主从犯的认定直接影响对被告人的刑罚适用及其严厉程度，是常见的控辩争议焦点。走私犯罪中主从犯的认定，应遵循《刑法》总则的原则性规定，结合各类走私犯罪的特点，从行为人在共同犯罪中的地位及其具体行为对犯罪结果发生的原因力大小两个方面分析评判。具体案件中，对于能够区分主从犯的，应尽量区分。有多名主犯的，应进一步比较不同主犯之间的罪责大小，以有效调节量刑。对共同犯罪分案处理的，应及时了解关联案件的进展情况，从整体上把握被告人在走私犯罪链条中的地位、作用。
通常情况下，组织、策划、指挥走私活动的犯罪分子，即便未直接实施具体实行行为，一般也应认定为主犯；参与走私的核心环节（如旅检通关；跨境偷运；伪装走私对象；制作虚假单证、虚假申报；擅自销售保税货物或减免税货物、假核销）甚至全部环节，行为积极、主动，对危害后果的发生起重要作用的主要实行犯，一般也应认定为主犯；未参与走私犯罪的核心环节，仅为犯罪的成功实施提供帮助、创造条件，或虽受雇参与核心环节但听命于雇主，被动型、从属性特征明显，可替代程度高，对犯罪成立所起作用较小的，一般应认定为从犯。下文选取两种典型的走私犯罪类型分述。
（一）海上走私
海上走私犯罪链条长、环节多、参与人员广，往往涉及策划出资、货源组织、跨境运输、入境装卸等多个环节。其中，货物入境后的装卸、运输处于走私犯罪链条的末端，并非与犯罪构成紧密联系的核心环节，在认定主从犯时应充分考虑。对于海上走私犯罪主从犯的区分，总体上可以参考《最高人民法院、最高人民检察院、海关总署打击非设关地成品油走私专题研讨会会议纪要》（署缉发〔2019〕210号）的相关规定。对于组织、策划、指挥海上走私犯罪的，一般应当认定为主犯；对于出资者，应综合考虑其出资入股的方式、比例、时间等因素，对于为主要出资者，参与共谋、决定走私获利分配的，一般应认定为主犯，出资比例较小或因受邀参与走私而获赠一定“干股”，不参与决策，不承担货物风险，无具体实行行为或单纯从事少量事务性工作的，可以认定为从犯；船长、押船人员招募船员、伪造证件，自主决定航运事宜，指令船上人员行事，积极联络各方，承担管理、协调职责，在走私活动中参与程度高、起主要作用的，可认定为主犯。例如，徐某某、严某某、邹某某等走私普通货物案。徐某某预谋走私两船柴油，与严某某商定向严某某出售部分走私柴油，后徐某某自行租用甲船并指使严某某通过电话遥控指挥甲船船长出海接驳柴油。同时，徐某某又安排邹某某租用乙船、雇用船员并作为押船人员登船出海，由邹某某现场指令船上人员、确定航行坐标、与外轮联系接驳柴油。两船分别行驶至我国领海外水域，各自从外籍油船上非法接驳柴油，返航途中先后被查获。在甲船的走私犯罪活动中，徐某某、严某某等构成共同犯罪，在乙船的走私犯罪活动中，徐某某、邹某某等构成共同犯罪。在各自的共同犯罪中，徐某某、严某某、邹某某均起主要作用，均系主犯。
（二）包税走私（限于涉税通关走私）
包税走私是实践中常见的走私犯罪模式。对于包税走私犯罪中的主从犯认定，存在不同观点。一种意见认为，国内货主是纳税义务人、走私行为的指使者，参与货物在境外的购买及在境内的销售环节，是主要获利方，应认定为主犯。通关团伙受委托实施走私犯罪，赚取费用，应认定为从犯。另一种意见认为，通关团伙是走私行为的组织实施者，长期以走私为业，其走私犯意并非因国内货主的委托而产生，应认定为主犯。国内货主受通关团伙利诱，不了解也不干涉通关团伙的具体操作，应认定为从犯。
《刑事审判参考》第873号案例提出，对于贪图便宜，为了节省经营成本，支付包税费用后放任通关公司采取任何形式通关的货主单位，按照其在共同犯罪中所起的作用和所处的地位，可以认定为从犯。
我们认为，国内货主与通关团伙之间系委托人和受托人的关系，货主虽然是委托事项的设立者，但在货物通关过程中未必居于主导地位。当前，通关团伙呈现出职业化、专业化特征，内部成员分工明确、协作配合、手法老练，有较为成熟的走私“业务流程”，将走私作为“生意”长期经营，四处上门推销、招揽包税清关业务，犯罪意图明确，行为积极主动。部分货主在支付明显低于应缴税款的包税费之后，将货物通关事宜全权交由通关团伙操办，对通关流程既不知情也未参与，通关团伙独立完成走私行为，并不向货主寻求指示或征求同意。从实践情况看，货主与通关团伙之间并无当然的主从之分，应避免简单以身份作为区分主从犯的决定性因素，而应从此类犯罪的特点出发，重点考察双方对走私活动的控制和实际参与程度、发挥的作用，并结合犯意发起、获利情况，综合分析评判。
在犯意发起方面，不排除一些货主本无走私犯罪意图，因受通关团伙利诱才产生以委托包税方式进口货物之念。但不可否认的是，货主作为纳税义务人是走私活动的直接获益者，有实施走私的动因。货主主动联系通关团伙、委托包税通关，或者货主与通关团伙均有犯意，一方宣之于口后对方欣然回应，双方犯意呼应、一拍即合的情况应不鲜见。在后一情形下，不宜过度评价首先提议的一方对于对方决意实施走私犯罪的影响力。尤其在部分案件中，货主与通关团伙形成了长期稳定的合作关系，由哪一方首先提议对于区分主从犯不具有太大的参考价值。
获利方式、大小是区分主从犯通常考虑的另一因素。有观点认为，通关团伙同时为多个货主提供包税通关服务，单一货主的委托在其“业务”总量中占比较小，虽然通关团伙仅向单一货主收取少量服务费，但其向各个货主收取的费用总额可观、远超单一货主获利，从走私规模、获利总量看，通关团伙远甚于货主，可据此认定货主系从犯。我们认为，对主从犯的分析评价应限于共同犯罪的范围之内，通关团伙系与每一货主分别构成共同犯罪，而非与所有货主同时构成共同犯罪，其参与数个共同犯罪的获利总额与其中一个共同犯罪货主的获利不具有可比性。包税走私中，货主支付的包税费一般包括进口货物的税款、仓储费、运费、报关费、商检费等，往往明显低于货主自行报关所需的税费金额，通常情况下货主是共同犯罪中的主要获利者。当然，通关团伙一般是按照固定方式（如按货物重量）收取包税费，其获利并非由货主分配，货主和通关团伙之间不存在分赃的问题，各自获利的多少并不能直接反映出对共同犯罪完成的“贡献”大小。