CA2538898A1 - Nouvelles souches isolees et purifiees du virus chikungunya et sequences nucleotidiques et peptidiques, applications diagnostiques et immunogeniques - Google Patents
Nouvelles souches isolees et purifiees du virus chikungunya et sequences nucleotidiques et peptidiques, applications diagnostiques et immunogeniques Download PDFInfo
- Publication number
- CA2538898A1 CA2538898A1 CA002538898A CA2538898A CA2538898A1 CA 2538898 A1 CA2538898 A1 CA 2538898A1 CA 002538898 A CA002538898 A CA 002538898A CA 2538898 A CA2538898 A CA 2538898A CA 2538898 A1 CA2538898 A1 CA 2538898A1
- Authority
- CA
- Canada
- Prior art keywords
- chik
- strain
- polynucleotide
- fragment
- codon
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Abandoned
Links
- 241001502567 Chikungunya virus Species 0.000 title claims description 67
- 108090000765 processed proteins & peptides Chemical group 0.000 title claims description 25
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 title claims description 9
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 title description 5
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 title description 5
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 54
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 35
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 32
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 32
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 32
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 25
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 claims description 20
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 17
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 14
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 14
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 12
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 12
- 102100021696 Syncytin-1 Human genes 0.000 claims description 9
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 claims description 8
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 claims description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 6
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 6
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 5
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 4
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 4
- LWGJTAZLEJHCPA-UHFFFAOYSA-N n-(2-chloroethyl)-n-nitrosomorpholine-4-carboxamide Chemical compound ClCCN(N=O)C(=O)N1CCOCC1 LWGJTAZLEJHCPA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims description 4
- 238000013518 transcription Methods 0.000 claims description 4
- 230000035897 transcription Effects 0.000 claims description 4
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 claims description 3
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 3
- 230000003053 immunization Effects 0.000 claims description 3
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 claims description 3
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 claims description 3
- 238000010367 cloning Methods 0.000 claims description 2
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 claims 5
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 claims 5
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 15
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 11
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 9
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 8
- 239000012894 fetal calf serum Substances 0.000 description 8
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 7
- 238000000034 method Methods 0.000 description 7
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 7
- 241000255925 Diptera Species 0.000 description 6
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 6
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 5
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 5
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 4
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 4
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 4
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 4
- 206010014599 encephalitis Diseases 0.000 description 4
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 4
- 201000011475 meningoencephalitis Diseases 0.000 description 4
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 241000710929 Alphavirus Species 0.000 description 3
- 201000009182 Chikungunya Diseases 0.000 description 3
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 3
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 3
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 230000034994 death Effects 0.000 description 3
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 3
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 3
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 3
- 230000002688 persistence Effects 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 241000238421 Arthropoda Species 0.000 description 2
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 2
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 2
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 2
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 208000002193 Pain Diseases 0.000 description 2
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 2
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 2
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 2
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 2
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 2
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 2
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 2
- 239000002054 inoculum Substances 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 239000000693 micelle Substances 0.000 description 2
- 230000001338 necrotic effect Effects 0.000 description 2
- 230000007918 pathogenicity Effects 0.000 description 2
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 2
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 2
- 239000012264 purified product Substances 0.000 description 2
- 239000001397 quillaja saponaria molina bark Substances 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 2
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 2
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XPAGMQMUQHZWID-UHFFFAOYSA-N 3',6'-dihydroxy-6-(2-imidazol-1-yl-2-oxoethyl)spiro[2-benzofuran-3,9'-xanthene]-1-one Chemical compound C=1C(O)=CC=C2C=1OC1=CC(O)=CC=C1C2(C1=CC=2)OC(=O)C1=CC=2CC(=O)N1C=CN=C1 XPAGMQMUQHZWID-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000256173 Aedes albopictus Species 0.000 description 1
- 241001302714 Aedes pseudoscutellaris Species 0.000 description 1
- 206010067668 Arboviral infection Diseases 0.000 description 1
- 208000006820 Arthralgia Diseases 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 229920002134 Carboxymethyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- 208000003322 Coinfection Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 201000004624 Dermatitis Diseases 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 101710121417 Envelope glycoprotein Proteins 0.000 description 1
- 241001281764 Furcifer Species 0.000 description 1
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710125507 Integrase/recombinase Proteins 0.000 description 1
- 208000001940 Massive Hepatic Necrosis Diseases 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 229930040373 Paraformaldehyde Natural products 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 101710185720 Putative ethidium bromide resistance protein Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 101800001758 RNA-directed RNA polymerase nsP4 Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 108091027544 Subgenomic mRNA Proteins 0.000 description 1
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N Titanium Chemical compound [Ti] RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000710924 Togaviridae Species 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 230000010530 Virus Neutralization Effects 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 239000000443 aerosol Substances 0.000 description 1
- PNEYBMLMFCGWSK-UHFFFAOYSA-N aluminium oxide Inorganic materials [O-2].[O-2].[O-2].[Al+3].[Al+3] PNEYBMLMFCGWSK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 230000005784 autoimmunity Effects 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 description 1
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 231100000749 chronicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 230000009352 congenital transmission Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000036449 good health Effects 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 208000021760 high fever Diseases 0.000 description 1
- 230000028996 humoral immune response Effects 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-M hydroxide Chemical compound [OH-] XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000000521 hyperimmunizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 1
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 1
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 230000000266 injurious effect Effects 0.000 description 1
- 229910052500 inorganic mineral Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 239000011707 mineral Substances 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000002276 neurotropic effect Effects 0.000 description 1
- 229920002866 paraformaldehyde Polymers 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- 230000003169 placental effect Effects 0.000 description 1
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 239000011435 rock Substances 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000004448 titration Methods 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 230000014599 transmission of virus Effects 0.000 description 1
- 230000010415 tropism Effects 0.000 description 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 1
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 1
- 239000005723 virus inoculator Substances 0.000 description 1
- 230000003442 weekly effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56983—Viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/36011—Togaviridae
- C12N2770/36111—Alphavirus, e.g. Sindbis virus, VEE, EEE, WEE, Semliki
- C12N2770/36121—Viruses as such, e.g. new isolates, mutants or their genomic sequences
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/36011—Togaviridae
- C12N2770/36111—Alphavirus, e.g. Sindbis virus, VEE, EEE, WEE, Semliki
- C12N2770/36122—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
- G01N2333/08—RNA viruses
- G01N2333/18—Togaviridae; Flaviviridae
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Virology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Hematology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
Description
NOUVELLES SOUCHES ISOLEES ET PURIFIEES
DU VIRUS CHIKUNGUNYA ET SEQUENCES NUCLEOTIDIQUES ET
PEPTIDIQUES, APPLICATIONS DIAGNOSTIQUES ET IMMUNOGENIQUES
DOMAINE DE L'INVENTION
La présente invention concerne des souches sauvages du virus de Chikungunya isolées de patients ayant manisfesté des formes sévères de l'infection et issues d'une épidémie d'arbovirose humaine. La présente invention concerne également des molécules d'acides nucléiques issues de leur génomes et des fragments de celles-ci, les polypeptides codés par lesdites molécules d'acide nucléique ainsi que leurs applications, notamment en tant que produits de diagnostic et/ou comme vaccin et composés de compositions immunogéniques.
BREVE DESCRIPTION DE L'ART ANTÉRIEUR
L'émergence brutale du virus Chikungunya (CHIK) dans le sud de l'Océan Indien et principalement à l'île de la Réunion, est un exemple inquiétant de la propagation inattendue d'une arbovirose humaine dans des régions tropicales qui étaient considérées jusqu'alors comme indemnes. Les arboviroses (pour ARthropod BOrn VIRUS), sont définies comme des infections virales transmises par des arthropodes, principalement des moustiques femelles hématophages.
Elles affectent plusieurs dizaines de millions d'individus chaque année, principalement dans les régions tropicales. L'intensification des déplacements humains et l'extension des vecteurs facilite la dissémination rapide des arbovirus, avec comme conséquence un accroissement significatif du nombre de cas symptomatiques d'infection arbovirale.
Le virus CHIK est un alphavirus de la famille des Togaviridae. Les alphavirus sont de petits virus enveloppés, au large tropisme, dont le génome se
DU VIRUS CHIKUNGUNYA ET SEQUENCES NUCLEOTIDIQUES ET
PEPTIDIQUES, APPLICATIONS DIAGNOSTIQUES ET IMMUNOGENIQUES
DOMAINE DE L'INVENTION
La présente invention concerne des souches sauvages du virus de Chikungunya isolées de patients ayant manisfesté des formes sévères de l'infection et issues d'une épidémie d'arbovirose humaine. La présente invention concerne également des molécules d'acides nucléiques issues de leur génomes et des fragments de celles-ci, les polypeptides codés par lesdites molécules d'acide nucléique ainsi que leurs applications, notamment en tant que produits de diagnostic et/ou comme vaccin et composés de compositions immunogéniques.
BREVE DESCRIPTION DE L'ART ANTÉRIEUR
L'émergence brutale du virus Chikungunya (CHIK) dans le sud de l'Océan Indien et principalement à l'île de la Réunion, est un exemple inquiétant de la propagation inattendue d'une arbovirose humaine dans des régions tropicales qui étaient considérées jusqu'alors comme indemnes. Les arboviroses (pour ARthropod BOrn VIRUS), sont définies comme des infections virales transmises par des arthropodes, principalement des moustiques femelles hématophages.
Elles affectent plusieurs dizaines de millions d'individus chaque année, principalement dans les régions tropicales. L'intensification des déplacements humains et l'extension des vecteurs facilite la dissémination rapide des arbovirus, avec comme conséquence un accroissement significatif du nombre de cas symptomatiques d'infection arbovirale.
Le virus CHIK est un alphavirus de la famille des Togaviridae. Les alphavirus sont de petits virus enveloppés, au large tropisme, dont le génome se
2 compose d'une molécule d'ARN simple brin de polarité positive d'environ 12000 nucléotides qui code pour les protéines non structurales nsPl à nsP4. Leur cycle réplicatif intracellulaire, qui est rapide, fait intervenir un ARN messager subgénomique qui code pour les protéines structurales C (capside) et E2 plus El (glycoprotéines d'enveloppe) de l'alphavirion. La glycoprotéine E2 porte les sites antigéniques majeurs de la neutralisation virale.
La première épidémie au virus CHIK a été décrite en Tanzanie en 1952.
L'aire de distribution du virus CHIK s'étend à toute l'Afrique sub-saharienne et à
l'Asie du Sud-Est. En Afrique, le virus est maintenu au sein d'un cycle forestier faisant intervenir des primates et des moustiques sylvatiques Ae.
luteocephalus, Ae. furcifer ou Ae. taylori. En Asie, où son introduction serait plus récente, le virus CHIK circule dans un cycle essentiellement urbain avec l'intervention des moustiques Ae. aegypti et Ae. albopictus. Dans l'Océan Indien, aucune activité
du virus CHIK n'avait été détectée avant le début de l'année 2005 où il a surgi sous la forme d'une épidémie aux Comores, vraisemblablement importé par des voyageurs en provenance d'Afrique de l'Est. La transmission vectorielle du virus CHIK a été assurée probablement par Ae. aegypti, moustique considéré comme prédominant aux Comores. En mars 2005, l'épidémie s'est propagée rapidement dans l'île de la Réunion à partir du Nord-Est, avec une flambée importante entre fin avril et début juin puis une persistance de la transmission virale durant l'hiver austral (7138 cas rapportés entre le 28 mars 2005 et le 8 janvier 2006 soit un taux d'attaque d'environ 9,5/1000 habitants) (Eurosurveillance weekly 2006, 11, 2). Depuis janvier 2006, on estime que 173 000 personnes ont été infectées.
