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HK1156353A1 - Modified dna polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues - Google Patents

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Publication number
HK1156353A1
HK1156353A1 HK11110565.1A HK11110565A HK1156353A1 HK 1156353 A1 HK1156353 A1 HK 1156353A1 HK 11110565 A HK11110565 A HK 11110565A HK 1156353 A1 HK1156353 A1 HK 1156353A1
Authority
HK
Hong Kong
Prior art keywords
polymerase
amino acid
incorporation
polymerases
dna
Prior art date
Application number
HK11110565.1A
Other languages
English (en)
French (fr)
Chinese (zh)
Other versions
HK1156353B (en
Inventor
Geoffrey Paul Smith
David Mark Dunstan Bailey
David James Earnshaw
Raquel Maria Sanches
Harold Swerdlow
Original Assignee
Illumina Cambridge Limited
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=29226911&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=HK1156353(A1) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Illumina Cambridge Limited filed Critical Illumina Cambridge Limited
Publication of HK1156353A1 publication Critical patent/HK1156353A1/en
Publication of HK1156353B publication Critical patent/HK1156353B/en

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Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12N9/1252—DNA-directed DNA polymerase (2.7.7.7), i.e. DNA replicase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
    • C12Y207/07—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12Y207/07007—DNA-directed DNA polymerase (2.7.7.7), i.e. DNA replicase

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Claims (14)

