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CN115003810A - 用于con-稀有密码子的trem组合物及相关用途 - Google Patents

用于con-稀有密码子的trem组合物及相关用途 Download PDF

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CN115003810A
CN115003810A CN202080077056.0A CN202080077056A CN115003810A CN 115003810 A CN115003810 A CN 115003810A CN 202080077056 A CN202080077056 A CN 202080077056A CN 115003810 A CN115003810 A CN 115003810A
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CN
China
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trem
con
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seq
absent
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CN202080077056.0A
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C.E.哈杰丁
D.A.贝里
T.阿纳斯塔西亚迪斯
N.B.阿费扬
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Flagship Pioneering Inc
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Abstract

本发明总体上涉及对应于con‑稀有密码子的基于tRNA的效应分子(TREM)的用途及其制备方法。

Description

用于CON-稀有密码子的TREM组合物及相关用途
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年11月4日提交的美国临时申请62/930,361的优先权，该申请的全部内容特此通过引用并入。
背景技术
转移RNA(tRNA)是具有包括蛋白质的起始和延伸的多种功能的分子。
发明内容
诸位发明人已发现，TREM组合物可用于调节RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数，其中RNA具有上下文稀有密码子(contextually-rare codon)(“con-稀有密码子”)。在一个方面，本文提供了一种调节靶细胞或组织中的RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数的方法，该方法包括向靶细胞或组织提供(例如，施用)或使靶细胞或组织接触有效量的tRNA效应分子(TREM)(例如，包含TREM的TREM组合物)，该TREM对应于RNA的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，从而调节靶细胞或组织中的RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数。
在实施例中，从受试者获得该靶细胞或组织。在实施例中，该方法包括向受试者施用该TREM组合物。在实施例中，该方法包括使该TREM组合物与该靶组织或细胞离体接触。在实施例中，该方法包括将该离体接触的靶组织或细胞引入受试者中，例如，同种异体或自体受试者。
在实施例中，该生产参数包括表达参数或信号传导参数，例如，如本文所述。在实施例中，调节RNA的生产参数，例如，可翻译成多肽的RNA，例如，信使RNA。在实施例中，增加或减少RNA的生产参数。在实施例中，调节由RNA编码的蛋白质的生产参数。在实施例中，增加或减少蛋白质的生产参数。
在实施例中，该靶细胞或组织包含不希望的特征或选定的特征，或与不希望的特征或选定的特征有关，或与不希望的特征或选定的特征相关(负相关或正相关)。在实施例中，该靶细胞或组织包含疾病或障碍，或与疾病或障碍有关，或与疾病或障碍相关(负相关或正相关)。在实施例中，该疾病或障碍是癌症。在实施例中，该靶细胞或组织的特征在于不希望的增殖，例如良性或恶性增殖。在一些实施例中，该靶细胞或组织是癌细胞。
在实施例中，该疾病或障碍包含单倍体不足障碍，例如，其中基因的等位基因具有功能丧失病变(例如，功能完全丧失病变)的疾病。示例性单倍体不足障碍包括GLUT1缺乏综合征1、GLUT1缺乏综合征2、由GATA2突变引起的障碍(例如，GATA2缺乏；单核细胞、B和NK淋巴细胞缺乏；恩伯格综合征；单核细胞减少症和鸟分枝杆菌复合体/树突状细胞)、科芬-西里斯综合征2、腓骨肌萎缩症、Robinow综合征、Takenouchi-Kosaki综合征、染色体1p35缺失综合征、染色体2p12-p11.2缺失综合征、WHIM综合征、Mowat-Wilson综合征和Dravet综合征。
在实施例中，该靶细胞或组织包含代谢状态或状况。
在实施例中，该靶细胞或组织包含遗传事件或与遗传事件有关，该遗传事件为例如突变(例如，点突变)、重排、易位、插入或缺失。在实施例中，遗传事件包括单核苷酸多态性(SNP)或其他标志物。在实施例中，遗传事件与疾病或障碍或者疾病或障碍的易感性有关，或与疾病或障碍或者疾病或障碍的易感性相关(负相关或正相关)。在实施例中，该靶细胞或组织包含基因表达模式(例如，不希望的或不充分的基因表达)，或与基因表达模式(例如，不希望的或不充分的基因表达)有关，或与基因表达模式(例如，不希望的或不充分的基因表达)相关(负相关或正相关)。
在实施例中，该靶细胞或组织包含表观遗传事件(例如，组蛋白修饰，例如，与疾病或障碍或疾病或障碍的易感性相关(负相关或正相关)的表观遗传事件)，或与表观遗传事件(例如，组蛋白修饰，例如，与疾病或障碍或疾病或障碍的易感性相关(负相关或正相关)的表观遗传事件)有关。
在实施例中，该靶细胞或组织包含与疾病或障碍有关或与疾病或障碍相关(负相关或正相关)的产物，例如，核酸(例如，RNA)、蛋白质、脂质或糖。在实施例中，该细胞或组织生产产物，例如，核酸(例如，RNA)、蛋白质、脂质或糖，其存在与不希望的状态(例如，疾病或障碍)有关或与不希望的状态(例如，疾病或障碍)相关(负相关或正相关)。
在实施例中，该细胞或组织未能生产或未能生产足量的产物，例如，核酸(例如，RNA)、蛋白质、脂质或糖，且此类产物的不存在或不足量与不希望的状态(例如，疾病或障碍)有关或与不希望的状态(例如，疾病或障碍)相关(负相关或正相关)。
在实施例中，该靶细胞或组织包括特定发育阶段，例如，胚胎、胎儿、未成熟、成熟或衰老。在实施例中，该靶细胞或靶组织中的细胞包括细胞周期中的一个阶段，例如，G0、G1、S、G2或M。在实施例中，该靶细胞或组织是非增殖的或静止的。在实施例中，该靶细胞或组织是增殖的。在实施例中，该细胞或组织包括造血细胞或组织，例如，成纤维细胞。在实施例中，该细胞或组织包括肝细胞或组织。在实施例中，该细胞或组织包括肾细胞或组织。在实施例中，该细胞或组织包括神经细胞或组织，例如，神经元。在实施例中，该细胞或组织包括肌肉细胞或组织。在实施例中，该细胞或组织包括皮肤细胞或组织。
在另一方面，本披露提供了一种确定具有上下文稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)例如DNA或RNA的存在的方法，该方法包括：获取对来自受试者的样品(例如，靶细胞或组织样品)中该con-稀有密码子核酸序列的存在的认知，其中响应于获取对该con-稀有密码子核酸序列的存在的认知：(1)该受试者被分类为接受施用有效量组合物的候选者，该组合物包含对应于该核酸序列的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)的tRNA效应分子(TREM)；或(2)该受试者被鉴定为可能对包括该含有TREM的组合物的治疗有反应。
在又另一方面，本文提供了一种治疗患有与上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)有关的疾病的受试者的方法，该方法包括：获取对来自该受试者的靶细胞或组织样品中具有该con-稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)例如DNA或RNA的存在的认知；以及
向该受试者施用有效量的组合物，该组合物包含对应于该核酸序列的该con-稀有密码子的tRNA效应分子(TREM)，从而治疗该受试者的该疾病。
在实施例中，施用包括向靶细胞或组织提供或使靶细胞或组织接触有效量的tRNA效应分子(TREM)(例如，包含TREM的TREM组合物)，该TREM对应于RNA的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，
在一个方面，本披露提供了一种向受试者提供tRNA效应分子(TREM)的方法，该方法包括：向该受试者提供例如施用有效量的TREM，例如，包含TREM的TREM组合物，该TREM对应于该受试者中靶细胞或组织中的核酸序列的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，从而向该受试者提供TREM。
在实施例中，施用包括向靶细胞或组织提供或使靶细胞或组织接触有效量的tRNA效应分子(TREM)(例如，包含TREM的TREM组合物)，该TREM对应于RNA的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，
在另一方面，本文提供了一种制造tRNA效应分子(TREM)组合物的方法，该方法包括：
鉴定对应于上下文稀有(con-稀有)密码子的TREM；
将该TREM与组分例如载剂或赋形剂组合。
从而制造TREM组合物。
在本文提供的任何方法的实施例中，该方法包括获取该核酸序列，例如，DNA或RNA中的con-稀有密码子的值，其中该值是以下因素中的一个或多个的函数，例如，通过评估或确定以下因素中的一个或多个：
(1)该密码子的序列；
(2)靶细胞或组织中该con-稀有密码子的对应tRNA的可用性，例如，有负载的tRNA，例如，一种或多种同工受体(iso-acceptor)tRNA分子；
(3)该靶细胞或组织的表达谱(或蛋白质组学特性)(例如，包含该con-稀有密码子的其他蛋白质的表达丰度)；
(4)有负载的对应于该con-稀有密码子的tRNA的比例；
(5)对应于该con-稀有密码子的tRNA的同工解码器(iso-decoder)同种型；以及
(6)选自以下的靶细胞或组织表征：
(i)不希望的特征的存在或不存在，例如，该靶细胞或组织与障碍或疾病有关；
(ii)该靶细胞或组织中不希望的增殖的存在或不存在：
(iii)在该靶细胞或组织的核酸中预选的遗传事件以及例如与障碍或疾病有关的事件的存在或不存在。
在实施例中，(1)包括确定con-稀有密码子的存在或不存在。
在实施例中，确定tRNA的可用性包括获取以下参数中一个、两个、三个或所有的量度：
(a)与对应于不同密码子的tRNA相比，对应于该con-稀有密码子的tRNA(“con-稀有密码子tRNA”)的水平；
(b)与对应于不同密码子的tRNA相比，con-稀有密码子tRNA的功能，例如，多肽链延长功能；
(c)与对应于不同密码子的tRNA相比，对con-稀有密码子tRNA的修饰，例如，氨酰化或转录后修饰；
(d)con-稀有密码子tRNA的序列；和/或
(e)蛋白质组密码子计数-tRNA频率(PCC-tF)的值。
在实施例中，对con-稀有密码子tRNA的可用性(例如，水平)的量度包括与以下相比，对有负载(例如，氨酰化)的con-稀有密码子tRNA的量度：(1)无负载的con-稀有密码子tRNA的比例；或(2)有负载的对应于不同密码子的tRNA的比例。
在本文提供的任何方法的实施例中，该TREM组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM对应于con-稀有密码子。在实施例中，该TREM组合物包含对应于多个con-稀有密码子的TREM。在实施例中，该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；和对应于不同的con-稀有密码子的另外的TREM。
在本文提供的任何方法的实施例中，该TREM组合物(例如，包含对应于con-稀有密码子的TREM的组合物)通过包括以下的方法制备：
(a)在足以表达TREM的条件下提供宿主细胞，该宿主细胞包含编码该TREM的外源核酸，例如，DNA或RNA；以及
(b)从该宿主细胞培养物中纯化表达的TREM以产生TREM组合物，从而制备TREM组合物。
在实施例中，TREM组合物(例如，包含对应于con-稀有密码子的TREM的组合物)是包含TREM的药物组合物。
在实施例中，TREM组合物(例如，包含对应于con-稀有密码子的TREM的组合物)包含药物赋形剂。在实施例中，该TREM组合物包含TREM片段，例如，如本文所述。
在实施例中，TREM组合物(例如，包含对应于con-稀有密码子的TREM的组合物)包含一种或多种TREM，例如，多种TREM。
除其他外，本文披露了一种调节靶细胞或组织中的具有上下文稀有密码子(con-稀有密码子)的RNA或由该RNA编码的蛋白质的表达的方法，该RNA以及一种鉴定con-稀有密码子的方法。与例如不具有con-稀有密码子的RNA相比，具有con-稀有密码子的RNA可以具有降低的表达，例如，由所述RNA编码的蛋白质的表达降低。在实施例中，核酸(例如RNA)或由所述核酸(例如，具有con-稀有密码子的RNA)编码的蛋白质(在靶细胞或组织中)的表达通过向所述靶细胞或组织提供有效量的tRNA效应分子(TREM)，例如，包含TREM的TREM组合物来调节，该TREM对应于核酸例如RNA的con-稀有密码子。在实施例中，提供(例如，施用)对应于该con-稀有密码子的TREM组合物可导致核酸(例如，RNA)或由所述核酸(例如，具有con-稀有密码子的RNA)编码的蛋白质的生产参数(例如，表达参数或信号传导参数)增加。
本文披露的方法包括鉴定con-稀有密码子。在实施例中，con-稀有密码子是对于具有所述con-稀有密码子的核酸序列或该核酸的产物(例如，RNA或蛋白质)的生产参数(例如，表达参数或信号传导参数)为限制性的密码子。在实施例中，con-稀有密码子的鉴定包括评估上下文稀有性(con-稀有性)，其是特定或选定靶组织或细胞中归一化蛋白质组密码子计数和tRNA可用性的函数。特定或选定的靶组织或细胞存在于特定环境中，其可以是，例如，处于特定发育阶段的细胞或组织类型，处于特定疾病状态的细胞或组织类型，存在于特定细胞外环境中的细胞，经历了变化(例如，分化、增殖或激活)的细胞；具有有限增殖能力的细胞(例如，原代细胞)；具有无限增殖能力的细胞(例如，永生化细胞)；具有分化潜能的细胞(例如，全能细胞或多能细胞)；分化细胞；体细胞；生殖细胞；或具有预选的RNA或蛋白质表达水平的细胞。例如，特定或选定的靶组织或细胞对特定组织(例如，由胚层形成的组织，例如，中胚层、外胚层或内胚层)是特异性的。
在实施例中，上下文稀有性(con-稀有性)是根据上下文依赖于特定或选定靶组织或细胞中的tRNA可用性或活性水平的量度。归一化蛋白质组密码子计数是靶组织或细胞的每核酸序列(例如，基因)的密码子计数和表达谱(或蛋白质组学特性)的函数。在实施例中，与对对应于con-稀有密码子的tRNA的需求相比，基于每核酸序列(例如，基因)的密码子计数，所述tRNA在数量或活性上可用性较少，并且因此对应于所述tRNA的密码子可被归类为con-稀有密码子。例如，在特定或选定的细胞中，对于与细胞蛋白质组相关的每100个密码子(平均)，密码子X出现Y次，如果同一细胞中现有的、功能上可用的、暂时可用的、或翻译能力强的tRNA中少于10Y％、5Y％、Y％、0.5Y％、0.2Y％或0.1Y％对应于密码子X，则密码子X是con-稀有密码子。在实施例中，水平是Y。作为另一个实例，在特定或选定的细胞中，其中对于与细胞蛋白质组相关的每100个密码子，密码子X(平均)出现3次，如果同一细胞中现有的、功能上可用的、暂时可用的、或翻译能力强的tRNA中少于3％对应于密码子X，则密码子X是con-稀有密码子。
在实施例中，con-稀有性考虑对应于该密码子的tRNA的供应以及在特定或选定的细胞或组织的背景下对该供应的需求。
本文披露的方法包括具有对应于con-稀有密码子的TREM的TREM组合物及其用途。此类TREM组合物可用于调节特定或选定靶或细胞中蛋白质的生产参数，例如，蛋白质的生产。
本文所述的方法允许施用具有对应于con-稀有密码子的TREM的TREM组合物以调节受试者或靶组织或细胞中RNA或由RNA编码的蛋白质(异源或内源)的体内生产参数。本文所述的方法还允许施用对应于con-稀有密码子的TREM组合物以调节RNA或由具有con-稀有密码子的RNA编码的蛋白质的体外生产参数。
该方法可以考虑许多因素，包括对应于该靶组织或细胞中的con-稀有密码子的tRNA的可用性，例如丰度；或该靶组织或细胞中其他表达的核酸序列(生产参数被调节的RNA除外)的密码子对tRNA的需求。例如，选择TREM可能考虑具有con-稀有密码子的核酸序列在靶细胞或组织中的表达谱(或蛋白质组学特质)，以及具有con-稀有密码子的核酸序列中con-稀有密码子的出现频率或比例。
如本文所披露，基于tRNA的效应分子(TREM)是可以介导多种细胞过程的复杂分子。可以将包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物例如在体外或体内施用于细胞、组织或受试者以调节RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数。本文还披露了通过施用包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物来治疗或预防障碍或障碍的症状(例如，与con-稀有密码子有关的障碍)的方法。本文进一步披露了包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物、制剂及其制备方法。
任何前述组合物(例如，TREM组合物或包含TREM的药物组合物)的另外的特征；使用所述组合物的方法和/或其制备方法包括以下列举的实施例中的一个或多个。
本领域技术人员将认知到、或不使用过度常规实验就能够确定本文所述发明的特定实施例的许多等效实施例。此类等效实施例意在由以下列举的实施例涵盖。
列举的实施例
E1.一种调节靶细胞或组织中的RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数的方法，该方法包括：
向该靶细胞或组织提供例如施用或使该靶细胞或组织接触有效量的tRNA效应分子(TREM)(例如，包含TREM的TREM组合物)，该TREM对应于该RNA的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，
从而调节该靶细胞或组织中该RNA或由该RNA编码的蛋白质的生产参数。
E2.如实施例E1所述的方法，其中从受试者获得该靶细胞或组织。
E3.如实施例E1所述的方法，该方法包括向受试者施用该TREM组合物。
E4.如实施例E1所述的方法，该方法包括使该TREM组合物与离体的靶组织或细胞接触。
E5.如实施例E4所述的方法，该方法包括将该离体接触的靶组织或细胞引入受试者中，例如，同种异体或自体受试者。
E6.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织是特定的或选定的靶细胞或组织，例如，处于特定发育阶段的细胞或组织类型；处于特定疾病状态的细胞或组织类型；或存在于特定细胞外环境中的细胞。
E7.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织包含不希望的特征或选定的特征，或与不希望的特征或选定的特征有关，或与不希望的特征或选定的特征相关(负相关或正相关)。
E8.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织包含疾病或障碍，或与疾病或障碍有关，或与疾病或障碍相关(负相关或正相关)。
E9.如实施例E8所述的方法，其中该疾病或障碍包含癌症或单倍体不足障碍。
E10.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织的特征在于不希望的增殖，例如良性或恶性增殖。
E11.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织包含遗传事件或与遗传事件有关，该遗传事件为例如突变(例如，点突变)、重排、易位、插入或缺失。
E12.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织包含表观遗传事件(例如，组蛋白修饰，例如，与疾病或障碍或疾病或障碍的易感性相关(负相关或正相关)的表观遗传事件)，或与表观遗传事件(例如，组蛋白修饰，例如，与疾病或障碍或疾病或障碍的易感性相关(负相关或正相关)的表观遗传事件)有关。
E13.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织包含与疾病或障碍有关或与疾病或障碍相关(负相关或正相关)的产物，例如，核酸(例如，RNA)、蛋白质、脂质或糖。
E14.如实施例E12或E13所述的方法，其中该疾病或障碍包含癌症或单倍体不足障碍。
E15.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该生产参数包括表达参数或信号传导参数，例如，如本文所述。
E16.如前述实施例中任一项所述的方法，其中调节该RNA的生产参数，例如，可翻译成多肽的RNA，例如，信使RNA。
E17.如实施例E7所述的方法，其中该RNA的生产参数增加或减少。
E18.如前述实施例中任一项所述的方法，其中调节由该RNA编码的蛋白质的生产参数。
E19.如实施例E18所述的方法，其中该蛋白质的生产参数增加。
E20.如实施例E18所述的方法，其中该蛋白质的生产参数减少。
E21.一种确定具有上下文稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)例如DNA或RNA的存在的方法，该方法包括：
获取对来自受试者的样品(例如，靶细胞或组织样品)中该con-稀有密码子核酸序列的存在的认知，
其中响应于获取对该con-稀有密码子核酸序列的存在的认知：
(1)该受试者被分类为接受施用有效量组合物的候选者，该组合物包含对应于该核酸序列的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)的tRNA效应分子(TREM)；或
(2)该受试者被鉴定为可能对包括该含有TREM的组合物的治疗有反应。
E22.一种治疗患有与上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)有关的疾病的受试者的方法，该方法包括：
获取对来自该受试者的靶细胞或组织样品中具有该con-稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)例如DNA或RNA的存在的认知；以及
向该受试者施用有效量的组合物，该组合物包含对应于该核酸序列的该con-稀有密码子的tRNA效应分子(TREM)，
从而治疗该受试者的该疾病。
E23.一种向受试者提供tRNA效应分子(TREM)的方法，该方法包括：
向该受试者提供例如施用有效量的TREM，例如，包含TREM的TREM组合物，该TREM对应于该受试者中靶细胞或组织中的核酸序列的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，
从而向该受试者提供TREM。
E24.一种制造tRNA效应分子(TREM)组合物的方法，该方法包括：
鉴定对应于上下文稀有(con-稀有)密码子的TREM；
将该TREM与组分例如载剂或赋形剂组合。
从而制造TREM组合物。
E25.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该方法包括获取该核酸序列例如DNA或RNA中的con-稀有密码子的值，其中该值是以下因素中的一个或多个的函数，例如，通过评估或确定以下因素中的一个或多个：
(1)该密码子的序列；
(2)靶细胞或组织中该con-稀有密码子的对应tRNA的可用性，例如，有负载的tRNA，例如，一种或多种同工受体tRNA分子；
(3)该靶细胞或组织的表达谱(或蛋白质组学特性)(例如，包含该con-稀有密码子的其他蛋白质的表达丰度)；
(4)有负载的对应于该con-稀有密码子的tRNA的比例；以及
(5)对应于该con-稀有密码子的tRNA的同工解码器同种型。
E26.如实施例E25所述的方法，其中(1)包括确定con-稀有密码子的存在或不存在。
E27.如实施例E25所述的方法，其中确定tRNA的可用性包括获取以下参数中一个、两个、三个或所有的量度：
(a)与对应于不同密码子的tRNA相比，对应于该con-稀有密码子的tRNA(“con-稀有密码子tRNA”)的水平；
(b)与对应于不同密码子的tRNA相比，con-稀有密码子tRNA的功能，例如，多肽链延长功能；
(c)与对应于不同密码子的tRNA相比，对con-稀有密码子tRNA的修饰，例如，氨酰化或转录后修饰；和/或
(d)con-稀有密码子tRNA的序列。
E28.如实施例E27所述的方法，其中对con-稀有密码子tRNA的可用性(例如，水平)的量度包括与以下相比，对有负载(例如，氨酰化)的con-稀有密码子tRNA的量度：(1)无负载的con-稀有密码子tRNA的比例；或(2)有负载的对应于不同密码子的tRNA的比例。
E29.如实施例E25-E28中任一项所述的方法，其中响应于所述值，该靶细胞或组织被鉴定为有具有con-稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)或具有con-稀有密码子的RNA(“con-稀有密码子RNA”)。
E30.如实施例E25-E29中任一项所述的方法，其中响应于所述值，该RNA被鉴定为具有con-稀有密码子的RNA。
E31.如实施例E1-E24中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织被鉴定为有具有con-稀有密码子的RNA。
E32.如实施例E1-E24中任一项所述的方法，其中该核酸序列，例如，DNA或RNA，被鉴定为具有con-稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)或具有con-稀有密码子的RNA(“con-稀有密码子RNA”)。
E33.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该核酸序列(例如，DNA或RNA)是或被鉴定为具有多个con-稀有密码子的核酸序列(例如，DNA或RNA)。
E34.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该核酸序列(例如，DNA或RNA)是或被鉴定为具有con-稀有密码子的多次出现的核酸序列(例如，DNA或RNA)。
E35.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该核酸例如RNA是或被鉴定为具有如下的核酸(例如RNA)：对应于第一con-稀有密码子的第一tRNA；和另外的tRNA，例如，第二tRNA，其对应于不同的例如第二con-稀有密码子。
E36.前述实施例中任一项所述的方法，其中该核酸序列(例如，DNA或RNA)是或被鉴定为具有对应于第一con-稀有密码子的第一tRNA的多次出现的核酸序列(例如，DNA或RNA)。
E37.如实施例E35或E36所述的方法，其中该核酸序列(例如，DNA或RNA)是或被鉴定为具有对应于不同的例如第二con-稀有密码子的另外的tRNA(例如，第二tRNA)的多次出现的核酸序列(例如，DNA或RNA)。
E38.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对该con-稀有密码子RNA的生产参数的调节包括增加由该con-稀有密码子RNA编码的蛋白质的生产参数，例如，表达参数或信号传导参数，例如，增加由该con-稀有密码子RNA编码的蛋白质的表达水平。
E39.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对该con-稀有密码子RNA的生产参数的调节包括减少由该con-稀有密码子RNA编码的蛋白质的生产参数，例如，表达参数或信号传导参数，例如，减少由该con-稀有密码子RNA编码的蛋白质的表达水平。
E40.如实施例E25-E28中任一项所述的方法，其中确定该靶细胞或组织的表达谱(或蛋白质组密码子计数)包括以下项的量度：
(a)靶细胞或组织中蛋白质的丰度(例如，表达)；以及
(b)靶细胞或组织中表达的蛋白质的蛋白质密码子计数。
E41.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该con-稀有密码子不同于起始甲硫氨酸密码子(iMet)。
E42.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织被鉴定为包含con-稀有密码子核酸，例如，RNA。
E43.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该con-稀有密码子符合以下一项或多项的参考值：
(1)该密码子的序列；
(2)靶细胞或组织中该con-稀有密码子的对应tRNA的可用性，例如，有负载的tRNA，例如，一种或多种同工受体tRNA分子；
(3)该靶细胞或组织的表达谱(或蛋白质组学特性)(例如，包含该con-稀有密码子的其他蛋白质的表达丰度)；
(4)有负载的对应于该con-稀有密码子的tRNA的比例；以及
(5)对应于该con-稀有密码子的tRNA的同工解码器同种型。
E44.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(1)-(5)中两个的参考值。
E45.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(1)-(5)中三个的参考值。
E46.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(1)-(5)中四个的参考值。
E47.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(1)-(5)中所有的参考值。
E48.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(1)的参考值。
E49.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(2)的参考值。
E50.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(3)的参考值。
E51.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(4)的参考值。
E52.如实施例E43所述的方法，其中该con-稀有密码子符合(5)的参考值。
E53.如实施例E43所述的方法，其中该参考值是预定或预选参考值。
E54.如实施例E43所述的方法，其中该参考值根据本文所述的方法确定。
E55.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM对应于con-稀有密码子。
E56.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含对应于多个con-稀有密码子的TREM。
E57.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；和对应于不同的con-稀有密码子的另外的TREM。
E58.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；和对应于第二con-稀有密码子的第二TREM。
E59.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；对应于第二con-稀有密码子的第二TREM；和对应于第三con-稀有密码子的第三TREM。
E60.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；对应于第二con-稀有密码子的第二TREM；对应于第三con-稀有密码子的第三TREM；和对应于第四con-稀有密码子的第四TREM。
E61.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；对应于第二con-稀有密码子的第二TREM；对应于第三con-稀有密码子的第三TREM；对应于第四con-稀有密码子的第四TREM；和对应于第五con-稀有密码子的第五TREM。
E62.如实施例E56-E61中任一项所述的方法，其中该TREM组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM对应于第一con-稀有密码子。
E63.如实施例E56-E62中任一项所述的方法，其中该TREM组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM对应于另外的例如第二、第三、第四或第五con-稀有密码子。
E64.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM是有负载的。
E65.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含对应于第一con-稀有密码子的第一TREM和对应于不同的例如第二、第三、第四或第五con-稀有密码子的另外的TREM，例如，第二、第三、第四或第五TREM，并且其中该组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的第一TREM是有负载的。
E66.如实施例E65所述的方法，其中该组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的另外的TREM，例如，第二、第三、第四或第五TREM是有负载的。
E67.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该制剂中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM属于相同的同工解码器同种型。
E68.如实施例E1-E56中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；和对应于第一con-稀有密码子的另外的TREM，例如，第一TREM和另外的TREM属于相同的同工解码器同种型。
E69.如实施例E1-E56或E68中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；和对应于第一con-稀有密码子的第二TREM，例如，第一TREM和第二TREM属于相同的同工解码器同种型。
E70.如实施例E1-E56或E68-E69中任一项所述的方法，其中该TREM组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM对应于第一con-稀有密码子。
E71.如实施例E1-E56或E68-E70中任一项所述的方法，其中该TREM组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM对应于另外的例如第二或第三con-稀有密码子，例如，第一TREM和另一TREM属于相同的同工解码器同种型。
E72.如实施例E1-E56或E68-E71中任一项所述的方法，其中该组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的TREM是有负载的。
E73.如实施例E1-E56或E68-E72中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含对应于第一con-稀有密码子的第一TREM，和对应于第一con-稀有密码子的另外的TREM，例如，第二或第三TREM，并且其中该组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的第一TREM是有负载的。
E74.如实施例E73所述的方法，其中该组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的另外的TREM，例如，第二或第三TREM是有负载的。
E75.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该细胞是宿主细胞。
E76.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该细胞是哺乳动物细胞，例如，人细胞、鼠细胞、或啮齿动物细胞。
E77.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该细胞是非哺乳动物细胞，例如，细菌细胞、昆虫细胞或酵母细胞。
E78.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该细胞是从以下中选择的宿主细胞：HeLa细胞、HEK293T细胞(例如，Freestyle 293-F细胞)、HT-1080细胞、PER.C6细胞、HKB-11细胞、CAP细胞、HuH-7细胞、BHK 21细胞、MRC-S细胞、MDCK细胞、VERO细胞、WI-38细胞或中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。
E79.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该细胞包含外源核酸序列。
E80.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该细胞对该外源核酸序列而言是自体的。
E81.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该细胞对该外源核酸序列而言是同种异体的。
E82.如实施例E79-E81中任一项所述的方法，其中该外源核酸序列(例如，DNA或RNA)包含con-稀有密码子。
E83.如实施例E79-E82中任一项所述的方法，其中向该细胞施用对应于该con-稀有密码子的TREM组合物调节该外源核酸序列的产物(例如，RNA或多肽)的生产参数(例如，表达参数或信号传导参数)。
