CA2404988A1

CA2404988A1 - Genome de listeria monocytogenes, polypeptides et utilisations

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Publication number: CA2404988A1
Application number: CA002404988A
Authority: CA
Inventors: Carmen Buchrieser; Lionel Frangeul; Elisabeth Couve; Christophe Rusniok; Hafida Fsihi; Pierre Dehoux; Olivier Dussurget; Farid Chetouani; Hafed Nedjari; Philippe Glaser; Frank Kunst; Pascale Cossart; Justin Daniels; Werner Goebel; Jurgen Kreft; Michael Kuhn; Eva Ng; Jose Antonio Vazquez-Boland; Gustavo Dominguez-Bernal; Patricia Garrido-Garcia
Original assignee: Institut Pasteur
Current assignee: Individual
Priority date: 2000-04-11
Filing date: 2001-04-11
Publication date: 2001-10-18
Also published as: EP1278853A2; WO2001077335A3; US20060078901A1; WO2001077335A2; JP2004507217A; AU2001254857A1

Abstract

La présente invention concerne la séquence génomique et des séquences nucléotidiques de Listeria monocytogenes EGD-e. L'invention a également pour objet les polypeptides de cet organisme, en particulier les polypeptides de surface ou d'enveloppe cellulaire, ou impliqués dans les différents cycles de métabolisme, en particulier la biosynthèse de vitamine B12. L'invention concerne aussi les utilisations des séquences décrites, ainsi que différents outils permettant l'identification de L. monocytogenes ou espèces associées.
L'invention concerne ausi des souches L. monocytogenes modifiées, ainsi que les compositions pharmaceutiques ou vaccinales utilisant les séquences de l'invention.

Description

GENOME DE Listeria monocytogerces, POLYPEPTIDES ET UTILISATIONS
L'invention a pour objet la séquence génomique et des séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides de Listeoia monocytogenes, tels que des polypeptides d'enveloppe cellulaire, sécrétés ou spécifiques, ou impliqués dans le métabolisme, dans le processus de réplication ou dans la virulence, ainsi que des vecteurs incluant lesdites séquences et cellules ou animaux transformés par ces vecteurs. L' invention concerne également des procédés de détection de ces acides nucléiques ou polypeptides et des kits de diagnostic d'infection par Listef°ia monocytogenes. L'invention vise aussi une méthode de sélection de composés capables de moduler l'infection bactérienne et un procédé de biosynthèse ou dè
biodégradation de molécules d'intérêt utilisant lesdites séquences nucléotidiques ou lesdits polypeptides. L'invention comprend enfin des compositions pharmaceutiques, notamment vaccinales, pour la prévention et/ou le traitement d'infections bactériennes, en particulier par Liste~ia naonocytogeyaes.
Listeria ~raonocytogenes est un pathogène intracellulaire facultatif. Il s'agit de l'agent étiologique de la listériose, une infection liée à la nourriture posant des problèmes de santé publique de plus en plus importants, avec un impact économique important pour l'industrie alimentaire européenne. La listériose est l'infection liée aux aliments la plus létale (mortalité d'environ 30 %).
Listenia naonocytogenes possède la propriété inhabituelle d'être capable de traverser trois barrières : La barrière intestinale, la barrière hémato-encéphalique et la barrière placentaire. Les manifestations cliniques de la listériose incluent les méningites, méningo-encéphalites, avortements et septicémies. Cette infection est opportuniste et affecte principalement les femmes enceintes, les bébés, les personnes âgées et les personnes immuno-déprimées en particulier les personnes atteintes du SIDA.
Cette maladie affecte apparemment également les individus sains et est responsable d'un nombre important d'épidémies en raison de produits alimentaires contaminés.
Listef-ia motzocytogenes est également d'une importance vétérinaire avec un risque principal pour les ovins (moutons) et les bovins. Listenia nZOfiocytogenes est particulièrement résistante au stress ou aux conditions extrémes et il est important

2 de rechercher sa présence avec soin non seulement pour des problèmes de sécurité
alimentaire mais également pour des problèmes de sécurité environnementale.
La carte physique et une carte génétique préliminaire du génome de Listef~ia morzocytogefaes ont été établies pour la souche L028. Néanmoins, aucune carte génétique fme n'est disponible pour l'instant. Le génome de cette bactérie est circulaire et comporte environ 3000 kilobases. Son contenu en GC est d'environ %. Les études des facteurs de virulence ont permis l'identiFie;âtior~ d''ûn locus de 15 kb qui peut être considéré comme étant un îlot de pathogénicité dans la mesure où il contient la plupart des gènes dont la fonction dans la virulénce a été
clairement identifiée. En plus de ce locus, quelques autres gènes ont été identifiés en particulier les gènes d'invasion et de motilité et des gènes qui codent pour une hydrolase muréine, une supéroxïde dismutase, des facteurs sigma, etc...
Une famille importante de protéines de Listeria naonocytogenes est la famille des protéines de surface. Les processus d'évolution ont permis le développement d'un nombre de mécanismes uniques sur les bactéries Gram+, par lesquels elles peuvent immobiliser des protéines à leur surface. Les fonctions de ces différentes protéines de parois cellulaires sont extrémement diverses.
Pourtant, beaucoup de protéines liées de façon covalente à la surface des pathogènes Gram+
sont estimées être importantes pour la survie du pathogène à l'intérieur de l'hôte infecté. Pour Listenia y~aonocytogenes, la capacité à pénétrer dans les cellules eukaryotes a été liée à une famille de protéines de surface et/ou sécrétées, les internalines. Jusqu'ici, neuf membres de la famille des internalines ont été
identifiés (InIA., InIB, InIC, InIC2, InID, InIE, InIF, InIG, InIH). On pense qu' elles sont ancrées dans la paroi cellulaire par un clivage protéolytique de la liaison T-G du motif LPxTG et que la liaison covalence du groupe carboxylique de la thréonine à
un groupe amino libre dans le peptidoglycane. Des études rëcentes ont montré
qu'il y avait deux classes d'internalines ; un groupe de protéines associées à la paroi cellulaire de haut point moléculaire (> 50 kDa) et un groupe de plus petites protéines (< 30 kDa) qui sont sécrétées. Ces deux classès possèdent des motifs similaires LRR très homologues, ainsi que les régions flanquantes LRR, et la séquence peptide-signal N-terminale. Les petites internalines (s-inl) ne possèdent pas la région répétée B et la séquence d'ancrage dans la paroi cellulaire et sont ainsi sécrétées.

3 L'étude de Listef~ia naortocytogenes demande de nouvelles approches, en particulier génétiques, afin d'améliorer la compréhension des , différentes voies métaboliques de cet organisme.
Ainsi, c'est un objet de la présente invention que de divulguer la séquence complète du génome de Listenia naonocytogenes EGD-e déposée à la CNCM 1e 11 avril 2000 sous le numéro I-2440 ainsi que de tous les gènes contenus dans cedit génome.
En effet, la connaissance du génome de cet organisme permet de mieux définir les interactions entre les différents gènes, tes différentes protéines, et par là-même, les différentes voies métaboliques. En effet, et contrairement à la divulgation de séquences isolées, la séquence génomique complète d'un organisme forme un tout, permettant d'obtenir immédiatement toutes les informations nécessaires à
cet organisme pour croître et fonctionner. ,e . , La présente invention concerne donc une séquence nucléotidique de Liste3~ia naonocytogenes caractérisée en ce qu'elle correspond à la séquence SEQ ID
N° 1.
La présente invention concerne également une séquence nucléotidique de Listes°ia naonocytogenes caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi a) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 %, 85 %, 90 %, 95 ou 98 % d'identité avec SEQ ID N° 1 ;
b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec SEQ ID N° 1 ;
c) une séquence nucléotidique complémentaire de SEQ ID
N° 1 ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), ou b), ou une séquence nucléotidique de 11AR3V correspondant ;
d) une séquence nucléotidique de fragment représentatif de SEQ ID N° 1, ou de fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c);
e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e).
De façon plus particulière, la présente invention a également pour objet les séquences nucléotidiques caractérisées en ce qu'elles sont issues de SEQ ID
N° I et y n ,', y. r ..

4 en ce qu'elles codent pour un polypeptide choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ û~ N° 2 à SEQ ID N° 2854, de préférence codant pour un polypeptide d'enveloppe cellulaire ou présent à la surface de Listeria naonocytogenes de séquence SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 41 ou codant pour un polypeptide impliqué
dans la biosynthèse de la vitamine B12 de séquence SEQ IlD N° 42 à'SEQ
ID N°64.
La présente invention concerne aussi de façon plus générale les séquences nucléotidiques issues de SEQ ID N° 1, et codant pour un polypeptide de L.
monocytogeraes, telles qu'elles peuvent être isolées à partir de SEQ ID
N° 1.
De plus, les séquences nucléotidiques caractérisées en ce qu' elles comprennent une séquence nucléotidique choisie parmi a) une sëquence nucléotidique codant pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID N° 2 à SEQ ID N°2854, de préférence choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 41 ou SEQ ID
N° 42 à
SEQ ID N° 64 ;
b) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 %, 8S %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 2854, de préférence choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID N° 2 à SEQ ID
N° 41 ou SEQIDN°42àSEQIDN°64;
c) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 2854, de préférence choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 41 ou SEQ ID
N° 42 à
SEQ ID N° 64 ;
d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c) ; .
e) une sëquence nucléotidique de fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e), sont également des objets de l'invention.
Par acide nucléique, séquence nucléique ou d'acide nucléique, polynucléotide, oligonucléotide, séquence de polynucléotide, séquence

5 PCT/FRO1/01118 nucléotidique, termes qui seront employés indifféremment dans la présente description, on entend désigner un enchainement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir un fragment ou une région d'un acide nucléique, comportant ou non des nucléotides non naturels, et pouvant correspondre aussi bien à un ADN double brin, un ADN simple brin que des produits de transcription desdits ADNs. Ainsi, les séquences nuclëiques selon l'invention englobent également les PNA (Peptid Nucleic Acid), ou analogues.
Il doit être compris que la présente invention ne concerne pas les séquences nucléotidiques dans leur environnement chromosomique naturel, c'est-à-dire à
l'état naturel. Il s'agit de séquences qui ont été isolées etlou purifiées, c'est-à-dire qu'elles ont été prélevées directement ou indirectement, par exemple par copie, leur environnement ayant été au moins partiellement modifié. On entend ainsi également désigner les acides nucléiques obtenus par synthèse chimique.
Par « pourcentage d'identité » entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés au sens de la présente invention, on entend désigner un pourcentage de nucléotides ou de rësidus d'acides aminés identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après le meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties au hasard et sur toute leur longueur. On entend désigner par "meilleur alignement" ou "alignement optimal", l'alignement pour lequel le pourcentage d'identité
déterminé
comme ci-après est le plus élevé. Les comparaisons de séquences entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés sont traditionnellement réalisées en comparant ces séquences après les avoir alignées de manière optimale, ladite comparaison étant réalisée par segment ou par « fenétre de comparaison » pour identifier et comparer les régions locales de similarité de séquence.
L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé, outre manuellement, au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Smith et Waterman (1981, Ad.
App. Math. 2 : 482), au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Neddleman et Wunsch (1970, J. Mol. Biol. 48 : 443), au moyen de la méthode de recherche de similarité de Pearson et Lipman (1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85 : 2444), au moyen de logiciels informatiques utilisant ces algorithmes {GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA et TFASTA dans le Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI). Afn d'obtenir

6 l'alignement optimal, on utilise de préférence le programme BLAST, avec la matrice BLOSUM 62. On peut également utiliser les matrices PAM ou PAM250.
Le pourcentage d'identité entre deux séquences d'açides nucléiques ou d'acides aminés est déterminé en comparant ces deux séquences alignées de manière optimale dans laquelle la séquence d'acides nucléiques ou d'acides aminés à comparer peut comprendre des additions ou des délétions par rapport à la séquence de référence pour un alignement optimal entre ces deux séquences. Le pourcentage d'identité est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour iesqueiles le nucléotide ou le résidu d'acide aminé est identique entre les deux séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions comparées et en multipliant le résultat obtenu par 100 pour obtenir le pourcentage d'identité entre ces deux séquences.
Par séquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence 85 % ou 90 %, de façon plus préférée 95 % voire 98 %, après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les séquences nucléiques présentant, par rapport à la séquence nucléique de référence, certaines modif cations comme en particulier une délétion, une troncation, un allongement, une fusion chimérique et/ou une substitution, notamment ponctuelle, et dont la séquence nucléique présente au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % ou 98 %, d'identité après alignement optimal avec la séquence nucléique de référence. Il s'agit de préférence de séquences dont les séquences complémentaires sont susceptibles de s'hybrider spécifiquement avec les séquences de référence. De préférence, les conditions d'hybridation spécifiques ou de forte stringence seront telles qu'elles assurent au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % ou 98 d'identité après alignement optimal entre l'une des deux séquences et la séquence complémentaire de l'autre.
Une hybridation dans des conditions de forte stringence signifie que les conditions de température et de force ionique sont choisies de telle manière qu'elles permettent le maintien de l'hybridation entre deux fragments d'ADN
complémentaires. A titre illustratif, des conditions de forte stringence de l'étape d'hybridation aux fins de définir les fragments polynucléotidiques décrits ci-dessus, sont avantageusement les suivantes.

7 L'hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN est réalisée en deux étapes : (1) préhybridation à 42°C pendant 3 heures en tampon phosphate (20 mM, pH
7,5) contenant S x SSC (1 x SSC correspond à une solution 0,15 M NaCI + 0,015 M
citrate de sodium), 50 % de formamide, 7 % de sodium dodécyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt's, 5 % de dextran sulfate et 1 % d"ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation proprement dite pendant 20 heures à une température dépendant de la taille de la sonde (i.e. : 42°C, pour une sonde de taille > 100 nucléotides) suivie de 2 lavages de 20 minutes à 20°C en 2 x SSC + 2 % SDS, 1 lavage de 20 minutes à
20°C en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0,1 x SSC +
0,1 % SDS pendant 30 minutes à 60°C pour une sonde de taille > 100 nucléotides.
Les conditions d'hybridation de forte stringence décrites ci-dessus pour un polynucléotide de taille définie, peuvent être adaptées par l'homme du métier pour des oligonucléotides de taille plus grande ou plus petite, selon l'enseignement de Sambrook et aL, {1989, Molecular cloning : a laboratory manual. 2°a Ed. Cold Spring Harbor).
De plus, par fragment représentatif de séquences selon l'invention, on entend désigner tout fragment nucléotidique présentant au moins 15 nucléotides, de préférence au moins 20, 25, 30, 50, 75, 100, 150, 300 et 450 nucléotides consécutifs de la séquence dont il est issu.
Par fragment représentatif, on entend en particulier une séquence nucléique codant pour un fragment biologiquement actif d'un polypeptide, tel que défini plus loin.
Par fragment représentatif, on entend également les séquences intergéniques, et en particulier les séquences nucléotidiques portant les signaux de régulation (promoteurs, termrnateurs, voire enhancers. . . ).
Parmi lesdits fragments représentatifs, on préfère ceux ayant des séquences nucléotidiques correspondant à des cadres ouverts de lecture, dénommés séquences ORFs (ORF pour « Open Reading Frame »), compris en général entre un codon d' initiation et un codon stop, ou entre deux codons stop, et codant pour des polypeptides, de préférence d'au moins 100 acides aminés, tel que par exemple, sans s'y limiter, les séquences ORFs qui seront décrites par la suite.

La numérotation des séquences nucléotidiques ORFs qui sera utilisée par la suite dans la présente description correspond à la numérotation des séquences d'acides aminés des protéines codées par lesdites ORFs.
Les fragments représentatifs selon l'invention peuvent être obtenus par exemple par amplification spécifique telle que la PCR ou après digestion par des enzymes de restriction appropriés de séquences nucléotidiques selon l'invention, cette méthode étant décrite en particulier dans l'ouvrage de Sambrook et al..
Lesdits fragments représentatifs peuvent également être obtenus par synthèse chimique lors que leur taille n'est pas trop importante, selon des méthodes bien connues de l'homme du métier.
Parmi les séquences contenant des séquences de l' invention, ou des fragments représentatifs, on entend également les séquences qui sont naturellement encadrées par des séquences qui présentent au moins 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou d'identitë avec les séquences selon l'invention.
Par séquence nucléotidique modifiée, on entend toute séquence nucléotidique obtenue par mutagénèse selon des techniques bien connues de l'homme du métier, et comportant des modifications, de préférence au maximum de nucléotides modifiés, par rapport aux séquences normales, par exemple des mutations dans les séquences régulatrices et/ou promotrices de l'expression du polypeptide, notamment conduisant à une modïfication du taux d'expression ou de l' activité dudit polypeptide.
Par séquence nucléotidique modifiée, on entend également toute séquence nucléotidique codant pour un polypeptide modifié tel que définit ci-après.
Les fragments représentatifs selon l' invention peuvent également être des sondes ou amorces, qui peuvent être utilisées dans des procédés de détection, d'identification, de dosage ou d'amplification de séquences nucléiques.
Une sonde ou amorce se définit, au sens de l'invention, comme étant un fragment d'acides nucléiques simple brin ou un fragment double brin dénaturé
comprenant par exemple de 12 bases à quelques kb, notamment de 15 à quelques centaines de bases, de préférence de 1 S à 50 ou 100 bases, et possédant une spécificité d'hybridation dans des conditions déterminées pour former un complexe d'hybridation avec un acide nucléique cible.

Les sondes et amorces selon l' invention peuvent être marquées directement ou indirectement par un composé radioactif ou non radioactif par des méthodes bien connues de l'homme du métier, afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.
Les séquences de polynucléotides selon l'invention non marquées peuvent être utilisées directement comme sonde ou amorce.
Les séquences sont généralement marquées pour obtenir des séquences utilisables pour de nombreuses applications. Le marquage des amorces ou des sondes selon l'invention est réalisé par des éléments radioactifs ou par des molécules non radioactives.
Parmi les isotopes radioactifs utilisés, on peut citer le 32P, le 33P, le 355, le 3H
ou le lzsI. Les entités non radioactives sont sélectionnées parmi les ligands tels la biotine, l'avidine, la streptavidine, la dioxygénine, les haptènes, les colorants, les agents luminescents tels que les agents radioluminescents, chémoluminescents, bioluminescents, fluorescents, phosphorescents.
Les polynucléotides selon l'invention peuvent ainsi être utilisés comme amorce et/ou sonde dans des procédés mettant en oeuvre notamment la technique de PCR (amplification en chaîne par polymérase) (Rolfs et al., 1991, Berlin :
Springer-Verlag). Cette technique nécessite le choix de paires d'amorces oligonucléotidiques encadrant le fragment qui doit être amplifié. On peut, par exemple, se référer à la technique décrite dans le brevet américain U.S. N° 4,683,202. Les fragments amplifiés peuvent être identifiés, par exemple après une :électrophorése en gel d'agarose ou de polyacrylamide, ou après une technique çhromatographique comme la filtration sur gel ou la chromatographie échangeuse d'ions, puis séquencés.
La spécificité de l'amplification peut être contrôlée en utilisant comme amorce les sëquences nucléotidiques de polynucléotides de l'invention comme matrice, des plasmides contenant ces séquences ou encore les produits d'amplification dérivés.
Les fragments nuciéotidiques amplifiés peuvent être utilisés comme réactifs dans des réactions d'hybridation afin de mettre en évidence la présence, dans un échantillon biologique, d'un acide nucléique cible de séquence complémentaire à
celle desdits fragments nucléotidiques amplifiés.
L'invention vise également les acides nucléiques susceptibles d'être obtenus par amplification à l'aide d'amorces selon l'invention.

D'autres techniques d'amplification de l'acide nucléique cible peuvent être avantageusement employées comme alternative à la PCR (PCR-like) à l' aide de couple d'amorces de séquences nucléotidiques selon l'invention. Par PCR-like on entend désigner toutes les méthodes mettant en oeuvre des reproductions directes ou 5 indirectes des séquences d'acides nucléiques, ou bien dans lesquelles les systèmes de marquage ont été amplifiés, ces techniques sont bien entendu connues, en général il s'agit de l'amplification de l'ADN par une polymérase ; lorsque l'échantillon d'origine est un ARN il convient préalablement d'effectuer une transcription reverse. II existe actuellement de très nombreux procédés permettant 10 cette amplification, comme par exemple la technique SDA (Strand Displacement Amplification) ou technique d'amplification à déplacement de brin (Walker et al., 1992, Nucleic Acids Res. 20 : 1691), la technique TAS (Transcription-based Amplification System) décrite par Kwoh et al. (1989, Proc.'Natl. Acad. Sci.
USA, 86, 1173), la technique 3SR (Self Sustained Sequence Replication) décrite par Guatelli et al. (1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 1874), la technique NASBA
(Nucleic Acid Sequence Based Amplification) décrite par Kievitis et al. (1991, J.
Virol. Methods, 35, 273), la technique TMA (Transcription Mediated Amplification), la technique LCR (Ligase Chain Reaction) décrite par Landegren et al. {1988, Science 241, 1077), la technique de RCR (Repair Chain Reaction) décrite par Segev (1992, Kessler C. Springer Verlag, Berlin, New-York, 197-205), la technique CPR (Cycling Probe Reaction) décrite par Duck et al. ( 1990, Biotechniques, 9, 142), la technique d'amplification à la Q-béta-réplicase décrite par Miele et al. (1983, J. Mol. Biol., 171, 281). Certaines de ces techniques ont depuis été perfectionnées.
Dans le cas où le polynucléotide cible à détecter est un ARNm, on utilise avantageusement, préalablement à la mise en oeuvre d'une réaction d'amplification à l'aide des amorces selon l'invention ou à la mise en oeuvre d'un procédé de détection à l'aide des sondes de l'invention, une enzyme de type transcriptase inverse afin d'obtenir un ADNc à partir de l'ARNm contenu dans l'échantillon biologique. L' ADNc obtenu servira alors de cible pour les amorces ou les sondes mises en oeuvre dans le procédé d'amplification ou de détection selon l'invention.
La technique d'hybridation de sondes peut être réalisée de manières diverses (Matthews et al., 1988, Anal. Biochem., 169, 1-25). La méthode la plus générale consiste à immobiliser l'acide nucléique extrait des cellules de différents tissus ou de cellules en culture sur un support (tels que la nitrocellulose, le nylon, le polystyrène) et à incuber, dans des conditions bien définies, l'acide nucléique Bible immobilisé avec la sonde. Après l'hybridation, l'excès de sonde est éliminë et les molécules hybrides formées sont détectées par la méthode appropriée (mesure de la radioactivité, de la fluorescence ou de l'activité enzymatique liée à la sonde).
Selon un autre mode de mise en aeuvre des sondes nucléiques selon l'invention, ces dernières peuvent être utilisées comme sondes de capture.
Dans ce cas, une sonde, dite « sonde de capture », est immobilisée sur un support et sert à
capturer par hybridation spécifique l'acide nucléique cible obtenu à partir de l'échantillon biologique à tester et l'acide nucléique cible est ensuite détecté grâce à
une seconde sonde, dite « sonde de détection », marquée par un élément facilement détectable.
Parmi tes fragments d'acides nucléiques intéressants, il faut ainsi citer en particulier les oligonucléotides anti-sens, c'est-à-dire dont la structure assure, par hybridation avec la séquence cible, une inhibition de l'expression du produit correspondant. Il faut également citer les oligonucléotides sens qui, par interaction avec des protéines impliquées dans la régulation de l'expression du produit correspondant, induiront soit une inhibition, soit une activation de cette expression.
De façon préférée, les sondes ou amorces sëlon l'invention sont immobilisées sur un support, de manière covalente ou non covalente. En particulier, le support peut être une puce à ADN ou un filtre à haute densité, également objets de la présente invention.
On entend désigner par puce à ADN ou filtre haute densité, un support sur lequel sont fixées des séquences d'ADN, chacune d'entre elles pouvant être repérée par sa localisation géographique. Ces puces ou filtres diffërent principalement par leur taille, le matériau du support, et éventuellement le nombre de séquences d'ADN qui y sont fixées.
On peut fixer les sondes ou amorces selon la première invention sur des supports solides, en particulier les puces à ADN, par différents procédés de fabrication. En particulier, on peut effectuer une synthèse itz situ par adressage photochimique ou par jet d'encre. D'autres techniques consistent à effectuer une synthèse ex situ et à fixer les sondes sur le support de la puce à ADN par adressage mécanique, électronique ou par jet d'encre. Ces différents procédés sont bien connus de l'homme du métier.
Une séquence nucléotidique (sonde ou amorce) selon l'invention permet donc la détection et/ou l'amplification de séquences nucléiques spécifiques.
En particulier, la détection de cesdites séquences est facilitée lorsque la sonde est fixée sur une puce à ADN, ou à un filtre haute densité.
L'utilisation de puces à ADN ou de filtres à haute densité permet en effet de déterminer l'expression de gènes dans un organisme présentant une séquence génomique proche de L. naonocytogerres EGD-e.
La séquence génomique de L. monocytogenes EGD-e, complétée par l'identification de tous les gènes de cet organisme, telle que présentée dans la présente invention, sert de base à la construction de ces puces à ADN ou filtre.
La préparation de ces filtres ou puces consiste à synthétiser des oligonucléotides, correspondant aux extrémités 5' et 3' des gènes. Ces oligonucléotides sont choisis en utilisant la séquence génomique et ses annotations divulguées par la présente invention. La température d'appariement des ces oligonucléotides aux places correspondantes sur l'ADN doit être approximativement la même pour chaque oligonucleotide. Ceci permet de préparer des fragments d'ADN correspondants à chaque gène par l'utilisation de condition de PCR appropriées dans un environnement hautement automatisée. Les fragments amplifiés sont ensuite immobilisés sur des filtres ou des supports en verre, silicium ou polymères synthétiques et ces milieux sont utilisés pour l'hybridation.
La disponibilité de tels filtres et/ou puces et de la séquence génomique correspondante annotée permet d'étudier l'expression de grands ensembles, voire de la totalité des génes dans les micro-organismes associés à Listeria mohocytogerres, en préparant les ADN complémentaires, et en les hybridant à l'ADN ou aux oligonucléotides immobilisés sur les filtres ou les puces. Egalement, les filtres et/ou les puces permettent d'éiudier la variabilité des souches ou des~espèces, en préparant l'ADN de ces organismes et en les hybridant à l'ADN ou aux oligonucléotides immobilisés sur les filtres ou les puces.
Les différences entre les séquences génomiques des différentes souches ou espèces peuvent grandement affecter l'intensité de l'hybridation et, par conséquent, perturber l'interprétation des résultats. Il peut donc être nécessaire d'avoir la séquence précise des gènes de la souche que l'on souhaite étudier. La méthode de détection des gènes décrite plus loin en détail, impliquant la détermination de la séquence de fragments aléatoires d'un génome, et les organisant d'après la séquence du génome complet de Listet~ia naonocytogenes EGD-e divulgué dans la présente invention, peut être trës utile.
Les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent étre utilisées dans des puces à ADN pour effectuer l'analyse de mutations. Cette analyse repose sur Ia constitution de puces capables d'analyser chaque base d'une séquence nucléotidique selon l'invention. On pourra notamment à cette fin mettre en couvre les techniques de micro-séquençage sur puce à ADN. Les mutations sont détectées par extension d'amorces immobilisées hybridant à la matrice des séquences analysées, juste en position adjacente de celle du nucléotide muté recherché. Une matrice simple-brin, ARN ou ADN, des séquences à analyser sera avantageusement préparée selon des méthodes classiques, à partir de produits amplifiés selon les techniques de type PCR. Les matrices d'ADN simple brin, ou d'ARN ainsi obtenues sont alors déposées sur la puce à ADN, dans des conditions permettant leur hybridation spécifique aux amorces immobilisées. Une polymérise thermostable, par exemple la Tth ou la Taq ADN polymérise, étend spécifiquement l'extrémité 3' de l'amorce immobilisée avec un analogue de nucléotide marqué complémentaire du nucléotide en position du site variable; par exemple un cycle thermique est réalisé en présence des didéoxyribonucléotides fluorescents. Les conditions expérimentales seront adaptées notamment aux puces employées, aux amorces immobilisées, aux polymérises employées, et au système de marquage choisi. Un avantage du microsëquençage, par rapport aux techniques basées sur l'hybridation de sondes, est qu'il permet d'identifier tous les nucléotides variables avec une discrimination optimale dans des conditions de réactions homogènes; utilisé sur des puces à
ADN, il permet une résolution et une spécificité optimales pour la détection routinière et industrielle de mutations en multiplex.
L'utilisation des filtres à haute densité etlou des puces permet ainsi d'obtenir des connaissances nouvelles sur la régulation des gènes dans les organismes d'importance industrielle, et en particulier les listéria propagées dans diverses conditions. Elle permet aussi une identification rapide des différences entre les génomes des souches utilisées dans de multiples applications iridustriélles.

14 .
En outre, une puce à ADN ou un filtre peut être un outil extrêmement intéressant pour la détermination, la détection et/ou l'identification d'un microorganisme. Ainsi, on préfère également les puces à ADN selon l'invention qui contiennent en outre au moins une séquence nucléotidique d'un microorganisme autre de Listeria »zonocytoge»es, immobilisée sur le support de ladite puce.
De préférence, le microorganisme choisi l'est parmi les bactéries du genre Listeria (ci-après désignées comme bactéries associées à L. »zozzocytoge»es), ou les variants de Listez°ia mo»ocytogezzes EGD-e.
Une puce à ADN ou un filtre selon l'invention est un élément très utile de certains kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de microorganismes, en particulier les bactéries appartenant à l'espèce Listef~icc »zozzocytoge»es ou les microorganismes associés, également objets de l'invention.
Par ailleurs, les puces à ADN ou les filtres selon l'invention, contenant des sondes ou amorces spécifiques de Listeria mofzocytogetzes, sont des éléments trés avantageux de kits ou nécessaires pour la détection etlou la quantification de l' expression de gènes de Listel°ia »zo»ocytogenes (ou de microorganismes associés).
En effet, le contrôle de l'expression des gènes est un point critique pour optimiser la croissance et le rendement d'une souche, soit en permettant l'expression d'un ou plusieurs gènes nouveaux, soit en modifiant l'expression de gènes déjà
présents dans la cellule. La présente invention fournit l'ensemble des séquences naturellement actives chez L. morzocytogezzes permettant l'expression des gènes.
Elle permet ainsi la détermination de l'ensemble des séquences exprimées chez L.
»zotzocytogenes. Elle fournit également un outil permettant de repérer les gënes dont l'expression suit un schéma donné. Pour réaliser cela, l'ADN de tout ou partie des gènes de L. monocytogenes peut être amplifié grâce à des amorces selon l'invention, puis fixé à un support comme par exemple le verre ou le nylon ou une puce à
ADN, afin de construire un outil permettant de suivre le profil d'expression de ces gènes.
Cet outil, constitué de ce support contenant les séquences codantes sert de matrice d'hybridation à un mélange de molécules marquées reflétant les ARN messagers exprimés dans la cellule (en particulïer les sondes marquées selon l'invention). En répétant cette expérience à différents instants et en combinant l'ensemble de ces données par un traitement approprié, on obtient alors les profils d'expression de (ensemble de ces gènes. La connaissance des séquences qui suivent un schéma de régulation donnée peut aussi être mise à profit pour rechercher de manière dirigée, par exemple par homologie, d'autres séquences suivant globalement, mais de manière légèrement différente le même schéma de régulation. En complément, il est possible d'isoler chaque séquence de contrôle présente en amont des segments 5 servant de sondes et d'en suivre l'activité à l'aide de moyen approprié
comme un gène rapporteur (luciférase, (3-galactosidase, GFP pour « Green Fluorescent Protein »). Ces séquences isolées peuvent ensuite être modifiées et assemblées par ingénierie métabolique avec des séquences d'intérêt en vue de leur expression optimale.
10 Grâce à la séquence génomique présentée dans la présente invention, l'homme du métier saura identifier les gènes codant pour des protéines régulant la transcription des gènes de L. monocytogenes. Par ailleurs, le tableau I
fournit la liste des phases ouvertes de lecture (ORF pour « Open Reading Frame) identifiées sur le génome de Liste~ia ~aofzocytogertes (SEQ ID N° 1), avec leur position sur ledit 15 génome, et les fonctions putatives qui peuvent leur être attribuées.
Toutefois, une telle liste ne doit pas être considérée comme limitative, une protéine pouvant faire avoir plusieurs rôles dans la cellule.
Modifier la structure ou l'intégrité de ces gènes pourra permettre de modifier l'expression des gènes cibles contrôlés par des promoteurs cibles de ces régulateurs.
Ainsi, l'homme du métier pourra choisir le ou les régulateurs pertinents pour l'application recherchée ainsi que leur cible, ce qui permet l'optimisation de l'expression de gènes d'intérêt. L'utilisation des outils précédemment décrits tels les puces à ADN, permet aussi de repérer l'ensemble des gènes dont la régulation est modifiée par l'inactivation de certains gènes. Il est ainsi possible de sélectionner un ensemble de séquence de contrôle répondant, à des nuances près, à un même type de régulation. Ces séquences peuvent être alors utilisées pour contrôler l'expression de gènes d'intérêt. , L'invention concerne également les polypeptides codés par une séquence nucléotidique selon l'invention, de préférence, par un fragment représentatif de la séquence SEQ ID N° 1 et correspondant à une séquence ORF, telle que décrite dans le tableau I. En particulier, les polypeptides de Listet~icc naotaocytogenes caractérisés en ce qu'ils sont choisis parmi les polypeptides de séquence SEQ ID N°
2 à SEQ ID

N° 2854, de préférence de séquence SEQ ID N° 2 à SEQ ID
N° 41 et SEQ ID N° 42 à SEQ ID N° 64 sont objet de l'invention.
L'invention comprend également les polypeptides caractérisés en ce qu'ils comprennent un polypeptide choisi parmi a) un polypeptide selon l'invention ;
b) un polypeptide présentant au moins 80 % de préférence 85 %, 90 %, 95 et 98 % d'identité avec un polypeptide selon l'invention ;
c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ;
d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ou c) ; et e) un polypeptide modifié d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b), c) ou d).
Les séquences nucléotidiques codant pour les polypeptides décrits précédemment sont également objet de l'invention.
Dans la présente description, les termes polypeptides, séquences polypeptidiques, peptides et protéines sont interchangeables.
Il doit être compris que l'invention ne concerne pas les polypeptides sous forme naturelle, c'est-à-dire qu'ils ne sont pas pris dans leur environnement naturel mais qu'ils ont pu être isolés ou obtenus par purification à partir de sources naturelles, ou bien obtenus par recombinaison génétique, ou par synthèse chimique, et qu'ils peuvent alors comporter des acides aminés non naturels comme cela sera décrit plus loin.
Par polypeptide présentant un certain pourcentage d'identité avec un autre, que l'on désignera également par polypeptide homologue, on entend désigner les polypeptides présentant par rapport aux polypeptides naturels, certaines modifications, en particulier une délétion, addition ou substitution d'au moins un acide aminé, une troncation, un allongement, une solution chimérique et/ou une mutation, ou les polypeptides présentant des modifications post-traductionnelles.
Parmi les polypeptides homologues, on préfère ceux dont la séquence d'acides aminés présentent au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % et 98 d'homologie avec les séquences d'acides aminés des polypeptides selon l'invention.
Dans le cas d'une substitution, un ou plusieurs acides) aminés) consécutifs) ou non consécutifs) sont remplacés par des acides aminés « équivalents ».
L'expression « acides aminés équivalents » vise ici à désigner tout acide aminé
susceptible d'être substitué à l'un des acides aminés de la structure de base sans cependant modifier essentiellement les activités biologiques des peptides ,.
correspondant et telles qu'elles seront définies par la suite.
Ces acides aminés équivalents peuvent être déterminés soit en s'appuyant sur leur homologie de structure avec les acides aminés auxquels ils se substituent, soit sur des résultats d'essais comparatifs d'activité biologique entre les différents polypeptides susceptibles d'être effectués.
A titre d'exemple, on mentionne les possibilités de substitution susceptibles d'être effectuées sans qu'il résulte en une modification approfondie de l'activité
biologique du polypeptide modifié correspondant. On peut remplacer ainsi la leucine par la valine ou l'isoleucine, l'acide aspartique par l'acide glutamine, la glutamine par l'asparagine, l'arginine par la lysine, etc... les substitutions inverses étant naturellement envisageables dans les mêmes conditions;
Les polypeptides homologues correspondent également aux polypeptides codés par les séquences nucléotidiques homologues ou identiques, telles que définies précédemment et comprennent ainsi dans la présente définition des polypeptides mutés ou correspondant à des variations inter ou intra espèces, pouvant exister chez Listes°ia, et qui correspondent notamment à des troncatures, substitutions, délétions et/ou additions, d'au moins un résidu d'acides aminés.
Il est entendu que l'on calcule le pourcentage d'identité entre deux polypeptides de la même façon qu'entre deux séquences d'acides nucléiques.
Ainsi, le pourcentage d'identité entre deux polypeptides est calculé après alignement optimal de ces deux séquences, sur une fenêtre d'homologie maximale. Pour définir ladite fenêtre d'homologie maximale, on peut utilïser les mêmes algorithmes que pour les sëquences d'acide nucléique.
Par fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l' invention, on entend désigner en particulier un fragment de polypeptide, tel que défini ci-après, présentant au moins une des caractéristiques biologiques des polypeptides selon l'invention, notamment en ce qu'il est capable d'exercer de maniëre génërale une activité même partielle, tel que par exemple - une activité enzymatique (métabolique) ou une activité pouvant être impliquée dans la biosynthèse ou la biodégradation de composés organiques ou inorganiques ;
- une activité structurelle (enveloppe cellulaire, molécule chaperonne, ribosome) ;
~ une activité de transport (d'énergie, d'ion) ; ou dans la sécrétion de protéine ;
- une activité dans le processus de réplication, amplification, préparation, transcription, traduction ou maturation, notamment de l'ADN, de l'ARN
ou des protéines.
Par fragment de polypeptides selon l'invention, on entend désigner un polypeptide comportant au minimum 5 acides aminés, de préférence 10, 15, 25, 50, 100 et 150 acides aminés.
Les fragments de polypeptides peuvent correspondre à des fragments isolés ou purifiés naturellement présents dans les souches de Listenia, ou à des fragments qui peuvent être obtenus par clivage dudit polypeptide par une enzyme protéolitique telle que la trypsine ou la chymotrypsine ou la collagënase, par un réactif chimique (bromure de cyanogène, CNBr) ou en plaçant ledit polypeptide dans un environnement très acide (par exemple à pH = 2,5). Des fragments polypeptidiques peuvent également être préparés par synthèse chimique, à partir d'hôtes transformés par un vecteur d'expression selon l'invention qui contiennent un acide nucléique permettant l'expression dudit fragment, et placé sous le contrôle des éléments de régulation et/ou d'expression appropriés.
Par « polypeptide modifié » d'un polypeptide selon l'invention, on entend désigner un polypeptide obtenu par recombinaison gënétique ou par synthèse chimique comme décrit plus loin, qui présente au moins une modification par rapport à la séquence normale, de préférence au plus 10 % d'acides aminés modifiés par rapport à la séquence normale. Ces modifications peuvent être notamment portées sur des acides aminés nécessaires pour la spécificité ou l'efficacité
de l'activité, ou à l'origine de la conformation structurale, de la charge, ou de l'hydrophobicité du polypeptide selon l'invention. On peut ainsi créer des polypeptides d'activité équivalente, augmentée ou diminuée, ou de spécificité
équivalente, plus étroite ou plus large. Parmi les polypeptides modifiés, il faut citer '! 9 les polypeptides dans lesquels jusqu'à cinq acides aminés peuvent être modifiés, tronqués à l'extrémité N ou C-terminale, ou bien délétés, ou ajoutés.
Comme cela est indiqué, les modifications d'un polypeptide ont pour objectif notamment - de permettre sa mise en oeuvre dans des procédés de biosynthèse ou de biodégradation de composés organiques ou inorganiques, - de permettre sa mise en oeuvre dans des procédés de réplication, d'amplification, de réparation et règle de transcription, de traduction, ou de maturation notamment de l' ADN, l' ARN, ou de protéines, - de permettre sa sécrétion améliorée, - de modifier sa solubilité, l'efficacité ou la spécificité de son activité, ou encore de faciliter sa purification.
La synthèse chimique présente également l'avantage de pouvoir utiliser des acides aminés non naturels ou des liaisons non peptidiques. Ainsi, il peut être intéressant d'utiliser des acides aminés non naturels, par exemple sous forme D, ou des analogues d'acides aminés, notamment des formes souffrées.
La présente invention fournit la séquence nucléotidique du génome de Listenia nZOraocytogerzes EGD-e, ainsi que certaines séquences polypeptidiques.
L'homme du métier pourra déterminer les autres ORFs, en utilisant des méthodes connues, et des logiciels appropriés.
Parmi les gènes identifiés dans la séquence génomique de L.
monocytogenes, on peut citer en particulier les gènes impliqués dans la biosynthèse de la vitamine B 12 (SEQ ID N° 42 à SEQ ID N° 64). Cette bactérie est ainsi capable de synthétiser naturellement cette vitamine, et la connaissance des gènes menant à leur synthèse permet à l'homme du métier d'optimiser l'expression de ces gènes ou de les modifier en vue d'augmenter la production de cette vitamine.
Ainsi, la présente invention a également pour objet un procédé de production de la vitamine B 12, caractérisé en ce que l'on fournit 1e substrat de départ à une cellule hôte contenant les gènes correspondant à SEQ ID N° 42 à SEQ ID
N° 64, que l'on la cultive dans les conditions appropriées pour la production de vitamine B
12, et que l'on récupère ladite vitamine. De préférence, la cellule hôte est une cellule bactërienne, de façon plus préférée, une bactérie du genre Bacilles ou Listeria. Un procédé de production de la vitamine B 12 utilisant une séquence nucléique, ou polypeptidique selon l'invention, ou une cellule hôte selon l'invention ou un animal ou un végétal selon l'invention est également un objet de la présente invention.
De manière générale, la liste des séquences SEQ ID, ou leur séquence nucléique codante correspondante pourra être déterminée par l'homme de l'art à
5 parti des fonctions putatives les plus probables déterminées pour chacune des séquences SEQ ID dans le tableau 1 ci-après pour chacune des classes d'activité
répertorié ci-après.
Ainsi et de manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide 10 de Listej~ia moraocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthése de la vitamine B12. De préférence, il s'agit d'un polypeptide de séquence SEQ ID
N°
42 à SEQ ID N° 64.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide d'enveloppe 15 cellulaire ou présent à la surface de Listeria morzocytogenes ou un de ses fragments.
De préférence, il s'agit d'un polypeptide de séquence SEQ ID N° 2 à
SEQ ID N°
41.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lister~ia 20 rnonocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des acides aminés.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria naonocytogey~es ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria naofzocytogeraes ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogefaes ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listel°ia naonocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique.
De manière préférée, l' invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Liste~ia naonocytogerzes ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria nzonocytogefzes ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listenia »ZOnocytogeraes ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listel°ia naoraocytogetaes ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listenia monocytogeraes ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription.
De manière préférée, l'invention est relative à une sëquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria rnonocytogetaes ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listenia monocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listenia nao~ocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon L'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'eue code pour un polypeptide de Listeria paon~cytogenes ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide spécifique de Liste~ia monocytogenes ou un de ses fragments.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lïsterza monocytogeraes ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse de la vitamine B12. De préférence, il s'agit d'un polypeptide de séquence SEQ ID
N° 42 à SEQ ID N° 64.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide d'enveloppe cellulaire ou de surface de Listef~ia naonocytogenes ou un de ses fragments. De préférence, il s'agit d'un polypeptide de séquence SEQ m N° 2 à
SEQ ID N° 41.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listef~ia moraocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des acides aminés.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listes°ia naonocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria naonocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central.
Sous un autre aspect, de maniére préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractërisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listej~ia monocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listenia nZOnocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agït d'un polypeptide de Listey~ia moraocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listenia moaocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractërisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogeraes ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription.
Sous un autre aspect, de maniëre préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de ListeYia nZOnocytogeraes ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listezria morzocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Liste>"ia nzozzocytogezzes ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria zzzozzocytogezzes ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide spécifique de Listeria mozzocytogezzes ou un de ses fragments.
Il est important de noter toutefois qu'un organisme vivant est un tout et doit être pris comme tel. Ainsi, afin de pouvoir se développer et d'exhiber ses propriétés, tout organisme a besoin d'interactions entre les différentes voies métaboliques.
Ainsi, la classification énoncée ci-dessus ne doit pas être considérée comme limitative, un gène pouvant être impliqué dans deux voies métaboliques distinctes.
La présente invention a également pour objet les séquences nucléotidiques et/ou de polypeptides selon l'invention, caractérisées en ce que lesdites séquences sont enregistrées sur un support d'enregistrement dont la forme et la nature facilitent la lecture, l'analyse et/ou l'exploitation de ladite ou desdites séquence(s).
Ces supports peuvent ëgalement contenir d'autres informations extraites de la présente invention, notamment les analogies avec des séquences déjà connues, et/ou des informations concernant les séquences nucléotidiques et/ou de polypeptides d'autres microorganismes afin de faciliter l'analyse comparative et l'exploitation des résultats obtenus.
Parmi cesdits supports d'enregistrement, on préfère en particulier les supports lisibles par un ordinateur, tels les supports magnétiques, optiques, électriques ou hybrides, en particulier les disquettes informatiques, les CD-ROM, les serveurs informatiques. De tels supports d'enregistrement sont également objet de l' invention.
Les supports d'enregistrement selon l'invention, avec les informations 5 apportées, sont très utiles pour le choix d'amorces ou de sondes nucléotidiques pour la détermination de gènes dans Liste~ia naonocytogenes ou souches proches de cet organisme. De même, l'utilisation de ces supports pour l'étude du polymorphisme génétique de souche proche de Listericc nzonocytogenes, en particulier par la détermination des régions de colinéarité, est très utile dans la mesure où ces 10 supports fournissent non seulement la séquence nucléotidique du génome de Listel°icc monocytogefaes egb, mais également l'organisation génomique dans ladïte séquence. Ainsi, les utilisations de supports d'enregistrement selon l'invention sont également des objets de l'invention.
L'analyse d'homologie entre différentes séquences s'effectue en effet 15 avantageusement à l'aide de logiciels de comparaisons de séquences, tels le logiciel Blast, ou les logiciels de la trousse GCG, décrits précédemment.
L'invention vise également les vecteurs de clonage et/ou d'expression, qui contiennent une séquence nucléotidique selon l'invention. On préfère en parüculier, les séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides d'enveloppe cellulaire 20 ou de surface, ou impliqués dans Ia machinerie cellulaire, en particulier la sécrétion, le métabolisme intermédiaire central, en particulier la production de sucre, le métabolisme énergétique, les processus de synthèse de la vitamine B 12, de transcription et de traduction, de synthèse de polypeptides.
Les vecteurs selon l'invention comportent de préférence des éléments qui 25 permettent l'expression et/ou la sécrétion des séquences nucléotidiques dans une cellule hôte déterminée.
Le vecteur doit alors comporter un promoteur, des signaux d'initiation et de terminaison de la traduction, ainsi que des régions appropriées de régulation de la transcription. Il doit pouvoir être maintenu de façon stable dans la cellule hôte et peut éventuellement posséder des signaux parüculiers qui spécifient la sécrétion de la protéine traduite. Ces différents éléments sont choisis et optimisés par l'homme du métier en fonction de l'hôte cellulaire utilisé. A cet effet, les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent être insérées dans des vecteurs à

