NL1027633C2 - Determining several types of target particles in a sample comprises loading zones of a carrier with different types of first particles and contacting subzones with mixtures of second particles bound to third particles - Google Patents
Determining several types of target particles in a sample comprises loading zones of a carrier with different types of first particles and contacting subzones with mixtures of second particles bound to third particles Download PDFInfo
- Publication number
- NL1027633C2 NL1027633C2 NL1027633A NL1027633A NL1027633C2 NL 1027633 C2 NL1027633 C2 NL 1027633C2 NL 1027633 A NL1027633 A NL 1027633A NL 1027633 A NL1027633 A NL 1027633A NL 1027633 C2 NL1027633 C2 NL 1027633C2
- Authority
- NL
- Netherlands
- Prior art keywords
- particle
- particles
- type
- types
- regions
- Prior art date
Links
- 239000002245 particle Substances 0.000 title claims abstract description 111
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims abstract description 31
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 32
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 claims abstract description 8
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 claims abstract description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 9
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 2
- 108020005098 Anticodon Proteins 0.000 claims 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 claims 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims 1
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 claims 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 10
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 9
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 8
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000003491 array Methods 0.000 description 3
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 3
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 3
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 3
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 3
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 2
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 229920001222 biopolymer Polymers 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000009614 chemical analysis method Methods 0.000 description 1
- 230000003750 conditioning effect Effects 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000001338 self-assembly Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54366—Apparatus specially adapted for solid-phase testing
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54306—Solid-phase reaction mechanisms
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Werkwijzen en mengsel voor (bio)chemische analyse en syntheseMethods and mixture for (bio) chemical analysis and synthesis
Terrein van de uitvindingFIELD OF THE INVENTION
De uitvinding betreft een werkwijze voor het bepalen van een aantal typen deeltjes in een 5 monster, omvattende: - het beladen van meerdere gebieden van het oppervlak van een drager met meerdere, van gebied tot gebied verschillende, typen eerste deeltjes waarbij elk type eerste deeltje selectief een type tweede deeltje kan binden.The invention relates to a method for determining a number of types of particles in a sample, comprising: - loading a plurality of regions of the surface of a carrier with a plurality of types of first particles, which are different from region to region, each type of first particle being selectively a type of second particle can bind.
De uitvinding betreft tevens een mengsel te gebruiken bij zo een werkwijze.The invention also relates to a mixture to be used in such a method.
10 Voorts betreft de uitvinding een werkwijze voor het opbouwen van een verbinding, omvattende: - het beladen van meerdere gebieden van het oppervlak van een drager met meerdere, van gebied tot gebied verschillende, typen eerste deeltjes waarbij elk type eerste deeltje selectief een type tweede deeltje kan binden.The invention further relates to a method for building a connection, comprising: - loading a plurality of regions of the surface of a carrier with a plurality of region-to-region types of first particles, each type of first particle selectively comprising a type of second particle can bind.