E84.如实施例E79-E83中任一项所述的方法，其中向该细胞施用对应于该con-稀有密码子的TREM组合物增加该外源核酸序列的产物(例如，RNA或多肽)的生产参数(例如，表达参数或信号传导参数)。
E85.如实施例E79-E84中任一项所述的方法，其中向该细胞施用对应于该con-稀有密码子的TREM组合物减少该外源核酸序列的产物(例如，RNA或多肽)的生产参数(例如，表达参数或信号传导参数)。
E86.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该生产参数的调节、增加或减少是与除以下外相似的细胞进行比较，其：(1)不与该TREM组合物接触；(2)不包含外源核酸序列；或(3)包含不含con-稀有密码子的外源核酸序列。
E87.一种调节细胞中RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数的方法，该方法包括：
任选地，获取对细胞中具有上下文稀有密码子的RNA(“con-稀有密码子RNA”)的存在的认知，
向该细胞提供有效量的对应于该con-稀有密码子RNA的tRNA，
从而调节该细胞中该RNA或由该RNA编码的蛋白质的生产参数。
E88.一种调节细胞中RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数的方法，该方法包括：
任选地，获取对细胞中具有上下文稀有密码子的RNA(“con-稀有密码子RNA”)的存在的认知，
调节培养参数，从而调节RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数。
E89.如实施例E87-E88中任一项所述的方法，其中获取对该con-稀有密码子RNA的认知包括获取该RNA中con-稀有密码子的值，其中该值是以下因素中的一个或多个的函数，例如，通过评估或确定以下因素中的一个或多个：
(1)该密码子的序列；
(2)靶细胞或组织中该con-稀有密码子的对应tRNA的可用性，例如，有负载的tRNA，例如，一种或多种同工受体tRNA分子；
(3)该靶细胞或组织的表达谱(或蛋白质组学特性)(例如，包含该con-稀有密码子的其他蛋白质的表达丰度)；
(4)有负载的对应于该con-稀有密码子的tRNA的比例；
(5)对应于该con-稀有密码子的tRNA的同工解码器同种型。
E90.如实施例E87-E89中任一项所述的方法，其中调节培养参数包括以下任一项或所有：
(i)改变培养细胞的时间量，例如，增加或减少该时间；
(ii)改变培养物中细胞的密度，例如，增加或减少细胞密度；
(iii)改变该培养物的组分，例如，添加或去除或改变培养基组分、营养物、补充剂、pH调节剂的浓度；
(iv)用一种或多种另外的组分，例如，细胞或纯化的细胞组分(例如，tRNA)、细胞裂解物培养细胞；
(v)改变培养细胞的温度，例如，增加或降低该温度；或
(vi)改变培养细胞的容器的大小，例如，增加或减小该容器的大小。
E91.如实施例E87-E90中任一项所述的方法，其中该细胞是宿主细胞。
E92.如实施例E87-E91中任一项所述的方法，其中该细胞是哺乳动物细胞，例如，人细胞、鼠细胞、或啮齿动物细胞。
E93.如实施例E87-E92中任一项所述的方法，其中该细胞是非哺乳动物细胞，例如，细菌细胞、昆虫细胞或酵母细胞。
E94.如实施例E87-E93中任一项所述的方法，其中该细胞是从以下中选择的宿主细胞：HeLa细胞、HEK293T细胞(例如，Freestyle 293-F细胞)、HT-1080细胞、PER.C6细胞、HKB-11细胞、CAP细胞、HuH-7细胞、BHK21细胞、MRC-S细胞、MDCK细胞、VERO细胞、WI-38细胞或中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。
E95.如实施例E87-E94中任一项所述的方法，其中该细胞包含外源核酸序列。
E96.如实施例E87-E95中任一项所述的方法，其中该细胞对该外源核酸序列而言是自体的。
E97.如实施例E87-E95中任一项所述的方法，其中该细胞对该外源核酸序列而言是同种异体的。
E98.如实施例E87-E97中任一项所述的方法，其中该外源核酸序列包含con-稀有密码子。
E99.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物通过包括以下的方法制备：
(a)在足以表达TREM的条件下提供宿主细胞，该宿主细胞包含编码该TREM的外源核酸，例如，DNA或RNA；以及
(b)从该宿主细胞培养物中纯化表达的TREM以产生TREM组合物，从而制备TREM组合物。
E100.如实施例E99所述的方法，该方法进一步包括通过包括以下的方法制备该TREM组合物：
(a)在足以表达TREM的条件下提供宿主细胞，该宿主细胞包含编码该TREM的外源核酸，例如，DNA或RNA；以及
(b)从该宿主细胞培养物中纯化表达的TREM以产生TREM组合物，从而制备TREM组合物。
E101.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物是包含TREM的药物组合物。
E102.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含药物赋形剂。
E103.如实施例E100-E102中任一项所述的方法，该方法包括将该外源DNA或RNA引入该哺乳动物宿主细胞中。
E104.如实施例E100-E103中任一项所述的方法，其中该核酸包含DNA，其在转录后表达TREM。
E105.如实施例E100-E103中任一项所述的方法，其中该核酸包含RNA，其在逆转录后产生可被转录以提供该TREM的DNA。
E106.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含TREM片段，例如，如本文所述。
E107.如实施例E100-E106中任一项所述的方法，其中该宿主细胞是哺乳动物细胞。
E108.如实施例E100-E107中任一项所述的方法，其中该宿主细胞包含选自以下的细胞：HEK293T细胞(例如Freestyle 293-F细胞)、HT-1080细胞、PER.C6细胞、HKB-11细胞、CAP细胞、HuH-7细胞、BHK 21细胞、MRC-S细胞、MDCK细胞、VERO细胞、WI-38细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞、或MCF7细胞。
E109.如实施例E100-E106中任一项所述的方法，其中该宿主细胞是非哺乳动物细胞，例如，细菌细胞、酵母细胞或昆虫细胞。
E110.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM是包含重组TREM的GMP级组合物(例如，按照cGMP和/或根据类似要求制备的TREM组合物)，该GMP级组合物包含与由表1中所列DNA序列编码的RNA序列至少80％相同的RNA序列，或者其片段或功能片段。
E111.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM包含表2中所列的一种或多种转录后修饰。
E112.如实施例E110-E111所述的方法，其中包含重组TREM的该组合物为至少0.5g、1g、2g、3g、4g、5g、6g、7g、8g、9g、10g、15g、20g、30g、40g、50g、100g、200g、300g、400g或500g。
E113.如实施例E110-E111所述的方法，其中包含重组TREM的该组合物为0.5g至500g之间、0.5g至400g之间、0.5g至300g之间、0.5g至200g之间、0.5g至100g之间、0.5g至50g之间、0.5g至40g之间、0.5g至30g之间、0.5g至20g之间、0.5g至10g之间、0.5g至9g之间、0.5g至8g之间、0.5g至7g之间、0.5g至6g之间、0.5g至5g之间、0.5g至4g之间、0.5g至3g之间、0.5g至2g之间、0.5g至1g之间、1g至500g之间、2g至500g之间、5g至500g之间、10g至500g之间、20g至500g之间、30g至500g之间、40g至500g之间、50g至500g之间、100g至500g之间、200g至500g之间、300g至500g、或400g至500g。
E114.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含一种或多种TREM，例如，多种TREM。
E115.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物(或TREM组合物生产中的中间体)包含以下特征中的一个或多个：
(i)纯度至少为30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％；
(ii)宿主细胞蛋白(HCP)污染少于0.1ng/ml、1ng/ml、5ng/ml、10ng/ml、15ng/ml、20ng/ml、25ng/ml、30ng/ml、35ng/ml，40ng/ml、50ng/ml、60ng/ml、70ng/ml、80ng/ml、90ng/ml或100ng/ml；
(iii)宿主细胞蛋白(HCP)污染少于0.1ng、1ng、5ng、10ng、15ng、20ng、25ng、30ng、35ng、40ng、50ng、60ng、70ng、80ng、90ng或100ng/毫克(mg)该TREM组合物；
(iv)DNA，例如，宿主细胞DNA，少于1ng/ml、5ng/ml、10ng/ml、15ng/ml、20ng/ml、25ng/ml、30ng/ml、35ng/ml、40ng/ml、50ng/ml、60ng/ml、70ng/ml、80ng/ml、90ng/ml或100ng/ml；
(v)片段少于0.1％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％；
(vi)内毒素水平低或不存在，例如，如通过鲎变形细胞裂解物(LAL)测试所测量的；
(vii)体外翻译活性，例如，如通过实例8中所述的测定所测量的；
(viii)TREM浓度至少为0.1ng/mL、0.5ng/mL、1ng/mL、5ng/mL、10ng/mL、50ng/mL、0.1ug/mL、0.5ug/mL、1ug/mL、2ug/mL、5ug/mL、10ug/mL、20ug/mL、30ug/mL、40ug/mL、50ug/mL、60ug/mL、70ug/mL、80ug/mL、100ug/mL、200ug/mL、300ug/mL、500ug/mL、1000ug/mL、5000ug/mL、10,000ug/mL或100,000ug/mL；
(ix)无菌，例如，根据无菌药物产品的cGMP指南，例如，在无菌条件下测试时，该组合物或制剂支持少于100个活微生物的生长，该组合物或制剂符合USP<71>的标准，和/或该组合物或制剂符合USP<85>的标准；或
(x)病毒污染，例如，该组合物或制剂不存在病毒污染或检测不到病毒污染水平。
E116.如前述实施例中任一项所述的方法，其中使该TREM组合物与靶细胞或组织在体外接触。
E117.如前述实施例中任一项所述的方法，其中使该TREM组合物与靶细胞或组织离体接触，并且任选地，将所接触的细胞或组织引入例如施用到受试者中，例如，该细胞或组织所来自的受试者，或不同的受试者。
E118.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该方法是体内方法，例如，使受试者或者受试者的组织或细胞与该TREM组合物在体内接触。
E119.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM组合物用递送剂，例如，脂质体、聚合物(例如，聚合物缀合物)、颗粒、微球体、微颗粒、或纳米颗粒施用。
E120.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM增强了：
(a)产物，例如蛋白质的稳定性，和/或
(b)产物的核糖体占用。
E121.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM：
调节核糖体占用；
调节蛋白质翻译或稳定性；
调节mRNA稳定性；
调节蛋白质折叠或结构；
调节蛋白质转导或区室化；
调节密码子使用；
调节细胞命运；或
调节信号传导通路，例如细胞信号传导通路。
E122.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM包含表2中的转录后修饰。
E123.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM包含同源衔接子功能，并且其中该TREM介导在肽链的起始或延伸中与该TREM的反密码子天然相关的氨基酸的接受和掺入。
E124.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM包含与天然存在的tRNA的RNA序列至少80％相同的RNA序列。
E125.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM包含与由表1中所列的DNA序列编码的RNA至少80％相同的RNA序列，或者其片段或功能片段。
E126.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM包含由表1中所列的DNA序列编码的RNA序列，或其片段。
E127.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM包含与由表1中所列的DNA序列编码的RNA序列至少XX％相同的RNA序列，或其片段，其中XX选自80、85、90、95、96、97、98或99。
E128.如实施例E127所述的方法，其中XX是80。
E129.如实施例E127所述的方法，其中XX是85。
E130.如实施例E127所述的方法，其中XX是90。
E131.如实施例E127所述的方法，其中XX是95。
E132.如实施例E127所述的方法，其中XX是97。
E133.如实施例E127所述的方法，其中XX是98。
E134.如实施例E127所述的方法，其中XX是99。
E135.如实施例E127-E134中任一项所述的方法，其中该DNA序列是SEQ ID NO:1或其片段、或SEQ ID NO:2或其片段、或SEQ ID NO:3或其片段、或SEQ ID NO:4或其片段、或SEQ ID NO:5或其片段、或SEQ ID NO:6或其片段、或SEQ ID NO:7或其片段、或SEQ ID NO:8或其片段、或SEQ ID NO:9或其片段、或SEQ ID NO:10或其片段、或SEQ ID NO:11或其片段、或SEQ ID NO:12或其片段、或SEQ ID NO:13或其片段、或SEQ ID NO:14或其片段、或SEQ IDNO:15或其片段、或SEQ ID NO:16或其片段、或SEQ ID NO:17或其片段、或SEQ ID NO:18或其片段、或SEQ ID NO:19或其片段、或SEQ ID NO:20或其片段、或SEQ ID NO:21或其片段:、或SEQ ID NO:22或其片段、或SEQ ID NO:23或其片段、或SEQ ID NO:24或其片段、或SEQ IDNO:25或其片段、或SEQ ID NO:26或其片段、或SEQ ID NO:27或其片段、或SEQ ID NO:28或其片段、或SEQ ID NO:29或其片段、或SEQ ID NO:30或其片段、或SEQ ID NO:31或其片段、或SEQ ID NO:32或其片段、或SEQ ID NO:33或其片段、或SEQ ID NO:34或其片段、或SEQ IDNO:35或其片段、或SEQ ID NO:36或其片段、或SEQ ID NO:37或其片段、或SEQ ID NO:38或其片段、或SEQ ID NO:39或其片段、或SEQ ID NO:40或其片段、或SEQ ID NO:41或其片段、或SEQ ID NO:42或其片段、或SEQ ID NO:43或其片段、或SEQ ID NO:44或其片段、或SEQ IDNO:45或其片段、或SEQ ID NO:46或其片段、或SEQ ID NO:47或其片段、或SEQ ID NO:48或其片段、或SEQ ID NO:49或其片段、或SEQ ID NO:50或其片段、或SEQ ID NO:51或其片段、或SEQ ID NO:52或其片段、或SEQ ID NO:53或其片段、或SEQ ID NO:54或其片段、或SEQ 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E136.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该TREM包含式IZZZ的共有序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中：
(i)ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
(ii)式I对应于所有物种；以及
(iii)x＝1-271(例如x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250、或x＝271)。
E137.如实施例E1-E135中任一项所述的方法，其中该TREM包含式IIZZZ的共有序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中：
(i)ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
(ii)式II对应于哺乳动物；以及
(iii)x＝1-271(例如x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250、或x＝271)。
E138.如实施例E1-E135中任一项所述的方法，其中该TREM包含式IIIIZZZ的共有序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中：
(i)ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
(ii)式III对应于人；以及
(iii)x＝1-271(例如x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250、或x＝271)。
E139.如实施例E136-E138中任一项所述的方法，其中ZZZ表示以下氨基酸中的任一种：丙氨酸、精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酰胺、谷氨酸、甘氨酸、组氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、亮氨酸、赖氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、丝氨酸、苏氨酸、色氨酸、酪氨酸或缬氨酸。
E140.如实施例E136-E139中任一项所述的方法，该方法包括选自以下的特性：
a)在生理条件下，残基R0形成接头区，例如，接头1区；
b)在生理条件下，残基R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7和残基R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71形成茎区，例如，AStD茎区；
c)在生理条件下，残基R8-R9形成接头区，例如，接头2区；
d)在生理条件下，残基-R10-R11-R12-R13-R14 R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28形成茎环区，例如，D臂区；
e)在生理条件下，残基-R29形成接头区，例如，接头3区；
f)在生理条件下，残基-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46形成茎环区，例如，AC臂区；
g)在生理条件下，残基-[R47]x1包含可变区；
h)在生理条件下，残基-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64形成茎环区，例如，T臂区；或
i)在生理条件下，残基R72形成接头区，例如，接头4区。
E141.如实施例E140所述的方法，该方法包括特性(a)-(i)中的任一个。
E142.如实施例E140所述的方法，该方法包括特性(a)-(i)中的任两个。
E143.如实施例E140所述的方法，该方法包括特性(a)-(i)中的任三个。
E144.如实施例E140所述的方法，该方法包括特性(a)-(i)中的任四个。
E145.如实施例E140所述的方法，该方法包括特性(a)-(i)中的任五个。
E146.如实施例E140所述的方法，该方法包括特性(a)-(i)中的任六个。
E147.如实施例E140所述的方法，该方法包括特性(a)-(i)中的任七个。
E148.如实施例E140所述的方法，该方法包括特性(a)-(i)中的所有。
E149.如实施例E140所述的方法，其中该TREM在位置R47处包含可变区。
E150.如实施例E140所述的方法，其中该可变区的长度是1-271个残基(例如1-250、1-225、1-200、1-175、1-150、1-125、1-100、1-75、1-50、1-40、1-30、1-29、1-28、1-27、1-26、1-25、1-24、1-23、1-22、1-21、1-20、1-19、1-18、1-17、1-16、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、10-271、20-271、30-271、40-271、50-271、60-271、70-271、80-271、100-271、125-271、150-271、175-271、200-271、225-271、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、110、125、150、175、200、225、250或271个残基)。
E151.如实施例E140所述的方法，其中该可变区包含腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤或尿嘧啶中的任一种、所有或组合。
E152.如实施例E140所述的方法，其中该可变区包含由表3中披露的脱氧核糖核酸(DNA)序列(例如，表3中披露的SEQ ID NO:452-561中的任一个)编码的核糖核酸(RNA)序列。
E153.一种制备tRNA效应分子(TREM)的方法，该方法包括：
(a)在足以表达TREM的条件下提供宿主细胞，该宿主细胞包含编码该TREM的外源核酸，例如，DNA或RNA，并且
(b)从该宿主细胞培养物中纯化表达的TREM以产生TREM组合物，从而制备TREM组合物。
E154.如实施例E153所述的方法，其中该TREM组合物包含TREM片段，例如，如本文所述。
E155.如实施例E154所述的方法，其中该TREM片段在该宿主细胞中在体内产生。
E156.如实施例E154所述的方法，其中该TREM片段是通过在该细胞产生TREM后将表达的TREM片段化而产生的，例如，该宿主细胞产生的TREM在从该宿主细胞释放或纯化后被片段化，例如，该TREM是离体片段化的。
E157.如实施例E153-E156中任一项所述的方法，其中该方法导致该宿主细胞中总内源性tRNA和TREM的产量增加，例如，至少增加2.2、2.5、3、4、5、6、7、8、9、10或20倍(例如，如通过实例9-13中任一项所述的测定所测量的)，例如，这是与参考细胞相比，例如，类似的细胞，但没有经过工程化或修饰来表达TREM。
E158.如实施例E157所述的方法，其中该方法使TREM产生和/或tRNA产生增加2.2至20倍之间、2.2至15倍之间、2.2至10倍之间、2.2至9倍之间、2.2至8倍之间、2.2至7倍之间、2.2至6倍之间、2.2至5倍之间、2.2至4倍之间、2.2至3倍之间、2.2至2.5倍之间、2.5至20倍之间、3至20倍之间、4至20倍之间、5至20倍之间、6至20倍之间、7至20倍之间、8至20倍之间、9至20倍之间、10至20倍之间、或15至20倍之间。
E159.如实施例E153-E158中任一项所述的方法，其中该方法导致该宿主细胞中可检测水平的TREM，例如，如通过实例9-13中任一项所述的测定所测量的。
E160.如实施例E153-E159中任一项所述的方法，其中该宿主细胞能够对该TREM进行转录后修饰。
E161.如实施例E153-E160中任一项所述的方法，其中该宿主细胞能够对该TREM进行转录后修饰，例如，选自表2的转录后修饰。
E162.如实施例E153-E161中任一项所述的方法，其中该宿主细胞已被修饰以调节例如，增加其提供TREM转录后修饰的能力，例如，选自表2的转录后修饰，例如，该宿主细胞已被修饰以提供、增加或减少基因的表达，例如，编码来自表2的酶的基因，或编码具有核酸酶活性(例如，内切核酸酶活性或核糖核酸酶活性)的酶的基因，例如或切丁酶(Dicer)、血管生成素、RNA酶A、RNA酶P、RNA酶Z、Rny1或PrrC中的一种或多种。
E163.如实施例E153-E162中任一项所述的方法，其中该宿主细胞是哺乳动物细胞，该哺乳动物细胞能够对该TREM进行转录后修饰，例如，选自表2的转录后修饰。
E164.如实施例E153-E163中任一项所述的方法，其中该宿主细胞包含HeLa细胞、HEK293细胞、HT-1080细胞、PER.C6细胞、HKB-11细胞、CAP细胞或HuH-7细胞。
E165.如实施例E153-E164中任一项所述的方法，其中该宿主细胞具有增加的癌基因表达，例如，Ras、c-myc或c-jun。
E166.如实施例E153-E165中任一项所述的方法，其中该宿主细胞具有减少的肿瘤抑制因子(例如，p53或Rb)表达。
E167.如实施例E153-E166中任一项所述的方法，其中该宿主细胞的RNA聚合酶III(RNA Pol III)的表达增加。
E168.如实施例E153-E167中任一项所述的方法，其中该宿主细胞是非哺乳动物宿主细胞。
E169.如实施例E153-E168中任一项所述的方法，其中该宿主细胞是细菌细胞，例如，大肠杆菌细胞或酵母细胞。
E170.如实施例E153-E169中任一项所述的方法，其进一步包括测量该TREM组合物(或TREM组合物的生产中的中间体)的以下特征中的一种或多种：
(i)纯度至少为30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％；
(ii)宿主细胞蛋白(HCP)污染少于0.1ng/ml、1ng/ml、5ng/ml、10ng/ml、15ng/ml、20ng/ml、25ng/ml、30ng/ml、35ng/ml，40ng/ml、50ng/ml、60ng/ml、70ng/ml、80ng/ml、90ng/ml或100ng/ml；
(iii)宿主细胞蛋白(HCP)污染少于0.1ng、1ng、5ng、10ng、15ng、20ng、25ng、30ng、35ng、40ng、50ng、60ng、70ng、80ng、90ng或100ng/毫克(mg)该TREM组合物；
(iv)DNA，例如，宿主细胞DNA，少于1ng/ml、5ng/ml、10ng/ml、15ng/ml、20ng/ml、25ng/ml、30ng/ml、35ng/ml、40ng/ml、50ng/ml、60ng/ml、70ng/ml、80ng/ml、90ng/ml或100ng/ml；
(v)片段少于0.1％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％；(vi)内毒素水平低或不存在，例如，如通过鲎变形细胞裂解物(LAL)测试所测量的；
(vii)体外翻译活性，例如，如通过实例8中所述的测定所测量的；
(viii)TREM浓度至少为0.1ng/mL、0.5ng/mL、1ng/mL、5ng/mL、10ng/mL、50ng/mL、0.1ug/mL、0.5ug/mL、1ug/mL、2ug/mL、5ug/mL、10ug/mL、20ug/mL、30ug/mL、40ug/mL、50ug/mL、60ug/mL、70ug/mL、80ug/mL、100ug/mL、200ug/mL、300ug/mL、500ug/mL、1000ug/mL、5000ug/mL、10,000ug/mL或100,000ug/mL；
(ix)无菌，例如，根据无菌药物产品的cGMP指南，例如，在无菌条件下测试时，该组合物或制剂支持少于100个活微生物的生长，该组合物或制剂符合USP<71>的标准，和/或该组合物或制剂符合USP<85>的标准；或
(x)病毒污染，例如，该组合物或制剂不存在病毒污染或检测不到病毒污染水平。
E171.如实施例E170所述的方法，其进一步包括将该测量值与参考值或标准进行比较。
E172.如实施例E170所述的方法，其进一步包括，响应于所述比较，调节该TREM组合物以：
(i)增加该组合物的纯度；
(ii)减少该组合物中HCP的量；
(iii)减少该组合物中DNA的量；
(iv)减少该组合物中片段的量；
(v)减少该组合物中内毒素的量；
(vi)增加该组合物的体外翻译活性；
(vii)增加该组合物的TREM浓度；或
(viii)增加该组合物的无菌性。
E173.如实施例E153-E172中任一项所述的方法，其中该TREM从生物反应器中培养的宿主细胞中纯化。
E174.如实施例E173所述的生物反应器，
(i)包含至少1x 107、1x 108、1x 109、1x 1010、1x 1011、1x 1012、1x1013或1x 1014个宿主细胞；
(ii)包含100mL至100升之间的培养基，例如至少100mL、250mL、500mL、750mL、1升、2升、3升、4升、5升、6升、7升、8升、9升、10升、15、20升、25升、30升、40升、50升、60升、70升、80升、90升或100升培养基；
(iii)其中该生物反应器选自连续流式生物反应器、分批工艺生物反应器、灌注生物反应器和补料分批生物反应器；或
(iv)其中将该生物反应器保持在足以表达该TREM的条件下。
E175.如实施例E153-E174中任一项所述的方法，其中该TREM由包含以下的核酸序列编码或由该核酸序列表达：
(i)控制区序列；
(ii)编码经修饰的TREM的序列；
(iii)编码多于一个TREM的序列；或
(iv)不同于tRNAMET序列的序列。
E176.如实施例E175所述的方法，其中该核酸序列包含启动子序列。
E177.如实施例E175或E176所述的方法，其中该核酸序列包含启动子序列，该启动子序列包含RNA聚合酶III(Pol III)识别位点，例如，Pol III结合位点，例如，U6启动子序列或其片段。
本发明的其他特征、目的和优点将从说明书和权利要求中是显而易见。
除非另外定义，否则本文所用的所有技术和科学术语均具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同的含义。所有的公开案、专利申请、专利和本文提及的其他参考文献整体通过引用并入。另外，材料、方法和实例仅是说明性的而不旨在限制。
附图说明
当结合附图阅读时，可以更好地理解本披露的以下详细描述。然而，应理解，本披露不限于附图中所示实施例的精确安排和手段。
图1A-1B是描绘如通过牛津纳米孔(Oxford Nanopore)测序所量化的HEK293T细胞中tRNA水平的图像，如实施例1中所述。图1A描绘了通过纳米孔测序进行的tRNA谱型分析，其中图中的每条线展示了不同的样品制备方法。图1B描绘了与过度表达iMet tRNA的细胞相比，正常细胞中的tRNA水平。
图2描绘了HEK293T细胞中tRNA的上下文稀有性。X轴显示由tRNA量化确定的HEK293T细胞中tRNA频率，并且y轴显示由所有蛋白质密码子计数乘以蛋白质各自的丰度的总和确定的HEK293T蛋白质组密码子计数。
图3A-3B显示了TREM纯化的示例性方法。图3A描绘了用于从细胞中富集和分离tRNA的tRNA分离方法。首先使用苯酚-氯仿(P/C)提取来去除细胞材料。RNA级分流通过柱，如miRNeasy柱，以富集超过200个核苷酸的RNA，并且通过LiCl沉淀去除大RNA。然后将该材料运行通过G25柱，结束时得到最终富集的tRNA级分。图3B显示了图3A中描述的纯化方法产生比Trizol RNA提取纯化方法含有更少的RNA污染物的tRNA级分。
图4A-4B显示，tRNA纯化方法结果显示tRNA纯化方法可以在不污染不同大小RNA的情况下进行tRNA洗脱(泳道3)。此外，图4显示，工程化293T细胞以过表达起始甲硫氨酸会导致输入物中有更多的tRNA表达(比较泳道1至4)。293T iMet是工程化以过表达包含起始甲硫氨酸基因的质粒的293T细胞。泳道1：来自293T亲代细胞纯化的输入物，2：来自293T亲代细胞纯化的流通物，3：来自293T亲代细胞纯化的洗脱物，4：来自293TiMet细胞纯化的输入物，5：来自293T iMet细胞纯化的流通物，6：来自293TiMet细胞纯化的洗脱物。
图5是一组图像，描绘了两种经Cy3标记的TREM(Cy3-iMet-1和Cy3-iMet-2)可以通过脂质体转染到细胞(即U2OS、HeLa和H2199细胞系)来递送。
图6A-6C是显示在用对应于起始甲硫氨酸(iMet)的TREM转染后三种细胞系中细胞生长增加的图，如实例9中所述。图6A是显示用经Cy3标记的iMet-CAT-TREM转染或用经Cy3标记的非靶向对照转染的U20S细胞的增加的细胞汇合％(细胞生长的量度)的图。图6B是显示用经Cy3标记的iMet-CAT-TREM转染或用经Cy3标记的非靶向对照转染的H1299细胞的增加的细胞汇合％(细胞生长的量度)的图。图6C是显示用经Cy3标记的iMet-CAT-TREM转染或用经Cy3标记的非靶向对照转染的Hela细胞的增加的细胞汇合％(细胞生长的量度)的图。
图7是描绘了翻译抑制测定结果的图，其中在哺乳动物细胞中以渐增剂量转染示例性TREM，该细胞编码包含TGA终止密码子的NanoLuc报告子，这导致作为终止密码子通读的读出的生物发光增加。
具体实施方式
本披露的特征尤其在于使用基于tRNA的效应分子(TREM)来调节细胞或受试者中的tRNA池的方法。本文还披露了通过施用包含TREM的TREM组合物或包含TREM的药物组合物来治疗障碍或改善障碍的症状的方法。如本文所披露，基于tRNA的效应分子(TREM)是可以介导多种细胞过程的复杂分子。可以向细胞、组织或受试者施用包含TREM的药物组合物以调节这些功能。
定义
如本文所用，冠词“一个/种(a/an)”是指一个/种或多于一个/种(例如，至少一个/种)该冠词的语法宾语。
如本文所用的术语“上下文稀有密码子”或“con-稀有密码子”是指在靶细胞或组织中对于具有con-稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)的生产参数(例如，表达参数)为限制性的密码子，例如，因为对应于con-稀有密码子的tRNA的可用性对生产参数为限制性的。可以通过确定添加对应于con-稀有密码子的tRNA是否调节(典型地增加)核酸序列(例如，基因)的生产参数来鉴定或评估上下文稀有性或con-稀有性。可以通过密码子是否满足蛋白质组密码子计数-tRNA频率(PCC-tF，如本文所述)的参考值来鉴定或评估上下文稀有性或con-稀有性。举例来说，实例3的方法可以用于或适用于评估con-稀有性。作为密码子特性的con-稀有性是以下因素中的一个、两个、三个、四个、五个、六个或所有的函数，并且可以根据以下因素中的一个、两个、三个、四个、五个、六个或所有进行鉴定或评估：
(1)con-稀有密码子或候选con-稀有密码子的序列；
(2)靶细胞或组织中con-稀有或候选con-稀有密码子的对应tRNA的可用性，作为参数的可用性可以包括对应于con-稀有密码子的tRNA的观察到的或预测的丰度或可用性中的一者或两者，或者是其函数。在实施例中，可以通过量化存在于靶细胞或组织中的tRNA来评估丰度。参见，例如，实例1；
(3)对tRNA的上下文需求(靶细胞或组织中的需求)，例如，con-稀有tRNA或候选con-稀有tRNA。这可以通过使用参数、上下文需求参数来鉴定或评估，该参数包括靶组织或细胞中一个、一些或所有具有con-稀有密码子的核酸序列(例如，靶细胞或组织中具有con-稀有密码子的其他核酸序列)对con-稀有tRNA的需求或使用，或是该需求或使用的函数。需求参数可以包括以下中一个或多个或所有或是其函数：
(a)靶细胞或组织中具有con-稀有密码子的一个、一些或所有核酸序列(例如，对于靶细胞或组织中表达的con-稀有密码子核酸序列中的一个或多个、子集或所有)在靶细胞或组织中的表达谱(或蛋白质组学特性)(例如，表达丰度)。在实施例中，可以通过评估在靶细胞或组织中表达的蛋白质来评估表达谱(或蛋白质组学特性)。参见例如实例2；
(b)如下量度，其包括表达的核酸序列(例如，对于靶细胞或组织中表达的con-稀有密码子核酸序列中的一个或多个、子集或所有)中con-稀有密码子的出现频率或比例，或是该出现频率或比例的函数；或
(c)作为(3)(a)和(3)(b)的函数的参数；
(4)与在con-稀有密码子核酸序列中的con-稀有密码子使用有关的参数(或使用参数)，并且可以包括以下一项或多项：
(a)具有con-稀有密码子的靶细胞或组织中的一个、一些或所有核酸序列，或具有con-稀有密码子的候选核酸序列(例如，对于靶细胞或组织中表达的con-稀有密码子核酸序列的一个或多个、子集或所有)在靶细胞或组织中的表达谱(或蛋白质组学特性)(例如，表达丰度)。在实施例中，可以通过评估在靶细胞或组织中表达的蛋白质来评估表达谱(或蛋白质组学特性)。
参见例如实例2；
(b)如下量度，其包括具有con-稀有密码子的核酸序列(例如，对于靶细胞或组织中表达的con-稀有密码子核酸序列中的一个或多个、子集或所有)中con-稀有密码子的出现频率或比例，或是该出现频率或比例的函数；或
(c)作为(4)(a)和(4)(b)的函数的参数；
(5)有负载的对应于该con-稀有密码子的tRNA的比例；
(6)对应于该con-稀有密码子的tRNA的同工解码器同种型；以及
(7)con-稀有tRNA或候选con-稀有tRNA的一种或多种转录后修饰。
在实施例中，与参考序列例如亲本序列、天然存在的序列、野生型序列或常规优化的序列相比，con-优化的核酸序列具有少一个或多一个con-稀有密码子。
在实施例中，可以通过以下方式鉴定或评估con-稀有性：(i)直接确定con-稀有密码子或候选con-稀有密码子是否对于生产参数为限制性的，例如，在类似于实例3的测定中；(ii)con-稀有密码子或候选con-稀有密码子是否符合因素(1)-(7)中的一个或多个或所有的预定值，例如，标准值或参考值(例如，如本文所述)；或(i)和(ii)。
在实施例中，可以通过生产参数(例如，表达参数或信号传导参数，例如，如本文所述)来鉴定或评估con-稀有性。
在实施例中，con-稀有性是靶组织或细胞中归一化蛋白质组密码子计数和tRNA丰度的函数。在实施例中，con-稀有性是密码子频率的量度，其根据上下文依赖于靶组织或细胞中tRNA丰度水平。
