[go: up one dir, main page]

NL1033520C2 - Ghrelinebindende nucleïnezuren. - Google Patents

Ghrelinebindende nucleïnezuren. Download PDF

Info

Publication number
NL1033520C2
NL1033520C2 NL1033520A NL1033520A NL1033520C2 NL 1033520 C2 NL1033520 C2 NL 1033520C2 NL 1033520 A NL1033520 A NL 1033520A NL 1033520 A NL1033520 A NL 1033520A NL 1033520 C2 NL1033520 C2 NL 1033520C2
Authority
NL
Netherlands
Prior art keywords
box
piece
nucleic acid
misc
feature
Prior art date
Application number
NL1033520A
Other languages
English (en)
Other versions
NL1033520A1 (nl
Inventor
Florian Jarosch
Dirk Eulberg
Christian Maasch
Steffen Helmling
Sven Klussmann
Original Assignee
Noxxon Pharma Ag
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Noxxon Pharma Ag filed Critical Noxxon Pharma Ag
Publication of NL1033520A1 publication Critical patent/NL1033520A1/nl
Application granted granted Critical
Publication of NL1033520C2 publication Critical patent/NL1033520C2/nl

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/575Hormones
    • C07K14/61Growth hormone [GH], i.e. somatotropin
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/715Polysaccharides, i.e. having more than five saccharide radicals attached to each other by glycosidic linkages; Derivatives thereof, e.g. ethers, esters
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00Drugs for disorders of the metabolism
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/04Anorexiants; Antiobesity agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/08Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
    • A61P3/10Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P5/00Drugs for disorders of the endocrine system
    • A61P5/02Drugs for disorders of the endocrine system of the hypothalamic hormones, e.g. TRH, GnRH, CRH, GRH, somatostatin
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P5/00Drugs for disorders of the endocrine system
    • A61P5/06Drugs for disorders of the endocrine system of the anterior pituitary hormones, e.g. TSH, ACTH, FSH, LH, PRL, GH
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P5/00Drugs for disorders of the endocrine system
    • A61P5/06Drugs for disorders of the endocrine system of the anterior pituitary hormones, e.g. TSH, ACTH, FSH, LH, PRL, GH
    • A61P5/08Drugs for disorders of the endocrine system of the anterior pituitary hormones, e.g. TSH, ACTH, FSH, LH, PRL, GH for decreasing, blocking or antagonising the activity of the anterior pituitary hormones
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A61P9/12Antihypertensives
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6811Selection methods for production or design of target specific oligonucleotides or binding molecules
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10Type of nucleic acid
    • C12N2310/16Aptamers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30Chemical structure
    • C12N2310/31Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/318Chemical structure of the backbone where the PO2 is completely replaced, e.g. MMI or formacetal
    • C12N2310/3183Diol linkers, e.g. glycols or propanediols
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30Chemical structure
    • C12N2310/35Nature of the modification
    • C12N2310/351Conjugate
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/50Physical structure
    • C12N2310/53Physical structure partially self-complementary or closed

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Obesity (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Heart & Thoracic Surgery (AREA)
  • Cardiology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Child & Adolescent Psychology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)

