CN109979536B - 一种基于dna条形码对物种的鉴定方法 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法，具体涉及物种鉴定方法领域，包括以下三种鉴定方法：鉴定方法一：根据物种的生存环境和科系进行整理数据库；鉴定方法二：根据DNA序列中ATCG四中碱基的数目进行建立树状数据库；鉴定方法三：根据DNA序列中的重复序列数据生成DNA条形码，进行建立数据库。本发明利用鉴定方法一，能够用于大概知道物种的生存环境和科系时使用，鉴定速度较快；利用鉴定方法二，能够用于不知道物种的任何信息的情况下使用，鉴定速度较快；利用鉴定方法三，能够用于不知道物种的任何信息的情况下使用，且当DNA序列不完整时，可直接取重复序列进行鉴定，鉴定速度较快。

Description

一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法

技术领域

本发明涉及物种鉴定方法技术领域，更具体地说，本发明涉及一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法。

背景技术

DNA条形码(DNABarcoding)技术是利用一段标准的、较短的DNA序列作为分子标记，通过对生物体中一个或多个基因进行扫描，从而实现物种鉴定的技术。目前DNA条形码技术已经广泛应用于生物的分类和鉴定，是一种简便、高效、准确的物种鉴定技术。

但是在一些物种鉴定中，由于可能其DNA遭到破坏，导致无法提取到完整的DNA序列，因此需要一种能够针对不同情况下物种都能够鉴定的方法，并且因为地球上的物种很多，因此在鉴定时，还需要能够快速鉴定。

发明内容

为了克服现有技术的上述缺陷，本发明的实施例提供一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法，通过利用鉴定方法一，能够用于大概知道物种的生存环境和科系时使用，鉴定速度较快；利用鉴定方法二，能够用于不知道物种的任何信息的情况下使用，鉴定速度较快；利用鉴定方法三，能够用于不知道物种的任何信息的情况下使用，且当DNA序列不完整时，可直接取重复序列进行鉴定，鉴定速度较快，三种鉴定方法不仅适用于多种不同情况下的物种鉴定，而且能够实现快速鉴定，鉴定方法多样，可自行选择。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法，包括以下三种鉴定方法：

(1)鉴定方法一的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、首先采集准确的各种物种的一段核糖核酸序列，即DNA序列，生成每个物种的DNA条形码，此DNA条形码内存储有物种的种类和具体信息；

步骤二、将步骤一中采集并生成的DNA条形码按照物种所述的科系进行分开存储，每个科系不同物种的DNA条形码分别存储在不同的数据库内；

步骤三、将每个数据库根据物种科系的信息进行编辑代码；

步骤四、将不同科系物种DNA条形码存储的数据库再次进行归整，按照水、陆、空三种生存环境进行再次对编码后的数据库进行整理收纳，分别存储在三个检索模块内，然后上传至鉴定平台；

步骤五、具体鉴定时，取鉴定物种的DNA序列，然后根据物种所生存的环境，进入鉴定平台，找到对应的检索模块，再次在检索模块内输入需要鉴定物种的DNA序列，进行搜索对比，快速查找到对应的DNA条形码，然后查看DNA条形码内存储的种类和具体信息，即可完成物种的鉴定；

步骤六、当知道物种的具体所属科系时，直接进入对应的检索模块内，输入其DNA序列，根据物种科系的数据库编码，自动检索到该编码数据库，从而在此数据库内进行快速查找；

(2)鉴定方法二的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、采集不同物种的一段DNA序列，并且将其DNA序列中ATCG四中碱基的数目进行统计，并且根据统计的数据(如A9 T7 C5 G7)生成DNA条形码，此DNA条形码内存储有物种的种类和具体信息；

步骤二、将步骤一中采集并生成的DNA条形码以A1、A2、A3……An区分后，分别存储在以A1、A2、A3……An为编号的一号数据库内，然后再将每个一号数据库内的DNA条形码以T1、T2、T3……Tn区分后，分别存储在以T1、T2、T3……Tn为编号的二号数据库内，即以A开头的一号数据库内存储多个以T开头的二号数据库，同理，再将每个二号数据库内分成以C开头的三号数据库，最后将每个三号数据库内分成以G开头的四号数据库，整个DNA条形码数据库呈树状分层归类；

步骤三、具体搜索时，直接在鉴定平台输入需要鉴定物种的DNA序列中ATCG的个数，然后平台自动对应到ATCG数目相同的四号数据库内，从而可能会找到多个ATCG数目相同的DNA序列；

步骤四、此时再将整个鉴定物种的DNA序列全部输入，与步骤三中检索出来的DNA条形码中的DNA序列进行对比，从而找到对应的DNA序列，根据此DNA条形码，查看物种信息；

(3)鉴定方法三的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、采集不同物种的一段DNA序列，并且将其DNA序列中的重复序列数据生成DNA条形码，重复序列分为串联重复序列和分散重复序列；

