4,816,567。通常，将来自非人抗体可变域的残基“导入”人免疫球蛋白分子中，产生了其中人类抗体的一些高变区残基和可能的某些FR残基经过非人类抗体类似位点的残基取代的抗体。使非人类抗体人源化同时保持对抗原的高亲和力很重要。为此，通常可使用三维免疫球蛋白模型，并与亲本非人抗体相比，其适用于分析拟议的人源化序列。这样的分析允许鉴定可能与抗原的识别和结合有关的残基，并因此合理设计保留对抗原的特异性和亲和力的人源化序列。

在具体实施例中，三特异性融合抗体由本文公开的任何片段或抗体序列形成。

类似地，可以将“双特异性”或“三特异性”融合抗体或形成融合体的三种抗体“灵长类化”，以降低对另一种灵长类、非人受体如恒河猴受体的免疫原性。将来自供体抗体(例如非灵长类抗体或不同于受体灵长类的灵长类物种的抗体)的可变域的残基“导入”非人灵长类受体免疫球蛋白分子中，产生了其中非人类灵长类抗体的一些高变区残基和可能的一些FR残基经过供体抗体类似位点的残基取代的抗体。替代地，通过使用具有非灵长类序列或来自不同灵长类物种的序列的受体免疫球蛋白，将来自所需灵长类的Fc片段和/或残基(包括特别是构架区残基)引入受体免疫球蛋白中，以制备灵长类抗体以用于所需的灵长类物种。

“亲和力成熟”是指当抗体的一个或多个高变区残基可得到取代以选择通过使用例如利用噬菌体或酵母展示的亲和力成熟而相对于亲本抗体具有改善的生物学特性的变体时。例如，可基于可获得的结构信息在选定的几个位点突变抗癌抗原的Fab区，以在每个位点产生所有可能的氨基取代。由此产生的抗体变体以单价形式从噬菌体颗粒或酵母细胞表面展示。然后筛选所展示的变体的生物学活性(例如结合亲和力)。

在参考与启动子可操作地连接的基因时，本文使用的“有效连接”指的是两个成分的连接，使得基因的表达处于与其空间连接的启动子的控制之下。启动子可位于其控制下的基因的5'(上游)或3'(下游)。启动子与基因之间的距离可与该启动子与在其来源的基因中其控制的基因之间的距离大致相同。如本领域已知，可适应该距离的变化而不会丢失启动子功能。当涉及有效连接至蛋白质的信号肽时，该术语是指具有信号肽的蛋白质，该信号肽以其可充当信号肽的方式并入作为蛋白质的一部分。当涉及编码信号肽的编码序列时，其中该信号肽有效连接至编码蛋白质的编码序列，该术语“编码序列”是指这样排列的编码序列，使得编码序列的翻译产生一种蛋白质，该蛋白质具有可作为信号肽起作用的方式掺入该信号肽的一部分。

如本文所用的“保守的”氨基酸取代可如下面的表A、B或C中所定义。抗体、抗体样分子及其衍生物、突变体、变体和盐包括那些氨基酸序列，其中通过固态化学和/或编码本文公开的氨基酸序列的核酸的重组修饰已经引入了保守性取代。在一些实施例中，本发明的组合物和药物组合物包括1、2、3、4、5或更多个保守的氨基酸取代。氨基酸可根据物理性质以及对二级和三级蛋白质结构的贡献进行分类。保守性取代在本领域中被认为是一个氨基酸被具有相似特性的另一氨基酸取代。示例性的保守性取代如表A所示。

表A-保守性取代I

替代地，保守性氨基酸可根据Lehninger来分类(Biochemistry,Second Edition；Worth Publishers,Inc.NY,N.Y.(1975),pp.71-77)，如表B所示。

表B-保守性取代II

不带电-极性

替代地，示例性的保守性取代如表C所示。

表C-保守性取代III

应了解，本文公开的氨基酸旨在包括带有一个或多个氨基酸残基的插入、缺失或取代、截短或任意组合以及氨基酸残基的插入、缺失或取代以外的修饰的多肽。

如本文所用的术语“样品”是指如本文所述从目的来源获得或衍生的生物样品。在一些实施例中，感兴趣的来源包括生物，例如动物或人类。在一些实施例中，生物样品包括生物组织或流体。在一些实施例中，生物样品可以是或包括骨髓、血液、血细胞、腹水、组织或细针活检样本、含细胞的体液、游离的浮动核酸、痰、唾液、尿、脑脊液、腹膜液、胸水、屎、淋巴、妇科液、棉签、阴道拭子、口腔拭子、鼻拭子、洗涤或灌洗液(比如导管灌洗或支气管肺泡灌洗液)、吸出物、刮出物、骨髓标本、组织活检标本、手术标本、粪便、其他体液、分泌物和/或排泄物和/或由此产生的细胞等。在一些实施例中，生物样品是或包括体液。在一些实施例中，样品是通过任何适当方式直接从目标来源获得的“原始样品”。例如，在一些实施例中，原始生物样品是通过以下方法获得的：活检(例如细针穿刺或组织活检)、手术、体液收集(例如血液、淋巴液、粪便等)等。在一些实施例中，从上下文中可以清楚地看出，术语“样品”是指通过处理(例如，通过去除初级样品的一种或多种组分和/或通过向其添加一种或多种试剂)获得的制剂。例如，使用半透膜过滤。这样的“处理后的样品”可包括例如从样品中提取的核酸或蛋白质，或通过对原始样品进行技术(比如mRNA的扩增或逆转录、某些成分的分离和/或纯化等)处理而获得的核酸或蛋白质。在一些实施例中，本文公开的方法不包括经处理的样品。在一些实施例中，本文公开的方法包括：从水或其他环境表面获取样品、处理该样品以包括已知体积，以及将样品暴露于本文公开的抗体、抗体片段、系统或组合物中。

如本文所用的术语“转录组”是指被样品中的一个或多个细胞转录的核酸序列。在一些实施例中，该样品包括一个或多个过度增殖性细胞。

如本文所用的“全血”是指直接从受试者获得并且在操作之前未经过滤或添加剂处理的血液。在一些实施例中，该全血可包括抗凝剂。在一些实施例中，全血不含抗凝剂。

通过使用独立的可执行BLAST引擎程序爆炸两个序列(b12seq)来确定如本文使用的“序列统一性”，该两个序列可使用默认参数从国家生物技术信息中心(NCBI)ftp站点检索(Tatusova和Madden，FEMS Microbiol Lett.,1999,174,247-250；其已整体并入本文作为参考)。使用术语“同源”是指测得的“序列同一性”。在一些实施例中，如果一个实施例包括具有百分比序列同一性的核酸序列或氨基酸序列，则该术语是指所公开的核酸序列或氨基酸序列在其整个长度上与所公开的序列具有同源性。

术语“克隆性分数”是指在解决所述IgH值之后获得的数字溶液，该IgH值对应于来自样品或那些样品的那些核酸序列，无论样品是否是癌组织，这些样品均具有更广泛的B淋巴细胞克隆扩增。在一些实施例中，如果该值约为0.1或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.15或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.2或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.25或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.3或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.4或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.5或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.6或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.7或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.8或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.9或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为1.或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。在一些实施例中，如果该值约为0.35或更高，则克隆性评分被认为具有更广泛的克隆扩展性。

方法

本发明涉及一种从样品的转录组或基因组DNA序列中鉴定编码抗体或抗体片段的一个或多个核酸序列的方法，所述方法包括：a.筛选所述样品的所述转录组或基因组DNA序列中编码一个或多个抗体片段的富集的核酸序列，其中编码一个或多个抗体片段的所述核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；b.计算所述样品的克隆性评分；c.基于样品中Ig样序列或与CDR3同源的核酸(与所述样品中的V、J、D序列或与对照组样品中鉴定的所述Ig样序列相比)之间的序列比对，将至少一个核酸序列分为所述第一组或所述第二组核酸序列。在一些实施例中，所述方法还包括以下步骤：(d)在执行所述分类步骤之后，从所述第一组核酸序列中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列。在一些实施例中，所述方法还包括重复鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列并编辑来自所述样品的多个CDR序列的步骤。在一些实施例中，所述方法还包括鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列，并基于以下之一或组合来编辑所述样品中的多个CDR序列：所述样品中CDR3或Ig样核酸序列富集的克隆度评分、存在或丰度以及所述样品中CDR序列与CDR3或Ig样核酸序列的比对。在一些实施例中，所述方法还包括：筛选一系列对照受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列，其中所述编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；计算所述一系列对照样品的克隆性评分；从样品或一系列样品鉴定最富集的CDR3序列；以及从所述一系列对照受试者中获得编码抗体片段的一组丰富表达的核酸序列，并比较来自所述一系列对照受试者的所述第一组核酸序列与来自所述受试者的所述第一组核酸序列，其中在对应于权利要求中的那些子部分的步骤(a)至(c)之前、同时或之后执行步骤(e)至(h)，并且其中所述从受试者的转录组中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列的步骤基于所述比较与本文公开的权利要求中的那些步骤相对应的来自步骤(h)的多组丰富表达的核酸序列的步骤。

在一些实施例中，所述对照组样品来自转录组的公开数据库。在一些实施例中，所述公开数据库包括来自已知癌症组织的转录组。在一些实施例中，所述公开数据库包括来自已知癌症组织的能够基于癌症类型而得到分类的转录组。在一些实施例中，所述公开数据库包括来自已知癌症组织，所述已知癌症组织来自本文鉴定的一种或多种癌症组织。在一些实施例中，所述公开数据库包括来自已知癌症组织的转录组，所述公开数据库是TGCA数据库。

本发明还涉及一种计算机实现的用于检测样品的转录组中编码抗体或抗体片段的核酸序列的存在的方法，所述方法包括：在系统中包括至少一个处理器和存储器；a.通过所述至少一个处理器筛选所述受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列，其中所述编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；b.通过所述至少一个处理器计算克隆性评分；以及通过所述至少一个处理器根据所述克隆性评分将所述核酸序列分为所述第一组核酸序列和所述第二组核酸序列。在一些实施例中，所述方法还包括以下步骤：(d)在执行所述分类步骤之后，从所述第一组核酸序列中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列。

在公开的方法中的任一方法中，在一些实施例中，所述样品是选自以下癌症中的癌症组织：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

一种设计能够结合来自样品的细胞表位的抗体或抗体片段的方法，所述方法包括：(a)通过权利要求1至25中任一项所述的方法从所述受试者的转录组中获得编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的至少一个核酸序列；以及重复步骤(a)，直到从样品中聚集编码抗体或抗体片段的多个核酸序列；(b)在载体中克隆一个或多个核酸或通过固态化学合成法合成所述抗体；以及如果将所述一个或多个核酸序列克隆进载体中，则(c)将所述载体转化为宿主细胞，并(d)留出足够的时间使所述宿主细胞重组产生所述编码的抗体或抗体片段。

本发明还涉及治疗经诊断患有或怀疑患有过度增殖性疾病的受试者的方法，所述方法包括将本文公开的药物组合物的任何一种或组合施用给所述受试者。在一些实施例中，所述药物组合物包括有效量的本文公开的抗体或抗体片段或其盐。在一些实施例中，所述过度增殖性疾病选自以下疾病的癌症：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

计算机实现的方法

在一些实施例中，本发明涉及一种从样品的转录组中检测、分类或编辑编码一种或多种抗体或抗体片段的一种或多种核酸序列的计算机实现的方法。在一些实施例中，所述方法包括可访问互联网的设备，所述设备能够执行一种或多种方法的步骤，所述方法包括：从受试者的转录组中鉴定编码抗体或抗体片段的一个或多个核酸序列，所述从受试者的转录组中鉴定编码抗体或抗体片段的一个或多个核酸序列包括：筛选所述受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列，其中所述编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；计算与所述第一组和所述第二组核酸序列的每组核酸序列中的一个或多个核酸序列对应的克隆性得分，并基于所述克隆性得分将所述核酸序列分为所述第一组和所述第二组核酸序列。

