CN117836006A - 用于递送治疗活性剂的配体缀合物 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了作为新型配体缀合物的式(I)化合物及其用于递送治疗活性剂的用途。本发明所述的化合物具有体外和/或体内递送治疗活性剂(例如iRNA药剂)的优势。
Description
技术领域
本发明涉及使用配体缀合物递送治疗活性剂的领域。具体地,本发明公开了新型配体缀合物及其用途和组合物,所述配体缀合物将具有体外和/或体内递送治疗活性剂的优势。
背景技术
RNA干扰(RNAi)是一种RNA依赖性基因沉默过程,由RNA诱导沉默复合物(RISC)控制,由细胞质中短双链RNA分子启动,在细胞质中它们与催化RISC组分argonaute相互作用并调节蛋白质编码基因的表达。这种序列特异性基因沉默的自然机制使其成为一种很有前景的治疗干预策略。
在体内将RNAi化合物有效递送到靶器官需要特异性靶向和防止细胞外环境(特别是核酸外切酶)影响的实质性保护。一种实现器官特异性的方法是将靶向配体缀合到RNAi化合物,所述RNAi化合物选择性地结合到靶组织上高丰度的膜受体表面,并启动内吞活性。
脱唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)是一种跨膜受体,主要在肝细胞上表达且在肝外细胞上表达最低。ASGPR通过网格蛋白介导的内吞作用促进内化,并对碳水化合物或类似物(例如半乳糖、N-乙酰基半乳糖胺和葡萄糖)表现出高亲和力。这些特征使其对受体介导的药物递送具有特别的吸引力,同时将对毒性的担忧降到最低。
肝脏疾病(例如非酒精性脂肪性肝脏疾病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、乙型肝炎病毒(HBV)感染、肝纤维化和肝硬化)是现代社会的沉重负担,在这一领域存在着尚未满足的巨量医疗需求。因此,显然需要安全有效的治疗活性剂来提高肝脏疾病患者的生活质量。
文献中报道了大量用于递送治疗活性iRNA药剂的配体缀合物(参见例如,国际专利申请公开号WO2009/073809A2、WO2016/077321A1、WO2021/113851A2、WO2019/105419A1、WO2009/134487A2、WO2011/091396A1、WO2017/157899A1)。考虑到药物发现的复杂性和尚未满足的巨量医疗需求,设计用于递送治疗活性剂的新配体缀合物是有意义的。
发明内容
本发明涉及作为新型配体缀合物的化合物。本发明所述的化合物有效地递送治疗活性剂,例如iRNA药剂,因此可用于例如调节靶基因在细胞中的表达并治疗各种病症和病况。
在一个方面,本文提供具有式(I)所示结构的化合物:
或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中
每次出现的A和B各自独立地是O、N(RN)或S;
RN是H或C1-6烷基;
每次出现的X和W各自独立地是H、保护基、磷酸酯基团、磷酸二酯基团、活化磷酸酯基团、活化亚磷酸酯基团、亚磷酰胺、固相支持物、—P(Z′)(Z″)O-核苷、—P(Z′)(Z″)O-寡核苷酸、脂质、PEG、类固醇、聚合物、核苷酸、核苷、寡核苷酸或治疗活性剂;
Z′和Z″各自独立地是O或S;
L是共价接头;
Z是碳水化合物模拟物或二糖、三糖或寡糖;
每个Y独立地是-L’-T;
每个T独立地是选自由碳水化合物配体、多肽配体和亲脂性配体组成的组的配体;
每个L’独立地是共价接头;并且
p和q各自独立地是1、2、3、4或5。
在某些实施方案中,Z是单糖的碳水化合物模拟物。
在某些实施方案中,Z是单糖的碳水化合物模拟物,所述碳水化合物模拟物选自由以下组成的组:单糖的脱氧糖、氨基糖、N-糖苷、亚氨基糖、不饱和糖、羧化糖、酰胺化糖、稠合环糖和碳环糖。
在某些实施方案中,Z是单糖的亚氨基糖。
在某些实施方案中,所述单糖是丁糖、戊糖、己糖、庚糖或辛糖。
在某些实施方案中,Z具有以下结构:
其中
R1为H、C1-6烷基、卤素或-NH(R2),其中R2为H或乙酰基;
每个R独立地是H、卤素、-CN、-C≡CH、-NH2、-OC1-6烷基或C1-6烷基,其中-C1-6烷基和-OC1-6烷基的所述烷基被0至5个卤素原子取代;或两个R与它们所附接的碳一起形成C3-6环烷基或3元至6元杂环烷基,其中C3-6环烷基的所述环烷基和3元至6元杂环烷基的杂环烷基被0至5个卤素原子取代;并且
在化合价允许的情况下,n是0、1、2或3。
在某些实施方案中,n是0。
在某些实施方案中,Z具有以下结构:
在某些实施方案中,(Y)p-Z-具有以下结构:
在某些实施方案中,Z是二糖、三糖或二糖或三糖的碳水化合物模拟物。
在某些实施方案中,Z是二糖或二糖的碳水化合物模拟物。
在某些实施方案中,Z是选自由以下组成的组的二糖:龙胆二糖、异麦芽糖、蜜二糖、海藻糖、蔗糖、乳糖、麦芽糖和纤维二糖,或它们的碳水化合物模拟物。
在某些实施方案中,Z具有以下结构:
在某些实施方案中,Z具有以下结构:
在某些实施方案中,
每个独立地是具有以下结构的基团:
其中
s是从1至20的整数,
每个Q3独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-OC(O)-、-C(O)O-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-CH2-、-CH2NH-、-NHCH2-、-CH2O-或-OCH2-,
每个Q4独立地是缺失的、未取代或取代的C1-12亚烷基、未取代或取代的C2-12亚烯基、未取代或取代的C2-12亚炔基、未取代或取代的C2-12杂亚烷基、未取代或取代的6元至12元亚芳基、未取代或取代的5元至12元杂亚芳基,或未取代或取代的5元至12元杂亚环基,并且
每个Q5独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-CH2-、-C(O)O-、-OC(O)-、-C(O)NH-、-NHC(O)-、-NH-CH(Ra)-C(O)-、-C(O)-CH(Ra)-NH-、-OP(O)(OH)O-或-OP(S)(OH)O-,其中每个Ra独立地是H或未取代或取代的C1-12烷基,
前提是存在至少一个Q4。
在某些实施方案中,
s是从1至5的整数,
每个Q3独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-OC(O)-、-C(O)O-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-CH2-、-CH2NH-、-NHCH2-、-CH2O-或-OCH2-,
每个Q4独立地是缺失的、未取代或取代的C1-12亚烷基、未取代或取代的C2-12亚烯基,或未取代或取代的C2-12亚炔基,并且
每个Q5独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-CH2-、-C(O)O-、-OC(O)-、-C(O)NH-或-NHC(O)-,
前提是存在至少一个Q4。
在某些实施方案中,
s是1或2,
每个Q3独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-CH2-或-NHC(O)-,
每个Q4独立地是缺失的,或C1-12亚烷基,并且
每个Q5独立地是缺失的、-CO-、-CH2-或-NHC(O)-,
前提是存在至少一个Q4。
在某些实施方案中,
每个独立地是具有以下结构的基团:
其中
每个Q5独立地是-CO-、-NH-、-O-、-CH2-、-C(O)O-、-OC(O)-、-C(O)NH-或-NHC(O)-,并且
j1和j2各自独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12。
在某些实施方案中,
每个独立地是具有以下结构的基团:
在某些实施方案中,每个-L’-T独立地是具有以下结构的基团:
[-Q3-Q4-Q5]s-Q6-T,
其中
s是从0至20的整数,
Q3和Q6各自独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-OC(O)-、-C(O)O-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-CH2-、-CH2NH-、-NHCH2-、-CH2O-或-OCH2-,
每个Q4独立地是缺失的、未取代或取代的C1-12亚烷基、未取代或取代的C2-12亚烯基、未取代或取代的C2-12亚炔基、未取代或取代的C2-12杂亚烷基、未取代或取代的6元至12元亚芳基、未取代或取代5元至12元杂亚芳基,或未取代或取代的5元至12元杂亚环基,并且
每个Q5独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-CH2-、-C(O)O-、-OC(O)-、-C(O)NH-、-NHC(O)-、-NH-CH(Ra)-C(O)-、-C(O)-CH(Ra)-NH-、-OP(O)(OH)O-或-OP(S)(OH)O-,其中每个Ra独立地是H或未取代或取代的C1-12烷基,
条件是存在Q3、Q4、Q5和Q6中的至少一个。
在某些实施方案中,s是1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。
在某些实施方案中,每个-L’-T独立地是具有以下结构的基团:
其中
每个Q7独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-OC(O)-、-C(O)O-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-CH2-、-CH2NH-、-NHCH2-、-CH2O-或-OCH2-,
k1和k2各自独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10,并且
n1、n2和n3各自独立地是1、2、3、4或5。
在某些实施方案中,每个Q7独立地是-NHC(O)-或-C(O)NH-。
在某些实施方案中,每个-L’-T独立地是以下结构的基团:
其中
k1和k2各自独立地是0、1、2或3,
n1、n2和n3各自独立地是1、2、3、4或5,并且
t1和t2中一个为0,并且t1和t2的另一个为1。
在某些实施方案中,每个-L’-T独立地是具有以下结构的基团:
在某些实施方案中,每个-L’-T独立地是以下结构的基团:
其中
k1和k2各自独立地是0、1、2或3,
n1和n2各自独立地是1、2、3、4或5,并且
t1和t2中一个是0,并且t1和t2中另一个是1。
在某些实施方案中,每个-L’-T独立地是具有以下结构的基团:
在某些实施方案中,每个T独立地是碳水化合物配体。
在某些实施方案中,每个T独立地是碳水化合物配体,所述碳水化合物配体选自由以下组成的组:未保护或受保护形式的N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc)、阿洛糖、阿卓糖、阿拉伯糖、克拉定糖、赤藓糖、赤藓酮糖、果糖、D-岩藻糖醇、L-岩藻糖醇、岩藻糖胺、岩藻糖、墨角藻糖、半乳糖胺、D-半乳糖胺醇、半乳糖、葡糖胺、N-乙酰基-葡糖胺、葡糖胺醇、葡萄糖、葡萄糖-6-磷酸酯、古洛糖甘油醛、L-甘油-D-甘露糖-庚糖、甘油、甘油酮、古洛糖、艾杜糖、来苏糖、甘露糖胺、甘露糖、甘露糖-6-磷酸酯、阿洛酮糖、异鼠李糖、喹诺糖胺、鼠李糖醇、鼠李糖胺、鼠李糖、核糖、核酮糖、景天庚酮糖、山梨糖、塔格糖、塔洛糖、酒石酸、苏糖、木糖和木酮糖。
在某些实施方案中,每个T独立地是N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc)或N-乙酰基-半乳糖胺三乙酸酯。
在某些实施方案中,所述治疗活性剂选自由以下组成的组:反义寡核苷酸(ASO)、小干扰RNA(siRNA)、微RNA(miRNA)、微RNA模拟物、抗miRNA寡核苷酸(AMO)、长非编码RNA、肽核酸(PNA)、辅助脂质和磷酰二胺吗啉代寡核苷酸(PMO),其中所述核酸是未修饰或修饰的。
在某些实施方案中,所述治疗活性剂是小干扰RNA(siRNA)。
在某些实施方案中,所述化合物包含选自由以下组成的组的结构:
以及
在某些实施方案中,所述化合物包含选自由以下组成的组的结构:
以及
在某些实施方案中,所述化合物选自由以下化合物组成的组:
以及
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在某些实施方案中,所述化合物选自由以下化合物组成的组:
其中是寡核苷酸(例如iRNA药剂),
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在一个方面,本文提供了一种调节靶基因在细胞中表达的方法,包含向所述细胞递送本发明的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在某些实施方案中,所述靶基因与肝脏疾病相关。
在某些实施方案中,所述肝脏疾病选自由以下组成的组:非酒精性脂肪性肝脏疾病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、HBV感染、肝纤维化和肝硬化。
在一个方面,本文提供了一种药物组合物,仅包含本发明化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或包含本发明化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与药学上可接受的载体或赋形剂组合。
附图说明
当结合附图阅读时,可进一步理解发明内容以及以下具体实施方式。然而,本发明不限于附图的具体公开。在附图中:
图1显示了如本文提供的某些所示GalNAc-siRNA缀合物的活性。
具体实施方式
现在将详细参考某些实施方案,其实例在所附的具体实施方式中示出。虽然将描述列举的实施方案,但应当理解,它们并不旨在将本发明限制于那些实施方案。相反,本发明旨在涵盖可包括在权利要求书所限定的本发明范围内所有替代方案、修改方案和等效方案。
定义
本文使用的术语具有其普通含义,每次出现时,这些术语的含义都是独立的。然而,除非另有说明,否则以下定义适用于整个说明书和权利要求书。
如本文所用,除非另有明确约定,单数形式“a”、“an”和“the”包括复数指称。
如本文所用,术语“包含”和“包括”旨在指定存在所描述特征、整数、组分或步骤,但并不排除存在或添加一个或更多个其他特征、整数、组分、步骤或它们的组。
如本文所用,术语“约”是指大约、在其范围内、大致或左右。当术语“约”与数值范围一起使用时,它通过将边界扩展到所规定的数值上下来修改该范围。通常,术语“约”在本文中用于在给定值上下对数值进行修改,修改幅度是20%,一般是10%,更一般的是5%,甚至更一般的是1%。有时,此类范围可能在用于测量和/或确定给定值或范围的标准方法实验误差、类型的范围内。
下面更详细地描述特定官能团和化学术语的定义。就本发明而言,化学元素根据the Periodic Table of the Elements,CAS version,Handbook of Chemistry andPhysics,75th Ed.封面内页进行识别,并且具体官能团通常如其中所述来定义。此外,有机化学的一般原理以及具体的官能部分和反应性的描述见于Organic Chemistry,ThomasSorrell,University Science Books,Sausalito,1999;Smith and March March'sAdvanced Organic Chemistry,5th Edition,John Wiley&Sons,Inc.,New York,2001;Larock,Comprehensive Organic Transformations,VCH Publishers,Inc.,New York,1989;Carruthers,Some Modem Methods of Organic Synthesis,3rd Edition,CambridgeUniversity Press,Cambridge,1987。
除非另有明确约定,否则本文引用的所有范围均包括在内。
当列出数值范围时,旨在涵盖所述范围内每个数值和子范围。例如,“C1-6”旨在涵盖C1、C2、C3、C4、C5、C6、C1-6、C1-5、C1-4、C1-3、C1-2、C2-6、C2-5、C2-4、C2-3、C3-6、C3-5、C3-4、C4-6、C4-5和C5-6。
当任何变量在任何成分中或在式I中或在描述和说明本发明化合物的任何其他式中出现一次以上时,它每次出现时的定义独立于它在其他每次出现时的定义。此外,只有当取代基和/或变量的组合产生稳定的化合物时,才允许出现这种组合。
如本文所用,术语“烷基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指无环直链或支链饱和烃基团,其可以独立地被一个或更多个下述取代基任选地取代(即,未取代或取代)。术语“Ci-j烷基”是指具有i至j个碳原子的烷基。在某些实施方案中,烷基基团含有1至12个碳原子。在某些实施方案中,烷基基团含有1至11个碳原子。在某些实施方案中,烷基基团含有1至11个碳原子、1至10个碳原子、1至9个碳原子、1至8个碳原子、1至7个碳原子、1至6个碳原子、1至5个碳原子、1至4个碳原子、1至3个碳原子或者1至2个碳原子。烷基基团的非限制性实例包括甲基;乙基;正丙基和异丙基;正丁基、仲丁基、异丁基和叔丁基;新戊基等。如果化合价允许,烷基基团可以任选地被一个、两个、三个或(在两个碳或更多个碳的烷基基团的情况下)四个或更多个取代基取代,所述取代基独立地选自由以下组成的组:烷氧基;酰氧基;氨基;芳基;芳氧基;叠氮基;环烷基;环烷氧基;卤代基;杂环基;杂芳基;杂环烷基;杂芳烷基;杂环氧基;杂芳氧基;羟基;硝基;巯基;甲硅烷基;氰基;=O;=S和=NR’,其中R’是H、烷基、芳基或杂环基。在某些实施方案中,烷基基团可以任选地被卤代基、氨基、羟基、甲氧基、硝基、氰基等取代。每个所述取代基本身可以是未取代的,或者在化合价允许的情况下,被本文中为每个相应基团定义的未取代的取代基所取代。
如本文所用,术语“亚烷基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指二价取代基,所述取代基是一个氢原子被价键取代的单价烷基。亚烷基基团可以是未取代或取代的。任选取代的亚烷基是如本文对烷基的描述进行任选取代的亚烷基。
如本文所用,术语“烯基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指具有至少一个碳-碳双键的直链或支链烃自由基,所述自由基可以独立地被本文所述的一个或更多个取代基任选地取代(即,未取代或取代),并且包括具有“顺式”和“反式”取向的自由基,或者具有“E”和“Z”取向的自由基。在某些实施方案中,烯基基团含有2至12个碳原子。在某些实施方案中,烯基基团含有2至11个碳原子。在某些实施方案中,烯基基团含有2至11个碳原子、2至10个碳原子、2至9个碳原子、2至8个碳原子、2至7个碳原子、2至6个碳原子、2至5个碳原子、2至4个碳原子、2至3个碳原子。在某些实施方案中,烯基基团含有2个碳原子。烯基基团的非限制性实例包括乙烯基(ethylenyl)(或乙烯基(vinyl))、丙烯基、丁烯基、戊烯基、1-甲基-2-丁烯-1-基、5-己烯基等。任选取代的烯基是如本文对烷基的描述进行任选取代的烯基。
如本文所用,术语“亚烯基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是二价取代基,所述取代基是一个氢原子被价键取代的单价烯基。亚烯基基团可以是未取代或取代的。任选取代的亚烯基是如本文对烷基的描述进行任选取代的亚烯基。
如本文所用,术语“炔基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指具有至少一个碳-碳三键的直链或支链烃自由基,所述自由基可以独立地被本文所述的一个或更多个取代基任选地取代(即,未取代或取代)。在某些实施方案中,炔基基团含有2至12个碳原子。在某些实施方案中,炔基基团含有2至11个碳原子。在某些实施方案中,炔基基团含有2至11个碳原子、2至10个碳原子,2至9个碳原子、2至8个碳原子、2至7个碳原子、2至6个碳原子、2至5个碳原子、2至4个碳原子、2至3个碳原子。在某些实施方案中,炔基基团含有2个碳原子。炔基基团的非限制性实例包括乙炔基、1-丙炔基、2-丙炔基等。任选取代的炔基是如本文对烷基的描述进行任选取代的炔基。
如本文所用,术语“亚炔基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指二价取代基,所述取代基是一个氢原子被价键取代的单价炔基。亚炔基基团可以是未取代或取代的。任选取代的亚炔基是如本文对烷基的描述进行任选取代的亚炔基。
如本文所用,术语“环烷基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指单价的非芳族、饱和或部分不饱和的单环和多环体系,其中所有的环原子都是碳,并且含有至少三个成环碳原子。在某些实施方案中,所述环烷基可含有3至12个成环碳原子、3至10个成环碳原子、3至9个成环碳原子、3至8个成环碳原子、3至7个成环碳原子、3至6个成环碳原子、3至5个成环碳原子、4至12个成环碳原子、4至10个成环碳原子、4至9个成环碳原子、4至8个成环碳原子、4至7个成环碳原子、4至6个成环碳原子、4至5个成环碳原子。具体地,环烷基基团可以是3至10个成环碳原子(即,C3-10环烷基)。具体地,环烷基基团可以是单环的或双环的。双环环烷基基团可以是双环[p.q.0]烷基类型,其中p和q各自独立地是1、2、3、4、5、6或7,条件是p和q的总和为2、3、4、5、6、7或8。或者,双环环烷基基团可以包括桥接的环烷基结构,例如双环[p.q.r]烷基,其中r为1、2或3,p和q各自独立地是1、2、3、4、5或6,条件是p、q和r的总和为3、4、5、6、7或8。所述环烷基基团可以是螺环基团,例如螺环[p.q]烷基,其中p和q各自独立地是2、3、4、5、6或7,条件是p和q的总和为4、5、6、7、8或9。环烷基的非限制性实例包括环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、1-双环[2.2.1.]庚基、2-双环[2.2.1.]庚基、5-双环[2.2.1.]庚基、7-双环[2.2.1.]庚基和萘烷基。所述环烷基基团可以被一个、两个、三个、四个或五个取代基任选地取代(即,未取代或取代),所述取代基独立地选自由以下组成的组:烷基;烷氧基;酰氧基;氨基;芳基;芳氧基;叠氮基;环烷基;环烷氧基;卤代基;杂环基;杂芳基;杂环烷基;杂芳烷基;杂环氧基;杂芳氧基;羟基;硝基;巯基;甲硅烷基;氰基;=O;=S;=NR’,其中R’是H、烷基、芳基或杂环基。每个所述取代基本身可以是未取代的,或被本文中为每个相应基团定义的未取代的取代基所取代。
如本文所用,术语“环亚烷基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指二价取代基,所述取代基是一个氢原子被价键取代的环烷基。环亚烷基基团可以是未取代或取代的。任选取代的环亚烷基是如本文对环烷基的描述进行任选取代的环亚烷基。
如本文所用,术语“环烷氧基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指基团-OR,其中R是环烷基。环烷氧基基团可以是未取代或取代的。任选取代的环烷氧基是如本文对环烷基的描述进行任选取代的环烷氧基。
如本文所用,术语“芳基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指具有至少一个芳族环的单环、双环或多环碳环体系。芳基基团可以是6元至12元,例如8元至12元、6元至10元、6元基团。未取代的碳环芳基基团内所有原子都是碳原子。碳环芳基基团的非限制性实例包括苯基、萘基、1,2-二氢萘基、1,2,3,4-四氢萘基、芴基、二氢茚基、茚基等。所述芳基基团可以被一个、两个、三个、四个或五个取代基任选地取代(即,未取代或取代),所述取代基独立地选自由以下组成的组:烷基;烷氧基;酰氧基;氨基;芳基;芳氧基;叠氮基;环烷基;环烷氧基;卤代基;杂环基;杂芳基;杂环烷基;杂芳烷基;杂环氧基;杂芳氧基;羟基;硝基;巯基;甲硅烷基;和氰基。每个所述取代基本身可以是未取代的或被本文中为每个相应基团定义的未取代的取代基所取代。
如本文所用,术语“亚芳基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指二价取代基,所述取代基是一个氢原子被价键取代的芳基。亚芳基基团可以是未取代或取代的。任选取代的亚芳基是如本文对芳基的描述进行任选取代的亚芳基。
如本文所用,术语“酰基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指式-C(O)-R的化学取代基,其中R是烷基、芳基、芳烷基、环烷基、杂环基、杂环烷基、杂芳基或杂芳烷基。任选取代的酰基是如本文对每个基团R的描述进行任选取代的酰基。
如本文所用,术语“酰氧基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指式-OR的化学取代基,其中R是酰基。任选取代的酰氧基是如本文对酰基的描述进行任选取代的酰氧基。
如本文所用,术语“烷氧基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指式-OR的化学取代基,其中R是烷基基团,具体是C1-12烷基、C1-10烷基、C1-6烷基等。烷氧基基团可以是未取代或取代的。任选取代的烷氧基是如本文对烷基的定义进行任选取代的烷氧基基团。
如本文所用,术语“杂烷基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指每次被一个或两个杂原子中断一次或更多次的烷基基团(例如,本文定义的烷基基团)。每个杂原子独立地是O、N或S。任何杂烷基基团都不包括两个连续的氧原子。所述杂烷基基团可以是未取代或取代的(例如,任选取代的杂烷基)。当杂烷基被取代并且所述取代基与所述杂原子键合时,根据所述杂原子的性质和化合价来选择所述取代基。因此,在化合价允许的情况下,与所述杂原子键合的取代基选自由以下组成的组:=O、-N(RN2)2、-SO2ORN3、-SO2RN2、-SORN3和-COORN3、N保护基、烷基、芳基、环烷基、杂环基或氰基,其中每个RN2独立地是H、烷基、环烷基、芳基或杂环基,并且每个RN3独立地是烷基、环烷基、芳基或杂环基。这些取代基中的每一个本身可以是未取代的,或被本文中为每个相应基团定义的未取代的取代基所取代。当杂烷基被取代并且所述取代基与碳键合时,所述取代基选自针对烷基所描述的基团,条件是与所述杂原子键合的碳原子上取代基不是Cl、Br或I。在某些实施方案中,碳原子出现在杂烷基基团的末端。在某些实施方案中,杂烷基是PEG。
如本文所用,术语“杂亚烷基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指二价取代基,所述取代基是一个氢原子被价键取代的杂烷基。杂亚烷基基团可以是未取代或取代的。任选取代的杂亚烷基是如本文对杂烷基的描述进行任选取代的杂亚烷基。
如本文所用,术语“杂芳基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均指单环体系,或稠合或桥接的双环、三环或四环体系;所述环体系含有一个、两个、三个或四个杂原子,所述杂原子独立地选自由氮、氧和硫组成的组;并且至少一个所述环是芳族环。杂芳基基团可以是5元至12元,例如8元至12元、5元至10元、5元至6元基团。除非另有约定,杂芳基基团的碳数为1至16个碳原子。某些杂芳基基团的碳数可以高达9个碳原子。杂芳基基团的非限制性实例包括苯并咪唑基、苯并呋喃基、苯并噻唑基、苯并噻吩基、苯噁唑基、呋喃基、咪唑基、吲哚基、异吲唑基、异喹啉基、异噻唑基、异噻唑基、异噁唑基、噁二唑基、噁唑基、嘌呤基、吡咯基、吡啶基、吡嗪基、嘧啶基、喹唑啉基、喹啉基、噻二唑基(例如1,3,4-噻二唑)、噻唑基、噻吩基、三唑基(例如1H-1,2,3-三唑基)、四唑基、二氢吲哚基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基等。术语双环、三环和四环杂芳基基团包括至少一个环(具有至少一个如上所述杂原子)和至少一个芳族环。例如,具有至少一个杂原子的环可以与一个、两个或三个碳环(例如芳基环、环己烷环、环己烯环、环戊烷环、环戊烯环)或另一单环杂环稠合。稠合杂芳基基团的非限制性实例包括1,2,3,5,8,8a-六氢中氮茚;2,3-二氢苯并呋喃;2,3-二氢吲哚;和2,3-二氢苯并噻吩。杂芳基基团可以任选地被一个、两个、三个、四个或五个取代基取代,所述取代基独立地选自由以下组成的组:烷基;烷氧基;酰氧基;芳氧基;氨基;芳烷氧基;环烷基;环烷氧基;卤素;杂环基;杂环烷基;杂芳基;杂芳烷基;杂环氧基;杂芳氧基;羟基;硝基;巯基;氰基;=O;-NR2,其中每个R独立地是氢、烷基、酰基、芳基、芳烷基、环烷基、杂环基或杂芳基;-COORA,其中RA是氢、烷基、芳基、芳烷基、环烷基、杂环基或杂芳基;以及-CON(RB)2,其中每个RB独立地是氢、烷基、芳基、芳烷基、环烷基、杂环基或杂芳基。每个所述取代基本身可以是未取代的,或被本文中为每个相应基团定义的未取代的取代基所取代。