Toute l'île est maintenant touchée, à l'exception des zones de haute altitude.
Au total 186 000 prsonnes auraient été infectées, pour une population totale de 000 habitants (données épidémiologiques actualisées consuitables sur le site de l'Institut de Veille Sanitaire (InVS): http://www.invs.sante.fr.). En parallèle, dès fin mars 2005, les iles Seychelles, Maurice et Mayotte ont été également touchées par l'épidémie de virus CHIK et il y a une augmentation des cas depuis janvier 2006. Madagascar connaît aussi une circulation active du virus.
La première épidémie au virus CHIK a été décrite en Tanzanie en 1952.
L'aire de distribution du virus CHIK s'étend à toute l'Afrique sub-saharienne et à
l'Asie du Sud-Est. En Afrique, le virus est maintenu au sein d'un cycle forestier faisant intervenir des primates et des moustiques sylvatiques Ae.
luteocephalus, Ae. furcifer ou Ae. taylori. En Asie, où son introduction serait plus récente, le virus CHIK circule dans un cycle essentiellement urbain avec l'intervention des moustiques Ae. aegypti et Ae. albopictus. Dans l'Océan Indien, aucune activité
du virus CHIK n'avait été détectée avant le début de l'année 2005 où il a surgi sous la forme d'une épidémie aux Comores, vraisemblablement importé par des voyageurs en provenance d'Afrique de l'Est. La transmission vectorielle du virus CHIK a été assurée probablement par Ae. aegypti, moustique considéré comme prédominant aux Comores. En mars 2005, l'épidémie s'est propagée rapidement dans l'île de la Réunion à partir du Nord-Est, avec une flambée importante entre fin avril et début juin puis une persistance de la transmission virale durant l'hiver austral (7138 cas rapportés entre le 28 mars 2005 et le 8 janvier 2006 soit un taux d'attaque d'environ 9,5/1000 habitants) (Eurosurveillance weekly 2006, 11, 2). Depuis janvier 2006, on estime que 173 000 personnes ont été infectées.
Toute l'île est maintenant touchée, à l'exception des zones de haute altitude.
Au total 186 000 prsonnes auraient été infectées, pour une population totale de 000 habitants (données épidémiologiques actualisées consuitables sur le site de l'Institut de Veille Sanitaire (InVS): http://www.invs.sante.fr.). En parallèle, dès fin mars 2005, les iles Seychelles, Maurice et Mayotte ont été également touchées par l'épidémie de virus CHIK et il y a une augmentation des cas depuis janvier 2006. Madagascar connaît aussi une circulation active du virus.
3 Habituellement, les manifestations cliniques de l'infection par le virus CHIK
se résument à une forte fièvre, des manifestations cutanées, et surtout des douleurs articulaires intenses invalidantes et persistantes. A côté de ces formes classiques de la maladie, ont été décrites à la Réunion, des formes graves ayant nécessité une hospitalisation prolongée, et qui n'avaient pas été rapportées jusqu'ici, comme des méningo-encéphalites (20 cas dont 10 chez les nouveau-nés), des atteintes cardiaques et péricardiaques, des hépatites fulminantes (5 cas) et des dermites sévères. Plusieurs cas de méningo-encéphalite ou de syndromes algiques sévères chez des nouveaux-nés ont été associés à une possible transmission materno-foetale du virus.
Plus de 90 certificats de décès mentionnant Chikungunya comme cause immédiate ou associée du décès ont été enregistrés. Ces décès ont concerné pour l'essentiel des sujets âgés (moyenne d'âge 78 ans) et fragilisés par des pathologies associées, mais aussi deux enfants en bonne santé. La co-infection par d'autres arboviroses circulantes doit bien sûr être prise en compte dans la sévérité de la maladie. Certaines complications pourraient aussi avoir une origine médicamenteuse Préalablement décrites lors de précédentes épidémies à virus CHIK en Afrique et en Asie, la persistance et la réapparition des douleurs articulaires ont été rapportées chez de nombreux patients depuis le début de l'épidémie sur l'Ile de la Réunion. Un tel phénomène pourrait avoir des origines variées : une auto-immunité développée en réponse à l'infection virale, ou la persistance du virus CHIK dans certains tissus cibles comme pour d'autres alphavirus neurotropes qui sont hébergés dans le système nerveux central.
De plus, la transmission mère-enfant du virus CHIK s'étant avérée possible, il est ndispensable d'évaluer la capacité du virus CHIK à traverser la barrière placentaire et les conséquences sur le développement du foetus.
Enfin, il est également important d'évaluer l'importance de l'infection par d'autres arboviroses sur la sévérité de la maladie.
se résument à une forte fièvre, des manifestations cutanées, et surtout des douleurs articulaires intenses invalidantes et persistantes. A côté de ces formes classiques de la maladie, ont été décrites à la Réunion, des formes graves ayant nécessité une hospitalisation prolongée, et qui n'avaient pas été rapportées jusqu'ici, comme des méningo-encéphalites (20 cas dont 10 chez les nouveau-nés), des atteintes cardiaques et péricardiaques, des hépatites fulminantes (5 cas) et des dermites sévères. Plusieurs cas de méningo-encéphalite ou de syndromes algiques sévères chez des nouveaux-nés ont été associés à une possible transmission materno-foetale du virus.
Plus de 90 certificats de décès mentionnant Chikungunya comme cause immédiate ou associée du décès ont été enregistrés. Ces décès ont concerné pour l'essentiel des sujets âgés (moyenne d'âge 78 ans) et fragilisés par des pathologies associées, mais aussi deux enfants en bonne santé. La co-infection par d'autres arboviroses circulantes doit bien sûr être prise en compte dans la sévérité de la maladie. Certaines complications pourraient aussi avoir une origine médicamenteuse Préalablement décrites lors de précédentes épidémies à virus CHIK en Afrique et en Asie, la persistance et la réapparition des douleurs articulaires ont été rapportées chez de nombreux patients depuis le début de l'épidémie sur l'Ile de la Réunion. Un tel phénomène pourrait avoir des origines variées : une auto-immunité développée en réponse à l'infection virale, ou la persistance du virus CHIK dans certains tissus cibles comme pour d'autres alphavirus neurotropes qui sont hébergés dans le système nerveux central.
De plus, la transmission mère-enfant du virus CHIK s'étant avérée possible, il est ndispensable d'évaluer la capacité du virus CHIK à traverser la barrière placentaire et les conséquences sur le développement du foetus.
Enfin, il est également important d'évaluer l'importance de l'infection par d'autres arboviroses sur la sévérité de la maladie.
4 L'ampleur de l'épidémie sur l'île de la Réunion est telle que l'on peut s'interroger sur les facteurs qui l'ont facilitée. L'évaluation de la compétence et la capacité vectorielle des moustiques vecteurs est prioritaire. Aussi, force est de constater que l'on connaît mal la pathogénicité du virus CHIK, ainsi que les chaînes de transmission au sein de son écosystème. D'un point de vue virologique et épidémiologique, il faut envisager la possibilité que des variants du virus CHIK dotés d'un pouvoir pathogène accru pour l'Homme commencent à
émerger. De tels variants pourraient également s'être adaptés pour une meilleure efficacité de transmission par Ae. albopictus. L'analyse des séquences génomiques d'isolats viraux obtenus séquentiellement au cours de l'épidémie, ainsi que la comparaison avec des souches isolées d'épidémies plus anciennes en Afrique et en Asie, devrait nous apporter des informations essentielles sur l'évolution des souches virales circulantes à la fois chez l'hôte et le vecteur.
RÉSUMÉ DE L'INVENTION
Un objet de la présente invention concerne une souche sauvage isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK) capable d'infecter des cellules humaines in vivo.
Un autre objet de la présente invention concerne une souche isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK), caractérisée en ce qu'elle comprend au moins une mutation dans la protéine de l'enveloppe E2 Un autre objet de la présente invention concerne un polynucléotide isolé
ou purifié, caractérisé en ce que sa séquence est celle du génome de la d'une des souches de la présente invention.
Un autre objet de la présente invention concerne un fragment du polynucléotide de l'invention, caractérisé en ce qu'il est susceptible d'être obtenu, soit par l'utilisation d'enzymes de restriction dont les sites de reconnaissance et de coupure sont présents dans ledit polynucléotide selon l'invention, soit par amplification à l'aide d'amorces oligonucléotidiques spécifiques dudit polynucléotide selon l'invention, soit par transcription in vitro, soit par synthèse chimique.
émerger. De tels variants pourraient également s'être adaptés pour une meilleure efficacité de transmission par Ae. albopictus. L'analyse des séquences génomiques d'isolats viraux obtenus séquentiellement au cours de l'épidémie, ainsi que la comparaison avec des souches isolées d'épidémies plus anciennes en Afrique et en Asie, devrait nous apporter des informations essentielles sur l'évolution des souches virales circulantes à la fois chez l'hôte et le vecteur.
RÉSUMÉ DE L'INVENTION
Un objet de la présente invention concerne une souche sauvage isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK) capable d'infecter des cellules humaines in vivo.
Un autre objet de la présente invention concerne une souche isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK), caractérisée en ce qu'elle comprend au moins une mutation dans la protéine de l'enveloppe E2 Un autre objet de la présente invention concerne un polynucléotide isolé
ou purifié, caractérisé en ce que sa séquence est celle du génome de la d'une des souches de la présente invention.
Un autre objet de la présente invention concerne un fragment du polynucléotide de l'invention, caractérisé en ce qu'il est susceptible d'être obtenu, soit par l'utilisation d'enzymes de restriction dont les sites de reconnaissance et de coupure sont présents dans ledit polynucléotide selon l'invention, soit par amplification à l'aide d'amorces oligonucléotidiques spécifiques dudit polynucléotide selon l'invention, soit par transcription in vitro, soit par synthèse chimique.
5 Un autre objet de la présente invention concerne un vecteur de clonage et/ou d'expression recombinant, caractérisé en ce qu'il comprend un fragment selon l'invention.
Un autre objet de la présente invention concerne une cellule modifiée par un vecteur de l'invention.
Un autre objet de la présente invention concerne un polypeptide isolé ou purifié, caractérisé en ce qu'il est codé par un polynucléotide ou un fragment selon l'invention.
Un autre objet de la présente invention concerne un anticorps ou fragment d'anticorps monoclonal ou polyclonal, susceptible d'être obtenu par immunisation d'un animal avec un vecteur selon l'invention ou un polypeptide selon l'invention.
Un autre objet de la présente invention concerne l'utilisation d'un des éléments mentionnés ci-haut pour la détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose ou pour la préparation d'une composition permettant de prévenir et/ou traiter une arbovirose.
La présente invention offre un kit ou coffret de détection d'un virus CHIK
associé à une arbovirose et également une composition immunogène pour le traitement et/ou la prévention à une infection au virus du CHIK.
Un autre objet de la présente invention concerne une cellule modifiée par un vecteur de l'invention.
