30 октября 1941 года 54-я береговая батарея лейтенанта Заики открыла огонь по наступающей сводной механизированной бригаде полковника Циглера. Враг понес потери. Эта дата стала первым днем второй обороны Севастополя. Первая была в 1854–1855 годах в ходе Крымской войны.
Первоначально в планах операции «Барбаросса» овладение Крымом не планировалось. После разгрома Советского Союза на территории полуострова планировалось создать «Готенланд» (земля готов), переселив южнотирольских немцев, и ликвидировать, выселить или обратить в фольксдойче население Крыма. Но деятельность советских морских и воздушных сил по объектам и транспортам нефтедобычи и в Румынии вызвали сильное недовольство немецкого руководства и потребовали смены первоначальных планов. 23 июля 1941 года директива верховного командования вермахта № 33 была дополнена Гитлером: «Первоочередной задачей… является овладение Украиной, Крымом». План «Барбаросса» быстро летел ко всем чертям на фоне ожесточенного и умелого сопротивления Красной армии.
В августе 1941 года оборону Перекопа, Чонгара и Сиваша начали занимать части 51-й армии генерала Кузнецова, шло создание сухопутных укреплений. Однако армии недоставало тяжелых пушек. На Крым была развернута 11-я полевая армия вермахта под руководством небезызвестного и талантливого генерала Майнштейна. Ему была подчинена и 3-я румынская армия. Были приданы части крупнокалиберной артиллерии, инженерные формирования, авиачасти. Танков, правда, ему не дали.
24 сентября Майнштейн начал атаки на Перекопе, численное превосходство немцев позволило к 26 сентября взять Армянск. При этом они несли тяжелые потери, но прогрызали упорное сопротивление русских войск. После этого 51-я армия отошла на Ишуньские позиции. Из-за угрозы Крыму из Одессы приказом Ставки ВГК 30 сентября 1941 года пришлось вывозить отдельную Приморскую армию генерала Петрова. Она успешно обороняла город у моря от румын 73 дня. Но с потерей Крыма была бы потеряна и эта армия. Ее удалось вывезти морем практически без потерь. Накапливали свои силы и немцы.
Не стоит забывать, что какие бы ни были укрепления между Крымом и материком, опыт как гражданской войны, так и Великой Отечественной показал, что это не является непреодолимым препятствием для противника. Кстати, в феврале 2022 года механизированные колонны российской армии, в начале специальной военной операции шедшие на Херсон и Мариуполь, какой-либо обороны украинских формирований даже не заметили.
18 октября немцы начали штурм Ишуньских позиций. К этому времени к солдатам 51-й армии стали прибывать части Приморской армии. 22 октября пал Ишунь. Контратаки советских войск 24 октября успехов не имели. Солдаты Петрова столкнулись с противником классом выше, чем румыны. Получив в подкрепление целый армейский корпус, Манштейн все-таки проломил советскую оборону. 28 октября немцы начали расходиться в сторону Керчи и Севастополя. Советская 51-я армия отходила на Керченский полуостров, Приморская через горы шла на Ялту и Алушту. Чтобы обойти отступающие войска Красной армии и отрезать им дорогу к Севастополю, Манштейн создал временную боевую группу (так называемая бригада Циглера) из ряда румынских моторизованных частей, нескольких немецких разведбатальонов, имевших на вооружении бронемашины, артиллерийских дивизионов на механической тяге и дивизиона штурмовых орудий. В целом это была грозная бригада, имевшая в своем составе до полусотни броневиков, самоходок и танкеток.
Военные как Российской империи, так и Советского Союза оборону Севастополя и Крыма укрепляли со стороны моря. Многочисленная хорошо укрепленная береговая артиллерия, включавшая и две 305-миллиметровые башенные батареи, сыграла свою роль в защите города. Но враг приходил по суше. С началом войны началось создание нескольких укрепленных линий, защищавших подступы к Севастополю по суше, строились и новые артиллерийские батареи. Одной из них стала 54-я береговая батарея, построенная летом 1941 года в районе села Николаевка на берегу Каламитского залива. В ее состав входили четыре 102-миллиметровые пушки Б-2, снятые с крейсера «Красный Кавказ» в ходе его предвоенной модернизации. Пушки были установлены на деревянные основания. Были отрыты окопы и блиндажи с дзотами, установлены минные заграждения, имелось и несколько пулеметов. В целом был создан полевой опорный пункт. Батарея насчитывала 150 человек личного состава. По некоторым данным, свой номер 54 она получила в память даты начала первой обороны Севастополя 1854 года.
Корректировочный пост сообщил около 16 часов 30 октября на командный пункт батареи: «Передвижение войск противника со стороны города Саки». 30 октября в 16.35 она сделала первые выстрелы по наступающем частям Циглера, нанеся им некоторые потери, и, по немецким данным, огонь батареи «временно помешал наступлению, но в целом не смог остановить продвижение бригады». В дальнейшем батарея неоднократно вела огонь по частям этой бригады и других немецких и румынских частей. С этого момента начались и бои за данный опорный пункт. 2 ноября батарея была окружена частями 132-й пехотной дивизии вермахта, в небе висели немецкие самолеты, большая часть ее защитников погибла. «Связь кончаю. Батарея атакована и окружена. Прощайте» — таким было последнее радиосообщение с батареи в 16 часов 40 минут.
