Ischitella è situata sul versante settentrionale del Gargano. La sua posizione strategica, dalla quale si domina il mare Adriatico e il Lago di Varano, ha dato al borgo il compito di postazione difensiva. Nel periodo svevo, infatti, il nome Ischitella era accompagnato dal termine "castrum". La collina su cui sorge è ricca di ulivi non a caso all'ingresso del paese è posta un'insegna che indica il suo status di città dell'olio.

Il territorio comunale è ricco di sorgenti quali, ad esempio la Fontana (a Fundàne), l'Acqua delle Anitre (d'Acqua d'Anetre), la Grotta del Tasso (a Grotte de u Tasse) e le Fontanelle (i Funtanedde). La faggeta depressa della Folicara (a Fulcare), sul percorso dell'omonimo torrente, è quella alla minore altitudine nell'Italia meridionale, visto che il faggio, che tipicamente cresce a quote superiori ai 600 m s.l.m., è presente a quota 160 m s.l.m. Le dune dell'istmo di Varano sono ricche di macchia mediterranea.

Dal centro abitato la vista spazia dalle colline circostanti al mare Adriatico fino alle isole Tremiti e al lago di Varano. In alcune giornate particolarmente limpide si arriva a vedere, in direzione nord-ovest, la costa adriatica del Molise e dell'Abruzzo e in direzione nord-est si riesce a scorgere la costa dalmata.

La presenza umana sul territorio di Ischitella risalirebbe al 3.000 a.C. (neolitico superiore), riscontrata attraverso dei rinvenimenti di materiale litico finemente lavorato e ceramica presso le stazioni di Grotta Pippola, Monte Grande e il canale di Scarcafarina.

La prima notizia storica che parla di Ischitella è del 970, quando vi si era accampato un gruppo di musulmani, intenti a compiere scorrerie sui paesi limitrofi, poi cacciati da parte dell'imperatore Ottone I. Successivamente il nome Ischitella viene fatto su una bolla papale del 1058 di Papa Stefano IX, il quale ordinava la sua protezione verso l'Abbazia di Calena (Peschici) e la cella di San Pietro in Cuppis (poco distante dal paese).

In un documento svevo, risalente al 1225, viene citata Ischitella con il nome di "Castrum".

Nel 1646 il centro abitato patì gravissime distruzioni a seguito del disastroso terremoto del Gargano che causò 86 vittime nella sola Ischitella.

Le contrade di Ischitella sono: Acqua delle Anitre, Baracca, Belvedere, Bufalara, Campanozzi, Cardosa, Carpineto, Casa Rosa, Caselle, Chianca, Ciccasole, Coppa Principe, Cotino di Roino, Crocifisso, Difensuola, Fara, Fontana, Fontanelle, Forchione, Irchio, Isola Varano, Monte Grande, Muschiaturo, Niuzi, Palude, Paolino, Parco della Chiesa, Parco Tiberio, Piano D'ercole, Piano della grava, Piano di Verte, Pietrafitta, Pinciara, Ponte Nuovo, Pozzo Maccarone, Pozzo Rotondo, Romondato, Scarfagna, Scopparone, Spinacchio, Taverne, Torre Varano, Torre Vecchia del Signore, Vallone d'Ischio, Vallone dei Mulini e Vallone della Porta.

A Ischitella è presente una stazione ferroviaria posta sulla linea San Severo-Peschici gestita dalla società Ferrovie del Gargano.

Nel comune di Ischitella, precisamente nella frazione di Foce Varano è stato attivato il servizio di bike sharing.