Un autre objet de la présente invention concerne un polypeptide isolé ou purifié, caractérisé en ce qu'il est codé par un polynucléotide ou un fragment selon l'invention.
Un autre objet de la présente invention concerne un anticorps ou fragment d'anticorps monoclonal ou polyclonal, susceptible d'être obtenu par immunisation d'un animal avec un vecteur selon l'invention ou un polypeptide selon l'invention.
Un autre objet de la présente invention concerne l'utilisation d'un des éléments mentionnés ci-haut pour la détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose ou pour la préparation d'une composition permettant de prévenir et/ou traiter une arbovirose.
La présente invention offre un kit ou coffret de détection d'un virus CHIK
associé à une arbovirose et également une composition immunogène pour le traitement et/ou la prévention à une infection au virus du CHIK.
6 BREVE DESCRIPTION DES FIGURES
La Figure 1 montre la séquence du génome d'une souche du virus CHIK
selon un mode préféré de l'invention, plus particulièrement la souche nommée CHIK-115.
La Figure 2 montre la séquence du génome d'une souche du virus CHIK
selon un mode préféré de l'invention, plus particulièrement la souche nommée CH I K-21.
La Figure 3 montre la séquence du génome d'une souche du virus CHIK
selon un mode préféré de l'invention, plus particulièrement la souche nommée CHIK-49.
La Figure 4 montre un alignement de séquences entre plusieures souches sauvages de virus CHIK dont la souche CHIK27 avec une souche de virus CHIK de référence S-27 répertoriée sous le numéro GenBank AF339485, pour la région codant pour la glycoprotéine de l'enveloppe E2.
La Figure 5 montre la séquence d'un insert de fragment du génome de la souche CHIK-21 du virus chikungunya.
La Figure 6 montre la séquence d'un insert de fragment du génome de la souche CHIK-27 du virus chikungunya.
La Figure 7 montre la séquence d'un insert de fragment du génome de la souche CHIK-49 du virus chikungunya.
La Figure 8 montre la séquence d'un insert de fragment du génome de la souche CHIK-1 15 du virus chikungunya.
La Figure 1 montre la séquence du génome d'une souche du virus CHIK
selon un mode préféré de l'invention, plus particulièrement la souche nommée CHIK-115.
La Figure 2 montre la séquence du génome d'une souche du virus CHIK
selon un mode préféré de l'invention, plus particulièrement la souche nommée CH I K-21.
La Figure 3 montre la séquence du génome d'une souche du virus CHIK
selon un mode préféré de l'invention, plus particulièrement la souche nommée CHIK-49.
La Figure 4 montre un alignement de séquences entre plusieures souches sauvages de virus CHIK dont la souche CHIK27 avec une souche de virus CHIK de référence S-27 répertoriée sous le numéro GenBank AF339485, pour la région codant pour la glycoprotéine de l'enveloppe E2.
La Figure 5 montre la séquence d'un insert de fragment du génome de la souche CHIK-21 du virus chikungunya.
La Figure 6 montre la séquence d'un insert de fragment du génome de la souche CHIK-27 du virus chikungunya.
La Figure 7 montre la séquence d'un insert de fragment du génome de la souche CHIK-49 du virus chikungunya.
La Figure 8 montre la séquence d'un insert de fragment du génome de la souche CHIK-1 15 du virus chikungunya.
7 DESCRIPTION DÉTAILLÉE DE L'INVENTION
L'originalité de la présente invention porte sur la mise en évidence de nouvelles souches de virus Chikungunya (CHIK) qui se distinguent des souches CHIK connues dans l'art antérieur.
La présente invention vise donc, selon un premier aspect, une souche sauvage isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK), caractérisée par un isolement direct de ladite souche sur un patient sans qu'ait été réalisé au préalable, un passage sur culture de cellules. L'invention concerne également une souche sauvage telle que portant les caractéristiques de celles sélectionnées dans le groupe constitué par les isolats CHIK-21, CHIK-27, CHIK-49 et CHIK-115. Selon une disposition avantageuse de ce mode de réalisation, les souches entrant dans la définition de la présente invention, sont caractérisées en ce que chaque génome comporte au moins une mutation par rapport à la séquence du génome de la souche S-27 (GeneBank AF339485). Les souches préférées selon l'invention présentent une séquence correspondant à la séquence illustrée à
l'une ou l'autre des Figures 1 à 3.
L'invention couvre également toute souche cultivée sur culture de cellules à partir d'un ensemensement effectué avec un échantillon d'une souche sauvage selon l'invention.
Selon un autre aspect, la présente invention propose une souche isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK), caractérisée en ce qu'elle comprend au moins une mutation dans la protéine de l'enveloppe E2, et plus particulièrement dans l'ectodomaine de la protéine de l'enveloppe E2. Selon un mode préféré de l'invention, une souche de l'invention est caractérisée en ce que son génome comprend un codon K en position 160-162, un codon M en position 211-213, un codon T en position 469-471, un codon T en position 481-483, un codon M en
L'originalité de la présente invention porte sur la mise en évidence de nouvelles souches de virus Chikungunya (CHIK) qui se distinguent des souches CHIK connues dans l'art antérieur.
La présente invention vise donc, selon un premier aspect, une souche sauvage isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK), caractérisée par un isolement direct de ladite souche sur un patient sans qu'ait été réalisé au préalable, un passage sur culture de cellules. L'invention concerne également une souche sauvage telle que portant les caractéristiques de celles sélectionnées dans le groupe constitué par les isolats CHIK-21, CHIK-27, CHIK-49 et CHIK-115. Selon une disposition avantageuse de ce mode de réalisation, les souches entrant dans la définition de la présente invention, sont caractérisées en ce que chaque génome comporte au moins une mutation par rapport à la séquence du génome de la souche S-27 (GeneBank AF339485). Les souches préférées selon l'invention présentent une séquence correspondant à la séquence illustrée à
l'une ou l'autre des Figures 1 à 3.
L'invention couvre également toute souche cultivée sur culture de cellules à partir d'un ensemensement effectué avec un échantillon d'une souche sauvage selon l'invention.
Selon un autre aspect, la présente invention propose une souche isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK), caractérisée en ce qu'elle comprend au moins une mutation dans la protéine de l'enveloppe E2, et plus particulièrement dans l'ectodomaine de la protéine de l'enveloppe E2. Selon un mode préféré de l'invention, une souche de l'invention est caractérisée en ce que son génome comprend un codon K en position 160-162, un codon M en position 211-213, un codon T en position 469-471, un codon T en position 481-483, un codon M en
8 position 532-534, un codon T en position 622-624, un codon R en position 790-792, un codon S en position 886-888, un codon M en position 925-927, et/ou un codon T en position 1021-1023, lesdites positions étant indiquées en référence à
la Figure 4.
Un autre aspect de l'invention concerne un polynucléotide isolé ou purifié, caractérisé en ce que sa séquence est celle du génome d'une des souches telles que défini précédemment, soit par exemple une séquence choisie parmi les séquences des figures 1 à 3. Par "polynucléotide" on entend toute séquence ou molécule d'ADN, d'ARN. Le terme polynucléotide englobe toutes les molécules d'acides nucléiques qui se retrouvent à l'état naturel ou artificiel. Ceci inclut les molécules d'ADN, les molécules d'ARN, les ADNc, les séquences artificielles et tous les fragments de ceux-ci. Tout polynucléotide qui ont été modifié
chimiquement, enzymatiquement ou métaboliquement mais qui ont conservé les propriétés biochimiques du polypeptide chimérique d'origine est incluse dans la portée de la présente invention.
Les termes isolé ou purifié signifient modifié par la main de l'homme à
partir de l'état naturel; autrement dit si un objet existe dans la nature, il est dit isolé ou purifié s'il a été modifié ou extrait de son environnement naturel ou les deux. Par exemple, un polynucléotide ou une protéine/un peptide naturellement présent dans un organisme vivant n'est ni isolé, ni purifié ; en revanche le même polynucléotide ou protéine/peptide séparé des molécules coexistantes dans son environnement naturel, obtenu par clonage, amplification et/ou synthèse chimique est isolé au sens de la présente invention. De plus, un polynucléotide ou une protéine/peptide qui est introduit dans un organisme par transformation, manipulation génétique ou par toute autre méthode, est isolé même s'il est présent dans ledit organisme. Le terme purifié tel qu'utilisé dans la présente invention, signifie que les protéines/peptides selon l'invention sont essentiellement libres d'association avec les autres protéines ou polypeptides, comme l'est par exemple le produit purifié de la culture de cellules hôtes recombinantes ou le produit purifié à partir d'une source non-recombinante.
la Figure 4.
Un autre aspect de l'invention concerne un polynucléotide isolé ou purifié, caractérisé en ce que sa séquence est celle du génome d'une des souches telles que défini précédemment, soit par exemple une séquence choisie parmi les séquences des figures 1 à 3. Par "polynucléotide" on entend toute séquence ou molécule d'ADN, d'ARN. Le terme polynucléotide englobe toutes les molécules d'acides nucléiques qui se retrouvent à l'état naturel ou artificiel. Ceci inclut les molécules d'ADN, les molécules d'ARN, les ADNc, les séquences artificielles et tous les fragments de ceux-ci. Tout polynucléotide qui ont été modifié
chimiquement, enzymatiquement ou métaboliquement mais qui ont conservé les propriétés biochimiques du polypeptide chimérique d'origine est incluse dans la portée de la présente invention.
Les termes isolé ou purifié signifient modifié par la main de l'homme à
partir de l'état naturel; autrement dit si un objet existe dans la nature, il est dit isolé ou purifié s'il a été modifié ou extrait de son environnement naturel ou les deux. Par exemple, un polynucléotide ou une protéine/un peptide naturellement présent dans un organisme vivant n'est ni isolé, ni purifié ; en revanche le même polynucléotide ou protéine/peptide séparé des molécules coexistantes dans son environnement naturel, obtenu par clonage, amplification et/ou synthèse chimique est isolé au sens de la présente invention. De plus, un polynucléotide ou une protéine/peptide qui est introduit dans un organisme par transformation, manipulation génétique ou par toute autre méthode, est isolé même s'il est présent dans ledit organisme. Le terme purifié tel qu'utilisé dans la présente invention, signifie que les protéines/peptides selon l'invention sont essentiellement libres d'association avec les autres protéines ou polypeptides, comme l'est par exemple le produit purifié de la culture de cellules hôtes recombinantes ou le produit purifié à partir d'une source non-recombinante.
9 La présente invention a aussi pour objet un fragment du polynucléotide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il est susceptible d'être obtenu, soit par l'utilisation d'enzymes de restriction dont les sites de reconnaissance et de coupure sont présents dans ledit polynucléotide selon l'invention, soit par amplification à l'aide d'amorces oligonucléotidiques spécifiques dudit polynucléotide selon l'invention, soit par transcription in vitro, soit par synthèse chimique. Un fragment préféré de l'invention consiste en ce qu'il code pour la protéine d'enveloppe E2, et plus préférentiellement pour l'ectodomaine de la protéine d'enveloppe E2. Selon un mode de réalisation avantageux dudit fragment de l'invention, il comprend une séquence sélectionnée dans le groupe constitué par les séquences de la figure 4, à l'exclusion de la la séquence correspondant à celle déposée dans GenBank AF339485. Selon un autre mode de réalisation avantageux dudit fragment de l'invention, il comprend une séquence sélectionnée dans le groupe constitué par les séquences de la figures 5à8.