  1. Ein Familie-B-Polymeraseenzym mit einem Alanin in der zweiten Aminosäure der Motiv-A-Region, wobei die Motiv-A-Region mit den Aminosäuren 408-410 in 9°N-Polymerase homolog ist, wobei die Polymerase eine erhöhte Inkorporationsrate an Nukleotiden aufweist, die am 3'-Zuckerhydroxyl so modifiziert wurden, dass, im Vergleich zu einer Kontrollpolymerase mit einem Tyrosin (Y) oder einer Glutaminsäure (E) in der zweiten Aminosäure der Motiv-A-Region, der Substituent größer als die natürlich vorkommende 3'-Hydroxylgruppe ist
  2. Die Polymerase entsprechend Anspruch 1, wobei die Polymerase eine archaeale Polymerase ist.
  3. Die Polymerase entsprechend Anspruch 1, wobei die Polymerase aus der Gruppe bestehend aus folgenden ausgewählt wird, nämlich 9°N-Polymerase mit der Mutation Y409A, Vent-Polymerase mit der Mutation Y412A, Pfu-Polymerase mit der Mutation Y410A, JDF-3-Polymerase mit der Mutation Y409A und Taq-Polymerase mit der Mutation E615A.
  4. Die Polymerase entsprechend einem der vorangegangenen Ansprüche, wobei die erste Aminosäure der Motiv-A-Region zu einer Aminosäure mutiert ist, die aus aromatischen Aminosäuren, Aminosäuren mit aliphatischen Seitenketten, Glutamat (Q), Cystein (C) oder Serin (S) ausgewählt wird.
  5. Die Polymerase entsprechend einem der vorangegangenen Ansprüche, wobei die dritte Aminosäure der Motiv-A-Region zu einer Aminosäure mutiert wird, die aus Serin (S), Alanin (A) oder Glycin (G) oder Aminosäuren mit betaverzweigten Seitenketten ausgewählt wird.
  6. Die Polymerase entsprechend einem der Ansprüche 1 bis 5, die in der Lage ist, Nukleotide zu inkorporieren, die am 3'-Zuckerhydroxyl so modifiziert wurden, dass sie bei einer Reaktionstemperatur von 30°C der Substituent größer als die natürlich vorkommende 3'-Hydroxylgruppe ist.
  7. Die Polymerase entsprechend einem der Ansprüche 1 bis 6, wobei die erste Aminosäure der Motiv-A-Region zu Serin (S), Isoleicin (I), Alanin (A) oder Valin (V) mutiert wird.
  8. Die Polymerase entsprechend der Ansprüche 1 - 6, wobei die Motiv-A-Region eine der folgenden Aminosäuresequenzen aufweist:
    FAI, AAA, YAS, YAV, IAL, SAL, SAA, CAA, YAA, QAS, VAG, VAV, FAV, AAT oder VAL.
  9. Die Polymerase entsprechend einem der Ansprüche 1 bis 8, die keine Exonukleaseaktivität aufweist.
  10. Die Polymerase entsprechend einem der Ansprüche 1 bis 9, wobei die Nukleotide, die am 3'-Zuckerhydroxyl so modifziert wurden, dass der Substituent größer als die natürlich vorkommende 3'-Hydroxylgruppe ist, ein modifiziertes Nukleotid- oder Nukleosidmolekül umfassen, das eine Purin- oder Pyrimidinbase und einen einen Ribose- oder Deoxyribosezuckeranteil mit einer entfernbaren 3'-OH-Blockiergruppe aufweist, die kovalent hieran angebunden ist, so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe mit der folgenden Struktur angebunden ist         -O-Z
    wobei Z eines der folgenden, nämlich , -C(R')2-N3, -C(R')2-O-R", -C(R')2-N(R")2, -C(R')2-N(H)R", -C(R')2-S-R" und -C(R')2-F ist,
    wobei jedes R" eine entfernbare schützende Gruppe oder Teil dieser ist;
    jedes R' unabhängig ein Wasserstoffatom, eine Alkyl-, eine substituierte Alkyl-, Arylalkyl-, Alkenyl-, Alkynyl-, Aryl-, Heteraryl-, heterocyklische, Acyl-, Cyan-, Alkoxy-, Aryloxy-Heteroaryloxy- oder Amidogruppe oder ein durch eine Verbindungsgruppe verbundenes, feststellbares Label ist; oder (R')2 eine Alkyliden-Gruppe der Formel =C(R"')2 repräsentiert, wobei jedes R'" dasselbe oder verschieden sein kann und aus der Gruppe bestehend aus Wasserstoff- und Halogenatomen und Alkylgruppen ausgewählt wird; und
    wobei das genannte Molekül einer Reaktion unterzogen wird, um ein Zwischenprodukt zu liefern, bei dem R" für H ausgetauscht wird, oder bei dem Z -C(R')2-F ist, das F für OH , SH oder NH2, bevorzugt OH, ausgetauscht wird, wobei sich das Zwischenprodukt unter wässrigen Bedingungen trennt, um ein Molekül mit einem freien 3'OH zu ermöglichen;
    vorausgesetzt, dass wenn Z -C(R')2-S-R" ist, beide R' nicht H sind.
  11. Ein Nukleinsäuremolekül, das eine veränderte Polymerase gemäß einem der Ansprüche 1 bis 10 codiert.
  12. Ein Expressionsvektor mit dem Nukleinsäuremolekül von Anspruch 11.
  13. Ein Verfahren zur Inkorporation von Nukleotiden, die am 3'-Zuckerhydroxyl so modifiziert wurden, dass der Substituent größer als die natürlich vorkommende 3'-Hydroxylgruppe ist, in DNA, damit die folgenden Komponenten zusammenwirken können:
    - eine Polymerase entsprechend einem der Ansprüche 1 bis 9
    - eine DNA-Matrize; und
    - eine Nukleotidlösung, die Nukleotide enthält, die am 3'-Zuckerhydroxyl so modifiziert wurden, dass der Substituent größer als die natürlich vorkommende 3'-Hydroxylgruppe ist.
  14. Das Verfahren entsprechend Anspruch 13, wobei die Inkorporation von Nukleotiden, die am 3'-Zuckerhydroxyl so modifiziert wurden, dass der Substituent größer als die natürlich vorkommende 3'-Hydroxylgruppe ist, festgestellt wird, um die DNA-Sequenz der DNA-Matrize zu bestimmen.
HK11110565.1A 2003-09-11 2011-10-06 Modified dna polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues HK1156353B (en)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
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GBGB0321306.3A GB0321306D0 (en) 2003-09-11 2003-09-11 Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues

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Publication Number Publication Date
HK1156353A1 true HK1156353A1 (en) 2012-06-08
HK1156353B HK1156353B (en) 2012-10-12

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JP2007504817A (ja) 2007-03-08
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US10017750B2 (en) 2018-07-10
US20180298358A1 (en) 2018-10-18
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ATE532856T1 (de) 2011-11-15
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US11473067B2 (en) 2022-10-18
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US20150024463A1 (en) 2015-01-22
US20130244302A1 (en) 2013-09-19
US20220025342A1 (en) 2022-01-27
US8460910B2 (en) 2013-06-11
US20160362664A1 (en) 2016-12-15
EP2325304A1 (de) 2011-05-25
US11136564B2 (en) 2021-10-05
GB0321306D0 (en) 2003-10-15
US8852910B2 (en) 2014-10-07
EP1664287A1 (de) 2006-06-07

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