2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-
4-基)噻吩并[3,2-D]嘧啶-4(3H)-酮半水合物的结晶形式
领域
本公开涉及化合物2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基 -1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物(化合物1)和/或其互变异构体的结晶形式,其中化合物1具有以下结构:
本公开还涉及用于制备化合物1和/或其互变异构体的结晶形式的方法。本公开还涉及包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物、包括施用结晶化合物1和/或其互变异构体的抑制哺乳动物中的细胞分裂周期蛋白7(cell division cycle7,Cdc7)的方法、以及治疗哺乳动物中的细胞分裂周期蛋白7介导的癌症的方法。
癌症的特征是具有受损的控制机制的异常细胞增殖。大多数癌细胞比正常组织细胞生长得更快。在细胞分裂周期中,染色体重复是必不可少的,并且细胞分裂周期的S期中DNA复制受到严格调控。已证实DNA复制的抑制是癌症治疗的有效疗法,并且例如,DNA复制抑制剂如羟基脲(HU)、吉西他滨和5-氟尿嘧啶的活性代谢物被广泛用作临床实践中癌症治疗的治疗剂。
Cdc7是进化上高度保守的丝氨酸/苏氨酸激酶,并已知在DNA 复制的起始中起重要作用。Cdc7的激酶活性受与其活化配偶体结合的控制。从G1期后期至S期,Cdc7与Dbf4形成复合物(也称为ASK) 并使Cdc7底物磷酸化以控制从G1期向S期的转变。最近的研究报道Cdc7在DNA复制和DNA损伤信号传导通路两者中都起着重要的作用。
近年来,Cdc7被认为是治疗癌症的有吸引力的靶标。在许多癌细胞系和临床肿瘤(包括与乳腺癌、结肠直肠癌和肺癌相关的肿瘤)中观察到Cdc7的过表达。在一些癌细胞系中,发现活化因子Dbf4的染色体拷贝数增加。有趣的是,癌细胞系和未转化的成纤维细胞系显示对使用siRNA抑制Cdc7表达的不同响应。使用siRNA对Cdc7表达的抑制导致癌细胞系中的S期阻滞并诱导细胞凋亡,而在正常细胞中,其以p53活性依赖性方式诱导G1期阻滞。此外,在经历复制应激的细胞中Cdc7被激活,并且由羟基脲和依托泊苷诱导的细胞凋亡在Cdc7下调的细胞中增加。因此,Cdc7抑制剂作为单一药剂或与其它化学治疗剂组合可用于选择性癌症治疗。
Homma M.等人,美国专利号8,722,660 B2,PCT/JP2011/05330 3(公开为WO2011/102399)的国家阶段进入,公开了作为Cdc7的有效抑制剂的化合物。该化合物可用于在体外和体内抑制Cdc7激酶活性,并可用于治疗细胞增殖病症,特别是癌症。
美国专利号8,722,660 B2另外公开了含有这些化合物的药物组合物,以及用于与Cdc7激酶相关的疾病、病症或病状(包括增殖性疾病,如癌症)的治疗方法或疗法。
2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮和/或其互变异构体(粗化合物1)的合成描述于美国专利号8,722,660 B2的实施例178中。药物组合物的大规模生产给化学家和化学工程师带来了许多挑战。尽管这些挑战中的许多与处理大量试剂和控制大规模反应有关,但最终活性产物的生产和处理带来了与最终结晶形式(在本文中也称为药物活性物质)的性质有关的特殊挑战。不仅活性产品应该以高产率制备、稳定并且能够容易地分离,而且还必须控制制造方法以使得期望的结晶形式可靠且一致地生产。药物制剂的结晶形式的稳定性和纯度必须在制造方法的每个步骤中予以考虑,包括合成、分离、大量储存、药物配制和长期储存。
用于制备药物组合物的药物活性物质应该尽可能纯,并且其在长期储存中的稳定性应该在各种环境条件下得到保证。这些性质对于防止药物组合物中出现意外降解产物是有用的,因为降解产物可能具有潜在毒性或仅仅导致降低组合物的效力。
大规模生产药物化合物的一个主要问题是活性物质应具有稳定的结晶多晶型物以确保一致的加工参数和药物质量。如果使用不稳定的结晶形式,则在制造和/或储存期间晶体多晶型物可能会改变,导致质量控制问题和制剂不规则性。这种变化可能会影响制造方法的可重复性,导致最终制剂不符合施加在药物组合物配制上的高质量和严格要求。就这一点而言,应该大体注意到,可以改善其物理和化学稳定性的药物组合物的固态的任何改变赋予相对于相同药物的不太稳定形式的显著优点。此外,开发始终生产活性物质的稳定生产方法至关重要。存在具有相近溶解度的多种结晶形式,在大规模制造药物化合物方面造成了艰难挑战。
当化合物从溶液或浆液中结晶时,它可以以不同的空间晶格排列结晶,这种性质被称为“多晶型”。每种晶体形式称为“多晶型物”。虽然给定物质的多晶型物具有相同的化学组成,但它们可以在一种或多种物理性质如溶解度、解离度、真密度、溶出、熔点、晶体形状、压实行为、流动性质和/或固态稳定性方面彼此不同。
一般如上所述,药物的多晶型行为在药理学中可能是非常重要的。多晶型物所显示的物理性质的差异影响实际参数,如储存稳定性、可压缩性和密度(在配制和产品制造中很重要)以及溶出速率(决定生物利用度的重要因素)。化学反应性的变化(例如,差异氧化,使得当剂型是一种多晶型物时比剂型是另一种多晶型物时更快地变色)、机械变化(例如,片剂在储存后随着动力学有利的多晶型物转化成热力学更稳定的多晶型物而粉碎)或两者(例如,一种多晶型物的片剂在高湿度下更容易分解)可能导致稳定性的差异。另外,晶体的物理性质在加工中可能是重要的。例如,一种多晶型物可能更可能形成溶剂合物,导致固体形式聚集并增加固体处理的难度。或者,一种多晶型物相对于另一种多晶型物的颗粒形状和尺寸分布可能不同,导致在过滤药物活性物质以除去杂质时增加的挑战。
尽管期望具有改善的化学和物理性质的药物制剂,但是没有可预测的手段来制备用于此类制剂的现有分子的新药物形式(例如,多晶型物和其它新的结晶形式)。这些新形式将在制造和组成使用中常见的一系列环境中提供物理性质的一致性。因此,需要新药形式,其可用于体外和体内抑制Cdc7激酶活性,并且可用于治疗细胞增殖病症、特别是癌症以及与Cdc7激酶活性相关的其它病症,以及具有适用于大规模制造和配制的性质。
本公开涉及结晶2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H- 吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物(化合物1)和/或其互变异构体,其中化合物1具有以下结构:
这些形式具有对于大规模制造、药物配制和/或储存有用的性质。本公开还涉及包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物;并涉及所述化合物的使用方法,包括治疗如本文所述的几种疾病、病症或病状。
本公开的一些实施方案涉及药物组合物,其包含药学上可接受的载体或稀释剂;和结晶化合物1和/或其互变异构体。
本公开的一些实施方案涉及通过施用有效量的结晶化合物1和/ 或其互变异构体来治疗需要Cdc7激酶抑制剂的受试者的方法。
本公开的一些实施方案涉及所述方法,其中所述化合物是化合物 1结晶形式I。本公开的一些另外的实施方案涉及所述方法,其中所述化合物是化合物1结晶形式A。本公开的一些另外的实施方案涉及所述方法,其中所述化合物是化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A的混合物。
本公开的一些实施方案涉及制备化合物1和/或其互变异构体的结晶形式的方法。本公开的一些实施方案涉及所述方法,其中所述化合物是化合物1结晶形式I。本公开的一些另外的实施方案涉及所述方法,其中所述化合物是化合物1结晶形式A。本公开的一些另外的实施方案涉及所述方法,其中所述化合物是化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A的混合物。
附图说明
在下面的描述中,“XRPD”意指X射线粉末衍射,“ssNMR”意指固态核磁共振,“ORTEP”意指橡树岭热椭球绘图程序(Oak Ridge Thermal Ellipsoid Program)。
图1是化合物1结晶形式1的XRPD图。
图2是化合物1结晶形式I的13C ssNMR谱。
图3是化合物1结晶形式A的XRPD图。
图4是化合物1结晶形式A的13C ssNMR谱。
图5是化合物1结晶形式1和化合物1结晶形式A的XRPD图的叠加图。
图6是化合物1结晶形式1和化合物1结晶形式A的13C ssNMR 谱的一部分的叠加图。
图7显示化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A在60℃下在水/DMSO中的溶解度。
