CN103619337A

CN103619337A - 新型癌症疗法和方法

Info

Publication number: CN103619337A
Application number: CN201280023500.6A
Authority: CN
Inventors: 乌尔里克·努伯
Original assignee: Individual
Current assignee: Individual
Priority date: 2011-05-16
Filing date: 2012-05-16
Publication date: 2014-03-05
Also published as: KR20140033384A; EP2709629B1; US9429574B2; WO2012156463A1; EP2709629A1; ES2655642T3; US20140179618A1

Abstract

本发明提供了用于治疗患者中的癌症的泛素-蛋白酶体系统抑制剂，其中对所述患者进行评估以确定所述癌症与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联。在一种实施方式，所述患者患有或被怀疑患有乳癌、非典型性畸胎样横纹肌样瘤（AT/RT）和/或恶性横纹肌样瘤（MRT）。在一种实施方式，所述蛋白酶体抑制剂是硼替佐米。本发明的其它方面提供了相关应用和方法。

Description

新型癌症疗法和方法

技术领域

本发明涉及用于治疗患者中的癌症的新型疗法和方法。具体而言，本发明提供了用于治疗癌症的试剂和方法，其中，癌细胞中SMARCB1的功能活性水平被用于确定所述患者是否会从使用泛素-蛋白酶体系统抑制剂的治疗获益。

背景技术

横纹肌样瘤是主要攻击幼儿的致死癌症。绝大多数横纹肌样瘤在SMARCB1基因中含有双等位基因失活性突变（参见Roberts和Biegel，2009，Cancer Biol.Ther.8(5)，412-416）。

横纹肌样瘤是通常出现在婴儿期和幼年早期的高度恶性赘生物。该肿瘤发生在脑和脊髓[称作非典型性畸胎样/横纹肌样瘤（AT/RT）]、肾和/或软组织（称为恶性横纹肌样瘤或肾外横纹肌样瘤）中。这些恶性肿瘤的组织学表现会很不相同。大多数肿瘤含有至少一些具有典型横纹肌样细胞的区域，所述横纹肌样细胞具有含有单个显著的核仁的大细胞核，以及具有明显的浅色嗜酸性包涵体的细胞质。仅表现出典型横纹肌样细胞的肿瘤很少见，相反，它们常常具有由不具有横纹肌样表型的纺锤状或多形性未分化细胞构成的区域。可能完全不存在典型的横纹肌样组分。中枢神经系统AT/RT通常表现出多种原始神经外胚层细胞、上皮细胞或间充质细胞，这使得将这些肿瘤与其它原始神经外胚层肿瘤或脉络丛癌区分开来困难重重。基于平滑肌肌动蛋白、上皮膜抗原和波形蛋白的典型表达，在鉴别诊断中经常用到免疫组织化学。不表达SMARCB1蛋白质也被用作区分横纹肌样瘤与其它具有类似组织学特征的恶性肿瘤的特定手段，特别是用于诊断AT/RT与原始神经外胚层肿瘤。

具有SMARCB1种系改变的个体易患脑、肾和软组织横纹肌样瘤，而且可能呈现出一种以上的原发肿瘤。这些儿童最常在一岁之内被诊断出且往往具有较差的预后。不清楚该不良预后是与他们的所有细胞中存在种系突变有关，还是与他们发展出对疗法有抗性的多种进展性原发肿瘤这一事实有关。

SMARCB1（SWI/SNF相关的、基质相关联的、肌动蛋白依赖性染色质调控子，亚家族B，成员1）的名字源自于其作为SWI/SNF染色质重塑复合物的核心成员的作用。SMARCB1是所有SWI/SNF复合物变体中都存在的核心亚基。该蛋白质高度保守，正如由小鼠和人类中的氨基酸序列相同所证实的。然而，对SMARCB1的功能知之甚少。不存在任何SMARCB1旁系同源物，而且该蛋白质缺乏提供特别信息的蛋白质基序。

本发明的目的在于提供用于治疗癌症例如横纹肌样瘤的新型疗法，以及选择在癌症患者中有效的治疗方案的方法。

发明内容

本发明的第一方面提供用于治疗患者中的癌症的泛素-蛋白酶体系统抑制剂，其中对所述患者进行评估以确定所述癌症与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联。所述患者是哺乳动物，特别是人。

所谓“泛素-蛋白酶体系统抑制剂”，我们指的是诸如小的化学物质或多肽等的试剂，其能够抑制（至少部分抑制）泛素-蛋白酶体系统（优选在人的体内）的功能。这样的抑制剂可以作用在沿着泛素-蛋白酶体蛋白质降解通路的任何点，例如通过调节泛素化或去泛素化来抑制（至少部分抑制）用于降解的蛋白质的标记，通过抑制蛋白酶体识别或结合待降解的蛋白质的能力，和/或通过抑制蛋白酶体降解蛋白质的能力。

泛素-蛋白酶体系统及其组分被详细描述在科学文献中，例如参见Ciechanover,1998,The EMBO Journal17,7151-7160（参见其中的图1和2）以及Bedford等,2011,Nat Rev Drug Discov10,29-46。

泛素-蛋白酶体系统抑制剂是直接作用在蛋白酶体上以抑制其功能的蛋白酶体抑制剂。例如，所述蛋白酶体抑制剂可以抑制（至少部分抑制）人蛋白酶体降解蛋白质的能力。

蛋白酶体抑制剂的实例是本领域中公知的（例如参见de Bettignies和Coux,2010,Biochimie.92(11):1530-45,Kling等,2010,NatureBiotechnology,28(12):1236-1238）。实例包括20S蛋白酶体抑制剂、26S蛋白酶体抑制剂、丙型肝炎病毒（HCV）26S蛋白酶体抑制剂、人免疫缺陷病毒（HIV）26S蛋白酶体抑制剂和蛋白酶体抑制剂。

泛素-蛋白酶体系统抑制剂也可以是泛素抑制剂。其实例是本领域中公知的，并包括泛素连接酶抑制剂、泛素特异性肽酶8（USP8）抑制剂、泛素样修饰蛋白活化酶3（UBA3）抑制剂、泛素特异性蛋白酶7（USP7）抑制剂。

所谓“SMARCB1”，我们指的是SWI/SNF相关、基质相关联的肌动蛋白依赖性染色质调控子亚家族B成员1蛋白质。人SMARCB1蛋白质和mRNA序列详见数据库登录号：Q12824，NP_003064和NP_001007469。

在科学文献中，SMARCB1也称作BAF47、INI1、RDT、RTPS1、SNF5、SNF5L1、Sfh1p、Snr1和/或hSNFS。

所谓与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的“细胞相关联的”癌症，我们包括的是，在蛋白质和/或mRNA水平上，来自于患者的癌细胞中的SMARCB1表达低或不存在。或者，所述癌细胞可能表达SMARCB1蛋白质的突变形式，该突变形式的活性降低或无活性（即突变导致SMARCB1蛋白质的功能丧失）。

所述患者可能患有或被怀疑患有选自以下的癌症：上皮样肉瘤，滑膜肉瘤，无横纹肌样特征的未分化肉瘤，骨外黏液样软骨肉瘤，胰腺粘液癌，恶性外周神经鞘瘤，神经鞘瘤，家族性和散发性神经鞘瘤病，筛状神经上皮肿瘤，无横纹肌样特征的胚胎性中枢神经系统肿瘤，脉络丛癌，畸胎瘤，原始神经外胚层肿瘤（PNET），低分化脊索瘤，非霍奇金淋巴瘤和慢性髓细胞性白血病，脑膜瘤，成胶质细胞瘤，肌上皮癌，集合管癌。

