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HK1246366B - Enhanced utilization of surface primers in clusters - Google Patents

Enhanced utilization of surface primers in clusters Download PDF

Info

Publication number
HK1246366B
HK1246366B HK18105926.8A HK18105926A HK1246366B HK 1246366 B HK1246366 B HK 1246366B HK 18105926 A HK18105926 A HK 18105926A HK 1246366 B HK1246366 B HK 1246366B
Authority
HK
Hong Kong
Prior art keywords
primers
amplification
immobilized
sequencing
nucleic acid
Prior art date
Application number
HK18105926.8A
Other languages
English (en)
French (fr)
Chinese (zh)
Other versions
HK1246366A1 (en
Inventor
Mark Boutell Jonathan
Mark Skinner Gary
Original Assignee
Illumina Cambridge Limited
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Illumina Cambridge Limited filed Critical Illumina Cambridge Limited
Priority claimed from PCT/GB2016/051574 external-priority patent/WO2016193695A1/en
Publication of HK1246366A1 publication Critical patent/HK1246366A1/en
Publication of HK1246366B publication Critical patent/HK1246366B/en

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Claims (13)

  1. Ein Verfahren zum Herstellen von immobilisierten Templaten für eine Nukleinsäuresequenzierungsreaktion, das Folgendes beinhaltet:
    (a) Bereitstellen eines festen Trägers, der eine Vielzahl von Vorwärts- und Rückwärtsamplifikationsprimern aufweist, die auf diesem immobilisiert sind, wobei ein Teilsatz der Vielzahl von Amplifikationsprimern eine Spaltungsstelle beinhaltet;
    (b) Amplifizieren eines Zielnukleinsäuretemplates unter Verwendung des Teilsatzes von Amplifikationsprimern auf dem Träger, um eine Vielzahl von doppelsträngigen Nukleinsäuremolekülen zu produzieren, wobei beide Stränge von jedem doppelsträngigen Nukleinsäuremolekül an dem festen Träger an ihren 5'-Enden angelagert sind;
    (c) Spalten des Teilsatzes von Amplifikationsprimern an der Spaltungsstelle, um ein linearisiertes Amplifikationsprodukt zu produzieren, das einen gespaltenen nicht immobilisierten Strang und einen komplementären immobilisierten Strang beinhaltet; und
    (d) Aussetzen des Amplifikationsprodukts gegenüber Teildenaturierungsbedingungen, um Hybridisierung eines 3'-Terminal-Abschnitts des gespaltenen nicht immobilisierten Strangs mit einem komplementären immobilisierten Amplifikationsprimer zu ermöglichen, gefolgt von der Verlängerung des immobilisierten Amplifikationsprimers, um eine immobilisierte Kopie des nicht immobilisierten Strangs des Amplifikationsprodukts zu erzeugen.
  2. Verfahren gemäß Anspruch 1, wobei der Teilsatz von oberflächengebundenen Primern die Vorwärtsprimer sind.
  3. Verfahren gemäß Anspruch 1, wobei der Teilsatz von oberflächengebundenen Primern die Rückwärtsprimer sind.
  4. Verfahren gemäß Anspruch 1, wobei die Teildenaturierungsbedingungen das Hinzufügen von einem oder mehreren Komponenten einer Rekombinase-/Polymeraseamplifikationsreaktion beinhalten, um eine Stranginvasion zu ermöglichen.
  5. Verfahren gemäß Anspruch 1, wobei die Teildenaturierungsbedingungen das Aussetzen des Templates gegenüber Bedingungen beinhalten, die für Template-Walking geeignet sind.
  6. Verfahren gemäß Anspruch 1, wobei Schritt (d) das Anwenden von Primern in Lösung beinhaltet, um Hybridisierung der Primer an das nicht immobilisierte Ende des immobilisierten Amplifikationsprodukts zu ermöglichen.
  7. Verfahren gemäß Anspruch 6, wobei der Teilsatz von Primern Vorwärtsamplifikationsprimer beinhaltet und die Primer in Lösung Vorwärtsamplifikationsprimer beinhalten.
  8. Verfahren gemäß Anspruch 6, wobei der Teilsatz von Primern Rückwärtsamplifikationsprimer beinhaltet und die Primer in Lösung Rückwärtsamplifikationsprimer beinhalten.
  9. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1-8, das ferner das Sequenzieren der Zielnukleinsäure beinhaltet.
  10. Verfahren gemäß Anspruch 9, wobei das Sequenzieren der Zielnukleinsäure Folgendes beinhaltet:
    Hybridisieren von einem oder mehreren Sequenzierungsprimern an einen immobilisierten Nukleinsäurestrang;
    Verlängern des einen oder der mehreren Sequenzierungsprimer durch Einbinden von einem oder mehreren markierten Nukleotiden in einen naszierenden Strang; und Detektieren der markierten Nukleotide, dadurch Erhalten von Sequenzinformationen über die Zielnukleinsäure.
  11. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1-10, wobei der feste Träger eben ist.
  12. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1-11, wobei der feste Träger Mikrovertiefungen beinhaltet.
  13. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1-12, wobei die Zielnukleinsäure eine Länge von mindestens 10, 20, 50, 100, 200 oder mindestens 500 Nukleotiden aufweist.
HK18105926.8A 2015-05-29 2016-05-27 Enhanced utilization of surface primers in clusters HK1246366B (en)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562168602P 2015-05-29 2015-05-29
US62/168,602 2015-05-29
PCT/GB2016/051574 WO2016193695A1 (en) 2015-05-29 2016-05-27 Enhanced utilization of surface primers in clusters

Publications (2)

Publication Number Publication Date
HK1246366A1 HK1246366A1 (en) 2018-09-07
HK1246366B true HK1246366B (en) 2021-01-08

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