Description

5 GHRELINEBINDENDE NUCLEÏNEZUREN
De onderhavige uitvinding heeft betrekking op nucleï-nezuren die binden aan ghreline, en op het gebruik hiervan voor de bereiding van een geneesmiddel, en op het gebruik 10 hiervan voor de bereiding van een diagnostisch middel.
Ghreline werd geïdentificeerd als de natuurlijke ligand van de groeihormoon-secretagoog-receptor la (GSHRla). De receptor komt het meest voor in de hypofyse en in hypo-thalamische gedeelten van de hersenen, maar kan in lage 15 concentraties ook worden gedetecteerd in andere weefsels. Vanaf de late jaren 70 is aangetoond dat synthetische peptiden en andere verbindingen, secretagogen genaamd, de afgifte van groeihormoon stimuleren. De natuurlijke ligand die verantwoordelijk is voor de afgifte van groeihormoon 20 bleef echter onbekend totdat ghreline werd ontdekt in 1999. Ghreline is een zeer basisch peptidehormoon van 28 aminozuren, met een octanoylzijketen aan het derde aminozuur vanaf de N-terminus (serine 3) . Deze ongebruikelijke modificatie is vereist voor wisselwerking met de GHS-25 receptor en voor activiteit. In biologische monsters komt echter een mengsel voor van octanoylghreline, dat een vorm van een bioactief ghreline is, en het ongemodificeerde of desoctanoylghreline. De aminozuursequentie van gezuiverd rattenghreline werd bepaald en is 30 GSSFLSPEHQKAQQRKESKKPPAKLQPR (SEQ ID NO 2); de overeenkomstige humane sequentie wijkt hiervan slechts op twee posities af, draagt dezelfde n-octanoyl-zijketen op de amino-zuurpositie serine 3, en heeft de sequentie GSSFLSPEHQRVQQRKESKKPPAKLQPR (SEQ ID NO 1) 35 Naast de natuurlijke n-octanoylrest mediëren ook on verzadigde of vertakte octanoylgroepen en langere alifati-sche ketens, geïntroduceerd op positie 3 van ghreline, de 10 335Z0 2 receptorherkenning. Het receptorwisselwerkingsdomein bevindt zich aan de N-terminus van ghreline; deletiestudies hebben aangetoond dat het minimale motief van de aminozuren 1-5 (ghreline(1-5) [GSSFL]) voldoende is voor stimula-5 tie van GHSRla, maar peptidemodif icatie met de n-octanoylrest bleek hiervoor van groot belang.
Er is aangetoond dat ghreline fysiologische functies medieert die betrekking hebben op een anabole toestand. Het stimuleert rechtstreeks de afgifte van groeihormoon 10 (GH) door de hypofyse, en kan derhalve een geschikt doelwit zijn voor de behandeling van acromegalie. Experimenten in knaagdieren hebben ook uitgewezen dat ghreline eetgedrag induceert, op een GH-onafhankelijke wijze, door in te werken op hypothalamische neuronen. Er zij opgemerkt dat 15 oxyntische klieren in de maag voornaamste plaats van ghre-lineproductie vormen, wat suggereert dat ghreline dienst doet als een hormonale koppeling tussen maag, hypofyse en hypothalamus. De waarneming dat ghrelinetoediening in ratten resulteerde in gewichtstoename als gevolg van verande-20 ringen in energieopname en/of brandstofbenutting ondersteunt een dergelijke rol. Bovendien veroorzaakt systemi-sche ghrelinetoediening in mensen een gevoel van honger in de proefpersonen en induceert dit overmatig eten. Op basis van deze bevindingen wordt aangenomen dat ghreline een 25 cruciale rol speelt in de regulering van eetlust een lichaamsgewicht, fungerend als zowel een acuut als een chronisch signaal van een ondervoede toestand. Verdere steun voor deze hypothese wordt geleverd door waarnemingen dat zowel ghrelineniveaus als eetlust verlaagd zijn in indivi-30 duen na een maagbypass, wat ten minste voor een deel bij-draagt aan de effectiviteit van deze procedure in het teweegbrengen van gewichtsverlies. Klinische gegevens van patiënten met het syndroom van Prader-Willi suggereren ook dat de hyperfagie en het overgewicht die met deze ziekte 35 gepaard gaan het gevolg zijn van enorme hyperghrelinemie. Voorts is gebleken dat ghreline hyperglykemie en remming van insulineafgifte induceert, wat duidt op betrokkenheid 3 bij het glucosemetabolisme. Naast deze functies in ener-giemetabolisme, is ghreline ook geïmpliceerd in een aantal andere processen op het gebied van gastro-intestinale ziekten, zoals maagleging en regulatie van ingewandsbewe-5 gingen. Verder bleek ghreline ook tot expressie te worden gebracht in een aantal neuroendocriene tumoren, en, naast GH-afgifte door de hypofyse, de afgifte van ACTH, PRL en cortisol te stimuleren. Enkelvoudige injecties van ghreline in gezonde individuen bleken de hartfunctie te verhogen 10 en de bloeddruk te verlagen. Ghreline blijkt derhalve te zijn betrokken bij verscheidene taken. Verdere achtergrondinformatie hierover kan worden gevonden in M. Kojima, H. Hosoda, Y. Date, M. Nakazato, H. Matsu, K. Kangawa, "Ghrelin is a growth-hormone-releasing acylated peptide 15 from stomach", Nature 402:656-60,1999; M. Tschöp, D.L. Smiley, M.L. Heiman, "Ghrelin induces adiposity in rodents", Nature 407:908-13,2000; A.M. Wren et al., "Ghrelin enhances appetite and increases food intake in humans", Journal of Clinical Endocrinology Metabolism 86:5992-20 6,2001; M. Nakazato et al., "A role for ghrelin in the central regulation of feeding", Nature 409: 194-8,2001; N. Nagaya, et al., Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 2001 May; 280(5):R1483-7; Hemodynamic and hormonal effects of human ghrelin in healthy volunteers; Volante M, et al., 25 J Clin Endocrinol Metab. 2002 Mar; 87(3):1300-8. Expression of ghrelin and of the GH secretagogue receptor by pancreatic islet cells and related endocrine tumors; Jeffery PL, et al., J Endocrinol. 2002 Mar; 172(3) :R7-11 Expression and action of the growth hormone releasing pep-30 tide ghrelin and its receptor in prostate cancer cell lines; Egido EM, et al., Eur J Endocrinol. 2002 Feb; 146(2):241-4 Inhibitory effect of ghrelin on insulin and pancreatic somatostatin secretion; Broglio F, et al., J Clin Endocrinol Metab. 2001 Oct; 86(10):5083-6, Ghrelin, a 35 natural GH secretagogue produced by the stomach, induces hyperglycemia and reduces insulin secretion in humans; Bednarek MA, et al., J Med Chem. 2000 Oct.; 43:4370-6, 4
Structure-function studies on the new growth hormonereleasing peptide, ghrelin: minimal sequence of ghrelin necessary for activity of growth hormone secretagogue receptor la.
5 Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavi ge uitvinding is het verschaffen van een specifieke antagonist voor ghreline. Een ander aspect van het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding is het verschaffen van een specifieke antagonist voor de 10 groeihormoon-sectregagoog-receptor la (GHSR-la). Nog een ander aspect van het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding is het verschaffen van een verbinding voor de behandeling van ziekten en aandoeningen waarbij respectievelijk ghreline en de GHSR-la-receptor 15 betrokken zijn.
Weer een ander probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding is het verschaffen van wijzen voor de binding van bioactief ghreline en meer in het bijzonder het verschaffen van een werkwijze voor de behandeling van 20 ziekten en aandoeningen die worden gemedieerd door bioactief ghreline, en van werkwijzen voor de specifieke detectie van bioactief ghreline.
Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding wordt in een eerste aspect opgelost door een 25 nucleïnezuur, bij voorkeur bindend aan ghreline, bevattende een eerste stuk, Box A, en een tweede stuk, Box B, waarbij 30 het eerste stuk, Box A, ongeveer 25 opeenvolgende nu- cleotiden bevat, het tweede stuk, Box B, ongeveer zes tot acht opeenvolgende nucleotiden bevat, waarbij 35 een stuk van een aantal nucleotiden aan het 3'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A, hybridiseert met het tweede stuk, Box B, waardoor bij hybridisatie een eerste 5 dubbelstrengsstructuur wordt gevormd, waarbij deze eerste dubbelstrengsstructuur een bobbel bevat.
In een uitvoeringsvorm van elk aspect van de onderhavige uitvinding is het ghreline een bioactief ghreline, en 5 meer bij voorkeur octanoylghreline en meest bij voorkeur n-octanoylghreline.
In een uitvoeringsvorm wordt de dubbelstrengsstructuur gevormd door de vijf 3'-terminale opeenvolgende nu-cleotiden van het eerste stuk, Box A, en een deel van of 10 alle nucleotiden van het tweede stuk, Box B, bij voorkeur de zes tot acht opeenvolgende nucleotiden van het tweede stuk, Box B.
In een uitvoeringsvorm wordt de bobbel gevormd door 1 tot 3 nucleotiden van het tweede stuk, Box B, bij voorkeur 15 door 1 nucleotide van het tweede stuk, Box B, die niet ba- separen met de vijf 3'-terminale opeenvolgende nucleotiden van het eerste stuk, Box A.
In een uitvoeringsvorm wordt de bobbel gevormd door een niet-baseparende purine, waarbij de purine bij voor-20 keur een guanosine is.
In een voorkeursuitvoeringsvorm wordt de niet-baseparende purine verschaft door het tweede stuk, Box B.
In een uitvoeringsvorm bevat het nucleïnezuur voorts een derde stuk, Box Cl, en een vierde stuk, Box C2, 25 waarbij het derde stuk, Box Cl, ten minste één nucleotide bevat en het vierde stuk, Box C2, ten minste één nucleotide bevat, en waarbij het derde stuk, Box Cl, met zijn 3'-ige uiteinde 30 is gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het tweede stuk, Box B, en het vierde stuk, Box C2, met zijn 5'-ige uiteinde is gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A.
In een voorkeursuitvoeringsvorm zijn het derde stuk, 35 Box Cl, en het vierde stuk, Box C2, in staat tot hybridisatie, waarbij na hybridisatie een tweede dubbel strengsstructuur wordt gevormd.
6
In een uitvoeringsvorm vormt de eerste dubbel-strengsstructuur een eerste helicale structuur.
In een voorkeursuitvoeringsvorm vormt de tweede dub-belstrengsstructuur een tweede helicale structuur.
5 In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm is de tweede helicale structuur een helix of een helixachtige structuur die 1 tot 10 baseparen bevat, bij voorkeur 1 tot 3 baseparen en meer bij voorkeur 2 tot 3 baseparen.
In een voorkeursuitvoeringsvorm wordt de eerste heli-10 cale structuur verlengd door de tweede helicale structuur.
In een voorkeursuitvoeringsvorm bevat het derde stuk, Box Cl, ongeveer twee tot 10 opeenvolgende nucleotiden, bij voorkeur 1 tot 3 nucleotiden en meer bij voorkeur 2 of 3 opeenvolgende nucleotiden.
15 In een voorkeursuitvoeringsvorm bevat het vierde stuk, Box C2, ongeveer twee tot 10 opeenvolgende nucleotiden, bij voorkeur 1 tot 3 nucleotiden en meer bij voorkeur 2 of 3 opeenvolgende nucleotiden.
In een voorkeursuitvoeringsvorm bevat het nucleïne-20 zuur voorts een vijfde stuk, Box D, dat ten minste twee opeenvolgende nucleotiden bevat.
In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm bevat het vijfde stuk, Box D, de sequentie 5'-CA.
In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm 25 bevat het vijfde stuk, Box D, een aantal opeenvolgende nucleotiden, waarbij het aantal is gekozen uit de groep bestaande uit twee, drie, vier, vijf en zes opeenvolgende nucleotiden.
In een voorkeursuitvoeringsvorm bevat het vijfde 30 stuk, Box D, de sequentie 5 ' CA (X)n3' waarbij X elk nucleotide kan zijn, bij voorkeur gekozen 35 uit de groep omvattende A, G, T, C, U en I, en waarbij n een heel getal is gekozen uit de groep bestaande uit 0, 1, 2, 3 en 4.
7
In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm bestaat het vijfde stuk, Box D, uit de sequentie 5'CA(X)n3' 5 waarbij n = 4.
In een voorkeursuitvoeringsvorm is het vijfde stuk, Box D, met het 5'-ige uiteinde gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het tweede stuk, Box B.
10 In een voorkeursuitvoeringsvorm bevat het nucleïne- zuur voorts een zesde stuk, Box E, dat ten minste één nucleotide bevat.
In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm bevat het zesde stuk, Box E, ongeveer 1 tot 10 opeenvol-15 gende nucleotiden, bij voorkeur 1 tot 4 opeenvolhende nu-cleotiden, en meer bij voorkeur 3 opeenvolgende nucleotiden.
In een andere neer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm is ten minste één van de nucleotiden van het 20 zesde stuk, Box E, gekozen uit de groep bestaande uit U en G.
In een bijzonder de voorkeur genietende uitvoeringsvorm bevindt het U- of G-nucleotide zich onmiddellijk naast het 5'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A.
25 In een voorkeursuitvoeringsvorm is het zesde stuk,
Box E, met het 3'-ige uiteinde gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A.
In e'en voorkeursuitvoeringsvorm is het 3'-ige uiteinde van het vijfde stuk, Box D, gehecht aan het 5'-ige uit-30 einde van het zesde stuk, Box E, door middel van een eerste spacer.
In een voorkeursuitvoeringsvorm is het 3'-ige uiteinde van het vierde stuk, Box C2, gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het derde stuk, Box Cl, door middel van een 35 tweede spacer.
8
In een voorkeursuitvoeringsvorm zijn de eerste en de tweede spacer elk afzonderlijk en onafhankelijk van elkaar gekozen uit de groep bestaande uit hydrofiele spacers.
In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm is 5 de hydrofiele spacer gekozen uit de groep bestaande uit nucleïnezuurspacers en niet-nucleïnezuurspacers.
In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm is de eerste spacer een nucleïnezuurspacer die ongeveer 1 tot 20 opeenvolgende nucleotiden bevat, bij voorkeur 1 tot 5 10 opeenvolgende nucleotiden en meer bij voorkeur 2 opeenvolgende nucleotiden.
In een andere meer de voorkeur genietende uitvoe ringsvorm is de tweede spacer een nucleïnezuurspacer die ongeveer 3 tot 20 opeenvolgende nucleotiden bevat, bij 15 voorkeur 3 tot 5 opeenvolgende nucleotiden en meer bij voorkeur 3 opeenvolgende nucleotiden. In een nog meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm bestaat de spacer uit ACA of CAA.
In een andere meer de voorkeur genietende uitvoe- 20 ringsvorm is de spacer een niet-nucleïnezuur. In een bij zonder de voorkeur genietende uitvoeringsvorm daarvan bevat de eerste spacer en/of de tweede spacer ten minste één ethyleenglycolgroep of een veelvoud van dergelijke ethy-leenglycolgroepen.
25 In een uitvoeringsvorm heeft de spacer een molecuul- gewicht van ongeveer 172 tot 688 Da, bij voorkeur 344 Da.
In een uitvoeringsvorm is het nucleïnezuur een cy clisch nucleïnezuur.
In een uitvoeringsvorm heeft het nucleïnezuur de 30 structuur van 5' - Box Cl - Box B - Box D - Spacer - Box E Box A - Box C2 35 of de structuur van 5' - Box E - Box A - Box C2 - Spacer - Box Cl - 9
Box B - Box D
In een uitvoeringsvorm bevat het eerste stuk, Box A, de sequentie van 5 UAAXiXzCCGAAXaGÜAX^CAUÜCCUXsC (SEQ ID NO: 3) ; waarbij 10 Xi = G of A; X2 = A of U; X3 = G of A;
Xi = A of C of ü; en X5 = G Of A, 15 bij voorkeur 5'UAAGACCGAAGGUACCCAUUCCUAC3' (SEQ ID NO: 4).
In een uitvoeringsvorm bevat het tweede stuk, Box B, de sequentie van 5'GUGAGG3'.
In een uitvoeringsvorm is de sequentie van het nucle-20 inezuur gekozen uit de groep bestaande uit de sequenties volgens__ _SEQ ID NO:__interne referentie_ _5__MS-P2-E3_ _6__MS-P2-G2_ _7__MS-P2-D2_ _8__MS-P2-A3_ _9__MS-P2-E1_ _10__MS-P2-B1_ _11__MS-P2-F1_ _12__MS-P2-C3_ _13__MS-P2-C2_ _14__MS-P2-H2_ _15__MS-P2-A4_ _16__MS-P2-B2_ _17__MS-P2-A2_ _18__MS-P3-H3_ ' _19_J_MS-P2-D1_ 10 _20__SOT-C_ _21__F12_ _22__SQT-D (C12)_ _23__SQT-D-000_ _24__SOT-D-100_ _25__SQT-D-101_ _25__SQT-D-102_ _27__SQT-D-104_ _28__SQT-D-106_ _29__SQT-D-108_ _30__SQT-D-109_ _31__SQT-D-110_ _32__SOT-D-111_ _33__SOT-E of MS-P2-F1_ _34__S0T-E-02_ _35__SQT-E-09_ _36__SOT-E-11_ _37__SOT-E-12_ _38__SOT-E-14_ _39__SOT-E-19_ _40__SOT-E-21_ _41__SOT-E-25_ _42__SOT-E-33_ _43__SOT-E19-L_ _44__SOT-E19-L1_ _45__SOT-E19-L2_ _46__SOT-E19-L3_ _47__SOT-E19-L4_ _48__SOT-E19-L5_ _49__SOT-E19-L6_ _50__SOT-E19-L7_ _51__SOT-E19-5 1 -PEG_ _52__SOT-D-109 (NOX-B11-2) _72__gebiotinyleerde NOX-B11 11
In een voorkeursuitvoeringsvorm wordt de sequentie van het nucleüinezuur gekozen uit de groep bestaande uit de sequenties van SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38 SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO:
5 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 46, SEQ ID
NO: 47, SEQ ID NO: 51 en SEQ ID NO: 52.
In een uitvoeringsvorm is het nucleïnezuur in staat ghreline, bij voorkeur humaan ghreline, te binden.
In een voorkeursuitvoeringsvorm heeft het ghreline 10 een aminozuursequentie volgens SEQ ID NO: 1.
In een uitvoeringsvorm bevat het nucleïnezuur een modificatie .
In een voorkeursuitvoeringsvorm is de modificatie gekozen uit de groep bestaande uit HES-groepen en PEG-15 groepen.
In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm is de modificatie een PEG-groep bestaande uit een onvertakte of vertakte PEG, met bij voorkeur een molecuulgewicht van ongeveer 20 tot 120 kD, meer bij voorkeur van ongeveer 30 20 tot 80 kD, en meest bij voorkeur van ongeveer 40 kD.
In een andere meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm is de modificatie een HES-groep, met bij voorkeur een molecuulgewicht van ongeveer 10 tot 130 kD, meer bij voorkeur van ongeveer 30 tot 80 kD, en meest bij voor-25 keur van ongeveer 50 kD.
In een uitvoeringsvorm zijn de nucleotiden van het nucleïnezuur L-nucleotiden.
In een andere uitvoeringsvorm bestaat het nucleïnezuur volledig uit L-nucleotiden.
30 Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavi ge uitvinding wordt in een tweede aspect opgelost door een farmaceutisch preparaat dat een nucleïnezuur bevat volgens het eerste aspect en eventueel een ander bestanddeel, waarbij het andere bestanddeel is gekozen uit de groep be-35 staande uit farmaceutisch aanvaardbare excipiënten en farmaceutisch actieve middelen.
12
Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding wordt in een derde aspect opgelost door het gebruik van een nucleïnezuur volgens het eerste aspect voor de bereiding van een geneesmiddel.
5 Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavi ge uitvinding wordt in een vierde aspect opgelost door het gebruik van een nucleïnezuur volgens het eerste aspect voor de bereiding van een diagnostisch middel.
In een uitvoeringsvorm van het derde aspect is het 10 geneesmiddel voor de behandeling en/of preventie van een ziekte of aandoening gekozen uit de groep omvattende zwaarlijvigheid, eetstoornissen, diabetes, glucosemetabo-lismestoornissen, tumor, bloeddrukstoornissen, cardiovasculaire ziekten, acromegalie en regulering van energieba-15 lans, eetlust, lichaamsgewicht, en gastro-intestinale ziekten.
Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding wordt in een vijfde aspect opgelost door een complex dat ghreline en een nucleïnezuur volgens het eer-20 ste aspect bevat, waarbij het complex bij voorkeur een kristallijn complex is.
Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding wordt in een zesde aspect opgelost door het gebruik van een nucleïnezuur volgens het eerste aspect 25 voor de detectie van ghreline.
Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding wordt in een zevende aspect opgelost door een werkwijze voor het screenen van een ghrelineantagonist of een ghrelineagonist, die de volgende stappen omvat: 30 - het verschaffen van een kandidaatghrelineantagonist en/of een kandidaatghrelineagonist, het verschaffen van een nucleïnezuur volgens het eerste aspect, het verschaffen van een testsysteem dat een signaal 35 verschaft in aanwezigheid van een ghrelineantagonist en/of een ghrelineagonist, en 13 het bepalen of de kandidaatghrelineantagonist een ghrelineantagonist is en/of of de kandidaatghreline-agonist een ghrelineagonist is.
Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavi-5 ge uitvinding wordt in een achtste aspect opgelost door een werkwijze voor het screenen van een ghrelineagonist of een ghrelineantagonist, die de volgende stappen omvat: het verschaffen van ghreline geïmmobiliseerd aan een fase, bij voorkeur een vaste fase, 10 - het verschaffen van een nucleïnezuur volgens het eer ste aspect, bij voorkeur een nucleïnezuur volgens het eerste aspect dat gelabeld is, het toevoegen van een kandidaatghrelineagonist en/of een kandidaatghrelineantagonist, en 15 - het bepalen of de kandidaatghrelineagonist een ghre lineagonist is en/of of de kandidaatghrelineantagonist een ghrelineantagonist is.
In een uitvoeringsvorm wordt het bepalen zodanig uitgevoerd dat wordt vastgesteld of het nucleïnezuur wordt 20 verdrongen door de kandidaatghrelineagonist of door een kandidaatghrelineantagonist.
Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding wordt in een negende aspect opgelost door een kit voor de detectie van ghreline, bevattende een nu-25 cleïnezuur volgens het eerste aspect.
Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding wordt in een tiende aspect opgelost door een ghrelineantagonist die kan worden verkregen door middel van de werkwijze volgens het achtste aspect.
30 Het probleem dat ten grondslag ligt aan de onderhavi ge uitvinding wordt in een elfde aspect opgelost door een ghrelineagonist die kan worden verkregen door middel van de werkwijze volgens het achtste aspect.
De onderhavige uitvinding is gebaseerd op de verras-35 sende bevinding dat het mogelijk is nucleïnezuren te genereren die specifiek en met hoge affiniteit binden aan ghreline. Meer specifiek konden de onderhavige uitvinders 14 verrassenderwijs nucleïnezuren genereren die specifiek binden aan bioactief ghreline, en meer bij voorkeur octa-noylghreline en meest bij voorkeur n-octanoylghreline.
Ghreline is een basisch peptide met de aminozuurse-5 quentie volgens SEQ ID NO: 1, en is bij voorkeur gemodificeerd met een vetzuurzij keten, die bij voorkeur een octa-noylzij keten is en meer bij voorkeur een n-octanoylzijketen. De berekende pi van ghreline is 11,07 voor humaan ghreline en 10,56 voor rattenghreline. In een 10 voorkeursuitvoeringsvorm is het ghreline waaraan de nucle-inezuren volgens de onderhavige uitvinding binden een ghreline dat is gemodificeerd met de vetzuurzijketen. In een alternatieve uitvoeringsvorm is het ghreline een ghreline dat de vetzuurzijketen niet bevat. Zoals hier ge-15 bruikt heeft de term ghreline betrekking op elk ghreline, waaronder, maar niet beperkt tot, zoogdierghrelines. Bij voorkeur is het zoogdierghreline gekozen uit de groep omvattende muizen-, ratten-, hamster- en humaan ghreline. Meest bij voorkeur is het ghreline humaan ghreline.
20 De bevinding dat nucleïnezuren die met hoge affini teit binden aan ghreline konden worden geïdentificeerd is in zoverre verrassend daar Eaton et al. (Eaton, B.E.; Gold, L.; Hicke, B.J.; Janjic, N.; Jucker, F.M.; Sebosta, D.P.; Tarasow, T.M.; Willis, M.C.; Zichi, D.A.; Bioorganic 25 & Medicinal Chemistry, Vol 5, No. 6; pp 1087-1096, 1997) waarnamen dat de generatie van aptameren, i.e. D-nucleïnezuren die binden aan een doelwitmolecuul, gericht op een basisch eiwit in het algemeen zeer moeilijk is omdat dit soort doelwit een hoge maar niet-specifieke sig-30 naal-ruis-verhouding produceert. Deze hoge signaal-ruis-verhouding is het gevolg van de hoge niet-specifieke affiniteit die nucleïnezuren vertonen voor basische doelwitten zoals ghreline.
Een nog verrassender bevinding is dat ondanks de zeer 35 basische overall-pl van ghreline en ondanks dat het recep-torbindende motief GSSFL [ghreline(1-5)] een nogal zuur domein is met een berekende pi van 5,5, de onderhavige 15 uitvinders met gebruikmaking van het volledige ghreline een nucleïnezuur konden identificeren dat specifiek het zure receptorbindingsdomein herkent maar niet het basische centrale en carboxy-terminale domein van het peptide. Dit 5 is verrassend gezien de elektrostatische effecten van zowel de ladingen van doelwitmolecuul, i.e. ghreline, en de ladingen van het nucleïnezuur. De binding van negatief geladen nucleïnezuren aan een basisch domein van een doelwitmolecuul zou veel voordeliger moeten zijn in vergelij-10 king met de binding van een nucleïnezuur aan een zuur domein van een doelwitmolecuul. Er dient derhalve te worden opgemerkt dat de vakman geen redelijke verwachting van succes heeft om een nucleïnezuurligand te selecteren die niet bindt aan het basisch gedeelte van ghreline maar aan 15 het zure domein van het doelwitmolecuul.
Naast het bezitten van het amino-terminale receptor-bindende motief GSSFL, wordt een biologisch actief ghreline, hier ook aangeduid als bioactief ghreline, bij voorkeur ook gekenmerkt door acylering van aminozuur serine 3 20 met een n-octanoylgroep. De nucleïnezuurmoleculen volgens de onderhavige uitvinding, die bij voorkeur een ligand zijn van het hierin beschreven aminoterminale motief GSSFL, maken het bij voorkeur mogelijk de biologisch actieve vorm van ghreline te onderscheiden van de bio-25 inactieve of niet-bioactieve vorm van ghreline. Dit is verrassend daar binding strikt afhankelijk is van de aanwezigheid van twee groepen, de octanoylgroep en het peptide: binding van het nucleïnezuur aan octanoylghreline is specifiek in aanwezigheid van een 1000-voudige overmaat 30 aan desoctanoylghreline, meer bij voorkeur in aanwezigheid van een 100-voudige overmaat aan desoctanoylghreline, en meest bij voorkeur in aanwezigheid van een 10-voudige overmaat aan desoctanoylghreline.
Zoals gebruikt in hierin beschreven voorkeursuitvoe-35 ringsvormen, is een bioactief ghreline een ghreline dat in een voorkeursuitvoeringsvorm vrijwel alle kenmerken van het natuurlijke ghreline vertoont. In het bijzonder is een 16 bioactief ghreline zoals hier gebruikt in voorkeursuitvoeringsvormen een ghreline of ghrelinederivaat die de afgifte van groeihormoon kan veroorzaken of opwekken, meer bij voorkeur via een wisselwerking met de GHS-receptor. In te-5 genstelling hiermee is een niet-bioactief ghreline in voorkeursuitvoeringsvormen een ghreline dat verschilt van bioactief ghreline, meer bij voorkeur dat de afgifte van groeihormoon niet opwekt, meer bij voorkeur via een wisselwerking met de GHS-receptor.
10 In een voorkeursuitvoeringsvorm waren de onderhavige uitvinders verrassenderwijs in staat ghrelinebindende nu-cleïnezuren te genereren, waarbij het ghreline een bioactief ghreline of biologisch actief ghreline is, die onderscheid maken tussen ghreline met de octanoylzijketen aan 15 het derde aminozuur van de N-terminus ervan (serine 3) terwijl zij niet binden aan ghreline dat een dergelijke octanoylzijketen mist.
De kenmerken van het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding zoals hierin beschreven kunnen worden ge-20 realiseerd in elk aspect van de onderhavige uitvinding waarin het nucleïnezuur wordt gebruikt, hetzij alleen of in elke combinatie.
Zonder gebonden te willen zijn aan een theorie, nemen de onderhavige uitvinders aan dat de waargenomen specifi-25 citeit van de ghrelinebindende nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding enige structuurkenmerken delen, die in het navolgende zullen worden bediscussieerd, waarbij wordt gerefereerd aan Fig. 20A. Er zij echter begrepen dat Fig. 20A een aantal van deze structuurkenmerken bevat die 30 niet noodzakelijkerwijs hoeven te zijn gerealiseerd in één of elk van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding.
Het basisstructuurkenmerk is een eerste stuk van opeenvolgende nucleotiden dat hierin ook wordt aangeduid als 35 Box A of als eerste stuk, Box A, en een tweede stuk van opeenvolgende nucleotiden dat hierin ook wordt aangeduid als Box B of als tweede stuk, Box B. Het eerste stuk, Box 17 A, bevat ongeveer 25 opeenvolgende nucleotiden, terwijl tweede stuk, Box B, ongeveer zes tot acht opeenvolgende nucleotiden bevat. Het 3'-terminale stuk van het eerste stuk, Box A, hybridiseert aan het tweede stuk, Box B, 5 waardoor bij hybridisatie een eerste dubbelstrengsstruc-tuur wordt gevormd, waarbij een dergelijke eerste dubbel-strengsstructuur een bobbel bevat. De dubbelstrengsstruc-tuur wordt gevormd door de vijf 3'-terminale opeenvolgende nucleotiden van het eerste stuk, Box A, en een aantal van 10 de zes tot acht opeenvolgende nucleotiden van het tweede stuk, Box B. De bobbel wordt gevormd door 1 tot 3 nucleotiden die niet baseparen met de vijf 3'-terminale opeenvolgende nucleotiden van het eerste stuk, Box A. De bobbel kan derhalve bestaan uit 1, 2 of 3 niet-baseparende nucle-15 otiden, bij voorkeur verschaft door het tweede stuk, Box B. Gegeven deze bobbelgrootte kan het tweede stuk, Box B, zes tot acht opeenvolgende nucleotiden bevatten. Meer bij voorkeur wordt de bobbel gevormd door een niet-baseparend derde nucleotide in het tweede stuk, Box B, gezien vanaf 20 het 5'-ige uiteinde van het tweede stuk, Box B, waarbij het tweede stuk, Box B bij voorkeur zes opeenvolgende nu cleotiden bevat.