réplication autonome au sein de l'hôte choisi, ou être des vecteurs intégratifs de l'hôte choisi.
De tels vecteurs sont préparés par des méthodes couramment utilisées par l'homme du métier, et les clones résultant peuvent être introduits dans un hôte approprié par des méthodes standards, telle que la lipofection, l'électroporation, le choc thermique, ou des méthodes chimiques.
Les vecteurs selon l'invention sont par exemple des vecteurs d'origine plasmidique ou virale. Ils sont utiles pour transformer des cellules hôtes afin de cloner ou d'exprimer les séquences nucléotidiques selon l'invention.
L'invention comprend également les cellules hôtes transformées par un vecteur selon l'invention.
L'hôte cellulaire peut être choisi parmi des systèmes procaryotes ou eucaryotes, par exemple les cellules bactëriennes mais également les cellules de levure ou les cellules animales, en particulier les cellules de mammifères. On peut ëgalement utiliser des cellules d'insectes ou des cellules de plantes. Les cellules hôtes préférées selon l'ïnvention sont en particulier les cellules procaryotes, de préférence les bactéries appartenant au genre Lister~ia, à l'espèce Liste~ia mon~cytogeraes, ou les microorganismes associés à l'espéce Listej°ia naof7ocytogenes. L'invention concerne également les animaux, excepté l'homme, qui comprennent une cellule transformée selon l'invention. Les cellules transformées selon l'invention sont utilisables dans des procédés de préparation de polypeptides recombinants selon l'invention. Les procédés de préparation d'un polypeptide selon l'invention sous forme recombinante, caractérisés en ce qu'ils mettent en oeuvre un vecteur et/ou une cellule transformée par un vecteur selon l'invention sont eux-mêmes compris dans la présente invention. De préférence, on cultive une cellule transformée par un vecteur selon l'invention dans des conditions qui permettent l'expression dudit polypeptide et on récupère ledit peptide recombinant. Les cellules hôtes selon l'invention peuvent également être utilisées pour la préparation de compositions alimentaires, qui sont elles-mêmes objet de la présente invention.
Ainsi qu'il a été dit, l'hôte cellulaire peut être choisi parmi des systèmes procaryotes ou eucaryotes. En particulier, il est possible d'identifier des séquences nucléotidiques selon l'invention, facilitant la sécrétion dans un tel système procaryote ou eucaryote. Un vecteur selon l'invention portant une telle séquence peut donc être avantageusement utilisé pour la production de protéines recombinantes, destinées à être sécrétées. En effet, la purification de ces protéines recombinantes d'intérêt sera facilité par le fait qu'elles sont présentent dans le surnageant de la culture cellulaire plutôt qu'à l'intérieur des cellules hôtes.
On peut également préparer les polypeptides selon l' invention par synthëse chimique. Un tel procédé de préparation est également un objet de l'invention.
L'homme du métier connaît les procédés de synthèse chimique, par exemple les techniques mettant en oeuvre des phases solides (voir notamment Steward et aL, 1984, Solid phase peptides synthesis, Pierce Chem. Company, Rockford, 111, 2ème éd., (1984)) ou des techniques utilisant des phases solides partielles, par condensation de fragments ou par une synthèse en solution classique. Les polypeptides obtenus par synthèse chimique et pouvant comporter des acides aminës non naturels correspondant sont également compris dans l'invention.
'! 5 L'invention est en outre relative à des polypeptides hybrides présentant au moins un polypeptide ou un de ses fragments selon l'invention, et une séquence d'un polypeptide susceptible d'induire une réponse immunitaire chez l'homme ou l' animal.
Avantageusement, le déterminant antigénique est tel qu'il est susceptible d'induire une réponse humorale et/ou cellulaire.
Un tel déterminant pourra comprendre un polypeptide ou un de ses fragments selon l'invention sous forme glycosylée utilisé en vue d'obtenir des compositions immunogènes susceptibles d'induire la synthèse d'anticorps dirigés contre des épitoges multiples. Lesdits polypeptides ou leurs fragments glycosylés font également partie de l' invention.
Ces molécules hybrides peuvent être constituées en partie d'une molécule porteuse de polypeptides ou de leurs fragments selon l'invention, associée à
une partie éventuellement immunogëne, en particulier un épitoge de Ia toxine diphtérique, la toxine tétanique, un antigëne de surface du virus de l'hépatite B
(brevet FR 79 21811 ), l' antigène VP 1 du virus de la poliomyélite ou toute autre toxine ou antigène viral ou bactérien.
Les procédés de synthèse des molécules hybrides englobent les méthodes utilisées en génie génétique pour construire des séquences nucléotidiques hybrides codant pour les séquences polypeptidiques recherchées. On pourra, par exemple, se référer avantageusement à la technique d'obtention de génes codant pour des protéines de fusion décrite par Minton en 1984.
Lesdites séquences nucléotidiques hybrides codant pour un polypeptide hybride ainsi que les polypeptides hybrides selon l'invention caractérisés en ce qu'il s'agit de polypeptides recombinants obtenus par l'expression desdites séquences nucléotidiques hybrides, font également partie de l'invention.
L'invention comprend également Ies vecteurs caractérisés en ce qu'ils contiennent une desdites séquences nucléotidiques hybrides. Les cellules hôtes transformées par lesdits vecteurs, les animaux transgéniques comprenant une desdites cellules transformées ainsi que les procédés de préparation de polypeptides recombinants utilisant lesdits vecteurs, lesdites cellules transformées et/ou lesdits animaux transgéniques font bien entendu également partie de l'invention.
Le couplage entre un polypeptide selon l'invention et un polypeptide immunogène, peut être effectué par voie chimique, ou par voie biologique.
Ainsi, selon l'invention, il est possible d'introduire un ou plusieurs éléments) de liaison, notamment des acides aminés pour faciliter les réactions de couplage entre le polypeptide selon l'invention, et le polypeptide immunostimulateur, le couplage covalent de l'antigène immunostimulateur pouvant être réalisé à l'extrémité N
ou C-terminale du polypeptide selon l'invention. Les réactifs bifonctionnels permettant ce couplage sont déterminés en fonction de l' extrémité choisie pour réaliser ce couplage, et les techniques de couplage sont bien connues de l'homme du métier.
Les conjugués issus d'un couplage de peptides peuvent être également prëparés par recombinaison génétique. Le peptide hybride (conjugué) peut en effet être produit par des techniques d'ADN recombinant, par insertion ou addition à
la séquence d'ADN codant pour le polypeptide selon l'invention, d'une séquence codant pour le ou les peptides) antigène(s), immunogènes) ou haptène(s). Ces techniques de préparation de peptides hybrides par recombinaison génétique sont bien connues de l'homme du métier (voir par exemple Makrides, 1996, Microbiological Reviews 60,512-538).
De préférence, ledit polypeptide immunitaire est choisi dans le groupe des peptides contenant les anatoxines, notamment le toxoïde diphtérique ou le toxoïde tétanique, les protéines dérivées du Streptocoque (comme la protéine de liaison à la séralbumine humaine), les protéines membranaires OMPA et les complexes de protéines de membranes externes, les vésicules de membranes externes ou les protéines de chocs thermiques.
Les polypeptides hybrides selon l'invention sont très utiles pour obtenir des anticorps monoclonaux ou polyclonaux, capables de reconnaître spécifiquement les polypeptides selon l'invention. En effet, un polypeptide hybride selon l'invention permet la potentiation de la réponse immunitaire, contre le polypeptide selon l'invention couplé à la molécule immunogëne. De tels anticorps monoclonaux ou polyclonaux, leurs fragments, ou les anticorps chimériques, reconnaissant les polypeptides selon l'invention, sont également objets de l'invention.
Les anticorps monoclonaux spécifiques peuvent être obtenus selon la méthode classique de culture d'hybridome décrite par K~hler et Milstein (1975, Nature 256, 49S).
Les anticorps selon l'invention sont par exemple des anticorps chimériques, des anticorps humanisés, des fragments Fab, ou F(ab')2. Il peut également se présenter sous forme d'immunoconjugué ou d'anticorps marqué afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.
Ainsi, les anticorps selon l'invention peuvent être employés dans un procédé
pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listej°ia ~zonocytogenes ou à un microorganisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes a) mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'invention ;
b) mise en évidence du complexe antigène-anticorps éventuellement formé.
Les anticorps selon la présente invention sont également utilisables afin de détecter une expression d'un gène de Listeria naorzocytogetaes ou de microorganismes associés. En effet, la présence du produit d'expression d'un gëne reconnu par un anticorps spécifique dudit produit expression peut être détectée par la présence d'un complexe antigène-anticorps formé après la mise en contact de la souche de Lister~ia naonocytogenes ou du microorganisme associé avec un anticorps selon l'invention. La souche bactérienne utilisée peut avoir été « préparée », c'est-à-dire centrifugée, lysée, placée dans un réactif approprié pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique. En particulier, on préfère un procédé

de détection de l'expression dans le gène, correspondant à un Western blot, pouvant être effectué après une électrophorèse sur gel de polyacrylamide d'un lysat de la souche bactérienne, en présence ou en l'absence de conditions réductrices (SDS-PAGE). Après migration et séparation des protéines sur le gel de polyacrylamide, 5 on transfère lesdites protéines sur une membrane appropriée (par exemple en nylon) et on détecte la présence de Ia protéine ou du polypeptide d'intérêt, par mise en contact de ladite membrane avec un anticorps selon l'invention.
Ainsi, la présente invention comprend également les kits ou nécessaires pour la mise en oeuvre d'un procédé tel que décrit (de détection de l'expression d'un gène 10 de Listeria r~aonocytogenes ou d'un microorganisme associé, ou pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listef~ia monocytogenes ou un microorganisme associé), comprenant les éléments suivants a) un anticorps polyclonal ou monoclonal selon l' invention ;
b) éventuellement, les réactifs pour la constitution du milieu propïce à la 15 réaction immunologique ;
c) éventuellement, les réactifs permettant la mise en évidence des complexes antigène-anticorps produits par la réaction immunologique.
Les polypeptides et les anticorps selon l'invention peuvent avantageusement être immobilisés sur un support, notamment une puce à protéines. Une telle puce à
20 protéines est un objet de l'invention, et peut également contenir au moins un polypeptide d'un microorganisme autre que Listej°ia nZOraocytogenes ou un anticorps dirigé contre un composé d'un microorganisme autre que Lister~ia monocytogenes.
Les puces à protéines ou filtres à haute densité contenant des protéines selon l'invention peuvent être construits de la même manière que les puces à ADN
selon 25 l'invention. En pratique, on peut effectuer la synthèse des polypeptides fxés directement sur la puce à protéines, ou effectuer une synthèse ex situ suivie d'une étape de fixation du polypeptide synthétisé sur ladite puce. Cette dernière méthode est préférable, lorsque l'on désire fixer des protéines de taille importante sur le support, qui sont avantageusement préparées par génie génétique. Toutefois, si l'on 30 ne désire fixer que des peptides sur le support de ladite puce, il peut être plus intéressant de procéder à la synthèse desdits peptides directement ira situ.
Les puces à protéines selon l'invention peuvent être avantageusement utilisées dans des kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries associées à l'espèce Listez~ia monocytogenes ou à un microorganisme, ou de façon plus générale dans des kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de microorganismes. Lorsque l'on fixe les polypeptides selon l'invention sur les puces à ADN, on recherche la présence d'anticorps dans les échantillons testés, la fixation d'un anticorps selon l'invention sur le support de Ia puce à protéines permettant l'identification de la protéine dont ledit anticorps est spécifique.
De préférence, on fixe un anticorps selon l'invention sur le support de la puce à protéines, et on détecte la présence de l'antigène correspondant, spécifique de Listeria zzzotzocytogezzes ou d'un microorganisme associé.
Une puce à protéines ci-dessus décrite peut être utilisée pour la détection de produits de gènes, pour établir un profil d'expression desdits gènes, en complément d'une puce à ADN selon l'invention.
Les puces à protéines selon l'invention sont également extrêmement utiles pour les expériences de protéomique, qui étudie les interactions entre les différentes protéines d'un microorganisme donné. De façon simplifiée, on fixe des peptides représentatifs des différentes protéines d'un organisme sur un support. Puis, on met ledit support en contact avec des protéines marquées, et après une étape optionnelle de rinçage, on détecte des interactions entre lesdites protéines marquées et les peptides fixés sur la puce à protéines.
Ainsi, les puces à protéines comprenant une séquence polypeptidique selon l'invention ou un anticorps selon l'invention sont objet de l'invention, ainsi que les kits ou nécessaires les contenant.
La présente invention couvre également un procédé de détection et/ou d'identification de bactéries appartenant à l'espèce ListeYia monocytogezzes ou à un microorganisme associé dans un échantillon biologique, qui met en oeuvre une séquence nucléotidique selon l'invention.
Il doit être entendu que le terme échantillon biologique concerne dans la présente invention les échantillons prélevés à partir d'un organisme vivant (en particulier sang, tissus, organes ou autres prélevés à partir d'un mammifère) ou un échantillon contenant du matériel biologique, c'est-à-dire de l'ADN. Un tel échantillon biologique englobe donc les compositions alimentaires contenant des bactéries (par exemple les fromages, les produits laitiers), mais également des compositions alimentaires contenant des levures (bières, pains} ou autres.
Le procédé de détection et/ou d'identification mettant en oeuvre les séquences nucléotidiques selon l'invention peut être de diverse nature.
On préfère un procédé comportant les étapes suivantes a) éventuellement, isolement de l'ADN à partir de l'échantillon biologique à
analyser, ou obtention d'un ADNc à partir de l'ARN de l'échantillon biologique ;
b) amplification spécifique de l'ADN de bactéries appartenant à l'espèce Lisiericr monocytogenes ou à un micro-organisme associé à l'aide d'au moins une amorce selon l'invention ;
c) mise en évidence des produits d'amplification.
Ce procédé est basé sur l'amplification spécifique de l'ADN, en particulier par une réaction d'amplification en chaîne.
On préfère également un procédé comprenant les étapes suivantes a) mise en contact d'une sonde nucléotidique selon l'invention avec un échantillon biologique, l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique ayant, le cas échéant, préalablement été rendu accessible à
. l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à
l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Listeria nzonocytogeraes ou à un micro-organisme associé ;
b) mise en évidence de l'hybride éventuellement formé entre la sonde nucléotidique et l'ADN de l'échantillon biologique.
Un tel procédé ne doit pas être limité à la détection de la présence de l' ADN
contenu dans l'échantillon biologique attesté, il peut être également mis en oeuvre pour détecter l'ARN contenu dans ledit échantillon. Ce procédé englobe en particulier les Southern et Northern blot.
Un autre procédé préféré selon l'invention comprend les étapes suivantes a) mise en contact d'une sonde nucléotidique immobilisée sur un support selon l'invention avec un échantillon biologique, l'acide nucléique de l'échantillon, ayant, le cas échéant, été préalablement rendu accessible à
l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à

l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Listeria »zofzocytoge»es ou à un micro-organisme associé ;
b) mise en contact de l'hybride formé entre la sonde nucléotidique immobilisée sur un support et l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique, le cas échéant après élimination de l'ADN de l'échantillon biologique n'ayant pas hybridé avec la sonde, avec une sonde nucléotidique marquée selon l'inventïon ;
c) mise en évidence du nouvel hybride formé à l'étape b).
Ce procédé est avantageusement utilisé avec une puce à ADN selon l'invention, l'acide nucléique recherché s'hybridant avec une sonde présente à
la surface de ladite puce, et étant détecté par l'utilisation d'une sonde marquée. Ce procédé est avantageusement mis en oeuvre en combinant une étape préalable d'amplification de l'ADN ou de l'ADN complémentaire obtenu éventuellement par transcription inverse, à l'aide d'amorces selon l'invention.
Ainsi, la présente invention englobe également les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listef~ia monocytogeyzes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants :
a) une sonde nucléotidique selon l' invention ;
b) éventuellement, les réactifs nécessaires à la mise en oeuvre d'une réaction d'hybridation ;
c) éventuellement, au moins une amorce selon l'invention ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN-De même, la présente invention englobe également les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listezlia »zozzocytogerzes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants a) une sonde nucléotidique, dite sonde de capture, selon l' invention;
b) une sonde oligonucléotidique, dite sonde de révélation, selon l' invention ;
c) éventuellement, au moins une amorce selon l'invention ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.

Enfin, les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listenia ~ionocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants a) au moins une amorce selon l'invention ;
b) éventuellement, les réactifs nécessaires pour effectuer une réaction d'amplification d'ADN ;
c) éventuellement, un composant permettant de vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement une sonde oligonuclëotidique selon l'invention.
sont également objets de Ia présente invention.
De préférence, lesdites amorces et/ou sondes et/ou polypeptides et/ou anticorps selon la présente invention utilisés dans les procédës et/ou kits ou nécessaires selon la présente invention sont choisis parmi les amorces et/ou sondes et/ou polypeptides et/ou anticorps spécifiques de l'espèce Listenia nzoraocytogefaes.
De manière préférée, ces éléments sont choisis parmi les séquences nucléotidiques condant pour une protéine sécrétée, parmi les polypeptides sécrétés, ou parmi les anticorps dirigés contre des polypeptides sécrétés de Lister~ia monocytogef~es.
La présente invention a également pour objet les souches de Listeria naonocytogenes et/ou de microorganismes associés contenant une ou plusieurs mutations) dans une séquence nucléotidique selon l'invention, en particulier une séquence ORF, ou leurs éléments régulateurs (en particulier promoteurs).
On préfère, selon la présente invention, les souches de Listef~ia ~aoyaocytogeyzes présentant une ou plusieurs mutations) dans les séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides impliqués dans la machine cellulaire, en particulier la sécrétion, le métabolisme intermédiaire central, le métabolisme énergétique, les processus de synthèse des acides aminés, de transcription et de traduction, de synthèse des polypeptides.
Lesdites mutations peuvent mener à une inactivation du gène, ou en particulier lorsqu'elles sont situées dans les éléments régulateurs dudit gène, à une surexpression de celui-ci.
L'invention concerne en outre l'utilisation d'une séquence nucléotidique selon l'invention, d'un polypeptide selon l'invention, d'un anticorps selon l'invention, d'une cellule selon l'invention, et/ou d'un animal transformé
selon l'invention, pour Ia sélection de composé organique ou inorganique capable de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, et/ou de modifier la réplication cellulaire de cellules eucaryotes ou procaryotes ou capables d'induire, d'inhiber ou d'aggraver les pathologies liées à une infection par ListeYia 5 zzzozzocytogezzes ou un de ses mïcro-organismes associés.
L'invention comprend également une méthode de sélection de composés capables de se lier à un polypeptide ou un de ses fragments selon l'invention, capables de se lier à une séquence nucléotidique selon l'invention, ou capable de reconnaître un anticorps selon la revendication, et/ou capables de moduler, de 10 réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, et/ou de modifier la croissance ou la réplication cellulaire de cellules eucaryotes ou procaryotes, ou capables d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez un organisme animal ou humain les pathologies liées à une infection par Listez-la »zonocyiogezzes, ou un de ses micro-organïsmes associés, caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes 15 suivantes a) mise en contact dudit composé avec ledit polypeptide, ladite séquence nucléotidique, avec une cellule transformée selon l'invention et/ou admïnistration dudit composë à un animal transformé selon l'invention;
b) détermination de la capacité dudit composé à se lier avec ledit 20 polypeptide ou ladite séquence nucléotidique, ou de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, ou de moduler la croissance ou la réplication cellulaire, ou d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez ledit animal transformé les pathologies liées à une infection par Listez°ia znozzocytogenes ou un de ses micro-organismes 25 associés.
Les cellules et/ou les animaux transformés selon l'invention, pourront avantageusement servir de modèle et étre utilisés dans des procédés pour étudier, identifier et/ou sélectionner des composés susceptibles d'être responsables de pathologies induites ou aggravées par Listeria zzzonocytogenes, ou susceptibles de 30 prévenir et/ou de traiter ces pathologies comme par exemple les maladies génitales, oculaires ou systémiques, notamment du système lymphatique. En particulier, les cellules hôtes transformées, notamment les bactéries de la famille des Listez°iae dont la transformation par un vecteur selon l'invention peut par exemple accroître ou inhiber son pouvoir infectieux, ou moduler les pathologies habituellement induites ou aggravées par l'infection, pourront être utilisées pour infecter des animaux dont on suivra l'apparition des pathologies. Ces animaux non transformés, infectés par exemple avec des bactéries Listeriae transformées, pourront servir de modèle d'étude. De la même manière, les animaux transformés selon l'invention pourront être utilisés dans des procédés de sélection de composés susceptibles de prévenir et/ou de traiter les maladies dues à Listenia. Lesdits procédés utilisant lesdites cellules transformées et/ou animaux transformés, font partie de l' invention.
Les composés susceptibles d'être sélectionnés peuvent être des composés organiques tels que des polypeptides ou hydrates de carbone ou tous autres composés organiques ou inorganiques déjà connus, ou des composés organiques nouveaux ëlaborés à partir de techniques de modélisation moléculaire et obtenus par synthèse chimique ou biochimique, ces techniques étant connues de l'homme de l'art.
Lesdits composés sélectionnés pourront être utilisés pour moduler la croissance et/ou la réplication cellulaire de Listet~ia naoyaocytogeraes ou tout autre micro-organisme associé et ainsi pour contrôler l'infection par ces micro-organismes. Lesdits composés selon l'invention pourront également être utilisés pour moduler la croissance et/ou la réplication cellulaire de toutes cellules eucaryotes ou procaryotes, notamment les cellules tumorales et les micro-organismes infectieux, pour lesquelles lesdits composés s'avéreront actifs, les méthodes permettant de déterminer lesdites modulations étant bien connues de l' ho mme de l' art.
On entend désigner par composé capable de moduler la croissance d'un micro-organisme tout composé permettant de d'intervenir, de modifier, de limiter et/ou de réduire le développement, la croissance, la vitesse de prolifération et/ou la viabilité dudit micro-organisme.
Cette modulation peut être réalisée par exemple par un agent capable de se lier à une protéine et ainsi d'inhiber ou de potentialiser son activité
biologique, ou capable de se lier à une protéine membranaire de la surface extérieure d'un micro-organisme et de bloquer la pénétration dudit micro-organisme dans la cellule hôte ou de favoriser l'action du système immunitaire de (organisme infecté dirigé à
l'encontre dudit micro-organisme. Cette modulation peut être également réalisée par un agent capable de se lier à une séquence nucléotidique d'un ADN ou ARN d'un micro-organisme et de bloquer par exemple l'expression d'un polypeptide dont l'activité biologique ou structurelle est nécessaire à la croissance ou à la reproduction dudit micro-organisme.
On entend désigner par micro-organisme associé dans la présente invention, tout micro-organisme dont l'expression de gène peut être modulée, régulée, induite ou inhibée, ou dont la croissance ou la réplication cellulaire peut être également modulée par un composé de l'invention. On entend désigner également par micro-organisme associé dans la présente invention, tout micro-organisme comportant des séquences nucléotidiques ou des polypeptides selon l'invention. Ces micro organismes peuvent dans certains cas comporter des polypeptides ou des séquences nucléotidiques identiques ou homologues à celles de l'invention pourront également être détectés et/ou identifiés par les procédés ou kit de détection et/ou d'identification selon l'invention et également servir de cible pour les composés de l'invention.
L'invention concerne les composés susceptibles d'être sélectionnés par une méthode de sélection selon l'invention.
L'invention concerne également une composition pharmaceutique comprenant un composé choisi parmi les composés suivants a) une séquence nucléotidique selon l'invention ;
b) un polypeptide selon l'invention ;
c) un vecteur selon l'invention ;
d) un anticorps selon l'invention ; et e) un composé susceptible d'être sélectionné par une méthode de sélection selon l'invention, éventuellement en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
On entend désigner par quantité efficace, une quantité suffisante dudit composé ou anticorps, ou de polypeptide de l'invention, permettant de moduler la croissance de Listez°ia nzonocytogenes ou d'un micro-organisme associé.
L'invention concerne aussi une composition pharmaceutique selon l'invention pour la prévention ou le traitement d'une infection par une bactérie appartenant à l'espëce Liste~ia zzzozzocyiogehes ou par un micro-organisme associé.

L'invention vise en outre une composition immunogène et/ou vaccinale, caractérisée en ce qu'elle comprend un ou plusieurs polypeptides selon l'invention et/ou un ou plusieurs polypeptides hybrides selon l' invention.
L'invention comprend aussi l'utilisation d'une cellule transformée selon l'invention, pour la préparation d'une composition vaccinale.
L'invention vise également une composition vaccinale, caractérisée en ce qu'elle contient une séquence nucléotidique selon l'invention, un vecteur selon l' invention et/ou une cellule transformée selon l' invention.
L'invention concerne également les compositions vaccinales selon l'invention, pour la prévention ou le traitement d'une infection par une bactérie appartenant à l'espèce Listeria zzzozzocytogezzes ou par un micro-organisme associé.
De manière préférée, les compositions immunogènes et/ou vaccinales selon l'invention destinées à la prévention et/ou au traitement d'infection par Listez°ia monocytogenes ou par un micro-organisme associé seront choisies parmi les compositions immunogènes et/ou vaccinales comprenant un polypeptide ou un de ses fragments correspondant à une protéine, ou un de ses fragments, de l'enveloppe cellulaire de Listerïa nzo~zocytogezzes. Les compositions vaccinales comprenant des séquences nucléotidiques comprendront de préférence également des séquences nucléotidiques codant pour un polypeptide ou un de ses fragments correspondant à
une protéine, ou un de ses fragments, de l'enveloppe cellulaire de Listez~ia znonocytogenes.
Parmi ces compositions immunogènes et/ou vaccinales préférées, les plus préférées sont celles comprenant un polypeptide ou un de ses fragments, ou une séquence nucléotidique ou un de ses fragments dont les séquences sont choisies parmi les séquences nucléotidiques ou d'acides aminés identifiées dans ce groupe fonctionnel et listées précédemment.
Les polypeptides de l'invention ou leurs fragments entrant dans les compositions immunogènes selon l'invention peuvent être sélectionnés par des techniques connues de l'homme de l'art comme par exemple sur la capacité
desdits polypeptides à stimuler les cellules T, qui se traduit par exemple par leur prolifération ou la sécrétion d'interleukines, et qui aboutit à la production d'anticorps dirigés contre lesdits polypeptides.

Chez la souris, chez laquelle une dose pondérale de la composition vaccinale comparable à la dose utilisée chez l'homme est administrée, la réaction anticorps est testée par prélèvement du sérum suivi d'une étude de la formation d'un complexe entre les anticorps présents dans le sérum et l'antigène de la composition vaccinale, selon les techniques usuelles.
Selon l'invention, lesdites compositions vaccinales seront de préférence en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable et, le cas échéant, avec un ou plusieurs adjuvants de l'immunité appropriés.
Aujourd'hui, divers types de vaccins sont disponibles pour protéger l'homme contre des maladies infectieuses : micro-organismes vivants atténués (M.
bovis - BCG pour la tuberculose), micro-organismes inactivés (virus de Ia grippe), des extraits acellulaires (Bo~detellcc pertussis pour la coqueluche), protéines recombinées (antigène de surface du virus de l'hépatite B), des polyosides (pneumocoques). Des vaccins préparés à partir de peptides de synthèse ou de micro organismes génétiquement modifiés exprimant des antigènes hétérologues sont en cours d'expérimentation. Plus récemment encore, des ADNs plasmidiques recombinés portant des gènes codant pour des antigènes protecteurs ont été
proposés comme stratégie vaccinale alternative. Ce type de vaccination est réalisé
avec un plasmide particulier dérivant d'un plasmide de E. coli qui ne se réplique pas in vivo et qui code uniquement pour la protéine vaccinante. Des animaux ont été
immunisés en injectant simplement l'ADN plasmidique nu dans le muscle. Cette technique conduit à l'expression de la protéine vaccinale ira sittc et à une réponse immunitaire de type cellulaire (CTL) et de type humoral (anticorps). Cette double induction de la réponse immunitaire est l'un des principaux avantages de la technique de vaccination avec de l' ADN nu.
Les compositions vaccinales comprenant des séquences nucléotidiques ou des vecteurs dans lesquels sont insérées lesdites séquences, sont notamment décrites dans la demande internationale N° WO 90/I1092 et également dans la demande internationale N° WO 95/11307.
La séquence nucléotidique constitutive de la composition vaccinale selon l'invention peut être injectée à l'hôte après avoir été couplée à des composés qui favorisent la pénétration de ce polynucléotide à l'intérieur de la cellule ou son transport jusqu'au noyau cellulaire. Les conjugués résultants peuvent être encapsulés dans des microparticules polymères, comme décrit dans la demande internationale N° WO 94/27238 (Medisorb Technologies International).
Selon un autre mode de réalisation de la composition vaccinale selon l'invention, la séquence nucléotidique, de préférence un ADN, est complexée avec 5 du DEAE-dextran, avec des protéines nucléaires, avec des lipides ou encapsulée dans des liposomes ou encore introduite sous la forme d'un gel facilitant sa transfection dans les cellules. Le polynucléotide ou le vecteur selon l'invention peut aussi être en suspension dans une solution tampon ou être associé à des liposomes.
Avantageusement, un tel vaccin sera préparé conformément à la technique 10 décrite par Tacson et al. ou Huygen et al. en 1996 ou encore conformément à
la technique décrite par Davis et al. dans la demande internationale N° WO
95/11307.
Un tel vaccin peut être également préparé sous la forme d'une composition contenant un vecteur selon l'invention, placée sous le contrôle d'éléments de régulation permettant son expression chez l'homme ou l'animal. On pourra par 15 exemple utiliser, en tant que vecteur d'expression in vivo de l'antigène polypeptidique d'intérêt, le plasmide pcDNA3 ou le plasmide pcDNAI/neo, tous les deux commercialisés par Invitrogen (R & D Systems, Abingdon, Royaume-Uni).
Un tel vaccin comprendra avantageusement, outre le vecteur recombinant, une solution saline, par exemple une solution de chlorure de sodium.
20 On entend désigner par véhicule pharmaceutiquement acceptable, un composé ou une combinaison de composés entrant dans une composition pharmaceutique ou vaccinale ne provoquant pas de réactions secondaires et qui permet par exemple la facilitation de l'administration du composé actif, l'augmentation de sa durée de vie et/ou de son efficacité dans l'organisme, 25 l'augmentation de sa solubilité en solution ou encore l'amélioration de sa conservation. Ces véhicules pharmaceutiquement acceptables sont bien connus et seront adaptés par l'homme de farï en fonction de Ia nature et du mode d'administration du composé actif choisi.
En ce qui concerne les formulations vaccinales, celles-ci peuvent 30 comprendre des adjuvants de l'immunité appropriés qui sont connus de l'homme de l'art, comme par exemple l'hydroxyde d'aluminium, un représentant de la famille des muramyl peptides comme un des dérivés peptidiques du N-acétyl-muramyl, un lysat bactérien, ou encore l'adjuvant incomplet de Freund.

De préférence, ces composés seront administrés par voie systémique, en particulier par voie intraveineuse, par voie intramusculaire, intradermidue ou sous-cutanée, ou par voie orale. De manière plus préférée, la composition vaccinale comprenant des polypeptides selon l'invention, sera administrée à plusieurs reprises, de manière étalée dans le temps, par voie intradermique ou sous-cutanée.
Leurs modes d'administration, posologies et formes galéniques optimaux peuvent être déterminés selon les critères généralement pris en compte dans l'établissement d'un traitement adapté à un patient comme par exemple l'âge ou le poids corporel du patient, la gravité de son état général, la tolérance au traitement et les effets secondaires constatés.
L'invention comprend l'utilisation d'une composition selon l'invention, pour le traitement ou la prévention de maladies génitales, induites ou aggravées par Liste>"ia zzzonocytogez7es.
Enfin, l'invention comprend l'utilisation d'une composition selon l'invention, pour le traitement ou la prévention de maladiesinduites ou aggravées par la présence de Listez~ia mozzocytogerzes.
Enfin, l'invention comprend l'utilisation d'une composition selon l'invention, pour le traitement ou la prévention de maladies systémiques, notamment du système lymphatique, induites ou aggravées par la présence de Listez°ia zzzonocytogezzes.
Par ailleurs, la présente invention a également pour objet une banque d'ADN génomique d'une bactérie du genre Listeria, de manière préférée, Listeria zzzozzocytogenes, de manière préférée la souche EGD-e, ladite banque d' ADN
étant clonée dans des chromosomes artificiels de bactéries (BAC). Une telle banque d'ADN génomique contient de très larges inserts du génome de Listeria, en particulier des inserts d'une taille comprise entre 50 et 200 kb.
Un des avantages de l'utilisation du système de BAC par rapport à un système de cosmides est que le plasmide utilisé n'est présent qu'à une ou au maximum deux copies par cellule transformée, ce qui réduit le potentiel pour la recombinaison entre des fragments d'ADN, et de façon plus importante, ce qui élimine le risque de surexpression létale de gènes clonés bactériens.
Néanmoins, la présence du BAC en tant que simple copie signifie que l'ADN plasmidique doit être extrait d'un large volume de culture afin d'obtenir suffisamment d'ADN pour la séquence. De plus, la stabilité et la fidélité de maintenance des clones dans une banque de BAC permettent l'identification de différences génomiques parmi différentes souches de listeria, et l'identification de ces différences génétiques qui peuvent être responsables des variations phénotypiques observées entre les différentes souches.
La banque d'ADN génomique décrite dans la présente invention, en particulier la banque LM baclim déposée à la CNCM le 11 avril 2000 sous le numéro d'ordre n°I-2439 recouvre en effet le génome de Listericc nzonocytogenes.
Toutefois, bien que certaines régions n'aient pas pu être clonées dans ladite banque, en raison de problèmes de létalités chez Escheniclzia colt, ces régions peuvent facilement être amplifiées et identifiées par l'homme du métier, en utilisant des oligonucléotides spécifiques des séquences des extrémités des différents clones qui forment les contigs.
La présente invention concerne également les méthodes pour l'isolement d'un polynucléotide d'intérêt présent chez une souche de Listeria et absente chez une autre souche, qui utilise au moins une banque d'ADN basée sur un BAC, contenant le génome de Listeria. La méthode selon l'invention pour l'isolement d'un polynucléotide d'intérêt peut comprendre les étapes suivantes a) isoler au moins un polynucléotide contenu dans un clone de la banque d'ADN basée sur un BAC, d'origine de listeria, b) isoler - au moins un polynucléotide génomique ou ADNc d'une listeria, ladite listeria appartenant à une souche différente de la souche utilisée pour la construction de la banque d'ADN BAC de l'ëtape a) ou, de façon alternative, - au moins un polynucléotide contenu dans un clone d'une banque d'ADN
basée sur un BAC préparé à partir du génome d'une listeria qui est diffërente de la listeria utilisée pour la construction de Ia banque d'ADN
basée sur le BAC de l'étape a).
c) hybrider le polynucléotide de l'étape a) au polynucléotide de l'étape b) ;
d) sélectionner les polynucléotides de l'étape a) qui n'ont pas formé de complexe d'hybridation avec les polynucléotides de l'étape b) ;
e) caractériser le polynucléotide sélectionné.

On peut préparer le polynucléotide de l'étape a) par la digestion d'au moins un clone recombinant BAC avec une enzyme de restriction appropriée, et de façon optionnelle, l'amplification de l'insert polynucléotide qui en résulte.
Ainsi, la méthode de l'invention permet à l'homme du métier d'effectuer des études génomiques comparatives entre les différentes souches ou espèces du genre listeria, par exemple entre les souches pathogéniques et leurs équivalant non pathogènes.
En particulier, il est possible d'étudier et de déterminer les régions de polymorphisme entre lesdites souches.
EXEMPLES
Exemple 1 : Fabrication de la banque BAC d'ADN de Listeria nZOnocytogenes Les blocs contenant l'ADN chromosomique de Listeria monocytogenes, d'un poids moyen de 80 mg ont été préparés dans l'agarose, par des méthodes connues de l'homme du métier. Ils ont été gardés dans une solution de 500 mM
EDTA, pH8,0.
On utilise 8 blocs pour la construction de la banque. Ces blocs d'agarose sont lavés deux fois pendant 30 min sur de la glace dans du TE/PMSF (10 mM
Tris-HCI, pH8,0 ; 1 mM EDTA ; 100 p,M PMSF). Puis, on lave les blocs d'agarose deux fois pendant 30 min sur de la glace dans du TE (10 mM Tris-HCI, pH8,0 ; I mM
EDTA). Chaque bloc d'agarose est coupé en huit fines tranches, et seize tranches sont mises ensemble dans un seul tube. Les blocs sont alors incubés dans une solution de pré-incubation (20 p.M Spermidine, 5 mM DTT, tampon de restriction 1x), pendant 40 min sur de la glace. On change le tampon de pré-incubation une fois et on l'incube de nouveau pendant 40 min.
Les digestions partielles sont effectuées dans un tampon de digestion (2 mM
Spermidine, 0,5 mM DTT, 0,02 p,g BSA, tampon de restriction 0,5x) pendant 30 min à 4°C, sans enzyme de restriction, puis on ajoute pendant 2 h à
37°C, 0,1 ;
0,25 ; 0,4 ou 0,5 d'unité d'EcoRI (life Tech) par tube. La digestion partielle est arrêtée par remplacement du tampon de digestion par 200 ~,1 EDTA 0,5 M, les tubes étant placés sur de la glace.

Les blocs d'agarose sont alors placés sur un gel d'agarose 1 % SeaKem GTG (FMC), O,Sx tampon TBE. On effectue alors le gel d'électrophorëse en champs pulsé avec les conditions suivantes temps de pulsation initial : 90 secondes, temps de pulsation final : 90 secondes, 6 V/cm, angle inclus : 120 °, durée de gel : 16 h, 12°C.
On coupe la région comprise entre SO et 200 kb à partir du gel, et on la sépare en trois morceaux (50-100 kb, 100-150 kb, 1S0-200 kb). Le gel pour le clonage ne doit pas être teinté avec le bromure d'étidium.
Ces blocs d'agarose sont placés dans un nouveau gel d'agarose 1 % SeaKem GTG (FMC), O,Sx tampon TBE. On effectue un nouveau gel d'électrophorèse en champs pulsé avec les conditions suivantes temps initial de pulsation : S secondes, temps final de pulsation : S secondes, 4 V/cm, angle inclus : 120°, durée de gel : 1S h, 12°C.
On découpe de nouveau, sans avoir teinté l'ADN avec du bromure d'étidium, la région comprise entre SO et 200 kb et on la sépare en trois morceaux (50-100 kb, 100-1S0 kb, 150-200 kb).
Les morceaux d'agarose sont coupés en petits morceaux d'environ 100 mg chacun.
L'agarose est incubé à 67°C pendant 10 min puis refroidi à
42°C, et on ajoute 1 p,1 de Beta-Agarase (FMC, lU/p,l). On incube pendant 30 min à
42°C, et on effectue une dénaturation de la Beta-Agarase après digestion complète de l'agarose par incubation pendant 10 min à 67°C, puis incubation sur glace.
1S0 ng de vecteurs d'ADN digérés par EcoRI et des phophorylés (CIP, Roche) sont utilisés pour ia construction de la banque de BAC. On utilise le vecteur pBeIaBAC-Kan (Mozo et al., Mol. Gen. Genet., 1998, 258, 562-70) pour la construction de ladite banque. On incube donc 1S0 ng dudit vecteur avec 1S0 ng d' inserts d' ADN, dans un tampon de ligation 1 x avec 5 unités de Ligase (USB

unité/pl) pendant 16 h à 12°C.
Le tampon de Iigation est le tampon recommandé par le fabricant.
La transformation est effectuée en ajoutant 5 p.1 de la réaction de ligation à
5 40 p,1 de cellules électrocompétentes DH10B, et l'électroporation est effectuée dans un électroporateur Life Tech avec les conditions suivantes - 330 p,F, 4 kS2, DC Volts :lowSZ, taux de charge : rapide, cuvette d'ëlectroporation 1,5 mm.
On ajoute 1 mm de milieu de culture SOC aux cellules et on incube pendant 10 45 min à 37°C. On étale ensuite les cellules sur une boîte contenant du LB agar et qui contient également 30 g/m1 de kanamicine, 100 p.g/ml d'IPTG et 40 p,g/ml d'X-Gal. On sélectionne les cellules recombinantes qui sont blanches par rapport aux cellules bleues, et on caractérise la banque de BAC en effectuant des cartes de restriction de chacun des clones ainsi obtenus.
15 Exemple 2 : Annotations et analyse de la séquence génomique de Listeria monocytogenes La bio-informatique a un rôle clé dans les trois phases d'un projet génome suivi des inserts réalisés par la méthode de séquençage aléatoire, phase de finition de la séquence génome, et annotations. Les Inventeurs ont développé un logiciel 20 complet qui permet de répondre à ces trois exigences : GMP-Tool-box (G1VIPTB).
Suivi : Durant la procédure de séquençage aléatoire, GMPTB extrait des fichiers résultats (format Phrap) toutes les caractéristiques nécessaires à
l'assemblage (nombre de contigs, nombre de séquences...) et les affiche dans un tableau. Ce tableau peut être utilisé pour créer des graphiques qui montrent la 25 progression de cette méthode et qui permettent une identification rapide des problémes d'assemblage. De façon importante, GMPTB permet la comparaison entre les résultats d'assemblage et crée une page HTML, afin de décrire la relation entre les nouveaux et Ies anciens contigs (fusion, création. . . ).
Phase de finition de la séquence : Différentes stratégies sont utilisées par 30 GMPTB pour prédire les liaisons entre les contigs. GMPTB recherche en particulier tous les clones permettant les liaisons, sur la base de la localisation et de l'orientation des séquences terminales. Il peut aussi indiquer les misassemblages.
GMPTB peut aussi prédire les liaisons, sur la base de comparaisons de génomes, en recherchant les similarités entre les extrémités des contigs et d'autres séquences génomiques (haut niveau nucléotidique et des acides aminés).
Annotations : GMPTB permet de commencer l'annotation durant la phase terminale. De fait, GMPTB crée un fichier .individuel de protéines (IPF), pour chaque phase ouverte de lecture (ORF) lors de l'assemblage. Ce sont des fichiers texte, dans un format spécifique qui contient trois catégories de champs - les champs minimums contiennent un numéro d'identification, un numéro de version, la localisation et les séquences. La séquence nucléotidique exportée correspond à la séquence de Ia phase ouverte de lecture avec 500 bases additionnelles avant le premier codon stop et 200 bases additionnelles aprës le second stop.
- le champ automatique contient des résultats ajoutés par différents programmes à l'IPF. Il concerne la séquence d'ADN (recherche de sites de liaisons de ribosomes, promoteurs ou terminateurs, capacité
codante.. . ) et la séquence protéique prédite (homologie, domaine. . . ).
- le champ manuel contient des résultats et des commentaires ajoutés par les utilisateurs. Après un nouvel assemblage, GMPTB extrait toutes les ORF et crée de nouveaux IPF selon les séquences IPF dérivés des assemblages précédents. GMPTB reconnaît les IPF modifiés, qui sont les seuls utilisés pour une nouvelle analyse automatique après chaque assemblage.
La spécificité de cette stratégie est que l'annotation des IPF est indépendante de l'étape de l'assemblage, à moins que sa séquence ne soit modifiée. Les IPF
sont reliés à une banque de donnée génomique Sybases (du modèle SubtiList) et sont accessibles grâce à l'intermédiaire d'un serveur web. Ils peuvent être modifiés et annotés par différents Inventeurs durant la phase de projet de génome.
Dépôt de matériel biologigue Les organismes suivants ont été déposés le 11 Avril 2000 à la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes (CNCM), 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France, selon les dispositions du Traité de Budapest Souche de Listenia nzonocytogenes EGD-e, Numéro d'ordre I-2440 ;
- Banque BAC d'ADN de Listeria (145 clones), LM-baclib, Numéro d'ordre I-2439. Ladite banque BAC (I-2439) a été réalisée dans la souche E.coli DHlOB

(Grant et al., PNAS, 87, 4645, 1990), construite après digestion partielle de l' ADN de ListeYia monocytogenes par l' enzyme EcoRI dans le vecteur pBeIaBAC-Kan (Mozo et al., Mol. Gen. Genet., 1998, 258, 562-70).

SeqID Nom Localisationde Fonction la squence nuclique l'ORF sur de la SEQ ID N

SeqID 2 LM-1000.1 From 589066 to 589362 Unknown, pepdidoglycan n bound protein (LPXTG

motif) SeqlD 3 LM-1002.1 From 587012 to 589033 Unknown, similar n to internalin protein SeqID 4 LM-1050.1 From 2907153to 2909708Unknown, LPXTG
n protein with LRR repeats SeqID 5 LM-1179.1 From 761552 to 763468 Unknown, putative n peptidoglycan bound protein (LPXTG
motif) SeqID 6 LM-118.2 From 2787416to 2788363Unknown, peptidoglycan n anchored protein (LPXTG

motif) SeqID 7 LM-1235.1 From 875721 to 881855 Unknown, surface n protein (LPXTG motif) SeqID 8 LM-1248.1 From 865530 From 865530unknown, surface n protein (LPXTG motif) SeqID 9 LM-1248.1 From 865530 From 865530unknown, surface n protein (LPXTG motif) SeqID 10 LM-1305.1 From 919020 to 920408Unknown, similar n to wall associated protein precursor (LPXTG
motif) SeqID 11 LM-1490.1 From 649864 to 651633Unknown, similar n to internalin proteins SeqID 12 LM-1514.1 From 664242 to 668990Unknown, peptidoglycan n bound protein (LPXTG

motif) similar to adhesin SeqID 13 LM-1660.3 From 501312 to 501617Unknown n SeqID 14 LM-1738.1 From 547520 to 549337Unknown, similar n to internalin proteins SeqID 15 LM-1756.2 From 2679599 to 2681125Unknown, surface n protein (GW repeat) similar to N-acetylmuramidase SeqlD 16 LM-1778.1 From 1442368 to 1443687Unknown, putative n peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) SeqID 17 LM-1972.3 From 1313654 to 1315435Unknown, similar n to internalin proteins SeqID n° 18 LM-1974.3 From 1315767 to 1317563 Unknown, similar to internalin proteins SeqID 19 LM-2137.2 From 360936 to 366272Unknown, similar n to internalin proteins SeqID 20 LM-229.1 From 1170002 to 1171621Unknown, putative n interanlin, similar to InIA

SeqID 21 LM-2323.1 From 344850 to 346049Unknown, smilar to n surface proteins SeqID 22 LM-2435.1 From 159663 to 161378unknwon, surface n anchored protein (LPXTG

motif) SeqID 23 LM-2438.1 From 157089 to 159470unknwon, surface n anchored protein (LPXTG

motif) SeqID 24 LM-2503.1 From 2108500 to 2109603Unknown, putative n cell surface protein, similar to internalin proteins SeqID 25 LM-2504.1 From 2106329 to 2108209Unknown, putative n peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) SeqID 26 LM-3009.3 From 1149887 to 1152475unknown, similar n to fibrinogen-binding protein (LPXTG motif) SeqID 27 LM-311.2 From 131419 to 133773Unknwon, similar n to 5 -nucleotidase (LPXTG

motif) SeqlD 28 LM-3144.1 From 351459 to 355505Unknown, similar n to cell surface proteins (LPXTG

motif) SeqID 29 LM-3369.1 From 1869532 to 1872243Unknown, putative n peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) SeqID 30 LM-3418.2 From 1717193 to 1722328unknown, peptidoglycan n linked protein (LPxTG) SeqID 31 LM-3477.1 From 828168 to 830108Unknown, similar n to internalin SeqID 32 LM-3609.1 From 1106041 to 1107759unknown, similar n to AUTOLYSIN (EC 3.5.1.28) (N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE) SeqlD 33 LM-3691.2 From 2162323 to 2164011Unknown,'putative n peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) SeqID 34 LM-3700.2 From 2653211 to 2657803Unknwon, peptidoglycan n anchored protein (LPXTG

motif) SeqID 35 LM-3752.3 From 357775 to 359676Unknown, similar n to internalin SeqID 36 LM-757.1 From 2544267 to 2545433Unknown, similar n to internalin proteins SeqID 37 LM-814.2 From 2264772to 2268230 Unknown, putative n peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) SeqID 38 LM-816.2 From 2259753to 2264591 Unknown, putative n peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) SeqID 39 LM-894.1 From 2469093to 2471915 Unknown, similar n to internalin proteins SeqID 40 LM-966.1 From 173309 to 174556 Unknown, cell wall n anchored protein SeqID 41 LM-973.1 From 169510 to 172008 Unknwon, similar n to internalin proteins SeqID 42 LM-133.1 From 1230773to 1232308 Unknown, similar n to cobyric acid synthase CbiP

SeqID 43 LM-134.1 From 1229967to 1230773 Unknown, simlar n to cobalt transport ATP-binding protein CbiO

SeqiD 44 LM-135.1 From 1229277to 1229954 Unknown, similar n to cobalt transport protein Q

SeqID 45 LM-136.1 From 1228994to 1229290 Unknown, similar n to putative cobalt transport protein CbiN

SeqID 46 LM-137.1 From 1228263to 1228997 Unknown, similar n to cobalamin biosynthesis protein M

SeqID 47 LM-138.1 From 1227556to 1228266 Unknown, similar n to S-adenosyl-methionine:

precorrin-2 methyltransferase SeqID 48 LM-139.1 From 1226778to 1227563 unknown, similar n to anaerobic Cobalt Chelatase In Cobalamin Biosynthesis SeqID 49 LM-141.1 From 1225300to 1226781 Unknown, similar n uroporphyrinogen-I11 methyltransferase/uroporph yrinogen-III synthase SeqID 50 LM-142.1 From 1224548to 1225300 Unknown, similar n to cobalamin biosynthesis J

protein CbiJ

SeqID 51 LM-143.1 From 1223826to 1224551 Unknown, similar n to precorrin methylase SeqID 52 LM-144.1 From 1222798to 1223829 Unknown, similar n to cobalamin biosynthesis protein G CbiG

SeqID 53 LM-145.1 From 1222062to 1222811 Unknown, similar n to precorrin-3 methyiase SeqID 54 LM-146.1 From 1221487to 1222056 Unknown, similar n to precorrin decarbocylase SeqID 55 LM-147.1 From 1220901to 1221497 Unknown, similar n to precorrin methylase SeqID 56 LM-149.1 From 1219783 to 1220904Unknown, similar n to cobalamin biosynthesis protein CbiD

Seq(D 57 LM-150.1 From 1219135 to 1219767Unknown, similar n to precorrin isomerase SeqID 58 LM-151.1 From 1218175 to 1219122Unknown, similarto n cobalamine synthesis protein CbiB

SeqID 59 LM-152.1 From 1216963 to 1217322FALSE ~RF
n SeqID 60 LM-181.1 From 1196097 to 1197182unknown, similar n to Salmonella typhimurium CobD protein and to histidinol-phosphate aminotransferase SeqID 61 LM-207.1 From 1180152 to 1181036Regulatory protein n similar to Salmonella typhimurium PocR protein SeqID 62 LM-209.1 From 1179168 to 1179743unknown, similar n to alpha-ribazole-5 -phosphatase SeqID 63 LM-210.1 From 1178421 to 1179167unknown, highly n similar to cobalamin (5 -phosphatase) synthetase SeqID 64 LM-212.1 From 1177862 to 1178419unknown, similar n to bifunctional cobalamin biosynthesis protein CopB, (cobinamide kinase;

cobinamide phosphatase guanylyltransferase) SeqID 65 LM-1.3 From 2710869 to 2712755 Unknown, similar n to NADH

dehydrogenase SeqID 66 LM-10.1 From 2718312 to 2719055Unknown n SeqID 67 LM-100.1 From 2775644 to 2776486Unknown, similar n to aldo/keto reductase SeqID 68 LM-1003.1 From 586329 to 586994Unknown n SeqID 69 LM-1004.1 From 585015 to 585962Unknown, similar n to B.

subtilis DeoR

transcriptional regulator SeqID 70 LM-1005.1 From 583507 to 584757Unknown, similar n to putative NAD(P)-dependent oxidoreductase SeqID 71 LM-1007.1 From 583072 to 583452Unknown n SeqID 72 LM-1008.1 From 582526 to 583047Unknown, similar n to PTS

system, glucitol/sorbitol-specific enzyme II CII

component SeqID 73 LM-1009.1 From 581519 to 582505Unknown, similar n to PTS

system, glucitol/sorbitol-specific enzyme IIBC

composent SeqID 74 LM-107.1 From 2776532 to 2776777unknown, simi(ar n to B.

