MXPA06011538A

MXPA06011538A - Tirosina cinasa de receptor huerfano como un objetivo en cancer de mama.

Info

Publication number: MXPA06011538A
Application number: MXPA06011538A
Authority: MX
Inventors: Dennis J Slamon; Cindy A Wilson; Judy Dering
Original assignee: Univ California
Priority date: 2004-04-06
Filing date: 2005-04-06
Publication date: 2007-01-26
Also published as: EP1735461A1; WO2005100605A1; JP2007532111A; CA2563333A1; AU2005233564A1; US20080318212A1; EP1735461A4

Abstract

Se describen metodos y materiales relacionados a la tirosina cinasa de receptor huerfano (ROR1). ROR1 exhibe una expresion de tejido restringida en tejido de adultos normales y se sobreexpresa en ciertos subtipos de cancer de mama. ROR1 proporciona un objetivo de diagnostico y/o terapeutico para canceres de mama.

Description

TIROSINA CINASA DE RECEPTOR HUÉRFANO COMO UN OBJETIVO EN CÁNCER DE MAMA REFERENCIA CRUZADA A SOLICITUDES RELACIONADAS Esta solicitud reivindica la prioridad bajo la Sección 119 (e) de la Solicitud Provisional de E.U. Serie No. 60/559,762, presentada en Abril 6 de 2004, cuyo contenido se incorpora en la presente mediante la referencia. CAMPO DE LA INVENCIÓN La invención descrita en la presente se refiere a métodos y composiciones útiles en el diagnóstico, tratamiento y manejo de cánceres que expresan la tirosina cinasa de receptor huérfano (ROR1) , particularmente cánceres de mama. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN El cáncer es la segunda causa principal de muerte humana seguida por la enfermedad coronaria. Alrededor del mundo, millones de personas mueren de cáncer cada año. Solo en los Estados Unidos, el cáncer ocasiona la muerte de más de medio millón de personas anualmente, con cerca de 1.4 millones de nuevos casos diagnosticados al año. Aunque han declinado significativamente las muertes por enfermedad cardiaca, en general se elevan aquellas resultantes del cáncer . Alrededor del mundo, diversos cánceres permanecen como destructores principales. En particular, los carcinomas de mama, pulmón, próstata, colon, páncreas y ovario - - representan las causas principales de muerte por cáncer. Estos y virtualmente todos los otros carcinomas comparten una característica letal común. Con muy pocas excepciones, la enfermedad metastásica de un carcinoma es fatal. Además, incluso para aquellos pacientes con cáncer que sobreviven inicialmente a sus cánceres primarios, la experiencia común ha mostrado que sus vidas se alteran dramáticamente y muchos pacientes con cáncer experimentan recurrencia. Los cánceres de mama son una de las causas principales de muerte entre mujeres, estimando el riesgo acumulativo a lo largo de la vida de una mujer de desarrollar cáncer de mama de 1 en 9. Consecuentemente, la comprensión de los orígenes y subtipos de estos males asi como los modelos para la identificación de nuevas modalidades diagnósticas y terapéuticas es de significativo interés para los profesionales al cuidado de la salud. La mayoría de las mujeres que mueren por cáncer de mama sucumben, no a la enfermedad primaria original, que es comúnmente dócil a diversas terapias, sino a la extensión metastásica del cáncer de mama a sitios distantes. Este hecho subraya la necesidad de desarrollar tanto métodos diagnósticos adicionales como nuevos agentes anticáncer o formas de terapia más agresivas dirigidas específicamente contra subtipos de tumor de mama. SUMARIO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere al gen designado - tirosina cinasa de receptor huérfano R0R1, que se encuentra expresado de manera aberrante en cánceres incluyendo cánceres de mama. Los tumores de cáncer de mama que sobreexpresan R0R1 se encuentran asociados con un pobre pronóstico y el porcentaje de tumores de pobre pronóstico en el grupo R0R1 (70% esporádico) es mayor que para cualquier otro gen de pronóstico único analizado incluyendo Her-2, receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) , factor de crecimiento celular vascular endotelial (VEGF) , tirosina cinasa-3 similar a Fms (Flt3) , C-MYC, activador de plasminógeno de urocinasa (uPA) e inhibidor 1 de activador de plasminógeno (PAI-1) . Además, los cánceres de mama pueden agruparse en un número de distintos subtipos y RORl se encuentra específicamente sobrerregulado en los subtipos basal y BRCA 1. El perfil de expresión de R0R1 en tejidos adultos _ normales, combinado con la expresión aberrante observada en diversos subtipos de cáncer de mama, demuestra que R0R1 puede servir como un objetivo de diagnóstico útil para tales cánceres . La invención proporciona polinucleótidos correspondientes o complementarios a todos o parte de los genes R0R1, ARNms, y/o secuencias de codificación, preferentemente en forma aislada, incluyendo polinucleótidos que codifican para proteínas R0R1 y sus fragmentos, ADN, ARN, híbrido de ADN/ARN, y moléculas relacionadas, polinucleótidos u oligonucleótidos complementarios a los genes R0R1 o secuencias de ARNm o partes de las mismas, y polinucleótidos u oligonucleótidos que se hibridan a los genes R0R1, ARNms, o a polinucleótidos que codifican para RORl. También se proporcionan medios para aislar ADNcs y los genes que codifican para R0R1. También se proporcionan moléculas de ADN recombinante que contienen polinucleótidos R0R1, células transformadas o transducidas con tales moléculas, y sistemas de huésped-vector para la expresión de productos de gen RORl. La invención proporciona además proteínas ROR1 y sus fragmentos de polipéptido. La invención proporciona además anticuerpos que se unen a proteínas ROR1 y sus fragmentos de polipéptido, incluyendo anticuerpos policlonales y monoclonales, anticuerpos de mamífero murinos y otros, anticuerpos quiméricos, anticuerpos humanizados y completamente humanos, y anticuerpos marcados con un marcador detectable. La invención proporciona además métodos para detectar la presencia y estado de polinucleótidos y proteínas ROR1 en varias muestras biológicas (e.g., biopsias de cáncer de mama) , así como métodos para identificar células que expresan RORl. Una modalidad típica de esta invención proporciona métodos para monitorear productos de gen ROR1 en una muestra de tejido que tienen o se sospecha que tienen alguna forma de disregulación del crecimiento tal como la encontrada en diversos cánceres de mama, por ejemplo los subtipos basal y BRCA 1 como se describe en Sorlie et al.,' PNAS (2001), 98 (19) :10869-10874 , que se incorpora en la presente mediante la referencia. Una modalidad ilustrativa de la invención, es un método para examinar una muestra biológica de prueba que comprende una célula de mama humana para la evidencia de crecimiento celular alterado indicativo de un cáncer de mama evaluando los niveles de polinucleótidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (ROR1) que codifican para el polipéptido ROR1 mostrado en la SEQ ID NO: 2 en la muestra biológica, en donde el incremento en los niveles de los polinucleótidos ROR1 en la muestra de prueba en relación a una muestra de tej ido de mama normal , proporcionan evidencia de crecimiento celular alterado que es indicativo de un cáncer de mama, y en donde los niveles de polinucleótidos ROR1 en la célula se evalúan poniendo en contacto la muestra con un polinucleótido complementario ROR1 que se híbrida a una secuencia de nucleótidos ROR1 mostrada en la SEQ ID NO: 1, o a un complemento de la misma, y evaluando la presencia de un complejo de hibridación formado por la hibridación del polinucleótido complementario ROR1 con los polinucleótidos ROR1 en la muestra biológica de prueba. En ciertas modalidades de la invención, el cáncer de mama es del subtipo basal . En otras modalidades de la invención, el cáncer de mama es del subtipo BRCA 1. Una modalidad relacionada es un método para examinar una célula de mama humana para la evidencia de crecimiento celular alterado asociado con o que proporciona evidencia de un cáncer de mama evaluando los niveles de polinucleótidos tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) que codifican para el polipéptido R0R1 mostrado en la SEQ ID NO: 2 en la célula de mama humana, en donde el incremento en los niveles de los polinucleótidos R0R1 (e.g., ARNms y secuencias genómicas) en la célula de mama humana en relación a una célula de mama humana normal, proporcionan evidencia de crecimiento celular alterado asociado con o que proporciona evidencia de un cáncer de mama; y en donde los niveles de polinucleótidos R0R1 en la célula de mama humana se evalúan poniendo en contacto las secuencias endógenas de polínucleótidos R0R1 en la célula de mama humana con un polínucleótido complementario R0R1 (e.g., una sonda marcada con un marcador detectable o un iniciador PCR) y que se híbrida específicamente a una secuencia de nucleótidos R0R1 en la SEQ ID NO: 1, y evaluando la presencia de un complejo de hibridación formado por la hibridación del polinucleótido complementario ROR1 con los polinucleótidos ROR1 en la muestra (e.g., mediante un análisis Northern o PCR) de manera que se examine la evidencia de crecimiento celular alterado que se asocia con o proporciona evidencia de un cáncer de mama. Ciertas modalidades de la invención incluyen además la etapa de examinar la expresión y/o secuencias de polinucleótidos o polipéptidos Her-2 (SEQ ID NO: 3) ; EGFR (SEQ ID NO: 4) , VEGF (SEQ ID NO: 5) , tirosina cinasa similar a FMS (SEQ ID NO: 6), MYC (SEQ ID NO: 7), activador de plasminógeno de urocinasa (SEQ ID NO: 8) , inhibidor de activador de plasminógeno (SEQ ID NO: 9), BRCA 1 (SEQ ID NO: 10) o BRCA 2 (SEQ ID NO: 11) en la muestra biológica de prueba . Otra modalidad de la invención es un método para examinar una muestra biológica de prueba que comprende una célula de mama humana, para la evidencia de crecimiento celular alterado indicativo de un cáncer de mama, comprendiendo el método la evaluación de los niveles de polipéptidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (ROR1) que tienen la secuencia mostrada en la SEQ ID NO: 2 en la muestra biológica, en donde el incremento en los niveles de polipéptidos ROR1 en la muestra de prueba con relación a una muestra de tejido de mama normal proporciona evidencia de crecimiento celular alterado indicativo de un cáncer de mama; y en donde los niveles de polipéptidos ROR1 en la célula se evalúan poniendo en contacto la muestra con un anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a una secuencia de polipéptidos ROR1 mostrada en la SEQ ID NO: 2 y evaluando la presencia de un complejo formado por la unión del anticuerpo con los - polipéptidos R0R1 en la muestra. Una modalidad relacionada de la invención, es un método para examinar una célula de mama humana (e.g., de una biopsia) que se sospecha que es cancerosa para la evidencia de crecimiento celular alterado que es indicativo de un cáncer de mama, comprendiendo el método la evaluación de los niveles de polipéptidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) que tienen la secuencia mostrada en la SEQ ID NO: 2 en la célula de mama, en donde el incremento en los niveles de los polipéptidos R0R1 en la célula de mama humana en relación a una célula de mama normal (e.g., una célula normal del individuo que provee la célula de mama humana) , proporcionan evidencia de crecimiento celular alterado que es indicativo de un cáncer de mama, y en donde los niveles de polipéptidos R0R1 en la célula se evalúan poniendo en contacto la muestra con un anticuerpo (e.g., uno marcado con un marcador detectable) que se une inmunoespecíficamente a la secuencia de polipéptidos R0R1 mostrada en la SEQ ID NO: 2, y evaluando la presencia de un complejo formado por la unión del anticuerpo con los polipéptidos R0R1 en la muestra. Típicamente la presencia de un complejo se evalúa mediante un método seleccionado de un grupo que consiste de análisis ELISA, análisis Western e inmunohistoquímica. Opcionalmente, el cáncer de mama es del subtipo basal o BRCA 1. Aún otra modalidad de la invención es un método para examinar una célula humana de prueba para la evidencia de una anormalidad cromosómica que es indicativa de un cáncer humano, comparando secuencias de polinucleótidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) de la banda p31 del cromosoma 1 en una célula normal con secuencias de polinucleótidos R0R1 de la banda p31 del cromosoma 1, banda p31 en el cromosoma 1 en la célula humana de prueba para identificar una amplificación o una alteración de las secuencias de polinucleótidos R0R1 en la célula humana de prueba, en donde una amplificación o una alteración de las secuencias de polinucleótidos ROR1 en la célula humana de prueba proporciona evidencia de una anormalidad cromosómica que es indicativa de un cáncer humano. En tales métodos, el cromosoma 1, banda p31 en la célula humana de prueba se evalúa típicamente poniendo en contacto las secuencias de polinucleótidos R0R1 en la muestra de célula humana de prueba con un polinucleótido complementario R0R1 que se híbrida específicamente a una secuencia de nucleótidos ROR1 mostrada en la SEQ ID NO: 1, o a un complemento de la misma, y evaluando la presencia de un complejo de hibridación formado por la hibridación del polinucleótido complementario R0R1 con las secuencias de polinucleótidos ROR1 en la célula humana de prueba (e.g., mediante análisis Northern, análisis Southern o análisis de reacción en cadena de polimerasa) . Otra modalidad de la invención es un equipo que comprende un envase, una etiqueta en dicho envase, y una composición contenida dentro de dicho envase; en donde la composición incluye un anticuerpo y/o un polinucleótido específico R0R1 que se híbrida a un complemento del polinucleótido R0R1 mostrado en la SEQ ID NO: 1 bajo condiciones rigurosas (o que se enlaza a un polipéptido R0R1 codificado por el polinucleótido mostrado en la SEQ ID NO: 1) , la etiqueta en dicho envase indica que la composición puede utilizarse para evaluar la presencia de proteína R0R1, ARN o ADN en al menos un tipo de célula de mamífero, e instrucciones para el uso del anticuerpo y/o polinucleótido R0R1 para evaluar la presencia de proteína ROR1, ARN o ADN en al menos un tipo de célula de mamífero. La invención proporciona además diversas composiciones y estrategias terapéuticas para tratar cánceres que expresan ROR1 tales como cánceres de mama, incluyendo terapias a base de anticuerpos que ayudan a inhibir la función de 'RORl. BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS La Figura 1A muestra la secuencia de nucleótidos completa (SEQ ID NO: 1) y la Figura IB muestra la secuencia de aminoácidos completa (SEQ ID NO: 2) de RORl. Ver, e.g., Masiakoeski et al., J. Biol. Chem. 267 (36), 26181-26190 (1992); NP_005003 (gi:482868); y M97675 (gi:337464). La Figura 2A muestra cuan similares son los - subtipos de cáncer de mama (e.g., que tienen una constelación de características compartida) identificados en los conjuntos de datos tanto Rosetta/Netherlands (Van't Veer, L., J. , et al., (2002) Nature 415, 530-536) como Stanford/Norway (Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci., EUA 2001 Sep 11; 98 (19): 10869-74) . El conjunto de datos Rosetta/Netherlands es una definición restringida de clases en base al nivel de expresión de ESRl y ERBB2, así como la identificación de una mutación BRCA. El conjunto de datos Stanford/Norway es una definición de clases en base a agrupación. Los marcadores son un subconjunto de aquellos seleccionados por los autores como ejemplares para agrupaciones. Los niveles de expresión en estos conjuntos de datos se miden por medio de una proporción de intensidad loglO de la muestra a una referencia. La Figura 2B utiliza diferentes ARNs de referencia (de aquellos en la Figura 2A) para mostrar una comparación de los perfiles (e.g., patrones de expresión de gen, características citológicas etc.) de una diversidad de líneas celulares seleccionadas para representar el amplio espectro de propiedades encontradas en cánceres de mama primarios . La Figura 3A muestra que la expresión de ARNm ROR1 se encuentra específicamente sobrerregulada en tumores de cáncer de mama de los subtipos basal y BRCA1 identificados en Van't Veer, I., J. , et al., (2002) Nature 415, 530-536 - (grupos 4 y 6) . La Figura 3B muestra la expresión de ARNm ESRl, HER2 y BRCAl/2 en subtipos de cáncer de mama identificada en Van't Veer et al., supra. La Figura 3C proporciona una esquemática que muestra la expresión de ARNm R0R1 así como una diversidad de otros marcadores en varias líneas celulares. La Figura 4A es una ilustración separada de ESRl y R0R1 por pronóstico que muestra que los tumores que expresan R0R1 se encuentran asociados con un pobre pronóstico (Metástasis en menos de 5 años) en subtipos de cáncer de mama identificados en Van't Veer, I., J. , et al., (2002) Nature 415, 530-536. De 17 muestras que sobreexpresan ROR1, solo 3 tienen un buen pronóstico. 7 de las muestras tienen mutación BRCAl pero ningún dato de pronóstico, sin embargo, las mutaciones BRCAl se encuentran típicamente asociadas con un pobre desempeño. De las 10 muestras restantes, 7 tienen un pronóstico pobre. Este porcentaje de pronóstico pobre para un solo gen es el peor de los 13 genes estudiados hasta ahora. El porcentaje (70% esporádico) de tumores de pronóstico pobre en el grupo ROR1 es mayor que aquel para cualquier otro gen único de pronóstico incluyendo HER-2, EGFR, VEGF, FLT3 , MYC y PAI . La Figura 4B es una ilustración separada de HER2 por pronóstico que muestra que el cincuenta y cuatro por ciento de los tumores que sobreexpresan HER-2 son muestras de pronóstico pobre. De 13 tumores que sobreexpresan HER2 , 6 se encuentran asociados con un buen pronóstico. Ninguna muestra BRCAl sobreexpresa HER2. Aunque todas las muestras se encuentran asociadas con enfermedad nodo-negativo, en etapa temprana, más del 50% de las muestras HER2 tienen un pobre pronóstico. La Figura 5A muestra un inmunoanálisis Northern de la expresión de ARNm R0R1 en una diversidad de líneas celulares de cáncer de mama. 5 líneas celulares de cáncer de mama sobreexpresan ROR1 significativamente en comparación con células epiteliales de mama humana normales (HMECs) . ROR1 también es detectable en HMECs inmortalizadas y BT20s. este patrón de expresión es particularmente interesante porque ninguna de las líneas celulares luminales expresan R0R1 detectable. Las líneas celulares que sobreexpresan se han caracterizado ya sea como básales o mesenquimal/estromal análogas al grupo de tumor basal que muestra alta expresión RORl. Estos datos confirman la expresión de ROR1 en células de tumor. La Figura 5B muestra una gráfica en barra de la expresión de ARNm ROR1 mediante Northern (unidades de Phosphoimager) en una diversidad de células cancerosas. La Figura 5C muestra una gráfica en barra de la expresión de ARNm R0R1 mediante Northern expresada como proporción log (RORl/referencia mezclada) en una diversidad de células cancerosas . La Figura 5D muestra una gráfica en barra de la expresión de ARNm ROR1 mediante microdisposición expresada - como proporción log (RORl/referencia mezclada) en una diversidad de células cancerosas . La Figura 5E muestra una gráfica comparativa de la expresión de ARNm R0R1 mediante Northern contra la expresión de ARNm R0R1 por microdisposición. La Figura 5F y la Figura 5G muestran la detección de proteína R0R1 endógena en células CAL51 utilizando suero policlonal de conejo (los paneles izquierdos muestran las células expuestas a este anticuerpo anti-RORl) con células SKBR sirviendo como una línea celular comparativa. La Figura 6a proporciona una esquemática de ROR1 y datos de expresión relacionados al gen en tumores primarios generados en UCLA. Brevemente, se congelaron instantáneamente biopsias de núcleo de 42 cánceres de mama primarios y se analizaron. El criterio de selección para estas biopsias fue un tumor de > 2 cm. los perfiles de expresión utilizaron disposiciones de oligonucleótido Agilent de 60 mer con ARNc de tumor marcado con ARNc de referencia Cy5 Cy3. La Figura 6B proporciona un diagrama de los datos de expresión R0R1 en subtipos de cáncer nasales, que sobreexpresan HER-2 y luminales, que muestran que ROR1 es el mejor marcador del subtipo basal. La Figura 6C proporciona una gráfica de la expresión ROR1 en diversas células que muestra que ROR1 se expresa exclusivamente en cánceres de mama negativos al receptor de estrógeno (ER) . La Figura 6D - proporciona una gráfica de la expresión R0R1 en diversas células que muestra que R0R1 se expresa exclusivamente en cánceres de mama b sales (negativos al receptor andrógeno) . DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN A menos que se defina de otra manera, todos los términos técnicos, anotaciones y otra terminología científica utilizados en la presente pretenden tener los significados comúnmente entendidos por los expertos en la técnica a la cual se refiere esta invención. En algunos, los términos con significado comúnmente entendido se definen en la presente por claridad y/o para fácil referencia, y la inclusión de tales definiciones en la presente no debe tomarse necesariamente representando una diferencia sustancial con las entendidas generalmente en la técnica. las técnicas y procedimientos descritos o referidos en la presente son generalmente bien comprendidos y comúnmente empleados utilizando metodología convencional por los expertos en la técnica, tales como, por ejemplo, las metodologías de clonación molecular ampliamente utilizadas descritas en Ausubel et al., eds., 1995, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley and Sons. Según sea apropiado, los procedimientos que implican el uso de equipos y reactivos comercialmente disponibles, se llevan a cabo generalmente de acuerdo con los protocolos y/o parámetros definidos por el fabricante a menos que se anote de otra manera.