因此，将密码子鉴定为con-稀有密码子可以涉及(1)-(7)的多参数函数。在实施例中，con-稀有密码子符合(1)-(7)中至少一个的参考值。在实施例中，con-稀有密码子符合(1)-(7)中至少一个的参考值。在实施例中，con-稀有密码子符合(1)-(7)中至少两个的参考值。在实施例中，con-稀有密码子符合(1)-(7)中至少三个的参考值。在实施例中，con-稀有密码子符合(1)-(7)中至少四个的参考值。在实施例中，con-稀有密码子符合(1)-(7)中至少五个的参考值。在实施例中，con-稀有密码子符合(1)-(7)中至少六个的参考值。在实施例中，con-稀有密码子符合(1)-(7)中所有的参考值。在实施例中，参考值是预定或预选值，例如，如本文所述。
在实施例中，con-稀有密码子的身份是编码核酸序列(例如，基因)中的密码子的DNA序列。
在实施例中，con-稀有密码子不同于iMet密码子。
本文披露的方法，例如，本文提供的实例中的方法，可用于鉴定和测试候选con-稀有密码子。
在实施例中，con-稀有密码子是生物体例如蛋白质组中蛋白质编码基因的开放阅读框(ORF)中密码子的普遍性的函数。
可以使用本领域已知的或如本文所述的测定(例如，纳米孔测序)来测量对应于con-稀有密码子的tRNA的可用性，例如，丰度，例如，如实例1中所述。在实施例中，例如，与对应于不同的/第二密码子的tRNA的丰度相比，con-稀有密码子核酸序列具有低丰度的对应于con-稀有密码子的tRNA。
靶细胞或组织的表达谱或蛋白质组学特性是指来自靶细胞或组织中所有蛋白质编码基因的蛋白质表达，例如，蛋白质表达水平。靶细胞或组织的表达谱或蛋白质组学特性可以使用本领域已知的或如本文所述的测定来测量，例如，基于质谱的方法，例如，实例2中所述的基于SILAC的方法。在实施例中，靶细胞或组织中的蛋白质编码基因取决于组织或细胞类型特异性调节，例如，启动子元件、增强子元件、表观遗传调节和/或转录因子控制。
“上下文修饰核酸序列”(在本文中有时称为“con-修饰核酸序列”)是指这样的核酸序列，其中con-修饰的核酸序列的密码子的con-稀有性已经被改变。例如，将con-稀有密码子替代为con-丰富密码子和/或将con-丰富密码子替代为con-稀有密码子。在实施例中，con-修饰核酸序列具有比参考核酸序列多一个或少一个，例如，多两个或少两个的con-稀有密码子。在实施例中，con-修饰核酸序列具有与参考核酸序列中对应密码子的con-稀有性不同的con-稀有性的密码子。
参考核酸序列可以是例如任何选定的序列、亲本序列、起始序列、在对应密码子处编码相同氨基酸的野生型或天然存在的序列、编码相同多肽的野生型或天然存在的序列、或常规密码子优化的序列。在实施例中，参考核酸序列编码与con-修饰核酸序列相同的多肽序列。在实施例中，参考核酸序列编码与除con-稀有修饰序列以外的位置处的con-修饰核酸序列不同的多肽序列。在实施例中，与参考核酸序列的表达相比，con-修饰核酸序列产生不同的生产参数，例如，表达参数或信号传导参数。
在实施例中，con-修饰核酸序列是指与参考序列相比具有多一个或少一个，例如，多两个或少两个con-稀有密码子的核酸序列，其中该con-修饰核酸序列编码包含参考序列的多肽。
“上下文稀有tRNA”或“con-稀有tRNA”是对应于con-稀有密码子的tRNA。
如本文所用的术语“上下文丰富密码子”或“con-丰富密码子”是指不同于con-稀有密码子的密码子。
如本文所用的术语“con-稀有密码子核酸序列”或“具有con-稀有密码子的核酸序列”是指包含con-稀有密码子的核酸序列(例如，DNA或RNA)或基因。在实施例中，在此类con-稀有密码子核酸序列中，可以通过改变con-稀有tRNA的可用性(例如，丰度)来介导生产参数(例如，表达参数或信号传导参数)的调节。在实施例中，con-稀有密码子在con-稀有密码子核酸序列的翻译区中，例如，在开放阅读框(ORF)或编码序列(CDS)中。
如本文所用的术语“con-稀有密码子RNA”是指包含con-稀有密码子的RNA序列。在实施例中，con-稀有密码子RNA包括信使RNA或可翻译成多肽或蛋白质的RNA。在实施例中，从包含所述con-稀有密码子的互补DNA序列转录con-稀有密码子RNA。在实施例中，该con-稀有密码子RNA在体内转录。在实施例中，该con-稀有密码子RNA在体外转录。
如本文所用的术语“密码子值”是序列中序列密码子的con-稀有性的函数。密码子的con-稀有性是上述“con-稀有密码子”定义中描述的一个或多个因素的函数。在实施例中，密码子值是密码子的同一性，该密码子为例如选择用于替代序列密码子的替代密码子。在实施例中，当替代密码子是con-丰富密码子时，序列密码子是con-稀有密码子。在实施例中，当替代密码子是con-稀有密码子时，序列密码子是con-丰富密码子。
如本文所用的术语“序列密码子”是指核酸序列中获取了密码子值的密码子。
“生产参数”是指表达参数和/或信号传导参数。在实施例中，生产参数是表达参数。表达参数包括由con-稀有密码子核酸序列编码的多肽或蛋白质的表达参数；或由con-稀有密码子核酸序列编码的RNA(例如，信使RNA)的表达参数。在实施例中，表达参数可以包括：
(a)蛋白质翻译；
(b)表达水平(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)；
(c)多肽或蛋白质的翻译后修饰；
(d)折叠(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)，
(e)结构(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)，
(f)转导(例如，多肽或蛋白质)，
(g)区室化(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)，
(h)将(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)掺入超分子结构中，例如，掺入膜、蛋白酶体或核糖体中，
(i)掺入多聚体多肽中，例如，同源或异源二聚体，和/或
(j)稳定性。
在实施例中，生产参数是信号传导参数。信号传导参数可以包括：
(1)信号传导通路的调节，例如，在由con-稀有密码子核酸序列编码的蛋白质的下游或上游的细胞信号传导通路；
(2)细胞命运调节；
(3)核糖体占用调节；
(4)蛋白质翻译调节；
(5)mRNA稳定性调节；
(6)蛋白质折叠和结构调节；
(7)蛋白质转导或区室化调节；和/或
(8)蛋白质稳定性调节。
如本文所用的术语“获取”是指通过“直接获取”或“间接获取”物理实体或值来拥有值，例如，数值。“直接获取”是指执行过程(例如，执行分析方法)来获得值。“间接获取”是指从另一方或来源(例如，直接获取或值的第三方实验室)接收值。
如本文所用的术语“同源衔接子功能TREM”是指TREM，其介导与TREM的反密码子天然相关联的AA(同源AA)的起始或延伸。
如本文所用的术语“减少的表达”是指与参考相比减少，例如，在改变的控制区或药剂的添加导致受试者产物表达减少的情况下，相对于没有所述改变或添加的在其他方面类似的细胞，其表达减少。
如本文所用的术语“外源核酸”是指不存在于参考细胞中或与参考细胞中的最接近序列差异至少一个核苷酸的核酸序列，该参考细胞是例如外源核酸被引入的细胞。在实施例中，外源核酸包含编码TREM的核酸。
如本文所用的术语“外源TREM”是指具有以下TREM，该TREM：
(a)与参考细胞中最接近的序列tRNA差异至少有一个核苷酸或一个转录后修饰，该参考细胞是例如外源核酸被引入的细胞；
(b)已被引入不同于转录其的细胞的细胞；
(c)存在于不同于其自然发生的细胞的细胞中；或
(d)具有非野生型的表达谱，例如，水平或分布，例如，它的表达水平高于野生型。在实施例中，表达谱可以通过将变化引入调节表达的核酸或通过添加调节RNA分子表达的药剂来介导。在实施例中，外源TREM包括特性(a)-(d)中的1、2、3或4个。
如本文所用的术语“GMP级组合物”是指符合当前良好生产规范(cGMP)指南或其他类似要求的组合物。在实施例中，GMP级组合物可用作药物产品。
如本文所用，术语“增加”和“减少”是指相对于参考，调节分别产生特定指标的功能、表达或活性更大或更小的量。例如，在向细胞、组织或受试者施用本文所述的TREM之后，如本文所述的指标(例如，蛋白质翻译、mRNA稳定性、蛋白质折叠)的标志物的量可以相对于施用前标志物的量或相对于阴性对照剂的作用增加或减少至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％、2X、3X、5X、10X或更多。在施用已达到所述作用的时间，例如，在开始治疗后至少12小时、24小时、一周、一个月、3个月、或6个月时，测量施用后的指标。
如本文所用的术语“增加的表达”是指与参考相比增加，例如，在改变的控制区或药剂的添加导致受试者产物表达增加的情况下，相对于没有该改变或添加的在其他方面类似的细胞，其表达增加。
如本文所用的术语“同工受体”是指多个tRNA分子或TREM，其中该多个分子中的每个分子包含不同的天然存在反密码子序列，并且该多个分子中的每个分子介导相同氨基酸的掺入，并且该氨基酸是天然对应于该多个分子的反密码子的氨基酸。
如本文所用的术语“非同源衔接子功能TREM”是指TREM，其介导不同于与TREM的反密码子天然相关的AA的AA(非同源AA)的起始或延伸。在实施例中，非同源衔接子功能TREM也被称为无负载的TREM(mTREM)。
如本文所用的术语“非天然存在的序列”是指序列，其中腺嘌呤被除腺嘌呤类似物以外的残基置换、胞嘧啶被除胞嘧啶类似物以外的残基置换、鸟嘌呤被鸟嘌呤类似物以外的残基置换，尿嘧啶被尿嘧啶类似物以外的残基置换。类似物是指核糖核苷酸A、G、C或U的任何可能的衍生物。在实施例中，具有核糖核苷酸A、G、C或U中任一个的衍生物的序列是非天然存在的序列。
如本文所用的术语“癌基因”是指调节一种或多种细胞过程的基因，所述过程包括：细胞命运决定、细胞存活和基因组维持。在实施例中，癌基因为其存在的细胞提供选择性生长优势，例如，失调，例如，在遗传上失调(例如，突变或扩增)或表观遗传失调。示例性癌基因包括Myc(例如，c-Myc、N-Myc或L-Myc)、c-Jun、Wnt或RAS。
如本文所用的术语“药物组合物”是指适用于药物用途的组合物。典型地，药物组合物包含药物赋形剂。在实施例中，药物组合物可以包含TREM(包含TREM的药物组合物)。在实施例中，TREM是包含TREM的药物组合物中的唯一活性成分。在实施例中，药物组合物，例如，包含TREM的药物组合物不含、基本上不含或具有少于药学上可接受量的宿主细胞蛋白、DNA(例如，宿主细胞DNA)、内毒素和细菌。在实施例中，药物组合物，例如，包含TREM的药物组合物是符合当前良好生产规范(cGMP)指南或其他类似要求的GMP级组合物。在实施例中，药物组合物，例如，包含TREM的药物组合物无菌，例如，根据无菌药物产品的cGMP指南，例如，在无菌条件下测试时，该组合物或制剂支持少于100个活微生物的生长，该组合物或制剂符合USP<71>的标准，和/或该组合物或制剂符合USP<85>的标准。
关于主题分子，例如，TREM、RNA或tRNA，如本文所用的术语“转录后加工”是指主题分子的共价修饰。在实施例中，共价修饰发生在转录后。在实施例中，共价修饰共转录地发生。在实施例中，修饰在体内进行，例如，在用于产生TREM的细胞中。在实施例中，修饰是在离体，例如，它是在从产生TREM的细胞中分离或获得的TREM上进行的。在实施例中，转录后修饰选自表2中列出的转录后修饰。
如本文所用的术语“重组TREM”是指在通过人为干预修饰具有介导TREM产生的修饰的细胞中表达的TREM，例如，细胞包含编码TREM的外源序列，或介导表达的修饰，例如，TREM的转录表达或转录后修饰。重组TREM可以与参考tRNA，例如，天然tRNA具有相同或不同的序列、转录后修饰组或三级结构。
如本文所用的术语“合成的TREM”是指在不同于具有编码TREM的内源核酸的细胞的细胞中合成(例如，通过无细胞固相合成)的TREM。合成的TREM可以与天然tRNA具有相同或不同的序列、转录后修饰组或三级结构。
如本文所用的术语“在异源细胞中表达的TREM”是指在非天然条件下制备的TREM。例如，TREM，i)在与天然存在的细胞不同的细胞中制备，例如，在遗传上、代谢上(例如，具有不同的基因表达谱或具有不同水平的细胞组分，例如，吸收的营养物)、或表观遗传上不同；ii)在细胞中制造，该细胞在与天然条件不同(天然条件是细胞在自然界中产生tRNA的条件)的条件下培养，例如，营养、pH、温度、细胞密度或压力条件；或iii)在细胞中以与参考不同的水平、速率或浓度制备，或定位在与参考不同的隔室或位置中，例如，以与天然条件下发生的不同的水平、速率或浓度制备，或定位在与天然条件下发生的不同的隔室或位置中。在异源细胞中表达的TREM可以与天然tRNA具有相同或不同的序列、转录后修饰组或三级结构。
如本文所用的术语“tRNA”是指以其天然状态的天然存在的转移核糖核酸。
如本文所用的术语“基于tRNA的效应分子”或“TREM”是指包含来自以下(a)-(v)的结构或特性的RNA分子，并且其是重组TREM、合成的TREM，或从异源细胞表达的TREM。TREM可以具有(a)-(v)中的多个(例如，2、3、4、5、6、7、8、9个)结构和功能。
在实施例中，TREM是非天然的，如通过其结构或制备方式所评估的。
在实施例中，TREM包含以下结构或特性中的一个或多个：
(a’)“共有序列”部分中提供的共有序列的任选接头区，例如，接头1区；
(a)结合氨基酸的氨基酸附接结构域，例如，接纳茎结构域(AStD)，其中AStD包含足够的RNA序列来介导，例如，当存在于在其他方面为野生型的tRNA中时，接受氨基酸，例如，其同源氨基酸或非同源氨基酸，以及在多肽链的起始或延伸中氨基酸(AA)的转移。通常，AStD包含3'-末端腺苷(CCA)，用于接纳茎负载，这是合成酶识别的一部分。在实施例中，AStD与天然存在的AStD(例如，由表1中的核酸编码的AStD)具有至少75％、80％、85％、85％、90％、95％或100％同一性。在实施例中，TREM可以包含AStD(例如，由表1中的核酸编码的AStD)的片段或类似物，该片段在实施例中具有AStD活性而在其他实施例中不具有AStD活性。(普通技术人员可以从表1中的核酸编码的序列确定本文提及的任何结构域、茎、环或其他序列特征的相关对应序列。例如，普通技术人员可以从表1中的核酸编码的tRNA序列中确定对应于AStD的序列。)
在实施例中，AStD属于“共有序列”部分中提供的共有序列的对应序列，或与共有序列的差异不超过1、2、5或10个位置；
在实施例中，AStD包含式IZZZ的残基R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7和残基R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
在实施例中，AStD包含式IIZZZ的残基R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7和残基R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
在实施例中，AStD包含式IIIIZZZ的残基R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7和残基R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
(a’-1)包含“共有序列”部分中提供的共有序列的残基R8-R9的接头，例如，接头2区；
(b)二氢尿苷发夹结构域(DHD)，其中DHD包含足够的RNA序列来介导，例如，当存在于在其他方面为野生型的tRNA中时，识别氨酰基-tRNA合成酶，例如，充当氨酰基-tRNA合成酶的识别位点，用于TREM的氨基酸负载。在实施例中，DHD介导TREM三级结构的稳定化。在实施例中，DHD与天然存在的DHD(例如，由表1中的核酸编码的DHD)具有至少75％、80％、85％、85％、90％、95％或100％同一性。在实施例中，TREM可以包含DHD(例如，由表1中的核酸编码的DHD)的片段或类似物，该片段在实施例中具有DHD活性而在其他实施例中不具有DHD活性。
在实施例中，DHD属于“共有序列”部分中提供的共有序列的对应序列，或与共有序列的差异不超过1、2、5或10个位置；
在实施例中，DHD包含式IZZZ的残基R10-R11-R12-R13-R14R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
在实施例中，DHD包含式IIZZZ的残基R10-R11-R12-R13-R14R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
在实施例中，DHD包含式IIIIZZZ的残基R10-R11-R12-R13-R14R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
(b’-1)包含“共有序列”部分中提供的共有序列的残基R29的接头，例如，接头3区；
(c)结合mRNA中相应密码子的反密码子，例如，反密码子发夹结构域(ACHD)，其中ACHD包含足够的序列，例如，反密码子三联体，以介导例如，当存在于在其他方面为野生型的tRNA中时，与密码子配对(有或没有摆动)；在实施例中，ACHD与天然存在的ACHD(例如，由表1中的核酸编码的ACHD)具有至少75％、80％、85％、85％、90％、95％或100％同一性。在实施例中，TREM可以包含ACHD(例如，由表1中的核酸编码的ACHD)的片段或类似物，该片段在实施例中具有ACHD活性而在其他实施例中不具有ACHD活性。
在实施例中，ACHD属于“共有序列”部分中提供的共有序列的对应序列，或与共有序列的差异不超过1、2、5或10个位置；
在实施例中，ACHD包含式IZZZ残基-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
在实施例中，ACHD包含式IIZZZ的残基-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
在实施例中，ACHD包含式IIIZZZ的残基-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
(d)可变环结构域(VLD)，其中VLD包含足够的RNA序列来介导，例如，当存在于在其他方面为野生型的tRNA中时，识别氨酰基-tRNA合成酶，例如，充当氨酰基-tRNA合成酶的识别位点，用于TREM的氨基酸负载。在实施例中，VLD介导TREM三级结构的稳定化。在实施例中，VLD调节(例如，增加)TREM(例如，对于它的同源氨基酸)的特异性，例如，VLD调节TREM的同源衔接子功能。在实施例中，VLD与天然存在的VLD(例如，由表1中的核酸编码的VLD)具有至少75％、80％、85％、85％、90％、95％或100％同一性。在实施例中，TREM可以包含VLD(例如，由表1中的核酸编码的VLD)的片段或类似物，该片段在实施例中具有VLD活性而在其他实施例中不具有VLD活性。
在实施例中，VLD属于“共有序列”部分中提供的共有序列的对应序列。
在实施例中，VLD包含“共有序列”部分中提供的共有序列的残基-[R47]x1，其中x＝1-271(例如x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)；
(e)胸腺嘧啶发夹结构域(THD)，其中THD包含足够的RNA序列，以介导例如，当存在于在其他方面为野生型的tRNA中时，识别核糖体，例如，充当核糖体的识别位点，在翻译过程中形成TREM-核糖体复合物。在实施例中，THD与天然存在的THD(例如，由表1中的核酸编码的THD)具有至少75％、80％、85％、85％、90％、95％或100％同一性。在实施例中，TREM可以包含THD(例如，由表1中的核酸编码的THD)的片段或类似物，该片段在实施例中具有THD活性而在其他实施例中不具有THD活性。
在实施例中，THD属于“共有序列”部分中提供的共有序列的对应序列，或与共有序列的差异不超过1、2、5或10个位置；
在实施例中，THD包含式IZZZ残基-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
在实施例中，THD包含式IIZZZ的残基-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
在实施例中，THD包含式IIIZZZ的残基-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个；
(e’1)包含“共有序列”部分中提供的共有序列的残基R72的接头，例如，接头4区；
(f)在生理条件下，它包含茎结构和一个或多个环结构，例如，1、2或3个环。环可包含本文所述的结构域，例如，选自(a)-(e)的结构域。一个环可以包含一个或多个结构域。在实施例中，茎或环结构与天然存在的茎或环结构(例如，由表1中的核酸编码的茎或环结构)具有至少75％、80％、85％、85％、90％、95％或100％同一性。在实施例中，TREM可以包含茎或环结构(例如，由表1中的核酸编码的茎或环结构)的片段或类似物，该片段在实施例中具有茎或环结构的活性而在其他实施例中不具有茎或环结构的活性；
(g)三级结构，例如，L形三级结构；
(h)衔接子功能，即TREM介导氨基酸(例如，其同源氨基酸)的接受和AA在多肽链的起始或延伸中的转移；
(i)同源衔接子功能，其中TREM介导与TREM的反密码子天然相关的氨基酸(例如，同源氨基酸)的接受和掺入以启动或延长多肽链；
(j)非同源衔接子功能，其中在多肽链的起始或延长过程中，该TREM介导接受和掺入不同于与该TREM的反密码子天然相关的氨基酸的氨基酸(例如，非同源氨基酸)；
(k)调节性功能，例如，表观遗传功能(例如，基因沉默功能或信号传导通路调节功能)、细胞命运调节功能、mRNA稳定性调节功能、蛋白质稳定性调节功能、蛋白质转导调节功能、或蛋白质区室化功能；
(l)允许核糖体结合的结构；
(m)转录后修饰，例如，它包含来自表2的一个或多个修饰，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个在表2中列出的修饰；
(n)抑制tRNA功能特性的能力，例如，tRNA具有的特性(h)-(k)中的任一个；
(o)调节细胞命运的能力；
(p)调节核糖体占用的能力；
(q)调节蛋白质翻译的能力；
(r)调节mRNA稳定性的能力；
(s)调节蛋白质折叠和结构的能力；
(t)调节蛋白质转导或区室化的能力；
(u)调节蛋白质稳定性的能力；或
(v)调节信号传导通路的能力，例如，细胞信号传导通路。
在实施例中，TREM包含全长tRNA分子或其片段。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)-(e)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)和(c)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)和(h)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)和(b)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)和(e)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)、(b)和(e)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)、(b)、(e)和(g)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)和(m)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)、(m)和(g)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)、(m)和(b)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)、(m)和(e)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)、(m)、(g)、(b)和(e)。
在实施例中，TREM包含以下特性：(a)、(c)、(h)、(m)、(g)、(b)、(e)和(q)。
在实施例中，TREM包含：
(i)结合氨基酸的氨基酸附接结构域(例如，如本文(a)中所述的AStD)；以及
(ii)结合mRNA中相应密码子的反密码子(例如，ACHD，如本文(c)中所述)。
在实施例中，该TREM包含提供(i)至(ii)的共价连接的柔性RNA接头。
在实施例中，该TREM介导蛋白质翻译。
在实施例中，该TREM包含接头，例如，RNA接头，例如，柔性RNA接头，其提供第一和第二结构或结构域之间的共价连接。在实施例中，该RNA接头包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个核糖核苷酸。TREM可以包含一个或多个接头，例如，在实施例中，包含(a)、(b)、(c)、(d)和(e)的TREM可以具有在第一和第二结构域之间的第一接头，以及在第三结构域和另一个结构域之间的第二接头。
在实施例中，TREM包含与由表1中所列的DNA序列编码的RNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同或差异不超过1、2、3、4、5、10、15、20、25或30个核糖核苷酸的RNA序列，或者其片段或功能片段。在实施例中，TREM包含由表1中所列的DNA序列编码的RNA序列，或者其片段或功能片段。在实施例中，TREM包含由与表1中所列的DNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同的DNA序列编码的RNA序列，或者其片段或功能片段。在实施例中，TREM包含TREM结构域，例如，本文所述的结构域，该结构域与由表1中所列的DNA序列编码的RNA至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同或差异不超过1、2、3、4、5、10或15个核糖核苷酸，或其片段或功能片段。在实施例中，TREM包括TREM结构域，例如，本文所述的结构域，该结构域包含由表1中所列的DNA序列编码的RNA序列，或其片段或功能片段。在实施例中，TREM包括TREM结构域，例如，本文所述的结构域，该结构域包含由与表1中所列的DNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同的DNA序列编码的RNA序列，或其片段或功能片段。
在实施例中，TREM的长度为76-90个核苷酸。在实施例中，TREM或者其片段或功能片段是10-90个之间的核苷酸、10-80个之间的核苷酸、10-70个之间的核苷酸、10-60个之间的核苷酸、10-50个之间的核苷酸、10-40个之间的核苷酸、10-30个之间的核苷酸、10-20个之间的核苷酸、20-90个之间的核苷酸、20-80个之间的核苷酸、20-70个之间的核苷酸、20-60个之间的核苷酸、20-50个之间的核苷酸、20-40个之间的核苷酸、30-90个之间的核苷酸、30-80个之间的核苷酸、30-70个之间的核苷酸、30-60个之间的核苷酸或30-50个之间的核苷酸。
在实施例中，TREM被氨酰化，例如，通过氨酰基tRNA合成酶负载氨基酸。
在实施例中，TREM不负载氨基酸，例如，无负载的TREM(uTREM)。
在实施例中，TREM包含小于全长的tRNA。在实施例中，TREM可以对应于tRNA的天然存在的片段，或对应于非天然存在的片段。示例性片段包括：TREM半(例如，来自ACHD中的切割，例如，在反密码子序列中，例如，5’半或3’半)；5’片段(例如，包含5’末端的片段，例如，来自DHD或ACHD中的切割)；3’片段(例如，包含3’末端的片段，例如，来自THD中的切割)；或内部片段(例如，来自ACHD、DHD或THD中的一个或多个的切割)。
如本文所用的术语“TREM组合物”是指包含多个TREM的组合物。TREM组合物可包含一个种类或多个种类的TREM。在实施例中，该组合物仅包含单一种类的TREM。在实施例中，该TREM组合物包含第一TREM种类和第二TREM种类。在实施例中，该TREM组合物包含X TREM种类，其中X＝2、3、4、5、6、7、8、9或10。在实施例中，TREM与表1中的核酸编码的序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％或95％，或具有100％同一性。TREM组合物可包含一个种类或多个种类的TREM。在实施例中，该TREM组合物从细胞培养物中纯化。在实施例中，从中纯化TREM的细胞培养物包含至少1x107个宿主细胞、1x108个宿主细胞、1x109个宿主细胞、1x1010个宿主细胞、1x1011个宿主细胞、1x1012个宿主细胞、1x1013个宿主细胞、或1x1014个宿主细胞。在实施例中，TREM组合物是至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％干重TREM(对于液体组合物，干重是指去除基本上所有液体，例如，冻干后)。在实施例中，该组合物是液体。在实施例中，该组合物是干燥的，例如，冻干的材料。在实施例中，该组合物是冷冻的组合物。在实施例中，该组合物是无菌的。在实施例中，该组合物包含至少0.5g、1.0g、5.0g、10g、15g、25g、50g、100g、200g、400g或500g TREM(例如，由干重确定)。
如本文所用的术语“肿瘤抑制因子”是指调节一种或多种细胞过程的基因，该过程包括：细胞命运决定、细胞存活和基因组维持。在实施例中，肿瘤抑制因子向其失调(例如遗传上失调(例如，突变或缺失)或表观遗传失调)的细胞提供选择性生长优势。示例性的肿瘤抑制因子包括p53或Rb。
如本文所用的术语“配对(Pairs with或pairing)”是指密码子与反密码子的对应关系，并且包括完全互补的密码子:反密码子对以及“摆动”配对，其中第三位置不必互补。完全互补配对是指根据Watson-Crick碱基配对，密码子的所有三个位置均与对应反密码子配对。摆动配对是指根据Watson-Crick碱基配对，密码子的第一和第二位置与对应反密码子互补配对，并且密码子的第三位置与对应的反密码子灵活配对。
除非在本披露中明确提供，否则术语修饰、置换、衍生和类似术语在用于或应用于产物时，仅指最终产物或最终产物的结构，并且不受任何制备或制造产物的方法限制。
包括标题、小标题、副标题、编号或其他字母/数字层次结构仅为了便于阅读，并且未明确相反地指示性能顺序、重要性顺序、大小或其他值。
上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)
本文披露的观察结果是，RNA或由具有con-稀有密码子的RNA编码的蛋白质的生产参数可以通过施用包含对应于所述con-稀有密码子的TREM的TREM组合物来调节。因此，除其他外，本披露提供了鉴定上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)的方法、对应于con-稀有密码子的TREM的组合物以及所述TREM组合物的用途。
con-稀有密码子是对于核酸序列(例如，DNA或RNA)或由核酸序列(例如，DNA或RNA)编码的蛋白质的生产参数(例如，表达参数或信号传导参数)为限制性的密码子。可以通过确定添加对应于con-稀有密码子的tRNA是否调节(典型地增加)靶核酸序列(例如，靶基因)的生产参数来鉴定或评估上下文稀有性或稀有性。在实施例中，作为密码子特性的con-稀有性是以下一个、两个、三个、四个、所有因素的函数：
(1)该密码子的序列；
(2)靶细胞或组织中该con-稀有密码子的对应tRNA的可用性，例如，有负载的tRNA，例如，一种或多种同工受体tRNA分子；
(3)该靶细胞或组织的表达谱(或蛋白质组学特性)(例如，包含该con-稀有密码子的其他蛋白质的表达丰度)；
(4)有负载的对应于该con-稀有密码子的tRNA的比例；以及
(5)对应于该con-稀有密码子的tRNA的同工解码器同种型。
在实施例中，con-稀有性是靶组织或细胞中归一化蛋白质组密码子计数和tRNA丰度的函数。在实施例中，con-稀有性是密码子频率的量度，其根据上下文依赖于靶组织或细胞中tRNA丰度水平。在实施例中，可以通过生产参数(例如，表达参数或信号传导参数，例如，如本文所述)来鉴定或评估con-稀有性。
在实施例3中或例如在图2中提供了评估con-稀有性和鉴定con-稀有密码子的示例性方法。
用于评估con-稀有性的示例性参考值
在实施例中，可以通过密码子是否满足蛋白质组密码子计数-tRNA频率(PCC-tF，如本文所述)的参考值来鉴定或评估上下文稀有性或con-稀有性。
在实施例中，con-稀有性是归一化蛋白质组密码子计数和tRNA谱(例如，如本文所述)的函数。在实施例中，通过将归一化蛋白质组密码子计数除以由纳米孔或其他tRNA测序实验确定的tRNA谱来确定con-稀有性。这提供了一种密码子使用量度，该量度根据上下文依赖于tRNA谱，例如，tRNA丰度水平。
在实施例中，如果con-稀有性符合例如本文所述的参考值，例如预定或预选参考值(例如，阈值，例如，内部阈值)，则确定密码子是上下文稀有的(con-稀有)。在实施例中，参考值是低于例如该密码子频率的正态拟合分布的1.5Xσ的值。
在实施例中，如果归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA谱值符合参考值，例如预定或预选参考值(例如，阈值，例如，内部阈值)，则密码子是con-稀有的。
在实施例中，如果归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA谱值位于归一化蛋白质组密码子计数的值除以测量的所有密码子(例如，其中测量了所有64个密码子)的tRNA谱值的前5％、10％、20％、30％或40％内，则密码子是con-稀有的。在实施例中，如果归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA谱值在归一化蛋白质组密码子计数的值除以测量的所有密码子的tRNA谱值的前5％内，则密码子是con-稀有的。在实施例中，如果归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA谱值位于归一化蛋白质组密码子计数的值除以测量的所有密码子的tRNA谱值的前10％内，则密码子是con-稀有的。在实施例中，如果归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA谱值位于归一化蛋白质组密码子计数的值除以测量的所有密码子的tRNA谱值的前20％内，则密码子是con-稀有的。在实施例中，如果归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA谱值位于归一化蛋白质组密码子计数的值除以测量的所有密码子的tRNA谱值的前30％内，则密码子是con-稀有的。在实施例中，如果归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA谱值位于归一化蛋白质组密码子计数的值除以测量的所有密码子的tRNA谱值的前40％内，则密码子是con-稀有的。
在实施例中，如果对于归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA谱值，归一化蛋白质组密码子计数的值低于所有测量密码子的值，并且tRNA谱值高于所有测量密码子的值，例如，其中测量了所有64个密码子，则密码子是con-稀有的。
在实施例中，如果密码子位于归一化蛋白质组密码子计数(y轴)与tRNA谱(x轴)的相互关系的图的左上象限，则密码子是con-稀有密码子，每个象限中的密码子数量相同，例如，其中测量了所有64个密码子。
在实施例中，如果密码子位于归一化蛋白质组密码子计数(y轴)与tRNA谱(x轴)的相互关系的图的右下象限以外的象限中，则密码子是con-稀有密码子，每个象限中的密码子数量相同，例如，其中测量了所有64个密码子。
蛋白质组密码子计数-tRNA频率(PCC-tF)
在另一方面，蛋白质组密码子计数(对于选定密码子)可以与tRNA频率(对于具有选定密码子的tRNA)一起使用，以提供选定密码子的con-稀有性的量度。该参数在本文中称为蛋白质组密码子计数-tRNA频率，或PCC-tF。蛋白质组密码子计数可以作为对具有选定密码子的tRNA的“需求”的量度。tRNA频率可以作为具有选定密码子的tRNA的“供应”的量度。
如本文所用，蛋白质组密码子计数是指(对于靶细胞(或组织)中参考蛋白质集合中的所有蛋白质)在参考组的蛋白质中使用密码子的次数乘以该蛋白质的丰度值的总和。蛋白质组密码子计数可以表示为Σ(蛋白质丰度x蛋白质密码子计数)R1-Rn，其中R是蛋白质的集合。通常，参考集是在靶细胞(或组织)中表达的所有蛋白质或在靶细胞中表达的部分蛋白质，例如，通过靶细胞(或组织)中表达的所有蛋白质的数量或分子量得到的蛋白质丰度大于1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的所有蛋白质，或可通过用以确定蛋白质组学量化的方法(例如，质谱)检测到的所有蛋白质。
例如，通过测序方法可以确定选定的靶细胞(或组织)的tRNA频率。
可以通过密码子的蛋白质组密码子计数及其在靶细胞(或组织)中的同源tRNA频率的函数(例如，通过一个与另一个的比率的函数(PCC-tF))来定义或评估密码子的con-稀有性(或con-稀有性元素(an element of con-rarity)，其中其他元素有助于全面确定con-稀有性)。在实施例中，函数是tRNA频率与蛋白质组密码子计数的比率。如果在x轴上绘制渐增的tRNA频率并且在Y轴上绘制渐增的蛋白质组密码子计数(参见，例如，图2)，那么在实施例中，倾向于左上象限与相对较高的con-稀有性有关，并且倾向于右下象限与相对较低的con-稀有性有关。
可以通过满足蛋白质组密码子计数的参考值和满足靶细胞(或组织)中tRNA频率的参考值、或满足PCC-tF的参考值的密码子来定义或评估密码子的con-稀有性(或con-稀有性元素)。
参考蛋白质集合的蛋白质组密码子计数的值的范围可以分为子范围，例如，分为四分位数、五分位数、十分位数或百分位数。同样，tRNA频率的值的范围(对于选定密码子)可以分为子范围，例如，分为四分位数、五分位数、十分位数或百分位数。在实施例中，可将con-稀有性(或con-稀有性元素)定义或评估为符合蛋白质组密码子计数的选定参考并且符合tRNA频率的选定参考的密码子。
在实施例中，如果密码子落入蛋白质组密码子计数的选定子范围或一组子范围内并且具有小于参考值的密码子频率，或落在频率的选定子范围或子范围集内，或具有对应于满足此类选定子范围或子范围集的PCC-tF的值，则密码子为con-稀有的(或满足con-稀有性元素)。