La présente invention a également pour objet un polypeptide isolé ou purifié, caractérisé en ce qu'il est codé par le polynucléotide ou le fragment selon l'invention. Par polypeptide on entend, au sens de la présente invention, désigné indifféremment des protéines complètes ou des peptides comprenant au moins 5 acides aminés et de préférence entre 10 et 30 acides aminés.
Les peptides préférés selon l'invention comprennent au moins un acide aminé différent par rapport à la séquence de la souche S-27 (GenBank :
AF339485) et sont issus de la séquence d'une protéine exprimée par l'expression d'un fragment d'un génome d'une souche sauvage de virus CHIK selon l'invention.
La présente invention a également pour objet un vecteur de clonage et/ou d'expression recombinant, notamment un plasmide ou un phage comprenant un fragment d'acide nucléique tel que défini ci-dessus. De préférence, ledit vecteur recombinant est un vecteur d'expression y inclus un vecteur viral capable de se répliquer dans une cellule eucaryote ou d'exprimer les séquences nucléotidiques du vrirus CHIK dans une cellule eucaryote. Le vecteur d'expression contient un fragment d'acide nucléique est placé sous le contrôle d'éléments régulateurs de la transcription et de la traduction appropriés. En outre, ledit vecteur peut comprendre des séquences (étiquettes ou tag) fusionnées en phase avec 5 l'extrémité 5' et/ou 3' dudit insert, utiles pour l'immobilisation, et/ou la détection et/ou la purification de la protéine exprimée à partir dudit vecteur.
Ces vecteurs sont construits et introduits dans des cellules hôtes par les méthodes classiques d'ADN recombinant et de génie génétique, qui sont connues en elles-mêmes. De nombreux vecteurs dans lesquels on peut insérer
La présente invention a également pour objet un polypeptide isolé ou purifié, caractérisé en ce qu'il est codé par le polynucléotide ou le fragment selon l'invention. Par polypeptide on entend, au sens de la présente invention, désigné indifféremment des protéines complètes ou des peptides comprenant au moins 5 acides aminés et de préférence entre 10 et 30 acides aminés.
Les peptides préférés selon l'invention comprennent au moins un acide aminé différent par rapport à la séquence de la souche S-27 (GenBank :
AF339485) et sont issus de la séquence d'une protéine exprimée par l'expression d'un fragment d'un génome d'une souche sauvage de virus CHIK selon l'invention.
La présente invention a également pour objet un vecteur de clonage et/ou d'expression recombinant, notamment un plasmide ou un phage comprenant un fragment d'acide nucléique tel que défini ci-dessus. De préférence, ledit vecteur recombinant est un vecteur d'expression y inclus un vecteur viral capable de se répliquer dans une cellule eucaryote ou d'exprimer les séquences nucléotidiques du vrirus CHIK dans une cellule eucaryote. Le vecteur d'expression contient un fragment d'acide nucléique est placé sous le contrôle d'éléments régulateurs de la transcription et de la traduction appropriés. En outre, ledit vecteur peut comprendre des séquences (étiquettes ou tag) fusionnées en phase avec 5 l'extrémité 5' et/ou 3' dudit insert, utiles pour l'immobilisation, et/ou la détection et/ou la purification de la protéine exprimée à partir dudit vecteur.
Ces vecteurs sont construits et introduits dans des cellules hôtes par les méthodes classiques d'ADN recombinant et de génie génétique, qui sont connues en elles-mêmes. De nombreux vecteurs dans lesquels on peut insérer
10 une molécule d'acide nucléique d'intérêt afin de l'introduire et de la maintenir dans une cellule hôte, sont connus en eux-mêmes; le choix d'un vecteur approprié dépend de l'utilisation envisagée pour ce vecteur (par exemple réplication de la séquence d'intérêt, expression de cette séquence, maintien de la séquence sous forme extrachromosomique ou bien intégration dans le matériel chromosomique de l'hôte), ainsi que de la nature de la cellule hôte.
La présente invention a également pour objet un anticorps ou un fragment d'anticorps polyclonal ou monoclonal, susceptible d'être obtenu par immunisation d'un animal avec un vecteur recombinant tel que défini ci-dessus ou bien un polypeptide tel que défini ci-dessus.
L'invention englobe les anticorps polyclonaux, les anticorps monoclonaux, les anticorps chimériques tels que les anticorps humanisés, ainsi que leurs fragments (Fab, Fv, scFv).
Au sens de la présente invention, on entend par anticorps chimérique, relativement à un anticorps d'une espèce animale particulière ou d'une classe particulière d'anticorps, un anticorps comprenant tout ou partie d'une chaîne lourde et/ou d'une chaîne légère d'un anticorps d'une autre espèce animale ou d'une autre classe d'anticorps.
Au sens de la présente invention, on entend par anticorps humanisé une immmunoglobuline humaine dans laquelle les résidus des CDRs (Complementary-Determining Regions) qui forment le site de liaison à
l'antigène
La présente invention a également pour objet un anticorps ou un fragment d'anticorps polyclonal ou monoclonal, susceptible d'être obtenu par immunisation d'un animal avec un vecteur recombinant tel que défini ci-dessus ou bien un polypeptide tel que défini ci-dessus.
L'invention englobe les anticorps polyclonaux, les anticorps monoclonaux, les anticorps chimériques tels que les anticorps humanisés, ainsi que leurs fragments (Fab, Fv, scFv).
Au sens de la présente invention, on entend par anticorps chimérique, relativement à un anticorps d'une espèce animale particulière ou d'une classe particulière d'anticorps, un anticorps comprenant tout ou partie d'une chaîne lourde et/ou d'une chaîne légère d'un anticorps d'une autre espèce animale ou d'une autre classe d'anticorps.
Au sens de la présente invention, on entend par anticorps humanisé une immmunoglobuline humaine dans laquelle les résidus des CDRs (Complementary-Determining Regions) qui forment le site de liaison à
l'antigène
11 sont remplacés par ceux d'un anticorps monoclonal non-humain possédant la spécificité, l'affinité ou l'activité recherchées. Par comparaison avec les anticorps non-humains, les anticorps humanisés sont moins immunogènes et possèdent une demi-vie prolongée chez l'Homme car ils ne possèdent qu'une faible proportion de séquences non-humaines étant donné que la quasi-totalité des résidus des régions FR (Framework) et de la région constante (Fc) de ces anticorps sont ceux d'une séquence consensus d'immunoglobulines humaines.
Une personne versée dans le domaine de par ses connaissances générales saura comment préparer les différents types d'anticorps contemplés par la présente invention.
La présente invention a en outre pour objet un kit ou coffret de détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose, caractérisé en ce qu'il comprend un élément sélectionné dans le groupe constitué par une souche, un polynucléotide, un fragment, un vecteur, une cellule, un polypeptide et un anticorps ou fragment d'anticorps selon l'invention.
L'invention concerne un procédé de détection d'une infection due à la présence d'un virus CHIK chez un patient, caractérisé par la détection d'une séquence nucléotidique de la région du génome du virus CHIK codant pour la protéine El ou E2 et recherche la présence de mutations au niveau génétique.
Une autre méthode consiste à caractériser la réactivité immunologique d'un sérum de patient, à la tester sur au moins un antigène issu de la protéine El ou E2 du virus CHIK selon l'invention et de la comparer avec celle obtenue avec un antigène issu de la souche S-27 (GenBank : AF339485).
La présente invention a aussi pour objet l'utilisation d'un élément sélectionné dans le groupe constitué par une souche, un polynucléotide, un fragment, un vecteur, une cellule, un polypeptide et un anticorps ou fragment d'anticorps selon l'invention pour la détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose, par une technique appropriée, notamment EIA, ELISA, RIA, immunofluorescence, à partir d'un échantillon biologique prélevé chez un individu susceptible d'être infecté. Ces mêmes éléments peuvent être également utiles
Une personne versée dans le domaine de par ses connaissances générales saura comment préparer les différents types d'anticorps contemplés par la présente invention.
La présente invention a en outre pour objet un kit ou coffret de détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose, caractérisé en ce qu'il comprend un élément sélectionné dans le groupe constitué par une souche, un polynucléotide, un fragment, un vecteur, une cellule, un polypeptide et un anticorps ou fragment d'anticorps selon l'invention.
L'invention concerne un procédé de détection d'une infection due à la présence d'un virus CHIK chez un patient, caractérisé par la détection d'une séquence nucléotidique de la région du génome du virus CHIK codant pour la protéine El ou E2 et recherche la présence de mutations au niveau génétique.
Une autre méthode consiste à caractériser la réactivité immunologique d'un sérum de patient, à la tester sur au moins un antigène issu de la protéine El ou E2 du virus CHIK selon l'invention et de la comparer avec celle obtenue avec un antigène issu de la souche S-27 (GenBank : AF339485).
La présente invention a aussi pour objet l'utilisation d'un élément sélectionné dans le groupe constitué par une souche, un polynucléotide, un fragment, un vecteur, une cellule, un polypeptide et un anticorps ou fragment d'anticorps selon l'invention pour la détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose, par une technique appropriée, notamment EIA, ELISA, RIA, immunofluorescence, à partir d'un échantillon biologique prélevé chez un individu susceptible d'être infecté. Ces mêmes éléments peuvent être également utiles
12 pour la préparation d'une composition immunogène permettant de prévenir et/ou traiter une arbovirose.
Par conséquent, la présente invention a également pour objet, une composition immunogène, caractérisée en ce qu'elle comprend un élément sélectionné dans le groupe constitué par un polynucléotide, un fragment, un vecteur, une cellule, un polypeptide, un peptide et un anticorps ou fragment d'anticorps selon l'invention. Par composition immunogène on entend une composition qui contient des éléments ayant la capacité d'induire in vivo ou in vitro, une réponse immune de type cellulaire et/ou humorale.
Selon un mode de réalisation avantageux des compositions selon l'invention, elles contiennent en outre, au moins un véhicule pharmaceutiquement acceptable et éventuellement des substances porteuses et/ou des adjuvants.
Les véhicules pharmaceutiquement acceptables, les substances porteuses et les adjuvants sont ceux classiquement utilisés. Les adjuvants sont avantageusement choisis dans le groupe constitué par des émulsions huileuses, de la saponine, des substances minérales, des extraits bactériens, de l'hydroxyde d'alumine et le squalène.
Les substances porteuses sont avantageusement sélectionnées dans le groupe constitué par des liposomes unilamellaires, des liposomes multilamellaires, des micelles de saponine ou des microsphères solides de nature saccharidique ou aurifère.
Les compositions selon l'invention, sont administrées par voie générale, notamment intramusculaire ou sous-cutanée ou bien par voie locale notamment nasale (aérosol).
Une personne versée dans le domaine saura préparer des compositions pharmaceutiquement acceptables et déterminer, en fonction de plusieurs facteurs connus de l'Homme de l'Art, le mode d'administration privilégié et la quantité
devant être administrée. Parmi les facteurs pouvant influencer ses choix l'on retrouve: la nature du traitement, la nature exacte des ingrédients, actifs ou non,
Par conséquent, la présente invention a également pour objet, une composition immunogène, caractérisée en ce qu'elle comprend un élément sélectionné dans le groupe constitué par un polynucléotide, un fragment, un vecteur, une cellule, un polypeptide, un peptide et un anticorps ou fragment d'anticorps selon l'invention. Par composition immunogène on entend une composition qui contient des éléments ayant la capacité d'induire in vivo ou in vitro, une réponse immune de type cellulaire et/ou humorale.