subtilis YaaL protein SeqID 75 LM-1010.1 From 581150 to 581500Unknown, similar n to PTS

system, glucitol/sorbitol-specific enzyme IIA

component SeqID 76 LM-1011.1 From 580119 to 581039Unknown, similar n to ABC

transporter (binding protein) SeqID 77 LM-1012.1 From 578886 to 580079Unknown, similar n to penicillin-binding protein SeqID 78 LM-1013.1 From 577632 to 578648Unknown, similar n to tagatose-1,6-diphosphate aldoiase SeqID 79 LM-1015.1 From 576403 to 577584Unknown, similar n to N-acyl-L-amino acid amidohydrolase SeqID 80 LM-1017.1 From 575166 to 576437Unknown, similar n to N-carbamyl-L-amino acid amidohydrolase SeqID 81 LM-1018.1 From 573740 to 575062Unknown, similar n to 6-phospho-beta-glucosidase SeqID 82 LM-102.1 From 2776792 to 2777388unknown, highly n similar to recombination protein recR

SeqID 83 LM-1020.1 From 572600 to 573568Unknown, similar n to transcription regulator (Lacl family) SeqID 84 LM-1022.1 From 571204 to 572559Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 85 LM-1023.1 From 570916 to 571185Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 86 LM-1024.1 From 570008 to 570838Unknown n SeqID 87 LM-1025.1 From 569094 to 569948Unknown n SeqID 88 LM-1029.1 From 567030 to 569081Unknown n SeqlD 89 LM-103.1 From 2777497 to 2777814Unknown, highly n similar to B. subtilis YaaK
protein SeqID 90 LM-1031.1 From 565764 to 567014Unknown, conserved n hypothetical protein similar to putative glucosaminyltransferase SeqID 91 LM-1032.1 From 564257 to 565753Unknown, hypothetical n secreted protein SeqID 92 LM-1033.1 From 562789 to 564264Unknown, transmembrane n protein SeqID 93 LM-1036.1 From 561819 to 562559Unknown, similar n to transcription regulator (TipA from Streptomyces coelicolor) SeqID 94 LM-1037.1 From 560443 to 561774Unknown n SeqID 95 LM-1040.2 From 2915744 to 2916097Unknown n SeqID 96 LM-1041.2 From 2915219 to 2915641Unknown similar n to transcriptional regulator (Marli family) SeqID to 2915205 Unknown, similar n to efflux LM-1043.1 From proteins SeqID to 2913686 unknown, highly n similar to LM-1045.1 From phosphoserine aminotransferase SeqID to 2912602 unknown, similar n to D-3-LM-1047.1 From phosphoglycerate dehydrogenase SeqID 100 LM-1048.1 From 2910085to 2911326 unknown, similar n to an hypothetical protein from Thermotoga maritima SeqID 101 LM-1049.1 From 2909753to 2910076 unknown n SeqID 102 LM-1052.1 From 2904598to 2906940 Unknown, amino-terminal n domain similar to transcription regulators SeqID 103 LM-1054.1 From 2903200to 2904402 unknown, similar n to carboxypeptidase SeqID 104 LM-1055.1 From 2901800to 2903200 Unknown, similar n to transmembrane efflux protein SeqID 105 LM-1056.1 From 2900594to 2901784 unknown, similar n to peptidases SeqID 106 LM-1057.1 From 2899313to 2900506 unknown, similar n to transport protein SeqID 107 LM-1058.1 From 2898535to 2899266 Unknown, similar n to reductases SeqID 108 LM-1059.1 From 2897847to 2898374 Unknown, similar n to transcriptional regulator SeqID 109 LM-1060.1 From 2897116to 2897823 Unknown n SeqID 110 LM-1061.1 From 2896241to 2897059 unknown, similar n to D-aianyl-D-alanine carboxypeptidase SeqID 111 LM-1064.1 From 2894510to 2895883 Unknown, similar n to GTPase SeqID 112 LM-1066.1 From 2892596to 2894485 unknown, highly n similar to GidA protein SeqID 113 LM-1067.2 From 2892057to 2892437 Unknown, hypothetical n secreted protein SeqID 114 LM-1069.3 From 434945to 435817 Unknown n SeqID 115 LM-107.1 From 2777844to 2779583 unknown, highly n similar to DNA polymerase III

(gamma and tau subunits) SeqID 116 LM-1070.1 From 433153to 434745 Unknown, similar n to phosphoenolpyruvate synthase (N-terminal part) SeqID 117 LM-1074.1 From 429630to 432095 internalin n SeqID 118 LM-1075.1 From 428981to 429403 Unknown n SeqID 119 LM-1076.1 From 428576to 428968 Unknown n SeqID 120 LM-1077.1 From 428127to 428507 Unknown, similar n to B.

subtilis YyaH protein SeqID 121 LM-1079.1 From 427104to 428111 Unknown, similar n to phosphate transport protein SeqID 122 LM-108.1 From 2779910to 2780374 Unknown n SeqID 123 LM-1080.1 From 426597to 426995 Unknown n SeqID 124 LM-1081.1 From 426190to 426606 Unknown n SeqID 125 LM-1082.1 From 424130to 426064 Unknown, simi(ar n to transcriptional antiterminator (BgIG family) SeqID 126 LM-1083.1 From 421469to 424096 Unknown, highly similar n to E. col YbgG protein, a putatve sugar hydrolase SeqID 127 LM-1084.1 From 420335to 421447 Unknown, similar n to fructose-specific phosphotransferase enzyme IIC

SeqID 128 LM-1085.1 From 419999to 420331 Unknown, similar n to fructose-specific phosphotransferase enzyme IIB

SeqID 129 LM-1088.1 From 419544to 420002 Unknown, similar n to phosphotransferase system enzyme !IA

SeqID 130 LM-1089.1 From 418891to 419373 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 131 LM-109.1 From 2780933to 2782297 Unknown, similar n to PTS

system, cellobiose-specific enzyme IIC

SeqID 132 LM-1091.1 From 417963to 418763 Unknown, similar n to 1-pyrroline-5-carboxylate reductase (Prof) SeqID 133 LM-1092.1 From 417535to 417960 Unknown, weakly similar n to b(asticidin S-acetyltransferase SeqID 134 LM-1093.1 From 416796to 417479 Unknown, similar n to L.

monocytogenes extracellular P60 protein SeqID 135 LM-1094.1 From 416203to 416652 Unknown n SeqID 136 LM-1097.1 From 415224to 416168 Unknown, highly similar n to B. subti(is YqfA protein SeqID 137 LM-1098.1 From 414928to 415227 Unknown n SeqID 138 LM-1099.1 From 414095to 414760 Unknown, similar n to uracil-DNA glycosylase SeqID 139 LM-11.1 From 2719056to 2719775 Unknown n SeqID 140 LM-1100.1 From 412849to 413964 Unknown, low temperature n requirement protein A

SeqID 141 LM-1101.1 From 412457to 412825 Unknown n SeqID 142 LM-1102.1 From 411992to 412363 Unknown, similar n to B.

subtilis YhdG protein SeqID 143 LM-1105.1 From 409944to 411860 Unknown, similar n to B.

subtilis IoID protein, to aceto(actate synthase SeqID 144 LM-1107.1 From 408954to 409931 Unknown, similar n to B.

subtilis IoIC protein and to fructokinase SeqID 145 LM-1108.1 From 408116to 408937 Unknown, similar n to B.

subtilis IoIB protein SeqID 146 LM-1110.2 From 406637to 408103 Unknown, highly similar n to B. subtilis methylmalonate-semiaidehyde dehydrogenase IoIA

SeqID 147 LM-1112.2 From 405680to 406441 Unknown, similar n to B.

subtilis transcription repressor of myo-inositol catabolism operon IoIR

SeqID 148 LM-1114.1 From 405221to 405607 Unknown n SeqlD 149 LM-1115.3 From 404365to 404994 Unknown n SeqID 150 LM-1116.4 From 807976to 810792 Unknown, similar n to transcriptional regulator (NifA/NtrC family) SeqID 151 LM-1117.1 From 807255to 807689 Unknown, similar n to mannose-specific phosphotransferase system (PTS) component IIA

SeqID 152 LM-1118.1 From 806770to 807255 Unknown, similar n to mannose-specific phosphotransferase system (PTS) component IIB

SeqID 153 LM-112.1 From 2783466to 2784107Unknown n SeqlD 154 LM-1121.1 From 805784to 806596 Unknown, similar n to mannose-specific phosphotransferase system (PTS) component IIC

SeqID 155 LM-1122.1 From 804887to 805765 Unknown, similar n to mannose-specific phosphotransferase system (PTS) component IID

SeqlD 156 LM-1123.1 From 804382to 804729 Unknown n SeqID 157 LM-1125.1 From 803745to 804212 Unknown n SeqID 158 LM-1126.1 From 803201to 803548 Unknown n SeqID 159 LM-1127.1 From 802356to 802739 Unknown n SeqID 160 LM-1128.1 From 801336to 802202 Unknown, similar n to transcription regulator (repressor) SeqlD 161 LM-1129.1 From 800965to 801297 Unknown n SeqID 162 LM-113.1 From 2784354to 2784674unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 163 LM-1130.1 From 799996to 800925 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 164 LM-1131.1 From 798828to 799817 Unknown, simi(ar n to alcohol dehydrogenase SeqID 165 LM-1132.1 From 798141to 798788 Unknown, simi(ar n to transcription regulator SeqID 166 LM-1133.1 From 797353to 798105 Unknown n SeqID 167 LM-1134.1From 796075to 797193 Unknown, similar n to transcriptional regulator (Lacl family) SeqID 168 LM-1135.1From 795034to 796062 Unknown, similar n to alpha-1,6-mannanase SeqID 169 LM-1136.1From 793777to 795030 Unknown, simar to n sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein SeqID 170 LM-1137.1From 792879to 793754 Unknown, similar n to ABC

transporter, permease protein SeqID 171 LM-1138.1From 791977to 792867 Unknown, similar n to putative sugar ABC

transporter, permease protein SeqID 172 LM-1139.1From 790662to 791960 Unknown n SeqID 173 LM-114.1 From 2784805to 2786319Unknown, highly n similar to gluconate kinase SeqID 174 LM-1140.1From 789520to 790509 Unknown, similar n to .

lipoate-protein ligase SeqID 175 LM-1141.1From 788642to 789514 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 176 LM-1142.1From 787320to 788576 Unknown, similar n to ATPIGTP-binding protein SeqID 177 LM-1143.1From 786372to 786992 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 178 LM-1144.1From 785754to 786362 Unknown n SeqID 179 LM-1146.1From 784788to 785747 Unknown n SeqID 180 LM-1147.1From 783901to 784788 Unknown n SeqID 181 LM-1149.1From 782794to 783774 Unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 182 LM-1151.1From 781896to 782801 Unknown; Similar n to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 183 LM-1152.1From 781103to 781924 unknown, similar n to unknown proteins SeqID 184 LM-1153.2From 780377to 780988 Unknown, weakly n similar to a bile acid 7-alpha dehydratase SeqID 185 LM-1154.1From 779616to 780296 unknown, similar n to transcription regulator CrpIFnr family SeqID 186 LM-1155.1From 778654to 779490 Unknown, weakly n similar to a putative haloacetate dehalogenase SeqID 187 LM-1156.1From 778262to 778558 Unknown n SeqID 188 LM-1157.1From 777692to 778207 Unknown n SeqID 189 LM-1158.1From 777209to 777496 Unknown n SeqID 190 LM-1159.1From 776761to 777102 unknown n SeqID 191 LM-1160.1From 776398to 776697 Unknown, hypothetical n SeqID 192 LM-1161.1From 775744to 776247 Unknown n SeqID n LM-1164.1 From 773715 to 775715Unknown, simar to transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-1165.1 From 772996 to 773700Unknown SeqID n LM-1166.1 From 772310 to 772999Unknown, similar 195 to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-1167.1 From 771949 to 772326Unknown, similar 196 to transcriptional regulator (GntR family) SeqID n LM-1168.1 From 771026 to 771685Unknown, similar 197 to putative transcription regulator SeqID n LM-1169.1 From 769639 to 771012Unknown, similar 198 to 6-phospho-beta-glucosidase SeqID n LM-117.1 From 2786435 to 2787373Unknown, secreted 199 protein with 1 GW repeat SeqlD n LM-1171.1 From 767766 to 769619Unknown, similar 200 to phosphotransferase system (PTS) beta-glucoside-specific enzyme IIABC component SeqID n LM-1172.1 From 766810 to 767742Unknown SeqID n LM-1173.1 From 766351 to 766797Unknown, similar 202 to ribose 5-phosphate isomerase SeqID n LM-1174.1 From 765683 to 766354Unknown, similar 203 to Ribulose-5-Phosphate Epimerase SeqID n LM-1175.1 From 764465 to 765469Unknown, similar 204 to transcriptional regulator (Lacl family) SeqID n LM-1176.1 From 763798 to 764307Unknown, similar 205 to transcription regulator SeqID n LM-1181.1 From 760455 to 760859Unknown SeqID n LM-1182.2 From 759972 to 760310Unknown SeqlD n LM-1183.2 From 759479 to 759958Unknown SeqID n LM-1184.3 From 2916291 to 2916890Unknown, similar 209 to yeast protein Frm2p involved in fatty acid signaling SeqID n LM-1186.1 From 2916946 to 2917266Unknown, similar 210 to thioredoxin SeqID n LM-1189.1 From 2917389 to 2918051Unknown, simar to phosphoglucomutase SeqID n LM-119.2 From 1239842 to 1240201unknown SeqID n LM-1190.1 From 2918048 to 2919169unknown; similar 213 to unknown proteins SeqID n LM-1195.1 From 2919166 to 2921343Unknown, similar 214 to a maltose phosphorylase SeqID n LM-1196.1 From 2921340 to 2922371Unknown, similar 215 to oxidoreductases SeqID n LM-1198.1 From 2922429 to 2923223Unknown, highly 216 similar to an E. coli protein SeqID n° 217 LM-1199.1 From 2923236 to 2924288 Unknown, similar to alcohol dehydrogenase SeqID 218 LM-1201.1 From 2924307to 2925158 Unknown, similar n to sugar ABC transporter permease protein SeqID 219 LM-1202.1 From 2925145to 2926026 Unknown, similar n to sugar ABC transporter permease protein SeqID 220 LM-1203.1 From 2926101to 2927393 Unknown, similar n to sugar binding protein (ABC

transporter) SeqID 221 LM-1205.1 From 2927390to 2928631 Unknown, similar n to Sucrose phosphorylase SeqID 222 LM-1206.1 From 2928668to 2929090 unknown, weakly n similar to sucrose phosphorylase SeqID 223 LM-1208.1 From 2929315to 2930340 Unknown, similar n to transcriptional regulator SeqID 224 LM-1209.1 From 2930479to 2932473 unknown n SeqID 225 LM-121.1 From 1239039to 1239797 unknown, similar n to rRNA

methylase SeqID 226 LM-1210.1 From 2932609to 2933148 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 227 LM-1212.1 From 2933303to 2934715 unknown, similar n to transmembrane efflux proteins SeqID 228 LM-1213.1 From 2934756to 2935070 Unknown, highly n similar to B. subtilis YuID protein SeqID 229 LM-1214.1 From 2935083to 2935904 unknown, highly n similar to rhamnulose-1-phosphate aldolase SeqID 230 LM-1216.1 From 2935917to 2937179 unknown, highly n similar to L-rhamnose isomerase SeqID 231 LM-1218.1 From 2937192to 2938643 unknown; similar n to rhamnulokinase SeqID 232 LM-122.1 Frm 1237934to 1239013 unknown, similar n to endo-1,4-beta-glucanase and to aminopeptidase SeqID 233 LM-1220.1 From 2938662to 2939930 Unknown, similar n to sugar transport proteins SeqID 234 LM-1221.1 From 2940053to 2941033 Unknown, similar n to AraC-type regulatory protein SeqID 235 LM-1222.1 From 2941083to 2941544 unknown n SeqID 236 LM-1223.2 From 2941599to 2942219 unknown, highly n similar fo B. subtilis Jag protein SeqID 237 LM-1224.3 From 2942216to 2943079 Unknown, highly n similar to B. subtifis Spo111J protein SeqID 238 LM-1225.2 From 884170to 885270 Unknown, similar n to excinuclease ABC, chain C

(UvrC) SeqID 239 LM-1228.1 From 882962to 884065 Unknown, similar n to B.

subtilis YxjH and YxjG

proteins SeqlD 240 LM-123.1 From 1236836to 1237822 unknown, similar n to N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase (autolysin) SeqID 241 LM-1230.1 From 882328to 882705 unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 242 LM-1231.1 From 881992to 882249 unknown, similar n to B.

subtilis protein YsdA

SeqID 243 LM-1239.1 From 872616to 875258 unknown, similar n to cation (clacium) transporting ATPase SeqID 244 LM-1241.1 From 871940to 872410 Unknown n SeqID 245 LM-1242.1 From 870587to 871807 unknown, similar n to Tetracycline resistance protein SeqID 246 LM-1243.1 From 869095to 870480 unknown, highly n similar to hexose phosphate transport protein SeqID 247 LM-1245.1 From 867163to 868800 Unknown, ABC transporter n (ATP binding protein) SeqID 248 LM-1246.1 From 866577to 866990 unknown, similar n to B.

subtilis YrkR protein SeqID 249 LM-1249.1 From 864791to 865537 unknown n SeqID 250 LM-125.1 From 1235670to 1236539 unknown, similar n to N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase (autolysin) SeqID 251 LM-1250.1 From 863798to 864688 Unknown; similar n to transcriptional regulator SeqID 252 LM-1251.1 From 863322to 863606 unknown, similar n to transposase SeqID 253 LM-1254.1 From 861731to 862642 unknwon n SeqID 254 LM-1255.1 From 859656to 861617 unknown, highly n similar to fructose-1,6-bisphosphatase SeqID 255 LM-1257.1 From 855759to 859406 unknown, highly n similar to pyruvate-flavodoxin oxidoreductase SeqID 256 LM-1258.1 From 854745to 855581 unknown, similar n to transposases SeqID 257 LM-1259.1 From 854443to 854748 unknown, similar n to transposases SeqID 258 LM-1261.1 From 852704to 854338 Unknown, similar n to transport protein SeqID 259 LM-1262.1 From 851225to 852505 unknown, similar n to 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme a reductase SeqID 260 LM-1263.1 From 850216to 851184 unknown n SeqID 261 LM-1265.1 From 849314to 850138 unknown, similar n to oxydoreductases SeqID 262 LM-1266.7 From 848804to 849193 unknown, similar n to transcriptional regulators SeqID 263 LM-1267.1 From 848126to 848788 unknown n SeqiD 264 LM-1268.1 From 847552to 848109 unknown, some similarity n to acatyltransferases SeqID 265 LM-1269.1 From 846594to 847442 unknown n SeqID 266 LM-1271.2 From 843949to 846579 unknown, similar n to cation transporting ATPase SeqID 267 LM-1273.1 From 939106to 939819 Unknown, similar n to transcription regulator (GntR family) SeqID 268 LM-1275.2 From 937739to 939025 unknown, similar n to PTS

system, cellobiose-specific IIC component SeqID 269 LM-1277.2 From 937202to 937594 Unknown n SeqID 270 LM-1278.1 From 936136to 936603 unknown, similar n to B.

subtilis YdcK protein SeqID 271 LM-128.1 From 1233904to 1234434 unknown, similar n to unknown proteins SeqID 272 LM-1283.1 From 933959to 936136 unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 273 LM-1285.1 From 932257to 933882 unknown, similar n to transport proteins SeqID 274 LM-1286.1 From 931451to 932050 Indirect negative n regulation of sigma B dependant gens expression (serine phosphatase) SeqID 275 LM-1287.1 From 930671to 931450 RNA polymerase sigma-37 n factor (sigma-B) SeqlD 276 LM-1288.1 From 930220to 930693 sigma-B activity n negative regulator RsbW

SeqID 277 LM-1289.1 From 929892to 930236 anti-anti-sigma n factor (antagonist of RsbW) SeqID 278 LM-129.1 From 1233366to 1233815 unknown, similar n to unknown proteins SeqID 279 LM-1290.1 From 928738to 929742 unknown, highly n similar to serine phosphatase RsbU

SeqlD 280 LM-1291.1 From 928311to 928721 unknown, highly n similar to positive regulation of sigma-B activity SeqID 281 LM-1293.1 From 927952to 928308 unknown, highly n similar to negative regulation of sigma-B activity SeqID 282 LM-1294.1 From 927110to 927946 unknown, highly n similar to positive regulator of sigma-B activity SeqID 283 LM-1295.1 From 926511to 926858 Unknown, similar n to B.

subtilis YdcE protein SeqID 284 LM-1296.1 From 926229to 926507 Unknown, similar n to B.

subtilis YdcD protein SeqID 285 LM-1297.1 From 924917to 926023 Unknown, similar n to alanine racemase SeqID 286 LM-1298.1 From 924542to 924898 Unknown, similar n to holo-acyl-carrier protein synthase SeqID 287 LM-13.1 From 2719735to 2720484Unknown, similar n to creatinine amidohydrolase SeqID 288 LM-130.1 From 1232884to 1233351unknown, similar n to unknown proteins SeqID 289 LM-1300.1 From 923161to 924540 unknown, similar n to protoporphyrinogen IX and coproporphyrinogen oxidase (HemY) SeqID 290 LM-1302.1 From 921537to 923012 Unknown, similar n to B.

subtilis YbtB protein SeqID 291 LM-1303.1 From 921062to 921544 unknown, similar n to B.

subtilis YdbS protein SeqID 292 LM-1304.1 From 920452to 920928 unknown n SeqID 293 LM-1306.1 From 918135to 918902 unknown n SeqID 294 LM-1307.1 From 917164to 918117 unknown, similar n to oxidoreductases SeqID 295 LM-1309.1 From 916436to 917164 unknown, similar n to B.

subtilis NagB protein (glucosamine-6-phosphate isomerase) SeqID 296 LM-131.1 From 1232272to 1232838unknown, similar n to unknown protein SeqID 297 LM-1312.1 From 915090to 916415 unknown, similar n to PTS

system, Lichenan-specific enzyme IlC component SeqID 298 LM-1313.1 From 914735to 915070 unknown, similar n to PTS

system, beta-glucoside enzyme IIB component SeqID 299 LM-1314.1 From 914405to 914734 Unknown, similar n to PTS

system enzyme IIA

component SeqID 300 LM-1316.1 From 912372to 914390 Unknown; Similar n to transcriptional regulator (antiterminator) SeqID 301 LM-1317.1 From 910998to 912164 Unknown; similar n to antibiotic resistance protein SeqID 302 LM-1318.1 From 910517to 910870 Unknown, similar n to B.

subtilis YtcD protein SeqID 303 LM-1319.1 From 910173to 910484 unknown n SeqID 304 LM-1320.1 From 909159to 910157 unknown n SeqID 305 LM-1321.1 From 908499to 909056 unknown n SeqID 306 LM-1322.1 From 907979to 908467 unknown n SeqID 307 LM-1325.1 From 905962to 907524 Unknown, similar n to ATP-dependent RNA helicase SeqID 308 LM-1326.1 From 903837to 905510 Unknown, similar n to phosphomannomutase SeqID 309 LM-1327.1 From 902773to 903840 unknown n SeqID 310 LM-1328.1 From 901837to 902751 unknown n SeqID 311 LM-1329.1 From 900303to 901835 unknown, similar n to oligo-1,6-glucosidase SeqID 312 LM-1331.1 From 899454 to 900287unknown, similar n to sugar ABC transporter, permease protein -SeqID 313 LM-1332.1 From 898589 to 899467unknown, similar n to sugar ABC transporter, permease protein SeqID 314 LM-1333.3 From 897273 to 898592Unknown, similar n to putative sugar ABC

transporter, periplasmic sugar-binding protein, SeqID 315 LM-1335.3 From 1104048 to 1104851unknown, highly similar n to teichoic acid translocation permease protein Tage SeqID 316 LM-1337.2 From 1102858 to 1103757unknown, similar n to metal binding protein SeqID 317 LM-1338.1 From 1099266 to 1102706unknown, highly similar n to pyruvate carboxylase SeqID 378 LM-1339.1 From 1097786 to 1098988unknown, similar n to cell-division protein RodA and FtsW

SeqID 319 LM-1341.1 From 1097322 to 1097603unknown, similar n to B.

subtilis YIaN protein SeqID 320 LM-1342.1 From 1096874 to 1097116unknown, similar n to B.

subtilis Ylal protein SeqID 321 LM-1343.2 From 1095975 to 1096835unknown n SeqID 322 LM-1349.1 From 1093965 to 1095803unknown, similar n to GTP-binding ptotein TypA/BipA

(tyrosine phosphorylated protein A) from E.
coli and B. subtilis (YIaG) SeqID 323 LM-1351.1 From 1093000 to 1093773unknown, similar n to extragenic suppressor protein SuhB and to myo-inositol-1 (or 4)-monophosphatase SeqID 324 LM-1352.1 From 1092255 to 1092869unknown, similar n to B.

subtilis YktB protein SeqID 325 LM-1353.1 From 1091110 to 7092054unknown, similar n to membrane and transport proteins SeqID 326 LM-1354.1 From 1090375 to 1091043unknown, similar n to ABC

transporter (permease) SeqiD 327 LM-1357.1 From 1088941 to 1090362unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 328 LM-1358.1 From 1087409 to 1088854unknown, similar n to sensor protein histidine kinases (2 components regulatory systems) SeqID 329 LM-1359.1 From 1086772 to 1087434unknown, similar n to transcription response regulator SeqID 330 LM-1360.1 From 1086100 to 1086630unknown n SeqID 331 LM-1361.1 From 1085806to 1086078 unknown, similar n to B.

subtilis YktA protein SeqID 332 LM-1363.1 From 1084853to 1085806 unknown, similar n to L-lactate dehydrogenase SeqID 333 LM-1364.1 From 1084413to 1084724 unknown n SeqID 334 LM-1367.1 From 1082822to 1084225 unknown, highly n similar to dihydrolipoamide dehydrogenase, E3 subunit of pyruvate dehydrogenase complex SeqID 335 LM-1368.1 From 1081183to 1082817 unknown, highly n similar to pyruvate dehydrogenase (dihydrolipoamide acetyltransferase E2 subunit) SeqID 336 LM-1369.1 From 1080095to 1081072 unknown, highly n similar to pyruvate dehydrogenase {E1 beta subunit) SeqID 337 LM-1370.1 From 1078977to 1080092 unknown, highly n similar to pyruvate dehydrogenase (E1 alpha subunit) SeqID 338 LM-1371.1 From 1077592to 1078143 unknown, similar n to formylmethionine deformylase and to B.

subtilis YkrB protein SeqID 339 LM-1372.1 From 1076989to 1077543 unknown, similar n to B.

subtilis YdfE protein SeqID 340 LM-1373.1 From 1075860to 1076858 Unknown, similar n to molybdopterin biosynthesis protein MoeB

SeqJD 341 LM-1374.1 From 1075360to 1075848 unknown, similar n to molybdenum cofactor biosynthesis protein B

SeqID 342 LM-1376.1 From 1074324to 1075325 unknown, similar n to molybdenum cofactor biosynthesis protein A

SeqID 343 LM-1377.1 From 1073813to 1074295 unknown, similar n to molybdenum cofactor biosynthesis protein C

SeqID 344 LM-1379.1 From 1073552to 1073800 unknown, similar n to molybdopterin converting factor (subunit 1 ).

SeqID 345 LM-1380.1 From 1073146to 1073568 Unknown, similar n to molybdopterin converting factor, subunit 2 SeqID 346 LM-1381.1 From 1072664to 1073149 unknown, similar n to molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis MobB

SeqiD 347 LM-1383.1 From 1071462to 1072685 unknown, similar n to molybdopterin biosynthesis protein moeA

SeqID 348 LM-1385.1 From 1070597to 1071367 unknown, similar n to molybdate binding protein SeqID 349 LM-1386.1 From 1069821to 1070492 Unknown, similar n to molybdenum transport protein SeqID 350 LM-1387.1 From 1069156to 1069818 unknown, similar n to ABC

transporter SeqID 351 LM-1388.1 From 1068594to 1069175 unknown, weakly n similar to molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A

SeqID 352 LM-1389.1 From 1067723to 1068526 unknown, highly n similar to B. subtilis YoaT protein SeqID 353 LM-1390.1 From 1066397to 1067662 unknown n SeqID 354 LM-1391.1 From 1064521to 1066377 unknown, similar n to phosphotransferase system (PTS) beta-glucoside-specific enzyme IIABC

SeqID 355 LM-1392.1 From 1063061to 1064524 unknown, similar n to glycerol kinase SeqID 356 LM-1394.1 From 1062108to 1063064 unknown, similar n to transketolase SeqID 357 LM-1396.1 From 1061291to 1062115 unknown, similar n to transketolase SeqID 358 LM-1398.3 From 1059872to 1061275 unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 359 LM-1401.1 From 235524to 237020 lysyl-tRNA synthetase n SeqID 360 LM-1402.1 From 234414to 235409 Unknwon, conserved n hypothetical protein SeqID 361 LM-1404.1 From 233858to 234337 unknown, similar n to 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin pyrophosphokinase SeqlD 362 LM-1405.1 From 233491to 233865 unknown, highly n similar to dihydroneopterin aldolase SeqID 363 LM-1407.1 From 232662to 233477 unknown, highly n similar to dihydropteroate synthases SeqID 364 LM-1408.1 From 230840to 231766 unknown, highly n similar to cysteine synthase SeqID 365 LM-1410.1 From 229840to 230724 Unknwon, consenred n hypothetical protein SeqID 366 LM-1411.1 From 229045to 229824 Unknwon, conserved n hypothetical protein SeqID 367 LM-1413.1 From 226854to 228929 unknown, highly n similar to cell division protein ftsH

SeqID 368 LM-1415.1 From 224562to 226508 Unknown, fusion n protein, N-terminal part similar to B.

subtilis YacA protein, C-terminal part similar to hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase SeqID 369 LM-1418.1 From 224027 to 224455Unknown, n polyribonucleotide nucleotidyltransferase domain present SeqID 370 LM-1420.1 From 223490 to 223876unknown, similar n to B.

subtilis DivIC protein SeqID 371 LM-1426.1 From 221370 to 222959Unknown, conserved n membrane-spanning protein SeqID 372 LM-1429.1 From 217800 to 221339transcription-repair n coupling factor SeqID 373 LM-1430.1 From 217125 to 217685Unknwon, similar n to peptidyl-tRNA hydrolase SeqID 374 LM-1432.1 From 216434 to 217018Unknown n SeqID 375 LM-1433.2 From 215721 to 216344Unknown, similar n to B.

subtilis general stress protein SeqID 376 LM-1434.2 From 214486 to 215427Unknwon, similar n to L-lactate dehydrogenase SeqID 377 LM-1435.1 From 213735 to 214409Unknown n SeqID 378 LM-1436.1 From 213336 to 213668Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 379 LM-1437.1 From 212824 to 213285Unknown, hypothetical n lipoprotein SeqlD 380 LM-1438.1 From 212366 to 212689Unknwon n SeqID 381 LM-1439.1 From 211425 to 212294phospholipase C
n SeqID 382 LM-1442.1 From 209470 to 211389actin-assembly inducing n protein precursor SeqID 383 LM-1444.1 From 207739 to 209271Zinc metalloproteinase n precursor SeqID 384 LM-1445.1 From 205819 to 207408listeriolysin O
n precursor SeqID 385 LM-1446.1 From 204624 to 205577phosphatidylinositol-n specific phospholipase c SeqID 386 LM-1447.1 From 203640 to 204353listeriolysin positive n regulatory protein SeqID 387 LM-1448.1 From 202641 to 203597phosphoribosyl n pyrophosphate synthetase SeqID 388 LM-1449.3 From 201217 to 202590unknown, highly n similar to U DP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase SeqID 389 LM-1451.1 From 1891236 to 1891880Unknown, weakly n similar to thiamin pyrophosphokinase SeqID 390 LM-1453.1 From 1891944 to 1892600Unknown, similar n to ribulose-5-phosphate epimerase SeqID 391 LM-1454.1 From 1892603 to 1893478Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 392 LM-1457.1 From 1893497 to 1895464Unknown, similar n to putative serine/threonine-specific protein kinase SeqID 393 LM-1458.1 From 1895461 to 1896219Unknown, similar n to putative phosphoprotein phosphatase SeqID n 394 LM-1459.1 From 1896242to 1897576 Unknown, similar to RNA-binding Sun protein SeqID n 395 LM-1461.1 From 1897577to 1898515 Unknown, similar to methionyl-tRNA

formyltransferase SeqID n 396 LM-1463.1 From 1898529to 1900922 unknown, similar to primosomal replication factor Y

SeqiD n 397 LM-1465.1 From 1900927to 1902126 unknown, similar to pantothenate rnetabolism flavoprotein homolog SeqID n 398 LM-1466.2 From 1902484to 1903101 unknown, similar to guanylate kinases SeqID n 399 LM-1467.2 From 1903120to 1903995 unknown, simlar to conserved hypothetical protein SeqlD n 400 LM-1468.1 From 1904152to 1905864 unknown, similar to fibronectin binding proteins SeqID n 401 LM-1469.1 From 1905952to 1906551 unknown, similar to conserved hypotheticl proteins SeqID n 402 LM-1470.1 From 1906592to 1907221 unknown, highly similar to orotate phosphoribosyltransferases SeqID n 403 LM-1471.1 From 1907218to 1907919 unknown, highly similar to orotidine 5 -phosphate decarboxylases SeqID n 404 LM-1472.1 From 1907916to 1908830 unknown, highly similar to dihydroorotase dehydrogenase SeqID n 405 LM-1473.1 From 1908827to 1909591 unknown, highly similar to dihydroorotate ' dehydrogenase (electron transfer subunit) SeqID n 406 LM-1474.1 From 1909614to 1912826 unknown, highly similar to carbamoyl-phosphate synthetase (catalytic subunit) SeqID n 407 LM-1476.1 From 1912819to 1913910 unknown, highly similar to carbamoyl-phosphate synthetase (glutaminase subunit) SeqID n 408 LM-1477.1 From 1913907to 1915187 unknown, highly similar to dihydroorotase SeqID n 409 LM-1478.1 From 1915175to 1916086 unknown, highly similar to aspartate carbamoyltransferase SeqID n 410 LM-1480.1 From 1916166to 1917452 unknown, highly similar to uracil permease SeqID n° 411 LM-1481.2 From 1917581 to 1918132 unknown, highly similar to pyrimidine operon regulatory protein SeqID 412 LM-1482.2From 1918363to 1918593unknown n SeqID 413 LM-1483.2From 645397to 645858 Unknown, similar n to transcription regulator Marli family SeqID 414 LM-1484.1From 645878to 647590 Unknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID 415 LM-1486.1From 647587to 649404 Unknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID 416 LM-1487.1From 649520to 649819 Unknown, similar n to E. coli phage shock protein E

SeqID 417 LM-1491.1From 651794to 652420 Unknown, similar n to acyl-carrier protein phosphodiesterase and NAD(P)H dehydrogenase SeqID 418 LM-1492.1From 652589to 653044 Unknown, similar n to transcription regulator Marli family SeqID 419 LM-1493.1From 653041to 653982 Unknown, similar n to oxidoreductase SeqID 420 LM-1494.1From 654078to 654611 unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 421 LM-1495.1From 654608to 654850 Unknown n SeqID 422 LM-1498.1From 654957to 656708 Unknown, C-terminal n domain similar to glycerophosphoryl diester phosphodiesterase SeqID 423 LM-1499.1From 656749to 657243 Unknown n SeqID 424 LM-15.1 From 2720497to 2721489Unknown, similar n to Phosphotriesterase SeqID 425 LM-1500.1From 657323to 658465 Unknown, similar n to protein kinase SeqID 426 LM-1501.1From 658572to 659027 Unknown n SeqID 427 LM-1502.1From 659083to 659475 Unknown n SeqID 428 LM-1504.1From 659572to 660312 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 429 LM-1506.1From 660398to 660676 Unknown, hypothetical n SeqID 430 LM-1507.1From 660692to 660958 Unknown n SeqID 431 LM-1508.1From 660996to 661439 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 432 LM-1510.3From 661470to 662171 Unknown n SeqID 433 LM-1511.3From 662257to 663936 Unknown, similar n to unknown protein SeqID 434 LM-1516.1From 669423to 669950 Unknown n SeqID 435 LM-1518.1From 670309to 672339 Unknown, similar n to transcription antiterminator BgIG family SeqID Unknown, similar n to PTS

LM-1519.1 From to system, fructose-specific IIA component SeqID 437 LM-1520.1 From 672794 to 673855Unknown, similar n to PTS

system, fructose-specific 11C component SeqID 438 LM-1521.1 From 673870 to 674178Unknown, similar n to PTS

system, fructose-specific IIB component SeqID 439 LM-1523.1 From 674205 to 675473Unknown, similar n to an E.

coli putative tagatose phosphate kinase SeqID 440 LM-1524.1 From 675563 to 676267Unknown n SeqID 441 LM-1525.1 From 676372 to 676788Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 442 LM-1527.1 From 676802 to 677395Unknown, weakly similar n to methyltransferase SeqID 443 LM-1528.1 From 678494 to 679123Unknown n SeqID 444 LM-1529.1 From 679763 to 680296Unknown, similar n to a transcription regulator (surface protein PAg negative regulator par) SeqID 445 LM-153.1 From 1216820 to 1218178Unknown, similar n to cobyrinic acid a,c-diamide synthase SeqID 446 LM-1530.1 From 680360 to 681277Unknown, similar n to oxidoreductase SeqID 447 LM-1532.1 From 681543 to 683423Unknown, similar n to heavy metal-transporting ATPase SeqID 448 LM-1533.1 From 683519 to 684247Unknown n SeqID 449 LM-1535.1 From 684390 to 685040Unknown, similar n to putative transaldolase SeqID 450 LM-1536.3 From 685083 to 686903Unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqlD 451 LM-1537.2 From 468169 to 469437Unknown, weakly similar n to a module of peptide synthetase SeqID 452 LM-1538.1 From 467519 to 468136unknown n SeqlD 453 LM-154.1 From 1215993 to 1216487unknown n SeqID 454 LM-1540.1 From 466517 to 467362Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 455 LM-1541.1 From 465934 to 466419Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 456 LM-1545.1 From 459681 to 465722Unknown, putative n i peptidoglycan linked protein (LPXTG motif) SeqlD 457 LM-1547.1 From 457021 to 458913Internalin B
n SeqID 458 LM-1549.1 From 454534 to 456936Internalin A
n SeqID 459 LM-155.1 From 1215128 to 1215679Unknown, similar n to transcriptional regulator SeqID 460 LM-1551.1 From 453107 to 453853Unknown, similar n to oxidoreductase SeqID 461 LM-1553.1 From 452524 to 453093Unknown, simiiar n to acetyltransferase SeqID 462 LM-1554.1 From 451531 to 452406Unknown, similar n to transcriptional regulator (LysR famy) SeqID 463 LM-1557.1 From 448926 to 451508Unknown, similar n to sugar hydrolase SeqID 464 LM-1558.1 From 447804 to 448910Unknown, similar n to PTS

fructose-specific enzyme IIC component SeqID 465 LM-156.1 From 1213636 to 1215087unknown n SeqID 466 LM-1560.1 From 447471 to 447791Unknown, similar n to PTS

fructose-specific enzyme IIB component SeqID 467 LM-1561.1 From 447010 to 447474Unknown, simar to n PTS

fructose-specific enzyme IIA composent SeqID 468 LM-1564.1 From 445049 to 447010Unknown, simar to n transcription antiterminator BgIG family SeqID 469 LM-1566.1 From 444031 to 444888Unknown, similar n to Staphylococcus xylosus glucose uptake protein SeqID 470 LM-1568.1 From 443303 to 443851Unknown, similar n to RNA

polymerase ECF-type sigma factor SeqID 471 LM-1569.1 From 442869 to 443300Unknown, similar n to unknown protein SeqID 472 LM-157.1 From 1212983 to 1213426similar to ethanolamine n utilization protein EutQ

SeqID 473 LM-1570.1 From 441622 to 442872Unknown, similar n to rod shape-determining protein RodA

SeqID 474 LM-1571.1 From 440758 to 441570Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 475 LM-1572.1 From 440056 to 440610Unknown, similar n to unknown protein SeqID 476 LM-1573.1 From 439677 to 439976Unknown n SeqID 477 LM-1574.1 From 439214 to 439624Unknown n SeqiD 478 LM-1575.2 From 437482 to 438882Unknown, similar n to endo-1,4-beta-xylanase SeqID 479 LM-1577.4 From 436379 to 437188Unknown, conserved n membrane protein SeqID 480 LM-1578.2 From 977051 to 978856unknown, similar n to heat shock protein HtpG

SeqID 481 LM-1579.1 From 976065 to 977039Unknown n SeqID 482 LM-158.1 From 1211869 to 1212990Unknown, similar n to ethanolamine utilization protein EutH - Escherichia coli SeqID 483 LM-1580.1 From 975071to 976033 Unknown n SeqID 484 LM-1581.1 From 974229to 974975 Unknown n SeqID 485 LM-1582.1 From 973758to 974216 unknown, similar n to protein-tyrosine-phosphatase SeqID 486 LM-1583.1 From 972719to 973459 unknown, similar n to Nitroflavin-reductase SeqID 487 LM-1584.1 From 972197to 972706 Unknown, similar n to B.

subtilis CspR protein, rRNA

methylase homolog SeqID 488 LM-1585.1 From 971037to 972176 unknown, similar n to B.

subtilis YhbA protein SeqID 489 LM-1586.1 From 969549to 970496 unknown, similar n to B.

subtilis YkcC protein SeqID 490 LM-1587.1 From 968819to 969424 unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 491 LM-1589.1 From 967784to 968779 unknown, similar n to lipoate protein ligase A

SeqID 492 LM-159.1 From 1211308to 1211853 Unknown, similar n to Salmonella enterica PduT

protein SeqID 493 LM-1590.1 From 967029to 967760 unknown, conserved n hypothetical protein, similar to B. subtilis Yhfl protein SeqID n° 494 LM-1592.1 From 966245 to 966913 unknown, similar to sortase SeqID 495 LM-1593.1 From 965513to 966136 unknown, similar n to 3-methyladenine DNA

glycosylase SeqID 496 LM-1594.1 From 963294to 965255 unknown, hypothetical n transmembrane protein SeqlD 497 LM-1596.1 From 962607to 963263 unknown, similar n to transcription regulator (TetRlAcrR family) SeqID 498 LM-1597.1 From 961469to 962584 unknown, putative n membrane protein SeqlD 499 LM-16.1 From 2721559to 2722857 Unknown, similar n to membrane proteins SeqID 500 LM-160.1 From 1211046to 1211315 Unknown, similar n to carbon dioxide concentrating mechanism protein SeqID 501 LM-1600.1 From 960748to 961221 Unknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein (N-terminal part) SeqID 502 LM-1602.1 From 959711to 960631 unknown, similar n to pantothenate kinase SeqID 503 LM-1603.1 From 958783to 959622 unknown, similar n to B.

subtilis YcgQ protein SeqID 504 LM-1605.1 From 957724to 958764 unknown, similar n to B.

subtilis YcgR protein SeqID 505 LM-1606.1From 956031to 957602 unknown, similar n to ABC

transporter ATP-binding protein (antibiotic resistance) SeqID 506 LM-1607.1From 953842to 955740 Unknown, similar n to transcription antiterminator BgIG family SeqID 507 LM-1608.1From 952318to 953769 Unknown, similar n to beta-glucosidase SeqID 508 LM-1609.1From 951956to 952306 Unknown, similar n to phosphotransferase system enzyme IIA

SeqID 509 LM-161.1 From 1210459to 1211031unknown n SeqID 510 LM-1610.1From 950673to 951941 Unknown, similar n to phosphotransferase system enzyme IIC

SeqID 511 LM-1611.1From 950363to 950668 Unknown, similar n to PTS

system, IIB component SeqID 512 LM-1613.1From 948754to 950220 Unknown, similar n to succincte semialdehyde dehydrogenase SeqID 513 LM-1614.1From 947718to 948530 unknown, similar n to transporters (formate) SeqID 514 LM-1615.1From 947101to 947604 Unknown n SeqID 515 LM-1617.1From 945915to 947018 Unknown n SeqID 516 LM-1618.1From 945520to 945912 Unknown, similar n to transcription regulator, GntR family SeqID 517 LM-1619.1From 944243to 945379 unknown, similar n to membrane proteins .