Como se utiliza en la presente, el término "polinucleótido" significa una forma polimérica de nucleótidos de al menos aproximadamente 10 bases o pares de base de longitud, ya sea ribonucleótidos o desoxinucleótidos o una forma modificada para cualquier tipo de nucleótido, y pretende incluir formas monocatenarias y bicatenarias de ADN. Como se utiliza en la presente, el término "polipéptido" significa un polímero de al menos aproximadamente 6 aminoácidos . A lo largo de la especificación, se utilizan definiciones estándar de tres letras o una sola letra para aminoácidos . Como se utilizan en la presente, los términos "hibridar" , "hibridación", "híbrida" y lo similar, utilizados en el contexto de polinucleótidos, pretenden referirse a condiciones convencionales de hibridación, preferentemente tales como hibridación en formamida al 50%/6XSSC/SDS al 0.1%/100 µg/ml de ADNss, en las cuales las temperaturas para hibridación se encuentran por arriba de 37 grados C y las temperaturas para lavado en 0. IX SSC/SDS al 0.1% se encuentran por arriba de 55 grados C, y más preferentemente a condiciones rigurosas de hibridación. La "rigidez" de las reacciones de hibridación se determina fácilmente por el de experiencia ordinaria en la técnica, y generalmente es un cálculo empírico que depende de la longitud de sonda, temperatura de lavado y concentración de sal. En general, las sondas más largas requieren más altas temperaturas para el recocido apropiado, mientras que las sondas más cortas necesitan temperaturas más bajas. La hibridación depende generalmente de la capacidad del ADN desnaturalizado para recocerse cuando se encuentran presentes cadenas complementarias en un ambiente por debajo de su temperatura de fusión. Entre más alto sea el grado de homología deseado entre la sonda y la secuencia hibridable, será más alta la temperatura relativa que puede utilizarse. Como resultado, más altas temperaturas tenderían a hacer más estrictas las condiciones de reacción, mientras que más bajas temperaturas las disminuyen. Para detalles y explicación adicional de la rigidez de las reacciones de hibridación, ver Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers (1995) . "Condiciones rígidas" o "condiciones de alta rigidez" , como se define en la presente pueden identificarse como aquellas que: (1) emplean baja resistencia iónica y alta temperatura para el lavado, por ejemplo 0.015 M de cloruro de sodio/0.0015 M de citrato de sodio/sulfato de sodio dodecil al 0.1% a 50°C; (2) emplean durante la hibridación un agente de desnaturalización, tal como formamida, por ejemplo, ' formamida al 50% (v/v) con albúmina de suero bovino al 0.1%/Ficoll al 0.1%/polivinilpirrolidona al 0.1%/50 mM de amortiguador de fosfato de sodio a un pH 6.5 con 750 mM de cloruro de sodio, 75 mM de citrato de sodio a 42 °C; o (3) emplean formamida al 50%, 5 x SSC (0.75 M de NaCl, 0.075 M de citrato de sodio), 50 mM de fosfato de sodio (pH 6.8), pirofosfato de sodio al 0.1%, 5 x de solución de Denhardt, ADN de esperma de salmón sonicado (50 µg/ml), SDS al 0.1%, y sulfato de dextran al 10% a 42 °C, con lavados a 42 °C en 0.2 x SSC (cloruro de sodio/citrato de sodio) y formamida al 50% a 55 °C, seguido por un lavado de alta rigidez que consiste de 0.1 x SSC conteniendo EDTA a 55°C. "Condiciones moderadamente rígidas" pueden identificarse como se describe en Sambrook et al., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, e incluyen el uso de solución de lavado y condiciones de hibridación (e.g., temperatura, resistencia iónica y %SDS) menos rígidas que las descritas anteriormente, un ejemplo de condiciones moderadamente rígidas es la incubación durante la noche a 37°C en una solución que comprende formamida al 20%, 5 x SSC (150 mM de NaCl, 15 mM de citrato de trisodio) , 50 mM de fosfato de sodio (pH 7.6), 5 x solución de Denhardt, sulfato de dextran al 10%, y 20 mg/ml de ADN de esperma de salmón cortado desnaturalizado, seguido por un lavado de los filtros en 1 x SSC a aproximadamente 37-50 °C. El técnico experto reconocerá cómo ajustar la temperatura, la resistencia iónica, etc., según sea necesario para acomodar factores tales como la longitud de sonda y lo - similar. En el contexto de comparaciones de secuencia de aminoácidos, el término "identidad" se utiliza para expresar el porcentaje de residuos de aminoácido en las mismas posiciones relativas que son iguales. También en este contexto, el término "homología" se utiliza para expresar el porcentaje de residuos de aminoácido en las mismas posiciones relativas que son idénticas o son similares, utilizando el criterio para aminoácido conservado del análisis BLAST, como se entiende generalmente en la técnica. Por ejemplo, los valores de identidad % pueden generarse mediante WU-BLAST-2 (Altschul et al., 1996, Methods in Enzymology 266_460-480; blast-wustl/edu/blast/READMEhtml) . Abajo se proporcionan detalles adicionales en cuanto a sustituciones de aminoácido, que se consideran conservadoras bajo tales criterios. Se proporcionan definiciones adicionales a lo largo de todas las subsecciones siguientes . Las secciones siguientes describen métodos y materiales útiles en la práctica de las diversas modalidades de la invención descritas en la presente. Los ejemplos proporcionados abajo incluyen la descripción que permite la caracterización adicional del significado de RORl en subtipos de cáncer de mama. POLINUCLEÓTIDOS R0R1 Un aspecto de la invención proporciona polinucleótidos que correspondientes o complementarios a todo o parte del gen ROR1, ARNm y/o secuencia de codificación, preferentemente en forma aislada, incluyendo polinucleótidos que codifican para una proteína R0R1 y sus fragmentos, ADN, ARN, híbrido de ADN/ARN, y moléculas relacionadas, polinucleótidos u oligonucleótidos complementarios a un gen R0R1 o secuencia de ARNm o una parte de los mismos, y polinucleótidos u oligonucleótidos que se hibridan a un gen R0R1, ARNm o a un polinucleótido que codifica R0R1 (colectivamente, "polinucleótidos RORl") . Como se utiliza en la presente, el gen y proteína R0R1 pretende incluir los genes y proteínas ROR1 específicamente descritos en la presente (ver e.g., Figura 1) y los genes y proteínas correspondientes a otras proteínas R0R1 y variantes estructuralmente similares de los anteriores . Tales otras proteínas y variantes R0R1 tendrán generalmente secuencias de codificación que son altamente homologas a la secuencia de codificación ROR1, y preferentemente compartirán al menos aproximadamente un 80% de identidad de aminoácido y al menos aproximadamente un 90% de homología de aminoácido (utilizando el criterio BLAST) , más preferentemente compartiendo el 95% o mayor homología (utilizando el criterio BLAST) . Una modalidad de un polinucleótido R0R1 es el polinucleótido R0R1 que tiene la secuencia mostrada en la Figura 1. Un polinucleótido R0R1 puede comprender un - polinucleótido que tiene la secuencia de nucleótidos de R0R1 humano como se muestra en la Figura 1, en donde T también puede ser U; un polinucleótido que codifica toda o parte de la proteína R0R1; una secuencia complementaria a los anteriores; o un fragmento de polinucleótido de cualquiera de los anteriores. Otra modalidad comprende un polinucleótido que tiene la secuencia mostrada en la Figura 1, del residuo de nucleótido número 376 al residuo de nucleótido número 3189, en donde T también puede ser U. Otra modalidad comprende un polinucleótido capaz de hibridarse bajo condiciones rígidas de hibridación al ADNc ROR1 humano mostrado en la Figura l o a un fragmento de polinucleótido del mismo. Las modalidades típicas de la invención descritas en la presente incluyen polinucleótidos R0R1 que contienen porciones específicas de la secuencia de ARNm ROR1 (y aquellas que son complementarias a tales secuencias) tales como aquellas que codifican para la proteína y sus fragmentos. Por ejemplo, las modalidades representativas de la invención descritas en la presente incluyen: polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 1 a aproximadamente el aminoácido 10 de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 20 a aproximadamente el aminoácido 30 de la proteína R0R1 mostrada en la Figura 1, - polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 30 a aproximadamente el aminoácido 40 de la proteína R0R1 mostrada en la Figura 1, polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 40 a aproximadamente el aminoácido 50 de la proteína R0R1 mostrada en la Figura 1, polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 50 a aproximadamente el aminoácido 60 de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 60 a aproximadamente el aminoácido 70 de la proteína R0R1 mostrada en la Figura 1, polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 70 a aproximadamente el aminoácido 80 de . la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 80 a aproximadamente el aminoácido 90 de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, y polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 90 a aproximadamente el aminoácido 100 de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, etc. Siguiendo este esquema, los polinucleótidos que codifican para porciones de la secuencia de aminoácidos de los aminoácidos 100-937 de la proteína ROR1 son modalidades típicas de la invención. También se contemplan los polinucleótidos que codifican porciones más grandes de la proteína RORl. Por ejemplo, los polinucleótidos que codifican aproximadamente del aminoácido 1 (o 20, o 309 o 40 etc.) a aproximadamente el aminoácido 20 - (o 30 o 40 O 50 etc.) de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1 pueden generarse mediante una variedad de técnicas muy conocidas en la técnica. Modalidades ilustrativas adicionales de polinucleótidos ROR1 incluyen las modalidades que consisten de un polinucleótido que tiene la secuencia mostrada en la Figura 1 aproximadamente del residuo de nucleótido número 1 a aproximadamente el residuo de nucleótido número 500, aproximadamente del residuo de nucleótido número 500 a aproximadamente el residuo de nucleótido número 1000, aproximadamente del residuo de nucleótido número 1000 a aproximadamente el residuo de nucleótido número 1500, aproximadamente del residuo de nucleótido número 1500 a aproximadamente el residuo de nucleótido número 2000, aproximadamente del residuo de nucleótido número 2000 a aproximadamente el residuo de nucleótido número 2500, y aproximadamente del residuo de nucleótido número 2500 a aproximadamente el residuo de nucléótido número 3358. Estos fragmentos de polinucleótido pueden incluir cualquier porción de la secuencia R0R1 como se muestra en la Figura 1, por ejemplo, un polinucleótido que tiene la secuencia mostrada en la Figura 1 aproximadamente del residuo de nucleótido número 376 al residuo de nucleótido número 3189. Los polinucleótidos de los párrafos precedentes tienen un número de diferentes usos específicos. Por - ejemplo, debido a que el gen R0R1 humano produce mapas para el cromosoma lp31.3, los polinucleótidos que codifican para diferentes regiones de la proteína R0R1 pueden utilizarse para caracterizar anormalidades citogenéticas en el cromosoma 1, banda p31 que se han identificado asociadas con diversos cánceres. En particular, se ha identificado una diversidad de anormalidades cromosómicas en lp31.3 incluyendo la pérdida de heterozigosidad, como anormalidades citogenéticas frecuentes en un número de diferentes cánceres (ver, e.g., Matthew et al., 1989, Cáncer Res. 1994 Dic. 1; 54 (23):6265-9); Chunder et al., Pathol Res. Pract. 2003 : 199 (5) :313-21. Consecuentemente, los polinucleótidos que codifican para regiones de la proteína R0R1 proporcionan nuevas herramientas que pueden utilizarse para delinear con mayor precisión que la previamente posible, la naturaleza específica de las anormalidades citogenéticas en esta región del cromosoma 1 que pueden contribuir al fenotipo maligno. En este contexto, estos polinucleótidos satisfacen la necesidad en la técnica de extender la sensibilidad de la visualización cromosómica a fin de identificar anormalidades cromosómicas más sutiles y menos comunes (ver, e.g., Evans et al., 1994, Am. J. Obstet . Gynecol. 171 (4) : 1055-1057) . Alternativamente, dado que ROR1 muestra encontrarse expresado de manera aberrante en cánceres de mama, en particular los subtipos BRCA 1 y basal, los polinucleótidos descritos en la presente pueden utilizarse en métodos que establecen el estado de los productos de gen R0R1 en tejidos normales contra cancerosos y/o para caracterizar subtipos de cáncer de mama. Típicamente, los polinucleótidos que codifican para las regiones específicas de la proteína R0R1 pueden utilizarse para establecer los niveles de ARNm R0R1 en una célula así como la presencia de perturbaciones (tales como supresiones, inserciones, mutaciones de punto, etc.) en regiones específicas de los productos de gen RORl. Análisis ejemplares incluyen tanto análisis RT-PCR como análisis de polimorfismo de conformación monocatenario (SSCP) (ver, e.g., Marrogi et al., 1999, J. Cutan. Pathol. 26 (8) :369-378) , de los cuales ambos utilizan polinucleótidos que codifican para regiones específicas de una proteína para examinar estas regiones dentro de la proteína. Otras modalidades específicamente contempladas de la invención descrita en la presente son ADN genómico, ADNcs, ribozimas y moléculas de antisentido, así como moléculas de ácido nucleico en base a una estructura alternativa o incluyendo bases alternativas, ya sea derivadas de fuentes naturales o sintetizadas. Por ejemplo, las moléculas de antisentido pueden ser ARNs u otras moléculas, incluyendo ácidos nucleicos de péptido (PNAs) o moléculas no de ácido nucleico tales como derivados de fosforotioato, que se unen específicamente a ADN o ARN de manera dependiente del par de - base . El técnico experto puede obtener fácilmente estas clases de moléculas de ácido nucleico utilizando los polinucleótidos R0R1 y las secuencias de polinucleótidos descritas en la presente. La tecnología de antisentido comprende la administración de oligonucleótidos exógenos que se unen a un polinucleótido objetivo ubicado dentro de las células. El término "antisentido" se refiere al hecho de que tales oligonucleótidos son complementarios a sus objetivos intracelulares, e.g., RORl. Ver por ejemplo, Jack Cohén, 1988 OLIGODEOXYNUCLEOTIDES , Antisense Inhibitors of Gene Expression, CRC Press; y Synthesis 1:1-5 (1988). Los oligonucleótidos de antisentido R0R1 de la presente invención incluyen derivados tales como S-oligonucleótidos (derivados de fosforotioato o S-oligos, ver, Jack Cohén, supra) , que exhiben acción inhibidora mejorada del crecimiento de célula cancerosa. S-oligos (fosforotioatos nucleosida) son análogos isoelectrónicos de un oligonucleótido (0-oligo) en los cuales un átomo de oxígeno de no puente del grupo fosfato se reemplaza por un átomo de azufre. Los S-oligos de la presente invención pueden prepararse por medio del tratamiento de los O-oligos correspondientes con 3H-1,2-benzoditiol-3-ona-1, 1-dióxido, que es un reactivo de transferencia de azufre. Ver, Iyer, R. P. et al., 1990, J. Org. Chem. 55:4693-4698; e Iyer, R. P. et al., 1990, J. Am.

- - Chem. Soc, 112:1253-1254, cuya descripción se incorpora totalmente por la referencia en la presente. Los oligonucleótidos de antisentido R0R1 adicionales de la presente invención incluyen oligonucleótidos de antisentido morfolino conocidos en la técnica (ver, e.g., Partridge et al., 1996, Antisense & Nucleic Acid Drug Development 6:169-175) . Los oligonucleótidos de antisentido R0R1 de la presente invención típicamente pueden ser ARN o ADN complementario a y que se híbrida de manera estable con los primeros 100 codones de terminación N o los últimos 100 codones de terminación C de la secuencia genómica ROR1 o el ARNm correspondiente. Aunque no se requiere la complementariedad absoluta, son deseables altos grados de complementariedad. El uso de un oligonucleótido complementario a esta región permite la hibridación selectiva a ARNm R0R1 y no a ARNm especificando otras subunidades reguladoras de proteína cinasa. Preferentemente, los oligonucleótidos de antisentido R0R1 de la presente invención son un fragmento de 15 a 30 mer de la molécula de ADN de antisentido que tiene una secuencia que se híbrida a ARNm RORl. Opcionalmente, el oligonucleótido de antisentido RORl es un oligonucleótido de 30 mer que es complementario a una región en los primeros 10 codones de terminación N y los últimos 10 codones de terminación C de RORl.

Alternativamente, las moléculas de antisentido se modifican para emplear ribozimas en la inhibición de la expresión R0R1 (L. A. Couture & D. T. Stinchcomb, 1996, Trends. Genet., 12:510-515) . Modalidades específicas adicionales de este aspecto de la invención incluyen iniciadores y pares de iniciadores que permiten la amplificación específica de los polinucleótidos de la invención o de cualquier parte específica de los mismos, y sondas que se hibridan selectivamente o específicamente a moléculas de ácido nucleico de la invención o a cualquier parte de las mismas. Las sondas pueden marcarse con un marcador detectable, tal como, por ejemplo, un radioisótopo, compuesto fluorescente, compuesto bioluminiscente, un compuesto quimioluminiscente, quelador de metal o enzima. Tales sondas e iniciadores pueden utilizarse para detectar la presencia de un polinucleótido ROR1 en una muestra y un medio para detectar una célula que expresada proteína ROR1. Ejemplos de tales sondas incluyen polipéptidos que comprenden todas o parte de las secuencias humanas de ADNc ROR1 mostradas en la Figura 1. Ejemplos de pares de iniciadores capaces de amplificar específicamente ARNms ROR1 se producen fácilmente por los expertos en la técnica. Como se entenderá por el técnico experto, pueden prepararse muchos diferentes iniciadores y sondas en base a las secuencias proporcionadas en la presente y utilizarse efectivamente para amplificar y/o detectar un ARNm RORl. Como se utiliza en la presente, se dice que un polinucleótido se encuentra "aislado" cuando se encuentra sustancialmente separado de polinucleótidos contaminantes que corresponden o son complementarios a genes diferentes al gen R0R1 o que codifican para polipéptidos diferentes al producto del gen R0R1 o sus fragmentos . Un técnico experto puede emplear fácilmente procedimientos de aislamiento de ácido nucleico para obtener un polinucleótido ROR1 aislado. Los polinucleótidos ROR1 de la invención son útiles para una diversidad de propósitos, incluyendo pero sin limitarse a su uso como sondas e iniciadores para la amplificación y/o detección de el (los) gen(es) ROR1, ARNm(s) , o sus fragmentos; como reactivos para el diagnóstico y/o pronóstico del cáncer de mama (e.g., subtipos específicos de cáncer de mama) y otros cánceres; como secuencias de codificación capaces de dirigir la expresión de polipéptidos ROR1; como herramientas para modular o inhibir la expresión de el (los) gen (es) ROR1 y/o la translación de transcripción (es) ROR1; y como agentes terapéuticos. AISLAMIENTO DE MOLÉCULAS DE ÁCIDO NUCLEICO QUE CODIFICAN PARA ROR1 Las secuencias de ADNc ROR1 descritas en la presente, permiten el aislamiento de otros polinucleótidos que codifican para el (los) producto (s) del gen R0R1, así como el aislamiento de polinucleótidos que codifican para homólogos del producto del gen R0R1, alternativamente isoformas separadas, variantes alélicas y formas mutantes del producto del gen ROR1. Son muy conocidos diversos métodos que pueden emplearse para aislar ADNcs de longitud total que codifican para un gen ROR1 (Ver, e.g., Sambrook J. et al., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a ed. , Cold Spring Harbor Press, New York; Ausubel et al., Eds., 1995, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley and Sons) . Por ejemplo, pueden emplearse convenientemente metodologías de clonación fago lambda, utilizando sistemas de clonación comercialmente disponibles (e.g., Lambda ZAP Express, Stratagene) . Los clones fago que contienen ADNcs del gen ROR1 pueden identificarse probando con una ADNc ROR1 marcado o un fragmento del mismo. Por ejemplo, en una modalidad, el ADNc ROR1 (Figura 1) o una porción del mismo, puede sintetizarse y utilizarse como una sonda para la recuperación de ADNcs sobrepuestos y de longitud total correspondientes a un gen RORl. El gen R0R1 en sí puede aislarse mediante bibliotecas de visualización de ADN genómico, bibliotecas bacteriales de cromosoma artificial (BACs) , bibliotecas de levadura de cromosoma artificial (YACs) y lo similar, con sondas o iniciadores de ADN ROR1. MOLÉCULAS DE ADN RECOMBINANTE Y SISTEMAS DE HUÉSPED-VECTOR - La invención proporciona también moléculas de ADN o ARN recombinante que contienen un polinucleótido R0R1, incluyendo, pero sin limitarse a fagos, plásmidos, fagémidos, cósmidos, YACs, BACs, así como diversos vectores virales y no virales muy conocidos en la técnica, y células transformadas o transfectadas con tales moléculas de ADN o ARN recombinante. Como se utiliza en la presente una molécula de ADN o ARN recombinante es una molécula de ADN o ARN que se ha sometido a manipulación molecular in vitro. Los métodos para generar tales moléculas son muy conocidos (ver, e.g., Sambrook et al., 1989, supra). La invención proporciona además un sistema de huésped-vector que comprende una molécula de ADN recombinante que contiene un polinucleótido R0R1 dentro de una célula huésped procariótica o eucariótica. Ejemplos de células huésped eucarióticas incluyen una célula de levadura, una célula vegetal, o una célula animal, tal como una célula de mamífero o una célula de insecto (e.g., una célula infectiva de baculovirus tal como Sf9 o célula HighFIve) . Ejemplos de células de mamífero adecuadas incluyen diversas líneas celulares de cáncer de mama tales como MDA 231, MCF-7, otras líneas celulares de cáncer de mama transfectables o transducibles, así como un número de células de mamífero rutinariamente utilizadas para la expresión de proteínas recombinantes (e.g., células COS, CHO, MCF-7) . Más - particularmente, puede utilizarse un polinucleótido que comprende la secuencia de codificación de R0R1 para generar proteínas R0R1 o sus fragmentos utilizando cualquier número de sistemas de huésped-vector rutinariamente utilizados y ampliamente conocidos en la técnica. Un amplio rango de sistemas de huésped-vector adecuados para la expresión de proteínas R0R1 o sus fragmentos, se encuentran disponibles (ver, e.g., Sambrook et al., 1989, supra; Current Protocols ín Molecular Biology, 1995, supra) . Los vectores comunes para expresión en mamíferos incluyen pero no se limitan a ADNpc 3.1 myc-His-tag (Invitrogen) y el vector retroviral pSRatkneo (Muller et al., 1991, MCB 11:1785). Utilizando estos vectores de expresión, ROR1 puede expresarse preferentemente en diversas líneas celulares de cáncer de mama y no de mama, incluyendo por ejemplo, MCF-7, rat-1, NIH 3T3 y TsuPrl . Los sistemas de huésped-vector de la invención son útiles para la producción de una proteína ROR1 o fragmento de la misma. Tales sistemas de huésped-vector pueden emplearse para estudiar las propiedades funcionales de ROR1 y mutaciones de RORl. La proteína ROR1 humana recombinante puede producirse mediante células de mamífero transfectadas con una estructura que codifica para ROR1. En una modalidad ilustrativa descrita en los Ejemplos, las células MCF-7 pueden transfectarse con un plásmido de expresión que codifica para R0R1, la proteína R0R1 se expresa en las células MCF-7 y la proteína R0R1 recombinante puede aislarse utilizando métodos de purificación estándar (e.g., purificación de afinidad utilizando anticuerpos anti-RORl) . En otra modalidad, también descrita en los Ejemplos en la presente, la secuencia de codificación R0R1 se subclona en el vector retroviral pSRaMSVtkneo y se utiliza para infectar diversas líneas celulares de mamífero, tales como NIH 3T3 , MCF-7 y rat-1 a fin de establecer líneas celulares que expresan RORl. También pueden emplearse otros varios sistemas de expresión muy conocidos en la técnica. las estructuras de expresión que codifican para un péptido guía unidas en marco a la secuencia de codificación R0R1 pueden utilizarse para la generación de una forma secretada de proteína RORl recombinante . Las proteínas codificadas por los genes ROR1, o sus fragmentos, tendrán una diversidad de usos, incluyendo, pero sin limitarse a la generación de anticuerpos y en métodos para identificar ligantes u otros agentes y constituyentes celulares que se unen a un producto de gen RORl. Los anticuerpos cultivados contra una proteína ROR1 o un fragmento de la misma pueden ser útiles en análisis diagnósticos y pronósticos, y las metodologías de visualización en el manejo de cánceres humanos caracterizados por la expresión de proteína ROR1, incluyendo pero sin limitarse a cánceres de mama. Tales anticuerpos pueden expresarse intracelularmente y utilizarse en métodos para el tratamiento de pacientes con tales cánceres . Diversos análisis inmunológicos útiles para la detección de proteínas R0R1 se contemplan, incluyendo pero sin limitarse a diversos tipos de radioinmunoanálisis, análisis inmunoabsorbentes unidos a enzimas (ELISA) , análisis inmunofluorescentes unidos a enzimas (ELIFA) , métodos inmunohistoquímicos, y lo similar. Tales anticuerpos pueden marcarse y utilizarse como reactivos de visualización inmunológicos capaces de detectar células que expresan ROR1 (e.g., en métodos de visualización radioescintigráficos) . Las proteínas ROR1 también pueden ser particularmente útiles para la generación de vacunas para cáncer, como se describe adicionalmente abajo. POLIPÉPTIDOS ROR1 Otro aspecto de la presente invención proporciona proteínas R0R1 y sus fragmentos polipéptido. Las proteínas RORl de la invención incluyen aquellas específicamente identificadas en la presente, así como variantes alélicas, variantes de sustitución conservadoras y homólogos que pueden aislarse/generarse y caracterizarse sin experimentación indebida siguiendo los métodos descritos abajo. También se incluyen proteínas de fusión que combinan partes de diferentes proteínas ROR1 o sus fragmentos, así como las proteínas de fusión de una proteína R0R1 y un polipéptido heterólogo. Tales proteínas R0R1 se referirán colectivamente como las proteínas R0R1, las proteínas de la invención o RORl. Como se utiliza en la presente, el término "polipéptido R0R1" se refiere a un fragmento polipéptido o una proteína R0R1 de al menos 6 aminoácidos, preferentemente de al menos 15 aminoácidos . Modalidades específicas de proteínas R0R1 comprenden un polipéptido que tiene la secuencia de aminoácidos de R0R1 humano como se muestra en la Figura 1. Alternativamente, las modalidades de proteínas R0R1 comprenden polipéptidos variantes que tienen alteraciones en la secuencia de aminoácidos de R0R1 humano como se muestra en la Figura 1. En general, las variantes alélicas de origen natural de ROR1 humano compartirán un alto grado de identidad y homología estructural (e.g., 90% o más identidad) . Típicamente, las variantes alélicas de las proteínas ROR1 contendrán sustituciones de aminoácido conservadoras dentro de las secuencias R0R1 descritas en la presente, o contendrán una sustitución de un aminoácido de una posición correspondiente en un homólogo R0R1. Una clase de variantes alélicas R0R1 serán las proteínas que comparten un alto grado de homología con al menos una pequeña región de una secuencia de aminoácidos ROR1 particular, pero contendrán además una salida radical de la secuencia, tal como una sustitución, truncación, inserción o desplazamiento de marco no conservadora . Las sustituciones de aminoácido conservadoras pueden producirse frecuentemente en una proteína sin alterar ya sea la conformación o la función de la proteína. Tales cambios incluyen la sustitución de cualquiera de isoleucina (I) , valina (V) , y leucina (L) , por cualquier otro de estos aminoácidos hidrófobos; ácido aspártico (D) , ácido, glutámico (E) , y viceversa; glutamina (Q) por asparagina (N) y viceversa; y serina (S) por treonina (T) y viceversa. Otras sustituciones también pueden considerarse conservadoras, dependiendo del entorno del aminoácido particular y de su papel en la estructura tridimensional de la proteína. Por ejemplo, glicina (G) y alanina (A) frecuentemente pueden ser intercambiables, como alanina (A) y valina (V) . Metionina (M) , que es relativamente hidrófoba, frecuentemente puede intercambiarse con leucina e isoleucina, y algunas veces con valina. Lisina (K) y arginina (R) frecuentemente son intercambiables en ubicaciones en las cuales la característica significativa del residuo aminoácido es su carga y los pKs diferentes de estos dos residuos de aminoácido no son significativos . Aún otros cambios pueden considerarse "conservadores" en entornos particulares. Las modalidades de la invención descritas en la presente incluyen una amplia variedad de variantes aceptadas en la técnica de proteínas R0R1 tales como polipéptidos que tienen inserciones, supresiones y sustituciones de aminoácido. Las variantes R0R1 pueden producirse utilizando métodos conocidos en la técnica tales como mutagénesis dirigida al sitio, exploración alanina, y mutagénesis PCR. La mutagénesis dirigida al sitio (Cárter et al., 1986, Nucí. Acids Res., 13:4331; Zoller et al., 1987, Nucí. Acids Res., 10:6487), mutagénesis de cásete (Wells et al., 1985, Gene 34:315), mutagénesis de selección por restricción (Wells et al., 1986, Philos . Trans. R. Soc. London Ser. A., 317:415) u otras técnicas conocidas pueden efectuarse en el ADN clonado para producir el ADN variante RORl . También puede emplearse análisis de aminoácidos de exploración para identificar uno o más aminoácidos a lo largo de una secuencia contigua. Entre los aminoácidos de exploración comunes se encuentran aminoácidos neutros relativamente pequeños. Tales aminoácidos incluyen alanina, glicina, serina y cisteína. Alanina es típicamente un aminoácido de exploración común entre este grupo debido a que elimina la cadena lateral más allá del carbono beta y es menos probable que altere la conformación de la cadena principal de la variante . Alanina también se utiliza típicamente porque es el aminoácido más común. Además, se encuentra frecuentemente en posiciones tanto sepultadas como expuestas (Creighton, The Proteins, (W. H. Freeman & Co., N.Y.); Chothia, 1976, J. Mol. Biol., - 150:1) . Si la sustitución alanina no produce cantidades adecuadas de variante, puede utilizarse un aminoácido isostérico . Como se trató anteriormente, las modalidades de la invención reivindicada incluyen polipéptidos que contienen menos que 937 secuencias de aminoácidos de la proteína R0R1 mostradas en la Figura 1 (y los polinucleótidos que codifican para tales polipéptidos). Por ejemplo, las modalidades representativas de la invención descritas en la presente incluyen polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 1 a aproximadamente el aminoácido 10 de la proteína RORl mostrada en la Figura 1, polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 20 a aproximadamente el aminoácido 30 de la proteína R0R1 mostrada en la Figura 1, polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 30 a aproximadamente el aminoácido 40 de la proteína R0R1 mostrada en la Figura 1, polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 40 a aproximadamente el aminoácido 50 de la proteína RORl mostrada en la Figura 1, polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 50 a aproximadamente el aminoácido 60 de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 60 a aproximadamente el aminoácido 70 de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 70 a aproximadamente el aminoácido 80 de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 80 a aproximadamente el aminoácido 90 de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1, y polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 90 a aproximadamente el aminoácido 100 de la proteína R0R1 mostrada en la Figura 1, etc. Siguiendo este esquema, los polipéptidos que consisten de las porciones de la secuencia de aminoácidos de los aminoácidos 100-937 de la proteína R0R1 son modalidades típicas de la invención. Los polipéptidos que consisten de porciones más grandes de la proteína ROR1 también se contemplan. Por ejemplo, los polipéptidos que consisten aproximadamente del aminoácido 1 (0 20 o 30 o 40 etc.) a aproximadamente el aminoácido 20, (0 30, o 40 o 50 etc.) de la proteína ROR1 mostrada en la Figura 1 pueden generarse mediante una diversidad de técnicas muy conocidas en la técnica. Los polipéptidos de los párrafos precedentes tienen un número de diferentes usos específicos . Dado que R0R1 se muestra altamente expresado en ciertos subtipos de cáncer de mama en comparación con el tejido de mama normal correspondiente, estos polipéptidos pueden utilizarse en métodos que establecen el estado de los productos de gen ROR1 en tejidos normales contra cancerosos y que elucidan el fenotipo maligno. Típicamente, los polipéptidos que - codifican regiones específicas de la proteína ROR1 pueden utilizarse para establecer la presencia de perturbaciones (tales como supresiones, inserciones, mutaciones de punto, etc.) en regiones específicas de los productos de gen RORl. Los análisis ejemplares pueden utilizar anticuerpos que se dirigen a un polipéptido ROR1 que contiene los residuos de aminoácido de uno o más de los motivos biológicos contenidos dentro de la secuencia de polipéptidos ROR1 a fin de evaluar las características de esta región en tejidos normales contra cancerosos. Alternativamente, los polipéptidos ROR1 que contienen los residuos de aminoácido de uno o más de los motivos biológicos contenidos dentro de la secuencia de polipéptidos ROR1 pueden utilizarse para visualizar por factores que interactúan con esa región de R0R1. Como se trató anteriormente, la redundancia en el código genético permite la variación en secuencias de gen RORl. En particular, el técnico experto reconocerá las preferencias de codón específicas mediante una especie huésped específica y pueden adaptar la secuencia descrita como se prefiera para un huésped deseado. Por ejemplo, ciertas secuencias de codón tienen típicamente codones raros (i.e., codones que tienen una frecuencia de uso menos que aproximadamente el 20% en secuencias conocidas del huésped deseado) reemplazados con codones de más alta frecuencia. Las preferencias de codón para un organismo específico pueden calcularse, por ejemplo, utilizando tablas de uso de codón disponibles en la internet en la siguiente dirección: www.dna.affrec.go.jp/-nakamura/codon-html. Las secuencias de nucleótido que se han optimizado para una especie huésped particular reemplazando cualquiera de los codones que tienen una frecuencia de uso menor que aproximadamente 20% se refieren en la presente como "secuencias optimizadas de codón" . Se conocen modificaciones de secuencia adicionales para mejorar la expresión de proteína en un huésped celular. Estas incluyen la eliminación de secuencias que codifican para señales espurias de poliadenilación, señales de sitio de separación de exón/intrón, repeticiones similares a transposon, y/o otras secuencias muy caracterizadas que pueden ser dañinas para la expresión del gen. El contenido GC de la secuencia puede ajustarse a niveles promedio para un huésped celular dado, como se calcula mediante la referencia a genes conocidos expresados en la célula huésped. Cuando es posible, la secuencia también puede modificarse para evitar estructuras de ARNm secundarias del hairpin predicho. Otras modificaciones útiles incluyen la adición de una secuencia de consenso translacional de iniciación en el inicio del marco de lectura abierta, como se describe en Kozak, 1989, Mol. Cell Biol., 9:5073-5080. Las secuencias de nucleótidos que se han optimizado para la expresión en una especie huésped dada por eliminación de secuencias espurias de poliadenilación, eliminación de señales de separación de exón/intrón, eliminación de repeticiones similares a transposon y/o optimización del contenido GC en adición a la optimización de codón, se refieren en la presente como una "secuencia de expresión mejorada" . Las proteínas R0R1 pueden constituirse de muchas formas, preferentemente en forma aislada. Como se utiliza en la presente, se dice que una proteína se encuentra "aislada" cuando se emplean métodos físicos, mecánicos o químicos para retirar la proteína ROR1 de los constituyentes celulares que se asocian normalmente con la proteína. Un técnico experto puede emplear fácilmente métodos estándar de purificación para obtener una proteína ROR1 aislada. Una molécula de proteína ROR1 purificada se encontrará sustancialmente libre de otras proteínas o moléculas que dañan la unión de R0R1 a anticuerpo u otro ligante . La naturaleza y grado de aislamiento y purificación dependerán del uso pretendido. Las modalidades de proteína ROR1 incluyen una proteína ROR1 purificada y una proteína ROR1 funcional soluble. En una forma, tales proteínas R0R1 funcionales solubles o sus fragmentos retienen la capacidad de unir un anticuerpo u otro ligante. La invención proporciona también polipéptidos ROR1 que comprenden fragmentos biológicamente activos de la secuencia de aminoácidos R0R1, tales como un polipéptido correspondiente a parte de la secuencia de aminoácidos para R0R1 como se muestra en la Figura 1. Tales polipéptidos de la invención exhiben propiedades de la proteína R0R1 tales como la capacidad de emitir la generación de anticuerpos que se unen específicamente a un epítope asociado con la proteína RORl. Los polipéptidos R0R1 pueden generarse utilizando tecnología estándar de síntesis de péptido o utilizando métodos de división química muy conocidos en la técnica en base a las secuencias de aminoácido de las proteínas ROR1 descritas en la presente. Alternativamente, pueden utilizarse métodos recombinantes para generar moléculas de ácido nucleico que codifican un fragmento de polipéptido de una proteína RORl. A este respecto, las moléculas de ácido nucleico que codifican para ROR1 descritas en la presente proporcionan medios para generar fragmentos definidos de proteínas RORl. Los polipéptidos ROR1 son particularmente útiles para generar y caracterizar anticuerpos específicos del dominio (e.g., anticuerpos que reconocen un epítope extracelular o intracelular de una proteína R0R1) , en la identificación de agentes o factores celulares que se unen a RORl o un dominio estructural particular del mismo, y en diversos contextos terapéuticos, incluyendo pero sin limitarse a vacunas para el cáncer.

