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CN115466797A - 用于检测rs4770965和rs9507713的试剂在制备结核筛查试剂盒中的用途 - Google Patents

用于检测rs4770965和rs9507713的试剂在制备结核筛查试剂盒中的用途 Download PDF

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CN115466797A
CN115466797A CN202210631630.3A CN202210631630A CN115466797A CN 115466797 A CN115466797 A CN 115466797A CN 202210631630 A CN202210631630 A CN 202210631630A CN 115466797 A CN115466797 A CN 115466797A
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CN
China
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tuberculosis
gene
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detecting
snp
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CN202210631630.3A
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English (en)
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胡倩
林若鱼
龙思语
王强
宋雅萍
粟闵
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West China Second University Hospital of Sichuan University
Original Assignee
West China Second University Hospital of Sichuan University
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Abstract

本发明涉及体外诊断试剂领域，具体涉及用于rs4770965和rs9507713的试剂在制备结核筛查试剂盒中的用途。本发明首次发现人CDK8基因中的SNP位点rs599700、rs4770965和rs9507713的基因型与结核病发病风险降低有明显关联。本发明将检测rs599700、rs4770965和rs9507713基因型的试剂用于制备结核病筛查试剂盒，能够实现结核病的有效筛查。

Description

用于检测rs4770965和rs9507713的试剂在制备结核筛查试剂 盒中的用途
技术领域
本发明涉及体外诊断试剂领域，具体涉及用于检测rs4770965和rs9507713的试剂在制备结核筛查试剂盒中的用途。
背景技术
结核病是由结核分枝杆菌感染引起的慢性传染病。结核分支杆菌主要侵犯肺脏，称为肺结核病；也可侵及肺脏以外的其他部位如肝、肾、脑、淋巴结等器官，称为肺外结核病。结核病死亡率高，是全球前10位死因之一。结核病的早期诊断和治疗对降低病情加重和降低死亡率非常重要。而大多数患者初次感染结核杆菌后没有明显的临床症状，且由于全身多部位均可被结核杆菌感染，使得早期感染者表现出不同的症状。这对结核病的早期诊断非常不利。因此，开发结核病的早期筛查和诊断方法和试剂非常必要。
单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记，其分布密度高，遍布于整个动物和人类基因组中；与功能基因具有高度关联性；突变率低，遗传稳定性强；检测通量高便于自动化分析。现在普遍认为SNP研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。这主要是因为SNP将提供一个强有力的工具，用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。SNP在基因组中分布相当广泛，大量存在的SNP位点，使人们有机会发现其与各种疾病，包括肿瘤相关的基因组突变；从实验操作来看，通过SNP发现疾病相关基因突变要比通过家系来得容易；某些位于基因内部的SNP有可能直接影响蛋白质结构或表达水平，它们可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素；有些SNP并不直接导致疾病基因的表达，但由于它与某些疾病基因相邻，而成为重要的标记。
而目前SNP在结核病诊断中的研究尚未见到相关报道。
发明内容
针对现有技术的缺陷，本发明提供用于检测rs4770965和rs9507713的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途，实现SNP在结核病筛查中的应用。
用于检测rs4770965和/或rs9507713的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途，所述rs4770965是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26266928；所述rs9507713是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26442299。
优选的，所述试剂为基因芯片测序试剂。
优选的，所述CDK8基因的基因编号为GenBank:CM000264.1。