1515
Achtergrond van de uitvindingBACKGROUND OF THE INVENTION
Bekend zijn (bio)chemische analysemethoden waarbij eerste deeltjes, bijvoorbeeld antistoffen, receptoren of oligonucleotiden, direct of indirect aan een drager worden gebonden. Deze eerste deeltjes kunnen selectief tweede deeltjes, bijvoorbeeld antigenen, 20 liganden of complementaire oligo- of polynucleotiden, aan zich binden. Veelal worden afzonderlijke gebieden van de drager beladen met elk een eigen type selectief bindend eerste deeltje, bijvoorbeeld middels ‘spotten’ met behulp van een pipet of capillairen, of door gebruik te maken van fotolithografïsche technieken, mallen met kanaaltjes of inkjet technieken, of het sturen van een medium langs specifieke gebieden van een drager zoals 25 beschreven in NL 1020187. Zo kan een array van gebieden worden vervaardigd met elk zijn eigen selectief bindende eigenschappen, zodat per gebied een specifieke selectieve binding kan plaatsvinden en aldus in een enkele analyse een aantal stoffen in een monster kan worden bepaald. Bij de detectie van de selectieve bindingen kan gebruik worden gemaakt van fluorescerende of radioactieve ‘markers’ en van optische technieken als SPR, 30 scanning en imaging. Het vervaardigen van dergelijke arrays is echter omslachtig, tijdrovend en derhalve kostbaar en het aantal afzonderlijke gebieden per oppervlakte-eenheid is beperkt.(Bio) chemical analysis methods are known in which first particles, for example antibodies, receptors or oligonucleotides, are directly or indirectly bound to a carrier. These first particles can selectively bind second particles, for example antigens, ligands or complementary oligo- or polynucleotides. Often individual regions of the carrier are each loaded with their own type of selectively binding first particle, for example by 'spotting' using a pipette or capillaries, or by using photolithographic techniques, molds with channels or inkjet techniques, or controlling of a medium along specific regions of a carrier as described in NL 1020187. For example, an array of regions can be manufactured with each its own selectively binding properties, so that a specific selective binding can take place per region and thus a number of substances in a single analysis can be determined in a sample. For the detection of the selective bonds, use can be made of fluorescent or radioactive "markers" and of optical techniques such as SPR, scanning and imaging. However, the manufacture of such arrays is cumbersome, time-consuming and therefore costly and the number of individual areas per unit area is limited.
1Ü27633 21,0027,633 2
Soortgelijke technieken worden ook wel ingezet bij de synthese van (bio)chemische verbindingen, in het bijzonder (bio)polymeren zoals oligo- en polynucleotiden, -peptiden en -sacchariden. Daarbij wordt bijvoorbeeld steeds een geschikte monomeer of oligomeer aangeboden, en aldus een gewenste sequentie opgebouwd. WO 93/09668 beschrijft het 5 simultaan opbouwen van een relatief grote array van oligonucleotiden of -peptiden in een relatief beperkt aantal stappen door steeds, in een juiste volgorde, een aantal, juist gekozen, gebieden tegelijk een monomeer aan te bieden. Daarbij wordt in een bepaalde stap steeds een enkelvoudige oplossing van een monomeer gebruikt 10 De behoefte aan arrays met steeds grotere aantallen specifiek bindende gebieden op een zo klein mogelijk oppervlak waarmee in zo kort mogelijke tijd zoveel mogelijk typen (bio)chemische deeltjes in een bepaald monster kunnen worden bepaald, neemt voortdurend toe, bijvoorbeeld bij de studie van het proteoom of het genoom van een cel of een geheel organisme. Hetzelfde geldt mutatis mutandis voor het synthetiseren van biopolymeren, 15 bijvoorbeeld DNA-arrays.Similar techniques are also used in the synthesis of (bio) chemical compounds, in particular (bio) polymers such as oligo- and polynucleotides, peptides and saccharides. A suitable monomer or oligomer is, for example, always offered, and a desired sequence is thus built up. WO 93/09668 describes the simultaneous construction of a relatively large array of oligonucleotides or peptides in a relatively limited number of steps by always, in a correct order, offering a number of correctly selected regions simultaneously a monomer. A single solution of a monomer is always used in a certain step. The need for arrays with increasing numbers of specifically binding regions on the smallest possible surface with which as many types of (bio) chemical particles in a given sample can be produced in the shortest possible time. can be determined, is constantly increasing, for example, when studying the proteome or genome of a cell or an entire organism. The same applies mutatis mutandis to the synthesis of biopolymers, for example DNA arrays.
Doel van de onderhavige uitvinding is het verschaffen van een systeem voor de analyse van (bio)chemische monsters waarmee een groot aantal typen (bio)chemische verbindingen in het monster relatief snel en eenvoudig kan worden bepaald, of voor de synthese van 20 (bio)polymeren waarmee een array met een groot aantal typen (bio)polymeren relatief snel en eenvoudig kan worden vervaardigd.The object of the present invention is to provide a system for the analysis of (bio) chemical samples with which a large number of types of (bio) chemical compounds in the sample can be determined relatively quickly and easily, or for the synthesis of (bio) polymers with which an array with a large number of types of (bio) polymers can be produced relatively quickly and easily.