在一些实施例中，本发明涉及一种系统，所述系统包括处理器，所述处理器执行从受试者的转录组中鉴定编码抗体或抗体片段的一个或多个核酸序列的计算机实现的方法，所述方法包括：筛选所述受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列，其中所述编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；计算与所述第一组和所述第二组核酸序列的每组核酸序列中的一个或多个核酸序列对应的克隆性得分，并基于所述克隆性得分将所述核酸序列分为所述第一组和所述第二组核酸序列。

在一些实施例中，本发明涉及一种系统，所述系统包括处理器，所述处理器执行一种检测访问互联网的用户设备的用户的退出行为的计算机实现的方法，所述方法包括：筛选一系列对照受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列，其中所述编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括第一组丰富表达的核酸序列和第二组罕见表达的核酸序列；计算与所述第一组和第二组核酸序列中的每组核酸序列中的一个或多个核酸序列对应的克隆性评分，并基于所述克隆性得分将所述核酸序列分为所述第一组和所述第二组核酸序列；以及从所述一系列对照受试者中获得编码抗体片段的一组丰富表达的核酸序列，并将来自所述一系列对照受试者的所述第一组核酸序列与来自所述受试者的所述第一组核酸序列进行比较。在一些实施例中，本发明涉及一种系统，所述系统包括至少一个处理器和计算机可读存储器，所述计算机可读存储器具有存储其上的程序代码和装置，所述程序代码用于检测来自样品的转录组的编码抗体或抗体片段的核酸序列的存在，所述装置用于存储与用户设备的用户相关联的数据。在一些实施例中，本发明涉及一种系统，所述系统包括至少一个处理器、用于存储可在所述处理器上执行的程序代码的程序存储器(比如存储器)，以及一个或多个输入/输出设备和/或接口(比如数据通信和/或外围设备和/或接口)。在一些实施例中，所述用户设备和一个或多个计算机系统通过诸如局域网(LAN)、互联网等之类的数据通信网络可通信地连接，所述数据通信网络也可连接至许多其他客户端和/或服务器计算机系统。所述用户设备以及客户端和/或服务器计算机系统还可包括适当的操作系统软件。

在一些实施例中，本发明涉及一种鉴定来自样品中作为编码抗体或抗体片段的核酸序列的转录组或基因组DNA的序列的计算机实现的方法，所述抗体或抗体片段比从同一组织的细胞克隆扩增鉴定出的抗体或抗体片段更有效地结合癌症组织。

示例性实施例包括下面的内容，并在说明书的第71页中引用了类似权利要求的语言的编号：

1.一种从样品的转录组或基因组DNA序列中鉴定编码抗体或抗体片段的一个或多个核酸序列的方法，所述方法包括：

b.计算所述样品的克隆性评分；

2.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括以下步骤：(d)在执行所述分类步骤之后，从所述第一组核酸序列中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列。

3.根据权利要求2所述的方法，所述方法还包括重复鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列并编辑多个CDR序列的步骤。

4.根据权利要求2所述的方法，所述方法还包括：

f.计算所述样品的克隆性评分；

g.从样品或一系列样品鉴定最富集的CDR3序列；

h.从所述一系列对照受试者获得编码抗体片段的一组丰富表达的核酸序列，并将来自所述一系列对照受试者的所述第一组的所述核酸序列与来自所述受试者的所述第一组核酸序列进行比较；

其中步骤(e)至(h)在步骤(a)至(c)之前、同时或之后进行；

并且其中所述从受试者的转录组中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列的步骤基于来自步骤(h)的所述将多组丰富表达的核酸序列进行比较的步骤。

5.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码选自以下内容的抗体片段中的一个或组合：抗体的Fc部分、抗体的单链可变片段(ScFv)、抗体的Fv部分、抗体的Fab片段、抗体的F(ab')2片段、抗体的Fd片段、抗体的IgG样片段、抗体的可变链和抗体的恒定区。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码所述抗体的可变重链和/或可变轻链部分中的一个或组合。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述筛选步骤包括筛选编码一个或多个B细胞受体(BCR)序列的抗体片段的核酸序列，并且所述计算样品的克隆性评分的步骤至少部分地由以下等式确定：

其中Ci是重排i的克隆分数，N是重排的总数。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述筛选一系列样品的所述转录组或基因组DNA中编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括在所述转录组数据上执行FASTQ、MIXCR和VDJtools函数。

9.根据权利要求1至8任一项所述的方法，其中所述筛选样品的转录组或基因组DNA中编码一种或多种抗体片段的核酸序列包括执行克隆序列的比对。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述克隆序列的比对包括执行免疫SEQ功能。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述样品是来自患有过度增殖性细胞疾病的受试者的组织样品。

12.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述样品是选自以下癌症中的癌症组织：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

13.一种计算机实现的用于检测样品的转录组中编码抗体或抗体片段的核酸序列的存在的方法，所述方法包括：在系统中包括至少一个处理器和存储器。

b.通过所述至少一个处理器计算克隆性评分；

14.根据权利要求13所述的方法，所述方法还包括以下步骤：(d)在执行所述分类步骤之后，从所述第一组核酸序列中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列。

15.根据权利要求14所述的方法，所述方法还包括重复鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列并编辑多个CDR序列的步骤。

16.根据权利要求14所述的方法，所述方法还包括：

g.根据所述克隆性评分将所述核酸序列分为所述第一组核酸序列和所述第二组核酸序列；

其中步骤(e)至(h)在步骤(a)至(c)之前、同时或之后进行；

17.根据权利要求13至16中任一项所述的方法，其中来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码选自以下内容的抗体片段中的一个或组合：抗体的Fc部分、抗体的单链可变片段(ScFv)、抗体的Fv部分、抗体的Fab片段、抗体的F(ab')2片段、抗体的Fd片段、抗体的IgG样片段、抗体的可变链和抗体的恒定区。

18.根据权利要求13至17中任一项所述的方法，其中来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码所述抗体的可变重链和/或可变轻链部分中的一个或组合。

19.根据权利要求13至18中任一项所述的方法，其中所述筛选步骤包括筛选编码一个或多个B细胞受体(BCR)序列的抗体片段的核酸序列，并且所述计算样品的克隆性评分的步骤至少部分地由以下等式确定：

20.根据权利要求16至19中任一项所述的方法，其中所述筛选一系列样品的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括在所述转录组数据上执行FASTQ、MIXCR和VDJtools函数。

21.根据权利要求13至20任一项所述的方法，其中所述筛选所述受试者的转录组中编码一种或多种抗体片段的核酸序列包括执行克隆序列的比对。

22.根据权利要求21所述的方法，其中所述克隆序列的比对包括执行免疫SEQ功能。

23.根据权利要求13至22中任一项所述的方法，其中所述样品是来自患有过度增殖性细胞疾病的受试者的组织样品。

24.根据权利要求13至23中任一项所述的方法，其中所述样品是选自以下癌症中的癌症组织：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

25.根据权利要求1或13所述的方法，其中所述编码抗体或抗体片段的第一组核酸编码能够结合来自所述样品和/或受试者的一个或多个细胞的抗体。

26.一种从样品中编辑编码抗体或抗体片段的一组核酸序列的方法，所述方法包括：

包括抗体的组合物

本发明涉及一个或多个药物组合物，所述一个或多个药物组合物包括有效量的一种或多种本文公开的抗体、本文公开的抗体片段或其盐，以及一个或多个药学上可接受的载体。

本发明的特征在于与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段。在某些实施例中，本发明所述的抗体或其抗原结合片段在不同癌症类型的组织样本之间具有交叉反应性，但不与正常组织结合。在其他实施例中，本发明所述的抗体或其抗原结合片段选择性地与一种类型的肿瘤组织结合。

示例性的癌症包括但不限于：急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、肾上腺癌、肛门癌、基底和鳞状细胞皮肤癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、脑和脊髓肿瘤、乳腺癌、宫颈癌、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性粒细胞白血病(CML)、慢性粒单核细胞白血病(CMML)结直肠癌、子宫内膜癌、食道癌、尤因家族肿瘤、眼癌、胆囊癌、胃肠道类癌、胃肠道间质瘤(GIST)、妊娠滋养细胞疾病、霍奇金淋巴瘤、卡波济肉瘤、肾癌、喉和下咽癌、白血病、肝癌、肺癌、类癌、淋巴瘤、皮肤淋巴瘤、恶性间皮瘤、黑色素瘤皮肤癌、默克尔细胞皮肤癌、多发性骨髓瘤、骨髓增生异常综合征、鼻腔和鼻旁窦癌、鼻咽癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、口腔癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、阴茎癌、垂体瘤、前列腺癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、皮肤癌、小细胞肺癌、小肠癌、软组织肉瘤、胃癌、睾丸癌、胸腺癌、甲状腺癌、子宫肉瘤、阴道癌、外阴癌、华氏巨球蛋白血症、威尔姆斯肿瘤。

在一些实施例中，本发明涉及一种方法，所述方法包括：通过比较抗体与癌症和正常组织的结合，使用本领域已知的免疫荧光方法验证抗体特异性。

在一些实施例中，本发明涉及一种对癌症组织具有广泛的反应性但对正常组织却很少的抗体的组合物。

在一些实施例中，本发明涉及一种具有在序列ID1-9中鉴定的氨基酸序列的癌症特异性抗体的组合物。

在一些实施例中，本发明涉及一种对根据免疫序列数据合成了抗体序列的组织具有狭义特异性的抗体的组合物。

在一些实施例中，本发明涉及一种组合物，所述组合物包括具有在序列ID10-18中鉴定的氨基酸序列的根据权利要求45所述的单个癌症特异性抗体。

在一些实施例中，本发明涉及免疫序列衍生的高丰度抗体序列，其包括CDR1、CDR2和CDR3以及体细胞突变的序列。

在一些实施例中，本发明涉及来自根据权利要求48所述的癌症组装的免疫序列衍生的序列，其包括序列ID19中的一个序列。

在一些实施例中，本发明涉及通过权利要求42-48所述的序列构建的抗体在癌症诊断中的用途，所述用途包括通过免疫荧光的免疫组织化学对组织染色。

在一些实施例中，所述抗体经修饰以获得最佳的抗体依赖性细胞毒性或抗体依赖性细胞吞噬作用。

在一些实施例中，所述抗体或其片段或其盐用作抗体-药物缀合物。

在一些实施例中，所述抗体用作双特异性抗体的组分。在一些实施例中，所述抗体用作嵌合抗原受体T细胞(CART)的关键组分。

可将一个或多个CDR共价或非共价地掺入分子中以使其成为抗原结合蛋白。

抗原结合蛋白可将CDR作为较大的多肽链的一部分掺入、可将CDR共价连接至另一条多肽链，或可非共价地掺入CDR。CDR允许抗原结合蛋白特异性结合特定的目标抗原。

在一个实施例中，本发明涉及一种抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段具有表17所述的任何抗体的抗原结合区域。

在某些实施例中，所述抗体包括重链恒定区，比如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM或IgD恒定区。在本发明的某些实施例中，所述抗体或抗原结合片段分类为同型，所述同型选自由IgG、IgM、IgD、IgA和IgE组成的群组。已知从目的抗体衍生出不同亚类或同种型抗体的技术，即亚类转换。因此，IgG抗体可衍生自例如IgM抗体，反之亦然。这样的技术允许制备具有给定抗体(亲本抗体)的抗原结合特性，但还表现出与亲本抗体不同的抗体同种型或亚类相关的生物学特性的新抗体。可使用重组DNNA技术。编码特定抗体多肽的克隆DNA可用于此类步骤，例如编码所需同种型抗体恒定结构域的DNA(Lantto等人，2002,MethodsMol.Biol.178:303-16)。

此外，所述抗体可包括轻链恒定区、κ轻链恒定区或λ轻链恒定区。

在本发明某些实施例中，所述抗体或抗原结合片段选自由Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、结构域抗体和单链抗体组成的群组。

在其他实施例中，一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段与表17所述的抗体或其抗原结合片段竞争。在具体实施例中，所述竞争的抗体或其抗原结合部分是与本文所述的任何抗体竞争的抗体或其抗原结合部分。在一个实施例中，本发明提供一种可与本文所述的抗体竞争的竞争性抗体。