如本文所用,术语“杂亚芳基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指二价取代基,所述取代基是一个氢原子被价键取代的杂芳基。杂亚芳基基团可以是取代的或未取代的。任选取代的杂亚芳基是如本文对杂芳基的描述进行任选取代的杂亚芳基。
如本文所用,术语“杂芳氧基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指结构-OR,其中R是杂芳基。杂芳氧基可以是取代的或未取代的。任选取代的杂芳氧基可以是如对杂芳基的定义进行任选取代的杂芳氧基。
如本文所用,术语“杂环基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指具有稠合或桥接的4-、5-、6-、7-或8-元环的单环、双环、三环或四环体系,除非另有说明,所述环体系含有一个、两个、三个或四个独立地选自由氮、氧和硫组成的组的杂原子。杂环基基团可以是3元至12元,例如,4元至12元、4元至10元、5元至12元、5元至10元、5元至8元基团。杂环基可以是芳族的或非芳族的。芳族杂环基是如本文所述的杂芳基。非芳族5元杂环基具有零个或一个双键,非芳族6-元和7-元杂环基基团具有零个至两个双键,并且非芳族8-元杂环基基团具有零个至两个氢键和/或零个或一个碳碳三键。除非另有规定,杂环基基团的碳数为1至16个碳原子。某些杂环基基团的碳数可以高达9个碳原子。非芳族杂环基基团包括吡咯啉基、吡咯烷基、吡唑啉基、吡唑烷基、咪唑啉基、咪唑烷基、哌啶基、高哌啶基、哌嗪基、哒嗪基、噁唑烷基、异噁唑烷基、吗啉基、硫代吗啉基、噻唑烷基、异噻唑烷基、噻唑烷基、四氢呋喃基、二氢呋喃基、四氢噻吩基、二氢噻吩基、吡喃基、二氢吡喃基、噻唑基等。术语“杂环基”还表示具有桥接多环结构(其中一个或更多个碳和/或杂原子桥接单环的两个不相邻的成员)的杂环化合物,例如奎宁环、莨菪烷或二氮杂双环[2.2.2]辛烷。术语“杂环基”包括双环、三环和四环基团,其中上述杂环中任一个与一个、两个或三个碳环(例如环己烷环、环己烯环、环戊烷环、环戊烯环)或另一杂环稠合。稠合杂环基的非限制性实例包括1,2,3,5,8,8a-六氢中氮茚;2,3-二氢苯并呋喃;2,3-二氢吲哚;和2,3-二氢苯并噻吩。所述杂环基基团可以是未取代的或被一个、两个、三个、四个或五个取代基取代,所述取代基独立地选自由以下组成的组:烷基;烷氧基;酰氧基;芳氧基;氨基;芳烷氧基;环烷基;环烷氧基;卤素;杂环基;杂环烷基;杂芳基;杂芳烷基;杂环氧基;杂芳氧基;羟基;硝基;巯基;氰基;=O;=S;-NR2,其中每个R独立地是氢、烷基、酰基、芳基、芳烷基、环烷基、杂环基或杂芳基;-COORA,其中RA是氢、烷基、芳基、芳烷基、环烷基、杂环基或杂芳基;和-CON(RB)2,其中每个RB独立地是氢、烷基、芳基、芳烷基、环烷基、杂环基或杂芳基。
如本文所用,术语“杂环烷基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指被杂环基基团取代的烷基基团。杂环烷基基团可以是未取代或取代的。任选取代的杂环烷基的杂环基和烷基部分分别如对杂环烷基和烷基的描述进行任选取代。
如本文所用,术语“杂亚环基”,无论是作为另一术语的一部分还是独立使用,均是指二价取代基,所述取代基是一个氢原子被价键取代的杂环基。杂亚环基基团可以是未取代或取代的。任选取代的杂亚环基是如本文对杂环基的描述进行任选取代的杂亚环基。
如本文所用,术语“硫代杂亚环基”是指二价基团-S-R’-,其中R’是如本文所定义的杂亚环基。
如本文所用,术语“巯基”是指-SH基团。
如本文所用,术语“三唑并环亚烯基”是指含有与8元环稠合的1,2,3-三唑环的环亚烯基,所有内环原子都是碳原子,桥头原子是sp2-杂化的碳原子。三唑并环亚烯基基团可以是未取代或取代的。任选取代的三唑并环亚烯基是以对环烯基所述方式任选取代的三唑并环亚烯基。
如本文所用,术语“三唑并杂亚环基”是指含有1,2,3-三唑环(与含有至少一个杂原子的8元环稠合)的杂亚环基。三唑并杂亚环基中的桥头原子是碳原子。三唑并杂亚环基基团可以是未取代或取代的。任选取代的三唑并杂亚环基是以对杂环基所述方式任选取代的三唑并杂亚环基。
如本文所用,术语“氧代”是指二价氧原子,例如,氧代的结构可以显示为=O。
如本文所用,术语“卤素”或“卤代基”是指氟化物、氯化物、溴化物和碘化物,具体是氟化物和氯化物,更具体是氟化物。
如本文所用,术语“取代的”,当指代化学基团时,是指所述化学基团具有一个或更多个被去除或被取代基取代的氢原子。如本文所用,术语“取代基”具有本领域已知的普通含义,并指共价附接到或在适当情况下稠合到母体基团的化学部分。应当理解的是,在给定原子上进行取代受化合价的限制。取代基的实例包括但不限于卤代基、烷基、烯基、炔基、芳基、杂环基、巯基、烷硫基、芳硫基、烷硫基烷基、芳硫基烷基、烷基磺酰基、烷基磺酰基烷基、芳基磺酰基烷基、烷氧基、芳氧基、芳烷氧基、氨羰基、烷基氨羰基、芳基氨羰基、烷氧基羰基、芳氧基羰基、卤代烷基、氨基、三氟甲基、氰基、硝基、烷氨基、芳氨基、烷基氨烷基、芳基氨烷基、氨烷基氨基、羟基、烷氧基烷基、羧烷基、烷氧羰基烷基、氨羰基烷基、酰基、芳烷氧基羰基、羧酸、磺酸、磺酰基、膦酸、芳基、杂芳基、杂环基基团和脂肪族基团。可以理解的是,所述取代基可以被进一步取代。
当在式(I)或其任何实施方案中一个部分被注明是“任选取代”时,这意味着式(I)或其实施方案既涵盖在所述部分上被所注明取代基(或多个取代基)取代的化合物,也涵盖在所述部分上不含所注明取代基(或多个取代基)(即其中所述部分未被取代)的化合物。
如本文所用,术语“保护基团”在本领域中是公知的,并且包括Greene'sProtective Groups in Organic Synthesis,P.G.M.Wuts and T.W.Greene,4th Edition,Wiley-Inter science,2006中详细描述的保护基团,该文献的全部内容通过引用并入本文。
在某些实施方案中,存在于氧原子上的取代基是氧保护基团,在本文中也称为“羟基保护基团”,是指在合成过程期间保护羟基基团不发生意外反应的不稳定化学部分。在所述合成步骤之后,可以选择性地去除所述羟基保护基团。合适的羟基保护基团在本领域中是众所周知的,并且包括Protecting Groups in Organic Synthesis,T.W.Greene andP.G.M.Wuts,3rd Edition,John Wiley&Sons,1999中详细描述的羟基保护基团,该文献的全部内容通过引用并入本文。羟基保护基团的非限制性实例包括甲基、甲氧基甲基(MOM)、甲基硫甲基(MTM)、叔丁基硫甲基、(苯基二甲硅烷基)甲氧基甲基(SMOM)、苄氧基甲基(BOM)、对甲氧基苄氧基甲基(PMBM)、(4-甲氧基苯氧基)甲基(p-AOM)、愈创木酚甲基(GUM)、叔丁氧基甲基、4-戊烯氧基甲基(POM)、硅氧基甲基、2-甲氧基乙氧基甲基(MEM)、2,2,2-三氯乙氧基甲基、双(2-氯乙氧基)甲基、2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基甲基(SEMOR)、四氢吡喃基(THP)、3-溴四氢吡喃基、四氢噻喃基、1-甲氧基环己基、4-甲氧基四氢吡喃基(MTHP)、4-甲氧基四氢噻喃基、4-甲氧基四氢噻喃基S,S-二氧化物、l-[(2-氯-4-甲基)苯基]-4-甲氧基哌啶-4-基(CTMP)、1,4-二噁烷-2-基、四氢呋喃基、四氢噻吩基、2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢-7,8,8-三甲基-4,7-甲桥苯并呋喃-2-基、1-乙氧基乙基、1-(2-氯乙氧基)乙基、1-甲基-1-甲氧基乙基、1-甲基-l-苄氧基乙基、1-甲基-1-苄氧基-2-氟乙基、2,2,2-三氯乙基、2-三甲基甲硅烷基乙基、2-(苯基氧硒基)乙基、叔丁基、烯丙基、对氯苯基、对甲氧基苯基、2,4-二硝基苯基、苄基(Bn)、对甲氧基苄基、3,4-二甲氧基苄基、邻硝基苄基、对硝基苄基、p-卤代苄基、2,6-二氯苄基、对氰基苄基、对苯基苄基、2-吡啶甲基、4-吡啶甲基、3-甲基-2-吡啶甲基N-氧化基(oxido)、二苯基甲基、对,对’-二硝基二苯甲基、5-二苯并环庚基、三苯基甲基、α-萘基二苯基甲基、对甲氧基苯基二苯基甲基、二(对甲氧基苯基)苯基甲基、三(对甲氧基苯基)甲基、4-(4'-溴苯甲酰甲基氧基苯基)二苯基甲基、4,4',4"-三(4,5-二氯苯二甲酰亚氨基苯基)甲基、4,4',4"-三(乙酰丙酰基氧基苯基)甲基、4,4',4"-三(苯甲酰氧基苯基)甲基、3-(咪唑-l-基)双(4',4"-二甲氧基苯基)甲基、1,1-双(4-甲氧基苯基)-1'-芘基甲基、9-蒽基、9-(9-苯基)氧杂蒽基、9-(9-苯基-10-氧代)蒽基、1,3-苯并四氢噻吩-2-基、苯并异噻唑基S,S-二氧化物、三甲基甲硅烷基(TMS)、三乙基甲硅烷基(TES)、三异丙基甲硅烷基(TIPS)、二甲基异丙基甲硅烷基(IPDMS)、二乙基异丙基甲硅烷基(DEIPS)、二甲基己基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基(TBDMS)、叔丁基二苯基甲硅烷基(TBDPS)、三苄基甲硅烷基、三对甲苄基甲硅烷基、三苯基甲硅烷基、二苯基甲基甲硅烷基(DPMS)、叔丁基甲氧基苯基甲硅烷基(TBMPS)、甲酸酯、苯甲酰甲酸酯、乙酸酯、氯乙酸酯、二氯乙酸酯、三氯乙酸酯、三氟乙酸酯、甲氧基乙酸酯、三苯基甲氧基乙酸酯、苯氧基乙酸酯、对氯苯氧基乙酸酯、3-苯基丙酸酯、4-氧代戊酸酯(乙酰丙酸酯)、4,4-(亚乙基二硫代)戊酸酯(乙酰丙酰基二硫缩醛)、特戊酸酯、金刚烷酸酯、巴豆酸酯、4-甲氧基巴豆酸酯、苯甲酸酯、对苯基苯甲酸酯、2,4,6-三甲基苯甲酸酯(mesitoate)、碳酸甲酯、9-芴基甲基碳酸酯(Fmoc)、碳酸乙酯、2,2,2-三氯乙基碳酸酯(Troc)、2-(三甲基甲硅烷基)乙基碳酸酯(TMSEC)、2-(苯基磺酰基)乙基碳酸酯(Psec)、2-(三苯基磷鎓基)乙基碳酸酯(Peoc)、碳酸异丁酯、碳酸乙烯酯、碳酸烯丙酯、碳酸叔丁酯(Boc)、碳酸对硝基苄酯、碳酸苄酯、碳酸对甲氧基苄酯、3,4-二甲氧基苄基碳酸酯、碳酸邻硝基苄酯、碳酸对硝基苄酯、S-苄基硫代碳酸酯、4-乙氧基-1-萘基碳酸酯、二硫代碳酸甲酯、2-碘代苯甲酸酯、4-叠氮基丁酸酯、4-硝基-4-甲基戊酸酯、邻(二溴甲基)苯甲酸酯、2-甲酰基苯磺酸酯、2-(甲基硫代甲氧基)乙基、4-(甲基硫代甲氧基)丁酸酯、2-(甲基硫代甲氧基甲基)苯甲酸酯、2,6-二氯-4-甲基苯氧基乙酸酯、2,6-二氯-4-(1,1,3,3-四甲基丁基)苯氧基乙酸酯、2,4-双(1,1-二甲基丙基)苯氧基乙酸酯、氯二苯基乙酸酯、异丁酸酯、单琥珀酸酯、(E)-2-甲基-2-丁烯酸酯、邻(甲氧基酰基)苯甲酸酯、a-萘酸酯、硝酸酯、N,N,N',N'-四甲基磷二酰胺烷基酯、N-苯基氨基甲酸烷基酯、硼酸酯、二甲基硫膦基、2,4-二硝基苯基次磺酸烷基酯、硫酸酯、甲磺酸酯(methanesulfonate)(甲磺酸酯(mesylate))、苄基磺酸酯、甲苯磺酸酯(Ts)、4,4'-二甲氧基三苯基甲基(DMTr)等。在某些实施方案中,羟基保护基团的非限制性实例包括乙酰基、苄基、苯甲酰基、三甲基甲硅烷基、4,4'-二甲氧基三苯基甲基(DMTr)等。
在某些实施方案中,存在于硫原子上的取代基是硫保护基团,也称为“巯基保护基团”,是指在合成过程期间保护巯基基团不发生意外反应的不稳定化学部分。在合成步骤之后,可以选择性地去除所述巯基保护基团。合适的硫保护基团在本领域中是众所周知的,并且包括Protecting Groups in Organic Synthesis,T.W.Greene and P.G.M.Wuts,3rdEdition,John Wiley&Sons,1999中详细描述的硫保护基团,该文献通过引用并入本文。巯基保护基团的非限制性实例包括对甲氧基苄基(Mob)、三苯甲基(Trt)、乙酰氨甲基(Acm)等。
在某些实施方案中,存在于氮原子上的取代基是氮保护基团,也称为“氨基保护基团”,是指在合成过程期间保护氨基基团不发生意外反应的不稳定化学部分。在合成步骤之后,可以选择性地去除所述氨基保护基团。合适的氨基保护基团是本领域公知的,并且包括在Protecting Groups in Organic Synthesis,T.W.Greene and P.G.M.Wuts,3rdEdition,John Wiley&Sons,1999中详细描述的氨基保护基团,该文献通过引用并入本文。氨基保护基团的非限制性实例可包括乙酰基、叔丁氧基羰基(BOC)、三苯甲基(Tr)、苄氧基羰基(Cbz)、9-芴基甲氧基羰基(FMOC)、三甲基甲硅烷基(TMS)、叔丁基二甲基甲硅烷基(TBS)等。
在上述定义中,羟基、巯基和氨基保护基团未进行详细的定义。这些基团的功能是在制备步骤期间保护反应性官能团,然后在稍后的某个时间点去除而不破坏分子的剩余部分。本领域已知的保护基团许多,并且使用上文未具体提及的其他保护基团也同样适用。
如本文所用,术语“碳水化合物”是指由碳(C)、氢(H)和氧(O)组成并具有通式Cx(H2O)y的化合物,其中x和y可以相同或不同。碳水化合物可包括单糖、二糖、三糖、寡糖和多糖。如本文使用的术语“单糖”是指具有单一碳链的碳水化合物,所述碳链可以是直链、支链或环状;“二糖”和“三糖”是指含有两个或三个通过糖苷键连接在一起的此类单糖单元的分子;“寡糖”和“多糖”是指较大的此类聚集体,分别具有约4至9个单糖单元和甚至更多个单糖单元。单糖或单糖单元可以是D-构型或L-构型,并且包括3个或更多个碳原子,具体是4个或更多个碳原子,优选4至8个碳原子,例如4个碳原子(丁糖)、5个碳原子(戊糖)、6个碳原子(己糖)、7个碳原子(庚糖)和8个碳原子(辛糖)。在某些实施方案中,单糖或单糖单元可以包括5或6个碳原子。在二糖、三糖、寡糖和多糖中,每个单糖单元可以相同或不同。单糖的非限制性实例包括例如葡萄糖、果糖和半乳糖。二糖的非限制性实例包括,例如,龙胆二糖、异麦芽糖、蜜二糖、海藻糖、蔗糖、乳糖、麦芽糖和纤维二糖。三糖的非限制性实例包括例如乳果糖、棉子糖等。多糖的非限定性实例包括,例如淀粉、纤维素、糖原等。术语“碳水化合物”可在本文中与“糖”(sugar)和“糖”(saccharide)互换使用。
如本文所用,术语“碳水化合物模拟物”是指具有多个羟基基团的任何碳水化合物衍生物或其他化合物,因此看起来有点像具有某种结构修饰的糖(sugar)或糖(saccharide)。例如,关于单糖,所述碳水化合物模拟物可以是脱氧糖(氢取代醇羟基基团)、氨基糖(氨基基团取代醇羟基基团)、硫代糖(巯基取代醇羟基基团,或C=S取代C=O,或硫取代环形的环氧)、硒糖、碲糖、氮杂糖(氮取代的环碳)、亚氨基糖(氮取代环氧)、膦(phosphano)糖(磷取代环氧)、磷杂糖(磷取代环碳)、C-取代的单糖(碳取代非末端碳原子上的氢)、不饱和单糖、糖醛(CHOH基团取代羰基基团)、醛糖酸(羧基基团取代醛基团)、碳环糖(碳取代环氧)、酮糖酸、糖醛酸、糖二酸、C-糖苷(碳取代异头氧)、羧化糖、酰胺化糖、稠合环糖等。所述模拟物可以包括一种或更多种此类结构修饰。具体地,单糖模拟物的非限制性实例可包括对碳水化合物结构的一种或更多种修饰,所述碳水化合物结构选自由以下组成的组:单糖的脱氧糖、氨基糖、N-糖苷、亚氨基糖、不饱和糖、羧化糖、酰胺化糖、稠合环糖和碳环糖。应当理解的是,碳水化合物可以被进一步取代。还包括具有环化氨基基团(例如三唑基)的氨基糖。在某些实施方案中,所述单糖模拟物可以是任选被进一步取代的2-((1H-1,2,3-三唑-1-基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三醇。关于二糖、三糖、寡糖或多糖,所述碳水化合物模拟物是指一个或更多个单糖单元被如上所述单糖模拟物取代的碳水化合物。
在某些实施方案中,碳水化合物模拟物的非限制性实例可以具有以下结构:
其中
R1为H、C1-6烷基、卤素或-NH(R2),其中R2为H或乙酰基;
每个R独立地是H、卤素、-CN、-C≡CH、-NH2、-OC1-6烷基或C1-6烷基,其中-C1-6烷基和-OC1-6烷基的所述烷基被0至5个卤素原子取代;或两个R与它们所附接的碳一起形成C3-6环烷基或3元至6元杂环烷基基团,其中-C3-6环烷基的所述环烷基和3元至6元杂环烷基的杂环烷基被0至5个卤素原子取代;并且
在化合价允许的情况下,n是0、1、2或3;具体地n为0。
在某些实施方案中,碳水化合物模拟物的非限制性实例可以具有以下结构:
在某些实施方案中,碳水化合物模拟物的非限制性实例可以具有以下结构:
在某些实施方案中,与配体连接的碳水化合物模拟物的非限制性实例可以具有以下结构:
其中Y是配体接头部分。
在某些实施方案中,碳水化合物模拟物的非限制性实例可以具有以下结构:
在某些实施方案中,碳水化合物模拟物的非限制性实例可以具有以下结构:
如本文所用,波浪线表示一个部分与另一个部分的附接点。
就配体(即式(I)中的T)而言,可以使用碳水化合物和碳水化合物模拟物。因此,如本文所用,术语“碳水化合物配体”意在包括碳水化合物、碳水化合物模拟物或它们的组合。在某些实施方案中,所述碳水化合物配体选自由以下组成的组:未保护或受保护形式的N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc)、阿洛糖、阿卓糖、阿拉伯糖、克拉定糖、赤藓糖、赤藓酮糖、果糖、D-岩藻糖醇、L-岩藻糖醇、岩藻糖胺、岩藻糖、墨角藻糖、半乳糖胺、D-半乳糖胺醇、半乳糖、葡糖胺、N-乙酰基-葡糖胺、葡糖胺醇、葡萄糖、葡萄糖-6-磷酸酯、古洛糖甘油醛、L-甘油-D-甘露糖-庚糖、甘油、甘油酮、古洛糖、艾杜糖、来苏糖、甘露糖胺、甘露糖、甘露糖-6-磷酸酯、阿洛酮糖、异鼠李糖、喹诺糖胺、鼠李糖醇、鼠李糖胺、鼠李糖、核糖、核酮糖、景天庚酮糖、山梨糖、塔格糖、塔洛糖、酒石酸、苏糖、木糖和木酮糖。在某些实施方案中,所述碳水化合物配体是N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc)或N-乙酰基-半乳糖胺三乙酸酯。在某些实施方案中,所述碳水化合物配体是N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc)。
式I的化合物可以具有一个或更多个手性(不对称)中心。本发明涵盖式I化合物的所有立体异构形式。存在于式I所述化合物中的不对称中心可以彼此完全独立地具有(R)或(S)构型。当在本发明的结构式中手性碳的键被描绘成直线时,或者当化合物名称的描述中没有手性碳的(R)或(S)手性名称时,应理解的是,每个此类手性碳的(R)和(S)构型,以及因此每个对映体或非对映体及它们的混合物,都包含在所述式中或名称中。特定的立体异构体或其混合物的生成可以在获得这种立体异构体或者其混合物的实施例中确定,但这绝不限制将所有立体异构体及其混合物纳入本发明的范围。
本发明包括所有可能的对映体和非对映体,以及两种或更多种立体异构体的混合物,例如对映体和/或非对映体所有比例的混合物。因此,对映体是本发明的主题,以纯对映体形式(既作为左旋对映体又作为右旋对映体(antipode))、外消旋体的形式和以两种对映体所有比例混合物的形式存在。在顺式/反式异构现象的情况下,本发明包括顺式形式和反式形式以及这些形式所有比例的混合物。如果需要的话,则可以通过常规方法(例如通过色谱法或结晶法)分离混合物、通过使用在立体化学方面均匀的起始原料合成或通过立体选择性合成方法,进行单个立体异构体的制备。任选地,可以在分离立体异构体之前进行衍生化处理。分离立体异构体混合物可以在式I化合物合成期间的中间步骤进行,或者可以在最终外消旋产物上进行。如果需要的话,可使用含有已知构型的立体生成中心的试剂对结晶产物或晶体中间体进行衍生化处理,通过对其进行X射线晶体分析法来确定绝对立体化学构型。或者,绝对立体化学构型可以通过振动圆二色谱(VCD)光谱分析来确定。
如本文所用,术语“治疗活性剂”是指已知具有治疗活性的化合物和化合物类别。例如,治疗活性剂可以是治疗活性寡核苷酸。治疗活性剂的非限制性实例可包括反义寡核苷酸(ASO)、小干扰RNA(siRNA)、微RNA(miRNA)、微RNA模拟物、抗miRNA寡核苷酸(AMO)、长非编码RNA、肽核酸(PNA)、辅助脂质和磷酰二胺吗啉代寡核苷酸(PMO),其中所述核酸是未修饰或修饰的。在某些实施方案中,所述治疗活性剂可以是iRNA药剂。
如本文所用,术语“靶向部分”是指特异性结合或反应性关联或复合与给定靶细胞群相关的受体或其他受体部分的部分(例如,N-乙酰基半乳糖胺簇)。
如本文所用,术语“接头”是指连接化合物两部分的有机部分。接头通常可包含:直接键或原子(例如氧或硫),单元,例如NR8、C(O)、C(O)NH、NHC(O)、OC(O)、C(O)O、SO、SO2、SO2NH或原子链,例如但不限于取代或未取代的烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、芳烷基、芳烯基、芳炔基、杂芳烷基、杂芳烯基、杂芳炔基、杂环烷基、杂环烯基、杂环炔基、芳基、杂芳基、杂环基、环烷基、环烯基、烷基芳烷基、烷基芳烯基、烷基芳炔基、烯基芳烷基、烯基芳烯基、烯基芳炔基、炔基芳烷基、炔基芳烯基、炔基芳炔基、烷基杂芳烷基、烷基杂芳烯基、烷基杂芳炔基、烯基杂芳烷基、烯基杂芳烯基、烯基杂芳炔基、炔基杂芳烷基、炔基杂芳烯基、炔基杂芳炔基、烷基杂环烷基、烷基杂环烯基、烷基杂环炔基、烯基杂环烷基、烯基杂环烯基、烯基杂环炔基、炔基杂环烷基、炔基杂环烯基、炔基杂环炔基、烷芳基、烯芳基、炔芳基、烷基杂芳基、烯基杂芳基、炔基杂芳基(其中一个或更多个亚甲基可被O、S、S(O)、SO2、N(R8)、C(O)中断或终止)、取代或未取代的芳基、取代或未替代的杂芳基、取代或未取代的杂环基;其中R8是氢、酰基、脂肪族基团或取代的脂肪族基团。在某些实施方案中,所述接头在1-24个原子之间,优选4-24个原子,优选6-18个原子,更优选8-18个原子和最优选8-16个原子。接头其他实例的描述见于国际公开号WO 2009/082607和美国专利公开号2009/0239814、2012/0136042、2013/0158824或2009/0247608。
如本文所用,术语“核苷”是指本领域已知的糖核碱基化合物和基团(例如,本领域已知的修饰或未修饰的呋喃核糖-核碱基与2’-脱氧呋喃核糖-核碱基化合物和基团)。所述糖可以是呋喃核糖。所述糖可以是修饰的或未修饰的。未修饰的糖核苷是异头碳与核碱基键合的呋喃核糖或2’-脱氧呋喃核糖。未修饰的核苷是异头碳与未修饰的核碱基键合的呋喃核糖或2’-脱氧呋喃核糖。未修饰的核苷的非限制性实例包括腺苷、胞苷、鸟苷、尿苷、2’-脱氧腺苷、2’-脱氧胞苷、2’-脱氧鸟苷和胸苷。修饰的化合物和基团包括一种或更多种修饰,其选自由本文所述核碱基修饰和糖修饰组成的组。核碱基修饰是用修饰的核碱基取代未修饰的核碱基。糖修饰可以是例如2’-取代、锁定(locking)、碳环化或解锁(unlocking)。2’-取代是用2’-氟、2’-甲氧基或2’-(2-甲氧基)乙氧基取代呋喃核糖中的2’-羟基。锁定修饰是在呋喃核糖的4’-碳原子和2’-碳原子之间引入桥。具有锁定修饰的核苷在本领域中已知为桥接核酸,例如,锁核酸(LNA)、乙烯桥接核酸(ENA)和cEt核酸。桥接核酸通常用作亲和性增强核苷。
如本文所用,术语“核苷酸”是指与以下结构的核苷间连接或单价基团键合的核苷:-X1-P(X2)(R1)2,其中X1为O、S或NH,X2是缺失的、=O或=S,并且每个R1独立地是-OH、-N(R2)2或-O-CH2CH2CN,其中每个R2独立地是任选取代的烷基,或两个R2基团与其所附接的氮原子一起结合形成任选取代的杂环基。
如本文所用,术语“寡核苷酸”是指含有10个或更多个(例如,10至50个)通过核苷间连接共价结合在一起的连续核苷的结构。寡核苷酸包括5’端和3’端。寡核苷酸的5’端可以是例如羟基、靶向部分、疏水部分、5’帽、磷酸酯、二磷酸酯、三磷酸酯、硫代磷酸酯、硫代二磷酸酯、硫代三磷酸酯、二硫代磷酸酯、二硫代二磷酸酯、二硫代三磷酸酯、膦酸酯、磷酰胺、细胞穿透肽、内体逃逸部分或中性有机聚合物。寡核苷酸的3’端可以是,例如,羟基、靶向部分、疏水部分、磷酸酯、二磷酸酯、三磷酸酯、硫代磷酸酯、硫代二磷酸酯、硫代三磷酸酯、二硫代磷酸酯、二硫代二磷酸酯、二硫代三磷酸酯、膦酸酯、磷酰胺、细胞穿透肽、内体逃逸部分,或中性有机聚合物(例如聚乙二醇)。具有5’-羟基或5’-磷酸酯的寡核苷酸具有未修饰的5’末端。具有5’末端(5’-羟基或5’-磷酸酯除外)的寡核苷酸具有修饰的5’末端。具有3’-羟基或3’-磷酸酯的寡核苷酸具有未修饰的3’末端。具有3’末端(3’-羟基或3’-磷酸酯除外)的寡核苷酸具有修饰的3’末端。
如本文所用,除非根据上下文另有说明,是指寡核苷酸(例如iRNA药剂)。
除非另有说明,本文所描述的结构也意味着包括仅在一个或更多个同位素富集原子存在方面有不同的化合物。例如,具有所述结构的化合物,其不同之处仅在于氢被氘或氚取代,或碳被13C或14C取代,都在本发明的范围内。根据本发明,这些化合物可以用作例如分析工具、生物测定中的探针或治疗活性剂。
配体
所述配体可以是本文所述的任何配体,例如选自由碳水化合物配体、多肽配体和亲脂性配体组成的组的配体。配体可以受到保护,也可以不受保护。配体的优选示例性实例包括N-乙酰基半乳糖胺(GalNAc),例如N-乙酰基-D-半乳糖胺和N-乙酰基半乳糖胺三乙酸酯等。
其他合适配体的描述见于美国专利公开号2009/073809、2012/0136042、2013/0158824或2009/0247608、US8106022或WO2009/073809,每件所述专利都通过引用并入本文。
所述配体部分(例如碳水化合物部分)促进将寡核苷酸递送到靶位点。配体部分可以改善递送的一种方式是通过受体介导的内吞活性。在不受任何具体理论约束的情况下,人们认为,这种摄取机制涉及与膜受体结合的寡核苷酸通过膜结构的内陷或通过递送系统与细胞膜的融合,移动到被膜包裹的区域内部。该过程是在特异性配体与所述受体结合后通过激活细胞表面或膜受体而启动的。受体介导的内吞系统包括识别糖(例如半乳糖)的系统。因此,所述配体部分可以包括一种或更多种单糖、二糖、三糖、四糖、寡糖或多糖,例如上文所述的糖。在优选实施方案中,所述配体部分可以是被人脱唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)(例如人脱唾液酸糖蛋白受体2(ASGPR2))识别的部分。例如,此类碳水化合物部分可以包含糖(例如,半乳糖或N-乙酰基-D-半乳糖胺)。
寡核苷酸
所述寡核苷酸可以是化学修饰或未修饰的核酸分子(RNA或DNA),长度小于约100个核苷酸,例如小于约50个核苷酸。所述核酸例如可以是(i)单链DNA或RNA,(ii)双链DNA或RNA(包括具有发夹环的双链DNA和RNA),或(iii)DNA/RNA杂交体。双链RNA的非限制性实例包括siRNA(小干扰RNA)。单链核酸包括例如反义寡核苷酸、核酶、微RNA和三链形成寡核苷酸。在某些实施方案中,所述寡核苷酸的长度范围为约5至约50个核苷酸,例如约10至约50个核苷酸。在某些实施方案中,所述寡核苷酸的长度范围为约6至约30个核苷酸,例如,约15至约30个核苷酸,例如约18至约23个核苷酸。
本文所述的寡核苷酸可以是siRNA、微RNA、抗微RNA、微RNA模拟物、抗miR,安塔够妙(Antagomir)、dsRNA、ssRNA、适配体、免疫刺激性寡核苷酸、诱饵寡核苷酸、剪接改变寡核苷酸(splice altering oligonucleotide)、三链形成寡核苷酸、G-四链体或反义寡核苷酸。在某些实施方案中,所述寡核苷酸是iRNA药剂。
如本文所用,术语“iRNA药剂”是指可以下调靶基因,优选内源性或病原体靶RNA表达的RNA试剂(或可以裂解成RNA药剂的药剂)(例如siRNA)。虽然不希望被理论束缚,但iRNA药剂可以通过多种机制中的一种或更多种起作用,包括靶mRNA(在本领域中称为RNAi)的转录后裂解,或转录前或翻译前机制。iRNA药剂可以包括单链或可以包括多于一条链,例如,所述iRNA药剂可以是双链iRNA药剂。如果所述iRNA药剂是单链,它可以包括5’修饰,包括一种或更多种磷酸酯基团或一种或更多种磷酸酯基团类似物。在某些实施方案中,所述iRNA药剂是双链的。
所述iRNA药剂通常包括与所述靶基因具有足够同源性的区域,并且具有足够长的核苷酸,使得所述iRNA药剂或其片段可以介导所述靶基因的下调。所述iRNA药剂是或包括与所述靶RNA至少部分互补且在某些实施方案中完全互补的区域。所述iRNA药剂和靶标之间不一定完全互补,但这种对应关系优选足以使所述iRNA药剂或其裂解产物能够引导序列特异性沉默,例如通过所述靶RNA(例如mRNA)的RNAi裂解实现。
所述iRNA药剂中的核苷酸可以被修饰(例如,一个或更多个核苷酸可以包括2’-F或2’-OCH3基团),或者是核苷酸替代物。iRNA药剂的单链区域可以被修饰或包括核苷替代物,例如发夹结构的一个或更多个不成对区域(例如连接两个互补区域的区域),可以具有修饰或核苷替代物。修饰以稳定iRNA药剂的一个或更多个3’-或5’-末端,例如免受核酸外切酶的影响。修饰可以包括C3(或C6、C7、C12)氨基接头、巯基接头、羧基接头、非核苷酸间隔子(C3、C6、C9、C12、脱碱基间隔子、三乙二醇、六乙二醇)、特殊生物素或荧光素试剂(以亚磷酰胺形式出现并具有另一DMT保护的羟基,从而在RNA合成期间能够进行多重偶联)。修饰还可以包括例如,在核糖2’-OH基团处使用修饰(例如,使用脱氧核糖核苷酸(例如脱氧胸苷)而不是核糖核苷酸),以及在磷酸酯基团上进行修饰,例如硫代磷酸酯修饰。