图8是省略了氢原子的化合物1结晶形式I晶体结构的ORTEP 图。
图9是省略了氢原子的化合物1结晶形式A晶体结构的ORTEP 图。
详述
定义和缩写
如以上和本发明的说明书通篇所用,除非另外指出,否则以下术语应理解为具有以下含义。
如本文所用,“重量%”和“%按重量计”可互换使用并且指重量百分比。
如本文所用,术语“结晶化合物”、“化合物”和“化合物的结晶形式”可互换使用。
如本文所用,术语“化合物1的结晶形式”和“结晶化合物1”可互换使用。
如本文所用,术语“化合物1的粗制剂”和“粗化合物1”是指 2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并 [3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮和/或其互变异构体。美国专利号8,722,660 B2的实施例178中描述了粗化合物1的合成。作为非限制性实例,粗化合物1的互变异构化可以发生在粗化合物1的吡唑和嘧啶基团中。可能在粗化合物1中发生的互变异构化的具体实例包括:
包括的互变异构体的异构结构的具体非限制性实例是:
2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮,和
2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(5-甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮。
如本文所用,术语“形式I”和“化合物1结晶形式I”可互换使用,并且描述2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-4-基) 噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物(化合物1)和/或其互变异构体的结晶形式I,在一些实施方案中通过如图1、图2、图7和图8所示的数据来表征。
如本文所用,术语“形式A”和“化合物1结晶形式A”可互换使用,并且描述2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-4-基) 噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物(化合物1)和/或其互变异构体的结晶形式A,在一些实施方案中通过如图3、图4、图7和图9所示的数据来表征。
如本文所用,术语“形式A/I”和“化合物1结晶形式A/I”可互换使用,并描述化合物1结晶形式A和化合物1结晶形式I的混合物。
如本文所用,“结晶”是指组成原子、分子或离子以规则有序的、具有高度规则化学结构的重复三维图堆积的固体。为了本申请的目的,术语“结晶形式”和“多晶型物”是同义的;该术语将具有不同性质 (例如,不同XRPD图、不同DSC扫描结果或不同13C固态NMR图) 的晶体区分开。
如本文所用,“基本上结晶”是指至少特定重量百分比结晶的化合物1和/或其互变异构体的固体形式。特定重量百分比包括10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、87%、88%、89%、 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%和99.9%。在一些实施方案中,基本上结晶是指至少70%结晶的固体形式。在一些实施方案中,基本上结晶是指至少80%结晶的固体形式。在一些实施方案中,基本上结晶是指至少85%结晶的固体形式。在一些实施方案中,基本上结晶是指至少90%结晶的固体形式。在一些实施方案中,基本上结晶是指至少95%结晶的固体形式。
如本文所用,术语“水合物”是指其中溶剂分子是H2O的溶剂合物,水以至少1∶1的水∶2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基 -1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮和/或其互变异构体的确定的化学计量的量存在,并且包括例如一水合物、二水合物和三水合物。
如本文所用,术语“半水合物”是指其中溶剂分子是H2O的溶剂合物,水以0.5∶1的水∶2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H- 吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮和/或其互变异构体的确定的化学计量的量存在。
如本文所用,术语“剂量强度”是指存在于剂型中的特定化合物的量。
如本文所用,术语“混合物”是指与组合的相态(例如,液体或液体/结晶)无关的混合物的组合元素。
如本文所用,术语“放入晶种”是指将晶体材料加入到溶液或混合物中以引发结晶。
如本文所用,粒度分布术语“D10”是指样品质量的10%由直径小于D10直径的粒子组成的粒径。
如本文所用,粒度分布术语“D50”是指样品质量的50%由直径小于D50直径的粒子组成的粒径。
如本文所用,粒度分布术语“D90”是指样品质量的90%由直径小于D90直径的粒子组成的粒径。
如本文所用,短语“结晶化合物1和/或其互变异构体”等等都理解为意指结晶化合物1及其所有互变异构体形式。作为非限制性实例,结晶化合物1的互变异构化可以发生在结晶化合物1的吡唑和嘧啶基团中。可能在化合物1中发生的互变异构化的具体实例包括:
包括的互变异构体的异构结构的具体非限制性实例是:
2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物,和
2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(5-甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物。
一方面,本公开涉及结晶2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3- 甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物(化合物1)和 /或其互变异构体,其中化合物1具有以下结构:
本文提供了描述化合物1的结晶形式的特征信息的分类。然而,应该理解的是,对于本领域技术人员来说,并非所有这些信息都需要确定特定形式存在于给定组合物中。可以使用本领域技术人员认为足以确定特定形式的存在的特征信息的任何部分来实现对特定形式的确定,例如,对于本领域技术人员来说甚至单个区别峰也足够理解这种特殊形式的存在。
本公开的至少一种结晶形式具有使固体形式适用于大规模药物制剂生产的性质。至少一种结晶形式可以提供理想的物理和化学性质,包括低吸湿性和化学和光学稳定性。作为非限制性实例,化合物 1结晶形式I和化合物1结晶形式A两者在25℃或40℃下都不吸湿。作为另一非限制性实例,化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A 两者在60℃/75%相对湿度(开放)下化学和光学稳定至少8周。作为另一非限制性实例,化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A两者在 80℃(封闭)下化学和光学稳定至少八周。
本公开的一些实施方案涉及化合物1和/或其互变异构体的固体形式,其中固体形式的至少特定重量百分比是结晶。在一些实施方案中,化合物1和/或其互变异构体的固体形式基本上是结晶。化合物1 的结晶或基本上结晶形式的非限制性实例包括化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A。本公开的一些实施方案还涉及化合物1和/或其互变异构体的固体形式,其中固体形式的至少特定重量百分比是结晶,不包括来自固体形式的特定重量百分比的一种或多种指定结晶形式。特定重量百分比包括10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、 75%、80%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%、99%、99.5%和99.9%。当固体形式的特定重量百分比是结晶时,其余的固体形式是化合物1和/或其互变异构体的无定形形式。