Samenvatting van de uitvindingSummary of the invention
De uitvinding verschaft daartoe een werkwijze voor het bepalen van een aantal typen 25 deeltjes in een monster, omvattende: - het beladen van meerdere gebieden van het oppervlak van een drager met meerdere, van gebied tot gebied verschillende, typen eerste deeltjes waarbij elk type eerste deeltje selectief een type tweede deeltje kan binden, met het kenmerk, dat de werkwijze tevens omvat: 30 - het in contact brengen van aantal sets van deelgebieden van de beladen gebieden met een aantal mengsels elk bevattende meerdere typen tweede deeltjes waarbij elk type tweede deeltje is gebonden aan een, van type tweede deeltje tot type tweede deeltje verschillend, type derde deeltje, waarbij elk type derde deeltje selectief een 1 027633 3 type vierde deeltje kan binden welk type vierde deeltje behoort tot de verzameling van de te bepalen typen deeltjes.To this end, the invention provides a method for determining a number of types of particles in a sample, comprising: - loading a plurality of regions of the surface of a carrier with a plurality of types of first particles, which are different from region to region, each type of first particle can selectively bind a type of second particle, characterized in that the method also comprises: contacting a number of sets of sub-areas of the loaded areas with a number of mixtures each containing a plurality of types of second particles with each type of second particle bonded to a type of third particle different from type second particle to type second particle, wherein each type of third particle can selectively bind a type of fourth particle which type of fourth particle belongs to the set of the types of particles to be determined.
Zo kan een inrichting worden vervaardigd waarmee een groot aantal typen deeltjes in een 5 monster min of meer gelijktijdig kan worden bepaald. Door gebruik te maken van mengsels kan het aantal benodigde containers en processtappen drastisch worden beperkt, terwijl toch een zeer groot aantal deelgebieden met elk zijn eigen specifiek bindende eigenschappen kan worden gevormd.A device can thus be manufactured with which a large number of types of particles in a sample can be determined more or less simultaneously. By making use of mixtures, the number of containers and process steps required can be drastically reduced, while still a very large number of subareas can each be formed with their own specific binding properties.
Met ‘bepalen’ wordt in het kader van de uitvinding bedoeld ‘kwalitatief of kwantitatief 1 o vaststellen van de aanwezigheid van’.In the context of the invention, "determining" means "qualitatively or quantitatively determining the presence of".
Met ‘deeltje’ wordt in het kader van de uitvinding bedoeld elk fysisch of chemisch deeltje, bijvoorbeeld fluorescerende markers of microbolletjes zoals gebruikt bij (bio)chemische analyses, maar vooral (bio)chemische verbindingen zoals nucleïnezuren, aminozuren, mono-, oligo- of polynucleotiden, -peptiden of -sacchariden.In the context of the invention, 'particle' is understood to mean any physical or chemical particle, for example fluorescent markers or microspheres as used in (bio) chemical analyzes, but especially (bio) chemical compounds such as nucleic acids, amino acids, mono-, oligo- or polynucleotides, peptides or saccharides.
15 Met ‘selectief kunnen binden’ wordt in het kader van de uitvinding bedoeld ‘een min of meer sterke voorkeur hebben voor het aangaan van een, directe of indirecte, fysische en/of chemische binding of interactie met’.In the context of the invention, "being able to bind selectively" means "have a more or less strong preference for entering into a direct or indirect physical and / or chemical bond or interaction with".
Met ‘beladen’ wordt in het kader van de uitvinding bedoeld dat deeltjes in het betrokken gebied worden geïmmobiliseerd door fysisch en/of chemisch binden.In the context of the invention, "laden" means that particles in the area concerned are immobilized by physical and / or chemical binding.