- Los polipéptidos R0R1 que contienen estructuras particularmente interesantes pueden predecirse y/o identificarse utilizando diversas técnicas analíticas muy conocidas en la técnica, incluyendo, por ejemplo, los métodos de análisis Chou-Fasman, Garnier-Robson, Kyte-Doolittle, Eisenberg, Karplus-Schultz o Jameson-Wolf, o en base a inmunogenicidad. Los fragmentos que contienen tales estructuras son particularmente útiles en la generación de anticuerpos anti-RORl específicos de subunidad o en a identificación de factores celulares que se unen a RORl. En una modalidad descrita en los siguientes ejemplos, R0R1 puede expresarse convenientemente en células (tales como células MCF-7) transfectadas con un vector de expresión comercialmente disponible tal como un vector de expresión conducido por CMV que codifica para R0R1 con un 6Xhis de terminación C y marca MYC (pcDNA3.1/mycHIS, Invitrogen o Tag5, GenHunter Corporation, Nashville TN) . El vector Tag5 proporciona una señal de secreción IgGK que puede utilizarse para facilitar la producción de una proteína R0R1 secretada en células transfectadas. El R0R1 marcado con HIS en el medio de cultivo puede purificarse utilizando una columna de níquel utilizando técnicas estándar. El R0R1 de la presente invención también puede modificarse de una manera para formar una molécula quimérica que comprende ROR1 fusionado a otro polipéptido heterólogo o - - secuencia de aminoácidos. En una modalidad, tal molécula quimérica comprende una fusión del R0R1 con una marca de epítope polihistidina que proporciona un epítope al cual puede unirse selectivamente el níquel inmovilizado. La marca de epítope se coloca generalmente en la terminación amino o carboxilo del RORl. En una modalidad alternativa, la molécula quimérica puede comprender una fusión del R0R1 con una inmunoglobulina o una región particular de una inmunoglobulina. Para una forma bivalente de la molécula quimérica (también referida como "inmunoadhesina" ) , tal fusión podría ser a la región Fe de una molécula IgG. Las fusiones Ig incluyen preferentemente la sustitución de una forma soluble (dominio transmembrana suprimido o inactivado) de un polipéptido ROR1 en lugar de al menos una región variable dentro de una molécula Ig. En modalidades particulares, la fusión de inmunoglobulina incluye las regiones de unión CH2 y CH3 , o la unión CH1, CH2 y CH3 de una molécula IgGl . Para la producción de fusiones de inmunoglobulina ver también Patente de E.U. No. 5,428,130 expedida en Junio 27, 1995. En algunas modalidades de la invención, la proteína de fusión incluye solo el dominio tipo C2 similar a Ig de ROR1 (Q73-V139 de la SEQ ID NO: 2) . En algunas modalidades de la invención, la proteína de fusión incluye solo el dominio frizzled de ROR1 (E165-I299 de la SEQ ID NO: 2) . En - algunas modalidades de la invención, la proteína de fusión incluye solo el dominio kringle de R0R1 (K312-C391 de la SEQ ID NO: 2) . En otras modalidades de la invención, la proteína de fusión incluye 2 o alternativamente 3 de estos dominios R0R1. ANTICUERPOS R0R1 El término "anticuerpo" se utiliza en el sentido más amplio y cubre específicamente anticuerpos monoclonales anti-RORl únicos (incluyendo anticuerpos agonistas, antagonistas y de neutralización) y composiciones de anticuerpo anti-RORl con especificidad poliepitópicas . El término "anticuerpo monoclonal" (mAb) como se utiliza en la presente se refiere a un anticuerpo obtenido de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, i.e., los anticuerpos que comprenden la población individual son idénticos excepto por posibles mutaciones de origen natural que pueden encontrarse presentes en cantidades menores . Otro aspecto de la invención proporciona anticuerpos que se unen a proteínas y polipéptidos RORl. Los anticuerpos más comunes se unirán específicamente a una proteína ROR1 y no se unirán (o se unirán débilmente) a proteínas y polipéptidos no RORl. Los anticuerpos anti-RORl que se contemplan particularmente incluyen anticuerpos monoclonales y policlonales así como fragmentos que contienen el dominio de unión de antígeno y/o una o más regiones - - determinantes de complementariedad de estos anticuerpos . Como se utiliza en la presente, un fragmento de anticuerpo se define como al menos una porción de la región variable de la molécula de inmunoglobulina que se une a su objetivo, i.e., la región de unión de antígeno. Los anticuerpos R0R1 de la invención pueden ser particularmente útiles en análisis de diagnóstico y pronóstico del cáncer de mama, y metodologías de visualización. Los anticuerpos expresados intracelular ente (e.g., anticuerpos monocatenarios) pueden ser terapéuticamente útiles en el tratamiento de cánceres en los cuales se encuentra implicada la expresión de RORl, tales como por ejemplo, cánceres de mama avanzados y metastáticos . Tales anticuerpos pueden ser útiles en el tratamiento, diagnóstico y/o pronóstico de otros cánceres, al grado de que R0R1 también se expresa o se sobreexpresa en otros tipos de cánceres tales como cánceres de mama. La invención también proporciona diversos análisis inmunológicos útiles para la detección y cuantificación de proteínas y polipéptidos ROR1 y ROR1 mutantes. Tales análisis generalmente comprenden uno o más anticuerpos ROR1 capaces de reconocer y unir una proteína ROR1 o ROR1 mutante, según sea apropiado, y pueden efectuarse dentro de diversos formatos de análisis inmunológicos muy conocidos en la técnica, incluyendo, pero sin limitarse a diversos tipos de radioinmunoanálisis, análisis inmunoabsorbentes unidos a enzimas (ELISA) , análisis inmunofluorescentes unidos a enzimas (ELIFA) y lo similar. Adicionalmente, también se proporcionan por la invención métodos de visualización inmunológica capaces de detectar cáncer de mama y otros cánceres que expresan R0R1, incluyendo pero sin limitarse a métodos de visualización radioescintigráfica utilizando anticuerpos marcados con R0R1. Tales análisis pueden ser clínicamente útiles en la detección, monitoreo y pronóstico de cánceres que expresan ROR1 tales como el cáncer de mama. Los anticuerpos R0R1 también pueden utilizarse en métodos para purificación de proteínas y polipéptidos ROR1 y R0R1 mutantes y para el aislamiento de homólogos ROR1 y moléculas relacionadas. Por ejemplo, en una modalidad, el método para purificar una proteína ROR1 comprende la incubación de un anticuerpo ROR1, que se ha acoplado a una matriz sólida, con un lisado u otra solución que contiene ROR1 bajo condiciones que permiten que el anticuerpo ROR1 se una a ROR1; el lavado de la matriz sólida para eliminar impurezas; y la elución de R0R1 a partir del anticuerpo acoplado. Otros usos de los anticuerpos R0R1 de la invención incluyen la generación de anticuerpos anti-idiotípicos que minimizan la proteína RORl. Se conocen bien en la técnica diversos métodos para la preparación de anticuerpos. Por ejemplo, los anticuerpos pueden prepararse inmunizando un huésped mamífero adecuado utilizando una proteína, péptido o fragmento R0R1 en forma aislada o inmunoconjugada (Harlow y Lañe Eds., 1988, Antibodies: A Laboratory Manual, CSH Press; Harlow, 1989, Antibodies, Cold Spring Harbor Press, NY) . Adicionalmente, también pueden utilizarse proteínas de fusión de R0R1 tales como una proteína R0R1 de fusión GST. En una modalidad particular, puede producirse una proteína de fusión GST que comprende toda o la mayoría de la secuencia de aminoácidos del marco de lectura abierta de la Figura 1 y utilizarse como un inmunógeno para generar anticuerpos apropiados . En otra modalidad, un péptido RORl puede sintetizarse y utilizarse como un inmunógeno . Adicionalmente, pueden utilizarse técnicas ?e inmunización de ADN desnudo conocidas en la técnica (con o sin proteína R0R1 purificada o células que expresan ROR1) para generar una respuesta inmune al inmunógeno codificado (para revisión, ver Donnelly et al., 1997, Ann. Rev.

Immunol., 15:617-648). La secuencia de aminoácidos del ROR1 como se muestra en la Figura 1 puede utilizarse para seleccionar regiones específicas de la proteína ROR1 para generar anticuerpos. Por ejemplo, pueden utilizarse análisis de hidrofobicidad e hidrofilicidad de la secuencia de aminoácidos ROR1 para identificar regiones hidrófilas en la - estructura ROR1. Las regiones de la proteína ROR1 que muestran estructura inmunogénica, así como otras regiones y dominios, pueden identificarse fácilmente utilizando otros varios métodos conocidos en la técnica, tales como análisis Chou-Fasman, Garnier-Robson, Kyte-Doolittle, Eisenberg, Karplus-Schultz o Jameson-Wolf. Se conocen en la técnica métodos para preparar una proteína o polipéptido para uso como un inmunógeno y para preparar conjugados inmunogénicos de una proteína con un vehículo tal como BSA, KLH u otras proteínas vehículo. En algunas circunstancias, pueden utilizarse la conjugación directa utilizando, por ejemplo, reactivos carbodiimida; en otras circunstancias, pueden ser efectivos reactivos de unión tales como aquellos suministrados por Pierce Chemical Co., Rockford, IL. La administración de un inmunógenos ROR1 se conduce generalmente mediante inyección durante un período de tiempo adecuado y con el uso de un adyuvante adecuado, y se comprende generalmente en la técnica. Durante el programa de inmunización, pueden tomarse titulaciones de anticuerpos para determinar la adecuación de la formación de anticuerpo. Los anticuerpos monoclonales R0R1 pueden producirse mediante diversos medios muy conocidos en la técnica. por ejemplo, pueden prepararse líneas celulares inmortalizadas que secretan un anticuerpo monoclonal deseado utilizando la tecnología estándar de hibridoma de Kohler y Milstein o - modificaciones que inmortalizan la producción de células B, como se conoce en general. Las líneas celulares inmortalizadas que secretan los anticuerpos deseados se visualizan mediante inmunoanálisis en los cuales el antígeno es la proteína R0R1 o un fragmento R0R1. Cuando se identifica el cultivo celular inmortalizado apropiado que secreta el anticuerpo deseado, las células pueden expandirse y producir los anticuerpos ya sea a partir de cultivos in vitro o a partir de fluido de ascitos . Los anticuerpos o fragmentos también pueden producirse utilizando tecnología actual, mediante medios recombinantes . Las regiones que se unen específicamente a las regiones deseadas de la proteína ROR1 también pueden producirse en el contexto de anticuerpos quiméricos o injertados con CDR de origen de especies múltiples. Los anticuerpos R0R1 humanizados o humanos también pueden producirse para uso en contextos terapéuticos . Son muy conocidos los métodos para humanizar anticuerpos murinos y otros no humanos sustituyendo una o más de las CDRs de anticuerpo no humano por secuencias humanas correspondientes (ver, por ejemplo, Jones et al., 1986, Nature 321:522-525; Riechmann et al., 1988, Nature 332:323-327; Verhoyen et al., 1988, Science 239:1534-1536). Ver también, Cárter et al., 1993, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 89:4285 y Sims et al., 1993, J. Immunol . 151:2296. Los métodos para producir anticuerpos - monoclonales completamente humanos incluyen métodos de despliegue fago y transgénicos (para revisión, ver Vaughan et al., 1998, Nature Biotechnology 16:535-539). Los anticuerpos monoclonales R0R1 humanos pueden generarse utilizando tecnologías de clonación que emplean grandes bibliotecas combinatoriales del gen Ig humano (i.e., despliegue fago) (Griffiths y Hoogenboom, Building an in vivo immune system: human antibodies from phage display libraries, en: Clark, M. , ed., 1993, Protein Engineering of Antibody Molecules for Prophylactic and Therapeutic Applications in Mann, Nottingham Academic pp 45-64; Burton y Barbas, Human Antibodies from combinatorial libraries, Id., pp 65-82) . Los anticuerpos monoclonales R0R1 completamente humanos también pueden producirse utilizando ratones transgénicos fabricados para contener sitios de gen de inmunoglobulina humana como se describe en la Solicitud de Patente PCT WO 98/24893, Kucherlapati y Jakobobits et al . , publicada en Diciembre 3 de 1997 (ver, también Jakobobits, 1998, Exp . Opin. Invest . Drugs 7 (4) : 607-614) . Este método evita la manipulación in vitro requerida con la tecnología de despliegue fago y produce eficientemente anticuerpos humanos auténticos de alta afinidad. La reactividad de anticuerpos R0R1 con una proteína R0R1 puede establecerse por un número de medios muy conocidos, incluyendo inmunoanálisis western, - inmunoprecipitación, análisis ELISA y FACS utilizando, según sea apropiado, proteínas R0R1, péptidos, células que expresan R0R1 o extractos de las mismas . Un anticuerpo R0R1 o su fragmento, de la invención puede marcarse con un marcador detectable o conjugarse a una segunda molécula. Los marcadores detectables adecuados incluyen, pero no se limitan a, un radioisótopo, un compuesto fluorescente, un compuesto bioluminiscente, un compuesto quimioluminiscente, un quelador de metal o una enzima. Una segunda molécula para conjugación al anticuerpo ROR1 puede seleccionarse de acuerdo con el uso pretendido. Por ejemplo, para uso terapéutico, la segunda molécula puede ser una toxina o agente terapéutico. Además, los anticuerpos biespecíficos específicos para dos o más epítopes R0R1 pueden generarse utilizando métodos generalmente conocidos en la técnica. los anticuerpos homodiméricos también pueden generarse mediante técnicas de reticulación conocidas en la técnica (e.g., Wolff et al., 1993, Cáncer Res., 53:2560-2565) . Una modalidad ilustrativa de la invención es un anticuerpo aislado que se une específicamente a una secuencia de polipéptidos R0R1 mostrada en la Figura 1 (SEQ ID NO: 2) . Opcionalmente, este anticuerpo aislado se une a la región extracelular de ROR1 (M1-V406 de la SEQ ID NO: 2) . En ciertas modalidades de la invención, el anticuerpo aislado se - une específicamente al dominio tipo C2 similar a Ig de R0R1 (Q73-V139 de la SEQ ID NO: 2) . En otras modalidades de la invención, el anticuerpo aislado se une específicamente al dominio frizzled de R0R1 (E165-I299 de la SEQ ID NO: 2) . En otras modalidades de la invención, el anticuerpo aislado se une específicamente al dominio kringle de R0R1 (K312-C391 de la SEQ ID NO: 2) . Otra modalidad de la invención es una inmunotoxina que es un conjugado de un residuo cototóxico y uno de estos anticuerpos. Opcionalmente, el anticuerpo es un fragmento de anticuerpo que comprende una región de unión de antígeno que se une específicamente a ROR1 (e.g., un fragmento Fab). Típicamente uno o más de estos anticuerpos sub-regulará el ROR1 y/o es capaz de activar el complemento en un paciente tratado con una cantidad efectiva de los anticuerpos y/o es capaz de mediar la citotoxicidad celular dependiente del anticuerpo en un paciente, con una cantidad efectiva del anticuerpo. En ciertas modalidades de la invención, uno o más de estos anticuerpos elimina y/o reduce la carga del tumor en un paciente tratado con una cantidad efectiva del anticuerpo. En ciertas modalidades de la invención, la célula de tumor es un carcinoma de mama humano del subtipo BRCAl y/o basal . Otra modalidad relacionada de la invención es un hibridoma que produce uno de estos anticuerpos que se une específicamente a RORl. Otra modalidad relacionada de la - invención es una composición que comprende uno de estos anticuerpos que se une específicamente a R0R1 y un vehículo farmacéuticamente aceptable. Aún otra modalidad de la invención es un análisis para detectar un tumor (e.g., un cáncer de mama) que comprende las etapas de exponer una célula a uno de estos anticuerpos y después determinar el grado de unión del anticuerpo a la célula. Una modalidad relacionada de la invención es un anticuerpo que se une específicamente al dominio extracelular del ROR1 e inhibe el crecimiento de células de tumor que sobreexpresan ROR1 en un paciente tratado con una cantidad efectiva del anticuerpo. En ciertas modalidades de la invención, la célula de tumor es un carcinoma de mama humano del subtipo BRCAl y/o basal. Opcionalmente, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal murino. Típicamente, el anticuerpo sub-regula el ROR1 y/o es capaz de activar el complemento en un paciente y/o es capaz de mediar la citotoxicidad celular dependiente del anticuerpo en un paciente. Una modalidad relacionada de la invención es una inmunotoxina que es un conjugado de un residuo citotóxico y este anticuerpo. Otra modalidad relacionada de la invención es un hibridoma que produce este anticuerpo. Otra modalidad de la invención es un anticuerpo que se une específicamente a ROR1 e inhibe el crecimiento de células tumorales HCC1187, Cal51, MB468, MDA-MB-231, HCC1395, - - HS578T, HCC70, HCC1143, HCC1937, HCC2157, MDA-MB-436, BT-20, 184A1, MB157, MCF12A, 184B5 o Colo824 (ver e.g., Figura 5) en el cultivo celular por más del 20% a una concentración de anticuerpo de aproximadamente 0.5, 1, 5, 10 o 30 µg/ml. Típicamente, estas células de tumor se cultivan en un medio de cultivo que comprende suero fetal bovino al 10% y la inhibición de crecimiento se determina aproximadamente seis días después de la exposición de las células de tumor al anticuerpo. Típicamente, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal . Opcionalmente este anticuerpo monoclonal se une a la región extracelular de ROR1 (M1-V406 o Q30-V406 de la SEQ ID NO: 2) . En ciertas modalidades de la invención, el anticuerpo monoclonal se une al dominio tipo C2 similar a Ig de ROR1 (Q73-V139 de la SEQ ID NO : 2) . En otras modalidades de la invención, el anticuerpo monoclonal se une al dominio frizzled de ROR1 (E165-I299 de la SEQ ID NO: 2) . En otras modalidades de la invención, el anticuerpo monoclonal se une al dominio kringle de ROR1 (K312-C391 de la SEQ ID NO: 2) . En algunas modalidades de la invención, este anticuerpo sub-regula ROR1 en una célula de tumor que sobreexpresa este polipéptido e inhibe el crecimiento de células de tumor en un paciente tratado con una cantidad terapéuticamente efectiva de este anticuerpo. En ciertas modalidades de la invención, la célula de tumor es un carcinoma de mama humano del subtipo BRCAl y/o basal. Típicamente, el anticuerpo es capaz de - - activar el complemento en un paciente y/o es capaz de mediar la citotoxicidad celular dependiente del anticuerpo en un paciente. Una modalidad relacionada de la invención es una inmunotoxina que es un conjugado de un residuo citotóxico y este anticuerpo. Otra modalidad relacionada de la invención es un hibridoma que produce este anticuerpo. Aún otra modalidad de la invención es un método para inhibir el crecimiento de células de tumor que sobreexpresan R0R1 que comprende la administración a un paciente de un anticuerpo que se une específicamente al dominio extracelular del ROR1 en una cantidad efectiva para inhibir el crecimiento de las células de tumor en el paciente. En ciertas modalidades de la invención, la célula de tumor es un carcinoma de mama humano del subtipo BRCAl y/o basal. Típicamente, el anticuerpo es capaz de activar el complemento en un paciente y/o es capaz de mediar la citotoxicidad celular dependiente del anticuerpo en un paciente . Una modalidad relacionada de la invención es una inmunotoxina que es un conjugado de un residuo citotóxico y este anticuerpo. Otra modalidad relacionada de la invención es un hibridoma que produce este anticuerpo. Aún otra modalidad de la invención es un método para inhibir el crecimiento de células de tumor que sobreexpresan ROR1 que comprende la administración a un paciente de un anticuerpo que comprende una región de unión - de antígeno que se une específicamente a un dominio extracelular del R0R1 en una cantidad efectiva para inhibir el crecimiento de células de tumor en un paciente, en donde el anticuerpo no se encuentra conjugado a un residuo citotóxico. En ciertas modalidades de la invención, la célula de tumor es un carcinoma de mama humano del subtipo BRCAl y/o basal. Una modalidad relacionada de la invención es un método para el tratamiento del cáncer que sobreexpresa R0R1, que comprende la administración a un paciente de un anticuerpo que comprende una región de unión de antígeno que se une específicamente a un dominio extracelular del RORl en una cantidad efectiva para eliminar o reducir la carga de tumor en el paciente, en donde el anticuerpo no se encuentra conjugado a un residuo citotóxico. Opcionalmente, el paciente tiene cáncer de mama. Aún otra modalidad de la invención es un método para el tratamiento de cáncer, que comprende identificar a un paciente con cáncer caracterizado por la amplificación del gen HER2 y/o la sobreexpresión del R0R1, y administrar al paciente así identificado un anticuerpo que comprende una región de unión de antígeno que se une específicamente a un dominio extracelular del ROR1 en una cantidad efectiva para inhibir el crecimiento del cáncer del paciente. Otra modalidad de la invención es un método para tratar a un paciente que tiene un carcinoma que sobreexpresa R0R1, que comprende la administración al paciente de un anticuerpo que se une específicamente al dominio extracelular del R0R1 en una cantidad efectiva para eliminar o reducir la carga de tumor en el paciente. En ciertas modalidades de la invención, la célula de tumor es un carcinoma de mama humano del subtipo BRCAl y/o basal. Típicamente, este anticuerpo es un anticuerpo monoclonal. En algunas modalidades de la invención, este anticuerpo sub-regula el R0R1 en una célula de tumor que sobreexpresa este polipéptido e inhibe el crecimiento de las células tumorales en un paciente tratado con una cantidad terapéuticamente efectiva de este anticuerpo. Típicamente el anticuerpo es capaz de activar el complemento en un paciente y/o es capaz de mediar la citotoxicidad celular dependiente del anticuerpo en un paciente. Una modalidad relacionada de la invención es una inmunotoxina que es un conjugado de un residuo citotóxico y este anticuerpo. Otra modalidad relacionada de la invención es un hibridoma que produce este anticuerpo. Otras modalidades relacionadas de la invención incluyen métodos para la preparación de un medicamento para el tratamiento de condiciones patológicas incluyendo cáncer de mama preparando una composición de anticuerpo anti-RORl para administración a un mamífero que tiene la condición patológica. Un método relacionado es el uso de una cantidad efectiva de un anticuerpo anti-RORl en la preparación de un - medicamento para el tratamiento de un cáncer de mama. Otro método relacionado es el uso de una cantidad efectiva de un anticuerpo anti-RORl en la preparación de un medicamento para el tratamiento de un cáncer de mama basal . Un método relacionado es el uso de una cantidad efectiva de un anticuerpo anti-RORl en la preparación de un medicamento para el tratamiento de un cáncer de mama BRCAl . Aún otra modalidad relacionada el es uso de un anticuerpo anti-RORl en la fabricación de un medicamento para inhibir la acción de ROR1 en un paciente. Tales métodos típicamente implican las etapas de incluir una cantidad de un anticuerpo anti-RORl suficiente para inhibir la señalización de R0R1 en vivo, y una cantidad apropiada de un vehículo fisiológicamente aceptable. Como se conoce en la técnica, pueden incluirse otros agentes opcionales en estas preparaciones. ANIMALES TRANSGÉNICOS R0R1 También pueden utilizarse ácidos nucleicos que codifican para R0R1 o sus formas modificadas para generar ya sea animales transgénicos o animales "knock out" que, a su vez, son útiles en el desarrollo y visualización de reactivos terapéuticamente útiles. Un animal transgénico (e.g., un ratón o rata) , es un animal que tiene células que contienen un transgen que se introdujo en el animal o ancestro del animal en una etapa prenatal, e.g., embriónica. Un transgen es un ADN que se integra en el genoma de una célula de la cual se desarrolla un animal transgénico. En una modalidad, puede utilizarse ADNc que codifica para R0R1 para clonar el ADN genómico que codifica para R0R1 de acuerdo con técnicas establecidas y las secuencias genómicas utilizadas para generar animales transgénicos que contienen células que expresan el ADN que codifica para R0R1. Los métodos para la generación de animales transgénicos, particularmente animales tales como ratones o ratas, se han vuelto convencionales en la técnica y se describen, por ejemplo, en las Patentes de E.U. Nos. 4,736,866 y 4,870,009. Típicamente, se dirigirán células particulares para la incorporación del transgen RORl con mej oradores específicos del tejido. Los animales transgénicos que incluyen una copia de un transgen que codifica para R0R1 introducido en la línea germinal del animal en una etapa embriónica, pueden utilizarse para examinar el efecto del aumento de expresión de ADN que codifica para RORl. Tales animales pueden utilizarse como animales de prueba para reactivos que se cree que confieren protección, por ejemplo, de condiciones patológicas asociadas con su sobreexpresión. De acuerdo con esta faceta de la invención, un animal se trata con el reactivo y una incidencia reducida de la condición patológica, en comparación con animales no tratados que portan el transgen, indicaría una intervención terapéutica potencial para la condición patológica.