例如，所述患者可能患有或可能被怀疑患有乳癌。

所述患者可能患有或被怀疑患有非典型性畸胎样横纹肌样瘤（AT/RT）和/或恶性横纹肌样瘤（MRT），有横纹肌样特征的未分化肉瘤，肾髓质癌，有横纹肌样特征的胚胎性中枢神经系统肿瘤。

本发明提供了用于治疗与HRX基因易位相关联的白血病的泛素-蛋白酶体系统抑制剂。白血病HRX融合蛋白与SMARCB1相结合并抑制由SMARCB1结合蛋白GADD34诱导的细胞凋亡（Adler等,Molecular and Cellular Biology,1999,19(10):7050-60）。

本发明的典型特征在于，对所述患者进行评估以确定所述癌症与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联。

在本文中，所谓低或不存在的“功能活性”，我们指的是，在蛋白质和/或mRNA水平上进行评估时，肿瘤细胞中SMARCB1的表达（例如相对于组织样品中的内部阳性对照，如正常血管细胞、炎性细胞、周围正常组织）降低或不存在（例如，KohashiK等，Modern Pathology2010,23,981-990），以及存在导致SMARCB1活性降低或丧失的染色体畸变或DNA突变（例如缺失、错义和无义突变等）或者表观遗传学改变（例如DNA甲基化）。

因此，低或不存在的功能活性可能在SMARCB1的基因组DNA、mRNA、蛋白质和/或活性（即功能）水平上将其自身表现出来。一般而言，设想了术语“低功能活性”应被理解为该活性低于非癌性正常细胞中检测到的水平的50%。

将认识到，所述评估步骤可以在患者治疗前或甚至治疗期间的任何时间执行。但优选在开始用所述抑制剂治疗之前对所述患者进行评估。

评估所述患者包括：提供来自于所述患者的细胞样品并测定所述细胞中SMARCB1蛋白质和/或其编码mRNA的量。例如，评估所述患者可包括测定所述细胞中SMARCB1蛋白质的量，例如通过免疫组织化学、免疫荧光法、Western印迹分析、免疫学测定法（例如ELISA或其它基于固相的免疫测定法如SPRIA或称作IMRAMP的放大化ELISA）、蛋白质芯片测定法、表面增强激光解吸/电离（SELDI）、高效液相色谱、质谱、化学发光、浊度测定法/比浊法、横向流或纯的或偏振的荧光或电泳。

应当理解，来自于所述患者的细胞样品可能是癌细胞或可能是正常细胞（非癌性细胞）。例如，后者可用于检测与SMARCB1的功能活性低或不存在相关联的种系突变的存在。

或者或此外，评估所述患者还可包括例如通过定量PCR、Northern印迹分析、深度测序、SAGE、或阵列技术来测定SMARCB1mRNA的量。

或者或此外，评估所述患者还可包括确定SMARCB1活性的水平（直接或间接）。这样的活性可以例如通过确定基因组DNA序列、RNA序列或cDNA序列来间接地测定，例如通过荧光原位杂交、比较性基因组杂交（CGH）、阵列CGH、其它阵列技术、或测序技术。然后可以使用所述序列信息来鉴定导致SMARCB1活性降低或丧失的染色体畸变或DNA突变。

或者或此外，评估所述患者还可包括确定导致SMARCB1基因表达低或不存在的表观遗传学改变（例如DNA甲基化、组蛋白修饰），例如通过DNA甲基化分析、基于染色质免疫沉淀的技术、质谱、化学反应（例如亚硫酸氢盐处理）。

elF2α磷酸化和/或PP1活性可用作SMARCB1活性的间接标志物。

然而，对于本领域技术人员而言显而易见的是，该技术列表并不完整，以及并非只有这些技术才是可用于本发明测定SMARCB1的功能活性（例如表达）的适当方法。

所述评估还可包括测定一种或多种细胞对照样品中SMARCB1蛋白质、其编码mRNA和/或功能活性的其它度量（序列）的量。这样的对照样品可包括阴性对照样品（其中已知SMARCB1的功能活性低或不存在）和/或阳性对照样品（其中已知SMARCB1的功能活性处于显著水平）。

因此，所述评估可包括进行活组织检查以从患者取出癌细胞样品，然后测试所述细胞（直接测试或作为原代细胞培养物进行间接测试）以确定其中SMARCB1的功能活性（例如表达）。

或者或此外，当已经在患有家族性或散发性肿瘤的患者中发现种系突变时，可以使用来自于所述患者的正常组织或细胞来确定其中SMARCB1的功能活性（例如表达）（参见例如Sevenet等,1999,Am JHuman Genet65,1342-8；Eaton等,2011；Pediatr Blood Cancer56,7-15）。

然而，本领域技术人员将认识到SMARCB1的功能活性（例如表达）可被间接确定。

因此，评估所述患者可包括诊断所述患者患有的癌症类型（使用本领域公知的用于癌症诊断的常规方法）。然后，该诊断可用于确定癌细胞中SMARCB1的功能活性（例如表达）（通过医师的经验知识，或者通过参考已知癌症类型中基因表达和基因功能的数据库（例如基因表达综合数据库（Gene expression omnibus）、ArrayExpress、SAGEmap、RefExA、caArrayData Portal、GeneX、HuGEIndex、TCGA数据库、RCGDB、国际癌症基因组协会数据库、癌症中染色体畸变和基因融合Mitelman数据库、SKY/M-FISH&CGH数据库、COSMIC、TmaDB、YMD、dbEST、TMAD、GXA、SMD、Novartis基因表达数据库、OncoMine及类似数据库）。在确定所述患者患有的癌症与其中SMARCB1的功能活性（例如表达）低或不存在的（癌）细胞相关以后，可以向所述患者施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂作为治疗剂以治疗癌症。

泛素-蛋白酶体系统抑制剂可以是选自下表的抑制剂。

更具体而言，泛素-蛋白酶体系统抑制剂可以是选自以下的蛋白酶体抑制剂：硼替佐米（PS-341、MG-341、），PI-083，MLN9708，MLN4924，MLN519，卡菲佐米，ONX0912，CEP-1877，NPI-0047，NPI-0052，BU-32（NSC D750499-S），PR-171，IPSI-001，以及具有蛋白酶体-抑制效果的天然产物，例如绿茶多酚(-)-表没食子儿茶素-3-没食子酸酯（EGCG）、大豆异黄酮染料木黄酮和香料姜黄化合物姜黄素。

例如，所述蛋白酶体抑制剂可以是硼替佐米（

IUPAC名称=[(1R)-3-甲基-1-({(2S)-3-苯基-2-[(吡嗪-2-基羰基)-氨基]丙酰基}氨基)丁基]硼酸，CAS号=179324-69-7）。

