MD3464305T2

MD3464305T2 - Procedee de preparare de oligomeri

Info

Publication number: MD3464305T2
Application number: MDE20190423T
Authority: MD
Inventors: Bao Cai; Mitchell Martini; Ross Shimabuku; Katie Thomas; Diane Elizabeth Frank; Richard K Bestwick
Original assignee: Sarepta Therapeutics Inc
Priority date: 2016-05-24
Filing date: 2017-05-24
Publication date: 2025-01-31
Also published as: MX2018014472A; AU2017269355B2; ES2993738T3; EP3464305B1; JP2021176967A; EP3464305A1; CA3025339A1; SG10202101830WA; JP7008642B2; CO2018013838A2; US20210198296A1; MA45154B1; MX2021008539A; MA45154A; TWI738784B; WO2017205496A1; MA49775A; IL263149B2; KR102506298B1; CN109563114A

Abstract

REZUMATPrezenta dezvăluire se referă la o formă cristalină 1 a 7-clor-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio) -2-oxo-1,2- dihidropiridin-3-il)metil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă, care este utilă ca modulatori ai activităţii enzimelor modificatoare de metil histonă. Prezenta dezvăluire furnizează, de asemenea, compoziţii acceptabile farmaceutic cuprinzând forma cristalină şi metode de utilizare a respectivelor compoziţii în tratamentul diferitelor tulburări.

Description

CERERI ÎNRUDITE

Această cerere revendică beneficiul cererii provizorii de brevet US nr. 62/508.256, depusă în 18 mai, 2017; cererea provizorie de brevet US nr. 62/341.049 depusă în 24 mai, 2016; cererea provizorie de brevet US nr. 62/356.923, depusă în 30 iunie, 2016; cererea provizorie de brevet US nr. 62/357.072, depusă în 30 iunie, 2016; cererea provizorie de brevet US nr. 62/357.153, depusă în 30 iunie, 2016; şi cererea provizorie de brevet US nr. 62/357.166, depusă în 30 iunie, 2016.

FONDUL INVENŢIEI

Tehnologia antisens oferă un mijloc pentru modularea expresiei unuia sau mai multor produse genetice specifice, inclusiv produse alternative de îmbinare, şi este utilă în mod unic într-un număr de aplicaţii terapeutice, de diagnostic şi de cercetare. Principiul din spatele tehnologiei antisens este că un compus antisens, de ex., o oligonucleotidă, care hibridizează la un acid nucleic ţintă, modulează activităţile de expresie a genelor, cum ar fi transcripţia, splicarea sau translaţia prin oricare dintre mecanismele antisens. Specificitatea secvenţei compuşilor antisens îi face atractivi ca instrumente pentru validarea ţintei şi funcţionalizarea genei, precum şi ca agenţi terapeutici pentru a modula selectiv expresia genelor implicate în boală.

Distrofia musculară Duchenne (DMD) este cauzată de un defect în exprimarea proteinei distrofină. Gena care codifică proteina conţine 79 de exoni răspândiţi pe peste 2 milioane de nucleotide de ADN. Orice mutaţie exonică care schimbă cadrul de citire al exonului sau introduce un codon de stopare sau este caracterizată prin îndepărtarea unui întreg exon sau exoni în afara cadrului, sau dublări ale unuia sau mai multor exoni, are potenţialul de a perturba producţia de distrofină funcţională, rezultând DMD.

Studiile clinice recente care testează siguranţa şi eficacitatea oligonucleotidelor de comutare (SSO) pentru tratamentul DMD se bazează pe tehnologia SSO pentru a induce splicarea alternativă a pre-ARNm prin blocarea sterică a spliceozomului (Cirak et al., 2011; Goemans et al., 2011; Kinali et al., 2009; van Deutekom et al., 2007). Cu toate acestea, în ciuda acestor succese, opţiunile farmacologice disponibile pentru tratarea DMD sunt limitate.

Eteplirsen este un morfolino oligomer de fosforodiamidat (PMO) conceput pentru a omite exonul 51 al genei distrofinei umane la pacienţii cu DMD care pot fi modificaţi la exonul 51 pentru a restabili cadrul de citire şi a produce o formă funcţională mai scurtă a proteinei distrofină. Sarepta Therapeutics, Inc., a depus o cerere de medicamente noi (NDA) la Administraţia pentru Alimente şi Medicamente din Statele Unite (FDA) pentru a solicita aprobarea pentru tratamentul DMD la pacienţii la care pot fi modificări la omiterea exonului 51. NDA Sarepta este în prezent în curs de revizuire de către FDA.

WO2013/082551 A1 descrie utilizarea unui compus antisens pentru inducerea incluziunii exonilor ca tratament pentru atrofia musculară spinală (SMA). Mai particular, se referă la inducerea includerii exonului 7 pentru a restabili nivelurile proteinei neuronului motor de supravieţuire (SMN) codificată de gena neuronului motor de supravieţuire (SMN). Acest document prezintă în continuare procedeele pentru producerea de oligonucleotide morfolino antisens.

WO 2014/153240 A2 descrie molecule antisens capabile să se lege la un situs ţintă selectat din gena distrofinei umane pentru a induce omiterea exonului 53. Acest document prezintă în continuare procedeele pentru producerea de oligonucleotide morfolino antisens.

WO 2011/150408 A2 dezvăluie oligonucleotide antisens utile pentru tratamentul bolilor în care inhibarea exprimării proteinei sau corectarea produselor de îmbinare a ARNm aberante produce efecte terapeutice benefice. Acest document prezintă în continuare procedeele pentru producerea de oligonucleotide morfolino antisens.

Deşi s-au făcut progrese semnificative în domeniul tehnologiei antisens, în domeniu rămâne nevoie de metode de preparare a oligomerilor morfolino fosforodiamidat cu performanţă antisens sau antigenă îmbunătăţită.

REZUMAT

Aici sunt furnizate procedee pentru prepararea de oligomeri morfolino fosforodiamidaţi (PMO). Procedeele de sinteză descrise aici permit o sinteză extinsă de PMO, menţinând în acelaşi timp randamentul general şi puritatea unui PMO sintetizat.

Prezenta invenţie furnizează un procedeu pentru prepararea unui compus oligomeric cu Formula (A):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care R2 şi n sunt aşa cum sunt definite aici.

În anumite variante de realizare, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus oligomeric cu Formula (E):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia.

Într-un alt exemplu de realizare, compusul oligomeric din dezvăluire care include, de exemplu, unele exemple de realizare ale unui compus oligomeric cu Formula (E), este un compus oligomeric cu Formula (XII):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia.

Pentru claritate, formulele structurale care includ, de exemplu, compusul oligomeric cu Formula (E) şi Eteplirsen descrise prin Formula (XII), sunt o formulă structurală continuă de la 5' până la 3' şi, pentru comoditatea descrierii întregii formule într-o formă compactă în formulele structurale de mai sus, Solicitanţii au inclus diverse pauze ilustrative etichetate „BREAK A», „BREAK B», „BREAK C» şi „BREAK D». Aşa cum ar fi înţeles de către specialistul în domeniu, de exemplu, fiecare indicaţie a „BREAK A» arată o continuare a ilustrării formulei structurale în aceste puncte. Specialistul în domeniu înţelege că acelaşi lucru este valabil pentru fiecare exemplu de „BREAK B», „BREAK C» şi „BREAK D» în formulele structurale de mai sus, inclusiv Eteplirsen. Niciuna dintre rupturile ilustraţiei, totuşi, nu este destinată să indice şi nici un specialist în domeniu nu le-ar înţelege ca să însemne, o întrerupere reală a formulelor structurale de mai sus, inclusiv Eteplirsen.

SCURTĂ DESCRIERE A FIGURILOR

Figura 1 prezintă o cromatogramă de cromatografie lichidă analitică de înaltă performanţă (HPLC) reprezentativă a unei substanţe medicamentoase brute Eteplirsen (AVI-4658) sintetizată şi deprotejată (vezi Exemplul 4).

Figura 2 prezintă o cromatogramă HPLC analitică reprezentativă a unei soluţii purificate de substanţă medicamentoasă Eteplirsen (vezi Exemplul 5).

Figura 3 prezintă o cromatogramă HPLC analitică reprezentativă a unei substanţe medicamentoase Eteplirsen desarate şi liofilizate (vezi Exemplul 5).

DESCRIERE DETALIATĂ

Aici sunt furnizate procedee pentru prepararea unui oligomer morfolino. Oligomerul morfolino descris aici prezintă o afinitate mai puternică pentru ADN şi ARN fără a compromite selectivitatea secvenţei, în raport cu oligonucleotidele native sau nemodificate. În unele variante de realizare, oligomerul morfolino din dezvăluire minimizează sau previne scindarea de către RNaza H. În unele realizări, oligomerul morfolino din dezvăluire nu activează RNaza H.

Procedeele descrise aici sunt avantajoase într-un procedeu la scară industrială şi pot fi aplicate la prepararea cantităţilor de oligomer morfolino cu randament şi la scară mare (de ex., aproximativ 1 kg, aproximativ 1-10 kg, aproximativ 2-10 kg, aproximativ 5-20 kg, aproximativ 10-20 kg sau aproximativ 10-50 kg).

Definiţii

Mai jos sunt enumerate definiţiile diferiţilor termeni folosiţi pentru a descrie această dezvăluire. Aceste definiţii se aplică termenilor aşa cum sunt utilizaţi în această specificaţie şi revendicări, cu excepţia cazului în care sunt limitate altfel în cazuri specifice, fie individual, fie ca parte a unui grup mai mare.

„Bază protejată» sau „protecţie de bază» se referă la protecţia grupărilor de împerechere de baze, de ex., baze purinice sau pirimidinice, pe subunităţile morfolino cu grupări de protecţie adecvate pentru a preveni reacţia sau interferenţa grupărilor de împerechere de baze în timpul sintezei oligomerului în etape. Un exemplu de subunitate morfolino cu bază protejată este compusul (C) subunităţii C activate având o grupare de protecţie CBZ pe gruparea amino citozină descrisă mai jos.

O „grupare fosforamidat activată» este în mod tipic o grupare clorofosforamidat, având substituţie la azot care este dorită în eventuala legătură fosforodiamidat în oligomer. Un exemplu este (dimetilamino)clorofosforamidat, adică -OP(=O)(NMe2)Cl.

Termenul „legat la suport» se referă la o entitate chimică care este legată covalent la un mediu suport.

Termenul "mediu suport" se referă la orice material incluzând, de exemplu, orice particulă, granulă sau suprafaţă, pe care un oligomer poate fi ataşat sau sintetizat sau poate fi modificat pentru ataşarea sau sinteza unui oligomer. Substraturile reprezentative includ, dar nu se limitează la, suporturi anorganice şi suporturi organice, cum ar fi sticla şi sticla modificată sau funcţionalizată, materiale plastice (inclusiv acrilice, polistiren şi copolimeri de stiren şi alte materiale, polipropilenă, polietilenă, polibutilenă, poliuretan, TEFLON etc.), polizaharide, nailon sau nitroceluloză, ceramică, răşini, silice sau materiale pe bază de silice, inclusiv siliciu şi siliciu modificat, carbon, metale, sticlă anorganică, materiale plastice, fascicule de fibre optice şi o varietate de alţi polimeri. Suprafeţele suport deosebit de utile şi solide pentru unele exemple de realizare sunt amplasate în interiorul unui aparat cu celule de flux. În unele realizări ale procedeelor descrise aici, mediul suport cuprinde polistiren cu divinilbenzen 1% reticulat.