SeqID 518 LM-162.1 From 1209821to 1210462Unknown, similar n to Salmonelle enterica PduL

protein SeqID 519 LM-1620.1From 943526to 944200 unknown, similar n to phosphoglycerate mutase SeqID 520 LM-1622.1From 942148to 943497 Unknown, similar n to glutathione Reductase SeqID 521 LM-1623.1From 941615to 942112 unknown n SeqID 522 LM-1624.2From 940810to 941484 Unknown n SeqlD 523 LM-1625.2From 469575to 470078 Unknown n SeqID 524 LM-1626.1From 470122to 472158 Unknown, similar n to penicillin-binding protein (D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase) SeqID 525 LM-1627.1From 472330to 472644 Unknown n SeqID 526 LM-1629.1From 472781to 473710 Unknown, similar n to B.

subtilis transcription regulator LytR

SeqID 527 LM-163.1 From 1209053to 1209808unknown, similar n to cobalamin adenosyl transferase SeqID 528 LM-1631.1 From 473936to 476716 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 529 LM-1632.1 From 476960to 478447 Unknown, similar n to transcription regulator SeqID 530 LM-1634.1 From 478721to 479710 Unknown, similar n to penicillin acylase and to conjugated bile acid hydrolase SeqID 531 LM-1635.1 From 479765to 481153 Unknown, similar n to glutamate decarboxylase SeqID 532 LM-1636.1 From 481250to 482701 Unknown, similar n to amino acid antiporter SeqID 533 LM-1637.1 From 483166to 483891 Unknown n SeqID 534 LM-1638.1 From 483934to 484599 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 535 LM-1639.1 From 484620to 485375 Unknown n SeqID 536 LM-164.1 From 1208603to 1208887unknown, similar n to putative carboxysome structural protein SeqID 537 LM-1644.1 From 485493to 487652 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 538 LM-1645.1 From 487649to 488797 Unknown, conserved n hypothetical proteins SeqID 539 LM-1646.1 From 488802to 489749 Unknown, conserved n hypothetical protein similar to B. subtilis YeaC

SeqID 540 LM-1647.1 From 489905to 491500 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 541 LM-1650.1 From 491634to 492917 Unknown, similar n to permeases SeqlD 542 LM-1652.1 From 492918to 494018 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 543 LM-1653.1 From 494011to 495561 Unknown, similar n to hydantoinase SeqID 544 LM-1655.1 From 496381to 497919 Unknown, similar n to transcription regulator (VirR

from Streptococcus pyogenes) SeqID 545 LM-1656.1 From 498171to 500240 Unknown, putative n membrane associated lipoprotein SeqID 546 LM-1658.1 From 500306to 500779 Unknown n SeqID to 501284 Unknown n LM-1659.3 From SeqID to 1208571unknown, similar n to LM-166.1 From acetaldehyde dehydrogenase /
alcohol dehydrogenase SeqID to 2633761Unknown, similar n to LM-1661.4 From fructose-1,6-bisphosphate aldolase SeqID n° 550 LM-1662.2 From 2631303 to 2632586 Unknwon, weakly similar to human N-acetylglucosaminyl-phosphatidylinositol biosynthetic protein SeqID 551 LM-1663.1 From 2630285to 2631310 Unknown, similar n to galactosyltransferase SeqID 552 LM-1664.1 From 2629208to 2630278 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 553 LM-1665.1 From 2627816to 2629087 unknown, highly n similar to UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase SeqlD 554 LM-1666.2 From 2626442to 2627713 unknown, highly n similar to transcription terminator factor rho SeqID 555 LM-1668.2 From 2625414to 2626361 Unknwon, similar n to glycosyl transferases SeqID 556 LM-1669.1 From 2624980to 2625417 wall teichoic acid n glycosylation protein GtcA

SeqID 557 LM-167.1 From 1206590to 1207111 Unknown, similar n to putative carboxysome structural protein SeqlD 558 LM-1671.1 From 2623125to 2624411 unknown, highly n similar to homoserine dehydrogenase SeqID 559 LM-1674.1 From 2622067to 2623122 unknown, highly n similar to threonine synthase SeqiD 560 LM-1676.1 From 2621201to 2622067 unknown, highly n similar to homoserine kinase SeqID 561 LM-1678.1 From 2620514to 2621089 Unknwon, similar n to thymidine kinase SeqID 562 LM-1679.1 From 2619415to 2620491 unknown, highly n similar to peptide chain release factor 1 SeqID 563 LM-168.1 From 1205922to 1206575 Unknown, similar n to putative carboxysome structural protein (eutL) SeqID 564 LM-1681.1 From 2618577to 2619428 Unknown, similar n to protoporphyrinogen oxidase SeqID 565 LM-1682.1 From 2617239to 2618276 Unknown, similar n to yeast translation initiation protein SeqID 566 LM-1683.1 From 2616835to 2617242 Unknown, similar n to phosphatases SeqID 567 LM-1684.1 From 2615458to 2616699 unknown, highly n similar to glycine hydroxymethyltransferase SeqID 568 LM-1685.1 From 2614692to 2615321 unknown, highly n similar to uracil phosphoribosyltransferase SeqID n° 569 LM-1686.1 From 2613435 to 2614574 Unknwon, similar to UDP-N-acetylglucosamine epimerase SeqID 570 LM-1691.1 From 2612205 to 2612603unknown, highly n similar to ATP synthase subunit i SeqID 571 LM-1693.1 From 2611482 to 2612198unknown, highly n similar to H+-transporting ATP

synthase chain a SeqID 572 LM-1694.1 From 2610592 to 2611104unknown, highly n similar to H+-transporting ATP

synthase chain b SeqID 573 LM-1695.1 From 2610056 to 2610595unknown, highly n similar to H+-transporting ATP

synthase chain delta SeqID 574 LM-1697.1 From 2608515 to 2610029unknown, highly n similar to H+-transporting ATP

synthase chain alpha SeqID 575 LM-1698.1 From 2607605 to 2608477unknown, highly n similar to H+-transporting ATP

synthase chain gamma SeqID 576 LM-170.1 From 1205018 to 1205899Unknown, similar n to ethanolamine ammonia-lyase, light chain SeqID 577 LM-1700.1 From 2606123 to 2607544unknown, highly n similar to H+-transporting ATP

synthase chain beta SeqID 578 LM-1701.1 From 2605697 to 260610'1unknown, highly n similar to H+-transporting ATP

synthase chain epsilon SeqID 579 LM-1702.1 From 2605337 to 2605573Unknown, similar n to B.

subtilis YwzB protein SeqID 580 LM-1704.1 From 2603863 to 2605155unknown, UDP-N-n acetylglucosamine carboxyvinyltransferase SeqID 581 LM-1705.2 From 2602705 to 2603700unknown, similar n to MreB-like protein SeqID 582 LM-1706.2 From 521863 to 522591Unknown n SeqID 583 LM-1707.1 From 522628 to 523521Unknown, similar n to transcriptional regulator (LysR family) SeqID 584 LM-1708.1 From 523719 to 525713Unknown, similar n to NADH:flavin oxidoreductase SeqID 585 LM-171.1 From 1203634 to 1204998Unknown, similar n to ethanolamine ammonia-lyase, heavy chain SeqID 586 LM-1710.1 From 525813 to 526688Unknown, similar n to shikimate 5-dehydrogenase SeqID 587 LM-1712.1 From 526754 to 527512Unknown, similar n to 3-dehydroquinate dehydratase SeqID 588 LM-1713.1 From 527580 to 528488Unknown, similar n to transcriptional regulator (LysR family) SeqID 589 LM-1714.1 From 528563 to 530323Unknown, similar n to acylase SeqID 590 LM-1715.1 From 530515 to 531108Unknown, weakly similar n to esterase SeqID 591 LM-1716.1 From 531294 to 532253Unknown, similar n to transmembrane protein SeqID 592 LM-1717.1 From 532328 to 532552Unknown, similar n to B.

subtilis YnzC protein SeqID 593 LM-1718.2 From 532603 to 534111Unknown, similar n to sugar transferase SeqID 594 LM-1719.1 From 534307 to 534756Unknown, similar n to ribose 5-phosphate isomerase SeqID 595 LM-1721.1 From 534753 to 535421Unknown, similar n to ribulose-5-phosphate epimerase SeqID 596 LM-1722.1 From 535428 to 536078Unknown, similar n to transaldolase SeqID 597 LM-1723.1 From 536187 to 538247Unknown, similar n to transcription antiterminator BgIG family SeqID 598 LM-1724.1 From 538251 to 538853Unknown, similar n to putative sugar-phosphate isomerase SeqID 599 LM-1725.1 From 538881 to 539348Unknown, similar n to PTS

fructose-specific enzyme IIA composent SeqID 600 LM-1726.1 From 539365 to 539763unknown n SeqID 601 LM-1727.1 From 539774 to 540424Unknown, similar n to ribulose-5-phosphate epimerase SeqID 602 LM-1728.1 From 540421 to 541467Unknown, similar n to polyol (sorbitol) dehydrogenase SeqID 603 LM-1729.1 From 541483 to 541776Unknown, similar n to PTS

system, Galactito!-specific IIB composent SeqID 604 LM-173.1 From 1202171 to 1203592Unknown, similar n to ethanolamine utilization protein EutA (putative chaperonin) SeqID 605 LM-1731.1 From 541791 to 543062Unknown, similar n to PTS

system, Galactitol-specific lIC composent SeqID 606 LM-1733.1 From 543202 to 544137Unknown, similar n to phosphoribosyl pyrophosphate synthetase SeqlD 607 LM-1734.1 From 544923 to 545501Unknown n SeqID 608 LM-1735.1 From 545609 to 546289Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 609 LM-1736.1 From 546314 to 546673Unknown n SeqID 610 LM-1737.1 From 546680 to 547138Unknown, weakly n similar to transcription regulator SeqID 611 LM-174.1 From 1200625 to 1202082unknown, similar n to sensory transduction histidine kinase SeqID 612 LM-1740.1 From 549438 to 549869Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 613 LM-1741.1 From 549916 to 551346Unknown, similar n to Bacillus anthracis encapsu(ation protein CapA

SeqID 614 LM-1742.2 From 551467 to 552282Unknown, similar n to phosphoglycerate mutase SeqID 615 LM-175.1 From 1200051 to 1200632unknown, similar n to similar to two-composent response regulator SeqID 616 LM-1755.2 From 2678302 to 2679330Unknown, similar n to ATP

binding proteins SeqID 617 LM-1757.1 From 2681167 to 2682018Unknown, similar n to oxidoreductase, aldo/keto reductase family SeqID 618 LM-1758.1 From 2682040 to 2682462Unknown, similar n to transcription regulators (MerR family) SeqID 619 LM-1759.1 From 2682584 to 2682943Unknown n SeqID 620 LM-176.1 From 1198637 to 1199776unknown, similar n to NADPH-dependent butanol dehydrogenase SeqlD 621 LM-1760.1 From 2683187 to 2684056Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 622 LM-1761.1 From 2684251 to 2684643ribosomal protein n S9 SeqID 623 LM-1762.1 From 2684665 to 2685102ribosomal protein n L13 SeqID 624 LM-1763.1 From 2685297 to 2686043unknown, highly n similar to pseudouridylate synthase I

SeqID 625 LM-1766.1 From 2686049 to 2686846Unknown, highly n similar to B. subtilis YbaF
protein SeqID 626 LM-1769.1 From 2686849 to 2687715Uknown similar to n ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 627 LM-1771.1 From 2687691 ta 2688530Unknown, similar n to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 628 LM-1772.1 From 2688661 to 2689323Unknown, conserved n hypothetical protein SeqiD 629 LM-1773.1 From 2689442 to 2690332Unknown n SeqID 630 LM-1774.1 From 2690371 to 2691465Unknown n SeqID 631 LM-1775.2 From 2691673 to 2692080ribosomal protein n L17 SeqID 632 LM-1776.3 From 1441313 to 1441540Unknown n SeqID 633 LM-1777.3 From 1441581 to 1442114Unknown, modulates n DNA

topology SeqID 634 LM-1779.1 From 1443873 to 1445042Unknown, simi(ar n to Acetyl-CoA:acetyltransferase SeqID 635 LM-1780.2 From 1445192to 1446358 Unknown, similar n to hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase SeqID 636 LM-1781.2 From 1446383to 1446982 Unknown n SeqID 637 LM-1782.1 From 1447052to 1448296 Unknown, highly n similar to B. subtilis YxiO protein SeqID 638 LM-1783.1 From 1448315to 1449583 Unknown, weakly n similar to pyrophosphatase SeqID 639 LM-1784.1 From 1449647to 1450684 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 640 LM-1785.1 From 1450701to 1451597 Unknown, weakly n similar to UDP-N-acetylglucosaminyl-3-enolpyruvate reductase SeqID 641 LM-1787.1 From 1451813to 1452799 Unknown, similar n to glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter SeqID 642 LM-1789.1 From 1452796to 1454310 Unknown, similar n to glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter (membrane protein) SeqID 643 LM-179.1 From 1197172to 1198047 unknown, similar n to Salmonelle enterica PduX

protein SeqID 644 LM-1790.1 From 1454347to 1455177 Unknown n SeqID 645 LM-1791.2 From 1455316to 1456662 Unknown, similar n to metal ion transport proteins SeqID 646 LM-1794.2 From 1456775to 1457446 Unknown, similar n to betaine/carnitine/choline ABC transporter (membrane p) SeqID 647 LM-1795.1 From 1457461to 1458387 Unknown, similar n to glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter (osmoprotectant-binding protein) SeqID 648 LM-1796.1 From 1458389ta 1459045 Unknown, similar n to glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter (membrane protein) SeqID 649 LM-1798.1 From 1459049to 1460242 Unknown, similar n to glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter (ATP-binding protein) SeqID 650 LM-1799.1 From 1460534to 1461094 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 651 LM-18.1 From 2722884to 2723156 Unknwon, similar n to hypothetical PTS enzyme IIB component SeqID 652 LM-1800.2 From 1461343to 1461726 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID n° 653 LM-1801.2 From 1461866 to 1463467 Unknown, similar to ABC
transporter (ATP-binding protein) SeqID 654 LM-1802.1 From 1463506 to 1464156Unknown n SeqID 655 LM-1803.1 From 1464209 to 1465549Unknown, similar n to glutathione reductase SeqID 656 LM-1805.1 From 1465638 to 1467305Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 657 LM-1806.1 From 1467325 to 1468206Unknown, similar n to dihydrodipicolinate synthase SeqID 658 LM-1807.1 From 1468221 to 1469432Unknown, similar n to aspartokinase I
(alpha and beta subunits) SeqID 659 LM-1809.1 From 1469444 to 1470487Unknown, similar n to aspartate-semialdehyde dehydrogenase SeqID 660 LM-1810.1 From 1470685 to 1472850unknown, similar n to penicillin-binding protein SeqID 661 LM-1811.1 From 1472980 to 1473588superoxide dismutase n SeqID 662 LM-1813.1 From 1473889 to 1474689unknown, similar n to unknown proteins SeqID 663 LM-1814.1 From 1474802 to 1475908Unknown, similar n to putative peptidoglycan acetylation protein SeqID 664 LM-1815.1 From 1475944 to 1476651Unknown, similar n to transport proteins SeqID 665 LM-1816.1 From 1476642 to 1476968Unknown n SeqID 666 LM-1817.1 From 1477050 to 1477934Unknown, similar n to protein secretion PrsA (post-translocation molecular chaperons) SeqID 667 LM-1818.1 From 1478071 to 1478496transcriptional n regulator ZurR (ferric uptake regulation) SeqID 668 LM-182.1 From 1194890 to 1196083Unknown, similar n to acetate kinase SeqID 669 LM-1820.1 From 1478477 to 1479355metal transport n protein SeqID 670 LM-1821.1 From 1479330 to 1480103ABC transporter n SeqID 671 LM-1823.1 From 1480246 to 1481172Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 672 LM-1825.1 From 1481188 to 1482081unknown, similar n to endonuclease IV

SeqID 673 LM-1826.1 From 1482096 to 1483403Unknown, similar n to ATP-dependent RNA helicase, DEAD-box family (deaD) SeqID 674 LM-1827.1 From 1483549 to 1484544Unknown, similar n to E. coli LytB protein SeqID 675 LM-1829.1 From 1484590 to 1485711Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 676 LM-183.1 From 1194120 to 1194824Unknown, similar n to glycerol uptake facilitator protein SeqID 677 LM-1830.1 From 1485708to 1486412Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 678 LM-1833.2 From 1486480to 1487604RNA polymerase sigma n factor RpoD

SeqID 679 LM-1834.2 From 289562to 290521 Unknown, similar n to other proteins SeqID 680 LM-1835.1 From 289139to 289555 Unknown, similar n to transcriptional regulators SeqID 681 LM-1836.1 From 287853to 288992 Unknown, similar n to succinyldiaminopimelate desuccinylase SeqID 682 LM-1838.1 From 286219to 287718 internalin E
n SeqID 683 LM-184.1 From 1192974to 1194092unknown, similar n to NADPH-dependent butanol dehydrogenase SeqID 684 LM-1840.1 From 284365to 286011 internalin H
n SeqID 685 LM-1842.1 From 282755to 284227 internalin G
n SeqID 686 LM-1843.1 From 281021to 282481 Unknown, similar n to phospho-beta-glucosidase SeqID 687 LM-1844.1 From 280410to 280955 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 688 LM-185.1 From 1191549to 1192958Unknown, similar n to ethanolamine utilization protein EutE

SeqID 689 LM-1852.1 From 276728to 280333 RNA polymerase (beta n subunit}

SeqID 690 LM-1854.1 From 273003to 276557 RNA polymerase (beta n subunit}

SeqID 691 LM-1856.2 From 271324to 272502 Unknown, similar n to unknown protein SeqID 692 LM-1858.1 From 269754to 270257 Unknown, similar n to unknown protein SeqID 693 LM-1859.2 From 269067to 269729 Unknown n SeqID 694 LM-1860.2 From 1993372to 1994637Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 695 LM-1861.1 From 1991047to 1993326Unknown, similar n to pyruvate formate-lyase SeqID 696 LM-1862.1 From 1989805to 1990812Unknown, similar n to peptidase SeqID 697 LM-1863.1 From 1988159to 1989802Unknown, similar n to malolactic enzyme (malate dehydrogenase) SeqID 698 LM-1864.1 From 1987365to 1988048Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 699 LM-1865.1 From 1986342to 1987346Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 700 LM-1866.1 From 1985218to 1986345Unknown, similar n to unknown proteins (hypothetical sensory transduction histidine kinase) SeqlD n° 701 LM-1867.1 From 1984056 to 1985192 Unknown, slmilar to unknown proteins (hypothetical sensory transduction histidine kinase) SeqID 702 LM-1869.1 From 1982630to 1983736 Unknown, similar n to oxidoreductases SeqID 703 LM-1871.1 From 1981774to 1982640 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 704 LM-1872.1 From 1981299to 1981634 Unknown, similar n to unknown proteins SeqlD 705 LM-1874.1 From 1980511to 1981302 Unknown, similar n to dihydrodipicolinate reductase SeqID 706 LM-1875.1 From 1980091to 1980495 Unknown, similar n to methylglyoxal synthase SeqID 707 LM-1876.1 From 1978895to 1980076 Unknown, similar n to tRNA

CCA-adding enzyme SeqID 708 LM-1877.1 From 1977928to 1978905 Unknown, simifar n to transcriptional regulator and biotin acetyl-CoA-carboxylase synthetase SeqID 709 LM-1879.1 From 1977307to 1977780 unknown; similar n to thioredoxin SeqID 710 LM-188.1 From 1190547to 1191542 Unknown, hyghly n similar to Salmonella enterica PduO

protein SeqID 711 LM-1880.1 From 1976307to 1977140 unknown, similar n to ketopantoate hydroxymethyltransferases SeqID 712 LM-1881.1 From 1975446to 1976303 unknown, similar n to panthotenate synthetases SeqID 713 LM-1882.1 From 1975059to 1975442 unknown, similar n to aspartate 1-decarboxylases SeqID 714 LM-1884.1 From 1972176to 1974962 unknown, similar n to ATP-dependent helicases SeqID 715 LM-1885.1 From 1971547to 1972131 unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 716 LM-1886.1 From 1970343to 1971524 unknown, similar n to aspartate aminotransferases SeqID 717 LM-1888.1 From 1969037to 1970329 unknown, similar n to sparaginyl-tRNA

synthetases SeqID 718 LM-189.1 From 1190269to 1190532 Unknown, similar n to carbon dioxide concentrating mechanism protein SeqID n 719 LM-1891.1 From 1968169 to 1968888unknown, similar to chromosome repfication initiation protein SeqID n 720 LM-1893.1 From 1967499 to 1968158unknown, probable endonuclease III
(DNA

repair) SeqID n 721 LM-1894.1 From 1967015 to 1967506unknown SeqID n 722 LM-1896.1 From 1964489 to 1966972unknown, similar to penicillin-binding protein 2A

SeqID n 723 LM-1897.2 From 1963852 to 1964457unknown, similar to DNA

repair and homologous recombination protein SeqID n 724 LM-1898.2 From 2208576 to 2210351Unknown, similar to maltogenic amylase SeqID n 725 LM-19.1 From 2723159 to 2723593Unknwon, similar to mannitol-specific PTS

enzyme IIA component SeqID n 726 LM-190.1 From 1189785 to 1190264Unknown SeqID n 727 LM-1900.1 From 2207103 to 2208362Unknown, similar to maltose/maltodextrin-binding protein SeqID n 728 LM-1904.1 From 2205709 to 2207016Unknown, similar to maltodextrin transport system permease SeqID n 729 LM-1905.1 From 2204857 to 2205708Unknown, similar to maltodextrin transport system permease SeqID n 730 LM-1906.1 From 2203996 to 2204829Unknown, similar to maltodextrose utifization protein MaIA

SeqID n 731 LM-1907.1 From 2201719 to 2203980Unknown, similar to maltosephosphorylase SeqID n 732 LM-1908.1 From 2200723 to 2201544Unknown, similar to unknown proteins SeqID n 733 LM-1910.1 From 2199365 to 2200723Unknown, similar to unknown proteins SeqID n 734 LM-1911.1 From 2797763 to 2199115Unknown, simifar to phosphoglucomutase SeqID n 735 LM-1912.1 From 2197267 to 2197728Unknown, similar to unknown proteins SeqID n 736 LM-1913.1 From 2196382 to 2197206unknown SeqID n 737 LM-1915.1 From 2194399 to 2196339Unknown, similar to ABC

transporter (perrnease) SeqID n 738 LM-1916.1 From 2193645 to 2194412Unknown, similar to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID n 739 LM-1918.2 From 2192693 to 2193448unknown, similar to unknown proteins SeqID n 740 LM-1919.2 From 2191525 to 2192256Unknown, similar to FMN-containing NADPH-linked nitro/flavin reductase SeqID n LM-192.1 From 1188949to 1189788 Unknown, similar 741 to ethanolamine utilization protein EutJ

SeqID n LM-1920.1 From 2190489to 2191445 Unknown, similar 742 to mannnose-6 phospate isomelase SeqID n LM-1921.1 From 2189605to 2190402 Unknown, similar 743 to hydrolase SeqID n LM-1922.1 From 2188430to 2189563 Unknown, similar 744 to N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase SeqID n LM-1923.1 From 2187663to 2188424 Unknown, similar 745 to transcriptional regulator (DeoR family) SeqID n LM-1924.1 From 2186557to 2187411 Unknown, similar 746 to unknown proteins SeqID n LM-1927.1 From 2184344to 2186338 Unknown, similar 747 to ferrous iron transport protein B

SeqID n LM-1930.1 From 2182823to 2183800 Unknown, similar 748 to phosphotransacetylase SeqID n LM-1932.1 From 2182218to 2182784 Unknown SeqID n LM-1933.2 From 2181329to 2182216 Unknown, similar 750 to a protein required for pyridoxine synthesis SeqID n LM-1935.1 From 1610206to 1611165 unknown, highly 751 similar to 6-phosphofructokinase SeqID n LM-1936.1 From 1611449to 1612405 unknown, highly 752 similar to acetyl CoA carboxylase (alpha subunit) SeqID n LM-1938.1 From 1612395to 1613279 unknown, highly 753 similar to acety!-CoA carboxylase beta subunit SeqID n LM-1942.1 From 1613497to 1616823 unknown, highly 754 similar to DNA polymerase III (alpha subunit) DnaE

SeqID n LM-1944.1 From 1616945to 1617880 Unknown, similar 755 to unknown proteins SeqID n LM-1945.1 From 1617901to 1619214 Unknown, similar 756 to unknown proteins SeqID n LM-1946.1 From 1619240to 1619926 Unknown, similar 757 to unknown proteins SeqlD n LM-1947.1 From 1620091to 1621188 Unknown, similar 758 to X-Pro dipeptidase SeqID n LM-1948.1 From 1621230to 1622342 Unknown, similar 759 to alanine dehydrogenase SeqlD n LM-1949.1 From 1622583to 1623047 Unknown, similar 760 to unknown protein SeqID n LM-195.1 From 1188293to 1188928 unknown, similar 761 to Salmonella enterica PduL

protein SeqID n LM-1950.1 From 1623099to 1624292 unknown, highly 762 similar to acetate kinase SeqID n° 763 LM-1951.1 From 1624316 to 1625314 Unknown, weakly similar to site specific DNA-methyltransferase SeqID n LM-1952.1 From 1625505 to 1626002Unknown, similar 764 to thiol peroxidases SeqID n LM-1953.1 From 1626064 to 1626600Unknown, similar 765 to unknown proteins SeqID n LM-1954.1 From 1626620 to 1627633Unknown, similar 766 to proteases SeqID n LM-1955.1 From 1627812 to 1628615Unknown, similar 767 to unknown proteins SeqID n LM-1957.1 From 1628647 to 1629591unknown, highly similar 768 to ornithine carbamoyltransferase SeqID n LM-1958.1 From 1629594 to 1630754unknown, highly similar 769 to N-acetylornithine aminotransferase SeqID n LM-1959.1 From 1630751 to 1631503unknown, highly similar 770 to N-acetylglutamate phosphotransferase SeqID n LM-1960.1 From 1631516 to 1632712unknown, highly similar 771 to ornithine acetyltransferase and amino-acid acetyltransferases SeqID n LM-1961.2 From 1632728 to 1633759unknown, similar 772 to N-acetylglutamate gamma-semialdehyde dehydrogenases SeqID n LM-1962.2 From 1633933 to 1635144Unknown, similar 773 to thiamin biosynthesis protein Thil SeqID n LM-1964.1 From 1635146 to 1636285Unknown, similar 774 to iron-sulfur cofactor synthesis protein nifS

SeqID n LM-1966.2 From 1636412 to 1638127Unknown, similar 775 to B.

subtilis negative regulator of FtsZ ring formation (EzrA) SeqID n LM-1968.2 From 1308351 to 1310318unknown, highly similar 776 to DNA gyrase-like protein (subunit B) SeqID n LM-197.1 From 1187552 to 1187989unknown, similar 777 to Salmonella enterica PduK

protein SeqID n LM-1970.1 From 1310315 to 1312774unknown, highly similar 778 to DNA gyrase-like protein (subunit A) SeqID n LM-1971.1 From 1312857 to 1313324unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-1976.1 From 1317596 to 1319464unknown; similar 780 to acyltransferase (to B.

subtilis YrhL protein) SeqID n LM-1978.1 From 1319677 to 1320375unknown similar 781 to giycerophosphodiester phosphodiesterase SeqID n LM-1979.1 From 1320608 to 1322284Unknown, simifar 782 to glycerol 3 phosphate dehydrogenase SeqID n LM-198.1 From 1187192 to 1187539unknown, similar 783 to diol dehydratase-reactivating factor small chain SeqID n LM-1980.1 From 1322410 to 1323327Unknown, similar 784 to tRNA

isopentenylpyrophosphate transferase SeqID n LM-1981.1 From 1323450 to 1323683Unknown, similar 785 to host factor-1 protein SeqID n LM-1983.1 From 1323794 to 1325017unknown, conserved hypothetical protein similar fo B. subtilis YnbA
protein SeqID n LM-1984.1 From 1325010 to 1326236unknown, similar 787 to aluminum resistance protein and to B.
subtilis YnbB protein SeqID n LM-1985.1 From 1326440 to 1326808Unknown, similar 788 to glutamine synthetase repressor SeqID n LM-1986.1 From 1326879 to 1328213unknown, highly 789 similar to glutamine synthetases SeqID n LM-1988.1 From 1328357 to 1329652Unknown, similar 790 to arsenic efflux pump protein SeqID n LM-1989.1 From 1329696 to 1330217unknown, conserved hypothetical protein SeqfD n LM-1991.2 From 1330247 to 1330861unknown, highly 792 similar to SOS response regulator IexA, transcription repressor protein SeqID n LM-1992.2 From 1331018 to 1331347unknown, simifar 793 to B.

subtilis YneA protein SeqID n LM-1995.1 From 1331813 to 1333807unknown, highly 794 similar to transketolase SeqID n LM-1996.1 From 1334028 to 1334267unknown, highly 795 simar to B. subtilis YneF
protein SeqID n LM-1997.1 From 1334318 to 1335160unknown SeqID n LM-1998.1 From 1335179 to 1335910unknown, weakly 797 similar to arginine N-methyltransferases SeqID n LM-1999.1 From 1335932 to 1336438unknown, similar 798 to E. cofi YbdM protein SeqID n LM-200.1 From 1185375 to 1187195diol dehydratase-reactivating factor large subunit SeqID n LM-2000.1 From 1336448 to 1337752unknown, similar 800 to E. coli YbdN protein SeqID n LM-2001.1 From 1337742 to 1338947unknown SeqID n LM-2002.1 From 1338925to 1339299 Unknown SeqID n LM-2003.1 From 1339592to 1340320 unknown, highly 803 similar to uridylate kinases SeqID n LM-2004.1 From 1340320to 1340877 unknown, highly 804 similar to ribosome recycling factors SeqlD n LM-2005.2 From 1341107fo 1341865 Unknown, similar 805 to undecaprenyl diphosphate synthase SeqID n LM-2006.2 From 290593to 291228 Unknown, similar 806 to phosphoglycerate mutase SeqID n LM-2008.1 From 291312to 293198 Unknown, similar 807 to transporter SeqID n LM-2009.1 From 293212to 293841 Unknown SeqID n LM-201.1 From 1184818to 1185330 Unknown, similar 809 to diol dehydrase (diol dehydratase) gamma subunit (pddC) SeqID n LM-2010.1 From 293845to 295281 unknown, highly 810 similar to phospho-beta-glucosidase SeqID n LM-2011.1 From 295401to 296213 Unknown, conserved hypothetical protein similar to B. subtilis YxeH protein SeqID n LM-2012.1 From 296349to 296852 Unknown SeqID n LM-2013.1 From 296889to 297551 Unknown SeqID n LM-2014.1 From 297810to 298652 Unknown, C-terminal 814 part similar to B. subtilis ComEC protein SeqiD n LM-2015.1 From 298669to 299490 Unknown, conserved hypothetical protein SeqlD n LM-2017.1 From 299607to 300578 Unknown, similar 816 to oxidoreductase SeqID n LM-2018.1 From 300617to 301717 Unknown, similar 817 to sugar ABC transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-2019.1 From 302008to 304140 Unknown, highly 818 similar to anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase SeqID n LM-202.1 From 1184142to 1184801 Unknown, similar 819 to diol . dehydrase (diol dehydratase) gamma subunit SeqID n LM-2020.1 From 304133to 304684 Unknown, highly 820 similar to anaerobic ribonucleotide reductase activator protein SeqID n LM-2022.1 From 304942to 305613 Unknown SeqlD n LM-2023.1 From 305775fo 306554 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-2024.1 From 306644to 307306 Unknown, similar 823 to ABC

transporter permease protein SeqID n LM-2026.1 From 307303 to 308319Unknown, similar 824 to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-2027.2 From 308334 to 309155Unknown, putative lipoprotein SeqID n LM-203.1 From 1182440 to 1184104unknown, high)y 826 simiiar to propanediol dehydratase, alpha subunit SeqID n LM-2035.1 From 2671624 to 2672511Unknwon, similar 827 to transcription regulator TetR/AcrR family SeqID n LM-2037.1 From 2670042 to 2671523Unknwon, similar 828 to drug-export proteins SeqID n LM-2038.1 From 2669152 to 2669994Unknwon, conserved hypothetical proteins SeqID n LM-2039.1 From 2665666 to 2668653Unknwon, similar 830 to formate dehydrogenase alpha chain SeqID n LM-204.1 From 1181720 to 1182421unknown, similar 831 to Salmonella typhimurium PduB protein SeqID n LM-2040.1 From 2665190 to 2665666Unknown, similar 832 to B.

subtilis YrhD protein SeqID n LM-2042.1 From 2664343 to 2665128Unknwon, similar 833 to formate dehydrogenase associated protein SeqID n LM-2043.1 From 2663619 to 2664296unknown, similar 834 to two-component response regulator SeqID n LM-2044.1 From 2662243 to 2663622Unknwon, similar 835 to response regulator histidine kinase SeqID n LM-2045.1 From 2661076 to 2662164Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-2046.1 From 2660408 to 2661076Unknwon, similar 837 to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-2047.1 From 2659852 to 2660145Unknwon, conserved hypothetical protein SeqID n LM-2048.2 From 2658966 to 2659841Unknwon SeqID n LM-2049.3 From 403743 to 404198Unknown SeqID n LM-205.1 From 1181338 to 1181625unknown, similar 841 to Salmonella typhimurium PduA protein SeqID n LM-2050.1 From 403279 to 403725Unknown SeqID n LM-2051.1 From 402641 to 403060Unknown SeqID n LM-2053.1 From 401619 to 402539Unknown, similar 844 to putative transcription regulator SeqID n LM-2054.1 From 400997 to 401299Unknown, similar 845 to PTS

betaglucoside-specific enzyme I I B component SeqID n LM-2055.1 From 399645to 400979 Unknown, similar 846 to PTS

betagiucoside-specific enzyme IIC component SeqID n LM-2056.1 From 398210to 399652 Unknown, similar 847 to beta-glucosidase SeqID n LM-2058.1 From 397340to 398053 Unknown, similar 848 to transcription regulator (GntR family) SeqID n LM-2059.1 From 396964to 397299 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-2060.1 From 396208to 396927 Unknown, conserved hypothetical protein, highly similar to B. subtis Yeel protein SeqID n LM-2061.1 From 395602to 396111 Unknown, similar 851 to different proteins SeqID n LM-2063.1 From 394264to 395529 Unknown, conserved hypotheticai protein simar to B. subtilis YwbN protein SeqID n LM-2064.1 From 393086to 394246 Unknown, conserved hypothetical protein, putative lippoprotein SeqID n LM-2065.1 From 391604to 393052 Unknown, similar 854 to conserved hypothetical protein SeqID n LM-2066.1 From 390529to 391473 Unknown, similar 855 to transcription regulator SeqID n LM-2067.1 From 389813to 390430 Unknown, simar to Salmonella typhimurium peptidase E
SeqID n LM-2068.1 From 388807to 389541 Unknown, similar 857 to conserved hypothetical integral membrane protein SeqID n LM-2069.1 From 387697to 388467 Unknown, similar 858 to transcriptional regulator (DeoR family) SeqID n LM-2070.1 From 386780to 387640 Unknown, similar 859 to D-fructose-1,6-biphosphate aldolase SeqID n LM-2072.1 From 385386to 386780 Unknown, similar 860 to PTS

system, fructose-specific enzyme IIBC component SeqID n LM-2073.1 From 384926to 385372 Unknown, similar 861 to PTS

system, enzyme IIA

component SeqID n LM-2074.1 From 383710to 384726 Unknown, similar 862 to oxidoreductase SeqID n LM-2076.1 From 382016to 383536 Unknown, similar 863 to Flavocytochrome C

Fumarate Reductase chain A

SeqID n LM-2077.1 From 380253to 381779 Unknown, similar 864 to fatty-acid--CoA ligase SeqID n LM-2078.1 From 379794to 380207 Unknown, similar 865 to unknown proteins SeqID n LM-2080.2 From 378964to 379728 unknown, highly similar 866 to regulatory proteins (DeoR

family) SeqID n LM-2082.3 From 2052233to 2052664 Unknown, similar 867 to unknown proteins SeqID n LM-2083.1 From 2052816to 2053301 Unknown, similar 868 to unknown proteins SeqID n LM-2084.1 From 2053274to 2053801 Unknown, similar 869 to unknown proteins SeqID n LM-2088.1 From 2054493to 2056187 Unknown, similar 870 to dihydroxy-acid dehydratase SeqID n LM-2089.1 From 2056205to 2057926 Unknown, similar 871 to acetolactate synthase (acetohydroxy-acid synthase) (large subunit) SeqID n LM-2091.1 From 2057927to 2058418 Unknown, similar 872 to acetolactate synthase (acetohydroxy-acid synthase) (small subunit) SeqID n LM-2092.1 From 2058516to 2059511 Unknown, similar 873 to ketol-acid reductoisomerase (acetohydroxy-acid isomeroreductase) SeqID n LM-2097.1 From 2059669to 2061207 Unknown, similar 874 to 2-isopropylmalate synthase SeqID n LM-2098.1 From 2061209to 2062261 Unknown, similar 875 to 3-isopropylmalate dehydrogenase SeqID n LM-21.1 From 2723786to 2725852 Unknown, similar 876 to transcriptional antiterminator SeqID n LM-2100.1 From 2062263to 2063651 Unknown, similar 877 to 3-isopropylmalate dehydratase (large subunit) SeqID n LM-2101.1 From 2063638to 2064219 Unknown, similar 878 to 3-isopropylmalate dehydratase (small subunit) SeqID n LM-2102.1 From 2064238to 2065506 Unknown, similar 879 to threonine dehydratase SeqID n LM-2104.1 From 2065698to 2066417 Unknown, similar 880 to alpha-acetolactate decarboxylase SeqID n LM-2106.1 From 2066455to 2067756 Unknown, similar 881 to pyrimidine-nucleoside phosphorylase SeqID n LM-2107.3 From 2067887to 2068897 Unknown, similar 882 to transcription regulators (Lacl family) SeqID n° 883 LM-2109.2 From 1677409 to 1680009 Unknown, similar to Alcohol-acetaldehyde dehydrogenase SeqID n LM-2110.1From 1680132to 1680560Unknown, similar 884 to unknown proteins SeqID n LM-2111.1From 1680644to 1681564Unknown, similar 885 to similar to ABC transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-2113.1From 1681561to 1682628Unknown, similar 886 to membrane proteins SeqID n LM-2114.1From 1682664to 1683638Unknown, similar 887 to unknown proteins SeqID n LM-2115.1From 1683635to 1684216Unknown, similar 888 to dna-3-methyladenine glycosidase SeqID n LM-2116.1From 1684229to 1684462Unknown SeqID n LM-2119.1From 1684563to 1687265unknown, highly 890 similar to aconitate hydratases SeqID n LM-2120.1From 1687420to 1688223Unknown, similar 891 to putative sigma factor regulator SeqID n LM-2121.1From 1688248to 1688670Unknown SeqID n LM-2123.1From 1688670to 1691888Unknown, similar 893 to SNF2-type helicase SeqID n LM-2127.1From 1691972to 1695043Unknown, similar 894 to ATP-dependent dsDNA

exonuclease SbcC

SeqID n LM-2128.1From 1695040to 1696164unknown, similar 895 to putative exonucleases SbcD
SeqID n LM-2129.1From 1696280to 1696888unknown, similar 896 to 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferases SeqID n LM-2130.1From 1696940to 1697302unknown SeqID n LM-2131.1Frbm 1697476to 1697991unknown SeqID n LM-2133.1From 1698165to 1698653unknown, similar 899 to hypothetical proteins SeqID n LM-2134.1From 1698734to 1700539unknown, similar 900 to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-2135.2From 1700523to 1702292unknown, similar 901 to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-2138.1From 366508 to 367032 unknown SeqID n LM-214.1 From 1177116to 1177865unknown SeqID n LM-2140.1From 367533 to 367901 Unknown SeqID n LM-2141.1From 367898 to 369373 Unknown SeqID n LM-2142.1From 369377 to 369757 Unknown SeqID n LM-2143.1From 370032 to 370403 Unknown, weakly 907 similar to inorganic pyrophosphatase SeqID n LM-2145.1From 370732 to 371064 Unknown SeqlD n LM-2147.1From 371130 to 373127 Unknown, similar 909 to transketolase SeqID n LM-2148.1From 373129 to 373785Unknown, similar 910 to transaldolase SeqID n LM-215.1 From 1176660to 1177091unknown, similar 911 to Salmonelle enterica PduV

protein SeqID n LM-2150.1From 373832 to 374596Unknown, similar 912 to dehydrogenase/reductase SeqID n LM-2151.1From 374621 to 375067Unknown, similar 913 to sugar-phosphate isomerase SeqID n LM-2152.1From 375074 to 375838Unknown, similar 914 to triosephosphate isomerase SeqID n LM-2154.1From 375842 to 376492Unknown, similar 915 to dihydroxyacetone kinase SeqID n LM-2155.1From 376514 to 377509Unknown, similar 916 to dihydroxyacetone kinase SeqID n LM-2156.1From 377531 to 377872Unknown SeqiD n LM-2157.2From 377888 to 378319Unknown SeqID n LM-2158.2From 378404 to 378781Unknown, similar 919 to unknown proteins SeqID n LM-216.1 From 1176304to 1176654Unknown, similar 920 to Salmonelle enterica PduU

protein SeqID n LM-2161.2From 72408 to 74222 Unknwon, similar 921 to toxin components SeqID n LM-2162.1From 72062 to 72394 Unknwon SeqID n LM-2163.1From 71360 to 72061 Unknwon SeqID n LM-2164.1From 71064 to 71363 Unknwon SeqID n LM-2166.1From 70676 to 71071 unknwon SeqID n LM-217.1 From 1175602to 1176156Unknown, similar 926 to Salmonelle enterica PduT

protein SeqID n LM-2170.1From 66160 to 70656 Unknwon, highly similar 927 to B. subtilis YukA
protein SeqID n LM-2171.1From 64950 to 66146 Unknwon, similar 928 to B.

subtilis YukC protein SeqID n LM-2172.1From 64677 to 64928 Unknwon, similar 929 to B.

subtilis YukD protein SeqID n LM-2174.1From 64144 to 64659 Unknwon SeqID n LM-2178.1From 60948 to 64154 Unknwon, similar 931 to B.

subtilis YueB protein SeqID n LM-2179.1From 60506 to 60799 Unknwon, similar 932 to a small heat shock protein of Clostridium acetobutylicum SeqID n LM-218.1 From 1174241to 1175605unknown, similar 933 to Salmonelle enterica PduS

protein SeqID n LM-2180.2From 58897 to 60189 unknown, highly similar 934 to adenyfosuccinate synthetase SeqID n LM-2182.2From 1814403to 1815080Unknown, similar 935 to two-component response regulator SeqID n LM-2184.1 From 1813457 to 1814332Unknown, similar 936 to unknown proteins SeqID n LM-2185.1 From 1812978 to 1813436Unknown SeqID n LM-2186.1 From 1811219 to 1812961unknown, highly 938 similar to adenine deaminases SeqID n LM-2188.1 From 1810157 to 1811197Unknown, similar 939 to two-component sensor histidine kinase SeqID n LM-2189.1 From 1809118 to 1809759Unknown, similar 940 to amino acid (glutamine) ABC

transporter, permease protein SeqID n LM-2191.1 From 1808460 to 1809107Unknown, similar 941 to amino acid (glutamine) ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-2193.1 From 1807643 to 1808458Unknown, similar 942 to amino acid ABC transporter (binding protein) SeqID n LM-2194.1 From 1806446 to 1807552Unknown, similar 943 to glycerol dehydrogenase SeqID n LM-2195.1 From 1805925 to 1806443Unknown, similar 944 to unknown proteins SeqID n LM-2196.1 From 1805041 to 1805928transcription activator 945 of glutamate synthase operon GItC

SeqID n LM-2199.1 From 1800256 to 1804848Unknown, similar 946 to glutamate synthase (large subunit) SeqID n LM-22.1 From 2726008 to 2727195unknown, highly 947 similar to translation elongation factor EF-Tu SeqID n LM-220.1 From 1173643 to 1174122unknown, similar 948 to uroporphyrin-III
C-methyltransferase SeqID n LM-2201.1 From 1798772 to 1800241Unknown, similar 949 to glutamate synthase (small subunit) SeqID n LM-2203.1 From 1797897 to 1798727Unknown, similar 950 to sugar transport protein SeqID n LM-2204.1 From 1796987 to 1797880Unknown, similar 951 to sugar transport protein SeqID n LM-2205.2 From 1795681 to 1796925Unknown, similar 952 to sugar binding protein SeqID n LM-2207.2 From 2505425 to 2505835Unknown SeqID n LM-2209.1 From 2505858 to 2506370unknown SeqID n LM-221.1 From 1173144 to 1173551unknown SeqID n LM-2210.1 From 2506494 to 2506835Unknown SeqID n LM-2212.1 From 2506867 to 2507250unknown SeqID n LM-2213.1 From 2507306 to 2508202Unknown, similar 958 to transcription regulator SeqID n LM-2214.1 From 2508247 to 2508816Unknown SeqID 960 LM-2215.1 From 2508992to 2509411 unknown n SeqID 961 LM-2216.1 From 2510361to 2514293 Unknown, similar n to glycosidase SeqID 962 LM-2217.1 From 2514308to 2515210 Unknown, similar n to internalin SeqID 963 LM-2219.1 From 2515312to 2518587 Unknown, similar n to glycosidase SeqID 964 LM-2220.1 From 2518971to 2519879 Unknown, similar n to transcription regulator SeqID 965 LM-2221.1 From 2519935to 2520399 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 966 LM-2222.1 From 2520415to 2522796 Unknwon, similar n to exoribonuclease RNase-R

SeqID 967 LM-2224.2 From 2522830to 2523576 Unknown, similar n to carboxylesterase SeqID 968 LM-2225.2 From 2343056to 2343685 Unknown, similar n to phosphoglucomutase SeqID 969 LM-2226.1 From 2341865to 2343013 Unknown, similar n to aspartate aminotransferase SeqID 970 LM-2227.1 From 2341064to 2341789 Unknown, similar n to amino acid ABC transporter (ATP-binding protein) SeqID 971 LM-2228.1 From 2339611to 2341071 Unknown, similar n to amno acid ABC Transporter, permease protein SeqID 972 LM-2229.1 From 2338420to 2339418 Unknown, similar n to low-affinity inorganic phosphate transporter SeqID 973 LM-223.1 From 1172797to 1173036 unknown n SeqID 974 LM-2230.1 From 2337786to 2338406 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 975 LM-2232.1 From 2336515to 2337399 Unknown, similar n to oxidoreductase SeqID 976 LM-2233.1 From 2335862to 2336518 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 977 LM-2234.1 From 2335468to 2335860 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 978 LM-2235.1 From 2334586to 2335455 Unknown, similar n to putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase SeqID 979 LM-2236.1 From 2334003to 2334569 Unknown, similar n to methylphosphotriester-DNA alkyltransferase and transcriptional regulator SeqID 980 LM-2237.1 From 2333375to 2333857 Unknown, similar n to 06-methyiguanine-DNA

methyltransferase SeqID 981 LM-2238.1 From 2332888to 2333283 Unknown, similar n to transcriptional regulators (GntR family) SeqID n° 982 LM-2239.1 From 2332020 to 2332898 Unknown, simifar to ABC
transporter (ATP-binding protein) SeqID 983 LM-224.1 From 1172076 to 1172648Unknown, similar n to ATP-dependent Clp protease proteolytic component SeqID 984 LM-2241.1 From 2330959 to 2332023Unknown n SeqID 985 LM-2242.1 From 2329731 to 2330921Unknown, similar n to transport system permease protein SeqID 986 LM-2244.1 From 2328363 to 2329571Unknown, similar n to transport system permea~e protein SeqID 987 LM-2246.1 From 2327461 to 2328330Unknown, simiiar n to oxidoreductase SeqID 988 LM-2248.1 From 2325477 to 2327402Unknown, similar n to NADH

oxidase SeqiD 989 LM-225.1 From 1171662 to 1172009unknwon n SeqID 990 LM-2250.1 From 2324554 to 2325408Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 991 LM-2251.1 From 2323375 to 2324253Unknown, similar n to transcriptional regulators (LysR family) SeqID 992 LM-2253.1 From 2322031 to 2323335Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 993 LM-2254.2 From 2320906 to 2321775Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 994 LM-2255.2 From 2320416 to 2320841Unknown, similar n to arsenate reductase SeqID 995 LM-2256.3 From 1405578 to 1405859Unknown n SeqID 996 LM-2257.3 From 1404714 to 1405541Unknown, similar n to B.

subtilis SpoIIIJ
protein SeqID 997 LM-2258.3 From 1403227 to 1404678two-component sensor n histidine kinase SeqID 998 LM-2260.1 From 1402550 to 1403230two-component response n regulator SeqID 999 LM-2261.2 From 1400941 to 1402359Unknown, simiiar n to 6-phosphogluconate dehydrogenase SeqID Unknown, similar n 1000 to LM-2262.2 From to aminotripeptidase SeqID Unknown, similar n 1001 to LM-2263.1 From to branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit (lipoamide acyltransferase) SeqID Unknown, similar n 1002 to LM-2266.1 From to branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase beta subunit) SeqID n° 1003 LM-2267.1 From 1396051 to 1397046 Unknown, similar to branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase alpha subunit) SeqID n° 1004 LM-2269.1 From 1394599 to 1396026 Unknown, similar to branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E3 subunit SeqID n° 1005 LM-2270.1 From 1393517 to 1394584 Unknown, similar to branched-chain fatty-acid kinase SeqID n° 1006 LM-2271.1 From 1392514 to 1393380 Unknown, similar to phosphotransbutyrylase SeqID n° 1007 LM-2273.1 From 1390694 to 1392385 DNA repair and genetic recombination SeqID n° 1008 LM-2274.1 From 1390222 to 1390671 Unknown, similar to arginine repressor SeqID n° 1009 LM-2275.1 From 1389207 to 1390031 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n° 1010 LM-2276.1 From 1387396 to 1389210 Unknown, similar to D-1-deoxyxylulose 5-phosphate synthase SeqID n° 1011 LM-2278.1 From 1385934 to 1386815 Unknown, similar to geranyltranstransferase SeqID n° 1012 LM-2280.1 From 1384362 to 1385714 Unknown, similar to exodeoxyribonuclease VII
(large subunit) SeqID n° 1013 LM-2283.1 From 1383489 to 1384343 unknown, highly similar to methylenetetrahydrofolate dehydrogenase and methenyltetrahydrofolate cyc(ohydrolase SeqID n° 1014 LM-2284.1 From 1383007 to 1383393 Unknown, similar to transcription termination protein (NusB) SeqID n° 1015 LM-2285.1 From 1382569 to 1382976 unknown, similar to B.
subtilis YqhY protein SeqID n° 1016 LM-2287.3 From 1381201 to 1382565 acetyl-CoA
carboxylase subunit (biotin carboxylase subunit) SeqID n° 1017 LM-2289.3 From 1380720 to 1381187 Unknown, similar to acetyl-CoA carboxylase subunit (biotin carboxyl carrier subunit) SeqID n° 1018 LM-2290.3 From 1380004 to 1380561 unknown, highly similar to elongation factor P (EF-P) SeqID n° 1019 LM-2291.2 From 1275845 to 1276693 unknown, similar to B.
subtilis YxkD protein SeqID 1020 LM-2292.1 From 1274883 to 1275542unknown, similar n to regulator of the Fnr GRP

family (including PrtA) SeqID 1021 LM-2293.1 From 1273473 to 1274678unknown; similar n to antibiotic resistance protein SeqID 1022 LM-2294.1 From 1273231 to 1273476unknown n SeqID 1023 LM-2295.1 From 1272717 to 1273193unknown, weakly n similar to

8-oxo-dGTPase (mutT) SeqID 1024 LM-2296.1 From 1272286 to 1272549unknown n SeqID 1025 LM-2298.1 From 1270849 to 1272261Unknown, similar n to ATP-dependent RNA helicase (DEAD motif) SeqID 1026 LM-2299.1 From 1269834 to 1270433unknown weakly smilar n to phosphoglycerate mutase SeqID 1027 LM-230.1 From 1168390 to 1169541unknown n SeqID 1028 LM-2300.1 From 1269262 fo 1269669unknown n SeqID 1029 LM-2301.1 From 1268515 to 1269108unknown, similar n to B.

subtilis Ydel protein SeqID 1030 LM-2302.1 From 1267115 to 1268473unknown n SeqID 1031 LM-2303.1 From 1266040 to 1266564unknown, conserved n hypothetical protein, similar to B. subtilis YsnB
protein SeqID 1032 LM-2304.1 From 1265392 to 1266003unknown, conserved n hypothetical protein, similar to B. subtilis YsnA
protein SeqID 1033 LM-2305.1 From 1264642 to 1265388Unknown, similar n to ribonuclease PH

SeqID 1034 LM-2306.1 From 1263829 to 1264629Unknown, similar n to glutamate racemase SeqID 1035 LM-2307.1 From 1263187 to 1263681unknown, similar n to B.

subtilis YsIB protein SeqID 1036 LM-2308.1 From 1261917 to 1263131Unknown, similar n to aspartokinase !!
alpha subunit SeqID 1037 LM-231.1 From 1168021 to 1168368unknown, similar n to regulatory proteins SeqID 1038 LM-2310.1 From 1259917 to 1261728unknown, highly n similar to excinuclease ABC
subunit C

SeqID 1039 LM-2312.1 From 1259530 to 1259841thioredoxin n SeqID 1040 LM-2315.1 From 1257092 to 1259449unknown, similar n to MutS

protein (MutS2) SeqID 1041 LM-2317.1 From 1255357 to 1257069unknown, similar n to DNA

polymerase beta, to B.

subtilis YshC protein SeqID 1042 LM-2318.3 From 1254722 to 1255264unknown, similar n to B.

subtiles YshB protein SeqID n LM-2319.2 From 347658 to 348428Unknown, similar 1043 to unknown proteins SeqID n LM-232.1 From 1167645 to 1167953unknown, similar 1044 to B.

subtilis YjcS protein SeqID n LM-2320.1 From 347219 to 347611Unknown, similar 1045 to unknown proteins SeqID n LM-2322.1 From 346377 to 347036Unknown, similar 1046 to unknown proteins SeqlD n LM-2324.1 From 343221 to 344636Unknown, similar 1047 to phospho-beta-glucosidase SeqID n LM-2325.1 From 342551 to 343195Unknown, similarto thiamin-phosphate pyrophosphorylase (ThiE) SeqID n LM-2327.1 From 341751 to 342554Unknown, similarto phosphomethylpyrimidine kinase (ThiD) SeqID n LM-2329.1 From 340945 to 341754Unknown, similar 1050 to hydroxyethylthiazole kinase (ThiM) SeqID n LM-2332.1 From 340278 to 340952Unknown, similar 1051 to thiamin biosynthesis protein SeqID n LM-2333.1 From 339270 to 340055Unknown, similar 1052 to unknown protein SeqID n LM-2334.1 From 338341 to 339087Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-2335.2 From 337161 to 338363Unknown, similar 1054 to unknown proteins SeqID n LM-2336.3 From 336541 to 337161Unknown SeqID n LM-2338.2 From 1026871 to 1029045ATP-dependent protease SeqiD n LM-2339.1 From 1026376 ' to unknown, similar 1057 1026855 to methylated-DNA-protein-cystein methyltransferase SeqID n LM-234.1 From 1165962 to 1167608unknown, similar 1058 to ABC

transporters, ATP-binding proteins (H10664) SeqID n LM-2340.1 From 1025159 to 1026190unknown, similar 1059 to B.

subtilis YkrP protein SeqID n LM-2341.1 From 1024761 to 1025129unknown SeqID n LM-2342.1 From 1023346 to 1024680unknown, similar 1061 to Na+-transporting ATP
synthase subunit J