- Alternativamente, los homólogos no humanos de R0R1 pueden utilizarse para construir un animal "knock out" de R0R1 que tiene un gen defectuoso o alterado que codifica para R0R1 como resultado de la recombinación homologa entre el gen endógeno que codifica para R0R1 y el ADN genómico alterado que codifica para R0R1 introducido en una célula embriónica del animal. Por ejemplo, puede utilizarse el ADNc que codifica para R0R1 para clonar el ADN genómico que codifica para R0R1 de acuerdo con técnicas establecidas. Una porción del ADN genómico que codifica para R0R1 puede suprimirse o reemplazarse con otro gen tal como el gen que codifica para un marcador seleccionable que puede utilizarse para monitorear la integración. Típicamente, se incluyen varias kilobases de ADN lateral no alterado (en los extremos tanto 5' como 3') en el vector (ver, e.g., Thomas y Capecchi, 1987, Cell 51:503) para una descripción de vectores homólogos de recombinación) . El vector se introduce en una línea de célula progenitora embriónica (e.g., mediante electroporación) y se seleccionan las células que ha recombinado de manera homologa el ADN introducido con el ADN endógeno (ver, e.g., Li et al., 1992, Cell 69:915). Las células seleccionadas se inyectan entonces en un blastocito de un animal (e.g., un ratón o rata) para formar quimeras de agregación (ver, e.g., Bradley en Robertson ed. , 1987, Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells: A Practical Approach, (IRL, Oxford) , pp. 113-152) . Un embrión quimérico puede entonces implantarse en un animal hembra adoptivo semipreñado adecuado y llevar a término el embrión para crear un animal "knock out" . La progenie que alberga el ADN recombinado de manera homologa en sus células germinales puede identificarse mediante técnicas estándar y utilizarse para criar animales en los cuales todas las células del animal contienen el ADN recombinado de manera homologa. Los animales Knock out pueden caracterizarse por ejemplo, por su capacidad para defenderse contra ciertas condiciones patológicas y por su desarrollo de condiciones patológicas debido a la ausencia del polipéptido RORl. MÉTODOS PARA LA DETECCIÓN DE ROR1 Otro aspecto de la presente invención se refiere a métodos para detectar polinucleótidos y proteínas ROR1 y sus variantes, así como a métodos para identificar una célula que expresa RORl. El perfil de expresión de ROR1 lo hace un marcador diagnóstico potencial para cáncer de mama y subtipo de cáncer de mama. En este contexto, el estado de los productos de gen R0R1 puede proporcionar información útil para predecir una diversidad de factores incluyendo susceptibilidad a enfermedad en etapa avanzada, grado de progreso, y/o agresividad del tumor. Como se trata en detalle abajo, el estado de los productos de gen ROR1 en muestras de pacientes puede analizarse mediante una diversidad de protocolos muy conocidos en la técnica incluyendo análisis inmunohistoquímico, la variedad de técnicas de inmunoanálisis Northern incluyendo hibridación in situ, análisis RT-PCR (por ejemplo, en muestras micro disectadas de captura láser) , análisis western y análisis de ordenamiento de tejido. Más particularmente, la invención proporciona análisis para la detección de polinucleótidos R0R1 en una muestra biológica, tal como una biopsia de mama y lo similar. Los polinucleótidos ROR1 detectables incluyen, por ejemplo, un gen ROR1 o sus fragmentos, ARNm ROR1, ARNms ROR1 de variante de separación alternativa, y moléculas de ADN o ARN recombinante que contienen un polinucleótido RORl. Se conoce bien en la técnica un número de métodos para amplificar y/o detectar la presencia de polinucleótidos ROR1 y pueden emplearse en la práctica de este aspecto de la invención. En una modalidad, un método para detectar un ARNm ROR1 en una muestra biológica comprende producir ADNc a partir de la muestra mediante transcripción inversa utilizando al menos un iniciador; amplificar el ADNc así producido utilizando polinucleótidos ROR1 como iniciadores de sentido y antisentido para amplificar los ADNcs ROR1 en los mismos; y detectar la presencia del ADNc ROR1 amplificado. Opcionalmente, puede determinarse la secuencia del ADNc ROR1 amplificado. En otra modalidad, un método para detectar un - gen R0R1 en una muestra biológica comprende primero aislar el ADN genómico de la muestra; amplificar el ADN genómico aislado utilizando polinucleótidos R0R1 como iniciadores de sentido y antisentido para amplificar el gen en los mismos; y detectar la presencia del gen R0R1 amplificado. Cualquier número de combinaciones de sonda de sentido y antisentido apropiada puede diseñarse a partir de las secuencias de nucleótido proporcionadas para el R0R1 (Figura 1) y utilizarse para este propósito. La invención también proporciona análisis para detectar la presencia de una proteína RORl en un tejido de otra muestra biológica tal como preparaciones de célula de mama y lo similar. Los métodos para detectar una proteína ROR1 también son muy conocidos e incluyen, por ejemplo, inmunoprecipitación, análisis inmunohistoquímico, inmunoanálisis Western, análisis de unión molecular, ELISA, ELIFA y lo similar. Por ejemplo, en una modalidad, un método para detectar la presencia de una proteína ROR1 en una muestra biológica comprende primero poner en contacto la muestra con un anticuerpo ROR1, un fragmento reactivo a ROR1 del mismo, o una proteína recombinante que contiene una región de unión de antígeno de un anticuerpo ROR1; y después detectar la unión de la proteína R0R1 en la muestra al mismo. En algunas modalidades de la invención, la expresión de proteínas ROR1 en una muestra se examina utilizando protocolos de coloración inmunohistoquímica. La coloración inmunohistoquímica de secciones de tejido ha mostrado ser un método confiable para establecer la alteración de proteínas en un tejido heterólogo. Las técnicas de inmunohistoquímica (IHC) utilizan un anticuerpo para probar y visualizar antígenos celulares in situ, generalmente mediante métodos cromogénicos o fluorescentes . Esta técnica es excelente debido a que evita los efectos no deseados de desagregación y permite la evaluación de las células individuales en el contexto de morfología. Además, la proteína objetivo no se altera por el proceso de congelamiento . Ciertos protocolos que examinan la expresión de proteínas R0R1 en una muestra, implican típicamente la preparación de una muestra de tej ido seguida por inmunohistoquímica. Se proporcionan abajo protocolos ilustrativos. Para preparación de muestras, puede utilizarse cualquier muestra de tejido de un sujeto. Ejemplos de muestras de tejido que pueden utilizarse incluyen pero no se limitan a tejido de mama. La muestra -de tejido puede obtenerse mediante una diversidad de procedimientos incluyendo, pero sin limitarse a excisión quirúrgica, aspiración o biopsia. El tejido puede encontrarse fresco o congelado. En una modalidad la muestra de tejido se fija y se embebe en parafina o lo similar. La muestra de tejido - puede fijarse (i.e., preservarse) mediante metodología convencional (Ver, e.g., "Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology" , 3a edición, (1960) Lee G. Luna, HT (ASCP) Editor, The Blakston División McGraw Hill Book Company, New York; The Armed Forces Institute of Pathology Advanced Laboratory Methods in Histology and Pathology (1994) Ulreka V. Mikel, Editor, Armed Forces Institute of Pathology, American Registry of Pathology, Washington, D.C.). El experto en la técnica apreciará que la selección de un fijador se determina por el propósito para el cual va a colorearse histológicamente el tejido o analizarse de otra manera. El experto en la técnica apreciará también que la longitud de fijación depende del tamaño de la muestra de tejido y del fijador utilizado. A modo de ejemplo, puede utilizarse formalina neutra amortiguada, Bouin o paraformaldehído para fijar una muestra de tejido. Generalmente, la muestra de tejido se fija primero y después se deshidrata a través de una serie ascendente de alcoholes, se infiltra y se embebe con parafina u otro medio de seccionamiento de manera que la muestra de tejido pueda seccionarse. Alternativamente, puede seccionarse el tejido y fijar las secciones obtenidas. A modo de ejemplo, la muestra de tejido puede embeberse y procesarse en parafina mediante metodología convencional (Ver e.g., "Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology" , supra). Ejemplos de parafina que pueden utilizarse incluyen, pero no se limitan a, Paraplast, Broloid, y Tissuemay. Una vez embebida la muestra de tejido, la muestra puede seccionarse mediante un microtomo o lo similar (Ver, e.g., "Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology" supra) . A modo de ejemplo para este procedimiento, las secciones pueden variar de aproximadamente tres mieras a aproximadamente cinco mieras de grosor. Una vez seccionadas, las secciones pueden unirse a portaobjetos mediante diversos métodos estándar. Ejemplos de adhesivos de portaobjetos incluyen, pero no se limitan a, silano, gelatina, poli-L-lisina y lo similar. A modo de ejemplo, las secciones embebidas en parafina pueden unirse a portaobjetos de carga positiva y/o portaobjetos recubiertos con poli-L-lisina. Si se ha utilizado parafina como material de embebido, las secciones de tejido generalmente se desparafinizan y se rehidratan en agua. Las secciones de tejido pueden desparafinizarse mediante diversas metodologías convencionales estándar. Por ejemplo, pueden utilizarse xilenos y una serie gradualmente descendente de alcoholes (Ver, e.g., "Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology" , supra) . Alternativamente, pueden utilizarse agentes de desparafinización no orgánicos tales como Hemo-De7 (CMS, Houston, Texas) . Subsecuente a la preparación del tejido, una sección de tejido puede someterse a inmunohistoquímica (IHC) . IHC puede efectuarse en combinación con técnicas adicionales tales como coloración morfológica y/o hibridación de fluorescencia in situ. Dos métodos generales de IHC se encuentran disponibles: análisis directos e indirectos. De acuerdo con el primer análisis, la unión del anticuerpo al antígeno objetivo se determina directamente. Este análisis directo utiliza un reactivo marcado, tal como una marca fluorescente o un anticuerpo primario marcado con enzimas, que puede visualizarse sin interacción adicional del anticuerpo. En un análisis típico indirecto, el anticuerpo primario no conjugado se une al antígeno y después un anticuerpo secundario marcado se une al anticuerpo primario. Cuando el anticuerpo secundario se conjuga a una marca enzimática, se agrega un sustrato cromogénico o fluorogénico para proporcionar la visualización del antígeno. La amplificación de señal se presente debido a que varios anticuerpos secundarios pueden reaccionar con diferentes epítopes en el anticuerpo primario. El anticuerpo primario y/o secundario utilizado para inmunohistoquímica típicamente se marcará con un residuo detectable. Se encuentran disponibles numerosas marcas que - pueden agruparse generalmente en las siguientes categorías: (a) Radioisótopos, tales como 35S, 14C, 125I, 3H, y 131I . el anticuerpo puede marcarse con el radioisótopo utilizando las técnicas descritas en Current Protocols in Immunology, Volúmenes 1 y 2, Coligen et al., Ed., Wiley Interscience, New York, New York, Pubs . , (1991) por ejemplo, y la radiactividad puede medirse utilizando conteo de escintilación. (b) Partículas de oro coloidal. (c) marcas fluorescentes incluyendo, pero sin limitarse a quelatos de tierra enrarecida (quelatos de europio) , Rojo de Texas, rodamina, fluorescein, dansil, Lissamina, umbelliferona, ficocriterina, ficocianina o fluoróforos comercialmente disponibles tales como SPECTRUM ORANGE 7 y SPECTRUM GREEN 7 y/o derivados de cualquiera o más de los anteriores . Las marcas fluorescentes pueden conjugarse al anticuerpo utilizando las técnicas descritas en Current Protocols in Immunology, supra, por ejemplo. La fluorescencia puede cuantificarse utilizando un fluorímetro. (d) Se encuentran disponibles diversas marcas de enzima-sustrato y la Patente de E.U. No. 4,275,149 proporciona una revisión de algunos de éstos. La enzima generalmente cataliza una alteración química del sustrato cromogénico que puede medirse utilizando diversas técnicas. Por ejemplo, la enzima puede catalizar un cambio de color en - un sustrato, que puede medirse espectrofotométricamente . Alternativamente, la enzima puede alterar la fluorescencia o quimioluminiscencia del sustrato. Las técnicas para cuantificar un cambio en la fluorescencia se describieron anteriormente. El sustrato quimioluminiscente se excita electrónicamente mediante una reacción química y entonces pueden emitir luz que puede medirse (utilizando, por ejemplo, un quimioluminómetro) o dona energía a un aceptor fluorescente. Ejemplos de marcas enzimáticas incluyen luciferasas (e.g., luciferasa de luciérnaga y luciferasa bacterial; Patente de E.U. No. 4,737,456), luciferina, 2,3-dihidroftalazinadionas, maleato dehidrogenasa, ureasa, peroxidasa tal como peroxidasa horseradish (HRPO) , fosfatasa alcalina, 3-galactosidasa, glucoamilasa, lisozima, oxidasas sacárido (e.g., glucosa oxidasa, galactosa oxidasa y glucosa-6 fosfato dehidrogenasa) , oxidasas heterocíclicas (tales como uricasa y xantina oxidasa) , lactoperoxidasa, microperoxidasa y lo similar. Las técnicas para conjugar enzimas a anticuerpos se describen en O'Sullivan et al., Methods for the Preparation of Enzyme Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, en Methods in Enzym. , (ed. J. Langone & H. Van Vunakis) , Academic press, New York, 73:147-166 (1981). Ejemplos de combinaciones de enzima-sustrato incluyen, por ejemplo: (i) Peroxidasa horseradish (HRPO) con hidrógeno peroxidasa como sustrato, en donde la hidrógeno peroxidasa oxida un precursor de colorante (e.g., ortofenileno diamina (OPD) o 3 , 3 ' , 5 , 5 ' -tetra etil benzidina hidrocloruro (TMB) ) ; (ii) alcalina fosfatasa (AP) con para-nitrofenil fosfato como sustrato cromogénico; y (iii) -galactosidasa (/3-D-Gal) con un sustrato cromogénico (e.g., p-nitrofenil-/3-D-galactosidasa) o sustrato fluorogénico (e.g., 4-metilumbelliferil-/3-D~galactosidasa) . Se encuentran disponibles otras numerosas combinaciones de enzima-sustrato para los expertos en la técnica. para una revisión general de éstas, ver Patentes de E.U. Nos. 4,275,149 y 4,318,980. Algunas veces la marca se conjuga indirectamente con el anticuerpo. El técnico experto se percatará de diversas técnicas para lograr esto. Por ejemplo, el anticuerpo puede conjugarse con biotina y cualquiera de las cuatro amplias categorías de marcas mencionadas anteriormente puede conjugarse con avidina, o viceversa. La biotina se une selectivamente a avidina y por tanto la marca puede conjugarse con el anticuerpo de esta manera indirecta. Alternativamente, para lograr la conjugación indirecta de la marca con el anticuerpo, el anticuerpo se conjuga con un pequeño hapteno y uno de los diferentes tipos de marcas antes mencionadas se conjuga con un anticuerpo anti-hapteno. De esta manera, puede lograrse la conjugación indirecta de la marca con el anticuerpo. Además de los procedimientos de preparación de muestra antes tratados, puede desearse un tratamiento adicional de la sección de tejido previo a, durante o después de IHC. Por ejemplo, pueden llevarse a cabo métodos de recuperación de epítope, tales como calentar la muestra de tejido en amortiguador de citrato (ver, e.g., Leong et al., Appl. Im unohistochem. , 4(3) -.201 (1996)). Después de la etapa opcional de bloqueo, la sección de tejido se expone al anticuerpo primario durante un período de tiempo suficiente y bajo las condiciones adecuadas de manera que el anticuerpo primario se une al antígeno de proteína objetivo en la muestra de tejido. Las condiciones apropiadas para lograr esto pueden determinarse mediante experimentación de rutina. El grado de unión del anticuerpo a la muestra se determina utilizando cualquiera de las marcas detectables antes tratadas . Preferentemente la marca es una marca enzimática (e.g., HRPO) que cataliza una alteración química del sustrato cromogénico tal como el cromógeno 3,3'-diaminobenzidina. Preferentemente, la marca enzimática se conjuga al anticuerpo que se une específicamente al anticuerpo primario (e.g., el anticuerpo primario es anticuerpo policlonal de conejo y el anticuerpo secundario es anticuerpo de cabra anti-conejo) . Los especímenes así preparados pueden montarse y - cubrirse por deslizamiento. La evaluación del deslizamiento se determina entonces, e.g., utilizando un microscopio. Aunque no vinculados a los siguientes parámetros, los criterios de intensidad de coloración de proteínas pueden evaluarse como se ilustra por el siguiente esquema: Criterios de Intensidad de Coloración de Proteínas También se encuentran disponibles otros métodos para identificar una célula que expresa R0R1 para el técnico experto. En una modalidad, un análisis para identificar una célula que expresa un gen R0R1 comprende la detección de la presencia de ARNm R0R1 en la célula. Son muy conocidos los métodos para la detección de ARNms particulares e incluyen, por ejemplo, análisis de hibridación utilizando sondas de ADN complementarias (tales como en hibridación in situ que utiliza ribosondas marcadas con ROR1, técnicas de - inmunoanálisis Northern y relacionadas) y varios análisis de amplificación de ácido nucleico (tales como RT-PCR que utiliza iniciadores complementarios específicos para R0R1, y otros métodos de detección de tipo amplificación, tales como, por ejemplo, ADN ramificado, SISBA, TMA y lo similar) . Alternativamente, un análisis para la identificación de una célula que expresa un gen R0R1 comprende la detección de la presencia de proteína R0R1 en la célula o secretada por la célula. Diversos métodos para la detección de proteínas son muy conocidos en la técnica y pueden emplearse para la detección de proteínas ROR1 y células que expresan ROR1. Los análisis de expresión ROR1 también pueden ser útiles como una herramienta para identificar y evaluar agentes que modulan la expresión del gen RORl. Por ejemplo, la expresión ROR1 que se encuentra significativamente sobre regulada en cáncer de mama, se expresa también de manera aberrante en otros cánceres. La identificación de una molécula o agente biológico que podría inhibir la expresión ROR1 o la sobre expresión en células cancerosas puede ser de valor terapéutico. Tal agente puede identificarse utilizando una pantalla que cuantifica la expresión ROR1 mediante RT-PCR, hibridación de ácido nucleico o unión de anticuerpo. MONITOREO DEL ESTADO DE RORl Y SUS PRODUCTOS Los análisis que evalúan el estado de los productos de gen ROR1 en un individuo, pueden proporcionar información - en el crecimiento o potencial oncogénico de una muestra biológica de este individuo. Por ejemplo, debido a que el ARMn R0R1 se encuentra tan altamente expresado en ciertas células de cáncer de mama en comparación con tej ido de mama normal, los análisis que evalúan los niveles relativos de transcripciones o proteínas de ARNm R0R1 en una muestra biológica pueden utilizarse para diagnosticar una enfermedad asociada con la desregulación de R0R1, tal como cáncer, y pueden proporcionar información de pronóstico que por ejemplo, puede ser útil en la definición de opciones terapéuticas apropiadas. De manera similar, los análisis que evalúan la integridad de secuencias de nucleótidos y aminoácidos R0R1 en una muestra biológica, también pueden utilizarse en este contexto. El descubrimiento de que ARNm ROR1 se encuentra tal altamente expresado en ciertos subtipos de cáncer de mama proporciona evidencia de que este gen se encuentra asociado con el crecimiento celular desregulado y en consecuencia identifica a este gen y sus productos como objetivos que puede utilizar el técnico experto para evaluar muestras biológicas de individuos sospechosos de tener una enfermedad asociada con la desregulación de RORl. En este contexto, la evaluación del estado del gen ROR1 y sus productos puede utilizarse para ganar información de la enfermedad potencial de una muestra de tejido.

- El término "estado" en este contexto, se utiliza de acuerdo con su significado aceptado en la técnica y se refiere a la condición de un gen y sus productos, incluyendo pero sin limitarse a la integridad y/o metilación de un gen incluyendo sus secuencias reguladoras, la ubicación de productos de gen expresados (incluyendo la ubicación de células que expresan R0R1) , la presencia, nivel y actividad biológica de los productos de gen expresados (tales como polinucleótidos y polipéptidos de ARNm R0R1) , la presencia o ausencia de modificaciones transcripcionales y translacionales a productos de gen expresados así como de asociaciones de productos de gen expresados con otras moléculas biológicas tales como socios de unión de proteínas. Las alteraciones en el estado de ROR1 pueden evaluarse mediante una amplia variedad de metodologías muy conocidas en la técnica, típicamente aquellas tratadas abajo. Típicamente, una alteración en el estado de ROR1 comprende un cambio en la ubicación de células que expresan ROR1, un incremento en la expresión de ARNm y/o proteína ROR1 y/o la asociación o disociación de ROR1 con un socio de unión. El perfil de expresión de ROR1 lo hace un potencial marcador diagnóstico para enfermedad local y/o metastásica de cáncer de mama. En particular, el estado de R0R1 puede proporcionar información útil para producir susceptibilidad a una etapa o subtipo particular de la enfermedad, progreso y/o - agresividad del tumor. La invención proporciona métodos y análisis para determinar el estado de R0R1 y diagnosticar cánceres que expresan R0R1, tales como cánceres de mama. El estado de R0R1 en muestras de pacientes puede analizarse mediante un número de medios muy conocidos en la técnica incluyendo sin limitación, análisis inmunohistoquímicos, hibridación in situ, análisis RT-PCR en muestras micro disectadas de captura láser, inmunoanálisis western de muestras clínicas y líneas celulares, y análisis de disposición de tejido. Los protocolos típicos para evaluar el estado del gen R0R1 y los productos de gen pueden encontrarse, por ejemplo, en Ausubel et al., eds., 1995 , Current Protocols in Molecular Biology, Unidades 2 [Northern Blotting] , 4 [Southern Blotting] , 15 [Immunoblotting] y 18 [PCR Analysis] . Como se describió anteriormente, el estado de R0R1 en una muestra biológica puede examinarse mediante un número de procedimientos muy conocidos en la técnica. por ejemplo, el estado de R0R1 en una muestra biológica tomada de una ubicación específica en el cuerpo, puede examinarse evaluando la muestra por la presencia o ausencia de células que expresan ROR1 (e.g., aquellas que expresan ARNms o proteínas R0R1) . Este examen puede proporcionar evidencia de crecimiento celular desregulado, por ejemplo, cuando se encuentran células de mama que expresan ROR1 en una muestra - - biológica que normalmente no contiene tales células (tales como un nodo linfático, hueso o bazo) . Tales alteraciones en el estado de R0R1 en una muestra biológica se asocian frecuentemente con el crecimiento celular desregulado. Específicamente, un indicador de crecimiento celular desregulado es la metástasis de células de cáncer de un órgano de origen (tal como la glándula mamaria) a un área diferente del cuerpo (tal como un nodo linfático) . En este contexto, es importante la evidencia de crecimiento celular desregulado, por ejemplo, debido a la metástasis oculta de nodo linfático puede detectarse en una proporción sustancial de pacientes con cáncer de mama, y tales metástasis se asocian con predictores conocidos del progreso de la enfermedad (ver, e.g., Gipponni et al., J. Surg. Oncol . 2004 Mar 1;85(3) .102-111) . En un aspecto, la invención proporciona métodos para monitorear los productos de gen ROR1 determinando el estado de los productos de gen ROR1 expresados por células en una muestra de tej ido de prueba de un individuo sospechoso de tener una enfermedad asociada con el crecimiento celular desregulado (tal como hiperplasia o cáncer) y después comparando el estado así determinado con el estado de los productos de gen R0R1 en una muestra normal correspondiente, la presencia de los productos de gen R0R1 aberrantes en la muestra de prueba en relación con la muestra normal proporcionando una indicación de la presencia de crecimiento celular desregulado dentro de las células del individuo. En otro aspecto, la invención proporciona análisis útiles para determinar la presencia de cáncer en un individuo, que comprenden la detección de un incremento significativo en la expresión de ARNm o proteína ROR1 en una célula de prueba o muestra de tejido en relación con los niveles de expresión en la célula o tejido normal correspondiente. La presencia de ARNm R0R1, por ejemplo, puede evaluarse en muestras de tejido incluyendo, pero sin limitarse a subtipos de cáncer de mama tales como los subtipos basal y BRCAl de cáncer de mama (ver, e.g., Sorlie et al., PNAS (2001), 98(19): 10869-10874), etc. La presencia de expresión ROR1 significativa en cualquiera de estos tejidos puede ser útil para indicar la emergencia, presencia y/o severidad de estos cánceres, dado que los tejidos normales correspondientes no expresan ARNm ROR1 o lo expresan en niveles menores. En una modalidad relacionada, el estado de ROR1 puede determinarse a nivel de proteína en lugar de a un nivel de ácido nucleico. Por ejemplo, tal método o análisis comprendería la determinación del nivel de proteína R0R1 expresado por células en una muestra de tejido de prueba y la comparación del nivel así determinado con el nivel de ROR1 expresado en una muestra normal correspondiente. En una modalidad, la presencia de proteína R0R1 se evalúa, por ejemplo, utilizando métodos inmunohistológicos . Los anticuerpos R0R1 o socios de unión capaces de detectar la expresión de proteína R0R1 pueden utilizarse en una diversidad de formatos de análisis muy conocidos en la técnica para este propósito. En otras modalidades relacionadas, puede evaluarse la integridad de secuencias de nucleótidos y aminoácidos R0R1 en una muestra biológica a fin de identificar perturbaciones en la estructura de estas moléculas tales como inserciones, supresiones y lo similar. Tales modalidades son útiles debido a que las perturbaciones en las secuencias de nucleótidos y aminoácidos se observan en un gran número de proteínas asociadas con un fenotipo desregulado de crecimiento (ver, e.g., Marrogi et al., 1999, J. Cutan. Pathol. 26(8) : 369-378) . En este contexto, son muy conocidos en la técnica una amplia variedad de análisis para observar las perturbaciones en secuencias de nucleótidos y aminoácidos. Por ejemplo, el tamaño de estructura de las secuencias de ácido nucleico o aminoácidos de los productos de gen ROR1 pueden observarse mediante los protocolos Northern, Southern, Western, PCR y secuenciado de ADN tratados en la presente. Adicionalmente, se conocen en la técnica otros métodos para observar las perturbaciones en secuencias de nucleótidos y aminoácidos tales como análisis de polimorfismo de conformación monocatenaria (ver, e.g., Patentes de E.U. Nos. 5,382,510 y 5,952,170). En otra modalidad, puede examinarse el estado de metilación del gen ROR1 en una muestra biológica. La desmetilación y/o hipermetilación aberrante de islas CpG en las regiones reguladoras del gen 5' , se presenta frecuentemente en células inmortalizadas y transformadas y puede dar como resultado una expresión alterada de diversos genes. Por ejemplo, la hipermetilación de promotor de glutationa S-transferasa clase pi (una proteína expresada en próstata normal pero no expresada en >90% de carcinomas de próstata) parece silenciar permanentemente la transcripción de este gen y es la alteración genómica más frecuentemente detectada en carcinomas de próstata (De Marzo et al., Am J. Pathol. 155 (6) :1985-1992) ) . Adicionalmente, esta alteración se encuentra presente en al menos 70% de los casos de una neoplasia intraepitelial prostética de alto grado (PIN) (Brooks et al., Cáncer Epidemiol . Biomarkers Prev. , 1998, 7:531-536) . En otro ejemplo, la expresión del gen LAGE-1 específico del tumor (que no se expresa en próstata normal pero se expresa en el 25-50% de cánceres de próstata) se induce por desoxi-azacitidina en células linfoblastoide, sugiriendo que la expresión tumoral se debe a la desmetilación (Lethe et al., Int. J. Cáncer 76 (6) : 903-908 (1998)). En este contexto, son muy conocidos en la técnica - una diversidad de análisis para examinar el estado de metilación de un gen. Por ejemplo, pueden utilizarse en procedimientos de hibridación Southern, enzimas de restricción sensibles a la metilación que no pueden dividir secuencias que contienen sitios CpG metilados a fin de establecer el estado de metilación total de islas CpG. Adicionalmente, MSP (PCR específica de metilación) puede perfilar rápidamente el estado de metilación de todos los sitios CpG presentes en una isla CpG de un gen dado. Este procedimiento implica la modificación inicial de ADN mediante bisulfito de sodio (que convertirá todas las citosinas no metiladas en uracilo) seguida por la amplificación utilizando iniciadores específicos para ADN metilado contra no metilado. Los protocolos que implican interferencia de metilación también pueden encontrarse por ejemplo en Current Protocols in Molecular Biology, Unidades 12, Frederick M. Ausubel et al., eds., 1995. La amplificación de gen proporciona un método adicional para establecer el estado de ROR1, un sitio que mapea para lp31, una región que muestra ser perturbada en una diversidad de cánceres . La amplificación del gen puede medirse en una muestra directamente, por ejemplo, mediante inmunoanálisis Southern, inmunoanálisis Northern convencional para cuantificar la transcripción de ARNm (Thomas 1980, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 77:5201-5205), inmunoanálisis de punto (análisis ADN) o hibridación in situ, utilizando una sonda marcada apropiadamente en base a las secuencias proporcionadas en la presente. Alternativamente, pueden emplearse anticuerpos que pueden reconocer duplas específicas, incluyendo duplas ADN. Duplas ARN, y duplas híbridas de ADN-ARN o duplas de ADN-proteína . Los anticuerpos a su vez pueden marcarse y el análisis puede efectuarse cuando la dupla se encuentra unida a una superficie, de manera que a la formación de duplas en la superficie, puede detectarse la presencia de anticuerpo unido a la dupla. Además de los tejidos antes tratados, la sangre periférica puede analizarse convenientemente por la presencia de células cancerosas, incluyendo, pero sin limitarse a cánceres de mama, utilizando por ejemplo, análisis Northern o RT-PCR para detectar la expresión RORl. La presencia de ARNm ROR1 amplificable por RT-PCR proporciona una indicación de la presencia del cáncer. Los análisis de detección RT-PCR para células de tumor en sangre periférica se evalúan actualmente para su uso en el diagnóstico y manejo de un número de tumores sólidos humanos . Un aspecto relacionado de la invención se dirige a la predicción de susceptibilidad a desarrollar cáncer en un individuo. En una modalidad, un método para predecir la susceptibilidad al cáncer comprende la detección de ARNm ROR1 o proteína R0R1 en una muestra de tejido, indicando su presencia la susceptibilidad al cáncer, en donde el grado de expresión de ARNm R0R1 presente es proporcional al grado de susceptibilidad. En una modalidad específica, se examina la presencia de R0R1 en tejido de mama, proporcionando la presencia de R0R1 en la muestra una indicación de susceptibilidad al cáncer de mama (o la emergencia o existencia de un tumor de mama y/o la emergencia o existencia de un subtipo de tumor de mama específico. En otra modalidad específica, se examina la presencia de ROR1 en tejido, proporcionando la presencia de ROR1 en la muestra una indicación de susceptibilidad al cáncer (o la emergencia o existencia de un tumor) . En una modalidad cercanamente relacionada, puede evaluarse la integridad de las secuencias de nucleótidos y aminoácidos ROR1 en una muestra biológica a fin de identificar las perturbaciones en la estructura de estas moléculas, tales como inserciones, supresiones, sustituciones y lo similar, proporcionando la presencia de una o más perturbaciones en los productos de gen ROR1 en la muestra una indicación de susceptibilidad al cáncer (o la emergencia o existencia de un tumor) . Aún otro aspecto relacionado de la invención, se dirige a métodos para calcular la agresividad del tumor. En una modalidad, un método para calcular la agresividad de un tumor comprende la determinación del nivel de ARNm ROR1 o proteína R0R1 expresado por células en una muestra del tumor, la comparación del nivel así determinado con el nivel de ARNm R0R1 o proteína R0R1 expresado en un tejido normal correspondiente tomado del mismo individuo o en una muestra de referencia de tejido normal, en donde el grado de expresión de ARNm R0R1 o proteína R0R1 en la muestra de tumor en relación con la muestra normal indica el grado de agresividad. En una modalidad específica, la agresividad de un tumor se evalúa determinando el grado al cual se expresa RORl en las células de tumor, indicando los más altos niveles de expresión tumores más agresivos. En una modalidad cercanamente relacionada, puede evaluarse la integridad de las secuencias de nucleótidos y aminoácidos ROR1 en una muestra biológica a fin de identificar perturbaciones en la estructura de estas moléculas, tales como inserciones, supresiones, sustituciones y lo similar, indicando la presencia de una o más perturbaciones tumores más agresivos . Aún otro aspecto relacionado de la invención, se dirige a métodos para observar el progreso de una malignidad en un individuo al paso del tiempo. En una modalidad, los métodos para observar el progreso de una malignidad en un individuo al paso del tiempo comprenden la determinación del nivel de ARNm R0R1 o proteína R0R1 expresado por células en una muestra del tumor, la comparación del nivel así determinado con el nivel de ARNm R0R1 o proteína ROR1 expresado en un tejido normal correspondiente tomado del mismo individuo en un momento diferente, en donde el grado de expresión de ARNm R0R1 o proteína R0R1 en la muestra de tumor al paso del tiempo proporciona información del progreso del cáncer. En una modalidad específica, el progreso de un cáncer se evalúa determinando el grado al cual la expresión de R0R1 en las células de tumor se altera al paso del tiempo, indicando los más altos niveles de expresión un progreso del cáncer. En una modalidad cercanamente relacionada, puede evaluarse la integridad de las secuencias de nucleótidos y aminoácidos R0R1 en una muestra biológica a fin de identificar perturbaciones en la estructura de estas moléculas, tales como inserciones, supresiones, sustituciones y lo similar, indicando la presencia de una o más perturbaciones un progreso del cáncer. Los procedimientos diagnósticos anteriores pueden combinarse con cualquiera de una amplia variedad de protocolos de pronóstico y de diagnóstico conocidos en la técnica. Por ejemplo, otra modalidad de la invención descrita en la presente, se dirige a métodos para observar la coincidencia entre la expresión del gen R0R1 y productos de gen R0R1 (o perturbaciones en el gen ROR1 y productos de gen ROR1) y un factor asociado con la malignidad como un medio de diagnóstico y pronóstico del estado de una muestra de tejido. En este contexto, puede utilizarse una amplia variedad de factores asociados con la malignidad tales como la expresión de genes de otra manera asociados con malignidad (incluyendo expresión Her-2 y BRCA 1 y 2) así como observaciones citológicas duras (ver, e.g., Bocking et al., 1984, Anal. Quant. Cytol . 6(2):74-88; Epstein 1995, Hum. Pathol., 26(2):223-9; Thorson et al., 1998, Mod. Pathol., 11(6):_543-51; Baisden et al., 1999, Am. J. Surg. Pathol., 23(8) :918-24) . Los métodos para observar una coincidencia entre la expresión del gen R0R1 y los productos de gen R0R1 (o perturbaciones en el gen ROR1 y los productos de gen ROR1) y un factor adicional asociada con la malignidad, son útiles, por ejemplo, debido a que la presencia de un conjunto o constelación de factores específicos que coinciden proporciona información crucial para el diagnóstico y pronóstico del estado de una muestra de tejido. En una modalidad típica, los métodos para observar la coincidencia entre el gen R0R1 y los productos de gen ROR1 (o perturbaciones en el gen R0R1 y los productos de gen ROR1) y un factor asociado con la malignidad comprende la detección de la sobre expresión de ARNm o proteína ROR1 en una muestra de tejido, la detección de la sobre expresión de ARNm o proteína BRCA 1 o 2 en una muestra de tej ido y la observación de una coincidencia de ARNm o proteína R0R1 y la sobre expresión de ARNm o proteína RORl. En otra modalidad específica, se examina la expresión de ARNm ROR1 y Her-2 en un tejido de mama. En una modalidad común, la coincidencia de R0R1 y Her-2 o la sobre expresión de ARNm BRCA 1 o 2 en la muestra proporciona una indicación de cáncer de mama, subtipo de cáncer de mama, susceptibilidad al cáncer de mama o la emergencia o existencia de un tumor de mama. Los métodos para detectar y cuantificar la expresión de ARNm o proteínas R0R1 se describen en la presente y utilizan tecnologías estándar de detección de ácido nucleico y proteína y de cuantificación muy conocidas en la técnica. Los métodos estándar para la detección y cuantificación de ARNm R0R1 incluyen hibridación in situ utilizando ribosondas R0R1 marcadas, técnicas de inmunoanálisis Northern y relacionadas utilizando sondas de polinucleótido R0R1, análisis RT-PCR utilizando iniciadores específicos para R0R1, y otros métodos de detección de tipo amplificación, tales como, por ejemplo, de ADN ramificado, SISBA, TMA y lo similar. En una modalidad específica, puede utilizarse RT-PCR para detectar y cuantificar la expresión de ARNm RORl como se describe en los Ejemplos. Puede utilizarse cualquier número de iniciadores capaces de amplificar R0R1 para este propósito . Los métodos estándar para la detección y cuantificación de proteínas pueden utilizarse para este propósito. En una modalidad específica, pueden utilizarse los anticuerpos policlonales o monoclonales específicamente reactivos con la proteína ROR1 de tipo silvestre en un - análisis inmunohistológico de tejido de biopsia. La invención tiene un número de modalidades . Una modalidad es un método para examinar una muestra biológica de prueba que comprende una célula de mama humana para la evidencia de crecimiento celular alterado indicativo de una cáncer de mama evaluando los niveles de polinucleótidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) que codifican para el polipéptido R0R1 mostrado en la SEQ ID NO: 2 en la muestra biológica, en donde el incremento en los niveles de polinucleótidos R0R1 en la muestra de prueba en relación con una muestra de tejido de mama normal, proporciona evidencia de un crecimiento celular alterado indicativo de un cáncer de mama; y en donde los niveles de los polinucleótidos ROR1 en la célula se evalúan poniendo en contacto la muestra con un polinucleótido complementario ROR1 que se híbrida a una secuencia de nucleótidos R0R1 mostrada en la SEQ ID NO: 1, o un complemento de la misma, y evaluando la presencia de un complejo de hibridación formado por la hibridación del polinucleótido complementario ROR1 con los polinucleótidos R0R1 en la muestra biológica de prueba. Una modalidad relacionada es un método para examinar una célula de mama humana para la evidencia de crecimiento celular alterado asociado con o que proporciona evidencia de un cáncer de mama, evaluando los niveles de polinucleótidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) que codifican para el polipéptido R0R1 mostrado en la SEQ ID NO: 2 en la célula de mama humana, en donde el incremento en los niveles de polinucleótidos R0R1 (e.g., ARNms y secuencias genómicas) en la célula de mama humana en relación con una célula de mama normal humana, proporciona evidencia de un crecimiento celular alterado asociado con o que proporciona evidencia de un cáncer de mama; y en donde los niveles de los polinucleótidos R0R1 en la célula de mama humana se evalúan poniendo en contacto las secuencias de polinucleótidos R0R1 endógeno en la célula de mama humana con un polinucleótido complementario ROR1 (e.g., una sonda marcada con. un marcador detectable o un iniciador PCR) que se híbrida específicamente a una secuencia de nucleótidos ROR1 mostrada en la SEQ ID NO: 1, y evaluando la presencia de un complejo de hibridación formado por la hibridación del polinucleótido complementario R0R1 con los polinucleótidos ROR1 en la muestra (e.g., mediante un análisis Northern o PCR) de manera que se examina la evidencia de un crecimiento celular alterado asociado con o que proporciona evidencia de un cáncer de mama. Ciertas modalidades de la invención incluyen la etapa de examinar la expresión de polinucleótidos Her-2 (SEQ ID NO: 3); EGFR (SEQ ID NO: 4), VEGF (SEQ ID NO: 5) , tirosina cinasa similar a FMS (SEQ ID NO: 6) , MYC (SEQ ID NO: 7), activador de plasminógeno de urocinasa (SEQ ID NO: 8), inhibidor de activador de plasminógeno (SEQ ID NO: 9), - - BRCA 1 (SEQ ID NO: 10) o BRCA 2 (SEQ ID NO: 11) en la muestra biológica de prueba. En algunas modalidades de la invención, el incremento en los niveles de los polinucleótidos ROR1 en la célula de mama humana en relación a una célula de mama humana normal que proporciona evidencia de un crecimiento celular alterado se cuantifica, por ejemplo, siendo un incremente de al menos 100% (1 vez) , o un incremento de 200% (2 veces) , 4 veces, 8 veces, 15 veces, 30 veces, 60 veces o 120 veces en los niveles relativos de polinucleótidos RORl. En los análisis cuantitativos de ARNm descritos en la presente (ver, e.g., Figura 5), el incremento de los niveles de ARNms ROR1 en las células probadas varía de un incremento de 15 veces (e.g., en la línea celular BT-20) hasta un incremento de 120 veces en la línea celular HCC1187. El incremento porcentual en los niveles de polinucleótidos ROR1 en las líneas celulares sobre expresadas en comparación con la expresión observada en las líneas celulares de cáncer de mama luminales es de 43 veces. El estándar normalizado que puede utilizarse como referencia comparativa de la expresión ROR1, por ejemplo, puede obtenerse de tejido de mama normal tomado del mismo individuo, o una muestra de referencia de tejido normal tomada de un individuo sano. Alternativamente, un estándar normalizado puede ser un rango numérico de expresión R0R1 normal obtenido de un muestreo estadístico de células - - normales de una población de individuos . En ciertas modalidades de la invención, el estándar normalizado se deriva comparando la expresión R0R1 con un gen de control expresado en el mismo entorno celular a niveles relativamente estables (e.g., un gen de mantenimiento tal como actina) . Las líneas celulares de mama inmortalizadas no malignas, parecen ser de origen basal y expresan también polinucleótidos R0R1 a niveles significativamente más altos que las células de cáncer de mama luminales . En este contexto, se observa que el nivel de expresión de polinucleótidos ROR1 es mayor en células de cáncer de mama básales en comparación con células básales no malignas, siendo el incremento porcentual en la expresión de polinucleótidos ROR1 un incremento de 7 veces. Aunque no existen células luminales no malignas de crecimiento continuo disponibles, los análisis de tejidos de cáncer de mama y normales luminales descritos en la presente sugieren que la expresión de polinucleótidos ROR1 en células mamarias normales luminales es muy baja o no detectable. Cuando se compara la expresión ROR1 en cáncer de mama primario con líneas celulares de mama, se calcula como una proporción log, la proporción log promedio de las 12 líneas celulares de más alta expresión ROR1 es de 0.40 (con un rango de 0.12 a 0.9). La proporción log promedio de los 5 cánceres de mama primarios de R0R1 basal positivo es de 0.26 (con un rango de 0.21 a 0.32) . La consistencia de estos cálculos se soporta " por la observación de que al compararse contra la misma referencia (líneas celulares de tumor puras) los tumores de mama tienen niveles de expresión RORl similares pero ligeramente más bajos que los observados en líneas celulares puras. Sin unirse a una teoría específica, estas observaciones son consistentes con un simple efecto de dilución debido a que las células de tumor en el tumor primario se presentan en una mezcla compleja de tipos celulares (incluyendo aquellos que se sabe que no expresan ROR1) . En ciertas modalidades de la invención, el cáncer de mama es del subtipo basal. Como se conoce en la técnica, los cánceres de mama pueden ser un grupo en un número de distintos subtipos, incluyendo un subtipo basal (ver, e.g., Sorlie et al., PNAS (2001), 98 (19) : 10869-10874) . En particular, los conductos mamarios son estructuras bicapa compuestas de una capa luminal y una capa mioepitelial que se adhiere a una membrana de base. El término subtipo basal es un término aceptado en la técnica que se refiere a ciertos cánceres que surgen de la capa basal del epitelio estratificado (ver, e.g., Figura 1 en Wilson et al., Breast Cáncer Research Vol. 6 No. 5:192-200 (2004). Los carcinomas de mama del subtipo basal residen en la capa basal del epitelio de conducto de la mama opuesto a las capas ápica o luminal . Tales cánceres tienen distintas características citológicas y perfiles de expresión de gen tales como un perfil de filamento intermedio (citoqueratinas) primeramente observado en las células básales de la piel. En particular, se sabe que las células básales en la piel expresan ciertas citoqueratinas (i.e., K5/6, K7, K17, K14) que se encuentran en epitelio complejo opuesto a K8, K18, K19 que se encuentran en epitelio simple o glandular. Un subtipo de cáncer de mama (e.g., uno con propiedades de célula basal) puede determinarse fácilmente mediante datos de patología-IHC y/o los datos Stanford de perfil de tumor de mama descritos en la presente . Por ejemplo, Wetzels et al., Am. J. Path. (1991) 138:p751-63 que se incorpora en la presente mediante la referencia, describen queratinas específicas de célula basal y relacionadas con hiperproliferaciones en cáncer de mama humano. Este estudio encontró que el 15% (n= 115) de los cánceres de mama invasivos fueron positivos para las citoqueratinas básales 14 y 17. Además, Bartek et al., Int. J. Cáncer (1985) 36:299-306 que se incorpora en la presente mediante la referencia también muestra la caracterización de subtipos de cáncer de mama utilizando patrones de expresión de K19 en tejidos y tumores de mama humanos. Por el contrario, la mayoría de los carcinomas de conducto medular y pobremente diferenciados fueron negativos para citoqueratina 19 mientras que los carcinomas de conducto moderadamente y muy diferenciados, lobulares invasivos, tubulares y más mucinosos fueron positivos con ambos anticuerpos K19. Adicionalmente, P-Cadherin (CDH3) (SEQ ID NO: 12) y Desmosomal Cadherins se expresan en la capa base de conductos de mama y el ARNm de P-Cadherin se sobre expresa en los subtipos basal y BRCAl . Esto proporciona evidencia que confirma que los grupos de tumor de Grupo 4 y BRCAl comparten muchas propiedades moleculares asociadas con el origen del tipo celular. Paredes et al., Pathol. Res. Pract., 2002 : 198 (12) : 795-801 que se incorpora en la presente mediante la referencia, también investiga la expresión de p cadherin en subtipos de carcinoma de mama y la correlaciona con el estado del receptor de estrógeno (ER) . 73 carcinomas de conducto in situ (DCIS) y 149 carcinomas invasivos de mama se seleccionaron y examinaron por la expresión de p cadherin así como otros marcadores biológicos . La expresión de P cadherin mostró una fuerte correlación inversa con la expresión del receptor de estrógeno (ER) en ambos tipos de carcinoma de mama (in situ e invasivo) . Los tumores p cadherin positivos y ER negativos se relacionaron a un más alto grado histológico, una alta proporción de proliferación, y expresión de c-erbB-2. Esto demuestra que P cadherin identifica un subgrupo de carcinomas de mama que carece de expresión ER, y se correlaciona con proporciones de - proliferación más altas y otros predictores de comportamiento agresivo. Ver también, Gamallo et al., Mod. Pathol., 2001 14 (7) .-650-4; Kovacs et al., J. Clin. Pathol. 2003 Feb 56 (2) :139-31; y Peralta et al., Cáncer 1999 Oct 1 86(7) :1263-72 que se incorporan en la presente por la referencia . En ciertas modalidades de la invención, el cáncer de mama es del subtipo BRCAl. En particular, como se muestra en la técnica, los cánceres de mama pueden ser un subgrupo en un número de distintos subtipos, incluyendo un subtipo BRCAl (ver, e.g., Sorlie et al., PNAS (2001), 98(19): 10869-10874).

En este contexto, un cáncer de mama del subtipo BRCAl se caracteriza teniendo una mutación en el gen BRCAl. Se sabe que una diversidad de distintas mutaciones BRCAl se presentan en múltiples tejidos e incluyen sustituciones, supresiones y mutaciones son sentido (ver, e.g., Wagner et al., Int. J. Cáncer 1998 Jul 29; 77(3): 354-60; Chang et al., Breast Cáncer Res. Treat . 2001 Sep; 69(2): 101-13; y Foulkes et al., C ncer Res. 2004 Feb 1; 64(3): 830-5; y Aghmesheh et al., Gynecol Oncol . , 2005 Abr; 97(1): 16-25 que se incorporan en la presente por la referencia) . Los cánceres basal y BRCAl se relacionan por el origen celular y la patogénesis molecular y la sobre expresión de ROR1 es una alteración importante implicada en la patogénesis de estos dos grupos de tumor .

- La Figura 5F y la Figura 5G muestran la detección de proteína R0R1 endógena en la superficie de células CAL51 utilizando suero policlonal de conejo anti-RORl, sirviendo las células SKBR como una línea celular comparativa. Al compararse con los datos de expresión de ARNm R0R1 mostrados por ejemplo en la Figura 5B, estos estudios con suero policlonal de conejo anti-RORl demuestran que los niveles de expresión de ARNm R0R1 se correlacionan con los niveles de expresión de proteína R0R1. Los datos correlativos de expresión de ARNm/proteína presentados en estas figuras son consistentes con otras observaciones de la expresión de ARNm y proteínas RORl. Por ejemplo, Paganoni et al., en J. Neuroscience Research 73: 429-440 (2003) (que se incorpora en la presente mediante la referencia) muestra que las observaciones de la expresión de ARNm ROR1 examinadas mediante hibridación in situ y/o análisis PCR se correlacionan con observaciones de la expresión de proteínas ROR1 examinadas mediante análisis inmunohistoquímicos y/o Western en una diversidad de células que expresan RORl. Adicionalmente, Paganoni et al., en GLIA 46: 456-466 (2004) (que se incorpora en la presente mediante la referencia) muestra que los ARNms tanto ROR1 como ROR2 y las proteínas ROR1 y R0R2 se expresan in vivo en etapas tempranas en el desarrollo cerebral . En este artículo GLIA Paganoni et al . , muestra además que no solo los ARNms ROR1 y ROR2 , sino - también las proteínas ROR, se encuentran altamente expresados en ciertas células cultivadas . La observación de que los niveles de expresión de ARNm R0R1 se correlacionan con los niveles de expresión de la proteína R0R1, se sostiene además por los datos presentados en la presente de que las células de cáncer de mama que sobre expresan R0R1 exhiben, por ejemplo, un fenotipo basal específico y tienen un pobre pronóstico en comparación con las células que no sobre expresan R0R1 (características conocidas en la técnica como influenciadas por la función de proteínas trasladadas) . Otra modalidad de la invención, es un método para examinar una muestra biológica de prueba que comprende una célula de mama humana para la evidencia de crecimiento celular alterado indicativo de un cáncer de mama, comprendiendo el método la evaluación de los niveles de polipéptidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) que tienen la secuencia mostrada en la SEQ ID NO: 2 en la muestra de prueba, en donde el incremento en los niveles de polipéptidos R0R1 en la muestra de prueba con relación a una muestra de tejido de mama normal proporciona evidencia de crecimiento celular alterado indicativo de un cáncer de mama; y en donde los niveles de polipéptidos ROR1 en la célula se evalúan poniendo en contacto la muestra con un anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a una secuencia de polipéptidos ROR1 mostrada en la SEQ ID NO: 2 y evaluando la presencia de un complejo formado por la unión del anticuerpo con los polipéptidos R0R1 en la muestra. Una modalidad relacionada de la invención es un método para examinar una célula de mama humana (e.g., de una biopsia) que se sospecha que es cancerosa para la evidencia de crecimiento celular alterado que es indicativo de un cáncer de mama, comprendiendo el método la evaluación de los niveles de polipéptidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) que tienen la secuencia mostrada en la SEQ ID NO: 2 en la célula de mama, en donde el incremento en los niveles de los polipéptidos R0R1 en la célula de mama humana en relación a una célula de mama normal (e.g. , una célula normal del individuo que provee la célula de mama humana) , proporcionan evidencia de crecimiento celular alterado que es indicativo de un cáncer de mama, y en donde los niveles de polipéptidos R0R1 en la célula se evalúan poniendo en contacto la muestra con un anticuerpo (e.g., uno marcado con un marcador detectable) que se une inmunoespecíficamente a la secuencia de polipéptidos ROR1 mostrada en la SEQ ID NO: 2, y evaluando la presencia de un complejo formado por la unión del anticuerpo con los polipéptidos R0R1 en la muestra. Típicamente la presencia de un complejo se evalúa mediante un método seleccionado de un grupo que consiste de análisis ELISA, análisis Western e inmunohistoquímica. Opcionalmente, el cáncer de mama es del subtipo basal o BRCA 1.

- - Aún otra modalidad de la invención es un método para examinar una célula humana de prueba para la evidencia de una anormalidad cromosómica que es indicativa de un cáncer humano, comparando secuencias de polinucleótidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) de la banda p31 del cromosoma 1 en una célula normal con secuencias de polinucleótidos RORl de la banda p31 del cromosoma 1, banda p31 en el cromosoma 1 en la célula humana de prueba para identificar una amplificación o una alteración (e.g., supresión, inserción, sustitución o mutación sin sentido) de las secuencias de polinucleótidos R0R1 en la célula humana de prueba, en donde una amplificación o una alteración de las secuencias de polinucleótidos ROR1 en la célula humana de prueba proporciona evidencia de una anormalidad cromosómica que es indicativa de un cáncer humano. En tales métodos, el cromosoma 1, banda p31 en la célula humana de prueba se evalúa típicamente poniendo en contacto las secuencias de polinucleótidos R0R1 en la muestra de célula humana de prueba con un polinucleótido complementario ROR1 que se híbrida específicamente a una secuencia de nucleótidos ROR1 mostrada en la SEQ ID NO: 1, o a un complemento de la misma, y evaluando la presencia de un complejo de hibridación formado por la hibridación del polinucleótido complementario ROR1 con las secuencias de polinucleótidos R0R1 en la célula humana de prueba (e.g., mediante análisis Northern, análisis Southern o análisis de reacción en cadena de polimerasa) . IDENTIFICACIÓN DE MOLÉCULAS QUE INTERACTÚAN CON ROR1 Las secuencias de proteínas ROR1 descritas en la presente permiten que el técnico experto identifique moléculas que interactúan con las mismas mediante cualquiera de una diversidad de protocolos aceptados en la técnica. Por ejemplo, puede utilizarse uno de la variedad de los así llamados sistemas de trampa de interacción (también referidos como el "análisis de dos híbridos". En tales sistemas, las moléculas que interactúan reconstituyen un factor de transcripción y dirigen la expresión de un gen informante, cuya expresión se analiza entonces. Los sistemas típicos identifican interacciones de proteína-proteína in vivo a través de la reconstitución de un activador transcripcional eucariótico y se describen por ejemplo en las Patentes de E.U. Nos. 5,955,280, 5,925,523, 5,946,722 y 6,004,746. Alternativamente, pueden identificarse moléculas que interactúan con secuencias de proteínas ROR1 visualizando bibliotecas de péptidos. En tales métodos, los péptidos que se unen a moléculas receptor seleccionadas tales como ROR1 se identifican mediante visualización de bibliotecas que codifican para una colección aleatoria o controlada de aminoácidos. Los péptidos codificados por las bibliotecas se expresan como proteínas de fusión de proteínas de cubierta bacteriófago, y se secretan entonces partículas bacteriófago que se visualizan entonces contra los receptores de interés. Los péptidos que tienen una amplia variedad de usos, tales como los reactivos terapéuticos o diagnósticos, pueden entonces identificarse sin ninguna información previa acerca de la estructura del ligante o molécula receptora esperados . Las bibliotecas de péptido típicas y los métodos de visualización que pueden utilizarse para identificar moléculas que interactúan con secuencias de proteína ROR1 se describen por ejemplo en las Patentes de E.U. Nos. 5,723,286 y 5,733,731. Alternativamente, pueden utilizarse líneas celulares que expresan ROR1 para identificar las interacciones de proteína-proteína mediadas por ROR1. Esta posibilidad puede examinarse utilizando técnicas de inmunoprecipitación como se muestra por otros (Hamilton, B. J., et al., 1999, Biochem. Biophys . Res. Commun., 261:646-51) . Típicamente la proteína ROR1 puede inmunoprecipitarse a partir de líneas celulares de cáncer de mama que expresan ROR1 utilizando anticuerpos anti-RORl. Alternativamente, pueden utilizarse anticuerpos contra His-tag en una línea celular fabricada para expresar ROR1 (los vectores antes mencionados) . El complejo inmunoprecipitado puede examinarse por asociación de proteínas mediante procedimientos tales como inmunoanálisis western, marcado de proteínas con 35S-metionina, microsecuenciado de proteína, coloración de plata - - y electroforesis de gel bidimensional. Las modalidades relacionadas de tales análisis de visualización incluyen métodos para identificar moléculas pequeñas que interactúan con RORl. Los métodos típicos se tratan por ejemplo, en la Patente de E.U. No. 5,928,868 e incluyen métodos para formar ligantes híbridos en los cuales al menos un ligante es una molécula pequeña. En modalidades ilustrativas, el ligante híbrido se introduce en células que a su vez contienen un primero y un segundo vector de expresión. Cada vector de expresión incluye ADN para expresar una proteína híbrida que codifica para una proteína objetivo unida a una secuencia de codificación para un módulo de transcripción. Las células contienen además un gen informante, cuya expresión se acondiciona en la proximidad de las primera y segunda proteínas entre sí, un evento que se presenta solo si el ligante híbrido se une a sitios objetivo en ambas proteínas híbridas. Aquellas células que expresan el gen informante se seleccionan y se identifica la molécula pequeña desconocida o la proteína híbrida desconocida. Una modalidad típica de esta invención consiste de un método para visualizar una molécula que interactúa con una secuencia de aminoácidos ROR1 mostrada en la Figura 1, que comprende las etapas de poner en contacto una población de moléculas con la secuencia de aminoácidos R0R1, permitir que la población de moléculas y la secuencia de aminoácidos R0R1 - interactúen bajo condiciones que facilitan una interacción, determinar la presencia de una molécula que interactúa con la secuencia de aminoácidos R0R1 y después separar las moléculas que no interactúan con la secuencia de aminoácidos ROR1, de las moléculas que interactúan con la secuencia de aminoácidos RORl. En una modalidad específica, el método incluye además la purificación de una molécula que interactúa con la secuencia de aminoácidos RORl. En una modalidad, la secuencia de aminoácidos R0R1 se pone en contacto con una biblioteca de péptidos. MÉTODOS TERAPÉUTICOS Y COMPOSICIONES La identificación de ROR1 como un gen altamente expresado en subtipos de cánceres de mama (y posiblemente otros cánceres) , abre un número de procedimientos terapéuticos para el tratamiento de tales cánceres . Como se trató anteriormente, es posible que ROR1 se secrete de células cancerosas y de esta manera modula las señales de proliferación. Su papel potencial como factor de transcripción y su alta expresión en cáncer de mama lo hace un objetivo potencial para terapia mediada por molécula pequeña . En consecuencia, se espera que los procedimientos terapéuticos propuestos para inhibir la actividad de la proteína ROR1 sean útiles para pacientes que sufren de cáncer de mama y otros cánceres que expresan RORl.

ROR1 como objetivo para terapia a base de anticuerpos Como se describe en la presente, ROR1 es una proteína de superficie celular que se encuentra sobre expresada en ciertas patologías tales como cánceres de mama. Las características estructurales de ROR1 indican que esta molécula es un atractivo objetivo para estrategias terapéuticas a base de anticuerpo. Debido a que ROR1 se expresa por células cancerosas de varios linajes y no por células normales correspondientes, se esperaría que la administración sistémica de las composiciones inmunorreactivas de ROR1 exhiban excelente sensibilidad sin efectos tóxicos, no específicos y/o no dirigidos ocasionados por la unión de la molécula inmunoterapéutica a órganos y tejidos no objetivo. Los anticuerpos específicamente reactivos con dominios de R0R1 pueden ser útiles para tratar cánceres que expresan RORl sistémicamente, ya sea como conjugados con una toxina o agente terapéutico, o como anticuerpos desnudos capaces de inhibir la proliferación o función. Como se conoce en la técnica, pueden utilizarse anticuerpos para proteínas de superficie celular en métodos terapéuticos que preferentemente destruyen células expresan proteínas de superficie celular, particularmente en situaciones en donde la proteína de superficie se sobre expresa en la célula patológica contra las células normales en el cuerpo de un paciente (e.g., HER2) . Metodologías muy conocidas que utilizan tales anticuerpos toman ventaja de la capacidad de tales anticuerpos para activar la cascada complemento y/o mediar la citotoxicidad celular dependiente del anticuerpo en un paciente tratado con una cantidad efectiva del anticuerpo. Metodologías alternativas incluyen el uso de una inmunotoxina que es un conjugado de un residuo citotóxico y uno de estos anticuerpos . El grado de experimentación necesario para estableces la capacidad de un anticuerpo anti-RORl para inhibir el crecimiento de cualquier célula examinada es menor y sigue protocolos muy establecidos en la técnica. Además, la capacidad de un anticuerpo para destruir una célula que expresa en su superficie una proteína reconocida por ese anticuerpo y que tiene las características específicas de ROR1 (e.g., teniendo un patrón y estructura de expresión similares a proteínas tales como HER2) sigue principios científicos muy establecidos. Consecuentemente, la capacidad de un anticuerpo R0R1 para inhibir el crecimiento de y/o destruir cualquier tipo celular, puede determinarse con experimentación mínima. Los anticuerpos R0R1 pueden introducirse en un paciente de tal manera que el anticuerpo se une a R0R1 y modula o perturba una función tal como una interacción con receptores y ligantes de la familia frizzled y consecuentemente media la destrucción de las células y del tumor y/o inhibe el crecimiento de las células o del tumor. Los mecanismos mediante los cuales tales anticuerpos ejercen un efecto terapéutico pueden incluir citolisis mediada por complemento, citotoxicidad celular dependiente del anticuerpo, modulación de la función fisiológica de ROR1, inhibición de la unión de ligando o trayectorias de transducción de señal, modulación de la diferenciación de la célula de tumor, alteración de los perfiles de factor de angiogénesis del tumor, y/o mediante inducción de apoptosis. Los anticuerpos ROR1 pueden conjugarse a agentes tóxicos o terapéuticos y se utilizan para suministrar el agente tóxico o terapéutico directamente a células de tumor portadoras de RORl. Ejemplos de agentes tóxicos incluyen, pero no se limitan a, caliqueamicina, maytansinoides, radioisótopos tales como 131I, itrio y bismuto. La inmunoterapia del cáncer que utiliza anticuerpos anti-RORl pueden seguir las enseñanzas generadas de diversos procedimientos que se han empleado con éxito en el tratamiento de otros tipos de cáncer, incluyendo pero sin limitarse a cáncer de colon (Arlen et al., 1998, Crit . Rev. Immunol . , 18:133-138), mieloma múltiple (Ozaki et al., 1997, Blood 90:3179-3186; Tsunenari et al., 1997, Blood 90:2437-2444), cáncer gástrico (Kasprzyk et al., 1992, Cáncer Res. 52:2771-2776), linfoma de célula B (Funakoshi et al., 1996 J. Immunother. Emphasis Tumor Immunol . 19:93-101), leucemia (Zhong et al., 1996, Leuk. Res. 20:581-589), cáncer colorrectal (Moun et al., 1994, Cáncer Res. 54:6160-6166; Velders et al., 1995, Cáncer Res. 55:4398-4403), y cáncer de mama (Shepard et al., 1991, J. Clin. Immunol . , 11:117-127). Algunos procedimientos terapéuticos implican la conjugación del anticuerpo desnudo con una toxina, tal como la conjugación de 1311 a anticuerpos anti-CD20 (e.g., Rituxan™, IDEC Pharmaceuticals Corp.), mientras que otros implican la co-administración de anticuerpos y otros agentes terapéuticos, tales como Herceptin™ (trastuzumab) con paclitaxel (Genentech, Inc.). Para el tratamiento de cáncer de mama, por ejemplo, los anticuerpos ROR1 pueden administrarse en conjunción con radiación, quimioterapia o ablación hormonal . Aunque la terapia de anticuerpo ROR1 puede ser útil para todas las etapas del cáncer, la terapia de anticuerpo puede ser particularmente apropiada en cánceres avanzados o metastáticos . El tratamiento con la terapia de anticuerpo de la invención puede indicarse para pacientes que han recibido previamente una o más quimioterapias, mientras que la combinación de la terapia de anticuerpo de la invención con un régimen quimioterapéutico o de radiación puede preferirse para pacientes que no han recibido tratamiento quimioterapéutico. Adicionalmente, la terapia de anticuerpo puede permitir el uso de dosis reducidas de quimioterapia concomitante, particularmente para pacientes que no toleran muy bien la toxicidad del agente quimioterapéutico. Puede ser deseable para algunos pacientes con cáncer que se evalúe la presencia y nivel de la expresión R0R1, preferentemente utilizando el establecimiento inmunohistoquímico del tejido de tumor, visualización cuantitativa de R0R1, u otras técnicas capaces de indicar de manera confiable la presencia y grado de expresión R0R1. El análisis inmunohistoquímico de biopsias de tumor o especímenes quirúrgicos puede preferirse para este propósito. Los métodos para análisis inmunohistoquímico son muy conocidos en la técnica. Los anticuerpos monoclonales anti-RORl útiles en el tratamiento de cáncer de mama y otros, incluyen aquellos capaces de iniciar una potente respuesta inmune contra el tumor y aquellos capaces de dirigir la citotoxicidad. A este respecto, los anticuerpos monoclonales anti-RORl (mAbs) pueden emitir lisis de célula de tumor mediante mecanismos de citotoxicidad ya sea mediada por complemento o celular dependiente del anticuerpo (ADCC) , de los cuales ambos requieren una porción Fe intacta de la molécula de inmunoglobulina para la interacción con 'sitios de receptor Fe de célula efector o proteínas complemento. Además, los mAbs anti-RORl que ejercen un efecto biológico directo en el crecimiento del tumor son útiles en la práctica de la - invención. Los mecanismos potenciales mediante los cuales tales mAbs citotóxicos pueden actuar directamente, incluyen la inhibición del crecimiento celular, mediación de la diferenciación celular, modulación de los perfiles del factor de angiogénesis del tumor, y la inducción de apoptosis. El mecanismo mediante el cual un mAb anti-RORl particular ejerce un efecto anti-tumor, puede evaluarse utilizando cualquier número de análisis in vitro diseñados para determinar ADCC, ADMMC, lisis celular mediada por complemento, y así sucesivamente, como se conoce generalmente en la técnica. El uso de anticuerpos monoclonales murinos y otros no humanos, o mAbs quiméricos de humano/ratón, puede inducir respuestas inmunes de moderadas a fuertes en algunos pacientes. En algunos casos, esto dará como resultado la limpieza del anticuerpo de la circulación y la reducción de la eficacia. En los casos más severos, tal respuesta inmune puede conducir a la extensa formación de complejos inmunes que, potencialmente, pueden ocasionar falla renal. En consecuencia, algunos anticuerpos monoclonales utilizados en la práctica de los métodos terapéuticos de la invención, son aquellos que son ya sea totalmente humanos o humanizados y que se unen específicamente al antígeno ROR1 objetivo con alta afinidad pero que exhiben baja o ninguna antigenicidad en el paciente. Los métodos terapéuticos de la invención contemplan la administración de mAbs anti-RORl únicos así como combinaciones o cócteles de diferentes mAbs (e.g., anticuerpos anti-RORl y anti-Her-2) . Tales cócteles mAb pueden tener ciertas ventajas siempre que contengan mAbs que se dirigen a diferentes epítopes, exploten diferentes mecanismos efector o combinen mAbs directamente citotóxicos con mAbs que se basan en la funcionalidad efector inmune. Tales mAbs en combinación pueden exhibir efector terapéuticos sinergísticos. Adicionalmente, la administración de mAbs anti-RORl puede combinarse con otros agentes terapéuticos, incluyendo pero sin limitarse a diversos agentes quimioterapéuticos, bloqueadores de andrógeno, y moduladores inmunes (e.g., IL-2, GM-CSF). Los mAbs anti-RORl pueden administrarse en su forma "desnuda" o conjugada, o pueden tener agentes terapéuticos conjugados a ellos. Las formulaciones de anticuerpo anti-RORl pueden administrarse a través de cualquier vía capaz de suministrar los anticuerpos al sitio del tumor. Las vías de administración potencialmente efectivas incluyen, pero no se limitan a, intravenosa, intraperitoneal, intramuscular, intratumor, intradérmica y lo similar. El tratamiento implicará generalmente la administración repetida de la preparación de anticuerpo anti-RORl a través de una via de administración adecuada tal como inyección intravenosa (IV) , típicamente en una dosis en el rango de aproximadamente 0.1 a aproximadamente 10 mg/kg de peso corporal. Pueden ser efectivas y bien toleradas dosis en el rango de 10-500 mg de mAb a la semana. En base a la experiencia clínica con el mAb Herceptin en el tratamiento de cáncer de mama metastático, una dosis de carga inicial de aproximadamente 4 mg/kg del peso corporal del paciente IV seguido por dosis semanales de aproximadamente 2 mg/kg IV de la preparación de mAb anti-RORl puede representar un régimen de dosificación aceptable. Preferentemente la dosis de carga inicial se administra como una infusión de 90 minutos o más. La dosis periódica de mantenimiento puede administrarse como una infusión de 30 minutos o más, siempre que la dosis inicial sea bien tolerada. Sin embargo, como lo entenderá el experto en la técnica, diversos factores influirán en el régimen de dosis ideal en un caso particular. Tales factores pueden incluir, por ejemplo, la afinidad de unión y la vida media del Ab o mAbs utilizado, el grado de expresión de ROR1 en el paciente, el grado de antígeno R0R1 difundido circulante, el nivel de concentración de anticuerpo en estado de reposo deseado, la frecuencia del tratamiento, y la influencia de los agentes quimioterapéuticos utilizados en combinación con el método de tratamiento de la invención. Inhibición de la función de la proteína R0R1 La invención incluye diversos métodos y composiciones para inhibir la unión de R0R1 a su socio o ligante de unión, o su asociación con otra(s) proteína (s) así como métodos para inhibir la función de R0R1. Inhibición de R0R1 con Anticuerpos Intracelulares En un procedimiento, pueden introducirse vectores recombinantes que codifican para anticuerpos monocatenarios que se unen específicamente a R0R1 en células que expresan R0R1 a través de tecnologías de transferencia de gen, en donde el anticuerpos anti-RORl monocatenario codificado se expresa intracelularmente, se une a la proteína ROR1, y en consecuencia inhibe su función. Los métodos para fabricar tales anticuerpos monocatenarios intracelulares son muy conocidos. Tales anticuerpos intracelulares, también conocidos como "intracuerpos" , pueden dirigirse específicamente a un compartimento particular dentro de la célula, proporcionando un control referente a dónde se enfocará la actividad inhibidora del tratamiento. Esta tecnología se ha aplicado con éxito en la técnica (para revisión, ver Richardson y Marasco, 1995, TIBTECH col. 13). Los intracuerpos han mostrado eliminar virtualmente la expresión de receptores de superficie celular de otra manera abundantes. Ver, por ejemplo, Richardson et al., 1995, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 92:3141; Beerli et al., 1994, J. Biol. Chem., 289:23931-23936; Deshane et al., 1994, Gene Ther. 1: 332-337.

Los anticuerpos monocatenarios comprenden los dominios variables de la cadena pesada y ligera unidos por un polipéptido flexible de unión, y se expresan como un solo polipéptido. Opcionalmente, los anticuerpos monocatenarios pueden expresarse como un fragmento de región variable monocatenario unido a la región constante de cadena ligera. Pueden fabricarse señales de tráfico intracelular muy conocidas en vectores de polinucleótidos recombinantes que codifican para tales anticuerpos monocatenarios a fin de dirigir precisamente el intracuerpo expresado al compartimento intracelular deseado. Por ejemplo, los intracuerpos dirigidos al retículo endoplásmico (ER) pueden fabricarse para incorporar un péptido guía y, opcionalmente, una señal de retención de ER de terminación C, tal como el motivo de aminoácido KDEL. Los intracuerpos que pretenden ejercer actividad en el núcleo pueden fabricarse para incluir una señal de localización nuclear. Los residuos lípidos pueden unirse a los intracuerpos a fin de fijar el intracuerpo al lado citosólico de la membrana de plasma. Los intracuerpos también pueden dirigirse para ejercer función en el citosol . Por ejemplo, los intracuerpos citosólicos pueden utilizarse para secuestrar factores dentro del citosol, previniendo así que éstos se transporten a su destino celular natural . En una modalidad, los intracuerpos pueden - utilizarse para capturar R0R1 en el núcleo, evitando así su actividad dentro del núcleo. Pueden fabricarse señales de dirección nuclear en tales intracuerpos R0R1 a fin de lograr la dirección deseada. Tales intracuerpos R0R1 pueden diseñarse para unirse específicamente a un dominio R0R1 particular. En otra modalidad, los intracuerpos citosólicos que se unen específicamente a la proteína R0R1 pueden utilizarse para evitar que R0R1 tenga acceso al núcleo, evitando así que ejerza alguna actividad biológica dentro del núcleo (e.g., evitando que R0R1 forme complejos de transcripción con otros factores) . Inhibición de ROR1 con Proteínas Recombinantes En otro procedimiento, se utilizan moléculas recombinantes capaces de unirse a ROR1 o a su(s) socio (s) de unión, evitando así que R0R1 tenga acceso/se una a su(s) socio (s) de unión o se asocie con otra(s) proteína (s), para inhibir la función de RORl. Por ejemplo, la molécula recombinante puede incluir el dominio extracelular de ROR1 o una porción del mismo, tal como el dominio Ig de circuito de ROR1, el dominio frizzled de ROR1 o el dominio kringle de RORl. En algunas modalidades de la invención, las moléculas recombinantes incluyen 2 o alternativamente 3 de estos dominios ROR1. Alternativamente, tales moléculas recombinantes, por ejemplo, pueden contener la(s) parte (s) reactiva (s) de una molécula de anticuerpo específica de R0R1. En una modalidad particular, el dominio de unión R0R1 de un socio de unión R0R1 puede fabricarse en una proteína de fusión dimérica que comprende dos dominios de unión de ligante R0R1 unidos a la porción Fe de un IgG humano, tal como IgGl . Tal porción IgG puede contener, por ejemplo, los dominios CH2 y CH3 y la región de articulación, pero no el dominio CH1. Tales proteínas de fusión dimérica pueden administrarse en forma soluble a pacientes que sufren de cáncer asociado con la expresión de ROR1, incluyendo pero sin limitarse a cánceres de mama, en donde la proteína de fusión dimérica se une específicamente a R0R1 bloqueando así la interacción R0R1 con un socio de unión. Tales proteínas de fusión dimérica pueden combinarse además en proteínas multiméricas utilizando tecnologías conocidas de unión de anticuerpo. Inhibición de Transcripción o Translación de R0R1 Dentro de otra clase de procedimientos terapéuticos, la invención proporciona diversos métodos y composiciones para inhibir la transcripción del gen RORl. De manera similar, la invención proporciona también métodos y composiciones para inhibir la translación de ARNm R0R1 en proteínas . En un procedimiento, un método para inhibir la transcripción del gen ROR1 comprende poner en contacto el gen ROR1 con un polinucleótido ROR1 de antisentido. En otro método, un método para inhibir la translación de ARNm R0R1 comprende poner en contacto el ARNm R0R1 con un polinucleótido de antisentido. En otro procedimiento, puede utilizarse una ribozima específica de R0R1 para dividir el mensaje de R0R1, inhibiendo así la translación. Tales métodos en base a antisentido y ribozima también pueden dirigirse a las regiones reguladoras del gen R0R1, tales como los elementos promotor y/o mej orador de RORl. De manera similar, pueden utilizarse proteínas capaces de inhibir el factor de transcripción de un gen ROR1 para inhibir la transcripción de ARNm ROR1. Los diversos polinucleótidos y composiciones útiles en los métodos antes mencionados se han descrito anteriormente. El uso de moléculas de antisentido y ribozima para inhibir la transcripción y translación es muy conocido en la técnica. Otros factores que inhiben la transcripción de R0R1 interfiriendo con la activación transcripcional de R0R1 también pueden ser útiles para el tratamiento de cánceres que expresan RORl. De manera similar, los factores capaces de interferir con el procesamiento de ROR1 pueden ser útiles para el tratamiento de cánceres que expresan ROR1. Los métodos para el tratamiento del cáncer que utilizan tales factores también se encuentran dentro del alcance de la invención. Consideraciones generales para estrategias terapéuticas Pueden utilizarse tecnologías de transferencia de gen y terapia de gen para suministrar moléculas de polinucleótidos terapéuticas para células de tumor, sintetizando R0R1 (i.e., antisentido, ribozima, polinucleótidos que codifican intracuerpos y otras moléculas inhibidoras de R0R1) . Se conoce un número de procedimientos de terapia de gen en la técnica. Los vectores recombinantes que codifican para polinucleótidos antisentido R0R1, ribozimas, factores capaces de interferir con la transcripción de R0R1, etc., pueden suministrarse a células de tumor objetivo utilizando procedimientos de terapia de gen. Los procedimientos terapéuticos anteriores pueden combinarse con cualquiera de una amplia variedad de regímenes de quimioterapia o terapia de radiación. Estos procedimientos terapéuticos también pueden permitir el uso de dosis reducidas de quimioterapia y/o administración menos frecuente, particularmente en pacientes que no toleran bien la toxicidad del agente quimioterapéutico. La actividad anti-tumor de una composición particular (e.g., antisentido, ribozima, intracuerpo), o una combinación de tales composiciones, puede evaluarse utilizando diversos sistemas de análisis in vitro e in vivo. Los análisis in vitro para evaluar el potencial terapéutico incluyen análisis de crecimiento celular, análisis de agar suave y otros análisis indicativos de la actividad promotora de tumor, análisis de unión capaces de determinar el grado al cual inhibirá la composición terapéutica la unión de ROR1 a un socio de unión, etc. In vivo, el efecto de la composición terapéutica R0R1 puede evaluarse en un modelo animal adecuado . Por ejemplo, los modelos de cáncer de mama xenogénicos en donde se introducen los explantes de cáncer de mama o tejidos de xenoinjertos pasados en animales inmunes comprometidos, tales como ratones desnudos o SCID, son apropiados en relación al cáncer de mama y se han descrito en la técnica. La eficacia puede predecirse utilizando análisis que miden la inhibición de la formación de tumor, regresión de tumor o metástasis y lo similar. Los análisis in vivo que califican la promoción de apoptosis también pueden ser útiles para evaluar las composiciones terapéuticas potenciales. En una modalidad, los xenoinjertos de ratones portadores tratados con la composición terapéutica pueden examinarse por la presencia de focos apoptóticos y compararse con ratones de control no tratados portadores de xenoinjerto. El grado al cual el foco apoptótico se encuentra en los tumores de los ratones tratados proporciona una indicación de la eficacia terapéutica de la composición. Las composiciones terapéuticas utilizadas en la práctica de los métodos anteriores pueden formularse en composiciones farmacéuticas que comprenden un vehículo adecuado para el método de suministro deseado. Los vehículos adecuados incluyen cualquier material que al combinarse con la composición terapéutica retiene la función anti-tumor de la composición terapéutica y es no reactivo con el sistema inmune del paciente. Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, cualquiera de un número de vehículos farmacéuticos estándar tales como soluciones salinas estériles amortiguadas con fosfato, agua bacteriostática, y lo similar (ver, generalmente, Remington's Pharmaceutical Sciences 16a Ed. , A. Osal. , Ed. 1980) . Las formulaciones terapéuticas pueden solubilizarse y administrarse a través de cualquier ruta capaz de suministrar la composición terapéutica al sitio del tumor. Las vías de administración potencialmente efectivas incluyen, pero no se limitan a, intravenosa, parenteral, intraperitoneal, intramuscular, intratumor, intradérmica, intraórgano, ortotrópica y lo similar. Una formulación común para inyección intravenosa comprende la composición terapéutica en una solución de agua bacteriostática preservada, agua estéril no preservada, y/o diluida en polivinilcloruro o bolsas de polietileno conteniendo cloruro de sodio estéril al 0.9% para inyección, USP. Las preparaciones terapéuticas de proteína pueden liofilizarse y - almacenarse como polvos estériles, preferentemente bajo vacío, y después reconstituirse en agua bacteriostática conteniendo, por ejemplo, preservativo de alcohol bencílico, o en agua estéril previo a la inyección. Las dosis y protocolos de administración para el tratamiento de cánceres utilizando los métodos anteriores variarán con el método y el cáncer objetivo y dependerán generalmente de un número de otros factores apreciados en la técnica. EQUIPOS Para uso en las aplicaciones diagnósticas y terapéuticas descritas o sugeridas anteriormente, también se proporcionan equipos por la invención. Tales equipos pueden comprender un medio portador en compartimentos para recibir en confinación cercana uno o más medios de envase tales como viales, tubos, y lo similar, comprendiendo cada medio de envase uno de los elementos separados para utilizarse en el método. Por ejemplo, uno de los medios de envase puede comprender una sonda que se marca o puede marcarse de manera detectable. Tal sonda puede ser un anticuerpo o polinucleótido específico para una proteína R0R1 o un gen R0R1 o mensaje, respectivamente. Cuando el equipo utiliza hibridación de ácido nucleico para detectar el ácido nucleico objetivo, el equipo puede tener también envases que contienen nucleótido (s) para la amplificación de la secuencia de ácido nucleico objetivo y/o un envase que comprende un medio informante, tal como una proteína de unión de biotina, tal como avidina o estreptavidina, unida a una molécula informante, tal como una marca enzimática, fluorescente o de radioisótopo. Una modalidad típica de la invención es un equipo que comprende un envase, una marca en dicho envase y una composición contenida dentro de dicho envase; en donde la composición incluye un anticuerpo específico de R0R1 y/o un polinucleótido que se híbrida a un complemento del polinucleótido R0R1 mostrado en la SEQ ID NO: 1 bajo condiciones rigurosas (o que se une a un polipéptido R0R1 codificado por el polinucleótido mostrado en la SEQ ID NO: 1) , la marca en dicho envase indica que la composición puede utilizarse para evaluar la presencia de la proteína R0R1, ARN o ADN en al menos un tipo de célula de mamífero, e instrucciones para utilizar el anticuerpo y/o polinucleótido ROR1 para evaluar la presencia de proteína ROR1, ARN o ADN en al menos un tipo de célula de mamífero. El equipo de la invención comprenderá típicamente el envase descrito anteriormente y uno o más envases diferentes que comprenden materiales deseables desde el punto de vista comercial y del usuario, incluyendo amortiguadores, diluyentes, agujas, jeringas, e insertos de empaque con instrucciones de uso. Una marca puede encontrarse presente - - en el envase para indicar que la composición se utiliza para una terapia específica o aplicación no terapéutica, y también puede indicar las direcciones para uso ya sea in vivo o in vitro, tales como las antes descritas. MÉTODOS PARA DESCUBRIR GENES TALES COMO R0R1 La descripción también proporciona métodos de exploración de datos incluyendo aquellos utilizados para identificar R0R1 como un gen de significado diagnóstico. Estas metodologías incluyen nuevos análisis experimentales así como análisis de datos públicos en base a restricción. Estos métodos de la invención incluyen un número de acciones discretas o etapas que pueden presentarse en una amplia variedad de órdenes secuenciales . Estas etapas se combinan entonces para identificar genes de interés tales como RORl. En una etapa preliminar, el técnico puede definir un conjunto de genes de trabajo, por ejemplo de listas de genes generadas experimentalmente y/o una selección de genes en base a la literatura. En otra etapa, los técnicos pueden comprometer pantallas de micro disposición de expresión de gen, por ejemplo, en líneas celulares +/- HER-2, +/-ligantes/antagonistas, cánceres de mama primarios, líneas celulares de cáncer de mama o lo similar. En otra etapa, los técnicos pueden emplear un parámetro de selección candidato para identificar genes de interés, por ejemplo, un enfoque de genes que pueden agruparse en trayectorias de señalización - que es probable que contribuyan al progreso del cáncer de mama (e.g., RTKs (tirosinas cinasas receptor)). En otra etapa, el técnico puede evaluar y/o confirmar la expresión de el (los) gen (es) de interés a través de protocolos muy conocidos tales como PCR cuantitativa, análisis northern y western. En otra etapa, el técnico puede desarrollar y probar una hipótesis en base a los resultados de las etapas previas, por ejemplo una hipótesis que correlaciona la expresión de R0R1 con uno o más de los subtipos de cáncer de mama y/o con un pobre pronóstico. En esta etapa, los técnicos pueden considerar factores tales como si puede medirse el significado funcional de los patrones de expresión utilizando bioanálisis y modelos de línea celular. Por ejemplo, pueden utilizarse tejidos de tumor humano para evaluar adicionalmente la expresión diferencial, etc., y utilizar modelos de xenoinjerto para confirmar la relevancia funcional de las observaciones in vivo. En un método ilustrativo tal de exploración de datos, puede surgir una observación inicial a partir de análisis en base a restricciones de datos de expresión pública y datos de línea celular, por ejemplo, para identificar características de interés de un gen tal como RORl. Utilizando esta primera observación, puede desarrollarse una hipótesis que correlaciona un subtipo de cáncer de mama con un pobre pronóstico y R0R1 (un objetivo - molecular potencial) . Puede entonces validarse la sobre expresión de R0R1 en líneas celulares y tumores de cáncer de mama relevantes . Pueden generarse datos experimentales que soportan las funciones biológicas de R0R1 en la patogénesis del cáncer de mama. En una modalidad ilustrativa, la observación inicial puede ser a partir de análisis en base a restricciones de datos de expresión públicos. En esta modalidad, puede seleccionarse un conjunto de genes de trabajo que comprende tirosinas cinasas receptor y sus ligantes. Puede entonces trabajarse para integrar esta selección con otros estudios conocidos en la técnica, por ejemplo integrando la descripción en Van't Veer, L. J. , et al. (2002) Nature 415, 530-536 ("Rosetta/Netherlands") con la de Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 2001 Sep. 11; 98(19): 10869-74. Brevemente, Van't Veer, et al. (2002) Nature 415, 530-536 anota que los pacientes con cáncer de mama con la misma etapa de enfermedad pueden tener respuestas al tratamiento y resultados totales marcadamente diferentes. En este estudio Van't Veer et al., utilizaron análisis de micro disposición de ADN en tumores de mama primarios de 117 jóvenes pacientes, y aplicaron clasificación supervisada para identificar una marca de expresión de gen fuertemente predictiva de un corto intervalo a metástasis distante ("marca de "pobre pronóstico") en pacientes sin células de tumor en nodos linfáticos locales al diagnóstico (nodo linfático negativas) . De esta manera, establecen una marca que identifica tumores, por ejemplo, de portadores de BRCAl y muestran que este perfil de expresión de gen desempeñará todos los parámetros clínicos actualmente utilizados en el resultado de predicción de enfermedad. Van't Veer et al., muestran que una agrupación supervisada de tres etapas de 78 tumores esporádicos en base a la resistencia del coeficiente de correlación con el pronóstico, identifica un subconjunto de 70 genes de 5000 genes expresados diferencialmente que predicen metástasis distante dentro de 5 años con precisión del 83%. De manera similar, el estudio de Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA Sep. 11; 98(19): 10869-74 Stanford/Noruega, también clasifica carcinomas de mama en base a las variaciones en los patrones de expresión de gen derivados de micro disposiciones de ADNc y para correlacionar características del tumor con el resultado clínico. Este artículo identifica un número de subtipos de carcinomas de mama asociados con resultados clínicos significativamente diferentes. Los subtipos de carcinoma de mama incluyen similar al basal, ERBB2+ y subtipos luminales A y B (ver, e.g., Figura 1 en Sorlie et al., supra) . Pueden emplearse algoritmos de agrupación que analizan patrones de coordenadas de expresión de gen como parte de un pronóstico de clasificaciones. Este análisis también permite la identificación de objetivos terapéuticos. En algunas modalidades de la invención, esta etapa puede incluir una estructura de hipótesis en base a restricciones de patogénesis en donde uno puede enfocarse en genes y trayectorias de probable importancia para el progreso de la enfermedad, tales como aquellos implicados en (o que tienen dominio con homología a proteínas conocidas por implicarse en) la enfermedad, desregulación del crecimiento, ciclo celular y lo similar. En tales métodos en base a restricciones para identificación objetivo utilizando perfiles de expresión del gen, puede considerarse un número de factores tales como la observación de que el cáncer de mama es heterogéneo, que los marcadores de pronóstico y las moléculas ya hayan mostrado ser importantes para los subtipos de cánceres de mama (i.e., ER, HER-2) , y que no es probable que el mismo conjunto de genes será "pronóstico" o sirva como objetivo terapéutico apropiado en todos los cánceres de mama. En una modalidad ilustrativa de esta metodología, puede seleccionarse, por ejemplo un conjunto de datos para análisis (e.g., un número de genes)), opcionalmente seleccionados de cánceres esporádicos y/o hereditarios (e.g., tumores de BRCAl y/o 2) . Uno puede enfocarse en un conjunto de genes para análisis tales como genes relacionados con cáncer de mama (e.g., aquellos en bases de datos conocidas tales como omim, base de datos de cáncer de mama, ncbi) , marcadores Stanford tipo tumor, genes ERBB2 regulados de datos de línea celular, quimiosinas y tirosinas cinasas y ligantes receptor, proteínas de unión epitelial y lo similar. Entonces pueden clasificarse muestras de acuerdo con ciertos niveles de expresión de gen (e.g., ERBB2 y ESRl etc.) y/o estado de mutación de BRCAl etc . , para identificar un conjunto de genes de trabajo. Por ejemplo, Wilson et al., Breast Cáncer Research Vol 6 No. 5: 192-200 (2004) (que se incorpora por la referencia) muestra que la expresión del receptor 1 de estrógeno y la amplificación HER2 pueden utilizarse para definir subtipos de cáncer de mama. Después de estas etapas, pueden entonces delinearse grupos sin muestras sobrepuestas que son por ejemplo, aproximadamente equivalentes a las clasificaciones Stanford/Norway tratadas anteriormente. en una modalidad, las muestras de tumor esporádico pueden clasificarse primero en base a su expresión HER2 y las muestras restantes pueden agruparse mediante expresión ESRl . Las categorías de tumor esporádico pueden ser no sobrepuestos, dado que ninguna muestra de HER2+ tuvo una proporción de ESRl > 0. Las muestras con una mutación BRCA pueden clasificarse por separado. En tal agrupación, todos los tumores BRCA muestran tener ESRl < 0 y HER2 < 0. Los tumores HER2+ ESRl - exhiben el pronóstico más pobre, seguidos por ESR1++.

