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CN119654135A - 用于治疗放线菌纲感染的组合物和方法 - Google Patents

用于治疗放线菌纲感染的组合物和方法 Download PDF

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CN119654135A
CN119654135A CN202380051797.5A CN202380051797A CN119654135A CN 119654135 A CN119654135 A CN 119654135A CN 202380051797 A CN202380051797 A CN 202380051797A CN 119654135 A CN119654135 A CN 119654135A
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J·霍尔德
H·巴特利特
C·格利克曼
S·巴里奥斯
K·所罗门
C·C·道森
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Anduliti Technology Co ltd
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Anduliti Technology Co ltd
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Abstract

本公开的特征是用于治疗例如由分枝杆菌细胞引起的放线菌纲(例如，棒状杆菌目)感染的组合物和方法。在一个方面，本公开的特征是一种含有未包封的蛋白质的组合物，所述未包封的蛋白质包含以下中的一种或多种：(a)溶素A；(b)溶素B；(c)异淀粉酶；和(d)α‑淀粉酶。所述组合物任选地还包含超分子结构，所述超分子结构包含以下中的一种或多种：(a)溶素A；(b)溶素B；(c)异淀粉酶；和(d)α‑淀粉酶。在另一方面，本发明的特征是一种治疗受试者中的细菌感染的方法，所述方法通过以足以治疗所述细菌感染的量和持续时间向所述受试者施用如本文所述的未包封的裂解蛋白的组合物，任选地与包封的裂解蛋白组合而进行。所述包封的裂解蛋白和所述未包封的裂解蛋白能够在相同或不同的组合物中，并且能够同时或依序施用。

Description

用于治疗放线菌纲感染的组合物和方法
序列表
本申请含有已经以XML格式以电子方式提交并且特此通过引用以其整体并入的序列表。2023年4月13日创建的所述XML副本名称为51486-007WO4_Sequence_Listing_4_13_23.xml并且大小为660,323字节。
背景技术
细菌病原体是感染性疾病的主要原因。许多细菌被人免疫系统成功检测到，并在感染发作前迅速清除。然而，一些细菌病原体通过驻留在宿主细胞内而逃避宿主免疫系统。这些细胞内细菌通过在宿主细胞如免疫细胞(例如，巨噬细胞或树突细胞)和宿主细胞内的正确细胞内区室(例如，内体、吞噬体、溶酶体或细胞溶质)内驻留和繁殖而进化出多种免疫逃避技术。由于感染的亚细胞定位可及性的缺乏，所以在宿主细胞内繁殖的细菌感染通常呈现困难治疗障碍。虽然某些抗菌组合物可治疗感染(例如，体外)，但将治疗递送至细菌所驻留的正确亚细胞定位已被证明是具有挑战性的工作。
一组具有挑战性的细胞内细菌感染由分枝杆菌引起。分枝杆菌是由富含分枝菌酸的厚包膜表示的放线菌纲(actinomycetia)(例如，棒状杆菌目(corynebacteriales)或丙酸杆菌目(ropionibacteriales))。分枝杆菌含有包膜，所述包膜含有由脂质组成的细胞膜、由肽聚糖、阿拉伯半乳聚糖层组成的细胞壁以及被称为菌膜(mycomembrane)的外膜，所述菌膜富含分枝菌酸。许多分枝杆菌包膜还含有由多糖(如D-葡聚糖、D-阿拉伯-D-甘露聚糖和D-甘露聚糖)组成的外荚膜(outer capsule)层。这种复杂细胞包膜有助于分枝杆菌的抗寒性，并且特别难以穿透和破坏分枝杆菌细胞。
这些细菌还含有复杂的生命周期，其中细菌驻留在细胞质中或其它亚细胞区室内或宿主细胞外。分枝杆菌被宿主细胞内吞，这些内吞的囊泡可以与细胞内的细胞器融合，例如内体、吞噬体或溶酶体。一旦进入这些细胞内区室，细菌就能复制和生长。随后，膜溶解并释放细菌到细胞质中，在那里继续生长。随后，细菌裂解宿主细胞并以游离细菌形式传播。这种游离形式的细菌可能从肺吞噬细胞等释放出来后出现在脾脏和肝脏中，导致感染扩大，最终导致死亡。
由于细菌的生命周期复杂，很难在时空上将细菌靶向到适当的位置以有效治疗感染。例如，当在宿主细胞内时，必须在正确的生命周期阶段靶向正确的细胞内区室，或者在宿主细胞裂解后靶向细胞外位置。因此，需要用于靶向和治疗细菌感染(如由分枝杆菌引起的那些)的改进的组合物和方法。患者可能同时具有处于生命周期的各种阶段的分枝杆菌。
发明内容
在一个方面，本发明的特征是一种含有未包封的蛋白质的组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种(例如，两种或更多种、三种或更多种或全部四种)：(a)溶素A；(b)溶素B；(c)异淀粉酶；和(d)α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和溶素B。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和异淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B和异淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含异淀粉酶和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B和异淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、异淀粉酶和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，本发明的特征是一种含有未包封的蛋白质的组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种(例如，两种或更多种、三种或更多种或全部四种)：(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；和(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，本发明的特征是一种含有未包封的蛋白质的组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种(例如，两种或更多种、三种或更多种或全部四种)：(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；和(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和溶素B，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和溶素B，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B和异淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B和异淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含异淀粉酶和α-淀粉酶，并且异淀粉酶包含与SEQID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含异淀粉酶和α-淀粉酶，并且异淀粉酶包含与SEQID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ IDNO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ IDNO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ IDNO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ IDNO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ IDNO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2的氨基酸序列；溶素B包含SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184的氨基酸序列；异淀粉酶包含SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含SEQ ID NO:393-398中的任一个的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:393的α-淀粉酶。在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ ID NO:394的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:395的α-淀粉酶。在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ ID NO:396的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:397的α-淀粉酶。在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ ID NO:398的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含浓度为0.1mg/mL至20mg/mL(例如，例如0.1mg/mL至1mg/mL，例如0.1mg/mL、0.2mg/mL、0.3mg/mL、0.4mg/mL、0.5mg/mL、0.6mg/mL、0.7mg/mL、0.8mg/mL、0.9mg/mL或1mg/mL，例如1mg/mL至10mg/mL，例如2mg/mL、3mg/mL、4mg/mL、5mg/mL、6mg/mL、7mg/mL、8mg/mL、9mg/mL、10mg/mL，例如10mg/mL至20mg/mL，例如11mg/mL、12mg/mL、13mg/mL、14mg/mL、15mg/mL、16mg/mL、17mg/mL、18mg/mL、19mg/mL或20mg/mL)的蛋白质(例如，溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶)。在一些实施方案中，组合物包含浓度为1mg/mL至10mg/mL的溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物还包含超分子结构，所述超分子结构包含以下中的一种或多种(例如，两种或更多种、三种或更多种或全部四种)：(a)溶素A；(b)溶素B；(c)异淀粉酶；和(d)α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和溶素B。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和异淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B和异淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含异淀粉酶和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B和异淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、异淀粉酶和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物还包含超分子结构，所述超分子结构包含以下中的一种或多种(例如，两种或更多种、三种或更多种或全部四种)：(a)溶素A，其包含与SEQ IDNO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(c)异淀粉酶，其包含与SEQID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；和(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，组合物还包含超分子结构，所述超分子结构包含以下中的一种或多种(例如，两种或更多种、三种或更多种或全部四种)：(a)溶素A，其包含与SEQ IDNO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(c)异淀粉酶，其包含与SEQID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；和(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和溶素B，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和溶素B，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ IDNO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ IDNO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ IDNO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ IDNO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B和异淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ IDNO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B和异淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ IDNO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ IDNO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ IDNO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含异淀粉酶和α-淀粉酶，并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含异淀粉酶和α-淀粉酶，并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含SEQ IDNO:1或SEQ ID NO:2的氨基酸序列；溶素B包含SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184的氨基酸序列；异淀粉酶包含SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含SEQID NO:393-398中的任一个的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:393的α-淀粉酶。