在实施例中，如果密码子对于蛋白质组密码子计数在第五个十分位数或以上并且对于tRNA频率在第五个十分位数或更低，或具有对应于满足此类选定子范围或子范围集的PCC-tF的值，则密码子为con-稀有的(或满足con-稀有性元素)。
在实施例中，如果一个密码子对于蛋白质组密码子计数在第四十分位或以上并且对于tRNA频率在第四十分位或更低，或具有对应于满足此类选定子范围或子范围集的PCC-tF值，则密码子为con-稀有的(或满足con-稀有性元素)。
在实施例中，如果密码子对于蛋白质组密码子计数在第三个十分位数或以上并且对于tRNA频率在第三个十分位数或更低，或具有对应于满足此类选定子范围或子范围集的PCC-tF的值，则密码子为con-稀有的(或满足con-稀有性元素)。
在实施例中，如果一个密码子对于蛋白质组密码子计数在第二十分位或以上并且对于tRNA频率在第二十分位或更低，或具有对应于满足此类选定子范围或子范围集的PCC-tF值，则密码子为con-稀有的(或满足con-稀缺性元素)。
在实施例中，如果一个密码子对于蛋白质组密码子计数在第一十分位或以上并且对于tRNA频率在第一十分位或更低，或具有对应于满足此类选定子范围或子范围集的PCC-tF值，则密码子为con-稀有的(或满足con-稀有性元素)。
用TREM组合物调节RNA或由具有con-稀有密码子的RNA编码的蛋白质的生产参数的方法
RNA或由具有con-稀有密码子的RNA编码的蛋白质的生产参数可以通过施用包含对应于所述con-稀有密码子的TREM的TREM组合物来调节。
在一个方面，本文提供了一种调节靶细胞或组织中的RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数的方法，该方法包括：
向该靶细胞或组织提供例如施用或使该靶细胞或组织接触有效量的tRNA效应分子(TREM)(例如，包含TREM的TREM组合物)，该TREM对应于该RNA的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，
从而调节该靶细胞或组织中该RNA或由该RNA编码的蛋白质的生产参数。
可以向受试者施用TREM组合物或者将靶细胞或组织与TREM组合物离体接触。在实施例中，可以将已经与TREM组合物离体接触的靶细胞或组织引入受试者，例如，同种异体受试者或自体受试者。
通过施用TREM组合物(例如，包含对应于con-稀有密码子的TREM)来调节RNA或由具有con-稀有密码子的RNA编码的蛋白质的生产参数包括调节表达参数或信号传导参数，例如，如本文所述。
例如，向靶细胞或组织施用TREM组合物可导致针对con-稀有密码子RNA的以下任何一个或多个表达参数的增加或减少：
(a)蛋白质翻译；
(b)表达水平(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)；
(c)多肽或蛋白质的翻译后修饰；
(d)折叠(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)，
(e)结构(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)，
(f)转导(例如，多肽或蛋白质)，
(g)区室化(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)，
(h)将(例如，多肽或蛋白质、或mRNA)掺入超分子结构中，例如，掺入膜、蛋白酶体或核糖体中，
(i)掺入多聚体多肽中，例如，同源或异源二聚体，和/或
(j)稳定性。
作为另一个实例，向靶细胞或组织施用TREM组合物可导致con-稀有密码子RNA的以下任一个或多个信号传导参数的增加或减少：
(1)信号传导通路的调节，例如，在由con-稀有密码子RNA编码的蛋白质的下游或上游的细胞信号传导通路；
(2)细胞命运调节；
(3)核糖体占用调节；
(4)蛋白质翻译调节；
(5)mRNA稳定性调节；
(6)蛋白质折叠和结构调节；
(7)蛋白质转导或区室化调节；和/或
(8)蛋白质稳定性调节。
与参考核酸序列(例如，亲本、野生型或常规优化的核酸序列)相比，生产参数(例如，表达参数和/或信号传导参数)可以被调节例如至少5％(例如，至少10％、15％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％或更多)。
宿主细胞
宿主细胞是可用于表达和/或纯化TREM的细胞(例如，培养的细胞)。在实施例中，宿主细胞包含哺乳动物细胞或非哺乳动物细胞。在实施例中，宿主细胞包含哺乳动物细胞，例如，人细胞，或啮齿动物细胞。在实施例中，宿主细胞包括HeLa细胞、HEK293T细胞(例如，Freestyle 293-F细胞)、HT-1080细胞、PER.C6细胞、HKB-11细胞、CAP细胞、HuH-7细胞、BHK21细胞、MRC-S细胞、MDCK细胞、VERO细胞、WI-38细胞、或中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。在实施例中，宿主细胞包含癌细胞，例如，实体瘤细胞(例如，乳腺癌细胞(例如，MCF7细胞)、胰腺细胞系(例如，MIA PaCa-2细胞)、肺癌细胞、或前列腺癌细胞、或血液癌细胞)。在实施例中，宿主细胞是原代细胞，例如，尚未永生化的细胞或具有有限增殖能力的细胞。在实施例中，宿主细胞是来源于受试者，例如患者的细胞。
在实施例中，宿主细胞包含非哺乳动物细胞，例如，细菌细胞、酵母细胞或昆虫细胞。在实施例中，宿主细胞包含细菌细胞，例如，大肠杆菌细胞。在实施例中，宿主细胞包含酵母细胞，例如，酿酒酵母(S.cerevisiae)细胞。在实施例中，宿主细胞包含昆虫细胞，例如，Sf-9细胞或Hi5细胞。
在实施例中，宿主细胞包含表达一种或多种组织特异性tRNA的细胞。例如，宿主细胞可以包含来源于与tRNA(例如，组织特异性tRNA)表达相关的组织的细胞。在实施例中，表达组织特异性tRNA的宿主细胞经修饰以表达TREM或其片段。
在实施例中，宿主细胞是可以在允许表达TREM的条件下维持的细胞。
在实施例中，宿主细胞能够转录后修饰TREM，例如，添加从表2中选择的转录后修饰。在实施例中，宿主细胞表达(例如，天然或异源地)表2中列出的酶。在实施例中，宿主细胞表达(例如，天然或异源地)酶，例如，具有核酸酶活性的酶(例如，内切核酸酶活性或核糖核酸酶活性)，例如或切丁酶、血管生成素、RNA酶A、RNA酶P、RNA酶Z、Rny1或PrrC中的一种或多种。
培养宿主细胞的方法
宿主细胞可以在促进生长(例如，宿主细胞的增殖或过度增殖)的培养基中培养。宿主细胞可以在合适的培养基中培养，例如，以下培养基中的任一个：DMEM、MEM、MEMα、RPMI、F-10培养基、F-12培养基、DMEM/F-12培养基、IMDM、培养基199、Leibovitz L-15、McCoys’s 5A、MDCB培养基或CMRL培养基。在实施例中，培养基补充有谷氨酰胺。在实施例中，培养基不补充谷氨酰胺。在实施例中，宿主细胞在具有过量营养物例如不是营养限制的培养基中培养。
宿主细胞可以在包含或补充以下的培养基中培养：生长因子、细胞因子或激素的一种或组合，例如，血清(例如，胎牛血清(FBS))、HEPES、成纤维细胞生长因子(FGF)、表皮生长因子(EGF)、胰岛素样生长因子(IGF)、转化生长因子β(TGFb)、血小板衍生生长因子(PDGF)、肝细胞生长因子(HGF)或肿瘤坏死因子(TNF)中的一种或组合。
宿主细胞，例如，非哺乳动物宿主细胞，可以在以下任何培养基中培养：Luria培养基、YPD培养基或Grace培养基。
宿主细胞也可以在诱导应激的条件下培养，例如，细胞应激、渗透应激、翻译应激或致癌应激。在实施例中，表达TREM的宿主细胞在诱导应激(例如，如本文所述)的条件下培养产生TREM的片段，例如，如本文所述。
宿主细胞可以在营养限制条件下培养，例如，宿主细胞在具有有限量的一种或多种营养物的培养基中培养。可以限制的营养物的实例是氨基酸、脂质、碳水化合物、激素、生长因子或维生素。在实施例中，表达TREM的宿主细胞在具有限制量的一种或多种营养物的培养基中培养(例如，培养基营养物不足)产生TREM的片段，例如，如本文所述。在实施例中，表达TREM的宿主细胞在具有限制量的一种或多种营养物的培养基中培养，例如，培养基营养物不足，导致无负载的TREM(例如uTREM)。
宿主细胞可以包含永生化细胞，例如，表达一种或多种参与永生化的酶(例如，TERT)的细胞。在实施例中，宿主细胞可以无限繁殖。
宿主细胞可以悬浮培养或作为单层培养。宿主细胞培养可以在细胞培养容器或生物反应器中进行。细胞培养容器包括细胞培养皿、板或烧瓶。示例性细胞培养容器包括35mm、60mm、100mm或150mm培养皿、多孔板(例如6孔、12孔、24孔、48孔或96孔板)，或T-25、T-75或T-160烧瓶。
在实施例中，宿主细胞可以在生物反应器中培养。生物反应器可以是，例如，连续流式分批生物反应器、灌注生物反应器、分批工艺生物反应器或补料分批生物反应器。生物反应器可以维持在足以表达TREM的条件下。可以调节培养条件以优化TREM的产率、纯度或结构。在实施例中，生物反应器包含至少1x107、1x108、1x109、1x1010、1x1011、1x1012、1x1013或1x1014个宿主细胞。
在实施例中，生物反应器包含1x105个宿主细胞/mL至1x109个宿主细胞/mL之间、5x105个宿主细胞/mL至1x109个宿主细胞/mL之间、1x106个宿主细胞/mL至1x109个宿主细胞/mL之间；5x106个宿主细胞/mL至1x109个宿主细胞/mL之间、1x107个宿主细胞/mL至1x109个宿主细胞/mL之间、5x107个宿主细胞/mL至1x109个宿主细胞/mL之间、1x108个宿主细胞/mL至1x109个宿主细胞/mL之间、5x108个宿主细胞/mL至1x109个宿主细胞/mL之间、1x105个宿主细胞/mL至5x108个宿主细胞/mL之间、1x105个宿主细胞/mL至1x108个宿主细胞/mL之间、1x105个宿主细胞/mL至5x107个宿主细胞/mL之间、1x105个宿主细胞/mL至1x107个宿主细胞/mL之间、1x105个宿主细胞/mL至5x106个宿主细胞/mL之间、1x105个宿主细胞/mL至1x106个宿主细胞/mL之间、或1x105个宿主细胞/mL至5x105个宿主细胞/mL之间。
在实施例中，生物反应器维持在促进宿主细胞生长的条件下，例如，在允许宿主细胞生长的温度(例如，37℃)和气体浓度(例如，5％CO2)下。
例如，在一些方面，生物反应器单元可执行以下一项或多项或所有：营养物和/或碳源的供给，合适的气体(例如，氧气)的注入，发酵或细胞培养基的入口和出口流动，气相和液相的分离，温度的维持，氧气和CO2水平的维持、pH水平的维持、搅拌(例如，搅动)和/或清洁/消毒。示例性的生物反应器单元，可以在单元内包含多个反应器，例如该单元可以在每个单元中具有1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90或100个或更多个生物反应器和/或设施可包含在设施内具有单个或多个反应器的多个单元。可以使用任何合适的生物反应器直径。
在实施例中，生物反应器的体积可以是约100mL至约100L之间。非限制性实例包括100mL、250mL、500mL、750mL、1升、2升、3升、4升、5升、6升、7升、8升、9升、10升、15升、20升、25升、30升、40升、50升、60升、70升、80升、90升、100升的体积。此外，合适的反应器可以是多次使用的、单次使用的、一次性的或非一次性的，并且可以由任何合适的材料形成，包括金属合金，如不锈钢(例如，316L或任何其他合适的不锈钢)和铬镍铁合金、塑料和/或玻璃。在一些实施例中，合适的反应器可以是圆形的，例如，圆柱形。在一些实施例中，合适的反应器可以是方形的，例如，矩形。在某些情况下，方形反应器可提供优于圆形反应器的益处，如易于使用(例如，由技术人员装载和设置)、反应器内容物的更好混合和均匀性以及更低的占地面积。
修饰宿主细胞的方法
可以修饰宿主细胞以优化TREM的生产，例如，以具有优化的TREM产率、纯度、结构(例如，折叠)或稳定性。在实施例中，宿主细胞可以被修饰(例如，使用本文所述的方法)，以增加或减少所期望分子(例如，优化TREM生产(例如，优化TREM的产率、纯度、结构或稳定性)的基因)的表达。在实施例中，宿主细胞可以被表观遗传修饰，例如，使用本文所述的方法，以增加或减少所期望基因(其优化生产)的表达。
在实施例中，宿主细胞可以被修饰以增加或减少癌基因(例如，如本文所述)、肿瘤抑制因子(例如，如本文所述)或参与tRNA或TREM调节的分子(例如，参与tRNA或TREM转录、加工、修饰、稳定性或折叠的基因)的表达。示例性癌基因包括Myc(例如，c-Myc、N-Myc或L-Myc)、c-Jun、Wnt或RAS。示例性的肿瘤抑制因子包括p53或Rb。参与tRNA或TREM调节的示例性分子包括：RNA聚合酶III(Pol III)和Pol III辅助分子(例如TFIIIB)；Maf1、Trm1、Mck1或Kns1；参与tRNA或TREM修饰的酶，例如，表2所列基因；或具有核酸酶活性的分子，例如或切丁酶、血管生成素、RNA酶A、RNA酶P、RNA酶Z、Rny1或PrrC中的一种或多种。
在实施例中，宿主细胞可以通过以下修饰：转染(例如，瞬时转染或稳定转染)；转导(例如，病毒转导，例如，慢病毒，腺病毒或逆转录病毒转导)；电穿孔；基于脂质的药剂递送(例如，脂质体)，基于纳米颗粒的药剂递送；或本领域已知的其他方法。
在实施例中，可以修饰宿主细胞以增加以下的表达，例如，过表达，所期望的分子，例如，基因(例如，癌基因，或参与tRNA或TREM调节的基因(例如，编码表2中列出的酶的基因，或编码具有核酸酶活性(例如内切核酸酶活性或核糖核酸酶活性)的酶的基因，例如或切丁酶、血管生成素、RNA酶A、RNA酶P、RNA酶Z、Rny1或PrrC中的一种或多种。增加基因表达的示例性方法包括：(a)使宿主细胞与编码基因的核酸(例如，DNA或RNA)接触；(b)使宿主细胞与表达靶蛋白的肽接触；(c)将宿主细胞与调节(例如，增加)靶基因的表达的分子(例如，小RNA(例如，微小RNA或小干扰RNA)或低分子量化合物)接触；或(d)将宿主细胞与基因编辑部分(例如，锌指核酸酶(ZFN)或Cas9/CRISPR分子)接触，该基因编辑部分抑制(例如，突变或敲除)靶基因负调节因子的表达。在实施例中，可以通过转染或电穿孔将编码基因的核酸或含有编码基因的核酸的质粒引入宿主细胞。在实施例中，可以通过将宿主细胞与表达基因的病毒(例如，慢病毒、腺病毒或逆转录病毒)接触，将编码基因的核酸引入宿主细胞。
在实施例中，可以修饰宿主细胞以减少所期望的分子的表达，例如，最小化所期望的分子的表达，该所期望的分子是例如，基因(例如，肿瘤抑制基因，或参与tRNA或TREM调节的基因)。减少基因表达的示例性方法包括：(a)使宿主细胞与编码基因抑制剂(例如，基因或由该基因编码的蛋白质的显性阴性变体或负调控因子)的核酸(例如，DNA或RNA)接触；(b)使宿主细胞与抑制靶蛋白的肽接触；(c)将宿主细胞与调节(例如，抑制)靶基因的表达的分子(例如，小RNA(例如，微小RNA或小干扰RNA)或低分子量化合物)接触；或(d)将宿主细胞与基因编辑部分(例如，锌指核酸酶(ZFN)或Cas9/CRISPR分子)接触，该基因编辑部分抑制(例如，突变或敲除)靶基因的表达。在实施例中，可以通过转染或电穿孔将编码基因抑制剂的核酸或含有编码基因抑制剂的核酸的质粒引入宿主细胞。在实施例中，可以通过将宿主细胞与表达基因抑制剂的病毒(例如，慢病毒、腺病毒或逆转录病毒)接触，将编码基因抑制剂的核酸引入宿主细胞。
在实施例中，宿主细胞(例如，本文所述的宿主细胞)被修饰(例如，通过用核酸转染)，以表达，例如，过表达癌基因，例如，本文所述的癌基因，例如，c-Myc。
在实施例中，宿主细胞(例如，本文所述的宿主细胞)被修饰(例如，通过用核酸转染)，以抑制，例如，下调，肿瘤抑制因子的表达，例如，本文所述的肿瘤抑制因子，例如，p53或Rb。
在实施例中，宿主细胞(例如，HEK293T细胞)被修饰(例如，使用CRISPR/Cas9分子)以抑制，例如，敲除调节tRNA或TREM的基因(例如，Maf1)的表达。在实施例中，宿主细胞(例如，HEK293T细胞)被修饰以过表达调节tRNA或TREM的基因，例如，Trm1。
在实施例中，宿主细胞(例如，HEK293T细胞)被修饰以过表达调节tRNA或TREM的基因(例如，Trm1)以及以过表达癌基因(例如，本文所述的癌基因，例如，c-Myc)。
TREM
“基于tRNA的效应分子”或“TREM”是指包含一种或多种本文所述特性的RNA分子。TREM可以负载氨基酸，例如，同源氨基酸；负载非同源氨基酸(例如，错误负载的TREM(mTREM)；或不负载氨基酸，例如，无负载的TREM(uTREM)。
在实施例中，本文所述的TREM是对应于核酸序列(例如，DNA或RNA)中的con-稀有密码子的TREM。可以通过本文披露的任何方法来鉴定具有con-稀有密码子的核酸序列或具有con-稀有密码子的RNA。对应于con-稀有密码子的tRNA(con-稀有tRNA)和/或对应于con-稀有密码子的TREM也可以通过本文披露的任何方法来确定。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含由表1中披露的脱氧核糖核酸(DNA)序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的核糖核酸(RNA)序列。在实施例中，TREM包含与由表1中披露的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ IDNO:1-451中的任一个)编码的RNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同的RNA序列。在实施例中，TREM包含由与表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同的DNA序列编码的RNA序列。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含由表1中披露的DNA序列编码的RNA序列的至少30个连续核苷酸，例如，由表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个编码的RNA序列的至少30个连续核苷酸。在实施例中，TREM包含与由表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同的RNA序列的至少30个连续核苷酸。在实施例中，TREM包含由与表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同的DNA序列编码的RNA序列的至少30个连续核苷酸。
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在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)，例如，外源TREM，包含以下特性中的1、2、3或4种：
(a)与参考细胞中最接近的序列tRNA差异至少有一个核苷酸或一个转录后修饰，该参考细胞是例如外源核酸被引入的细胞；
(b)已被引入不同于转录其的细胞的细胞；
(c)存在于不同于其自然发生的细胞的细胞中；或
(d)具有非野生型的表达谱，例如，水平或分布，例如，它的表达水平高于野生型。
在实施例中，表达谱可以通过将变化引入调节表达的核酸或通过添加调节RNA分子表达的药剂来介导。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)，例如，外源TREM包含(a)、(b)、(c)和(d)。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)，例如，外源TREM包含(a)、(b)和(c)。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)，例如，外源TREM包含(a)、(b)和(d)。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)，例如，外源TREM包含(a)、(c)和(d)。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)，例如，外源TREM包含(b)、(c)和(d)。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)，例如，外源TREM包含(a)和(d)。
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)，例如，外源TREM包含(c)和(d)。
TREM片段
在实施例中，TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含片段(本文有时称为TREM片段)，例如，由表1中披露的脱氧核糖核酸序列编码的RNA的片段。例如，TREM包括少于来自与接受治疗的受试者相同的物种的tRNA的完整序列，例如，少于具有相同反密码子的tRNA的完整序列，或两者。在实施例中，例如，来自全长TREM或更长的片段的TREM片段的产生可以被酶催化，例如，具有核酸酶活性的酶(例如，内切核酸酶活性或核糖核酸酶活性)，例如，切丁酶、血管生成素、RNA酶P、RNA酶Z、Rny1或PrrC。
在实施例中，可以在体内、离体或体外生产TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM片段)。在实施例中，TREM片段在宿主细胞中在体内产生。在实施例中，TREM片段离体生产。在实施例中，TREM片段在体外产生，例如，如实例6中所述。在实施例中，该TREM片段是通过在该细胞产生TREM后将表达的TREM片段化而产生的，例如，该宿主细胞产生的TREM在从该宿主细胞释放或纯化后被片段化，例如，该TREM是离体在体外片段化的。
示例性的TREM片段包括TREM一半(例如，来自ACHD中的切割，例如，5’TREM一半或3’TREM一半)，5’片段(例如，包含5’末端的片段，例如，来自DHD或ACHD中的切割)，3’片段(例如，包含TREM的3’末端的片段，例如，来自THD中的切割)，或内部片段(例如，来自ACHD、DHD或THD中的一个或多个的切割)。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含由表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列的至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在实施例中，TREM片段包含与由表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％相同的RNA序列的至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在实施例中，TREM片段包含由与表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％相同的DNA序列编码的RNA序列的至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含由表1中披露的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列的至少5个核糖核苷酸(nt)、10nt、15nt、20nt、25nt、30nt、35nt、40nt、45nt、50nt、55nt或60nt(但小于全长)。在实施例中，TREM片段包含与由表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的RNA序列的至少5个核糖核苷酸(nt)、10nt、15nt、20nt、25nt、30nt、35nt、40nt、45nt、50nt、55nt或60nt(但小于全长)。在实施例中，TREM片段包含由与表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)具有至少80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的DNA序列编码的RNA序列的至少5个核糖核苷酸(nt)、10nt、15nt、20nt、25nt、30nt、35nt、40nt、45nt、50nt、55nt或60nt(但小于全长)。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含长度10-90个核糖核苷酸(rnt)之间、10-80rnt之间、10-70rnt之间、10-60rnt之间、10-50rnt之间、10-40rnt之间、10-30rnt之间、10-20rnt之间、20-90rnt之间、20-80rnt之间、20-70rnt之间、20-60rnt之间、20-50rnt之间、20-40rnt之间、30-90rnt之间、30-80rnt之间、30-70rnt之间、30-60rnt之间或30-50rnt之间的序列。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含TREM结构、结构域或活性，例如，如上文所述。在实施例中，TREM片段包含衔接子功能，例如，如本文所述。在实施例中，TREM片段包含同源衔接子功能，例如，如本文所述。在实施例中，TREM片段包含非同源衔接子功能，例如，如本文所述。在实施例中，TREM片段包含调节性功能，例如，如本文所述。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含翻译抑制功能，例如，起始因子例如eIF4G的位移。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含障碍(例如，代谢障碍)的表观遗传功能，例如，表观遗传特征。在一些实施例中，表观遗传功能可具有世代影响，例如，与体细胞表观遗传调节相比。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含逆转录病毒调节功能，例如，逆转录病毒逆转录的调节，例如，HERV调节。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含基因沉默功能，例如，通过结合到AGO和/或PIWI。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含神经保护功能，例如，通过螯合翻译起始因子，例如，在应激颗粒中，以促进例如细胞应激下的运动神经元存活。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含抗癌功能，例如，通过结合和/或螯合例如转移性转录物稳定蛋白来防止癌症进展。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含细胞存活功能，例如，通过与例如细胞色素c和/或cyt c核糖核蛋白复合物结合来增加细胞存活。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含核糖体生物发生功能，例如，TREM片段可以通过例如调节编码核糖体蛋白的mRNA或结合至编码核糖体蛋白的mRNA来调节核糖体生物发生。
TREM修饰
本文所述的TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)可包含部分，通常在本文中称为修饰，例如，表2中描述的部分。虽然本文使用的术语修饰通常不应被解释为任何特定过程的产物，但在实施例中，修饰的形成可由表2中的酶介导。在实施例中，修饰是转录后形成。在实施例中，修饰是共转录形成。在实施例中，修饰发生在体内，例如，在宿主细胞中。
在实施例中，修饰是在表2的第1-62行中的任一个中列出的修饰。在实施例中，修饰是表2第1-62行中的任一个中列出的修饰，并且修饰的形成由表2中的酶介导。在实施例中，修饰选自表2中的行并且修饰的形成由来自表2中相同行的酶介导。
表2：tRNA修饰和相关酶的列表。
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TREM融合
在实施例中，本文披露的TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含另外的部分，例如，融合部分。在实施例中，融合部分可用于纯化以改变TREM的折叠或用作靶向部分。在实施例中，融合部分可以包含标签、接头，可以是可切割的或可以包括酶的结合位点。在实施例中，融合部分可以位于TREM的N末端或TREM的C末端。在实施例中，融合部分可由编码TREM的相同或不同核酸分子编码。
TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含本文提供的共有序列。
在实施例中，本文披露的TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含式IZZZ的共有序列，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个并且式I对应于所有物种。
在实施例中，本文披露的TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含式IIZZZ的共有序列，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个并且式II对应于哺乳动物。
在实施例中，本文披露的TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含式IIIZZZ的共有序列，其中ZZZ表示二十种氨基酸中的任一个并且式III对应于人。
在实施例中，本文披露的TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含选自以下的特性：
a)在生理条件下，残基R0形成接头区，例如，接头1区；
b)在生理条件下，残基R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7和残基R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71形成茎区，例如，AStD茎区；
c)在生理条件下，残基R8-R9形成接头区，例如，接头2区；
d)在生理条件下，残基-R10-R11-R12-R13-R14 R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28形成茎环区，例如，D臂区；
e)在生理条件下，残基-R29形成接头区，例如，接头3区；
f)在生理条件下，残基-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46形成茎环区，例如，AC臂区；
g)在生理条件下残基-[R47]x1包含可变区，例如，如本文所述；
h)在生理条件下，残基-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64形成茎环区，例如，T臂区；或
i)在生理条件下，残基R72形成接头区，例如，接头4区。
丙氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IALA的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ala的共有序列是：
R0＝不存在；
R14、R57＝独立地是A或不存在；
R26＝A、C、G或不存在；
R5、R6、R15、R16、R21、R30、R31、R32、R34、R37、R41、R42、R43、R44、R45、R48、R49、R50、R58、R59、R63、R64、R66、R67＝独立地是N或不存在；
R11、R35、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R20、R38、R40、R51、R52、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R22、R25、R27、R29、R46、R53、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R24、R69＝独立地是A、U或不存在；
R70、R71＝独立地是C或不存在；
R3、R4＝独立地是C、G或不存在；
R12、R33、R36、R62、R68＝独立地是C、G、U或不存在；
R13、R17、R28、R39、R55、R60、R61＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R23＝独立地是G或不存在；
R2＝G、U或不存在；
R8、R18、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIALA的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ala的共有序列是：
R0、R18＝不存在；
R14、R24、R57＝独立地是A或不存在；
R15、R26、R64＝独立地是A、C、G或不存在；
R16、R31、R50、R59＝独立地是N或不存在；
R11、R32、R37、R41、R43、R45、R49、R65、R66＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R5、R9、R25、R27、R38、R40、R46、R51、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R22、R29、R42、R44、R53、R63、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R6、R35、R69＝独立地是A、U或不存在；
R55、R60、R70、R71＝独立地是C或不存在；
R3＝C、G或不存在；
R12、R36、R48＝独立地是C、G、U或不存在；
R13、R17、R28、R30、R34、R39、R58、R61、R62、R67、R68＝独立地是C、U或不存在；
R4、R10、R19、R20、R23、R52＝独立地是G或不存在；
R2、R8、R33＝独立地是G、U或不存在；
R21、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIALA的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ala的共有序列是：
R0、R18＝不存在；
R14、R24、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R15、R26、R64＝独立地是A、C、G或不存在；
R16、R31、R50＝独立地是N或不存在；
R11、R32、R37、R41、R43、R45、R49、R65、R66＝独立地是A、C、U或不存在；
R5、R9、R25、R27、R38、R40、R46、R51、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R22、R29、R42、R44、R53、R63＝独立地是A、G、U或不存在；
R6、R35＝独立地是A、U或不存在；
R55、R60、R61、R70、R71＝独立地是C或不存在；
R12、R48、R59＝独立地是C、G、U或不存在；
R13、R17、R28、R30、R34、R39、R58、R62、R67、R68＝独立地是C、U或不存在；
R1、R2、R3、R4、R10、R19、R20、R23、R52＝独立地是G或不存在；
R33、R36＝独立地是G、U或不存在；
R8、R21、R54、R69＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
精氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IARG的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Arg的共有序列是：
R57＝A或不存在；
R9、R27＝独立地是A、C、G或不存在；
R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R11、R12、R16、R21、R22、R23、R25、R26、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R37、R42、R44、R45、R46、R48、R49、R50、R51、R58、R62、R63、R64、R65、R66、R67、R68、R69、R70、R71＝独立地是N或不存在；
R13、R17、R41＝独立地是A、C、U或不存在；
R19、R20、R24、R40、R56＝独立地是A、G或不存在；
R14、R15、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R18＝A、U或不存在；
R38＝C或不存在；
R35、R43、R61＝独立地是C、G、U或不存在；
R28、R55、R59、R60＝独立地是C、U或不存在；
R0、R10、R52＝独立地是G或不存在；
R8、R39＝独立地是G、U或不存在；
R36、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIARG的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Arg的共有序列是：
R18＝不存在；
R24、R57＝独立地是A或不存在；
R41＝A、C或不存在；
R3、R7、R34、R50＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R5、R6、R12、R26、R32、R37、R44、R58、R66、R67、R68、R70＝独立地是N或不存在；
R49、R71＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R15、R19、R25、R27、R40、R45、R46、R56、R72＝独立地是A、G或不存在；
R14、R29、R63＝独立地是A、G、U或不存在；
R16、R21＝独立地是A、U或不存在；
R38、R61＝独立地是C或不存在；
R33、R48＝独立地是C、G或不存在；
R4、R9、R11、R43、R62、R64、R69＝独立地是C、G、U或不存在；
R13、R22、R28、R30、R31、R35、R55、R60、R65＝独立地是C、U或不存在；
R0、R10、R20、R23、R51、R52＝独立地是G或不存在；
R8、R39、R42＝独立地是G、U或不存在；
R17、R36、R53、R54、R59＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIARG的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Arg的共有序列是：