本发明提供了多个抗体，这些抗体在结构上的特征在于其可变域区域的氨基酸序列。然而，所述氨基酸序列可经历一些变化，同时还保持与其特异性靶标的高度结合性。更具体地，可变域区域中的许多氨基酸可通过保守取代来改变，并且可预料到，所得抗体的结合特性将与野生型抗体序列的结合特性没有区别。抗体可变域中有许多氨基酸不直接与抗原相互作用或影响抗原结合，并且对于确定抗体结构不是至关重要的。例如，优选将所公开的任何抗体中的预测的非必需氨基酸残基替换为相同类别的另一个氨基酸残基。鉴定不消除抗原结合的氨基酸保守取代的方法是本领域众所周知的(例如，参见Brummell等人，Biochem.32:1180-1187(1993)；Kobayashi等人，Protein Eng.12(10):879-884(1999)；以及Burks等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94:412-417(1997)，所有这些均整体并入本文作为参考)。Near等人在Mol.Immunol.30:369-377,1993中解释了如何通过定点诱变影响或不影响结合。Near等人认为只有突变残基具有改变抗原结合的可能性。大多数对结合亲和力有中等或负面影响(Near等人，表3)，并与不同形式的地高辛结合(Near等人，表2)。

本发明公开的肽、多肽或蛋白质的保守修饰或功能等同物(例如，铰链区或具有铰链区的重链)指的是肽、多肽或蛋白质的多肽衍生物，例如具有一个或多个点突变、插入、缺失、截短、融合蛋白或其组合的蛋白质。其基本上保留了亲本肽、多肽或蛋白质(例如本发明公开的那些)的活性。通常，保守的修饰或功能等同物至少与亲本(例如，SEQ ID NOs:1-53中的一个)相同60％(例如，60％和100％之间的任何数字，包括，例如60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％和99％)。

在一个实施例中，在重链或轻链中进行的至少95％相同(或至少96％相同、或至少97％相同、或至少98％相同或至少99％相同)的取代是保守氨基酸取代。“保守氨基酸取代”是其中氨基酸残基被具有侧链(R基团)的具有相似化学性质(例如电荷或疏水性)的另一个氨基酸残基取代的氨基酸。通常，保守的氨基酸取代基本上不会改变蛋白质的功能特性。在两个或更多个氨基酸序列通过保守取代彼此不同的情况下，可向上调整序列同一性百分比或相似度以校正取代的保守性质。进行这种调整的方法是本领域普通技术人员众所周知的。例如，参见Pearson(1994)Methods Mol.Biol.24:307-331，其在此并入作为参考。具有具有相似化学性质的侧链的氨基酸基团的示例包括：(1)脂族侧链：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸；(2)脂族羟基侧链：丝氨酸和苏氨酸；(3)含酰胺的侧链：天冬酰胺和谷氨酰胺；(4)芳族侧链：苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸；(5)基本侧链：赖氨酸、精氨酸和组氨酸；(6)酸性侧链：天冬氨酸和谷氨酸；(7)含硫侧链是半胱氨酸和蛋氨酸。

如本文所用，两个氨基酸序列之间的同源性百分比等同于两个序列之间的同一性百分比。考虑到缺口的数量和每个缺口的长度(需要引入这些缺口才能实现两个序列的最佳比对)，所以两个序列之间的同一性百分比是该序列共享的相同位置数的函数(即，％同源性＝相同位置数/位置总数x 100)。序列的比较和两个序列之间的同一性百分比的确定可使用数学算法来完成，如以下非限制性示例中所述。

可使用E.Meyers和W.Miller的算法(Comput.Appl.Biosci.,4:11-17(1988))(已并入ALIGN程序(2.0版本)),以使用PAM120重量残留表、空位长度罚分12和空位罚分4来确定两个序列之间的同一性百分比。另外，可使用Needleman和Wunsch(J.Mol.Biol.48:444-453(1970))算法(已并入GCG软件包中的GAP程序(www.gcg.com上可查))，以使用Blossum62矩阵或PAM250矩阵、间隙权重为16、14、12、10、8、6或4、长度权重为1、2、3、4、5或6来确定两个序列之间的同一性百分比。

另外或替代地，本公开的蛋白质序列还可用作“查询序列”以对公共数据库进行搜索以例如鉴定相关序列。这些搜索可使用Altschul等人(1990)J.Mol.Biol.215:403-10.的XBLAST程序(2.0版本)来进行。BLAST蛋白搜索可用XBLAST程序进行，其中得分＝50、字长＝3，以获得与本发明的分子同源的氨基酸序列。为了进行比较而获得缺口比对，可利用Gapped BLAST，如Altschul等人(1997)Nucleic Acids Res.25(17):3389-3402中所述。当利用BLAST和Gapped BLAST程序时，可使用各个程序的默认参数(例如XBLAST和NBLAST)。(参见www.ncbi.nlm.nih.gov)。

本文考虑抗体的其他修饰形式。例如，抗体可与多种非蛋白质聚合物之一连接，例如，聚乙二醇、聚丙二醇、聚氧化烯或聚乙二醇和聚丙二醇的共聚物。抗体还可以被包埋在例如通过凝聚技术或通过界面聚合(例如，分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)、在胶体药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳剂、纳米颗粒和纳米胶囊)或大乳液中制备的微胶囊中。此类技术公开在例如《雷明顿药物科学》(Remington's Pharmaceutical Sciences)第16版Oslo,A.,Ed.,(1980)中。

变体抗体及其盐包括在本发明的范围内。本申请所述的序列的变体也包括在本发明的范围内。可使用本领域已知方法获得具有改良的亲和性的抗体的其他变体，并且这些也包括在本发明的范围内。例如，可使用氨基酸取代来获得具有进一步改良的亲和性的抗体。替代地，核苷酸序列的密码子优化可用于提高表达系统中抗体产生的翻译效率。变体可包括高达一定百分比的非天然氨基酸。在一些实施例中，所述抗体包括变体氨基酸序列，所述变体氨基酸序列包括约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多百分比的非天然氨基酸

抗体修饰

人源化

在抗体或其抗原结合片段是非人抗体的情况下，可将抗体“人源化”以降低对人受体的免疫原性。人源化非人抗体的方法已在本领域中描述。例如，参见Jones等人，Nature321:522-525(1986)；Riechmann等人，Nature 332:323-327(1988)；Verhoeyen等人，Science 239:1534-1536(1988)以及美国专利号No.4,816,567。通常，将来自非人抗体可变域的残基“导入”人免疫球蛋白分子中，产生了其中人类抗体的一些高变区残基和可能的某些FR残基经过非人类抗体类似位点的残基取代的抗体。使非人类抗体人源化同时保持对抗原的高亲和力很重要。为此，通常可使用三维免疫球蛋白模型，并与亲本非人抗体相比，其适用于分析拟议的人源化序列。这样的分析允许鉴定可能与抗原的识别和结合有关的残基，并因此合理设计保留对抗原的特异性和亲和力的人源化序列。

如上所述，人源化抗体是来自非人类物种抗体的抗体分子，所述非人类物种抗体结合具有一个或多个来自非人类物种的互补决定区(CDR)和来自人类免疫球蛋白分子的框架区的所需抗原。已公开了已知人Ig序列，例如www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez-/query.fcgi；www.atcc.org/phage/hdb.html；www.sciquest.com/；www.abcam.com/；www.antibodyresource.com/onlinecomp.html；

www.public.iastate.edu/.about.pedro/research_tools.html；www.mgen.uni-heidelberg.de/SD/IT/IT.html；www.whfreeman.com/immunology/CH-05/kuby05.htm；www.library.thinkquest.org/12429/Immune/Antibody.html；

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www.biosci.missouri.edu/smithgp/index.html；www.cryst.bioc.cam.ac.uk/.abo-ut.fmolina/Web-pages/Pept/spottech.html；www.jerini.de/fr roducts.htm；

www.patents.ibm.com/ibm.html，Kabat等人的Sequences of Proteins ofImmunological Interest,U.S.Dept.Health(1983)，这些均并入本文作为参考。这样的导入序列可用于降低免疫原性或减少、增强或修饰结合、亲和力、开启速率、关闭速率、亲和力、特异性、半衰期或本领域已知的任何其他合适的特征。

人框架区中的框架残基可由来自CDR供体抗体的相应残基取代，以改变优选改善抗原结合。通过本领域熟知的方法，例如通过对CDR和框架残基的相互作用进行建模以鉴定对抗原结合重要的框架残基，以及通过序列比较以鉴定在特定位置的异常框架残基，来鉴定这些框架取代。(例如，参见Queen等人，美国专利号No.5,585,089；Riechmann等人，332:323(1988)，这些均整体并入本文作为参考)。三维免疫球蛋白模型是普遍可获得的并且为本领域技术人员所熟悉。可获得计算机程序，这说明并显示了所选候选免疫球蛋白序列的可能的三维构象结构。对这些展示现象的检查允许分析残基在候选免疫球蛋白序列的功能中的可能作用，即，分析影响候选免疫球蛋白结合其抗原的能力的残基。按此方式，可从共有序列和导入序列中选择并结合FR残基，从而获得所需的抗体特征，例如对靶抗原的亲和力增加。通常，CDR残基直接且最实质地参与影响抗原结合。可使用一系列本领域已知技术来将抗体人源化，比如但不限于以下文献中的技术：Jones等人，Nature 321:522(1986)；Verhoeyen等人，Science 239:1534(1988))，Sims等人，J.Immunol.151:2296(1993)；Chothia和Lesk，J.Mol.Biol.196:901(1987)，Carter等人，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.89:4285(1992)；Presta等人，J.Immunol.151:2623(1993)、Padlan，Molecular Immunology 28(4/5):489-498(1991)；Studnicka等人，ProteinEngineering 7(6):805-814(1994)；Roguska等人，PNAS 91:969-973(1994)；PCT公开号WO91/09967，PCT/:US98/16280、US96/18978、US91/09630、US91/05939、US94/01234、GB89/01334、GB91/01134、GB92/01755；WO90/14443、WO90/14424、WO90/14430、EP 229246、EP592,106；EP 519,596、EP 239,400、美国专利号Nos.5,565,332、5,723,323、5,976,862、5,824,514、5,817,483、5814476、5763192、5723323、5,766886、5,714,352、6,204,023、6,180,370、5,693,762、5,530,101、5,585,089、5,225,539；4,816,567，这些均整体并入本文作为参考，包含在其中引用的文献中。

亲和性成熟

抗体的一个或多个高变区残基可得到取代以选择通过使用例如利用噬菌体或酵母展示的亲和力成熟而相对于亲本抗体具有改善的生物学特性的变体。例如，可基于可获得的结构信息在选定的几个位点突变本发明的抗体的Fab区，以在每个位点产生所有可能的氨基取代。由此产生的抗体变体以单价形式从噬菌体颗粒或酵母细胞表面展示。然后筛选所展示的变体的生物学活性(例如结合亲和力)。

Fc区的修饰

可修饰抗体以提高抗体的某些生物特性，例如，提高抗体稳定性、增强或降低效应子功能(如抗体的抗原依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)和/或补体依赖性细胞毒性(CDC))、提高或降低内化和/或回收等。

例如，某些抗体(源自人Ig4)的Fc片段可由人IgG1取代，该人IgG1增加通过FcR介导的效应子功能(FcRn除外)。此类修饰可将所得抗体的稳定性提高5倍。在另一个示例，可修饰IgG1 Fc片段，以改善通过抗体挽救途径的抗体的再循环。

另一类型的修饰涉及亲本抗体的糖基化模式的改变，包括缺失亲本抗体中发现的一种或多种碳水化合物部分，或添加亲本抗体中不存在的一种或多种碳水化合物(通过添加一个或多个糖基化位点)。