在一些超分子结构中，组合物包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ IDNO:394的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:395的α-淀粉酶。在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ IDNO:396的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:397的α-淀粉酶。在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ IDNO:398的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，超分子结构的Z-平均粒径是75nm至5μm，例如75nm至2μm、75nm至1μm，例如75nm至750nm(例如，250nm至750nm或75nm至250nm)。在一些实施方案中，当超分子结构为LNP或胶束时，Z-平均粒径是75nm至250nm。在一些实施方案中，当超分子结构为囊泡(例如，脂质体)时，Z-平均粒径是250nm至750nm。Z-平均粒径的非限制性实例包括例如75nm至100nm，例如75nm至85nm(例如80nm)，例如80nm至140nm、90nm至130nm或110nm至130nm(例如120nm)，例如200nm至300nm，例如250nm至300nm、260nm至290nm、260nm至280nm、265nm至275nm(例如270nm)，例如300nm至400nm、400nm至600nm，例如450nm至550nm、475nm至525nm、480nm至520nm、490nm至510nm、495nm至505nm(例如500nm)，例如75nm、80nm、85nm、90nm、95nm、100nm、105nm、110nm、115nm、120nm、125nm、130nm、135nm、140nm、145nm、150nm、155nm、160nm、165nm、170nm、175nm、180nm、185nm、190nm、195nm、200nm、205nm、210nm、215nm、220nm、225nm、230nm、235nm、240nm、245nm、250nm、255nm、260nm、265nm、270nm、275nm、280nm、285nm、290nm、295nm、300nm、305nm、310nm、315nm、320nm、325nm、330nm、335nm、340nm、345nm、350nm、355nm、360nm、365nm、370nm、375nm、380nm、385nm、390nm、395nm、400nm、405nm、410nm、415nm、420nm、425nm、430nm、435nm、440nm、445nm、450nm、455nm、460nm、465nm、470nm、475nm、480nm、485nm、490nm、495nm、500nm、505nm、510nm、515nm、520nm、525nm、530nm、535nm、540nm、545nm、550nm、555nm、560nm、565nm、570nm、575nm、580nm、585nm、590nm、595nm、600nm、605nm、610nm、615nm、620nm、625nm、630nm、635nm、640nm、645nm、650nm、655nm、660nm、665nm、670nm、675nm、680nm、685nm、690nm、695nm、700nm、705nm、710nm、715nm、720nm、725nm、730nm、735nm、740nm、745nm、750nm、755nm、760nm、765nm、770nm、775nm、780nm、785nm、790nm、795nm、800nm、805nm、810nm、815nm、820nm、825nm、830nm、835nm、840nm、845nm、850nm、855nm、860nm、865nm、870nm、875nm、880nm、885nm、890nm、895nm、900nm、905nm、910nm、915nm、920nm、925nm、930nm、935nm、940nm、945nm、950nm、955nm、960nm、965nm、970nm、975nm、980nm、985nm、990nm、995nm、1μm、1.1μm、1.2μm、1.3μm、1.4μm、1.5μm、1.6μm、1.7μm、1.8μm、1.9μm、2μm、2.1μm、2.2μm、2.3μm、2.4μm、2.5μm、2.6μm、2.7μm、2.8μm、2.9μm、3μm、3.1μm、3.2μm、3.3μm、3.4μm、3.5μm、3.6μm、3.7μm、3.8μm、3.9μm、4μm、4.1μm、4.2μm、4.3μm、4.4μm、4.5μm、4.6μm、4.7μm、4.8μm、4.9μm或5μm。在一些实施方案中，超分子结构的Z-平均粒径是80nm、270nm或500nm。在一些实施方案中，超分子结构包括75nm至750nm的Z-平均粒径。在一些实施方案中，Z-平均粒径是250nm至750nm。在一些实施方案中，Z-平均粒径是75nm至250nm。
在一些实施方案中，超分子结构是脂质纳米颗粒。
在一些实施方案中，超分子结构是胶束。
在一些实施方案中，超分子结构是脂质体。脂质体可以是单层的。或者，脂质体可以是多层的。
在一些实施方案中，超分子结构包括0.05至0.3的多分散性指数。
在一些实施方案中，超分子结构包含一种或多种脂质。
在一些实施方案中，一种或多种脂质中的至少一种可以是例如可电离脂质。脂质可以是例如1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱(DOPC)、1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸乙醇胺(DOPE)或1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸-L-丝氨酸(DOPS)。
在一些实施方案中，脂质是固醇，例如胆固醇或其衍生物。
在一些实施方案中，超分子结构包含脂质的混合物。例如，脂质的混合物可包括DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇中的两种或更多种。
在一些实施方案中，DOPC和DOPE以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC和DOPS以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPE和DOPS以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPE和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPS和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇以1-20:1-20:1-5:1-5的摩尔比存在。例如，在一些实施方案中，DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇以10:10:3:4的摩尔比存在。
在一些实施方案中，超分子结构包含浓度为0.1mg/mL至10mg/mL(例如，0.1mg/mL至1mg/mL，例如0.1mg/mL、0.2mg/mL、0.3mg/mL、0.4mg/mL、0.5mg/mL、0.6mg/mL、0.7mg/mL、0.8mg/mL、0.9mg/mL或1mg/mL，例如1mg/mL至10mg/mL，例如2mg/mL、3mg/mL、4mg/mL、5mg/mL、6mg/mL、7mg/mL、8mg/mL、9mg/mL或10mg/mL)的脂质。在一些实施方案中，超分子结构包含浓度为1mg/mL至5mg/mL的脂质。
在一些实施方案中，超分子结构包含浓度为0.1mg/mL至20mg/mL(例如，例如0.1mg/mL至1mg/mL，例如0.1mg/mL、0.2mg/mL、0.3mg/mL、0.4mg/mL、0.5mg/mL、0.6mg/mL、0.7mg/mL、0.8mg/mL、0.9mg/mL或1mg/mL，例如1mg/mL至10mg/mL，例如2mg/mL、3mg/mL、4mg/mL、5mg/mL、6mg/mL、7mg/mL、8mg/mL、9mg/mL、10mg/mL，例如10mg/mL至20mg/mL，例如11mg/mL、12mg/mL、13mg/mL、14mg/mL、15mg/mL、16mg/mL、17mg/mL、18mg/mL、19mg/mL或20mg/mL)的蛋白质(例如，溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶)。在一些实施方案中，组合物包含浓度为1mg/mL至10mg/mL的溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶。
在一些实施方案中，本文所述的超分子结构与一种或多种缓冲剂和/或赋形剂一起配制。例如，超分子结构(例如，含有裂解酶的混合物的脂质体)可例如以10mM至200mM，例如50mm至150mm，例如10mM、20mm、30mm、40mm、50mm、60mm、70mm、80mm、90mM、100mM、110mM、120mM、130mM、140mM、150mM、160mM、170mM、180mM、190mM或200mM的浓度包封和/或配制在缓冲剂(诸如甘氨酸、Tris、柠檬酸钠、乙酸钠和MES)中。超分子结构可在5至11的pH(例如5至6，例如5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9或6，例如6至11，例如6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、10.5或11的pH)下配制。超分子结构还可包含一种或多种赋形剂，诸如CaCl2、精氨酸、NaCl、柠檬酸钠、MgCl2或甘油。在一些实施方案中，超分子结构包含例如5mM至10mMCaCl2、0至50mM精氨酸、0至200mM NaCl、0至1mM柠檬酸钠、0至1mM MgCl2和/或10％-30％甘油。在一些实施方案中，超分子结构包含50mM甘氨酸(pH 8.5)、7.5mM CaCl2、0.5mM MgCl2、200mM NaCl、0.33mM柠檬酸钠和10％甘油。制剂还可包含TWEEN，例如TWEEN-80。
在一些实施方案中，超分子结构还包含靶向部分。靶向部分可以是例如靶向专职抗原呈递细胞(例如，巨噬细胞或树突细胞)的细胞外靶向部分。在一些实施方案中，靶向部分是磷脂酰丝氨酸。
在另一方面，本发明的特征是一种治疗受试者中的细菌感染的方法。所述方法包括以足以治疗细菌感染的量和持续时间向受试者施用如本文所述的(例如，以上实施方案中任一项的)组合物。
在一些实施方案中，所述方法还包括施用超分子结构，所述超分子结构包含以下中的一种或多种(例如，两种或更多种、三种或更多种或全部四种)：(a)溶素A，其包含与SEQID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；和(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述方法还包括施用超分子结构，所述超分子结构包含以下中的一种或多种(例如，两种或更多种、三种或更多种或全部四种)：(a)溶素A，其包含与SEQID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；和(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和溶素B，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和溶素B，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ IDNO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ IDNO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ IDNO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ IDNO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B和异淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ IDNO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B和异淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ IDNO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ IDNO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ IDNO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含异淀粉酶和α-淀粉酶，并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含异淀粉酶和α-淀粉酶，并且异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B和异淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且异淀粉酶包含与SEQID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶，并且溶素A包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2的氨基酸序列；溶素B包含SEQ ID NO:183或SEQ IDNO:184的氨基酸序列；异淀粉酶包含SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243的氨基酸序列；并且α-淀粉酶包含SEQ ID NO:393-398中的任一个的氨基酸序列。
在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:393的α-淀粉酶。在一些超分子结构中，组合物包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ IDNO:394的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:395的α-淀粉酶。在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ IDNO:396的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:397的α-淀粉酶。在一些实施方案中，超分子结构包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ IDNO:398的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物在超分子结构之前施用。