R18＝不存在；
R15、R21、R24、R41、R57＝独立地是A或不存在；
R31、R44＝独立地是A、C或不存在；
R3、R5、R58＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R6、R66、R70＝独立地是N或不存在；
R37、R49＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R25、R29、R40、R45、R46、R50＝独立地是A、G或不存在；
R14、R63、R68＝独立地是A、G、U或不存在；
R16＝A、U或不存在；
R38、R61＝独立地是C或不存在；
R7、R11、R12、R26、R48＝独立地是C、G或不存在；
R64、R67、R69＝独立地是C、G、U或不存在；
R4、R13、R22、R28、R30、R31、R35、R43、R55、R60、R62、R65、R71＝独立地是C、U或不存在；
R0、R10、R19、R20、R23、R27、R33、R51、R52、R56、R72＝独立地是G或不存在；
R8、R9、R32、R39、R42＝独立地是G、U或不存在；
R17、R36、R53、R54、R59＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
天冬酰胺TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IASN的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Asn的共有序列是：
R0、R18＝不存在；
R41＝A或不存在；
R14、R48、R56＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R4、R5、R6、R12、R17、R26、R29、R30、R31、R44、R45、R46、R49、R50、R58、R62、R63、R65、R66、R67、R68、R70、R71＝独立地是N或不存在；
R11、R13、R22、R42、R55、R59＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R15、R24、R27、R34、R37、R51、R72＝独立地是A、G或不存在；
R1、R7、R25、R69＝独立地是A、G、U或不存在；
R40、R57＝独立地是A、U或不存在；
R60＝C或不存在；
R33＝C、G或不存在；
R21、R32、R43、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R3、R16、R28、R35、R36、R61＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20、R52＝独立地是G或不存在；
R54＝G、U或不存在；
R8、R23、R38、R39、R53＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIASN的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Asn的共有序列是：
R0、R18＝不存在
R24、R41、R46、R62＝独立地是A或不存在；
R59＝A、C或不存在；
R14、R56、R66＝独立地是A、C、G或不存在；
R17、R29＝独立地是N或不存在；
R11、R26、R42、R55＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R12、R15、R25、R34、R37、R48、R51、R67、R68、R69、R70、R72＝独立地是A、G或不存在；
R44、R45、R58＝独立地是A、G、U或不存在；
R40、R57＝独立地是A、U或不存在；
R5、R28、R60＝独立地是C或不存在；
R33、R65＝独立地是C、G或不存在；
R21、R43、R71＝独立地是C、G、U或不存在；
R3、R6、R13、R22、R32、R35、R36、R61、R63、R64＝独立地是C、U或不存在；
R7、R10、R19、R20、R27、R49、R52＝独立地是G或不存在；
R54＝G、U或不存在；
R2、R4、R8、R16、R23、R30、R31、R38、R39、R50、R53＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIASN的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Asn的共有序列是：
R0、R18＝不存在
R24、R40、R41、R46、R62＝独立地是A或不存在；
R59＝A、C或不存在；
R14、R56、R66＝独立地是A、C、G或不存在；
R11、R26、R42、R55＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R12、R15、R34、R37、R48、R51、R67、R68、R69、R70＝独立地是A、G或不存在；
R44、R45、R58＝独立地是A、G、U或不存在；
R57＝A、U或不存在；
R5、R28、R60＝独立地是C或不存在；
R33、R65＝独立地是C、G或不存在；
R17、R21、R29＝独立地是C、G、U或不存在；
R3、R6、R13、R22、R32、R35、R36、R43、R61、R63、R64、R71＝独立地是C、U或不存在；
R7、R10、R19、R20、R25、R27、R49、R52、R72＝独立地是G或不存在；
R54＝G、U或不存在；
R2、R4、R8、R16、R23、R30、R31、R38、R39、R50、R53＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
天冬氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IASP的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Asp的共有序列是：
R0＝不存在
R24、R71＝独立地是A、C或不存在；
R33、R46＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R3、R4、R5、R6、R12、R16、R22、R26、R29、R31、R32、R44、R48、R49、R58、R63、R64、R66、R67、R68、R69＝独立地是N或不存在；
R13、R21、R34、R41、R57、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R10、R14、R15、R20、R27、R37、R40、R51、R56、R72＝独立地是A、G或不存在；
R7、R25、R42＝独立地是A、G、U或不存在；
R39＝C或不存在；
R50、R62＝独立地是C、G或不存在；
R30、R43、R45、R55、R70＝独立地是C、G、U或不存在；
R8、R11、R17、R18、R28、R35、R53、R59、R60、R61＝独立地是C、U或不存在；
R19、R52＝独立地是G或不存在；
R1＝G、U或不存在；
R23、R36、R38、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIASP的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Asp的共有序列是：
R0、R17、R18、R23＝独立地是不存在；
R9、R40＝独立地是A或不存在；
R24、R71＝独立地是A、C或不存在；
R67、R68＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R6、R66＝独立地是N或不存在；
R57、R63＝独立地是A、C、U或不存在；
R10、R14、R27、R33、R37、R44、R46、R51、R56、R64、R72＝独立地是A、G或不存在；
R7、R12、R26、R65＝独立地是A、U或不存在；
R39、R61、R62＝独立地是C或不存在；
R3、R31、R45、R70＝独立地是C、G或不存在；
R4、R5、R29、R43、R55＝独立地是C、G、U或不存在；
R8、R11、R13、R30、R32、R34、R35、R41、R48、R53、R59、R60＝独立地是C、U或不存在；
R15、R19、R20、R25、R42、R50、R52＝独立地是G或不存在；
R1、R22、R49、R58、R69＝独立地是G、U或不存在；
R16、R21、R28、R36、R38、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIASP的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Asp的共有序列是：
R0、R17、R18、R23＝不存在
R9、R12、R40、R65、R71＝独立地是A或不存在；
R2、R24、R57＝独立地是A、C或不存在；
R6、R14、R27、R46、R51、R56、R64、R67、R68＝独立地是A、G或不存在；
R3、R31、R35、R39、R61、R62＝独立地是C或不存在；
R66＝C、G或不存在；
R5、R8、R29、R30、R32、R34、R41、R43、R48、R55、R59、R60、R63＝独立地是C、U或不存在；
R10、R15、R19、R20、R25、R33、R37、R42、R44、R45、R49、R50、R52、R69、R70、R72＝独立地是G或不存在；
R22、R58＝独立地是G、U或不存在；
R1、R4、R7、R11、R13、R16、R21、R26、R28、R36、R38、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
半胱氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式ICYS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Cys的共有序列是：
R0＝不存在
R14、R39、R57＝独立地是A或不存在；
R41＝A、C或不存在；
R10、R15、R27、R33、R62＝独立地是A、C、G或不存在；
R3、R4、R5、R6、R12、R13、R16、R24、R26、R29、R30、R31、R32、R34、R42、R44、R45、R46、R48、R49、R58、R63、R64、R66、R67、R68、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R65＝A、C、U或不存在；
R9、R25、R37、R40、R52、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R20、R51＝独立地是A、G、U或不存在；
R18、R38、R55＝独立地是C或不存在；
R2＝C、G或不存在；
R21、R28、R43、R50＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R22、R23、R35、R36、R59、R60、R61、R71、R72＝独立地是C、U或不存在；
R1、R19＝独立地是G或不存在；
R17＝G、U或不存在；
R8、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IICYS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Cys的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在；
R14、R25、R26、R29、R39、R41、R45、R57＝独立地是A或不存在；
R44＝A、C或不存在；
R27、R62＝独立地是A、C、G或不存在；
R16＝A、C、G、U或不存在；
R30、R70＝独立地是A、C、U或不存在；
R5、R7、R9、R25、R34、R37、R40、R46、R52、R56、R58、R66＝独立地是A、G或不存在；
R20、R51＝独立地是A、G、U或不存在；
R35、R38、R43、R55、R69＝独立地是C或不存在；
R2、R4、R15＝独立地是C、G或不存在；
R13＝C、G、U或不存在；
R6、R11、R28、R36、R48、R49、R50、R60、R61、R67、R68、R71、R72＝独立地是C、U或不存在；
R1、R3、R10、R19、R33、R63＝独立地是G或不存在；
R8、R17、R21、R64＝独立地是G、U或不存在；
R12、R22、R31、R32、R42、R53、R54、R65＝独立地是U或不存在；
R59＝U，或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIICYS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Cys的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R14、R24、R26、R29、R34、R39、R41、R45、R57、R58＝独立地是A或不存在；
R44、R70＝独立地是A、C或不存在；
R62＝A、C、G或不存在；
R16＝N或不存在；
R5、R7、R9、R20、R40、R46、R51、R52、R56、R66＝独立地是A、G或不存在；
R28、R35、R38、R43、R55、R67、R69＝独立地是C或不存在；
R4、R15＝独立地是C、G或不存在；
R6、R11、R13、R30、R48、R49、R50、R60、R61、R68、R71、R72＝独立地是C、U或不存在；
R1、R2、R3、R10、R19、R25、R27、R33、R37、R63＝独立地是G或不存在；
R8、R21、R64＝独立地是G、U或不存在；
R12、R17、R22、R31、R32、R36、R42、R53、R54、R59、R65＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
谷氨酰胺TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IGLN的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Gln的共有序列是：
R0、R18＝不存在；
R14、R24、R57＝独立地是A或不存在；
R9、R26、R27、R33、R56＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R4、R5、R6、R12、R13、R16、R21、R32、R25、R29、R30、R31、R32、R34、R41、R42、R44、R45、R46、R48、R49、R50、R58、R62、R63、R66、R67、R68、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R17、R23、R43、R65、R71＝独立地是A、C、U或不存在；
R15、R40、R51、R52＝独立地是A、G或不存在；
R1、R7、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R3、R11、R37、R60、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R28、R35、R55、R59、R61＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20＝独立地是G或不存在；
R39＝G、U或不存在；
R8、R36、R38、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIGLN的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Gln的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R14、R24、R57＝独立地是A或不存在；
R17、R71＝独立地是A、C或不存在；
R25、R26、R33、R44、R46、R56、R69＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R5、R12、R22、R29、R30、R48、R49、R63、R67、R68＝独立地是N或不存在；
R31、R43、R62、R65、R70＝独立地是A、C、U或不存在；
R15、R27、R34、R40、R41、R51、R52＝独立地是A、G或不存在；
R2、R7、R21、R45、R50、R58、R66、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R3、R13、R32、R37、R42、R60、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R6、R11、R28、R35、R55、R59、R61＝独立地是C、U或不存在；
R9、R10、R19、R20＝独立地是G或不存在；
R1、R16、R39＝独立地是G、U或不存在；
R8、R36、R38、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIGLN的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Gln的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R14、R24、R41、R57＝独立地是A或不存在；
R17、R71＝独立地是A、C或不存在；
R5、R25、R26、R46、R56、R69＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R22、R29、R30、R48、R49、R63、R68＝独立地是N或不存在；
R43、R62、R65、R70＝独立地是A、C、U或不存在；
R15、R27、R33、R34、R40、R51、R52＝独立地是A、G或不存在；
R2、R7、R12、R45、R50、R58、R66＝独立地是A、G、U或不存在；
R31＝A、U或不存在；
R32、R44、R60＝独立地是C、G或不存在；
R3、R13、R37、R42、R64、R67＝独立地是C、G、U或不存在；
R6、R11、R28、R35、R55、R59、R61＝独立地是C、U或不存在；
R9、R10、R19、R20＝独立地是G或不存在；
R1、R21、R39、R72＝独立地是G、U或不存在；
R8、R16、R36、R38、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
谷氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IGLU的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Glu的共有序列是：
R0＝不存在；
R34、R43、R68、R69＝独立地是A、C、G或不存在；
R1、R2、R5、R6、R9、R12、R16、R20、R21、R26、R27、R29、R30、R31、R32、R33、R41、R44、R45、R46、R48、R50、R51、R58、R63、R64、R65、R66、R70、R71＝独立地是N或不存在；
R13、R17、R23、R61＝独立地是A、C、U或不存在；
R10、R14、R24、R40、R52、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R15、R25、R67、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R11、R57＝独立地是A、U或不存在；
R39＝C、G或不存在；
R3、R4、R22、R42、R49、R55、R62＝独立地是C、G、U或不存在；
R18、R28、R35、R37、R53、R59、R60＝独立地是C、U或不存在；
R19＝G或不存在；
R8、R36、R38、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIGLU的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Glu的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R17、R40＝独立地是A或不存在；
R26、R27、R34、R43、R68、R69、R71＝独立地是A、C、G或不存在；
R1、R2、R5、R12、R21、R31、R33、R41、R45、R48、R51、R58、R66、R70＝独立地是N或不存在；
R44、R61＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R14、R24、R25、R52、R56、R63＝独立地是A、G或不存在；
R7、R15、R46、R50、R67、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R29、R57＝独立地是A、U或不存在；
R60＝C或不存在；
R39＝C、G或不存在；
R3、R6、R20、R30、R32、R42、R55、R62、R65＝独立地是C、G、U或不存在；
R4、R8、R16、R28、R35、R37、R49、R53、R59＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19＝独立地是G或不存在；
R22、R64＝独立地是G、U或不存在；
R11、R13、R36、R38、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIGLU的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Glu的共有序列是：
R0、R17、R18、R23＝不存在
R14、R27、R40、R71＝独立地是A或不存在；
R44＝A、C或不存在；
R43＝A、C、G或不存在；
R1、R31、R33、R45、R51、R66＝独立地是N或不存在；
R21、R41＝独立地是A、C、U或不存在；
R7、R24、R25、R50、R52、R56、R63、R68、R70＝独立地是A、G或不存在；
R5、R46＝独立地是A、G、U或不存在；
R29、R57、R67、R72＝独立地是A、U或不存在；
R2、R39、R60＝独立地是C或不存在；
R3、R12、R20、R26、R34、R69＝独立地是C、G或不存在；
R6、R30、R42、R48、R65＝独立地是C、G、U或不存在；
R4、R16、R28、R35、R37、R49、R53、R55、R58、R61、R62＝独立地是C、U或不存在；
R9、R10、R19、R64＝独立地是G或不存在；
R15、R22、R32＝独立地是G、U或不存在；
R8、R11、R13、R36、R38、R54、R59＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
甘氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IGLY的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Gly的共有序列是：
R0＝不存在；
R24＝A或不存在；
R3、R9、R40、R50、R51＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R5、R6、R7、R12、R16、R21、R22、R26、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R41、R42、R43、R44、R45、R46、R48、R49、R58、R63、R64、R65、R66、R67、R68＝独立地是N或不存在；
R59＝A、C、U或不存在；
R1、R10、R14、R15、R27、R56＝独立地是A、G或不存在；
R20、R25＝独立地是A、G、U或不存在；
R57、R72＝独立地是A、U或不存在；
R38、R39、R60＝独立地是C或不存在；
R52＝C、G或不存在；
R2、R19、R37、R54、R55、R61、R62、R69、R70＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R13、R17、R28、R35、R36、R71＝独立地是C、U或不存在；
R8、R18、R23、R53＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIGLY的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Gly的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R24、R27、R40、R72＝独立地是A或不存在；
R26＝A、C或不存在；
R3、R7、R68＝独立地是A、C、G或不存在；
R5、R30、R41、R42、R44、R49、R57＝独立地是A、C、G、U或不存在；
R31、R32、R34＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R10、R14、R15、R33、R50、R56＝独立地是A、G或不存在；
R12、R16、R22、R25、R29、R46＝独立地是A、G、U或不存在；
R57＝A、U或不存在；
R17、R38、R39、R60、R61、R71＝独立地是C或不存在；
R6、R52、R64、R66＝独立地是C、G或不存在；
R2、R4、R37、R48、R55、R65＝独立地是C、G、U或不存在；
R13、R35、R43、R62、R69＝独立地是C、U或不存在；
R1、R19、R20、R51、R70＝独立地是G或不存在；
R21、R45、R63＝独立地是G、U或不存在；
R8、R11、R28、R36、R53、R54、R58、R59＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIGLY的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Gly的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R24、R27、R40、R72＝独立地是A或不存在；
R26＝A、C或不存在；
R3、R7、R49、R68＝独立地是A、C、G或不存在；
R5、R30、R41、R44、R67＝独立地是N或不存在；
R31、R32、R34＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R10、R14、R15、R33、R50、R56＝独立地是A、G或不存在；
R12、R25、R29、R42、R46＝独立地是A、G、U或不存在；
R16、R57＝独立地是A、U或不存在；
R17、R38、R39、R60、R61、R71＝独立地是C或不存在；
R6、R52、R64、R66＝独立地是C、G或不存在；
R37、R48、R65＝独立地是C、G、U或不存在；
R2、R4、R13、R35、R43、R55、R62、R69＝独立地是C、U或不存在；
R1、R19、R20、R51、R70＝独立地是G或不存在；
R21、R22、R45、R63＝独立地是G、U或不存在；
R8、R11、R28、R36、R53、R54、R58、R59＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
组氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IHIS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中His的共有序列是：
R23＝不存在；
R14、R24、R57＝独立地是A或不存在；
R72＝A、C或不存在；
R9、R27、R43、R48、R69＝独立地是A、C、G或不存在；
R3、R4、R5、R6、R12、R25、R26、R29、R30、R31、R34、R42、R45、R46、R49、R50、R58、R62、R63、R66、R67、R68＝独立地是N或不存在；
R13、R21、R41、R44、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R40、R51、R56、R70＝独立地是A、G或不存在；
R7、R32＝独立地是A、G、U或不存在；
R55、R60＝独立地是C或不存在；
R11、R16、R33、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R2、R17、R22、R28、R35、R53、R59、R61、R71＝独立地是C、U或不存在；
R1、R10、R15、R19、R20、R37、R39、R52＝独立地是G或不存在；
R0＝G、U或不存在；
R8、R18、R36、R38、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIHIS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中His的共有序列是：
R0、R17、R18、R23＝不存在；
R7、R12、R14、R24、R27、R45、R57、R58、R63、R67、R72＝独立地是A或不存在；
R3＝A、C、U或不存在；
R4、R43、R56、R70＝独立地是A、G或不存在；
R49＝A、U或不存在；
R2、R28、R30、R41、R42、R44、R48、R55、R60、R66、R71＝独立地是C或不存在；
R25＝C、G或不存在；
R9＝C、G、U或不存在；
R8、R13、R26、R33、R35、R50、R53、R61、R68＝独立地是C、U或不存在；
R1、R6、R10、R15、R19、R20、R32、R34、R37、R39、R40、R46、R51、R52、R62、R64、R69＝独立地是G或不存在；
R16＝G、U或不存在；
R5、R11、R21、R22、R29、R31、R36、R38、R54、R59、R65＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIHIS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中His的共有序列是：
R0、R17、R18、R23＝不存在
R7、R12、R14、R24、R27、R45、R57、R58、R63、R67、R72＝独立地是A或不存在；
R3＝A、C或不存在；
R4、R43、R56、R70＝独立地是A、G或不存在；
R49＝A、U或不存在；
R2、R28、R30、R41、R42、R44、R48、R55、R60、R66、R71＝独立地是C或不存在；
R8、R9、R26、R33、R35、R50、R61、R68＝独立地是C、U或不存在；
R1、R6、R10、R15、R19、R20、R25、R32、R34、R37、R39、R40、R46、R51、R52、R62、R64、R69＝独立地是G或不存在；
R5、R11、R13、R16、R21、R22、R29、R31、R36、R38、R53、R54、R59、R65＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
异亮氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IILE的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ile的共有序列是：
R23＝不存在；
R38、R41、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R1、R26＝独立地是A、C、G或不存在；
R3、R4、R6、R16、R31、R32、R34、R37、R42、R43、R44、R45、R46、R48、R49、R50、R58、R59、R62、R63、R64、R66、R67、R68、R69＝独立地是N或不存在；
R22、R61、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R14、R15、R24、R27、R40＝独立地是A、G或不存在；
R7、R25、R29、R51、R56＝独立地是A、G、U或不存在；
R18、R54＝独立地是A、U或不存在；
R60＝C或不存在；
R3、R52、R70＝独立地是C、G或不存在；
R5、R12、R21、R30、R33、R71＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R13、R17、R28、R35、R53、R55＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20＝独立地是G或不存在；
R8、R36、R39＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIILE的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ile的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R24、R38、R40、R41、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R26、R65＝独立地是A、C或不存在；
R58、R59、R67＝独立地是N或不存在；
R22＝A、C、U或不存在；
R6、R9、R14、R15、R29、R34、R43、R46、R48、R50、R51、R63、R69＝独立地是A、G或不存在；
R37、R56＝独立地是A、G、U或不存在；
R54＝A、U或不存在；
R28、R35、R60、R62、R71＝独立地是C或不存在；
R2、R52、R70＝独立地是C、G或不存在；
R5＝C、G、U或不存在；
R3、R4、R11、R13、R17、R21、R30、R42、R44、R45、R49、R53、R55、R61、R64、R66＝独立地是C、U或不存在；
R1、R10、R19、R20、R25、R27、R31、R68＝独立地是G或不存在；
R7、R12、R32＝独立地是G、U或不存在；
R8、R16、R33、R36、R39＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIILE的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ile的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R14、R24、R38、R40、R41、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R26、R65＝独立地是A、C或不存在；
R22、R59＝独立地是A、C、U或不存在；
R6、R9、R15、R34、R43、R46、R51、R56、R63、R69＝独立地是A、G或不存在；
R37＝A、G、U或不存在；
R13、R28、R35、R44、R55、R60、R62、R71＝独立地是C或不存在；
R2、R5、R70＝独立地是C、G或不存在；
R58、R67＝独立地是C、G、U或不存在；
R3、R4、R11、R17、R21、R30、R42、R45、R49、R53、R61、R64、R66＝独立地是C、U或不存在；
R1、R10、R19、R20、R25、R27、R29、R31、R32、R48、R50、R52、R68＝独立地是G或不存在；
R7、R12＝独立地是G、U或不存在；
R8、R16、R33、R36、R39、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
甲硫氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IMET的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Met的共有序列是：
R0、R23＝不存在；
R14、R38、R40、R57＝独立地是A或不存在；
R60＝A、C或不存在；
R33、R48、R70＝独立地是A、C、G或不存在；
R1、R3、R4、R5、R6、R11、R12、R16、R17、R21、R22、R26、R27、R29、R30、R31、R32、R42、R44、R45、R46、R49、R50、R58、R62、R63、R66、R67、R68、R69、R71＝独立地是N或不存在；
R18、R35、R41、R59、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R15、R51＝独立地是A、G或不存在；
R7、R24、R25、R34、R53、R56＝独立地是A、G、U或不存在；
R72＝A、U或不存在；
R37＝C或不存在；
R10、R55＝独立地是C、G或不存在；
R2、R13、R28、R43、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R36、R61＝独立地是C、U或不存在；
R19、R20、R52＝独立地是G或不存在；
R8、R39、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIMET的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Met的共有序列是：
R0、R18、R22、R23＝不存在
R14、R24、R38、R40、R41、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R59、R60、R62、R65＝独立地是A、C或不存在；
R6、R45、R67＝独立地是A、C、G或不存在；
R4＝N或不存在；
R21、R42＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R27、R29、R32、R46、R51＝独立地是A、G或不存在；
R17、R49、R53、R56、R58＝独立地是A、G、U或不存在；
R63＝A、U或不存在；
R3、R13、R37＝独立地是C或不存在；
R48、R55、R64、R70＝独立地是C、G或不存在；
R2、R5、R66、R68＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R16、R26、R28、R30、R31、R35、R36、R43、R44、R61、R71＝独立地是C、U或不存在；