药物组合物

本发明还提供药物组合物，所述药物组合物包括本文范的抗体或其抗原结合部分以及药学上可接受的载体。

本发明的药物组合物可包括“治疗有效量”或“预防有效量”的本发明的抗体或抗体部分。“治疗有效量”是指在必要的剂量和时间段内有效达到所需治疗结果的量。抗体或抗体部分的治疗有效量可由本领域技术人员确定，并可根据因素(比如，个体的疾病状态、年龄、性别和体重以及抗体或抗体部分在个体中引发所需反应的能力)而变化。治疗有效量也是抗体或抗体部分的任何毒性或有害作用均被治疗有益作用所抵消的量。“预防有效量”是指在必要的剂量和时间段内有效达到所需预防结果的量。通常，由于在疾病之前或疾病的较早阶段中在受试者中使用了预防剂量，因此预防有效量将小于治疗有效量。

本发明的抗体或抗体部分可并入适于施用给受试者的药物组合物中。通常，所述药物组合物包括本发明的抗体或抗体部分以及药学上可接受的载体。如本文所用的“药学上可接受的载体”包括生理上相容的任何和所有溶剂、分散介质、包衣、抗菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。药学上可接受的载体的示例包括水、盐水，磷酸盐缓冲盐水、旋糖、甘油、乙醇等及其组合中的一种或多种。在很多情况下，优选在组合物中包括等渗剂、例如糖、多元醇(如甘露醇、山梨糖醇或氯化钠)。药学上可接受的载体还可包括少量辅助物质，例如润湿剂或乳化剂、防腐剂或缓冲剂，这些可延长抗体或抗体部分的保质期或有效性。

各种递送系统是已知的，并可用来施用一种或多种本发明的抗体或一种或多种本发明的抗体与有用的预防剂或治疗剂的组合，以用于预防、控制、治疗或改善疾病或其一种或多种症状的方法(例如封装在脂质体、微粒、微胶囊，能够表达抗体或抗体片段的重组细胞中)、受体介导的胞吞作用(例如，参见，Wu和Wu，J.Biol.Chem.262:4429-4432(1987))、逆转录病毒或其他载体一部分的核酸构建等。施用本发明的预防剂或治疗剂的方法包括但不限于肠胃外施用(例如皮内、肌内、腹膜内，静脉内和皮下)、硬膜外施用、肿瘤内施用、肿瘤内施用和粘膜施用(例如鼻内和口服途径)。另外，可例如通过使用吸入器或喷雾器来进行肺部施用，并与雾化剂一起配制。例如，参见美国专利号Nos.6,019,968、5,985,320、5,985,309、5,934,272、5,874,064、5,855,913、5,290,540和4,880,078；以及PCT公开号Nos.WO92/19244、WO 97/32572、WO 97/44013、WO 98/31346和WO 99/66903，这些均整体并入本文作为参考。在一个实施例中，使用Alkermes AIR肺部药物递送技术(Alkermes，Inc.，Cambridge，Mass.)施用本发明的抗体、联合疗法或本发明的组合物。在一个具体实施例中，本发明的预防或治疗剂是肌内、静脉内、肿瘤内、口服、鼻内、肺部或皮下施用。预防剂或治疗剂可以通过任何方便的途径施用，例如通过输注或大剂量注射、通过上皮或粘膜皮肤衬里(例如，口腔粘膜、直肠和肠粘膜等)吸收，并可与其他生物活性剂一起施用。可进行全身性或局部施用。

在一个具体实施例中，需要将本发明的药物组合物局部施用于需要治疗的区域；这可通过例如但不限于局部注入、通过注射或借助于植入物来实现，所述植入物是多孔或无孔材料，该材料包括膜和基质，比如唾液弹性膜、聚合物、纤维基质(例如TISSUEL)或胶原蛋白基质。在一个实施例中，将有效量的一种或多种本发明拮抗剂的抗体局部施用于受试者的患处，以预防、治疗、控制和/或缓解病症或症状。在另一个实施例中，将有效量的一种或多种本发明的抗体与除受试者的本发明的抗体以外的有效量的一种或多种疗法(例如，一种或多种预防剂或治疗剂)组合地局部施用于患处以预防、治疗、控制和/或缓解疾病或其一种或多种症状。

在另一个实施例中，本发明的药物组合物可通过控制释放或缓慢释放系统的形式递送。在一个实施例中，可使用泵来实现控制释放或缓慢释放(参见Langer，supra；Sefton,1987,CRC Crit.Ref.Biomed.Eng.14:20；Buchwald等人，1980,Surgery 88:507；Saudek等人，1989，N.Engl.J.Med.321:574)。在另一个实施例中，聚合材料可用于实现本发明疗法的控制或缓慢释放(例如，参见Medical Applications of Controlled Release,Langer andWise(eds.),CRC Pres.,Boca Raton,Fla.(1974)；Controlled Drug Bioavailability,Drug Product Design and Performance,Smolen and Ball(eds.),Wiley,New York(1984)；Ranger and Peppas,1983,J.,Macromol.Sci.Rev.Macromol.Chem.23:61；也参见Levy等人，1985,Science 228:190；During等人，1989,Ann.Neurol.25:351；Howard等人，1989,J.Neurosurg.71:105)；美国专利号No.5,679,377；美国专利号No.5,916,597；美国专利号No.5,912,015；美国专利号No.5,989,463；美国专利号No.5,128,326；PCT公开号No.WO99/15154；和PCT公开号No.WO 99/20253。缓释制剂中使用的聚合物的示例包括但不限于聚(甲基丙烯酸2-羟乙酯)、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(丙烯酸)、聚(乙烯-乙酸乙烯酯)、聚(甲基丙烯酸)、聚乙交酯(PLG)、聚酸酐、聚N-乙烯基吡咯烷酮、聚乙烯醇、聚丙烯酰胺、聚乙二醇、聚丙交酯(PLA)、聚丙交酯-共-乙交酯(PLGA)和聚原酸酯。在一个优选实施例中，缓释制剂中使用的聚合物是惰性的、没有可浸出的杂质、在储存时稳定、无菌且可生物降解。在有一个实施例中，可将控释或缓释系统置于预防或治疗靶标附近，因此仅需要全身剂量的一小部分(例如，参见Goodson，in Medical Applications of Controlled Release,supra,vol.2,pp.115-138(1984))。

Langer(1990，Science 249:1527-1533)的综述中讨论了控释系统。可使用本领域技术人员已知的任何技术来产生包含一种或多种本发明治疗剂的缓释制剂。例如，参见美国专利号No.4,526,938、PCT公开号WO 91/05548、PCT公开号WO 96/20698、Ning等人的1996,"Intratumoral Radioimmunotheraphy of a Human Colon Cancer XenograftUsing a Sustained-Release Gel,"Radiotherapy&Oncology 39:179-189、Song等人的1995,"Antibody Mediated Lung Targeting of Long-Circulating Emulsions,"PDAJournal of Pharmaceutical Science&Technology 50:372-397、Cleek等人的1997,"Biodegradable Polymeric Carriers for a bFGF Antibody for CardiovascularApplication,"Pro.Int'l.Symp.Control.Rel.Bioact.Mater.24:853-854以及Lam等人的1997,"Microencapsulation of Recombinant Humanized Monoclonal Antibody forLocal Delivery,"Proc.Int'l.Symp.Control Rel.Bioact.Mater.24:759-760，这些均整体并入本文作为参考。

在一个具体实施例中，其中本发明的组合物是编码预防剂或治疗剂的核酸，通过将该核酸构建为适当的核酸表达载体的一部分并将其施用以使该核酸进入细胞内(例如通过使用逆转录病毒载体)，可在体内施用该核酸以促进其编码的预防剂或治疗剂的表达(例如，参见美国专利号No.4,980,286)，或通过直接注射或使用微粒轰击(例如基因枪；Biolistic，Dupont)，或用脂质或细胞表面受体或转染剂包被，或通过与已知进入细胞核的同源异型盒状肽结合使用(例如参见，Joliot等人，1991,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:1864-1868)。替代地，可将核酸引入细胞内并掺入宿主细胞DNA中以通过同源重组表达。

将本发明的药物组合物配制成与其预期的施用途径相容。施用途径的实例包括但不限于肠胃外，例如静脉内、皮内、皮下、口服、鼻内(例如，吸入)、透皮(例如，局部)、透粘膜和直肠施用。在一个具体实施例中，根据常规程序，将所述组合物配制成适于静脉内、皮下、肌内、口服、鼻内或局部施用给人的药物组合物。通常，用于静脉内施用的组合物是在无菌等渗水性缓冲液中的溶液。必要时，所述组合物还可包括增溶剂和局部麻醉剂(例如木质素)，以减轻注射部位的疼痛。

如果要局部施用本发明的组合物，则所述组合物可以软膏剂、乳膏剂、透皮贴剂、洗剂、凝胶、洗发剂、喷雾剂、气雾剂、溶液剂、乳剂或本领域技术人员熟知的其他形式来进行配制。例如，参见《雷明顿的药物科学和药物剂型简介》，第19版，Mack Pub.Co.,Easton,Pa.(1995)。对于不可喷雾的局部剂型，通常使用包含载体或一种或多种与局部应用相容的赋形剂并具有优选大于水的动态粘度的粘性至半固体或固体形式。合适的制剂包括但不限于溶液剂、混悬剂、乳剂、霜剂、软膏剂、粉剂，ini剂、药膏等，如果需要，可将这些制剂灭菌或与辅助剂(例如防腐剂、稳定剂、湿润剂、缓冲剂或盐)混合或混合以影响各种性质，例如渗透压。其他合适的局部剂型包括可喷雾的气雾剂，其中优选将活性成分(优选与固体或液体惰性载体组合)包装在与加压挥发物(例如气态推进剂，如氟利昂)的混合物中或挤压瓶中。如果需要，也可将保湿剂添加到药物组合物和剂型中。其他此类原料的示例在本领域是已知的。

如果本发明的方法包括鼻内施用组合物，则该组合物可配制成气雾剂形式、喷雾剂、薄雾剂或滴剂形式。具体地，根据本发明使用的预防剂或治疗剂可通过使用合适的推进剂(例如，二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、二氧化碳或其他合适的气体)方便地以气雾剂形式从加压包装或喷雾器中递送。在加压气雾剂的情况下，剂量单位可通过提供阀以递送计量的量来确定。可配制用于吸入器中的胶囊和药筒(例如由明胶组成)，其中含有化合物和合适的粉末基质，如乳糖或淀粉的粉末混合物。

如果本发明的方法包括口服给药，则组合物可以片剂、胶囊剂、扁囊剂、凝胶帽、溶液剂、混悬剂等形式口服配制。片剂或胶囊剂可通过常规方法与药学上可接受的赋形剂如粘合剂(例如，预胶化玉米淀粉、聚乙烯吡咯烷酮或羟丙基甲基纤维素)、填充剂(例如乳糖、微晶纤维素或磷酸氢钙)、润滑剂(例如硬脂酸镁、滑石粉或二氧化硅)、崩解剂(例如土豆淀粉或淀粉羟乙酸钠)或润湿剂(例如月桂基硫酸钠)一起制备。该片剂可通过本领域已知的方法来进行包被。用于口服的液体制剂可采取但不限于溶液剂、糖浆剂或混悬剂的形式，或可以干燥产品的形式存在，用于在使用前可用水或其他合适的载体进行配制。这样的液体制剂可通过常规方式与药学上可接受的添加剂如助悬剂(例如，山梨糖浆、纤维素衍生物或氢化食用脂肪)、乳化剂(例如卵磷脂或阿拉伯胶)、非水媒介物(例如杏仁油、油性酯、乙醇或分馏植物油)以及防腐剂(例如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯或山梨酸)一起制备。所述制剂还可适当地包含缓冲盐、调味剂、着色剂和甜味剂。口服给药的制剂可适当地配制成用于预防或治疗剂的缓释、控释或持续释放。