In een voorkeursuitvoeringsvorm is het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding een enkel nucleïnezuur-25 molecuul. In een verdere uitvoeringsvorm is het enkele nu-cleïnezuurmolecuul aanwezig als een veelheid van het enkele nucleïnezuurmolecuul. Bij voorkeur worden de termen nucleïnezuur en nucleïnezuurmolecuul hier uitwisselbaar gebruikt, tenzij anders aangegeven.
30 De vakman zal onderkennen dat het nucleïnezuurmole cuul volgens de uitvinding bij voorkeur bestaat uit nucleotiden die covalent aan elkaar zijn gekoppeld, bij voorkeur door middel van fosfodiesterkoppelingen.
Een verder belangrijk kenmerk is een tweede dubbel-35 strengsstructuur. Een dergelijke tweede dubbel-strengsstructuur wordt gevormd door een derde stuk van opeenvolgende nucleotiden dat ook wordt aangeduid als Box 18
Cl, of als derde stuk, Box Cl, en een vierde stuk van opeenvolgende nucleotiden dat ook wordt aangeduid als Box C2, of als vierde stuk, Box C2. Het derde stuk, Box Cl, is met zijn 3'-ige uiteinde gehecht aan het 5'-ige uiteinde 5 van het tweede stuk, Box B, en het vierde stuk, Box C2, is met zijn 5'-ige uiteinde gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A. Deze tweede dubbel-strengsstructuur vormt typischerwijs een helicale struc tuur die hier ook wordt aangeduid als de tweede helicale 10 structuur. Een dergelijke tweede helicale structuur is bij voorkeur een verlenging van de helicale structuur die typischerwi js wordt gevormd door de eerste dubbel- strengsstructuur. De lengte van deze eerste dubbel-strengsstructuur die bij voorkeur een helicale structuur 15 is, hier ook aangeduid als eerste helicale structuur, wordt gedefinieerd door de lengte van het eerste stuk, Box A, en het tweede stuk, Box B, meer specifiek door het stuk van deze twee Boxen dat aan elkaar hybridiseert. De door de tweede dubbelstrengsstructuur aan deze eerste helicale 20 structuur verschafte verlenging is, volgens het huidige inzicht van de uitvinders, meer van stabiliserende aard, hoewel de onderhavige uitvinders niet door deze theorie gebonden wensen te zijn. De tweede helicale structuur bestaat uit één tot tien baseparen, bij voorkeur één tot 25 drie baseparen, en meer bij voorkeur twee tot drie baseparen. De vakman zal onderkennen dat slechts één tot drie baseparen niet noodzakelijkerwijs voldoet om een helix te vormen. Deze structuur wordt hier derhalve dan ook aangeduid als een helixachtige structuur, waarbij een dergelij-30 ke helixachtige structuur bij voorkeur een structuur is die, wanneer hij zou zijn verlengd met één of meer baseparen, zou resulteren in een helicale structuur.
Een verder belangrijk kenmerk is een vijfde stuk van opeenvolgende nucleotiden dat hierin ook wordt aangeduid 35 als Box D, of als vijfde stuk, Box D. Dit aanvullende stuk voorziet in een verbetering van de overallbinding van het nucleinezuur. Hoewel het vijfde stuk ten minste slechts 19 twee nucleotiden bevat, kan het gunstige effect op de binding van ghreline verder worden verbeterd door de lengte van het vijfde stuk te vergroten tot bij voorkeur 6 opeenvolgende nucleotiden. Ook is gebleken dat het vijfde stuk 5 met name effectief is wanneer het aan het 5'-ige uiteinde ervan een CA-dinucleotide bevat en wanneer het vijfde stuk de sequentie heeft van 5 ' CA (X) n3 ' 10 waarbij X elk nucleotide kan zijn, bij voorkeur gekozen uit de groep omvattende A, G, T, C, U en I.
Een verder kenmerk van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding is het zesde stuk van opeenvolgende 15 nucleotiden, dat hier ook wordt aangeduid als Box E, of als zesde stuk, Box E. Bij voorkeur bestaat het zesde stuk uit ten minste één nucleotide.
De verschillende stukken zijn aan elkaar gehecht zoals kan worden afgeleid’uit Fig. 20A. Zoals daarin aange-20 geven, bevatten het derde stuk, Box Cl, en het vierde stuk, Box C2, elk één of twee nucleotiden, meer bij voorkeur twee nucleotiden, en bevat het vijfde stuk, Box D, ten minste twee nucleotiden, bij voorkeur vier nucleotiden en meest bij voorkeur zes nucleotiden.
25 In de uitvoeringsvorm waarin de lengte van het derde stuk, Box Cl, en vierde stuk, Box C2, 0 is kunnen eerste stuk, Box A, en tweede stuk, Box B, eventueel aan elkaar zijn gekoppeld via een koppelgroep of spacer, waarbij een dergelijke spacer elk van de hierin beschreven spacers kan 30 zijn. Zoals hier gebruikt worden de termen "spacer" en "koppelgroep" inwisselbaar gebruikt, tenzij anders aangegeven .
Met betrekking tot de onderhavige uitvinding heeft het de voorkeur dat het eerste stuk en het tweede stuk aan 35 elkaar zijn gekoppeld, bij voorkeur via een covalente koppeling. In een voorkeursuitvoeringsvorm, is de covalente koppeling een fosfodiesterkoppeling. In een nog verder de 20 voorkeur genietende uitvoeringsvorm is de 3'-terminus van het eerste stuk gekoppeld aan de 5'-ige terminus van het tweede stuk.
In een andere uitvoeringsvorm bevat het zesde stuk, 5 Box E, 1 tot 10 opeenvolgende nucleotiden, bij voorkeur 1 tot 4 opeenvolgende nucleotiden, en meest bij voorkeur 3 opeenvolgende nucleotiden.
Zoals blijkt uit deze verschillende schikkingen, is het mogelijk dat het vijfde stuk en het zesde stuk aan el-10 kaar zijn gekoppeld of niet, dat het derde en vierde stuk aan elkaar zijn gekoppeld of niet en dat het eerste en tweede stuk aan elkaar zijn gekoppeld of niet. Er zal worden onderkend dat de koppeling bij voorkeur geschiedt via een covalente binding. Meer bij voorkeur geschiedt de kop-15 peling via een hydrofiele spacer die ten minste één, bij voorkeur een veelheid van ethyleenglycolgroepen bevat. Verscheidene koppelgroepen en spacers zijn de vakman bekend en kunnen worden gekozen met behulp van de volgende criteria zoals beschreven door bijv. Plis en Micura (Nu-20 cleic Acid Research (2000), 28(9):1959-1863). De koppel groepen dienen niet te interfereren met de baseparen zelf. Koppelgroeptypen die aromatische koolstofringen bevatten stapelen op het terminale basepaar en zijn derhalve niet geschikt (J. Am. Chem. Soc. (1999), 121:9905-9906; J. Am. 25 Chem. Soc. (1998), 120:11004-11005). Op ethyleenglycol gebaseerde of van ethyleenglycol afgeleide koppelgroepen voldoen echter aan de vereisten daar zij het voordeel bezitten van goede wateroplosbaarheid en hoge conformatione-le flexibiliteit (J. Am. Chem. Soc. (1993), 115:8483-8484; 30 Nucleic Acid Research (1993), 21:5600-5603; Biochemistry (1993), 32:1751-1758; Nucleic Acid Research (1990), 18:6353-6359; J. Am. Chem. Soc. (1997) 119:11591-11597).
Bij voorkeur bevat de spacer één of meer ethyleenglycolgroepen, of bestaat hij uit één of meer ethyleenglycol-35 groepen, waarbij de zuurstof is vervangen of gesubstitueerd door een CH2, een fosfaat of zwavel.
21
Op basis van deze koppelingsmogelijkheden kunnen de volgende structuren worden gerealiseerd 5' - Box Cl - Box B - Box D - Spacer - Box E 5 Box A - Box C2 of 5' - Box E - Box A - Box C2 - Spacer - Box Cl -
10 Box B - Box D
Tot slot valt het ook binnen de strekking van de onderhavige uitvinding dat een volledig gesloten, i.e. cyclische structuur voor de nucleïnezuren volgens de onder-15 havige uitvinding wordt gerealiseerd, zoals weergegeven in Fig. 20D.
Tot de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding behoren ook nucleïnezuren die vrijwel homoloog zijn aan de hierin beschreven specifieke sequenties. De term 20 nagenoeg homoloog drukt uit dat de homologie ten minste 75% is, bij voorkeur 85%, meer bij voorkeur 90%, en meest bij voorkeur meer dan 95%, 96%, 97%, 98% of 99%.
De term nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding omvat ook die nucleïnezuren die de hierin beschreven 25 nucleïnezuursequenties of gedeelten daarvan bevatten, bij voorkeur in die zin dat de nucleïnezuren of gedeelten zijn betrokken bij de binding aan ghreline, en meer bij voorkeur bioactief ghreline onderscheiden van niet-bioactief ghreline, i.e. in het bijzonder octanoylghreline van de-30 soctanoylghreline. Een dergelijk nucleïnezuur kan van de hierin beschreven nucleïnezuren zijn afgeleid, bijv. door middel van inkorting. Inkorting kan betrekking hebben op elk van beide of beide uiteinden van de hierin beschreven nucleïnezuren. Inkorting kan ook betrekking hebben op de 35 inwendige sequentie van nucleotiden, i.e. kan betrekking hebben op de nucleotide(n) tussen respectievelijk het 5'-en 3'-terminale nucleotide. Bovendien kan inkorting ook de 22 deletie omvatten van één of meer nucleotiden uit de hierin beschreven nucleïnezuren. Inkorting kan ook betrekking hebben op meer dan één stuk van de nucleïnezuren van de uitvinding, waarbij het stuk één of meer nucleotiden lang 5 kan zijn.
De nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding kunnen D-nucleïnezuren of L-nucleïnezuren zijn. Bij voorkeur zijn de nucleïnezuren volgens de uitvinding L-nucleïnezuren. Daarnaast is het mogelijk dat één of meer 10 gedeelten van het nucleïnezuur bestaan uit D-nucleïnezuren of dat ten minste één of meer geddelten van de nucleïnezuren L-nucleïnezuren zijn. De term "gedeelte" van de nucle-inezuren heeft de betekenis van ten minste één nucleotide. Dergelijke nucleïnezuren worden hier in het algemeen aan-15 geduid als respectievelijk D- en L-nucleïnezuren. In een in het bijzonder de voorkeur genietende uitvoeringsvorm bestaan de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding derhalve uit L-nucleotiden en bevatten ten minste één D-nucleotide. Een dergelijk D-nucleotide is bij voorkeur ge-20 hecht aan een ander gedeelte dan aan de stukken die de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding definiëren, bij voorkeur die delen daarvan, waarbij een wisselwerking met andere gedeelten van het nucleïnezuur betrokken is. Bij voorkeur is een dergelijke D-nucleotide gehecht aan 25 een terminus van willekeurig welk van de stukken en van willekeurig welk van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding. In een verdere voorkeursuitvoeringsvorm kunnen dergelijke D-nucleotiden dienstdoen als spacer of als koppelgroep, bij voorkeur voor aanhechting van modifi-30 caties zoals PEG en HES aan de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding.
Binnen de strekking van de onderhavige uitvinding valt ook dat de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding deel uitmaken van een langer nucleïnezuur waarbij 35 dit langere nucleïnezuur verscheidene delen bevat waarbij ten minste één gedeelte een nucleïnezuur is volgens de onderhavige uitvinding of een gedeelte daarvan. De andere 23 gedeelten van deze langere nucleinezuren kunnen D-nucleïnezuren of L-nucleïnezuren zijn. Elke mogelijke combinatie zou kunnen worden gebruikt met betrekking tot de onderhavige uitvinding. Deze andere gedeelte(n) van het 5 langere nucleïnezuur kunnen een werking hebben die verschilt van binding, bij voorkeur van binding aan ghreline. Één mogelijke functie is het mogelijk maken van wisselwerking met andere moleculen, waarbij dergelijke andere moleculen bij voorkeur verschillen van ghreline, zoals bijv. 10 voor immobilisatie, verknoping, detectie of amplificatie.
Zoals hier gebruikt zijn L-nucleïnezuren nucleinezuren die bestaan uit L-nucleotiden, bij voorkeur nucleïne-zuren die volledig bestaan uit L-nucleotiden.
Zoals hier gebruikt zijn D-nucleïnezuren nucleïnezu-15 ren die bestaan uit D-nucleotiden, bij voorkeur nucleinezuren die volledig bestaan uit D-nucleotiden.
Ongeacht of de nucleinezuren volgens de uitvinding bestaan uit D-nucleotiden, L-nucleotiden of een combinatie van beide, waarbij de combinatie bijv. een random combina-20 tie of een gedefinieerde sequentie van stukken bestaande uit ten minste één L-nucleotide en ten minste één D- nucleotide kan zijn, kan het nucleïnezuur bestaan uit desoxyribonucleotide(n), ribonucleotide(n) of combinaties daarvan.
25 Ontwerp van de nucleinezuren volgens de uitvinding als L-nucleotiden is voordelig vanwege meerdere redenen. L-nucleïnezuren zijn enantioneren van natuurlijke nucleinezuren. D-nucleïnezuren zijn echter niet erg stabiel in waterige oplossingen en in het bijzonder in biologische 30 systemen of biologische monsters als gevolg van de wijd verspreide aanwezigheid van nucleasen. Natuurlijke nuclea-sen, in het bijzonder nucleasen uit dierlijke cellen, zijn niet in staat L-nucleïnezuren af te breken. Hierdoor is de biologische halfwaardetijd van het L-nucleïnezuur aanzien-35 lijk hoger in een dergelijk systeem, waaronder het dierlijke en menselijke lichaam. Als gevolg van de gebrekkige afbreekbaarheid van L-nucleïnezuur worden geen afbraakpro- 24 ducten gegenereerd en worden derhalve geen neveneffecten die daaruit voortkomen waargenomen. Dit aspect onderscheidt het L-nucleïnezuur van feitelijk alle andere verbindingen die worden gebruikt bij de therapie van ziekten 5 en/of aandoeningen waarbij de aanwezigheid van ghreline betrokken is. L-nucle'inezuren die specifiek binden aan een doelwitmolecuul via een mechanisme dat verschilt van Wats-on-Crick-baseparing, of aptameren die gedeeltelijk of geheel uit L-nucleotiden bestaan, in het bijzonder met die 10 gedeelten van het aptameer die betrokken zijn bij de binding van het aptameer aan het doelwitmolecuul, worden ook wel spiegelmeren genoemd.
Binnen de strekking van de onderhavige uitvinding valt ook dat de nucleïnezuren volgens de uitvinding, onge-15 acht of zij aanwezig zijn als D-nucleïnezuren, L- nucleïnezuren of D,L-nucleïnezuren en ongeacht op zij DNA of RNA zijn, aanwezig kunnen zijn als enkelstrengs of dub-belstrengs nucleïnezuren. Typischerwijs zijn de nucleïnezuren volgens de uitvinding enkelstrengs nucleïnezuren die 20 bepaalde secundaire structuren vertonen als gevolg van de primaire structuur en derhalve ook tertiaire structuren kunnen vormen. De nucleïnezuren volgens de uitvinding kunnen echter ook dubbelstrengs zijn in die zin dat twee strengen die geheel of gedeeltelijk complementair zijn aan 25 elkaar aan elkaar zijn gehybridiseerd. Dit geeft stabiliteit aan het nucleïnezuur wat met name voordelig zal zijn indien het nucleïnezuur aanwezig is in de natuurlijke D-vorm in plaats van de L-vorm.
De nucleïnezuren van de uitvinding kunnen gemodifi-30 ceerd zijn. Dergelijke modificaties kunnen betrekking hebben op de afzonderlijke nucleotiden van het nucleïnezuur en zijn welbekend in het vakgebied. Voorbeelden van dergelijke modificaties worden beschreven in onder andere Ven-katesan, N. et al. (2003) Curr Med Chem. Oct; 10(19):1973-35 91; Kusser, W. (2000) J Biotechnol, 74:27-38; Aurup, H. et al. (1994) Nucleic Acids Res, 22:20-4; Cummins, L.L. et al, (1995) Nucleic Acids Res, 23:2019-24; Eaton, B.E. et 25 al. (1995) Chem Biol, 2:633-8; Green, L.S. et al., (1995) Chem Biol, 2:683-95; Kawasaki, A.M. et al., (1993) J Med Chem, 36:831-41; Lesnik, E.A. et al., (1993) Biochemistry, 32:7832-8; Miller, L.E. et al., (1993) J Physiol, 469:213-5 43. Dergelijke modificaties kunnen een H-atoom, een F- atoom of CH3-0-groep of NH2-groep zijn op de 2’-positie van de afzonderlijke nucleotiden waaruit het nucleïnezuur bestaat. Het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding kan ook ten minste één LNA-molecuul bevatten. In een uit-10 voeringsvorm bestaat het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding uit LNA-nucleotiden.
In een uitvoeringsvorm kunnen de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding een meerdelig nucleïnezuur zijn. Zoals hier gebruikt is een meerdelig nucleïnezuur 15 een nucleïnezuur dat bestaat uit ten minste twee nucleïne-zuurstrengen. Deze ten minste twee nucleïnezuurstrengen vormen een functionele eenheid waarbij de functionele eenheid een ligand is voor een doelwitmolecuul. De ten minste twee nucleïnezuurstrengen kunnen zijn afgeleid van de nu-20 cleïnezuren van de uitvinding, door middel van klieving van het nucleïnezuur om zo twee strengen te genereren, of door één nucleïnezuur te synthetiseren dat een eerste gedeelte van het overallnucleïnezuur van de uitvinding vormt en een ander nucleïnezuur dat het tweede gedeelte van het 25 overallnucleïnezuur vormt. Er zij begrepen dat zowel klieving als synthese kan worden toegepast om een meerdelig nucleïnezuur te genereren waarin er meer dan twee strengen zijn zoals hierboven beschreven. Met andere woorden de ten minste twee nucleïnezuurstrengen zijn typischerwijs ver-30 schillend van twee strengen die complementair zijn en die aan elkaar hybridiseren, hoewel er een zekere mate van complementariteit tussen de verscheidene gedeelten kan bestaan .
De onderhavige uitvinders hebben ontdekt dat de nu-35 cleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding zeer gunstige Kd-waarden vertonen. Meer in het bijzonder vertonen oligonucleotiden die - naast de volledige Box A en Box B - 26
Box Cl en C2 met elk minimaal twee nucleotiden, Box D met minimaal zes nucleotiden en Box E met minimaal drie nucleotiden bevatten (bijvoorbeeld SOT-E) een zesmaal betere bindingsaffiniteit voor ghreline (Fig. 18) dan SOT-C.
5 Een mogelijkheid voor het bepalen van de bindingscon- stante is het gebruik van het zogenoemde Biacore-apparaat, dat de vakman bekend is. Affiniteit zoals hier gebruikt werd ook gemeten met behulp van een "evenwichtsassay" zoals beschreven in de voorbeelden. Een geschikte maat voor 10 het uitdrukken van de intensiteit van de binding tussen het nucleïnezuur en het doelwit dat in het onderhavige geval ghreline is, is de zogenoemde Kd-waarde, die de vakman bekend is, evenals de werkwijze voor de bepaling ervan.
De nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding 15 worden gekenmerkt door een bepaalde Kd-waarde. Bij voorkeur ligt de door de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding vertoonde Kd-waarde onder de 1 μΜ. Een Kd-waarde van ongeveer 1 μΜ wordt beschouwd als karakteristiek voor een niet-specifieke binding van een nucleïnezuur 20 aan een doelwit. Zoals de vakman zal onderkennen vallen de Kd-waarden van een groep verbindingen zoals de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding binnen een bepaald bereik. De hierboven genoemde Kd van ongeveer 1 μΜ is een voorkeursbovengrens voor de Kd-waarde. De voorkeursonder-25 grens voor de Kd van doelwitbindende nucleïnezuren kan ongeveer 10 picomolair of hoger zijn. Binnen de strekking van de onderhavige uitvinding valt dat de Kd-waarden van afzonderlijke nucleïnezuren die binden aan ghreline bij voorkeur binnen dit bereik liggen. Voorkeursbereiken kun-30 nen worden gedefinieerd door een eerste en een tweede getal binnen dit bereik te kiezen. Voorkeursbovengrenzen zijn 0,25 μΜ, 0,1 μΜ en 0,01 μΜ, voorkeursondergrenzen zijn 100 nM, 10 nM, 1 nM en 0,05 nM.
De nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding 35 kunnen elke lengte hebben op voorwaarde dat zij nog in staat zijn te binden aan het doelwitmolecuul, en bioactief ghreline kunnen onderscheiden van niet-bioactief ghreline, 27 i.e. bij voorkeur octanoylghreline van desoctanoylghreli-ne. De vakman zal onderkennen dat er voorkeurslengtes zijn voor de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvindingen. Typischerwijs ligt de lengte tussen 15 en 120 nucleotiden.
5 De vakman zal onderkennen dat elk geheel getal tussen 15 en 120 een mogelijke lengte is voor de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding. Meer de voorkeur genietende bereiken voor de lengte van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding zijn lengtes van ongeveer 20 tot 10 100 nucleotiden, ongeveer 20 tot 80 nucleotiden, ongeveer 20 tot 60 nucleotiden, ongeveer 20 tot 50 nucleotiden en ongeveer 30 tot 50 nucleotiden.
Binnen de strekking van de onderhavige uitvinding valt dat de hierin beschreven nucleïnezuren een groep be-15 vatten die bij voorkeur een groep is met een hoog mole-cuulgewicht en/of die het bij voorkeur mogelijk maakt de eigenschappen van het nucleïnezuur te veranderen in termen van onder andere verblijftijd in het dierlijke lichaam, bij voorkeur het menselijke lichaam. Een in het bijzonder 20 de voorkeur genietende uitvoeringsvorm van een de modificatie is PEGylering en HESylering van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding. Zoals hier gebruikt staat PEG voor poly (ethyleenglycol) en HES voor hydroxy-ethylzetmeel. Zoals hier bij voorkeur gebruikt is PEGyle-25 ring de modificatie van een nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding waarbij de modificatie bestaat uit een PEG-groep die is gehecht aan een nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding. Zoals hier bij voorkeur gebruikt is HESylering de modificatie van een nucleïnezuur volgens 30 de onderhavige uitvinding waarbij de modificatie bestaat uit een HES-groep die is gehecht aan een nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding. Deze modificaties en de werkwijze voor het modificeren van een nucleïnezuur met behulp van dergelijke modificaties, is beschreven in Euro-35 pese octrooiaanvrage EP 1 306 382, waarvan de beschrijving hier bij referentie in zijn geheel is opgenomen.
28
Bij voorkeur is het molecuulgewicht van een modificatie die een groep met een hoog molecuulgewicht bevat of hieruit bestaat ongeveer 2000 tot 200000 Da, bij voorkeur 40000 tot 120000 Da, in het bijzonder in het geval waarin 5 PEG deze groep met een hoog molecuulgewicht is, en bij voorkeur ongeveer 3000 tot 100000 Da, meer bij voorkeur 5000 tot 60000 Da, in het bijzonder in het geval waarin HES deze groep met een hoog molecuulgewicht is. De werkwijze van HES-modificatie wordt bijv. beschreven in Duitse 10 octrooiaanvrage DE 1 2004 006 249.8, waarvan de beschrijving hier bij referentie in zijn geheel is opgenomen.
Zonder gebonden te willen zijn door een theorie, lijkt het erop dat, door modificatie van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding met een groep met een 15 hoog molecuulgewicht zoals polymeren, en meer in het bijzonder de hierin beschreven polymeren, die bij voorkeur fysiologisch aanvaardbaar zijn, de excretiekinetiek wordt veranderd. Meer in het bijzonder lijkt het erop dat als gevolg van het verhoogde molecuulgewicht van de gemodifi-20 ceerde nucleïnezuren volgens de uitvinding en als gevolg van het feit dat de nucleïnezuren niet worden gemetaboli-seerd wanneer zij de L-vorm hebben, excretie uit een dierlijk lichaam, bij voorkeur uit een zoogdierlichaam en meer bij voorkeur uit een menselijk lichaam, wordt vertraagd. 25 Aangezien excretie gewoonlijk plaatsvindt via de nieren, nemen de onderhavige uitvinders aan dat de glomerulaire filtratiesnelheid van het aldus gemodificeerde nucleïne-zuur aanzienlijk verlaagd is in vergelijking tot nucleïnezuren zonder dit soort modificatie met een hoog molecuul-30 gewicht, wat resulteert in een verhoging van de verblijftijd in het lichaam. In verband daarmee is het in het bijzonder opmerkelijk dat ondanks een dergelijk modificatie met een hoog molecuulgewicht de specificiteit van het nu-cleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding niet op nade-35 lige wijze wordt beïnvloed. De nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding hebben derhalve verrassende eigenschappen die normalerwijs niet kunnen worden verwacht van 29 farmaceutisch actieve verbindingen - zodat een farmaceutische formulering die voorziet in duurzame afgifte niet noodzakelijkerwijs nodig is voor om te voorzien in een duurzame afgifte. In plaats daarvan kunnen de nucleïnezu-5 ren volgens de onderhavige uitvinding in hun gemodificeerde vorm die een groep met een hoog molecuulgewicht bevat, als zodanig reeds worden gebruikt als een formulering voor duurzame afgifte.
Binnen de strekking van de onderhavige uitvinding 10 valt echter ook dat de hierin beschreven nucleïnezuren geen enkele modificatie bevatten en in het bijzonder geen modificatie met een hoog molecuulgewicht zoals PEGylering of HESylering. Een dergelijke uitvoeringsvorm heeft in het bijzonder de voorkeur wanneer een snelle ruiming van de 15 nucleïnezuren uit het lichaam na toediening is gewenst. Een dergelijke snelle ruiming zou wenselijk kunnen zijn in geval van in-vivo-beeldvorming of tijdelijke eetlustonder-drukking met behulp van de nucleïnezuren of van geneesmiddelen die deze bevatten, volgens de onderhavige uitvin-20 ding.
De nucleïnezuren volgens de uitvinding en/of de antagonisten volgens de onderhavige uitvinding kunnen worden gebruikt voorde generatie of vervaardiging van een geneesmiddel. Een dergelijk geneesmiddel bevat ten minste één 25 van de nucleïnezuren volgens de uitvinding, eventueel tezamen met andere farmaceutisch actieve verbindingen, waarbij het nucleïnezuur volgens de uitvinding bij voorkeur zelf werkzaam is als een farmaceutisch actieve verbinding. Dergelijke geneesmiddelen bevatten in voorkeursuitvoe-30 ringsvormen ten minste een farmaceutisch aanvaardbare drager. Een dergelijke drager kan bijv. water, buffer, PBS, glucoseoplossing, bij voorkeur een zoutgebalanceerde 5% glucoseoplossing, zetmeel, suiker, gelatine of andere aanvaardbare drager. Dergelijke dragers zijn de vakman be-35 kend.
In een verdere uitvoeringsvorm bevat het geneesmiddel nog een ander farmaceutisch actief middel. Dergelijke ver- 30 dere farmaceutisch actieve verbindingen kunnen die zijn waarvan bekend is dat zij eetlust verminderen worden bij voorkeur gekozen uit de groep bestaande uit PYY3-45, CCK, Leptine, en Insuline. Anderzijds of daarnaast kan een der-5 gelijk ander farmaceutisch actief middel een ander nucleï-nezuur volgens de onderhavige uitvinding zijn. Anderzijds kan het geneesmiddel nog ten minste één nucleïnezuur bevatten dat bindt aan een doelwitmolecuul anders dan ghre-line of dat een werking vertoont die verschilt van die van 10 de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding. In een uitvoeringsvorm bindt een dergelijk nucleïnezuur aan een ghreline die de octanoylzuurgroep mist.
Ziekten en/of stoornissen en/of ziektetoestanden waarvoor ter behandeling en/of preventie ervan een derge-15 lijk geneesmiddel kan worden gebruikt zijn onder meer zwaarlijvigheid, de regulering van de energiebalans, eetlust en lichaamsgewicht, eetstoornissen, gastro-intestinale ziekten, diabetes, glucosemetabolisme, tumor, bloeddruk, cardiovasculaire ziekten, acromegalie en andere 20 vormen van GH-onbalans. Zoals de vakman zal onderkennen kunnen de nucleïnezuren volgens de uitvinding worden gebruikt bij elke ziekte waarbij een antagonist voor ghreline kan worden toegediend aan een patiënt die behoefte heeft aan een dergelijke antagonist en waarbij een derge-25 lijke antagonist geschikt is om de oorzaak van de ziekte of de stoornis te elimineren of ten minste de effecten van de ziekte of de stoornis te verminderen. Dergelijke effecten zijn onder meer zwaarlijvigheid, de regulering van de energiebalans, eetlust en lichaamsgewicht, eetstoornissen, 30 gastro-intestinale ziekten, diabetes, glucosemetabolisme, tumorbehandeling, bloeddruk, cardiovasculaire ziekten, acromegalie en andere vormen van GH-onbalans. De toepasbaarheid van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding met betrekking tot deze en andere ziekten of 35 stoornissen is onder andere het gevolg van de betrokkenheid van ghreline zoals beschreven in het inleidende gedeelte van de onderhavige octrooiaanvrage. In het kader 31 van de onderhavige uitvinding wordt regulering van de energiebalans beschouwd als een ziekte. Meer in het bijzonder het gebruik is voor de behandeling van elke ziekte waarbij de regulering van de energiebalans wordt beïnvloed 5 door ghreline, hetzij direct of indirect, en waarbij reductie van de biobeschikbaarheid van ghreline gewenst wordt. Hetzelfde is van toepassing op suikermetabolisme, bloeddruk en eetlust en lichaamsgewicht. Verdere ziekten die kunnen worden behandeld met behulp van de nucleïnezu-10 ren volgens de onderhavige uitvinding, mogelijk door sys-temische of lokale toediening, zijn die welke kunnen worden gekozen uit de groep omvattende hypofysetumoren, acro-megalie, centraal syndroom van Cushing, adrenaal syndroom van Cushing, paraneoplastisch syndroom van Gushing, ecto-15 pisch syndroom van Cushing, adrenale tumor, stress, hyper-cortisolisme, hartinsufficiëntie, hartinfarct, beroerte, adrenocorticale insufficiëntie, hypotonie, aortische ste-nose, pulmonair hypotonie, constrictieve pericarditis, infectieziekten, infectieuze toxische hypotonie, hypovole-20 mie, en hyponatriëmie.