本公开的其它实施方案涉及结晶形式或基本上为结晶形式的化合物1和/或其互变异构体。结晶形式可以是结晶化合物1的特定重量百分比。特定重量百分比包括10%、20%、30%、40%、50%、60%、 70%、75%、80%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、 94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%和99.9%。当化合物1 和/或其互变异构体的特定重量百分比是指定结晶形式时,化合物1 的其余部分是化合物1的无定形形式和除指定结晶形式之外的化合物1的一种或多种结晶形式的一些组合。在一些实施方案中,化合物 1和/或其互变异构体的固体形式为至少95重量%的结晶形式。在一些实施方案中,化合物1和/或其互变异构体的固体形式为至少90重量%的结晶形式。在一些实施方案中,化合物1和/或其互变异构体的固体形式为至少85重量%的结晶形式。在一些实施方案中,化合物1 和/或其互变异构体的固体形式为至少80重量%的结晶形式。
在对化合物1的固体形式的以下描述中,可关于通过本文讨论的一种或多种性质表征的化合物1和/或其互变异构体的特定结晶形式对本公开的实施方案进行描述。表征结晶形式的描述也可用于描述可存在于化合物1的结晶形式中的不同结晶形式的混合物。然而,也可用如本文所述的多晶型物的一种或多种特征来表征化合物1的特定结晶形式,与涉及特定结晶形式有关或无关。
为了分析特定的晶体形式,通常使用X射线粉末衍射(XRPD)晶体学分析。在整个说明书和权利要求中,当使用以2θ角给出的一个或多个XRPD特征峰来鉴定化合物1和/或其互变异构体的结晶形式时,每个2θ值理解为意指给定值±0.2度。应注意的是,取决于样品的粉碎状态,XRPD值(尤其是低角度侧的值(d值大)可能略微偏移。
在整个说明书和权利要求中,当使用以晶面间距(d)给出的一个或多个XRPD特征峰来鉴定化合物1和/或其互变异构体的结晶形式时,每个d值理解为意指给定值±0.2埃。
在整个说明书和权利要求中,当使用以ppm表示的一个或多个13C NMR特征峰来鉴定化合物1和/或其互变异构体的结晶形式时,每个ppm值理解为意指给定值±0.5ppm。
在一些实施方案中,本公开提供结晶化合物2-[(2S)-1-氮杂双环 [2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物(化合物1)和/或其互变异构体,其中化合物1具有以下结构:
在一些实施方案中,结晶化合物1的特征在于具有在4.1±0.2、8.1±0.2、12.2±0.2和16.3±0.2处以2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在其它实施方案中,结晶化合物1的特征在于具有在4.1±0.2、 8.1±0.2、12.2±0.2、16.3±0.2、17.8±0.2、26.4±0.2和27.0±0.2处以 2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。
在一些其它实施方案中,结晶化合物1的特征在于具有在21.6±0.2、10.9±0.2、7.3±0.2和5.4±0.2的晶面间距(d)处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在其它实施方案中,结晶化合物1的特征在于具有在21.6±0.2、10.9±0.2、7.3±0.2、5.4±0.2、5.0±0.2、 3.4±0.2和3.2±0.2的晶面间距(d)处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。
在一些其它实施方案中,结晶化合物1的特征在于包括在159.7±0.5、158.4±0.5、145.1±0.5、140.6±0.5、135.5±0.5、121.2±0.5、 114.5±0.5、60.4±0.5、53.8±0.5、46.5±0.5和14.5±0.5处以ppm 表示的特征峰的固态13C NMR图。
在一些实施方案中,结晶化合物1是化合物1结晶形式I。图1 显示了化合物1结晶形式I的X射线粉末衍射(XRPD)图。
在一些实施方案中,形式I的特征在于具有在15.2±0.2、17.8± 0.2和27.6±0.2处以2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式I的特征在于具有在4.1±0.2、8.1±0.2、12.2±0.2、 15.2±0.2、16.3±0.2、17.8±0.2和27.6±0.2处以2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式I的特征在于具有在4.1±0.2、8.1±0.2、12.2±0.2、15.2±0.2、16.3±0.2、17.8±0.2、19.0 ±0.2和27.6土0.2处以2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式I的特征在于具有在4.1±0.2、8.1±0.2、12.2 ±0.2、15.2±0.2、16.3±0.2、17.8±0.2、19.0±0.2、20.4±0.2、26.4 ±0.2、27.0±0.2、27.6±0.2和30.4±0.2处以2θ度表示的特征峰的X 射线粉末衍射图。
在一些实施方案中,形式1的特征在于具有在5.8±0.2、5.0±0.2 和3.2±0.2的晶面间距(d)处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式1的特征在于具有在21.6±0.2、10.9±0.2、 7.3±0.2、5.8±0.2、5.4±0.2、5.0±0.2和3.2±0.2的晶面间距(d)处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式1 的特征在于具有在21.6±0.2、10.9±0.2、7.3±0.2、5.8±0.2、5.4±0.2、 5.0±0.2、4.3±0.2、3.4±0.2、3.3±0.2、3.2±0.2和2.9±0.2的晶面间距(d)处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。
在一些实施方案中,形式1的特征在于基本如图1描绘的X射线粉末衍射图。
图2示出化合物1结晶形式I的13C ssNMR谱。
在一些实施方案中,形式I的特征在于包括在32.2+0.5、30.2+ 0.5、29.3+0.5、28.2+0.5、25.3+0.5和24.8+0.5处以ppm表示的特征峰的固态13C NMR图。在一些实施方案中,形式I的特征在于包括在159.7±0.5、158.4±0.5、145.1±0.5、144.8±0.5、140.6±0.5、 135.7±0.5、135.3±0.5、121.2±0.5、114.7±0.5、114.5±0.5、60.4± 0.5、53.8±0.5、46.5±0.5、32.2±0.5、30.2±0.5、29.3±0.5、28.2± 0.5、25.3±0.5、24.8±0.5和14.5±0.5处以ppm表示的特征峰的固态13C NMR图。
在一些实施方案中,形式I的特征在于基本如图2所示的固态13C NMR图。
图8示出省略了氢原子的化合物1结晶形式I晶体结构的ORTEP 图。
在一些实施方案中,形式I的特征在于无色晶体。在一些实施方案中,形式I的特征在于棱晶。在一些实施方案中,形式I的特征在于单斜晶系。在一些实施方案中,形式I的特征在于P21(4号)空间基团。在一些实施方案中,形式I的特征在于单晶晶格参数: β=117.207(2)°和 在一些其它实施方案中,形式I的特征在于实施例14中列出的任何晶体学参数。
在一些实施方案中,形式I的特征在于基本如图8所描绘的省略了氢原子的ORTEP图。
在一些实施方案中,形式I的特征在于包括特征峰17.4±0.4cm-1和大约11cm-1作为肩峰的低频拉曼光谱。
在一些实施方案中,形式I在60℃下在水/DMSO中的溶解度基本如图7中所描绘。
在一些实施方案中,形式I在25℃不吸湿。在一些实施方案中,形式I在40℃不吸湿。在一些实施方案中,形式I在25℃至40℃范围的温度下不吸湿。
在一些实施方案中,形式I在80℃(封闭环境)下化学和光学稳定至少8周。在一些实施方案中,形式I在60℃/75%相对湿度(开放环境)下化学和光学稳定至少8周。
在一些实施方案中,结晶化合物1是化合物1结晶形式A.
图3显示了化合物1结晶形式A的X射线粉末衍射(XRPD)图。