在一些实施方案中，组合物在超分子结构之后施用。
在一些实施方案中，组合物与超分子结构基本上同时施用。
在一些实施方案中，细菌感染由放线菌纲细菌引起。在一些实施方案中，放线菌纲是棒状杆菌目或丙酸杆菌目。在一些实施方案中，棒状杆菌目是分枝杆菌属物种。
在一些实施方案中，分枝杆菌属物种是结核分枝杆菌(M.tuberculosis)、麻风分枝杆菌(M.leprae)、弥漫型麻风分枝杆菌(M.lepromatosis)、鸟分枝杆菌(M.avium)、堪萨斯分枝杆菌(M.kansasii)、偶发分枝杆菌(M.fortuitum)、龟分枝杆菌(M.chelonae)、海洋分枝杆菌(M.marinum)、胞内分枝杆菌(M.intracellulare)、脓肿分枝杆菌(M.abscessus)、奇美拉分枝杆菌(M.chimera)、博莱分枝杆菌(M.boletti)、偶发分枝杆菌(M.fortuitum)、古德分枝杆菌(M.goodii)或马赛分枝杆菌(M.masiliense)。
在一些实施方案中，棒状杆菌目是诺卡氏菌属(Nocardia)、棒状杆菌属(Corynebacterium)或红球菌属(Rhodococcus)物种。
在一些实施方案中，丙酸杆菌目是丙酸杆菌属(Cutibacterium)物种。
在一些实施方案中，本文所述的组合物和方法可用于靶向具有与分枝杆菌相似的包膜组分的其它放线菌纲(例如，棒状杆菌目或丙酸杆菌目)。例如，组合物和方法可用于靶向诺卡氏菌属、棒状杆菌属或红球菌属物种。例如，诺卡氏菌属物种可以是例如，巴西诺卡氏菌(N.brasiliensis)、盖尔森基兴诺卡氏菌(N.cyriacigeorgica)、皮疽诺卡氏菌(N.farcinica)、新星诺卡氏菌(N.nova)、星形诺卡氏菌(N.asteroids)、巴西诺卡氏菌和豚鼠诺卡氏菌(N.caviae)。棒状杆菌属物种可以是例如，谷氨酸棒状杆菌(C.glutamicum)或白喉棒状杆菌(C.diphtheriae)。红球菌属物种可以是例如，带化红球菌(R.fascians)或马红球菌(R.equi)。
在一些实施方案中，组合物和方法可用于靶向丙酸杆菌属物种。丙酸杆菌属物种可以是例如，痤疮丙酸杆菌(C.acnes)。
在一些实施方案中，所述方法还包括施用抗生素。在一些实施方案中，抗生素是头孢菌素、碳青霉烯、青霉素、氨基糖苷、头孢菌素、利福霉素、大环内酯或氟喹诺酮。在一些实施方案中，抗生素是氨硫脲、sq-109、贝达喹啉、德拉马尼(delamanid)、吡嗪酰胺或异烟肼。在一些实施方案中，抗生素是阿奇霉素、克拉霉素、乙胺丁醇、利福平、比阿培南或阿米卡星。在一些实施方案中，抗生素是大环内酯(例如，阿奇霉素、克拉霉素、红霉素)。在一些实施方案中，抗生素是大环内酯(例如，阿奇霉素、克拉霉素、红霉素)。在一些实施方案中，抗生素是氨基糖苷(例如，卡那霉素A、阿米卡星、妥布霉素、地贝卡星、庆大霉素、西索米星、奈替米星、新霉素(例如，新霉素B、C或E)、链霉素或普拉米星)。
在一些实施方案中，静脉内、经口、局部或通过吸入(例如，通过气雾剂)施用组合物。
在一些实施方案中，本文所述的组合物和方法靶向在其生命周期的至少一部分中驻留在细胞外的细菌。
在一些实施方案中，本文所述的组合物和方法靶向在其生命周期的至少一部分中驻留在细胞内的细菌。
在一些实施方案中，本文所述的组合物和方法靶向在其生命周期的至少一部分中驻留在细胞外和细胞内的细菌。
定义
如本文所用，术语“约”是指所列举的值的+/-10％。
如本文所用，“组合疗法”或“组合施用”是指将两种(或更多种)剂或治疗作为针对特定疾病或疾患的限定治疗方案的一部分施用于受试者。治疗方案定义了每种剂的剂量和施用周期，以使单独剂对受试者的作用重叠和/或允许协同作用。在一些实施方案中，两种或更多种剂的递送是同时或并行的，并且所述剂可共同配制。在一些实施方案中，两种或更多种剂不是共同配制的，并且作为处方方案的一部分以顺序方式施用。在一些实施方案中，两种或更多种剂或治疗的组合施用使得与疾病相关的症状或其它参数的减少大于在单独递送的一种剂或治疗或在不存在另一者的情况下观察到的减少。两种治疗的作用可部分累加、完全累加或大于累加(例如，协同作用)。顺序或实质上同时施用每种治疗剂可通过包括但不限于经口途径、静脉内途径、肌内途径、局部途径以及通过粘膜组织直接吸收的任何适当的途径进行。可通过相同途径或通过不同途径施用治疗剂。例如，可通过静脉内注射施用组合的第一治疗剂，同时可经口施用组合的第二治疗剂。
如本文所用，术语本文所述的例如，在细胞、样品或受试者中产生治疗作用的剂的“有效量”、“治疗有效量”和“足够量”是指当施用至细胞、样品或包括人的受试者时足以产生有益或所需的结果(包括临床前或临床结果)的量，并且因此，“有效量”或其同义词取决于其所应用的背景。例如，在治疗病症的情况下，其是与未施用剂的情况下所获得的反应相比，足以实现治疗反应的剂的量。给定剂的量将根据各种因素而变化，诸如给定剂、药物制剂、施用途径、细菌感染的严重程度、生物标志物，例如所治疗的受试者的年龄、性别和/或体重、样品或宿主细胞(例如，哺乳动物免疫细胞)等，但是仍然可由本领域的普通技术人员常规地确定。同样，如本文所用，术语剂的“治疗有效量”是与对照相比，在细胞或受试者中产生有益或所需的结果的量。如本文所定义，剂的治疗有效量可由普通技术人员通过本领域已知的常规方法容易地确定。可调整剂量方案以提供最佳治疗反应。
如本文所用，术语“抗菌裂解蛋白”是指具有针对细菌的杀菌和/或溶菌活性的蛋白质。抗菌裂解蛋白的非限制性实例包括穿孔素(holin)、溶素(例如，溶素A和/或溶素B)、淀粉酶(例如，异淀粉酶或α-淀粉酶)、荚膜解聚酶(例如，水解酶、金属水解酶、环氧化物水解酶、肽聚糖水解酶、多糖酶、多糖裂解酶、内切唾液酸酶、透明质酸裂解酶或海藻酸裂解酶)、β内酰胺酶和溶菌酶。
如本文所用，“脂质纳米颗粒”或“LNP”是包括脂质层的囊泡，所述脂质层包封基本上固体的脂质核心；所述脂质核心可含有药物活性分子。LNP通常含有阳离子脂质、非阳离子脂质和防止颗粒聚集的脂质(例如，PEG-脂质缀合物)。
如本文所用，术语“脂质体”是指由设置在至少一个双层(例如一个双层或多个双层)中的两亲性脂质构成的囊泡。脂质体包括单层和多层(例如，2、3、4、5个或更多个层)囊泡，所述囊泡具有由亲脂性材料形成的膜和水性内部。水性部分含有抗菌裂解蛋白或抗菌裂解蛋白与其它组分的混合物。亲脂性材料从通常不包括噬菌体蛋白的水性外部(尽管在一些实例中，它可能包括)分离水性内部。脂质体还包括“空间稳定的”脂质体，其是如本文所用的指包含一种或多种专门化脂质的脂质体的术语，当并入脂质体中时所述专门化脂质导致相对于缺少此类专门化脂质的脂质体而言增加的循环寿命。
“胶束”在本文中定义为特定类型的基本上球形的超分子结构，其中两亲性分子(例如脂质)被布置成使得所述分子的疏水性部分向内指向核心，从而使亲水性部分与周围的水相接触。如果周围环境是疏水性的，则存在相反的布置。胶束核心可含有抗菌裂解蛋白或蛋白质的混合物。
如本文所用，术语“受试者”是指可例如出于实验、诊断、预防和/或治疗目的向其施用根据本发明的组合物的任何生物体。典型的受试者包括任何动物(例如，哺乳动物，诸如小鼠、大鼠、兔、非人灵长类动物和人)。受试者可寻求或需要治疗、要求治疗、正在接受治疗、将接受治疗、或者是针对特定疾病或疾患在受过训练的专业人员护理下的人或动物。
如本文所用，术语“超分子结构”是指通过非共价键如氢键、范德华力、静电相互作用、疏水效应和π-π相互作用保持在一起的分子复合物。超分子结构可包括形成例如球状结构的大的分子复合物。超分子结构包括例如基于脂质的超分子结构，诸如脂质体、脂质纳米颗粒和胶束。
如本文所用，术语“靶向细胞内区室”是指内体、吞噬体、溶酶体或细胞溶质。
如本文所用，术语“未包封的蛋白质”是指不存在于超分子结构中的游离蛋白质。例如，未包封的蛋白质不配制在脂质体、脂质纳米颗粒或胶束内。
如本文所用，术语“靶向部分”表示与受体或与给定靶细胞群体(例如，专职抗原呈递细胞，例如，巨噬细胞或树突细胞)相关的其它接受部分特异性地结合或反应性缔合或络合的部分(例如，小分子，例如碳水化合物)。因此，靶向部分可用于使本文所述的超分子结构靶向例如专职抗原呈递细胞(例如，巨噬细胞或树突细胞)。
“囊泡”在本文中被定义为一种类型的超分子结构，其中两亲性分子(例如，脂质)共同定义体积，例如，基本上球形的体积。两亲性分子(例如，脂质)通常构成囊泡的至少一个壳。在这种壳中，两亲性分子布置在双层中，其中所述两亲性分子的亲水性部分相对于双层平面向外定向并且所述两亲性分子的疏水性部分主要设置在双层内。如果周围介质是疏水性的，则存在相反的布置。
附图说明
图1是显示用游离溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶(ABIα)或含有ABIα的脂质体治疗的脓肿分枝杆菌感染的巨噬细胞的连续稀释的图。
具体实施方式
分枝杆菌是由富含分枝菌酸的厚包膜表示的放线菌纲(例如，棒状杆菌目或丙酸杆菌目)。分枝杆菌从外到内含有荚膜、分枝菌酸层、阿拉伯半乳聚糖(AGL)层、肽聚糖(PG)、质膜和细胞质。这种复杂细胞包膜有助于分枝杆菌的抗寒性，并且特别难以穿透和破坏，这是有效治疗分枝杆菌感染所需的。
此外，这些细菌还含有复杂的生命周期，其中细菌驻留在细胞质中或宿主细胞的其它亚细胞区室内或宿主细胞外。分枝杆菌被宿主细胞内吞，这些内吞的囊泡可以与细胞内的细胞器融合，例如内体、吞噬体或溶酶体。一旦进入这些细胞内区室，细菌就能复制和生长。随后，膜溶解并释放细菌到细胞质中，在那里继续生长。随后，细菌裂解宿主细胞并以游离细菌形式传播。这种游离形式的细菌可能从肺吞噬细胞等释放出来后出现在脾脏和肝脏中，导致感染扩大，最终导致死亡。
由于细菌的生命周期复杂，很难在时空上将细菌靶向到适当的位置以有效治疗感染。例如，当在宿主细胞内时，必须在正确的生命周期阶段靶向正确的细胞内区室，或者在宿主细胞裂解后靶向细胞外位置。因此，需要用于靶向和治疗细菌感染(如由分枝杆菌引起的那些)的改进的组合物和方法。
本发明通过物质组合物及其使用方法解决了该问题，所述物质组合物被合理设计以降解分枝杆菌包膜并特异性地靶向分枝杆菌生命周期的游离形式吞噬体内阶段和细胞内生命周期阶段。组合物包含被引发以杀死宿主细胞内外的细菌细胞的未包封的抗菌裂解蛋白的混合物。组合物还可包含靶向宿主细胞(例如，巨噬细胞或树突细胞)和正确的靶向细胞内区室(内体、吞噬体、溶酶体或细胞溶质)以靶向细胞内生命周期阶段的超分子结构(例如，脂质体)。脂质体将有效载荷引导至正确细胞类型和细胞内区室，而抗菌裂解蛋白的混合物则降解分枝杆菌包膜。游离形式的酶可从外到内降解包膜，而内化的超分子结构可从内到外降解包膜以杀死细菌。
本文所述的组合物包含含有溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶中的两种或更多种的混合物。裂解蛋白的这种组合在杀死分枝杆菌细胞和相关放线菌纲方面特别有利。为了得到蛋白质组分，我们首先合理地攻击了分枝杆菌包膜的三个层，即荚膜、分枝菌酸与AGL层之间的连接点和肽聚糖层。对于许多放线菌纲，诸如棒状杆菌目(例如分枝杆菌)和丙酸杆菌目(诸如cutibacteria)，观察到在基本结构水平下的包膜组分。
这些热稳定复合物表现出稳健的抗分枝杆菌作用，并且可用于治疗具有相似包膜结构的多种分枝杆菌和相关放线菌纲(例如，棒状杆菌目或丙酸杆菌目)引起的感染。
抗菌裂解蛋白
本发明的特征是含有溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶中的一种或多种(例如，一种、两种、三种或四种)的组合物。本发明的特征还在于含有未包封的蛋白质的组合物，所述组合物含有溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶中的两种或更多种(例如，两种、三种或四种)。本发明的特征还在于组合物，所述组合物还包含含有溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶中的一种或多种(例如，一种、两种、三种或四种)的超分子复合物(例如，脂质体)。用于掺入本文所述的组合物中的合适的裂解蛋白示于下表1中。这些蛋白质例如与这些蛋白质的其它直系同源物相比，表现出改善的表达、热稳定性和抗菌作用。
表1.裂解蛋白序列
本文所述的组合物可包含溶素A，所述溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。溶素A可包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2的氨基酸序列或由其组成。
本文所述的组合物可包含溶素B，所述溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。溶素B可包含SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184的氨基酸序列或由其组成。
本文所述的组合物可包含异淀粉酶，所述异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQID NO:243具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。异淀粉酶可包含SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243的氨基酸序列或由其组成。
本文所述的组合物可包含α-淀粉酶，所述α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。α-淀粉酶可包含SEQ ID NO:393-398中的任一个的氨基酸序列或由其组成。
本文所述的组合物可包含α-淀粉酶，所述α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393或SEQID NO:394具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。α-淀粉酶可包含SEQ ID NO:393或SEQ ID NO:394的氨基酸序列或由其组成。
在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:393的α-淀粉酶。在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ ID NO:394的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:395的α-淀粉酶。在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ ID NO:396的α-淀粉酶。
在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:1的溶素A、SEQ ID NO:183的溶素B、SEQ ID NO:242的异淀粉酶和SEQ ID NO:397的α-淀粉酶。在一些实施方案中，组合物包含SEQ ID NO:2的溶素A、SEQ ID NO:184的溶素B、SEQ ID NO:243的异淀粉酶和SEQ ID NO:398的α-淀粉酶。
鉴定了可用于本文所述的组合物和方法中的额外序列。在一些实施方案中，组合物包含溶素A，所述溶素A包含与如下表2中所示的SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
表2.溶素A序列