Zoals hier gebruikt omvat de term gastro-intestinale ziekte die kan worden behandeld met behulp van de nucleï-nezuren volgens de onderhavige uitvinding maagziekten en -stoornissen, ingewandsziekten en -stoornissen, colon-25 stoornissen en -ziekten en modulatie van gastrische en co-lonbewegelijkheid. In een voorkeursuitvoeringsvorm omvat de term ingewandsstoornissen en ingewandsziekten inge-wandsontstekingsziekten. Meer de voorkeur genietende inge-wandsontstekingsziekten zijn ulceratieve colitis en de 30 ziekte van Crohn. De geschiktheid van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding voor de behandeling van dit soort ziekten komt voort uit de betrokkenheid van ghreline bij dergelijke ziekten zoals beschreven in Karmi-ris K et al. (Karmiris K, Koutroubakis IE, Xidakis C, Po-35 lychronaki M, Voudouri T, Kouroumalis EA. Circulating levels of leptin, adiponectin, resistin, and ghrelin in inflammatory bowel disease. Inflamm Bowel Dis. 2006 32
Feb;12(2):100-5), Tebbe JJ et al. (Tebbe JJ, Mronga S, Tebbe CG, Ortmann E, Arnold R, Schafer MK. Ghrelin-induced stimulation of colonic propulsion is dependent on hypothalamic neuropeptide Yl- and corticotrophin-releasing factor 5 1 receptor activation. J. Neuroendocrinol. 2005
Sep;17(9):570-6) en Fukuda H. et al. (Fukuda H, Mizuta Y, Isomoto H, Takeshima F, Ohnita K, Ohba K, Omagari K, Tani-yama K, Kohno S. Ghrelin enhances gastric motility through direct stimulation of intrinsic neural pathways and cap-10 saicin-sensitive afferent neurons in rats. Scand J Gastroenterol. 2004 Dec;39(12):1209-14).
Het artikel van Kobelt et al. (Kobelt P, Helmling S, Stengel A, Wlotzka B, Andresen V, Klapp BF, Wiedenmann B, Klussmann S, Monnikes H. Anti-ghrelin SPIEGELMER NOX-B11 15 inhibits neurostimulatory and orexigenic effects of peripheral ghrelin in rats. Gut. 2005 Jun 30, Epub ahead of print) rapporteert een dosisafhankelijke vermindering van korte-termijn-voedselinname geïnduceerd door periferaal ghreline na toediening van anti-ghreline-Spiegelmeer NOX-20 Bil. Heer specifiek, in de positieve controlegroep verhoogde behandeling met PBS en 3 nmol ghreline (vehi-kel/ghreline-groep) de voedselinname binnen het eerste half uur na intraperitoneale injectie (4,94 ± 0,63 g/kg-BW) significant in vergelijking tot de vehikel/vehikel-25 groep (1,13 ± 0,59 g/kg-BW, p<0,0002) (Fig. 2A van Kobelt et al., supra). Voorbehandeling met 30 nmol Spiegelmeer NOX-B11 (= SOT-C = Blltrc) blokkeerde het stimulerende effect van ghreline op voedselinname (0,58 ± 0,58 g/kg-BW, p<0,0001) (Fig. 2A van Kobelt et al., supra). Daarentegen 30 had toediening van een controle-Spiegelmeer bestaande uit een randomsequentie geen remmend effect maar liet dit de ghrelinegeïnduceerde stimulatie van voedselinname intact (4,77 ± 0,66 g/kg-BW; p<0,864) (Fig. 2A van Kobelt et al., supra).
35 Het remmende effect van NOX-B11 (= SOT-C = Blltrc)op voedselinname bleek strikt dosisafhankelijk te zijn. Een dosis van 1 nmol Spiegelmeer NOX-B11 (= SOT-C = Blltrc) 33 had geen effect op de stimulatie van voedselinname door ghreline (Fig. 2A van Kobelt et al., supra). Een tussenliggend effect werd waargenomen voor een dosis van 10 nmol N0X-B11 (= SOT-C = Blltrc) : bij dit dosisniveau was het 5 stimulerende effect van 3 nmol ghreline tijdens de eerste 30 minuten gematigd (3,51 ± 0,66 g/kg-BW vs. 4,94 ± 0,63 g/kg-BW p<0,159 met alleen ghreline) (Fig. 2A van Kobelt et al., supra).
Het artikel van Shearman et al. (Shearman LP, Wang 10 SP, Helmling S, Stribling DS, Mazur P, Ge L, Wang L,
Klussmann S, Macintyre DE, Howard AD, Strack AM. Ghrelin Neutralisation by a Ribonucleic Acid-SPM Ameliorates Obesity in Diet-Induced Obese Mice. Endocrinology. 2006 Mar; 147 (3) : 1517-26. Epub 2005 Dec 8) rapporteert een ver-15 mindering in lichaamsgewicht en verlaging van de voedselinname na toediening van anti-ghreline-Spiegelmeer NOX-Bll-2 (SOT-D-109) in dieet-geïnduceerde zwaarlijvige (diet-induced obese, DIO) muizen. Meer specifiek wekte infusie met NOX-B11-2 (SOT-D-109) gewichtsverlies op in ver-20 gelijking tot controles (zie Fig. 4A van Shearman et al., supra). Aanzienlijk verlies van lichaamsgewichts werd waargenomen met in fusie met N0X-B11-2 (SOT-D-109) op da gen 1 tot en met 10 en op dag 12 in vergelijking met muizen die met vehikel werden behandeld; op dagen 1 tot en 25 met 13 in vergelijking met de met controle-Spiegelmeer (controle-SPM) geinfuseerde groep (P<0,05 vs. vehikel of controle-SPM) . Op dag 13 was het lichaamsgewicht van met N0X-B11-2 geinfuseerde muizen toegenomen met gemiddeld 0,32 g erbij gekregen, terwijl dat van muizen die contro-30 le-Spiegelmeer ontvingen met gemiddeld 1,85 g was toegenomen en dat van muizen die vehikel ontvingen met gemiddeld 0,91 g was toegenomen. Infusie met NOX-B11-2 (SOT-D-109) verlaagde ook de voedselinname significant (zie Fig. 4B van Shearman et al., supra). Significante effecten op cu-35 mulatieve voedselinname werden waargenomen op dagen 1-8 in vergelijking met de vehikelgroep en op dag 1-13 in vergelijking met de controle-Spiegelmeergroep (39,33 g vs.
34 42,61 g op dag 13; p<0,05) (Fig. 4C van Shearman et al., supra). Daarnaast werd de voedingsefficiëntie (gewichts-toename per ingenomen kcal), die aangeeft hoe efficiënt de voedselenergie werd gebruikt voor verhoging van het li-5 chaamsgewicht, berekend op basis van de gegevens van dagen 1-5 en 6-13 (zie Fig. 4D van Shearman et al., supra). De voedingsefficiëntie werd door infusie met N0X-B11-2 (SOT-D-109) gereduceerd op dagen 1-5 en dit effect werd niet waargenomen op basis van de gegevens van dagen 6-13, wat 10 suggereert dat de transiënte verlaging in gewichtstoename niet slechts het gevolg was van vermindering van voedsel-inname. Daarnaast veranderde behandeling met NOX-B11-2 (SOT-D-109) de lichaamssamenstelling van DIO-muizen (Fig. 4E van Shearman et al., supra). Terwijl er geen verande-15 ring was in het gehalte aan magere massa, was het vetmas-sa-gehalte van muizen die een infusie kregen met N0X-B11-2 (SOT-D-109) verlaagd, zelfs na correctie voor totaal lichaamsgewicht (Fig. 4F van Shearman et al., supra). Wit-vetweefseldepotgewichten werden niet veranderd door infu-20 sie met NOX-B11-2 (SOT-D-109), en infusie met controle-Spiegelmeer veranderde de lichaamssamenstelling of het gewicht aan wit vetweefsel niet.
In chronische infusiestudies met NOX-B11-2 (SOT-D-109) waarbij zowel DIO ghrelinedeficiënte als wildtypemui-25 zen werden gebruikt, werd een significant verlies aan lichaamsgewicht waargenomen bij infusie met NOX-B11-2 (SOT-D-109) in wildtype muizen op dagen 1 tot en met 6 ((zie Fig. 5A van Shearman et al., supra). Daarentegen veranderde (zie Fig. 4A van Shearman et al., supra) het lichaams-30 gewicht van Ghri‘/_-muizen niet (zie Fig. 5B van Shearman et al., supra). Daarnaast verlaagde infusie met NOX-B11-2 (SOT-D-109) de dagelijkse voedselinname op dag 1 in wildtype muizen (zie Fig. 5C van Shearman et al., supra). Infusie met N0X-B11-2 (SOT-D-109) veranderde de voedselinna-35 me van Ghri"/_-muizen niet (zie Fig. 5D van Shearman et al., supra) .
35
Binnen de strekking van de onderhavige uitvinding valt dat het geneesmiddel, in principe, anderzijds of ook kan worden gebruikt voor de preventie van de ziekten die zijn beschreven met betrekking tot het gebruik van het ge-5 neesmiddel voor de behandeling van die ziekten. Respectievelijke merkers daarvoor worden gekozen uit de groep omvattende cardiovasculaire risicofactoren, zoals bijvoorbeeld cholesterol en lage aërobe activiteit en algemene factoren die gewichtsbeheersing nodig maken.
10 Het geneesmiddel volgens de onderhavige uitvinding kan, in principe, worden toegediend op elke wijze die in het vakgebied bekend is. Een voorkeursroute van toediening is systemische toediening, meer bij voorkeur door middel van injectie. Anderzijds kan het geneesmiddel lokaal wor-15 den toegediend. Andere toedieningsroutes omvatten intra-musculaire, intraperitoneale, en subcutane, orale, of in-tranasale toediening, waarbij de voorkeur uitgaat naar de toedieningsroute die het minst invasief is, maar nog wel effectief.
20 In een verder aspect heeft de onderhavige uitvinding betrekking op een farmaceutisch preparaat. Een dergelijk farmaceutisch preparaat bevat ten minste één van de nucle-inezuren volgens de onderhavige uitvinding en bij voorkeur een farmaceutisch aanvaardbaar bindmiddel. Een dergelijk 25 bindmiddel kan elk bindmiddel zijn dat in het vakgebied wordt gebruikt/bekend is. Meer in het bijzonder is een dergelijke bindmiddel elk bindmiddel dat wordt bediscussieerd in verband met de vervaardiging van het hierin beschreven geneesmiddel. In een verdere uitvoeringsvorm be-30 vat het farmaceutische preparaat nog een farmaceutisch actief middel.
Binnen de strekking van de onderhavige uitvinding valt dat het geneesmiddel zoals hierin beschreven het hierin beschreven farmaceutische preparaat vormt.
35 In een verder aspect heeft de onderhavige uitvinding betrekking op een werkwijze voor de behandeling van een individu dat behoefte heeft aan een dergelijke behande- 36 ling, omvattende de toediening van een farmaceutisch actieve hoeveelheid van ten minste één van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding. In een uitvoeringsvorm lijdt het individu aan een ziekte of loopt het risico om 5 een ziekte te krijgen, waarbij de ziekte één van de hierin beschreven ziekten is, in het bijzonder één van de ziekten die wordt beschreven in verband met het gebruik van nucle-inezuren volgens de onderhavige uitvinding voor de vervaardiging van een geneesmiddel.
10 Er zij begrepen dat zowel het nucleïnezuur als de an tagonisten volgens de onderhavige uitvinding niet alleen kunnen worden gebruikt als een geneesmiddel of voor de vervaardiging van een geneesmiddel, maar ook voor cosmetische doeleinden, in het bijzonder met betrekking tot de 15 betrokkenheid van ghreline bij zwaarlijvigheid. Voor hetzelfde doeleinde en/of om de zelfde redenen kunen zowel het nucleïnezuur als de antagonisten volgens de onderhavige uitvinding worden gebruikt als een voedseladditief, een middel voor gewichtsbeheersing, een middel voor eetlustbe-20 heersing en/of als een diagnostisch middel. Een preparaat dat zowel het nucleïnezuur als de antagonisten volgens de onderhavige uitvinding bevat kan worden gebruikt voor willekeurig welk van de bovengenoemde doeleinden.
Zoals bij voorkeur hierin gebruikt is een diagnos-25 tisch middel geschikt voor het detecteren, direct of indirect, van ghreline, bij voorkeur ghreline zoals hierin beschreven en meer bij voorkeur ghreline zoals hierin beschreven in verband met de verschillende hierin beschreven stoornissen en ziekten. Het diagnostische middel is ge-30 schikt voor de detectie en/of observatie van de hierin beschreven stoornissen en ziekten. Een dergelijke detectie is mogelijk via de binding van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding aan ghreline. Een dergelijke binding kan direct of indirect worden gedetecteerd. De be-35 treffende werkwijzen en middelen zijn de vakman bekend. Onder andere, kunnen de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding een label bevatten dat detectie van de nu- 37 cleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding mogelijk maakt, bij voorkeur het aan ghreline gebonden nucleïne-zuur. Een dergelijk label wordt bij voorkeur gekozen uit de groep omvattende radioactieve, enzymatische en fluores-5 cente labels. In principe kunnen alle bekende voor antili-chamen ontwikkelde assays worden toegepast op de nucleïne-zuren volgens de onderhavige uitvinding, waarbij het doel-witbindende antilichaam wordt gesubstitueerd door een doelwitbindend nucleinezuur. In antilichaamassays waarbij 10 ongelabelde doelwitbindende antilichamen worden gebruikt wordt de detectie bij voorkeur uitgevoerd door middel van een secundair antilichaam dat is gemodificeerd met radioactieve, enzymatische en fluorescente labels en dat bindt aan het Fc-fragment van het doelwitbindende antilichaam. 15 In het geval van een nucleinezuur, bij voorkeur een nucleinezuur volgens de onderhavige uitvinding, wordt het nucleinezuur gemodificeerd met een dergelijk label, waarbij een dergelijk label bij voorkeur wordt gekozen uit de groep omvattende biotine, Cy-3 en Cy-5, en wordt een der-20 gelijk label gedetecteerd door middel van een antilichaam gericht op een dergelijk label, bijv. een antibiotine-antilichaam, een anti-Cy3-antilichaam of een anti-Cy5-antilichaam, of - het geval dat het label biotine is -wordt het label gedetecteerd door middel van streptavidine 25 of avidine die van nature binden aan biotine. Een dergelijk antilichaam, streptavidine of avidine wordt dan weer bij voorkeur gemodificeerd met een label, bijv. een radioactief, enzymatisch of fluorescent label (zoals een secundair antilichaam).
30 In een verdere uitvoeringsvorm worden de nucleïne- zuurmoleculen volgens de uitvinding gedetecteerd of geanalyseerd door middel van een tweede detectiemiddel, waarbij dit detectiemiddel een moleculair baken is. De methodologie van moleculaire bakens is de vakman bekend. Kort ge-35 zegd zijn nucleïnezuurprobes die ook wel worden aangeduid als moleculaire bakens omgekeerde complementen van het te detecteren nucleinezuurmonster en hybridiseren als gevolg 38 hiervan aan een gedeelte van het te detecteren nucleïne-zuurmonster. Bij binding aan het nucleïnezuurmonster raken de fluorofore groepen van het moleculaire baken van elkaar gescheiden, wat resulteert in een verandering van het flu-5 orescentiesignaal, bij voorkeur een verandering in intensiteit. Deze verandering komt overeen met de aanwezige hoeveelheid nucleïnezuurmonster.
De assays voor discriminatie van bioactief en niet-bioactief ghreline volgens de onderhavige uitvinding kun-10 nen worden uitgevoerd met behulp van standaardtechnieken die de vakman bekend zijn. Er zij begrepen dat dergelijke assays ook kunnen worden gebruikt voor de detectie van ghreline en bij voorkeur bioactief ghreline zoals in het navolgende zal worden beschreven.
15 Er zij begrepen dat de detectie van ghreline met be hulp van de nucleïnezuren volgens de onderhavige uitvinding in het bijzonder de detectie van bioactief ghreline zoals hierin gedefinieerd mogelijk maakt. Daarnaast kan het bioactieve ghreline apart worden gedetecteerd en dus 20 worden onderscheiden van het desoctanoylghreline door middel van, onder andere, de volgende werkwijze, waarbij andere werkwijzen de vakman duidelijk zullen zijn.
Met betrekking tot de detectie van het bioactieve ghreline omvat een voorkeurswerkwijze de volgende stappen: 25 (a) het verschaffen van een monster dat dient te worden getest op aanwezigheid van bioactief ghreline, (b) het verschaffen van een nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding, (c) het laten reageren van het monster met het nucleïne- 30 zuur, bij voorkeur in een reactievat, waarbij stap (a) voorafgaand aan stap (b) kan worden uitgevoerd, of stap (b) voorafgaand aan stap (a) kan worden uitgevoerd.
In een voorkeursuitvoeringsvorm wordt een verdere 35 stap (d) verschaft, die bestaat uit de detectie van de reactie van het monster met het nucleïnezuur. Bij voorkeur wordt het nucleïnezuur van stap (b) geïmmobiliseerd op een 39 oppervlak. Het oppervlak kan het oppervlak zijn van een reactievat zoals een reageerbuis, een putje in een plaat, of het oppervlak van een inrichting die zich in een dergelijk reactievat bevindt, zoals bijvoorbeeld een kraal. De 5 immobilisatie van het nucleïnezuur op het oppervlak kan worden uitgevoerd op elke wijze die de vakman bekend is, waaronder, maar niet beperkt tot, niet-covalente of cova-lente koppelingen. Bij voorkeur wordt de koppeling bewerkstelligd via een covalente chemische binding tussen het 10 oppervlak en het nucleïnezuur. Het valt echter ook binnen de strekking van de onderhavige uitvinding dat het nucleïnezuur indirect wordt geïmmobiliseerd op een oppervlak, waarbij een dergelijke indirecte immobilisatie het gebruik omvat van nog een ander bestanddeel of een paar van wis-15 selwerkingpartners. Een dergelijk ander bestanddeel is bij voorkeur een verbinding die op specifieke wijze wisselwerking heeft met het te immobiliseren nucleïnezuur, die ook wel wordt aangeduid als wisselwerkingpartner, en aldus de hechting van het nucleïnezuur aan het oppervlak medieert. 20 De wisselwerkingspartner wordt bij voorkeur gekozen uit de groep omvattende nucleïnezuren, polypeptiden, eiwitten, en antilichamen. Bij voorkeur is de wisselwerkingspartner een antilichaam, meer bij voorkeur een monoklonaal antili-chaam. In een alternatief is de wisselwerkingspartner een 25 nucleïnezuur, bij voorkeur een functioneel nucleïnezuur. Meer bij voorkeur wordt een dergelijk functioneel nucleïnezuur gekozen uit de groep omvattende aptameren, spiegel-meren, en nucleïnezuren die ten minste gedeeltelijk complementair zijn aan het nucleïnezuur. In een verdere al-30 ternatieve uitvoeringsvorm, wordt de binding van het nucleïnezuur aan het oppervlak gemedieerd door een meerdelige wisselwerkingspartner. Een dergelijke meerdelige wisselwerkingspartner is bij voorkeur een paar van wisselwer-kingspartners of een wisselwerkingspartner die bestaat uit 35 een eerste lid en een tweede lid, waarbij het eerste lid is omvat door of gehecht aan het nucleïnezuur en het tweede lid is omvat door of gehecht aan het oppervlak. De 40 meerdelige wisselwerkingspartner wordt bij voorkeur gekozen uit de groep van paren wisselwerkingspartners omvattende biotine en avidine, biotine en streptavidine, en bi-otine en neutravidine. Bij voorkeur is het eerste lid van 5 het paar van wisselwerkingspartners biotine.
Een voorkeursresultaat van een dergelijke werkwijze is de vorming van een geïmmobiliseerd complex van bioac-tief ghreline en het nucleïnezuur, waarbij meer bij voorkeur het complex wordt gedetecteerd. Het valt binnen de 10 strekking van een uitvoeringsvorm dat van het complex het bioactieve ghreline wordt gedetecteerd. Meer bij voorkeur wordt het bioactieve ghreline gedetecteerd door middel van een detectiemiddel dat specifiek is voor bioactief ghreline. In een bijzonder de voorkeur genietende uitvoerings-15 vorm wordt het bioactieve ghreline gedetecteerd door middel van een detectiemiddel dat zowel bioactief ghreline als niet-bioactief ghreline detecteert.
Detectiemiddelen die voldoen aan deze vereiste zijn, bijvoorbeeld detectiemiddelen die specifiek zijn voor 20 dat/die gedeelte(n) van ghreline dat/die identiek is/zijn in het bioactieve ghreline en het desoctanoylghreline. Bij voorkeur binden dergelijke detectiemiddelen derhalve aan het C-terminale uiteinde van ghreline, of binden ten minste niet aan het domein dat wordt gevormd door de N-25 terminus en de n-octanoyl-zijketen. Een zeer de voorkeur genietend detectiemiddel is een detectiemiddel dat is gekozen uit de groep omvattende nucleïnezuren, polypeptiden, eiwitten en antilichamen, waarvan de bereidingswijze aan de vakman bekend is.
30 De werkwijze voor de detectie van ghreline omvat ook dat het monster uit het reactievat wordt verwijderd dat bij voorkeur is gebruikt om stap (c) uit te voeren.
De werkwijze omvat in een verdere uitvoeringsvorm ook de stap van het immobiliseren van een wisselwerkingspart-35 ner van bioactief en/of desoctanoylghreline op een oppervlak, bij voorkeur een oppervlak zoals hierboven beschreven, waarbij de wisselwerkingspartner is gedefinieerd zo- 41 als hierin beschreven en bij voorkeur zoals hierboven beschreven met betrekking tot de respectievelijke werkwijze, en omvat bij voorkeur nucleïnezuren, polypeptiden en eiwitten en antilichamen in hun verscheidene uitvoeringsvor-5 men. In deze uitvoeringsvorm is een bijzonder de voorkeur genietend detectiemiddel een nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding, waarbij een dergelijk nucleïnezuur bij voorkeur gelabeld of niet-gelabeld kan zijn. Indien een dergelijk nucleïnezuur gelabeld is kan het recht-10 streeks of onrechtstreeks worden gedetecteerd. Een de detectie kan ook het gebruik omvatten van een tweede detectiemiddel dat, bij voorkeur, ook gekozen uit de groep omvattende nucleïnezuren, polypeptiden, eiwitten en antilichamen in de verschillende hierin beschreven uitvoerings-15 vormen. Dergelijke detectiemiddelen zijn bij voorkeur specifiek voor het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding. In een meer de voorkeur genietende uitvoeringsvorm is het tweede detectiemiddel een moleculair baken. Het nucleïnezuur of het tweede detectiemiddel of beide 20 kunnen in een voorkeursuitvoeringsvorm een detectielabel bevatten. Het detectielabel is bij voorkeur gekozen uit de groep omvattende biotine, een broomdesoxyuridine-label, een digoxigeninelabel, een fluorescentielabel, een UV-label, een radioactief label, en een chelatormolecuul. In 25 een alternatief heeft het tweede detectiemiddel wisselwerking met het detectielabel dat bij voorkeur wordt bevat door, omvat door, of is gehecht aan het nucleïnezuur. Bijzonder de voorkeur genietende combinaties zijn die waarin: het detectielabel biotine is en het tweede detectie-30 middel een op biotine gericht antilichaam is, of waarin het detectielabel biotine is en het tweede detectiemiddel een avidine of een avidinedragend molecuul is, of waarin het detectielabel biotine is en het tweede detectie-35 middel een streptavidine of een streptavidinedragend molecuul is, of waarin 42 het detectielabel biotine is en het tweede detectie-middel een neutravidine of een neutravidinedragend molecuul is, of waarin het detectielabel een broomdesoxyuridine is en het 5 tweede detectiemiddel een op broomdesoxyuridine gericht antilichaam is, of waarin het detectielabel een broomdesoxyuridine is en het tweede detectiemiddel een op broomdesoxyuridine gericht antilichaam is, of waarin 10 het detectielabel een digoxigenine is en het tweede detectiemiddel een op digoxigenine gericht antilichaam is, of waarin het detectielabel een chelator is en het tweede detectiemiddel een radionuclide is, 15 waarbij het de voorkeur heeft dat het detectielabel gehecht is aan het nucleïnezuur. Er zij begrepen dat dit soort combinatie ook toepasbaar is op de uitvoeringsvorm waarin het nucleïnezuur gehecht is aan het oppervlak. In een dergelijke uitvoeringsvorm heeft het de voorkeur dat 20 het detectielabel gehecht is aan de wisselwerkingspartner.
Tot slot valt het ook innen de strekking van de onderhavige uitvinding dat het tweede detectiemiddel wordt gedetecteerd met behulp van een derde detectiemiddel, bij voorkeur is het derde detectiemiddel een enzym, bij voor-25 keur een enzym dat een enzymatische reactie vertoont bij detectie van het tweede detectiemiddel, of is het derde detectiemiddel een middel voor het detecteren van straling, meer bij voorkeur straling die wordt uitgezonden door een radionuclide. Bij voorkeur detecteert het derde 30 detectiemiddel specifiek het tweede detectiemiddel, en/of heeft het derde detectiemiddel specifiek wisselwerking met het tweede detectiemiddel.
Ook in de uitvoeringsvorm waarbij een wisselwerkingspartner van bioactief en/of desoctanoylghreline is geïmmo-35 biliseerd op een oppervlak en waarbij het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding bij voorkeur wordt toegevoegd aan het complex dat wordt gevormd tussen de wis- 43 selwerkingspartner en het ghreline, kan het monster worden verwijderd uit het reactiemengsel, meer bij voorkeur uit het reactievat waarin stap (c) en/of (d) wordt uitgevoerd.
In een uitvoeringsvorm bevat het nucleïnezuur volgens 5 de onderhavige uitvinding een fluorescente groep, waarbij de fluorescentie van de fluorescente groep verschilt bij complexvorming tussen het nucleïnezuur en bioactief ghreline en vrij bioactief ghreline.
In een verdere uitvoeringsvorm is het nucleïnezuur 10 een derivaat van het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding, waarbij de derivaat van het nucleïnezuur ten minste één fluorescente derivaat van adenosine bevat die adenosine vervangt. In een voorkeursuitvoeringsvorm is de fluorescente derivaat van adenosine ethenoadenosine.
15 In een verdere uitvoeringsvorm wordt het complex dat bestaat uit de derivaat van het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding en de bioactieve ghreline gedetecteerd met behulp van fluorescentie.
In een uitvoeringsvorm van de werkwijze wordt een 20 signaal gevormd in stap (c) of stap (d), en is het signaal bij voorkeur gerelateerd aan de concentratie aan bioactief ghreline in het monster.
In een voorkeursaspect kunnen de assays worden uitgevoerd in 96-putsplaten, waarbij bestanddelen worden geïm-25 mobiliseerd in de reactievaten zoals hierboven beschreven en waarbij de putjes dienstdoen als reactievaten.
De hierboven beschreven reeks reactiestappen en de verschillende in verband daarmee beschreven uitvoeringsvormen zijn, in principe, geschikt voor het detecteren van 30 zowel bioactief ghreline, i.e. octanoylghreline en meer bij voorkeur n-octanoylghreline, alsook desoctanoylghreli-ne. Dit is mogelijk onder de voorwaarde dat voor de detectie van bioactief ghreline, ten minste één van de wissel-werkingspartners en het nucleïnezuur volgens de onderhavi-35 ge uitvinding geschikt is om specifiek het bioactieve ghreline te detecteren. In principe is het voldoende dat het nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding, dat 44 specifiek is voor bioactief ghreline, wordt gebruikt. De uitlezing van dit soort werkwijze die de hoeveelheid ghre-line in een monster aangeeft, kan als zodanig worden gebruikt als het resultaat van een analyse op bioactief 5 ghreline. Het resultaat kan echter ook worden gebruikt in een werkwijze voor het bepalen van het overallgehalte aan ghreline, bij voorkeur zowel bioactief ghreline als desoc-tanoylghreline. Hiertoe wordt bij voorkeur eenzelfde werkwijze gebruikt als hierboven beschreven, waarbij detectie-10 middelen of wisselwerkingspartners worden gebruikt die specifiek zijn voor desoctanoylghreline of geschikt zijn om zowel bioactief als desoctanoylghreline te detecteren, i.e. het overallghrelinegehalte of de hoeveelheid daarvan. Indien de wisselwerkingspartner of het detectiemiddel ge-15 schikt is voor het detecteren van elk type ghreline, ongeacht of het bioactief ghreline of desoctanoylghreline is, kan de overallhoeveelheid ghreline in het monster worden berekend aan de hand van het meetresultaat van een dergelijke werkwijze, waardoor het mogelijk is het percentage 20 bioactief ghreline in het monster te bepalen door het quotiënt te berekenen van de voor bioactief ghreline verkregen waarde en de het overallgehalte aan ghreline. In een verdere uitvoeringsvorm wordt de werkwijze gebruikt voor het specifiek detecteren van desoctanoylghreline. Dit de-25 soctanoylghreline kan bijvoorbeeld worden gedetecteerd door middel van detectiemiddelen of wisselwerkingpartners die specifiek zijn voor desoctanoylghreline, bijvoorbeeld door te zijn gericht op de C-terminus of de N-terminus van ghreline zonder n-octanoylgroep. De aldus bepaalde hoe-30 veelheid ghreline, i.e. de hoeveelheid desoctanoylghreline kan vervolgens worden opgeteld bij de hoeveelheid bioactief ghreline om het overallgehalte aan ghreline in het monster te berekenen.