În unele variante de realizare, mediul suport reprezentativ cuprinde cel puţin un situs reactiv pentru ataşarea sau sinteza unui oligomer. De exemplu, în unele variante de realizare, un mediu suport al dezvăluirii cuprinde una sau mai multe grupări amino sau hidroxil terminale capabile să formeze o legătură chimică cu o subunitate de intrare sau altă grupare activată pentru ataşarea sau sintetizarea unui oligomer.

Unele medii de suport reprezentative care sunt adaptabile la procesele descrise aici includ, dar nu sunt limitate la, următoarele: sticla cu pori controlaţi (CPG); sticla cu pori controlaţi de oxalil (vezi, de ex., Alul şi colab., Nucleic Acids Research 1991, 19, 1527); particule care conţin silice, cum ar fi mărgele poroase de sticlă şi silicagel, cum ar fi cele formate prin reacţia triclor-[3-(4-clormetil)fenil]propilsilanului şi sticlă poroasă (vezi Parr şi Grohmann, Angew. Chem. Internatl. Ed. 1972, 11, 314, vândut sub marca comercială „PORASIL E» de către Waters Associates, Framingham, Mass., SUA); un monoester al 1,4-dihidroximetilbenzenului şi silicei (vezi Baier şi Jung, Tetrahedron Lett. 1970, 51, 4503, vândut sub marca comercială „BIOPAK» de către Waters Associates); TENTAGEL (vezi, de ex., Wright et al., Tetrahedron Lett. 1993, 34, 3373); matrice cu perle de copolimer stiren/divinilbenzen reticulat sau POROS, un copolimer de polistiren/divinilbenzen (disponibil de la PerSeptive Biosistems); mediu suport solubil, cum ar fi PEG-uri de polietilenglicol (vezi Bonora et al., Organic Process Research & Development 2000, 4, 225-231); suport PEPS, care este o peliculă de polietilenă (PE) cu grefe de polistiren cu lanţ lung (PS). (vezi Berg et al., J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8024 şi cererea internaţională de brevet WO 1990/02749); copolimeri de dimetilacrilamidă reticulată cu N,N'-bisacriloiletilendiamină, inclusiv o cantitate cunoscută de N-terţbutoxicarbonil-beta-alanil-N'-acriloilhexametilendiamină (vezi Atherton et al., J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 6584, Atherton et al., Bioorg. Chem. 1979, 8, 351, şi Atherton et al., J. Chem. Soc. Perkin 11981, 538); particule de sticlă acoperite cu un polimer de stiren reticulat hidrofob (vezi Scott et al., J. Chrom. Sci. 1971, 9, 577); polimer de etilenă fluorurat pe care a fost grefat polistiren (vezi Kent and Merrifield, Israel J. Chem. 1978, 17, 243 şi van Rietschoten in Peptides 1974, i. Wolman, Ed., Wilei and Sons, New iork, 1975, pp. 113-116); membrane de polipropilenă acoperite de hidroxipropilacrilat (Daniels et al., Tetrahedron Lett. 1989, 4345); tije de polietilenă grefată cu acid acrilic (Geisen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1984, 81, 3998); un "sac de ceai" conţinând perle de polimer utilizate tradiţional (Houghten, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 5131); şi combinaţii ale acestora.

Termenul "aparat cu celulă în curgere" se referă la o cameră care cuprinde o suprafaţă (de ex., suprafaţă solidă) prin care pot fi trecute unul sau mai mulţi reactivi fluizi (de ex., lichid sau gaz).

Termenul "agent de deblocare" se referă la o compoziţie (de exemplu, o soluţie) care cuprinde un acid chimic sau o combinaţie de acizi chimici pentru îndepărtarea grupărilor protectoare. Exemple de acizi chimici utilizaţi în agenţii de deblocare includ acizi halogenaţi, de ex., acid cloracetic, acid dicloracetic, acid tricloroacetic, acid fluoroacetic, acid difluoracetic şi acid trifluoracetic. În unele variante de realizare, un agent de deblocare îndepărtează una sau mai multe grupări tritil, de exemplu, un oligomer, un oligomer legat de suport, o subunitate legată de suport sau alt fragment protejat de azot sau oxigen.

Termenii "halogen" şi "halo" se referă la un atom selectat din grupul constând din fluor, clor, brom şi iod.

Termenul "agent de acoperire" se referă la o compoziţie (de ex., o soluţie) care cuprinde o anhidridă acidă (de ex., anhidridă benzoică, anhidridă acetică, anhidridă fenoxiacetică şi altele asemenea) utilă pentru blocarea uneia citite reactive de, de exemplu, un suport - mediu care formează o legătură chimică cu o subunitate de intrare sau alt grup activat.

Termenul "agent de scindare" se referă la o compoziţie (de ex., o soluţie lichidă sau un amestec gazos) care cuprinde o bază chimică (de ex., amoniac sau 1,8-diazabicicloundec-7-enă) sau o combinaţie de baze chimice utile pentru scindare, de exemplu, un oligomer legat de suport dintr-un mediu suport.

Termenul „agent de deprotecţie" se referă la o compoziţie (de ex., o soluţie lichidă sau un amestec gazos) care cuprinde o bază chimică (de ex., amoniac, 1,8-diazabicicloundec-7-enă sau carbonat de potasiu) sau o combinaţie de baze chimice utile pentru eliminarea grupărilor protectoare. De exemplu, un agent de deprotejare, în unele exemple de realizare, poate îndepărta protecţia de bază de la, de exemplu, o subunitate morfolino, subunităţi morfolino ale unui oligomer morfolino sau versiuni ale acestora legate de suport.

Termenul „solvent" se referă la o componentă a unei soluţii sau a unui amestec în care este solubil un dizolvat. Solvenţii pot fi anorganici sau organici (de ex., acid acetic, acetonă, acetonitril, acetil acetonă, 2-aminoetanol, anilină, anisol, benzen, benzonitril, alcool benzilic, 1-butanol, 2-butanol, i-butanol, 2-butanonă, alcool t-butilic, disulfură de carbon, tetraclorură de carbon, clorbenzen, cloroform, ciclohexan, ciclohexanol, ciclohexanonă, di-n-butilftalat, 1,1-dicloretan, 1,2-dicloretan, dietilamină, dietilen glicol, diglimă, dimetoximetan (glimă), N,N-dimetilanilină, dimetilformamidă, dimetilftalat, dimetilsulfoxid, dioxan, etanol, eter, acetat de etil, acetoacetat de etil, benzoat de etil, etilen glicol, glicerină, heptan, 1-heptanol, hexan, acetat de etil, metil-1-hexan metil t-butil eter, clorură de metilen, 1-octanol, pentan, 1-pentanol, 2-pentanol, 3-pentanol, 2-pentanonă, 3-pentanonă, 1-propanol, 2-propanol, piridină, tetrahidrofuran, toluen, apă, p-xilen).

Expresiile „oligomer morfolino" şi „oligomer morfolino fosforodiamidat" sau „PMO" se referă la un oligomer având subunităţi morfolino legate între ele prin legături fosforodiamidat, unind azotul morfolino al unei subunităţi la carbonul 5'-exociclic al unei subunităţi adiacente. Fiecare subunitate morfolino cuprinde o porţiune de împerechere nucleobază eficientă pentru a se lega, prin legături de hidrogen specifice nucleobazei, la o nucleobază dintr-o ţintă.

Termenul „coadă EG3" se referă la fragmente de trietilenglicol conjugate la oligomer, de ex., la capătul său 3' sau 5'. De exemplu, în unele exemple de realizare, „coada EG3» conjugată la capătul 3' al unui oligomer poate avea structura:

În anumite exemple de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele descrise poate avea o lungime de la 10 până la 40 de nucleotide, 10 până la 30 de nucleotide, 10 până la 25 de nucleotide, 10 până la 24 de nucleotide, 10 până la 23 de nucleotide, 10 până la 22 de nucleotide, 10 până la 21 de nucleotide, 10 până la 20 de nucleotide, 15 până la 30 de nucleotide, 15 până la 25 de nucleotide, 15 până la 24 de nucleotide, 15 până la 23 de nucleotide, 15 până la 22 de nucleotide, 15 până la 21 de nucleotide, 15 până la 20 de nucleotide, 20 până la 30 de nucleotide, 20 până la 25 de nucleotide, 20 până la 24 de nucleotide, 20 până la 23 de nucleotide sau 20 până la 22 de nucleotide în lungime, inclusiv toate numerele întregi cuprinse între aceste intervale. De preferinţă, un compus oligomeric preparat prin metodele descrise este de 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, sau 40 nucleotide în lungime. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 20 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 21 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 22 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 23 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 24 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 25 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 26 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 27 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 28 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 29 de nucleotide. În unele variante de realizare, un compus oligomeric preparat prin metodele din dezvăluire are o lungime de 30 de nucleotide.

În consecinţă, în unele variante de realizare ale compuşilor oligomerici preparaţi prin metodele dezvăluirii, incluzând, de exemplu, realizări ale compuşilor oligomerici cu Formula (A), n este un număr întreg cuprins între 10 până la 40, 10 până la 30, 10 până la 25, 10 până la 24, 10 până la 23, 10 până la 22, 10 până la 21, 10 până la 20, 15 până la 30, 15 până la 25, 15 până la 24, 15 până la 23, 15 până la 22, 15 până la 21, 15 până la 20, 20 până la 30, 20 până la 25, 20 până la 24, 20 până la 23, sau 20 până la 22. În anumite variante de realizare, n este 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, sau 40. În unele variante de realizare, n este 10. În unele variante de realizare, n este 11. În unele variante de realizare, n este 12. În unele variante de realizare, n este 15. În unele variante de realizare, n este 18. În unele variante de realizare, n este 20. În unele variante de realizare, n este 21. În unele variante de realizare, n este 22. În unele variante de realizare, n este 23. În unele variante de realizare, n este 24. În unele variante de realizare, n este 25. În unele variante de realizare, n este 26. În unele variante de realizare, n este 27. În unele variante de realizare, n este 28. În unele variante de realizare, n este 29. În unele variante de realizare, n este 30.

Termenii „aproximat» sau „aproximativ» sunt în general înţeleşi de către persoanele cu cunoştinţe în domeniul relevant, dar în anumite circumstanţe pot însemna în ± 10%, sau în ± 5%, dintr-o anumită valoare sau interval.

Procedee de preparare a oligomerilor morfolino

Sinteza este în general preparată, aşa cum este descris aici, pe un mediu suport. În general, un prim sinton (de ex., un monomer, cum ar fi o subunitate morfolino) este mai întâi ataşat la un mediu suport, şi oligomerul este apoi sintetizat prin cuplarea secvenţială a subunităţilor la sintonul legat de suport. Această alungire iterativă are ca rezultat în cele din urmă un compus oligomeric final. Mediile suport adecvate pot fi solubile sau insolubile sau pot avea solubilitate variabilă în diferiţi solvenţi pentru a permite polimerului în creştere legat de suport să fie fie în soluţie, fie în afara acesteia, după cum se doreşte. Mediile suport tradiţionale sunt în cea mai mare parte insolubile şi sunt plasate în mod obişnuit în vase de reacţie, în timp ce reactivii şi solvenţii reacţionează cu şi/sau spală lanţul de creştere până când oligomerul atinge lungimea ţintă, după care oligomerul este scindat din suport şi, dacă este necesar, prelucrat în continuare pentru a produce compusul polimeric final. Abordări mai recente au introdus suporturi solubile, inclusiv suporturi polimerice solubile, pentru a permite precipitarea şi dizolvarea produsului sintetizat iterativ în punctele dorite ale sintezei (Gravert şi colab., Chem. Rev. 1997, 97,489-510).

Aici sunt furnizate procedee pentru prepararea oligomerilor morfolino.