R10、R12、R15、R19、R20、R25、R33、R52、R69＝独立地是G或不存在；
R7、R34、R50＝独立地是G、U或不存在；
R8、R39、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIMET的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Met的共有序列是：
R0、R18、R22、R23＝不存在
R14、R24、R38、R40、R41、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R59、R62、R65＝独立地是A、C或不存在；
R6、R67＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R21＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R27、R29、R32、R45、R46、R51＝独立地是A、G或不存在；
R17、R56、R58＝独立地是A、G、U或不存在；
R49、R53、R63＝独立地是A、U或不存在；
R3、R13、R26、R37、R43、R60＝独立地是C或不存在；
R2、R48、R55、R64、R70＝独立地是C、G或不存在；
R5、R66＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R16、R28、R30、R31、R35、R36、R42、R44、R61、R71＝独立地是C、U或不存在；
R10、R12、R15、R19、R20、R25、R33、R52、R69＝独立地是G或不存在；
R7、R34、R50、R68＝独立地是G、U或不存在；
R8、R39、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
亮氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式ILEU的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Leu的共有序列是：
R0＝不存在；
R38、R57＝独立地是A或不存在；
R60＝A、C或不存在；
R1、R13、R27、R48、R51、R56＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R3、R4、R5、R6、R7、R9、R10、R11、R12、R16、R23、R26、R28、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R37、R41、R42、R43、R44、R45、R46、R49、R50、R58、R62、R63、R65、R66、R67、R68、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R17、R18、R21、R22、R25、R35、R55＝独立地是A、C、U或不存在；
R14、R15、R39、R72＝独立地是A、G或不存在；
R24、R40＝独立地是A、G、U或不存在；
R52、R61、R64、R71＝独立地是C、G、U或不存在；
R36、R53、R59＝独立地是C、U或不存在；
R19＝G或不存在；
R20＝G、U或不存在；
R8、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IILEU的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Leu的共有序列是：
R0＝不存在
R38、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R60＝A、C或不存在；
R4、R5、R48、R50、R56、R69＝独立地是A、C、G或不存在；
R6、R33、R41、R43、R46、R49、R58、R63、R66、R70＝独立地是N或不存在；
R11、R12、R17、R21、R22、R28、R31、R37、R44、R55＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R14、R15、R24、R27、R34、R39＝独立地是A、G或不存在；
R7、R29、R32、R40、R45＝独立地是A、G、U或不存在；
R25＝A、U或不存在；
R13＝C、G或不存在；
R2、R3、R16、R26、R30、R52、R62、R64、R65、R67、R68＝独立地是C、G、U或不存在；
R18、R35、R42、R53、R59、R61、R71＝独立地是C、U或不存在；
R19、R51＝独立地是G或不存在；
R10、R20＝独立地是G、U或不存在；
R8、R23、R36、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIILEU的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Leu的共有序列是：
R0＝不存在
R38、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R60＝A、C或不存在；
R4、R5、R48、R50、R56、R58、R69＝独立地是A、C、G或不存在；
R6、R33、R43、R46、R49、R63、R66、R70＝独立地是N或不存在；
R11、R12、R17、R21、R22、R28、R31、R37、R41、R44、R55＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R14、R15、R24、R27、R34、R39＝独立地是A、G或不存在；
R7、R29、R32、R40、R45＝独立地是A、G、U或不存在；
R25＝A、U或不存在；
R13＝C、G或不存在；
R2、R3、R16、R30、R52、R62、R64、R67、R68＝独立地是C、G、U或不存在；
R18、R35、R42、R53、R59、R61、R65、R71＝独立地是C、U或不存在；
R19、R51＝独立地是G或不存在；
R10、R20、R26＝独立地是G、U或不存在；
R8、R23、R36、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
赖氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式ILYS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Lys的共有序列是：
R0＝不存在
R14＝A或不存在；
R40、R41＝独立地是A、C或不存在；
R34、R43、R51＝独立地是A、C、G或不存在；
R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R11、R12、R16、R21、R26、R30、R31、R32、R44、R45、R46、R48、R49、R50、R58、R62、R63、R65、R66、R67、R68、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R13、R17、R59、R71＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R15、R19、R20、R25、R27、R52、R56＝独立地是A、G或不存在；
R24、R29、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R18、R57＝独立地是A、U或不存在；
R10、R33＝独立地是C、G或不存在；
R42、R61、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R28、R35、R36、R37、R53、R55、R60＝独立地是C、U或不存在；
R8、R22、R23、R38、R39、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IILYS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Lys的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R14＝A或不存在；
R40、R41、R43＝独立地是A、C或不存在；
R3、R7＝独立地是A、C、G或不存在；
R1、R6、R11、R31、R45、R48、R49、R63、R65、R66、R68＝独立地是N或不存在；
R3、R12、R13、R17、R44、R67、R71＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R15、R19、R20、R25、R27、R34、R50、R52、R56、R70、R72＝独立地是A、G或不存在；
R5、R24、R26、R29、R32、R46、R69＝独立地是A、G、U或不存在；
R57＝A、U或不存在；
R10、R61＝独立地是C、G或不存在；
R4、R16、R21、R30、R58、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R28、R35、R36、R37、R42、R53、R55、R59、R60、R62＝独立地是C、U或不存在；
R33、R51＝独立地是G或不存在；
R8＝G、U或不存在；
R22、R38、R39、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIILYS的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Lys的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R9、R14、R34、R41＝独立地是A或不存在；
R40＝A、C或不存在；
R1、R3、R7、R31＝独立地是A、C、G或不存在；
R48、R65、R68＝独立地是N或不存在；
R2、R13、R17、R44、R63、R66＝独立地是A、C、U或不存在；
R5、R15、R19、R20、R25、R27、R29、R50、R52、R56、R70、R72＝独立地是A、G或不存在；
R6、R24、R32、R49＝独立地是A、G、U或不存在；
R12、R26、R46、R57＝独立地是A、U或不存在；
R11、R28、R35、R43＝独立地是C或不存在；
R10、R45、R61＝独立地是C、G或不存在；
R4、R21、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R37、R53、R55、R59、R60、R62、R67、R71＝独立地是C、U或不存在；
R33、R51＝独立地是G或不存在；
R8、R30、R58、R69＝独立地是G、U或不存在；
R16、R22、R36、R38、R39、R42、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
苯丙氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IPHE的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Phe的共有序列是：
R0、R23＝不存在
R9、R14、R38、R39、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R71＝A、C或不存在；
R41、R70＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R5、R6、R30、R31、R32、R34、R42、R44、R45、R46、R48、R49、R58、R62、R63、R66、R67、R68、R69＝独立地是N或不存在；
R16、R61、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R15、R26、R27、R29、R40、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R51＝独立地是A、G、U或不存在；
R22、R24＝独立地是A、U或不存在；
R55、R60＝独立地是C或不存在；
R2、R3、R21、R33、R43、R50、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R12、R13、R17、R28、R35、R36、R59＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20、R25、R37、R52＝独立地是G或不存在；
R1＝G、U或不存在；
R8、R18、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIPHE的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Phe的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R14、R24、R38、R39、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R46、R71＝独立地是A、C或不存在；
R4、R70＝独立地是A、C、G或不存在；
R45＝A、C、U或不存在；
R6、R7、R15、R26、R27、R32、R34、R40、R41、R56、R69＝独立地是A、G或不存在；
R29＝A、G、U或不存在；
R5、R9、R67＝独立地是A、U或不存在；
R35、R49、R55、R60＝独立地是C或不存在；
R21、R43、R62＝独立地是C、G或不存在；
R2、R33、R68＝独立地是C、G、U或N不存在；
R3、R11、R12、R13、R28、R30、R36、R42、R44、R48、R58、R59、R61、R66＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20、R25、R37、R51、R52、R63、R64＝独立地是G或不存在；
R1、R31、R50＝独立地是G、U或不存在；
R8、R16、R17、R22、R53、R54、R65＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIPHE的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Phe的共有序列是：
R0、R18、R22、R23＝不存在
R5、R7、R14、R24、R26、R32、R34、R38、R39、R41、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R46＝A、C或不存在；
R70＝A、C、G或不存在；
R4、R6、R15、R56、R69＝独立地是A、G或不存在；
R9、R4x＝独立地是A、U或不存在；
R3、R11、R13、R35、R43、R49、R55、R60、R68、R71＝独立地是C或不存在；
R33＝C、G或不存在；
R3、R28、R36、R48、R58、R59、R61＝独立地是C、U或不存在；
R1、R10、R19、R20、R21、R25、R27、R29、R37、R40、R51、R52、R62、R63、R64＝独立地是G或不存在；
R8、R12、R16、R17、R30、R31、R42、R44、R50、R53、R54、R65、R66、R67＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
脯氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IPRO的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Pro的共有序列是：
R0＝不存在
R14、R57＝独立地是A或不存在；
R70、R72＝独立地是A、C或不存在；
R9、R26、R27＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R5、R6、R16、R21、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R37、R41、R42、R43、R44、R45、R46、R48、R49、R50、R58、R61、R62、R63、R64、R66、R67、R68＝独立地是N或不存在；
R35、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R24、R40、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R25、R51＝独立地是A、G、U或不存在；
R55、R60＝独立地是C或不存在；
R1、R3、R71＝独立地是C、G或不存在；
R11、R12、R20、R69＝独立地是C、G、U或不存在；
R13、R17、R18、R22、R23、R28、R59＝独立地是C、U或不存在；
R10、R15、R19、R38、R39、R52＝独立地是G或不存在；
R2＝独立地是G、U或不存在；
R8、R36、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIPRO的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Pro的共有序列是：
R0、R17、R18、R22、R23＝不存在；
R14、R45、R56、R57、R58、R65、R68＝独立地是A或不存在；
R61＝A、C、G或不存在；
R43＝N或不存在；
R37＝A、C、U或不存在；
R24、R27、R33、R40、R44、R63＝独立地是A、G或不存在；
R3、R12、R30、R32、R48、R55、R60、R70、R71、R72＝独立地是C或不存在；
R5、R34、R42、R66＝独立地是C、G或不存在；
R20＝C、G、U或不存在；
R35、R41、R49、R62＝独立地是C、U或不存在；
R1、R2、R6、R9、R10、R15、R19、R26、R38、R39、R46、R50、R51、R52、R64、R67、R69＝独立地是G或不存在；
R11、R16＝独立地是G、U或不存在；
R4、R7、R8、R13、R21、R25、R28、R29、R31、R36、R53、R54、R59＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIPRO的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Pro的共有序列是：
R0、R17、R18、R22、R23＝不存在
R14、R45、R56、R57、R58、R65、R68＝独立地是A或不存在；
R37＝A、C、U或不存在；
R24、R27、R40＝独立地是A、G或不存在；
R3、R5、R12、R30、R32、R48、R49、R55、R60、R61、R62、R66、R70、R71、R72＝独立地是C或不存在；
R34、R42＝独立地是C、G或不存在；
R43＝C、G、U或不存在；
R41＝C、U或不存在；
R1、R2、R6、R9、R10、R15、R19、R20、R26、R33、R38、R39、R44、R46、R50、R51、R52、R63、R64、R67、R69＝独立地是G或不存在；
R16＝G、U或不存在；
R4、R7、R8、R11、R13、R21、R25、R28、R29、R31、R35、R36、R53、R54、R59＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
丝氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式ISER的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ser的共有序列是：
R0＝不存在；
R14、R24、R57＝独立地是A或不存在；
R41＝A、C或不存在；
R2、R3、R4、R5、R6、R7、R9、R10、R11、R12、R13、R16、R21、R25、R26、R27、R28、R30、R31、R32、R33、R34、R37、R42、R43、R44、R45、R46、R48、R49、R50、R62、R63、R64、R65、R66、R67、R68、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R18＝A、C、U或不存在；
R15、R40、R51、R56＝独立地是A、G或不存在；
R1、R29、R58、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R39＝A、U或不存在；
R60＝C或不存在；
R38＝C、G或不存在；
R17、R22、R23、R71＝独立地是C、G、U或不存在；
R8、R35、R36、R55、R59、R61＝独立地是C、U或不存在；
R19、R20＝独立地是G或不存在；
R52＝G、U或不存在；
R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IISER的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ser的共有序列是：
R0、R23＝不存在
R14、R24、R41、R57＝独立地是A或不存在；
R44＝A、C或不存在；
R25、R45、R48＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R3、R4、R5、R37、R50、R62、R66、R67、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R12、R28、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R15、R29、R34、R40、R56、R63＝独立地是A、G或不存在；
R7、R26、R30、R33、R46、R58、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R39＝A、U或不存在；
R11、R35、R60、R61＝独立地是C或不存在；
R13、R38＝独立地是C、G或不存在；
R6、R17、R31、R43、R64、R68＝独立地是C、G、U或不存在；
R36、R42、R49、R55、R59、R71＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20、R27、R51＝独立地是G或不存在；
R1、R16、R32、R52＝独立地是G、U或不存在；
R8、R18、R21、R22、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIISER的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Ser的共有序列是：
R0、R23＝不存在
R14、R24、R41、R57、R58＝独立地是A或不存在；
R44＝A、C或不存在；
R25、R48＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R3、R5、R37、R66、R67、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R12、R28、R62＝独立地是A、C、U或不存在；
R7、R9、R15、R29、R33、R34、R40、R45、R56、R63＝独立地是A、G或不存在；
R4、R26、R46、R50＝独立地是A、G、U或不存在；
R30、R39＝独立地是A、U或不存在；
R11、R17、R35、R60、R61＝独立地是C或不存在；
R13、R38＝独立地是C、G或不存在；
R6、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R31、R42、R43、R49、R55、R59、R65、R68、R71＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20、R27、R51、R52＝独立地是G或不存在；
R1、R16、R32、R72＝独立地是G、U或不存在；
R8、R18、R21、R22、R36、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
苏氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式ITHR的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Thr的共有序列是：
R0、R23＝不存在
R14、R41、R57＝独立地是A或不存在；
R56、R70＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R5、R6、R7、R12、R16、R26、R30、R31、R32、R34、R37、R42、R44、R45、R46、R48、R49、R50、R58、R62、R63、R64、R65、R66、R67、R68、R72＝独立地是N或不存在；
R13、R17、R21、R35、R61＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R24、R27、R29、R69＝独立地是A、G或不存在；
R15、R25、R51＝独立地是A、G、U或不存在；
R40、R53＝独立地是A、U或不存在；
R33、R43＝独立地是C、G或不存在；
R2、R3、R59＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R18、R22、R28、R36、R54、R55、R60、R71＝独立地是C、U或不存在；
R10、R20、R38、R52＝独立地是G或不存在；
R19＝G、U或不存在；
R8、R39＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IITHR的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Thr的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R14、R41、R57＝独立地是A或不存在；
R9、R42、R44、R48、R56、R70＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R6、R12、R26、R49、R58、R63、R64、R66、R68＝独立地是N或不存在；
R13、R21、R31、R37、R62＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R15、R24、R27、R29、R46、R51、R69＝独立地是A、G或不存在；
R7、R25、R45、R50、R67＝独立地是A、G、U或不存在；
R40、R53＝独立地是A、U或不存在；
R35＝C或不存在；
R33、R43＝独立地是C、G或不存在；
R2、R3、R5、R16、R32、R34、R59、R65、R72＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R17、R22、R28、R30、R36、R55、R60、R61、R71＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20、R38、R52＝独立地是G或不存在；
R8、R39、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIITHR的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Thr的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R14、R40、R41、R57＝独立地是A或不存在；
R44＝A、C或不存在；
R9、R42、R48、R56＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R6、R12、R26、R58、R64、R66、R68＝独立地是N或不存在；
R13、R21、R31、R37、R49、R62＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R15、R24、R27、R29、R46、R51、R69＝独立地是A、G或不存在；
R7、R25、R45、R50、R63、R67＝独立地是A、G、U或不存在；
R53＝A、U或不存在；
R35＝C或不存在；
R2、R33、R43、R70＝独立地是C、G或不存在；
R5、R16、R34、R59、R65＝独立地是C、G、U或不存在；
R3、R11、R22、R28、R30、R36、R55、R60、R61、R71＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R20、R38、R52＝独立地是G或不存在；
R32＝G、U或不存在；
R8、R17、R39、R54、R72＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
色氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式ITRP的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Trp的共有序列是：
R0＝不存在；
R24、R39、R41、R57＝独立地是A或不存在；
R2、R3、R26、R27、R40、R48＝独立地是A、C、G或不存在；
R4、R5、R6、R29、R30、R31、R32、R34、R42、R44、R45、R46、R49、R51、R58、R63、R66、R67、R68＝独立地是N或不存在；
R13、R14、R16、R18、R21、R61、R65、R71＝独立地是A、C、U或不存在；
R1、R9、R10、R15、R33、R50、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R25、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R37、R38、R55、R60＝独立地是C或不存在；
R12、R35、R43、R64、R69、R70＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R17、R22、R29、R59、R62＝独立地是C、U或不存在；
R19、R20、R52＝独立地是G或不存在；
R8、R23、R36、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IITRP的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Trp的共有序列是：
R0、R18、R22、R23＝不存在
R14、R24、R39、R41、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R3、R4、R13、R61、R71＝独立地是A、C或不存在；
R6、R44＝独立地是A、C、G或不存在；
R21＝A、C、U或不存在；
R2、R7、R15、R25、R33、R34、R45、R56、R63＝独立地是A、G或不存在；
R58＝A、G、U或不存在；
R46＝A、U或不存在；
R37、R38、R55、R60、R62＝独立地是C或不存在；
R12、R26、R27、R35、R40、R48、R67＝独立地是C、G或不存在；
R32、R43、R68＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R16、R28、R31、R49、R59、R65、R70＝独立地是C、U或不存在；
R1、R9、R10、R19、R20、R50、R52、R69＝独立地是G或不存在；
R5、R8、R29、R30、R42、R51、R64、R66＝独立地是G、U或不存在；
R17、R36、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIITRP的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Trp的共有序列是：
R0、R18、R22、R23＝不存在
R14、R24、R39、R41、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R3、R4、R13、R61、R71＝独立地是A、C或不存在；
R6、R44＝独立地是A、C、G或不存在；
R21＝A、C、U或不存在；
R2、R7、R15、R25、R33、R34、R45、R56、R63＝独立地是A、G或不存在；
R58＝A、G、U或不存在；
R46＝A、U或不存在；
R37、R38、R55、R60、R62＝独立地是C或不存在；
R12、R26、R27、R35、R40、R48、R67＝独立地是C、G或不存在；
R32、R43、R68＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R16、R28、R31、R49、R59、R65、R70＝独立地是C、U或不存在；
R1、R9、R10、R19、R20、R50、R52、R69＝独立地是G或不存在；
R5、R8、R29、R30、R42、R51、R64、R66＝独立地是G、U或不存在；
R17、R36、R53、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
酪氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式ITYR的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Tyr的共有序列是：
R0＝不存在
R14、R39、R57＝独立地是A或不存在；
R41、R48、R51、R71＝独立地是A、C、G或不存在；
R3、R4、R5、R6、R9、R10、R12、R13、R16、R25、R26、R30、R31、R32、R42、R44、R45、R46、R49、R50、R58、R62、R63、R66、R67、R68、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R22、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R15、R24、R27、R33、R37、R40、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R29、R34、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R23、R53＝独立地是A、U或不存在；
R35、R60＝独立地是C或不存在；
R20＝C、G或不存在；
R1、R2、R28、R61、R64＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R17、R21、R43、R55＝独立地是C、U或不存在；
R19、R52＝独立地是G或不存在；
R8、R18、R36、R38、R54、R59＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IITYR的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Tyr的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R7、R9、R14、R24、R26、R34、R39、R57＝独立地是A或不存在；
R44、R69＝独立地是A、C或不存在；
R71＝A、C、G或不存在；
R68＝N或不存在；
R58＝A、C、U或不存在；
R33、R37、R41、R56、R62、R63＝独立地是A、G或不存在；
R6、R29、R72＝独立地是A、G、U或不存在；
R31、R45、R53＝独立地是A、U或不存在；
R13、R35、R49、R60＝独立地是C或不存在；
R20、R48、R64、R67、R70＝独立地是C、G或不存在；
R1、R2、R5、R16、R66＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R21、R28、R43、R55、R61＝独立地是C、U或不存在；
R10、R15、R19、R25、R27、R40、R51、R52＝独立地是G或不存在；
R3、R4、R30、R32、R42、R46＝独立地是G、U或不存在；
R8、R12、R17、R22、R36、R38、R50、R54、R59、R65＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIITYR的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Tyr的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R7、R9、R14、R24、R26、R34、R39、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R44、R69＝独立地是A、C或不存在；
R71＝A、C、G或不存在；
R37、R41、R56、R62、R63＝独立地是A、G或不存在；
R6、R29、R68＝独立地是A、G、U或不存在；
R31、R45、R58＝独立地是A、U或不存在；
R13、R28、R35、R49、R60、R61＝独立地是C或不存在；
R5、R48、R64、R67、R70＝独立地是C、G或不存在；
R1、R2＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R16、R21、R43、R55、R66＝独立地是C、U或不存在；
R10、R15、R19、R20、R25、R27、R33、R40、R51、R53＝独立地是G或不存在；
R3、R4、R30、R32、R42、R46＝独立地是G、U或不存在；
R8、R12、R17、R22、R36、R38、R50、R53、R54、R59、R65＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
缬氨酸TREM共有序列
在实施例中，本文披露的TREM包含式IVAL的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Val的共有序列是：
R0、R23＝不存在；
R24、R38、R57＝独立地是A或不存在；
R9、R72＝独立地是A、C、G或不存在；