Het nucleïnezuur volgens de uitvinding kan voorts 35 worden gebruikt als uitgangsmateriaal voor geneesmiddel-ontwerp. Globaal zijn er twee mogelijke benaderingen. Één benadering is de screening van bibliotheken van verbindin- 45 gen, bij voorkeur bibliotheken van verbindingen met een laag molecuulgewicht. In een uitvoeringsvorm is de screening een hoge-doorzet-screening. Bij voorkeur is hoge-doorzet-screening de snelle, efficiënte trial-and-error-5 evaluatie van verbindingen in een doelwitgebaseerd assay. In het beste geval wordt de analyse uitgevoerd door middel van een colorimetrische meting. Bibliotheken die hierbij kunnen worden gebruikt zijn de vakman bekend.
Anderzijds kan het nucleïnezuur volgens de onderhavi-10 ge uitvinding worden gebruikt voor het rationeel ontwerpen van geneesmiddelen. Bij voorkeur is rationeel geneesmid-delontwerp het ontwerp van een farmaceutische leidraad-structuur. Uitgaand van de 3-dimensionale structuur van het doelwit, die meestal wordt verkregen met behulp van 15 werkwijzen zoals Röntgenkristallografie of kernmagneti-sche-resonantiespectroscopie, worden computerprogramma's gebruikt om databanken te doorzoeken die structuren bevatten van veel verschillende chemische verbindingen. De selectie wordt uitgevoerd met een computer, de geïdentifi-20 ceerde verbindingen kunnen vervolgens in het laboratorium worden getest.
Bij het rationele ontwerp van geneesmiddelen kan worden uitgegaan van een nucleïnezuur volgens de onderhavige uitvinding, en het ontwerp heeft betrekking op een struc-25 tuur, bij voorkeur een driedimensionale structuur, die vergelijkbaar is met de structuur van de nucleïnezuren van de uitvinding, of identiek aan de bindingmediërende gedeelten van de structuur van de nucleïnezuren van de uitvinding. Zo'n structuur heeft dezelfde of vergelijkbare 30 bindingskarakteristieken als de nucleïnezuren van de uitvinding. In een verdere stap of als een alternatieve stap in het rationele ontwerp van geneesmiddelen wordt de, bij voorkeur driedimensionale, structuur van die gedeelten van de nucleïnezuren die binden aan de neurotransmitter nage-35 bootst door chemische groepen die verschillen van nucleo-tiden en nucleïnezuren. Door deze nabootsing kan een verbinding worden ontworpen die verschilt van de nucleïnezu- 46 ren. Een dergelijke verbinding is bij voorkeur een klein molecuul of een peptide.
In het geval van screening van bibliotheken van verbindingen, bijvoorbeeld met behulp van competitieve assays 5 welke de vakman bekend zijn, kunnen geschikte ghreline-analogen, ghreline-agonisten of ghreline-antagonisten worden gevonden. Dergelijke competitieve assays kunnen als volgt worden opgezet. Het nucleïnezuur van de uitvinding, bij voorkeur een spiegelmeer dat een doelwitbindend L-10 nucleïnezuur is, wordt gekoppeld aan een vaste fase. Om ghreline-analogen te identificeren kan gelabeld ghreline worden toegevoegd aan het assay. Een potentiële analoog zou met de ghrelinemoleculen wedijveren om binding aan het spiegelmeer, wat gepaard zou gaan met een verlaging van 15 het signaal dat door het betreffende label wordt veroorzaakt. Screening op agonisten of antagonisten kan worden uitgevoerd met behulp van een celkweekassay, zoals bekend bij de vakman.
De kit van de onderhavige uitvinding kan ten minste 20 één of meer van de nucleïnezuren van de uitvinding bevatten. Daarbij kan de kit ten minste één of meer positieve of negatieve controles bevatten. Een positieve controle kan bijvoorbeeld ghreline zijn, in het bijzonder degene waarop het nucleïnezuur van de uitvinding is geselecteerd 25 of waaraan het bindt, bij voorkeur in vloeibare vorm. Een negatieve controle kan bijv. een peptide zijn dat qua bio-fysische eigenschappen lijkt op ghreline, maar dat niet wordt herkend door de nucleïnezuren van de uitvinding. Voorts kan de kit één of meer buffers bevatten. De ver-30 schillende ingrediënten kunnen in gedroogde of gelyofili-seerde vorm of opgelost in een vloeistof in de kit zitten. De kit kan één of meer houders bevatten die elk één of meer ingrediënten van de kit kunnen bevatten. In een verdere uitvoeringsvorm bevat de kit een instructie of in-35 structiebrochure die de gebruiker informatie verschaft met betrekking tot het gebruik van de kit en de verschillende ingrediënten ervan.
47
Zoals hierin bij voorkeur gebruikt omvat de term behandeling in een voorkeursuitvoeringsvorm ook of als alternatief preventie en/of langdurige observatie.
Zoals hierin bij voorkeur gebruikt zullen de termen 5 ziekte en aandoening op uitwisselbare wijze worden gebruikt, tenzij anders aangegeven.
Zoals hierin gebruikt worden de termen omvatten of bevatten bij voorkeur niet bedoeld als inperking van het onderwerp dat door deze termen wordt beschreven. In een 10 andere uitvoeringsvorm dienen de termen omvatten of bevatten echter te worden opgevat in de betekenis van bestaan uit en derhalve als inperking van het onderwerp dat door deze term wordt beschreven.
De verschillende SEQ ID NO's, de chemische aard van 15 de nucleïnezuurmoleculen volgens de onderhavige uitvinding en de ghreline-doelwitmoleculen zoals hierin gebruikt, de precieze sequentie daarvan en het interne referentienummer zijn samengevat in de navolgende tabel.
c
cO
> φ ω Η Ή
4-> *-5 4J
c <υ 3 c Φ C Φ Vu Φ
U -Η C ο D
0) »Η ·Η CT
0> H 0) < J «, Μ-> < co Μ Μ vu vu <4-4 ΜΗ Μη W Ο σ> .C nnonn^Zm cm cm m *-h *-h ,-h co cm
Φ 0'*r->wwwww3 CJCDQrtJCdmÜHOO
CCC'^Mjjrf'frjrfrrjCDQl I I I I I I I I
Mcoo^ asmcm cm cm cm cm cm cm cm cm Q)f04->Miiii||iii|}-| CuC^CLifliQuiCLiQ-iCUC^
-p S -U co O Ö I I I I I I I I I
CDfO fO .-«r^m^inOCiJtO CO CO CO CO CO CO CO CO
mx:m3xxxxx>[os a a a a a a a a
OOOUUUUOCJ
<<<<<<0:0:«: υυουυυυου uuuuuuuuu ouuuuouuo uuuuuuuuu
UUUUUUUUU
<<<<<«;(!<<<<
UUUUUUUUU
UUUUUUUUU
UUUUUUUUU
U<CUUUUUUU
UUCJUOOOUU
uuuuuuuuu
<UUOU(JOOU
UUUUUUUUU
UUUUUUUUU OOOCJO(JU<< 00 UUUUUUUUU
UUUUUUUUU «ΐ <<<»<<<<<
UUUUUUUUU UUUUUUUUU UUUUUUUUU
„ „ ,, uuuuuuuuu g fc 2 g g B uuuouuuuu
d o U UUUUUUUUU
g|§ ê sssssssss
OjQjj-j u uuuuuuuuu
OLiCug u UUUUUUUUU
g <uuuuuuuu <2 « ^ <i ω ω x u uuuuuuuuu X !* < u uuuuuuuuu as e: o u uuuu uuuuu o a J u uuuuuuuuu lil s sgssssssg » I I [5 Si uuuuuuuuu η ω ω u o uuuuuuuuu
u Oj o. u o UUUUUUUsCU
^ ^ X U f£fi<CfiUDi<UU
S Η κΓ ^ 3233«<«:υυυ
3 tn fci X u UUUUUUUUU
CT OO CO « t£ UUUUUUUUU
CL) CO CO <! <ec UUUUUUUUU
wuuu U UUUUUUUUU
a>
Ό Q) <D
-Η T3 Ό « 'H ‘H S! < <<<<<»a:<sC< P* δ z zzzzzzzzz ωϋο,α: os DSosoiDSQSoioSoüct; <U ® · I I I I I I I I I | > a α j <11 2 J _3 cc:
Q
t—< i-HCMCO LOkDr'-OO^^’™^^^ 01 »—« T-H »-H ,-h
CO
I I I ITI MIMI ΓΠ II I I
m —
I CM
X I
o * Z »—I i—i CD Cu
II I I
X CM
υ o cd
Μ Z I
4-1 — — CO
' * CM S
j-1 r-IOOr-ICM'fl'VOOOCTiOtH
CM «3* CM CM CO ,—I OQ OOOOOOOOO.-li-H't-ICN
DC rij CD ^ CC Q '—' O ,—t »—i ,—I fH i—I f—t I—I I—I i—I Ο O
I I I I I I I I I I I I I I I I I
CM CM CM CM CO CM O QQQQQQQQQQQmW
CL, CD CD CD a, CD I I I I I I I I I I I I I I
1 I I I I IEhcmE-iHEhE-iE-'EhHEhE-'HEhE-iEh co οοωοοΟΉΟΟΟΟΟΟΟΟΟΟΟΟΟ 2 22222wd-,coc/)c/3coc/)cococowccic/5cow υ υ o υ sc < y υ <c υ υ υ <, < υ c o ο υ υ ου <, <; o et, <c o υ υ < y ο υ < οου<υυυο ου οοου<<υυ οο κίκίυυυυοίίυ < ο ου<<υυο«;υυ ο < υυυυ<ι<υ0:υ< οο οοο<υυ<υυυ οο οοοοοουυ<υ οο υοουοο<ί£ου ο υο <υ<υυυοι3υ< ο <ι ο<οουυυουοο υ οι υ < ΟΛίυουυυυυ υοοουι οο υ<»ίιΐοοουυο υ coooow υ υυ<>ί<ίΕ<ο<υουυουυυ<ι ο < ουυυ<<υοουυ<υυυυυοι _ <ο ο»ίυυυου<υ<υο<υ>3:(<<οι σι υυ ο<ο<υυιίυυο<υοοοοουυ μ1 ου υο<<ί£υ<υουουυουυυυυ << yODDiioOrtOUUDUicCUUUiilfS: οο <υυυο<υ<<υυουυουοου υυ οΛοοοΛοουοοίίουοοουυ υυ υ>ΐί£ί£υ<!«£υυ<<υυ<>£<<<<υυ οο υο<<<ο<οιίυΛ:υυιίυυυοο < < ουοο<οο<<υυ<υουυυ<ί£ << <υυυουυ<ο<υ<<ο<ί£ιΐ<< υυ <ουυυιΐυοο<<ο<ο<3<υυ υυ υυυου<2<υυο<!υυ<οουυυ < υ u<ooo«£ouicCoooOfiooort:< << υ<»ί(ίο«ίζιυ:>ίοο»ίοοοοο<^ οο <οιί<<ιί<οοιίθ(ϊ<υ<(ί»ΐοο οο οοοο<ιίθιΐυ<(ΐο<υ<^^οο οο ο<οοο<ο<υο<υο<ΐοοοοο < < OcCOrfOfiOOCOOOOOOOOiiii; cdrt ^«Οίζυίΐ<οουυ<υ<υυυ<«5 ΟΟ fi<OOeC<2i2o<icCOOrt:<RCrt:fiCOO υυ ο<ιΐιί<<ςιίίί<ορϊ<οοοοουυ yy υί<^2<2οοϋ£ο2<ο«ΐίςΐ!ίυυ see yυυυ<<<<o<ι¾o¾υ<<^rt:ι¾ οο <οοοοουυυοιίοοι<οοοοο < < OOOOfiOOOcCsCOOOOOOOefst; (£< <«:(ΐβ:ιΐ<οοοοίΐ<υ<ιΐ<υ<«ΐ οο >ίοοουο<<:<«;2ο<υυυυοο οο οοοοοοοουυυ^οοοοοοο υυ οοοοοοοοοοου<οοοουυ οο oooo<<oooooookc><p<«:oo οο <;υυοοοοο<<«:οοοοοο<< οο οοοοοουυοοο<οοοοοοο
ΟΟ OOOOOOOOOOOOsCOOOOOO
οο οοοοοοοοοοοοοοοοοοο οο οοοοοοοοοοοοουυυυοο οο οοοουυυυυυυοουυυυοο <, <:«;(<(<<<<<<<<<<<<<<<<< Ζ ΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖΖ cc ccccacocectcacececoccccccccccceccccccccc ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι ι
'T cOVOr'CDCTlOi-ICMrO'«I'LnCOr'OOCTlOr-ICMCOTj< I-Η r-l.-Hi-Hi-(,-ICMCMCMCMCMCMCMCMCMCMCOCOCOCOCO
CM
I I
<H Q
*—I
OQ C
O I fl ω x <ö cu o ë I z d i-icMmM,mcoi~ - — sc I I I I I I I I I σ> .-1 cnj ld γ*ί cti σι CT\ σ-1 σ-i (Tl CTi er» o c φ m CD t—I i—I rH i—I CM CM m <—I I—< 1—I i—f i—i t-H (—t i—t r—( i—1 -H C Ex]
I I I I I I I I I I I I I I I I I I -M -H I
EdCJEdCJCdEJUEdEJEJEdEJEJEdtdCdEdQ Ο Ή CM
I I I I I I I I I I I I I I I I I I ·Η Q) ftj
E—< E—I E—' E—· E—1 E—· E—· C—· E—* E—* £-· E—ι E—ι E—· E—' E-* E—· JQ V-t I
000000000000000000 <p x: co
cococococococococococowcotococococo CFO'S
u o < o < o < υ υ ο ο ο ο 2 13 < < υ < ου ο ο υ es ο ο υ ο ο υ ο u < <( u <c < ο 2<<UCJUC_>U ο ο < 0C300l3UC3C3t3CJC-)CJ02UUD0 (3 cscDCDrt;2<u2<22<2U2<t3t3 ο <<JCJUUE>UCJU0U0CJC30Ut3U Ο (JC3C3(J(3CJ<C300t3tDC3<C0t3CJCJ Ο tpocje>e>ucDc>c32222U22i2 u 0I<<<CDU2<UUL>CJC30(JICD <
ClCDeJOfiCUEJEJCDOCJCJCDUOICJ CD
OIOCDCD^SDOCDOtSUsCUOCOU < CDCozu>ou2<3<32rt:22<J22icD d ί3ΐ2130υ2(30(3(30(30(30Ι3 <
0ICDCJ02L>DC>CDCDCDCD0CDCDCJ>2 CD
utDociiuieCuuooocjouo u
0<OUDICD«£lCDOOOC3UC5ÜCJO U
lo:=>UCJCJIC>2iUUUU(_>CDCJU2< u U<CCDCOt3CDCOrDi£<a:fiCKdUCDCDCD< <
CDDCD<l<Ul<(iZUfiCDD<UD D
2Uocdi<oicd222o2oooc3 cj
CDOUC3C3t£>2CJCJOtDi3C30C3C3Dt3 U
ODOUUU<EJUOUCJUUOUfiCsC D
CJrfrtJUCJUOUUCJUEJUUOUrilrtlac: et 02222202<2222<22CJCPCu 2
CUUCDCDUOCDCDCDDOCDaCDCDUCJOl U
DatjooiSsccjauoou υ υ u a u ^ u ο<2υο2ουοουουυου22χ < u22CDCDCDrt;CDDCDCDC0CDCDCDCDCDU< 3 tfe)o<(iucD<i5<i5i<5S3^e)<ai o eiCJOOOOOUOEJOaCJUOUiiCDX a u<< uoiuaauuauuuuScDSe; 2 o22«C<ïa30fiC<ffcCi=Ci!£«£<<C3iiCE/D 2 2 to cjj 2 2 ι ι222222222υοω ο 2oueo=dicocdcdcdcdcdcdcdcdcdui3X υ CD U U CD CD I ICDC3CDCDOOC3C3C32C3a5 o <j522c3C3uic3C3c3e>u)C3C3u>t3CD2c> 2
OUOffe£< I 2222222222^301 O
(5«5<2<ïou222<«22222d> 2 222c3cdc3C3c3cdc30c3C30C3C3cdc3cc; 2 EJ330U<2UUUUUUUUU0UO cd utnoauuuuauucjuuuuoun: o uuu22t3C3222222222c3Uk) u 2C3C3C3C3CDC3C3C3C3C3cnCDt3C3C3l ia< cj C3222222222222222OC3C0 2 2θί322ΐ3υ222222222ωω,-3 2
«CZCDDCDDDDDDDCDÜDDDaxCUCw CD
CDC3C3C3C3C3C3C3C3C3C3C3C3C3C3C3I I CO (3
C3C3C3UC3C3CDOO(_>OCJUUOU- - CO O
UC3C3C3(3UOCDC3C3C3C3C3C3C3C3LnLn(3 O
<D
o 222222222222222222 -h 2 ZZZZZZZZZZZZZZZZZZ-P z
CCCCOCOCOCcCCCpCcCoCCCCCOCOiCCcCCCCCCu CC
1 I I I I I I I I I I I 1 I I I I I <U I
jr-3<-Di-Di-Dije]i-]r-]HDr-DrJrjhjr-Djjt--] ED* Q
a
lDCDr--00tTlOrHCMr0-<Tir)'Cr~00<T'Or-t(MP0 -T
rooonmro^^^T^rxT^r^^rTr^jitnLOLOLn ld
I—I
t-1 rH
03 ~ «-I
I CN « XI Ml
O i-H CD X
Z ft <u o m r-t e z
II I I—I
X I Q> V
O O CN O' M
Μ Z Ot 0) <D
P —* I *H G) rH C/3 CL Ή i-H O' S W >1
CN CN] ΓΟ i—l I—t rH Π CN CN CN CN CO CQ O (DC
oa<wo3kioo:c<ffl<:£~i-i mh-h
I I I I I I I I I I I I I ((OOP
CNCNCNCNCNCNCNCNCNCNCNCNCOOQtd Μ O
CUCLiOiOiCLiOiCUOjPmOuCUOiO-i I I I p -H IIIIIIIIIIIIIHHHCjQ C/3C/3WC0C/3WC/3C/JC0WWC/3C/3OOO Ο Ο) X X S__S_ X X X X X X S X O c/3 w o o>
O
o υυοουυυυοο ο <
(t<eCc(<ii«;cC<:((U < O
oooooooooo< o < οοοοοοοοοου ο o <<<<<<<<<<0 < cj 000000000 ο < ο ο ο ooooooooooo<o o 3 oooooooooooo< o < <<<<<<<<<<000 < < 0000000000<<00 0 3 0 333330330300<0 3 0 0 00000000003<0< U (3 «c <0000000000300 O < < 0030000003003< 003
<<<<<<<<<0<003 < < O
333333033<0300 DUO
000000000<3<30000< D:=>:z>33333330<<3033< <<<<<<<<<000<<0<00 333333003<000<0330 000000<<<30<00<000 i—I00000000000<300000 ιΤ)000000003000<<0000 <<<<<<<<<ö;ooo<o<o< 3333333333<00333<< 00000000003<003033 00000000000<<0<003 333333333300<<0300 ,5,5'5ί'5,ϊ^'ΐ,ϊ'ΐ:::)υο<ο<υ< <<<<<<<<<<<ooo<<o< υυοοουυυυο<3θο<ο3< 0000000000003030<< <<<<<<<<<00<030<03 <<<<<<<<<<0<<00<3< 3333333333<3<<<30< 0000000000303<<000 00000000000<030000 <<<<<<<<<<0<030<00 <<<<<<<<<<<<000<0< 0000000000<<3<<030 00000000000<<<0003 00000000000<<<<0<0 <<<<<<<<<<000<<<<3 0000000000<00330<0 <<<<<<<<<<000<0<00
<<<<<<<<<<<<<<<<0 I
3333333333<00003< 4)
000<000000333000< C
00000030000000003 -H
000000<000033<<0 I P
<<<33<3333<0000<0 O
<<<<<00000000330CJ-h 3333333333333003CUXI 0000000000000300 1 I
OOOOOOOOOOOOOOOO-OOOOOOOOOOOOOOOOiTiLn <<<<<<<<<<<<<<<<<< zzzzzzzzzzzzzzzzzz
«CïlDSOCQSDCQSOCoSOSOSOSOiCïlOjOSOSQS
1 I I I I I I I I I I I I I I I I I
QQQQQQQQOQQQOQQQ33
Lncor'00criOi-ccNn'3<mcor-cx3<noi-icN
LOLOLOLOLn'sDVOVDVOkDVDVDVP^D^Or^r-'f^- 52
De onderhavige uitvinding wordt verder geïllustreerd aan de hand van de figuren, voorbeelden en de sequentie-lijst waaruit verdere kenmerken, uitvoeringsvormen en voordelen naar voren komen.
5 Fig. 1 toont een gelijkschikking van sequenties van RNA-liganden die binden aan humaan ghreline, waarbij de sequenties een handmatige selectie van een ingekorte P-RNA-verzameling vormen; F = frequentie, C = competitieëx-perimenten, a.c. = actieve conformatie, n.t. = niet ge-10 test; ++: veel beter dan SOT-C, +: beter dan SOT-C =: vergelijkbaar met SOT-C;
Fig. 2 toont een competitieassay van binding aan ghreline met ingekorte aptameren versus de bekende sequentie SOT-C (Blltrc) ; 15 Fig. 3 toont een gelijkschikking van gekozen sequen ties van RNA-liganden, die werden gepubliceerd in octrooiaanvrage WO 2004/013274 A2; de getoonde selecties zijn in vitro geselecteerde spiegelmeren uit conventionele bibli-theken; hierbij geeft * identieke nucleotiden in alle se-20 quenties aan, zijn de onderstreepte basen basen die waarschijnlijk zijn betrokken bij helixvorming, geeft +++ een zeer variabel gebied aan en betekent nt# = SOT-Ro4-DR14-F7 trc;
Fig. 4 toont de berekende secundaire structuur van 25 ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT-C, de secundaire structuur werd berekend met het programma "RNAfold" (Hof-acker et al., 1994, Monatsh. Chem 125:167-188);
Fig. 5 toont de berekende secundaire structuur van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT-D-000, de secun-30 daire structuur werd berekend met het programma "RNAfold" (Hofacker et al., 1994, Monatsh. Chem 125:167-188);
Fig. 6 toont de berekende secundaire structuur van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT-D, de secundaire structuur werd berekend met het programma "RNAfold" (Hof-35 acker et al·., 1994, Monatsh. Chem 125:167-188);
Fig. 7 toont de berekende secundaire structuur van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon F-12, de secundaire 53 structuur werd berekend met het programma "RNAfold" (Hof-acker et al., 1994, Monatsh. Chem 125:167-188);
Fig. 8 toont een gelijkschikking van SOT-D-OOO-derivaten die het resultaat zijn van inkortings- en ratio-5 neel-ontwerpexperimenten, uitgevoerd op spiegelmeren uit conventionele bibliotheken; hierbij zijn de onderstreepte basen basen die waarschijnlijk betrokken zijn bij helix- vorming, geeft---een PEG-Spacer aan, en geldt voor de activiteitsscore: ++ is goed, + is redelijk en - is zwak; 10 Fig. 9 toont een eenpuntsmeting voor de remming van ghrelinegeïnduceerde Ca++-afgifte door de Spiegelmeren SOT-C, SOT-D-OOO en varianten daarvan bij kamertemperatuur; cellen werden gestimuleerd met 5 nM ghreline dat bij kamertemperatuur was gepre-incubeerd met verschillende hoe-15 veelheden Spiegelmeer SOT-C, SOT-D-OOO, of een variant van D-000. De resultaten tonen het percentage fluorescentie-signaal genormaliseerd ten opzichte van het zonder Spiegelmeer verkregen signaal;
Fig. 10 toont een vermoedelijke secundaire structuur 20 van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT-D-109;
Fig. 11 toont een dosis-respons-curve voor de remming van ghreline-geïnduceerde Ca++-afgifte door Spiegelmeren D-109 en 5'-gePEGyleerd D-109 bij kamertemperatuur; cellen werden gestimuleerd met 5 nM ghreline dat bij kamertempe-25 ratuur was gepre-incubeerd met verschillende hoeveelheden Spiegelmeer D-109 en 5'-gePEGyleerd D-109; de resultaten tonen het percentage fluorescentiesignaal genormaliseerd ten opzichte van het zonder Spiegelmeer verkregen signaal; Spiegelmeer D-109 en de gemodificeerde versies ervan ble-30 ken ghreline-geïnduceerde Ca*+-afgifte te remmen met eenzelfde IC50;
Fig. 12 toont de berekende secundaire structuur van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT-E, de secundaire structuur werd berekend met het programma "RNAfold" (Hof-35 acker et al., 1994, Monatsh. Chem 125:167-188);
Fig. 13 toont bindingsanalyse van ingekorte varianten van SOT-E-Spiegelmeren getest door middel van celkweekex- 54 perimenten, waarbij 5': inkorting aan het 5'-ige uiteinde, 3': inkorting aan het 3'-ige uiteinde, Lus: inkorting bij de "lus" en de helix, nt: nucleotiden, S: hexaethyleengly-col-spacer, i.v.: in vergelijkiing; 5 Fig. 14 toont een vermoedelijke secundaire structuur van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT- E-19;
Fig. 15 toont een vermoedelijke secundaire structuur van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT-E-21;
Fig. 16 toont een vermoedelijke secundaire structuur 10 van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT-E-33;
Fig. 17 toont een vermoedelijke secundaire structuur van ghrelinebindende RNA-spiegelmeerkloon SOT-E-25;
Fig. 18 toont de Biacore-2000-sensorgrammen die de KD-waarden aangeven van de D-ghrelinebindende RNA-klonen SOT-15 C en SOT-E; Opzet: geïmmobiliseerd gebiotinyleerd hu ghre-line, 37 °C 10 μΐ/min, geen beperking door massatransport
Fig. 19 toont een dosis-respons-curve voor de remming van ghreline-geïnduceerde Ca++-afgifte door Spiegelmeren SOT-E, SOT-E-19-5'-Amino, SOT-E-19-5'-PEG of SOT-D-109 bij 20 37°C verkregen uit celkweekexperimenten; cellen werden ge stimuleerd met 2 nM ghreline dat bij 37 °C was gepre-incubeerd met verschillende hoeveelheden Spiegelmeer SOT-E, SOT-E-19-5'-Amino, SOT-E-19-5'-PEG of SOT-D-109; de resultaten tonen het percentage fluorescentiesignaal genor-25 maliseerd ten opzichte van het zonder Spiegelmeer verkregen signaal; Spiegelmeer SOT-E-19 en de gemodificeerde versies ervan bleken ghreline-geïnduceerde Ca++-afgifte te remmen met eenIC50 van ongeveer 4 nM;
Fig. 20A toont de definitie van de sequentieboxen die 30 karakteristiek zijn voor ghrelinebindende Spiegelmeren; in Fig. 20A en de volgende Figuren 20B, 20C en 20D verwijst 1 naar "Box A", verwijst 2 naar "Helix gedefinieerd door Box A", verwijst 3 naar "Box B", verwijst 4 naar "Box Cl", verwijst 5 naar "Box C2", verwijst 6 naar "Box D", ver-35 wijst 7 naar "Box E" en verwijst 8 naar "Niet-parende G".
Fig. 20B toont een variant van Fig. 20A;
Fig. 20C toont een variant van Fig. 20A; 55
Fig. 20D toont een variant van Fig. 20A;
Fig. 21 toont de sequenties van SOT-D-109, SOT-E, SOT-E-19, SOT-E-21, SOT-E-33 en SOT-E-25;
Fig. 22 toont de remming van groeihormoonafgifte na 5 toediening van exogeen ghreline, door vooraf toegediend van anti-ghreline-spiegelmeer SOT-E19-5'-PEG;
Fig. 23 toont een overzicht van verschillende derivaten van SOT-E-19 die extra nucleotiden bevatten in plaats van de interne koppelgroep, en de waargenomen ICso-waarde 10 in nM; n.t.: nucleotiden;
Fig. 24 toont het resultaat van een cellulair compe-titieassay met octanoylghreline, desocatnoylghreline, en Spiegelmeer SOT-E-19, met combinaties en concentraties van de componenten aangegeven onder de staven; 15 Fig. 25 toont een standaardcurve van absorptie versus concentratie aan humaan ghreline (geoctanoyleerd), gemeten met een detectieassay van het EIA-type, waarbij het ghre-linebindende Spiegelmeer NOX-B11 werd gebruikt om (geoctanoyleerd) humaan ghreline te immobiliseren, om zo de kwan-20 tificering van (geoctanoyleerd) humaan ghreline mogelijk te maken;
Fig. 26A-D toont verschillende stappen van een werkwijze voor de kwantificering van octanoylghreline met behulp van een ghrelinebindend nucleïnezuur volgens de on-25 derhavige uitvinding.
VOORBEELD 1: Ghreline-bindende sequenties
Tenzij expliciet anders aangegeven is het ghreline dat in deze voorbeelden werd gebruik ghreline in de geoc-30 tanoyleerde vorm.
Met behulp van een technologie die was afgeleid van die welke wordt beschreven in DE 10349441.3 werd een op gebiotinyleerd humaan D-ghreline gerichte in-vitro-RNA-selectie uitgevoerd. Een verrijkte populatie van dsDNA-35 moleculen werd gekloneerd en gesequentieerd. Het resultaat van de sequentieanalyse is weergegeven in Fig. 1.
56
Alle sequenties bevatten het ghrelinebindende motief A (25 nucleotiden) van de bekende ghrelinebindende sequentie SOT-C (Blltrc/ zie octrooiaanvrage WO 2004/013274 A2). Slechts in vier van deze 23 klonen is motief A meer gele-5 gen aan het 3'-ige uiteinde van de sequentie- In 19 sequenties is motief A gelegen aan het 5'-ige uiteinde van de klonen. Het aanvullende motief dat motief D wordt genoemd is gelegen aan het 3'-ige uiteinde van motief A.
Bindinqskarakteristieken van de sequenties 10 De 15 klonen (Fig. 1) die variaties op verschillende posities vertonen werden uitgekozen voor vergelijkingsex-perimenten bij 37 °C met behulp van het in Voorbeeld 2 beschreven "competitieassay". Als referentie werd het radioactief gelabelde aptameer SOT-C (Blltrc) gebruikt. Ver-15 scheidene kandidaten bonden sterker aan D-ghreline dan SOT-C (Blltrc) , hetzij door een lagere KD of een hogere hoeveelheid actieve conformatie, waartussen niet kan worden gedifferentieerd met het "competitieassay". De klonen MS-P2-G2, MS-P2-D2, MS-P2-A2, MS-P2-H3 leken een betere 20 binding te hebben dan de controlekloon SOT-C (Blltrc), de klonen MS-P2-E1, MS-P2-B1, MS-P2-F1, MS-P2-C3, MS-P2-C2, MS-P2-A4 en MS-P2-B2 vertoonden veel betere binding. Vergelijkbare bindingsresultaten in vergelijking met SOT-C (Blltrc) konden worden vastgesteld voor de klonen MS-P2-25 E3, MS-P2-A3, MS-P2-H2 en MS-P2-D1 (Fig. 2: zie voor de evaluatie Fig. 1). Derhalve werden de beste klonen getest op hun activiteit als aptameren in het evenwichtsassay en als Spiegelmeren in een celkweekassay bij 37 °C (protocollen zie Voorbeeld 2) . De resultaten zijn opgesomd in Fig. 30 1. De klonen MS-P2-D2, MS-P2-F1, MS-P2-C2, MS-P2-C2, MS- P2-A4 en MS-P2-B2 werden gemeten bij 37 °C in het evenwichtsassay met een KD van 22-34 nM (ongeveer 60% actieve moleculen) en ICso-waarden van 3,0-8,0 nM konden worden waargenomen in celkweekexperimenten bij 37°C. SOT-C 35 (Blltrc) gaf, ter vergelijking, een IC50 van 20 nM bij 37°C, en een KD van 100 nM (47% actieve moleculen) bij 37°C (zoals beschreven in octrooiaanvrage W02004/013274 A2 is 57 de IC50 van SOT-C bij kamertemperatuur ongeveer 5 nM). De resultaten geven aan dat de biologische activiteit van de Spiegelmeren MS-P2-F1, MS-P2-C2 en MS-P2-D2 bij 37°C zelfs ongeveer vijf maal zo goed zou kunnen zijn als die van 5 SOT-C (Blltrc) . Voor verdere inkortingsexperimenten werd kloon MS-P2-F1 (IC50 van 4,0 nM) uitgekozen (zie Fig. 12 voor een voorspelling van de secundaire structuur).
Er zij begrepen dat de in Fig. 1 weergegeven sequenties nucleïnezuren zijn volgens de onderhavige uitvinding, 10 evenals de ingekorte versies daarvan die nog steeds in staat zijn aan het doelwit te binden.
VOORBEELD 2: Bindingskarakteriserinq van de sequen ties 15 2.1 Vergelijking van radioactief gelabelde aptameren met behulp van het "evenwichtsbindingsassay"
De meeste van de hierin beschreven klonen en meer in het bijzonder de in Figuur 1 opgenoemde klonen werden als radioactief gelabelde aptameren (D-RNA) vergeleken met be-20 trekking tot hun bindingsgedrag met gebiotinyleerd humaan D-ghreline, met behulp van het "evenwichtsbindingsassay".
Een vergelijking van het bindingsgedrag van de moleculen ten opzichte van humaan D-ghreline werd uitgevoerd. Voor dit doel werden de aangegeven aptameren met behulp 25 van standaardwerkwijzen gesynthetiseerd als ingekorte aptameren (zonder primerbindingsplaatsen) zoals weergegeven in Figuur 1.
Vervolgens werden de aptameersequenties aan het 5'-ige uiteinde radioactief gelabeld met γ-32Ρ-ΑΤΡ met behulp 30 van het volgende protocol.
Component Eindconcentratie
Oligonucleotide 5 μΜ T4 Forward Reaction Buffer (Invitrogen) lx T4 Polynucleotide Kinase (Invitrogen) 10 U/10 plreactievoiume [ γ-32Ρ] -ATP 1 μ1/10 plreaccievolume 58
Het reactiemengsel werd 1 h geïncubeerd bij 37 °C. Vervolgens werden de radioactief gelabelde aptameren op gel gezuiverd. 2-5 pmol van de radioactief gelabelde RNA’s werd 3 min bij 95°C gedenatureerd in selectiebuffer (vol-5 gens de fysiologische omstandigheden in humaan bloed: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 5 mM KCl, pH op 7,4 gebracht bij 37 °C) zonder Ca++ en Mg++, gevouwen door toevoeging van deze ionen tot een concentratie van 1 mM bij 37°C, en 1 uur bij 37°C geïncubeerd met gebiotinyleerd humaan D-ghreline in 10 concentraties van 0,4 tot 3000 nM. Vervolgens werd een constante hoeveelheid NeutrAvidin-agarose toegevoegd als matrix en werd het RNAipeptide-complex nog 30 min geschud bij 37°C. De matrix met gebonden peptide liet men vervolgens sedimenteren, het supernatant werd verwijderd, de ma-15 trix werd gewassen met 100 μΐ selectiebuf fer en het verschil tussen geboden en ongebonden RNA werd bepaald door middel van meting van de radioactiviteit met behulp van een Beekman Coulter. Van de berekende getallen werd de controle (0 nM gebiotinyleerd humaan D-ghreline) afgetrok-20 ken als achtergrond. De evenwichtsconstanten werden berekend met behulp van het programma "GraFIT" (Versie 4.0.10, Erithacus Software Ltd., Surrey, UK).
2.2. Vergelijking van aptameren met behulp van compe-titieassay 25 Om de klonen te vergelijken met de reeds bekende
Ghrelinebindende sequentie SOT-C (Blltrc; zie octrooiaanvrage W02004/013274 A2) werd SOT-C gesynthetiseerd als ap-tameer (D-RNA) volgens standaardwerkwijzen zoals hierin beschreven (Voorbeeld 4) . De aptameersequentie werd aan 30 het 5'-ige uiteinde radioactief gelabeld met γ-32Ρ-ΑΤΡ volgens standaardwerkwijzen zoals hierin beschreven.
Radioactief gelabeld SOT-C en de geïdentificeerde klonen (D-RNA) werden bereid zoals beschreven voor het evenwichtsassay. Het assay werd uitgevoerd bij een pepti-35 deconcentratie (gebiotinyleerd humaan D-ghreline) van 20 nM. Vervolgens werden equimolaire hoeveelheden van radioactief gelabeld SOT-C en twee verschillende concentraties 59 (40 nM en 200 nM) van de aptameren getest (De resultaten zijn weergegeven in Fig. 2). Het assay werd uitgevoerd zoals het evenwichtsassay.
2.3 Remming van qhreline-geïnduceerde calciumafgifte 5 door ghrelinebindende Spiegelmeren
Functionele karakterisering van ghrelinebindende Spiegelmeren is uitgevoerd in een cellulair assaysysteem waarin de wisselwerking van humaan (L-)ghreline en de humane groeihormoonsecretagoogreceptor (GHS-R) werd gevolgd. 10 De intracellulaire calciumafgifte die het gevolg is van receptor-ligand-wisselwerking wordt zichtbaar gemaakt met behulp van een fluorescente calciumindicator.
Stabiel getransfecteerde CHO-cellen die de humane ghrelinereceptor (GHS-Rla) tot expressie brengen (verkre-15 gen van Euroscreen, Gosselies, België) worden met 5-7xl04 cellen per putje geïnoculeerd in een zwarte 96-putsplaat met doorzichtige bodem (Greiner) en overnacht gekweekt bij 37 °C en 5% CO2 in UltraCHO-medium (Cambrex) met 100 eenhe-den/ml penicilline, 100 yg/ml streptomycine, 400 yg/ml ge-20 neticine en 2,5 yg/ml fungizone.
Voorafgaand aan belading met de calciumindicator-kleurstof fluo-4 worden de cellen eenmaal gewassen met 200 yl CHO-U+. Vervolgens wordt 50 yl van de indicatorkleur-stofoplossing (10 yM fluo-4 (Molecular Probes), 0,08% 25 pluronic 127 (Molecular Probes) in CHO-U+) toegevoegd en worden de cellen60 min geïncubeerd bij 37°C. Daarna worden de cellen driemaal gewassen met 180 yl CHO-U+. Tot slot wordt 90 yl CHO-U+ toegevoegd per putje.
Variabele hoeveelheden Spiegelmeer worden tezamen met 30 humaan (L-)ghreline (gekocht van Bachem) in UltraCHO-medium met 5 mM probenecid en 20 mM HEPES (CHO-U+) 15 tot 60 min bij kamertemperatuur of bij 37°C geïncubeerd in een 0,2 ml laag-profiel-96-putsplaat. Als controle worden monsters met alleen peptide (maximale calciumafgifte) en mon-35 sters zonder peptide (minimale calciumafgifte) geanalyseerd. In deze stimulatieoplossingen hebben het peptide en 60 het Spiegelmeer (indien toegevoegd) een 10 maal zo hoge concentratie als in het assay.