在一些实施方案中,形式A的特征在于具有在17.6±0.2、18.2± 0.2、19.7±0.2处以2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式A的特征在于具有在4.1±0.2、8.1±0.2、12.2±0.2、 16.3±0.2、17.6±0.2、18.2±0.2和19.7±0.2处以2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式A的特征在于具有在4.1±0.2、8.1±0.2、12.2±0.2、16.3±0.2、17.6±0.2、18.2±0.2、 19.7±0.2、26.5±0.2、27.1±0.2和29.9±0.2处以2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式A的特征在于具有在4.1±0.2、8.1±0.2、12.2±0.2、16.3±0.2、17.6±0.2、18.2±0.2、 19.7±0.2、24.1±0.2、26.5±0.2、27.1±0.2和29.9±0.2处以2θ度表示的特征峰的X射线粉末衍射图。
在一些实施方案中,形式A的特征在于具有在5.1±0.2、4.9±0.2 和4.5±0.2的晶面间距(d)处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式A的特征在于具有在21.5±0.2、10.9±0.2、 7.3±0.2、5.5±0.2、5.1±0.2、4.9±0.2和4.5±0.2的晶面间距(d) 处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式A的特征在于具有在21.5±0.2、10.9±0.2、7.3±0.2、5.5±0.2、 5.1±0.2、4.9±0.2、4.5±0.2、3.4±0.2、3.3±0.2和3.0±0.2的晶面间距(d)处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。在一些实施方案中,形式A的特征在于具有在21.5±0.2、10.9±0.2、7.3±0.2、5.5± 0.2、5.1±0.2、4.9±0.2、4.5±0.2、3.7±0.2、3.4±0.2、3.3±0.2和 3.0±0.2的晶面间距(d)处以埃表示的特征峰的X射线粉末衍射图。
在一些实施方案中,形式A的特征在于基本如图3所描绘的X 射线粉末衍射图。
图4示出化合物1晶体形式A的13C ssNMR谱。
在一些实施方案中,形式A的特征在于包括在32.1±0.5、30.8± 0.5、28.8±0.5和25.2±0.5处以ppm表示的特征峰的固态13C NMR 图。在一些实施方案中,形式A的特征在于包括在159.7±0.5、158.5 ±0.5、144.8±0.5、140.6±0.5、135.6±0.5、121.0±0.5、114.6±0.5、 60.3±0.5、53.4±0.5、46.6±0.5、32.1±0.5、30.8±0.5、28.8±0.5、 25.2±0.5和14.5±0.5处以ppm表示的特征峰的固态13C NMR图。
在一些实施方案中,形式A的特征在于基本如图4所描绘的固态13C NMR图。
图9示出省略了氢原子的化合物1晶体形式A晶体结构的 ORTEP图。
在一些实施方案中,形式A的特征在于无色晶体。在一些实施方案中,形式A的特征在于片状晶体。在一些实施方案中,形式A 的特征在于单斜晶系。在一些实施方案中,形式A的特征在于C2(5 号)空间基团。在一些实施方案中,形式A的特征在于晶格参数: β=95.26(1)°;和 在一些其它实施方案中,形式A的特征在于实施例14 中列出的任何晶体学参数。
在一些实施方案中,形式A的特征在于基本如图9所描绘的省略了氢原子的ORTEP图。
在一些实施方案中,形式A的特征在于包括在15.6±0.4cm-1处的特征峰的低频拉曼光谱。
在一些实施方案中,形式A在60℃下在水/DMSO中的溶解度基本如图7中所描绘。
在一些实施方案中,形式A在25℃下不吸湿。在一些实施方案中,形式A在40℃下不吸湿。在一些实施方案中,形式A在25℃至 40℃范围的温度下不吸湿。
在一些实施方案中,形式A在80℃(封闭环境)下化学和光学稳定至少8周。在一些实施方案中,形式A在60℃/75%相对湿度(开放环境)下化学和光学稳定至少8周。
在一些实施方案中,结晶化合物1是化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A的混合物。
使用方法和药物组合物
化合物1和/或其互变异构体及其结晶形式可用作预防或治疗癌症的药剂。因此,化合物1可用于抑制哺乳动物(例如小鼠、大鼠、仓鼠、兔、猫、狗、牛、羊、猴、人)的过度或异常Cdc7作用。
在一些实施方案中,本公开提供包含结晶2-[(2S)-1-氮杂双环 [2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮半水合物(化合物1)和/或其互变异构体的药物组合物,其中化合物1 具有以下结构:
在一些实施方案中,本公开提供了包含化合物1结晶形式I的药物组合物。在一些实施方案中,本公开提供了包含化合物1结晶形式 A的药物组合物。在一些实施方案中,本公开提供了包含化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A的混合物的药物组合物。
在一些实施方案中,本公开提供了抑制哺乳动物的细胞分裂周期蛋白7的方法,其包括施用有效量的结晶化合物1和/或其互变异构体或包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物。
在一些实施方案中,本公开提供了用于治疗哺乳动物的癌症的方法,其中所述癌症由细胞分裂周期蛋白7介导,所述方法包括施用有效量的结晶化合物1和/或其互变异构体或包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物。
在一些实施方案中,结晶化合物1和/或其互变异构体或包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物可用于治疗癌症。癌症的非限制性实例包括结直肠癌(例如结肠直肠癌、直肠癌、肛门癌、家族性结肠直肠癌、遗传性非息肉病结肠直肠癌、胃肠道间质瘤)、肺癌(例如非小细胞肺癌、小细胞肺癌、恶性间皮瘤)、间皮瘤、胰腺癌(例如胰管癌、胰腺内分泌肿瘤)、咽癌、喉癌、食道癌、胃癌(例如乳头状腺癌、粘液腺癌、腺鳞癌)、十二指肠癌、小肠癌、乳腺癌(例如浸润性导管内癌、非浸润性导管内癌、炎性乳腺癌)、卵巢癌(例如卵巢上皮癌、性腺外生殖细胞瘤、卵巢生殖细胞瘤、卵巢低度恶性潜在肿瘤)、睾丸肿瘤、前列腺癌(例如激素依赖性前列腺癌、非激素依赖性前列腺癌)、肝癌(例如肝细胞癌、原发性肝癌、肝外胆管癌)、甲状腺癌(例如甲状腺髓样癌)、肾癌(例如肾细胞癌、肾盂和尿道移行细胞癌)、子宫癌(例如子宫颈癌、子宫体癌、子宫肉瘤)、脑肿瘤(例如髓母细胞瘤、神经胶质瘤、松果体星形细胞瘤、毛细胞星形细胞瘤、弥漫性星形细胞瘤、间变性星形细胞瘤、垂体腺瘤)、成视网膜细胞瘤、皮肤癌(例如基底细胞瘤、恶性黑素瘤)、肉瘤(例如横纹肌肉瘤、平滑肌肉瘤、软组织肉瘤)、恶性骨肿瘤、尿膀胱癌、血液癌(例如多发性骨髓瘤、白血病、恶性淋巴瘤、霍奇金氏病、慢性骨髓增殖性疾病)、未知原发癌]、癌症生长抑制剂、癌症转移抑制剂、凋亡促进剂等。
在一些实施方案中,结晶化合物1和/或其互变异构体或包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物可用于治疗血液癌症、乳腺癌、结直肠癌、肺癌、胰腺癌等。
可以口服施用结晶化合物1和/或其互变异构体或包含化合物1 的结晶形式和/或其互变异构体的药物组合物。
在一些实施方案中,将包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物配制成口服剂型。在一些其它实施方案中,包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物经口服施用。
本公开的药物组合物的口服剂型的实例包括口服制剂如胶囊。
在一些实施方案中,药物组合物包含化合物1结晶形式I。
在一些实施方案中,药物组合物包含化合物1结晶形式A。
在一些实施方案中,药物组合物包含化合物1结晶形式I或化合物1结晶形式A并且还包含填充剂。在一些实施方案中,所述填充剂是甘露糖醇或乳糖。在一些实施方案中,所述填充剂以药物组合物的49至90重量%范围的量存在。
在一些实施方案中,药物组合物包含化合物1结晶形式I或化合物1结晶形式A并且还包含助流剂。在一些实施方案中,所述助流剂为胶体二氧化硅。在一些实施方案中,所述助流剂以药物组合物的 1至4重量%范围的量存在。
在一些实施方案中,药物组合物包含化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A的混合物。