R2、R4、R5、R6、R7、R12、R15、R16、R21、R25、R26、R29、R31、R32、R33、R34、R37、R41、R42、R43、R44、R45、R46、R48、R49、R50、R58、R61、R62、R63、R64、R65、R66、R67、R68、R69、R70＝独立地是N或不存在；
R17、R35、R59＝独立地是A、C、U或不存在；
R10、R14、R27、R40、R52、R56＝独立地是A、G或不存在；
R1、R3、R51、R53＝独立地是A、G、U或不存在；
R39＝C或不存在；
R13、R30、R35＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R22、R28、R60、R71＝独立地是C、U或不存在；
R19＝G或不存在；
R20＝G、U或不存在；
R8、R18、R36、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIVAL的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Val的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在；
R24、R38、R57＝独立地是A或不存在；
R64、R70、R72＝独立地是A、C、G或不存在；
R15、R16、R26、R29、R31、R32、R43、R44、R45、R49、R50、R58、R62、R65＝独立地是N或不存在；
R6、R17、R37、R37、R41、R59＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R10、R14、R27、R40、R46、R51、R52、R56＝独立地是A、G或不存在；
R7、R12、R25、R33、R53、R63、R66、R68＝独立地是A、G、U或不存在；
R69＝A、U或不存在；
R39＝C或不存在；
R5、R67＝独立地是C、G或不存在；
R2、R4、R13、R48、R55、R61＝独立地是C、G、U或不存在；
R11、R22、R28、R30、R35、R60、R71＝独立地是C、U或不存在；
R19＝G或不存在；
R1、R3、R20、R42＝独立地是G、U或不存在；
R8、R21、R36、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
在实施例中，本文披露的TREM包含式IIIVAL的序列，
R0-R1-R2-R3-R4-R5-R6-R7-R8-R9-R10-R11-R12-R13-R14-R15-R16-R17-R18-R19-R20-R21-R22-R23-R24-R25-R26-R27-R28-R29-R30-R31-R32-R33-R34-R35-R36-R37-R38-R39-R40-R41-R42-R43-R44-R45-R46-[R47]x1-R48-R49-R50-R51-R52-R53-R54-R55-R56-R57-R58-R59-R60-R61-R62-R63-R64-R65-R66-R67-R68-R69-R70-R71-R72
其中Val的共有序列是：
R0、R18、R23＝不存在
R24、R38、R40、R57、R72＝独立地是A或不存在；
R29、R64、R70＝独立地是A、C、G或不存在；
R49、R50、R62＝独立地是N或不存在；
R16、R26、R31、R32、R37、R41、R43、R59、R65＝独立地是A、C、U或不存在；
R9、R14、R27、R46、R52、R56、R66＝独立地是A、G或不存在；
R7、R12、R25、R33、R44、R45、R53、R58、R63、R68＝独立地是A、G、U或不存在；
R69＝A、U或不存在；
R39＝C或不存在；
R5、R67＝独立地是C、G或不存在；
R2、R4、R13、R15、R48、R55＝独立地是C、G、U或不存在；
R6、R11、R22、R28、R30、R34、R35、R60、R61、R71＝独立地是C、U或不存在；
R10、R19、R51＝独立地是G或不存在；
R1、R3、R20、R42＝独立地是G、U或不存在；
R8、R17、R21、R36、R54＝独立地是U或不存在；
[R47]x1＝N或不存在；
其中，例如，x＝1-271(例如，x＝1-250、x＝1-225、x＝1-200、x＝1-175、x＝1-150、x＝1-125、x＝1-100、x＝1-75、x＝1-50、x＝1-40、x＝1-30、x＝1-29、x＝1-28、x＝1-27、x＝1-26、x＝1-25、x＝1-24、x＝1-23、x＝1-22、x＝1-21、x＝1-20、x＝1-19、x＝1-18、x＝1-17、x＝1-16、x＝1-15、x＝1-14、x＝1-13、x＝1-12、x＝1-11、x＝1-10、x＝10-271、x＝20-271、x＝30-271、x＝40-271、x＝50-271、x＝60-271、x＝70-271、x＝80-271、x＝100-271、x＝125-271、x＝150-271、x＝175-271、x＝200-271、x＝225-271、x＝1、x＝2、x＝3、x＝4、x＝5、x＝6、x＝7、x＝8、x＝9、x＝10、x＝11、x＝12、x＝13、x＝14、x＝15、x＝16、x＝17、x＝18、x＝19、x＝20、x＝21、x＝22、x＝23、x＝24、x＝25、x＝26、x＝27、x＝28、x＝29、x＝30、x＝40、x＝50、x＝60、x＝70、x＝80、x＝90、x＝100、x＝110、x＝125、x＝150、x＝175、x＝200、x＝225、x＝250或x＝271)，
前提是TREM具有以下特性中的一者或两者：不超过15％的残基是N；或者不超过20个残基是不存在的。
可变区共有序列
在实施例中，本文披露的TREM在位置R47处包含可变区。在实施例中，该可变区的长度是1-271个核糖核苷酸(例如1-250、1-225、1-200、1-175、1-150、1-125、1-100、1-75、1-50、1-40、1-30、1-29、1-28、1-27、1-26、1-25、1-24、1-23、1-22、1-21、1-20、1-19、1-18、1-17、1-16、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、10-271、20-271、30-271、40-271、50-271、60-271、70-271、80-271、100-271、125-271、150-271、175-271、200-271、225-271、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、110、125、150、175、200、225、250或271个核糖核苷酸)。在实施例中，该可变区包含腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤或尿嘧啶的任何一种、所有或组合。
在实施例中，该可变区包含由表3中披露的脱氧核糖核酸(DNA)序列(例如，表3中披露的SEQ ID NO:452-561中的任一个)编码的核糖核酸(RNA)序列。
表3：示例性可变区序列。
Figure BDA0003627916110001751
Figure BDA0003627916110001761
Figure BDA0003627916110001771
Figure BDA0003627916110001781
Figure BDA0003627916110001791
制备TREM的方法
用于设计和构建表达载体和修饰用来产生目标(例如，本文披露的TREM或酶)的宿主细胞的方法使用本领域已知的技术。例如，使用培养的哺乳动物细胞(例如，培养的人细胞)、昆虫细胞、酵母、细菌或其他细胞在适当启动子控制下对细胞进行遗传修饰以表达外源TREM。通常，可以使用重组方法。总的来说，参见Pharmaceutical Biotechnology:Fundamentals and Applications[药物生物技术：基础与应用],Springer[斯普林格出版社](2013)；Green和Sambrook(编辑),Molecular Cloning:A Laboratory Manual[分子克隆-实验室手册](第四版),Cold Spring Harbor Laboratory Press[冷泉港实验室出版社](2012)。例如，哺乳动物表达载体可包含非转录元件，如复制起点、合适的启动子和增强子，以及其他5'或3'侧翼非转录序列。来源于SV40病毒基因组的DNA序列，例如，SV40起点、早期启动子、增强子、剪接和聚腺苷酸化位点可以用于提供异源DNA序列表达所需的其他遗传元件。
制备本文披露的TREM或TREM组合物的方法包括使用表达TREM的宿主细胞，例如，经修饰的宿主细胞。
在允许表达TREM的条件下培养经修饰的宿主细胞。在实施例中，可以调节培养条件以增加TREM的表达。制备TREM的方法进一步包括从宿主细胞培养物中纯化表达的TREM以产生TREM组合物。在实施例中，TREM是TREM片段，例如，由表1中披露的脱氧核糖核酸序列编码的tRNA片段。例如，TREM包括少于来自与接受治疗的受试者相同的物种的tRNA的完整序列，例如，少于具有相同反密码子的tRNA的完整序列，或两者。在实施例中，例如，来自全长TREM或更长的片段的TREM片段的产生可以被酶催化，例如，具有核酸酶活性的酶(例如，内切核酸酶活性或核糖核酸酶活性)，例如，RNA酶A、切丁酶、血管生成素、RNA酶P、RNA酶Z、Rny1或PrrC。
在实施例中，制备本文所述的TREM的方法包括使宿主细胞(例如，如本文所述，例如，经修饰的宿主细胞)与本文所述的编码TREM的外源核酸(例如，DNA或RNA)在足以表达TREM的条件下接触(例如，转导或转染)。在实施例中，外源核酸包含含有由表1中披露的DNA序列编码的RNA的核糖核酸(RNA)序列的RNA(或编码RNA的DNA)。在实施例中，外源核酸包含与表1中提供的DNA序列编码的RNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的RNA序列(或编码RNA序列的DNA)。在实施例中，外源核酸包含含有由表1中披露的脱氧核糖核酸(DNA)序列编码的核糖核酸(RNA)序列的至少30个连续核苷酸的RNA序列(或编码RNA序列的DNA)。在实施例中，外源核酸包含含有与表1中提供的DNA序列编码的RNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的RNA序列的至少30个连续核苷酸的RNA序列(或编码RNA序列的DNA)。
在实施例中，宿主细胞用表达TREM的病毒(例如，慢病毒、腺病毒或逆转录病毒)转导，如实例2中所述。
可以从宿主细胞或宿主细胞培养物中纯化表达的TREM以产生TREM组合物，例如，如本文所述。TREM的纯化可以通过亲和纯化进行，例如，如特定tRNA分子的MACS分离方案中所述，或本领域已知的其他方法。在实施例中，TREM通过实例1中描述的方法纯化。
在实施例中，制备TREM(例如，TREM组合物)的方法包括使TREM与试剂(例如，包含与TREM互补的核酸序列的捕获试剂)接触。单个捕获试剂或多个捕获试剂可用于制备TREM，例如，TREM组合物。当使用单一捕获试剂时，捕获试剂可与TREM具有至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的互补序列。当使用多个捕获试剂时，可以制备具有多个不同TREM的TREM组合物。在实施例中，捕获试剂可以与药剂，例如，生物素偶联。
在实施例中，该方法包括使TREM变性，例如，在与捕获试剂杂交之前。在实施例中，该方法包括在杂交和/或从捕获试剂释放之后复性该TREM。
在实施例中，制备TREM(例如，TREM组合物)的方法包括使TREM与试剂(例如，分离试剂，例如，色谱试剂)接触。在实施例中，色谱试剂包括柱色谱试剂、平面色谱试剂、置换色谱试剂、气相色谱试剂、液相色谱试剂、亲和色谱试剂、离子交换色谱试剂或尺寸排阻色谱试剂。
在实施例中，通过本文所述的任何方法制备的TREM可以：(i)负载氨基酸，例如，同源氨基酸；(ii)负载非同源氨基酸(例如，错误负载的TREM(mTREM)；或(iii)不负载氨基酸，例如，无负载的TREM(uTREM)。
在实施例中，通过本文所述的任何方法制备的TREM是无负载的TREM(uTREM)。在实施例中，制备uTREM的方法包括在具有限制量的一种或多种营养物(例如，培养基营养物不足)的培养基中培养宿主细胞。
在实施例中，负载的TREM，例如，负载同源AA或非同源AA的TREM，可以是无负载的，例如，通过解离AA，例如，通过在高温下孵育TREM。
编码TREM或TREM片段的外源核酸
在实施例中，外源核酸，例如，编码TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)的DNA或RNA包含核酸序列，该核酸序列包含由表1中披露的DNA序列(例如，表1中披露的SEQID NO:1-451中的任一个)编码的一个或多个RNA序列的核酸序列。在实施例中，外源核酸，例如，编码TREM的DNA或RNA包含与由表1中披露的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同的核酸序列。
在实施例中，外源核酸，例如，编码TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)的DNA或RNA包含由表1中披露的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列的核酸序列。在实施例中，外源核酸，例如，编码TREM的DNA或RNA包含与由表1中披露的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的多个RNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的核酸序列。在实施例中，编码TREM的外源核酸包含由与表1中披露的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同的DNA序列编码的RNA序列。
在实施例中，外源核酸，例如，编码TREM(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)的DNA或RNA包含一个或多个TREM片段的RNA序列，例如，由表1中披露的DNA序列编码的RNA的片段，例如，如本文所述，例如，如表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个的片段。在实施例中，TREM片段包含由表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA的核酸序列的至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在实施例中，TREM片段包含与由表1中提供的DNA序列编码的RNA至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同的核酸序列的至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在实施例中，TREM片段包含由与表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQID NO:1-451中的任一个)至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同的DNA序列编码的核酸序列的至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。
在实施例中，TREM片段(例如，对应于con-稀有密码子的TREM)包含由表1中披露的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列的至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个连续核苷酸。在实施例中，TREM片段包含与由表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)编码的RNA序列至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同的RNA序列的至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个连续核苷酸。在实施例中，TREM片段包含由与表1中提供的DNA序列(例如，表1中披露的SEQ ID NO:1-451中的任一个)至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同的DNA序列编码的RNA序列的至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25由DNA序列编码的RNA序列的26、27、28、29或30个连续核苷酸。
在实施例中，外源核酸包含DNA，其在转录后表达TREM。
在实施例中，外源核酸包含RNA，其在逆转录后产生可转录以提供TREM的DNA。
在实施例中，编码TREM的外源核酸包含：(i)控制区序列；(ii)编码经修饰的TREM的序列；(iii)编码多于一个TREM的序列；或(iv)不同于tRNAMET序列的序列。
在实施例中，编码TREM的外源核酸包含启动子序列。在实施例中，外源核酸包含RNA聚合酶III(Pol III)识别序列，例如，Pol III结合序列。在实施例中，启动子序列包含U6启动子序列或其片段。在实施例中，核酸序列包含含有突变的启动子序列，例如，启动子上调突变，例如，增加转录起始的突变，例如，增加TFIIIB结合的突变。在实施例中，核酸序列包含增加Pol III结合并导致增加的tRNA生产(例如，TREM生产)的启动子序列。
本文还披露了包含编码TREM的外源核酸的质粒。在实施例中，质粒包含启动子序列，例如，如本文所述。
TREM组合物
在实施例中，TREM组合物，例如，包含TREM的组合物，例如，包含TREM的药物组合物包含药学上可接受的赋形剂。示例性赋形剂包括在FDA非活性成分数据库(https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/iig/index.Cfm)中提供的那些。
在实施例中，TREM组合物，例如，包含TREM的组合物，例如，包含TREM的药物组合物包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100或150克TREM。在实施例中，TREM组合物，例如，包含TREM的组合物，例如，包含TREM的药物组合物包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30、40、50或100毫克TREM。
在实施例中，TREM组合物，例如，包含TREM的组合物，例如，包含TREM的药物组合物是至少10、20、30、40、50、60、70、80、90、95或99％干重TREM。
在实施例中，可以使用如实例14中披露的或本领域已知的体外负载反应，将TREM组合物，例如，通过本文披露的任何制备方法产生的包含TREM的组合物负载氨基酸。
在实施例中，TREM组合物，例如，包含TREM的组合物包含至少1x106个TREM分子、至少1x107个TREM分子、至少1x108个TREM分子或至少1x109个TREM分子。
TREM纯化
TREM组合物，例如，包含TREM的组合物，例如，包含TREM的药物组合物可以通过核苷酸纯化技术从宿主细胞纯化。在一个实施例中，TREM组合物，例如，包含TREM的组合物通过亲和纯化(例如，如特定tRNA分子的MACS分离方案中所述)或通过实例1中所述的方法进行纯化。在一个实施例中，TREM组合物，例如，包含TREM的组合物通过液相色谱纯化，例如，反相离子对色谱(IP-RP)、离子交换色谱(IE)、亲和色谱(AC)、尺寸排阻色谱(SEC)及其组合。参见，例如，Baronti等人Analytical and Bioanalytical Chemistry[分析和生物分析化学](2018)410:3239-3252。
TREM质量控制和生产评定
可以评定通过本文披露的任何方法生产的TREM、或TREM组合物，例如，包含TREM的组合物，例如，包含TREM的药物组合物的与TREM或TREM制剂相关的特征，如纯度、宿主细胞蛋白或DNA含量、内毒素水平、无菌性、TREM浓度、TREM结构或TREM的功能活性。任何上述特征都可以通过为特征提供值来评估，例如，通过评估或测试TREM、TREM组合物或包含TREM的组合物生产中的中间体。值还可以与标准值或参考值进行比较。响应于评估，可以对TREM组合物进行分类，例如，准备发布、符合人体试验的生产标准、符合ISO标准、符合cGMP标准、或符合其他制药标准。响应于评估，TREM组合物可以进行进一步处理，例如，它可以分成等份，例如，分成单剂量或多剂量，置于容器(例如，最终用途小瓶)中，被包装、运输或投入商业。在实施例中，响应于评估，可以调节、处理或再处理一种或多种特征以优化TREM组合物。例如，可以调节、加工或再加工该TREM组合物以(i)增加该TREM组合物的纯度；(ii)减少该组合物中HCP的量；(iii)减少该组合物中DNA的量；(iv)减少该组合物中片段的量；(v)减少该组合物中内毒素的量；(vi)增加该组合物的体外翻译活性；(vii)增加该组合物的TREM浓度；或(viii)灭活或去除该组合物中存在的任何病毒污染物，例如，通过降低组合物的pH值或通过过滤。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)具有至少30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的纯度，即按质量计。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)具有少于0.1ng/ml、1ng/ml、5ng/ml、10ng/ml、15ng/ml、20ng/ml、25ng/ml、30ng/ml、35ng/ml、40ng/ml、50ng/ml、60ng/ml、70ng/ml、80ng/ml、90ng/ml、100ng/ml、200ng/ml、300ng/ml、400ng/ml或500ng/ml的宿主细胞蛋白(HCP)污染。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)具有少于0.1ng、1ng、5ng、10ng、15ng、20ng、25ng、30ng、35ng、40ng、50ng、60ng、70ng、80ng、90ng、100ng、200ng、300ng、400ng或500ng/毫克(mg)组合物的宿主细胞蛋白(HCP)污染。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)具有少于1ng/ml、5ng/ml、10ng/ml、15ng/ml、20ng/ml、25ng/ml、30ng/ml、35ng/ml、40ng/ml、50ng/ml、60ng/ml、70ng/ml、80ng/ml、90ng/ml、100ng/ml、200ng/ml、300ng/ml、400ng/ml或500ng/ml的DNA含量，例如，宿主细胞DNA含量。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)具有少于0.1％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％的TREM片段。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)具有低水平内毒素或不存在内毒素，例如，如通过鲎变形细胞裂解物(LAL)测试所测量的；
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)具有体外翻译活性，例如，如通过实例9中所述的测定所测量的。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)具有至少0.1ng/mL、0.5ng/mL、1ng/mL、5ng/mL、10ng/mL、50ng/mL、0.1ug/mL、0.5ug/mL、1ug/mL、2ug/mL、5ug/mL、10ug/mL、20ug/mL、30ug/mL、40ug/mL、50ug/mL、60ug/mL、70ug/mL、80ug/mL、100ug/mL、200ug/mL、300ug/mL、500ug/mL、1000ug/mL、5000ug/mL、10,000ug/mL或100,000ug/mL的TREM浓度。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)是无菌的，例如，在无菌条件下测试时，该组合物或制剂支持少于100个活微生物的生长，该组合物或制剂符合USP<71>的标准，和/或该组合物或制剂符合USP<85>的标准。
在实施例中，TREM(例如，TREM组合物或TREM组合物生产中的中间体)不存在或存在不可检测水平的病毒污染物，例如，无病毒污染物。在实施例中，存在于组合物中的病毒污染物，例如，任何残余病毒，被灭活或去除。在实施例中，病毒污染物，例如，任何残余病毒例如通过降低组合物的pH值被灭活。在实施例中，病毒污染物，例如，任何残余病毒例如通过过滤或本领域已知的其他方法被去除。
TREM施用
本文所述的TREM组合物，例如，包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物可以施用于靶细胞、组织或受试者(例如，包含具有con-稀有密码子的核酸序列的靶细胞或组织)，例如，通过在体外、离体或体内直接施用于靶细胞、组织和/或器官。体内施用可以经由，例如，通过局部、全身和/或肠胃外途径，例如，静脉内、皮下、腹膜内、鞘内、肌内、眼、鼻、泌尿生殖器、皮内、真皮、肠内、玻璃体内、脑内、鞘内或硬膜外途径。
在实施例中，将本文披露的TREM组合物，例如，包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物施用于具有本文披露的症状或障碍例如与con-稀有密码子有关的障碍的受试者。在实施例中，施用本文披露的TREM组合物，例如，包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物以预防或治疗症状或障碍，例如，与con-稀有密码子有关的障碍。在实施例中，施用TREM组合物，例如，包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物可治疗或预防症状或障碍。在实施例中，施用TREM组合物，例如，包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物调节受试者的tRNA池，例如，可治疗症状或障碍。
在实施例中，将本文所述的TREM组合物，例如，包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物施用于来自具有本文披露的症状或障碍例如与con-稀有密码子有关的障碍的受试者的细胞。在实施例中，TREM组合物(例如，包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物)的施用调节具有con-稀有密码子的RNA或由该RNA编码的蛋白质的生产参数。在实施例中，可以将TREM组合物，例如，包含TREM的组合物或包含TREM的药物组合物体内、体外或离体施用于细胞。
在实施例中，将本文披露的TREM组合物或包含TREM的药物组合物施用于具有本文披露的症状或障碍例如与con-稀有密码子有关的障碍的受试者的组织。
载体和载剂
在一些实施例中，使用载体将本文所述的TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物递送至细胞，例如，哺乳动物细胞或人细胞。载体可以是，例如，质粒或病毒。在一些实施例中，递送是体内、体外、离体或原位的。在一些实施例中，病毒是腺相关病毒(AAV)、慢病毒、腺病毒。在一些实施例中，系统或系统的组分与病毒样颗粒或病毒体一起被递送至细胞。在一些实施例中，递送使用一种以上的病毒、病毒样颗粒或病毒体。
载剂
本文所述的TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物可以包含载剂，可以与载剂一起配制，或者可以在载剂中递送。
病毒载体
载剂可以是病毒载体(例如，包含编码TREM的序列的病毒载体)。可以将病毒载体施用于细胞或受试者(例如，人受试者或动物模型)以递送TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物。病毒载体可以全身或局部施用(例如，注射)。
病毒基因组提供了丰富的载体来源，可用于将外源基因有效递送到哺乳动物细胞中。本领域已知病毒基因组可用作递送的有用载体，因为包含在此类基因组中的多核苷酸典型地通过通用或特化转导掺入到哺乳动物细胞的核基因组中。这些过程是自然病毒复制周期的一部分，不需要添加蛋白质或试剂来诱导基因整合。病毒载体的实例包括逆转录病毒(例如，逆转录病毒科病毒载体)、腺病毒(例如，Ad5、Ad26、Ad34、Ad35和Ad48)、细小病毒(例如，腺相关病毒)、冠状病毒、负链RNA病毒(如正粘病毒(例如，流感病毒)、弹状病毒(例如，狂犬病和水泡性口炎病毒)、副粘病毒(例如，麻疹和仙台病毒))、正链RNA病毒(如微核糖核酸病毒和甲病毒)、以及双链DNA病毒(包括腺病毒、疱疹病毒(例如，单纯疱疹病毒1型和2型、爱泼斯坦-巴尔病毒、巨细胞病毒、复制缺陷疱疹病毒)和痘病毒(例如，牛痘、经修饰的安卡拉牛痘(MVA)、鸡痘和金丝雀痘))。其他病毒包括例如诺沃克病毒、披膜病毒、黄病毒、呼肠孤病毒、乳多空病毒、肝炎病毒、人乳头瘤病毒、人泡沫病毒和肝炎病毒。逆转录病毒的实例包括：禽白血病肉瘤，禽C型病毒，哺乳动物C型病毒、B型病毒、D型病毒，致癌反转录病毒，HTLV-BLV群，慢病毒，α逆转录病毒，γ逆转录病毒，泡沫病毒(Coffin,J.M.,Retroviridae:The viruses and their replication[逆转录病毒：病毒及其复制],Virology[病毒学](第三版)Lippincott-Raven[利平科特-瑞文],费城,1996)。其他实例包括鼠白血病病毒、鼠肉瘤病毒、小鼠乳腺肿瘤病毒、牛白血病病毒、猫白血病病毒、猫肉瘤病毒、禽白血病病毒、人T细胞白血病病毒、狒狒内源病毒、长臂猿白血病病毒、梅森辉瑞(Mason Pfizer)猴病毒、猴免疫缺陷病毒、猴肉瘤病毒、劳斯肉瘤病毒和慢病毒。载体的其他实例描述于例如美国专利号5,801,030中，其教导通过引用并入本文。在一些实施例中，系统或系统的组分与病毒样颗粒或病毒体一起被递送至细胞。
基于细胞和囊泡的载剂
可以将本文所述的TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物在囊泡或其他基于膜的载剂中施用于细胞。
在实施例中，本文所述的TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物在细胞、囊泡或其他基于膜的载剂中施用或经由其施用。在一个实施例中，TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物可以配制在脂质体或其他类似的囊泡中。脂质体是球形囊泡结构，这些球形囊泡结构由围绕内部水性隔室的单层或多层的脂质双层和相对不可渗透的外部亲脂性磷脂双层构成。脂质体可以是阴离子的、中性的或阳离子的。脂质体具有生物相容性，无毒，可以递送亲水性和亲脂性药物分子，保护其货物免受血浆酶的降解，并将其装载运输穿过生物膜和血脑屏障(BBB)(关于综述，参见，例如，Spuch和Navarro,Journal of DrugDelivery[药物递送杂志],第2011卷,文章ID 469679,第12页,2011.doi:10.1155/2011/469679)。
囊泡可以由若干种不同类型的脂质制成；然而，磷脂最常用于生成脂质体作为药物载剂。用于制备多层囊泡脂质的方法是本领域已知的(参见例如美国专利号6,693,086，其关于多层囊泡脂质制备的传授内容通过引用并入本文)。尽管当脂质膜与水溶液混合时，囊泡的形成是自发的，但也可以通过使用均质器、超声仪或挤压装置以振荡的形式施加力来加快囊泡的形成(有关综述，参见，例如，Spuch和Navarro,Journal of Drug Delivery[药物递送杂志],第2011卷,文章ID 469679,第12页,2011.doi:10.1155/2011/469679)。可以通过挤出通过具有减小尺寸的过滤器来制备挤出的脂质，如Templeton等人,NatureBiotech[自然生物技术],15:647-652,1997中所述，该文献关于挤出脂质制备的传授内容通过引用并入本文。
脂质纳米颗粒是为本文所述的TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物提供生物相容性和生物可降解递送系统的载剂的另一个实例。纳米结构化的脂质载剂(NLC)是经修饰的固体脂质纳米颗粒(SLN)，这些经修饰的固体脂质纳米颗粒保留了SLN的特征，改善了药物稳定性和装载能力，并且防止了药物泄漏。聚合物纳米颗粒(PNP)是药物递送的重要组分。这些纳米颗粒可以有效地将药物递送引导至特定靶标并且改善药物稳定性和受控的药物释放。也可以使用脂质聚合物纳米颗粒(PLN)，即一种组合了脂质体和聚合物的新型载剂。这些纳米颗粒具有PNP和脂质体的互补优势。PLN由核-壳结构构成；聚合物核提供了稳定的结构，并且磷脂壳提供了良好的生物相容性。这样，这两种组分增加了药物包封效率，促进了表面修饰，并且防止了水溶性药物的泄漏。对于综述，参见例如，Li等人2017,Nanomaterials[纳米材料]7,122；doi:10.3390/nano7060122。
外泌体也可用作本文所述的TREM或TREM组合物或包含TREM的药物组合物的药物递送载体。对于综述，参见Ha等人2016年7月.Acta Pharmaceutica Sinica B[药学学报]第6卷第4期,第287-296页；https://doi.org/10.1016/j.apsb.2016.02.001。
离体分化的红细胞也可用作本文所述的TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物的载剂。参见，例如，WO 2015073587；WO 2017123646；WO 2017123644；WO 2018102740；WO2016183482；WO 2015153102；WO 2018151829；WO 2018009838；Shi等人2014.Proc NatlAcad Sci USA[美国国家科学院院刊].111(28):10131-10136；美国专利9,644,180；Huang等人2017.Nature Communications[自然通讯]8:423；Shi等人2014.Proc Natl Acad SciUSA[美国国家科学院院刊].111(28):10131-10136。
融合体组合物，例如，如WO 2018208728中所述，也可用作载剂以递送本文所述的TREM、TREM组合物或包含TREM的药物组合物。
本文引用的所有参考文献和出版物特此通过引用并入。
提供以下实例以进一步说明本发明的一些实施例，但并非旨在限制本发明的范围；通过其示例性性质将理解，可以替代性地使用本领域技术人员已知的其他程序、方法或技术。
实例
实例内容列表：
Figure BDA0003627916110001901
Figure BDA0003627916110001911
实例1a：通过牛津纳米孔测序进行量化tRNA谱型分析
本实例描述了细胞系或组织类型中tRNA水平的量化，这对于鉴定con-稀有密码子和候选con-稀有密码子很有用。
如先前在Sadaoka等人,Nature Communications[自然-通讯](2019)10,754中所述使用牛津纳米孔引导的RNA测序确定转移RNA水平。
简而言之，裂解用tRNA分子转染的细胞，并且使用诸如苯酚氯仿等的方法纯化总RNA。根据制造商的说明，使用小RNA分离试剂盒从裂解物分离小于200个核苷酸的RNA，以产生小RNA(sRNA)级分。
在37℃下使用100mM Tris-HCl(pH 9.0)将sRNA级分去酰化30分钟。通过添加等体积的100mM乙酸钠/乙酸(pH 4.8)和100mM NaCl中和溶液，随后进行乙醇沉淀。将去酰化的sRNA溶解在水中，并且通过琼脂糖凝胶电泳验证其完整性。然后按照制造商的说明使用酵母poly(A)加尾试剂盒对去酰化的sRNA进行聚腺苷酸化，产生sRNA聚腺苷酸化池。聚腺苷酸化后，使用SuperScript III逆转录酶(赛默飞世尔科技公司(Thermo FisherScientific))或对RNA结构和修饰不太敏感的热稳定组II内含子RT(TGIRT，InGex有限公司(InGex LLC))进行逆转录反应，产生cDNA。按照Oxford纳米孔的标准方案，通过将cDNA混合物与RNA衔接子、T4连接酶和连接缓冲液一起孵育，将测序衔接子连接到cDNA混合物上，产生cDNA文库。然后对文库进行纳米孔测序，并且将序列映射到基因组数据库，在本实例中映射到基因组tRNA数据库GtRNAdb。本实例中描述的方法可以用于评估跨细胞系或组织类型的tRNA库。
实例1b：通过下一代测序进行量化tRNA谱型分析
该实例描述了细胞系或组织类型中tRNA水平的量化。
如先前在Pinkard等人,Nature Communications[自然-通讯](2020)11,4104中所述使用下一代测序确定转移RNA水平。
简而言之，裂解用tRNA分子转染的细胞，并且使用诸如苯酚氯仿等的方法纯化总RNA。根据制造商的说明，使用小RNA分离试剂盒从裂解物分离小于200个核苷酸的RNA，以产生小RNA(sRNA)级分。
在37℃下使用100mM Tris-HCl(pH 9.0)将sRNA级分去酰化45分钟。通过添加等体积的100mM乙酸钠/乙酸(pH 4.8)和100mM NaCl中和溶液，随后进行乙醇沉淀。将去酰化的sRNA在37℃下在与3'衔接子、4条夹板链的混合物和退火缓冲液的反应中夹板连接15分钟，随后在37℃下加入RNL2连接酶反应缓冲液混合物持续1小时，然后在4℃下持续1小时。使用苯酚氯仿提取等方法沉淀去酰化的和夹板连接的sRNA。
使用RT酶(如Superscript IV)在55℃下将去酰化的和夹板连接的sRNA逆转录1小时。根据制造商的说明，将反应产物在微型bio0sepin P30中脱盐，并且将样品在变性聚丙烯酰胺凝胶上运行。切除65nt-200nt的凝胶条带，并且提取sRNA。使用环化连接酶将sRNA环化并纯化。将纯化的环化RNA进行PCR扩增，并且在e-gel ex上运行产物。根据制造商的说明，使用qiaquick凝胶提取试剂盒切除和纯化100nt-250nt的条带，并且沉淀RNA。然后对文库进行下一代测序，并将序列映射到基因组数据库，在本实例中映射到基因组tRNA数据库GtRNAdb。本实例中描述的方法可以用于评估跨细胞系或组织类型的tRNA库。