Voor de detectie van calciumafgifte wordt de stimula-tieoplossing toegevoegd aan de cellen (10 μΐ/putje), en 5 wordt de verandering an het fluorescentiesignaal gevolgd. Meting van fluorescentiesignalen wordt uitgevoerd met een excitatiegolflengte van 485 nm en een emissiegolflengte van 520 nm in een Fluostar Optima multidetectieplaatlezer (BMG), voorzien van injectiepompen.
10 Voor parallelle meting van verscheidene monsters wor den putjes van één (overdwarse) rij van een 96-putsplaat tezamen gemeten. Eerst worden drie metingen met een interval van 4 sec uitgevoerd voor bepaling van de basislijn. Vervolgens wordt de meting onderbroken en wordt de plaat 15 uit het instrument verwijderd. Met behulp van een meerka-naalspipet wordt 10 μΐ stimulatieoplossing toegevoegd aan de putjes, waarna de plaat weer in het instrument wordt geplaatst en de meting wordt hervat. In totaal worden 20 metingen met tijdsintervallen van 4 seconden uitgevoerd.
20 Voor elk putje wordt het verschil tussen de maximale fluorescentie en de achtergrondwaarde bepaald en uitgezet tegen de concentratie aan humaan (L-)ghreline (geoctanoy-leerd) of, in de experimenten met betrekking tot de remming van calciumafgifte door Spiegelmeren, tegen de con-25 centratie aan Spiegelmeer, waardoor het mogelijk wordt de halfmaximale remmingsconstante (IC50) te bepalen.
2.4 Oppervlakteplasmonresonantie- (SPR) meting Aptameerbinding aan gebiotinyleerd humaan D-ghreline werd gekarakteriseerd door middel van SPR-real-time-30 kinetiekanalyse met behulp van een BIAcore 2000 instrument. (BIAcore AB, Uppsala, Zweden) zoals beschreven. 100 RU en (Doorstroomcel 2) en 300 RU (Doorstroomcel 3) aan C-terminaal gebiotintyleerd peptide werd geïmmobiliseerd op een met Streptavidine bedekte sensorchip (Biacore AB, 35 Freiburg, Duitsland) em monsters met een concentratie van 0,1 μΜ tot 1 μΜ werden geïnjecteerd met behulp van het Kinject-commando waarmee een associatietijd van 360 s en 61 een dissociatietijd van 360 s werd gedefinieerd. Door-stroomcel 1 werd gebruikt als buffer-en-dextranmatrix-controle (Biacore SA-Chip-oppervlak) terwijl op Door-stroomcel 4 onspecifiek D-peptide werd geïmmobiliseerd om 5 onspecifieke binding van het aptameer te bepalen. Reacties werden uitgevoerd bij 37°C. Voor data-analyse met de BIAe-valuation 3.0 software (BIAcore AB, Uppsala, Zweden) gebruikten we het Langmuir 1:1 stoichiometrisch fittingsal-goritme.
10 VOORBEELD 3: Definitie van qhrelinebindende Spiegel- meermotieven 3.1 Inkorting van SQT-D-000 3.1.2. Terminale inkorting van eerder geselecteerde 15 Spiegelmeer SQT-D-000
De ghrelinebindende Spiegelmeren die zijn weergegeven in Fig. 3 zijn eerder verkregen, zoals reeds beschreven in octrooiaanvrage W02004/013274 A2. Uit voorspellingen van de secundaire structuur (conformaties met minimale vrije 20 energie [Hofacker et al., 1994, Monatsh. Chem 125:167-188]) blijkt dat de mogelijkheid voor canonieke intramole-culaire baseparing tussen de 5'-ige en 3'-ige terminus bestaat voor alle Spiegelmeren (Fig. 4-7; onderstreepte basen in Fig. 3) . De aanwezigheid van dergelijke structuur-25 elementen in een Spiegelmeer is mogelijk cruciaal voor correcte vouwing van de actieve driedimensionale structuur, maar voor economische Spiegelmeersynthese dienen de moleculen zo kort mogelijk te zijn. Spiegelmeer SOT-D-OOO (een ingekorte versie van SOT-R04-DR14-F7 zonder primer-30 bindingsplaatsen) werd gekozen als basis voor terminale inkorting daar het de kortste geselecteerde Spiegelmeer is met de mogelijkheid de langste terminale helix te vormen.
Ingekorte varianten van SOT-D-OOO met helixlengtes van acht (SOT-D-108), zeven (SOT-D-100), en zes (SOT-D-35 104) baseparen, in plaats van tien (Fig. 8) , werden gesyn thetiseerd en getest in celkweek zoals beschreven in Voorbeeld 2 (Fig. 9). SOT-D-104 (39-meer) verloor duidelijk 62 bindingsactiviteit, terwijl SOT-D-lOO (41-meer) en -108 (43-meer) de volledige ghreline-antagonistische werking behielden. Variant SOT-D-106, een verdere inkorting van SOT-D-104 waaruit G4 was verwijderd, was vrijwel inacief.
5 Verrassenderwijs kan deze niet-gepaarde G - die aanwezig is in de helix van alle geselecteerde ghrelineSpiegelmeren - niet zomaar worden verwijderd. Hij lijkt zelfs essentieel te zijn voor de ghrelinebinding.
3.1.2. Interne deletiemutanten van SOT-D-lOO en -108 10 Bij beschouwing van de gelijkschikking van geselec teerde ghrelinebinders in Fig. 3, lijkt er in alle gelijk-geschikte moleculen direct grenzend aan de terminale helix aan het 5'-ige uiteinde een zeer variabel gebied voor te komen. Om deze klaarblijkelijke variabiliteit te benutten 15 voor verdere inkorting van ghrelinebinders werden de kortste volledig actieve SOT-D-varianten SOT-D-lOO en -108 gebruikt als basis voor verdere inkortigen. In het geval van interne SOT-D-108-varanten werden de betreffende basen eenvoudigweg weggelaten, terwijl zij in de SOT-D-108-20 varianten werden gesubstitueerd door een flexibele hydrofiele spacer tijdens de synthese. SOT-D-100 en de derivaten SOT-D-101 en -102 daarvan, en de SOT-D-108-derivaten SOT-D_109, -110 en -111, werden vervolgens in celkweek getest zoals beschreven in Voorbeeld 2 (Fig. 9). Zoals weer-25 gegeven in Fig. 8, was deletie van twee, maar niet van drie, interne nucleotiden mogelijk zonder activiteitsver-lies (SOT-D-101; -102) . Daarentegen konden bij substitutie door een spacer (SOT-D-109, -110, -111) drie nucleotiden worden weggelaten. Een optimale plaatsing van de spacer is 30 gerealiseerd in SOT-D-109 (Fig. 10).
Modificaties van SOT-D-109 aan het 5'-ige uiteinde met een groep van 40 kDa was mogelijk zonder verlies van de ghrelinebindende activiteit (Fig. 11).
3.2. Inkorting van SOT-E
35 In het navolgende wordt de ghrelinebindende sequentie MS-P2-F1 (Fig. 1 en Fig. 12) die werd gekozen als lei-draadsequentie aangeduid als SOT-E.
63
Uit voorspellingen van de secundaire structuur (con-formaties met minimale vrije energie [Hofacker et al., 1994, Monatsh. Chem 125:167-188]) blijkt dat de mogelijkheid voor canonieke intramoleculaire baseparing tussen C30 5 en G50 bestaat voor Spiegelmeer SOT-E (Fig. 12). In de navolgende worden experimenten beschreven die resulteren in inkorting van Spiegelmeer SOT-E. Alle ingekorte versies van Spiegelmeer SOT-E werden getest met betrekking tot hun activiteit in celkweek (zie Voorbeeld 2).
10 3.2.1. Terminale inkorting van Spiegelmeer SOT-E
De zes nucleotiden aan het 3'-ige uiteinde lijken niet te zijn gehybridiseerd aan andere gedeelten van het molecuul. Daarentegen zijn de nucleotiden aan het 5'-ige uiteinde mogelijk gedeeltelijk gepaard. Verrassenderwijs 15 kan het 3'-ige uiteinde niet worden ingekort zonder vermindering van de binding (Spiegelmeer SOT-E-012), terwijl Spiegelmeer SOT-E-014 (inkorting van zes nucleotiden aan het 5'-ige uiteinde) de volledige ghreline-antaginistische activiteit behield (Fig. 13) .
20 3.2.2. Interne deletiemutanten van Spiegelmeer SOT-E
Bij beschouwing van de gelijkschikking van geselecteerde ghrelinebinders MS-P2-E3, MS-P2-G2, MS-P2-D2, MS- P2-A3, MS-P2E1, MS-P2-B1, MS-P2-C3, MS-P2-C2, MS-P2-H2, MS-P2-A4 en SOT-E (sequentiefamilie I) in Fig. 1 lijkt er 25 in alle gelijkgeschikte moleculen aan het einde en direct grenzend aan de helix (G36-C43 in SOT-E) een variabel gebied voor te komen. De voorspelling van de secundaire structuur van Spiegelmeer SOT-E toont een lus van vier nucleotiden (A38-U41; Fig. 12). Om deze klaarblijkelijke va-30 riabiliteit te benutten voor verdere inkorting van ghrelinebinders werden eerst de betreffende basen van Spiegelmeer SOT-E vervangen door een flexibele hydrofobe spacer tijdens synthese. Deletie van zes (U37-A42; SOT-E-011) nucleotiden, maar niet van acht (G36-C43; SOT-E-008) nucleo-35 tiden was mogelijk zonder verlies aan activiteit. De combinatie van de resultaten van inkorting aan het 5'-ige ui-tiende (G1-A6) en de substitutie van zes nucleotiden (U37- 64 A42) door flexibele hydrofiele spacer leidt tot het 44 nu-cleotiden bevattende Spiegelmeer SOT-E-019 (Fig. 14) dat in celkweek een identieke IC50 vertoont als het 56 nucleo-tiden bevattende Spiegelmeer SOT-E (Fig. 12) .
5 3.2.2. Herschikking van sequentieseqmenten in SQT-E- 019
De sequentiefamilie II vertegenwoordigd door de sequenties MS-P2-A2, MS-P2-H3 en MS-P2-D1 (Fig. 1) vertonen overeenkomsten met sequentiefamilie I (waaronder SOT-E). 10 Deze sequentiehomologie is aangegeven als box A (UAAGACCGAAGGUAACCAAUCCUAC) in Fig. 1. In sequentiefamilie 2 bevindt box A zich meer aan het 3'-ige uiteinde terwijl in sequentiefamilie I box A zich dicht bij het 5'-ige uiteinde bevindt. Op basis van dit resultaat van de in-vitro-15 selectie en de voorspelling van de secundaire structuur van Spiegelmeer SOT-E werd een variant van SOT-E-019 ontworpen waarin box A zich bevindt aan het 5'-ige uiteinde. Hiertoe werden de oorspronkelijke 5'-ige en 3'-ige uiteinden van SOT-E-019 met een flexibele spacer aan elkaar ge-20 koppeld en werd de lus verwijderd wat resulteerde in nieuwe 5'-ige en 3'-ige uiteinden (variant SOT-E-021; Fig. 15 en 21) . Verrassenderwijs kon voor SOT-E-021 geen activi-teitsverlies worden waargenomen. Verdere inkortingen op basis van SOT-E-019 en SOT-E-021 (SOT-E-33 (Fig. 16 en 21) 25 en SOT-E-25 (Fig. 17 en 21) waren niet mogelijk zonder de ghreline-antagonistische werking te verminderen (Fig. 13).
3.3. Vergelijking van SOT-C, SQT-D-109 en SOT-E
Spiegelmeer SOT-E werd gemeten door middel van opper-vlakteplasmonresonantie (Voorbeeld 2) in vergelijking met 30 SOT-C en een zesmaal zo lage KD kon worden bepaald (Fig. 18). Dezelfde verbeterde binding (vijfmaal zo goed) kon worden gedetecteerd in celkweekexperimenten (Voorbeeld 2) met Spiegelmeer SOT-E in vergelijking met D-109 (Fig. 19). Om de verblijftijd in het dierlijke lichaam te verbeteren, 35 werd Spiegelmeer SOT-E-109 aan het 5'-ige uiteinde gemodificeerd met een PEG-groep van 40 kDa (SOT-E19-5'-PEG) . Spiegelmeer SOT-E19-5'-PEG toonde vergelijkbare resultaten 65 in vergelijking tot SOT-E in celkweekexperimenten (Fig. 19) en vertoonde daarnaast in-vivo-activiteit (Voorbeeld 5; Fig. 22).
3.4. Definintie van ghrelinebindende Spiegelmeermo-5 tieven
Alle moleculen die ghreline binden, in het bijzonder ghreline met een octanoylzijketen zoals hierin gedefinieerd, worden primair gekarakteriseerd door de aanwezigheid van een motief van 25 nucleotiden ("Box A") dat essentieel 10 is voor ghrelinebinding. Sommige van de 25 nucleotiden in "Box A" lijken uitwisselbaar te zijn met andere basen (Fig. 20A).
Een essentiële noodzaak voor de functionaliteit van "Box A" in een ghrelinebindend Spiegelmeer is de hybridi-15 satie van de 5 3'-terminale nucleotiden van "Box A" (5'-CCUAG) met een complementaire streng met de sequentie 5'-GüGAGG, waardoor een helicale structuur wordt gevormd met een niet-parende centraal geplaatste guanosine (Box B) . Deletie van deze centrale guanosine in Box B leidt tot 20 significant bindingsverlies ("door Box A gedefinieerde helix", Niet-parende G; Fig. 20A). 3'-ig grenzend aan "Box A" dient de "door Box A gedefinieerde helix" minimaal te zijn verlengd door één, bij voorkeur twee of meer, aanvullende niet gedefinieerde baseparen ("Box Cl" en "Box C2", 25 Fig. 20A) .
Aan het 3'-ige uiteinde van "Box B" zijn verdere nucleotiden essentieel voor binding. Aanzienlijke verbetering van binding kan worden bewerkstelligd door nog twee, optimaal vier nucleotiden toe te voegen op deze positie 30 ("Box D", Fig. 20A) , resulterend in een Box D met twee, drie, vier, vijf of zes nucleotiden.
Aan het 5'-ige uiteinde van "Box A" zijn verdere nucleotiden essentieel voor binding. Ten minste één verder nucleotide (met name U of G) is noodzakelijk voor binding. 35 Aanzienlijke verbetering van binding kan worden bewerkstelligd door nog twee nucleotiden toe te voegen op deze 66 positie ("Box E", Fig. 20A) , resulterend in een Box E met één, twee, drie of vier nucleotiden.
Indien de boxen D en E worden gekoppeld via een flexibele hydrofiel spacer kan deze spacer ook op ver-5 schillende posities worden geïnserteerd (zie Fig. 8; SOT-D-109, SOT-D-110 en SOT-D-111).
Verrassenderwijs zijn de gedefinieerde sequentie-elementen functioneel wanneer "Box Cl" en "Box C2" in plaats van Box D en E aan elkaar zijn gekoppeld met een 10 hydrofiele spacer.
Variant 1: 5' - Box Cl - Box B - Box D - Spacer - Box E Box A - Box C2 15 Variant 2: 5' - Box E - Box A - Box C2 - Spacer - Box Cl -
Box B - Box D
De in de beschrijving, de conclusies en/of de figuren 20 beschreven kenmerken van de onderhavige uitvinding kunnen zowel afzonderlijk als in elke willekeurige combinatie materiaal vormen voor het realiseren van de uitvinding in verschillende vormen daarvan.
25 VOORBEELD 4: Chemische synthese van aptameren en
Spieqelmeren
Chemische vaste-fase-synthese Kleinschalige synthese
De aptameren werden geproduceerd door middel van vas-30 te-fase-synthese met een ABI 394 synthesizer (Applied Bio-systems, Foster City, CA, USA) met behulp van 2'TBDMS -RNA - fosforamidietchemie (M.J. Damha, K.K. Ogilvie, Methods in Molecular Biologie, Vol. 20 Protocols for oligonucleotides and analogs, red. S. Agrawal, pp. 81-114, 35 Humana Press Inc., 1993). D-rA(N-Bz)-, D-rC(Ac)-, D-rG(N-ibu)-, D-rU- en hexaethyleenglycolfosforamidieten werden 67 gekocht van ChemGenes, Wilmington, MA. De aptameren werden gezuiverd door middel van gelelektroforese.
De ongemodificeerde Spiegelmeren (zonder PEGylering) werden geproduceerd door middel van vaste-fase-synthese 5 met een ABI 394 synthesizer (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) met behulp van 2'TBDMS - RNA - fosforami-dietchemie (M.J. Damha, K.K. Ogilvie, Methods in Molecular Biologie, Vol. 20 Protocols for oligonucleotides and analogs, red. S. Agrawal, pp. 81-114, Humana Press Inc., 10 1993). L-rA(N-Bz)-, L-rC(Ac)-, L-rG(N-ibu)-, L-rU- en hexaethyleenglycolfosforamidieten werden gekocht van ChemGenes, Wilmington, MA. De aptameren werden gezuiverd door middel van gelelektroforese.
Grootschalige synthese plus modificatie 15 Het gemodificeerde Spiegelmeer SOT-E-19 werd geprodu ceerd door middel van vaste-fase-synthese met een AktaPi-lotlOO synthesizer (Amersham Biosciences; General Electric Healthcare, Freiburg) met behulp van 2'TBDMS - RNA - fos-foramidietchemie (M.J. Damha, K.K. Ogilvie, Methods in Mo-20 lecular Biologie, Vol. 20 Protocols for oligonucleotides and analogs, red. S. Agrawal, pp. 81-114, Humana Press Inc., 1993). L-rA(N-Bz)-, L-rC(Ac)-, L-rG(N-ibu)-, L-rU-en hexaethyleenglycolfosforamidieten werden gekocht van ChemGenes, Wilmington, MA. De synthese werd gestart op met 25 L-riboC gemodificeerd CPG met een poriegrootte van 1000 A (Link Technology, Glasgow, UK). Voor koppeling (15 min per cyclus) werd 0,3 M benzothiotetrazool (CMS-Chemical, Abingdon, UK) in acetonitril, en 3,5 equivalenten van de betreffende 0,1 M fosforamidietoplossing in acetonitril 30 gebruikt. De aminogroep aan het 5'-ige uiteinde van het Spiegelmeer werd aangehecht door koppeling van aminohexyl-fosforamidiet (ChemGenes). Een oxidatie-capping-cyclus werd gebruikt. Verdere standaardoplosmiddelen en reagentia voor oligonucleotidesynthese werden gekocht van Biosolve 35 (Valkenswaard, NL) . Het Spiegelmeer werd DMT-ΟΝ gesynthetiseerd; na ontscherming werd het opgezuiverd door middel van preparatieve RP-HPLC (Wincott F. et al., 1995, Nucleic 68
Acids Res. 23:2677) met behulp van Source 15RPC-medium (Amersham) . De 5'DMT-groep werd verwijderd met 80% azijnzuur (30 min bij kamertemperatuur) . Vervolgens werd waterige 2 M NaOAc-oplossing toegevoegd en werd het Spiegel-5 meer ontzout door middel van tangentiële-doorstroom-filtratie met behulp van een 5 K geregenereerde cellulose-membraan (Millipore, Bedford, MA) .
PEGylering
Ter vertraging van renale ruiming in vivo werd Spie-10 gelmeer SOT-E-19 aan het 5'-ige uiteinde covalent gekoppeld aan een polyethyleenglycolgroep (PEG) van 40 kDa. Met een Spiegelmeer met een op dergelijke wijze verhoogde mo-lecuulmassa kan een aanzienlijk langer verblijf in plasma en derhalve langere werking worden bewerkstelligd.
15 Voor PEGylering (zie Europese octrooiaanvrage EP 1 306 382) werd het gezuiverde 5'-amino-gemodificeerde Spiegelmeer opgelost in een mengsel van H2O (2,5 ml), DMF (5 ml), en buffer A (5 ml; bereid door citroenzuur·H20 [7 g] , boorzuur [3,54 g], fosforzuur [2,26 ml] en 1 M NaOH 20 [343 ml] te mengen en water toe te voegen tot een eindvo- lume van 1 1; de pH werd op 8,4 gebracht met 1 M HC1).
De pH van de Spiegelmeeroplossing werd op 8,4 gebracht met 1 M NaOH. Vervolgens werd PEG-NHS-ester van 40 kDa (Nektar Therapeutics, Huntsville, AL) toegevoegd bij 25 37°C elke 30 min in vier porties van 0,6 equivalenten tot dat een maximale opbrengst van 7 5 tot 85% was bereikt. De pH van het reactiemengsel werd op 8-8,5 gehouden met 1 M NaOH tijdens toevoeging van de PEG-NHS-ester.
Het reactiemengsel werd gemengd met 4 ml ureumoplos-30 sing (8 M), 4 ml buffer A, en 4 ml buffer B (0,1 M triethylammoniumacetaat in H2O) en 15 min bij 95°C verwarmd. Het gePEGyleerde Spiegelmeer werd vervolgens gezuiverd door middel van RP-HPLC met Source 15 RPC-medium (Amersham) , met gebruikmaking van een acetonitrilgradiënt 35 (buffer B; buffer C: 0,1 M triethylammoniumacetaat in ace-tonitril). Overmaat PEG elueerde bij 5% buffer C, gePEGy-leerd Spiegelmeer bij 10-15% buffer C. Productfracties met 69 een zuiverheid van >95% (bepaald door middel van HPLC) werden gecombineerd en gemengd met 40 ml 3 M NaOAC. Het gePEGyleerde Spiegelmeer werd ontzout door middel van tan-gentiële-doorstroom-filtratie (5 K geregenereerde cellulo-5 semembraan, Millipore, Bedford, MA).
VOORBEELD 5: Remming van de qroeihormoonafgifte na
toediening van exogeen ghreline, door anti-ghreline-Spieqelmeer SOT-E19-51-PEG
10 Het is bekend dat de toediening van exogeen ghreline de afgifte van groeihormoon (GH) induceert in ratten. Voorafgaande toediening van ghrelinebindende Spiegelmeren onderdrukt de ghreline-geïnduceerde afgifte van GH.
Sprague-Dawley-ratten kregen 7 dagen de gelegenheid 15 aan hun nieuwe omgeving te wennen. De experimentele opzet bestond uit vijf groepen met elk vijf dieren: één positieve controlegroep en vier verschillende doses aan Spiegelmeer SOT-E19-5'-PEG. Alle dieren werden voor de duur van het experiment verdoofd met Ketamine/Xylazine en ontvingen 20 twee intraveneuze injecties in de staartader. De eerste injectie werd 30 minuten voor de tweede injectie toegediend en bestond uit PBS (positieve controlegroep) of de in Fig. 22 aangegeven doses Spiegelmeer SOT-E19-5'-PEG. De tweede toediening bestond uit 3 nmol rattenghreline voor 25 alle dieren en definieerde het tijdstip 0 van het experiment. Voorafgaand aan de tweede toediening werd een eerste bloedmonster afgenomen uit de orbitale sinus. Voorts werden monsters genomen na 5, 15, 30 en 45 minuten na toediening van rattenghreline. De resulterende plasmamonsters 30 werden op groeihormoonconcentraties geanalyseerd met behulp van een commercieel enzymatisch immunoassaysysteem volgens de instructies van de fabrikant (Groeihormoon, Rat, Biotrak Assay Kit, RPN2561, Amersham Biosciences Europe GmbH, Freiburg).
35 Zoals zichtbaar is in Fig. 22 wordt de afgifte van GH
krachtig gestimuleerd door de injectie van rattenghreline, maar kan zij worden geremd door de voorafgaande toediening 70 van SOT-E19-51-PEG. Maximale remming wordt bereikt bij 75 nmol SOT-E19-5'-PEG/kg lichaamsgewicht. Verdere verhoging van de toegediende dosis tot 150 nmol SOT-E19-5'-PEG/kg lichaamsgewicht onderdrukt de GH-afgifte niet verder. Het 5 resultaat toont de in-vivo-activiteit van het anti-ghreline-Spiegelmeer SOT-E19-5'-PEG.
VOORBEELD 6: Derivaten van SOT-E-19 zonder een interne koppelqroep 10 Zoals beschreven in Voorbeeld 3 bestaat anti- ghreline-Spiegelmeer SOT-E-19 uit L-nucleotiden en een interne koppelgroep die in het oorspronkelijke SOT-E-molecuul was ingebouwd ter vervanging van 6 nucleotiden. 4 van die 6 nucleotiden vormen een lus in Spiegelmeer SOT-E, 15 de overige 2 nucleotiden (van de zes nucleotiden) kunnen met elkaar hybridiseren (SOT-E, zie Fig. 23, eerste rij, gehybridiseerde nucleotiden zijn onderstreept).
Teneinde zo kort mogelijke derivaten van SOT-E-19 te realiseren zonder interne koppelgroep, werd de koppelgroep 20 gesusbstitueerd door verschillende bouwstenen van 3 nucleotiden. Alle derivaten werden gesynthetiseerd als Spiegel-meren (protocol zie Voorbeeld 4) en geanalyseerd in cel-kweekexperimenten (protocol zie Voorbeeld 2) . Substitutie van de interne koppelgroep van SOT-E-19 zonder verlies aan 25 bindings- en remmingswerkzaamheid (IC50) bleek succesvol met de volgende bouwstenen: ACA (SOT-E-19-L3) en CAA (SOT-E-19-L4). De verschillende derivaten van SOT-E-19 zijn weergegeven in Fig. 23.
30 VOORBEELD 7: Onderscheiding van octanoylghreline en desoctanoylghreline door ghrelinebindende Spiegelmeren
De karakteristieken van de binding van Spiegelmeer SOT-E19 aan ghreline werden verder geanalyseerd in een competitieassay, gebaseerd op de in Voorbeeld 2 beschreven 35 werkwijze. In deze assays werd het Spiegelmeer geïncubeerd met verschillende combinaties van ghrelinepeptiden (octa- 71 noyl- en desoctanoylghreline) in de stimuleringsoplossin-gen voorafgaand aan stimulatie van de cellen.
Het schema van peptidecombinaties en de resultaten van het expressieplasmide met compleet octanoylghreline 5 (humaan ghreline = hu ghreline) zijn samengevat in Fig. 24 (staven genummerd van links naar rechts): zonder octanoylghreline (humaan ghreline = hu ghreline) of met desoctanoylghreline in een eindconcentratie van 300 nM wordt geen stimulering van de cellen gedetecteerd (staven 1 en 2), 10 terwijl octanoylghreline (humaan ghreline = hu ghreline) in een concentratie van 13 nM reeds voldoende is voor het mediëren van calciumafgifte (staaf 3); verdere toevoeging van 300 nM desoctanoylghreline (staaf 4) interfereert niet met de celstimulering, wat aangeeft dat het biologisch in-15 actieve desoctanoylghreline geen receptorantagonist is. De door 3 nM octanoylghreline (humaan ghreline = hu ghreline) gemedieerde calciumafgifte kan worden geremd door een 10-voudige overmaat aan SOT-E19 (staaf 5), en zelfs de aanwezigheid van desoctanoylghreline in een 100-voudige over-20 maat (300 nM) ten opzichte van octanoylghreline (humaan ghreline = hu ghreline) geeft geen competitie met de remming (staaf 6) . Daarentegen wordt bij een assayconcentra-tie van 300 nM octanoylghreline en 30 nM Spiegelmeer een verhoogde calciumafgifte waargenomen (staaf 7), wat erop 25 duidt dat onder assayomstandigheden een stimuleringsverho-ging kan worden bewerkstelligd met octanoylghreline (humaan ghreline = hu ghreline). Dit experiment toont aan dat S0T-E19 specifiek onderscheidt maakt tussen ghreline in de octanoylvorm en de desoctanoylvorm.
30 De bindingskarakteristieken van Spiegelmeer NOX-B11 aan ghreline (bindend aan octanoylghreline maar niet of zwak aan desoctanoylghreline) zijn vergelijkbaar met SOT-E-19 (hetzelfde experiment werd eerder uitgevoerd zoals beschreven in WO2005/049828).
35 Omdat beide moleculen een hoge structuurovereenkomst
hebben (zie Voorbeeld 3) die hoofdzakelijk is gebaseerd op Box A, ondersteunen de resultaten de aanname dat moteif A
72 eseentieel is voor de hoge specificiteit van de nucleïne-zuurmoleculen volgens de onderhavige uitvinding voor de geoctanoyleerde vorm van ghreline, speciaal met betrekking tot de vijf aminozuren aan de N-terminus inclusief de oc-5 tanoylgroep.
VOORBEELD 8: Kwantificering van octanoylghreline met behulp van qhrelinebindende Spiegelmeer NOX-B11
De ghrelinebindende Spiegelmeer N0X-B11 kan worden 10 gebruikt in een assayformat vergelijkbaar met dat van een enzymimmuunassay (EIA) voor niet-radioactieve kwantificering van geoctanoyleerd humaan en rattenghreline.
Principe
In dit assay worden standaarden, controles en onbe-15 kend behandeld plasma geïncubeerd in 96-putsmicrotiterplaten die zijn bedekt met ghrelinebindende Spiegelmeer, bijv. Spiegelmeer NOX-B11, die octanoylghreline herkennen aan de N-terminus. Na incubatie en wassen worden de putjes behandeld met een anti-ghreline-20 antilichaam (eerste antilichaam) of een nucleïnezuur dat aan ghreline bindt aan de C-terminus van ghreline. Dit antilichaam of nucleïnezuur kan al dan niet gelabeld zijn, waarbij een nucleïnezuur bij voorkeur gelabeld zu zijn. Indien het (eerste) antilichaam niet gelabeld is wordt, na 25 incubatie, verwijdering van het (eerste) anti-ghreline-antilichaam en verscheidene wasstappen, een tweede antilichaam (gericht op het Fc-fragment van het eerste antilichaam en gelabeld) toegevoegd. Het label van het tweede antilichaam kan het enzym mierikswortelperoxidase (HRP) 30 zijn. Na incubatie met het tweede antilichaam en verwijdering van de ongebonden fractie worden de putjes geïncubeerd met het HRP-substraat tetramethylbenzidine (TMB). Vervolgens wordt een zure stopoplossing toegevoegd en wordt de mate van enzymatische omzetting bepaald door mid-35 del van absorptiemeting bij 450 nm. De gemeten absorptie is recht evenredig met de in het monster aanwezige concentratie octanoylghreline. Een set ghreline-standaarden 73 wordt gebruikt om een standaardcurve van absorptie tegen ghrelineconcentratie te plotten, op basis waarvan de ghre-lineconcentratie in de onbekende monsters kan worden berekend.
5 Protocol
Ten eerste werd een met streptavidine bedekte 96-putsplaat (Reacti-Bind Streptavidin Coated High Bind Capacity Black 96-well Plates, Perbio Science, Bonn, Duitsland) driemaal gewassen met PBS-Dulbecco (met Mg2+ en Ca2+, 10 Biochrom AG, Berlijn, Duitsland) met 0,1% Tween. Elk putje werd 1 uur bij kamertemperatuur geïncubeerd met 100 μΐ 50 μΜ gebiotinyleerde Spiegelmeer NOX-Bll (opgelost in PBS; SEQ ID NO:72). Na immobilisatie van gebiotinyleerde Spiegelmeer NOX-Bll werd ongebonden Spiegelmeer verwijderd 15 door middel van één wasstap (100 μΐ PBS) . Dit is schematisch weergegeven in Fig. 26A.
Na verwijdering van de wasbuffer werden de stockop-lossingen met een gedefinieerde concentratie aan octanoyl-ghreline toegevoegd, waarna 1 uur werd geïncubeerd bij ka-20 mertemperatuur. Het supernatant werd verwijderd en de putjes werden eenmaal gewassen (100 μΐ PBS). Dit is schematisch weergegeven in Fig. 26B.
Het anti-ghreline-antilichaam (afkomstig van Phoenix Peptides, Belmont, CA, USA; le ab) werd 1 uur geïncubeerd 25 in blokkeringsoplossing (Phoenix Peptides, Belmont, CA, USA), waarna ongebonden antilichamen werden verwijderd door middel van vijf wasstappen (elk 100 μΐ PBS). Dit is schematisch weergegeven in Fig. 26C.
Om het gebonden anti-ghreline-antilichaam te detecte-30 ren werd een tweede antilichaam (Phoenix Peptides, Belmont, CA, USA; 2e ab-HRP) gebruikt dat specifiek het Fc-fragment van het anti-ghreline-antilichaam (le ab) herkent en dat gemodificeerd is met mierikswortelperoxidase. De ongebonden fractie van het tweede antilichaam (2e ab-HRP) 35 werd verwijderd door middel van vijf wasstappen (elk 100 μΐ PBS). Dit is schematisch weergegeven in Fig. 26D.
74
Voor kwantificering werd 100 μΐ TMB-substraat (Amers-ham Biosciences, Little Chalfont, UK) toegevoegd waarna de plaat werd afgesloten en 30 min in het donker werd geïncu-beerd. Vervolgens werd 50 ml stopoplossing toegevoegd. De 5 mate van enzymatische omzetting van het substraat werd bepaald door middel van absorptiemeting bij 450 nm en het verschil in absorptie-eenheden werd gemeten.
Zoals weergegeven in Fig. 25 werd een set ghreline-standaarden gebruikt om een standaardcurve te plotten van 10 absorptie versus ghrelineconcentratie.
Resultaten
De experimentele gegevens tonen aan dat Spiegelmeer N0X-B11 in principe kan worden gebruikt om octanoylghreli-ne te immobiliseren op een concentratieafhankelijke wijze, 15 en derhalve de potentie heeft om te worden gebruikt in een detectieassay van het EIA-type.
De in de beschrijving, de conclusies en/of de figuren beschreven kenmerken van de onderhavige uitvinding kunnen zowel afzonderlijk als in elke willekeurige combinatie ma-20 teriaal vormen voor het realiseren van de uitvinding in verschillende vormen daarvan.
10 33520