在某些实施方案中,不同链将包括不同的修饰。在某些实施方案中,可以选择链使得所述iRNA药剂在分子的一端或两端包括单链或不成对的区域。双链iRNA药剂优选使其链与突出端配对,例如一个或两个5’或3’突出端(优选至少2-3个核苷酸的3’突出端)。例如,iRNA药剂可以在每端具有长度为一个、两个或三个核苷酸的单链突出端,例如3’突出端。所述突出端可以是一条链比另一条链长的结果,也可以是长度相同的两条链交错的结果。
所述iRNA药剂链间的双链区域优选长度为6至30个核苷酸。优选双链区域的长度在15至30个核苷酸之间,最优选18、19、20、21、22和23个核苷酸。其他优选的双链区域长度在6至20个核苷酸之间,最优选为6、7、8、9、10、11和12个核苷酸。
所述寡核苷酸可以是美国专利公开号2009/0239814、2012/0136042、2013/0158824或2009/0247608中所述的寡核苷酸,每个所述专利通过引用并入本文。
如本文所用,术语“单链siRNA”是指由单个分子组成的siRNA化合物。它可以包括通过链内配对形成的双链区域,例如,它可以是或包括发夹结构或锅柄(pan-handle)结构。单链siRNA化合物可以相对于靶分子是反义的。
单链siRNA可以足够长,从而可以进入RISC并参与RISC介导的靶mRNA裂解。单链siRNA化合物的长度为至少14个核苷酸,在其他实施方案中为至少15、20、25、29、35、40或50个核苷酸。在某些实施方案中,其长度小于200、100或60个核苷酸。
发夹siRNA化合物将具有等于或至少17、18、19、29、21、22、23、24或25个核苷酸对的双链区域。所述双链区域的长度可以等于或小于200、100或50个核苷酸对。在某些实施方案中,所述双链区域的长度范围为15-30、17-23、19-23和19-21个核苷酸对。所述发夹可以具有单链突出端或末端未配对区域。在某些实施方案中,所述突出端的长度为2-3个核苷酸。在某些实施方案中,所述突出端在发夹的正义侧,在某些实施方案中在发夹的反义侧。
如本文所用,术语“双链siRNA化合物”是指siRNA化合物,包括多于一条(在某些情况下是两条)链,其中链间杂交可以形成双链结构的区域。
双链siRNA化合物的反义链长度可以等于或至少为14、15、16、17、18、19、25、29、40或60个核苷酸。其长度可以等于或小于200、100或50个核苷酸。长度范围可以是17至25个、19至23个和19至21个核苷酸。如本文所用,术语“反义链”是指与靶分子(例如靶RNA)充分互补的siRNA化合物链。双链siRNA化合物正义链的长度可以等于或至少为14、15、16、17、18、19、25、29、40或60个核苷酸。其长度可以等于或小于200、100或50个核苷酸。长度范围可以是17至25个、19至23个和19至21个核苷酸。
双链siRNA化合物双链部分的长度可以等于或至少14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、29、40或60个核苷酸对。其长度可以等于或小于200、100或50个核苷酸对。长度范围可以是15-30、17-23、19-23和19-21个核苷酸对。在许多实施方案中,所述siRNA化合物足够大,使得其可以被内源性分子(例如Dicer)裂解,以产生较小的siRNA化合物,例如siRNA药剂。
可以选择正义链和反义链,使得所述双链siRNA化合物在分子的一端或两端包括单链或不成对区域。因此,双链siRNA化合物可以含有正义链和反义链,两者成对以含有突出端,例如一到三个核苷酸的一个或两个5’或3’突出端,或3’突出端。所述突出端可以是一条链比另一条链长的结果,也可以是长度相同的两条链交错的结果。一些实施方案将具有至少一个3’突出端。在某些实施方案中,siRNA分子的两端将具有3’突出端。在某些实施方案中,所述突出端是2个核苷酸。
在某些实施方案中,所述双链区域的长度在15至30个核苷酸之间,或长度是18、19、20、21、22和23个核苷酸,例如在上述ssiRNA化合物范围内。ssiRNA化合物可以在长度和结构上类似于长dsiRNA的天然Dicer处理产物。还包括其中所述ssiRNA化合物的两条链连接(例如共价连接)的实施方案。也可以考虑发夹或提供所需双链区域的其他单链结构,以及3’突出端。
本文所述的siRNA化合物(包括双链siRNA化合物和单链siRNA化合物)可以介导靶RNA(例如mRNA,例如编码蛋白质的基因转录物)的沉默。为了方便起见,这种mRNA在本文中也称为待沉默的mRNA。此类基因也被称为靶基因。通常,待沉默的RNA是内源性基因或病原体基因。此外,也可以靶向除mRNA以外的RNA,例如tRNA和病毒RNA。
如本文所用,术语“介导RNAi”是指以序列特异性方式沉默靶RNA的能力。虽然不希望被理论束缚,但人们相信,沉默使用RNAi机制或过程和引导RNA,例如21至23个核苷酸的ssiRNA化合物。
在某些实施方案中,siRNA化合物与靶RNA(例如靶mRNA)“充分互补”,使得所述siRNA化合物沉默所述靶mRNA编码蛋白质的产生。在某些实施方案中,所述siRNA化合物与靶RNA“完全互补”,例如所述靶RNA和所述siRNA化合物退火,例如在完全互补的区域中形成完全由Watson-Crick碱基对制成的杂交体。“充分互补”的靶RNA可以包括与靶RNA完全互补的内部区域(例如,至少10个核苷酸)。此外,在某些实施方案中,所述siRNA化合物特异性区分单核苷酸差异。在这种情况下,只有在单核苷酸差异的区域(例如,在7个核苷酸内)发现完全互补的情况下,所述siRNA化合物才介导RNAi。
微RNA(miRNA)是一类高度保守的小型RNA分子,从植物和动物基因组中的DNA转录而来,但不会翻译成蛋白质。处理后的miRNA是单链~17-25个核苷酸(nt)的RNA分子,被纳入RNA诱导沉默复合物(RISC),并被确定为发育、细胞增殖、细胞凋亡和分化的关键调节因子。它们被认为通过与特异性mRNA的3’-非翻译区域结合而在基因表达调控中发挥作用。RISC通过翻译抑制、转录物裂解或两者兼有来介导基因表达的下调。RISC还与大范围的真核生物细胞核中的转录沉默有关。
迄今为止,已确定的miRNA序列数量庞大且还在不断增加,其示例性实例可见于例如:“miRBase:microRNA sequences,targets and gene nomenclature”Griffiths-JonesS,Grocock RJ,van Dongen S,Bateman A,Enright AJ.NAR,2006,34,Database Issue,D140-D144;“The microRNA Registry”Griffiths-Jones S.NAR,2004,32,DatabaseIssue,D109-D111;以及还有http://microRNA.sanger.ac.uk/sequences/。
在某些实施方案中,核酸是指向靶多核苷酸的反义寡核苷酸。如本文所用,术语“反义寡核苷酸”或简称“反义”意指包括与被靶向的多核苷酸序列互补的寡核苷酸。反义寡核苷酸是与所选序列(例如靶基因mRNA)互补的单链DNA或RNA。反义寡核苷酸被认为通过与互补mRNA结合来抑制基因表达。与所述靶mRNA的结合可以通过与互补mRNA链结合来阻止互补mRNA链的翻译,或者通过造成所述靶mRNA的降解,从而抑制基因表达。反义DNA可用于靶向特异性互补(编码或非编码)RNA。如果发生结合,这种DNA/RNA杂交体可以被酶RNase H(核糖核酸酶H)降解。在某些实施方案中,反义寡核苷酸含有约10至约50个核苷酸,更具体地,约15至约30个核苷酸。所述术语还涵盖可能与所期望靶基因不完全互补的反义寡核苷酸。因此,考虑到了反义寡核苷酸发现具有非靶特异性活性的情况,或者含有一个或更多个与靶序列错配的反义序列对于特定用途是最优选的情况。
反义寡核苷酸已被证实是有效的蛋白质合成被靶向抑制剂,因此,可用于特异性抑制被靶向基因的蛋白质合成。反义寡核苷酸抑制蛋白质合成的功效已得到公认。产生反义寡核苷酸的方法是本领域已知的,并且可以容易地改良以产生靶向任何多核苷酸序列的反义寡核苷酸。选择对给定靶序列具有特异性的反义寡核苷酸序列基于对所选靶序列的分析和二级结构、Tm、结合能和相对稳定性的测定。选择反义寡核苷酸的依据可以是它们相对无法形成二聚体、发夹或其他二级结构,从而减少或禁止与宿主细胞中的靶mRNA特异性结合。高度优选的mRNA靶区域包括位于或靠近AUG翻译起始密码子的那些区域,以及与所述mRNA的5’区域基本互补的那些序列。
安塔够妙是一种类似RNA的寡核苷酸,具有多种核糖核酸酶保护和药理学特性的修饰,例如增强组织和细胞摄取。它们与正常RNA的不同之处在于,例如,糖的完全2’-O-甲基化、硫代磷酸酯主链,以及例如3’-端的胆固醇部分。安塔够妙可用于通过形成包含安塔够妙和内源性miRNA的双链体来有效沉默内源性miRNA,从而防止miRNA诱导的基因沉默。安塔够妙介导的miRNA沉默的实例是miR-122的沉默,其描述见于Krutzfeldt et al.,Nature,2005,438:685-689,该文献的全部内容通过引用明确并入本文。安塔够妙RNA可以使用标准固相寡核苷酸合成方案合成。参见美国专利申请公开号2007/0123482和2007/0213292,每个所述专利的全部内容通过引用并入本文。
安塔够妙可以包括用于寡核苷酸合成的配体缀合的单体亚基和单体。单体的非限制性实例的描述见于美国专利申请公开号2005/0107325,该专利的全部内容通过引用并入本文。安塔够妙可以具有ZXY结构,例如WO 2004/080406中所述,该专利的全部内容通过引用并入本文。安塔够妙可以与两亲性部分复合。与寡核苷酸药剂一起使用的两亲性部分的非限制性实例描述于WO 2004/080406中,该专利的全部内容通过引用并入本文。
适配体是以高亲和力和特异性与所关注的特定分子结合的核酸或肽分子(Tuerkand Gold,Science 249:505(1990);Ellington and Szostak,Nature 346:818(1990))。已经成功地产生了DNA或RNA适配体,其结合从大型蛋白质到小型有机分子的许多不同实体。参见Eaton,Curr.Opin.Chem.Biol.1:10-16(1997),Famulok,Curr.Opin.Struct.Biol.9:324-9(1999),以及Hermann and Patel,Science 287:820-5(2000)。适配体可以是基于RNA或DNA的,并且可以包括核糖开关。核糖开关是mRNA分子的一部分,可以直接与小型靶分子结合,其与所述靶分子的结合会影响基因活性。因此,含有核糖开关的mRNA直接参与调节其自身的活性,这取决于其靶分子的存在与否。通常,适配体是通过反复轮次的体外选择或等效的SELEX(通过指数富集的配体系统进化)来设计的,以结合各种分子靶标,例如小分子、蛋白质、核酸,甚至细胞、组织和生物体。所述适配体可以通过任何已知的方法(包括合成、重组和纯化方法)制备,并且可以单独使用或与对同一靶标具有特异性的其他适配体组合使用。此外,术语“适配体”特别包括“二级适配体”,含有通过将两种或更多种已知适配体与给定靶标进行比较而衍生的共有序列。
根据另一个实施方案,核酸-脂质颗粒与核酶相关。核酶是具有特异性催化结构域的RNA分子复合物,具有核酸内切酶活性(Kim and Cech,Proc Natl Acad SciUSA.1987Dec,84(24):8788-92;Forster and Symons,Cell.1987Apr 24,49(2):211-20)。例如,大量核酶以高度特异性加速磷酸酯转移反应,通常仅裂解寡核苷酸底物中几种磷酸酯中的一种(Cech et al,Cell.1981Dec,27(3Pt 2):487-96;Michel and Westhof,J MolBiol.1990Dec 5,216(3):585-610;Reinhold-Hurek and Shub,Nature.1992May 14;357(6374):173-6)。这种特异性归因于以下要求:在化学反应之前,所述底物通过特异性碱基配对相互作用与核酶的内部引导序列(“IGS”)结合。
目前已知天然存在的酶RNA至少有六种基本类型。每种类型都可以在生理条件下催化反式RNA磷酸二酯键的水解(从而可以裂解其他RNA分子)。通常,酶核酸通过首先与靶RNA结合而起作用。这种结合是通过酶核酸的靶结合部分发生的,所述部分与分子中起裂解所述靶RNA作用的酶部分极为贴近。因此,所述酶核酸首先识别靶RNA,然后通过互补碱基配对结合所述靶RNA,一旦结合到正确的位点,就会起作用酶切所述靶RNA。对此类靶RNA的策略性裂解将破坏其引导合成所编码蛋白质的能力。在酶核酸已结合并裂解其RNA靶标后,它从该RNA中释放出来以寻找另一个靶标,并可以重复结合并裂解新靶标。
所述酶核酸分子可以形成例如在锤头基序、发夹基序、丁型肝炎病毒基序、I型内含子或核糖核酸酶P RNA基序(与RNA引导序列相关)或Neurospora VS RNA基序中。锤头基序具体实例的描述见于Rossi et al.Nucleic Acids Res.1992Sep 11,20(17):4559-65。发夹基序实例的描述见于Hampel et al.(Eur.Pat.Appl.Publ.No.EP 0360257),Hampeland Tritz,Biochemistry 1989Jun 13,28(12):4929-33;Hampel et al.,Nucleic AcidsRes.1990Jan25,18(2):299-304以及美国专利5,631,359。丁型肝炎病毒基序实例的描述见于Perrotta and Been,Biochemistry,1992Dec 1,31(47):11843-52;核糖核酸酶P基序实例的描述见于Guerrier-Takada et al.,Cell.1983Dec,35(3Pt 2):849-57;NeurosporaVS RNA核酶基序的描述见于Saville and Collins,Cell,1990May 18,61(4):685-96;Saville and Collins,Proc Natl Acad Sci USA.1991Oct 1,88(19):8826-30;Collinsand Olive,Biochemistry,1993Mar 23,32(11):2795-9;并且I型内含子实例的描述见于美国专利4,987,071。所使用酶核酸分子的重要特征是它们具有与一个或更多个所述靶基因DNA或RNA区域互补的特异性底物结合位点,并且它们在该底物结合位点内或周围具有赋予所述分子RNA裂解活性的核苷酸序列。因此,核酶构建体不必局限于本文提及的特异性基序。
产生被靶向任何多核苷酸序列的核酶的方法是本领域已知的。核酶可按国际专利申请公开号WO 93/23569和WO 94/02595中所述进行设计,并按其中所述进行合成,以便在体外和体内进行测试。
可以通过改变核酶结合臂的长度或化学合成具有以下修饰的核酶来优化核酶活性:防止被血清核糖核酸酶降解的修饰(参见例如,国际专利申请公开号WO 92/07065、WO93/15187和WO 91/03162;欧洲专利申请公开号92110298.4;美国专利5,334,711;以及国际专利申请公开号WO 94/13688,这些专利描述了可以对酶RNA分子的糖部分进行的各种化学修饰)、增强在细胞中的功效以及去除茎II碱基以缩短RNA合成时间和减少化学成分要求的修饰。
与脂质颗粒相关的核酸可以是免疫刺激性的,包括免疫刺激性寡核苷酸(ISS;单链或双链),当施用给受试者(可能是哺乳动物或其他患者)时能够诱导免疫反应。ISS包括例如,产生发夹二级结构的某些回文序列(参见Yamamoto S.,et al.,(1992)J.Immunol.148:4072-4076),或CpG基序以及其他已知的ISS特征(例如多-G结构域,参见WO96/11266)。
免疫反应可以是先天性免疫反应或适应性免疫反应。免疫系统分为脊椎动物的更先天性免疫系统和后天适应性免疫系统,后者又分为体液细胞组分。在某些实施方案中,免疫反应可以是粘膜免疫反应。在某些实施方案中,免疫刺激性核酸仅在与脂质颗粒联合施用时具有免疫刺激性,而在以其“游离形式”施用时不具有免疫刺激性。此类寡核苷酸被认为具有免疫刺激性。当不要求免疫刺激性核酸特异性结合靶多核苷酸并降低所述靶多核苷酸表达以激发免疫反应时,免疫刺激性核酸被认为是非序列特异性的。因此,某些免疫刺激性核酸可以包含与天然存在基因或mRNA的区域相对应的序列,但它们仍然可以被认为是非序列特异性免疫刺激性核酸。
在某些实施方案中,所述免疫刺激性核酸或寡核苷酸包含至少一个CpG二核苷酸。所述寡核苷酸或CpG二核苷酸可以是非甲基化的或甲基化的。在某些实施方案中,所述免疫刺激性核酸包含至少一个具有甲基化胞嘧啶的CpG二核苷酸。在某些实施方案中,所述核酸包含单个CpG二核苷酸,其中所述CpG二核苷酸中的胞嘧啶被甲基化。在替代实施方案中,所述核酸包含至少两个CpG二核苷酸,其中所述CpG二核苷酸中的至少一个胞嘧啶被甲基化。在另一个实施方案中,所述序列中存在的CpG二核苷酸中的每个胞嘧啶被甲基化。在某些实施方案中,所述核酸包含多个CpG二核苷酸,其中所述CpG二核酸中的至少一个包含甲基化的胞嘧啶。
在核苷酸序列中,“G”、“C”、“A”、“T”和“U”通常分别代表含有鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸苷和尿嘧啶作为碱基的核苷酸。然而,应该理解的是,术语“核糖核苷酸”或“核苷酸”也可以指修饰的核苷酸或替代取代部分。本领域技术人员清楚地知道,鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和尿嘧啶可以被其他部分取代,而基本上不改变寡核苷酸(包含携带此类取代部分的核苷酸)的碱基配对性质。例如但不限于,包含肌苷作为其碱基的核苷酸可以与含有腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶的核苷酸进行碱基配对。因此,在本发明的dsRNA的核苷酸序列中,含有尿嘧啶、鸟嘌呤或腺嘌呤的核苷酸可以被含有例如肌苷的核苷酸取代。含有此类取代部分的序列可适用于本文所述的组合物和方法。
如本文所用,术语“固相支持物”具体是指任何可在其上进行合成的颗粒、珠子或表面。可用于本文所述过程的不同实施方案的固相支持物可选自例如无机支持物和有机支持物。无机支持物的非限制性实例包括硅胶和可控孔度玻璃(CPG)。有机支持物的非限制性实例包括高度交联的聚苯乙烯、Tentagel(接枝共聚物,由其上接枝聚乙二醇(PEG或POE)的低交联聚苯乙烯基质组成)、聚乙酸乙烯酯(PVA)、Poros(聚苯乙烯/二乙烯基苯的共聚物)、氨基聚乙二醇、纤维素等。在某些实施方案中,固相支持物可包括疏水性固相支持物。本发明的一些实施方案可以利用基于聚苯乙烯的固相支持物。许多其他固相支持物是市售的并且适用于本发明。
用途
本发明涉及寡核苷酸(例如iRNA药剂)或其他治疗活性剂的配体(例如碳水化合物配体)缀合物,所述缀合物具有一种或更多种有利性质,例如体内和/或体外递送所述寡核苷酸或其他治疗活性剂的改进、较低的制造成本或较少的制造问题,或更好的化学稳定性。这些缀合物有效递送了寡核苷酸或其他治疗活性剂。在某些实施方案中,可以制备本发明的配体缀合物并用于将治疗活性剂递送到细胞、组织和器官。可递送的治疗活性剂的非限制性实例包括反义寡核苷酸(ASO)、小干扰RNA(siRNA)、微RNA(miRNA)、微RNA模拟物、抗miRNA寡核苷酸(AMO)、长非编码RNA、肽核酸(PNA)、辅助脂质和磷酰二胺吗啉代寡核苷酸(PMO),其中所述核酸是未修饰或修饰的。
在某些实施方案中,将本发明所述的配体缀合物递送至细胞并与细胞接触。在本发明的某些实施方案中,所接触的细胞处于培养中,而在其他实施方案中,所接触的细胞在受试者体内。可以与本发明所述配体缀合物接触的细胞非限制性实例包括肝脏细胞、肌肉细胞、心肌细胞、循环细胞、神经元细胞、神经胶质细胞、脂肪细胞(fat cell)、皮肤细胞、造血细胞、上皮细胞、免疫系统细胞、内分泌细胞、外分泌细胞、内皮细胞、精子、卵母细胞、肌肉细胞、脂肪细胞(adipocytes)、肾细胞、肝细胞或胰腺细胞。在某些实施方案中,与本发明所述配体缀合物接触的细胞是肝脏细胞。
本发明所述配体缀合物可用于靶向不希望在受试者体内表达的基因,例如,遗传性转甲状腺素蛋白介导的淀粉样变性多发性神经病的TTR、急性肝卟啉病(AHP)的ALAS1、原发性高草酸尿症1型(PH1)的GO、高胆固醇血症的PCSK9、高血压的AGT、动脉粥样硬化性心血管疾病(CVD)的LPA,或血脂异常的ANGPTL3。
本发明所述配体缀合物也可用于治疗受试者的病症,包括以不需要的细胞增殖为特征的病症、血液病症、代谢病症、肝脏病症、补体介导病症、遗传罕见病症和以炎症或慢性病毒感染为特征的病症。例如,非酒精性脂肪性肝脏疾病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。在某些实施方案中,通过施用一种或更多种本发明的配体缀合物来治疗受试者的病症,所述配体缀合物的序列与所述病症涉及基因中的序列基本相同。
本发明所述配体缀合物可用于靶向不希望在肝脏中表达的基因。例如,本发明所述配体缀合物可以靶向由肝炎病毒(例如,丙型肝炎、乙型肝炎、甲型肝炎、丁型肝炎、戊型肝炎、己型肝炎、庚型肝炎或辛型肝炎)表达的核酸。
本发明所述配体缀合物也可用于治疗其他肝脏病症,包括以不需要的细胞增殖为特征的病症、血液病症、代谢疾病和以炎症为特征的病症。肝脏的增殖病症可以是例如良性或恶性病症,例如癌症,例如肝细胞癌(HCC)、肝转移或肝母细胞瘤。例如,肝脏血液学或炎症病症可以是涉及凝血因子的病症、补体介导的炎症或纤维化。肝脏代谢性疾病包括血脂异常和葡萄糖调节异常。在某些实施方案中,通过施用一种或更多种本发明所述配体缀合物来治疗肝脏病症,所述配体缀合物的序列与肝脏病症涉及基因中的序列基本相同。
在某些实施方案中,本发明的配体缀合物靶向受试者体内表达的核酸,例如血管生成素样蛋白3RNA、载脂蛋白C3 RNA、前蛋白转化酶枯草杆菌蛋白酶/kexin 9型(PCSK9)RNA、LAP RNA或血管紧张素原(AGT)RNAc-jun RNA、β-连环蛋白RNA或葡萄糖-6-磷酸酶RNA。
在某些实施方案中,本发明的配体缀合物靶向在肝脏中表达的核酸,例如ApoBRNA、c-jun RNA、β-连环蛋白RNA或葡萄糖-6-磷酸酶mRNA。
因此,在一些方面,本发明涉及一种调节靶基因在细胞中表达的方法,包含向所述细胞递送本文所述的配体缀合物。在某些实施方案中,所述靶基因与代谢性疾病相关。在某些实施方案中,所述代谢性疾病是血脂异常。在某些实施方案中,所述靶基因与肝脏疾病相关。在某些实施方案中,所述肝脏疾病是非酒精性脂肪性肝脏疾病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、HBV、肝纤维化和肝硬化。
在某些实施方案中,可以获得生物样品并使用本文所述的配体缀合物评估治疗活性剂(例如核酸)的递送。如本文所用,术语“生物样品”是指任何样品,包括组织样品(例如组织切片和组织的针穿刺活检物);细胞样品(例如细胞学涂片(例如巴氏涂片或血液涂片)或通过显微解剖获得的细胞样品);整个生物体的样品(例如酵母或细菌的样品);或细胞级分、片段或细胞器(例如通过裂解细胞并通过离心或其他方式分离其组分而获得)。生物样品的其他实例包括血液、血清、尿液、精液、粪便、脑脊液、间质液、粘液、眼泪、汗液、脓液、活检组织(例如,通过外科活检或针穿刺活检获得)、乳头抽吸物、牛奶、阴道液、唾液、拭子(例如颊拭子)或任何含有衍生自第一生物样品的生物分子的材料。
在一些方面,本发明涉及本发明所述配体缀合物在制造用于调节靶基因在细胞表达的药物的用途。在某些实施方案中,所述靶基因与所述代谢性疾病相关。在某些实施方案中,所述代谢性疾病是高胆固醇血症、高甘油三酯血症或动脉粥样硬化。在某些实施方案中,所述靶基因与所述肝脏疾病相关。在某些实施方案中,所述肝脏疾病是非酒精性脂肪性肝脏疾病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、HBV、肝纤维化和肝硬化。
在一些方面,本发明涉及用于调节靶基因在细胞中表达的方法的本发明所述配体缀合物,其中将本发明所述配体缀合物递送至所述细胞。在某些实施方案中,所述靶基因与所述代谢性疾病相关。在某些实施方案中,所述代谢性疾病是高胆固醇血症、高甘油三酯血症或动脉粥样硬化。在某些实施方案中,所述靶基因与所述肝脏疾病相关。在某些实施方案中,所述肝脏疾病是非酒精性脂肪性肝脏疾病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、HBV、肝纤维化和肝硬化。
施用
在某些实施方案中,本发明所述配体缀合物可以施用给受试者。本文所述的配体缀合物可用于将所述治疗活性剂递送至受试者体内的细胞。在某些实施方案中,所述治疗活性剂是寡核苷酸。在某些实施方案中,所述寡核苷酸包含被选择为在递送时减少siRNA靶基因表达的抑制剂RNA或siRNA分子。在某些实施方案中,本发明涉及治疗与受试者一种或更多种细胞中基因表达相关的疾病或病况的方法,其中施用所述iRNA药剂减少所述基因的表达并治疗所述受试者的疾病或病况。施用本发明所述配体缀合物可以使用常规方法进行。
如本文所用,术语“受试者”是指人类或脊椎哺乳动物,包括但不限于狗、猫、马、山羊、牛、绵羊、啮齿动物和灵长类动物,例如猴子。因此,本发明可用于治疗人类和非人类受试者的疾病或病况。例如,本发明的缀合物、组合物和方法可用于兽用应用以及人类预防和治疗方案。在某些实施方案中,所述受试者是驯养的动物。在某些实施方案中,所述受试者是哺乳动物。在某些实施方案中,所述受试者是人类(例如,男人、女人或孩子)。人类可以是任一性别,也可以处于任何发育阶段。在某些实施方案中,所述受试者已被诊断出患有待治疗的病症或疾况。在其他实施方案中,所述受试者有发展成病况或疾病的风险。在某些实施方案中,所述受试者是实验动物(例如,小鼠、大鼠、兔、狗、猪或灵长类动物)。
如本文所用,术语“施用”(administration)和“施用”(administer)是指植入、吸收、摄取、注射、吸入或以其他方式引入本发明所述化合物或其药物组合物。术语“治疗”(treatment)和“治疗”(treat)是指逆转、减轻、延迟本文所述“病理状况”(例如,疾病、病症或病况,或其一种或更多种体征或症状)的出现或抑制“病理状况”的进展。在某些实施方案中,可以在已经出现或已经观察到疾病或病况的一种或更多种体征或症状之后进行治疗。在其他实施方案中,可以在没有所述疾病或病况的体征或症状的情况下进行治疗。例如,可以在症状出现之前(例如,根据症状史和/或根据遗传易感因素或其他易感因素)对易感个体进行治疗。也可以在症状消退后继续治疗,例如,以延缓或防止复发。如本文所用,术语“疾病”、“病症”、“病况”和“病理状况”可互换使用。
施用的剂量水平可以由本领域技术人员通过常规实验来确定。在某些实施方案中,单位剂量可含有约0.01mg/kg至约100mg/kg体重的siRNA。或者,剂量可以是10mg/kg至25mg/kg体重,或者1mg/kg至10mg/kg体重,或者0.05mg/kg至5mg/kg体重,或0.1mg/kg至5mg/kg体重,或者0.1mg/kg至1mg/kg体重,或0.1mg/kg至0.5mg/kg体重,或0.5mg/kg至1mg/kg体重。临床试验通常用于评估治疗活性剂的剂量水平。
本发明所述配体缀合物可以配制成药学上可接受的盐。当在药品中使用时,所述盐应当是药学上可接受的,但非药学上可接受的盐可以方便地用于制备其药学上可接受的盐,并且不排除在本发明的范围之外。
如本文所用,术语“药学上可接受的盐”是指在合理的医学判断范围内,适合用于与人类和其他动物的组织接触而不会产生过度毒性、刺激性、过敏反应等,并且与合理的效果/风险比相称的那些盐。药学上可接受的盐在本领域是众所周知的。例如,Berge等人在J.Pharmaceutical Sciences,1977,66,1-19中详细描述了药学上可接受的盐。
本发明所述化合物的药学上可接受的盐包括衍生自合适的无机与有机酸和碱的盐。所述盐可以在所述化合物的最终分离和纯化过程中制备,或者通过使游离碱形式的合适化合物与合适的酸反应单独制备。药理学和药学上可接受的盐包括但不限于由以下酸制备的盐:盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸、马来酸、乙酸、水杨酸、柠檬酸、甲酸、丙二酸、琥珀酸等。此外,药学上可接受的盐可以制备为碱金属盐或碱土盐,例如钠盐、钾盐或钙盐。