鉴定了可用于本文所述的组合物和方法中的额外序列。在一些实施方案中，组合物包含溶素B，所述溶素B包含与如下表3中所示的SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
表3.溶素B序列
鉴定了可用于本文所述的组合物和方法中的额外序列。在一些实施方案中，组合物包含异淀粉酶，所述异淀粉酶包含与如下表4中所示的SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
表4.异淀粉酶序列
鉴定了可用于本文所述的组合物和方法中的额外序列。在一些实施方案中，组合物包含α-淀粉酶，所述α-淀粉酶包含与如下表5中所示的SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％(例如，至少90％、95％、97％、99％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
表5.α-淀粉酶序列
本领域技术人员将理解，本文所述的裂解蛋白可重组产生。因此，蛋白质可含有合适的纯化标签，诸如含有例如存在于蛋白质的N末端或C末端的三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个组氨酸残基的His标签。蛋白质还可含有存在于蛋白质的N末端或C末端的可去除信号序列。
本领域技术人员还应理解，本文所述的裂解蛋白可包括其生物活性片段，例如，可被截短例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100个或更多个氨基酸、但仍然基本上保留其生物活性的如本文所述的裂解蛋白的片段。
在一些实施方案中，裂解蛋白(例如，未包封的蛋白质)中的一种或多种是甘露糖基化的。这种甘露糖基化可允许蛋白质靶向例如抗原呈递细胞内的细胞内目的地。
在一些实施方案中，组合物包含浓度为0.1mg/mL至20mg/mL(例如，例如0.1mg/mL至1mg/mL，例如0.1mg/mL、0.2mg/mL、0.3mg/mL、0.4mg/mL、0.5mg/mL、0.6mg/mL、0.7mg/mL、0.8mg/mL、0.9mg/mL或1mg/mL，例如1mg/mL至10mg/mL，例如2mg/mL、3mg/mL、4mg/mL、5mg/mL、6mg/mL、7mg/mL、8mg/mL、9mg/mL、10mg/mL，例如10mg/mL至20mg/mL，例如11mg/mL、12mg/mL、13mg/mL、14mg/mL、15mg/mL、16mg/mL、17mg/mL、18mg/mL、19mg/mL或20mg/mL)的蛋白质(例如，溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶)。在一些实施方案中，组合物包含浓度为1mg/mL至10mg/mL的溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶。
细菌感染
本文所述的组合物可用于治疗细菌感染。在一些实施方案中，本文所述的组合物靶向在其生命周期的至少一部分中驻留在细胞外的细菌。在一些实施方案中，本文所述的组合物靶向在其生命周期的至少一部分中驻留在细胞内的细菌。细胞内细菌驻留在宿主细胞内，在所述宿主细胞内所述细胞内细菌繁殖并引起感染。细胞内细菌可驻留在免疫细胞(如专职抗原细胞)内。专职抗原呈递细胞(APC)包括巨噬细胞、树突细胞和吞噬细胞，诸如巨噬细胞。APC在其表面上加工和展示与主要组织相容性复合物(MHC)复合的抗原。APC将抗原置于细菌病原体的MHC 2类上，所述抗原由T细胞识别，然后刺激具有与抗原互补的抗体的B细胞。这导致编码特异性抗体的特异性B细胞的增殖，以对抗具有所述抗原的生物体。某些细菌通过隐藏在免疫细胞内来逃避这种免疫反应。
本文所述的组合物和方法可用于靶向分枝杆菌，诸如驻留在专职抗原呈递细胞(例如，巨噬细胞或树突细胞)中的细胞内分枝杆菌。在一些实施方案中，分枝杆菌物种是结核分枝杆菌、麻风分枝杆菌、弥漫型麻风分枝杆菌、鸟分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、偶发分枝杆菌、龟分枝杆菌、海洋分枝杆菌、胞内分枝杆菌、脓肿分枝杆菌、奇美拉分枝杆菌、博莱分枝杆菌、偶发分枝杆菌、古德分枝杆菌或马赛分枝杆菌。在特定实施方案中，分枝杆菌属是NTM。在一些实施方案中，NTM是脓肿分枝杆菌、胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌、奇美拉分枝杆菌、博莱分枝杆菌、偶发分枝杆菌、古德分枝杆菌和马赛分枝杆菌。
在一些实施方案中，本文所述的组合物和方法可用于靶向具有与分枝杆菌相似的包膜组分的其它放线菌纲(例如，棒状杆菌目或丙酸杆菌目)。例如，组合物和方法可用于靶向诺卡氏菌属、棒状杆菌属或红球菌属物种。例如，诺卡氏菌属物种可以是例如，巴西诺卡氏菌(N.brasiliensis)、盖尔森基兴诺卡氏菌(N.cyriacigeorgica)、皮疽诺卡氏菌(N.farcinica)、新星诺卡氏菌(N.nova)、星形诺卡氏菌(N.asteroids)、巴西诺卡氏菌和豚鼠诺卡氏菌(N.caviae)。棒状杆菌属物种可以是例如，谷氨酸棒状杆菌(C.glutamicum)或白喉棒状杆菌(C.diphtheriae)。红球菌属物种可以是例如，带化红球菌或马红球菌。组合物和方法可用于靶向丙酸杆菌目，诸如丙酸杆菌属物种。丙酸杆菌属物种可以是例如，痤疮丙酸杆菌(C.acnes)。
超分子结构
超分子结构可用于配制用于递送的裂解酶的混合物。超分子结构包括通过非共价键如氢键、范德华力、静电相互作用、离子偶极力、疏水效应和π-π相互作用保持在一起的限定分子(例如，脂质)复合物。超分子结构可包括形成球状、棒状、螺旋状或片状结构的大的分子复合物。超分子结构包括例如基于脂质的超分子结构，诸如胶束、脂质体和LNP。超分子结构可具有预定大小。结构的大小可基于所述结构内包装的组分(例如，蛋白质的大小)而变化。超分子复合物被细胞(例如，专职抗原呈递细胞，诸如巨噬细胞或树突细胞)内吞，并且抗菌裂解蛋白被递送至细菌所驻留的靶向细胞内区室(内体、吞噬体、溶酶体或细胞溶质)。
在一些实施方案中，使用特定粒度来接近某种内吞途径以将结构引导至适当的靶向细胞内区室。超分子结构可例如通过网格蛋白依赖性内吞作用或通过小窝蛋白依赖性内吞作用被内吞并递送至靶向细胞内区室。超分子结构的粒度，例如Z-平均粒径可从75nm至5μm，例如75nm至2μm、75nm至1μm，例如75nm至750nm(例如，250nm至750nm或75nm至250nm)变化。在一些实施方案中，当超分子结构为LNP或胶束时，Z-平均粒径是75nm至250nm。在一些实施方案中，当超分子结构为囊泡(例如，脂质体)时，Z-平均粒径是250nm至750nm。Z-平均粒径的非限制性实例包括例如75nm至100nm，例如75nm至85nm(例如80nm)，例如80nm至140nm、90nm至130nm或110nm至130nm(例如120nm)，例如200nm至300nm，例如250nm至300nm、260nm至290nm、260nm至280nm、265nm至275nm(例如270nm)，例如300nm至400nm、400nm至600nm，例如450nm至550nm、475nm至525nm、480nm至520nm、490nm至510nm、495nm至505nm(例如500nm)，例如75nm、80nm、85nm、90nm、95nm、100nm、105nm、110nm、115nm、120nm、125nm、130nm、135nm、140nm、145nm、150nm、155nm、160nm、165nm、170nm、175nm、180nm、185nm、190nm、195nm、200nm、205nm、210nm、215nm、220nm、225nm、230nm、235nm、240nm、245nm、250nm、255nm、260nm、265nm、270nm、275nm、280nm、285nm、290nm、295nm、300nm、305nm、310nm、315nm、320nm、325nm、330nm、335nm、340nm、345nm、350nm、355nm、360nm、365nm、370nm、375nm、380nm、385nm、390nm、395nm、400nm、405nm、410nm、415nm、420nm、425nm、430nm、435nm、440nm、445nm、450nm、455nm、460nm、465nm、470nm、475nm、480nm、485nm、490nm、495nm、500nm、505nm、510nm、515nm、520nm、525nm、530nm、535nm、540nm、545nm、550nm、555nm、560nm、565nm、570nm、575nm、580nm、585nm、590nm、595nm、600nm、605nm、610nm、615nm、620nm、625nm、630nm、635nm、640nm、645nm、650nm、655nm、660nm、665nm、670nm、675nm、680nm、685nm、690nm、695nm、700nm、705nm、710nm、715nm、720nm、725nm、730nm、735nm、740nm、745nm、750nm、755nm、760nm、765nm、770nm、775nm、780nm、785nm、790nm、795nm、800nm、805nm、810nm、815nm、820nm、825nm、830nm、835nm、840nm、845nm、850nm、855nm、860nm、865nm、870nm、875nm、880nm、885nm、890nm、895nm、900nm、905nm、910nm、915nm、920nm、925nm、930nm、935nm、940nm、945nm、950nm、955nm、960nm、965nm、970nm、975nm、980nm、985nm、990nm、995nm、1μm、1.1μm、1.2μm、1.3μm、1.4μm、1.5μm、1.6μm、1.7μm、1.8μm、1.9μm、2μm、2.1μm、2.2μm、2.3μm、2.4μm、2.5μm、2.6μm、2.7μm、2.8μm、2.9μm、3μm、3.1μm、3.2μm、3.3μm、3.4μm、3.5μm、3.6μm、3.7μm、3.8μm、3.9μm、4μm、4.1μm、4.2μm、4.3μm、4.4μm、4.5μm、4.6μm、4.7μm、4.8μm、4.9μm或5μm。在特定实施方案中，超分子结构的Z-平均粒径可以是75nm至250nm。在一些实施方案中，超分子结构的Z-平均粒径是80nm、270nm或500nm。
平均粒径可通过ζ电位、动态光散射(DLS)、电泳光散射(ELS)、静态光散射(SLS)、分子量、电泳迁移率、尺寸排阻色谱法(SEC)、场流分级法或本领域已知的其它方法来测量。在特定实施方案中，平均粒径是通过来测量。在特定实施方案中，超分子结构含有75nm至250nm的Z-平均粒径。在特定实施方案中，超分子结构含有250nm至750nm的Z-平均粒径。在特定实施方案中，超分子结构含有500nm的Z-平均粒径。在特定实施方案中，超分子结构含有270nm的Z-平均粒径。在特定实施方案中，超分子结构含有80nm的Z-平均粒径。本领域技术人员将了解，超分子结构群体(例如，脂质体、LNP或胶束)可在群体内具有一系列Z-平均粒径。因此，群体可能是多分散的。群体可具有0.5或更小，例如0.3或更小(例如，0.05至0.3)的多分散性指数。多分散性指数可使用DLS确定(参见例如，ISO 22412:2017)。
超分子结构可每个超分子结构负载有预定数量的抗菌裂解蛋白或平均数量的抗菌裂解蛋白。例如，超分子结构可含有一种蛋白质至106种蛋白质(例如，1至105、1至104、1至103、1至102、1至10、10至106、10至105、10至104、10至103、10至102、103至106、103至105、103至104种)。每个结构的蛋白质数量可取决于蛋白质的大小和结构的大小。
超分子结构可包含内体逃逸部分。包含内体逃逸部分的超分子结构可提供超分子结构中所包含的货物(例如，治疗剂)的改进的细胞溶质递送。内体逃逸部分是本领域已知的。在一些实施方案中，内体逃逸部分是可电离脂质。可电离脂质也可充当形成超分子结构层的脂质。可电离脂质的非限制性实例包括在例如WO 2019/067875；WO 2018/191750；和US9,999,671中描述的那些、。其它示例性内体逃逸部分包括融合脂质(例如，二油酰磷脂酰乙醇胺(DOPE))；以及聚合物，如聚乙烯亚胺(PEI)；聚(β-氨基酯)；多肽，如聚精氨酸(例如，八聚精氨酸)和聚赖氨酸(例如，八聚赖氨酸)；质子海绵、病毒衣壳以及如本文所述的肽转导结构域。例如，融合肽可源自甲型流感病毒的M2蛋白；流感病毒血凝素的肽类似物；丙型流感病毒的HEF蛋白；线状病毒的跨膜糖蛋白；狂犬病毒的跨膜糖蛋白；水疱性口炎病毒的跨膜糖蛋白(G)；仙台病毒的融合蛋白；塞姆利基森林病毒的跨膜糖蛋白；人呼吸道合胞病毒(RSV)的融合蛋白；麻疹病毒的融合蛋白；新城疫病毒的融合蛋白；绵羊髓鞘脱落病毒的融合蛋白；鼠白血病病毒的融合蛋白；HTL病毒的融合蛋白；以及猿免疫缺陷病毒(SIV)的融合蛋白。可用于促进内体逃逸的其它部分在Dominska等人,Journal of Cell Science,123(8):1183-1189,2010中进行了描述。包含适合包含在本文公开的超分子结构中或与本文公开的超分子结构缀合的部分的内体逃逸部分的具体实例提供于例如WO 2015/188197中；这些内体逃逸部分的公开内容以引用的方式并入本文。
脂质体
脂质体对于将抗菌蛋白转移以及递送至作用位点是有用的。因为脂质体膜与生物膜在结构上类似，所以当脂质体被施加至组织时，脂质体双层与细胞膜(例如，细胞内膜)的双层融合。在一些情况下，在与生物膜融合之前，脂质体被吞噬以形成多层囊泡，所述多层囊泡然后可以与吞噬溶酶体(例如含有分枝杆菌的吞噬溶酶体)融合。随着脂质体和吞噬溶酶体的融合进行，包含抗菌蛋白的内部水性内容物被递送至吞噬溶酶体中，其中抗菌蛋白可特异性地靶向并裂解驻留在哺乳动物免疫细胞内的细菌细胞(例如，分枝杆菌细胞，例如NTM细胞)。在一些情况下，脂质体也被特异性靶向，例如，以将蛋白质引导至特定哺乳动物免疫细胞类型和/或至在感染期间通常含有细菌(例如，分枝杆菌)的特定细胞内区室(内体、吞噬体、溶酶体或细胞溶质)。脂质体的组成通常是磷脂的组合，通常与类固醇如胆固醇组合。也可使用其它磷脂或其它脂质。脂质体的物理特性取决于pH、离子强度和二价阳离子的存在。
在一些实施方案中，本文所述的脂质体包含磷脂。在一些实施方案中，甘油磷脂，例如磷脂酰丝氨酸。磷脂酰丝氨酸是具有两个被脂肪酸酯部分取代的羟基和一个被与丝氨酸侧链共价键合的磷酸二酯部分取代的羟基的甘油分子。磷脂酰丝氨酸的典型结构是RO-CH2-CH(OR)-CH2-OP(O)(OH)-OCH2CH(COOH)NH2或其盐，其中每个R独立地是脂肪酸酰基。另外或可替代地，本文所述的脂质体可包含例如溶血磷脂，例如溶血磷脂酰丝氨酸。溶血磷脂酰丝氨酸是缺失其两个脂肪酸酯部分之一的磷脂酰丝氨酸。溶血磷脂酰丝氨酸的典型结构是RO-CH2-CH(OR)-CH2-OP(O)(OH)-OCH2CH(COOH)NH2或其盐，其中一个R是脂肪酸酰基，并且另一个R是H。因此，在某些优选的实施方案中，本文所述的脂质体包含RO-CH2-CH(OR)-CH2-OP(O)(OH)-OCH2CH(COOH)NH2或其盐，其中每个R是H或脂肪酸酰基，条件是至少一个R是脂肪酸酰基。
