MXPA06013471A - Vacuna contra la enfermedad periodontal. - Google Patents
Vacuna contra la enfermedad periodontal.Info
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Abstract
La presente invencion se refiere a nuevos aislamientos bacterianos identificados por su 16S ARNr ADN, que provocan la enfermedad periodontal en animales domesticos, secuencias de polinucleotidos contenidas en ellos, polipeptidos codificados por dichas secuencias de polinucleotidos y vacunas que comprenden dichas bacterias, polinucleotidos o polipeptidos. Tambien se proveen metodos para tratar y prevenir la enfermedad periodontal y estuches para detectar y tratar la enfermedad periodontal. Ademas, se proveen metodos para evaluar la eficacia de una vacuna contra las enfermedades periodontales en un animal.
Description
graves de esta enfermedad. La etiología de las bacterias es compleja, con una variedad de organismos responsables de la iniciación y progresión de la enfermedad en seres humanos. Muchos de estos organismos, si no todos, también pueden estar presentes en individuos saludables desde el punto de vista periodontal y pueden existir en armonía comensal con el hospedante. Por lo tanto, los episodios de enfermedad pueden sobrevenir a un cambio en el equilibrio ecológico entre las bacterias y los factores hospedantes, como consecuencia, por ejemplo, de la alteración en las cantidades absolutas o relativas de determinados organismos, cambios en el potencial patogénico o modulación de factores hospedantes particulares. El entorno local impone una variedad de restricciones únicas a la microbiota constituyente de la superficie de los dientes supragingival y el surco subgingival (el canal entre la raíz del diente y la encía que se profundiza en una bolsa periodontal a medida que avanza la enfermedad). Tanto los tejidos duros calcificados del diente como las células epiteliales de la encía están disponibles para colonización. Estos tejidos están expuestos a las secreciones salivales del hospedante y al fluido crevicular gingival (un exudado del suero), que contienen moléculas que interactúan directamente con las bacterias y alteran las condiciones dominantes del entorno. Además, se sabe que en seres humanos, los colonizadores de los dientes y el área subgingival deben coexistir con muchas otras especies de bacterias (más de 600) que habitan estas regiones. El estudio de la patogénesis de las enfermedades periodontales en seres humanos es, por lo tanto, complicado por la complejidad ecológica del microambiente.
La clasificación de las distintas manifestaciones de la enfermedad perio- dontal en seres humanos cambia continuamente y será suficiente mencionar que las enfermedades varían en gravedad, índice de progresión y cantidad de dientes afecta-1 dos, y que los diferentes grupos de edades pueden ser susceptibles con posterioridad
a la erupción de los dientes primarios. La naturaleza de los agentes patogénicos varía entre las entidades de enfermedad, como así también entre los pacientes humanos e 1 incluso entre los diferentes sitios de enfermedad dentro de un paciente. En general, no obstante, las formas graves de la enfermedad se asocian con una cantidad de bacterias anaerobias gram negativas. De este grupo, en seres humanos, la mayor evidencia 10 apunta a una función patogénica para Porphyromonas (anteriormente Bacteroides) gingivalis. La presencia de este organismo, actuando solo o como una infección mixta : con otras bacterias, y posiblemente junto con la ausencia de especies beneficiosas y i ciertas respuestas inmunológicas en el hospedante, parece ser esencial para la actividad de la enfermedad. 15 La colonización de la cavidad bucal requiere que las bacterias ingresen primero a la boca y luego se localicen y adhieran a las superficies disponibles. Los | factores- hospedantes que funcionan para prevenir la colonización de bacterias incluyen las fuerzas de corte mecánicas del movimiento de la lengua junto con la saliva y el flujo de fluido crevicular gingival. Los colonizadores bucales exitosos poseen, en con- 20 secuencia, una variedad de atributos para superar los mecanismos de protección del í hospedante. La biopelícula de la placa sésil que posteriormente se acumula en los tejidos duros y blandos de la boca es un sistema dinámico compuesto por diversas especies microbianas. En seres humanos, P. gingivalis se encuentra usualmente entre los colonizadores tardíos o secundarios de la cavidad bucal, requiriendo organismos antecedentes para crear las condiciones ambientales necesarias. Se cree que la entrada inicial de P. gingivalis en la cavidad bucal huma-na ocurre por transmisión desde individuos infectados. Otros vectores parecerían, por lo tanto, ser operativos. Estos estudios inician que los individuos están colonizados por un genotipo simple (o por lo menos predominante, independientemente del sitio de colonización o estado clínico. Las cepas de muchos orígenes clónales diferentes, en cambio, están presentes en diferentes individuos. Esto soporta el concepto de que la P. gingivalis es esencialmente un patógeno oportunista, con la virulencia no limitada a un tipo clonal en particular. La cavidad bucal humana provee una variedad de superficies a las que se puede adherir la P. gingivalis. Están los tejidos duros mineralizados de los dientes, junto con las superficies mucosas, incluyendo aquellas de la encía, la mejilla y la len-gua. Si bien se sabe bastante acerca de la enfermedad periodontal en seres humanos, tal como se describió anteriormente, se sabe muy poco acerca de la misma enfermedad en animales domésticos. Fournier, D. et al. "Porphor monas gulae sp. nov., an Anaerobio, Gram-negative, Coccibacillus from the Gingival Sulcus of Various Animal Hosts", International Journal of a Systematic and Evolutionary Microbiology (2001 ), 51 , 1179-1189 describe varias cepas aisladas de distintos hospedantes animales, incluyendo una cepa, P. gulae spp. nov., designada ATCC 57100. Los autores su- gieren la hipótesis de que las cepas para el biotipo animal de P. gingivalis representan una especie de Porphyromonas que es distinta de la P. gingivalis. No se menciona una vacuna útil para tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos. Hirasawa y Takada, en "Porphyromonas gingivicanis sp. nov. and Porphyromonas creviorícanis sp. nov., Isolated from Beagles", International Journal of Systemic Bacteriology, pp. 637-640, (1994), describen dos especies bacterianas aisladas de fluidos creviculares gingivales de perros sabueso. Estas especies se describen en las patentes estadounidenses n° 5.710.039 y US 5.563.063. Los autores no sugieren en ningún momento el uso de estas especies en una vacuna para tratar la enfermedad periodontal. La solici-tud internacional PCT/AU98/01023, que tiene el número de publicación WO 99/29870, describió distintos polipéptidos y nucleótidos de P. gingivalis. No obstante, no hay evidencia de vacunas eficaces para prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos. Si bien hay una gran cantidad de información acerca de la enfermedad en seres humanos, se ha logrado poco para prevenir o tratar la enfermedad, incluso en seres humanos. Permanece la necesidad de una vacuna segura y eficaz para tratar y prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos. Genco et al. (Trends in icrobiology 6: 444-449, 1998) describen un modelo de rata para investigar la enfermedad periodontal mediada por Porphyromonas gingivicanis. Grecca et al. (J. Endodontics 27: 610, 2001) describen la evaluación radiográfica de reparación perirradicular después del tratamiento endodóncico de dientes caninos con periodontitis perirradicular inducida.
Antes de la presente invención, no había habido ningún animal disponible para evaluar la eficacia de una vacuna contra una o más bacterias periopatogéni-cas en un modo definido y cuantitativo. SUMARIO DE LA INVENCIÓN La presente invención provee una bacteria anaerobia aislada que tiene una secuencia 16S ARNr ADN que comprende una secuencia de nucleótidos entre el grupo que consiste en los N° ID SEC: 86 a 94, siempre que la bacteria no sea una cepa de Porphyromonas gingivalis designada dog 20B. En una modalidad, la bacteria se selecciona entre el grupo que consiste en Porphyromonas gulae B43, P. cansulci B46, P, circumdentaría B52, P gulae B69, P. circumdentaría B97, P, cangingivalis B98, P. salivosa B104, O. denticanis B106 y P. endodontalisA 3114, siempre que la bacteria no sea una cepa de Porphyromonas gingivalis designada dog 20B. En otra modalidad, la presente invención provee una bacteria anaerobia pigmentada aislada que causa, ya sea directamente o en combinación con otros agentes patogénicos, la enfermedad periodontal en animales domésticos, en la que la bacteria se puede usar para preparar una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, en la que la vacuna comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de por lo menos una bacteria que ha sido inactivada o ate-nuada, siempre que la bacteria no sea una cepa de R gulae sp. nov. designada ATCC 51700. Preferentemente, la bacteria posee una secuencia 16S ARNr ADN por lo menos aproximadamente 95% homóloga a cualquiera de las secuencias representadas en los N° ID SEC: 86 a 94. Más preferentemente, la bacteria tiene una secuencia 16S ARNr ADN que comprende una secuencia de nucleótidos seleccionada entre el grupo que consiste en los N° ID SEC: 86 a 94. En otra modalidad, la presente invención provee una bacteria anaerobia pigmentada aislada que causa, ya sea directamente o en combinación con otros agentes patogénicos, la enfermedad periodontal en animales domésticos, en la que la bacteria se puede utilizar para preparar una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, en la que la vacuna comprende un polipéptido aislado inmunológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enférmedad periodontal en animales domésticos, en la que el polipéptido es codificado por una molécula de polinucleótido aislado de la bacteria, siempre que la bacteria no sea una cepa de P. gulae sp. nov. designada ATCC 51700. Preferentemente, la bacteria posee una secuencia 16S ARNr ADN por lo menos aproximadamente 95% homóloga a cualquiera de las secuencias representadas en los N° ID SEC: 86 a 94. Más prefe-rentemente, la bacteria tiene una secuencia 16S ARNr ADN que comprende una secuencia de nucleótidos seleccionada entre el grupo que consiste en los N° ID SEC: 86 a 94. En otra modalidad, la presente invención provee una bacteria anaerobia pigmentada aislada que causa, ya sea directamente o en combinación con otros agen-tes patogénicos, la enfermedad periodontal en animales domésticos, en la que la bacteria se puede usar para producir una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, en la que la vacuna comprende una molécula de polinucleótido aislado que codifica un polipéptido inmunológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos, en la que la molécula de polinucleótido se aisla de la bacteria, siempre que la bacteria no sea una cepa de P. gulae sp. nov. designada ATCC 51700. Preferentemente, la bacte-ria tiene una secuencia 16S ARNr ADN por lo menos aproximadamente 95% homologa a cualquiera de las secuencias representadas en los N° ID SEC: 86 a 94. Más preferentemente, la bacteria tiene una secuencia 16S ARNr ADN que comprende una secuencia de nucleótidos seleccionada entre el grupo que consiste en los N° ID SEC: 86 a 94. El animal doméstico es preferentemente un perro o un gato. En otro aspecto, la presente invención provee una molécula de polinucleótido aislado que comprende una secuencia de nucleótidos aislados de bacterias seleccionadas entre el grupo que consiste en una bacteria que tiene las características identificadoras de Porphyromonas gulae B43, P. cansulci B46, P. circumdentaria B52, P. gulae B69, P. circumdentaria B97, P cangingivalis B98, P. salivosa B104, O. denticanis B106 y P. endodontalis B114, siempre que la bacteria no sea una cepa de P. gulae sp. nov. designada ATCC 51700. En una modalidad, la molécula de polinucleótido aislado se aisla de una bacteria, en la que la bacteria se selecciona entre el grupo que consiste en Porp yro-monas guise B43, P cansulci B46, P. circumdentaria B52, P. gulae B69, P. circumdentaria B97, P. cangingivalis B98, P salivosa B104, O. denticanis B106 y P. endodontalis B114.
En otra modalidad, el polinucleótidó aislado codifica un polipéptido. Incluso en otra modalidad, el polinucleótidó aislado codifica el ARN ribo-sómico o el ARN de transferencia. Incluso en otra modalidad, la presente invención provee una molécula de polinucleótidó aislado que comprende cualquiera de las secuencias de nucleótidos seleccionadas entre el grupo que consiste en los N° ID SEC: 86 a 94 y homólogos que tienen por lo menos 95% de homología allí, siempre que la secuencia de nucleótidos no sea la 16S ARNr ADN de la bacteria R gulae sp. nov. designada ATCC 51700. Preferentemente, la molécula de polinucleótidó aislado comprende cual-quiera de las secuencias de nucleótidos seleccionadas entre el grupo que consiste en los N° ID SEC: 95 a 102 y 111 -119, (fimA o oprF, respectivamente), cuya secuencia codifica un polipéptido inmunológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos, o sus complementos. También se prefiere la molécula de polinucleótidó aislado que compren-de cualquiera de las secuencias de nucleótidos representadas en los N° ID SEC: 95 a 102 y 111-119, homólogos que tienen por lo menos 95% de homología allí, cuya secuencia codifica un polipéptido inmunológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos, o sus complementos. En otra modalidad, la molécula de polinucleótidó aislado comprende cualquiera de las secuencias de nucleótidos representadas en los N° ID SEC: 95 a 102 y 111-119 o sus fragmentos o variantes, en donde la secuencia codifica un polipéptido inmunológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enferme- dad periodontal en animales domésticos, o sus complementos. Incluso en otra modalidad, la molécula de polinucleótido aislado comprende una secuencia de nucleótidos que se híbrida bajo condiciones de gran rigurosidad a cualquiera de las secuencia representadas en los N° ID SEC: 95 a 102 y 111-119, o sus complementos. Preferentemente, la secuencia de polinucleótido aislado, en la que dicha secuencia comprende la secuencia de fimA, se selecciona entre cualquiera de las secuencias representadas en los N° ID SEC: 95 a 102, uno de sus fragmentos o variantes, cuyo fragmento o variante tiene por lo menos aproximadamente 95%, 98% o 99% de identidad de secuencia. También se prefiere la molécula de polinucleó-tido aislado, en la que dicha secuencia comprende la secuencia de oprF, seleccionada entre cualquiera de las secuencias descritas en los N° ID SEC, 111 a 119, uno de sus fragmentos o variantes, cuyo fragmento o variante tiene aproximadamente 95%, 98% o 99% de secuencia de identidad. Preferentemente, el fragmento o la variante de la molécula de polinu-cleótido de acuerdo con la presente invención es por lo menos aproximadamente 98% homólogo a ella. En otra modalidad, la presente invención provee una molécula de polinucleótido aislado, que comprende una secuencia de nucleótidos que se híbrida bajo condiciones de gran rigurosidad a fimA, seleccionada entre cualquiera de las secuen-cías representadas en los N° ID SEC 95 a 102, o su complemento. Incluso en otra modalidad, la presente invención provee una molécula de polinucleótido aislado, que comprende una secuencia de nucleótidos que se híbrida bajo condiciones de gran rigurosidad a oprF, seleccionada entre cualquiera de las secuencias representadas en los N° ID SEC, 111 a 119, o su complemento. La presente invención provee además una molécula de polinucleótido aislado que comprende una secuencia de nucleótido de aproximadamente 30 nucleó-tidos, que se híbrida bajo condiciones altamente rigurosas a una molécula de ADN que tiene una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido que tiene una secuencia de por lo menos aproximadamente 10 aminoácidos contiguos de cualquiera de los polipéptidos codificados por cualquiera de las secuencias de nucleótidos de los N° ID SEC: 95 a 102 y 109 a 119, o su complemento. Preferentemente, la molécula de poli-nucleótido aislado comprende por lo menos aproximadamente 90 nucleótidos, que se hibridan bajo condiciones de gran rigurosidad a una molécula de ADN que tiene una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido que tiene una secuencia de por lo menos aproximadamente 30 aminoácidos contiguos de cualquiera de los polipéptidos codificados por cualquiera de las secuencias de nucleótidos de los N° ID SEC: 95 a 102 y 111 a 119, o su complemento. En otro aspecto, la presente invención provee el polinucleótido aislado de acuerdo con la presente invención funcionalmente unido a un promotor heterólogo. El polinucleótido aislado puede además comprender un origen de replicación activo en una célula procariótica o eucariótica. En otro aspecto, la presente invención provee un vector de expresión re-combinante que comprende un polinucleótido seleccionado entre el grupo que consiste en cualquiera de las secuencias de nucleótidos de los N° ID SEC: 95 a 102 y 111 a 119, sus fragmentos o variantes, funcionalmente unidos a una secuencia promotora. Incluso en otro aspecto, la presente invención provee un plásmido que i ! comprende un polinucleótido seleccionado entre el grupo que consiste en cualquiera de las secuencias de nucleótidos de N° ID SEC: 95 a 102 y 111 a 119, sus fragmentos 5 o variantes, funcionalmente unido a una secuencia promotora. ¡ En otro aspecto, la presente invención provee una célula hospedante que comprende la secuencia de polinucleótidos aislados, el vector o el plásmido de acuerdo con la presente invención. Preferentemente, la célula hospedante es £. coli BL21 y dicho polinu- 10 cleótido comprende además el vector de expresión pBAD/HisA o un plásmido de expresión X. En otro aspecto, la presente invención provee un método para la producción de FimA recombinante u OprF, seleccionado entre cualquiera de las secuencias representadas en los N° ID SEC: 103 a 110 ó 120 a 128, o sus fragmentos o va- 15 riantes, comprendiendo dicho método (1) proliferar las células de la reivindicación 36 bajo condiciones en las que se expresa un polipéptido que comprende FimA, OprF o
! sus variantes o fragmentos, y (2) recuperar dicho polipéptido. El polipéptido se puede recuperar en forma soluble o insoluble. En otro aspecto, el polipéptido aislado de la presente invención es inmu- 20 nológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodon- ! tal en animales domésticos y comprende una secuencia de aminoácidos representada
I en los N° ID . SEC: 103 a 110 y 120 a 128.
En una modalidad, el polipéptido inmunológicamente aislado eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos comprende una secuencia de aminoácidos representada en los N° ID SEC: 103 a 110 y 120 a 128 y homólogos que tienen por lo menos 95%, 98% o 99% de identidad de secuencia. En otra modalidad, el polipéptido aislado inmunológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos comprende una secuencia de aminoácidos representada en los N° ID SEC: 103 a 110 y 120 a 128, o sus fragmentos o variantes. En otra modalidad, el polipéptido aislado inmunológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos que tiene una secuencia de aminoácidos codificada por una molécula de ADN comprende una secuencia de nucleótidos que se híbrida bajo condiciones de gran rigurosidad a cualquiera de las secuencias representadas en los N° ID SEC: 95 a 102 y 111 a 119. Incluso en otra modalidad, el polipéptido aislado inmunológicamente eficaz como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos, cuyo polipéptido comprende por lo menos aproximadamente 10 aminoácidos contiguos, comprende un fragmento de cualquiera de las secuencias de polipép-tidos de los Ѱ ID SEC: 103 a 110 y 120 a 128, en los que el polipéptido es inmunológicamente eficaz, ya sea solo o unido a un vehículo, como una vacuna para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos. Preferentemente, el polipép- tido aislado comprende por lo menos aproximadamente 25 aminoácidos. Preferentemente, el polipéptido aislado, para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, está codificado por una molécula de ADN que comprende una secuencia de nucleótidos que comprende la secuencia de fímA (N° ID SEC: 95 a 102). También se prefiere que el polipéptido aislado para prevenir o tratar la enfermedad periodontal en animales domésticos, esté codificado por una molécula de ADN que comprende una secuencia de nucleótidos que comprende la secuencia de oprF (N° ID SEC: 111 a 119). En una modalidad preferida, el polipéptido aislado es un polipéptido re-combinantemente expresado, en el que el polipéptido se selecciona entre el grupo que consiste en FimA (N° ID SEC: 103 a 110) y OprF (N° ID SEC: 120 a 128). En otra modalidad, el polipéptido recombinantemente expresado se condensa a un polipéptido portador. Se prefiere que el polipéptido de fusión sea esen-cialmente una secuencia de polihistidina o politreonina. En otro aspecto, la presente invención provee una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de por lo menos una bacteria anaerobia pigmentada inactivada de acuerdo con la presente invención, y un vehículo farmacéuticamente aceptable. En otra modalidad, la presente invención provee una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de por lo menos una bacteria anaerobia pigmentada inactivada, por lo menos alguna otra bacteria o virus y un vehículo farmacéuticamente aceptable. En una modalidad preferida, la vacuna comprende una cantidad inmuno-lógicamente eficaz de por lo menos una bacteria anaerobia pigmentada inactivada, por lo menos uno de Virus del Moquillo Canino (CDV), Adenovirus-2 Canino (CAV-2), Parvovirus Canino (CPV), Virus de la Parainfluenza Canina (CPI) o Coronavirus Canino (CCV), y un vehículo farmacéuticamente aceptable. En otro aspecto, la presente invención provee una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de por lo menos una molécula de polinucleótido de acuerdo con la presente invención y un vehículo farmacéuticamente aceptable. Incluso en otro aspecto, la presente invención provee una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de por lo menos un polipéptido de acuerdo con la presente invención, y un vehículo farmacéuticamente aceptable. Preferentemente, la vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de FimA y un vehículo farmacéuticamente aceptable. También se prefiere una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de OprF y un vehículo farmacéuticamente aceptable.
La bacteria para uso en las vacunas de la presente invención se puede seleccionar entre el grupo que consiste en Porphyromonas gulae B43, P. cansulci B46, P. circumdentaria B52, P gulae B69, P. circumdentaría B97, P. cangingivalis 698, P. salivosa B104, O. denticanis B106 y P. endodontalis 13114. En una modalidad preferida, las bacterias anaerobias pigmentadas son
P. gulae B43, P. salivosa B 104 y O. denticanis B106. Incluso en otra modalidad, la presente invención provee una composición de vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de por lo menos una bacteria anaerobia pigmentada aislada inactivada de acuerdo con la presente invención, un vehículo farmacéuticamente aceptable y opcionalmente un adyuvante. Incluso en otra modalidad, la presente invención provee una composición de vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de por lo menos una mo-lécula de polinucleótido de acuerdo con la presente invención, un vehículo farmacéuticamente aceptable y, opcionalmente, un adyuvante. Incluso en otra modalidad, la presente invención provee una composición de vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad inmunológicamente eficaz de por lo menos un poli-péptido de acuerdo con la presente invención, un vehículo farmacéuticamente aceptable y, opcionalmente, un adyuvante. En otro aspecto, la presente invención provee un método para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende administrar a un animal doméstico en necesidad de la misma, una composición de vacuna de acuerdo con la presente invención. En otro aspecto, la presente invención provee un método para diagnosti-car la enfermedad periodontal en animales domésticos, analizando una muestra para bacterias, polipéptidos o polinucleótidos de la presente invención, en la que la presencia de las bacterias, polipéptidos o polinucleótidos es indicativa de la enfermedad. Preferentemente, la etapa de análisis incluye la muestra, usando un método seleccionado entre el grupo que consiste en PCR, hibridación y detección de anticuerpos. Incluso en otro aspecto, la presente invención provee un estuche que comprende, en al menos un recipiente, una composición para tratar y prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende una cantidad eficaz de por lo menos un polipéptido, polinucleótido o bacteria anaerobia pigmentada aislada inactivada de la presente invención y un vehículo farmacéuticamente aceptable; en el que el estuche comprende además un conjunto de instrucciones impresas que indican que el estuche es útil para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos. El estuche puede además comprender un medio para dispensar dicha composición. Incluso en otro aspecto, la presente invención provee un estuche que comprende, en al menos un recipiente, una molécula de ADN aislada que comprende una secuencia de nucleótidos de por lo menos aproximadamente 15 nucleótidos contiguos seleccionados entre cualquiera de los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 111 a 119 que se híbrida bajo condiciones altamente rigurosas al complemento de cualquiera de las secuencias de nucleótidos representadas en los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 111 a 119, y una molécula de ADN que comprende, en un segundo recipiente, una molécula aislada de ADN que comprende una secuencia de nucleótidos de por lo menos aproximadamente 15 nucleótidos contiguos seleccionados entre el complemento de cualquiera de las secuencias de nucleótidos representadas en los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 111 a 119, que se híbrida bajo condiciones altamente rigurosas a cualquiera de las secuencias de nucleótidos representadas en los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 111 a 119, en las que el estuche comprende además un conjunto de instrucciones que indican que el estuche es útil para la detección de Porphyromo-nas spp. Dicho método se puede usar en general en todos los mamíferos, incluyendo seres humanos. - En otro aspecto, la presente invención provee un estuche que comprende, en al menos un recipiente, una proteína que tiene una secuencia de aminoácidos que comprende por lo menos 30 aminoácidos contiguos, cuyo polípéptido está codificado por cualquiera de las secuencias de nucleótidos de los N° ID SEC: 95 a 102 y 111 a 119 y un enunciado que indica que el estuche es útil para la detección de Porp-hyromonas spp. El estuche puede comprender también un segundo polípéptido, en el que el segundo polípéptido es un anticuerpo conjugado a una enzima que cataliza La enzima preferentemente se selecciona entre el grupo que consiste en fosfatasa alcalina y peroxídasa de rábano picante. El estuche puede comprender también reactivos para un ensayo colorimétrico quimiluminiscente.