本发明的方法可包括肺部施用，例如通过使用吸入器或喷雾器进行施用，同时与气雾剂一起进行配制。例如，参见美国专利号Nos.6,019,968、5,985,320、5,985,309、5,934,272、5,874,064、5,855,913、5,290,540和4,880,078；以及PCT公开号Nos.WO 92/19244、WO 97/32572、WO 97/44013、WO 98/31346和WO 99/66903，这些均整体并入本文作为参考。在一个具体实施例中，使用Alkermes AIR肺部药物递送技术(Alkermes，Inc.，Cambridge，Mass.)施用本发明的抗体、联合疗法和/或本发明的组合物。

本发明的方法可包括配制用于通过注射(例如通过推注或连续输注)进行肠胃外施用的组合物的施用。注射用制剂可以添加有防腐剂的单位剂型(例如在安瓿或多剂量容器中)而存在。所述组合物可采取诸如在油性或水性运载体中的悬浮液、溶液或乳液的形式，并可包含配制剂，例如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂。替代地，活性成分可以是粉末形式，以便在使用前与合适的媒介物(例如无菌无热原水)进行混合。

本发明的方法可另外包括施用配制为储库制剂的组合物。这样的长效制剂可通过植入(例如，皮下或肌内)或肌内注射来施用。因此，例如，可用合适的聚合或疏水材料(例如，作为在可接受的油中的乳液)或离子交换树脂或作为微溶的衍生物(例如，作为微溶的盐)来配制组合物。

本发明的方法包含配置为中型或盐剂型的组合物的施用。药学上可接受的盐包括与阴离子和与阳离子形成的盐，例如，衍生自盐酸，磷酸，乙酸，草酸，酒石酸等的阴离子，例如，衍生自钠、钾、铵、钙、氢氧化铁、异丙胺、三乙胺、2-乙基氨基乙醇、组氨酸、普鲁卡因等的阳离子。

通常，组合物的成分分别提供或以单位剂型混合在一起，例如，以干燥的冻干粉末或无水浓缩物形式存在于密闭容器中，例如存在于安瓿瓶或小袋中来表明活性剂的量。在施用方式为输注的情况下，可用装有无菌药物级水或盐水的输液瓶分配组合物。在施用方式是通过注射的情况下，可提供安瓿瓶的无菌注射用水或盐水，以便可在施用之前将成分混合。

具体地，本发明还提供了将本发明的一种或多种预防或治疗剂或药物组合物包装在指示该试剂的量的气密容器中，例如安瓿或小药囊。在一个实施例中，本发明的一种或多种预防或治疗剂或药物组合物以干燥的无菌冻干粉或无水浓缩物的形式提供在密闭容器中，并可重新配制(例如用水或盐水)至合适的浓度以施用于受试者。优选地，本发明的一种或多种预防或治疗剂或药物组合物以干燥的无菌冻干粉的形式在密闭容器中以至少5mg、更优选地以至少10mg、至少15mg、至少25mg、至少35mg、至少45mg、至少50mg、至少75mg或至少100mg的单位剂量提供。本发明的冻干的预防或治疗剂或药物组合物应在2℃至8℃之间储存。应当在其原始容器中加入本发明的预防或治疗药物或本发明的药物组合物，应在重新配置后的1周内施用，优选在其后的5天内、72小时内、48小时内、24小时内、12小时内、6小时内、5小时内、3小时内或1小时内施用。在一个替代性实施例中，在密封容器中以液体形式提供本发明的一种或多种预防或治疗剂或药物组合物，以指示所述试剂的量和浓度。优选地，以至少0.25mg/ml的密封容器形式提供给药组合物的液体剂型，更优选地以至少0.5mg/ml、至少1mg/ml、至少2.5mg/ml、至少5mg/ml、至少8mg/ml、至少10mg/ml、至少15mg/ml、至少25mg/ml、至少50mg/ml、至少75mg/ml或至少100mg/ml的密封容器形式。液体剂型应在其原始容器中储存在2℃至8℃之间。

本发明的抗体或抗体部分可并入适于肠胃外施用的药物组合物。优选地，所述抗体或抗体部分将制备成含有0.1-250mg/ml抗体的注射液。所述注射溶液可由火石或琥珀色小瓶、安瓿或预填充注射器中的液体或冻干剂型组成。缓冲剂可以是L-组氨酸(1-50mM)，最佳5-10mM，pH为5.0至7.0(最佳pH 6.0)。其他合适的缓冲剂包括但不限于琥珀酸钠、柠檬酸钠、磷酸钠或磷酸钾。氯化钠可在0-300mM的浓度下(对于液体剂型，最优化为150mM)来改善溶液的毒性。对于冻干剂型，可包含冷冻保护剂，主要是0-10％的蔗糖(最佳0.5-1.0％)。其他合适的防冻剂包括海藻糖和乳糖。对于冻干剂型，可包括增量剂，主要是1-10％的甘露醇(最佳2-4％)。稳定剂可用液体和冻干剂型使用，主要是1-50mM L-蛋氨酸(最佳5-10mM)。其他合适的增量剂包括甘氨酸、精氨酸，可以0-0.05％聚山梨酯-80(最佳0.005-0.01％)的剂型包括在内。另外的表面活性剂包括但不限于聚山梨酯20和BRIJ表面活性剂。包含本发明的抗体和抗体部分的药物组合物(其被制备为用于肠胃外施用的注射溶液)还可包括用作佐剂的试剂，例如用于增加治疗性蛋白质(例如抗体)的吸收或分散的试剂。特别有用的佐剂是透明质酸酶，例如HYLENEX(重组人透明质酸酶)。在注射液中添加透明质酸酶可改善肠胃外施用后特别是皮下给药后的人的生物利用度。其还允许更大的注射部位体积(即，大于1ml)，具有更少的疼痛和不适，且注射部位反应的发生率最小。(参见WO2004078140、US2006104968，这些均并入本文作为参考)。

本发明的组合物可以是多种剂型。这些包括例如液体、半固体和固体剂型，例如液体溶液(如可注射和可输注的溶液)、分散体或混悬剂、片剂、丸剂、粉剂、脂质体和栓剂。优选的剂型取决于预期的施用方式和治疗应用。典型的优选组合物为可注射或可输注溶液的剂型，例如类似于用于用其他抗体对人进行被动免疫的那些组合物。优选的施用方式是肠胃外施用(例如静脉内、皮下、腹膜内、肌内)。在一个优选实施例中，通过静脉内输注或注射来施用所述抗体在另一个优选实施例中，通过肌内或皮下注射来施用所述抗体

在制造和储存条件下，治疗组合物通常必须是无菌且稳定的。可将组合物配制成溶液、微乳液、分散液、脂质体或其他适合高药物浓度的有序结构。无菌注射溶液可通过将所需量的活性化合物(即抗体或抗体部分)掺入适当的溶剂中，并根据需要与上述列举的一种或多种成分组合，然后过滤灭菌来制备。通常，通过将活性化合物掺入到无菌媒介物中来制备分散体，所述无菌媒介物包含基本分散介质和上述所需的其他成分。如果是用于制备无菌注射液的无菌冻干粉，优选的制备方法是真空干燥和喷雾干燥，从其先前无菌过滤的溶液中得到活性成分和任何其他所需成分的粉末。溶液的适当流动性可例如通过使用诸如卵磷脂的包衣，并在分散液的情况下通过维持所需的粒径以及通过使用表面活性剂来维持。通过在组合物中包括延迟吸收的试剂(如单硬脂酸盐和明胶)，可实现可注射组合物的延长吸收。

尽管对于许多治疗应用而言，优选的施用途径/方式是皮下注射、静脉内注射或输注，但可通过本领域已知的多种方法来施用本发明的抗体和抗体部分。本领域技术人员应了解，施用途径和/或方式将根据所需结果而变化。在某些实施例中，可将活性化合物与保护化合物免于快速释放的载体一起制备，如控释制剂，包括植入物、透皮贴剂和微囊递送系统。可使用可生物降解的生物相容性聚合物，如乙烯乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、胶原蛋白、聚原酸酯和聚乳酸。制备此类制剂的许多方法已获得专利或本领域技术人员通常已知。例如，参见Sustained and Controlled Release Drug Delivery Systems,J.R.Robinson,ed.,Marcel Dekker,Inc.,New York,1978。

在某些实施例中，本发明的抗体或抗体部分可与如惰性稀释剂或可吸收的可食用载体一起口服施用。所述化合物(和其他成分，如果需要的话)也可封装在硬壳或软壳明胶胶囊中，压制成片剂，或直接掺入受试者的饮食中。对于口服治疗施用，所述化合物可与赋形剂结合并以可摄取片剂、颊片剂、锭剂、胶囊剂、长生不老药、悬浮剂、糖浆剂、糯米纸囊剂等剂型来使用。为了通过肠胃外施用以外的方式来施用本发明的化合物，可能需要用防止其失活的材料包所述该化合物或与所述化合物共同施用。

在其他实施例中，本发明的抗体或抗体部分可与基于聚合物的物质缀合，使得所述基于聚合物的物质可赋予本发明的所述抗体或抗体部分足够的大小，以使本发明的所述抗体或抗体部分受益于增强的渗透性和保留效果(EPR效果)(也参见PCT公开号No.WO2006/042146A2和美国专利公开号Nos.2004/0028687A1、2009/0285757A1和2011/0217363A1，以及美国专利号No.7,695,719)(这些专利均整体并入本文作为参考)。

在某些实施例中，抗体或其片段与本领域已知的延长半衰期的载体连接。这样的载体包括但不限于Fc结构域、聚乙二醇和葡聚糖。此类载体如下专利所述：例如，美国专利序列号No.09/428,082和公开的PCT申请号No.WO 99/25044，这些专利均并入本文作为参考。

在一个具体实施例中，通过基因疗法施用包含编码本发明的抗体或本发明的另一种预防或治疗剂的核苷酸序列的核酸序列，以治疗、预防、控制或改善疾病或其一种或多种症状。基因治疗是指通过向受试者施用表达的或可表达的核酸进行的治疗。在本发明的该实施例中，所述核酸产生其编码的本发明的抗体或介导预防或治疗作用的预防或治疗剂。

根据本发明，可使用本领域可用的任何基因治疗方法。有关基因治疗方法的一般评论，请参阅Goldspiel等人的1993,Clinical Pharmacy 12:488-505、Wu和Wu的1991,Biotherapy 3:87-95、Tolstoshev的1993,Ann.Rev.Pharmacol.Toxicol.32:573-596、Mulligan的Science 260:926-932(1993)以及Morgan和Anderson的1993,Ann.Rev.Biochem.62:191-217、May的1993,TIBTECH 11(5):155-215。重组DNA技术领域中众所周知的方法如下专利中所述：Ausubel等人(eds.)的(eds.),Current Protocols inMolecular Biology,John Wiley&Sons,NY(1993)、和Kriegler的Gene Transfer andExpression,A Laboratory Manual,Stockton Press,NY(1990)。在US20050042664A1中提供了基因治疗的各种方法的详细描述，其通过引用并入本文。

抗体生产

本发明的抗体可通过本领域已知的多种技术中的任何一种来生产。例如，通过标准技术从宿主细胞表达，其中将编码重链和轻链的表达载体转染到宿主细胞中。术语“转染”的各种形式旨在涵盖通常用于将外源DNA引入原核或真核宿主细胞中的多种技术，例如电穿孔、磷酸钙沉淀、DEAE-葡聚糖转染等。尽管有可能在原核或真核宿主细胞中表达本发明的抗体，但在真核细胞中表达抗体是优选的，且在哺乳动物宿主细胞中最优选，这是因为这样的真核细胞(特别是哺乳动物细胞)比原核细胞更可能组装并分泌适当折叠的且具有免疫活性的抗体。

本发明的示例性核酸如表17所示。

用于表达本发明的重组抗体的示例性哺乳动物宿主细胞包括中国仓鼠卵巢(CHO细胞)(包括dhfr-CHO细胞，如Urlaub和Chasin,(1980)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216-4220中所示,同时与DHFR可选标记物(例如，如R.J.Kaufman和P.A.Sharp(1982)Mol.Biol.159:601-621所述)、NS0骨髓瘤细胞、COS细胞和SP2细胞一起使用。当将编码抗体基因的重组表达载体引入哺乳动物宿主细胞时，通过将宿主细胞培养足以在宿主细胞中表达抗体，或更优选地，将抗体分泌到其中生长宿主细胞的培养基中来生产抗体。可使用标准蛋白质纯化方法从培养基中回收抗体。