代表性的酸加成盐包括乙酸盐、己二酸盐、海藻酸盐、L-抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐(benzenesulfonate)(苯磺酸盐(besylate))、硫酸氢盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、双葡糖酸盐、甲酸盐、富马酸盐、龙胆酸盐、戊二酸盐、甘油磷酸盐、乙醇酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、马尿酸盐、盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、2-羟基乙磺酸盐(羟乙基磺酸盐)、乳酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、DL-扁桃酸盐、均三甲苯磺酸盐、甲磺酸盐、亚萘基磺酸盐、烟酸盐、2-萘磺酸盐、草酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、膦酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、焦谷氨酸盐、琥珀酸盐、磺酸盐、酒石酸盐、L-酒石酸盐、三氯乙酸盐、三氟乙酸盐、磷酸盐、谷氨酸盐、碳酸氢盐、对甲苯磺酸盐(para-toluenesulfonate)(对甲苯基磺酸盐(p-tosylate))和十一酸盐。此外,本文所公开化合物中的碱性基团可以用以下进行季铵化:甲基、乙基、丙基和丁基氯化物、溴化物和碘化物;二甲基、二乙基、二丁基和硫酸二戊酯;癸基、月桂基、肉豆蔻基和甾基氯化物、溴化物和碘化物;以及苄基和苯乙基溴化物。可用于形成治疗上可接受的盐的酸实例包括无机酸,例如盐酸、氢溴酸、硫酸和磷酸;以及有机酸例如草酸、马来酸、琥珀酸和柠檬酸。
代表性的碱盐由形成无毒盐的碱形成。实例可包括但不限于铝盐、精氨酸盐、苄星青霉素盐、钙盐、胆碱盐、二乙胺盐、双(2-羟乙基)胺(二乙醇胺)盐、甘氨酸盐、赖氨酸盐、镁盐、葡甲胺盐、2-氨基乙醇(乙醇胺)盐、钾盐、钠盐、2-氨基-2-(羟甲基)丙烷-1,3-二醇(tris或氨丁三醇)盐和锌盐。也可以形成酸和碱的半盐,例如半硫酸盐和半钙盐。关于合适盐的综述,请参见Stahl and Wermuth,Handbook of Pharmaceutical Salts:Properties,Selection,and Use(Wiley-VCH,2002)。
本发明所述配体缀合物可以配制为与溶剂缔合,通常通过溶剂分解反应实现。这种物理缔合可以包括氢键。常规溶剂包括水、甲醇、乙醇、乙酸、DMSO、THF、乙醚等。本发明所述化合物可以例如以结晶形式制备,并且可以溶剂化。合适的溶剂化物包括药学上可接受的溶剂化物,并且还包括化学计量的溶剂化物和非化学计量的溶剂化物。在某些情况下,例如,当一个或更多个溶剂分子纳入结晶固体的晶格中时,所述溶剂化物将能够分离。术语“溶剂化物”涵盖溶液相和可分离的溶剂化物。代表性的溶剂化物包括水合物、乙醇合物和甲醇合物。术语“水合物”是指与水缔合的化合物。通常,化合物水合物中所含水分子的数量与所述水合物中化合物分子的数量成一定比例。因此,化合物的水合物可以例如由通式R·xH2O表示,其中R是所述化合物,并且其中x是大于0的数值。给定的化合物可以形成一种以上类型的水合物,包括例如一水合物(x为1)、低水合物(x是大于0且小于1的数值,例如半水合物(R·0.5H2O))和多水合物(x是大于1的数值,例如二水合物(R·2H2O)和六水合物(R·6H2O))。
本发明所述配体缀合物有多种施用途径。所选择的特定递送模式将取决于正在治疗的特定病况和治疗效果所需的剂量。一般来说,本发明的方法可以使用医学上可接受的任何施用模式(即产生有效治疗水平而不引起临床上不可接受的不良反应的任何模式)来实施。在某些实施方案中,本发明所述配体缀合物可以通过口服途径、肠内途径、粘膜途径、经皮途径和/或胃肠外途径施用。术语“胃肠外”包括皮下、鞘内、静脉内、肌肉内、腹膜内和胸骨内注射或输注技术。其他途径包括但不限于鼻腔、真皮、阴道、直肠和舌下途径。本发明的递送途径可以包括鞘内、脑室内或颅内。在某些实施方案中,本发明所述配体缀合物可以通过胃肠外途径施用。在某些实施方案中,本发明所述配体缀合物可以通过皮下注射途径施用。
在某些实施方案中,本发明所述配体缀合物可以直接施用到组织。直接组织施用可以通过直接注射或其他现有技术已知的方式来实现。本发明所述配体缀合物可以施用一次,或者可替代地可以进行多次施用。如果多次施用,本发明所述配体缀合物可以通过不同途径施用。例如,第一次(或前几次)施用可以直接进入受影响的组织或器官,而随后的施用可以是全身性的。
当需要进行全身性施用时,本发明所述配体缀合物可以配制用于通过注射(例如通过弹丸注射或连续输注)进行胃肠外施用。注射用配制物可采用单位剂量形式,例如,在安瓿或多剂量容器中,添加或不添加防腐剂。
胃肠外施用的制剂包括无菌水溶液或非水溶液、悬浮液和乳液。非水溶剂的实例是丙二醇、聚乙二醇、植物油(例如橄榄油)和可注射的有机酯(例如油酸乙酯)。水性载体包括水、醇/水溶液、乳液或悬浮液,包括盐水和缓冲介质。胃肠外媒介物包括氯化钠溶液、林格氏葡萄糖、葡萄糖和氯化钠、乳酸林格氏液或固定油。静脉内媒介物包括流体和营养补充剂、电解质补充剂(例如基于林格氏葡萄糖的电解质补充剂)等。也可以存在防腐剂和其他添加剂,例如抗菌剂、抗氧化剂、螯合剂和惰性气体等。其他施用形式(例如静脉内施用)的剂量较低。如果受试者对应用的初始剂量反应不足,则可以在患者耐受性允许的范围内使用更大剂量(或通过不同、局部性更强的递送途径有效地实现更高剂量)。根据需要,每天可以使用多个剂量使本发明的一种或更多种配体缀合物达到适当的全身或局部水平,以获得所需的治疗活性剂水平,例如所需的siRNA水平。
在本发明的某些实施方案中,本发明所述配体缀合物可以使用生物溶蚀性植入物通过扩散或通过聚合物基质的降解来递送。用于这种用途的合成聚合物的非限制性实例在本领域是众所周知的。可生物降解聚合物和不可生物降解的聚合物可用于使用本领域已知的方法递送一种或更多种本发明所述的配体缀合物。这种方法也可用于递送一种或更多种本发明的配体缀合物用于治疗。其他合适的递送系统可以包括逐渐释放、延迟释放或持续释放递送系统。此类系统可以避免重复施用本发明所述的配体缀合物,从而提高了受试者和医疗保健提供者的便利性。许多类型的释放递送系统可供选择并且是本领域普通技术人员已知的。(参见例如:美国专利号5,075,109、4,452,775、4,675,189、5,736,152、3,854,480、5,133,974和5,407,686)。此外,可以使用基于泵的硬件递送系统,其中一些系统适于植入。
长期持续释放植入物的用途也可适用于受试者的预防性治疗,以及适用于有发展为复发性疾病或病况风险的受试者,所述疾病或病况要用使用本文所述配体缀合物递送的治疗活性剂(例如siRNA)来预防和/或治疗。如本文所用的长期释放是指所述植入物被构建和设置为在至少30天、60天、90天或更长时间内递送治疗水平的活性成分。长期持续释放植入物是本领域普通技术人员所熟知的,并且包括上述的一些释放系统。
在某些实施方案中,本发明所述化合物可以与其他治疗活性剂组合施用。所述其他治疗活性剂的非限制性实例包括用于治疗肝脏疾病的药剂。所述其他治疗活性剂可以在施用本发明所述配体缀合物之前、之后或同时施用。
药物组合物
在一些方面,本发明涉及一种药物组合物,包含本文所述的配体缀合物和药学上可接受的载体或赋形剂。
如本文所用,术语“药学上可接受的载体或赋形剂”是指可用于制备药物组合物(通常安全、无毒,在生物学上和其他方面均无不良影响)的载体或赋形剂,并且包括可用于兽用用途以及人类药物用途的载体或赋形剂。本文所用的“药学上可接受的载体或赋形剂”包括一种或多于一种此类载体或赋形剂。所使用的具体赋形剂、载体或稀释剂将取决于应用本发明所述化合物的方式和目的。合适的载体和赋形剂是本领域技术人员熟知的,并且其详细描述见于例如Ansel,Howard C,et al.,Ansel's Pharmaceutical Dosage Formsand Drug Delivery Systems.Philadelphia:Lippincott,Williams&Wilkins,2004;Gennaro,Alfonso R.,et al.,Remington:The Science and Practice ofPharmacy.Philadelphia:Lippincott,Williams&Wilkins,2000;and Rowe,RaymondC.Handbook of Pharmaceutical Excipients.Chicago,Pharmaceutical Press,2005。所述配制物还可包括一种或更多种缓冲剂、稳定剂、表面活性剂、润湿剂、润滑剂、乳化剂、悬浮剂、防腐剂、抗氧化剂、避光剂、助滑剂、加工助剂、着色剂、甜味剂、调香剂、调味剂、稀释剂和其他已知的添加剂,以提供药物(即如本文所述的化合物或药物组合物)的精致外观或有助于制造药物产品(即药物)。
本发明所述组合物可以具有多种形式。这些形式包括例如,液体、半固体和固体剂型,例如液体溶液(例如,可注射和不可输注的溶液)、分散体或悬浮液、片剂、丸剂、散剂、脂质体和栓剂。所述形式取决于预期的施用模式和治疗应用。
本发明所述药物组合物可以通过任何众所周知的药学技术制备,例如有效配制和施用程序。上述有关有效配制和施用程序的注意事项已为本领域所熟知,并在标准参考书中有所描述。药物配制的讨论见于例如Hoover,John E.,Remington's PharmaceuticalSciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pennsylvania,1975;Liberman et al.,Eds.,Pharmaceutical Dosage Forms,Marcel Decker,New York,N.Y.,1980;and Kibbe etal.,Eds.,Handbook of Pharmaceutical Excipients(3rd Ed.),AmericanPharmaceutical Association,Washington,1999。
合成
本发明所述化合物可以利用合成有机化学领域技术人员的公知常识,通过下文所述的一般和特定方法制备。这些公知常识可以见于标准参考书,例如ComprehensiveOrganic Chemistry,Ed.Barton and Ollis,Elsevier;Comprehensive OrganicTransformations:A Guide to Functional Group Preparations,Larock,John Wileyand Sons;and Compendium of Organic Synthetic Methods,Vol.I-XII(published byWiley-lnterscience)。本文使用的起始原料是市售的,或者可以通过本领域已知的常规方法制备。
在制备本发明所述化合物时,需要注意的是,本文所述的某些制备方法可能需要保护远端官能团。根据远程官能团的性质和制备方法的条件,对这种保护的需要会有所不同。本领域技术人员很容易确定对这种保护的需要。这种保护/脱保护方法的用途也在本领域技术范围内。关于保护基团及其用途的一般描述,参见T.W.Greene,Protective Groupsin Organic Synthesis,John Wiley&Sons,New York,1991。
下文所描述的方案旨在对制备本发明所述化合物所用方法进行一般描述。本发明一些所述化合物可以含有具有立体化学名称(R)或(S)的单个或多个手性中心。对于本领域技术人员来说,显而易见的是无论材料是富对映体的还是外消旋的,所有的合成转化都可以以类似的方式进行。此外,使用例如本文和化学文献中所述的公知方法,可以在序列中的任何所需的点处对所需光学活性材料进行解析(resolution)。
实施例
为了更充分地理解本文所描述的本发明,列举了以下实施例。提供了本申请中描述的实施例以说明本文提供的方法和组合物,而不应以任何方式解释为限制其范围。
所有试剂和材料均从商业供应商处购买,或者本领域技术人员可以很容易地制备。所用试剂的缩写列表可见于下表1。
表1.试剂或有机部分的缩写
实施例1
(3R,5S)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-醇(中间体I-A):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
12-((2S,4R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基吡咯烷-1-基)-12-氧代十二烷酸(中间体I-B):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例2
5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酸(中间体II-A):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-双(苯甲酰氧基)-6-((苯甲酰氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酸(中间体II-B):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例3
(2R,3S,4R,5S)-2-(羟甲基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三醇(中间体III):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例4
(2R,3S,4R,5S)-5-氨基-2-(羟甲基)四氢-2H-吡喃-3,4-二醇盐酸盐(中间体IV):
所述标题化合物根据以下合成路线合成。
步骤1.将(2R,3S,4R,5R,6R)-5-乙酰胺基-2-(乙酰氧基甲基)-6-氯四氢-2H-吡喃-3,4-二基二乙酸酯(IV-1)(40.0g,109mmol,1.00当量)加入无水甲苯(800mL)中,加入(n-Bu)3SnH(39.0g,134mmol,35.4mL,1.22当量),然后在15℃下加入AIBN(3.59g,21.9mmol,0.20当量)。将所得混合物在120℃、N2下搅拌3小时。TLC(石油醚/EtOAc=1/2(PMA))表明IV-1已完全消耗,LCMS表明所需产物MS。反应完成后,将混合物冷却至20℃,在45℃下真空浓缩。将粗产物与(i-Pr)2O(200mL)和甲苯(50mL)在15℃下研磨2小时,收集固体以提供(2R,3S,4R,5S)-5-乙酰胺基-2-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基二乙酸酯(IV-2)(35.2g)。LCMS:[M+h]的计算值:332.1,实测值:332.2。1H NMR:(400MHz CDCl3)δ5.93(d,J=7.6Hz,1H),5.06-4.99(m,1H),4.98-4.90(m,1H),4.23-4.05(m,4H),3.59-3.48(m,1H),3.22-3.08(m,1H),2.05(s,3H),2.02(s,3H),2.00(s,3H),1.90(s,3H)。
步骤2.将化合物IV-2(39.0g,118mmol,1.00当量)的HCl水溶液(3.00M,825mL,21.0当量)混合物在110℃下搅拌16小时。TLC(石油醚/EtOAc=0/1(PMA))表明化合物IV-2已完全消耗,LCMS表明所需产物MS。用EtOAc(300mL x 3)萃取棕色溶液,减压浓缩水层在45℃下得到残留物,与ACN(300mL x 3)和甲苯(300mL×3)共同蒸发,从而在50℃下去除H2O/HCl。获得白色固体形式的(2R,3S,4R,5S)-5-氨基-2-(羟甲基)四氢-2H-吡喃-3,4-二醇盐酸盐(中间体IV)(23.6g,粗品),并直接用于下一步骤中,无需进一步纯化。LCMS:[M+H]的计算值:164.08,实测值:164.2。1H NMR:(400MHz D2O)δ4.19(dd,J=4.8,11.2Hz,1H),3.90(dd,J=2.0,12.4Hz,1H),3.72(dd,J=5.2,12.4Hz,1H),3.65(dd,J=8.4,10.0Hz,1H),3.56(t,J=11.2Hz,1H),3.49-3.38(m,2H),3.35-3.25(m,1H)。
实施例5
(2R,3R,4R)-2-(羟甲基)哌啶-3,4-二醇(中间体V):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例6
(3S,4S,5R,Z)-1,2,3,4,5,8-六氢吖辛因-3,4,5-三醇(中间体VI):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例7
(3S,4S,5R)-氮杂环辛烷-3,4,5-三醇(中间体VII):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例8
(3R,4R,5S)-哌啶-3,4,5-三醇(中间体VIII)
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例9
3,3',3”-(((2R,3R,4R,5S)-2-(((12-甲氧基-12-氧代十二烷基)氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基)三(氧基)三丙酸三叔丁酯(中间体1-7):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例10
3,3',3”-(((2R,3R,4R,5S)-2-((((苄氧基)羰基)氨基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基)三(氧基)三丙酸三叔丁酯(中间体2-3):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例11
3,3',3”-(((2R,3R,4R,5S)-2-((2-(((苄氧基)羰基)氨基)乙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基)三(氧基)三丙酸三叔丁酯(中间体3-4):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例12
3,3',3”-(((2R,3R,4R,5S)-2-(((2-(((苄氧基)羰基)氨基)乙基)氨基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基)三(氧基))三丙酸三叔丁酯(中间体4-4):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例13
3,3'-(((2R,3S,4R,5S)-2-((3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)甲基)-5-(12-甲氧基-12-氧代十二烷酰胺基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))二丙酸二叔丁酯(中间体5-4):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例14
3,3'-(((2R,3S,4R,5R,6R)-5-乙酰胺基-2-((3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)甲基)-6-(12-甲氧基-12-氧代十二烷酰胺基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))二丙酸二叔丁酯(中间体6-4):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例15
3,3'-(((2R,3R,4S,5R,6R)-2-((3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)甲基)-5-氟-6-(12-甲氧基-12-氧代十二烷酰胺基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))二丙酸二叔丁酯(中间体7-8):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例16
3,3'-(((2R,3S,4R,5R,6S)-2-((3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)甲基)-6-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)-5-(12-甲氧基-12-氧代十二烷酰胺基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))二丙酸二叔丁酯(中间体8-10):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例17
3,3'-(((2R,3R,4R)-1-((苄氧基)羰基)-2-((3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)甲基)哌啶-3,4-二基)双(氧基))二丙酸二叔丁酯(中间体9-2):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例18
3,3',3”-(((3S,4S,5R,Z)-1-((苄氧基)羰基)-1,2,3,4,5,8-六氢吖辛因-3,4,5-三基)三(氧基))三丙酸三叔丁酯(中间体10-2):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例19
3,3',3”-(((3S,4S,5R)-1-((苄氧基)羰基)氮杂环辛烷-3,4,5-三基)三(氧基))三丙酸三叔丁酯(中间体11-2):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例20
3,3',3”-(((3S,4R,5R)-1-((苄氧基)羰基)哌啶-3,4,5-三基)三(氧基))三丙酸三叔丁酯(中间体12-2):
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
实施例21
化合物1-11的合成
实施例22
化合物1-14的合成
实施例23
化合物1的合成
实施例24
化合物2-8的合成
实施例25
化合物2的合成
所述标题化合物根据以下合成路线合成。
步骤1:在0℃下向化合物2-a(7.50g,45.7mmol,1.00当量)的Py(52.5mL)溶液加入TsCl(13.1g,68.5mmol,1.5当量)。混合物在25℃下搅拌11小时。LCMS(化合物5-1a的RT=1.368分钟)显示化合物2-a被消耗以及一个所需质量的主峰。减压浓缩反应混合物以得到残留物。将所合并的残留物通过反相HPLC(中性条件)纯化。得到黄色固体的化合物2-b(13.6g,42.7mmol,46.7%产率)。1H NMR(400MHz CD3OD)(产物)δ7.78(d,J=8.4Hz,2H),7.44(d,J=8.0Hz,2H),4.29(dd,J=2.0,10.8Hz,2H),4.17-4.05(m,1H),3.85-3.75(m,1H),3.42-3.33(m,1H),3.30-3.00(m,4H),2.45(s,3H)。
步骤2:向化合物2-b(20.0g,62.8mmol,1.00当量)的DMF(140mL)溶液加入NaN3(12.3g,188mmol,3.00当量)和TBAI(2.32g,6.28mmol,0.1当量)。混合物在80℃下搅拌24小时。TLC(石油醚/EtOAc=0/1(KMnO4),化合物2-c的Rf=0.20)显示化合物2-b被消耗并且检测到一个主斑点。所述反应混合物通过柱色谱法(Al2O3,石油醚/EtOAc=1/1至0/1)纯化。得到黄色油状物的化合物2-c(4.56g,24.1mmol,38.4%产率)。1H NMR:ET52873-23-P1A1(400MHz CD3OD)(产物)δ3.95-3.85(m,1H),3.65-3.41(m,2H),3.40-3.32(m,1H),3.28-3.15(m,4H)。
步骤3:向化合物2-c(400mg,2.11mmol,1.00当量)的DCM(6.00mL)溶液中加入化合物7-f(1.07g,8.46mmol,1.16mL,4.00当量)和DMAP(155mg,1.27mmol,0.06当量)。混合物在25℃下搅拌2小时。TLC(石油醚/EtOAc=2/1,化合物2-d的Rf=0.50)显示化合物2-c被消耗并且检测到一个主斑点。将所述反应混合物用H2O(15mL)稀释,并用EtOAc(6mL×3)萃取。将所合并的有机层用Na2SO4干燥,过滤并在减压下浓缩,得到残留物。所述残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/EtOAc=1/0至2/1)纯化。得到褐色油状物的化合物2-d(600mg,1.06mmol,49.9%产率)。1H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ7.40-7.35(m,2H),7.25-7.18(m,1H),5.35-5.25(m,3H),4.25-4.15(m,1H),4.10-3.85(m,3H),3.66-3.60(m,1H),3.51-3.44(m,1H),3.40-3.24(m,1H),1.50-1.44(m,27H)。
步骤4:在Ar下向Pd/C(1.00g,8.81mmol,10%纯度)的MeOH(35mL)悬浮液中加入化合物2-d(5.00g,8.81mmol,1.00当量)。将所述悬浮液在真空下脱气并用H2吹扫数次。将混合物在H2(50psi)、25℃下搅拌72小时。1H NMR显示化合物2-d被消耗并且检测到产物。将反应混合物过滤并在减压下浓缩,得到残留物。获到棕色油状物的化合物2-e(4.10g,7.49mmol,84.9%产率)。1H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ4.85-4.29(m,1H),4.11-3.58(m,5H),3.55-2.66(m,8H),2.60-2.37(m,5H),1.56-1.35(m,27H)。
步骤5:在25℃下向化合物7-i(2.11g,6.57mmol,1.20当量)的DMF(30mL)溶液加入HBTU(4.15g,10.9mmol,2.00当量)和DIPEA(2.83g,21.9mmol,3.82mL,4.00当量)。然后向混合物加入化合物2-e(3.00g,5.48mmol,1.00当量),并在25℃下搅拌2小时。LCMS(化合物2-f的RT=3.162分钟)显示化合物2-e被消耗,形成许多峰并且检测到一个所需质量的新峰。所述反应混合物用H2O(60.0mL)稀释,并用DCM(20mL×3)萃取。将所合并的有机层用Na2SO4干燥,过滤并在减压下浓缩,得到残留物。所述残留物通过制备型HPLC(色谱柱:WelchXtimate C18 250×70mm#10μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:65%-98%,20分钟)纯化。得到棕色油状物的化合物2-f(1.44g,1.69mmol,30.9%产率)。1H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ7.52-7.28(m,5H),5.12(s,2H),4.16-3.50(m,8H),3.41-2.95(m,6H),2.61-2.19(m,10H),1.64-1.55(m,4H),1.50-1.38(m,27H),1.36-1.21(m,12H)。
步骤6:在17℃下将化合物2-f(650mg,765μmol,1.00当量)溶于无水DCM(13.0mL)中,然后加入TFA(6.01g,52.7mmol,3.90mL,68.9当量)并在17℃、N2下搅拌4小时。TLC(石油醚/EtOAc=1/1(PMA),化合物2-f的Rf=0.60)表示反应完成,LCMS(化合物2-g的RT=0.610分钟)表示所需的MS。将反应减压浓缩,在35℃下得到残留物,在40℃下用无水甲苯/THF(30mL/30mL)×5蒸发,并用于下一步,无需进一步纯化。得到棕色胶的化合物2-g(600mg,粗品),LCMS(化合物2-g的RT=0.609分钟)显示~80.6%的纯度。LCMS:[M+H]=682.3(产物)。1H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ7.40-7.29(m,5H),5.11(s,2H),4.16-3.51(m,8H),3.49-2.99(m,6H),2.75-2.49(m,6H),2.48-2.26(m,5H),1.69-1.50(m,4H),1.39-1.19(m,14H)。
