机器越强，界面越薄；人的目标、判断与责任始终在线。
让成熟 Agent runtime 在后台执行，研究者在关键节点判断、纠偏和验收；
论文、数据、工具调用、证据、决策与产物，都沉淀为可追踪的研究记录。
遇到真实科研痛点？ 请通过科研 Agent 需求采集网页说明需求、人类必须参与的环节和验收标准。提交内容将在 GitHub 确认后保存为公开 Issue。
SciForge 是一个用户友好的科研 Agent 桌面客户端：打开本地项目目录、选择执行 runtime，就能让 Agent 在清晰的权限边界里读文献、跑分析、出图表，每一步都留下来供你审阅。它不重新发明、也不替代 Codex、Claude Code 等成熟 runtime，并兼容 DeepSeek Harness（DSH）插件生态——runtime 负责通用 Agent 执行，SciForge 负责科学对象、研究上下文、人类审阅界面和证据治理。
在此之上，SciForge 针对科研场景针对性增强了四类能力：
| 增强方向 | 你得到什么 |
|---|---|
| 云端笔记 | 接入你自备的思源笔记服务作为整页编辑器；任务结束后自动归档可追溯的 Markdown 总结。 |
| 团队协同 | 围绕 Project 分配任务、逐版评审、返修与采纳；支持从手机继续个人会话。 |
| 科研证据链审计 | Evidence DAG、Project DAG、产物版本、研究检查点与科研档案，让每个结论都能回到数据、方法与图表。 |
| 科学多模态理解与交互 | 蛋白序列与结构、小分子、组学矩阵、光谱、影像的专用预览与 translator，把可审计的文本证据交给 Agent 推理。 |
此外还内置：22 个领域扩展（受控绘图、可视化审改、锚定批注、变更检查、终端、浏览器预览、内容空间等）、定时任务与 Create Loop 多步流程编排，以及本地优先的权限与审批治理（只读沙箱、逐条审批、外部写入确认）。
| SciForge 提供什么 | 你得到什么 |
|---|---|
| 干预面板 | 在计划、权限、工具调用、文件改动、证据冲突和最终发布等关键节点审阅与纠偏。 |
| 研究状态与证据采集器 | 自动归集论文、科学对象、命令与工具结果、图表、批注、claims、provenance 和决策记录。 |
| 科学场景增强层 | 为通用 Agent 增加科学多模态路由、文献检索、Evidence / Project DAG、受控绘图、写作、汇报和可复跑工作流。 |
| 长期研究工作区 | 让跨会话、跨角色、跨工具的研究过程可继续、可复盘、可交接。 |
研究目标与材料
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Codex / Claude Code / DSH 执行
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科学检索 · 多模态翻译 · 分析 · 绘图 · 写作 · 工作流
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SciForge 归集证据与产物 ──→ 人类审阅、干预、批准
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可追踪、可复现、可继续的研究状态
Runtime：Codex 是默认 runtime；Claude Code 与 DeepSeek Harness（DSH）可在「设置 → AI 助手」中显式选择。DSH 经 ACP 适配接入，模型与推理档位由 ACP 会话生效，其原生 shell 工具默认关闭、逐条批准。任一 runtime 失败都会显式报错，不会静默切换到另一个。
四个旗舰案例展示了 SciForge 如何把 Agent 执行、人类 PI 干预与可审计研究记录连成闭环：
| 案例 | 一句话价值 | 可复查材料 |
|---|---|---|
| 多日 Agentic Research Sprint | 面向减数分裂基因发现的 PI-controlled 长程研究循环，覆盖 132 个阶段与 199+ 次 Git 提交。 | 公开仓库 |
| AI 引导的蛋白设计 | ProteinMPNN 序列设计，结合 Boltz-2 / ESMFold 结构验证和明确的后续实验标准。 | 公开仓库 |
| AI 引导的分子优化 | 围绕 EGFR scaffold 完成可追踪 SAR 迭代：135 个过滤候选、36 次 docking evaluation。 | 公开仓库 |
| Genome-to-BGC Discovery | 串联 antiSMASH、MIBiG、BiG-SCAPE 与多 Agent 分析，对 430 个 BGC region 做证据化优先级排序。 | 公开仓库 |
查看论文中的全部 8 个端到端案例
| # | 案例 | 仓库 |
|---|---|---|
| 1 | Agentic Research Sprint：多日、PI-controlled 的基因发现研究循环 | AGI4Sci/scenario-01-research-sprint |
| 2 | AI4AI：ESMC-6B ContactProbe 接触预测与超参数搜索 | BruthYU/autoresearch_base |
| 3 | Reviewer / Rebuttal：证据治理的同 8B88 评审与回复流程 | maoxinjie/scenario-05-reviewer-rebuttal-vcbench |
| 4 | Guided Paper Reproduction：MCFST 空间转录组论文复现 | Winshion/sciforge-ai4ai-spacial-trans |
| 5 | Cross-Scale Cell Atlas：跨数据库整合与引导式分析 | ShaysXIA/cross-scale-data-demo |
| 6 | AI-Guided Protein Design：从序列生成到结构验证 | kaiwinYao1/sciforge-de-novo-protein-demo |
| 7 | AI-Guided Molecular Design：可追踪的 scaffold SAR 优化 | AGI4Sci/molclaw |
| 8 | Genome-to-BGC Discovery：从基因组到候选 BGC 卡片与优先级 | wenne-kwj/scenario-bgc-genome-discovery |
如何阅读 Showcase： 这些是论文中记录的 prototype demonstrations 和公开审计材料，不是已完成的临床/实验验证或全面 benchmark。论文还记录了明确的边界：蛋白设计案例存在 provenance mismatch，MCFST 复现的运行计数与选择规则仍需修订，分子优化的预注册主指标未达标且处于 docking 噪声范围内。请把它们当作可复查的研究轨迹，而不是自动生成的科学结论。
git clone https://github.com/AGI4Sci/SciForge.git
cd SciForge
npm ci
npm run dev要求 Node.js 22.12+ 与平台原生构建工具；模型执行需要自行配置受支持的 runtime/provider。环境与完整步骤见 INSTALL.md。
本轮尚未发布安装包，建议从源码运行；Releases 中的早期安装包与当前源码存在差异。无需配置私有云服务即可启动本地客户端；可选云端连接需由服务管理方提供地址和账号，仓库不提供默认生产地址。
| 入口 | 内容 |
|---|---|
| 使用文档 | 快速开始、功能手册、科研案例与视频导览 |
| 版本与兼容性 | 本次公开源码基线为 57ac3d0；教程所用客户端版本及插件可能不同 |
| 安装与最小使用 | 本地客户端环境、步骤与验证 |
| 开发指南 | 本地开发、测试与构建 |
| 贡献指南 · 安全策略 | 协作约定与漏洞报告 |
客户端源码和共享协议在本仓维护；云端源码、数据库迁移、Zulip 服务端适配和部署材料在闭源的 SciForge-cloud 仓，不随本仓公开；remote-ssh 不在开源范围内。
欢迎提交 Issue、Showcase、科学 worker、Skill、runtime adapter、文档和 UI 改进。提交 PR 前请运行与改动范围相符的 typecheck、test 和 build；协作约定见贡献指南。
客户端主体使用 Apache License 2.0。内置域与插件分别采用 MIT 或 Apache-2.0，以各包 package.json 和 LICENSE 为准。第三方依赖、参考项目与资产来源见 THIRD_PARTY_NOTICES.md，个别组件授权仍在确认中，以该文件为准。