SeqID n LM-2344.1 From 1022535 to 1023302unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-2345.1 From 1021665 to 1022432unknown, consenred hypothetical protein SeqID n LM-2346.1 From 1020022 to 1021383unknown, conserved hypothetical protein SeqlD n LM-2347.1 From 1019545 to 1019970unknown, similar 1065 fo regulatory proteins (Marli family) SeqID n° 1066 LM-2348.1 From 1017870 to 1019438 unknown, similar to peptide chain release factor 3 (RF-3) SeqID n LM-2349.1 From 1016934 to 1017788unknown, similar 1067 to Streptococcus agalactiae CyIB protein SeqID n LM-235.2 From 1164245 to 1165960ATP-binding transport protein SeqID n LM-2350.1 From 1016030 to 1016941unknown, similar 1069 to antibiotic ABC transporter, ATP-binding protein, SeqID n LM-2351.1 From 1015605 to 1016033unknown SeqID n LM-2352.1 From 1015153 to 1015608unknown, weakly similar 1071 to two-component response regulator SeqID n LM-2353.1 From 1014540 to 1015019unknown, similar 1072 to glutathione peroxidase SeqID n LM-2355.1 From 1013475 to 1014527unknown, similar 1073 to glucanase and peptidase SeqID n LM-2358.1 From 1011860 to 1013335unknown, similar 1074 to efflux transporter SeqlD n LM-2359.1 From 1011074 to 1011826unknown, similar 1075 fo ABC

transporter transmembrane component SeqID n LM-236.2 From 1163277 to 1163996unknown, similar 1076 to transcription regulators SeqID n LM-2361.1 From 1010313 to 1011077unknown, similar 1077 to daunorubicin resistance ATP-binding proteins SeqID n LM-2362.1 From 1009098 to 1010117unknown; similar 1078 to branched-chain amino acid aminotransferase SeqID n LM-2363.1 From 1008130 to 1008879unknown, similar 1079 to B.

subtilis YjcH protein SeqID n LM-2364.1 From 1007669 to 1008112unknown, similar 1080 to B.

subtilis YjcF protein SeqID n LM-2365.2 From 1006959 to 1007633unknown, similar 1081 to ribose 5-phosphate isomerase SeqID n LM-2366.2 From 1937783 to 1938415unknown, similar 1082 to hemolysinlll proteins, putative integral membrane protein SeqID n LM-2368.1 From 1938538 to 1939155unknown, similar 1083 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-2369.1 From 1939168 to 1939980unknown, similar 1084 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-237.1 From 1162666 to 1163280Unknown, similar 1085 to unknown proteins SeqID n LM-2371.1 From 1939999 to 1942638unknown, similar 1086 to pyruvate phosphate dikinase SeqID n LM-2372.1From 1942687to 1943064unknown, similar 1087 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-2373.1From 1943068to 1944051unknown, similar 1088 to conserved hypothetical proteins, putative integral membrane protein SeqID n LM-2375.1From 1944145to 1944768unknown; similar 1089 to alkaline phosphatase SeqID n LM-2378.1From 1944908to 1946419unknown, similar 1090 to phosphoglucomutases SeqID n LM-2379.1From 1946488to 1947363unknown, similar 1091 to methyltransferases SeqID n LM-238.1From 1161689to 1162696unknown SeqID n LM-2380.1From 1947416to 1947898unknown, similar 1093 to dihydrofolate reductases SeqID n LM-2381.1From 1947914to 1948858unknown, similar 1094 to thymidylate synthase SeqID n LM-2385.1From 1948871to 1950763unknown, similar 1095 to putative ABC transporters (ATP-binding protein) SeqID n LM-2386.1From 1950883to 1951305Unknown, similar 1096 to formyl-tetrahydrofolate synthetase C-terminal part SeqID n LM-2387.2From 1951284to 1952564Unknown, similar 1097 to formyl-tetrahydrofolate synthetase N-terminal part SeqID n LM-2388.2From 1952721to 1953149unknown, similar 1098 o transcriptional regulators SeqID n LM-239.1From 1161220to 1161675unknown SeqID n LM-2390.2From 148354 to 150009 Unknown, similar 1100 to ABC

transporter oligopeptide-binding protein SeqlD n LM-2391.1From 147884 to 148291 Unknwon SeqID n LM-2392.1From 147399 to 147764 unknwon SeqID n LM-2393.1From 146764 to 147381 SeqID n LM-2394.1From 146306 to 146656 unknown SeqID n LM-2395.1From 145869 to 146306 Unknwon SeqID n LM-2397.1From 144397 to 144840 Unknown SeqID n LM-2398.1From 144097 to 144273 unknown SeqID n LM-24.1 From 2727304to 2729391unknown, highly similar 1108 to translation elongation factor G

SeqID n LM-240.1From 1160778to 1161230unknown, similar 1109 to E. coli YjaB protein SeqID n LM-2400.1From 143366 to 143722 unknown SeqID n LM-2401.1From 141618 to 143006 Unknwon SeqID n LM-2402.1From 141337 to 141705 Unknwon SeqID n LM-2404.1From 141052 to 141336 Unknwon SeqID n LM-2406.1 From 139960to 140853 Unknwon, similar 1114 to oligopeptide ABC

transporter, permease p rotei n SeqID n LM-2409.1 From 138999to 139949 Unknwon, similar 1115 to oligopeptide ABC

transporter, permease protein SeqID n LM-241.2 From 1160220fo 1160753 unknown SeqID n LM-2411.2 From 137323to 138897 Unknwon, similar 1117 to oligopeptide ABC transport system substrate-binding proteins SeqID n LM-2412.2 From 2164106to 2165377 Unknown, weakly 1118 similar to transcription regulators SeqID n LM-2414.1 From 2166012to 2167343 Unknown, similar 1119 to unknown proteins SeqID n LM-2415.1 From 2167353to 2167943 Unknown, similar 1120 to transcription regulators SeqID n LM-2416.1 From 2168054to 2169097 Unknown, similar 1121 to lipases SeqID n LM-2417.1 From 2169312to 2170526 Unknown, similar 1122 to argininosuccinate synthase SeqID n LM-2418.1 From 2170530to 2171900 Unknown, similar 1123 to argininosuccinate lyase SeqID n LM-242.2 From 1159393to 1159830 unknown SeqID n LM-2421.1 From 2172068to 2173591 glycine betaine 1125 transporter BetL

SeqID n LM-2423.1 From 2173836to 2174486 Unknown, similar 1126 to L-fuculose-phosphate aldolase SeqID n LM-2424.1 From 2174488to 2175420 Unknown, similar 1127 to 1-phosphofructokinase SeqID n LM-2426.1 From 2175438to 2176787 Unknown, similar 1128 to PTS

system galactitol-specific enzyme IIC component SeqID n LM-2428.1 From 2176815to 2177090 Unknown, similar 1129 to PTS

system galactitol-specific enzyme IIB component SeqID n LM-2429.1 From 2177096to 2177563 Unknown, simar to system galactitol-specific enzyme IIA component SeqID n LM-243.1 From 1158930to 1159403 unknown SeqID n LM-2431.1 From 2177571to 2179577 Unknown, similar 1132 to transcription antiterminator SeqID n LM-2432.2 From 2179758to 2181203 Unknown, similar 1133 to transcriptional regulator (GntR family) and to aminotransferase (MocR-like) SeqID n LM-2433.2 From 161420to 162250 unknwon SeqID n LM-2439.1 From 155993to 156805 Unknwown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-244.1From 1158425to 1158844unknown SeqID n LM-2441.1From 153608 to 155947 Unknwon, similar 1137 to ATP

dependent helicase SeqID n LM-2442.1From 152648 to 153328 Unknwon SeqID n LM-2444.1From 151839 to 152645 Unknwon, similar 1139 to high-affinity zinc ABC

transporter (membrane protein) SeqID n LM-2446.1From 151186 to 151890 Unknwon, similar 1140 to high-affinity zinc ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-2447.2From 150232 to 151173 Unknown, similar 1141 to a probable high-affinity zinc ABC transporter (Zn(11)-binding lipoprotein) SeqID n LM-2448.2From 2635167to 2637920autolysin, amidase SeqID n LM-245.1From 1158020to 1158388unknown SeqID n LM-2450.1From 2637964to 2639562unknown, highly 1144 similar to CTP synthases SeqID n LM-2452.1From 2639930to 2640466Unknown, similar 1145 to B.

subtilis RNA polymerase delta subunit SeqID n LM-2453.1From 2640832to 2642502arginyl tRNA synthetase SeqID n LM-2455.1From 2642499to 2642948Unknwon SeqID n LM-2456.1From 2643026to 2643679Unknwon, conserved hypothetical protein SeqID n LM-2457.1From 2643973to 2645295Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-2458.1From 2645310to 2646146Unknwon SeqID n LM-2459.1From 2646686to 2647009Unknown SeqID n LM-246.1From 1157592to 1158008unknown SeqID n LM-2460.1From 2647164to 2648825Unknwon, similar 1153 to dipeptide ABC transporter (dipeptide-binding protein) SeqID n LM-2461.1From 2648960to 2649574Unknwon SeqID n LM-2462.1From 2649598to 2650230Unknwon, similar 1155 to nicotinamidase SeqID n LM-2463.1From 2650231to 2650755Unknwon, similar 1156 to Chain A, Dihydrofolate Reductase SeqID n LM-2464.1From 2650758to 2651756Unknown, similar 1157 to zinc-binding dehydrogenase SeqID n LM-2465.1From 2651853to 2652125Unknwon SeqfD n LM-2467.2From 2652174to 2653085Unknwon, similar 1159 to cation transport protein SeqID n LM-2469.1From 331543 to 332688 Unknown SeqID n LM-247.3From 1156384to 1157241unknown, similar 1161 to methylases SeqID n LM-2470.1From 331063 to 331446 Unknown SeqID n LM-2473.1From 329923 to 330999 Unknown, similar 1163 to low specificity L-alto-threonine aldolase SeqID n 1164 LM-2474.1 From to 329966 Unknown SeqID n 1165 LM-2475.1 From to 328495 Unknown, putaive secreted, lysin rich protein SeqID n 1166 LM-2476.1 From to 327905 Unknown SeqID n 1167 LM-2477.1 From to 327454 Unknown, similar 327113 to PTS

beta-glucoside-specific enzyme IIA component SeqID n 1168 LM-2478.1 From to 327120 Unknown, similar 325729 to phospho-beta-gfucosidase and phospho-beta-galactosidase SeqID n 1169 LM-2480.1 From to 325712 Unknown, similar 325422 to PTS

beta-glucoside-specific enzyme IIB component SeqID n 1170 LM-2482.1 From to 325417 Unknown, similar 324104 to PTS

beta-glucoside-specific enzyme IIC component SeqID n 1171 LM-2483.1 From to 324005 Unknown, similar 322134 to transcriptional antiterminator (BgIG
family) SeqID n 1172 LM-2485.1 From to 322128 Unknown SeqID n 1173 LM-2486.1 From to 321279 Unknown, similar 320542 to FMN-containing NADPH-linked nitro/flavin reductase SeqID n 1174 LM-2487.1 From to 320423 Unknown, similar 319560 to transcription regulator LysR-gltR family SeqID n 1175 LM-2488.2 From to 319528 Unknown, conserved hypothetical protein, highly similar to B. subtilis YydA

proteinYyd SeqID n 1176 LM-2489.2 From to 2119786Unknown, similar 2118812 to phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide transferase SeqID n 1177 LM-249.2 From 2788504to 2790243unknown, highly similar to ABC transporter (ATP-binding protein) required for expression of cytochrome BD
SeqID n 1178 LM-2490.1 From to 2118671Unknown, similar 2117304 to UDP-N-acetylmuramoylalanine D-glutamate (igase SeqID n 1179 LM-2491.1 From to 2117307Unknown, similar 2116216 to peptidoglycan synthesis enzymes, putative phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase SeqID n 1180 LM-2493.1 From to 2116193Unknown, similar 2115381 to cell-division initiation protein divlB

SeqID n° 1181 LM-2495.1 From 2113734 to 2115014 unknown, highly similar to cell-division protein FtsA

SeqID n LM-2496.1 From 2112492 to 2113667unknown, highly 1182 similar to cell-division initiation protein FtsZ

SeqID n LM-2497.1 From 2111684 to 2112373Unknown, similar 1183 to unknown proteins SeqID n LM-2499.1 From 2111222 to 2111680Unknown, similarto unknown proteins SeqID n LM-25.1 From 2729457 to 2729927ribosomal protein SeqID n LM-2500.1 From 2110909 to 2111199Unknown, similar 1186 to unknown proteins SeqID n LM-2501.1 From 2110009 to 2110785Unknown, similar 1187 to unknown proteins SeqID n LM-2506.1 From 2104901 to 2106001Unknown, similar 1188 to quinolinate synthetase SeqID n LM-2507.1 From 2104059 to 2104904Unknown, similar 1189 to nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase SeqiD n LM-2508.2 From 2102608 to 2104062Unknown, similar 1190 to L-aspartate oxidase SeqID n LM-2509.2 From 2101371 to 2102477Unknown, similar 1191 to a NifS-like protein required for NAD biosynthesis SeqID n LM-251.1 From 2790243 to 2791967unknown, highly 1192 similar to ABC transporter required for expression of cytochrome BD

SeqID n LM-2510.2 From 2034693 to 2035517Unknown, similar 1193 to ferrichrome ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-2511.1 From 2035507 to 2036505Unknown, similar 1194 to oxidoreductases SeqID n LM-2512.1 From 2036521 to 2037141Unknown, similar 1195 to transcription regulators (TetR family) SeqID n LM-2514.2 From 2037141 to 2037956Unknown, similar 1196 to unknown proteins SeqID n LM-2515.2 From 2037953 to 2038840Unknown, similar 1197 to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-2517.1 From 2039441 to 2039998Unknown, similar 1198 to unknown proteins SeqID n LM-2518.1 From 2040274 to 2040933Unknown, similar 1199 to unknown proteins SeqID n LM-252.1 From 2791967 to 2792980unknown, highly 1200 similar to cytochrome D ubiquinol oxidase subunit II

SeqID n LM-2520.1 From 2040911 to 2042110Unknown, similar 1201 to toxic ion resistance proteins SeqID n LM-2521.1 From 2042157 to 2042900unknown, similar 1202 to creatinine amidohydrolases SeqID n LM-2522.1 From 2042913 to 2043521Unknown, similar 1203 to 2-keto-3-deoxygluconate-6-phosphate aldolase SeqID n LM-2523.1 From 2043540 to 2044457Unknown, similar 1204 to putative phosphotriesterase related proteins SeqID n LM-2524.1 From 2044481 to 2045749Unknown, similar 1205 to unknown proteins SeqID n LM-2527.1 From 2046046 to 2046489Unknown, similar 1206 to PTS

system enzyme II
A

composent SeqID n LM-2528.1 From 2046507 to 2047256Unknown, similar 1207 to transcription regulators, (GntR family) SeqID n LM-2529.1 From 2047444 to 2048514Unknown, similar 1208 to E. coli DNA-damage-inducibile protein dinP

SeqID n LM-2530.1 From 2048623 to 2049414Unknown, similar 1209 to oxidoreductase SeqID n LM-2531.1 From 2049419 to 2050339Unknown, slmilar 1210 to unknown proteins SeqID n LM-2532.4 From 2050639 to 2052114Unknown, similar 1211 to glucose-6-phosphate dehydrogenase SeqID n LM-2533.2 From 1731955 to 1732893unknown, similar 1212 to menaquinone biosynthesis proteins SeqID n LM-2536.1 From 1732926 to 1734779unknown, similar 1213 to 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase (metH) SeqID n LM-2538.1 From 1734776 to 1735948unknown; slmilar 1214 to cystathionine beta-lyase SeqID n LM-2539.1 From 1735941 to 1737065unknown, similar 1215 to cystathionine gamma-synthase SeqID n LM-254.1 From 2792967 to 2794373unknown, highly similar 1216 to cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I

SeqID n LM-2540.2 From 1737087 to 1739384unknown, similar 1217 to cobalamin-independent methionine synthase SeqID n LM-2542.2 From 2088797 to 2091454Unknown, similar 1218 to putative sugar hydrolases SeqID n LM-2543.1 From 2087489 to 2088793Unknown, similar 1219 to unknown proteins SeqID n LM-2544.1 From 2086817 to 2087428unknown, similar 1220 to unknown proteins SeqID 1221 LM-2545.1 From 208502'fto 2086760unknown, similar n to two-component sensor histidine kinase SeqID 1222 LM-2546.1 From 2083537to 2085021unknown, similar n to two-component response regulator SeqID 1223 LM-2547.1 From 2082495to 2083424Unknown, similar n to putative transport system integral membrane protein SeqID 1224 LM-2548.1 From 2081505to 2082476Unknown, similar n to ABC

transporter, permease protein SeqID 1225 LM-2549.1 From 2080027to 2081484Unknown, similar n to putative sugar-binding lipoproteins SeqID 1226 LM-255.1 From 2794755to 2795225Unknown, conserved n hypothetical proteins SeqID 1227 LM-2553.1 From 2078132to 2079829Unknown, similar n to alpha-acetolactate synthase protein, AIsS

SeqID 1228 LM-2554.3 From 2077019to 2078014Unknown, similar n to oxidoreductase SeqID 1229 LM-2557.2 From 634479to 635279 Unknown, similar n to transport proteins (formate?}

SeqID 1230 LM-2559.2 From 633709to 634251 Unknown n SeqID 1231 LM-2560.1 From 632811to 633581 Unknown, similar n to unknown membrane proteins SeqID 1232 LM-2561.1 From 631045to 632811 Unknown, similarto n a fusion of two types of conserved hypothetical proteinconsenred hypothetical SeqID 1233 LM-2562.1 From 630629to 631042 Unknown n SeqID 1234 LM-2563.1 From 629088to 630491 Unknown, similar n to DNA

photolyase SeqID 1235 LM-2565.1 From 626506to 628971 Unknown, putative n secreted protein SeqID 1236 LM-2566.1 From 625463to 626488 Unknown n SeqID 1237 LM-2567.2 From 624682to 625395 Unknown, putative n secreted protein SeqID 1238 LM-2568.3 From 702088to 702954 Unknown, conserved n hypothetical proteins SeqID 1239 LM-2570.1 From 701247to 702062 unknown, highly n similar to phosphomethylpyrimidine kinase thiD

SeqID 1240 LM-2571.1 From 700876to 701184 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1241 LM-2573.1 From 700537to 700821 unknown, similar n to transposases SeqID 1242 LM-2574.1From 699410 to 700306Unknown, similar n to transcription regulator (Rgg type) SeqID 1243 LM-2575.1From 698785 to 699420Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 1244 LM-2577.1From 698317 to 698733Unknown n SeqID 1245 LM-2578.1From 697634 to 698197Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 1246 LM-2579.1From 696883 to 697590Unknown, similar n to phosphoprotein phosphatases SeqID 1247 LM-258.1From 2795420to 2796997Unknown, similar n to acetate-CoA ligase SeqID 1248 LM-2581.1From 695496 to 696416Unknown n SeqID 1249 LM-2583.1From 694973 to 695509Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1250 LM-2584.1From 694317 to 694964Unknown, similar n to transcription regulator SeqID 1251 LM-2587.1From 691581 to 694271Unknown, conserved n membrane protein SeqID 1252 LM-2589.1From 690897 to 691538Unknown, similar n to transcription regulators SeqID 1253 LM-259.1From 2797039to 2797758Unknown, similar n to glucosamine-6-phosphate isomerase SeqID 1254 LM-2590.1From 689923 to 690873Unknown, similar n to membrane proteins SeqID 1255 LM-2592.1From 689541 to 689825Unknown n SeqID 1256 LM-2593.1From 688619 to 689458Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1257 LM-2594.2From 687138 to 688529Unknown, similar n to amino acid transporter SeqID 1258 LM-2597.3From 1113759to 1115630unknown, similar n to B.

subtilis minor teichoic acids biosynthesis protein GgaB

SeqID n° 1259 LM-2598.3 From 1115647 to 1116513 Unknown, similar to glucose-1-phosphate thymidyl transferase SeqID n LM-2599.1 From 1116532to 1117092 Unknown, similar 1260 to dTDP-sugar epimerase SeqID n LM-26.1 From 2729958 to 2730371 ribosomal protein SeqID n LM-260.1 From 2797838to 2798572 Unknown, similar 1262 to merR-family transcriptional regulator SeqID n LM-2600.1 From 1117093to 1118079 Unknown, similar 1263 to dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase SeqID n LM-2601.1 From 1118082to 1118912 unknown, similar 1264 to DTDP-L-rhamnose synthetase SeqID n LM-2602.1 From 1118992to 1121022 unknown, similar 1265 to teichoic acid biosynthesis protein B

SeqID n° 1266 LM-2603.1 From 1121098 to 1121808 unknown, similar to CDP
ribitol pyrophosphorylase SeqID n LM-2604.1 From 1121805to 1122830 unknown, similar 1267 to gfucitol dehydrogenase SeqID n LM-2606.1 From 1122918to 1124078 unknown, similar 1268 to teichoic acid biosynthesis protein B

precursor SeqID n LM-2607.1 From 1124079to 1124462 unknown, highly 1269 similar to glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase (gct), CDP-glycerol pyrophosphorylase (teichoic acid biosynthesis protein D) SeqID n LM-2608.1 From 1124484to 1125467 unknown, similar 1270 to glycosyltransferases SeqID n LM-2609.1 From 1125482to 1126495 unknown, siumilar 1271 to glysosyltransfrases SeqID n LM-261.1 From 2798626to 2799087 Unknown, similar 1272 to unknown proteins SeqID n LM-2611.1 From 1126704to 1128194 unknown, conserved hypothetical protein, similar to B. subtilis YueIC protein SeqfD n° 1274 LM-2613.1 From 1128206 to 1129030 unknown, similar to NH(3) dependent NAD(+) synthetases, nitrogen reguiatory protein SeqID 1275 LM-2614.1 From 1129043to 1129351 unknown n SeqID 1276 LM-2615.1 From 1129412to 1129816 unknown, similar n to PTS

system, cellobiose-specific IIB composent (cel A) SeqID 1277 LM-2616.1 From 1129945to 1131501 unknown, highly n similar to GMP synthetase SeqID 1278 LM-2618.1 From 1131558to 1132760 unknown, similar n to integrases SeqID 1279 LM-2619.1 From 1133698to 1134117 unknown, similar n to a protein encoded by Tn916 SeqiD 1280 LM-262.1 From 2799108to 2799551 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1281 LM-2621.4 From 1134472to 1136595 cadmium resistance n protein SeqID 1282 LM-2623.2 From 2119833to 2121308 Unknown, similar n to UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase SeqID 1283 LM-2625.2 From 2121483to 2123738 Unknown, similar n to penicillin-binding protein SeqID n° 1284 LM-2626.2 From 2123735 to 2124097 Unknown, similar to cell-division protein FtsL
SeqID n° 1285 LM-2628.1 From 2124114 to 2125052 Unknown, similar to unknown proteins SeqID 1286 LM-2629.1 From 2125065to 2125496 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1287 LM-263.1 From 2799609to 2800961 Unknown, conserved n hypothetical proteins SeqID 1288 LM-2631.2 From 2125699to 2126946 Unknown, similar n to integral membrane proteins SeqID 1289 LM-2632.1 From 2127062to 2128876 Unknown, similar n to transporter binding proteins SeqID 1290 LM-2633.1 From 2128806to 2129192 Unknown n SeqID 1291 LM-2635.1 From 2129185to 2130078 Unknown, weakly n similar to ketopantoate reductase involved in thiamin biosynthesis SeqID 1292 LM-2637.1 From 2130492to 2131028 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1293 LM-2638.1 From 2131158to 2132330 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1294 LM-2639.1 From 2132412to 2134652 Unknown, similar n to excinuclease ABC (subunit A) SeqID 1295 LM-264.1 From 2800958to 2801407 Unknown, similar n to transcription regulators SeqID 1296 LM-2641.1 From 2134695to 2135735 Unknown, weakly n similar to proteases SeqID 1297 LM-2642.1 From 2135754to 2136236 Unknown, similar n to phosphopantetheine adenylyltransferase SeqID 1298 LM-2643.1 From 2136239to 2136796 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1299 LM-2645.1 From 2136893to 2137174 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1300 LM-2647.1 From 2137205to 2137654 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1301 LM-2648.1 From 2137702to 2138757 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1302 LM-265.1 From 2801577to 2802458 Unknown, similar n to unknown proteins SeqlD 1303 LM-2650.2 From 2138904to 2139809 unknown, highly n similar to heure A farnesyltransferase SeqID 1304 LM-2651.2 From 1994751to 1995434 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1305 LM-2652.1 From 1995520to 1996116 Unknown, similar n fo unknown proteins SeqID 1306 LM-2653.1 From 1996204to 1996749 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1307 LM-2654.1 From 1996784to 1998037 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1308 LM-2657.1 From 1998168to 1999454 Unknwon, similar n to 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase SeqID 1309 LM-2659.1 From 1999468fo 2000571 Unknown, similar n to prephenate dehydrogenase SeqID 1310 LM-266.1 From 2802543to 2802998 Unknown, similar n to transcription regulator MerR family SeqID 1311 LM-2660.1 From 2000592to 2001674 Unknown, similar n to histidinol-phosphate aminotransferase and tyrosine/phenylalanine aminotransferase SeqID 1312 LM-2661.1 From 2001674to 2002048 Unknown, similar n to chorismate mutase SeqID 1313 LM-2662.1 From 2002045to 2003142 Unknown, similar n to 3-dehydroquinate synthase SeqID 1314 LM-2664.2 From 2003145to 2004311 Unknown, similar n to chorismate synthase SeqID 1315 LM-267.1 From 2802998to 2803402 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1316 LM-2675.4 From 1748263to 1748709 unknown, similar n to transcription regulators (Fur family), PerR in B.

subtilis SeqID 1317 LM-2676.2 From 1356769to 1357683 unknown, highiy n similar to tRNA pseudouridine 55 synthase SeqID 1318 LM-2677.1 From 1356327to 1356671 unknown, highly n similar to ribosome-binding factor A

SeqID 1319 LM-2679.1 From 1356032to 1356310 unknown, conserved n hypothetical protein similar to B. subtilis YIxP protein SeqID 1320 LM-268.1 From 2803445to 2804056 unknown, similar n to phosphatase SeqID 1321 LM-2683.1 From 1353696to 1356035 unknown, highly n similar to translation initiation factor SeqID 1322 LM-2684.1 From 1353374to 1353673 unknown, conserved n hypothetical protein, similar to B. subtilis YIxQ protein SeqID n° 1323 LM-2685.1 From 1353097 to 1353381 unknown, similar to B
subtilis YIxR protein SeqID n° 1324 LM-2687.1 From 1351964 to 1353082 unknown, highly similar to N utilization substance protein A (NusA protein) SeqID n° 1325 LM-2689.1 From 1351467 to 1351934 unknown, conserved hypothetical protein, similar to B. subtilis YIxS protein SeqID n° 1326 LM-269.1 From 2804070 to 2804438 unknown, similar to transcription regulator (RpiR family) SeqID n° 1327 LM-2692.1 From 1346951 to 1351285 unknown, highly similar to DNA polymerase III (alpha subunit) SeqID 1328 LM-2693.1 From 1345140 to 1346846prolyl-tRNA synthetase n SeqID 1329 LM-2696.2 From 1343838 to 1345100unknown, conserved n hypothetical protein similar to B. subtilis YIuC
protein SeqID 1330 LM-2698.2 From 1342682 to 1343824Unknown, similar n to deoxyxylulose 5-phosphate reductoisomerase SeqID 1331 LM-2699.2 From 1341879 to 1342667unknown, similar n to phosphatidate cytidylyltransferase (CDP-diglyceride synthase) SeqID 1332 LM-27.1 From 2730564 to 2731961Unknown, similar n to dGTP

triphosphohydrolase SeqID 1333 LM-270.1 From 2804522 to 2805274unknown n SeqID 1334 LM-2701.3 From 1779714 to 1780802unknown, similar n to putative outer surface protein SeqID 1335 LM-2702.1 From 1780824 to 1781126unknown, similar n to phosphotransferase system (PTS) lichenan-specific enzyme IIA

component SeqID 1336 LM-2703.1 From 1781196 to 1781504unknown, similar n to phosphotransferase system (PTS) lichenan-specific enzyme IIB

component SeqID 1337 LM-2705.2 From 1781661 to 1784339unknown, simar fo n transcriptional regulator (NifA/NtrC family) SeqID 1338 LM-2707.2 From 1784473 to 1785798unknown, similar n to ATP-dependent RNA helicases SeqID 1339 LM-2708.1 From 1785841 to 1786614unknown n SeqID 1340 LM-2710.1 From 1786607 to 1787287ubknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID 1341 LM-2711.1 From 1787280 to 1787648unknown, similar n to transcriptional regulator (GntR family) SeqID 1342 LM-2712.1 From 1787769 to 1788752unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 1343 LM-2713.1 From 1788812 to 1789777unknown, similar n to transcription regulators (Lacl family) SeqID 1344 LM-2714.1 From 1789825 to 1793085unknown, some similarities n to cellobiose-phosphorylase SeqID 1345 LM-2717.2 From 1793082 to 1795253unknown, similar n to beta-glucosidases SeqID 1346 LM-2718.2 From 1561978 to 1564242Unknown, similar n to protein-export membrane protein SecDF

SeqID n° 1347 LM-272.1 From 2805440 to 2807398 Unknown, similar to PTS
system, fructose-specific IIABG component SeqID 1348 LM-2720.1 From 1564343to 1564633 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1349 LM-2721.1 From 1564776to 1565105 Unknown, similar n to unknown proteins SeqiD 1350 LM-2722.1 From 1565139to 1566278 Unknown, similar n to tRNA-guanine transglycosylase Tgt SeqID 1351 LM-2723.1 From 1566365to 1567393 Unknown, similar n to S-adenosylmethionineaRNA

ribosyltransferase-isomerase SeqID 1352 LM-2725.1 From 1567397to 1568404 unknown, highly n similar to Holliday jonction DNA

helicase RuvB

SeqID 1353 LM-2726.1 From 1568420to 1569025 unknown, highly n similar to Holliday jonction DNA

helicase (ruvA) SeqID 1354 LM-2728.1 From 1569149to 1570084 Unknown, similar n to L-lactate dehydrogenase SeqID 1355 LM-2729.1 From 1570154to 1570879 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1356 LM-273.1 From 2807459to 2810107 Unknown, weakly n similar to sugar hydrolase SeqID 1357 LM-2730.1 From 1570990to 1571838 Unknown, similar n to prephenate dehydratase PheA

SeqlD 1358 LM-2732.1 From 1571905to 1573194 Unknown, conserved n GTP

binding protein SeqID 1359 LM-2735.1 From 1573354to 1574847 Unknown, similar n to glycerol kinase SeqID 1360 LM-2736.2 From 1574922to 1575740 Unknown, similar n to glycerol uptake facilitator SeqID 1361 LM-2737.2 From 623251to 624423 Unknown, conserved n hypothetical membrane protein SeqID 1362 LM-274.1 From 2810109to 2811791 Unknown, similar n to Sucrose phosphorylase SeqID 1363 LM-2741.1 From 620805to 623135 Unknown, similar n to preprotein translocase SecA subunit SeqID 1364 LM-2743.3 From 618932to 620380 P60 extracellular n protein, invasion associated protein lap SeqID 1365 LM-2746.1 From 617660to 618844 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 1366 LM-2747.1 From 616973to 617629 Unknown, weakly n simifar to carboxylesterase SeqID 1367 LM-275.1 From 2811788to 2812921 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 1368 LM-2752.1 From 615825to 616577 Unknown, putative n conserved membrane protein SeqID 1369 LM-2753.1 From 615353to 615811 Unknown n SeqID 1370 LM-2754.1 From 613836to 615299 Unknown n SeqfD 1371 LM-2755.2 From 612678to 613406 Unknown, similar n to transcription regulator GntR family SeqID 1372 LM-2758.2 From 2343858to 2345150 Unknown, similar n to unknown proteins SeqiD 1373 LM-2759.1 From 2345260to 2345526 Unknown n SeqID 1374 LM-276.1 From 2812925to 2813881 Unknown, similar n to transcriptional regulator (Lacl family) SeqID 1375 LM-2760.1 From 2345567to 2346088 Unknown, simar n to unknown proteins SeqID 1376 LM-2761.1 From 2346252to 2346596 Unknown, hypothetical n CDS

SeqID 1377 LM-2762.1 From 2346935to 2347285 unknown, similar n to phosphotransferase system (PTS) beta-glucoside-specific enzyme f IA

SeqID 1378 LM-2763.1 From 2347276to 2348151 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1379 LM-2764.1 From 2348231to 2348539 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1380 LM-2765.1 From 2348604to 2349356 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1381 LM-2766.1 From 2349475to 2350320 unknown, similar n to unkown proteins SeqID 1382 LM-2768.1 From 2350398fo 2351300 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1383 LM-2769.1 From 2351384to 2351746 Unknown, similar n to unknown proteins SeqlD 1384 LM-2770.1 From 2351767to 2352615 Unknown, simar n to unknown proteins SeqID 1385 LM-2771.1 From 2352616to 2356323 Unknown, similar n to ATP-dependent deoxyribonuclease (subunit A) SeqID 1386 LM-2772.3 From 2356325to 2359798 Unknown, similar n to ATP-dependent deoxyribonuciease (subunit B) SeqID 1387 LM-2774.2 From 2097176to 2099941 isoleucyl-tRNA
n synthetase SeqID 1388 LM-2776.1 From 2096075to 2097064 Unknown, similar n to diaminopimelate epimerase SeqID 1389 LM-2778.1 From 2095366to 2096061 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID n 1390 LM-278.1 From 2813949to 2815283Unknown, conserved hypothetical protein similar to hypothetical hemolysin SeqID n 1391 LM-2780.2 From 2091698to 2094808Unknown, similar to alpha-mannosidase SeqID n 1392 LM-2781.3 From 2504300to 2505157Unknown, similar to transcription antiterminator SeqID n 1393 LM-2782.1 From 2503931to 2504236Unknown, similar to B.

subtilis YfhL protein SeqID n 1394 LM-2784.1 From 2502401to 2503804unknown, highiy similar to glutamate decarboxylases SeqID n 1395 LM-2785.1 From 2501603to 2502361Unknown, similar to acetylesterase SeqID n 1396 LM-2788.1 From 2500179to 2501150Unknown, similar to B.

subtilis ferrichrome ABC

transporter fhuD
precursor (ferrichrome-binding protein) SeqID n 1397 LM-2790.1 From 2499169to 2500179Unknown, similar to B.

subtilis ferrichrome ABC

transporter (permease) FhuG

SeqID n 1398 LM-2792.1 From 2498381to 2499172Unknown, similar to B.

subtilis ferrichrome ABC

transporter (ATP-binding protein) FhuC

SeqID n 1399 LM-2793.1 From 2497069to 2498238Unknown, similar to cell division proteins RodA, FtsW

SeqID n 1400 LM-2794.1 From 2495818to 2496993Unknown, similar to cell division proteins RodA, FtsW

SeqID n 1401 LM-2795.2 From 2495309to 2495662Unknown, conserved hypothetical proteins SeqID n 1402 LM-2796.1 From 1674961to 1676325unknown, highly similar to anthranilate synthase alpha subunit SeqID n 1403 LM-2797.1 From 1674359to 1674964unknown, highly similar to anthranilate synthase beta subunit SeqID n 1404 LM-2798.1 From 1673368to 1674387unknown, highly similar to anthranilate phosphoribosyltransferase SeqID n 1405 LM-2799.1 From 1672613to 1673371unknown, highly similar to indol-3-glycerol phosphate synthases SeqID n 1406 LM-28.1 From 2731976to 2732455Unknown, similar to spermidine/spermine acetyl transferase SeqID n 1407 LM-280.1 From 2815401to 2816090unknown, similar to regulatory proteins of the SIR2 famy SeqID n° 1408 LM-2801.1 From 1672008 to 1672616 phosphoribosyl anthranilate isomerase SeqID 1409 LM-2804.1 From 1670803to 1672005 unknown, highly n similar to tryptophan synthase (beta subunit) SeqID 1410 LM-2805.1 From 1670037to 1670810 unknown, highly n similar to tryptophan synthase (alpha subunit) SeqID 1411 LM-2806.1 From 1669529to 1669966 unknown n SeqID 1412 LM-2808.1 From 1667831to 1669444 Unknown, similar n to putative transporters SeqID 1413 LM-2809.1 From '!666107to 1667720 Unknown, similar n to putative transporters SeqID 1414 LM-2810.1 From 1665444to 1666097 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1415 LM-2811.2 From 1664575to 1665405 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1416 LM-2812.2 From 49585to 49878 30S ribosomal protein n S6 SeqID 1417 LM-2813.2 From 49934to 50470 unknown, highly similar n to single-strand binding protein (SSB) SeqID 1418 LM-2816.1 From 50907to 51518 unknown n SeqID 1419 LM-2817.1 From 51775to 52389 Unknown, similar n to Staphylococcus AgrB

protein SeqID 1420 LM-2818.1 From 52630to 53925 Unknown, similar n to sensor histidine kinase (AgrC from Staphylococcus) SeqID 1421 LM-2819.1 From 53944to 54672 Unknwon, similar n to 2-components response regulator protein (AgrA

from Staphylococcus) SeqID 1422 LM-282.1 From 2816083to 2816373 Unknown n SeqID 1423 LM-2820.1 From 54839to 56812 Unknown, highly similar n to B. subtilis YybT protein SeqID 1424 LM-2822.1 From 56815to 57261 50S ribosomal protein n L9 SeqID 1425 LM-2823.2 From 57286to 58638 unknown, highly similar n to replicative DNA helicases SeqID 1426 LM-2826.1 From 2580470to 2581780 Unknown, similar n to ce!!

wall binding proteins SeqID 1427 LM-2827.1 From 2581900to 2583105 peptidoglycan lytic n protein SeqID 1428 LM-2829.1 From 2583181to 2584065 unknown, highly n similar to cell-division protein FtsX

SeqID 1429 LM-283.1 From 2816363to 2817571 Unknown, similar n to drug-efflux transporters SeqID 1430 LM-2831.1 From 2584055to 2584741 unknown, highly n similar to the cell-division ATP-binding protein FtsE

SeqID 1431 LM-2832.1 From 2585245to 2586108 Unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID n° 1432 LM-2833.1 From 2586114 to 2587097 unknown, highly similar to peptide chain release factor 2 SeqID 1433 LM-2834.2 From 2587300to 2589813 translocase binding n subunit (ATPase) SeqID 1434 LM-28352 From 1052509to 1053429 unknown n SeqID 1435 LM-2836.1 From 1051695to 1052354 unknown, similar n to a bacterial K(+)-uptake system SeqID 1436 LM-2838.1 From 1051038to 1051676 unknown, similar n to two-component response regulator, in particular B.

subtilis YvqC protein SeqID 1437 LM-2839.1 From 1049983to 1051041 unknown, similar n to two-component sensor histidine kinase in particular B.

subtilis YvqE protein SeqID 1438 LM-284.1 From 2817688to 2818035 unknown n SeqID 1439 LM-2840.1 From 1049273to 1049986 unknown, similar n to B.

subtilis YvqF protein SeqID 1440 LM-2842.1 From 1048266to 1049138 unknown, similar n to B.

subtilis YitL protein SeqID 1441 LM-2843.1 From 1047490to 1048185 unknown, similar n to E. coli copper homeostasis protein CutC

SeqID 1442 LM-2845.1 From 1046886to 1047377 unknown, similar n to phosphotransferase system glucose-specific enzyme IIA

SeqID 1443 LM-2846.1 From 1045869to 1046771 unknown, highly n similar to glycine betaine ABC

transporters (glycine betaine-binding protein) SeqID 1444 LM-2847.1 From 1045007to 1045855 unknown, highly n similar to glycine betaine ABC

transporters (permease) SeqID 1445 LM-285.1 From 2818054to 2818698 Unknown, similar n to transaldolase SeqID 1446 LM-2851.1 From 1043821to 1045014 unknown, highly n similar to glycine betaine ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 1447 LM-2853.1 From 1042605to 1043450 unknown, similar n to conserved hypothetical proteins like to B. subtilis YkuT protein SeqID 1448 LM-2854.1 From 1041446to 1042561 unknown, similar n to N-acyl-L-amino acid amidohydrolases SeqID 1449 LM-2856.1 From 1040672to 1041382 unknown, similar n to tetrahydrodipicolinate succinylase SeqID n° 1450 LM-2857.1 From 1039746 to 1040624 unknown, similar to transcription regulator (LysR family).
SeqID n° 1451 LM-2858.1 From 1039297 to 1039749 unknown, similar to B.
subtilis YkuL protein SeqID n° 1452 LM-2859.2 From 1038863 to 1039096 unknown, similar to B.
subtilis YkuJ protein SeqID n° 1453 LM-286.1 From 2818841 to 2819530 Unknown, weakly similar to transcription regulators CRP/FNR family SeqID n° 1454 LM-2860.1 From 600837 to 601148 Unknown, similar to phosphorybosil-AMP-cyclohydrolase (Hisl2 protein) SeqID n° 1455 LM-2861.1 From 601149 to 601466 Unknown, similar to phosphoribosyl-AMP
cyclohydrolase (Hisl1 protein) SeqID n° 1456 LM-2863.1 From 601463 to 602218 unknown, highly similar to cyclase HisF
SeqID n° 1457 LM-2864.1 From 602208 to 602930 unknown, highly similar to phosphoribosylformimino 5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase SeqID n° 1458 LM-2866.1 From 602909 to 603535 unknown, similar to amidotransferases SeqiD n° 1459 LM-2867.1 From 603536 to 604120 imidazoleglycerol-phosphate dehydratase SeqID n° 1460 LM-2868.1 From 604121 to 605404 unknown, highly similar to histidinol dehydrogenases SeqID n° 1461 LM-287.1 From 2819860 to 2821587 Unknown, similar to ABC
transporter (ATP-binding protein) SeqID n° 1462 LM-2870.1 From 605401 to 606042 Unknown, similar to ATP
phosphoribosyltransferase SeqID n° 1463 LM-2871.2 From 606039 to 607220 histidyl-tRNA
synthetase SeqID n° 1464 LM-2872.2 From 1645958 to 1646413 Unknown, similar to unknown proteins SeqID n° 1465 LM-2873.3 From 1646669 to 1647781 Unknown, similar to aminopeptidase SeqID n° 1466 LM-2875.1 From 1647821 to 1648366 Unknown, similar to 2-cys peroxiredoxin SeqID n° 1467 LM-2877.1 From 1648511 to 1649854 unknown, similar to UDP-N-acetyl muramate-alanine ligases SeqID n° 1468 LM-2878.2 From 1650149 to 1652500 Unknown, similar to DNA
translocase SeqID n° 1469 LM-288.1 From 2821641 to 2821892 Unknown SeqID n° 1470 LM-2880.1 From 1652810 to 1653427 Unknown, similar phenylalanyl-tRNA
synthetase (beta subunit) SeqID n° 1471 LM-2881.1 From 1653433 to 1654233 Unknown, similar to unknown proteins SeqID 1472 LM-2882.1 From 1654268to 1654579Unknown, similar n to thioredoxin SeqID 1473 LM-2883.1 From 1654902to 1655975Unknown, similar n to aminopeptidase SeqID 1474 LM-2884.1 From 1656173to 1656484Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1475 LM-2885.1 From 1656521to 1656769Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1476 LM-2886.1 From 1656903to 1657754Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1477 LM-2887.2 From 1657815to 1658459Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1478 LM-2889.2 From 1658466to 1659248Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1479 LM-289.1 From 2821912to 2823195seryl-trna synthetase n SeqID 1480 LM-2890.2 From 1307009to 1307605unknown, conserved n hypothetical protein, similar to B. subtilis YneS
protein SeqID n° 1481 LM-2892.1 From 1306095 to 1306967 Unknown, simifar to Lactococcus lactis LacX

protein SeqID n LM-2894.1 From 1305781to 1306092 Unknown, similar 1482 to B.

subtilis YneQ protein SeqID n LM-2895.1 From 1305390to 1305758 Unknown, similar 1483 to B.

subtilis YneP protein SeqID n LM-2898.1 From 1304457to 1305236 unknown, highly 1484 similar to B. subtilis CodY protein SeqID n LM-29.1 From 2732589 to 2733233 Unknwon, similar 1485 to ribulose-phosphate 3-epimerase SeqID n LM-290.1 From 2823530to 2823949 Unknown, similar 1486 to B.

subtilis stress protein YdaG

SeqID n LM-2900.1 From 1303027to 1304436 unknown, highly 1487 similar to ATP-dependent Clp protease-litre proteins SeqID n LM-2901.1 From 1302474to 1303013 unknown, highly 1488 similar to beta-type subunit of the 20S proteasome SeqID n LM-2902.2 From 1301551to 1302453 unknown, similar 1489 to integrase/recombinase SeqID n LM-2903.2 From 1299964to 1301268 unknown, similar 1490 glucose inhibited division protein A

SeqID n LM-2907.2 From 1297823to 1299901 unknown, highly 1491 similar to DNA topoisomerase I TopA

SeqID n LM-2908.2 From 1296691to 1297551 Unknown, similar 1492 to polypeptide deformylase, similar to B. subtilis Smf protein SeqID 1493 LM-2909.1 From 1295772to 1296557 unknown, similar n to ribonuclease H rnh SeqID 1494 LM-291.1 From 2824079to 2824651 Unknown, similar n to glutamine amidotransferase SeqID 1495 LM-2910.1 From 1294912to 1295775 unknown, conserved n hypothetical protein similar to B. subtilis YIqF protein SeqID 1496 LM-2911.1 From 1294360to 1294902 Unknown, similar n to signal peptidase I

SeqID 1497 LM-2912.2 From 1293689to 1294258 Unknown, similar n to signal peptidase I

SeqID 1498 LM-2914.2 From 1498096to 1500252 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1499 LM-2915.1 From 1500268to 1501227 Unknown, similar n to phosphate starvation induced protein PhoH

SeqID 1500 LM-2916.1 From 1501415to 1501861 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1501 LM-2917.1 From 1502252to 1503019 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1502 LM-2918.1 From 1503020to 1503964 Unknown, similar n to ribosomal protein L11 methyltransferase SeqID 1503 LM-292.1 From 2824648to 2826354 Unknown, similar n to para-aminobenzoate synthase component l SeqID 1504 LM-2921.1 From 1504037to 1505170 heat shock protein n DnaJ

SeqID 1505 LM-2922.1 From 1505312to 1507153 class I heat-shock n protein (molecular chaperone) DnaK

SeqID 1506 LM-2924.1 From 1507187to 1507762 heat shock protein n GrpE

SeqID 1507 LM-2925.1 From 1507804to 1508841 transcription repressor n of class I heat-shock gene H rcA

SeqID 1508 LM-2926.1 From 1508988to 1510145 unknown, highly n similar to coproporphyrinogen f II

oxidase SeqID 1509 LM-2928.1 From 1510234to 1511262 Unknown, similar n to oxidoreductase SeqID 1510 LM-2929.1 From 1511375to 1511812 Unknown, similar n to transcriptional regulator (MerR family) SeqID 1511 LM-2931.3 From 1511858to 1513684 unknown, highly n similar to GTP-binding protein LepA

SeqID 1512 LM-2932.2 From 2535342to 2536268 Unknown, similar n to dipeptidases SeqID 1513 LM-2933.1 From 2533840to 2535183 RNA polymerase n sigma-54 factor (sigma-L) SeqID 1514 LM-2935.1 From 2532352to 2533398 Unknown, similar n to B.

subtilis CggR hypothetical transcriptional regulator SeqID n° 1515 LM-2936.1 From 2531310 to 2532320 unknown, highly similar to glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase SeqID 1516 LM-2937.1 From 2529985 to unknown, highly similar n 2531175 to phosphoglycerate kinase SeqlD 1517 LM-2939.1 From 2529184 to unknown, highiy similar n 2529939 to triose phosphate isomerase SeqID 1518 LM-294.1 From 2826515 to 2828236Unknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID 1519 LM-2942.1 From 2527650 to unknown, highly similar n 2529182 to phosphoglycerate mutase SeqID 1520 LM-2944.2 From 2526222 to unknown, highly similar n 2527514 to enolase SeqID 1521 LM-2945.1 From 2525946 to Unknown n 2526119 SeqID 1522 LM-2946.2 From 2525094 to Unknown, similar n 2525813 to lipolytic enzyme SeqID 1523 LM-2950.2 From 316873 to 318375Unknown, similar n to heat-shock protein htrA
serine protease SeqID 1524 LM-2952.1 From 315945 to 316775Unknown, conserved n hypothetical protein similar to B. subtilis YycJ
protein SeqID 1525 LM-2953.1 From 314984 to 315823Unknown, similar n to B.

subtilis Yycl protein SeqID 1526 LM-2954.1 From 313659 to 314981Unknown, similar n to B.

subtilis YycH protein SeqID 1527 LM-2957.1 From 311830 to 313662Unknown, similar n to two-component sensor histidine kinase SeqID 1528 LM-2958.1 From 310932 to 311645Unknown, similar n to two-component response regulator SeqID 1529 LM-2959.2 From 309538 to 310719Unknown, similar n to aminotransferase SeqID 1530 LM-296.1 From 2828236 to 2830008Unknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID 1531 LM-2960.3 From 2692097 to unknown, highly similar n 2693041 to RNA polymerase (alpha subunit) SeqID 1532 LM-2962.2 From 2693151 to ribosomal protein n 2693540 S11 SeqID 1533 LM-2964.2 From 2693563 to ribosomal protein n 2693928 S13 SeqID 1534 LM-2965.1 From 2694164 to unknown, highly similar n 2694382 to initiation factor IF-I

SeqID 1535 LM-2967.1 From 2694769 to unknown, highly similar n 2695416 to adenylate kinases SeqID 1536 LM-2968.1 From 2695476 to unknown, highly similar n 2696771 to preprotein translocase subunit SeqID 1537 LM-297.1 From 2830284 fo 2830523Unknown n SeqID 1538 LM-2970.1 From 2696771to 2697211 ribosomal protein n L15 SeqID 1539 LM-2972.1 From 2697463to 2697966 ribosomal protein n S5 SeqID 1540 LM-2973.1 From 2697988to 2698347 ribosomal protein n L18 SeqID 1541 LM-2974.1 From 2698387to 2698923 ribosomal protein n L6 SeqID 1542 LM-2975.1 From 2698954to 2699352 ribosomal protein n S8 SeqID 1543 LM-2977.1 From 2699600to 2700139 ribosomal protein n L5 SeqID 1544 LM-2979.1 From 2700166to 2700477 ribosomal protein n L24 SeqID 1545 LM-298.1 From 2830542to 2831879 Unknown, similar n to D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein 5) SeqID 1546 LM-2981.1 From 2700515to 2700883 ribosomal protein n L14 SeqID 1547 LM-2983.1 From 2701435to 2701869 ribosomal protein n L16 SeqID 1548 LM-2984.1 From 2701872to 2702528 ribosomal protein n S3 SeqID 1549 LM-2985.2 From 2702532to 2702888 ribosomal protein n L22 SeqID 1550 LM-2986.2 From 2702909to 2703187 ribosomal protein n S19 SeqID 1551 LM-2990.2 From 1593100to 1594407 unknown, highly n similar to glutamyl-tRNA reductase SeqID 1552 LM-2991.1 From 1592167to 1593096 unknown, highly n similar to porphobinogen deaminases (hydroxymethylbilane synthase) SeqID 1553 LM-2992.1 From 1591448to 1592170 Unknown, similar n to uroporphyrinogen III

cosynthase (HemD) SeqID 1554 LM-2993.1 From 1590477to 1591451 unknown, highly n similar to delta-aminolevulinic acid dehydratases (porphobilinogen synthase) SeqID 1555 LM-2995.1 From 1589175to 1590464 unknown, highly n similar to glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminotransferases SeqID 1556 LM-2997.1 From 1586201to 1588852 valyl-tRNA synthetase n SeqID 1557 LM-2999.2 From 1584850to 1586139 unknown, similar n to Folyl-polyglutamate synthetase SeqID 1558 LM-3.1 From 2712931 to 2713365 Unknown n SeqID 1559 LM-3000.1 From 1583928to 1584638 Unknown, similar n to B.

subtilis late competence protein ComC (type IV

prepilin peptidase) SeqID 1560 LM-3001.1 From 1583242to 1583916 Unknown, similar n to DNA

repair protein RadC

SeqID 1561 LM-3004.1 From 1581777to 1582790 unknown, similar n to cell-shape determining protein MreB

SeqID 1562 LM-3005.1 From 1580804to 1581691 unkown, similar n to cell-shape determining protein MreC

SeqID 1563 LM-3006.1 From 1580283to 1580801 unknown, similar n to cell-shape determining protein MreD

SeqID 1564 LM-3007.2 From 1579428 to unknown, similar n 1580105 to cell-division inhibition (septum placement) protein MinC

SeqID 1565 LM-301.1 From 2832058 to 2833725Unknown, similar n to acylase and diesterase SeqID 1566 LM-3010.1 From 1149406 to unknown, highly n 1149720 similar to SeqID 1567 LM-3011.1 From 1149011 to unknown, highly n 1149385 similar to SeqID 1568 LM-3012.1 From 1147603 to unknown, highly n 1149003 similar to SeqID 1569 LM-3013.1 From 1146228 to unknown, highly n 1147412 similar to SeqID 1570 LM-3014.1 From 1145941 to unknown, similar n 1146231 to unknown proteins SeqID 1571 LM-3016.1 From 1145211 to unknown, highly n 1145711 similar to SeqID 1572 LM-3017.1 From 1144533 to unknown, highly n 1144928 similar to SeqID 1573 LM-3018.1 From 1142099 to unknown, highly n 1144549 similar to SeqID 1574 LM-3020.1 From 1139940 to unknown, highly n 1142099 similar to SeqID 1575 LM-3022.1 From 1138930 to unknown, highly n 1139940 similar to TN916 ORF14 and to L.

monocytogenes P60 protein SeqID 1576 LM-3023.1 From 1137997 to unknown, highly n 1138914 similar to SeqID 1577 LM-3024.1 From 1137533 to unknown, similar n 1137868 to cadmium efflux system accessory proteins SeqID 1578 LM-3025.3 From 1254459 to unknown, similar n 1254722 to B.

subtilis YshA protein SeqID 1579 LM-3027.3 From 1253379 to unknown, similar n 1254311 to B.

subtilis ribonuclease HIII

SeqID 1580 LM-3028.1 From 1252667 to Unknown, similar n 1253341 to uracil-DNA glycosylase SeqID 1581 LM-3029.1 From 1249360 to unknown; similar n 1252560 to transporter, (to B. subtilis YdgH protein) SeqID 1582 LM-3030.1 From 1248892 to unknown; similar n 1249344 to transcriptional regulator (Marli family).