所述抑制剂也可以是选自下表的蛋白酶体抑制剂或泛素抑制剂。

本领域技术人员还将认识到，取决于包括所使用抑制剂的功效/毒性及其所用于的适应症在内的数种因素，泛素-蛋白酶体系统的抑制剂可以各种浓度进行配制。当然，任何给定药物制剂中的最大浓度都受限于其中抑制剂的最大溶解度。然而，所述制剂应该含有足够量的抑制剂以在靶癌细胞处或其附近提供足以诱导细胞死亡（例如通过细胞凋亡）的体内浓度。提供所需效果所必需的浓度或量取决于待定抑制剂的效能并可通过本领域技术人员已知的方法来确定或者是已经可用的信息。这同样适用于单个抑制剂的每日剂量和给药方案。

通过本领域技术人员已知的方法或者是已经可用的信息。这同样适用于单个抑制剂的每日剂量和给药方案。

一般而言，在1nM和1M之间的浓度下配制所述泛素-蛋白酶体系统抑制剂。例如，药物制剂可包含浓度在1μM和1mM之间、例如在1μM和100μM之间、在5μM和50μM之间、在10μM和50μM之间，在20μM和40μM之间或约30μM的蛋白酶体抑制剂。

泛素-蛋白酶体系统抑制剂一般与根据预期施用途径及标准药学实践（例如参见《雷明顿药学和实践（Remington：The Science andPractice of Pharmacy）》，第19版，1995，编辑Alfonso Gennaro，MackPublishing Company，Pennsylvania，USA；通过参考将其并入本文）所选择的合适的药物赋形剂、稀释剂或载体相混合进行施用。适当的施用途径在下面进行讨论，其包括静脉内、口服、肺部、鼻内、局部、耳部、眼部、膀胱和CNS递送。

例如，泛素-蛋白酶体系统抑制剂可以以可能含有调味剂或着色剂的片剂、胶囊、卵状小体、酏剂、溶液或悬液的形式通过口服、经颊或舌下施用，用于立即释放、延迟释放或受控释放应用。

这样的片剂可以含有赋形剂，例如微晶纤维素，乳糖，柠檬酸钠，碳酸钙，磷酸氢钙和甘氨酸；崩解剂，例如淀粉（优选玉米淀粉，土豆淀粉或木薯淀粉）、羟基乙酸淀粉钠、交联羧甲基纤维素钠以及某些复合硅酸盐；以及造粒粘合剂，例如聚乙烯吡咯烷酮、羟丙基甲基纤维素（HPMC）、羟基-丙基纤维素（HPC）、蔗糖、明胶和阿拉伯树胶。此外，也可包括润滑剂，例如硬脂酸镁、硬脂酸、山嵛酸甘油酯和滑石粉。

还可采用相似类型的固体组合物作为明胶胶囊中的填充剂。就此而言，优选的赋形剂包括乳糖、淀粉、纤维素、乳糖或高分子量聚乙二醇。对于水性悬液和/或酏剂而言，本发明的化合物可与各种甜味剂或调味剂、着色物质或染料组合，与乳化剂和/或悬浮剂组合，以及与稀释剂例如水、乙醇、丙二醇和甘油及其组合相组合。

所述制剂或者可以肠胃外施用，例如静脉内、动脉内、肿瘤内、肿瘤外、腹腔内、鞘内、心室内、胸骨内、颅内、肌内或皮下（包括经由细针阵列或使用无针

技术）施用，或者，它们可以通过输注技术进行施用。它们最好以无菌水溶液形式进行使用，所述水溶液可以含有其它物质，例如足够的盐或葡萄糖以使所述溶液与血液等渗。如果需要，应将所述水溶液适当缓冲（优选缓冲成pH为3至9）。在无菌条件下制备合适的肠胃外制剂可通过本领域技术人员公知的标准药学技术容易地实现。

适于肠胃外施用的制剂包括：水性和非水性无菌注射溶液，其可含有抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂和使所述制剂与预期接受者的血液等渗的溶质；以及水性和非水性无菌悬液，其可包括悬浮剂和增稠剂。可将所述制剂呈现在单位剂量或多剂量容器中，例如密封的安瓿和小瓶中，并可将其储存在冷冻干燥（冻干）的条件下，这仅需要在马上使用前添加无菌液体载体，例如注射用水。临时注射溶液和悬液可以由前述类型的无菌粉末、颗粒和片剂制备得到。

泛素-蛋白酶体系统抑制剂也可鼻内或通过吸入进行施用，其以干粉吸入器或气溶胶喷雾表现形式通过利用适当的推进剂从加压容器、泵、喷雾器或雾化器方便地进行递送，所述适当的推进剂例如为二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、氢氟烷烃例如1,1,1,2-四氟乙烷（HFA134A³或1,1,1,2,3,3,3-七氟丙烷（HFA227EA³）、二氧化碳或其它合适气体。在加压气溶胶的情况下，可以通过提供阀以递送计量的量来确定剂量单位。所述加压容器、泵、喷雾器或雾化器可含有活性蛋白酶体抑制剂的溶液或悬液，例如使用乙醇和推进剂的混合物作为溶剂，其还可含有润滑剂，例如脱水山梨糖醇三油酸酯。用在吸入器或吹入器中的胶囊和药包（例如由明胶制成）可被配制成含有本发明化合物和合适的粉末基质例如乳糖或淀粉的粉末混合物。

优选将气溶胶或干粉制剂配置为使得每个计量的剂量或“噗（puff）”含有至少1mg化合物用于递送给患者。应当理解，使用气溶胶时的总剂量将随患者及适应症而变，所述总剂量可以以单剂量施用，或更常见的是，在一天中以分剂量施用。

或者，也可采用本领域中已知的其它常规施用途径；例如，本发明制剂可以以可能含有调味剂或着色剂的片剂、胶囊、卵状小体、酏剂、溶液或悬液的形式通过口服、经颊或舌下进行递送，用于立即释放、延迟释放或受控释放应用。所述制剂也可眼内、耳内或经由海绵体内注射进行施用（见下文）。

对于局部应用而言，例如施加到皮肤，泛素-蛋白酶体系统抑制剂可以以洗液、溶液、乳霜、凝胶、油膏或扑粉形式进行施用（例如参见《雷明顿（Remington）》，见上，第1586–1597页）。因此，所述蛋白酶体抑制剂可以被配制成合适的油膏，其含有悬浮或溶解在例如含有一种或多种以下物质的混合物中的活性化合物：矿物油、液体凡士林、白凡士林、丙二醇、聚氧乙烯聚氧丙烯化合物、乳化蜡和水。或者，它们可以被配制成合适的洗液或乳霜，悬浮或溶解在例如以下一种或多种物质的混合物中：矿物油、脱水山梨糖醇单硬脂酸酯、聚乙二醇、液体石蜡、聚山梨醇酯60、十六烷基酯蜡、e-十二烷基硫酸酯、醇（例如乙醇、鲸蜡硬脂醇、2-辛基十二烷醇、苯甲醇）和水。

适于口中局部施用的制剂还包括：糖锭，其在通常为蔗糖和阿拉伯树胶或黄芪胶的调味基质中包含活性成分；软锭剂，其在惰性基质例如明胶和甘油、或者蔗糖和阿拉伯树胶中包含活性成分；以及漱口水，其在适当的液体载体中包含活性成分。

所述制剂也可通过眼部途径施用，特别是用于治疗眼睛疾病。对于眼科应用而言，可将化合物配制成在等渗的、pH经调节的无菌盐水中的微粒化悬液，或者优选配制成在等渗的、pH经调节的无菌盐水中的溶液，并任选与防腐剂如苯扎氯铵组合。或者，可将它们配制在油膏例如凡士林中。