Claims (59)

1. L-nucleïnezuur, bij voorkeur bindend aan ghreline, met de structuur 10 5'- Box Cl - (” Box B | - Box D - Spacer - Box E - _Box A_______- Box C2 omvattende een eerste stuk. Box A, een tweede stuk, Box B, een derde stuk, Box Cl, een vierde stuk, Box C2, een vijf-15 de stuk, Box D, een zesde stuk, Box E, en een eerste spacer, "Spacer", waarbij het eerste stuk, Box A, ongeveer 25 opeenvolgende nu-cleotiden bevat, 20 het tweede stuk, Box B, ongeveer zes tot acht opeen volgende nucleotiden bevat, een stuk van een aantal nucleotiden aan het 3'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A, hybridiseert met het tweede stuk, Box B, waardoor bij hybridisatie een eerste 25 dubbelstrengsstructuur wordt gevormd, waarbij deze eerste dubbelstrengsstructuur een bobbel bevat, het derde stuk, Box Cl, ten minste één nucleotide bevat, het vierde stuk, Box C2, ten minste één nucleotide 30 bevat, het derde stuk, Box Cl, met zijn 3'-ige uiteinde is gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het tweede stuk, Box B, en het vierde stuk, Box C2, met zijn 5'-ige uiteinde is gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box 35 A, het vijfde stuk, Box D, ten minste twee opeenvolgende nucleotiden bevat, 103352ο het vijfde stuk, Box D, met het 5'-ige uiteinde ervan is gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het tweede stuk, Box B, het zesde stuk, Box E, ten minste één nucleotide be- 5 vat, het zesde stuk, Box E, met zijn 3’-ige uiteinde is gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A, het 3'-ige uiteinde van het vijfde stuk, Box D, is 10 gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het zesde stuk, Box E, door een eerste spacer, en waarbij de eerste spacer een niet-nucleïnezuurspacer is.
2. Nucleïnezuur volgens conclusie 1, waarbij het eerste 15 stuk, Box A, de sequentie bevat van 5' UAAXiX2CCGAAX3GUAX4CCAAUCCUX5C; waarbij 20 Xi = G of A; X2 = A of U; X3 = G of A; X< = A of C of U; en 25 X5 = G of A, bij voorkeur 5'UAAGACCGAAGGUAACCAAUCCUAC3 ' .
3. Nucleïnezuur volgens conclusie 1, waarbij het eer-30 ste stuk, Box A, de sequentie bevat van 5' UAAX1X2CCGAAX3GUAX4CCAUUCCUX5C (SEQ ID NO: 3); waarbij Xi = G of A; X2 = A of U; 35 X3 = G of A; X4 = A of C of U; en X5 = G of A, 5 bij voorkeur 5'UAAGACCGAAGGUAACCAUUCCUAC3' (SEQ ID NO: 4).
4. L-nucleïnezuur, bij voorkeur bindend aan ghreline, met de structuur 10 5'- Box Cl - I Box B I - I Box D - Spacer - | Box Ë - _Box A_ - Box C2 omvattende een eerste stuk, Box A, een tweede stuk, Box B, een derde stuk, Box Cl, een vierde stuk, Box C2, een vijf-15 de stuk, Box D, een zesde stuk, Box E, en een eerste spacer, "Spacer", waarbij het eerste stuk, Box A, ongeveer 25 opeenvolgende nu-cleotiden bevat, 20 het tweede stuk, Box B, ongeveer zes tot acht opeen volgende nucleotiden bevat, waarbij een stuk van een aantal nucleotiden aan het 3'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A, hybridiseert met het 25 tweede stuk, Box B, waardoor bij hybridisatie een eerste dubbelstrengsstructuur wordt gevormd, waarbij deze eerste dubbelstrengsstructuur een bobbel bevat, het derde stuk, Box Cl, ten minste één nucleotide bevat en 30 het vierde stuk, Box C2, ten minste één nucleotide bevat, het derde stuk, Box Cl, met zijn 3’-ige uiteinde is gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het tweede stuk, Box B, en het vierde stuk, Box C2, met zijn 5'-ige uiteinde is 35 gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A, het vijfde stuk, Box D, ten minste twee opeenvolgende nucleotiden bevat, het vijfde stuk, Box D, met het 5'-ige uiteinde ervan is gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het tweede stuk, 5 Box B, het zesde stuk, Box E, ten minste één nucleotide bevat, het zesde stuk, Box E, met zijn 3'-ige uiteinde is gehecht aan het 5’-ige uiteinde van het eerste stuk, Box 10 A, het 3'-ige uiteinde van het vijfde stuk, Box D, is gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het zesde stuk, Box E, door een eerste spacer, EN waarbij de eerste spacer een nucleïnezuurspacer is en 15 het eerste stuk, Box A, de sequentie bevat van 5' ÜAAX1X2CCGAAX3GUAX4CCAAÜCCUX5C; waarbij 20 Xi = G of A; X2 = A of U; X3 = A; X4 = A of C of U; en X5 = G of A; of X3 = G; X, = C of U; en X5 = G of A; 25 of X3 = G; X4 = A of C of U; en X5 = G; of Xi = A; X2 = A;
5. CA (X) n3 ' waarbij X elk nucleotide kan zijn, bij voorkeur gekozen uit de groep omvattende A, G, T, C, U en I, 25 en waarbij n een heel getal is gekozen uit de groep bestaande uit 0, 1, 2, 3 en 4.
5 -CONCLUSIES-
6. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 25 5, waarbij de dubbelstrengsstructuur wordt gevormd door de vijf 3'-terminale opeenvolgende nucleotiden van het eerste stuk, Box A, en een deel van of alle nucleotiden van het tweede stuk, Box B, bij voorkeur de zes tot acht opeenvolgende nucleotiden van het tweede stuk, Box B. 30
7. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 6, waarbij de bobbel wordt gevormd door 1 tot 3 nucleotiden van het tweede stuk, Box B, bij voorkeur door 1 nucleotide van het tweede stuk, Box B, die niet baseparen met 35 de vijf 3'-terminale opeenvolgende nucleotiden van het eerste stuk, Box A.
8. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 7, waarbij de bobbel wordt gevormd door een niet-baseparend purine, waarbij het purine bij voorkeur een gu-anosine is. 5
9. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 8, waarbij het niet-baseparende purine wordt verschaft door het tweede stuk, Box B.
10. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 9, waarbij het derde stuk, Box Cl, en het vierde stuk, Box C2, in staat ZIJN tot hybridisatie, waarbij na hybridisatie een tweede dubbelstrengsstructuur wordt gevormd.
11. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 10, waarbij de eerste dubbelstrengsstructuur een eerste helicale structuur vormt.
12. Nucleïnezuur volgens conclusie 11, waarbij de 20 tweede dubbelstrengsstructuur een tweede helicale structuur vormt.
13. Nucleïnezuur volgens conclusie 12, waarbij de tweede helicale structuur een helix of een helixachtige 25 structuur is die 1 tot 10 baseparen bevat, bij voorkeur 1 tot 3 baseparen en meer bij voorkeur 2 tot 3 baseparen.
14. Nucleïnezuur volgens conclusie 12 of 13, waarbij de eerste helicale structuur wordt verlengd door de tweede 30 helicale structuur.
15 C2, is gehecht aan het 5’-ige uiteinde van het derde stuk, Box Cl, door een tweede spacer.
15. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 14, waarbij het derde stuk, Box Cl, ongeveer 1 tot 10 opeenvolgende nucleotiden bevat, bij voorkeur 1 tot 3 opeen- 35 volgende nucleotiden en meer bij voorkeur 2 of 3 opeenvolgende nucleotiden.
16. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 15, waarbij het vierde stuk, Box C2, ongeveer 1 tot 10 opeenvolgende nucleotiden bevat, bij voorkeur 1 tot 3 opeenvolgende nucleotiden en meer bij voorkeur 2 of 3 opeenvol- 5 gende nucleotiden.
17. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 16, waarbij het vijfde stuk, Box D, de sequentie 5'-CA bevat . 10
18. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 17, waarbij het vijfde stuk, Box D, een aantal opeenvolgende nucleotiden bevat, waarbij het aantal is gekozen uit de groep bestaande uit twee, drie, vier, vijf en zes op- 15 eenvolgende nucleotiden.
19. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 18, waarbij het vijfde stuk, Box D, een sequentie bevat van 20
20. Nucleïnezuur volgens conclusie 19, waarbij het vijfde stuk, Box D, bestaat uit de sequentie 30 5'CA (X) n3' waarbij n = 4.
20 X3 = G; X4 = A; X5 = A.
21. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 20, waarbij het zesde stuk, Box E, ongeveer 1 tot 10 opeenvolgende nucleotiden bevat, bij voorkeur 1 tot 4 opeen volgende nucleotiden, en meer bij voorkeur 3 opeenvolgende nucleotiden.
22. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 5 21, waarbij ten minste één van de nucleotiden van het zes de stuk, Box E, is gekozen uit de groep bestaande uit U en G.
23. Nucleïnezuur volgens conclusie 22, waarbij het U-10 of G-nucleotide zich onmiddellijk naast het 5'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A, bevindt.
24. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 13, waarbij het 3'-ige uiteinde van het vierde stuk, Box
25. Nucleïnezuur volgens conclusie 24, waarbij de tweede spacer is gekozen uit de groep omvattende hydrofie- 20 le spacers.
26. Nucleïnezuur volgens conclusie 25, waarbij de hydrofiele spacer is gekozen uit de groep omvattende nucleï-nezuurspacers en niet-nucleïnezuurspacers. 25
27. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 4 tot 26, waarbij de eerste spacer een nucleïnezuurspacer is die ongeveer 1 tot 20 opeenvolgende nucleotiden bevat, bij voorkeur 1 tot 5 opeenvolgende nucleotiden en meer bij 30 voorkeur 2 opeenvolgende nucleotiden.
28. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 24 tot 27, waarbij de tweede spacer een nucleïnezuurspacer is die ongeveer 3 tot 20 opeenvolgende nucleotiden bevat, bij 35 voorkeur 3 tot 5 opeenvolgende nucleotiden en meer bij voorkeur 3 opeenvolgende nucleotiden.
29. Nucleïnezuur volgens conclusie 28, waarbij de tweede spacer bestaat uit ACA of CAA.
30. Nucleïnezuur volgens één van de voorgaande con-5 clusies 26, waarbij de eerste spacer en/of de tweede spacer ten minste één ethyleenglycolgroep of een veelvoud van dergelijke ethyleenglycolgroepen bevat.
30 X3 = G; X4 = A; X5 = A. 35 5. L-nucleïnezuur, bij voorkeur bindend aan ghreline, met de structuur 5'- |Box Cll - I Box B 1 - I Box D | - Spacer - | Box E - Box A 1 - |Box C2 omvattende een eerste stuk, Box A, een tweede stuk, Box B, 5 een derde stuk, Box Cl, een vierde stuk. Box C2, een vijfde stuk, Box D, een zesde stuk, Box E, en een eerste spacer, "Spacer", waarbij het eerste stuk, Box A, ongeveer 25 opeenvolgende nu-10 cleotiden bevat, het tweede stuk, Box B, ongeveer zes tot acht opeenvolgende nucleotiden bevat, waarbij een stuk van een aantal nucleotiden aan het 3’-ige 15 uiteinde van het eerste stuk, Box A, hybridiseert met het tweede stuk, Box B, waardoor bij hybridisatie een eerste dubbelstrengsstructuur wordt gevormd, waarbij deze eerste dubbelstrengsstructuur een bobbel bevat, het derde stuk, Box Cl, ten minste één nucleotide be-20 vat en het vierde stuk, Box C2, ten minste één nucleotide bevat, het derde stuk, Box Cl, met zijn 3'-ige uiteinde is gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het tweede stuk, Box 25 B, en het vierde stuk, Box C2, met zijn 5'-ige uiteinde is gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A, het vijfde stuk, Box D, ten minste twee opeenvolgende nucleotiden bevat, 30 het vijfde stuk, Box D, met het 5'-ige uiteinde ervan is gehecht aan het 3'-ige uiteinde van het tweede stuk, Box B, het zesde stuk, Box E, ten minste één nucleotide bevat, 35 het zesde stuk, Box E, met zijn 3'-ige uiteinde is gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het eerste stuk, Box A, het 3'-ige uiteinde van het vijfde stuk, Box D, is gehecht aan het 5'-ige uiteinde van het zesde stuk, Box E, door een eerste spacer, en waarbij de eerste spacer een nucleïnezuurspacer is en 5 het eerste stuk, Box A, de sequentie bevat van 5' UAAX1X2CCGAAX3GUAX4CCAUUCCUX5C; waarbij 10 Xi = G of A; X2 = A of U; X3 = A; X4 = A of C of U; en X5 = G of A; of X3 = G; X4 = C of U; en X5 = G of A; 15 of X3 = G; X4 = A of C of U; en X5 = G; of Xi = A; X2 = A;
31. Nucleïnezuur volgens conclusie 30, waarbij de 10 spacer een molecuulgewicht heeft van ongeveer 172 tot 688 Da, bij voorkeur 344 Da.
32. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 31, waarbij het nucleïnezuur een cyclisch nucleïnezuur is. 15
33. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 31, in het bijzonder conclusie 32, waarbij het tweede stuk, Box B, de sequentie 5'GUGAGG3' bevat.
34. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1, 2 en 6 tot 31, waarbij de sequentie van het nucleïnezuur de sequentie volgens SEQ ID NO: 40 bevat.
35 ID NO: 17, 18 en 19.
35. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1, 2 25 en 6 tot 31, waarbij de sequentie van het nucleïnezuur de sequentie volgens SEQ ID NO: 41 bevat.
36. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1, 3 en 6 tot 31, waarbij de sequentie van het nucleïnezuur de 30 sequentie volgens SEQ ID NO: 30 of SEQ ID NO: 52 bevat.
37. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1, 4 en 6 tot 31, waarbij de sequentie van het nucleïnezuur wordt gekozen uit de groep van de sequenties volgens SEQ
38. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1, 3 en 6 tot 31, waarbij de sequentie van het nucleïnezuur wordt gekozen uit de groep van de sequenties volgens SEQ ID NO: 24, 25, 26, 27, 28, 29, 31 en 32. 5
39. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 38, waarbij het nucleïnezuur in staat is ghreline, bij voorkeur humaan ghreline, te binden.
40. Nucleïnezuur volgens conclusie 39, waarbij het ghreline een aminozuursequentie heeft volgens SEQ ID NO: 1.
41. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 15 40, waarbij het nucleïnezuur een modificatie bevat.
42. Nucleïnezuur volgens conclusie 41, waarbij de modificatie is gekozen uit de groep bestaande uit HES-groepen en PEG-groepen. 20
43. Nucleïnezuur volgens conclusie 42, waarbij de modificatie een PEG-groep is bestaande uit een onvertakte of vertakte PEG, waarbij het molecuulgewicht van de PEG-groep ongeveer 20 tot 120 kD, meer bij voorkeur van ongeveer 30 25 tot 80 kD, en meest bij voorkeur van ongeveer 40 kD is.
44. Nucleïnezuur volgens conclusie 42, waarbij de modificatie een HES-groep is, met bij voorkeur een molecuulgewicht van ongeveer 10 tot 130 kD, meer bij voorkeur van 30 ongeveer 30 tot 80 kD, en meest bij voorkeur van ongeveer 50 kD.
45. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 44, waarbij de nucleotiden van het nucleïnezuur L- 35 nucleotiden zijn
46. Nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 44, waarbij het nucleïnezuur volledig uit L-nucleotiden bestaat.
47. Farmaceutisch preparaat dat een nucleïnezuur vol gens één van de conclusies 1 tot 46 en eventueel een ander bestanddeel bevat, waarbij het andere bestanddeel wordt gekozen uit de groep bestaande uit farmaceutisch aanvaardbare excipiënten en farmaceutisch actieve middelen. 10
48. Gebruik van een nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 4 6 voor de bereiding van een geneesmiddel.
49. Gebruik van een nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 46 voor de bereiding van een diagnostisch middel.
50. Gebruik volgens conclusie 48, waarbij het genees- 20 middel bestemd is voor de behandeling en/of preventie van een ziekte of aandoening gekozen uit de groep omvattende zwaarlijvigheid, eetstoornissen, diabetes, glucosemetabo-lismestoornissen, tumor, bloeddrukstoornissen, cardiovasculaire ziekten, acromegalie en regulering van energieba- 25 lans, eetlust, lichaamsgewicht.
51. Gebruik volgens conclusie 48, waarbij het geneesmiddel bestemd is voor de behandeling en/of preventie van een ziekte of aandoening gekozen uit de groep omvattende 30 gastro-intestinale ziekten.
52. Complex dat ghreline en een nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 4 6 bevat, waarbij het complex bij voorkeur een kristallijn complex is. 35
53. Gebruik van een nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 46 voor de detectie van ghreline.
54. Werkwijze voor het screenen van een ghrelineanta-gonist of een ghrelineagonist, die de volgende stappen omvat : 5. het verschaffen van een kandidaatghrelineantagonist en/of een kandidaatghrelineagonist, het verschaffen van een nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 46, het verschaffen van een testsysteem dat een signaal 10 verschaft in aanwezigheid van een ghrelineantagonist en/of een ghrelineagonist, en het bepalen of de kandidaatghrelineantagonist een ghrelineantagonist is en/of of de kandidaatghrelineagonist een ghrelineagonist is. 15
55. Werkwijze voor het screenen van een ghrelineagonist of een ghrelineantagonist, die de volgende stappen omvat: het verschaffen van ghreline geïmmobiliseerd aan een 20 fase, bij voorkeur een vaste fase, het verschaffen van een nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 46, bij voorkeur een nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 46 dat gelabeld is, 25. het toevoegen van een kandidaatghrelineagonist en/of een kandidaatghrelineantagonist, en het bepalen of de kandidaatghrelineagonist een ghrelineagonist is en/of of de kandidaatghreline antagonist een ghrelineantagonist is. 30
56. Werkwijze volgens conclusie 55, met het kenmerk, dat het bepalen zodanig wordt uitgevoerd dat wordt vastgesteld of het nucleïnezuur wordt verdrongen door de kandidaatghrelineagonist of door een kandidaatghreline- 35 antagonist.
57. Kit voor de detectie van ghreline, bevattende een nucleïnezuur volgens één van de conclusies 1 tot 46.
58. Ghrelineantagonist die kan worden verkregen door 5 middel van de werkwijze volgens conclusie 55 of 56.
59. Ghrelineagonist die kan worden verkregen door middel van de werkwijze volgens conclusie 55 of 56. 10 -o-o-o- SEQUENCE LISTING <110> NOXXON Pharma AG <120? Ghrelin binding nucleic acids <130> N 10046 PCT <150? EP 05007795.7 <151> 2004-04-08 <160> 72 <170> Patentln version 3.1 <210> 1 <211> 28 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <221> MISCOFEATURE <223> ghrelin <400? 1 Gly Ser Ser Phe Leu Ser Pro Glu His Gin Arg Val Gin Gin Arg Lys 15 10 15 Glu Ser Lys Lys Pro Pro Ala Lys Leu Gin Pro Arg 20 25 <210> 2 <211> 28 <212> PRT <213> Rattus norvegicus <220> <221> MISC_FEATURE <223> ghrelin <400> 2 Gly Ser Ser Phe Leu Ser Pro Glu His Gin Lys Ala Gin Gin Arg Lys 15 10 15 Glu Ser Lys Lys Pro Pro Ala Lys Leu Gin Pro Arg 20 25 *' <210 > 3 <211> 25 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 3 uaarwccgaa rguahccauu ccurc 25 <210> 4 <211> 25 <212> RNA . 91 <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 4 uaagaccgaa gguacccaau ccuac 25 <210> 5 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 5 ggguaagcgu aagaccgaaa guaaccaauc cuaccguaua uacggugagg cagcac 56 <210> 6 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> raisc_feature <223> synthetic <4 00> 6 ggguaagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacagugagg cagcac 56 <210? 7 <211? 56 <212 > RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 7 ggguaagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210> 8 <211> 56 <212> RNA <213 ? Artificial <220? <221? misc_feature <223? synthetic <400? 8 ggguaagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaucguauc uauggugagg cagcac 56 <210? 9 <211? 56 <212? RNA <213? Artificial <220? c221> misc_feature <223? synthetic <400? 9 ggguaugcau aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210? 10 <211> 56 <212? RNA <213?· Artificial <220? <221? misc__feature <223? synthetic <400? 10 ggguaugcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210? 11 <211> 56 <212? RNA <213? Artificial <220? <221? misc_feature <223? synthetic <400? 11 gggugagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210? 12 <211? 56 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature < 2 2 3 > synthetic <400> 12 ggguguaugu aagaccgaag gruaaccaauc cuaccauauc uacggugagg cagcac 56 <210> 13 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 13 gggugugcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccauauc uacggugagg cagcac 56 <210> 14 <211> 56 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 14 gggugugcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaucauauc uacggugagg cagcac 56 <210> 15 <211> 56 <212> RNA <2l3> Artificial <220> <221> misc_feature <223 > synthetic <400> 15 gggugugcgu aagaccgaag guaeccaauc cuaccuacua acuggugagg cagcac 56 <210> 16 <211> 55 <212> HNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 16 gggugacgua agaccgaagg uacccaaucc uaccuuuccu gaggugaggc agcac 55 <210> 17 <211> 51 <212> RNA <213> Artificial c220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 17 gggugcugug aggcaaaaaa guaaguccga agguaaccaa uccuacagca c 51 <210> 18 <211> 50 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 18 gggugcugug aggcaaugcg uaaguccgaa gguauccaau ccugcagcac 50 <210> 19 <211> 50 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 19 ggguguugug aggcaauaag uaaguccgaa gguaaccaau ccugcagcac 50 <210> 20 <211> 47 <212 > RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 20 egugugagge aauaaaacuu aaguccgaag guaaccaauc cuacacg 47 <210> 21 <211> 56 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 21 cgugugaggu aguaaaaaaa aaaaaacgua aauccgaagg uaaccaaucc uacacg 56 <210> 22 <211> 50 <212 > RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 22 cgugcgguga ggcaaaaacg uaagaccgaa gguaaccauu ccuacccacg 50 <210> 23 <211> 48 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 23 cgugcgguga ggcagacgua agaccgaagg uaaccauucc uacccacg 48 <210> 24 <211> 41 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 24 cggugaggca gacguaagac cgaagguaac cauuccuacc g 41 <210 > 25 <211> 39 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223 > synthetic <400> 25 cggugaggca gauaagaccg aagguaacca uuccuaccg 39 <210> 26 <211> 38 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 26 cggugaggca auaagaccga agguaaccau uccuaccg 38 <210 > 27 <211> 39 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 27 ggugaggcag acguaagacc gaagguaacc auuccuacc 39 <210> 28 <211> 38 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223 > synthetic <400> 28 gguaggcaga cguaagaccg aagguaacca uuccuacc 38 <210 > 29 <211> 43 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400 > 29 ccggugaggc agacguaaga ccgaagguaa ccauuccuac egg 43 <210> 30 <211> 40 <212> RNA <213? Artificial <220? <221> misc_f eature <223> synthetic <400> 30 ccggugaggc aguaagaccg aagguaacca uuccuaccgg 40 <210> 31 <211> 40 <212 > RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <4 00> 31 ccggugaggc aguaagaccg aagguaacca uuccuaccgg 40 <210> 32 <211> 40 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 32 ccggugaggc cguaagaccg aagguaacca uuccuaccgg 40 <210 > 33 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 33 gggugagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210> 34 <211? 49 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <220> <221> misc_feature <222> (36) .. (36) <223> n is S <400> 34 gggugagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccnggug aggcagcac 49 <210> 35 <211? 49 <212? RNA <213? Artificial <220> <221> misc_feature <22 3 > synthetic <400> 35 cguaagaccg aagguaacca auccuaccgu aucuacggug aggcagcac 49 <210> 36 <211> 51 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <220> <221> misc_feature <222> (37) . . (37) <223> n is S <400> 36 gggugagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccgncgg ugaggcagca c 51 <210> 37 <211> 54 <212 > RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 37 gggugagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggrugagg cage 54 <210> 38 <211> 50 <212> KNA <213 > Artificial <220> <22l> misc_feature <223> synthetic <400> 38 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg uaucuacggu gaggeageae 50 <210> 39 <211> 45 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <220> <221> misc_feature <222> (31)..(31) <223> N is S <400> 39 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg ncggugaggc agcac 45 <210> 40 <211> 45 <212> RNA <213 > Artificial <22 0> <221> misc_£eature <223> synthetic <220> <221> misc_feature <222> (15)..(15) <223 > n is S <400> 40 cggugaggca gcacngcgua agaccgaagg uaaccaaucc uaccg 45 <210> 41 <211> 43 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic N <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223 > n is S <400> 41 cggugaggca gcngcguaag accgaaggua accaauccua ccg 43 <210> 42 <211> 43 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <220> <221> misc_feature <222> (31)..(31) <223> n is S <400> 42 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg ncggugaggc age 43 <210> 43 <211> 50 <212> RNA <213> Artificial <220> <221? misc_feature <223> synthetic <400> 43 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg uaucuacggu gaggcagcac 50 <210> 44 <211> 47 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> raisc_feature <223> synthetic <400> 44 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg aaacggugag gcagcac 47 <210> 45 <211> 47 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 45 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg auacggugag gcagcac <210> 46 <211> 47 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> tnisc_feature <223 > synthetic <400> 46 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg acacggugag gcagcac 47 <210> 47 • <211> 47 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223 > synthetic <400> 47 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg caacggugag gcagcac 47 <210> 48 <211> 48 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 48 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg aucucgguga ggcagcac *8 <210> 49 <211> 47 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 49 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg uuucggugag gcagcac 47 <210> 50 <211> 47 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 50 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg uaucggugag gcagcac 47 <210> 51 <211> 45 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> PEG moiety attached to 5' end <220> <221> misc_feature <222> (31)..(31) <223> n is S <400> 51 gcguaagacc gaagguaacc aauccuaccg ncggugaggc agcac 45 <210> 52 <211> 40 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> PEG moiety attached to 5' end <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> PEG moiety attached to 5' end <400> 52 ccggugaggc aguaagaccg aagguaacca uuccuaccgg 40 <210> 53 Ill <211> 28 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> biotinylated human D-ghrelin <400> 53 Gly Ser Ser Phe Leu Ser Pro Glu His Gin Arg Val Gin Gin Arg Lys 15 10 15 Glu Ser Lys Lys Pro Pro Ala Lys Leu Gin Pro Arg 20 25 <210> 54 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <4 00> 54 ggguaagcgu aagaccgaaa guaaccaauc cuaccguaua uacggugagg cagcac 56 <210> 55 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223 > synthetic <400> 55 ggguaagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacagugagg cagcac 56 <210> 56 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <22 0> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 56 ggguaagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210> 57 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223 > synthetic <400> 57 ggguaagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaucguauc uauggugagg cagcac 56 <210> 58 <211> 56 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 58 ggguaugcau aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210> 59 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 59 ggguaugcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210> 60 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223 > synthetic <400> 60 gggugagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210> 61 <211> 56 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 61 ggguguaugu aagaccgaag guaaccaauc cuaccauauc uacggugagg cagcac 56 <210> 62 <211> 56 <212> KNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 62 gggugugcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccauauc uacggugagg cagcac 56 <210> 63 <211> 56 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 63 gggugugcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaucauauc uacggugagg cagcac 56 <210> 64 <211> 56 <212> RNA <213 > Artificial <220> <221 > miselfeature <223> synthetic <400> 64 gggugugcgu aagaccgaag guacccaauc cuaccuacua acuggugagg cagcac 56 <210> 65 <211> 55 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 65 gggugacgua agaccgaagg uacccaaucc uaccuuuccu gaggugaggc agcac 55 <210> 66 <211> 51 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 66 gggugcugug aggcaaaaaa guaaguccga agguaaccaa uccuacagca c 51 <210> 67 <211> 50 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 67 gggugcugug aggcaaugcg uaaguccgaa gguauccaau ccugcagcac 50 <210> 68 <211> 47 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 68 cgugugaggc aauaaaacuu aaguccgaag guaaccaauc cuacacg 47 <210> 69 <211> 40 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 69 ccggugaggc aguaagaccg aagguaacca uuccuaccgg 40 <210> 70 <211> 56 <212> RNA <213 > Artificial <22 0> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 70 gggiigagcgu aagaccgaag guaaccaauc cuaccguauc uacggugagg cagcac 56 <210> 71 <211> 40 <212> RNA <213> Artificial c220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 71 UAAGGAAACU CGGUCÜGAUG CGGUAGCGCU GUGCAGAGCU 40 <210> 72 <211> 46 <212> RNA <213> Artificial <220> <221> misc_feature <223> synthetic <400> 72 CGUGUGAGGC AAOAAAACUU AAGDCCGAAG GUAACCAAUC CUACACG 4 6 1033520
NL1033520A 2005-04-08 2007-03-08 Ghrelinebindende nucleïnezuren. NL1033520C2 (nl)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP05007795 2005-04-08
EP05007795 2005-04-08