Astfel, într-un aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus cu Formula (II):

în care R1 este un suport-mediu;

în care procedeul cuprinde punerea în contact a unui compus cu Formula (A1):

în care R1 este un mediu suport şi R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil;

cu un agent de deblocare pentru a forma compusul cu Formula (II).

Într-un alt aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus cu Formula (A3):

în care procedeul cuprinde contactarea unui compus cu Formula (II):

în care R1 este un suport-mediu;

cu un compus cu formula (A2):

în care R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil;

pentru a forma compusul cu Formula (A3).

Într-un alt aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus cu Formula (IV):

în care R1 este un suport-mediu;

în care procedeul cuprinde punerea în contact a unui compus cu Formula (A3):

cu un agent de deblocare pentru a forma compusul cu Formula (VI).

Încă într-un alt aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus cu Formula (A5):

în care R1 este un mediu suport şi R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi

R4 este selectat din grupul constând din:

în care procedeul cuprinde contactarea unui compus cu Formula (IV):

în care R1 este un suport-mediu;

cu un compus cu formula (A4):

în care R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi R4 este selectat din grupul constând din:

pentru a forma un compus cu Formula (A5).

Într-un alt aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus cu Formula (A9):

în care n este un număr întreg de la 10 până la 40, R1 este un mediu suport, R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil şi R4 este, independent pentru fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi în care procedeul cuprinde etapele secvenţiale de:

(a) punerea în contact a unui compus cu Formula (IV):

în care R1 este un suport-mediu;

cu un compus cu Formula (A4):

pentru a forma un compus cu Formula (A5):

R4 este selectat din grupul constând din:

şi

(b) efectuarea de n-1 iteraţii ale etapelor secvenţiale ale:

(b 1) punerea în contact a produsului format prin etapa imediat anterioară cu un agent de deblocare; şi

(b2) punerea în contact a compusului format prin etapa imediat anterioară cu un compus cu Formula (A8):

pentru a forma un compus cu Formula (A9).

Încă într-un alt aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus cu Formula (A10):

în care n este un număr întreg de la 10 până la 40, R1 este un mediu suport, şi R4 este independent pentru fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

în care procedeul cuprinde punerea în contact a unui compus cu Formula (A9):

cu un agent de deblocare pentru a forma compusul cu Formula (A10).

Într-un alt aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus cu Formula (A11):

în care n este un număr întreg de la 10 până la 40, R4 este independent pentru fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care procedeul cuprinde punerea în contact a unui compus cu Formula (A10):

cu un agent de scindare pentru a forma compusul cu Formula (A11).

Prezenta invenţie se referă la un procedeu pentru prepararea unui compus oligomeric cu Formula (A):

în care n este un număr întreg de la 10 până la 40, şi fiecare R2 este independent pentru fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

în care procedeul cuprinde punerea în contact a unui compus cu Formula (A11):

în care n este un număr întreg de la 10 până la 40, şi R4 este independent pentru fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

cu un agent de deprotejare pentru a forma compusul cu Formula (A).

Într-un alt aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus oligomeric cu Formula (A):

în care procedeul cuprinde etapele secvenţiale de:

(a) punerea în contact a unui compus cu Formula (A1):

cu un agent de deblocare pentru a forma compusul cu Formula (II):

în care R1 este un suport-mediu;

(b) punerea în contact a compusului cu Formula (II) cu un compus cu formula (A2):

pentru a forma un compus cu Formula (A3):

(c) punerea în contact a compusului cu Formula (A3) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (IV):

în care R1 este un suport-mediu;

(b) punerea în contact a compusului cu Formula (IV) cu un compus cu formula (A4):

pentru a forma un compus cu Formula (A5):

R4 este selectat din grupul constând din:

(b) efectuarea de n-1 iteraţii ale etapelor secvenţiale ale:

(e1) punerea în contact a produsului format prin etapa imediat anterioară cu un agent de deblocare; şi

(e2) punerea în contact a compusului format prin etapa imediat anterioară cu un compus cu Formula (A8):

în care R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi R4 este independent pentru fiecare compus cu Formula (A8), selectat din grupul constând din:

pentru a forma un compus cu Formula (A9):

(f) punerea în contact a compusului cu Formula (A9) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (A10):

(g) punerea în contact a compusului cu Formula (A10) cu un agent de clivare pentru a forma un compus cu Formula (A11):

şi

(h) punerea în contact a compusului cu Formula (A11) cu un agent de deprotejare pentru a forma un compus oligomeric cu Formula (A).

Într-o variantă de realizare, etapa (d) sau etapa (e2) mai cuprinde punerea în contact a compusului cu Formula (IV) sau a compusului format prin etapa imediat anterioară, respectiv, cu un agent de acoperire.

Într-o altă variantă de realizare, fiecare etapă este realizată în prezenţa a cel puţin unui solvent.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de deblocare utilizat în fiecare etapă este o soluţie care cuprinde un acid halogenat.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de deblocare utilizat în fiecare etapă este acidul cianoacetic.

Într-o altă variantă de realizare, acidul halogenat este selectat din grupul constând din acid cloracetic, acid dicloracetic, acid tricloroacetic, acid fluoracetic, acid difluoracetic şi acid trifluoracetic.

Într-o altă variantă de realizare, acidul halogenat este acidul trifluoracetic.

Într-o altă variantă de realizare, cel puţin una dintre etapele (a), (c), (e1) şi (f) mai cuprinde etapa de punere în contact a compusului deblocat din fiecare etapă cu un agent de neutralizare.

Într-o altă variantă de realizare, fiecare dintre etapele (a), (c), (e1) şi (f) mai cuprinde etapa de punere în contact a compusului deblocat din fiecare etapă cu un agent de neutralizare.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de neutralizare este într-o soluţie care cuprinde diclormetan şi alcool izopropilic.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de neutralizare este un monoalchil, dialchil sau trialchilamină.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de neutralizare este N,N-diizopropiletilamină.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de deblocare utilizat în fiecare etapă este o soluţie care cuprinde 4-cianopiridină, diclormetan, acid trifluoracetic, trifluoretanol şi apă.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de acoperire este într-o soluţie care cuprinde etilmorfolină şi metilpirolidinonă.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de acoperire este o anhidridă acidă.

Într-o altă variantă de realizare, anhidrida acidă este anhidrida benzoică.

Într-o altă variantă de realizare, compuşii cu Formula (A4) şi Formula (A8) sunt fiecare, în mod independent, într-o soluţie care cuprinde etilmorfolină şi dimetilimidazolidinonă.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de scindare cuprinde ditiotreitol şi 1,8-diazabiciclo[5.4.0]undec-7-enă.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de scindare este într-o soluţie care cuprinde N-metil-2-pirolidonă.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de deprotejare cuprinde NH3.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de deprotejare este într-o soluţie apoasă.

Într-o altă variantă de realizare, mediul suport cuprinde polistiren cu 1% divinilbenzen reticulat.

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (A4) are Formula (A4a):

în care:

R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi

R4 este selectat dintre:

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (A5) are Formula (A5a):

în care:

R1 este un suport-mediu

R4 este selectat dintre:

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (A8) are Formula (A8a):

în care:

R4 este, independent la fiecare apariţie a compusului cu formula (A8a), selectat din grupul constând din:

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (A9) are Formula (A9a):

în care:

n este un întreg de la 10 până la 40,

R1 este un mediu suport,

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (A10) are Formula (A10a):

în care:

n este un întreg de la 10 până la 40,

R1 este un mediu suport, şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (A11) are Formula (A11a):

în care:

n este un întreg de la 10 până la 40, şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

Într-o variantă de realizare a compusului oligomeric cu Formula (A), n este 30, şi R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Poziţia Nr. 5' până la 3' R2 Poziţia Nr. 5' până la 3' R2 Poziţia Nr. 5' până la 3' R2 1 C 11 A 21 G 2 T 12 A 22 C 3 C 13 G 23 A 4 C 14 G 24 T 5 A 15 A 25 T 6 A 16 A 26 T 7 C 17 G 27 C 8 A 18 A 28 T 9 T 19 T 29 A 10 C 20 G 30 G

în care compusul oligomeric cu Formula (A) este un compus cu Formula (E):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia.

Eteplirsen (vezi, de ex., publicarea cererii internaţionale de brevet nr. WO 2006/000057) a făcut obiectul unor studii clinice pentru a-i testa siguranţa şi eficacitatea, iar dezvoltarea clinică este în curs de desfăşurare. Eteplirsenul este un oligomer morfolino fosforodiamidat (PMO). Distrofina terapeutică "Eteplirsen", cunoscută şi ca "AVI-4658" este un PMO având secvenţa de bază 5'-CTCCAACATCAAGGAAGATGGCATTTCTAG-3' (SECV ID NR:1). Eteplirsen este înregistrat sub număr registru CAS 1173755-55-9. Denumirile chimice includ: RNA, [P-deoxi-P-(dimetilamino)](2',3'-dideoxi-2',3'-imino-2',3'-seco)(2'a→5')(C-m5U-C-C-A-A-C-A-m5U-C-A-A-G-G-A-A-G-A-m5U-G-G-C-A-m5U-m5U-m5U-C-m5U-A-G) (SECV ID NR:2), 5'-[P-[4-[[2-[2-(2-hidroxietoxi)etoxi]etoxi]carbonil]-1-piperazinil]-N,N-dimetilfosfonamidat] şi P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-5'-O-{P-[4-(10-hidroxi-2,5,8- trioxadecanoil)piperazin-1-il]-N,N-dimetilfosfonamidoil}-2',3'-imino-2',3'- secocitidilil-(2'a→5')-P,3'-dideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secotimidilil- (2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secocitidilil-(2'a→5')- P,2(3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secocitidilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secocitidilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,3'-dideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secotimidilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secocitidilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoguanilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoguanilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoguanilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,3'-dideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secotimidilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoguanilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoguanilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secocitidilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-P,3'-dideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secotimidilil-(2'a→5')-P,3'-dideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secotimidilil-(2'a→5')-P,3'-dideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secotimidilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P- (dimetilamino)-2',3'-imino-2',3'-secocitidilil-(2'a→5')-P,3'-dideoxi-P-(dimetilamino)- 2',3'-imino-2',3'-secotimidilil-(2'a→5')-P,2',3'-trideoxi-P-(dimetilamino)-2',3'-imino- 2',3'-secoadenilil-(2'a→5')-2',3'-dideoxi-2',3'-imino-2',3'-secoguanozină.

Eteplirsen are următoarea structură:

C-T-C-C-A-A-C-A-T-C-A-A-G-G-A-A-G-A-T-G-G-C-A-T-T-T-C-T-A-G (SECV ID NR:1)

Eteplirsenul poate fi descris şi prin structura Formulei (XII):

Astfel, într-o variantă de realizare a procedeului descris mai sus, compusul oligomeric cu Formula (A) este un compus cu Formula (E):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia.

Într-o altă variantă de realizare, compusul oligomeric cu Formula (E) este un compus oligomeric cu Formula (XII):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia.

Într-o altă variantă de realizare, R3 este, la fiecare apariţie, tritil.

Într-un alt aspect descris aici, dar care nu face parte din prezenta invenţie, este un procedeu pentru prepararea unui compus oligomeric cu Formula (S):

în care procedeul cuprinde etapele secvenţiale de:

(a) punerea în contact a unui compus cu Formula (II):

în care R1 este un mediu suport;

cu un compus cu Formula (S2):

în care R4 este selectat din grupul constând din:

pentru a forma un compus cu Formula (S3):

în care R1 este un mediu suport, R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil şi R4 este selectat din grupul constând din:

(d) punerea în contact a compusului cu Formula (S3) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (IV-S):

(c) punerea în contact a compusului cu Formula (IV-S) cu un compus cu formula (A4):

pentru a forma un compus cu Formula (S5):

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

(d) efectuarea de n-2 iteraţii ale etapelor secvenţiale de:

(d1) punerea în contact a produsului format prin etapa imediat anterioară cu un agent de deblocare; şi

(d2) punerea în contact a compusului format prin etapa imediat anterioară cu un compus cu Formula (A8):

pentru a forma un compus cu Formula (S9):

(e) punerea în contact a compusului cu Formula (S9) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (S10):

(f) punerea în contact a compusului cu Formula (S10) cu un agent de clivare pentru a forma un compus cu Formula (S11):

şi

(g) punerea în contact a compusului cu Formula (S 11) cu un agent de deprotejare pentru a forma un compus oligomeric cu Formula (S).