在一些实施方案中,本公开的药物组合物包含结晶化合物1和/ 或其互变异构体和至少一种选自甘露糖醇和乳糖的填充剂。
在一些实施方案中,本公开的药物组合物包含结晶化合物1和/ 或其互变异构体和甘露糖醇,其中甘露糖醇以药物组合物的49至90 重量%范围的量存在。
在一些实施方案中,本公开的药物组合物包含结晶化合物1和/ 或其互变异构体和乳糖,其中乳糖以药物组合物的49至90重量%范围的量存在。
在任何上述实施方案中,包含结晶化合物1和/或其互变异构体的本公开的药物组合物还包含胶体二氧化硅。在一些实施方案中,胶体二氧化硅以药物组合物的1至4重量%范围的量存在。
在一些实施方案中,包含结晶化合物1和/或其互变异构体的药物组合物呈胶囊形式。
在一些实施方案中,所述胶囊还包含至少一种填充剂和至少一种助流剂。在一些实施方案中,所述填充剂是甘露糖醇。在一些实施方案中,所述助流剂为胶体二氧化硅。
在一些实施方案中,包含结晶化合物1和/或其互变异构体的呈胶囊形式的药物组合物包含相对于胶囊重量(不包括胶囊壳)的5至15 重量%的化合物1和/或其互变异构体的结晶形式、85至95重量%的填充剂和0.5至2%的助流剂。在一些实施方案中,所述填充剂是甘露糖醇。在一些实施方案中,助流剂为胶体二氧化硅。在一些实施方案中,相对于胶囊的总重量,胶囊壳包含20至30重量%。
在一些实施方案中,结晶形式是化合物1结晶形式I。在一些实施方案中,结晶形式是化合物1结晶形式A。在一些实施方案中,结晶形式是化合物1结晶形式A和化合物1结晶形式I的混合物。
虽然本公开的药物组合物中结晶化合物1和/或其互变异构体的量根据药物组合物的形式而变化,但其相对于整个药物组合物的重量,通常以0.01至99.9重量%,例如2至85重量%,例如5至70 重量%存在。
虽然本公开的药物组合物中添加剂的量根据药物组合物的形式而变化,但其相对于整个药物组合物的重量通常以1至99.9重量%,例如10至90重量%范围的量存在。
本公开的结晶形式稳定且毒性低,可安全使用。虽然日剂量取决于哺乳动物的病状和体重而变化,但是在例如本公开的结晶形式的情况下,可以以本文所述的药物组合物的形式向哺乳动物口服施用以治疗癌症。在一些实施方案中,对成人施用的剂量(体重约60kg)每天口服一次或两次30mg。
一般合成方法:
由于结晶形式的接近相对溶解度,制备本文所述结晶形式的方法的发现特别具有挑战性。事实上,本公开的稳健和一致的制造工艺的发展需要对化合物的结晶行为和相关的热力学有透彻的理解。一方面,化合物1结晶形式I通过包括以下步骤的方法获得:从包含DMSO 和至少一种选自水、乙腈和丙酮的其它溶剂的混合物中重结晶化合物 1和/或其互变异构体的粗制剂。
在一些实施方案中,混合物包含DMSO和水。在一些实施方案中,混合物包含10∶1至12∶1 DMSO∶水的体积比。在一些实施方案中, DMSO以9.6至10.6mL DMSO/g化合物1范围的量存在。在一些实施方案中,相对于DMSO和水的总量,水的浓度在0至8重量%的范围内。
在一些实施方案中,混合物包含DMSO和丙酮。在一些实施方案中,混合物包含10∶1DMSO∶丙酮的体积比。在一些实施方案中,混合物包含DMSO、丙酮和水。在一些实施方案中,混合物包含2.4∶1∶1 DMSO∶丙酮∶水的体积比。
另一方面,化合物1结晶形式I通过包括使化合物1结晶形式A 或化合物1结晶形式A与化合物1结晶形式I的混合物在含有DMSO 和水的混合物中浆化的方法获得。
在一些实施方案中,浆液以约300rpm搅拌。在一些实施方案中,将浆液加热至55℃至65℃范围的温度。在一些实施方案中,浆液搅拌约12至26小时范围的时间段。在一些实施方案中,将包含化合物 1结晶形式A和包含DMSO和水的混合物的浆液通过湿磨机循环。
在本公开的另一方面,化合物1结晶形式A通过包括以下步骤的方法获得:从包含DMSO、乙醇和水的混合物中重结晶化合物1 的粗制剂。
在一些实施方案中,混合物包含1.6∶1∶3.5 DMSO∶乙醇∶水的体积比。
在另一方面,化合物1结晶形式A通过包括以下步骤的方法获得:将化合物1的粗制剂从包含至少一种选自甲醇、乙醇、异丙醇、丙酮、乙酸乙酯、乙腈或者甲苯的溶剂的溶液中重结晶。
在另一方面,化合物1结晶形式A通过包括以下步骤的方法获得:将化合物1的粗制剂从包含水和至少一种选自甲醇、乙醇、异丙醇、四氢呋喃和三氟乙醇的溶剂的混合物中重结晶。
在另一方面,化合物1结晶形式A通过包括以下步骤的方法获得:将化合物1的粗制剂从包含水和乙醇的混合物中重结晶。
在另一方面,化合物1结晶形式A通过包括以下步骤的方法获得:将化合物1的粗制剂从包含庚烷和至少一种选自甲醇、乙醇、异丙醇或丁-2-酮的溶剂的混合物中重结晶。
在另一方面,化合物1结晶形式A通过包括以下步骤的方法获得:将化合物1的粗制剂从包含二异丙醚和至少一种选自甲醇、乙醇、异丙醇或丁-2-酮的溶剂的混合物中重结晶。
另一方面,本公开提供了用于制备本文公开的几个实施方案中的任一方案的化合物的方法,其中所述方法包括:
(i)(A1-1a)将化合物1在DMSO中混合以形成溶液并将所述溶液加热至50℃至60℃范围内的温度;
(ii)(A1-1b)任选地过滤所述溶液;
(iii)(A1-2)向所述溶液中添加预热至范围为50℃至60℃的温度的水以形成混合物,同时保持所述混合物的内部温度在50℃至60℃的范围内;
(iv)(A1-3)将来自步骤(A1-2)的所述混合物用化合物1结晶形式I 的晶种接种以形成第一接种混合物;
(v)(A1-4)向所述第一接种混合物中添加预热至范围为50℃至 60℃的温度的水以形成第二接种混合物,同时保持所述第二接种混合物的内部温度在50℃至60℃的范围内并在范围为50℃至60℃的温度下搅拌所述第二接种混合物;
(vi)(A1-4)将步骤(A1-4)产生的所述第二接种混合物老化以提供所述化合物1结晶形式I。
在一些实施方案中,步骤(A1-1a)至(A1-4)中任一步骤中存在的溶剂的总量范围为9.6至10.6mL溶剂/g化合物1,其中所述溶剂包含 DMSO和水。
在一些实施方案中,步骤(A1-1a)至(A1-4)中任一步骤中存在的水的浓度相对于水和DMSO的总量为0至8重量%范围。
在一些实施方案中,步骤(A1-3)中水的浓度相对于水和DMSO的总量为3.5至4.3重量%范围。
在一些实施方案中,步骤(A1-3)的晶种的粒度分布的特征在于2 至6μm范围的D10、9至32μm范围的D50或32至62μm范围的D90。
在一些实施方案中,步骤(A1-3)中添加的晶种的量相对于化合物 1的总量为0.5至1.0重量%范围。
实施例
缩写
DMF 二甲基甲酰胺
DSC 差示扫描量热法
DMSO 二甲基亚砜
EtOAc 乙酸乙酯
EtOH 乙醇
IPE 异丙醚
MeOH 甲醇
MEK 甲基乙基酮
THF 四氢呋喃
TMS 四甲基硅烷
HRMS 高分辨率质谱
%ee 对映异构体过量%
hr 小时
min 分钟
m/z 质荷比
MS 质谱
NMR 核磁共振
RP LC-MS 反相液相色谱-质谱法
RT 室温
XRPD X射线粉末衍射
s 单峰
t 三重峰
m 多重峰
br 宽峰
J 耦合常数
rpm 每分钟转数
% 重量百分比(除非另有说明)
在此,丁-2-酮也称为甲基乙基酮(缩写为MEK)。
在以下实施例中,除非另有说明,否则所示混合溶剂体系的比例是体积比。另外,除非另有说明,%表示重量%。
一般方法
质于核磁关振(1H-NMR)。质子(1H)核磁共振谱在Varian Mercury 300光谱仪上在DMSO-d6中在600MHz下获得。
固态碳-13核磁共振(13C ssNMR)。固态碳-13(13C)核磁共振谱在配备有4mm H-F/X双共振探针CPMAS探针的Bruker Avance III500 MHz光谱仪上记录。使用12.5kHz的质子/碳-13交叉极化以700ms 的接触时间、10s的弛豫延迟和100kHz的SPINAL64解耦收集光谱。在傅里叶变换(Fourier Transformation)之前应用10Hz的谱线展宽。 TMS用作用于校准化学位移的内标。在TMS规模上使用甘氨酸的羰基碳(176.70ppm)作为次要参考物报告了化学位移。
X射线粉末衍射(XRPD)。使用具有40kV和40mA的Cu Kα辐射的Bruker AXSD8Advance X射线衍射仪收集X射线粉末衍射(XRPD) 图。将大约100mg样品轻轻压平在直径为50mm的VeroWhitePlus 样品架的中心以进行粉末衍射分析。使用步长为0.025°2θ和每步0.4 秒的数据收集时间的2θ/θ锁定耦合角,以2.9°至35°2θ的连续扫描运行样品。样品运行在环境条件下进行,并且所有数据分析均使用 EVA 9.0版软件进行。