20 Met ‘in contact brengen’ wordt in het kader van de uitvinding bedoeld dat ten minste een deel van het betrokken medium, mengsel of monster in contact wordt gebracht met ten minste een deel van de betrokken deelgebieden.In the context of the invention, by "bringing into contact" is meant that at least a part of the medium, mixture or sample concerned is brought into contact with at least a part of the sub-areas concerned.
Bij voorkeur vormen de beladen gebieden afzonderlijke lanen en geschiedt het in contact 25 brengen van de deelgebieden met de mengsels door het laten kruisen van een aantal gescheiden mediastromen met de afzonderlijke lanen.The loaded areas preferably form separate lanes and the sub-areas are brought into contact with the mixtures by crossing a number of separate media streams with the individual lanes.
Met ‘lanen’ wordt in het kader van de uitvinding bedoeld ‘min of meer langgerekte, van elkaar gescheiden gebieden’. De ‘lanen’ kunnen recht of gekromd zijn. Daarbij kan bijvoorbeeld gebruik worden gemaakt van een of meer ‘channel blocks’ of van technieken 30 als beschreven in NL 1020187.In the context of the invention, "lanes" means "more or less elongated, separated areas." The "avenues" can be straight or curved. Use can for instance be made here of one or more "channel blocks" or of techniques as described in NL 1020187.
Bij het in contact te brengen van het monster met de deelgebieden, zullen de in het monster aanwezige typen deeltjes welke complementair zijn met de typen derde deeltjes in de 1027633 4 deelgebieden van de beladen gebieden, selectief worden gebonden aan de betrokken typen derde deeltjes, bijvoorbeeld door ‘self-assembly’.When bringing the sample into contact with the subareas, the types of particles present in the sample that are complementary to the types of third particles in the subareas of the loaded regions will be selectively bonded to the types of third particles involved, for example by 'self-assembly'.
Het in contact brengen van de mengsels met de respectievelijke sets van deelgebieden kan uiteraard achtereenvolgens, gelijktijdig of deels gelijktijdig gebeuren.Bringing the mixtures into contact with the respective sets of subareas can of course take place successively, simultaneously or partly simultaneously.
55
Door nu de deelgebieden te onderzoeken met een of meer geschikte detectiemethoden kan worden vastgesteld, kwalitatief of kwantitatief, in welke deelgebieden er bindingen hebben plaatsgevonden, en kunnen aldus de betrokken typen deeltjes in het monster worden bepaald.By now examining the subareas with one or more suitable detection methods, it can be determined, qualitatively or quantitatively, in which subareas bonds have taken place, and thus the types of particles involved in the sample can be determined.
1010
Met een dergelijk systeem kan een groot aantal typen (bio)chemische verbindingen in een monster snel en relatief eenvoudig worden bepaald, afhankelijk van het totale aantal deelgebieden en verschillende typen derde deeltjes.With such a system, a large number of types of (bio) chemical compounds in a sample can be determined quickly and relatively easily, depending on the total number of subareas and different types of third particles.
15 De uitvinding verschaft tevens een werkwijze voor het opbouwen van een verbinding, met name nucleotide-, peptide- of saccharide- oligo- of polymeren, omvattende: - het beladen van meerdere gebieden van het oppervlak van een drager met meerdere, van gebied tot gebied verschillende, typen eerste deeltjes waarbij elk type eerste deeltje selectief een type tweede deeltje kan binden, 20 met het kenmerk, dat de werkwijze tevens omvat: - het in contact brengen van een aantal sets van deelgebieden van de beladen gebieden met een aantal mengsels elk bevattende meerdere typen tweede deeltjes waarbij elk type tweede deeltje selectief een type derde deeltje kan binden; - enzovoorts naar believen.The invention also provides a method for building a compound, in particular nucleotide, peptide or saccharide oligo or polymers, comprising: - loading multiple regions of the surface of a carrier with multiple, region to region different, types of first particles, wherein each type of first particle can selectively bind a type of second particle, characterized in that the method also comprises: - bringing a number of sets of sub-regions of the loaded regions into contact with a number of mixtures each containing multiple types of second particles wherein each type of second particle can selectively bind a type of third particle; - and so on as you please.