Procedee de preparare de Eteplirsen

Aici sunt furnizate procedee pentru prepararea de Eteplirsen.

Într-un alt aspect, aici este furnizat un procedeu pentru prepararea unui compus oligomeric cu Formula (E):

în care procedeul cuprinde etapele secvenţiale de:

(a) punerea în contact a unui compus cu Formula (I):

în care R1 este un mediu suport,

cu un agent de deblocare pentru a forma compusul cu Formula (II):

în care R1 este un mediu suport;

(b) punerea în contact a compusului cu Formula (II) cu un compus (B):

pentru a forma un compus cu Formula (III):

în care R1 este un mediu suport;

(c) punerea în contact a compusului cu Formula (III) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (IV):

în care R1 este un mediu suport;

(d) punerea în contact a compusului cu Formula (IV) cu un compus cu formula (C):

pentru a forma un compus cu Formula (V):

în care R1 este un mediu suport;

(e) punerea în contact a compusului cu Formula (V) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (VI):

în care R1 este un mediu suport;

(f) punerea în contact a compusului cu Formula (VI) cu un compus cu formula (F):

pentru a forma un compus cu Formula (VII):

în care R1 este un mediu suport;

(g) efectuarea de 28 iteraţii ale etapelor secvenţiale de:

(g1) punerea în contact a produsului format prin etapa imediat anterioară cu un agent de deblocare; şi

(g2) punerea în contact a compusului format prin etapa imediat anterioară cu un compus cu Formula (VIII):

în care R2 este, independent la fiecare compus cu Formula (VIII), selectat din grupul constând din:

în care, pentru fiecare iteraţie de la 1 până la 28, R2 este:

Iteraţia Nr. R2 Iteraţia Nr. R2 Iteraţia Nr. R2 1 PC 11 DPG 21 PA 2 PC 12 DPG 22 T 3 PA 13 PA 23 T 4 PA 14 PA 24 T 5 PC 15 DPG 25 PC 6 PA 16 PA 26 T 7 T 17 T 27 PA 8 PC 18 DPG 28 DPG 9 PA 19 DPG 10 PA 20 PC

pentru a forma un compus cu Formula (IX):

în care R1 este un mediu suport,

în care R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Poziţia Nr. 5' până la 3' R2 Poziţia Nr. 5' până la 3' R2 Poziţia Nr. 5' până la 3' R2 1 PC 11 PA 21 DPG 2 T 12 PA 22 PC 3 PC 13 DPG 23 PA 4 PC 14 DPG 24 T 5 PA 15 PA 25 T 6 PA 16 PA 26 T 7 PC 17 DPG 27 PC 8 PA 18 PA 28 T 9 T 19 T 29 PA 10 PC 20 DPG 30 DPG

(h) punerea în contact a compusului cu Formula (IX) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (X):

în care R1 este un mediu suport,

şi în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

(i) punerea în contact a compusului cu Formula (X) cu un agent de clivare pentru a forma un compus cu Formula (XI):

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

şi

(i) punerea în contact a compusului cu Formula (XI) cu un agent de deprotejare pentru a forma un compus oligomeric cu Formula (E).

Într-o variantă de realizare, etapa (d), etapa (f), etapa g(2) sau o combinaţie a acestora cuprinde punerea în contact a compusului cu Formula (IV), Formula (VI), sau a compusului format prin etapa imediat anterioară, respectiv, cu un agent de acoperire.

Într-o variantă de realizare, etapa (d), etapa (f), etapa g(2) mai cuprinde punerea în contact a compusului cu Formula (IV), Formula (VI) sau a compusului format prin etapa imediat anterioară, respectiv, cu un agent de acoperire.

Într-o altă variantă de realizare, cel puţin una dintre etapele (c), (e1), şi (f) mai cuprinde etapa de punere în contact a compusului deblocat din fiecare etapă cu un agent de neutralizare.

Într-o altă variantă de realizare, fiecare dintre etapele (c), (e1) şi (f) mai cuprinde etapa de punere în contact a compusului deblocat din fiecare etapă cu un agent de neutralizare.

Într-o altă variantă de realizare, compuşii cu Formula (VIII), compusul (C) şi compusul (F) sunt fiecare, în mod independent, într-o soluţie care cuprinde etilmorfolină şi dimetilimidazolidinonă.

Într-o altă variantă de realizare, agentul de deprotejare cuprinde NH3.

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (C) are Formula (C1):

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (V) are Formula (Va):

în care R1 este un mediu suport.

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (F) are Formula (F1):

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (VII) are Formula (VIIa):

în care R1 este un mediu suport.

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (VIII) are Formula (VIIIa):

în care R2 este, independent la fiecare compus cu Formula (VIIIa), selectat din grupul constând din:

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (IX) are Formula (IXa):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care

R1 este un mediu suport, şi

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (X) are Formula (Xa):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care

R1 este un mediu suport, şi

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (XI) are Formula (XIa):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (VI) are Formula (VIa):

în care R1 este un mediu suport.

Într-un alt aspect, aici este furnizat un compus cu Formula (IX):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

R1 este un mediu suport, şi

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care

R1 este un mediu suport, şi

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Într-un alt aspect, aici este furnizat un compus cu Formula (A9):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

n este un întreg de la 10 până la 40;

R1 este un mediu suport;

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

n este un întreg de la 10 până la 40;

R1 este un mediu suport;

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

Într-un alt aspect, aici este furnizat un compus cu Formula (X):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care

R1 este un mediu suport, şi

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Într-o altă variantă de realizare, compusul cu Formula (X) are Formula (Xa):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care

R1 este un mediu suport, şi

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Într-un alt aspect, aici este furnizat un compus cu Formula (A10):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

n este un întreg de la 10 până la 40;

R1 este un mediu suport; şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

n este un întreg de la 10 până la 40;

R1 este un mediu suport; şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

Într-o altă variantă de realizare a acestor compuşi, mediul suport cuprinde polistiren cu 1% divinilbenzen reticulat.

Într-un alt aspect, aici este furnizat un compus cu Formula (XI):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

în care R2 este la fiecare poziţie de la 1 până la 30 şi 5' până la 3':

Într-un alt aspect, aici este furnizat un compus cu Formula (A11):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

n este un întreg de la 10 până la 40;

R1 este un mediu suport; şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:

n este un întreg de la 10 până la 40;

R1 este un mediu suport; şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

Oligomeri morfolino

Proprietăţile importante ale subunităţilor pe bază de morfolino includ: 1) capacitatea de a fi legate într-o formă oligomerică prin legături de structură stabile, neîncărcate sau încărcate pozitiv; 2) capacitatea de a susţine o bază nucleotidică (de ex., adenină, citozină, guanină, timidină, uracil, 5-metil-citozină şi hipoxantină) astfel încât polimerul format să poată hibridiza cu un acid nucleic ţintă cu bază complementară, incluzând ARN ţintă; 3) capacitatea oligomerului de a fi transportat activ sau pasiv în celulele de mamifere; şi 4) capacitatea oligomerului şi a heteroduplexului oligomer:ARN de a rezista degradării RNazei şi, respectiv, RNazei H.

În unele realizări, oligomerii antisens conţin modificări de bază sau substituţii. De exemplu, anumite nucleo-baze pot fi selectate pentru a creşte afinitatea de legare a oligomerilor antisens descrişi aici. S-a demonstrat că substituţiile 5-metilcitozinei cresc stabilitatea duplexului acidului nucleic cu 0,6-1,2°C şi pot fi încorporate în oligomerii antisens descrişi aici. Într-o variantă de realizare, cel puţin o bază pirimidină a oligomerului cuprinde o bază pirimidină 5-substituită, în care baza pirimidină este selectată din grupul constând din citozină, timină şi uracil. Într-o variantă de realizare, baza pirimidină 5-substituită este 5-metilcitozină. Într-o altă variantă de realizare, cel puţin o bază purinică a oligomerului cuprinde hipoxantină.

Oligomerii pe bază de morfolino (inclusiv oligomerii antisens) sunt detaliaţi, de exemplu, în brevetele U.S. Nr. 5.698.685, 5.217.866, 5.142.047, 5.034.506, 5.166.315, 5.185.444, 5.521.063, 5.506.337, 8.299.206, şi 8.076.476; publicaţiile internaţionale de cereri de brevet Nrele. WO/2009/064471 şi WO/2012/043730; şi Summerton şi colab., Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 1997, 7, 187-195.

În unele realizări descrise aici, dar care nu fac parte din prezenta invenţie, este un procedeu pentru prepararea unui compus oligomeric cu Formula (B):

în care n este un întreg de la 10 până la 40,

T este selectat dintre

X este, independent la fiecare apariţie, selectat dintre H, OH, -OCH2CH2CN, N(R17)2,

în care

R17 este, independent la fiecare apariţie, H sau C1-6-alchil;

R18 este selectat din grupul constând din: H, C1-6-alchil, -C(=NH)NH2, -C(O)(CH2)qNR20C(=NH)NH2, şi -C(O)(CH2)2NHC(O)(CH2)5NR20C(=NH)NH2;

q este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R19 este, independent la fiecare apariţie, H sau metil;

R20 este H sau C1-6-alchil;

R21 este selectat din grupul constând din: H, C1-6-alchil, C(=NH)NH2, C(O)(CH2)rNR23C(=NH)NH2, C(O)CH(NH2)(CH2)3NHC(=NH)NH2, C(O)(CH2)2NHC(O)(CH2)5NR23C(=NH)NH2, şi C(O)CH(NH2)(CH2)4NH2;

R22 este H sau C1-6-alchil;

R23 este H sau C1-6-alchil; şi

r este 1, 2, 3, 4, sau 5;

fiecare R2 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

în care procedeul cuprinde etapele secvenţiale de:

(a) punerea în contact a unui compus cu Formula (B 1):

în care

R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2;

R12 este C1-6-alchil;

R13 este H sau C1-6-alchil; şi

R14 este un prim linker legat de un mediu suport,

R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil;

cu un agent de deblocare pentru a forma compusul cu Formula (II-B):

în care

R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2;

R12 este C1-6-alchil;

R13 este H sau C1-6-alchil; şi

R14 este un prim linker legat de un mediu suport;

(b) punerea în contact a compusului cu Formula (II) cu un compus cu formula (III):

în care

w este selectat dintre O sau C;

t este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R8 este selectat dintre:

în care R4 este selectat din grupul constând din:

R3 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul format din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil;

R9 şi R10 sunt, independent, C1-6-alchil, sau R9 şi R10, împreună cu atomii de care sunt ataşaţi, formează un inel ciclic sau policiclic cuprinzând 4-10 atomi de carbon pentru a forma un compus cu Formula (B3):

în care

w este selectat dintre O sau C;

t este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2;

R12 este C1-6-alchil;

R13 este H sau C1-6-alchil;

R14 este un prim linker legat de un mediu suport;

R8 este selectat dintre:

în care R4 este selectat din grupul constând din:

(c) punerea în contact a compusului cu Formula (A3) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (IV-B):

în care

w este selectat dintre O sau C;

t este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2;