在一些实验中,使用具有在50mA和40kV产生的Cu-Kα辐射的Rigaku Ultima IV(Rigaku,Tokyo,Japan)收集X射线粉末衍射图。将样品置于室温下的硅片上。以0.02°的步长和6°/min的扫描速度从2°至35°(2θ)收集数据。
水含量。使用卡尔费休水分计(Karl Fischer moisture meter) (HiranumaMoisture Meter AQ-7,Hiranuma Sangyo Co.,Ltd.的产品)测定水含量
单晶X射线衍射。X射线衍射数据在具有石墨单色化Cu-Kα辐射的Rigaku R-AXISRAPID(Rigaku,Tokyo,Japan)上记录。数据收集在25℃下进行。通过直接方法解析晶体结构,并使用全矩阵最小二乘法程序细化。非氢原子被各向异性地细化,并且氢原子被几何定位并且使用骑式模型(riding model)细化。除了使用SHELXL-97进行的直接解析和细化计算之外,所有计算均使用晶体结构晶体学软件包 (Rigaku,Tokyo,Japan)进行。堆积图是使用Mercury生成的。
拉曼光谱。使用配备有SureBlock TRUMICRO模块(Ondax Inc., Monrovia,CAUSA)的RXN1系统和空气冷却的CCD检测器(Kaiser Optical Systems,Inc.,Ann Arbor,MI,USA)在976nm激发激光的情况下收集低频拉曼光谱。使用具有10秒曝光的10倍物镜收集数据。拉曼位移用硫进行校准。
实施例1.化合物1结晶形式A从各种溶液中重结晶
在各种溶剂条件下研究化合物1结晶形式A的重结晶。如表1 所示,将化合物1结晶形式A溶于12种溶剂中。添加水、庚烷或IPE 中的一种作为抗溶剂以保持饱和状态。在庚烷中重结晶,逐渐冷却后得到足够量的固体用于分析。XRPD和TGA/DSC分析表明从MEK 或THF/IPE获得的固体是无定形的(表1)。通过XRPD和TGA/DSC 分析将从THF、三氟乙醇、THF/庚烷、氯仿/庚烷、氯仿/IPE和三氟乙醇/IPE获得的晶体表征为溶剂合物。基于XRPD分析,从所有其他溶剂获得的晶体被确认为化合物1结晶形式A。
使用具有在50mA和40kV产生的Cu-Kα辐射的Rigaku Ultima IV (Rigaku,Tokyo,Japan)收集X射线粉末衍射图。将样品置于室温下的硅片上。以0.02°的步长和6°/min的扫描速度从2°至35°(2θ)收集数据。
表1.重结晶研究概述
a)由于低溶解度而未执行。b)缓慢冷却后不能获得。c)糊状残留物。
实施例2.使用DMSO/乙醇/水制备化合物1结晶形式A
根据美国专利号8,722,660 B2的实施例178中所述的方法获得粗化合物1。将粗化合物1(300g)悬浮于DMSO(1560mL)和乙醇(930mL) 中。然后通过加热至75℃至85℃将悬浮液溶解。确认溶解后,进行除尘过滤,并将残留物用DMSO(1040mL)和乙醇(620mL)的混合溶液洗涤。将除尘过滤后的滤液和洗涤液在75℃至85℃下合并并搅拌。确认无沉淀后,在相同温度下滴加水(5580mL)1小时或更长时间。滴加后,将混合物在相同温度下搅拌1小时或更长时间。在确认晶体沉淀后,使混合物冷却到20℃至30℃并搅拌2小时或更长时间。搅拌后,通过过滤收集晶体,并依次用水(3000mL)和丙酮(1500mL)洗涤,得到湿晶体。将所获得的湿晶体在60℃下减压干燥得到呈晶体的化合物1(化合物1结晶形式A,207.3g,产率69.1%)。将得到的化合物 1结晶形式A晶体(193.3g)用喷磨机粉碎,得到结晶粉末(粉碎产物,形式A晶体,188.9g)。得到的晶体含有2.5%的水,并且特征在于在 21.5、10.9、7.3、5.4、5.0、4.9、4.5、3.7、3.4、3.3和的d值(或 d-间距)处具有特定峰的XRPD图。
1H-NMR(600MHz,DMSO-d6)δ1.39-1.48(m,2H),1.48-1.58(m, 2H),1.75(t,J=11.1Hz,1H),1.87(br s,1H),2.24-2.36(m,1H),2.46(s, 3H),2.53-2.65(m,2H),2.80-2.97(m,1H),3.07(t,J=11.3Hz,1H),3.91 (t,J=8.9Hz,1H),7.44(s,1H),8.04(br s,1H)。
C17H20N5O1.5S的分析计算值:C,58.27;H,5.75;N,19.98;O,6.85; S,9.15。实验值:C,58.22;H,5.80;N,20.03;S,9.09。
使用具有在50mA和40kV产生的Cu-Kα辐射的Rigaku Ultima IV(Rigaku,Tokyo,Japan)收集X射线粉末衍射图。将样品置于室温下的硅片上。以0.02°的步长和6°/min的扫描速度从2°至35°(2θ)收集数据。
实施例3.使用DMSO/丙酮制备化合物1结晶形式I
根据美国专利号8,722,660 B2的实施例178中所述的方法获得粗化合物1。将粗化合物1(35g)悬浮于DMSO(105mL)中。然后通过加热到70℃至80℃将悬浮液溶解。确认溶解后,进行除尘过滤,并将残留物用DMSO(70mL)洗涤。将除尘过滤后的滤液和洗涤液在70℃至80℃下合并并搅拌。确认无沉淀后,使混合物冷却至50℃至60℃。冷却后,在相同温度下滴加丙酮(1750mL)1小时或更长时间。滴加后,将混合物在相同温度下搅拌1小时或更长时间。在确认晶体沉淀后,使混合物冷却到20℃至30℃并搅拌1小时或更长时间。搅拌后,通过过滤收集晶体,并用丙酮(350mL)洗涤,得到湿晶体。将所获得的湿晶体在60℃下减压干燥°得到呈晶体的化合物1(化合物1结晶形式 I,26.5g,产率75.7%)。将得到的化合物1结晶形式I晶体(21.5g)用喷磨机粉碎,得到结晶粉末(粉碎产物,形式I晶体,18.2g)。得到的晶体含有2.6%的水,并且特征在于在21.6、10.9、7.2、5.8、5.4、5.0、 4.3、3.4、3.3、3.2和的d值(或d-间距)处具有特定峰的XRPD 图。
1H-NMR(600MHz,DMSO-d6)δ1.39-1.48(m,2H),1.48-1.59(m, 2H),1.75(t,J=11.1Hz,1H),1.87(br s,1H),2.25-2.36(m,1H),2.46(s, 3H),2.53-2.65(m,2H),2.81-2.97(m,1H),3.07(t,J=11.3Hz,1H),3.91 (t,J=8.9Hz,1H),7.44(s,1H),8.04(br s,1H)。
C17H20N5O1.5S的分析计算值:C,58.27;H,5.75;N,19.98;O,6.85; S,9.15。实验值:C,58.22;H,5.73;N,19.84;S,9.12。
使用具有在50mA和40kV产生的Cu-Kα辐射的Rigaku Ultima IV(Rigaku,Tokyo,Japan)收集X射线粉末衍射图。将样品置于室温下的硅片上。以0.02°的步长和6°/min的扫描速度从2°至35°(2θ)收集数据。
实施例3-2.使用DMSO/乙腈制备化合物1结晶形式I
根据美国专利号8,722,660 B2的实施例178中所述的方法获得粗化合物1。将粗化合物1(1g)悬浮于DMSO(5mL)中。然后通过加热到75℃至80℃使悬浮液溶解。确认溶解后,在相同温度下滴加乙腈 (50mL)1小时或更长时间。使混合物冷却到60℃至70℃并将混合物在相同温度下搅拌1小时或更长时间。在确认晶体沉淀后,使混合物冷却到20℃至30℃并搅拌1小时或更长时间。搅拌后,通过过滤收集晶体,并用乙腈(10mL)洗涤,得到湿晶体。将所获得的湿晶体在 60℃下减压干燥得到呈晶体的化合物1(化合物1结晶形式I,862mg,产率86.2%)。
实施例3-3.使用乙醇/水制备化合物1结晶形式A
根据美国专利号8,722,660 B2的实施例178中所述的方法获得粗化合物1。将粗化合物1(9.53g)悬浮于乙醇和水(100/1,v/v,400mL) 的溶液中。然后将悬浮液加热到75℃至85℃。在相同温度下缓慢添加乙醇-水(100/1,v/v,380mL)的溶液以得到溶液。将溶液冷却到 20℃至30℃并搅拌16小时。通过过滤收集晶体并用乙醇(60mL)洗涤,得到呈晶体的化合物1(化合物1结晶形式A,7.73g,产率81.1%)。得到的晶体含有2.6%的水,并且特征在于在22.1、11.0、7.3、5.5、 5.1、4.9、4.5、3.7、3.4、3.3和的d值(或d-间距)处具有特定峰的XRPD图。
1H-NMR(300MHz,DMSO-d6)δ1.37-1.61(m,4H),1.69-1.91(m, 2H),2.23-2.33(m,1H),2.46(s,3H),2.54-2.67(m,2H),2.77-2.94(m, 1H),3.00-3.14(m,1H),3.91(t,J=8.9Hz,1H),7.44(s,1H),8.03(br s, 1H),12.24(br s,1H)。