2525
Zo kan een groot aantal typen (bio)polymeren snel en relatief eenvoudig worden gesynthetiseerd, afhankelijk van het totale aantal deelgebieden.For example, a large number of types of (bio) polymers can be synthesized quickly and relatively easily, depending on the total number of subareas.
Korte beschrijving van de figuren 30 De uitvinding wordt in het navolgende toegelicht aan de hand van niet-beperkende uitvoeringsvoorbeelden van een werkwijze en mengsels volgens de uitvinding. Daarin toont figuur 1 schematisch het opbouwen van een array van selectief bindende deelgebieden 1 027633 5 volgens een werkwijze volgens de uitvinding met behulp van een aantal mengsels volgens de uitvinding.Brief description of the figures The invention is explained below with reference to non-limiting exemplary embodiments of a method and mixtures according to the invention. Figure 1 schematically shows the construction of an array of selectively binding subareas according to a method according to the invention with the aid of a number of mixtures according to the invention.
Uitvoerinesvoorbeelden van een werkwijze en mengsels volgens de uitvinding 5 In een eerste stap, zie figuur 1, worden meerdere gebieden, in dit voorbeeld m rechte ‘lanen’, van het oppervlak van een drager beladen met meerdere, in dit voorbeeld m, van gebied tot gebied verschillende, typen eerste deeltjes, in dit voorbeeld enkelstrengige oligonucleotiden, Daarvoor kunnen bekende technieken worden gebruikt en bijvoorbeeld een ‘channel block’ zoals beschreven en getoond (Fig. 7) in WO 93/09668 of 10 een methode als beschreven in NL 1020187.Exemplary embodiments of a method and mixtures according to the invention. In a first step, see figure 1, a plurality of areas, in this example m straight 'lanes', of the surface of a carrier are loaded with a plurality of, in this example m, from area to range of different types of first particles, in this example single-stranded oligonucleotides. Known techniques can be used for this and, for example, a channel block as described and shown (Fig. 7) in WO 93/09668 or a method as described in NL 1020187.
Vervolgens worden volgens de uitvinding eerste deelgebieden van de beladen gebieden in contact gebracht met een eerste mengsel volgens de uitvinding, bevattende meerdere typen tweede deeltjes, in dit voorbeeld m complementaire enkelstrengige oligonucleotiden, Ai ...m. Daarvoor kan weer een ‘channel block’ worden gebruikt, mogelijk 15 zelfs hetzelfde ‘channel block’, maar nu 90° gedraaid, of de methode beschreven in NL 1020187. Daarbij zullen de complementaire tweede deeltjes Ai...m selectief hybridiseren met de eerste deeltjes Si ...m.Subsequently, according to the invention, first subregions of the loaded regions are brought into contact with a first mixture according to the invention, comprising several types of second particles, in this example m complementary single-stranded oligonucleotides, Ai ... m. For this, a 'channel block' can again be used, possibly even the same 'channel block', but now turned 90 °, or the method described in NL 1020187. In addition, the complementary second particles Ai ... will selectively hybridize with the first particles Si ... m.
Elk type tweede deeltje Ai....m in het eerste mengsel is gebonden aan een eigen derde deeltje, in dit voorbeeld een eiwit, Pi,i...m,i· In plaats van eiwitten kunnen uiteraard ook 20 bijvoorbeeld DNA, peptide of polysaccharide targets worden genomen, of andere geschikte specifiek bindende deeltjes. Zo zal er op de kruispunten een eerste kolom van m deelgebieden Gi,i...m,! worden gevormd met elk zijn eigen type derde deeltje Pi,i...m,i dat selectief een complementair type vierde deeltje kan binden, en wel een te bepalen type deeltje in een te analyseren (bio)chemisch monster, bijvoorbeeld plasma, bloed, serum of 25 urine.Each type of second particle Ai .... m in the first mixture is bound to its own third particle, in this example a protein, Pi, i ... m, i. whether polysaccharide targets are taken, or other suitable specific binding particles. For example, at the intersections there will be a first column of m subareas Gi, i ... m ,! are formed with each its own type of third particle Pi, i ... m, i that can selectively bind a complementary type of fourth particle, namely a type of particle to be determined in a (bio) chemical sample to be analyzed, for example plasma, blood, serum or urine.