R12 este C1-6-alchil;

R13 este H sau C1-6-alchil;

R14 este un prim linker legat de un mediu suport; şi

R8 este selectat dintre:

în care R4 este selectat din grupul constând din:

(b) punerea în contact a compusului cu Formula (IV-B) cu un compus cu Formula (B4):

în care

R17 este, independent la fiecare apariţie, H sau C1-6-alchil;

q este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R19 este, independent la fiecare apariţie, H sau metil;

R20 este H sau C1-6-alchil;

R22 este H sau C1-6-alchil;

R23 este H sau C1-6-alchil; şi

r este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R4 este selectat din grupul constând din:

pentru a forma un compus cu Formula (B5):

în care:

w este selectat dintre O sau C;

t este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2;

R12 este C1-6-alchil;

R13 este H sau C1-6-alchil;

R14 este un prim linker legat de un mediu suport;

în care:

R17 este, independent la fiecare apariţie, H sau C1-6-alchil;

R18 este selectat din grupul constând din H, C1-6-alchil, -C(=NH)NH2,

-C(O)(CH2)qNR20C(=NH)NH2,

şi -C(O)(CH2)2NHC(O)(CH2)5NR20C(=NH)NH2;

q este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R19 este, independent la fiecare apariţie, H sau metil;

R20 este H sau C1-6-alchil;

R22 este H sau C1-6-alchil;

R23 este H sau C1-6-alchil; şi

r este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil,

R8 este selectat dintre:

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat dintre:

(b) efectuarea de n-1 iteraţii ale etapelor secvenţiale ale:

(e2) punerea în contact a compusului format prin etapa imediat anterioară cu un compus cu Formula (B8):

în care:

X este selectat dintre H, OH, -OCH2CH2CN, N(R17)2,

şi

în care

R17 este, independent la fiecare apariţie, H sau C1-6-alchil;

R18 este selectat din grupul constând din H, C1-6-alchil, -C(=NH)NH2,

-C(O)(CH2)qNR20C(=NH)NH2,

şi -C(O)(CH2)2NHC(O)(CH2)5NR20C(=NH)NH2;

q este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R19 este, independent la fiecare apariţie, H sau metil;

R20 este H sau C1-6-alchil;

R22 este H sau C1-6-alchil;

R23 este H sau C1-6-alchil;

r este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R4 este, independent la fiecare compus cu Formula (A8), selectat din grupul constând din:

pentru a forma un compus cu Formula (B9):

în care:

w este selectat dintre O sau C;

t este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2;

R12 este C1-6-alchil;

R13 este H sau C1-6-alchil;

R14 este un prim linker legat de un mediu suport;

n este un întreg de la 10 până la 40,

în care:

R17 este, independent la fiecare apariţie, H sau C1-6-alchil;

R18 este selectat din grupul constând din H, C1-6-alchil, -C(=NH)NH2,

-C(O)(CH2)qNR20C(=NH)NH2,

şi -C(O)(CH2)2NHC(O)(CH2)5NR20C(=NH)NH2;

q este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R19 este, independent la fiecare apariţie, H sau metil;

R20 este H sau C1-6-alchil;

R22 este H sau C1-6-alchil;

R23 este H sau C1-6-alchil; şi

r este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R8 este selectat dintre:

şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

(f) punerea în contact a compusului cu Formula (A9) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (B 10):

în care:

w este selectat dintre O sau C;

t este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2;

R12 este C1-6-alchil;

R13 este H sau C1-6-alchil;

R14 este un prim linker legat de un mediu suport;

n este un întreg de la 10 până la 40,

în care:

R17 este, independent la fiecare apariţie, H sau C1-6-alchil;

R18 este selectat din grupul constând din H, C1-6-alchil, -C(=NH)NH2,

-C(O)(CH2)qNR20C(=NH)NH2,

şi -C(O)(CH2)2NHC(O)(CH2)5NR20C(=NH)NH2;

q este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R19 este, independent la fiecare apariţie, H sau metil;

R20 este H sau C1-6-alchil;

R22 este H sau C1-6-alchil;

R23 este H sau C1-6-alchil; şi

r este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R8 este selectat dintre:

şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

(g) punerea în contact a compusului cu Formula (B10) cu un agent de clivare pentru a forma un compus cu Formula (B11):

în care:

w este selectat dintre O sau C;

t este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2;

n este un întreg de la 10 până la 40,

în care:

R17 este, independent la fiecare apariţie, H sau C1-6-alchil;

R18 este selectat din grupul constând din H, C1-6-alchil, -C(=NH)NH2,

-C(O)(CH2)qNR20C(=NH)NH2,

şi -C(O)(CH2)2NHC(O)(CH2)5NR20C(=NH)NH2;

q este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R19 este, independent la fiecare apariţie, H sau metil;

R20 este H sau C1-6-alchil;

R22 este H sau C1-6-alchil;

R23 este H sau C1-6-alchil; şi

r este 1, 2, 3, 4, sau 5;

R8 este selectat dintre:

şi

R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

şi

(i) punerea în contact a compusului cu Formula (B 11) cu un agent de deprotejare pentru a forma un compus oligomeric cu Formula (B).

Într-o variantă de realizare, etapa (d) sau etapa (e2) mai cuprinde punerea în contact a compusului cu Formula (IV-B) sau a compusului format prin etapa imediat anterioară, respectiv, cu un agent de acoperire.

În unele variante de realizare, agentul de deblocare utilizat în fiecare etapă este o soluţie care cuprinde un acid halogenat. În unele variante de realizare, agentul de deblocare utilizat în fiecare etapă este acidul cianoacetic. În unele variante de realizare, acidul halogenat este selectat din grupul constând din acid cloracetic, acid dicloracetic, acid tricloroacetic, acid fluoracetic, acid difluoracetic şi acid trifluoracetic. În unele variante de realizare, acidul halogenat este acidul trifluoracetic.

În unele variante de realizare, cel puţin una dintre etapele (a), (c), (e1) şi (f) mai cuprinde etapa de punere în contact a compusului deblocat din fiecare etapă cu un agent de neutralizare. În unele variante de realizare, fiecare dintre etapele (a), (c), (e1) şi (f) mai cuprinde etapa de punere în contact a compusului deblocat din fiecare etapă cu un agent de neutralizare. În unele variante de realizare, agentul de neutralizare este într-o soluţie care cuprinde diclormetan şi alcool izopropilic. În unele variante de realizare, agentul de neutralizare este un monoalchil, dialchil sau trialchilamină. În unele variante de realizare, agentul de neutralizare este N,N-diizopropiletilamină.

În unele variante de realizare, agentul de deblocare utilizat în fiecare etapă este o soluţie care cuprinde 4-cianopiridină, diclormetan, acid trifluoracetic, trifluoretanol şi apă.

În unele variante de realizare, agentul de acoperire este într-o soluţie care cuprinde etilmorfolină şi metilpirolidinonă. În unele variante de realizare, agentul de acoperire este o anhidridă acidă. În unele variante de realizare, anhidrida acidă este anhidrida benzoică.

În unele variante de realizare, compuşii cu Formula (B4) şi Formula (B8) sunt fiecare, independent, într-o soluţie care cuprinde etilmorfolină şi dimetilimidazolidinonă.

În unele variante de realizare, agentul de scindare cuprinde ditiotreitol şi 1,8-diazabiciclo[5.4.0]undec-7-enă. În unele variante de realizare, agentul de scindare este într-o soluţie care cuprinde N-metil-2-pirolidonă.

În unele variante de realizare, agentul de deprotejare cuprinde NH3. În unele variante de realizare, agentul de deprotejare este într-o soluţie apoasă.

În unele variante de realizare, mediul suport cuprinde polistiren cu 1% divinilbenzen reticulat.

Compuşii oligomerici din dezvăluire pot avea centri asimetrici, axe chirale şi plane chirale (aşa cum este descris, de exemplu, în: E. L. Eliel şi S. H. Wilen, Stereo-chemistry of Carbon Compounds, John Wiley & Sons, New York, 1994, paginile 1119-1190, şi March, J., Advanced Organic Chemistry, 3. Ed., Chap. 4, John Wiley & Sons, New York (1985)), şi poate apărea ca racemaţi, amestecuri racemice şi ca diastereomeri individuali, cu toţi posibilii izomeri şi amestecuri ale acestora, inclusiv izomeri optici. Compuşii oligomerici din dezvăluire menţionaţi în mod specific aici, fără nici o indicaţie a stereo-chimiei lor, sunt menţionaţi să reprezinte toţi posibilii izomeri şi amestecuri ale acestora.

În mod specific, fără a dori să fie legaţi de vreo teorie particulară, compuşii oligomerici din dezvăluire sunt preparaţi, aşa cum s-a discutat aici, din subunităţi morfolino activate incluzând astfel de exemple nelimitative, cum ar fi un compus cu Formula (VIII):

Fiecare dintre compuşii menţionaţi mai sus cu Formula (VIII) poate fi preparat, de exemplu, din beta-D-ribofuranozilul corespunzător aşa cum este descris mai jos:

Vezi Summerton şi colab., Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 1997, 7, 187-195. Fără a fi legat de vreo teorie particulară, stereochimia celor doi atomi de carbon chirali este reţinută în condiţii sintetice astfel încât un număr de stereoizomeri posibili ai fiecărei subunităţi morfolino pot fi produşi pe baza selecţiei, de exemplu, a unui alfa-L-ribofuranozil, material de pornire alfa-D-ribofuranozil, beta-L-ribofuranozil sau beta-D-ribofuranozil.

De exemplu, în unele variante de realizare, un compus cu Formula (VIII) din dezvăluire poate avea Formula (Villa):

Fără a fi legat de vreo teorie particulară, încorporarea a 10 până la 40 de compuşi cu Formula (VIII), de exemplu, într-un compus oligomeric din dezvăluire poate avea ca rezultat numeroşi stereoizomeri posibili.

Fără a dori să fie legat de vreo teorie particulară, compuşii oligomerici din dezvăluire cuprind una sau mai multe legături intersubunităţi care conţin fosfor, care creează un centru chiral la fiecare fosfor, fiecare dintre care este desemnat fie ca o configuraţie „Sp», sau „Rp». asa cum se întelege in domeniu. Fără a dori să fie legat de vreo teorie anume, această chiralitate creează stereoizomeri, care au o compoziţie chimică identică, dar o aranjare tridimensională diferită a atomilor lor.

Fără a dori să fim legat de vreo teorie particulară, configuraţia fiecărei legături intersubunităţi care conţine fosfor are loc aleatoriu în timpul sintezei, de exemplu, a compuşilor oligomerici din dezvăluire. Fără a dori să fie legat de vreo teorie particulară, procesul de sinteză generează un număr exponenţial mare de stereoizomeri ai unui compus oligomeric din dezvăluire, deoarece compuşii oligomerici din dezvăluire sunt cuprinşi din numeroase legături intersubunităţi care conţin fosfor - cu fiecare legătură intersubunităţi care conţine fosfor având o configuraţie chirală aleatorie. În mod specific, fără a dori să fie legat de vreo teorie particulară, fiecare legătură intersubunităţi a unei subunităţi morfolino suplimentare dublează numărul de stereoizomeri ai produsului, astfel încât un preparat convenţional al unui compus oligomeric din dezvăluire este de fapt un amestec foarte eterogen de 2N stereoizomeri, unde N reprezintă numărul de legături intersubunităţi care conţin fosfor.

Tabelul 1 prezintă diferite variante de realizare ale subunităţilor morfolino furnizate în procedeele descrise aici.