Присланные ночью 3 ноября корабли подобрали 28 человек, еще два бойца пробились в Севастополь по суше. Командир батареи и еще несколько человек прикрывали отход. Всего погибло и пропало без вести 126 человек. Сам же Иван Заика с бойцами прикрытия не смог эвакуироваться, но смог пробиться, найти партизан и воевать с ними до конца оккупации Крыма. После войны он немало удивил историков, считавших его погибшим. По советским данным, батарея за три дня боев, потратив все 1,2 тыс. снарядов по противнику, уничтожила 15 средних немецких танков, тяжелый танк, семь автомашин с пехотой, трактор с орудием, автоцистерну и до 700 солдат.
На братской могиле защитников выбито 62 фамилии, среди которых 37 раз встречается слово Неизвестный. Рядом с памятником установили 100-миллиметровое башенное орудие Б-34. В поселке Николаевка уже после возвращения Крыма в Россию создан музей этой батареи.
В приказе командующего Черноморским флотом адмирала Октябрьского № 16 от 11 марта 1942 года были следующие слова: «Батарея № 54 береговой обороны главной базы Черноморского флота, весь ее личный состав, в числе которого были три женщины-патриотки, войдет в историю нашей борьбы как символ нашего мужества, славы и непобедимости».
Как такового сухопутного заполнения укреплений Севастополя не было. По тревоге был поднят гарнизон крепости, состоящий из частей морской пехоты и стрелковых батальонов, сформированных из береговых учебных отрядов Черноморского флота, училища береговой обороны и моряков кораблей флота. Эти части имели высокий боевой дух, но были слабо подготовлены и недостаточно вооружены. Подразделения начали развертываться навстречу шедшим колоннам немцев и румын. Некоторые отряды ушли в неизвестность, но вписали себя в историю, как, например, пятерка политрука Фильченкова.
31 октября 1941 года в районе Бахчисарая c врагом начали вести бой батальоны курсантов военно-морского училища береговой обороны, школ флота и береговой обороны, большинство из них не вернулось из боя. Продвижение немцев замедлялось. 1 ноября по врагу заговорили и пушки 30-й береговой батареи (четыре пушки 305-миллиметрового калибра), построенной у села Любимовка.
4 ноября был создан Севастопольский оборонительный район, интегрировавший под единым командованием сухопутные войска, части ВВС и флотские силы. Директива Ставки ВГК №1882 от 7 ноября гласила: «Севастополь не сдавать и оборонять его всеми силами». В город прибывали части Приморской армии, подкрепления с Кавказа. Ожесточенные бои на подступах остановили врага. К этому времени части Приморской армии, прибывшие в Севастополь, были приведены в порядок, доукомплектованы и довооружены и заняли свои позиции на фронте. 9–10 ноября Севастополь был полностью окружен с суши, но бои продолжались, из окружений пробивались те или иные части, прибывали подкрепления морем. Корабли флота обстреливали немецко-румынские позиции. 21 ноября бои за Севастополь затихли. Таким образом, с ходу захватить Севастополь немецко-румынским войскам не удалось. Массовый героизм и самопожертвование советских солдат и матросов отстояли его в те осенние дни 1941 года.
Битва за город длилась 250 дней и завершилась в начале июля 1942 года. Совинформбюро 3 июля сообщило: «Севастополь оставлен советскими войсками, но оборона Севастополя войдет в историю Отечественной войны Советского Союза как одна из самых ярких ее страниц». Только небольшая часть защитников смогла избежать смерти или плена. Однако жертвы не были напрасными. Защитники города сковали две полевые армии врага, а потраченных на них снарядов и авиабомб потом не хватит немцам, чтобы взять Сталинград и Грозный.
Официальной датой окончания боев является 4 июля, когда немцы на мысе Херсонес пленили большую часть защитников города. Так закончилась вторая оборона Севастополя. Указом президиума Верховного Совета СССР от 22 декабря 1942 года была учреждена медаль «За оборону Севастополя». По состоянию на 1 января 1995 года ею было награждено около 52 540 человек.
9 мая 1944 года советские войска, включая как 51-ю армию, так и Приморскую армию, освободили Севастополь, полностью уничтожив 17-ю немецкую армию, остатки ее войск были взяты в плен на том же мысе Херсонес 12 мая 1944 года. Полностью разрушенный город был восстановлен. Приказом Верховного главнокомандующего Иосифа Сталина № 20 от 1 мая 1945 года города Ленинград, Сталинград, Севастополь и Одесса были названы городами-героями. 8 мая 1965 года указом президиума Верховного Совета СССР было учреждено положение о почетном звании «Город-герой». В тот же день Севастополю была вручена медаль «Золотая Звезда».