步骤7:将化合物2-g(540mg,792μmol,1.00当量)溶于DMF(10.8mL)中,然后加入DIPEA(1.54g,11.9mmol,2.07mL,15.0当量)并搅拌10分钟,然后加入HBTU(931mg,2.46mmol,3.10当量),在17℃下加入化合物7-l(1.66g,2.46mmol,3.10当量,TsOH盐),将混合物在30℃(油浴)下于N2中搅拌16小时。TLC(DCM/MeOH=10/1,1d AcOH,(PMA),R1的Rf=0.30)表明反应完成,LCMS(化合物2-h的RT=0.768分钟)表明所需的MS和de-1Ac(1049)。将反应倒入搅拌过的水(100mL)和DCM(80mL)中,搅拌、分离,水层用DCM(80mL×3)萃取,将所合并的有机层用盐水(100mL)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并减压浓缩,在35℃下得到残留物。如上所述分三批(54mg、216mg和60mg级别(scale))进行,合并进行纯化。所述残留物通过柱色谱法(SiO2,DCM/MeOH=20/1、15/1、10/1、5/1、0/1)纯化。所述残留物通过制备型HPLC(色谱柱:Waters Xbridge BEH C18 100×25mm×5μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:15%-45%,5分钟)纯化。用DCM(300mL、200mL、200mL)萃取溶液。所合并的有机层用盐水(200mL)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并在减压下浓缩,在35℃下得到残留物。得到浅棕色固体的化合物2-h(940mg,粗品)。LCMS:ESI+,[M+2H]/2的计算值=1069.5,实测值为1069.9(产物)。
步骤8:将化合物2-h(940mg,439μmol,1.00当量)溶于THF(20mL)中,然后加入湿Pd/C(500mg,10%纯度),并在H2(15psi,气球)、30℃(油浴)下搅拌4小时。TLC(DCM/MeOH=5/1,(PMA),化合物2-h的Rf=0.30,化合物2-i的Rf=0.10)表明反应完成,LCMS(化合物2-i的RT=0.637分钟)表明所需的MS。混合物通过硅藻土过滤,滤液在35℃下浓缩。得到白色固体的化合物2-i(840mg,粗品)。LCMS:ESI+,[M+2H]/2的计算值=1024.5,实测值为1025.0(产物)。
步骤9:将化合物2-i(200mg,97.6μmol,1.00当量)溶于DMF(4mL)中,加入DIPEA(37.9mg,293μmol,51.0μL,3.00当量),加入HBTU(55.6mg,146μmol,1.50当量),然后加入化合物7-o(49.2mg,117μmol,1.20当量)并在30℃(油浴)、N2下搅拌16小时。LCMS表明无化合物2-i,并且LCMS(化合物2-j的RT=0.804分钟)表明所需的MS。将反应倒入搅拌过的水(40mL)和DCM(40mL)中,搅拌、分离,水层用DCM(40mL×3)萃取,将所合并的有机层用盐水(50mL)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并减压浓缩,在35℃下得到残留物。与另一批(200mg级别)合并进行纯化。所述残留物通过制备型HPLC(色谱柱:Phenomenex C18 75×30mm×3μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:35%-55%,8分钟)纯化。得到浅黄色固体的化合物2-j(210mg)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1223.1,实测值1223.6(产物)。
步骤10:将化合物2-j(100mg,40.8μmol,1.00当量)溶于无水DCM(4mL)中,然后加入DMAP(1.25mg,10.2μmol,0.25当量)和DIPEA(21.1mg,163μmol,28.4μL,4.00当量)以及琥珀酸酐(16.3mg,163μmol,4.00当量),并在20℃(油浴)、N2下搅拌16小时。LCMS(化合物2-k的RT=0.788分钟)表明~33.3%的所需MS、~27.4%的化合物2-j。将反应倒入搅拌过的饱和NaHCO3(15mL)和DCM(15mL)中,搅拌、分离,水层用DCM(10mL×4)萃取,将所合并的有机层用盐水(10mL)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并减压浓缩,在35℃下得到残留物。所述残留物通过制备型HPLC(色谱柱:Waters Xbridge BEH C18 100*30mm*10μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:35%-55%,8分钟)纯化。获得白色固体的化合物2-k(4-(((3R,5S)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-1-(12-氧代-12-((((2R,3R,4R,5S)-3,4,5-三(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)四氢-1H-吡喃2-基)甲基)氨基)十二烷酰基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸)(19.0mg,7.40μmol,18.1%产率,NH4盐)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1273.1,实测值1273.2(产物)。
步骤11:在17℃下向化合物2-k(19.4mg,7.56μmol,1.00当量,NH4盐)的无水MF(0.97mL)溶液一次性加入HBTU(14.3mg,37.8μmol,5.00当量)、DIPEA(7.81mg,60.4μmol,10.5μL,8.00当量)和DMAP(923μg,7.56umol,1.00当量)。然后向混合物中加入树脂CPG-NH2(149mg,7.56μmol;化学名称:氨基烷基-CPG,500A,购自Hebei DNAchem BiotechnologyCo.,Ltd.)。所述混合物在40℃下搅拌24小时。LCMS表明反应已完成。之后,过滤并用MeOH(5.00mL×4)和DCM(5.00mL×4)洗涤滤饼。所述滤饼在N2流下干燥,得到淡黄色固体(222mg)。将Ac2O(327mg,3.20mmol,300μL,36.8当量)加入到Py(1.5mL)中并混合,加入到上述浅黄色固体(222mg)中并在35℃下搅拌0.5小时。之后,过滤并用DCM(5.00mL×4)和MeOH(5.00mL×4)洗涤滤饼。将所得淡黄色固体在真空下干燥12小时,得到132mg负载的产物(负载量:32.3μmol/g)。
实施例26
化合物3的合成
化合物3可以按照上述化合物2的合成路线通过使用中间体3-4作为起始原料来合成。
实施例27
化合物4的合成
化合物4可以按照上述化合物2的合成路线通过使用中间体4-4作为起始原料来合成。
实施例28
化合物5的合成
化合物5按照实施例29中化合物6的步骤通过使用5-j(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:27.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(12-(((3S,4R,5S,6R)-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-3-基)氨基)-12-氧代十二烷酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(5-j):所述标题化合物按照实施例29中化合物6-j的步骤使用5-f(合成如下所示)作为起始原料合成。LCMS:[M-2H]/2的计算值:1273.1,实测值:1273.7。
3,3'-(((2R,3S,4R,5S)-5-(12-(苄氧基)-12-氧代十二烷酰胺基)-2-((2-羧基乙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))二丙酸(5-f)的合成:
步骤1.将化合物IV(27.2g,136mmol,1.00当量,HCl盐)溶于二噁烷(270mL)和H2O(270mL)中,加入NaHCO3(41.9g,499mmol,19.4mL,3.66当量),在15℃下加入Boc2O(37.7g,173mmol,39.6mL,1.27当量)并在30℃、N2下搅拌16小时。TLC(i-PrOH/H2O/NH3-H2O=6/3/1)表明化合物IV(实施例4)已完全消耗,LCMS表明所需产物MS。过滤混合物并在减压下浓缩滤液,在45℃下得到残留物。所述残留物通过柱色谱法(SiO2,DCM/MeOH=15/1、10/1、8/1、4/1、0/1)纯化,以提供((3S,4R,5S,6R)-4,5-二羟基-6-(羟甲基)四氢-2H-吡喃-3-基)氨基甲酸叔丁酯(5-f-1)(33.7g;产率:93.9%)。LCMS:[M-Boc+H]的计算值:164.1,实测值:164.1。1H NMR:(400MHz CD3OD)δ3.91(dd,J=5.2,11.2Hz,1H),3.83(dd,J=2.0,11.6Hz,1H),3.61(dd,J=6.0,12.0Hz,1H),3.54-3.40(m,1H),3.36-3.23(m,2H),3.19-3.03(m,2H),1.44(s,9H)。
步骤2.将化合物5-f-1(4.55g,17.3mmol,1.00当量)溶于无水DCM(68mL)中,加入DMAP(1.27g,10.4mmol,0.60当量),然后将丙炔酸叔丁酯(8.72g,69.1mmol,9.49mL,4.00当量)加入白色混合物中,并在25℃(油浴)、N2下搅拌16小时。TLC(DCM/MeOH=5/1(PMA)表明化合物5-f-1已完全消耗,LCMS表明~31.6%的所需产物MS。将黑色溶液在40℃下浓缩。残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/EtOAc=20/1、10/1、8/1、5/1、4/1、1/1、0/1)纯化,以提供3,3'-(((2R,3S,4R,5S)-2-((((E)-3-(叔丁氧基)-3-氧代丙-1-烯-1-基)氧基)甲基)-5-((叔丁氧基羰基)氨基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))(2E,2'E)-二丙烯酸二叔丁酯(5-f-2)(3.42g;产率:30.8%)。LCMS:[M+NH4]的计算值:659.3,实测值:659.4。1H NMR:(400MHz CDCl3)δ7.45(d,J=12.4Hz,1H),7.35-7.17(m,2H),5.36-5.21(m,2H),5.15(d,J=12.4Hz,1H),4.69(d,J=8.0Hz,1H),4.25-3.83(m,6H),3.77-3.37(m,3H),1.54-1.33(m,27H)。
步骤3.将化合物5-f-2(2.42g,3.77mmol,1.00当量)溶于THF(24mL)和MeOH(24mL)中。加入湿Pd/C(4.84g,156μmol,10%纯度),然后在H2(15psi,气球)、30℃下搅拌48小时。LCMS表明化合物5-f-2完全消耗以及所需产物MS。混合物通过硅藻土过滤,滤饼用MeOH洗涤,滤液在40℃下浓缩,得到3,3'-(((2R,3S,4R,5S)-2-((3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)甲基)-5-((叔丁氧基羰基)氨基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))二丙酸二叔丁酯(5-f-3)(2.40g;产率:98.3%;黄色糖浆)。1H NMR:(400MHz CDCl3)δ5.18-4.91(m,1H),4.24-4.08(m,1H),4.04-3.94(m,1H),3.93-3.59(m,7H),3.55-3.41(m,1H),3.35-3.18(m,3H),3.10(t,J=10.8Hz,1H),2.62-2.38(m,6H),1.54-1.33(m,36H)。
步骤4.在15℃下将化合物5-f-3(2.40g,3.70mmol,1.00当量)溶于无水DCM(48.0mL)中,然后加入TFA(37.0g,324mmol,24.0mL,87.5当量),并在N2、15℃下搅拌7小时。LCMS表明化合物5-f-3完全消耗以及所需产物MS。减压浓缩溶液以在40℃下得到残留物,与ACN(50mL x 4)和甲苯(50mL×4)共同蒸发,在45℃下除去TFA以提供3,3'-(((2R,3S,4R,5S)-5-氨基-2-((2-羧基乙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))二丙酸(5-f-4)(2.00g,TFA盐,黄色胶)。LCMS:[M+H]的计算值:380.1,实测值:380.1。1H NMR:(400MHz D2O)δ4.25-4.08(m,2H),4.05-3.71(m,7H),3.68-3.41(m,4H),3.39-3.24(m,1H),2.83-2.61(m,6H),2.06(s,2H)。
步骤5.将化合物5-f-4(2.00g,4.05mmol,1.00当量,TFA盐)溶于无水DMF(20mL)中,加入TEA(2.87g,28.4mmol,3.95mL,7.00当量),检测到固体,加入5-f-a(其合成如下所示)(1.86g,4.46mmol,1.10当量)并在25℃(油浴)、N2下搅拌16小时,浅黄色溶液。LCMS表明~59.3%所需产物MS。减压浓缩反应,在45℃下得到残留物。所述残留物通过柱色谱法粗纯化以提供化合物5-f(1.83g,白色固体),无须进一步纯化用于下一步骤。LCMS:[M+H]的计算值:682.3,实测值:682.4。
12-(2,5-二氧代吡咯烷-1-基)十二烷二酸1-苄酯(5-f-a)的合成:
在-5℃和N2下,向12-(苄氧基)-12-氧代十二烷酸(5.00g,15.6mmol,1.00当量)的DCM(35.0mL)混合物中一次性加入N-羟基琥珀酰亚胺(2.16g,18.7mmol,1.20当量)和DCC(4.19g,20.3mmol,4.10mL,1.30当量)。所述混合物在-5℃下搅拌2小时,然后加热至30℃并搅拌10小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=1:1,Rf=0.7)表明12-(苄氧基)-12-氧代十二烷酸已完全消耗,并检测到一个极性较低的新主要斑点。过滤并在真空中浓缩。将粗产物用i-prOH:庚烷=1:1在25℃下研磨60分钟。然后过滤所述混合物并在真空中浓缩液体以提供化合物5-f-a(6.00g;产率:92.1%)。LCMS:[M+NH4]的计算值:435.2,实测值:435.3。
实施例29
化合物6的合成
所述标题化合物根据以下合成路线合成。
步骤1:在20℃、N2下向化合物6-a(5.00g,13.4mmol)的MeOH(30.0mL)溶液中一次性加入NaOMe(5.40M,149uL)。混合物在20℃下搅拌1小时。LCMS(产物:RT=0.220分钟)表明检测到一个具有所需质量的主峰。通过Amberlite IR120,Na树脂(CAS:7822-04-0)将混合物调节至pH 6,然后过滤并在真空中浓缩以得到白色固体的化合物6-b(3.20g,96.7%产率)。1H NMR(400MHz,CD3OD)δ4.50(d,J=9.2Hz,1H),3.86-3.94(m,1H),3.63-3.75(m,2H),3.42-3.50(m,1H),3.35(s,10H),1.99(s,3H)。
步骤2:向化合物6-b(3.34g,13.5mmol)的DCM(50.0mL)溶液中加入DMAP(662mg,5.43mmol)。向该混合物中加入化合物7-f(6.85g,54.2mmol,7.5mL),并将所述混合物在20℃下搅拌5小时。TLC(石油醚/乙酸乙酯,产物:Rf=0.43)表明消耗了所有起始原料,LCMS(产物:RT=0.220分钟)表明检测到一个具有所需质量的主峰。所述混合物在真空中浓缩。残留物通过硅胶色谱法(石油醚/乙酸乙酯=8/1至0/1)纯化,得到黄色固体的化合物6-c(2.10g,产率33.0%)。1H NMR(400MHz,CD3OD)δ4.50(d,J=6.2Hz,3H),3.80-3.90(m,2H),3.74(br t,J=6.3Hz,2H),3.61-3.68(m,2H),3.53-3.61(m,2H),3.10-3.27(m,4H),1.82-1.93(m,3H),1.27-1.42ppm(m,28H)。
步骤3:在Ar下向化合物6-c(100mg,160μmol)的MeOH(2.00mL)溶液加入Pd/c(0.02g,10%纯度)。将混合物在H2(50psi)、25℃下搅拌48小时。LCMS(产物:RT=0.884分钟)显示检测到一个具有所需质量的主峰。将所述混合物过滤并在真空中浓缩,得到棕色油状物的化合物6-d(125mg,53.41%产率,41.36%纯度)。1H NMR(400MHz,CD3OD)δ3.80-3.90(m,2H),3.74(br t,J=6.3Hz,2H),3.61-3.68(m,2H),3.53-3.61(m,2H),3.10-3.27(m,4H),2.27-2.49(m,6H)1.82-1.93(m,3H),1.27-1.42ppm(m,27H)。
步骤4:向化合物7-i(244mg,763μmol)的DMF(3.00mL)溶液中加入HBTU(289mg,763μmol)和DIPEA(179mg,1.39mmol)。向该混合物中加入化合物6-d(420mg,694μmol),所述混合物在25℃下搅拌17小时。LCMS(产物:RT=1.07分钟)显示出一个具有所需质量的主峰。将所述混合物倒入装有冰的饱和NaHCO3(水溶液)(10mL)中,并用乙酸乙酯(10mL×4)萃取。用水(10mLx2)和饱和NaHCO3(水溶液)(10mL×2)洗涤所合并的有机相。然后用无水Na2SO4干燥所合并的有机相,过滤并在真空中浓缩。所述混合物在真空中浓缩。残留物通过硅胶色谱法(石油醚/乙酸乙酯=20/1、0/1)纯化,得到白色固体的化合物6-e(450mg,496μmol,71.4%产率)。LCMS:[M-H]=905.6。
步骤5:在25℃、N2下向化合物6-e(1.50g,1.65mmol)加入甲酸(30.0mL)。混合物在20℃下搅拌2小时。LCMS(产物:RT=0.759分钟)显示起始原料完全消耗。将反应混合物过滤并减压浓缩,得到残留物。向残留物中加入甲苯(4mL)并浓缩得到残留物,并重复操作3次。最后,得到黄色固体的化合物6-f(1.15g,1.56mmol,94.1%产率)。1HNMR:(400MHz,D6-DMSO)(产物)δ=8.13(d,J=9.3Hz,1H),7.86(br d,J=9.3Hz,1H),7.28-7.43(m,5H),5.08(s,2H),4.83(s,1H),3.68-3.88(m,4H),3.48-3.67(m,5H),3.27-3.37(m,1H),3.18-3.25(m,1H),3.09(s,1H),2.25-2.56(m,10H),1.92-2.13(m,2H),1.77(s,3H),1.52(br d,J=6.8Hz,5H),1.21ppm(br d,J=7.8Hz,12H)。
步骤6:在25℃、N2下向化合物7-l(3.41g,5.05mmol,TsOH盐)的DCM(8.00mL)溶液中一次性加入HBTU(1.80g,4.74mmol)和DIPEA(1.98g,15.29mmol,2.66mL),然后在25℃、N2下将混合物搅拌10分钟。向该混合物中加入化合物6-f(1.13g,1.53mmol),在25℃下搅拌所述混合物20小时。LCMS(产物:RT=2.755分钟)显示起始原料完全消耗。将反应混合物悬浮在乙酸乙酯(35mL)中,并用饱和NaHCO3(35mL)洗涤。收集有机相,用饱和NaCl(35mL×2)洗涤。收集有机相(悬浮液)。通过离心获得白色固体的化合物6-g(1.35g,0.614mmol,40.2%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1096.0,实测值为1096.6(产物)。
步骤7:在Ar下向化合物6-g(500mg,227μmol)的THF(2.5mL)溶液中加入Pd/C(600mg,10%纯度)。将混合物在H2(15psi)、25℃下搅拌48小时。LCMS(产物:RT=2.1分钟)显示检测到一个具有所需质量的主峰。将所述混合物过滤并在真空中浓缩,得到白色固体的化合物6-h(430mg,粗品),无须进一步纯化用于下一步骤。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1051.01,实测值为1051.1(产物)。
步骤8:在25℃、N2下,向化合物6-h(170mg,80.7μmol)的DMF(2.00mL)混合物中一次性加入HBTU(45.9mg,121μmol)和DIPEA(20.8mg,161μmol),然后将所述混合物在25℃下于N2的氛围中搅拌10分钟。向该混合物中加入化合物7-o(50.8mg,121μmol),所述混合物在17℃下搅拌17小时。LCMS(产物:RT=2.86分钟)显示起始原料被完全消耗。残留物用ACN(3.0mL)沉淀进行纯化。最后,得到白色固体的化合物6-i(150mg,59.8μmol,74.1%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1251.61,实测值为1252.1(产物)。
步骤9:在25℃、N2下,向琥珀酸酐(35.9mg,359μmol)的DCM(3.00mL)混合物中一次性加入DIPEA(46.4mg,359μmol)和DMAP(1.83mg,14.9μmol)。在搅拌的同时,加入化合物6-i(150mg,59.8μmol),将所述混合物在20℃下搅拌4小时。LCMS(产物:RT=2.19分钟)显示起始原料被完全消耗。将所述混合物倒入DCM(20mL)中。所合并的有机相用TEBA(水溶液)(20mL×2)洗涤。然后用无水Na2SO4干燥所合并的有机相,过滤并在真空中浓缩。粗产物通过反相制备型HPLC(0.1M TEAB-ACN;B%:20%-45%,20分钟)纯化,得到白色固体的化合物6-j(4-(((3R,5S)-1-(12-(((2R,3R,4R,5S,6R)-3-乙酰胺基-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氨基)-12-氧代十二烷酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸)(35.0mg,13.4μmol,22.4%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1301.62,实测值为1301.1(产物)。
步骤10:在25℃下向化合物6-j(20mg,7.67μmol)的DMF(1.50mL)溶液中一次性加入HBTU(14.5mg,38.3μmol)、DIEA(7.93mg,61.3μmol,10.6uL)、DMAP(937μg,7.67μmol)。然后向混合物中加入CPG(130mg;化学名称:氨基烷基-CPG,500A,购自Hebei DNAchemBiotechnology Co.,Ltd.)。将所述混合物在40℃下搅拌19小时。之后,过滤并用MeOH(5.00mL×4)和DCM(5.00mL×4)洗涤滤饼。所述滤饼在N2流下干燥,得到淡黄色固体。将上述淡黄色固体加入干吡啶(1.50mL)和Ac2O(0.30mL)的混合物中。然后将所述混合物在40℃下搅拌0.5小时。之后,过滤并用DCM(5.00mL×4)和MeOH(5.00mL×4)洗涤滤饼。将所得淡黄色固体在真空下干燥12小时,得到130mg固体负载的产物(负载量:32μmol/g)。
实施例30
化合物7的合成
所述标题化合物根据以下合成路线合成。
步骤1:在-40℃下将化合物7-a(5.00g,14.4mmol,1.00当量)的DCM(28.0mL)溶液加入到DAST(9.26g,57.4mmol,7.59mL,4.00当量)中,在25℃下搅拌反应12小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=2:1,Rf=0.4)显示反应完成。通过加入NH4Cl水溶液(50.0mL)使所述混合物骤冷,然后用EtOAc(50.0mL×3)萃取,将所合并的有机层在减压下浓缩,得到残留物。如上所述并行进行四个批次,并合并进行纯化。残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚:乙酸乙酯=20:1至3:1)纯化。得到黄色油状物的化合物7-b(4.65g,13.3mmol,23.3%产率)。1H NMR(400MHz,CDCl3)(产物)δ5.77-5.80(m,1H),5.33-5.42(d,1H),5.07(t,J=8Hz,1H),4.36-4.53(m,1H),4.28-4.32(m,1H),4.08-4.12(m,1H),3.84-3.88(m,1H),2.18(s,3H),2.04-2.09(m,9H)。
步骤2:在0℃下向化合物7-b(9.50g,27.1mmol,1.00当量)的CHCl3(20.0mL)溶液加入溴化氢(99.7g,407mmol,66.9mL,33%纯度,15.0当量),混合物在25℃下搅拌3小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=2:1,Rf=0.6)显示反应完成。将所述混合物倒入冰水(100mL)中并与之短暂搅拌,然后用CHCl3萃取(100mL,分3份)。用数份冰冷的饱和NaHCO3溶液洗涤黄色萃取物,直到首先CO2析出停止,随后有机层变为无色。然后用水洗涤所述有机层一次,用Na2SO4干燥,并浓缩至干。得到棕色油状物的化合物7-c(9.2g,粗品)。1H NMR(400MHz,CDCl3)(产物)δ6.54(d,J=8Hz,1H),5.59-5.67(m,1H),5.09-5.14(m,1H),4.46-4.62(m,1H),4.32-4.53(m,2H),4.11-4.15(m,1H),2.09(d,J=4Hz,6H),2.06(s,3H)。
步骤3:化合物7-c(9.20g,24.8mmol,1.00当量)溶于丙酮(108mL),然后在0℃下向混合物中滴加溶解于H2O(90.0mL)中的NaN3(6.50g,100mmol,4.03当量),然后在20℃下搅拌所述混合物3小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=2:1,Rf=0.5)显示消耗了起始原料并形成了一个新斑点。过滤白色沉淀物,用H2O(150mL)彻底洗涤,并在真空下干燥,得到产物。得到白色固体的化合物7-d(6.60g,19.8mmol,79.9%产率)。1H NMR(400MHz,CDCl3)(产物)δ5.31-5.37(m,1H),5.05(t,J=8Hz,1H),4.81-4.84(m,1H),4.14-4.34(m,3H),3.80-3.87(m,1H),2.09(d,J=4Hz,6H),2.04(s,3H)。
步骤4:向化合物7-d(6.50g,19.5mmol)的MeOH(39.0mL)溶液中加入NaOMe(211mg,1.17mmol,30%纯度,0.06当量),将混合物在20℃下搅拌1小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=1:1,Rf=0.1)显示起始原料被消耗并且形成一个新斑点。反应通过Amberlite IR120,Na树脂(CAS:78922-04-0)调节pH为~7,过滤并减压浓缩,得到残留物。得到黄色油状物的化合物7-e(4.00g,粗品)。1H NMR(400MHz,D6-DMSO)(产物)δ5.58(s,1H),5.32(s,1H),4.97-4.99(m,1H),4.70(s,1H),3.81-3.99(m,1H),3.68-3.71(m,1H),3.34-3.53(m,2H),3.32-3.36(m,1H),3.15(t,J=8Hz,1H)。
步骤5:向化合物7-e(4.00g,19.3mmol,1.00当量)的DCM(40.0mL)溶液中加入化合物7-f(9.74g,77.2mmol,10.6mL,4.00当量)和DMAP(1.42g,11.6mmol,0.60当量),混合物在20℃下搅拌12小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=1:1,Rf=0.9)显示消耗了起始原料,并形成一个新斑点。在真空中除去溶剂,向残留物中加入水(50.0mL)。水层用二氯甲烷(3×50.0mL)萃取,有机层用Na2SO4干燥。残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚:乙酸乙酯=20:1至8:1)纯化。得到橙色固体的化合物7-g(5.20g,8.88mmol,46.0%产率)。1H NMR(400MHz,CDCl3)(产物)δ7.44(d,J=12Hz,1H),7.28(d,J=12Hz,1H),5.27-5.36(m,2H),5.15(d,J=12Hz,1H),4.81(m,1H),4.04-4.32(m,4H),1.44-1.45(m,27H)。