Selon un mode de réalisation avantageux des compositions selon l'invention, elles contiennent en outre, au moins un véhicule pharmaceutiquement acceptable et éventuellement des substances porteuses et/ou des adjuvants.
Les véhicules pharmaceutiquement acceptables, les substances porteuses et les adjuvants sont ceux classiquement utilisés. Les adjuvants sont avantageusement choisis dans le groupe constitué par des émulsions huileuses, de la saponine, des substances minérales, des extraits bactériens, de l'hydroxyde d'alumine et le squalène.
Les substances porteuses sont avantageusement sélectionnées dans le groupe constitué par des liposomes unilamellaires, des liposomes multilamellaires, des micelles de saponine ou des microsphères solides de nature saccharidique ou aurifère.
Les compositions selon l'invention, sont administrées par voie générale, notamment intramusculaire ou sous-cutanée ou bien par voie locale notamment nasale (aérosol).
Une personne versée dans le domaine saura préparer des compositions pharmaceutiquement acceptables et déterminer, en fonction de plusieurs facteurs connus de l'Homme de l'Art, le mode d'administration privilégié et la quantité
devant être administrée. Parmi les facteurs pouvant influencer ses choix l'on retrouve: la nature du traitement, la nature exacte des ingrédients, actifs ou non,
13 entrant dans la composition; le stade de la maladie; la condition, l'âge et le poids du patient, etc.
14 EXEMPLES
Les exemples ci-après permettront de mettre en évidence d'autres caractéristiques et avantages de la présente invention, et sert à illustrer l'étendue de l'utilisation de la présente invention et non à limiter sa portée. Des modifications et variations peuvent y être effectuées sans que l'on échappe à
l'esprit et à la portée de l'invention. Bien que l'on puisse utiliser d'autres méthodes ou produits équivalents à ceux que l'on retrouve ci-dessous pour tester ou réaliser la présente invention, le matériel et les méthodes préférés sont décrits.
Souches virales CHIK préférées de l'invention (CHIK -21, -27, -49, -115) 1- souche CHIK-21: sérum d'un patient atteint de méningo-encéphalite au virus CHIK.
2- souche CHIK-27: LCR du même patient atteint de méningo-encéphalite au virus CHIK.
3-souche CHIK06-49: sérum d'une adolescente avec une infection classique au virus CHIK.
4-souche CHIK05-115: sérum d'une jeune patiente avec une infection classique au virus CHIK.
EXEMPLE 1: ISOLEMENT DES SOUCHES VIRALES DE L'INVENTION
Inoculation de 100 pI de sérum (ou LCR) dilué au 1/10 dans du DMEM
(GIBCO) Culture sur cellules C6-36 (Aedes albopictus) à 28 en DMEM
supplémenté avec 5% de sérum de veau foetal Passage n 1: 5 jours Passage n 2 7 jours Contrôle infection virale par IF indirecte avec ascite polyclonale CHIK
5 EXEMPLE 2: SÉQUENÇAGE DES SOUCHES VIRALES DE L'INVENTION
Extraction ARN viral par kit QIAGEN (QlAamp Viral RNA Mini kit) Amplification par RT-PCR de 19 fragments chevauchants de 750-800pb (kit Titan ROCHE) 10 Purification produits de RT-PCR sur plaque 96 puits Millipore Séquençage (BigDye Terminator v1.1 cycle sequencing kit) EXEMPLE 3: ANALYSE DES SÉQUENCES (SÉQUENCEUR APPLIED
BIOSYSTEMS MODELE 3100) :
Les exemples ci-après permettront de mettre en évidence d'autres caractéristiques et avantages de la présente invention, et sert à illustrer l'étendue de l'utilisation de la présente invention et non à limiter sa portée. Des modifications et variations peuvent y être effectuées sans que l'on échappe à
l'esprit et à la portée de l'invention. Bien que l'on puisse utiliser d'autres méthodes ou produits équivalents à ceux que l'on retrouve ci-dessous pour tester ou réaliser la présente invention, le matériel et les méthodes préférés sont décrits.
Souches virales CHIK préférées de l'invention (CHIK -21, -27, -49, -115) 1- souche CHIK-21: sérum d'un patient atteint de méningo-encéphalite au virus CHIK.
2- souche CHIK-27: LCR du même patient atteint de méningo-encéphalite au virus CHIK.
3-souche CHIK06-49: sérum d'une adolescente avec une infection classique au virus CHIK.
4-souche CHIK05-115: sérum d'une jeune patiente avec une infection classique au virus CHIK.
EXEMPLE 1: ISOLEMENT DES SOUCHES VIRALES DE L'INVENTION
Inoculation de 100 pI de sérum (ou LCR) dilué au 1/10 dans du DMEM
(GIBCO) Culture sur cellules C6-36 (Aedes albopictus) à 28 en DMEM
supplémenté avec 5% de sérum de veau foetal Passage n 1: 5 jours Passage n 2 7 jours Contrôle infection virale par IF indirecte avec ascite polyclonale CHIK
5 EXEMPLE 2: SÉQUENÇAGE DES SOUCHES VIRALES DE L'INVENTION
Extraction ARN viral par kit QIAGEN (QlAamp Viral RNA Mini kit) Amplification par RT-PCR de 19 fragments chevauchants de 750-800pb (kit Titan ROCHE) 10 Purification produits de RT-PCR sur plaque 96 puits Millipore Séquençage (BigDye Terminator v1.1 cycle sequencing kit) EXEMPLE 3: ANALYSE DES SÉQUENCES (SÉQUENCEUR APPLIED
BIOSYSTEMS MODELE 3100) :
15 L'alignement des séquences et leur analyse ont été faites par comparaison avec la souche S-27 (GenBank : AF 339485).
(2002 (Khan AH et al. Complete nucleotide sequence of Chikungunya virus and evidence for an internal polyadenylation site, J. Gen. Virol., 2002, 83, 3075-84).
EXEMPLE 4: ANALYSE DES ECPS OBSERVÉS SUR LES CELLULES C6136 INFECTÉES PAR LES VIRUS CHIK-27, -49, -115 P.1 APRES 24 HEURES.
Cellules C6/36 en boîte de 150 cm2 pdt 48 hrs.
Inoculation virale (22/02/06) : 0,1 ml des inoculums viraux p.1 en C6/36 dans 10 ml de milieu L-15 à 2% SVF pdt 2 heures . Volume de maintenance : 30 de milieu L-15 à 2% SVF( sérum de veau foetal).
1. Cellules non infectées : cellules individualisées saines, pas d'amas cellulaires, confluence à 50%.
2. Isolat CHIK-27: confluence à 75%. ECP marqué (++++), la majorité du tapis cellulaire semble infecté, nécrose marquée, cellules arrondies et réfringentes, amas cellulaire, très peu de polycaryons.
(2002 (Khan AH et al. Complete nucleotide sequence of Chikungunya virus and evidence for an internal polyadenylation site, J. Gen. Virol., 2002, 83, 3075-84).
EXEMPLE 4: ANALYSE DES ECPS OBSERVÉS SUR LES CELLULES C6136 INFECTÉES PAR LES VIRUS CHIK-27, -49, -115 P.1 APRES 24 HEURES.
Cellules C6/36 en boîte de 150 cm2 pdt 48 hrs.
Inoculation virale (22/02/06) : 0,1 ml des inoculums viraux p.1 en C6/36 dans 10 ml de milieu L-15 à 2% SVF pdt 2 heures . Volume de maintenance : 30 de milieu L-15 à 2% SVF( sérum de veau foetal).
1. Cellules non infectées : cellules individualisées saines, pas d'amas cellulaires, confluence à 50%.
2. Isolat CHIK-27: confluence à 75%. ECP marqué (++++), la majorité du tapis cellulaire semble infecté, nécrose marquée, cellules arrondies et réfringentes, amas cellulaire, très peu de polycaryons.
16 3. Isolat CHIK-49: confluence à 75%. ECP marqué (+++), phénotype d'infection virale proche de celui du CHIK-27 mais moins marqué.
4. Isolat CHIK-115: confluence à 50%. ECP marqué (++), phénotype d'infection virale différent des autres isolats. Présence de polycaryons non nécrotiques, cellules réfringentes.
EXEMPLE 5: ANALYSE DES ECPS OBSERVÉS SUR LES CELLULES C6136 INFECTÉES PAR LES VIRUS CHIK-27, -49, -115 P.1 APRES 48 HEURES.
Cellules C6/36 en boîte de 150 cm2 pdt 48 hrs) Inoculation virale (22/02/06) : 0,1 ml des inoculums viraux p.1 en C6/36 dans ml de milieu L-15 à 2% SVF pdt 2 heures. Volume de maintenance : 30 de milieu L-15 à 2% SVF.
5. Cellules non infectées : cellules individualisées saines, pas d'amas cellulaires, confluence à 75 %.
6. Isolat CHIK-27: tapis cellulaire disjoint, amas cellulaires visibles, la nécrose cellulaire est peu fréquente, pas de débris cellulaires visibles. Il semble que les cellules s'installent en chronicité d'infection après la phase aiguë à 24 h. Le surnageant viral de 48 h est récolté et aliquoté en tubes.
7. Isolat CHIK-49: ECP le plus marqué. Beaucoup d'amas cellulaires, tapis cellulaire disjoint, cellules à l'aspect nécrotique, pas de débris cellulaires visibles. Il semble que les cellules démarrent la phase aiguë de l'infection.
Le surnageant viral de 48 h est récolté et aliquoté en tubes.
8. Isolat CHIK-115: tapis cellulaire disjoint, amas cellulaires visibles, la nécrose cellulaire est peu fréquente, pas de débris cellulaires visibles. Le phénotype du tapis cellulaire est proche de celui observé pour le l'isolat CHIK-27 mais I'ECP est plus marqué. Le surnageant viral de 48 h est récolté et aliquoté en tubes.
4. Isolat CHIK-115: confluence à 50%. ECP marqué (++), phénotype d'infection virale différent des autres isolats. Présence de polycaryons non nécrotiques, cellules réfringentes.
EXEMPLE 5: ANALYSE DES ECPS OBSERVÉS SUR LES CELLULES C6136 INFECTÉES PAR LES VIRUS CHIK-27, -49, -115 P.1 APRES 48 HEURES.
Cellules C6/36 en boîte de 150 cm2 pdt 48 hrs) Inoculation virale (22/02/06) : 0,1 ml des inoculums viraux p.1 en C6/36 dans ml de milieu L-15 à 2% SVF pdt 2 heures. Volume de maintenance : 30 de milieu L-15 à 2% SVF.
5. Cellules non infectées : cellules individualisées saines, pas d'amas cellulaires, confluence à 75 %.
6. Isolat CHIK-27: tapis cellulaire disjoint, amas cellulaires visibles, la nécrose cellulaire est peu fréquente, pas de débris cellulaires visibles. Il semble que les cellules s'installent en chronicité d'infection après la phase aiguë à 24 h. Le surnageant viral de 48 h est récolté et aliquoté en tubes.