宿主细胞还可用于产生功能性抗体片段，例如Fab片段或scFv分子。应了解，上述过程的各种变体均在本发明的范围内。例如，可能需要用编码本发明抗体的轻链和/或重链功能片段的DNA转染宿主细胞。也可使用重组DNA技术来去除编码与目标抗原结合不必要的轻链或重链中的一个或两个的部分或全部DNA。由这种截短的DNA分子表达的分子也包括在本发明的抗体中。另外，可能会产生双功能抗体，其中一个重链和一个轻链是本发明的抗体，而另一个重链和轻链是通过标准化学交联方法使本发明的抗体与第二个抗体交联而对除目标抗原以外的抗原具有特异性的抗体。

在一个用于重组表达本发明抗体或其抗原结合部分的优选系统中，通过磷酸钙介导的转染将编码抗体重链和抗体轻链的重组表达载体导入dhfr-CHO细胞。在重组表达载体内，抗体重链和轻链基因各自可操作地连接至CMV增强子/AdMLP启动子调节元素，以驱动基因的高水平转录。重组表达载体还携带DHFR基因，该基因允许使用甲氨蝶呤的选择/扩增来选择已被该载体转染的CHO细胞。培养选择的转化体宿主细胞以允许表达抗体重链和轻链，并从培养基中回收完整的抗体。使用标准分子生物学技术制备重组表达载体、转染宿主细胞、选择转化体、培养宿主细胞并从培养基中回收抗体。本发明还提供了一种通过在合适的培养基中培养本发明的宿主细胞直至合成本发明的重组抗体来合成本发明的重组抗体的方法。所述方法还可包括将重组抗体与培养基分离开来。

本发明的另一个实施例提供了糖基化抗体或其抗原结合部分，其中所述抗体或其抗原结合部分包含一个或多个碳水化合物残基。新生体内蛋白质的生产可能会经历进一步的处理，称为翻译后修饰。具体地，糖(糖基)残基可通过酶促添加，这一过程称为糖基化。所得的带有共价连接的寡糖侧链的蛋白质被称为糖基化蛋白质或糖蛋白。抗体是糖蛋白，其中在Fc结构域以及可变结构域中具有一个或多个碳水化合物残基。Fc结构域中的碳水化合物残基对Fc结构域的效应子功能具有重要影响，而对抗原结合或抗体的半衰期影响最小(R.Jefferis,Biotechnol.Prog.21(2005),pp.11–16)。相反，可变结构域的糖基化可能对抗体的抗原结合活性有影响。可变域中的糖基化可能对抗体结合亲和力有负面影响，可能是由于位阻(Co,M.S.等人，Mol.Immunol.(1993)30:1361-1367),或导致对抗原的亲和力增加(Wallick,S.C.等人，Exp.Med.(1988)168:1099-1109；Wright,A.等人，EMBO J.(1991)10:2717-2723)。

本发明的一个方面涉及产生糖基化位点突变体，其中抗体的O-或N-连接的糖基化位点或其抗原结合部分已被突变。本领域技术人员可使用标准的众所周知的技术产生这种突变体。保留生物活性但具有增加或降低的结合活性的糖基化位点突变体是本发明的另一个目的。

在又一个实施例中，本发明的抗体或抗原结合部分的糖基化得到修饰。例如，可制备非糖基化抗体(即，抗体缺乏糖基化)。可改变糖基化以例如增加抗体对抗原的亲和力。此类碳水化合物修饰可通过例如改变抗体序列内一个或多个糖基化位点来实现。例如，可进行一个或多个氨基酸取代，其导致消除一个或多个可变区糖基化位点，从而消除该位点的糖基化。这种糖基化可增加抗体对抗原的亲和力。该方法进一步如PCT公开号WO2003016466A2和美国专利Nos.5,714,350和6,350,861中详细所述，这些专利均整体并入本文作为参考。

另外或替代地，可制备具有改变的糖基化类型的本发明的修饰抗体，例如具有减少的岩藻糖基残基量的次岩藻糖基化抗体或具有增加的二等分GlcNAc结构的抗体。已经证明这种改变的糖基化模式增加了抗体的ADCC能力。这种碳水化合物的修饰可通过例如在宿主细胞中以改变的糖基化机制表达抗体来实现。糖基化机制改变的细胞已在本领域中得到描述并可用作其中表达本发明的重组抗体的宿主细胞，以从而产生具有改变的糖基化的抗体。例如，参见Shields,R.L.等人，(2002)J.Biol.Chem.277:26733-26740；Umana等人，.(1999)Nat.Biotech.17:176-1以及欧洲专利号EP 1,176,195；PCT公开号WO 03/035835、WO99/54342 80，这些专利均整体并入本文作为参考。

蛋白质糖基化取决于目标蛋白质的氨基酸序列以及蛋白质在其中表达的宿主细胞。不同的生物体可产生不同的糖基化酶(例如，糖基转移酶和糖苷酶)，并具有可用的不同底物(核苷酸糖)。由于这些因素，蛋白质的糖基化模式和糖基残基的组成可能会有所不同，这具体取决于表达特定蛋白质的宿主系统。可用于本发明的糖基残基可包括但不限于葡萄糖、半乳糖、甘露糖、岩藻糖、正乙酰基葡糖胺和唾液酸。优选地，糖基化抗体或其抗原结合部分包括糖基残基，使得糖基化模式是人的。

本领域技术人员已知不同的蛋白质糖基化可导致不同的蛋白质特性。例如，与在诸如CHO细胞系的哺乳动物细胞中表达的相同蛋白质相比，在微生物宿主如酵母中产生的利用酵母内源途径糖基化的治疗性蛋白质的功效可能降低。这样的糖蛋白在人中也可能是免疫原性的，且在给药后体内半衰期降低。人和其他动物中的特定受体可识别特定的糖基残基，并促进蛋白质从血流中快速清除。其他不利影响可能包括蛋白质折叠、溶解度、对蛋白酶的敏感性、运输、输送、区室化、分泌、被其他蛋白质或因子识别、抗原性或变应原性的变化。因此，从业者可能更喜欢具有特定糖基化组成和模式的治疗性蛋白质，例如与人细胞或预期对象动物的物种特异性细胞中产生的糖基化组成和模式相同或至少相似的糖基化组成和模式。

可通过遗传修饰宿主细胞以表达异源糖基化酶来实现表达不同于宿主细胞的糖基化蛋白。使用本领域已知的技术，从业者可产生表现出人蛋白质糖基化的抗体或其抗原结合部分。例如，已对酵母菌株进行了基因修饰，以表达非天然存在的糖基化酶，从而使这些酵母菌株中产生的糖基化蛋白(糖蛋白)表现出与动物细胞相同的蛋白糖基化，尤其是与人细胞相同的蛋白糖基化(美国专利号20040018590和20020137134，以及PCT公开号WO2005100584 A2)。

除了抗体或其抗原结合部分之外，本发明还涉及对本发明的此类抗体或其抗原结合部分特异性的抗独特型(抗Id)抗体。抗Id抗体是识别通常与另一种抗体的抗原结合区相关的独特决定簇的抗体。可通过用抗体或其抗原结合部分或其包含CDR的区域免疫动物来制备抗Id。受到免疫的动物将识别免疫抗体的独特型决定簇并对其作出反应，并产生抗Id抗体。抗Id抗体也可用作“免疫原”以在另一只动物中诱导免疫应答，从而产生所谓的抗Id抗体。

此外，本领域技术人员应了解，可使用经过基因工程改造以表达各种糖基化酶的宿主细胞库来表达目标蛋白质，从而该库的成员宿主细胞产生具有可变糖基化模式的目标蛋白质。然后，从业者可选择并分离具有特定新型糖基化模式的目标蛋白质优选地，具有特别选择的新颖糖基化模式的蛋白质表现出改善或改变的生物学特性。

对于本领域技术人员，明显的是，本文描述的本发明的方法的其他合适的修改和变体是显而易见的，且可在不脱离本发明或在此公开的实施例的范围的情况下使用合适的等同物来进行。现在已经详细描述了本发明，通过参考以下实施例将更清楚地理解本发明，这些实施例仅出于说明的目的而被包括，并且不旨在限制本发明。

本文公开的任何和所有期刊文章、专利申请、已发布的专利

或其他引用的参考文献通过引用以其各自的整体并入。

实例

实例1用于基于来自TCGA数据库的RNAseq数据来估算和过滤免疫球蛋白序列的计算框架。

本发明描述了一种计算框架，该计算框架通过在多形性胶质母细胞瘤(GBM)、低级神经胶质瘤(LGG)、肺腺癌(LUAD)、肺鳞癌(LUSC)，胰腺腺癌(PAAD)和皮肤皮肤黑色素瘤(SKCM)的TCGA数据库中挖掘1945年基于实体肿瘤RNA测序的样本中的大量Ig CDR3序列来开发计算框架并成功测试了抗体发现。出人意料的是，基于来自LUAD患者的选定高丰度CDR3序列的合成抗体结合了多个肺癌样品，并且与其他类型的癌症具有交叉反应性，但重要的是，与正常组织的交叉反应极少。另外，来自5个肺肿瘤组织的B细胞受体(BCR)的靶向DNA测序可鉴定具有多个体细胞突变的可变区序列。基于选定的主要可变重链(Vh)和可变轻链(Vk)序列的抗体显示出与从中识别出该序列的肺癌样品的特异性结合，但与其他癌症样品的结合却很少。本文所述的分析具有识别广泛的交叉反应性和高选择性抗癌人类单克隆抗体用于癌症诊断和治疗的潜力。本文所述的平台大大减少了开发人类抗癌抗体时存在的障碍，并为使用患者衍生的肿瘤反应性单克隆抗体进行癌症治疗奠定了基础。

我们和其他人的最新研究表明，TCGA RNAseq数据库捕获了肿瘤内T细胞库的特征(3)。但是，尚未对抗体库进行类似分析。为了填补这一主要空白，开发了一个平台，该平台不仅描述抗体应答的情况，还可以识别可能用于癌症治疗和诊断的特定序列，如图1A所示。

首先，将读数与B细胞受体的参考V、D、J和C基因进行比对，然后从比对的读数中提取基因特征序列(称为克隆序列)。如图1B所示，在分析的所有六种癌症类型中均鉴定出大量的Ig转录本。其中，LUSC和LUAD转录组包含明显更多的Ig转录组。接下来，就克隆序列(基于CDR3区域)来组装克隆型。构建出核心克隆型后，将执行映射，该映射处理上一步中延迟的记录，旨在从低质量的读数中拯救定量信息。当克隆型由最初的组装者和映射者组装后，便进行聚类，将低丰度的克隆型与高丰度明显相似的高度相似的克隆型相连。如图1B所示，尽管LUSC和LUAD转录组的BCR克隆型更加丰富，但在所有六种癌症类型中都发现了大量克隆型。因此，每百万个RNAseq测序读数(IGHPM)中对齐的Ig重链读数的数量和每百万个RNAseq测序读数(CTPM)中组装的Ig重链克隆型的数量用作每个样品中Ig丰度的量度。

由于癌症特异性B细胞的局部克隆扩增导致BCR克隆分布不均，因此将克隆性(B细胞扩增的指标)作为描述局部抗体反应的参数进行了分析。正如其他人描述的在癌症中对T细胞反应的描述(3)所示，克隆度值接近0表示克隆频率分布非常均匀，而值1表示单克隆B细胞扩增。对B细胞克隆性的分析揭示了不同肿瘤人群之间的不同患者之间B细胞克隆性的实质差异(图1C)，因此为鉴定具有高度扩增的BCR克隆的患者样品提供了有价值的指导。最后一步是将克隆序列与参考的VD，J、和C基因进行比对，以重建克隆序列的比对，并为它们加上信息，例如氨基酸序列以及相关的可变(V)和连接(J)基因。考虑到在TCGA LUAD人群的BCR密度和克隆性中观察到的主要丰度，所以选择免疫球蛋白转录本相对于总RNAseq读数的丰度排名第一的样品用于框架的实验验证(图1D)。单独从该样品中组装了1675IgH、2999Igk和1959IgL CDR3，它们具有提供大量抗体用于进一步表征的潜力。基于该样品组装的CDR3序列的丰度、比对得分和BCR基因使用情况，选择了3条IgH和6条IgL链序列用于概念验证研究(图1E)。CDR3的序列信息及基因使用情况如图1F所示。