步骤二、按照串联重复序列和分散重复序列将物种的DNA条形码分为两个数据库；

步骤三、取鉴定物种的DNA序列中的重复序列，然后判断重复序列是为串联重复序列还是分散重复序列，具体搜索时，直接分别在鉴定平台的两大数据库内输入需要鉴定物种的DNA序列中的重复序列；

步骤四、若是搜索出多个DNA条形码，则再将整个鉴定物种的DNA序列全部输入，与步骤三中检索出来的DNA序列进行对比，从而找到对应的DNA序列，根据此DNA条形码，查看物种信息。

在一个优选地实施方式中，所述三种鉴定方法的步骤一种采集物种DNA序列的方法为：通过互联网查询、查询相关书籍或是在研究实验室获取不同物种的DNA序列。

本发明的技术效果和优点：

1、本发明利用鉴定方法一：根据物种的生存环境和科系进行整理数据库，能够用于大概知道物种的生存环境和科系时使用，鉴定速度较快；利用鉴定方法二：根据DNA序列中ATCG四中碱基的数目进行建立树状数据库，能够用于不知道物种的任何信息的情况下使用，鉴定速度较快；利用鉴定方法三：根据DNA序列中的重复序列数据生成DNA条形码，进行建立数据库，能够用于不知道物种的任何信息的情况下使用，且当DNA序列不完整时，可直接取重复序列进行鉴定，鉴定速度较快；

2、本发明三种鉴定方法不仅适用于多种不同情况下的物种鉴定，而且能够实现快速鉴定，鉴定方法多样，可自行选择。

具体实施方式

下面将结合本发明中的实施例，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

实施例1：

本发明提供了一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法

鉴定方法一的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、首先采集准确的各种物种的一段核糖核酸序列，即DNA序列，生成每个物种的DNA条形码，此DNA条形码内存储有物种的种类和具体信息；

步骤二、将步骤一中采集并生成的DNA条形码按照物种所述的科系进行分开存储，每个科系不同物种的DNA条形码分别存储在不同的数据库内；

步骤三、将每个数据库根据物种科系的信息进行编辑代码；

步骤四、将不同科系物种DNA条形码存储的数据库再次进行归整，按照水、陆、空三种生存环境进行再次对编码后的数据库进行整理收纳，分别存储在三个检索模块内，然后上传至鉴定平台；

步骤五、具体鉴定时，取鉴定物种的DNA序列，然后根据物种所生存的环境，进入鉴定平台，找到对应的检索模块，再次在检索模块内输入需要鉴定物种的DNA序列，进行搜索对比，快速查找到对应的DNA条形码，然后查看DNA条形码内存储的种类和具体信息，即可完成物种的鉴定；

步骤六、当知道物种的具体所属科系时，直接进入对应的检索模块内，输入其DNA序列，根据物种科系的数据库编码，自动检索到该编码数据库，从而在此数据库内进行快速查找，查找更加快速方便；

通过此鉴定方法，能够用于大概知道物种的生存环境和科系时使用，鉴定速度较快；

实施例2：

本发明提供了一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法

鉴定方法二的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、采集不同物种的一段DNA序列，并且将其DNA序列中ATCG四中碱基的数目进行统计，并且根据统计的数据(如A9 T7 C5 G7)生成DNA条形码，此DNA条形码内存储有物种的种类和具体信息；

步骤二、将步骤一中采集并生成的DNA条形码以A1、A2、A3……An区分后，分别存储在以A1、A2、A3……An为编号的一号数据库内，然后再将每个一号数据库内的DNA条形码以T1、T2、T3……Tn区分后，分别存储在以T1、T2、T3……Tn为编号的二号数据库内，即以A开头的一号数据库内存储多个以T开头的二号数据库，同理，再将每个二号数据库内分成以C开头的三号数据库，最后将每个三号数据库内分成以G开头的四号数据库，整个DNA条形码数据库呈树状分层归类；

步骤三、具体搜索时，直接在鉴定平台输入需要鉴定物种的DNA序列中ATCG的个数，然后平台自动对应到ATCG数目相同的四号数据库内，从而可能会找到多个ATCG数目相同的DNA序列；

步骤四、此时再将整个鉴定物种的DNA序列全部输入，与步骤三中检索出来的DNA条形码中的DNA序列进行对比，从而找到对应的DNA序列，根据此DNA条形码，查看物种信息；

通过此鉴定方法，能够用于不知道物种的任何信息的情况下使用，鉴定速度较快；

实施例3：

本发明提供了一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法

鉴定方法三的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、采集不同物种的一段DNA序列，并且将其DNA序列中的重复序列数据生成DNA条形码，重复序列分为串联重复序列和分散重复序列；