对于兽医应用而言，根据正规兽医实践，将化合物作为适当可接受的制剂进行施用，兽医将确定最适合特定动物的给药方案和施用途径。

在一个具体实施方式中，所述制剂适用于向患者全身施用（例如，经由口服或肠胃外施用途径）。

可将包含泛素-蛋白酶体系统抑制剂的制剂储存在本领域中已知的任何适当容器或器皿中。本领域技术人员将认识到，所述容器或器皿应当优选是气密性的和/或无菌的。有利地，所述容器或器皿由塑料材料例如聚乙烯制成。

向患者施用药学有效剂量的泛素-蛋白酶体系统抑制剂。在本文中使用时，“治疗有效量”或“有效量”或“治疗有效”指的是为给定病症和施用方案提供治疗效果的量。这是经计算与所需添加剂和稀释剂，即载体或施用介质一起产生需要的治疗效果的活性材料的预定量。另外，其旨在表示足以降低并最优选防止临床显著的在宿主的活性、功能和响应方面的缺陷的量。或者，治疗有效量足以在宿主中引起临床显著病症的改善。正如本领域技术人员认识到的，化合物的量可能随其具体活性而变。适当的给药量可含有预定量的活性组合物，所述预定量经计算与所需稀释剂一起产生需要的治疗效果。在用于制造本发明组合物的方法和应用中，提供了治疗有效量的活性组分。正如本领域中公知的，普通医疗工作者或兽医工作者基于患者特征，例如年龄、体重、性别、病症、并发症、其它疾病等，可以确定治疗有效量。可以以单个剂量单位或者数个较小剂量单位的形式通过单次施用来进行药学有效剂量的施用，也可以通过在特定时间间隔多次施用细分剂量来进行药学有效剂量的施用。或者，可以将所述剂量提供为持续长时间的连续输注。

以足以诱导受治疗患者中癌细胞的细胞死亡（例如细胞凋亡）的剂量，施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂。因此，可以选择蛋白酶体抑制剂的剂量以抑制患者中癌细胞的生长和/或数量。

应当理解，泛素-蛋白酶体系统抑制剂的剂量在患者的治疗过程期间可以变化。例如，在现有癌症的初始治疗处理阶段可使用较高剂量，然后在初始治疗完成后使用较低的“维持”剂量，以防止癌症复发。

泛素-蛋白酶体系统抑制剂（例如蛋白酶体抑制剂如硼替佐米）通常以每剂0.5至1.3mg/m²的剂量施用，可以每隔一定时间重复所述剂量（例如每日、每周两次、每周、每两周、每月等）。

本领域技术人员将认识到，泛素-蛋白酶体系统抑制剂可用作患者中癌症的唯一治疗或作为联合治疗的一部分（其中其它治疗可以是药剂、放射疗法和/或手术）。

因此，所述患者还可以接受用于癌症的一种或多种其它治疗，例如药剂（例如化学治疗剂）、放射疗法和/或手术。

所述一种或多种其它治疗选自：常规化学治疗剂（例如烷化剂、抗代谢剂、植物生物碱和萜类化合物、拓扑异构酶抑制剂和抗肿瘤剂）、放射治疗剂、基于抗体的治疗剂（例如吉妥单抗、阿仑单抗、利妥昔单抗、曲妥珠单抗、尼妥珠单抗、西妥昔单抗、贝伐单抗）、和类固醇。

本发明还提供了泛素-蛋白酶体系统抑制剂在制备用于治疗患者中的癌症的药物中的应用，其中在用所述抑制剂治疗之前，对所述患者进行评估以确定所述癌症与其中SMARCB1的功能活性（例如表达）低或不存在的细胞相关联。

在上文中结合本发明的蛋白酶体抑制剂描述了本发明的这方面及其它方面的优选特征。

本发明提供了：

(a)选择用于治疗患者中的癌症的药剂的方法，所述方法包括：

(i)确定患者中存在的癌症是否与其中SMARCB1的功能活性（例如表达）低或不存在的细胞相关联；以及

(ii)如果在步骤(a)中发现所述癌症与其中SMARCB1的功能活性（例如表达）低或不存在的细胞相关联，则选择泛素-蛋白酶体系统抑制剂作为用于治疗所述患者中的癌症的药剂。

步骤(i)包括(a)从患者获得生物样品，(b)体外测定所述样品中SMARCB1的功能活性，以及(c)将发现的活性与阈值进行比较。所述阈值例如从来自于具有正常SMARCB1功能活性的对象的生物样品确定。患者的生物样品例如可以来自于原发肿瘤的活组织检查、局部或远处转移瘤、或体液（例如血液、脑脊液）中的癌细胞。

步骤ii)包括选择如本文中描述的抑制剂。

任何时候只要相关，则以上步骤(i)和(ii)的描述对于本发明的其它方面也有效，即这也与以下(b)、(c)和(d)相关。

(b)用于鉴定施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂会对其治疗有益的癌症患者或癌症患者亚群的方法，所述方法包括：

(ii)如果在步骤(a)中发现所述癌症与其中SMARCB1的功能活性（例如表达）低或不存在的细胞相关联，则将所述患者鉴定为施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂会对其治疗有益的癌症患者。

(c)治疗患者中的癌症的方法，所述方法包括：

(ii)如果在步骤(a)中发现所述癌症与其中SMARCB1的功能活性（例如表达）低或不存在的细胞相关联，则向所述患者施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂。

(d)鉴定通常用蛋白酶体-泛素系统抑制剂治疗的患有癌症的患者是否能从这样的治疗获益的方法，所述方法包括：

所述患者可能患有或被怀疑患有选自以下的癌症：上皮样肉瘤、滑膜肉瘤、无横纹肌样特征的未分化肉瘤、骨外黏液样软骨肉瘤、胰腺粘液癌、恶性外周神经鞘瘤、神经鞘瘤、家族性和散发性神经鞘瘤病、筛状神经上皮肿瘤、无横纹肌样特征的胚胎性中枢神经系统肿瘤、脉络丛癌、畸胎瘤、原始神经外胚层肿瘤（PNET）、低分化脊索瘤、非霍奇金淋巴瘤和慢性髓细胞性白血病、脑膜瘤、成胶质细胞瘤、肌上皮癌、集合管癌。

例如，所述患者可能患有或可能被怀疑患有乳癌。

所述患者可能患有或被怀疑患有恶性横纹肌样瘤、非典型性畸胎样/横纹肌样瘤、有横纹肌样特征的未分化肉瘤、肾髓质癌、有横纹肌样特征的胚胎性中枢神经系统肿瘤、非典型性畸胎样横纹肌样瘤（AT/RT）和/或恶性横纹肌样瘤（MRT）。

上述本发明的方法方面，步骤(i)包括提供来自于患者的细胞（例如癌细胞）样品以及评估其中SMARCB1的功能活性（如上结合本发明的第一方面所描述的）。例如，评估所述患者可包括测定所述细胞中SMARCB1蛋白质的量，例如通过免疫组织化学、免疫荧光法、Western印迹分析、免疫学测定法（例如ELISA或其它基于固相的免疫测定法如SPRIA或称作IMRAMP的放大化ELISA）、蛋白质芯片测定法、表面增强激光解吸/电离（SELDI）、高效液相色谱、质谱、化学发光、浊度测定法/比浊法、横向流或纯的或偏振的荧光或电泳。