脂质体组合物的一种主要类型包含除天然来源的磷脂酰胆碱以外的磷脂。中性脂质体组合物例如可由二肉豆蔻酰基磷脂酰胆碱(DMPC)或二棕榈酰基磷脂酰胆碱(DPPC)形成。阳离子脂质体具有能够融合至细胞膜的优点。阳离子脂质的非限制性实例包括N,N-二油烯基-N,N-二甲基氯化铵(DODAC)、N,N-二硬脂酰基-N,N-二甲基溴化铵(DDAB)、N--(I-(2,3-二油酰基氧基)丙基)-N,N,N-三甲基氯化铵(DOTAP)、N-(I-(2,3-二油烯基氧基)丙基)-N,N,N-三甲基氯化铵(DOTMA)、N,N-二甲基-2,3-二油烯基氧基)丙胺(DODMA)、1,2-二亚油烯基氧基-N,N-二甲基氨基丙烷(DLinDMA)、1,2-二亚麻基氧基-N,N-二甲基氨基丙烷(DLenDMA)、1,2-二亚油烯基氨基甲酰基氧基-3-二甲基氨基丙烷(DLin-C-DAP)、1,2-二亚油烯基氧基-3-(二甲基氨基)乙酰氧基丙烷(DLin-DAC)、1,2-二亚油烯基氧基-3-吗啉代丙烷(DLin-MA)、1,2-二亚油酰基-3-二甲基氨基丙烷(DLinDAP)、1,2-二亚油烯基硫代-3-二甲基氨基丙烷(DLin-S-DMA)、1-亚油酰基-2-亚油烯基氧基-3-二甲基氨基丙烷(DLin-2-DMAP)、1,2-二亚油烯基氧基-3-三甲基氨基丙烷氯化物盐(DLin-TMA.Cl)、1,2-二亚油酰基-3-三甲基氨基丙烷氯化物盐(DLin-TAP.Cl)、1,2-二亚油烯基氧基-3-(N-甲基哌嗪并)丙烷(DLin-MPZ)或3-(N,N-二亚油烯基氨基)-1,2-丙二醇(DLinAP)、3-(N,N-二油烯基氨基)-1,2-丙二醇(DOAP)、1,2-二亚油烯基氧代-3-(2-N,N-二甲基氨基)乙氧基丙烷(DLin-EG-DMA)、1,2-二亚麻基氧基-N,N-二甲基氨基丙烷(DLinDMA)、2,2-二亚油烯基-4-二甲基氨基甲基-[1,3]-二氧戊环(DLin-K-DMA)或其类似物、(3aR,5s,6aS)-N,N-二甲基-2,2-二((9Z,12Z)-十八-9,12-二烯基四氢-3aH-环戊[d][1,3]间二氧杂环戊烯-5-胺(ALN100)、4-(二甲基氨基)丁酸(6Z,9Z,28Z,31Z)-三十七碳-6,9,28,31-四烯-19-基酯(MC3)、1,1'-(2-(4-(2-((2-(双(2-羟基十二烷基)氨基)乙基)(2-羟基十二烷基)氨基)乙基)哌嗪-1-基乙基氮杂环丁基二十二烷-2-醇(Tech G1)或它们的混合物。阳离子脂质可占例如颗粒中存在的总脂质的20mol％至50mol％或40mol％。
非阳离子脂质体可在体内被巨噬细胞摄取，并且可用于将抗菌蛋白递送至巨噬细胞。阴离子脂质体组合物可由二肉豆蔻酰基磷脂酰甘油形成，而阴离子融合脂质体可主要由二油酰基磷脂酰乙醇胺(DOPE)形成。脂质可以是阴离子脂质或中性脂质，包括但不限于：二硬脂酰磷脂酰胆碱(DSPC)、二油酰磷脂酰胆碱(DOPC)、二棕榈酰磷脂酰胆碱(DPPC)、二油酰磷脂酰甘油(DOPG)、二棕榈酰磷脂酰甘油(DPPG)、二油酰-磷脂酰乙醇胺(DOPE)、棕榈酰油酰磷脂酰胆碱(POPC)、棕榈酰油酰磷脂酰乙醇胺(POPE)、二油酰-磷脂酰乙醇胺4-(N-马来酰亚胺甲基)-环己烷-l-甲酸酯(DOPE-mal)、二棕榈酰磷脂酰基乙醇胺(DPPE)、二肉豆蔻酰磷酸乙醇胺(DMPE)、二硬脂酰-磷脂酰-乙醇胺(DSPE)、16-O-单甲基PE、16-O-二甲基PE、18-1-反式PE、1-硬脂酰-2-油酰基-磷脂酰乙醇胺(SOPE)、胆固醇、1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸-L-丝氨酸(钠盐，DOPS)或它们的混合物。非阳离子脂质(如果包括胆固醇的话)可例如占颗粒中存在的总脂质的5mol％至90mol％、10mol％或58mol％。在一些实施方案中，脂质可以是上述脂质的组合，例如包括DOPC、DOPS、Chol和DOPE的脂质的组合。
在一些实施方案中，脂质体包含脂质的混合物。例如，脂质的混合物可包括DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇中的两种或更多种。
在一些实施方案中，DOPC和DOPE以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC和DOPS以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPE和DOPS以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPE和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPS和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇以1-20:1-20:1-5:1-5的摩尔比存在。例如，在一些实施方案中，DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇以10:10:3:4的摩尔比存在。
在一些实施方案中，脂质体包含浓度为0.03mg/mL至10mg/mL，例如0.1mg/mL至10mg/mL(例如0.1mg/mL至1mg/mL，例如0.1mg/mL、0.2mg/mL、0.3mg/mL、0.4mg/mL、0.5mg/mL、0.6mg/mL、0.7mg/mL、0.8mg/mL、0.9mg/mL或1mg/mL，例如1mg/mL至10mg/mL，例如2mg/mL、3mg/mL、4mg/mL、5mg/mL、6mg/mL、7mg/mL、8mg/mL、9mg/mL或10mg/mL)的脂质。在一些实施方案中，脂质体包含浓度为1mg/mL至5mg/mL的脂质。
另一种类型的脂质体组合物由磷脂酰胆碱(PC)，例如像大豆PC和卵PC形成。另一种类型由磷脂和/或磷脂酰胆碱和/或胆固醇的混合物形成。在体外和体内将脂质体引入细胞中的其它方法的实例包括美国专利第5,283,185号；美国专利第5,171,678号；WO 94/00569；WO 93/24640；WO 91/16024；Feigner,(1994)J.Biol.Chem.269:2550；Nabel,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.90:11307；Nabel,(1992)Human Gene Ther.3:649；Gershon,(1993)Biochem.32:7143；和Strauss,(1992)EMBO J.11:417。
基于例如器官特异性、细胞特异性和细胞器特异性，脂质体的靶向也是可能的，并且是本领域已知的。在脂质体靶向递送系统的情况下，脂质基团可并入到脂质体的脂质双层中，以保持靶向配体与脂质体双层稳定缔合。各种连接基团可用于将脂质链连接至靶向配体。另外的方法在本领域中是已知的并且例如描述于美国公布号20060058255中，其连接基团以引用的方式并入本文。
可裂解的连接基团易于受到裂解因子(例如pH、氧化还原电位或降解分子的存在)的影响。通常，裂解因子在细胞内比在血清或血液中更普遍或具有更高水平或活性。此类降解剂的实例包括：被选择用于特定底物或不具有底物特异性的氧化还原剂，包括例如存在于细胞中、可通过还原而降解氧化还原可裂解连接基团的氧化性或还原性酶或还原剂如硫醇；酯酶；可产生酸性环境的内体或剂，例如产生5或更低的pH的那些；可通过充当广义酸来水解或降解酸可裂解连接基团的酶；肽酶(其可以是底物特异性的)；和磷酸酶。
可裂解连接基团如二硫键可能对pH敏感。人血清的pH是7.4，而平均细胞内pH略低，在7.1-7.3的范围内。内体具有更酸性的pH，在5.5-6.0的范围内，并且溶酶体具有在约5.0的甚至更酸性的pH。一些接头将具有在优选的pH下裂解的可裂解连接基团，从而使阳离子脂质从细胞内的配体中释放，或释放至所需的细胞区室中。
接头可包括可被特定酶裂解的可裂解连接基团。并入接头中的可裂解连接基团的类型可取决于待靶向的细胞。一般而言，候选可裂解连接基团的适合性可通过测试降解剂(或条件)裂解候选连接基团的能力来进行评估。还将希望的是也测试候选可裂解连接基团在血液中或当与其它非靶组织接触时抵抗裂解的能力。因此，可确定在第一条件与第二条件之间进行裂解的相对敏感性，其中所述第一条件被选择成指示在靶细胞中的裂解并且所述第二条件被选择成指示在其它组织或生物流体(例如血液或血清)中的裂解。所述评估可在无细胞系统中、在细胞中、在细胞培养物中、在器官或组织培养物中或在整个动物中进行。可以有用的是在无细胞或培养条件下进行初始评估并且通过在整个动物中的进一步评估来进行确认。在优选的实施方案中，与血液或血清(或在被选择成模拟细胞外条件的体外条件下)相比，有用的候选接头在细胞中(或在选择成模拟细胞内条件的体外条件下)裂解快至少2、4、10、20、30、40、50、60、70、80、90或100倍。
脂质纳米颗粒
本发明的抗菌剂可完全包封在脂质制剂，例如脂质纳米颗粒(LNP)中。LNP对于合成应用是极其有用的，因为它们表现出在静脉内(i.v.)注射之后延长的循环寿命并且在远端位点(例如，在与施用位点物理分开的位点)累积。LNP包括“pSPLP”，所述pSPLP包括如在PCT公布号WO 2000/003683中列举的包封的缩合剂-核酸复合物。本发明的颗粒通常具有50nm至150nm，更通常60nm至130nm，更通常70nm至110nm，最通常70nm至90nm的平均直径，并且基本上是无毒的。此外，当存在于本发明的核酸-脂质颗粒中时，核酸在水溶液中对核酸酶的降解具有抗性。核酸-脂质颗粒及其制备方法在例如美国专利号5,976,567；5,981,501；6,534,484；6,586,410；6,815,432；美国公布号2010/0324120以及PCT公布号WO 96/40964中公开。
在一个实施方案中，脂质与药物比率(质量/质量比率)(例如，脂质与肽比率)将在1:1至50:1、1:1至25:1、3:1至15:1、4:1至10:1、5:1至9:1或6:1至9:1的范围内。以上列举的范围的范围中间值也被考虑为本发明的部分。
阳离子脂质的非限制性实例包括DODAC、DDAB、DOTAP、DOTMA、DODMA、DLinDMA、DLenDMA、DLin-C-DAP、DLin-DAC、DLin-MA、DLinDAP、DLin-S-DMA、DLin-2-DMAP、DLin-TMA.Cl、DLin-TAP.Cl、1DLin-MPZ、DLinAP、DOAP、DLin-EG-DMA、(DLin-K-DMA或其类似物、ALN100、MC3、Tech G1或它们的混合物。阳离子脂质可占例如颗粒中存在的总脂质的20mol％至50mol％或40mol％。
脂质可以是阴离子脂质或中性脂质，包括但不限于DSPC、DOPC、DOPS、DPPC、DOPG、DPPG、DOPE、POPC、POPE、DOPE-mal、DPPE、DMPE、DSPE、16-O-单甲基PE、16-O-二甲基PE、18-1-反式PE、SOPE、胆固醇或它们的混合物。非阳离子脂质(如果包括胆固醇的话)可例如占颗粒中存在的总脂质的5mol％至90mol％、10mol％或60mol％。
抑制颗粒聚集的缀合脂质可以是例如聚乙二醇(PEG)-脂质，包括但不限于PEG-二酰基甘油(DAG)、PEG-二烷基氧基丙基(DAA)、PEG-磷脂、PEG-神经酰胺(Cer)或它们的混合物。PEG-DAA缀合物可以是例如，PEG-二月桂基氧基丙基(C12)、PEG-二肉豆蔻基氧基丙基(C14)、PEG-二棕榈基氧基丙基(C16)或PEG-二硬脂基氧基丙基(C18)。防止颗粒聚集的缀合脂质可以是例如颗粒中存在的总脂质的0mol％至20mol％或2mol％。
在一些实施方案中，LNP还包含例如占颗粒中存在的总脂质的10mol％至60mol％或50mol％的胆固醇。
在一些实施方案中，LNP包含脂质的混合物。例如，脂质的混合物可包括DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇中的两种或更多种。
在一些实施方案中，DOPC和DOPE以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC和DOPS以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPE和DOPS以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPE和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPS和胆固醇以10:1至1:10(例如，10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10)的摩尔比存在。
在一些实施方案中，DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇以1-20:1-20:1-5:1-5的摩尔比存在。例如，在一些实施方案中，DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇以10:10:3:4的摩尔比存在。
在一些实施方案中，LNP包含浓度为0.03mg/mL至10mg/mL，例如0.1mg/mL至10mg/mL(例如0.1mg/mL至1mg/mL，例如0.1mg/mL、0.2mg/mL、0.3mg/mL、0.4mg/mL、0.5mg/mL、0.6mg/mL、0.7mg/mL、0.8mg/mL、0.9mg/mL或1mg/mL，例如1mg/mL至10mg/mL，例如2mg/mL、3mg/mL、4mg/mL、5mg/mL、6mg/mL、7mg/mL、8mg/mL、9mg/mL或10mg/mL)的脂质。在一些实施方案中，LNP包含浓度为1mg/mL至5mg/mL的脂质。
胶束
“胶束”是特定类型的分子集合体，其中两亲性分子布置在球形结构中，使得所述分子的所有疏水性部分向内定向，从而使亲水性部分与周围的水相接触。胶束可由脂质制成。胶束相由单尾脂质在双层中的堆积行为引起。难以填充双层内部的所有体积、同时通过脂质头基的水合来适应强加在分子上的每个头基的面积导致胶束的形成。这种类型的胶束被称为正相胶束(水包油胶束)。反胶束在中心具有头基，尾部向外延伸(油包水胶束)。
胶束大致呈球形。其它相(包括诸如椭圆体、圆柱体和双层的形状)也是可能的。胶束的形状和大小随其表面活性剂分子的分子几何形状和溶液条件(如表面活性剂浓度、温度、pH和离子强度)而变化。形成胶束的过程被称为胶束化并根据它们的多态性形成许多脂质的相行为的一部分。
靶向部分
本文所述的超分子结构可包含例如靶向部分。靶向部分可用于将超分子结构引导至特定细胞类型(例如，专职抗原呈递细胞，例如巨噬细胞或树突细胞)。某些脂质(例如，磷脂酰丝氨酸)可作为超分子结构层形成脂质和作为靶向部分两者用于超分子结构(例如，囊泡)中。靶向部分可以是例如抗体或其抗原结合片段或工程化衍生物(例如，Fcab或融合蛋白(例如，scFv))。靶向部分可以是例如多肽。可替代地，靶向部分可以是例如，小分子(例如，甘露糖或叶酸)或小分子簇(例如，甘露糖簇)。靶向部分可与超分子结构共价或非共价缔合。
小分子
靶向部分可以是能够复合在靶向细胞表面上表达的受体的小分子。可用作本文所述的超分子结构中的靶向部分的小分子的非限制性实例是磷脂酰丝氨酸、溶血磷脂酰丝氨酸叶酸、甘露糖和甘露糖簇。
在一些实施方案中，靶向部分是磷脂酰丝氨酸或溶血磷脂酰丝氨酸。在一些实施方案中，靶向部分是磷脂酰丝氨酸。磷脂酰丝氨酸和/或溶血磷脂酰丝氨酸可作为与超分子结构的其余部分非共价键合的超分子结构层形成脂质存在。
叶酸可用作靶向部分。在本文所述的超分子结构中，叶酸可具有以下结构：
甘露糖或甘露糖簇可用于使本文所述的超分子结构靶向树突细胞和巨噬细胞。甘露糖簇是本领域已知的。