SeqID 1583 LM-3031.2 From 1245384 to unknown, similar n 1248794 to different proteins SeqID 1584 LM-3032.2 From 1244669 to unknown, similar n 1245370 to ABC

transporter, ATP-binding proteins SeqID 1585 LM-3035.2 From 1608166 to unknown, highly n 1609923 similar to pyruvate kinases SeqID n° 1586 LM-3036.1 From 1607671 to 1608048 Unknown, simifar to unknown proteins SeqID 1587 LM-3037.1 From 1607053to 1607514 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1588 LM-3038.1 From 1605895to 1607016 unknown, highly n similar to citrate synthase subunit II

SeqID 1589 LM-3039.1 From 1604613to 1605875 unknown, highly n similar to isocitrate dehyrogenases SeqID 1590 LM-304.1 From 2833834to 2835987 Unknown, similar n to DNA

topoisomerase ill SeqID 1591 LM-3041.1 From 1601820to 1604447 DNA polymerase n I

SeqID 1592 LM-3042.1 From 1600975to 1601796 unknown, highly n similar to formamidopyrimidine-DNA

glycosylases SeqID 1593 LM-3043.2 From 1600356to 1600958 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1594 LM-3044.2 From 1875574to 1876560 Unknown, similar n to FtsY of E. coli and SRP receptor alpha-subunit SeqID 1595 LM-3049.1 From 1876575to 1880135 Unknown, similar n to Smc protein essentiel for chromosome condensation and partition SeqID 1596 LM-3050.1 From 1880158to 1880847 . Unknown, similar n to ribonuclease III

SeqID 1597 LM-3053.1 From 1881381to 1882124 Unknown, similar n to 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase SeqID 1598 LM-3054.1 From 1882128to 1883069 Unknown, similar n to malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase SeqID 1599 LM-3056.1 From 1883062to 1884075 Unknown, similar n to plsX

protein involved in fatty acid/phospholipid synthesis SeqID 1600 LM-3058.2 From 1884096to 1884665 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1601 LM-3059.2 From 817914to 818762 Unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID 1602 LM-3062.1 From 813451to 817878 Unknown n SeqID 1603 LM-3065.3 From 811813to 813189 Unknown, similar n to amino acid transporter SeqID 1604 LM-3066.2 From 2159224to 2159604 Unknown n SeqID 1605 LM-3067.1 From 2157949to 2159094 unknown n SeqID 1606 LM-3068.1 From 2157383to 2157844 Unknown, similar n to unknown proteins SeqfD 1607 LM-3069.1 From 2156694to 2157386 Unknown, similar n to glycoprotease SeqID 1608 LM-307.1 From 2836011to 2837783 Unknown, similar n fo ATP-dependent DNA helicases SeqID n° 1609 LM-3070.1 From 2156242 to 2156697 Unknown, similar to ribosomal protein alanine acetyltransferase SeqiD 1610 LM-3072.1 From 2155223 to Unknown, similar n 2156245 to glycoprotein endopeptidase SeqID 1611 LM-3073.1 From 2153720 to Unknown, simar to n 2154679 unknown proteins SeqID 1612 LM-3074.1 From 2151744 to Unknown, similar n 2153696 to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 1613 LM-3075.1 From 2150786 to Unknown, similar n 2151433 to a putative DNA binding proteins SeqID 1614 LM-3076.2 From 2149868 to Unknown, similar n 2150554 to unknown proteins SeqID 1615 LM-3077.2 From 992978 to 993886unknown, similar n to proteases SeqID 1616 LM-3080.1 From 993900 to 995126unknown, similar n to proteases SeqID 1617 LM-3081.1 From 995210 to 995767unknown, Listeria n epitope LemA

SeqID 1618 LM-3083.1 From 995790 to 996704unknown, similar n to putative heat shock protein HtpX, Listeria epitope LemB

SeqID 1619 LM-3084.1 From 996739 to 997557unknown, similar n to B.

subtilis YjbH protein SeqID 1620 LM-3085.1 From 997795 to 998379unknown, similar n to B.

subtilis YjbK protein SeqID 1621 LM-3086.2 From 998396 to 998863unknown n SeqID 1622 LM-3087.2 From 999022 to 999690unknown, similar n to B.

subtilis YjbM protein SeqID 1623 LM-3088.1 From 999722 to 1000516unknown, similar n to conserved hypothetical proteins like to B. subtilis YjbN protein SeqID 1624 LM-3089.1 From 1000535 to unknown, similar n 1001425 to ribosomal large subunit pseudouridine synthetase SeqlD 1625 LM-309.2 From 2837944 to 2839410Unknown, similar n to inosine-monophosphate dehydrogenase SeqID 1626 LM-3090.1 From 1001503 to unknown, similar n 1002291 to enoyl-acyl-carrier protein reductase SeqID 1627 LM-3091.1 From 1002319 to DItD protein for n 1003593 D-alanine esterification of lipoteichoic acid and wall teichoic acid SeqID n° 1628 LM-3092.1 From 1003855 to 1005039 DItB protein for D-alanine esterification of lipoteichoic acid and wall teichoic acid SeqID n° 1629 LM-3093.2 From 1005036 to 1006568 D-alanine-activating enzyme (dae), D-alanine-D-alanyl carrier protein ligase (dcl) SeqID 1630 LM-3095.2 From 1364031to 1364570 unknown, similar n to 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase SeqID 1631 LM-3097.1 From 1364669to 1366207 unknown similar n to B.

subtilis yqgP

SeqID 1632 LM-3098.1 From 1366457to 1367425 Unknown, similar n to glucose kinase SeqID 1633 LM-3099.1 From 1367559to 1368650 unknown, similar n to B.

subtilis YqgU protein SeqID 1634 LM-3100.1 From 1368668to 1368985 Unknown, weakly n similar to B. subtilis comG operon protein 7 (comGG) SeqID 1635 LM-3101.1 From 1368982to 1369449 Unknown, similar n to B.

subtilis comG operon protein 6 SeqID 1636 LM-3102.1 From 1369412to 1369696 Unknown, similar n to comG

operon protein 5 (comGE) SeqID 1637 LM-3103.1 From 1369683to 1370111 Unknown, similar n to comG

operon protein 4 (comGD) SeqID 1638 LM-3104.1 From 1370108to 1370431 Unknown, similar n to B.

subtilis comG operon protein 3 SeqID 1639 LM-3105.1 From 1370445to 1371476 Unknown, similar n to B.

subtilis comG operon protein 2 SeqID 1640 LM-3106.1 From 1371454to 1372476 Unknown, similar n to B.

subtilis comG operon protein 1 SeqID 1641 LM-3107.1 From 1373015to 1374103 Unknown, similar n to aminomethyltransferase SeqID 1642 LM-3110.3 From 1374119to 1375465 Unknown, similar n to glycine dehydrogenase (decarboxylating) subunit SeqID 1643 LM-3111.1 From 1375462to 1376928 Unknown, similar n to glycine dehydrogenase (decarboxylating) subunit SeqID 1644 LM-3112.1 From 1376968to 1377348 unknown n SeqID 1645 LM-3113.1 From 1377410to 1377682 Unknown n SeqID 1646 tM-3114.2 From 1377695to 1378660 Unknown, similar n to B.

subtilis YqhQ protein SeqID 1647 LM-3115.3 From 1962698to 1963243 unknown, similar n to consenred hypothetical proteins SeqID n° 1648 LM-3116.2 From 1962225 to 1962566 unknown, similar to hypothetical proteins SeqID 1649 LM-3119.1 From 1960496to 1961644 unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID 1650 LM-312.1 From 130652to 131380 Unknwon, similar n to autolysin: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase SeqID 1651 LM-3120.1 From 1958968to 1960476 unknown, similar n to probable thermostable carboxypeptidases SeqID 1652 LM-3121.1 From 1958162to 1958740 unknown, similar n to xanthine phosphoribosyltransferase SeqID 1653 LM-3124.1 From 1956848to 1958155 unknown, similar n to probable permeases SeqID 1654 LM-3126.1 From 1955598to 1956656 unknown, similar n to chitinases SeqID 1655 LM-3127.2 From 1955205to 1955474 unknown, similar n to ribosomal protein S14 SeqID 1656 LM-3128.3 From 1954255to 1955127 unknown, similar n to 5 -3 exonuclease SeqID 1657 LM-3129.1 From 248555to 249013 Unknown, highly n similar to transcription repressor of class ill stress genes (Cts R) SeqID 1658 LM-313.1 From 130249to 130671 Unknwon, similar n to a protein from Bacteriophage phi-105 (ORF 45) SeqID 1659 LM-3130.1 From 249026to 249544 Unknown, similar n to B.

subtilis YacH protein SeqID 1660 LM-3131.1 From 249541to 250563 Unknwon, similar n to arginine kinase SeqID 1661 LM-3135.1 From 250592to 253054 endopeptidase Clp n ATP-binding chain C

SeqID 1662 LM-3136.2 From 253200to 254573 unknown, similar n to DNA

repair protein Sms SeqiD 1663 LM-3139.2 From 254707to 255780 Unknown, highly n similar to B. subtilis YacL protein SeqID 1664 LM-314.1 From 129694to 130230 Unknwon, weakly n similar to protein gp20 from Bacteriophage A118 SeqID 1665 LM-3140.2 From 255800to 256498 Unknown, similar n to nucleotidylyl transferase;

pyrophosphorylase SeqID 1666 LM-3141.2 From 348586to 349065 Unknown n SeqID 1667 LM-3142.2 From 349326to 350228 Unknown, similar n to transcriptional regulators SeqID 1668 LM-3143.1 From 350392to 351264 Unknown, similar n to transcriptional regulators SeqID 1669 LM-3147.1 From 355643to 356323 Unknown n SeqID 1670 LM-3149.2 From 2602249to 2602683 Unknwon, similar n to hydroxymyristoyl-(acyl carrier protein) dehydratase SeqID 1671 LM-315.1 From 129218to 129697 Unknwon n SeqID 1672 LM-3150.1 From 2601632to 2601997 Unknown, similar n to single-strand DNA-binding protein SeqID 1673 LM-3151.1 From 2600408to 2601241 Unknwon, similar n to hypothetical cell wall binding protein from B.

subtilis SeqID 1674 LM-3152.1 From 2599548to 2600282 Unknown, similar n to B.

subtilis TagA protein involved in polyglycerol phosphate biosynthesis SeqID 1675 LM-3153.1 From 2598423to 2599547 Unknwon, similar n to B.

subtilis O-succinylbenzoate-CoA

synthase (MenC) SeqID 1676 LM-3154.1 From 2597363to 2598415 Unknown, similar n to B.

subtilis TagO teichoic acid linkage unit synthesis protein SeqID 1677 LM-3155.1 From 2596266to 2597324 Unknown, similar n to B.

subtilis putative transcriptional regulator LytR

SeqID 1678 LM-3156.1 From 2595485to 2596090 unknwon n SeqID 1679 LM-3157.1 From 2594908to 2595543 Unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID 1680 LM-3158.1 From 2593837to 2594523 Unknown, similar n to B.

subtilis two-component response regulator DegU

SeqID 1681 LM-3159.1 From 2592965to 2593816 Unknown, similar n to B.

subtilis YviA (DegV) protein SeqID 1682 LM-316.1 From 128628to 129203 unknown n SeqID 1683 LM-3162.1 From 2591451to 2592770 unknown, similar n to late competence protein comFA

SeqID 1684 LM-3163.2 From 2590802to 2591458 unknown, similar n to late competence protein comFC

SeqID 1685 LM-3164.2 From 2590044to 2590607 Unknown, similar n to conserved hypothetical proteins like to B. subtilis YvyD protein SeqID 1686 LM-3167.1 From 2020738to 2021256 Unknown, similar n to similar to acyl-CoA hydrolase SeqID 1687 LM-3168.1 From 2021272to 2023062 Unknown, similar n to two-component sensor histidine kinase (ResE) SeqID n° 1688 LM-3169.1 From 2023163 to 2023879 Unknown, similar to two-composent response regulator (ResD) SeqID 1689 LM-317.1 From 128314to 128613 Unknown n SeqID 1690 LM-3171.1 From 2024062to 2024796 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1691 LM-3172.1 From 2024799to 2025395 Unknown, simar n to unknown proteins SeqID 1692 LM-3174.1 From 2025392to 2026141 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1693 LM-3177.1 From 2026157to 2027467 Unknown, similar n to diaminopimelate decarboxylase SeqID 1694 LM-3178.1 From 2027648to 2028466 Unknown, similar n to purine-nucleoside phosphorylase SeqID 1695 LM-3179.2 From 2028485to 2029669 Unknown, similar n to phosphopentomutase SeqID 1696 LM-3181.2 From 2029698to 2030591 Unlcnown, similar n to integrase/recombinase SeqID 1697 LM-3184.2 From 635317to 636423 Unknown, similar n to homoserine O-acetyltransferase SeqID 1698 LM-3186.1 From 636440to 637717 Unknown, similar n to O-acetylhomoserine sulfhydrylase SeqID 1699 LM-3188.1 From 638165to 638692 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1700 LM-3189.1 From 638781to 639482 Unknown, similar n to transcription regulator CRP/FNR family SeqID 1701 LM-319.1 From 127188to 128324 Unknown, similar n to protein gp18 from Bacteriophage SeqID 1702 LM-3190.2 From 639558to 640106 Unknown, similar n to proteins involved in biotin metabolism (BioY) SeqID 1703 LM-3191.2 From 1537815to 1538501 Unknown, similar n to two-component response regulators SeqID 1704 LM-3192.1 From 1538498to 1539937 Unknown, similar n to two-component sensor histidine kinase SeqID 1705 LM-3194.1 From 1539979to 1542375 Unknown, similar n to exodeoxyrbonuclease V

SeqID 1706 LM-3195.1 From 1542403to 1543041 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1707 LM-3196.1 From 1543082to 1543822 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1708 LM-3198.1 From 1543940to 1545055 Unknown, similar n to putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase SeqID 1709 LM-32.1 From 2733230to 2735245 Unknown, similar n to transketolase SeqID 1710 LM-3200.2 From 1545074to 1546222 Unknown, similar n to iron-sulfur cofactor synthesis protein SeqID 1711 LM-3201.2 From 1527422to 1527904 Unknown, similar n to transcription elongation factor GreA

SeqID 1712 LM-3203.2 From 1526748to 1527371 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1713 LM-3204.1 From 1525997to 1526698 Unknown, simar n to 5 -methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase SeqID 1714 LM-3205.1 From 1524154to 1525962 Unknown, similar n to oligopeptidase SeqID 1715 LM-3206.2 From 1523471to 1523992 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1716 LM-3208.2 From 1522374to 1523474 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1717 LM-3209.1 From 1521533to 1522354 Unknown, similar n to shikimate 5-dehydrogenase (AroD) SeqID 1718 LM-321.1 From 126360to 127178 Unknown, similar n to phage proteins SeqID 1719 LM-3210.1 From 1521243to 1521533 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1720 LM-3211.1 From 1520659to 1521225 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1721 LM-3212.1 From 1520097to 1520672 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1722 LM-3213.1 From 1519736to 1520092 Unknown n SeqID 1723 LM-3214.1 From 1518950to 1519681 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1724 LM-3215.1 From 1518245to 1518847 Unknown, similar n to integral membrane protein ComEA

SeqID 1725 LM-3216.1 From 1517613to 1518173 Unknown, similar n to B.

subtilis ComEB protein SeqID 1726 LM-3217.2 From 1515356to 1517578 Unknown, similar n to putative integral membrane protein ComEC specifically required for DNA uptake but not for binding SeqID 1727 LM-3218.2 From 1418803to 1420095 Unknown, similar n to putative proteases SeqID 1728 LM-3220.1 From 1417735to 1418685 Unknown, similar n to sugar ABC transporter, permease protein SeqID 1729 LM-3221.1 From 1416686to 1417738 Unknown, simar to n permease proteins SeqID 1730 LM-3223.1 From 1415152to 1416693 Unknown, similar n to sugar ABC transporter, ATP-binding protein SeqID 1731 LM-3226.3 From 1413646to 1414719 Unknown, CD4+ T
n cell-stimulating antigen, lipoprotein SeqID 1732 LM-3228.3 From 1412455to 1413294 Unknown, similar n to pyrroline-5-carboxylate reductase SeqID 1733 LM-3231.1 From 1410148to 1412421 Unknown, similar n to DNA

translocase SeqID 1734 LM-3234.2 From 843311to 843724 Unknown, similar n to E. coli PhnB protein SeqID 1735 LM-3235.1 From 842781to 843287 Unknown, similar n to B.

subtilis regulatory protein PaiA

SeqID 1736 LM-3237.1 From 842313to 842765 unknown, simar to n transcription regulators SeqID 1737 LM-3239.1 From 841157to 842086 unknown, similar n to oxidoreductases SeqID 1738 LM-324.1 From 124495to 126363 unknown, similar n to bacteriophage minor tail proteins SeqID 1739 LM-3241.1 From 840200to 841072 unknown, similar n to fructokinases SeqID 1740 LM-3243.3 From 839520to 840062 unknown n SeqID 1741 LM-3244.3 From 838751to 839452 unknown, similar n to carbonic anhydrase SeqID 1742 LM-3246.1 From 837548to 838621 Unknown, similar n to spermidine/putrescine-binding protein SeqID 1743 LM-3248.1 From 836745to 837551 unknown, similar n to spermidine/putrescine ABC

transporter, permease protein SeqID 1744 LM-3249.1 From 835939to 836748 unknown, similar n to spermidine/putrescine ABC

transporter, permease protein SeqID 1745 LM-3250.1 From 834845to 835939 unknown, similar n to spermidine/putrescine ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID to 834829 unknown, similar n to LM-3251.2 From transcription regulator SeqID n° 1747 LM-3252.2 From 1724612 to 1725565 unknown, similar to ABC
transporter and adhesion proteins SeqID 1748 LM-3254.1 From 1725584to 1726993 similar to O-n succinylbenzoic acid-CoA

ligase SeqID 1749 LM-3255.1 From 1727009to 1727827 unknown, similar n to dihydroxynapthoic acid synthetase SeqID 1750 LM-3256.1 From 1727824to 1728651 unknown, similar n to prolyl aminopetidases SeqID 1751 LM-3258.1 From 1728653to 1730395 unknown, similar n to 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase SeqID 1752 LM-326.1 From 124104to 124508 unknown n SeqID 1753 LM-3260.2 From 1730392to 1731780 unknown, similar n to menaquinone-specific isochorismate synthase SeqID 1754 LM-3261.2 From 2308741to 2311464 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1755 LM-3262.1 From 2311461to 2312696 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1756 LM-3263.1 From 2312839to 2313192 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1757 LM-3265.1 From 2313274to 2314407 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1758 LM-3266.1 From 2314511to 2315878 Unknown, similar n to fumarate hydratase SeqID 1759 LM-3267.1 From 2315948to 2316742 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1760 LM-3268.1 From 2316739to 2317644 Unknown, similar n to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 1761 LM-3269.2 From 2317950to 2320094 Unknown, similar n to penicillin-binding protein SeqID 1762 LM-3274.2 From 558526to 560187 Unknown, similar n to putative sulfate transporter SeqID 1763 LM-3275.1 From 558037to 558480 Unknown, similar n to B.

subtilis YybC protein SeqID 1764 LM-3276.1 From 557178to 557930 Unknown, similar n to transcription regulator SeqID 1765 LM-3278.1 From 555660to 556976 Unknown, similar n to 6-phospho-beta-glucosidase SeqID 1766 LM-328.1 From 123760to 124062 Unknwon n SeqlD 1767 LM-3281.1 From 554624to 555628 Unknown, similar n to transcription regulator SeqID 1768 LM-3283.2 From 553078to 554493 Unknown, similar n to multidrug resistance protein SeqID 1769 LM-3284.1 From 514004to 514381 Unknown, putative n secreted protein SeqID 1770 LM-3285.1 From 514681to 515058 Unknown, putative n secreted protein SeqID 1771 LM-3286.1 From 515391to 515750 Unknown, putative n secreted protein SeqID 1772 LM-3288.1 From 516076to 516636 Unknown n SeqID 1773 LM-329.1 From 123200to 123712 antigen A
n SeqID 1774 LM-3290.1 From 516746to 518446 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1775 LM-3292.1 From 518597to 519700 Unknown, similar n to conserved hypothetical proteins, highly similar to B.

subtilis YIoN protein SeqID 1776 LM-3293.1 From 519789to 520268 Unknown n SeqID 1777 LM-3294.2 From 520426to 520791 Unknown n SeqID 1778 LM-3296.2 From 1561538to 1561882 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1779 LM-3298.1 From 1559081to 1561432 Unknown, similar n to single-stranded-DNA-specific exonuclease (RecJ) SeqID 1780 LM-3299.1 From 1558570to 1559091 unknown, similar n to adenine phosphoribosyltransferase SeqID 1781 LM-330.1 From 122798to 123187 antigen B
n SeqID 1782 LM-3301.1 From 1556148to 1558364 unknown, similar n to (p)ppGpp synthetase SeqID 1783 LM-3302.1 From 1555680to 1556132 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1784 LM-3303.2 From 1554360to 1555643 Unknown, similar n to N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase SeqID 1785 LM-3305.2 From 2279524to 2279919 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1786 LM-3306.1 From 2280238to 2281206 Unknown, similar n to oligopeptide ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID to 2282279 Unknown, similar n 1787 to LM-3307.1 From oligopeptide ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID to 2283331 Unknown, similar n 1788 to LM-3309.1 From oligopeptide ABC

transporter (permease) SeqID to 122520 unknown, similar n 1789 to Antigen LM-331.1 From C

SeqID to 2284260 Unknown, similar n 1790 to LM-3310.1 From oligopeptide ABC

transporter (permease) SeqID to 2286215 Unknown, similar n 1791 to LM-3312.2 From pheromone binding protein SeqID n° 1792 LM-3315.1 From 1528098 to 1528727 unknown, simifar to Uridine kinase SeqID n From 1528724to 1529377Unknown, similar to 1793 LM-3316.1 O-methyltransferase SeqID n LM-3319.1From 1529454to 1530524Unknown, similar to unknown proteins SeqID n LM-332.1 From 121664to 122092 unknown, simar to 1795 Antigen D
SeqID n LM-3320.1From 1530727to 1531353Unknown, similar to unknown proteins SeqID n LM-3321.1From 1531398to 1531700Unknown, similar to unknown proteins SeqID n LM-3322.1From 1531716to 1532132U
1798 k n nown, similar to unknown proteins SeqID n LM-3323.1From 1532129to 1532401Unknown SeqID n LM-3326.1From 1532493to 1535132alanyl-tRNA synthetase SeqID n LM-3327.1From 1535439to 1536134Unknown, similar to transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-3329.2From 1536143to 1537648Unknown, similar to transporter SeqID n LM-333.1 From 121112to 121447 Unknwon, similar to putative repressor C1 from lactococcal bacteriophage Tuc2009 SeqID n LM-3330.2From 512291to 513268 Unknown, similar to oxetanocin A resistance protein oxrB
SeqID n LM-3331.1From 511966to 512208 Unknown SeqID n LM-3332.1From 511215to 511562 Unknown SeqID n LM-3333.1From 510163to 511212 Unknown SeqID n LM-3334.1From 509400to 510287 Unknown SeqID n LM-3335.2From 507723to 508733 Unknown SeqID n LM-3336.3From 506368to 506997 Unknown, weakly similar 1810 to site-specific DNA-methyltransferase SeqID n LM-3337.3From 505351to 506223 Unknown SeqID n LM-3338.2From 1487699to 1489579DNA primase SeqID n LM-3339.1From 1489599to 1490039Unknown, similar to unknown proteins SeqID n LM-334.1 From 120654to 121106 Unknwon, similar to 1814 protein gp35 from Bacteriophage SeqID n LM-3340.1 to 1491053Unknown, similar to 1815 From unknown protein SeqID n LM-3341.1 to 1493153Unknown, similar to 1816 From glycyl-tRNA synthetase beta chain SeqID n LM-3342.1 to 1494036Unknown, similar to 1817 From glycyl-tRNA synthetase alpha chain SeqID 1818 LM-3343.1 From 1494317 to 1495084Unknown, similar n to B.

subtilis RecO protein involved in DNA
repair and homologous recombination SeqID 1819 LM-3344.1 From 1495221 to 1495850Unknown n SeqID 1820 LM-3345.1 From 1495899 to 1496804Unknown, similar n to GTP

binding proteins SeqID 1821 LM-3347.1 From 1496801 to 1497196Unknown, similar n to cytidine deaminase SeqID 1822 LM-3348.1 From 1497221 to 1497616Unknown, similar n to diacylglycerol kinase SeqID 1823 LM-3349.1 From 1497594 to 1498079Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1824 LM-335.1 From 119740 to 120435Unknown, weakly n similar to transcription regulators, Fnr/Crp family SeqID 1825 LM-3355.1 From 2012582 to 2013727Unknown, similar n to similar to ribosomal protein S1 like protein SeqID 1826 LM-3356.1 From 2014086 to 2014760Unknown, similar n to cytidylate kinase SeqID 1827 LM-3357.1 From 2014776 to 2015738Unknown, similar n to asparaginase SeqID 1828 LM-3359.1 From 2015819 to 2016538Unknown, similarto n unknown proteins SeqID 1829 LM-336.1 From 119063 to 119770Unknwon n SeqID 1830 LM-3360.1 From 2016858 to 2018261Unknown, similar n to ATP-dependent DNA helicase SeqID 1831 LM-3361.2 From 2018258 to 2019265Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1832 LM-3362.2 From 2019420 to 2019644Unknown, similar n to ferredoxin SeqID 1833 LM-3363.3 From 2019686 to 2020297Unknown, similar n to unknown protein SeqID 1834 LM-3364.2 From 1867802 to 1869460Unknown, similar n to unknown protein SeqID 1835 LM-3371.2 From 1872724 to 1873620Unknown, similar n to protein-tyrosine phosphatase SeqID 1836 LM-3373.2 From 1873764 to 1875116Unknown, similar n to signal recognition particle protein Ffh SeqID 1837 LM-3374.2 From 1875129 to 1875461Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1838 LM-3375.2 From 1358834 to 1359103ribosomal protein n S15 SeqID 1839 LM-3376.1 From 1359352 to 1361523polynucleotide n phosphorylase (PNPase) SeqID 1840 LM-3377.1 From 1361564 to 1362604unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID 1841 LM-3378.2 From 1362765 to 1363244unknown, similar n to B.

subtilis YqzC protein SeqID n° 1842 LM-3379.2 From 1363272 to 1363628 unknown, similar to B
subtilis YqzD protein SeqID n LM-338.1 From 117841to 118956 Unknown, similar 1843 to lipase SeqID n LM-3380.2 From 1918681to 1919505 unknown, similar 1844 to unknown proteins SeqID n LM-3381.1 From 1919525to 1920436 unknown, similar 1845 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-3382.1 From 1920436to 1920900 unknown, highly 1846 similar to signal peptidase II

SeqID n LM-3384.1 From 1920982to 1922265 unknown, similar 1847 to conserved hypotheticai proteins SeqID n LM-3385.1 From 1922439to 1923809 unknown, similar 1848 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-3387.1 From 1923825to 1924757 unknown, similar 1849 to adhesion binding proteins and lipoproteins with multiple specificity for metal cations SeqID n LM-3389.1 From 1924754to 1925596 unknown, similar 1850 to integral membrane proteins, ABC

transporter SeqID n LM-3390.3 From 1925600to 1926322 unknown, similar 1851 to probable ABC transporter, ATP-binding proteins SeqID n LM-3391.3 From 262657to 263262 RNA polymerase sigma-30 factor (sigma-H) SeqID n LM-3392.1 From 262064to 262576 Unknown, similar 1853 to B.

subtilis Yacp protein SeqID n LM-3393.1 From 261306to 262061 Unknown, similar 1854 to conserved hypothetical proteins like to B. subtilis YacO protein SeqID n LM-3394.1 From 260896to 261306 Unknown, highly 1855 similar to B. subtilis YazC protein SeqID n LM-3398.1 From 259477to 260892 cysteinyl-tRNA synthetase SeqID n LM-340.1 From 116972to 117805 Unknwon, similar 1857 to transcriptional regulatory proteins, AraC family SeqID n LM-3400.1 From 258856to 259470 unknown, similar 1858 to serine O-acetyltransferase SeqID n LM-3403.3 From 256983ta 258458 unknown, highly 1859 similar to glutamyl-tRNA synthetase SeqID n LM-3404.3 From 256491to 256964 Unknown, similar 1860 to B.

subtilis YacN protein SeqID n LM-3405.2 From 1862459to 1862893 Unknown, similar 1861 to transcription regulator SeqID n LM-3406.2 From 1862893to 1863480 Unknown, weakly 1862 similar to Nad(P)h Oxidoreductase chain B

SeqID n° 1863 LM-3407.1 From 1863501 to 1864217 Unknown, similar to unknown proteins SeqID n LM-3408.1 From 1864248 to 1864637Unknown SeqID n LM-3409.1 From 1864657 to 1865394Unknown, similar 1865 to E. coli tRNA (guanine-N1) methyltransferase SeqID n LM-3410.1 From 1865394 to 1865912Unknown, similar 1866 to putative 16S rRNA

processing protein RimM

SeqID n LM-3411.1 From 1865922 to 1866308Unknown, similar 1867 to unknown proteins SeqID n LM-3412.1 From 1866336 to 1867070Unknown, similar 1868 to unknown proteins SeqID n LM-3414.2 From 1867427 to 1867699ribosomal protein SeqID n LM-3415.4 From 1723649 to 1724122unknown, some similarity to hypothetical proteins SeqID n LM-3416.3 From 1723356 to 1723598unknown, some similarity to hypothetical proteins SeqID n LM-3417.3 From 1722431 to 1723339unknown, similar 1872 to L-lactate dehydrogenases SeqID n LM-342.1 From 115087 to 116829Unknown, ABC transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-3420.4 From 1716858 to 1717160unknown SeqID n LM-3421.2 From 1748792 to 1749733unknown; similar 1875 to glycerate dehydrogenases SeqID n LM-3422.1 From 1749878 to 1751176glutamate-1-semialdehyde aminotransferase SeqID n LM-3424.1 From 1751283 to 1752371unknown, similar 1877 to hypothetical proteins SeqID n LM-3426.1 From 1752413 to 1752940unknown, similar 1878 to hypothetical proteins SeqID n LM-3427.1 From 1753095 to 1753841unknown, similar 1879 to glucose 1-dehydrogenase SeqID n LM-3428.1 From 1753845 to 1754942unknown, similar 1880 to A/G-specific adenine glycosylase SeqID n LM-3429.1 From 1755143 to 1756123unknown, similar 1881 to hypothetical proteins SeqID n LM-343.1 From 113313 to 115094Unknwon, similar 1882 to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-3430.2 From 1756156 to 1756617unknown, similar 1883 to deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolases SeqlD n LM-3431.2 From 2891269 to 2891652Unknown, hypothetical secreted protein SeqID n LM-3432.2 From 2890779 to 2891171Unknown, hypothetical secreted protein SeqID n LM-3433.1 From 2890274 to 2890666Unknown, hypothetical secreted protein SeqID n LM-3434.1 From 2888994 to 2890277Unknown SeqID n LM-3436.1 From 2888639 to 2889001Unknown SeqID n LM-3439.2 From 2887499to 2888215 GidB protein SeqID n LM-3442.2 From 885440to 886882 unknown, similar 1890 to Glutamine binding and transport protein SeqID n LM-3444.1 From 886875to 887603 unknown, similar 1891 to amino acid ABC transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-3445.2 From 887652to 889502 Unknown, similar 1892 to amidases SeqID n LM-3447.3 From 2068977to 2069648 Unknown, similar 1893 to deoxyribose-phosphate aldolase SeqID n LM-3448.1 From 2069710to 2070657 Unknown, similar 1894 to transcription repressor of dralnupC/pdp operon DeoR
SeqID n LM-3449.1 From 2070754to 2071170 Unknown, similar 1895 to PTS

mannose-specific enzyme IIA component SeqID n LM-345.1 From 112386to 113288 Unknown, similar 1896 to transcription regulator SeqID n LM-3450.1 From 2071187to 2072182 Unknown, similar 1897 to opine catabolism protein SeqID n LM-3451.1 From 2072205to 2073269 Unknown, weakly 1898 similar to glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase SeqID n LM-3452.1 From 2073282to 2074103 Unknown, similar 1899 to mannose-specific enzyme IID component SeqID n LM-3453.1 From 2074084to 2074902 Unknown, similar 1900 to PTS

mannose-specific enzyme IIC component SeqID n LM-3455.1 From 2074925to 2075392 Unknown, similar 1901 to PTS

mannose-specific enzyme IIB component SeqID n LM-3456.2 From 2075412to 2076113 Unknown, similar 1902 to transcription regulator GntR family SeqID n LM-3458.2 From 2076115to 2076846 Unknown, similar 1903 to transcription regulator GntR family SeqID n LM-3459.2 From 607372to 608199 Unknown, similar 1904 histidinol phosphate phosphatase SeqID n LM-3460.1 From 608184to 608480 Unknown, similar 1905 to methyltransferase SeqfD n LM-3461.1 From 608557to 609588 Unknown SeqID n LM-3462.2 From 609629to 610924 Unknown, consenred hypothetical protein SeqID n LM-3463.2 From 1776257to 1776829 unknown SeqID n LM-3465.1 From 1774991to 1775983 unknown, similar 1909 to cell-shape determining proteins SeqID n LM-3466.1 From 1773514 to 1774773unknown, similar 1910 to muftidrug resistance protein, integral membrane protein SeqID n LM-3468.3 From 1772178 to 1773410unknown, highly similar 1911 to aminopeptidases SeqID n LM-3469.2 From 833117 to 833587Unknown SeqID n LM-3473.1 From 831025 to 833073Unknown, similar 1913 to putative Na+/H+ antiporter SeqID n LM-3475.1 From 830259 to 830897U
1914 k n nown, weakly similar to GTP-pyrophosphokinase SeqID n LM-3479.2 From 827666 to 828016Unknown, similar 1915 to B.

subtilis YqkB protein SeqID n LM-3480.3 From 826752 to 827513 Unknown SeqID n LM-3481.2 From 2011128 to 2012438Unknown, similar 1917 to unknown protein SeqID n LM-3482.1 From 2010089 to 2011105Unknown, similar 1918 to NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase SeqID n LM-3483.2 From 2009006 to 2009986Unknown, similar 1919 to protein-tyrosine/serine phosphatase SeqID n LM-3484.1 From 2008319 to 2008594Unknown, similar 1920 to non-specific DNA-binding protein HU
SeqID n LM-3485.1 From 2007515 to 2008084Unknown, similar 1921 to GTP

cyclohydrolase I
SeqID n LM-3486.1 From 2006689 to 2007456Unknown, similar 1922 to heptaprenyl diphosphate synthase component SeqID n LM-3487.1 From 2005953 to 2006666I

k n nown, similar to heptaprenyl-1,4-naphthoquinone methyltransferase SeqID n LM-3488.1 From 2004977 to 2005942Unknown, similar 1924 to heptaprenyl diphosphate synthase component II

(menaquinone biosynthesis) SeqID n LM-3489.2 From 2004515 to 2004958Unknown, similar 1925 to nucleoside diphosphate kinase SeqID n LM-349.1 From 110013 to 112283Unknown, highly similar 1926 to chitinase B
SeqID n LM-3490.2 From 1029208 to 1029819unknown, similar 1927 to hypothetical protein SeqID n LM-3491.1 From 1029965 to 1030756unknown SeqID n LM-3493.3 From 1030757 to 1032229unknown, similar 1929 to PHYTOENE

DEHYDROGENASE{EC

1.3.-.-} (PHYTOENE

DESATURASE) SeqID 1930 LM-3494.3 From 1032333 to 1032617unknown, similar n to B.

subtifis protein YkvS

SeqID 1931 LM-3495.3 From 1032924 to 1033190PHOSPHOCARRIER
n PROTEIN HPR

(HISTIDINE-CONTAINING

PROTEIN).

SeqID 1932 LM-3497.4 From 1033190 to 1034908phosphotransferase n system enzyme I

SeqID 1933 LM-3498.1 From 1035021 to 1036055unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 1934 LM-35.1 From 2735279 to 2735953Unknown, similar n to ribulose-5-phosphate epimerase SeqID 1935 LM-3500.1 From 1036068 to 1036928unknown, similar n to 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (B.
subtilis YkwC protein) SeqID 1936 LM-3501.2 From 1036971 to 1038116unknown, similar n to aminotransferases (to B.

subtilis PatA protein) SeqID 1937 LM-3504.2 From 641208 to 642308UNknown, similar n to cell surface protein SeqID 1938 LM-3505.1 From 642414 to 642914Unknown, weakiy n similar to transcription regulator SeqID 1939 LM-3506.1 From 642962 to 643348Unknown n SeqID 1940 LM-3507.1 From 643400 to 643744Unknown, similar n to B.

subtilis YvIA protein SeqID 1941 LM-3508.2 From 643891 to 645231Unknown, conserved n hypothetical membrane protein SeqID 1942 LM-351.2 From 109349 to 109720Unknwon n SeqID 1943 LM-3510.2 From 2145652 to 2146044Unknown n SeqID 1944 LM-3511.1 From 2146089 to 2146298Unknown n SeqID 1945 LM-3512.1 From 2946449 to 2147426Unknown, similar n to conjugated bile acid hydrolase SeqID 1946 LM-3514.2 From 2147684 to 2149312class I heat-shock n protein (chaperonin) GroEL

SeqID 1947 LM-3517.2 From 1888615 to 1890273Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 1948 LM-3518.1 From 1887913 to 1888575Unknown, similar n to phosphoglycerate dehydrogenase SeqID 1949 LM-3519.1 From 1886887 to 1887777Unknown, similar n to L-serine dehydratase SeqlD 1950 LM-352.2 From 108624 to 109256Unknwon, similar n to NADH

oxidase SeqID 1951 LM-3520.2 From 1884846 to 1886894Unknown, similar n to ATP-dependent DNA helicase recta SeqID n° 1952 LM-3523.1 From 2143109 to 2144734 Unknown, similar to copper export proteins SeqID to 2143097Unknown, similar n to LM-3524.1 From unknown protein SeqID 1954 LM-3525.1 From 2141820to 2142461Unknown, simifar n to unknown protein SeqID 1955 LM-3527.1 From 2141071to 2141814Unknown, similar n to potassium channel subunit SeqID 1956 LM-3528.2 From 2140046to 2140963Unknown, similar n to heure O oxygenase SeqID 1957 LM-353.1 From 108320to 108610 Unknwon n SeqID 1958 LM-3533.1 From 1053426to 1054277unknown n SeqID 1959 LM-3534.1 From 1054319to 1055284unknown, similar n to B.

subtilis LytR protein SeqID 1960 LM-3535.1 From 1055393to 1057060unknown, similar n to conserved hypothetical proteins (in particufar B.

subtilis YkqC) SeqID 1961 LM-3537.1 From 1057761to 1058531unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID 1962 LM-3538.3 From 1058580to 1059608unknown, similar n to transcriptional regulator, Lacl family SeqID 1963 LM-3539.1 From 2286839to 2287183Unknown n SeqID 1964 LM-354.1 From 107915to 108208 Unknwon, similar n to transcription regulator SeqID 1965 LM-3541.1 From 2287518to 2288513tryptophanyl-tRNA
n synthetase SeqID 1966 LM-3543.1 From 2288571to 2288987Unknown, similar n to unknown protein SeqID 1967 LM-3544.1 From 2288971to 2289423Unknown, similar n to transcription regulator SeqID 1968 LM-3547.1 From 2289545to 2290786Unknown, similar n to 3-oxoacyl-acyl-carrier protein synthase SeqID 1969 LM-3549.2 From 2290989to 2291927Unknown, similar n to 3-oxoacyl- acyl-carrier protein synthase SeqID 1970 LM-355.1 From 107499to 107849 Unknwon n SeqID 1971 LM-3551.1 From 1242100to 1244508phenylalanyl-tRNA
n synthetase beta subunit SeqID 1972 LM-3553.2 From 1241048to 1242100phenylalany-tRNA
n synthetase beta subunit SeqID 1973 LM-3555.2 From 2305632to 2305994Unknown, similar n to unknown protein SeqID 1974 LM-3556.1 From 2305180to 2305602Unknown, similar n to histidine triad (HIT}
protein SeqlD n° 1975 LM-3557.1 From 2304267 to 2305019 Unknown, sïmilar to ABC
transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-3558.1 From 2303060to 2304283 Unknown, similar 1976 fo ABC

transporter (membrane protein) SeqID n LM-3559.1 From 2302518to 2303021 Unknown, similar 1977 to unknown protein SeqID n LM-356.1 From 106988to 107377 unknown SeqID n LM-3560.1 From 2301260to 2302321 Unknown, similar 1979 to uroporphyrinogen III

decarboxylase SeqID n LM-3561.1 From 2300334to 2301263 Unknown, similar 1980 to ferrochelatase SeqID n LM-3562.2 From 2299833to 2300177 Unknown SeqID n LM-3563.2 From 1548034to 1548456 Unknown, similar 1982 to unknown protein SeqID n LM-3565.2 From 1548701to 1549906 Unknown, similar 1983 to ammonium transporter N rgA

SeqID n LM-3566.1 From 1549920to 1550285 Unknown, similar 1984 to nitrogen regulatory PII

protein SeqID n LM-3567.1 From 1550435to 1550815 Unknown SeqID n LM-3569.1 From 1550854to 1552629 aspartyl-tRNA synthetase SeqID n LM-357.1 From 105951to 106862 Unknown, similar 1987 to PTS

system mannose-specific, factor IID

SeqID n LM-3570.2 From 1552632to 1553909 histidyl-tRNA synthetase SeqID n LM-3571.4 From 1713234to 1715099 unknown, similar 1989 to asparagine synthetase SeqID n LM-3572.1 From 1712634to 1713209 unknown, similar 1990 to conserved hypothetical protein SeqID n LM-3573.2 From 1711672to 1712637 unknown, similar 1991 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-3574.3 From 896003to 897028 unknown, similar 1992 to transcription regulator lacl family SeqID n LM-3576.1 From 895278to 895991 unknown, similar 1993 to carboxylesterase SeqID n LM-3577.1 From 893838to 895211 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate-D-alanyl-D-alanyl ligase ~

SeqID n LM-3578.1 From to 893774 D-alanine--D-alanine 1995 892662 ligase SeqID n LM-3579.1 From 892192to 892512 Unknown, similar 1996 to E. coli SugE protein (transmembrane chaperone) SeqID 1997 LM-358.1 From 105123to 105929 Unknown, similar n to PTS

system mannose-specific, factor IIC

SeqID 1998 LM-3581.1 From 891848to 892189 Unknown, similar n to E. coli SugE protein (transmembrane chaperone) SeqID 1999 LM-3582.1 From 891277to 891831 Unknown, similar n to transcription regulator TetR/AcrR family SeqID 2000 LM-3583.3 From 890439to 891197 Unknown n SeqID 2001 LM-3585.2 From 1926935to 1928425 unknown, similar n to carboxy-terminal processing proteinase SeqID 2002 LM-3588.1 From 1928798to 1931011 unknown, similar n to heavy metal-transporting ATPases SeqID 2003 LM-3589.1 From 1931026to 1931319 unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID 2004 LM-359.1 From 104134to 105099 Unknown, similar n to PTS

system mannose-specific, factor IIAB

SeqID 2005 LM-3590.2 From 1931442to 1932266 unknown, similar n to similar to D-alanyl-D-alanine carboxypeptidases SeqID 2006 LM-3591.3 From 1932324to 1933025 purine nucleoside n phosphorylase SeqID 2007 LM-3592.2 From 2487261to 2488337 Unknown n SeqID 2008 LM-3593.1 From 2488379fo 2489209 Unknown, conserved n lipoprotein SeqID 2009 LM-3596.1 From 2489274to 2489948 Unknown, similar n to ABC

transporter, permease protein SeqID 2010 LM-3597.1 From 2489945to 2490967 Unknown, similar n to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 2011 LM-3599.1 From 2491552to 2492694 Unknown, similar n to two-component sensor histidine kinase SeqID 2012 LM-36.1 From 2735962to 2736402 Unknwon, similar n to ribose 5-phosphate epimerase SeqID 2013 LM-360.1 From 103204to 103836 unknown n SeqID 2014 LM-3600.1 From 2492684to 2493379 Unknown, similar n to two-component response regulator SeqID 2015 LM-3601.3 From 2493454to 2494329 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2016 LM-3602.2 From 1435635to 1437866 pyruvate formate-lyase n SeqID 2017 LM-3603.1 From 1437943to 1438689 pyruvate-formate n lyase activating enzyme SeqID 2018 LM-3604.1 From 1438724to 1439254 Unknown, similar n to unknown proteins SeqID 2019 LM-3605.2 From 1439421to 1440614 Unknown, similar n to multidrug-efflux transporter SeqID 2020 LM-3608.2 From 1104863to 1105864 unknown, similar n to TEICHOIC ACID

TRANSLOCATION ATP-BINDING PROTEIN TAGH

(ABC transporter) SeqID 2021 LM-361.1 From 102468to 103028 unknown n SeqID 2022 LM-3612.1 From 1107975to 1109663 unknown, similar n to TEICHOIC ACID

BIOSYNTHESIS PROTEIN

B PRECURSOR

SeqID 2023 LM-3613.1 From 1109705to 1110577 unknown, similar n to putative UDP-glucose pyrophosphorylases SeqID 2024 LM-3614.3 From 1110769to 1113627 unknown, similar n to B.