或者或此外，评估所述患者还可包括确定SMARCB1活性的水平（直接或间接）。这样的活性可以例如通过确定基因组DNA序列、RNA序列或cDNA序列来间接地测定，例如通过荧光原位杂交、比较性基因组杂交（CGH）、阵列CGH、其它阵列技术、或测序技术。然后可以使用所述序列信息来鉴定导致SMARCB1活性降低或丧失的染色体畸变或DNA突变。或者，elF2α磷酸化和/或PP1活性可用作SMARCB1活性的间接标志物。

步骤(i)还可包括评估一种或多种细胞对照样品（其可包括阴性和/或阳性对照；见上文）中SMARCB1的功能活性。

当已经在患有家族性或散发性肿瘤的患者中发现种系突变时，步骤(i)可包括评估来自于所述患者的正常组织或细胞中SMARCB1的功能活性（参见例如Sevenet等,1999,Am J Human Genet65,1342-8；Eaton等,2011;Pediatr Blood Cancer56,7-15）。

步骤(i)还可包括诊断患者患有的癌症类型。

泛素-蛋白酶体系统抑制剂是选自以下的蛋白酶体抑制剂：硼替佐米（PS-341、MG-341、

），PI-083，MLN9708，MLN4924，MLN519，卡菲佐米，ONX0912，CEP-1877，NPI-0052，BU-32（NSCD750499-S），PR-171，IPSI-001，以及具有蛋白酶体-抑制效果的天然产物，例如绿茶多酚(-)-表没食子儿茶素-3-没食子酸酯（EGCG）、大豆异黄酮染料木黄酮和香料姜黄化合物姜黄素。

例如，所述泛素-蛋白酶体系统抑制剂可以是硼替佐米。

在上文中结合本发明的第一方面详细描述了泛素-蛋白酶体系统抑制剂的优选施用方案。

本文表格中提及的抑制剂以及所有关于所述抑制剂的其它细节也与本发明的方法及其它方面有关。

例如，泛素-蛋白酶体系统抑制剂可以通过选自以下的途径施用：肠胃外、肿瘤内、口服、静脉内、经皮和肌内途径。

类似地，泛素-蛋白酶体系统抑制剂可以以每剂0.5至1.3mg/m²的剂量施用，可以每隔一定时间重复所述剂量（例如每日、每周两次、每周、每两周、每月等）。

所述患者还可接受一种或多种用于治疗癌症的其它治疗，例如附加的药剂（例如化学治疗剂）、放射疗法和/或手术（见上文）。

附图说明

优选地，现在将参考下图对体现出本发明某些方面的非限制性实例进行描述：

图1：SMARCB1参与未折叠蛋白响应（UPR）

A.MCF7细胞中shRNA-介导的SMARCB1敲除（四环素诱导的）导致elF2α磷酸化增加，正如通过免疫印迹所确定的。通过DTT和毒胡萝卜素（TG）处理三小时来诱导ER应激。RT-PCR显示出XBP1的非常规剪接，其作为另一个活化的UPR支路的指示物。XBP1s、XBP1u、XBP1h：剪接的、未剪接的和杂化的XBP1cDNA（后者代表XBP1s/XBP1u异二聚体）。

B.显示出SMARCB1和elF2α磷酸化之间的关系生物示意性概要图。

C.与人SMARCB1-阳性脑肿瘤（DAOY，SW1783，Hs683）、肾细胞癌（786-O，A-498）和肝细胞癌（HepG2）细胞系相比，在暴露于TG三小时后，在其中所有都缺乏SMARCB1的人AT/RT细胞系CHLA2和人MRT细胞系LM（肝来源）、A-204（肌肉来源）、和G401（肾来源）中检测到elF2α磷酸化水平的提高。β-肌动蛋白-标准化的磷酸化elF2α信号强度在TSG-处理和未处理细胞之间的倍数变化：CHLA2:5.89；LM:1.27；A-204:1.39；G401:2.49；DAOY:0.77；SW1783:0.75；Hs683:0.81；786-O:0.60；A-498:1.12；HepG2:0.56。

D.SMARCB1存在于786-O细胞的细胞核中并与ER标志物钙联接蛋白共定位在细胞质中。

E.用10nM蛋白酶体抑制剂硼替佐米（BTZ）处理MCF7细胞12小时导致四环素（Tet）-诱导的SMARCB1敲除（kd）细胞的细胞凋亡增加。显示出三个独立实验的膜联蛋白V-阳性和7AAD-阴性的凋亡细胞百分数。误差线：平均值的标准误差。未配对t-检验的P-值比较了未诱导细胞和Tet-诱导细胞。

F.用10nM BTZ处理SMARCB1-阳性肾细胞癌（786-O，A-498）和脑肿瘤（SW1783，DAOY）细胞、肾MRT（G401）和脑AT/RT（BT12）细胞系24小时，与DMSO（介质）处理的细胞相比，在横纹肌样瘤细胞G401和BT12中导致最高的细胞凋亡。所述肾和脑肿瘤细胞系分别被保持在可比较的贴壁培养条件下。显示出三个独立实验的膜联蛋白V-阳性和7AAD-阴性的凋亡细胞百分数。误差线：平均值的标准误差。未配对t-检验的P-值比较了BTZ与DMSO处理的细胞。

图2：用另一种蛋白酶体抑制剂（卡菲佐米）处理

用30nM卡菲佐米（CFZ）处理SMARCB1-阳性肾细胞癌（786-O，A-498）和脑肿瘤（SW1783）细胞、肾MRT（G401）和脑AT/RT（BT12）细胞系24小时，与DMSO（介质）处理的细胞相比，在横纹肌样瘤细胞G401和BT12中导致最高的细胞凋亡。所述肾和脑肿瘤细胞系分别被保持在可比较的贴壁培养条件下。显示出三个独立实验的膜联蛋白V-阳性和7AAD-阴性的凋亡细胞百分数。误差线：平均值的标准误差。未配对t-检验的P-值比较了BTZ与DMSO处理的细胞。

实施例

介绍

SMARCB1是肿瘤抑制物，其功能在多种肿瘤类型、包括不同器官的恶性横纹肌样瘤中均丧失。在大部分这样的情形中，SMARCB1的双等位基因失活导致该蛋白质的完全丧失。我们发现，SMARCB1细胞水平的降低与未折叠蛋白质响应的活化相关联。具体而言，这样的细胞表现出对elF2α（真核翻译起始因子2的α亚基）磷酸化的敏感性增强，elF2α是未折叠蛋白质响应的核心组分。

已显示持续的elF2α磷酸化赋予针对以下情况的细胞保护作用：缺氧、氧化应激和长期葡萄糖缺乏，其全部代表快速生长肿瘤的典型的体内条件（Bi等，2005；Harding等，2003；Koumenis等，2002；Muaddi等，2010；Wiseman和Balch，2005）。

我们证实了可以治疗性利用SMARCB1功能丧失的结果：通过包括蛋白酶体抑制剂在内的某些化合物抑制未折叠蛋白质的降解，可导致SMARCB1功能降低或丧失的细胞的细胞凋亡增加。蛋白酶体是一种多催化酶，其分解被泛素标签标记用于破坏的蛋白质。通过抑制泛素残基对蛋白质的标记，通过调节去泛素化，或通过抑制蛋白酶体本身的活性，可以阻断蛋白质的降解。