叶酸、甘露糖和甘露糖簇可与超分子结构共价连接。用于连接叶酸、甘露糖和甘露糖簇的缀合技术是本领域已知的，例如，如US 2014/0045919、US 9,725,479、US 8,758,810、US 8,450,467、US 6,525,031、US 6,335,434和US 5,759,572中所描述。
抗原结合部分
本文所述的超分子结构中的抗原结合部分可以是抗体或其抗原结合片段(例如，F(ab)2或Fab)或其工程化衍生物(例如，Fcab或融合蛋白(例如，scFv))。人或嵌合(例如，人源化)抗体可用作本文所述的超分子结构中的抗体。
抗原结合部分靶向具有由抗原结合部分识别的表面抗原的APC。树突细胞可通过抗DEC205、抗CD304、抗CD303、抗CD40、抗CD74、抗BDCA2或抗CD123抗体或其抗原结合片段或其工程化衍生物靶向。巨噬细胞可通过抗CD163、抗CD40、抗CD74、抗CD206或抗CD123抗体或其抗原结合片段或其工程化衍生物靶向。
抗CD38抗体的非限制性实例是达雷木单抗(daratumumab)、SAR650984、MOR202或WO 2012/092616中公开的抗体Ab79、Ab19、Ab43、Ab72和Ab110中的任一种,这些抗体的公开内容以引用的方式并入本文。抗CD79b抗体的非限制性实例是WO 2014/011521中公开的huMA79b v28。抗CD22抗体的非限制性实例是US2014/0127197中公开的10F4。抗CD20抗体的非限制性实例是利妥昔单抗。抗DEC205抗体的非限制性实例提供于US2010/0098704中，其抗体以引用的方式并入本文。抗CD40抗体的非限制性实例是鲁卡木单抗(lucatumumab)和达西珠单抗(dacetuzumab)。抗CD304抗体的非限制性实例是维森库单抗(vesencumab)。
用于连接抗原结合部分的缀合技术是本领域已知的，例如，如Ansell等人,Methods Mol.Med.,25:51-68,2000；US2002/0025313；US 6,379,699；和US 5,059,421中所描述。
多肽
靶向部分可以是对细胞具有亲和力(例如，对细胞类型，例如树突细胞具有亲和力)的多肽。多肽的非限制性实例是RGD肽、狂犬病病毒糖蛋白(RVG)和DC3肽。可替代地，多肽可以是TLR2激动剂，例如MALP-2脂蛋白、MALP-404脂蛋白、OspA、孔蛋白、LcrV、Hsp60、糖蛋白gH/gL或糖蛋白gB。
用于连接肽的缀合技术是本领域已知的，例如，如Ansell等人,MethodsMol.Med.,25:51-68,2000；US2002/0025313；US 6,379,699；和US 5,059,421中所描述。
PAMP
靶向部分可以是PAMP。PAMP是本领域已知的，例如CpG ODN。CpG ODN通常分为三类：A类、B类和C类。A类CpG ODN通常含有在3'-和5'-末端具有硫代磷酸酯主链的poly-G尾和包含磷酸主链的中心回文序列。A类CpG ODN通常在中心回文序列中含有CpG。B类CpG ODN通常包含完全硫代磷酸酯化的主链，并且B类CpG ODN的5'端的序列通常对TLR9激活至关重要。C类CpG ODN包含完全硫代磷酸酯化的主链，其中3'端序列能够形成双链体。可使用本领域已知的技术和方法将PAMP共价连接至超分子结构。
组装方法
本发明的特征是超分子结构(例如，基于脂质的超分子结构，诸如脂质体)，所述超分子结构包括包装在其中的多种酶。本文描述了组装方法以产生含有酶(例如，溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶，例如与表1的序列具有至少85％序列同一性)的结构(例如，脂质体)。单独蛋白质可在任何合适的重组表达系统(例如，大肠杆菌)中过表达，并通过裂解从细胞中提取。在一些实施方案中，可例如通过柱色谱法纯化来自细胞的粗提取物。纯化后，酶组分浓度可经标准化以用于随后的包封，例如包封成脂质体。浓度可标准化在例如0.1mg/mL至10mg/mL(例如0.1mg/mL至1mg/mL，例如0.2mg/mL、0.3mg/mL、0.4mg/mL、0.5mg/mL、0.6mg/mL、0.7mg/mL、0.8mg/mL、0.9mg/mL或1mg/mL，例如1mg/mL至10mg/mL，例如2mg/mL、3mg/mL、4mg/mL、5mg/mL、6mg/mL、7mg/mL、8mg/mL、9mg/mL或10mg/mL)。在一些实施方案中，浓度可标准化在0.33mg/mL。
然后可将脂质与酶混合以配制脂质体。例如，可将总浓度为0.1mg/mL至10mg/mL(例如0.1mg/mL至1mg/mL，例如0.2mg/mL、0.3mg/mL、0.4mg/mL、0.5mg/mL、0.6mg/mL、0.7mg/mL、0.8mg/mL、0.9mg/mL或1mg/mL，例如1mg/mL至10mg/mL，例如2mg/mL、3mg/mL、4mg/mL、5mg/mL、6mg/mL、7mg/mL、8mg/mL、9mg/mL或10mg/mL，例如1mg/mL至5mg/mL)的脂质与1mg/mL至10mg/ml His标记的蛋白质混合。脂质可包括例如DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇中的一种或多种。在一些实施方案中，脂质包括10:10:3:4比率的DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇。可将脂质重悬于合适的有机溶剂(例如乙醇)中并与蛋白质混合(例如，以20:1至1:1，例如20:1、19:1、18:1、17:1、16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1、10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1或1:1，例如3:1至10:1，例如3:1至8:1水性:有机物的比率)。可例如使用合适的系统，诸如IGNITETM系统(Precision Nanosystems)将混合物以1ml/分钟至30mL/分钟(例如15mL/分钟)的流速进行混合。可通过在合适的温度(诸如室温)下稀释和例如针对过量(例如，1000X)体积的配制缓冲液透析例如至少30分钟(例如，1小时)来去除有机层。然后可通过凝胶电泳(例如，SDS-PAGE)、动态光散射、固有荧光和/或静态光散射分析脂质体并测试相关活性。此类测定可有助于确认酶的包封以及酶和脂质体的纯度。
含有超分子结构(例如脂质体)的组合物可与一种或多种赋形剂一起配制。例如，组合物(例如，超分子结构，例如，含有裂解酶的混合物的脂质体)可例如以10mM至200mM，例如50mm至150mm，例如10mM、20mm、30mm、40mm、50mm、60mm、70mm、80mm、90mM、100mM、110mM、120mM、130mM、140mM、150mM、160mM、170mM、180mM、190mM或200mM的浓度包封和/或配制在缓冲剂(诸如甘氨酸、Tris、柠檬酸钠、乙酸钠和MES)中。组合物可在5至11的pH(例如5至6，例如5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9或6，例如6至11，例如6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、10.5或11的pH)下配制。组合物还可包含一种或多种赋形剂，诸如CaCl2、精氨酸、NaCl、柠檬酸钠、MgCl2或甘油。在一些实施方案中，组合物包含例如5mM至10mM CaCl2、0至50mM精氨酸、0至200mM NaCl、0mM至1mM柠檬酸钠、0至1mM MgCl2和/或10％-30％甘油。在一些实施方案中，组合物包含50mM甘氨酸(pH 8.5)、7.5mM CaCl2、0.5mM MgCl2、200mM NaCl、0.33mM柠檬酸钠和10％甘油。制剂还可包含TWEEN，例如TWEEN-80。一旦组合物处于优选的储存或活性缓冲液中，它们就可用于治疗中或用于测定或保存以供后续使用。
治疗方法
本文所述的抗菌裂解蛋白优选地被配制成药物组合物，用于施用于人受试者以治疗疾病或疾患，诸如细菌感染(例如，放线菌纲感染，例如棒状杆菌目或丙酸杆菌目)，例如分枝杆菌感染，例如NTM感染。特别地，本文所述的组合物和方法可用于治疗由放线菌纲(例如棒状杆菌目和丙酸杆菌目，由于它们的相似包膜结构)引起的细菌感染。细菌感染可在其它方面健康的受试者中发生。可替代地，细菌感染可在患有另一种合并症或疾病的受试者中发生。例如，免疫系统减弱的受试者可能更容易受到细菌感染。
由NTM引起的分枝杆菌感染是通常存在于环境中的细菌。吸入这些细菌可在健康患者和免疫系统受损的患者中引起疾病。NTM疾病最常影响成人的肺部，但它也可能影响任何身体部位。一些受试者感染NTM和发展疾病的风险更高。患有诸如支气管扩张(气道扩大)、慢性阻塞性肺病(COPD)、囊性纤维化、α-1抗胰蛋白酶缺乏症的现有肺部疾病的人或患有先前感染如结核病的人肺部NTM疾病的风险增加。患有晚期HIV感染(CD4<50)或免疫相关遗传病症(例如，干扰素-γ缺乏症或受体缺乏症、白细胞介素-12缺乏症)的受试者可作为播散性(例如，在体内广泛存在的)NTM感染的一部分而发展肺部疾病。待治疗的受试者例如除了细菌感染外还可能患有任何前述适应症。
本文所述的方法组合物和方法可用于降低感染水平。例如，与参考相比，所述方法可降低感染水平(例如，细菌数量或感染大小)。例如，感染可减少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％。
药物组合物
本文所述的抗菌剂优选地配制成以适于体内施用的生物相容性形式向人受试者施用的药物组合物。
如本领域技术人员将理解的，本文所述的组合物可取决于所选施用途径以多种形式施用于受试者。本文所述的组合物可例如通过允许组合物(例如，酶和/或超分子结构的未包封混合物，例如脂质体、胶束或LNP)到达靶细胞的任何途径施用。组合物可例如通过经口、肠胃外、鞘内、脑室内、脑实质内、经颊、舌下、经鼻、直肠、贴剂、泵或透皮施用来施用，并且相应地配制药物组合物。肠胃外施用包括静脉内、腹膜内、皮下、肌内、经上皮、经鼻、肺内、鞘内、脑室内、脑实质内、直肠和局部施用模式。在一个实施方案中，组合物通过气雾剂施用。胃肠外施用可通过在选定的时间段内连续输注来进行。在一些优选的实施方案中，本文所述的组合物通过吸入施用。
多于一种抗菌剂的施用可通过相同的途径或通过不同的途径进行，并且可依次或基本上同时发生。例如，可通过静脉内注射施用组合的第一抗菌剂，同时可经口施用组合的第二治疗剂。
本文所述的某些组合物可例如通过吸入施用。吸入可以是经口吸入或经鼻吸入。本文所述的可吸入组合物可以液体剂型或干粉剂型提供。干粉组合物可例如通过按原样或在媒介物(例如盐水(例如等渗盐水)、磷酸盐缓冲盐水或水)中重构后吸入而施用。
可吸入干粉剂型可通过干燥(例如，通过冷冻干燥、喷雾干燥、喷雾-冷冻干燥或超临界流体技术)由本文所述的液体组合物制备。本文所述的可吸入干粉剂型可包含载体(例如，乳糖、蔗糖、甘露醇等)、冷冻保护剂(例如，海藻糖、甘露醇等)和/或抗粘附剂(例如，甘氨酸、L-亮氨酸、丝氨酸等)。本文所述的可吸入干粉剂型可使用干粉吸入器施用。干粉吸入器是本领域已知的并且可包括或可不包括推进剂。干粉吸入器的非限制性实例可在Newman,Expert Opin.iol.Ther.,4:23-33,2004中找到，所述文献的公开内容以引用的方式整体并入本文。
本文所述的可吸入液体剂型(例如，气雾剂制剂)可使用可用于制备含有未包封的酶和/或超分子结构的液体组合物的技术和方法来制备。可吸入液体剂型通常包括本文所述的酶和/或超分子结构在生理上可接受的水性或非水性溶剂中的悬浮液，并且通常以无菌形式以单剂量或多剂量形式存在于密封容器中，所述密封容器可采用与雾化装置一起使用的药筒或再填充的形式。可替代地，密封容器可以是一体式分配装置，例如单剂量鼻吸入器或配备有意图在使用后丢弃的计量阀的气雾剂分配器。当剂型含有气雾剂分配器时，它将含有推进剂，所述推进剂可以是压缩气体(例如压缩空气)或有机推进剂(例如，氟代烷烃)。可吸入液体剂型可使用雾化器施用。将散装液体气动转化为小液滴的过程被称为雾化。气动雾化器的操作需要推进剂作为液体雾化的驱动力。各种类型的雾化器描述于Respiratory Care,45:609-622,2000中，所述文献的公开内容以引用的方式整体并入本文。可替代地，本文所述的可吸入液体剂型可使用计量剂量吸入器施用。计量剂量吸入器是本领域已知的并且通常包括罐、致动器和计量阀。
本文所述的组合物可例如与惰性稀释剂或与可吸收的可食用载体一起经口施用，或者所述组合物可被包封在硬壳或软壳明胶胶囊中，或者所述组合物可被压制成片剂，或者所述组合物可直接与饮食的食物一起并入。对于经口治疗性施用，本文所述的组合物可与赋形剂一起并入并以可摄入片剂、口含片剂、锭剂、胶囊、酏剂、混悬剂、糖浆和糯米纸囊剂的形式使用。本文所述的组合物还可肠胃外施用。本文所述的组合物还可通过微针注射施用。本文所述的组合物的溶液可在合适地与诸如羟丙基纤维素的表面活性剂混合的水中制备。还可在甘油、液体聚乙二醇、DMSO及其有或无醇的混合物中以及在油中制备分散液。在普通储存和使用条件下，这些制剂可含有防腐剂以防止微生物生长。用于选择和制备合适制剂的常规程序和成分描述于例如Remington’s Pharmaceutical Sciences(2012,第22版)和2018年出版的The United States Pharmacopeia:The National Formulary(USP41NF 36)中。适于可注射用途的药物形式包括无菌水溶液或分散液和用于临时制备无菌可注射溶液或分散液的无菌粉末。在所有情况下，所述形式都必须是无菌的，并且必须是流动的以达到可由注射器容易施用的程度。适用于经颊或舌下施用的组合物包括片剂、锭剂和糖果锭剂，其中活性成分与载体如糖、阿拉伯胶、黄芪胶、明胶和甘油一起配制。用于直肠施用的组合物方便地呈含有常规栓剂基质如可可脂的栓剂形式。
在一些实施方案中，本文所述的组合物与一种或多种赋形剂一起配制。例如，组合物(例如，未包封的酶或超分子结构，例如，含有裂解酶的混合物的脂质体)可例如以10mM至200mM，例如50mm至150mm，例如10mM、20mm、30mm、40mm、50mm、60mm、70mm、80mm、90mM、100mM、110mM、120mM、130mM、140mM、150mM、160mM、170mM、180mM、190mM或200mM的浓度包封和/或配制在缓冲剂(诸如甘氨酸、Tris、柠檬酸钠、乙酸钠和MES)中。组合物可在5至11的pH(例如，5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、10.5或11的pH)下配制。组合物还可包含一种或多种赋形剂，诸如CaCl2、精氨酸、NaCl、柠檬酸钠、MgCl2或甘油。在一些实施方案中，组合物包含例如5mM至10mM CaCl2、0至50mM精氨酸、0至200mM NaCl、0至1mM柠檬酸钠、0至1mM MgCl2和/或10％-30％甘油。在一些实施方案中，组合物包含50mM甘氨酸(pH 8.5)、7.5mM CaCl2、0.5mM MgCl2、200mM NaCl、0.33mM柠檬酸钠和10％甘油。制剂还可包含TWEEN，例如TWEEN-80。
如本文所述，本文所述的组合物可单独或与药学上可接受的载体组合施用于动物(例如人)，其比例由组合物的溶解度和化学性质、所选择的施用途径以及标准药学实践确定。