En otro aspecto, la presente invención provee un estuche de hibridación que comprende, en al menos un recipiente, una molécula aislada de ADN que comprende una secuencia de nucleótidos de por lo menos aproximadamente 15 nucleóti-dos contiguos seleccionados entre cualquiera de los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 111 a 119, o su complemento, en el que la hibridación es específica para Porphyromo-nas spp, y en el que el estuche comprende además un conjunto de instrucciones que indican que el estuche es útil para la detección de Porphyromonas spp. Preferentemente, la hibridación se lleva a cabo bajo condiciones de gran rigurosidad. Incluso en otro aspecto, la presente invención provee métodos para eva-luar la eficacia de una vacuna contra una o más bacterias periopatogénicas en un animal, particularmente en un perro. Incluso en otro aspecto, la presente invención provee métodos para evaluar la eficacia de una vacuna contra una o más bacterias periopatogénicas, en los que los signos clínicos medidos en una animal comprenden niveles incrementados de una o más bacterias periopatogénicas en el fluido crevicular gingival, la placa, el hueso infectado o los surcos gingivales, o cambios en la cantidad de hueso alveolar cuan-tificada vía mediciones radiográficas. Ninguna de las bacterias, polinucleótidos, polipéptidos, composiciones de vacunas o estuches de la presente invención comprende ninguna de las bacterias, polinucleótidos o péptidos descritos en Fournier, D. et al., "Porphorymonas gulae sp, nov., an Anaerobio, Gram-negativo, Coccibacillus from the Gingival Sulcus of Various Animal Hosts", International Journal of a Systematic and Evolutionary Microbiology (2001), 51 , 1179-1189, incluyendo una cepa, P gulae spp. no ., designada ATCC 57100, Hirasawa and Takada, "Porphyromonas gingivicanis sp. nov. and Porphyromo-nas creviorícanis sp. nov., Isolated from Beagles", International Journal of Systemic Bacteriology, pp. 637-640, (1994), patentes estadounidenses n° 5.710.039 o US 5.563.063 o solicitud internacional PCT/AU98/01023, que tiene número de publicación WO 99/29870. BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS La Figura 1 es un árbol filogenético realizado con el método del vecino más próximo (neighbor-joining) para representantes de la clase Bacteroidetes. El árbol filogenético se generó usando los programas de software CLUSTAL X versión 1.81 y NJ Plot (ambos disponibles en ftp://ftp-iqbmc.u-strasbq.fr/pub/ClustalX/). El árbol comienza con la secuencia génica 16S ARNr de Escherichia coli (número de registro J01695; no se muestran los datos). El análisis "bootstrap" se llevó a cabo usando 1000 muestras. Los valores "bootstrap" se presentan gráficamente (·, >950; ¦, > 850; o, >700; ?, >500; sin designación, <500). La escala representa 0,01 sustituciones por posición de nucleótido. Las flechas indican la ubicación de O. denticanis B106T. Números de registro: P. gingivalis ATCC 33277, J01695; P. gulae B243, AF285874; P. cansulci VPB 4875, X76260; P. salivosa NCTC 11632, L26103; P. endodontalis ATCC 35406, AY253728; T. forsythensis ATCC 43037, AB035460; clon oral Bacteroides cf. forsythus BU45, AF385565; B. merdae ATCC 43184T, X83954; B. distasonis ATCC 8503, M86695; Bacteria fecal equina 118ds10, AY212569; D. shahii cepa CCUG 43457, AJ319867; Clon de Bacteroidaceae sin cultivar: Rs-P82, AB088919; bacteria cadhufec 059h7 sin cultivar, AF530302; B, spianchnicus NCTC 10825, L16496; O. denticanis ?106t, AY560020; Bacteroidetes sp. Clon oral FX069, AY134906; Bacteria SHA-38 sin cultivar, AJ249105; A. putredinis ATCC 29800, L16497; R. microfüsus ATCC 29728, L16498; 8. denticanium B78, AY549431 ; B. fragilis ATCC 25285T, X83935; 8. cepa thetaiotaomicron 17.4, AY319392; cepa B. acidofaciens A37, AB021163; P. bivia ATCC 29303. L16475; P. nigrescens ATCC 25261, L16479; P intermedia ATCC 25611 , L16468; P. denticola ATCC 35308, L16467; y P buccae ATCC 33690, L16478. La Figura 2 es un árbol filogenético realizado con el método del vecino más próximo para aislamientos clínicos de Odoribacter denticanis. El árbol filogenético se generó tal como en la Fig. 1. El árbol se inicia con la secuencia génica 16S ARNr de Porphyromonas gingivalis ATCC 53977 (número de registro L16492; no se muestran los datos). La escala representa 0,01 sustituciones por posición de nucleótido. Números de registro: O. denticanis ?106t, AY560020; O. denticanis B113, AY560022; D. denticanis B150, AY560027; O. denticanis 13155, AY560030; O. denticanis 13172, AY560033; O. denticanis 13183, AY560035; Bacteroidetes sp. Clon oral FX069, AY134906; bacteria cadhufec 059h7 sin cultivar, AF530302; B. spianchnicus NCTC 10825; y clon de Bacteroidaceae sin cultivar: Rs-P82, AB08891 9. La Figura 3 es un árbol filogenético realizado con el método del vecino más próximo para representantes de la familia de la proteína FimA de Porphyromonas gingivales (clases 1 -V). El árbol filogenético se generó usando los programas de software CLUSTAL X versión 1.81 y NJ Plot. El árbol se inicia con la proteína fimbrilli- na CFT073 de Escheríchia coli CFT073 (número de registro NP_757241 ; no se muestran los datos). El análisis "bootstrap" se llevó a cabo usando 1000 muestras. Los valores "bootstrap" se presentan gráficamente (·, >950; ¦, > 850; o, >700; ?, >500; sin designación, <500). La escala representa 0,05 sustituciones por posición de aminoá-cido. Números de registro de FimA: O. denticanis ?106t, AY573801 ; P. gingivalis HG1691 , 093R80; P. gingivalis BH 8/10, JN0915; P. gingivalis ATCC 33277, P13793; P. gingivalis O Z314, BAA04624; P. gingivalis OMZ409, Q51822; P, gingivalis 6/26, 051826; P gingivalis ATCC 49417, 051825; P. gingivalis W '83, AAQ67087; P. gingivalis HG564, 051827; y P gingivalis HNA-99, Q9SOW8. Las Figuras 4a y 4b consisten en micrografías electrónicas de exploración de (A) P gulae B43 y (B) O. denticanis 131 06T. La escala representa una distancia de 1000 nm. La Figura 5 es un gráfico que muestra los resultados de un estudio de proliferación que identifica a un medio de "animal sin producto" que soporta la prolife-ración de Porphyromonas gulae B43. Se probaron los siguientes medios: ME-completo, ME-hemina, ME-vitamina K, ME-tanto hemina como vitamina K, PYG-completo, PYG-hemina, PYG-vitamina K, PYG-tanto hemina como vitamina K, y BHI. La Figura 6 es un gráfico que muestra la pérdida ósea promedio en ratones, como consecuencia de la superinfección con las especies bacterianas indicadas. Los ratones se inocularon con las bacterias indicadas o con control. La pérdida ósea neta representa la pérdida ósea por debajo y por encima de aquella observada en el grupo de control. La línea punteada representa la pérdida ósea neta del grupo de con- trol positivo. Se indica el error estándar. La Figura 7 es un gráfico que muestra el porcentaje de pérdida ósea en ratones, como consecuencia de la superinfección con las especies bacterianas indicadas. Los ratones se inocularon con las bacterias indicadas o con control. El porcentaje de pérdida ósea se basa en la pérdida ósea neta del grupo de control positivo, establecida en 100% pérdida ósea. Las Figuras 8A y B son fotografías que muestran, en la Figura 8A, un SDS PAGE, y en la Figura 813 un análisis de inmunotransferencia, usando el suero de epítope anti-Xpress™ (Invitrogen), de FimA de P gulae B43 recombinante expresado en E. coli BL21 de pBAD-HisA. Abreviaturas: Std. (en kDa), estándares; Ind, inducido; Sol, fracción soluble; e Insol, fracción insoluble. Las puntas de flecha denotan las ubicaciones de rFimA. La Figura 9 es una fotografía que muestra el análisis SDS-PAGE de P. gulae B43 recombinante expresada en células de E. coli BL21 a partir de un plásmido de expresión. T= denota el tiempo después de cambiar el cultivo de 300C a 420C. Los estándares de tamaño de masa molecular se exponen en kDa. La punta de flecha denota la ubicación de rOprF. La Figura 10 es un gráfico que muestra los resultados de un estudio de eficacia de una vacuna homologa basado en la pérdida ósea neta. El estudio de efica-cia de la vacuna homóloga se basa en la pérdida ósea neta. Los ratones se vacunaron con los siguientes antígenos de vacunas y el adyuvante RIBI MPL+TDM (excepto el grupo C, que utilizó Freunds completo e incompleto): A, B y E, PBS únicamente; C y D, P. gingivalis 53977 inactivada con formalina; F, P. gulae B43 inactivada con formalina; G, P. gulae B43 inactivada con BEI; H, P. gulae B43 inactivada con calor; y 1 , P. gulae B43 inactivada por ventilación. Los ratones fueron inoculados con control (grupo A), inoculados con tratamiento con P gingivalis 53977 (cajas con rayas verticales), o P. gulae B43 (cajas lisas) en 1 % carboximetilcelulosa. Se indican las mediciones de errores estándar. La Figura 11 es un gráfico que muestra un estudio de eficacia de la vacuna homologa P. gingivalis 53977 basado en el porcentaje de pérdida ósea. Los ratos se vacunaron con los siguientes antigenos de vacuna y el adyuvante RIBI MPL+TDM (excepto el grupo C, que utilizó Freunds completo e incompleto): A y B, PBS solamente; C y D, P. gingivalis 53977 inactivada con formalina. Los ratones se inocularon con A, PBS; o B-D, P. gingivalis 53977 en 1 % carboximetilcelulosa. La Figura 12 es un gráfico que muestra un estudio de eficacia de la vacuna homologa P. gulae B43 en base al porcentaje de pérdida ósea. Los ratones fue-ron vacunados con los siguientes antígenos de vacuna y el adyuvante RIBI MPL+TDM: A-B, PBS solamente; C, P. gulae B43 inactivada con formalina; D, P. gulae B43 inactivada con BEI; E, P. gulae B43 inactivada con calor; y F, P. gulae B43 inactivada con ventilación. Los ratones se inocularon con A, PBS; o B-F, P. gulae B43 en 1 carboximetilcelulosa. La Figura 13 es un gráfico que muestra los resultados de un estudio de eficacia de una vacuna heteróloga, basado en la pérdida ósea neta. Los ratones fueron vacunados con los siguientes antígenos de vacuna y el adyuvante RIBI MPL+TDM: A-E, PBS solamente; F-l, P. gulae B43 inactivada con formalina; J, P salivosa B104 inactivada con formalina y O. denticanis B106 inactivada con formalina. Los ratones se inocularon con PBS (A), P gulae B43 (B y F; cajas lisas), P. gulae B69 (C, G, y J; cajas rayadas), P. salivosa B104 (D y H; cajas con rayas horizontales) u Ó. denticanis B106 (E y 1 ; cajas con lunares) en 1 % carboximetilcelulosa. Se indican las mediciones de errores estándar. La Figura 14 es un gráfico que muestra los resultados para los grupos de tratamiento con P. gulae B43 del estudio de eficacia de la vacuna heteróloga basados en el porcentaje de pérdida ósea. Los ratones fueron vacunados con los siguientes antígenos de vacuna y el adyuvante RIBI MPL+TDM: A-B, PBS solamente; C, P. gulae B43 inactivada con formalina. Los ratones se inocularon con A, PBS; o B-C, P. gulae B43 en 1 % carboximetilcelulosa. La Figura 15 es un gráfico que muestra los resultados para los grupos de tratamiento con P. gulae B69 del estudio de eficacia de la vacuna heteróloga, basados en el porcentaje de pérdida ósea. Los ratones fueron vacunados con los siguientes antígenos de vacuna y el adyuvante RIBI MPL+TDM: A-B, PBS solamente; C, P. gulae B43 inactivada con formalina; o D, P. salivosa 13104 inactivada con formalina y O. denticanis 13106 inactivada con formalina. Los ratones se inocularon con A, PBS; o B-D, P. gulae B69 en 1 % carboximetilcelulosa. La Figura 16 es un gráfico que muestra los resultados para los grupos de tratamiento con P. salivosa 13104 del estudio de eficacia de la vacuna heteróloga, basados en el porcentaje de pérdida ósea; Los ratones fueron vacunados con los si- guientes antígenos de vacuna y el adyuvante RIBI MPL+TDM: A-B, PBS solamente; o C, P, gulae B43 inactivada con formalina. Los ratones se inocularon con A, PBS; o B-C, P. salivosa B104 en 1% carboximetilcelulosa. La Figura 17 es un gráfico que muestra los resultados para los grupos de tratamiento con O. denticanis B106 del estudio de eficacia de la vacuna heteróloga, basados en el porcentaje de pérdida ósea. Estudio de eficacia de la vacuna heteróloga, basado en el porcentaje de pérdida ósea para los grupos infectados con O. denticanis 13106. Los ratones fueron vacunados con los siguientes antígenos de vacuna y el adyuvante RIBI MPL+TDM: A-B, PBS solamente; o C. fi gulae B43 inactivada con formalina. Los ratones se inocularon con A, PBS; o B-C, O. denticanis 13106 en 1% carboximetilcelulosa. La Figura 18 es un gráfico que muestra los resultados serológicos de ratones vacunados con FimA de P. gulae B43 récombinante o disolución salina, utilizando un ELISA específico para FimA. Se vacunaron dieciséis ratones con cada una de disolución salina (A) o rFimA/QuilA/Colesterol (B). Se probó suero combinado para anticuerpos específicos de FimA vía un ELISA específico para FimA. La dilución mínima probada fue 1 :100. A cualquier muestra que producía un resultado negativo en esta dilución se le dio una valoración de 50. La Figura 19 es un gráfico que muestra los resultados serológicos de ra-tones vacunados con OprF de P. gulae B43 récombinante o disolución salina, utilizando un ELISA específico para OprF. Se vacunaron dieciséis ratones con cada una, disolución salina (A) o rOpr/QuilA/Colesterol (B). Se probó el suero combinado para an- ticuerpos específicos de OprF vía un ELISA específico para OprF. La dilución mínima probada fue 1 : 100. A cualquier muestra que producía un resultado negativo en esta dilución se le dio una valoración de 50. La Figura 20 es un gráfico que muestra la pérdida ósea 0, 6 y 12 sema- 5 ñas después del tratamiento. El grupo TO1 está representado por perros 3559424, 3592669, 3672859, 3673375 y 3691926; el grupo T02 está representado por perros . 3389600, 3628884, 3653552, 3657396, 3690164. La Figura 21 es un gráfico que muestra los puntajes de reactividad ósea para los grupos T01 (vacunados e inoculados o Vx/Ch), T02 (no vacunados e inocul o lados o No Vx/Ch), y T03 (no vacunados y no inoculados o No Vx/No CH) después de 0, 3, 6, 9 y 12 semanas de la prueba de provocación. También se indica la significancia estadística de los efectos del tratamiento. La Figura 22 es un gráfico que muestra los puntajes de reactividad ósea para los grupos T01 (Vx/Ch), T02 (No Vx/Ch) y T03 (No Vx/No Ch) después de 0, 3, 6 15 y 9 semanas del tratamiento. Se indica la significancia estadística entre los grupos T01 y T02. Las Figuras 23a-23h son imágenes radiográficas de un solo perro en el grupo T01 (Vx/Ch) después de 0 (23A), 3 (23B), 6 (23C) y 9 (23D) semanas del tratamiento. Las Figuras 23E-23H son imágenes radiográficas de un solo perro en el 20 grupo T02 (No Vx/Ch) después de 0 (23E), 3 (23F), 6 (23G) y 9 (23H) semanas del tratamiento. Las Figuras 24a-24f son gráficos que muestran las reacciones sistémi- cas promedio para los grupos T01 (Vx/Ch) y T02 (No Vx/Ch); los puntajes se basan en la evaluación con calificaciones del nivel de actividad física de todos los perros en cada grupo respectivo. Las Figuras 24D-24F son gráficos que muestran las reacciones locales promedio para los grupos T01 (Vx/Ch) y T02 (No Vx/Ch); los puntajes se 5 basan en una evaluación con calificaciones del nivel de inflamación presente en el sitio de inyección de todos los perros en cada grupo respectivo. DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN Aislamientos bacterianos La presente invención provee bacterias anaerobias aisladas, identifícal o das por sus secuencias 16S ARNr ADN, que provocan la enfermedad periodontal y varias otras enfermedades y manifestaciones clínicas en animales domésticos. Más específicamente, las bacterias se seleccionan del género Porphyromonas. Preferentemente, las bacterias aisladas de la presente invención incluyen P. gulae B43, P. cansulci B46, P. circumdentaría B52, P. gulae B69, P. circumden-15 tana B97, P. cangingivalis B98, P. salivosa 13104, O. denticanis 13106 y P. endodonta- lis 13114, aunque la invención incluye también otras especies o cepas. En una modalidad preferida, las bacterias aisladas de la presente invención se pueden identificar por sus secuencias 16S ARNr ADN que se muestran en los N° ID SEC 86 a 94. Las enfermedades causadas por la infección con las bacterias de la pre-20 senté invención incluyen, aunque sin limitarse a ello, la enfermedad periodontal en animales domésticos, mal olor en animales domésticos (halitosis), descomposición de las pezuñas bovinas, enfermedad coronaria canina e infecciones sistémicas caninas.
Las bacterias dentro del género Porphyromonas también han estado relacionadas con distintas enfermedades humanas, incluyendo la enfermedad coronaria, parotitis, mal olor', gingivitis, periodontitis, apoplejía, aterosclerosis, hiperlipidemia, vaginosis bacteriana, retardo del crecimiento intrauterino (RCIU) y un aumento en la incidencia de partos prematuros de bebés de bajo peso. La presente invención provee moléculas de polipéptido aislado de poli-nucleótido aislado de Porphyromonas spp. Más particularmente, la invención provee moléculas de polinucleótido aislado que tienen la secuencia de nucleótidos de los genes fimA y oprF de Porphyromonas spp. o sus variantes degeneradas y moléculas de polipéptidos aisladas que tienen las secuencias de aminoácidos de las proteínas FirnA y OprF codificadas por dichos genes, respectivamente. La presente invención también provee secuencias de polinucieótidos que tienen por lo menos aproximadamente 90% homología, preferentemente por lo menos aproximadamente 95% y más preferentemente por lo menos 99%, de identidad de secuencia para cualquiera de los N° ID SEC: 95 a 102 y 111 a 119, según lo determinado usando cualquier algoritmo de identidad estándar conocido. Además, la presente invención provee secuencias de polinucieótidos que se hibridan bajo condiciones rigurosas al complemento de cualquiera de las secuencias de polinucieótidos que se muestran en los N° ID SEC: 95 a 102 y 111 a 119. En otra modalidad específica, se provee un ácido nucleico que es hibri-dable a cualquier secuencia de polinucieótidos representada en los N° ID SEC 86 a 102 y 111 a 119, o sus complementos, bajo condiciones de gran rigurosidad. A modo de ejemplo y sin limitarse a ello, los procedimientos que usan dichas condiciones de gran rigurosidad para regiones de hibridación de más de 90 nucleótidos son los siguientes. La prehibridación de filtros que contienen ADN se lleva a cabo durante 8 horas hasta la noche completa a 65°C en tampón compuesto por 6X SSC, Tris-HCI 50 mM (pH 7,5), EDTA 1 mM, 0,02% PVP, 0,02% Ficoll, 0,02% BSA y 500 pg/ml ADN de esperma de salmón desnaturalizado. Los filtros se hibridan durante 48 horas a 65° C en mezcla de prehibridación que contiene 100 pg/ml de ADN de esperma de salmón desnaturalizado y 5-20 X 106 cpm de sonda marcada con 32P. El lavado de los filtros se realiza a 37°C durante 1 hora en una disolución que contiene 2X SSC, 0,01 % PVP, 0,01 % Ficoll y 0,01 % BSA. A esto le sigue un lavado en 0,1 X SSC a 50°C durante 45 min antes de la autorradiografía. Otras condiciones de gran rigurosidad que se pueden utilizar dependen de la naturaleza del ácido nucleico (p. ej., longitud, contenido de GC, etc.) y del propósito de la hibridación (detección, ampliación, etc.) y se conocen en la técnica. Por ejemplo, la hibridación rigurosa de un oligonucleótido de aproximadamente 15-40 bases a una secuencia complementaria en la reacción en cadena por la polimerasa (PCR) se realiza bajo las siguientes condiciones: una concentración de sal de 50 mM KCI, una concentración de tampón Tris-HCI 10 mM, una concentración Mg2+ de 1 ,5 mM, un pH de 7-7,5 y una temperatura de reasociación de 55-60°C. En una modalidad específica preferida, después de la hibridación, las condiciones de lavado son las siguientes. Cada membrana se lava dos veces durante 30 minutos a 45°C en fosfato de sodio 40 mM, pH 7,2, 5% SDS, EDTA 1 mM, 0,5% albúmina de suero bovino, y luego se lavan cuatro veces cada una durante 30 minutos en fosfato de sodio, pH 7,2, 1 % SDS, EDTA 1 mM. Para la hibridación de gran rigurosidad, las membranas se someten adicionalmente a cuatro lavados cada una durante 30 minutos en fosfato de sodio 40 mM, pH 7,2, 1% SDS, EDTA 1 mM a 55°C, con cua-tro lavados posteriores para cada una de 30 minutos en fosfato de sodio, pH 7,2, 1% SDS, EDTA 1 mM a 65°C. La invención provee además vacunas y formulaciones de vacunas que, cuando se administran a animales domésticos en una cantidad terapéuticamente eficaz, son útiles para tratar o prevenir (es decir, conferir resistencia) la enfermedad pe-riodontal en un animal doméstico. En otra modalidad, la presente invención provee una vacuna que comprende por lo menos una preparación de una célula entera de Porphyromonas spp. atenuada (viva modificada) o inactivada (bacterina). En una modalidad preferida, la presente invención provee una vacuna que contiene una preparación de una célula entera inactivada de por lo menos tres Porphyromonas spp., por ejemplo, la combinación de P gulae B43, P salivosa B104 y O. denticanis B106. Las células bacterianas se pueden inactivar usando una variedad de agentes, como formalina, etilenimina binaria (BEI) o beta-propriolactona. Preferentemente, la formalina se utiliza como el agente de inactivación. En otra modalidad, la vacuna comprende una fracción subunitaria de una
Porphyromonas spp. capaz de inducir una respuesta inmunológica. En una modalidad preferida, la vacuna de la presente invención com- prende uno o más polipéptidos subunitarios o sus fragmentos o variantes, o una o más secuencias de polinucleótidos aislados o sus fragmentos o variantes. Las vacunas atenuadas (modificadas vivas) o inactivadas (bacterinas), o los polipéptidos subunitarios aislados, o polinucleótidos aislados se pueden presentar en combinación con otros componentes de formulación de vacunas conocidos, como adyuvantes, diluyentes o vehículos compatibles. Definiciones v abreviaturas El término "ORF indica "marco abierto de lectura", es decir, la región codificante de un gen. La expresión "Porcentaje de identidad de secuencia" para secuencias de nucleótidos y secuencias de polipéptidos se determina comparando dos secuencias óptimamente alineadas con una ventana de comparación, en las que la alineación óptima provee la máxima coincidencia en orden y puede introducir adiciones de nucleótidos o aminoácidos a la secuencia de prueba o referencia. La identidad de porcentaje se determina calculando el porcentaje de nucleótidos que son idénticos entre la secuencia de prueba y la de referencia en cada posición en toda la secuencia. La alineación de secuencia y la identidad de porcentaje óptimas se pueden determinar manualmente, o más preferentemente mediante un algoritmo de ordenador, incluyendo, aunque sin limitarse a ello, TBLASTN, BLASTP, FASTA, TFASTA, GAP, BESTFIT y CLUSTALW (AltschuI et al., 1990, J. Mol. Biol. 215(3):403-10; Pearson and Lipman, 1988, Proc. Nati. Acad. Sci. EE. UÜ..85(8):2444-8; Thompson, et al., 1994, Nucleic Acids Res. 22(22):4673-80; Devereux et al., 1984, Nuc. Acids. Res. 12:387-395); Hig- gins, et al., 1996, Methods Enzymol. 266:383-402). Preferentemente, se utiliza el servidor SNCBI Blast (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) establecido en los parámetros por defecto, para buscar bases de datos múltiples para secuencias homologas. El término "heterólogo", cuando se utiliza en la presente, significa deri-vado de una especie de bacteria o cepa diferente. El término "homología ", "homólogo" y similar, cuando se utiliza en la presente, significa el grado de identidad compartida entre las secuencias de polinu-cleótidos o polipéptidos. El término "homólogo", cuando se utiliza en referencia a una especie bacteriana, significa la misma especie de bacteria o cepa. La expresión "célula hospedante", cuando se utiliza en la presente, significa una bacteria o célula eucariótica que aloja un plásmido, virus u otro vector. El término "aislado", cuando se utiliza en la presente, significa separado de su ambiente natural, solo o en una célula hospedante heteróloga, cromosoma o vector (p. ej., plásmido, fago, etc.). Las expresiones "bacteria anaerobia aislada", "bacteria aislada", "cepa bacteriana aislada" y similares, hacen referencia a una composición en la que las bacterias están sustancialmente libres de otros microorganismos, p. ej., en un cultivo, tal como cuando se separan de su ambiente natural. La expresión "polinucleótido aislado" indica una composición en la que el nucleótido aislado comprende por lo menos 50% de la composición en peso. Más preferentemente, el polinucleótido aislado comprende aproximadamente 95%, y más pre- ferentemente 99% en peso de la composición. La expresión "polipéptido aislado" indica una composición en la que el polipéptido aislado comprende por lo menos 50% en peso de la composición. Más preferentemente, el polipéptido aislado comprende aproximadamente 95%, y más pre-ferentemente 99% en peso de la composición. La expresión "funcionalmente equivalente", tal como se utiliza en la presente, se refiere a un polipéptido recombinante capaz de ser reconocido por un anticuerpo específico de un polipéptido nativo producido por las bacterias que causan la enfermedad periodontal en animales domésticos, o un polipéptido recombinante capaz de producir o provocar una respuesta inmunológica sustancialmente similar a aquella de la proteína nativa de las bacterias endógenas. Por lo tanto, un anticuerpo producido contra un polipéptido funcionalmente equivalente también reconoce el polipéptido nativo producido por la bacteria que causa la enfermedad periodontal en animales domésticos. El término "inmunogenicidad" se refiere a la capacidad de una proteína o polipéptido para producir una respuesta inmunológica dirigida específicamente contra la bacteria que causa la enfermedad periodontal en animales domésticos. El término "antigenicidad' se refiere a la capacidad de una proteína o un polipéptido para estar unido inmunoespecíficamente por un anticuerpo antiproteína o antipolipéptido. El término "anticuerpo', tal como se utiliza en la presente, se refiere a una molécula de inmunoglobulina capaz de unirse a un antígeno. Los anticuerpos pueden ser una mezcla policlonal o pueden ser monoclonales. Los anticuerpos pueden ser inmunoglobulinas intactas derivadas de fuentes naturales o fuentes recombi-nantes, o pueden ser porciones inmunorreactivas de inmunoglobulinas intactas. Los anticuerpos pueden existir en una variedad de formas, incluyendo, por ejemplo, Fv, Fab', F(ab')2, como así también cadenas simples. La expresión "animal doméstico", tal como se utiliza en la presente, se refiere a un animal no humano en cautiverio, considerado una mascota. Éstos pueden incluir, aunque sin limitarse a ello, perros, gatos, caballos, ovejas, conejos, monos y roedores, incluyendo ratones, ratas, hámsters, gerbos y hurones. El término "protección", "protectora" y similar, tal como se utiliza en la presente con respecto a una vacuna, significa que la vacuna previene o reduce los síntomas de la enfermedad causada por el organismo del cual deriva(n) el/los antíge-no(s) que se utiliza(n) en la vacuna. Los términos "protección" y "protectora" y similares, también significan que la vacuna se puede utilizar para "tratar" la enfermedad o uno o más de los síntomas de la enfermedad que ya existen en un sujeto. La expresión "cantidad terapéuticamente eficaz" se refiere a una cantidad de la bacteria, o una subunidad, (p. ej., secuencias de polipéptidos, polinucleóti-dos) y sus combinaciones, suficiente para producir una respuesta inmunológica en el sujeto al cual se administra. La respuesta inmunológica puede comprender, sin limita-ción, la inducción de inmunidad celular y/o humoral. La expresión "prevenir la infección" significa prevenir o inhibir la replica-ción de las bacterias que provocan la enfermedad periodontal en animales domésti- eos, para inhibir la transmisión de las bacterias, o prevenir que las bacterias se establezcan en su hospedante, o aliviar los síntomas de la enfermedad provocados por la infección. El tratamiento se considera terapéutico si hay una reducción en la carga bacteriana. La expresión "vehículo farmacéuticamente aceptable" se refiere a un vehículo que no interfiere con la eficacia de la actividad biológica del ingrediente activo y no es tóxico para el sujeto al cual se le administra. La expresión "agente terapéutico" se refiere a cualquier molécula, compuesto o tratamiento, preferentemente una molécula o compuesto antibacteriano, que ayuda en el tratamiento de la infección bacteriana o una enfermedad o afección causada por ésta. La expresión "sus fragmentos o variantes" se refiere a secuencias parciales de aminoácidos o nucleótidos de acuerdo con la presente invención. Preferentemente, los fragmentos o variantes de los polipéptidos que se proveen en la presente invención son capaces de producir una respuesta inmunológica humoral y/o celular en un animal doméstico. Los análogos quedan incluidos dentro de la expresión "sus fragmentos o variantes'. Los polinucleótidos mutantes que poseen una o más mutaciones que son deleciones, inserciones o sustituciones de residuos de nucleótidos están incluidos dentro de la expresión "sus fragmentos o variantes". Las variantes alélicas se incluyen dentro del término "sus fragmentos o variantes". Aislamiento y caracterización de Porphyromonas SDD. Las bacterias provistas por la presente invención se pueden obtener usando técnicas conocidas de muestreo, cultivos y aislamiento. Por ejemplo, las muestras microbianas se pueden obtener a partir de una población de animales domésticos, como perros y gatos, que exhiben la enfermedad periodontal. La evidencia de la enfermedad periodontal se puede observar usando medidas conocidas, como perros con bolsas periodontales >3mm y gatos con bolsas periodontales >2mm. Los parámetros conocidos para caracterizar la enfermedad periodontal, como índices dentales (índice gingival e índice periodontal) y profundidades de bolsas periodontales se pueden determinar para la población de muestra de animales domésticos. Las muestras individuales pueden obtenerse de la bolsa periodontal de un animal en particular, mantenerse bajo condiciones anaerobias y cultivarse usando distintos medios de cultivo conocidos. Los aislamientos clínicos se pueden caracterizar usando técnicas conocidas, tales como una cantidad de pruebas bioquímicas y análisis de la secuencia 16S ARNr ADN para determinar su género y especie. Los aislamientos individuales se pueden transferir a placas y los discos antibióticos (Anaerobe Systems) se pueden disponer en la superficie de agar para determinar los patrones de resistencia al antibiótico de cada aislamiento. Las colonias purificadas también se pueden someter a pruebas de indol y catalasa conocidas (Anaerobe Systems). Se pueden determinar los patrones de producción de lipasa y lecitinasa para aislamientos individuales. Los aislamientos se pueden tipificar en base a su secuencia 16S ARNr ADN. Las colonias individuales bien aisladas se pueden utilizar como un molde para la ampliación de las reacciones en cadena por la polimerasa (PCR) de la región 16S ARNr, usando, por ejemplo, cebadores D0056 y D0057 (N° ID SEC. 1 y N° ID SEC 2; Tabla 1). Los productos de PCR resultantes se pueden purificar usando los estuches de preparación de PCR existentes en plaza (Promega Corp.; . Madison, Wl) y mezclar por aislamiento. Los productos de PCR purificados pueden luego desalarse y someterse a un análisis de secuencia de ADN. Las secuencias de ADN resultantes se pueden utilizar para buscar las bases de datos disponibles de ADN. Los aislamientos bacterianos se pueden tipificar en base a la coincidencia más próxima identificada por las búsquedas de bases de datos. Tabla 1. Lista de identificación de secuencia de ADN. Todos los cebadores de oligonucleótidos fueron sintetizados por Gibco-BRL (EE. UU.) o Lark Technologies Inc. (EE. UU.).