材料和方法

Western印迹分析

在50-70%汇合时收集细胞，通过离心得到小团块，将其溶解在补充有蛋白酶抑制剂（2mM PMSF和1x Complete Mini，Roche）的RIPA缓冲液（10mM Tris/HCI（pH7.5），1mM EDTA，1%Triton X-100，0.1%SDS，0.1%脱氧胆酸钠，100mM NaCl）中。收集上清液，使用BCA测定法（Pierce/Thermo Scientific）确定蛋白质浓度，在10%SDS-聚丙烯酰胺凝胶中分离蛋白质。按照标准操作流程使用硝基纤维素膜（Amersham/GE Healthcare）进行Western印迹法。用ImageJ（http：//rsb.info.nih.gov/ij/）分析信号强度。

使用的抗体为：抗-BAF47抗体（SMARCB1/SNF5；BD Biosciences,San Diego,CA），抗-磷酸化elF2α抗体（119A11；Cell Signaling），抗-β肌动蛋白-HRP抗体（Abcam,Cambridge,UK）。

人类细胞系的培养

CHLA-02-ATRT细胞系从ATCC获得并被保持在神经球培养基中（DMEM/F12（1:1），其含有Glutamax，B27，青霉素（100单位/mL），链霉素（100μg/mL；全部来自于Invitrogen），HEPES（10mmol/L），帕曲星（0.5μg/mL，Biochrom）；胰岛素（20μg/mL；Sigma Aldrich），重组人表皮生长因子（EGF；20ng/mL），以及rhFGFbasic（20ng/mL；PAN Biotech））中。根据Versteege等（Nature1998）保持人恶性横纹肌样瘤细胞系LM（由Rupert Handgretinger,Tuebingen，Germany提供）。DAOY成神经管细胞瘤细胞（由Michael Grotzer，Zurich，Switzerland提供）被保持在EMEM（PAA）中，其补充有10%FBS（Biochrom）、2mM谷氨酰胺、100单位/mL青霉素/链霉素（Invitrogen）和2.5μg/mL两性霉素B（PAA）。Hs683神经胶质瘤细胞系（由Matthias Simon,Bonn,Germany提供）被保持在DAOY培养基中，其含有1mM丙酮酸钠，MEM非必需氨基酸，和MEM维生素溶液（全部来自于Invitrogen）。SW1783成胶质细胞瘤细胞（由Matthias Simon,Bonn,Germany提供）和BT12AT/RT细胞（由Michael Grotzer，Zurich，Switzerland提供）被保持在DMEM（1g/L葡萄糖）中，其补充有10%FBS（Biochrom）、2mM谷氨酰胺、100单位/mL青霉素/链霉素（Invitrogen）和2.5μg/mL两性霉素B（PAA）。

在DMEM（4.5g/L葡萄糖，Invitrogen）、10%FBS（Tet系统认证的，Clontech）、2mM谷氨酰胺和100单位/mL青霉素/链霉素（Invitrogen）中培养MCF7-SNF5-KD#73细胞（Xu等，2010）。为敲除SMARCB1，在第1天和第3天添加四环素（1μg/mL），在第4天收集细胞。在第4天，用DTT（5mM）或毒胡萝卜素（5μM）处理细胞。786-O和A-498细胞（两者均来自于Angelika Toellé,Charite Berlin,Germany）、HepG2细胞（来自于Peter Nilsson-Ehle,Lund University,Sweden）和G401（ATCC）被保持在RPMI1640（PAA）中，其补充有10%FBS（Biochrom）、2mM谷氨酰胺、100单位/mL青霉素/链霉素（Invitrogen）和2.5μg/mL两性霉素B（PAA）。A-204（ATCC）生长在McCoy's5a改良培养基中，其补充有10%FBS（Biochrom）、100单位/mL青霉素/链霉素（Invitrogen）和2.5μg/mL两性霉素B（PAA）。所有细胞均被保持在T75组织培养瓶（Techno Plastic Products）中。

免疫荧光法

用Triton X-100（0.1%，在PBS中）处理具有贴壁细胞的盖玻片10分钟，用PBS洗涤三次（每次10分钟），并用第一抗体在4℃温育过夜。使用不含第一抗体的PBS作为阴性对照。在用第二抗体（结合有Cy3（Jackson ImmunoResearch）和Alexa488（Invitrogen））进行一小时的室温温育之前，执行三次15分钟的PBS洗涤步骤，然后在室温下施加含5%驴血清的PBS30分钟。然后在PBS中洗涤样本三次（每次15分钟），在水中简单漂洗，在乙醇中脱水并空气干燥。使用含有4',6'-二脒基-2-苯基吲哚（DAPI）核染色剂的固定介质。

使用的第一抗体如下：抗-BAF47抗体（SMARCB1/SNF5；1:100；BD Biosciences,San Diego,CA），抗-钙联接蛋白抗体（1:100；C5C9；细胞Signaling Technology）。使用AxioVision4.5软件（Zeiss），用Axiovert200M显微镜获取盖玻片上细胞的图像。

细胞凋亡测定法

将500,000个MCF7-SNF5-KD#73细胞（Xu等，2010）接种在T75组织培养瓶（Techno Plastic Products）中。为进行敲除实验，在第1天和第3天添加四环素（1μg/mL）。对于硼替佐米（BTZ）处理的细胞，在第4天（70-85%汇合时）添加所述药物（Santa Cruz Biotechnology，终浓度10nM）12小时。

类似地，将G401、A498、786-O、BT12、SW1783和DAOY细胞接种在6-孔板中（200,000个细胞/孔）并生长24小时，然后向细胞培养基中添加10nM BTZ，30nM卡菲佐米（CFZ，来自于ActiveBiochemicals Co.），或作为介质对照的DMSO，继续生长24小时。随后，用PBS小心洗涤细胞并通过胰蛋白酶消化进行解离。使用膜联蛋白V-APC和7AAD根据制造商的说明书（BD Biosciences）将在100μLPBS中含有1x10⁵个细胞的单细胞悬液等分试样在室温下染色15分钟。随后，添加400μL膜联蛋白V结合缓冲液（10mM Hepes，140mM NaCl和2.5mM CaCl₂），将细胞悬液置于冰上并立即用FACSCalibur流式细胞仪（BD Biosciences）进行分析。使用FlowJo软件（Tree Star）进行数据分析。对于统计分析，使用Prism5.0（GraphPad）进行非配对t-检验。

结果

之前尚未报道过未折叠蛋白质响应（UPR）参与脑和脑外恶性横纹肌样瘤的生物学。使用其中可通过四环素诱导SMARCB1敲除的MCF7乳癌细胞系（Xu等，2010），我们发现，在SMARCB1降低后，elF2α的磷酸化增加（图1A）。

在毒胡萝卜素介导的ER应激诱导后，与人SMARCB1-阳性脑肿瘤细胞系相比，在人SMARCB1–阴性肿瘤细胞系中也检测到升高的elF2α磷酸化水平（图1C）。

ElF2α是三个UPR支路之一的核心组分并可被四种不同的激酶（PERK；GCN2，HRI，PKR）磷酸化（图1B）。逆反应，即elF2α的去磷酸化，是通过蛋白质磷酸酶-1的催化亚基（PP1c）来执行的。

