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HK1253013B - Systems and methods for barcoding nucleic acid - Google Patents

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Info

Publication number
HK1253013B
HK1253013B HK18112379.6A HK18112379A HK1253013B HK 1253013 B HK1253013 B HK 1253013B HK 18112379 A HK18112379 A HK 18112379A HK 1253013 B HK1253013 B HK 1253013B
Authority
HK
Hong Kong
Prior art keywords
droplets
cells
droplet
cell
dna
Prior art date
Application number
HK18112379.6A
Other languages
English (en)
French (fr)
Chinese (zh)
Other versions
HK1253013A1 (en
Inventor
David A. Weitz
Allon Moshe Klein
Ilke Akartuna
Linas Mazutis
Marc W. Kirschner
Original Assignee
President And Fellows Of Harvard College
Vilnius University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by President And Fellows Of Harvard College, Vilnius University filed Critical President And Fellows Of Harvard College
Publication of HK1253013A1 publication Critical patent/HK1253013A1/en
Publication of HK1253013B publication Critical patent/HK1253013B/en

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Claims (11)

  1. Verfahren, umfassend:
    i) Bereitstellen einer Vielzahl von mindestens 10.000 mikrofluidischen Tröpfchen, die Zellen enthalten, wobei mindestens etwa 90% der Vielzahl von Tröpfchen eine Zelle oder keine Zelle enthalten;
    ii) Lysieren der Zellen innerhalb der Vielzahl von mikrofluidischen Tröpfchen, um Nukleinsäure aus den Zellen freizusetzen; und
    iii) Binden der freigesetzten Nukleinsäure an Oligonukleotid-Markierungen,
    a) wobei die Oligonukleotid-Markierung die freigesetzten Nukleinsäuren aus von anderen Zellen freigesetzten Nukleinsäuren mittels einer Strichcode-Sequenz eindeutig identifiziert und die Markierung zusätzlich eine Primersequenz umfasst,
    b) wobei für mindestens etwa 90% der Tröpfchen die Oligonukleotid-Markierung innerhalb des Tröpfchens von Oligonukleotid-Markierungen innerhalb anderer Tröpfchen der Vielzahl von Tröpfchen unterscheidbar ist, und vorzugsweise
    c) mindestens einige der Oligonukleotid-Markierungen eine Poly-T-Sequenz umfassen, wobei die Vielzahl von Tröpfchen durch Verwendung einer mikrofluidischen Vorrichtung mit vier Einlässen für i) Oligonukleotid-Markierungen, ii) Zellen, iii) Nukleinsäureamplifikationsreagenzien und iv) Trägeröl sowie einer Auslassöffnung zum Sammeln der Tröpfchen bereitgestellt wird.
  2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei die Nukleinsäure eine RNA ist.
  3. Verfahren nach den Ansprüchen 1 oder 2, wobei die RNA innerhalb des Tröpfchens revers transkribiert wird.
  4. Verfahren nach Anspruch 3, wobei nach der reversen Transkription eine strichcodierte cDNA erzeugt wird.
  5. Verfahren nach Anspruch 4, wobei die cDNA anschließend amplifiziert wird.
  6. Verfahren nach den Ansprüchen 1 bis 5, wobei die Oligonukleotid-Markierungen an ein Kügelchen oder Partikel im Tröpfchen gebunden sind.
  7. Verfahren nach den Ansprüchen 1 bis 6, wobei die Vielzahl von mikrofluidischen Tröpfchen ein Volumen von weniger als etwa 10 nl, jedoch mehr als 3 nl, aufweist, wodurch eine Hemmung der reversen Transkriptionsreaktion vermieden wird.
  8. Verfahren nach den Ansprüchen 1 bis 7, wobei das Kügelchen oder Partikel ein Hydrogelkügelchen oder -partikel, ein Polymerkügelchen oder -partikel, ein Mikropartikel ist oder Polyacrylamid, Agarose, Polystyrol, Poly-N-isopropylacrylamid umfasst und/oder wobei das Kügelchen oder Partikel magnetisch ist.
  9. Verfahren nach den Ansprüchen 1 bis 8, wobei die Markierungen über eine Acrylphosphoramiditbindung oder eine Aminobindung kovalent gebunden sind.
  10. Verfahren nach den Ansprüchen 1 bis 9, wobei mindestens einige der Oligonukleotide einen spaltbaren Linker umfassen und der Linker vorzugsweise photospaltbar oder chemisch spaltbar ist.
  11. Verfahren nach den Ansprüchen 1 bis 10, zudem umfassend das Sequenzieren der amplifizierten Nukleinsäure.
HK18112379.6A 2014-04-21 2018-09-27 Systems and methods for barcoding nucleic acid HK1253013B (en)

Applications Claiming Priority (8)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201461982001P 2014-04-21 2014-04-21
US201461982001P 2014-04-21
US201462065348P 2014-10-17 2014-10-17
US201462065348P 2014-10-17
US201462066188P 2014-10-20 2014-10-20
US201462066188P 2014-10-20
US201462072944P 2014-10-30 2014-10-30
US201462072944P 2014-10-30

Publications (2)

Publication Number Publication Date
HK1253013A1 HK1253013A1 (en) 2019-06-06
HK1253013B true HK1253013B (en) 2020-11-20

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