EXEMPLE

Exemplele au fost prezentate mai jos în scopul ilustrării şi pentru a descrie anumite exemple de realizare specifice ale dezvăluirii. Cu toate acestea, scopul revendicărilor nu trebuie să fie limitat în niciun fel de exemplele prezentate aici. Definiţiile variabilelor din structurile din schemele de aici sunt proporţionale cu cele ale poziţiilor corespunzătoare din formulele prezentate aici.

Exemplul 1: Sinteză ancoră NCP2

1. Preparare de 4-fluor-3-nitrobenzoat de metil (1)

Într-un balon de 100 l s-au încărcat 12,7 kg de acid 4-fluor-3-nitrobenzoic, s-au adăugat 40 kg de metanol şi 2,82 kg de acid sulfuric concentrat. Amestecul a fost agitat la reflux (65°C) timp de 36 ore. Amestecul de reacţie a fost răcit la 0°C. S-au format cristale la 38°C. Amestecul a fost menţinut la 0°C timp de 4 h apoi filtrat sub azot. Balonul de 100 l a fost spălat şi turta de filtrare a fost spălată cu 10 kg de metanol care a fost răcit la 0° C. Turta solidă de filtrare a fost uscată pe pâlnie timp de 1 oră, transferată în tăvi şi uscată într-un cuptor cu vid la temperatura camerei până la o greutate constantă de 13,695 kg 4-fluor-3-nitrobenzoat de metil (randament 100%; HPLC 99%).

2. Preparare de acid 3-nitro-4-(2-oxopropil)benzoic

A. (Z)-metil 4-(3-hidroxi-1-metoxi-1-oxobut-2-en-2-il)-3-nitrobenzoat (2)

Într-un balon de 100 l s-au încărcat 3,98 kg de 4-fluor-3-nitrobenzoat de metil (1) din etapa anterioară 9,8 kg DMF, 2,81 kg acetoacetat de metil. Amestecul a fost agitat şi răcit la 0°C. La acesta s-au adăugat 3,66 kg DBU timp de aproximativ 4 ore în timp ce temperatura a fost menţinută la sau sub 5°C. Amestecul a fost agitat încă 1 oră. În balonul de reacţie s-a adăugat o soluţie de 8,15 kg de acid citric în 37,5 kg de apă purificată în timp ce temperatura de reacţie a fost menţinută la sau sub 15°C. După adăugare, amestecul de reacţie a fost agitat şi apoi s-a adăugat 30 de minute, apoi s-a filtrat sub azot. Turta de filtrare umedă a fost returnată în balonul de 100 l împreună cu 14,8 kg de apă purificată. Suspensia a fost agitată timp de 10 minute apoi filtrată. Turta umedă a fost din nou returnată în balonul de 100 l, s-a amestecat cu 14,8 kg de apă purificată timp de 10 minute şi s-a filtrat la 4-(3-hidroxi-1-metoxi-1-oxobut-2-en-2-il)-3-nitrobenzoat de (Z)-metil brut.

B. Acid 3-nitro-4-(2-oxopropil)benzoic

4-(3-hidroxi-1-metoxi-1-oxobut-2-en-2-il)-3-nitrobenzoat brut de (Z)-metil a fost încărcat într-un balon de reacţie de 100 l sub azot. La aceasta s-au adăugat 14,2 kg 1,4-dioxan şi s-au agitat. La amestec s-a adăugat o soluţie de 16,655 kg HCI concentrat şi 13,33 kg apă purificată (HCI 6M) timp de 2 ore, în timp ce temperatura amestecului de reacţie a fost menţinută sub 15°C. Când adăugarea a fost completă, amestecul de reacţie a fost încălzit la reflux (80°C) timp de 24 ore, răcit la temperatura camerei şi filtrat sub azot. Turta solidă de filtrare a fost triturată cu 14,8 kg apă purificată, filtrată, triturată din nou cu 14,8 kg apă purificată şi filtrată. Solidul a fost returnat în balonul de 100 l cu 39,9 kg de DCM şi refluxat cu agitare timp de 1 oră. S-au adăugat 1,5 kg de apă purificată pentru a dizolva solidele rămase. Stratul organic inferior a fost împărţit într-un balon preîncălzit de 72 l, apoi înapoiat într-un balon curat uscat de 100 l. Soluţia a fost răcită la 0°C, ţinută timp de 1 oră, apoi filtrată. Turta solidă de filtru a fost spălată de două ori fiecare cu o soluţie de 9,8 kg DCM şi 5 kg heptan, apoi uscată pe pâlnie. Solidul a fost transferat în tăvi şi uscat la o greutate constantă de 1,855 kg acid 3-nitro-4-(2-oxopropil)benzoic. Randament total 42% din compusul 1. HPLC 99,45%.

3. Preparare de N-tritilpiperazin succinat (NTP)

Într-un balon cu cămaşă de 72 l s-au încărcat sub azot 1,805 kg clorură de trifenilmetil şi 8,3 kg toluen (soluţie TPC). Amestecul a fost agitat până când solidele s-au dizolvat. Într-un balon de reacţie cu manta de 100 l s-au adăugat sub azot 5,61 kg piperazină, 19,9 kg toluen şi 3,72 kg metanol. Amestecul a fost agitat şi răcit la 0°C. La acesta a fost adăugată încet, în porţii, soluţia de TPC timp de 4 ore, în timp ce temperatura de reacţie a fost menţinută la sau sub 10°C. Amestecul a fost agitat timp de 1,5 ore la 10°C, apoi lăsat să se încălzească la 14° C. 32,6 kg de apă purificată au fost încărcate în balonul de 72 l, apoi transferate în balonul de 100 l în timp ce temperatura internă a lotului a fost menţinută la 20 +/-5° C. Straturile au fost lăsate să se despartă şi stratul apos inferior a fost separat şi depozitat. Stratul organic a fost extras de trei ori cu 32 kg de apă purificată fiecare, iar straturile apoase au fost separate şi combinate cu soluţia apoasă stocată.

Stratul organic rămas a fost răcit la 18°C şi o soluţie de 847 g de acid succinic în 10,87 kg de apă purificată a fost adăugată încet, în porţiuni, la stratul organic. Amestecul a fost agitat timp de 1,75 ore la 20+/-5°C. Amestecul a fost filtrat, iar solidele au fost spălate cu 2 kg TBME şi 2 kg de acetonă apoi uscate pe pâlnie. Turta de filtrare a fost triturată de două ori cu 5,7 kg fiecare de acetonă şi filtrată şi spălată cu 1 kg de acetonă între triturări. Solidul a fost uscat pe pâlnie, apoi transferat în tăvi şi uscat într-un cuptor cu vid la temperatura camerei până la o greutate constantă de 2,32 kg de NTP. Randament=80%.

4. Preparare de (4-(2-hidroxipropil)-3-nitrofenil)(4-tritilpiperazin-1-il)metanonă

A. Preparare de 1-(2-nitro-4(4-tritilpiperazin-1-carbonil)fenil)propan-2-onă

Într-un balon cu manta de 100 l s-au încărcat sub azot 2 kg de acid 3-nitro-4-(2-oxopropil)benzoic (3), 18,3 kg DCM, 1,845 kg clorhidrat de N-(3-dimetilaminopropil)-N'-etilcarbodiimidă (EDC.HCl). Soluţia a fost agitată până când s-a format un amestec omogen. S-au adăugat 3,048 kg de NTP timp de 30 de minute la temperatura camerei şi s-au agitat timp de 8 ore. La amestecul de reacţie s-au adăugat 5,44 kg de apă purificată şi s-a agitat timp de 30 de minute. Straturile au fost lăsate să se separe şi stratul organic inferior care conţinea produsul a fost drenat şi depozitat. Stratul apos a fost extras de două ori cu 5,65 kg de DCM. Straturile organice combinate au fost spălate cu o soluţie de 1,08 kg clorură de sodiu în 4,08 kg apă purificată. Straturile organice au fost uscate pe 1,068 kg de sulfat de sodiu şi filtrate. Sulfatul de sodiu a fost spălat cu 1,3 kg de DCM. Straturile organice combinate au fost suspendate cu 252 g de silicagel şi filtrate printr-o pâlnie de filtrare care conţinea un pat de 252 g de silicagel. Patul de silicagel a fost spălat cu 2 kg de DCM. Straturile organice combinate s-au evaporat pe un rotovapor. La reziduu s-au adăugat 4,8 kg de THF şi apoi s-au evaporat pe rotovap până când s-au atins 2,5 volume de 1-(2-nitro-4(4-tritilpiperazin-1-carbonil)fenil)propan-2-onă brută în THF.

B. Preparare de (4-(2-hidroxipropil)-3-nitrofenil)(4-tritilpiperazin-1-il)metanonă (5)

Într-un balon cu manta de 100 l s-au încărcat sub azot 3600 g de 4 de la pasul anterior şi 9800g THF. Soluţia agitată a fost răcită la ≤5°C. Soluţia a fost diluată cu 11525 g etanol şi s-au adăugat 194 g de borohidrură de sodiu timp de aproximativ 2 ore la ≤5°C. Amestecul de reacţie a fost agitat încă 2 ore la ≤5°C. Reacţia a fost stinsă cu o soluţie de aproximativ 1,1 kg clorură de amoniu în aproximativ 3 kg de apă prin adăugare lentă pentru a menţine temperatura la ≤10°C. Amestecul de reacţie a fost agitat încă 30 de minute, filtrat pentru a îndepărta substanţele anorganice şi reîncărcat la un balon cu manta de 100 l şi extras cu 23 kg de DCM. Stratul organic a fost separat şi soluţia apoasă a fost extrasă încă de două ori cu 4,7 kg de DCM fiecare. Straturile organice combinate au fost spălate cu o soluţie de aproximativ 800 g de clorură de sodiu în aproximativ 3 kg de apă, apoi uscate pe 2,7 kg de sulfat de sodiu. Suspensia a fost filtrată şi turta de filtrare a fost spălată cu 2 kg de DCM. Filtratele combinate au fost concentrate la 2,0 volume, diluate cu aproximativ 360 g de acetat de etil şi evaporate. Produsul brut a fost încărcat pe o coloană de silicagel de 4 kg de silice umplut cu DCM sub azot şi eluat cu 2,3 kg acetat de etil în 7,2 kg DCM. Fracţiunile combinate au fost evaporate şi reziduul a fost preluat în 11,7 kg de toluen. Soluţia de toluen a fost filtrată şi turta de filtrare a fost spălată de două ori cu câte 2 kg de toluen fiecare. Turta de filtrare a fost uscată până la o greutate constantă de 2,275 kf de compus 5 (46% randament din compus 3) HPLC 96,99%.

5. Preparare de 2,5-dioxopirolidin-1-il(1-(2-nitro-4-(4-trifenilmetilpiperazin-1 carbonil)fenil)propan-2-il)carbonat (Ancoră NCP2)

Într-un balon cu manta de 100 l s-au încărcat sub azot 4,3 kg de compus 5 (greutate ajustată pe baza toluenului rezidual de H1 RMN; toţi reactivii de aici după au fost scalaţi corespunzător) şi 12,7 kg de piridină. Pentru aceasta au fost încărcate 3,160 kg de DSC (78,91 % greutate de H1 RMN) în timp ce temperatura internă a fost menţinută la ≤35°C. Amestecul de reacţie a fost îmbătrânit timp de aproximativ 22 de ore la ambianţă apoi filtrat. Turta de filtrare a fost spălată cu 200 g de piridină. În două loturi, fiecare cuprinzând 1⁄2 din volumul de filtrat, filtratul spălat s-a încărcat lent într-un balon cu manta de 100 l care conţine o soluţie de aproximativ 11 kg de acid citric în aproximativ 50 kg de apă şi s-a agitat timp de 30 de minute pentru a permite precipitarea solidă. Solidul a fost colectat cu o pâlnie de filtru, spălat de două ori cu 4,3 kg de apă per spălare şi uscat pe pâlnia de filtru sub vid.