本文所述的组合物(例如，包含裂解蛋白的组合物)的剂量可根据许多因素而变化，所述因素诸如抗菌裂解蛋白的药效学性质；施用方式；接受者的年龄、健康状况和体重；症状的性质和程度；治疗的频率和同时治疗的类型(如果有的话)；以及组合物在待治疗动物中的清除率。本文所述的组合物可最初以合适的剂量施用，所述剂量可根据临床反应根据需要进行调整。在一些实施方案中，组合物(例如，包含裂解蛋白的组合物)的剂量是预防或治疗有效量。此外，应理解所有剂量可连续给予或分成每个给定时间范围给予的剂量。例如，可每小时、每天、每周、每月或每年施用组合物。在一些实施方案中，组合物可连续或全身施用。
组合疗法
本文所述的组合物可作为组合疗法的一部分施用。组合疗法是指将两种(或更多种)不同的剂或治疗作为针对特定疾病或疾患的限定治疗方案的一部分施用于受试者。例如，第一治疗剂可包括未包封的蛋白质的混合物，而第二治疗剂可包括含有包封的蛋白质的超分子结构。治疗方案定义了每种剂的剂量和施用周期，以使单独剂对受试者的作用重叠。在一些实施方案中，两种或更多种剂的递送是同时或并行的，并且所述剂可共同配制。在一些实施方案中，两种或更多种剂不是共同配制的，并且作为处方方案的一部分以顺序方式施用。顺序或实质上同时施用每种治疗剂可通过包括但不限于经口途径、静脉内途径、肌肉内途径以及通过粘膜组织直接吸收的任何适当的途径来实现。可通过相同途径或通过不同途径施用治疗剂。例如，可通过静脉内注射或通过雾化施用组合的第一治疗剂，同时可经口施用组合的第二治疗剂。
在一些实施方案中，溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶(例如，以未包封的形式)一起施用。或者，可以在不同时间施用溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶。
在一些实施方案中，溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶(例如以未包封的形式，例如与表1的序列具有至少85％序列同一性)一起施用。或者，可以在不同时间施用溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶。
在一些实施方案中，含有未包封形式的溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶的第一组合物与超分子结构(例如脂质体)作为组合疗法施用，所述超分子结构含有溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶中的一种或多种。
在本文所述的任何组合实施方案中，第一治疗剂和第二治疗剂可以任一顺序同时或顺序施用。第一治疗剂(例如，含有未包封的蛋白质的组合物)可在第二治疗剂(例如，含有包封的蛋白质的超分子结构)之前或之后立即、至多15分钟、至多30分钟、至多1小时、至多2小时、至多3小时、至多4小时、至多5小时、至多6小时、至多7小时、至多8小时、至多9小时、至多10小时、至多11小时、至多12小时、至多13小时、14小时、至多16小时、至多17小时、至多18小时、至多19小时、至多20小时、至多21小时、至多22小时、至多23小时、至多24小时或至多1-7、1-14、1-21或1-30天施用。
本文所述的药物组合物还可包含与超分子结构联合施用的另外抗菌剂，所述超分子结构包含抗菌裂解蛋白。
本文所述的组合物和方法还可包括治疗潜在肺部疾患，例如，可能因细菌感染(例如，NTM感染)而恶化的肺部疾患。合适的肺部疗法包括但不限于气道清除、雾化器、呼吸器和吸入器(例如，类固醇吸入器)。
抗生素
另外的抗菌剂可以是抗生素。合适的抗生素包括但不限于青霉素G、青霉素V、甲氧西林、苯唑西林、氯唑西林、双氯西林、萘夫西林、氨苄西林、阿莫西林、羧苄青霉素、替卡西林、美洛西林、哌拉西林、阿洛西林、替莫西林、头孢噻吩(cepalothin)、头孢匹林、头孢拉定、头孢噻啶、头孢唑啉、头孢孟多、头孢呋辛、头孢氨苄、头孢丙烯、头孢克洛、氯碳头孢、头孢西丁、头孢美唑(cefmatozole)、头孢噻肟、头孢唑肟、头孢曲松、头孢哌酮、头孢他啶、头孢克肟、头孢泊肟、头孢布烯、头孢地尼、头孢匹罗、头孢吡肟、氯己定、BAL5788、BAL9141、亚胺培南、厄他培南、美罗培南、氨曲南(astreonam)、克拉维酸、舒巴坦、他唑巴坦、链霉素、新霉素、卡那霉素、巴龙霉素(paromycin)、庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星、奈替米星、壮观霉素、西索米星、地贝卡林(dibekalin)、异帕米星、四环素、氯四环素、地美环素、米诺环素、土霉素、美他环素、强力霉素、红霉素、阿奇霉素、克拉霉素、泰利霉素、ABT-773、林可霉素、克林霉素、万古霉素、奥利万星(oritavancin)、达巴万星、替考拉宁、奎奴普丁和达福普丁、磺胺，对氨基苯甲酸、磺胺嘧啶、磺胺异噁唑、磺胺甲噁唑、磺胺杀利定(sulfathalidine)、利奈唑胺、萘啶酸、噁唑酸、诺氟沙星、培氟沙星、依诺沙星、氧氟沙星、环丙沙星、替马沙星、洛美沙星、氟罗沙星、格雷沙星、司帕沙星、曲伐沙星、克林沙星、加替沙星、莫西沙星、吉米沙星、西他沙星、甲硝唑、达托霉素、加雷沙星、雷莫拉宁、法洛培南、多粘菌素、替加环素、AZD2563、甲氧苄啶、乙胺丁醇、利福霉素和利福平。在一些实施方案中，多种抗生素与本文所述的组合物组合施用。在一些实施方案中，抗生素是头孢菌素、碳青霉烯(例如，比阿培南)、青霉素、大环内酯、氨基糖苷或氟喹诺酮。在一些实施方案中，抗生素选自由以下组成的组：氨硫脲、sq-109、贝达喹啉、德拉马尼、吡嗪酰胺和异烟肼。
在一些实施方案中，抗生素是大环内酯(例如，阿奇霉素、克拉霉素、红霉素)。在一些实施方案中，抗生素是氨基糖苷(例如，卡那霉素A、阿米卡星、妥布霉素、地贝卡星、庆大霉素、西索米星、奈替米星、新霉素(例如，新霉素B、C或E)、链霉素或普拉米星)。
有利地，在一些实施方案中，如果在没有其它治疗剂的情况下施用，则与共同施用的治疗剂的协同作用可允许以将是亚治疗的剂量施用抗生素。
抗生素可与含有抗菌裂解蛋白的超分子结构一起配制。抗生素可作为单独的药物组合物施用。可在与含有具有噬菌体的超分子结构的药物组合物不同的时间施用抗生素。在一些优选的实施方案中，另外的抗生素是阿米卡星。阿米卡星可以是被配制用于例如吸入的脂质体阿米卡星。
实施例
以下实施例旨在说明本发明。它们并不意味着以任何方式限制本发明。
实施例1.脓肿分枝杆菌感染的巨噬细胞的处理
图1是显示源自用游离溶素A、溶素B、异淀粉酶和α-淀粉酶(ABIα)或含有ABIα的脂质体处理的感染的巨噬细胞的脓肿分枝杆菌的连续稀释的图。将J774A.1小鼠巨噬细胞用脓肿分枝杆菌(MOI＝10:1)感染。从感染的巨噬细胞提取后的生长时间是120小时。相对于未处理的细胞，单剂量能够具有大于100倍的效果。
其它实施方案
本说明书中提及的所有公布、专利和专利申请都以引用的方式整体并入本文，其程度就如同特定地和个别地指示将每一个别公布、专利或专利申请以引用的方式整体并入本文一般。在以引用的方式并入本文的文献中发现本申请中的术语被不同地定义时，本文提供的定义将用作所述术语的定义。
尽管本发明已经结合其具体实施方案进行了描述，但应了解能够对本发明进行进一步的修改并且本申请意图涵盖任何基本根据本发明的原理而对本发明进行的改变、用途或改编，并且包括虽然不属于本发明但属于本发明所属领域的已知或常规实践的和属于上文所述的实质特征的以及符合权利要求书范围之内的变更。

Claims (126)

1.一种包含未包封的蛋白质的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含以下中的两种或更多种：
(a)溶素A；
(b)溶素B；
(c)异淀粉酶；和
(d)α-淀粉酶。
2.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素A；和
(b)溶素B。
3.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素A；和
(b)异淀粉酶。
4.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素A；和
(b)α-淀粉酶。
5.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素B；和
(b)异淀粉酶。
6.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素B；和
(b)α-淀粉酶。
7.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)异淀粉酶；和
(b)α-淀粉酶。
8.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含以下中的三种或更多种：
(a)溶素A；
(b)溶素B；
(c)异淀粉酶；和
(d)α-淀粉酶。
9.如权利要求8所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素A；
(b)溶素B；和
(c)异淀粉酶。
10.如权利要求8所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素A；
(b)溶素B；和
(c)α-淀粉酶。
11.如权利要求8所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素A；
(b)异淀粉酶；和
(c)α-淀粉酶。
12.如权利要求8所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含：
(a)溶素B；
(b)异淀粉酶；和
(c)α-淀粉酶。
13.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含以下中的全部四种：
(a)溶素A；
(b)溶素B；
(c)异淀粉酶；和
(d)α-淀粉酶。
14.如权利要求1所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含以下中的两种或更多种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
15.如权利要求14所述的组合物，其中所述未包封的蛋白质包含以下中的两种或更多种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
16.如权利要求14所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
17.如权利要求16所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
18.如权利要求14所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
19.如权利要求18所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
20.如权利要求14所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
21.如权利要求20所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
22.如权利要求14所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
23.如权利要求22所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
24.如权利要求14所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
25.如权利要求24所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
26.如权利要求14所述的组合物，所述组合物包含：
(a)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
27.如权利要求26所述的组合物，所述组合物包含：
(a)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
28.如权利要求1所述的组合物，所述组合物包含以下中的三种或更多种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
29.如权利要求28所述的组合物，所述组合物包含以下中的三种或更多种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
30.如权利要求28所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
31.如权利要求30所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
32.如权利要求28所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
33.如权利要求32所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
34.如权利要求28所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
35.如权利要求34所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
36.如权利要求28所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
37.如权利要求36所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
38.如权利要求1所述的组合物，所述组合物包含以下中的全部四种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
39.如权利要求38所述的组合物，所述组合物包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
40.如权利要求1至39中任一项所述的组合物，其中：
(a)所述溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少90％、95％、97％或99％序列同一性的氨基酸序列；
(b)所述溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少90％、95％、97％或99％序列同一性的氨基酸序列；
(c)所述异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少90％、95％、97％或99％序列同一性的氨基酸序列；并且/或者
(d)所述α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少90％、95％、97％或99％序列同一性的氨基酸序列。
41.如权利要求40所述的组合物，其中：
(a)所述溶素A包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2的氨基酸序列；
(b)所述溶素B包含SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184的氨基酸序列；
(c)所述异淀粉酶包含SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243的氨基酸序列；并且/或者