本发明还提供用于检测rs599700的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途，所述rs599700是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26250407。
优选的，所述试剂为基因芯片测序试剂。
优选的，所述CDK8基因的基因编号为GenBank:CM000264.1。
本发明还提供一种结核病筛查试剂盒，它包括用于检测rs599700和/或rs4770965和/或rs9507713的试剂，所述rs599700是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26250407；所述rs4770965是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26266928；所述rs9507713是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26442299。
优选的，所述试剂为基因芯片测序试剂。
优选的，所述CDK8基因的基因编号为GenBank:CM000264.1。
本发明的关键在于，确定了人CDK8基因中的SNP位点rs599700、rs4770965和rs9507713的基因型与结核病发病风险降低有明显关联。因而，通过对这三个SNP位点的基因型进行检测，能够对结核病的患病风险作早期筛查。至于具体检测SNP位点的基因型的手段，可以采用现有技术公开的各种手段。本发明实施例具体采用GWAS进行检测，但不仅仅限于该手段，任何能够检测SNP位点的基因型的方法均可用于结核病筛查筛查。
本发明提供了一种新的结核病筛查试剂盒，能够实现结核病的早期筛查。本发明具备良好的应用前景。
显然，根据本发明的上述内容，按照本领域的普通技术知识和惯用手段，在不脱离本发明上述基本技术思想前提下，还可以做出其它多种形式的修改、替换或变更。
以下通过实施例形式的具体实施方式，对本发明的上述内容再作进一步的详细说明。但不应将此理解为本发明上述主题的范围仅限于以下的实例。凡基于本发明上述内容所实现的技术均属于本发明的范围。
具体实施方式
实施例1SNP位点基因型与结核病的关系
一、临床资料
我们招募900例结核病患者和1534名健康对照者，评估CDK8多态性与结核病易感性的关联
基本信息 肺结核患者 健康对照
人数 900 1534
年龄 42.5±18.1 38.0±11.1
男性比例 542(60.2％) 821(53.5％)
二、检测方法
使用数据库1000Genes Project和Haploview 4.2软件选取9个SNP位点(rs599700,rs10871234,rs4770965,rs74666176,rs4770975,rs515492,rs9553816,rs9507713,rs9553821)，同时使用定制的2×48-Plex SNPscanTM试剂盒进行基因分型。通过计算比值比(odds ratio，OR)和95％可信区间(confidence interval，CI)进行遗传模型、分层分析和单倍型分析。HaploReg v4.1和GTEx数据库分别用于SNP功能注释和表达数量性状位点(eQTL)分析。
三、结果
在年龄分层分析中，rs599700与40岁以下人群患结核病的危险性增加有关，而rs4770965和rs9507713对40岁以上人群具有保护性(所有P<0.05)。
Figure BDA0003680233980000031
由以上结果可知，是否患有结核病与rs4770965和rs9507713基因型有关联，通过检测rs4770965和rs9507713的基因型，可判断患者患有结核病的风险，进而能够实现对结核病进行早期筛查的目的。
实施例2本发明的检测试剂盒的组成和使用方法
一、试剂盒组成
SNP基因型是通过基因芯片测序所得
二、试剂盒使用方法
使用QIAamp DNA血液迷你试剂盒(德国希尔登QIAGEN)从血液样本中提取基因组DNA，并将DNA储存在-80℃下。SNP基因型是通过基因芯片测序所得。
本发明的试剂盒可以通过检测CDK8基因中的SNP位点rs599700、rs4770965和rs9507713的基因型，可以筛查待检人群患结核病的风险：
对于40岁以下人群，若rs599700基因型为A/A，则患结核病的风险高，若rs599700的基因型为C/A,C/C则患结核病的风险低。
对于40岁以上人群，若rs4770965和rs9507713的基因型为G/G，则患结核病的风险高，若rs4770965和rs9507713的基因型为A/G,A/A，则患结核病的风险低。
本发明可用于临床结核病的辅助诊断，为患者采取相关的治疗措施或者决策提供有效的依据，临床应用前景良好。

Claims (6)

1.用于检测rs4770965和/或rs9507713的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途，其特征在于：所述rs4770965是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26266928；所述rs9507713是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26442299。
2.按照权利要求1所述的用途，其特征在于：所述试剂为基因芯片测序试剂。
3.按照权利要求1所述的用途，其特征在于：所述CDK8基因的基因编号为GenBank:CM000264.1。
4.用于检测rs599700的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途，其特征在于：所述rs599700是CDK8基因上的SNP位点，其位置为chr13:26250407。
5.按照权利要求4所述的用途，其特征在于：所述试剂为基因芯片测序试剂。
6.按照权利要求4所述的用途，其特征在于：所述CDK8基因的基因编号为GenBank:CM000264.1。
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