Solidele combinate au fost încărcate într-un balon cu manta de 100 l şi dizolvate în 28 kg de DCM şi spălate cu o soluţie de 900 g de carbonat de potasiu în 4,3 kg de apă. După 1 oră, straturile au fost lăsate să se separe şi stratul apos a fost îndepărtat. Stratul organic a fost spălat cu 10 kg de apă, separat şi uscat pe 3,5 kg de sulfat de sodiu. DCM a fost filtrat, evaporat şi uscat sub vid la 6,16 kg de Ancoră NCP2 (randament 114%).

Exemplul 2: Sinteza răşinii încărcate cu ancora

Într-un reactor de sinteză în fază solidă de 75 l cu un robinet de oprire din teflon s-au încărcat aproximativ 52 l de NMP şi 2300 g de răşină aminometil polistiren. Răşina a fost agitată în NMP pentru a se umfla timp de aproximativ 2 ore, apoi a fost drenată. Răşina a fost spălată de două ori cu aproximativ 4l DCM per spălare, apoi de două ori cu 39l soluţie de neutralizare per spălare, apoi de două ori cu 39l de DCM per spălare. Soluţia de ancorare NCP2 a fost adăugată lent la soluţia de răşină cu agitare, s-a agitat timp de 24 de ore la temperatura camerei şi s-a drenat. Răşina a fost spălată de patru ori cu 39l de NMP per spălare şi de şase ori cu 39l de DCM per spălare. Răşina a fost tratată şi agitată cu 1⁄2 soluţie de acoperire DEDC timp de 30 de minute, drenată şi a fost tratată şi agitată cu 2nd 1⁄2 din soluţia de acoperire DEDC timp de 30 de minute şi drenată. Răşina a fost spălată de şase ori cu 39 I de DCM per spălare apoi uscată într-un cuptor până la o greutate constantă de 3573,71 g de răşină încărcată cu ancoră.

Exemplul 3: Preparare de coadă EG3 activată (Vezi Fig. 2)

1. Preparare de carbamat de tritil piperazin fenil 35

La o suspensie răcită de NTP în diclormetan (6 ml/g NTP) s-a adăugat o soluţie de carbonat de potasiu (3,2 echiv.) în apă (4 ml/g carbonat de potasiu). La acest amestec în două faze s-a adăugat încet o soluţie de cloroformiat de fenil (1,03 echiv.) în diclormetan (2 g/g cloroformiat de fenil). Amestecul de reacţie a fost încălzit la 20°C. După terminarea reacţiei (1-2 h), straturile au fost separate. Stratul organic a fost spălat cu apă şi uscat pe carbonat de potasiu anhidru. Produsul 35 a fost izolat prin cristalizare din acetonitril. Randament=80%.

2. Prepararea alcoolului carbamat 36

Hidrură de sodiu (1,2 echiv.) a fost suspendată în 1-metil-2-pirolidinonă (32 ml/g hidrură de sodiu). La această suspensie s-au adăugat trietilenglicol (10,0 echiv.) şi compus 35 (1,0 echiv.). Suspensia rezultată a fost încălzită la 95°C. După terminarea reacţiei (1-2 h), amestecul a fost răcit la 20°C. La acest amestec s-a adăugat 30% diclormetan/metil terţ-butil eter (v:v) şi apă. Stratul organic care conţine produsul a fost spălat succesiv cu NaOH apos, acid succinic apos şi clorură de sodiu apoasă saturată. Produsul 36 a fost izolat prin cristalizare din diclormetan/metil terţ-butil eter/heptan. Randament=90%.

3. Preparare de acid al cozii EG3 37

La o soluţie de compus 36 în tetrahidrofuran (7 ml/g 36) s-a adăugat anhidridă succinică (2,0 echiv.) şi DMAP (0,5 echiv.). Amestecul a fost încălzit la 50°C. După terminarea reacţiei (5 h), amestecul a fost răcit la 20°C şi ajustat la pH 8,5 cu NaHCO3 apos. S-a adăugat metil terţ-butil eter şi produsul a fost extras în stratul apos. S-a adăugat diclormetan şi amestecul a fost ajustat la pH 3 cu acid citric apos. Stratul organic care conţinea produsul a fost spălat cu un amestec de tampon citrat pH=3 şi soluţie apoasă saturată de clorură de sodiu. Această soluţie de diclormetan a 37 a fost utilizată fără izolare la prepararea compusului 38.

4. Prepararea cozii EG3 activate 38

La soluţia compusului 37 s-a adăugat imida acidului N-hidroxi-5-norbornen-2,3-dicarboxilic (HONB) (1,02 echiv.), 4-dimetilaminopiridină (DMAP) (0,34 echiv.) şi apoi clorhidrat de 1-(3-dimetilaminopropil)-N'-etilcarbodiimidă (EDC) (1,1 echiv). Amestecul a fost încălzit la 55°C. După terminarea reacţiei (4-5 h),amestecul a fost răcit la 20°C şi spălat succesiv cu 1: 1 acid citric 0,2 M/saramură şi saramură. Soluţia de diclormetan a suferit un schimb de solvent cu acetonă şi apoi cu N,N-dimetilformamidă, şi produsul a fost izolat prin precipitare din acetonă/N,N-dimetilformamidă în clorură de sodiu apoasă saturată. Produsul brut a fost preluat de câteva ori în apă pentru a îndepărta N,N-dimetilformamidă reziduală şi sărurile. Randament = 70% coadă EG3 activată 38 din compusul 36.

Exemplul 4: 50l Sinteză în fază solidă de

Eteplirsen [Compus oligomeric (XII)] Substanţă medicament brut

1. Materiale

Tabelul 2: Materii prime

Denumire material Denumire chimică Număr CAS Formula chimică MW A subunitate activată Acid fosforamidoclorhidric, N,N-dimetil-,[6-[6-(benzoilamino)-9H-purin-9-il]-4-(trifenilmetil)-2-morfolinil]metil ester 1155373-30-0 C38H37ClN7O4P 722.2 Subunitate activată C Acid fosforamidoclorhidric, N,N-dimetil-,[6-[4-(benzoilamino)-2-oxo- 1(2H)-pirimidinil]-4-(trifenilmetil)-2-morfolinil]metil ester 1155373-31-1 C37H37ClN5O5P 698.2 Subunitate activată DPG Acid propanoic, 2,2-dimetil-,4-[[[9-[6-[[[clor(dimetilamino)fosfinil]oxi]metil]-4-(trifenilmetil)-2-morfolinil]-2-[(2-fenilacetil)amino]-9H-purin-6-il]oxi]metil]fenil ester 1155309-89-9 C51H53ClN7O7P 942.2 Subunitate activată T Acid fosforamidoclorhidric, N,N-dimetil-[6-(3,4-dihidro-5-metil-2,4-dioxo-1(2H)-pirimidinil)]-4-(trifenilmetil)-2-morfolinil]metil ester 1155373-34-4 C31H34ClN4O5P 609.1 Coadă activată EG3 Acid butandioic, 1-[3aR,4S,7R,7aS)-1,3,3a,4,7,7a-hexahidro- 1,3-dioxo-4,7-metano-2H-izoindol-2-il]4-[2-[2-[2-[[[4-(trifenilmetil)-1-piperazinil] carbonil] oxi] etoxi] etoxi]etil] ester 1380600-06-5 C43H47N3O10 765.9

Structurile chimice ale materiilor prime:

A. Coadă EG3 activată

B. Subunitatea C activată (pentru preparare, vezi brevet U.S. Nr. 8.067.571)

C. Subunitatea A activată (pentru preparare, vezi brevet U.S. Nr. 8.067.571)

D. Subunitate DPG activată (pentru preparare, vezi WO 2009/064471)

E. Subunitatea T activată (pentru preparare, vezi WO 2013/082551)

F. Răşină încărcată cu ancora

în care

R1 este un mediu suport.

Tabelul 3: Descrierea soluţiilor pentru sinteza oligomerului în fază solidă a substanţei medicamentoase brute Eteplirsen

Nume soluţie Compoziţie soluţie Soluţie de ancoră NCP2 37,5l NMP şi ancoră 1292g NCP2 Soluţie de acoperire DEDC 4,16l Dicarbonat de dietil (DEDC), 3,64l NEM, şi 33,8l DCM Soluţie CYTFA 2,02 kg 4-cianopiridină, 158 l DCM, 1,42 l TFA, 39 l TFE, şi 2 l apă purificată Soluţie de neutralizare 35,3 l IPA, 7,5 l DIPEA, şi 106,5 l DCM Soluţie de clivare 1.530,04 g DTT, 6,96 l NMP, şi 2,98 l DBU

2. Sinteza de Eteplirsen substanţă medicamentoasă brută

A. Răşină de umflare

750 g de răşină încărcată cu ancora şi 10,5 l de NMP au fost încărcate într-un reactor silanizat de 50 l şi agitate timp de 3 ore. NMP a fost drenat şi răşina încărcată cu ancora a fost spălată de două ori cu 5,5l fiecare de DCM şi de două ori cu 5,5 l fiecare de 30% TFE/DCM.

B. Ciclul 0: Cuplare de coadă EG3

Răşina încărcată cu ancora a fost spălată de trei ori cu 5,5 l fiecare de 30% TFE/DCM şi drenată, spălată cu 5,5 l de soluţie de CYTFA timp de 15 minute şi drenată şi din nou spălată cu 5,5 l de soluţie de CYTFA timp de 15 minute fără scurgere. S-au încărcat 122 ml de NEM/DCM 1:1 şi suspensia a fost agitată timp de 2 minute şi s-a scurs. Răşina a fost spălată de două ori cu 5,5 l de soluţie de neutralizare timp de 5 minute şi s-a scurs, apoi de două ori cu 5,5 l de DCM fiecare şi s-a scurs. O soluţie de 706,2 g de coadă EG3 activată (MW 765,85) şi 234 ml de NEM în 3 l de DMI a fost încărcată în răşină şi agitată timp de 3 ore la temperatura camerei şi drenată. Răşina a fost spălată de două ori cu câte 5,5 l de soluţie de neutralizare timp de 5 minute pentru fiecare spălare şi o dată cu 5,5 l de DCM şi s-a scurs. O soluţie de 374,8 g de anhidridă benzoică şi 195 ml NEM în 2680 ml NMP a fost încărcată şi agitată timp de 15 minute şi s-a scurs. Răşina a fost agitată cu 5,5 I de soluţie de neutralizare timp de 5 minute, apoi a fost spălată o dată cu 5,5 I de DCM şi de două ori cu 5,5 I fiecare de 30% TFE/DCM. Răşina a fost suspendată în 5,5 l de 30% TFE/DCM şi menţinută timp de 14 ore.

C. Cicluri de cuplare a subunităţii 1-30

i. Tratamente de pre-cuplare

Înainte de fiecare ciclu de cuplare, aşa cum este descris în Tabelul 4, răşina a fost: 1) spălată cu 30% TFE/DCM; 2) a) tratată cu soluţie CYTFA 15 minute şi scursă, şi b) tratată cu soluţie CYTFA timp de 15 minute la care s-a adăugat 1: 1 NEM/DCM, s-a agitat şi s-a scurs; 3) agitată de trei ori cu soluţie de neutralizare; şi 4) spălată de două ori cu DCM. Vezi tabelul 4.

ii. Tratamente post cuplare

După ce fiecare soluţie de subunitate a fost drenată aşa cum este descris în Tabelul 4, răşina a fost: 1) spălată cu DCM; şi 2) spălată de două ori cu 30% TFE/DCM. Dacă răşina a fost menţinută pentru o perioadă de timp înainte de următorul ciclu de cuplare, a doua spălare TFE/DCM nu a fost drenată şi răşina a fost reţinută în respectiva soluţie de spălare TFE/DCM. Vezi Tabelul 4.

iii. Cicluri de cuplare a subunităţii activate

Ciclurile de cuplare au fost efectuate aşa cum este descris în Tabelul 4.

iv. Spălare finală IPA

După ce etapa finală de cuplare a fost efectuată aşa cum este descris în Tabelul 4, răşina a fost spălată de 8 ori cu câte 19,5 l de IPA şi uscată sub vid la temperatura camerei timp de aproximativ 63,5 ore până la o greutate uscată de 5.579,8 g.