Zo kunnen volgens de uitvinding ook tweede deelgebieden van de beladen gebieden in contact worden gebracht met een tweede mengsel Ai...mP],2...m>2 volgens de uitvinding, weer bevattende meerdere typen tweede deeltjes, in dit voorbeeld weer de m complementaire enkelstrengige oligonucleotiden, Ai ,..m. Daarvoor kan bijvoorbeeld weer hetzelfde ‘channel 30 block’ worden gebruikt of de methode uit NL 1020187. Daarbij zullen de complementaire tweede deeltjes A|,,.m weer selectief hybridiseren met de eerste deeltjes Si. ...m.Thus, according to the invention, also second subregions of the loaded regions can be brought into contact with a second mixture Ai ... mP], 2 ... m> 2 according to the invention, again containing several types of second particles, in this example again the m complementary single-stranded oligonucleotides, A1, .. m. For this purpose, for example, the same "channel 30 block" can again be used or the method from NL 1020187. In addition, the complementary second particles A 1,. ... m.
Elk type tweede deeltje Ai....m in het tweede mengsel is weer gebonden aan een eigen type derde deeltje, in dit voorbeeld een eiwit, Pi,2...m.2· Zo zal er een tweede kolom van m 1027u<:i', i_____ 6 deelgebieden Gi,2...m,2 worden gevormd met elk weer zijn eigen type derde deeltje Pi,2...m,2 dat weer selectief een complementair type vierde deeltje kan binden, en wel een te bepalen type deeltje in het te analyseren (bio)chemisch monster.Each type of second particle Ai .... m in the second mixture is again bound to its own type of third particle, in this example a protein, Pi, 2 ... m.2 · For example, there will be a second column of m 1027u < : i ', i_____ 6 subareas G 1, 2 ... m, 2 are each formed with its own type of third particle Pi, 2 ... m, 2 which in turn can selectively bind a complementary type of fourth particle, namely a determine the particle type in the (bio) chemical sample to be analyzed.
Zo kunnen alle deelgebieden van de beladen gebieden in contact worden gebracht met n 5 mengsels, de rf deelgebieden met een rf mengsel Ai...mPi>n Daarbij kunnen de mengsels in willekeurige volgorde, tegelijkertijd of deels tegelijkertijd, in contact worden gebracht met de betreffende deelgebieden. Omwille van de duidelijkheid zijn eventuele tussenstappen zoals wasstappen en conditioneerstappen buiten beschouwing gelaten. Resultaat is een inrichting met m x n deelgebieden met elk een eigen type eiwit Pi,i...m^ die 10 in beginsel in twee stappen kan worden vervaardigd, een eerste stap waarin de m gebieden worden beladen, bijvoorbeeld met behulp van een ‘channel block’, en een tweede stap waarin m x n deelgebieden van de m gebieden in contact worden gebracht met de n mengsels.Thus, all subareas of the loaded areas can be brought into contact with n mixtures, the rf subareas with a rf mixture Ai ... mPi> n Here, the mixtures can be brought into contact with the relevant subareas. For the sake of clarity, any intermediate steps such as washing steps and conditioning steps have not been taken into consideration. The result is a device with mxn sub-regions, each with its own type of protein Pi, i ... m ^, which can in principle be manufactured in two steps, a first step in which the m regions are loaded, for example with the aid of a channel block and a second step in which m x n sub-regions of the m regions are contacted with the n mixtures.