C17H20N5O1.5S的分析计算值:C,58.26;H,5.75;N,19.98。实验值:C,58.09;H,5.69;N,19.84。
实施例4.使用DMSO/丙酮/水制备化合物1结晶形式I
根据美国专利号8,722,660 B2的实施例178中所述的方法获得粗化合物1。在20℃至30℃将粗化合物1(30g)溶解于DMSO(300mL) 中。确认溶解后,进行除尘过滤,并得到滤液溶液。将残余物用DMSO(60mL)洗涤,并获得洗涤溶液。在45℃至55℃下搅拌丙酮 (150mL)和水(150mL)的混合溶液,并在相同温度下将45mL滤液溶液滴加10至30分钟。滴加后,将混合物在相同温度下搅拌10分钟。在相同温度下向混合物中滴加15mL滤液溶液3至10分钟。滴加后,将混合物在相同温度下搅拌1小时或更长时间。在确认晶体沉淀后,将剩余的滤液溶液在相同温度下滴加1至2小时。滴加后,在相同温度下滴加洗涤溶液。滴加后,将混合物在相同温度下搅拌1小时。搅拌后,使混合物冷却到20℃至30℃并搅拌1小时或更长时间。搅拌后,通过过滤收集晶体,并依次用水(150mL)和丙酮(150mL)洗涤,得到湿晶体。将获得的湿晶体在60℃下减压干燥,得到呈晶体的化合物1(化合物1结晶形式I,25.9g,产率86.3%)。
实施例5.化合物1结晶形式A/I向化合物1结晶形式I的浆液转化
将化合物1结晶形式A和化合物1结晶形式I的混合物(本文称为化合物1结晶形式A/I(5g)悬浮于DMSO(60mL)和水(5.15mL)的混合物中。然后,将悬浮液加热至55℃至65℃并搅拌12小时或更长时间。然后,通过过滤收集一部分固体。作为XRPD测量的结果,化合物1结晶形式A/I被证实转化为化合物1结晶形式I。确认转化后,将混合物在3小时内冷却到20℃至30℃,并在相同温度下搅拌1小时或更长时间。然后,通过过滤收集一部分固体。作为XRPD测量的结果,确认了鉴定晶体为化合物1结晶形式I。确认后,在20℃至30℃下将丙酮(25mL)和水(25mL)的混合物滴加30分钟或更长时间。滴加后,将混合物在相同温度下搅拌1小时或更长时间。搅拌后,通过过滤收集晶体,并依次用水(25mL)和丙酮(25mL)洗涤,得到湿晶体。将获得的湿晶体在60℃下减压干燥,得到呈晶体的化合物1(化合物1 结晶形式I,4.7g,产率94.0%)。
使用具有在50mA和40kV产生的Cu-Kα辐射的Rigaku Ultima IV(Rigaku,Tokyo,Japan)收集X射线粉末衍射图。将样品置于室温下的硅片上。以0.02°的步长和6°/min的扫描速度从2°至35°(2θ)收集数据。
实施例6.各种浓度和水含量下的化合物1晶体形式
为了研究(i)化合物1浓度和(ii)水含量对化合物1结晶形式的影响,进行以下筛选。
将化合物1结晶形式A在80℃下完全溶于5mL DMSO/g化合物 1结晶形式A中,并通过0.22μm孔的膜过滤器过滤。然后,将所得溶液的一部分用DMSO稀释4/3、2或3倍。在55℃下将化合物1溶液添加含有不同百分比水的丙酮中。将溶液在55℃下孵育1小时并在300rpm下搅拌,同时以3℃/小时冷却至25℃。从每种溶液中收获沉淀,并通过XRPD分析研究沉淀的晶体形式。使用具有在50mA和 40kV产生的Cu-Kα辐射的Rigaku Ultima IV(Rigaku,Tokyo,Japan) 收集X射线粉末衍射图。将样品置于室温下的硅片上。以0.02°的步长和6°/min的扫描速度从2°至35°(2θ)收集数据。结果示于表2。
表2.在各种浓度和水含量下的晶体形式
A:获得化合物1结晶形式A晶体。
I:获得化合物1结晶形式I晶体。
A+I:获得化合物1结晶形式A和化合物1结晶形式I的混合物。
S:没有固体沉淀。
该结果证明,在化合物1的高浓度下(即18.2g/L),纯化合物1 结晶形式I不会结晶,除非在DMSO溶液添加之前丙酮中的水含量低(即小于0.7%v/v)。
基于筛选结果确定用于进一步优化研究以获得化合物1结晶形式I的适合水含量。然后,在50℃下以不同添加速度将化合物1的 DMSO溶液(10mL DMSO/g化合物1)滴加到丙酮和水的混合物(10mL 丙酮/水/g化合物1)中。基于下表3中显示的结果,化合物1在DMSO 溶液中的加入速度在整个加入过程中应当缓慢以获得化合物1结晶形式I。在这些条件下,快速添加有利于形成化合物1结晶形式A。
表3.使用各种加入程序获得化合物1的晶体形式
*形式A/I表示化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A的混合物
实施例7.将化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A在200 mM磷酸盐缓冲液(pH6.8)中的溶解度。
将约2mg在实施例2中制备的化合物1结晶形式A或在实施例 3-2中制备的化合物1结晶形式I和2mL的200mM磷酸盐缓冲液 (pH6.8)添加到玻璃试管中。将试管剧烈摇动,并在10℃、20℃、30℃或40℃下孵育20小时。孵育后,离心悬浮液,并将上清液通过0.22μm 孔的膜过滤器过滤。将滤液溶液用50mM高氯酸钠缓冲液(pH 2.5)/ 乙腈(1/1,v/v)稀释2倍。通过HPLC测定浓度。结果示于表4。
表4.化合物1结晶形式I和化合物1结晶形式A在200mM磷酸盐缓冲液(pH6.8)中的溶解度。
实施例8.化合物1结晶形式I的重结晶
将化合物1结晶形式I(9.5kg,97.1%ee)溶解于DMSO(85.5L, 9.0mL DMSO/g化合物1)中。将该溶液加热至60℃。精密过滤(polish filtered)反应混合物,同时保持大约60℃的混合物温度。将转移管线用DMSO(6.7L,0.7mL DMSO/g化合物1)冲洗。将化合物1溶液和冲洗溶液合并。然后将化合物1溶液加热至60℃。在1小时内将预热的60℃水(4.0L,0.43mL水/g化合物1)添加到化合物1溶液中,同时保持内部温度为60℃。向反应混合物中装入化合物1结晶形式 I(106.0g,1.1重量%)晶种。将反应混合物在60℃下搅拌1小时。在3 小时内将预热的60℃水(3.9L,0.41mL水/g化合物1)添加到化合物1 悬浮液中,同时保持60℃的批料温度。加完水后,将浆液在60℃下搅拌至少4.5小时。从浆液中取出样品并过滤以获得晶体。通过XRPD 分析晶体。如果样品晶体并非所有化合物1结晶形式I,则继续搅拌。取样然后每6小时分析一次,直至通过XRPD未在样品晶体中检测到化合物1结晶形式A。使反应物在5小时内冷却至25℃。过滤固体并用每g固体3mL 2∶1/丙酮∶水(28.5L)洗涤两次。将固体在60℃下真空干燥18小时,得到7.3kg(76.8%产率)所需产物。获得呈白色固体的所需产物。HPLC显示所获得的产物>99%纯度且手性HPLC显示 99.1%ee。通过XRPD分析证实获得的产物是化合物1结晶形式I。
使用具有40kV和40mA的Cu Kα辐射的Bruker AXS D8Advance X射线衍射仪收集X射线粉末衍射(XRPD)图。将大约100mg样品轻轻压平在直径为50mm的VeroWhitePlus样品架的中心以进行粉末衍射分析。使用步长为0.025°2θ和每步0.4秒的数据收集时间的2θ/θ锁定耦合角,以2.9°至35°2θ的连续扫描运行样品。样品运行在环境条件下进行,并且所有数据分析均使用EVA 9.0版软件进行。
实施例9.化合物1结晶形式A/I的浆液转化以获得化合物1结晶形式I
将DMSO(240mL,3380mmol,12mL DMSO/g化合物1结晶形式A/I)和水(20.6mL,1140mmol,1mL水/g化合物1结晶形式A/I)添加到500mL OptiMax反应器。然后将化合物1结晶形式A/I(20.00g, 58.58mmol)添加到反应器中。将所得浆液以300rpm搅拌并加热至 60℃。搅拌26小时后,取出浆液样品,趁热过滤,并用最少量的1:1 丙酮:水洗涤,得到大约100mg固体,提交其进行XRPD分析并发现其为化合物1结晶形式I。在6小时内将散浆液冷却至22℃,并在22℃下搅拌过夜。在早上,将浆液过滤并用60mL的2∶1丙酮:水洗涤两次。将滤饼在45℃下真空干燥72小时。大块干燥固体的XRPD显示它是化合物1结晶形式I。
使用具有40kV和40mA的Cu Kα辐射的Bruker AXS D8 Advance X射线衍射仪收集X射线粉末衍射(XRPD)图。将大约100 mg样品轻轻压平在直径为50mm的VeroWhitePlus样品架的中心以进行粉末衍射分析。使用步长为0.025°2θ和每步0.4秒的数据收集时间的2θ/θ锁定耦合角,以2.9°至35°2θ的连续扫描运行样品。样品运行在环境条件下进行,并且所有数据分析均使用EVA 9.0版软件进行。