subtilis YfhO protein SeqID 2025 LM-3615.2 From 1277312to 1278025 Unknown, similar n to transcription regulator GntR family SeqID 2026 LM-3616.1 From 1278056to 1279702 Unknown, similar n to alpha,alpha-phosphotrehalase SeqID 2027 LM-3617.3 From 1279721to 1281205 Unknown, similar n to PTS

system trehalose specific enzyme IIBC

SeqID 2028 LM-3618.3 From 1434661to 1435209 Unknown, similar n to putative anti-terminator regulatory protein SeqID 2029 LM-362.1 From 102155to 102478 Unknwon, similar n to ATP

synthase epsilon chain SeqiD 2030 LM-3620.2 From 1432839to 1434644 DNA mismatch repair n protein SeqID 2031 LM-3623.1 From 1430237to 1432819 DNA mismatch repair n (recognition) SeqID 2032 LM-3624.2 From 1429765to 1430127 Unknown, similar n to B.

subtilis YmcA protein SeqID 2033 LM-3625.2 From 758656to 759396 Unknown, similar n to riboflavin kinase / FAD

synthase SeqID 2034 LM-3626.2 From 756738to 758543 Unknown, similar n to L-glutamine-D-fructose-6-phosphate amidotransferase SeqID 2035 LM-3627.2 From 598020to 598925 ~ Unknown, putative n membrane protein SeqID 2036 LM-3628.2 From 598968to 600344 Unknown, similar n to NADP-specific glutamate dehydrogenase SeqID n LM-363.1 From 100772 to 102142Unknown, similar to synthase beta chairs SeqID n LM-3630.4 From 134782 to 136290Unkown, similar to 2038 inosine monophosphate dehydrogenase SeqID n LM-3631.2 From 133961 to 134710Unknwon, conserved hypothetical protein SeqID n LM-3632.2 From 2292047 to 2293174Unknown, similar to acetylmuramoyl-L-alanine amidase and to internalin B

SeqID n LM-3633.1 From 2293775 to 2294464Unknown, similar to phosphoglyceromutase SeqID n LM-3635.2 From 2294555 to 2297155Unknown, similar to endopeptidase Clp ATP-binding chairs B (CIpB) SeqID n LM-3636.2 From 1281321 to 1281773unknown SeqID n LM-3637.1 From 1281820 to 1282284unknown SeqID n LM-3638.1 From 1282473 to 1283393unknown SeqID n LM-3639.1 From 1283413 to 1284660gamma-glutamyl phosphate reductase SeqID n LM-364.1 From 99902 to 100771 unknwon, similar to synthase gamma chairs SeqID n LM-3640.1 From 1284644 to 1285474gamma-glutamyl kinase SeqID n LM-3643.3 From 1285610 to 1286749unknown SeqID n LM-3644.4 From 1286830 to 1287225unknown, similar to transcriptional regulator (phage-related) SeqID n LM-3645.2 From 1765915 to 1767294unknown, similar to 2051 similar to RNA methyltransferases SeqID n LM-3647.1 From 1765499 to 1765900unknown, similar to glutathione transferase -fosfomycin resistance protein SeqID n LM-3648.1 From 1765117 to 1765470unknown SeqID n LM-3649.1 From 1763941 to 1764843unknown, some similarities to methyl-accepting chemotaxis proteins SeqID n LM-3650.1 From 1763209 to 1763751unknown, similar to ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase SeqID n LM-3652.2 From 1762200 to 1763165unknown, similar to putative transmembrane proteins SeqID n LM-3656.2 From 2840286 to 2841896Unknown, similar to transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-3657.2 From 2839698 to 2840228Unknown, similar to unknown protein SeqID n LM-3658.1 From 1595227 to 1597149threonyl-tRNA synthetase SeqID n LM-3659.1 From 1597499 to 1598422primosome component (helicase loader) Dnal SeqID 2061 LM-366.1 From 98409 to 99905 Unknwon, similar n to ATP

synthase alpha chain SeqID 2062 LM-3660.2 From 1598432 to 1599808chromosome replication n initiation l membrane attachment protein DnaB

SeqID 2063 LM-3662.3 From 2708276 to 2709358Unknown, conserved n hypothetical lipoprotein SeqID 2064 LM-3663.2 From 2707235 to 2708194Unknown, weakly n similar to E. coli MenA protein SeqID 2065 LM-3664.1 From 2706415 to 2707215Unknown, similar n to B.

subtilis YbaF protein SeqID 2066 LM-3666.1 From 2705746 to 2706054ribosomal protein n S10 SeqID 2067 LM-3667.1 From 2705082 to 2705711ribosomal protein n L3 SeqID 2068 LM-3668.1 From 2704433 to 2705056ribosomal protein n L4 SeqID 2069 LM-3669.1 From 2704149 to 2704433ribosomal protein n L23 SeqID 2070 LM-367.1 From 97381 to 98412 Unknwon, weakly n similar to ATP synthase delta chain SeqID 2071 LM-3671.2 From 2703275 to 2704108ribosomal protein n L2 SeqID 2072 LM-3673.2 From 2033587 to 2034528Unknown, similar n to ferrichrome binding protein SeqID 2073 LM-3674.1 From 2032460 to 2033485Unknown, similar n to ferrichrome ABC

transporter (permease) SeqID 2074 LM-3676.2 From 2031438 to 2032460Unknown, similar n to ferrichrome ABC

transporter (permease) SeqID 2075 LM-3677.2 From 1756864 to 1757673unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 2076 LM-3678.1 From 1757771 to 1758673unknown, similar n to CDP-abequose synthase SeqID 2077 LM-3679.2 From 1758694 to 1761291unknown, similar n to putative membrane proteins SeqID 2078 LM-368.1 From 97127 to 97369 Unknwon, similar n to ATP

synthase C chain SeqID 2079 LM-3680.2 From 1761318 to 1761992unknown, similar n to unknown proteins SeqID 2080 LM-3681.2 From 1708312 to 1708518unknown n SeqID 2081 LM-3684.3 From 1708857 to 1711268leucyl-tRNA synthetase n SeqID 2082 LM-3692.1 From 2161161 to 2162054Unknown n SeqID 2083 LM-3693.1 From 2160538 to 2161164unknown n SeqID 2084 LM-3694.1 From 2160043 to 2160432Unknown, similar n to unknown proetin SeqID 2085 LM-3695.2 From 980177 to 981307Unknown, similar n to B.

subtilis ComEC protein SeqID 2086 LM-3696.1 From 981743 to 982960unknown, hypothetical n transport protein SeqID 2087 LM-3697.2 From 982957 to 983646unknown, similar n to transcription regulator SeqID 2088 LM-3698.2 From 983768 to 984814unknown, conserved n hypothetical membrane protein SeqID n° 2089 LM-3699.2 From 2658024 to 2658851 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID 2090 LM-370.1 From 94764 to 97070 unknwon n SeqiD 2091 LM-3701.3 From 1936764 to 1937603unknown, simifar n to hypothetical proteins SeqID 2092 LM-3703.3 From 1935964 to 1936749unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 2093 LM-3704.3 From 1935334 to 1935948unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 2094 LM-3705.1 From 1934765 to 1935298unknown, similar n to peptidyl methionine sulfoxide reductases SeqID 2095 LM-3706.1 From 1934321 to 1934758unknown, similar n to transcriptional regulator (PiIB family) SeqID 2096 LM-3707.3 From 1933333 to 1934238unknown, similar n to dehydogenases and hypothetical proteins SeqlD 2097 LM-3708.2 From 822611 to 823531Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2098 LM-3709.1 From 821886 to 822527Unknown, similar n to B.

subtilis YwnB protein SeqID 2099 LM-3710.1 From 821070 to 821771Unknown, similar n to conserved hypothetical protein SeqID 2100 LM-3711.3 From 820145 to 821035Unknown, similar n to conserved hypothetical protein SeqID 2101 LM-3712.2 From 1767359 to 1767739unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID 2102 LM-3713.1 From 1767846 to 1768490unknown, similar n to deoxyguanosine kinase/deoxyadenosine kinase(I) subunit SeqID 2103 LM-3714.1 From 1768520 to 1769389unknown, similar n to transport proteins SeqID 2104 LM-3715.1 From 1769720 to 1770526unknown, similar n to aminoglycoside acetyltransferases SeqID 2105 LM-3716.2 From 1770648 to 1771406unknown, similar n to methionine aminopeptidases SeqID 2106 LM-3717.2 From 1818007 to 1818516Unknown n SeqID 2107 LM-3718.1 From 1817112 to 1817879Unknown, similar n to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 2108 LM-3719.3 From 1815143 to 1817122Unknown, similar n to ABC

transporter (permease) SeqID 2109 LM-3720.2 From 1293088 to 1293654unknown, similar n to type-I

signal peptidase SeqID n LM-3722.1From 1291710to 1292969ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit CIpX

SeqID n LM-3724.1From 1290241to 1291524trigger factor (prolyl isomerase) SeqID n LM-3725.2From 1289188to 1290126unknown SeqID n LM-3726.3From 1703330to 1703824unknown, putative cellsurface protein SeqID n LM-3727.1From 1704618to 1705181unknown, similar 2114 to unknown proteins SeqID n LM-3728.1From 1705199to 1705630unknown SeqID n LM-373.1 From 88888 to 94767 Unknown SeqID n LM-3732.2From 1706204to 1707088similar to translation elongation factor SeqID n LM-3733.3From 1707168to 170791730S ribosomal protein SeqID n LM-3735.3From 1645412to 1645936Unknown, similar 2119 to general stress protein SeqID n LM-3736.3From 1644106to 16451913-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase SeqID n LM-3737.1From 1642865to 1643872catabolite control 2121 protein A

SeqID n LM-3739.2From 1641284to 1642543tyrosyl-tRNA synthetase SeqID n LM-374.1 From 88121 to 88810 unknwon SeqID n LM-3746.2From 1428442to 1428939Unknown, similarto acetyltransferase SeqID n LM-3747.1From 1426766to 1428328Unknown, similar 2125 to unknown protein SeqID n LM-3749.2From 1425419to 1426465Recombination protein recA

SeqID n LM-375.1 From 86747 to 87730 Unknwon, similar 2127 to oxidoreductases SeqiD n LM-3750.2From 356890to 357705 Unknown, similar 2128 to transposase SeqID n LM-3754.2From 360172to 360507 Unknown SeqID n LM-3756.2From 1407859to 1408818Unknown, similar 2130 to unknown protein SeqID n LM-3757.2From 1406742to 1407818Unknown, similar 2131 to unknown protein SeqID n LM-3758.2From 824936to 826396 Unknown, similar 2132 to lysine-specific permease SeqID n LM-3759.2From 824423to 824884 Unknown SeqID n LM-376.1 From 86323 to 86691 Unknown, similar 2134 to transcription regulator (merR family) SeqID n LM-3763.1From 1659457to 1660926Unknown, similar 2135 to multidrug-efflux transporter SeqID n LM-3764.1From 1660923to 1661363Unknown, similar 2136 to transcription regulator Marli family SeqID n LM-3766.3From 1661588to 1662457D-Amino Acid Aminotransferase SeqID n LM-3767.2From 2212384to 2212620unknown SeqID 2139 LM-3768.2 From 2213218fo 2215041 Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2140 LM-3769.2 From 2306177to 2306716 Unknown n SeqID 2141 LM-377.1 From 85902 to 86228 Unknwon n SeqlD 2142 LM-3770.2 From 2306833to 2307714 Unknown, similar n to post-translocation molecular chaperone SeqID 2143 LM-3772.2 From 2307755to 2308696 Unknown, similar n to S.

aureus Cbf1 protein SeqID 2144 LM-3774.3 From 991810to 992865 unknown, similar n to UNDECAPRENYL-PHOSPHATE N-ACETYLGLUCOSAMINYL

TRANSFERASE

SeqID 2145 LM-3775.1 From 990968to 991690 unknown, similar n to transcription regulator (GntR family) SeqID 2146 LM-3776.2 From 990248to 990952 GLUCOSAMINE-6-n PHOSPHATE

ISOMERASE (EC 5.3.1.10) (GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE

DEAMINASE} (GNPDA) (GLCN6P DEAMINASE).

SeqID 2147 LM-3778.2 From 1861907to 1862251 ribosomal protein n L19 SeqID 2148 LM-3779.3 From 1860200to 1861090 internalin C
n SeqID 2149 LM-378.1 From 85025 to 85627 Unknwon n SeqID 2150 LM-3783.2 From 989099to 990232 N-n ACETYLGLUCOSAMINE-DEACETYLASE (EC

3.5.1.25) (GLCNAC 6-P

DEACETYLASE).

SeqID 2151 LM-3785.2 From 988065to 988910 unknown n SeqID 2152 LM-379.1 From 84451 to 84849 Unknwon n SeqID 2153 LM-3790.3 From 1420076to 1421362 Unknown, similar n to putative protease SeqID 2154 LM-3791.2 From 1778415to 1779482 unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 2155 LM-3792.1 From 1777763to 1778338 unknown, similar n to putative transcription regulators SeqID 2156 LM-3793.2 From 1776910to 1777578 unknown, similar n to hypothetical proteins SeqID 2157 LM-3795.3 From 1421454to 1422185 Unknown, similar n to 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase SeqID to 1423165 Unknown, similar n to LM-3797.2 From unknown protein SeqID to 1423833 Unknown, similar n to LM-3798.1 From phosphatidylglycerophosph ate synthase SeqID to 84437 Unknwon n LM-380.1 From SeqID 2161 LM-3800.3 From 1423902 to 1425146Unknown, similar n to competence-damage inducible protein CinA

SeqID 2162 LM-3801.3 From 984823 to 985722unknown n SeqID 2163 LM-3802.4 From 985743 to 986564unknown n SeqID 2164 LM-3806.3 From 1578625 to 1579425unknown, highly n similar to cell division inhibitor (septum placement) protein MinD

SeqID 2165 LM-3807.3 From 1577212 to 1578573Unknown, similar n to ribonuclease G

SeqID 2166 LM-3808.2 From 2298927 to 2299712Unknown n SeqID 2167 LM-3809.2 From 2298093 to 2298863Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2168 LM-3810.3 From 333534 to 335195Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2169 LM-3811.3 From 335350 to 336426Unknown n SeqID 2170 LM-3812.3 From 1662570 to 1663982Unknown, similar n to Xaa-His dipeptidase SeqID 2171 LM-3818.1 From 2211280 to 2212245Unknown, similar n to transcription regulator, Lacl family SeqID 2172 LM-3819.1 From 2210609 to 2211244Unknown n SeqID 2173 LM-382.1 From 81661 to 82617 Unknown, similar n to phosphoglycerate dehydrogenase SeqID 2174 LM-3821.1 From 2159697 to 2160053Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2175 LM-3822.1 From 2149348 to 2149632class I heat-shock n protein (chaperonin) GroES

SeqID 2176 LM-3823.3 From 2943120 to 2943479ribonuclease P protein n component SeqID 2177 LM-3825.4 From 2943871 to 2944341hypothetical protein n SeqID 2178 LM-3826.1 From 1240358 to 1240681unknown, similar n to unknown protein SeqID 2179 LM-383.1 From 80892 to 81530 Unknwon, conserved n hypothetical protein SeqID 2180 LM-3845.2 From 979762 to 980064unknown, similar n to B.

subtilis YneR protein SeqID 2181 LM-3846.1 From 979059 to 979529non-heure iron-binding n ferritin SeqID 2182 LM-3847.1 From 940316 to 940696unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2183 LM-3848.1 From 1357753 to 1358697unknown, highly n similar to riboflavin kinase and FAD

synthase SeqID 2184 LM-385.1 From 79817 to 80869 Unknwon, similar n to E. coli Ada protein (06-methylguanine-DNA

methyltransferase) SeqID Unknown, similar n to LM-3851.1 From to aminopeptidase P

SeqID n° 2186 LM-3853.2 From 501693 to 501959 Unknown, weakly similar fo transposase SeqID 2187 LM-3856.2 From 1953836to 1954237unknown, similar n to similar to RNase HI

SeqID 2188 LM-3857.1 From 1963240to 1963605unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqID 2189 LM-3858.2 From 2030744to 2031196Unknown, similar n to transcriptional regulator (Fur fiamily) SeqID 2190 LM-386.1 From 79047 to 79820 Unknwon, similar n to carboxyphosphonoenolpyr uvate phosphonomutase SeqID 2191 LM-3863.2 From 2494891to 2495268Unknown, similar n to glycine cleavage system protein H

SeqID 2192 LM-3865.2 From 200094to 200402Unknwon, similar n to B.

subtilis SpoVG protein SeqID 2193 LM-3867.1 From 1890288to 1890653Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2194 LM-3868.2 From 1428945to 1429748Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2195 LM-3869.2 From 1440748to 1441296Unknown n SeqID 2196 LM-387.1 From 78362 to 78811 Unknown n SeqID 2197 LM-3871.1 From 2100845to 2101366Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2198 LM-3872.1 From 2100224to 2100751Unknown, similar n to cell-division initiation protein (septum placement) SeqID 2199 LM-3873.1 From 2891649to 2892032Unknown, hypothetical n secreted protein SeqID 2200 LM-3876.1 From 520961to 521536Unknown n SeqID 2201 LM-3878.2 From 640625to 641215Unknown n SeqID 2202 LM-3879.2 From 640300to 640632Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2203 LM-388.1 From 78090 to 78374 unknown n SeqID 2204 LM-3883.1 From 1664057to 1664470Unknown, weakly similar n to E. coli MutT protein (dGTP

pyrophosphohydrolase SeqID 2205 LM-3886.1 From 1702695to 1703315unknown, putative n cellsurtace protein SeqID 2206 LM-3887.1 From 1038336to 1038557unknown n SeqID 2207 LM-3889.1 From 2524168to 2524911Unknown, similar n to carboxylesterase SeqID 2208 LM-389.1 From 77149 to 77406 unknown n SeqID 2209 LM-3890.1 From 2523835to 2524068Unknown n SeqID 2210 LM-3891.1 From 1724196to 1724462unknown, similar n to conserved hypothetical proteins SeqiD 2211 LM-3893.1 From 611240to 612634Unknown, similar n to beta-glucosidase SeqID 2212 LM-3896.1 From 1546608to 1547885Unknown, similar n to unknown protein SeqID n LM-3897.3From 1514257to 1515288Unknown, similar 2213 to unknown protein SeqID n LM-3898.1From 1594535to 1595119Unknown, similar 2214 to hypothetical GTP
binding protein ~

SeqID n LM-39.1 From 2736597to 2737628Unknown, similar 2215 to polyol dehydrogenase SeqID n LM-390.3From 76262 to 76984 unknown SeqID n LM-3902.4From 1715236to 1716435Unknown, similar 2217 to S-methionine adenosyltransferase SeqID n LM-3904.3From 819389 to 820039 Unknown SeqID n LM-3905.2From 502899 to 504629 Unknown SeqID n LM-3907.1From 1234779to 1235330unknown SeqID n LM-3908.1From 1234465to 1234776unknown, similar 2221 to unknown protein SeqID n LM-3910.2From 1409070to 1409996Unknown, similar 2222 to unknown protein SeqID n LM-3912.1From 2709522to 2710421Unknown, conserved lipoprotein SeqID n LM-3914.1From 2297304to 2297981Unknown, similar 2224 to unknown protein SeqID n LM-3915.1From 2145127to 2145513Unknown, similar 2225 to large conductance mechanosensitive channel protein SeqID n LM-392.3From 75832 to 76125 unknown SeqID n LM-3922.2From 987735 to 988049 Unknown SeqID n LM-3924.2From 986722 to 987180 Unknown SeqID n LM-3929.1From 833615 to 834076 unknown SeqID n LM-393.3From 75342 to 75665 Unknwon SeqID n LM-3934.1From 356567 to 356872 Unknown, similar 2231 to transposase SeqID n LM-3942.3From 2633930to 2634850Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-3943.4From 1576107to 1576397ribosomal protein SeqID n LM-3944.4From 1576411to 1576728Unknown, similar 2234 to unknown protein SeqID n LM-3947.1From 1599814to 1600278Unknown, similar 2235 to unknown protein SeqID n LM-3949.2From 1638420to 1638908Unknown, similar 2236 to unknown protein SeqID n LM-395.2From 74239 to 75228 Unknown, similar 2237 to dinitrogenase reductase ADP-ribosylation system SeqID n LM-3950.2From 1639120to 1639722ribosomal protein SeqID n LM-3951.1From 1640225to 1641004Unknown SeqID n LM-3953.1From 502424 to 502660 Hypothetical orf SeqID n LM-3954.2From 504674 to 504997 Unknown SeqID n° 2242 LM-3955.1 From 1307763 to 1308170 unknown, conserved hypothetical protein, simüar to B. subtilis YneT protein SeqID n LM-3957.1 From 2360908 to 2361141Unknown SeqiD n LM-3958.1 From 2360435 to 2360713Unknown, simar to competence transcription factor ComK, N terminal part SeqID n LM-3959.2 From 2359948 to 2360184Unknown SeqID n LM-396.2 From 1859272 to 1859787translation initiation 2246 factor SeqID n LM-3961.1 From 2494522 to 2494806Unknown, similar 2247 to thioredoxin SeqID n LM-3966.4 From 1739674 to 1740849unknown, similar 2248 to transmembrane transport proteins SeqID n LM-397.3 From 1858651 to 1859010ribosomal protein SeqID n LM-3970.1 From 1933037 to 1933270unknown, similar 2250 to hypoyhetical protein SeqID n LM-3972.2 From 818789 to 819265Unknown, similar 2251 to transcription regulator (EbsC from Enterococcus faecalis) SeqID n LM-3973.2 From 1136900 to 1137400Unknown, similar 2252 to lipoprotein signal peptidase SeqID n LM-3976.4 From 267530 to 267916Unknown, similar 2253 to repressor (penicilinase repressor) SeqID n LM-3978.3 From 267010 to 267372ribosomal protein SeqID n LM-3979.3 From 266431 to 266931ribosomal protein SeqID n LM-398.1 From 1857856 to 1858611Unknown, similar 2256 to 3 -exo-deoxyribonuclease exoA

SeqID n LM-3981.1 From 2361897 to 2362274protein gp30 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-3982.1 From 2362306 to 2362656protein gp29 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-3984.1 From 270372 to 270977Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-399.1 From 1857242 to 1857772Unknown SeqID n LM-3990.1 From 222983 to 223261Unknwon, highly 2261 similar to B. subtilis YabO
protein SeqID n LM-3993.1 From 200522 fo 200830Unknown, similar 2262 to B.

subtilis SpoVG protein SeqID n LM-3995.1 From 143016 to 143258unknown SeqID n LM-3998.1 From 823638 to 824168Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-3999.3 From 810985 to 811620Unknown, similar 2265 to acyl-carrier protein phosphodiesterase and to NAD(P)H dehydrogenase SeqID n LM-4.1 From 2713398 to 2713940Unknown SeqID n° 2267 LM-40.1 From 2737630 to 2738682 Unknown, similar to sorbitol dehydrogenase SeqID 2268 LM-4003.2From 1513917to 1514171ribosomal protein n S20 SeqID 2269 LM-401.1From 1855952to 1857184Unknown, similar n to aminotripeptidase (peptidase T) SeqID 2270 LM-4013.2From 1926482to 1926898unknown, similar n to transcriptional regulator (Marli family) SeqID 2271 LM-4015.1From 1771594to 1772040unknown, similar n to putative fiavodoxin SeqID 2272 LM-402.1From 1855571to 1855933Unknown n SeqID 2273 LM-4027.2From 263535 to 263714 unknown, highly n similar to preprotein translocase subunit SeqID 2274 LM-4029.2From 263844 to 264377 transcription n antitermination factor SeqID 2275 LM-403.1From 1854748to 1855521Unknown, similar n to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 2276 LM-4031.1From 264432 to 264902 Unknown n SeqID 2277 LM-4032.1From 265029 to 265454 ribosomal protein n L11 SeqID 2278 LM-4033.1From 265494 to 266183 ribosomal protein n L1 SeqID 2279 LM-404.1From 1854077to 1854682Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2280 LM-4040.1From 504972 to 505277 Unknown n SeqID 2281 LM-4041.1From 552563 to 552931 Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2282 LM-4053.1From 1270465to 1270725unknown n SeqID 2283 LM-4055.2From 1288261to 1288926unknown, weakly n similar to oligopeptide ABC

transporter AppA

SeqID 2284 LM-4058.1From 1405945to 1406226Unknown n SeqID 2285 LM-4059.1From 1406366to 1406713Unknown n SeqID 2286 LM-4065.1From 2045765to 2046046Unknown, similar n to pentitol PTS system enzyme II B

component SeqID 2287 LM-4082.1From 2782739to 2782894Unknown n SeqID 2288 LM-4083.1From 2780577to 2780798Unknown n SeqID 2289 LM-4084.1From 2780392to 2780574Unknown n SeqID 2290 LM-4088.1From 2701254to 2701445ribosomal protein n L29 SeqID 2291 LM-4089.1From 2700963to 2701226ribosomal protein n S17 SeqID 2292 LM-4090.-1From 2699383to 2699568ribosomal protein n S14 SeqID 2293 LM-4091.1From 2697267to 2697446ribosomal protein n L30 SeqID 2294 LM-4096.1From 367248 to 367532 Unknown n SeqID 2295 LM-4097.1From 370416 to 370634 Unknown n SeqID 2296 LM-4098.1From 389538 to 389717 Unknown, similar n to conserved hypothetical protein SeqID 2297 LM-4099.1From 401386 to 401580 unknown n SeqID n° 2298 LM-41.1 From 2738719 to 2739990 Unknwon, similar to PTS
system galactitol-specific enzyme IIC component SeqID 2299 LM-4106.1From 439009 to 439212Unknown, similar n to putative transcription regulator SeqID 2300 LM-4113.1From 521601 to 521771ribosoma( protein n L32 SeqID 2301 LM-4115.1From 616742 to 616951Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2302 LM-4118.1From 669086 to 669361Unknown n SeqID 2303 LM-4119.1From 696606 to 696815unknown n SeqID 2304 LM-4120.1From 707310 to 707486unknown n SeqID 2305 LM-4121.1From 709601 to 709810unknown n SeqID 2306 LM-4122.1From 731765 to 732001Unknown, weakly similar n to flagellar switch protein SeqID 2307 LM-4123.1From 756079 to 756291unknown, LPXTG motif n protein SeqID 2308 LM-4124.1From 756494 to 756637Hypothetical CDS
n SeqID 2309 LM-4130.1From 890069 to 890215Unknown, hypothetical n protein SeqID 2310 LM-4134.1From 961203 to 961469Unknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein (C-terminal part) Seq(D 2311 LM-4135.1From 973509 to 973670unknown n SeqID 2312 LM-4137.1From 981317 to 981544unknown n SeqID 2313 LM-4139.1From 987274 to 987501Unknown n SeqID 2314 LM-4142.1From 1003593to 1003829D-alanyl carrier n protein SeqID 2315 LM-4144.1From 1057067to 1057276unknown, similar n to B.

subtilis YkzG protein SeqID 2316 LM-4147.1From 1133466to 1133696unknown, highly similar n to SeqID 2317 LM-4148.1From 1145723to 1145944unknown, highly similar n to SeqID 2318 LM-4149.2From 1154864to 1156381unknown n SeqID 2319 LM-415.1From 1848166to 1848690Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2320 LM-4150.1From 1188014to 1188289Unknwon, similar n to carboxysome structural protein SeqID 2321 LM-4152.2From 1287376to 1287591unknown, similar n to transcriptional regulator SeqID 2322 LM-4153.1From 1331439to 1331666unknown, similar n to B.

subtilis YnzC protein SeqID 2323 LM-4154.1From 1363826to 1363975ribosomal protein n L33 SeqID 2324 LM-4155.1From 1366220to 1366432unknown similar to n B.

subtilis yqgQ

SeqID 2325 LM-4157.1From 1385704to 1385931Unknown, simar to n exodeoxyribonuclease small subunit SeqID 2326 LM-4158.1From 1387014to 1387214Similar to co(d shock n protein SeqID 2327 LM-4161.1From 1501881to 150205430S ribosomal protein n S21 SeqID n° 2328 LM-4162.2 From 1576747 to 1577055 ribosomal protein SeqID n° 2329 LM-4166.1 From 1654691 to 1654909 Unknown, hypothetical gene SeqID n LM-417.1From 1847472to 1847960hosphoribosylaminoimidaz ole carboxylase I

SeqID n LM-4172.1From 1756629to 1756862unknown SeqID n LM-4174.1From 1764871to 1765077unknown SeqID n LM-4175.1From 1769479to 1769700unknown SeqID n LM-4179.1From 1859050to 1859250ribosomal protein SeqID n LM-418.1From 1846355to 1847479phosphoribosylaminoimida zole carboxylase If SeqID n LM-4180.1From 1867180fo 1867410Unknown, similar 2336 to unknown protein SeqID n LM-4181.1From 1881041to 1881274unknown, highly 2337 similar to acyl carrier proteins SeqID n LM-4182.1From 1890951to 1891139ribosomal protein SeqID n LM-4183.1From 1902281to 1902484unknown SeqID n LM-4184.1From 1928579to 1928785unknown, similar 2340 to putative mercuric ion binding proteins SeqID n LM-4186.1From 1953513to 1953713similar to cold 2341 shock protein SeqID n LM-4189.1From 2094877to 2095077simifar to major 2342 cold-shock protein SeqID n LM-419.1From 1845044to 1846336adenylosuccinate 2343 lyase SeqID n LM-4192.1From 2144874to 2145065unknown SeqID n LM-4193.1From 2150556to 2150759unknown SeqID n LM-4195.1From 2184120to 2184347Unknown SeqID n LM-4197.1From 2192379to 2192609Unknown SeqID n LM-420.1From 1844250to 1844963phosphoribosylaminoimida zole succinocarboxamide synthetase SeqID n LM-4200.1From 2234357to 2234533unknown SeqID n LM-4201.1From 2242097to 2242282unknown, similar 2350 to B.

subtilis YwmG protein SeqID n LM-4203.1From 2293497to 2293685Unknown, similar 2351 to unknown protein SeqID n LM-4206.1From 2346593to 2346784unknown, SeqID n LM-4207.1From 2361582to 2361791unknwon SeqID n LM-4208.1From 2366288to 2366446protein gp22 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-4209.1From.2387499to 2387663Bacteriophage A118 2355 gp65 protein SeqID n LM-421.1From 1843993to 1844238Unknown, similar 2356 to unknown protein SeqID n LM-4210.1From 2388528to 2388710Hypothetical protein SeqID n LM-4211.1From 2389208to 2389387Unknown SeqID n LM-4212.1From 2389491to 2389658unknown SeqID n LM-4213.1From 2391020to 2391217Unknown SeqID n LM-4214.1From 2394790to 2394984Unknown SeqID n LM-4215.1From 2395586to 2395801gp44 [Bacteriophage 2362 A118]

SeqID 2363 LM-4216.1 From 2398287to 2398529 Unknown, similar n to transcription regulator SeqID 2364 LM-422.1 From 1843306to 1843989 Unknown, similar n to phosphoribosyfformylglycin amidine synthetase II

SeqID 2365 LM-4225.1 From 2467388to 2467621 Unknown, similar n to B.

subtilis YuzB protein SeqID 2366 LM-4226.1 From 2468545to 2468703 Unknown n SeqID 2367 LM-4227.1 From 2480325to 2480528 Unknown, similar n to repressor protein SeqID 2368 LM-4228.1 From 2501306to 2501470 Unknown n SeqID 2369 LM-423.1 From 1841094to 1843313 phosphoribosylformylgiycin n amidine synthetase I

SeqID 2370 LM-4230.1 From 2559617to 2559817 Unknown, similar n to B.

subtilis yvlC protein SeqID 2371 LM-4231.1 From 2567696to 2567935 Unknown, similar n to B.

subtilis CsbA protein SeqID 2372 LM-4233.1 From 2611192to 2611410 unknown, highly n similar to H+-transporting ATP

synthase chain c SeqID 2373 LM-4234.1 From 2624633to 2624878 ribosomal protein n L31 SeqID 2374 LM-4235.1 From 2643753to 2643938 Unknwon, similar n to 4-oxalocrotonate isomerase SeqID 2375 LM-4236.1 From 2646464to 2646664 unknown n SeqID 2376 LM-4246.1 From 145354to 145560 Unknwon, hypothetical n protein SeqID 2377 LM-4247.1 From 145085to 145171 Unknwon, hypothetical n protein SeqID 2378 LM-4248.1 From 136714to 136992 Unknwon, simar to n E. coli YjdJ protein SeqID 2379 LM-4249.1 From 136469to 136702 Unknown, similar n to E. coli Yjdl protein SeqID 2380 LM-425.1 From 1839682to 1841109 glutamine n phosphoribosylpyrophosph ate amidotransferase SeqID 2381 LM-4251.1 From 77863to 78066 Unknown, Hypothetical n SeqID 2382 LM-4253.1 From 52373to 52534 Unknown n SeqID 2383 LM-4254.1 From 50514to 50753 30S ribosomal protein n S18 SeqID 2384 LM-426.1 From 1838614to 1839663 phosphoribosylaminoimida n zole synthetase SeqID 2385 LM-4262.2 From 267909to 268949 Unknown, similar n to penicillinase antirepressor SeqID 2386 LM-4267.1 From 1153010to 1153783 unknown, similar n to regulatory proteins SeqID 2387 LM-4268.1 From 1153848to 1154204 unknown n SeqID 2388 LM-427.1 From 1838051to 1838617 unknown, highly n similar to phosphoribosylglycinamide formyltransferases SeqID 2389 LM-4276.2 From 2943569to 2943703 ribosomal protein n L34 SeqID 2390 LM-4277.1 From 2693947to 2694060 ribosomal protein n L36 SeqID 2391 LM-428.1From 1836516to 1838045Bifunctional n phosphoribosylaminoimida zole carboxy formyl formyltransferase and inosine-monophosphate cyclohydrolase SeqID 2392 LM-429.1From 1835229to 1836491phosphoribosylglycinamide n synthetase SeqID 2393 LM-4293.1From 2130228to 2130401ribosomal protein n L32 SeqID 2394 LM-4295.1From 2052696to 2052833Unknown n SeqID 2395 LM-43.1 From 2740052to 2740333Unknwon, similar n to PTS

system gafactitol-specific enzyme IIB composent SeqID 2396 LM-430.1From 1834795to 1835091Unknown, simar to n unknown protein SeqID 2397 LM-432.1From 1834523to 1834777Unknown n SeqID 2398 LM-433.1From 1833125to 1834480Unknown, similar n to putative sodium-dependent transporter SeqID 2399 LM-4342.1From 2317644to 2317841Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2400 LM-4349.1From 1287710to 1288243Unknown n SeqID 2401 LM-435.1From 1832242to 1832919Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2402 LM-4352.1From 436161 to 436352 Unknown n SeqID 2403 LM-4353.1From 2250846to 2251004Unknown n SeqID 2404 LM-4358.1From 2491285to 2491473unknown n SeqID 2405 LM-4359.1From 2173635to 2173832 n SeqID 2406 LM-436.2From 1829982to 1832177ATP-dependent DNA
n he)icase SeqID 2407 LM-4360.1From 263366 to 263515 n SeqID 2408 LM-438.1From 1827941to 1829956Unknown, similar n to DNA

ligase SeqID 2409 LM-439.1From 1826829to 1827944Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2410 LM-44.1 From 2740390to 2740854Unknwon, similar n to PTS

system galactitol-specific enzyme IIA composent SeqID 2411 LM-440.1From 1826411to 1826704glutamyl-tRNA(Gln) n amidotransferase (subunit C) SeqID 2412 LM-441.1From 1824936to 1826387glutamyl-tRNA(Gln) n amidotransferase (subunit A) SeqID 2413 LM-442.1From 1823494to 1824924glutamyl-tRNA(Gln) n amidotransferase (subunit B) SeqID 2414 LM-443.2From 1822421to 1823353Unknown, similar n to unknown protein SeqID LM-444.2From 1821518to 1822273Unknown n SeqID n LM-445.1 From 1820133to 1821494 Unknown, similar 2416 to hypothetical RNA

methyltransferase SeqID n LM-446.1 From 1819244to 1819798 Unknown, similar 2417 to unknown protein SeqID n LM-447.2 From 1818740to 1819213 Unknown, similar 2418 to shikimate kinase SeqID n LM-45.2 From 2740888to 2742957 unknown, similar 2419 to transcriptional antiterminator (BgIG family) SeqID n LM-451.1 From 2435023to 2436141 2420 U nknown, similar to S.

pyogenes RofA regulatory protein SeqID n LM-452.1 From 2434627to 2434866 Hypothetical protein SeqlD n LM-453.1 From 2433224to 2434618 Unknown, similar 2422 to glutamate decarboxylase SeqID n LM-455.1 From 2431688to 2433211 Unknown, similar 2423 to amino acid antiporter (acid resistance) SeqID n LM-456.1 From 2430826to 2431296 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-458.1 From 2428010to 2430793 Unknown, transmembrane protein SeqID n LM-460.1 From 2427045to 2427890 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-463.1 From 2426270to 2427001 Unknown, similar 2427 to N-acetylglucosamine-6-phosphate isomerase SeqID n LM-464.1 From 2425723to 2426253 Unknown, simifar 2428 to unknown protein SeqID n LM-466.1 From 2424922to 2425533 Unknown SeqID n LM-468.1 From 2423480to 2424721 Unknown; Similar 2430 to multidrug resistance protein SeqID n LM-469.1 From 2421878to 2423476 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-47.2 From 2743326to 2744138 Unknown SeqID n LM-471.1 From 2419797to 2421749 Unknown, similar 2433 to putative Na+/H+ antiporter SeqID n LM-472.1 From 2418871to 2419770 Unknown, similar 2434 to LysR

family transcription regulator SeqID n LM-473.1 From 2418083to 2418628 Unknown, similar 2435 to NADH-dependent FMN reductase SeqID n LM-475.1 From 2417531to 2418067 Unknown, similar 2436 to B.

subtilis Ytml protein SeqID n LM-476.1 From 2416705to 2417514 Unknown, similar 2437 to amino acid ABC transporter (binding protein) SeqID n LM-477.1 From 2415967to 2416683 Unknown, similar 2438 to amino acid ABC-transporter (permease) SeqID n° 2439 LM-478.1 From 2415246 to 2415953 Unknown, similar to amino acid ABC transporter (permease) SeqID n LM-48.1 From 2744212to 2744574 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-480.1 From 2414470to 2415249 Unknown, similar 2441 to amino acid ABC-transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-481.1 From 2413478to 2414473 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-482.1 From 2413219to 2413485 Unknown, similar 2443 to B.

subtilis Ytnl protein SeqID n LM-483.1 From 2411900to 2413222 Unknown, similar 2444 to nitrilotriacetate monooxygenase SeqID n LM-484.1 From 2411126to 2411827 Unknwon, similar 2445 to 16S

pseudouridylate synthase SeqID n LM-485.1 From 2409875to 2410993 Similar to kinases SeqID n LM-486.1 From 2408967to 2409878 Unknown, similar 2447 to Erwinia chrysanthemi IndA

protein SeqID n LM-487.1 From 2408450to 2408893 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-488.1 From 2407128to 2408453 aminopeptidase C

SeqID n LM-49.1 From 2744571to 2744939 Unknown SeqlD n LM-490.1 From 2406161to 2406913 Unknown, similar 2451 to regulatory protein DeoR

family SeqID n LM-491.1 From 2405241to 2406164 fructose-1-phosphate kinase SeqID n LM-492.1 From 2403341to 2405239 unknown, highly 2453 similar to phosphotransferase system (PTS) fructose-specific enzyme IIABC

component SeqID n LM-494.1 From 2402888to 2403235 Unknown, similar 2454 to transcriptions! regulator SeqID n LM-495.1 From 2402357to 2402833 competence transcription factor SeqID n LM-496.1 From 2401008to 2402366 putative integrase [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-497.1 From 2400264to 2400944 Unknown, weakly 2457 similar to gp32_Bacteriophage A118 protein SeqID n LM-498.1 From 2399542to 2400243 Unknown, similar 2458 to protein gp33 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-5.1 From 2713962 to 2714942 Unknown, similar 2459 to heptaprenyl diphosphate synthase component II

SeqID n LM-500.1 From 2398685to 2399161 Unknown, simifar 2460 to a putative repressor protein [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-502.1 From 2397800to 2398084 Unknown SeqID n LM-503.1 From 2397493to 2397774 Unknown, similar 2462 to protein gp41 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-506.1 From 2396454to 2397230 Unknown, similar 2463 to anti-repressor [Bacteriophage SeqID n LM-507.1 From 2395798to 2396331 gp43 [Bacteriophage 2464 A118]

SeqID n LM-509.1 From 2394317to 2394793 Unknown, similar 2465 to bacteriophage proteins SeqID n LM-51.1 From 2744985to 2745791 Unknown, weakly 2466 similar to AraC-like transcription regulator SeqID n LM-510.1 From 2393613to 2394311 Unknown SeqID n LM-512.1 From 2392622to 2393596 Unknown, similar 2468 to protein gp49 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-513.1 From 2391813to 2392625 Unknown, similar 2469 to site-specific DNA-methyltransferase SeqID n LM-514.1 From 2391220to 2391816 Unknown, similar 2470 to protein gp51 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-517.1 From 2390580to 2391023 Unknown, similar 2471 to a bacteriophage protein SeqID n LM-518.1 From 2390113to 2390583 Unknown SeqID n LM-52.1 From 2745907to 2746377 Unknown, consenred hypothetical protein SeqlD n LM-520.1 From 2389655to 2390116 Unknown SeqID n LM-522.1 From 2388729to 2389211 unknown, similar 2475 to single-stranded DNA-binding protein SeqID n LM-523.1 From 2388179to 2388583 Unknown SeqID n LM-524.1 From 2387792to 2388175 unknown SeqID n LM-525.1 From 2387046to 2387480 Protein gp66 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-527.1 From 2386141to 2386680 Unknown SeqID n LM-529.1 From 2385301to 2386095 Unknown, similar 2480 to putative terminase small subunit from Bacteriophage SeqID n LM-53.1 From 2746423to 2746878 Unknown, similar 2481 to ribose 5-phosphate epimerase SeqID n LM-530.1 From 2384001to 2385332 putative terminase 2482 large subunit from Bacteriophage SeqID n LM-531.1 From 2382228to 2383988 putative portal 2483 protein [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-532.1 From 2381088to 2382227 Protein gp4 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-533.1 From 2380419to 2381009 Unknown, putative scaffolding protein [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-535.1 From 2379418to 2380419 Unknown, similar 2486 to coat protein [Bacteriophage SPP1]

SeqID n LM-536.1From 2379004to 2379399Protein gp8 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-537.1From 2378642to 2379004Protein gp9 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-538.1From 2378304to 2378642Protein gp10 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-539.1From 2377897to 2378304Portein gpl1 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-54.1 From 2747073to 2747414Unknown SeqID n LM-540.1From 2377460to 2377894major tait shaft 2492 protein [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-541.1From 2377198to 2377530Portein gp13 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-542.1From 2376721to 2377143Protein gp14 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-543.1From 2376110to 2376715Protein gp15 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-548.1From 2370736to 2376099Unknown, putative 2496 tape-measure [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-549.1From 2369916to 2370734Protein gp17 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-55.1 From 2747427to 2748683Unknown, similar 2498 to UV-damage repair protein SeqID n LM-550.1From 2368882to 2369907Protein gp18 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-552.1From 2367853to 2368881Protein gp19 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-553.1From 2366780to 2367853protein gp20 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-554.1From 2366451to 2366768protein gp21 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-555.1From 2365893to 2366258protein gp23 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-557.1From 2365599to 2365880holin [Bacteriophage 2504 A118]

SeqID n LM-558.1From 2364754to 2365599L-alanoyl-D-glutamate peptidase SeqID n LM-559.1From 2363709to 2364260Unknown SeqID n LM-56.1 From 2748685to 2749497Unknown, similar 2507 to hydrolase (esterase) SeqID n LM-560.1From 2363135to 2363632Unknown, similar 2508 to an unknown bacteriophage protein SeqID n LM-562.3From 2362661to 2363110Portein gp28 [Bacteriophage A118]

SeqID n LM-563.3From 318 to 1673 Chromosomal replication initiation protein DnaA

SeqID n LM-564.1From 1867 to 3012 DNA polymerase III, 2511 beta chain SeqID 2512 LM-565.1From 3121 to 4464 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2513 LM-566.1From 4644 to 4865 Unknown, similar n to B.

subtilis YaaA protein SeqID 2514 LM-567.1From 4869 to 5981 RecF protein n SeqID 2515 LM-57.1 From 2749538to 2750233Unknown, similar n to two components response regulator SeqID 2516 LM-570.1From 6030 to 7970 DNA gyrase subunit n B

SeqID 2517 LM-573.1From 8065 to 10593 DNA gyrase subunit n A

SeqID 2518 LM-575.1From 10728 to 12242 Unknown, similar n to cardiolipin synthase SeqID 2519 LM-576.1From 12258 to 12776 diamine N-n acetyltransferase SeqID 2520 LM-578.1From 12918 to 13886 Unknown, similar n to mevalonate kinase SeqID 2521 LM-580.1From 13843 to 14814 unknown, similar n to mevalonate diphosphate decarboxylase SeqID 2522 LM-581.1From 14795 to 15874 Unknown, similar n to mevalonate kinases SeqID 2523 LM-582.1From 16219 to 17325 AA3-600 quinol n oxidase subunit II

SeqID 2524 LM-584.1From 17344 to 19323 AA3-600 quinol n oxidase ' subunit I

SeqID 2525 LM-585.1From 19311 to 19922 AA3-600 quinol n oxidase subunit III

SeqID 2526 LM-586.1From 19924 to 20256 unknown, highly n similar to quinol oxidase aa3-600 chais IV

SeqID 2527 LM-587.1From 20308 to 21426 Unknown, similar n to Bacillus anthracis CapA

protein (polyglutamate capsule biosynthesis) SeqID 2528 LM-589.1From 21652 to 23085 beta-glucosidase n SeqID 2529 LM-591.1From 23132 to 23953 Unknown n SeqID 2530 LM-592.1From 24194 to 24934 Unknown, similar n to transcriptional regulator (GntR family) SeqID 2531 LM-593.1From 24950 to 25351 Unknown, similar n to PTS

system, fructose-specific IIA composent SeqID LM-594.1From 25351 to 25839 Unknown, similar n to PTS

system, fructose-specific IIB composent SeqID LM-596.1From 25862 to 26665 Unknown, similar n to PTS

system, fructose-specific IIC composent SeqID LM-597.1From 26640 to 27467 Unknown, similar n to PTS

system, mannose-specific IID composent SeqID 2535 LM-598.1 From 27495 to 28199 Unknown, similar n to phosphoheptose isomerase SeqID 2536 LM-599.1 From 28254 to 28895 Unknown, similar n to E. coli copper homeostasis protein CutC

SeqID 2537 LM-6.1 From 2715023 to 2716363Unknown n SeqID 2538 LM-600.1 From 29100 to 31004 Unknown, similar n to PTS

system, beta-glucosides specific lIABC component SeqID 2539 LM-601.1 From 31088 to 31963 Unknown, similar n to E. coli microcin C7 self-immunity protein (MccF) SeqID 2540 LM-602.1 From 32197 to 32535 Unknown n SeqID 2541 LM-604.1 From 32571 to 33380 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2542 LM-605.1 From 33397 to 34452 Unknown, transcriptional n regulator Lac( famy SeqID 2543 LM-606.1 From 34654 to 35619 Unknown, similar n to xylose repressor SeqID 2544 LM-608.1 From 35616 to 38018 Unknown, similar n to endoglucanase SeqID 2545 LM-609.1 From 38031 to 39383 Unknown, similar n to PTS

system, celfobiose-specific IIC component SeqID 2546 LM-610.1 From 39385 to 40470 Unknown, similar n to Glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (C-termina! domain) SeqID 2547 LM-611.1 From 40705 to 41730 Unknown, similar n to ornithine carbamoyltransferase SeqID 2548 LM-613.1 From 41803 to 43188 Unknown, similar n to amino acid transporter SeqID 2549 LM-614.1 From 43175 to 44266 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2550 LM-615.1 From 44282 to 45223 carbamate kinase n SeqID 2551 LM-616.1 From 45325 to 46434 Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2552 LM-617.1 From 46451 to 47230 Unknown, conserved n hypothetical protein, hypothetical regulator SeqID 2553 LM-618.1 From 47335 to 47994 Unknown, similar n to E. coli DedA protein SeqID 2554 LM-619.2 From 48074 to 49306 Unknown, similar n to arginine deiminase SeqID 2555 LM-62.1 From 2750230to 2752920Unknown, similar n to the two components sensor protein kdpD

SeqID 2556 LM-620.2 From 703688to 703951Unknown n SeqfD 2557 LM-621.3From 703128 to 703691Unknown, similar n to acetyl transferase SeqID 2558 LM-622.1From 703961 to 704338Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2559 LM-623.1From 704452 to 705387Unknown, similar n to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 2560 LM-624.1From 705380 to 706150Unknown, conserved n membrane protein SeqlD 2561 LM-625.1From 706408 to 707292Unknown, similar n to oxidoreductase SeqID 2562 LM-626.1From 707612 to 708220Unknown n SeqID 2563 LM-627.1From 709134 to 709562Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2564 LM-628.1From 709829 to 710749Unknown n SeqID 2565 LM-629.1From 711121 to 711435Unknown n SeqID 2566 LM-631.1From 711428 to 712195Unknown, similar n to flageller biosynthesic protein FIiP

SeqID 2567 LM-632.1From 712208 to 712480Unknown, similar n to flageller biosynthesis protein FIiQ

SeqiD 2568 LM-633.1From 712483 to 713244Unknown, similar n to flageller biosynthetic protein FIiR

SeqID 2569 LM-635.1From 713260 to 714306Unknown, similar n to flageller biosynthetic protein flhB

SeqID 2570 LM-636.1From 714353 to 716428Unknown, similar n to flagella-associated protein flhA

SeqiD 2571 LM-637.1From 716450 to 717673Unknown, similar n to flageller biosynthesis protein FIhF

SeqID 2572 LM-639.1From 717670 to 718449Unknown, similar n to flageller hook-basal body protein FIgG

SeqID 2573 LM-641.1From 718478 to 719266Unknown, similar n to chemotactic methyltransferase CheR

SeqID 2574 LM-642.1From 719291 to 719626Unknown n SeqID 2575 LM-643.1From 719653 to 720504Unknown, similar n to motility protein (flageller motor rotation) MotA

SeqID 2576 LM-645.1From 720464 to 721291Unknown, similar n to motility protein (flageller motor rotation) MotB

