HK1193847A - Method for verifying bioassay samples - Google Patents

Claims (13)

1. Verfahren zum Verifizieren der Integrität einer Mehrzahl von Proben von biologischem Ausgangsmaterial umfassend genomische Nukleinsäuren, und Bestimmen des Vorhandenseins oder Fehlens von mindestens einer fötalen chromosomalen Abnormität in jeder der Mehrzahl von Proben von biologischem Ausgangsmaterial, wobei das Verfahren Folgendes umfasst:

   (a) Kombinieren einer einzigartigen Markernukleinsäure mit jeder der Mehrzahl von Proben von biologischem Ausgangsmaterial, wobei es sich bei der genannten Mehrzahl von Proben von biologischem Ausgangsmaterial um mütterliche Blut- oder Plasmaproben, die fötale und mütterliche zellfreie DNA umfassen, handelt, wodurch man eine Mehrzahl von einzigartig markierten Proben erhält, die jeweils eine einzigartige Mischung aus genomischen Nukleinsäuren und Markernukleinsäuren umfassen;

   (b) Einbauen von unverwechselbaren Indexingsequenzen in die genomischen Nukleinsäuren und die Markernukleinsäuren von jeder der einzigartig markierten Proben, wodurch man zu einer einzigartig markierten indexierten Mischung von indexierten Markernukleinsäuren und indexierten Probennukleinsäuren für jede der Mehrzahl von Proben von Ausgangsmaterial bereitstellt;

   (c) massives paralleles Sequenzieren einer Kombination von einzigartig markierten indexierten Mischungen von indexierten Nukleinsäuren mittels Multiplex-Sequenzieren; und

   (d) Bestimmen einer Übereinstimmung zwischen der Sequenz des indexierten Markers und der Sequenz der in Schritt (c) erhaltenen indexierten genomischen Nukleinsäuren für jede der einzigartig markierten indexierten Mischungen von Nukleinsäuren in der Kombination und der Sequenz der einzigartigen Markernukleinsäure in jeder der einzigartig markierten Proben, wodurch man die Integrität von jeder der Mehrzahl von Proben von biologischem Ausgangsmaterial verifiziert,

   und Bestimmen des Vorhandenseins oder Fehlens von mindestens einer fötalen chromosomalen Abnormität in jeder der Mehrzahl von markierten indexierten Proben.
2. Verfahren nach Anspruch 1, das weiterhin umfasst: Isolieren der einzigartigen Mischung von genomischen Nukleinsäuren und Markernukleinsäuren für jede der Mehrzahl von Proben.
3. Verfahren nach einem vorhergehenden Anspruch, wobei die mindestens eine fötale chromosomale Abnormität:

   (i) aus einer partialen chromosomalen Aneuploidie einer vollständigen chromosomalen Aneuploidie und einem Polymorphismus ausgewählt ist; oder

   (ii) mit einer Krankheit assoziiert ist.
4. Verfahren nach einem vorhergehenden Anspruch, wobei die Mehrzahl von Proben von Ausgangsmaterial von unterschiedlichen schwangeren weiblichen Individuen stammt.
5. Verfahren nach einem vorhergehenden Anspruch, wobei (i) es sich bei der Markernukleinsäure um DNA oder ein Analog davon handelt; und/oder (ii) die einzigartigen Markermoleküle in einer Probe eine Kombination von 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20 oder mehr unterschiedlichen Sequenzen sind.
6. Verfahren nach einem vorhergehenden Anspruch, wobei die Identität einer Probe unter Verwendung einer Mehrzahl von Markernukleinsäuremolekülen verifiziert wird, die mindestens zwei, mindestens drei, mindestens vier, mindestens fünf, mindestens sechs, mindestens sieben, mindestens acht, mindestens neun, mindestens zehn, mindestens 15, mindestens 20, mindestens 30, mindestens 40 oder mindestens 50 unterschiedliche Sequenzen aufweisen.
7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1-6, wobei die Markernukleinsäuremoleküle zu unverarbeiteten oder teilverarbeiteten Proben von Ausgangsmaterial zugesetzt werden.
8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1-6, wobei die Markernukleinsäuremoleküle einer gereinigten Probe zugesetzt werden.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1-8, wobei die Markernukleinsäuremoleküle zu einer Fraktion der Probe zugesetzt werden.
10. Verfahren nach einem vorhergehenden Anspruch, wobei:

    (i) die Markernukleinsäure eine Länge von mindestens 30 Bp aufweisen;

    (ii) die Länge der Markernukleinsäuren bis zu 600 Bp beträgt;

    (iii)die Länge der Markernukleinsäuren ungefähr 150 Bp beträgt; ungefähr 160 Bp, 170 Bp, ungefähr 180 Bp, ungefähr 190 Bp oder ungefähr 200 Bp beträgt;

    (iv) die Länge der Markernukleinsäuren ungefähr 170 Bp beträgt; oder

    (v) die Länge der Markernukleinsäuren zwischen ungefähr 100 Bp und 600 Bp beträgt.
11. Verfahren nach einem vorhergehenden Anspruch, wobei es sich bei den unverwechselbaren Indexingsequenzen um unverwechselbare Basensequenzen mit ungefähr 5, ungefähr 10, ungefähr 15, ungefähr 20, ungefähr 25 oder mehr Basen, die am 3'-Ende der genomischen Nukleinsäuren und der Markernukleinsäuren zugefügt sind, handelt.
12. Verfahren nach einem vorhergehenden Anspruch, wobei das massive parallele Sequenzieren das Sequenzieren von klonal amplifizierten cfDNA-Molekülen oder von einzelnen cfDNA-Molekülen ist.
13. Verfahren nach einem vorhergehenden Anspruch, wobei das massive parallele Sequenzieren

    (a) massives paralleles Sequenzieren durch Synthese (sequencing-by-synthesis) ist;

    (b) unter Verwendung von massivem parallelem Sequenzieren durch Ligieren (sequencing-by-ligation) durchgeführt wird;

    (c) massives paralleles Pyrosequenzieren ist;

    (d) massives paralleles direktes Nukleotidabfragesequenzieren ist; oder

    (e) Ionenhalbleitersequenzieren ist.