7. Isolat CHIK-49: ECP le plus marqué. Beaucoup d'amas cellulaires, tapis cellulaire disjoint, cellules à l'aspect nécrotique, pas de débris cellulaires visibles. Il semble que les cellules démarrent la phase aiguë de l'infection.
Le surnageant viral de 48 h est récolté et aliquoté en tubes.
8. Isolat CHIK-115: tapis cellulaire disjoint, amas cellulaires visibles, la nécrose cellulaire est peu fréquente, pas de débris cellulaires visibles. Le phénotype du tapis cellulaire est proche de celui observé pour le l'isolat CHIK-27 mais I'ECP est plus marqué. Le surnageant viral de 48 h est récolté et aliquoté en tubes.
17 EXEMPLE 6: ANALYSE DE L'ECP OBSERVÉ SUR LES CELLULES C6136 INFECTÉES PAR LE VIRUS CHIK-21 P.1 APRES 24 HEURES.
Cellules C6/36 en boîte de 150 cm2 pdt 48 hrs) Inoculation virale (24/02/06) : 0,1 ml de l'inoculum viral p.1 en C6/36 dans 10 ml de milieu L-15 à 2% SVF pdt 2 heures). Volume de maintenance : 30 de milieu L-à 2% SVF.
1. Cellules mock-infected : cellules individualisées saines, pas d'amas cellulaires, confluence à 75%.
2. Isolat CHIK-21 : RAS
EXEMPLE 7: ANALYSE DE L'ECP OBSERVÉ SUR LES CELLULES C6/36 INFECTÉES PAR LE VIRUS CHIK-21 P.1 APRES 48 HEURES.
1. Cellules mock-infected : cellules saines, amas cellulaires discrets, tapis cellulaire homogène et sain.
2. Isolat CHIK-21 : ECP modéré, tapis cellulaire disjoint, nécrose très modéré, polycaryons très isolés. Le surnageant viral de 48 h est récolté et aliquoté en tubes.
EXEMPLE 8: TITRAGE DES SOUCHES CHIK DE L'INVENTION PAR
IMMUNODETECTION FOCALE.
Des cellules d'Aedes pseudoscutellaris AP61 ont été cultivées pendant 24 heures dans une plaque de 24 puits pour culture de tissus. Des couches monocellulaires de cellules du moustique ont été lavées une fois avec Leibovitz L-15 puis 0.2 ml de Leibovitz L-15/2% FBS ont été ajoutés. Les cellules ont été
infectées avec le virus CHIK dilué 10 fois dans le Leibovitz L-1 5/2% FBS
(dilution à 0.2 ml) et incubées à 28 C pendant une heure (volume final : 0.4 ml). Le milieu de recouvrement (0.4 ml) consistant de Leibovitz L-15/2% FBS et de
Cellules C6/36 en boîte de 150 cm2 pdt 48 hrs) Inoculation virale (24/02/06) : 0,1 ml de l'inoculum viral p.1 en C6/36 dans 10 ml de milieu L-15 à 2% SVF pdt 2 heures). Volume de maintenance : 30 de milieu L-à 2% SVF.
1. Cellules mock-infected : cellules individualisées saines, pas d'amas cellulaires, confluence à 75%.
2. Isolat CHIK-21 : RAS
EXEMPLE 7: ANALYSE DE L'ECP OBSERVÉ SUR LES CELLULES C6/36 INFECTÉES PAR LE VIRUS CHIK-21 P.1 APRES 48 HEURES.
1. Cellules mock-infected : cellules saines, amas cellulaires discrets, tapis cellulaire homogène et sain.
2. Isolat CHIK-21 : ECP modéré, tapis cellulaire disjoint, nécrose très modéré, polycaryons très isolés. Le surnageant viral de 48 h est récolté et aliquoté en tubes.
EXEMPLE 8: TITRAGE DES SOUCHES CHIK DE L'INVENTION PAR
IMMUNODETECTION FOCALE.
Des cellules d'Aedes pseudoscutellaris AP61 ont été cultivées pendant 24 heures dans une plaque de 24 puits pour culture de tissus. Des couches monocellulaires de cellules du moustique ont été lavées une fois avec Leibovitz L-15 puis 0.2 ml de Leibovitz L-15/2% FBS ont été ajoutés. Les cellules ont été
infectées avec le virus CHIK dilué 10 fois dans le Leibovitz L-1 5/2% FBS
(dilution à 0.2 ml) et incubées à 28 C pendant une heure (volume final : 0.4 ml). Le milieu de recouvrement (0.4 ml) consistant de Leibovitz L-15/2% FBS et de
18 carboxyméthylcellulose (CMC) (1.6%) a été ajouté et les plaques de culture de tissus ont été incubées à 28 C pendant 2 jours. Des foyers de cellules infectées ont été visualisés par coloration immunologique (FIA). Les cellules ont été
lavées avec du PBS, fixées avec du paraformaldéhyde à 3% dans du PBS pendant 20 minutes, et perméabilisées avec du Triton X-100 à 0.5% dans du PBS pendant 4 minutes à température ambiante. Les cellules fixées ont été incubées pendant minutes à 37 C avec du liquide d'ascite de souris hyperimmunes contre le virus CHIK dilué à 1:200. Des immunoglobulines Ig anti-souris de chèvre conjugués avec la peroxidase (BioSys), ont été utilisés comme second anticorps (dilution 1:100) pendant 20 minutes à 37 C. Des foyers ont été visualisés avec un substrat insoluble de peroxidase. Le titre du virus CHIK est exprimé en nombre d'unités formant des foyers de cellules AP61 par millilitre (AP61 FFU/ml) d'inoculum.
. ' ....,.-.., ,,ee. ,..
.''., .rA> =e+'=_.~ ,....ly.4 J \,~ K 4 K.~' ~'' ' ', ~~~ '''' }' s ~y/ ~ . y ~Y fF _ . . ..~..~..~. ......a . . .. ..__ .. ._......---.,~ ...... . ~~ ~ ~,,,,' L'invention concerne également les polynucléotides issus des génomes du virus CHIK et insérés dans un vecteur contenu dans E. coli déposés à la CNCM
le 15 mars 2006 sous les numéros 1-3587; 1-3588; 1-3589 et 1-3590.
L'invention concerne également les souches recombinantes E. coli déposées à la CNCM le 15 mars 2006 sous les numéros I-3587; 1-3588; 1-3589 et 1-3590.
lavées avec du PBS, fixées avec du paraformaldéhyde à 3% dans du PBS pendant 20 minutes, et perméabilisées avec du Triton X-100 à 0.5% dans du PBS pendant 4 minutes à température ambiante. Les cellules fixées ont été incubées pendant minutes à 37 C avec du liquide d'ascite de souris hyperimmunes contre le virus CHIK dilué à 1:200. Des immunoglobulines Ig anti-souris de chèvre conjugués avec la peroxidase (BioSys), ont été utilisés comme second anticorps (dilution 1:100) pendant 20 minutes à 37 C. Des foyers ont été visualisés avec un substrat insoluble de peroxidase. Le titre du virus CHIK est exprimé en nombre d'unités formant des foyers de cellules AP61 par millilitre (AP61 FFU/ml) d'inoculum.
. ' ....,.-.., ,,ee. ,..
.''., .rA> =e+'=_.~ ,....ly.4 J \,~ K 4 K.~' ~'' ' ', ~~~ '''' }' s ~y/ ~ . y ~Y fF _ . . ..~..~..~. ......a . . .. ..__ .. ._......---.,~ ...... . ~~ ~ ~,,,,' L'invention concerne également les polynucléotides issus des génomes du virus CHIK et insérés dans un vecteur contenu dans E. coli déposés à la CNCM
le 15 mars 2006 sous les numéros 1-3587; 1-3588; 1-3589 et 1-3590.
L'invention concerne également les souches recombinantes E. coli déposées à la CNCM le 15 mars 2006 sous les numéros I-3587; 1-3588; 1-3589 et 1-3590.
19 T~ t- :,. e~~b ;in u~+ .r ~ av+~ s,. rr.alssa y~~Gs ~;r i"v t~~+ 4tiry ~psY
9~sni+r~y ..R~~~ , :c.tq ..~ ir~.~4ç= Z: i; ?9 3~ ~fi ~ tAÉd ~ 3lk$[ ?t' ?~ ~dti ~~ '~
ffi ~#
~~w : ~ :~ats~r+~ ~ce{ ; r ~l #~ e : ~ ~ ~a,2 ~..s ,~1? cti~ #~~ ~ ~ e ri;. .
r: dÃr~ i~~su ,c~~,= ~.~
~ 0 4% L a 0 i ~ 6 v IV i A !.N 0 'v LTI
~ T 4d 8? r OD
tb ao .. . . . . . _. . . . _ .. . ~.. .._ .. . . . . _. . .. . . ... . . . .. ..
.... .. . . ....... N :
O
O
W
F-' LO
m N
0) ~ 4 ~ 3: ~ ~ ~r .~ 4 E ~ k +~. # tI ~ ~ ~ ~ ~ 1 ï = 1 t!
W
m Lf) cli p $~ 4 L3 ~' ~ 0 ~
~~ ~ ~ w~ ~'~ u ~ a~ ~..~. e~s ~ ~ 7R ~ ~ ~ ~ ...R ..~ i~' ~ ~' ..~. ~ i,i ~ ~
~ . . . - . = . ~~
~ K ~ ~ = ~ ~ ~ z ~ ~ ' ~ 3d ~ ~i~ t I t ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~t r3 : K .,s_ ~ } r:: ~~â i~ ~~L : 6,. t/'-r: ~rafd ~iL? 's~!' 7 X k iiF Né M !~I eur W M
t%6 Lzt IQâ
~~~
M+9 î;e. .'l=_ t'.~ ?' :rts 1~GF MF ..'r: .n ,:ru tçû tii't1II l.ido ctiJ:_ Mt M.' ttii ut34 t(t~ pi.z ioz :=.L 6ur c~: :kat 76: 191 4Si M -. :?ti sIl 20 E@
:# . ti,: .. C> fxP i;f. fi? .l :: CG :1 3% v é
u=~~
x~ .3 z3 Z3a zà Z.3 ta 2la ~a '3 P3 i.3 L3 r3 as 23 z3 ts r3 23 s'3 ~a t3 C3 c3 1 J 0 ~rr,jyJyiiéJ uC sY: u~ ~i3 eruf K~+r. ~~~, ; i y. ~3.r, t~z.*,et Er, t~~
ckata~ :a~a t ~.:.y-u+ ir:n~:~..z ~ c~ ~wc aa~ti.~a : ca~= e: õrõ ~r c.,.y ~~~; =
~Z
~~~~~ ~. ~~~~t ~~ ~~-~~~~+~
t2 _2 ~2 FZ E2 E2 E2 ~2 L2 E5e isX 6K $K El E2 E? F-i E1 É, E1 Et El El ct Et EI c- i El El 2V-i 3'2 317 3ia '.~44 375 377 384 3M ~. 42 .t~ !j=} 16 5' 72 98 1C6 14,~ 145 1k: fi*~ ?m 2215 2blIcv 284 .s:'2 3S,_> 4a4 ~~7 t4476 91;0 ;4}3 fe5 's 's3:#,a W~,Ci 9E,9' 96Ç(3 ~~3 n ~,915 qo~ iC041 10W
102()S 1;;2w 1Z3W 7Z417 ~~)429 1 i57 3 1Ci'3~A tM~r~, 4Ct 7C iZM 108t5 !C~-58 11ZÃffi 112be.
624 E37 692 e43 etâ ~- i t.r'1 ic.Z r": Q 711 75E 1,9Z 79~ ffl <+J' !~'v ct5'.
~54 r~~4j 3 1034 1 û , '1 1 ~ IOG3 141 11 1187 12Iõs N 'T ! IR T S Y V a V F T V d S - 1% ',' a R E :i A 141 0 A 1 4~
~ T y v A 4f v c it ~ K ~ n A A ! T A K A A m 0 v T A
T v v A v ~ A t K ~ ~ A A 1 T A K A A m 0 +~ T A
1~ v v T T 1 C A V K e N A A i T K A A T' A
N M V V T m A 1 C A V K t t~ A A i T A K ~. v T A cn w N v T ~ 1 F N A I~ ! T A IK t. V A o Do ~D
m v T I rtit t~ i 3G A v x A K A A T ~ 00 N
w F-' Ui ~ Fà. ~ ._=r .-, . =ns .-,=s ~?~5~~~~ ~~: , ' ~. . ~'r~:~o~~ ~~s ~~r !?rrr a airsrr st~~~~
asP; rapt ntth nael ntpl ntl>j net rssx2 nsf+t ne2 ru~1.1 f4ft .sm nopA Ai#l ++%s. et~ UN 9wF4 g:t~x sPt . ~ : . ~ =': ~ 1i :'.~t ...,: 1 :.? i L:.~ ~r.. ~ a,'n t3,, Gd?;
K3 'W ~3'. l=.t~ ~.i :!'a!.~ Lé
~ hYi"ib~ii~_./~;~' ~' ... ~r: b'ri ~~. .. . ~' ~= . #T . " .. 1 I~ %É .t ~~UT
.~. ~ t yQ
c~w ?~a~ ; ~-r~ta 3~ âa= N
k~:1w 00 W
~D
W
N
O
O
rn O
w Ul
9~sni+r~y ..R~~~ , :c.tq ..~ ir~.~4ç= Z: i; ?9 3~ ~fi ~ tAÉd ~ 3lk$[ ?t' ?~ ~dti ~~ '~
ffi ~#
~~w : ~ :~ats~r+~ ~ce{ ; r ~l #~ e : ~ ~ ~a,2 ~..s ,~1? cti~ #~~ ~ ~ e ri;. .
r: dÃr~ i~~su ,c~~,= ~.~
~ 0 4% L a 0 i ~ 6 v IV i A !.N 0 'v LTI
~ T 4d 8? r OD
tb ao .. . . . . . _. . . . _ .. . ~.. .._ .. . . . . _. . .. . . ... . . . .. ..
.... .. . . ....... N :
O
O
W
F-' LO
m N
0) ~ 4 ~ 3: ~ ~ ~r .~ 4 E ~ k +~. # tI ~ ~ ~ ~ ~ 1 ï = 1 t!
W
m Lf) cli p $~ 4 L3 ~' ~ 0 ~
~~ ~ ~ w~ ~'~ u ~ a~ ~..~. e~s ~ ~ 7R ~ ~ ~ ~ ...R ..~ i~' ~ ~' ..~. ~ i,i ~ ~
~ . . . - . = . ~~
~ K ~ ~ = ~ ~ ~ z ~ ~ ' ~ 3d ~ ~i~ t I t ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~t r3 : K .,s_ ~ } r:: ~~â i~ ~~L : 6,. t/'-r: ~rafd ~iL? 's~!' 7 X k iiF Né M !~I eur W M
t%6 Lzt IQâ
~~~
M+9 î;e. .'l=_ t'.~ ?' :rts 1~GF MF ..'r: .n ,:ru tçû tii't1II l.ido ctiJ:_ Mt M.' ttii ut34 t(t~ pi.z ioz :=.L 6ur c~: :kat 76: 191 4Si M -. :?ti sIl 20 E@
:# . ti,: .. C> fxP i;f. fi? .l :: CG :1 3% v é
u=~~
x~ .3 z3 Z3a zà Z.3 ta 2la ~a '3 P3 i.3 L3 r3 as 23 z3 ts r3 23 s'3 ~a t3 C3 c3 1 J 0 ~rr,jyJyiiéJ uC sY: u~ ~i3 eruf K~+r. ~~~, ; i y. ~3.r, t~z.*,et Er, t~~
ckata~ :a~a t ~.:.y-u+ ir:n~:~..z ~ c~ ~wc aa~ti.~a : ca~= e: õrõ ~r c.,.y ~~~; =
~Z
~~~~~ ~. ~~~~t ~~ ~~-~~~~+~
t2 _2 ~2 FZ E2 E2 E2 ~2 L2 E5e isX 6K $K El E2 E? F-i E1 É, E1 Et El El ct Et EI c- i El El 2V-i 3'2 317 3ia '.~44 375 377 384 3M ~. 42 .t~ !j=} 16 5' 72 98 1C6 14,~ 145 1k: fi*~ ?m 2215 2blIcv 284 .s:'2 3S,_> 4a4 ~~7 t4476 91;0 ;4}3 fe5 's 's3:#,a W~,Ci 9E,9' 96Ç(3 ~~3 n ~,915 qo~ iC041 10W
102()S 1;;2w 1Z3W 7Z417 ~~)429 1 i57 3 1Ci'3~A tM~r~, 4Ct 7C iZM 108t5 !C~-58 11ZÃffi 112be.
624 E37 692 e43 etâ ~- i t.r'1 ic.Z r": Q 711 75E 1,9Z 79~ ffl <+J' !~'v ct5'.
~54 r~~4j 3 1034 1 û , '1 1 ~ IOG3 141 11 1187 12Iõs N 'T ! IR T S Y V a V F T V d S - 1% ',' a R E :i A 141 0 A 1 4~
~ T y v A 4f v c it ~ K ~ n A A ! T A K A A m 0 v T A
T v v A v ~ A t K ~ ~ A A 1 T A K A A m 0 +~ T A
1~ v v T T 1 C A V K e N A A i T K A A T' A
N M V V T m A 1 C A V K t t~ A A i T A K ~. v T A cn w N v T ~ 1 F N A I~ ! T A IK t. V A o Do ~D
m v T I rtit t~ i 3G A v x A K A A T ~ 00 N
w F-' Ui ~ Fà. ~ ._=r .-, . =ns .-,=s ~?~5~~~~ ~~: , ' ~. . ~'r~:~o~~ ~~s ~~r !?rrr a airsrr st~~~~
asP; rapt ntth nael ntpl ntl>j net rssx2 nsf+t ne2 ru~1.1 f4ft .sm nopA Ai#l ++%s. et~ UN 9wF4 g:t~x sPt . ~ : . ~ =': ~ 1i :'.~t ...,: 1 :.? i L:.~ ~r.. ~ a,'n t3,, Gd?;
K3 'W ~3'. l=.t~ ~.i :!'a!.~ Lé
~ hYi"ib~ii~_./~;~' ~' ... ~r: b'ri ~~. .. . ~' ~= . #T . " .. 1 I~ %É .t ~~UT
.~. ~ t yQ
c~w ?~a~ ; ~-r~ta 3~ âa= N
k~:1w 00 W
~D
W
N
O
O
rn O
w Ul
Claims (24)
1. Souche sauvage isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK) capable d'infecter des cellules humaines in vivo.
2. Souche sauvage selon la revendication 1, caractérisée en ce qu'elle est, sélectionnée dans le groupe constitué par les isolats CHIK-21, CHIK-27, CHIK-49 et CHIK-115.
3. Souche selon la revendication 1 ou 2, caractérisée en ce que son génome présente une séquence correspondant à la séquence illustrée à la Figure 1.
4. Souche selon la revendication 1 ou 2, caractérisée en ce que son génome présente une séquence correspondant à la séquence illustrée à la Figure 2.
5. Souche selon l'une quelconque des revendications là 3, caractérisée en ce que son génome présente une séquence correspondant à la séquence illustrée à la Figure 3.
6. Souche isolée ou purifiée du virus chikungunya (CHIK), caractérisée en ce qu'elle comprend au moins une mutation dans la protéine de l'enveloppe E2.
7. Souche selon la revendication 6, caractérisée en ce que la ou lesdites mutation(s) est (sont) située(s) dans l'ectodomaine de la protéine de l'enveloppe E2.
8. Souche selon la revendication 5 ou 7, caractérisée en ce que son génome comprend un codon K en position 160-162, un codon M en position 211-213, un codon T en position 469-471, un codon T en position 481-483, un codon M en position 532-534, un codon T en position 622-624, un codon R en position 790-792, un codon S en position 886-888, un codon M en position 925-927, et/ou un codon T en position 1021-1023, lesdites positions étant indiquées en référence à la Figure 4.
9. Un polynucléotide isolé ou purifié, caractérisé en ce que sa séquence est celle du génome de la souche définie à l'une quelconque des revendications 1 à 5.
10.Le polynucléotide selon la revendication 9, caractérisé en ce que sa séquence est choisie parmi les séquences des figures 1 à 3.
11. Fragment du polynucléotide selon la revendication 9 ou 10, caractérisé en ce qu'il est susceptible d'être obtenu, soit par l'utilisation d'enzymes de restriction dont les sites de reconnaissance et de coupure sont présents dans ledit polynucléotide selon la revendication 9 ou 10, soit par amplification à l'aide d'amorces oligonucléotidiques spécifiques dudit polynucléotide selon la revendication 9 ou 10, soit par transcription in vitro, soit par synthèse chimique.
12. Fragment selon la revendication 11, caractérisé en ce qu'il code pour la protéine d'enveloppe E2.
13. Fragment selon la revendication 11 ou 12, caractérisé en ce qu'il code pour l'ectodomaine de la protéine d'enveloppe E2.
14. Fragment selon la revendication 13, caractérisé en ce qu'il comprend une séquence sélectionnée dans le groupe constitué par les séquences de la figure 4, excluant la séquence correspondant à AF339485.
15. Vecteur de clonage et/ou d'expression recombinant, caractérisé en ce qu'il comprend un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14.
16. Cellule modifiée par un vecteur selon la revendication 15.
17. Polypeptide isolé ou purifié, caractérisé en ce qu'il est codé par le polynucléotide tel que défini à la revendication 9 ou 10, ou le fragment tel que défini selon l'une quelconque des revendications 11 à 14.
18.Anticorps ou fragment d'anticorps monoclonal ou polyclonal, susceptible d'être obtenu par immunisation d'un animal avec un vecteur selon la revendication 14 ou un polypeptide selon la revendication 17.
19. Utilisation d'un élément sélectionné dans le groupe constitué par :
a. une souche selon l'une quelconque des revendications 1 à 8;
b. un polynucléotide selon la revendication 9 ou 10;
c. un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14;
d. un vecteur selon la revendication 15;
e. une cellule selon la revendication 16;
f. un polypeptide selon la revendication 17; et g. un anticorps ou fragment d'anticorps selon la revendication 18, pour la détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose.
a. une souche selon l'une quelconque des revendications 1 à 8;
b. un polynucléotide selon la revendication 9 ou 10;
c. un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14;
d. un vecteur selon la revendication 15;
e. une cellule selon la revendication 16;
f. un polypeptide selon la revendication 17; et g. un anticorps ou fragment d'anticorps selon la revendication 18, pour la détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose.
20. Utilisation d'un élément sélectionné dans le groupe constitué par :
a. une souche selon l'une quelconque des revendications 1 à 8;
b. un polynucléotide selon la revendication 9 ou 10;
c. un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14;
d. un vecteur selon la revendication 15;
e. une cellule selon la revendication 16;
f. une protéine ou peptide selon la revendication 17; et g. un anticorps ou fragment d'anticorps selon la revendication 18, pour la préparation d'une composition permettant de prévenir et/ou traiter une arbovirose.
a. une souche selon l'une quelconque des revendications 1 à 8;
b. un polynucléotide selon la revendication 9 ou 10;
c. un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14;
d. un vecteur selon la revendication 15;
e. une cellule selon la revendication 16;
f. une protéine ou peptide selon la revendication 17; et g. un anticorps ou fragment d'anticorps selon la revendication 18, pour la préparation d'une composition permettant de prévenir et/ou traiter une arbovirose.
21. Kit ou coffret de détection d'un virus CHIK associé à une arbovirose, caractérisé en ce qu'il comprend au moins un élément sélectionné dans le groupe constitué par :
a. une souche selon l'une quelconque des revendications 1 à 8;
b. un polynucléotide selon la revendication 9 ou 10;
c. un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14;
d. un vecteur selon la revendication 15;
e. une cellule selon la revendication 16;
f. une protéine ou peptide selon la revendication 17; et g. un anticorps ou fragment d'anticorps selon la revendication 18, pour la préparation d'une composition permettant de prévenir et/ou traiter une arbovirose.
a. une souche selon l'une quelconque des revendications 1 à 8;
b. un polynucléotide selon la revendication 9 ou 10;
c. un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14;
d. un vecteur selon la revendication 15;
e. une cellule selon la revendication 16;
f. une protéine ou peptide selon la revendication 17; et g. un anticorps ou fragment d'anticorps selon la revendication 18, pour la préparation d'une composition permettant de prévenir et/ou traiter une arbovirose.
22. Une composition immunogène, caractérisée en ce qu'elle comprend au moins un élément sélectionné dans le groupe constitué par :
a. un polynucléotide selon la revendication 9 ou 10;
b. un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14;
c. un vecteur selon la revendication 15;
d. une protéine ou peptide selon la revendication 17; et e. un anticorps ou fragment d'anticorps selon la revendication 18.
a. un polynucléotide selon la revendication 9 ou 10;
b. un fragment selon l'une quelconque des revendications 11 à 14;
c. un vecteur selon la revendication 15;
d. une protéine ou peptide selon la revendication 17; et e. un anticorps ou fragment d'anticorps selon la revendication 18.
23. Polynucléotide issu du génome du virus CHIK contenu dans le plasmide de la souche E. coli déposé à la CNCM le 15/03/2006 sous les numéros I-3587; I-3588; I-3589 et I-3590.
24. E. coli contenant un polynucléotide du virus CHIK porté par un vecteur et déposé à la CNCM le 15/03/2006 sous les numéros I-3587; I-3588; I-3589 et I-3590.
Priority Applications (18)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CA002538898A CA2538898A1 (fr) | 2006-03-15 | 2006-03-15 | Nouvelles souches isolees et purifiees du virus chikungunya et sequences nucleotidiques et peptidiques, applications diagnostiques et immunogeniques |
| CA 2545597 CA2545597A1 (fr) | 2006-03-15 | 2006-04-04 | Nouvelles souches isolees et purifiees du virus chikungunya et sequences de polynucleotides et de polypeptides, utilisations immunogenes et diagnostiques connexes |
| PCT/IB2007/001716 WO2007105111A2 (fr) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Nouvelles souches isolées et purifiées du virus du chikungunya et leurs polynucléotides et séquences polypeptidiques, et leurs applications diagnostiques et immunogéniques |
| PT77348969T PT2001900E (pt) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Novas estirpes isoladas e purificadas do vírus chikungunya e sequências polinucleotídicas e polipeptídicas, suas utilizações diagnósticas e imunogénicas |
| JP2008558940A JP5923232B2 (ja) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | チクングンヤウイルスの新規な分離されかつ精製された株、並びにそのポリヌクレオチド及びポリペプチド配列、診断及び免疫原性の使用 |
| DK07734896.9T DK2001900T3 (en) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | HIS UNKNOWN ISOLATED AND PURIFIED STORES OF CHIKUNGUNYA VIRUS AND POLYNUCLEOTIDE AND POLYPEPTIME SEQUENCES, DIAGNOSTIC AND IMMUNOGENIC APPLICATIONS THEREOF |
| CA2646520A CA2646520C (fr) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Nouvelles souches isolees et purifiees du virus du chikungunya et leurs polynucleotides et sequences polypeptidiques, et leurs applications diagnostiques et immunogeniques |
| CA2579507A CA2579507C (fr) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Nouvelles souches isolees et purifiees du virus chikungunya et sequences polypeptidiques et polynucleotidiques, et utilisations connexes desdits produits comme composes immunogenes et pour tests de diagnostic |
| EP20120153717 EP2460822A3 (fr) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Nouvelles souches isolées et purifiées du virus du chikungunya, séquences de polynucléotides et polypeptides, utilisations diagnostiques et immunogéniques correspondantes |
| PL07734896T PL2001900T3 (pl) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Nowe wyizolowane i oczyszczone szczepy wirusa Chikungunya i sekwencje polinukleotydów i polipeptydów oraz ich zastosowania diagnostyczne i immunogeniczne |
| EP07734896.9A EP2001900B1 (fr) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Nouvelles souches isolées et purifiées du virus du chikungunya et leurs polynucléotides et séquences polypeptidiques, et leurs applications diagnostiques et immunogéniques |
| SI200731678T SI2001900T1 (sl) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Novi izolirani in očiščeni sevi chikunguny-a virusa in polinukleotidi in polipeptidna zaporedja, diagnostika in imunogenska uporaba le-teh |
| HUE07734896A HUE025076T2 (en) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | New isolated and purified Chikungunya virus strains and polynucleotides and polypeptide sequences, their diagnostic and immunogenic applications |
| AU2007226231A AU2007226231B2 (en) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Novel isolated and purified strains of Chikungunya virus and polynucleotides and polypeptides sequences, diagnostic and immunogenical uses thereof |
| ES07734896.9T ES2543839T3 (es) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Nuevas cepas del virus Chikungunya aisladas y purificadas y polinucleótidos y secuencias polipeptídicas, usos diagnósticos e inmunogénicos de las mismas |
| US12/225,111 US20100055105A1 (en) | 2006-03-15 | 2007-03-15 | Novel Isolated And Purified Strains Of Chikungunya Virus And Polynucleotides And Polypetide Sequences, Diagnostic And Immunogenical Uses Thereof |
| JP2012266306A JP6104584B2 (ja) | 2006-03-15 | 2012-12-05 | チクングンヤウイルスの新規な分離されかつ精製された株、並びにそのポリヌクレオチド及びポリペプチド配列、診断及び免疫原性の使用 |
| US14/335,065 US9442114B2 (en) | 2006-03-15 | 2014-07-18 | Isolated and purified strains of Chikungunya virus and polynucleotides and polypeptides sequences, diagnostic and immunogenical uses thereof |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CA002538898A CA2538898A1 (fr) | 2006-03-15 | 2006-03-15 | Nouvelles souches isolees et purifiees du virus chikungunya et sequences nucleotidiques et peptidiques, applications diagnostiques et immunogeniques |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CA2538898A1 true CA2538898A1 (fr) | 2007-09-15 |
Family
ID=38481144
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CA002538898A Abandoned CA2538898A1 (fr) | 2006-03-15 | 2006-03-15 | Nouvelles souches isolees et purifiees du virus chikungunya et sequences nucleotidiques et peptidiques, applications diagnostiques et immunogeniques |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CA (1) | CA2538898A1 (fr) |
-
2006
- 2006-03-15 CA CA002538898A patent/CA2538898A1/fr not_active Abandoned
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Vogt et al. | Human monoclonal antibodies against West Nile virus induced by natural infection neutralize at a postattachment step | |
| EP1697507B1 (fr) | Utilisation des proteines et des peptides codes par le genome d'une nouvelle souche de coronavirus associe au sras | |
| KR101464649B1 (ko) | 약독화된 뎅기 혈청형 1 균주 | |
| TW202222822A (zh) | 基於SARS-CoV-2的S抗原蛋白的疫苗和組合物 | |
| De Boer et al. | Rift Valley fever virus subunit vaccines confer complete protection against a lethal virus challenge | |
| EP1190257B1 (fr) | Detection precoce des flavivirus en utilisant la glycoproteine ns1 | |
| Tang et al. | Characterisation of a high-frequency gene encoding a strongly antigenic cystatin-like protein from Trichinella spiralis at its early invasion stage | |
| CA1280072C (fr) | Antigenes apparentes a la glycoproteine d'enveloppe du virus du sida, notamment precurseurs de cette glycoproteine, procedes d'obtention de ces antigenes et moyens mis en oeuvre dans ces procedes, applications de ces antigenes a la preparation de compositions immunogenes ou | |
| KR20080018271A (ko) | 약독화된 뎅기 혈청형 2 균주 | |
| Merino-Ramos et al. | Protection of a single dose west nile virus recombinant subviral particle vaccine against lineage 1 or 2 strains and analysis of the cross-reactivity with Usutu virus | |
| Hucke et al. | Prophylactic strategies to control chikungunya virus infection | |
| CN103476788A (zh) | 免疫原性屈曲病毒肽 | |
| BE1023213A1 (fr) | Complexes issus du cytomegalovirus et leurs utilisations | |
| KR20250088606A (ko) | 호흡기 세포융합 바이러스 백신 및 이의 제조 방법과 용도 | |
| CA2611924C (fr) | Polypeptides chimeriques et leurs applications therapeutiques contre une infection a flaviviridae | |
| EP1877558B1 (fr) | Preparation de complexes solubles proteine n-proteine p tronquee ou de proteine n soluble d'un virus de la famille des paramyxoviridae et leurs utilisations vaccinales | |
| CN113663063A (zh) | 登革病毒的修饰性mRNA疫苗 | |
| Allison et al. | Gene duplication and phylogeography of North American members of the Hart Park serogroup of avian rhabdoviruses | |
| CA2538898A1 (fr) | Nouvelles souches isolees et purifiees du virus chikungunya et sequences nucleotidiques et peptidiques, applications diagnostiques et immunogeniques | |
| EP2433645B1 (fr) | Nouveau vaccin contre la malaria | |
| WO1999009414A1 (fr) | Utilisation de proteines d'enveloppe recombinantes pour le diagnostic du virus de la dengue | |
| Jorge et al. | Isolation and characterization of a Brazilian strain of yellow fever virus from an epizootic outbreak in 2009 | |
| CN109476708A (zh) | 针对致关节炎甲病毒的疫苗 | |
| Tang et al. | Development of a novel virus-like particle-based vaccine for preventing tick-borne encephalitis virus infection | |
| CN101768575A (zh) | 双表达g基因的重组狂犬病病毒的构建及其生物学特性分析 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FZDE | Discontinued |