D. Clivare

Substanţa medicamentoasă brută Eteplirsen legată de răşina de mai sus a fost împărţită în două loturi, fiecare lot a fost tratat după cum urmează. Un lot de 2.789,9 g de răşină a fost: 1) agitată cu 10l de NMP timp de 2h, apoi NMP a fost drenată; 2) spălată de trei ori cu câte 10l fiecare de 30% TFE/DCM; 3) tratată cu 10l soluţie CYTFA timp de 15 minute; şi 4) 10l de soluţie CYTFA timp de 15 minute la care s-au adăugat apoi 130ml 1:1 NEM/DCM şi s-a agitat timp de 2 minute şi s-a scurs. Răşina a fost tratată de trei ori cu câte 10l de soluţie de neutralizare, spălată de şase ori cu 10l de DCM şi de opt ori cu câte 10l de NMP. Răşina a fost tratată cu o soluţie de scindare de 1530,4g DTT şi 2980 DBU în 6,96l NMP timp de 2 ore pentru a detaşa substanţa medicamentoasă brută Eteplirsen din răşină. Soluţia de clivare a fost drenată şi reţinută într-un vas separat. Reactorul şi răşina au fost spălate cu 4,97 l de NMP care a fost combinat cu soluţia de scindare.

E. Deprotejare

Soluţia de scindare combinată şi spălarea NMP au fost transferate într-un vas sub presiune la care s-au adăugat 39,8l de NH4OH (NH3•H2O) care a fost răcit la o temperatură de -10° până la -25° C într-un congelator. Vasul sub presiune a fost sigilat şi încălzit la 45°C timp de 16h, apoi lăsat să se răcească la 25°C. Această soluţie de deprotejare care conţine substanţa medicamentoasă brută Eteplirsen a fost diluată 3:1 cu apă purificată şi pH-ul ajustat la 3,0 cu acid fosforic 2M, apoi la pH 8,03 cu NH4OH. HPLC (C18) 73-74% (Figura 1).

Tabelul 5. Date din Figura 1

Vârf # Nume compus Timp de retenţie (min) Rel. Timp Ret. Produs Zonă {mAu*min) Zonă rel. % Plăci (USP) 1 2.488 0.381 0.821928 0.18 1105 2 3.047 0.467 17.661449 3.91 4047 3 3.324 0.509 0.818258 0.18 n.a. 4 3.605 0.552 0.465598 0.10 7 5 4.213 0.645 6.558899 1.45 301 6 4.504 0.690 3.324238 0.74 191690 7 5.160 0.790 5.644073 1.25 651 8 AVI-4658 6.531 1.000 332.238891 73.47 2313 9 7.269 1.113 2.063159 0.46 n.a. 10 7.643 1.170 5.556411 1.23 2734 11 8.139 1.246 8.711530 1.93 3572 12 8.382 1.283 4.654783 1.03 1835 13 8.678 1.329 0.562426 0.12 n.a. 14 9.009 1.379 12.031923 2.66 6078 15 9.500 1.455 0.385563 0.09 n.a. 16 9.626 1.474 1.171507 0.26 46084 17 9.898 1.516 0.484362 0.11 21328 18 10.598 1.623 14.589918 3.23 n.a. 19 10.680 1.635 7.520577 1.66 918 20 10.811 1.656 8.604558 1.90 296 21 11.045 1.691 18.351689 4.06 49919

Exemplul 5: Purificarea substanţei medicamentoase brute Eteplirsen

Soluţia de deprotejare din Exemplul 2, partea D, care conţine substanţa medicamentoasă brută Eteplirsen a fost încărcată pe o coloană de răşină schimbătoare de anioni ToyoPearl Super-Q 650S (Tosoh Bioscience) şi eluată cu un gradient de 0-35% B pe 17 volum de coloană (Tampon A: 10 mM hidroxid de sodiu Tampon B: 1 M clorură de sodiu în 10 mM hidroxid de sodiu) şi fracţiunile de puritate acceptabilă (C18 şi SCX HPLC) au fost reunite într-o soluţie purificată de produs medicamentos. HPLC (Figura 2): 97,74% (C18) 94,58% (SCX).

Soluţia de substanţă medicamentoasă purificată a fost desalinizată şi liofilizată la 1959 g de substanţă medicamentoasă Eteplirsen purificată. Randament 61,4%; HPLC (Figura 3): 97,7% (C18) 94,6% (SCX).

Tabelul 6. Date din Figura 2

Vârf # Nume compus Timp de retenţie (min) Rel. Timp Ret. (Produs) Zonă {mAu*min) Procent zonă Plăci (USP) 1 6.837 0.750 0.050757 0.058 41574 2 7.405 0.813 0.303271 0.344 841 3 8.086 0.887 1.130007 1.280 13 4 8.615 0.946 2.265128 2.567 761 5 AVI-4658 9.111 1.000 83.468700 94.583 4405 6 10.019 1.100 0.704599 0.798 n.a. 7 11.069 1.215 0.326550 0.370 3044

Tabelul 7. Date din Figura 3

Vârf # Nume compus Timp de retenţie. (min) Rel. Timp Ret. (Produs) Zonă {mAu*min) Procent zonă Plăci (USP) 1 6.866 0.751 0.044399 0.063 608 2 7.794 0.852 0.280589 0.397 n.a. 3 8.188 0.895 0.816793 1.156 209 4 8.644 0.945 1.842896 2.608 1147 5 AVI-4658 9.145 1.000 66.857088 94.622 4664 6 10.058 1.100 0.575793 0.815 n.a. 7 11.103 1.214 0.239454 0.339 4375

Exemplul 6: Oligomeri suplimentari preparaţi prin procedeul dezvăluirii

Următorii oligomeri ai următoarelor secvenţe au fost preparaţi conform metodelor din Exemplele 4 şi 5 aproximativ:

în care R2 este, la fiecare apariţie, selectat independent din grupul constând din:

Tabelul 8. Oligomer R2 la fiecare poziţie de la 1 până la n şi 5' până la 3'

Denumire n R2 5' la 3' şi 1 la n T PMO1 22 CAA TGC CAT CCT GGA GTT CCT G EG3 PMO2 25 GTT GCC TCC GGT TCT GAA GGT GTT C EG3 AVI-7100 20 CGGT+TAGAAGAC+TCATC+TTT EG3 AVI-7537 19 GCC+ATGGT+TTT+TTC+TC+AGG EG3 AVI-7288 23 GAATATTAAC+AI+AC+TGAC+A+AGTC EG3

Mai sus în Tabelul 8, "+" indică în care X este

altfel X este -N(CH3)2.

Tabelul 9. Acronime

Acronim Denumire DBU 1,8-Diazabicicloundec-7-enă DCM Diclormetan DIPEA N,N-Diizopropiletilamină DMI 1,3-Dimetil-2-imidazolidinonă DTT Ditiotreitol IPA Alcool izopropilic MW Greutate moleculară NEM N-Etilmorfolină NMP N-metil-2-pirolidonă RT Temperatura camerei TFA Acid 2,2,2-trifluoracetic TFE 2,2,2-Trifluoretanol

Claims

1. Procedeu de preparare a unui compus oligomeric cu Formula (A):

în care procedeul cuprinde etapele secvenţiale de: (a) punerea în contact a unui compus cu Formula (A1):

în care R1 este un mediu suport şi R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; cu un agent de deblocare pentru a forma compusul cu Formula (II):

în care R1 este un mediu suport; (b) punerea în contact a compusului cu Formula (II) cu un compus cu formula (A2):

în care R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; pentru a forma un compus cu Formula (A3):

în care R1 este un mediu suport şi R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; (c) punerea în contact a compusului cu Formula (A3) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (IV):

în care R1 este un mediu suport; (b) punerea în contact a compusului cu Formula (IV) cu un compus cu formula (A4):

pentru a forma un compus cu Formula (A5):

în care R1 este un mediu suport şi R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi R4 este selectat dintre:

(b) efectuarea de n-1 iteraţii ale etapelor secvenţiale ale: (e1) punerea în contact a produsului format prin etapa imediat anterioară cu un agent de deblocare; şi (e2) punerea în contact a compusului format prin etapa imediat anterioară cu un compus cu Formula (A8):

pentru a forma un compus cu Formula (A9):

şi (f) punerea în contact a compusului cu Formula (A9) cu un agent de deblocare pentru a forma un compus cu Formula (A10):

(g) punerea în contact a compusului cu Formula (A10) cu un agent de clivare pentru a forma un compus cu Formula (AII):

şi (h) punerea în contact a compusului cu Formula (A11) cu un agent de deprotejare pentru a forma un compus oligomeric cu Formula (A).

2. Procedeul din revendicarea 1, în care compusul cu Formula (A5) are Formula (A5a):

în care: R1 este un mediu suport; R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi R4 este selectat dintre:

3. Procedeul din revendicarea 1 sau revendicarea 2, în care compusul cu Formula (A8) are Formula (A8a):

în care: R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi R4 este, independent la fiecare apariţie a compusului cu formula (A8a), selectat din grupul constând din:

4. Procedeul din oricare din revendicările 1-3, în care compusul cu Formula (A9) are Formula (A9a):

în care: n este un întreg de la 10 până la 40, R1 este un suport-mediu R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

5. Procedeul din oricare din revendicările 1-4, în care compusul cu Formula (A10) are Formula (A10a):

în care: n este un întreg de la 10 până la 40, R1 este un mediu suport, şi R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

6. Procedeul din oricare din revendicările 1-5, în care compusul cu Formula (A11) are Formula (A11a):

în care: n este un întreg de la 10 până la 40, şi R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

7. Compus cu Formula (B1):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia în care R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2; R12 este C1-6-alchil; R13 este H sau C1-6-alchil; şi R14 este un prim linker legat de un mediu suport, R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil.

8. Compusul din revendicarea 7, în care compusul cu Formula (B1) are Formula (I):

în care R1 este un mediu suport.

9. Compus cu Formula (II-B):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia în care R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2; R12 este C1-6-alchil; R13 este H sau C1-6-alchil; şi R14 este un prim linker legat de un mediu suport.

10. Compusul din revendicarea 9, în care compusul cu Formula (II-B) are Formula (II):

în care R1 este un mediu suport.

11. Compus cu Formula (B3):

sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia în care w este selectat dintre O sau C; t este 1, 2, 3, 4, sau 5; R11 este selectat din grupul constând din halo, CN, şi NO2; R12 este C1-6-alchil; R13 este H sau C1-6-alchil; R14 este un prim linker legat de un mediu suport; R8 este selectat dintre:

în care R4 este selectat din grupul constând din:

şi R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil.

12. Compusul din revendicarea 11, în care compusul cu Formula (B3) are Formula (III):

în care R1 este un mediu suport.

13. Compus selectat dintre:

şi

în care: n este un întreg de la 10 până la 40; R1 este un mediu suport; R3 este selectat din grupul constând din tritil, monometoxitritil, dimetoxitritil şi trimetoxitritil; şi R4 este, independent la fiecare apariţie, selectat din grupul constând din:

14. Compus selectat dintre: