MX2010011445A - Polimorfismos de nucleotido sencillo (snp) y asociacion con resistencia a la induccion de tolerancia inmunitaria. - Google Patents

Abstract

Esta solicitud describe métodos, sistemas y kits para correlacionar la presencia o ausencia de ciertas secuencias de ácido nucleico con una población con la capacidad para crear tolerancia inmunitaria en esa misma población. La tolerancia puede inducirse por administración sola o repetida de antígeno, que incluye antígenos solubles administrados ya sea intravenosamente o sublingualmente. Esta solicitud también describe métodos para detectar variantes. Además la solicitud se dirige al uso o evasión de fármacos anti-inflamatorios no esteroidales en terapia.

Description

IMORFISMOS DE NUCLEOTIDO SENCILLO (SNP) Y ASOCIA RESISTENCIA A LA INDUCCIÓN DE TOLERANCIA INMUNIT CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención está . en el campo del nitario y terapia. En particular, la presente refiere a secuencias de ácido nucleico específic rna humano, y su asociación con enfermedades y p como inducción de tolerancia inmunitaria. Con ba erencias en frecuencias de alelo en la pobl ientes relativa a individuos normales, las secu io nucleico que se presentan naturalmente descrit senté se pueden usar como objetivos para el d :tivos de diagnóstico y el · desarrollo de apéuticos, así como para asociación de enfe .isis de acoplamiento. En particular, las secue uencias de ácido nucleico se puede usar para dete o y dosis de antigeno dado para inducir t unitaria. Uno o más antigenos se pueden adminis iente que tiene o no tiene una secuencia de ácido ticular, donde el antigeno puede inducir t unitaria en un paciente. Las secuencias de ácido critas en la presente también son útiles para apl identificación humana. También se proporcionan ayos, kits, y reactivos para detectar la pres os polimorfismos y sus productos codificados. A ención dirige el uso o ausencia de fármac lamatorios no esteroidales en terapia.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Los genomas de todos los organismos son so ación es ontánea en el curso de su evolución íante pueden ser tanto beneficiosos como perju endiendo de las circunstancias. Por ejemplo, una célula falciforme heterocigótica confiere resiste aria, pero una mutación de célula falciforme hom generalmente normal. En muchos casos, tanto amb genitora y variante sobreviven y co-existen lación de especie. La co-existencia de múltiples secuencia genética da lugar a polimorfismos g incluyen polimorfismos de nucleótido sencillo, ocidos como "SNPs". Los SNPs pueden también prese as del genoma sin función .aparente, pero el SNP ar genéticamente a una secuencia variante en e , el SNP puede correlacionar cercanamente con la íante del genoma, dependiendo de lo cerca que plamiento. genético.

A roximadamente 90% de todos los olimorfism erocigoto para un alelo en cada posición SNP.

Los ensayos clínicos han mostrado q,ue la resp iente al tratamiento con farmacéuticos es frec erogénea. Algunos creen que la respuesta del pa ido a su composición genética, que resulta eptores alterados, enzimas, o algunos ca iología celular. Así, la diferencia en c ética resulta en una respuesta diferente de ot lación. Como tal, los investigadores han exp eranza de que las secuencias de ácido nuclei iente se pueden usar en investigación farmacéu dar el desarrollo de fármaco y proceso de selecci fecha, se cree que el uso de la secuencia leico de un paciente en productos farmacéuticos icado a tolerancia inmunitaria.

La tolerancia inmunitaria o inmünoló ica es e iada por célula. Una de las clases natur ortantes de tolerancia adquirida se presenta d arazo, donde el' feto y la placenta se deben toler terna inmunitario materno. Hay numerosos modelos ucción de tolerancia, que .incluyen el uso del s ensa feto-embriónico de útero e inducción de t ncipalmente requiere la participación de c uiadoras.

Un tipo especifico de tolerancia inmunitaria, t l, es la supresión especifica de reactividad in ular y/o humoral a un antigeno por administraci antigeno por la via oral, probablemente desarrol venir reacciones de hipersensibilidad a prot méritos y antigenos bacterianos presentes en la fi osa. Es de inmensa importancia inmunológica , ya ntecimiento inmunológico natural continuo conduci ogénesis de diversas enfermedades inmunoló. adas, que incluyen la Enfermedad Inflámat estino (Enfermedad de Crohn y y Colitis ulcerativ mas comunes de inducción de tolerancia contem a invención incluyen internasel e inducción de t Hoy en dia la genómica todavía no se feccionar la gestión ¦ médica, a pesar de las tidades de investigación en el genoma y los SNP. pocos los ensayos a gran escala confiables, l odos que examinan un genoma del individuo para ceptibilidad hereditaria, expresión de gen, y macogenómica predicha. Más especialmente, no ha ómicos en el campo de. la tolerancia inmunitaria.

Los inventores se acreditan con los orcionados reactivos kits ensa os ue fu SUMARIO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere a correla sencia o ausencia de ciertas secuencias de ácido ro de una población con la capacidad pa erancia inmunitaria en la misma població relación se puede usar para ayudar con la ind erancia inmunitaria. En algunas modalidades la cierne a tolerancia inducida al repetir la admin dosis muy grandes de antigeno, o de dosis peq án por debajo del umbral necesario para la estimu A .respuesta inmunitaria. En algunas modalid erancia se induce más fácilmente por antigenos inistrados ya sea intravenosamente o por via su cionalmente , se contempla que la inmunosupresió ilita .la inducción de tolerancia. Con bas ceptibilidad al desarrollo de tolerancia inmunit prende cribar al menos un SNP. El método de de incluir FISH, uso de una selección de ridizar una sonda de' polinucleótido .

' La invención incluye un método de selecc cept ibilidad al desarrollo de tolerancia inmunit luye el uso de hibridi zación por sonda espec lo, extensión de cebador especifica del lificación especifica del alelo, procesado por s estión de nucleasa 5' , ensayo de baliza molecula ligado de oligonucleotido, análisis de tam imorfismo de conformación de hebra sencilla.

La invención . incluye un método de selecc ceptibilidad al desarrollo de tolerancia inmunit luye correlacionar la presencia ? ausencia de al c n idad de un hos edero ara desarrollar t luye obtener una muestra del hospedero que compre leico; aislar el ácido nucleico de la muestra; e stra para la presencia o ausencia de al menos u de la- presencia o ausencia de al menos un icativo de un aumento de la susceptibili arrollar tolerancia inmunitaria. La muestra pue gre entera, plasma sanguíneo, orina, lágrimas iva, mucosa bucal, fluido intersticial, fluido l ido meníngeo, fluido amniótico, fluido glandular es, transpiración, mucosa, secreción vaginal, alorraquídeo, cabello, piel, materia fecal, e idas, homogenado de la herida, y líquido de l más, el método puede incluir la inducción de t unitaria por la administración de al menos un an pedero, donde el antígeno puede ser un tipo de co e se ra dar en la identificación de la presencia o ausen os un SNP; al menos una instrucción para a sencia o ausencia de al menos un SNP con al ado de la enfermedad; y al menos una instruc relacionar la · presencia o ausencia de al menos u registro que indica susceptibilidad de un hospe arrollar tolerancia inmunitaria. La computado bién generar un reporte que incluye los resulta ralidad de instrucción, donde . el informe smitir sobre una red, portal en linea, por el reo electrónico en una forma segura o no segura.

La invención incluye un método para administrar agente terapéutico, el método que comprende for otipos uno o más. SNP(s) en el ácido nuclei pedero, correlacionar uno o más SNP(s) con u ermedades o trastornos, usando un al oritmo m ación con una o más enfermedades o trastornos; resultados de la formación de genotipos; dete so de acción con base en los resultados de la for otipos, en donde el curso de acción comprende i ividuo en el ensayo clínico con base en los resu formación ' de genotipos que han indicado qu ividuos probablemente responden a uno o más antíg luir individuos de la participación en el ensay ado en los resultados de la formación de genotipo icado que los individuos probablemente no respon ás antigenos .

La invención incluye un método para identi ividuo que tiene un riesgo alterado para desarr ermedad autoinmunitaria, que comprende dét imorfismo de nucleótido sencillo (SNP) en SEQ ID ácidos nucleicos del individuo en donde la re La Figura 2 ilustra un diagrama de flujo de ac unas . modalidades de la invención, que muestra u a determinar un régimen de tratamiento del indi presencia de ausencia de uno o más ácido nucleico La Figura 3 ilustra un diagrama de flujo de ac unas modalidades de la invención, que muestra u a determinar un régimen de tratamiento de individ sencia de ausencia de uno o más ácido nucleicos.

La Figura 4 ilustra un diagrama de flujo de ac unas modalidades de la invención, que muestra u a determinar un régimen de tratamiento . del indi presencia de ausencia de uno o más ácido nucleico La Figura 5 ilustra un diagrama de flujo de ac unas modalidades de la invención, demostrando u a determinar un régimen de tratamiento del resencia de ausencia de uno o más oli é tidos . erancia oral ele anulados SC'236 del inhibidor COX La Figura 10 es un gráfico que muestra la sistente de tolerancia por piroxicam oral.

La Figura 11 es un gráfico que muestra el oxicam o CII en co-cultivo de bazo de parche Peye La Figura 12 es un gráfico que muestra el oxicam o CII en . proliferación celular de fáticos mesentéricos .

La Figura 13 es un gráfico que muestra . el tamiento de colágeno II oral de pacientes con matoide y cómo modula la producción PBMC IFN por La Figura 14 es un gráfico de la formación de personas con artritis reumatoide y su capac ucir tolerancia inmunitaria.

La F'igura 15 es un gráfico que muestra los mar n ni n los SNPs otenciales de interés. erva el derecho , de demostrar, en su caso, ículos y métodos mencionados en la presente no co ado de la técnica bajo las disposiciones icables. Para ayudar en la descripción de la inve porcionan las siguientes definiciones.

El término "ácido nucleico" se re oxirribonucleótidos o ribonucleótidos en ya S cilla o de hebra doble. Aquellos expertos en l onocerán fácilmente que la referencia a ticular en una hebra se refiere, también, respondiente en una hebra complementaria. A men ite específicamente, el término abarca ácidos contienen análogos conocidos de nucleótidos natu nen propiedades de enlace similares como el ácido referencia y se metabolizan de una manera e se res n an naturalmente. A meno ones seleccionados se sustituye con res. xiinosina o basados en mezcla. El término ácido usa intercambiablemente con "secuencia de ácido n , " "cADN," y "mARN" codificado por un gen.

El término "aminoácido" se refiere a a téticos y que se presentan naturalmente, asi como aminoácido y miméticos de aminoácido que funcion era similar a los . aminoácidos que se ralmente. Los aminoácidos que se presentan nat aquellos codificados ¦ por el código genético, ellos aminoácidos que se modifican más tarde, por roxiprolina , a-carboxiglutamato, y O-fosfoser logos de aminoácido se refieren a compuestos que ma estructura química básica como un aminoácid senta naturalmente, esto es, un carbono a que se hidró eno un ru o carboxilo un ru o amino noácido, que funciona de una manera simil noácido que se presenta naturalmente. Los amino den referir en la presente por ya sea los símbolo ras comúnmente conocidos o por los símbolos de omendados por la Comisión dé Nomenclatura B AC-IUB. Los nucleótidos, igualmente, se pueden re códigos de letra sencilla comúnmente aceptados.

El término "genotipo" como se usa en la liamente se refiere a la composición genéti anismo, que incluye, por ejemplo, si un organismo heterocigoto u homocigoto para uno o más alelos interés.

Como se usa en la presente, las referencias a otipos SNP" incluyen SNPs individuales y/o ha son grupos de SNPs que generalmente se hereda orr l ciones fue imidina por otra pirirnidina . Una transversió mplazo de una porina por una pirirnidina, o vice también puede ser una inserción de base s iante de supresión. .

Los SNPs de la invención actual pueden surg bio. de codón sinónimo, o mutación silente/ mihos tales como "SNP" , "polimorfismo", "m tante", "variación", y "variante" se usan en la ercambiablemente ) , es uno que no resulta en un noácido debido a la degeneración del código gené titución que cambia un codón de codificación noácido a un codón de codificación para un a erente (esto es, un cambio de codón no sin iere como una mutación sin sentido. Una mut tido resulta en un tipo de cambio de. codón no si cual un codón de detención se forma lo ue con idi'na) , una citosina, o una guanina en un sitio p una hebra de una molécula de ácido nucleico tambi ' timina (uridina) , adenina, guanina, . o spectivamente) en el sitio correspondiente en plementaria de la molécula de ácido nucleico. de hacer referencia a cualquier hebra para referi ición SNP particular, alelo SNP, o secu leótido. Las sondas y cebadores, se pueden dis ridizar a cualquier hebra y métodos de for otipos SNP descritos en la presente pueden gen entar cualquier hebra .

Los términos "polipéptido, " "péptido, " y "pro n intercambiablemente en la presente para refer ímero de residuos de aminoácido. Los términos imeros de aminoácido en los cuales uno o más re í artificial mimético sente invención incluyen péptidos, poli teínas, o fragmentos del mismo, que contienen al iduos de aminoácido que difiere de, la secu noácido correspondiente del péptido de la ocida/ polipéptido/ proteína (la proteína se pued ercambiablemente como la proteína "tipo natur erencia", o "normal") . tidosVpolipéptidos/proteínas de variante pueden un cambio de codón causado¦ por una sustit leótido sin sinónimo en una posición que co teína (esto- es, una mutación sin sentido) descri senté invención. Los péptidos/ polipéptidos/ pro íante de la presente invención también pueden re mutación sin sentido, esto es, un SNP que crea detención prematuro, un SNP que genera una m t rimir n codón de detención Para tocias las modalidades, los términos "ind spedero" se usan intercambiablemente, y no se anos. De acuerdo a un aspecto de. la presente inve dividuo" puede' ser cualquier vertebrado, que iferos tales como primates y que incluyen humanos os, vacas, cabras, cerdos, ' ovejas, y monos, ención descrita se puede aplicar a tratamiento de ravés de, por ejemplo, agua para animales, alim males, farmacéuticos para animales, y simil erdo a un aspecto de la presente invención, el de ser saludable o padecer de una 'enfermedad. En embargo, los métodos de la presente invención r efectivamente si se aplica a un humano que pade ermedad de autoinmunidad o una enfermedad causa roorganismo patogénico y un tipo de una cierta n . ológicas. Sin embargo, la enfermedad no s ticularmente .

El término "practicante" o "médico practicante" presente incluye cualquier persona que se icina o técnicas relacionadas con la medicina fesión, que incluye el médico, biotecnología o macéutica.

DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCIÓN La presente invención proporciona métod erminar si un individuo' es probable" que d erancia inmunitaria al detectar la expresión alt expresión mayor o menor) o expresión única de s ácido nucleico, asi como la secuencia de g ividuo, aún si no se- expresan o solamente se do nucleico, métodos y reactivos para dete uencias de ácido nucleico, usos de secuencias leico en kits o ensayos para usar antes de erancia inmunitaria.

La . invención contempla uso de secuencias leico que se asocian con ya sea un riesgo increm er o desarrollar tolerancia inmunitaria, o u minuido de tener o desarrollar tolerancia inmuni sencia de ciertas secuencias de ácido nucleico ( roductos codificados por proteina) se puede eva erminar si un individuo posee secuencias de ácido es indicativo d un riesgo incrementado de arrollar tolerancia inmunitaria o un riesgo dism er o desarrollar tolerancia inmunitaria.

Similarmente, las secuencias de .ácido nuclei . n ridización y procesamiento por secuencia directo.

Determinación de presencia/ausencia de ácido nu ividuos susceptibles a tolerancia inmunitaria Una modalidad es un método para determinar secu do nucleico que están presentes o ausentes en un es susceptible a desarrollar tolerancia inmunit prende cribar al menos una secuencia de ácido 0 se muestra en la Figura 1. En este mé cticante médico primero administra un antigeno iente para inducir tolerancia inmunitaria (101) .

Los antigenos adecuados para usar en la ención incluyen, pero no se limitan a, pro tidos sintéticos o derivados natura m ticularmente aquellos que por- si1 mismos requie i oral los arb responsable de la inducción de enfermedad unitarias, hipersensibilidades. clínicas (alérg hazo de aloinjertos, y subunidades o extractos ombinantemente generar proteínas completas, subu gmentos del mismo; o cualquier combinación de los El antígeno- administrado puede incluir, pe ita a, todos los antígenos de la Tabla 1, para' t ermedades asociadas. Las enfermedades aso stornos enlistados en la Tabla 1 significa mplos y de ninguna manera inclusivos. En una ecífica, al menos un antígeno es un colágeno sel grupo de: I, II, III, IV,¦ V, VI, VII, VIII, I , XIII, XIV, XV, XVI, XVII, XVIII, XIX, XX, X II, XXIV, XXV, XXVI, XXVII, XXVIII, y mezcla mos . El colágeno puede también ser un fragmento d e em lo el colá eno uede ser uno o más f La Tabla 1 muestra múltiples modalidades ención. Por ejemplo, en una modalidad, coláge igeno usado para inducir tolerancia inmunita ermedad de fibrosis pulmonar idiopática. alidad, -enolasa es un antigeno usado para erancia inmunitaria para la enfermedad de asma.

Por otra parte, el tamaño de dosis individual, is,' frecuencia de administración de dosis, y inistración puede variar. La determinación tocolos se puede realizar por aquellos expert nica. Una. dosis sencilla adecuada es una dosi az de alterar una respuesta biológica en un anim administra una o más veces durante un periodo cuado (por ejemplo, de minutos hasta días anas) . Preferiblemente, una dosis compren ededor de 1 n del anti eno or kilo ramo de eso alidad, la dosis puede ser al menos lng/dia de feriblemente , los intervalos de dosis desde 10 igeno hasta 5000 pg/dia. En otra modalidad, los i dosis desde 10 pg/dia de antigeno hasta 500 p a modalidad, los intervalos, de · dosis desde 30 igeno hasta 200 pg/dia.

En una modalidad alternativa, la dosis de anti debajo del umbral necesario para la estimulaci puesta inmunitaria. En otra modalidad, la igeno está por arriba del umbral, estimulando puesta inmunitaria .

Los modos de administración pueden incluir, p itan a, vias por * aerosol, subcutánea, radérmica, intravenosa, nasal, oral, transdérmica intramuscular. En una modalidad preferida, el an En tra modalidad referida el antí ución de Hank, y otras soluciones de sal fisioló anceadas acuosas. Los vehículos' no acuosos, t ites fijos, aceite de ajonjolí, oleato de glicéridos se pueden también usar. Otras, form les incluyen suspensiones que contienen age entan la viscosidad, tales como carboximetilce io, sorbitol, o dextrano. Los excipientes, puede tener menores cantidades de aditivos, ta tancias que aumentan la . isotonicidad y es mica. Los ejemplos de soluciones amortiguadoras o no se limitan a, solución amortiguadora de ución amortiguadora de bicarbonato y rtiguadora Tris, mientras- los ejemplos de cons luyen, pero no se limitan a, timerosal, m- u malina y alcohol de bencilo. a aces de liberar lentamente el antígeno de la ención en un- individuo. Los vehículos de l trolada adecuados incluyen, pero no se li ímeros bio-compatibles , otras matrices pol sulas, micro-cápsulas, micro-partículas, prepara o, bombas osmóticas, dispositivos de difusión, l oesferas, y sistemas de liberación transdérmi ículos de liberación controlada de la presente luyen líquidos que, tras la administración a un i man un sólido o un¦ gel in situ. Los vehí eración controlada preferidos son biodegradables erosionable) .

Una muestra biológica, también se refiere estra", se toma del individuo para usar en dete puesta inmunitaria individual (102). Tales compo ración muestra se ueden usar ara roducir ext uraleza del método de detección, y los ecíficos, células o extractos usados como la m eba a evaluarse. Los métodos para prepara leicos, proteínas, y extractos de célula de l lógica son bien conocidos en la técnica y S ilmente adaptar para obtener una muestra que es c el sistema utilizado.

De la muestra biológica, se determina la resp tema inmunitario individual al antígeno, y los i anotan con base en su respuesta (103). El istro depende del médico, e incluye cualquier odos que separan pacientes con base en su unitaria al antígeno. Por ejemplo, el paciente sificar con base en' ensayos no específicos de a ecíficos de antígeno. Los ensayos específicos de ayo de Respuesta de Linfocitos (LRA por sus les) , medición in vitro de producción de an cción de leucocitos mezclada, ensayo de lin otóxico, citometria de flujo, manchados Western, ución de limitación, espectroscopia de unoprecipitación e inmunofluorescencia .

Por ejemplo, en una modalidad, un ensayo ELISP a determinar la respuesta inmunitaria in icamente, un ensayo ELISPOT incluye células inm incubación en placas recubierta con un anti tura contra una citoquina de interés. Las C eradas por la membrana celular luego se captur icuerpo de captura¦ durante el periodo de incuba ulas se removieron y la citoquina de enlace s ndo un sistema de etiquetado, tal cómo por ej icuer o secundario eti uetado contra un e ito o En otra modalidad, se usa un ensayo de tetrámer frecuencia de células T se mide por su enlace a de péptido especifico usando citometria de flujo En una modalidad alternativa, un ensayo CFSE liferación de células T por dilución de un pigm las células de división. Este ensayo puede inclu ometria de flujo.

En aún otra modalidad, la tinción intracelul ulas T se puede usar para determinar la frec ulas T que producen citoquina por, por ejemplo, c flujo.

En aún otra modalidad, los pacientes se anotan los niveles respectivos y/o cambian en producción es, durante y/o después de recibir el ernativamente , otras citoquinas se pueden me vi . Por e m lo n go del producto de gen ?ß.

Otros medios para determinar respuesta de unitario pueden . incluir respuestas de célu imulación especifica sin antigeno, policlonal. o, la sangre completa se estimula con fitohema ante un periodo de tiempo, las células T CD4+ go, y el grado de activación temprana de células e por la síntesis y acumulación de ATP intracelul pués de lisis celular.

Otros medios para determinar la respuesta de unitario pueden incluir, pero no se limitan a, la presencia de ácidos nucleicos. Diversos mét ectar ácidos nucleicos están disponibles incl , LCR y técnicas' de hibridización . Las téc ridización implican detectar la hibridización de éculas de ácido nucleico, donde la detección se a sente en, una muestra" al usar micromatr omatrices" ) de secuencias de ácido nucleico conoc mar la sonda de una muestra. Las tecnologías de eralmente usan ácido nucleico de hebra sencilla de cada cadena corta única se enlaza en- una ocida específica y luego agregar el ácido nucleic permitir ' las secuencias presentes en la mues ridizar a las hebras inmovilizadas. La detecció ridización se lleva a cabo luego al etiquetar, tí quetar extremo, de los fragmentos de la m ectarse antes de la hibridización . Ade ridización se puede determinar por uso de una t ridización in situ fluorescente.

Por otra parte, en- una modalidad, . una apr teómica puede ser usada. En este caso, microma trometría de masas se ueden u antigeno. La determinación de cuando la nitaria se mide, y que método se usa, se basa esidades del médico. Además-, se contempla que más puede tomar en consideración otros iológicos del individuo-, tales como otras ci centaje . de célula T, célula NK, célula B dritica, monocito, sub-poblaciones , radicales ox tor de crecimiento de tejido' conectivo, óxido fologia timica determinada por técnicas de for genes, peso del paciente, estado nutricional, pes ción ¦ del timo determinada por ensayos inmun ta, género, edad, niveles de vitamina A, niveles onsideraciones ambientales para ayudar en el re respuesta inmunitaria. del paciente. Los ant ómicos del paciente, tales como mutaciones en ot n s de noma razas diferencias de énero unitaria de la etapa (103) .

El médico puede ya sea examinar ácidos ocidos específicos de interés o examinar parte o oma completo para mirar por la presencia o au dos nucleicos diferenciales o. únicos o patrones leico, y correlacionan una ¦ o más presencia/au dos nucleicos con el registro de respuesta inmuni ividuo. Los ácidos nucleicos de interés p luyen aquellos conocidos para afectar la concent o ' proteína en una muestra, los ácidos ocidos para afectar la cinética del ácido nuc resión de proteín'a, ácidos nucleicos que af ocidad de ácido nucleico y/o descomposición de pr dos' nucleicos que afectan perfil de estabi teína, Km, o Vmax. i ued a sea usar arte de l sentes en cualquier región genética dada de in odos bien conocidos en la técnica. La secuencia de usar para diseñar reactivos de detección leico tales como sondas de oligonucleótido, que ionalmente implementa en un formato de kit.

Los métodos de formación de genotipos comunes o no se limitan a, ensayos TaqMan, ensayos ecular, matrices de ácido nucleico, extensión d ecifico de alelo, PCR especifico de alelo, ext ador desplegado, ensayos de extensión de ogéneos, extensión de cebador con · detecc ectrometria de masa, . piro-secuenciación, exte ador múltiplex clasificado en matrices genéticas, amplificación de circulo de rodillo, ligación h f reacción de ligación múltiplex clasificada en éti olimorfismo de lon itud de fra Diversos métodos para detectar polimorfismos o no se limitan a, métodos en los cuales la prot ntes de escisión se usa para detectar bases desi /ARN o ARN/ADN, comparación 4 de la ctroforética de moléculas de ácido nucleico v ? natural, y evaluar el movimiento de f imórficos o de tipo natural en geles de poliacril tienen un gradiente' de desnaturalizante ctroforesis de gel de gradiente desnaturaliza iaciones de secuencia en ubicaciones especificas bién evaluar por ensayos de protección de nuc O RNasa y protección SI o métodos de escisión quí En · una modalidad, la formación de genotipos s ndo el ensayo TaqMan, que también se conoce como nucleasa 5'. El ensayo TaqMan detecta la acumulac d es ecifico durante PCR. El ensa pigmento de¦ apagado al pigmento reportero en acta mantiene una fluorescencia reducida ortero. El pigmento reportero y pigmento de apag ar en los extremos de más hacia 5' y más pect ivamente , o vice versa. Alternativamente, el ortero puede estar en el extremo de más hacia tras que. el pigmento de apagado se enlaza a un n erno, o vice versa. .En aún otra modalidad, ortero y el agente de apagado se pueden e leótidos internos en una distancia el uno del otr fluorescencia del reportero se reduce.

Durante la PCR, la actividad de nucleas' imerasa de ADN rompe la sonda, de tal modo sep mento reportero y el pigmento de apagado y resu orescencia incrementada del reportero. La acumu ducto PCR se detecta directamente ai vi ilar el i uencia de ácido nucleico asociada proporciona sente. Un número de programas de computadora, t mer Express (Applied Biosystems, Foster City, Ca de usar para obtener rápidamente cebador óptimo/ sonda. Será evidente para un experto en la té es cebadores y sondas para detectar los ácidos la presente invención son útiles en ensayos dia a estenosis y patologías relacionadas, y s ilmente incorporar 'en' un formato de kit. La ención también incluye modificaciones del ensa conocido en la técnica tal como el uso ecular Beacon y otros formatos de variante.

Otro método para formación de genotipos de l leicos de la presente invención es el uso de dos gonucleótido en un OLA. En este método, u n ácido nucleico ob eti desigualdad, la ligación eficiente no puede pués de la reacción, las sondas ligadas se sepa écula de ácido nucleico objetivo, . y detec icadores de la presencia de una secuencia leico. OLA se puede también usar para realizar ácido nucleico usando matrices universales, en uencia de código postal se puede introducir en u das de hibridización, y' el producto resultante, o lificado, hibridizado a una matriz de códig versal.. Alternativamente OLA se puede usar " igos postales se incorporan en sondas OLA, y pro . amplificados se determinan por lectura de riz de código postal elect roforática o universal.

Alternativamente uno puede usar métodos tware para detección SNP multiplexada usando 0L ectrometría de masas. La espectrometría de m taja de la única masa de cada uno de lo leótidos de ADN . Los ácidos nucleicos puede ser quívocamente por espectrometría de masas al erencias en la masa de ácidos nucleicos que tien ácido nucleico alternativos. La tecnol ectrometría de masas MALDI-TOF (Ionización de er Asistida por Matriz—Tiempo de- Vuelo) se pref erminaciones muy precisas de masa molecular, tal s. Numerosas metodologías para análisis de genoti arrollado con base en espectrometría de masas. LO ados en espectrometría de masas preferidos de for otipos de ácido nucleico incluyen ensayos de ext ador, que también se pueden utilizar en combin os enfoques, tales como formatos basados n l s mi romatrices .

PCR. El cebador y la polimerasa de ADN se pued egar. La extensión del cebador termina en l ición en la plantilla donde un nucleótido complem de los ddNTPs en la mezcla se presenta. El ceba ya sea inmediatamente adyacente (esto es, el n el extremo 3' del cebador hibridiza al leótido en el sitio SNP objetivo) o dos o más nu ovido de la posición de ácido nucleico. Si el c ersos nucleótidos removidos de la posición leico objetivo, la única limitación es que la sec tilla entre el extremo 3' del cebador y la po do nucleico no puede contener un nucleótido del m O uno que se detecta, o esto causará terminación cebador de extensión.

Alternativamente, si todos los cuatro ddNTPs s Ps se a re an a la mezcla de reacción el cebado rementando la resolución de diferencias de m leótidos SNP alternativos. Por otra parte, quetados de masa se pueden emplear en las reac ensión de cebador en lugar de ddNTPs no modifica rementa la diferencia de masa entre cebadores estos ddNTPs, de tal modo proporcionando increme sibilidad y precisión, y es particularmente iciones heterocigót icas de tipificación. El etiq a ' también alivia la necesidad procedimie paración de muestra intensivos y disminuye la encia de resolución del espectrómetro de masas. .

Los cebadores extendidos se pueden luego pu lizar por espectrometría de masas MALDI-erminar · la identidad del nucleótido present ición SNP objetivo. En un método de análi xten i n de cebador se écula. El tiempo de vuelo se correlaciona con la relación masa a carga (m/z) de la molécula iones con viaje abajo m/z más pequeño el tubo los iones con m/z más grande y por lo. tanto los eros alcanzan el detector antes de los iones más tiempo de vuelo se convierte luego en ¦respondiente, y altamente preciso. De esta ma s se pueden identificar con base en las erencias en masa, y el tiempo correspond erencias de vuelo, inherente en moléculas leico que tienen diferentes nucleótidos en una po e sencilla.

Los ácidos nucleicos se pueden también ma cesamiento por secuencia de ADN directo. Una va cedimientos de procesado por secuencia autorri den usar inclu endo el rocesado or secue leico se pueden también determinar al emplear u separación de exclusión de alto rendimiento, ta tema SpectruMedix .

Otros métodos que se .pueden usar para formar los ácidos nucleicos de la presente invención imorfismos conformacionales de hebra sencilla ctroforesis de gel de- gradiente desnaturalizant P identifica diferencias de base por alter ración electroforética . de productos de PCR cilla. Los productos PCR de hebra sencilla erar al calentar p de otra manera desnaturalizar de hebra, doble. Los ácidos nucleicos de hebra-den replegarse o formar estructuras secundarias cialmente dependientes de la secuencia b erentes · movilidades electroforéticas de prod ado en' el desarrollo o pérdida de un sitio de es ozirna. Las secuencias perfectamente adaptadas tinguir de secuencias desiguales por ensayos de escisión de nucleasa o por diferencias en tempe ión. Asi, por ejemplo, si el SNP afecta un isión de enzima de restricción, el SNP ntificar por alteraciones en los patrones de dig ima de restricción, y los cambios correspondi gitudes de fragmento de ácido nucleico determi ctrofore-sis de gel.

La formación de genotipos puede incluir las e ejemplo, recolectar una muestra biológica de ano (por ejemplo, muestra de tejidos, células, reciones, etc.), aislar los ácidos nucleicos (por genómico, mARN o ambos) de las células de la mue los ácidos nucleicos con un ridización y/o amplificación solamente ocurri lo de secuencia de ácido nucleico particular está usente) . En algunos ensayos, el tamaño del pr lificación se detecta y compara' con la longitu stra de control; por ejemplo, eliminaciones e in pueden detectar por un cambio en tamaño del lificado comparado con un genotipo normal.

Por otra parte, el ácido nucleico, o en part , encontrado se puede luego comparar con lo leicos de otros individuos que también han re igeno para inducir una respuesta inmunitaria. Lo a comparar la identidad de dos o más secuencias lizar por cualquier medio razonable, . que inc gramas disponibles en el Paquete de Análisis de consin versión 9.1 (Genetics . Computer Group, . Ot ro ramas tal como BESTFIT se u uencias también se conocen en la técnica, por e ilia BLAST de programas, disponible del Centro a Información de Biotecnología (NCB) , Bethesda, ASTA, disponible como parte del Paquete de An uencia Wisconsin.

Una vez que la presencia o ausencia o ' patrón leicos presentes en un individuo se determina, el respuesta inmunitaria se asocia con los resu do nucleico. El médico puede luego determinar si dos nucleicos, preferiblemente SNPs, se aso ividuos que respondieron o no respondieron al ant erancia inmunitaria alterada.

Se contempla que los · mecanismos de indu erancia inmunitaria pueden variar con d ermedades y trastornos. Por ejemplo,, el SNP impl El método de la Figura 1 .es particularmente be que permite al médico determinar que secuencias leico, que incluyen los SNPs, se pueden imp ucción de tolerancia inmunitaria. Más importante que el método de la Figura 1 se completa, el méá bar simplemente a un nuevo" individuo para la sec do nucleico o SNP de interés, como se resume en Primero, el médico clasifica o diagnostica al o que tiene una enfermedad o trastorno ( sificación o diagnóstico se puede basar en sentes o síntomas pasados, historia médica, iliar, las pruebas tales como ensayos o expí icas, y similares.

Una vez que el médico ha diagnosticado al pac ico toma una muestra bioló ica del aciente El ácido nucleico del individuo se aisla lue stra (203) . El aislamiento puede ocurrir por cualq veniente para el médico. Por ejemplo, el aislamie rrir primero al lisar' la célula usando detergentes, imática o disrupción física. Luego el mat taminación se remueve de los ácidos nucleicos media por ejemplo, digestión enzimática, extracción de ánicos, o métodos cromatográficos . El ácido nuc ividuo se puede purificar y/o concentrar por cualqu' incluye la precipitación con alcohol, centrifug lisis.

El ácido nucleico del individuo se evalúa lue sencia o ausencia de uno o más ácidos determinados de interés (204) . Uno o más ácidos determinados de interés pueden ser cualquier ácid el médico cree se uede relacionar a tolerancia i cromosoma 12 entre 66,603,791 .y 66,603,991 bps, do ' nucleico de interés es y TTTTTTTGTACCTAGTTCTATGGTTACCTT (SEQ ID NO. TTTTTTGTACCTGGTTCTATGGTTACCTT (SEQ ID NO. 2). sitio polimórfico. Asi, AA representa AA ho tras que AB representa A/G heterocigoto y BB r otipo GG, A-»G representa el sitio de polimorfism Alternativamente, el ácido nucleico predeter erés puede incluir parte de los aproximadamen es de 'bases en el lado 5' de SNP A ernativamente , el ácido nucleico predeterminado d de incluir parte de los aproximadamente 231513 es en el lado 3' de SNP-1515737. Alternativa do nucleico predeterminado de interés incluye a la SEQ. ID. 3 o 4. te o todo del ácido nucleico predeterminado de i ca entre 66415802-66416056¦ en el cromosoma 12.

En otra modalidad, el ácido nucleico predeter erés se ubica dentro de la proximidad de D12S102, te o todo del ácido nucleico predeterminado de i ca entre 66781046-66781298 en el cromosoma 12.

En otra modalidad, el .ácido nucleico predeter erés se ubica dentro de la proximidad de D12S1 parte o todo del ácido nucleico predeterminado d ubica entre 66785380-66785614 en el cromosoma 12.

En otra modalidad, el ácido nucleico predeter e-rés es SNP_A-1508498 (TSC51977), con el polimorf . En otra modalidad, el ácido nucleico predeteri erés es SNP_A-1512645 (TSC 1720860) con el polimo T. En otra modalidad, el ácido nucleico predeter - 7 n el olimo 5737. Estos otros marcadores y transcriptos tambi rse para determinar una capacidad del paciente p erancia, especialmente tolerancia oral, inducida.

En otra modalidad, el .ácido nucleico predeter r erés es D12S1503 (SEQ. ID. NO. 5). En otra moda do nucleico predeterminado de interés es D12S1 NO. 6) . En otra modalidad, el ácido determinado de interés es D12S335 (-SEQ. ID. NO a modalidad, el ácido nucleico predeterminado ' d D12S102 (SEQ. ID. NO. 8) .

En otra modalidad, el ácido nucleico predeter erés es SNP_A-1508 98 con un polimorfismo de" C- o NO. 9 y 10) . En otra modalidad, el ácido determinado de interés es SNP_A-1512645 imorfismo de C o T . (SEQ. ID. NO. 11 ó .12) . alidad el ácido nucleico redeterminado de i 0) . El ácido nucleico predeterminado de interé de ser cualquier marcador o gen entre 63.3 mbp y el cromosoma humano 12. Ver, por ejemplo, Figura En una modalidad, el practicante usa confirmaci la presencia o ausencia de variantes particu do nucleico.

En otra modalidad, el método proporciona un si e en computadora con uno o más algoritmos para d presencia y/o ausencia de ' uno o más ácidos determinados de interés y, si se presentan, cuan tidad de uno o más ácidos nucleicos predeterm erés presentes en el ácido nucleico del individuo En una modalidad preferida, los ácidos determinados de interés son uno o más SNP. A tema con base en computadora puede comprender in re alelos SNP observados, codones alte cesamiento central (CPU, por sus siglas en inglés entrada, medios de salida, y medios de almácena os. Un técnico experimentado puede fácilmente apr lquiera de los sistemas con base en co ualmente disponibles, son adecuados para us sente invención. Tal sistema puede cambiarse en u la presente invención al utilizar in porcionada en el CD-R, o un subconjunto del m guna experimentación.

Como se establece arriba, los sistemas con putadora de la presente invención comprenden los acenamiento de datos que tienen información alma os y los medios de hardware necesarios y tware para soportar e implementar los medios de medios de búsqueda del sistema con base en · co do nucleico.

En una aplicación de esta modalidad, el pr de proporcionar el sistema con base en la comput ormación con respecto a ácidos nucleicos de inte io legible en computadora. El medio legible en co cualquier medio que puede leerse y accederse dir una computadora, que incluye pero no se limitan almacenamiento magnético, tal como discos flexibl almacenamiento de disco duro, y cinta magnética; acenamiento óptico tal . como CD-ROM; m acenamiento eléctrico tal como RAM y ROM; e hí as categorías tal como medio de almac nét ico /óptico .

Una variedad de estructuras de almacenamiento án disponibles a un técnico experimentado para i ne en el archivo de texto de procesamiento de palabra, f software comercialmente disponible tal como Word rosoft Word, representado en la forma de un archi lmacenado en una aplicación de base de datos , Sybase, Oracle, o los similares. Un erimentado puede fácilmente adaptar cualquier matos de estructuración -del procesador de da mplo, archivo de texto o base de datos) con ener el medio legible, en computadora que tiene r él la información de secuencia de · ácido nuclei sent invención.

Al proporcionar las ' secuencias de .ácido nucl luyen los SNP, de la presente invención en form computadora, . un médico puede acceder de manera información de secuencia de ácido nucleico E ware de com utad crita en la presente. Tales sistemas pueden diseñ acenar y/o analizar información en, por ejemplo, nde de posiciones SNP, o información en los genot luye los genotipos SNP, de un número grande de in información de secuencia de ácido nucleico de la ención representa una fuente de información va ormación de secuencia de ácido nucleico de la ención almacenada/analizada en un sistema con putadora se puede usar para tales aplicaciones i computadora como las frecuencias de alelo leico determinadas o analizadas en una población, es de la enfermedad, estudios de asociación de otipo, agrupación de SNP en haplotipos, haplo relacionados con respuesta a fármacos particulare ias otras aplicaciones bioinformáticas , farmacog arrollo ¦ de fármaco o a licaciones de ident tamiento, y los similares.

Los inventores también han descubierto que los i-inflamatorios no esteroidales (NSAIDS) pueden i la generación de tolerancia inmunitaria. De est una modalidad alternativa, el practicante puede m ación de tolerancia inmunitaria ya sea al tener e tamiento deseado individual usando NSAIDS o farm inistrados para invertir la inhibición NSAID de t initaria, tal como, por ejemplo, misoprostol.

Además, en una modalidad preferida, los métod ención actual se pueden usar para tratar fibrosis opática (MIPF", por sus siglas en inglés) . La I ermedad del pulmón letal, crónica, pr ersticial en la cual el tejido del pulmón mplaza gradualmente por tejido fibrótico, o una m l x siva d te ido fibrótico se de osi oinmunitaria a colágeno de tipo V se beneficiar puesta inmunitaria que ataca el colágeno tipo mones puede detenerse, o disminuirse. Esta unitaria puede detenerse o disminuirse por ind erancia inmunitaria a colágeno de tipo V us o.dos de la presente invención. La toleranc ucirse por administración repetida de anti ágeno, preferiblemente antigenos de colágeno ti erdo a los métodos dé la presente invención.

La administración de colágeno o antigenos de feriblemente colágeno tipo V o antigenos del mi efectiva al tratar pacientes con IPF que ti cción autoinmunitaria de antigeno-especifica para tipo V. De esta manera, es deseable una pr tificar tales- pacientes. v n ión oinmunitaria de antigeno-específica a colágeno go pueden usarse para identificar pacientes más a beneficiarse de la administración de co ígenos de colágeno, preferiblemente colágeno igenos del mismo. ¦ Las reacciones autoinmuni ágeno de tipo V también se consideran para cont hazo de trasplantes de. pulmón. En consecuencia, uencias de ácido nucleico ligadas encontra ciarse con una reacción ' autoinmunitaria de ecífica a colágeno de tipo V también' pueden us luar una propensión del paciente para exp tosamente trasplantes de pulmón u otros trasplant de Genotipo Individual para Determinar s erancia Inmunitaria i e¦ usarse r el r ción de las características individuales.

En esta modalidad, el método del cual se ubi ura 3, las características individuales se coloca una o más bases de datos (301) . La in acterística del individuo puede recibirse por¦ c los medios, incluyendo usar un proceso de egrado con uno o más médicos, un cuestionario li individuo, una base de datos electrónica, un diag herramienta de medición del panel de. expertos resumen del cliente, y un reporte de la medici ultados. Además, la información caracterís ividuo puede recibirse por una o más de unicación oral, comunicación visual, comunicación tador de datos físicos, y/o cualquiera de otr az de transmitir la información. tantánea.

Luego se determina la presencia o ausencia de dos nucleicos predeterminados de interés (303) . erminación de cuales ácidos nucleicos se examinar los ácidos nucleicos predeterminados de inter erminarse ya sea individualmente por el ernativamente, la determinación incluye acceder a datos que contiene información que refleja la re la enfermedad actual o diagnostico del individ practicante considere que es la enfermedad o dia os ácidos nucleicos de interés asociados con la e iagnostico.

En algunas modalidades, una o más bases de da ención actual son locales a la ubicación del m as modalidades, una o. más bases de datos son os a distancia dinámicas. Generalmente una base tware puede actualizar la información del indivi e de datos dinámica en cualquier momento la luyendo, pero no limitadas a, un evento conduci e, minuto a minuto, por hora, diariamente o seman Con base en los resultados de la etapa (303), presencia o ausencia de ¦ uno o más ácidos determinados de interés, el tratamiento del de determinarse. En una modalidad, el practicant su habilidad en el campo médico para determinar e tratamiento. En. otra modalidad, un sistema de acenado en una o más bases de. datos recomienda u tratamiento. El régimen de tratamiento recomend luir, pero no se limita a, si induce t unitaria, tipo de antigeno, dosis, mé inistración, régimen de tratamiento, medicamento receta o rescri ción cambios de estilo de vi patible. Se contempla que la información para- i tiples puede agruparse junta,- de esta manera tidad de datos para uno o más parámetros incre oritmo en el sistema de software se vuelve más cto al calcular que tratamiento/procedimiento or al conjunto de criterios del individuo. Además datos puede incluir además un almacén de cticas," esto es, protocolos de tratamiento es gados óptimos por un panel de expertos médicos.

Estas modalidades permiten al practicante adap tratamiento "del individuo y evitar costo ecesario de tratamientos innecesarios. erminación de Ácidos Nucleicos Asociados con T mitaria erm n ión de cuales ácidos nucleicos leico del, individuo. Preferiblemente, la infor do nucleico es la presencia o ausencia de uno o m La presencia o ausencia de uno o más SNP y la individuo para desarrollar tolerancia inmuni para para determinar la presencia increme minuida) del ácido nucleico en una afección del nfermedad especifica (402). La* comparación- de los acidad para desarrollar tolerancia inmunitar lizarse al usar un algoritmo matemático.

Una vez que una asociación estadísticamente i establece entre uno o más SNP y la capacidad par erancia inmunitaria, . entonces la región alrededo de opcionalmente separarse por exclusión comp a ¦ identificar las ubicaciones/secuencias sativas (por ejemplo, SNP/mutación causati l ividuos "saludables" o "normales") que son prefer edad y raza similar. Los pacientes y controles iguales como sea" posible en características físi ?? de individuos con fenotipos bien caracter rentadamente deseable. Además, los estudios de a bién pueden conducirse dentro de la población gen limitan a estudios realizados en individuos rel familias afectadas (estudios de ligadura) .

La información en uno o más SNP luego se almace ás bases de datos, junto con información con resp sencia o ausencia en individuos con la capa ucir tolerancia inmunitaria (403) .

El ácido nucleico de individuos que desean tr a una enfermedad o trastorno luego se recolecta a encontrar si el individuo tiene uno o más S n maner estadística im ortante con la ca En otra modalidad, un método se us prim erminar polipéptidos que están presentes o ausen ividuo que es susceptible a desarrollo de t anitaria, que comprende cribar al menos un pol o se muestra en la Figura 5. En este mé cticante médico primero administra un antigeno iente para inducir tolerancia inmunitaria (501) .

Los antigenos adecuados para uso en la ención incluyen aquellos previamente discutidos, luir cualquiera asociado con o responsable ucción de enfermedades auto-inmu ersensibilidades clínicas (alérgicas) , y re injerto, y subunidades o extractos del mismo; o pletas recombinantemente generadas, subuni gmentos de los mismos; o cualquier corn uede incluir ero no erimentados en la técnica. Las dosis adecuadas de aquellas previamente discutidas. Además, los inistración pueden incluir, pero no se limitan osolizadas, subcutáneas, rectalmente, intra ravenosas, nasales, orales, transdérmi ramusculares .

Una muestra biológica se toma del individuo pa erminar la respuesta inmunitaria del individuo ( o la respuesta del sistema inmunitario individua igeno se registra con base en su respuesta (503).

. El método para determinar la respuesta in ividual puede incluir cualquier método pr cutido, incluyendo pero no limitado a, uso de noabsorbente ligado a la enzima (ELISA) , E puesta de Linfocito ELISA/ACT® (LRA), medición in ción de leucocito más, en una modalidad específica, los paci istraron con base en los niveles y/o cambios re producción de citoquina, incluyendo producción IL FN-? antes, durante y/o después de recibir el más, los niveles de células reguladoras T tal com o .células CD4 + , CD25+, FoxP3+, pueden usa istrar la respuesta el paciente. Alternat ivamen oquinas pueden medirse para determinar los ividuales. Por ejemplo, niveles de IL-10, IL-4 -ß1, 2 ó 3 en sobrenadantes de cultivo PBMC es l(I)- y cx2(I) y/o sIL-2R se puede usar para reg iente.

El método de registro es dependiente del pract luye cualquiera de los métodos que separan paci e en su respuesta inmunitaria para el antíge i rar lo acientes con base en la res uesta d ido conectivo, óxido nítrico, altura, peso, sal paciente, y consideraciones ambientales para istrar la respuesta inmunitaria¦ del paciente.

Una vez que el individuo se registra con ba puesta de antigeno, el practicante anali ipéptidos de los individuos para determina ividuo tiene uno o más polipéptidos o pol iantes (504) .

El practicante puede ya sea examinar pol ocidos específicos de interés o examinar parte- proteínas presentes en la muestra en busc sencia o ausencia de polipéptidos diferenciales o roñes de polipéptido, ¦ y correlació sencia/ausencia de polipéptidos con el reg puesta inmunitaria del individuo.

Los oli é tidos ueden detectarse or vario Los polipépticlos pueden detectarse por uso de odo conveniente para el practicante, incluyendo, itado a ensayos de intercalado y ensayos de comp plazamiento . Típicamente, los ensayos de inte petencia/desplazamiento incluyen un agente de enlazan específicamente a y a menudo inmovi lito (en este caso uno o más polipéptidos en la agente de captura es una porción . que especí aza al analito.

La presencia o ausencia del polipéptid erminarse por cualquiera de los medios convenie practicante, incluyendo los medios electroquími etiquetas. Una etiqueta es cualquier co ectable por medios espectroscópicos , foto químicos, inmunoquím'icos , eléctricos, ópticos o eti uetas útiles en la resente invención inclu ectamente o indirectamente al componente dés ayo de acuerdo a métodos bien .conocidos en la té icuerpo puede producirse por cualquiera de un íos bien conocidos para aquellos de experienc nica y como se describe arriba. Además, la etiqu ar en una tercera porción que enlaza al co nte/analito de captura, o ' enlaza secundariamen ción distinta1 para el complejo de agente/an tura.

Otras técnicas que se pueden usar para det ntificar el polipéptido incluyen análisis de wes munotinción) , inmunoensayos de. liposoma (LIA) , p como micromatrices de proteína o espectrometría La secuencia de aminoácido de los polipép erés encontrada en la muestra del individ erminarse com ararse con una o más bases de critas en la presente, la enfermedad o trasto arse a la raza, etnicidad, o sexo. Por ejemplo, u ontró que las mujeres comprenden 78% de las enf oinmunitarias diagnosticadas. . Además, la e témica tiene una prevalencia especifica de raza de las mujeres son más propensas que los hom er el trastorno, y los Afroamericanos son más ¦ los caucásicos para tener el trastorno. Como sencia o ausencia del ácido nucleico de ínte acionarse a una hormona, el cromosoma X, o a eptores, u otros compuestos que tienen niveles d re los sexos y o razas. s y Sistemas de Detección SNP Con base en el SNP e información de secuencia crita en la resente los reactivos de detecci binación con uno o más de otros tipos de el ponentes (por ejemplo, otros tipos de químicos, recipientes, paquetes tal como em tendido para venta comercial, sustratos a los c ctivos de detección SNP se enlazan, compon dware electrónicos, etc.) . En consecuencia, la ención proporciona además sistemas y kits de incluyendo pero no limitados a, conjuntos de da empacados {por ejemplo, conjuntos de sond Man) , matrices/micromatrices de moléculas leico, y perlas que contienen una o más sondas, c tros reactivos de detección para detectar uno o m presente invención. Los kits/sistemas pueden opci luir varios componentes de hardware electróni mplo, matrices ("chips de ADN") y sistemas micro stemas de chi en laboratorio" ro orcionados icamente contiene uno ' o más reactivos de detecció ponentes (por. ejemplo, una solución amortiguadora como polimerasas de ADN o. ligasas, nucleó ensión de cadena tal como trifosfatos de desoxinu n el caso de reacciones procesadas por secuenc o Sanger, nucleótidos con terminación de uencias de control positivas, secuencias de ativas, y los similares) necesarios para llevar ayo o reacción, tal como amplificación y/o dét molécula de ácido nucleico que contiene SNP. Un tener además medios para determinar la cantid do nucleico objetivo, y medios para comparar la un estándar, y pueden comprender instrucciones kit para detectar la molécula' de ácido nucl tiene SNP de interés. En una modalidad de la nc n lo kits se ro orcionan ue conti na molécula de ácido nucleico en o cerca de cada objetivo. Los pares múltiples de sondas espec ?? pueden incluirse en el kit/sistema para pro ayo simultáneamente ' números grandes de SNP, al los cuales es un SNP de la presente invención. E s/sistemas, las sondas especificas de alelo se in a un sustrato tal como una matriz o perla. Por ej o sustrato puede comprender sondas especificas a detectar al menos 1; 10; 100; 1000; 10,000; 1 lquier otro número intermedio) o sustancialmente SNP mostrados en la Tabla 1 y/o Tabla 2.

Los términos "matrices", "micromatrices" , y se usan en la presente intercambiableme erirse a una matriz de distintos polinucleótidos sustrato, tal como vidrio, plástico, papel, nyl o de membrana filtro chi , o cual uier otr inucleótido dependen de las diferencias en la es hibridación de las sondas para igualar perfec iantes de secuencia objetivo desigualada otipificar SNP, es generalmente preferible diciones de exigencia usadas en los ensayos de hi n suficientemente altas de manera que las mol do nucleico que difieren una de la otra tan poco ición SNP sencilla pueden diferenciarse (por eje yos de hibridación SNP típicos se diseñan de m hibridación ocurrirá solo si un nucleótido partic sente en una posición SNP, pero no ocurrir leótido alternativo está presente en tal posic es condiciones de exigencia altas pueden ser pr ndo se usan, por ejemplo, matrices de ácido nu das específicas de alelo para detección SNP.

En otras modalidades las matrices se usan en cualquiera de los fluidos corporales (tal com ro, plasma, orina, saliva, flema, jugos gástrico rimas, transpiración, etc. ) , piel, cabellos, pecialmente células nucleadas) , biopsias, hisopo specimenes de tejido. Las muestras de prueba usad odos descritos arriba variarán con base en tales 0 el formato de ensayo, naturaleza del m ección, y los tejidos específicos, células o dos como la muestra de prueba a procesarse por en odos para preparar ácidos nucleicos, prot ractos celulares son bien conocidos en la técnica ptarse fácilmente para obtener una muestra patible con el sistema utilizado.

Otra forma de kit contemplado por la presente un kit compartimentado . Un kit compartimentad a s reactivos están cont uciones de cada recipiente pueden agregarse en ntitativa de un compartimiento a otro o a otro re es recipientes pueden incluir, por ejemplo, u ipientes que aceptarán la . muestra de prueba, u ipientes que contienen al menos una sonda u otro detección SNP para detectar uno o más SNP de la ención, uno o más recipientes que contienen rea do (tal como solución amortiguadora de fosfat s-soluciones amortiguadoras, etc.)-, y uno ipientes que contienen los reactivos usados par presencia de la sonda enlazada u otros rea ección SNP. El kit puede opcionalmente comprend part imientos y/o reactivos para, por lificación de ácido nucleico u otras r imáticas tal' como reacciones de extensión del n li ación ele roforesis refer o hibridación de sonda/ob etivo, amplificación leico, y reacciones de electroforesis capila ositivo ' funcional ¦ sencillo. Tales dis rofluidos típicamente utilizan reactivos de dét menos un aspecto del sistema, y tales reac ección se pueden usar para detectar uno o más sente invención.

Además, los kits también pueden incluir un igenos, como se describen arriba. Como tal, el pr ico puede determinar primero si un SNP está p ente del paciente. Luego, el profesional médico p imen, o usa en lugar un régimen predetermina ontrar cual antigeno, en que dosis, por qué inistración, para dar el paciente. Uno o más den venderse con, o venderse por separado de, el Dada la descri ción en esta solicitud unt ecífico.

Debe ser evidente de lo anterior que una inve ne ventajas importantes se ha proporcio.nado . Mie invención se muestra en sólo unas pocas de sus f o se limita sino es . susceptible a varios C ificaciones sin alejarse del espíritu de la misma A lo largo de esta descripción, varios aspecto ención pueden presentarse en un formato de interv enderse que la descripción en el formato de int amenté para conveniencia y brevedad y no debe co 0 una limitación inflexible en el alcance dé la i consecuencia, la descripción de un interv siderarse para tener específicamente descrita ntervalos posibles así · como valores ividuales dentro de tal intervalo. Por eje al como desde 1 hast 120 pacientes con RA en terapias convencionales de ma su RA se probaron por la capacidad de- sus células mo sangre periférica (PBMC) para producir IFNY cuando s nte seis días con el autoantígeno, cadena al de bovino olágeno II (CII) o l (II) en 50 pg/u. Los sobrenadantes osecharon y los niveles de IFNy se- determinan por ELISA.

IFN^al(II)-IFN^PBS ? al (II) S.I. = ____ _DC - 100 · Como se r IFN PBS tinuación (Tabla I) , 76 pacientes han incrementad es sobre su PBMC no estimulado o (PBS) cultiva valencia de pacientes con RA al 63% con' las r unitarias para CII (llamados "Respondedores") ste una prevalencia alta de pacientes ' con oinmunidad CII, es uno de diversos antigenos rentes durante la enfermedad.

Los grupos de 12 ratones se alimentaron con CI dosis indicadas 8 veces durante 2 semanas e in 100 pg de CII de bovino en CFA. Después de 4 canso, los' ratones luego se inmunizaron en la b a con 100 pg de CII emulsificado con adyuvante pleto. El grado de artritis se evaluó por un o go durante 8 semanas.

Como puede apreciarse en la Figura 6, 10 pg/dia l de CII fue más efectivo al reducir la inci ritis con 500 pg/dia siendo también, pero menos, ¦porcentaje de ratones con grado 3 o 4 de ar ica en el eje Y. La respuesta de bifase es de uccióri de mecanismos de tolerancia diferentes b a contra dosis alta CII. La dosis baja CII (10 p ulas T reguladoras mientras que la dosis alt ión nal. cebo (solución amortiguadora salina) en la cebo (HAc 0.1 M) en la tarde; Placebo rtiguadora salina) en la mañana y 10 pg de CII ivo en la tarde; o piroxicam (2.4 µg/gm) en la bovino nativo (10 yg) en la tarde. Después de os los ratones se inmunizaron ( intradérmicamen e de la cola) con 100 yg de CII de bovino emulsi uvante de Freund completo. Los animales se col ias codificadas y se registraron por un observa veces a la semana por el número de artic riticas (inflamación de las articulaciones, r rinadas) .

Como se muestra en la Figura 7, comparado con troles alimentados con Placebo, el porce iculaciones artríticas fue menor - durante el p ervación en el ru o de ratones alimentado con oxicam a otro grupo de ratones alimentados con en producción de IFNy de célula de bazo en u ilar al experimento en la Figura 7, cuatro ones (4 ratones por grupo) se alimentaron con son ante 2 semanas con lo siguiente: Piroxicam a. .; Piroxicam a.m. - HAc p.m.; solución amor ina a.m. - CII p.m.; o solución amortiguadora sa Ac p.m. Después de 1 semana de descanso, todos lo inmunizaron en la base de la cola con una emulsi vante de Freund completo. Después de 14 dias, lo sacrificaron, y las células, de bazo se ai ablecieron en cultivo con PBS ¦ o mezcla de iI)CB. Después de 72h de cultivo, los sob echados se analizaron para niveles IFNy por ELISA Los ratones alimentados con CU + Placebo o pi c de IFN cuando SU ducción IFNy por células de bazo (los dato stran) . mplo 5: Inhibidor COX-2 SC236 Inhibe la Ind erancia Oral .

Los grupos de 8 ratones cada, uno se alimen da en MTTHF x 2 semanas en la mañana con PBS o gm en 100 µ? de PBS.). SC'236 (Searle) es -ibidor para COX-2 que para COX-1.

Cuatro de los ratones que se les dio PBS en la atones que se les dio SC'236 en la mañana se al sonda en la tarde con 10 ]ig de colágeno de bovin i) . Los otros 4 ratones en el grupo PBS a.m. y S alimentaron por sonda en la- tarde con ácido acét M el vehículo se disolvió en el CII. Después d s e alimentación dos los ratones se de IFNy, solo los datos de l (II) se grafican. po.s se compararon con. el grupo de control Plac ebas t de muestra de' Student.

Como se muestra en la Figura 9, el CU' ali ones DBA/1 induce tolerancia oral manifestada ucción importante en producción IFNy por célula imuladas por digestión l (II) CB {p < 0. traste, el SC'236 alimentado a los ratones r ducción inferior de IFNy por digestión al (II) do los ratones se alimentaron con SC236+CII e remento importante (p <0.01) en producción ulas de bazo cultivadas con digestión al (II) CB. nta que SC'236 también puede inhibir COX-1, p do ~2000x menos de lo que inhibe COX-2, est ieren que COX-2 puede ser esencial para indu erancia ó tima ara anti eno oral de dosis ba a. cebo (solución amortiguadora salina) a.m. y C ivo (10 yg) p.m; o piroxicam (2.4 yg/gm) a.m. y C ivo (10 yg) p.m. Tres meses después de la mentación de 8 dosis, cada ratón se tradérmicamente en la base de la cola) con 100 ino nativo emulsificado en adyuvante de Freund ratones se colocaron en jaulas codificadas y re veces semanalmente por un observador ciego por n iculaciones artríticas. Como se muestra en la F la semana 7 y 8, después de la inmunización co po de ratones que 9 y 3 meses antes se alimen oxicam más CII tiene significativamente más artic ríticas (p < 0.04 en 8 semanas por análisi drado) comparado con el grupo de ratones mentaron con Placebo más CII. os de fondo redondo. Después de 3 días, los cu saron con 3H timidina y cosecharon en filtros de pués. El "índice de estimulación" se calculó ón al dividir el cpm de cultivo de mezcla d 11) CB por el cpm del cultivo de control PBS ón. Como se muestra en la Figura 11, comparado c tivo de células de parche de Peyer de ratones al CII solo o piroxicam solo, existió estimulació la mezcla de péptido al (II) CB (p < 0.03) de c ones. alimentados con piroxicam más CII. Por os encontrado consistentemente que las células Peyer (2.5 x 105/ml) de ratones' DBA/1 o ratones cultivo con células de bazo singénicas norma mi) cuando se estimulan con' IL-2 de murino resul imulación de las células de bazo sobre el cpm de I n r ' el incremento marcado en el" i stió estimulación marcada por mezcla de péptido células de ganglio linfático mesentéricas de mentados con piroxicam más CII (Figura 12).

Además, los estudios se condujeron usando OV día x 5 días) en ratones BALB/c y CII de bovino x 8 dosis durante 14 días) en ratones DBA/1 l bar los efectos de fármacos inmunomoduladores c dos en inducción inmune (prednisona < 7.5 roxicloroquina 400 mg/día, metotrexato 17.5 m lunomida 20 mg/día después de 100 mg/día x gadas, sulfasalazina 2.5 gm/día, D-penicila día, oro IM, y etanercept. 25 mg dos veces a la os fármacos inmunomoduladores no suprimen complet erancia, y que pueden ser factibles para erancia en pacientes con RA para CII todavía toma macos inmunomoduladores. La prednisona > 1 tomaron los fármacos antirreumáticos que modi ermedad, agentes anti-TN y/o inflamato eroidales se les administró misoprostol 100 yg i ertir la inhibición anti-inflamatoria no este erancia oral. Los pacientes se eligieron aléat a recibir dosis "bajas" o "altas" de CII. El is baja (n = 38) tomó diariamente 30 yg/dia de C ante 10 semanas, luego 50yg/dia durante 10 semana g/dia durante 10· semanas-. El grupo de Dosis alta 6 90 yg/dia durante 10 semanas, 110 yg/dia d anas y luego 130 yg/dia durante 10 semanas.

La sangre heparinizada se obtuvo en linea pués de cada uno de los periodos de tratamien anas. La sangre se diluyó 1:3 con RPMI 1640 que icilina (lOOu/ml) y estreptomicina (100Oyg/ml) horas des ués de la recolección envolvió en temas) . Los resultados se muestran como en la Fig El índice de estimulación IFNy (SI) se calculó PBS IFN^ ? 100 í Ei S I pa ra paci e ben cada una de las dosis bajas (30 µg, 50 pg y 7 omparó con su SI en la línea basal antes de cada u amientos de 10 semanas y similarmente con el gru is alta (90 µa, 110 ug y 130 yg/día) con su SI en l antes de cada uno de. los tratamientos de 10 sema Existió supresión marcada de IFNy de SI. De tamiento de diez semanas con 30 yg, 50 g, 110 día de CII oral con > 62 hasta 69%' de paci stran reducción > 50% en SI de l (II) IFNy. Las yg y 90 yg/día no reducen el SI IFNy, y la do día significativamente incrementan el SI IFNy l. centaje de pacientes que tienen una reducción ? por PBMC al ( I I ) -estimulado , más pacientes p erantes (69% tienen una reducción > 50% en produc imulada con al (II) para CII administrado oral as dosis.

El análisis adicional de pacientes revela que e que no responden para CII oral para la dosis 30 CII y 28% que no responden para la dosis 110-gura 13 ) . plo 10: Tolerancia a CII oral se asocia co onden y quienes no responden .

Para investigar . si cualquier genotipo parti ció con quienes responden o quienes no respond l en este cohorte, 24 pacientes del Ejemp eccionaron. reptomicina (100 pg/mL) y suero de becerro feta ués de 6 días, los sobrenadantes se eo trifugaron a. 2000 x G durante 5 minutos y los n se cuantificaron por ELISA comercial (R y D S diferencias en niveles de IFNy y en SI para PHA, 1 l (II) entre quienes responden y quienes no res lizaron para significancia usando la prueba de go Mann-Whitney.

De los 24 pacientes, 16 pacientes responden a reducción de producción IFNy estimulada l (II II) por cultivos PBMC y 8 pacientes no reducen tivo PBMC con estos antigenos. Los niveles de I ea basa de los 16 que responden y 8 que no re ,- a?(??). 50 ]xg/ml CB11 al (II) 50 g/ml y PHA 10 día seis de cultivos PBMC se dan en la Tabla I.

El índice de estimulación (S.I.) de IFNy se cal tolerancia Cll. oral (190 ± 40 contra 1800 ± 02) . La tolerancia ele CII oral para qui ponden tienen S.I. IFNy al (II) de linea .bas erior que los que si responden a tolerancia 60 ± 197 contra 210 ± 90, p = 0.003) . Los S.I. en la linea basal no fueron diferentes entre ponden y lo que no responden a la tolerancia CI Tabla II: Comparación de Producción IFNY en la Línea Basal Entre quie Responden y quienes No Responden a OT Cll evaluación de micromatriz rod la linea basa para ya sea la dosis de 30 g día, 110 yg/día o 130 yg/día de CU ("que re ) . Los 8 pacientes, con incrementos en S.I. de las dosis de 30 yg/día, 50 yg/día, 110 yg/d día de CII oral se seleccionaron ("que no res )· . - Los chips que mapean el genoma completo com ron para mapear la ubicación' genética potencia era oportuna y económica. El genoma de los do Ejemplo 2 se analizaron por extracción de A kit de extracción de ADN comercial, el ki agen Inc., Alameda, CA) siguiendo las instrucc ricante. Después de determinar la calidad y ADN en el fotómetro Eppendorf (Eppendorf S . , Westbury, NY), y por elect oforesis, n s D260 280 relación >1 e inte ridad alt , una rasgo particular o fenotipo, en nuestro istencia a tolerancia de CII oral.

El protocolo incluyó cuatro pr cedimientos : en fraccionamiento de silicio, si gmentos predichos en micromatrices, fracci quimico, e hibridación especifica de alelo y L otipo. Dos diferentes señales que representan los dos polimorfismos de 10,000 nucleótidos produjeron. El software crea el polimorfismo o cada uno ' de los 10., 000 nucleótidos senci otipo de polimorfismo de cada uno de los 10,00 a muestra se llamó en tres tipos, AA, homoci BB, homocigoto tipo II; y AB, heterocigoto ica en la tabla III.

Tabla III: Formación de genotipo en 15 pacientes 6-123 F 78.89% 99.25% 32.53% 35.37% 3-127 M 93.57% 99.40% 34.21% 31.30% 0-323 F 95.87% 99.89% 32.21% 33.99% 5-325 F 94.57% 99.05% 32.66% 33.82% 9-319 F 85.35% 97.53% 34.89% 30.66% 1-329 M 93.44% 99.55% 33.70% 32.28% 7-137 M 93.82% 99.57% 33.35% 33.30% 2-343 . M 94.93% 99.80% 34.12% 31.86% -339 M 96.28% 99.92% 32.76% 34.00% 6-139 M 92.07% 99.05% 33.45% 32.09% 8-341 F 91.31% 99.18% 33.38% 33.21% 4-347 F 96.89% 99.95% 33.06% 34.18% La Tabla III es la formación' de genotipo de 15 ombres, 6 mujeres) . La señal detectable de SNP en las muestras fue más de 99%, indicando una calida cción. La llamada SNP indica que el porcentaje en NP ue ueden reconocerse ara cu os datos se d pacientes del Ejemplo 3 se clasificó en grupo ponden y quienes no responden a CII oral. Para ca número total de tres genotipos, AA, AB, y BB s cada SNP en el chip. La Tabla IV muestra la re tipo de SNP en cada uno de- aquellos genes candid Tabla IV : Polimorfismo de Genes Candidato .

AA-AB-BB (quienes Nombre del Gen Candidato SNP IDs responden/quienes n F beta l¿ 3 SNP_A-151 1 1 17 3-4—6/3 2-4 SNP_A-1515879 8-6— 0/9-1-0 os SNP_A-1509114 3„4_5/0~8--2 SNP_A- 1509255 6-7— 1/2--6--2 SNP_A-1513931 13—1—0/9-1-0 SNP_A-1 15899 0-0—14/0-0-10 SNP_A-1519289 2-1 7/2-4-4 4R SNP„A- 1509275 3-9—1/7-3-0 10R SNP_A-1518241 2-3 7/4-3-2 L2 SNP_A-1514598 1 -5__8/3-4-3 gamma SMP_A-1508498 8-5 1/8-2-0 ponden y quienes no responden son los mismos o s patrones del primer SNP de descarboxilasa támico es 14-0-0 (para AA-AB-BB) y 10-0-0; el se 2-8-4 y 1-6-3. Sin embargo, existe una diferenc distribución de genotipo del SNP_A-1515737 e os que responden. y los que no responden, son 1-9 respectivamente para quienes responden y qu onden. Mientras que la mayoría de los paciente onden tienen genotipo ya sea heterocigoto ra, el AG) u homocigoto de BR (de esta maner tipo) , la mayoría de pacientes en el grupo q onden tienen un genotipo AA. El análisis adi ca en el SNP_A-1515737.

Las secuencias de SNP_A-1515737 es como lo s TTTTTTGTACCT [A/G] GTTCTATGGTTACCTT (SEQ ID NO. 1 es el sitio olimórfico . De esta manera, AA re r rtante en la distribución del genotipo. Ver, F calcular los valores P,. un número se asignó a tipos. El genotipo AA se asignó 1, AB (de est se asignó 2, y el BB (de esta manera genotip nó 3. De acuerdo a estas suposiciones, los val A-1515737 alcanzan 0.052.

Los 24 pacientes se agruparon en aquellos que otipo AA (o A?G) de SNP_A-1515737 y aquellos que genotipo AA (esto es fueron AB o BB) . La Tabl umen los datos con base en los dos grupos. La ista los niveles de. IFNy de' linea basal en el renadantes PBMC estimulados durante seis dias CB11 al- (II) o sin adiciones (PBS) . Los paci A-1515737 AA tienen valores S.I. IFNy al ( nificativamente inferiores (media 270 ± 90.) , c a uellos acientes ue no tienen tres SNP A-1 En la Tabla VI, los mismos pacientes se confi S.I. de IFNY l(II) en la linea basal y despu inistración de CII oral (30 iq , 50 o 110 pg/di semanas) se comparó. Como se muestra en la Tabl ientes que no tienen genotipo SNP A-1515737 AA en una reducción im ortante en el S.I. IFIN bla VI: Reducción en SI crf(ll) después de Cll oral en paciente Genotipo SNP A-1515737 AA # de . SI de a1 (ll) de Después de ' Que responde R ciente Genotipo línea basal CU oral a OT : Despu 7-320 AA 265 630 No 2 0-308 AA 80 404 No 5 8-309 AA 90 268 No 2 1-311 AA 187 2020 No 1 5-325 AA 747 3 Si 0 5-348 AA 122 167 No 1 4-109 AA '399 800 No 2 270 ± 90 613 ± 256 3.51 p = 0.230 Los ciatos se analizaron por el uso de Chi Cua ba exacta de Fisher, existe una diferencia rtante (p = 0.0017) entre quienes 'responden y q onden a CII oral en pacientes con genotipo SNP a uellos ue no tienen este genotipo (Tabla VII) A-1515737, existen seis otros SNP dentro de ión del genoma . Ninguno de estos tiene una a ortante con los que responden o no responden a tr . Por ejemplo, SNP A-1508498, que es 146068 bp e de DYR 2 y 350588 bp en el lado 3' : IFNY, se cano a A-1515737, que es 265143 bp en el lado 5' 31513 bp en el lado 3' de IF Y. LOS patrones de quienes responden y quienes no responden son s AA, AB, y BB de 8—5 — 1 y 8-2 — 0, respectivame Los ^patrones segregados de un promedio de 10 o de cada cromosoma se examinó, pero no existió una asociación de cualquier patrón segregado uesta CII.

Ocho SNP relevantes al complejo' de histocompa respuesta (histocompatibilidad HLA clase II) s no existió evidencia de una asociación de l bla VII) . Los pacientes no fueron en DMARDs, b IDS o prednisona.

Los PBMC se recolectaron de los pacientes y culti de bovino nativo y. mezcla CB a2(I) y una tenden ucción defectiva IL-10 PBMC cultivada con mezcla C Los¦ pacientes que fueron tolerantes por CI or e-regulación de la citoquina Th2, IL-10 por PBMC CI, o l(I) o 2(I). Como se muestra en la tabla entes SSc con genotipo ROT1AA y sin producción IL lada por 2(I) o PBMC estimulado por CI en paci ués de 12 meses de tratamiento con CI oral. El SNP ién se examinó en 53 pacientes SSc adicionales y e alencia general de AA fue 32%, 35% fueron GG y 3 Similar en pacientes con RA, los pacientes SS tran menos sobre regulación de producción IFNy mulado con a2 I Tablas VII VIII .

Tabla VIII: Producción de IF y por PBMC estimula Hocl(I) de Pacientyes SSc en Linea Basal # de pacientes IFNy R0T1AA+ 25 16 ± R0T1GG o GA 54 3164 • rueba de Suma de P = ango Mann Whitney PBMC de pacientes inscritos en el Estudio CI/SSc se cultivaron con 25 g/ml de al (I) humano d s después de lo cual los sobrenadantes de cu secharon y los niveles de IFNY determinados por E plo 16: Producción IL-10 Después de 12 Meses de eses para Pacientes SSc Con y Sin ROT1 AA Los pacientes con genotipo ROT1 AA, GG o GA tie ido de cultivos IL-PBMC estimulados por mezcla cla a2{1) CB, o CI nativo después de recibir ante 12 meses menos los valores de IL-10 mezcla l(I) CB, demostrando que ROT1 AA se a rancia oral dañada a antigeno de proteina. Ver, BLA IX: Cambio de producción IL-10 después de 12 meses d 12 meses para pacientes con esclerosis con y sin ROT1 AA* Mezcla de CB Mezcla de CB Genotipo AA crf (l) de bovino a2(l) de bovino Cl nativ # de paciente IL-10 pg ml IL-10 pg/ml IL- 071 109 -342 -1692 - 130403 -19 +28 061009 -61 1 -494 060507 -1 12 +490 060403 -2942 -3736 - 040104 +295 -448 -622 ± 480 -975 ± 627 -82 Mezcla de CB Mezcla de CB Genotipo GG o GA a1(l) de bovino a2(l) de bovino Cl nativ # de paciente IL-10 pg ml IL-10 pg/ml IL- 020705 -314 -388 030504 +410 +203 070101 -104 -86 080101 -391 -180 011008 +529 +859 021308 +216 +546 040806 -968 -1000 - 020906 +347 +261 021411 -397 -2021 ni tiplo 17: Genotipo ROTl en Pacientes y Miembros d Enfermedad de Chron Se evaluó el genotipo SNP A-1515737 (ROTl) en miembros de familia con enfermedad de Crohn y/ erativa y controles saludables sin IBD u otra e oinmunitaria conocida. La Tabla X resume los r genotipo en enfermedades de Crohn usando .ADN d les, mostrando que la distribución ROTl AA f pacientes con Enfermedad de Chron.

Tabla X: Distribución de Genotipo ROTl en acientes con Enfermedad de Crohn Definitiva notipo ROTl Total (%) 8 o · - 0 ' Distribución de Genotipos ROTl en Primeros rados Relativos de Pacientes con Enfermedad La¦ prevalencia de R0T1AA en 12 pacientes con e Crohn y primeros grados relativos (91.6%) fue may ientes con SSc (31.6%), 54 pacientes con RA (38. troles saludables (35.7%) (Ver Tabla XI).

Tabla XI: Distribución de Genotipo ROTl en Pacientes clerosis Sistémica, Artritis Reumatoide y Controles Sá plo 18: Genotipo ROTl está presente en 31% de SSc Difuso ¦ Los peletizados de . células PBMC acumul stigaron para todos los pacientes con SSc difu letadores muestra una diferencia importante en MRSS en 12 meses de valores, de la linea basa ientes tratados con CI cuando se comparan entes tratados con placebo usando la prueba de o ilcoxon (ver Figura 16) .

TABLA 1 Antigeno Enfermedad eina ID Orbitopatia endocrina geno renal 59-kD 'Glomerulonefritis progr nidad del receptor Miastenia gravis cetilcolina cano, fibrilina y Artritis idiopática juv loproteinasa-3 3 (IV) NI1 Enfermedad. Anti-GBM -enolasa Asma antígeno de células, Anemia hemolítica autoin uineas teína enriquecida con ¦Encefalitis de Eyme na Borrelia burgdorferi opo de célula T Borrelia Artritis de Lyme 80 Penfigoide buloso 2 Enfermedad de IgA Síndrome de traslape de polimiositis-escleroder geno, preferiblemente Fibrosis pulmonar idiop geno tipo V cromo P450 1A2 Enfermedad de injerto-c hospedero de la hepatit queratina-10 Artritis de Lyme ido .de gliadina Enfermedad celiaca m a lase y arrestina Esclerosis múltiple 65 Diabetes tipo 1 tato de glatirámero Esclerosis múltiple nio globular de Lupus eritematoso sisté humano tationa S-transferasa Colangitis escle primaria a 1 -anti-oxLDL/heta2GPI SLE eínas de choque de calor Ateroesclerosis de caró rina Trombocitopenia tetasa de ARN de Miositis asociada a nsferencia histidilo autoanticuerpo Jo-1 teínas hnRNP A/B Enfermedades reumáticas sistémicas y hnRNP L P-A2 (RA33) Artritis inducida por P Tejido conectivo eínas del cristalino Uveítis RA liña Síndromes de Donnai-Bar faciooculo-acústico-ren idos de proteína de Esclerosis múltiple de, mielina rofascina Lesión axonal mediada p autoanticuerpo lasa específica de Síndrome de degeneración adquirida repentina nios 1 y 2 no colagenosos Epidermolisis bullosa en olágeno tipo CII infancia desenvuelta nio no colagenoso de Herpes gestationis geno tipo VII nucleo roteína A2 Lu us eritematoso sisté sferencia fenilalanilo antígenos. de membrana Hepatitis autoinmunitar lasma ' (ADP-ribosa) polimerasa 1 Lupus eritematoso sisté ptina 5 como un Enfermedad de Alzheimer antígeno novedoso I y megalina Nefritis Heymann nuceloproteína de Enfermedades de tejido kDa recombinante. conectivo mezcladas las de glóbulos rojos Autoinmunidad antigenos modelo geno retiniano Degeneración macular geno soluble retiniano Uveitis eina P ribosómica Lupus eritematoso sisté e proteina P ribosómica Tejidos conectivos mezc de helicasa A Lu us eritematoso sisté la escamosa cuerpos SSA/SSB Lupus eritematoso sisté nidad de RLIP76 Enfermedad vascular med inmune y aterosclerosis 0. de proteina expresada Síndrome poliendocrino estículos autolnmunitario tipo I Enfermedad celiaca ona de tiroide Encefalopatía autoinmun xidasa de tiroides Diabetes tipo 1 sglutaminasa Dermatitis herpetiformi enfermedad celiaca eínas TRI Síndrome de Sjogren geno tipo I. Esclerosis sistémica ( Escleroderma ) geno tipo I Fibrosis pulmonar idiop eno tipo II RA

Claims (1)

1. NOVEDAD DE LA INVENCIÓN Habiendo descrito la presente invención, se novedad, y por lo tanto se reclama como pro enido en las siguientes: REIVINDICACIONES 1. Un método de selección para susceptibi rrollo de tolerancia inmunitaria, caracterizad rende cribar al menos un SNP. 2. Un método de conformidad con la reivindi cterizado porque el método de selección comprend 3. El método de conformidad con la reivindi cterizado porque el método de selección compren na matriz de ADN . 4. El método de conformidad con la reivindi cterizado porque el método de selección formación de hebra sencilla. 6. El método de conformidad con la reivindi acterizado porque el método comprende correlac sencia o ausencia de al menos un SNP con capaci edero para desarrollar tolerancia inmunita ltado de la administración de uno o más ant edero . 7. El método de conformidad con la reivindi acterizado porque. el hospedero es un humano. 8. El método de conformidad con la reivindi acterizado porque al menos uno o más agentes ter renden al menos un antigeno. 9. El método de conformidad con la reivindi cterizado porque al menos un antigeno es un colá 10. El método de conformidad con la reivindi acterizado porque el colágeno se selecciona de b. aislar el ácido nucleico de la muestra; c. evaluar la muestra para la presencia o ausen os un SNP, en donde la presencia o ausencia de al es indicativa de una¦ susceptibilidad incremen arrollar tolerancia inmunitaria . 12. El método de conformidad con la reivindic acterizado porque el hospedero es humano. 13. El método de conformidad con la reivindic acterizado porque la muestra se selecciona del rende: sangre entera, plasma de sangre, orina, en, saliva, mucosa bucal, fluidos intersticial fático, fluido meníngeo, fluido amniótico, dular, flema, heces, transpiración, mucosa, inal, fluido cerebroespinal, cabello, piel, al, exudado de herida, homogeneizado de herida, herida. grupo que consisten de: I, ?G, III, IV, V, VI, V X, XI, "XII, XIII, XIV, XV, XVI, XVII, XVIII, , XXII, XXIII, XXIV, XXV, XXVI, XXVII y XXVIII. 17. El método de conformidad con la reivindic cterizado porque la tolerancia inmunitaria des ara una enfermedad esclerótica. 18. El método de conformidad con la reivindic cterizado porque la enfermedad esclerótica es e émica . 19. El método de conformidad con la reivindic cterizado porque el método comprende además al rama de computadora para uso ' con al menos un s utadora, en donde el programa de computadora in alidad de instrucciones que comprenden: a. al menos una instrucción para ayudar tificación de la presencia o ausencia de al meno cterizado porque el programa de computadora gene reporte que comprende los resultados de la plur rucciones . 21. El método de conformidad con la reivindic cterizado porque el reporte se transmite sobre u 22. El método de conformidad con la reivindic cterizado porque el reporte se transmite a tra al en linea. 23. El método de conformidad con la. reivindic cterizado porque el reporte se transmite por eo electrónico. 24. El método de conformidad con la reivindic cterizado porque el reporte se transmite en ra. 25. El método de conformidad con la reivindic cterizado porque el reporte se almacena en una babilidad de que el hospedero responderá positi ativámente a la administración de al menos u apéutico, y d. administrar o no administrar un agente terap pedero con base en los resultados del emético. 27. Un método para conducir una" prueba clini 1 uno o más antigenos se evalúan, el método cara que comprende: a. formar el genotipo de uno o más SNP con r o más enfermedades o trastornos; b. analizar los resultados de la formación de g c. determinar un curso de acción con base ultados de la formación de genotipo, en donde el ión comprende . i. incluir al individuo en la prueba cl sgo alterado para desarrollar una e oinmunitaria, caracterizado porque comprende dé imorfismo de nucleótido' sencillo (SNP) en la SEQ los ácidos nucleicos de los individuos, en sencia del SNP se correlaciona con un riesgo alte ermedad autoinmunitaria . ¦ s