En algunas modalidades del análisis de este conjunto de genes de trabajo, pueden emplearse datos "bin" en lugar de datos de "agrupación" y por ejemplo, pueden construirse matrices para cuantificar la frecuencia de genes sobre regulados y sub regulados a través de la muestra y por grupo. Opcionalmente, puede investigarse la co-expresión de los miembros de un conjunto de genes de trabajo a través de grupos de tumor. También pueden generarse hipótesis referentes a la patogénesis por grupo de tumor. De esta manera, pueden identificarse objetivos potenciales y analizar su significado estadístico. Un conjunto de genes de trabajo ejemplar incluye genes de cáncer de mama conocidos, marcadores Stanford tipo tumor, genes regulados ERBB2 , quimiosinas/RTK y ligantes, y/o proteínas de unión epitelial. Para los datos bin, pueden crearse matrices de datos, por ejemplo: nivel 1: proporción para cada gen/muestra; nivel 2: valor binario para cada gen/muestra; nivel 3: total ascendente o descendente por gen/grupo; nivel 4: co-expresión de familia del gen/grupo. Opcionalmente, uno puede enfocarse en tirosina cinasas receptor, incluidos en el conjunto de genes de trabajo todos los RTKs y sus ligantes que se encontraron disponibles, por ejemplo, en los datos Rosetta/Netherlands (147 elementos representando 127 de 130 RTKs únicos posibles y sus ligantes) . Puede identificarse entonces la expresión de RTK específico del grupo de tumor/ligante . Las modalidades de esta metodología se utilizaron en la identificación de R0R1 como un gen de interés . R0R1 es una tirosina cinasa receptor específicamente sobre regulada en tumores básales y BRCAl . La Figura B muestra la expresión de ARNm R0R1 en datos Rosetta/Netherlands . R0R1 es una nueva familia de receptores de superficie celular con dominio similar a tirosina cinasa (ver, Masiakowski et al., JBC. 267 26181-26190 (1992). Aunque el (los) ligante (s) para RORl/2 no se conocen, la presencia de un CRD (dominio rico en cisteína) o de un dominio frizzled sugiere que los R0R2 pueden unirse a WNTs. Como se trató en la presente, estos métodos permiten el desarrollo de una hipótesis de la biología de R0R1 así como el diseño de pruebas para correlacionar la expresión de ROR1 con el pronóstico, y/o el subtipo de cáncer de mama y lo similar. Por ejemplo, utilizando este procedimiento, encontramos que los cánceres de mama basal y BRCAl se encuentran relacionados por origen celular y patogénesis molecular y que la sobre expresión de R0R1 es una importante alteración implicada en la patogénesis de estos dos grupos de tumor. Como se muestra en la Figura 4A, los tumores que sobre expresan ROR1 se asocian con un pobre pronóstico en los tumores Rosetta/Netherlands. El porcentaje (70% de esporádicos) de tumores de pobre pronóstico en el grupo R0R1 es mayor que el de cualquier otro gen de pronóstico único analizado incluyendo HER-2, EGFR, VEGF, FLT3 , myc, UPA y PAI . Como se muestra en la Figura 4B, este descubrimiento es análogo al observado con HER-2, en donde el cincuenta y cuatro por ciento de los tumores que sobre expresan HER-2 son muestras de pronóstico pobre. La significancia de la sobre expresión R0R1 en líneas celulares y tumores de cáncer de mama relevantes puede validarse además en un número de formas. El gen R0R1 se encuentra ubicado en la posición lp31.3. adicionalmente, las líneas celulares que sobre expresan ROR1 tienen características básales o mesenquimales . Otro elemento AKO00776 que se encuentra apenas distante de ROR1 también se encuentra presente en las micro disposiciones de ADN tal como el chip Rosetta. ROR1 y AKO00776 muestran una fuerte correlación lineal positiva. El inmunoanálisis Northern en la Figura 5A muestra la expresión de ARNm ROR1 en un número de líneas celulares de cáncer de mama. Estos datos confirman la expresión de ROR1 observada en los Grupos 4 y 6 de los datos de tumor Rosetta. La identificación de ROR1 como un gen de interés y la subsecuente validación de esta observación demuestran el poder de los métodos de exploración de datos descritos anteriormente . EJEMPLOS Diversos aspectos de la invención se describen e ilustran adicionalmente mediante los varios ejemplos siguientes, de los cuales ninguno pretende limitar el alcance de la invención. Ejemplo 1; Producción de R0R1 Recombinante en un Sistema de Mamífero Para expresar R0R1 recombinante, el ADNc R0R1 de longitud total puede clonarse en un vector de expresión conocido en la técnica tal como el que proporciona una marca 6His en la terminación carboxilo (pCDNA 3.1 myc-his, Invitrogen) . Las construcciones pueden transfectarse en una célula apropiada tal como la célula MCF-7. Los genes ROR1 también pueden subclonarse en un vector de expresión retroviral tal como pSRaMSVtkneo y utilizarse para establecer líneas celulares que expresan ROR1 como sigue. La secuencia de codificación ROR1 (desde ATG de inicio de traslación hasta los codones de terminación) puede amplificarse mediante PCR utilizando un patrón de ADNc de ADNc RORl. El producto de PCR se subclona en pSRaMSVtkneo a través de los sitios de restricción EcoRl (de extremo plano) y Xba 1 en el vector y se transforma en células competentes DH5a. Se eligen colonias para visualizar clones con sitios de restricción internos únicos en el ADNc . El clon positivo se confirma mediante el secuenciado del inserto ADNc. Los retrovirus pueden utilizarse a continuación para infección y generación - de varias líneas celulares utilizando, por ejemplo, NIH 3T3 , TsuPrl, MCF-7 o células de rata 1. Ejemplo 21 Generación de Anticuerpos R0R1 Policlonales y Monoclonales Los anticuerpos policlonales pueden criarse en un mamífero tal como un conejo, por ejemplo, mediante una o más inyecciones de un agente de inmunización y, si se desea, un adyuvante. Típicamente, el agente de inmunización y/o adyuvante se inyectará en el mamífero mediante múltiples inyecciones subcutáneas o intraperitoneales . Típicamente un agente de inmunización puede incluir toda o porciones de la proteína ROR1, o sus proteínas de fusión. Por ejemplo, se clonó una porción de R0R1 comprendiendo los dominios similares a Ig C2 y frizzle? (llamado "IF") en el vector pET32A (Novagen) y se expresó como una proteína de fusión Thio/HIS. Esta construcción de proteína se encuentra altamente expresada en cuerpos insolubles de inclusión. Al solubilizarse con 6M urea, la proteína de fusión se une a columnas Ni eficientemente bajo condiciones de desnaturalización. Se inmunizó entonces a los conejos con esta proteína de fusión y subsecuentemente se sangraron a fin de generar suero policlonal . La Figura 5F y la Figura 5G muestran la detección de proteína ROR1 endógena en células CAL51 utilizando este suero policlonal de ratón, sirviendo las células SKBR como una célula de cáncer - comparativa. Como los anticuerpos policlonales, los anticuerpos monoclonales pueden generarse mediante métodos conocidos en la técnica. A fin de generar anticuerpos monoclonales R0R1, por ejemplo, puede sintetizarse y utilizarse como inmunógeno una proteína de fusión (e.g., glutationa s transferasa) que abarca una proteína RORl. En otro ejemplo de un método para generar anticuerpos R0R1, se prepara un inmunógeno que consiste de un dominio ROR marcado con HIS tal como el dominio frizzled. Esta construcción puede insertarse en un vector de baculovirus que entonces se introduce en células de insecto de manera que permite que la proteína inmunogénica natural (plegada) se secrete en el medio. Opcionalmente, los inmunógenos pueden conjugarse a una segunda proteína conocida por estimular la respuesta inmune tal como KLH previo a la inmunización. Alternativamente, la construcción de inmunógeno ROR1 IF puede producirse en bacterias. En situaciones en las que la proteína inmunogénica es insoluble, puede desnaturalizarse opcionalmente con urea previo a la inmunización. Alternativamente puede producirse una construcción ROR1 completa ECD de inmunógeno como parte de una construcción de fusión Ig y después expresarse en células de mamífero (e.g., células CHO) y purificarse utilizando la construcción de fusión de porción Ig previo a la inmunización.

En una modalidad ilustrativa, los ratones pueden inmunizarse inicialmente (e.g., intraperitonealmente) , con una cantidad apropiada de un inmunógeno que comprende el dominio FRZ de RORl. Opcionalmente, el inmunógeno puede conjugarse a KLH y/o mezclarse en adyuvante completo de Freund. Subsecuentemente puede inmunizarse a los ratones (e.g., cada 2 semanas con este inmunógeno R0R1) , opcionalmente mezclado en adyuvante completo de Freund. La reactividad del suero de los ratones inmunizados puede monitorearse mediante ELISA utilizando este inmunógeno RORl. Los ratones que muestran la reactividad más fuerte pueden descansar y dar una inyección final de inmunógeno y después sacrificarse. Los bazos de los ratones sacrificados pueden entonces cosecharse y fusionarse a células SPO/2 de mieloma utilizando procedimientos estándar. Los sobrenadantes de pozos de crecimiento después de la selección HAT se visualizan típicamente mediante ELISA e inmunoanálisis western para identificar clones que producen anticuerpos específicos de ROR1. La capacidad de unión de un anticuerpo monoclonal R0R1 puede determinarse utilizando tecnología estándar. Las mediciones de afinidad cuantifican la resistencia del anticuerpo a la unión de epítope y pueden utilizarse para ayudar a definir cuáles anticuerpos monoclonales ROR1 se prefieren para uso diagnóstico o terapéutico. El sistema BIAcore (Uppsala, Suecia) es un método común para determinar la afinidad de unión. El sistema BIAcore utiliza resonancia de plasmón de superficie (SPR, Welford, K. , 1991, Opt . Quant . Elect. 23:1; Morton y Myszka, 1998, Methods in Enzymology 295:268) para monitorear las interacciones biomoleculares en tiempo real. El análisis BIAcore genera convenientemente constantes de proporción de asociación, constantes de proporción de disociación, constantes de disociación de equilibrio, y constantes de afinidad. Ejemplo 3; Análisis de Expresión RT-PCR Son muy conocidos en la técnica una diversidad de protocolos PCR para analizar la expresión de ROR1 en una célula. Lo siguiente proporciona una ilustración de un protocolo típico. Pueden generarse ADNcs de cadena primera a partir de una cantidad suficiente (e.g., 1 µg) de ARNm con un iniciador tal como iniciación oligo (dT) 12-18 utilizando un sistema comercialmente disponible tal como el sistema Gibco-BRL Superscript Preamplification. Puede utilizarse el protocolo del fabricante. Éstos típicamente incluyen una incubación durante 50 minutos a 42 °C con transcriptasa inversa seguido por un tratamiento de ARNasa H a 37 °C durante 20 minutos. Después de completar la reacción, el volumen puede incrementarse con agua previo a la normalización. La normalización de los ADNcs de cadena primera a partir de tejidos normales y de cáncer puede efectuarse utilizando iniciadores para un gen de mantenimiento tal como /3-actina. Por ejemplo, el ADNc de cadena primera (5 µl) puede amplificarse en un volumen total de 50 µl conteniendo 0.4 µM de iniciadores, 0.2 µM cada uno de dNTPs, 1XPCR amortiguador (Gibco-BRL, 10 mM Tris-HCl, 1.5 mM de MgCl2, 50 mM de KCl, pH 8.3) y IX Platinum Taq ADN polimerasa (Gibco-BRL) . PCR puede efectuarse utilizando un ciclador térmico bajo las siguientes condiciones: la desnaturalización inicial puede encontrarse a 94 °C durante 45 segundos, seguida por 18, 20 y 22 ciclos de 94 °C durante 45 segundos, 58 °C durante 45 segundos, 72 °C durante 45 segundos. Puede llevarse a cabo una extensión final a 72 °C durante 2 minutos. Pueden retirarse cinco µl de la reacción PCR a 18, 20 y 22 ciclos y utilizarse para electroforesis de gel de agarosa. Después de la electroforesis de gel de agarosa, las intensidades de banda de las bandas de 3-actina de 283 b.p. de múltiples tejidos pueden compararse mediante inspección visual . Pueden calcularse los factores de dilución para los ADNcs de cadena primera para dar como resultado intensidades de banda ß-actina iguales en todos los tejidos después de 22 ciclos de PCR. Pueden requerirse tres rondas de normalización para lograr iguales intensidades de banda en todos los tejidos después de 22 ciclos de PCR. Para determinar los niveles de expresión del gen ROR1, pueden analizarse 5 µl de ADNc - normalizado de cadena primera mediante PCR utilizando 26 y 30 ciclos de amplificación. Pueden lograrse análisis de expresión cuantitativa comparando los productos de PCR en números de ciclos que dan ligeras intensidades de banda. El análisis de expresión RT-PCR puede efectuarse en ADNcs de cadena primera generados utilizando depósitos de tejidos a partir de múltiples muestras normales y de cáncer. La normalización de ADNc puede demostrarse en todo experimento utilizando un gen de mantenimiento tal como beta-actina. Ejemplo 4; Examen del Papel de RORl en Cáncer de Mama Basal, ER-negativo Los estudios del perfil inmunohistoquímico y de expresión de ARNm de grandes cohortes de cáncer de mama han identificado de manera reproducible un subconjunto de tumores que expresan marcadores, tales como citoqueratina 5, que son característicos de la capa basal de la glándula mamaria (ver, e.g., Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 2003; 100: 8418-23; Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 2002; 98: 10869-74; y Foulkes et al., J. Nati. Cáncer Inst . , 2003; 95: 1482-5) . Se ha sugerido que estos males surgen de células progenituras básales o supra básales con atributos de célula progenitora. Esto contrasta con muchos cánceres de mama humanos que expresan uniformemente las citoqueratinas glandulares simples (K8/18/19) sugiriendo sus orígenes como células epiteliales luminales transformadas. Los cánceres de - mama humanos con características básales son invariablemente receptor estrógeno (ER) negativos, raramente contienen HER-2 amplificado, son generalmente de alto grado/pobremente diferenciados y se asocian con un pobre pronóstico (ver, e.g., Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 2003; 100: 8418-23; Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 2001; 98: 10869-74; y Foulkes et al., J. Nati. Cáncer Inst . , 2003; 95: 1482-5) . Aunque las altas frecuencias de mutaciones p53 se han asociado con cánceres y tumores básales que surgen en portadores BRCAl que caen en esta clase basal (ver, e.g., Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 2003; 100: 8418-23; Sorlie et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 2001; 98: 10869-74; y Foulkes et al., J. Nati. Cáncer Inst . , 2003; 95: 1482-5), las moléculas oncogénicas y las trayectorias moleculares clave que conducen el progreso de estos tumores son desconocidas. Como se describió en la presente, el uso de perfiles de micro disposición y confirmación de inmunoanálisis Northern, ha demostrado que la tirosina cinasa del receptor ROR1 se encuentra altamente expresada en cánceres de mama humanos primarios con un fenotipo ER negativo basal . También encontramos alta expresión de ROR1 en diversas líneas celulares de cáncer de mama humano que coexpresan marcadores básales, mientras que la expresión de R0R1 no se detectó en ninguna línea celular luminal . De manera importante, el nivel de expresión de R0R1 detectado en líneas celulares básales malignas es significativamente más alto que en células no malignas. Una característica adicional de R0R1 es que puede unir ligantes wnt a través de un dominio frizzled extracelular proporcionando así un vínculo posible para una trayectoria de señalización que previamente mostró regular células progenitoras (ver, e.g., Saldanha et al., Protein Sci., 1998; 7: 1632-5). La descripción proporcionada en la presente permite que los expertos en la técnica identifiquen genes candidato que conducen el progreso de estos cánceres de mama humanos pobremente entendidos básales, ER negativos. Aunque no vinculado a una teoría científica específica, el patrón de expresión sugestiva de ROR1 en combinación con la importancia establecida de las tirosina cinasas receptor (e.g., HER2, EGFR, VEGFR) en la formación del tumor nos urgieron a proponer la hipótesis de que ROR1 juega un papel crítico en la patogénesis de tumores básales . El potencial oncogénico de ROR1 no se ha explorado previamente . Un primer conjunto de experimentos prueba la hipótesis de que R0R1 transforma preferentemente células basales/progenitoras de la glándula mamaria de ratón. Determinando si la sobre expresión inducible de R0R1 puede transformar las células epiteliales mamarias de ratón.

