论文查重是会包括毕业论文的摘要部分的，但是并不会包括参考文献部分，因为参考文献都是引用了别人的题目，重复率肯定是比较高的。
包括，只要参考文献和摘要部分存在待检测论文中，查重系统就会对其进行检测。若学校要求查重时放入摘要和参考文献，那么学生在提前查重时也需要在待检测论文中加入参考文献和摘要部分，保证检测后两者的查重结果一致；若学校要求查重时不需要放入参考文献和摘要部分，那么学生在提前查重时可以删除这两部分内容。
论文查重摘要和文献参考的话也是查重的内容，但是所占用的比例不是很大，比较小，不要过于担心哦。希望我的回答对你有帮助，欢迎采纳我的回答，谢谢
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