SeqID 2577 LM-647.1From 721301 to 721801Unknown n SeqID 2578 LM-648.1From 721824 to 723737Unknown, similar n to unknown protein SeqID n LM-649.1From 723750 to 724658 Unknown, similar 2579 to CheA

activity-modulating chemotaxis protein CheV

SeqID n LM-65.1 From 2752936to 2753508potassium-transporting atpase c chain SeqID n LM-650.3From 724896 to 725759 flagellin protein SeqID n LM-651.1From 726034 to 726393 Chemotaxis response regulator CheY

SeqID n LM-652.1From 726413 to 728269 two-component sensor histidine kinase CheA

SeqID n LM-653.1From 728282 to 728581 Unknown, similar 2584 to flageller motor switch protein fliY C-terminal part SeqID n LM-654.1From 728600 to 729010 Unknown SeqID n LM-657.1From 729026 to 730072 Unknown SeqID n LM-658.1From 730074 to 730496 unknown, similar 2587 to flageller hook assembly protein SeqID n LM-659.1From 730516 to 731751 Unknown, similar 2588 to flageller hook protein FIgE

SeqID n LM-660.1From 732022 to 733014 Unknown, similar 2589 to flageller switch protein FIiM

SeqID n LM-664.1From 733017 to 734564 UNknown, similar 2590 to flageller motor swtch protein fliY

SeqID n LM-665.1From 734570 to 735973 Unknown SeqID n LM-668.1From 735996 to 737162 Unknown SeqID n LM-669.1From 737269 to 737733 Unknown SeqID n LM-670.1From 737743 to 738171 Unknown SeqID n LM-671.1From 738191 to 739711 Unknown, similar 2595 to flageller hook-associated protein FIgK

SeqID n LM-672.1From 739723 to 740598 Unknown, similar 2596 to flageller hook-associated protein 3 FIgL

SeqID n LM-674.1From 740610 to 741899 Unknown, similar 2597 to flageller hook-associated protein 2 FIiD

SeqID n LM-675.1From 741918 to 742304 Unknown, similar 2598 to hypothetical flageller protein SeqlD n LM-676.1From 742276 to 742557 Unknown SeqID n LM-677.1From 742578 to 742979 Unknown, similar 2600 to flageller basal-body rod protein flgB

SeqID n LM-679.1From 742991 to 743401 Unknown, similar 2601 to flagelfar basal-body rod protein flgC

SeqID n LM-680.1From 743418 to 743714 Unknown, similar 2602 to flageller hook-basal body complex protein FIiE

SeqID 2603 LM-682.1 From 743782to 745434 Unknown, similar n to flagellai basal-body M-ring protein fliF

SeqID 2604 LM-685.1 From 745437to 746543 Unknown, similar n to flagellai motor switch protein flic SeqID 2605 LM-686.1 From 746530to 747222 Unknown n SeqID 2606 LM-688.1 From 747219to 748520 Unknwon, similar n to H+-transporting ATP synthase alpha chain Flil, flagellar-specific, -SeqID 2607 LM-689.1 From 748537to 749205 Unknown, similar n to transglycosylase SeqID 2608 LM-69.1 From 2753523to 2755568 potassium-transporting n atpase b chain SeqID 2609 LM-690.1 From 749219to 749863 Unknown n SeqID 2610 LM-691.1 From 749985to 750311 Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2611 LM-692.1 From 750311to 750634 Unknown n SeqID 2612 LM-693.1 From 750680to 751327 putative fibronectin-binding n protein SeqID 2613 LM-695.1 From 751598to 753328 Unknown, similar n to pyruvate oxidase SeqID 2614 LM-697.1 From 753490to 755295 Unknown, similar n to metyl-accepting chemotaxis protein SeqID 2615 LM-698.1 From 755308to 756036 Unknown, similar n to B.

subtilis YvpB protein SeqID 2616 LM-699.2 From 2842413to 2843867 Unknown, simar n to beta-glucosidase SeqID 2617 LM-7.1 From 2716408 to 2717394 Unknown n SeqID 2618 LM-700.1 From 2843914to 2844216 Unknown, similar n to PTS

cellobiose-specific enzyme IIB

SeqID 2619 LM-702.1 From 2844249to 2845601 Unknown, similar n to PTS

cellobiose-specific enzyme IIC component SeqID 2620 LM-703.1 From 2845613to 2846497 Unknown, similar n to xylose operon regulatory protein and to glucose kinase SeqID 2621 LM-704.1 From 2846490to 2846798 Unknown, similar n to PTS

cellobiose-specific enzyme IIA

SeqID 2622 LM-705.1 From 2846839to 2847573 Unknown, similar n to hypothetical transcriptional regulator SeqID 2623 LM-706.1 From 2847673to 2848335 Unknwon n SeqID 2624 LM-707.2 From 2848406to 2849536 Unknwon n SeqID 2625 LM-708.3 From 2849563to 2850450 Unknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-709.2 From 2850620 to 2852950Unknown, similar 2626 to gamma-glutamylcysteine synthetase (for the N terminal part) and to cyanophycin synthetase (C-terminal part) SeqID n LM-710.1 From 2852988 to 2854436Unknown, similar 2627 to beta-glucosidase SeqID n LM-711.2 From 2854429 to 2856282Unknown, similar 2628 to beta-glucoside-specific enzyme IIABC

SeqID n LM-712.2 From 2856379 to 2857218Unknwon, similar 2629 fo transcription antiterminator SeqID n LM-714.1 From 2857580 to 2858203Unknwon, similar 2630 to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-715.1 From 2858196 to 2860364Unknown SeqID n LM-716.1 From 2860426 to 2860821Unknown SeqID n LM-717.1 From 2861424 to 2862614Unknown, similar 2633 to effiux protein SeqID n LM-718.1 From 2862774 to 2863283Unknown SeqID n LM-720.1 From 2863561 to 2864661Unknown, similar 2635 to probable GTP-binding protein SeqID n LM-721.1 From 2864813 to 2865121Unknown, similar 2636 to cellobiose PTS enzyme IIA

SeqID n LM-723.1 From 2865127 to 2867397Unknown, similar 2637 to beta-glucosidase SeqID n LM-724.1 From 2867432 to 2867731Unknown, similar 2638 to PTS, cellobiose-specific IIB

component SeqID n LM-725.1 From 2867746 to 2869041Unknown, similar 2639 to cellobiose phosphotransferase system enzyme IIC

SeqID n LM-726.1 From 2869191 to 2871107Unknown, similar 2640 to lichenan operon transcription antiterminator IicR

SeqID n LM-727.1 From 2871318 to 2872784catalase SeqID n LM-728.1 From 2872932 to 2873915Unknown SeqID n LM-73.1 From 2755580 to 2757265unknown, highly 2643 similar to potassium-transporting atpase a chain SeqID n LM-730.1 From 2873915 to 2875837beta-glucoside-specific phosphotransferase enzyme II

SeqID n LM-731.2 From 2875945 to 2876775transcription antiterminator SeqID n LM-733.2 From 2877160 to 2878011Partition protein 2646 Para homolg SeqID n LM-734.1 From 2878004 to 2878765Partition protein, 2647 ParA

homolog SeqID n LM-735.1 From 2878989to 2879747 Unknown SeqID n LM-736.1 From 2879906to 2880205 Unknown SeqID n LM-737.1 From 2880217to 2881071 Unknown, highly 2650 similar to B. subtilis DNA-binding protein SpoOJ-like homolog YyaA

SeqID n LM-739.1 From 2881243to 2882049 Unknown, similar 2651 to E. coli RpiR transcription regulator SeqID n LM-74.1 From 2757606to 2757911 Unknown, similar 2652 to cellobiose phosphotransferase enzyme IIB composent SeqID n LM-740.1 From 2882033to 2882938 Unknown, similar 2653 to transcription regulator SeqID n LM-741.1 From 2882963to 2883409 Unknown, simiiar 2654 to phosphotransferase system mannitol-specific enzyme IIA

SeqID n LM-742.1 From 2883422to 2884078 Unknown, similar 2655 to phosphatase SeqID n LM-744.1 From 2884141to 2885547 Unknown, similar 2656 to phosphotransferase system mannitol-specific enzyme IIBC

SeqID n LM-747.1 From 2885581to 2886582 Unknown, similar 2657 to dehydrogenase SeqID n LM-748.2 From 2886584ta 2887297 Unknown, similar 2658 to a putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase SeqID n LM-749.2 From 2536347to 2538581 unknown, similar 2659 to transport protein SeqID n LM-750.1 From 2538588to 2539196 Unknown, similar 2660 to transcription regulator SeqID n LM-751.1 From 2539213to 2539611 Unknown SeqID n LM-752.1 From 2539838to 2540173 Unknown SeqID n LM-753.1 From 2540421to 2541857 Unknown, similar 2663 to chitinase and chitin binding protein SeqID n LM-754.1 From 2542014to 2542610 ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit SeqID n LM-755.1 From 2542658to 2544049 Unknown, simifar 2665 to amino acid transporter SeqID n LM-758.1 From 2545487to 2546503 Unknwon, similar 2666 to NADH

oxidase SeqID n LM-759.1 From 2546530to 2547501 Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-760.1 From 2547509to 2548477 unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-761.1 From 2548479to 2549354 unknown, conserved hypothetical protein SeqID 2670 LM-762.1 From 2549462to 2551192 Unknown, similar n to phosphomannomutase and phosphoglucomutase SeqID 2671 LM-763.1 From 2551234to 2552295 Unknown, similar n to aldose 1-epimerase (mutarotase) SeqID 2672 LM-764.1 From 2552312to 2553295 UDP-glucose 4-epimerase n SeqID 2673 LM-765.1 From 2553414to 2554373 thioredoxin reductase n SeqID 2674 LM-766.1 From 2554452to 2555927 Unknown n SeqID 2675 LM-767.1 From 2556013to 2556510 Unknown, similarto n acetyltransferase SeqID 2676 LM-768.1 From 2556514to 2557167 Unknown, similar n to B.

subtilis P-Ser-HPr phosphatase SeqID 2677 LM-769.1 From 2557211to 2558044 unknown, highly n similar to prolipoprotein diacylglyceryl transferase SeqID 2678 LM-77.1 From 2758046to 2759353 Unknown, similar n to cellobiose phosphotransferase enzyme IIC component SeqID 2679 LM-771.1 From 2558130to 2559068 HPr-P(Ser) n kinase/phosphatase SeqID 2680 LM-772.1 From 2559255to 2559608 Unknown, similar n to B.

subtilis YvID protein SeqID 2681 LM-774.1 From 2559841to 2561052 unknown n SeqID 2682 LM-776.1 From 2561120to 2562382 Unknown, similar n to B.

subtilis YvIB protein SeqID 2683 LM-778.1 From 2562591to 2565461 excinuclease ABC
n (subunit A) SeqID 2684 LM-78.1 From 2759390to 2759692 Unknown, similar n to cellobiose phosphotransferase enzyme IIA component SeqID 2685 LM-780.1 From 2565469to 2567445 excinuclease ABC
n (subunit B) SeqID 2686 LM-781.1 From 2567956to 2568603 Unknown n SeqID 2687 LM-782.1 From 2568625to 256901'1 unknown n SeqID 2688 LM-783.1 From 2569117to 2569422 Unknown, similar n to transcription regulator ArsR

family SeqID 2689 LM-784.1 From 2569690to 2570349 Unknown, similar n fo negative regulator of phosphate regulon SeqID 2690 LM-786.1 From 2570362to 2571141 unknown, similar n to phosphate ABC transporter (ATP-binding protein) SeqID 2691 LM-788.1 From 2571156to 2571971 unknown, similar n to phosphate ABC transporter (ATP-binding protein) SeqID to 2572883 Unknown, similar n to LM-789.1 From phosphate ABC transporter (permease protein) SeqID 2693 LM-791.1From 2572880to 2573803Unknown, similar n to phosphate ABC transporter (permease protein) SeqID 2694 LM-793.1From 2573897to 2574805Unknown, similar n to phosphate ABC transporter (binding protein) SeqID 2695 LM-794.1From 2575061to 2576836two-component sensor n histidine kinase SeqID 2696 LM-795.1From 2576836to 2577546two-component response n regulator SeqID 2697 LM-796.2From 2577696to 2578871Unknown n SeqID 2698 LM-797.2From 2578899to 2580347Unknown, similar n to cardiolipin synthase SeqID 2699 LM-799.2From 2278639to 2279292competence negative n regulator mecA

SeqID 2700 LM-8.1 From 2717422to 2718234Unknown n SeqID 2701 LM-80.1 From 2760147to 2760680unknown n SeqID 2702 LM-801.1From 2277398to 2278513Unknown, similar n to a putative competence protein from streptococcus pneumoniae SeqID 2703 LM-803.1From 2275520to 2277325Unknown, similar n to oligoendopeptidase SeqID 2704 LM-804.1From 2274961to 2275221Unknown n SeqID 2705 LM-805.1From 2274127to 2274750Unknown n SeqID 2706 LM-806.1From 2272403to 2274112Unknown n SeqID 2707 LM-807.1From 2271444to 2272316Unknown, similar n to ferrichrome ABC

transporter (binding protein) SeqID 2708 LM-809.1From 2270465to 2271454Unknown, similar n to ferrichrome ABC

transporter (permease) SeqID 2709 LM-81.1 From 2760845to 2761954Unknown, simlilar n to cell division protein FtsW

SeqID 2710 LM-810.1From 2269705to 2270484Unknown, similar n to ferrichrome ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID 2711 LM-812.1From 2268961to 2269701Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2712 LM-813.2From 2268424to 2268900Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2713 LM-817.1From 2259366to 2259713Unknown, similar n to unknown protein SeqID 2714 LM-818.1From 2258697to 2259260Unknown, similar n to transcriptional regulator (tetR family) SeqID LM-820.1From 2257754to 2258515Unknown, similar n to dehydrogenase SeqID LM-821.1From 2256507to 2257580Unknown, similar n to unknown proteins SeqID n° 2717 LM-823.1 From 2255034 to 2256401 Unknown, similar to sigma 54-dependent transcriptional activator SeqID n LM-826.1 From 2253221to 2254804 Unknown, similar 2718 to propionate CoA-transferase SeqID n LM-827.1 From 2252001to 2253224 Unknown, similar 2719 to antiporter proteins SeqID n LM-83.1 From 2761951to 2763081 Unknown, simlilar 2720 to cell division protein FtsW

SeqID n LM-830.1 From 2251050to 2251979 Unknown, similar 2721 to unknown proteins SeqID n LM-831.1 From 2250431to 2250820 Unknown, similar 2722 to glyoxalase 1 SeqID n LM-833.1 From 2249683to 2250300 Unknown, similar 2723 to unknown proteins SeqID n LM-834.1 From 2248946to 2249617 Unknown SeqID n LM-835.1 From 2247998to 2248693 Unknown, similar 2725 to transcription regulator CRP/FNR family SeqID n LM-836.1 From 2247050to 2247928 Unknown, similar 2726 to transcriptional regulator (AraC/XyIS family) SeqID n LM-837.1 From 2245899to 2246975 Unknown, similar 2727 to oxidoreductase SeqID n LM-838.1 From 2245143to 2245883 Unknown, similar 2728 to unknown proteins SeqID n LM-839.1 From 2244419to 2245141 Unknown SeqID n LM-840.1 From 2243448to 2244416 Unknown, similar 2730 to unknown proteins SeqID n LM-841.1 From 2242376to 2243425 Unknown, similar 2731 to oxidoreductase SeqID n LM-842.1 From 2240068to 2241969 Unknown SeqID n LM-843.1 From 2239672to 2240013 Unknown SeqID n LM-845.1 From 2236844to 2239135 Unknown, similar 2734 to ribonucleoside-diphosphate reductase, subunit alpha SeqID n LM-846.1 From 2235739to 2236788 Unknown, simar to ribonucleoside-diphosphate reductase, subunit beta SeqID n LM-847.1 From 2235305to 2235742 Unknown, similar 2736 to flavodoxin SeqID n LM-848.1 From 2234982to 2235308 Unknown, similar 2737 to thioredoxin SeqID n LM-849.1 From 2234575to 2234874 Unknown, similar 2738 to unknown proteins SeqID n LM-85.1 From 2763082to 2765652 Unknown, highly 2739 similar to Mg2+ transport ATPase SeqID n LM-850.1 From 2233841to 2234158 Unknown, similar 2740 to unknown proteins SeqID n LM-851.1 From 2233150to 2233791 Unknown, similar 2741 to unknown proteins SeqID n LM-853.1 From 2232087 to 2233094Unknown, similar 2742 to unknown proteins SeqID n LM-854.1 From 2231127 to 2231981Unknown, simifar 2743 to transcription regulator LysR

family SeqID n LM-856.1 From 2230042 to 2231058Unknown, similar 2744 to unknown protein SeqID n LM-857.1 From 2229193 to 2229927Unknown, similar 2745 to transcription regulator GntR family SeqID n LM-858.1 From 2227412 to 2229154Unknown, weakly 2746 similar to mannose-6-phosphate isomerase SeqID n LM-859.1 From 2226533 to 2227198Unknown SeqID n LM-860.1 From 2225471 to 2225944Unknown, similar 2748 to unknown protein SeqID n LM-861.1 From 2224219 to 2225454Unknown, similar 2749 to ABC

transporter (membrane protein) SeqID n LM-862.1 From 2223324 to 2224226Unknown, similar 2750 to ABC

transporter (ATP-binding protein) SeqID n LM-863.1 From 2221671 to 2223128Unknown, similar 2751 to transcription regulator SeqID n LM-865.1 From 2221186 to 2221659Unknown, similar 2752 to PTS

system, fructose-specific enzyme IIA composent SeqID n LM-866.1 From 2220862 to 2221173Unknown, similar 2753 to PTS

system, fructose-specific enzyme I!B composent SeqID n LM-867.1 From 2219751 to 2220845Unknown, similar 2754 to PTS

system, fructose-specific enzyme IIC composent SeqID n LM-869.1 From 2218879 to 2219733Unknown, similar 2755 to fructose-1,6-biphosphate aldolase type II

SeqID n LM-87.1 From 2766207 to 2766773Unknown, similar 2756 to transcription regulator, TetR family SeqID n LM-870.1 From 2217963 to 2218862Unknown, simifar 2757 to fructose-1,6-biphosphate aldolase type II

SeqID n LM-871.1 From 2217222 to 2217953Unknown SeqfD n LM-872.1 From 2216054 to 2216743Unknown SeqID n LM-874.2 From 2486136 to 2486921Unknown, similar 2760 to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID n LM-875.1 From 2484816 to 2486117Unknown, similar 2761 to aminotransferase SeqID n LM-876.1 From 2483589 to 2484815Unknown, similar 2762 to aminotransferase SeqID n LM-877.1 From 2483149to 2483592 Unknown, similar 2763 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-878.1 From 2481732to 2483126 Unknown, similar 2764 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-879.1 From 2481023to 2481574 Unknown SeqID n LM-880.1 From 2480531to 2480944 Unknown SeqID n LM-881.1 From 2479607to 2479921 unknown SeqID n LM-883.1 From 2478623to 2479465 unknown, similar 2768 to B.

subtilis YunF protein SeqID n LM-884.1 From 2478225to 2478590 Unknown SeqID n LM-885.1 From 2477385to 2478224 Unknown, similar 2770 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-886.1 From 2475860to 2477251 Unknown, simifar 2771 to B.

subtilis YunD protein SeqID n LM-887.1 From 2475588to 2475863 Unknown, similar 2772 to B.

subtilis YutD protein SeqID n LM-888.1 From 2474801to 2475568 Unknown, similar 2773 to conserved hypothetical protein and to B. subtilis YutF protein SeqID n LM-889.1 From 2474309to 2474752 Unknown, similar 2774 to acetyltransferase SeqID n LM-89.1 From 2766935to 2768707 Unknown, similar 2775 to autolysin, N-acetylmuramidase SeqID n LM-890.1 From 2472963to 2474273 Unknown, similar 2776 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-892.1 From 2472438to 2472938 Unknown, low temperature requirement C protein, also similar to B. subtilis YutG

protein SeqlD n LM-893.1 From 2472089to 2472325 Unknown, similar 2778 to NifU

protein SeqID n LM-896.1 From 2468210to 2468392 Unknown, hypothetical CDS

SeqID n LM-897.1 From 2467643to 2467969 Unknown, simar 2780 fo B.

subtilis YuzD protein SeqID n LM-899.1 From 2466713to 2467342 Unknown, conserved hypothetical protein similar to B. subtilis YhfK protein SeqID n LM-90.1 From 2768944to 2769273 Unknown SeqID n LM-901.1 From 2465630to 2466625 Unknown, similar 2783 to hypothetical thioredoxine reductase SeqID n LM-903.1 From 2463969to 2465180 Unknown, similar 2784 to NADH

dehydrogenase SeqID n LM-904.1 From 2463066to 2463884 Unknown, similar 2785 to B.

subtis YwqG protein SeqID n LM-906.1 From 2461803 to 2463029Unknown, conserved hypothetical protein SeqID n LM-907.1 From 2461219 to 2461692Unknown, similar 2787 to B.

subtilis YuiD protein SeqID n LM-908.1 From 2460720 to 2461091Unknown, similar 2788 to B.

subtilis Yux4 protein SeqID n LM-91.1 From 2769381 to 2770007Unknown, similar 2789 to thymidylate kinase SeqID n LM-910.1 From 2460090 to 2460683unknown, similar 2790 to proteins involved in resistance to cholate and to NA(+) and in pH

homeostasis SeqlD n LM-911.1 From 24598'19 to 2460106unknown, similar 2791 to proteins involved in resistance to cholate and to NA(+) and in pH

homeostasis SeqID n LM-912.1 From 2459343 to 2459822unknown, similar 2792 to proteins involved in resistance to cholate and to NA(+) and in pH

homeostasis SeqID n LM-913.1 From 2457852 to 2459336unknown, similar 2793 to proteins involved in resistance to cholate and to NA(+) and in pH

homeostasis SeqID n LM-915.1 From 2457512 to 2457859unknown, similar 2794 to proteins involved in resistance to cholate and to NA(+) and in pH

homeostasis SeqID n LM-916.1 From 2457087 to 2457512unknown, similar 2795 to proteins involved in resistance to cholate and to NA(+) and in pH

homeostasis SeqID n LM-917.1 From 2454695 to 2457103unknown, similarto proteins involved in resistance to cholate and to NA(+) and in pH

homeostasis SeqID n LM-918.1 From 2453138 to 2454349Unknown, similar 2797 to multi-drug resistance efflux pump SeqID n LM-919.1 From 2452322 to 2452906Unknown, similar 2798 to peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SeqID n LM-92.1 From 2770060 to 2771439Unknown, similar 2799 to lysine decarboxylase SeqID n LM-920.1 From 2451840 to 2452235Unknown SeqID 2801 LM-922.1 From 2450437 to 2451798Unknown, similar n to aspartate kinase SeqID 2802 LM-923.1 From 2449878 to 2450192Unknown, similar n to phosphotransferase system (PTS) beta-glucoside-specific enzyme IIB composent SeqID 2803 LM-924.1 From 2449155 to 2449835unknown, similar n to ABC-transporter ATP
binding proteins SeqID 2804 LM-925.1 From 2448052 to 2449155Unknown, similar n to putative ABC-transporter transmembrane subunit SeqID 2805 LM-926.1 From 2446747 to 2447913Unknown, similar n to aminotransferase SeqID 2806 LM-927.1 From 2446240 to 2446593Unknown, similar n to B.

subtilis general stress protein 13 containing a ribosomal S1 protein domain SeqID 2807 LM-929.1 From 2445685 to 2446092Unknown n SeqID 2808 LM-930.2 From 2444231 to 2445583glucose-6-phosphate n isomerase SeqID 2809 LM-931.2 From 2443368 to 2444126Unknown, similar n to transcription regulator DeoR family SeqID 2810 LM-935.1 From 198201 to 199409Unknown, similar n to ABC

transporter, ATP-binding protein SeqID 2811 LM-936.1 From 197512 to 198204ABC transporter, n ATP-binding protein SeqID 2812 LM-937.1 From 196786 to 197463unknwon n SeqID 2813 LM-938.1 From 195793 to 196611Unknown, simar to n PurR, transcription repressor of purine operon of B. subtilis SeqID 2814 LM-939.1 From 194892 to 195629Unknwon, simitar n to a putative phospho-beta-glucosidase SeqID 2815 LM-94.1 From 2771623 to 2772612Unknown, similar n to dihydroxyacetone kinase SeqID 2816 LM-941.1 From 193989 to 194870Unknwon, similar n to B.

subtilis YabH protein SeqID 2817 LM-942.1 From 193593 to 193850Unknwon, highly n similar to B. subtilis Veg protein SeqiD 2818 LM-943.1 From 192586 to 193473dimethyladenosine n transferase (16S
rRNA

dimethylase) SeqID 2819 LM-945.1 From 192018 to 192593Unkwnon, simar to n B.

subtilis YabF protein SeqID 2820 LM-946.1 From 190690 to 191916Unknwon, similar n to B.

subtilis YabE protein SeqID n LM-947.1 From 189625to 190398 Unknwon, similar 2821 to conserved hypothetical proteins SeqID n LM-949.1 From 187867to 189528 Unknwon, similar 2822 to oligo-1,6-glucosidase SeqID n LM-95.1 From 2772634to 2773230 Unknown, similar 2823 to hypotheticaf dihydroxyacetone kinase SeqID n LM-950.1 From 185572to 187863 Unknwon, similar 2824 to alpha-glucosidase SeqID n LM-955.1 From 182267to 185569 Unknwon, similar 2825 to alpha-xylosidase and alpha-glucosidase SeqID n LM-958.1 From 180928to 182184 Unknwon, similar 2826 to sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein SeqID n LM-96.1 From 2773234to 2773608 unknown SeqID n LM-960.1 From 180052to 180900 Unknwon, similar 2828 to sugar ABC transporter, permease protein SeqID n LM-961.1 From 179174to 180052 Unknwon, similar 2829 to sugar ABC transporters, permease proteins SeqID n LM-962.1 From 177924to 179138 Unknwon, similar 2830 to xylose repressor SeqID n LM-964.1 From 175766to 177760 methionyl-tRNA synthetase SeqID n LM-965.1 From 174834to 175694 Unknwon, similar 2832 to glucose uptake protein SeqID n LM-968.1 From 172903to 173208 Unknown, similar 2833 to transposase SeqID n LM-969.1 From 172410to 172802 Unknown, similar 2834 to transposase (N-terminal part) SeqiD n LM-97.1 From 2773714to 2774565 Unknown, similar 2835 to putative transcription regulator SeqID n LM-970.1 From 172072to 172410 Unknown, similar 2836 to transposase C-terminal part SeqID n LM-975.1 From 168005to 169270 Unknwon SeqID n LM-977.1 From 167086to 167943 Unknown, similar 2838 to a glucose uptake protein SeqID n LM-978.1 From 166687to 166971 Unknown, similar 2839 to B.

subtifis transcription regulatory protein AbrB

SeqID n LM-98.1 From 2774684to 2775523 Unknown, similar 2840 to conserved hypothetical protein SeqID n LM-981.1 From 165761to 166642 Unknwon, conserved hypothetical protein SeqID 2842 LM-982.1From 165492 to 165764unknwon, similar n to B.

subtilis YazA protein SeqID 2843 LM-983.1From 164756 fo 165508unknwon, conserved n hypothetical protein SeqID 2844 LM-984.1From 164309 to 164698Unknwon, similar n to B.

subtilis YabA protein SeqID 2845 LM-987.1From 163465 to 164298Unknwon n SeqID 2846 LM-988.2From 162467 to 163459Unknwon, similar n to B.

subtilis DNA polymerase III

(delta subunit) SeqlD 2847 LM-990.2From 596580 to 597620Unknown, conserved n hypothetical protein SeqID 2848 LM-991.1From 595843 to 596538Unknown, similar n to phosphoglycerate mutase SeqID 2849 LM-992.1From 595135 to 595842Unknown, similar n to phosphoglycerate mutase SeqlD 2850 LM-994.1From 593528 to 595006Unknown, similar n to di-tripeptide ABC transporter (membrane protein) SeqID 2851 LM-995.1From 592257 to 593438Unknown, similar n to NADH-dependent butanol dehydrogenase SeqID 2852 LM-996.1From 591412 to 592047Unknown n SeqlD 2853 LM-997.1From 590324 to 591355Unknown, simar to n unknown protein SeqID 2854 LM-998.1From 589406 to 590248Unknown n

Claims

REVENDICATIONS

1. Séquence nucléotidique de Listeria monocytogenes caractérisée en ce qu'elle correspond à SEQ ID N o 1.

2. Séquence nucléotidique de Listeria monocytogenes, caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi :
a) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 % d'identité avec SEQ ID N o 1 ;
b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec SEQ ID N o 1 ;
c) une séquence nucléotidique complémentaire de SEQ ID
N o 1 ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), ou b), ou une séquence nucléotidique de l'ARN correspondant ;
d) une séquence nucléotidique de fragment représentatif de SEQ ID N o 1, ou de fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c);
e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e).

3. Séquence nucléotidique selon la revendication 2, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une séquence issue de SEQ ID N o 1, et en ce qu'elle code pour un polypeptide choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID N o 1 à SEQ ID N o 2854.

4. Séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi :
a) une séquence nucléotidique selon la revendication 3 ;
b) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 % d'identité avec une séquence nucléotidique selon la revendication 3 ;
c) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique selon la revendication 3 ;
d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN correspondant à
une séquence telle que définie en a), b) ou c) ;

e) une séquence nucléotidique de fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e).

5. Polypeptide codé par une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4.

6. Polypeptide selon la revendication 5, caractérisé en ce qu'il est choisi parmi les séquences SEQ ID N o 2 à SEQ ID N o 2854.

7. Polypeptide caractérisé en ce qu'il comprend un polypeptide choisi parmi a) un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6 ;
b) un polypeptide présentant au moins 80 % d'identité avec un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6 ;
c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6, ou tel que défini en b) ;
d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6, ou tel que défini en b) ou c) ; et e) un polypeptide modifié d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6 ou tel que défini en b), c) ou d).

8. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide selon la revendication 7.

9. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans la biosynthèse des acides aminés ou l'un de ses fragments.

10. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs ou l'un de ses fragments.

11. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide d'enveloppe cellulaire ou situé à la surface de Listeria monocytogenes ou l'un de ses fragments, ledit polypeptide étant de préférence SEQ ID N o 2 à SEQ ID N o 41.

12. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans la machinerie cellulaire ou l'un de ses fragments.

13. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans le métabolisme intermédiaire central ou l'un de ses fragments.

14. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans le métabolisme énergénique ou l'un de ses fragments.

15. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides ou l'un de ses fragments.

16. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides ou l'un de ses fragments.

17. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans les fonctions de régulation ou l'un de ses fragments.

18. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans le processus de réplication ou l'un de ses fragment.

l9. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans le processus de transcription ou l'un de ses fragments.

20. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans le processus de traduction ou l'un de ses fragments.

21. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans le processus de transport et de liaison des protéines ou l'un de ses fragments.

22. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans l'adaptation aux conditions atypiques ou l'un de ses fragments.

23. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans la sensibilité aux médicaments et analogues ou l'un de ses fragments.

24. Séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans la biosynthèse de la vitamine B12, ledit polypeptide étant de préférence SEQ ID N o 42 à SEQ ID N o 64.

25. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué
dans les fonctions relatives aux transposons ou l'un de ses fragments.

26. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide spécifique de Listeria monocytogenes ou l'un de ses fragments.

27. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans la biosynthèse des acides aminés ou l'un de ses fragments.

28. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs ou l'un de ses fragment.

29. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide d'enveloppe cellulaire ou situé à la surface de Listeria monocytogenes ou l'un de ses fragments, ledit polypeptide étant de préférence SEQ ID N o 2 à SEQ ID N o 41.

30. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans la machinerie cellulaire ou l'un de ses fragments.

3I. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans le métabolisme intermédiaire central ou l'un de ses fragements.

32. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans le métabolisme énergétique ou l'un de ses fragments.

33. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides ou l'un de ses fragments.

34. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides ou l'un de ses fragments.

35. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans les fonctions de régulation ou l'un de ses fragments.

36. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans le processus de réplication ou l'un de ses fragments.

37. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans le processus de transcription ou l'un de ses fragments.

38. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans le processus de traduction ou l'un de ses fragments.

39. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines ou l'un de ses fragments.

40. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques ou l'un de ses fragments.

41. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans la sensibilité aux médicaments et analogues ou l'un de ses fragments.

42. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans la biosynthèse de la vitamine B12, ledit polypeptide étant de préférence SEQ ID N o 42 à SEQ ID
N o64.

43. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria monocytogenes impliqué dans les fonctions relatives aux transposons ou l'un de ses fragments.

44. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide spécifique de Listeria monocytogenes ou l'un de ses fragments.

45. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 1 à 4, et 8 à 26 , et/ou séquence de polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, et, 27 à 44, caractérisée(s) en ce que ladite ou lesdites séquences est (sont) enregistrée(s) sur un support d'enregistrement dont la forme et la nature facilitent la lecture, l'analyse et/ou l'exploitation de ladite ou desdites séquences.

46. Séquence nucléotidique ou séquence de polypeptide selon la revendication 45, caractérisée en ce que le support d'enregistrement est un CD-ROM, une disquette informatique ou un serveur informatique.

47. Support d'enregistrement caractérisé en ce qu'y est enregistré une séquence nucléotidique ou de polypeptide selon la revendication 45 ou 46.

48. Utilisation d'un support selon la revendication 47 pour le choix d'amorces ou de sondes nucléotidiques pour la détermination de gènes dans des souches proches de Listeria monocytogenes.

49. Utilisation d'un support selon la revendication 47 pour l'étude du polymorphisme génétique de souches proches de Listeria monocytogenes.

50. Utilisation d'un support selon la revendication 47, pour l'étude d'autres génomes en particulier pour l'annotation automatique de gènes provenant d'autres génomes.

51. Séquence nucléotidique utilisable comme amorce ou comme sonde, caractérisée en ce que ladite séquence est choisie parmi les séquences nucléotidiques selon l'une des revendications 2 à 4, et, 8 à 26.

52. Séquence nucléotidique selon la revendication 51, caractérisée en ce qu'elle est marquée par un composé radioactif ou par un composé non radioactif.

53. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 51 et 52, caractérisée en ce qu'elle est immobilisée sur un support, de manière covalente ou non-covalente.

54. Séquence nucléotidique selon la revendication 53, caractérisée en ce qu'elle est immobilisée sur un support tel qu'un filtre à haute densité ou une puce à ADN.

55. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 52 à 55 pour la détection et/ou l'amplification de séquences nucléiques.

56. Puce à ADN ou filtre, caractérisé en ce qu'il contient au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 55.

57. Puce à ADN ou filtre selon la revendication 56, caractérisé en ce qu'il contient en outre au moins une séquence nucléotidique d'un micro-organisme autre que Listeria monocytogenes, immobilisée sur le support de ladite puce.

58. Puce à ADN ou filtre selon la revendication 57, caractérisé en ce que le micro-organisme autre est choisi parmi un micro-organisme associé à Listeria monocytogenes, une bactérie du genre Listeria, et un variant de Listeria monocytogenes.

59. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria monotygenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé
en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon la revendication 56.

60. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification d'un micro-organisme, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon l'une des revendications 57 et 58.

61. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou la quantification de l'expression d'au moins un gène de Listeria monocytogenes, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon l'une des revendications 56 à 58.

62. Vecteur de clonage, et/ou d'expression, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4 et 8 à 26.

63. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 62, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 11.

64. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 62, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 14.

65. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 62, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 9, 19 ou 20.

66. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 62, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 12, en particulier codant pour une protéine impliquée dans les mécanismes de sécrétion.

67. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 62, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 24.

68. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 62, caractërisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique codant pour une protéine impliquée dans la résistance et/ou l'adaptation au stress.

69. Cellule hôte, caractérisée en ce qu'elle est transformée par un vecteur selon l'une des revendications 62 à 68.

70. Cellule hôte selon la revendication 69, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une bactérie appartenant au genre Listeria.

71. Cellule hôte selon la revendication 70, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une bactérie appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes.

72. Vëgétal ou animal, excepté l'Homme, comprenant une cellule transformée selon l'une des revendications 69 à 71.

73. Procédé de préparation d'un polypeptide, caractérisé en ce que l'on cultive une cellule transformée par un vecteur selon la revendication 62 dans des conditions permettant l'expression dudit polypeptide et que l'on recupère ledit polypeptide recombinant.

74. Polypeptide recombinant susceptible d'étre obtenu par un procédé selon la revendication 73.

75. Procédé de préparation d'un polypeptide synthétique selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44, caractérisé en ce que l'on effectue une synthèse chimique dudit polypeptide.

76. Polypeptide hybride, caractérisé en ce qu'il comprend au moins la séquence d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44 et 74, et une séquence d'un polypeptide susceptible d'induire une réponse immunitaire chez l'homme ou l'animal.

77. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide hybride selon la revendication 76.

78. Vecteur caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 77.

79. Anticorps monoclonal ou polyclonal, ses fragments, ou anticorps chimérique, caractérisé en ce qu'il est capable de reconnaître spécifiquement un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44, 74 ou 76.

80. Anticorps selon la revendication 79, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un anticorps marqué.

81. Procédé pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à
l'espèce Listeria monocytogenes ou à un microorganisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes:

a) mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'une des revendications 79 et 80;

b) mise en évidence du complexe antigène-anticorps éventuellement formé.

82. Procédé pour la détection de l'expression d'un gène de Listeria monocytogenes caractérisé en ce que l'on met en contact une souche de Listeria monocytogenes, avec un anticorps selon la revendication 79 ou 80 et que l'on détecte le complexe antigène/anticorps éventuellement formé.

83. Kit ou nécessaire pour la mise en oeuvre d'un procédé selon la revendication 81 ou 82, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants:

a) un anticorps selon l'une des revendications 79 et 80;
b) éventuellement, les réactifs pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique ;
c) éventuellement, les réactifs permettant la mise en évidence des complexes antigène-anticorps produits par la réaction immunologique.

84. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44, 74 et 76, ou anticorps selon l'une des revendications 79 et 80, caractérisé en ce qu'il est immobilisé
sur un support, notamment une puce à protéine.

85. Puce à protéine, caractérisée en ce qu'elle contient au moins un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44, 74 et 76, ou au moins un anticorps selon l'une des revendications 79 et 80, immobilisé sur le support de ladite puce.

86. Puce à protéine selon la revendication 85, caractérisée en ce qu'elle contient en outre au moins un polypeptide de micro-organisme autre que Listeria monocytogenes ou au moins un anticorps dirigé contre un composé de micro-organisme autre que Listeria monocytogenes, immobilisé sur le support de ladite puce.

87. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé
en ce qu'il comprend une puce à protéine selon l'une des revendications 85 et 86.

88. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification d'un micro-organisme, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à protéine selon la revendication 86.

89. Procédé de détection et/ou d'identification de bactéries appartenant à
l'espèce Listeria monocytogenes ou à un micro-organisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il met en couvre une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 1 à 4, 8 à 26, 51 à 55 et 77.

90. Procédé selon la revendication 89, caractérisé en ce qu'il comporte les étapes suivantes :
a) éventuellement, isolement de l'ADN à partir de l'échantillon biologique à
analyser, ou obtention d'un ADNc à partir de l'ARN de l'échantillon biologique ;
b) amplification spécifique de l'ADN de bactéries appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou â un micro-organisme associé à l'aide d'au moins une amorce selon l'une des revendications 51 à 55 ;
c) mise en évidence des produits d'amplification.

91. Procédé selon la revendication 89, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes :
a) mise en contact d'une sonde nucléotidique selon l'une des revendications 51 à 55, avec un échantillon biologique, l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique ayant, le cas échéant, préalablement été rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou à un micro-organisme associé ;
b) mise en évidence de l'hybride éventuellement formé entre la sonde nucléotidique et l'acide nucléique de l'échantillon biologique.

92. Procédé selon la revendication 89, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes :
a) mise en contact d'une sonde nucléotidique immobilisée sur un support selon la revendication 53 avec un échantillon biologique, l'acide nucléique de l'échantillon ayant, le cas échéant, été préalablement rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou à un micro-organisme associé ;
b) mise en contact de l'hybride formé entre la sonde nucléotidique immobilisée sur un support et l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique, le cas échéant après élimination de l'acide nucléique de l'échantillon biologique n'ayant pas hybridé avec la sonde, avec une sonde nucléotidique marquée selon la revendication 52 ;
c) mise en évidence du nouvel hybride formé à l'étape b).

93. Procédé selon la revendication 92, caractérisé en ce que, préalablement à
l'étape a), l'ADN de l'échantillon biologique ou l'ADNc obtenu éventuellement par transcription inverse de l'ARN de l'échantillon, est amplifié à l'aide d'au moins une amorce selon l'une des revendications 51 à 55.

94. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants :
a) une sonde nucléotidique selon l'une des revendications 51 à 55;
b) éventuellement, les réactifs nécessaires à la mise en oeuvre d'une réaction d'hybridation ;
c) éventuellement, au moins une amorce selon l'une des revendications 51 à 55 ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.

95. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé
en ce qu'il comprend les éléments suivants :
a) une sonde nucléotidique, dite sonde de capture, selon la revendication 53 ;

b) une sonde oligonucléotidique, dite sonde de révélation, selon la revendication 52;
c) éventuellement, au moins une amorce selon l'une des revendications 51 à 55 ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.

96. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé
en ce qu'il comprend les éléments suivants a) au moins une amorce selon l'une des revendications 51 à 55;
b) éventuellement, les réactifs nécessaires pour effectuer une réaction d'amplification d'ADN ;
c) éventuellement, un composant permettant de vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement une sonde oligonucléotidique selon l'une des revendications 51 à 55.

97. Procédé selon les revendications 81, 82 et 89 à 93 ou kit ou nécessaire selon les revendications 83, 87, 88 et 94 à 96 pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes, caractérisé en ce que ladite amorce et/ou ladite sonde sont choisies parmi les séquences nucléotidiques selon l'une des revendications 2 à 4, 8 à 26, 51 à 55 et 77 spécifiques de l'espèce Listeria monocytogenes, en ce que lesdits polypeptides sont choisis parmi les polypeptides selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à

et 74 ou 76 spécifiques de l'espèce Listeria monocytogenes et en ce que lesdits anticorps sont choisis parmi les anticorps selon l'une des revendications 79 et 80 dirigés contre les polypeptides choisis parmi les polypeptides selon l'une des revendications 5 à 7, 26 à 44, 74 ou 76 spécifiques. de l'espèce Listeria monocytogenes.

98. Procédé ou kit ou nécessaire selon la revendication 97, caractérisé en ce que ladite amorce et/ou ladite sonde sont choisies parmi les séquences nucléotidiques codant pour une protéine sécrétée, en ce que lesdits polypeptides sont choisis parmi les polypeptides sécrétés et en ce que lesdits anticorps sont choisis parmi les anticorps selon l'une des revendications 79 et 80 dirigés contre des polypeptides sécrétés ou de surface de Listeria monocytogenes, lesdits polypeptide étant de préférence SEQ ID N o 2 à SEQ ID N o41.

99. Souche de Listeria monocytogenes, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4 ou 8 à 26.

100. Souche de Listeria monocytogenes selon la revendication 99, caractérisée en ce qu'elle contient une mutation dans une séquence nucléotidique selon la revendication 13.

101. Souche de Listeria monocytogenes selon la revendication 99, caractérisée en ce qu'elle contient une mutation dans une séquence nucléotidique selon la revendication 14.

102. Souche de Listeria monocytogenes selon la revendication 99, caractérisée en ce qu'elle contient une mutation dans une séquence nucléotidique selon la revendication 9, 19 ou 20.

103. Souche de Listeria monocytogenes selon la revendication 99, caractérisée en ce qu'elle contient une mutation dans une séquence nucléotidique selon la revendication 12, en particulier codant pour une protéine impliquée dans les mécanismes de sécrétion.

104. Souche de Listeria monocytogenes selon la revendication 99, caractérisée en ce qu'elle contient une mutation dans une séquence nucléotidique codant pour une protéine impliquée dans la résistance et/ou l'adaptation au stress.

105. Souche de Listeria monocytogenes selon la revendication 99, caractérisée en ce qu'elle contient une mutation dans une séquence nucléotidique codant pour une protéine impliquée dans la biosynthèse de la vitamine B12.

106. Souche de Listeria monocytogenes selon l'une des revendications 99 à 105, caractérisée en ce que la mutation mène à une inactivation du gène.

107. Souche de Listeria monocytogenes selon l'une des revendications 99 à 105, caractérisée en ce que la mutation mène à une surexpression du gène.

108. Utilisation d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à
44, 74 et 76 d'une cellule transformée selon l'une des revendications 69 à 71 d'une souche selon la revendication 99 à 107 et/ou d'un animal selon la revendication 72, pour 1a biosynthèse ou la biodégradation d'un composé d'intérêt.

109. Procédé de biosynthèse ou de biodégradation d'un composé d'intérêt, caractérisé en ce qu'il met en oeuvre un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 26 à 44, 74 et 76, une cellule transformée selon l'une des revendications 69 à 71 une souche selon l'une des revendications 99 à 107 et/ou un animal selon la revendication 72.

110. Utilisation selon la revendication 108 ou procédé selon la revendication 109, caractérisés en ce que le composé d'intérêt est la vitamine B12.

111. Utilisation d'une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à
4, et, 8 à 26, d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44, et 76, d'un anticorps selon l'une des revendications 79 et 80, d'une cellule selon l'une des revendications 69 à 71, et/ou d'un animal transformé selon la revendication 72 pour la sélection de composé organique ou inorganique capable de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, et/ou de modifier la réplication cellulaire de cellules eucaryotes ou procaryotes ou capables d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez un organisme animal ou humain les pathologies liées à une infection par Listeria monocytogenes ou par un micro-organisme associé.

112. Méthode de sélection de composé capable de se lier à un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44, 74 et 76, capable de se lier à une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et, 8 à 26, ou capable de reconna~tre un anticorps selon l'une des revendications 79 et 80, et/ou capable de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, et/ou de modifier la réplication cellulaire de cellules eucaryotes ou procaryotes, ou capables d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez un organisme animal ou humain les pathologies liées à une infection par Listeria monocytogenes, caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes suivantes :
a) mise en contact dudit composé avec ledit polypeptide, ladite séquence nucléotidique, avec une cellule transformée selon l'une des revendications 69 à 71, et/ou administration dudit composé à un animal transformé selon la revendication 72;
b) détermination de la capacité dudit composé à se lier avec ledit polypeptide ou ladite séquence nucléotidique, ou de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, ou de moduler la croissance ou la réplication cellulaire, ou d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez ledit organisme animal ou humain les pathologies liées à une infection par Listeria monocytogenes ou par un micro-organisme associé.

113. Composé susceptible d'être sélectionné par une méthode selon la revendication 112.

114. Composition pharmaceutique comprenant un composé choisi parmi les composés suivants :
a) une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8 à
26 ;
b) un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44, 74 et 76 ;
c) un vecteur selon l'une des revendications 62 à 68, et 78 ;
d} un anticorps selon la revendication 79 ou 80 ; et e) un composé selon la revendication 113.

115. Composition selon la revendication 114, éventuellement en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable.

116. Composition pharmaceutique selon l'une des revendications 114 et 115 pour la prévention ou le traitement d'une infection par une bactérie appartenant à
l'espèce Listeria monocytogenes ou par un micro-organisme associé.

117. Composition vaccinale, caractérisée en ce qu'elle comprend un ou plusieurs polypeptides selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44, 74, et/ou un ou plusieurs polypeptides hybrides selon la revendication 76.

118. Utilisation d'une cellule selon l'une des revendications 62 à 68, pour la préparation d'une composition vaccinale.

119. Composition vaccinale, caractérisée en ce qu'elle contient un vecteur selon l'une des revendications 62 à 68 et 78, et/ou une cellule selon l'une des revendications 69 à 71.

120. Composition vaccinale capable d'induire une réponse immunitaire cellulaire ou humorale pour la prévention ou le traitement d'une infection par bactérie appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou par un micro-organisme associé, caractérisée en ce qu'elle comprend une composition immunogène selon l'une des revendications 117 et 119, en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable et, éventuellement un ou plusieurs adjuvants de l'immunité appropriés.

121. Banque d'ADN génomique d'une bactérie du genre Listeria, caractérisée en ce que ladite banque d'ADN est clonée dans des chromosomes artificiels de bactéries (BAC).

122. Banque d'ADN génomique selon la revendication 121, caractérisée en ce que ladite bactérie est Listeria monocytogenes.

123. Banque d'ADN génomique selon la revendication 121, caractérisée en ce que ladite bactérie est la souche EGD-e de Listeria monocytogenes.

124. Banque selon la revendication 122, caractérisée en ce qu'il s'agit de la banque LM-baclib déposée à la CNCM le 11 Avril 2000, sous le numéro d'ordre 1-2439.

125. Méthode pour l'isolement d'un polynucléotide d'intérêt présent chez une souche de Listeria et absente chez une autre souche, caractérisé en ce quelle utilise au moins une banque selon l'une des revendications 121 ou 124.

126. Méthode selon la revendication 125, caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes suivantes :
a) isoler au moins un polynucléotide contenu dans un clone de la banque d'ADN basée sur un BAC, d'origine de Listeria, b) isoler - au moins un polynucléotide génomique ou ADNc d'une Listeria, ladite Listeria appartenant à une souche différente de la souche utilisée pour la construction de la banque d'ADN BAC de l'étape a) ou, de façon alternative, - au moins un polynucléotide contenu dans un clone d'une banque d'ADN
basée sur un BAC préparé à partir du génome d'une Listeria qui est différente de la Listeria utilisée pour la construction de la banque d'ADN basée sur le BAC de l'étape a).
c) hybrider le polynucléotide de l'étape a) au polynucléotide de l'étape b) ;
d) sélectionner les polynucléotides de l'étape a) qui n'ont pas formé de complexe d'hybridation avec les polynucléotides de l'étape b) ;
e) caractériser le polynucléotide sélectionné.

127. Banque génomique d'une bactérie du genre Listeria.

128. Banque génomique selon la revendication 127, caractérisée en ce que la bactérie est Listeria monocytogenes.