(d)所述α-淀粉酶包含SEQ ID NO:393-398中的任一个的氨基酸序列。
42.如权利要求1至41中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含浓度为0.1mg/mL至20mg/mL的溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶。
43.如权利要求42所述的组合物，其中所述组合物包含浓度为1mg/mL至10mg/mL的溶素A、溶素B、异淀粉酶和/或α-淀粉酶。
44.一种治疗细菌感染的方法，所述方法包括以足以治疗所述细菌感染的量和持续时间向受试者施用权利要求1至43中任一项所述的组合物。
45.如权利要求44所述的方法，其中所述细菌感染由放线菌纲细菌引起。
46.如权利要求45所述的方法，其中所述放线菌纲细菌是棒状杆菌目或丙酸杆菌目细菌。
47.如权利要求46所述的方法，其中所述棒状杆菌目是分枝杆菌属物种。
48.如权利要求47所述的方法，其中所述分枝杆菌属物种是结核分枝杆菌、麻风分枝杆菌、弥漫型麻风分枝杆菌、鸟分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、偶发分枝杆菌、龟分枝杆菌、海洋分枝杆菌、胞内分枝杆菌、脓肿分枝杆菌、奇美拉分枝杆菌、博莱分枝杆菌、偶发分枝杆菌、古德分枝杆菌或马赛分枝杆菌。
49.如权利要求46所述的方法，其中所述棒状杆菌目是诺卡氏菌属、棒状杆菌属或红球菌属。
50.如权利要求49所述的方法，其中：
(a)所述诺卡氏菌属物种是巴西诺卡氏菌、盖尔森基兴诺卡氏菌、皮疽诺卡氏菌、新星诺卡氏菌、星形诺卡氏菌、巴西诺卡氏菌或豚鼠诺卡氏菌；
(b)所述棒状杆菌属物种是谷氨酸棒状杆菌或白喉棒状杆菌；或者
(c)所述红球菌属物种是带化红球菌或马红球菌。
51.如权利要求46所述的方法，其中所述放线菌纲是丙酸杆菌目。
52.如权利要求51所述的方法，其中所述丙酸杆菌目是丙酸杆菌属物种。
53.如权利要求52所述的方法，其中所述丙酸杆菌属物种是痤疮丙酸杆菌。
54.如权利要求44至53中任一项所述的方法，所述方法还包括施用包含以下中的两种或更多种的超分子结构：
(a)溶素A；
(b)溶素B；
(c)异淀粉酶；和
(d)α-淀粉酶。
55.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A；和
(b)溶素B。
56.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A；和
(b)异淀粉酶。
57.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A；和
(b)α-淀粉酶。
58.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B；和
(b)异淀粉酶。
59.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B；和
(b)α-淀粉酶。
60.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)异淀粉酶；和
(b)α-淀粉酶。
61.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含以下中的三种或更多种：
(a)溶素A；
(b)溶素B；
(c)异淀粉酶；和
(d)α-淀粉酶。
62.如权利要求61所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A；
(b)溶素B；和
(c)异淀粉酶。
63.如权利要求61所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A；
(b)溶素B；和
(c)α-淀粉酶。
64.如权利要求61所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A；
(b)异淀粉酶；和
(c)α-淀粉酶。
65.如权利要求61所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B；
(b)异淀粉酶；和
(c)α-淀粉酶。
66.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含以下中的全部四种：
(a)溶素A；
(b)溶素B；
(c)异淀粉酶；和
(d)α-淀粉酶。
67.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含以下中的两种或更多种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
68.如权利要求67所述的方法，其中所述超分子结构包含以下中的两种或更多种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
69.如权利要求67所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
71.如权利要求67所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
72.如权利要求71所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
73.如权利要求67所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
74.如权利要求73所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
75.如权利要求67所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
76.如权利要求75所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
77.如权利要求67所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
78.如权利要求77所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
79.如权利要求67所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
80.如权利要求79所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(b)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
81.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含以下中的三种或更多种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
82.如权利要求81所述的方法，其中所述超分子结构包含以下中的三种或更多种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
83.如权利要求81所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
84.如权利要求83所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
85.如权利要求81所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
87.如权利要求81所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
88.如权利要求87所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
89.如权利要求81所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
90.如权利要求89所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(c)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
91.如权利要求54所述的方法，其中所述超分子结构包含以下中的全部四种：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1-182中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183-241中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242-392中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-445中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
92.如权利要求91所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)溶素A，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(b)溶素B，其包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；
(c)异淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少85％序列同一性的氨基酸序列；和
(d)α-淀粉酶，其包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
93.如权利要求54至92中任一项所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)所述溶素A包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少90％、95％、97％或99％序列同一性的氨基酸序列；
(b)所述溶素B包含与SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184具有至少90％、95％、97％或99％序列同一性的氨基酸序列；
(c)所述异淀粉酶包含与SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243具有至少90％、95％、97％或99％序列同一性的氨基酸序列；并且/或者
(d)所述α-淀粉酶包含与SEQ ID NO:393-398中的任一个具有至少90％、95％、97％或99％序列同一性的氨基酸序列。
94.如权利要求93所述的方法，其中所述超分子结构包含：
(a)所述溶素A包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2的氨基酸序列；
(b)所述溶素B包含SEQ ID NO:183或SEQ ID NO:184的氨基酸序列；
(c)所述异淀粉酶包含SEQ ID NO:242或SEQ ID NO:243的氨基酸序列；并且/或者
(d)所述α-淀粉酶包含SEQ ID NO:393-398中的任一个的氨基酸序列。
95.如权利要求54至94中任一项所述的所述，其中所述超分子结构包含75nm至750nm的Z-平均粒径。
96.如权利要求95所述的方法，其中所述Z-平均粒径是250nm至750nm。
97.如权利要求96所述的方法，其中所述Z-平均粒径是75nm至250nm。
98.如权利要求54至97中任一项所述的方法，其中所述超分子结构是脂质纳米颗粒。
99.如权利要求54至97中任一项所述的方法，其中所述超分子结构是胶束。
100.如权利要求54至97中任一项所述的方法，其中所述超分子结构是脂质体。
101.如权利要求100所述的方法，其中所述脂质体是单层的。
102.如权利要求100所述的方法，其中所述脂质体是多层的。
103.如权利要求54至102中任一项所述的方法，其中所述超分子结构包含0.05至0.3的多分散性指数。
104.如权利要求54至103中任一项所述的方法，其中所述超分子结构包含一种或多种脂质。
105.如权利要求104所述的方法，其中所述一种或多种脂质中的至少一种是可电离脂质。
106.如权利要求104或105所述的方法，其中所述脂质包括1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱(DOPC)、1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸乙醇胺(DOPE)或1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸-L-丝氨酸(DOPS)。
107.如权利要求105所述的方法，其中所述脂质是固醇。
108.如权利要求107所述的方法，其中所述固醇是胆固醇。
109.如权利要求104至108中任一项所述的方法，其中所述超分子结构包含脂质的混合物。
110.如权利要求109所述的方法，其中所述脂质混合物包含DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇。
111.如权利要求110所述的方法，其中所述DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇以1-20:1-20:1-5:1-5的摩尔比存在。
112.如权利要求111所述的方法，其中所述DOPC、DOPE、DOPS和胆固醇以10:10:3:4的摩尔比存在。
113.如权利要求54至112中任一项所述的方法，其中所述超分子结构包含浓度为0.03mg/mL至10mg/mL的脂质。
114.如权利要求113所述的方法，其中所述超分子结构包含浓度为1mg/mL至5mg/mL的脂质。
115.如权利要求54至114中任一项所述的方法，其中所述超分子结构包含靶向部分。
116.如权利要求115所述的方法，其中所述靶向部分是靶向专职抗原呈递细胞的细胞外靶向部分。
117.如权利要求116所述的方法，其中所述专职抗原呈递细胞是巨噬细胞或树突细胞。
118.如权利要求115至117中任一项所述的方法，其中所述靶向部分包含磷脂酰丝氨酸。
119.如权利要求54至118中任一项所述的方法，其中所述组合物在所述超分子结构之前施用。
120.如权利要求54至118中任一项所述的方法，其中所述组合物在所述超分子结构之后施用。
121.如权利要求54至118中任一项所述的方法，其中所述组合物与所述超分子结构基本上同时施用。
122.如权利要求44至121中任一项所述的方法，所述方法还包括施用抗生素。
123.如权利要求122所述的方法，其中所述抗生素是头孢菌素、碳青霉烯、青霉素、氨基糖苷、头孢菌素、利福霉素、大环内酯或氟喹诺酮。
124.如权利要求122所述的方法，其中所述抗生素是氨硫脲、sq-109、贝达喹啉、德拉马尼、吡嗪酰胺或异烟肼。
125.如权利要求122所述的方法，其中所述抗生素是阿奇霉素、克拉霉素、乙胺丁醇、利福平、比阿培南或阿米卡星。
126.如权利要求44至125中任一项所述的方法，其中静脉内、经口或通过吸入施用所述组合物。
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