之前已报道，SMARCB1与PP1的催化亚基（PP1c）以及PP1的调控亚基15（PPP1R15A/GADD34）相结合，并显示可提高溶液中的PP1c活性（Wu等，2002）。因此，对于SMARCB1敲除细胞中elF2α磷酸化的增加，其可能的解释是PP1c活性减少。

免疫染色揭示出SMARCB1不仅存在于细胞核中，而且还与ER标志物钙联接蛋白共定位在细胞质中（图1D）。

由于已知elF2α的磷酸化与蛋白酶体抑制相组合来增强细胞凋亡，所以我们测试了是否可治疗性利用elF2α支路的过度活化。与表达SMARCB1的对照细胞相比，用蛋白酶体抑制剂硼替佐米进行处理引起MCF7-SMARCB1敲除细胞，肾MRT和脑AT/RT细胞系的细胞凋亡增加（图1E和F）。在用另一种蛋白酶体抑制剂卡菲佐米处理后也在肾MRT和脑AT/RT细胞系中检测到细胞凋亡的增加（图2）。

讨论

我们的实验结果提示，之前已经显示出可以在溶液中活化PP1c-GADD34的SMARCB1蛋白质（Wu等，2002）的水平降低是引起细胞对核心UPR机制，elF2α磷酸化的敏感性升高的原因（图1）。与可促使细胞凋亡的急性elF2α磷酸化相反，已显示持续的elF2α磷酸化赋予针对以下情况的细胞保护作用：缺氧、氧化应激和长期葡萄糖缺乏，其全部代表快速生长肿瘤的典型的体内条件（（Koumenis等，2002）；（Harding等，2003）；（Bi等，2005）；（Wiseman和Balch，2005）；（Muaddi等，2010））。在本文中我们显示了，肿瘤抑制物SMARCB1的水平降低或不存在产生了其特征在于对elF2α磷酸化的敏感性升高的细胞状态。重要的是，我们证实了可以治疗性利用SMARCB1在UPR调节中的参与：施加蛋白酶体抑制剂卡菲佐米和硼替佐米导致具有降低的SMARCB1水平的细胞的细胞凋亡（图1和2），已知硼替佐米与GADD34-PP1c复合物的化学抑制剂协同作用（Schewe和Aguirre-Ghiso，2009）。这样的方式代表了用于治疗SMARCB1功能降低或丧失的肿瘤的新型策略。

参考文献

Bi,M.,Naczki,C.,Koritzinsky,M.,Fels,D.,Blais,J.,Hu,N.,Harding,H.,Novoa,I.,Varia,M.,Raleigh,J.等(2005).ER应激调控的翻译使对极度缺氧的耐受性提高并促进肿瘤生长（ER stress-regulatedtranslation increases tolerance to extreme hypoxia and promotes tumorgrowth）.EMBO J24,3470-3481.

Harding,H.P.,Zhang,Y.,Zeng,H.,Novoa,I.,Lu,P.D.,Calfon,M.,Sadri,N.,Yun,C.,Popko,B.,Paules,R.等(2003).综合的应激响应调控氨基酸代谢和对氧化应激的抗性（An integrated stress response regulatesamino acid metabolism and resistance to oxidative stress）.Mol Cell11,619-633.

Koumenis,C.,Naczki,C.,Koritzinsky,M.,Rastani,S.,Diehl,A.,Sonenberg,N.,Koromilas,A.和Wouters,B.G.(2002).缺氧通过内质网激酶PERK的活化和翻译起始因子elF2α的磷酸化来调节蛋白质合成（Regulation of protein synthesis by hypoxia via activation of theendoplasmic reticulum kinase PERK and phosphorylation of thetranslation initiation factor elF2alpha）.Mol Cell Biol22,7405-7416.

Muaddi,H.,Majumder,M.,Peidis,P.,Papadakis,A.I.,Holcik,M.,Scheuner,D.,Kaufman,R.J.,Hatzoglou,M.和Koromilas,A.E.(2010).elF2α在第51位丝氨酸处的磷酸化是细胞存活和适应葡萄糖缺乏的重要决定因素（Phosphorylation of elF2alpha at serine51is an importantdeterminant of cell survival and adaptation to glucose deficiency）.MolBiol Cell21,3220-3231.

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Versteege,I.,Sevenet,N.,Lange,J.,Rousseau-Merck,M.F.,Ambros,P.,Handgretinger,R.,Aurias,A.和Delattre,O.(1998).侵袭性儿科癌症中hSNF5/INI1的截短突变（Truncating mutations ofhSNF5/INI1in aggressive paediatric cancer）.Nature394,203-206.

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Wu,D.Y.,Tkachuck,D.C.,Roberson,R.S.和Schubach,W.H.(2002).人类SNF5/INI1蛋白质促进生长阻滞和DNA损伤诱导蛋白（GADD34）的功能并调节GADD34结合蛋白磷酸酶-1的活性（Thehuman SNF5/INI1protein facilitates the function of the growth arrest andDNA damage-inducible protein(GADD34)and modulatesGADD34-bound protein phosphatase-1activity）.J Biol Chem277,27706-27715.

Xu,Y.,Yan,W.和Chen,X.(2010).SWI/SNF复合物的核心组分SNF5是p53表达和细胞存活所必需的，部分通过elF4E来实现（SNF5,a core component of the SWI/SNF complex,is necessary for p53expression and cell survival,in part through elF4E）.Oncogene29,4090-4100.

Claims

1.用于治疗患者中的癌症的泛素-蛋白酶体系统抑制剂，其中对所述患者进行评估以确定所述癌症与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联。

2.权利要求1的抑制剂，其中所述患者患有或被怀疑患有选自以下的癌症：恶性横纹肌样瘤，非典型性畸胎样/横纹肌样瘤，上皮样肉瘤，滑膜肉瘤，无横纹肌样特征的未分化肉瘤，骨外黏液样软骨肉瘤，胰腺粘液癌，恶性外周神经鞘瘤，神经鞘瘤，家族性和散发性神经鞘瘤病，筛状神经上皮肿瘤，无横纹肌样特征的胚胎性中枢神经系统肿瘤，脉络丛癌，畸胎瘤，原始神经外胚层肿瘤，低分化脊索瘤，非霍奇金淋巴瘤，和慢性髓细胞性白血病，脑膜瘤，成胶质细胞瘤，肌上皮癌，集合管癌。

3.权利要求1或2的抑制剂，其中所述患者患有或被怀疑患有乳癌。

4.前述权利要求任一项的抑制剂，其中所述患者患有或被怀疑患有非典型性畸胎样横纹肌样瘤（AT/RT）和/或恶性横纹肌样瘤（MRT），有横纹肌样特征的未分化肉瘤，肾髓质癌，或有横纹肌样特征的胚胎性中枢神经系统肿瘤。