H和L链CDR3的共富集表明它们很可能配对，正如在T细胞中的平行研究所提示的那样(4)。但是，不可能仅通过频率来确定配对(5)。尽管如此，但由于目标是识别癌症反应性抗体而不是描述内源性抗体反应，因此将3H链和6L链以成对方式随机组合，并进行测试以确定免疫球蛋白是否从这些配对中表达。这些抗体与小鼠IgG2a重链和k轻链相连，以促进将来可能具有内源性人IgG的人体组织的研究。如图1G所示，在18种组合中，有13种组合在瞬时转染中产生了显著水平的抗体，因此为评估抗体特异性提供了有价值的工具。

表1-6显示了从TCGA数据库的前三名患者中选出的前100条重链和前100条轻链。

表7-16显示了从Adaptive Biotechnologies数据库的每个肿瘤样本中挑选的前50条重链和前50条轻链。

实例2通过随机配对3条重链和6条轻链与LUSC和LUAD组织结合而产生的13种重组抗体的抗体库。

为了确定从头组装的抗体是否结合癌组织，将这13种抗体配对，并使用LUSC和LUAD的冷冻组织进行免疫荧光。使用山羊抗小鼠第二步试剂检测组装的抗体。如图5所示，抗体库显示出与LUSC和LUAD之间超强的结合性。当单独对抗体进行测试时，9/13显示出与LUAD之间清楚的结合性。其中，6个还与LUSC发生反应。(图2A)。选择H2L7进行进一步测试是因为它具有独特的染色模式，并与所有五个肺癌样品(包括冷冻切片中的两个LUAD肿瘤组织和3个LUSC肿瘤组织)具有广泛的交叉反应性。

实例3H2L7结合多种恶性组织，但与正常组织的结合有限。

H2L7的特征在于它与正常和不同类型的癌症组织结合。进行正常组织的冷冻组织微阵列检测后，H2L7对大多数测试的正常组织均无反应(图3A)。尽管在胰腺、脾脏、腮腺和睾丸中发现了一些与细胞内成分或细胞外基质的结合，但未发现对任何正常组织的确定性细胞表面染色。相反，H2L7对测试的9/11类癌症组织具有广泛的反应性，其中包括结肠腺癌、食道腺癌、胃腺癌、卵巢腺癌、软组织巨细胞瘤、肝肝细胞癌、睾丸精原细胞瘤、肺腺癌和肺鳞状癌(图3B)。此外，针对含有配对的恶性和正常相邻组织的LUSC TMA对H2L7进行了测试。染色结果表明，H2L7与100％的LUSC牢固结合，但仅与25％的相邻良性组织结合(图3C和图3D)。

实例4衍生自LUAD(样品463)的靶基因组序列的重组抗体，而LUSC(样品427)显示了有限的交叉反应性。

作为一种替代性方法，提取肺癌样本冷冻组织中的基因组DNA，并使用其促进性测序和分析方法(IMMUNOSEQ Assay)进行BCR测序(Adaptive Biotechnologies，Seattle，WA)。该方法从463号样品中鉴定出BCR重链的3548个重排序列和轻链的5913个重排序列，从样品427中鉴定了5901个重链和10679个轻链序列。在每种情况下，选择了两个最丰富的重链和轻链克隆(图4A)，并使用V-QUEST工具将其与IMGT BCR参考序列进行比对。记录下与最高评分(S)的比对情况。对于每个重排序列，BCR测序结果显示的VDJ基因使用信息已通过IMGT比对结果得到验证。然后，利用已验证的V和J基因的种系序列，将重排序列扩展至全长免疫球蛋白序列。

将来自相同样品的重链和轻链同质配对，并通过瞬时转染在293T细胞中表达。如图4B所示，所有这八种组合均导致显著水平的抗体产生。挑选抗体H5L12和H6L13并针对2个LUSC和3个LUAD样品进行测试，包括从中组装抗体序列的样品。如图4C所示，H6L13显示出与癌症组织之间强力的结合性，该抗体从该癌症组织获得。有意思的是，H5L12不仅显示出与从其获得的LUAD组织样品的结合，而且还显示出与另一种测试的LUAD的交叉反应，但与3种测试的LUSC样品均无交叉反应。重要的是，当还针对图3中使用的多个正常和恶性组织测试了H5L12和H6L13时，未观察到与其他癌组织或正常组织的交叉反应性。因此，这些抗体代表与分离出它们的癌症组织起主要或排他性反应的那些抗体。

本文提供的数据表明，有可能基于转录组的从头组装和从临床样品中分离出的基因组DNA的靶向测序来鉴定大量的免疫球蛋白序列，且选定的实施例显示出对癌症组织的排他特异性和广泛的交叉反应性。几类组织值得考虑。

首先，由于基于体细胞和种系序列组装抗体，且由于重链和轻链的配对基于随机组合，因此鉴定出的抗体可能不代表对癌症的内源性抗体反应。从而，使用此处描述的方法进行抗体发现可能比描述内源性抗体反应更好。最近的研究表明，基于单个细胞的序列可描述抗体应答(6)。

其次，尽管这种方法允许在抗体分离之前绕过鉴定肿瘤抗原的步骤，但是可能难以鉴定被抗体识别的抗原。在大多数已知的细胞表面蛋白中进行高通量的对H2L7抗原的筛选的尝试尚未成功。一种可能的解释是，抗原表位在癌细胞中被修饰，从而无法瞬时转染中重现。然而，应注意，尽管知道抗原将有助于临床发展，但是不管涉及的抗原如何，都可类似地评估给定抗体的生物学效应功能。

第三，应注意，尽管TCGA数据库中RNAseq数据的深度和长度不允许组装全长Ig序列，但是可增加长度和深度来获得此类序列，某些最新数据库也是如此。应注意，从CDR3重建的序列似乎会产生广泛的反应性抗体，而从靶向测序数据重建的序列包括一些体细胞突变，因此具有很高的特异性。这些数据激发了增加抗体亲和力的体细胞突变也可能降低交叉反应性的可能性。如果可通过进一步的研究来证实该假说，那么仅从CDR3重建的抗体序列可能对于癌症诊断具有内在价值。

综上所述，产生对癌症样品具有广泛交叉反应性或高度特异性的抗体的能力表明，本文所述的平台可允许鉴定用于治疗和/或诊断人类癌症的完全人类抗体。对于诊断，可通过诱变进一步修饰这些抗体，以进一步消除它们与正常组织的交叉反应性。对于治疗发展，可以通过Fc优化(7)、抗体-药物结合(8)、双特异性抗体(9)和嵌合抗原受体(10)来进一步修饰抗体以增强效应子功能。

实例5方法

实例1至4利用了但不限于下列方法。

TCGA数据集的访问和分析

从NCI Genomic Data Commons门户网站(https://portal.gdc.cancer.gov/)获得了6种癌症类型(多形胶质母细胞瘤，N＝154；低度神经胶质瘤，N＝512；肺腺癌，N＝525；肺鳞癌，N＝474；胰腺腺癌，N＝177；皮肤皮肤黑色素瘤，N＝103)的BAM格式的主要实体肿瘤RNA测序数据。首先，使用带有-O设置的samtools(11)fastq函数将所有文件提取到fastq文件中。通过使用MIXCR(12)比对功能，将读数与人B细胞受体的参考V、D、J和C基因比对。然后在RNAseq模式下使用MIXCR拯救功能进行两轮重叠群组装。基于比对的重叠群，通过使用MIXCR功能组装BCR CDR3克隆体。使用VDJtools(13)软件和R软件(https://www.r-project.org/)对BCR曲目进行了进一步的片段使用情况分析和相关性分析。

IgH克隆性计算

将IgH克隆度定义为1-Pielou的均匀度，并根据以下公式进行有效的重新安排：

其中Ci是重排i的克隆分数，N是重排的总数。使用素食主义者软件包在R软件(https://www.r-project.org/)中实现了IgH克隆性的计算(14)。

基因组DNA提取及BCR库测序

选择2例LUAD癌症样品(样品463和429)和3例LUSC癌症样品(样品427、样品840、样品350)进行DNA提取，该提取过程根据制造商的指导来使用TRIZOL试剂(15596026，批次86105，ThermoFisher Scientific)进行。然后，使用IMMUNOSEQ Assay(自适应生物技术)将这些样品的提取DNA发送至BCR谱库测序。BCR测序在调查水平进行，原始TCR读数用免疫SEQ分析仪进行预处理。

重组抗体生产

按照制造商的说明，使用POLYFECT Transfection Reagent(Qiagen，1015586，批次154044326)或Lipofectamine 3000(Invitrogen，L3000-015，批次1811506)以1：1的比例将每条重链与每条轻链共转染到HEK293T(CRL-11268，ATCC)中。HEK293T细胞在补充有10％胎牛血清(GE Healthcare Life Sciences，SH30910.03)和10ug/ml青霉素/链霉素(GEHealthcare Life Sciences，15140-122)的DMEM(Life Technologies，11965-092)中生长。转染后三天，收集上清液，并用已知标准通过夹心ELISA评估表达的重组抗体的浓度。

组织、组织微阵列及免疫原性荧光分析

冷冻的肺肿瘤样品购自ProteoGenex(Inglewood，CA)。将冷冻的组织与O.C.T化合物(Tissue-Tek，4583)一起埋入冷冻模具(Tissue-Tek，4728)中，并切成5微米的切片。冷冻的多组织微阵列(FMC402a)和肺组织微阵列(FLC320)购自US Biomax，Inc(Rockville，MD)。将冷冻的组织切片和TMA在室温下解冻10-20分钟，并在PBS中洗涤3次。将切片在室温下在4％甲醛中固定10分钟。然后将切片在PBS中清洗3次，每次5分钟，然后在封闭溶液(PBS中5％的正常山羊血清)中孵育1小时。将切片与每种重组抗体在完全DMEM中于室温或4℃孵育2小时或过夜。如上在PBS中将组织洗涤3次，并在室温下的潮湿的房间中与缀合有AlexaFluor 488的驴抗小鼠(ThermoFisher Scientific，A-21202)一起在封闭溶液中孵育1小时。如上洗涤细胞，并用具有DAPI的ProLong Gold Antifade(ThermoFisher Scientific，P36931)固定。

生物统计学

图例中显示了用于分析每组实验的特定测试。使用费舍尔精确测试列联表分析数据。使用GraphPad Prism软件(GraphPad Software，San Diego，California)进行统计计算。

参考文献

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表2-来自患者1的前100条重链CDR3

表3-来自患者2的前100条重链CDR3

表4-来自患者2的前100条重链CDR3

表5-来自患者3的前100条重链CDR3

表6-来自患者3的前100条重链CDR3

表7-样品350(重链)

表8-样品350(轻链)

表9-样品427(重链)

表10-样品427(轻链)

表11-样品429(重链)

表12-样品429(轻链)

表13-样品463(重链)

表14-样品463(轻链)

表15-样品840(重链)

表16-样品840(轻链)

表17抗体序列

Claims

1.一种从受试者的转录组中鉴定编码抗体或抗体片段的一个或多个核酸序列的方法，所述方法包括：

4.根据权利要求2所述的方法，所述方法还包括：

其中步骤(e)至(h)在步骤(a)至(c)之前、同时或之后进行；

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码选自以下内容的抗体片段中的一个或组合：抗体的Fc部分、抗体的单链可变片段(ScFv)、抗体的Fv部分、抗体的Fab片段、抗体的F(ab')2片段、抗体的Fd片段、抗体的IgG样片段、抗体的可变链和抗体的恒定区。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述筛选步骤包括筛选编码一个或多个B细胞受体(BCR)序列的抗体片段的核酸序列，并且所述计算所述抗体的所述克隆性评分的步骤至少部分地由以下公式确定：