实例2：跨细胞系或组织类型的蛋白质表达水平的量化
本实例描述了跨细胞系或组织类型中蛋白质表达水平的量化，这对于鉴定con-稀有密码子和候选con-稀有密码子很有用。
细胞培养/样品制备
使用基于SILAC的质谱蛋白质组学监测蛋白质表达水平，如之前在Geiger等人,Molecular and Cellular Proteomics[分子与细胞蛋白质组学](2012)10,754中所述。
简而言之，将细胞群在含有同位素标记的氨基酸(如Lys8(例如，13C615N2-赖氨酸)和Arg10(例如，13C615N4-精氨酸))的培养基中培养；或在含有天然氨基酸的培养基中培养。培养基中进一步补充了10％的透析血清。在含有同位素标记的氨基酸的培养基中培养的细胞将同位素标记的氨基酸掺入到与所述同位素标记的氨基酸一起孵育后翻译的所有蛋白质中。例如，与用天然氨基酸培养的细胞相比，在替代地同位素标记的氨基酸的存在下培养的细胞中所有含有单一精氨酸的肽将重6Da。对培养物进行裂解和超声处理。将细胞裂解物(例如，约100g)在0.1M Tris-HCl中的8M尿素中稀释，随后根据FASP方案用胰蛋白酶消化蛋白质(Wisniewski,J.R.,等人(2009)Universal sample preparation method forproteome analysis[蛋白质组分析的通用样品制备方法].Nat.Methods[自然-方法学]6,359-362)。消化过夜后，用25mM碳酸氢铵缓冲液从过滤器中洗脱肽。如前所述，从每个样品中，约40ug的肽通过强阴离子交换被分离为六个级分(Wisniewski,J.R.,等人(2009)Combination of FASP and StageTip-based fractionation allows in-depth analysisof the hippocampal membrane proteome.[FASP和基于StageTip的分离的组合可以对海马膜蛋白质组进行深入分析]J.Proteome Res.[蛋白质组研究]8,5674-5678)。
将洗脱的肽在C18StageTips上浓缩和纯化，例如，如Rappsilber等人,NatureProtocols(2007)中所述。
LC-MS/MS分析
使用纳流HPLC(Easy nanoLC,赛默飞世尔科技公司(Thermo FisherScientific))通过反相色谱分离肽。将高效液相色谱(HPLC)与LTQ-Orbitrap Velos质谱仪(赛默飞世尔科技公司)耦合。将肽用缓冲液A(0.5％乙酸)装载到柱上，并用2％至30％缓冲液B(80％乙腈，0.5％乙酸)的200分钟线性梯度洗脱。在该梯度后，用90％缓冲液B洗涤柱，并且用缓冲液A重新平衡。
以依赖于数据的方式获取质谱，使用前10种方法在MS和MS/MS扫描之间自动切换。在Orbitrap分析仪中获取MS谱，质量范围为300-1650Th，并且目标值为106个离子。使用HCD方法进行肽片段化，并在Orbitrap分析仪中获取MS/MS谱，目标值为40,000个离子。离子选择阈值设置为5000个计数。其中两个数据集是使用高场Orbitrap池获取的，其中MS扫描的分辨率为60,000，而不是30,000(400m/z)。在高场Orbitrap的两次重复中，第一次以15,000分辨率采集MS/MS扫描，第二次以7500分辨率采集，这与标准Orbitrap相同，但瞬态更短。
数据分析
通过MaxQuant使用标准指标分析原始MS文件，例如，如Tyanova S等人(2016)Nat.Protocols[自然实验手册]11(12)第2301-19页的表2中所述。分类注释以基因本体(GO)生物过程、分子功能和细胞组分、TRANSFAC数据库以及参与KEGG通路和由CORUM定义的蛋白质复合物成员的形式提供。
该实例中描述的方法可以用于评估跨细胞系或组织类型的蛋白质表达水平。
实例3：评估上下文稀有性和鉴定上下文稀有密码子
该实例描述了用于确定con-稀有密码子或候选con-稀有密码子的上下文稀有性(con-稀有性)的组分的方法。该方法利用通过实例2中描述的或取自文献的蛋白质组学确定的细胞系或组织蛋白表达水平。该方法还利用了由纳米孔或实施例1中描述的或取自文献的其他tRNA测序平台确定的tRNA谱。
每核酸序列的密码子计数
使用国家生物技术信息中心(NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或其他数据库定义的编码DNA序列(CDS)，蛋白质编码序列被分割成密码子，并且对每个密码子进行求和，以给出针对蛋白质编码序列中编码的每个密码子的每核酸序列的密码子计数。
归一化蛋白质组密码子计数
然后将每核酸序列的密码子计数乘以由蛋白质组学确定的对应细胞系或组织蛋白质表达水平，以给出跨细胞系或组织的细胞类型归一化蛋白质组密码子计数。
con-稀有性
con-稀有性是归一化蛋白质组密码子计数和tRNA表达水平的函数。在实施例中，通过将归一化蛋白质组密码子计数除以由纳米孔或其他tRNA测序实验确定的tRNA表达水平来确定con-稀有性。这提供了一种密码子使用量度，该量度根据上下文依赖于tRNA谱，例如，tRNA丰度水平。如果con-稀有性符合参考值(例如，预定或预选参考值，例如，阈值)，则确定密码子是上下文稀有的(con-稀有)。在实施例中，如果归一化蛋白质组密码子计数的值除以特定tRNA的tRNA表达水平符合预定参考，则密码子是con-稀有的。在实施例中，参考值是低于例如该密码子频率的正态拟合分布的1.5Xσ的值。参见，例如，图2
实例4：鉴定具有con-稀有密码子的核酸序列(A)
该实例描述了具有con-稀有密码子或候选con-稀有密码子的核酸序列的鉴定。如实例3中所述鉴定con-稀有密码子。
每核酸序列的密码子计数
使用国家生物技术信息中心(NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或其他数据库定义的编码DNA序列(CDS)，所有人类基因序列都被分割成密码子并且对每个密码子进行求和，以给出每核酸序列(例如，基因)的密码子计数。
每核酸序列的con-稀有计数
每核酸序列的每个密码子被分类为con-稀有密码子或con-丰富密码子。将对每个核酸序列的所有con-稀有密码子的计数求和并且归一化为序列长度。
确定具有con-稀有密码子的核酸序列
将con-稀有密码子计数拟合于归一化分布。符合参考值例如预定参考值的核酸序列被分类为具有con-稀有密码子的核酸序列。在实施例中，如果核酸序列落到参考值之上，例如，在归一化分布的3σ中，则将其分类为具有con-稀有密码子。在实施例中，具有con-稀有密码子的核酸序列可以具有一个、两个或更多个(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、50、100、200、500)个相同的con-稀有密码子或不同的con-稀有密码子。
实例5：鉴定具有con-稀有密码子的核酸序列(B)
该实例描述了具有con-稀有密码子或候选con-稀有密码子的核酸序列的鉴定。如实例3中所述鉴定con-稀有密码子。
每核酸序列的密码子计数
使用国家生物技术信息中心(NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或其他数据库定义的编码DNA序列(CDS)，所有人类基因序列都被分割成密码子并且对每个密码子进行求和，以给出每核酸序列(例如，基因)的密码子计数。
确定具有con-稀有密码子的核酸序列
每核酸序列的每个密码子被分类为con-稀有密码子或con-丰富密码子。对于每个con-稀有密码子，将每核酸序列的计数拟合于归一化分布。符合参考值例如预定参考值的核酸序列被分类为具有con-稀有密码子的核酸序列。在实施例中，如果核酸序列落入例如归一化分布的3σ中，则将核酸序列分类为具有con-稀有密码子，例如，指定的con-稀有密码子。在实施例中，具有con-稀有密码子的核酸序列可以具有一个、两个或更多个(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、50、100、200、500)个相同的con-稀有密码子或不同的con-稀有密码子。
实例6：具有con-稀有密码子的示例性核酸序列
该实例描述了具有con-稀有密码子或候选con-稀有密码子的示例性核酸序列。
GRK2核酸序列编码GRK2蛋白(G蛋白偶联受体激酶2)。使用实例4或5的方法将GRK2核酸序列鉴定为具有con-稀有密码子。GRK2核酸序列具有有con-稀有密码子AAG和CTG的编码序列。AAG密码子编码赖氨酸，并且CTG密码子编码亮氨酸。在某些细胞条件下，GRK2蛋白的表达可受对应于GRK2核酸序列中一个或多个con-稀有密码子的tRNA(例如，对应于con-稀有密码子AAG的CUU-tRNA，和/或对应于con-稀有密码子CTG的CAG-tRNA)的频率影响。
实例7：用于密码子修饰核酸序列的示例性计算流程
本实例描述了可用于密码子修饰核酸序列的计算流程。
映射con-稀有密码子
将con-稀有性(使用实例3中描述的方法确定)读入算法。如实例3中所述鉴定con-稀有密码子。例如，如果con-稀有性符合参考值(例如，预定或预选参考值，例如，阈值)，则确定密码子是上下文稀有的(con-稀有)。对应的上下文丰富(con-丰富)密码子被鉴定为与con-稀有密码子(例如，同工受体或同工解码器)编码相同氨基酸的上下文最常见的密码子。在实施例中，con-稀有密码子可以具有多于一个对应的con-丰富密码子。在实施例中，可以利用对应的con-丰富密码子来替代con-稀有密码子。
con-稀有密码子修饰
将每个要修饰的序列都读入并且分割成密码子。然后评估每个密码子以确定它是否是con-稀有密码子。如果该密码子被鉴定为con-稀有密码子，则例如用对应的con-丰富密码子替代该密码子。con-丰富密码子是不同于con-稀有密码子的密码子。可以对序列中发现的两个、三个、四个或一部分或所有con-稀有密码子重复该过程。然后输出所得的con-稀有修饰序列(例如，也称为上下文修饰核酸序列)。
实例8：确定TREM的施用影响由具有con-稀有密码子的核酸序列编码的蛋白质的表达
该实例描述了施用TREM以调节由在其编码序列(CDS)中具有con-稀有密码子的核酸序列编码的蛋白质的表达水平。
为了在其中建立一个系统来研究TREM施用对由在其CDS中具有con-稀有密码子的核酸序列编码的蛋白质的蛋白质表达水平的影响，将GRK2基因的序列(GRK2-CCDS8156.1序列)插入质粒中。将质粒转染于正常人肝细胞系THLE-3中。
将TREM递送到含有CCDS8156.1的细胞中。作为对照，留出递送TREM之前的细胞群。在此实例中，使用包含与AAG密码子碱基配对的CUU反密码子的tRNA-LysCUU，即序列GCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUGGGACUCUUAAUCCCAGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGCG。执行30分钟至6小时范围内的时程，其中包含长度为一个小时的间隔时间点。在每个时间点，将已经递送TREM的细胞群和未暴露于TREM的细胞群进行胰蛋白酶消化、洗涤和裂解。通过Western印迹分析来分析细胞裂解物，并用针对GRK2蛋白的抗体探测印迹。还使用了总蛋白装载对照，如GAPDH、肌动蛋白或微管蛋白。
本实例中描述的方法可以用于评估内源性表达CCDS8156.1的细胞中GRK2蛋白的表达水平。
实例9：在哺乳动物生产宿主细胞中制造TREM及使用其调节细胞功能
本实例描述了在哺乳动物宿主细胞中生产的TREM的制造。
质粒产生
为了产生包含具有tRNA基因的TREM(在本实例中是tRNAiMet)的质粒，使用以下引物对从人基因组DNA PCR扩增含有该tRNA基因(chr6.tRNA-iMet(CAT)，其具有基因组位置6p22.2和序列AGCAGAGTGGCGCAGCGGAAGCGTGCTGGGCCCATAACCCAGAGGTCGATGGATCGAAACCATCCTCTGCTA)的DNA片段：5'-TGAGTTGGCAACCTGTGGTA和5'-TTGGGTGTCCATGAAAATCA。按照制造商的说明，将该片段克隆到带有U6启动子(或任何其他RNA聚合酶III募集启动子)的pLKO.1puro骨架质粒中。
转染
将1mg上述质粒用于以1X105个细胞/mL转染悬浮适应HEK293T细胞(Freestyle293-F细胞)的1L培养物。在转染后24、48、72或96小时收获细胞，以确定TREM表达的优化时间点，如通过RNA印迹分析或定量PCR(q-PCR)所确定。
纯化
在优化的收获细胞密度点，TREM按照先前Cayama等人,Nucleic Acids Research.[核酸研究]28(12),e64(2000)中所述进行纯化。简而言之，通过苯酚提取从细胞中回收短RNA(例如，tRNA)，并且通过乙醇沉淀进行浓缩。然后在高盐条件下通过逐步异丙醇沉淀将沉淀物中的总tRNA与较大的核酸(包括rRNA和DNA)分离。通过探针结合进一步纯化含有TREM的洗脱级分。将TREM级分与退火缓冲液一起孵育，并且使用对应于与所纯化的TREM的独特区域互补的DNA探针或2'-OMe核酸的生物素化捕获探针来纯化包含tRNA-Lys-UUU的TREM，在本实例中，该生物素化捕获探针是在3'末端与生物素缀合的探针(序列为UAGCAGAGGAUGGUUUCGAUCCAUCA)。将混合物在90℃下孵育2-3分钟，然后快速冷却至45℃并且在45℃下孵育过夜。然后将混合物与预先加热至45℃的结合缓冲液和链霉亲和素缀合的无RNA酶磁珠孵育3小时，使DNA-tRNA复合物与珠结合。然后将混合物添加到磁场分离器架中的预平衡柱中并且洗涤4次。通过添加预热至80℃的洗脱缓冲液，然后与药学上可接受的赋形剂混合以制备测试TREM产物，将保留在珠上的TREM洗脱三次。
用途
将一微克测试TREM制剂和对照剂通过转染、电穿孔或脂质体递送与培养的细胞系(如HEP-3B或HEK293T)、组织或受试者接触，接触的时间足以让TREM制剂相对于对照剂调节细胞的翻译水平或活性。
实例10：在哺乳动物生产宿主细胞中制造TREM及使用其调节细胞功能
本实例描述了在哺乳动物宿主细胞中生产的TREM的制造。
质粒产生
为了产生包含含有tRNA基因的TREM(在本实例中是tRNA-iMet-CAT)的质粒，按照制造商的说明和标准分子克隆技术，合成含有该tRNA基因(序列为AGCAGAGTGGCGCAGCGGAAGCGTGCTGGGCCCATAACCCAGAGGTCGATGGATCGAAACCATCCTCTGCTA)的至少一个拷贝的DNA片段，并且克隆到具有U6启动子(或任何其他RNA聚合酶III募集启动子)的pLKO.1puro骨架质粒中。
转染
将1mg上述质粒用于以1X105个细胞/mL转染悬浮适应HEK293T细胞(Freestyle293-F细胞)的1L培养物。在转染后24、48、72或96小时收获细胞，以确定TREM表达的优化时间点，如通过Northern印迹或定量PCR(q-PCR)或纳米孔测序所确定。
纯化
在优化的收获时间点，细胞被裂解，并且根据制造商的说明使用小RNA分离试剂盒从小于200个核苷酸的RNA的裂解物分离，以产生小RNA(sRNA)级分。
为制备亲和纯化试剂，将链霉亲和素缀合的无RNA酶磁珠与200mM生物素化寡核苷酸(其对应于与所纯化的TREM的独特区域互补的DNA探针或2'-OMe核酸)在室温下孵育30分钟。在本实例中，使用序列为5'生物素-TAGCAGAGGATGGTTTCGATCCATCA的探针来纯化包含tRNA-iMet(CAT)的TREM。将珠洗涤并且在75℃下加热10分钟。
将sRNA级分在75℃下加热10分钟，然后与上述亲和纯化试剂混合。将混合物在室温下孵育3小时，使TREM以序列特异性方式与珠结合的DNA探针结合。然后洗涤珠直到洗涤溶液在260nm处的吸光度接近于零。可替代地，将珠洗涤三次，并且通过UV光谱检查最终洗涤液以测量最终洗涤液中存在的核酸量。使用可预热至80℃的无RNA酶水将保留在珠上的TREM洗脱三次，然后与药学上可接受的赋形剂混合以制备测试TREM产物。
用途
将一微克测试TREM制剂和对照剂通过转染、电穿孔或脂质体递送与培养的细胞系(如HeLa、HEP-3B或HEK293T)、组织或受试者接触，接触的时间足以让TREM制剂相对于对照剂调节细胞的翻译水平或活性。
实例11：在表达癌基因的经修饰的哺乳动物生产宿主细胞中制造TREM
本实例描述了在经修饰以过表达Myc的哺乳动物宿主细胞中制造TREM。
质粒产生和宿主细胞修饰
为了制造本实例的生产宿主细胞，使用常规分子生物学技术将HeLa细胞(
Figure BDA0003627916110002001
CCL-2TM)或HEP-3B细胞(
Figure BDA0003627916110002002
HB-8064TM)用含有编码c-myc癌基因蛋白的基因序列的质粒(例如，pcDNA3-cmyc(Addgene质粒#16011))转染。所得细胞系在本文中称为HeLamyc+宿主细胞或HEP-3Bmyc+宿主细胞。
表达TREM的慢病毒的制备
为了制备表达TREM的慢病毒，根据制造商的说明使用Lipofectamine2000将HEK293T细胞用以下进行共转染：3μg的每种包装载体(pRSV-Rev、pCMV-VSVG-G和pCgpV)和9μg包含实例9所述的TREM的质粒。24小时后，将培养基更换为新鲜的不含抗生素的培养基，48小时后，收集含病毒的上清液并且以2000rpm离心10分钟，然后通过0.45μm过滤器过滤。
用表达TREM的慢病毒转导宿主细胞
在8μg/mL聚凝胺存在下，使用如上所述制备的2mL病毒转导100,000个HeLamyc+宿主细胞或HEP-3Bmyc+宿主细胞。转导后四十八小时，与未转导的对照细胞群一起进行2-7天的嘌呤霉素(2μg/mL)抗生素选择。
如实例9或10中所述分离、纯化和配制TREM以产生包含TREM的组合物或包含TREM的制剂。
实例12：制备经修饰以对tRNA合成的阻遏物进行抑制的TREM生产宿主细胞
本实例描述了用于生产TREM的Hek293Maf-/TRM1细胞的制备。
Maf1是tRNA合成的阻遏物。Maf1敲除HEK293T细胞系是使用标准CRISPR/Cas敲除技术产生的，例如，CRISPR/Cas系统可以被设计为在Maf1的编码外显子中引入移码突变，以降低Maf1的表达或敲除Maf1表达，以产生Maf1表达水平和/或活性降低的Hek293Maf-细胞系。然后将该细胞系用表达质粒转染用于修饰酶Trm1(tRNA(鸟嘌呤26-N2)-二甲基转移酶)，如pCMV6-XL4-Trm1，并用选择标志物，例如新霉素进行选择以产生过表达Trm1的稳定细胞系(Hek293Maf-/TRM1细胞)。
Hek293Maf-/TRM1细胞可用作生产宿主细胞以制备如实例9-11中任一项所述的TREM。
实例13：在过表达癌基因和tRNA修饰酶的经修饰的哺乳动物生产宿主细胞中制造TREM
本实例描述了在经修饰以过表达Myc和Trm1的哺乳动物宿主细胞中制造TREM。
质粒产生
在本实例中，如实施例9或10中所述产生包含TREM的质粒。
宿主细胞修饰、转导和纯化
通过将表达myc癌基因的逆转录病毒从pBABEpuro-c-mycT58A质粒转导到HEK293T细胞中，产生稳定过表达Myc癌基因的人细胞系，如HEK293T。为了产生表达myc的逆转录病毒，使用磷酸钙方法用人c-myc逆转录病毒载体pBABEpuro-c-mycT58A和包装载体ψ2载体转染HEK293T细胞。6小时后，去除转染培养基并且更换为新鲜培养基。孵育24小时后，收集培养基并且通过0.45um过滤器过滤。对于逆转录病毒感染，将HEK293T细胞用逆转录病毒和聚凝胺(8ug/ml)感染，在18℃下以2500rpm旋转感染1小时。24小时后，用新鲜培养基更换细胞培养基，并且在24小时后，用2μg/mL嘌呤霉素选择细胞。一旦建立稳定过表达癌基因myc的细胞，将它们用Trm1质粒(如pCMV6-XL4-Trm1质粒)转染，并且使用选择标志物(在这种情况下使用新霉素)进行选择，以产生除了Myc还过表达Trm1的稳定细胞系。同时，如实例3中所述，用HEK293T细胞和PLKO.1-tRNA载体产生过表达TREM的慢病毒。
在存在8μg/mL聚凝胺的情况下，用TREM病毒转导了1x105个过表达Myc和Trm1的细胞。24小时后更换培养基。转导后四十八小时，使用2μg/mL嘌呤霉素与未转导的对照细胞群一起进行2-7天的抗生素选择。使用实例9或10中所述的方法分离、纯化和配制TREM以产生TREM制剂。
实例14：TREM翻译活性测定
本实例描述了评估TREM掺入新生多肽链的能力的测定。
FLAG-AA-His肽序列的翻译
用编码肽FLAG-XXX-His6x的mRNA在体外翻译反应中对测试TREM进行测定，其中XXX是对应于测试TREM反密码子的3个连续密码子。
将tRNA耗尽的兔网织红细胞裂解物或人细胞裂解物(Jackson等人2001.RNA 7:765-773)在30℃与10-25ug/mL的测试TREM以及10-25ug/mL的对于FLAG和His标签翻译所需的tRNA一起孵育1小时。不同的哺乳动物裂解物，如来源于HEK293T人类细胞的裂解物也可用于该测定。在本实例中，使用的TREM是tRNA-Ile-GAT，因此使用的肽是FLAG-LLL-His6x，并且添加的tRNA是tRNA-Ile-GAT，以及以下(其被添加以翻译肽FLAG和HIS标签)：tRNA-Asp-GAC、tRNA-Tyr-TAC、tRNA-Lys-AAA、tRNA-Lys-AAAG、tRNA-Asp-GAT、tRNA-His-CAT。为了确定测试TREM在功能上是否能够被引入新生肽中，进行了ELISA捕获测定。简而言之，使用固定的抗His6X抗体从反应混合物中捕获FLAG-LLL-His6x肽。然后洗去反应混合物，并且用酶缀合的抗FLAG抗体(其在ELISA检测步骤中与底物反应)检测肽。如果产生的TREM是有功能的，则产生FLAG-LLL-His6肽并且通过ELISA捕获测定检测到。本实例中描述的方法可以用于评估TREM的功能。
翻译抑制测定
该测定描述了一种通过拯救抑制突变并且允许翻译完整蛋白质而具有翻译衔接分子功能的测试TREM。产生测试TREM，在本实例中是tRNA-Ile-GAT，以使得其含有tRNA-Ile-GAT体的序列，但具有对应于CUA而不是GAT的反密码子序列。如Geslain等人2010.JMol Biol.[分子生物学杂志]396:821-831中所述，将HeLa细胞用以下共转染：50ng TREM和200ng编码突变GFP(在S29位置处包含UAG终止密码子)的DNA质粒。仅用GFP质粒转染的HeLa细胞作为阴性对照。24小时后，收集细胞并通过流式细胞术分析荧光恢复。以509nm处的发射峰(395nm处的激发)读出荧光。本实例中描述的方法可以用于评估TREM的功能，或者TREM是否可以拯救GFP分子中的终止突变并可以产生全长荧光蛋白。
体外翻译测定
该测定描述了通过在体外翻译反应中成功掺入新生多肽链中而具有翻译衔接子分子功能的测试TREM。首先，生成使用反义或互补寡核苷酸耗减了内源性tRNA的兔网织红细胞裂解物，该寡核苷酸(i)靶向反密码子和可变环之间的序列；或(ii)结合反密码子与可变环之间的区域(参见，例如，Cui等人2018.Nucleic Acids Res.[核酸研究]46(12):6387-6400)。除了2ug/uL的GFP编码mRNA之外，还向耗尽的裂解物中添加10-25ug/mL的测试TREM。将含有GFP mRNA并且添加或未添加测试TREM的非耗尽的裂解物用作阳性对照。将含有GFPmRNA但未添加测试TREM的耗尽的裂解物用作阴性对照。通过在37℃下3-5小时内使用λex485/λem528的酶标仪上的荧光增加监测GFP mRNA翻译的进程。本实例中描述的方法可以用于评估测试TREM是否可以补充耗尽的裂解物并且因此可能具有功能。
实例15：通过哺乳动物细胞纯化生产与con-稀有密码子互补的候选TREM
本实例描述了哺乳动物宿主细胞中TREM的生产。
质粒产生
为了产生包含具有tRNA基因的TREM(在本实例中是tRNA-Ser-AGA)的质粒，按照制造商的说明和标准分子克隆技术，合成含有该tRNA基因(序列为GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAGGCGATGGACTAGAAATCCATTGGGGTTTCCCCGCGCAGGTTCGAATCCTGCCGACTACG)的至少一个拷贝的DNA片段，并且克隆到具有U6启动子(或任何其他RNA聚合酶III募集启动子)的pLKO.1puro骨架质粒中。
转染
将一(1)mg上述质粒用于以1X105个细胞/mL转染悬浮适应HEK293T细胞(Freestyle 293-F细胞)的1L培养物。在转染后24、48、72或96小时收获细胞，以确定TREM表达的优化时间点，如通过定量方法如Northern印迹分析、定量PCR(q-PCR)或纳米孔测序所确定。
纯化
在优化的收获时间点，裂解细胞，并使用如苯酚氯仿的方法纯化总RNA。根据制造商的说明，使用小RNA分离试剂盒从裂解物分离小于200个核苷酸的RNA，以产生小RNA(sRNA)级分。
将sRNA级分与退火缓冲液一起孵育，并且使用对应于与所纯化的TREM的独特区域互补的DNA探针的生物素化捕获探针来纯化包含tRNA-Ser-AGA的TREM，在本实例中，该生物素化捕获探针是序列为3'生物素-CCAATGGATTTCTATCCATCGCCTTAACCACTCGGCCACGACTACAAAA的探针。将混合物在90℃下孵育2-3分钟，然后快速冷却至45℃并且在45℃下孵育过夜。然后将混合物与预先加热至45℃的结合缓冲液和链霉亲和素缀合的无RNA酶磁珠孵育3小时，使DNA-tRNA复合物与珠结合。然后将混合物添加到磁场分离器架中的预平衡柱中并且洗涤4次。通过添加预热至80℃的洗脱缓冲液，然后与药学上可接受的赋形剂混合以制备测试TREM产物，将保留在珠上的TREM洗脱三次。
实例16：通过细菌细胞纯化生产与con-稀有密码子互补的候选TREM
本实例描述了细菌宿主细胞中TREM的生产。
质粒产生
为了产生在细菌中产生TREM的质粒，如先前在Ponchon等人,Nat Protoc[自然实验手册]4,947-959(2009)中所述合成tRNA基因，在本实例中是含有tRNA-Lys-UUU(序列为GCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTAATCTGAGGGTCCAGGGTTCAAGTCCCTGTTCGGGCG)的至少一个拷贝的DNA片段，并且克隆到细菌tRNA表达载体中。
转化
在不同的细胞密度点，在本实例中OD(600)＝0.5、OD(600)＝0.7、OD(600)＝0.9收获从TREM表达质粒转化的感受态细菌生长的1X109个细菌，以确定TREM表达的最佳点，如通过定量方法如Northern印迹、定量PCR(q-PCR)或纳米孔测序所确定。
纯化
在优化的收获细胞密度点，TREM按照先前Cayama等人,Nucleic Acids Research.[核酸研究]28(12),e64(2000)中所述进行纯化。简而言之，通过苯酚提取从细胞中回收短RNA(例如，tRNA)，并且通过乙醇沉淀进行浓缩。然后在高盐条件下通过逐步异丙醇沉淀将沉淀物中的总tRNA与较大的核酸(包括rRNA和DNA)分离。通过探针结合进一步纯化含有TREM的洗脱级分。将TREM级分与退火缓冲液一起孵育，并且使用对应于与所纯化的TREM的独特区域互补的DNA探针的生物素化捕获探针来纯化包含tRNA-Lys-UUU的TREM，在本实例中，该生物素化捕获探针为在3'末端与生物素缀合的序列为CAGAUUAAAAGUCUG的探针。将混合物在90℃下孵育2-3分钟，然后快速冷却至45℃并且在45℃下孵育过夜。然后将混合物与预先加热至45℃的结合缓冲液和链霉亲和素缀合的无RNA酶磁珠孵育3小时，使DNA-tRNA复合物与珠结合。然后将混合物添加到磁场分离器架中的预平衡柱中并且洗涤4次。通过添加预热至80℃的洗脱缓冲液，然后与药学上可接受的赋形剂混合以制备测试TREM产物，将保留在珠上的TREM洗脱三次。
实例17：通过化学合成生产与con-稀有密码子互补的候选TREM
本实例描述了使用化学合成进行的TREM的生产。
化学合成TREM，在本实例中是tRNA-Thr-CGT，其序列为GGCUCUAUGGCUUAGUUGGUUAAAGCGCCUGUCUCGUAAACAGGAGAUCCUGGGUUCGACUCCCAGUGGGGCCUCAA。如先前例如在Zlatev等人,(2012)Current Protocols[实验室指南],50(1),1.28.1-1.28.16中所述，通过使用亚磷酰胺化学法进行固相化学合成产生此TREM。简而言之，将经保护的RNA亚磷酰胺按所需顺序依次添加到固定在固体支持物(例如，可控孔径玻璃)上的生长链中。各添加循环具有多个步骤，包括：(i)使保护生长链的5'-羟基的DMT基团去阻断，(ii)使生长链与进入的亚磷酰胺结构单元偶联，(iii)向仍具有5'-羟基的任何链分子，即未能与所需进入的结构单元偶联的任何链分子加帽，以及(iv)氧化新形成的三配位亚磷酸三酯键。在最终的结构单元偶联和氧化后，将该链从固体支持物切割下来，去除除保护5'-羟基的DMT基团之外的所有保护基。然后通过RP-HPLC(例如，DMT-on纯化)纯化该链，并且将含有该链的级分在酸性条件下进行DMT基团去保护，得到最终的TREM。TREM将具有5'-磷酸酯和3'-OH。然后将TREM与药学上可接受的赋形剂混合以制备测试TREM产物。
如果TREM需要负载，则使用氨酰基tRNA合成酶在体外氨酰化通过化学合成反应产生的TREM，如先前在Stanley,Methods Enzymol[酶学方法]29:530-547(1974)中所述。简而言之，将TREM在37℃下与其合成酶和其同源氨基(在本实例中，分别是苏氨酰基-tRNA合成酶和苏氨酸)一起孵育30分钟，然后进行苯酚提取，使用Nuc-trap柱过滤并进行乙醇沉淀。然后将TREM与药学上可接受的赋形剂混合以制备测试TREM产物。
实例18：通过体外转录生产与con-稀有密码子互补的候选TREM
本实例描述了使用体外转录(IVT)进行的TREM的生产。
如先前在Pestova等人,RNA 7(10):1496-505(2001)中所述，使用体外转录产生TREM，在本实例中是tRNA-Leu-CAA，其序列为GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGUUCUGGUCUCCGUAUGGAGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUCUGACA。简而言之，将依序含有噬菌体T7启动子和tRNA-Leu-CAA基因序列的DNA质粒线性化，并在37℃下在体外用T7 RNA聚合酶转录45min，然后苯酚提取，使用Nuc-trap柱过滤并且进行乙醇沉淀。然后将TREM与药学上可接受的赋形剂混合以制备测试TREM产物。任选地，在与药学上可接受的赋形剂混合之前，将TREM加热和冷却以重新折叠TREM。
如果TREM需要负载，则使用氨酰基tRNA合成酶在体外氨酰化通过IVT反应产生的TREM，如先前在Stanley,Methods Enzymol[酶学方法]29:530-547(1974)中所述。简而言之，将TREM在37℃下与其合成酶和其同源氨基(在本实例中，分别是亮氨酰基-tRNA合成酶和亮氨酸)一起孵育30分钟，然后进行苯酚提取，使用Nuc-trap柱过滤并进行乙醇沉淀。然后将TREM与药学上可接受的赋形剂混合以制备测试TREM产物。

Claims (27)

1.一种调节靶细胞或组织中的RNA或由RNA编码的蛋白质的生产参数的方法，该方法包括：
向该靶细胞或组织提供例如施用或使该靶细胞或组织接触有效量的tRNA效应分子(TREM)(例如，包含TREM的TREM组合物)，该TREM对应于该RNA的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，
从而调节该靶细胞或组织中该RNA或由该RNA编码的蛋白质的生产参数。
2.如权利要求1所述的方法，其中从受试者获得该靶细胞或组织。
3.如权利要求1所述的方法，该方法包括向受试者施用该TREM组合物。
4.如权利要求1所述的方法，该方法包括使该TREM组合物与该靶组织或细胞离体接触。
5.如权利要求4所述的方法，该方法包括将该离体接触的靶组织或细胞引入受试者中，例如，同种异体或自体受试者。
6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该靶细胞或组织是特定的或选定的靶细胞或组织，例如，处于特定发育阶段的细胞或组织类型；处于特定疾病状态的细胞或组织类型；或存在于特定细胞外环境中的细胞。
7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该生产参数包括表达参数或信号传导参数，例如，如本文所述。
8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中调节该RNA的生产参数，例如，可翻译成多肽的RNA，例如，信使RNA。
9.如权利要求7所述的方法，其中增加或减少该RNA的生产参数。
10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中调节由该RNA编码的蛋白质的生产参数。
11.如权利要求10所述的方法，其中增加或减少该蛋白质的生产参数。
12.一种确定具有上下文稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)例如DNA或RNA的存在的方法，该方法包括：
获取对来自受试者的样品(例如，靶细胞或组织样品)中该con-稀有密码子核酸序列的存在的认知，
其中响应于获取对该con-稀有密码子核酸序列的存在的认知：
(1)该受试者被分类为接受施用有效量组合物的候选者，该组合物包含对应于该核酸序列的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)的tRNA效应分子(TREM)；或
(2)该受试者被鉴定为可能对包括该含有TREM的组合物的治疗有反应。
13.一种治疗患有与上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)有关的疾病的受试者的方法，该方法包括：
获取对来自该受试者的靶细胞或组织样品中具有该con-稀有密码子的核酸序列(“con-稀有密码子核酸序列”)例如DNA或RNA的存在的认知；以及
向该受试者施用有效量的组合物，该组合物包含对应于该核酸序列的该con-稀有密码子的tRNA效应分子(TREM)，
从而治疗该受试者的该疾病。
14.一种向受试者提供tRNA效应分子(TREM)的方法，该方法包括：
向该受试者提供例如施用有效量的TREM，例如，包含TREM的TREM组合物，该TREM对应于该受试者中靶细胞或组织中的核酸序列的上下文稀有密码子(“con-稀有密码子”)，
从而向该受试者提供TREM。
15.一种制造tRNA效应分子(TREM)组合物的方法，该方法包括：
鉴定对应于上下文稀有(con-稀有)密码子的TREM；
将该TREM与组分例如载剂或赋形剂组合；
从而制造TREM组合物。
16.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该方法包括获取该核酸序列例如DNA或RNA中的con-稀有密码子的值，其中该值是以下因素中的一个或多个的函数，例如，通过评估或确定以下因素中的一个或多个：
(1)该密码子的序列；
(2)靶细胞或组织中该con-稀有密码子的对应tRNA的可用性，例如，有负载的tRNA，例如，一种或多种同工受体tRNA分子；
(3)该靶细胞或组织的表达谱(或蛋白质组学特性)(例如，包含该con-稀有密码子的其他蛋白质的表达丰度)；
(4)有负载的对应于该con-稀有密码子的tRNA的比例；以及
(5)对应于该con-稀有密码子的tRNA的同工解码器同种型。
17.如权利要求16所述的方法，其中(1)包括确定con-稀有密码子的存在或不存在。
18.如权利要求17所述的方法，其中确定tRNA的可用性包括获取以下参数中一个、两个、三个或所有的量度：
(a)与对应于不同密码子的tRNA相比，对应于该con-稀有密码子的tRNA(“con-稀有密码子tRNA”)的水平；
(b)与对应于不同密码子的tRNA相比，con-稀有密码子tRNA的功能，例如，多肽链延长功能；
(c)与对应于不同密码子的tRNA相比，对con-稀有密码子tRNA的修饰，例如，氨酰化或转录后修饰；和/或
(d)con-稀有密码子tRNA的序列。
19.如权利要求18所述的方法，其中对con-稀有密码子tRNA的可用性(例如，水平)的量度包括与以下相比，对有负载如氨酰化的con-稀有密码子tRNA的量度：(1)无负载的con-稀有密码子tRNA的比例；或(2)有负载的对应于不同密码子的tRNA的比例。
20.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该TREM组合物中至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(按重量或数量)的这些TREM对应于con-稀有密码子。
21.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含对应于多个con-稀有密码子的TREM。
22.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含：对应于第一con-稀有密码子的第一TREM；和对应于不同的con-稀有密码子的另外的TREM。
23.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该TREM组合物通过包括以下的方法制备：
(a)在足以表达TREM的条件下提供宿主细胞，该宿主细胞包含编码该TREM的外源核酸，例如，DNA或RNA；以及
(b)从该宿主细胞培养物中纯化表达的TREM以产生TREM组合物，从而制备TREM组合物。
24.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该TREM组合物是包含TREM的药物组合物。
25.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含药物赋形剂。
26.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含TREM片段，例如，如本文所述。
27.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该TREM组合物包含一种或多种TREM，例如，多种TREM。
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