步骤6:向化合物7-e(1.00g,1.71mmol,1.00当量)的MeOH(12mL)溶液中加入Pd/C(0.6g,10%纯度,1.00当量),将反应在25℃、H2(800mg,1.00当量)下搅拌14小时。1HNMR显示起始原料被完全消耗。如上所述并行进行两个批次,合并以进行后处理。将混合物过滤并在减压下浓缩,得到残留物。得到白色固体的化合物7-h(1.80g,3.18mmol,93.2%产率)。1HNMR(400MHz,CDCl3)(产物)δ3.47-4.15(m,9H),3.14-3.47(m,3H),2.36-2.47(m,6H),1.89(s,1H),1.33-1.38(m,27)。
步骤7:向化合物7-h(2.10g,3.71mmol,1.00当量)的DMF(20.0mL)溶液中加入化合物7-i(1.31g,4.08mmol,1.10当量)和HBTU(2.82g,7.42mmol,2.00当量)、DIEA(1.44g,11.1mmol,1.94mL,3.00当量),混合物在25℃下搅拌12小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。加入DCM(150mL),用水(120ml×3)洗涤,用无水Na2SO4干燥,过滤并真空浓缩。如上所述并行进行两个批次,合并进行纯化。残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=20/1至5/1)纯化。得到黄色固体的化合物7-j(4.1g,4.72mmol,63.6%产率)。1H NMR(400MHz,CDCl3)(产物)δ7.35(s,5H),5.96(d,J=9.2Hz,1H),5.20(t,J=8Hz,1H),5.11(s,2H),3.65-4.13(m,13H),3.39-3.52(m,5H),2.41-2.52(m,8H),2.33-2.45(m,3H),2.20(t,J=8Hz,2H),1.62-1.64(m,6H),1.45(s,27H),1.26(s,12H)。
步骤8:添加化合物7-j(4.10g,4.72mmol,1.00当量)到FA(80.0mL)中,并在25℃下搅拌2小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。然后将反应溶液在真空中浓缩。添加DCM(20.0mL)以溶解残留物,然后加入甲苯(60.0mL)和THF(60.0mg),然后在真空中浓缩至干(此操作重复三次)。得到黄色固体的化合物7-k(2.90g,粗品)。1H NMR(400MHz,D6-DMSO)(产物)δ12.1(s,3H),8.62(d,J=8Hz,1H),7.32-7.39(m,5H),5.04-5.08(m,3H),3.98-4.16(m,1H),3.870-3.91(m,5H),3.48-3.66(m,6H),3.40(d,J=12Hz,1H),3.13(t,J=8Hz,1H),2.69(s,1H),2.41-2.46(m,6H),2.34(t,J=8Hz,2H),2.10(t,J=8Hz,2H),1.48-1.54(m,4H),1.22(s,12H)。
步骤9:向化合物7-k(1.50g,2.14mmol,1.00当量)的DMF(30.0mL)溶液中加入HBTU(2.60g,6.86mmol,3.2当量)和DIPEA(3.60g,27.9mmol,4.85mL,13.0当量)到混合物中。然后添加化合物7-l(4.49g,6.65mmol,3.10当量,TsOH盐)(化合物7-l的合成如下所示)加入溶液中,并在25℃下搅拌12小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。水相用DCM(100mL)稀释。所合并的有机相用半饱和盐水(100mL×3)洗涤,用无水Na2SO4干燥,过滤并在真空中浓缩。残留物通过柱色谱法(SiO2,DCM/MeOH=20/1至5/1)纯化。用反相HPLC对粗产物进行纯化。色谱柱:Welch Xtimate C18250*70mm#10μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:30%-60%,20分钟。获得白色固体的化合物7-m(1.50g,696μmol,32.5%产率)。
化合物7-l的合成
步骤A:在0-5℃下向化合物7-l-1(20.0g,44.7mmol,1.00当量)的DMF(140mL)溶液中加入DIEA(23.11g,179mmol,31.1mL,4.00当量)、HBTU(18.7g,49.2mmol,1.10当量)和化合物G-2(10.2g,49.2mmol,1.10当量)。然后将混合物在15℃下搅拌12小时。TLC(DCM:MeOH=10:1,Rf=0.3)显示化合物7-l-1被消耗,并检测到两个主斑点。水相用DCM(400mL)稀释。所合并的有机相用半饱和盐水(200mL×3)洗涤,用无水Na2SO4干燥,过滤并在真空中浓缩。粗产物(30.0g)通过制备型HPLC进行纯化。色谱柱:Agela DuraShell C18 250*70mm*10μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:20%-50%,分钟。得到黄色油状物的化合物7-l-2(26.0g,40.8mmol,91.2%产率)。1H NMR:(400MHz,DMSO)(产物)δ7.81(d,J=8Hz,1H),7.73(t,J=8Hz,1H),7.30-7.38(m,5H),7.20-7.22(m,1H),5.22(s,1H),4.96-5.01(m,3H),4.48-4.50(d,J=8Hz,1H),4.03(s,3H),3.84-3.92(m,1H),3.70-3.72(m,1H),3.40-3.43(m,1H),2.97-3.06(m,4H),2.10(s,2H),1.99-2.07(m,5H),1.89(s,3H),1.77(s,3H),1.46-1.54(m,6H).[M+H]=638.3(产物)。
步骤B:向化合物7-l-2(26.0g,40.8mmol,1.00当量)的THF(260mL)溶液中加入Pd/C(10.0g,10%纯度),将反应在25℃、H2下搅拌12小时。TLC(DCM:MeOH=10:1,R1,Rf=0.3,P1,R1=0.2)显示起始原料被消耗,并形成一个新斑点。将混合物过滤并在减压下浓缩,得到残留物。获得白色固体的化合物7-l(27.0g,40.0mol,98%产率,PTSA盐)。1H NMR:(400MHz,DMSO)(产物)δ7.93(t,J=4Hz,1H),7.85(d,J=8Hz,1H)7.69(s,J=8Hz,3H),7.49(d,J=8Hz,2H),7.13(d,J=8Hz,2H),5.22(s,1H),4.96-4.99(m,1H),4.48-4.51(d,J=12Hz,1H),4.03(s,3H),3.84-3.92(m,1H),3.70-3.72(m,1H),3.38-3.43(m,1H),3.07-3.11(m,2H),2.29(s,3H),2.05-2.10(m,5H),2.00(s,3H),1.89(s,3H),1.76(s,1H),1.64-1.67(m,2H),1.44-1.50(m,4H)。
步骤10:向化合物7-m(850mg,394μmol,1.00当量)的THF(20mL)溶液中加入Pd/C(850mg、10%纯度,1.00当量),将反应在25℃、H2下搅拌12小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。过滤混合物并在减压下浓缩,得到残留物(THF:MeOH=1:1,100mL)。获得白色固体的化合物7-n(730mg,粗品)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1031.5,实测值为1031.9(产物)。
步骤11:向化合物7-n(620mg,300.07μmol,1.00当量)的DMF(6.00mL)溶液中加入HBTU(171mg,450μmol,1.50当量)和DIPEA(78mg,600μmol,105μL,2.00当量)到混合物中。然后将化合物7-o(189mg,450μmol,1.5当量)加入溶液中,并在30℃下搅拌12小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。水相用DCM(50.0mL)稀释。所合并的有机相用半饱和盐水(40.0mL×3)洗涤,用无水Na2SO4干燥,过滤并在真空中浓缩。将两批次粗反应混合物(100mg和620mg级别)合并用于纯化。用反相HPLC对所述粗产物进行纯化。色谱柱:Waters Xbridge Prep OBDC18 150*40mm*10μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:40%-60%,8分钟。获得白色固体的化合物7-p(500mg,203μmol,55.6%产率)。
步骤12:向化合物7-p(100mg,40.5μmol,1.00当量)的DCM(2.00mL)溶液中加入DMAP(1.24mg,10.1μmol,0.25当量)和DIPEA(31.4mg,243μmol,42.4μL,6.00当量)到混合物中。然后将琥珀酸酐(24.3mg,243μmol,6.00当量)加入溶液中,在15℃下搅拌12小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。残留物用DCM(5.00mL)稀释,并用TEAB(15mL×3)萃取。将所合并的有机层用H2O(15mL×2)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并在减压下浓缩,得到残留物。用反相HPLC对粗产物进行纯化。色谱柱:C18-2 100x 30mm x 5μm;流动相:[0.1M TEAB-ACN];B%:20%-45%,20分钟。获得白色固体的化合物7-q(4-(((3R,5S)-1-(12-(((2R,3R,4S,5R,6R)-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H--吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)-3-氟四氢-2H-吡喃-2-基)氨基)-12-氧代十二烷酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸)(55mg,21.4μmol,52.9%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1282.1,实测值为1282.6(产物)。
步骤13:在25℃下向化合物7-q(30.0mg,11.7μmol,1.00当量)的DMF(1.50mL)溶液中一次性加入HBTU(22.1mg,58.4μmol,5.00当量)、DIEA(12.1mg,93.5μmol,16.3μL,8.00当量)和DMAP(1.43mg,11.7μmol,1.00当量)。然后向混合物中加入CPG(210mg;化学名称:氨基烷基-CPG,500A,购自Hebei DNAchem BiotechnologyCo.,Ltd.)。将所述混合物在40℃下搅拌48小时。之后,过滤并用MeOH(5.00mL×4)和DCM(5.00mL×4)洗涤滤饼。所述滤饼在N2流下干燥,得到淡黄色固体。将上述淡黄色固体加入干吡啶(1.50mL)和Ac2O(0.30mL)的混合物中。然后将所述混合物在40℃下搅拌0.5小时。之后,过滤并用DCM(5.00mL×4)和MeOH(5.00mL×4)洗涤滤饼。将所得淡黄色固体在真空下干燥12小时,得到180mg固体负载的产物(负载量:36μmol/g)。
实施例31
化合物8的合成
化合物8可以按照上述化合物1的合成路线通过使用中间体8-10作为起始原料合成。
实施例32
化合物9的合成
化合物9可以按照上述化合物2的合成路线通过使用中间体9-2作为起始原料合成。
实施例33
化合物10的合成
化合物10可以按照上述化合物2的合成路线通过使用中间体10-2作为起始原料合成。
实施例34
化合物11的合成
化合物11可以按照上述化合物2的合成路线通过使用中间体11-2作为起始原料合成。
实施例35
化合物12的合成
化合物12可以按照上述化合物2的合成路线通过使用中间体12-2作为起始原料合成。
实施例36
化合物13-7的合成
实施例37
化合物13-11的合成
实施例38
化合物13的合成
实施例39
化合物14的合成
化合物14可以按照上述化合物1的合成路线通过使用中间体14-4(其合成如下所示)作为起始原料合成。
实施例40
化合物15的合成
化合物15可以按照上述化合物1的合成路线通过使用中间体15-3(其合成如下所示)作为起始原料合成。
实施例41
化合物16的合成
化合物16可以按照上述化合物2的合成路线通过使用(2R,3S,4S,5R,6S)-2,6-双(氨基甲基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三醇作为起始原料合成。
实施例42-49
(略)
实施例50
化合物25的合成
化合物25可以按照上述化合物2的合成路线通过使用中间体25-7(其合成如下所示)作为起始原料合成。
实施例51
GalNAc-siRNA缀合物化合物1-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物1,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例52
GalNAc-siRNA缀合物化合物2-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物2(实施例25),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例53
GalNAc-siRNA缀合物化合物3-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物3,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例54
GalNAc-siRNA缀合物化合物4-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物4,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例55
GalNAc-siRNA缀合物化合物5-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物5(实施例28),根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例56
GalNAc-siRNA缀合物化合物6-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物6(实施例29),根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例57
GalNAc-siRNA缀合物化合物7-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物7(实施例30),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例58
GalNAc-siRNA缀合物化合物8-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物8,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例59
GalNAc-siRNA缀合物化合物9-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物9,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例60
GalNAc-siRNA缀合物化合物10-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物10,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例61
GalNAc-siRNA缀合物化合物11-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物11,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例62
GalNAc-siRNA缀合物化合物12-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物12,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例63
GalNAc-siRNA缀合物化合物13-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物13,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例64
GalNAc-siRNA缀合物14-F的合成
使用前文所述的缀合物构建块化合物14,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例65
GalNAc-siRNA缀合物15-F的合成
使用前文所述的缀合物构建块化合物15,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例66
GalNAc-siRNA缀合物16-F的合成
使用前文所述的缀合物构建块化合物16,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例67-74
(略)
实施例75
GalNAc-siRNA缀合物25-F的合成
使用前文所述的缀合物构建块化合物25,根据已知程序,用附接到正义链3’端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例76
化合物26的合成
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
步骤1:在20℃下向化合物26-a(5.00g,9.11mmol)(化合物26-a的合成如下所示)的吡啶(30.0mL)溶液中加入DMAP(4.45g,36.4mmol)和化合物26-b(7.35g,36.4mmol)。反应在20℃下搅拌2小时。LCMS(RT=1.11分钟)显示形成化合物26-c。此时合并两个反应。用H2O(40.0mL)稀释液体,并用EtOAc(50.0mL×3)萃取。所合并的有机层用1N HCl(15.0mL)、NaHCO3(15.0mg)、盐水(50.0mL)洗涤,用无水Na2SO4干燥,过滤并减压浓缩,得到黄色油状物的化合物26-c(11.5g,粗品)。11H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ8.16(d,J=2.4Hz,2H),7.43-7.40(m,2H),4.52(d,J=4.0Hz,1H),4.48-4.31(m,1H),4.07-4.04(m,3H),4.03-4.01(m,1H),3.83-3.81(m,3H),3.27-3.10(m,6H),2.53-2.46(m,6H),1.45(s,9H)。
化合物26-a的合成
步骤A:向化合物26-a-1(142g,427.32mmol)的MeOH(994mL)溶液中加入NaOMe(9.23g,170.93mmol)。将混合物在25℃下搅拌1小时。TLC(二氯甲烷:甲醇=3:1,产物:Rf=0.40)显示(起始原料:Rf=0.80)已完全消耗,并形成一个新斑点。向上述混合物中加入Amberlite(H+)并搅拌直到溶液显示pH=7。滤出Amberlite并用MeOH洗涤。得到无色油状物的化合物26-a-2(70g,426.42mmol,99.79%产率)。1H NMR(400MHz CD3OD)(产物)δ3.87-3.79(m,2H),3.29-3.28(m,1H),3.28-3.27(m,2H),3.16-3.13(m,2H)。
步骤B:在0℃下向化合物26-a-2(7g,42.64mmol)的Py(49mL)溶液中加入三异丙基氯硅烷(9.04g,46.91mmol)。混合物在25℃下搅拌12小时。TLC(乙酸乙酯,产物:Rf=0.35)显示(起始原料:Rf=0.80)已完全消耗,并形成一个新的主斑点。将反应混合物用50mL H2O稀释,并用EtOAC(50mL x 2)萃取。将所合并的有机层用50mL盐水洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并在减压下浓缩,得到残留物。所述残留物通过柱色谱法纯化(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=1000/1至1/1,TLC:乙酸乙酯,Rf=0.35)。获得白色固体的化合物26-a-3(6.1g,19.03mmol,44.63%产率)。1H NMR(400MHz CD3OD)(产物)δ4.01-4.00(d,1H),3.87-3.79(m,2H),3.29-3.28(m,1H),3.28-3.27(m,2H),3.16-3.13(m,2H),1.01(s 21H)。
步骤C:向化合物26-a-3(14.2g,44.31mmol)的DCM(99.4mL)溶液中加入丙-2-炔酸叔丁酯(22.36g,177.24mmol)和DMAP(3.25g,26.59mmol)。混合物在25℃下搅拌6小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=4:1,产物:Rf=0.40&0.50)显示(起始原料:Rf=0.02)已完全消耗,并形成两个新斑点。将反应混合物用100mL H2O稀释,并用DCM(100mL x 2)萃取。将所合并的有机层用Na2SO4干燥,过滤并减压浓缩,得到残留物。所述残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=1000/1至1/1,TLC:石油醚:乙酸乙酯=4/1,产物:Rf=0.40&0.50)纯化。得到黄色油状物的化合物26-a-4(30.5g,43.64mmol,98.48%产率)。1H NMR(400MHz CD3OD)(产物)δ7.47-7.34(m,2H),5.27-5.22(m,2H),4.34-4.23(m,2H),3.95-3.98(d,J=1.2Hz,1H),3.50-3.42(m,2H),1.45-1.44(s,28H),1.11-1.08(s,21H)。
步骤D:在Ar氛围向Pd/C(3.00g,10%纯度)的MeOH(20mL)溶液中加入化合物26-a-4(30.5g,43.64mmol)的MeOH(190mL)溶液。将悬浮液脱气并用H2吹扫3次。将混合物在H2(50Psi)、50℃下搅拌12小时。HNMR(ET52646-51-P1A2)显示起始原料完全消耗。所述悬浮液通过硅藻土垫或硅胶垫过滤,用MeOH 1.00L洗涤所述垫或滤饼。得到无色油状物的化合物26-a-5(30.0g,42.55mmol,97.52%产率)。1H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ3.98-3.96(m,4H),3.95-3.80(m,4H),3.27-3.20(m,3H),3.18-3.05(m,2H),1.46-1.44(s,27H),1.11-1.06(s,21H)。
步骤E:向化合物26-a-5(30g,42.55mmol)的THF(210mL)溶液中加入TBAF(1M,42.55mL)。混合物在25℃下搅拌2小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=2:1)显示(起始原料:Rf=0.85)已完全消耗,并形成一个新斑点(Rf=0.35)。将反应混合物用200mL H2O稀释,并用EtOAc(200mL x 2)萃取。将所合并的有机层用200mL盐水洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并减压浓缩,得到残留物。所述残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=1000/1至1/1,TLC:石油醚:乙酸乙酯=2/1,产物:Rf=0.35)纯化。得到无色油状物的化合物26-a(17.9g,32.62mmol,76.67%产率)。1H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ3.98-3.96(m,4H),3.95-3.80(m,4H),3.27-3.20(m,3H),3.18-3.05(m,2H),1.46-1.44(s,27H)。
步骤2:在25℃下向化合物26-c(4.00g,5.60mmol)的MeCN(80.0mL)溶液中,然后将化合物26-d(2.34g,8.41mmol)、DMAP(753mg,6.16mmol)加入混合物中。反应在25℃下搅拌16小时。LCMS(RT=0.861分钟)显示化合物26-e形成。所述混合物在减压下产生残留物。所述残留物首先通过柱色谱法(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=25/1至10/1),然后通过制备型HPLC色谱柱:Phenomenex luna C18 250*150mm*15μm;流动相:[水(TFA)-ACN];B%:60%-98%,25分钟进行纯化。得到黄色油状物的化合物26-e(4g,4.69mmol,83.7%产率)。1H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ7.37-7.32(m,5H),5.12(s,2H),4.38(d,J=1.6Hz,1H),4.13-4.10(m,1H),4.03-4.01(m,1H),4.00-3.99(m,2H),3.97-3.88(m,5H),3.80-3.79(m,4H),3.30-3.14(m,6H),2.52-2.45(m,8H),2.37-2.33(m,2H),1.65-1.63(m,6H),1.62(m,34H),1.45-1.28(m,11H)。
步骤3:在25℃下向化合物26-e(4.00g,5.60mmol)的HCOOH(15.0g,312mmol)中。反应在25℃下搅拌4小时。LCMS(RT=0.824分钟)显示形成化合物26-f。混合物在减压下产生无色油状物的化合物26-f(4.00g,4.69mmol,83.6%产率)。1H NMR(400MHz CDCl3)(产物)δ7.38-7.27(m,4H),5.11(s,2H),4.38(d,J=1.6Hz,1H),4.37-3.78(m,10H),3.33-3.08(m,5H),2.50-2.36(m,5H),2.35-2.01(t,J=1.36,3H),1.63(s,4H),1.27(s,10H)。
步骤4:在25℃、N2下,向化合物7-l(1.47g,2.92mmol)的DCM(2.50mL)溶液中一次性加入HBTU(858mg,2.26mmol)和DIPEA(943mg,7.30mmol),然后将混合物在25℃、N2气氛下搅拌10分钟。向该混合物中加入化合物26-f(500mg,730μmol),所述混合物在17℃下搅拌20小时。LCMS(产物:RT=2.884分钟)显示原料完全消耗掉。将所述混合物倒入DCM(20mL)中。所合并的有机相用饱和NaHCO3(水溶液)(20.0mL×2)和饱和盐水(20.0mL×3)洗涤。然后用无水Na2SO4干燥所合并的有机相,过滤并在真空中浓缩。粗产物经反相HPLC(水(NH4HCO3)-ACN;B%:40%-70%,10分钟)纯化,得到白色固体的化合物26-g(350mg,163μmol,22.4%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1069.0,实测值为1069.1(产物)。
步骤5:在Ar下向化合物26-g(350mg,163μmol)的THF(6mL)溶液中加入Pd/C(600mg,10%纯度)。将混合物在H2(15psi)、25℃下搅拌19小时。LCMS(产物:RT=2.149分钟)显示检测到一个具有所需质量的主峰。将所述混合物过滤并在真空中浓缩,得到白色固体的化合物26-h(400mg,粗品),无须进一步纯化用于下一步骤。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1024.0,实测值为1024.2(产物)。
步骤6:在17℃、N2下,向化合物26-h(400mg,195μmol)的DMF(3.00mL)混合物中一次性加入HBTU(110mg,292μmol)和DIPEA(50.41mg,390μmol),然后将所述混合物在17℃、N2下搅拌10分钟。向该混合物中加入化合物7-o(122mg,292μmol),所述混合物在17℃下搅拌17小时。LCMS(产物:RT=2.907分钟)显示起始原料被完全消耗。粗产物通过反相HPLC(水(NH4HCO3)-ACN;B%:25%-55%,20分钟)纯化以得到白色固体的化合物26-i(140mg,57.0μmol,29.3%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1224.6,实测值为1225.1(产物)。