步骤二、按照串联重复序列和分散重复序列将物种的DNA条形码分为两个数据库；

步骤三、取鉴定物种的DNA序列中的重复序列，然后判断重复序列是为串联重复序列还是分散重复序列，具体搜索时，直接分别在鉴定平台的两大数据库内输入需要鉴定物种的DNA序列中的重复序列；

步骤四、若是搜索出多个DNA条形码，则再将整个鉴定物种的DNA序列全部输入，与步骤三中检索出来的DNA序列进行对比，从而找到对应的DNA序列，根据此DNA条形码，查看物种信息。

通过此鉴定方法，能够用于不知道物种的任何信息的情况下使用，且当DNA序列不完整时，可直接取重复序列进行鉴定，鉴定速度较快。

实施例4：

所述三种鉴定方法的步骤一种采集物种DNA序列的方法为：通过互联网查询、查询相关书籍或是在研究实验室获取不同物种的DNA序列，信息采集的形式多样，能够搜集更广的信息，并且能够将用不同方法搜集到的DNA序列进行核对，提高DNA序列信息的准确性，保证后期鉴定的高精准度。

最后：以上所述仅为本发明的优选实施例而已，并不用于限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (2)

1.一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法，其特征在于：包括以下三种鉴定方法：

(1)鉴定方法一的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、首先采集准确的各种物种的一段核糖核酸序列，即DNA序列，生成每个物种的DNA条形码，此DNA条形码内存储有物种的种类和具体信息；

步骤二、将步骤一中采集并生成的DNA条形码按照物种所属的科系进行分开存储，每个科系不同物种的DNA条形码分别存储在不同的数据库内；

步骤三、将每个数据库根据物种科系的信息进行编辑代码；

步骤四、将不同科系物种DNA条形码存储的数据库再次进行归整，按照水、陆、空三种生存环境进行再次对编码后的数据库进行整理收纳，分别存储在三个检索模块内，然后上传至鉴定平台；

步骤五、具体鉴定时，取鉴定物种的DNA序列，然后根据物种所生存的环境，进入鉴定平台，找到对应的检索模块，再次在检索模块内输入需要鉴定物种的DNA序列，进行搜索对比，快速查找到对应的DNA条形码，然后查看DNA条形码内存储的种类和具体信息，即可完成物种的鉴定；

步骤六、当知道物种的具体所属科系时，直接进入对应的检索模块内，输入其DNA序列，根据物种科系的数据库编码，自动检索到该编码数据库，从而在此数据库内进行快速查找；

(2)鉴定方法二的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、采集不同物种的一段DNA序列，并且将其DNA序列中ATCG四种碱基的数目进行统计，并且根据统计的数据(如A9T7C5G7)生成DNA条形码，此DNA条形码内存储有物种的种类和具体信息；

步骤二、将步骤一中采集并生成的DNA条形码以A1、A2、A3……An区分后，分别存储在以A1、A2、A3……An为编号的一号数据库内，然后再将每个一号数据库内的DNA条形码以T1、T2、T3……Tn区分后，分别存储在以T1、 T2、T3……Tn为编号的二号数据库内，即以A开头的一号数据库内存储多个以T开头的二号数据库，同理，再将每个二号数据库内分成以C开头的三号数据库，最后将每个三号数据库内分成以G开头的四号数据库，整个DNA条形码数据库呈树状分层归类；

步骤三、具体搜索时，直接在鉴定平台输入需要鉴定物种的DNA序列中ATCG的个数，然后平台自动对应到ATCG数目相同的四号数据库内，从而可能会找到多个ATCG数目相同的DNA序列；

步骤四、此时再将整个鉴定物种的DNA序列全部输入，与步骤三中检索出来的DNA条形码中的DNA序列进行对比，从而找到对应的DNA序列，根据此DNA条形码，查看物种信息；

(3)鉴定方法三的具体鉴定方法步骤如下：

步骤一、采集不同物种的一段DNA序列，并且将其DNA序列中的重复序列数据生成DNA条形码，重复序列分为串联重复序列和分散重复序列；

步骤二、按照串联重复序列和分散重复序列将物种的DNA条形码分为两个数据库；

步骤三、取鉴定物种的DNA序列中的重复序列，然后判断重复序列是为串联重复序列还是分散重复序列，具体搜索时，直接分别在鉴定平台的两大数据库内输入需要鉴定物种的DNA序列中的重复序列；

步骤四、若是搜索出多个DNA条形码，则再将整个鉴定物种的DNA序列全部输入，与步骤三中检索出来的DNA序列进行对比，从而找到对应的DNA序列，根据此DNA条形码，查看物种信息。

2.根据权利要求1所述的一种基于DNA条形码对物种的鉴定方法，其特征在于：所述三种鉴定方法的步骤一种采集物种DNA序列的方法为：通过互联网查询、查询相关书籍或是在研究实验室获取不同物种的DNA序列。