Pueden generarse ratones TetO-RORl transgénicos condicionales y cruzarse con ratones MMTV-rtTA existentes (ver, e.g., Gunther et al., FASEB J. 2002; 16: 283-92) para lograr la expresión dependiente de doxiciclina (tet-on) de ROR1 específicamente en la glándula mamaria. Determinando si la sobre expresión de ROR1 transforma preferentemente los linajes de célula basal/progenitora de la glándula mamaria. Estos ratones TetO-RORl se cruzarán entonces con especies que expresan rtTa bajo el control del promotor de queratina 5 (K5) para conducir la expresión específicamente en los compartimentos basal/progenitor de la glándula mamaria y otros tejidos. Métodos Ilustrativos : La expresión de transgen en ratones MMTV-rtTA/TetO- R0R1 y K5-rtTA/TetO-RORl puede inducirse con doxiciclina comenzando a las 6 semanas de edad. La expresión de ROR1 puede examinarse mediante hibridación in situ, inmunoanálisis northern e inmunohistoquímica. Los cambios en la arquitectura del tejido y la presencia de lesiones pre-malignas o malignas puede establecerse en intervalos incrementados después de la inducción del transgen mediante el análisis de los montes completos mamarios coloreados con carmina y secciones de tejido coloreadas con hematoxilina y eosina. El origen celular de cualquier lesión hiperplásica o carcinomas abiertos puede investigarse utilizando coloración inmunohistoquímica con marcadores de filamento intermedio, proteínas de adhesión y marcadores de célula progenitora putativos (K8/K18/K19 para células luminales, K5/K6/K14/P-cadherin/Sca-1 para células basales/progenitoras) . Como respaldo puede considerarse que los ratones K14-rtTA conducen la expresión de R0R1. Relevancia: Los cánceres de mama humanos con propiedades básales son malignidades agresivas que no responden a terapias objetivo establecidas tales como anti-estrógenos o Herceptin dado que son invariablemente ER negativos y raramente contienen HER-2. El receptor de superficie celular de R0R1 es un objetivo terapéutico tráctil accesible por anticuerpos monoclonales o inhibidores de tirosina cinasa de molécula pequeña. La demostración de que la sobre-exprésion de R0R1 conduce los cánceres de mama básales en el ratón proporciona un razonamiento para el desarrollo de terapéuticos dirigidos a ROR1 que tratan específicamente cánceres de mama básales. Ejemplo 5; Una Nueva Tirosina Cinasa Receptor y el Control de Células Progenitoras Mamarias Multipotentes Los tumores humanos de receptor de estrógeno (ER) positivo y los tumores mamarios de ratón inducidos por Neu o H-Ras oncogénicos expresan marcadores de tipo celular consistentes con un origen luminal diferenciado (e.g., citoqueratinas K18/K19) . En contraste, los agresivos cánceres humanos ER negativos y tumores murinos inducidos por el oncógeno Wnt-1 despliegan un patrón mucho más heterogéneo de marcadores de tipo celular que incluyen citoqueratinas básales K5, K17, K14, y antígeno de célula progenitura (Seal) (ver, e.g., Li et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 2003; 100: 15853-8) . Esto es consistente con la idea de que las células progenitoras multipotentes son los objetivos de transformación en estos cánceres de mama. Se han descrito células progenituras inmortalizadas capaces de diferenciarse en linajes tanto luminal como mioepitelial (ver, e.g., Gudjonsson et al., Genes Dev. 2002; 16: 693-706; y Deugnier et al., J. Cell Biol. 2002; 159:453-63). Aunque la mayoría de las líneas celulares de cáncer de mama humano expresan marcadores luminales homogéneos, hemos identificado recientemente múltiples líneas celulares de cáncer de mama maligno que parecen tener propiedades progenitoras en que producen células tanto K18/K19 como positivas a actina de músculo blando (SMA) . Sorprendentemente, hemos descubierto que las líneas de cáncer tanto no malignas como con propiedades progenitoras expresan consistentemente la tirosina cinasa de receptor ROR1 mientras que las células mamarias luminales no tienen expresión detectable. También encontramos un alto nivel de expresión de R0R1 en un subconjunto de cánceres de mama humanos primarios con propiedades basales/progenitoras . Adicionalmente, R0R1 puede enlazarse con ligantes Wnt a través de su dominio frizzled extracelular proporcionando así un vínculo para una trayectoria de señalización previamente mostrada que se sabe que regula células progenitoras (ver, e.g., Saldanha et al., Protein Sci., 1998; 7: 1632-5; y Brittan et al., J. Pathol, 2002; 197: 492-509). El patrón de expresión de ROR1 altamente sugestivo combinado con la intrigante posibilidad de que pueda unir ligantes Wnt que han establecido papeles como mediadores críticos de la renovación de la célula progenitora, nos condujo a la hipótesis de que la señalización de ROR1 participa en el control de la proliferación de la célula progenitora mamaria y/o la auto renovación. También tenemos la hipótesis de que dado que las células malignas con propiedades progenitoras similares tienen niveles incluso más altos de ROR1, las células pueden sobre regular esta trayectoria durante el progreso maligno. La descripción proporcionada en la presente permite probar la hipótesis de que la señalización a través de tirosina cinasa receptor de ROR1 controla la proliferación, auto renovación y/o la diferenciación de células progenitoras mamarias multipotentes . Determinar el silenciado de ROR1 en células mamarias con propiedades progenitoras afecta críticamente su capacidad de proliferación, morfogénesis y/o diferenciación. La expresión de R0R1 puede silenciarse mediante interferencia de ARN en células no malignas y malignas con propiedades progenitoras y analizar los efectos en análisis morfogénicos y tumorigénicos . Determinar si la señalización incrementada del receptor R0R1 transforma específicamente o incrementa la malignidad de células mamarias epiteliales basales/progenitoras en comparación con células de mama luminales . Pueden compararse los efectos de la sobre expresión ROR1 o la activación constitutiva en la proliferación y potencial maligno de líneas celulares basales/progenitoras y luminales . Métodos Ilustrativos: El silenciado de ROR1 puede lograrse mediante la expresión estable de secuencias hpRNA ROR1 utilizando el sistema retroviral pSIREN-retroQ (BD Clontech) . La sobre expresión de construcciones de ROR1 incluyendo de tipo silvestre, mutantes constitutivamente activados y de supresión que carecen del CRD o dominio cinasa, puede lograrse utilizando infección retroviral (pLPCX; BD Clontech) puede monitorearse utilizando anticuerpos policlonales ROR2 recién generados. Los efectos de ROR1 agotado o sobre expresado pueden analizarse utilizando análisis de formación TDLU de matrigel in vitro (células humanas) , análisis de reconstrucción epitelial mamaria in vivo en almohadillas de grasa mamarias limpias (células de ratón) y formación de tumor de xenoinjerto in vivo (células malignas) así como análisis estándar de proliferación. La diferenciación de la composición de tipo celular puede establecerse mediante coloración inmunohistoquímica utilizando marcadores de marca que regulan el crecimiento y diferenciación de células progenitoras mamarias y que no son muy comprendidas y puede ser crítica para la patogénesis de una clase particular de agresivos cánceres de mama ER negativos básales. La evidencia de que la señalización a través de la tirosina cinasa receptor de ROR1 controla el crecimiento de células progenitoras mamarias y de las células malignas derivadas de ellas, podría ayudar a explicar cómo surgen los tumores murinos inducidos por Wnt-1. Además, las propiedades de ROR1 tanto como receptor de superficie celular como de tirosina cinasa lo convierten en un atractivo objetivo terapéutico. A lo largo de esta solicitud, se refieren diversas publicaciones (e.g., en paréntesis). Las descripciones de estas publicaciones se incorporan en la presente por la referencia en su totalidad. Ciertos métodos y materiales en esta solicitud son análogos a los encontrados en las Patentes Nos, 6,767,541, 6,165,464, 5,772,997, 5,677,171, 5,770,195, 6,399,063, 5,725,856, y 5,720,954 cuyo contenido se incorpora en la presente mediante la referencia. La presente invención no se limita en alcance por las modalidades descritas en la presente, que se pretenden como ilustraciones únicas de aspectos individuales de la invención, y cualquier equivalente funcional dentro del alcance de la invención. Diversas modificaciones a los modelos y métodos de la invención, además de los descritos en la presente, serán aparentes para los expertos en la técnica a partir de la descripción y enseñanzas anteriores, y de manera similar pretenden caer dentro del alcance de la invención. Tales modificaciones u otras modalidades pueden practicarse sin apartarse del alcance y esencia real de la invención.

TABLAS Tabla 1: SECUENCIAS DE POLINUCLEÓTIDQS SECUENCIA DE POLINUCLEOTIDOS HER2 HUMANA (SEQ ID NO : 3) ATGGAGCTGGCGGCCTTGTGCCGCTGGGGGCTCCTCCTCGCCCTCTTGCCCCCCGGAGCCG CGAGCACCCAAGTGTGCACCGGCACAGACATGAAGCTGCGGCTCCCTGCCAGTCCCGAGAC CCACCTGGACATGCTCCGCCACCTCTACCAGGGCTGCCAGGTGGTGCAGGGA??CCTGGAA CTCACCTACCTGCCCACCAATGCCAGCCTGTCCTTCCTGCAGGATATCCAGGAGGTGCAGG GCTACGTGCTCATCGCTCACAACCAAGTGAGGCAGGTCCCACTGCAGAGGCTGCGGATTGT o GCGAGGCACCCAGCTCTTTGAGGACAACTATGCCCTGGCCGTGCTAGACAATGGAGACCCG CTGAACAATACCACCCCTGTCACAGGGGCCTCCCCAGGAGGCCTGCGGGAGCTGCAGCTTC GAAGCCTCACAGAGATCTTGAAAGGAGGGGTCTTGATCCAGCGGAACCCCCAGCTCTGCTA CCAGGACACGATTTTGTGGAAGGACATCTTCCACAAGAACAACCAGCTGGCTCTCACACTG TAGACACCAACCGCTCTCGGGCCTGCCACCCCTGTTCTCCGATGTGTAAGGGCTCCCGCT 5 GCTGGGGAGAGAGTTCTGAGGATTGTCAGAGCCTGACGCGCACTGTCTGTGCCGGTGGCTG TGCCCGCTGCAAGGGGCCACTGCCCACTGACTGCTGCCATGAGCAGTGTGCTGCCGGCTGC ACGGGCCCCAAGCACTCTGACTGCCTGGCCTGCCTCCACTTCAACCACAGTGGCATCTGTG AGCTGCACTGCCCAGCCCTGGTCACCTACA CACAGACACGTTTGAGTCCATGCCCAATCC 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AA?AGGGGGAGCGGCTGCCCCAGCCCCCCATCTGCACCATTGATGTCTACATGATCATGGT CAAATGTTGGATGATTGACTCTGAATGTCGGCCA?GATTCCGGGAGTTGGTGTCTGAATTC TCCCGCATGGCCAGGGACCCCCAGCGCTTTGTGGTCATCCAGAATGAGGACTTGGGCCCAG CCAGTCCCTTGGACAGCACCTTCTACCGCTCACTGCTGGAGGACGATGACATGGGGGACCT GGTGGATGCTGAGGAGTATCTGGTACCCCAGCAGGGCTTCTTCTGTCCAGACCCTGCCCCG GGCGCTGGGGGCATGGTCCACCACAGGCACCGCAGCTCATCTACCAGGAGTGGCGGTGGGG ACCTGACACTAGGGCTGGAGCCCTCTGAAGAGGAGGCCCCCAGGTCTCCACTGGCACCCTC CGAAGGGGCTGGCTCCGATGTATTTGATGGTGACCTGGGAATGGGGGCAGCCAAGGGGCTG CAAAGCCTCCCCACACATGACCCCAGCCCTCTACAGCGGTACAGTGAGGACCCCACAGTAC CCCTGCCCTCTGAGACTGATGGCTACGTTGCCCCCCTGACCTGCAGCCCCCAGCCTGAATA TGTGAACCAGCCAGATGTTCGGCCCCAGCCCCCTTCGCCCCGAGAGGGCCCTCTGCCTGCT GCCCGACCTGCTGGTGCCACTCTGGAAAGGGCCAAGACTCTCTCCCCAGGGAAGAATGGGG TCGTCAAAGACGTTTTTGCCTTTGGGGGTGCCGTGGAGAACCCCGAGTACTTGACACCCCA GGGAGGAGCTGCCCCTCAGCCCCACCCTCCTCCTGCCTTCAGCCCAGCCTTCGACAACCTC TATTACTGGGACCAGGACCCACCAGAGCGGGGGGCTCCACCCAGCACCTTCAAAGGGACAC CTACGGCAGAGAACCCAGAGTACCTGGGTCTGGACGTGCCAGTG SEQ ID NO : 3 SECUENCIA DE POLINUCLEÓTIDOS EGFR HUMANA (SEQ ID NO: 4) CCGGCGCAGCGCGGCCGCAGCAGCCTCCGCCCCCCGCACGGTGTGAGCGCCCGCCGCGGCC GAGGCGGCCGGAGTCCCGAGCTAGCCCCGGCGGCCGCCGCCGCCCAGACCGGACGACAGGC CACCTCGTCGGCGTCCGCCCGAGTCCCCGCCTCGCCGCCAACGCCACAACCACCGCGCACG GCCCCCTGACTCCGTCCAGTATTGATCGGGAGAGCCGGAGCGAGCTCTTCGGGGAGCAGCG ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGCGCTCTGCCCGG CGAGTCGGGCTCTGGAGGAAAAGAAAGTTTGCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTT GGGCACTTTTGAAGATCATTTTCTCAGCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTC CTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTATGATCTTTCCTTCTTAAAGACCA TCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAATTCCTTTGGA AAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTA TCTAACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGGAAA TCCTGCATGGCGCCGTGCGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAATGTGGAGAGCATCCA GTGGCGGGACATAGTCAGCAGTGACTTTCTCAGCAACATGTCGATGGACTTCCAGAACCAC CTGGGCAGCTGCCAAAAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGAGCTGCTGGGGTGCAGGAG AGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCCGGGCGCTGCCG 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POLINUCLEOTIDOS TIROSINA CINASA-3 (FLT3) SIMILAR A FLT FMS HUMANA (SEQ ID NO: 6) CGAGGCGGCATCCGAGGGCTGGGCCGGCGCCCTGGGGGACCCCGGGCTCCGGAGGCCATGC CGGCGTTGGCGCGCGACGCGGGCACCGTGCCGCTGCTCGTTGTTTTTTCTGCAATGATATT TGGGACTATTACA ?TCA?GATCTGCCTGTGATCAAGTGTGTTTTAATCAATCATAAGAAC 5 A?TGATTCATCAGTGGGGAAGTCATCATCATATCCCATGGTATCAGAATCCCCGGAAGACC TCGGGTGTGCGTTGAGACCCCAGAGCTCAGGGACAGTGTACGAAGCTGCCGCTGTGGAAGT GGATGTATCTGCTTCCATCACACTGCAAGTGCTGGTCGATGCCCCAGGGAACATTTCCTGT CTCTGGGTCTTTAAGCACAGCTCCCTGAATTGCCAGCCACATTTTGATTTACAA ACAGAG GAGTTGTTTCCATGGTCATTTTGAAAATGACAGAAACCCAAGCTGGAGAATACCTACTTTT o TATTCAGAGTGAAGCTACCAATTACACAATATTGTTTACAGTGAGTATAAGAAATACCCTG CTTTACACATTAAGAAGACCTTACTTTAGAAAAATGGAAAACCAGGACGCCCTGGTCTGCA TATCTGAGAGCGTTCCAGAGCCGATCGTGGAATGGGTGCTTTGCGATTCACAGGGGGAAAG CTGTAAAGAAGAAAGTCCAGCTGTTGTTAAAAAGGAGGAAAAAGTGCTTCATGAATTATTT GGGACGGACATAAGGTGCTGTGCCAGAAATGAACTGGGCAGGGAATGCACCAGGCTGTTCA 5 CA?TAGATCTAAATCAAACTCCTCAGACCACATTGCCACAATTATTTCTTAAAGTAGGGGA ACCCTTATGGATAAGGTGCA 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: 10) AAAACTGCGACTGCGCGGCGTGAGCTCGCTGAGACTTCCTGGACCCCGCACCAGGCTGTGG GGTTTCTCAGATAACTGGGCCCCTGCGCTCAGGAGGCCTTCACCCTCTGCTCTGGGTAAAG TTCATTGGA?CAGAAAGAAATGGATTTATCTGCTCTTCGCGTTGAAGAAGTACAAAATGTC o ATTAATGCTATGCAGA?AATCTTAGAGTGTCCCATCTGTCTGGAGTTGATCAAGGAACCTG TCTCCACAAAGTGTGACCACATATTTTGCA?ATTTTGCATGCTGAAACTTCTCA?CCAGAA GAAAGGGCCTTCACAGTGTCCTTTATGTA?GAATGATATAACCAAAAGGAGCCTACAAGAA AGTACGAGATTTAGTCAACTTGTTGAAGAGCTATTGAAAATCATTTGTGCTTTTCAGCTTG ACACAGGTTTGGAGTATGCAA?CAGCTATAATTTTGCAA?AAAGGAAAATAACTCTCCTGA 5 ACATCTAAAAGATGAAGTTTCTATCATCCAAAGTATGGGCTACAGAAACCGTGCCAAAAGA CTTCTACAGAGTGAACCCGAAA?TCCTTCCTTGCAGGAAACCAGTCTCAGTGTCCA?CTCT CTAACCTTGGAACTGTGAGAACTCTGAGGACAA?GCAGCGGATACAACCTCAAA?GACGTC TGTCTACATTGA?TTGGGATCTGATTCTTCTGAAGATACCGTTA?TAAGGCAACTTATTGC AGTGTGGGAGATCAAGAATTGTTACAAATCACCCCTCAAGGAACCAGGGATGAA?TCAGTT o TGGATTCTGCAAAAAAGGCTGCTTGTGAATTTTCTGAGACGGATGTAACAAATACTGAACA TCATCAACCCAGTAATAATGATTTGAACACCACTGAGAAGCGTGCAGCTGAGAGGCATCCA 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GGCAACTTTATAATTGAGAACCTGAAGGCGGCTAACACAGACCCCACAGCCCCGCCCTACG ACACCCTCTTGGTGTTCGACTATGAGGGCAGCGGCTCCGACGCCGCGTCCCTGAGCTCCCT CACCTCCTCCGCCTCCGACCAAGACCAAGATTACGATTATCTGAACGAGTGGGGCAGCCGC O TTCAAGAAGCTGGCAGACATGTACGGTGGCGGGGAGGACGACTAGGCGGCCTGCCTGCAGG GCTGGGGACCAAACGTCAGGCCACAGAGCATCTCCAAGGGGTCTCAGTTCCCCCTTCAGCT GAGGACTTCGGAGCTTGTCAGGAAGTGGCCGTAGCAACTTGGCGGAGACAGGCTATGAGTC TGACGTTAGAGTGGTTGCTTCCTTAGCCTTTCAGGATGGAGGAATGTGGGCAGTTTGACTT CAGCACTGAAAACCTCTCCACCTGGGCCAGGGTTGCCTCAGAGGCCAAGTTTCCAGAAGCC 5 TCTTACCTGCCGTAAAATGCTCAACCCTGTGTCCTGGGCCTGGGCCTGCTGTGACTGACCT ACAGTGGACTTTCTCTCTGGAATGGAACCTTCTTAGGCCTCCTGGTGCAACTTAATTTTTT TTTTTAATGCTATCTTCAAAACGTTAGAGAAAGTTCTTCAAAAGTGCAGCCCAGAGCTGCT GGGCCCACTGGCCGTCCTGCATTTCTGGTTTCCAGACCCCAATGCCTCCCATTCGGATGGA TCTCTGCGTTTTTATACTGAGTGTGCCTAGGTTGCCCCTTATTTTTTATTTTCCCTGTTGC O GTTGCTATAGATGAAGGGTGAGGACAATCGTGTATATGTACTAGAACTTTTTTATTAAAGA AACTTTTCCC TABLA 2 : Distribución de subtipos de tumor en tres cohortes de cáncer de mama a través de grupos definidos únicamente por 5 el nivel de ESRl Se descargaron los valores de ESRl, ERBB2 y GRB7 para cada tumor. Definimos los tumores HER-2 amplificados como aquellos que tuvieron altos niveles de expresión tanto de ERBB2 como de GRB7. Debido a que no utilizamos los niveles de expresión ESRl para definir tumores HER-2 o BRCAl, no se incluyen en estas tablas . Los tumores restantes se dividieron en cuatro grupos en base al nivel de ESRl, en donde los umbrales se determinaron en relación a cada conjunto de datos, y se contó el número de muestras en cada uno de los subtipos definido por los autores del estudio. Para cada estudio, el 100% de aquellos tumores identificados ya sea como "basal" o "basal 1" cayeron en el rango ESRl más bajo. En los datos Sorlie clasificados, hasta 90% de los tumores A luminales se encuentra en los grupos superiores de ESRl . El grupo más grande de tumores "desconocidos" o no clasificados cayó consistentemente en los rangos medios de la expresión de ESRl . Clasificación Sorlie del conjunto de 84 tumores esporádicos sin amplificación11 de ERBB2 en datos van't Veer Clasificación Sorlie del conjunto de 97 tumores esporádicos sin amplificación ERBB2 y 6 no carcinomas0 Clasificación Sortiriou de 85 tumores esporádicos sin amplificaciónd ERBB2 aLa agrupación en estas tablas es tal que el primer grupo en la izquierda superior de los esquemas (sombreado en negro) es fuerte ESRl positivo, siendo el segundo grupo bajo el mismo moderado, el tercer grupo débil positivo y el cuarto grupo ESRl negativo. Finalmente, los grupos con tumores "desconocidos" o no clasificados se listan como tales . bdatos van't Veer: 78 muestras de entrenamiento + 19 muestras de prueba - 14 ERBB2 amplificados, los valores proporcionales son logio -cdatos Sorlie: 115 tumores + 7 tejidos no malignos - 18 ERBB2 amplificados, los valores proporcionales son log2 ddatos Sortiriou: 99 tumores - 14 ERBB2 amplificados, los valores proporcionales son log2 eDistribución para tumores clasificados como ERBB2 por los autores del estudio, pero no amplificada para ERBB2 de acuerdo con nuestro criterio . TABLA 3 ; Pronóstico de 97 tumores esporádicos por subtipo en el estudio van' t Veer Los 97 pacientes con tumores esporádicos en este cohorte tuvieron tumores de mama invasivos menores que 5 cm (TI o T2) , metástasis no axilares (NO) y se diagnosticaron antes de la edad de 55 años. Cinco pacientes recibieron terapia sistémica de adyuvante. El tiempo de seguimiento en el estudio fue de al menos 5 años. Estas 97 muestras incluyen las 78 utilizadas para un conjunto de entrenamiento y los 19 tumores utilizados para analizar su pronóstico clasificado. Los subgrupos ESRl negativo y ERBB2 positivo se asociaron con el pronóstico más pobre (69% y 60%, respectivamente) . El subtipo ESRl débilmente positivo tiene el mejor pronóstico (68%) y existe una tendencia hacia un pronóstico peor con incremento en los niveles de ESRl .

Buen pronóstico se define como sin metástasis distante en > 5 años bPronóstico pobre se define como metástasis distante en < 5 años cGrupos de tumor se definen como se describió anteriormente

Claims

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REIVINDICACIONES 1. Un método para examinar una muestra biológica de prueba que comprende una célula de mama humana para la evidencia de crecimiento celular alterado que es indicativo de un cáncer de mama, comprendiendo el método evaluar los niveles de polinucleótidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) que codifican para el polipéptido R0R1 mostrado en la SEQ ID NO: 2 en la muestra biológica, en donde un incremento en los niveles de los polinucleótidos R0R1 en la muestra de prueba en relación a una muestra de tejido de mama normal, proporciona evidencia de crecimiento celular alterado que es indicativo de un cáncer de mama; y en donde los niveles de los polinucleótidos R0R1 en la célula se evalúan poniendo en contacto la muestra con un polinucleótido complementario R0R1 que se híbrida a una secuencia de nucleótidos R0R1 mostrada en la SEQ ID NO: 1, o a un complemento de la misma, y evaluando la presencia de un complejo de hibridación formado por la hibridación del polinucleótido complementario ROR1 con los polinucleótidos R0R1 en la muestra biológica de prueba. 2. El método de la reivindicación 1, en donde el polinucleótido complementario R0R1 se marca con un marcador detectable.
3. El método de la reivindicación 1, en donde la presencia del complejo de hibridación se evalúa mediante análisis Northern.
4. El método de la reivindicación 1, en donde el polinucleótido complementario R0R1 comprende un iniciador para uso en una reacción en cadena de polimerasa.
5. El método de la reivindicación 1, en donde la presencia de un complejo de hibridación se evalúa mediante la reacción en cadena de polimerasa.
6. El método de la reivindicación 1, en donde los polinucleótidos R0R1 que se examinan en la muestra de prueba son ARNm.
7. El método de la reivindicación 1, que comprende además examinar la expresión de los polinucleótidos Her-2 (SEQ ID NO: 3); EGFR (SEQ ID NO: 4), VEGF (SEQ ID NO: 5), tirosina cinasa similar a FMS (SEQ ID NO: 6), MYC (SEQ ID NO: 7), activador de plasminógeno de urocinasa (SEQ ID NO: 8), inhibidor de activador de plasminógeno (SEQ ID NO: 9), BRCA 1 (SEQ ID NO: 10) o BRCA 2 (SEQ ID NO: 11) en la muestra biológica de prueba.
8. El método de la reivindicación 1, en donde el cáncer de mama es del subtipo basal.
9. El método de la reivindicación 1 , en donde el cáncer de mama es del subtipo BRCA 1.
10. Un método para examinar una muestra biológica de prueba que comprende una célula de mama humana, para la evidencia de crecimiento celular alterado que es indicativo de un cáncer de mama, comprendiendo el método la evaluación de los niveles de polipéptidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) que tienen la secuencia mostrada en la SEQ ID NO: 2 en la muestra biológica; en donde el incremento en los niveles de polipéptidos R0R1 en la muestra de prueba en relación a una muestra de tejido de mama normal proporciona evidencia de crecimiento celular alterado indicativo de un cáncer de mama; y en donde los niveles de polipéptidos R0R1 en la célula se evalúan poniendo en contacto la muestra con un anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a una secuencia de polipéptidos R0R1 mostrada en la SEQ ID NO: 2 y evaluando la presencia de un complejo formado por la unión del anticuerpo con los polipéptidos ROR1 en la muestra.
11. El método de la reivindicación 10, en donde la presencia del complejo se evalúa mediante un método seleccionado del grupo que consiste de análisis ELISA, análisis Western e inmunohistoquímica.
12. El método de la reivindicación 10, en donde el anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a una secuencia de polipéptidos ROR1 mostrada en la SEQ ID NO: 2, se marca con un marcador detectable .
13. El método de la reivindicación 10, que comprende además examinar la expresión de ARNm de Her-2 (SEQ ID NO: 3); EGFR (SEQ ID NO: 4), VEGF (SEQ ID NO: 5), tirosina cinasa similar a FMS (SEQ ID NO: 6), MYC (SEQ ID NO: 7), activador de plasminógeno de urocinasa (SEQ ID NO: 8) , inhibidor de activador de plasminógeno (SEQ ID NO: 9) , BRCA 1 (SEQ ID NO: 10) o BRCA 2 (SEQ ID NO: 11) en la muestra biológica de prueba.
14. El método de la reivindicación 10, en donde el cáncer de mama es del subtipo basal .
15. El método de la reivindicación 10, en donde el cáncer de mama es del subtipo BRCA 1.
16. Un método para examinar una célula humana de prueba para la evidencia de una anormalidad cromosómica que es indicativa de un cáncer humano, comprendiendo el método: comparar secuencias de polinucleótidos de tirosina cinasa de receptor huérfano (R0R1) de la banda p31 del cromosoma 1 en una célula normal con secuencias de polinucleótidos ROR1 de la banda p31 del cromosoma 1, la banda p31 en el cromosoma 1 en la célula humana de prueba para identificar una amplificación o una alteración de las secuencias de polinucleótidos R0R1 en la célula humana de prueba, en donde una amplificación o una alteración de las secuencias de polinucleótidos ROR1 en la célula humana de prueba proporciona evidencia de una anormalidad cromosómica que es indicativa de un cáncer humano; y en donde el cromosoma 1, banda p31 en la célula humana de prueba se evalúa poniendo en contacto las secuencias de polinucleótidos ROR1 en la muestra de célula humana de prueba con un polinucleótido complementario R0R1 que se híbrida específicamente a una secuencia de nucleótidos R0R1 mostrada en la SEQ ID NO: 1, o a un complemento de la misma, y evaluando la presencia de un complejo de hibridación formado por la hibridación del polinucleótido complementario R0R1 con las secuencias de polinucleótidos R0R1 en la célula humana de prueba .
17. El método de la reivindicación 16, en donde la presencia del complejo de hibridación se evalúa mediante análisis Northern, análisis Southern o análisis de reacción en cadena de polimerasa.
18. El método de la reivindicación 16, en donde el cáncer es cáncer de mama.
19. El método de la reivindicación 18, en donde el cáncer de mama es del subtipo basal .
20. El método de la reivindicación 18, en donde el cáncer de mama es del subtipo BRCA 1.
21. Un equipo que comprende: un envase, una etiqueta en dicho envase, y una composición contenida dentro de dicho envase; en donde la composición incluye un anticuerpo y/o un polinucleótido específico de R0R1 que se híbrida a un complemento del polinucleótido ROR1 mostrado en la SEQ ID NO: 1 bajo condiciones rigurosas, la etiqueta en dicho envase indica que la composición puede utilizarse para evaluar la presencia de proteína R0R1, ARN o ADN en al menos un tipo de célula de mamífero, e instrucciones para el uso del anticuerpo y/o polinucleótido R0R1 para evaluar la presencia de proteína R0R1, ARN o ADN en al menos un tipo de célula de mamífero.