Publications (2)

Publication Number Publication Date
NL1033520A1 NL1033520A1 (nl) 2007-08-06
NL1033520C2 true NL1033520C2 (nl) 2010-01-21

Family

ID=37087373

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
NL1031538A NL1031538C2 (nl) 2005-04-08 2006-04-07 Ghrelinebindende nucleïnezuren.
NL1033520A NL1033520C2 (nl) 2005-04-08 2007-03-08 Ghrelinebindende nucleïnezuren.

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
NL1031538A NL1031538C2 (nl) 2005-04-08 2006-04-07 Ghrelinebindende nucleïnezuren.

Country Status (24)

Country Link
US (2) US8101734B2 (nl)
EP (1) EP1866412A2 (nl)
JP (2) JP5308813B2 (nl)
KR (1) KR20080009072A (nl)
CN (1) CN101189337B (nl)
AP (1) AP2007004189A0 (nl)
AR (1) AR052741A1 (nl)
AU (1) AU2006233647A1 (nl)
BR (1) BRPI0608180A2 (nl)
CA (1) CA2605377A1 (nl)
CR (1) CR9423A (nl)
DO (1) DOP2006000085A (nl)
EA (1) EA200701901A1 (nl)
GB (1) GB2439673A (nl)
GT (1) GT200600137A (nl)
IL (1) IL186085A0 (nl)
MA (1) MA29384B1 (nl)
MX (1) MX2007012419A (nl)
NL (2) NL1031538C2 (nl)
PE (1) PE20061358A1 (nl)
TN (1) TNSN07375A1 (nl)
TW (1) TW200718781A (nl)
UY (1) UY29460A1 (nl)
WO (1) WO2006108599A2 (nl)

Families Citing this family (47)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1530635B1 (en) * 2002-08-01 2011-06-15 Noxxon Pharma AG Ghrelin binding nucleic acids
CN1894407A (zh) * 2003-11-10 2007-01-10 诺松制药股份公司 特异性结合生物活性生长素释放肽的核酸
AR052741A1 (es) 2005-04-08 2007-03-28 Noxxon Pharma Ag Acidos nucleicos de union a ghrelin
EP2274331B1 (en) 2008-05-02 2013-11-06 Novartis AG Improved fibronectin-based binding molecules and uses thereof
US8796216B2 (en) * 2008-06-12 2014-08-05 Syntaxin Limited Suppression of neuroendocrine diseases
WO2011051327A2 (en) 2009-10-30 2011-05-05 Novartis Ag Small antibody-like single chain proteins
WO2011051466A1 (en) 2009-11-02 2011-05-05 Novartis Ag Anti-idiotypic fibronectin-based binding molecules and uses thereof
WO2011092233A1 (en) 2010-01-29 2011-08-04 Novartis Ag Yeast mating to produce high-affinity combinations of fibronectin-based binders
ES2748038T3 (es) 2011-07-01 2020-03-12 Ngm Biopharmaceuticals Inc Composiciones, usos y métodos para el tratamiento de trastornos y enfermedades metabólicos
EP2925775B1 (en) 2012-11-28 2020-09-16 NGM Biopharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for treatment of metabolic disorders and diseases
EP2938740B1 (en) 2012-12-27 2022-04-20 NGM Biopharmaceuticals, Inc. Chimeric fgf19 peptides for use in treating bile acid disorders
RU2679889C2 (ru) 2013-04-18 2019-02-14 Армо Байосайенсиз, Инк. Способы применения интерлейкина-10 для лечения заболеваний и расстройств
US9823255B2 (en) 2013-06-17 2017-11-21 Armo Biosciences, Inc. Method for assessing protein identity and stability
WO2015031316A1 (en) 2013-08-30 2015-03-05 Armo Biosciences, Inc. Methods of using interleukin-10 for treating diseases and disorders
CN105848674A (zh) 2013-11-11 2016-08-10 阿尔莫生物科技股份有限公司 将白细胞介素-10用于治疗疾病和病症的方法
WO2015077717A1 (en) 2013-11-25 2015-05-28 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for diagnosing, evaluating and treating cancer by means of the dna methylation status
US11725237B2 (en) 2013-12-05 2023-08-15 The Broad Institute Inc. Polymorphic gene typing and somatic change detection using sequencing data
EP3082853A2 (en) 2013-12-20 2016-10-26 The Broad Institute, Inc. Combination therapy with neoantigen vaccine
US9119832B2 (en) 2014-02-05 2015-09-01 The Regents Of The University Of California Methods of treating mild brain injury
CN106573072A (zh) 2014-06-02 2017-04-19 阿尔莫生物科技股份有限公司 降低血清胆固醇的方法
WO2016060996A2 (en) 2014-10-14 2016-04-21 Armo Biosciences, Inc. Interleukin-15 compositions and uses thereof
MX2017004983A (es) 2014-10-22 2017-11-13 Armo Biosciences Inc Metodos para usar interleucina 10 para tratar enfermedades y trastornos.
IL251834B2 (en) 2014-10-23 2023-09-01 Ngm Biopharmaceuticals Inc Pharmaceutical compositions containing peptide variants and methods of using them
US10993997B2 (en) 2014-12-19 2021-05-04 The Broad Institute, Inc. Methods for profiling the t cell repertoire
EP3234193B1 (en) 2014-12-19 2020-07-15 Massachusetts Institute of Technology Molecular biomarkers for cancer immunotherapy
WO2016126615A1 (en) 2015-02-03 2016-08-11 Armo Biosciences, Inc. Methods of using interleukin-10 for treating diseases and disorders
WO2016187508A2 (en) 2015-05-20 2016-11-24 The Broad Institute Inc. Shared neoantigens
JP7121496B2 (ja) 2015-05-28 2022-08-18 アルモ・バイオサイエンシーズ・インコーポレイテッド 癌治療で使用するためのペグ化インターロイキン-10
JP7053453B2 (ja) 2015-08-25 2022-04-12 アルモ・バイオサイエンシーズ・インコーポレイテッド 疾患及び障害を治療するためのインターロイキン10の使用方法
ES2871036T3 (es) 2015-11-09 2021-10-28 Ngm Biopharmaceuticals Inc Método para el tratamiento de trastornos relacionados con ácidos biliares
US20190307868A1 (en) 2016-03-31 2019-10-10 Neon Therapeutics, Inc. Neoantigens and methods of their use
EP3446119A1 (en) 2016-04-18 2019-02-27 The Broad Institute Inc. Improved hla epitope prediction
US11549149B2 (en) 2017-01-24 2023-01-10 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for detecting a mutant variant of a polynucleotide
BR112019016657A2 (pt) 2017-02-12 2020-04-07 Neon Therapeutics, Inc. métodos baseados em hla e composições e usos destes
CN111315398A (zh) 2017-11-10 2020-06-19 阿尔莫生物科技股份有限公司 白介素-10与免疫检查点途径抑制剂的组合的组合物和使用方法
TW201930340A (zh) 2017-12-18 2019-08-01 美商尼恩醫療公司 新抗原及其用途
US20210347842A1 (en) 2018-06-19 2021-11-11 Eli Lilly And Company Compositions and methods of use of il-10 agents in conjunction with chimeric antigen receptor cell therapy
US20210382068A1 (en) 2018-10-02 2021-12-09 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Hla single allele lines
AU2019365382B2 (en) 2018-10-24 2024-02-08 F. Hoffmann-La Roche Ag Process for the purification of oligonucleotides
WO2020131586A2 (en) 2018-12-17 2020-06-25 The Broad Institute, Inc. Methods for identifying neoantigens
SG11202106678PA (en) 2018-12-21 2021-07-29 Biontech Us Inc Method and systems for prediction of hla class ii-specific epitopes and characterization of cd4+ t cells
JP7726067B2 (ja) * 2019-06-11 2025-08-20 味の素株式会社 ペプチド及びその用途
JP2022536695A (ja) 2019-06-12 2022-08-18 ビオンテック ユーエス インコーポレイテッド 新抗原組成物およびその使用
US12394502B2 (en) 2019-10-02 2025-08-19 The General Hospital Corporation Method for predicting HLA-binding peptides using protein structural features
WO2022032228A1 (en) 2020-08-07 2022-02-10 The Broad Institute, Inc. Therapeutic targeting of phosphate dysregulation in cancer via the xpr1:kidins220 protein complex
CN117083081A (zh) 2020-12-14 2023-11-17 百欧恩泰美国公司 用于癌症免疫疗法的组织特异性抗原
EP4598949A1 (en) 2022-10-07 2025-08-13 The General Hospital Corporation Methods and compositions for high-throughput discovery of peptide-mhc targeting binding proteins

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5614395A (en) * 1988-03-08 1997-03-25 Ciba-Geigy Corporation Chemically regulatable and anti-pathogenic DNA sequences and uses thereof
US6232071B1 (en) * 1990-06-11 2001-05-15 Gilead Sciences, Inc. Tenascin-C nucleic acid ligands
ATE318832T1 (de) * 1990-06-11 2006-03-15 Gilead Sciences Inc Verfahren zur vervendung von nukleinsäureliganden
JPH11505527A (ja) 1995-05-03 1999-05-21 ホワイトヘッド インスティチュート フォー バイオメディカル リサーチ 鏡像異性体リガンドの同定
DE19808591C2 (de) 1998-02-28 2000-02-03 Univ Leipzig Standardisierter durchflußzytometrischer Vollblutassay
US20030211967A1 (en) * 2001-05-07 2003-11-13 Bryant Henry Uhlman Method for selectively inhibiting ghrelin action
AU2001259056A1 (en) 2000-05-17 2001-11-26 Eli Lilly And Company Method for selectively inhibiting ghrelin action
EP1353683A4 (en) 2000-05-30 2004-05-12 Merck & Co Inc ANALOGS BY GHRELIN
US7629456B2 (en) * 2001-10-26 2009-12-08 Noxxon Pharma Ag Modified L-nucleic acid
EP1530635B1 (en) * 2002-08-01 2011-06-15 Noxxon Pharma AG Ghrelin binding nucleic acids
CN1894407A (zh) 2003-11-10 2007-01-10 诺松制药股份公司 特异性结合生物活性生长素释放肽的核酸
AR052741A1 (es) 2005-04-08 2007-03-28 Noxxon Pharma Ag Acidos nucleicos de union a ghrelin

Also Published As

Publication number Publication date
CN101189337A (zh) 2008-05-28
NL1033520A1 (nl) 2007-08-06
WO2006108599A3 (en) 2007-02-15
US8101734B2 (en) 2012-01-24
AU2006233647A1 (en) 2006-10-19
EA200701901A1 (ru) 2008-04-28
GT200600137A (es) 2006-11-22
CA2605377A1 (en) 2006-10-19
NL1031538C2 (nl) 2007-03-20
UY29460A1 (es) 2006-11-30
IL186085A0 (en) 2008-01-20
NL1031538A1 (nl) 2006-10-10
CN101189337B (zh) 2013-11-06
MA29384B1 (fr) 2008-04-01
US20120115937A1 (en) 2012-05-10
KR20080009072A (ko) 2008-01-24
WO2006108599A2 (en) 2006-10-19
AP2007004189A0 (en) 2007-10-31
EP1866412A2 (en) 2007-12-19
JP5308813B2 (ja) 2013-10-09
US20060258607A1 (en) 2006-11-16
MX2007012419A (es) 2007-12-05
TNSN07375A1 (fr) 2009-03-17
CR9423A (es) 2007-12-17
TW200718781A (en) 2007-05-16
PE20061358A1 (es) 2007-01-13
BRPI0608180A2 (pt) 2009-11-17
JP2008534024A (ja) 2008-08-28
GB0719489D0 (en) 2007-11-21
JP2013176372A (ja) 2013-09-09
AR052741A1 (es) 2007-03-28
AU2006233647A2 (en) 2008-04-17
GB2439673A (en) 2008-01-02
DOP2006000085A (es) 2006-11-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
NL1033520C2 (nl) Ghrelinebindende nucleïnezuren.
US20100261291A1 (en) Nucleic acids specifically binding bioactive ghrelin
US20120083520A1 (en) Ghrelin binding nucleic acids
EP2768960A1 (en) Glucagon binding nucleic acids
JP2015506174A (ja) Cgrpに特異的に結合する核酸
US8383789B2 (en) Vasopressin-binding L-nucleic acid
AU2012216540A1 (en) Ghrelin binding nucleic acids
HK1117567A (en) Ghrelin binding nucleic acids
HK1113170A (en) Vasopressin-binding l-nucleic acid

Legal Events

Date Code Title Description
AD1A A request for search or an international type search has been filed
PD2A A request for search or an international type search has been filed
V1 Lapsed because of non-payment of the annual fee

Effective date: 20101101