步骤7:在25℃、N2下,向化合物26-i(140mg,57.1μmol)的DCM(1.00mL)溶液中一次性加入DIPEA(44.3mg,342μmol)和DMAP(1.74mg,14.3μmol),然后将混合物在20℃、N2下搅拌10分钟。向该混合物中加入琥珀酸酐(34.3mg,342μmol),所述混合物在20℃下搅拌4小时。LCMS(产物:RT=2.611分钟)显示起始原料已完全消耗。将所述混合物倒入DCM(10mL)中。将所合并的有机相用TEBA(水溶液)(5mLx2)洗涤。然后用无水Na2SO4干燥所合并的有机相,过滤并在真空中浓缩以得到白色固体的化合物26-j(4-(((3R,5S)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-1-(10-(((((2R,3R,4R,5S)-3,4,5-三(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)四氢-2H-吡喃-2-基)甲氧基)羰基)氧基)癸酰基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸)(90mg,35.3μmol,61.8%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1274.6,实测值是1275.1(产物)。
步骤8:在25℃下向化合物26-j(33mg,12.9μmol)的DMF(1.50mL)溶液中一次性加入HBTU(24.5mg,64.6μmol)、DIEA(13.4mg,103.4μmol)和DMAP(1.58mg,12.9μmol)。然后向混合物中加入CPG(250mg;化学名称:氨基烷基-CPG,500A,购自Hebei DNAchemBiotechnology Co.,Ltd.)。将所述混合物在40℃下搅拌17小时。之后,过滤并用MeOH(5.00mL×4)和DCM(5.00mL×4)洗涤滤饼。所述滤饼在N2流下干燥,得到淡黄色固体。将上述淡黄色固体加入干吡啶(1.50mL)和Ac2O(0.30mL)的混合物中。然后将所述混合物在40℃下搅拌0.5小时。之后,过滤并用DCM(5.00mL×4)和MeOH(5.00mL×4)洗涤滤饼。将所得淡黄色固体在真空下干燥12小时,得到225mg固体负载的产物(负载量:32μmol/g)。
实施例77
化合物27的合成
所述标题化合物可以根据以下合成路线合成。
步骤1:将化合物26-c(4.00g,5.60mmol,1.00当量)、化合物27-a(1.71g,6.16mmol,1.10当量)和DMAP(3.42g,28.0mmol,5.00当量)的CH3CN(80.0mL)混合物脱气并用N2吹扫3次,然后将所述混合物在25℃、N2气氛下搅拌16小时。LCMS(RT=1.084分钟)显示化合物26-c被完全消耗掉。反应液的浓度。残留物通过柱色谱法(SiO2,二氯甲烷:甲醇=1:0至0:1)纯化。获得黄色油状物的化合物27-b(4.00g,4.47mmol,79.8%产率,95.3%纯度)。1H NMR(400MHz CD3OD)(产物)δ7.34(m,5H),5.10(s,2H),4.09-4.26(m,1H),3.98-4.01(m,6H),3.85-3.75(m,1H),3.94-3.96(m,3H),3.07-3.31(m,8H),2.37-2.51(m,9H),1.45(t,J=1.6Hz,27H),1.29(t,J=1.6Hz,12H)。
步骤2:向化合物27-b(4.00g,4.69mmol,1.00当量)的HCOOH(80.0g,1.67mmol,20V)溶液。混合物在25℃下搅拌3小时。LCMS(RT=0.789&0.810分钟)显示化合物27-b被完全消耗掉。浓缩反应混合物。获得黄色油状物的化合物27-c(3.00g,4.39mmol,93.5%产率)。1H NMR(产物)δ7.19-7.31(m,5H),7.10-14(m,4H),5.04(s,2H),4.12(d,J=10.8Hz,1H),3.80-3.87(m,5H),3.67-3.69(m,3H),2.90-3.12(m,4H),2.26-2.43(m,8H),1.17-1.50(m,12H)。
步骤3:在25℃、30分钟内向化合物27-c(0.60g,877μmol,1.00当量)的DMF(12.0mL)溶液中滴加HBTU(1.10g,2.90mmol,3.30当量)和DIPEA(1.47g,11.4mmol,1.99mL,13.0当量)。在加入化合物7-l(1.46g,2.90mmol,3.30当量)后,将混合物在该温度下搅拌12小时。LCMS显示化合物27-c被完全消耗掉。用反相HPLC对粗产物进行纯化。色谱柱:Phenomenex luna C18(250*70mm,15μm);流动相:[水ACN];B%:30%-60%,20分钟。获得黄色油状物的化合物27-d(1.5g,700.83μmol,79.86%产率)。LCMS:ESI+,[M+2H]/2的计算值=1070.5,实测值为1070.5(产物)。
步骤4:向化合物27-d(900mg,420μmol,1.00当量)的MeOH(10.0mL)溶液中加入Pd/C(900mg,10%纯度,1.00当量),反应在25℃、H2下搅拌12小时。LCMS(ET54421-53-P1A1,RT=1.820分钟)显示起始原料被完全消耗。将混合物过滤并减压浓缩,得到残留物(THF:MeOH=1:1,50.0mL)。获得白色固体的化合物27-e(700mg,粗品)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1023.5,实测值为1023.6(产物)。
步骤5:向化合物27-e(200mg,97.5μmol,1.00当量)的DMF(3.00mL)溶液中加入HBTU(171mg,450μmol,1.50当量)和DIPEA(25.2mg,195μmol,34μL,2.00当量)到混合物中。然后将化合物7-o(61.4mg,146μmol,1.5当量)加入溶液中,并在30℃下搅拌12小时。LCMS(RT=0.738分钟)显示起始原料被完全消耗。水相用DCM(30.0mL)稀释。所合并的有机相用半饱和盐水(20.0mL×3)洗涤,用无水Na2SO4干燥,过滤并在真空中浓缩。用反相HPLC对粗产物进行纯化。色谱柱:Waters Xbridge BEH C18 100*30mm*10μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:35%-55%,8分钟。获得白色固体的化合物27-f(140mg,57.1μmol,31.0%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1224.1,实测值为1224.1(产物)。
步骤6:向化合物27-f(135mg,55.0μmol,1.00当量)的DCM(1.50mL)溶液中加入DMAP(1.68mg,13.7μmol,0.25当量)和DIPEA(35.5mg,275μmol,5.00当量)到混合物中。然后将四氢呋喃-2,5-二酮(27.5mg,275μmol,5.00当量)加入溶液中,在15℃下搅拌12小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。残留物用DCM(5.00mL)稀释,并用TEAB(15mL×3)萃取。将所合并的有机层用H2OmL(15mL×2)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并减压浓缩,得到残留物。用反相HPLC对粗产物进行纯化。色谱柱:C18-2100*30mm*5μm;流动相:[0.1M TEAB-ACN];B%:20%-45%,20分钟。得到白色固体的化合物27-g(4-(((3R,5S)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-1-(10-(((((2R,3R,4R,5S)-3,4,5-三(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)四氢-2H-吡喃-2-基)甲氧基)羰基)氨基)癸酰基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸)(50.0mg,19.6μmol,35.7%产率)。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1274.1,实测值为1274.7(产物)。
步骤7:在25℃下,向化合物27-g(30.0mg,11.7μmol,1.00当量)的DMF(1.50mL)溶液中一次性加入HBTU(22.2mg,58.7μmol,5.00当量)、DIEA(12.1mg,94.0μmol,16.3μL,8.00当量)和DMAP(1.44mg,11.7μmol,1.00当量)。然后向混合物中加入CPG(220mg;化学名称:氨基烷基-CPG,500A,购自Hebei DNAchem Biotechnology Co.,Ltd.)。将所述混合物在40℃下搅拌48小时。之后,过滤并用MeOH(5.00mL×4)和DCM(5.00mL×4)洗涤滤饼。所述滤饼在N2流下干燥,得到淡黄色固体。将上述淡黄色固体加入干吡啶(1.50mL)和Ac2O(0.30mL)的混合物中。然后将所述混合物在40℃下搅拌0.5小时。之后,过滤并用DCM(5.00mL×4)和MeOH(5.00mL×4)洗涤滤饼。将所得淡黄色固体在真空下干燥12小时,得到195mg固体负载的产物(负载量:32μmol/g)。
实施例78
GalNAc-siRNA缀合物化合物27-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物27(实施例77),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例79
化合物28的合成
化合物28按照实施例29中化合物6的步骤通过使用28-j(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:34.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(10-(((2R,3R,4R,5S,6R)-3-乙酰胺基-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氨基)-10-氧代癸酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(28-j):所述标题化合物按照实施例29中化合物6-j的步骤合成。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1287.6,实测值为1288.2。
实施例80
GalNAc-siRNA缀合物化合物28-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物28(实施例79),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例81
化合物29的合成
化合物29按照实施例29中化合物6的步骤通过使用29-j(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:22.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(14-(((2R,3R,4R,5S,6R)-3-乙酰胺基-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃2-基)氨基)-14-氧代十四烷酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(29-j):所述标题化合物按照实施例29中化合物6-j的步骤合成。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1315.6,实测值为1316.2。
实施例82
GalNAc-siRNA缀合物化合物29-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物29(实施例81),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例83
化合物30的合成
化合物30按照实施例29中化合物6的步骤通过使用30-j(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:23.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(12-(((2R,3R,4R,5S,6R)-3-乙酰胺基-4,5-双(3-((4-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丁基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((4-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4-5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丁基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)四氢-2H-吡烷-2-基)氨基)-12-氧代十二烷酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(30-j):所述标题化合物按照实施例29中化合物6-j的步骤合成。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1322.65,实测值:1323.2。
实施例84
GalNAc-siRNA缀合物化合物30-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物30(实施例83),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例85
化合物31的合成
化合物31按照实施例29中化合物6的步骤通过使用31-j(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:25.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(2-(2-(2-(2-(((2R,3R,4R,5S,6R)-3-乙酰胺基-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃2-基)氨基)-2-氧代乙氧基(乙氧基)乙酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(31-j):所述标题化合物按照实施例29中化合物6-j的步骤合成。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1297.58,实测值:1298.1。
实施例86
GalNAc-siRNA缀合物化合物31-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物31(实施例85),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例87
化合物32的合成
化合物32按照实施例29中化合物6的步骤通过使用32-j(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:30.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-1-(9-(1-(((2R,3R,4R,5S)-3,4,5-三(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)四氢-2H-吡喃-2-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)壬酰基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(32-j):所述标题化合物按照实施例29中化合物6-j的步骤使用32-e(其合成如下所示)作为起始原料合成。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1271.1,实测值:1271.7。
化合物32-e的合成
步骤1.在25℃下,向化合物2-d(4.50g,7.93mmol,1.00当量)的t-BuOH(22.5mL)和H2O(22.5mL)溶液中加入10-十一碳炔酸(1.59g,8.72mmol,1.10当量)(溶液1)。然后,将抗坏血酸钠(47.1mg,238μmol,0.03当量)加入到CuSO4(19.0mg,119μmol,0.015当量)的H2O(1.80mL)溶液(溶液2)中。将溶液2在25℃下加入溶液1中,将混合物在85℃下搅拌2小时。TLC(石油醚/乙酸乙酯=2/1,Rf=0.75)显示起始原料被消耗。将反应混合物倒入水(30.0mL)中,并用乙酸乙酯(40.0mL×2)萃取。残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=20/1至3/1)纯化。用反相HPLC对粗产物进行纯化。色谱柱:welch xtimate C18×25070mm#10μm;流动相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:35%-65%,20分钟,以提供9-(1-(((2R,3R,4R,5S)-3,4,5-三(((E)-3-(叔丁氧基)-3-氧代丙-1-烯-1-基)氧基)四氢-2H-吡喃-2-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)壬酸(32-e-1)(2.20g;产率:61.1%)。LCMS:[M+H]的计算值=750.4,实测值为750.5。
步骤2.向化合物32-e-1(2.00g,2.67mmol,1.00当量)的EtOH(20.0mL)溶液中加入Pd(OH)2(3.00g,10%纯度),将反应在25℃、H2(15psi)下搅拌2小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。过滤混合物并减压浓缩,得到9-(1-(((2R,3R,4R,5S)-3,4,5-三(3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)四氢-2H-吡喃-2-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)壬酸(32-e-2)(1.98g;产率:98%)。1H NMR:(400MHz,CDCl3)δ7.37(s,1H),4.67(d,J=12Hz,3H),4.41-4.46(m,1H),3.88-4.05(m,5H),3.70-3.81(m,3H),3.38-3.41(m,1H),3.20-3.27(m,2H),2.86-3.03(m,2H),2.69(t,J=8Hz,2H),2.44-2.58(m,6H),2.29(t,J=8Hz,2H),1.60-1.67(m,4H),1.44(t,J=8Hz,27H),1.31(s,8H)。
步骤3.向化合物32-e-2(1.60g,2.12mmol,1.00当量)的DMF(16.0mL)和H2O(22.5mL)溶液中加入K2CO3(878mg,6.35mmol,3.00当量)和BnBr(398mg,2.33mmol,277μL,1.10当量),然后在25℃下搅拌2小时。TLC(石油醚/乙酸乙酯=2/1,Rf=0.3)显示起始原料被消耗。用EtOAc(200mL)萃取反应溶液,用盐水(200mL)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并在真空中浓缩。残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=20/1至2/1)纯化以提供3,3',3”-(((2R,3R,4R,5S)-2-((4-(9-(苄氧基)-9-氧代壬基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基)三(氧基))三丙酸三叔丁酯(32-e)(1.30g;产率:72.6%)。1H NMR:(400MHz,CDCl3)δ7.35(s,5H),5.11(s,2H),4.67(d,J=12Hz,1H),4.41-4.46(m,1H),3.93-4.04(m,5H),3.78-3.79(m,2H),3.40(s,1H),3.24-3.25(m,2H),2.89-3.03(t,2H),2.67-2.69(m,2H),2.46-2.51(m,6H),2.34-2.37(m,2H),1.66(s,4H),1.45-1.46(m,27H),1.31(s,8H)。
实施例88
GalNAc-siRNA缀合物化合物32-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物32(实施例87),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例89
化合物33的合成
化合物33按照实施例29中化合物6的程序通过使用33-j(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:42.1μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(12-((3R,4R,5R)-3,4-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-5-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)哌啶-1-基)-12-氧代十二烷酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(33-j):所述标题化合物按照实施例29中化合物6-j的程序,使用33-e(其合成如下所示)作为起始原料合成。LCMS:ESI-,[M-2H]/2的计算值=1265.1,实测值:1265.1。1H NMR:(400MHz,CDCl3)δ7.60-7.28(m,8H),7.26-7.15(m,4H),7.12-6.93(m,4H),6.83-6.75(m,6H),5.42-5.31(m,3H),5.25-5.15(m,3H),4.70-4.32(m,6H),4.23-4.05(m,12H),3.96-3.85(m,9H),3.80-3.56(m,14H),3.55-3.40(m,7H),3.35-3.15(m,17H),3.12-3.03(m,2H),2.58-2.50(m,8H),2.45-2.29(m,15H),2.18(s,9H),2.15(s,9H),2.05(s,9H),2.00(s,9H),1.76-1.50(m,28H),1.35-1.17(m,18H)。
3,3'-(((3R,4R,5R)-1-(12-(苄氧基)-12-氧代十二烷酰基)-5-((3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)甲基)哌啶-3,4-二基)双(氧基))二丙酸二叔丁酯(33-e)的合成:
步骤1.在15℃、N2下向化合物33-e-1(3.37g,11.4mmol,1.00当量)和TEA(2.87g,28.4mmol,3.95mL,2.50当量)的DMF(33.0mL)溶液中一次性加入12-(2,5-二氧代吡咯烷-1-基)十二烷二酸1-苄酯(5.21g,12.5mmol,1.10当量),将反应在25℃下搅拌12小时。LCMS显示反应完全。将反应溶液减压浓缩,得到残留物。减压浓缩所述反应溶液,得到黄色油状物的残留物。所述残留物通过柱色谱法(SiO2,DCM/MeOH=30/1至20/1)纯化,得到12-((3R,4R,5R)-3,4-二羟基-5-(羟甲基)哌啶-1-基)-12-氧代十二烷酸苄酯(33-e-2)(2.30g,产率:90.2%)。LCMS:[M+H]的计算值=450.3,实测值为450.3。1HNMR:(400MHz,MeOD)δ7.18-7.28(m,5H),5.03(s,2H),4.40-4.57(m,2H),3.69-3.88(m,4H),3.40-3.43(m,4H),2.83-2.89(m,1H),2.32-2.40(m,1H),2.27(t,J=8Hz,4H),1.51-1.57(m,4H),1.18-1.20(m,12H)。
步骤2.向化合物33-e-2(4.60g,10.2mmol,1.00当量)的DCM(46.0mL)溶液中加入丙炔酸叔丁酯(5.16g,40.9mmol,5.62mL,4.00当量)和DMAP(750mg,6.14mmol,0.60当量),将混合物在20℃下搅拌12小时。TLC(石油醚/乙酸乙酯=1/1,Rf=0.6)显示起始原料被消耗,并形成了一个新斑点。在真空中除去溶剂,向残留物中加入水(30.0mL)。水层用二氯甲烷(3×50.0mL)萃取,有机层用Na2SO4干燥。所述残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚:乙酸乙酯=30:1至8:1)纯化,得到3,3'-(((3R,4R,5R)-1-(12-(苄氧基)-12-氧代十二烷酰基)-5-((((E)-3-(叔丁氧基)-3-氧代丙-1-烯-1-基)氧基)甲基)哌啶-3,4-二基)双(氧基))(2E,2'E)-二丙烯酸二叔丁酯(33-e-3)(4.70g;产率:55.5%)。LCMS:[M+H]的计算值=845.5,实测值为845.6。1H NMR:(400MHz,CDCl3)δ7.45-7.50(m,1H),7.27-7.37(m,7H),5.25-5.31(m,2H),5.14-5.17(m,1H),5.12(s,2H),4.43-4.83(m,1H),3.81-4.08(m,5H),3.08-3.19(m,1H),2.65-2.93(m,1H),2.30-2.37(m,4H),1.61-1.68(m,6H),1.47(d,J=4Hz,27H),1.27-1.28(m,12H)。
步骤3.向化合物33-e-3(2.70g,3.26mmol,1.00当量)的EtOH(100mL)溶液中加入Pd/(OH)2(2.70g,3.85mmol,20%纯度,1.18当量),然后在25℃、H2(15psi)下搅拌5小时。HNMR显示没有起始原料。过滤混合物并用MeOH(100.0mL×3)洗涤滤饼,减压浓缩,得到12-((3R,4R,5R)-3,4-双(3-(叔丁氧基)-3-氧代丙氧基)-5-((3-(叔丁氧基-3-氧代丙氧基)甲基)哌啶-1-基)-12-氧代十二烷酸(33-e-4)(2.30g,粗品)。
步骤4.向化合物33-e-4(2.30g,3.09mmol,1.00当量)的DMF(23.0mL)溶液中加入K2CO3(1.28g,9.27mmol,3.00当量)和BnBr(634.5mg,3.71mmol,440.63μL,1.20当量),然后在25℃下搅拌2小时。TLC(石油醚:乙酸乙酯=2:1,Rf(产物)=0.3)显示没有起始原料。用EtOAc(120mL)萃取混合物,用盐水(120mL)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤并在真空中浓缩。残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=10/1至2/1)纯化,得到化合物33-e(2.20g;产率:85.3%)。1H NMR:(400MHz,CDCl3)δ8.02(s,1H),7.29-7.40(m,5H),4.53-4.20(m,1H),3.95-3.40(m,9H),3.35-3.10(m,2H),2.96(s,3H),2.88(s,3H),2.85-2.60(m,1H),2.50-2.38(m,6H),2.34-2.25(m,4H),1.70-1.55(m,5H),1.45(s,27H),1.35-1.20(m,12H)。
实施例90
GalNAc-siRNA缀合物化合物33-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物33(实施例89),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例91-92
(略)
实施例93
化合物35的合成