5.前述权利要求任一项的抑制剂，其中在开始用所述抑制剂治疗之前对所述患者进行评估。

6.前述权利要求任一项的抑制剂，其中对所述患者进行评估包括提供来自于患者的细胞样品并评估其中SMARCB1的功能活性。

7.权利要求6的抑制剂，其中所述细胞是癌细胞。

8.权利要求6或7的抑制剂，其中评估SMARCB1的功能活性包括测定所述细胞中SMARCB1蛋白质和/或编码其的mRNA的量。

9.权利要求8的抑制剂，其中对所述患者进行评估包括测定所述细胞中SMARCB1蛋白质的量。

10.权利要求8的抑制剂，其中对所述患者进行评估包括直接或间接测定SMARCB1mRNA的量。

11.权利要求6或7的抑制剂，其中评估SMARCB1的功能活性包括确定SMARCB1的基因组DNA序列或cDNA序列。

12.权利要求6至11任一项的抑制剂，其中对所述患者进行评估还包括评估一种或多种细胞对照样品中SMARCB1的功能活性。

13.权利要求12的抑制剂，其中所述一种或多种细胞对照样品包括阴性对照样品。

14.权利要求12或13的抑制剂，其中所述一种或多种细胞对照样品包括阳性对照样品。

15.前述权利要求任一项的抑制剂，其中对所述患者进行评估包括诊断所述患者患有的癌症类型。

16.前述权利要求任一项的抑制剂，其中所述抑制剂是泛素-蛋白酶体系统抑制剂。

17.权利要求16的抑制剂，其中蛋白酶体抑制剂选自：硼替佐米（PS-341，MG-341，

18.权利要求17的抑制剂，其中所述蛋白酶体抑制剂是硼替佐米。

19.前述权利要求任一项的抑制剂，其中所述抑制剂用于通过选自以下的途径进行施用：肠胃外途径、肿瘤内途径、口服途径、静脉内途径、经皮途径和肌内途径。

20.前述权利要求任一项的抑制剂，其中所述蛋白酶体抑制剂用于以每剂0.5至1.3mg/m²的剂量施用。

21.前述权利要求任一项的抑制剂，其中所述患者还接受用于癌症的一种或多种其它治疗。

22.权利要求21的蛋白酶体抑制剂，其中一种或多种其它治疗选自：常规化学治疗剂（例如烷化剂、抗代谢剂、植物生物碱和萜类化合物、拓扑异构酶抑制剂和抗肿瘤剂），放射治疗剂，基于抗体的治疗剂（例如吉妥单抗、阿仑单抗、利妥昔单抗、曲妥珠单抗、尼妥珠单抗、西妥昔单抗、贝伐单抗），以及类固醇。

23.泛素-蛋白酶体系统抑制剂在制备用于治疗患者中的癌症的药物中的应用，其中在用所述抑制剂治疗之前，对所述患者进行评估以确定所述癌症与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联。

24.选择用于治疗患者中的癌症的药剂的方法，所述方法包括：

a.确定患者中存在的癌症是否与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联；以及

b.如果在步骤(a)中发现所述癌症与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联，则选择泛素-蛋白酶体系统抑制剂作为用于治疗所述患者中的癌症的药剂。

25.用于鉴定癌症患者的方法，其中施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂会对所述癌症患者治疗有益，所述方法包括：

b.如果在步骤(a)中发现所述癌症与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联，则将所述患者鉴定为施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂会对其治疗有益的癌症患者。

26.治疗患者中的癌症的方法，所述方法包括：

b.如果在步骤(a)中发现所述癌症与其中SMARCB1的功能活性低或不存在的细胞相关联，则向所述患者施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂。

27.权利要求24至26任一项的方法，其中所述患者患有或被怀疑患有选自以下的癌症：恶性横纹肌样瘤，非典型性畸胎样/横纹肌样瘤，上皮样肉瘤，滑膜肉瘤，有或无横纹肌样特征的未分化肉瘤，骨外黏液样软骨肉瘤，肾髓质癌，胰腺粘液癌，恶性外周神经鞘瘤，神经鞘瘤，家族性和散发性神经鞘瘤病，筛状神经上皮肿瘤，有或无横纹肌样特征的胚胎性中枢神经系统肿瘤，脉络丛癌，畸胎瘤，原始神经外胚层肿瘤，低分化脊索瘤，非霍奇金淋巴瘤和慢性髓细胞性白血病，脑膜瘤，成胶质细胞瘤，肌上皮癌，集合管癌。

28.权利要求27的方法，其中所述患者患有或被怀疑患有乳癌，非典型性畸胎样横纹肌样瘤（AT/RT）和/或恶性横纹肌样瘤（MRT）。

29.权利要求24至28任一项的方法，其中步骤(a)包括提供来自于患者的细胞样品并评估其中SMARCB1的功能活性。

30.权利要求29的方法，其中所述细胞是癌细胞。

31.权利要求29或30的方法，其中步骤(a)包括测定所述细胞中SMARCB1蛋白质的量。

32.权利要求29或30的方法，其中步骤(a)包括测定所述细胞中SMARCB1mRNA或cDNA的量。

33.权利要求29或30的方法，其中步骤(a)包括评估SMARCB1的基因组DNA序列或cDNA序列。

34.权利要求29至33任一项的方法，其中步骤(a)还包括评估一种或多种细胞对照样品中SMARCB1的功能活性。

35.权利要求34的方法，其中所述一种或多种细胞对照样品包括阴性对照样品。

36.权利要求34或35的方法，其中所述一种或多种细胞对照样品包括阳性对照样品。

37.权利要求24至36任一项的方法，其中步骤(a)包括诊断所述患者患有的癌症类型。

38.权利要求24至37任一项的方法，其中所述泛素-蛋白酶体系统抑制剂是选自以下的蛋白酶体抑制剂：硼替佐米（PS-341，MG-341，），PI-083，MLN9708，MLN4924，MLN519，卡菲佐米，ONX0912，CEP-1877，NPI-0052，BU-32（NSC D750499-S），PR-171，IPSI-001，以及具有蛋白酶体-抑制效果的天然产物，例如绿茶多酚(-)-表没食子儿茶素-3-没食子酸酯（EGCG）、大豆异黄酮染料木黄酮和香料姜黄化合物姜黄素。

39.权利要求38的方法，其中所述蛋白酶体抑制剂是硼替佐米。

40.权利要求24至39任一项的方法，其中所述蛋白酶体抑制剂用于通过选自以下的途径进行施用：肠胃外途径、肿瘤内途径、口服途径、静脉内途径、经皮途径和肌内途径。

41.权利要求24至40任一项的方法，其中所述蛋白酶体抑制剂以每剂0.5至1.3mg/m²的剂量施用。

42.权利要求24至41任一项的的方法，其中所述患者还接受用于癌症的一种或多种其它治疗。

43.权利要求42的方法，其中一种或多种其它治疗选自：常规化学治疗剂（例如烷化剂、抗代谢剂、植物生物碱和萜类化合物、拓扑异构酶抑制剂和抗肿瘤剂），放射治疗剂，基于抗体的治疗剂（例如吉妥单抗、阿仑单抗、利妥昔单抗、曲妥珠单抗、尼妥珠单抗、西妥昔单抗、贝伐单抗），以及类固醇。

44.用于治疗患者中的癌症的泛素-蛋白酶体系统抑制剂，其基本上如本文中参照说明书所描述的。

45.泛素-蛋白酶体系统抑制剂的应用，其基本上如本文中参照说明书所描述的。

46.选择用于治疗患者中的癌症的药剂的方法，其基本上如本文中参照说明书所描述的。

47.用于鉴定癌症患者的方法，其中施用泛素-蛋白酶体系统抑制剂会对癌症患者治疗有益，其基本上如本文中参照说明书所描述的。

48.治疗患者中的癌症的方法，其基本上如本文中参照说明书所描述的。