Door nu deze drager c.q. de deelgebieden in contact te brengen met het te analyseren 15 monster kunnen mxn typen deeltjes in het monster worden bepaald.By bringing this carrier or the sub-regions into contact with the sample to be analyzed, types of particles in the sample can be determined.
Het is uiteraard niet noodzakelijk dat alle deelgebieden worden voorzien van een eigen type selectief bindend deeltje. Zo kan een deel van de deelgebieden worden voorzien van juist hetzelfde type selectief bindend deeltje of juist ‘blanco’ worden gelaten, bijvoorbeeld ten 20 behoeve van controle- en referentiemetingen.It is of course not necessary that all sub-areas are provided with their own type of selective binding particle. For example, a part of the subareas can be provided with precisely the same type of selective binding particle or can be left 'blank', for example for the purpose of control and reference measurements.
Het moge verder duidelijk zijn dat de gebieden niet persé rechte ‘lanen’ hoeven te zijn. In beginsel is elke vorm mogelijk. Zo kunnen de gebieden bijvoorbeeld ook concentrische banen vormen, waarbij de mengsels aan de deelgebieden bijvoorbeeld worden aangeboden middels een ‘channel block’ met radiaal verlopende kanalen.It is furthermore clear that the areas do not necessarily have to be straight 'avenues'. In principle, any shape is possible. For example, the areas may also form concentric paths, the mixtures being offered to the sub-areas, for example, by means of a "channel block" with radially extending channels.
25 Ook zijn er zelfs drie- of meerdimensionale matrices mogelijk, bijvoorbeeld door in een volgende stap een weer anders gevormde verzameling van deelgebieden (stippellijnen in figuur 1) in contact te brengen met weer een ander mengsel, enzovoorts.Even three- or multi-dimensional matrices are also possible, for example by bringing a collection of sub-regions (dotted lines in Figure 1) in yet another differently shaped shape into contact with yet another mixture, and so on.
Het zal een deskundige derhalve duidelijk zijn dat de uitvinding geenszins tot de 30 beschreven en getoonde uitvoeringsvoorbeelden is beperkt maar dat binnen het kader van de uitvinding vele variaties en combinaties mogelijk zijn.It will therefore be clear to a person skilled in the art that the invention is by no means limited to the exemplary embodiments described and shown, but that many variations and combinations are possible within the scope of the invention.
Kenmerkend is steeds het gebruik van een of meer mengsels waarmee, na het beladen van de afzonderlijke gebieden met, van gebied tot gebied verschillende, typen eerste deeltjes, in 1027633 7 een enkele stap, of een beperkt aantal stappen, een aantal deelgebieden van die gebieden selectief kan worden voorzien van, van deelgebied tot deelgebied verschillende, typen tweede deeltjes.Characteristic is always the use of one or more mixtures with which, after loading the individual regions with types of first particles that differ from region to region, a single step, or a limited number of steps, into a number of subregions of those regions in 1027633 7 can be selectively provided with, from sub-area to sub-area, types of second particles.
Zo kan een compacte array van een groot aantal deelgebieden kan worden gevormd met elk 5 zijn eigen selectief bindende eigenschappen, waarbij tevens slechts een beperkt aantal containers nodig is.A compact array of a large number of subareas can thus be formed, each with its own selectively binding properties, wherein only a limited number of containers is also required.