实施例10.用湿法研磨对化合物1结晶形式A/I进行浆液转化以获得化合物1结晶形式I
将DMSO(240mL,3380mmol,12mL DMSO/g化合物1结晶形式A/I)和水(20.6mL,1140mmol,1mL水/g化合物1结晶形式A/I) 添加到附接至再循环IKA实验室规模转子-定子湿磨机的500mL OptiMax反应器。然后将化合物1结晶形式A/I(20.00g,58.58mmol) 添加到反应器中。将所得浆液通过湿磨机(设定为10,000rpm)循环1 分钟。然后将浆液一次通过湿磨机并转移回OptiMax反应器。然后将浆液加热至60℃。在60℃下搅拌17.5小时后,取出浆液样品,趁热过滤,并用最少量的1∶1丙酮∶水洗涤,得到大约100mg固体,提交其进行XRPD分析并发现其为化合物1结晶形式I。在6小时内将浆液冷却至22℃,并在22℃下搅拌过夜。在早上,将浆液过滤并用60mL 的2∶1丙酮∶水洗涤两次。将滤饼在45℃下真空干燥72小时。大块干燥固体的XRPD分析显示它是化合物1结晶形式I。
使用具有40kV和40mA的Cu Kα辐射的Bruker AXS D8Advance X射线衍射仪收集X射线粉末衍射(XRPD)图。将大约100mg样品轻轻压平在直径为50mm的VeroWhitePlus样品架的中心以进行粉末衍射分析。使用步长为0.025°2θ和每步0.4秒的数据收集时间的2θ/θ锁定耦合角,以2.9°至35°2θ的连续扫描运行样品。样品运行在环境条件下进行,并且所有数据分析均使用EVA 9.0版软件进行。
实施例11.化合物1结晶形式I和化合物I结晶形式A在60℃下在水/DMSO中的溶出
将具有已知水含量的DMSO/水溶液添加到玻璃瓶中并加热至 60℃。将化合物1结晶形式I或化合物1结晶形式A的晶体添加到小瓶直至获得悬浮液。将该悬浮液经由磁力搅拌搅拌并在60℃下孵育 24小时。孵育后,将悬浮液在60℃下过滤。对10μL滤液取样并用990μL乙腈/水(1/1,v/v)稀释。通过HPLC测定化合物1的样品浓度。在60℃下,化合物1结晶形式I在水/DMSO中的溶解度低于化合物 1结晶形式A在水/DMSO中的溶解度(图7)。实验溶解度结果在下表 5和6中概述。
表5化合物1结晶形式I在60℃下在水/DMSO中的溶解度
表6化合物1结晶形式A在60℃下在水/DMSO中的溶解度
实施例12.筛选包含化合物1结晶形式I的药物组合物的填充剂
评价以下填充剂与化合物1结晶形式I的相容性:
·乳糖(FlowLac[Mutchler,Inc;Harrington Park,NJ,USA])
·甘露糖醇(Pearlitol[Roquette America,Inc;Geneva,IL, USA])
·淀粉1500(StarCap[Colorcon,Inc;Harleysville,PA,USA])
·无水磷酸二钙(A-[Innophos,Inc;Cranbury,NJ,USA])
由于化合物1差向异构化在酸存在下催化,因此在评价的共混物中包含10%L-谷氨酸以促进稳定性指示测定的开发。表7中描述了用于研究的制剂组合物。为了评价稳定性,将共混物在60℃/75%RH的加速条件下储存两周。在稳定性指示测定中使用不含填充剂但含等量酸的共混物作为对照。相容性研究结果示于表8。
表7.用于填充剂筛选的共混物的组成
MCC=微晶纤维素.
表8.填充剂研究的加速稳定性结果
MCC=微晶纤维素;NT=未测试。
MCC PH101和磷酸二钙在1周时表现出更高的手性杂质增加,并在2周时未测试。甘露糖醇、乳糖和淀粉在2周时表现出可接受的手性杂质的增加。
实施例13.化合物1结晶形式I的胶囊制剂的制备
为了制备化合物1结晶形式I的胶囊制剂,称重甘露糖醇、胶体二氧化硅和化合物1结晶形式I并将其添加至V型共混器中。然后将粉末在V型共混器中以25rpm混合5分钟。将所得共混物通过装有 032R筛网(810微米)的comil以将化合物1结晶形式I和赋形剂甘露糖醇和胶体二氧化硅进行去块化(delump)。将共研磨的(comilled)共混物在V型共混器中以25rpm混合5分钟。共混物均匀性被评价为过程中测试的一部分。收集最终的共混物并使用手动封装过程封装入胶囊中。使用手动和仪器设备对胶囊进行抛光。检查抛光胶囊的金属污染,检查重量,并将其作为过程中测试的一部分进行分类。将按重量分选的胶囊散装在衬有双聚乙烯袋的高密度聚乙烯(HDPE)桶中。
生产包含约10mg剂量强度的化合物1结晶形式I的大约45,455 个胶囊、包含约25mg剂量强度的化合物1结晶形式I的大约45,000 个胶囊和包含约80mg剂量强度的化合物1结晶形式I的大约28,125 个胶囊的代表性的制造批料配方在表9中提供。如本文所用,胶囊的用量强度或剂量强度由活性药物物质(化合物1结晶形式I)的近似重量表示。
表9制备包含化合物1结晶形式I的胶囊的批料配方
a基于药物物质测定和水分含量调节的实际重量,以给出每个胶囊所需的效力。
b基于所用的化合物1结晶形式I的量调节的实际量,以给出每个胶囊所需的效力。
实施例14.单晶X射线衍射
表10中总结了化合物1结晶形式的结晶学参数。在化合物1结晶形式的X射线晶体结构中,水分子位于2重对称轴上。因此,不对称晶胞含有一分子的2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基 -1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮和一个水分子的一半。另一方面,化合物1结晶形式I的晶体结构中的非对称晶胞含有两分子的彼此具有不同构象的2-[(2S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-2-基]-6-(3-甲基 -1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-4(3H)-酮和一个水分子。不对称晶胞表明化合物1结晶形式A和化合物1结晶形式I是半水合物。
化合物1晶体形式I和化合物1晶体形式A的橡树岭热椭球程序 (Oak RidgeThermal Ellipsoid Program,ORTEP)图分别显示在图8和图9中。
表10.化合物1晶体的晶体学参数
此外,还使用更高质量的另一种晶体进行X射线结构分析,并使用SHELXL-2014进行细化计算。新的差分傅立叶图成功地识别出水的氢原子,而由于数据质量低,在以前的图中无法确定其位置。甲基基团和水的氢原子位于差分傅立叶合成中,并且其它原子呈几何放置。所有氢原子都使用骑式模型进行细化。最终优化的参数示于表 11中。
表11.化合物1晶体的优化晶体学参数
实施例15.由粗化合物I制备化合物I结晶形式I
将粗化合物1(16.0kg)溶解于DMSO(144L,9.0mL DMSO/g化合物1)中。将该溶液加热至60℃。精密过滤反应混合物,同时保持大约60℃的混合物温度。将转移管线用DMSO(11.2L,0.7mL DMSO/g 化合物1)冲洗。将化合物1溶液和冲洗溶液合并。然后将化合物1 溶液加热至60℃。在1小时内将预热的60℃水(6.9L,0.43mL水/g 化合物1)加入到化合物1溶液中,同时保持内部温度为60℃。向反应混合物中装入化合物1结晶形式I(190.0g,1.2重量%)晶种。将反应混合物在60℃下搅拌1小时。在3小时内将预热的60℃水(6.5L, 0.41mL水/g化合物1)添加到化合物1悬浮液中,同时保持60℃的批料温度。加完水后,将浆液在60℃下搅拌至少4.5小时。从浆液中取出样品并过滤以获得晶体。通过XRPD分析晶体。如果样品晶体并非所有化合物1结晶形式I,则继续搅拌。取样然后每6小时分析一次,直至通过XRPD未在样品晶体中检测到化合物1结晶形式A。使反应物在5小时内冷却至25℃。过滤固体并用3体积的2∶1/丙酮∶水(48L) 洗涤两次。将固体在60℃下真空干燥18小时,得到9.5kg(59.0%产率) 所需产物。得到呈白色固体的所需产物。HPLC显示所得产物>99%纯度且手性HPLC显示97.1%ee。通过XRPD分析证实获得的产物是化合物1结晶形式I。
虽然为了清楚和理解的目的已经相当详细地描述了前述公开,但是这些特定实施例将被视为是说明性而非限制性的。本领域技术人员由阅读本公开将认识到,在不背离本公开的真实范围的前提下可在形式和细节上做各种变化,本公开的真实范围将由所附权利要求而不是具体实施例限定。
除非另有定义,否则本文使用的所有技术和科学术语都具有与本公开所属领域的普通技术人员通常理解相同的含义。在不一致的情况下,将以本公开(包括定义)为准。