N° ID SEC Nombre Secuencia de ADN 16S 1 D0056 GGATTAGATACCCTGGTAGTC ARNr 16S 2 D0057 CCCGGGAACGTATTCACCG ARNr PFZ175- 16S 3 GGCTTAAGTGCCATAACGAG AP1 ARNr PFZ175- 16S 4 CTGGCGTCTTACGACGGCTG AP2 ARNr PFZ1 75- 16S 5 TGTCGTCAGCTCGTGCCGTG AP3 ARNr 6 D0067 fimA GCGCAGCAAGGCCAGCCCGG 7 D0068 fimA GAGCGAACCCCGCTCCCTGT 8 D0078 fimA GCGACGCTATATGCAAGACAATC 9 D0097 fimA GgcctcgagAACAAAGACAACGAAGCAGAACCC
D0098 fimA GgcaagcttACCAAATAACATTTTGTACAACACC
PFZ185- 11 fimA TCATCCGACAATCCTGTGTG AP1 PFZ185- 12 fimA AGCAGCTGCTAAATCGGCTC AP2 PFZ 85- 13 TTGGCAAGACTCTTGCAGAG AP3 PFZ185- 14 fimA CTGCAGTCAGTTCAGTTGTC AP4 PFZ186- 15 fimA TACGTCAACAGGCTCTGCTG AP1 PFZ186- 16 fimA G ACAACTG AACTAACTG C AG AP2 PFZ186- 17 fimA AACATAGAAACCTTGTGGAG AP3 PFZ186- 18 fimA TGTCGTCTGGTTGGGAAGAG AP4 PFZ186- 19 fimA AATCTGATTGCCTCCCTGAG AP5 PFZ187- 20 fimA GGGAACCGATTTAGCAGCAG AP1 PFZ187- 21 fimA CCAATACAGGGTAATAGGTC AP2 PFZ187- 22 fimA GTTGTCAATGCTTTTACCTC AP3 PFZ187- 23 fimA GATTGAGAATATCAAATGTG AP4 PFZ187- 24 fimA TTAGGCGTATAACCATTGTC AP5 PFZ187- 25 fimA ATTTAACGGTGCTTACACAC AP6 PFZ187- 26 fimA CCAATTGGCGGCCTGAGCTG AP7 PFZ187- 27 fimA TGGCATAGTTGGTAGGTGTG AP8 PFZ187- 28 fimA TGTAAGCACCGTTAAATGTG AP9 PFZ187- 29 fimA CTGACAGGTTCTTTGACCAC AP11 PFZ187- 30 fimA TGTTCCTTGGTTGAGCCGTG AP12 PFZ187- 31 fimA GTGGTCAAAGAACCTGTCAG AP13 PFZ187- 32 fimA CATAAACACACAGGATTGTC AP14 PFZ187- 33 fimA TTG CTTCTTTGC AATGAGAC AP15 PFZ187- 34 fimA AGCCATGCGAGCATGTACAC AP16 PFZ187- 35 fimA CTGTCATGATCAAACCTGTG AP17 PFZ187- 36 fimA ACCGTCTGCATTCACGAGTG AP18 5 PFZ188- 37 fimA GCCTTCCAATGATGCTCCAC AP1 PFZ1 88- 38 fimA GGACGTAGACCTGCATTCTG AP2 PFZ1 88- 39 fimA CGCAATACGGGCATGAACAC AP3 PFZ1 88- 40 . fimA TTATGGTTATGATGGACCTC AP4 PFZ188- 41 fimA TGGTACTCCTTTGAGTTCTG AP5 PFZ1 88- 42 fimA CACACTTGCGCGGTAACCAC AP6 15 43 D0086 oprFI ATGAAGGTAAAGTACTTAATGC 44 D0087 oprFI AGATGAATTACTTGGAGCGAACGAT KWK-Pg- 45 oprFI TTACTTGGAGCGAACGATTACAACACG 03 PFZ209- 46 oprFI TTGGTGCAGCTCACTTCGAC AP1 PFZ209- 47 oprFI ACCACATCAAACATAAAGTC AP2 PFZ209- 48 oprFI ACATTCGGGGCATGATACAG AP3 PFZ209- 49 oprFI ATGCCATTGAGCCAATGGAC AP4 PFZ210- 50 oprFI TTGACTTCATGTTCGATGTG AP1 PFZ210- 51 oprFI TGCCAATGAAI I I IATGCTG AP2 PFZ210- 52 oprFI CGCTTGGAGAGTTCTTCGAC AP3. PFZ210- 53 oprFI TATCAACGATCTGAATGGTC AP4 PFZ211- 54 oprFI AACTACTTCAAGCCCTACAG AP1 PFZ211- 55 oprFI CGTAACCCAAACCTACCCAC AP2 PFZ211 - 56 oprFI ACGGGACGCTTGCTCAACTC AP3 PFZ211- 57 oprFI ATTGGGGCTTGGTAAATGAC AP4 REZ211- 58 oprFI ATACGCTCTACACGAGGCTC AP5 PFZ212- 59 oprFI CCGCCATGGCTGGAGCTCAC AP1 PFZ212- 60 oprFI TTTGAAACCATATCCCACAC AP2 PFZ212- 61 oprFI AGTAACTTCAGGACATTCTG AP3 PFZ212- 62 oprFI ACGTCCAGTTTCTTGCCCAG AP4 PFZ213- 63 oprFI TTGACTTCATGTTCGATGTG AP1 PFZ213- 64 oprFI TTTGTGTTG GTAAC CAACAC AP2 PFZ213- 65 oprFI ACAGGACGCTTAGAGAGCTC AP3 PFZ213- 66 oprFI ACGCGCTTATCAACGATCTG AP4 PFZ213- 67 oprFI CTTCCCAAGGAACGTGTGTG AP5 PFZ214- 68 oprFI ACTTTATGTTTGATGTTGTG AP1 PFZ214- 69 oprFI CCAACACCGAACCAAGGCAC AP2 PFZ214- 70 oprFI TCTCAACTCAGTATTCTCAG AP3 PFZ214- 71 oprFI TAACCTTAAI I 1 I GGTCGTG AP4 PFZ215- 72 oprFI CACACCTACAACACTGCCAC AP1 PFZ215- 73 oprFI TCAAACATGAAATCATAGTG AP2 PFZ215- 74 oprFI CTCGGGGCAGAAAGCAGGAC AP3 PFZ215- 75 oprFI GACTTGAACTCTCAGATCAG AP4 KW K-Pg- 76 oprFI atgCAGGAAAATACTGTACCGGCAACG 06 KWK-Pgu- 77 oprFI gtgtgtcatatgCAGGAAAATACTGTACC 14 KWK-Pgu- 78 oprFI gtgtgttctagattaTTACTTGGAGCGAACG 15 KWK-Ps- 79 oprFI ACACCTGAGACTCAGACATTGC 02 KWK-Ps- 80 oprFI CATGCGCGAGCCTCAAAAAGC 03 CCTGCCACTCAACAGAAATCATATCAGAAG- KWK-Ps- 81 oprFI GAACT 04b CC
KWK-Ps- CTGCTCATAAGACGGCTTTTGACCGTTCTG- 82 oprFI 05b CAGG CTTTTGACCGTTCTGCAGGACATTGGTTCTT- KWK-Ps- 83 oprFI GACTC 06b TCC 84 D122 fimA TGGCTAARYTGACYGTAATGGTYTA
85 D123 fimA AGTTYACYAATACAGGRTAATAGGT
CACGCAGTAAACGATGATTACTAG- GAGTTTGCGAT
ATACCGTCAAGCTTCCACAGCGAAAGCGT- TAAGTA
ATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGT- GAAAC
TCAAÁGGAATTGACGGGGGCCCGCA- CAAGCGGAG
GAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAG- GAAC
CTTACCCGGGATTGAAATGTAGACGACG- GATGGTG
AAAGCCGTCTTCCCTTCGGGGCGTCTATG- Secuencia TAGGTG de CTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- polinucleó- GAGGTGT tidos NA CGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCA- 16S ARNr CATCG áe P, GTAGTTGCTAACAGGTTTAGCTGAGGACTC- gulae B43 TACCG AGACTGCCGTCGTAAGGCGCGAG- GAAGGTGTGGA
TGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTA- CATCCGGGGC
GACACACGTGTTACAATGGGAGGGA- CAAAGGGCA
GCTACCGGGCGACCGGGTGCGAATCTC- GAAACCC
TTCCCCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTC- GACTC
CGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCAT- CAGC • CATGGCGCGGTGAATAC CACGCCGTAAACGATGATTACTCGGAG- TATGCGAT
ATGAGTGTATGCTTCTTAGCGAAAGCGTTAAG- TAAT 5 CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGAT- GAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG- GAGGAA
CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAG- GAACCTTA
CCCGGGATTGAAATATAGATGACAGGCAGC- 10 GAGAG
TTGTTATCCCTTCGGGGCATCTATG- Secuencia TAGGTGCTGC de ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- polinucleó- GAGGTGTCGGC 87 tidos NA TTAAGTGCCCTAACGAGCGCAACCCACAT- 16S ARNr TATTAGT 15 de P. can- TACTAACAGGTTAAGCTGAGGACTCTAATAA- sulci B46 GACTG CCGGCGTAAGCCGTGAGGAAGGTGTGGAT- GACGT
CAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGC- GACACA 20 CGTGTTACAATGGTAGGGACAAAGGGCAGC- TACCG
GGCGACCGGATGCGAATCTCCAAACCC- TATCCCAG
TTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCTGT- GAAGC
TGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGC- CATGGCGC
GGTGAATAC CACGCTGTAAACGATGAATACTAGATTTTTGC- GATA
TACAGTAAGAGTCTAAGCGAAAGCGATAAG- TATTCC
ACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGT- GAAACTCAA
AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG- GAGGAAC
ATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAG- GAACCTTAC
CTGGGATTGAAATTTAGGAGAACGATTTAT- 10 GAAAGT Secuencia AGAI I I I CCCTTCGGGGCTCCTAAG- de TAGGTGCTGC polinucleó- ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- tidos GAGGTGTCGGC .88 16S ARNr NA TTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCGCGTT- de GATAG 15 P. circum- TTACTAACAGATAAAGCTGAGGACTCTATC- dentaria GAGACA B52 GCCGTCGTAAGACGCGAGGAAGGGGCG- GATGACG
TCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCAGGGC- GACAC 20 ACGTGTTACAATGGCAAGGACAAAGG- GAAGCCACA
TAGCGATATGGAGCAGATCCT- CAAACCTTGTCCCA
GTTCGGATCGGAGTCTGCAACTC- GACTCCGTGAAG
CTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGC- CAT-GGCG C<3GTGAATACC CACGCAGTAAACGATGATTACTAG- GAGTTTGCGAT
ATACCGATAAGCTTCCACAGCGAAAGCGT- TAAGTA
ATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGT- GAAAC
TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA- CAAGCGGAG
GAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAG- GAAC
CTTACCCGGGATTGAAATGTAGATGACA- GATGGTG
AAAGCCGTCTTCCCTTCGGGGCGTCTATG- Secuencia TAGGTG de CTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- polinucleó- GAGGTGT 89 tidos NA CGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCA- 16S ARNr TATCG de P. gu- GTAGTTGCTAACAGGTCAAGCTGAGGACTC- lae B69 TACCG AGACTGCCGTCGTAAGGCGAGAG- GAAGGTGTGGA
TGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTA- CATCCGGGGC
GACACACGTGTTACAATGGGAGGGA- CAAAGGGCA
GCTACCGGGCGACCGGATGCGAATCTC- GAAACCC
TTCCCCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTC- GACTC
CGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCAT- CAGC
CATGGCGCGGTGAATACC CACGCTGTAAACGATGAATACTAGATTTTTGC- GATA
TACAGTAAGAGTCTAAGCGAAAGCGATAAG- TATTCC
ACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGT- GAAACTCAA
AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG- GAGGAAC
ATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAG- GAACCTTAC 10 CTGGGATTGAAATTTAGGAGAACGATTTAT- GAAAGT
AGATTTTCCCTTCGGGGCTCCTAAG- Secuencia TAGGTGCTGC de ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- polinucleó- GAGGTGTCGGC tidos 15 90 NA TTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCGCGTC- 16S ARNr GATAG de P. cir- TTACTAACAGGTAATGCTGAGGACTCTATC- cumdenta- GAGACA ría B97 GCCGTCGTAAGACGAGAGGAAGGGGCG- GATGACG
TCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCAGGGC- 20 GACAC
ACGTGTTACAATGGCAAGGACAAAGG- GAAGCCACA
TAGCGATATGGAGCAGATCCT- CAAACCTTGTCCCA GTTCGGATCGGAGTCTGCAACTC- GACTCCGTGAAG
CTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGC- CATGGCG
CGGTGAATAC CAGTAAACGATGATTACTCGGAGTATGCGATA- TATG
GTATGCTCCCAAGGGAAACCGATAAGTAATC- CACC
TGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACT- CAAAGG
AATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAG- GAACATG
TGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT- TACCC 10 GGGATTGAAATGTACATGACGGTTGGGCGA- GAGCC
TGACTTCCCTTCGGGGCATGTATG- Secuencia TAGGTGCTGCA de TGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- polinucleó- GAGGTGTCGGCT tidos 91 NA TAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCACATCGT- 15 16S ARNr CAGT de P. de- TACTAACAGGTAGAGCTGAGGACTCTGAC- cangingi- GAGACT valis B98 GCCGTCGTAAGGCGCGAGGAAGGTGTGGAT- GACG
TCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGC- GACAC 20 ACGTGTTACAATGGTAGGGACAAAGGG- CAGCTACC
TGGCGACAGGATGCGAATCTCCAAACCC- TATCTCA
GTTCGGATCGGAGTCTGCAACTC- GACTCCGTGAAG
CTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGC- CATGGCG ¦OGGTGAATACGTT CAGTAAACGATGATAACTGGGCGTATGCGATA- TAC
AGTATGCTCCTGAGCGAAAGCGTTAAGT- TATCCAC
CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACT- CAAAG
GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAG- GAACAT Secuencia GTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT- de TACC polinucleó- 10 CGGGATTGAAATTTAGCGGACTATGTAT- tidos 92 NA GAAAGTAC 16S ATATCCTGTCACAAGGCCGCTAAG- A Nr de TAGGTGCTGCA P. salivo¬
TGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- sa B104 GAGGTGTCGGCT
TAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCACGTTGT- 15 CAGT
TACTATCGGGTAAAGCCGAGGACTCTGACAA- GACT
GCCGTCGTAAGGCGCGAGGAAGGTGTGGAT- GACG T
CACGCCG AAACGATGCTCACCGGCTC- TATGCGAT
AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAAT- TAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGAT- GAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG- GAGGAA
CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAG- GAACCTTA
CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTA- GAAATA Secuencia CGTATTTTCTTCGGAACTGCATA- de CAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- tidos GAGGTGTCGGGTT 93 16S NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGAT- ARNr de TAGTTG 0. denti- CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCA- canis CACTGC B106 CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGAT- GATGTC
AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTA- CACAC
GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTG- CATTTAC
GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCT- CAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCAT- GAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGC- CATGGTGCGG
TGAATAC CACCGCAGTAAACGATGAATACTA- GATCTTTGCGAT
ATACGGTAAGGGTCTAAGCGAAAGCGATAAG- TATT
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGAT- GAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG- GAGGAA
CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAG- GAACCTTA
CCCGGGATTGAAATTTAGCGGGCGGGCTAT- GAGA Secuencia GTAGCCTTTCCTACGGGACTGCTAAG- de TAGGTGCTG polinucleó- CATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT- tidos GAGGTGTTGG 94 16S NA CTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCACGTT- A Nr de GATA P. endo- GTTACTAACAGTTAAAGCTGAGGACTCTATC- donta- GAGAC fcB114 AGCCGGCGTAAGCCGTGAGGAAGGTGTG- GATGAC
GTCAAATCAGCACGGCCCTTA- CATCCGGGGCGACA
CACGTGTTACAATGGTGAGGACAGCGG- GAAGCGG
CCTGGTGACAGGTAGCAGATCCCCAAACCT- CATCC
CAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTC- TATGA
AGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGC- CATGG
CGCGGTGAATAC TCTAAATCGAAAAAGATCCTAATAAAACAATATTCAC TTTTAAAACAAAAACGAGATGAAAAAGACTAAGTTT
TTCTTGTTGGGACTTGCTGCCCTTGCTATGACAGCT
TGTAACAAAGACAACGAAGCAGAACCCGTTGTAGA
AGGTAACGCTACCATTAGCGTAGTATTGAAGACCA
GCAATCCGAATCGTGCTTTCGGGGTTGCAGATGAC
GAAGCAAAAGTGGCTAAACTGACTGTAATGGTCTA
CAAGGGTGAGCAGCAGGMGCCATCAAATCAGCC
GAAAATGCAATTAAGGTTGAGAACATCAAATGTGGT
GCAGGCTCACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATAC
GGGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAG Secuencia AGGTAAAAGCATTGACAACTGAACTAACTGCAGAAA de 10 ACCAAGAGGCTACAGGTTTGATCATGACAGCAGAG polinuclec- CCTGTTGACGTAACACTTGTCGCCGGCAATAACTAT
195 tidos de NA TATGGTTATGATGGAACTCAGGGAGGCAATCAGAT fimA TTCGCAAGGTACTCCTCTTGAAATCAAACGTGTTCA de P. goTGCCCGTATTGCGTTCACCAAGATTGAAGTGAAGA TGAGCGAGTCTTATGTGAACAAATACAACTTTACCC tee CCGAAAACATCTATGCACTTGTGGCTAAGAAGAAG
TCTAATCTATTCGGTACTTCATTGGCAAATAGTGAT
GATGCTTATTTGACCGGTTCTTTGACCACTTTCAAC
GGTGCTTATACCCCTGCAAACTATACTCATGTCGTC
TGGTTGGGAAGAGGCTÁCACAGCGCCTTCCAATGA
TGCTCCACAAGGTTTCTATGTTTTGGAGAGTGCATA
CGCTCAGAATGCAGGTCTACGTCCTACCATTCTAT
GTGTAAAGGGTAAGCTGACAAAGCATGATGGTACT
CCTTTGAGTTCTGAGGAAATGACAGCTGCATTCAAT
GCCGGCTGGATTGTTGCAAACAATGATCCTACGAC CTATTÁTCCTGTATTAGTGAACTTTGAGAGC
TAATGGAGAACAGCAGGAAGCCATCGAATCAGCCG AAAATGCGACTAAGATTGAGAATATCAAATGTGGTG
CAGGCCAACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATACG
GGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAGA
GGTAAAAGCATTGACAACTGTACTGACTGAAGAAAA CCAAGAGGCCACAGGTTTGATCATGACAGCAGAGC Secuencia CAAAAGCAATCGTTTTGAAGGCAGGCAAGAACTAT de ATTGGATACGATGGAGCCGGAGAGGGCAACCACAT TGAGAATGCTCCTCTTGAAATCAAACGTGTACATGC polinucleó- TCGCATGGCTTTCACCGAAATTAAAGTACAGATGAG tidos de 96 NA CGCAGCCTACGATAACATTTACACATTTACCCCTGA fimA de AAAGATTTATGGTCTCATTGCAAAGAAGCAATCTAA
P. circum- TTTGTTCGGGGCAACACTCGTGAATGCAGACGCTA dentaría ATTATCTGACAGGTTCTTTGACCACATTTAACGGTG B52 CTTACACACCTACCAACTATGCCAATGTTCCTTGGT TGAGCCGTGATTACGTTGCACCTACCGCTGGTGCT
CCTCAGGGCTTCTACGTATTAGAAAATGACTACTCA
GCTAACAGTGGAACTATTCATCCGACAATCCTGTGT
GTTTATGGCAAACTTCAGAAAAACGGAGCCGACCT
GACGGGAACCGATTTAGCAGCAGCTCAGGCCGCC MTTGGGTGGATGCAGAAGGCAÁG
GGCGCAGCATAACCTCGACGAACTGCGACACTATA TGCAGGACAATCTCTAAATCGAATAAAGATTCTAAT
AAAACAATATTCACTTTTAAAACAAAAACAAGATGAA
AAAGACTAAGTTTTTCTTGTTGGGACTTGCTGCCCT
TGCTATGACAGCTTGTAACAAAGACAACGAAGCAG
AACCCGTTGTAGAAGGTAACGCTACCATTAGCGTA
GTATTGAAGACCAGCAATCCGAATCGTGTTT CGG
GGTTGCAGATGACGAAGCAAAAGTGGCTAAGTTGA
CCGTAATGGTTTATAATGGAGAACAGCAGGAAGCC
ATCGAATCAGCCGAAAATGCGACTAAGATTGAGAA
TATCAAATGTGGTGCAGGCCAACGTACGCTGGTCG Secuencia TAATGGCCAATACGGGTGGAATGGAATTGGCTGGC de AAGACTCTTGCAGAGGTAAAAGCATTGACAACTGTA polinuclec- CTGACTGAAGAAAACCAAGGGGCCACAGGTTTGAT
97 tidos de NA CATGACAGCAGAGCCAAAAGCAATCGTTTTGAAGG fimA de CAGGCAAGAACTATATTGGATACGATGGAGCCGGA GAGGGCAACCACATTGAGAATGCTCCTCTTGAAAT P gulae CAAACGTGTACATGCTCGCATGGCTTTCACCGAAA B69 TTAAAGTACAGATGAGCGCAGCCTACGATAACATTT
ACACATTTACCCCTGAAAAGATTTATGGTCTCATTG
CAAAGAAGCAATCTAATTTGTTCGGGGCAACACTC
GTGAATGCAGACGCTAATTATCTGACAGGTTCTTTG
ACCACATTTAACGGTGCTTACACACCTACCAACTAT
GCCAATGTTCCTTGGTTGAGCCGTGATTACGT GC
ACCTACCGCTGGTGCTCCTCAGGGCTTCTACGTAT
TAGAAAATGACTACTCAGCTAACAGTGGAACTATTC
ATCCGACAATCCTGTGTGTTTATGGCAAACTTCAGA
AAAACGGAGCCGACCTGACGGGAACCGATTTAGCA
GCAGCTCAGGCCGCCAATTGGGTGGATGCAGAA
TAATGGAGAACAGCAGGAAGCCATCGAATCAGCCG' AAAATGCGACTAAGATTGAGAATATCAAATGTGGTG
CAGGCCAACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATACG
GGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAGA
GGTAAAAGCATTGACAACTGTACTGACTGAAGAAAA
CCAAGAGGCCACAGGTTTGATCATGACAGCAGAGC Secuencia CAAAAGCAATCGTTTTGAAGGCAGGCAAGAACTAT de ATTGGATACGATGGAGCCGGAGAGGGCAACCACAT TGAGAATGCTCCTCTTGAAATCAAACGTGTACATGC polinucleó- TCGCATGGCTTTCACCGAAATTAAAGTACAGATGAG tidos 9B NA CGCAGCCTACGATAACATTTACACATTTACCCCTGA de fimA de AAAGATTTATGGTCTCATTGCAAAGAAGCAATCTAA P. circum- TTTGTTCGGGGCAACACTCGTGAATGCAGACGCTA dentaria ATTATCTGACAGGTTCTTTGACCACATTTMCGGTG B97 CTTACACACCTACCAACTATGCCAATGTTCCTTGGT TGAGCCGTGATTACGTTGCACCTACCGCTGGTGCT
CCTCAGGGCTTCTACGTATTAGAAAATGACTACTCA
GCTAACAGTGGAACTATTCATCCGACAATCCTGTGT
GTTTATGGCAAACTTCAGAAAAACGGAGCCGACCT
GACGGGAACCGATTTAGCAGCAGCTCAGGCCGCC
AATTGGGTGGATGCAGAAGGCAAG
TGGCTAARTTGACTGTAATGGTTTATAATGGAGAAC AGCAGGAAGCCATCRAATCAGCCGAAAATGCGACT
AAGRTTGARRAYATCAAATGTRGTGCAGGCCAACG
TACGCTGGTCGTAATGGCCAATACGGGTGSAATGG
AAYTGGYTGGCAAGACTCTTGCAGAGGTAAAAGCA
TTGACAACTGWACTGACTG AGAAAAGCAAGAGGC
YRCAGGKTTGATCATGACAGCAGAGCCAAAARCAA
TCGTTTTGAAGGCAGGCAAGAACTAYATTGGATAC Secuencia RRTGGARCCGGAGAGGGYAAYCACATTGAGAATG de MTCCTCTTRARATCAARCGTGTWCATGCTCGCATG polinucleó- GCTTTCACCGAAATTAAAGTRCARATGAGGGCAGC
100 tidos NA CTACGATAACATTTACACATTYRYCCCTGAAAAGAT de fimA de TTATGGTCTCATTGCAAAGAAGCAATCTAATTTGTT CGGGGCAACACTCGTRMTGCAGACGCTAATTATC P. salivo- TGACAGGTTCTTTGACCACATTTAACGGTGCTTACA saB10 CACCTRCCAACTATGCCAATGTKCCTTGGYTGAGC
CGTRATTACGTTGCACCTRCCGCYGRTGCTCCTCA
GGGYTTCTACGTATTAGAAAATGACTACTCAGCTAA
CRGTGGAACTATTCATCCGACAATCCTGTGTGTTTA
TGGCAAACTTCAGAAAAACGGAGCGGACYTGRCGG
GARCCGATTTAGCARCWGCTGAGGCCGCCAATTG
GGTGGATGCAGAAGGCAAGACCTATTACCCTGTAT
TRGTRAACT
TMTGGAGAACAGCAGGAAGCCATCGAATCAGCCG AAAATGCGACTAAGATTGAGAATATCAAATGTGGTG
CAGGCCAACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATACG
GGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAGA
GGTAAAAGCATTGACAACTGTACTGACTGAAGAAAA
CCAAGAGGCCACAGGTTTGATCATGACAGCAGAGC Secuencia CAAAAGCAATCGTTTTGAAGGCAGGCAAGAACTAT de ATTGGATACGATGGAGCCGGAGAGGGCAACCACAT TGAGAATGCTCCTCTTGAAATCAAACGTGTACATGC polinucleó- TCGCATGGCTTTCACCGAAATTAAAGTACAGATGAG tidos 101 NA CGCAGCCTACGATAACATTTACACATTTACCCCTGA de fimA de AAAGATTTATGGTCTCATTGCAAAGAAGCAATCTAA 0. denti- TTTGTTCGGGGCAACACTCGTGAATGCAGACGCTA canis ATTATCTGACAGGTTCTTTGACCACATTTAACGGTG
B106 CTTACACACCTACCAACTATGCCAATGTTCCTTGGT TGAGCCGTGATTACGTTGCACCTACCGCTGGTGCT
CXTCAGGGCTTCTACGTATTAGAAAATGACTACTCA
GCTAACAGTGGAACTATTCATCCGACAATCCTGTGT
GTTTATGGCAAACTTCAGAAAAACGGAGCCGACCT
GACGGGAACCGATTTAGCAGCAGCTCAGGCCGCC
AATTGGGTGGATGCAGAAGGCAAG
CAAGGGTGAGCAGCAGGAAGCCATCAAATCAGCC GAAAATGCAATTAAGGTTGAGAACATCAAATGTGGT
GCAGGCTCACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATAC
GGGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAG
AGGTAAAAGCATTGACAACTGAACTAACTGCAGAAA
ACCAAGAGGCTACAGGTTTGATCATGACAGCAGAG
Secuencia CCTGTTGACGTAACACTTGTCGCCGGCAATAACTAT de TATGGTTATGATGGAACTCAGGGAGGCAATCAGAT polinucleó- TTCGCAAGGTACTCCTCTTGAAATCAAACGTGTTCA tidos TGCCCGTATTGCGTTCACCAAGATTGAAGTGAAGA
102 de fimA NA TGAGCGAGTCTTATGTGAACAAATACAACTTTACCC de CCGAAAACATCTATGCACTTGTGGCTAAGAAGAAG TCTAATCTATTCGGTACTTCATTGGCAAATAGTGAT P.endodon 10 GATGCTTATTTGACCGGTTCTTTGACGACTTTCAAC talis GGTGCTTATACCCCTGCAAACTATACTCATGTCGTC B114 TGGTTGGGAAGAGGCTACACAGCGCCTTCCAATGA
TGCTCCACAAGGTTTCTATGTTTTGGAGAGTGCATA
CGCTCAGAATGCAGGTCTACGTCCTACCATTCTAT - GTGTAAAGGGTAAGCTGACAAAGCATGATGGTACT
CCTTTGAGTTCTGAGGAAATGACAGCTGCATTCAAT
GCCGGCTGGATTGTTGCAAACAATGATCCTACG 15 KKTKFFLLGLAALAMTACNKDNEAEPWEGNATISV
VLKTSNPÑRAFGVADDEA VAKLTVMVY GEQQEAIK Secuencia SAENAIKVENI CGAGSRTLW A TGG ELAGKTLA de EVKALTTELTAENQEATGLIMTAEPVDVTLVAGNNYY polipépti- GYDGTQGGNQISQGTPLEIKRVHARIAFTKIEVK - dos SES YVNKYNFTPENIYALVAKKKSNLFGTSLANSD- 103 NA de FimA DAYLT GSLTTFNGAYTPANYTHW LGRGYTAPSN- 20 de DAPQGF YVLESAYAQNAGLRPTILCV GKLTKHDGTPLSSEEM P. gulae TAAFNAGWIVANNDPTTYYPVLVNFESNNYTYTGDAV B43 EKGKIVRNHKFDINLTITGPGTNNPENPITESANLNVN CWAAWKGWQ VIW Secuencia de NGEQQEAIESAENATKIENIKCGAGQRTLW A TGG MELAGKTLAEVKALTTVLTEENQEEATGLIMTAEPKAIV polipépti- LKAGKNYIGYDGAGEGNHIENAPLEIKRVHARMAFTEI dos de 104 NA KVQ SAAYDNIYTFTPEKIYGLIAKKQSNLFGATLVNA
FimA de DA YLTGSLTTFNGAYTPTNYANVPWLSRDYVAPTA P. circum- GAPQGFYVLENDYSANSGTIHPTILCVYG LQKNGAD dentaria LTGTDLAAAQAANW VDAEG B52 KKTKFFLLGLAALAMTACNKDNEAEPWEGNATISV
VLKTSNPNRVFGVADDEAKVAKL7V VYNGEQQEAI ESAENATKIENIKCGAGQRTLWMANTGG ELAGKTL
AEVKALTTVLTEENQGATGLIMTAEPKAIVLKAGKNYI FimA AA GYDGAGEGNHIENAPLEIKRVHARMAFTEI VQMSAA de 105 NA YDNIYTFTPEKIYGLIAKKQSNLFGATLVNADANYLTG
P. gulas SLTTFNGAYTPTNYANVPWLSRDYVAPTAGAPQGFY B69 VLENDYSANSGTIHPTILCVYGKLQKNGADLTGTDLAA
AQAANWVDAEGKTYYPVLVNFNSNNYTYDNGYTPKN
KIERNHKYDIKLTITGPGTNNPENPITESAHLNVQCTV
AEWVLVGQNATW Secuencia de NGEQQEAIESAENATKIENIKCGAGQRTLWMANTGG polipépti- ELAGKTLAEVKALTTVLTEENQEATGLI TAEPKAIV dos LKAG YIGYDGAGEGNHIENAPLEI RVHARMAFTEI
106 de FimA NA KVQ SAAYDNIYTFTPEKIYGLIAKKQSNLFGATLVNA de DANYLTGSLTTFNGAYTPTNYANVPWLSRDYVAPTA GAPQGFYVLENDYSANSGTIHPTILCVYGKLQKNGAD P.circu LTGTDLAAAQAANW VDAEG entaria B97 WEGNATI SWLKTSNPNRAFGVADDEA VAKLTVMV YKGEQQEAIKSAENAIKVENIKCGAGSRTLW ANTG
GMELAGKTLAEVKALTTELTAENQEATGLIMTAEPVD FimA AA VTLVAGNNYYGYDGTOGGNQISQGTPLEIKRVHARIA de P. FTKIEVKMSESYVNKYNFTPENIYALVAKKKSNLFGTS
107 NA cangingi- LANSDDAYLTGSLTTFNGAYTPANYTHWW LGRGYT valis B98 APSN DAPQGFYVLESAYAQ N AGLRPTI LCVKG KLTKH DGTPLSSEEMTAAFNAGWIVANNDPTTYYPVLVNFES NNYTYTGDAVEKGKIVRNHKFDINLTITGPGTNNPENP ITESANLNVNCWAAWK Secuencia AXLTV VYNGEQQEAIXSAENATKXXXIKCXAGQRTL de WMA TGX EXXGKTLAEVKALTTXLTXENQEAXGLI
.10 polipépti- TAEPKXIVL AG NXIGYXGXGEGXHIENXPLXIXRV dos HARMAFTEIKVX SAAYDNIYTXXPEKIYGLIAKKQSN
108 NA de FimA LFGATLVNADANYLTGSLTTFNGAYTPXNYANVPWXS de RXYVAPXAXAPQGFYVLENDYSANXGTIHPTILCVYG KLQKNGADXXGXDLAXAQAANWVDAEG TYYPVXV P. salivo¬
N sa B104 Secuencia 15 de , NGEQQEAIESAENATKIENIKCGAGQRTLW ANTGG ELAGKTLAEVKALTTVLTEENQEATGLI TAEPKAIV polipépti- LKAGKNYIGYDGAGEGNHIENAPLEIKRVHAR AFTEI dos 109 NA KVQ SAAYDNIYTFTPEKIYGLIAKKQSNLFGATLV A de FimA DAN YLTGSLTTFNGAYTPTNYANVPWLSRDYVAPTA de O. GAPQGFYVLENDYSANSGTIHPTILCVYGKLQKNGAD denticanis LTGTDLAAAQAANW VDAEG 20 B106
Secuencia de KGEQQEAIKSAENAIKVENIKCGAGSRTLW ANTGG ELAGKTLAEV ALTTELTAENQEATGLI TAEPVDVT polipépti- LVAGNNYYGYDGTQGGNQISQGTPLEIKRVHARIAFT dos 110 NA KIEVK SESYVNKYNFTPENIYALVAKKKSNLFGTSLA de FimA NSDDAYLTGSLTTFNGAYTPANYTHWWLGRGYTAP de P. SNDAPQGFYVLESAYAQNAGLRPTILCVKGKLT HDG endodon- TPLSSEE TAAFNAGWIVANNDPT talis B 1 ACATTCGTTGGAGCTATTGCACTGAATGCAAGTGC
ACAGGAAAATACTGTACCGGCAACGGGTCAGTTAC
CCGCCAAAAATGTTGCTTTCGCTCGCAACAAAGCA
GGCAGCAATTGGTTCGTAACACTGCAGGGCGGTGT
TGCAGCGCAGTTCCTCAATGACAACAACAACAAAG
ATTTTGTAGACCGCTTGGGTGCTGCCGGCTCTATTT
CAGTTGGAAAATATCACAATCCATTCTTTGCAACCC
GTTTGCAAATTAACGGAGCTCAGGCACACACGTTC
CTTGGAAAAAATGCGGAACAAGAAATTAAGACCAAT
TTTGGCGCAGCTCACTTTGACTTCATGTTCGATGTG
GTTAATTACTTTGCGCCATATCGCGAAAATCGTTTC Secuencia TTCCATTTAATTCCATGGGTAGGTGTTGGTTACCAG de CATAAATTCATTGGCAGCAAATGGAGTAAAGACAAT polinucleó- GTCGAGTCTCTGACTGCCAATCTGGGTGTTATGAT
111 tidos NA GGCTTTCAGATTAGGAAAACGTGTAGACTTTGTGAT de oprF de CGAAGCACAAGCAGCACACTCCAATCTCAACTTAA GCCGTGCTTTCAATGCC AAGCCGACTCCTAFü 1 CC P. gulae AGGATCAGGAAGGACGTTATTACAATGGATTCCAA B43 GGAATGGCGACAGCAGGTCTTAACTTCCGCTTGGG
TGCTGTAGGCTTCAATGCCATCGAGCCCATGGACT
ACGCGCTTATCAACGATCTGAATGGTCAGATTAATC
GCCTGCGCAGAGAAGTCGAAGAACTCTCCAAGCGT
CCTGTATCATGTCCCGAATGCCCCGACX3TTACACC CGTTACCAAGACAGAAAACAAGCTAACCGAGAAGG
CTGTACTCTTCCGTTTCGACAGCTATGTTGTAGACA
AAGACCAGCTTATCAATCTGTATGACGTAGCTCAGT
TTGTAAAAGAAACCAACGAGCCGATTACTGTTGTAG
GCTATGCTGATCCTACGGGTGACACTCAGTACAAC
GAAAGATTGTCTGAGCGTCGCGCAAAAGCCG ACATTGGCCGGGGTTTACGCCCTTTCAGCCTCTGC TCAGCAGGAGAATATGCCACGAATGGGGCAGACTC
CCGCCAAGAATACCGCTTACGCTCGCTCTGAAGCC
GGTGACAATTGGTTTGTGACTTTGCAAGGAGGTGC
TGCTATGCAGTTTGGGAAAGGTAACGAGGATGCCG
ACTTCTTCGACCGCCAAACTGTTGCTCCCACTTTTG
CCGTAGGTAAATGGCACAATCCTTTCTTCGGGACC
AGATTGCAAATGGGCTTGGGGGTATCTCACGACTT
CTCGAACAACGAAGCGAAATCCAAGTTGGAGATGA
ACCACGCTCGCTATGCTAACGCACACTTTGACTTTA
TGTTTGATGTGATTAACTACTTCAAGCCCTACAGTG Secuencia AGGACCGCGTAT CCACCTTATTCCGTGGGTAGGT TTGGGTTACGATCACAAGTTTGAGAAAAACAGCAAC de TTCAAGGTGGATGCTCTTACAGCCAACGCCGGTTT polinucleó- GATGTTTGCTTTCCGTGTGATGGAGCGTATGGACA
112 tidos NA TTGTGTTGGAAAGCCAGGTAATGTATTCTGACTTCA de oprF de ACCTCAACACAGCTCTGCCCGAGCCTCGCTACACA P. cansulci GCTTGCTCCGGCATGCTCACTGCCGGTTTGAACTT B46 CCGTATAGGAAATATCGGATGGAGCGAGATCCTAC CAATGGATTGGGGCTTGGTAAATGACCTGAACGGA
CAAATCAACGCCATGCGTGCTAAGAACGCAGAGTT
GAGCAAGCGTCCCGTTTCTTGCCCCGAATGCCCGG
AAGTTGAGCCTCGTGTAGAGCGTATCAATATGCTTT
CGGACAAGTCTGTTCTTTTCCGTGCCGGCAAGACA
ACTGTAGACAGCGATCAAATGGTAACGATCTTCGA
CGTAGCTCAGTTTGCAAAGAAGAATGGCACACAGA
TCACCGTTACAGGCTATGCAGACAAGAAGGGCAAA
GAAAGCGATCGCACCTCTGAACTTCGTGCAAAAGC
CGTAGCCAAGATTCTCACCGACAAGTACGGTGTAC
CTT TCTATAATGGGAGCTACAGCACTCTCCGCGAGTGC TCAACAATCTACGACACCTGAGACTCAAACTTTGCC
AGCTCGCAAGACGGCTTTTGACCGTTCCGCGGGTC
ACTGGTTCTTGACTCTACAGGGTGGTGTAAATGCA
CAGTTTTTGGMGAAAACGAGTCTCAAGACATCGTA
AATCGTCTCCGTGTGATGCCAACTCTTTCTTTAGGA
AAGTGGCACAATCCCTATTTTGCAACCCGTTTGCAA
GTTTTTGGGGGGCCAACCCCTACTTACTACAAGGA
GGTTTCTGGGGAGGTTAAGACCCTAAATACCGCCA
TGGCTGGAGCTCACTTTGATTTTATGTTTGATGTAG Secuencia TAAACTTCTATGCAAAGTATAATCCTAAACGAGTATT de CCATTTGATTCCTTGGTTCGGTGTGGGATATGGTTT
CAAATACTATAACGATTTTGCTGATTTAGCTGATAT polinucleó- GATTCAGTTTAATGAACCCTTCCGTCACTCAGCAAC tidos 1 13 NA TGCGAATGCTGGTTTGATGATGAGTTTTCGCTTGG de oprF de CAAAACGTTTGGATTTGGTTCTGGAAGGGCAGGCT P. circum- ATATATTCTAACTTGAATATTGTAAAGCAAGAGATA dentaria GATTATAAAGCCCCCATTATGCCCTATTCAAATATC B52 TACAACGGATTGACAGGTGTCGTTACTGCAGGTCT CAACTTTAATCTCGGTCGTGTTGCTTGGGAGTCCG
TAACTCCTATGGATATGGATCTTATTAATGACCTAA
ACGGACAAATTAACCGTTTGCGTTCTGAGAATACAG
AGTTGAGAAAACGTCCAGTTTCTTGCCCAGAATGTC
CTGAAGTTACTGCAgAGACGGAAGTAGTTACTGAAA ACGTTTTAGGTGATAAGGCGATTGTTTTCAAGTTTA
ATAGCGCAACTATTGACAAAGATCAACACATTGTTT
TGCAGGATATCGCTGACTTTGTTAAAGATGGCAACA
AAGCTATTGTTGTAATAGGCTTCGCAGATACAACAG GTGATATTAATTACAATATGCATT
ACATTCGTTGGAGCTATTGCACTGAATGCAAGTGC ACAGGAAAATACTGTACCGGCAACGGGTCAGTTAC
CCGCCAAAAATGTTGCTTTTGCCCGCAATAAAGCA
GGCGGCAATTGGTTTGTAACACTGCAAGGTGGTGT
TGCAGCACAGTTCCTTAATGACAACAACAACAAAGA
TCTAGTAGACCGCTTAGGAGCTACCGGATCTATCT
CCGTTGGAAAATATCACAATCCATTCTTTGCGACTC
GTTTGCAAATTAACGGAGGTCAAGCACACACGTTC
CTTGGGAAGAATGCGGAACAAGAAATTAACACCAA
TTTTGGAGCAGCTCACTTTGACTTCATGTTCGATGT
GGTTAACTACTTTGCGCCATATCGCGAAAACCGTTT Secuencia CTTCCATTTAATTCCATGGGTAGGTGTTGGTTACCA de ACACAAATTCATCGGTAGCGAATGGAGTAAAGACA polinucleó- ACGTCGAGTCGCTGACCGCAAACATGGGTGTTATG
114 tidos de NA ATGGCTTTCAGATTAGGGAAGCGCGTGGACTTTGT oprF de GATCGAAGCACAAGCTGCTCACTCCAATCTTAATTT AAGTCGCGCATTCAATGCCAAGAAAACTCCTATTTT P. gulae CCACGATCAAGAAGGTCGCTATTACAATGGATTCC B69 AAGGAATGGCTACAGCGGGTCTTAACTTCCGCTTA
GGTGCTGTTGGCTTCAATGCCATCGAGCCAATGGA
CTACGCGCTTATCAACGATCTGAATGGTCAGATTAA
CCGTTTGCGCAGAGAAGTTGAAGAGCTCTCTAAGC
GTCCTGTATCATGCCCCGAATGTCCCGATGTAACA
CCCGTTACTAAGACAGAAAACAAGCTAACCGAGAA
GGCTGTACTCTTCCGCTTCGACAGCTATGTTGTAG
ACAAAGACCAGCTGATCAATCTGTATGACGTTGCTC
AGTTCGTAAAAGAAACTAACGAACCGATTACCGTTG
TAGGTTATGCCGATCCTACGGGCAGCACTCAGTAC
AACGAAAGATTGTCTGAGCGTCGCGCAAAAGCCG
TCTGTTATGGGAGCTACAGCACTCACAGTTAGTGC TCAGCAACCTACTACACCTGAGACTCAGACATTGC
CTGCTCATAAGACGGCTTTTGACCGTTCTGCAGGA
CATTGGTTCTTGACTCTCCAAGGTGGAGTTAGTGCT
CAATTTTTAGAAGAAAATGAAAGTCAAGAAATCTTG
AATCGTCTTCATGTTATGCCTACAATCTCTTTAGGC
AAGTGGCACAATCCTTATTTTGCAACTCGTTTGCAA
GTGTTCGGAGGTCCTACTCCTACTTTTTATAAGAAT
GCTGCTGGTAAGGTGATGAAGGAAAATGCGGCTAT
GGCTGGGGCTCACTTTGACTTTATGTTTGATGTTGT Secuencia GAACTACTTTGGTAAGTATAATCCAAAGAGAGTCTT de TCATCTTGTGCCTTGGTTCGGTGTTGGATATGGCTT TAAATACCATAATGATTTCGCCGAAATGAGTGATAT polinucleó- CATTAAGTTTAATGAGCCTTATCGCCATTCAGCAAC tidos 1 15 NA AGCGAATGCAGGGTTGATGATGAGTTTCCGCTTAG de oprF de CAAAACGTCTTGATTTAGTGCTTGAAGGACAGGCTA P.circumd TATATTCTAATTTGAATATTGTTAAGCAAGAAATTGA entaria TTATAAAGCTCCTTCTACTCCTTATTCTCCAAATTAT B97 AATGGGCTTTTGGGAGTTGTTACAGCAGGTCTTAA CTTTAATCTTGGTCGTGTTGCTTGGGAGACTGTTAC
TCCCATGGATATGGATTTGATTAATGATCTTAATGG
TCAAATCAATCGTTTGCGTTCTGAGAATACTGAGTT
GAGAAAACGTCCTGTTTCTTGTCCTGAATGCCCAG
AAGTTTCTAAAGAAACAACTGTAGTTACAGAAAATG
TATTGGGAGACAAAGCTATTGTTTTCAAATTTAATA
GTGCAACTATCAGCAAAGATCAACATATTGTTTTGC
AAGACATTGCGGACTTTGTTAAGAATGGAAATAAGG
GGGTTGCCGTGATAGGTTTCGCAGATGTAACAGGA
GATGCCAATTACAATATGCAAC
GGTGGAGTTAGTGCTCAATTTTTAGAAGAAAATGAA AGTCAAGAAATCTTGAATCGTCTTCATGTTATGCCT
ACAATCTCTTTAGGCMGTGGCACAATCCTTATTTT
GCAACTCGTTTGCAAGTGTTCGGAGGTCCTACTCC
TACTTTTTATAAGAATGCTGCTGGTAAGGTGATGAA
GGAAAATGCGGCTATGGCTGGGGCTCACTTTGACT
TTATGTTTGATGTTGTGAACTACTTTGGTAAGTATAA
TCCAAAGAGAGTCTTTCATCTTGTGCCTTGGTTCGG
TGTTGGATATGGCTTTAAATACCATAATGATTTCGC Secuencia CGAAATGAGTGATATCATTAAGTTTAATGAGCCTTA de TCGCCATTCAGCAACAGCGAATGCAGGGTTGATGA polinucléo- TGAGTTTCCGCTTAGCAAAACGTCTTGATTTAGTGC tidos 116 NA TTGAAGGACAGGCTATATATTCTAATTTGAATATTGT de oprF de TAAGCAAGAAATTGATTATAAAGCTCCTTCTACTCC P.cangingi TTATTCTCCAAATTATAATGGGCTTTTGGGAGTTGT valis TACAGCAGGTCTTAACTTTAATCTTGGTCGTGTTGC B98 TTGGGAGACTGTTACTCCCATGGATATGGATTTGAT TAATGATCTTAATGGTCAAATCAATCGTTTGCGTTC
TGAGAATACTGAGTTGAGAAAACGTCCTGTTTCTTG
TCCTGAATGCCCAGAAGTTTCTAAAGAAACAACTGT
AGTTACAGAAAATGTATTGGGAGACAAAGCTATTGT
TTTCAAATTTAATAGTGCAACTATCAGCAAAGATCA
ACATATTGTTTTGCAAGACATTGCGGACTTTGTTAA
GAATGGAAATAAGGGGGTTGCCGTGATAGGTTTCG
CAGATGTAACAGGAGATGCCAATTACAATATGCAAC
CATTGGTTCTTGACTCTCCAAGGTGGAGTTAGTGCT CAATTTTTAGAAGAAAATGAAAGTCAAGAAATCTTG
AATCGTCTTCATGTTATGCCTACAATCTCTTTAGGC
AAGTGGCACAATCCTTATTTTGCAACTCGTTTGCAA
GTGTTCGGAGGTCCTACTCCTACTTTTTATAAGAAT
GCTGCTGGTAAGGTGATGAAGGAAAATGCGGCTAT
GGCTGGGGCTCACTTTGACTTTATGTTTGATGTTGT
GAACTACTTTGGTAAGTATAATCCAAAGAGAGTCTT
TCATCTTGTGCCTTGGTTCGGTGTTGGATATGGCTT
TAAATACCATAATGATTTCGCCGAAATGAGTGATAT
CATTAAGTTTAATGAGCCTTATCGCCATTCAGCAAC
AGCGAATGCAGGGTTGATGATGAGTTTCCGCTTAG Secuencia CAAAACGTCTTGATTTAGTGCTTGAAGGACAGGCTA de TATATTCTAATTTGAATATTGTTAAGCAAGAAATTGA
1 17 de oprF de NA TTATAAAGCTCCTTCTACTCCTTATTCTCCAAATTAT P. salivosa AATGGGCTTTTGGGAGTTGTTACAGCAGGTCTTAA B104 CTTTAATCTTGGTCGTGTTGCCTGGGAGACTATTAC
TCCCATGGATATGGATTTGATTAATGATCTTAATGG
TCAAATCAATCGTTTGCGTTCTGAGAATACTGAGTT
GAGAAAACGTCCTGTTTCTTGTCCTGAATGCCCAG
AAGTTTCTAAAGAAACAACTGTAGTTACAGAAAATG
TATTGGGAGACAAAGCTATTGTTTTCAAATTTAATA
GTGCAACTATCAGCAAAGATCAACATATTGTTTTGC
AAGACÁTTGCGGACTTTGTTAAGAATGGAAATAAGG
GGGTTGCCGTGATAGGTTTCGCAGATGTAACAGGA
GATGCCAATTACAATATGCAACTTTCTGAACGTCGT
GCTAAGGCTGTTGCGGAAGCTCTTGTGAATCAATT C
GCTCATAAGACGGCTTTTGACCGTTCTGCAGGACA TTGGTTCTTGACTCTCCAAGGTGGAGTTAGTGCTCA
ATTTTTAGAAGAAAATGAAAGTCAAGAAATCTTGAA
TCGTCTTCATGTTATGCCTACAATCTCTTTAGGCAA
GTGGCACAATCCTTATTTTGCAACTCGTTTGCAAGT
GTTCGGAGGTCCTACTCCTACT1IIIATAAGAATGC TGCTGGTAAGGTGATGAAGGAAAATGCGGCTATGG
CTGGGGCTCACTTTGACTTTATGT TGATGTTGTGA
ACTACTT GGTAAGTATAATCCAAAGAGAGTCTTTC
ATCTTGTGCCTTGGTTCGGTGTTGGATATGGCTTTA Secuencia AATACCATAATGATTTCGCCGAAATGAGTGATATCA de TTAAGTTTAATGAGCCTTATCGCCATTCAGCAACAG CGAATGCAGGGTTGATGATGAGTTTCCGCTTAGCA polinucleó- AAACGTCTTGATTTAGTGCTTGAAGGACAGGCTATA tidos 118 NA TATTCTAATTTGAATATTGTTAAGCAAGAAATTGATT de oprF de ATAAAGCTCCTTCTACTCCTTATTCTCCAAATTATAA O. denti- TGGGCTTTTGGGAGTTGTTACAGCAGGTCTTAACTT canis TAATCTTGGTCGTGTTGCTTGGGAGACTGTTACTCC B106 CATGGATATGGATTTGATTAATGATCTTAATGGTCA AATCAATCGTTTGCGTTCTGAGAATACTGAGTTGAG
AAAACGTCCTGTTTCTTGTCCTGAATGCCCAGAAGT
TTCTAAAGAAACAACTGTAGTTACAGAAAATGTATT
GGGAGACAAAGCTATTGTTTTCAAATTTAATAGTGC
AACTATCAGCAAAGATCAACATATTGTTTTGCAAGA
CATTGCGGACTTTGTTAAGAATGGAAATAAGGGGG
TTGCCGTGATAGGTTTCGCAGATGTAACAGGAGAT
GCCAATTACAATATGCAACTTTCTGAACGTCGTGCT
AAGGCTGTTGCGGAAGCTCTTGTGAATCAATTCGG
AGTTCCTTCTGATATGATTT
TCAGCACTGGGGGCTTTGGCACTTACAGCTAGTGC TCAACAAACTACGAAACCAGCGAATAGTATGCCCG
CATTCAAGACTGCATTTGAACGCAGCGGCGGTCAT
TGGTTTCTGACAATTCAGGGTGGCCTGAGTGCTCA
ACTTTTGGGTGAAAATGAAAAGATGGACTTTGGCAA
GCGTCTGCTACATGCTGCCAAGGCCAGTGACAACA
CCCAAACAGAGGCTAGCTACCTACGCATCATGCCC
ACGCTCTCTGTAGGTAAATGGCATAATCCCTACTTT
GCTACTCGTGTACAGCTCTTCGGTGGTCTCACTCC
TCTCTACAATACTGAGGGTGGCGTTAATGTACACAC Secuencia CTACAACACTGCCACGATCGGTGCCCACTATGATT de TCATGTTTGATGTAGTAAACTATTTCGCCAAGTACA ACCCCAAACGTTTCTTCCACGTAATTCCTTGGGTGG polinucleó- GTCTTGGTTACAACTTCAAGTATCATGATGTATTTG tidos 119 NA GATTCAAGGAGCCCTATCGTCACTCTGTCACAGGT de oprF de AACGCAGGCATGGAGTTTGCTTTCCGCCTCGGTAA P.endodon GCGTGTAGACCTTGTACTCGAAGCTCAGGTAGTGT talis ACAACAACCTGAACCTGATCAAGCAGGAAGTCGAC B114 TACGATGTAGTCACTACTCCCTATGTACCTGCTGAT ACATACGCTGGTCTTATGACCATGTTTACTGCTGGT
CTTAACTTCMTCTGGGCAAGGTTGAGTGGGAAAC
TGTTGAGCCGATGGACTACCAGCTCATAAACGACT
TGAACTCTCAGATCAGCCGTCTACGTAGCGAAAAC
GCAGAGCTTTCCAAGCGTCCTGCTTTCTGCCCCGA
GTGTCCCGAAGTAGAGGAAGTAGAAGATGTTGTTG
TTGACCAGTATGTCCTCACCGACAAGGCTATCCTCT
TCGACTTTGACAAGAGCAACATCCGCAAGGACCAA
CAAGCTCAGCTTGGTATGATTGCTGAATTCGTGAA
GAAGTACAATACGCCTATCGTGGTAGTAGGCTATG
TFVGAIALNASAQENTVPATGQLPAKNVAFARNKAGS
Secuencia NWFVTLQGGVAAQFLNDNNNKDFVDRLGAAGSISVG de YHNPFFATRLQINGAQAHTFLGKNAEQEI TNFGAA HFDF FDWNYFAPYRENRFFHLIPWVGVGYQHKFIG polipépti- SKWSKDNVESLTANLGVMMAFRLGKRVDFVIEAQAA dos 120 NA HSNLNLSRAFNAKPTPIFQDQEGRYYNGFQGMATAG de OprF LNFRLGAVGFNAIEPMDYALINDLNGQINRLRREVEEL de SKRPVSCPECPDVTPVTKTENKLTEKAVLFRFDSYW P. gulae DKDQLINLYDVAQFVKETNEPITWGYADPTGDTQYN B 3 ERLSERRAKAWDVLTG YGVPSELISVEWKGDTTQP FN KKAW N
TLAGVYALSASAQQENMPRMGQTPAKNTAYARSEA
GDNWFVTLQGGAA QFGKGNEDADFFDRQTVAPTF Secuencia AVGKWHNPFFGTRLQMGLGVSHDFSNNEAKSKLEM de NHARYANAHFDFMFDVINYFKPYSEDRVFHLIPW VGL polipépti- GYDHKFEKNSNFKVDALTANAGL FAFRVMERMDIV
121 dos de NA LESOVMYSDFNLNTALPEPRYTACSGMLTAGLNFRIG OprF de NIGWSEILP DWGLVNDLNGQINAMRAKNAELSKRP VSCPECPEVEPRVERIN LSDKSVLFRAGKTTVDSDQ P. can- MVTIFDVAQFAKKNGTQITVTGYADKKGKESDRTSEL sulci B46 RAKAVAKILTDKYGVPSDRISIEWKGVSEQVYDNRDW NRW
SIMGATALSASAQQSTTPETQTLPARKTAFDRSAGH Secuencia WFLTLQGGVNAQFLEENESQDIVNRLRVMPTLSLGK de WHNPYFATRLQVFGGPTPTYYKEVSGEVKTLNTA A GAHFDFMFDWNFYA YNPKRVFHLIPWFGVGYGFK polipépti- YYNDFADLADMIQFNEPFRHSATANAGLMMSFRLAK dos de 122 NA RLDLVLEGQAIYSNLNIVKQEIDYKAPIMPYSNIYNGLT
OprF de GWTAGLNFNLGRVAW ESVTPMDMDLINDLNGQINR P. circum- LRSENTELRKRPVSCPECPEVTAETEWTENVLGDKA dentaria IVFKFNSATIDKDQHIVLQDIADFVKDGNKAIWIGFAD B52 TTGDINYN HLSERRAKAVAEALVN FGVSSDMISVE WQGETEQFNPRAWN TFVGAIALNASAQENTVPATGQLPA NVAFARNKAGG NWFVTLQGGVAAQFLNDNNNKDLVDRLGATGSISVG Secuencia KYHNPFFATRLQINGGQAHTFLGKNAEQEINTNFGAA HFDFMFDWNYFAPYRENRFFHLIPWVGVGYQH FIG de SEWSKDNVESLTANMGVMMAFRLGKRVDFVIEAQAA de OprF 123 NA HSNLNLSRAFNAKKTPIFHDQEGRYYNGFQGMATAG de P. LNFRLGAVGFNAIEPMDYALINDLNGQINRLRREVEEL gulae SKRPVSCPECPDVTPVTKTENKLTEKAVLFRFDSYW B69 DKDQLINLYDVAQFVKETNEPITWGYADPTGSTQYN ERLSERRAKAWDVLTGKYGVPSELISVEW KGDSTQ PFNKKAW N Secuencia SVMGATALTVSAQQPTTPETQTLPAHKTAFDRSAGH de WFLTLQGGVSAQFLEENESQEILNRLHV PTISLGKW polipépti- HNPYFATRLQVFGGPTPTFYKNAAGKV ENAAMAG AHFDFMFDWNYFGKYNPKRVFHLVPWFGVGYGFKY dos HNDFAEMSDIIKFNEPYRHSATANAGLMMSFRLA RL de OprF 124 NA DLVLEGQAIYSNLNIVKQEIDY APSTPYSPNYNGLLG de WTAGLNFNLGRVAWETVTPMDMDLINDLNGQINRLR de SENTELRKRPVSCPECPEVSKETTWTE VLGDKAIV P.circumd FKFNSATISKDQHIVLQDIADFVKNGNKGVAVIGFADV entaria TGDANYN QLSERRAKAVAEALVNQFGVPSD ISVE
B97 WOGETELFEARAWN Secuencia GGVSAQFLEENESQEILNRLHVMPTISLGKWHNPYFA de TRLQVFGGPTPTFYKNAAGKVM ENAA AGAHFDF polipépti- MFDWNYFG YNPKRVFHLVPWFGVGYGFKYHNDF dos AEMSDIIKFNEPYRHSATANAGLM SFRLAKRLDLVL
125 de OprF NA EGQAIYSNLNIVKQEIDYKAPSTPYSPNYNGLLGWTA de GLNFNLGRVAWETVTP DMDLINDLNGQINRLRSEN TELRKRPVSCPECPEVSKETTWTENVLGDKAIVFKF P.cangingi NSATISKDQHIVLQDIADFVKNGNKGVAVIGFADVTGD valis ANYNMQLSERRAKAVAEALVNQF B98 HWFLTLQGGVSAQFLEENESQEILNRLHVMPTISLGK Secuencia WHNPYFATRLQVFGGPTPTFY NAAGKV ENAA de AGAHFDFMFDWNYFGKYNPKRVFHLVPWFGVGYG polipépti- FKYHNDFAE SDIIKFNEPYRHSATANAGLMMSFRLA
126 dos de NA KRLDLVLEGQÁIYSNLNIVKQEIDYKAPSTPYSPNYNG OprF de LLGWTAGLNFNLGRVAWETITPMDMDLINDLNGQIN P. salivosa RLRSENTELRKRPVSCPECPEVSKETTWTENVLGDK AIVFKFNSATISKDQHIVLQDIADFVKNGNKGVAVIGFA B104 DVTGDANYNMQLSERRAKAVAEALVNQF
AHKTAFDRSAGHWFLTLQGGVSAQFLEENESQEILN Secuencia RLHVMPTISLGKWHNPYFATRLQVFGGPTPTFY NAA de 10 G VMKENAAMAGAHFDFMFDWNYFGKYNPKRVFH polipépti- LVPWFGVGYGFKYHNDFAEMSDIIKFNEPYRHSATAN dos de AGLM SFRLA RLDLVLEGQAIYSNLNIVKQEIDY AP 127 NA OprF de STPYSPNYNGLLGWTAGLNFNLGRVAWETVTPMDM O. denti- DLINDLNGQINRLRSENTELRKRPVSCPECPEVSKET TWTENVLGDKAIVFKFNSATISKDQHIVLQDIADFVKN canis GNKGVAVIGFADVTGDANYN QLSERRAKAVAEALV B106 NQFGVPSDMISVEWQGET 15 SALGALALTASAQQTTKPANS PAFKTAFERSGGHW Secuencia FLTIQGGLSAQLLGENEKMDFGKRLLHAAKASDNTQT de EASYLRIMPTLSVGKWHNPYFATRVQLFGGLTPLYNT EGGVNVHTYNTATIGAHYDFMFDWNYFAKYN PKRF polipépti- FHVIPWVGLGYNFKYHDVFGFKEPYRHSVTGNAG E dos 128 NA FAFRLGKRVDLVLEAQWYNNLNLIKQEVDYDWTTP de OprF YVPADTYAGLMTMFTAGLNFNLG VEWETVEPMDYQ de P. 20 LINDLNSQISRLRSENAELSKRPAFCPECPEVEEVEDV endodon- WDQYVLTDKAILFDFDKSNIRKDQOAQLGMIAEFVKK talis B 14 YNTPIVWGYADPTGKSKYNMELSKRRAQAWNELTN RHGVPADLIT EWEGATN FTPPTAWN
Fragmento de polipéptido de 129 FimA dé NA ACNKDNEAEPW P. gulae B43 secuencia n° 1 Fragmento de polipéptido de 130 FimA de NA YPVLVNFESNNYTYTGDAVEK
P. gulae B43 secuencia n° 2 Fragmento de polipéptido de 131 FimA de NA TGPGTNNPENPITESA P. gulae B43 secuencia n° 3
Fragmento de polipéptido de 132 OprF de NA NDNNNKDFVDRLGA P. gulae B43 secuencia n° 1 Fragmento de polipéptido de 133 OprF de NA DLNGQINRLRREVEELSKRPVSCPECPDV
P. gulae B43 secuencia n° 2 Fragmento de polipéptido de 134 OprF de NA ADPTGDTQYNERLSERRAKAV P. gulae B43 secuencia n° 3
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 138 NA AAGTCCCATMCGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG
16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de 0. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC
B107 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG
TGAATAC
CACGCCGTTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGA
TAAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT Secuencia CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG de AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA polinucleó- TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC tidos 139 NA ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG
16S ARNr GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG de 0. TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT denticanis GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG
B113 TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTC GCAACTC CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGC CTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 140 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG
16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de 0. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC B126 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG
TGAATAC
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT
AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 141 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG
16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de 0. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC
B129 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG
TGAATAC CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA
Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 142 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG 16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de O. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC
B135 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCCACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTGCGG
TGAATACGTT
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT
AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos de 143 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG ARNr 20 CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de O. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC B140165 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG
TGAATAC CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT Secuencia CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG de AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA polinucleó- TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC tidos 144 NA ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG 16S ARNr GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG de O. TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT denticanis <3CCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG B150 TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC
ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTC
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT
AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT Secuencia CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG de AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT
TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA polinucleó- TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC tidos 145 NA ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG 16S ARNr GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG de O. TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT denticanis GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG B151 TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC
ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTC
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG Secuencia AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT de TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA polinucleó- TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC tidos ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG
146 NA 16S ARNr GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG de O. TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG denticanis TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC B152 ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT
ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG
TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAA
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGTGCTCTATGCGA
TAAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
TGCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG Secuencia AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT de TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTANAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC polinucleó- ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG tidos 147 NA GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG
16S ARNr TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT de O. GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG denticanis TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC B155 ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG
TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTG
CGGGT CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 148 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG 16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de O. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC
B163 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCCCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTGCGG
TCAAT
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT Secuencia AAGACAGTATGGGGCTAATACGAAATAATTAAGTGA
de GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT polinucleó- CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG tidos AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT 149 NA 16S ARNr TACCCGGGTTTAAATGTATGTNGCATTATGTAGAAA de O. TACGTATTTTCTTNGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTNGTGCCGTGAGGTGTCNGG denticanis TTAAGTNCCATAACNAGCGCAACCCTTATGATTAGT B171 20 TGCTAACGGTTCAAGCCNANCACTCTATTCACACT
CACGCCGTAAACGATGCTCCCGGCTCTATGCGATA AGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTNGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCNGGTT tidos 150 NA AAGTNCCATAACNAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG
16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCNAGCACTCTATTCACACTGN de O. CNCCGTAAGGTGCNAGGAANGAGGGGATGATGTN denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATNCGGGGCTACACAC B172 TTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGNCTCAGT
TCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTT
GGATTCGCTAGTNATCGCACATNACCCATGGTGCN
GNGAATAC
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT
AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA Secuencia AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA de CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA polinucleó- CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT tidos 151 NA GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT
16S ARNr MGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG de O. CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC denticanis CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC B174 AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC
GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTC CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATANGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCNCACAAGCGGAGG Secuencia AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT de TACCCGGGTTTAAATGTATGTNGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTNGGAACTGCATACAAGGTGCTGC polinucleó- ATGGTTGTCGTCAGCTCNTGCCGTGAGGTGNCGG tidos 152 NA GTTAAGTNCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG
16S ARNr TTGCTMCGGTTCAAGCCNAGCACTCTATTCACACT de O. GTCNCCGTAAGGTGCNAGGAANGAGGGGATGATG denticanis TNAAATCAGCACGGCCCTTATATTCGGGGCTACAC B183 ACNTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGNATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGNCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCNACTCCATGAAN
GTTGGATTCCTAGTAATCGNACATNAACCATGGTG
CGGTGAATAC
CACCGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTAGGAGG
TATCGACCCCTTCTGTGCCGTCGCAAACGCAATAN
GTATTCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAA
ACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAG Secuencia TGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGA de ACCTTACCAGGGCTTGACATCCTCTGACCGGCTTA GAGATAAGCCTTCCCTTCGGGGCAGAGAGACAGGT polinucleó- GGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATG tidos 153 NA TTCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGCAACCCCTATG
16S ARNr GTCTGTTACCAGCATTGAGTTGGGGACTNANACAA de O. GACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGAC denticanis GACGTNAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCT B264 ACACACGTACTACAATGGCTACAACAGAGGGCAGC GACACCGCNAGGTGAAGCGAATCCCGAAATGTAAT
CCCANTTCGGATTGCANGCTGCAACTNGNCTGCAT
GAAGTCGGAATTGCTAGTAATGGCAGGTCANGCAT
ACTGCCGTGAATAC ACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGATA AGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 154 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG
16S ARNr CTMCGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de 0. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC B265 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTGCGG
TGAATAC
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT
AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG Secuencia AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT de TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGMCTGCATACAAGGTGCTGC polinucleó- ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG tidos 155 NA GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG
16S ARNr TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT de 0. GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG denticanis TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC B267 ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG
TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTG
CGGTGAATA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG Secuencia AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT de TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC polinucleó- ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG tidos 156 NA GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG
16S ARNr TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT de O. GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG denticanis TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC B269 ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG
TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTG
CGGTGAATA
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT
AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTrAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 157 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG
16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de O. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC B363 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG
TGAATAC CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 158 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG
16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de 0. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC B365 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG
TGAATAC
CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT
AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG
CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA Secuencia CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA de CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT polinucleó- GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT tidos 159 NA AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG
16S ARNr CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC de 0. CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC denticanis AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC B366 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT
CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG
GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG
TGAATAC CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG Secuencia AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT de TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC polinucleó- ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG tidos 160 NA GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG
16S ARNr TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT de O. GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG denticanis TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC B368 ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG
TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTG
CGGTGAATAC
CACCGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGA
TAAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG Secuencia AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT de TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC polinucleó- ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG tidos 161 NA GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG
16S ARNr TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT de 0. GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG denticanis TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC B456 ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG
TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTG
CGGTGAATAC CACCGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGA TAAGACAGTATGGGGCTMTAGAAATAATTAAGTGA
GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG Secuencia AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT de TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC polinucleó- ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG tidos 162 NA GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG
16S ARNr TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT de O. GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG denticanis TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC B457 ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA
GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG
TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTG
CGGTGAATA
CGCACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGAT
ACACGGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATT
CCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTC
AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGA Secuencia ACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTT de ACCCGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAM CGGTATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCA polinucleó- TGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCT tidos B381 163 NA TAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTT 16S ARNr GCCATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTG de O. CCGTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGT denticanis CAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACA CGTGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACAC
GGCGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAG
TTCGGATCGAAGTCTGCMCCCGACTTCGTGAAGC
TGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGC
GGTGAATA CATGTAAACGANGAATACTNGCTGTTTGCGATACAC GGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCAC
CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAG
GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACAT
Secuencia GTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACC de CGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAAACGG TATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCATGG polinucleó- TTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAA tidos 164 NA GTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTGC 16S ARNr CATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTGCC de 0. GTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA denticanis AATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACG
B401 TGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACACGG CGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAGTT
CGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTG
GATTCGCTAGTAATCGCGCATNAGCCACGGCGCG
GTGAATA
ACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATACAC
GGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCAC
CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACAT Secuencia GTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACC de CGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAAACGG TATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCATGG polinucleó- TTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAA tidos 165 NA GTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTGC 16S ARNr 20 CATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTGCC de 0. GTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA denticanis AATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACG B4 7 TGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACACGG CGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAGTT
CGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTG
GATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCG
GTGAATA CNCACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTT GCGATACACGGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAA
GTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGA
AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG Secuencia GAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGG de AACCTTACCCGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACC GGAAACGGTATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTG polinucleó- CTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGT tidos 166 NA CGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCT
16S ARNr TTAGTTGCCATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGA de O. GACTGCCGTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGAT denticanis GACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCT B418 ACACACGTGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGC TACACGGCGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCT
CTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGT
GAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCAC
GGCGCGGTGAATA
CGCACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGAT
ACACGGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATT
CCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTC
AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGA Secuencia ACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTT de ACCCGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAAA polinucleó- CGGTATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCA tidos TGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCT
167 16S ARNr NA TAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTT de GCCATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTG
O. dentiCCGTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGT CAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACA canis CGTGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACAC B421 GGCGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAG
TTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGAC'ITCGTGAAGC TGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGC
GGTGAATA ACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATACAC GGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCAC
CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAG
GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACAT Secuencia GTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACC de CGGGCTTAAATTGCGCTGGC I I I I ACCGGAAACGG TATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCATGG polinucleó- TTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAA tidos 168 NA GTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTGC 16S ARNr CATCAGG I I I I GCTGGGGACTCTAAAGAGACTGCC de 0. GTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA denticanis AATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACG B422 TGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACACGG CGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAGTT CGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTG GATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGGGCG GTGAATAC 16S 169 D0134 GAGTTTGATCCTGGCTCAGG ARNr
Nota: Los nucleótidos de caso inferior no se presentan en la secuencia de ADN diana. Se agregan a la región 5' del cebador para auxiliar en la clonación. NA, No aplicable Los siguientes aislamientos periodontales de animales domésticos se depositaron en American Type Culture Collection (ATCC), 10801 University BIvd., Ma-nassas, VA, 20110, EE. UU„ el 9 de agosto de 2001: P. gulae B43 (PTA-3618), P. cansulci B46 (PTA-3619), P. circumdentaria B52 (PTA-3620), P. gulae B69 (PTA- 3621), P. circumdentaria B97 (RTA3622), P. cangingivalis B98 (PTA-3623), P. salivosa B104 (PTA-3624), O. denticanis B106 (PTA-3625) y P. endodontalis B 114 (PTA-3626). En una modalidad preferida de la invención, una molécula de polinucleótido aislado de la presente invención tiene una secuencia de nucleótidos seleccionada en-tre el grupo que consiste en los N° ID SEC: 86 a 102 y 111 a 1 19. Los polipéptidos preferidos de la presente invención poseen secuencias de aminoácidos seleccionadas entre el grupo que consiste en los N° de ID SEC: 103 a 1 10 y 120 a 128. CLONACIÓN DE SECUENCIAS DE NUCLEÓTIDOS DE PORPHYROMONAS Existen varios métodos o técnicas conocidas que se pueden usar para las secuencias de nucleótidos de Porphyromonas de la presente invención. Por ejemplo, las secuencias se pueden aislar como fragmentos de restricción y clonarse en vectores de clonación y/o expresión, las secuencias se pueden ampliar por PCR y clonar en vectores de clonación y/o expresión o las secuencias se pueden clonar mediante una combinación de estos dos métodos. Las técnicas de biología molecular estándar conocidas en el campo técnico y no específicamente descritas pueden en general seguirse tal como se describe en Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor La-boratory Press, Nueva York (1989); Ausubel et al., Current Protocols ¡n Molecular Bio-logy, John Wiley and Sons, Baltimore, Maryland (1989); Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning, John Wiley & Sons, Nueva York (1988); Watson et al., Recombi-nant DNA, Scientific American Books, Nueva York; Birren et al (eds) Genome Analy-sis: A Laboratory Manual Series, Vols. 1-4 Cold Spring Harbor Laboratory Press, Nue- va York (1998); y la metodología expuesta en las patentes estadounidenses n° 4.666.828; 4.683.202; 4.801.531 ; 5.192.659 y 5.272.057. La reacción en cadena por la polimerasa (PCR) en general se lleva a cabo tal como se describe en PCR Protocols: A Cuide To Methods And Applications, Academic Press, San Diego, CA (1990). Los ejemplos de métodos útiles para clonar y secuenciar los polinucleó-tidos de la presente invención se proveen en el Ejemplo. POLIPÉPTIDOS Y PROTEÍNAS CODIFICADOS CON fimA Y oprF La presente invención abarca el uso de los sistemas de expresión proca-riótica y eucariótica, incluyendo vectores y células hospedantes, que se pueden utilizar para expresar formas truncadas y de longitud total (proteína nativa) de los polipéptidos recombinantes expresados por las secuencias de nucleótidos de la presente invención. En una modalidad preferida de la invención, una molécula de polinucleó-tido aislado de la presente invención tiene una secuencia de nucleótido seleccionada entre una de las secuencias de los N° de ID SEO: 95 a 102 y 11 1 a 1 19 o sus variantes degeneradas; y codifica un polipéptido seleccionado entre las secuencias de aminoácidos de los N° de ID SEC: 103 a 1 10 y 120 a 128, respectivamente. Se puede utilizar una variedad de sistemas de vector de expresión del hospedante para expresar los polipéptidos de la presente invención. Dichos sistemas de expresión del hospedante también representan vehículos mediante los cuales las secuencias codificantes de interés se pueden clonar y posteriormente purificar. La presente invención provee además células hospedantes que pueden, cuando se trans- forman o transfectan con el vector o secuencia de nucleótido apropiado, expresar el producto génico del polipéptido codificado de la invención. Dichas células hospedantes incluyen, aunque sin limitarse a ello, microorganismos tales como bacterias (p. ej., E. coli, B. subtilis) transformados con ADN de bacteriófago recombinante, vectores plásmidos de expresión de ADN o cósmidos de ADN que contienen las secuencias codificantes; levadura (p. ej., Saccharomyces, Píchia) transformada con vectores re-combinantes de expresión de levadura que contienen las secuencias codificantes de producto génico; sistemas celulares de insectos infectados con vectores recombinan-tes de expresión vírica (p. ej., baculovirus) que contienen las secuencias codificantes; sistemas celulares de vegetales infectados con vectores recombinantes de expresión vírica (p. ej., virus del mosaico de la coliflor, CaMV; virus del mosaico del tabaco, TMV) o transformados con vectores recombinantes de expresión de plásmidos (p. ej., plásmido Ti) que contienen las secuencias codificantes; o sistemas celulares de mamíferos (p. ej., COS, CHO, BHK, 293, 3T3) que alojan las construcciones que contie-nen los promotores derivados del genoma de células mamíferas (p. ej., promotor de metalotioneina) o de virus mamíferos (p. ej., el promotor tardío del adenovirus; el promotor 7.5K del virus vaccinia). En una modalidad preferida, el sistema de expresión es un sistema bacteriano. Se puede seleccionar ventajosamente una cantidad de vectores de expresión, dependiendo del uso que se tenga como fin para el producto que se vaya a expresar. Por ejemplo, cuando se ha de producir una gran cantidad de dicho polipéptido, para la generación de composiciones de vacuna o para producir anticuerpos, por ejemplo, pueden ser convenientes los vectores que dirigen la expresión de altos niveles de productos de proteína de fusión fácilmente purificados. Preferentemente, los vectores contienen promotores que dirigen la expresión génica inducible. Los vectores adecuados incluyen, aunque sin limitarse a ello, los vectores de expresión de E. coli pET (Studier and Moffatt, 1986, J. Mol. Bíol. 189:1 13; Rosenberg et al., 1987, Gene 56:125-135; Novagen, Madison, Wisconsin), en donde la secuencia codificante se puede fusionar en marco de lectura a una secuencia que codifica residuos de histidina múltiples (p. ej., 6); vectores pBAD (Guzman et al., 1995, J. Bact. 177:4121-4130), de los cuales se puede expresar una proteína heteróloga bajo el control de una proteína inducible de arabinosa; y vectores pGEX (Pharmacia Biotech, EE. UU.), utilizados para expresar polipéptidos heterólogos como proteínas de fusión con glutationa S-transferasa (GST). Las secuencias de fimA u oprF de la presente invención se pueden clonar en un vector de expresión A y expresarse en cepas bacterianas A. En un modo preferido, la cepa bacteriana es E. coli BL21 (Gibco-BRL, EE. UU.). Preferentemente, los vectores que se pueden utilizar incluyen, aunque sin limitarse a ello, vectores de expresión pLEX (LaVallie et al., 1992, Bio/Technology 11 :187-193; Mieschendahl et al., 1986, Bio/Technology 4:802-808; Invitrogen) y vectores de expresión pRIT2T (Nilsson et al., 1985, EMBO 4:1075; Zabeau and Stanley, 1982, IEMBO 1 :1217; Pharmacia Biotech). Se pueden usar otros vectores y cepas bacterianas y son conoci-dos por aquellos con experiencia en la técnica. PRODUCCIÓN DE ANTICUERPOS Los anticuerpos pueden ser monoclonales, policlonales o recombinan- tes. Convenientemente, los anticuerpos se pueden preparar contra el inmunógeno o su porción, por ejemplo, un péptido sintético basado en la secuencia o preparado re-combinantemente por técnicas de clonación o el producto génico natural y/o sus porciones se pueden aislar y utilizarse como el inmunógeno. Los inmunógenos se pueden utilizar para producir anticuerpos mediante la tecnología de producción de anticuerpos estándar conocida por aquellos experimentados en la técnica, tal como se describe en general en Harlow and Lañe, Antibodies: A Laboratory Manual, Coid Spring Harbor Laboratory, Coid Spring Harbor, NY, 1988 y Borrebaeck, Antibody Engineering - A Practica! Guide, W.H. Freeman and Co., 1992. Los fragmentos de anticuerpo pueden también prepararse a partir de anticuerpos e incluyen Fab, F(ab')2, y Fv por métodos conocidos por aquellos con experiencia en la técnica. En la producción de anticuerpos, la detección del anticuerpo deseado se puede lograr a través de métodos estándar en inmunología, conocidos en la técnica. En general, se siguen las técnicas no específicamente, como en Stites et al. (eds), Basic and Clinical Immunology (8va Edición), Appleton & Lange, Norwalk, CT (1994) y Mishell and Shiigi (eds), Selected Methods in Cellular Immunology, W.H. Freeman and Co. , Nueva York ( 980). En general, ELISA e inmunotransferencia son los tipos prefé-ridos de inmunoensayos. Las personas con experiencia en la técnica conocen ambos ensayos. En los ensayos se pueden usar tanto los anticuerpos policlonales como los monoclonales. El anticuerpo puede estar unido a un sustrato de soporte sólido o conjugado con un resto detectable o unido y conjugado, como se conoce en la técnica (para un análisis general de conjugación de partes fluorescentes o enzimáticas, véase Johnstone & Thorpe, Immunochemistry in Practice, Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1982.) La unión de anticuerpos a un sustrato de soporte sólido también se conoce en la técnica (véase, para un análisis general, Harlow & Lañe Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Publications, Nueva York, 1988 y Borrebaeck, Antibody Engineeríng A Practical Guide, W.H. Freeman and Co., 1992). Los restos detectables contemplados para uso en la presente invención pueden incluir, aunque sin limitarse a ello, marcadores fluorescentes, metálicos, enzimáticos y radioactivos, como biotina, oro, ferritina, fosfatasa alcalina, b-galactosidasa, peroxida-sa, ureasa, fluoresceina, rodamina, tritio, 14C y yodación. Cuando sea apropiado, se podrán usar otros inmunoensayos conocidos en la técnica, como radioinmunoensayos (RIA). Los inmunoensayos disponibles se describen ampliamente en la patente y la literatura científica. Véanse, por ejemplo, las patentes estadounidenses n° 3.791 .932; 3.839.153; 3.850.752; 3.850.578; 3.853.987; 3.867.517; 3.879.262; 3.901.654; 3.935.074; 3.984.533; 3.996.345; 4.034.074; 4.098.876; 4.879.219; 5.011.771 ; y 5.281.521 , como así también Sambrook et al, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Springs Harbor, Nueva York,, 1989. ESTUCHES DE DETECCIÓN, DIAGNÓSTICO Y PREVENCIÓN La presente invención provee además estuches para la detección de Porphyromonas spp. El estuche incluye reactivos para analizar una muestra para la presencia de organismos de Porphyromonas, polipéptidos o secuencias de nucleóti-dos de Porphyromonas de la presente invención, en los que la presencia de la secuencia de nucleótidos es indicativa de la presencia del organismo. Este método es valioso porque la enfermedad se puede diagnosticar antes de la existencia de síntomas y, en consecuencia, se puede prevenir el comienzo de la enfermedad antes de la aparición de daño al paciente. La presencia de Porphyromonas spp. bacterias, poli-péptidos o secuencias de nucleótidos se puede determinar usando anticuerpos, PCR, hibridación y otros métodos de detección conocidos por aquellos con experiencia en la técnica. En una modalidad, el estuche provee reactivos para la detección de anticuerpos contra Porphyromonas. En determinadas modalidades, el estuche puede incluir un conjunto de instrucciones impresas o una etiqueta que indica que el estuche es útil para la detección de Porphyromonas spp. Mínimamente, el estuche comprende, en por lo menos un recipiente, una proteína que tiene una secuencia de aminoácido que comprende por lo menos 30 aminoácidos contiguos de cualquiera de los polipép-tidos de N° de ID SEC: ?03 a 110 y 120 a 128. En una modalidad, el estuche comprende además un anticuerpo secundario. En una modalidad preferida, el anticuerpo secundario se conjuga con un resto detectable, como p. ej., una enzima que cataliza una reacción colorimétrica o quimiluminiscente, como fosfatase alcalina o peroxidasa de rábano picante. En otra modalidad, el estuche comprende reactivos para llevar a cabo un ensayo colorimétrico o quimiluminiscente. En otra modalidad, el estuche provee reactivos para la detección de áci-dos nucleicos de Porphyromonas. En una modalidad, el estuche provee reactivos para la detección PCR de ácidos nucleicos de Porphyromonas y comprende, en al menos un recipiente, una primera molécula de ADN aislada que comprende un fragmento de por lo menos aproximadamente 15, 20, 25 ó 30 nucleótidos, en donde el fragmento se híbrida bajo condiciones rigurosas a una molécula de ADN que codifica un polípéptido que comprende una secuencia de por lo menos 5, 10, 15, 20, 25 ó 30 aminoácidos contiguos o la secuencia de aminoácidos completa, de cualquiera de los polipéptidos de los N° ID SEC: 103-1 10 ó 120-128, y una segunda molécula de ADN aislada que comprende un fragmento de por lo menos 15, 20, 25 ó 30 nucleótidos, en donde el fragmento se híbrida bajo condiciones rigurosas a una molécula de ADN, complementaria a una molécula de ADN que codifica un polipéptido que tiene una secuencia de por lo menos 5, 10, 15, 20, 25 ó 30 aminoácidos contiguos o la secuencia de aminoá-cídos completa, de cualquiera de los polipéptidos de los N° ID SEC: 103-110 ó 120-128, en los que las primeras y segundas moléculas de ADN se pueden utilizar para ampliar específicamente un ácido nucleico de Porphyromonas spp. que codifica una 16S ARNr, en donde la 16S ARNr está codificada por una molécula de ADN seleccionada entre el grupo que consiste en los N° ID SEC: 1-9. En otra modalidad, la presente invención provee un estuche que comprende, en al menos un recipiente, una molécula de ADN aislada que comprende una secuencia de nucleótidos de por lo menos aproximadamente nucleótidos contiguos seleccionados entre cualquiera de los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 111 a 119 que se híbrida bajo condiciones altamente rigurosas al complemento de cualquiera de las secuencias de nucleótidos representadas en los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 111 a 119, y una segunda molécula de ADN aislada que comprende, en un segundo recipiente, una molécula de ADN aislada que comprende una secuencia de nucleótidos de por lo menos aproximadamente 15 nucleótidos contiguos seleccionados entre el complemento de cualquiera de las secuencias de nucleótidos representadas en los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 1 11 a 119 que se híbrida bajo condiciones de gran rigurosidad a cualquier secuencia de nucleótidos representada en los N° ID SEC: 86 a 94, 95 a 102, y 1 1 1 a 1 19, en las que el estuche comprende además un conjunto de instrucciones que indican que el estuche es útil para la detección de Porphyromonas spp. FORMULACIÓN DE VACUNA Y MÉTODO DE ADMINISTRACIÓN La vacuna de la presente invención se puede administrar a un animal doméstico en una cantidad eficaz tal como para que la vacuna trate terapéuticamente o confiera resistencia o prevenga la enfermedad periodontal en el animal doméstico. La vacuna de la presente invención es útil en el control de las bacterias que causan la enfermedad periodontal. Las vacunas de la presente invención pueden, en particular, utilizarse en el campo de medicina veterinaria para tratar animales domésticos y para el mantenimiento de la salud pública contra aquellas bacterias descritas en la presen-te, conocidas por causar la enfermedad periodontal. Las vacunas de la presente invención son valiosas en el control de bacterias que son perjudiciales o que se propagan o actúan como vectores de enfermedad en el hombre y en animales domésticos, por ejemplo, aquellos descritos en la presente. Las vacunas de la presente invención son particularmente útiles para con-trolar bacterias que están presentes en animales domésticos para cuyo propósito se pueden administrar usando cualquiera de los métodos conocidos de administración, incluyendo, aunque sin limitarse a ello, oral, parenteral, intranasal, subcutánea o tópi- ca. De acuerdo con otro aspecto de la presente Invención, se provee una composición que comprende una vacuna de la presente invención, en mezcla con un adyuvante, diluyente o vehículo compatible. En una modalidad preferida, la formula-ción de vacuna de la presente invención está compuesta por una suspensión o disolución acuosa que contiene por lo menos una bacteria de la presente invención y/o al menos una proteína subunitaria, preferentemente tamponada a pH fisilógico, en una forma lista para inyección. En otra modalidad preferida, la formulación de vacuna de la presente invención está compuesta por preparaciones de células enteras inactivadas de por lo menos tres Porphyromonas spp., por ejemplo, P. gulae B43, P. salivosa B 104 y O. denticanis B106. La presente "invención provee además un método para tratar o prevenir una infección bacteriana, que comprende el tratamiento con una cantidad eficaz de una vacuna o formulación de vacuna de la presente invención. Se ha de apreciar que la referencia al tratamiento incluye la profilaxis, como así también el alivio de los síntomas establecidos de una infección bacteriana. Las vacunas y formulaciones de vacunas de la presente invención se pueden utilizar para inducir una respuesta que previene los cambios patológicos característicos de la enfermedad periodontal causada por las bacterias que causan la enfermedad periodontal. En una formulación de vacuna, una cantidad inmunogénica de la bacteria, proteína purificada, ácido nucleico o sus combinaciones se mezcla convenientemente con adyuvantes y vehículos fisiológicos convencionales y adecúa- dos para uso en mamíferos. Una formulación de vacuna para prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos se puede producir usando por lo menos una de las bacterias inactivada aislada y purificada o atenuada, polipéptidos purificados (como proteínas nativas, proteínas subunitarias o polipéptidos, y se puede mezclar uno o más de éstos con un adyuvante, diluyente o vehículo compatible. Preferentemente, las secuencias de polipéptidos son proteína subunitarias seleccionadas entre el grupo que incluye FimA (N° ID SEC: 103 a 110 y OprF (N° ID SEC: 120 a 128). Los ejemplos de fragmentos de FimA y OprF que se pueden utilizar para polipéptidos de diagnóstico o para preparaciones de vacunas incluyen, aunque sin limitarse a ello, ACNKDNEAEPW, YPVLVNFESNNYTYTGDAVEK, TGPGTNNPEN-PITESA, NDNNNKDFVDRLGA, DLNGQINRLRREVEELSKRPVSCPECPDV y ADPTGDTQYNERLSERRAKAV (N° ID SEC: 129-134). La proteína subunitaria se puede expresar recombinantemente, ya sea sola o condensada a otra proteína o se-cuencia de polipéptidos. La otra proteína o secuencia de polipéptidos puede incluir, aunque sin limitarse a ello, una marca poli-His, MBP, tioredoxina o GST, por ejemplo. La presente invención también provee secuencias de polinucleótidos o genes que codifican cualquiera de las proteínas subunitarias anteriormente mencionadas. La secuencia de polinucleótidos de las bacterias se puede seleccionar entre fímA y oprF o uno de sus fragmentos o variantes, en la que el fragmento o la variante exhibe por lo menos aproximadamente 90%, 95% o 99% de homología, o una secuencia de polinucleótidos complementaria que se híbrida bajo condiciones de gran rigurosidad, o una combinación de ambas. Preferentemente, las secuencias de polinucleótidos de la presente invención se pueden utilizar para ampliar una molécula de ADN de fimA o oprF de la presente invención, o codificar un fragmento de aminoácido que se puede utilizar para producir anticuerpos contra FimA o OprF. Para la terapia basada en ADN, se puede utilizar un vehículo capaz de administrar o transferir ácido nucleico heterólogo a una célula hospedante. La expresión vehículo puede incluir elementos para controlar el díreccionamiento, la expresión y la transcripción del ácido nucleico en un modo celular selectivo conocido en la técnica. La expresión vehículo puede incluir un promotor para controlar la transcripción del material heterólogo y puede ser un promotor constitutivo o inducíble para permitir la transcripción selectiva. Se pueden incluir potencíadores requeridos para obtener los niveles de transcripción necesarios. Se pueden introducir vectores a las células o tejidos mediante cualquiera de una variedad de métodos conocidos dentro de la técnica. Dichos métodos se pue-den hallar en general en Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Springs Harbor Laboratory, Nueva York (1989, 1992); Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Baltimore, Maryland (1989); Chang et al., Somatic Gene Therapy, CRC Press, Ann Arbor, MI (1995); Vega et al., Gene Targeting, CRC Press, Ann Arbor, MI (1995); R.L. Rodríguez Vectors: A Survey of Molecular Cloning Vectors and Their Uses, Butterworths, Boston MA ( 988) e incluyen, por ejemplo, transfección estable o transitoria, lipofección, electroporación e infección con vectores víricos recombinantes.
La presente invención provee también vacunas de combinación que tienen por lo menos una de las bacterias inactivadas o atenuadas, secuencias de nu-cleótidos o secuencias de polipéptidos de la presente invención, en combinación con uno o más componentes inmunogénicos adicionales. Dicha vacuna de combinación puede producir un efecto sorprendentemente mayor que el esperado en el animal vacunado, simplemente añadiendo los efectos de cada componente administrado separadamente. Por lo tanto, una vacuna de combinación puede estimular una producción sinérgida de anticuerpo en animales. En una modalidad preferida, la vacuna de combinación de la presente invención está compuesta por preparaciones de células enteras inactivadas de por lo menos tres Porphyromonas spp., por ejemplo, P. gulae B43, P. salivosa B104 y O. denticanis B106, en combinación con uno o más componentes inmunogénicos bacterianos o víricos adicionales. Los componentes inmunogénicos adicionales adecuados para uso en las vacunas de combinación de la presente invención incluyen, aunque sin limitarse a ello, Virus del Moquillo Canino (CDV) Adenovirus-2 Canino (CAV-2), Parvovirus Canino (CPV), Virus de la Parainfluenza Canina (CPI) y Coronavirus Canino (CCV). Las vacunas de la presente invención se pueden preparar por combinación de por lo menos una de las secuencias de nucléótidos, secuencias de polipépti-dos o bacterias inactivadas o atenuadas de la presente invención, con un vehículo farmacéuticamente aceptable y, preferentemente, un adyuvante. Las preparaciones adecuadas de las vacunas de la presente invención incluyen inyectables, o bien suspensiones o disoluciones líquidas. Las formas sólidas adecuadas para disolución o suspensión en un vehículo líquido farmacéuticamente aceptable se pueden preparar antes de la inyección. La preparación de vacuna se puede emulsionar. El componente inmunogénico activo preferentemente se mezcla con un adyuvante que es farmacéuticamente aceptable y compatible con el componente inmunogénico activo. Los adyuvantes adecuados incluyen, aunque sin limitarse a ello: geles minerales, p. ej., hidróxido de aluminio; sustancias activas de superficie tales como lisolecitina; glucósidos, p. ej., derivados de saponina tales como Quil A o GPI-0100 (patente estadounidense n° 5.977.081); tensioactivos catiónicos tales como DDA, polioles plurónicos; polianiones; polímeros en bloque no iónicos, p. ej., Pluronic F-127 (B.A.S.F., EE. UU.); péptidos; aceites minerales, p. ej., Montanide ISA-50 (Sep-pic, París, Francia), carbopol, Amphigen (Hydronics, Omaha, NE EE. UU.), emulsiones oleosas Alhydrogel (Superfos Biosector, Frederikssund, Dinamarca), p. ej., una emulsión de aceite mineral, como BayolF/Arlacel A y agua, o una emulsión de aceite vege-tal, agua y un emulsionante tal como lecitina; alum, colesterol, rmLT, citocinas y sus combinaciones. El componente inmunogénico también se puede incorporar a liposo-mas o conjugar a polisacáridos y/u otros polímeros para uso en una formulación de vacuna. Las sustancias adicionales que se pueden incluir en un producto para uso en los métodos presentes incluyen, aunque sin limitarse a ello, uno o más conservantes tales como sal de disodio o tetrasodio de ácido etílendiamintetraacétíco (EDTA), mer-tiolato y similares. El sujeto al cual se le administra la vacuna es preferentemente un animal doméstico, más preferentemente, un perro o gato. Se prefiere que la vacuna de la invención, cuando esté en una formulación de vacuna, esté presente en forma de dosis unitaria. Para los propósitos de la presente invención, una cantidad inmunogénica, cuando se administra, comprende aproxima-damente 1 x 104 - 1 x 1013 células bacterianas inactivadas, 0,1 pg - 1 mg de proteína purificada o 0,1 pg - 10 mg de ácido nucleico. En una formulación de vacuna que contiene componentes múltiples, se pueden emplear útilmente las mismas cantidades inmunogénicas o cantidades inferiores. Las dosis terapéuticamente eficaces apropiadas pueden ser determínadas fácilmente por aquellos con experiencia en la técnica, en base a las cantidades inmunogénicas anteriormente mencionadas, la afección que se esté tratando y las características fisiológicas del animal. Por consiguiente, una preparación de vacuna provee una dosis de una preparación estéril de una cantidad inmunogénica del ingrediente o ingredientes activos, en la que el ingrediente activo es por lo menos una bac-teria, proteína, ácido nucleico o sus combinaciones. En presencia de agentes activos adicionales, estas dosis unitarias pueden ser fácilmente ajustadas por aquellos experimentados en la técnica. Un régimen de dosificación conveniente implica la administración de por lo menos una dosis de la composición de vacuna deseada, en la que el contenido an-tigénico de cada fracción se expresó precedentemente. Las dosis eficaces (cantidades inmunizantes) de las vacunas de la invención también se pueden extrapolar a partir de curvas de dosis-respuesta derivadas de los sistemas de prueba modelo. El modo de administración de las vacunas de la invención puede ser cualquier ruta adecuada que suministre la vacuna al hospedante. Éstas incluyen, aunque sin limitarse a ello, rutas oral, intradérmica, intramuscular, intraperitoneal, subcutánea, intranasal y vía escarificación (incisiones en las capas superficiales de la piel, p. ej., usando una aguja bifur-cada). No obstante, la vacuna se administra preferentemente en forma de inyección intramuscular o subcutánea. También se pueden emplear otros modos de administración, cuando sea conveniente, como administración intradérmica, intravenosa o in-traamigdalina. Los estudios han demostrado que, para cada una de las composiciones de vacunas anteriormente descritas, se inicia convenientemente una inmunización primaria de animales jóvenes (después de las 8 semanas de vida), con dosis estimulantes administradas a las 12 y 16 semanas de vida. Se recomienda la revacunación anual. La vacuna de la presente invención se administra y dosifica de acuerdo con la buena práctica médica, tomando en cuenta el estado clínico del sujeto individual, el sitio y el método de administración, el esquema de administración, la edad, el sexo, el peso corporal del sujeto y otros factores conocidos por los médicos. La invención también provee estuches para la prevención de la enfermedad pe-riodontal en animales domésticos. En una modalidad, el estuche provee un recipiente que comprende una cantidad terapéuticamente eficaz de una composición que previene la enfermedad periodontal en animales domésticos. También se provee, en el mismo recipiente o en un recipiente diferente, un vehículo farmacéuticamente acepta- ble que se puede utilizar en la composición. El estuche puede incluir adicionalrnente un adyuvante que se puede utilizar para auxiliar en la creación de la respuesta a la composición de la presente invención. Además, el estuche puede incluir un dispensador para dispensar la composición, preferentemente en forma de dosis unitaria. El dis-pensador puede, por ejemplo, comprender una lámina de aluminio o plástico, por ejemplo un envase del tipo blister. El estuche puede estar acompañado de una etiqueta o instrucciones impresas que describen la administración de la composición para prevenir la enfermedad periodontal en un animal doméstico. También se pueden preparar composiciones que comprendan una composición de vacuna de la presente in-vención, formulada en un vehículo farmacéuticamente aceptable, y se pueden disponer en un recipiente apropiado y marcarse para el tratamiento de la afección periodontal indicada. DETERMINACIÓN DE LA EFICACIA DE LA VACUNA El mecanismo específico de protección inducido por las vacunas y las composiciones de vacunas de la presente invención es la inducción de la respuesta inmunológica celular y/o de anticuerpos en animales vacunados, como lo indican las pruebas en animales in vivo descritas a continuación. Las bacterias, polinucleótidos, polipéptidos, vacunas y composiciones de vacunas de la presente invención pueden ser útiles para tratar o prevenir la enferme-dad periodontal en animales domésticos, descomposición de las pezuñas bovinas, enfermedad coronaria (perros) o infecciones sistémicas (perros). Además, las composiciones de la presente invención también pueden ser útiles para tratar o prevenir cier- tas enfermedades en animales domésticos correspondientes o similares a enfermedades en seres humanos, como enfermedad coronaria (o vascular o arterial), parotitis, mal olor bucal, gingivitis, periodontitis, apoplejía, aterosclerosis, hiperlipidemia, incremento en la incidencia de parto prematuro de bebés de bajo peso, vaginosis bacteria-na y retardo del crecimiento intrauterino (RCIU). En otro aspecto de la presente invención, se proveen métodos para evaluar la eficacia de la vacuna contra una o más bacterias periopatogénicas en un animal. La presente invención ha demostrado que se puede evaluar una vacuna contra una o más bacterias periopatogénicas en especies animales tales como ratón o perro, particularmente perro. De acuerdo con la presente invención, se pueden evaluar las vacunas contra una variedad de bacterias periopatogénicas, usando los métodos previamente descritos en la presente, incluyendo, aunque sin limitarse a ello, Porphyromonas, Bac-teríodes, Prevotella, Tannerella (Tannerella forsythensis, anteriormente Bacteroides forsythus) y Treponema, destinadas a tratar o prevenir una enfermedad periodontal causada por estas bacterias en un ser humano o en animales domésticos. Las vacunas pueden contener bacterias inactivadas o atenuadas, polipéptidos o polinucleótidos de cualquiera de estas especies bacterianas. La eficacia de una vacuna se puede evaluar introduciendo un cultivo de tratamiento separadamente en un animal vacunado y en un animal no vacunado, y comparar los síntomas clínicos en los dos animales. El cultivó de tratamiento puede estar compuesto por la misma bacteria periopatogénica que la vacuna. No obstante, el cultivo de tratamiento puede contener bacterias diferentes a aquellas de la vacuna para evaluar cualquier protección cruzada que pueda tener la vacuna contra las otras especies bacterianas. De acuerdo con la presente invención, es conveniente introducir el culti-vo de tratamiento en el conducto radicular de los dientes de los animales de donde se ha extirpado el material de la raíz, con posterior colocación de una restauración. El cultivo de tratamiento típicamente contiene aproximadamente 1x102 a aproximadamente 1x1012 unidades formadoras de colonias (CFU) por dosis de tratamiento; preferentemente, 1x105 a aproximadamente 1x1011 unidades formadoras de colonias (UFC) por dosis de tratamiento; incluso más preferentemente, aproximadamente 5x107 a aproximadamente 5x1010 unidades formadoras de colonias (UFC) por dosis de tratamiento. Los signos clínicos de la enfermedad que se pueden evaluar incluyen niveles aumentados de una o más bacterias periopatogénicas en el fluido crevicular gingival, placa, hueso infectado o surcos gingivales, o cambios en la cantidad de hueso alveolar, particularmente en la región periapical del hueso alveolar. Los cambios óseos se pueden cuantificar, p. ej., por mediciones radiográficas. La presente invención se ilustra más detalladamente mediante los ejemplos no limitativos y las figuras anejas.
Ejemplo 1 Muestra de fluido crevicular de un animal doméstico Se tomaron muestras microbianas de perros y gatos examinados en clínicas veterinarias para el tratamiento periodontal o perros examinados en las instala-ciones de Pfizer Terre Haute o Pfizer Sandwich para chequeos normales. En este estudio, se incluyeron perros con bolsas periodontales >3mm y gatos con bolsas perio-dontales >2mm. Se registraron los índices dentales (índice gingival e índice periodontal) y las profundidades de las bolsas periodontales. Se insertaron puntos individuales de papel basto absorbente (Henry Schein; Melville, NY) asépticamente en la bolsa periodontal. Tras la extracción, los puntos de papel se insertaron inmediatamente en viales que contenían Medio de Transporte Dental Anaerobio (ADT) Anaerobiamente Estéril Pre-Reducido (PRAS) (Anaerobe Systems; Morgan Hills, CA). Los viales se transfirieron a una cámara anaerobia Bactron IV (Sheldon Manufacturing, Cornelius, OR) y se procesaron bajo % 2, 5% H2, 5% CO2. Los puntos de papel se dispusieron asépticamente en 50 µ? de medio de infusión cerebro-corazón (BHI) PRAS (Anaerobe Systems) y se agitaron en vórtex durante 30 segundos. Las diluciones de 1 :100 y 1 :1000 se prepararon en medio BHI. Las alícuotas de 100 µ? de las diluciones 1 :100 y 1:1000 se esparcieron en placas de agar de Sangre Burcella (BRU) PRAS (Anaerobe Systems). Las placas se incubaron a 37°C en la cámara anaerobia durante cinco a siete días. Se contó la cantidad total de colonias bacterianas y la cantidad total de colonias de Bacterias Anaerobias Pigmentadas de Negro (BPAB). Las colonias de BPAP individuales se transfirieron a placas de BRU nuevas y se volvieron a incubar tal como anteriormente. CARACTERIZACIÓN DEL AISLAMIENTO CLÍNICO Cada aislamiento clínico se sometió a una cantidad de análisis bioquímicos y análisis de la secuencia 16S ARNr ADN, usando los cebadores D0056 y D0057 (N° ID Sec. 1 y N° ID Sec. 2; Tabla 1), para determinar la especie y el género. Los aislamientos individuales se estriaron en placas BRU. Se dispusieron discos de Kanami-cina, Vancomicina y Colistina (Anaerobe Systems) en la superficie de agar para determinar los patrones de resistencia KVC de cada aislamiento. Las colonias purificadas también se sometieron a las pruebas de catalasa e indol (Anaerobe Systems). Los aislamientos individuales se transfirieron a placas de agar con yema de huevo (EYA) (Anaerobe Systems) con el fin de determinar los patrones de producción de lipasa y lecitinasa. Estos datos se exponen en la Tabla 2.
o o o o O O
IT) >-> IT) o O Los aislamientos se tipificaron en base a su secuencia 16S ARNr ADN. Las colonias individuales bien aisladas se utilizaron como molde para la ampliación de las reacciones en cadena por la polimerasa (PCR) de la región 16S ARNr, usando los cebadores D0056 y D0057 (N° ID Sec. ID 1 y N° ID Sea 2; Tabla 1) en muestras tripli-cadas. La PCR se llevó a cabo en volúmenes de reacción de 50 pl que contenían 1 x tampón PCR (Life Technologies; Rockville, MD), 1 ,0 MM MgC , 1 ,25 µ? cada cebador, 300 µ? cada desoxi-NTP y 2,5 U Platino Pfx ADN Polimerasa (Life Technologies). Se utilizaron las siguientes condiciones en el ciclo PCR: una etapa de desnaturalización de dos minutos a 94°C; 30 ciclos de desnaturalización a 94°C durante 40 segundos, reasociación a 60°C durante 40 segundos y extensión a 72°C durante un minuto; una etapa de extensión final a 72°C durante dos minutos; y una etapa final de refrigeración hasta 4°C. Se utilizó un termociclador GeneAmp 9700 (Perkin Elmer Applied Biosys-tems; Foster City, CA) para todas las ampliaciones por PCR. Los productos de PCR resultantes se purificaron usando los estuches para preparación de PCR (Promega Corp.; Madison, Wl) y se mezclaron por aislamiento: Los productos de PCR purificados luego se desalaron por análisis de goteo contra 25 mi de agua estéril, usando un filtro de 0,025 pm nitrocelulosa (Millipore Corp.; Bedford, MA). Los productos de PCR purificados, desalados se sometieron a un análisis de secuencia de ADN, usando la reacción de terminación DyeDeoxy en un secuenciador de ADN automático ABI (University of Texas Genetics Core Facility, Houston, TX and Lark Technologies Inc., Houston, TX). Se utilizaron los cebadores de oligonucleótidos sintéticos D0056, D0057, PFZ175-AP1 , PFZ175-AP2 y PFZ175-AP3 (N° ID Sea 1 -5, respectivamente; Tabla 1) para obtener una secuencia de ADN bica-tenario. Las secuencias de ADN resultantes se utilizaron para revisar las bases de datos de ADN públicamente disponibles, usando un programa BLAST-N públicamente disponible del Centro Nacional de Información sobre Biotecnología (The National Cen-terfor Biotechnology Information), EE. UU. Los aislamientos bacterianos se tipificaron en base a la coincidencia más próxima identificada en las búsquedas de las bases de datos. El aislamiento B106 no tuvo una coincidencia precisa,, sugiriendo que puede representar un nuevo género/especie bacteriana. (Véase a continuación.) En la Tabla 2, se expone la lista com-pleta de todos los aislamientos y sus características respectivas. Las primeras nueve cepas más frecuentemente aisladas se ejemplifican mediante los siguientes aislamientos: P. gulae B43 (muestra de perro Sandwich 4 ), P. cansulci B46 (muestra de perro VHUP 1 B), P, circumdentaría B52 (muestra de gato VHUP 2A), P. gulae B69 (muestra de gato VHUP 3A), P. circumdentaría B97 (muestra de perro TH 1 bC), P. cangin-givalis ?9T (muestra de perro TH 1 aC), P. salivosa 13104 (muestra de perro TH 1 bC)r O. denticanis 13106 (muestra de perro TH 1 bE> y P. endodontalis 13114 (muestra de. perro TH 2bA). La distribución de los aislamientos se exhibe en la Tabla 3.
Tabla 3. Sumario del número de perros y gatos que se identifica alojan especies bacterianas indicadas # aisla- # aislamientos # % positivo mientos # % positi- Aislamiento de perros perros de gatos vo perro gato Porp yromonas gulae 27 16 31 8 6 38 Porphyromonas salivosa 27 17 33 3 2 13 (macacae) Odoribacter denticanis 26 12 23 6 , 3 19 Porphyromonas cansulci 12 8 15 0 0 0 Porphyromonas 11 8 15 0 0 0 endodontalis Porphyromonas 10 8 15 15 4 25 circumdendaria Bacteroides acidofaciens 10 5 10 0 0 0 Bacteroides forsythus 4 3 6 1 1 6 Porphyromonas 3 2 4 o 0 0 cangingivalis Bacteroides levii 3 2 4 0 0 0 Eubacterium brachy 3 3 6 0 0 0 ATCC33089 Peptostreptococcus sp. 3 4 8 1 1 6 Di eubacterium sin identifi- 3 2 4 0 0 0 car Porphyromonas canorís 2 2 4 0 0 0
Campylobacterium sputo- 2 2 4 1 1 6 rum Porphyromonas gingiva- 1 1 2 0 0 0 les Bacteroides fragilis 1 1 2 0 0 0 bacteria sin cultivar SHA- 1 1 2 0 0 0
54 bacteria sin cultivar SHA- 1 1 2 0 0 0
219 Pasteurella canis 1 1 2 0 0 0
Streptococcus bovis JB1 1 1 2 0 0 0
Enterococcus gallinarum 1 1 2 0 0 0
Fusobacteríum alocis 1 1 2 0 0 0
Klebsiella oxytoca 1 1 2 0 0 0 bacteria rumen sin ident' 1 1 2 0 0 0 fícar Bacteria sin cultivar 0 0 0 6 3 19 AF132259 Prevotella oulora 0 1 2 0 0 0
Tessatacoccus 0 . 0 0 1 1 6 bendigoniensis Staphyloccus warneri 0 0 0 1 1 6 Salmonella bongori 0 0 0 1 1 6 Clostridium sp. 0 0 0 1 1 6 Globicatella sp. 0 0 0 1 1 6 Asociada con Marine 0 0 0 snow ' ' 6
Bacteria Clon oral Veillonella sp. 0 1 2 0 0 0 X042 Lactobacillus rimae 0 1 2 0 0 Streptococcus suis 0 1 2 0 0 0 Capnocytophaga sp. 0 1 2 0 0 0
Los aislamientos precedentemente enumerados representan aquellas especies que fueron más frecuentemente identificadas y presentes en los porcentajes más elevados de perros o gatos. Los siguientes aislamientos periodontales de animales domésticos se depositaron en la American Type Culture Collection (ATCC), 10801 University Blvd., Manassas, VA, 20110, EE. UU, el 9 de agosto de 2001. P. gulae B43 (PTA-3618), P. cansulci B46 (PTA-3619), P. circumdentaria B52 (PTA-3620), P. gulae B69 (PTA-3621), P. circumdentaria B97 (PTA3622), P. cangingivalis B98 (PTA-3623), P. salivosa B104 (PTA-3624), O. denticanis B106 (PTA-3625) y P. endodontalis 13114 (PTA-3626).
IDENTIFICACIÓN DE UN NUEVO GÉNERO/ESPECIE (ODORIBACTER DENTICANIS) Durante el curso de este estudio, se identificaron numerosos aislamientos clínicos cuyas secuencias 16S ARNr no tuvieron grandes coincidencias en las ba-ses de datos disponibles, indicando que las bacterias pueden representar aislamientos nuevos. Un grupo de estos aislamientos pareció representar una nueva especie. En base a los datos presentados aquí, se propone disponer esta nueva especie dentro de un nuevo género que se ha de denominar Odoribacter gen. nov. La cepa tipo de Odo-ribacter denticanis es la cepa B106T (= ATCC PTA-3625T; = CNCM 1-32251"). Se aisló Odoribacter denticanis B106T de un perro macho adulto de raza mixta y edad desconocida con la enfermedad periodontal. Se obtuvo una muestra de un punto de papel del primer molar mandibular que tenía una bolsa periodontal de 4 mm de profundidad y un índice gingival de 1. La muestra se procesó tal como se describió anteriormente. Las células purificadas se sometieron a un análisis bioquímico, usando un estuche de prueba clínica RapID ANA II (Remel; Lenexa, KS) y el sistema de tarjeta de Identificación Anaerobia (Vitek Anaerobe Identification o ANI) (BioMe-rieux Inc.; Durham, NC). En breve, las células bacterianas en placas de agar de sangre Brucella, proliferadas hasta confluencia, se resuspendieron hasta una equivalencia McFarland # 3. La suspensión se añadió a los pocilios de prueba RapID ANA II o a la tarjeta Vitek ANI y se incubó durante 4 horas a 37 °C. Después del período de incubación, se registraron los resultados de las pruebas bioquímicas.
La Tabla 4 muestra los resultados dé las pruebas RapID ANA II para O. denticanis B106T, como así también 6 bacterias relacionadas. De las 18 pruebas realizadas por el estuche RapID ANA II, solamente dos (LGY e IND) fueron positivas para O. denticanis B106T. En comparación, Porphyromonas gingivalis ATCC 33277, Prevo-tella intermedia ATCC 25611 , Tannerella forsythensis ATCC 43037, Bacteroides the-taiotaomicron ATCC 29148, Bacteroides fragilis ATCC 25285 y Bacteroides splanchni-cus ATCC 29572 produjeron 5, 4, 10, 12, 9 y 8 pruebas positivas, respectivamente.
Tabla 4. Pruebas bioquímicas RapiD ANA II* de O. denticanis B106 T y cepas relacionadas.
Bacterias 0. denticanis B106' NT N N N N N N N N N P N N N N N N P
Porphymmonas gíngivalis ATCC 33277 N N N N N N N N P P P N N N P N N P
Prevotella intermedia ATCC 25611 N N N N P N N N N P P N N N P N N P
Tannerella forsythensis ATCC 43037 N N N P P P N P P P P N N P P P N N
Bacteroides thetaiotaomicron ATCC 29148 N N N P P V P P P P P N N N P N N P
Bacteroides fragilis A TCC 25285 N URE P N P P P P P P P P N N P P N N N
Bacteroides splanchnicus A TCC 29572 N N BLTS N N N N P P P V P N N N P N P P
'Ingredientes reactivos en cada prueba: URE, Urea; BLTS, p-nitrofenil-ß, D-disacárido; aARA, p-nitrofenil-a, L-arabinósido; ONPG, o-nitrofenil-ß, D-galactósido; aGLU, p-nitrofenil-a, D-glucósido; pGLU, p-nitrofenil-ß, D-glucósido; aGAL, p-nitrofenil-a, D-galactósido; aFUC, p-nitrofenil-a, L-fucósido; NAG, p-nitrofenil-n-acetil-a, D-glucosaminida; P04, p-nitrofenilfosfato; LGY, leucil-glicina- ß-naftilamida; GLY, glicina- -naftilamida; PRO, Prolina^naftilamida; PAL, Fenilalanina^naftilamida; ARG, Arginina-D-naftilamida; SER, Serina^naftilamida; PYR, pirrolidonil^-naftilamida e IND. triptófano. Abreviaturas: P, Positivo; N, negativo; V, variable.
Los patrones de reacción bioquímica de O. denticanis B106T, P. gingiva-lis ATCC 53977 y de las subespecies Fusobacterium nucleatum, nucleatum ATCC 23726 se determinaron usando la tarjeta Vitek ANI (Tabla 5). 0. denticanis B106T produjo solamente 2 pruebas positivas (INDOL y TTZ) mientras que P. gingivalis ATCC 53977 produjo 5 pruebas positivas (INDOL, P04, NAG, BAÑA y TTZ). De las 12 pruebas en común entre la tarjeta Vitek ANI y RapID-ANA II, todas produjeron resultados similares. Usando la base de datos provista por Vitek, el aislamiento de O. denticanis B106T se identificó incorrectamente como F. nucleatum con un nivel de confianza de 63% (no se muestran los datos). La identificación errónea se puede deber a la falta de aislamientos PAB veterinarios en la base de datos. Tabla 5. Pruebas bioquímicas Vitek ANI* de O. denticanis 131 06T y cepas relacionadas.
0. denticanls P. glngívalis F. nucleatum Prueba bioquímica B106T ATCC 53977 ATCC 23726 i Gram Negativo Negativo Negativo INDOL + + P04 - + - PHC - - - 5 ONPG - - - AGAL 1 - - - BGLU - - - AGLU - - - ! 1 BGUR - - - BLAC - - AMAN - - - AFUC - 10 BFUC - - - BXYL - - - AARA - - NÁG - + - BAÑA - + - ! LEU - - - PRO - - - 15 ALA - - - LYS i - - - GGT - - + TTZ + + + ADH - - - URE - - - GLU - - - TRE 20 ARA - - - RAF ¦ - - - XYL - - - Ingredientes reactivos en cada prueba: IND, triptófano; PO4, p-nitrofenilfosfato; PHC, colina de p-nitrofenilfosfato; ONPG, o-nitrofenil-ß, D-galactopiranósido; AGAL, p-nitrofenil-ß, D-galactopiranósido; BGLU, p-nitrofenil-ß, D-glucopiranósido; AGLU, p-nitrofenil-a, D-glucopiranósido; BGUR, p-nitrofenil-ß, D-glucurónido; BLAC, p-nitrofenil-ß, D-lactósido; AMAN, p-nitrofenil-a, D-manopiranósido; AFUC, p-nitrofenil-a, L-fucopiranósido; BFUC, p-nitrofenil-ß, D-fucopiranósido; BXYL, p-nitrofenil-ß, D-xilopiranósido; AARA, p-nitrofenil-a, L-arabinofuranósido; NAG, p-nitrofenil-N-acetil-glucosaminida; BAÑA, N-bencil-DL-arginina p-nitroanilida; LEU, L-leucina p-nitroanilida; PRO, L-prolina p-nitroanilida; ALA, L-alanina p-nitroanilida; LYS, L-lisina p-nitroanilida; GGT, gamma-glutamil p-nitroanilida; TTZ, trifeniltetrazolio; ADH, arginina; URE urea; GLU, glucosa; TRE, tre-halosa; ARA, arabinosa; RAF, reafinosa; XLY, xilosa. TAbreviaturas: +, positivo; -, negativo. El gen 16S ARNr de O. denticanis B106T se amplió por PCR en mues-tras triplicadas, usando los cebadores D134 (N° ID SEC. 169) y D57 (N° ID SEC. 2) Los productos de PCR se mezclaron, purificaron, desalaron y sometieron a un análisis directo de la secuencia de ADN. Las búsquedas de BLAST-N (AltschuI et al., 1990) de la base de datos de nucleótidos no redundantes en la National Center for Biotechnolo-gy Information, usando la secuencia génica O. denticanis B106T 16S ARNr, indicaron que el aislamiento de O. denticanis 8106 1 se relacionó con miembros del género Bac-teroides. La secuencia génica 16S ARNr de O. denticanis B106T se relacionó más íntimamente con la secuencia génica 16S ARNr del clon oral de Bacteroidetes' sp.
FX069 (número de registro AY134906) mostrando una identidad de 96,3% en 1.465 bp. El clon oral Bacteroidetes sp., FX069, se aisló de un paciente humano con perio-dontitis ulcerativa necrosante (PUNI) durante un estudio para definir las especies bacterianas asociadas con la PUN en pacientes con VIH positivo (Paster, B.J., et al., "Phylogeny of Bacteroides, Prevotella and Porphyromonas spp. and related bacteria", J Bacteriol. (1994), 176:725-732). El análisis filogenético basado en las secuencias génicas 16S ARNr se realizó usando el software CLUSTAL X versión 1.81 (Thompsom, J.D., et al., "CLUS-TALM: improving the sensitivity of progressive múltiple sequence alignment through sequence weighting, positions-specific gap penalties and weight matrix choice", Nu-cleic Acids Res. (1994) 22:4673-4680). Los árboles filogenéticos se generaron usando el método del vecino más próximo (Saitou, N. & Nei, M. "The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees." Mal. Biol. Evol. (1987) 4:406-425). Los valores "bootstrap" se obtuvieron usando 1000 muestras. La Fig. 1 muestra los resultados del análisis filogenético para el aislamiento O. denticanis B106T. La disposición de los géneros principales (Porphyromonas, Bacteroides, Prevotella, Tannerella, etc.) concuerda con los árboles filogenéticos previamente publicados para el grupo de cytophaga-flavobacter-bacteroides (CFB) (Paster et al., 1994; Sakamoto, M., et al., "Reclassification of Bacteroides forsythus (Tanner et aL 1986) as Tannerella forsythensis corrig., gen. nov., comb. nov." Int. J Syst. Evol. Microbio). (2002) 52:841-849; Shah, H.N. & Collins, D. "Proposal for reclassification of Bacteroides asaccharoly-ticus, Bacteroides gingivales, and Bacteroides endodontalis in a new genus, Porphy- romonas." Int. J Syst. Bacteriol. (1998) 38:128-131). La 0. denticanis 131 06T se agrupa en un grupo externo de Bacteroides que incluye B. splanchnicus (Werner, H., et al., "A new butyric acid-producing Bacteroides species: B. splanchnicus n. sp." Zentralbl. Bakteriol. (1975) 231 : 33-144), va-ríos aislamientos bucales y numerosas cepas sin cultivar. Un valor de confianza . "bootstrap" de 71 ,0% en el punto de ramificación de O. denticanis 13106 T y B. splanchnicus indica un grado moderadamente alto de certeza de que estos dos organismos se relacionan. No obstante, no ha habido ningún análisis histórico de la disposición de B. splanchnicus dentro del género Bacteroides (Paster et al., 1994; Shah et al., 1998). Paster et al. sugirieron que B. spianchnicus puede representar un nuevo género. Shah ef al. indicaron que B. splanchnicus comparte muchas propiedades qui-miotaxonómicas con los miembros del género Porphyromonas. Nuestros datos con-cuerdan con esta hipótesis, ya que las ramas del grupo B. splanchnicus/B., denticanis B106T están más próximas al género Porphyromonas que aquellas del género Bacte-roides (Fig- 1). Se amplió por PCR una región aproximadamente 580-bp del gen 16S ARNr de 25 aislamientos clínicos caninos adicionales de O. denticanis (Tabla 1) usando los cebadores D56 y D57 ya descritos. Los productos de PCR se purificaron y desalaron. La secuencia de ADN de los productos de PCR se determinó luego. Se halló que las secuencias 16S ARNr parciales de los aislamientos de O. denticanis (N° ID SEC. 138-162) se agrupaban todas en grupos de secuencias idénticas o altamente conservadas, siendo la mayor divergencia entre estos grupos 97% de identidad en la región analizada. La Fig. 2 muestra los resultados del análisis filogenético de las secuencias génicas 16S ARNr parciales de O. denticanis; para el análisis, se escogió un aislamiento representativo de cada grupo de secuencias relacionadas. En base a esta observación, se puede concluir que todos estos aislamientos son cepas variantes de las mismas especies. También se obtuvieron aislamientos clínicos de O. denticanis de gatos (Tabla 1). Aproximadamente la misma región 580-bp del gen 16S ARNr anteriormente descrita se amplió a partir de estos aislamientos por PCR, usando los cebadores D56 y D57. Las secuencias de ADN obtenidas a partir de productos de PCR purificados (N° ID SEC. 163-168) se alinearon con las secuencias obtenidas a partir de aislamientos de caninos. Los resultados de la alineación indican que los aislamientos de O. denticanis de felinos son cepas variantes de las mismas especies que se encuentran en perros. • Con el fin de analizar más profundamente la relación de O. denticanis B106T con el género Porphyromonas, se amplió por PCR el gen fimA (en muestras triplicadas), usando los cebadores de PCR degenerados D122 (N° ID SEC. 84) y D123 (N° ID SEC. 85) (Invitrogen Corp.). Los productos de PCR se purificaron, desalaron, combinaron y sometieron a un análisis directo de la secuencia de ADN. Las búsquedas de BLAST-P (Altschul et al., 1990) de la base de datos de polipéptidos no redundantes de la National Center for Biotechnology Information, usando la secuencia de aminoácidos FimA, indicó que la proteína FimA de O. denticanis B106J estaba relacionada con la proteína FimA de miembros del género Porphyromonas. La Fig. 3 muestra la relación filogenética de las distintas secuencias de la proteína FimA. Existe una relación muy fuerte (valor "bootstrap" de 100%) entre la proteína O. Denticanis B106T y varias proteínas fimbrilina del tipo 1 de Porphyromonas spp. Se sometieron O. denticanis B106r y Porphyromonas gulae B43 a una microscopía electrónica de exploración para determinar la morfología celular. En breve, se centrifugaron cultivos líquidos de 36 horas en medio PYG modificado a 1800 X g. El medio se reemplazó con 3% EM grado glutaraldehído (Polysciences, Inc., Wa-rrington, PA) en un tampón de fosfato 0,1 M (pH 7,3) y se incubó a 4 °C durante 1 horas. Las células se lavaron luego dos veces' en tampón de fosfato 0,1 M (pH 7,3) y se suspendieron en 1% tetróxido de osmio tamponado (Polysciences, Inc., Warring-ton, PA) durante 1 hora a temperatura ambiente. Las muestras se deshidrataron en una serie de etanol de grado, realizando la deshidratación final por inmersión en hexametildisilazano durante 15 minutos con posterior secado al aire durante 1 'hora. Las muestras se montaron en soportes de aluminio y se cubrieron con 200 A de oro en una unidad de autorecubrimiento Polaron SEM (Posaron Intruments, Inc, Hatfield, PA). Cada muestra se examinó usando un microscopio electrónico de exploración ISI, DS-130 (ISI, Inc. Tokio, Japón). Las imágenes se capturaron usando una ¡nterfase de control de haz de luz digital Noran 4485 (Noran Intruments, Inc., EE. UU.). La Figura 4 muestra micrografías electrónicas de exploración de P. gulae B43 y O. denticanis B106T. La morfología con forma de varilla corta (longitud promedio dé 1 ,25 µ??) de P. gulae B43 (Fig. 4A) es típica de los miembros del género Porphyromonas. En cambio, O. denticanis B106T fue fusiforme con extremos cónicos y una longitud celular prome- dio de 5,9 µ?t? (Fig. 4B). La morfología de O. denticanis es análoga a aquella de Tannerella forsythensis bajo estas condiciones de proliferación (Tanner et al., 1986). La diferencia morfológica entre P. gulae y O. denticanis soporta además la ubicación de O. denticanis fuera del género Porphyromonas. CONDICIONES DE CULTIVO PARA PORPHVROMONAS SPP. Dado que los medios de proliferación estándar para Porphyromonas sp. (Infusión Cerebro-Corazón (BHI) y Carbohidrato de Carne Picada (CMC) contienen producto animal, que no es apropiado para la producción de la vacuna, se buscó un medio de proliferación que no contuviese estos ingredientes. Se probaron composi-ciones de distintos medios, con y sin la adición de hemina y vitamina K, para su capacidad de soportar la proliferación equivalente a aquella de BHI o CMC. Tanto el medio completo PYG como el medio completo ME soportaron la proliferación de P. gulae B43 (PTA-3618) hasta un nivel equivalente a aquel de BHI (Figura 5). El medio completo de PYG se eligió como el medio de proliferación de P. gulae B43 (PTA-3618) debido a su capacidad para producir cultivos de alta densidad durante la fermentación. Este medio contiene los siguientes ingredientes: 3% fitona (Becton Dickinson; Coc-keysville, MD), 0,3% extracto de levadura (Becton Dickinson), 0,3% glucosa (Sigma Corp.; St. Louis, MO), 0,05% tioglicolato sódico (Becton Dickinson), 0,5% cloruro de sodio (Sigma Corp.), 5 pg/ml hemina (Sigma Corp.) (añadida después de esterilizar en autoclave), 0,5 pg/ml menadiona (Sigma Corp.) (añadida después de esterilizar en autoclave) y 0,2% bicarbonato de sodio (Sigma Corp.), pH 7,0. La P. gulae B43 (PTA-3618) se cultivó rutinariamente en placas de agar de sangre Brucella (Anaerobe Systems) o en medio BHI o PYG completo a 37°C en una cámara anaerobia Bactron IV (Shel Labs; Cornelius, OR) a 90% N2, 5% CO2 durante tres a cinco días (placas) o 24 a 48 horas (cultivos líquidos). Para preparación de bacterina de células enteras, la P. gulae B48 (PTA-3618) se cultivó en un Biorreac-tor BioFlo 3000, usando 5 litros de medio completo PYG. El medio de cultivó en el recipiente se tornó anaerobio, rociando con 95 - 99,5% N2 y 0,5 - 5% CO2 inmediatamente después de esterilizar en autoclave. El medio de cultivo reducido se sembró con 0,02% de solución madre de P. gulae B43 (PTA-3618) y se cultivó a 37°C con una velocidad de agitación de 100 rpm y el pH se mantuvo a 7,0 por la adición automática de NaOH. Durante el cultivo, el recipiente se roció periódicamente tanto con N2 como con CO2. Las células bacterianas se recogieron después de 36 a 48 horas a un OD600 de 2,0 a 3,5 mientras que las células todavía estaban sufriendo la proliferación logarítmica. PRUEBA DE PATOGENICIDAD DE AISLAMIENTOS CLÍNICOS EN RATONES Se probaron los nueve aislamientos (P. gulae B43, P. cansulci B46, P. circumdentaria B52, P, gulae B69, P. circumdentaria B97, P. cangingivalis B98, P. salivosa B104, O. denticanis B106 y P. endodontalls B114) para su patogenicidad en el modelo de pérdida ósea periodontal del ratón. Para este estudio, se utilizaron ratones machos Balb/c CyJ de tres semanas de vida, con equivalencia de edades (Jackson Laboratories; Bar Harbor, ME) con pesos estimados de 14-15 gramos. Los animales fueron alojados en jaulas individuales con presión positiva. Se les proporcionaron pil-doritas de comida, estándar para la especie, y agua ad libitum durante todo el experi- mentó. El lecho utilizado fue Bed O'Cobbs granular para minimizar el impacto en los tejidos gingivales. Después de la recepción, todos los animales fueron aclimatados durante cinco a siete días. Para reducir la flora bucal, los animales se les administró una mezcla de sulfamatoxazol y trimetoprim (10 mi agua potable; aproximadamente 2 mg y 0,4 mg/ml, respectivamente) durante diez días, seguidos de un período de reposo farmacológico de cinco días. Se tomaron muestras de suero de sangre de vena del rabo de cada ratón. Los animales se infectaron con 0,5 mi de suspensión de aproximadamente 1 X 1010 cfu/mi de la cepa bacteriana apropiada en 1 % carboximetilcelu-losa por gavaje. Se dispusieron gotas adicionales en la cavidad bucal. Esta infección se repitió dos veces más durante un total de tres veces (lunes, miércoles y viernes). El Día 1 del experimento se definió como el martes posterior a la primera infección. Todos los animales fueron sacrificados en el Día 2. Se recogió el suero post-infección, como así también las muestras microbianas. A las mandíbulas de cada animal se les extrajo tejido muscular, se mancharon y se marcaron para pérdida ósea horizontal microscópicamente. Esto último se repitió tres veces para reducir el error del operador. La pérdida ósea promedio se expresa como la pérdida ósea/sitio/mandíbula promedio en mm. Los análisis estadísticos de los datos resultantes se realizaron con Systat (versión 9), SigmaStat (versión 2) y SigmaPlot (versión 2000) comercializados por SPSS Science Inc. (Chicago, IL). La Tabla 6 muestra los resultados numéricos para los primeros nueve aislamientos.
Tabla 6. Sumario del ensayo de patogenicidad de la enfermedad perio-dontal en el ratón.
Número de Fuente de Pérdida ósea Desv.. Aislamiento SE ratón la bacteria promedio (mm) Estándar Control 32 N/A 0,0843 0,0118 0,00211 P. gingivales 53977 16 Humana 0,106 0,0139 0,00347 P. gingivalis W50 16 Humana 0,0948 0,0116 0,0029 P. gingivalis B40 A 16 Perro 0,106 0,0138 0,00357 P. gingivalis B40 B 16 Perro 0,115 0,0114 0,00284 P. gulae B43 16 Perro 0,112 0,0163 0,00407 P. cansulci B46 16 Perro 0,101 0,014 0,00362 P, clrcumdentaria B52 16 Gato 0,0924 0,00836 0,00209 P. gulae B69 16 Gato 0,114 0,0129 0,00322 P. circumdentaría B97 16 Perro 0,0855 0,0143 0,00368 P. cangingivalis B98 16 Perro 0,111 0,0136 0,0034 P. salivosa B104 16 Perro 0,102 0,01107 0,00286 0. denticanis B106 16 Perro 0,124 0,01167 0,00417 P. endodontalis B114 16 Perro 0.0994 0,0223 0,00557
Cada uno de éstos produjo pérdida ósea estadísticamente significativa en este modelo. La Figura 6 muestra gráficamente la pérdida ósea neta. Los niveles promedio de hueso alveolar (unión cemento-esmalte - cresta del hueso alveolar) se obtuvieron en 14 sitios maxilares en mm, y se determinó el valor promedio para cada mandíbula. Para cada grupo experimental, se sumaron los valores promedio para ca- da mandíbula y el valor promedio grupal derivó dividiendo por el número total de animales en ese grupo. La Figura 7 muestra gráficamente la comparación de la pérdida ósea neta. Los niveles promedio de hueso alveolar (uniones cemento-esmalte - cresta del hueso alveolar) se obtuvieron en 14 sitios maxilares en mm, y se determinó el valor promedio para cada mandíbula. Para cada grupo experimental, se sumaron los valores promedio para cada mandíbula y el valor promedio grupal derivó dividiendo por el número total de animales en ese grupo. La pérdida ósea neta se determinó restando los valores promedio de infección con control de cada uno de los grupos experiméntales. Los datos se presentan como un porcentaje del grupo de control positivo (P. gin-givalis 53977) que se establece en 100%. La P. gingivalis W50 es una cepa pobremente fimbrinada que ha reducido la virulencia en este modelo animal. Estos datos indican que los siguientes aislamientos clínicos son capaces de producir altos niveles de pérdida ósea en el modelo de ratón de la enfermedad pe-riodontal: P. gulae B43 (PTA3618), P. gulae B69 (PTA-3621), P. cangingivalis B98 (PTA-3623) y O. denticanis B106 (PTA-3625). Los siguientes aislamientos clínicos produjeron una pérdida ósea moderada en el modelo periodontai del ratón: P. cansulci B46 (PTA-3619), P. salivosa 13104 (PTA-3624) y P. endodontalis B114 (PTA-3626). Los siguientes aislamientos clínicos produjeron pérdida ósea mínima en el modelo periodontai del ratón: P. circumdentaria B52 (PTA-3620) y P. circumdentaría B97 (PTA-3622). Si bien se observaron cantidades variantes de pérdida ósea entre los aislamientos clínicos, se ha de notar que en cada caso, la cantidad de pérdida ósea ob- servada estuvo muy por encima de aquella observada en los ratones infectados con control. En base a estos datos, se puede concluir que cada uno de los nueve aislamientos clínicos es capaz de causar la enfermedad periodontal, ya sea solo o junto con otras bacterias. PREPARACIÓN DE CÉLULAS BACTERIANAS Y ADN GENÓMICO Se cultivaron anaerobiamente especies bacterianas en BHI o PYG completo a 37°C durante 48 horas. Se sedimentaron células de un cultivo de 1-3 mi por centrifugación, se lavaron una vez en un volumen equivalente de PBS anaerobio, se volvieron a centrifugar y a suspender en un volumen 1/ 0 de PBS anaerobio. El ADN genómico se purificó a partir de cultivos de 5 mi de especies bacterianas que se cultivaron anaerobiamente en BHI o PYG completo a 37°C durante 48 horas. Se utilizó el estuche Wizard de extracción de ADN genómico (Promega Corp.) para todas las preparaciones de ADN genómico. CLONACIÓN DEL GEN FI BRIAL A PARTIR DE AISLAMIENTOS CLÍNICOS Se amplió el gen fimA por PCR a partir de ADN genómico aislado de los primeros aislamientos clínicos usando combinaciones de los siguientes cebadores de PCR D0067 (sentido; N° ID Sec. 6), D0078 (sentido; N° ID Sec. 8), D0097 (sentido; N° ID Sec. 9), D0068 (antisentido; N° ID Sec. 7) y D0098 (antisentido; N° ID Sec. 10). La PCR se llevó a cabo en volúmenes de reacción de 50 µ? que contenían 1x tampón PCR (Life Technologies), MgCI2 1 ,0 mM, 1 ,25 µ? cada cebador, 300 M cada desoxi-NTP y 2,5 U Platino Pfx ADN Polimerasa (Life Technologies). Se utilizaron las siguientes condiciones en el ciclo PCR: una etapa de desnaturalización de dos minutos a 94°C; 30 ciclos de desnaturalización a 94°C durante 40 segundos, reasociación a 60°C durante 40 segundos y extensión a 72°C durante 1 ,5 minutos; una etapa final de extensión a 72°C durante cinco minutos; y una etapa final de refrigeración hasta 4°C. Se utilizó un termociclador GeneAmp 9700 (Perkin Elmer Applied Biosystems; Foster City, CA) para todas las ampliaciones PCR. Los productos ampliados se visualizaron en un E-gel de 1 ,2%(lnvitrogen; Carlsbad, CA). A los productos de PCR se les agregó una terminación A usando 10 unidades de polimerasa KlenTaq (Ab Peptides, Inc.; St. Louis, MO) durante cinco minutos a 72°C. Los productos resultantes se clonaron inmediatamente con una terminación T en el vector pCR2.1 -TOPO (Invitrogen), usando el protocolo del fabricante y se transformaron en ?. colí ToplOF (Novagen; Madison, Wl). Los transformantes que alojan los plásmidos recombinantes con la inserción correcta de ADN se identificaron por una combinación de PCR de colonias, digestión de enzima de restricción y análisis de secuencia de ADN, usando las reacciones de terminación DyeDeoxy en una secuencia de ADN automática ABI (Lark Technologies, Inc.). Se utilizaron los cebadores de oli-gonucleótidos sintéticos (N° ID Sec. 6, 7, 8, 11-42) para obtener una secuencia de ADN bicatenario. CLONACIÓN DEL GEN FIMA DE P. GULAE B43 EN PLÁSMIDOS DE EXPRESIÓN Para el fin de una expresión de proteína de alto nivel, se clonó el gen fí-mA de P. gulae B43 (PTA-3618) en el vector de expresión pBAD/HisA (Invitrogen). Se purificó el ADN genómico a partir de un cultivo de 5 mi de P. gulae B43 en BHI incubado a 37°C durante dos días anaerobiamente, usando el estuche de extracción de ADN genómico (Promega Corp.). El gen fimA se amplio por PCR, usando los cebadores D0097 y D0098 (N° ID Sec. 9 y N° ID Sec. 10) por triplicado. La PCR se llevó a cabo en volúmenes de reacción de 50 ul que contenían 1 X tampón PCR (Life Technologies), 50 ng ADN genómico de P. gulae B43, MOCL2 1 ,0 mM, 1 ,25 µ? cada ce-bador, 300 µ? cada uno de desoxi-NTP y 2,5 U platino Pfx ADN Polimerasa (Life Technologies, EE. UU.). Se utilizaron las siguientes condiciones en el ciclo de PCR: una etapa de desnaturalización de dos minutos a 94°C; cinco ciclos de desnaturalización a 94°C durante 40 segundos, reasociación a 58°C durante 40 segundos y extensión a 72°C durante 1 ,5 minuto; 30 ciclos de desnaturalización a 94°C durante 40 segundos, reasociación a 65°C durante 40 segundos y extensión a 72°C durante 1 ,5 minutos; una etapa final de extensión a 72°C durante cinco minutos; y una etapa final de refrigera-ción hasta 4°C. Se utilizó un termociclador GeneAmp 9700 (Perkin Elmer Applied Bio-systems) para todas las ampliaciones por PCR. Los productos de PCR se purificaron' usando los estuches de prep. de PCR (Promega Corp.). Los productos de PCR y pBAD/HisA purificados se digirieron doblemente con Hindlll y Xhol durante tres horas a 37°C. En el medio de la digestión, se añadieron cinco unidades de SAP {shrimp al-kaline phosphatase) (Amersham Pharmacia Biotech, Inc.: Piscataway, NJ) a la digestión del vector. Los ADN digeridos se purificaron usando el estuche Clean-UP de ADN (Promega Corp.). Los productos de PCR digeridos con HindIIIIXhol purificado se ligaron a pBAD/HisA tratado con SAP con la enzima T4 ADN Ligasa (Life Technologies) en presencia de 1 X T4 tampón de ADN ligasa a 16°C durante 18 horas. Una porción de la mezcla de ligación resultante se transformó en células competentes ToplOF de E. coli ' (Novagen). Se descubrió que un plásmido recombinante, pBAD:B43fimA4, contiene el gen fimA en la orientación correcta. El FimA recombinante resultante contiene una secuencia terminal codificada por el vector (MGGSHHHHHHGMASMTGGQMGRDLYDDDDKDRWGSELEICSQYHMGI, N° ID SEC: 135), seguida por la porción madura de FimA comenzando en asparagina-20. Este plásmido se transformó en células competentes de E. coli BL21 (Nova, en) para un análisis adicional de expresión de proteínas. EXPRESIÓN Y PURIFICACIÓN DE LA PROTEÍNA FIMA RECOMBINANTE · Se descongeló una disolución madre de trabajo congelada de E. coli BL21/pBAD:B43fimA4, se sembró en una dilución 1 :5000 en caldo Luria que contenía 100 pg/ml ampicilina (1 triptona, 0,5% extracto de levadura, 0,5% NaCI) y se desarrolló en un volumen de trabajo de 5 litros en un Biorreactor BioFlo 3000 (New Brunswick Scientific; Edison, NJ) a 37°C con una velocidad de agitación de 100 rpm hasta que A625 fue 2,5-3,5. Luego se añadió L-arabinosa al cultivo a una concentración final de 0,1% para inducir la expresión de FimA. El cultivo se incubó durante tres horas adicionales. Se detectó la expresión de FimA recombinante por análisis SDSPAGE e inmu-notransferencia, usando suero anti-Express (Invitrogen) (Figura 8). La proteína FimA recombinante tuvo una masa molecular pronosticada de 45 kDa. Se cosecharon células húmedas de transformante de E. coli BL21 que expresaba FimA recombinante a partir de la fermentación de 5 litros por centrifugación y se resuspendieron en disolución salina tamponada con fosfato. Las células se lisa- ron mecánicamente. Después de la centrifugación, el sedimento se descartó. El sobrenadante se pasó por una columna de afinidad Ni2+ - y se eluyó usando un gradiente de imidazol. Las fracciones que contenían la proteína recombinante se combinaron, dializaron para eliminar el imidazol y se esterilizaron por filtración, usando un filtro de 0,2 µ? . CLONACIÓN DEL GENE OPRF A PARTIR DE AISLAMIENTOS CLÍNICOS En base a las secuencias del gen PG32, homologo de oprF de la cepa P. gingivalis W50 (Número de registro Genbank AF175714), se designaron y utilizaron (N° ID SEC 43), D0087 (N° ID SEC. 44) y KWK-Pg-03 (N° ID SEC 45) (Life Technolo-gies). Para la PCR, se utilizó el cebador D0086 (N° ID SEC. 43), junto con D0087 (N° ID SEC 44) o KWK-Pg-03 (N° ID SEC 45) en 1 X tampón PC2 (Ab Peptides), 200 µ? cada uno de dNTP, 7n5 U Klen Tag1 (Ab Peptides) y 0,15 U Pfu clonado (Stratagene; La Jolla, CA) polimerasas termoestables en un volumen de muestra final de 50 µ?. Las reacciones se llevaron a cabo en muestras triplicadas, usando una suspensión celular lavada o ADN genómico purificado como el molde de P. gulae B43, P. cansulci B46, P. circumdentaria B52, P. gulae B69, P. circumdentaría B97, P. cangingivalis B98, P. salivosa 13104, O. dentícanis B106 y P. endodontalis B114. La ampliación se llevó a cabo de la siguiente manera: desnaturalización (94°C, 9 minutos); 30-40 ciclos 'de desnaturalización (94°C, 30 segundos), reasociación (55-60°C, 30 segundos) y poli-merización (72°C, 1 ,5 minutos); con posterior extensión final a 72°C durante siete minutos. Para la ampliación en cadena por la polimerasa del homólogo de oprF de P. cangingivalis B98, se utilizó el cebador KWK-Ps-04b (N° ID SEC 81), junto con KWK-Ps-06b (N° ID SEC 83). Para la ampliación del homólogo de P. salivosa 13104, se utilizó el cebador KWK-Ps-04b (N° ID SEC 81) con KWK-Ps-05b (N° ID SEC 82). Para la ampliación del gen de O. denticanis B106, se utilizó el cebador KWK-Ps-02 (N° ID SEC 79) con KWK-Ps-03 (N° ID SEC 80). Las reacciones se llevaron a cabo en muestras triplicadas, usando ADN cromosómico purificado como el molde a partir de cepas P. cangingivalis B98, P, salivosa B104 y O. denticanis B106. La ampliación se llevó a cabo de la siguiente manera: desnaturalización (94°C, 9 minutos); 30-35 ciclos de desnaturalización (94°C, 30 segundos), reasociación (61-72°C, 30 segundos) y polimerización (72°C, 1 ,5 minutos); a esto le siguió una extensión final a 72°C durante 7 minutos. Los productos génicos ampliados por PCR se visualizaron por separación en 1 ,0% de gel de agarosa (Sigma). Los productos de PCR se purificaron usando un estuche de purificación por PCR QIAquick™ (Qiagen; Valancia, CA), y se combinó cada conjunto de muestras triplicadas. Estos fragmentos se secuenciaron luego directamente en un intento de evitar la introducción de artificios de secuencias debido a las mutaciones que surgen durante la ampliación por PCR y las etapas de clonación subsiguientes. Las mezclas combinadas se sometieron luego a un análisis de secuencia directa, usando la reacción de terminación DyeDeoxy en un secuenciador de ADN automático ABI (Lark Technologies). Se utilizaron cebadores de oligonucleótidos sintéticos (N° ID SEC 46-75) para secuenciar ambas cadenas de ADN de los productos ampliados.
Las secuencias de nucleótidos que codifican el homólogo de OprF de P. gulae B43, P. cansulci B46, P. circumdentaria B52, P. gulae B69, P. circumdentaría B97, P. cangingivalis B98, P. salivosa 13104, 0. denticanis 13106, P. cangingivalis B98, P. salivosa B104, 0. denticanis B106 y P. endontalis B114 se representan en los N° ID SEC 11 1 a 119. Se eliminó la secuencia correspondiente a los cebadores 5' y 3' utilizados para la ampliación por PCR de cada gen, ya que no puede representar la secuencia real del gen en cada una de las cepas respectivas. Los ORF codificados por los N° ID SEC 11 1 a 119 se muestran en los N° ID SEC. 120 a 128, respectivamente. Para cada uno de los ORF codificados, la secuencia terminal de aminoácidos, incluso cuando se excluyó aquella codificada por el cebador 5', aún mantuvo las características de una secuencia de señal procariótica (von Heijne, 1985, J. Mol. Biol. 184:99-105; Nielsen, H., Engelbrecht, J., Brunak, S., and von Heijne, G., 1997 Protein Engineering, 10: 1-6). Cada ORF se comparó con las bases de datos de nucleótidos y proteínas existentes, usando los programas Basis Local Align Search Tool (BLAST) (Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W., Lipman, D.J., 1990, J. Mol. Biol. 215:403-410). La entrada con la que cada uno compartió la mayor homología fue PG32 de P. gingivalis. CLONACIÓN DEL GEN OPRF DE P. QULAE B43 EN PLÁSMIDOS DE EXPRESIÓN Para los fines de expresión de proteína recombinante, se clonó el gen que codifica OprF con la secuencia que codifica su péptido de señal. Se amplió el OprF de P. gulae B43, usando los cebadores de oligonucleótidos KWK-Pg-06 (N° ID SEC 76) y KWK-Pg-03 (N° ID SEC45). Para la ampliación por cadena de polimerasa, se establecieron reacciones de 50 µ? duplicadas que contenían ADN como molde, 1 X tampón PC2, 200 pm cada dNTP, 50 p ol cada cebador, 7,5 U KlenTaql y 0,15 poli-merasa termoestable de Pfu clonado. La ampliación se llevó a cabo de la siguiente manera: desnaturalización (94°C, nueve minutos); 30 ciclos de desnaturalización (94°C, 30 seg), reasociación (60°C, 30 seg) y polimerización (72°C, 1 ,5 min), seguidos de una extensión final a 72°C durante 7 minutos. Después de la ampliación, las muestras se purificaron (Estuche de purificación por PCR QIAquick™) y se combinaron. El producto de PCR purificado se clonó directamente en el sitio de clonación TA tanto de pBAD-TOPO como de pBAD/Thio-TOPO (Invitrogen). Los productos de ligando se transformaron en células DH5a de E. coli de eficacia máxima. La secuencia amino-terminal pronosticada de la proteína codificada expresada a partir de pBAD-TOPO:OprF consiste en la secuencia codificada por el vector MGSGSGDDDDKLALM (N° ID SEC: 136) seguido inmediatamente por la secuencia que comienza en glutami-na-13 de OprF (N° ID SEC 120). Se identificó un clon que contenía el plásmido apro-piado, y el plásmido purificado se aisló de un caldo de cultivo en escala pequeña, usando un estuche QIAprep Spin Miniprep (Qiagen). Este plásmido se transformó en células de E. coli BL21 (Novagen), y se identificó un clon que contenía el plásmido apropiado. La secuencia aminoterminal pronosticada de la proteína de fusión codifi-cada expresada a partir de pBAD/Thio-TOPO: oprF debe consistir en la proteína de tioredoxina y un enlazador de un residuo de 14 aminoácidos seguido inmediatamente por la secuencia que comienza en glutamina-13 de OprF (N° ID SEC120). Se identifi- có un clon que contenía el plásmido apropiado y el plásmido purificado se aisló a partir de un caldo de cultivo en escala pequeña, usando un estuche QIAprep Spin Miniprep. Este plásmido se transformó en células de E. coli E3L21 y se identificó un clon que contenía el plásmido apropiado. También se clonó el gen oprF que carecía de la secuencia codificante del péptido de señal en dos plásmidos de expresión diferentes. Ambos plásmidos codifican el represor k sensible a temperatura c1857, que inhibe la expresión de ? promotores a 30 °C. A 42°C, el represor se inactiva y se habilita la expresión del promotor X, produciendo transcripción y traducción de alto nivel. Para clonación en estos vecto-res, se amplió el óprF de P. gulae B43, usando cebadores de oligonucleótidos KWK-Pgu-14 (N° ID SEC 77) y KWK-Pgu-15 (N° ID SEC 78). Para la ampliación en cadena por la polimerasa, sé establecieron reacciones duplicadas de 50 µ? que contenían células lavadas de P. gulae B43 como molde, 1 X tampón PC2, 200 µ? cada dNTP, 50 pMol cada cebador, 7,5 U KlenTagl y 0,15 U polimerasas termoestables de Pfu clona-do. La ampliación se llevó a cabo de la siguiente manera: desnaturalización (94°C, nueve minutos); 45 ciclos de desnaturalización (94°C, 30 segundos), reasociación (55°C, 30 segundos) y polimerización (72eC, 1 ,5 minutos), seguidos de una extensión final a 72°C durante siete minutos. Después de la ampliación, las muestras se combinaron y se digirieron con enzimas de restricción, generando salientes compatibles con los plásmidos que también habían sido Idealizados usando las mismas enzimas. Después de la digestión de restricción, el fragmento de PCR y los plásmidos se purificaron (Estuche de purificación PCR QIAquick™; Qiagen Corp.), se ligaron y se transforma- ron en células de E. coli DH5a (Novagen). La aminoterminal pronosticada consistió en la secuencia codificada por el vector MGTTTTTTSLHM (N° ID SEC: 137) seguida inmediatamente por la secuencia que comienza en Glutamina-13 de OprF (N° ID SEC 120). La proteína expresada a partir del segundo plásmido consistiría solamente en Met codificado por un vector seguido por Glutamina-13 de OprF (N° ID SEC: 120). Se identificaron los clones que contenían los plásmidos apropiados, y los plásmidos se aislaron de los caldos de cultivo en escala pequeña, usando los estuches QIAprep Spip Miniprep (Qiagen Corp.). Estos plásmidos se transformaron en células de E. coli L21 y se identificaron clones separados que contenían los plásmidos apropiados. EXPRESIÓN Y PURIFICACIÓN DE LA PROTEÍNA OPRF RECOMBINANTE Se utilizaron células de E. coli BL21 que expresan OprF recombinante (fusionadas en su terminal N al N° ID SEC: 137) para los estudios de expresión se descongeló una disolución madre congelada, se sembró en una dilución de 1 :5000 en un medio 2 X YT que contenía 50 pg/ml sulfato de kanamicina (1 ,6% triptona, 1 % ex-tracto de levadura, 0,5 NaCI) y se desarrolló en un Biorreactor con un volumen de trabajo de 5 litros BioFlo 3000 (New Brunswick Scientific; Edison, NJ) a 29°C con una velocidad de agitación de 100 rpm hasta que A625 era 2,5-3,5. Los cultivos luego se cambiaron a 42°C para inducir la expresión de OprF. El cultivo se incubó durante 3 horas adicionales. Se eliminaron las alícuotas en distintos puntos de tiempo, se centri-fugaron y se resuspendieron en tampón de muestra reductivó. Todas las muestras se analizaron en 10% de gel NuPAGE (Invitrogen, EE. UU.) (Figura 9). Se cosecharon por centrifugación células húmedas del transformante de E. coli BL21 que expresan OprF recombinante de la fermentación de 5 litros y se re-suspendieron en disolución salina tamponada con fosfato. Las células se lisaron mecánicamente'.. Después de la centrifugación, el sedimento se descartó. El sobrenadante se pasó por una columna de intercambio de iones y se eluyó usando un gra-diente de NaCI. Las fracciones que contenían la proteína recombinante se combinaron, se dializaron para eliminar el NaCI y se esterilizaron con filtro, usando un filtro de 0,2 pm. PREPARACIÓN DE BACTERINA DE CÉLULAS ENTERAS Se desarrolló un lote de 5 litros de P. gulae B43 en un fermentador, tal como se describió anteriormente, y se dividió en porciones de 1 litro. Las células en cada fracción de 1 litro (4,4 X 1012 células de P. gulae B43) se inactivaron mediante los siguientes tratamientos: exposición a 0,4% formalina durante 24 horas a 23°C, exposición a etilenimina binaria 10 mM (BEI) a pH 8,5 durante 48 horas a 37°C, calentando hasta 60°C durante 30 minutos en dos días consecutivos, y con exposición al aire durante 48 horas. Después del tratamiento de BEI, el BEI se inactivó por tratamiento con tiosulfato de sodio 50 mM. Las células se recogieron por centrifugación. Los sedimentos celulares resultantes se resuspendieron en 220 mi PBS, produciendo una concentración final de 2 X 1010 células por mi. Se mezclaron siete mi de cada una de las células inactivadas con 7 mi de adyuvante MPL + TDM (Sigma Corp.) produciendo una concentración final de 1 ,0 X 1010 células por mi. Las preparaciones de bacterina de células enteras de los primeros ocho aislamientos clínicos (P. cansulci B46, P. clrcumdentaria B52, P. gulae B69, P. cir- cumdentaria B97, P. cangingivalis B98, P. salivosa B104, O. denticanis 13106 y P. endodontalis 13114) u otras bacterias anaerobias pigmentadas se pueden preparar de modo idéntico. EFICACIA DE LA VACUNA HOMÓLOGA EN RATONES 5 En los estudios de eficacia de la vacuna homologa, los ratones se inmunizaron con dos inyecciones de 0,2 mi de cada una de las células de P. gulae B43 inactivadas anteriormente mencionadas en adyuvante MPL + TDM con un espacio de tres semanas entre una y otra. Los ratones se infectaron en el modo previamente indicado con P. gulae B43, dos semanas después de la inmunización secundaria. Cua-10 renta y dos días después de la infección, se sacrificaron los ratones y se procesaron tal como se describió previamente. La Tabla 7 muestra los resultados numéricos de las mediciones de pérdida ósea. Tabla 7. Resultados del estudio de eficacia de la vacuna homologa. Media del tratamiento Grupo Desv. SEM Pérdida % % ^ g con vacunógeno pérdida Std. ósea pérdida pérdida ósea ósea ósea (a) promedio neta (b) PBS con RIBI Ninguno A Adyuvante 0,0686 0,00862 0,00216 0 IVA (c) NA MPL+TDM
PBS con RIBI Pg 53977 0,112 0,0107 0,00266 0,0434 100 Adyuvante MPL+TDM PBS con RIBI Pg B43 Adyuvante 0,093 0,0188 0,00471 0,0244 NA MPL+TDM Formalina Pg 53977 P. gingivalis inactivada 0,098 0,0146 0,00364 0,0294 67,7 53977 con Adyuvante MPL+TDM Formalina Pg 53977 P. 0,0932 0,0109 0,00271 0,0246 56,7 gingivalis inactivada 53977 con RIBI Adyuvante MPL+TD M 20
Formali- na P. gulae B43 inactiva- Pg B43 0,082 0,0128 0,00319 0,0134 NA 54,9 da con RIBI Adyu¬
vante MPL+TD M BEI P. gulae B43 15 inactiva- da PgB43 0,107 0,0151 0,0039 0.0384 NA 157,4 con RIBI Adyuvante MPL+TD M 20
Calor P. gulae B43 inactiva- da Pg B43 0,0845 0,0113 0,00281 0,0159 NA con RIBI Adyuvante MPL+TD M Ventilación P. gulae B43 inactiva- da Pg B43 0,0746 0,00691 0,00173 0,006 con RIBI Adyuvante MPL+TD M
(a) Porcentaje calculado en base al grupo B como el grupo de control positivo. (b) Porcentaje calculado en base al grupo C como el grupo de control positivo. (c) NA = No aplicable.
Las Figuras 10, 1 1 y 12 exhiben gráficamente estos resultados. La Figura 1 1 muestra el porcentaje de pérdida ósea para el experimento de control. Las vacunas que contienen P. gingivalis 53977 inactivada con formalina y adyuvantes MPL + TDM o Freunds completo/incompleto redujeron la pérdida ósea inducida por la infec-ción con P. gingivalis 53977 en aproximadamente 32% y 43%, respectivamente. La Figura 12 muestra el porcentaje de pérdida ósea para el experimento de prueba. Las vacunas que contienen P. gulae B43 inactivada con formalina, calor o aire y adyuvante MPL + TDM redujeron la pérdida ósea inducida por la infección con P. gulae B43 en aproximadamente 45%, 35% y 75%, respectivamente. En base a estos datos, se pue-de concluir que las vacunas de P. gulae B43 inactivada con formalina, aire y calor fueron eficaces por su capacidad de reducir la pérdida ósea inducida en este modelo de superinfección. Extrapolando estos datos en el escenario clínico, estas tres vacunas probablemente serían eficaces en la prevención profiláctica de la enfermedad perio-dontal y podrían demostrar su eficacia en el tratamiento terapéutico de la enfermedad periodontal. ESTUDIO DE EFICACIA DE LA VACUNA HETERÓLOGA EN RATONES En los estudios de eficacia de la vacuna heteróloga, los ratones se inmunizaron con dos inyecciones de 0,2 mi cada una de P. gulae B43 inactivada con formalina o P. salivosa B104 inactivada con formalina y células de O. denticanis B106 en adyuvante MPL + TDM, con una separación de tres semanas entre una y otra. Los ratones se infectaron tal como se describió previamente, con P. gulae B43, P. gulae B69, P salivosa 6104 O. denticanis B106 dos semanas después de la inmunización secundaria. Cuarenta y dos días después de la infección, se sacrificaron los ratones y se procesaron tal como se describió previamente. La Tabla 8 muestra los resultados numéricos de las mediciones de pérdida ósea. . Tabla 8. Estudio de eficacia de la vacuna heteróloga en ratones.
Pérdida Pérdida % % % %
Vacu Método de Trata Desv. Grupo ósea SEM ósea pérdida pérdida pérdida pérdida nógeno inactivación miento Estd. promedio neta ósea' ósea óseac ósea"
A PBS NA Ninguno 0,088 0,0112 0,00299 0 0 0 0 0 P. gulae B PBS NA 0,101 0,0103 0,00266 0,013 100 NA* NA NA B43 P. gulae c PBS NA 0,115 0,0112 0,00289 0,027 NA 100 NA NA B69 P. salivosa D PBS NA 0,101 0,0132 0,00352 0,013 NA NA 100 NA B104 O.enticanis E PBS NA 0,0994 0,0135 0,0035 0,0114 NA NA NA 100 B106 P. gulae P. gulae F Formalina 0,0901 0,016 0,00412 0,0021 16,15 NA NA NA 843 B43 P. gulae P. gulae G Formalina 0,104 0,0166 0,00443 0,016 NA 59,26 NA NA B43 B69 P. gulae P. salivosa H Formalina 0,0926 0,01 9 0,00319 0,0046 NA NA 35,38 NA B43 B104 P. gulae 0. dentica- I Formalina 0,102 0,0124 0,00333 0,014 NA NA NA 122,8 B43 nis B106 P. Salivosa B1041/ P. gulae J 0. dentf- Formalina 0,102 0,0124 0,00333 0,014 NA 51 ,85 NA NA B69 canis B106 a El porcentaje de pérdida ósea se calcula para los ratones infectados con P. gulae B43. b El porcentaje de pérdida ósea se calcula para los ratones infectados con P. gulae B69. 0 El porcentaje de pérdida ósea se calcula para los ratones infectados con P. salivosa B104. d El porcentaje de pérdida ósea se calcula para los ratones infectados con O. denticanis B106. eNA, no aplicable. Las Figuras 13, 14, 15, 16 y 17 exhiben gráficamente estos resultados. La Figura 9 muestra la pérdida ósea neta para estos experimentos. La Figura 14 muestra el porcentaje de pérdida ósea para los grupos infectados con P. gulae B43. La P. gulae B43 inactivada con formalina y adyuvante MPL + TDM redujo la pérdida ósea inducida por la infección con P. gulae B43 en aproximadamente 84%. La Figura 15 muestra el porcentaje de pérdida ósea para los grupos infectados con P. gulae B69. Las vacunas de P. gulae B43 inactivada con formalina y P. salivosa B104/0. denticanis B106 inactivada con formalina que contienen adyuvante MPL + TDM redujeron la pérdida ósea inducida por la infección con P. gulae B69 en aproximadamente 40% y 49%, respectivamente. La Figura 16 muestra el porcentaje de pérdida ósea para los grupos infectados con P. salivosa B104. La P. gulae B43 inactivada con formalina y el adyuvante MPL + TDM redujeron la pérdida ósea inducida por P. salivosa 8104 en aproximadamente 65%. La Figura 17 muestra el porcentaje de pérdida ósea para los grupos infectados con O. denticanis B106. La P. gulae B43 inactivada con formalina con el adyuvante MPL + TDM no pudo proteger en forma cruzada contra el tratamiento con O. dentícanis B106. En base a estos datos, se puede concluir que la vacuna de P. gulae B43 inactivada con formalina y con el adyuvante MPL + TDM fue capaz de proveer protección no solamente a partir del tratamiento homólogo, sino también a partir del tratamiento heterólogo con P. gulae B69. Asimismo, se observó protección entre dos especies Porphyromonas, ya que la vacuna P. gulae B43 protegió contra el tratamiento con P. salivosa B104. Extrapolando estos datos en el escenario clínico, una vacuna multivalente probablemente sería eficaz en la prevención profiláctica de la enfermedad periodontal y podría demostrarse su eficacia en el tratamiento terapéutico de la enfermedad periodontal. ESTUDIO SEROLÓGICO DE FIMA Y OPRF DE RATÓN En los estudios de serología de la vacuna subunitaria, los ratones fueron inmunizados con dos inyecciones de 0,2 mi cada una, ya sea de FimA de P. gul'ae B43 purificada recombinantemente expresada u OprF de P. gulae B43 OprF purificada recombinantemente expresada en adyuvante QuilA/Colesterol con una separación de tres semanas entre una y otra. Se sangraron los ratones antes de la primera vacuna y dos semanas después de la inmunización secundaria. La Tabla 9 muestra los resultados numéricos, mientras que las Figuras 18 y 19 muestran los resultados gráficamente.
Tabla 9= Estudio de serología de la vacuna subunitaria en el ratón. rFimA ELISA rOprF ELISA Grupo Vacunógeno Pre-vacuna Post-vacuna Pre-yacuna Post-vacuna Disolución A 50 50 50 50 salina B rFimA +QAC 50 138889 NA NA C rOprF + QAC NA NA 50 118
Ejemplo 2 Periopatogenícidad en el modelo de tratamiento canino Para este estudio, se utilizaron diez perros sabueso con dentición de adultos. Los animales fueron anestesiados y se creó un acceso al conducto radicular de los premolares y primeros molares mandibulares, usando una fresa dental con forma de pera (Midwest Dental Products Corp; Des Plaines, IL) en una unidad dental Schein Ultima 2000 con un aplicador de alta velocidad (Henry Schein Inc.; Melville, NY). El acceso al conducto radicular se confirmó pasando una broca veterinaria barbada (21 mm, tamaño #5; Roydent Dental Products; Johnson City, TN) por el conducto hasta una profundidad aproximadamente la profundidad del conducto radicular. El tejido conectivo, los vasos y el tejido nervioso se extrajeron usando pasajes repetidos de la broca barbada. La hemorragia fue leve; la hemostasis se logró con puntos de papel estériles (Henry Schein Inc.) colocados en el conducto. En este punto fue importante asegurar que se extrajera toda contaminación inadvertida del conducto durante la perforación y el vaciado del conducto. Por lo tanto, el conducto se lavó abundante- mente con una disolución blanqueadora al 10%. Para crear una superficie apropiada para la disposición de la restauración, se grabó el esmalte que rodea el puerto de acceso, usando 40% de un gel de ácido sulfúrico (Scotchbond Etching Gel, 3M; St. Paul, MN). Con el fin de prevenir cualquier impacto en la viabilidad del material de trata-miento por disolución blanqueadora o gel ácido, se lavó el conducto radicular de adentro hacia afuera, usando una aguja endodóncica (27ga., Dentsply Pharmaceuti-cal; York, PA) y cantidades abundantes de saliva estéril. El área de acceso y el conducto se secaron con puntos de papel estériles. El material de tratamiento se preparó desarrollando la cepa P. gulae B69 en agar de sangre Brucella (Anaerobe Systems; Morgan Hill, CA), e incubando a 37°C en un entorno anaerobio (5% H2, 5% CO2, 90% N2). Las células se cosecharon y re-suspendieron en un medio SSYG estéril. Se introdujo luego una dosis de tratamiento de aproximadamente 7,5 x 108 unidades formadoras de colonias (UFC) a la cavidad del conducto expuesta de los dientes seleccionados con una aguja endodóncica. Cin-co animales recibieron el material de tratamiento (T01), mientras que los otros cinco recibieron una inoculación de control que consistía en un medio SSYG estéril (T02). El puerto de acceso se obturó luego con una combinación de ionómero de vidrio y compuesto dental de restauración curado liviano (Revolution 3; 3M). La periopatogenicidad de los organismos de tratamiento se determinó en base a los cambios en la densidad del hueso periodontal que rodea los dientes. Esta evaluación se efectuó midiendo intensidades en píxeles de radiografías digitales tomadas usando sensores de radiografías dentales computadas Schick (CDR®) y el software en las semanas de estudio 0, 3, 6, 9 y 12. Se tomaron radiografías de seis a ocho dientes por cada animal. Con el fin de obtener valores de referencia, las radiografías se tomaron inmediatamente antes del procedimiento. Después del tratamiento, las radiografías se tomaron cada tres semanas durante doce semanas posteriores al tratamiento. Las radiografías se analizaron vía dos métodos diferentes. El primero consistió en una evaluación subjetiva de las radiografías por parte de un veterinario capacitado en el análisis de radiografías dentales. En síntesis, ésta consistió en un observador capacitado que examinó las radiografías, notando las anormalidades y marcando el grado de anormalidad para cada perro en una Escala Análoga Visual. En segundo lugar, se midieron las áreas de de hueso afectado evidentes en radiografías tomadas después de 0, 6 y 12 semanas del tratamiento, usando una herramienta de medición del área dentro del software de radiografías. Esto consistió en delimitar el diámetro bruto de lesiones visibles en la radiografía, usando la herramienta de medición en línea recta dentro del software Schick CDR. A partir de la distancia resultante, se determinó el área aproximada de lesión. Se totalizaron estas áreas para cada perro y se tabularon. El análisis de las radiografías usando ambos métodos sugirió que el grupo T01 perdió más hueso periodontal que el grupo T02 (Figura 20). A partir de este estudio, se llegó a la conclusión de que se había desarrollado un modelo de tratamien-to factible. No obstante, a raíz de las dificultades en cuantificar los cambios que ocurrieron en un área tridimensional (hueso periodontal) en base a mediciones bidimen-sionales (radiografías), se buscarían métodos con cuantificación mejorada.
Ejemplo 3 Evaluación de eficacia de la vacuna trivalente en el modelo de tratamiento canino Siguiendo el desarrollo del modelo, se llevó a cabo un estudio en perros para probar la eficacia de una preparación de vacuna trivalente. La bacterina trivalente contenía P. gulae (B43), P. salivosa (8104) y O. denticanis (E31 C)6), inactivadas con formalina y con el adyuvante Quil A y colesterol, a 50 pg de cada uno por dosis. Cada cepa de bacterina se unió en una concentración aproximada de 1 x 1010 UFC/dosis de vacuna. En este estudio, se utilizaron tres grupos de ocho animales con dentición adulta. Los perros del primer grupo (T01) se vacunaron intramuscularmente (IM) con 1 mi de la vacuna trivalente. El segundo (T02) y tercer (T03) grupos fueron vacunados con 1 mi de saliva estéril de control. Todos los perros recibieron tres administraciones intramusculares (IM), con un intervalo de tres semanas entre una y otra. Tres semanas después de la administración final, los animales fueron anestesiados tal como se describió anteriormente,- y se introdujo el material de tratamiento en el conducto radicular de los premolares mandibulares y los primeros molares después de la extirpación del material de la raíz. Los perros de los grupos T01 y T02 se inocularon con tratamiento de 1 x 1010 UFC de una cepa P. gulae (B69) heteróloga, preparada tal como se describió en el Ejemplo 1. Los perros del grupo T03 se inocularon con tratamiento con medio estéril, en un intento de medir los efectos del procedimiento. Las radiografías se tomaron usando una máquina para radiografías den- tales Heliodont, sistema de captura Schick®, radiografía digital computarizada (com-putarized digital radiography o CDR) y técnicas estándar después de tres, seis, nueve y doce semanas del tratamiento. Para este estudio, una vez que se obtuvieron las radiografías digitales, se registraron primero las imágenes secuenciales de cada perro entre sí, a través de ImageJ (v1.28, NIH; Bethesda, MD), usando el TurboReg® co-nectable con una técnica de rotación a escala. Los conjuntos de imágenes registradas se calibraron luego usando una escala de grises externa con una función polinómica de 3'd grados. El área del hueso que rodea los dientes tratados, excluyendo los dientes y el aire, se perfiló luego y se registró la densidad media de ese área para cada imagen. Por lo tanto, derivó objetivamente un número que representa la "blancura" del hueso que rodea las raíces de los dientes y se dispuso para el análisis. A este número se lo denominó el "puntaje de reactividad ósea" y es una representación de la densidad ósea media. Los resultados de este estudio se muestran en la Figura 21. Los punta-jes óseos promedio para animales del grupo T02 disminuyeron o se tornaron más blancos, después del tratamiento hasta la semana 12 posterior al tratamiento, momento en el que volvieron a los niveles previos al tratamiento. Los puntajes de reactividad ósea promedio del grupo T01 y el grupo T03 también disminuyeron inicialmente, luego parecieron recuperarse prácticamente hasta los valores normales hasta la semana 12 posterior al tratamiento, momento en el que divergieron. Los controles de procedimiento del grupo T03 se tornaron más blancos, mientras que los animales vacunados del grupo T01 mantuvieron un valor promedio similar a los niveles previos al trata- miento. Por lo tanto, los perros que recibieron la vacuna pudieron recuperar la densidad ósea más rápidamente que los perros no vacunados de un tratamiento endodón-cico. Adicionalmente, el análisis del suero recogido en cada uno de los puntos de observación indicó que los animales que recibieron la vacuna generaron grandes valora-ciones de anticuerpos, contra las cepas de la vacuna y habían incrementado la reactividad cruzada contra la cepa de tratamiento (no se muestran los datos). Las radiografías se tornaron más blancas después del tratamiento, en vez de más oscuras, con una dirección más intuitiva para el caso de infecciones óseas. El hueso reacciona a la inflamación y a la infección en un modo dual, tanto perdiendo la matriz ósea como aumentando el hueso circundante para "cercar" la propagación de la infección. Las lesiones líticas-escleróticas mixtas son típicas de aquellas vistas en varias infecciones óseas, pero están influenciadas por 1) la virulencia del patógeno, 2) la edad del animal, 3) la genética del animal, y 4) la cantidad del trauma asociado con la instigación de la inflamación. Los animales utilizados en este estudio fueron jóvenes (10-14 meses de edad) y no hubo un trauma significativo en el diente ni en el hueso circundante asociado con el procedimiento de tratamiento. Estos factores, cuando se toman en cuenta junto con lo que se conoce respecto a cómo reacciona el hueso a la infección y a la inflamación, pueden explicar por qué hubo un incremento significativo en la densidad del hueso circundante. Ejemplo 4 Eficacia de la vacuna en el modelo de prueba de caninos Este estudio de eficacia de la vacuna fue similar en diseño a aquel des- crito en el Ejemplo 3. Cada grupo de tratamiento contuvo diez animales. Los perros en el grupo T01 se vacunaron y se inocularon con tratamiento; el grupo T02 no fue vacunado antes del tratamiento y el grupo T03 no fue vacunado ni inoculado. Cada vacuna contenía la cepa P. gulae B43, la cepa P. salivosa 13104 y la cepa O. denticanis B106 inactivadas con formalina, a una concentración de 1 x 107 UFC de cada cepa por dosis. El esquema de vacunación fue idéntico a aquel expuesto en el Ejemplo 3. El tratamiento inoculo fue la cepa P. gulae B69, administrada 3 semanas después de la tercera vacuna. Las radiografías se tomaron nuevamente en intervalos de 3 semanas, pero solamente hasta nueve semanas después del tratamiento, y se analizaron en un modo similar a aquel descrito en el Ejemplo 2. La Figura 22 indica los resultados del análisis de reactividad ósea. En este estudio, los animales reaccionaron al procedimiento de tratamiento con los puntajes de reactividad ósea promedio incrementados. Esto significa que las radiografías se tornaron más oscuras, correspondientemente a una disminución en la densidad ósea (Figura 23). Si bien las radiografías indicaron lesiones significativas en ambos grupos T01 y T02, el hueso en los animales no vacunados fue mucho menos denso en general que el hueso en los animales vacunados. A las nueve semanas, los puntajes de reactividad ósea promedio de los perros no vacunados en el grupo T02 fueron significativamente diferentes al grupo vacunado T01 (p = 0,05). Los perros en este estudio fueron uniformemente mayores en edad que aquellos del Ejemplo 2, y la experiencia del operador había mejorado en gran medida. Se da por sentado que estos factores contribuyeron a las reacciones que fueron más típicas de aquellos asociados con las infecciones óseas, es decir, una disminución en la densidad ósea. Por lo tanto, el modelo endodóncico de periodontitis canina es una herramienta nueva y útil para estudiar la periodontitis. No solamente tiene valor en los estudios de vacuna/tratamiento asociados con la evaluación de la vacuna, sino que tam-bién podría emplearse en los estudios de la terapia antimicrobiana y tópica. Ejemplo 5 Evaluación de reactividad sistémica y local a la vacuna Se realizó una evaluación de las reacciones de tejido sistémicas y locales a la vacuna trivalente en combinación con otras vacunas administradas a perros. Dos grupos de 5 perros, de aproximadamente 6 semanas de edad en la iniciación del estudio, se vacunaron IM a las 6, 9 y 12 semanas de edad. Se tomaron muestras de sangre antes de cada vacuna. Se examinaron todos los perros diariamente para reacciones sistémicas y locales durante 1 semana después de cada vacuna. Las temperaturas corporales se determinaron y registraron también en esos días. El grupo T01 fue vacunado con una combinación de la bacterina trivalente (preparada según lo descrito en los Ejemplos 3 y 4) a una concentración de 3 x 108 UFC de antígeno total y con adyuvante Quil A y colesterol a 50 ug de cada uno por dosis, y los siguientes componentes víricos activos e inactivos: Virus del Moquillo Canino (CDV), Adenovirus-2 Canino (CAV-2), Parvovi-rus Canino (CPV), Virus de la Parainfluenza Canina (CPI) y Coronavirus Canino (CCV). El grupo T02 recibió la bacterina trivalente a una concentración de 3 x 106 UFC y la misma combinación de componentes víricos. Los resultados de la Figura 24 ilus- tran que la vacuna trivalente, cuando se agregó a una combinación de componentes víricos típicamente administrados a cachorros, no causó reacciones sistémicas o locales adversas en los grupos de prueba. A través de esta solicitud, se hace referencia a distintas patentes, incluyendo patentes estadounidenses, por número, y a publicaciones científicas, por autor y año. Las descripciones de estas publicaciones y patentes se incorporan a la presente por referencia en su totalidad en este solicitud, con el fin de describir más completamente el estado de la técnica a la que pertenece la invención.
Claims (15)
- REIVINDICACIONES 1. - Una vacuna para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende preparaciones de células enteras inactivadas de P. gulae B43, P. salivosa B104 y O. denticanis B106 y un vehículo farmacéuticamente aceptable.
- 2. - La vacuna de acuerdo con la reivindicación 1 , en la que las bacterias se inactivaron con formalina.
- 3. - La vacuna de acuerdo con la reivindicación 1 , que además comprende por lo menos uno de Viurs del Moquillo Canino_(CDV), Adenovirus-2 Canino (CAV- · 2), Parvovirus Canino (CPV), Virus de la Parainfluenza Canina (CPI) o Coronavirus Canino (CCV).
- 4. - Un método para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos, que comprende administrar a un animal doméstico en necesidad de la misma, una vacuna de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1-3.
- 5.- Un estuche que comprende, en por lo menos un recipiente, una composición para tratar y prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticas, que comprende un vehículo farmacéuticamente aceptable y preparaciones de células enteras inactivadas de P. gulae E343, P. salivosa B104 y O. denticanis B106; en el que el estuche comprende además un conjunto de instrucciones impresas que indican que el estuche es útil para tratar o prevenir la enfermedad periodontal en animales domésticos.
- 6.- Un método para evaluar la eficacia de una vacuna contra una o más bacterias periopatogénicas, que comprende: a. administración de una vacuna que comprende una o más bacterias periopatogénicas inactivadas o atenuadas a un primer animal; b. inocular dicho animal con una cantidad eficaz de un cultivo de tratamiento que contiene una o más bacterias periopatogénicas; c. inocular un segundo animal no vacunado con la misma cantidad de dicho cultivo de tratamiento, en el que el segundo animal es de la misma especie que el primer animal; d. medir los signos clínicos de una enfermedad provocada por dichas bacterias periopatogénicas; y e. comparar los signos clínicos de enfermedad presentes en el animal vacunado con los signos clínicos de enfermedad presentes en el animal no vacunado, determinando así la eficacia de dicha vacuna.
- 7.- El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dicha vacuna comprende bacterias atenuadas o vivas de por lo menos una especie de Porphyromo-nas, Bacteriodes, Prevotella, Tannerella o Treponema.
- 8. - El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dicho cultivo de tratamiento se introduce en el conducto radicular de los dientes de los cuales se ha extirpado el material de la raíz, con posterior disposición de una restauración.
- 9. - El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dichos primero y segundo animales son animales domésticos.
- 10. - El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dicho cultivo de tratamiento comprende aproximadamente 1x102 a aproximadamente 1 x1012 unidades formadoras de colonias (UFC) por dosis de tratamiento.
- 11. - El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dicho cultivo de tratamiento comprende aproximadamente 1x105 a aproximadamente 1 x1011 unidades formadoras de colonias (UFC) por dosis de tratamiento.
- 12. - El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dicho cultivo de tratamiento comprende aproximadamente 5x107 a aproximadamente 5xl010 unidades formadoras de colonias (UFC) por dosis de tratamiento.
- 13.- El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dichos signos clínicos comprenden niveles incrementados de una o más bacterias periopatogé-nicas en el fluido crevicular gingivial, la placa o los surcos gingivales, o cambios en la cantidad de hueso alveolar.
- 14. - El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dichos cam-bios óseos ocurren en la región periapical del hueso alveolar.
- 15. - El método de acuerdo con la reivindicación 6, en el que dichos cambios óseos se cuantifican vía mediciones radiográficas.
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