10276331027633
Claims (7)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL1027633A NL1027633C2 (en) | 2004-12-01 | 2004-12-01 | Determining several types of target particles in a sample comprises loading zones of a carrier with different types of first particles and contacting subzones with mixtures of second particles bound to third particles |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL1027633A NL1027633C2 (en) | 2004-12-01 | 2004-12-01 | Determining several types of target particles in a sample comprises loading zones of a carrier with different types of first particles and contacting subzones with mixtures of second particles bound to third particles |
| NL1027633 | 2004-12-01 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NL1027633C2 true NL1027633C2 (en) | 2006-06-02 |
Family
ID=34974536
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NL1027633A NL1027633C2 (en) | 2004-12-01 | 2004-12-01 | Determining several types of target particles in a sample comprises loading zones of a carrier with different types of first particles and contacting subzones with mixtures of second particles bound to third particles |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| NL (1) | NL1027633C2 (en) |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1993009668A1 (en) * | 1991-11-22 | 1993-05-27 | Affymax Technology N.V. | Combinatorial strategies for polymer synthesis |
| WO2002088738A2 (en) * | 2001-03-16 | 2002-11-07 | Ibis Technologies B.V. | Device and method for the assay of a specific particle in a liquid sample |
| WO2003045558A1 (en) * | 2001-11-28 | 2003-06-05 | Ibis Technologies B.V. | Support for the use in the assay of particles in a sample and method for the fabrication of such a support and method for the assay of particles in a sample |
| WO2003079017A2 (en) * | 2002-03-16 | 2003-09-25 | Ibis Technologies B.V. | Device and method for determining specific particles in a liquid sample |
-
2004
- 2004-12-01 NL NL1027633A patent/NL1027633C2/en not_active IP Right Cessation
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1993009668A1 (en) * | 1991-11-22 | 1993-05-27 | Affymax Technology N.V. | Combinatorial strategies for polymer synthesis |
| WO2002088738A2 (en) * | 2001-03-16 | 2002-11-07 | Ibis Technologies B.V. | Device and method for the assay of a specific particle in a liquid sample |
| WO2003045558A1 (en) * | 2001-11-28 | 2003-06-05 | Ibis Technologies B.V. | Support for the use in the assay of particles in a sample and method for the fabrication of such a support and method for the assay of particles in a sample |
| WO2003079017A2 (en) * | 2002-03-16 | 2003-09-25 | Ibis Technologies B.V. | Device and method for determining specific particles in a liquid sample |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US7572642B2 (en) | Assay based on particles, which specifically bind with targets in spatially distributed characteristic patterns | |
| US20020123134A1 (en) | Active and biocompatible platforms prepared by polymerization of surface coating films | |
| AU2002232193B2 (en) | Microchip | |
| Cretich et al. | Protein and peptide arrays: recent trends and new directions | |
| Sauer et al. | Miniaturization in functional genomics and proteomics | |
| US8586348B2 (en) | Lateral flow microfluidic assaying device and related method | |
| US7901886B2 (en) | Microfluidic extraction method | |
| JP2000517057A (en) | Method and system for performing joint measurements | |
| CA2568960A1 (en) | Functionalized porous carriers for microarrays | |
| CA2408094A1 (en) | Colloid compositions for solid phase biomolecular analytical, preparative and identification systems | |
| EP1529214A1 (en) | Analysis system | |
| JP2008532003A5 (en) | ||
| Büssow et al. | Protein array technology: potential use in medical diagnostics | |
| Ng et al. | Biomedical applications of protein chips | |
| NL1027633C2 (en) | Determining several types of target particles in a sample comprises loading zones of a carrier with different types of first particles and contacting subzones with mixtures of second particles bound to third particles | |
| JP2004527735A (en) | Biochemical methods and devices for detecting protein properties | |
| JP4659748B2 (en) | Apparatus for separating and / or analyzing several molecular targets dissolved in a complex mixture | |
| JP2004527735A5 (en) | ||
| US8709789B2 (en) | Methods and devices for rapid and specific detection of multiple proteins | |
| Laurell et al. | Proteomics–protein profiling technology: the trend towards a microfabricated toolbox concept | |
| AU2002360233A1 (en) | Biomolecule handling method and machine using an array dispenser | |
| EP1258731A2 (en) | Reactive solid support for DNA fragment detection | |
| US20250298013A1 (en) | Surface activation of materials and microarray printing for use in biological analysis | |
| WO2003076588A2 (en) | Multiplexed cell transfection using coded carriers | |
| US20100167955A1 (en) | Microarray including layer comprising dna molecule and method of manufacturing the same |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PD2B | A search report has been drawn up | ||
| VD1 | Lapsed due to non-payment of the annual fee |
Effective date: 20090701 |