化合物35按照实施例30中化合物7的程序通过使用35-q(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:24.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(14-(((2R,3R,4S,5R,6R)-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)-3-氟四氢-2H-吡喃-2-基)氨基)-14-氧代十四烷酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(35-q):所述标题化合物按照实施例30中化合物7-q的程序合成。LCMS:[M-2H]/2的计算值:1296.1,实测值:1296.7。
实施例94
GalNAc-siRNA缀合物化合物35-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物35(实施例93),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例95
化合物36的合成
化合物36按照实施例29中化合物6的程序通过使用36-j(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:28.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(10-((((3S,4R,5S,6R)-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-3-基)氨甲酰基)氧基)癸酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(36-j):所述标题化合物按照实施例28中化合物5-j的程序,使用36-f(其合成如下所示)作为起始原料合成。LCMS:[M-2H]/2的计算值:1274.1,实测值:1274.7。
3,3'-(((2R,3S,4R,5S)-5-((((10-(苄氧基)-10-氧代癸基)氧基)羰基)氨基)-2-((2-羧基乙氧基)甲基)四氢-2H-吡喃-3,4-二基)双(氧基))二丙酸(36-f)的合成:
将化合物5-f-4(286.74mg,646.56μmol,1.1当量)溶于无水DMF(6mL)中,加入TEA(416.34mg,4.11mmol,572.68μL,7当量),从混合物中沉淀出固体。接下来,加入36-f-a(0.29g,587.78μmol),并在25℃(油浴)、N2下搅拌16小时,得到浅黄色溶液。LCMS显示化合物5-f-4被完全消耗。将混合物过滤并在真空下浓缩。粗产物在DCM/己烷=1/5、25℃下沉淀60分钟。粗产物用ACN在25℃沉淀60分钟以提供化合物36-f(0.49g,棕色粉末),其用于下一步骤而无需进一步纯化。LCMS:[M+NH4]的计算值:701.3,实测值:701.3。
10-(((4-硝基苯氧基)羰基)氧基)癸酸苄酯(36-f-a)的合成:在0℃下向搅拌的10-羟基癸酸苄酯(0.5g,1.80mmol,1当量)的THF(6mL)溶液中逐滴加入TEA(272.61mg,2.69mmol,374.98μL,1.5当量),然后部分加入4-NO2-C6H4O-COCl(615.44mg,3.05mmol,1.7当量)。将所得溶液在20℃下搅拌17小时。LCMS显示起始原料被完全消耗。将反应混合物减压浓缩。残留物通过柱色谱法(SiO2,石油醚/乙酸乙酯=50/1至0/1)纯化,得到36-f-a(0.6g,产率:75.33%)。1H NMR:(400MHz CDCl3)δ=8.31-8.22(m,2H),7.44-7.27(m,5H),5.11(s,2H),4.28(t,J=6.8Hz,2H),2.36(t,J=7.2Hz,2H),1.70-1.19(m,14H)。
实施例96
GalNAc-siRNA缀合物化合物36-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物36(实施例95),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例97
化合物37的合成
化合物37按照实施例30中化合物7的程序通过使用37-q(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:37.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-1-(10-(((2R,3R,4S,5R,6R)-4,5-双(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)-6-((3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)甲基)-3-氟四氢-2H-吡喃-2-基)氨基)-10-氧代癸酰基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(37-q):所述标题化合物按照实施例30中化合物7-q的合成路线合成。LCMS:[M-2H]/2的计算值:1268.1,实测值:1268.6。
实施例98
GalNAc-siRNA缀合物化合物37-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物37(实施例96),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例99
化合物38的合成
化合物38按照实施例77中化合物27的程序,使用38-g(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:27.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-1-(6-(((((2R,3R,4R,5S)-3,4,5-三(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)四氢-2H-吡喃2-基)甲氧基羰基)氨基)己酰基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(38-g):所述标题化合物按照实施例77中的化合物27-g的程序合成。LCMS:[M-2H]/2的计算值:1246.1,实测值:1246.6。
实施例100
GalNAc-siRNA缀合物化合物38-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物38(实施例99),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
实施例101
化合物39的合成
化合物39按照实施例77中化合物27的程序,使用39-g(其合成如下所示)作为起始原料合成。负载量:31.0μmol/g。
4-(((3R,5S)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-1-(8-(((((2R,3R,4R,5S)-3,4,5-三(3-((3-(5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙酰胺基-4,5-二乙酰氧基-6-(乙酰氧基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)戊酰胺基)丙基)氨基)-3-氧代丙氧基)四氢-2H-吡喃2-基)甲氧基)羰基)氨基)辛酰基)吡咯烷-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(39-g):所述标题化合物按照实施例77中的化合物27-g的程序合成。LCMS:[M-2H]/2的计算值:1260.1,实测值:1260.6。
实施例102
GalNAc-siRNA缀合物化合物39-F的合成:
使用前文所述的缀合物构建块化合物39(实施例101),根据已知程序,用附接到正义链3’-端的配体合成RNA。这是与反义链退火的。产物如上图所示。
生物学实施例1
RNA合成和双链体退火
使用市售核苷酸或具有适当保护基团的化学修饰核苷酸通过寡核苷酸合成仪合成寡核苷酸。
使用含有相应配体的固相支持物合成配体缀合链。例如,在序列的3'-端引入碳水化合物部分/配体(例如GalNAc)是通过使用寡核苷酸合成仪,按照标准寡核苷酸合成程序,用相应的碳水化合物固相支持物开始合成来实现的。
合成完成后,通过使用适当的脱保护体系一起或单独从所述寡核苷酸中去除支持物和保护基团。
为了制备siRNA,将等摩尔量的正义链和反义链在1xPBS中于95℃下加热5分钟,并缓慢冷却至室温。通过HPLC分析证实了双链体的完整性。
表2中列出了已公开的siRNA序列(请参阅“miR-145Antagonizes SNAI1-MediatedStemness and Radiation Resistance in Colorectal Cancer”,Molecular Therapy,Vol.26,No.3,March 2018),用于提供GalNAc-siRNA缀合物以进行生化表征。
表2
注:小写s为PS连接,小写m为2'-O-甲基核苷酸,小写f为2'-氟核苷酸;TTR是转甲状腺素蛋白。
表3中列出了GalNAc-siRNA缀合物和相应的质量表征。
表3
注:1缀合的siRNA为TTR;2L96的结构如下所示。
靶向TTR的GalNAc-siRNA缀合物的体外沉默活性
原代小鼠肝细胞的分离
将C57BL/6小鼠麻醉,并通过插入下腔静脉的静脉针向肝脏灌注100ml含有1mMEGTA(Aladdin,e104432)的HBSS(GIBCO,14025092),然后灌注100ml含有HBSS的胶原酶(I型胶原酶,Solelybio,sy0535)。切除肝脏并在PBS中洗涤,然后在培养基中分离。撕裂肝脏的包膜,释放出内容物。细胞用100微米尼龙网过滤,在4℃、200g下离心3分钟。使用台盼蓝排斥试验(Sigma,0.08%)测定产率和存活率。存活率高于85%的肝细胞可用于后续操作。
自由摄取
将900μL含有8x 104个原代小鼠肝细胞(PMH)的完全生长培养基加入预涂有I型胶原酶的24孔板中。通过向PMH中加入10μL供试品/siRNA双链体以及90μL Opti-MEM进行自由摄取,并充分混合。在纯化RNA之前,将细胞在37℃、5%CO2的氛围中培育24小时。以2nM、1nM、0.5nM和0.25nM的剂量进行了四次实验。基于10nM、2.5nM、0.63nM、0.16nM、39pM、9.8pM、2.4pM和0.61pM进行8个点的IC50曲线拟合。
总RNA分离(Invitrogen,610-12)和cDNA合成(TaKaRa,RR047A)
将细胞在300μL裂解缓冲液中裂解,并转移到96深孔板(板1)中。然后将20μL磁珠和280μL无水乙醇加入板1的每个孔中。将500μL/孔的MW2加入到相同布置的板2和板3中。将50μL/孔的洗脱缓冲液加入到排版相同的板4中。将每个板放入核酸提取仪器中,并按照分离程序运行。使用NanoDrop测定每个RNA样品的浓度。将1μL gDNA清除液和2μL 5x gDNA清除缓冲液的主混合液加入7μL总RNA中。RT1程序为:42℃2分钟,4℃保持。向上述反应中加入4μL 5x PrimeScript缓冲液2、1μL PrimeScript RT酶混合液I、1μL RT Primer混合液和4μL无核糖核酸酶dH2O,RT2程序为:37℃15分钟、85℃5秒、4℃保持。将180μL稀释缓冲液加入每个孔中进行实时PCR。
实时PCR
将4μL cDNA加入384孔板中每孔含有1μL TBP/GAPDH(小鼠)引物或1μL TTR(小鼠)引物和5μL PCR缓冲液的主混合液中。在Roche LC480实时PCR机中进行实时PCR。每种双链体均进行两次独立的自由摄取测试,并每次自由摄取进行三次重复测定。为了计算相对倍数变化,使用ΔΔCt方法分析实时PCR数据,并将其归一化为用模拟细胞进行的测定。
活性结果
GalNAc-siRNA缀合物(列于表3)的活性如表4和图1所示。具体而言,图1显示了GalNac-siRNA缀合物的体外TTR基因沉默情况。
表4.GalNAc-siRNA缀合物的IC50值
| 化合物ID | IC50(nM) | 化合物ID | IC50(nM) |
| 化合物28-F(TTR) | 0.08 | 化合物29-F(TTR) | 0.067 |
| 化合物33-F(TTR) | 0.08 | 化合物5-F(TTR) | 0.10 |
| 化合物32-F(TTR) | 0.07 | 化合物30-F(TTR) | 0.10 |
| L96_TTR | 0.10 |
以上描述被认为仅仅是对本发明原理的说明。此外,由于许多修改和变化对于本领域的技术人员来说是显而易见的,因此不希望将本发明限制于如上所示的确切结构和过程。因此,所有合适的修改和等价方案都可以被认为落入如以下权利要求书所限定的本发明范围内。
本申请中引用或提及的所有参考文献、专利和专利申请以及出版物的全部内容通过引用并入本文。
Claims (46)
1.一种具有式(I)所示结构的化合物
或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中
每次出现的A和B各自独立地是O、N(RN)或S;
RN是H或C1-6烷基;
每次出现的X和W各自独立地是H、保护基、磷酸酯基团、磷酸二酯基团、活化磷酸酯基团、活化亚磷酸酯基团、亚磷酰胺、固相支持物、—P(Z′)(Z″)O-核苷、—P(Z′)(Z″)O-寡核苷酸、脂质、PEG、类固醇、聚合物、核苷酸、核苷、寡核苷酸,或治疗活性剂;
Z′和Z″各自独立地是O或S;
L是共价接头;
Z是碳水化合物模拟物或二糖、三糖或寡糖;
每个Y独立地是-L’-T;
每个T独立地是选自由碳水化合物配体、多肽配体和亲脂性配体组成的组的配体;
每个L’独立地是共价接头;并且
p和q各自独立地是1、2、3、4或5。
2.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z是单糖的碳水化合物模拟物。
3.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z是单糖的碳水化合物模拟物,所述碳水化合物模拟物选自由以下组成的组:单糖的脱氧糖、氨基糖、N-糖苷、亚氨基糖、不饱和糖、羧化糖、酰胺化糖、稠合环糖和碳环糖。
4.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z是单糖的亚氨基糖。
5.根据权利要求2至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中所述单糖为丁糖、戊糖、己糖、庚糖或辛糖。
6.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z具有以下结构:
其中
R1为H、C1-6烷基、卤素或-NH(R2),其中R2为H或乙酰基;
每个R独立地是H、卤素、-CN、-C≡CH、-NH2、-OC1-6烷基或C1-6烷基,其中-C1-6烷基和-OC1-6烷基的所述烷基被0至5个卤素原子取代;或两个R与它们所附接的碳一起形成C3-6环烷基或3元至6元杂环烷基基团,其中C3-6环烷基的所述环烷基和3元至6元杂环烷基的杂环烷基被0至5个卤素原子取代;并且
在化合价允许的情况下,n是0、1、2或3。
7.根据权利要求6所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中n为0。
8.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z具有以下结构:
9.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中(Y)p-Z-具有以下结构:
10.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z是二糖、三糖或二糖或三糖的碳水化合物模拟物。
11.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z是二糖或二糖的碳水化合物模拟物。
12.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z是选自由以下组成的组的二糖:龙胆二糖、异麦芽糖、蜜二糖、海藻糖、蔗糖、乳糖、麦芽糖和纤维二糖或它们的碳水化合物模拟物。
13.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z具有以下结构:
14.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中Z具有以下结构:
15.根据权利要求1至14中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中
每个独立地是具有以下结构的基团:
其中
s是从1至20的整数,
每个Q3独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-OC(O)-、-C(O)O-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-CH2-、-CH2NH-、-NHCH2-、-CH2O-或-OCH2-,
每个Q4独立地是缺失的、未取代或取代的C1-12亚烷基、未取代或取代的C2-12亚烯基、未取代或取代的C2-12亚炔基、未取代或取代的C2-12杂亚烷基、未取代或取代的6元至12元亚芳基、未取代或取代的5元至12元杂亚芳基,或未取代或取代的5元至12元杂亚环基,并且
每个Q5独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-CH2-、-C(O)O-、-OC(O)-、-C(O)NH-、-NHC(O)-、-NH-CH(Ra)-C(O)-、-C(O)-CH(Ra)-NH-、-OP(O)(OH)O-或-OP(S)(OH)O-,其中每个Ra独立地是H或未取代或取代的C1-12烷基,
前提是存在至少一个Q4。
16.根据权利要求15所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中
s是从1至5的整数,
每个Q3独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-OC(O)-、-C(O)O-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-CH2-、-CH2NH-、-NHCH2-、-CH2O-或-OCH2-,
每个Q4独立地是缺失的、未取代或取代的C1-12亚烷基、未取代或取代的C2-12亚烯基,或未取代或取代的C2-12亚炔基,并且
每个Q5独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-CH2-、-C(O)O-、-OC(O)-、-C(O)NH-或-NHC(O)-,
前提是存在至少一个Q4。
17.根据权利要求15所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中
s是1或2,
每个Q3独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-CH2-或-NHC(O)-,
每个Q4独立地是缺失的,或C1-12亚烷基,并且
每个Q5独立地是缺失的、-CO-、-CH2-或-NHC(O)-,
前提是存在至少一个Q4。
18.根据权利要求15所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中
每个独立地是具有以下结构的基团:
其中
每个Q5独立地是-CO-、-NH-、-O-、-CH2-、-C(O)O-、-OC(O)-、-C(O)NH-或-NHC(O)-,并且
j1和j2各自独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12。
19.根据权利要求15或18所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中
每个独立地是具有以下结构的基团:
20.根据权利要求1至19中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个-L’-T独立地是具有以下结构的基团:
[-Q3-Q4-Q5]s-Q6-T,
其中
s是从0至20的整数,
Q3和Q6各自独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-OC(O)-、-C(O)O-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-CH2-、-CH2NH-、-NHCH2-、-CH2O-或-OCH2-,
每个Q4独立地是缺失的、未取代或取代的C1-12亚烷基、未取代或取代的C2-12亚烯基、未取代或取代的C2-12亚炔基、未取代或取代的C2-12杂亚烷基、未取代或取代的6元至12元亚芳基、未取代或取代的5元至12元杂亚芳基,或未取代或取代的5元至12元杂亚环基,并且
每个Q5独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-CH2-、-C(O)O-、-OC(O)-、-C(O)NH-、-NHC(O)-、-NH-CH(Ra)-C(O)-、-C(O)-CH(Ra)-NH-、-OP(O)(OH)O-或-OP(S)(OH)O-,其中每个Ra独立地是H或未取代或取代的C1-12烷基,
条件是存在Q3、Q4、Q5和Q6中的至少一个。
21.根据权利要求20所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中s为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。
22.根据权利要求1至19中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个-L’-T独立地是以下结构的基团:
其中
每个Q7独立地是缺失的、-CO-、-NH-、-O-、-S-、-SO2-、-OC(O)-、-C(O)O-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-CH2-、-CH2NH-、-NHCH2-、-CH2O-或-OCH2-,
k1和k2各自独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10,并且
n1、n2和n3各自独立地是1、2、3、4或5。
23.根据权利要求22所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个Q7独立地是-NHC(O)-或-C(O)NH-。
24.根据权利要求23所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个-L’-T独立地是以下结构的基团:
其中
k1和k2各自独立地是0、1、2或3,
n1、n2和n3各自独立地是1、2、3、4或5,并且
t1和t2中一个为0,并且t1和t2的另一个为1。
25.根据权利要求24所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个-L’-T独立地是具有以下结构的基团:
26.根据权利要求1至19中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个-L’-T独立地是以下结构的基团:
其中
k1和k2各自独立地是0、1、2或3,
n1和n2各自独立地是1、2、3、4或5,并且
t1和t2中一个是0,并且t1和t2的另一个是1。
27.根据权利要求26所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个-L’-T独立地是具有以下结构的基团:
28.根据权利要求1至27中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个T独立地是碳水化合物配体。
29.根据权利要求28所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个T独立地是碳水化合物配体,所述碳水化合物配体选自由以下组成的组:未保护或受保护形式的N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc)、阿洛糖、阿卓糖、阿拉伯糖、克拉定糖、赤藓糖、赤藓酮糖、果糖、D-岩藻糖醇、L-岩藻糖醇、岩藻糖胺、岩藻糖、墨角藻糖、半乳糖胺、D-半乳糖胺醇、半乳糖、葡糖胺、N-乙酰基-葡糖胺、葡糖胺醇、葡萄糖、葡萄糖-6-磷酸酯、古洛糖甘油醛、L-甘油-D-甘露糖-庚糖、甘油、甘油酮、古洛糖、艾杜糖、来苏糖、甘露糖胺、甘露糖、甘露糖-6-磷酸酯、阿洛酮糖、异鼠李糖、喹诺糖胺、鼠李糖醇、鼠李糖胺、鼠李糖、核糖、核酮糖、景天庚酮糖、山梨糖、塔格糖、塔洛糖、酒石酸、苏糖、木糖和木酮糖。
30.根据权利要求29所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中每个T独立地是N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc)或N-乙酰基-半乳糖胺三乙酸酯。
31.根据权利要求1至30中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中所述治疗活性剂选自由以下组成的组:反义寡核苷酸(ASO)、小干扰RNA(siRNA)、微RNA(miRNA)、微RNA模拟物、抗miRNA寡核苷酸(AMO)、长非编码RNA、肽核酸(PNA)、辅助脂质和磷酰二胺吗啉代寡核苷酸(PMO),其中所述核酸是未修饰或修饰的。
32.根据权利要求31所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中所述治疗活性剂是小干扰RNA(siRNA)。
33.根据权利要求1至32中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中所述化合物包含选自由以下组成的组的结构:
以及
34.根据权利要求1至32中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中所述化合物包含选自由以下组成的组的结构:
以及
35.根据权利要求1至34中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中W是—P(Z′)(Z″)O-寡核苷酸。
36.根据权利要求1至35中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中所述化合物选自由以下化合物组成的组:
以及
37.根据权利要求36所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,其中所述寡核苷酸是iRNA药剂,例如siRNA。
38.一种调节靶基因在细胞中表达的方法,包括向所述细胞递送权利要求1至37中任一项的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
39.根据权利要求38所述的方法,其中所述靶基因与代谢性疾病相关。
40.根据权利要求38所述的方法,其中所述靶基因与肝脏疾病相关。
41.根据权利要求40所述的方法,其中所述肝脏疾病选自由以下组成的组:非酒精性脂肪性肝脏疾病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、HBV感染、肝纤维化和肝硬化。
42.根据权利要求1至37中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备用于治疗和/或预防由靶基因在肝细胞中表达引起的病理状况或疾病药物的用途。
43.根据权利要求42所述的用途,其中所述靶基因与代谢性疾病相关。
44.根据权利要求42所述的用途,其中所述靶基因与肝脏疾病相关。
45.根据权利要求42所述的用途,其中所述靶基因选自乙型肝炎病毒基因、血管生成素样蛋白3基因或载脂蛋白C3基因;
任选地,所述疾病选自慢性肝脏疾病、非酒精性脂肪性肝脏疾病(NAFLD)、非酒精脂肪性肝炎(NASH)、肝炎、肝纤维化疾病、肝脏增殖性疾病和血脂异常;
任选地,所述血脂异常是高胆固醇血症、高甘油三酯血症或动脉粥样硬化。
46.一种药物组合物,仅包含根据权利要求1至37中任一项的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,或包含根据权利要求1至37中任一项的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与药学上可接受的载体或赋形剂组合。
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