其中Ci是重排i的克隆分数，N是重排的总数。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述筛选一系列对照受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括在所述转录组数据上执行FASTQ、MIXCR和VDJtools函数。

9.根据权利要求1至8任一项所述的方法，其中所述筛选所述受试者的转录组中编码一种或多种抗体片段的核酸序列包括执行克隆序列的比对。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述样品是来自患有或疑似患有过度增殖性疾病的受试者的组织样品。

12.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述样品包括选自以下癌症中的一种或多种过度增殖细胞：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

13.一种计算机实现的用于检测样品的转录组中编码抗体或抗体片段的核酸序列的存在的方法，所述方法包括：在系统中包括至少一个处理器和存储器，

b.通过所述至少一个处理器计算与所述第一组和第二组核酸序列中的每组核酸序列中的一个或多个所述核酸序列对应的克隆性评分；

16.根据权利要求14所述的方法，所述方法还包括：

其中步骤(e)至(h)在步骤(a)至(c)之前、同时或之后进行；

并且其中所述从所述受试者的转录组中鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列的步骤基于来自步骤(h)的将所述将多组丰富表达的核酸序列进行比较的步骤。

19.根据权利要求13至18中任一项所述的方法，其中所述筛选步骤包括筛选编码一个或多个B细胞受体(BCR)序列的抗体片段的核酸序列，并且所述计算所述抗体的所述克隆性评分的步骤至少部分地由以下公式确定：

其中Ci是重排i的克隆分数，N是重排的总数。

20.根据权利要求16至19中任一项所述的方法，其中所述筛选一系列对照受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括在所述转录组数据上执行FASTQ、MIXCR和VDJtools函数。

23.根据权利要求13至22中任一项所述的方法，其中所述样品是来自患有或疑似患有过度增殖性疾病的受试者的组织样品。

24.根据权利要求13至23中任一项所述的方法，其中所述样品包括选自以下癌症中的一种或多种过度增殖细胞：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

27.一种设计能够结合来自样品的细胞表位的抗体或抗体片段的方法，所述方法包括：

(c)在载体中克隆一个或多个核酸或通过固态化学合成法合成所述抗体；以及

如果将所述一个或多个核酸序列克隆进载体中，则(d)将所述载体转化为宿主细胞，并(e)留出足够的时间使所述宿主细胞重组产生所述编码的抗体或抗体片段。

28.一种组合物，所述组合物包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包括通过执行权利要求1至25中任一项所述的方法而获得的至少一个CDR序列。

29.一种抗体库，所述抗体库包括通过执行权利要求1至27中任一项所述的方法而获得的至少一个氨基酸序列。

30.一种在计算机可读存储介质上编码的非暂时性计算机程序产品，所述非暂时性计算机程序产品包括指令，所述指令用于：

31.根据权利要求30所述的非暂时性计算机程序产品，所述非暂时性计算机程序产品还包括用于以下步骤的指令：(d)在执行所述分类步骤之后，从所述第一组核酸序列中鉴定编码可变链的至少一个互补决定区(CDR)的核酸序列。

32.根据权利要求31所述的非暂时性计算机程序产品，所述非暂时性计算机程序产品还包括用于重复所述鉴定编码可变链的至少一个CDR的核酸序列并编辑多个CDR序列的步骤的指令。

33.根据权利要求31所述的非暂时性计算机程序产品，所述非暂时性计算机程序产品还包括指令，所述指令用于：

其中步骤(e)至(h)在步骤(a)至(c)之前、同时或之后进行；

34.根据权利要求31所述的非暂时性计算机程序产品，其中来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码选自以下的抗体片段中的一个或组合：抗体的Fc部分、抗体的单链可变片段(ScFv)、抗体的Fv部分、抗体的Fab片段、抗体的F(ab')2片段、抗体的Fd片段、抗体的IgG样片段、抗体的可变链和抗体的恒定区。

35.根据权利要求30至34所述的非暂时性计算机程序产品，其中来自所述受试者的所述第一组丰富表达的核酸序列编码所述抗体的可变重链和/或可变轻链部分中的一个或组合。

36.根据权利要求30至35中任一项所述的非暂时性计算机程序产品，其中所述筛选步骤包括筛选编码一个或多个B细胞受体(BCR)序列的抗体片段的核酸序列，并且所述计算抗体的克隆性评分的步骤至少部分地由以下公式确定：

其中Ci是重排i的克隆分数，N是重排的总数。

37.根据权利要求30至36所述的非暂时性计算机程序产品，其中所述筛选一系列对照受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括在所述转录组数据上执行FASTQ、MIXCR和VDJtools函数。

38.根据权利要求30至37所述的非暂时性计算机程序产品，其中所述筛选所述受试者的所述转录组中编码一个或多个抗体片段的核酸序列包括执行克隆序列的比对。

39.根据权利要求38所述的非暂时性计算机程序产品，其中所述克隆序列的比对包括执行免疫SEQ功能。

40.根据权利要求30至39中任一项所述的非暂时性计算机程序产品，其中所述样品是来自患有过度增殖细胞疾病的受试者的组织样品。

41.根据权利要求30至40所述的非暂时性计算机程序产品，其中所述样品是选自以下癌症中的癌症组织：多形性胶质母细胞瘤、低级神经胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺腺癌和皮肤癌。

42.一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2206所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2208所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2210所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2216所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2218所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2220所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2226所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2228所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2230所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2236所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2238所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2240所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2246所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2248所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2250所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2256所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2258所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2260所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2266所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2268所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2270所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2276所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2278所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2280所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2286所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2288所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2290所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2296所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2298所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2300所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2306所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2308所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2310所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2316所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2318所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2320所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2326所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2328所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2330所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2336所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2338所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2340所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2346所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2348所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2350所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2356所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2358所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2360所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2366所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2368所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2370所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2376所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2378所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2380所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2386所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2388所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2390所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2396所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2398所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2400所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2406所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2408所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2410所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2416所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2418所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2420所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2426所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2428所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2430所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2436所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2438所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2440所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2446所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2448所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2450所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2456所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2458所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2460所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2466所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2468所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2470所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2476所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2478所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2480所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2486所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2488所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2490所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2496所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2498所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2500所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2506所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2508所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2510所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2516所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2518所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2520所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2526所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2528所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2530所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2536所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2538所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2540所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2546所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2548所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2550所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2556所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2558所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2560所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2566所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2568所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2570所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2576所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2578所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2580所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2586所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2588所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2590所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2596所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2598所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2600所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2606所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2608所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2610所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2616所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2618所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2620所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2626所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2628所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2630所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2636所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2638所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2640所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2646所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2648所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2650所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2656所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2658所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2660所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2666所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2668所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2670所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2676所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2678所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2680所示的氨基酸序列；

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2686所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2688所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2690所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2696所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2698所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2700所示的氨基酸序列；以及

重链CDR1，所述重链CDR1包括如SEQ ID NO:2706所示的氨基酸序列；重链CDR2，所述重链CDR2包括如SEQ ID NO:2708所示的氨基酸序列；重链CDR3，所述重链CDR3包括如SEQ IDNO:2710所示的氨基酸序列；轻链CDR1，所述轻链CDR1包括如SEQ ID NO:2716所示的氨基酸序列；轻链CDR2，所述轻链CDR2包括如SEQ ID NO:2718所示的氨基酸序列；和轻链CDR3，所述轻链CDR3包括如SEQ ID NO:2720所示的氨基酸序列。

43.一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2204所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2204具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2214所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2214具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2224所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2224具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2234所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2234具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2244所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2244具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2254所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2254具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2264所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2264具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2274所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2274具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2284所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2284具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2294所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2294具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2304所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2304具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2314所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2314具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2324所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2324具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2334所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2334具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2344所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2344具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2354所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2354具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2364所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2364具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2374所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2374具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2384所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2384具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2394所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2394具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2404所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2404具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2414所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2414具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2424所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2424具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2434所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2434具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2444所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2444具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2454所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2454具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2464所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2464具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2474所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2474具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2484所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2484具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2494所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2494具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2504所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2504具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2514所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2514具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2524所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2524具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2534所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2534具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2544所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2544具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2554所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2554具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2564所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2564具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2574所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2574具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2584所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2584具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2594所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2594具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2604所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2604具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2614所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2614具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2624所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2624具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2634所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2634具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2644所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2644具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2654所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2654具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2664所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2664具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2674所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2674具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2684所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2684具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2694所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2694具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；和

重链可变域，所述重链可变域包括如SEQ ID NO:2704所示的氨基酸序列或与SEQ IDNO:2704具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链可变域，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2714所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2714具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

44.一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段包括：

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2202所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2202具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2212所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2212具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2222所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2222具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2232所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2232具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2242所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2242具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2252所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2252具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2262所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2262具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2272所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2272具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2282所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2282具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2292所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2292具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2302所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2302具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2312所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2312具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2322所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2322具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2332所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2332具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2342所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2342具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2352所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2352具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2362所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2362具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2372所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2372具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2382所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2382具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2392所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2392具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2402所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2402具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2412所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2412具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2422所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2422具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2432所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2432具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2442所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2442具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2452所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2452具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2462所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2462具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2472所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2472具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2482所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2482具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2492所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2492具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2502所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2502具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2512所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2512具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2522所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2522具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2532所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2532具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2542所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2542具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2552所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2552具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2562所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2562具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2572所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2572具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2582所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2582具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2592所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2592具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2602所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2602具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2612所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2612具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2622所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2622具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2632所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2632具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2642所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2642具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2652所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2652具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2662所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2662具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2672所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2672具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2682所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2682具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2692所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2692具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列；和

重链，所述重链包括如SEQ ID NO:2702所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2702具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，和/或轻链，所述轻链可变域包括如SEQ ID NO:2712所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2712具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

45.根据权利要求44所述的与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，其中

所述重链包括如SEQ ID NO:2202所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2212所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2222所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2232所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2242所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2252所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2262所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2272所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2282所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2292所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2302所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2312所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2322所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2332所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2342所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2352所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2362所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2372所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2382所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2392所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2402所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2412所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2422所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2432所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2442所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2452所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2462所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2472所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2482所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2492所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2502所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2512所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2522所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2532所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2542所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2552所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2562所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2572所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2582所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2592所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2602所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2612所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2622所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2632所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2642所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2652所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2662所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2672所示的氨基酸序列；

所述重链包括如SEQ ID NO:2682所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2692所示的氨基酸序列；或

所述重链包括如SEQ ID NO:2702所示的氨基酸序列，和所述轻链包括如SEQ ID NO:2712所示的氨基酸序列。

46.根据权利要求42至45中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述片段选自由Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、结构域抗体和单链抗体组成的群组。

47.根据权利要求42至46中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段分类为同型，所述同型选自由IgG、IgM、IgD、IgA和IgE组成的群组。

48.一种与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段，所述与肿瘤组织结合的抗体或其抗原结合片段与前述权利要求中任一项所述的抗体或其抗原结合部分竞争。

49.根据权利要求42至48中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合部分受到人源化。

50.一种药物组合物，所述药物组合物包括根据权利要求42至49中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，和药学上可接受的载体。

51.根据权利要求50所述的药物组合物，所述药物组合物受到冻干。

52.一种分离的核酸，所述分离的核酸编码根据权利要求42至48中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。

53.一种载体，所述载体包括根据权利要求52所述的分离的核酸。

54.一种宿主细胞，所述宿主细胞包括根据权利要求53所述的载体。

55.根据权利要求54所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞是原核细胞或真核细胞。

56.根据权利要求55所述的宿主细胞，其中所述真核细胞是原生质细胞、动物细胞、植物细胞、真菌细胞、酵母细胞、哺乳动物细胞、禽细胞或昆虫细胞。

57.根据权利要求56所述的宿主细胞，其中所述哺乳动物细胞是CHO细胞或COS细胞。